Dissertations / Theses on the topic 'Polymorphisme génétique – Madagascar (île)'

Entre le XIème et le XVIème siècle, la Mer des Indes fut le théâtre de nombreux mouvements populationnels aux fins essentiellement commerciales ou coloniales. Madagascar se trouve à la croisée des mondes asiatiques et africains. La côte sud-est malgache a vu l'arrivée de plusieurs migrations : la dernière, probablement vers la fin du XVème siècle, serait celle des Antemoro dont une partie d'entre eux se réclame d'une origine arabe et se rattache à La Mecque. L'éthnie des Antemoro a fait l'objet de nombreuses études anthropologiques et linguistiques. Néanmoins, le débat sur l'origine des migrants fait toujours l'objet d'hypothèses contradictoires. Leurs origines génétiques pourraient ainsi être l'Arabie, l'Afrique de l'Est, l'Inde ou encore l'Asie du Sud-Est à une époque où ces régions étaient déjà islamisées. Ce travail a consisté à étudier la diversité génétique d'une population Antemoro afin d'apporter des éléments de réponse à la question de leur origine biologique. Ce projet interdisciplinaire a pour objectif de mettre en relation l'anthropologie culturelle et sociale avec l'anthropologie biologique. Le polymorphisme du chromosome Y a été étudié afin de rechercher les origines des lignées paternelles par l'analyse de 17 marqueurs microsatellites ainsi que des mutations ponctuelles de l'ADN de la partie non recombinante du chromosome Y. De même, la variabilité génétique des lignées maternelles a été analysée par séquençage des régions hypervariables I et II de l'ADN mitochondrial, et par la définition de polymorphismes bialléliques dans sa région codante. Nous avons mis en évidence la présence de deux haplogroupes du chromosome Y chez certains groupes Antemoro, qui les différencient de la diversité habituellement rencontrée dans les populations malgaches. Bien que la majeure partie des Antemoro entre dans la diversité observée en Afrique sub-Saharienne et en Asie du Sud-Est, quelques haplotypes, des lignées paternelles, les lieraient au Moyen-Orient. Les lignées maternelles, quant à elles, ne les différencient pas de celles des autres populations malgaches. L'isolat génétique formé par certaines « pseudo-castes » Antemoro confirme bien l'isolat culturel. Ce travail apporte une nouvelle vision de la diversité génétique humaine à Madagascar<br>Between the 11th and 16th century, the Indian Ocean was the scene of many population movements notably for commercial and colonial purposes. Madagascar is located at the crossroads of the Asian and African continents. Several migrations have occurred in this region; the last one during the late 15th century involved the Antemoro population who claimed an Arabian origin in Mecca. Many anthropological and linguistic studies have been carried out on this ethnic group, but the origin of these migrants remains contentious. It is uncertain whether their origins were in Arabia, East Africa, India or Southeast Asia, when these regions were Islamized. In this study we assessed the genetic diversity of an Antemoro population from villages between Manakara and Vohipeno, to determine their biological origin. The aim of our interdisciplinary study was to link cultural and social anthropology with biological anthropology. Y-chromosome polymorphisms were studied by analyzing 17 microsatellites markers and some SNPs in the non-recombining region of the Y-chromosome to determine the biological origins of the paternal lineages. In addition, genetic variability of maternal lineages was analyzed by sequencing hypervariables regions I and II, and by defining bi-allelic polymorphisms in the coding region of mitochondrial DNA. We found two Y-chromosome haplogroups in some Antemoro groups that differentiated them from the typical genetic variability found in other Malagasy populations. Although most of the Antemoro showed a genetic diversity similar to that observed in sub-Saharan Africa and Southeast Asia, few haplotypes associated to paternal lineages linked them to the Middle East. Maternal lineages did not differ from those found in other Malagasy populations. The genetic isolate formed by some Antemoro groups confirmed their cultural isolation. This study provides a new view of the human genetic diversity in Madagascar

La perte d'habitat et la déforestation sont les principales menaces qui pèsent sur la biodiversité Malgache. Ces processus sont responsables du déclin d'un nombre important d'espèces. Cependant, les mécanismes de ce déclin ne sont pas encore complètement élucidés. En utilisant la roussette malgache (Rousettus madagascariensis) comme un modèle d'organisme, nous nous sommes attachés à étudier les réponses écologiques et génétiques de cette espèce dans des paysages naturels et des paysages modifiés par l'homme et présentant divers types de caractères physico-climatiques à Madagascar. Ayant une large distribution, cette espèce est endémique à Madagascar et assure potentiellement un rôle important dans la régénération naturelle des forêts malgaches. A partir de l'utilisation de la radio télémétrie, d'analyses des matières fécales, d'études moléculaires et de mesures morphométriques nous avons pu examiner le mode de dispersion et l'écologie de cette espèce. L'observation des animaux en volière a fourni des informations importantes sur son choix alimentaire entre plantes autochtones et celles à valeur économique. Dans cette étude, nous avons ainsi mis en évidence : i) que Rousettus madagascariensis utilise les habitats forestiers et ceux modifiés par l'homme pour s'alimenter ; ii) qu'elle a une préférence plus marquée envers les espèces forestières et pionnières qu'envers celles d'importance commerciale ; iii) qu'elle présente une faible mais significative structuration génétique ; iv) mais une variation morphométrique, qui est dépendante de la latitude et de l'altitude<br>Forest habitat loss and associated changes in floristic composition are the major threats to the Malagasy terrestrial biodiversity. These processes are responsible for the decline of numerous species. However, for the vast majority of taxa, the mechanisms triggering these declines are poorly understood. Using the Malagasy rousette (Rousettus madagascariensis) as our model organism, we examine different genetic and ecological aspects of how this animal lives in natural habitats and copes with human modified landscapes of different physical and bioclimatic characteristics. This endemic species has a broad distribution, and appears to play a role in the regeneration of native forest. Through radio telemetry, faecal sample analysis, molecular genetics, and morphometric data, we were able to understand different aspects of the life-history traits and dispersal patterns of this taxon. Observations of wild animal placed in flight cages provided important inference on its feeding preferences between native and introduced plants, with economic value. Results indicate that R. Madagascariensis i) uses both: the forest and human modified habitats while foraging; ii) it has a feeding preference for fruits of forest and pioneers species, as compared to plants of commercial importance; iii) it shows weak genetic structure, which is not associated with geographical distance; iv) and morphological variation that correlates with clines in altitude and latitude

Le peuplement humain de Madagascar pose de nombreuses questions sur ses origines, son ancienneté et le cadre historique dans lequel il s’inscrit. Si la double contribution principale austronésienne et africaine est affirmée par des éléments culturels, historiques et également biologique, elle est moins évidente à travers les origines de la langue, le Malagasy, langue unique parlée par toutes les populations de l’île. En effet, le Malagasy est une langue austronésienne directement héritée des ancêtres austronésiens qui a intégré des éléments de langue bantoue dans des lieux et à des moments pour l’instant inconnus. Ce fait révèle une complexité sous-jacente des contacts entre les groupes au moment aux premiers temps de la mise en place du peuplement. C’est en essayant d’apporter des réponses au processus d’installation du peuplement que nous avons choisi des populations autochtones Malgaches. Cela, revient à une confrontation entre données biologiques, historiques, culturelles et paléoenvironnementales. Matériels et méthodes Nous avons étudié 260 sujets relevant de trois groupes, les Mikea (n=127) derniers chasseurs cueilleurs de l’île, les pêcheurs Vezo Nord (n=52) en relation avec les Mikea et les pêcheurs Vezo Sud (n=49) ainsi que 32 descendants d’une lignée royale des Merina (des Hautes-Terres) d’origine austronésienne et dont l’histoire et l’ancrage culturels sont bien appréciés. Nous avons étudié : (i) Les lignées maternelles sur la base des régions HV1 et HV2 de l’ADN mitochondrial ainsi que du séquençage total de 3 ADN mitochondriaux relevant d’un haplogroupe particulier et de 6 ADN mitochondriaux dont les haplogroupes n’avaient pu être déterminés. (ii) Les lignées paternelles via l’analyse des polymorphismes du chromosome Y (NRY) (SNP et STR) A partir de ces données nous avons procédé à plusieurs approches intra et intergroupes ainsi qu’à des comparaisons avec d’autres populations africaines, austronésiennes, moyen-orientales et asiatiques ainsi qu’à des analyses phylogéographiques. Résultats Relations intra et inter groupes : Les groupes sont bien distants génétiquement et ils ne reflètent pas juste une appartenance à un mode de vie comme cela avait pu parfois être suggéré auparavant. Toutefois la mise en évidence d’importantes migrations intérieures révèle la complexité de la définition des groupes malgaches et des relations entre eux. Les confrontations des données génétiques entre les Mikea et les Vezo révèlent que le front de néolithisation (avancée des agriculteurs) a déjà absorbé les chasseurs-cueilleurs en tant que population distincte génétiquement. Il en est de même entre les chasseurs-cueilleurs et certains pêcheurs, car si Les Mikea sont bien distincts des Vezo du Sud, ils sont semblables à ceux du Nord avec qui ils partagent de très nombreuses lignées qui témoignent de flux géniques d’importance. Par ailleurs, pour les deux systèmes génétiques étudiés, l’endogamie bilatérale est bien confirmée chez les descendants de lignées royales des Hautes-Terres. L’hypothèse en tant que vecteur austronésien est révélée subtilement à travers les lignées maternelles confrontées aux données ethnohistoriques. Les origines : Un biais sexe-spécifique de la composante austronésienne semble apparaître avec des lignées maternelles qui sont plus représentées que les lignées paternelles dans le pool génétique. Quant à la composante africaine elle a une diversité plus importante tant dans les lignées paternelles que maternelles. Les empreintes des ascendances moyen-orientales sont également détectées et elles présentent également un biais sexe spécifique. Les approches phylogéopgraphiques : Les séquençages totaux de l’ADN mitochondrial ont révélé d’une part un nouvel haplogroupe qui est le « Motif Malagasy ». Il doit son nom à sa parenté avec le motif Polynésien, présent jusqu’à 90% dans les îles du Pacifique. Ce « Motif Malagasy » est absent des populations du Pacifique ce qui rejette d’anciennes hypothèses sur des origines polynésiennes de la composante Austronésienne des Malagasy. Une nouvelle branche qui semble avoir une distribution globale et limitée africaine et/ou eurasienne (entre Moyen-Orient et Inde) a également été définie, il s’agit de l’haplogroupe M23. L’estimation de son âge (1. 7-3. 9 103; intervalle de confiance à 95%, 0-8. 2 103) autorise à penser que cette rare lignée pourrait représenter une présence précoce pré-Austronésienne. Discussion Contrairement à ce que certaines données ethnographiques semblent démontrer depuis quelques années, les groupes ethniques sont bien identifiés et ils nécessitent des approches fines des échantillonnages des populations. Le groupe endogame descendant de lignée royale semble porter les traces d’anciennes structures matrilocales héritées des premiers ancêtres austronésiens. Quant à la distribution géographique, la classification phylogénétique et la datation moléculaire de la nouvelle branche M23, un peuplement plus complexe de l’île que ce qui est traditionnellement attesté jusqu’à présent se dessine. Cette nouvelle branche ainsi que le motif Malagasy offrent des opportunités futures d’avoir de meilleures visions de la distribution géographiques des ancêtres des Malgaches. Quant aux origines des deux principales composantes du pool génétique des Malgaches, une origine majeure est localisée dans la partie centrale de l’archipel indonésien tandis que les origines africaines semblent être fortement liée à la présence des bantoues en Afrique de l’Est. La dominance des haplogroupes paternels qui signent les expansions bantoues pourrait être liée à la traite des esclaves<br>Intra- and inter-group relationships: the groups are genetically well-differentiated and this is not just reflected in their ways of life, as it has been suggested previously. The demonstration of important interior migrations reveals the complexity in defining Malagasy groups and the relationships among them. The comparison of genetic data from the Mikea and the two Vezo groups showed that the front of neolithisation (the expansion of farmers) had already absorbed the hunter-gatherers as a genetically distinct population. The same process of absorption is found between hunter-gatherers and some fishermen, since the Mikea are distinct from the South Vezo, but similar to the North Vezo with whom they share numerous lineages reflecting significant gene flow. In addition, for both genetic systems studied, bilateral endogamy was confirmed in the descendants of the highlander royal lineage. The hypothesis of an Austronesian vector is revealed though the comparison of maternal lineages with ethnohistoric data. Origins: A sex-specific bias in the Austronesian component is present, since the contribution of the maternal lineages to the gene pool is greater than that of the paternal lineages. Concerning the African component, it has a greater diversity than the Austronesian component, in the paternal and maternal lineages. The imprints of Middle Eastern ancestors are also detected, and they also show a sex-specific bias. Phylogeographic approaches: the complete mitochondrial DNA sequencing revealed a new haplogroup, the «Malagasy motif». It owes its name to its relationship to the Polynesian motif, which is present in up to 90% of the Pacific islanders. The «Malagasy motif» is absent in Pacific populations, thus rejecting ancient hypotheses on the Polynesian origins of the Austronesian component of the Malagasy. A new branch, the haplogroup M23, appeared to have an African and/or Eurasian (between the Middle East and India) limited distribution. The estimated age of this haplogroup (1. 7-3. 9 103; 95% CI 0-8. 2 103) suggests that this rare lineage could represent a pre-Austronesian presence. Discussion Contrary to the conclusions of some ethnographic data in recent years, the ethnic groups are well-defined and precise approaches to sampling populations are required. The endogamous group descending from the royal lineage retains traces of ancient matrilocal structures inherited from the first Austronesian ancestors. Regarding the geographic distribution, the phylogenetic classification and molecular datation of the new M23 branch reveal a more complex history of the island’s settlement than has previously been envisaged. The new branch and the Malagasy motif offer future opportunities to gain a better understanding of the geographic distribution of the ancestors of the Malagasy. Regarding the origins of the two main components of the Malagasy gene pool, a major origin is situated in the central region of the Indonesian archipelago, while the African origins are strongly related to the Bantu presence in East Africa. The dominance of paternal haplogroups reflects the expansion of the Bantu, which could be linked to the slave trade

Madagascar figure parmi les cinq premiers pays « hot spots » prioritaires pour la conservation de la biodiversité mondiale, Apis mellifera unicolor est son abeille endémique. Depuis 2010, V. destructor a été introduit à Madagascar. Les objectifs de cette thèse étaient : d'étudier la diversité et la structure génétique de l'abeille A. m. unicolor et de l'acarien V. destructor, d'évaluer l'impact de V. destructor sur les colonies, d'étudier le comportement hygiénique des colonies. Nos résultats confirment que l'ensemble des échantillons collectés font partie de la lignée africaine, plus de 99% ont été identifiés comme A. m. unicolor. Malgré sa faible diversité nucléaire, les populations présentent une structuration génétique organisée en deux sous clusters correspondant à des régions géographiques. Un seul haplotype de V. destructor a été détecté, l'haplotype coréen (K1-1). Les études génétiques ont montré une proportion élevée de génotype homozygote (69.5%) et un nombre élevé de MLG sur les Hauts Plateaux par rapport à la côte Est. La présence de MLG particulier sur les Hauts Plateaux conforte l'hypothèse de son introduction dans la capitale. La propagation de V. destructor à Madagascar est relativement lente, sa dispersion reste encore confinée à certaines régions des Hauts Plateaux et de la côte Est. L'impact de parasite est sévère, en un an, la perte des colonies infestées est estimée à 60 %. En se basant sur le pourcentage des cellules nettoyées après 6 h de test à l'aiguille, l'efficacité des colonies à détecter et à désoperculer les cellules est comparable à celles des abeilles hygiéniques africanisées et semble beaucoup plus élevée que celle des abeilles européennes. La présence de colonies hautement hygiéniques au sein des populations offre une opportunité pour un futur programme de sélection de souches tolérantes<br>Madagascar is among the top five priorities "hotspots" for global biodiversity conservation. Apis mellifera unicolor was an endemic honey bee. In 2010, Varroa destructor has been reported parasitizing A. m. unicolor. Objectives of this thesis were i) to study the genetic diversity and structure of both A. m. unicolor and V. destructor, ii) to estimate the impact of V. destructor on colonies, and iii) to investigate the hygienic behaviour of colonies. Our results confirm that all honey bees collected belonged to the African lineage and more than 99% were identified as A. m. unicolor. Despite its low nuclear genetic diversity, two genetic clusters have been detected, corresponding to geographic regions. Only one haplotype of V. destructor was detected, the Korean haplotype (K1-1). Genetic studies showed a higher proportion of homozygous genotype (69.5%) and a high number of MLG (Multi- Locus Genotypes) in the High Lands compared to the East coast. The presence of particular MLG on the High Land reinforces the assumption of its introduction into the capital. The spread of V. destructor in Madagascar is relatively slow, its presence remains confined to the High Land and the East coast. The impact of the parasite on A. m. unicolor was severe; with about 60% of colony losses in a year reported. Based on the percentage of cleaned cells observed 6 hour after pin killing broods, the efficiency colonies to detect and uncap cells was comparable to those of Africanised hygienic honey bees and was much higher than those of European honey bees. The detection of highly hygienic colonies is a great opportunity to develop a programme of selection of tolerant honey bee strains

La destruction de l'environnement par l'homme a entrainé la fragmentation des ressources naturelles, divisant de nombreuses espèces vivantes en petites populations isolées. La valeur adaptative des individus décroit alors sous l'effet de la consanguinité et de l'absence de flux génique. Par perte de leur potentiel d'adaptation, ces populations deviennent sensibles a l'action de facteurs tant intrinsèques (stochasticite démographique et génétique) qu'extrinsèques (catastrophes naturelles et maladies). Les maladies sont à présent reconnues comme facteurs déterminants du devenir des populations, mais peu d'informations sur la relation entre maladies et système social ou entre maladies et structure génétique existent, en dépit de leur aspect fondamental dans la survie des populations/espèces. Ce travail présente l'étude du lien entre maladie, démographie et variabilité génétique dans de petites populations isolées de mammifères. Un premier modèle animal (le mara, dolichotis patagonum en captivité) a permis de mettre en évidence le rôle du système social (monogame) dans la distribution d'une maladie parasitaire (strongylose gastro-intestinale). Du fait des contraintes imposées par la captivité, un second modèle animal a été choisi, le lémur catta, de part son statut d'espèce menacée et son rôle dans l'écosystème de madagascar. Dans la réserve de Berenty, au sud de l'ile, une maladie oculaire sévit chez cette espèce, et il était urgent de déterminer l'impact de cette maladie sur le devenir de la population de lémur catta. Une étude étiola-épidémiologique a été menée sur l'ensemble de la population, révélant une maladie multicausale complexe. Par ailleurs, l'étude de la population sur le plan génétique s'avérait indispensable pour déterminer le rôle de la structure sociale dans le maintien de la variabilité génétique, mais aussi la perte potentielle de variation génétique due a l'isolement et ses conséquences au niveau de la perte de valeur adaptative (ou accroissement de la sensibilité aux maladies). Une banque microsatellitique a été créé, et l'analyse génétique sur les deux marqueurs obtenus a mis en évidence une forte structuration de la population, mais également un fort taux de consanguinité. L’hétérozygotie sur ces deux locus était négativement corrélée à la présence de la maladie oculaire.

L'objectif de ce travail était l'étude des marqueurs génétiques associés au diabète insulinodépendant (DID) dans la population réunionnaise pluriethnique. Deux aspects ont été abordés : un aspect qualitatif par le typage des gènes TAP, et un aspect quantitatif par l'analyse du taux d'expression des ARNm HLA DQ. Les gènes polymorphes HLA DQA1 et DQB1, situés dans la région du CMH de classe II, font partie des principaux facteurs génétiques de prédisposition au DID. Par ailleurs, les gènes TAP1 et TAP2 ont été proposés comme candidats potentiels à la prédisposition à cette maladie auto-immune. Nous avons d'abord analysé, par PCR-ARMS, le polymorphisme des gènes TAP dans un échantillon 236 sujets : 70 patients atteints de DID et 166 témoins familiaux sains. Ces travaux ont permis de mettre en évidence un nouvel allèle TAP2 G présent uniquement dans la population d'origine africaine. En outre, nous avons montré, par des calculs de risques relatif et de déséquilibre de liaison entre les allèles des gènes TAP et ceux des gènes DQA1 et DQB1, d'une part que le gène TAP1 n'est pas associé au DID. D'autre part les allèles TAP ne sont pas des facteurs de prédisposition génétique à cette maladie mais des marqueurs génétiques, à l'exception de l'allèle TAP2 E qui diminue considérablement l'effet diabétogène des haplo types auquel il est associé, ce qui laisse supposer un effet protecteur propre de cet allèle. Par ailleurs nous avons développé une méthode de quantification relative des ARNm DQA1 et DQB1. Cette méthode basée sur la technique de RT-PCR semi-quantitative est simple à mettre en œuvre, applicable à tous les cas d'hétérozygotie possibles et ne nécessite pas de grandes quantités d'ARN. Elle a été appliquée à l'étude de la régulation transcriptionnelle du gène HLA DQB1 d'une lignée lymphoblastoide B provenant d'un sujet hétérozygote 020/0402. Nous avons montré que le taux d'ARNm dérivé de l'allèle DQB1 0402 est plus de deux fois supérieur à celui dérivé de l'allèle DQB1 0201. De plus, nous avons constaté que les différentes espèces d'ARNm DQB1 présents dans cette lignée avaient un temps de demi-vie du même ordre de grandeur (24 heures).

Les forêts tropicales persistantes sont caractérisées par des températures et des taux d'humidité élévés toute l'année, des sols pauvres et une grande variété végétale. Ces forêts hébergent de nombreux arbres de la famille des légumineuses dont de nombreuses espèces capables d'établir une association symbiotique avec des rhizobia (bactéries fixatrices d'azote). L'objectif de notre travail à consisté à caractériser et comparer la diversité des rhizobia isolés de for^ets tropicales humides dans trois régions différentes du monde (Guinée, Madagascar et Guyane). Parmi les espèces d'arbres que nous avons étudié 20 sont décrites ici pour la première fois comme nodulées. Un total de 73 isolats de nodules racinaires ont été obtenus à partir de 27 espèces d'arbres de la forêt tropicale humide (9 tribus, 3 sous-famille de Leguminosae). La diversité génétique de ces isolats a été analysée par séquençage partiel de la région intergénique ADNr 16S-23S. Les résultats ont montré que les 62 nouveaux isolats à croissance lente appartiennent au genre Bradyrhizobium, tandis que les 11 isolats à croissance rapide appartiennent aux genres Rhizobium, Mesorhizobium, Sinorhizobium, Azorhizobium et Burkholderia. Parmi les Bradyrhizobium isolés plusieures espèces génomiques ont été reconnues, 11 correspondent à des espèces précédemment décrites et au moins 5 à des nouvelles espèces génomiques. L'isolement des deux genres particuliers des bactéries a été surprenant: 1)Azorhizobium, décrit comme un symbiote de Sesbaniarostrata au Sénégal et de Sesbania virgata au Brésil, a été isolé des plantes de Dalbergia. 2) Burkholderia, appartenant à la sous-classe β de Proteobacteria, a été isolé de Machaerium en Guyane. Les souches de Bradyrhizobium les plus performantes ont été selectionnées pour l'inoculation de pépinières forestières. Cette sélection a permis la préparation d'inocula utilisables en foresterie pour restauration de forêts tropicales en voie de disparition. L'inoculation en pépinière de différentes espèces d'arbres avec des souches sélectionnées de Bradyhizobium a permis d'obtenir une augmentation significative de la croissance des plantes.

Parce que la fragmentation de l'habitat favorise la diminution de la taille des patches de ressources et la réduction de leur connectivité, ce processus est l'une des principales causes d'extinction des espèces en milieu tropical. Dans cette thèse, nous nous sommes intéressés au cas du propithèque à couronne dorée (Propithecus tattersalli), une espèce rare et menacée de lémurien du Nord-Est de Madagascar dont les populations évoluent dans un habitat forestier restreint et fortement fragmenté. Cette espèce sociale, endémique de la région enclavée de Daraina, n'a été découverte qu'il y a une vingtaine d'années (Simons 1988) et peu d'informations sont disponibles sur sa résilience à l'ouverture croissante de son habitat. Afin de fournir des informations pertinentes pour la mise en place de stratégies de conservation pour cette espèce, nous avons 1) étudié sa distribution et mesuré les densités des principales populations et 2) caractérisé sa structure génétique globale grâce au développement de marqueurs microsatellites spécifiques et à l'échantillonnage des fèces de 403 individus appartenant à 118 groupes sociaux répartis sur l'ensemble de l'aire de distribution. Les résultats des analyses démographiques suggèrent une importante variabilité de densité entre les fragments forestiers prospectés (entre 34 et 90 individus/km²) et une abondance totale du propithèque à couronne dorée comprise entre 11. 000 et 26. 000 individus, avec probablement plus de 18. 000 individus. En combinant des analyses spatiales et génétiques, nous avons mis en évidence que la rivière Manankolana est à l'origine de la principale discontinuité génétique et joue probablement le rôle de barrière de flux de gènes pour cette espèce, alors que la route nationale non goudronnée semble peu entraver la dispersion des individus. Nos résultats suggèrent également une forte influence de l'isolement par la distance et une faible influence de la connectivité structurelle de l'habitat forestier sur les patterns de dispersion à l'échelle du paysage, même si l'une des populations au Nord de l'aire de distribution est très différenciée, suggérant un fort effet local de la fragmentation de l'habitat. .<br>Since habitat fragmentation reduces the size of habitat patches and decreases their level of connectivity, this process is among the greatest threats faced by species in tropical regions. Here, we studied the case of the golden-crowned sifaka (Propithecus tattersalli), a rare and threatened species of lemur from northeastern Madagascar, whose populations are only found in a small and highly fragmented forest habitat. This socially-organized species, endemic to the Daraina area, was only discovered twenty years ago (Simons, 1988) and little is know about its resiliency to the growing habitat openness. To provide relevant information to set up appropriate conservation strategies for this species, we 1) studied its distribution and assessed the density of its main populations and 2) characterized its global genetic structure isolating new specific microsatellites and collecting faeces from 403 putative individuals (118 social groups) sampling in the whole distribution area. The results of the demographic analyses suggest a large heterogeneity of density among surveyed forest patches (between 34 and 90 individuals/km²) and a total species size between 11,000 and 26,000 individuals and most likely above 18,000 individuals. Combining spatial and genetic analyses, we showed that the Manankolana River is the main geographical feature shaping P. Tattersalli 's genetic diversity, and that it probably played a role as a barrier to gene flow whereas the national road does not seem to strongly impede the dispersal of individuals. Our results also suggested a strong influence of the isolation by distance and a weak influence of the forest habitat structural connectivity on dispersal patterns at the landscape scale even though one of the population in north of the distribution area is highly differentiated suggesting a strong local impact of habitat fragmentation. At the resource patch scale, we found that individuals within social groups are closely related and that most of the dispersal events occur between adjacent social groups as suggested by behavioural information (Meyers, 1993). Lastly, the study of the P. Tattersalli demographic history revealed that the populations underwent a bottleneck at a period between 1500 and 3000 years ago leading to a drastic reduction of effective population size (from several thousand individuals to a few hundred individuals per population). .

A part le défrichement pour l'agriculture, le comblement du déficit sur le marché local malgache en bois d'énergie et en bois d'œuvre fait partie des sources de la diminution de la couverture forestière à Madagascar. Afin de préserver les forêts naturelles malgaches, reconnues comme sources de méga-biodiversité, tout en remplissant les besoins en bois du marché local ; les forêts de plantation présentent un enjeu crucial pour Madagascar. Cependant, les bois provenant de la plantation forestière malgache, généralement dominée par les espèces du genre Eucalyptus et Pinus, offrent moins de choix et n'ont pas les qualités requises pour se substituer aux bois des forêts naturelles notamment pour l'ameublement et la menuiserie. Le bois de Liquidambar styraciflua est utilisé dans de nombreux pays en ameublement, emballage ou pour la fabrication de contreplaqués. Ce travail de thèse a pour objectif de contribuer à l'amélioration du Liquidambar styraciflua pour une sylviculture et une utilisation de son bois adaptées au contexte malgache. L'approche ici est originale car elle combine l'étude des caractères de croissance au champ, la production et la qualité grainière, la croissance juvénile et les propriétés des bois tout en considérant la variabilité génétique de l'espèce. Pour ce faire, les données d'inventaire annuels de l'essai de provenances de Liquidambar à Mandraka ont permis d'évaluer l'adaptation de l'espèce et la variabilité intraspécifique de sa croissance. Des échantillonnages de graines accompagnés de tests de germination et de croissance en pépinière ont été effectués pour évaluer la faculté de multiplication et sa variabilité afin de pouvoir se prononcer à la possibilité de vulgarisation de l'espèce. Enfin, ce travail porte également sur la caractérisation des propriétés physico-mécaniques et de durabilité naturelle du bois de Liquidambar. A l'issue de ces essais et de ces expérimentations, ce travail de thèse à mis en évidence que le Liquidambar de Mandraka montre une bonne adaptation avec une croissance élevée par rapport aux essais internationaux de provenances de Liquidambar promus par le Commonwealth Forestry Institute. De plus, la croissance de Liquidambar à Mandraka est semblable à celle des espèces du genre Eucalyptus mais meilleure par rapport à celle des Pinus quand ils sont plantés dans les mêmes conditions écologiques. La production grainière du Liquidambar de la Mandraka est plus élevée que dans son aire naturelle de distribution. Les graines de Liquidambar de la Mandraka présentent une vitesse et un taux germination élevé respectivement de 75% et de 83%. Ceci confirme la bonne adaptation de l'espèce dans les conditions d'étude. Nos travaux suggèrent que les arbres de grande dimension produisent des graines plus fertiles et les semis ont une croissance juvénile plus rapide (jusqu'à l'âge de 425 jours) par rapports aux semis issus des arbre-mères de taille plus petite. Ce travail de thèse a mis également en lumière que les méthodes indirectes de caractérisations du bois comme la Spectrométrie Proche Infra-Rouge, les ultrasons se sont avérées efficaces pour estimer les propriétés physico-mécaniques du bois de Liquidambar en plus des mesures standardisées également utilisées. Les propriétés physico-mécaniques du bois de Liquidambar sont moyennes parmi celles des bois communément utilisés. Les extractibles du bois de Liquidambar sont à l'état de traces et son bois n'est pas durable face aux attaques des termites du genre Reticulitermes et aux champignons Coniophora puteanea et Coriolus versicolor. Des corrélations phénotypiques faibles à fortes ont été observées entre les propriétés physico-mécaniques du bois de Liquidambar ; ce qui suggère qu'une amélioration sylvicole ou génétique visant à augmenter la valeur d'une propriété (physique ou mécanique) donnée pourrait avoir pour conséquence d'augmenter ou de diminuer la valeur d'autres propriétés physico-mécaniques<br>Beyond the clearance for agricultural, the filling of the deficiency of wood as energy and material for the Malagasy local market takes part in the reduction of the forest cover in Madagascar. In order to preserve Malagasy natural forests, known to be a mega-biodiversity reservoir, with also full-filling the local demand in wood, the plantation forests represent a crucial challenge. Nevertheless, the timbers coming from the planted Malagasy forest, generally dominated by Eucalyptus and Pine species, offer less choice and do not have the required qualities to substitute the timber from natural forest, especially for carpentry, joinery and furniture manufacturing. Liquidambar styraciflua timber is used in many countries for packaging, veneer, plywood and furniture production. The objective of this work is to contribute to the improvement of Liquidambar styraciflua for a forestry and end-use in adequation with the Malagasy context. The approach used is original because it combines the study of the growing characteristics in the field, the production and the quality of the seeds, the juvenile growth and the wood properties, with considering also the genetic variability of the species. In order to do so, the inventory annual data of the provenance trial of Liquidambar in Mandraka has allowed evaluating the adaptation of this species and the intra-specific variability of its growth. Seed samplings, germination tests and tree nursery growth tests have been performed to evaluate the multiplication ability and its variability in order to state about the vulgarization possibility for this species. Finally, this work was also about the characterization of physic-mechanical and natural durability properties of Liquidambar timber. Once these trials and experiments completed, this work showed that Liquidambar from Mandraka presents a good adaptability associated with an important growth compared to other Liquidambar international provenance trials done by the Commonwealth Forestry Institute. Moreover, the growth of Liquidambar from Mandraka is similar to Eucalyptus species and better than Pinus species when planted in the same ecological environment. The seed production of Liquidambar from Mandraka is higher than in its natural distribution area. Its seeds present a high speed and rate of germination of 75% and 83%, respectively. This confirms the good adaptation of this species for the considered studied conditions. Our study suggest that tallest trees produce more fertile seeds and seedlings have a more rapid juvenile growth (up to 425 days) compared to seedlings coming from smaller mother tree. This work has also brought into light that indirect methods such as Near Infra-Red Spectroscopy, ultrasonic methods were efficient to estimate the physic-mechanical properties of Liquidambar timber, in addition to the standardized methods used. The physico-mechanical properties of Liquidambar timber are average compared to the most commonly used. Liquidambar timber extractible content is very low and it is not durable neither towards Reticulitermes termites, nor Coniophora puteanea and Coriolus versicolor Basidiomycete fungi. Low to strong phenotypic correlations between the physic-properties have been observed ; suggesting that a genetic or silvicultural improvement aiming to up-grade a property (physic or mechanic) could, in consequence, increase or decrease the value of another physic-mechanical property. Nevertheless, it would be interesting to get adequate experiments (test descendance from cross experiments) to estimate the genetic correlations. Concerning the variability, the physico-mechanical properties of Liquidambar timber follow a linear or logarithmic tendency from pith to bark, and normal, as well as tension wood was observed. The growing and multiplication characteristics of liquidambar are more variable than its physico-mechanical properties

Madagascar fait partie de la zone de haute endémicité pour l‟hépatite B dont le profil de circulation varie selon la ruralité de la zone d‟habitation. De par son insularité et les origines de ses peuplements, nous avons supposé que ce profil de circulation du VHB était dû à la variabilité du VHB et à l‟hétérogénéité du profil de transmission. Ce projet de thèse a pour objectif principal de déterminer les facteurs épidémiologiques et moléculaires influençant la dynamique de transmission et l‟évolution vers les complications de l‟infection par le virus de l‟hépatite B à Madagascar. Résultats : la séroprévalence globale pondérée en Ag HBs est de 6,9% avec des variations allant de 0% à 26% selon les zones géographiques considérées. La prévalence augmente en s‟éloignant des grandes villes et des principales routes nationales les reliant et chez les individus à faible statutsocio-économique. L‟étude du flux génétique des souches virales de l‟hépatite B montre que les zones les plus reculées représentent un réservoir pour la dissémination du virus. L‟infection par le virus de l‟hépatite B est responsable de 31% des maladies hépatiques chroniques rencontrées dans les services hospitaliers investigués à Antananarivo. L‟introduction du VHB s‟est probablement faite au cours du XIXème siècle. Sa propagation à l‟intérieur du pays a pris une allure exponentielle durant les années 80s probablement durant les épidémies de paludisme et suite à des réutilisations des matériels d‟injections. Conclusion : Les résultats de ces différents travaux nous ont permis de plaider pour une politique de lutte visant en particulier les zones très reculées de l‟île où la prévalence en AgHBs est la plus importante<br>Madagascar is part of endemic region of HBV. Distribution is different in rural and urban area. The historic of human settlement and its insularity might impact distribution and molecular characteristic of HBV in Madagascar, we then supposed that difference observed in distribution and prevalence of HBV were due to viral variability and different pattern of viral transmission. Therefore, the main objective of this thesis was to determine molecular and epidemiological pattern that may influence dynamic transmission and complications of infection. Results: weighted prevalence of HBsAg was 6.9%. It varied from 3% to 26% according to area of sampling. Populations with a low socio-economic status and those living in rural areashad a significantly higher seroprevalence of HBsAg. Gene flow study showed rural area remain important in virus diffusion.HBV infection was found to be responsible of 31% of chronic liver disease encountered in the main public hospital in the capital of the country. Because of its recent emergence, its introduction dated from XIX century during colonization period. Its expansion during 1980s might be due to use of unsafe injection material mainly during malaria epidemic. Conclusion: The result of these work allowed us to advocate for a policy of struggle, in particular in the very remote areas of the island where the HBsAg prevalence is the most important and where care and preventive measures such as vaccinations are scarce

Nous avons exploré la diversité génétique du complexe d'espèces Ralstonia solanacearum (ceRs) pour caractériser et comprendre les graves épidémies de flétrissement bactérien qui sévissent à Madagascar. Une large collection de souches (n=1224; 75 sites) est constituée. Les souches sont assignées aux phylotypes I, III, et la grande majorité associée à l'épidémie appartiennent au groupe IIB-1 (‘Brown rot’ des anglo-saxons) signalé pour la première fois à Madagascar. L'approche MLVA (RS2-MLVA9) a révélé leur apparenté aux souches IIB-1 distribuées mondialement, suggérant ainsi une introduction malheureuse à Madagascar. Trois populations clonales se propagent par des tubercules infectées. Le génotypage des souches du phylotype III, avec le schéma hautement résolutif RS3-MLVA16 que nous avons développé, a révélé une forte diversité génétique structurée géographiquement en onze populations clonales bien différenciées. Cette structure reflète un caractère endémique des populations suggérant l'absence de transmission par tubercules. Les souches malgaches sont différentes de celles d'Afrique continentale. Les souches IIB-1 et III présentent deux modèles épidémiologiques différents. Les variétés de pomme de terre cultivées à Madagascar n'ont montré aucune résistance génétique vis-à-vis du panel de souches malgaches. Cependant, dans nos conditions expérimentales les accessions 720118 et 800934 sont résistantes aux souches I-31 non détectées pour l'instant à Madagascar, mais prévalentes dans l'océan Indien. Nous disposons ainsi d'un outil robuste pouvant être appliqué à l'étude du phylotype III, d'une vue globale de la structure des populations et d'épidémiologie du ceRs<br>This thesis is exploring genetic diversity, population structure and molecular epidemiology of the Ralstonia solanacearum species complex (Rssc) causing potato bacterial wilt outbreaks in Madagascar. We characterized a large collection of strains (n=1224; 75 sites) collected from potato production areas. Surprisingly, the large outbreaks were associated with IIB-1 strains (Brown rot) while a few were associated with phylotypes I and III. This is the first report of phylotype IIB-1 in Madagascar. The IIB-1 strains were genotyped based on MLVA (RS2-MLVA9). And Malagasy phylotype IIB-1 clustered with worldwide distributed strains. Fine scale genetic investigation suggested three clonal populations that were introduced and spread through latently infected tuber-seeds. Phylotype III strains were genotyped with the highly discriminatory RS3-MLVA16 scheme we developed. Genetic population analyses revealed a high genetic diversity within phylotype III strains that geographically structured into 11 clonal populations. This support the endemic character of the phylotype III population in Madagascar and suggests no transmission with potato tubers. Malagasy strains were distinct from continental African strains. A clear-cut epidemiological profile is shown between IIB-1 and III strains. Genetically, no bacterial wilt resistance properties were shown for the most popular Malagasy potato cultivars, except two cultivars: 720118 and 800934 that showed strong resistance to phylotype I-31 strain that are predominantly distributed in the Indian Ocean. This study offered tool to genotype phylotype III strains and gives an insights into population structure and epidemiology of the Rssc

Cette étude sur la littérature orale malgache est une contribution originale qui cherche à combler un vide théorique, du moins en partie, sur divers aspects peu soulevés ou non, aussi bien par les malgachisants que d’autres chercheurs. Dans un double mouvement entre rappels théoriques et examen du cas malgache, nous embrassons une amplitude extrêmement vaste pour explorer des questions aussi bien universelles que proprement malgaches. À cet effet, nous remontons dans le temps aux époques présocratique et platonicienne, premiers à avoir rationalisé l’art et la littérature. Nous parcourons également un espace incluant Madagascar et la sphère occidentale notamment française pour tenter de résoudre les points suivants : la question de terminologie de la littérature orale non réglée à ce jour, celle du passage de la langue et de la culture orale malgache à la scripturalité depuis l’arrivée au XIXème siècle des missionnaires anglais et des ethnographes de la colonisation française, et le problème de la classification de la littérature orale malgache, comprenant l’examen des concepts de genre et de genre oral. Nous achevons notre recherche par un apport inédit en réfléchissant sur la notion de « champ littéraire oral » malgache, qui serait situé entre oralité et scripturalité, tradition et modernité, et entre langues vernaculaires-véhiculaires locales, partageant leur espace avec le concept de francophonie<br>This study on the oral literature of Madagascar is an original contribution that intends to fulfill a theoretical gap, at least partially, on various aspects hardly brought up or never examined by the specialists on Madagascar or other scholars. In a double movement between theoretical reminders and examination of the case of Madagascar, we cover an extremely large area in order to resolve some universal and Malagasy issues. We follow a chronological main line of going back in time to the pre-Socratic and Platonist eras that were the first to rationalize art and literature. We will embrace a geographical zone incorporating Madagascar and the western civilization, in particular the French part, to find an answer to the following points: the issues of terminology of oral literature non-resolved to-date, the question of transfer of Malagasy language and oral culture to scripturality since the first arrival of British missionaries and French colonizers in the 19th century, the problem of classification of Malagasy verbal art by the French including an analysis of the concepts of gender and oral gender. We achieve our research by a unique development of the notion of a potential “Malagasy oral literature domain” that seems to be positioned between orality and scripturality, tradition and modernity and local vernacular and vehicular languages sharing their space with the concept of the francophonie

Ce travail apporte des bases scientifiques au programme d'amélioration des pins à Madagascar, en abordant le double aspect de la génétique et de la morphogenèse. L'étude du développement morphogénétique et de la croissance de Pinus kesiya Royle ex. Gordon et de Pinus elliottii Engelm. Var. Elliottii permet d'établir des modèles de croissance et les normes de comportement des deux espèces. Modèles et normes ont servi de références à l'étude du comportement des hybrides et à la recherche de critères juvéniles pour une sélection précoce. L'hybridation interspécifique réciproque en polycross entre les de x espèces cherche à associer la plasticité de P. Kesiya à la rectitude du fût et la finesse des branches de P. Elliottii. Les taux moyens de succès de l'hybridation sont de 3,40% lorsque P. Kesiya est pris comme parent femelle; de 10,18% dans le croisement réciproque. Une grande variabilité génétique existe à l'intérieur et entre les 15 familles hybrides interspécifiques. L'effet provenance y est effacé, alors qu'il est élevé chez les 24 familles intraspécifiques. Un effet marqué et prolongé du génotype maternel sur les phénotypes empêche une sélection trop précoce. Mais à 30 mois, les effets paternels s'expriment progressivement. Les hybrides ont des caractères intermédiaires entre les parents. Diamètre du tronc à 1,30m et diamètre des branches sont des prédicteurs fiables du comportement de l'arbre à 66 mois (r = 0,934). A cet âge l'arbre a déjà atteint une hauteur moyenne de 7m. Des estima ions d'héritabilité au sens strict ont été calculées pour 19 caractères mesurés en forêt. Le bouturage des brachyblastes des hybrides réussit dans 67 à 73% des cas. Les ortets de 54 mois donnent des sujets bouturés dont la croissance en hauteur ne diffère pas significativement de celle des sujets issus d'ortets plus jeunes.

Les espèces de Mascarocoffea (61 sur 124 décrites endémiques de Madagascar) sont fortement menacées d'extinction à cause de la réduction considérable des surfaces forestières à Madagascar. En vue de leur préservation, l'évaluation du niveau de diversité dans la collection de Mascarocoffea de la station de Recherche du FOFIFA à Kianjavato comparé à celui de quatre populations en in situ a été faite. Le niveau de diversité des populations en collection est plus important que celui en in situ dont l'hétérozygotie observée est similaire avec une importante richesse allélique. La modélisation de la croissance et du développement des jeunes individus de ces populations par le modèle GreenLab a permis d'appréhender la mise en place de la structure de la plante en accord avec la variabilité architecturale interspécifique chez les populations étudiées à différents stades de développement. Un bon ajustement sur la croissance a été obtenu par la calibration des populations étudiées dans le dispositif expérimental. L'évolution de la variable clé du modèle GreenLab, le rapport source-puits (Q/D) en fonction du temps pour les 7 populations ajustées a montré que la production de beaucoup plus d'organes influence l'évolution du rapport Q/D au court du temps. Ce rapport affecte la taille des organes et l'architecture des Mascarocoffea. Un essai sur des individus adultes poussant dans des milieux différents (ex et in situ) dont les paramètres morphologiques, architecturaux et génétiques ont été déterminés dans cette étude, permettrait de déterminer la réponse des plantes selon l'environnement dans lequel elles poussent et de faire une optimisation du modèle. La détection des individus hybrides aussi bien in situ qu'en collection permet de voir ultérieurement la conséquence sur la structure de la plante et d'envisager d'intégrer les paramètres génétiques dans le modèle…<br>Mascarocoffea species (61 / 124 described, endemics to Madagascar) are highly endangered because of the considerable Madagascar area forest reduction. For their preservation, assessment of the Mascarocoffea diversity level in the FOFIFA Kianjavato Collection Research Station compared to four in situ populations was made. The collection population's diversity level is larger than that in situ, observed heterozygosity is similar with a significant allelic richness. Modeling the young individuals in these populations' growth and development by the GreenLab model helped to understand the development of the plant structure in accordance with the interspecific architectural variability in studied populations at different development stages. A good fitting on growth was obtained on the populations studied in the experimental plot. The evolution of the GreenLab model key variable, the source-sink ratio (Q / D), showed that the production of many more organs influences the ratio Q / D evolution in time. This variable affects organ size and Mascarocoffea architecture. An essay on adult individuals growing in different environments (in and ex situ), whose morphological, genetic and architectural parameters were determined in this study, would allow the plants response in terms of architecture depending on the environment in which they grow and to optimize the model. The detection of hybrid individuals in both in situ and at the collection would detect hybrids characters on the plant structure and consider integrating genetic parameters in the model