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Dissertations / Theses on the topic 'Protéine de liaison à C4b'
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Mahmoud, Wael. "Déviation de la réponse immune à visée d'immuno-intervention à l'aide de proteines recombinantes hétérofonctionnelles." Reims, 2008. http://theses.univ-reims.fr/exl-doc/GED00001024.pdf.
Full textAbstract:
Certaines thérapies faisant appel à des anticorps sont confrontées aux problèmes de risques pathogènes transmissibles ou d’inefficacité. Les anticorps polyclonaux anti-Rhésus D humains utilisés dans la prévention de l’allo-immunisation fœto-maternelle (AIFM) RhD, présentent parfois un risque infectieux, d’allergie ou d’hypersensibilité. Les anticorps anti-tumoraux ont montré peu d’efficacité à cause de la faible immunogénicité des cellules cancéreuses et la sur expression des protéines régulatrices du complément. L’efficacité du système immunitaire peut être améliorée en augmentant l’immunogénicité des cellules cibles. Nous proposons un nouveau concept qui vise à augmenter le recouvrement des cellules cibles par des anticorps grâce à la déviation des immunoglobulines post-vaccinales antitétaniques attirées sur une grappe d’antigènes tétaniques. Une telle amplification devrait permettre la destruction des cellules par les systèmes effecteurs de l’immunité humorale (CDC) et / ou cellulaire (ADCC). L’outil de ciblage et destruction des cellules est basé sur des protéines recombinantes bifonctionnelles. Ces molécules présentent deux entités : une fonction de ciblage par un anticorps dirigé contre un antigène de surface spécifique de la cellule cible (anti-Glycophorine A (GPA), anti-RhD ou anti-antigène carcino-embryonnaire (ACE)) et une entité immunogène d’antigènes tétaniques. L’assemblage des deux entités est assuré par le système multimérisant de la C4 Binding Protein (C4BP). Nous avons réussi à montrer dans un premier temps la faisabilité du concept de ciblage et destruction des cellules par déviation de la réponse immune vaccinale sur un modèle de GR à forte densité antigénique. Nous avons par la suite validé in vitro ce concept sur GR RhD dans la perspective de la prévention de l’AIFM RhD à l’aide d’hétéromultimères ciblant l’antigène RhD. Finalement, l’application de notre concept par ciblage de l’ACE a permis la destruction des cellules cancéreuses dans un modèle d’inhibition de développent tumoral chez les souris nude.
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Reyt, Françoise. "Influence de la température sur la liaison calcium-protéine." Bordeaux 2, 1997. http://www.theses.fr/1997BOR2P017.
Full text
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Guigou, Ludovic. "L'arginyl-ARNt synthétase de mammifère : rôle des interactions protéine-protéine et protéine-ARN sur son activité." Paris 11, 2005. http://www.theses.fr/2005PA112141.
Full textAbstract:
Les aminoacyl-ARNt synthétases (aaRSs) catalysent la liaison entre un ARNt et son acide aminé correspondant. Chez trois aaRSs, l'activation de l'acide aminé ne se produit qu'en présence de l'ARNt spécifique. L'étude de ce comportement chez l'ArgRS de hamster a montré que trois points de contact avec l'ARNt sont importants dans l'étape d'activation : les bases A76, C35 et A20. Ces trois bases doivent être porte��es par un ARNt possédant à la fois une certaine rigidité (forme en "L" intacte) et une certaine flexibilité (apportée ici par des paires G-U). Nous en concluons que le déclenchement de l'activation implique un ajustement induit réciproque entre l'ARNt et l'ArgRS. Les enzymes du complexe multi-aaRSs des eucaryotes supérieurs contiennent des domaines basiques additionnels dont certains interagissent avec les ARNts. Nous montrons que la présence de ces domaines permet d'augmenter l'affinité du complexe pour les ARNts spécifiques de ses neufs enzymes uniquement. Le corps catalytique des aaRSs du complexe impose donc sa spécificité aux domaines basiques, ces derniers augmentant l'affinité entre le corps catalytique et l'ARNt. La protéine p43, une protéine du complexe multi-aaRSs liant les ARNts et interagissant avec l'ArgRS, ne joue pas le rôle de cofacteur en trans de cette enzyme. Des cristaux d'un dérivé de la protéine p43 ont été obtenus et la structure résolue par remplacement moléculaire. Les résidus N-terminaux impliqués dans la fixation de l'ARNt sont invisibles dans la carte de densité électronique. Une mise au point des conditions de préparation du complexe multi-aaRS en vue d'une étude structurale par microscopie électronique et cristallographie a été réaliséeEach aminoacyl-tRNA synthetase catalyze the esterification of its cognate amino acid to the 3'-end of its cognate tRNA(s). Some aminoacyl-tRNA synthetases (aaRSs) catalyze the amino acid activation step only in the presence of a cognate tRNA. This behaviour has been studied in Arginyl-tRNA synthetase (ArgRS) from hamster. Our results show that three contact points with the tRNA molecule are important in the activation step : bases A76, A20 and C35. These three bases must be presented by a tRNA possessing both rigidity (intact " L " shape) and flexibility (provided by G-U base-pairs). We conclude that the triggering of the activation step in ArgRS implies an induced-fit mechanism. Enzymes from the multi-aaRSs complex found in higher eukaryotes display additional basic domains, some of them interacting with tRNAs. We show that these domains increase the affinity of the enzymes of the complex for their specific tRNAs only. Thus, the catalytic body of each enzyme determines its specificity, while the additionnal basic domains increase the affinity of the enzymes for their specific tRNA(s). The p43 protein, a component of the complex able to interact with tRNAs and ArgRS, does not affect the catalytic parameters of this enzyme. Crystals of a short form of the p43 protein have been obtained and the structure has been solved by molecular replacement, but the N-terminal residues, that are responsible for the interaction with tRNAs, are not visible. Conditions for the isolation of the multi-aaRSs complex have been refined in order to carry out a structural study using cryo-electron microscopy and crystallography
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Leroux, Clémentine. "Etude de la protéine de liaison à l’ARN LIF2, partenaire de la protéine chromatinienne LHP1, chez Arabidopsis thaliana." Thesis, Paris 11, 2013. http://www.theses.fr/2013PA112013.
Full textAbstract:
La dynamique chromatinienne joue un rôle central dans les contrôles développementaux, la différenciation cellulaire ou les réponses des organismes à l’environnement. Chez les animaux, les protéines du groupe Polycomb sont impliquées dans l’établissement d’états chromatiniens silencieux. Chez les plantes, des données récentes suggèrent que la protéine LIKE HETEROCHROMATIN PROTEIN 1 (LHP1) participerait à un complexe de type Polycomb. Nous nous sommes intéressés aux complexes LHP1 en étudiant un de ses partenaires, LHP1 INTERACTING FACTOR 2 (LIF2). L’objectif de ce travail de thèse a été de poursuivre la caractérisation de LIF2. LIF2 se caractérise par la présence de domaines de liaison à l’ARN, suggérant la participation d’une composante ARN dans les complexes LHP1. Nous avons recherché des ARN ligands de LIF2 et étudié les interactions LIF2/ARN par différentes approches dont la technologie Biacore. En analysant le transcriptome du mutant lif2, nous avons remarqué un enrichissement pour des gènes impliqués dans la réponse aux stress biotiques et abiotiques. Nous avons étudié la fonction de LIF2 dans la réponse aux pathogènes et avons pu mettre en évidence que LIF2 joue un rôle dans l’immunité innée des plantes et est essentiel pour réguler négativement les réactions de défenses en l’absence de pathogènesChromatin dynamics play a central role in developmental control, cell differentiation or responses of the organisms to environment. In animals, Polycomb group proteins are involved in the establishment of silent chromatin states. In plants, recent data suggest that LIKE HETEROCHROMATIN PROTEIN 1 (LHP1) participates to a Polycomb-like complex. We focused on LHP1 complexes by studying one of its partners, LHP1 INTERACTING FACTOR 2 (LIF2). The aim of this thesis was to pursue the characterization of LIF2. LIF2 is composed of RNA-binding domains, suggesting the participation of an RNA component in LHP1 complexes. We have searched for LIF2 RNA-ligands and studied LIF2/RNA interactions with different approaches including Biacore technology. By analyzing the transcriptome profile of lif2, we have noticed an enrichment for genes involved in responses to abiotic and biotic stresses stimuli. We investigated the LIF2 functions in response to pathogens infection and we have been able to highlight that LIF2 plays a role in plant innate immunity and is essential to negatively regulate defense responses in the absence of pathogens
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Boulanger, Gaëlla. "Rôles de la protéine de liaison aux ARN, CELF1, dans les fonctions testiculaires." Rennes 1, 2012. http://www.theses.fr/2012REN1S057.
Full textAbstract:
La CELF1 est une protéine de liaison aux ARNm ubiquitaire et multifonctionnelle, intervenant dans les régulations post-transcriptionnelles de l'expression génétique. Les souris mâles dont le gène Celf1 a été invalidé (Celf1⁻/⁻) présentent une hypofertilité associée à des défauts de la spermiogenèse, l'élongation des cellules post-méiotiques. Nous montrons ici que ces défauts apparaissent dès la première vague de la spermatogenèse chez l'animal prépubère, et sont associés à un retard du développement des souris Celf1⁻/⁻. Chez l'adulte, les mâles présentent une chute de la testostéronémie. L'élongation des spermatides rondes étant fortement dépendante de la testostérone, nous avons supposé que les défauts de spermiogenèse étaient dus à cette hypotestostéronémie. Nous avons pu valider cette hypothèse par une supplémentation en testostérone des souris Celf1⁻/⁻. Nous avons montré que l'hypotestostéronémie des souris (Celf1⁻/⁻) est associée à une surexpression du gène Cyp19al, codant pour l'aromatase, un enzyme qui convertit les androgènes en oestrogènes. Or la CELF1 interagit in vitro avec l'ARNm chez la souris sauvage. Ces données indiquent que la CELF1 réprime l'expression de l'aromatase en déstabilisant son ARNm chez la souris sauvage, et que l'hypotestostéronémie observée chez les souris Celf1⁻/⁻ est due au moins en partie à une perte de cette répression. L'aromatase étant fortement exprimée dans les cellules de Leydig, nous avons supposé que cette dérégulation a lieu principalement dans ces cellules. Nous avons donc réalisé une inactivation conditionnelle de Celf1 dans les cellules de Leydig pour le confirmerCELF1 is an ubiquitous and multifunctional RNA-binding protein, involved in the epost-transcriptional regulations of the genetic expression. Male mice that are inactivated for the Celf1 gene (Celf1⁻/⁻) display a hypofertility associated with defects of the spermiogenesis, the elongation of post-meiotic cells. We show here that these defects appear from the first wave of the spermatogenesis in the prepubescent animal, and are associated to a delay of the development of Celf1⁻/⁻ mice. At the adult, males present a decreased testosterone level. The elongation of the round spermatid being strongly dependent on the testosterone, we supposed that the defects of spermiogenesis are due to this hypotestosteronemia. We validated this hypothesis by a supplementation in testosterone of Celf1⁻/⁻ mice. We showed that the decreased testosterone level of Celf1⁻/⁻ mice is associated with an overexpression of the Cyp19al gene, encoding for the aromatase, an enzyme that converted androgens into estrogens. CELF1 interacts in vivo with the Cypl19al mRNA. These data indicate that CELF1 represses the expression of the aromatase by destabilizing its mRNA to the wild-type mice, and that the hypotestosteronemia in Celf1⁻/⁻ mice is due at least in part to a loss of this repression. The aromatase being strongly expressed in the Leydig cells, we supposed that this deregulation takes place mainly in these cells. We thus generated a conditional inactivation of Celf1⁻/⁻ in the Leydig cells to confirm it
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Pesenti, Marion. "Etudes fonctionnelles et structurales d'ASP1, une protéine de liaison des phéromones chez l'abeille." Aix-Marseille 1, 2009. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/2009AIX11003.pdf.
Full textAbstract:
Dans les sociétés d’abeilles domestiques (Apis mellifera), la reine contrôle le développement et la caste des membres de la ruche. La reine secrète pour cela un mélange phéromonal de minimum dix composés, pour la plupart hydrophobes. Ces composés agissent sur les ouvrières et les bourdons entraînant un large spectre de réponses sociales et sexuelles. Certains de ces composés sont capturés dans la lymphe antennaire et transportés vers le récepteur par plusieurs protéines liant les phéromones (PBP), et entraînent, après une cascades d’évènement moléculaires, la transduction du signal au niveau de la membrane des axones. Nous avons déterminé les structures de la principale PBP antennaire identifiée chez les ouvrières et les bourdons (ASP1) sans ligand, en complexe avec le composé principal du mélange phéromonal mandibulaire de la reine, ainsi qu’avec des composés non phéromonaux, à différents pH. À pH acide, la structure est monomérique, et l’existence et la forme de son site de liaison dépendent de la conformation de l’extrémité C-terminale, ce qui implique l’interaction de deux facteurs : la présence d’un ligand et un pH bas. Au contraire, la structure d’ASP1 à pH 7. 0 est un dimère présentant un échange de domaine avec un ou deux ligands par monomère. Cette dimérisation est contrôlée par la nature d’un seul résidu, Asp35, car les structures des mutants Asn et Ala restent monomérique à pH 7. 0, identiques à la protéine native à pH acide. Asp35 n’est conservé que dans environ 30% des PBPs à chaîne moyenne, et est remplacé par d’autres résidus comme Asn, Ala ou Ser, excluant la possibilité de dimérisation avec échange de domaine. Par conséquent, ces différentes PBPs à chaîne moyenne, tout comme les PBPs de noctuelles, exhibent différents mécanismes de relargage du ligand et de reconnaissance du récepteurIn honey bee (Apis mellifera) societies, the queen controls the development and the caste status of the hive members. The queen bee secretes a pheromonal blends comprising ten or more components, mainly hydrophobic. These components act on the workers and male, eliciting a large range of social or sexual responses. Some of them are captured in the antennal lymph and transported to the receptor by the means of pheromone binding proteins (PBP), and elicit, after a cascade of molecular events, signal transduction at the axon membrane level. We have determined the structures of the main antennal PBP identified in workers and male honey bees (ASP1) without ligand, in complex with the main component of the queen mandibular blend, and with non pheromonal components at different pH. At acidic pH, the structure is a monomer, where the binding site integrity depends on the C-terminus conformation and the interplay of two factors: the ligand and pH. Contrary to the ASP1 structure at low pH, ASP1 structure crystallized at pH 7. 0 is a domainswapped dimer with one or two ligands per monomer. This dimerization depends on the nature of a unique residue, Asp 35, since Asn or Ala mutants remain monomeric at pH 7. 0, as does native ASP1 at pH 4. 0. Asp35, however, is conserved in only ~30% of medium chains PBPs, and is replaced by other residues such as Asn, Ala or Ser (and others), excluding thus that they may perform domain swapping. Therefore, these different medium-chains PBPs, as well as PBPs from moths, very likely exhibit different mechanisms of ligand release and receptor recognition
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David, Marie-Hélène. "Etude du domaine de liaison à l'ADN de la protéine c-ABL humaine." Lille 1, 1998. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/1998/50376-1998-319.pdf.
Full textAbstract:
La proteine c-abl humaine est une proteine tyrosine kinase de la famille de c-src dont elle differe par la presence d'un large domaine c-terminal contenant entre autre un domaine d'interaction a l'adn. Le gene c-abl est implique dans la translocation t(9 ; 22) responsable de certaines leucemies (lmc, lal). La proteine hybride bcr-abl issue de la translocation est caracterisee par une augmentation constitutive de l'activite tyrosine kinase et une perte de la capacite de liaison a l'adn portees par la partie abl. En plus d'un role important dans la transduction du signal et la structure du cytosquelette, la proteine c-abl est impliquee dans de nombreux processus biologiques tels que le controle du cycle cellulaire, la transcription, la reparation de l'adn et l'apoptose. Lors de cette etude, nous nous sommes interesses a determiner la sequence cible de liaison a l'adn de la proteine c-abl humaineL'element ep present au sein de l'enhancer du virus de l'hepatite b avait ete identifie comme etant cette sequence cible. Nous avons tout d'abord montre que la sequence consensus de liaison a l'adn de c-abl ne correspondait pas a l'element ep, mais que celui-ci etait par contre reconnu par la proteine c-myb. De plus, la proteine c-myb active la transcription a partir de l'enhancer hbv par fixation sur ep et en cooperation avec la proteine nf-m interagissant sur l'element e de l'enhancer hbv. Nous avons montre que la proteine c-abl reconnaissait la sequence consensus a#a/#caacaa#a/#c mais aussi des structures tordues de l'adn a la maniere des proteines de la famille hmg. Toutefois, le domaine de liaison a l'adn de c-abl n'est pas capable de tordre sa sequence cible, contrairement aux proteines hmg, mais semble etre capable de separer les deux brins de la double helice. Ces differentes proprietes suggerent un role du domaine de liaison a l'adn de la proteine c-abl dans les mecanismes impliquant la formation de structure de l'adn, tels que la reparation et la replication de l'adn, ainsi que dans la transcription
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Fraser, Benoit. "Liaison de la protéine spermatique bovine Spam-1 à la zone pellucide de l'ovule." Thesis, Université Laval, 2013. http://www.theses.ulaval.ca/2013/28675/28675.pdf.
Full textAbstract:
La protéine Spam-1, qui est présente à la surface des spermatozoïdes, faciliterait le passage des gamètes mâles à travers le cumulus, en coupant les liens d’acide hyaluronique présents entre les cellules, et serait impliquée dans le processus de liaison secondaire des spermatozoïdes à la zone pellucide de l’ovule. Le but de cette étude, par la construction de protéines recombinantes fluorescentes contenant la séquence des différents domaines fonctionnels de Spam-1, est de démontrer que la protéine spermatique bovine Spam-1 se lie directement à la zone pellucide de l’ovule et de clairement démontrer que c’est la partie C-terminale de la protéine qui est impliquée. Les résultats obtenus dans le présent mémoire permettront de déterminer l’importance de Spam-1 dans la liaison du spermatozoïde à l’ovule au moment de la fécondation et ainsi de mieux caractériser les mécanismes d’interaction sperme/ovule.Spam-1 is a sperm surface protein that would help the spermatozoa going through the cumulus, disrupting the hyaluronan around the egg. It would also have a role to play in the secondary binding of the spermatozoa to the zona pellucida of the oocyte. The aim of the present study, by the construction of various fluorescent recombinant proteins containing the sequences of the different domains of Spam-1, is to clearly demonstrate that bovine spermatic Spam-1 protein is directly implicated in the secondary binding of the spermatozoa to the zona pellucida and to show that the C-terminal domain is implicated. The results of this study are going to determine the importance of Spam-1 in the spermatozoa binding to the zona pellucida and in getting a better understanding of the mechanisms surrounding the interactions between spermatozoa and oocyte.
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Drapeau, Karine. "Caractérisation biochimique et cellulaire de la protéine FANCD2, une protéine mutée dans l'anémie de fanconi." Thesis, Université Laval, 2012. http://www.theses.ulaval.ca/2012/29163/29163.pdf.
Full text
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Giraud, Pierre. "Caractérisation des méthodes de liaison de la protéine ribosomique S à la sous-unité 30S du ribosome d'Escherichia coli par Résonance Magnétique Nucléaire." Paris 6, 2010. http://www.theses.fr/2010PA066128.
Full textAbstract:
La protéine S1, la plus grande des protéines du ribosome d’Escherichia coli, est une protéine modulaire composée de six répétitions d’un domaine conservé. Son rôle essentiel dans la cellule, notamment pendant le démarrage de la traduction, est de permettre la reconnaissance, par le ribosome, du site d’initiation de la traduction des ARNm dont la séquence Shine-Dalgarno est dégénérée ou absente. S1 est également présente dans d’autres complexes, notamment dans la réplicase du phage Q. Il a été montré que la région d’interaction de la protéine S1 avec la polymérase de la réplicase était portée par les deux premiers domaines de la protéine, tout comme pour l’interaction avec la sous-unité 30S. Cependant, si les fonctions de S1 sont bien connues, son mécanisme d’action demeure incertain. Notre objectif est donc d’étudier, par Résonance Magnétique Nucléaire à très haut champ, les bases moléculaires de l’interaction de la protéine S1 avec la sous-unité 30S. J’ai attribué les fréquences de résonance du squelette peptidique des domaines impliqués dans la liaison de S1 sur la sous-unité 30S, d’abord sur un fragment composé de ces deux domaines, puis sur la protéine S1 entière. J’ai également transposé les attributions des quatre derniers domaines de S1, obtenus à partir de fragments isolés, sur la protéine entière. Cela m’a permis de mettre en évidence des comportements différents pour les deux domaines responsables de l’interaction. Combinées aux informations obtenues au laboratoire sur l’organisation des domaines de la protéine S1 liant l’ARN messager, ces données permettent d’établir des hypothèses sur l’organisation de la protéine au sein de la sous-unité 30S du ribosome
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Bédard, Mikael. "Caractérisation du domaine de liaison à l'ARN de p54nrb." Thesis, Université Laval, 2011. http://www.theses.ulaval.ca/2011/28423/28423.pdf.
Full text
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Guay, David. "Études sur les fonctions de la protéine YB-1 dans le mécanisme de résistance à la cisplatine." Doctoral thesis, Université Laval, 2008. http://hdl.handle.net/20.500.11794/20467.
Full textAbstract:
YB-l est une protéine multifonctionnelle exprimée majoritairement au cytoplasme qui régule de façon globale la traduction. YB-l est également exprimée au noyau et agit comme facteur de transcription liant les séquences promotrices CCAA T inversées. De plus, YB-l participe à l'épissage alternatif et est impliquée dans la réparation de l'ADN. Il existe une corrélation entre l'expression nucléaire de YB-I dans les cellules tumorales et la résistance à la cisplatine, un composé largement utilisé en chimiothérapie. De plus, la déplétion de YB-I par un ARN antisens sensibilise les cellules à la cisplatine. In vitro, YB- 1 lie préférentiellement l'ADN contenant un pontage causé par la cisplatine et possède une activité exonucléase 3' -5'. Malgré ces nombreuses associations, le mécanisme par lequel YB-l confère la résistance à la cisplatine demeure toujours inexpliqué. Cette thèse contient les travaux entrepris dans le but de caractériser les fonctions de la protéine YB-I dans le mécanisme de résistance à la cisplatine. Nous avons démontré in vitro que la protéine YB-I purifiée avait la capacité de séparer préférentiellement différents duplex d'ADN contenant un pontage à la cisplatine ou un mésappariement et qu'elle possédait une activité endonucléase. Par chromatographie d'affinité, les protéines de la réparation MSH2, WRN, Ku80 et la polymérase 8 ont été co-purifiées avec YB-I. L'étude approfondie de l'interaction entre les protéines YB-I et WRN, protéine responsable du syndrome de vieillissement prématuré appelé Werner, a permis d'identifier la formation d'un complexe entre les protéines YB-l, p53 et WRN dans des foyers nucléaires dt:1 cellules exposées aux rayons ultraviolets. Ensuite, la caractérisation de l'interaction entre YB-I et hNTHI, une ADN glycosylase/ AP lyase impliquée dans l'initiation de la voie de réparation par excision de base, a démontré que YB-l se liait au domaine N-terminal auto-inhibiteur de hNTHI augmentant ainsi son activité in vitro. De plus, la déplétion de -hNTHI sensibilise spécifiquement les cellules à la cisplatine et aux rayons ultraviolets, même chez les cellules surexprimant YB-l. Finalement, nous avons déterminé que les activités de séparation des brins d'ADN, d'endonucléase et d'épissage alternatif ne sont pas essentielles à YB-I pour conférer une résistance à la cisplatine. Par contre, le changement global du profil d'expression des ARNm accompagnant la surexpression de YB-I et de sa forme tronquée dans des cellules de cancers du sein peut être associé à la résistance à la cisplatine observée.
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Le, Tonquèze Olivier. "Identification des cibles de la protéine de liaison aux ARN CUGBP1, par séquençage massivement parallèle." Rennes 1, 2010. http://www.theses.fr/2010REN1S024.
Full textAbstract:
CUGBP1 est une protéine de liaison aux ARN impliquée dans le contrôle de l'épissage alternatif, la stabilité et la traduction des ARNm. Des situations de sur ou sous-expression de la CUGBP1 peuvent induire des conditions pathologiques liées à ses fonctions. Pour comprendre le rôle biologique et élucider le mode d’action de la CUGBP1, il est important d’identifier le répertoire global de ses cibles. A cette fin, nous avons donc développé deux approches. Une approche bioinformatique à permis d’identifier l’ARNm codant pour la tetraspanine CD9, comme une nouvelle cible régulée par la CUGBP1. La deuxième approche, basée sur le séquençage massivement parallèle des ARN co-immunoprécipités avec la CUGBP1, nous a permis d’identifier l’ensemble de ses cibles in vivo. A terme ces résultats nous permettront à la fois d’identifier les conséquences de la fixation de la CUGBP1 sur chacun de ces ARN et d’affiner le motif de fixation de la CUGBP1 qui pourra être ensuite utilisé pour la recherche des cibles dans d’autres types cellulairesThe RNA binding protein CUGBP1 is involved in regulation of alternative splicing, mRNA stability and translation. These functions appear conserved across evolution and may lead to pathological conditions in situations of CUGBP1 gain or loss of function. In order to determine the real extent of the regulations by CUGBP1 we realised two different studies aimed at identifying the targets for CUGBP1. First, based on an in silico approaches, we identify the mRNA encoding the protein CD9 as a direct target for CUGBP1-mediated regulation. In the second study I developed a Cross-link ImmunoPrecipitation procedure for CUGBP1 in human cells and identified the in vivo binding sites and targets by SOLiD deep sequencing. The in vivo binding sites identified allow us to present a genome wide landscape of CUGBP1 binding targets. These targets are potentially dis-regulated in loss of function for CUGBP1. The binding sites identified should allow us to refine the prediction algorithms for CUGBP1 binding sites thereby permitting the identification of the CUGBP1 target in any cellular context. This approach may prove especially useful in conditions where CUGBP1 is either misexpressed or mislocalized
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Godefroy, Sylvie. "Immunisation transcutanée : évaluation de l'efficacité de kpOmpA (protéine de la membrane externe de Klebsiella pneumoniae), une nouvelle protéine porteuse." Lyon 1, 2002. http://www.theses.fr/2002LYO10173.
Full textAbstract:
En constante évolution, la vaccination s'oriente vers des voies d'administration simplifiées et des molécules vaccinales plus élaborées qui nécessitent l'utilisation de protéines porteuse et/ou d'ajuvants. La peau compte tenu de son accessibliité et de son potentiel immunologique caractérisé par la présence de cellules présentatrice d'antigènes (CPA), les cellules de Langerhans (CL), suscite un intérêt particulier. La pertinence de l'immunisation transcutanée (ITC) utilisant une nouvelle protéine porteuse, kpOmpA, protéine de type A de la membrane externe de Klebsiella pneumoniae, a été évaluée. En se fixant sur les CL fraîchement extraites d'épiderme humain, KpOmpA les active, induisant l'augmentation de l'expression des molécules HLA-DR et CD86, l'expression de CCR7, récepteur de la chimiokine MIP-3β/CCL19, la capacité de migrer en réponse à MIP-3β, et potentialisant leur capacité à induire une réponse T allogénique. Les CL sont capables de reconnaître la protéine porteuse kpOmpA. KpOmpa co-appliqué avec un gel favorisant la pénétration cutanée induit des modifications morphologiques et phénotypiques des CL ex vivo chez l'homme et in vivo chez la souris chez laquelle elle génère une réponse immune humorale et cellulaire de type Th1/Th2. La capacité de protéine porteuse et/ou d'adjuvant de kpOmpA pour deux antigènes issus de la protéine G du virus respiratoire syncytial (VRS), G2Na et G5, n'a pu être démontrée dans les conditions expérimentales utilisées. Toutefois, l'ITC utilisant G2Na en co-administration avec la toxine cholérique (CT) comme adjuvant, induit une réponse immune humorale et cellulaire de type Th2 contre l'antigène et l'adjuvant. Cette réponse s'avère de surcroît être capable de protéger les tissus pulmonaires et de réduire la charge virale dans les voies nasales suite à une infection par VRS. Ceci démontre pour la première fois que l'ITC anti-VRS est possible et efficace. L'ITC offre un potentiel prometteur pour une nouvelle stratégie de vaccination, simple et économique
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Da, Silva Franck. "Cartographie des interfaces protéine-protéine et recherche de cavités droguables." Thesis, Strasbourg, 2016. http://www.theses.fr/2016STRAF034/document.
Full textAbstract:
Les interfaces protéine-protéine sont au cœur de nombreux mécanismes physiologiques du vivant. Les caractériser au niveau moléculaire est un donc enjeu crucial pour la recherche de nouveaux candidat-médicaments. Nous proposons ici de nouvelles méthodes d’analyse des interfaces protéine-protéine à visée pharmaceutique. Notre protocole automatisé détecte les interfaces au sein des structures de la Protein Data Bank afin de définir les zones d’interactions à potentiel pharmacologique, les cavités droguables, les ligands présents à l’interface ainsi que les pharmacophores directement déduits à partir des cavités. Notre méthode permet de réaliser un état de l’art des informations disponibles autour des interfaces protéine-protéine ainsi que de prédire de nouvelles cibles potentielles pour des molécules candidats médicamentsProtein-protein interfaces are involved in many physiological mechanisms of living cells. Their characterization at the molecular level is therefore crucial in drug discovery.We propose here new methods for the analysis protein-protein interfaces of pharmaceutical interest. Our automated protocol detects the biologicaly relevant interfaces within the Protein Data Bank structures, droguables cavities, ligands present at the interface and pharmacophores derived directly from the cavities. Our method enables a state-of- the-art of all available structural information about protein-protein interfaces and predicts potential new targets for drug candidates
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Vautier, François. "Etude in vivo du gène ZO-2 codant pour une protéine de jonction serrée." Bordeaux 2, 1999. http://www.theses.fr/1999BOR28677.
Full text
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Mignotte, Bernard. "Étude de protéines et de séquences DNA impliquées dans la réplication du génome mitochondrial chez Xenopus laevis." Paris 11, 1987. http://www.theses.fr/1987PA112163.
Full textAbstract:
Chez les vertébrés, la seule longue région non-codante du DNA mitochondrial porte l'origine de réplication du brin H et, en aval de celle-ci, des sites où l'élongation est susceptible de s'arrêter. La présence de ces signaux conduit à l'existence de formes réplicatives relativement stables : les D-loops. Les propriétés de cette région suggèrent qu'elle intervient, par l'intermédiaire d'interactions protéine-DNA, dans le contrôle de la réplication et de la transcription. Cette thèse est une contribution à l'étude des séquences de DNA et des protéines impliquées dans ces interactions. La comparaison entre espèces des séquences de cette région non-codante fait apparaître une variabilité d'ensemble et des propriétés physiques conservées localement. Ces dernières pourraient constituer des signaux de reconnaissance pour des protéines spécifiques. Une démarche indépendante permet d'isoler des mitochondries les protéines affines du DNA. Des protéines montrant une affinité particulière pour les séquences de la région non-codante ont bien été mises en évidence. Parmi les autres protéines mitochondriales affines du DNA, nous en avons purifié et étudié deux. L'une, appelée mtDBP C, s'associe préférentiellement aux molécules surenroulées quelle que soit leur séquence. En présence de topoisomérase I, elle introduit des supertours dans une molécule de DNA plane et inhibe le relâchement du surenroulement négatif. Elle serait un composant structural du nucléoïde mitochondrial. L'autre protéine, appelée mtSSB, est associée au simple-brin déplacé des D-loops. Elle se lie préférentiellement et coopérative ment au DNA simple-brin. Son affinité est plus grande pour les polynucléotides riches en pyrimidines. Sa composition en acide aminés et ses propriétés suggèrent qu'elle est similaire aux protéines SSB décrites chez les procaryotes. Elle peut stimuler l'activité de la DNA polymérase gamma. Cette protéine aurait deux fonctions contribution à l'élongation du brin de DNA néosynthétisé et stabilisation des structures D-loops.
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Boe͏̈, Florence. "Expression hétérologue et test d'activité de la protéine Rev du virus HIV-1." Toulouse, INSA, 1995. http://www.theses.fr/1995ISAT0040.
Full textAbstract:
La proteine rev est un transactivateur nucleaire necessaire a la replication virale et a l'expression des proteines de structure du virus hiv-1. En effet, rev conditionne le passage de la phase precoce a la phase tardive de l'infection. Ce role decisif de la proteine rev dans le cycle viral, nous a incite a entreprendre la mise en place d'un systeme in vitro, dans la levure, permettant le criblage d'inhibiteurs potentiels de l'activite de la proteine rev. Le test repose sur l'interaction de la proteine rev avec l'arn cible, le rre (rev response element), dont la sequence codante est presente dans le gene env. Nous avons voulu ainsi mimer l'effet de rev sur l'epissage des arn, en presence d'un arnt suppresseur de levure comportant le rre dans sa partie intronique. En absence de proteine rev, le suppresseur phenylalanine est episse et est capable de supprimer une mutation ambre presente dans la sequence d'une proteine, l'-galactosidase. La suppression de la mutation ambre entraine une traduction correcte de la proteine presentant une activite enzymatique visualisable sur boite par coloration bleue des colonies en presence d'-xgal et facilement dosable. Lorsque la proteine rev est exprimee, elle interagit avec le rre et inhibe l'epissage de l'arnt. Ce dernier demeurant inactif, la traduction des arnm de la proteine -galactosidase conduira a une proteine tronquee sans activite enzymatique
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Braun, Nils. "Caractérisation fonctionnelle de la protéine de liaison d'auxine ABP1 au cours du développement chez Arabidopsis thaliana." Paris 11, 2006. http://www.theses.fr/2006PA112333.
Full textAbstract:
Dans le but d’étudier le rôle de la protéine ABP1, impliquée dans la perception de l’auxine, nous avons décidé de générer des mutants conditionnels pour cette protéine. Nous avons utilisé une approche d’immunisation cellulaire, consistant à exprimer un scFv capable d’interagir de manière antagoniste avec la protéine. Cette approche avait été auparavant validée chez les cellules de tabac BY2. L’expression du scFv et d’un ARN antisens d’ABP1 ont été placées sous le contrôle d’un promoteur inductible à l’éthanol chez Arabidopsis thaliana. Nous avons montré que l’inactivation d’ABP1, générait des phénotypes sévères. Il a été mis en évidence un rôle de la protéine dans le contrôle du gravitropisme, du phototropisme, de la croissance des parties aériennes, des racines primaires et latérales ainsi que de la fertilité. L’étude comparée des phénotypes avec de nombreux mutants, ainsi que des expériences de suivi de l’expression de gènes de réponses à l’auxine, ont permis d’identifier des modifications de l’expression de certains gènes clefs. Il a ainsi pu être montré un lien fort entre l’activité de la protéine ABP1 et l’accumulation de certains transcrits de gènes de réponses à l’auxine. Il a été mis en évidence une modification du déroulement du cycle cellulaire. Celles-ci ont été confirmées par le dosage des transcrits de nombreux gènes impliqués dans le contrôle du cycle cellulaire. Ces observations confirment qu’ABP1 joue un rôle clef à tous les stades de développement de la plante. Les lignées de mutants conditionnels ainsi générés, représentent une ressource unique pour mieux comprendre la fonction de la protéine dans les voies de signalisation par l’auxineIn order to study the part played by ABP1 protein during plant development, conditional mutants have been generated. A cellular immunization approach was chosen. It consists in expressing a scFv (a kind of mini antibody) directed against the protein with an antagonist action. Some results had already been achived in the lab through this method, showing that BY2 cells expressing this scFv are not able to perform cell cycle anymore. The scFv expression and an antisens RNA for ABP1 have been placed under the control of an ethanol inducible promoter in Arabidopsis thaliana. Several independant lines have been generated for each construction and show the same phenotype. Whenever the scFv or antisens are expressed it causes severe growth defect in the plant and leads to alteration of gravitropism, phototropism, primary root growth, lateral root formation, aerial organs growth and sterility. Comparison of those phenotypes with already known auxin mutants and apparition kinetics of auxin induced genes expression in those plants have led to the identification of modifications in key auxin-related genes expression. A strong link has also been demonstrated between ABP1 and cell cycle in root tip, lateral root primordia and aerial organs. This link has been confirmed by cell cycle-related transcript quantification. Those results highlight the strong link between ABP1, cell cycle control and plant development. The conditional mutant lines for ABP1 thus generated are a unique material for a better understanding of ABP1’s role in auxin signaling in plant
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Bruckert, Hélène. "Caractérisation d'Hrp48, une protéine de liaison aux ARNs, lors de la morphogenèse axonale chez la drosophile." Nice, 2012. http://www.theses.fr/2012NICE4063.
Full textAbstract:
Des études récentes ont montré que le contrôle post-transcriptionnel des ARNms joue un rôle essentiel sur la croissance et le guidage axonal, processus permettant la mise en place de circuits neuronaux. Afin d’étudier ce type de régulation in vivo, mon projet de thèse visait à caractériser Hrp48, une protéine de liaison aux ARNs appartenant à la famille conservée des hnRNPA/B. J’ai montré que l’inactivation d’hrp48 entraîne des défauts de croissance axonale comme des neurones projetant leurs axones dans une mauvaise direction ou au-delà de leur cible classique, défauts remarquablement plus forts chez les femelles que chez les mâles. Mes travaux ont révélé que la protéine femelle-spécifique Sex-léthal s’accumule ectopiquement dans le noyau des cellules mutantes hrp48, ce qui pourrait être à l’origine des défauts sexe-spécifiques de migration axonale observés. En parallèle, j’ai montré que l’inactivation de sema-1a, une cible ARNm putative d’Hrp48, provoque des défauts proches des mutants hrp48, et qu’hrp48 et sema-1a interagissent génétiquement. Par ailleurs, le niveau général d’ARNm sema-1a est plus faible chez les femelles que chez les mâles. Ces résultats suggèrent donc qu’une dérégulation de sema-1a pourrait induire les défauts sexe-spécifiques de croissance axonale observés en contexte mutant hrp48. Ce travail a permis de proposer un modèle préliminaire de régulation post-transcriptionnelle par une protéine de liaison aux ARNs de la famille hnRNPA/B in vivo et a mis en évidence des différences cryptiques entre les femelles et les mâles. Il s’inscrit dans le cadre d’études récentes révélant des différences sexe-spécifiques dans le contrôle de l’expression des gènesRecent studies have shown that post-transcriptional regulatory mechanisms play essential roles in axon growth and guidance, processes involved in the establishment of neuronal circuits during development. To study these mechanisms in vivo, my project aimed at characterizing the role of the RNA-binding protein Hrp48, which belongs to the conserved hnRNP A/B family. I showed that inactivating hrp48 function leads to strong and specific axon migration defects, including axon misguidance and overextension. Notably, I have observed that the frequency of hrp48 mutant phenotypes is much higher in females than in males. Moreover, I showed that the female-specific Sex-lethal protein ectopically accumulates in the nucleus of mutant cells. This abnormal nuclear accumulation could explain the sex-specific defects observed in axonal migration. In parallel, I could show that inactivation of sema-1α, an Hrp48 putative mRNA target, causes defects similar to those observed in hrp48 mutants, and that hrp48 and sema-1 α genetically interact. Moreover, the overall levels of sema-1 α transcripts are much lower in females than in males. These results suggest that sema-1 α misregulation may induce the sex-specific defects in axonal growth observe upon hrp48 downregulation. Tis work has allowed us to propose a preliminary in vivo model for a post-transcriptional regulatory mechanism controlled by a member of the hnRNP A/B family. Furthermore, it has revealed cryptic differences between females and males in the context of recent studies revealing sex-specific differences in the control of gene expression
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Roblin, Sylvie. "Isolement et caractérisation d'une protéine de liaison cytosoluble intervenant dans la régulation des stéroïdes sulfatases membranaires." Besançon, 1988. http://www.theses.fr/1988BESA2029.
Full text
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Cibois, Marie. "Étude du rôle de la protéine de liaison aux ARN CUGBP1 dans le développement des vertébrés." Rennes 1, 2009. http://www.theses.fr/2009REN1S081.
Full textAbstract:
Les régulations post-transcriptionnelles sont indispensables au contrôle de l’expression génique. Les protéines de liaison aux ARNm font parties des acteurs des ces régulations. Au laboratoire, nous nous intéressons à la protéine CUGBP1, connue pour son rôle dans la régulation de la stabilité des ARNm et de l'épissage alternatif. L'inactivation du gène /Cugbp1/ chez la souris a montré son implication dans la spermatogenèse. Chez les souris /Cugbp1/-/- la spermatogenèse s'arrête, et les souris sont stériles. Nous avons pu montré que ces souris produisent moins de testostérone que les souris sauvages. Nous ne connaissons pas les causes moléculaires de cette chute qui pourrait expliquer cette stérilité. Chez l'amphibien xénope, une inhibition de la CUGBP1 provoque des défauts de segmentation somitique. Ce processus repose sur l'oscillation de l'expression de certains gènes, "l'horloge", et sur des gradients de signalisation permettant la définition d'un front de détermination au-delà duquel les oscillations s'arrêtent et les frontières se forment. Nous avons élaboré un outil permettant d'inhiber spécifiquement l'interaction de la CUGBP1 avec l'ARNm de Su(H), indispensable à la signalisation Notch. Cette inhibition conduit à une surexpression de Su(H) et à une absence de segmentation, la répression de l'ARNm Su(H) par la CUGBP1 est donc nécessaire à la segmentation somitique. Dans un second temps, nous avons étudié les conséquences de la "dé-répression" de Su(H). Impliquée jusqu'alors dans les oscillation de gènes nous avons montré que la voie Notch est également responsable du "couplage" des voies FGF et acide rétinoïque qui permet le bon positionnement du front. Ce rôle pourrait être conservé chez tous les vertébrésPost-transcriptional controls of gene expression play key roles in cell life. These controls require RNA-binding proteins such as CUG-BP1 which is involved in the regulation of alternative splicing and mRNA stability. To elucidate the role of CUG-BP1 in mammalian development, mice inactivated for this/ /gene were obtained by homologous recombination. Most /Cugbp1/^-/- males exhibited impaired fertility due to a partial to total arrest of spermatogenesis. We have shown that testosterone production was strongly reduced in these males. The molecular causes for this decrease are unknown but it could explain the male sterility. In /Xenopus leavis/, inhibiting CUGBP1 function led to severe defects in somitic segmentation. Somitic segmentation relies on the oscillating expression of a subset of genes, “the clock”, and on gradients of signalling proteins that finely position the determination front. We have designed a new tool, an antisense oligonucleotide that masks the binding site of the RNA-BP CUGBP1 on Su(H), a CUG-BP1 mRNA target that encodes a key component of the Notch signalling. This masking derepressed Su(H) mRNA and lead to Su(H) overexpression and a concomitant loss of somatic segmentation, probably due to a deregulation of Notch signalling already known to be involved in gene expression oscillations. Here we show that Notch signalling controls the crosstalk between the RA and FGF pathways, allowing the correct positioning of the front. This new role of Notch signalling in somitic segmentation could be conserved among vertebrates
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Le, Borgne Maïlys. "Étude in vivo de la fonction biologique de la protéine de liaison aux ARN Mex-3B." Thesis, Lyon 1, 2012. http://www.theses.fr/2012LYO10141.
Full textAbstract:
La protéine de liaison aux ARN MEX-3 est un régulateur essentiel du développement embryonnaire chez le nématode Caenorhabditis elegans. Une famille de quatre gènes homologues à hMex-3 (dénommés hMex-3A, 3B, 3C et 3D) a été identifiée chez les mammifères par notre équipe. Afin de mieux comprendre la fonction physiologique in vivo des protéines Mex-3, nous avons invalidé le gène Mex-3B chez la souris. Cette approche expérimentale a révélé que Mex-3B est un acteur majeur de la spermatogenèse. Les souris mâles nullizygotes présentent une obstruction des tubes séminifères conduisant à une réduction importante du nombre des spermatozoïdes produits. L’ablation de Mex-3B ciblée à la cellule de Sertoli, cellule somatique essentielle à la fonction de l’épithélium séminifère, a permis d’établir que le phénotype testiculaire a pour origine une perturbation des propriétés biologiques de cette cellule. En effet, les cellules de Sertoli déficientes pour Mex-3B présentent des défauts de la phagocytose qui conduisent à une élimination défectueuse des corps résiduels au cours de la spemiogenèse. L’exploration des mécanismes moléculaires impliqués a montré que Mex-3B contrôle la phagocytose via la régulation de l’activité et de la localisation membranaire de Rap1GAP, une protéine qui régule négativement la petite protéine G Rap1. En accord avec ces données, l’absence de Mex-3B provoque une déstabilisation de la barrière hémato-testiculaire due à un défaut de localisation à la membrane plasmique des molécules de jonction connexine 43 et N-Cadhérine, protéines dont la translocation et la stabilité dépendent de Rap1. En conclusion, mes travaux de thèse ont permis de mettre en évidence un rôle clé de Mex-3B dans le contrôle spatial de la voie de signalisation Rap1 au cours de la spermatogenèseThe RNA binding-protein MEX-3 is a post-transcriptional regulator involved in early embryogenesis of the nematode Caenorhabditis elegans. We have recently reported the characterization of a novel family of four mammalian genes homologous to hMex-3 (called hMex-3A, 3B, 3C and 3D). To gain insight into the biological functions of these proteins in vivo, we disrupted the Mex-3B gene in mice. Using this experimental approach, we found that Mex-3B is as a major regulator of spermatogenesis. We observed that male Mex-3B null mice hypofertile and present an obstruction of seminiferous epithelium. Phagocytic properties of Sertoli cells were impaired, thus impeding the clearance of residual bodies released during spermiogenesis. Exploration of the underlying molecular mechanisms revealed that Mex-3B regulates phagocytosis through the activation and the transport at the peripheral membrane of Rap1GAP, a protein that downregulates the small G protein Rap1. Consistently, the Rap1-dependent recruitment of the junction proteins, connexin 43 and N-Cadherin at the cell surface was compromised in Mex-3B deficient mice. In conclusion, my work highlights a key role gor Mex-3B in the spatial control of Rap1 signaling during spermatogenesis
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Elatmani, Habiba. "Caractérisation du rôle d'Unr, une protéine de liaison à l'ARN, dans les cellules souches embryonnaires murines." Thesis, Bordeaux 2, 2009. http://www.theses.fr/2009BOR21681/document.
Full textAbstract:
Le gène unr (upstream of N-ras) code une protéine de liaison à l’ARN, Unr, qui régule la stabilité et la traduction d’ARN messagers cibles. L’invalidation du gène unr chez la souris conduit à une létalité embryonnaire à mi-gestation (10,5 jours post-coitum, jpc). Unr est donc essentielle pour le développement de la souris. Le phénotype le plus frappant des embryons unr-/- est leur petite taille qui est déjà visible à 8,5jpc. Ce phénotype pourrait refléter un problème précoce de prolifération/différenciation au cours du développement qu’il est possible d’étudier dans les cellules souches embryonnaires (ES). Les cellules ES sont dérivées des cellules pluripotentes des embryons au stade blastocyste (3,5jpc). Les cellules ES peuvent s’auto-renouveler c’est à dire proliférer indéfiniment sous forme non différenciée ce qui correspond à leur état pluripotent ou différencier en tous les types cellulaires (lignages) adultes dérivés des feuillets primordiaux (endoderme définitif, mésoderme et ectoderme) ce que défini la pluripotence. Ces deux propriétés des cellules ES conditionnent leur devenir et définissent leur identité. Nous avons remarqué que les cellules ES unr-/- ont tendance à différencier spontanément alors qu’elles sont cultivées dans des conditions qui les maintiennent dans un état non différencié et prolifératif (état pluripotent). En routine, les cultures de cellules ES unr-/- contiennent environ 25% de cellules morphologiquement différenciées. Nos travaux montrent en effet, qu’elles différencient en endoderme primitif. Nous avons reproduit ce phénotype dans une autre lignée des cellules ES de fond génétique différent par déplétion stable d’Unr. La restauration de l’expression d’Unr dans les cellules ES unr-/- limite fortement leur engagement en différenciation. Unr contribue donc au maintient de l’état pluripotent des cellules ES en prévenant leur différenciation spontanée vers le lignage endodermique primitif (Epr). Ce tissu au cours du développement va former l’épithélium de la poche embryonnaire ou sac vitellin. Nos données préliminaires montrent que les cellules ES en absence d’Unr maintiennent tout de même leur capacité de différenciation multi-lignages (endoderme définitif, mésoderme et ectoderme) quand celle-ci est induite. Ensuite, nous nous sommes intéressés au(x) mécanisme(s) d’action d’Unr. Nous avons fait l’hypothèse qu’Unr pourrait directement agir en régulant positivement des gènes qui inhibent la différenciation des cellules ES en Epr ou en régulant négativement des gènes qui l’induisent. Nous avons identifié le gène gata6 comme cible potentielle d’Unr. Une augmentation modérée de l’expression du facteur de transcription Gata6 dans les cellules ES conduit à une autorégulation positive du gène gata6 et induit la différenciation des cellules ES en Epr. Nos données suggèrent qu’Unr pourrait directement déstabiliser les ARNms Gata6 dans les cellules ES afin de prévenir leur différenciation spontanée en Endoderme primitifUnr (upstream of N-ras) is a cytoplasmic RNA-binding protein with cold shock domains, involved in regulation of messenger RNA stability and translation. Unr is essential to mouse development since Embryos deficient for Unr die at mid-gestation. Here we report that unr knockout ES cells maintained under growth conditions that sustain self-renewal spontaneously differentiate toward the primitive endoderm (PrE) lineage. This phenotype was reproduced in another ES line (E14tg2a) after shRNA-induced Unr depletion. Moreover, Unr rescue in Unr-deficient ES cells limits their PrE differentiation engagement. However, Unr is dispensable for multilineage differentiation, as shown by knockout ES cells capacity to produce differentiated teratomas. We further investigated the molecular mechanisms underlying the differentiation of unr-/- ES to primitive endoderm, and found that Unr acts downstream of Nanog. Our data also show Gata6 mRNAs are more stable in Unr-deficient ES cells as compared to wild-type ES cells. We propose that the possible repression by Unr of this key inducer of PrE differentiation at a post-transcriptional level may contributes to the stabilization of ES cells pluripotent state
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Guitard, Estelle. "Etude du rôle de deux protéines bifonctionnelles apparentées aux protéines de liaison aux ARNs, Sam68 et G3BP, dans la prolifération cellulaire." Paris 11, 2000. http://www.theses.fr/2000PA11T014.
Full textAbstract:
Les protéines ribonucléiques hétérogènes nucléaires (ou hnRNPs : beterogenous nuclear ribonucleonrotein) bifonctionnelles sont des protéines capables de lier à la fois des partenaires nucléiques et des partenaires protéiques impliqués dans différentes voies de signalisation cellulaire. Les protéines humaines de liaison aux ARNs Sam68 (. Src- ssociated ifl. Mitosis 68) et G3BP (RasGAP-SHJ Binding frotein) appartiennent à cette famille de protéines. Sam68 est le principal substrat et partenaire du produit de l'oncogène src au cours de la mitose. G3BP est le premier partenaire du domaine SH3 de la protéine RasGAP, effecteur de l'oncoprotéine Ras. L'interaction RasGAP/G3BP est dépendante de l'état d'activation de Ras sous forme liée au GTP, ce qui suppose que la protéine G3BP ait une fonction dans la transmission des signaux de prolifération cellulaire en aval de Ras. Etant donné le rôle supposé des protéines Sam68 et G3BP dans la transmission des signaux de prolifération cellulaire en aval des molécules Src et RasGAP, nous avons décidé de préciser par quels mécanismes moléculaires elles pouvaient jouer un rôle sur la régulation de la prolifération cellulaire. Nous avons identifié un variant d'épissage de la protéine Sam68, Sam68ΔKH, délété de son domaine KR de liaison aux ARNs. En inhibant la transition G1/S du cycle cellulaire et l'expression de la cycline Dl , Sam68ôKH régule négativement la prolifération cellulaire et se comporte comme un dominant négatif de Sam68. Ces résultats mettent pour la première fois en évidence un rôle de la protéine Sam68 dans la régulation du cycle cellulaire, pendant la phase G1. Nous avons ensuite démontré que Sam68 interagit avec la protéine RasGAP de façon dépendante des domaines SH3 et/ou SH2 de RasGAP, et que cette interaction a lieu exclusivement pendant la mitose. Ces résultats indiquent que Sam68 pourrait également avoir des fonctions mitotiques, et que celles-ci participeraient aux cascades non seulement en aval de Src, mais aussi en aval de la protéine RasGAP. Nous avons aussi étudié les protéines de la famille G3BP. Nous avons tout d'abord cloné l'ADNe codant une protéine humaine homologue à G3BP, G3BPh, puis montré que cette protéine, codée par un autre gène, possède des éléments de séquence et des propriétés qui divergent de G3BP, suggérant que les deux isoformes ont, au moins en partie, des fonctions différentes. Par les techniques de western blot et northem blot, nous avons montré que la protéine G3BP est surexprimée dans un grand nombre de tumeurs et de lignées cellulaires tumorales humaines. Nous avons observé que cette surexpression est indépendante des caractéristiques des différentes tumeurs ainsi que de l'évolution des patients. Nous avons aussi mis en évidence que G3BP stimule la transition G1/S du cycle cellulaire de façon dépendante de son domaine de liaison aux ARNs. Ainsi, nous proposons que les protéines des familles Sam68 et G3BP, qui constituent un lien entre les molécules de la signalisation cellulaire et le métabolisme des ARNs, exercent un contrôle du cycle cellulaire au travers de leurs interactions avec leurs ARNs cibles. Nous proposons aussi que la protéine G3BP soit un nouveau marqueur de détection des cancers humains.
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Yerima, Hélène Alibada. "Purification et caractérisation des protéines membranaires entérocytaires de liaison de la vitamine B12." Nancy 1, 1995. http://www.theses.fr/1995NAN10436.
Full text
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Leriche, Mélissa. "Mise en évidence d’une interaction entre la protéine 53BP1 et les fragments d’Okazaki." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASS065.
Full textAbstract:
Le maintien de l’intégrité du génome est un processus crucial à la vie cellulaire. Ce n’est que récemment que les protéines de liaison à l’ARN (« RNA-binding protein » ou RBP) ont été montré être impliquées dans ce processus. En présence d’ADN endommagé, les RBP régulent l’expression des gènes de réponse aux dommages de l’ADN et contrôlent le destin cellulaire. Elles jouent également un rôle plus direct dans la prévention et la réparation des dommages de l’ADN. De plus, des ARN sont présents aux sites de dommages de l’ADN et participent au maintien de l’intégrité du génome. Ainsi, le laboratoire recherche des acteurs protéiques capables de lier directement l’ARN au sein des protéines médiatrices de la réponse aux dommages de l’ADN. Un des candidats est la protéine 53BP1 (p53 binding protein 1) qui contient un domaine de liaison à l’ARN nommé domaine GAR (« Glycine-Arginine Rich »). 53BP1 est un acteur central de la signalisation des cassures double-brin de l’ADN et de la régulation de leur réparation par le processus de jonction d’extrémités non homologues pendant la phase G1 du cycle cellulaire. Le recrutement de 53BP1 aux sites de dommages de l'ADN dépend à la fois d'interactions directes entre 53BP1 et des marques d’histones, mais aussi d’une composante ARN.L’objectif était d’étudier l’interaction entre 53BP1 et l’ARN.Grâce aux méthodes de CLIP (« CrossLinking and ImmunoPrecipitation ») et de 2C (« Complex Capture »), nous avons montré que 53BP1 possède une activité de liaison directe à l'ARN, via son domaine GAR. Nous avons identifié l’acide nucléique interagissant avec 53BP1 comme étant une chimère ARN-ADN constituée d’une partie d’environ 10 ribonucléotides, suivie d’environ 100 désoxyribonucléotides. Ce type de molécule est très similaire à celle des fragments d’Okazaki qui sont impliqués dans l’initiation de la synthèse du brin retardé de la fourche de réplication. Par la méthode de SIRF (« In Situ Protein Interaction with Nascent DNA Replication Forks »), nous avons montré que 53BP1 est présent au niveau de l’ADN naissant, dans un contexte de réplication normal. De plus, la déplétion de la sous-unité catalytique de la primase (PRIM1) qui synthétise l’amorce ARN des fragments d’Okazaki, conduit à la diminution de la présence de 53BP1 à proximité d’ADN naissant. La déplétion de PRIM1 affecte également l’interaction de 53BP1 avec la chimère ARN-ADN in vivo. Ces résultats indiquent que 53BP1 est présent à la fourche de réplication via une interaction directe avec les fragments d’Okazaki. Enfin, sous stress réplicatif induit par l’hydroxyurée, la présence de 53BP1 au niveau de l’ADN naissant est fortement augmentée, indiquant que 53BP1 s’accumule aux fourches de réplication bloquées. L'ensemble de ces résultats montre que 53BP1 est une protéine de liaison aux ARN qui interagit directement avec les fragments d’OkazakiMaintenance of genome integrity is essential for cell survival. It is only recently that RNA-binding proteins (RBPs) have been shown as fundamental actors in this process. In the presence of DNA damage, RBPs regulate the expression of DNA damage response (DDR) related genes and control cell fate. RBPs also have a more direct role in preventing and repairing DNA damage. Moreover, some RNAs are present at sites of DNA damage and, thus, participate in the maintenance of genome integrity. The laboratory is interested in proteins that are both able to directly bind RNA and involved in DDR. One candidate is the 53BP1 protein (p53 binding protein 1) that contains an RNA-binding domain called GAR domain (Glycin-Arginin Rich). 53BP1 is a key protein mediating the signalling of DNA double-strand breaks and channels DNA repair to the non-homologous end-joining pathway during the G1 phase of the cell cycle. The recruitment of 53BP1 to sites of DNA damage depends on both histones marks and an RNA component.The objective was to study the interaction between 53BP1 and RNA.By using CLIP (CrossLinking and Immunoprecipitation) and 2C (Complex Capture) technologies, we showed that 53BP1 presents a direct RNA-binding activity within its GAR domain. We identified the nucleic acid interacting with 53BP1 as being an RNA-DNA chimera composed of about 10 ribonucleotides, followed by about 100 dexoribonucleotides. This type of entity is highly similar to that of Okazaki fragments, that are involved in the initiation of lagging strand synthesis at replication forks. By using the SIRF method (In Situ Protein Interaction with Nascent DNA Replication Forks), we showed that 53BP1 is localized at sites of newly synthetized DNA, under normal conditions of replication. Furthermore, depletion of the catalytic sub-unit of the primase (PRIM1), that catalyzes the synthesis of the RNA primer of Okazaki fragments, results in a decrease in 53BP1 at sites of newly synthetized DNA. PRIM1 depletion also decreases the interaction between 53BP1 and RNA-DNA chimera in vivo. These results indicate that 53BP1 is localized at the replication fork through a direct interaction with Okazaki fragments. Likewise, under replicative stress induced by hydroxyurea, the presence of 53BP1 at the newly synthetized DNA is increased, indicating that 53BP1 accumulates at stalled replication forks. Altogether, these results show that 53BP1 is an RNA-binding protein that directly interacts with Okazaki fragments
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Romero, Salas Tonatiuh. "Etude in vitro des interactions entre la protéine de réplication A humaine (hRPA) et l' ADN." Paris 6, 2005. http://www.theses.fr/2005PA066542.
Full text
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Koelblen, Mélanie. "Rôles antagonistes de la protéine humaine TRF2 dans la recombinaison homologue des télomères." Lyon, École normale supérieure (sciences), 2009. http://www.theses.fr/2009ENSL0522.
Full textAbstract:
Les télomères sont des structures nucléoprotéiques présentes aux extrémités des chromosomes. Dans les cellules somatiques, l'ADN télométrique n'est pas complètement répliqué, entraînant un raccourcissement progressif des télomères au cours des divisions cellulaires, jusqu'à atteindre une taille critique qui enclenche l'arrêt de la prolifération (sénescence ou apoptose). Les télomères jouent donc un rôle important dans le bon fonctionnement et la durée de vie des cellules, c'est pourquoi ils doivent être strictement régulés et protégés. L'adoption d'une structure en boucle, appelée T-loop, formée par l'envahissement du simple brin télomèrique dans la partie duplexe des télomères, semble participer à la protection télomètrique. Bien que ces structures semblent jouer un rôle protecteur, leur résolution par recombinaison homologue conduit à l'excision de la partie distale du télomère et la formation de cercle extra-chromosomique. Ce mécanisme est appelé T-loop HR et pourrait faire intervenir une jonction de Holliday. TRF2, une protéine associée à l'ADN télomèrique, favorise la formation des T-loop mais défavorise leur résolution grâce à son domaine B N-terminal. Nous avons décrit des allèles mutants de TRF2 en cellules humaines dans le but de préciser son implication. Les résultats montrent que l'histidine 31 du domaine B de TRF2 est nécessaire à l'inhibition de la T-loop HR in vivo. De plus, ils suggèrent fortement que la capacité de TRF2 à favoriser l'invasion est essentielle au processus. Un système de levure humanisée nous a permis de déterminer que ces propriétés sont intrinsèques à la protéine. En parallèle de cette étude, des résultats in vivo indiquent que TRF2 favorise et protège les jonctions de Holliday. Cette protection est dépendante du domaine B de TRF2 notamment de l'histidine 31. Cet a. A induit l'ouverture du centre des jonctions. Ces résultats peuvent être mis en relation avec les effets observés in vivo et nous ont permis de déterminer un modèle d'action de TRF2. Nous pensons que TRF2 régule la protection télomètrique et le processus de T-loop HR en prenant le contrôle des jonctions de Holliday qui se trouvent à la base des T-loop. Ces résultats ont enrichi notre compréhension de la régulation des télomèresAn important objective of mammalian telomere biology is to understand the multiple roles of the telomeric DNA binding protein TRF2 in mediationg telomere protection and higher-order folding of telomeric DNA and chromatin. We address here the question of the mechanisms by which TRF2 controls homologous recombination. Previous work showed that the N-terminal basic domain couteracts intra-telomere recombination events and inhibits in vitro the cleavage of a telomeric Holiday junction by various resolvases. In this work, we demonstrate that the expression in human cells of a point mutation abolishing the anti-resolvase activity of TRF2 leads to brutal telomere shortening events, recapitulating the phenotype of cells expressing a truncated form of TRF2 devoid of the N-terminal basic domain. Next we designed a human telomere recombination in budding yeasts, which have been humanized thanks to a template mutation in the telomerase RNA gene. Despite the absence of clear TRF2 in yeast recapitulates their recombinational activity : the wild-type protein decreases the rate of recombination while TRF2 increase it. We propose that TRF2 serves as a molecular switch for homologous recombination in order to adapt telomere to the different modes of telomere maintenantce systems that are activated in reponse to cell cycle changes, DNA damage, proliferation signals, differentiation and malignant transformation
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Mouheiche, Jinane. "Nouvelles données sur la morphine, son catabolisme et sa protéine de liaison dans le système nerveux central." Thesis, Strasbourg, 2014. http://www.theses.fr/2014STRAJ022.
Full textAbstract:
La morphine constitue l'un des analgésiques les plus utilisés en milieu hospitalier pour soulager les douleurs aiguës et chroniques. Elle exerce ses effets analgésiques en se liant aux récepteurs opioïdes μ (MOR) présents au niveau central et périphérique et possède des effets secondaires, incluant la tolérance, qui limitent son usage à long terme. La première partie de mes travaux avait pour objectif d'étudier le phénomène de tolérance à la morphine et d'en déterminer les mécanismes sous-jacents. A l'heure actuelle, ce phénomène est décrit comme résultant d'une désensibilisation des MOR conduisant à leur endocytose. Nos résultats montrent qu'en cas de tolérance, le catabolisme de la morphine est exacerbé au niveau du système nerveux central. Mes travaux ont également porté sur la caractérisation de la Créatine Kinase (CK) comme étant une protéine liant la morphine à très haute affinité. Nos résultats montrent que la CK possède 2 sites de liaison pour la morphine avec des affinités similaires. En étudiant l'effet potentiel de la CK sur l'analgésie induite par la morphine in vivo, nous avons mis en évidence, que les peptides correspondant aux 2 sites de liaison à la morphine étaient par eux-mêmes analgésiques et que cette analgésie semblait dépendre des récepteurs opioïdesMorphine is one of the most used analgesics in hospitals to relieve acute and chronic pain. Morphine exerts its analgesic effects by binding central and peripheral μ opioid receptors (MORs) and has many side effects that limit its long-term use including tolerance. The first part of my thesis was aimed to study the phenomenon of morphine tolerance and to determine the underlying mechanisms. Previously, this phenomenon was explained as resulting !rom MORs desensitization by endocytosis. However, our results show that in case of tolerance, the catabolism of morphine is exacerbated in the central nervous system in particular in astocytes. The second part of my work has focused on the characterization of the Creatine Kinase (CK) as a novel protein that binds morphine with a high affinity. Our results showed that CK has two binding sites with a similar affinity for morphine. Surprisingly, by studying the potential effect of CK on morphine-induced analgesia in vivo, we noticed that the two peptides corresponding to morphine binding sites are analgesics and such analgesia seems to be mediated by opioid receptors
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Larminat, Florence. "Etude des rôles de la protéine RecA dans la régulation et les mécanismes de réparation mutagène SOS." Toulouse 3, 1990. http://www.theses.fr/1990TOU30051.
Full textAbstract:
L'induction de la reponse sos est determinee par un blocage de la replication, a la suite de certaines lesions du chromosome bacterien. La regulation du systeme sos est sous la dependance de deux proteines dont l'une, lexa, est le represseur et l'autre, reca, est l'activateur. Reca, proteine multifonctionnelle, est impliquee dans l'induction de la reponse sos, mais est egalement essentielle a la reparation post-replicative par recombinaison, et necessaire a la mutagenese induite. Afin d'analyser les differents roles de la proteine reca dans la reponse sos, nous nous sommes proposes d'isoler des mutants du gene reca, affectant une ou plusieurs fonctions de la proteine. Nous avons d'abord etudie l'activite de reca in vivo, par l'emploi de proteines reca tronquees a leur extremite carboxy-terminale. Nous avons etabli que les 17 acides amines de l'extremite carboxy-terminale de la proteine ne sont pas essentiels aux fonctions de reca et mis en evidence leur participation au domaine de fixation a l'adn double-brin. De plus, nous avons suggere que l'activation de reca n'implique pas la formation de multimeres de reca. Le clivage de lexa serait donc favorise par des monomeres de reca. Nous nous sommes ensuite interesses a l'etude de l'interaction de reca avec le represseur lexa. Nous avons construit des mutants du gene reca par la technique de mutagenese dirigee. Les mutations sont ciblees au voisinage de la mutation reca430, dont le produit est deficient dans l'induction sos. Nous avons ainsi mis en evidence un acide amine specifique, qui serait necessaire a l'interaction de reca et lexa. En outre, nos resultats suggerent que les differents sites actifs de la proteine se superposent
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Guerrier-Touraud, Maguy. "Recherche de protéines immunogènes de l'œuf de Schistosoma Mansoni : effet protecteur d'une "calcium-binding" protéine." Bordeaux 2, 1999. http://www.theses.fr/1999BOR28662.
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Mure, Fabrice. "Rôle de la protéine EB2 du virus d'Epstein-Barr dans le métabolisme des ARN messagers." Thesis, Lyon, 2016. http://www.theses.fr/2016LYSEN071/document.
Full textAbstract:
La régulation post-transcriptionnelle de l’expression génique est basée sur un réseau complexe et dynamique d’interactions ARN-protéines. Un défi important est de comprendre les mécanismes par lesquels ces protéines de liaison à l’ARN (RBPs) influencent chaque étape du métabolisme des ARNm. Les travaux réalisés au cours de cette thèse ont permis de caractériser de nouvelles fonctions de la RBP virale EB2 qui est indispensable à la production du virus d’Epstein-Barr (EBV). Des travaux antérieurs ont montré qu’EB2 favorise l’accumulation cytoplasmique de la majorité des ARNm viraux, dont la caractéristique est d’être transcrit à partir de gènes sans intron. Nous montrons que le rôle d’EB2 ne se limite pas à celui de facteur d’export des ARNm car cette RBP stabilise aussi ses ARNm cibles dans le noyau en les protégeant de la dégradation par l’exosome. Nos résultats indiquent qu’en absence d’EB2 : (i) certains ARNm viraux sont instables car ils contiennent des sites cryptiques d’épissage ; (ii) le facteur d’épissage SRSF3 déstabilise ces ARNm en interagissant à la fois avec l’exosome et le complexe NEXT, un des cofacteurs nucléaires de l’exosome. Par ailleurs, nous montrons également qu’EB2 est associée aux polysomes et stimule efficacement la traduction de ses ARNm cibles, en interagissant avec les facteurs d’initiation de la traduction eIF4G et PABP. Le développement d’un nouveau système de traduction in vitro nous a permis de montrer que l’effet d’EB2 sur la traduction nécessite le passage nucléaire de ses ARNm cibles. Ainsi, l’ensemble de nos travaux démontre le rôle clé d’une RBP virale dans le couplage entre les étapes nucléaires et cytoplasmiques de la biogenèse des ARNmPost-transcriptional regulation of gene expression is based on a complex and dynamic network of RNA-proteins interactions. A major challenge is to understand the precise contribution of these RNA-binding proteins (RBPs) to each step of mRNA metabolism. During this thesis, we have characterized new functions of the EB2 viral RBP which is essential for the production of the Epstein-Barr virus (EBV). Previous works have shown that EB2 promotes cytoplasmic accumulation of most intronless viral mRNAs. Here, we show that EB2 is not just an mRNA export factor because this RBP also stabilizes its target mRNAs in the nucleus by protecting them from RNA exosome degradation. Our results indicate that in the absence of EB2 : (i) some viral mRNAs are unstable because they contain cryptic splice sites ; (ii) the splicing factor SRSF3 destabilizes these mRNAs by interacting with both the RNA exosome and the Nuclear EXosome Targeting (NEXT) complex. Moreover, we also show that EB2 is associated with polysomes and it strongly stimulates translation of its target mRNAs through interactions with the eIF4G and PABP initiation factors. Interestingly, the development of a new in vitro translational assay allowed us to show that EB2’s translation stimulation requires that EB2 binds its target mRNAs in the nucleus. Taken together, our works demonstrate the key function of a viral RBP in the coordination of the nuclear and cytoplasmic steps of mRNA biogenesis
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Barreau, Carine. "Étude fonctionnelle des éléments riches en AU de type III et implication de la protéine CUG-BP1." Rennes 1, 2005. http://www.theses.fr/2005REN1S055.
Full textAbstract:
Les éléments riches en AU (AU-rich element, ARE) sont des séquences localisées dans la région 3' non traduite (3'UTR) d'ARNm mammifères instables. Par transfection de cellules mammifères, nous avons démontré que la présence de l'ARE du proto-oncogène c-jun (classe III) ou d'une séquence EDEN stimule la traduction tout en déstabilisant un ARNm rapporteur. Les résultats, obtenus par "adressage" de la protéine CUG-BP1 sur un ARNm rapporteur et par inhibition de l'expression de la CUG-BP1 par interférence à l'ARN, impliquent la CUG-BP1 dans ce double effet de déstabilisation et de stimulation traductionnelle causé par un ARE de classe III. L'ensemble de ces données révèle une importante complexité des régulations post-transcriptionnelles de l'expression des gènes liées aux ARE de classe III.
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Sauvageau, Janelle. "Attribution et caractéristiques de liaison du domaine tandem PDZ2/3 de PTP-BL par RMN." Thesis, Université Laval, 2006. http://www.theses.ulaval.ca/2006/23673/23673.pdf.
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Walia, Mannu. "La méthylation de CBP détermine des sites de liaison distincts au niveau de la chromatine pour le récepteur nucléaire à l'estradiol." Thesis, Strasbourg, 2012. http://www.theses.fr/2012STRAJ006.
Full textAbstract:
L’oestradiol est l’une des hormones sécrétées par les ovaires. Non seulement impliquée dans le développement des organes sexuels chez les femmes, cette hormone aurait également un rôle important dans la carcinogénèse. En effet, l’oestradiol agit comme facteur de croissance dans le cancer, et c’est pourquoi la thérapie anti-hormone apparaît efficace dans le traitement du cancer du sein. Dans ce projet, nous avons étudié comment une seule molécule pouvait être aussi polyvalente, en modifiant certains cofacteurs altérant ainsi l’expression de certains gènes. L'Œstradiol agit sur l’ADN en recrutant le récepteur aux œstrogènes via les éléments hormonaux-sensibles. La liaison des œstrogènes sur leurs récepteurs induit un changement dans leur conformation et déclenche le recrutement de co-activateurs. Ces co-activateurs, tels CARM1 et CBP qui sont des enzymes épigénétiques majeures, sont recrutés par les gènes cibles des œstrogènes. Bien que ce mécanisme soit connu, la signification fonctionnelle du recrutement d’HAT et d’une méthyltransférase restait toujours non élucidée. Au cours de ma thèse, j’ai démontré que la protéine CBP est spécifiquement et exclusivement méthylée par CARM1 in vivo et qu’il existe plusieurs formes de méthyl-CBP qui recrutent et régulent différents gènes clefs dans la voie de signalisation des œstrogènes. Pour la première fois, nous avons défini un « code pour les modifications des co-activateurs », qui est impliqué dans la réponse endocrinienne et pourrait être dérégulé dans la progression tumorale du cancer du sein. Ces résultats mettent en évidence la régulation croisée entre les deux enzymes épigénétiques CARM1 et CBP comme une réponse essentielle aux œstrogènes et révèlent pour la première fois le mécanisme singulier par lequel les gènes cibles des œstrogènes sont régulésEstradiol is one of the hormones secreted by the ovaries. Not only involved in sexual development of women, this hormone would also have a significant role in carcinogenesis. Indeed estradiol acts as growth factor in cancer and this is why anti-hormone therapy is effective in breast cancer. In this project we investigated how a single molecule can be so diverse with respect to modulating certain cofactors and thus altering gene expression. Estradiol acts on DNA by recruiting the estrogen receptor on the hormone responsive elements. The binding of estrogen to its receptor induces a conformation change on the receptor which mediates the recruitment of co-activators. Coactivators such as CARM1 and CBP which are major epigenetic enzymes are recruited on estrogen target genes. Although this mechanism was known, the functional significance of recruiting a HAT and a methyltrasferase was still impending. In my thesis, I have shown that CBP is specifically and exclusively methylated by CARM1 in vivo and that there are several combinations of methyl CBP species which recruit and regulate distinct gene hubs in estrogen signaling. For the first time we define a “code for coactivator modifications”, which is involved in endocrine response and could be deregulated in tumor progression in breast cancer. These results identify the cross regulation between the two epigenetic enzymes CARM1 and CBP as a pivotal response to estrogen and reveal for the first time a distinct mechanism by which estrogen target genes are regulated
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Brisebarre, Audrey. "Recherche de facteurs génétiques impliqués dans la résistance au paludisme et au sepsis : études pangénomiques de liaison génétique et d'association, intégration des résultats d' association aux réseaux d' intéractions protéine-protéine." Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM4072.
Full textAbstract:
Le paludisme et le sepsis sont des maladies infectieuses très répandues causant plusieurs centaines de milliers de morts tous les ans. Elles sont toutes deux multifactorielles. Les devenirs de ces infections sont influencés par des facteurs environnementaux, par des facteurs sociaux-économiques, politiques et comportementaux mais aussi par des variables dépendant du patient comme son âge. De nombreux arguments existent en faveur d'un contrôle génétique de la résistance au paludisme et au sepsis. Ces deux maladies sont considérées comme proches par les spécialistes car leur physiopathologie est liée notamment à une inflammation systémique non contrôlée responsable des formes les plus graves. Afin d'identifier de nouveaux gènes potentiellement impliqués dans la résistance à ces deux maladies, nous avons effectué des études génétiques pangénomiques dans deux populations vivant en zone endémique pour le paludisme à Plasmodium falciparum au Burkina-Faso et dans une cohorte de patients atteints de sepsis.Enfin nous avons réalisé les deux premières études d'association pangénomiques identifiant des associations significatives avec la mortalité suite à un choc septique. Nous avons obtenu 32 SNPs significativement associés à la mortalité précoce et 108 significativement associés à la mortalité tardive. Le réseau des interactions protéine-protéine impliquant les protéines codées par les gènes associés a permis d'établir une liste non exhaustive des fonctions altérées durant le choc septique, notamment liées à la réponse immune, et a révélé, malgré les différences au niveau des gènes impliqués, un mécanisme commun participant à la susceptibilité précoce et tardive au choc septiqueMalaria and sepsis are widespread infectious diseases causing hundreds of thousands deaths each year. There is a growing body of evidence for a genetic control of malaria and sepsis resistance. Both diseases are considered close because they are characterized by a systemic inflammation, some common organ dysfunctions, and disorders of coagulation. In order to identify new genes potentially involved in disease resistance, we performed genomewide genetic studies in two populations living in endemic regions for Plasmodium falciparum malaria in Burkina-Faso and in a cohort of septic shock patients. Genetic linkage studies revealed significant genetic linkages on chromosome 6p21.3 and 17p12 with, respectively, mild malaria and asymptomatic parasitaemia. We also performed the first genetic linkage studies concerning immunoglobulin G and their sub-classes against Plasmodium falciparum antigens. We detected significant linkages of IgG3 sub-class with chromosomes 8p22-p21 and 20q13 and between IgG4 sub-class and chromosome 9q34. Finally we performed the first two genomewide association studies identifying significant associations with all-causes mortality after a septic shock. We identified 32 SNPs significantly associated with early mortality and 108 SNPs significantly associated with late mortality. We identified a protein-protein network containing proteins associated with both early and late mortality. Furthermore, the network of protein-protein interactions involving proteins encoded by associated genes allowed us to establish a list of some altered functions during septic shock, most of them being related to the immune responses or the renin-angiotensin-aldosterone system
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Brottier, Philippe. "Étude fonctionnelle d'une protéine non structurale de rotavirus : la protéine NS53 fixe le zinc et l'ARN." Compiègne, 1991. http://www.theses.fr/1991COMPD402.
Full textAbstract:
Les rotavirus constituent un groupe de virus classe dans la famille des Reoviridae et sont reconnus comme l'agent étiologique majeur des gastro-entérites néonatales de nombreuses espèces animales. Notre connaissance du cycle viral est encore très incomplète et en particulier du rôle joué par les cinq protéines non structurales dans la réplication virale. La protéine non structurale NS53 codée par le segment 5 est synthétisée à faible niveau dans la cellule. Pour étudier ses propriétés fonctionnelles, l'ADNc du gène 5 de rotavirus bovin a été cloné dans un vecteur de transfert baculovirus sous le contrôle du promoteur fort de la polyédrine. Les baculovirus recombinants expriment, dans les cellules d'insecte, la protéine NS53 en quantité importante sous une forme stable mais insoluble. L'expression abondante de la protéine recombinante nous a permis d'obtenir un antisérum spécifique de la protéine NS53 naturelle présente dans les cellules MA104 infectées par le rotavirus. A l'aide de ce sérum, nous avons confirmé que la protéine NS53 n'est pas associée aux particules virales simple ou double capside, mettant ainsi fin aux controverses sur sa nature non structurale. L'analyse de la séquence de la protéine révèle la présence de deux arrangements de cystéines caractéristiques d'un motif « doigt à zinc » récemment identifié dans la séquence de nombreuses protéines régulatrices qui fixent les acides nucléiques. De plus, bien que le segment 5 montre une extrême variabilité de séquence, le motif « doigt à zinc » de l'extrémité NH2 terminale de la protéine NS53 reste hautement conservé au sein des souches de rotavirus des groupes A et C. Par l'utilisation de plusieurs méthodes, nous avons montré que la protéine recombinante fixe spécifiquement le zinc et que celui-ci est impliqué dans la conformation compacte de la protéine en solution. En outre, la purification de la protéine recombinante par FPLC nous a permis de mettre en évidence la fixation de l'ARN simple brin sur la protéine. L'ensemble de ces résultats nous conduit à formuler l'hypothèse que la protéine NS53 pourrait être impliquée dans la formation des particules précoces RI et le regroupement ou l'encapsidation de l'ARN (+) dans les particules virales immatures.
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Rivière, Didier. "Etude structurale par RMN de la protéine v-Myb." Rouen, 2004. http://www.theses.fr/2004ROUES040.
Full textAbstract:
Les protéines Myb sont des facteurs de transcription capables de contrôler la différentiation et la prolifération cellulaire. Il ne fait aujourd'hui aucun doute que les activités importantes des protéines Myb sont déterminées par leurs domaines fonctionnels. La spectroscopie RMN hétéronucléaire multidimensionnelle a été utilisée pour étudier le domaine de liaison minimale à l'ADN de la protéine v-Myb (R2R3 v-Myb) en phase aqueuse. Nous avons ainsi attribué la quasi-totalité de cette protéine. A l'aide des effets structurants secondaires, nous avons pu estimer les régions hélicoi͏̈dales de cette protéine. Comme pour toutes les protéines Myb étudiées structuralement jusqu'à présent, la répétition R3 de ce domaine présente effectivement trois hélices ? entre les résidus Glutamate 62 - Leucine 75, Tryptophane 79 - Lysine 84, Thréonine 91 - Sérine 100. Mais le domaine R2 de cette protéine semble avoir une structuration différente que celle déjà observées pour d'autres protéines Myb (C-Myb humain/poulet et B-Myb poulet). Ces protéines présentaient en effet une structuration en conformation multiple en partie C-Terminal de ce domaine alors que notre étude nous montre une structuration effective en hélice ? de cette région. Cette structuration avait déjà été observée pour la protéine C-Myb souris. La structuration de notre protéine se rapprocherait donc plus de celle mentionnée pour cette dernière. Il semble donc que la structure seule de ces protéines n'explique pas les différences d'activités biologiques observées pour v-Myb par rapport aux autres protéines Myb (notamment C-Myb souris)The Myb proteins are transcription factors able to control the differentiation and the cellular proliferation. There is not any doubt today that the important activities of the Myb proteins are determined by their functional domains. Multidimensional heteronucléaire NMR spectroscopy has been used to study the minimal v-Myb DNA binding domain (R2R3 v-Myb) in solution. We assigned 103 of 105 residues of this protein. Using the secondary structural effects, we could estimate the helicoidals regions of this protein. As for all the Myb proteins structurally studied until now, the R3 repetition of this protein present indeed three alpha helix between residues Glutamate 62 - Leucine 75, Tryptophane 79 - Lysine 84, Thréonine 91 - Sérine 100. But the R2 repeat of this protein seems to have a structuring different that already observed for other proteins Myb (C-Myb human/chicken and B-Myb chicken). Theses proteins contain a multiple conformational structure in C-Terminal of this domain whereas our study show an effective helix ? in this region. This result had already been observed for the protein C-Myb mouse and the v-Myb structure would approach more the structure of this protein. It would seem that the structure does not explain the differences in biological activities observed for v-Myb compared to the other proteins Myb (in particular C-Myb mouse)
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Bonnet-Magnaval, Florence. "Le rôle de la protéine de liaison à l'ARN Staufen 1 dans le développement et la progression tumorale." Thesis, Toulouse 3, 2016. http://www.theses.fr/2016TOU30383/document.
Full textAbstract:
Une des caractéristiques des cellules cancéreuses réside dans la modification de leur capacité à répondre à divers stress par rapport à des cellules saines. La modulation afférente de l'expression de gènes peut se produire à deux niveaux : transcriptionnel et post-transcriptionnel. La plupart des efforts de compréhension ont été axés sur l'étude la régulation transcriptionnelle. Néanmoins, une façon efficace et rapide de modifier l'expression des gènes est la capacité de réguler le " pool d'ARNm " pré-existant en intervenant au niveau post-transcriptionnel. Aussi, les modifications de la stabilité de l'ARNm et/ou de l'efficacité de traduction dans un contexte particulier tel que le stress tumoral et faisant intervenir des interactions ARN/protéines sont de plus en plus étudiés dans le cas des cancers. Une compréhension plus approfondie de ces mécanismes permettra de mieux comprendre 1/ l'implication des protéines liant l'ARN (RBP) dans le développement tumoral et 2/ considérer le développement de thérapies ciblées contre le cancer. Nous nous sommes concentrés sur l'étude d'une RBP pertinente vis à vis du cancer, mais très peu étudiée sur cette problématique : la protéine Staufen1 (Stau1). Stau1 est un membre de la famille des protéines qui lient l'ARN double-brin. Cette RBP contribue à la régulation post-transcriptionnelle de nombreux gènes par son implication dans des mécanismes qui vont promouvoir le transport, la dé-répression de la traduction et l'induction de la dégradation d'ARN messagers (ARNm) spécifiques. Stau1 apparait également comme un régulateur spécifique de l'expression génique intervenant dans un contexte particulier de stress cellulaire, contexte familier aux tumeurs en cours de développement. Les transcrits régulés par Stau1 se classent dans un large éventail de catégories fonctionnelles et il est intéressant de noter qu'une grande proportion d'entre eux code pour des protéines impliquées dans la régulation de processus biologiques cellulaires critique dans le développement de cancers. De part son rôle de régulateur de l'expression génique et son implication dans la réponse au stress cellulaire, nous avons émis l'hypothèse que la modification de l'expression de Stau1 puisse avoir un impact à différent niveaux sur le développement et la progression tumorale. Ce projet de thèse s'est orienté sur deux axes 1) l'étude de l'expression de Stau1 en condition de stress cellulaire et 2) l'effet de la répression de Stau1 sur le développement tumoralOne of the characteristics of cancer cells lies in the modification of their ability to adapt to various stresses compared to healthy cells. The afferent modulation of gene expression can occur at two levels: transcriptional and post-transcriptional. Most of the efforts for understanding the gene expression process are focused on transcriptional regulation study. However, a quick and effective way to modify gene expression is the ability to regulate the "mRNA pool" by intervening in post-transcriptional level. Besides, changes in mRNA stability and/or translation efficiency in a context such as cellular stress in tumors and interactions involving RNA / protein are increasingly studied in the case of cancers. A deeper knowledge of these mechanisms will allow a better understanding of 1 / the involvement of RNA binding proteins (RBP) in tumor development and the 2 / the consideration of the development of targeted cancer therapies. We focused on the study of a relevant RBP for cancer development process, but very few studies have been undertaken on this issue: the Staufen1 protein (Stau1). Stau1 is a family member of double-stranded RNA-binding proteins. This RBP contributes to the post-transcriptional regulation of many genes through its involvement in mechanisms that will promote the transport, the derepression of translation and the induction of degradation of specific RNA transcripts (mRNA). Stau1 also appears as a regulator of specific genes expressed in respond to cellular stress induced by an unfavorable tumor microenvironment. The transcripts regulated by Stau1 can be divided into a wide range of functional categories. Interestingly, a large proportion of Stau1 targets encode proteins which regulate many critical biological cell processes in cancer development. Regarding Stau1 regulatory role and its involvement in the response to cellular stress, we made assumptions that the modification of Stau1 expression could have an impact on various levels of development and tumor progression. This project will be considered from two aspects 1/ the study of Stau1 expression under cellular stress 2/ the impact of Stau1 repression on tumor development
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Rajoelina, Ratsimba Razan Lalaoarisoa. "La protéine de liaison du 17 bêta œstradiol chez saccharomices cerevisiae : caractères physico-chimiques et essais de purification." Nancy 1, 1987. http://www.theses.fr/1987NAN10355.
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Bienvenu, Géraldine. "Rôle d'une protéine de liaison des Insulin-like Growth Factors (IGFBP-6) : étude par transgenèse et in vitro." Paris 6, 2004. http://www.theses.fr/2004PA066008.
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Tcatchoff, Lionel. "Etude des interactions entre une protéine humaine de liaison aux odorants et ses partenaires, odorants et récepteurs olfactifs." Versailles-St Quentin en Yvelines, 2007. http://www.theses.fr/2007VERS0018.
Full textAbstract:
Les molécules odorantes, généralement hydrophobes, activent les récepteurs olfactifs (RO) exprimés à la membrane des neurones sensitifs recouverts d’une couche de mucus hydrophile. Des protéines liant les odorants, les OBP (Odorant-Binding Protein) présentes dans le mucus olfactif transporteraient les odorants à travers le mucus vers les RO. On s’est intéressé dans ce travail à un variant humain d’OBP, hOBP-2A qui présente une spécificité de liaison pour les aldéhydes et les acides aliphatiques. Par une approche de mutagenèse dirigée, on a pu montrer le rôle fondamental dans cette spécificité d’une lysine de la cavité de hOBP-2A. L’expression fonctionnelle d’un RO, OR1G1, a montré son activation par des composés se liant à hOBP-2A. Une étude comparative de l’activation avec et sans OBP a révélé qu’elle n’avait pas d’impact sur l’activité du récepteur OR1G1. Ce qui n’exclue pas la possibilité que les OBP interviennent dans d’autres processus biologiques que le transport des odorantsOdorant molecules, generally hydrophobic, activate the olfactory receptors (OR) embedded in the membrane of sensitive neurons which are covered with an aqueous layer of mucus. It was proposed that odorant-binding proteins, named OBP, transport odorants through olfactory mucus towards OR. In this work we studied a human OBP variant, hOBP-2A, which has a narrow specificity for aliphatic aldehydes and acids. Using site directed mutagenesis, we demonstrated the fundamental role, in this specificity, of a lysin located in the hydrophobic cavity of hOBP-2A. The functional expression of an olfactory receptor, OR1G1, revealed an activation of this receptor by some compounds that bind to hOBP-2A. Study of the activation of OR1G1 with and without hOBP-2A revealed that hOBP-2A did not have impact on OR1G1 activity. One cannot however exclude the possibility that the OBP is involved in other biological processes than odorants transport
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Rengifo, Gonzalez Juan. "Caractérisation structurale de TDP-43, une protéine de liaison à l’ARN, impliquée dans la Sclérose Latérale Amyotrophique (SLA)." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASE008.
Full textAbstract:
La Sclérose Latérale Amyotrophique (SLA), ou Maladie de Charcot, est une maladie neurodégénérative fatale et sans remède avec une prévalence de 2,5 à 3 cas par 100 000 habitants. Ce travail de thèse est consacré à TDP-43, une protéine de liaison à l'ARN, impliquée dans cette maladie et retrouvée dans des inclusions cytoplasmiques des neurones et motoneurones de malades SLA. Cette protéine cible principalement des longues séquences d'ARN riches en répétitions GU. En conditions normales, TDP-43 est localisée majoritairement dans le noyau. Elle est impliquée dans des processus d'épissage de l'ARN messager ainsi que dans la maturation et transport des ARNs. TDP-43 est impliquée dans la plasticité neuronale et dans la formation de compartiments appelés « phases liquides » par l'intermédiaire de granules de stress. Auparavant, il a été démontré que le domaine N-terminal (NTD) ainsi que le domaine C-terminal (CTD) intrinsèquement désordonné de TDP-43 sont impliqués dans des autoassemblages constitués de complexes de haut poids-moléculaire. Au cours de ce processus, le rôle des domaines RRMs responsables de la fixation de l'ARN reste à déterminer. Ainsi, le mécanisme déchiffrant le rôle de la fixation de cette protéine à l'ARN, dans son maintien à l'état normal ou pathologique, reste à élucider.Par une approche intégrative, nous avons entrepris une étude approfondie de la fixation de TDP-43 sur de longues séquences poly-GU, trouvées dans des régions introniques de certains pré-ARNm cibles de TDP-43. Nous avons montré que TDP-43 se fixe sur ces cibles poly-GU de manière coopérative en formant des multimères. Un modèle structural 3D a été obtenu lequel met en évidence une interface d'interaction entre deux unités monomériques de TDP-43 qui favorise la multimérisation. Cette interface intermoléculaire implique une poche centrée autour du résidu Val220, localisé dans le domaine RRM2 du premier monomère et la boucle 3 du domaine RRM1 de la seconde unité monomérique. Les résidus d'acides aminés et les interactions mises en jeu, pour la stabilité de cette interface, ont été identifiés. Par la suite, nous avons étudié in cellulo des formes mutées de TDP-43 dont la coopérativité est altérée. Ainsi, nous avons montré que la coopérativité de liaison de TDP-43 à l'ARNm est déterminante pour la solubilité de cette protéine aussi bien que pour la miscibilité de ses condensats dans les granules du stress au niveau du cytoplasme. Enfin, un modèle mécanistique a été proposé selon lequel des assemblages de TDP-43 mettant en jeu ses domaines RRM liés sur l'ARN, limitent des auto-interactions entre les domaines NTD et CTD des unités monomériques adjacentes. Ces assemblages favoriseraient ainsi la dynamique et la solubilité des complexes TDP-43/ARN. Une altération de la coopérativité d'interaction de ce complexe pourrait faciliter une fixation désordonnée de TDP-43 le long des ARNs ce qui favoriserait une abondance des interactions entre les domaines NTD et CTD et ainsi promouvoir l'agrégation de TDP-43. En conclusion, la multimérisation de TDP-43 opérée sur la plateforme ARN cible jouerait ainsi un rôle crucial dans le contrôle de son agrégation et dans certains processus d'épissage des ARN messagersAmyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) is a fatal neurodegenerative disease without any cure. The prevalence of ALS accounts for 2.5 to 3 cases per 100.000 inhabitants. This thesis work is devoted to TDP-43, an RNA-binding protein involved in ALS and found in cytoplasmic inclusions of neurons and motor neurons from ALS patients. The targets of TDP-43 are primarily GU-rich RNA sequences. In physiological conditions, TDP-43 localizes predominantly in the nucleus. The functions of this protein are associated to the splicing of messenger RNAs as well as the maturation and transport of RNAs. TDP-43 is also involved in the neuronal plasticity and in the formation of membrane-less compartments called “liquid-liquid phases” through the formation of stress granules (SGs). While the high-order TDP-43 self-assembly by its structured N-terminal (NTD) and the intrinsically disordered C-terminal domains (CTD) has been extensively studied, the role of the RRM domains responsible for the RNA binding remains unaddressed. Therefore, the mechanism dissecting the role of high-order TDP-43/RNA complexes in maintaining TDP-43 functional, in normal and pathological conditions, needs to be investigated.Through an integrative approach, we undertook an in-deep study regarding the TDP-43 binding on long poly-GU sequences which are found in the intronic regions of many TDP-43 target pre-mRNAs. We have shown that TDP-43 binds on poly-GU targets in a cooperative manner by self-assembling into multimers. A 3D structural model has been also obtained which highlights an interaction interface between deux monomeric TDP-43 units leading to the protein multimerization. This intermolecular interface involves a pocket centered around the V220 residue, located in the RRM2 domain of the first TDP-43 monomer and the loop 3 of RRM1 of the second monomer. The amino acid residues and the intermolecular interactions essential for the interface stability have been identified. Additionally, we have investigated, by in cellulo methods, several mutant forms of TDP-43 in which the cooperativity is impaired. Thus, we demonstrate that the cooperative binding of TDP-43 on mRNAs is critical to maintain the solubility of nuclear TDP-43 and the miscibility of TDP-43 condensates within cytoplasmic SGs. Based on the results presented here, we propose a mechanistic model in which the high-order TDP-43 assemblies promoted by the RRM domains bound to the RNA, constitutes a steric barrier limiting short range self-interactions between consecutive NTDs and CTDs of adjacent monomeric TDP-43 units. These assemblies may therefore favorize the dynamics and solubility of TDP-43/mRNA complexes. Impairments in the cooperative interaction of these complexes may lead to an anarchic attachment of TDP-43 along mRNAs leading to an increased occurrence of self-attraction between the NTDs and CTDs. Impaired multimers may then promote the TDP-43 aggregation. In conclusion, the TDP-43 multimerization on target RNA platforms would play a crucial role in processes linked to the control of its aggregation and mRNA splicing
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Vidal, Vincent. "Caractéristiques moléculaires et fonctionnelles d'une protéine mitochondriale de choc thermique de type hsp70 chez Phaseolus vulgaris." Toulouse 3, 1992. http://www.theses.fr/1992TOU30087.
Full textAbstract:
Au laboratoire, sont etudies les problemes lies a l'intervention du calcium dans la chaine de transduction de signaux extracellulaires chez les vegetaux. Dans ce contexte, a partir d'une banque d'adnc de haricot, un travail de clonage de calciproteines a ete entrepris. Le but de cette these a ete de caracteriser le produit d'un de ces clones sur les plans structural et fonctionnel. Le clone retenu code pour une proteine de choc thermique de masse moleculaire de 70 kda ou hsp70 qui comprend une extension de sequence en n-terminal. A l'aide d'experiences d'import dans des organites isoles des produits de transcription-traduction in vitro, il a ete demontre que le clone code pour le precurseur d'une hsp70 mitochondriale ou mthsp70. L'immunodetection, a l'aide d'anticorps site-specifique, a montre que cette proteine s'accumule dans la matrice sous forme de complexes de 270 et 420 kda. L'expression de mthsp70 est constitutive, cependant, lors d'un choc thermique, son expression est regulee au niveau post-transcriptionnel car le taux de son arnm augmente fortement sans variation apparente de la quantite de mthsp70. La caracterisation fonctionnelle a montre que mthsp70 est d'une part, phosphorylee de maniere calcium dependante, la forme phosphorylee etant un oligomere de 170 kda, d'autre part, affine pour l'atp et le calcium suggerant un mecanisme d'autophosphorylation. Ainsi, une hsp70 codee par un gene nucleaire et specifiquement vectorisee vers les mitochondries a ete caracterisee. Par son aptitude a s'associer a des proteines, elle pourrait intervenir dans les mecanismes de protection d'enzymes-cles, l'interaction reversible etant sous controle de la phosphorylation
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Hervé, Françoise. "Fonctions de transport de l'alpha-foetoprotéine et de l'albumine : comparaison des mécanismes de liaison : relations possibles avec la conformation des deux protéines." Paris 6, 1986. http://www.theses.fr/1986PA066226.
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Badia, Serge. "Purification d'une protéine insoluble oestrogeno-induite chez la rate et recherche dans l'utérus humain." Montpellier 1, 1988. http://www.theses.fr/1988MON11124.
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Holleran, Brian. "Identification de déterminants moléculaires de la liaison du récepteur et de l'urotensine II." Thèse, Université de Sherbrooke, 2009. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4300.
Full textAbstract:
Les récepteurs couplés aux protéines G (GPCRs) forment la classe de récepteurs la plus nombreuse et la plus étudiée. La compréhension du mode de fonctionnement de cette famille de récepteurs fait l'objet d'études intenses, tant au niveau de leur interaction avec le ligand qu'au niveau du processus d'activation suite à cette liaison. Le récepteur de l'U-II (UT) est un membre de la classe A des GPCRs et possède toutes les caractéristiques de cette famille. Notre hypothèse est que le récepteur UT possède des déterminants moléculaires identifiables qui sont impliqués lors de sa liaison à l'U-II et de son activation. Dans un premier temps, des études de marquage par photoaffinité du récepteur UT ont été effectuées en utilisant deux séries de ligands U-II qui contiennent le résidu photosensible para-benzoyl-L-phenylalanine (Bpa) et qui possèdent un caractère agoniste ou agoniste partiel. Il a été montré pour les deux séries de ligands que les quatre premiers résidus de l'U-II sont à proximité du résidu Met288 dans la 3e boucle extracellulaire du récepteur UT. Cette approche a également été utilisée pour comparer le patron de photomarquage entre deux ligands contenant le Bpa à la position 6, soit de l'analogue agoniste complet avec celui de l'analogue agoniste partiel. Il a été montré que le peptide agoniste photomarque les résidus Met184/Met185 du TMD4 de l'UT, tandis que l'agoniste partiel photomarque plutôt une région délimitée au TMD5. Le deuxième objectif du projet a été l'identification, au moyen de l'approche SCAM (Substituted Cysteine Assessibility Method) de résidus qui bordent la pochette de liaison du récepteur. Chacun des résidus des domaines transmembranaires 6 et 7 ont été mutés, un à un, par une cystéine. Suite au traitement par des composés MTS, la liaison du ligand [indice supérieur 125]I-U-II aux mutants F268C[indice supérieur (6.44)], W278C[indice supérieur (6.54)] et A282C[indice supérieur (6.58)] du TMD6 ainsi qu'aux mutants L298C[indice supérieur (7.34)], Y300C[indice supérieur (7.36)], T302C[indice supérieur (7.38)] et T303C[indice supérieur (7.39)] du TMD7 a été inhibée, démontrant que ces positions du récepteur font face à la pochette de liaison. L'ensemble de ces études mène à une meilleure compréhension des bases moléculaires de la liaison et de l'activation du récepteur UT et nous a permis de proposer un modèle moléculaire du récepteur UT ligandé. Ce modèle pourra ouvrir la voie vers une meilleure compréhension du processus de liaison et d'activation des GPCRs peptidergiques de la classe A.
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Lamaa-Mallak, Assala. "Rôle de la protéine de réparation de l'ADN Ku dans la régulation traductionnelle de l'ARNm p53." Thesis, Toulouse 3, 2015. http://www.theses.fr/2015TOU30291.
Full textAbstract:
L'augmentation des taux cellulaires de p53 en réponse aux dommages à l'ADN a été largement attribuée à une augmentation de la demi-vie de la protéine. Il est maintenant bien établi que la régulation traductionnelle de l'ARNm de p53 est également critique à la fois pour la répression de l'accumulation de p53 dans des conditions normales, et l'induction de la protéine en réponse aux dommages de l'ADN. Nos travaux se sont accès sur l'étude du rôle de facteur de réparation de l'ADN Ku dans la régulation traductionnelle de l'ARNm P53. Nous avons montré que Ku réprime la synthèse de la protéine p53 et l'apoptose p53-dépendante via la liaison à une structure en tige-boucle dans la 5'UTR de l'ARNm. Cependant, la répression traductionnelle exercée par Ku est levée après un stress génotoxique. Le mécanisme sous-jacent implique l'acétylation de Ku qui perturbe les interactions Ku-ARNm p53. Ces résultats suggèrent que la répression traductionnelle de p53 par Ku constitue un nouveau mécanisme cytoprotectif liant la réparation de l'ADN et la traduction des ARNmIncreases in p53 protein levels after DNA damage have largely been attributed to an increase in the half-life of the p53 protein. It is now well accepted that translational regulation of p53 mRNA is also critical for both repression of p53 accumulation in unstressed conditions and induction of the p53 protein in response to DNA damage. Our work focused on studying the role of DNA repair factor Ku in the regulation of P53 mRNA translation. We showed that Ku represses p53 protein synthesis and p53-mediated apoptosis by binding to a stem-loop structure within the p53 5'UTR. However, Ku-mediated translational repression is relieved after genotoxic stress. The underlying mechanism involves Ku acetylation which disrupts Ku-p53 mRNA interactions. These results suggest that Ku-mediated repression of p53 mRNA translation constitutes a novel cytoprotective mechanism linking DNA repair and mRNA translation
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Banville, Isabelle. "Étude des caractéristiques biochimiques et structurales de la protéine DMC1 de Schizosaccharomyces pombe." Thesis, Université Laval, 2004. http://www.theses.ulaval.ca/2004/22203/22203.pdf.
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Peu de données sont connues à savoir comment des protéines méiotiques régulent la recombinaison homologue de façon biochimique. Lors d'études effectuées chez l'humain, il a été démontré que hRad51 se comporte sensiblement comme le fait son homologue bactérien, RecA. Malgré que hDmc1 possède une séquence d’acides aminés possédant 52% d’identité à celle de hRad51, ses caractéristiques et ses capacités sont différentes.
Afin d’étudier si cette disparité est conservée chez l'organisme Schizosaccharomyces pombe nous avons purifié et étudié biochimiquement la protéine Dmc1 de cet organisme. Nous montrons que spDmc1 lie préférentiellement l'ADN simple brin et protubérant à l'ADN double brin, une propriété similaire à son homologue bactérien RecA. SpDmc1 purifiée est capable de catalyser des réactions d’échange de brins, telles que rencontrées durant la recombinaison homologue. Contrairement à la protéine humaine, spDmc1 a la capacité de lier l'ADN et d'y former un filament hélicoïdal, la signature des recombinases classiques.