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Seytre, Catherine. "In situ monitoring of the fish assemblages in the recent Cap Roux marine protected aera (french Mediterranean) : reserve effect, trophic interactions and fish exportation." Nice, 2009. http://www.theses.fr/2009NICE4068.
Full textAbstract:
Le cantonnement de pêche du Cap Roux (Saint-Raphaël) est une Aire Marine Protégée (AMP) créée en 2003 à la demande des pêcheurs professionnels de la Prud'homie de pêche de Saint-Raphaël. Cette AMP qui s'étend sur une surface de 450 ha, a été créée dans un but de gestion de la pêche côtière locale. Toutes ces caractéristiques : mise en place récente, habitats disponibles et volonté de gestion des pêches, en font un remarquable site d'étude sur la mise en place de l'effet réserve. Pour cette étude, des méthodes d'observation complémentaires : comptages visuels en plongée sous-marine réalisés sur l'herbier à Posidonia oceanica et avec la méthode FAST ainsi que des pêches expérimentales, ont permis d'échantillonner différentes parties du peuplement de poissons. En parallèle, une étude a été réalisée sur une réserve établie depuis 1975 (Scandola, Corse). Les résultats acquis dans la réserve de Scandola sont : une mise en évidence de l'effet réserve sur une longue période avec une stabilisation du peuplement de poissons dans la zone protégée, une relation positive entre la diversité spécifique et la productivité du peuplement de poissons, et une exportation de juvénile de poissons depuis la zone protégée en suivant les courants marins. Le cantonnement de pêche du Cap Roux a montré une augmentation encore faible de l'abondance et de la taille pour les espèces de poissons ciblées par la pêche mais sans modification des interactions trophiques à l'intérieur de la zone protégée. Après 5 ans de protection la restauration des stocks de poissons a commencé mais ne semble pas encore suffisante pour atteindre les objectifs de gestion de la pêche côtière localeThe Cap Roux MPA (Saint-Raphaël) is a Marine Protected Area (MPA) initiated by the commercial fishermen of the Prud'homie de pêche de Saint-Raphaël and created in 2003. This 450-ha MPA was created as a management tool for local fisheries. This MPA is an outstanding site to study the reserve effect due to the following characteristics: recent implementation, availability of habitats and will for fisheries management. For this study, complementary observation methods: underwater visual censuses on Posidonia oceanica beds or with the new FAST method, and experimental fishing, allowed to sample different parts of the fish assemblage. The study of the Cap Roux MPA was combined with a study of the Scandola Marine Reserve (Corsica), created in 1975. The results obtained for the Scandola MPA were: a long-term reserve effect combined with a stabilisation of the fish assemblage structure within the no-take zone, a positive relationship between the fish assemblage diversity and secondary production, and a juvenile fish exportation from the MPA towards fished areas following the marine currents. In the recent Cap Roux MPA, the increase in abundance and size of target fish was still weak and no modification of the trophic structure inside the protected zone was observed. Five years after the MPA implementation, the restoration of fish stocks began but is not strong enough to fulfil the objectives of local fisheries sustaining
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De, Buron-Brun Isaure. "Biologie des populations d'Acanthocéphales : étude du complexe Acanthocephaloides propinquus, parasite de Poissons marins et lagunaires." Montpellier 2, 1986. http://www.theses.fr/1986MON20205.
Full textAbstract:
L'etude morphoanatomique et du polymorphisme enzymatique montre qu'il s'agit d'un complexe d'especes. Une approche de la dynamique des populations montre l'importance relative de differents poissons hotes au cours du cycle biologique de l'acanthocepale. La localisation dans l'intestin de l'hote et la mode d'attachement sont observes ainsi que les modes d'infestation. Une nouvelle espece de microsporidie parasite des acanthocephales est signalee
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Frodello, Jean-Pierre. "Influence de la pollution par les métaux, en Méditerranée, sur les populations de cétacés et altérations histologiques concomitantes : extension à certains poissons." Corte, 1999. http://www.theses.fr/1999CORT3044.
Full text
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Mercader, Manon. "Rôle des infrastructures portuaires dans le maintien des populations de poissons côtiers : apports de la restauration écologique." Thesis, Perpignan, 2018. http://www.theses.fr/2018PERP0027/document.
Full textAbstract:
La perte d'habitat engendrée par l'artificialisation des côtes a de graves conséquences sur la biodiversité marine. Aussi, dans une optique de maintien de la biodiversité et des stocks de poissons, il peut s’avérer intéressant de restaurer certaines fonctions écologiques dans les zones anthropisées. Cette thèse avait pour objectif d’estimer le rôle potentiel des ports en tant qu’habitat pour les juvéniles de poissons côtiers et d’évaluer dans quelle mesure ce rôle peut être amélioré par le biais d’actions de restauration. Des expérimentations en aquarium ont permis d’estimer que le taux de survie des juvéniles sur des habitats artificiels utilisés à des fins de restauration était comparable à celui observé sur des roches. Une étude de la distribution spatiale des juvéniles à l’échelle d’un paysage sous-marin a ensuite montré que les ports pouvaient abriter des densités en juvéniles représentant de 50 à 90 % de celles retrouvées en milieu naturel. Les densités à l'intérieur des ports étaient cependant tributaires du type d’habitat considéré; les quais sans complexité structurale abritant les densités les plus faibles. Enfin, l'étude de cas concrets, a montré que la réhabilitation des ports pouvait significativement augmenter les densités de juvéniles à l’échelle de l’habitat, celles-ci pouvant atteindre des niveaux comparables au milieu naturel. Toutefois, ces bénéfices restaient faibles à l’échelle d’un port dans sa globalité. Ces travaux suggèrent un réel potentiel des infrastructures portuaires en tant qu’habitat juvénile alternatif, en particulier si des actions de restauration y sont entreprises. Cependant, pour plus d’efficacité, les projets de restauration devraient être menés à large échelle et utiliser une diversité d’habitats artificiels. La restauration écologique des ports peut ainsi être employée comme un outil complémentaire aux mesures de protection dans le cadre d’une gestion intégrée des zones côtières à l’échelle du paysageHabitat loss caused by urban sprawl has harmful consequences on marine biodiversity. With a view to maintaining biodiversity and fish stocks, it may be worthwhile to restore some ecological features in anthropized areas. The aim of this thesis was to estimate the potential role of ports as habitat for juvenile coastal fish and to evaluate how this role can be improvedthrough restoration actions. Tank experiments revealed that juvenile survival rate on artificial habitats used for restoration purpose could be equivalent to that observed on natural habitat. The assessment of the spatial distribution of juvenile at the scale of a seascape permitted to estimate that harbors could host densities of juvenile that were between 50 to 90% of thoseobserved in natural sites. Within harbors densities were highly dependent on the type of habitat, featureless dock hosting the lowest densities. Subsequently, based on case studies, this work demonstrated that harbors rehabilitation could significantly enhance juvenile densities at the habitat scale. Densities on restored habitat might reach those observed in natural habitats.However, at the scale of the whole harbor benefits were low. This work suggests that harbors have a real potential as an alternative juvenile habitat, especially if restoration actions are undergone. However, for more efficiency, restoration projects should be led at the scale of the whole site and include a diversity of artificial habitats. Thereby, restoration approaches shouldbe considered as a complementary tool to protection measures in a seascape integrated management approach of coastal areas
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Michel, Claude. "Exploitation des poissons en milieu lagunaire méditerranéen : dynamique du peuplement ichtyologique de la lagune de Tunis et des populations exploitées." Perpignan, 1986. http://www.theses.fr/1986PERP0017.
Full text
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Ruchon, François. "Lipophrys pavo (Risso 1810) (Pisces, Blenniidae). Biologie d'une population lagunaire (stratégies et tactiques adaptatives)." Aix-Marseille 3, 1995. http://www.theses.fr/1995AIX30025.
Full textAbstract:
La population de blennies (lipophrys pavo) de la lagune de mauguio (golfe du lion, mediterranee) est sedentaire. Le regime alimentaire est compose essentiellement d'amphipodes, d'isopodes et de mercierella enigmatica tres abondants dans ce milieu. La predation semble reduite. La longevite est de trois ans au maximum. La structure en taille et en age, l'importance des recrutements et la taille des recrues varient considerablement selon l'annee. La croissance est importante durant les periodes chaudes et en dehors de la reproduction. Chaque femelle pond de nombreux lots d'ovocytes au maximum d'avril a septembre, le debut de la ponte dependant de la taille de la femelle. L'effort reproducteur est intense et mobilise l'ensemble des reserves energetiques disponibles. La maturite sexuelle est atteinte a un an environ. Le rgs, les fecondites absolues et relatives, la taille des ovocytes evoluent au cours de la reproduction et en fonction de la taille et de l'age des femelles. Trois types de males ont ete identifies, les males nidificateurs qui gardent les nids dans lesquels sont pondus les ufs, les males cleptogames qui pratiquent le vol de paternite et les males non-fonctionnels qui ne participent pas a la reproduction. Les nids potentiels, des cavites dans des blocs de pierre ou des massifs de m. Enigmatica, sont assez rares dans la lagune. La concurrence entre les males pour leur possession est intense. Elle est accrue par le comportement des femelles qui pondent preferentiellement dans des nids a entrees etroites et qui contiennent deja des ufs. Nous essayons de montrer comment ces caracteristiques peuvent etre induites par la vie en milieu lagunaire et en quoi elles peuvent faciliter la survie dans ce milieu
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Cheminée, Adrien. "Ecological functions, transformations and management of infralittoral rocky habitats from the North-western Mediterranean : the case of fish (Teleostei) nursery habitats." Nice, 2012. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01223518.
Full textAbstract:
The aim of this PhD was to better understand the characteristics and consequences of the transformations of Mediterranean infralittoral fish (Teleostei) nursery habitats, in order to gather useful knowledge for management of coastal areas in Mediterranean regions. Among the seascape mosaic, Cystoseira forests, a threatened macrophytes-formed habitat, displayed higher densities of fish juveniles (notably Labridae and Serranidae) than alternate states of rocky bottoms photophilic biocenosis, namely Dictyotales and Sphacelariales bushland and barren grounds. The relatively higher nursery value of Cystoseira forests (for Symphodus spp. ) and of the shallow heterogeneous blocks and pebbles gentle slopes (for Diplodus spp. ) where consistent through space at both local (1 km) and regional (20 km) scales, although juvenile densities varied significantly in space between sites for a given nursery habitat. The spatial variability of juvenile densities, both across various habitats and among Cystoseira forests was notably related to habitat tri-dimensional structure (heterogeneity and complexity); this structure provided refuges for juveniles and influenced namely predation success of their predators. This experimental and observational study demonstrated that habitat human-induced transformations, such as forest fragmentation and cover density decrease critically reduced their nursery value for coastal fishes. Our results suggest that the fish productivity virtually lost in areas where forests have already disappeared may be considerable. Finally, these essential habitats were scarce and not homogenously distributed along the coast: in the case of Diplodus spp. , less than 10% of the studied rocky shores displayed nursery habitats. Furthermore, the present work highlighted that the current design of management measures did not take into account the spatial distribution of these nursery habitats and the connectivity between all essential habitats at each life stages. A conceptual scheme aiming at adopting such “seascape approach” is proposed, in order to better target conservation efforts and guarantee coastal fish assemblages’ replenishmentCette thèse avait pour objet les habitats de l’Infralittoral rocheux Méditerranéen qui ont un rôle de nourricerie pour les juvéniles de poissons (Téléostéens). Cette étude visait à mieux comprendre leurs caractéristiques et les conséquences de leurs transformations, notamment d’origine anthropique, dans le but de rassembler des données utiles à la gestion des zones côtières. Au sein de la mosaïque paysagère sous-marine, parmi les faciès de la biocénose des macrophytes photophiles de la roche infralittorale, les forêts de Cystoseires forment un habitat à macrophytes arborescentes qui est menacé. Cette thèse a démontré que ces forêts abritaient des densités plus élevées de juvéniles de poissons (notamment Labridae et Serranidae) que celles observées au sein de faciès alternatifs, en particulier les brousses à Dictyotales et Sphacelariales et les faciès de surpâturage. La haute valeur relative de nourricerie, que ce soit des forêts de Cystoseires (pour trois espèces du genre Symphodus), ou des petits fonds à blocs et galets (pour les espèces du genre Diplodus), a été observée de manière récurrente dans les différents sites littoraux étudiés aussi bien à l’échelle locale (1 km) que régionale (20 à 100 km). Cependant, pour un habitat donné, les densités de juvéniles ont montré une forte variabilité spatiale entre sites. La variabilité spatiale des densités de juvéniles, aussi bien entres sites des forêts à Cystoseires que d’un habitat à l’autre, était notamment associée aux différences de structure tridimensionnelle de l’habitat (hétérogénéité et complexité). Cette structuration fournissait un refuge pour les juvéniles et a en particulier influencé l’efficacité de leurs prédateurs. Ces travaux, sur la base de manipulations expérimentales et d’observations in situ, ont démontré que les transformations des habitats, telles que la fragmentation des forêts ou la diminution de la densité de leur couverture, réduisaient drastiquement leurs valeurs de nourricerie pour les poissons côtiers. Ces résultats suggèrent que la productivité en poissons virtuellement perdue, dans les zones où les forêts ont déjà totalement disparu, est considérable. Par ailleurs, ces habitats essentiels se sont avérés rares et in-équitablement distribués le long des côtes : dans le cas des Diplodus spp. , moins de 10% des côtes rocheuses étudiées présentaient des habitats nourriceries. Enfin, ce travail a mis en évidence que la planification actuelle des mesures de gestion des zones côtières méditerranéennes ne prenait généralement pas en compte la distribution spatiale des habitats nourriceries, ni leur connectivité avec les autres habitats essentiels à chaque étape clef du cycle de vie des poissons. Un schéma conceptuel, visant à adopter une telle « approche paysage » de la gestion, est proposé : il vise à promouvoir une focalisation optimale des efforts de conservation et à garantir ainsi le renouvellement des peuplements de poissons côtiers
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Ben, Lamine Emna. "Méthodes et indicateurs de suivi de la pêche et des peuplements de poissons dans les Aires Marines Protégées en Tunisie." Thesis, Université Côte d'Azur (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017AZUR4097/document.
Full textAbstract:
Le suivi scientifique dans les AMPs est la clé pour le recueil information fiable dans les future AMPs de la Tunisie, où des restrictions d’usages et des plans de gestion sont en cours de mise en place. Cette étape cruciale le long des côtes tunisiennes viens avec le besoin en méthodes, métriques et indicateurs appropriés pour le suivi des paramètres utiles pour évaluer leurs efficacités. Le but de ce travail est de sélectionner, adapter, tester et proposer des méthodes et des indicateurs de suivi des assemblages de poissons et des activités de pêche, afin de proposer une stratégie de suivi pour quatre futures AMPs tunisiennes. La sélection des méthodes et des indicateurs de la bibliographie a été réalisée en fonction de leur faisabilité, de leur rentabilité et de leur adéquation avec les objectifs des futures des AMPs. Par conséquent, les données sur l'assemblage de poissons et les activités de pêche ont été recueillies en utilisant cinq méthodes : (1) Transects à largeur variable (TVW); (2) Fish Assemblage Sampling Technique (FAST); (3) Questionnaires et suivi des débarquements; (4) pêche expérimentale; (5) photo-surveillance. Les résultats des suivis réalisées entre 2014 et 2016, ont été pris en compte lors de proposition de la stratégie de suivi, notamment: (1) l'utilité d'adopter des modèles d'échantillonnage appropriés, BACI ("Before After Control Impact"), en utilisant la méthode standard des UVC, pour tester des hypothèses liées à l'efficacité des AMP futures, (2) les valeurs faibles de la biomasse dans toutes les AMPs étudiés par rapport à celles méditerranéennes (3) le potentiel des sciences participatives pour les suivi des assemblages de poissons en utilisant une méthode FAST, après avoir testé sa cohérence avec la méthode standard , (4) un pourcentage élevé de pratique de pêche illégale (pêcheurs récréatifs qui commercialisent leurs captures), (5) la compétition de la pêche récréative et illégale avec la pêche artisanale, sur les espèces vulnérables et de valeurs économiques élevées, et (6) des biomasses faibles, proportions de carnivores, grande proportion de poisson dans la capture des pêcheurs artisanaux, en utilisant la méthode de pêche expérimentale. Par conséquent, la dite stratégie proposée pour le suivi dans les futures AMPs tunisiennes repose sur la collaboration entre les scientifiques, les parties prenantes (pêcheurs, plongeurs récréatifs) et les gestionnaires, ce qui peut être utile pour assurer un certain niveau d'acceptation des AMPs, surtout quand il s’agit de créer un réseau tunisien d'AMPsScientific monitoring is the key to reliable information in Tunisian future MPAs, where management plans are being established. This crucial step comes with the need to choose appropriate methods, metrics and indicators for monitoring parameter that are important to assess MPAs effectivness. Therefore, the purpose of this manuscript is to select, adapt, test and propose fish assemblage and fishing monitoring methods and indicators in order to propose a monitoring strategy for four Tunisian future MPAs (locations). Selection of methods and indicators from literature was made according to their feasibility, cost-effectiveness and suitability with future MPAs objectives. Therefore, data on fish assemblage and fishing activities were collected using five methods: (1) Transects with variable width (TVW); (2) Fish Assemblage Sampling Technique (FAST); (3) Questionnaires and landing catch monitoring; (4) Experimental fishing; (5) photo-surveillance method. Results shows some highlights that were considered for proposing the monitoring strategy: (1) the usefulness of adopting appropriate sampling models, BACI ("Before After Control Impact"), using standard TVW, to test hypotheses related to the effectiveness of the future MPAs, (2) the relatively low values of biomass in all studied locations in comparison with other Mediterranean MPAs (3) the high potential of citizen science for fish monitoring in Tunisia using easy-to-use FAST method, after testing its coherence with standard TVW method, (4) a high percentage of illegal fishing practice (recreational fishers that commercialize their catch), in the studied locations, (5) the competition of recreational and illegal fishing with commercial-small scale (CSS) one, on vulnerable and high economic value species, and (6) low biomasses, carnivores proportions, large fish proportion in catch of CSS using experimental fishing method. Therefore, the proposed strategy for fish and fishing monitoring for Tunisian future MPAs is based on the collaboration between scientists, stakeholders (fishermen, recreational divers) and managers, which can be useful to implement high compliance and MPAs acceptance levels, especially when it comes to creating a future MPAs network
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Bouchoucha, Marc. "Les zones portuaires peuvent-elles servir de nourriceries alternatives pour les poissons marins côtiers ? : cas des sars en Méditerranée Nord-occidentale." Thesis, Perpignan, 2017. http://www.theses.fr/2017PERP0046/document.
Full textAbstract:
Au cours de leur cycle de vie, la plupart des espèces de poissons marins côtiers passent par des nourriceries littorales dont la qualité influence largement le succès du recrutement et donc le maintien de l’abondance de leurs populations. Or, la construction de ports entrain irrémédiablement une perte de fonction pour les habitats côtiers impactés. Dans ce contexte,l’objectif général de cette thèse était de voir si les zones portuaires peuvent malgré tout servir de nourriceries alternatives pour les poissons marins côtiers. Pour cela, les abondances des juvéniles de quatre espèces de sars, du genre Diplodus, ont d’abord été suivies dans cinq ports méditerranéens. Ceci a permis de montrer que ces espèces côtières peuvent s’installer et grandir avec succès dans les ports. La complexification de la structure 3D de l’habitat augmente sensiblement les abondances de juvéniles. Dans un second temps, la croissance, la condition et les niveaux de contamination desjuvéniles de deux espèces de sars (D. sargus et D. vulgaris) ont été comparés entre différents ports et habitats naturels de la rade de Toulon. Ceci a montré que la croissance et la condition des juvéniles peut être équivalente dans certains ports et dans les zones naturelles adjacentes, avec des niveaux de contamination faibles, même dans les zones les plus polluées. Enfin, la composition multi- élémentaire des otolithes des juvéniles de D. sargus et D. vulgaris a été comparée entre trois ports et deux zones naturelles de la rade de Toulon. Aucun élément chimique lié aux activités portuaires n’aété retrouvé en plus forte concentration dans les otolithes des juvéniles issus des ports. Il n’existe donc pas une signature unique caractéristique de l’ensemble des ports. La composition chimique des otolithes peut néanmoins être utilisée pour étudier la contribution relative des ports aux stocks d’adultes à condition de caractériser la signature de l’ensemble des habitats juvéniles potentiels. L’ensemble des résultats acquis indiquent que les ports peuvent être utilisés comme nourriceries alternatives par plusieurs espèces de poissons marins côtiers. Les projets d’ingénierie écologiquevisant à augmenter la complexité structurale des habitats portuaires sont des pistes intéressantes pour maintenir la biodiversité côtières et les stocks de poissonsDuring their life cycle, most of the marine coastal fish species use nursery grounds which quality influence their recruitment and then the conservation of their populations. However, the construction of ports impair irremediably fish nursery function of the coastal areas impacted. The ultimate aim of the PhD research was to assess if ports could provide suitable alternative nursery habitats for coastal fish species. Firstly, abundances of the juveniles of four Diplodus species were surveyed in five marinas located along the French Mediterranean coast. This showed that coastal fishes can successfully settle and grow inside these artificialized coastal areas. Moreover, increasing the complexity of port habitats can considerably enhance their suitability for juveniles, especially at the youngest stages. Secondly, body condition, growth rate and metal contamination in the juveniles of two Diplodus species (D. sargus and D. vulgaris) were compared between different ports and natural areas in the Bay of Toulon. Juvenile growth and condition can be equivalent between fish collected from ports and from adjacent natural areas. Contamination levels in fish were low, even in highly polluted areas. Finally, otolith composition in the juveniles of D. sargus and D. vulgaris was investigated in three ports and two natural areas in the Bay of Toulon. None of the port related had systematically higher concentrations in otoliths from Diplodus juveniles collected in ports. Therefore, otolith microchemistry cannot provide a unique and reliable fingerprint discriminating ports and natural areas. Nevertheless, otolith microchemistry could provide an effective natural tag to determine the contribution of ports to adult stocks provided that a library of all potential juvenile habitat fingerprints is established. All these results confirm that ports can be used as alternative nursery habitats by marine coastal fishes. Ecological engineering projects aiming at increasing structural complexity of port habitats seem promising for biodiversity and fish stock conservation
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Bouchereau, Jean-Luc. "Bioécologie et tactiques adaptatives d'occupation d'une lagune méditerranéenne (Mauguio, Languedoc, France) par trois poissons téléostéens gobiidés : "Pomatoschistus minutus" (Pallas, 1770), "P[omatoschistus] microps" (Kroyer, 1838), "Gobius Niger Linnaeus", 1758." Montpellier 2, 1994. http://www.theses.fr/1994MON20043.
Full textAbstract:
L'etude des trois especes aborde les aspects suivants de leur bioecologie: structure demographique (taille, age, sex-ratio), longevite, croissance (lineaire et massique), condition, reproduction (aires et saisons de ponte, maturation, tailles et ages de premiere maturite sexuelle, fecondites des femelles et nidaire, nombre de pontes sequentielles, duree de l'interponte), comportement migrateur de p. Minutus et sedentarite de p. Microps et de g. Niger. Elle contribue, chez ces populations mediterraneennes a une meilleure connaissance: 1) de la sympatrie lagunaire avec mise en evidence du decalage, des periodes de recrutement, des phases de croissance, des tailles atteintes; 2) du determinisme de la migration (p. Minutus) et du sedentarisme (p. Microps et g. Niger) lies a la disponibilite en nids dans ces processus et a l'hydroclimat local, a la difference de ce qui se passe en atlantique; 3) du developpement relatif des populations etudiees avec la mise en evidence (dans le cas de malaigue, accident anoxique) hors concurrence trophique, d'une densite-dependance tres forte entre p. Minutus et p. Microps dans la colonisation et l'epanouissement des populations; 4) des succes et effort reproducteurs: raccourcissement de la phase juvenile a quatre-cinq mois chez l'espece sedentaire stricte p. Microps, ce qui renforce l'iteroparite chez ces poissons peu longevitifs (1 an), et leurs chances d'assurer la perennite des populations lagunaires. Cette strategie est originale en hydroclimat tempere
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Ben, Khemis Ines. "Elevages larvaires de poissons méditerranéens : optimisation de la production en mésocosme et diversification des espèces." Aix-Marseille 3, 1997. http://www.theses.fr/1997AIX30028.
Full textAbstract:
L'objectif de ce travail est de contribuer a l'amelioration de la technique semi-extensive d'elevage de larves de poissons marins en mesocosme. Une premiere etude est consacree a l'utilisation de trois types de mesocosmes, presentants differentes sources de nourriture: reseau trophique planctonique naturel, reseau trophique planctonique naturel enrichi de plancton sauvage ou blooms planctoniques orientes (nanochloropsis sp. Ou chlorella minutissima et brachionus plicatilis). Les performances de production d'elevages larvaires de daurade (sparus aurata) realises dans ces mesocosmes et les performances de croissance des larves elevees sont comparees. Les mesocosmes a blooms planctoniques orientes donnent des resultats satisfaisants et reproductibles. Les experimentations suivantes sont orientees vers l'optimisation de la gestion de ces blooms planctoniques orientes pour ameliorer la production de larves. Sur la base d'experiences preliminaires, un nouveau protocole d'elevage est elabore. La fiabilite et les performances de ce protocole sont testees au cours de nouveaux elevages larvaires de daurade. Les resultats montrent une nette amelioration de la production mais ne permettent pas de considerer qu'il y a optimisation de la technique d'elevage. Dans le cadre des recherches pour la diversification de la pisciculture mediterraneenne, ce nouveau protocole d'elevage est aussi utilise pour l'elevage de larves de pagre (pagrus pagrus). Les resultats sont excellents puisque 49 000 et 58 000 alevins sevres sont produits dans deux mesocosmes de 40 m#3. L'espece semble tres prometteuse pour l'aquaculture: elle a une valeur commerciale elevee, elle s'adapte bien a la captivite et aux importantes densites d'elevage et elle montre un potentiel de production tres eleve. Il etait aussi prevu de realiser des elevages de larves de merous blancs (epinephelus aeneus) mais il n'a pas ete possible de disposer d'ufs vivants en quantite suffisante pour realiser ces elevages. Des observations preliminaires ont neanmoins ete realisees sur l'activite de ponte des geniteurs, sur les ufs et sur les prelarves
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Benkirane, Ouafae. "Recherches sur l'organe de fixation des Lernaeopodidae (Copepoda Siphonostomatoida)." Montpellier 2, 1987. http://www.theses.fr/1987MON20220.
Full textAbstract:
Une etude comparative en microscopie electronique a balayage de l'organe de fixation de 16 especes de lercaeopodidae, fixees sur des poissons, a montre qon extre)e variabilite morphologique liee a la nature du substrat. Des infestations experimentales ont permis de suivre, chez les differents stades larvaires de a. Macrotrachelus, l'apparition, la formation et l'ancrage de l'organe de fixation. Il se constitue integralement dans le chelimus iv et possede deja les composantes de celui de l'adulte. L'action spoliatrice de celui de l'adulte. L'action spoliuatrice du copepode est d'ordre trophique et mecanique par suite de la fixation
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Daoudi, Fouad. "Coccidies et coccidioses de Poissons méditerranéens : systématique, ultrastructure et biologie." Montpellier 2, 1987. http://www.theses.fr/1987MON20156.
Full text
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Suntov, Victoria. "Cartographie des indices de diversité : applications aux communautés de poissons démersaux en Mer Méditerranée." Thesis, Montpellier 2, 2014. http://www.theses.fr/2014MON20094/document.
Full textAbstract:
La biodiversité marine et terrestre subit de multiples perturbations dues à la pression anthropique ainsi qu'au changement global, qui peuvent affecter la diversité spécifique et le fonctionnement des écosystèmes associés. Dans ce contexte, la cartographie des indices de diversité permet d'analyser les variations spatio-temporelles de la diversité spécifique, et d'identifier des régions à caractère prioritaire dans un cadre de gestion. Le premier objectif de cette thèse est d'évaluer la pertinence des deux approches disponibles pour la cartographie des indices de diversité, ici considérée sans la prise en compte de variables explicatives dans un modèle pour l'interpolation spatiale : (i) l'approche indirecte qui consiste à interpoler individuellement chaque espèce des assemblages échantillonnés, puis à calculer a posteriori l'indice de diversité sur l'ensemble de la zone étudiée, (ii) l'approche directe qui consiste à calculer a priori l'indice au niveau des assemblages, puis à l'interpoler sur l'ensemble de la zone d'étude. Nous montrons que les deux approches présentent des limites importantes pour cartographier rigoureusement les indices de diversité. En effet, d'une part l'approche indirecte est difficile à mettre en œuvre en pratique due à la forte proportion des espèces rares dans le milieu naturel (données zéro inflatées). D'autre part, le non-respect de la propriété mathématique de l'addivitié des indices rend l'approche directe non pertinente pour l'interpolation. Le second objectif de la thèse est d'étudier la variabilité spatio-temporelle de la diversité des assemblages de poissons démersaux en mer Méditerranée, région présentant un grand intérêt scientifique, de par sa forte diversité ainsi que des conditions environnementales et anthropiques contrastées qui s'y exercent. Une approche multi-composante et multi-échelle a été adoptée pour analyser un jeu de données constitué de 19 886 traits de chalut réalisés entre 10 à 800 m de profondeur dans le cadre des campagnes scientifiques annuelles MEDITS effectuées depuis 1994 dans la zone nord Méditerranéenne ainsi qu'en Algérie plus récemment. Nous montrons que la diversité des assemblages de poissons démersaux ne suit pas le gradient longitudinal traditionnellement attendu et/ou observé pour d'autres groupes faunistiques pour aucun des indices et échelles analysés. Néanmoins, nous avons identifié des hotspots de richesse spécifique à Malte, dans la zone Ibérique, et les mers Egée et Ionienne. En revanche, l'équitabilité, les divergences taxonomique, phylogénétique et fonctionnelle n'ont pas présentés de tels hotspots, mais se sont révélées spatialement hétérogènes au sein de chaque région. D'autre part toutes les composantes de la diversité étudiées sont stables au cours des deux dernières décennies. Ce travail apporte des éléments de connaissance essentiels dans cette zone pour la cartographie d'indices de diversité par de futurs modèles incluant des variables explicatives abiotiques et/ou biotiques qui, compte tenu de ce qui a été souligné par le premier volet de la thèse, constituerait une alternative pour l'interpolation spatiale des indices. Toutefois, des efforts restent nécessaires pour identifier et acquérir des données pertinentes à l'échelle de la zone d'étude sur les facteurs biotiques et abiotiques susceptibles d'influencer la distribution de la diversité des assemblages demersaux, par exemple, les interactions entre espèces, l'effort de pêche à partir des données Vessel Monitoring System. Dans l'ensemble, les résultats de cette thèse confirment la nécessité d'utiliser des indices complémentaires lors de l'élaboration des stratégies de suivi de la diversité et la localisation de zones prioritaires de protection, et a permis d'identifier des indices proxies pour suivre les poissons démersaux en Méditerranée. D'autre part, elle met en évidence les limites et le besoin d'avancées méthodologiques pour une cartographie pertinente des indices de diversitéIncreasing human pressures and global environmental change may severely affect species diversity and ecosystems? functioning. In this context, mapping diversity indices allows monitoring spatial and/or temporal variation in diversity, and helps identifying areas for effective conservation planning. The first objective of this thesis is to evaluate the relevance of using the two available diversity indices' mapping approaches without explanatory variables: i) the indirect approach interpolating each individual species distribution over the studied area, then computing a posteriori the diversity index, (ii) the community-level approach interpolating directly a diversity index over the studied area. We show that mapping index by interpolation methods used in the frame of direct or indirect approach suffers from two main limitations. Firstly, diversity indices are not additive making the direct approach irrelevant to use the direct approach. Secondly, many species in natural communities are scarce (i.e. zero inflated data) making difficult to apply the indirect approach. The second objective of this thesis is to study large spatio-temporal diversity of demersal fish assemblages in the Mediterranean Sea, an area of a particular scientific interest, both for its high diversity and direct human pressure in this region. A multi-component and multi-scale approach was applied to analyze a dataset of 19,886 hauls from 10 to 800 m depth performed annually during the last two decades by standardized scientific bottom trawl field surveys across the Mediterranean Sea, within the MEDITS program. We show that the diversity of demersal fish assemblages sampled by trawl do not follow the observed or expected decreasing longitudinal/latitudinal diversity gradients, for any of the indices and spatial scales analysed. However, we identified hotspots of species richness at both local and regional scales in the Iberian region, Malta, the Eastern Ionian and Aegean seas. In contrast, evenness as well as taxonomic, phylogenetic and functional divergences did not show regional hotspots. All studied diversity components remained stable over the last two decades. Finally, our analysis represents an essential step towards future studies focused on the drivers shaping demersal fish communities? diversity in the Mediterranean Sea using models that will include biotic and/or abiotic explanatory variables to map diversity indices. However, it will require identification and availability of accurate data of these variables at the scale of the Mediterranean Sea (e.g. species interactions, fishing effort from Vessel Monitoring System (VMS) data). Overall, our results highlight the need of using complementary diversity indices through different spatial scales when developing monitoring strategies and defining protected areas. They also identify suitable proxies to monitor demersal fish communities in the Mediterranean Sea. Moreover, this work underlines the main limits of approaches for mapping diversity indices, and the need of further developments in this field
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Moulins, Aurélie. "To the integrated approach and to the management of pelagic biodiversity inside a marine protected area : case of the cetacean populations in the Pelagos sanctuary (north-western Mediterranean sea)." Lyon 1, 2008. http://www.theses.fr/2008LYO10027.
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Champemont, Magali. "Piqûres et morsures d'animaux aquatiques au cours de la baignade en Méditerranée." Bordeaux 2, 2000. http://www.theses.fr/2000BOR2P001.
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Duhamel, Guy. "Ichtyofaune des secteurs Indien occidental et Atlantique oriental de l'Océan Austral : biogéographie, cycles biologiques et dynamique des populations." Paris 6, 1987. http://www.theses.fr/1987PA066349.
Full textAbstract:
Après avoir souligné le caractère complexe du système hydrologique régnant dans le secteur indien occidental de l'océan austral, l'auteur présente une synthèse biogéographqiue de l'ichtyofaune présente dans ce secteur. Puis l'étude est restreinte aux espèces abondantes du plateau de Kerguelen (Nototheniidae et channichthyidae) afin de déterminer les caractéristiques biologiques de ces espèces, leur place dans l'écosystéme péri-insulaire et d'envisager leur distribution spatio-temporelle surce plateau isolé au sein de l'océan austral. Le derneir aspect concerne la dynamique des populations et les structures démographiques. L'analyse des tendances dans l'évolution est importante du point de vue de l'économie des pêches et pour leur rôle dans les ecosystèmes marins antarctiques.
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Sromek, Ludmila Katarzyna. "Phylogéographie et génomique des populations de la coque de lagune Cerastoderma glaucum." Thesis, Université Côte d'Azur (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017AZUR4105.
Full textAbstract:
Une forte structure génétique a été décrite dans la littérature parmi les populations européennes de la coque de lagune Cerastoderma glaucum. Cependant, les limites géographiques entre les grandes divisions génétiques varient d'un marqueur à l'autre et leur faible nombre ne permettait pas de tester réellement les échanges génétiques entre ces groupes. Le but principal de cette thèse était donc d'estimer la structure des populations de C. glaucum à l'aide de marqueurs, en considérant les rôles respectifs de la divergence passée et de la fragmentation de l'habitat. Pour atteindre ses objectifs, des populations des côtes atlantiques et méditerranéennes ont été étudiées en utilisant : i) des marqueurs génétiques classiques (un EPIC et des marqueurs microsatellites déjà publiés); ii) des séquences associées à des sites de restriction (“restriction associated DNA sequences”) ou RADseq. Alors que les marqueurs génétiques classiques ont révélé le caractère divergent des populations de Méditerranée orientale, l'approche RADseq a permis de reconstruire les relations phylogénétiques entre groupes au sein de l'espèce avec une résolution jamais encore ateinte. Trois lignées profondément divergentes ont ainsi été identifiée au sein de C. glaucum: une en Mer Egée – Mer Noire, une en Mer Ionienne et la dernière largement distribuée de la Méditerranée à la Baltique. Cette dernière lignée c'est par ailleurs sous divisée en entités isolées en Méditerranée Occidentale, en Atlantique, en Mer du Nord et an Baltique. Comparée à l'espèce soeur C. edule, qui profite d'un habitat moins fragmenté, C. glaucum présente une beaucoup plus forte différenciation génétique entre populations. Il semble donc que des incompatibilités génétiques, conséquences de l'isolement géographique et de l'adaptation locale, aient pu être à l'origine d'un complexe d'espèces. Ces résultats soulignent par ailleurs le rôle évolutif particulier de l'habitat lagunaire, accélérateur de la diversification génétiquePrevious studies found a high level of genetic structuring among the European populations of the lagoon cockle Cerastoderma glaucum. However, the geographic locations of the major genetic divisions differed among markers and the small number of genetic markers used lacked the power to test for gene flow between divergent clusters. Therefore, the main aim of this thesis was to assess the population structure of C. glaucum using new genetic markers in the light of the respective role of past divergence and habitat fragmentation. To reach these objectives, populations from the Atlantic and Mediterranean coasts have been investigated using: i) classical genetic markers (EPIC together with previously published microsatellites); ii) restriction-site associated DNA sequencing (RADseq). When the classical genetic markers revealed the divergent character of Eastern Mediterranean populations, the RADseq approach allowed inferring phylogenetic relationships with an unprecedented resolution. Three deeply divergent lineages were described within C. glaucum: one in the Aegean-Black Sea region, one in the Ionian Sea, and the last one widely distributed from the Western Mediterranean to the Baltic Sea. This last lineage underwent further diversification with isolated entities detected in Western Mediterranean, Atlantic, North Sea and Baltic Sea. Compared to the sister species C. edule, which thrives in a less fragmented habitat, C. glaucum displayed a much stronger genetic differentiation among populations. Consequently, it seems that genetic incompatibilities, which emerged as a by-product of geographic isolation together with local adaptation, led to the origin of a species complex. These results highlight the evolutionary role of lagoon habitats, where genetic diversification can proceed very quickly
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Delmas, Philippe. "Etude des populations de Paracentrotus lividus (Lam. ) : (Echinodermata : Echinoidea) soumises à une pollution complexe en Provence Nord-occidentale : densités, structure, processus de détoxication (Zn, Cu, Pb, Cd, Fe)." Aix-Marseille 3, 1992. http://www.theses.fr/1992AIX30024.
Full textAbstract:
Dans le secteur de marseille-cortiou recevant les eaux usees de l'agglomeration marseillaise, la densite globale e macroechinodermes, conditionnee par l'echinoide p. Lividus, diminue avec la profondeur et augmente au fur et a mesure que l'on se rapproche du rejet. En 1980, le detournement sur cortiou d'un fleuve cotier: l'huveaune, a accentue la pollution de type industriel et l'hypersedimentation, les echinoides a. Lixula et s. Granularis se sont rarefies et les populations de p. Lividus ont diminue ou disparu dans les zones profondes envasees. L'etude structurale des populations de p. Lividus a montre un defaut de recrutement des 1980 et une diminution du diametre moyen du test surtout marque a 1200 m a l'ouest du rejet. Ce nanisme est lie a un deficit energetique survenant lors de la premiere maturation sexuelle, l'energie disponible devient insuffisante pour assurer les processus de detoxication, la regeneration des radioles brises, la maturation des gonades et la croissance du test que se poursuit si les oursins sont places en stabulation dans des eaux non polluees. A la suite de la mise en service, en 1987, d'une station d'epuration des eaux usees, nous avons observe, comme lors des experiences de stabulation, une diminution des concentrations en cuivre, plomb et cadmium dans les gonades et le tube digestif des p. Lividus de cortiou; par contre les concentrations en zinc ont montre des fluctuations importantes, probablement liees a l'intervention de ce metal dans les phenomenes d'edification de nouvelles plaques du test. Enfin, a la suite du rejet, par la station d'epuration, d'un excedent de chlorure ferrique, les p. Lividus ont synthetise des cristaux de fer qui s'accumulent dans le tube digestif, la glande axiale, le systeme hemal et les gonades qui s'atrophient et deviennent noiratres
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Ben, Rais Lasram Frida. "Diversité ichtyologique en Méditerranée : patrons, modélisation et projections dans un contexte de réchauffement global." Montpellier 2, 2009. http://www.theses.fr/2009MON20004.
Full textAbstract:
La mer Méditerranée est un écosystème particulier de par son isolement, sa grande richesse spécifique, son fort taux d'endémisme et les invasions exotiques qui y surviennent. Malgré l'intérêt qui a été porté à la Méditerranée depuis l'Antiquité, aucune étude des patrons de diversité ichtyologique n'a été menée à grande échelle et sur l'ensemble des espèces et n'a proposé de simulations de scénarii face au changement global. Dans ce travail nous avons donc, dans un premier temps, étudié les patrons de la diversité ichtyologique en Méditerranée et leurs déterminants. A cet effet, nous avons construit la première base de données exhaustive concernant les distributions géographiques des 619 espèces de poissons en Méditerranée. Nous avons mené des analyses spatiales afin de déterminer la part relative des contingences historiques, géométriques et environnementales dans l'explication des patrons de diversité. Nous nous sommes intéressés, dans un second temps, aux déterminants du succès de dispersion des espèces exotiques et nous avons évalué la congruence spatiale avec l'ichtyofaune endémique dans un contexte de réchauffement global. Enfin, nous avons modélisé les enveloppes climatiques actuelles des espèces méditerranéennes les plus vulnérables, à savoir les espèces endémiques, et nous les avons projetées selon un scénario de réchauffement global afin d'identifier les espèces gagnantes et perdantes ainsi que les régions qui connaîtront un changement dans les assemblages d'espèces. Nous avons ainsi mis en évidence le rôle des contraintes géométriques ainsi qu'une influence positive de la production primaire et de la température sur la richesse spécifique. Il est aussi apparu que le climat et l'année d'introduction sont les déterminants clés du succès de dispersion des espèces Lessepsiennes. Dans un contexte de réchauffement, nos résultats ont révélé une congruence spatiale croissante entre espèces exotiques et endémiques, et pour ces dernières une modification profonde de leurs assemblages aux horizons 2041-2060 et 2070-2099. Il est apparu que les espèces endémiques sont soumises à une pression biotique exercée par les espèces exotiques et à une pression abiotique exercée par le réchauffement des eaux. Les deux pressions peuvent s'additionner voire entrer en synergie pour augmenter la vulnérabilité des espèces endémiquesDue to its semi-enclosed shape, to its high species richness and high endemism levels and to its invasiveness, the Mediterranean Sea is one of the most particular and critical ecosystems of the world. The Mediterranean has been intensively studied since the Antiquity, yet foundations underlying fish diversity patterns have been overlooked. In this study, as a first step, we studied fish diversity patterns in the Mediterranean and their determinants. Towards this objective, we built the first comprehensive database on the spatial distributions of the 619 Mediterranean fish species. We then carried out spatial analyses in order to assess the relative contribution of historical and geometric contingencies as well as environmental influences in shaping fish biodiversity patterns. In a second step, we analyzed the correlates of dispersal success of exotic species and we assessed the spatial congruence with the endemic ichtyofauna within a global warming context. Finally, we modeled the present climatic envelopes of the most vulnerable Mediterranean fish species, i. E. The endemic species. We used those models to project expected spatial distributions of endemic species according to a global warming scenario in order to identify winner versus loser species as well as areas where a strong species turnover would occur. We showed that geometric constraints, primary production and temperature have an influence on species diversity patterns. It also appeared that the climate and the year of introduction into the Mediterranean are key determinants of the dispersal success of Lessepsian species. Within a global warming context, our results revealed an increasing spatial congruence between endemic and exotic fish faunas and for the latter, deep modifications in their assemblages expected in 2041-2060 and 2070-2099. In sum our results suggest that endemic species undergo a biotic pressure via exotic species and an abiotic pressure via global warming. The additional and potentially the synergetic effect of those pressures is likely to increase endemic species vulnerability
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Torrents, Oriol. "Biologie des populations du corail rouge Corallium rubrum (L. 1758) de Méditerranée nord-occidentale." Aix-Marseille 2, 2007. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/2007AIX22072.pdf.
Full textAbstract:
Le corail rouge de Méditerranée Corallium rubrum (L. 1758) est un octocoralliaire colonial sessile à longue durée de vie (> 100 ans) qui possède un squelette calcaire arborescent de couleur rouge. Le corail rouge est une espèce emblématique de Méditerranée parce qu’il a été récolté depuis l’antiquité pour l’utilisation de son squelette calcaire en bijouterie et ornementation. Les principales sources de mortalité de cette espèce sont les récoltes humaines et les événements de mortalité massive causés par des anomalies thermiques positives. Les principales conséquences de ces mortalités ont été la diminution de l’abondance des populations et de la taille moyenne des colonies. Malgré sa renommée, la biologie et l’écologie du corail rouge sont encore mal connues et leur connaissance s’avère indispensable pour une bonne gestion de populations. Les principaux objectifs de cette thèse ont été d’améliorer la connaissance globale de la biologie et écologie de cette espèce en étudiant des populations de côtes françaises méditerranéennes et d’apporter des données nécessaires pour les gestionnaires. Cette thèse a été dédiée à l’étude de paramètres essentiels de son cycle de vie comme la croissance et la biologie de la reproduction sur un grand nombre de populations (17 au total, réparties entre les côtes rocheuses près de Marseille et la Réserve naturelle de Scandola située à l’ouest de la Corse). Elle a aussi été le cadre de la première étude expérimentale sur la thermotolérance du corail rouge. Le corail rouge présente un taux moyen de croissance en diamètre de 0,15 mm par an. Malgré le grand nombre de colonies étudiées, les taux de croissance semblent être du même ordre de grandeur quel que soit l’habitat : intérieur ou extérieur des grottes, 20 ou 40 mètres de profondeur, les côtes de Calanques ou les côtes de l'ouest de la Corse. Par contre, la fécondité (nombre de gonades par polype), étudiée sur ces mêmes populations, semble être influencée par l’habitat. Ainsi, les populations de corail rouge localisées à l’intérieur des grottes montrent une fécondité significativement inférieure à celle des populations situées à l’extérieur des grottes. Cependant, aucune différence significative n’a pas été trouvée pour la fécondité entre populations situées à des profondeurs contrastées (18 – 22 m vs 39 – 42 m). L’étude de la biologie de la reproduction de l’espèce a été complétée par des travaux sur le cycle reproducteur, sur le sex–ratio qui semble être 1:1, sur la taille à la première reproduction située à moins de 3 cm de hauteur correspondant à 7 – 10 ans, sur la différence de maturité des gonades en profondeur, sur la variabilité annuelle de la fécondité qui s’avère être faible sur 3 ans et finalement sur les effet de l’anomalie thermique positive de l’été 2003 sur la reproduction. Finalement, des expérimentations sur la thermotolérance en aquarium ont été realisées sur deux populations provenant de profondeurs très contrastées (11 – 14 m vs 39 – 42 m). Ainsi, le seuil maximal de résistance a été trouvé aux alentours de 25 °C, température à laquelle les colonies commencent à se nécroser après 10 – 15 jours d’exposition. L’augmentation de la température de l’eau de mer affecte aussi la calcification et l’activité des polypes. La population peu profonde a montré une résistance plus élevée aux augmentations de température et ceci pour les trois variables de réponse étudiées. En conclusion, ce travail a permis d’avancer sur la compréhension de la dynamique de population du corail rouge. Les résultats seront essentiels pour le développement de modèles de dynamique de populations et également, ils faciliteront les recherches sur les facteurs environnementaux et/ou génétiques qui modulent la réponse des populations face au changement global. Finalement, ces nouvelles connaissances aideront au développement et à l’amélioration des plans de gestion et de conservation du corail rougeThe precious Mediterranean red coral Corallium rubrum (L. 1758) is a long–lived colonial sessile octocorallian which develops a red calcareous skeleton well–appreciated since antiquity for its value in jewellery and ornamentation. Professional harvesting, poaching and mass mortality events associated with positive thermal anomalies are the major sources of disturbance for this species. These disturbances have caused a marked decrease both in the abundance and size of colonies in the present populations. The persistence of these populations is linked to management and conservation plans constructed using reliable information about both main life history traits and population dynamics. Despite its value meaning, little is known about the biology and ecology of red coral. The main goals of this study is to provide data about significant life history traits (growth and reproduction) of red coral populations dwelling along the Mediterranean French rocky coasts in order to contribute our understanding of the biology and ecology of this species. In addition, this study will provide information about the effects of mass mortality events on red coral populations in order to better understand how these disturbances affect its population dynamics. The mean growth rate of red coral colonies was 0. 15 mm per year in diameter. Despite the large number of populations studied, growth rates remained stable across a wide variety of habitats analysed. Habitat comparisons were made between cave entrance vs cave interior, 20 vs 40 m depth and Calanques region vs west coast of Corsica Island. However, fecundity (number of mature gonads per polyp) analysed on the same populations seems only to be influenced by food availability. Thus, red coral populations dwelling at the entrance of caves showed larger fecundity than populations dwelling at the interior of the same caves. On the other hand, populations dwelling in contrasted depths (18 – 22 m vs 39 – 42 m) did not show any significant differences on fecundity. The study of reproduction biology of red coral has been completed by studies on reproductive cycle, sex ratio (1:1 overall studied populations), age and size at first reproduction (less than 3 cm corresponding to 7 – 10 years), differential gonad maturity in contrasted locations in both cave and depth factors analyses, inter-annual variability on fecundity (it seems to be low along three years) and the effects of mass mortality events on red coral fecundity. Finally, experiments on thermal tolerance in aquaria have been performed using two populations dwelling at contrasted depths (11 – 14 vs 39 – 42 m). The upper thermal limit was 25 °C. At this temperature, red coral colonies showed necrosis after 10 – 15 days. Polyp activity and calcification was also affected by increase of seawater temperature. Three experiments indicate that colonies from shallow populations had greater thermal tolerance to elevated temperatures than those from the deeper ones. In conclusion, this study furnished data to complete information about population dynamics of red coral. It is the aim of this study is to contribute to the development of mathematical models that can be used to explore the response of red coral populations under different disturbance regimes, as well as to facilitate future research about genetic or environmental factors which can modulate responses of these populations to environmental changes associated to climate change. Finally, these informations will help to improve both management and conservation plans
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Tsigenopoulos, Constantinos. "Phylogéographie du genre "Barbus" (Téléostéens, Cyprinidae) dans les régions péri-méditerranéennes. Reconstitution des grandes lignées de migration au moyen des marqueurs nucléaires et mitochondriaux." Montpellier 2, 1999. http://www.theses.fr/1999MON20085.
Full textAbstract:
Les relations phylogenetiques des especes mediterraneennes de barbeaux (genre barbus sensu stricto) ont ete etudiees a l'aide des marqueurs nucleaires (allozymes) et mitochondriaux (sequences du gene du cytochrome b). Les resultats demontrent que les grands barbeaux fluvio-lacustres appartiennent a une groupe monophyletique, tandis que les relations entre les petites especes rheophiles semblent etre correlees a leur distribution geographique. Le genre barbus s. Str. Comprend deux principales lignees : la premiere inclut des especes qu'on retrouve dans les regions nord-mediterraneennes et la deuxieme des especes qu'on rencontre en afrique du nord, en peninsule iberique et au moyen orient. Ces lignees se sont dispersees differemment sur le continent europeen, la deuxieme etant fortement influencee par les conditions saumatres ou dulcicoles de la mer mediterraneenne apres son assechement pendant la crise messinienne (il y a 5 a 5,5 millions d'annees). Une zone d'hybridation en italie (riviere pellice) entre les especes b. Plebejus et b. Caninus a egalement ete mise en evidence, ce qui constitue le quatrieme cas d'hybridation rapporte chez les barbeaux. Enfin les relations phylogenetiques entre especes attribuees au genre barbus ont ete redefinies. Il semble que le genre soit polyphyletique et comprenne plusieurs lignees qui correspondent souvent a des niveaux de ploidie distincts. Les deux lignees tetraploides (mediterranee et afrique du sud) ont une origine differente, et il ne parait pas y avoir une evolution simple du nombre de chromosomes depuis les diploides jusqu'aux hexaploides.
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Albouy, Camille. "Modélisation de scénarios pour la biodiversité ichtyologique en mer Méditerranée : influence du changement global et conséquences trophiques, application aux réserves marines et aux écosystèmes exploités." Thesis, Montpellier 2, 2012. http://www.theses.fr/2012MON20137/document.
Full textAbstract:
Un des enjeux majeurs en écologie est de comprendre les effets du changement climatique sur la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes. En milieu marin, la surexploitation des ressources par l'homme est un autre facteur de forçage sur les assemblages d'espèces. La thèse propose, par une approche multi-composantes de la biodiversité, de projeter les modifications attendues sur la structure des assemblages de poissons côtiers méditerranéens soumis au changement climatique mais aussi aux différentes pressions de pêche. L'originalité de ce travail est de considérer la dynamique de la structure en taille, de la diversité des espèces mais aussi des lignées (diversité phylogénétique), des traits fonctionnels (diversité fonctionnelle) et des interactions (diversité des liens trophiques) des assemblages de poissons à différentes échelles au sein du bassin méditerranéen, ces trois dernières composantes étant largement ignorées dans les projections face au changement climatique alors qu'elles sont essentielles pour le viabilité des écosystèmes et des services associés au delà du simple nombre d'espèces.Nous avons donc projeté les futures aires de répartition des poissons côtiers méditerranéens grâce à l’implémentation d’un nouveau modèle climatique (NEMOMED8) et de modèles de niche basés sur les enveloppes bioclimatiques. Les projections des aires de distribution des poissons côtiers méditerranéens mettent en évidence que pour la fin du siècle (i) 54 espèces devraient perdre leur niche climatique, (ii) la richesse en espèces pourrait diminuer sur 70,4% du plateau continental, en particulier en Méditerranée occidentale et en mer Égée, et (iii) la taille maximale moyenne des assemblages de poissons pourrait augmenter dans 74,8% des cellules du plateau continental. Les espèces de petite taille non ciblées par la pêche pourraient être les espèces les plus menacées par le changement climatique alors que les espèces de grande taille seraient les plus vulnérables face à l'effort de pêche. Nos projections, au niveau de l’ensemble de la Méditerranée, suggérent l'érosion importante de quelques lignées comme la famille des gobidae. Même si l'érosion de PD et de FD est en partie liée à la perte de richesse spécifique (moins d'espèces moins de lignées ou de fonctions), nous avons établi, notamment dans le bassin ouest, que les assemblages de poissons perdraient plus de diversité phylogénétique et fonctionnelle que prévu simplement suite à l’érosion de la richesse spécifique.Pour appréhender les effets du changement climatique sur la structure du réseau trophique nous avons mis en place une méthodologie basée sur la robustesse d'une relation entre la taille des proies et des prédateurs. Nous avons pu ainsi mettre en évidence les modifications potentielles des réseaux trophiques au sein des assemblages de poissons face au changement global pour l’ensemble du plateau continental méditerranéen. Nous avons constaté qu'une partie importante du plateau continental méditerranéen serait confrontée à une diminution du nombre de liens trophiques, de la vulnérabilité (nombre de prédateurs par proie) et de généralité (nombre de proies par prédateur) moyennes des espèces, tandis que la connectance et le niveau trophique dans les assemblages de poissons pourraient augmenter d'ici la fin du XXIème siècle.Au-delà des modifications de richesse spécifique, les assemblages de poissons méditerranéens côtiers pourraient être modifiés dans les fonctions qu’ils jouent au sein de l’écosystème, dans leur histoire évolutive ainsi que dans les interactions structurant les réseaux trophiques. La thèse est donc une ouverture vers la biogéographie du fonctionnement des écosystèmes à partir de modèles parcimonieux et hybrides permettant d'intégrer différentes composantes de la biodiversité, l'océanographie physique, et le niveau d'exploitation des ressources pour inférer le devenir des systèmes marins côtiers face aux pressions multiples qui s'y exercent déjàOne of the main goals in ecology is to understand the effects of climate change on biodiversity and ecosystem functioning. In marine environments the overexploitation of resources by human activities is another forcing factor on species assemblages. This PhD thesis suggested, within a multicomponentsbiodiversity approach, to project expected changes in the structure of Mediterranean coastal fish assemblages under climate change but also under different fishing pressures. The originality of this work is to consider the dynamics of size structure, diversity of species, but also lineages (phylogenetic diversity), functional traits (functional diversity) and interactions (diversity of trophic links) in fish assemblages at different scales within the Mediterranean basin, the latter three components being largely ignored in climate change projections whereas they are essential for maintaining the viability of ecosystems and associated services beyond the simple number of species. We therefore projected future geographic ranges of Mediterranean coastal fish through theimplementation of a new climate model (NEMOMED8) and based on bioclimatic envelopes models. Projected range shifts of Mediterranean coastal fish show that for the end of the century (i) 54 species would lose their climatic niche, (ii) species richness may decline on 70.4% of the continental shelf, particularly in the Western Mediterranean basin and in the Aegean Sea, and (iii) the average maximum size of fish assemblages would increase on 74.8% of the continental shelf. The small species, not targeted by fishing activities, would be the species most threatened by climate change, while larger species are most vulnerable to fishing effort.Our projections at the whole Mediterranean scale show a decrease of 13.6% for the phylogenetic diversity (PD) of coastal fish and 12.6% for their functional diversity (FD) by the end of this century and suggest a significant erosion of some lineages like the gobidae family. While erosion of PD and FD is partly due to the loss of species richness (fewer species implies less lineage and functions) we obseved, especially in the western basin, that the fish assemblages would loss more phylogenetic and functional diversity than expected simply due to the erosion of species richness. These two components, were largely ignored in conservation of marine species assemblages and appear to be strongly impacted by global change.To understand the effects of climate change on food web structure we developed a new methodology based on the robust relationship between the size of preys and predators. We were able to highlight potential changes in food webs of fish assemblages under climate change for the Mediterranean continental shelf. We found that a significant portion of the Mediterranean continental shelf would face a reduction in the number of trophic links, vulnerability (number of predators per prey) and generality (number of preys per predator) of species on average, while connectance and trophic level within fish assemblages would increase by the end of the XXIth century.Beyond changes in species richness, the Mediterranean coastal fish assemblages may be modified, in the functions that they play in ecosystem, in the amount evolutionary history they support, as well as in their interactions structuring food webs. This PhD thesis paves the way towards the biogeography of ecosystem functioning using parsimonious and hybrid models to integrate different components of biodiversity, physical oceanography, and the level of exploitation of ressouces to infer the futur of marine systems cfunctioning facing multiple pressures that are already there
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Sadhotomo, Bambang. "Bioécologie des principales espèces pélagiques exploitées en mer de Java." Montpellier 2, 1998. http://www.theses.fr/1998MON20184.
Full textAbstract:
Cette etude est une synthese des aspects environnementaux, biologiques et ecologiques des principales especes de la mer de java. Les relations indirectes entre ces aspects, et l'evaluation du stock de la mer de java sont discutes. L'hydrologie de la mer de java est principalement dirigee par la variabilite climatique. La mousson engendre le gradient de la salinite et de la masse d'eau dans axe ouest-est, de meme qu'elle induit l'effet de masse continentale sur la productivite de la region cotiere. Ces phenomenes influencent la repartition de l'abondance et le schema de migration des poissons pelagiques. Deux types de migrations sont supposes dans cette etude, c'est a dire celui de la phase planctonique et celui de la phase nectonique. Nous supposons que le stock de la mer de java est une part d'une large population s'etendant du sud de la mer chine meridionale a la mer de flores. La repartition des tailles par zones et epoques montre un mouvement interne possible de l'agregation du poisson et une emigration des adultes vers la direction nord-est, ce qui survient simultanement avec l'immigration provenant de la mer de flores pendant la mousson de sud-est. La migration saisonniere peut etre consideree comme le principal facteur influencant les oscillations de croissance qui sont apparemment observees pour les especes migrantes. Au cours de l'annee, deux recrutements existent. Ils prennent place au debut de chaque mousson. Dans les zones, le recrutement principal s'effectue en mousson de sud-est. Les recrues ne proviennent pas de la cohorte dominante relevee l'annee precedente. Les observations acoustiques indiquent l'existence d'une stratification de l'agregation du poisson selon deux axes nord-sud et ouest-est. Dans la region prospectee, trois strates sont distinguees : une zone ouest, une zone centrale et une zone est. Pendant la saison humide, la partie ouest serait occupee par des especes neritiques (d. Russellii), alors que, pendant la saison seche, les bancs rencontres seraient composes d'un melange de jeunes poissons de l'espece precedente et d'individus appartenant aux especes cotieres. Tout au long de l'annee, la zone est (du banc de matasiri a la pente continentale) est occupee par les especes oceaniques ou un melange d'especes migrantes. Ces stratifications sont relatives au schema migratoire decrit plus haut. La plupart des poissons occupant la mer de java est jeune et immature. La comparaison de la biomasse theorique et capturee est en accord avec l'argumentation de l'emigration du poisson adulte vers la region est. L'interaction entre la pecherie semi-industrielle et artisanale semble apparente ; la derniere pecherie exploite la taille plus petite. Les pecheries javanais exploitent seulement une partie des stocks et l'etude de l'amenagement devrait couvrir l'ensemble du stock.
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Selleslagh, Jonathan. "Fonctionnement des nourriceries intertidales et estuariennes : influence de l'environnement sur la dynamique et les performances physiologiques de l'ichtyofaune." Littoral, 2008. http://www.theses.fr/2008DUNK0224.
Full textAbstract:
Les zones intertidales et estuariennes jouent un rôle fondamental dans le renouvellement des ressources halieutiques. De nombreuses espèces, y compris les poissons, ont un cycle de vie qui leur impose de passer au cours de leur période juvénile par ces écosystèmes qui jouent ainsi le rôle de zones de nourricerie. Ces écosystèmes littoraux peu profonds sont en permanence soumis à de fortes fluctuations environnementales (naturelles et anthropiques). La compréhension du fonctionnement et la préservation de ces zones intertidales et estuariennes est primordiale pour maintenir la biodiversité et assurer le renouvellement des stocks marins. C’est dans ce contexte que ce travail nous a conduit à déterminer l’importance des facteurs environnementaux d’une part sur la dynamique spatio-temporelle de l’ichtyofaune et d’autre part sur les performances physiologiques des juvéniles de poissons au niveau des zones intertidales et estuariennes de la Manche orientale. Une première partie de ce travail a permis de déterminer la structuration et la variabilité spatio-temporelle des assemblages de poissons en relation aux changements environnementaux. Nos résultats soulignent le rôle important des milieux intertidaux et estuariens peu profonds de la Manche orientale dans le renouvellement des stocks en vue du nombre de juvéniles de poissons qui occupent ces écosystèmes. Dans ces milieux, l’ichtyofaune montre des variations de diversité, d’abondance, d’assemblages et de taille des individus, qui sont plus marquées à l’échelle inter-saisonnière que hebdomadaire, intra-saisonnière et interannuelle au niveau temporel et le long des gradients estuariens qu’ entre les estuaires d’un point de vue spatial. Nos travaux ont permis de mettre en évidence que les facteurs physico-chimiques (principalement la température, la salinité et la teneur en sédiments fins) ont une grande influence sur la structuration des assemblages de poissons et indiquent l’influence des températures hivernales sur les variations interannuelles de la date de colonisation et des abondances de certaines espèces. Nos résultats montrent une forte similarité du fonctionnement ichtyologique des estuaires de la Canche, de l’Authie et de la Somme et suggèrent que l’ichtyofaune de la Canche pourrait servir d’assemblage de référence aux petits estuaires. Dans un souci d’une meilleure compréhension du fonctionnement des nourriceries, l’importance des relations trophiques (alimentation, compétition et prédation) sur les assemblages de poissons et la dynamique des populations des juvéniles au sein de ces nourriceries a été étudiée. Nos résultats montrent que la disponibilité en nourriture (macrobenthos et zooplancton) n’est pas un facteur limitant au niveau des nourriceries considérées qui offrent une grande capacité d’accueil et des conditions trophiques optimales (bonne alimentation et faible compétition) au bon développement des jeunes poissons. La pression de prédation joue en revanche un rôle important dans la dynamique des poissons. Nos résultats montrent que les variations d’abondances de la crevette grise Crangon crangon explique en grande partie les variations interannuelles des taux de mortalité des juvéniles de poissons qui viennent de coloniser les nourriceries intertidales. Néanmoins, la pression de prédation ne semble pas suffisante pour engendrer la variabilité du recrutement qui est principalement générée par les processus survenant avant la période juvénile comme le suggèrent nos résultats. Une dernière partie s’est intéressée aux performances physiologiques des juvéniles de poissons plats afin de voir si les conditions environnementales sont propices à leur développement durant leur période d’occupation des zones peu profondes et d’évaluer l’influence des perturbations environnementales (en particulier le bloom de Phaeocystis globosa et la pollution chimique). Les résultats in situ, couplée à une étude expérimentale, montrent que la croissance récente, la condition K et les rapports nutritionnels ARN/ADN et TAG/ST des juvéniles de poissons sont élevés tout au long de la période de colonisation des juvéniles, indiquant que les nourriceries sont favorables au développement et à la survie des poissons et par conséquent à leur recrutement. Nos travaux montrent que le bloom de P. Globosa affaiblit l’état nutritionnel alors que la pollution chimique, appréhendée à partir d’une étude comparative multi-sites, affecte la qualité des habitats en diminuant la croissance, la condition et l’état nutritionnel des juvéniles de poissons. Finalement, l’ensemble des travaux présentés montre que l’environnement des zones intertidales et estuariennes de la Manche orientale est favorable au bon déroulement du cycle de vie de l’ichtyofaune marineIntertidal and estuarine areas play a key role for marine resources renewal. Numerous species, including fish, frequent during their juvenil stage these shallow water areas which serve as nursery grounds for individuals. These ecosystems are permanently submitted to harsh and fluctuant environmental conditions. A better understanding, as well as the preservation of intertidal and estuarine areas, is important in order to maintain the biodiversity and assure fish recruitment. In this context, the present work aims to determine the importance of environmental factors on spatio-temporal dynamic of the ichthyofauna and on physiological performances of juveniles frequenting intertidal and estuarine areas along the eastern English Channel. A first step of this work allowed determining the structure and the spatio-temporal variability of fish assemblages in relation to environmental changes. Results underline the important function of these shallow water areas in fish stock renewal regarding the high number of juvenils occuring in these aquatic systems. The ichthyofauna shows variations concerning diversity, abundances, assemblages and fish size. These variations are more pronounced to inter-seasonal scale than weekly, intra-seasonal and inter-annual scale on a temporal level and along the estuarine gradients than between estuaries on a spatial scale. Our works pointed up that physico-chemical factors (mainly temperature, salinity and fine sediments) have a great importance on fish assemblages’ structure and indicate the influence of winter temperatures on interannual variations of settlement date and abundances of some fish species. Results show a strong similarity between the three studied estuaries (Canche, Authie and Somme) concerning their ichthyological functioning and suggest than the Canche ichthyofauna could serve as reference assemblage from small estuarine systems. For a better understanding about the nurseries functioning, importance of trophic relationships (feeding, competition and predation) on juvenils fish dynamic and population was taken into account. Our results show that food availability (macrobenthos and zooplankton abundances) is not limiting in considered nursery areas which offer a great foraging ground for fish and crustaceans and optimal conditions (good feeding and low competition) for fish development. In contrast, predation pressure plays an important role in the dynamic of fish. Results show that variations of brown shrimp abundances (Crangon crangon) explain in great part interannual variations of mortality of juveniles which have recently settled intertidal areas. Nevertheless, predation pressure seems no sufficient to cause recruitment variability which is mainly generated by events operating before the juvenile stage. The last part of this work focussed on physiological performances of juvenile flatfish in order to define if environmental conditions are favourable to fish developments along all their settlement period within intertidal and estuarine areas and to assess the influence of environmental perturbations (with focus on Phaeocystis globosa bloom and chemical pollution). Field results, in addition to experimental approach, show that recent growth, general condition K and nutritional ratios RNA/DNA and TAG/ST of juveniles are high all over their settlement period, indicating that studied nurseries are favourable to development and survival, and hence to fish recruitment. Our works indicate that P. Globosa bloom decrease nutritional status of fish whereas chemical pollution, based on a comparison of different sites, affects habitat quality decreasing recent growth, condition and nutritional status of juveniles. Finally, the present work shows that the intertidal and estuarine eastern English Channel environment is favourable to good fish life history development
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Hassan, Mohamad. "Différenciation génétique associée aux phénomènes de migration lessepsienne : exemple de Siganus rivulatus, S. luridus et Upeneus moluccensis." Aix-Marseille 2, 2003. http://www.theses.fr/2003AIX22009.
Full text
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Rochette, Sébastien. "Effet des perturbations anthropiques sur la survie des juvéniles de poissons marins dans les nourriceries et conséquences sur les renouvellement des populations. : Application au stock de sole commune (Solea solea) en Manche Est." Rennes, Agrocampus Ouest, 2011. http://www.theses.fr/2011NSARH082.
Full textAbstract:
Au travers de l'exemple de la sole commune (Solea solea) en Manche Est, cette thèse conjugue différentes approches de modélisation permettant de quantifier les mortalités d'origine naturelle ou anthropique à différents stades du cycle de vie et d'évaluer leurs conséquences à l'échelle de la population. 1 - La cartographie de la production des nourriceries de la Manche Est par couplage entre un modèle d'habitat et un système d'information géographique a permi d'évaluer les conséquences de la dégradation des habitats dans l'estuaire de Seine au cours des 150 dernières années, notamment en estimant une perte de 40% de sa capacité de production. Cette perte se conjugue à une faible productivité en juvéniles, probablement liée à la contamination chimique des eaux, avec des conséquences significatives sur la production totale de juvéniles de la Manche Est. 2 - La dispersion larvaire a été modélisée grâce à un modèle de transport de particules simulant les conditions hydroclimatiques de la Manche Est et incluant l'histoire de vie individu – centrée des jeunes stades. Ce modèle a montré que les variations d'apport de larves sont fortement déterminées par les conditions hydrodynamiques, avec une influence notamment supérieure à celle des variations de la biomasse féconde et du volume de ponte. Ce modèle a par ailleurs permi d'évaluer la distribution des larves entre les différentes nourriceries de la Manche Est. 3 - Ces acquis sur les jeunes stades ont été combinés aux effets de la pêche sur les adultes dans un modèle de cycle de vie Bayésiens à espace d'états spatialisé. Cette combinaison de modèles pose des fondements méthodologiques permettant de nombreux développements et offrant des perspectives pour quantifier l'effet respectif des différentes pressions et envisager les conséquences de mesures de gestion spatialiséesThrough the example of the common sole (Solea solea) population in the eastern Channel, this Ph. D. Thesis combined different modelling approaches to quantify natural and human-induced mortalities at different stages of the life cycle and to evaluate their combined consequences. 1 - Quantitative maps of coastal and estuarine sole nurseries in the eastern Channel built by coupling a habitat suitability model to a geographical information system permitted to evaluate the consequences of habitat destruction in the Seine estuary during the last 150 years, in particular while estimating that the destruction of estuarine muddy grounds induced a 40% loss of its capacity. This loss combined to low juvenile densities, probably due to high chemical contamination in this sector, may have significant consequences on the total amount of juveniles in the Eastern Channel. 2 – Larval dispersal has been modelled thanks to a particle transport model simulating hydro-climatic conditions of the eastern Channel and including individual-based life history. This model showed that the amount of larvae reaching nursery grounds fluctuated mainly because of hydrodynamical conditions ; the fluctuations of the spawning stock biomass and the resulting amount of eggs having a lesser influence. This model also permitted to evaluate the larval allocation among the nurseries of the eastern Channel. 3 – These results on young stages were merged to effects of fishing on adults in a spatially-explicit Bayesian state-space model. The combination of the previous models within this life cycle model laid the foundations of a methodological framework offering interesting developments and new perspectives to disentangle the consequences of different pressures and to help decision – making for suitable spatially-structured management
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BAHRI, SIHEM, and ADAM MARQUES. "Etude comparee de quelques myxosporidies parasites de poissons mugilidae de mediterranee occidentale : aspects structuraux, biologiques et immunologiques." Montpellier 2, 1997. http://www.theses.fr/1997MON20005.
Full textAbstract:
Cette etude porte sur les myxosporidies parasites des muges de mediterranee occidentale principalement mugil cephalus et liza ramada provenant du lac ichkeul de tunisie. Les donnees ultrastructurales ont permis de differencier 7 especes du genre myxobolus dont trois nouvelles m. Bizerti n. Sp. ; m. Ichkeulensis n. Sp. ; m. Ramadae n. Sp. , formant des kystes branchiaux. Trois formes viscerales ont ete identifiees: m. Spinacurvatura ; m. Mulleri, localisees dans les vaisseaux mesenteriques et m. Exiguus infestant la paroi intestinale. La 7eme espece recoltee au niveau du tegument a ete rattachee a m. Espisquamalis, responsable du rejet commercial des poissons atteints. Les caracteres ultrastructuraux des kystes et des stages sporogoniques ont ete decrits. Leur action pathologique a ete examinee. L'incidence sur l'embonpoint de leurs hotes ainsi que le facteur de risque d'infestation de ces parasites lie a la taille de l'hote ont ete analyses. L'obtention d'une sonde anticorps polyclonale anti-myxobolus episquamalis, a permis de realiser une etude antigenique de ce parasite, de determiner des antigenes specifiques, d'autres communs a plusieurs especes de myxosporidies etudiees et de demontrer une parente antigenique entre myxobolus episquamalis et son hote mugil cephalus
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Gharbi, Aicha. "Caractérisation biochimique et moléculaire de différentes populations de palourdes tunisiennes : rôle de la Leucine Aminopeptidase dans l'adaptation à la salinité." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2010. http://www.theses.fr/2010MNHN0011.
Full textAbstract:
L’étude de la diversité et de la structuration génétique populationnelle des organismes marins est une approche principale pour la mise en place de mesures de gestion et de conservation pour les espèces exploitées. L’étude de la variabilité génétique des populations de Ruditapes decussatus, des côtes Nord et côtes Est tunisiennes situées respectivement dans les bassins Ouest et Est de la Méditerranée, est abordée par l’analyse de différents types de marqueurs. L’analyse du polymorphisme de neuf loci allozymiques a montré une nette structuration génétique des populations de R. Decussatus de part et d’autre du détroit Siculo-Tunisien. Cette structuration semble être le reflet de processus historique et contemporain : une intergradation, probablement secondaire, est confirmée par une variation clinale observée pour 60% des loci polymorphes avec un point de rupture qui coïncide avec le détroit S-T, zone d’hybridation entre les deux bassins. L’analyse du polymorphisme du fragment du gène de la COI et de la région ITS1 a confirmé la présence d’une variation clinale au niveau d’un haplotype majoritaire de COI et au niveau de trois parmi les cinq haplotypes majoritaires de ITS1. L’absence de différenciation entre populations sur la base des données des deux marqueurs COI et ITS1 peut être expliquée, du moins en partie, par les fortes fréquences des haplotypes rares qui pourraient traduire les effets d’une expansion démographique récente qui masqueraient une réelle structuration génétique ancienne. La capacité adaptative des palourdes face au facteur salinité a été évaluée par l’étude d’un marqueur enzymatique (Lap-1). Les expérimentations de survie menées en milieux hypo et hyper osmotiques ont montré que la palourde Tunisienne est bien adaptée aux variations de salinité entre 10ppm et 50ppm. Cette capacité adaptative n’est pas liée à la Lap-1 qui s’est révélée hétéromorphe chez la palourde Tunisienne par comparaison à la palourde de BretagneKnowledge about population diversity and structure is among the most important questions to investigate, especially concerning exploited species. Genetic variability of R. Decussatus populations collected from localities in the eastern and western Mediterranean coasts of Tunisia was examined using different markers. Genetic polymorphism of nine allozyme loci showed a significant clustering of all samples in two main divergent groups on either sides of the Siculo-Tunisian strait. This pattern seems to be the result of historical and contemporary process: a plausible model of secondary intergradation is supported by the observation of coincident clines at nearly 60% of the polymorphic loci that were centered at the Siculo-Tunisian strait region (area of transition from the western Mediterranean basin to the eastern one). Analysis of partial sequence of mitochondrial COI gene and of the internal transcribed spacer region (ITS-1) revealed significant clinal changes in haplotypes frequencies between eastern and western samples at the focal COI haplotype and at three out of five focal ITS1 haplotypes. In the present study, no significant difference was found among groups. However, high frequencies of rare and unique haplotypes could reflect the effects of a recent demographic expansion which would mask a real ancient and significant genetic differentiation displayed by the two basins. Adaptive response to salinity stress in R. Decussatus was evaluated by the study of an enzymatic marker (Lap -1). Experiments carried out in hypo osmotic and hyper osmotic stress showed that the Tunisian clam is well adapted to salinity variations between 10ppm and 50ppm. The Adaptive capacity to different salinities seems to be not related to Lap-1 which was polymorphic in the Tunisian clam, on the contrary to R. Decussatus from Brittany
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Faillettaz, Robin. "Estimation des capacités comportementales des larves de poissons et leurs implications pour la phase larvaire : un cas d'étude d'espèces démersales de Méditerranée Nord-Occidentale." Thesis, Paris 6, 2015. http://www.theses.fr/2015PA066342/document.
Full textAbstract:
La majorité des espèces de poissons côtiers a un cycle de vie comprenant une phase juvénile et adulte démersale et une phase larvaire pélagique. Cette seconde phase représente l’unique opportunité de dispersion pour de nombreuses espèces mais est soumise à une forte mortalité. Aujourd’hui, il est toujours délicat de prédire la connectivité entre les populations car tous les processus influençant la survie et le transport des larves durant leur phase pélagique ne sont pas encore décrits. Les larves de poissons possèdent des capacités comportementales non-négligeables (de nage, d’orientation, etc.) qui pourraient leur permettre de contrôler leur dispersion au cours de leur épisode pélagique. Cependant, les observations in situ de ces comportements ont principalement été faites en milieu tropical. Elles sont nettement plus rares en milieu tempéré, notamment chez les poissons Perciformes. Dans cette thèse, nous cherchons à décrire l’écologie et les capacités comportementales des larves de poissons en Mer Méditerranée Nord-Occidentale, un milieu tempéré où elles n’ont pas encore été décrites.La première partie de cette thèse vise à décrire la distribution des jeunes stades larvaires le long d’un transect côte-large traversant un front hydrologique. Nous nous intéressons également à leurs comportements de migration nycthémérale et d’évitement des prédateurs. La méthode d’imagerie utilisée pour décrire leur distribution à microéchelle génèrant des quantités de données considérables, nous avons développé une méthode de classification automatique pour accélérer le traitement de ce type de données. La seconde partie se concentre sur la phase d’installation, c’est-à-dire lorsque les larves arrivent à la côte à la fin de leur phase pélagique. Nous avons suivi l’arrivée des larves à la côte afin de déterminer les périodes d’installation des différentes espèces ainsi que les facteurs influençant leur arrivée. Nous avons également testé in situ les capacités d’orientation des espèces les plus abondantes, en se focalisant sur les mécanismes d’orientation à large échelle. En laboratoire, nous avons mesuré les vitesses de nage de plusieurs espèces, incluant celles testées pour l’orientation. Nous avons ensuite implémenté ces comportements observés dans un modèle biophysique afin de tester leur l’influence combinée sur le taux d’installation. Pour finir, nous discutons de l’influence que peut avoir le comportement sur la survie des larves de poissons tout au long de la phase pélagique, ainsi que de l’importance de sa prise en compte dans les modèles de dispersionMost coastal fish species have a bipartite life history, with a demersal phase as juvenile and adult and a pelagic larval phase. Dispersal is often limited to this pelagic phase, which is also the phase experiencing the highest mortality rates. Predicting the connectivity between populations remains difficult because not all processes determining larval fish survival and transport during the pelagic phase are understood. Besides the environmental conditions that may influence the journey of fish larvae in the open ocean, these tiny organisms possess high behavioural abilities (swimming, orientating, etc.) that have the potential to shape their dispersal. However, the vast majority of in situ observations of these behaviours have been conducted in tropical environments and very little data exists on temperate Perciformes fish larvae. In this dissertation, we aim to describe the ecology and behavioural abilities of fish larvae from the Mediterranean Sea, a temperate environment where they have never been studied.The first part of this dissertation describes the distribution of young fish larvae along an inshore-offshore transect crossing an hydrological front. We also describe their diel vertical migration and predatoravoidance behaviour. The high-frequency imaging techniques used to capture their distribution at miscroscale generated huge amount of data. It lead us to modify an automatic classification method to reduce the time required to processes these kind of data. The second part focuses on the settlement phase, when fish larvae come back to the coast at the end of their pelagic journey. To shed light on the factors influencing the settlement process, we monitored the supply of fish larvae to a coastal habitat, on a weekly basis for three years and at higher frequency over shorter periods of time. Additionally, we tested the in situ orientation abilities of the most abundant species, focusing on large scale orientation mechanisms. In the laboratory, we measured the swimming speeds of several species, including the ones tested for orientation. Then, we implemented these observed behaviours in a biophysical model to explore their combined influence on settlement rate. To finish, we discuss on how larval fish behaviour may influence survival throughout the pelagic larval phase and insist on the importance of considering behaviour to improve larval dispersal models
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Blanquer, Anne. "Phylogéographie intraspécifique d'un poisson marin, le flet Platichthys flesus L. (Heterosomata) : polymorphisme des marqueurs nucléaires et mitochondriaux." Montpellier 2, 1990. http://www.theses.fr/1990MON20015.
Full textAbstract:
Le polymorphisme genetique et la structure geographique des populations de flets platichthys flesus l. , ont ete etudies a partir de resultats obtenus par deux techniques d'analyse, l'electrophorese des proteines enzymatiques et le plfr de l'adn mitochondrial. Ces deux techniques permettent d'obtenir des informations complementaires provenant de deux compartiments du genome ayant des caracteristiques evolutives differentes (adn mit. Transmis maternellement). Nous cherchons a determiner des unites genetiques et a proposer des hypotheses sur leur origine et leur maintien, en relation avec les facteurs biologiques, environnementaux et biogeographiques. Huit locus enzymatiques polymorphes et 80 fragments de restriction ont ete analyses. Trois sous-unites genetiques ont ete mises en evidence: le golfe du lion, la region du portugal, et l'ensemble mer du nord-manche-kattegat. En desaccord avec les predictions, les divergences genetiques revelees par electrophorese des proteines sont plus importantes que celles montrees par les marqueurs mitochondriaux. Nous discutons les caracteristiques et l'utilisation de ces marqueurs et proposons une hypothese paleographique sur l'origine des populations de flets en europe
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Pastor, Jérémy. "Rôle des enrochements côtiers artificiels dans la connectivité des populations, cas du sar commun (Diplodus sargus, Linné, 1758) en Méditerranée nord-occidentale." Phd thesis, Université de Perpignan, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00344703.
Full textAbstract:
La destruction d'une partie des habitats est souvent la cause principale de leur fragmentation. Or, depuis les années 1960-1970, l'anthropisation du littoral du golfe du Lion a engendré la création d'habitats fragmentés, non pas par une destruction, mais bien par un apport nouveau via l'installation massive d'enrochements côtiers artificiels. Cette étude a eu pour but principal de comprendre le rôle de ces structures en comparaison à des zones naturelles (lagunes, zone rocheuse) dans le maintien des populations de poissons de la côte rocheuse située plus au sud. Le sar commun, poisson caractéristique des zones rocheuses, a été utilisé comme modèle. Des comptages d'adultes et de juvéniles en plongée subaquatique, des marquages directs mais aussi l'utilisation de la microanalyse chimique des otolithes ont été utilisés afin de répondre à ces interrogations. Les aménagements littoraux jouent un rôle de nourricerie non négligeable. Selon les années, les densités de juvéniles sont de 30 à 109 fois supérieures à celles observées sur les habitats naturels, que ce soit sur la côte rocheuse ou dans la lagune. La présence de seulement deux groupes principaux de géniteurs sur la côte catalane française pourrait expliquer de telles différences. Un des deux alimenterait les enrochements côtiers artificiels, il serait situé au cap Leucate. Le second, dans la réserve de Cerbère-Banyuls exporterait des juvéniles vers la côte espagnole suivant un courant dominant nord-sud. De plus, la lagune aurait perdu son rôle de nourricerie au profit des aménagements littoraux. Nos résultats montrent aussi qu'il existe une connectivité lors de la phase adulte entre ces structures côtières et les zones rocheuses naturelles. Elle a lieu principalement au printemps et en automne. 20 % des sars ayant fait leur installation sur les aménagements littoraux les quittent pour la côte rocheuse. Sur cette côte un tiers des sars sont issus d'une installation sur des habitats artificiels de la côte sableuse. Cette étude souligne le rôle majeur que peuvent avoir ces habitats artificiels dans le maintien, voire l'extension des populations de sars communs au niveau de la côte catalane, mais aussi de l'ensemble du golfe du Lion. La fragmentation de l'habitat est dans ce cas positive. Elle pourrait être à l'origine de l'apparition de nouvelles espèces sur la côte du Languedoc-Roussillon comme le sar tambour, Diplodus cervinus et le denti, Dentex dentex
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Facca, Chiara. "Phytoplancton et microphytobenthos comme indicateurs de l'état trophique en milieu côtier." Montpellier 2, 2003. http://www.theses.fr/2003MON20148.
Full text
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Brosset, Pablo. "Condition corporelle et conséquences sur la plasticité des traits d’histoire de vie chez les petits pélagiques de Méditerranée." Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT120/document.
Full textAbstract:
L’écosystème pélagique du Golfe du Lion a subi un changement très marqué de la dynamique de population des poissons petits pélagiques depuis 2008. L'anchois (Engraulis encrasicolus) et la sardine (Sardina pilchardus), exploités économiquement, sont devenus plus petits et plus maigres tandis que le sprat (Sprattus sprattus), non exploité car de faible valeur commerciale a fortement augmenté en abondance et en biomasse. Cette thèse analyse les changements observés en se basant sur la condition corporelle, i.e. les réserves énergétiques des individus, et les causes et conséquences de ses variations. La condition corporelle était optimale, en 2005 et 2006 pour l’anchois et la sardine, puis s’est dégradée depuis 2008 pour rester à de faibles niveaux depuis 2010. Les principaux paramètres expliquant les changements de condition corporelle sont la concentration zooplanctonique pour les deux espèces ainsi que la température de surface pour la sardine et le débit du Rhône pour l’anchois. Depuis 2008, les sardines les plus âgées semblent être les plus touchées par cette chute de condition. Le chapitre suivant a permis d'identifier des changements temporels des niches isotopiques qui sont aujourd’hui partagées par l’anchois et la sardine avec le sprat alors qu’elles ne l’étaient pas en 2004-2005. En plus de cette compétition potentielle, les proies aujourd’hui consommées sont de plus petite taille et probablement moins énergétiques. Ces deux résultats peuvent expliquer la plus faible condition actuellement observée par un apport nutritif actuellement réduit. Malgré les plus faibles réserves disponibles, les deux espèces investissent toujours autant dans la reproduction, voire même plus pour la sardine, comme suggéré par plusieurs proxys que sont l’indice gonado-somatique ou la durée de la période de reproduction. L’investissement énergétique semble donc se faire vers la reproduction au détriment de la survie, ce qui explique la disparition des sardines les plus âgées (celles en âge de se reproduire). Des effets maternels ont aussi été montrés, les plus grands individus pondant plus d’œufs et ceux en meilleure condition produisant des œufs de meilleure qualité. Le stock de sardine produit ainsi moins d’œufs depuis 2010 alors que l’anchois en produit plus, ce qui pourrait venir de l’augmentation du nombre d’individus et de l’abaissement de la taille et de l’âge à maturité. Dans une étude à large échelle, nous avons mis en évidence que la baisse de la condition est également perceptible dans d’autres zones de Méditerranée. Néanmoins, les variations de condition ne sont pas régies de façon synchrone en Méditerranée, pointant l’importance des facteurs locaux dans cette mer quasi-fermée. De plus, les anchois présentent une meilleure condition corporelle dans les zones de convergence des masses d’eaux (e.g. fronts, upwellings locaux) alors que les sardines préfèrent les zones de forte production primaire. Ces différences pourraient être liées aux différences dans le cycle de reproduction et dans le comportement alimentaire. Ces travaux de thèse complètent les précédents travaux faits sur les mécanismes top-down et soulignent ici le rôle que joue la ressource alimentaire (contrôle 'bottom-up') dans les variations de condition corporelle dans le Golfe du Lion et en Méditerranée. L’étude de la condition corporelle a aussi permis de comprendre les raisons de la troncation démographique observée chez la sardine. Malgré cela, il est toujours nécessaire d’estimer si un seuil létal de la condition corporelle existe chez nos espèces et d’améliorer le suivi zooplanctonique pour mieux comprendre le lien entre la productivité planctonique et la dynamique de population des petits pélagiques. Cette thèse permet une avancée notable dans la compréhension de la dynamique de population des petits pélagiques et permettra d’appréhender au mieux les répercussions écologiques et économiques de la baisse générale de leur condition dans toute la MéditerranéeMultiple changes have been described since 2008 in the Gulf of Lions ecosystem and particularly in small pelagic fish dynamic. In particular, the two main exploited species, i.e. anchovy (Engraulis encrasicolus) and sardine (Sardina pilchardus) are now smaller and in poor condition while a third species, the sprat (Sprattus sprattus) strongly increased in terms of biomass and abundance. This PhD thesis investigated these changes through the analysis of small pelagic fish body condition (i.e individual energy stores) variations, its causes and consequences. Anchovy and sardine body condition was optimal in 2005 and 2006 and decreased after 2008 to remain steady at low level since 2010. Moreover, older sardine have particularly displayed poor body condition since 2008. A part of these changes is associated with changes in zooplankton concentration for both species, but also with both sea surface temperature and diatoms for sardine and Rhône outflow for anchovy. Thus, as bottom-up control was highlighted, the following chapter investigated potential changes in diet through isotope and stomach content analyses. Isotopic niche varied temporally and have been overlapping since 2010 for both anchovy and sardine with the sprat, resulting in a potential new trophic competition. Further, preys are also smaller and probably less energetic. Both studies may explain the poorer body condition by a reduced food supply. Although smaller energy stores are available, both species still allocate a large part of their energy to reproduction, as observed through e.g. gonado-somatic indices. This bias in energy allocation towards reproduction might impair survival and explain the disappearance of oldest mature sardine in the Gulf of Lions. Maternal effects were also underlined. Indeed, large individuals spawn more eggs while fatter individual spawn higher quality eggs. The decrease in size and condition has thus led to a lower production of eggs since 2010 for sardines while anchovy managed to maintain if not increase its egg production thanks to the expanding number of individuals and the decline of anchovy size and age at maturity. At a broader scale, we pointed out that fish body condition decreased in other Mediterranean areas such as the Adriatic Sea, the Catalan Sea or the Strait of Sicily. Nonetheless, body condition variations were not synchronous in the Mediterranean Sea, pointing out the importance of local factors in this quasi-enclosed basin. Furthermore, anchovy displays a better body condition in high energetic areas (fronts areas, local upwellings) when sardine prefers areas with high primary productivity. Those differences could be linked to the different reproductive cycles and trophic behaviours. This PhD thesis complements the previous work made on top-down processes and strengthens the bottom-up importance to determine forage fish body condition both in the Gulf of Lions and the Mediterranean Sea. Studying body condition allowed understanding the reasons of the sardine demographic truncation. Indeed, the older the individual the poorer the body condition, preventing them to achieve both reproduction and survival. This PhD thesis reaches new conclusions and improves knowledge on small pelagic fish dynamic in the Gulf of Lions. Although, further work is still necessary to estimate experimentally if a body condition threshold exists and to improve zooplanktonic monitoring to better understand the link between planktonic productivity and small pelagic fish dynamic. This will help to investigate deeply the ecological and economical consequences of small pelagic fish decreasing body condition in the Mediterranean
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Pereira, Quiroga Ana Isabel. "Evolution des populations phytoplanctoniques de la Baie de Banyuls-sur-Mer, avec une attention particulière pour les genres possédant des espèces potentiellement toxiques." Paris 6, 2005. http://www.theses.fr/2005PA066345.
Full text
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Macé, Matthias. "Le dauphin bleu et blanc (Stenella coeruleoalba) en Méditerranée : de la vicariance à l'épisode à Morbillivirus." Toulouse 3, 2009. http://thesesups.ups-tlse.fr/1633/.
Full textAbstract:
Le Dauphin bleu et blanc est l'espèce de Cétacé majoritaire en Méditerranée. L'espèce a subi une épizootie sévère à Morbillivirus en 1990-91 en Méditerranée uniquement. L'objectif de ce travail était d'étudier l'histoire évolutive de cette espèce en Méditerranée et d'essayer de la lier à cet épisode infectieux. Pour cela, des marqueurs mitochondriaux (séquence de la région de contrôle), microsatellites, du chromosome Y (amélogénine) et du Complexe Majeur d'Histocompatbilité (DRB) ont été étudiés. Dans un premier temps, l'analyse phylogénique de l'amélogénine comparée au sein des Cétartiodactyla a permis de montrer l'existence d'une synapomorphie (insertion) pouvant être utilisée à la fois en biologie évolutive et pour le sexage. Dans un deuxième temps, la variabilité et de la région de contrôle et des microsatellites a été étudiée par statistique fréquentiste (F-statistiques) et bayésienne :coefficients individuels de mélange - admixture coefficients, flux de gènes entre groupes, estimation des temps de coalescence des divers clades avec et sans horloge moléculaire. Il en ressort en particulier que deux groupes fortement différenciés coexistent en Méditerranée. La divergence de ces groupes est ancienne (Miocène) et pourrait être due à une divergence allopatrique dont l'événement vicariant serait l'isolement de la Méditerranée lors de la Crise de Salinité du Messinien. Finalement, le DRB a été étudié ce qui constitue une première dans cette espèce sachant que cette molécule a fait l'objet de peu de travaux chez les Cétacés. Cette étude apporte des éléments descriptifs en termes de diversité et de profils de sélection. Le DRB s'avère finalement plus variable qu'initialement décrit dans diverses espèces de Mammifères marins. Ce travail ouvre à la fois des perspectives quant aux mécanismes endogènes et exogènes permettant la coexistence sympatrique de populations/sous-espèces et en termes de médecine évolutive (susceptibilité accrue à des pathogènes). Le Dauphin bleu et blanc pourrait en conséquence s'avérer un bon modèle pour étudier les rapports entre évolution et pathologieThe Striped dolphin is the most prominent Cetacean species in the Mediterranean. This species undertook a severe Morbillivirus episode in 1990-1991 and which occured in the mediterranean only. The objective of this work was to study evolutionary history of this species in the Mediterranean and to assess whether it could correlate with the infectious episode. For that purpose, mitochondrial, microsatellites, Y chromosome (amelogenin) and MHC (DRB) markers have been studies. It a first step, phylogenetic analysis of amelogenin as considered from within Cetardiodactyla showed the existence of a synapomorphy (insertion event) that may be used for evolutionary studies and sexing purposes. In a second step, variability of mitochondrial control region sequence and some microsatellites has been assessed using frequentist and bayesian methods (F-statitics, admixture coefficients, gene flow estimations and time of coalescence). We could particularly delineate two well-defined groups coexisting within the Mediterranean. The divergence of these two groups seems old (Miocen) and could be the result of an allopatric divergence provoked by a vicariant event : the Messinian Salinity Crisis. Finally, DRB has been studied for the first time in this species. This study brings descriptive elements in terms of diversity and selection profiles. DRB seems more variable than initially described in other marine mammals species. This work opens perspectives regarding both endogenous and exogenous mechanisms allowing sympatric coexistence of populations/subspecies and in terms of evolutionary medicine (increased susceptibility to pathogens). The stripes dolphin could therefore prove to be a good model for studying interplays between, evolution and disease
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Ruffino, Lise. "Ecologie, dynamique de population, comportement et impact d'un rongeur introduit Rattus rattus sur les îles de Méditerranée." Aix-Marseille 3, 2010. http://www.theses.fr/2010AIX30022.
Full textAbstract:
Les rats invasifs du genre Rattus spp. Sont reconnus à l'heure actuelle comme un facteur majeur de raréfaction d'espèces, notamment d'oiseaux marins. Cependant, le fonctionnement des populations insulaires de rats ainsi que les facteurs favorisant leurs impacts sur les écosystèmes insulaires restent encore mal connus. L'idée générale de ce travail de thèse s'inscrit dans la nécessité d'une meilleure compréhension de l'écologie, de la dynamique de population des rongeurs invasifs, des mécanismes d'impact du rat sur les oiseaux marins, mais aussi de persistance d'espèces. L'analyse d'une base de données concernant ça. 300 îles et îlots du bassin méditerranéen occidental a permis de souligner que la persistance sur le long terme des pétrels et puffins de Méditerranée, malgré une présence ancienne des rats noirs sur ces îles, a pu être facilitée par la diversité de contextes insulaires aux caractéristiques biogéographiques variées. Par ailleurs, l'étude plus fine des mécanismes d'interactions et d'impact a révélé, de manière contre-intuitive, des interactions limitées entre rats et oiseaux aux sites de reproduction des oiseaux ainsi que des capacités de prédation réduites des rats sur les oeufs. Enfin, l'étude de l'écologie trophique d'une population de rats noirs, combinée à un suivi sur deux années de leurs dynamiques de populations et patrons de déplacements sur une petite île de Méditerranée a permis de souligner la faible plasticité écologique et alimentaire des individus, comparativement à celle de la population entière, ainsi que l'importance des effets des apports hydriques et des ressources d'origine allochtone sur le fonctionnement des populations de rats. Des pistes d'investigations nouvelles sont suggérées qui permettraient de mieux appréhender les processus impliqués dans l'impact des rats sur la faune insulaire, dans les extinctions d'espèces mais aussi dans leur coexistence durable parfois observéeRats Rattus spp. Are considered as a main driver of seabird rarefactions and a leading cause of petrel and shearwater extinction risk. However, the functioning of insular rat populations and the factors likely to affect their impacts on island ecosystems are still poorly understood. Indeed, questionings have been recently raised on the real mechanisms and the magnitude of rat impact on some seabirds with so cryptic nesting behaviours. The general idea of this PhD work lies on the necessity to better understand the ecology, the population dynamics of invasive rodents, the mechanisms of rat impact on seabirds but also of species persistence. As a first research axis, we were interested in the temporal dimension of biological invasions. The analysis of a database of ca. 300 islands and islets from the western Mediterranean basin allowed to underline that the long-term persistence of petrels and shearwaters, despite the longstanding introduction of black rats on these islands, may have been facilitated by various biogeographical contexts. Secondly, the study of the mechanisms of interactions between rats and shearwaters, and more particularly the mechanisms of impact, revealed unexpected limited interactions, along with limited predation capacities on bird eggs. Finally, the study of the trophic ecology of black rats, combined with a long-term survey of the population dynamics and movement paterns on a small Mediterranean island, with a marked spatio-temporal variation in the availability of resources, allowed to underline the low individual diet plasticity of black rats compared to the population level, and the importance of the effects of fresh water inputs and those of allochthonous resources on the functioning of insular rat populations. Future research perspectives should focus on better understanding the processes involved in the impacts of rats on insular biotas, in species extinctions but also in their long-term coexistence
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Cachera, Marie. "Implications of morphological and functional traits for trophic relationships within fish communities and marine trophic network architecture." Thesis, Lille 1, 2013. http://www.theses.fr/2013LIL10122/document.
Full textAbstract:
Un thème actuel en écologie est de comprendre la contribution de la biodiversité au fonctionnement des écosystèmes, notamment comment la variation inter- et intra-spécifique des traits affecte les interactions trophiques, l’organisation trophique des communautés, et l’architecture des réseaux trophiques. Historiquement, la morphologie a été considérée comme un déterminant majeur de l’écologie des organismes et, dans une perspective fonctionnelle, est supposée influencer les relations trophiques et les autres fonctions écologiques des espèces. Cette thèse visait à étudier l’organisation trophique d’une communauté de poissons marins et sa relation avec la variation intra- et inter-spécifique des traits morphologiques et fonctionnels. Le réseau trophique associé dévoile une structure en méta-communauté comprenant deux sous-réseaux le long du gradient côte-large. La largeur de la niche trophique spécifique croit avec la variation de la niche trophique individuelle, un patron en partie lié à l’identité fonctionnelle des espèces et au sexe, à la taille et à l’habitat des individus. La morphologie des espèces, non leur phylogénie, se révèle un indicateur parfait de leur identité fonctionnelle. Enfin, la morphologie parait être la principale source de variabilité des relations trophiques individuelles dans l’assemblage mais une large part de variation inexpliquée suggère l’omission de facteurs cruciaux, dont le comportement. Ces résultats permettent de mieux comprendre le rôle de la diversité morphologique et fonctionnelle sur la structure des réseaux trophiques marins et pourraient aider à prédire leurs dynamiques spatio-temporelles ainsi que leurs réponses aux perturbationsA current issue in ecology is to understand the contribution of biodiversity to ecosystem functioning and notably to comprehend how inter- and intra-specific trait variation affects trophic interactions between individuals and species, the trophic organization of communities and trophic network architecture. Particularly, morphology has historically been considered as a main determinant of organisms’ ecology, which led to the field of ecomorphology, and, from a functional perspective, is expected to influence trophic relationships and other ecological functions performed by species. This thesis aimed at studying the trophic organization of a marine fish community and its dependency on morphological and functional trait variation between and within species. The associated trophic network revealed a meta-community structure, including two sub-networks along a coastal-offshore gradient. Species trophic niche breadth and individual trophic niche variation increased together, a pattern relying partly on species functional identity and the sex, body size and habitat of individuals. Contrary to phylogeny, species morphology was a relevant proxy for functional identity. Finally, morphology seemed the main source of variability in individual trophic relationships within the assemblage, but a large part of diet variation remained unexplained suggesting that critical factors had been neglected, notably behaviour. These results allow understanding better the role of morphological and functional diversity in the structure of marine trophic networks and may help to predict their spatio-temporal dynamics and their responses to perturbations
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Cormon, Xochitl. "Impacts of a top-predator emergence in an exploited ecosystem : North Sea hake and saithe. : Which interactions ? What consequences ?" Thesis, Lille 1, 2015. http://www.theses.fr/2015LIL10201/document.
Full textAbstract:
La population de lieu noir (Pollachius virens) de mer du Nord a une importance économique élevée pour les pêcheries européennes. Depuis une dizaine d’années, l’abondance du lieu noir a décliné, alors que le merlu (Merluccius merluccius), qui était peu pêché dans cette zone, a vu son abondance fortement augmenter. Ce travail se concentre sur la nature des interactions écologiques entre le lieu noir et le merlu en Mer du Nord afin de déterminer si la récente émergence du merlu dans cette zone pourrait expliquer, au moins en partie, le récent déclin du stock de lieu noir. Les résultats obtenus lors de ce travail de recherche ont permis de valider l’hypothèse de compétition entre le lieu noir et le merlu. De plus, cette étude a révélé un impact potentiellement négatif de l’augmentation du merlu sur la biomasse de lieu noir. L’émergence du merlu en mer du Nord doit donc être sérieusement prise en compte dans les avis scientifiques supportant les décisions de gestion encadrant la pêche du lieu noir, mais aussi des autres espèces de mer du Nord que l’émergence du merlu est susceptible d’affecter. Finalement, ce travail fournit donc les premières bases écologiques nécessaires à une investigation plus détaillée des conséquences de l’émergence du merlu dans un écosystème hautement exploité tel que la mer du NordNorth Sea saithe (Pollachius virens) has high economic value for European fisheries. In recent years, North Sea saithe abundance has decreased, while abundance of hake (Merluccius merluccius), which was rarely fished in the North Sea, has increased dramatically in the area. This work investigate the nature of the ecological interactions between saithe and hake in the North Sea, in order to understand if recent hake emergence in this area could explain, at least partially, the recent decline of the saithe stock. The results obtained during this research suggested competitive interactions between saithe and hake predators in the area. In addition, this investigation revealed potential negative effects of hake emergence in the North Sea on the resident saithe stock. Therefore, hake emergence in the North Sea must be taken into account when managing commercial species fisheries, the sustainability of which may be threatened by this up-coming predator. Finally, the results obtained within this PhD research thesis highlight the importance of hake as an up-coming predator and competitor in the North Sea, and provide the necessary basis for further investigations of hake potential ecological and economic function in this exploited ecosystem
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Granjon, Laurent. "Évolution allopatrique chez les Muridés : mécanismes éco-éthologiques liés au syndrome d'insularité chez Mastomys et Rattus." Montpellier 2, 1987. http://www.theses.fr/1987MON20243.
Full text
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Jaziri, Hassane. "Variations génétiques et structuration biogéographique chez un Bivalve marin, l'huître plate Ostrea edulis L." Montpellier 2, 1990. http://www.theses.fr/1990MON20206.
Full textAbstract:
Le polymorphisme genetique des populations d'huitre plate ostrea edulis l. Est estime par la variation allozymique. Cette etude a permis de rendre compte d'une differenciation globalement faible mais significative entre l'ensemble des populations mediterraneennes et celles du littoral atlantique de l'europe. La reduction de la diversite genetique dans les populations d'atlantique montre clairement une structuration spatiale nette chez cette espece. Ces resultats sont analyses en terme de flux genique actuel et passe. La composante fossile due a un phenomene d'extinction-recolonisation dans la partie nord du littoral atlantique consecutif aux glaciations du plio-quaternaire explique la reduction de la diversite observee en atlantique. Par ailleurs, un deficit global d'heterozygotes est mis en evidence dans les cohortes post-recrutees d'o. Edulis. Selon les hypotheses en vigueur, l'explication de ce deficit tient a deux actions selectives antagonistes agissant en alternance: la premiere favoriserait les homozygotes pendant la phase pre-recrutee, la seconde, durant la phase post-recrutee, donnerait un avantage aux heterozygotes. Chez l'huitre plate, l'analyse experimentale montre que la correlation entre l'heterozygotie multi-locus et la croissance est significativement positive comme chez plusieurs autres bivalves marins. Cependant, l'effet heterosis parait peu suffisant pour expliquer a lui seul toutes les performances de croissance observees chez les individus d'une meme cohorte. Des hypotheses complementaires faisant appel au role probable d'alleles favorables a la croissance ou a celui de l'aneuploidie sont discutees
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Gianni, Fabrizio. "Conservation et restauration écologique des forêts marines Méditerranéennes." Thesis, Nice, 2016. http://www.theses.fr/2016NICE4028/document.
Full textAbstract:
Une perte des forêts marines de grandes algues brunes a été observée dans les récentes décennies, causant un changement des écosystèmes et une réduction de la biodiversité. Dans le cadre du projet MMMPA, ce travail de thèse vise à répondre à certaines importantes questions liées à la conservation et à la restauration des forêts d'algues, au rôle des Aires Marines Protégées (AMPs) et les poissons herbivores. Les résultats des expériences sur le terrain ont montré que les poissons herbivores indigènes, probablement Salpa Sarpa (saupes), peuvent être les herbivores les plus efficace des ceintures intertidales de Cystoseira. En effet, les saupes affectent fortement la croissance, la biomasse et la reproduction des forêts naturelles et limitent le succès de la restauration sur des substrats artificiels. Le rôle des poissons herbivores a probablement été négligé dans la régulation des communautés macroalgales Méditerranéennes. Une revue de la littérature existante a montré une amélioration de l'intérêt scientifique (articles publiés) sur les espèces formant les forêts marines, au cours des dernières décennies. Cependant, la plupart de la recherche scientifique n’est pas en relation avec les AMPs, probablement parce que les forêts marines ne sont pas toujours considérées pendant la création des AMPs et dans les plans de gestion. Les études sur les forêts marines étant concentrée dans les pays développés, elles ne sont pas réparties de manière homogène dans le mondeLoss of marine forests of large brown seaweeds has been observed in recent decades, causing a reduction of ecosystem biodiversity. In the framework of the MMMPA project, this PhD aimed to address some important topics related to the conservation and restoration of algal forests, the role of Marine Protected Areas (MPAs) and fish herbivory. Different approaches were used: macroalgae surveys, literature reviews, manipulative experiments, tank-based experiments and GIS habitat mapping. Results from field experiments showed that native herbivorous fish, likely Sarpa salpa (salemas), can be the most effective herbivore of intertidal Cystoseira belts both on natural and artificial substrates. Indeed, salemas strongly affected the growth, biomass and reproductive output of natural forests and limited restoration success on artificial substrates. Likely, the role of the herbivorous fish in structuring macroalgal communities has been overlooked in the Mediterranean Sea so far. A review of the existing literature showed that knowledge on marine forests forming species has improved in recent decades. However, most of the research is not in relation to MPAs, likely due to the fact that marine forests are not always included in MPAs planning and management plans. Studies on marine forests are not homogeneously distributed in the world, being concentrated in the developed countries. Interestingly, an increase of the scientific interest (published papers) was observed. Nowadays, marine forests are under continuous threats and especially sensitive to multiple impacts
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Couvray, Sylvain. "Étude de la dynamique de populations d’oursins comestibles Paracentrotus lividus (Lamarck, 1816) en zone pêchée et anthropisée. : Évaluation de l'efficacité et de l'impact d’opérations de lâchers de juvéniles pour le repeuplement." Thesis, Toulon, 2014. http://www.theses.fr/2014TOUL0022/document.
Full textAbstract:
L’érosion des stocks naturels de Paracentrotus lividus, oursins comestibles de Méditerranée, malgré les mesures actuelles réglementant les captures, soulève des inquiétudes sur la pérennité de son exploitation et sur l'équilibre des écosystèmes. En 2009, à la demande des pêcheurs professionnels, des gestionnaires de la ressource et de la communauté d’agglomération Toulon Provence Méditerranée (TPM), l'Institut Océanographique Paul Ricard et l'Équipe de Biologie Moléculaire Marine du laboratoire PROTEE (Université de Toulon), ont engagé un travail de recherche visant à mieux comprendre l'influence des processus naturels et anthropiques qui façonnent les populations naturelles, dans le but d'améliorer les stratégies de soutien aux populations, notamment par le réensemencement de juvéniles d'oursins.L'objectif du travail de thèse a été de (i) caractériser l'état des stocks sauvages de l'aire toulonnaise et de leurs dynamiques par la mise en place du suivi démographique bisannuel à long terme de huit stations références, (ii) de développer les méthodes de production de juvéniles en écloserie et (iii) d'évaluer l'efficacité du repeuplement et son impact sur les populations naturelles. Compte-tenu du cycle de vie bentho-pélagique de P. lividus, nous avons inscrit cette problématique dans une échelle régionale.Les résultats obtenus permettent de dresser un premier état des lieux de la structuration et des fluctuations d'abondances des peuplements de P. lividus sur l'aire toulonnaise et démontrent la fragilité des stocks naturels vis à vis des captures. La maîtrise complète du cycle de vie en aquaculture a été obtenue, notamment en optimisant les conditions d’élevage au stade critique de la métamorphose. Enfin, les repeuplements expérimentaux, réalisés à l'échelle pilote, ont présenté un succès variable selon les sites mais potentiellement important, sans aucun effet sur la structuration et la diversité génétique des stocks naturels. Le travail engagé et les premiers résultats sont discutés dans le contexte de la conservation et de l'exploitation durable de cette ressource naturelle. Ils constituent en outre un préalable indispensable aux réflexions sur l’ajustement ou la mise en place de nouvelles actions de gestion des populations et de la ressourceDespite current measures regulating captures, the erosion of natural stocks of the edible Paracentrotus lividus sea urchin of Mediterranean Sea, raises concerns about the sustainability of its exploitation and the stability of the associated ecosystem. In 2009, upon request of professional fishermen, resource managers and the urban district of Toulon Provence Méditerranée, we have initiated a program of research to better understand the influence of natural and anthropogenic processes that shape natural populations. The objectives of the thesis were (1) to monitor the demographic evolution of P. lividus communities on eight sites of the Toulon area between 2011 and 2013 before and after the legal harvesting period, (2) to develop a reliable method of production of P. lividus juveniles in hatchery and (3) to evaluate the effectiveness of restocking at a pilot scale and assess its potential impact over natural populations. Given the long larval phase in the bentho-pelagic cycle of this species, we monitored the genetic diversity of P. lividus populations at a regional scale.The data and results acquired during this work first provide an initial evaluation of the structure, abundance and fluctuation of followed P. lividus populations along the Toulon coast and demonstrate the vulnerability of natural stocks towards harvesting. In addition, complete control over the whole life cycle in batch was achieved through optimization of cultural and food parameters, especially at the critical stage of settlement and metamorphosis. Finally, experimental restocking trials demonstrated varying success depending on the site, but potentially significant, without apparent effect on the genetic diversity of wild stocks. Results obtained in this thesis are discussed in the context of conservation and sustainable exploitation of this natural resource. They are also a prerequisite to discussion on the adjustment or implementation of new management guidelines
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Galzin, René. "Ecologie des Poissons récifaux de Polynésie française : variations spatio-temporelles des peuplements : dynamique des populations de trois espèces dominantes des lagons nord de Moorea : évaluation de la production ichtyologique d'un secteur récifo-lagonaire." Montpellier 2, 1985. http://www.theses.fr/1985MON20029.
Full text
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Loots, Christophe. "Contrôle de la distribution spatiale de l'habitat de reproduction chez les populations de poissons : approche multi-modèles appliquée à la plie et au merlan de Mer du Nord et à l'anchois du Golfe de Gascogne." Paris 6, 2009. http://www.theses.fr/2009PA066496.
Full textAbstract:
La reproduction est une phase importante du cycle de vie des poissons car elle assure le renouvellement du nombre d’individus dans la population. La détermination des facteurs qui influencent sa dynamique spatiale est donc un point capital car elle va affecter le succès de la reproduction. Une approche multi-modèles a été développée afin d’identifier les facteurs contrôlant la distribution spatiale des adultes reproducteurs pour la plie et le merlan de Mer du Nord et pour l’anchois du golfe de Gascogne. Les modèles additifs généralisés ont été utilisés pour relier la présence-absence des individus et leurs abondances aux différentes hypothèses de contrôle externes (position géographique et environnement) et internes à la population (dépendance spatiale, taille, structure en âge et mémoire). Les modèles construits ont été classés en fonction de leur aptitude à refléter les distributions observées. Les hypothèses de contrôle importantes ont alors été identifiées à partir des meilleurs modèles. L’habitat de reproduction montre une structuration très importante dans l’espace. L’approche multi-modèles révèle (1) l’influence de l’environnement sur l’occupation des zones de reproduction et (2) le degré d’abondance avec lequel ces zones sont occupées est déterminé par des facteurs internes à la population. La persistance dans le temps de la structuration spatiale de la reproduction est facilitée par un attachement des individus à leur site de reproduction. Celui ci est plus fort pour des bentho-démersaux comme la plie et le merlan que pour un pélagique comme l’anchois.
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Crisci, Carolina. "Effets du changement climatique sur les écosystèmes littoraux de la mer Méditerranée nord-occidentale : étude de la relation entre les conditions de température et la réponse biologique pendant les événements de mortalité massive." Thesis, Aix-Marseille 2, 2011. http://www.theses.fr/2011AIX22092.
Full text
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Ledoux, Jean-Baptiste. "Biologie de la conservation du corail rouge, Corallium rubrum (Linnaeus, 1758) : impact du changement global sur l'évolution des populations infralittorales en Méditerranée Nord-Occidentale." Thesis, Aix-Marseille 2, 2010. http://www.theses.fr/2010AIX22096/document.
Full textAbstract:
Les pressions anthropiques agissent en synergie du gène à l’écosystème, des régions polaires aux régions tropicales et induisent une érosion biologique telle, qu'elle est qualifiée de sixième extinction de masse.Ce constat pose la question de l’évolution de la biodiversité face aux changements environnementaux en cours. C’est dans ce contexte que s’inscrit ce travail de thèse focalisé sur les populations de surface (5 -60 m) de corail rouge, Corallium rubrum (Linnaeus, 1758), en Méditerranée Nord-Occidentale.Le corail rouge (Octocorallia, Coralliidae) est une espèce sessile à phase larvaire caractérisée par sa longévité importante, sa dynamique de population lente et son rôle structurant au sein des communautés de substrats durs de Méditerranée. Soumis à une importante pression de récolte, Corallium rubruma récemment subi deux évènements de mortalité massive concordant avec des anomalies thermiques positives, potentiellement liées au réchauffement climatique. La combinaison de ces deux pressions environnementales est donc susceptible d’affecter fortement l’évolution des populations de surface de cette espèce. Basé sur une approche intégrant génétique des populations et écologie de terrain, ce travail a pour objectif principal d’étudier les processus microévolutifs en jeu chez le corail rouge, de l’inter- à l’intra- populationel, afin de contribuer à l'amélioration de nos connaissances sur la biologie de cette espèce dans le contexte environnemental actuel.Ce travail de thèse élargit le champ de connaissances relatif à l’écologie de Corallium rubrum et fournit un ensemble d’outils et de données pour sa conservation face aux perturbations environnementales en cours.Il contribue, par la même occasion, à une avancée significative dans la compréhension de la biologie des organismes marins sessiles à phase larvaire.Il illustre notamment la pertinence d'approches mises place à des échelles spatiales réduites, pour répondre à des questions fondamentales sur l’évolution de ces organismes, souvent clés au sein de communautés sous pressionAnthropic pressures act synergistically from gene to ecosystems and from polar to tropical regions, inducing a strong biological loss, which is considered by many as the sixth mass extinction. The evolution of biodiversity facing the ongoing global change is thus an open question.The present study is focused on the shallow populations (5 - 60 m) of Corallium rubrum (Octocorallia,Coralliidae) in the North Western Mediterranean Sea. The red coral is a sessile and long-lived species with a larval phase, a slow population dynamics and an important structuring role in the Mediterranean hard substrates communities. This species faces a strong harvesting pressure, and recently underwent two massmortality events linked to positive thermal anomalies putatively due to ongoing climate change. These two pressures may have deep implications on the evolution of the shallow populations of this species. Using population genetics and field ecology, the main objective of this study was to define microevolutionary processes acting between and within red coral populations, to enhance our knowledge on the biology of this species facing the environmental changes. This work extends our knowledge concerning the ecology of Corallium rubrum, and provides new toolsand data for its conservation in the context of the ongoing global change. Moreover, this work improves our understanding in the biology of sessile marine organisms with a larval phase, illustrating for example the relevance of approaches conducted at fine geographical scales to address questions regarding the evolution of these organisms
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Lubat, Vincent. "Approches biologiques et moléculaires dans l'étude des Myxosporidies, du PKX et des Marteilia : impacts en aquaculture." Montpellier 2, 1990. http://www.theses.fr/1990MON20282.
Full textAbstract:
L'etude de la parasitofaune des poissons marins mediterraneens des cotes francaises du languedoc-roussillon et de la baie de kotor (adriatique) en yougoslavie, a revele la presence de 45 especes de myxosporidies, dont huit nouvelles pour la science. Plusieurs aspects de la biologie de ces parasites sont abordes. L'impact de ces parasites en aquaculture a ete etudie a travers le modele thelohanellus nikolskii responsable d'epizooties dans les elevages de carpes d'europe centrale et d'asie. La pathologie liee a cette espece, ainsi que les stades initiaux de la sporogenese ont ete precises. Les affinites des myxosporidies avec le parasite pkx et les marteilia nous a amene a etudier egalement le cas de ces deux autres parasitoses: l'hepatonephrite parasitaire des salmonides (pkd), ainsi que la marteiliose de l'huitre plate ostrea edulis. Les premieres approches moleculaires de ces organismes ont permis la construction d'une banque genomique de m. Refringens et la caracterisation d'une premiere sonde nucleique specifique. L'etude preliminaire de celle-ci a ete realisee, et son utilisation comme outil epidemiologique et de diagnostic, est abordee
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Lteif, Myriam. "Biology, distribution and diversity of cartilaginous fish species along the Lebanese coast, eastern Mediterranean." Thesis, Perpignan, 2015. http://www.theses.fr/2015PERP0026/document.
Full textAbstract:
L’objectif de cette étude était de contribuer à une meilleure compréhension des poissons cartilagineux dans les eaux côtières libanaises du bassin oriental de la Méditerranée. Dans ce contexte, les différents aspects relatifs à la distribution, la diversité, la biologie et l’écologie de ces espèces ont été développés. Au total, 315 spécimens de poissons cartilagineux ont été échantillonnés appartenant à 25 espèces, dont 11 espèces de requins et 14 espèces de batoïdes. Aucune chimère n’a été enregistrée. Les données ont été collectées à partir (a) de captures expérimentales dans le cadre du projet "CIHEAM PESCA-Libano" et (b) d’observations périodiques des poissons dans les poissonneries et capturés par les pêcheurs. A partir des données de captures expérimentales, la distribution spatio-temporelle a été évaluée à travers lecalcul de ‘la capture par unité d'effort’. Cette dernière a été estimée à la fois à partir des données des scientifiques et commerciales, en prenant en considération le nombre total d’espèces. Différentes relations longueur-poids ont été établies pour 3 requins et 5 batoïdes, et cela pour les espèces présentant un nombre d’individus supérieur à 10. Finalement, la biologie et l’écologie de deux espèces commerciales bien exploitées dans les eaux côtières libanaises ont été présentéesThe aim of this study is to contribute to a better knowledge of cartilaginous fish in the Lebanese coastal waters, Eastern Mediterranean. Emphasis was placed on various aspects of the distribution, diversity, biology and ecology of these species. In this study, a total of 314 specimens of cartilaginous fish were sampled. These specimens constituted of 25 cartilaginousfish species, 11 shark species and 14 batoid species. No chimaeras were recorded. The data was collected from two sources: (a) an experimental survey in the framework of the CIHEAM PESCA-Libano project and (b) periodic observation of fisheries and catches of hired fishermen. Spatiotemporal distribution was evaluated using the Catch Per Unit Effort of the experimental survey data. Spatiotemporal diversity was also estimated taking into account the total number of species caught in the survey and fisheries/fishermen data. Length-weight relationships for three sharks and five batoids were also presented for species of the combined data sources having more than 10 individuals. Finally, the biology and ecology of two commercially significant and exploited species were also presented as a first step in their fishery management andconservation
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Bret, Victor. "Dynamique spatio-temporelle des populations de truites en milieu naturel et au voisinage des ouvrages hydroélectriques." Thesis, Lyon, 2016. http://www.theses.fr/2016LYSE1051/document.
Full textAbstract:
Bien que l’écologie de la truite (Salmo trutta) ait déjà été bien étudiée, les processus expliquant la dynamique spatio-temporelle des populations restent à caractériser. L’objectif de cette thèse était d’identifier les processus démographiques (ex. survie ou déplacements) et l’influence des processus biotiques (interactions entre individus) et abiotiques (conditions environnementales) qui structurent dans le temps et dans l’espace les différentes classes d’âge (alevins, juvéniles et adultes) de ces populations. J’ai étudié l’influence sur la survie apparente de (1) la densité-dépendance et (2) des conditions environnementales vécues directement par les truites (habitat hydraulique et température de l’eau). Pour évaluer la transférabilité des résultats, j’ai évalué (3) l’échelle spatiale (globale ou locale) à laquelle opéraient les processus et (4) si ces processus variaient entre populations (approche hiérarchique). J’ai considéré la dynamique de 45 populations de truites dont 22 sont situées à l’aval d’un ouvrage hydroélectrique. A large échelle, il est apparu que le recrutement de populations séparées par des distances allant jusqu’à 75km peut être synchronisé par de fortes crues lors de l’émergence des alevins ou des déplacements du substrat de ponte. Nous avons synthétisé les résultats de l’application d’un modèle déterministe de dynamique de population, calibrés localement sur neuf stations aux conditions environnementales bien caractérisées. Cette synthèse a montré que des processus locaux influençaient directement la dynamique des populations. Enfin, la construction d’un modèle hiérarchique a montré le rôle structurant de la mortalité densité-dépendante des juvéniles et des adultes, dont l’intensité augmentait en l’absence d’abris (<2% de la surface) ou variait avec la température de l’eau (diminution pour les juvéniles et augmentation pour les adultes). Ce travail fournit des bases scientifiques aux gestionnaires d’ouvrages hydro-électriques pour leur permettre de limiter leur influence sur les populations de poissons et répondre ainsi aux demandes réglementairesBrown trout (Salmo trutta) ecology was largely studied. However, the process structuring the spatiotemporal patterns of population dynamics remains unclear. The objective of this thesis was to identify the demographic processes (e.g. survival or displacements) and the influence of biotic (between-individuals interactions) and abiotic (environmental conditions) processes structuring the age-stages (fry, juveniles and adults) of these populations in time and space.I studied (1) the role of density-dependence on survival and (2) the influence of environmental conditions experienced by trouts (hydraulics and water temperature). To assess the results’ transferability, I studied (3) the spatial scale (global or local) of influence of the processes and (4) if those processes varied among populations (hierarchical approach).I considered the dynamics of 45 trout populations, 22 being located downstream a hydropower facility. At a large scale, the recruitment of distant populations (up to 75 km apart) may be synchronized by large floods during emergence of fry or by spawning substratum displacements. We summarized the results of a determinist population dynamics models, locally calibrated on nine reaches showing well-described environmental conditions. This summary revealed the influence of various local drivers on population dynamics. Finally, a hierarchical model showed that density-dependent mortality among juveniles and adults was a key biotic process. The strength of the competition was greater in absence of shelter (<2% of the surface) and varied with water temperature (decreasing for juveniles and increasing for adults).The results of this work will provide scientific basis to hydropower facility managers. This will help them to reduce their influence on trout populations and respond to regulatory demands