Dissertations / Theses: 'Protéine de matrice'

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Hubert-Luco, Sophie. "Impact de la protéine de matrice des lyssavirus sur la réponse de l'hôte." Paris 7, 2012. http://www.theses.fr/2012PA077053.

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Abstract:

La protéine de matrice (M) des lyssavirus, les agents de la rage, intervient à de nombreuses étapes du cycle viral aboutissant à la formation de nouvelles particules infectieuses. Elle est directement impliquée dans les dysfonctionnements cellulaires liés à l'infection par le virus rabique, en particulier dans l'induction de l'apoptose de la cellule infectée. Cette étude a porté sur les différents impacts de la protéine M sur la réponse de l'hôte. Nous avons décrit et caractérisé une nouvelle protéine cellulaire ciblée par la protéine M des isolats de terrain de lyssavirus : RelAp43. Nous avons montré qu'elle possède toutes les caractéristiques d'un membre de classe I au sein de la famille de facteurs de transcription NF-kB. Nous avons mis en évidence ses capacités à moduler l'expression génique, notamment de gènes impliqués dans l'immunité innée comme l'IFN-ß. RelAp43 est capable de modifier l'équilibre des différentes combinaisons de dimères NF-kB, en limitant la dégradation de p50 d'une part, et en inhibant la formation du dimère RelA-p50 d'autre part. Ce travail a montré que RelAp43 est ciblé spécifiquement par les protéines M des isojats de terrain, au contraire des souches vaccinales de lyssavirus. Cette interaction se traduit au niveau fonctionnel par une inhibition de la voie NF-kB et de l'induction de l'expression de l'IFN-ß. Nous avons montré que les résidus 77 et 104 de la protéine M sont nécessaires à l'interaction avec RelAp43, et que les résidus 100 et 110 sont indispensables pour que cette interaction se traduise par une inhibition de la réponse de l'hôte. Ce travail a également porté sur l'importance du niveau de multimérisation de la protéine M dans la régulation de ses interactions avec des facteurs cellulaires. Nous avons travaillé sur la mise au point d'un protocole de production et de purification de protéine M en bactérie. Grâce à des outils biophysiques (ultracentrifugation analytique, diffusion dynamique de lumière), les capacités de multimérisation de la protéine M de deux isolats ont été étudiées de façon comparative. Nous avons cherché à corréler les propriétés biophysiques des protéines M de différentes souches avec des observations biologiques portant sur l'induction de l'apoptose et la modulation de la voie NF-kB
The matrix protein (M) of lyssaviruses plays some pivotal roles during the viral life circle. This study aimed at describing the impact of the M protein on host response. We described and characterized a novel cell protein targeted by the M protein of field isolates of lyssaviruses : RelAp43. We demonstrated that it exhibits all the properties of a class I member of the NF-kB family of transcription factors. We have shown that RelAp43 can modulate gene expression, in particular for genes involved in innate immunity like IFN-p. RelAp43 is able to modigy the equilibrium between the differents NF-kB dimers, by limiting p50 degradation and inhibiting the association between p66/RelA and p50. This work demonstrated that RelAp43 is specifically targeted by M protein from field isolates of lyssaviruses, contrary to vaccine strains. This interaction induces an inhibition of the NF-kB pathway and of IFN-ß expression. We established that residues 77 and 104 of the M protein were necessary to its interaction with RelAp43, while positions 100 and 110 are crucial of the host response inhibition. We also studied the role of protein M multimerisation on its modulation of host response. We developed a protocol of production and purification of M protein in bacteria. Using biophysical approaches (analytical ultracentrifugation and dynamic light scattering), we compared the biophysical properties of M protein in term of multimerisation. We tried to correlate their oligomerisation abilities with some biological observations about the induction of apoptosis and the modulation of NF-kB signaling

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Gaudier, Martin. "Etude structurale de la protéine de matrice du virus de la stomatite vésiculaire." Paris 11, 2002. http://www.theses.fr/2002PA112219.

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Abstract:

Le Virus de la Stomatite Vésiculaire est un virus enveloppé affectant principalement les mammifères. Non pathogène pour l'homme et facile à cultiver, il constitue un modèle idéal pour étudier les différents mécanismes du cycle infectieux. Lors de la dernière étape de ce cycle, VSV acquiert sa membrane en bourgeonnant au travers de la membrane cytoplasmique de sa cellule hôte. La protéine de matrice (M), une des cinq protéines virales, joue un rôle clef lors de ce phénomène. Elle est aussi responsable de l'assemblage et de la condensation de la nucléocapside virale, ainsi que d'effets cytopathogènes du virus. Deux propriétés biochimiques de la M liées à l'assemblage et au bourgeonnement ont été identifiées: elle est capable de s'auto-assembler et de s'associer aux membranes. Cette thèse présente d'abord l'étude de la protéine M par protéolyse ménagée menant à la purification de fragments solubles de la protéine ayant permis d'obtenir des cristaux de la protéine. Elle présente ensuite la détermination de la structure de cette protéine par radiocristallographie. Enfin, des études sur l'interaction de la protéine et de certains de ses mutants avec les membranes permettent de proposer un mode d'interaction de la protéine avec les membranes
Vesicular Stomatitis Virus, an enveloped virus, infects mainly mammals. As it is nonpathogenic for humans and easy to grow, VSV is used as a model to study the different mechanisms of the infectious cycle. During the last stage of this cycle, VSV acquires its membrane by budding through the membrane of its host cell. The matrix protein, one of the five proteins of VSV, plays a major role in this process. This protein is also involved in viral assembly and nucleocapsid condensation and is responsible for the cytopathogenic effects of the virus. Two biochemical properties have been linked to the assembly and budding functions of the M protein : the protein self-associates and binds to membranes. The present work describes the study of M protein by limited proteolysis that lead to the purification of soluble fragments that were crystallized. We also present the determination of the structure of the M protein by radiocrystallography. Together with studies of membrane association of native and mutants of the protein, the structure helped us to propose a mode of membrane interaction of the protein

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Gholami, Alireza. "Caractérisation des domaines de la protéine de matrice des lyssavirus impliqués dans l'induction de l'apoptose." Paris 7, 2008. http://www.theses.fr/2008PA077152.

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Abstract:

La protéine de matrice (m) des lyssavirus possède un rôle important dans la morphogenèse virale. Dans cette étude, nous avons mis en évidence que la protéine m du virus mokola (mok) un virus peu pathogene du génotype 3 est dirige vers la mitochondrie, et induit par la voie mitochondriale une apoptose précoce, contrairement à celle d'un virus de génotype 1 (tha). Par des mutations de délétion de m-mok, nous avons démontré qu'une région située entre les acides aminés 67 à 86 de cette protéine (fragment m1-7), retient toutes ces propriétés. Une analyse par le système double hybride en levure et par co-immunoprécipitation montre que le partenaire cellulaire de m-mok dans ce contexte est la sous unité 1 de la cyt c oxydase (cc01), ceci contrairement à m-tha. Nous avons également démontré que m1-7 est implique dans la mort cellulaire médiée par trail. L'analyse par mutagenèse dirigée, basée sur la différence des séquences peptidiques de m-mok et m-tha nous a permis de démontrer l'indépendance de ces deux voies d'induction de mort cellulaire programmée dans le modèle lyssavirus. La modulation de ces deux voies est gouvernée par deux résidus clés en position 77 et 81 de m. Les structures tridimensionnelles de m de lyssavirus et de vesiculovirus obtenues a partir de leurs cristaux ont permis de localiser différents domaines et motifs fonctionnels et structuraux de m. Ces structures ont révèléc un mode unique d'auto association de m participant très probablement à la régulation du dialogue avec la cellule hôte
The matrix protein (m) of lyssaviruses plays a pivotal role during the viral life cycle. We have shown here that m of the mokola virus (mok, a lyssavirus of low pathogenicity, belonging to genotype 3) migrates into the mitochondria and induces an early cell death through mitochondrial pathway, conversely to m of a genotype 1 lyssavirus (tha). Different m-mok truncated mutants have shown that the region involved in this activity is located between residues 67-86 of the molecule (mutant m1-7) where a mitochondrial localization signal also resides. Using a yeast double hybrid system as well as co-immunoprecipitation we have found that the cellular partner of m-mok involved in cell death induction is the subunit 1 of mitochondrial cyt c oxidase complex (cco1). This interaction was not seen with m-tha. We have shown that m1-7 is also involved in cell death induction through a trail-dependant pathway. Site-directed mutagenesis analyses based on amino acid sequence differences of m-tha and m-mok led us to show the independence of the two pathways of the programmed cell death in lyssavirus model which are modulated by two key residues at positions 77 and 81 of m. By resolving the three-dimensional structure of lyssavirus and vesiculovirus m through their crystallization, different structural and functional motifs and domains of m were shown. Those structures have shown a new model of self-association that contributes most probably to regulation of dialogue with the host cell

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Kerviel, Adeline. "Implication des domaines basiques de la protéine de matrice M1 dans l'assemblage membranaire du virus de la grippe A." Thesis, Montpellier 2, 2014. http://www.theses.fr/2014MON20129.

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Abstract:

Lors de la réplication du virus de la grippe, la protéine de matrice M1 prend part au transport des complexes vRNP. Elle interagit également avec les queues cytoplasmiques des protéines virales membranaires et la membrane plasmique de la cellule hôte au site d'assemblage, et est responsable de la structure de la particule virale. Le domaine N-terminal de M1, composé des 164 premiers acides aminés, possède deux motifs basiques exposés : un signal de localisation nucléaire (NLS, 101-105) sur l'hélice 6 et un triplet d'arginines (76-78) sur l'hélice 5. L'objectif de cette thèse était d'étudier (1) le rôle de ce domaine basique, en comparaison avec le NLS, dans l'accrochage membranaire de M1 et dans l'assemblage du virus de la grippe A/H1N1pdm2009 et (2) de définir dans notre système expérimental cellulaire les protéines virales requises pour la production de VLP (Virus Like Particles) de la grippe contenant M1. In vitro, par des tests de cosédimentation de protéines recombinantes M1 (domaine N-terminal) sauvages ou mutées avec des LUVs (Large Unilamellar Vesicles) contenant des lipides chargés négativement, il fut possible d'observer que les domaines basiques (NLS et triplet d'arginines) sont impliqués dans l'interaction M1-membranes biomimétiques, via une interaction électrostatique entre M1 et les lipides chargés négativement (comme la PS). In cellulo, nous avons pu observer que M1, lorsqu'elle est exprimée seule, ne s'accroche pas de manière efficace à la membrane. Par contre, lorsque M2 et NS1/NEP sont coexprimées, la fraction de M1 liée aux membranes est dix fois plus importante. De plus, la coexpression de M1, M2 et NS1/NEP nous permet d'observer la production de VLP par Western blot et AFM (Atomic Force Microscopy), même en absence des glycoprotéines d'enveloppe HA et NA. Par mutagenèse dirigée, nous avons pu observer que les résidus chargés négativement de la queue cytoplasmique de M2 sont nécessaires à la localisation membranaire de M1 et à la production de VLP, comme décrits dans la littérature. De manière intéressante, quand un mutant du triplet d'arginines est exprimé, il y a trois fois moins de M1 accrochée aux membranes (M1 reste cytosolique), et la production de VLP est fortement diminuée. Un mutant du NLS diminue également l'accrochage membranaire de M1 mais seulement de 10%. Ces domaines basiques, et plus particulièrement le triplet d'arginines, semblent donc être impliqués dans des interactions électrostatiques entre M1 et les lipides chargés de la membrane, ou M1 et les résidus chargés de la queue cytoplasmique de M2, ou les deux. L'ensemble de ces travaux apporte une nouvelle vision moléculaire de l'assemblage du virus de la grippe A/H1N1
The M1 matrix protein, lying beneath the viral lipid envelop, plays many roles in influenza virus assembly. Not only it structures the viral particle but it also associates to the vRNP complexes in the nucleus and it supposedly binds to the cell plasma membrane and to the cytoplasmic tails of the viral membrane proteins at the assembly site. M1 N-terminal domain, composed of 164 amino acids, exhibits two basic domains: the NLS (Nuclear Localization Signal) on helix 6 and a triplet of arginines on helix 5. We decided to investigate the role of those basic domains regarding the molecular assembly mechanism of the influenza A/H1N1pdm2009 virus and the attachment of M1 at the cell membrane. In vitro, we observed that when the triplet of arginines is mutated, the percentage of M1 bound to LUVs (Large Unilamellar Vesicles) containing negatively charged lipids decreases, as it is the case for a full mutant of the NLS motif. In cellulo, by using cellular fractionation, membrane flotation assays, and immunofluorescence microscopy, we observed that when expressed alone, M1 is poorly bound to the cellular membranes whereas in the presence of NS1/NEP (Non Structural protein 1 and Nuclear Export Protein) and M2 viral proteins, the M1 membrane bound fraction is increased by 10 times. M2 appears to be essential for M1 membrane localization. In order to decipher the mechanism, we used directed site mutagenesis of M1 and M2. When we mutated some negatively charged residues of the M2 cytoplasmic tail, we no longer observed either the localization of M1 at the cell membrane or VLP (Virus Like Particles) production, in agreement with the literature. In addition, when we mutated the M1 arginine triplet, M1 remained cytosolic and VLP production was almost completely abolished, even when M2 and NS1/NEP were coexpressed. Whereas a mutant of the arginine triplet decreases by 20% the percentage of M1 attached to cellular membranes, a mutant of the NLS has a mild effect (10% of decrease is observed). Thus, M1 basic domains, particularly the arginine triplet, can trigger electrostatic interactions between M1 and the lipids, or M1 and the cytoplasmic tail of M2, or both, at the viral assembly site. These results highlight the molecular mechanism of A/H1N1 influenza virus assembly

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Sutter, Julien. "SMAR1,un composant de la matrice nucléaire : quelques caractéristiques structurales et fonctionnelles du gène et de la protéine." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2003. http://www.theses.fr/2003STR13232.

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Millon, Fremillon Angélique. "Fonction et régulation de la protéine ICAP-1alpha dans la dynamique de l'adhérence cellulaire dépendante des intégrines à chaîne beta1." Grenoble 1, 2009. http://www.theses.fr/2009GRE10254.

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Abstract:

L'adhérence à la matrice extracellulaire dépendante des intégrines est un processus dynamique et hautement régulé assurant la motilité cellulaire. La protéine ICAP-1alpha interagit avec le domaine cytoplasmique de l'intégrine beta1 et désorganise les adhérences focales in vitro. Comme ICAP-1alpha est absent des adhérences, cette protéine pourrait avoir une action transitoire et finement régulée au niveau de beta1. Dans un premier temps, j'ai pu montrer que ICAP-1alpha ralentit la phase d'assemblage des adhérences en maintenant l'intégrine beta1 en état de faible affinité pour son ligand. De façon surprenante, la régulation négative de l'affinité de l'intégrine beta1 par ICAP-1alpha assure la perception des faibles densités de matrice extracellulaire et l'adaptation de la réponse cellulaire adhésive à cet environnement. ICAP-1alpha agit comme un capteur mécanique qui limite l'assemblage des sites d'adhérence et ralentit la migration et l'étalement des cellules sur des matrices peu denses. Dans un second temps, la voie de signalisation contrôlant l'activité de ICAP-1alpha sur la fonction de l'intégrine beta1 a été caractérisée. ICAP-1alpha possède des sites consensus de phosphorylation dont un reconnu par la protéine kinase dépendante du calcium et de la calmoduline de type II, la CaMKII. Plusieurs évidences révèlent que la CaMKII régule la fonction d'ICAP-1alpha. La phosphorylation d'ICAP-1alpha sur le site reconnu par la CaMKII stimule la liaison de cette protéine sur beta maintient cette intégrine en état de faible affinité pour son ligand et réduit la formation des adhérences focales
Cell adhesion to extracellular matrix mediated by integrins is a highly regulated dynamics process which allows cell motility. Among integrins regulators, ICAP-1alpha interacts with beta1 integrin cytoplasmic tail and disrupts adhesion sites. Since ICAP-1alpha is not localized into adhesions, it could reflects a transitory and finely regulated action onto beta1 integrin. In the first part of my work, I shown that ICAP-1alpha specifically slow-downs adhesion assembly by maintaining the low affinity state of beta1 integrin. Surprisingly, I found an unexpected function of ICAP-1alpha in the sensing of low extracellular matrix densities and in the adaptation of cell adhesive response to this environment. ICAP-1alpha acts as a mechanosensor which limits adhesion sites assembly and slow-downs cell adhesion and migration on low matrix densities. In a second part, I characterized the signaling pathway controlling ICAP-1 activity on beta1 integrin function. ICAP-1alpha is a phosphoprotein which displays different putative phosphorylation sites and one is potentially recognized by the calcium/calmodulin dependant protein kinase II, CaMKII. Many evidences reveal CaMKII implication in the regulation of ICAP-1alpha function. ICAP-1alpha phosphorylation on the CaMKII site induces its interaction onto beta1 integrin. CaMKII activity reduces the formation of adhesion complexes by promoting ICAP-1alpha binding onto beta1 integrin and by maintaining its low affinity state

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Fraichard, Stéphane. "Etude de l'expression et de la fonction d'une protéine de la matrice extracellulaire, la Tenebrine, chez Drosophila Melanogaster." Dijon, 2002. http://www.theses.fr/2002DIJOS037.

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Belaadi, Nejma. "Régulation de la mitose par la rigidité de la matrice extracellulaire : étude du rôle de la protéine SUN2." Thesis, Nantes, 2017. http://www.theses.fr/2017NANT1028/document.

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Abstract:

Au sein des tissus, les cellules sont entourées par une matrice extracellulaire (MEC) dont les propriétés mécaniques influencent de nombreux aspects du comportement cellulaire, tels que la migration ou la différenciation. L’objectif de ce travail était d’explorer les effets de la rigidité de la MEC sur la mitose. En utilisant des hydrogels de polyacrylamide, nous avons observe que des cellules murines et humaines cultivées sur des matrices de rigidités croissantes se divisent plus rapidement. Grace a une analyse protéomique, nous avons mis en évidence que SUN2, une protéine de l’enveloppe nucleaire participe a la régulation de la progression mitotique en réponse a la rigidité de la MEC. Sur une matrice rigide, la stabilité et l’expression de SUN2 augmentent, favorisant ainsi le recrutement de l’actine au niveau cortical lors de la mitose et la progression de la métaphase. L’ensemble de ces résultats révèle l’existence d’un nouveau mécanisme régulant la division cellulaire en fonction de la rigidité de la MEC. Ce mécanisme pourrait notamment jouer un role important dans de nombreux contextes physiologiques et pathologiques associes a une rigidification de la MEC tels que le vieillissement ou l’hypertension artérielle
Within tissues, cells are surrounded by an extracellular matrix (ECM), whose mechanical properties regulate many aspects of cell behavior, including motility and differentiation. Here we examined the effect of ECM rigidity on cell division. We found that cells divide more rapidly when cultured on substrates with increasing stiffness. We next compared the proteomic content of cells dividing on soft and stiff substrates and we found that ECM rigidity regulates the stability of the LINC complex component SUN2, whose level of expression affects mitotic progression. On rigid substrates, high level of SUN2 promotes cortical actin recruitment, force generation and mitotic progression, while low level of SUN2 delays the onset of anaphase when cells are grown on soft ECM. These results revealed a new mechanism that regulates mitotic progression in response to changes in ECM rigidity

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Rousselle, Patricia. "Caractéristiques et fonctions de la kalinine : une protéine spécifique des membranes basales épithéliales." Lyon 1, 1994. http://www.theses.fr/1994LYO10057.

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Abstract:

La jonction dermo-epidermique est la zone unique et complexe qui relie les cellules de l'epiderme (les keratinocytes) au derme sous-jacent. Cette membrane basale se distingue des autres membranes basales de l'organisme par la presence de structures anatomiques particulieres que sont les hemisdesmosomes. Des molecules tres specifiques telles que l'antigene de la pemphigoide bulleuse, la kalinine, l'integrine alpha 6 beta 4 et le collagene 7 sont retrouvees a proximite des hemidesmosomes et sont supposees jouer un role dans leur organisation structurale et dans leur fonction mecanique et biologique. Nous avons identifie et isole l'une de ces proteines, la kalinine qui s'est averee etre une isoforme de la laminine. L'immunolocalisation ultrastructurale de la kalinine montre qu'elle est associee aux filaments d'ancrage, structures qui relient les hemidesmosomes a la partie basale de la jonction dermoepidermique. La methode de purification ainsi que la caracterisation chimique et structurale de la kalinine sont developpees dans cette these. Par ailleurs, nos analyses biochimiques ont montre que la forme tissulaire mature de la kalinine est liee par liaison covalente avec la laminine-k. La kalinine presente la propriete d'engager des interactions cellulaires et nos experiences d'adhesion cellulaire in vitro ont permis de montrer que la kalinine est une proteine d'adhesion preferentielle pour les keratinocytes humains normaux et pour un certain nombre de lignees cellulaires d'origine epitheliales. Par ailleurs, nous avons montre que l'adhesion cellulaire sur la kalinine fait intervenir des recepteurs cellulaires de la famille des integrines, plus precisement les integrines alpha 3 beta 1 et alpha 6 beta 1. Les differentes proprietes de la kalinine laissent presumer d'une fonction primordiale et specifique de cette proteine envers les cellules basales des epithelia pluristratifies et dans les structures d'ancrage de l'epiderme au derme que sont les hemidesmosomes

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Chavey, Carine. "Identification de gènes dérégulés dans le tissu adipeux au cours de l'obésité : étude de la protéine "matricellulaire" SPARC et des métalloprotéinases." Nice, 2003. http://www.theses.fr/2003NICE4082.

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Abstract:

L'obésité est un problème de santé publique qui résulte d'interactions entre des facteurs génétiques et environnementaux. Nous avons identifié SPARC comme étant une nouvelle protéine surexprimée dans l'adipocyte de souris obèses. Nous avons montré que SPARC est régulée in vivo par l'insuline et par la prise alimentaire dans le tissu adipeux. La protéine SPARC augmente l'expression de PAI-1 (plasminogen activator inhibitor-1) dans des explants de tissu adipeux suggérant que SPARC pourrait jouer un rôle important dans les complications cardiovasculaires associées à l'obésité. De plus, SPARC est exprimée dans le tissu adipeux humain et son expression est augmentée au cours de la différenciation de préadipocytes humains in vitro. A l'aide de souris génétiquement modifiées au niveau des récepteurs adrénergiques, nous avons mis en évidence que SPARC pourrait être impliquée dans l'hyperplasie de ce tissu. Ensuite, nous avons montré que les expressions de certaines métalloprotéinases (MMP), des protéases de la matrice extracellulaire, et de leurs inhibiteurs (TIMP) sont dérégulées dans le tissu adipeux obèse. Leurs activités protéolytiques sont également modulées. Nous avons découvert une nouvelle activité caséinolytique de ~30 kDa augmentée spécifiquement dans l'adipocyte obèse. L'inhibiteur des MMPs, le BB-94, bloque la différenciation de préadipocytes in vitro en inhibant l'expression du facteur de transcription C/EBPb, suggérant un rôle important du système MMP/TIMP dans l'adipogenèse. En conclusion, les éléments contrôlant l'intégrité de la matrice extracellulaire tels que SPARC et les MMPs jouent un rôle important lors du développement du tissu adipeux associé à l'obésité
Obesity represents a major health problem and results from interactions between genetic and environmental factors. By suppressive subtractive hybridization, we identify SPARC as a new extracellular protein upregulated in obese adipocytes. We show that SPARC is regulated in vivo by insulin and food intake. Purified SPARC increases PAI-1 (plasminogen activator inhibitor-1) mRNA level in adipose tissue explants suggesting that SPARC may play a role in adipose tissue development and/or in obesity-associated complications. Moreover, SPARC is expressed in human fat tissue and its expression is increased during adipose conversion of human preadipocytes. Using genetically modified mice on adrenergic receptors, we show that SPARC may be involved in adipose tissue hyperplasia. Next, we analyzed the expression of the metalloproteinases (MMP) and their inhibitors (TIMP) during obesity. We observe that some MMPs and TIMPs are dysregulated in obese adipose tissue especially in stromal fraction. We show that their proteolytic activities are also modulated and we discover a new ~30kDa-caseinolytic activity upregulated in obese adipocytes. Finally, the MMP inhibitor, BB-94, represses the adipose conversion of rat primary preadipocytes by preventing the early expression of C/EBPb transcription factor. These results suggest a major role of the MMPs/TIMPs balance in adipogenesis and during adipose tissue growth. In conclusion, we demonstrate that proteins involved in extracellular matrix integrity, such as SPARC and the metalloproteinases, play an important role in adipose tissue development during obesity. Extracellular matrix remodelling could be required for adipose tissue growth

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Hobeika, Maya. "Etude de la répression de la protéine matricellulaire SPARC dans deux lignées humaines de neuroblastomes." Lyon, École normale supérieure (sciences), 2008. http://www.theses.fr/2008ENSL0454.

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Abstract:

La transformation cellulaire et la formation de tumeurs sont des processus multi-étapes, dans lesquels les facteurs de transcription AP-1 et les protéines matricellulaires peuvent contribuer à plusieurs niveaux. SPARC (Secreted Protein Acidic and Rich in Cysteine) est une protéine matricellulaire dont l’expression est dérégulée dans la majorité des cancers humains, et notamment réprimée dans les neuroblastomes, qui représentent les tumeurs extra-crâniennes solides les plus répandues chez l’enfant. Nos objectifs au cours de cette thèse ont été de déterminer la contribution d’une répression de SPARC au caractère tumorigène des neuroblastomes, et d’analyser les mécanismes de cette répression, en particulier par les facteurs AP-1. Les travaux menés ont permis de montrer, dans 2 lignées de neuroblastomes agressifs isolés au Centre Léon Bérard (Lyon), que la répression de SPARC était importante pour la formation de tumeurs in vivo, et qu’elle était sous le contrôle des facteurs AP-1 fonctionnant en collaboration avec le facteur de transcription ubiquitaire Sp1
Analysis of the repression of matricellular protein SPARC in two human neuroblastoma cell lines. Cellular transformation and tumor formation are multi-step processes in which AP-1 transcription factors and matricellular proteins can be involved in several ways. SPARC (Secreted Protein Acidic and Rich in Cysteine) is a matricellular protein of which expression is disrupted in most human cancers, and particularly repressed in neuroblastomas, which are the most common extracranial solid tumors in children. The aims of this thesis were to determine the contribution of SPARC repression to the tumorigenic properties of neuroblastomas, and to analyze its control mechanisms, especially by AP-1 factors. This work allowed demonstrating, in 2 aggressive neuroblastoma cell lines isolated in Léon Bérard Cancer Center (Lyon), that the repression of SPARC was important for in vivo tumor formation, and that it was controlled by AP-1 factors, which act in collaboration with the ubiquitous transcription factor Sp1

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Serriere, Jennifer. "Études fonctionnelles et structurales de protéines rétrovirales, Gag du FIV et Tat du VIH-1, à des fins thérapeutiques et vaccinales." Thesis, Lyon 1, 2012. http://www.theses.fr/2012LYO10167.

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Abstract:

Depuis sa découverte il y a plus de 30 ans, le Virus de l’Immunodéficience Humaine est à l’origine d’une importante mortalité dans le monde. De par la difficulté de tester l’efficacité de formulations thérapeutiques et/ou vaccinales directement chez l’homme, des études d’infections modèles du VIH, comme celle du Virus de l’Immunodéficience Féline (FIV), ont été entreprises ces dernières années. Au-delà de son intérêt vétérinaire, l’étude du FIV représente un avantage important pour trouver un moyen de contrôler les infections par les lentivirus tel que le VIH. Elle peut permettre de développer et surtout de tester l’efficacité des vaccins et/ou thérapies spécifiques chez le chat, dont le SIDA mime les symptômes et les modifications hématologiques rencontrés chez l’homme. Ce manuscrit s’est intéressé à l’étude structurale de deux familles de protéines virales de ces virus, les protéines lentivirales précoces (protéine Tat du VIH) et tardives (domaines Capside CA et Matrice MA de Gag du FIV). L’étude structurale de ces protéines et leur compréhension fonctionnelle au sein de l’hôte pourront à l’avenir ouvrir de nouvelles voies thérapeutiques et/ou vaccinales contre les lentivirus, palliant ainsi les problèmes existants de résistances virales
Since its discovery 30 years ago, the Human Immunodeficiency Virus is the cause of an important mortality worldwide. Because of the difficulty to test the efficiency of therapeutical and/or vaccinal formulations directly in humans, studies of models of HIV infections, such as the Feline Immunodeficiency Virus (FIV), have been performed in recent years. In addition to its veterinary interest, the study of FIV is an important issue to find a way to control infections by lentiviruses such as HIV. It can help to develop and test the efficiency of specific therapies and/or vaccines for cats, where AIDS mimics the symptoms and hematologic changes observed in humans. This manuscript describes the structural study of two types of viral proteins of these viruses, early lentiviral proteins (HIV Tat protein) and late lentiviral proteins (CA capsid and MA Matrix domains of FIV Gag). The structural study of these proteins and their functional understanding into the host will open new therapeutic and/or vaccine strategies against these lentiviruses in the future, in order to overcome the existing problems of viral resistance

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Obiang, Linda. "Rôles des partenaires cellulaires de la protéine de matrice du virus de la stomatite vésiculaire dans le cycle viral." Paris 7, 2011. http://www.theses.fr/2011PA077044.

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Abstract:

La protéine de matrice (M) du virus de la stomatite vésiculaire (VSV) est une petite protéine multifonctionnelle de 26,6 kDa. La protéine M joue un rôle majeur dans les processus d'assemblage et de bourgeonnement du VSV. Elle est aussi responsable de l'extinction des synthèses cellulaires, elle déstabilise le réseau de microtubule et induit l'apoptose par voie mitochondriale. Pour remplir l'ensemble de ses fonctions, la protéine M recrute des partenaires cellulaires. Certains de ces partenaires étaient déjà connus. Parmi ceux-ci, nous nous sommes intéressés aux protéines Nedd4, une ubiquitine ligase, et TSG101, un composant du complexe ESCRT I. Lors d'un crible double hybride effectué au laboratoire, nous avons identifié trois nouveaux partenaires de la protéine M : la dynamine, une GTPase impliquée dans le processus d'endocytose, LMP2, une sous-unité catalytique de l'immunoprotéasome et l'a-caténine, une protéine appartenant aux complexes formant les jonctions intercellulaires. Dans un premier temps, nous avons étudié les rôles des protéines Nedd4, TSG101 et dynamine dans les étapes tardives du cycle viral : l'assemblage et le bourgeonnement. Nous avons caractérisé des virus recombinants mutants dont la protéine de matrice n'interagit plus avec un ou deux de ces partenaires. Pour ce faire, nous avons mis au point une nouvelle technique, plus précise, de titration du virus par fluorescence. Cette technique a été utilisée pour établir les cinétiques de production des différents virus recombinants dans divers types cellulaires. L'ensemble de nos résultats suggère que TSG101 a un rôle dans le bourgeonnement que l'on ne met en évidence que dans un contexte de double mutation. Nos observations de microscopie électronique nous ont indiqué que la dynamine intervient en amont de la protéine Nedd4. Enfin, les virions dont la protéine de matrice n'interagit plus avec Nedd4 ont une morphologie aberrante et leur protéine de matrice n'est plus ubiquitinylée. Nous nous sommes ensuite intéressés aux nouveaux partenaires de la protéine de matrice : les protéines LMP2 et l'a-caténine. Nous avions exprimé ces protéines en fusion avec la GST et nous avons montré que ces constructions étaient bien capables d'interagir avec la protéine de matrice, confirmant ainsi les interactions mise en évidence par double hybride. Enfin, nous avons précisé les résidus et les domaines impliqués dans les associations M-LMP2 et M-a-caténine. Des expériences préliminaires nous ont aussi permis de voir que la protéine de matrice et l'a-caténine colocalisent au niveau de la membrane des cellules. L'ensemble de ces résultats contribue à une meilleure compréhension de l'interactome complexe de la protéine de matrice et au rôle des diverses protéines le constituant
The matrix protein (M) of vesicular stomatitis virus (VSV) is a multifunctional 26,6 kDa small protein. M protein plays a key role in assembly and budding processes and is responsible for cellular synthesis shut down, microtubules destabilization and apoptosis. For these reasons, M protein recruits several cellular partners. Among cellular proteins identified so far, we are interested in Nedd4, E3 unbiquitin ligase and TSG101, a component of ESCRT I complex. 2-Yeast Hybrid technique allowed us to identify three news partners for M protein: Dynamin, protein involved in endocytic pathway, LMP2, catalytic subunit of immunoproteasome and Catenin a, that belongs to intercellular junctions. First, we studied the implication of Nedd4, TSG101 and dynamin during late stages of the viral cycle: assembly and budding. We characterized recombinants mutant virus containing matrix protein that does not interact anymore with one or two partners. For that, we developed a new technique to titrate with higher accuracy viral supernatants. We applied this technique for growth curves in different cell type. Our results" suggest that TSG101 plays a role during budding that highlighted with double mutant virus. EM observations indicate that dynamin acts upstream Nedd4. We also showed that some viral particles produced from an infection using virus containing M protein that does not interact with Nedd4 display an aberrant morphology and their M protein is no longer ubiquitinated. After, we started the study of new partners of M protein: LMP2 and Catenin a, previously identified. We expressed these proteins in fusion with GST and we have shown that these buildings were well able to interact with the M, confirming both interactions. Finally we could define residues and domains involved in M-LMP2 and M-Catenin a interactions. Preliminary experiments show that M protein and Catenin a colocalize at level of epithelial cells membrane. An results contribute to a better understanding of the interactome complex matrix protein

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Roulet, Muriel. "Rôle du collagène V dans l'élaboration de matrice extracellulaire : production recombinante de la protéine, interactions moléculaires et tests fonctionnels in vivo." Lyon 1, 2007. http://www.theses.fr/2007LYO10099.

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Abstract:

Le collagène V est faiblement représenté dans les tissus. Sa discrète présence tissulaire ne le confine cependant pas à un rôle insignifiant. De fait, des mutations sur ses gènes sont la cause chez l’homme de l’apparition du syndrome d’Ehlers-Danlos classique, caractérisé par une hyperétirabilité de la peau et une hypermobilité des articulations. Le projet de recherche qui m'a été confié visait à définir le rôle exact du collagène V dans l'élaboration de matrices extracellulaires fonctionnelles c'est-à-dire dont les propriétés biomécaniques et physiologiques sont préservées. Le développement de deux approches s’est avéré incontournable : (1) caractériser les interactions avec d'autres composants matriciels, en particulier les protéoglycannes, et définir leurs implications dans la fibrillogénèse, (2) générer des modèles murins par transgénèse pour mieux cerner le rôle de ce collagène in vivo au cours du développement. Un rôle isoforme- et tissu-spécifique a été dégagé pour ce collagène
Although being a quantitatively minor component of connective tissues, collagen V plays a crucial role in matrix organization. Mutations in human collagen V genes have been shown to be responsible for the classic type Ehlers-Danlos syndrome (EDS) which is characterised by skin laxity and joint hypermobility. The aim of my research project was to provide new insights on the role of collagen V in the elaboration of a functional extracellular matrix for which biomechanical and physiological properties are preserved. Two approaches that combine in vitro and in vivo experiments have been carried out : (1) interactions between collagen V and matrix components, namely the proteoglycans, were analyzed in order to determine their implication in fibrillogenesis regulation, (2) a functional analysis by generating transgenic mice has been performed to decipher the role of this collagen during development and in EDS pathophysiology. An isoform- and tissue-specific function has been drawn for this collagen

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Carisey, Alexandre. "Rôle d’une protéine de la matrice extracellulaire, la ténascine-X, sur l’étalement des cellules sur un substrat de collagène I." Lyon 1, 2008. http://www.theses.fr/2008LYO10283.

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Abstract:

La ténascine-X (TNX) est une glycoprotéine de la matrice extracellulaire capable d’interagir avec certains collagènes ainsi que des protéoglycanes. Elle possède la structure modulaire caractéristique des membres de la famille des ténascines avec 3 types de domaines : des motifs de type EGF, des domaines similaires au FNIII et, enfin, une extrémité globulaire similaire au fibrinogène. La déficience en TNX chez l’homme conduit à une forme récessive du syndrome d’Ehlers-Danlos caractérisée par une hypermobilité articulaire et une peau fragile très extensible. Elle est également corrélée à un phénotype invasif plus important dans un modèle de tumeur injectée chez la souris knock-out pour la TNX. Ces données suggèrent un rôle de la TNX à la fois dans l’assemblage matriciel et dans la régulation du comportement cellulaire. Ce travail de thèse a permis de caractériser l’existence d’une interaction directe entre la TNX et le collagène de type I, dépendante de la conformation en triple hélice de ce dernier. L’étude de l’interaction entre différents types de cellules (fibrosarcome, fibroblastes primaires…) et la TNX a confirmé que la TNX recombinante permet une faible adhérence des cellules en utilisant un récepteur de la famille des intégrines. De plus, il a été démontré par des études morphométriques que la TNX est capable de moduler l’étalement cellulaire sur un substrat de collagène I. Cette modulation passe par une modification des structures mises en place par les cellules pour interagir avec leur environnement. Ainsi, la formation des filopodes est augmentée en présence de TNX. Par ailleurs, les adhésions focales adoptent une composition et une localisation singulières en présence de TNX par rapport à notre condition contrôle sur collagène I. La signalisation associée à ces structures est également modulée par la TNX puisqu’une diminution de l’activité de FAK et de Rac ainsi qu’une diminution de la phosphorylation de la paxilline ont pu être mesurées. Ce travail de thèse constitue la première étude des effets cellulaires de cette protéine de la matrice extracellulaire encore méconnue. Il apporte les premières évidences attribuant à la TNX le rôle de protéine matricellulaire capable de moduler les interactions cellule-matrice. Ces propriétés pourraient favoriser le phénotype prométastatique observé chez les souris déficientes en TNX
Tenascin-X (TNX) is a large glycoprotein from the extracellular matrix associated with collagen fibrils and proteoglycans. TNX shares the typical modular structure of the TN family members with EGF, FNIII and Fbg domains. TNX deficiency leads to a recessive human form of Ehlers–Danlos syndrome characterized by joint hypermobility, skin fragility and hyperextensible skin. It is also correlated with a more invasive phenotype in tumour-induced TNX-/- mice, suggesting a role in the extracellular matrix assembly and in the modulation of cell behaviour. In this thesis, we identify a direct interaction between TNX and collagen I in a triple-helical conformation. Concerning the interaction between cells and TNX, we demonstrate that TNX allows weak adhesion of numerous cell lines (fibrosarcoma cells, primary fibroblasts. . . ), mediated by at least one integrin receptor. Moreover, using morphometrical analysis, we show that recombinant TNX can modulate cell spreading on collagen I. This modulation occurs through the modification of the cellular structures responsible for the interaction between cells and their surrounding matrix. For example, the formation of filopodia is enhanced when TNX is added to collagen I. In addition, focal adhesions display a modified composition and localisation. The signalling pathways initiated from these adhesion sites are modulated by TNX, i. E. FAK and small GTPase Rac activities are downregulated and paxillin phosphorylation is impaired. Together, the results of this thesis demonstrate that TNX regulates cell-matrix induced signalisation and modifies cell spreading. Hence, TNX can be considered as an authentic matricellular protein. These data constitute promising foundations to understand the prometastatic phenotype observed in TNX-deficient mice

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Rocha, Gomes Sonia Da. "Applications de la stratégie SELEX : caractérisation d'un complexe ARN/ARN et identification d'aptamères spécifiques d'une protéine de la matrice extracellulaire." Bordeaux 2, 2005. http://www.theses.fr/2005BOR21275.

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Abstract:

Deux stratégies SELEX ont été mises tout d'abord contre une cible nucléique puis contre une cible protéique. La première sélection in vitro avait pour objectif d'identifier des aptamères spécifiques et affins pour le domaine II de l'IRES du virus de l'Hépatite C. Ce domaine II joue un rôle crucial dans la traduction dépendante de l'IRES, constituant une cible d'intérêt dans une stratégie d'inhibition de la synthèse de la polyprotéine virale. Le complexe formé entre l'aptamère et la cible était de type ALIL. Nous avons caractérisé de nouveaux déterminants structuraux de cette interaction. La seconde sélection in vitro visait trois protéines de la matrice extracellulaire, appelées MMP-2, -7 et -9. Ces protéases sont impliquées dans plusieurs processus biologiques pathologiques. Un aptamère a été identifié contre la MMP-9 et utilisé comme sonde moléculaire. Ce travail montre l'intérêt de la technique SELEX pour identifier des ligands acides nucléiques contre différentes cibles
Two SELEX strategies have been developed, on one hand against a nucleic acid target and on the other hand against a protein target. The first in vitro selection was directed against the domain II of the hepatitis C virus IRES, in order to select aptamers with high affinity and high specificity. The domain II plays a crucial role for the IRES-dependent translation and therefore represents a target of interest to prevent viral polyprotein synthesis. The selected aptamer formed with the target an ALIL complex. We characterized new structural determinants of this RNA/RNA interaction. The second in vitro selection was directed against three extracellular matrix proteins, named MMP-2, -7 and -9. These proteinases are involved in several pathological biological processes. An aptamer has been identified against the MMP-9 and used as a molecular probe on glioblastoma sections. This work demonstrates the interest of the SELEX strategy to identify nucleic acid ligands against different targets

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Fenouille, Nina. "Étude de la protéine micro-environnementale SPARC : un facteur autonome de reprogrammation tumorale qui contrôle la croissance et le comportement invasif des mélanomes." Nice, 2011. http://www.theses.fr/2011NICE4008.

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Abstract:

Le mélanome métastatique est l'une des maladies les plus difficiles à traiter en oncologie médicale puisqu’elle résiste invariablement à toutes les stratégies anti-cancéreuses existantes. Nous avons considéré jusqu’à présent les altérations génomiques des mélanomes comme seules cibles d’intérêt dans le traitement de la maladie métastatique. Désormais, nous devons prendre en compte les fonctions aberrantes du stroma tumoral qui est un partenaire obligé pour les cellules de mélanome. Dans ce contexte, la protéine micro-environnementale SPARC (ostéonectine) est un candidat de choix qui est surexprimé et sécrété par les mélanomes les plus agressifs ; son niveau étant corrélé à l’incidence de métastases et à la survie des patients. SPARC se retrouve ainsi au cœur de la problématique des mélanomes où elle arbitre les interactions entre les cellules tumorales et leur micro-environnement. En effet, nous avons montré que SPARC fonctionne depuis la matrice comme un facteur autonome capable de réorienter, via la kinase Akt, des processus clés dans la biologie des mélanomes. Lorsqu’une cellule est stressée par son environnement, SPARC peut réprimer les programmes de surveillance médiés par le suppresseur de tumeur p53 pour survivre, voire proliférer localement, avant d’allumer un programme de transition de type épithélio-mésenchymateuse (EMT), exécuté par les facteurs Snail / Slug pour s’échapper de la tumeur primaire et se disséminer dans l’organisme. Ces résultats originaux nous ont amené à tester la relevance biologique de SPARC au cours de la mélanomagenèse, dans un nouveau modèle de souris transgéniques, que nous avons construit en forçant l’expression de SPARC spécifiquement dans les mélanocytes. Ce modèle Tyr::SPARC nous permettra de comprendre pourquoi les cellules de mélanome ont besoin d’acquérir l’expression de SPARC au cours de leur évolution, et parallèlement, d’évaluer son potentiel thérapeutique in vivo
Metastatic melanoma presents one of the most difficult diseases to treat in medical oncology. Despite intensive research, there has not been a major breakthrough in the treatment of metastatic melanoma over last decades, and the average survival of patients is less than 10 months. However, many studies have been conducted without considering melanomas as a homeostatic disease of the skin that is not limited to the melanocytic population, but extends to their surrounding stromal cells. Melanomas arise from melanocytes through the accumulation of genetic and epigenetic changes in growth and survival pathways, as well as alterations in cell-cell communication and extracellular matrix (ECM) interactions that create a permissive and supporting microenvironment for malignancy and dissemination. In this context, our work has concentrated particularly on the role of SPARC (osteonectin / BM-40), a matricellular protein secreted in the extra- and pericellular matrix that regulates cellular functions and tumor-stroma interactions. In patients with melanoma, aberrant expression of SPARC has been associated with an aggressive tumor cell phenotype and poor clinical outcome. We have showed that tumor-derived SPARC controls key downstream programs in melanoma cells, through Akt signaling pathway. First, SPARC inhibits the p53 tumor suppressor system to overcome failsafe programs and promote melanoma survival. SPARC may also activate Slug and Snail-mediated epithelial-mesenchymal transition (EMT) programs to trigger invasive behavior in melanoma cells. To validate these findings in vivo, we have generated a transgenic Tyr::SPARC mice in which SPARC is expressed in melanocytes under the control of the tyrosinase promoter. This novel genetic model will allow us to understand why melanoma cells have evolved to produce an increased level of SPARC and underscore the therapeutic potential of SPARC to impede progression of this devastating cancer

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Gayraud, Barbara. "Caractérisation d'une nouvelle protéine des membranes basales : l'antigène GDA-J-F3." Lyon 1, 1996. http://www.theses.fr/1996LYO10224.

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Abstract:

En utilisant l'anticorps monoclonal gda-j/f3, nous avons caracterise un nouvel antigene des membranes basales sous jacentes aux epithelia pluristratifies. Par immunofluorescence indirecte, l'anticorps gda-j/f3 montre une fluorescence lineaire strictement localisee a la jonction dermo-epidermique. Par microscopie electronique, l'epitope est localise aux points d'insertion des fibrilles d'ancrage dans la lamina densa. L'antigene est different du collagene de type vii, le composant structural majeur des fibrilles d'ancrage, puisque l'anticorps gda-j/f3 ne reagit pas in vitro avec le collagene de type vii purifie. Dans des cultures cellulaires sans serum, l'antigene est exprime par les keratinocytes humains normaux, les lignees cellulaires epitheliales et dans une moindre mesure par les fibroblastes dermiques humains. L'immunoprecipitation de milieu metaboliquement marque, par les keratinocytes ou des cellules de type epitheliales, avec l'anticorps gda-j/f3, montre deux polypeptides qui migrent en sds-page, a une masse moleculaire de 46 et 50 kda, dans des conditions non reductrices. Dans les gels realises en presence d'un agent reducteur, seul un polypeptide de 50 kda est observe. L'antigene est resistant au traitement enzymatique par la collagenase bacterienne, mais sensible a la trypsine et a la pepsine. Cet antigene montre une affinite pour l'heparine et la deae-cellulose dans des conditions de faible force ionique et de ph alcalin. Ces donnees indiquent que l'antigene gda-j/f3 est une petite proteine globulaire contenant des ponts disulfures, avec un potentiel d'interagir avec les proteoglycannes des membranes basales. L'integration de l'antigene gda-j/f3 dans l'architecture de la jonction dermo-epidermique est dependante de la presence du collagene de type vii, puisque l'anticorps est absent chez certains patients atteints d'une pathologie cutanee hereditaire, l'epidermolyse bulleuse dystrophique, caracterisee par l'absence du collagene de type vii et des fibrilles d'ancrage

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Peysselon, Franck. "Désordre intrinsèque et analyses de réseaux d'interactions extracellulaires : des protéines et polysaccharides aux interactions hôte-Leishmania." Thesis, Lyon 1, 2013. http://www.theses.fr/2013LYO10317.

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Abstract:

Les biomolécules exercent leurs fonctions en interagissant avec d'autres molécules. Le recensement de l'ensemble des biomolécules et leurs interactions permet de construire leurs réseaux d'interactions et de les analyser sur le plan structural et fonctionnel par des outils bioinformatiques (BiNGO, DAVID). Cela permet d'identifier les biomolécules clés, de prédire de nouvelles fonctions des protéines et de comprendre et modéliser les mécanismes moléculaires d'un processus biologique ou pathologique donné. Les protéines ou régions intrinsèquement désordonnées, qui possèdent une grande plasticité structurale, sont susceptibles d'interagir avec de nombreux partenaires et d'être importantes dans les réseaux d'interactions. A l'aide du prédicteur IUPred, nous avons dans un premier temps cartographié le désordre intrinsèque des protéines dans le réseau d'interactions de la matrice extracellulaire et dans le réseau extracellulaire des protéoglycanes construits à partir de la base de données MatrixDB développée dans l'équipe. Nous avons montré que les protéines très connectées de ces deux réseaux ne sont pas enrichies en désordre. Les fonctions moléculaires surreprésentées dans le jeu de protéines extracellulaires contenant au moins 50% de désordre intrinsèque sont les interactions avec les facteurs de croissance ou les glycosaminoglycanes. Nous avons étudié un jeu de données d'interactions protéine-héparine comportant 118 valeurs de cinétique et nous avons montré une relation positive entre la vitesse d'association des protéines à l'héparine et le pourcentage de désordre de leurs sites de fixation à l'héparine. Nous avons également étudié les interactions de la matrice extracellulaire avec un pathogène, le parasite Leishmania. Nous avons montré que les protéines sécrétées par les Leishmania ne sont pas enrichies en désordre par rapport au protéome. Nous avons établi une liste de onze protéines parasitaires sécrétées possédant au moins trois motifs d'interaction et susceptibles d'interagir avec l'hôte
Biomolecules perform their functions by interacting with other molecules. The identification of all biomolecules and their interactions is required to build their interaction networks. Their structural and functional analysis with bioinformatics tools (BiNGO, DAVID) allow us to identify the key biomolecules, to predict new protein functions and to understand and model the molecular mechanisms of biological or pathological process. Intrinsically disordered proteins or regions, which are characterized by structural plasticity, may interact with many partners and may play a role in the interaction networks. Using the predictor IUPred we mapped the intrinsic disorder in protein interaction networks of the extracellular matrix and of the proteoglycans constructed from the MatrixDB database developed in the laboratory. We have shown that the highest connected proteins of these two networks are not enriched in disorder. The molecular functions overrepresented in the set of extracellular proteins containing at least 50% of intrinsically disordered residues are interactions with growth factors or glycosaminoglycans. We studied a dataset of heparin-protein interactions including 118 kinetic values and we have shown that the association rate of proteins with heparin is related to the intrinsic disorder of heparin-binding sites. We also studied the interactions of the extracellular matrix with a pathogen, the parasite Leishmania. We have shown that proteins secreted by Leishmania are not enriched in disorder compared to their proteome. We have selected eleven parasite proteins containing at least three interaction motifs, which may interact with the host

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Hamard-Péron, Élise. "Rôle du domaine matrice de la protéine rétrovirale Gag et implication des phosphoinositides dans l'assemblage du virus de la leucémie murine." Lyon, Ecole normale supérieure, 2010. http://www.theses.fr/2010ENSL0598.

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Abstract:

Ce travail de thèse concerne le déroulement de la phase tardive du cycle de réplication du Virus de la Leucémie Murine (MLV) , un rétrovirus murin très répandu. L'étude est centrée sur la caractérisation de l'interaction du domaine matrice (MA) de la protéine structurale Gag avec les phosphoinositides (PIP) des membranes cellulaires lors du trafic de la protéine et de l'assemblage viral. Cette étude a permis de déterminer l'affinité de la MA pour les PIP, et d'identifier le PI(4,5)P2 comme interacteur privilégié, via une potentialisation par la phosphatidylsérine. Une région hautement basique de MA est nécessaire à cette interaction. De plus, des mutants de motifs conservés de MA, situés dans et hors de la zone basique, présentent des défaut majeurs lors de l'assemblage des particules virales. L'ensemble de ces résultats indique qu'il existe une conservation importante des mécanismes d'ancrage des protéines Gag rétrovirales aux membranes de la cellule infectée
This thesis studies the late stage of the retroviral replication cycle, using the widely spread Murine Leukemia Virus (MLV) as a model species. My investigations aimed to characterize the interaction between the N-terminal matrix (MA) domain of the structural protein Gag and the cell membrane's phosphoinositides (PIP) during protein trafficking and viral assembly. We have shown that the interaction between PI(4,5)P2 and the MA, already described for lentiviruses, is conserved for the MLV, and depends on the presence of phosphatidylserine. A highly basic region of MA is necessary for this interaction. Moreover, mutations in conserved motives of MA completely inhibited viral production, caused a decrease in MLV-Gag membrane binding and impaired subcellular localization. This suggests that distant retroviral proteins may share similar membrane binding motives in MA for accomplishing Gag membrane-anchoring

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Besson, Benoît. "Rôle de la protéine de matrice du virus de la rage dans la régulation des voies NF-κB et des MAPKs." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2016. http://www.theses.fr/2016USPCC248/document.

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Abstract:

Le rôle central de la voie NFκB dans l’homéostasie cellulaire en fait une cible de choix pour les virus tel que le virus de la rage afin de contrôler la réponse immunitaire et faciliter la propagation chez l’hôte. Dans le cas des isolats de terrain des Lyssavirus, tel que la souche Thailand (Tha), la protéine de matrice (M) interagit avec la protéine RelAp43 de la voie NFκB en comparaison avec des virus de laboratoire telle que la souche vaccinale SAD. Nous montrons que MTha, en interagissant avec le domaine C-terminal de RelAp43, contrôle l’expression de gènes de l’immunité innée et de la réponse inflammatoire. Nous avons ensuite identifié les partenaires protéiques de RelAp43 dont l’interaction est modulée par MTha et notamment le complexe p105-ABIN2-TLP2. L’interaction de RelAp43 avec p105 stabilise la formation d’un complexe avec ABIN2 et TPL2, une MAPK. De plus, nous avons montré que MTha présente une forte interaction avec RelAp43 et ABIN2 en comparaison avec des mutants et exclus ABIN2 du complexe au cours de l’infection par Tha. Finalement, nous avons montré que MTha favorise la formation de dimères NFκB et confirmé la modulation de gènes de la réponse inflammatoire dépendante des voies NFκB et MAPK lors de l’infection de souris par le virus Tha. Afin de mieux comprendre l’importance des voies de signalisation dans le cycle biologique du virus de la rage, nous avons réalisé un criblage avec des pARNi ciblant les kinases et phosphatases au cours d’une infection par le virus Tha. Ainsi, nous confirmons l’importance des MAPKs au cours de l’infection par le virus de la rage et ouvert de nouveaux champs de recherche pouvant mener à une meilleure compréhension de la biologie du virus de la rage
The central role in cell homeostasis of the NFκB pathway also makes it a target of choice for viruses such as rabies virus to control the immune response and help it to silently spread within the host. In the case of pathogenic lyssaviruses, such as the Thailand (Tha) strain, the matrix (M) protein interacts with the NFκB protein RelAp43 compared to laboratory strains such as the vaccinal SAD virus. While interacting with the C-terminal domain of RelAp43, we showed that MTha is able to down-regulate several genes involved in innate immune response. Then, we designed a TAP/MS approach to identify how the matrix protein (M) of a wild isolate of rabies virus from Thailand (MTha) disturbs the NFκB pathway in a RelAp43-dependant manner which led us to the characterisation of a complex p105-ABIN2-TPL2 modified by MTha. The interaction of RelAp43 with p105 was shown to stabilise the formation of a complex with ABIN2 and TPL2, a MAPK. Interestingly, we showed a strong interaction of MTha with both RelAp43 and ABIN2, compared to mutants and thereby, MTha was able to release ABIN2 from the complex. Finally, we showed that MTha favours the formation of RelAp43-p50 NFκB dimers, and confirmed that Tha virus modulates inflammatory responses dependant of both NFκB and MAPKs pathways in mice. To further understand the importance of cell signaling in rabies virus replication cycle, we performed a broad RNAi screening targeting kinases and phosphatases during Tha infection. While confirming the role of MAPKs in rabies virus infection, we open new areas of research which could lead to a better understanding of rabies virus biology

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Rossi, Florence. "Implication de la phosphoprotéine et de la protéine de matrice des lyssavirus dans l'immunité innée et dans l'efficacité du complexe de réplication." Paris 7, 2013. http://www.theses.fr/2013PA077178.

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Abstract:

Les virus ont développé des mécanismes d'échappement à la réponse immunitaire innée de l'hôte pour se répliquer correctement et infecter de nouvelles cibles. Les protéines P et M des lyssavirus sont impliquées à la fois dans l'inhibition de la réponse de type interféron et dans la régulation de l'apoptose cellulaire. La P est impliquée dans l'inhibition de la réponse antivirale médiée par l'IFN. Nous avons montré dans ce travail que le mécanisme d'échappement à cette réponse est conservé au sein du genre Lyssavirus et fait intervenir deux résidus de la P, situés dans la poche hydrophobe de son extrémité C-terminale qui interagissent avec la forme phosphorylée de STAT1. La M est quant à elle impliquée dans la pathogénie des lyssavirus via la régulation de mécanismes d'apoptose. Les régions de cette protéine essentielles au déclenchement des voies de mort cellulaire n'étaient pas encore clairement définies. Dans ce travail, nous avons comparé les propriétés d'induction de l'apoptose et de la nécrose par la M de MOKV à celle du virus THA. Nous avons cartographié les zones minimales de la M impliquées et nous avons ainsi défini des résidus clés pour chacune de ces activités. Enfin, la P est un partenaire majeur du complexe de réplication des lyssavirus interagissant de ce fait avec les protéines N et L. Grâce à des techniques de génétique inverse, nous avons ainsi pu mettre en évidence que les résidus K212, Y213, R260 et Y294 sont impliqués dans l'interaction de la P avec les N et L et affectent la transcription et/ou la réplication du virus, en modifiant les zones d'interaction avec la N
Viruses have evolved mechanisms to escape the innate immune response of the host in order to replicate properly and infect new targets. P and M viral proteins of lyssaviruses are thereby involved in both inhibition of the response to IFN, but also in the regulation of apoptosis. P is involved in lyssavirus inhibition of the antiviral response mediated by IFN. We have shown in this work that this mechanism is conserved within the genus Lyssavirus and involves two residues, located in the hydrophobic pocket in the C-terminal part of the P protein interacting with the phosphorylated form of STAT1. M is itself involved in the pathogenesis of lyssavirus via regulating mechanisms of apoptosis. Regions of the protein essential for triggering cell death pathways were not clearly defined. We have, in this work, compared the induction of apoptosis and necrosis properties mediated by the M of MOKV and THA virus. We mapped the minimal areas of the M involved in the TRAIL-dependent extrinsic pathway and the destruction of mitochondrial integrity via inhibition of CcO. We have identified 2 key residues for each of these activities. Finally, we have investigated the role of the P as a major partner of the replication complex of lyssavirus interacting with N and L proteins. Using reverse genetics tools, we demonstrated that residues K212, Y213, Y294 and R260 are involved in the interaction of P with N and L and affect transcription and / or replication of the virus. Changing these residues could cause major conformational changes in the structure of the P protein and modify the interaction with the N

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Richard, Nicolas. "Etude de deux nouveaux partenaires cellulaires de la protéine de matrice du virus de la stomatite vésiculaire : la dynamine 2 et CRM1." Paris 7, 2007. http://www.theses.fr/2007PA077202.

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Abstract:

La protéine de matrice (M, 229aa, 26kDa) du virus de la stomatite vésiculaire (VSV) est impliquée dans plusieurs étapes du cycle viral. Elle joue un rôle dans l'inhibition de la réponse antivirale de l'hôte, dans l'assemblage et dans le bourgeonnement des nouvelles particules virales. Pour réaliser ces fonctions, la protéine de matrice interagit avec plusieurs machineries cellulaires, comme celle des corps multivésiculaires ou le pore nucléaire. Pour identifier d'autres partenaires de la M, un crible double hybride a été réalisé et a permis l'identification de deux partenaires potentiels. Le premier est la dynamine. Cette protéine est impliquée dans la séparation des vésicules d'endocytose de la membrane plasmique. Les domaines d'interactions ont été identifié comme étant le domaine N-terminal de la M et le domaine d'homologie à la Pleckstrine de la dynamine. Par une approche de génétique inverse, nous avons mis en évidence que cette interaction était fonctionnelle. Cette interaction joue un rôle crucial dans les étapes d'assemblage juste avant le bourgeonnement. En particulier, nous montrons que la M interagit avec la dynamine afin d'inhiber l'endocytose de la cellule hôte ce qui favorise la formation de plates-formes d'assemblages virales. Le deuxième partenaire est CRM1. Cette protéine est impliquée dans l'export nucléaire. Nous avon: identifié une mutation sur la M abolissant l'interaction avec CRM1. Cette mutation a déjà été identifiée lors d'infections persistantes. L'interaction entre la M et CRM1 ne semble pas jouer de rôk dans la localisation cellulaire de M ni inhiber la fonction d'export de CRM1. La fonction de cette interaction reste donc à déterminer
The vesicular stomatitis virus (VSV) matrix protein (M, 229aa, 26kDa) is involved in many steps during the viral cycle. M plays a key role in the assembly and budding of new viral particles. M inhibits the cell's antiviral response. M interacts and hijacks cellular functions like the nuclear pore complex to inhibit RNA's nuclear export and the multivesicular body machinery for budding. A yeast two hybrid screening was realized in the lab with the M protein as a bait to identify new cellular partners. Among all the positive clones, we found two proteins of interest during the viral cycle : dynamin and CRM1. The first one is dynamin. This protein is involved in the pinching of new endocytosis vesicles from the plasma membrane. The flexible amino-terminal part of M interacts with dynamin PH domains. A single mutation on M abolishes interaction with dynamin and reduce virus yield. Adaptation of mutant virus occurs rapidly allowing the isolation of revertants of which the M protein recovered a significant level of interaction with dynamin. We show that M-dynamin interaction inhibits clathrine dependant endocytosis and favours the accumulation of the viral glycoprotein at the plasma membrane thus allowing the formation of assembly platform. The second cellular partner is CRM1. This protein is involved in the export of protein which have : nuclear export signal. A mutation on M that abolishes interaction between CRM1 and M was discovered. This mutation is known to be involved in persistent infections. The M-CRM1 interaction seems to have no effect on M cellular localisation and on the cellular activity of CRM1. The exact role of this interaction remains unclear

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Baillat, David. "Étude de la régulation du promoteur de la stromélysine-1 par la protéine ETS-1 : aspects moléculaires et cellulaires." Lille 1, 2003. https://pepite-depot.univ-lille.fr/RESTREINT/Th_Num/2003/50376-2003-95.pdf.

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Abstract:

La Stromélysine-l (MMP-3) appartient à la famille des Métalloprotéases Matricielles, enzymes responsables de la dégradation et du remodelage de la Matrice Extra-Cellulaire. Ces enzymes sont impliquées dans de nombreux processus physiologiques mais aussi dans les pathologies cancéreuses où elles favorisent la tumorigenèse, l'angiogenèse et l'invasion tumorale. Parmi les différents facteurs de transcription responsables de la régulation du promoteur de la Stromélysine-l figurent les membres de la famille ETS et en particulier Ets-l et Ets-2. Ces protéines agissent en se fixant de façon coopérative sur un tandem inversé d'EBS (ETS Binding Site) situé entre -216 et -201 dans le promoteur. De nombreuses co-expressions de Ets-l et de la Stromélysine-l suggèrent que ce facteur puisse être responsable de la dérégulation de l'expression de cette enzyme associée à diverses pathologies
L'étude de la liaison à l'ADN de Ets-l par les techniques de retard sur gel, de photo-pontage et de résonance plasmonique de surface (BIAcore®) nous a permis de proposer un mécanisme moléculaire pour expliquer la fixation coopérative de Ets-l sur le tandem inversé d'EBS du promoteur de la Stromélysine-l. Par l'intermédiaire du domaine codé par l'exon VII, la première molécule de Ets-l, déjà fixée à l'ADN, facilite la liaison de la seconde molécule en assistant la levée de son auto-inhibition. Il en résulte une liaison plus rapide de cette molécule et la stabilisation du complexe ternaire ainsi formé. Nous montrons de plus que, dans une lignée de fibroblastes synoviaux (HIG-82), Ets-l est directement impliqué dans la régulation du promoteur de la Stromélysine-l par l'intermédiaire de ce tandem d'EBS. La présence physique de Ets-l sur le tandem, constatée in vitro et dans la cellule, est nécessaire à l'activité basale et induite du promoteur. L'ensemble de ces données permet de mieux comprendre les mécanismes moléculaires régulant l'expression de la Stromélysine-l et montre l'importance de Ets-l dans cette régulation

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Bonan, Stéphanie. "Rôle d’ICAM-1 dans le remodelage de la matrice extracelllulaire par les fibroblastes tumoraux." Thesis, Nice, 2016. http://www.theses.fr/2016NICE4043/document.

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Abstract:

Les carcinomes évoluent dans un microenvironnement inflammatoire composé de cellules stromales (fibroblastes, cellules endothéliales et immunitaires) immergées dans une matrice extracellulaire (MEC). Les fibroblastes associés aux carcinomes (FACs) déposent et remodèlent la MEC dans le but de la rendre permissive à la croissance et l’invasion tumorale. Parmi les facteurs pro-inflammatoires responsables de l’activation des fibroblastes résidents, la cytokine Leukemia Inhibitory Factor (LIF) détient un rôle capital. En régulant l’activité de la chaîne légère de la myosine II (MLC-II), LIF induit la contractilité du cytosquelette d’actomyosine, générant des forces de tension et le remodelage de la MEC par les FACs. En revanche, les gènes régulés par LIF impliqués dans le phénotype pro-invasif des FACs ne sont pas connus. A l’aide d’un criblage phénotypique en trois dimensions, nous avons identifiés ICAM-1 comme régulateur majeur du remodelage de la MEC par les FACs. Nous démontrons qu’ICAM-1 est nécessaire et suffisant pour induire la réorganisation de la MEC indispensable à l’invasion collective des cellules de carcinome squameux. En effet, ICAM-1 est un régulateur de la contractilité cellulaire dépendante de la voie de signalisation RhoA-ROCK et de la kinase Src. De plus, la contractilité cellulaire régule l’expression d’ICAM-1, menant ainsi à une boucle de régulation positive. Nous proposons alors qu’ICAM-1 représente une cible thérapeutique afin de lutter contre l’invasion tumorale et la dissémination métastatique
Acto-myosin contractility in carcinoma-associated fibroblasts leads to the assembly of the tumor extracellular matrix. The pro-inflammatory cytokine LIF governs fibroblast activation in cancer by regulating the myosin light chain 2 activity. So far, however, how LIF mediates cytoskeleton contractility remains unknown. Using phenotypic screening assays based on knock down of LIF-dependent genes in fibroblasts, we identified ICAM1 as a crucial regulator of stroma fibroblast proinvasive matrix remodeling. We demonstrate that ICAM1 is necessary and sufficient to promote inflammation-dependent extracellular matrix organization, which leads to cancer cell invasion. Indeed, ICAM1 mediates generation of acto-myosin contractility downstream of the Src kinases in stromal fibroblasts. Moreover, acto-myosin contractility regulates ICAM1 expression, establishing a positive feedback signaling. Thus, targeting stromal ICAM1 might constitute a possible therapeutic mean to counteract tumor cell invasion and dissemination

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Hofman, Paul. "Caractérisation et expression de la protéine reconnue par l'anticorps monoclonal GB36 sur les tissus humains normaux et tumoraux : la sous unité alpha-6 des intégrines." Montpellier 1, 1995. http://www.theses.fr/1995MON1T003.

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Fleury, Christophe. "Etude des collagènes (types I et IV) chez le mollusque gastéropode Haliotis tuberculata et analyse de leur expression lors du processus de réparation de la coquille : activité biologique in vitro d’une protéine collagénique recombinante (fibroblastes humains)." Caen, 2006. http://www.theses.fr/2006CAEN2079.

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Abstract:

La caractérisation de molécules collagéniques chez l’ormeau H. Tuberculata est la première étape permettant d’appréhender le rôle de ces molécules dans divers processus cellulaires et physiologiques, tel que la biominéralisation. Deux ARNm codants des chaînes α apparentées à 2 sous familles collagèniques ont été sous clonées. Le premier transcrit code une protéine de 1777 acides aminés apparentée aux collagènes non fibrillaires. Le domaine C-terminal présente une identité de 69% avec une chaîne α(IV) humaine. Un second ADNc séquencé partiellement code une protéine dont le domaine C-terminal présente entre 34 et 37% d’identité avec divers collagènes fibrillaires. L’étude du niveau d’expression de ces transcrits au sein de plusieurs tissus révèle une distribution ubiquiste. L’ARNm codant la chaîne α1(I) est fortement exprimé dans le manteau tandis que celui codant la chaîne α1(IV) est présent en majorité dans les hémocytes circulants et le manteau qui sont impliqués dans la formation de la coquille. Une augmentation du rapport transcriptionnel α1(IV)/α1(I) d’un facteur 5 est observée pour le bord de manteau 4 jours après une lésion coquillière suggérant un rôle de cellules synthétisant le collagène de type IV dans le processus de réparation. L’identité de séquence de 69% entre le domaine C-terminal de la chaîne α1(IV) d’H. Tuberculata et ses homologues de vertébrés a conduit à produire, purifier et tester l’activité biologique d’une protéine recombinante correspondant à cette région (NC1FL) sur des cellules humaines in vitro. Cette molécule active la prolifération (69% par rapport au contrôle) et la synthèse de collagène (facteur 2 par rapport aux témoins) des fibroblastes
Sequencing the various molluscan collagen genes is an essential prerequisite to decipher their cellular and physiological function in many processes such as biomineralization in the mollusc Haliotis tuberculata. Two abalone cDNA encoding collagen α chains have been sequenced. The first one, named α1(IV), is composed of 5000 base pairs coding for a 1777 amino acids protein whose C-terminal domain shares 69% identity with human and murine α3(IV) chains. The second cDNA, called α1(I), was partially sequenced but its C-terminal domain shares 34 to 37% identity with invertebrate and vertebrate fibrillar collagens. Although the expression profile of these transcripts revealed they are both ubiquitous, α1(I) is predominantly expressed in the mantle while α1(IV) is mainly found in the mantle and haemocytes, both of which are important for biomineralization. In addition, a 5-fold increase in transcriptional ratio α1(IV)/α1(I) was observed in mantle edge 4 days after experimental lesion. This result suggests that cells synthesizing type IV collagen could be implicated in shell regeneration process. The close identity between α1(IV) C-terminal domain and the vertebrate homolog led us to produce, purify and test in vitro the biological effects of a recombinant protein corresponding to this region on human cells. This molecule increased fibroblastic proliferation by 69% and doubled collagen synthesis

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Garzino, Véronique. "Utilisation d'anticorps monoclonaux dans l'étude de l'embryogenèse précoce chez Drosophila melanogaster : l'anticorps RD3: la mise en place de la matrice extracellulaire. L'anticorps LA9: un nouveau gène, modulo, et son produit, une protéine affine de l'ADN, Différentiellement exprimée au cours de l'embryogenèse." Aix-Marseille 2, 1989. http://www.theses.fr/1989AIX22039.

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Abstract:

Production d'une collection d'anticorps monoclonaux diriges contre des antigenes nucleaires differentiellement exprimes au cours du developpement precoce, afin d'etudier les proteines intervenant dans la regulation de l'expression des genes chez la drosophile

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Tiouajni, Mounira. "Caractérisation structurale et fonctionnelle du réseau d'interaction du Gelatin Binding Domain de la fibronectine humaine." Thesis, Paris 11, 2013. http://www.theses.fr/2013PA114820.

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Abstract:

La matrice extracellulaire (MEC) intervient dans de nombreux processus biologiques tels que la migration, la différentiation ou l’adhésion cellulaire. Elle est également associée à plusieurs évènements pathologiques. La cohésion de la MEC est assurée par un réseau organisé et complexe de protéines présent au voisinage immédiat des cellules. Ce projet a pour objectif de contribuer à la caractérisation structurale et fonctionnelle de certaines de ces complexes protéiques. Le Gelatin Binding Domain (GBD) (⁶FI¹²FII ⁷⁸⁹FI), localisé dans la région N-terminale de la fibronectine est connu pour interagir avec la transglutaminase 2 (TG2), le collagène de type I, ou encore des protéines d’adhésion bactériennes tel que la FNE (protéine de Streptococcus equi). Mes travaux de thèse portent donc sur la caractérisation fonctionnelle et structurale de ces interactions par des approches biophysiques et biochimiques. Ce travail a permis de cartographier les régions d’interactionentre la TG2 et le GBD d’une part et la FNE et le GBD d’autre part. Nous avons par la suite entrepris une étude par SAXS des complexes TG2/GBD et FNE/GBD et réussi à établir des modèles structuraux d’interaction entre (1) le GBD et le domaine N-terminal de la TG2 et (2) entre la FNE et le sous fragment ⁷⁸⁹FI du GBD. La structure tridimensionnelle de la protéine FNE a été résolue par cristallographie aux rayons X grâce à l’utilisation d’un outil original facilitant l’obtention de cristaux
The extracellular matrix (ECM) is involved in a number of biological pathways associated with the cell migration, differentiation, adhesion and is also implicated in several pathological events. The cohesion of the ECM is accomplished by a highly organized protein complex network on the cell surface. The Gelatin Binding Domain (GBD) (⁶FI¹²FII ⁷⁸⁹FI) of the N-terminal region of fibronectin is found to interact with the transglutaminase 2 (TG2), collagen type I and the bacterial adhesion protein FNE. In this study, we conducted the structural and functional characterization of the protein complexes involved in the cohesion of ECM. The interactions between either TG2 or FNE and GBD have been characterized and the regions responsible for the interactions have also been mapped. Furthermore, we studied TG2/GBD and FNE/GBD complex by SAXS and built two models underscoring the interactions between (1), the GBD and the Nterminus of TG2 and (2), FNE and the sub-fragment ⁷⁸⁹FI of GBD providing insights on mechanistically elucidating the protein interactions during the cohehsion of ECM. The X-ray structure of the protein FNE of Streptococcus equi has been determined at 1.8 Å, by using an original tool that facilitates obtaining crystals

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Hendaoui, Ismaïl. "Régulation de la voie de signalisation Wnt/β-caténine par le microenvironnement : rôle du domaine Frizzled du collagène XVIII (FZC18)." Rennes 1, 2010. http://www.theses.fr/2010REN1B139.

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Abstract:

Le cancer colorectal et le carcinome hépatocellulaire font partie des cancers les plus fréquents au monde. Les traitements disponibles à ce jour pour les formes avancées de ces cancers ne sont que palliatifs et ont une efficacité relativement faible. Les biothérapies ciblant les mécanismes moléculaires impliqués dans la croissance ou la différenciation des cellules tumorales permettent de proposer des traitements nouveaux ayant une forte spécificité et une faible toxicité, prolongeant ainsi les rémissions avec une meilleure qualité de vie. Nous nous sommes intéressés au collagène XVIII qui est un composant majeur des membranes basales. Un des variants de ce collagène possède un domaine Frizzled que nous avons nommé FZC18. Celui-ci contient un motif CRD (Cysteine-rich Domain) homologue à celui présent dans la portion extracellulaire des récepteurs Frizzled et à celui des SFRPs (Secreted Frizzled-related Proteins), deux acteurs majeurs de la voie de signalisation Wnt/β-caténine
Colorectal cancer and hepatocellular carcinoma are among the most common cancers in the world. Currently available treatments for advanced froms of these cancers are only palliative and have a relatively low efficacy. Biotherapy targeting the molecular mechanisms involved in growth or differentiation of tumor cells provide treatments with high specificity and low toxicity, prolonging remissions with a better quality of life. A major issue in the use of biomolecules is teir ability to enter in the tumor cells, which can be adressed by using biomolecules that target cell surface receptors. We focused on collagen XVIII, which is a major basement membrane component. One of the variants of this collagene has a FZC18 domain, which contains a CRD motif (Cysteine-rich Domain) homologous to the CRD of the extracellular Wnt-binding domain of the Frizzled receptors and the SFRPs (Secreted Frizzled-related Proteins). Both of them are major actors of the Wnt/β-catenin signaling pathway

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Millot, Benjamin. "Régions régulatrices et variations de la structure chromatinienne en amont du gène de la protéine acide du lactosérum dans la glande mammaire." Paris 6, 2003. http://www.theses.fr/2003PA066557.

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Thakar, Dhruv. "Surfaces biomimétiques pour caractériser les interactions induites par les glycosaminoglycanes aux niveaux moléculaire, supramoléculaire et cellulaire." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2015. http://www.theses.fr/2015GREAV005/document.

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Abstract:

L'adhésion contrôlée et la migration orientée des cellules est fondamentale pour plusieurs processus physiologiques et pathologiques. Une famille de polysaccharides linéaires, connus sous le nom de glycosaminoglycanes (GAG) est impliquée dans l'organisation et la présentation des protéines de signalisation, les chimiokines, à la surface des cellules et dans la matrice extracellulaire (ECM). Les travaux concernent le développement de surfaces biomimétiques bien définies aux niveaux moléculaires et supramoléculaires pour l‘étude des mécanismes d'intéractions protéines-GAG et l'analyse de la réponse cellulaire à des signaux biochimiques et biophysiques spécifiques. L'objectif de cette étude est de mieux comprendre les communications cellule-cellule et cellule-matrice induites par les GAGs.En utilisant la ligation oxime, les GAGs peuvent être fonctionnalisés de manière stable par la biotine à leur extrémité réductrice, ce mode de couplage s'est avéré déterminant pour préparer des surfaces fonctionnalisées par les GAGs de manière stable. Une monocouche de streptavidine est utilisée comme plateforme modulable pour assembler séquentiellement les molécules biotinylées, avec une orientation et des densités de surface contrôlées. Des GAGs (les héparane sulfate (HS), en particulier), des chimiokines et d'autres composants de l'ECM (par exemple un ligand d'adhésion cellulaire, RGD) ont été assemblés reconstituant certains aspects des surfaces in vivo (cellules ou de l'ECM). La microbalance à quartz (QCM-D) et l'ellipsométrie spectroscopique nous ont permis de caractériser et de contrôler la présentation supramoléculaire du HS et du RGD. Ces surfaces modèles ont été utilisées pour étudier les interactions supramoléculaires entre le HS et la chimiokine SDF-1α/CXCL12α facteur d'origine stromale et pour analyser les réponses cellulaires aux signaux extracellulaires. Nos données apportent la preuve que la chimiokine, CXCL12α rigidifie les assemblages de HS, et que cet effet est dû à la réticulation des chaînes de HS induite par la protéine. La cinétique des interactions HS-chimiokine a été quantifiée en utilisant la résonance plasmonique de surface (SPR). Nous avons également démontré que le mode de présentation de la chimiokine sur la surface, en particulier la présence des HS, influence le comportement des myoblastes. Nos données montrent que les récepteurs cellulaires CXCR4 (récepteur de la CXCL12α) et l'intégrine (récepteur du RGD) peuvent agir en synergie pour contrôler l'adhésion et la migration cellulaire. Ces surfaces modèles fournissent des indications précieuses qui pourront être appliquées au domaine de la glycobiologie, par exemple, pour étudier le rôle des GAGs dans la migration cellulaire induite par les chimiokines
The oriented migration and controlled adhesion of cells is fundamental to many physiological and pathological processes. A family of linear polysaccharides, known as glycosaminoglycans (GAGs), help organizing and presenting signaling proteins, so-called chemokines, on the cell surface and in the extracellular matrix thus regulating cellular behavior. The objective of this PhD thesis was to develop biomimetic surfaces that are highly defined and tunable, for mechanistic studies of GAG-protein interactions on the molecular and supramolecular levels, and to probe cellular responses to defined biochemical and biophysical cues to better understand GAG-mediated cell-cell and cell-matrix communications.Applying oxime ligation, GAGs could be stably functionalized with biotin at the reducing end, and these features proved crucial for the reliable preparation of GAG-functionalized surfaces. A streptavidin monolayer served as a ‘molecular breadboard' to sequentially assemble biotinylated molecules with controlled orientation and surface densities. GAGs (heparan sulfate (HS) in particular), chemokines and other ECM components (e.g. integrin ligands promoting cell adhesion, RGD) were assembled into multifunctional surfaces that recapitulate selected aspects of the in vivo situation. Quartz crystal microbalance (QCM-D) and spectroscopic ellipsometry permitted us to characterize and control the supramolecular presentation of HS and RGD. These model surfaces were used to study the supramolecular interactions between HS and the selected chemokine stromal derived factor SDF-1α/CXCL12α and to analyze cellular responses to extracellular cues. Our data provide evidence that CXCL12α binding rigidifies HS assemblies, and that this effect is due to protein-mediated cross-linking of HS chains. The kinetics of chemokine binding to HS was quantified using surface plasmon resonance (SPR). We also demonstrate that the way in which the chemokine is presented, and in particular the presence of HS, is important for regulating myoblast behavior. Our data shows that the cell surface receptors CXCR4 (the CXCL12α receptor) and integrins (the RGD receptor) can act synergistically in controlling cellular adhesion and migration. These surfaces can generate novel insights in the field of glycobiology, e.g. in dissecting the function of GAGs in chemokine-mediated cellular migration

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Baccouche, Rym. "Conception de ligands protéiques artificiels par ingénierie moléculaire in silico." Phd thesis, Université René Descartes - Paris V, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00807525.

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Abstract:

Les travaux réalisés portent sur la conception de ligands protéiques capables de cibler le site catalytique des métalloprotéases matricielles (MMPs) grâce à une méthode d'ingénierie développée au laboratoire qui repose sur le greffage de motifs fonctionnels. Le motif fonctionnel choisi correspond aux 4 résidus N-terminaux du TIMP-2, un inhibiteur naturel des MMPs. Des plates-formes protéiques possédant des motifs d'acides aminés dans une topologie similaire à celle du motif de référence dans le complexe TIMP-2/MMP-14 ont été identifiées par criblage systématique de la PDB à l'aide du logiciel STAMPS (Search for Three-dimensional Atom Motif in Protein Structure). Dix candidats ligands satisfaisant les contraintes topologiques, stériques et de similarité électrostatique avec le ligand naturel TIMP-2 ont été sélectionnés. Ces ligands ont été produits par synthèse chimique ou par voie recombinante puis leur capacité à inhiber une série de 6 MMPs a été évaluée. Les résultats indiquent que tous les ligands protéiques conçus in silico sont capables de lier les sites catalytiques des MMPs avec des constantes d'association allant de 450 nM à 590 mM, sans optimisation supplémentaire. La caractérisation structurale par diffraction X de 2 variants d'un de ces ligands protéiques a permis de montrer que les interactions établies par le motif 1-4 dans ces ligands étaient similaires à celles observées dans le complexe TIMP-2/MMP-14, avec cependant des différences dans la géométrie de certaines d'entre elles. Des études de simulation par dynamique moléculaire ont également permis de mettre en évidence de possibles différences dans la géométrie et la stabilité de certaines des interactions reproduites dans les 10 plates-formes, pouvant contribuer aux affinités modestes observées pour ces ligands. Cependant, les résultats obtenus montrent que la méthode de conception in silico utilisée est capable de fournir une série de ligands protéiques de 1ère génération ciblant de manière spécifique un site catalytique d'intérêt avec un bon rendement. Cette méthode pourrait constituer la 1ère étape d'une approche hybride de conception in silico de ligands combinée à des techniques de sélection expérimentales.

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Lafeillade, Bruno. "CISP/thrombospondine-2, une protéine synthétisée par les cellules corticosurrénaliennes en réponse à l'ACTH : étude comparative de la régulation de l'expression de CISP/TSP2 avec TSP1 et distribution tissulaire de TSP2." Université Joseph Fourier (Grenoble ; 1971-2015), 1997. http://www.theses.fr/1997GRE10084.

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Abstract:

L'acth induit la synthese par les cellules corticosurrenaliennes bovines (bac) d'une proteine trimerique de 600 kda, appelee cisp pour corticotropin induced secreted protein. Des anticorps polyclonalux anti-cisp ont ete produits chez le lapin et un fragment d'adnc de 386 pb a ete amplifie par pcr et sequence. Ce fragment code 128 acides amines n-terminaux et presente 87 % d'identite avec la sequence de thrombospondine-2 (tsp2) humaine. Cet amplicon utilise comme sonde nucleique en northern blot detecte un arn messager de 6. 0 kb, dont la synthese est induite par l'acth. Une sonde nucleique specifique de tsp1 bovine a egalement ete developpe. L'etude de la regulation de l'expression de cisp/tsp2 et de tsp1 par les cellules bac a montre un effet oppose de l'acth avec (1) une augmentation de l'expression de cisp et une diminution de celle de tsp1, (2) une induction precoce par le serum de la synthese de tsp1 (3) une induction de l'expression de tsp1 et de tsp2 par tgf-b1. Dans les cellules bac traitees par l'acth, cisp est localisee au niveau de l'appareil de golgi comme le montrent les experiences d'immunofluorescence. L'emploi de l'anticorps anti-cisp a permis de montrer que cisp est necessaire au maintien de l'arrondissement cellulaire induit par l'acth. Dans la lignee de cellules d'osteosarcome ros, une inhibition de l'expression de tsp1 par l'ampc et la parathormone a ete observee. En revanche, l'induction de cisp par l'ampc n'est pas retrouvee dans ce modele, suggerant une regulation specifique aux cellules bac. In vivo, cisp peut etre extraite de differents tissus bovins, dont la surrenale. Plus precisement, en immunofluorescence, cisp est localisee au niveau du cortex surrenalien, dans la zone glomerulee et la zone fasciculo-reticulee. La presence de cisp a egalement ete retrouvee dans les tumeurs de la surrenale, sans difference d'expression detectee selon la malignite de la tumeur. L'existence d'une regulation differentielle de l'expression de tsp1 et de cisp/tsp2 est en faveur de roles distincts de ces deux thrombospondines et suggere que les cellules corticosurrenaliennes ainsi que les cellules ros representent de bons modeles d'etude des fonctions de tsp1 et de tsp2.

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Pottier, Anaïs. "Étude de l’implication de la protéine matricellulaire SPARC et des fibroblastes du microenvironnement lymphatique dans la résistance thérapeutique des mélanomes." Thesis, Nice, 2015. http://www.theses.fr/2015NICE4051/document.

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Abstract:

Le mélanome est le cancer de la peau le plus dangereux : il est capable de métastaser rapidement vers les ganglions et les viscères, et est réfractaire aux chimio/radiothérapies. De nouvelles thérapies ciblant la kinase BRAFV600 retrouvée dans 60% des mélanomes ont montré des effets spectaculaires en termes de survie globale et sans progression de la maladie. L’efficacité de ces thérapies est compromise par l’apparition fréquente de résistances. Les cellules cancéreuses sont ancrées au sein d’un microenvironnement avec lequel elles interagissent. Elles profitent de facteurs solubles du stroma et de l’adhésion à la matrice extracellulaire (MEC) pour survivre face aux thérapies. La protéine matricellulaire SPARC orchestre les interactions entre les cellules saines ou cancéreuses et leur microenvironnement. Absente dans les mélanocytes, son expression est initiée et augmentée dans les mélanomes, corrélée à la progression tumorale et à un mauvais pronostic clinique. Lorsqu’elle est sécrétée par les cellules de mélanome, elle active la kinase AKT, déstabilise le suppresseur de tumeur p53 et favorise la prolifération/survie tumorale. Nous avons montré que le module SPARC/AKT est un nouveau déterminant de la résistance innée ou acquise des mélanomes mutés BRAFV600 aux anti-BRAF, et mis en évidence l’intérêt du ciblage de SPARC en combinaison avec des anti-BRAF ou -MEK pour optimiser/restaurer la sensibilité des mélanomes à ces inhibiteurs. Nous avons aussi montré que les fibroblastes ganglionnaires ont des caractéristiques de fibroblastes activés, et confèrent une résistance aux anti-BRAF aux cellules de mélanomes en générant une MEC permissive à laquelle elles adhérent
Melanoma is the most dangerous form of skin cancer due to its high metastatic potential and its resistance to both classical chemo- and radiotherapies. New targeted therapies directed against the V600E oncogenic form of BRAF found in about 60% of patients have demonstrated spectacular efficacy both in terms of progression free and overall survival. However most patients invariably relapse after a few months due to resistance mechanisms. Cancer cells are anchored and interact constantly with their microenvironment. Both soluble factors and the extracellular matrix produced by stromal cells have been shown to contribute to cancer cell resistance to therapies. SPARC is a matricellular protein that orchestrates interactions between normal and/or cancer cells and their microenvironment. While it is absent in melanocytes, SPARC expression increases in melanoma and is correlated with both tumoral progression and a bad prognosis. When SPARC is secreted by melanoma cells, it activates the AKT kinase, destabilizes the p53 tumor suppressor and promotes proliferation and survival. Here we identify the couple SPARC/AKT as a new actor contributing to both innate and acquired resistance to BRAFV600E inhibitors. In addition, we demonstrate that targeting SPARC in melanoma cells increases their sensitivity to both BRAF and MEK inhibitors. Finally we show that lymph node fibroblasts share features of activated fibroblasts and confer resistance to BRAF inhibitors to melanoma cells through the production of a permissive extracellular matrix

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Jacques, Jaime. "Les protéines de la matrice amélaire dans un contexte physiologique." Paris 7, 2013. http://www.theses.fr/2013PA077273.

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Abstract:

Pendant des années, l'amélogenine, l'améloblastine et l'énaméline ont été considérées comme exclusives de l'émail dentaire, à la fois structurales et régulant la biominéralisation de ce tissu. Dans ce mémoire, nous avons étudié l'expression de ces trois protéines et leurs transcripts grâce à des analyses descriptives et quantitatives dans différents tissus, en prenant comme repère l'organe de l'émail. Nous avons également établi le patron ontogénique de l'expression de ces molécules avec l'étude de souris sauvages et de mutants nuls pour l'amélogénine à différents stades de dévelopmment. Ces données nous ont permis de confirmer l'expression extra-dentaire de ces molécules. Compte tenu de leur état chimique, leur distribution et leur quantité, nous proposons ces « proteines associées à l'émail » comme des protéines à double rôle ; d'un côté un rôle structural et de l'autre des fonctions de type facteur de croissance dans une voie physiologique intégrée. Ainsi, ces protéines participeraient également à la régulation du métabolisme du complexe alvéolo-dentaire. Enfin, l'ensemble de nos données suggèrent que les différents tissus osseux du squelette peuvent être caractérisés par le profil d'expression de ces protéines, lesquelles pourraient représenter des marqueurs spécifiques des structures osseuses d'origine neuroectodermique
For years, amelogenin, ameloblastin and enamelin have been considered as exclusive of the dental enamel, both structural and regulating biomineralization of this tissue. This work investigates these three proteins and their transcripts through descriptive and quantitative analyses in different hard and soft tissues taking as reference the enamel organ. We establish the ontogenetic pattern bf expression of these molecules using control and amelogenin knock-out mice of different ages. We confirm the expression of these molecules in non-dental tissues. Given their chemical state, their distribution and quantity, we suggest these " enamel related proteins" as proteins with a double rote: a structural rote in enamel but also as signaling molecute, with growth factor-like functions. They would indeed participate in the regulation of the metabolism of dentoatveotar complex. Additionaly, our data suggest that the various skeletal tissues can be characterized by the expression profile of these proteins, which may represent specific markers of neural-crest derived bones

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Boukpessi, Tchilalo. "Rôle de protéines non collagéniques dans la physiopathologie de la dentine humaine." Paris 5, 2009. http://www.theses.fr/2009PA05M002.

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Abstract:

Ce travail a pour objectif principal d'étudier la physiopathologie de la matrice dentinaire. Dans ce but, deux modèles de pathologie de la dentine ont servi de support : la carie dentinaire et la dentine hypophosphatémique. A travers ces modèles, nous avons cherché à mieux comprendre le rôle des protéines non collagéniques dans la minéralisation, la structure et la dégradation de la dentine humaine. Dans le premier modèle, le rôle des MMPs dentinaires dans la dégradation des protéines de la dentine cariée a été tout particulièrement développé. Ainsi, nous avons essayé de comprendre comment la MMP-3 (dont la présence dans la dentine humaine mature a été démontrée pour la première fois par ce travail) initiait la libération des molécules de la matrice extracellulaire dentinaire à partir de dentine humaine artificiellement déminéralisée. Ce premier travail ouvre des perspectives d'une part en ternie de réparation de la dent, la dégradation de matrice pouvant fournir des peptides bioactifs, et d'autre part et à plus court terme, en terme de thérapeutique adhésive. En effet, un traitement de la dentine par des MMPs pourrait améliorer le collage d'un composite à la dentine traitée. Le deuxième modèle concerne la dentine de dents de patients atteints de rachitisme hypophosphatémique lié à la mutation de PHEX. Chez ces patients, des défauts de minéralisation de la dentine sont observés. Nous avons étudié la structure, la composition et la distribution des molécules de la matrice extracellulaire dentinaire de dents temporaires provenant de patients hypophosphatémiques. Nous avons ainsi montré une accumulation des protéines de la matrice sous forme dégradée au niveau des plages de dentine non minéralisée. Dans ces conditions pathologiques, MEPE semble jouer un rôle critique et notre travail a ^contribué àjme meilleure compréhension de ses fonctions
The aim of this work was to study the physiopathology of dentin extracellular matrix. With this end, two models of pathological dentin were carried out : artificial caries-affected dentin and hypophosphatemic dentin. Through these models, we tried to better understand the role of non collagenous proteins in the mineralization, the structure and the degradation of human dentin. Therefore, in the first model, we investigated how recombinant MMP-3 initiates the release of ECM molecules from artificially demineralized human dentin. That way, we identified for the first time to the best of our knowledge, the presence of endogenous MMP-3 in mature dentin. In this first approach, the use of MMP-3 as a potential agent for dentin preparation may improve resin adhesion. The second model concerned dentin from hypophosphatemic patients. Familial hypophosphatemic rickets results from the mutation of the PHEX gene. Patients have reported to display important dentin defects, and therefore, we explored the dentin structure, composition, and distribution of ECM molecules in hypophosphatemic human deciduous teeth. The abnormal presence of low-molecular weight protein complexes in large interglobular spaces was shown. In these pathological conditions, MEPE seems to display important role and our work aimed to better understand this function

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Zaghdoudi, Sonia. "L'activité kinase de FAK dans les fibroblastes associés au cancer : régulateur clé de la progression de l'adénocarcinome pancréatique canalaire." Thesis, Toulouse 3, 2019. http://www.theses.fr/2019TOU30175.

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Abstract:

L'adénocarcinome pancréatique canalaire (PDAC) est la forme de cancer du pancréas la plus fréquente et la plus meurtrière, représentant près de 90% des tumeurs du pancréas avec un taux de survie globale à cinq ans inférieur à 5%. Une caractéristique majeure du PDAC est de présenter une dense réaction desmoplasique, principalement composée de matrice extracellulaire (MEC) entourant les cellules tumorales. La MEC favorise à elle seule, le développement et la progression de la tumeur. La MEC et les enzymes du remodelage matriciel sont majoritairement secrétées par les cellules les plus abondantes du stroma appelés fibroblastes associés au cancer (CAFs), cellules documentées pour favoriser la tumorigenèse et les métastases. Durant mes travaux de thèse, nous avons démontré que la focale adhésion kinase (FAK), protéine tyrosine kinase impliquée dans de nombreux processus cellulaires, est retrouvée fortement activée dans les CAFs de PDAC par rapport aux fibroblastes d'un pancréas sain. Nous avons identifié l'activité de FAK comme marqueur pronostique indépendant des patients atteints de PDAC, et ce lorsque cette activité de FAK est quantifiée spécifiquement dans les cellules fibroblastiques puisqu'elle n'est pas pronostique dans les cellules tumorales. In vivo, dans un modèle immunocompétent de souris co-greffées orthotopiquement avec des cellules tumorales de PDAC et des fibroblastes exprimant FAK-WT (actif) ou FAK-KD (Kinase inactif), nous avons montré que l'inactivation spécifique de FAK fibroblastique réduit drastiquement les métastases pulmonaires spontanées. In vitro, l'inactivation de FAK fibroblastique induit une diminution de la migration et de l'invasion des fibroblastes, impactant négativement les capacités migratoires des cellules tumorales. De plus, l'inactivation de FAK fibroblastique modifie la sécrétion et le dépôt des protéines de la MEC in vivo (dans la tumeur primaire) et in vitro. Par des approches d'analyse en spectrométrie de masse de la MEC des tumeurs (matrisome), nous avons montré que l'inactivation de FAK fibroblastique modifie le contenu matriciel, augmentant l'expression des protéines matricielles présentes dans les membranes basales endothéliales, ce qui contribue à la maturation et la perméabilité des vaisseaux sanguins. En résumé, l'inhibition de l'activité de FAK dans les fibroblastes régule la dissémination des cellules tumorales à distance via un mécanisme impliquant la normalisation du stroma tumoral (matrice, vaisseaux et composante immunitaire). Dans la seconde partie de mon travail de thèse, nous avons démontré que l'inactivation de FAK fibroblastique altère la réponse immunitaire pro-tumorale in vivo via une réduction du recrutement des macrophages associés aux tumeurs dans la tumeur primaire. En effet, l'inhibition de l'activité de FAK modifie les facteurs solubles secrétés par les CAFs, induisant une réduction de la migration et de la polarisation des macrophages de type M2 de manière indirecte. Nous avons confirmé ces résultats sur des tumeurs de patients atteints de PDAC dans lesquels nous avons observé que le niveau d'activité de FAK fibroblastique corrèle positivement avec le nombre de macrophages pro-tumoraux. En conclusion, mes travaux réalisés à l'aide d'un modèle génétique d'inactivation de FAK dans les CAFs suggèrent que l'utilisation d'un inhibiteur pharmacologique de FAK, en impactant directement les effets pro-métastatiques des CAFs et indirectement les effets pro-tumoraux des composantes endothéliales et immunitaires, apparait être une stratégie prometteuse pour les patients atteints de PDAC
Pancreatic Ductal Adenocarcinoma (PDAC) represents more than 90% of the cases of the pancreatic cancer with an overall five-year survival rate lower than 5% due to a very late diagnosis of the disease. A major histological hallmark of PDAC is the extensive desmoplasic stromal reaction mainly composed of extracellular matrix (ECM) surrounding tumor cells. ECM, by itself, promotes tumor development and progression. ECM and ECM remodeling enzymes are mainly secreted by the most abundant stromal cells called cancer-associated fibroblasts (CAF), known to promote tumorigenesis and metastasis. During my PhD studies, we have demonstrated that the focal adhesion kinase (FAK), protein tyrosine kinase involved in many cellular processes, is found highly activated in PDAC CAFs compared to fibroblasts from healthy pancreas. We have identified FAK activity as an independent prognostic marker for PDAC patients, when FAK activity is quantified specifically in fibroblasts while it is not prognostic in tumor cells. In vivo, in an immunocompetent mouse model consisting in the intra-pancreatic co-injection of PDAC tumor cells with fibroblasts expressing FAK-WT (active) or FAK-KD (Kinase dead, inactive), we showed that the specific fibroblastic FAK inactivation reduces drastically spontaneous lung metastasis. In vitro, fibroblastic FAK inactivation reduces fibroblasts migration and invasion and, negatively impacting tumor cells migratory capacities. In addition, fibroblastic FAK inactivation modifies ECM proteins secretion and deposition in vivo (in the primary tumor) and in vitro. Using mass spectrometry ECM analysis approaches in tumors (matrisome), we have shown that fibroblastic FAK inactivation modifies the matrix content, increasing matrix proteins expression present in the endothelial basement membranes which contributes to blood vessels maturation and permeability. In summary, fibroblastic FAK activity regulates the tumor cells dissemination remotely via a mechanism involving in the normalization of tumor stroma (matrix, vessels and immune component). In the second part of my PhD studies, we have demonstrated that fibroblastic FAK inactivation alters the pro-tumoral immune response in vivo via a reduction of tumor-associated macrophages recruitment in the primary tumor. Indeed, FAK activity inhibition modifies the soluble factors differentially secreted by CAF, leading to a reduction of pro-tumor macrophages migration and polarization indirectly. We confirmed these results on PDAC patients tumors in which we have observed that fibroblastic FAK activity levels correlates positively with pro-tumor macrophages number. In conclusion, my work using a genetic engineered FAK inactivation mouse model in CAFs suggests that the use of a small molecule FAK kinase inhibitor, directly impacting the pro-metastatic effects of CAFs and indirectly the pro-tumor effects of endothelial and immune components, appears to be a promising strategy for PDAC patients

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Marie, Pauline. "Biominéralisation de la coquille d'oeuf de poule : caractérisation des protéines de la matrice organique impliquées dans l'initiation de la minéralisation." Thesis, Tours, 2015. http://www.theses.fr/2015TOUR4007/document.

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Abstract:

L’objectif principal de cette thèse était d’identifier et de quantifier les protéines de la matrice organique qui contrôlent le type polymorphique et la morphologie des cristaux présents dans la coquille d’oeuf de poule à différents stades du processus de minéralisation afin de mettre en évidence les composants impliqués dans la calcification à chacun de ces stades. Au total, 64 et 175 protéines différentiellement abondantes durant le processus de minéralisation ont été identifiées dans le milieu de formation (fluide utérin) et la matrice organique. Parmi celles-ci, les fonctions de 24 protéines du fluide utérin et de 77 issues de la coquille sont potentiellement reliées au processus de minéralisation. Nous décrivons plus particulièrement 20 protéines du fait de leur abondance et de leurs fonctions directe ou indirecte sur le processus de calcification. Des études complémentaires sur ces candidats permettront de confirmer leur implication dans la minéralisation de la coquille d’oeuf
The aim of this PhD was to identify and quantify eggshell organic matrix proteins which control polymorphic type and morphology of crystals at different time points of the eggshell mineralization process in order to highlight particular components involved in calcification at each calcification stage. A total of 64 and 175 proteins differentially abundant during mineralization process were identified in the forming milieu (uterine fluid) and in the eggshell organic matrix respectively. Out of them, 24 uterine fluid and 77 eggshell proteins are functionally related to the mineralization process. We paid particular attention to 20 overabundant proteins with direct or indirect functional evidences related to calcification. Further studies will be necessary to confirm their involvement in the chicken eggshell mineralization

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Gorisse, Laëtitia. "Modalités d'accumulation des produits de carbamylation des protéines au cours du vieillissement et de l'insuffisance rénale chronique." Thesis, Reims, 2014. http://www.theses.fr/2014REIMS023/document.

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Abstract:

Les modifications post-traductionnelles non enzymatiques des protéines, comme la glycation, l'oxydation ou la carbamylation, participent au vieillissement des tissus. Certaines maladies chroniques constituent des contextes pathologiques favorisant ces modifications chimiques. La carbamylation est une réaction encore peu étudiée à ce jour, qui correspond à la fixation de l'acide isocyanique, principalement dérivé de l'urée, sur les groupements aminés des protéines. Cette réaction mène à la formation de produits de carbamylation (CDP), parmi lesquels l'homocitrulline. Des études in vitro ont montré que la carbamylation participait à l'altération des propriétés structurales et fonctionnelles des protéines tissulaires et plasmatiques. Néanmoins, le devenir tissulaire des CDP reste encore non élucidé. Notre travail a consisté à évaluer la carbamylation des protéines tissulaires dans un contexte in vivo au cours de l'insuffisance rénale chronique (IRC) et du vieillissement. Ces études ont montré que la carbamylation était une réaction physiologique observée au cours du vieillissement et amplifiée au cours de l'IRC, menant à l'accumulation des CDP dans les tissus. Cette modification a particulièrement lieu au niveau du collagène de type I mais aussi au niveau de l'élastine, deux protéines matricielles à longue demi-vie. Ces résultats peuvent être mis en lien avec les troubles infectieux et inflammatoires observés au cours du vieillissement et de l'IRC. Par ailleurs, l'organisme semble capable de limiter ce processus de carbamylation, ce qui permet d'envisager des investigations supplémentaires dans l'optique de développer des stratégies préventives ou thérapeutiques
Non-enzymatic post-translational modifications of proteins, such as glycation, oxidation, and carbamylation, are associated with tissue aging. Chronic diseases are pathological contexts known for amplifying these chemical modifications. A still poorly investigated reaction is carbamylation, or the binding of isocyanic acid, a byproduct principally derived from urea, to protein amino groups. This process leads to the formation of carbamylation-derived products (CDPs) such as homocitrulline. In vitro experiments have shown that carbamylation contributes to the alteration of structural and functional properties of various tissue and plasma proteins. The metabolic fate of carbamylated proteins in vivo, however, is still unclear.Herein, we have evaluated tissue carbamylation rate during chronic renal failure (CRF) and aging in vivo. Our results show that carbamylation occurs physiologically during aging and is amplified during CRF, leading to an accumulation of CDPs in tissues. This reaction affects more intensely type I collagen but also affects elastin, both extracellular compounds with long half-lives. These results could be linked with infectious and inflammatory disorders observed in aging and CRF. Moreover, the organism seems to be able to limit the carbamylation process, suggesting that further studies could develop preventive or therapeutic strategies

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Bijakowski, Cécile. "Régulation de l'activité des métalloprotéases Tolloïdes par les protéines à domaine Frizzled." Thesis, Lyon 1, 2012. http://www.theses.fr/2012LYO10121/document.

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Abstract:

Les protéases Tolloïdes constituent un groupe de métalloprotéases extracellulaires comptant quatre membres chez les mammifères (BMP-1, mTLD, mTLL-1 et mTLL-2). Ces protéases jouent un rôle majeur dans le développement et la réparation tissulaire, ainsi que dans certaines pathologies comme les fibroses. En 2006, le premier inhibiteur endogène des protéases Tolloïdes a été identifié chez le xénope et le poisson zèbre. Il s'agit de la protéine Sizzled, qui appartient à la famille des secreted Frizzled-Related proteins (sFRPs). Le travail présenté dans ce manuscrit suggère que ce mécanisme d'inhibition des protéases Tolloïdes par les sFRPs n'est pas conservé chez les mammifères. En effet, trois des cinq sFRPs de mammifères ont été testées (sFRP1, sFRP2 et sFRP4), et aucune d'entre elles ne s'est avérée capable d'inhiber l'activité de la protéase BMP-1 humaine in vitro. Ce travail montre toutefois que les protéases BMP-1, mTLD et mTLL-1 humaines peuvent être inhibées de façon puissante et spécifique par la protéine Sizzled de xénope. Cette inhibition repose sur l'interaction du domaine Frizzled de Sizzled avec le domaine catalytique des protéases Tolloïdes. Plus particulièrement, les résidus Asp-92, Phe-94, Ser-43 et Glu-44 de Sizzled (dont certains ne sont pas présents chez les sFRPs de mammifères) jouent un rôle crucial dans cette inhibition. Enfin, nous nous sommes intéressés au variant long du collagène XVIII, qui comporte également un domaine Frizzled. Nous avons pu montrer que BMP-1 clive le collagène XVIII in vitro, libérant un fragment contenant le domaine Frizzled. Des expériences sont en cours pour déterminer si ce fragment est capable d'inhiber les protéases Tolloïdes
Tolloid proteinases constitute a group of extracellular metalloproteinases which includes four members in mammals (BMP-1, mTLD, mTLL-1, mTLL-2). These proteinases play major roles in development, tissue repair and related pathological conditions such as fibrosis. In 2006, the first endogenous inhibitor of Tolloid proteinases was identified in Xenopus and zebrafish. This inhibitor, called Sizzled, is a member of the secreted Frizzled- related proteins (sFRPs). The present study strongly suggests that inhibition of Tolloid proteinases activity by sFRPs is not conserved in mammals. Indeed, three of the five mammalian sFRPs were tested (sFRP1, sFRP2 and sFRP4) and none of them was found to inhibit human BMP-1 activity in vitro. In contrast, this study demonstrates that Xenopus Sizzled is a potent and specific inhibitor of human BMP-1, mTLD and mTLL-1. This inhibition involves an interaction between the Frizzled domain of Sizzled and the catalytic domain of Tolloid proteinases. More precisely, residues Asp-92, Phe-94, Ser-43 and Glu-44 of Sizzled (among which only Asp-92 is conserved in mammalian sFRPs) play a crucial role in Tolloid proteinase inhibition. Finally, we studied the longest isoform of collagen XVIII, which also contains a Frizzled domain. We found that BMP-1 can cleave collagen XVIII in vitro, resulting in a Frizzled domain-Containing fragment. Experiments are in progress to determine if this fragment can also inhibit Tolloid proteinase activity

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Paquette, Isabelle. "Étude et évaluation d'une matrice protéique pour la protection de bactéries probiotiques." Thesis, Université Laval, 2013. http://www.theses.ulaval.ca/2013/30122/30122.pdf.

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Abstract:

Les bactéries probiotiques sont maintenant reconnues comme ayant des effets bénéfiques pour la santé humaine et animale. Toutefois, ces micro-organismes doivent être acheminés vivants dans l’intestin pour agir efficacement. L’objectif de cette étude est d’évaluer, in vivo, l’efficacité d’un comprimé à base de β-lactoglobuline succinylée pour la protection des conditions stomacales de deux souches de probiotiques, Bifidobacterium longum R0175 et Lactobacillus helveticus R0052. La capacité de délivrer ces probiotiques vivants dans l’intestin de porc a été étudiée par comptes bactériens et par qPCR. L’influence deux souches sur les populations du microbiote intestinal a également été évaluée par technique moléculaire permettant de caractériser le polymorphisme de longueur des fragments de restriction terminaux (T-RFLP). Bien que certains effets aient été observés sur certains groupes de bactéries, l’ensemble des résultats obtenus ne permet pas de conclure que l’encapsulation à base de β-lactoglobuline succinylée améliore la survie des bactéries probiotiques après passage gastrique.
So far, many probiotic bacteria have been recognized for their beneficial effects on human and animal health. However, to act efficiently, these microorganisms must be delivered alive in the intestine, but several bacterial strains with high probiotics potential are greatly affected by acidic conditions of the stomach. The aim of this study was to evaluate the in vivo performance of succinylated β-lactoglobulin tablet to protect two probiotics, Bifidobacterium longum R0175 (Bl) and Lactobacillus helveticus R0052 (Lh), from harsh stomach conditions. The capacity to release alive these two bacteria in the pig intestine was evaluated by bacterial counting and quantitative PCR on Bl and Lh. The influence of these two strains on the intestinal microbiota was also evaluated by terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP). Although some effects were observed on Ruminococcaceae, the results did not allow to conclude that the encapsulation of probiotics with succinylated β-lactoglobulin help to improve survivor after gastric transit.

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Riou, Cindy. "Intéraction des spermatozoïdes avec l'épithélium du tractus génital femelle : réservoirs spermatiques, protéomique, et fertilité." Thesis, Tours, 2017. http://www.theses.fr/2017TOUR4051/document.

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Abstract:

Chez les espèces aviaires, le stockage des spermatozoïdes s’étend sur plusieurs semaines principalement au niveau du réservoir de la jonction utéro-vaginale, contenant les tubules de stockage des spermatozoïdes (SST). Les mécanismes impliqués dans ce processus restent indéterminés. L’effet de l’insémination artificielle (IA) a été évalué sur le protéome du fluide utérin (FU), des protéines cibles et des glycanes dans les SST, provenant de poules possédant une longue (F+) ou courte (F-) durée de stockage. La longue durée de stockage est associée à une abondance relative dans le FU après IA des protéines exosomales (ANXA4, ANXA5), des protéoglycanes (TSKU), des protéines liant les protéoglycanes (HAPLN3, FN1, VTN), des transporteurs de lipides (VTG1, VTG2, APOA1, APOA4, APOH), et des protéines matricielles de la coquille (OCX32). Au contraire, la faible capacité de stockage est associée à la régulation après IA des protéines immunitaires (PIGR, immunoglobulines) ou pro-inflammatoire (LTA4H), des protéases (XPNPEP1), des chaperones (HSPA8), des mucines (MUC5AC, MUC5B), et de l’ovalbumine (OVALY). Au niveau des SST, les protéines matricielles de la coquille (OC-116, OCX36, OC-17) ont été identifiées dans l’épithélium et la lumière. La longue durée de stockage est associée à la sécrétion luminale de résidus Glc/GlcNAc, à la mobilisation apicale de protéines exosomales (ANXA4), et la non-activation des voies métaboliques impliquant les protéines PIGR, HSPA8, et ANXA5 dans les SST. En conclusion, la composition protéique du FU et des SST requièrent des régulations spécifiques après IA certainement pour garantir le stockage des spermatozoïdes
In avian species, the sperm storage mainly takes place in uterovaginal sperm storage tubules (SST) during several weeks. Mechanisms implied in this process are not fully understood. The effect of artificial insemination (AI) has been evaluated on the uterine fluid (UF) proteomic composition, and on SST candidate proteins, from hens exhibiting long (F+) or short (F-) sperm storage duration. Long sperm storage duration was associated with the relative abundance in UF after AI of proteoglycans (TSKU), proteoglycan binding proteins (HAPLN3, FN1, VTN), lipid transporters (VTG1, VTG2, APOA1, APOA4, APOH), and eggshell matrix proteins (OCX32). In contrast, poor sperm storage ability was associated with the regulation of immune factors (PIGR, immunoglobulins), pro-inflammatory factors (LTA4H), proteases (XPNPEP1), chaperone (HSPA8), mucins (MUC5AC, MUC5B), and ovalbumin related protein Y (OVALY). At the level of SST, eggshell matrix proteins (OC-116, OCX36, OC-17) were identified in SST cells and lumen. Long sperm storage duration was associated in SST with the luminal secretion of Glc/GlcNAc residues, ANXA4 apical mobilization, and non-activation of metabolic pathway implying PIGR, HSPA8, and ANXA5. In conclusion, the proteomic composition of UF and SST require specific regulation after insemination, most probably to guarantee the success of sperm storage process

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Grenard, Pascale. "Réticulation de la matrice extracellulaire par la pyridinoline et la Nε(γ-glutamyl)lysine au cours de la fibrogenese." Lyon 1, 1998. http://www.theses.fr/1998LYO10227.

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Abstract:

La reticulation covalente des macromolecules matricielles contribue a l'organisation et a la stabilite des matrices extracellulaires. La lysyl oxydase initie la voie majeure de reticulation du collagene, conduisant a la formation de pontages covalents tels que la pyridinoline. Ces pontages stabilisent les fibres de collagene et sont a l'origine de leurs proprietes mecaniques telles que la resistance a la traction ou a la degradation. Le nombre de residus de pyridinoline augmente dans toutes les fibroses etudiees : hepatique, pulmonaire ou dermique, les taux les plus eleves ont ete observes dans les fibroses non reversibles. Nous avons montre, dans un modele experimental de bilharziose que la pyridinoline est un marqueur urinaire de fibrogenese hepatique, refletant le depot de collagene mature dans les lesions fibreuses. Nous avons aussi observe, en pathologie humaine, que le stade de cirrhose, correspond a une augmentation statistiquement significative de l'excretion urinaire de la pyridinoline. La transglutaminase tissulaire participe aussi a la reticulation de la matrice extracellulaire. Cette enzyme catalyse la formation d'un pontage covalent, la n#e#p#s#i#l#o#n(gamma-glutamyl)lysine et a pour substrats plusieurs constituants matriciels. Nous avons montre que la transglutaminase tissulaire est impliquee dans la stabilisation de la matrice extracellulaire lors de fibroses d'origines diverses (hepatites virales b ou c, cirrhose alcoolique, echinococcose alveolaire) et que sparc est un de ses substrats majeurs, notamment dans le cas de l'echinococcose alveolaire. Nous avons egalement montre que dans cette parasitose la transglutaminase ne provient pas uniquement du foie de l'hote mais aussi du parasite. Nos resultats suggerent que la reticulation de la matrice extracellulaire par la transglutaminase tissulaire a lieu dans la fibrose jeune, au stade inflammatoire, contrairement a la reticulation par la lysyl oxydase qui est impliquee plus tardivement dans la fibrogenese.

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Bourahla-Fodil, Ilham. "Biosynthèse des macromolécules de la matrice extracellulaire par des fibroblastes cutanés en fonction du vieillissement in vitro. Modulation par le récepteur de l' élastine laminine." Paris 6, 1998. http://www.theses.fr/1998PA066041.

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Abstract:

La matrice extracellulaire (mec) comporte un grand nombre de macromolécules. Leur biosynthèse suit un programme qui varie selon les tissus conjonctifs, évolue avec l'âge et avec les pathologies comme l'athéro-artériosclérose ou l'arthrose. Ce programme définit le phénotype des cellules différenciées. Cette régulation est en partie génétiquement déterminée et dépend aussi de l'interaction entre les cellules et la mec. Ces interactions sont médiées par des récepteurs, intégrines et autres. La question posée au début de ce travail a été de savoir si le récepteur d'élastine-laminine intervient dans la régulation de la biosynthèse de certaines macromolécules et dans la modulation au cours du vieillissement. Nous avons pour cela utilise le modèle de vieillissement en culture de Hayflick, des fibroblastes de peau humaine en culture monocouche aux 5ème, 10 ème et 15ème passages. Les fibroblastes ont été incubes en présence d'agoniste (-élastine), d'antagoniste (mélibiose) du récepteur ou de l'association des deux et leurs effets sur la biosynthèse de la fibronectine, des collagènes et des protéoglycannes ont été comparés au témoin cultivé sans effecteurs. Nous avons constaté une augmentation de la biosynthèse des protéines totales, de la fibronectine et des glycosaminoglycannes au cours des passages. Nous avons également noté une diminution de la teneur en hyaluronane avec le nombre de passages. Le melibiose a permis d'inhiber cette baisse attribuée a une dégradation post-synthétique de l'hyaluronane au cours du vieillissement cellulaire in vitro. Le melibiose a également permis de compenser l'augmentation age dépendante de la biosynthèse de la fibronectine. Ces effecteurs n'ont provoque aucune modification mesurable de la biosynthèse des collagènes majeurs des fibroblastes. Par contre, en présence de melibiose, nous avons enregistré une augmentation de la néosynthèse des glycoconjugues. Contrairement aux hypothèses en cours quant au fonctionnement de ce récepteur, l'association de l'agoniste et de l'antagoniste a provoque des modifications des biosynthèses, opposées à celles obtenues en présence de l'un ou de l'autre des effecteurs utilise seul. Ceci est en contradiction avec l'hypothèse selon laquelle la -élastine et le disaccharide réagissent de façon compétitive vis-à-vis du récepteur. D'autre part nous avons montré que le lactose, un -galactoside et le melibiose, un -galactoside reconnaissent tous les deux la sous-unité 67 kda du récepteur, ce qui ne correspond pas à sa classification en galectine.

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Luciano, Pierre. "Maturation des préséquences d'adressage mitochondrial par la protéase majeur de la matrice mitochondriale." Aix-Marseille 3, 1999. http://www.theses.fr/1999AIX30020.

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Mercier, Isabelle. "Rôle de la matrice extracellulaire dans l'arrangement du cytosquelette des fibroblastes humains." Lyon 1, 1996. http://www.theses.fr/1996LYO10165.

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Abstract:

Les integrines engagees dans les interactions entre les cellules et la matrice extracellulaire sont regroupees dans les contacts focaux, ou elles sont associees a des proteines liant le cytosquelette. Nous avons etudie les voies de signalisation mises en jeu lors des interactions entre les cellules et la matrice extracellulaire, dans le but de mettre en evidence une specificite selon la nature chimique ou tridimensionnelle du substrat matriciel. Les fibroblastes humains dermiques normaux ont ete ensemences en absence de serum sur du collagene de type i natif ou denature, du collagene de type iv, de la laminine ou de la fibronectine. Le marquage immunofluorescent de l'actine et de la vinculine montre que les fibroblastes adoptent une morphologie preferentielle et que la vinculine se rearrange differemment selon le substrat d'adhesion, suggerant une specificite dans la transmission des signaux selon la nature chimique du substrat. L'utilisation d'inhibiteurs ou d'activateurs de proteine kinases montre que l'activite des proteines kinases dependantes de la calmoduline est necessaire a l'adhesion des fibroblastes, tandis que l'activite de la proteine kinase c est necessaire a l'etalement, et cela sur tous les substrats consideres. Nous avons ensuite etudie le role de l'assemblage supramoleculaire du collagene dans l'adhesion des fibroblastes. Les cellules ont ete ensemencees sur du collagene monomerique ou fibrillaire. Nos resultats montrent que la morphologie cellulaire, l'organisation de l'actine et la distribution des sous-unites des integrines, la taline, la vinculine et les phosphotyrosines dependent de l'organisation supramoleculaire du collagene. Compares aux monomeres, les polymeres de collagene induisent une organisation lache du reseau d'actine et une distribution lineaire des sous-unites des integrines, de la taline, la vinculine et les phosphotyrosines. Ces resultats montrent le role important de la structure tridimensionnelle du collagene dans les interactions cellulaires. De plus, cette etude suggere l'existence d'une heterogeneite locale dans l'activite biologique des fibrilles de collagene

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Héquet, Arnaud. "Protection des matrices alimentaires carnées par antagonisme bactérien." Poitiers, 2006. http://www.theses.fr/2006POIT2284.

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Ce travail a pour but d'évaluer l'utilisation de bactéries (productrices ou non de bactériocines) dans la bioprotection de la viande et des produits carnés, contre des contaminants alimentaires. L’effet inhibiteur de deux souches industrielles de Lactobacillus sakei sur la croissance d’entérobactéries sur du jambon tranché a été montré en challenge test. La technique de « culture séquentielle », avec notamment le développement d’un milieu de simulation du jambon, nous a permis de reproduire le phénomène d’inhibition observé in situ. La technique de « culture séquentielle » nous a permis de rechercher des souches, ayant une activité inhibitrice des bactéries Listeria et Enterobacteriaceae. L’implication d’un acide organique sous forme non-dissociée dans l’activité inhibitrice des entérobactéries a été montrée. Deux souches se sont avérées actives contre Listeria. Leuconostoc pseudomesenteroides 2733 et Lactobacillus curvatus 2711, produisent respectivement les leucocines 33A et 33B et la sakacine X
The aim of this study corresponded to the evaluation of the use of lactic acid bacteria, which produced or not bacteriocin, for the bioprotection of meat products against bacterial contamination. Challenge tests demonstrated that two Lactobacillus sakei inhibited the growth of Enterobacteriacea on sliced cooked ham. Sequential culture method, based on a new simulating ham medium, was developed to simulate and reproduce the inhibition of Enterobacteriaceae by Lactobacilli observed in challenge tests and used to screen a collection of lactic acid bacteria. Antagonistic activity was related to an organic acid, probably acetic acid. Two new antilisterial strains were identified. Leuconostoc pseudomesenteroides 2733 was shown to produce leucocins 33A and 33B and Lactobacillus curvatus 2711 produced sakacin X

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Perreault, Véronique. "Contribution à la compréhension de la fonctionnalité des protéines du lactosérum dénaturées dans la matrice fromagère." Doctoral thesis, Université Laval, 2017. http://hdl.handle.net/20.500.11794/27782.

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Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2017-2018.
La transformation du lactosérum de fromagerie en concentré de protéines du lactosérum dénaturées (CPLD), pour recyclage dans une production fromagère subséquente, est maintenant pratique courante dans l’industrie à grande échelle au Canada. Bien que les CPLD puissent être utilisés comme ingrédients de remplacement de la matière grasse, vu les coûts élevés de la protéine laitière dans le contexte canadien, l’emploi de CPLD vise parfois plutôt à substituer en partie la caséine du lait dans le fromage. Le CPLD ayant servi à réaliser le présent projet représente un CPLD conçu en milieu industriel dans cette optique. De façon générale, l’introduction de CPLD dans le lait de fromagerie est associée à une rétention d’eau accrue dans le fromage et à des changements de texture, mais les mécanismes responsables de ces phénomènes demeurent à clarifier. Cette thèse avait pour but d’étudier et expliquer les conséquences de l’addition de CPLD au lait de fromagerie sur les propriétés physico-chimiques des gels présure et mécaniques du fromage. Une première étude a permis d’évaluer l’effet combiné des niveaux de CPLD et de gras dans le lait de fromagerie sur ses propriétés de coagulation par la présure et la capacité de contraction du gel. L’augmentation du niveau de substitution des protéines du lait par des protéines du CPLD a résulté en une diminution du taux de coagulation et de la rigidité du gel (module d’élasticité - G), ainsi qu’en une diminution de la capacité de contraction du gel. Un effet direct du CPLD sur ces propriétés, au-delà d’un effet attribué à la dilution des caséines, a été mis en évidence. En outre, cette étude a permis de confronter l’effet des agrégats de protéines du lactosérum dénaturées, considérés comme éléments de remplissage des gels, à l’effet d’un autre type d’éléments de remplissage soient les gouttelettes de gras : à fractions volumiques équivalentes, les résultats ont montré des impacts distincts sur les propriétés mécaniques des gels. Une seconde étude a permis d’évaluer l’effet des différentes fractions du CPLD sur les propriétés de coagulation du lait par la présure et la capacité de contraction du gel. Le CPLD a été fractionné par centrifugation et dialyse en trois composantes : agrégats sédimentables, composante non sédimentable et composante diffusible. La composante diffusible (minéraux solubles) n'a pas affecté les paramètres de coagulation et de contraction. Les agrégats sédimentables de même que la composante non sédimentable ont influencé négativement les propriétés de coagulation ainsi que la capacité de contraction du gel. Les résultats ont notamment suggéré que des complexes protéiques solubles (non sédimentables et non diffusibles) retrouvés dans le CPLD puissent interagir avec les micelles de caséine emprésurées et limiter la formation et la contraction du gel. Une troisième étude a permis d’évaluer l'effet du CPLD et de ses fractions sur la composition et les propriétés mécaniques du fromage. La centrifugation a été utilisée pour induire un gradient d'humidité dans le fromage, afin d’isoler la contribution directe du CPLD et de ses fractions aux propriétés mécaniques du fromage. Le rendement et la teneur en humidité du fromage ont augmenté et la rigidité du fromage (module complexe - G*) a diminué avec l’augmentation du niveau de substitution des protéines du lait par des protéines du CPLD dans le lait de fromagerie. Cependant, pour des fromages ayant une même teneur en humidité, l’augmentation du niveau de CPLD n'a pas eu d'effet direct sur les paramètres rhéologiques. Les agrégats sédimentables ont été principalement responsables de l'augmentation du rendement fromager avec l’utilisation de CPLD. Dans l'ensemble, la teneur en humidité a expliqué en grande partie la variation des propriétés rhéologiques du fromage en fonction de la fraction de CPLD. Toutefois, en éliminant l'effet de l'humidité, l'addition des agrégats sédimentables du CPLD a conduit à une augmentation de la rigidité du fromage. Par la mise en évidence de l’effet distinct de chacune des fractions du CPLD, au cours de la transformation du lait en fromage, ces travaux ont conduit à l’identification de mécanismes d’action expliquant l’impact de l’introduction de CPLD dans le lait de fromagerie sur les propriétés des gels présure et du fromage : des connaissances en appui au développement de CPLD de haute performance en fromagerie et à l’amélioration de la qualité du fromage enrichi de CPLD.
Transformation of cheese whey into denatured whey protein concentrate (DWPC) for recycling into a subsequent cheese production is now common practice in large-scale industry in Canada. Although DWPC can be used as a fat replacer, considering the high cost of dairy protein in the Canadian context, DWPC is sometimes used as a substitute for milk casein in cheese. The DWPC used to carry out this project consists in a DWPC designed for this purpose in an industrial context. The introduction of DWPC into cheese milk is generally associated with increased water retention in cheese and changes in texture, but the mechanisms responsible for these phenomena remain to be clarified. This thesis was aimed at studying and explaining the consequences of the addition of DWPC to cheese milk on the physicochemical properties of rennet gels and mechanical properties of cheese. A first study evaluated the combined effect of DWPC and fat concentrations in milk on the rennet-induced coagulation properties and gel contraction capacity. The increase in the substitution level of DWPC proteins for milk proteins in cheese milk resulted in a decrease in coagulation rate and gel rigidity (elastic modulus - G), as well as a decrease in gel contraction capacity. A direct effect of the DWPC on these properties was demonstrated beyond an effect attributed to casein dilution. Moreover, this study allowed to compare the effect of denatured whey protein aggregates to that of fat globules, while both elements are considered to be fillers in rennet gels. For equivalent volume fractions, the results clearly showed different impacts of these fillers on gel mechanical properties. A second study evaluated the effect of different fractions from the DWPC on the rennet-induced coagulation properties and gel contraction capacity. The DWPC was fractionated by centrifugation and dialysis into three components: sedimentable aggregates, non-sedimentable component and diffusible component. The diffusible component (soluble minerals) did not affect coagulation and contraction parameters. The sedimentable aggregates and the non-sedimentable component both negatively influenced the coagulation properties as well as gel contraction capacity. The results suggested that beyond the effect of sedimentable whey protein aggregates, soluble proteinaceous complexes (non-sedimentable and non-diffusible) found in the DWPC could interact with the renneted casein micelles and limit gel formation and contraction. A third study evaluated the effect of DWPC and its fractions on the composition and mechanical properties of cheese. Centrifugation was used to induce a moisture gradient in the cheese to isolate the direct contribution of the DWPC and its fractions to the mechanical properties of cheese. Cheese yield and moisture content increased and cheese rigidity (complex modulus - G*) decreased when the DWPC was substituted for milk proteins in milk. However, for cheeses with the same moisture content, the substitution of DWPC proteins for milk proteins had no direct effect on rheological parameters. The sedimentable aggregates were primarily responsible for the increase in cheese yield with the use of DWPC. Overall, moisture content explained to a large extent the variation in cheese rheological properties depending on the DWPC fraction. However, when the effect of moisture was removed, the addition of the DWPC sedimentable aggregates to milk led to an increase in cheese rigidity. By demonstrating the distinct effect of each of the DWPC fractions during the processing of milk into cheese, this work led to the identification of mechanisms that explain the impact of introducing DWPC in cheese milk on the properties of rennet gels and cheese. These knowledges could support the development of high-performance ingredients that increase whey proteins recovery in cheese and could help to improve the quality of DWPC-fortified cheese.

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Chamoy, Luc. "Caractérisation de protéines du tube d'un vestimentaire des sources hydrothermales profondes : Riftia pachyptila." Dijon, 2001. http://www.theses.fr/2001DIJOS001.

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Abstract:

L'environnement hydrothermal profond est hostile à la vie. Seuls les organismes qui ont développé des protections robustes ont pu y prospérer. L'étude de la matrice chitino-protéique du tube de Riftia pachyptila est la première étape de la compréhension des mécanismes d'adaptation de ces animaux. Afin de mieux connaître les processus de synthèse et de maturation de cet exosquelette, une étude de la composition qualitative et quantitative des composants principaux a été menée sur du tube mature et néo-synthétisé en aquariums pressurés. Elle a permis de montrer que les quantités de protéines et de chitine sont deux fois plus faibles dans le tube frais que dans le tube mature et que des variations de la nature des protéines s'observent tout au long de la hauteur du tube. L'obtention de microséquences peptidiques de protéines de tubes a autorisé le clonage des ADNc complets de deux polypeptides. La première protéine, appelée RP43, est constituée de trois domaines CUB et pourrait être impliquée dans les interactions avec les glycoprotéines du tube de R. Pachyptila. La seconde nommée RCBP, possède deux domaines de liaison à la chitine qui se sont révélés fonctionnels in vitro. RCBP est de plus la première protéine spécifique de la chitine ß et semble une bonne candidate pour les interactions directes avec la chitine beta du tube de R. Pachyptila. La localisation des transcrits de ces deux protéines dans différentes régions de l'épiderme de l'animal a également montré que ces protéines du tube n'étaient pas sécrétées par les glandes productrices de chitine. Cette étude ouvre de nouvelles vues sur la morphogenèse du tube de R. Pachyptila et doit permettre de caractériser des fonctions ou domaines nouveaux chez les protéines de la matrice extracellulaire de cet animal, confirmant l'intérêt de ce modèle pour une meilleure connaissance de la faune de l'écosystème hydrothermal ainsi que pour la compréhension des interactions moléculaires dans les exosquelettes.

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Dissertations / Theses on the topic 'Protéine de matrice'

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