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Dissertations / Theses on the topic 'Polypeptides. Peptides'
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Meillon, Jean Christophe. "Transport transmembranaire et auto-assemblage impliquant des peptides synthétiques modifiés." Sherbrooke : Université de Sherbrooke, 1998.
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Mehlin, Christopher. "The isolation and characterization of inflammatory polypeptides from Staphylococcus epidermidis /." Thesis, Connect to this title online; UW restricted, 1998. http://hdl.handle.net/1773/9280.
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Stark, Margareta. "Isolation and characterization of lipid-associated and neurosecretory polypeptides /." Stockholm, 2000. http://diss.kib.ki.se/2000/91-628-4202-1/.
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Zholobko, Oksana. "Functional Colloids from Amphiphilic Polymer Assemblies and Peptides/Polypeptides." Diss., North Dakota State University, 2019. https://hdl.handle.net/10365/29963.
Full textAbstract:
The use of responsive polymers, where even minor changes in one of the macromolecular characteristics triggered by the external stimuli can cause drastic changes in the material function or performance, is widely studying area of research. Formation of the thermodynamically stable polymer-peptide colloids, such as mixed micellar assemblies or polymer-enzyme conjugates, loading capacity of the colloids, and cargo activity all depend on the macromolecular interactions within the peptide/polypeptide-polymer system. The goal of this work is to investigate interactions between range of new polymers and various cargo molecules and determine whether those interactions affect the physicochemical properties of the resulted colloids. For this purpose, two types of colloid systems were explored: i) peptide-loaded invertible micellar assemblies (IMAs), formed using hydrophobic interactions between amphiphilic invertible polymers (AIP) and peptides (HA, V5, or peptide-based vaccine), and ii) polymeric cellulosomes made from polymer ligand (PL), copolymer of glycidyl methacrylate (GMA) and poly(ethylene glycol) methyl ether methacrylate (PEGMA) and mixture of cellulases, using covalent bonding. The purpose of the research was to evaluate if colloids properties are affected by changes in responsive polymer characteristics as well as if the developed macromolecular structure and composition need further synthetic modification/optimization. AIP-related part of this dissertation is focused on i) understanding of interaction between peptides and AIPs, and formation of mixed micellar assemblies; ii) further behavior of cargo peptide molecules in the micellar interior under the AIP conformational changes, triggered by IMAs localization at polar and nonpolar interface; iii) evaluation of the impact of IMAs on model lipid membrane diffusivity and permeability. Besides, AIP-peptide assemblies were tested in vitro and in vivo in order to evaluate the cargo delivery, antibody response, and immunity protection in vaccinated pigs against Swine influenza viruses (SIV). To explore the feasibility of covalent bonding in formation of responsive polymer-based colloids, enzyme-polymer conjugates (EPCs) were designed and their enzymatic catalytic activity for the biomass hydrolysis was further tested. The effect of conjugation on catalytic activity, conjugation efficiency, glucose inhibition effect, type of substrate, and type of biomass pretreatment were evaluated and compared to free enzymes.North Dakota. Department of Commerce
National Science Foundation (U.S.)
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Cutts, Rosalind Jennifer. "Modelling, NMR and synthesis of food peptides." Thesis, University of Surrey, 1996. http://epubs.surrey.ac.uk/842985/.
Full textAbstract:
The work in this thesis can be divided into two sections, namely the study of delicious peptide, a food flavour and the antimicrobial peptide lactofenicin B. The main interest in these compounds is in terms of structure and conformation adopted in solution and how this relates to their mode of action. Delicious peptide was studied initially by 1H NMR spectroscopy for evidence of a specific solution structure. Results show that delicious peptide does not adopt a regular conformation in solution. Molecular dynamics simulations of this peptide show the flexibility of the peptide structure in solution. Quenched molecular dynamics simulations were used to search for low energy conformers of the peptide. The results suggest that the flavour of the peptide is produced by interaction of basic and acidic regions in the peptide. The work was extended to examine delicious peptide analogues with similar flavour characteristics. The results obtained suggest that similar interactions of basic and acidic regions occur for these peptides to produce a savoury flavour. The antimicrobial peptide Lactofemcin B was synthesised by Fmoc poly-amide synthesis. Problems with the synthesis occurred due to the protecting groups used for the five arginine residues present in the sequence. Predictive modelling studies on Lactofenicin B peptide, derived from bovine lactofenicin protein suggest that the peptide adopts a region of alpha-helical conformation in solution. The flexibility of the peptide was studied by molecular dynamics in solution and simulations of other environmental conditions were carried out by variation of electrostatic interactions using dielectric constants for membrane, TFE and water environments. The results suggest the beta-helical conformation is most stable in an environment such as trifluoroethanol, the peptide showing more flexibility in aqueous solution. Experimental results for the peptide confirm the flexibility of the peptide in solution. CD results show that lactofenicin B has no specific conformation in solution, although an beta-helical conformation is adopted in trifluoroethanol. The peptide also adopts a beta-sheet conformation in low concentrations of SDS micelle and therefore its conformation is dependant on environmental conditions. NMR studies show that the peptide, although flexible in solution, shows short-range NOE interactions that suggest a local beta-helical conformation may be present. However the overall conformation for the peptide is a flexible one.
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Agut, Willy Lecommandoux Sébastien Taton Daniel. "Conception de nano-objets adaptatifs à base de polypeptides." S. l. : Bordeaux 1, 2008. http://ori-oai.u-bordeaux1.fr/pdf/2008/AGUT_WILLY_2008.pdf.
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7
Fesinmeyer, Robert Matthew. "Chemical shifts define the structure and folding thermodynamics of polypeptides /." Thesis, Connect to this title online; UW restricted, 2005. http://hdl.handle.net/1773/11621.
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Lundh, Ann-Christin. "The rational design of catalytically active polypeptides with supersecondary structure." Göteborg : Department of Organic Chemistry, University of Göteborg, 1995. http://catalog.hathitrust.org/api/volumes/oclc/39066015.html.
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9
Charati, Manoj B. "Peptides and polypeptides as scaffolds for optoelectronics and biomaterials applications." Access to citation, abstract and download form provided by ProQuest Information and Learning Company; downloadable PDF file, 200 p, 2009. http://proquest.umi.com/pqdweb?did=1891590581&sid=3&Fmt=2&clientId=8331&RQT=309&VName=PQD.
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10
Bergsson, Gudmundur. "Antimicrobial polypeptides and lipids as a part of innate defense mechanism of fish and human fetus /." Stockholm, 2005. http://diss.kib.ki.se/2005/91-7140-546-1/.
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Salamat-Miller, Nazila Johnston Thomas P. "An investigation of the effect of secondary structure of model polypeptides on their in vitro diffusion and in situ absorption." Diss., UMK access, 2004.
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Thesis (Ph. D.)--School of Pharmacy and Dept. of Chemistry. University of Missouri--Kansas City, 2004."A dissertation in pharmaceutical sciences and chemistry." Advisor: Thomas P. Johnston. Typescript. Vita. Description based on contents viewed Feb. 28, 2006; title from "catalog record" of the print edition. Includes bibliographical references (leaves 135-148). Online version of the print edition.
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Andrews, A. L. "The contribution of B-loop residues of epidermal growth factor to receptor binding and activation." Thesis, Queen's University Belfast, 2001. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.368482.
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Dai, Nan. "I. Collagen-like polypeptides. II. Helix-turn-helix peptides and turn mimetics." Diss., Virginia Tech, 2008. http://hdl.handle.net/10919/28411.
Full textAbstract:
Collagen is one of the most important and abundant proteins in mammals. It consists of three left-handed PPII helixes coiled along a common axis to form a very compact right-handed super helix. The primary structure is shown to be (Gly-Xaa-Yaa)n repeats with high content of prolyl residues at both Xaa and Yaa positions. Cis-trans isomerization of the prolyl amide bonds is one of the rate-limiting steps during collagen triple helix folding.
The conformationally locked alkene isosteres Fmoc-Gly-Ψ[(E)CH=C]-Pro-Hyp(tBu)-OH and Fmoc-Pro-Ψ[(E)CH=C]-Pro-OH were designed and synthesized. The synthesis of the Gly-Pro isostere had no stereo-control, and the two diastereomers of the tripeptide isostere Fmoc-Gly-Ψ[(E)CH=C]-Pro-Hyp(tBu)-OBn were separated by normal phase HPLC. Although the stereoselectivity of the asymmetric reduction was not good for the Pro-Pro isostere, the resulting diastereomers was separable by flash chromatography, and the absolute stereochemistry of the two diastereomers was determined by Mosher's method. The Gly-Pro alkenyl peptides, and their control peptide Ac-(Gly-Pro-Hyp)8-Gly-Gly-Tyr-NH2 were synthesized and purified. All three peptides showed a maximum around 225 nm and a minimum close to 200 nm in the CD spectra, which indicated the formation of PPII helixes. The Tm value of the control peptide was determined to be 50.0 °C. The peptide with Gly-Ψ[(E)CH=C]-L-Pro-Hyp as the guest triplet formed a stable triple helix with a Tm value of 28.3 °C. The peptide with Gly-Ψ[(E)CH=C]-D-Pro-Hyp as the guest triplet showed a linear decrease in the ellipticity with increasing temperature, which indicated that no triple helix was formed.
The Pro-Pro alkenyl peptide and its control peptide H-(Pro-Pro-Gly)₁₀-OH were synthesized and purified. The Tm value of control peptide was determined to be 31.6 °C by extrapolation to 0 M TMAO in PBS buffer, which was very close to the measured value of 31.5 °C. The Pro-Pro alkenyl peptide began to show a maximum around 225 nm in the CD spectra when the concentration of TMAO was higher than 2.5 M. After extrapolation to 0 M TMAO, the Tm value was determined to be –22.0 °C. These results indicate that the backbone inter-chain hydrogen bond is one of the major forces in stabilizing the collagen triple helix, while cis-trans isomerization has limited contribution. The intrinsic properties of the amide bond may have huge influence on the stability of the collagen triple helix.
The helix-turn-helix motif is an important tertiary structure in DNA-binding proteins. Stepwise modifications of the Antennapedia HTH peptide (27-55) were performed to improve the helicity and stability. The peptide with more side-chain ion-pairs was over 4 times more helical than the native Antp peptide, while the Ala-based peptide was over 9 times more helical than the native peptide.
A 12-membered ring, Fmoc-protected HTH-turn mimic was designed and synthesized, and was ready for solid phase peptide synthesis. The solubility of the cyclic peptide was very poor, and the purification of the final product was very difficult. The solubility problem might also affect solid phase peptide synthesis in the future.Ph. D.
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WHEELER, COSETTE MARIE THERESE. "HEPATITIS A VIRUS: GROWTH CHARACTERISTICS, PURIFICATION, AND CAPSID GENE ORDER (PEPTIDES, IMMUNOREACTIVITIES, POLYPEPTIDES)." Diss., The University of Arizona, 1985. http://hdl.handle.net/10150/188108.
Full textAbstract:
A human isolate of hepatitis A virus (HAV) strain HAS-15 was adapted to rapid growth FRhK-4 cells and a one-step growth curve was determined. Detectable virion production was absent for approximately 20 h post-infection (p.i.) and was followed by a 4-day logarithmic phase of virus production. A maximum intracellular virus titer of 10⁹ radioimmunofocus-forming units (RFU) per milliliter was achieved and remained essentially constant for a period of up to 14 days p.i. An adsorption study with HAV HAS-15 using FRhK-4 cells demonstrated greater than 99.9% of infectious virus adsorbed at 25 C in less than 20 min. Milligram amounts of purified HAV HAS-15 were obtained from persistently-infected RFhK-4 cells. The HAV polypeptides were separated by sodium dodecyl sulfate - polyacrylamide gel electrophoresis and transferred to nitocellulose for detection by an enzyme-linked immunotransfer blot (EITB) procedure. HAV nucleotide-derived amino acid sequence was subjected to computer analysis to identify potential immunogenic regions within the HAV capsid polypeptides. Synthetic peptides corresponding to selected regions of each of the larger putative capsid polypeptides were coupled to keyhole limpet hemocyanin and used to immunize rabbits. EITB reactivities of HAV specific anti-peptide sera have allowed the identification of the gene order for the larger HAV P1 gene products and the determination of the following molecular weights: HAV VP2 or 1B (MW 27,000), HAV VP3 or 1C (MW 29,000), and HAV VP1 or 1D (MW 33,000). The disposition of the HAV capsid polypeptides with respect to the virion external surface was evaluated by EITB reactivity of HAV polypeptides with specific antisera. Hyperimmune rabbit anti-157S HAV and human IgM reacted with VP1, VP2, and VP3, while IgG reacted predominantly with VP1 and VP2. Further evaluation of the HAV virion structure was attempted by examining the relative accessibility of the virion polypeptides to various labeling reagents. Reaction of intact virions with Iodogen resulted in the predominant labeling of VP1 while labeling of VP2 and 3 was barely detectable. Selective labeling of VP1 under controlled conditions, combined with the anti-HAV IgG immunologic reactivity against VP1 and VP2, suggests that these two capsid components are more exposed on the virion surface and may play an important role in the generation of neutralizing antibodies.
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Udupi, Seetharamacharya Sudheendra. "Solid-state NMR studies of membrane associated polypeptides : Applications to channel-forming peptides." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2005. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2005/UDUPI_SEETHARAMACHARYA_Sudheendra_2005.pdf.
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Lundqvist, Martin 1972. "Conformations of polypeptides at nanoparticles interfaces : protein structural changes and induced folding of peptides /." Linköping : Dept. of Physics and Measurement Technology, Biology and Chemistry, Univ, 2005. http://www.bibl.liu.se/liupubl/disp/disp2005/tek926s.pdf.
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Beauvallet, Christian. "Resolution de la structure primaire d'oligopeptides et de polypeptides : bilan et perspectives." Paris 6, 1988. http://www.theses.fr/1988PA066049.
Full textAbstract:
Methodologie analytique a ete developpee pour determiner la struture primaire d'une proteine avec une quantite de depart de quelques nonomales. Optimisation des techniques de separation de peptides, analyse d'acides amines et de la sequence n terminale selon edman. Apport de la spectrometrie de masse dans le domaine de la sequence peptide a ete evalue. Les modes de desorption sous ionisation chimique et par bombardement par atomes rapides ont ete utilises sur un instrument du type triple quadripole. Application au sequencage d'une ferrodoxine, et a l'etude des aminoacyl-trna synthetase
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Farmer, Robin S. "The design, synthesis, and characterization of novel alanine-rich polypeptides with varied functional group density." Access to citation, abstract and download form provided by ProQuest Information and Learning Company; downloadable PDF file, 163 p, 2007. http://proquest.umi.com/pqdlink?did=1251906351&Fmt=7&clientId=79356&RQT=309&VName=PQD.
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Hule, Rohan A. "Structure-property relationships in self-assembling peptide hydrogels, homopolypeptides and polysaccharides." Access to citation, abstract and download form provided by ProQuest Information and Learning Company; downloadable PDF file, 209 p, 2009. http://proquest.umi.com/pqdweb?did=1679684291&sid=5&Fmt=2&clientId=8331&RQT=309&VName=PQD.
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Miramon, Hélène. "Développement de polypeptides hélicoïdaux et activité élicitrice." Montpellier 2, 2009. http://www.theses.fr/2009MON20046.
Full textAbstract:
Le travail présenté a pour but la synthèse de polypeptides hélicoïdaux par polymérisation de N-carboxyanhydrides d'a-aminoacides. La première partie concerne le développement de polymères éliciteurs, c'est-à-dire capables de stimuler les défenses immunitaires des plantes. Ces polypeptides biodégradables et non toxiques sont constitués d'aminoacides inducteurs d'hélice a, comme l'alanine ou l'acide glutamique. Les polymères obtenus, hydrophobes et insolubles, ont été caractérisés par MALDI-TOF, électrophorèse capillaire de zone, dichroïsme circulaire et RMN. Ces composés ont été testés en utilisant le dosage des peroxidases, marqueur précoce de l'élicitation. La tête de série a ensuite été testée en champ et sa synthèse développée à l'échelle du kilogramme. La deuxième partie de ce travail est dévolue à un analogue non naturel silylé de la proline, la silaproline. La synthèse de ce composé a été optimisée de manière à le produire à plus grande échelle. Puis, les conformations adoptées par la silaproline ont été étudiées dans des dipeptides modèles par modélisation moléculaire, RMN et IR. Enfin, le NCA de la silaproline a été synthétisé dans le but de développer des poly(silaproline)s et d'étudier les conformations adoptées par ces polypeptidesThis work is aimed at helical polypeptides synthesis by polymerization of amino-acids N-carboxyanhydrides. The first part concerns the development of elicitor polymers, able to stimulate self defences of plants. These biodegradable and non toxic polypeptides are constituted by amino-acids which induce a-helix, such as alanine and glutamic acid. The hydrophobic and insoluble polymers characterized by MALDI-TOF, zone capillary electrophoresis, circular dichroism and NMR. These compounds have been tested using peroxidase test, early elicitation marker. A leader has been tested in field and its synthesis has been developped to kilogram scale. The second part of this work is devoted to an unnatural sililated analog of proline, the silaproline. The synthesis of this compound have been optimized in order to produce it to large scale. Then, the silaproline conformations have been studied in modeling dipeptides by molecular modelization, NMR and IR. At last, the NCA of silaproline has been synthetized in order to develop poly(silaproline)s and to study the conformations of these polypeptides
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Ma, Liang, and 馬亮. "Molecular cloning, expression and characterization of antigenic polypeptides from the human blood fluke schistosoma japonicum." Thesis, The University of Hong Kong (Pokfulam, Hong Kong), 2001. http://hub.hku.hk/bib/B3122491X.
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Ma, Liang. "Molecular cloning, expression and characterization of antigenic polypeptides from the human blood fluke schistosoma japonicum /." Hong Kong : University of Hong Kong, 2001. http://sunzi.lib.hku.hk:8888/cgi-bin/hkuto%5Ftoc%5Fpdf?B23439956.
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Mutschler, Angela. "Nouveaux concepts de revêtements antimicrobiens à base de peptides naturels et polypeptides appliqués aux dispositifs médicaux." Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAE025/document.
Full textAbstract:
De nos jours, la moitié des infections nosocomiales sont liées à la pose de dispositifs médicaux. Dans ce contexte, nous avons développé deux types de revêtements antimicrobiens adaptés au domaine biomédical. Le premier s'appuie sur le greffage d’un peptide comprenant une séquence d’accroche, une séquence antimicrobienne et un site de clivage spécifique d'un pathogène. La séquence antimicrobienne sera alors libérée uniquement en présence du pathogène. Malgré la réussite de l’accroche du peptide, certains paramètres restent encore à optimiser afin d’obtenir un effet antimicrobien. Le deuxième revêtement s’appuie sur la conception d’un film antimicrobien « couche-par-couche » avec l’utilisation de poly(L-arginine) (PAR) et d’acide hyaluronique (HA). L’influence de la taille des chaînes de PAR a été étudiée et seul le film construit à partir de PAR de 30 résidus possède un effet antibactérien. Avec cette PAR, nous avons démontré que HA est le seul polyanion conduisant à des propriétés antibactériennes. Ces propriétés antimicrobiennes sont maintenues lorsque d’autres homopolypeptides cationiques sont associés à HANowadays, about half of hospital-acquired infections are due to medical devices implantation. In this context, we have developed two types of antimicrobial coatings adapted to the biomedical field. The first one is based on peptide composed of an anchoring sequence, an antimicrobial sequence and a pathogen-specific cleavage site and grafted on the substrate. The antimicrobial site will be released only in the presence of the pathogen through the use of the cleavage site. Despite of the success of peptide grafting, some parameters must be optimized in order to obtain an antimicrobial effect. The second antimicrobial coating concept is based on the layer-by-layer technique by using poly(L-arginine) (PAR) and hyaluronic acid (HA). The effect of the size of PAR chains on the antimicrobial character of the coating was investigated and it is proven that only films composed with PAR of 30 residues present an antibacterial effect. Moreover HA is the only polyanion leading to such antimicrobial multilayer. It is also demonstrated that this antimicrobial properties is maintained when other cationic homopolypeptides are used in association with HA in layer-by-layer films
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Boulmedais, Fouzia. "Etude physico-chimique,fonctionnalisation et application des multicouches de polypeptides." Strasbourg 1, 2003. http://www.theses.fr/2003STR13084.
Full textAbstract:
Les multicouches de polyélectrolytes, systèmes auto-assemblés par adsorptions successives de polycations et polyanions, ouvrent des perspectives dans le domaine des modifications de surfaces. Elles pourraient en particulier constituer un nouveau type de revêtement de biomatériaux présentant des propriétés biologiques ciblées. Les exigences de biocompatibilité et de dégradabilité nous ont orientés vers des multicouches de polypeptides. Les polypeptides sont des polyélectrolytes qui, en solution, peuvent adopter des structures secondaires identiques à celles trouvées dans les protéines. L'étude de la structure secondaire des films a été effectuée par spectroscopie infrarouge à transformée de Fourier. D'autre part, la construction de la multicouches a été suivie in situ par spectroscopie optique par guide d'onde, par microbalance à cristal de quartz et par la technique du potentiel d'écoulement. Nos travaux s'articulent autour de deux axes principaux. Il s'agissait, d'une part, d'étudier la structure secondaire des multicouches de polypeptides et d'établir d'éventuelles corrélations entre la structure des films de polypeptides et celle des complexes que ces mêmes polypeptides forment en solution. Nous avons également analysé les paramètres permettant de modifier la structure secondaire des films lors de leur construction, ainsi que la stabilité structurale des films soumis à des stress extérieurs (changements de pH ou de température, ). Enfin, nous voulions savoir si des films mixtes (films où un seul des polyélectrolytes constituant le film est un polypeptide) pouvaient également présenter des structures secondaires. D'autre part, nous avons réalisé le couplage covalent des chaînes de poly(éthylène glycol) (PEG) sur les polypeptides. Ces polymères fonctionnalisés ont servi à construire des multicouches contenant du PEG qui présentent une très bonne résistance à l'adsorption de protéines ainsi qu'à l'adhésion bactérienneAlternative adsorption of polycations and polyanions allow self-assembles systems called polyelectrolyte multilayers to be built up. They offer new perspectives to surface modifications. They should in particular be of interest on biomaterials as a new kind of coating with tailored biological properties. Polypeptide multilayer films were chosen because of their biocompatibility and biodegradability properties. Polypeptides can adopt in solution secondary structure like proteins. The study of the secondary structure of films was realized by Fourier transform infrared spectroscopy. The buildup of the multilayer was followed in situ by optical waveguide lightmode spectroscopy, quartz crystal microbalance and streaming potential. This work was performed in two steps. First, we studied the secondary structure of a polypeptide multilayer film and tried to find a correlation between the structure of the film and of the complexes in solution. We also analyzed the parameters, which can modify the secondary structure of the films during the buildup process and the stability of the structure when submitted to different stresses (pH or temperature change, ). Moreover, we studied the secondary structure of films built with one polypeptide and one polyelectrolyte. Finally, we realized the grafting of polypeptides with poly(ethylene glycol) chains (PEG). These functionalized polymers were used to build multilayer films containing PEG which have strong resistance to protein adsorption as well as to bacterial adhesion
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Fix, Lydia. "Structural and thermodynamic investigations of membrane associated polypeptides and peptide/DNA transfection complexes." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2006. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2006/FIX_Lydia_2006.pdf.
Full textAbstract:
Les peptides constituent un moyen simplifié d’étudier le fonctionnement des protéines et des moyens thérapeutiques potentiellement très intéressants. Ce travail a permis l’investigation de deux peptides, le peptide synthétique LAH4 et le domaine T de la protéine diphtérique en interaction avec d’autres macromolécules. Le peptide LAH4 conçu et synthétisé par notre laboratoire, présente les propriétés générales des peptides amphipathiques et se lie également fortement à l’ADN permetant son transfert dans les cellules en tant que vecteur de transfection. Dans le but de mieux comprendre l’activité du peptide LAH4 pendant la transfection, j’ai examiné ses propriétés biophysiques par ITC (isothermal titration calorimetry), CD (Circular Dichroism) et RMN du solide. Les resultats montrent que la structure en hélice- du peptide est maintenue après complexation de l’ADN. A pH neutre des liaisons électrostatiques lient les molécules de façon non spécifique et un ratio très élevé de LAH4 est requis pour la saturation et la condensation de l’ADN. A plus faible pH des interactions électrostatiques et des contributions hydrophobes stabilisent le complexe peptide/ADN, et le ratio de saturation est réduit de presque moitié. Les données concordent à l’élaboration d’un model d’action du peptide LAH4 pendant les premières étapes de la transfection. En parallèle, nous avons developé une strategie d’expression du LAH4 chez E. Coli afin de le marquer 13C uniformément pour son étude par RMN. Des études par RMN du solide ont été entreprises sur le domaine T de la toxine diphtérique afin de comprendre la topologie dans des vésicules membranaires. Des échantillons de domaine T uniformément marqués en 15N ont été préparés en reconstituant les conditions présentes dans l’endosome de façon très simplifiée. Les résultats montrent un rôle important joué autant par le lipide anionique POPG que par le pH dans l’insertion du peptide dans la membrane et dans l’interruption de celle-ciMembrane associated proteins and peptides constitute a privileged medical target. Some of them also present also an important potential in therapeutics. This work has permitted the investigation of two peptides, the synthetic peptide LAH4 and the diphtherias toxin T domain in interaction with other macromolecules. The LAH4 peptide designed and synthesized in our laboratory, presents all the general properties of amphipathic peptides and also binds strongly to the DNA allowing its transfer into the cells. In order to better understand the activity of the LAH4 peptide during transfection, I have examined its biophysical properties by ITC (Isothermal Titration Calorimetry), CD (Circular Dichroism) and solid-state NMR. The resultats show that the -helical structure of the peptide is maintained after DNA complexation. At neutral pH, the molecules are bound in an electrostatic non-specific manner and a high ratio of LAH4 is required for DNA saturation and condensation. At low pH electrostatic interactions and hydrophobic contributions stabilize the complex and the saturation ratio is reduced. The data lead to the elaboration of a model of action for the LAH4 peptide during the first steps of transfection. In parallel, we have developed a strategy of expression of the LAH4 peptide in E. Coli in order to uniformly label the peptide 13C for its study by NMR. Solid state NMR studies have been undertaken on the diphtheria toxin domain T in order to investigate its topology inside membrane vesicles. The samples of 15N uniformly labeled T domain were prepared in a simplified system mimicking endosomal conditions. The data show an important role of the pH and of the anionic lipid POPG in the peptides membrane insertion and interruption
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Gorce, Françoise. "Contribution à l'étude de la dissolution des apatites : influence de l'adsorption de protéines ou de polypeptides." Strasbourg 1, 1995. http://www.theses.fr/1995STR1M404.
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Walter, Vivien. "Lipid membrane interaction with self-assembling cell-penetrating peptides." Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAE032/document.
Full textAbstract:
Les peptides pénétrateurs de cellule (CPP) sont des oligopeptides cationiques faisant parti des vecteurs les plus étudiés dans le cadre du développement du transport ciblé de médicament à l’intérieur de l’organisme. Les applications principales sont par exemple le traitement des cancers ou la thérapie génique. Néanmoins, certaines caractéristiques des CPPs rendent leur utilisation médicale compliquée, tels que leur manque de spécificité à l’égard des cellules cibles ou la perte de leurs propriétés pénétrantes lorsqu’un cargo moléculaire leur est greffé. L’une des solutions envisagées pour résoudre ces problèmes est le greffage sur des polypeptides di-blocs auto-assemblés basés sur de l’élastine (ELPBC), des systèmes développés par l’équipe d’Ashutosh Chilkoti à l’Université de Duke (USA). Des travaux précédents ont montré que ces macromolécules, que l’on appelle CPP-ELPBC, retrouvaient les propriétés pénétrantes du CPP même en présence d’un cargo et permettaient également d’induire une spécificité à l’encontre des cellules cancéreuses. En revanche, le mécanisme de pénétration de ces systèmes restait inconnu.Dans cette thèse, je me suis concentré sur l’étude du mécanisme de pénétration des CPP et des CPP-ELPBC au travers de membranes lipidiques modèles, et en particulier sur l’adsorption de ces molécules à la surface de vésicules unilamellaires géantes (GUV). Le développement d’une nouvelle méthode de quantification de la fluorescence en microscopie confocale m’a permis de réaliser des mesures simples de comptage de peptides à la surface des vésicules, ce qui m’a permis par la suite de procéder à des mesures thermodynamiques de l’adsorption des peptidesCell-penetrating peptides (CPP) are cationic oligopeptides currently investigated as potential vectors for targeted drug delivery design, for applications in cancer treatment and/or gene therapy. Nevertheless, some drawbacks make the CPP complex for medical applications, such as their lack of specificity toward target cells or the loss of their penetrating properties once they have been grafted with a molecular cargo. One of the solutions studied to overcome these issues is the binding of the CPP unit on a self-assembling elastin-like diblock polypeptide (ELPBC), a macromolecular system designed by the team of Ashutosh Chilkoti from Duke University (USA). While it has already been proven that these molecules, named CPP-ELPBC, recover the penetrating properties of the CPP despite the presence of a cargo and also induce a selectivity toward tumorous cells, the exact mechanism of translocation is still under debate.In this PhD thesis, I focused on the investigation of the translocation mechanism of the CPP and CPP-ELPBC using model lipid membranes, and specifically the adsorption of these molecules at the surface of giant unilamellar vesicles (GUV). The development of a new quantification method of fluorescence in confocal microscopy allowed me to directly count the peptides adsorbed on the surface of the GUVs, which I used to perform thermodynamic measurements on the peptide adsorption
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Tailhades, Julien. "La réaction de transfert O-N acylique : nouvelles applications pour la synthèse de peptides et de polypeptides." Thesis, Montpellier 2, 2010. http://www.theses.fr/2010MON20022.
Full textAbstract:
Nous nous sommes attachés à trouver de nouvelles applications de la réaction de transfert O-N acylique pour la synthèse de peptides et de polypeptides. Nous avons mis au point une nouvelle voie pour la synthèse de peptide alcool sur support solide. Cette méthodologie a permis de préparer 3 peptides alcool modèles comme l'Octréotide avec de bons rendements et d'excellentes puretés. Nous avons développé une nouvelle stratégie pour la synthèse de polyamide à partir de polyester via une réaction de multi-transfert O-N acylique. Pour cela, nous avons isolé trois générations de polymères : les polyesters Z-protégés après polymérisation, les polyesters hydrosolubles après le clivage des groupements Z et les polyamides après multi-transfert O-N acylique dans des conditions basiques organiques et à pH physiologique. Cette stratégie a été appliquée à la synthèse de polyamide de sérine et de sérine gamma-homologuée. Maintenant, nous développons une nouvelle stratégie de polymérisation de séquence peptidique contenant une sérine N-protégée en position N-terminale. Comme décrit précédemment pour les polysérines, les objectifs de cette étude sont de synthétiser in fine des polypeptides à partir des polypeptides/esters correspondantsWe founded some news applications of the O-N acyl transfer, notably for the synthesis of peptides and polypeptides. We optimized a new general voice for the preparation of peptides alcohol on solid support. This methodology permits to synthesize 3 peptides alcohol with yield and purity, notably Octreotide. We developed a new strategy for the synthesis of polyamide from polyester using an O-N acyl multi-transfer reaction. We have isolated 3 generations of polymers: the Z-protected polyesters after polymerization (polycondensation and ROP), the unprotected water-soluble polyesters after the cleavage of the protection Z and the polyamides after the O-N acyl multi-transfer in basic organic condition or in phosphate buffer. This methodology was applied to the synthesis of the polyamide serine and gamma-homologated serine. Currently, we are developing a new methodology for the polymerization peptide sequence containing an N-protected serine in N-terminal position. As previously described on polyserine, the objectives of this polymerization are to generate polypeptides from the corresponding polypeptides/esters
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Ślósarczyk, Adam T. "Peptide Conjugates as Useful Molecular Tools." Doctoral thesis, Uppsala universitet, Institutionen för biokemi och organisk kemi, 2011. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-161013.
Full textAbstract:
The conjugation of a small organic molecule to synthetic polypeptides from a designed set has been shown to give rise to binders with high affinity and selectivity for the phosphorylated model proteins α-casein and β-casein but not for ovoalbumin. The small organic molecule that was used for this purpose is comprised of two di-(2-picolyl)amine groups assembled on a dimethylphenyl scaffold, and is capable of complexing two Zn2+ ions to form chelates that bind the phosphate ion. The designed polypeptides used for binder construction have no precedence in nature and do not show any prior selectivity favouring any single protein. The polypeptide conjugate binders showed high affinity towards the model protein α-casein, the binder molecule 4C15L8-PP1 bound α-casein with a dissociation constant KD of 17 nM, although the di-(2-picolyl) amine based chelate in the presence of Zn2+ bound phosphate ion with dissociation constants in the low mM range. The observed affinity is due to interactions between the Zn2+ chelate and the phosphate groups of α-casein and also to interactions between the polypeptide scaffold and α-casein. The binder was found to selectively extract α-casein from buffer, bovine milk and human serum spiked with α-casein. The flexible construction of the binder permits for flexible modifications like attachment of fluorophores for titrations and quantifications. The binders were shown to efficiently capture α-casein from human serum when immobilized on solid support in a continuous flow system and to release the captured α-casein upon a simple change of pH using 0.1% acqueous trifluoroacetica acid. The developed technology brings new opportunities in investigating posttranslational phosphorylation events that are involved in signaling cascades and triggering many biologically relevant functions. A new chemical linker technology has also been developed for the purpose of conjugating biomolecules taking advantage of amino groups for the conjugation. By combining two esters with different reactivities, separated by an aliphatic chain, a molecular tool was developed that allows for controlled conjugation of biomolecules. The two esters react at different rates and can therefore be separated and allowed to react under different conditions in each step, thereby allowing for selective linkage formation between the subunits. The size of the spacer can be varied by selecting the appropriate dicarboxylic acid. The developed technology was shown to provide specificity in heteroconjugate formation in the assembly of a variety of heteroconjugates where polypeptides were combined with other peptides, carbohydrates and proteins.
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Nigro, Giuliano. "Incorporation de la beta alanine dans des polypeptides." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLX064.
Full textAbstract:
Les cellules vivantes utilisent 20 acides α aminés canoniques lors de la synthèse ribosomale des protéines, même si dans de rares occasions, d’autres acides aminés (selenocysteine ou pyrrolysine) peuvent être utilisés. Le répertoire des acides aminés utilisables est donc assez restreint. Cela limite la possibilité de construire des protéines ayant de nouvelles propriétés. Une tendance forte dans le domaine de l’ingénierie des protéines est la construction de systèmes permettant d’incorporer des acides aminés non canoniques pendant la biosynthèse in vivo. Ces travaux ont connu d’importants succès, mais tous les acides aminés incorporés jusqu'aux années 2010 étaient des acides aminés α. L’incorporation d’acides aminés β à des sites spécifiques créerait une flexibilité supérieure à celle des acides aminés α dans la chaîne principale, ce qui augmenterait les possibilités de repliement de la protéine. Il a été montré récemment en utilisant un système de traduction in vitro de synthèse protéique qu’il était possible d’incorporer des acides aminés β à des positions spécifiques (Katoh and Suga, 2018). Pour parvenir à transposer ce système in vivo, la principale limitation est l’aminoacylation des ARNt avec les acides aminés β. Il a été récemment proposé que certaines aminoacyl-ARNt synthetases étaient capables d’utiliser les acides aminées β, mais cette capacité reste limitée.Le but de cette thèse est d’incorporer la β-méthionine dans des polypeptides in vivo. Pour cela nous avons caractérisé la reconnaissance et l’utilisation de la L-β-homométhionine par la méthionyl-ARNt synthetase (MetRS) d’E. coli. Nous avons en particulier déterminé une structure cristallographique à haute résolution du complexe MetRS: β -Met. En utilisant la spectroscopie de fluorescence ainsi que la spectroscopie de masse, nous avons pu mettre en évidence l’activation de la -Met en adénylate ainsi que son estérification à un ARNtMet. Toutefois, les efficacités mesurées sont très petites par rapport à ce qui avait été publié. Une contamination de la -Met commerciale par de la méthionine pourrait expliquer ces différences. Une étude in silico basée sur la structure du complexe MetRS:β-Met a été menée en collaboration avec l’équipe de Bio-informatique du laboratoire afin de rechercher des enzymes mutantes plus efficaces vis à vis des acides aminés β. Enfin, nous avons amorcé la mise en place d’une méthode d’évolution dirigée destinée à améliorer l’efficacité d’incorporation des acides aminés β in vivoLiving cells use 20 canonical α amino acids during ribosomal protein synthesis, although in rare cases, other amino acids such as selenocysteine or pyrrolysine can be used. The repertoire of usable amino acids is therefore quite limited. This limits the ability to build proteins having new properties. A dominant trend in the field of protein engineering is the construction of systems capable of incorporating non-canonical amino acids during in vivo protein synthesis. These studies have been very successful, but all amino acids incorporated until the 2010s were α-amino acids. Incorporation of β-amino acids at discrete sites would create unprecedented flexibility in the main chain, which would increase the potential for new protein folds. It has recently been shown using an in vitro protein synthesis system that it is possible to incorporate β-amino acids at specific positions (Katoh and Suga, 2018). In order to transpose this system in vivo, the main limitation is the aminoacylation of tRNAs with β -amino acids. It has recently been proposed that some aminoacyl-tRNA synthetases can use β-amino acids, but this capacity remains limited. The aim of this thesis is to incorporate β-methionine in polypeptides in vivo. For this purpose, we have characterized the recognition and use of L-β-homomethionine by methionyl-tRNA synthetase (MetRS) from E. coli. In particular, we have determined a high-resolution crystallographic structure of the MetRS:β-Met complex. Using fluorescence spectroscopy and mass spectroscopy, we were able to demonstrate the activation of -Met into adenylate as well as its esterification onto tRNAMet. However, the measured efficiencies are very small compared to what was published. Contamination of commercial β-Met with methionine may explain these differences. An in silico study based on the structure of the MetRS:β-Met complex was conducted in collaboration with the laboratory's bioinformatics team in order to search for mutant enzymes more efficient in the use of β-amino acids. Finally, we initiated the implementation of a directed evolution method to improve the efficiency of incorporation of amino acids in vivo
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Nisole, Audrey. "Production et caractérisation structurale de polypeptides recombinants auto-associatifs incluant un motif répété issu des prolamines de blé." Nantes, 2003. http://www.theses.fr/2003NANT2021.
Full textAbstract:
Les prolamines, protéines de réserve du blé, contiennent des domaines de séquences répétées impliqués dans les propriétés mécaniques du gluten. Ces séquences ont servi de base à la conception de polypeptides auto-associatifs. Des polypeptides recombinants constitués de 17 répétitions du motif PQQPY des gliadines et de séquences d'auto-association (motif leucine zipper et cystéine) ont ainsi été produits. Les gènes synthétiques spécifiant les polypeptides SPR17, ZAR17cys et ZBR17cys ont été exprimés en fusion traductionnelle avec la thiorédoxine chez E. Coli. Les polypeptides ont été purifiés après clivage acide de la liaison DP située entre le polypeptide et le partenaire de fusion. . .
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Agut, Willy. "Conception de nano-objets adaptatifs à base de polypeptides." Thesis, Bordeaux 1, 2008. http://www.theses.fr/2008BOR12319/document.
Full textAbstract:
Les copolymères à blocs représentent de bons candidats pour des applications biomédicales, notamment pour l’encapsulation et le relargage contrôlé de médicaments. Depuis quelques années, les équipes de recherche tentent de concevoir des nanoparticules fonctionnelles « sur mesure » de façon à augmenter leur efficacité en tant que nano-vecteurs. C’est dans ce contexte que s’est s’inscrit ce travail dont le but est de concevoir des copolymères à blocs multi-stimulables en vue d’obtenir des nano-objets adaptatifs en milieu aqueux, capables d’encapsuler des molécules actives et de les relarguer de manière contrôlée en jouant sur différents paramètres extérieurs (pH, T...). Ce manuscrit traite en premier lieu d’une nouvelle stratégie de synthèse des copolymères à blocs stimulables “hybrides”, c’est à dire comprenant un bloc vinylique stimulable et un bloc peptidique. Celle-ci, fondée sur le couplage par « chimie click » d’homopolymères fonctionnalisés eux-mêmes obtenus par polymérisation « vivante / contrôlée », s’est révélée très efficace pour l’obtention de copolymères de structure moléculaire très bien définie. . L'autre partie, dédiée à l'étude complète du comportement en milieu aqueux des copolymères à blocs “hybrides”, en fonction de divers paramètres extérieurs (pH, T), illustre leurs propriétés singulières d’auto-assemblage. Ils forment, en effet, une multitude de morphologies différentes mises en évidence par des techniques de caractérisation complémentaires. Cette partie traite également de l’incorporation de particules magnétiques au sein des nanoparticules polymères, afin de concevoir des nano-vecteurs utilisables pour l’imagerie médicale ou pour leurs propriétés d’hyperthermie. Ce projet ambitieux, croisant les concepts de l’auto-assemblage, de l’ingénierie macromoléculaire, de l’encapsulation, des systèmes hybrides organique-inorganique et des systèmes stimulables, constitue une thématique de recherche novatriceAbstract
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Chen, Zheng-wang. "Isolation and characterization of novel intestinal polypeptides of the enteroinsular and brain-gut axes and of macrophages /." Stockholm, 1997. http://diss.kib.ki.se/1997/19971212chen.
Full text
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Barrieu, François. "Polypeptides intrinsèques du tonoplaste bobTIP26 des cellules de chou-fleur (Brassica oleracea L. Var. Botrytis) : clonage de deux ADNc et expression dans les tissus sous contraintes hydriques." Dijon, 1996. http://www.theses.fr/1996DIJOS025.
Full textAbstract:
Dans la perspective de mieux connaitre l'organisation fonctionnelle de la membrane vacuolaire (tonoplaste), nous avons étudié les protéines intrinsèques du tonoplaste de 26 KDA (ou bobTIP26) des cellules du méristème du chou-fleur (Brassica oleracea L. Var. Botrytis). Une banque d'ADNc a été construite dans le vecteur d'expression lambda-gt 11 à partir des cellules en cours de vacuolisation du méristème. Le criblage immunologique de la banque par un sérum polyclonal monospécifique dirige contre les polypeptides tonoplastiques bobTIP26 a permis d'isoler deux ADNc (C26-1 ET C26-2). Les séquences peptidiques putatives ont été déduites. Chacune d'elles contient la séquence signature des protéines de la famille MIP. Les séquences déduites qui correspondent respectivement aux protéines bobTIP26-1 et bobTIP26-2 sont très similaires entre elles (94%) et très similaires (90%) à celle de l'aquaporine GAMMA-TIP du tonoplaste d'arabidopsis. L’injection d'ARNc bobTIP26-1 dans des ovocytes de xenope induit le gonflement des ovocytes et suggère que la protéine bobTIP26-1 pourrait être impliquée dans le transport de l'eau. Les transcrits codant les protéines bobTIP26 ont été localisés par hybridation in situ. Ils sont particulièrement abondants dans les cellules vivantes associées aux éléments conducteurs (xylème) et dans les cellules du méristème. Dans les tissus soumis à des contraintes hydriques, l'abondance des transcrits est régulée. Les ARNm bobTIP26 et les polypeptides correspondants s'accumulent dans les tissus soumis à une dessiccation progressive. Il pourrait s'agir d'un mécanisme d'adaptation et/ou de défense des cellules confrontées a un déficit hydrique. Des phénomènes de vésiculisation intense ont été corrélés aux modifications des patrons d'expression. Une intégration fonctionnelle des réponses à l'échelle cellulaire devra être explorée
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Aisenbrey, Christopher. "Investigation of the topology of membrane polypeptides by solid state NMR spectroscopy and attenuated total reflection infrared spectroscopy (ATR-FTIR)." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2003. http://www.theses.fr/2003STR13188.
Full textAbstract:
Cette thèse est divisée en trois parties qui suivent des approches différentes. Dans la première partie, l'hydrophobicité d'acides amines, propriété bien connue, est déterminée. Un modèle thermodynamique détaillé de la topologie de polypeptides dérivés du LAH4 en fonction du pH a été développé. Ces modifications dans la topologie ont été mises en évidence par la technique de spectroscopie infrarouge de réflexion totale atténuée. (abrégée en anglais ATR-FTIR). Grâce à ces résultats et à un modèle théoretique, nous avons pu déterminer l'enthalpie nécessaire à l'insertion d'acides aminés de la phase aqueuse vers l'intérieur d'une bicouche lipidique. La seconde partie donne une vue d'ensemble (avantages et limites) de l'utilisation de RMN du deutérium sur la 2H3C-alanine. Il est en effet prouvé que cette méthode peut fournir des informations sur la structure et la dynamique des polypeptides membranaires. Bien que la RMN du deutérium ait déjà été utilisée auparavant sur des peptides marqués à l'aide de 2H3C-alanine, l'étude systematique de tels peptides par cette technique éclaire de nouveaux aspects du sujet. Dans la troisième partie, la RMN à l'état solide est appliquée à différents polypeptides et protéines d'origine naturelle. Ainsi, pour la bacteriorhodopsine et la gramicidine A, certains détails de la structure déjà connue du protéine / polypeptide ont été néanmoins élucidés. La structure du ß-peptide amyloide dans sa forme membranaire est quant à elle largement inconnue : nous avons essayé de savoir si la RMN du solide pouvait fournir de plus amples informations. Enfin, pour les protéines colicine E1 et BCL-XL , nous avons testé la validité de modèles disponibles dans la littérature. Dans le cas du domaine formant le canal de la colicine E1, une protéine marquée uniquement à une seule position a été utilisée : les spectres 15N RMN à l'état solide sont parmi les premier mesurés pour une protéine exprimée par bactérie et marquée sur une seule positionThe thesis consists of three different sections, which follow slightly different approaches. In the first part the hydrophobicity a very basic property, of amino acids is determined. For the series of LAH4-like polypeptides a detailed thermodynamic model for the pH dependent topology of the peptides was developed. The topological changes were measured by attenuated total reflection infrared spectroscopy (ATR-FTIR). The results of the measurements and the theoretical model were used to determine the enthalpy for the insertion of some amino acid from water phase into the lipid bilayer interior. The second part gives a detailed overview of the advantages and problems of the application of deuterium NMR using 2H3C-Alanine. It is shown that the method can give valuable information of structure and dynamics of membrane polypeptides. Even thought solid-state NMR on 2H3C-Alanine labelled peptides was used before the systematic investigation of the properties of deuterium NMR on 2H3C-Alanine labelled peptides gives new and important aspects into the topic. In the third part the solid-state NMR method is applied to different natural polypeptides and proteins. For bacteriorhodopsin and gramicidine A solid-state NMR was used to investigate some details of the known structure of the protein/polypeptide. The structure of the membrane associated form of the amyloid b-peptide is widely unknown. It was tested, if solid-state NMR can provide further information of the membrane associated form of the amyloid b-peptide. For the proteins colicin E1 and BCL-XL detailed models are published and the solid-state NMR experiments are used to test these models. For the measurement of the channel-forming domain of colicin E1 a single-side labelled protein was used. The measured spectra belong to the first 15N solid-state NMR spectra of a single-side labelled protein (expressed in bacteria)
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Gireaudot, Pascal. "Étude moléculaire du cytomégalovirus humain chez l'immunodéprimé ou non : applications au diagnostic." Compiègne, 1990. http://www.theses.fr/1990COMPD230.
Full textAbstract:
Le cytomégalovirus humain (HCMV) persiste longtemps sous une forme latente dans les cellules de l'hôte et est une cause majeure d'infections actives souvent mortelles chez les immunodéprimés (greffés, transplantés, SIDA. . . ) dont l'origine peut être exogène ou endogène par réactivation. Une étude moléculaire à la fois protéique et génétique de l'HCMV est menée : 1) Etude antigénique de l'HCMV : par immunofluorescence indirecte et électrophorèse sur gel de polyacrylamide, sont identifiées des différences protéiques entre les groupes P. R. Et G. T. , 14 protéines spécifiques de groupe, ainsi que 19 protéines présentes de manière constante. 2) Etude de la reconnaissance immune : par Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA) et immunoblotting, les polypeptides mis en jeu dans la réponse immune sont analysés chez les deux catégories P. R. Et G. T. , la valeur diagnostique de l'immunoblotting est discutée et est évaluée une méthode ELISA utilisant un antigène purifié (66kD) de l'HCMV. 3) Etude génomique : àl'aide de cinétiques d'hybridation ADN-ADN et de clivages par des endonucléases de restriction, le niveau d'hétérogénéité entre les souches P. R. Et G. T. Est déterminé ainsi que l'existence de fragments de restriction présents chez toutes les souches pouvant servir de cible dans une méthode PCR utilisant des sondes nucléiques spécifiques.
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Johansson, Senia. "Studies on Cytotoxic and Neutrophil Challenging Polypeptides and Cardiac Glycosides of Plant Origin." Doctoral thesis, Uppsala : Acta Universitatis Upsaliensis : Univ.-bibl. [distributör], 2001. http://publications.uu.se/theses/91-554-5092-X/.
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Mjahed, Hajare. "Caractérisation physico-chimique des films multicouches de polyélectrolytes à base de polysaccharides et de polypeptides en vue d'applications dans le domaine des biomatériaux." Strasbourg, 2009. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2009/MJAHED_Hajare_2009.pdf.
Full textAbstract:
Les multicouches de poyélectrolytes, systèmes auto-assemblés par adsorptions successives de polycations et de polyanions, ouvrent des perspectives dans le domaine de la fonctionnalisation des biomatériaux. L’objectif du présent travail a concerné le développement d’un biomatériau multistratifié à base de films multicouches et de gels d’alginate. Les exigences de biocompatibilité et de biodégradabilité nous ont orientée vers des multicouches à base de polypeptides et de polysaccharides. Nos travaux s’articulent autour de trois axes principaux : (i) Tout d’abord, nous avons comparé le comportement des complexes en solution afin de comprendre comment ils interviennent lors de la construction des films multicouches. Cette étude suggère la possibilité de prédire, par un simple mélange des deux polyélectrolytes de signes opposés, s’ils sont susceptibles ou non de former un film multicouche sous certaines conditions de force ionique. (ii) Dans un deuxième temps, nous nous sommes intéressés à l’influence du changement de force ionique du surnageant sur le film multicouche PLL/HA préformé. Nous avons montré que l’augmentation ou la diminution de la force ionique induit respectivement un gonflement ou un dégonflement du film, accompagné d’une libération des polyélectrolytes avec l’apparition de cavités dans certains cas. Ces changements de force ionique conduisent à la dissolution du film. (iii) Le troisième volet a consisté à déterminer les meilleures conditions permettant d’élaborer, par la méthode de pulvérisation, un biomatériau multi-stratifié en vue d’application dans le domaine de l’ingénierie tissulaire. Ainsi, des films multicouches à base de polypeptides et de polysaccharides ont été superposés avec des gels d’alginates. Les films multicouches joueraient le rôle de réservoir de principes actifs et les gels d’alginate contiendraient des cellulesAlternated adsorption of polycations and polyanions allows to form self-assembled systems called polyelectrolyte multilayers. They offer new perspectives in the domain of functionalization of biomaterials. The objective of this work was to elaborate a multi-stratified biomaterial based on multilayer films and alginate gels. Polypeptides and polysaccharides were chosen because of their biocompatibility and biodegradability properties. This work was performed in three steps: (i) First, we tried to show a correlation between the polycation-polyanion complexation behaviour in solution (PECs) and the possible buildup of polyelectrolyte multilayer films (PEM) for the same polyelectrolyte system. This will provide a very convenient and predictive tool for experimentalists to explore novel polycation/polyanion combinations for the buildup of PEM films. (ii) Then, we investigated the influence of the ionic strength on the multilayer film architectures. The ionic strength increase or decrease of the contacting solution induce respectively swelling or deswelling of PEMs. This phenomenon is accompanied by polyelectrolyte releases and the formation of holes in certain cases. These variations of ionic strength induce moreover dissolution of the PEMs. (iii) Finally, we elaborated new micro-stratified biomaterials aimed to tissue engineering by the spraying method. We determined the best conditions to obtain such architectures and thus, alternated stacking of PEMs and alginate gels could be performed with PEMs playing the role of active molecules reservoir and alginate gels containing the cells
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Weinberger, Andreas. "Systèmes modèles de membranes et potentiel de pénétration de polypeptides." Phd thesis, Université de Strasbourg, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01065966.
Full textAbstract:
Les vésicules géantes unilamellaires (GUV) permettent d'étudier efficacement les interactions entre les lipides et les peptides. Dans ce manuscrit, il a été montré que les interactions attractives lipides-peptides sont supprimées par l'attachement de polypeptides de type élastine (ELP) sur des peptides riches en arginine et peuvent être modulées par l'auto-assemblage en micelles ainsi que par le nombre de groupements arginine dans la séquence des peptides capables de pénétrer les cellules. De plus, une nouvelle méthode pour former des GUV à partir de systèmes complexes en seulement quelques minutes a été développée. Cette méthode est basée sur le gonflement d'un film de PVA sous une bicouche lipidique. Elle supprime la dégradation des molécules pendant la formation des GUV de lipides synthétiques, tels que des glycolipides et des phospholipides portant des groupements amides, où les méthodes traditionnelles ne réussissent pas à produire des vésicules non endommagées.
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Rifi, Omar. "Production des polypeptides issus des glycoprotéines d'enveloppe du VIH-1 pour des études biophysique et structurale par RMN et DC." Thesis, Strasbourg, 2014. http://www.theses.fr/2014STRAF026.
Full textAbstract:
Quelques régions stables ont été découvertes sur les gp d’env du VIH-1 contre lesquelles des patients produisent des anticorps neutralisants. Les épitopes les plus prometteurs se trouvent dans la MPER et sont probablement exposés durant la fusion. Alors que les peptides isolés à partir de cette région ne sont pas parvenus à induire une réaction immunogène neutralisante, des études antérieures suggèrent que la membrane lipidique joue un rôle dans la structuration des antigènes et dans la réponse immunogénique.C’est pourquoi nous étudions la structure de ces épitopes. Cela nécessite leur surexpression, leur purification et leur reconstitution dans des liposomes. Une étude de CD montre qu’ils pourraient changer de conformation, cela sera confirmé par RMN. En outre, leur immunogénicité sera vérifiée par vaccination des souris. En plus, nous trouvons que le cholestérol peut modifier l’orientation des peptides englobant le motif CRAC de la gp41A few stable regions have been discovered on the HIV-1 env gp against which some patients produce neutralizing antibodies. The most promising ones are located in the MPER and are probably exposed transiently during the fusion. Whereas the peptides isolated from this region failed to induce immunogenic response, previous studies suggest the lipid membrane plays a role in antigens structure and in the immunogenic response.That is why we investigate the structure of these épitopes in membrane models. This requires the production of these épitopes by bacterial overexpression, their purification and their reconstitution in liposomes. A CD study shows that they could undergo a conformational change; this will be confirmed by NMR. Also their immunogenicity will be checked by mice immunization. In addition, we find that cholesterol could change the orientation of peptides encompassing a gp41 CRAC motif
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Ageorges, Agnès. "Analyse comparative des électrophorégrammes bidimensionnels pour la recherche des polypeptides de la membrane plasmique de racines de mai͏̈s impliqués dans le transport de nitrate." Montpellier 2, 1992. http://www.theses.fr/1992MON20091.
Full textAbstract:
L'identification des transporteurs secondaires de la membrane plasmique vegetale presente plusieurs difficultes: faible abondance et absence d'activite enzymatique. Une des caracteristiques du transport de nitrate est d'etre inductible. Partant de l'hypothese que le traitement d'induction du systeme de transport de nitrate modifie l'abondance du transporteur dans la membrane, nous avons compare, par electrophorese bidimensionnelle, les profils polypeptidiques de la membrane plasmique de racines de mais avant et apres induction du transporteur. A l'aide d'un systeme d'analyse d'image, une analyse comparative et critique des electrophoregrammes a ete developpee. Sur les gels colores au nitrate d'argent, aucun polypeptide n'est specifique du traitement nitrate. L'analyse quantitative (basee sur une etude statistique) selectionne six polypeptides enrichis apres induction du transporteur, qui peuvent etre des candidats potentiels impliques dans le transport de nitrate. Les profils polypeptidiques de la membrane plasmique, apres marquage in vivo avec de la (#3#5s)methionine, avant et apres induction du transporteur, ont aussi ete compares. Deux polypeptides membranaires (39 kd et 61 kd) ont ete mis en evidence apres induction du transporteur. La discussion porte sur les difficultes et les precautions a prendre dans ce type d'approche
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Danielsson, Niemi Liza. "Host ligands and oral bacterial adhesion studies on phosphorylated polypeptides and gp-340 in saliva and milk /." Doctoral thesis, Umeå : Umeå university, 2010. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-32894.
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Ibrahimova, Vusala. "Development of polypeptide-based multifunctional nano-assemblies for a theranostic approach." Thesis, Bordeaux, 2016. http://www.theses.fr/2016BORD0115/document.
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Dans ce travail, nous avons développé des nanostructures théranostics à base de polypeptides fonctionnalisées avec un photosensibilisateur (PTS) dans le but d’être utilisées en thérapie photodynamique (PDT). La génération d'oxygène singulet et les propriétés de fluorescence du PTS peuvent ainsi à la fois diagnostiquer et traiter une tumeur. Un dérivé asymétrique et multifonctionnel de l'aza-dipyrrométhènes difluorure de bore chélate (aza-BODIPY) fluorogène a été synthétisé pour être utilisé comme photosensibilisateur en raison de ses propriétés non toxiques, son insensibilité à l'environnement biologique externe, sa production d'oxygène singulet élevée et son important rendement quantique de fluorescence. Pour permettre au photosensibilisant d’atteindre la tumeur, quatre copolymères à blocs amphiphiles différents en termes de localisation du PTS et de la longueur de la chaîne PEG ont été synthétisés. Les blocs amphiphiles sont constitués de segments poly(ɤ-benzyl-L-glutamate) (PBLG, DP ~ 50) et poly(éthylène glycol) (PEG, DP = 45 et 113). Ces copolymères sont en outre capables de s’auto-assembler en micelles et en vésicules. Nous avons développé une stratégie de synthèse permettant la liaison covalente du PTS pour les copolymères à blocs amphiphiles, empêchant ainsi une fuite du PTS avant que le nanoparticules atteignent le site de la tumeur. En outre, nous avons étudié l'activité du PTS en fonction de la concentration, de la morphologie des nanoparticules et de la localisation du PTS dans les nanoparticules. Enfin, l'efficacité des nanoparticules a été évaluée in vitro sur des cellules HeLa et B16F1In this work, we developed photosensitizer (PTS) functionalized polypeptide-based theranostic nano-assemblies to be used in photodynamic therapy (PDT). The singlet oxygen generation and fluorescence properties of the PTS provide simultaneous diagnosis and therapy of the tumor.An asymmetric and multifunctional derivative of the aza-dipyrromethene boron difluoride chelate (aza-BODIPY) fluorophore was synthesized to be used as a photosensitizer due to its nontoxic properties, insensitivity to external biological environment, high singlet oxygen generation and fluorescent quantum yield. To carry the photosensitizer to the tumor, four different (in terms of PTS localization and PEG chain length) amphiphilic block copolymers consisting of poly(ɤ-benzyl-L-glutamate) (PBLG, DP~50) and poly(ethylene glycol) (PEG, DP=45 and 113) chains, able to self-assembled into micelles and vesicles, were synthesized. We developed a synthetic strategy allowing covalent linkage of PTS to the amphiphilic block copolymers, thus preventing PTS leakage before the nano-assembly reaches the tumor site. Moreover, we investigated PTS activity as a function of concentration, morphology of the nano-assemblies and PTS localization in the nano-assemblies. Finally, the efficacy of the nano-assemblies has been evaluated in vitro on HeLa and B16F1 cells
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Aydinlioglu, Esra. "Auto-assemblages à base de polypeptides sensibles au pH en tant que supports de délivrance de médicaments et de gènes." Thesis, Bordeaux, 2020. http://www.theses.fr/2020BORD0023.
Full textAbstract:
Cette thèse, nous avons conçu et synthétisé différents copolymères biocompatibles auto-assemblés par copolymérisation par ouverture de cycle (coROP) de trois différents N-hydroxycarboanhydride (NCA) d’alpha-aminoacides, avec du poly(oxyde d'éthylène) (POE-NH2) comme macro-amorceur, formant un bloc hydrophile. Différents degrés de polymérisation du POE ont été utilisés (DP=17,46,114), et la composition du bloc copolypeptidique amphiphile a été ajustée par coROP de l'acide L-glutamique anionique ou de la L-lysine cationique, qui apportent une charge dépendante du pH, et du comonomère L-phénylalanine dont les unités aromatiques apportent des interactions d'empilement pi-pi et servent de réservoir hydrophobe pour l'encapsulation d’un médicament. Différentes morphologies, micelles en forme de bâtonnet, nano-objets de forme ronde et structures vésiculaires, ont été obtenues via différentes techniques d'auto-assemblage (dissolution directe, nano-précipitation, dialyse directe ou hydratation directe dans l'oligo(éthylène glycol)), puis leurs propriétés physico-chimiques détaillées et leur structure ont été étudiées par un panel de méthodes de caractérisation (diffusion de la lumière, des rayons X ou des neutrons, microscopie atomique ou électronique, dichroïsme circulaire...). Les POE-block-copolypeptides à base de poly(acide L-glutamique-co-L-phénylalanine) permettent l'encapsulation et la libération de la curcumine, qui est un médicament antioxydant, anticancéreux et anti-inflammatoire (pléiotrope) très peu soluble dans l'eau, grâce à des interactions hydrophobes avec le bloc copolypeptidique contenant de la L-phénylalanine. Les nano-objets chargés de curcumine ont été formulés par nano-précipitation ou hydratation directe, et leur efficacité a été évaluée préliminairement in vitro par un test de cytotoxicité (MTT) sur des cellules HeLa natives. L'auto-assemblage de copolymères à bloc POE de poly(L-Lysine-co-L-phénylalanine) portant une charge de surface positive à pH neutre a également été étudié dans de l'eau et des solutions tampons de pH avec des techniques de caractérisation similaires. Dans le cadre d'une autre étude, des vésicules complexes polyioniques, également appelées PICosomes dans la littérature, ont été préparées à partir d'une paire de copolymères à bloc POE de charge opposée obtenus dans les chapitres précédents. Les PICosomes ont été caractérisés par la diffusion dynamique de la lumière (DLS), la diffusion de la lumière multi-angles (MALS) et également par la microscopie électronique à transmission (TEM). Dans notre étude, des complexes polyioniques avec de petits ARN interférents (siRNA) ont été préparés et leur activité d'inhibition de gène a été étudiée sur des cellules HeLa-Luc par des essais de bioluminescence in vitro (ces cellules exprimant le gène de la luciférase de la luciole). Dans une dernière partie de la thèse, nous avons synthétisé un autre type de copolymères amphiphiles, à savoir les copolymères séquencés POE-b-PTMC (poly(oxyéthylène-b-poly(triméthylènecarbonate)) qui sont semi-cristallins, biodégradables et biocompatibles. Ensuite, des nanoparticules magnétiques de différents diamètres, recouvertes d'un revêtement hydrophobe, ont été chargées dans leurs membranes afin de préparer des polymérosomes entièrement biodégradables, dotés d'une double réponse magnétique et thermosensible, pour des applications d'administration contrôlée de médicamentsIn this thesis, we designed and synthesized different biocompatible self-assembling copolymers by ring opening copolymerizaton (coROP) of three different alpha-aminoacid N-hydroxycarboanhydride (NCA), with poly(ethylene oxide) (PEO-NH2) as macro-initiator, forming hydrophilic block. Different degree of polymerization of PEO were used (DP=17,46,114), and amphiphilic co-polypeptide block was composition was tuned by coROP of either anionic L-glutamic acid or cationic L-lysine, which brings a pH dependent charge, and L-phenylalanine comonomer whose aromatic units bring pi-pi stacking interactions and serve as a hydrophobic reservoir for drug encapsulation. Different morphologies, rod-like micelles, round shape nano-objects and vesicular structures, were obtained via different self-assembly techniques (direct dissolution, nanoprecipitation, direct dialysis or direct hydration in oligo(ethylene glycol)), then their detailed physicochemical properties and structure were investigated by a panel of characterization methods (light, X-ray or neutron scattering, atomic or electron microscopy, circular dichroism…). Poly(L-glutamic acid-co-L-phenylalanine) based PEO-block-copolypeptides enable encapsulation and release of curcumin , which is an antioxidant, anticancer and anti-inflammatory (pleiotropic) drug with very low water solubility, thank to hydrophobic interactions with the L-phenylalanine containing copolypeptide block. Curcumin loaded nanoobjects were formulated by nanoprecipitation or direct hydration, and their preliminary efficacy was evaluated in vitro by cytotoxicity assay (MTT) on HeLa wild type cells. Self-assembly of poly(L-Lysine-co-L-phenylalanine) PEO-block-copolymers bearing positive surface charge at neutral pH was also studied in water and pH-buffer solutions with similar characterization techniques. As a further study, polyionic complex vesicles also called PICsomes in literature were prepared from a pair of oppositely charged PEO-block-copolypeptides obtained in previous chapters. PICsomes were characterized by dynamic light scattering (DLS), multi angle light scattering (MALS) and also by transmission electron microscopy (TEM). In our study, small interfering RNA (siRNA) loaded polyionic complexes were prepared and their gene silencing activity was investigated on HeLa-Luc cells by in vitro bioluminescence assays (these cells bearing the lucirefase firefly gene). In a final part of the thesis, we synthesized another type of amphiphilic copolymer, namely PEO-b-PTMC (polyethylene oxide-b-poly(trimethylenecarbonate)) block copolymers which are semi-crystalline, biodegradable and biocompatible. Then hydrophobically-coated magnetic nanoparticles of different diameters were loaded in their membranes in order to prepare fully biodegradable polymersomes featuring a dual magneto and thermo-responsive membrane, for tunable drug delivery applications
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Hartwig, Sebastian. "New peptid-mimicking scaffolds." Doctoral thesis, Humboldt-Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I, 2009. http://dx.doi.org/10.18452/15936.
Full textAbstract:
Inspiriert von den natürlich vorkommenden Antibiotika der Gramicidin Familie und ihrer d-(alt)-l Aminosäuresequenz, die es diesen Oligopeptiden ermöglicht, eine beta–helikale Sekundärstruktur einzunehmen, war das Hauptziel dieser Arbeit die Synthese und Charakterisierung von Peptiden und diversen Pseudopeptiden mit regulärer all-l und d-(alt)-l Sequenz und die Untersuchung des Einflusses dieser stereochemischen Variation auf die Strukturen und Eigenschaften dieser Verbindungen. Zusätzlich ergab der Austausch von Amid-Bindungen im Peptid-Rückgrat durch verschiedene Isostere diverse, teils einzigartige Pseudopeptid-Strukturen, wohingegen Verzweigung des linearen Peptid-Rückgrates zu sphärischen Molekülen führte. Alle Projekte zielten auf die Entwicklung und Synthese diskreter Oligomere für Strukturuntersuchungen, sowie auf die Einbindung der jeweiligen Strukturelemente in Polymere. Die Polymerization geeigneter Monomere zu Polymeren soll zu makro- und supramolekularen Nano-Objekten führen. Die divergent/konvergente Synthese einer Serie von Oligo-d-(alt)-l-lysinen zielte auf die Generierung hydrophiler, pH-sensitiver nanotubularer Strukturen. Schrittweiser Austausch von Amid-Bindungen des Peptid-Rückgrates durch Ester-(alt)-Urea-Einheiten führte zu all-l und d-(alt)-l Oligopseudoleucinen mit 50% und 0% Amid-Bindungs-Anteil. Design, Synthese und Polymerisation von AB-“Click”-Monomeren, basierend auf all-l and l-(alt)-d lysin Dipeptiden, ergaben hochmolekulare, Triazol-enthaltende Polypseudopeptide, deren Seitenketten mit Pyrenbuttersäure quantitativ postfunktionalisiert werden konnten. Die Einführung von Verzweigung in Glutamat-Peptide ergab chirale Dendrimere mit adressierbaren fokalen und periphären Funktionalitäten, sowie variabler Ladungsdichte. Design, Synthese und Polymerisation eines Glutamat basierenden AB2-“Click”-Monomers lieferte verwandte chirale hyperverzweigte Polypseudopeptide.Inspired by the naturally occurring antibiotics of the Gramicidin family and their d-(alt)-l amino acid sequence, enabling these oligopeptides to adopt a beta–helical secondary structure, the work presented in this thesis targeted the syn-thesis and characterization of peptides and diverse pseudopeptides with regular all-l and d-(alt)-l sequences and the influence of this stereochemical variation on the compounds’ structures and properties. Further diversification of the struc-tures as obtained by replacing amide bonds in the peptide backbone with differ-ent isosteres, affording unique pseudopeptide structures. In addition spherical molecules were generated by introducing branching into the linear peptide scaf-fold. Throughout all projects, the aim was the design and synthesis of discrete oligomers for structural investigations and the incorporation of the respective structural elements into polymers via the polymerization of suitable monomers, in order to generate nanoscale macromolecular and supramolecular objects. The divergent/convergent synthesis of a series of oligo-d-(alt)-l-lysines targeted the generation of hydrophilic, pH-sensitive nanotubular structures. The stepwise replacement of peptide backbone amide bonds with ester-(alt)-urea moieties afforded all-l and d-(alt)-l oligopseudoleucines with 50% and 0% amide content. The design, synthesis, and polymerization of an AB-“Click”-monomer, based on all-l and l-(alt)-d lysine dipeptides afforded high molecular weight, triazole con-taining polypseudopeptides. Quantitative coupling to pyrene butyric acid afforded the respective side chain labeled polymers. The introduction of branching into glutamate peptides afforded fully chiral den-drimers with addressable focal and peripheral functionalities and variable charge density. The design, synthesis, and polymerization of a glutamate based AB2-“Click”-monomer led to related chiral hyperbranched polypseudopeptides.
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Zhang, Xuewei. "Synthèse et caractérisation de copolymères stimulables à base de N,N-diéthylacrylamide." Thesis, Montpellier 2, 2010. http://www.theses.fr/2010MON20024.
Full textAbstract:
Ce travail de thèse concerne la synthèse et la caractérisation d'homo et de copolymères stimulables à base de N,N-diéthylacrylamide (DEAm). Des homopolymères ont été préparés par polymérisation radicalaire contrôlée par transfert réversible par addition-fragmentation (RAFT). Cette polymérisation a été conduite en présence de trois agents de transfert différents et s'est avérée contrôlée quelles que soient les conditions expérimentales. Deux types de copolymères ont ensuite été préparés, de type PEG-b-PDEAm et PDEAm-b-polypeptides par polymérisation RAFT et combinaison RAFT/ polymérisation par ouverture de cycle (ROP), respectivement. Ces copolymères double hydrophiles ont été caractérisés et leur comportement en solution aqueuse a été évalué. Nous avons montré la formation de micelles c?ur-couronne au dessus de la LCST. Nous avons également développé une stratégie de synthèse originale dans le cas des PDEAm-b-polypeptides puisque la ROP a été réalisée en utilisant un macroamorceur de type thiol. Après déprotection des copolymères sensibles au pH et à la température ont été obtenus et montre des propriétés de structuration différentes en fonction de ces deux stimuliThis manuscript deals with the synthesis and characterization of responsive copolymers containing N,N-diethylacrylamide (DEAm). Homopolymers were prepared by controlled radical polymerization, especially Reversible Addition-Fragmentation Transfer (RAFT). Polymerization was achieved using three different chain transfer agents and was controlled whatever the experimental conditions. PEG-b-PDEAm and PDEAm-b-polypeptides were synthesized by RAFT polymerization and RAFT/Ring Opening Polymerization (ROP) respectively. These double hydrophilic block copolymers were characterized and their behavior in aqueous solution was evaluated. We showed that core/corona micelles were obtained above the lower critical solution temperature. We also developed a new strategy for the synthesis of PDEAm-b-polypeptides as ROP was achieved using a thiol macroinitiator. After deprotection pH- and thermo-sensitive copolymers were afforded which proved different structuration as a function of both stimuli
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Tran, Thi Thuy Linh. "Étude théorique de peptides amyloidogènes : Ensemble conformationnel, oligomérisation et inhibition par des ligands peptidomimétiques." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016SACLS518.
Full textAbstract:
De nombreuses protéines associées aux maladies neurodégénératives humaines sont intrinsèquement désordonnées. Ce sont des protéines qui sont dépourvues de structure tertiaire ou secondaire stable dans des conditions physiologiques. Plus précisément, les protéines intrinsèquement désordonnées (IDPs) subissent diverses changements conformationnels entre la pelote aléatoire, des conformations hélicoïdales et des structures en feuillet-β, ces deux dernières étant généralement impliquées dans la reconnaissance protéine-protéine. Parmi une vingtaine de peptides amyloïdogènes connus liés aux maladies dégénératives humaines, notre étude porte sur deux protéines désordonnées: le peptide Amyloïde-β (Aβ) associé à la maladie d'Alzheimer et l'Islet Amyloid Polypeptide (IAPP) impliqué dans le diabète de type II. Aβ possède deux alloformes courants de 40 et 42 résidus, tandis que IAPP est une hormone peptidique de 37 résidus. Les agrégats de Aβ sont toxiques pour les cellules du cerveau, tandis que la fibrillisation de IAPP affecte les cellules-β du pancréas. Le mécanisme d'agrégation de ces deux peptides reste encore mal connu, mais il a été proposé qu’en solution, ces peptides visitent différentes conformations, l'une d'entre elles étant riche en feuillets-β. Cela conduirait à l’oligomérisation de ces peptides, par le biais d’interactions feuillet-β / feuillet-β et, éventuellement, à la formation de fibrilles. Le but de notre étude est de mieux caractériser la dynamique conformationnelle de ces deux peptides, dans leur forme monomérique et oligomérique. Comprendre les premières étapes de leur agrégation est crucial pour le développement de nouvelles molécules thérapeutiques efficaces contre ces protéines amyloïdesMany proteins associated with human neurodegenerative diseases are intrinsically disordered. They are proteins which lack stable tertiary or secondary structure under physiological conditions. More specifically, intrinsically disordered proteins (IDPs) undergo various structural conversions between random coil, helical conformations and β-strand structures, these two latter being generally involved in protein-protein recognition. Among about twenty known amyloidogenic peptides related to human degenerative diseases, we focus our study on two disordered proteins: the Amyloid-β peptide (Aβ) associated to the Alzheimer’s disease and the Islet Amyloid Polypeptide (IAPP) involved in type II diabetes. Aβ has two common alloforms of 40 and 42 residues in length, meanwhile IAPP is a 37-residues peptide hormone. Aggregates of Aβ are toxic to the brain cells, meanwhile IAPP fibrillization affects the pancreatic β-cells. The aggregation mechanism of these two peptides is not known in detail, but it was proposed that in solution, these peptides visit various conformations, one of them being rich in β-strands. This would lead to peptide oligomerization, through β-strand / β-strand interactions and eventually to the fibril formation. The aim of our study is to provide insights into the conformational dynamics of these two peptides in monomeric and oligomeric forms. Understanding the early steps of their aggregation is crucial for the development of new effective therapeutic molecules against these amyloid proteins.De nombreuses protéines associées aux maladies neurodégénératives humaines sont intrinsèquement désordonnées. Ce sont des protéines qui sont dépourvues de structure tertiaire ou secondaire stable dans des conditions physiologiques. Plus précisément, les protéines intrinsèquement désordonnées (IDPs) subissent diverses changements conformationnels entre la pelote aléatoire, des conformations hélicoïdales et des structures en feuillet-β, ces deux dernières étant généralement impliquées dans la reconnaissance protéine-protéine. Parmi une vingtaine de peptides amyloïdogènes connus liés aux maladies dégénératives humaines, notre étude porte sur deux protéines désordonnées: le peptide Amyloïde-β (Aβ) associé à la maladie d'Alzheimer et l'Islet Amyloid Polypeptide (IAPP) impliqué dans le diabète de type II. Aβ possède deux alloformes courants de 40 et 42 résidus, tandis que IAPP est une hormone peptidique de 37 résidus. Les agrégats de Aβ sont toxiques pour les cellules du cerveau, tandis que la fibrillisation de IAPP affecte les cellules-β du pancréas. Le mécanisme d'agrégation de ces deux peptides reste encore mal connu, mais il a été proposé qu’en solution, ces peptides visitent différentes conformations, l'une d'entre elles étant riche en feuillets-β. Cela conduirait à l’oligomérisation de ces peptides, par le biais d’interactions feuillet-β / feuillet-β et, éventuellement, à la formation de fibrilles. Le but de notre étude est de mieux caractériser la dynamique conformationnelle de ces deux peptides, dans leur forme monomérique et oligomérique. Comprendre les premières étapes de leur agrégation est crucial pour le développement de nouvelles molécules thérapeutiques efficaces contre ces protéines amyloïdes
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Dauber-Osguthorpe, Pnina. "Conformation and internal motion of polypeptides : molecular dynamics simulations." Thesis, University of Bath, 1990. https://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.252972.
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Messenger, Beatrice. "Salivary gland peptide hormones and dietary phenols." Thesis, University of Surrey, 2000. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.326511.
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Nilsson, Jonas. "Cooperative reactive sites in designed helix-loop-helix polypeptide catalysts /." Linköping : Univ, 2002. http://www.bibl.liu.se/liupubl/disp/disp2002/tek759s.pdf.
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