Dissertations / Theses on the topic 'Pneumonie lobaire'

Lors de la transformation chez streptococcus pneumoniae, l'adn entrant est sous forme simple-brin et vient d'apparier au chromosome recepteur. Si une heterologie existe entre ces deux partenaires, il y a formation d'un heteroduplex. La reparation des heteroduplex par la bacterie, confere a certaines mutations un comportement particulier: baisse d'efficacite de transformation ou hyper-recombinaison. La premiere partie du travail est consacree a la mutation ami36. Quand on realise un croisement impliquant ami36 et une autre mutation du locus ami, on observe un exces de recombinants ami#+, eu egard a la distance qui separe les deux sites mutants. Il y a hyper-recombinaison. Une reparation du mesappariement a/g en paire c. G, semblait a l'origine de ce comportement. Ce travail montre que la reparation resulte d'une excision resynthese catalysee par la dna polymerase i. La seconde partie est consacree aux longues heterologies. Six insertions ont ete introduites dans le locus ami. Ces mutations induisent une hyper-recombinaison qui augmente avec la taille de l'heterologie et qui reste independante de la replication et de la dna polymerase i. Cette hyper-recombinaison resulterait d'une exclusion frequente des longues heterologies hors de la structure heteroduplex, et non pas d'une reparation specifique de l'heteroduplex. Ces deux mecanismes, (reparation des a/g et exclusion des longues heterologies), participent sans doute a la stabilite du patrimoine hereditaire

Jusqu'a present, la resistance a la penicilline chez streptococcus pneumoniae a ete attribuee a la production de pbps (penicillin-binding proteins) modifiees, ayant une affinite reduite pour les antibiotiques beta-lactames. A present, nous avons determine la sequence nucleotidique d'un gene ciah et des regions adjacentes impliquees dans la resistance a la cefotaxime chez streptococcus pneumoniae c306. La sequence en acide amine obtenue a partir de celle-ci, montre que la proteine ciah est une proteine transmembranaire, appartenant a la famille des signal transducing histidine kinases. La substitution d'une pro230 a une thr, qui confere a la fois la resistance a la cefotaxime et une deficience totale dans la transformation est localisee pres du residu his226, le site de phosphorylation potentiel conserve au sein de cette famille. Le gene ciah fait partir d'un operon qui comprend un response regulator suppose etre implique dans la regulation de l'activite des pbps et l'induction des genes requis lors de l'etablissement de la competence. En plus, la sequence nucleotidique d'un fragment de 3. 1 kb a ete determinee. Celle-ci contient deux repetitions de 154 bp identifiees comme box ainsi que la partie 5 terminale du gene codant pour la proteine aspartate t-rna synthetase

Le systeme hex assure la reparation generalisee des mesappariements chez streptococcus pneumoniae. Il intervient pour corriger les erreurs de replication et agit en recombinaison homologue entre sequences non-identiques pour eliminer des recombinants potentiels. Des systemes apparentes existent dans tout le monde vivant. Par leur role antirecombinogene, ils pourraient etre impliques dans le controle de la fidelite des echanges genetiques, constituant une barriere a la recombinaison tant intrachromosomique que interespece. Cette hypothese est appuyee par des donnees obtenues pour le systeme mut d'escherichia coli. Mais notre etude sur l'action du systeme hex en recombinaison entre sequences partiellement divergentes (homeologues) remet en cause l'universalite de cette proposition. Les resultats obtenus montrent que le systeme hex se revele incapable d'inhiber la recombinaison entre sequences divergentes de 5%. Cette absence d'action correspond a un blocage complet (saturation) de hex du a l'exces de mesappariements presents sur l'heteroduplex forme entre sequences homeologues. La presence d'un fragment divergent unique suffit a saturer hex. Cette inhibition est egalement retrouvee en recombinaison heterospecifique. La saturation de hex est corrigee par surproduction, dans la cellule, de l'une ou l'autre des proteines du systeme, hexa ou hexb, alors que leur role dans la reparation n'est pas equivalent. Ce resultat paradoxal est explique dans un modele. L'analyse de recombinants obtenus avec de l'adn divergent dans des receptrices hex#+ et hex#- montre que la saturation n'est pas un phenomene du tout ou rien, par lequel la reparation serait soit complete, soit non initiee. En effet, de plus petites sequences sont integrees dans une souche hex#+, ce qui apparait comme le resultat d'une correction par cycles successifs, initiee aux extremites du fragment donneur vers les mesappariements les plus proches. Cette analyse a precise le modele de correction des mesappariements par le systeme hex. Un autre aspect de mon travail m'a amenee a developper, a la fois, une methode de classification des streptocoques exploitant le phenomene de saturation de hex, et un test d'identification du pneumocoque par une sonde nucleique correspondant a une sequence particuliere de cet organisme, l'element box

Streptococcus pneumoniae est capable de transformer naturellement. Pour transformer les bacteries doivent etre dans un etat physiologique particulier appele competence. La competence est une forme de differenciation cellulaire reversible qui apparait au cours de la phase exponentielle de croissance. Son developpement s'accompagne d'un changement global du metabolisme cellulaire, et s'effectue de maniere synchrone pour l'ensemble des cellules d'une culture. Il est induit par l'accumulation extracellulaire d'une pheromone, le csp (competence stimulting peptide). Il est egalement module par des changements d'environnement tels que des modifications de concentration de certains ions, de temperature ou de ph. Afin d'identifier des genes impliques dans le phenomene de transformation, une mutagenese a ete realisee par insertion dans le chromosome d'un gene de resistance a l'erythromycine. Elle a permis de generer un mutant presentant une deficience pour un test de transformation en milieu gelose. L'analyse de la region mutee a revele une organisation typique des operons codant pour des transporteurs de type abc (atp-binding-cassette). Ce locus, appele adc (adhesine competence), presente des homologies avec des operons codant pour des adhesines de streptocoques. Un des genes du locus adc, le gene adca, coderait pour une lipoproteine adca comportant un site de fixation potentiel des metaux. Adca, avec quatorze autres lipoproteines, dont les adhesines homologues, pourraient constituer une nouvelle famille de proteines extracytoplasmiques affines du substrat, la famille 9, specifique du transport des metaux. L'analyse de la croissance d'un mutant adc en milieu synthetique gelose a revele la necessite de zinc pour une croissance optimale des cellules mutees. L'addition de zinc ameliore le taux de croissance et la transformabilite du mutant adc dans le milieu liquide c. Le zinc, dont l'exigence pour la transformation de s. Pneumoniae etait jusqu'alors inconnue, est requis immediatement apres le contact des cellules avec le csp.

Les mutations dans le locus ami de la bacterie a gram#+ streptococcus pneumoniae ont un effet pleiotrope. Elles conferent entre autres une resistance accrue au methotrexate et une plus grande sensibilite a un desequilibre dans les concentrations des acides amines branches (leucine, isoleucine et valine). Au depart de ce travail, le locus ami a ete clone et sa sequence nucleotidique etablie: c'est un operon comportant six cadres ouverts de lecture, d'une organisation similaire a celles des operons de transport, a proteine periplasmique affine du substrat, des bacteries a gram#. Cinq proteines (amia, c, d, e et f) ont une sequence primaire homologue a celle des constituants du systeme opp, le systeme de transport des oligopeptides de escherichia coli. L'homologie entre les deux systemes suggerait l'existence d'une analogie fonctionnelle, qui a ete confirmee genetiquement: l'inactivation du locus ami rend s. Pneumoniae incapable d'utiliser les peptides comme source d'acides amines et chez e. Coli, l'inactivation du systeme opp s'accompagne d'une resistance accrue au methotrexate. Les caracteristiques de la proteine amia ont ete plus particulierement etudiees. La sequence primaire de la proteine presente les motifs specifiques des lipoproteines, suggerant qu'amia est exportee et ancree a la membrane cytoplasmique de s. Pneumoniae; sa localisation extracytoplasmique a ete demontree in vivo. Les resultats concernant le role de cette proteine montrent qu'elle n'est pas un constituant essentiel du systeme ami. Ces travaux ont permis d'attribuer une fonction au locus ami et d'envisager les bases physiologiques du phenotype pleiotrope des mutations ami

Les tests de diagnostic rapide (TDR) sont aujourd’hui des outils indispensables pour une réponse urgente en pathologie infectieuse. De nombreux tests sont disponibles pour rechercher différents agents pathogènes (VIH, streptocoque du groupe A, plasmodium …) dans des prélèvements biologiques variés (urine, liquide cérébrospinal ou LCS, sang …). L’avantage de ce mode de diagnostic est leur rapidité, leur simplicité de mise en œuvre, y compris par des non-spécialistes ou à l’extérieur d’une structure de laboratoire, et leur coût raisonnable. Dans ce travail de thèse CIFRE, nous présentons trois TDR que nous avons contribué à développer et à évaluer, basés sur l’immunochromatographie à flux latéral (LFIA). Le premier TDR cible Neisseria meningitidis dans le LCS, bactérie responsable de redoutables épidémies de méningites dans les pays à ressources limitées. Ce TDR est le seul test commercial de type LFIA qui permette de détecter 5 des 6 principaux sérogroupes impliqués dans la maladie (A/C/W/X/Y). Une étude publiée sous l’égide du CNR des méningocoques à l’Institut Pasteur de Paris montre les excellentes performances de ce test sur près de 560 échantillons de LCS provenant de 6 pays. Le deuxième TDR cible Streptococcus pneumoniae dans l’urine et le LCS, également dans le cadre du diagnostic des méningites bactériennes. Ce test, couplé au précédent, fait l’objet d’une étude multicentrique en Afrique de l’ouest sous couvert de l’OMS. Le troisième TDR est un avatar du précédent dédié aux sécrétions respiratoires. Dénommé PneumoResp, il introduit le concept de TDR semi-quantitatif en proposant d’effectuer le test sur sécrétions non diluées et, en cas de résultat positif, sur sécrétions diluées au 1 :100ème. Nous proposons un algorithme (qui fait l’objet d’un brevet en cours d’expertise) qui vise à différencier le portage de l’infection invasive à S. pneumoniae chez l’enfant. Par rapport aux techniques conventionnelles (culture semi-quantitative et qPCR), nous montrons sur quelque 200 échantillons respiratoires une excellente sensibilité et une très bonne valeur prédictive négative de ce test pour exclure ou suspecter une infection active à S. pneumoniae chez l’enfant dès le premier jour
Nowadays, Rapid Diagnostic Tests (RDTs) are essential tools for an urgent response in infectious diseases. Many tests are available to search for different pathogens (HIV, group A streptococcus, plasmodium ...) in various biological samples (urine, cerebrospinal fluid or CSF, blood ...). The main advantages of this mode of diagnosis are speed, simplicity of implementation, including by non-specialists or outside a laboratory structure, and reasonable cost. In this “CIFRE” (industrial) thesis, we present three RDTs based on lateral flow immunochromatography (LFIA) that we contributed to develop and evaluate.The first TDR targets Neisseria meningitidis, a bacterium responsible for severe outbreaks of meningitis in resource-limited countries, in CSF samples. This RDT is the only LFIA-type commercial test that can detect 5 of the 6 major serogroups involved in the disease (A/C/W/X/Y). A study published under the authority of the meningococci reference centre at the Institut Pasteur of Paris showed the excellent performances of this test on nearly 560 CSF samples collected from 6 countries including 5 in Africa.The second TDR targets Streptococcus pneumoniae in urine and CSF; it is also intended to the diagnosis of bacterial meningitis. This test, coupled with the previous one, is the object of a multicentric study presently conducted in West Africa under cover of WHO.The third TDR is an avatar of the previous one but was dedicated to respiratory secretions. Called PneumoResp, it introduces the concept of semi-quantitative RDT. It proposes to perform the test on undiluted secretions and, in the case of positive result, on 1:100-diluted secretions. We present an algorithm (which is the object of a patent pending appraisal) that aims to differentiate S. pneumoniae carriage from invasive infection by this germ in children. Compared to conventional techniques (semi-quantitative culture and qPCR assays), the test performed on 196 respiratory specimens showed an excellent sensitivity and a very good negative predictive value, allowing to exclude or suspect an active S. pneumoniae infection as soon as the first day