Dissertations / Theses on the topic 'Progrès génétique'

La loi du 3 janvier 1972 a connu une evolution jurisprudentielle privilegiant l'esprit de la loi, axe sur la verite biologique, a la lettre, permettant encore de proteger la paix des familles. La doctrine a tres tot souligne les faiblesses apportees a l'edifice du droit de la famille par les nouvelles interpretations. Les progres de la science viennent aujourd'hui avec plus d'acuite encore souligner les failles de notre droit positif. Dans la mesure ou la verite biologique pronee par la loi n'est plus un mythe, les actions en contestation d'etat s'en trouvent facilitees. Il convient de l'assumer en donnant aux enfants nes par procreation artificielle un statut qu'ils ne sauraient acquerir par la denaturation de textes qui bien que parfois transposables, n'ont pas ete prevus a cet effet. En ce sens, la procreation artificielle est en train de denoncer la fragilite des textes et l'abus dans leur utilisation tant dans la filiation par le sang que dans la filiation adoptive. Son influence est donc bien plus forte qu'un simple engouement pour la "famille fiction"<br>The law of the third of january nineteen seventy two has known a jurisprudential evolution which privileged notably the spirit of the law, based on truth against its letter, still allowing the protection of peace in families. The doctrine has very early emphasized the flaws added to the building of the law of the family by the new interpretations. These improvements in science point out more accuratelystill, the gaps of the positive law. As biological truth told by the law is no longer a myth, judicial contests of filiation are made easier. This needs backing by giving children born through artificial procreation a statute that they could not get by denaturating the texts, which, although being sometimes applicable to other cases, have not been provided to this use. In this way, artificial procreation has been revealing the weaknesses of the texts and the excesses committed in their use, concerning the law of filiation and that of adoption as well. Their influence, then, is far more important than a fad for todays "fiction family"

Dans le cadre d’un projet d’amélioration du sorgho au Nicaragua, nous avons étudié l’efficacité de trois stratégies de sélection participative. En évaluant avec et chez les agriculteurs une large diversité génétique d’origine africaine, la sélection variétale participative a fourni des variétés performantes dans les systèmes de culture paysans, avec les caractères de précocité et qualité de grains requis. L’efficacité de la création variétale participative (PPB) faisant débat, nous avons comparé le progrès génétique obtenu par deux schémas de sélection conduits par des agriculteurs dans leurs champs, avec celui atteint avec les mêmes schémas conduits par un sélectionneur professionnel en station (conditions optimales) et en milieu paysan. Les deux schémas exploitaient en sélection généalogique une variabilité génétique issue de croisements simples ou de populations synthétiques. Les caractères cibles sont le rendement, la précocité, la hauteur de plante, la grosseur des grains ainsi qu’un index de sélection ISFA combinant ces variables et l’appréciation des paysans pour la qualité des grains et des pailles et la valeur phénotypique globale. La sélection du chercheur en station a été plus efficace que la sélection des agriculteurs en champs paysans (FoF) pour produire les lignées de meilleur rendement grains en conditions favorables. Par contre la sélection FoF a produit les lignées à meilleure stabilité de rendement ainsi que la plus grande proportion des lignées préférées ex post par les producteurs. Elle a surtout été plus efficace que la sélection du chercheur en station et en milieu paysan pour générer les lignées de meilleur index ISFA, qui s’approchent le plus des idéotypes recherchés par les agriculteurs. L’étude a mis en évidence des limites pour les deux stratégies PPB décentralisées. Des voies d’amélioration du processus ont été proposées<br>In the framework of a project on sorghum improvement in Nicaragua, we studied the effectiveness of three strategies of participatory breeding. By assessing a wide range of genetic diversity of African origin together with farmers, participatory varietal selection has provided high-yielding varieties for farmers' cropping systems, which possess the required traits of earliness and grain quality. In order to contribute to the debate on the effectiveness of participatory plant breeding (PPB), we compared the genetic progress obtained by two selection schemes conducted by farmers in their fields, with that achieved by a professional breeder using the same schemes conducted on-station (optimal conditions) as well as in farmer fields. The two schemes utilized the pedigree selection method from genetic variability derived from simple crosses or synthetic populations. The target selection criteria include grain yield, earliness, plant height, grain size and a composite selection index ISFA combining these variables and farmers’ appreciation for grain and fodder quality, in addition to overall phenotypic value. The breeder selection on-station was more effective than the farmers’ selection carried out in their own fields (FoF) for giving the highest-yielding lines under favorable cropping conditions. On the other hand, the FoF selection has produced lines with more stable yield performance and the highest proportion of lines preferred ex post by the farmers. The FoF selection was above all more effective than the breeder selection on-station and on-farm for generating lines of highest ISFA index values, which are closer to the ideotypes sought out by farmers. The study highlighted limitations for both PPB decentralized strategies. Ways of improving the process have been proposed

La Selle-Français (SF) a été sélectionné avec comme objectif principal la réussite en concours de saut d'obstacle (CSO) et cette sélection a largement utilisé les croisements avec d'autres races. Comme pour les autres chevaux de selle à travers le monde, les éleveurs français veulent augmenter le nombre de caractères dans leur objectif de sélection. En plus du CSO, ils souhaitent améliorer leur population sur les allures, la conformation, le comportement, la fertilité et la santé. Pour ajouter tous ces caractères, en conservant un schéma de sélection efficace, différentes études ont été menées et sont exposées dans cette thèse. -Tout d'abord, une large présentation du SF avec ses spécificités est effectuée. -Une étude de l'efficacité de la sélection entre 1974 et 2002 est conduite afin d'identifier les qualités et les inconvénients du plan de sélection actuel du SF. Sur cette période, on dénombre entre 6000 à 10000 naissances par an. Depuis 1995, le gain génétique annuel pour le CSO est élevé (

Dans un contexte de changement climatique, la caractérisation des variétés de blé tendre en réponse à des évènements de sécheresse et de stress thermique est un des défis de l’agriculture. Cette thèse, issue d’un partenariat -public entre Arvalis-Institut du Végétal, Biogemma et l’INRA (Institut National de la Recherche Agronomique), avait pour but de développer des connaissances et des outils nécessaires à l’identification de variétés tolérantes à la sécheresse et au stress thermique et à la création de variétés répondant à cette exigence. Pour ce faire, nous avons analysé un panel de 220 variétés commerciales, génotypées avec 280K SNP et testées dans 35 environnements variés (combinaison d’année, lieu et régime hydrique), plus une expérimentation en conditions contrôlées où un stress thermique a été appliqué pendant le remplissage du grain. La complexité de l’étude de la tolérance à la sécheresse nous a conduit à présenter cette thèse en séparant, dans un premier temps, l’étude des stress hydriques et thermiques, puis de prospecter une méthode d’analyse multi-stress. Nous avons montré que même si la sélection a amélioré la performance des variétés en condition hydrique optimale, le progrès génétique doit être accéléré et mieux réparti en fonction des différents types de stress. Nous proposons pour cela plusieurs déterminants génétiques qui pourraient permettre un gain dans des environnements stressants. Nos résultats et méthodes sont discutés au regard des besoins en préconisation et amélioration variétale. Des pistes de recherche complémentaires et des améliorations ont aussi été suggérées<br>In a context of climate change, the characterization of wheat varieties in response to drought and heat stress events is one of the major challenges of agriculture. This PhD thesis, resulting from a private-public partnership between Arvalis ‘Institut du Végétal’, Biogemma and INRA (“Institut National de la Recherche Agronomique”), aimed at providing necessary knowledge and tools to identify drought or heat-tolerant varieties and breed for varieties that meet these requirements. Analyses were conducted using a panel of 220 commercial varieties, genotyped with 280K SNP and tested in 35 environments (combination of year, location and water regime) and an experiment under controlled conditions where heat stress was applied during grain filling. The complexity of the study of drought and heat tolerance led us to present this thesis by first separating hydric and thermal stresses, and then to explore a multi-stress analysis method. Even if breeding has improved the performance of varieties under optimal water conditions, we showed that genetic progress must be accelerated and better distributed according to different stress scenarios. We propose several genetic determinants that could allow genetic gain in stressful environments. Our results and methods are discussed in view of the needs for varietal recommendation and improvement. Additional research strategies and methods improvements were also suggested

La surdité et les troubles vestibulaires sont des pathologies fréquentes, source de handicap et d’altération de la qualité de vie. Actuellement, il n’existe pas de traitement curatif pour ces pathologies. La thérapie génique utilisant les AAVr semble une alternative prometteuse notamment dans le traitement des surdités et troubles vestibulaires d’origine génétique. Cependant, de nombreux défis restent à relever avant d’envisager une application chez l’Homme. Dans ce travail, nous avons cherché à identifier les étapes clés à franchir pour une application clinique de la thérapie génique pour 2 surdités génétiques humaines, le syndrome USH1G et la surdité DFNB9, à l'aide des modèles murins correspondants, d'études chez le primate non-humain et d'un modèle d’explant d’organes vestibulaires humains. Nous avons pu montrer que la fenêtre thérapeutique était un facteur majeur à prendre en compte dans un objectif translationnel. Le stade de maturation de l’oreille interne influe grandement sur l’efficacité de la thérapie, d’autant plus lorsque la pathologie implique des anomalies de développement comme dans le syndrome USH1. Pourtant, nous avons pu apporter la preuve d’une extension de la fenêtre thérapeutique chez la souris Ush1g-/-, et montrer que la thérapie génique permettait une restauration à un niveau proche de la normale de la fonction vestibulaire et dans une moindre mesure de la fonction auditive après injection à un stade mature. Dans la surdité DFNB9 pour laquelle il n’existe pas d’anomalie de développement, nous avons pu montrer que la thérapie génique permettait une restauration complète de l’audition, et posé les fondements d’une future thérapie chez l’Homme<br>Deafness and vestibular disorders are frequent pathologies, and sources of disability and impaired quality of life. Deafness is the most common sensory disorder in humans, and 1 child is born deaf for every 700 births. Currently, there is no cure for these disorders. A promising therapeutic alternative is gene therapy using rAAV, and numerous preclinical studies have provided proof of its efficacy in the treatment of deafness and vestibular disorders of genetic origin. However, many challenges remain to be overcome before considering application in humans. In this work, we sought to identify the key steps to be taken for a clinical application of gene therapy for 2 human genetic causes of deafness, USH1G syndrome and DFNB9 deafness. We used the corresponding mouse models for this, as well as studies in non-human primates and an in vitro human vestibular organ explant model. We were able to show that the therapeutic window was a major factor to take into account in a translational objective. The stage of maturation of the inner ear greatly influences the effectiveness of therapy, especially when the pathology involves developmental abnormalities such as in USH1 syndrome. However, we were able to provide evidence of an extension of the therapeutic window in Ush1g-/- mice, and to show that viral gene therapy performed at a mature stage allowed vestibular function to be restored to a level close to normal, and to a lesser extent a restauration of hearing function. In DFNB9 deafness for which there is no developmental abnormality, we were able to show that gene therapy allowed a complete restoration of hearing, and laid the foundations for a future therapy in humans

(. . . ) Dans un premier temps, nous avons vérifié l'organisation fine des endomycorhizes VA qui a montré des caractères communs à toutes les mycorhizes de ce type. Puis nous avons effectué la synthèse in vitro de ces mycorhizes en utilisant comme plante-hôte des semis ou des vitroplants (. . . ) Par des contrôles cytologiques et par un suivi dans le temps, nous avons vérifié que les systèmes mycrohiziens sont conformes et se maintiennent dans les plantes infectées (. . . ) Nous nous sommes attachés à mettre au point une méthode simple et fiable de production d'inoculum endomycorhizien VA (. . . ) Nous avons reconstitué, en conditions contrôlées, des systèmes mycorhiziens doubles (endo- ectomycorhizes) et nous en avons étudié l'évolution (. . . )

La santé du constitue une préoccupation croissante pour les éleveurs, propriétaires, et le grand public, plusieurs rapports ayant récemment souligné les potentiels impacts négatifs des pratiques d'élevage sur la santé des chiens de race (APGAW 2009, Nicholas 2011), au travers de la diffusion d’affections héréditaires par exemple. Ainsi, l’OFA (Orthopedic Foundation for Animals, http://www.offa.org) considère que la dysplasie de la hanche affecte au moins 163 races de chiens, avec des prévalences allant de 1,2 à 72,1%. La mise en œuvre de stratégie d'élevage afin de réduire l'incidence des maladies héréditaires et leur impact sur le bien-être constitue une priorité pour les éleveurs et les organisations d'élevage. L'efficacité de ces stratégies dépend toutefois fortement de facteurs tels que leur déterminisme génétique, la disponibilité de diagnostics cliniques ou génétiques efficaces, ainsi que les conditions spécifiques au contexte (la prévalence, la démographie, l'existence d'autres affections, la coopération des éleveurs ...). Par exemple, il a été montré que pour une maladie monogénique récessive, à fréquence égale, l'impact d’une stratégie sur la variabilité génétique sera extrêmement différent en fonction de la race (Leroy et Rognon 2012). Il est important de souligner également que le contexte et le cadre réglementaire de l'élevage varient beaucoup en fonction des pays. A titre d'exemple, en Suède, la proportion importante d'animaux de compagnie assurés (environ 50%) permet la mise en place d’enquêtes sur la santé des chiens à grande échelle (Bonnett et al., 2005), facilitant l'identification des affections impactant le bien-être. En fonction des pays, des mesures différentes de luttes contre les affections héréditaires ont pu être mises en place, pouvant aller de l’incitation à utiliser des reproducteurs sains, à l’interdiction de reproduction pour des individus atteints d’affection problématiques. Dans le cas de dysplasie de la hanche, un système d'évaluation génétique a été mis en œuvre dans certains pays (Allemagne, Suède, Royaume-Uni) pour quelques races, alors que dans certains autres pays, il est encore en cours de développement. Notons qu’un projet préliminaire à la thèse sera mise en place à l’échelle des kennels clubs nordiques (KNU) pour s’intéresser à la valeur ajoutée des échanges internationaux de données généalogiques et de santé<br>Dog health constitutes a major concern for breeders, owners, as well as the general public, all the more since several study and reports have recently underlined potential impacts of breeding practices on dog health and fitness (APGAW 2009, Nicholas 2011). According to Online Mendelian Inheritance in Animals (OMIA, omia.angis.org.au) more than 586 disorders/traits have been reported in dogs, with various prevalence and consequences for canine health (Collins et al. 2011, Nicholas et al. 2011). As an exemple, Orthopedic Foundation for Animals (OFA 2011, http://www.offa.org) consider that Hip Dysplasia, a polygenetic trait affected by environmental factors, with variable impact on welfare, affects at least 163 dog breeds, with prevalence ranging from 1.2 to 72.1%. Implementation of breeding plans in order to reduce incidence of inherited disorders and their impact on welfare should be a priority for breeders and breeding organizations. Efficiency of such strategies is however highly dependant on several factors such as inheritance pattern, availability of efficient clinical/genetic test, and specific context conditions (prevalence, demography, existence of other disorders, cooperation of breeders…). For instance, it has been showed that for a monogenic recessive disorder with the same frequency, impact of a given strategy on genetic diversity will be completely different depending on the breed (Leroy and Rognon 2012). It is also important to underline that breeding context and breeding rules are very different according to countries. As an exemple, in Sweden the large proportion of pets insured (about 50%) allows the settlement of large surveys on dog health (Bonnett et al. 2005), leading to the identification of disorders critical to breed welfare. Depending on countries, the control of inherited disorders is implemented through various measures, from breeding recommandations to mating ban. In the case of hip dysplasia, a genetic evaluation system has been implemented in some countries (Germany, Sweden, UK) for a few breeds, while in some other countries, it is still under development. The fact that for many breeds there is an exchange of breeding animals between several countries with different breeding policies constitutes also a critical point to be taken into account, when settling a breeding strategy. Moreover it has been showed that efficiency of genetic evaluation for a polygenic trait such a hip dysplasia could be improved by joint evaluation between different countries (Fikse et al. 2012). For this purpose, a preliminary project, starting 2013 in Sweden, will investigate the interest of exchanging pedigree and health data within the framework of Nordic Kennel Union. The aim of this project is to provide operational tools to improve breed health in an international context, concerning both genetic evaluation and implementation of breeding policies

L’aliment utilisé en pisciculture est onéreux et impacte l’environnement. Améliorer l’efficacité alimentaire (EA) pour produire la même quantité de poisson en utilisant moins d’aliment est un objectif majeur pour rendre l’aquaculture plus durable. Cet objectif pourrait être atteint grâce à la sélection génétique, mais cela nécessite des méthodes de phénotypage individuel, et mesurer la prise alimentaire individuelle est complexe chez le poisson. Les deux meilleures méthodes, à l’heure actuelle, consistent soit à élever les poissons individuellement, soit à les marquer avec un tag externe pour les identifier visuellement au sein de petits groupes. Je me suis focalisé sur des questions d’importance critique en lien avec l’estimation de l’EA individuelle, chez deux espèces aquacoles majeures, le bar Européen Dicentrarchus labrax et le tilapia du Nile Oreochromis niloticus. J’ai démontré qu’estimer l’EA individuelle au stade juvénile chez le tilapia du Nil permettait de prédire l’EA sur l’ensemble du cycle de production. Ensuite, j’ai comparé les deux méthodes de phénotypage chez le tilapia du Nil, et observé qu’elles ne fournissent pas des estimations équivalentes. Enfin, j’ai aussi constaté que les poissons les plus efficaces à taux de rationnement restreint n’étaient pas les plus efficaces à satiété, chez les deux espèces.Les deux méthodes de phénotypage demeurent, cependant, fastidieuses. J’ai, en conséquence, cherché de potentiels critères de sélection indirecte qui soient plus faciles à mesurer. Chez le bar européen, il n’y avait pas de corrélation entre l’EA individuelle et le taux métabolique individuel (estimé par la consommation d’oxygène). Par ailleurs, j’ai résolu des problèmes d’ordre méthodologique afin d’implémenter l’analyse de la signature isotopique, grâce à l’échantillonnage non létal des écailles, en tant que critère de sélection indirecte.Pour conclure, sélectionner les poissons au stade juvénile semble fiable et permettra de réduire les coûts de sélection. La méthode de phénotypage de l’EA individuelle à utiliser pour faire de la sélection génétique dépend, cependant, de l’espèce. En particulier, la structure sociale de l’espèce doit être prise en compte dans le choix de la méthode la plus appropriée. En outre, les poissons devraient être phénotypés dans des conditions d’élevage et de nourrissage aussi proches que possible de celles en élevage commercial. Le taux métabolique pourrait être utilisable en tant que critère de sélection indirecte si couplé avec des mesures de l’excrétion d’ammoniac ou de la composition corporelle. Quant à l’analyse de la signature isotopique des écailles, elle est techniquement réalisable et nécessite d’être plus amplement étudiée<br>In finfish aquaculture, feed is expensive and has environmental impacts. Improving feed efficiency (FE) to produce the same amount of fish with less feed is a major objective for sustainable aquaculture. This can be achieved by selective breeding but this requires methods for individual phenotyping, and measuring individual feed intake (FI) is technically challenging for fishes. The two best methods, to date, are either to rear fish individually or to tag them externally so that they can be visually identified while reared in small groups.I investigated some important issues related to estimation of individual FE, on two major aquaculture species, European sea bass Dicentrarchus labrax and Nile tilapia Oreochromis niloticus. I demonstrated that estimating individual FE at juvenile stage in Nile tilapia was predictive of FE over the whole production cycle. Then, I compared the two phenotyping methods in Nile tilapia, to discover that they did not provide equivalent estimations. Finally, I also found that the most efficient fish at restricted feeding were not the most efficient at satiety, in both species.Both phenotyping methods remain, however, tedious. I therefore investigated potential indirect selection criteria that are easier to measure. In European sea bass, there was no correlation of individual FE with individual metabolic rate (as oxygen consumption). Furthermore, I addressed methodological issues for implementation of stable isotope analyses with non-lethal sampling of fish scales as an indirect selection criterion.To conclude, selecting fish at juvenile stage seems reliable and will cut selection costs. Phenotyping method for individual FE towards selective breeding depends, however, upon the species. In particular, species collective behaviour must be considered when choosing the most suitable method. Furthermore, fish should be phenotyped at holding conditions and feeding levels that are as close as possible to commercial practices. Metabolic rate might be useful as an indirect criterion if coupled with measures of ammonia excretion or body composition. Scale stable isotope analyses are technically feasible and require further investigation

Les variétés traditionnelles de vigne nécessitent de très nombreux traitements phytosanitaires pour lutter contre les maladies cryptogamiques qui touchent leurs parties herbacées, comme le mildiou et l'oïdium, causés par Plasmopara viticola et Erysiphe necator respectivement. Ces traitements, coûteux et préjudiciables pour l'environnement, pourraient être réduits par l'emploi de variétés résistantes. La vigne cultivée européenne (Vitis vinifera, 2n=38) est très sensible au mildiou et à l'oïdium. En conséquence, la résistance doit être introduite à partir d'autres Vitaceae ayant un niveau de résistance plus élevé à ces maladies. Plusieurs origines de résistance ont déjà été observées et inventoriées, en particulier chez l'espèce d'origine américaine Muscadinia rotundifolia (2n=40). Ces facteurs sont d'un intérêt majeur pour la sélection de variétés résistantes. Cependant, lors du processus d'introgression, des difficultés à obtenir des pépins viables en F1 ainsi que des anomalies phénotypiques dans les descendances en rétrocroisement ont été constatées. Afin d'optimiser la gestion des résistances provenant de cette espèce dans les programmes d'amélioration variétale, il est nécessaire de comprendre l'organisation génétique et génomique de M. rotundifolia, et de compléter la connaissance des facteurs de résistance issus de cette espèce. Dans ce contexte, les objectifs de la thèse sont : (i) de réaliser une analyse comparative des génomes de V. vinifera et M. rotundifolia et (ii) d'identifier de nouveaux facteurs de résistance chez M. rotundifolia utilisables à terme en sélection. Pour cela, une carte génétique de M. rotundifolia a été développée à partir d'une population de 200 individus issue de l'autofécondation de M. rotundifolia cv. Regale. Parallèlement, la même population a été testée pour son niveau de résistance au mildiou et à l'oïdium. Une carte génétique couvrant 950 cM a été réalisée. Elle comprend 191 marqueurs microsatellites répartis sur les 20 chromosomes de M. rotundifolia, et permet de conclure à un niveau de macrosynténie très élevé avec V. vinifera. Le groupe de liaison 20 de M. rotundifolia correspondrait à la partie inférieure du groupe de liaison 7 de V. vinifera. Par ailleurs, un QTL de résistance au mildiou a été détecté sur le groupe de liaison 18 de M. rotundifolia, au niveau d'une région riche en gènes de type NBS-LRR, et un nouveau QTL de résistance majeur à la l'oïdium a été mis en évidence sur le groupe de liaison 14 de M. rotundifolia. Ce QTL, nommé Ren5 pour 'Resistance to Erysiphe necator 5', montre une action précoce dans l'arrêt de la croissance du mycélium du pathogène, dès l'établissement des premiers stades de biotrophie du champignon. De plus, le QTL Ren5 a été confronté à deux souches supplémentaires d'E. necator, appartenant aux deux groupes d'oïdium retrouvés dans vignobles européens, contre lesquelles il reste efficace. Les données de cartographie génétique générées pour M. rotundifolia dans ce travail, ainsi que la mise en évidence de Ren5 et de son mode d'action, permettront d'améliorer la gestion des facteurs de résistance issus de cette espèce pour la sélection de variétés résistantes au mildiou et à l'oïdium.

Les programmes de sélection visent à produire des reproducteurs de bonnes valeurs génétiques pour la filière. La connaissance de marqueurs moléculaires du génome des individus et de mutations d’intérêt ouvrent des perspectives en termes d’organisation de la sélection. A l’aide de simulations déterministes et stochastiques, l’intérêt technique et économique de l’utilisation d’un panel de marqueurs moléculaires très basse densité a été évalué dans les populations ovines et caprines en sélection et permis d’obtenir les résultats suivants : i) utiliser un tel panel pour accroître, quand elle est limitée, la quantité de filiations paternelles n’est pas toujours rentable, ii) la stratégie de gestion des gènes d’ovulation qui maximise la rentabilité économique du plan de sélection a été déterminée par optimisation et des stratégies simples à implémenter, qui donnent des rentabilités proches de la rentabilité maximale, ont été proposées, iii) un programme de sélection génomique basé sur un panel très basse densité, permet à coût constant une efficacité supérieure aux programmes basés actuellement sur le testage sur descendance des mâles<br>Breeding programs aim to transfer high genetic value breeding stock to the industry. The knowledge of molecular markers of individual’s genome and causal mutations allow to conceive new breeding program designs. Based on deterministic and stochastic simulations, the technical and economic benefits of using a very low density molecular markers panel were assessed in sheep and goat populations. Following results were obtained: i) using such a panel to increase female paternal filiations in case of incomplete pedigree is not always profitable, ii) a method of optimization has been used to derive the maximal profits of managing ovulation genes, and practical management giving profits close to the maximal profits have been determined, iii) at similar cost, a genomic design based on a very low density panel is more efficient than the current design based on progeny testing

Le raccourcissement télomérique est la source majeure de l'instabilité chromosomique (CIN) au cours de la progression tumorale. Nous avons montré que les cellules humaines embryonnaires de rein (cellules HEK) ayant traversé une période de CIN subissent des vastes changements dans l'expression des microARNs, ce qui induit une transition épithélio-mésenchymateuse (TEM), un processus permettant aux cellules cancéreuses épithéliales migrer et envahir de nouveaux tissus et former des métastases. Notre travail a aussi suggéré que les cellules ayant subi une TEM étaient capables de former des tumeurs dans un microenvironnement sénescent. De surcroît, cette évolution dans la capacité tumorale était associée à une dérégulation supplémentaire des microARNs et à l'acquisition des propriétés des cellules souches. Afin d'étudier comment ce potentiel est mis en place au cours de l'instabilité chromosomique et au contact avec le microenvironnement sénescent, nous avons modulé les niveaux d'expression de miR-145 et avons démontré que la répression de miR-145 était nécessaire pour le développement des caractéristiques des cellules souches. Afin de mieux comprendre l'impact de CIN sur le programme génétique des cellules épithéliales, nous avons utilisé des approches de haut débit et avons caractérisé les changements des paysages chromatiniens et leur mise en place dans les cellules ayant traversé une période de CIN. Nos résultats révèlent pour la première fois que l'instabilité télomérique modifie profondément la distribution des marques d'histones en conduisant aux changements d'expression des gènes et au processus de transformation des cellules épithéliales pré-tumorales<br>Telomere shortening is a major source of chromosome instability (CIN) at early stages during carcinogenesis. However, the mechanisms through which telomere-driven CIN (T-CIN) contributes to the acquisition of tumor phenotypes remain uncharacterized. We have shown that human epithelial kidney (HEK) cells undergo massive microRNA deregulation upon CIN, in particular a miR-200-dependent epithelial-mesenchymal transition (EMT), which is thought to enable epithelial cancer cells to migrate and invade other tissues to form metastases. Our work also indicated that CIN+ cells that underwent EMT were able to form tumors in a senescent microenvironment. Notably, this progression in tumor capacity was associated with further microRNA deregulation and the manifestation of enhanced stem-like properties. To investigate how stem-like properties are acquired in CIN+ cells in the contact with senescent microenvironment we adapted knockdown and overexpression approaches to modulate miR-145 expression, and demonstrated that enhanced stem-like properties depended on miR-145 repression. To fully apprehend the impact of CIN on the genetic program of epithelial cells, we used an unbiased approach to characterize the chromatin state of HEK CIN+ cells and uncover genome wide redistributions that were in direct correlation with gene expression changes. Our results reveal for the first time that T-CIN profoundly modifies the chromatin landscape genome-wide thereby fueling the transformation process of pre-tumor epithelial cells

Les espèces forestières sont particulières à bien des égards par rapport aux autres espècesdomestiquées. Les arbres forestiers ont de longues phases juvéniles, entrainant de long et couteuxcycles de sélection et nécessitant une sélection en plusieurs étapes indépendantes. Bien que cetteméthode soit efficace du point de vue opérationnel, elle reste couteuse en temps et en ressources,entrainant une dilution de l’intensité et de la précision de sélection. Au vu de ces contraintes,les arbres sont de bons candidats pour la mise en oeuvre de l’évaluation génomique. La sélectiongénomique (SG) repose sur le classement et la sélection d’individus à partir de l’informationcontenu dans leur génome sans utilisé une étape d’évaluation phénotypique et ainsi accélérerle processus de sélection.Ce travail visait à identifier les situations, les critères et les facteursdans lesquelles la SG pourrait être une option réalisable pour le peuplier. Notre étude a montréque les avantages de l’évaluation génomique dépendent du contexte. C’est dans des situationsles moins avantageuse que l’évaluation génomique se montre la plus performante, elle profiteégalement de la densification de l’information génétique de faible à moyenne suite à une étaped’imputation de haute qualité. La sélection génomique pourrait être une option intéressante àstade précoce, où la précision de la sélection est généralement faible et la variabilité génétiqueabondante. Notre travail a également montré qu’il est important d’évaluer les performancesavec des critères alternatifs, comme ceux liés au classement, notamment lorsque ces critèresrépondent au contexte opérationnel du programme d’élevage étudié<br>Forest species are unique in many ways compared to other domesticated species. Forest trees have long juvenile phases, leading to long and costly selection cycles and requiring selection in several independent stages. Even if this method is operationally effective, it remains costly in terms of time and resources, resulting in a diluted intensity and accuracy of selection.In view of these constraints, trees are good candidates for the implementation of genomic evaluation. Genomic selection (SG) is based on the classification and selection of individuals from the information contained in their genome without using a phenotypic evaluation step and thus accelerating the selection process, in order to identify the situations, criteria and factors in which SG could be a feasible option for poplar. Our study showed that the benefits of genomic evaluation are context-dependent. Genomic evaluation is most effective in theless-advantageous situations, it also benefits from low to medium density genetic information following a high-quality imputation step. Genomic selection could be an interesting option at an early stage, when the accuracy of selection is generally low and genetic variability is abundant.Our work has also shown that it is important to evaluate performance with alternative criteria,such as those related to ranking, especially when these criteria fit the operational context of the breeding programme under study

(. . . ) La production massive de bourgeons axillaires et adventifs a été obtenue avec des apex de semis de 40 à 110 jours par P. Nigra et P. Sylvestris. Pour le développement de bourgeons axillaires et l'induction des bourgeons adventifs, le milieu minéral de Murashige et Skoog (MS) et le milieu organique de Bourgin et Nitsch (BN), tous les deux dilués deux fois (MSBN/2), ont été employés avec des rapports cytokinine : auxine variés. Le bourgeonnement total (axillaire et adventif) chez P. Nigra est plus élevé que chez P. Sylvestris, quelles que soient les conditions de culture. (. . . )

Etudier l’aptitude d’insectes parasitoïdes à se reproduire dans de nouveaux hôtes est important pour comprendre les mécanismes d’adaptation dans un contexte de lutte biologique. Cotesia typhae est un parasitoïde africain spécialisé sur le lépidoptère Sesamia nonagrioides et est un agent de lutte biologique potentiel contre ce ravageur du maïs. C. typhae appartient à un groupe d’espèces possédant un virus endosymbiotique injecté dans l’hôte lors de la ponte et contribuant à la virulence du parasitoïde. J’ai pu montrer que deux souches de C. typhae diffèrent par leur nombre de descendants et par leur virulence envers une population française de S. nonagrioides, représentant un nouvel hôte. Afin d’identifier les gènes responsables de ces variations une recherche de QTL a été entreprise (Quantitative Trait Loci). Nous avons établi une carte génétique de C. typhae, identifié quatre QTL et dressé une liste de gènes candidats. Pour expliquer la différence de virulence et du nombre de descendants, les quantités d’œufs et de virus injectés au cours de pontes successives ont été estimées. Ces expériences ont montré 1/ que les deux souches ne répartissent pas leurs œufs de la même manière entre les hôtes, 2/ que la quantité de virus injectés n’est pas corrélée à la virulence. Pour comprendre l’origine évolutive de la différence de virulence, ce trait a été estimé sur les populations hôtes naturelles. Les résultats suggèrent que l’adaptation locale pourrait être à l’origine de la pré-adaptation d’une des souches à l’hôte français. Ce travail a permis également de bien caractériser le succès reproducteur de C. typhae, essentiel pour son utilisation en lutte biologique<br>Studying the ability of insect parasitoids to reproduce in novel hosts is important to understand adaptive mechanisms at play when they are used for biological control. Cotesia typhae is an African parasitoid specialized on the Lepidoptera Sesamia nonagrioides and it is a potential biological control agent against this maize pest. C. typhae belongs to a group of species harboring a symbiotic virus which is injected in the host during oviposition and which contributes to the parasitoid virulence. I have found out that two strains of C. typhae differed in their offspring number and in their virulence against a French population of S. nonagrioides, which represents a new host. A QTL analysis (Quantitative Trait Loci) has been done to identify genes involved in these variations. We have built a genetic map of C. typhae, identified four QTL and listed candidate genes. To explain the difference of virulence and offspring number, numbers of eggs and viral particles injected during successive ovipositions have been estimated. These experiments have shown that 1/ the two strains have different patterns of egg allocation among the successive hosts parasitized, 2/ the quantity of injected viral particles is not correlated to virulence. To understand to evolutionary origin of the virulence variation, this trait has been estimated for the natural host populations. The results suggest that local adaptation could explain the better pre-adaptation of one C. typhae strain to the French host population. This work also allowed an in-depth characterization of the parasitoid reproductive success, essential for its use in biological control

TRF1 est une protéine télomérique essentielle pour la stabilité et la régulation de la longueur des télomères. Son expression est altérée dans de nombreux cancers humains, et son inhibition, dans un contexte p53 déficient, favorise le développement de tumeurs chez la souris. Nous montrons ici que l'inhibition de TRF1 dans les fibroblastes primaires humains conduit à une accumulation télomérique de γ-H2AX et à une activation de la voie de réponse aux dommages de l'ADN dépendante des kinases ATR/Chk1, menant rapidement les cellules vers la sénescence. En revanche, lorsque les voies p53 et pRb sont défaillantes, les cellules échappent à la sénescence. L'érosion accrue des télomères engendre alors une fragilité télomérique et une instabilité chromosomique, caractérisées par la présence de fusions entres chromatides soeurs et de signaux multi-télomériques (MTS). Un niveau élevé de MTS, associés à la présence de télomères courts, est également retrouvé après la surexpression de TRF1. Cette fragilité télomérique conduit à une extension de la capacité proliférative des cellules, due à une stabilisation de la longueur des télomères par réactivation de la télomérase. Nous proposons que la fragilité des télomères, induit par l'altération de la charge télomérique de TRF1, conduit à une instabilité chromosomique qui facilite la réactivation de la télomérase et à des anomalies chromosomiques comparables à celles retrouvées dans les tumeurs. La dérégulation de l'expression de TRF1 joueraient un rôle dans la progression tumorale des cellules p53 et pRb déficientes<br>TRF1 is a telomere-binding protein which is essential for both telomere stability and telomere length regulation. TRF1 depletion in the context of p53 deficiency promotes tumor development in the mouse, and TRF1 expression is altered in some human cancers. We report here that inhibition of TRF1 in human primary fibroblast results in rapid induction of senescence, which is concomitant with telomeric accumulation of γ-H2AX and phosphorylation of the ATR downstream checkpoint kinase Chk1. Abrogation of p53 and pRb pathways bypasses senescence but leads to accelerated telomere shortening and early onset of chromosomal instability, including sister chromatid fusions and the occurrence of multi-telomeric signals (MTS) related to telomere fragility. MTS are also elevated in TRF1-overexpressing cells and are coincident with the presence of short telomeres. Elevated telomere fragility was associated with greater immortalization potential and resultant cells maintained their telomeres via telomerase reactivation. We propose that changes in TRF1 occupancy at telomeres lead to telomere-fragility driven chromosome instability, which facilitates the reactivation of telomerase and engenders cancer-relevant chromosomal aberrations. These events would occur at early stages of the tumor progression process in the context of an impaired p53 and pRb response