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Dissertations / Theses on the topic 'Polymérase de la grippe'
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Monod, Alexandre. "Etude structurale et fonctionnelle de l'ARN-polymérase du virus de la grippe." Thesis, Grenoble, 2014. http://www.theses.fr/2014GRENV045/document.
Full textAbstract:
Le virus influenza de type A est un virus à ARN simple brin de polarité négative qui se réplique dans le noyau des cellules infectées. Son génome se compose de huit segments d'ARN viral (ARNv). Chaque segment est recouvert de multiples copies de nucléoprotéines virales (NP). Chacune des extrémités strictement conservées 3' et 5' des huit segments d'ARNv interagit avec une ARN-polymérase ARN-dépendante. Le complexe entre l'ARNv, NP et l'ARN-polymérase ARN-dépendante forme une particule appelée ribonucléoprotéine (RNP) constituant l'entité fonctionnelle pour la réplication du génome viral et sa transcription en ARN messagers. Dans le contexte de la RNP, ces deux processus sont assurés par l'ARN-polymérase ARN-dépendante formée de trois protéines (PA, PB1 et PB2). L'ARN-polymérase du virus influenza A fait l'objet de nombreuses études. Son étude structurale se heurte à la difficulté d'obtenir ce complexe hétérotrimérique sous forme soluble et en grande quantité, deux conditions qu'impose la biologie structurale. Ainsi, durant les huit dernières années, les données structurales à l'échelle atomique n'ont été obtenues que sur des domaines isolés de l'ARN-polymérase laissant l'essentiel de la structure de PB1 inconnue. Pour contourner ce problème, une nouvelle stratégie s'appuyant sur le système d'expression en cellules d'insecte infectées par baculovirus a été développée. Cette stratégie a permis la production d'une forme tronquée de l'ARN-polymérase du virus influenza de type A qui a été étudiée d'un point de vue structural et fonctionnel. Plusieurs reconstructions en trois dimensions ont été obtenues par microscopie électronique et une structure cristalline à faible résolution (7,7 Å) a pu être résolue. Les études fonctionnelles se sont axées sur les activités portées par l'hétérotrimère tronqué et un accent particulier a été mis sur l'étude des interactions avec l'ARN. Les informations sur les activités catalytiques obtenues in vitro ont mis en évidence un rôle clef de certains ions métalliques. Afin de connaitre l'environnement en ions métalliques et cibler leur rôle à l'échelle cellulaire, leur distribution dans la cellule infectée par le virus influenza A a été étudiée par microscopie rayons-X. Cet aspect de l'infection étant très peu documenté, cette étude s'inscrit dans une démarche originale et a offert l'opportunité d'intégrer les données biochimiques et biophysiques à l'échelle de la cellule entière<br>Influenza A virus is a negative single stranded RNA virus that replicates in the nucleus of infected cells. Its genome contains eight single stranded negative-sense RNA segments (vRNA) covered by the viral nucleoprotein (NP). The highly conserved 3' and 5' ends of the vRNA are bound to the RNA-dependent RNA-polymerase (RdRp) which consists of three subunits, PA, PB1 and PB2. The complex between vRNA, NP and the RdRp forms a particle called ribonucleoprotein (RNP). The RNP acts as an independent molecular machine for transcription and replication in the nucleus. Within the context of the RNP, these two processes are mediated by the RdRp. The influenza A RdRp complex has been remarkably intractable to structural analysis and in the last eight years, crystal structures of independent domains covering roughly half of the heterotrimeric RdRp have been determined. In addition, electron microscopy reconstructions have described the RdRp. Nonetheless, a complete model characterizing the RdRp as a whole is still lacking. To overcome this issue, a new strategy has been developed to obtain the RdRp heterotrimeric complex using the baculovirus infected cells expression system. This method has produced a truncated form of the flu A RdRp which has been studied from a structural and functional point of view. Several three-dimensional reconstructions by electron microscopy have been obtained and a crystal structure at low resolution (7,7 Å) has been solved. Functional studies focused on the activities carried by the truncated RdRp and a particular emphasis was placed on the study of the interactions with RNA. In vitro functional data showed highly metal ion-dependent activities. To know more about the subcellular metal context, metallic ions distribution in influenza A infected cells has been studied by X-ray microscopy giving the opportunity to integrate biochemical and biophysical data in the context of the whole cell
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Lukarska, Mariya. "Caractérisation structurale et fonctionnelle de l'intéraction entre la polymérase d'influenza et la machinerie cellulaire de transcription." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018GREAV031.
Full textAbstract:
La grippe est une maladie infectieuse qui se traduit par des épidémies saisonnières et pandémies occasionnelles et qui a des conséquences importantes sur la santé publique. Elle est causée par le virus influenza, un virus à ARN négatif segmenté. Chaque segment du génome est transcrit et repliqué dans le noyau de la cellule hôte par la polymérase virale, une ARN polyméraseARN-dépendente. Afin de pouvoir produire un ARN messager (ARNm) viral qui peut être reconnu par la machinerie de traduction de la cellule, la polymérase de la grippe se sert d’un mécanisme appelé ‘cap-snatching’ (mécanisme de ‘vol de coiffe’). La polymérase virale intéragit avec un ARNm coiffé, produit par l’ARN polymérase II de la cellulle hôte, coupe cet ARN à proximité de la coiffe et l’utilise comme amorce pour l’initiation de la transcription de son propre matériel génétique. Par conséquence, la transcription virale est fonctionnellement liée à la transcription cellulaire. L’objet des recherches présentées dans cette thèse portait sur l’intéraction entre la polymérase de la grippe et la machinerie de transcription de la cellule hôte et plus précisément, la caractérisation structurale et fonctionelle de l’association entre la polymérase de la grippe et le domain C-terminal de l’ARN polymérase II (CTD), qui sert de support pour la coordination des processus de synthèse et les modifications post-transcriptionelles de l’ARNm. Les structures cristallographiques obtenues de la polymérase d’influenza A et B, associées aux peptides dérivés du domain CTD de l’ARN polymérase II, ont permis d’élucider comment la polymérase virale reconnait spécifiquement la polymérase cellulaire. La perturbation de cette intéraction mène à l’inhibition de l’amplification du virus, ce qui confirme que cette association est essentielle. Dans la seconde partie de la thèse, un complexe actif de ‘cap-snatching’ a été assemblé in vitro et caractérisé fonctionellement, constitué du complexe d’élongation contenant l’ARN polymérase II avec un ARNm coiffé et son domain CTD phosphorylé, lié à la polymérase virale elle-même transcriptionnellement active. De plus, l’intéraction de la polymérase virale avec deux facteurs impliqués dans la régulation de l’élongation par l’ARN polymérase II, DRB sensitivity-inducing factor et Tat stimulatory factor 1, a été caractérisée. En conclusion, le travail de thèse présenté ici a contribué à élucider le mécanisme de recrutement de la polymérase d’influenza à la machinerie de transcription cellulaire et a montré que l’association entre les polymérases virale et cellulaire est essentielle pour la réplication du virus. La perturbation de cette intéraction est une piste prometteuse pour la conception de nouveaux médicaments contre le virus influenza<br>Influenza is an infectious disease causing seasonal epidemics and occasional pandemics, which are a significant health burden for the global human population. The causative agent, influenza virus, is a negative-strand segmented RNA virus. Each segment of the viral genome is transcribed and replicated by a virally-encoded RNA-dependent RNA polymerase in the nucleus of the infected cell. In order to produce a functional viral messenger RNA (mRNA) that can be processed by the cellular translation machinery, influenza polymerase employs a mechanism called‘cap-snatching’. The viral polymerase binds to a nascent, capped transcript, produced by the cellular RNA polymerase II, cleaves it shortly after the cap and uses it as a primer for the transcription of its own genomic segments. Viral transcription is therefore functionally dependent on cellular transcription. The studies described in this thesis aimed to investigate the interaction between influenza polymerase and the cellular transcription machinery. The main focus was to characterize structurally and functionally the association of influenza polymerase with the C-terminal domain (CTD) of RNA polymerase II, which serves as a scaffold for coordinating co-transcriptional events during mRNA synthesis and processing. Crystal structures of influenza A and B polymerase bound to phosphorylated peptides mimicking the CTD of RNA polymerase II gave new insight on how the viral polymerase directly recognizes the transcribing cellular polymerase. Moreover, disrupting this interaction was found to be severely detrimental to viral replication, confirming the essentiality of this association. In the second part of this work, an active cap-snatching complex was assembled in vitro and characterized functionally. This comprised a reconstituted RNA polymerase II elongation complex with emerging capped transcript and phosphorylated CTD with bound and transcriptionally active influenza polymerase. Additionally, the interaction of the viral polymerase with two factors involved in the regulation of transcription elongation by RNA polymerase II, DRB sensitivity-inducing factor and Tat stimulatory factor 1, was analyzed biochemically. Overall, the work presented here gives insights into the mechanism of recruitment of the influenza polymerase to the cellular transcription machinery and shows that the association of the viral and cellular polymerase is essential for the viral replication. Targeted disruption of this interaction is therefore a promising avenue for the design of novel anti-influenza drugs
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Swale, Christopher. "RNA binding and assembly of human influenza A virus polymerases." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2015. http://www.theses.fr/2015GREAV053/document.
Full textAbstract:
Le virus de la grippe A est un virus à ARN négatif appartenant à la famille des Orthomyxoviriadea dont la réplication se produit dans le noyau des cellules infectées. L'organisation du génome est segmentée en huit segments d'ARNv de polarité négative, codant pour un minimum de 16 protéines virales différentes. Ces ARN viraux (ARNv) sont en complexe avec de nombreuses copies de nucléoprotéines et liés par leurs extrémités 5' et 3' au complexe hétérotrimérique de l'ARN-polymérase ARN-dépendante composé des sous unités PA, PB1 et PB2. Cet assemblage macromoléculaire (ARNv / polymérase / NP) nommée Ribonucléoprotéine (RNP) constitue une entité génomique indépendante. Dans le contexte de la RNP, l'ARN-polymérase assure à la fois la transcription et la réplication du génome ARNv. En assurant ces deux fonctions, l'ARN-polymérase joue un rôle majeur dans la réplication virale et constitue une cible antivirale privilégiée. Les travaux de recherche présentés dans cette thèse se concentrent sur les éléments structuraux participants à l'assemblage de l'ARN polymérase et son interaction avec les avec les ARNv. Pour atteindre ces objectifs, notre laboratoire, en collaboration avec d'autres groupes, a mis en place un système d'expression en polyprotéines permettant d'exprimer la polymérase. Plus encore, cette méthode a aussi permis de reconstituer des complexes entre l'ARN-polymérase et des partenaires cellulaires, notamment RanBP5 qui appartient à la famille des importines-β<br>Influenza A virus is a negative-strand RNA virus belonging to the Orthomyxoviriadea family whose replication occurs in the nucleus of infected cells. The genome organisation of influenza virus is segmented in eight vRNA segments of negative polarity coding for at least 16 different viral proteins. Each vRNA is bound to multiple copies of nucleoprotein (NP) and to the heterotrimeric RNA-dependent RNA-polymerase complex (PA, PB1 and PB2) through its 5' and 3' extremities. This macromolecular assembly (vRNA/polymerase/NP) forms the ribonucleoprotein (RNP) particle, which acts as a separate genomic entity within the virion. The RNP complex is at the core of viral replication and in the context of RNPs, the polymerase performs both transcription and replication of the vRNA genome. As such, the polymerase constitutes a major antiviral drug target. The research work presented within this thesis focuses on the underlying determinants of the RNA polymerase assembly process and its interaction with its vRNA genome. To fulfill these goals, our lab, in collaboration with other groups, has set up a novel polyprotein expression system to express the polymerase but also to reconstitute polymerase and cellular partner complexes, notably RanBP5, which belongs to the importin-β family
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Boulo, Sébastien. "Etudes structurales et fonctionnelles de la nucléoprotéine et de la polymérase du virus de la grippe en association avec leur transporteur nucléaire humain." Phd thesis, Université Claude Bernard - Lyon I, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00356602.
Full textAbstract:
Le virus de la grippe est un virus à ARN négatif de la famille des Orthomyxoviridae et représente l'un des rares virus à ARN à se répliquer dans le noyau. Les particules ribonucléoprotéiques (RNP) contiennent l'ARN viral protégé par les nucléoprotéines (NP) et associé à l'ARN polymérase virale (sous-unités PB1, PB2 et PA). Nous avons étudié, par des techniques de biochimie et de biophysique, l'interaction de la nucléoprotéine non seulement avec l'ARN viral mais aussi avec son transporteur nucléaire humain, l'importine alpha 5. D'autre part, nous avons résolu la structure cristallographique d'un domaine de la polymérase (PB2) en complexe avec l'importine alpha 5. L'ensemble des résultats obtenus nous permet de mieux comprendre les interactions mises en jeu entre protéines virales et protéines de l'hôte et ainsi de comprendre pourquoi certains acides aminés présents dans le virus aviaire augmentent la virulence de la grippe chez l'humain.
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Boulo, Sébastien. "Études structurales et fonctionnelles de la nucléoprotéine et de la polymérase du virus de la grippe en association avec leur transporteur nucléaire humain." Lyon 1, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/35/66/02/PDF/These_Sebastien_BOULO.pdf.
Full textAbstract:
Le virus de la grippe est un virus à ARN négatif de la famille des Orthomyxoviridae et représente l'un des rares virus à ARN à se répliquer dans le noyau. Les particules ribonucléoprotéiques (RNP) contiennent l'ARN viral protégé par les nucléoprotéines (NP) et associé à l'ARN polymérase virale (sous-unités PB1, PB2 et PA). Nous avons étudié, par des techniques de biochimie et de biophysique, l'interaction de la nucléoprotéine non seulement avec l'ARN viral mais aussi avec son transporteur nucléaire humain, l'importine alpha 5. D'autre part, nous avons résolu la structure cristallographique d'un domaine de la polymérase (PB2) en complexe avec l'importine alpha 5. L'ensemble des résultats obtenus nous permet de mieux comprendre les interactions mises en jeu entre protéines virales et protéines de l'hôte et ainsi de comprendre pourquoi certains acides aminés présents dans le virus aviaire augmentent la virulence de la grippe chez l'humain<br>The virus of influenza is a negative-sense RNA virus belonging to the family of Orthomyxoviridae and represents one of the rare RNA viruses to replicate in the nucleus. The ribonucleoprotein particles (RNP) contain the viral RNA, protected by the nucleoproteins (NP) and associated with the RNA viral polymerase (subunits PB1, PB2 and PA). Using biochemical and biophysical tools, we have studied the interaction of the nucleoprotein not only with the viral RNA but also with its human nuclear transporter importin alpha 5. Besides, we have solved the crystallographic structure of a domain of the polymerase (PB2) in complex with importin alpha 5. Our results enable us to better understand the interactions between viral proteins and host proteins and thus, to understand why some amino-acids in the avian influenza virus increase the virulence of the virus in humans
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Andrieux, Florian. "Rôle de la protéine PB1 dans la fidélité du complexe polymérase des virus influenza." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2017. http://www.theses.fr/2017USPCC216/document.
Full textAbstract:
Les virus influenza de type A (IAV) appartiennent à la famille des Orthomyxoviridae. Ces virus enveloppés présentent un génome composé de 8 segments d’ARN simple brin, de polarité négative. Chaque segment est encapsidé par les nucléoprotéines (NP) et associé au complexe polymérase viral, hétérotrimère composé des sous-unités PB1, PB2 et PA, pour former la ribonucléoprotéine virale (RNPv). La protéine PB1 est la sous-unité catalytique responsable de l’activité ARN polymérase ARN-dépendante du complexe viral. La RNPv représente ainsi l’unité minimale de transcription et réplication du génome viral. En raison de la faible fidélité de la polymérase virale et l’absence d’activité de relecture, les IAV présentent un taux de mutation élevé, responsable du développement rapide de populations virales d’une grande diversité génétique, appelées quasi-espèces. Des études récentes ont permis d’identifier des mutants présentant une fidélité de réplication augmentée, due à des mutations uniques dans la sous-unité PB1. Comme décrit pour d’autres virus à ARN, différentes mutations peuvent avoir un effet similaire sur l’activité de la polymérase virale. Afin d’approfondir la caractérisation de la protéine PB1 nous avons recherché d’autres positions pouvant avoir un rôle dans la fidélité de la polymérase, la sélectivité des nucléotides ou la processivité du complexe. Pour cela, des banques de séquences PB1 mutées ont été générées par mutagénèse aléatoire pour deux sous-types de virus influenza A, H3N2 et H1N1pdm09, circulant actuellement chez l’homme. A partir de ces banques, des expériences de reconstitution transitoire de RNPv fonctionnelles (minigénome) en présence de ribavirine, un analogue nucléosidique mutagène, ont permis d’évaluer l’activité de la polymérase et de sélectionner, après subdivisions successives des banques, des mutations conférant une résistance au composé mutagène supérieure à celle de la polymérase sauvage. Les mutations ainsi identifiées dans différentes régions du segment PB1 ont ensuite été réintroduites de manière spécifique, par mutagénèse dirigée, dans la séquence du gène PB1. L’impact de ces mutations sur l’activité de la polymérase a été évalué par des expériences de minigénome en présence et absence de ribavirine. Les mutations pour lesquelles la résistance à la ribavirine a été confirmée ont alors été introduites par génétique inverse dans le contexte du génome viral complet. La majorité des mutations s’est avérée viable et a permis l’obtention de virus mutants infectieux. La capacité de multiplication des virus mutants a été évaluée en cellules MDCK et comparée à celle des virus sauvages correspondants, en absence et en présence de ribavirine. Ainsi, deux mutants porteurs de deux mutations différentes, localisées dans des régions distinctes de la protéine PB1, présentent une capacité à résister à la ribavirine supérieure à celle du virus sauvage. L’analyse de la diversité des populations virales, évaluée par séquençage à haut-débit, en utilisant la technologie Illumina, permettra de confirmer si cette résistance à la ribavirine est bien liée à une augmentation de la fidélité de la polymérase virale. Cette étude a ainsi permis de préciser les éléments de la protéine PB1 impliqués dans l’activité et potentiellement la fidélité de la réplication virale pour deux sous-types de virus influenza A<br>Influenza type A viruses (IAVs) belong to the Orthomyxoviridae family. The genome of these enveloped viruses consists of 8 single-stranded RNA segments of negative polarity. Each segment is encapsidated by oligomers of the nucleoprotein (NP) and associated with the viral polymerase complex, a heterotrimer composed of the PB1, PB2 and PA subunits to form the viral ribonucleoproteins (vRNPs). The PB1 protein is the catalytic subunit of the polymerase complex, harboring the RNA-dependent RNA polymerase activity. The vRNP represents the minimal functional unit for transcription and replication of the viral genome. Given the low fidelity and lack of proofreading activity of their polymerase, IAVs have a high mutation rate leading to the rapid development of viral populations with high genetic diversity, called quasispecies. Recent studies identified mutants with increased replication fidelity, due to single mutations in the PB1 subunit. As described with other RNA viruses, different mutations could have similar effects on the activity of the viral polymerase. To improve the characterization of the PB1 protein, we searched for other positions that may have a role on polymerase fidelity, nucleotide selectivity or complex processivity. For this purpose, random mutagenesis was used to generate libraries of mutated PB1 from influenza A virus subtypes H3N2 and H1N1pdm09, currently circulating in humans. From these libraries, transient reconstitution of functional vRNPs (minigenome) experiments were performed with ribavirin, a mutagenic nucleoside analog, to evaluate the polymerase activity. Upon selection based on the polymerase activity of successively subdivided libraries, PB1 mutations with increased polymerase activity in the presence of ribavirin relative to wild-type were identified in several regions of PB1. These mutations were specifically re-introduced in PB1 by directed mutagenesis. Their impact on polymerase activity was evaluated by minigenome experiments with and without ribavirin. Mutations with confirmed resistance against ribavirin were then introduced in the context of infectious virus by reverse genetics. Most corresponding mutant viruses could be rescued. Their growth characteristics were analysed in MDCK cells and compared to the corresponding wild-type viruses, in the presence or absence of ribavirin. Two mutants carrying two different mutations, located in distinct regions of the PB1 protein, displayed an improved capacity to resist ribavirin relative to the wild-type virus. Viral populations genetic diversity analysis by next-generation sequencing, using Illumina technology, will confirm whether the observed resistance against ribavirin is linked to an increase of the viral polymerase fidelity. This study provides insights into the PB1 domains involved in the activity and potentially the viral replication fidelity of two influenza A virus subtypes
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Dias, Alexandre. "Études structurales et fonctionnelles de la sous-unité PA du complexe polymérasique du virus influenza." Grenoble 1, 2009. http://www.theses.fr/2009GRE10292.
Full textAbstract:
La polymérase du virus de la grippe est un complexe hétérotrimérique composé des sous-unités PB1,PB2 et PA. Le rOle de ce complexe est de répliquer et de transcrire les génomes viraux, au sein du compartiment nucléaire. Malgré les nombreux efforts déployés sur l'étudE de la polymérase, seules des reconstructions par microscopie électronique sont disponibles sur ce complexe. Récemment, notre laboratoire a lancé un projet d'étude structurale et fonctionnelle sur ce complexe, permettant d'obtenir les structures tridimensionnelles dE plusieurs domaines de la sous-unité PB2. Au cours de mes travaux de thése, nous sommes parvenus à résoudre la structure d'un domaine de PA : Le domaine N-terminal contenant 209 résidus. Nous avons montré que ce domaine présente une similarité structurale avec les enzymes de restriction de type Il et qu'il posséde une activité nucléase (DNase et RNase). De ce fait, ce domaine peut être classé dans la grande famille des enzymes à motif PD-D/EXK. Cette étude associée aux données structurales collectées sur la sous unité PB2, permet de mieux comprendre le mécanisme de vol de coiffe, spécifique du virus de la grippe. Enfin, l'obtention de la structure tridimensionnelle de ce domaine présentant une activité enzymatique est prometteur pour la conception rationnelle d'inhibiteur spécifiquE1de l'endonucléase du virus influenza<br>The influenza virus polymerase is a heterotrimeric complex composed of PA, PB1 and PB2 subunits. This complex is dedicated to replication and transcription of the viral genome, inside the nuclear compartment. Despite much research performed on the polymerase, the only structural data available on this complex are reconstructions made by electronic microscopy. Recently, our laboratory has initiated a structural and functional project on this complex, which led to the structure determination of several PB2 domains. My thesis work led to the structure determination of another domain from the PA subunit: the N-terminal domain encompassing the 209 first residues. We have shown that this domain shares structural similarities with type Il restriction enzymes and that it possesses nuclease activity (DNase and RNase). Indeed, this domain belongs to the PD-D/EXK enzyme family. This work, together with structural data collected on PB2, gives a better view of the cap-snatching mechanism, which is specifie of the influenza virus. Eventually, the availability of the structure of the enzymatically active PA-Nter domain should aid the design of a specifie inhibitor of the influenza virus endonuclease
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Kowalinski, Eva. "Études structurales des interactions virus-hôte à travers deux exemples : le récepteur du système immunitaire inne RIG-I et le domaine endonucléase de l'ARN polymérase du virus de la grippe." Phd thesis, Grenoble, 2010. https://theses.hal.science/tel-00752678.
Full textAbstract:
Le système immunitaire inné constitue la première barrière de défense du corps humain contre les agents infectieux. Constitue d'une poignée de récepteurs seulement (approximativement 50), ce système est capable de détecter la plupart des agents pathogènes et d'activer le système immunitaire adaptatif. Dans le cas d'une infection virale, deux classes de récepteurs sont mobilisées : les RLRs (Retinoic acid Like Récepteurs) et les TLRs (Toll Like Receptors). La famille des RLRs comprend notamment trois protéines, RIG-I, MDA-5 et LGP2, qui reconnaissent la présence d'ARN viral dans le cytosol. Dans la première partie de cette thèse, nous discuterons de la voie d'activation de RIG-I : avec quels types d'ARN et de quelle manière RIG-I interagit-il ? L'état d'oligomérisation de RIG-I change-t-il lors de l'interaction avec l'ARN ? De quelle manière RIG-I est-il influence par l'ubiquitine et sa ligase E3, TRIM25 ? Nous présenterons également la structure du domaine PRYSPRY de TRIM25, domaine minimum nécessaire à l'interaction avec RIG-I. Nous d'écrirons également les travaux préliminaires obtenus sur un complexe constitue de MDA5 et une molécule d'inhibition virale. L'ARN des virus de la grippe est un des activateurs du récepteur RIG-I. Les virus de la grippe appartiennent 'a la famille des Orthomyxoviridae qui touche les mammifères et les aves créant des épidémies saisonnières. Ces dernières peuvent causer jusqu'à plusieurs millions de morts lors de pandémies, soulignant le besoin de trouver de nouvelles solutions thérapeutiques. Dans la seconde partie de ma thèse, nous nous intéresserons à l'activité endonucléase de l'ARN polymérase du virus A/California/04/2009-H1N1 de la grippe porcine comme une cible pour de nouvelles molécules antivirales. Les structures de quatre inhibiteurs en complexe avec ce domaine seront présentées. Nous présenterons également la structure de PA-Nter avec les substrats rUMP et dTMP co-cristallisés dans le site actif. Toutes ces structures atomiques forment une base pour l'optimisation et la synthèse d'inhibiteurs<br>The first line of defense against invading pathogens in the human body is the innate immune system. Astonishingly, with only a handful of different pathogen recognition receptors (around 50), the innate immune system is able to detect a remarkably broad variety of pathogen specific molecules to trigger protective pathways and to activate the adaptive immune system. In the case of intruding viruses, two families of pattern recognition receptors (PRRs) are active: retinoic acid-inducible gene I (RIG-I)-like receptors (RLRs) and Toll-like receptors (TLRs). The family of RIG-I like receptors includes the proteins RIG-I, MDA5 and LGP2, which recognize viral RNA in the cytosol. In the first part of this thesis, aspects of the RIG-I pathway are discussed: With which RNA does RIG-I interact and how? Does the oligomeric state of RIG-I change upon RNA binding in or- der to trigger signaling? How is RIG-I regulated by ubiquitin and its E3 ubiquitin ligase TRIM25? The structure of the PRYSPRY domain of TRIM25, its putative RIG-I binding domain, will be presented. Furthermore, preliminary work on the second receptor MDA5 in complex with parainfluenza virus V, which inhibits the MDA5 pathway, protein will be shown. One of the activators of the receptor RIG-I is the RNA of influenza virus. Influenza viruses belong to the family of Orthomyxoviridae that affect birds and mammals and spread in seasonal epidemics. In pandemic years, this can result in up to millions of deaths worldwide, underlining the need for research on efficient novel anti-viral drugs. In the second part of the thesis (appended as an article manuscript), the A/California/04/2009- H1N1 "swine flu" influenza RNA polymerase will be investigated as a novel antiviral drug target. Crystal structures of the endonuclease domain (PA-Nter) of the polymerase with four different inhibitors are presented. Moreover, the atomic structures of H1N1 PA-Nter with rUMP and dTMP, elements of the nucleic acid substrate, in the active site are discussed. These high-resolution structures will serve as a basis for structure-based inhibitor optimization
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Richard, Marie-Claude. "L'ADN polymérase B d'embryon de blé : une DNA polymérase delta végétale." Bordeaux 2, 1988. http://www.theses.fr/1988BOR22028.
Full textAbstract:
Etude de la dna polymerase b de germe de ble qui possede une activite dna polymerasique et une activite nucleasique. Purification de la dna polymerase b, amelioration des techniques d'isolement. Caracterisation de l'activite polymerasique et de l'activite nucleasique. Il en ressort deux aspects: la specificite matricielle et la sensibilite aux inhibiteurs de l'activite polymerasique rapprochent la polymerase b de la polymerase delta animale
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Soerensen, Claudiana. "O Mez da Grippe." reponame:Repositório Institucional da UFPR, 2009. http://hdl.handle.net/1884/19927.
Full text
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Réminiac, Erwann Le Borgne Marc. "Aviculture et grippe aviaire." [S.l.] : [s.n.], 2008. http://castore.univ-nantes.fr/castore/GetOAIRef?idDoc=41511.
Full text
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Chen, Kuang-Yu. "Mechanistic study and prediction of influenza A virus genetic reassortment." Thesis, Université de Paris (2019-....), 2019. https://wo.app.u-paris.fr/cgi-bin/WebObjects/TheseWeb.woa/wa/show?t=4762&f=29825.
Full textAbstract:
La nature segmentée du génome des virus de la grippe A (IAV) permet une évolution rapide par réassortiment génétique. Bien que le nombre théorique de génotypes issus d'un réassortiment entre deux virus soit de 256 (28), la panoplie complète des différents génotypes n'a jamais été observée et certains gènes ont tendance à co-ségréger, suggérant que le réassortiment génétique est biaisé. Cependant, à ce jour, les contraintes qui façonnent le réassortiment génétique restent largement méconnues. L'objectif de mon projet est de progresser dans la compréhension des règles sous-jacentes au réassortiment génétique afin d'améliorer notre capacité à prédire le réassortiment entre les IAV circulant dans la nature.Nous avons dans un premier temps étudié l’incompatibilité entre sous-unités hétérologues de la polymérase virale (FluPol) réunies suite à un réassortiment génétique. En effet, nous avons observé qu'un virus réassortant dont le segment PB2 dérive du virus A/WSN/33 (WSN) dans un fond génétique A/PR/8/34 (PR8) était atténué, malgré un degré d’identité de 97% entre les protéines PR8-PB2 et WSN-PB2. Des passages en série indépendants ont conduit à la sélection de révertants phénotypiques portant des mutations secondaires distinctes sur les sous-unités PA, PB1 et PB2. L’impact de ces mutations a été étudié par génétique inverse et à l’aide de tests d’activité sur les polymérase virales. Pour chaque virus révertant, au moins une mutation a été localisée à l'interface de dimérisation de FluPol et s'est avérée réguler son taux de dimérisation. La mutation PA-E349K en particulier joue un rôle majeur dans la correction d'un défaut initial de réplication virale (ARNc -> ARNv). Nos résultats montrent que les sous-unités de la FluPol co-évoluent non seulement pour assurer des interactions optimales entre sous-unités, mais également des niveaux appropriés de dimérisation, indispensables à une réplication efficace. Ainsi, la dimérisation de la FluPol pourrait être l’un des facteurs limitant l’issue du réassortiment génétique.Parallèlement, afin d’étudier le réassortiment génétique de manière exhaustive et avec une puissance statistique suffisante, nous avons cherché à adapter un système déjà éprouvé de microfluidique en goutte pour un séquençage ciblé, à haut débit et massivement parallélisé, de > 105 IAV issus d’un réassortiment entre deux IAVs. Pour établir la faisabilité du système deux souches virales saisonnières circulantes ont été choisies et des amorces ciblant les huit segments d’ARNv de chaque virus ont été conçues, testées et optimisées. Une expérience contrôle préliminaire réalisée sur des cellules uniques infectées individuellement, montre que les informations sont correctement préservées au niveau de la cellule unique mais que la détection des segments et des souches était déséquilibrée. De nouvelles amorces ont été conçues et des stratégies d'amplification alternatives mises en œuvre et optimisées. Après analyse du réassortiment entre les deux souches saisonnières et validation des données par comparaison avec les données de surveillance, notre système sera appliqué au réassortiment génétique entre les virus saisonniers humains et les virus animaux d’intérêt zoonotique.À long terme, les données générées via notre plateforme devraient aider à la compréhension des mécanismes de réassortiment génétique entre virus influenza. Notre plateforme pourrait également devenir un outil prédictif s’ajoutant aux outils d'évaluation du risque de pandémie grippale ainsi qu’un outil de surveillance<br>The segmented nature of the genome of influenza A viruses (IAVs) allows rapid evolution by genetic reassortment. Although the theoretical number of genotypes that can emerge from reassortment between two viruses is 256 (28), the full panel of different genotypes was never observed and certain genes tend to co-segregate, suggesting that genetic reassortment is biased. However, to date, the constraints that shape genetic reassortment remain largely unknown. The objective of my project is to make progress in understanding the rules underlying genetic reassortment in order to improve our capacity to predict reassortment among co-circulating IAVs.First, we investigated the incompatibility between non-cognate subunits of the influenza polymerase complex (FluPol) brought together by genetic reassortment. Indeed, we observed that a 7:1 reassortant virus whose PB2 segment derives from the A/WSN/33 (WSN) virus in an otherwise A/PR/8/34 (PR8) backbone was attenuated, despite a 97% identity between the PR8- and WSN-PB2 proteins. Independent serial passages led to the selection of phenotypic revertants bearing distinct second-site mutations on PA, PB1 and PB2. The constellation of mutations present on the revertant viruses was studied using reverse genetics and cell-based reconstitution of the viral polymerase. For each revertant virus, at least one mutation was located at the FluPol dimerization interface and was found to regulate the levels of FluPol dimer. For one of them, PA-E349K, a major role in correcting an initial defect in viral replication (cRNA -> vRNA) was demonstrated. Hence, our results show that the FluPol subunits co-evolve not only to ensure optimal inter-subunit interactions but also proper levels of dimerization of the heterotrimer, essential for efficient viral RNA replication. Thus, we suggest that FluPol dimerization is one of the factors that can restrict the outcome of genetic reassortment.In parallel, in order to study the outcome of genetic reassortment comprehensively and achieve adequate statistical power, we aimed at adapting a proven droplet-based microfluidic single-cell RNA-seq system for customized high-throughput massively parallelized targeted sequencing of > 105 reassortant IAVs. For a proof-of-concept, two circulating seasonal viral strains were chosen and gene specific primers targeting their eight segments were designed, tested and optimized. From a preliminary compartimentalized control experiment, we found that single cell information was well preserved but that segment and strain detection were imbalanced. New primers were designed and alternative amplification strategies were implemented and optimized. A new control experiment will be performed prior to analysis of reassortment between the two seasonal strains and validation of the data by comparison with surveillance data. Once validated, our system will be applied to genetic reassortment between human seasonal viruses and animal viruses of zoonotic interest. In the long term, the data generated through our platform should help understanding the mechanism of IAV genetic reassortment and become a valuable predictive tool added to the Pandemic Influenza Risk Assessment Tools for pandemic preparedness
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Degans, Cécile. "Les vaccins antigrippaux : les produits et le marché en France en 1991." Bordeaux 2, 1992. http://www.theses.fr/1992BOR2P041.
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Chevalier, Philippe. "Contribution à la surveillance épidémiologique de la grippe : l'expérience du groupe régional d'observation de la grippe aquitain." Bordeaux 2, 1988. http://www.theses.fr/1988BOR25420.
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Rioux, Denise. "La grippe espagnole à Sherbrooke en 1918." Mémoire, Université de Sherbrooke, 1985. http://hdl.handle.net/11143/11145.
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L'automne 1918 s’inscrit à l’intérieur d’une période de grands bouleversements pour la société québécoise. L’industrialisation et l’urbanisation de la fin du XIXe siècle et du début du XXe siècle ont provoqué d’importants changements sociaux et économiques. De plus, le développement de nouvelles richesses naturelles amènera de nombreux progrès matériels pour l’ensemble de la population québécoise…
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Åman, Margareta. "Spanska sjukan : den svenska epidemin 1918-1920 och dess internationella bakgrund /." Stockholm : Almqvist och Wiksell, 1990. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb35512986n.
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Witte, Wilfried. "Erklärungsnotstand : die Grippe-Epidemie 1918-1920 in Deutschland unter besonderer Berücksichtigung Badens /." Herbolzheim : Centaurus, 2006. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb41043414z.
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Beckouet, Frédéric. "Les sous unités spécifiques de l'ARN polymérase I." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00553144.
Full textAbstract:
Rpa34 et Rpa49 sont deux sous-unités non-catalytiques de l'ARN polymérase I (Pol I) conservées de la levure à l'homme. Rpa34 s'associe au domaine N-terminal (entre les positions 63 et 119) de Rpa49. Cette fixation stabiliserait Rpa49. La délétion du domaine Nterminal de Rpa49 (rpa49-119,416) abolit l'association de Rpa34 avec l'ARN polymérase I. La mutation rpa34Δ ne provoque pas de défauts de croissance. Cependant Rpa34 devient indispensable avec top1Δ et avec rpa135-L656P ou rpa135-D398N deux mutants qui sont sensibles au mycophénolate. Néanmoins, ces défauts sont supprimés par la surexpression de Rpa49, renforçant ainsi l'idée que Rpa34 s'associe à Rpa49. Rpa49 est critique pour la fixation et la dissociation de Rrn3 lors des étapes d'initiation et d'élongation. rpa49Δ (ou la délétion du domaine conservé C-terminal dans le mutant rpa49 ::HIS3) diminue le recrutement de Rrn3 sur le promoteur. Cependant, cet effet est supprimé par la délétion du domaine N-terminal de Rpa43. Les mutants rpa49 sont également incapables de libérer complètement Rrn3 durant la transition entre l'initiation et l'élongation de la transcription. Le dimère Rpa49/Rpa34 facilite donc le recrutement de l'ARN polymérase I et la conversion de l'ARN polymérase I dans une forme compétente pour élongation.
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Koutsandreou, Alexandre. "La grippe en pédiatrie : étude épidémiologique C.H.U. Montpellier : hiver 93-94." Montpellier 1, 1994. http://www.theses.fr/1994MON11169.
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Montmartin, Philippe. "Tolérance de la vaccination anti-grippale : à propos d'une étude rétrospective sur 741 vaccinations, dans le département de la Loire." Saint-Etienne, 1994. http://www.theses.fr/1994STET6226.
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Lecuyer, Luc. "Surveillance épidémiologique de la grippe dans les armées." Bordeaux 2, 1989. http://www.theses.fr/1989BOR25316.
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Viboud, Cécile. "Prédictions épidémiologiques de la grippe en zones tempérées." Paris 6, 2003. http://www.theses.fr/2003PA066333.
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Salez, Nicolas. "Contribution à l'étude séro-épidémiologique de la grippe." Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM5005/document.
Full textAbstract:
Fin avril 2009, des cas de grippe causés par un nouveau virus grippal A/H1N1 d’origine porcine sont confirmés au Mexique et aux Etats-Unis. Rapidement, le virus est détecté aux quatre coins du globe causant la première pandémie du XXIème siècle. Les différents travaux présentés dans cette thèse retracent les moyens mis en œuvre pour obtenir des informations permettant d’estimer le taux d’attaque réel de ce nouveau virus et des informations sur les populations à risque. Durant les premiers mois, nous avons mis en place une plateforme de sérologies comprenant un laboratoire de réception et de traitement des échantillons pour l’exécution de notre technique d’IHA. Le traitement d’environ 40.000 sérums provenant de plusieurs endroits du globe : France, Bolivie, Djibouti, Mali, île de la Réunion et Laos a permis l’analyse de données sérologiques et leur comparaison. Nos études sérologiques de la grippe A(H1N1)pdm09 montrent que 10% à 40% des populations testées ont été infectées par ce nouveau virus après la première vague de 2009. Les plus forts taux d’attaque ont été observés chez les enfants et les jeunes adultes alors que les personnes âgées ont été relativement épargnées du fait qu’elles étaient déjà protégées contre des virus antigéniquements proches qui circulaient avant 1957 (virus pandémique et/ou saisonniers). L’analyse des données sérologiques ont également permis de tenter de définir les facteurs de risque à l’infection de A(H1N1)pdm09<br>In late April 2009, news swine-origin A/H1N1 influenza virus cases were confirmed in Mexico and the United States. Quickly, it was spread worldwide causing the first flu pandemic of the 21st century. Different works presented in this thesis describe the means used to obtain information to estimate the actual attack rate of this new virus, and information on risk populations. During the first months, we have established a serology platform including a reception-processing samples laboratory for implementing our hémagglutination Inhibition technique (IHA). Processing of 40,000 sera from several parts of the world: France, Bolivia, Djibouti, Mali, Reunion and Laos, has allowed the analysis of serological data and their comparison. Our serological studies of influenza A(H1N1) pdm09 show that 10% to 40% of people tested were infected with this new virus after the first wave in 2009. The highest attack rates were observed in children and young adults, while the elderly were relatively spared because they were already protected again antigenic close viruses that circulated before 1957 (pandemic and / or seasonal). The analysis of serological data were also used to try to identify the risk factors for A(H1N1)pdm09 infection. It appears that infection with influenza A(H1N1)pdm09 was ubiquitous on the French territory, whatever the socio-demographic factors, and the Flu virus transmission can probably conditioned by the environmental and hygienic conditions in household
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Touitou, Robert Cohen Robert. "Intérêt des tests de diagnostic rapide de la grippe chez l'enfant dans la prise en charge des syndromes grippaux ou de la fièvre isolée en période de circulation des virus de la grippe." Créteil : Université de Paris-Val-de-Marne, 2006. http://doxa.scd.univ-paris12.fr:80/theses/th0236140.pdf.
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Da, Silva Daniel. "Caractérisation des deux isoformes de l’ARN Polymérase III Humaine." Thesis, Bordeaux 2, 2011. http://www.theses.fr/2011BOR21908/document.
Full textAbstract:
Chez les cellules eucaryotes, la transcription est réalisée par les ARN polymérases I, II et III. L’ARN polymérase III (Pol III) transcrit des petits ARNs non codants tels que les ARNt, l’ARN U6, l’ARNr 5S et certains microARN. Il a été montré précédemment que l’augmentation de l’activité transcriptionnelle de la Pol III était associée à la transformation tumorale. Au sein du laboratoire, nous avons décrit une nouvelle sous–unité de la Pol III, RPC32α, qui met en évidence l’existence de deux isoformes de la Pol III humaine : la Pol IIIα et la Pol IIIβ. La sous-unité RPC32β, présente dans la Pol III, est exprimée de façon ubiquitaire et parait comme essentielle pour la croissance cellulaire. La sous-unité RPC32α n’est pas essentielle pour la survie cellulaire et son expression est limitée aux cellules souches non différenciées et aux cellules tumorales. De plus, l’expression ectopique de RPC32α induit la transformation tumorale des cellules fibroblastes IMR90 et change totalement l’expression de nombreux transcrits Pol III mais aussi d’autres ARNm impliqués dans la tumorogenèse (Haurie et al., 2010). Les travaux décrits dans ce manuscrit ont eu pour but de mieux caractériser et comprendre les deux isoformes de la Pol III humaine. Nous avons purifié les Pol IIIα et Pol IIIβ afin d’identifier tous les composants protéiques des deux isoformes du complexe. Au cours de cette étude nous avons observé que des modifications post-traductionnelles de RPC32α semblaient jouer un rôle déterminant dans la capacité oncogénique de la Pol IIIα. Pour comprendre par quel mécanisme moléculaire les Pol IIIα et Pol III pouvaient influencer l’expression de transcrits Pol II, notamment lors de la transformation cellulaire induite par l’expression de RPC32α, nous avons étudié cette régulation lors de la surexpression des deux sous unités paralogues. Ainsi, nous avons mené des analyses ciblées révélant la régulation de certains gènes impliqués dans le développement, la différenciation et la tumorogenèse. Nous avons également essayé de décrire les changements d'expression des gènes au niveau globale en utilisant la technologie des puces à ADN. Cette approche innovante et puissante nous a permis d’obtenir une vision d’ensemble des transcrits Pol II différentiellement régulés lors de la surexpression de RPC32α et RPC32β Nous avons pu apprécier l’impact de la Pol III pour le développement embryonnaire, la différenciation cellulaire, la survie de la cellule, la prolifération tumorale ou encore à la réponse immunitaire innée. Les résultats de cette étude qui demandent à être confirmés ouvrent des voies de recherches particulièrement intéressantes qui mériteront d’être approfondies dans le futur<br>Transcription in eukaryotic nuclei is carried out by DNA-dependent RNA polymerases I, II, and III. Human RNA polymerase III (Pol III) transcribes small untranslated RNAs that include tRNAs, 5S RNA, U6 RNA, and some microRNAs. Increased Pol III transcription has been reported to accompany or cause cell transformation. In the laboratory, we described a Pol III subunit (RPC32β) that led to the demonstration of two human Pol III isoforms (Pol IIIα and Pol IIIβ). RPC32β-containing Pol IIIβ is ubiquitously expressed and essential for growth of human cells. RPC32α-containing Pol IIIα is dispensable for cell survival, with expression being restricted to undifferentiated ES cells and to tumor cells. In this regard, and most importantly, ectopic expression of RPC32α in fibroblast IMR90 enhances cell transformation and dramatically changes the expression of several tumor-related mRNAs and that of a subset of Pol III RNAs. These results identify a human Pol III isoform and isoform-specific functions in the regulation of cell growth, the differentiation and transformation. (Haurie et al., 2010).The work described in this manuscript enables identification and understanding the function of the two human Pol III isoforms. Pol IIIα and Pol IIIβ are purified in order to describe all the protein components of the two Pol III complex. During this study, we observed that post-translated modifications of RPC32α seem to have a crucial function in oncogenic capacity of Pol IIIα. To understand how Pol IIIα and Pol IIIβ can affect Pol II RNA expression, in particular during cell transformation induced by RPC32α, we studied this regulation during the overexpression of the two paralogue subunits. We performed focused analysis, this study revealed the regulation of certain genes involved in the development, the differentiation and the tumorigenesis. We also tried to describe global gene expression modification using microarray technology. This new and powerful approach enables to obtain a global view on mRNA regulation by overexpression of RPC32α and RPC32β. We observed the effect of Pol III on embryo development, cell differentiation, cell survival, tumor proliferation and on innate immune response. The results of this study need further confirmation pave the way for interesting projects which are worth going into detail for the future
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Prel, Anne. "Les infections à influenzavirus de sous-types H5 chez des canards domestiques : étude des possibilités de prévention par la vaccination avec des pseudoparticules virales." Rennes 1, 2008. http://www.theses.fr/2008REN1S058.
Full textAbstract:
Les influenzavirus aviaires faiblement pathogènes (LPAI) de sous-types H5 et H7 peuvent après mutation devenir hautement pathogènes (HP) et avoir de graves conséquences en santé publique et animale. Les canards ont un rôle essentiel dans la transmission des LPAI, il est donc primordial de contrôler et d’empêcher la circulation des LPAI chez cette espèce. Parmi les vaccins recombinants ou inactivés évalués chez le canard, aucune donnée n’existe concernant la protection offerte vis-à-vis des LPAI H5. Nous avons généré un baculovirus triple recombinant permettant l’expression des protéines HA, NA et M. La protection offerte par un lysat de cellules exprimant les 3 protéines recombinantes a été évaluée chez des canards de Barbarie après infection par le LPAI H5N3 homologue. Une diminution significative de l’excrétion virale cloacale et un retard du pic d’excrétion virale trachéale ont été observés. Pour optimiser la formation de VLPs, le plasmide triple recombinant a été modifié. Les VLPs présentent à leur surface des protéines HA et NA biologiquement actives et antigéniques. Un baculovirus quadruple recombinant a été généré en ajoutant le gène M2 et la formation de VLPs a été confirmée. Le pouvoir vaccinant des deux types de VLPs devra être évalué<br>H5 and H7 low pathogenic avian influenza (LPAI) viruses can mutate into highly pathogenic (HP) and lead to serious problems in both animal and public health. Domestic ducks playing a pivotal role in the transmission cycle of H5 LPAI viruses, it’s essential to control and prevent the circulation and spread of these viruses in this species. A few inactivated and recombinant vaccines have been assessed in ducks, mainly for preventing HP H5N1 influenzavirus. Nevertheless, H5 LPAI virus duck vaccination is poorly documented. We generated a triple recombinant baculovirus allowing the expression of HA, NA and M proteins. The protection afforded by cell lysate expressing three recombinant proteins was assessed in Muscovy ducks against H5N3 LP virus challenge. A significant decrease of cloacal shedding and a delayed peak of tracheal shedding were observed. To improve the VLPs formation, triple recombinant plasmid was modified. HA and NA were present on the VLPs surface and were biologically active and antigenic. A quadruple recombinant baculovirus was generated by adding the M2 gene, and VLPs formation was confirmed. The protection afforded by the two types of VLPs will have to be evaluated
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Spiluttini, Béatrice. "Interaction du snARN U1 de l'épissage avec l'ARN polymérase II." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00814598.
Full textAbstract:
Les ARNs non codants sont des régulateurs de l'expression génétique à plusieurs niveaux. Chez la bactérie et chez la souris, des ARNs non codants (6S et B2) ont la propriété de se lier à l'ARN polymérase et d'inhiber son activité. Afin de déterminer si l'ARN polymérase II (RNAPII) humaine était associée à des ARNs non codants, une immunoprécipitation anti-RNAPII a été réalisée sur des cellules HeLa mitotiques. Les ARNs co-immunoprécipités ont été purifiés et marqués et l'ARN U1 s'est trouvé particulièrement enrichi par rapport au contrôle. Cette co-immunoprécipitation reflète l'association de la snRNP U1 avec la RNAPII. Pour vérifier cette association sur un site de transcription actif, des lignées ont été établies avec l'insertion en multiples copies d'un gène à un site unique, créant ainsi un unique super site de transcription visualisable par FISH (Fluorescence In Situ Hybridization). Deux lignées distinctes ont été créées, l'une avec un gène comportant un intron, l'autre avec le même gène où l'intron comporte trois mutations ponctuelles abolissant l'épissage. Alors que les snARNs U2, U4, U5 et U6 sont absents du site non épissé, l'ARN U1 est enrichi de la même façon indépendamment de l'épissage. La présence des protéines spécifiques de la snRNP U1 indique que la snRNP U1 est recrutée au complet au site de transcription. Ces résultats laissent supposer un rôle pour l'association RNAPII - U1snRNP dans l'épissage cotranscriptionnel.
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Andraos, Nathalie. "Etudes Structurales et Biochimiques de l'ADN Polymérase du Bactériophage T5." Paris 6, 2004. http://www.theses.fr/2004PA066352.
Full text
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Bussetta, Cécile. "Etudes structurales de la polymérase du virus de l'hépatite C." Aix-Marseille 2, 2007. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/2007AIX22106.pdf.
Full textAbstract:
L’infection chronique par le Virus de l’Hépatite C (VHC) est à l’origine de la majorité des cirrhoses et cancers du foie. Les polymérases sont des cibles privilégiées pour des molécules antivirales. Tout d'abord, nous avons développé une méthode de recherche de nouveaux inhibiteurs à faible coût par criblage in silico. Puis, en absence de données structurales sur le complexe de réplication, j'ai construit des modèles, outils cruciaux pour la compréhension de données biochimiques. De plus, j'ai mis au point un protocole de cristallisation aboutissant à la résolution de la structure de la polymérase du VHC (VHCpol). Ceci constitue la base de l'obtention de structures de complexes avec des inhibiteurs ou substrats. En parallèle, nous avons mené la première étude structurale de VHCpol en solution par l'utilisation combinée du SAXS, de la cristallographie et de l'analyse des modes normaux. Ainsi, nous avons montré l'état dimérique et la flexibilité de VHCpol en solution au niveau atomique<br>The Hepatitis C virus (HCV) infection is responsible of acute and chronic hepatitis that may lead to cirrhosis and liver cancer. The HCV polymerase (HCV-pol) is an important target for antiviral therapies. First, we develop a screening method to search new inhibitors. Then, in absence of structural data on the replication complex, we report 3D models that are important for the interpretation of biochemical data. Moreover, I develop a crystallization protocol leading to the resolution of HCV-pol structure. It constitutes the base to obtain complexes structures with substrates or inhibitors. In parallel, we carry through the first structural analysis of HCV-pol in solution, using Small Angle X-ray Scattering (SAXS) in combination with X-ray crystallography and Normal Mode Analysis. We could thus assess the dimeric state, the conformation and the flexibility of HCV-pol at the atomic scale and propose a structural model of HCV-pol in solution
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Hazoumé, Adonis. "Contribution à l’étude de l’ARN polymérase II de Plasmodium falciparum." Strasbourg 1, 2008. https://publication-theses.unistra.fr/restreint/theses_doctorat/2008/HAZOUME_Adonis_2008.pdf.
Full textAbstract:
L’ARN polymérase II de Plasmodium falciparum, parasite responsable de la forme la plus grave du paludisme, catalyse la transcription des gènes codant les protéines. Nous avons identifié, dans le génome de cet eucaryote apicomplexe, des séquences codant potentiellement les douze sous-unités de l’enzyme parasitaire. Ces séquences ont été clonées par reconstitution génique. Nous avons caractérisé génétiquement l’ARN polymérase II de Plasmodium falciparum en réalisant des tests de complémentation fonctionnelle des sous-unités de ce complexe enzymatique. Nos résultats indiquent que les sous-unités PfRPB4-5-7-9 et 12 codent des protéines capables de remplacer leurs homologues chez la levure Saccharomyces cerevisiae. Ces sous-unités sont bien des orthologues des protéines de levure. De fait, nous avons construit des lignées de levures exprimant de façon stable des protéines de Plasmodium falciparum. Par ailleurs, Les sous-unités PfRPB3-6-8-10 et 11 ne complémentent pas. Nous avons construit des souches viables de levures dont le site de fixation de l’alpha-amanitine sur leur ARN polymérase II est «plasmodifié» ou «humanisé». Un crible de chimiothèque réalisé à l’aide de ces levures ne nous a pas permis d’identifier des molécules capables d’inhiber sélectivement les levures «plasmodifiées». Cependant nous avons mis au point un test cellulaire simple et dont la mise en oeuvre est aisée et permettra l’identification de molécules capables de bloquer l’activité transcriptionnelle de l’enzyme du parasite. De telles drogues constitueront le point de départ vers la mise au point d’une nouvelle classe d’antipaludiques. Enfin, des expériences de double hybride chez la levure ont permis de montrer que la sous-unité hRPB11a de l’ARN polymérase II humaine, contrairement à son homologue de levure, est capable former un homodimère. Ceci est confirmé par des profils de diffraction, à une résolution de 3,4 Å, de cristaux de hRPB11. Ces derniers résultats constituent une contribution importante aux efforts de la communauté scientifique pour l’élucidation de la structure tridimensionnelle de l’ARN polymérase II humaine<br>The parasite Plasmodium falciparum is the causative agent of the most burdensome form of human malaria. His RNA polymerase II (RNAPII) is responsible for transcription of protein coding genes. The sequencing of the full genome of the parasite enabled us to recover a complete set of genes sequences encoding the putative RNAPII subunits of the parasite. We have cloned those subunits by genetic reconstitution. We investigated the functional conservation of the Plasmodium RNAPII subunits using a genetic test in the yeast Saccharomyces cerevisiae. The subunits PfRPB4-5-7-9 and 12 can complement defective yeast mutants. Those results demonstrate that those subunits are orthologs of yeast conterparts. We establish then some stable yeast strains expressing Plasmodium proteins. No interspecific complementation was observed for the subunits PfRPB3-6-8-10-11. We construct viable yeast strain where the residus implicated in the interaction of the mushrom toxin alpha-amanitin where substituted by their homologs in Plasmodium and human. We screen those strains with a chemical compounds library. We don’t find any drug enable to distinguish the modified strains from wild-type one. But this screen, consisting in a simple cellular test and easy to perform, could permit to identify drugs that inhibit the transcriptional activity of the parasite enzyme. Those chemical compounds will the fist step towards the discovery of a potential new class of antimalarials drugs. In this work, we also study the human RNA polymerase II (RNAPII) hRPB11a subunit. We performed an interaction analysis using the two hybrid-system in yeast. The results confirmed that hRPB11a was indeed capable of interacting with itself. We were able to crystallise the purified hRPB11a subunit. The X-ray diffraction patterns at 3,4 Å resolution allows to infer the structure of an homodimer of the hRPB11a protein
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Hieronimus, Marc. "Krankheit und Tod 1918 : zum Umgang mit der Spanischen Grippe in Frankreich, England und dem Deutschen Reich /." Münster [u.a.] : LIT, 2006. http://bvbr.bib-bvb.de:8991/F?func=service&doc_library=BVB01&doc_number=015031604&line_number=0001&func_code=DB_RECORDS&service_type=MEDIA.
Full text
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Jeannot, Anne-Cécile. "Diagnostic des infections grippales par PCR temps réel." Bordeaux 2, 2005. http://www.theses.fr/2005BOR2P040.
Full text
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Flicoteaux, Rémi. "Adhérence des patients et des médecins aux traitements anti grippaux préventifs et curatifs : de la grippe saisonnière à l’épisode grippe pandémique 2009(H1N1)pdm09." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2017. http://www.theses.fr/2017USPCC143/document.
Full textAbstract:
L’étude du comportement des patients en regard des prescriptions et recommandations qui leur sont faites dans le domaine de la santé est un domaine d’étude qui connaît un essor important. Aujourd’hui, ces comportements se déclinent au sein d’une relation forte entre patients et médecins, ce qu’illustrent par exemple de nombreuses données sur la vaccination. Par ailleurs, l’adhérence joue un rôle majeur à la phase d’évaluation des médicaments, et malgré des investissements importants, elle reste un élément limitant qui peut conduire à rendre difficile l’évaluation de l’efficacité des traitements dans le cadre des essais randomisés. Dans le cas de la grippe, les enjeux de l’étude de ces comportements sont multiples, ils concernent à la fois la vaccination et les traitements antiviraux, à la fois les épidémies de grippe saisonnière et les pandémies dues à des virus émergents. A travers deux études sur l’acceptabilité de la vaccination pandémique et sur l’adhérence au traitement antiviral contre la grippe saisonnière, nous dressons un état des lieux des principaux enjeux liés au suivi des comportements des patients et des médecins. Le travail tente de mettre en évidence l’articulation entre grippe saisonnière et pandémique et nous avons étudié comment les politiques de préparation et de lutte contre la pandémie avaient pu avoir d’importantes conséquences au sein de la communauté scientifique et dans la population. Les résultats publiés apportent un éclairage sur les pratiques des médecins généralistes dans le cadre de la pandémie et sur l’adhérence des patients aux traitements anti-viraux dans le cadre d’un essai clinique randomisé<br>In recent years there have been an increased interest in the scientific community for studying how patients conform, or not, to their corresponding prescribed or recommended therapies. Recent data from evaluation of vaccination policy made very clear that those behaviors have to be seen as a component of the strong relation that patients engage with their physician. They are also playing a strong role in the evaluation of treatment efficacy. Indeed the lack of measure and control of adherence to the evaluated intervention,especially in ambulatory medicine, can lead to major bias in the analysis that would give a measure of efficacy. In the context of influenza, those behaviors can have a strong impact on the epidemiology of the disease in a seasonal epidemic context and during pandemics.They concern both the acceptability of vaccination and the adherence to anti-viral therapy. We studied those dimensions through two studies, one survey of general practitioners upon the pandemic vaccinatio, and an analysis of patient adherence to antivirals. Due to its epidemic characteristics, influenza is concerned by global policies, and through those studies we discuss the relationship between those policies and patient’s adherence, and how they make a link between seasonal epidemic and pandemic
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DRILLAT, DOMINIQUE. "Contribution a l'etude de l'efficacite de la vaccination anti-grippale chez les personnes agees : a propos de 19 cas." Toulouse 3, 1990. http://www.theses.fr/1990TOU31097.
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Baron, Geneviève. "La vaccination contre l'influenza chez les médecins omnipatriciens du Québec." Sherbrooke : Université de Sherbrooke, 2000.
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Benabad, Zakia. "Rôle de la sous-unité sigma de l'ARN polymérase bactérienne dans la tolérance aux antibiotiques." Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT064/document.
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L’ARN polymérase (ARNP) est l'enzyme centrale d'expression des gènes. Toutes les formes de vie possèdent de l’ARNP. C’est un complexe protéique formé de plusieurs sous-unités responsables du processus de transcription qui aboutit à la synthèse de l’ARN à partir d’une matrice ADN. Les procaryotes possèdent un seul type d’ARNP responsable de la synthèse de tous les ARNs de la cellule, alors que les eucaryotes possèdent trois types d’ARNPs pour la synthèse des différents types d’ARNs.L’ARNP est la cible d’un grand nombre de protéines et de petites molécules de régulation dont certains antibiotiques utilisés en première ligne pour le traitement de diverses maladies infectieuses. La sous-unité sigma de l’ARN polymérase bactérienne est impliquée dans toutes les étapes de l'initiation de la transcription qui est le point crucial de l'expression des gènes. Les sous-unités sigma activent par exemple les gènes de virulence des bactéries pathogènes et sont impliquées dans la persistance qui est une forme de survie aux traitements antibiotiques.Ce projet a permis de déterminer le rôle de la sous-unité sigma de l'ARN polymérase bactérienne dans la résistance à la lipiarmycine (Fidaxomicin). Nous avons utilisé des approches biochimiques, biophysiques et génétiques pour l’étude de la dynamique des interactions ADN-protéine dans les complexes formés par l’ARN polymérase, l’antibiotique et de l’ADN des promoteurs.Les résultats de cette étude montrent que la sensibilité de l’ARNP dépend fortement de la structure de la région 3.2 de sigma et que les régions 1.2 et 3.2 de la sous-unité sigma sont impliquées dans la formation du complexe d’initiation de la transcription. Les mutations au niveau de ces régions affectent allostériquement l'action de la lipiarmycine en compromettant la formation du complexe ouvert. Ces résultats suggèrent que la conformation et la mobilité de la région 3.2 dépendent fortement de sa séquence. Ces travaux contribueront de manière significative à la compréhension des bases moléculaires de la résistance aux antibiotiques; Les approches méthodologiques développées pendant ce projet pourront être étendues à l'analyse d’autres antibiotiques ciblant l’ARNP bactérienne et à l’analyse des autres facteurs de transcription<br>The RNA polymerase (RNAP) is the central enzyme for genes expression. All forms of life own RNAP. It is a multi-protein complex composed of several subunits responsible of the process of the transcription. The prokaryotes have only one type of RNAP responsible of synthesis of all RNAs in the cells, whereas eukaryotes have three types of RNAPs for the synthesis of the various types of RNAs.RNAP is the target of a large number of proteins and small regulatory molecules including antibiotics used the treatment of various infectious diseases. The sigma subunit of the bacterial RNAP is implicated in all steps of transcription initiation which is the crucial point of genes expression.For example some of the sigma subunits activate genes of virulence in pathogenic bacteria and are implied in the persistence which is a form of survival to the antibiotic treatments.This project aimed to explore the role of the sigma subunits of RNAP bacterial polymerase in resistance to the lipiarmycine (Fidaxomicin). We used biochemical approaches, biophysics and genetics for the study of the dynamic of the interactions DNA-protein in the complexes formed by RNA polymerase, the antibiotic and the promoter DNA. The results of our study show that sensitivity of RNAP to the drug strongly depends on the structure of the sigma region 3.2 and that the regions 1.2 and 3.2 of the sigma subunit are implied in the formation of the RNAP-promoter open complex. Mutations in these regions allosterically affected action of lipiarmycin by impairing the formation of the open complex.These results suggest that conformation and mobility of the region 3.2 depend on its sequence. The outcomes of our work could be used for development of new more effective drugs and could help to progress the studies of the fundamental mechanisms of the transcription
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Bonnafous, Pierre. "Fusion membranaire induite par l'hémagglutinine du virus de la grippe." Toulouse 3, 2000. http://www.theses.fr/2000TOU30196.
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RIGOLET, PASCAL. "Etude structurale de deux hemagglutinines du virus de la grippe." Paris 11, 1991. http://www.theses.fr/1991PA112088.
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Le virus de la grippe est caracterise par une remarquable aptitude a changer ses proprietes antigeniques. Les changements, associes a des epidemies recurrentes, resultent de deux phenomenes: la cassure antigenique et la derive antigenique. La cassure antigenique est due a une recombinaison de la partie du genome codant pour les proteines de surface du virus; il en resulte des molecules tres differentes. La derive antigenique est la consequence de la haute frequence de mutation du gene de l'hemagglutinine, une des deux proteines ancrees a la surface de la membrane virale, elle concerne un petit nombre d'acides amines (un residu en general) sur l'un des cinq sites antigeniques de la molecule. L'hemagglutinine contient la majeure partie de l'information antigenique du virus c'est pourquoi son etude structurale est d'un grand interet pour la recherche de nouvelles formules de vaccination antigrippale. Les hemagglutinines dont les structures tridimensionnelles ont ete resolues sont celles du virus de la souche x31 (hax31) et de trois variants ponctuels. Nous nous sommes interesses a l'hemagglutinine du virus de la souche weiss (haweis) dont la sequence presente 40% d'homologie stricte avec celle de hax31 afin de mesurer les consequences de deux cassures antigeniques successives sur la structure de l'hemagglutinine. L'interet supplementaire que presente la souche weiss est qu'elle co-circule avec les virus de type actuel, la resolution de la structure de haweis permettait ainsi de mieux definir la composition des vaccins. Etant donne l'homologie de sequence entre haweis et hax31, la technique de remplacement moleculaire s'est inscrite comme la methode a essayer en priorite en utilisant comme modele la structure de hax31. Le travail effectue sur haweis a permis de caracteriser quatre triplets d'angles solutions potentiels de la fonction de rotation. Une des chances d'aboutir a la structure de haw
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Voirin, Nicolas. "Analyse et modélisation de la transmission de la grippe nosocomiale." Thesis, Lyon 1, 2009. http://www.theses.fr/2009LYO10151.
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Les conséquences des épidémies de grippe nosocomiale (GN) pour les patients en termes de morbidité et mortalité sont importantes. Cependant, la présentation clinique des cas, la fréquence de l’infection, le risque d’infection parmi les patients, la transmission et les mesures de contrôle les plus adaptées restent mal connues. Une analyse originale de la littérature nous a permis de synthétiser les connaissances sur la GN. Puis sur la base d’une étude prospective menée pendant 3 saisons de grippe de 2004 à 2007, nous avons présenté une description clinique des cas de grippe observés à l’hôpital Edouard Herriot de Lyon. Nous avons ensuite développé un modèle statistique d’analyse du risque de GN chez les patients et nous avons appliqué ce modèle sur des données concernant plus de 21500 patients. Les facteurs influençant la transmission ont été étudiés par simulation de la diffusion du virus grippal dans une unité de soin à l’aide d’un modèle biomathématique. Nous montrons qu’il était difficile d’identifier les cas de grippe dans l’hôpital sans réalisation systématique d’un test de dépistage. Le risque pour le patient de présenter un syndrome grippal était 2 fois plus important à l’hôpital que dans la communauté. De plus ce risque était 5 à 35 fois plus élevé lorsqu’un patient était exposé à un autre patient ou à un soignant contagieux au cours de son séjour. La transmission de patient à patient semblait une voie de transmission importante. La démarche de ce travail pourrait être adaptée et l’outil statistique étendu à l’étude de la dynamique et du contrôle des infections nosocomiales<br>The consequences of outbreaks of nosocomial influenza (NI) for patients in terms of morbidity and mortality are an issue of concerned. However, clinical presentation of cases, frequency of infection, risk of infection among patients, transmission and the most adapted control measures remain poorly understood. An original analysis of the literature allowed synthesizing the knowledge on NI. Then on the basis of a prospective study conducted during 3 influenza seasons from 2004 to 2007, we report a description of clinical cases of NI observed at the Edouard Herriot hospital in Lyon. Then, we developed a statistical model to analyze the risk of NI among patients and we apply this model on data from over 21,500 patients. Factors influencing the transmission were studied by simulating the spread of influenza virus in a hospital unit using a mathematical model. We show that identifying cases of influenza in the hospital without a systematic virological screening is difficult. The risk for the patient to present influenza like illness was 2 times higher in hospital than in the community. Furthermore, the risk was 5 to 35 times higher when a patient was exposed to other contagious patients or health care workers during his hospitalization. Transmission from patient to patient seemed to be a major route of transmission. The approach used in this work could be adapted and the statistical tools could be extended to study of the dynamics and control of nosocomial infections
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Mabboux, Bruno. "Infection grippale chez la souris par différentes souches prototypes : contribution à la mise au point d'un modèle pour études de protection." Paris 5, 1990. http://www.theses.fr/1990PA05P093.
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Bloyet, Louis-Marie. "Formation et régulation du complexe polymérase du virus de la rougeole." Thesis, Lyon, École normale supérieure, 2015. http://www.theses.fr/2015ENSL1065/document.
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L’ordre viral des Mononegavirales contient de nombreux virus pathogènes tels que le virus de la rougeole, le virus de la rage, le virus des oreillons ou encore le virus Ebola. Ces virus mettent tous en place des mécanismes moléculaires similaires, notamment concernant la synthèse des ARN viraux. Le complexe polymérase, composé de la polymérase virale (L) et de la phosphoprotéine (P), possède un fonctionnement encore obscur et unique dans le monde du vivant, notamment car il utilise une matrice enchâssée dans une gaine protéique. La formation de ce complexe a été étudiée et la protéine chaperon HSP90 (« Heat Shock Protein of 90 kD ») s’est révélée nécessaire à la formation du complexe. L’inhibition de l’activité d’HSP90 entraine l’ubiquitination et la dégradation de la protéine L par le protéasome. Les protéines P et HSP90 sont toutes les deux nécessaires au repliement de la protéine L et à la formation d’un complexe P-L stable, soluble et fonctionnel. Les domaines de P impliqués dans la formation du complexe, ont également été cartographiés et révèlent des interactions complexes entre P et L, mêlant liaison, stabilisation, repliement et fonction. Enfin, une interaction entre P et la protéine virale C, connue pour inhiber la synthèse des ARN viraux, a été identifiée, cartographiée et ouvre des perspectives quant aux mécanismes moléculaires sous-jacents à son effet inhibiteur<br>The Mononegavirales order contains several pathogens like measles, rabies, mumps and Ebola viruses. These viruses share numerous homologous molecular mechanisms and in particular they have a highly conserved RNA synthesis machinery that is unique in the living world. Indeed, the polymerase complex, composed of the polymerase (L) and the phosphoprotein (P), uses a template of RNA recovered by a sheath made of nucleoproteins. The formation of the complex was investigated and the chaperone protein HSP90 (Heat Shock Protein of 90 kD) was shown to be required for the formation of the complex. The inhibition of HSP90 activity induces the ubiquitinylation and the degradation of the L protein by the proteasome. Both P and HSP90 are required to form stable, soluble and functional polymerase complexes. The domains of P involved in the formation of the complex have been mapped and they show that the interplay between P and L is complex with at least three identified functions: binding, folding and function of the polymerase complex. Finally, an interaction between P and the viral C protein, known to inhibit the viral RNA synthesis, have been identified, mapped and allows new perspectives concerning the molecular mechanism underlying its inhibitory effect
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D'Amours, Damien. "Protéolyse de la poly(ADP-ribose) polymérase par les protéases apoptotiques." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1997. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk2/ftp04/mq26184.pdf.
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Sourimant, Julien. "Caractérisation structurale et fonctionnelle de la polymérase du virus respiratoire syncytial." Thesis, Versailles-St Quentin en Yvelines, 2015. http://www.theses.fr/2015VERS019V.
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Le virus respiratoire syncytial (VRS) est le principal agent responsable desbronchopneumonies du jeune veau et des bronchiolites du nourrisson. Il n’existe pas devaccin ni d’antiviraux spécifiques pour l’homme. La réplication du génome et la transcriptiondes gènes viraux sont assurées par un ensemble de protéines virales constituant le complexeARN polymérase ARN-dépendant : la nucléoprotéine N, la phosphoprotéine P, le facteur detranscription M2-1 et la grosse sous-unité L. L’objectif principal de ma thèse était d’obtenirde nouvelles données structurales et fonctionnelles sur le complexe ARN-polymérase ARNdépendante(RdRp) du VRS, en particulier sur le couple P-L. Pour ceci j’ai tout d’aborddéveloppé un protocole de production et purification de la protéine L sous formerecombinante en cellules d’insecte. Ceci m’a permis ensuite de cartographier le sited’interaction de P avec L. J’ai ainsi mis en évidence que la protéine L interagit avec la partieC-terminale de la protéine P, au-niveau des résidus 216 à 239. Les données obtenuessuggèrent que ce domaine peut former un nouvel élément de reconnaissance moléculaire(« MoRE ») se structurant en hélice alpha lors de l’interaction avec la protéine L. De plus, lacartographie de ce domaine d’interaction m’a permis d’identifier entre les résidus 164 et 205de P une nouvelle région impliquée dans le recrutement de la protéine L aux corpsd’inclusions viraux. Ces nouvelles données ouvrent la voie à de nouvelles études structuralesde l’ARN-polymérase du VRS et nous permettent d’envisager de nouvelles stratégiesantivirales ciblant ce complexe<br>Respiratory syncytial virus (RSV) is the leading cause of calves bronchopneumonia andinfants bronchiolitis. Neither vaccine nor antiviral treatments are currently available for use inhumans. Viral genome is replicated and transcribed by a set of viral proteins constituting theviral RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) complex: the nucleoprotein (N), thephosphoprotein (P), the transcription factor (M2-1) and the large subunit (L). This workaimed to unveil new structural and functional data regarding the viral RdRp, especially the PLcouple. With this aim in view, I have first conceived a protocol to produce and purifyrecombinant L and P proteins expressed in insect cells. This tool enabled the fine mappingand characterization of the L binding domain of the RSV phosphoprotein. This highlightedthe interaction between the L protein and the C-terminal region of the P protein, especiallyresidues 216 to 239. Further data suggests that this area constitutes an alpha helix formingmolecular recognition element (« MoRE ») during P-L interaction. Furthermore, this studyunveiled a new region of the P protein encompassing residues 164 to 205, involved in therecruitment of L protein to viral inclusion bodies. These new results open the way toupcoming structural studies of RSV RdRp and allow us to define a new target for thedevelopment of antiviral drugs against RSV
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Motard, Julie. "Sélection de promoteurs ARN reconnus par l'ARN polymérase de Escherichia coli." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2007. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/3928.
Full textAbstract:
Les viroïdes sont de petits ARN circulaires simple brin qui infectent les plantes supérieures, causant ainsi d'importantes pertes économiques dans les domaines agro-alimentaire et horticole. Ces ARN ne sont pas encapsidés, ne possèdent pas de région codante et se répliquent de façon presque autonome par un mécanisme en cercle roulant. La seule étape du cycle de vie des viroïdes qui requiert la machinerie de l'hôte est la polymérisation de l'ARN. Par ailleurs, cette étape est certainement la moins bien connue, particulièrement chez le viroïde de la mosaïque latente du pêcher (PLMVd). Le but de ce travail est de découvrir des séquences importantes pour l'initiation de la réplication d'une molécule modèle d'ARN inspirée du PLMVd. Un protocole de sélection de promoteur en ARN a d'abord été mis au point. Dans ce type de protocole, des étapes pertinemment désignées s'enchaînent sous forme de cycles afin de sélectionner une molécule d'intérêt. Toutes les étapes constituant le complexe protocole ont été testées avec un témoin positif, basé sur une région minimale du PLMVd connue pour initier la réplication in vitro. Cette molécule a servi à la vérification et à l'optimisation individuelles des nombreuses étapes. Ce protocole amélioré a ensuite été utilisé pour sélectionner des molécules reconnues par l'ARNP d' E. coli à partir d'une population aléatoire d'ARN. Cette sélection a permis l'isolement de plusieurs variants qui ont rapidement montré des ressemblances en terme de séquence primaire au cours des cycles de sélection. En effet, sur trente positions aléatoires, une boite de six nucléotides (CAGACG) se retrouvant à divers endroits est apparue au quatrième cycle puis a été retrouvée presque intégralement dans toutes les séquences à partir du cinquième cycle. Une investigation sur cette boîte a mis en évidence une analogie avec une séquence retrouvée près du site d'initiation in vivo du PLMVd ainsi qu'avec des produits de sélection pour un promoteur ADN simple brin. Ceci semble pointer vers des éléments impliqués dans la réplication dépendante de l'ARN polymérase d'E. coli . L'effet de la boîte conservée CAGACG sur la réplication a été étudié. Le patron de réplication de molécules dont la boite a été modifiée (délétion ou modification) est distinct de celui de la molécule originale. Aussi, l'analyse de la séquence des petits ARN (pARN) produits lors de la réplication révèle l'implication des 6 nt pour fixer l'initiation de la polymérisation. En conclusion, ces résultats s'ajoutent aux évidences qui mèneront vers la découverte des séquences nécessaires à la réplication d'une molécule modèle d'ARN, autant in vitro (reconstitution d'un monde ARN) que in vivo (dans les viroïdes).
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Gerlach, Piotr. "La structure et la fonction de la polymérase d'orthobunyavirus La Crosse." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2015. http://www.theses.fr/2015GREAV013/document.
Full textAbstract:
Les virus ne sont rien de plus que des particules composées de lipides et/ou de protéines qui encapsulent de l'information génétique composée d'ARN ou d'ADN. Au cours du cycle viral, les virus entrent dans la cellule hôte où ils dupliquent leur génome, puis forment de nouvelles particules virales qui ressortiront de la cellule pour se diffuser. Alors que pour produire leurs protéines virales les virus détournent la machinerie cellulaire, ils utilisent pour la plupart leur propre polymérase spécifique pour répliquer leur génome.Les Bunyaviridae sont une grande famille des virus à ARN simple brin segmenté de polarité négative. Les Arenaviridae et les Orthomyxoviridae sont les deux autres familles de ce type. Certains bunyavirus provoquent des maladies humaines graves, comme des fièvres hémorragiques, des encéphalites et des méningites. D'autres infectent des plantes et animaux, posant une menace économique sérieuse en agronomie.Les ARN polymérases ARN-dépendante de virus à ARN négatif segmenté sont des machineries multi-fonctionnelles, capables de répliquer le génome viral et de le transcrire en ARNs messagers. La réplication est effectuée de novo, en utilisant un intermédiaire d'ARN complémentaire de polarité positive, alors que la transcription est initiée par vol de coiffe d'ARN cellulaire. Chaque segment du génome viral est recouvert par des nucléoprotéines et fixé à la polymérase par ses extrémités 3' et 5' conservées. Le complexe ARN viral/nucléoprotéines/polymérase forme une ribonucléoprotéine, qui est l'unité fonctionnelle de la réplication/transcription.L'objectif de mon projet de thèse était la caractérisation structurale et fonctionnelle de la polymérase du virus La Crosse, également nommée protéine L. Ce projet était basé sur l'hypothèse que toutes les polymérases de virus à ARN négatif segmenté pourraient partager une organisation et un mode d'action similaire. Lors de la première année de ma thèse, j'ai tenté de caractériser le domaine C-terminal, que nous supposions être responsable de la fixation de coiffe. Au cours de la deuxième année, j'ai étendu mes recherches sur l'étude de l'interaction entre les extrémités de l'ARN viral et la protéine L (protéine entière et construction tronquée en C-terminal). Confronté à des difficultés pour établir des tests de réplication et de transcription in vitro, j'ai poursuivi mes recherches en troisième année avec l'étude d'interactions et de co-cristallisation entre polymérase et ARN viral. Cela a finalement conduit au résultat principal de ma thèse - la détermination de la structure par cristallographie aux rayons X de la polymérase de virus de La Crosse en complexe avec les extrémités 3' et 5' de l‘ARN viral. La structure obtenue constitue une percée dans le domaine de bunyavirus. Elle révèle – à la différence de ce qui avait été initialement proposé – que les extrémités 3' et 5' de l'ARN se lient dans deux sites séparés et conservés. La liaison de l'extrémité 5' de l'ARN viral stabilise de façon allostérique l'un des motifs catalytiques du site actif de la polymérase. La structure révèle l'existence de deux tunnels séparés pour l'ARN produit et l'ARN matrice de sortir, ce qui suggère que le brin d'ARN naissant est séparé de la matrice et quitte la polymérase comme ARN simple brin. La proximité des tunnels d'entrée et de sortie de la matrice explique comment la polymérase peut se déplacer le long de l'ARN génomique avec une perturbation minimale de la ribonucléoprotéine.En parallèle de la structure de la polymérase du virus La Crosse, les structures des polymérases hétérotrimériques de la grippe A et B en complexe avec l'ARN viral ont également été déterminées au sein du groupe du Dr. Stephen Cusack. La comparaison de l'organisation des polymérases des deux familles et de la nature de leur liaison avec l'ARN viral montre que, malgré une homologie de séquence minimale, des similitudes structurelles sont frappantes. Cela suggère fortement la présence d'un ancêtre commun<br>Viruses are not more than particles composed of lipids and/or proteins with genetic information – the viral RNA or DNA genome – embedded inside. In order to be efficient, once they enter the host cell they need to multiply this genetic information, package it into new viral particles and spread out from the cell. While in order to produce viral proteins viruses highjack cellular machinery, for replicating their genome most viruses use their own, specialized polymerases.Bunyaviridae is the largest viral family of segmented negative-strand RNA viruses, comprising also Arenaviridae and Orthomyxoviridae families. Some bunyaviruses are causative agents of severe human diseases including heamorrhagic fevers, encephalitis and meningitis. Others infect a variety of plants and animals posing a significant economic threat to the crop cultivation and cattle breeding.RNA-dependent RNA polymerases of segmented negative-strand RNA viruses are multifunctional machines, able to perform both de novo genome replication via positive-strand cRNA intermediate, and viral mRNA transcription using cap-snatched host-derived mRNA primer. Viral RNA genome of bunyaviruses, arenaviruses, and orthomyxoviruses is divided into three, two, and eight segments respectively. Each segment, coated by nucleoproteins and attached through its conserved 3′ and 5′ ends to the polymerase, constitutes an individual ribonucleoprotein particle – an autonomous RNA synthesis unit.The scope of the PhD project described in this thesis was the structural and functional characterization of the La Crosse orthobunyavirus polymerase, also named the L protein. It was based on the hypothesis that all polymerases of segmented negative-strand RNA viruses share a similar domain organization and mode of action. During the 1st year attempts were made to confirm and characterize a putative C-terminal cap-binding domain. During the 2nd year project was extended to study 3′ and 5′ vRNA ends interactions with the full length and C-terminus truncated L protein. Facing difficulties to establish replication and transcription assays in vitro, vRNA binding studies and co-crystallizastion were continued during the 3rd year. This finally led to the main achievement of the thesis – the x-ray structure of La Crosse orthobunyavirus polymerase in complex with vRNA. Obtained structure is a breakthrough in the bunyavirus field. It reveals – unlike it was initially believed – conserved, sequence specific and separate binding sites for 3′ and 5′ vRNA ends located within the polymerase. The 5′ vRNA end binding allosterically structures one of the conserved catalytic motifs within the polymerase active site. The structure sheds also some new light on bunyaviral replication and transcription mechanisms. There exist two distinct product and template exit channels, suggesting that the nascent RNA strand is separated from the template and leaves the polymerase as the single-strand RNA. Close proximity of the template entry and exit channels explains how the polymerase can translocate along the genomic template with minimal disruption of the RNP.In parallel to the La Crosse polymerase structure, structures of Influenza A and B heterotrimeric polymerases in complex with vRNA were also obtained in Stephen Cusack group. This gave a great opportunity to compare the domain organization and the nature of vRNA binding by viral polymerases belonging to Bunyaviriadae and Orthomyxoviridae families, and proved that despite minimal sequence homology the structural similarities are striking. This strongly suggests an evolutionary common ancestor, which can possibly be shared with non-segmented negative-strand RNA viruses as well
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Casefont-Ducancelle, Alexandra. "ADN polymérase du cytomégalovirus humain : activité enzymatique et sensibilité aux entiviraux." Paris 5, 2005. http://www.theses.fr/2005PA05N15S.
Full textAbstract:
Le foscarnet, utilisé pour traiter les infections sévères à cytomégalovirus, est un inhibiteur de l'ADN polymérase, codé par le gène UL54. Le but du travail était d'étudier le retentissement de mutations introduites dans UL54 sur l'activité de l'enzyme et la résistance au foscarnet. Une méthode originale, reposant sur la mesure de l'incorporation de nucléotides trisphosphates marqués à la digoxigénénine dans le brin d'ADN en formation, a été mise au point pour mesurer l'activité d'ADN polymérases sauvages et mutées, et leur comportement en présence de foscarnet. L 'implication de l'extrémité N-terminale du domaine conservé delta-C dans le mode d'action du foscarnet a été démontrée pour la première fois. Le rôle d'association de mutations a été confirmé. L'étude des phénotypes de polymérases portant des mutations dans le domaine IV a permis de préciser leur rôle dans la fonction exonucléasique de l'enzyme virale<br>Anti-cytomegalovirus drug foscarnet, is an inhibitor of viral DNA polymerase pUL54. We aimed to analyse the impact of UL54 mutations on polymerase activity and foscarnet resistance. Mutations were introduced by mutagenesis into gene UL54 and wild-type and mutated DNA polymerases were expressed in vitro. We developed a colorimetric assay to measure DNA polymerase activity in the absence and presence of foscarnet. We demonstrated the usefulness of this DNA polymerase phenotypic assay for the characterization of mutation suspected to confer foscarnet resistance. Change N495K and combination of S291P and combination and K415R were shown to induce foscarnet resistance for the first time, confirming the wide distribution of foscarnet-resistance mutations through gene UL54. The role of N495K was confirmed by rescue marker. We assessed the major role of serine 771 on polymerase catalytic function and of amino-acids 412 and 413 on 3'5' exonuclease activity
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Toledano, Elie. "Régulation de la poly (ADP-Ribose) Polymérase par le phosphoadénosine phosphate." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066597.
Full textAbstract:
Le 3’-phosphoadenosine-5’-phosphate (pAp) est un nucléotide produit lors du métabolisme du souffre et des lipides, présent dans l’ensemble du monde vivant. Ce nucléotide a été récemment impliqué dans la régulation d’un ensemble de processus cellulaires. Les travaux réalisés au cours de ma thèse ont permis d’identifier un nouvelle cible du pAp : la Poly-(ADP-Ribose) Polymérase 1 (PARP-1). La PARP-1 est une enzyme clé dans la réponse cellulaire aux dommages à l’ADN et dans le maintien de l’intégrité du génome. La liaison entre le pAp et la PARP-1 a permis de déterminer que le pAp pouvait inhiber l’activité enzymatique de PARP-1 extraite de cellules HeLa. La constante d’affinité KM de PARP-1 pour son substrat, le NAD+, ainsi que la vélocité maximale VM était tout deux affectés par la présence de pAp. Un micromolaire de pAp change le KM de 200-250 µM à 500-550 µM. La constante d’inhibition Ki de pAp pour la PARP-1 est en dessous d’un micromolaire. J’ai également proposé de développer une méthode enzymatique de mesure du pAp in vivo. Cette méthode avait été proposée à la fin des années 70 et repose sur l’utilisation d’une sulfotransferase de R. Reniformis utilisant le pAp comme cofacteur. Cette enzyme a pour substrat le luciferyl sulfate, qui n’est pas disponible et j’ai du mettre au point la synthèse chimique du substrat de cette enzyme. L’ensemble de ces résultats permettra de créer un lien entre le métabolisme du soufre et des lipides et la détection des dommages à l’ADN. Mais au delà, ils ouvrent des perspectives nouvelles dans la compréhension des bases moléculaires de l’effet du lithium.
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Bligny, Muriel. "Caractérisation d'une ARN polymérase d'origine nuléaire (NEP) dans les plastes d'épinard." Université Joseph Fourier (Grenoble), 1999. http://www.theses.fr/1999GRE10055.
Full textAbstract:
Nous avons aborde la caracterisation du systeme transcriptionnel plastidial nep grace a une approche in vitro utilisant le promoteur de l'operon plastidial rrn, pc, et des extraits plastidiaux contenant la nep. Dans un premier temps, nous avons verifie que le promoteur pc, utilise dans les chloroplastes d'epinard, est un promoteur nep. Nous avons ensuite separe et caracterise trois activites transcriptionnelles a partir d'extraits chloroplastiques d'epinard partiellement purifies, et en grande partie grace a la mise au point d'un systeme de transcription in vitro. La premiere correspond a la pep. La seconde, appelee nep-2, reconnait le promoteur pc in vitro et la troisieme, ou nep-1, pourrait etre une arnp de 110 kda de type phagique codee par un gene rpot. En ce qui concerne la nep-2, nous avons observe qu'elle n'est pas inhibee par la tagetitoxine tandis qu'elle l'est partiellement par la rifampicine a une concentration elevee d'une part, et d'autre part, qu'elle semble reconnaitre le promoteur t7. Nous en avons deduit que la nep-2 est probablement une arnp de type phagique. Le fait que la nep-1 pourrait elle aussi etre une arnp de type phagique resulte des observations suivantes : elle est reconnue par un anticorps dirige contre une proteine deduite d'un gene rpot, son poids moleculaire apparent est de 110-120 kda et le test alpa montre qu'elle a les proprietes d'une arnp. Ainsi, non pas une, mais deux arnps de type phagique pourraient partager la transcription du genome plastidial avec la pep ! enfin, nous avons demontre que cdf2 est un facteur d'initiation de la transcription conferant a la nep-2 la capacite de reconnaitre specifiquement le promoteur pc.
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Fantapie, Séverine. "Caractérisation du rôle de la polymérase translésionnelle REV1 dans les cellules humaines." Paris 11, 2010. http://www.theses.fr/2010PA11T038.
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Sydorchuk, A. S., and V. S. Oliynic. "Influence of grippe infection in young people on their intestinal microecology." Thesis, Third International Scientific Conference of Medical Students and Young Doctors, Bialystok, 10-11May 2007a, 2007. http://dspace.bsmu.edu.ua:8080/xmlui/handle/123456789/6723.
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