Academic literature on the topic 'Protéines, structures secondaires'

The study was conducted to gather relevant information on turkey management, andprevalent diseases in turkeys, constraints and prospects of turkey production in Enugu state.The study was conducted in nine local government areas in the three senatorial zones of Enugu State, Nigeria covering 297 turkey keepers. A structured questionnaire was administered and information on the socio-economic characteristics of turkey producers, production patterns, management practices, prevalent diseases in turkeys and the common problems facing turkey production in Enugu State were identified and collected. The finding of the study indicated that turkey production was carried out mainly by adult female (53.0%), who were either secondary school holders (40.7%) or degree holders (26.3%). Majority (48.1%) had no previous experience in turkey production, however (52.3% involved in the business were within 36-50 years old. Turkey production in Enugu State was generally a part-time occupation as respondents were engaged in other primary occupation such as crop farming (32.6%), trading (24.6%) and civil service (18.5%). Turkeys were kept in small numbers (1-20) along with local chicken, exotic chicken, guinea fowl and ducks by a large (84.6%) number of the farmers. Majority (44.1%) of the turkey keepers in the study area adopted intensive system of management whereas a few (15.8%) allowed their turkeys to roam around. Constraints to turkey production as identified by the farmers in the study area were high cost of feed (86.5%), early poult mortality (85.2%), inadequate access to veterinary care (78.80%), unavailability and high cost of poult (74.40%), lack of management skills (63.3%) and lack of capital (61.7%).Fowl pox (69.0%) and Newcastle disease (57.6%) were the main disease problem constantly encountered and these diseases limit production in the study area. Turkey farmers affirmed that turkey production is a profitable and promising venture based on turkeys' high survival rate, ability to resist diseases and the cash generated after sale of the turkeys. In conclusion, despite the factors limiting turkey production as outlined by the respondents, turkey production has great potential in bridging the animal protein supply therefore, poultry farmers should be encouraged by government to increase their level of production by establishing reliable breeding centres in the south-east Nigeria which will ensure regular supply of day old poult, prompt disease control by employment of more veterinarians and provide soft loans to farmers. L'étude a été menée pour recueillir des informations pertinentes sur la gestion des dindes et les maladies répandues chez les dindes, les contraintes et les perspectives de la production de dindes dans l'État d'Enugu au Nigeria. L'étude a été menée dans neuf zones de gouvernement local dans les trois zones sénatoriales de l'État d'Enugu, au Nigeria, couvrant 297 éleveurs de dindes. Un questionnaire structuré a été administré et des informations sur les caractéristiques socio-économiques des producteurs de dinde, les modes de production, les pratiques de gestion, les maladies répandues chez les dindes et les problèmes courants auxquels est confrontée la production de dinde dans l'État d'Enugu ont été identifiées et collectées. Les résultats de l'étude ont indiqué que la production de dinde était principalement réalisée par des femmes adultes (53,0%), qui étaient soit titulaires d'une école secondaire (40.7%), soit titulaires d'un diplôme (26.3%). La majorité (48.1%) n'avait aucune expérience antérieure dans la production de dinde, mais (52.3%) impliqués dans l'entreprise avaient entre 36 et 50 ans. La production de dinde dans l'État d'Enugu était généralement une activité à temps partiel, car les personnes interrogées exerçaient d'autres activités primaires telles que l'agriculture (32.6%), le commerce (24.6%) et la function publique (18.5%). Les dindes étaient élevées en petit nombre (1 à 20) avec du poulet local, du poulet exotique, de la pintade et des canards par un grand nombre (84.6%) des agriculteurs. La majorité (44.1%) des éleveurs de dindes de la zone d'étude ont adopté un système de gestion intensif tandis que quelques-uns (15.8%) ont laissé leurs dindes se déplacer. Les contraintes à la production de dindes identifiées par les éleveurs dans la zone d'étude étaient le coût élevé des aliments (86.5%), la mortalité précoce des dindonneaux (85.2%), l'accès insuffisant aux soins vétérinaires (78.80%), l'indisponibilité et le coût élevé des dindonneaux (74.40%).), le manque de compétences en gestion (63.3%) et le manque de capital (61.7%). La variole aviaire (69.0%) et la maladie de Newcastle (57.6%) ont été le principal problème de maladie constamment rencontré et ces maladies limitent la production dans la zone d'étude. Les éleveurs de dindes ont affirmé que la production de dindes était une entreprise rentable et prometteuse basée sur le taux de survie élevé des dindes, leur capacité à résister aux maladies et les revenus générés après la vente des dindes. En conclusion, malgré les facteurs limitant la production de dinde comme indiqué par les répondants, la production de dinde a un grand potentiel pour combler l'approvisionnement en protéines animales.Par conséquent, les aviculteurs devraient être encouragés par le gouvernement à augmenter leur niveau de production en établissant des centres d'élevage fiables dans le sud-est du Nigéria, qui garantira un approvisionnement régulier en dindonneaux d'un jour, un contrôle rapide de la maladie par l'emploi de plus de veterinaries et accordera des prêts à des conditions avantageuses aux agriculteurs.

Ce travail présente de nouvelles méthodes pour extraire des informations structurales à partir d'une séquence en acides aminés et l'application de ces méthodes à la modélisation des protéines. Nous avons mis au point un algorithme d'alignement multiple pour des séquences protéiques basé sur l'algorithme de Needleman et Wunsch, mais qui n'est pas limité par le nombre et la taille des séquences protéiques à aligner. Nous avons développé une méthode de prédiction des structures secondaires, la Méthode des Homologues, basée sur les similarités entre peptides, qui prédit correctement 63% des résidus d'acides aminés, pour trois états. Cette méthode prédit correctement 87% des résidus d'une protéine homologue avec une protéine de la base de données. Nous avons utilisé un modèle simplifié de la chaîne polypeptique pour déterminer les limites des calculs par minimisation de l'énergie. Nous avons appliqué ces techniques à la modélisation des protéines de choc thermique (HSP90), du domaine liant l'ADN des protéines régulatrices FixK et Fnr et du domaine liant l'hème de la nitrate réductase de tabac.

Contexte. Les protéines transmembranaires ont une importance considérable tant au niveau de la survie d'une cellule qu'au niveau de ces interactions avec les autres cellules. En raison de contraintes techniques, la cristallisation de ce type de protéine demeure très complexe, ce qui limite grandement l’exploration de leur structure. Pour contourner ces difficultés, différents outils de prédiction ont été développés,en se fondant originellement sur l'hydrophobicité des régions enfouies dans la membrane. Méthode. L'outil développé repose sur une dérivation de la moyenne d'hydrophobicité calculée sur deux ensembles de taille de fenêtres. Le premier ensemble (G1) contient des petites tailles de fenêtres ce qui correspond à des événements locaux, tandis que le second (G2) correspond à des tailles de fenêtres plus larges, adaptées à la taille des hélices formant certaines protéines transmembranaires. La variation d'hydrophobicité est obtenue en dérivant les moyennes d'hydrophobicité. Un consensus est établi pour chaque groupe, et les résultats sont comparés à un ensemble de protéines transmembranaires cristallisées. Résultats. Les variations d'hydrophobicité G2 sont liées aux extrémités des hélices transmembranaires,tandis que les variations G1 sont en relation avec la limites des structures et certaines irrégularités structurelles.Ces résultats nous ont amené à introduire une nouvelle notion : les unités transmembranaires(TMU). Les TMU consistent en un ensemble de sous-structures qui composent les structures transmembranaires
Background. Few high-resolution structures of integral membranes proteins are available, as crystallization of such proteins needs yet to overcome too many technical limitations. Nevertheless, prediction oftheir transmembrane (TM) structure by bioinformatics tools provides interesting insights on the topology of these proteins.Method. We describe here how to extract new information from the analysis of hydrophobicity variations or hydrophobic pulses (HPulses) in the sequence of integral membrane proteins using the Hydrophobic Pulse Predictor, a new tool we developed for this purpose. To analyze the primary sequence of 70 integralmembrane proteins we defined two levels of analysis : G1-HPulses for sliding windows of n=2 to 6 andG2-HPulses for sliding windows of n=12 to 16.Results. The G2-HPulse analysis of 541 transmembrane helices allowed the definition of the new conceptof transmembrane unit (TMU) that groups together transmembrane helices and segments with potentialadjacent structures. In addition, the G1-HPulse analysis identified helix irregularities that correspondedto kinks, partial helices or unannotated structural events. These irregularities could represent key dynamicelements that are alternatively activated depending on the channel status as illustrated by the crystalstructures of the lactose permease in different conformations. Our results open a new way in the understanding of transmembrane secondary structures : hydrophobicity through hydrophobic pulses stronglyimpacts on such embedded structures and is not confined to define the transmembrane status of aminoacids

Les protéines transmembranaires canaux-β (TMBs) se trouvent dans les membranes externes des bactéries à Gram négatif, des mitochondries ainsi que des chloroplastes. Elles traversent entièrement la membrane cellulaire et exercent différentes fonctions importantes. Vu qu'il y a un petit nombre des structures des TMBs déterminées, en raison des difficultés avec les méthodes expérimentales, il est douteux que ces approches puis- sent bien trouver et prédire les TMBs qui ne sont pas homologues avec celles connues. Nous construisons un modèle de graphe pour la classification et la prédiction de structures super-secondaires permutées des TMBs à partir de leur séquence d'acides aminés, en se basant sur la minimisation d'énergie. Le modèle ne dépend essentiellement pas de l'apprentissage. Les algorithmes sont rapides, robustes avec des performances com- parables à celles des meilleures méthodes actuelles qui utilisent l'apprentissage. Cette méthode peut être donc utile pour le screening des génomes. Outre la performance de prédiction et de classification, cette étude donne une vue plus profonde de la structure des TMBs en tenant compte des contraintes physicochimiques des membranes biologiques. Les structures permutées prédites peuvent aussi aider à mieux comprendre le mécanisme du repliement des TMBs.

Ce travail presente trois methodes de prediction de la structure secondaire des proteines par analyse spectrale de la sequence d'hydrophobicite. Une etude comparative preliminaire sur 41 echelles d'hydrophobicite ainsi que sur differentes methodes d'analyse spectrale classiques et parametriques a ete menee pour determiner l'echelle optimale et la methode spectrale la mieux adaptee a chaque type de prediction. Les parametres des methodes de prediction ont ete evalues a partir d'une base de donnees, comportant 1028 chaines peptidiques ayant moins de 25% d'homologie (223157 residus). Les trois methodes mises au point consistent en : 1) une prediction globale sur une proteine ou un segment proteique, donnant 53. 5% de bonnes predictions selon quatre conformations : helices alpha (h), feuillets beta (b), structures aleatoires (c) et helices plus feuillets (hb), 2) une prediction localisee des helices et des feuillets sans tenir compte des residus de structure aleatoire (80% de bonnes predictions selon trois conformations : h, b et hb) et 3) une prediction acide amine par acide amine (41. 75% de bonnes predictions sur trois conformations : h, b et c). Pour cette derniere methode, on peut calculer la fiabilite de prediction de chaque residu. L'introduction d'un seuil augmente la fiabilite de prediction sur un nombre reduit de residus (par exemple en fixant le seuil de prediction des helices a 70% on obtient 65. 5% de bonnes predictions sur 8. 31% des residus).

L'objectif général de ces travaux a été de contribuer à élucider les mécanismes moléculaire qui régissent les interactions protéine-ligand dans la membrane. La première protéine concernée est le récepteur périphérique des benzodiazépines (PBR) le ligand d'intérêt, le cholestérol. PBR est impliquée dans la biosynthèse des stéroïdes, participant à la translocation du cholestérol de la membrane externe de la mitochondrie à membrane interne. Ne disposant d'aucune information structurale sur PBR, nous nous sommes d'abord intéressés à la structure de PBR en déterminant par RMN la conformation des fragments synthétiques recouvrant les domaines transmembranaires prédits puis en étudiant la protéine recombinante entière par RMN et dichroïsme circulaire. Différentes études couplant mutations modélisations ont ensuite été effectuées, qui ont permis de caractériser l'interaction PB cholestérol et le rôle de résidus clés dans cette interaction. La deuxième partie de la thèse concerne l'interaction du domaine extracellulaire de VPAC un récepteur couplé aux protéines G, avec le neuropeptide vasointestinal (VIP), qui joue un rôle important en physiopathologie humaine. Cette étude est basée sur la construction d'un mode structural par homologie du domaine de VPAC1. En utilisant la conformation du VIP obtenue par RMN et des données expérimentales de photoaffinité, nous avons pu proposer un mode d'interaction VIP-VPAC1 par docking, et caractériser cette interaction par simulation de dynamique moléculaire. Ce travail s'intègre dans la caractérisation des bases moléculaires de reconnaissance du VIP par son récepteur et plus généralement dans la compréhension d processus d'interaction ligand-récepteur dans la famille des RCPG de classe B
The main goal of this work has been to contribute to elucidate the molecular mechanism underlying protein-ligand interaction within the membrane. The first protein studied is the peripheral benzodiazepine receptor (PBR) and its ligand interest, cholesterol. PBR is involved in steroid biosynthesis, through the cholesterol translocation from the outer to the inner membrane of mitochondria. In the absence of any available structural information on PBR, our first work has been to focus on the PBR structure, by determining from NMR data the conformation of synthetic fragments encompassing the predicted transmembrane domains and then by studying the entire recombinant protein by NMR and circular dichroism. In second step, several studies combining mutagenesis and molecular modeling have be performed which allow to characterize PBR-cholesterol interaction, and the role of key residues this interaction. The second part of our work is devoted to study the interaction of the extracellular domain VPAC1, a G-protein coupled receptor, with the vasointestinal neuropeptide (VIP), which plays important role in human physiopathology. From the VIP conformation obtained by NMR a photoaffinity data, we were able to propose a molecular model of the VIP-VPAC1 interaction using docking protocols and to characterize this interaction using molecular dynamics simulation. Our result contributes to elucidate the molecular basis of VIP recognition and more generally understand the ligand-receptor interaction process of the class B family of GPCRs