Dissertations / Theses: 'Protiste'

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El, Safadi Dima. "Epidémiologie moléculaire, facteurs de risque de transmission et pathogénicité du protiste parasite Blastocystis sp." Thesis, Lille 2, 2014. http://www.theses.fr/2014LIL2S045/document.

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Abstract:

Blastocystis est un protozoaire anaérobie trouvé dans le tube digestif de l’homme et de nombreux animaux. Il est à ce jour le parasite intestinal le plus fréquemment retrouvé dans les selles humaines. Dix-sept sous-types (ST1 à ST17) ont été décrits en se basant sur la comparaison des séquences du gène de l’ARNr 18S. L’infection à Blastocystis est associée à une variété de troubles gastro-intestinaux et plusieurs études suggèrent une corrélation entre la pathogénicité et le ST du parasite. Trois différents axes de recherche ont été développés. Le premier s’est focalisé sur la prévalence et la biodiversité génétique de ce parasite dans les populations humaines. Des études épidémiologiques ont été menées en France et au Liban mais aussi en Afrique en réalisant la première enquête au Sénégal. Le sous-typage des isolats a été réalisé par PCR en temps réel en ciblant un domaine du gène de l’ARNr 18S suivi d’un séquençage direct du produit de PCR. Au Liban, la prévalence de Blastocystis était de 20% dans la population globale avec une corrélation entre le ST1 et le développement de symptômes gastro-intestinaux. Dans le même pays, cette prévalence dépassait les 60% chez des patients symptomatiques et des écoliers. Au Sénégal, la prévalence observée est la plus importante jamais décrite pour ce parasite puisqu’elle atteignait 100% dans une population d’une centaine d’enfants vivant en milieu rural. Ces données soulignent l’impact socioéconomique de la blastocystose dans les pays en développement où les conditions sanitaires sont souvent précaires. En France, une prévalence importante de 18% a pourtant été observée dans une large étude épidémiologique englobant des patients présentant ou non des symptômes et suivis dans 11 hôpitaux répartis sur tout le territoire français. Le ST3 est prédominant suivi des STs 1, 2 et 4 comme dans une majorité de pays à travers le monde. Le deuxième axe s’est concentré sur l’identification des facteurs de risque de transmission de Blastocystis à l’homme. Le parasite a été recherché dans les selles de vaches et de patients ainsi que dans des échantillons d’eau consommée par l’homme et les animaux dans une région géographique limitée du Nord Liban. 30% des échantillons humains, 69% des échantillons d'eau et 80% des échantillons de bovins étaient positifs pour le parasite. Le ST3 était prédominant dans les échantillons humains et d’eau suivi des ST1, ST2 et ST4. Par contre, ST10 et ST14 étaient prédominants chez les bovins mais ces deux STs n’ont pas été retrouvés dans les autres types d’échantillons. Pour expliquer l'absence des ST10 et ST14 dans ces échantillons, une transmission de ces STs par contact direct entre les bovins et/ou l'absence de formes kystiques transmissibles pour ces STs ont été proposées. Ce parasite a aussi été recherché dans les selles de nombreux groupes d’animaux du zoo de La Palmyre en France. Nous avons montré que près de 40% des selles analysés étaient positives pour Blastocystis et identifié de nouveaux réservoirs d'infections pour l’homme chez les carnivores. La prévalence du parasite atteignait 60% chez les primates chez lesquels les ST1 à ST5 identifiés sont identiques à ceux observés chez l'homme confirmant la faible spécificité d’hôte de ces STs. Dans une autre étude, la prévalence de Blastocystis était de seulement 3,5% dans une population de chiens en France suggérant que cet animal n'est pas un hôte naturel de Blastocystis. Enfin, pour clarifier la pathogénicité de ce parasite, le troisième axe de mes travaux a souligné le caractère invasif de Blastocystis dans un cas de péritonite appendiculaire chez une fillette de 9 ans de retour du Maroc. Seul Blastocystis a été détecté dans les selles, l’appendice, le liquide péritonéal et le sac de Douglas de cette patiente. Une gastro-entérite s’est de plus déclarée simultanément chez 26 membres de la famille de l'enfant suggérant une épidémie qui pourrait trouver son origine dans la consommation commune d’une eau contaminée
Blastocystis sp. is an anaerobic parasitic protozoa found in the digestive tract of humans and numerous animals. To date, it is the most common intestinal parasite found in human feces with worldwide distribution. Seventeen subtypes (ST1-ST17) have been described based on the comparison of SSU rRNA gene sequences. Blastocystis infection is associated with various gastrointestinal disorders and many studies suggest a correlation between Blastocystis STs and pathogenicity. My work was developed on three different topics. The first concerned the prevalence and the genetic biodiversity of the parasite in human populations. Epidemiological studies were conducted in France and Lebanon but also in Africa by performing the first survey of this parasite in Senegal. Subtyping of the isolates was performed by real-time PCR targeting a domain of the SSU rRNA gene followed by direct sequencing of the PCR product. In Lebanon, the prevalence of Blastocystis reached 20% in the general population and we demonstrated a correlation between ST1 infection and the presence of symptoms. In the same country, this prevalence was 60% in schoolchildren and patients presenting gastrointestinal symptoms. Strikingly, the prevalence of Blastocystis in a population of one hundred children living in a rural area reached 100% in Senegal and more than half of the infected children by the parasite presented gastrointestinal disorders. These latter studies highlighted the socioeconomic impact of blastocystosis in developing countries with poor hygiene sanitation. In France, a large-scale molecular epidemiological study was performed including patients presenting or not gastrointestinal symptoms. Stool samples were collected during winter and summer in 11 hospitals spread all over the French territory. We observed a high prevalence of Blastocystis in the french population with an average of 18.2% and the predominance of ST3 followed by ST1, ST4 and ST2 as in numerous countries. We also identified seasonal variations since the average prevalence of the parasite is 13.6% in winter and 23.1% in summer. The second topic focused on the identification of the risk factors of Blastocystis transmission to humans. We searched this parasite in bovid and human stools as well as in drinking water samples consumed by bovids and breeders in a limited geographic area of North-Lebanon. 30% of human samples, 69% of water samples and 80% of bovid samples were positive for the parasite. Interestingly ST3 is predominant in human and water samples followed by ST1, ST2 and ST4. ST10 and ST14 were predominant in bovid but both STs are lacking in human and water samples. To explain the lack of ST10 and ST14 in human and water samples, we suggested a transmission of these STs occurring through direct contact between bovid and / or the absence of transmissible cystic forms of these STs. Furthermore, this parasite was searched in the stools of numerous animal groups in the zoo of La Palmyre in France. We showed that nearly 40% of the analyzed stools were positive for Blastocystis and identified new reservoirs of human infections in carnivores. The prevalence of the parasite reached 60% in primates in which the identified ST1 to ST5 are identical to those observed in humans confirming the limited host specificity of these STs. In another study, we showed that the prevalence of Blastocystis was of only 3.5% in a population of one hundred dogs in France suggesting that this pet is not a natural host of Blastocystis. Finally, to clarify the pathogenicity of this parasite, the third topic highlighted the invasive character of Blastocystis observed in a case of appendicular peritonitis in a 9-year old girl returning from Morocco. Only Blastocystis was detected in stools, appendix, peritoneal liquid and Douglas pouch of the patient. Interestingly, simultaneous gastroenteritis occurred in 26 members of the child’s family suggested an outbreak with contaminated water as probable origin

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Rodríguez, Giner Caterina. "Spatial, temporal and behavioral patterns of marine protists = Patrons espaials, temporals i de comportament dels protistes marins." Doctoral thesis, Universitat Politècnica de Catalunya, 2017. http://hdl.handle.net/10803/666998.

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Abstract:

The oceans are microbial-dominated ecosystems, where protists (single-celled eukaryotes) play fundamental roles performing multiple functions as primary producers, consumers, decomposers as well as trophic linkers in aquatic food webs. Due to their ecological relevance, it is important to characterize protist communities along temporal and spatial gradients to understand their biogeography and dynamics. This will allow us to infer the processes that drive the assembly of protist communities. In this dissertation, we focused in the study of natural protists communities aiming to understand their distributions and responses within different dimensions. We first focused in the temporal dimension, analyzing the dynamics of pico- and nanoeukaryotic communities, aiming to characterize the diverse strategies of their members and to determine seasonality. We identified an annual seasonal pattern in the protist community as well as in several composing taxa. Then, we addressed the spatial dimension, analyzing the changes in community composition along the water column in 13 stations distributed in the global ocean, exploring also the vertical variation in the relative metabolic activity of different taxa. Our results showed a clear vertical stratification of the community and indicated that the mesopelagic layer is the region with the highest metabolic activity. Another aim of this thesis was to explore the response of natural protists to chemical gradients. The ocean is a complex ecosystem with nutrients heterogeneously distributed along several patches, so there may be a lot of chemical gradients promoting diverse responses on marine microbes. For that purpose, we performed chemotactic experiments to identify individual responses towards different attractants within a natural protist community. The experimental results showed a preferential response towards some of the tested chemical cues, mainly bacterial exudates. Finally, since studies on microbial diversity generally use the relative abundances of phylotypes in a given sample, we explored the relationship between the latter relative abundances to cell abundances in several chosen taxa. In sum, this dissertation determines temporal and spatial patterns in protists communities as well as chemotactic preferences in different taxa, contributing to broaden our understanding of the structuring processes operating across temporal, spatial and behavioral dimensions in the protist world.
Els oceans són ecosistemes dominats per microorganismes. Entre ells, els protistes (organismes eucariotes unicel·lulars) tenen un paper fonamental en diverses funcions imprescindibles per al sistema marí, principalment com a productors primaris i depredadors, i per tant juguen un paper clau en les xarxes tròfiques marines. Degut a la seva importància ecològica, es necessària la caracterització de les comunitats de protistes al llarg del temps i l'espai per tal d'entendre la seva dinàmica així com els seus patrons biogeogràfics. Això ens permetrà inferir els processos que governen l'estructura de les comunitats de protistes. En aquest context, la present tesi aborda la variabilitat de les comunitats naturals de protistes fent èmfasi en la seva distribució i resposta a diferents nivells. Primerament, ens hem centrat en la dimensió temporal, analitzant les dinàmiques de les comunitats de pico- i nanoeucariotes amb la finalitat de caracteritzar les diverses estratègies utilitzades pels diferents membres de la comunitat, així com també predir la recurrència dels patrons observats. S'ha identificat que, en conjunt, la comunitat de protistes segueix un patró anual, i també s'ha trobat un patró semblant per a algunes de les espècies, generalment les més abundants. Posteriorment, hem adreçat la dimensió espaial, avaluant com canvien les comunitats i l'activitat dels grups taxonòmics al llarg de la columna d'aigua en 13 estacions repartides pels diferents oceans de tot el món. S'ha observat que la comunitat està marcada per l'estratificació vertical i, a més, que la capa mesopelàgica és la regió on la majoria dels grups taxonòmics semblen estar més metabòlicament actius. Un altre nivell d'estudi d'aquesta tesi ha estat la resposta dels protistes davant la presència de senyals químics. L'oceà és un ecosistema complex on els nutrients estan distribuïts de manera heterogènia en diferents àrees, i això provoca l'existència de gradients químics que poden desencadenar diverses respostes dels microorganismes. Per tal d'identificar les respostes individuals dels protistes es van realitzar experiments de quimiotaxi. Els resultats experimentals van demostrar l'existencia d'una preferència d'alguns atractants químics com els exudats de bacteris, envers uns altres. Finalment, degut a que la majoria d'estudis de diversitat microbiana estan basats en abundàncies relatives de les diferents espècies presents a la mostra, s'han relacionat aquestes abundàncies amb les abundàncies reals. En resum, aquesta tesis profunditza en els patrons temporals i espaials de les comunitats de protistes, així com en les preferències quimiotàctiques dels diferents membres, contribuint a ampliar el nostre coneixement sobre els processos que estructuren les comunitats de protistes en la seva dimensió temporal, espaial i conductual.

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Castillo, de la Peña Yaiza M. "Interactions between marine picoeukaryotes and their viruses one cell at a time = Interacciones entre picoeucariotas marinos y sus virus célula a célula." Doctoral thesis, Universitat de Barcelona, 2019. http://hdl.handle.net/10803/668341.

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Abstract:

Marine viruses are key components of marine microbial communities, as they influence the cellular abundances and the community structure of microbes, participate in their genetic exchange, and intervene in the ocean biogeochemical cycles. Most studies dealing with the role of viruses in the marine environment have been done from a bulk community point of view, but going from the bulk community perspective to specific virus─host relationships is essential in order to understand the role of viruses in shaping a determined host community, in modifying host genomes, and ultimately in the release of organic compounds from the lysed cells. For this reason, in this thesis we implemented and applied different methodologies that are able to detect, visualize and quantify virus─host interactions in marine eukaryotes at the single cell level. We focused on picoeukaryotes (cells <3 µm) because they play crucial roles in marine food webs and biogeochemical cycles, and virus─host interactions in natural populations of these minute eukaryotes are largely unknown. In the first chapter we combined previously developed techniques, used to assess prokaryotic host─phage interactions, to implement VirusFISH for detecting specific virus─host dynamics, using as a model system the photosynthetic picoeukaryote Ostreoccocus tauri and its virus OtV5. With the VirusFISH technique, we could also monitor the infection, as well as quantify the free viruses produced during the lysis of the host in a non-axenic culture, which allowed the calculation of the burst size. This study set the ground for the application of the VirusFISH technique to natural samples. In the second chapter of this thesis, we applied VirusFISH to seawater samples from the Bay of Biscay (Cantabrian Sea) to study the dynamics of viral infection in natural populations of Ostreococcus along a seasonal cycle. We were able to quantify the percentage of cells infected over time, and compared these results with the transcriptional viral and host activities derived from metatranscriptomic data. This constitutes the first study where a specific viral─host interaction has been visualized and monitored over time in a natural system. Picoeukaryotes in the ocean are prevalently uncultured, and thus, in the third chapter of this thesis we went an step further to unveil novel viral─host relationships in eukaryotic uncultured hosts. For this purpose, we mined single amplified genomes (SAGs) of picoeukaryotes obtained during the Tara Oceans expedition for viral signatures. We found that almost 60% of the cells analyzed presented an associated virus with narrow host specificity. Some of the viral sequences were widely distributed and some geographically constrained, and they were preferentially found at the deep chlorophyll maximum. Moreover, we found a mavirus virophage potentially integrated in four SAGs of two different lineages, suggesting the presence of virophages is more common than previously thought. In summary, in this thesis we have implemented and used techniques that allow us to detect and monitor specific virus─host interactions, which is one of the major challenges in marine viral ecology. On the one hand, VirusFISH arises as a powerful technique that can be easily adapted to any host─virus system that has been genome-sequenced. On the other hand, the results obtained with the single cell genomics offer the opportunity to formulate hypothesis based on detected viral─host interactions in uncultured prevalent marine picoeukaryotes, which can be later tested using experimental approaches.
Se han realizado muchos estudios sobre el rol de los virus en ambientes marinos desde el punto de vista de comunidad global, pero es esencial que vayamos hacía una visión más específica de relación virus─hospedador. Por ello, en esta tesis implementamos y aplicamos diferentes metodologías para estudiar interacciones virus─hospedador, centrándonos en picoeucariotas marinos ya que se conoce muy poco de ellos en poblaciones naturales. En el primer capítulo implementamos la técnica VirusFISH, permitiendo detectar dinámicas específicas virus─hospedador eucarióticos, usando como modelo Ostreococcus tauri y su virus OtV5. VirusFISH permitió monitorizar la infección, cuantificar en un cultivo no axénico los virus libres producidos durante la lisis y calcular el tamaño de explosión. Este estudio estableció la base para la aplicación de VirusFISH en muestras naturales. En el segundo capítulo aplicamos VirusFISH en muestras de agua natural para estudiar las dinámicas de infección en Ostreococcus. Cuantificamos el porcentaje de células infectadas durante un ciclo estacional y lo comparamos con las actividades transcripcionales de virus y Ostreococcus spp. Este constituye el primer estudio donde se visualiza y monitoriza una interacción específica virus─hospedador en el tiempo en un sistema natural. En el tercer capítulo descubrimos nuevas relaciones virus─hospedador en células no cultivadas, analizando genomas amplificados individuales de picoeucariotas, encontrando que la mayoría de las células presentaron al menos un virus. Estas secuencias víricas se encontraron preferentemente en el máximo profundo de clorofila, algunas de ellas ampliamente distribuidas por los océanos y otras constreñidas geográficamente. Además, encontramos un virofago mavirus potencialmente integrado en dos linajes distintos, sugiriendo que los virofagos son más comunes de lo que se pensaba. En resumen, hemos implementado y usado técnicas que nos han permitido detectar y monitorizar interacciones específicas virus─hospedador, uno de los mayores retos en la ecología microbiana marina. Por un lado, VirusFISH surge como una técnica potente que puede ser fácilmente adaptada a cualquier sistema virus─hospedador del cual tengamos el genoma secuenciado. Por otro lado, los resultados obtenidos con la genómica de célula individual muestran la oportunidad de formular hipótesis basadas en interacciones virus─hospedador detectadas en picoeucariotas marinos no cultivados, que pueden ser posteriormente testadas mediante aproximaciones experimentales.

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De, Schryver Vera. "Mixotrophy and pelagic ecosystem dynamics." Thesis, Brest, 2013. http://www.theses.fr/2013BRES0045/document.

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Abstract:

Les espèces protistes ont été traditionnellement classifiées comme des plantes ou des animaux en raison de l’absence ou présence des chloroplastes. L’état actuel de la connaissance indique qu’un grand nombre d’espèces protistes portent des chloroplastes mais que physiologiquement elles sont capables d’utiliser l’autotrophie (photosynthèse) ou l’hétérotrophie pour se nourrir. La combinaison de ces deux modes trophiques par une même cellule est nommée mixotrophie. Chez les protistes l’hétérotrophie peut s’effectuer soit par la consommation des particules par phagocytose, e.g. des proies bactériennes, ou bien par l’absorption des composants organiques dissouts, i.e. osmotrophie. La mixotrophie est de plus en plus décrit chez les protistes dans tous les habitats aquatiques. Les écologistes du plancton constatent la récurrence de la mixotrophie chez les formes traditionnelles « phyto»plancton et micro »zoo »plancton. Cependant, identifier et quantifier la mixotrophie reste toujours un défi méthodologique. Dans cette étude nous nous sommes intéressés à la mixotrophie chez les espèces phytoplanctoniques marines, en particulier à leur nutrition phagotrophique de proies bactériennes. Nous avons testé des techniques modernes afin d’identifier la mixotrophie dans des cellules phytoplanctoniques. La technique cytogénétique d’hybridation in situ Card-FISH en utilisant de sondes d’ARN ribosomique 16S a été effectuée suivant des protocoles existant pour des bactéries et des protistes. Cette technique s’est avérée être un outil précieux pour visualiser des groupes phylogénétiques bactériens en association avec le phytoplancton à l’aide de la microscopie à épifluorescence, sans avoir besoin d'un isolement préalable des cellules ou des interférences avec l'association microbienne. Cependant, la méthode a échoué pour visualiser mixotrophie chez le phytoplancton car la sonde eubactérienne générale(EUB338) combine une large gamme d'espèces phytoplanctoniques, ce qui rend impossible de discriminer les signaux fluorescents provenant de tissus bactérienne ou phytoplanctonique. Le contexte de ces études est le phytoplancton et les bactéries hétérotrophes lesquels constituent des principaux concurrents pour les nutriments inorganiques dissouts. Dans le cas où la croissance bactérienne est limitée par le carbone, l'augmentation de la concentration de carbone organique dissous(DOC) renforce la croissance bactérienne et la consommation de nutriments dissous et ainsi affecte négativement la croissance du phytoplancton autotrophe. Cependant, les consommateurs de bactéries, i.e.phytoflagellés mixotrophes, peuvent être favorisés dans de telles situations car la hausse de DOC donne lieu à l'abondance plus élevé des proies bactériennes.En outre, nos résultats indiquent un potentiel effet positif de la température sur le mode de nutrition hétérotrophe de l’espèce, ainsi qu’une croissante contribution des espèces mixotrophes au sein des communautés de phytoplancton dans des conditions des hautes températures des eaux de surface de la mer
Protist species were traditionally classified morphologically as either „plants“ or „animals“, based on the absence or presence of chloroplasts. State of science is that a high number of protist species carrychloroplasts but are nutritionally able to employ both autotrophy (photosynthesis) and heterotrophywithin a single cell. This combination of autotrophic and heterotrophic mode of nutrition within a single species is named mixotrophy. In protists, heterotrophy can be realized either by the uptake of food particles (e.g. bacterial prey) through phagocytosis or by the uptake of dissolved organic compounds (i.e.osmotrophy). Mixotrophy is globally and increasingly described in protists from all types of aquatic habitats. Plankton ecologists nowadays assess mixotrophy among the traditionally typified “phyto”plankton and mikro”zoo”plankton species as regularity. Nevertheless, detection and quantification of mixotrophy is still a methodological challenge. In this study, we focused on mixotrophy in marine phytoplankton species and put emphasis on its phagotrophic nutrition from heterotrophic bacterial prey. State of the art methodology was tested to visualize mixotrophy in single phytoplankton cells. Catalyzedreported deposition-fluorescence in situ hybridization (Card-FISH), using 16S ribosomal RNA probes,was employed based on existing protocols for bacteria and protists. The method proved to be a valuable tool to visualise bacterial phylogenetic groups in association with phytoplankton by epifluorescence microscopy without need for prior isolation of cells or interference with the microbial association.However, the method failed to visualize mixotrophy in phytoplankton since the general eubacterial probe(EUB338) hybridised a broad range of phytoplankton species making it impossible to discriminate fluorescent signals originating from bacterial or phytoplankton tissue. Background of these studies is phytoplankton and heterotrophic bacteria being major competitors for dissolved inorganic nutrients. In case that bacterial growth is carbon limited, increasing concentrations of degradable dissolved organic carbon (DOC) enhance bacterial growth and consumption of dissolved nutrients and there by negatively affect autotrophic phytoplankton growth. Bacteria consuming mixotrophic phytoflagellates, however, may gain in importance in such situations since DOC provokes higher bacterial prey supply.In addition, our results indicate a potential positive effect of temperature on O. minima´s heterotrophic nutrition mode, and indicate a potential increasing contribution of mixotrophic species to phytoplankton communities under increasing sea surface water temperatures

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Mitsi, Konstantina 1990. "Eukaryotic diversity through the lens of metabarcoding and metagenomics." Doctoral thesis, TDX (Tesis Doctorals en Xarxa), 2021. http://hdl.handle.net/10803/671809.

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Abstract:

Los organismos eucariotas abarcan una diversidad inmensa de formas, tamaños y estilos de vida. Sin embargo, abordar la verdadera amplitud de esa diversidad es una tarea laboriosa. Durante las últimas decadas, los estudios de biodiversidad han experimentado un progreso importante gracias a la incorporación de técnicas basadas en la secuenciación del ADN. Esta tesis es una composición de tres proyectos independientes donde estas técnicas se aplican con el objetivo de ampliar nuestro conocimiento de la biodiversidad eucariota. En el primer proyecto, obtenemos el genoma nuclear y el genoma mitocondrial de un parásito a partir de un metagenoma eucariota. Definimos la posición filogenética de este nuevo organismo que se posiciona junto con Filasterea, un grupo de organismos unicelulares que está estrechamente relacionado con los animales y es clave para estudiar la transición a la multicelularidad animal. El análisis del contenido génico muestra que el nuevo organismo posee un genoma reducido en comparación con los otros Filasterea. A pesar de eso, su genoma codifica un flagelo completo y muchas proteínas que están relacionadas con la multicelularidad en los animales. En el segundo proyecto, buscamos diversidad molecular no descrita dentro de los platelmintos, uno de los filos animales más diversos e importantes desde un punto de vista biomédico. Con este fin, analizamos datos globales de metabarcoding del gen 18S del ADN ribosomal procedentes de hábitats marinos y de agua dulce. Nuestros resultados muestran que gran parte de la diversidad molecular de los platelmintos sigue sin estar documentada e identifican los habitats de agua dulce como puntos donde buscar nuevas especies de platelmintos. Por último, en el tercer proyecto, investigamos la novedad a nivel molecular, la composición taxonómica y la estructura de la comunidad eucariota del lago Sanabria, un lago oligotrófico. Secuenciamos la región hipervariable V4 del gen 18S del ADN ribosmal y demostramos cómo la elección de los métodos analíticos (ASVs o OTUs) afectan los resultados y las conclusiones sacadas por un estudio de biodiversida.. En conjunto, nuestros resultados amplían nuestra perspectiva de la diversidad eucariota y mejoran nuestra comprensión de la distribución, la ecología, la novedad molecular y los rasgos genómicos de los eucariotas.
Eukaryotes encompass an unprecedented diversity of forms, sizes and lifestyles. However, tackling the real breadth of that diversity is a challenging task. In the last decades, the assessment of biodiversity has seen substantial progress due to the incorporation of culture-independent techniques based on Next Generation DNA Sequencing. This thesis is a composition of three independent projects that implement these techniques aiming to expand our understanding of the extant eukaryotic biodiversity. In the first project, we obtain the nuclear and mitochondrial genomes of Txikispora philomaios, an uncultured unicellular parasite, using a metagenomic approach. We define the phylogenetic position of T.philomaios that branches within Filasterea, a group of unicellular eukaryotes that is closely related to animals and is key to elucidate the transition to animal multicellularity. Despite T.philomaios possessing a reduced genome in comparison to other Filasterea, it has a complete flagellar toolkit and its genome encodes many proteins that are related to multicellularity in animals. In the second project, we seek undescribed molecular diversity inside the phylum Platyhelminthes, one of the most diverse and biomedically important animal phyla. To this end, we analyze global metabarcoding data of the 18S rDNA gene from marine and freshwater habitats. Our results show that a large part of the molecular diversity of Platyhelminthes remains undocumented and identify freshwater environments as potential reservoirs for novel species of flatworms. Finally, in the third project, we investigate the molecular novelty, the taxonomic composition and the structure of the eukaryotic community in Sanabria Lake by sequencing the V4 hypervariable region of the 18S rDNA gene. We show to which extent the choice of the analytical methods (ASVs or OTUs) affects the final results and conclusions of a biodiversity survey. Altogether, our results broaden our perspective of eukaryotic diversity and enhance our understanding of the distribution, the ecology, the molecular novelty and the genomic traits of eukaryotes

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Cai, Ruibo. "Hidden species diversity and the potential for sexual reproduction in the species complex Amoebophrya ceratii (Syndiniales), parasites of marine dinoflagellates." Thesis, Sorbonne université, 2019. http://www.theses.fr/2019SORUS509.

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Abstract:

Le parasitisme est un style de vie fréquent dans la nature, et une force évolutive majeure pour les hôtes comme pour les parasites. Les dinoflagellés sont des protistes marins très répandus dans tous les océans, certaines espèces étant même responsables d’efflorescences algales toxiques tandis que d’autres vivent en symbioses mutualistes avec de nombreux coraux. Le complexe d’espèces Amoebophrya ceratii (Syndiniales) inclut de très nombreux parasites de dinoflagellés capables potentiellement de contrôler les efflorescences de ces dinoflagellés. Une très grande diversité a été observée au sein de ce groupe, soit en culture soit dans l’environnement. Ce travail de thèse a pour but d’étudier si la diversité de ces séquences correspond à la diversité au niveau spécifique. Sur la base d’une approche polyphasique faisant intervenir des caractères génétiques et phénotypiques appliqués à 119 individus proches phylogénétiquement, et tous capables d’infecter le même hôte (le dinoflagellé producteur d’efflorescence Scrippsiella trochoidea), j’ai défini 8 ribotypes qui correspondent vraisemblablement à des espèces différentes. Ces résultats prônent l’utilisation de séquences uniques (i.e., divergentes par un seul nucléotide) pour délimiter les espèces dans la région V4 ou V9 du 18S (la petite sous-unité du ribosome) plutôt que de les grouper en unité opérationnelle taxonomique (OTUs). J’ai ensuite recherché l’existence d’une collection de gènes spécifiquement impliqués dans la méiose au sein de deux génomes de référence, et fournit des évidences in silico qu’une reproduction sexuée peut avoir lieu chez ce parasite. J’ai observé que ces gènes étaient surexprimés durant la phase libre du parasite, offrant une piste intéressante pour de prochaines études. En conclusion, ce travail de thèse offre de nouvelles perspectives concernant la diversité largement sous-estimée des Amoebophrya et posent de nouvelles bases pour l’étude de leurs traits biologiques
Parasitism is a frequent lifestyle in nature and a major source of evolutionary pressure for both hosts and their parasites. Dinoflagellates are successful marine protists found in oceans worldwide, some of which are responsible for toxic blooms while others live in mutualistic relationships with myriad of corals. Amoebophrya ceratii species complex (Syndiniales) includes a large number of parasites which have the potential for regulating dinoflagellate blooms. A high sequence diversity has been observed for this group in both cultures and environmental investigations. This thesis was aimed to answer whether the sequence diversity represents the species diversity. Based on a polyphasic approach involving genetic and phenotypic characters applied on 119 closely related individuals, all able to infect the same host species (the bloom-forming dinoflagellate Scrippsiella trochoidea), I defined 8 ribotypes which likely correspond to different species. These results advocated for considering unique sequences (i.e., with any nucleotide differences) of 18S-V4 or 18S-V9 (small subunit ribosomal RNA genes) regions for species delimitation rather than grouping them into operational taxonomic units (OTUs). Then I investigated the existence of a set of genes specifically involved in meiosis in two fully sequenced genomes and thereby provided the in silico evidence that sexual reproduction may occur in Amoebophrya. I observed that these genes over-expressed during the free-living stage of the parasite, providing an interesting track to explore. Overall, this thesis offers new insights into the highly underestimated species diversity in Amoebophyra lineage and lays the basis for further study on their biological traits

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Boëchat, Iola Gonçalves. "Biochemical composition of protists." Doctoral thesis, Humboldt-Universität zu Berlin, Landwirtschaftlich-Gärtnerische Fakultät, 2005. http://dx.doi.org/10.18452/15184.

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Abstract:

Trotz der Schlüsselstellung heterotropher Protisten als Bindeglied zwischen dem mikrobiellen und dem klassischen Nahrungsnetz ist noch wenig über ihre biochemische Zusammensetzung und ihren Nährwert bekannt. In der vorliegenden Doktorarbeit wurde untersucht ob die biochemische Zusammensetzung von Protisten (1) von deren Nahrungsgrundlage (Alge oder Bakterien) und Ernährungsweise (Autotrophie, Mixotrophie oder Heterotrophie) abhängt und (2) ihre Nahrungsqualität für räuberisches Rotatorien (Keratella quadrata) bedingt. Die Fettsäure-, Sterol- und Aminosäurezusammensetzung vier heterotropher Protisten spiegelte generell die ihrer Nahrung wider. Es trat jedoch eine Akkumulation dieser biochemischen Substanzen in den Protisten auf. Auch die Ernährungsweise eines Flagellaten (Ochromonas sp.) beeinflusste stark dessen biochemische Zusammensetzung, insbesondere die Konzentrationen an mehrfach ungesättigten Fettsäuren (PUFAs). Bei der Untersuchung des Nährwertes vier heterotropher Protisten für K. quadrata wurden signifikante Korrelationen zwischen verschiedenen PUFAs, drei Sterolen und einer Aminosäure (Leucin) der Protisten und der Eiproduktion der Rotatorien festgestellt. Auch die experimentelle Supplementierung eines Flagellaten mit einer PUFA (Docosahexaensäure, DHA) erhöhte seinen Nährwert für die Rotatorien signifikant. Die Ergebnisse verdeutlichen die Fähigkeit heterotropher Protisten, die biochemische Zusammensetzung organischer Materie schon auf einer unteren Ebene des aquatischen Nahrungsnetzes zu verändern, nämlich beim Übergang zwischen Algen/Bakterien und dem Mesozooplankton. Hier können biochemische Änderungen weitreichende Folgen für den Stoff- und Energiefluß des gesamten Nahrungsnetzes nach sich ziehen.
Heterotrophic protists are an important link between the microbial and the classical food web. However, little is known about their biochemical composition and nutritional quality as prey. In this thesis, I analysed (1) whether the biochemical composition of the protists depends on their dietary resources (bacterial or algal food) or trophic mode (autotrophy, mixotrophy or heterotrophy), and (2) whether the biochemical composition of protists determines their nutritional quality as prey for a rotifer species (Keratella quadrata). The fatty acid, sterol, and amino acid composition of four heterotrophic protists generally resembled the dietary composition, but the protists accumulated these compounds. Moreover, the trophic mode strongly affected the composition of a flagellate (Ochromonas sp.), especially that of polyunsaturated fatty acids (PUFAs). When investigating the nutritional quality of four protist species for K. quadrata, several PUFAs, three sterols (desmosterol, ergosterol, stigmastanol), and one amino acid (leucine) of the protists were significantly correlated with the rotifer’s egg production. Moreover, the nutritional quality of a heterotrophic flagellate for the rotifer was significantly enhanced by artificially supplementing the flagellate with a PUFA (docosahexaenoic acid, DHA). The thesis highlights the ability of heterotrophic protists to modify the biochemical composition of organic matter at an early stage in aquatic food webs, i.e. at the interface between algae/bacteria and mesozooplankton. Biochemical modifications at this stage may profoundly affect matter and energy transfer through the entire food web.

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Murer, Laurete. "OCORRÊNCIA DE AGENTES PATOGÊNICOS EM FEZES DE BUGIOS-RUIVOS, Alouatta guariba clamitans (PRIMATES), EM UMA ÁREA IMPACTADA PELA FEBRE AMARELA." Universidade Federal de Santa Maria, 2014. http://repositorio.ufsm.br/handle/1/5312.

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Abstract:

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Brown howler monkeys (Alouatta guariba clamitans) occur in the Brazilian Atlantic Forest from the states of Minas Gerais and Rio de Janeiro to Rio Grande do Sul, and in a small area in northestern Argentina. They are classified as Vulnerable in the state of Rio Grande do Sul due especially to the loss and fragmentation of their natural habitats, and also due to the deaths caused by the recent outbreak of sylvatic yellow fever (2008/2009). The intense human activities on natural habitats, besides the habitat loss, can favor the spread of pathogenic agents such as bacteria and other parasites which affect men and domestic animals, and which can also occur in wildlife animals. This study aimed at verifying the occurrence of Enterobacteriaceae and Cryptosporidium sp. in feces of free-ranging brown howler monkeys in Santa Maria, Rio Grande do Sul, Brazil, and understanding the influence of ecological and environmental factors (group size, howler population density, fragment size, distance to the nearest human settlement, distance to the nearest river and seasonality) on the richness of such organisms. The samples were analyzed at the Center for Studies and Research on Wild Animals (NEPAS / LCDPA) of the Federal University of Santa Maria. Twenty Enterobacteriaceae species were detected, and with the techniques employed, the samples were negative for Salmonella spp. and Cryptosporidium sp. None of the environmental variables had significant influence on the wealth of Enterobacteriaceae. Considering that howler populations at CISM (Campo de Instrução de Santa Maria) fell dramatically due to yellow fever, and that some organisms found in this study may interact with other factors and affect the population dynamics of the howler. We believe that it is fundamental to continue monitoring the health of these populations in order to better understand disease mechanisms, as well as conserve this species.
O bugio-ruivo (Alouatta guariba clamitans) ocorre na Mata Atlântica dos estados de Minas Gerais e Rio de Janeiro ao Rio Grande do Sul e em pequena porção do nordeste da Argentina. É classificado como vulnerável no Rio Grande do Sul devido principalmente à perda e fragmentação de habitat e ao recente surto de febre amarela silvestre (2008/2009). As intensas atividades antrópicas no meio selvagem, além da perda de habitat, podem favorecer a disseminação de agentes patogênicos como bactérias e parasitos, que ocorrem em animais domésticos e em humanos e que podem acometer também os animais selvagens. O objetivo deste estudo foi verificar a ocorrência de bactérias da família Enterobacteriaceae e do protista Cryptosporidium sp. em fezes de bugios-ruivos de vida livre no município de Santa Maria, Rio Grande do Sul, Brasil, bem como relacionar a riqueza de enterobactérias nas amostras com fatores ecológicos e ambientais como tamanho do grupo, tamanho do fragmento florestal, densidade de populações de bugios, distância com núcleos humanos mais próximos, distância para cursos d água e sazonalidade. As amostras foram analisadas no Núcleo de Estudos e Pesquisas em Animais Silvestres (NEPAS/LCDPA) da Universidade Federal de Santa Maria. Foram detectadas vinte espécies de enterobactérias, e com as técnicas empregadas, as amostras foram negativas para Salmonella spp. e Cryptosporidium sp.. Nenhuma das variáveis ambientais analisadas teve influência sobre a riqueza das enterobactérias. Considerando que as populações de bugios do Campo de Instrução de Santa Maria (CISM) sofreram uma drástica redução devida à febre amarela, e que alguns organismos encontrados nesse estudo podem estar interagindo com outros fatores e assim afetar a dinâmica populacional dos bugios. Acredita-se que a continuidade do monitoramento da saúde destas populações seja fundamental para melhorar a compreensão dos mecanismos das doenças, assim como para a conservação dessa espécie.

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Scoble, Josephine Margaret. "Diversity of silica-scaled protists." Thesis, University of Oxford, 2013. http://ora.ox.ac.uk/objects/uuid:7bc73ed7-418b-49de-963b-81407a7c3a49.

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Abstract:

This thesis investigates the diversity of two silica-scaled protist groups, Paraphysomonadida and Thaumatomonadida by light and electron microscopical observations and sequencing (rDNA) on novel clonal cultures. Despite these groups of protist dominating pelagic, littoral as well as inland freshwater and soil habitats, they are taxonomically poorly understood to the extent that any progress in ecological theory is hampered. Now that environmental DNA sequencing is being carried out faster than we can characterise protists from culture it is important that we understand how molecular and physical diversity match up, especially because so many protists are morphospecies. Nearly one hundred isolates were cultured on which both morphological and molecular data was carried out in parallel to reveal around 50 new species of protist from eight different genera: two heterokont genera, Paraphysomonas and Incisomonas n. gen., and six cercozoan genera, Thaumatomonas, Allas, Reckertia, Thaumatospina n. gen., Cowlomonas n. gen., and Scutellomonas n. gen. These data make major contributions to taxonomy and understanding aspects of protist diversity where previously morphological diversity was heavily biased towards over- generalized morphotypes. This thesis quickly showed that gross lumping of morphospecies was true of Paraphysomonas, for which many of the isolates cultured herein might have been regarded as one species (not more than 20). The many cultured isolates exhibited varied cell and scale morphology, and by sequencing (rDNA), it was possible to see the evolution of scale morphology map on to trees. This marriage of molecular and morphological data made it possible to view distinct groups of species that shared scale detail that might have otherwise been overlooked had either method been used alone. This research has shed significant light on how scale morphology can be used as reliable taxonomic marker for protists, the insights of which can be applied to make taxonomic improvements to other silica-scaled protist groups.

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Dias, Roberto Júnio Pedroso. "Protistas Ciliados (Protista, Ciliophora) encontrados no Córrego São Pedro (Bacia do Rio Paraibuna), município de Juiz de Fora, Minas Gerais: taxonomia, morfologia, biomonitoramento e relações epibióticas." Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF), 2007. https://repositorio.ufjf.br/jspui/handle/ufjf/4459.

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Abstract:

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CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
No presente trabalho, foram estudados os aspectos da taxonomia e morfologia dos protistas ciliados encontrados no córrego São Pedro (Juiz de Fora, MG), bem como o potencial destes microorganismos como indicadores da qualidade da água e ainda os aspectos ecológicos das relações epibióticas entre os ciliados e alguns macroinvertabrados bentônicos. A presente dissertação está dividida em sete capítulos. No capítulo 1, foi realizado o inventário dos ciliados encontrados em cinco estações amostrais do córrego, durante um ano de estudo, e foi observada a sucessão destes protistas em laboratório. Foram identificadas 42 espécies de ciliados e caracterizou-se morfologicamente Apoamphisiella sp. nov. (Spirotrichea, Amphisiellidae). No capítulo 2, foi descrito um doublet do tipo imagem espelhada em Gastrostyla setifera (Spirotrichea, Oxytrichidae), obtida de amostras de água e sedimento de uma estação amostral do córrego São Pedro. O capítulo 3 registra a presença de Neobursaridium gigas (Oligohymenophorea, Neobursaridiidae) no córrego e apresenta uma revisão dos aspectos morfológicos, ecológicos e da distribuição geográfica deste ciliado. No capítulo 4, verificou-se a influência da poluição orgânica sobre a composição e a distribuição da taxocenose de protistas ciliados ao longo do córrego, com o objetivo de avaliar a qualidade da água deste sistema lótico. Durante o estudo de um ano, em cinco estações amostrais ao longo do córrego, foram encontradas 39 espécies de protistas ciliados, das quais 32 estão incluídas no sistema sapróbio e são consideradas bioindicadoras. A composição e a distribuição da taxocenose de protistas ciliados variaram espacial e temporalmente. O índice sapróbio e o índice de valência sapróbia foram utilizados para avaliar a qualidade da água das cinco estações amostrais e demonstraram o alto grau de poluição das estações 4 e 5. Os dados obtidos confirmam que, em águas correntes, a poluição orgânica parece ser um fator determinante, capaz de influenciar a composição, a distribuição e a estrutura trófica da taxocenose de protozoários ciliados. Os capítulos seguintes versam sobre as associações epibióticas dos protistas ciliados com moluscos, oligoquetas e larvas de insetos. No capítulo 5, foram registradas sete espécies de ciliados sobre as conchas de Pomacea figulina, sendo seis pertencentes à subclasse Peritrichia: Carchesium polypinum, Vorticella microstoma, Vorticella campanula, Epistylis plicatilis, Epistylis sp., Opercullaria sp. e uma pertencente à subclasse Suctoria: Hypophrya fasciculata. Os resultados são discutidos em termos das vantagens e desvantagens desta relação para os protistas ciliados e dos aspectos ecológicos envolvidos nesta associação. No capítulo 6, foram investigados o sítio de localização e o padrão de distribuição espacial e temporal de protistas ciliados peritríquios do gênero Rhabdostyla colonizando oligoquetas límnicos tubificídeos da espécie Limnodrilus hoffmeisteri (Oligochaeta, Tubificidae) nas cinco estações amostrais do córrego, ao longo de 11 meses de coleta. O padrão de ocorrência dos epibiontes sobre os oligoquetas apresentou heterogeneidade espacial e temporal. Os resultados são discutidos em termos das possíveis causas da localização dos ciliados preferencialmente na região posterior dos oligoquetas e dos fatores relacionados ao padrão de distribuição espacial e temporal heterogêneo. E finalmente, o capítulo 7 relata a ocorrência de Rhabdostyla chironomi (Ciliophora, Peritrichia) sobre larvas de Chironomus decorus (Diptera, Chironomidae) no córrego e reporta, ainda, os fatores envolvidos na localização dos ciliados sobre os túbulos abdominais dos hospedeiros e a possível utilização desta relação como indicadora da qualidade da água.
In the present study, both taxonomy and morphology aspects of the ciliate protists found in São Pedro stream (Juiz de Fora-MG), as well as their potential as water quality indicators were studied together with the ecological aspects of the epibiotic relation between the ciliate and some benthic macroinvertebrates. The present dissertation is divided into seven chapters. In chapter 1, the survey of ciliate protists was obtained from samples of water and sediment from the stream, during a hole year, and the succession of these protists was observed in laboratory. Forty-two ciliate species were identified and Apoamphisiella sp. n. (Spirotrichea, Amphisiellidae) was morfologically characterized. In chapter 2, mirror-image doublet was described in Gastrostyla setifera (Spirotrichea, Oxytrichidae), obtained from samples of water and sediment at the São Pedro stream. The Chapter 3 registers the presence of Neobursaridium gigas Balech, 1941 (Oligohymenophorea, Neobursaridiidae) in the stream and presents a revision of the morphological aspects of this ciliate, as well as its ecological and geographical distribution. In chapter 4, the influence of the organic pollution on both the composition and the distribution of the taxocenose of ciliate protists along the stream had the aim of evaluating the water quality of this lotic system. During the one year study, 39 ciliate protist species were found, 32 of which were included in the saprobic system and their potencial as indicators are considered. The composition and the distribution of the taxocenose of ciliate protist varied both spatial and seasonally. The saprobic index and the valency methods were used to evaluate the water quality at the five stations and they demonstrated the high degree of pollution on stations 4 and 5. Our results confirm that the organic load in watercourses may be a dominating factor capable of influencing the composition, distribution and trophic structure of the taxocenose of ciliate protist. The following chapters consider the epibiotic ciliate protist associations to mollusks, oligochates and insect larvae. In chapter 5, seven ciliate species were registered on the shells of Pomacea figulina, six of which belonging to the subclass Peritrichia: Carchesium polypinum, Vorticella microstoma, Vorticella campanula, Epistylis plicatilis, Epistylis sp., Opercullaria sp. and one belonging to the subclass Suctoria: Hypophrya fasciculata. Results are discussed in terms of the advantages and disadvantages of this relationship from the ciliate protist point of view, together with the ecological aspects involved in this association. In chapter 6, location ranch and both spatial and temporal distribution patterns of Rhabdostyla peritrichids were found colonizing limnic oligochaetes Tubificidae of the species Limnodrilus hoffmeisteri in the five amostral stations, during 11 months of collection. The occurrence pattern of the epibionts on the oligochaetes was spatial and seasonally heterogeneous. Results are discussed in terms of the possible causes for the site preference of the ciliates in the posterior region of the oligochaetes and factors related to the heterogeneous pattern of space and temporal distribution. Finally, chapter 7 registers the occurrence of Rhabdostyla chironomi (Ciliophora, Peritrichia) on Chironomus decorus larvae (Diptera, Chironomidae) in the stream and still it moderates the factors involved in the location of the ciliates on the ventral tubules of its hosts and the possible usage of this relationship as indicative of the water quality.

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Lynch, Amber Carol. "Novel mitochondrial metabolism in excavate protists." Thesis, Lancaster University, 2016. http://eprints.lancs.ac.uk/80754/.

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Abstract:

The Excavata super-group contains a massively diverse range of protists that inhabit a plethora of different trophic niches. Many excavates are free-living and little-studied, but there are also many examples of parasitism evolving multiple times within the group. Trypanosoma brucei is a euglenozoan parasite that is responsible for causing Human African trypanosomiasis (HAT) and Nagana in livestock. It has a complex heteroxenous life cycle that involves a variety of complex morphological and biochemical changes to the cell as it switches from a mammalian to an insect host. Within the mid-gut of its tsetse fly vector, T. brucei replicates as a procyclic trypomastigote; these cells are readily cultured and can be subjected to genetic manipulation in the laboratory. Despite the complete genome sequence being available, there are still many novel proteins within T. brucei that have yet to be assigned a function within a cell. T. brucei appears to have an extensive array of histidine phosphatases, many of which are uncharacterised (Brown, 2011). The histidine phosphatases are an ancient, ubiquitous enzyme superfamily that catalyse the dephosphorylation of a substrate, and function is critically dependent upon an active site histidine. Given that adaptation to parasitism is classically associated with metabolic stream-lining, it is intriguing that T. brucei has retained so many histidine phosphatases. Two of these histidine phosphatases appear to have arisen by gene duplication, although one appears to have degenerated and subsequently has lost the essential catalytically-active histidine. Through phylogenetic analyses and contemporary molecular characterisation techniques, I report the progress made on attempts to assign function to this paralogous gene pair, both of which localise to the mitochondria in procyclic T. brucei. My efforts to unsuccessfully delete genes encoding these histidine phosphatases from the genome of procyclic T. brucei suggests they are essential. Another excavate for which genome data is freely available is the free-living heterolobosean Naelgeria gruberi. The sequencing and annotation of the N. gruberi genome (Fritz-Laylin et al., 2010) revealed a surprising variety of anaerobic metabolic pathways potentially available to the cell, when encountering anoxic conditions. Using T. brucei as a host for heterologous expression, I tested the mitochondrial candidature of several of these N. gruberi novel proteins associated with anaerobic metabolism. Since the Heterolobosea are sister to the Euglenozoa, evidence for the expression and localisation of N. gruberi proteins in T. brucei is a good indication of where these proteins may localise within N. gruberi cells. These analyses showing mitochondrial localisation of enzymes associated with anaerobic metabolism point to a currently highly unusual repertoire of metabolic flexibility within the mitochondria of a eukaryotic heterotroph.

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Ramond, Pierre. "Diversité fonctionnelle des protistes marins de l'écosystème côtier." Thesis, Sorbonne université, 2018. http://www.theses.fr/2018SORUS210.

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Abstract:

Les protistes sont les eucaryotes du compartiment microbien. Les rôles et adaptations de ces organismes dans leur milieu constituent leur diversité fonctionnelle. Parce que beaucoup ont été découvert récemment, la diversité fonctionnelle des protistes marins est peu connue. Dans cette thèse, la diversité fonctionnelle des protistes marins de l’écosystème côtier a été étudiée en couplant la taxonomie génétique (V4-ADNr 18S) et 13 traits. Dans un premier temps, à l’inverse des procaryotes, un fort lien entre taxonomie et fonctions est mis en évidence, impliquant que des changements de composition sont susceptibles de modifier le fonctionnement de l’écosystème. Les petits protistes soutiennent une plus grande diversité fonctionnelle, car influencés par une plus grande disponibilité en ressource. Dans une application associée à un front de marée, l’influence de l’environnement sur la diversité des protistes est étudiée. Les protistes phototrophes démontrent un maximum de diversité au niveau du front. Ce maximum est influencé par la dispersion (existence d’un écotone) ainsi que par des cycles de perturbations qui permettent de diminuer localement la compétition exclusive. La diversité des protistes hétérotrophes semble moins structurée par l’environnement, probablement parce que leur nutrition se fait par des interactions biotiques moins influencées par l’environnement. Finalement, nous observons que les protistes parasites sont spécialisés à leurs proies. Ces résultats soulignent que le rôle de prédation des communautés de protistes passe par l’intermédiaire d’interactions spécifiques entre les protistes hétérotrophes et leurs proies
Protists are the eukaryotic share of microbial communities. The distinct roles and adaptations of marine protists to their environment constitutes their functional diversity. Many marine protist have been discovered by DNA-based taxonomy, however the functional diversity of these organisms is unknown. In this project, the functional diversity of marine protist is studied by coupling a genetic survey (V4-18S rDNA) of various coastal ecosystems and a trait approach constituted of 13 traits. As a first step, in terms of functional redundancy, changes in the community of marine protists were tightly coupled with changes in functional diversity. These results contrasts with observations about prokaryotes and the distinct evolutionary process at stake are commented. The small size-fraction displayed a higher functional diversity probably influenced by a higher resource availability for this compartment. In a tidal front, the influence of the environment on marine protists is studied. The phototrophic protists presented a maximum of diversity at the front. The diversity maximum was influenced by dispersal (at an ecotone) but also by disturbance cycles which allowed to decrease competitive exclusion. Reversely, the diversity of heterotrophic protists was less structured by this environment, probably because their nutrition is related to biological interactions more than by the environment. In a last section, parasitism of a single dinoflagellate species was shown to be carried out by few specialized parasites. These results underline that the predation role of protistan communities might be dictated by specialized interactions involving heterotrophic protists and their prey

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Torruella, i. Cortés Guifré. "Phylogeny and evolutionary perspective of Opisthokonta protists." Doctoral thesis, Universitat de Barcelona, 2014. http://hdl.handle.net/10803/286509.

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Abstract:

To understand the origin of opisthokonts or infer evolutionary transitions within the group that contains two multicellular lineages (animals and fungi), it is first fundamental to understand the phylogenetic relationships between extant living species. Phylogeny and particularly phylogenomics (such the supermatrix approach) is the only valid procedure to infer evolutionary relationships between species, as morphological or molecular synapomorphies or rare genomic changes are cyclic arguments and really taxon dependent. This is why we have used genomic and transcriptomic data to build a novel dataset of Single Copy Protein Domains and test phylogenetic hypotheses with multiple methods to discard problems of systematic error. We have confirmed the division between Holomycota (Nucleariids, Opisthosporidia, chytrid fungi and fungi) and Holozoa (Ichthyosporea, Filasterea, Choanomonada and Metazoa). We also have generated RNAseq data to place a specially elusive species: Corallochytrium limacisporum and found it placed as sister group to Ichthyosporea, another osmotrophic holozoan group. With this solid phylogenetic background we can start to speculate on evolutionary transitions between groups, but not before reconstructing ancestral character states in different opisthokont lineages and also the extant living outgroups: Apusomonadida and Breviatea. So we conclude that there is no clear link between biflagellated free-living gliding bacterivores (outgroup) and any opisthokont lineage (ingroup). The Last Opisthokont Common Ancestor was probably uniflagellated but retained all other ancestral characters such amoeboid movement, filopodia, phagotrophy, etc. but had a less constrained cell shape or feeding mode. Then, we studied the similarities found between non-related groups of opisthokonts, such the walled osmotrophs or the naked filose amoebae through comparative genomics. For example, we found that Ministeria vibrans (Filasterea) and C. limacisporum (Ichthyosporea) have a flagellar apparatus previously unnoticed, and with a molecular pattern of flagellum reduction also seen in fungi and other eukaryotes. Also, Ichthyosporea probably use a chitin-like substance to build their cell wall (similar to fungi) but with an independently diversified pathway.
Per entendre l’origen dels Opistoconts (grup taxonòmic que conté animals, fongs i diversos llinatges protists emparentats) o inferir les seves transicions evolutives, és fonamental primer entendre les relacions filogenètiques entre les espècies existents en l’actualitat. La filogènia, particularment la filogenòmica, és el procediment vàlid per inferir relacions evolutives entre espècies, ja que la morfologia, les sinapomorfies moleculars o els canvis genètics singulars són arguments cíclics dependents del mostreig taxonòmic. Per aquesta raó hem fet servir dades genòmiques i transcriptòmiques per a construir un nou conjunt de dades format per dominis proteics de còpia única i els hem analitzat mitjançat diversos mètodes per prevenir errors sistemàtics. Hem pogut així confirmar la divisió entre Holomycota (Nucleariids, Opisthosporidia, quitridiomiciets i fongs) i Holozoa (Ichthyosporea, Filasterea, Choanomonada i Metazoa). També hem obtingut dades de RNAseq per situar espècies particularment ambigües com: Corallochytrium limacisporum la qual hem situat com a grup germà de Ichthyosporea, un altre grup holozou osmotròfic. Partint d’aquesta base filogenètica es pot començar a especular sobre les transicions evolutives entre els grups. No obstant, abans cal reconstruir els ancestres dels llinatges dels Opistoconts com també dels seus grups externs actuals: Apusomonadida i Breviatea. Els resultats indiquen que no existeix cap lligam definit entre els bacterívors ancestrals biflagelats (grup extern) i cap dels llinatges Opistoconts (grup d’interès). També que el darrer avantpassat comú dels Opistoconts probablement conservaria quasi tots els caràcters ancestrals com el moviment ameboide, filopodis, la fagotrofia, etc.; però seria uniflagel·lat, amb una forma cel·lular menys restringida pel tipus d’alimentació. Mitjançant la genòmica comparada hem estudiat les similituds entre grups no emparentats d’Opistoconts com els osmòtrofs amb paret cel·lular o les amebes filopodials nues. Per exemple, hem trobat que Ministeria vibrans (Filasterea) i C. limacisporum (Ichthyosporea) presenten un aparell flagel·lar fins ara desconegut amb un patró similar al que formen fongs i altres eucariotes. També que Ichthyosporea fa servir un material semblant a la quitina per construir la seva paret cel·lular. Aquestes similituds plantegen hipòtesis de convergència evolutiva o paral·lelisme entre llinatges propers que s’hauran de comprovar en un futur.

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Cuvelier, Marie Laure. "New Insights into the Diversity, Distribution and Ecophysiology of Marine Picoeukaryotes." Scholarly Repository, 2010. http://scholarlyrepository.miami.edu/oa_dissertations/657.

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Abstract:

Marine microbes are an essential component of global biogeochemical cycles. In oligotrophic marine surface waters, the phytoplankton, phototrophic, single-celled (on occasion, colonial) organisms, is often dominated by the picoplankton (cells <2 micrometers in size), which constitute the base of the marine food chain. The picophytoplankton is composed of three main groups of organisms: two genera of cyanobacteria, Prochlorococcus and Synechococcus, and a third group, the picoeukaryotes. Even though numerically less abundant than cyanobacteria, picoeukaryotes can contribute significantly to biomass and primary production in this size fraction. Furthermore, picoeukaryotes are a diverse group but this diversity is still underexplored and their ecological roles and physiology is poorly understood. Here uncultured protists are investigated using 18S rRNA gene clone libraries, phylogenetic analyses, specific fluorescence in situ hybridization (FISH) probes and other methods in tropical and subtropical waters. Gene sequences comprising a unique eukaryotic lineage, biliphytes, were identified in most samples, whether from high (30 degrees Celsius) or low (5 degrees Celsius) temperature waters. Sequences within this uncultured group have previously been retrieved from mid and high latitudes. Phycobilin-like fluorescence associated with biliphyte-specific FISH probed cells indicated they may be photosynthetic. Furthermore, the data indicated biliphytes are nanoplanktonic in size, averaging between 3.0 and 4.1 micrometers. Using the 18S rRNA gene, sequences belonging to a broadly distributed but uncultivated pico-prymnesiophytes were retrieved. We investigated the ecological importance of these natural pico-prymnesiophyte populations and field experiments showed that they could grow rapidly and contributed measurably to primary production. They also appear to form a large portion of global picophytoplankton biomass, with differing contributions in five biogeographical provinces, from tropical to high latitudes. Finally, the physiology of the picoeukaryote Micromonas was studied under a shift from medium to high light and UV radiation. Results showed that the growth of these photosynthetic cells was synchronized with the light: dark period. Forward angle side scatter and red autofluorescence from chlorophyll increased throughout the light period and decreased during the dark period. This is consistent with cell division occurring at the beginning of the dark period. Additionally, genes proposed to have roles in photoprotection were up-regulated under high light and UV, but not in controls.

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Stefan, Luketa. "Таксономија тестатних амеба које насељавају маховине на подручју Источне Херцеговине." Phd thesis, Univerzitet u Novom Sadu, Prirodno-matematički fakultet u Novom Sadu, 2020. https://www.cris.uns.ac.rs/record.jsf?recordId=115037&source=NDLTD&language=en.

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Abstract:

Докторска дисертација представља таксономску студију тестатних амеба Источне Херцеговине базирану искључиво на резултатима сопствених истраживања с обзиром да на овом подручју тестатне амебе до сада нису проучаване, те не постоје историјске музејске колекције. На подручју Источне Херцеговине регистровано је 40 врста тестатних амеба које су сврстане у 10 фамилија и један род без јасног места у класификационом систему. Сви регистровани таксони тестатних амеба су нови за фауну Босне и Херцеговине. Укупно је анализирано 24.549 јединки, од чега су 23.242 јединке припадале групи тестатних амеба са лобоподијама (супергрупа Amoebozoa), а 1307 јединки је припадало групи тестатних амеба са филоподијама (супергрупа Cercozoa). Најзначајнији резултат ове дисертације је опис пет нових врста за науку које припадају родовимаCentropyxis, Heleopera и Nebela. Морфотип означен као C. cf. aerophila се од врсте C. aerophila разликује по томе што се на крају љуштурице не налази пар крупних честица кварца,а и љуштурица је нешто дужа (46‒81 μm код врсте C. aerophila према 67‒ 88 μm код врсте C. cf. aerophila). Морфотип означен као C. cf. platystoma значајно се пре свега морфолошки разликује од врсте C. platystoma, те је закључено да се ради о неописаној врсти.У оквиру рода Heleopera описан је нови морфотип сличан врсти H. rosea који представља нову врсту за науку. Морфометријске разлике су релативне, тј. нису строго дискриминаторне, те се морају комбиновати са морфолошким разликама које су такође тешко yочљиве. Наиме, поред разлике у боји љуштурице, најбољи дискриминаторни морфолошки карактер је општи облик љуштурице. Љуштурице врсте H. rosea су робусног облика, док су љуштурице врсте Heleopera cf. rosea знатно елегантније ‒ уже су и имају облије ивице. Највеће морфометријске разлике у индексним карактерима су забележене за однос ширине и дужине љуштурице и однос ширине апертуре и ширине љуштурице.Морфотип Nebela cf. collaris се од врсте N. collaris јасно разликује пре свега морфолошки и еколошки, а морфометријски веома мало. Наиме, најважнија морфолошка одлика која морфотип N. cf. collaris раздваја од врсте N. collaris су таласасте ивице љуштурице, а еколошка разлика се јавља у смислу да врста N. collaris насељава зелене маховине док морфотип N. cf. collaris насељава сфагнумске маховине. Морфотип N. cf. tincta var. major се од морфотипа N. cf. collaris разликује пре свега по јасно израженом сужењу у делу близу апертуре, тј. израженом врату. Такође, морфотип N. cf. tincta var. major никада нема таласасте ивице љуштурице,док се код јединки морфотипа N. cf. collaris ова карактеристика често јасно уочава.
Doktorska disertacija predstavlja taksonomsku studiju testatnih ameba Istočne Hercegovine baziranu isključivo na rezultatima sopstvenih istraživanja s obzirom da na ovom području testatne amebe do sada nisu proučavane, te ne postoje istorijske muzejske kolekcije. Na području Istočne Hercegovine registrovano je 40 vrsta testatnih ameba koje su svrstane u 10 familija i jedan rod bez jasnog mesta u klasifikacionom sistemu. Svi registrovani taksoni testatnih ameba su novi za faunu Bosne i Hercegovine. Ukupno je analizirano 24.549 jedinki, od čega su 23.242 jedinke pripadale grupi testatnih ameba sa lobopodijama (supergrupa Amoebozoa), a 1307 jedinki je pripadalo grupi testatnih ameba sa filopodijama (supergrupa Cercozoa). Najznačajniji rezultat ove disertacije je opis pet novih vrsta za nauku koje pripadaju rodovimaCentropyxis, Heleopera i Nebela. Morfotip označen kao C. cf. aerophila se od vrste C. aerophila razlikuje po tome što se na kraju ljušturice ne nalazi par krupnih čestica kvarca,a i ljušturica je nešto duža (46‒81 μm kod vrste C. aerophila prema 67‒ 88 μm kod vrste C. cf. aerophila). Morfotip označen kao C. cf. platystoma značajno se pre svega morfološki razlikuje od vrste C. platystoma, te je zaključeno da se radi o neopisanoj vrsti.U okviru roda Heleopera opisan je novi morfotip sličan vrsti H. rosea koji predstavlja novu vrstu za nauku. Morfometrijske razlike su relativne, tj. nisu strogo diskriminatorne, te se moraju kombinovati sa morfološkim razlikama koje su takođe teško yočljive. Naime, pored razlike u boji ljušturice, najbolji diskriminatorni morfološki karakter je opšti oblik ljušturice. LJušturice vrste H. rosea su robusnog oblika, dok su ljušturice vrste Heleopera cf. rosea znatno elegantnije ‒ uže su i imaju oblije ivice. Najveće morfometrijske razlike u indeksnim karakterima su zabeležene za odnos širine i dužine ljušturice i odnos širine aperture i širine ljušturice.Morfotip Nebela cf. collaris se od vrste N. collaris jasno razlikuje pre svega morfološki i ekološki, a morfometrijski veoma malo. Naime, najvažnija morfološka odlika koja morfotip N. cf. collaris razdvaja od vrste N. collaris su talasaste ivice ljušturice, a ekološka razlika se javlja u smislu da vrsta N. collaris naseljava zelene mahovine dok morfotip N. cf. collaris naseljava sfagnumske mahovine. Morfotip N. cf. tincta var. major se od morfotipa N. cf. collaris razlikuje pre svega po jasno izraženom suženju u delu blizu aperture, tj. izraženom vratu. Takođe, morfotip N. cf. tincta var. major nikada nema talasaste ivice ljušturice,dok se kod jedinki morfotipa N. cf. collaris ova karakteristika često jasno uočava.
The PhD thesis is a taxonomic study of testate amoebae from East Herzegovina based exclusively on the results of our own research, given that testate amoebae have not been studied in this region so far, and there are no historical museum collections. In the region of East Herzegovina,40 testate amoeba species have been registered, which are classified into 10 families and one genus without a clear place in the classification system. All registered testate amoeba taxa are new to the fauna of Bosnia and Herzegovina. A total of 24,549 individuals belonged to the group of testate amoebae with lobopodia (supergroup Amoebozoa), and 1307 individuals belonged to the group of testate amoebae with filopodia (supergroup Cercozoa). The most significant results of this PhD thesis are the descriptions of five new species for science belonging to the genera Centropyxis, Heleopera, and Nebela. The morphotype Centropyxis cf. aerophila differs from C. aerophila in that there is no large quartz particles at the shell end, and the shell is slightly longer (46‒81 μm in C. aerophila versus 67‒88 μm in C. cf. aerophila). The morphotype C. cf. platystoma differs significantly morphologically from C. platystoma, so it was concluded that it is an undescribed species. Within the genus Heleopera a new morphotype similar to H. rosea has been described, representing a new species for science. Morphometric differences are relative, i.e. they are not strictly discriminatory, and must be combined with morphological differences that are difficult to detect. Namely, in addition to the difference in the color of the shell, the best discriminatory morphological character is the general shell shape. Shells of H. rosea are red and robust in shape, while shells of H. cf. rosea are volet and much more elegant ‒ they are narrower and have rounded edges. The largest morphometric differences in the index characters were observed for shell width/shell length ratio and aperture width/shell width ratio. The morphotype Nebela cf. collaris clearly differs from N. collaris primarily morphologically and ecologically, but morphometrically very little. Namely, the most important morphological character that N. cf. collaris separates from N. collaris are the wavy edges of the shell, and the ecological difference occurs in the sense that N. collaris inhabits green mosses while N. cf. collaris inhabits Sphagnum mosses. The morphotype N. cf. tincta var. major from the morphotype N. cf. collaris differs primarily by a clearly pronounced narrowing in the part near the aperture, i.e. pronounced neck. Also, the morphotype N. cf. tincta var. major never has a wavy edge of the shell, while in N. cf. collaris this feature is often clearly observed.

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Terrado, Ramon. "Diversité et succession des protistes dans l'océan Arctique." Thesis, Université Laval, 2011. http://www.theses.ulaval.ca/2011/27849/27849.pdf.

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Rachik, Sara. "Diversité et structure spatio-temporelle des communautés protistes dans deux systèmes côtiers aux conditions trophiques contrastées : cas de la Manche Orientale et la Méditerranée Occidentale." Thesis, Littoral, 2018. http://www.theses.fr/2018DUNK0476/document.

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Abstract:

Dans les écosystèmes marins, les protistes jouent un rôle important en tant que producteurs primaires, prédateurs ou encore symbiontes. De par leur position clef, l'étude de leur diversité est fondamentale afin d'améliorer notre compréhension du fonctionnement des écosystèmes marins. Pour ce faire, des approches moléculaires couplées à la microscopie ont été utilisées afin d'examiner en profondeur la diversité des communautés microbiennes dans deux écosystèmes contrastes (Manche Orientale et Méditerranée). La première étude conduite en Manche Orientale a permis d'établir une vue d'ensemble de la diversité des protistes eucaryotes sur une période de 4 ans (de mars 2011 à Juillet 2015) et d'examiner l'influence des variables environnementales sur leur distribution temporelle. L'approche novatrice utilisée consistait à séquencer simultanément l'ARNr et l'ADNr. Ce double ciblage a permis de calculer le rapport ARNr : ADNr et de démontrer qu'il pouvait être un paramètre utile et significatif pour évaluer l'activité cellulaire globale de la communauté microbienne. Nous avons également montré la faisabilité d'utiliser ce ration ARNr : ADNr comme indicateur des transitions écologiques d'espèces microbiennes emblématiques (e.g. bloom de Phaeocystis globosa). Ainsi, le calcul individuel de ce rapport pour chaque OTU devrait permettre d'apporter une information supplémentaire indispensable pour une meilleure compréhension du fonctionnement de l'écosystème et de l'influence des paramètres biotiques et abiotiques sur la structuration des communautés microbiennes, en particulier dans un contexte de changement global. La seconde étude a également été menée en Manche Orientale sur les données de séquençage obtenues pendant la période 2011-2013. Elle avait pour objectif de mettre en évidence les relations existantes entre les parasites eucaryotes et les autres taxons ainsi que les paramètres environnementaux. Cette érude a montré la diversité insoupçonnée des symbiontes/décomposeurs en Manche Orientale, et leur importance pour la structuration des communautés et la succession saisonnière. En particulier, des analyses en réseaux de corrélations ont montré la prédominance des relations inter-taxa, plutôt qu'entre OTUs et paramètres abiotiques, et la position centrale des symbiontes/décomposeurs dans ces relations. Cette étude a permis de souligner la complexité et l'importance des interactions microbiennes dans la structuration des communautés toute en apportant des informations cruciales permettant de mieux comprendre les mécanismes sous-jacent qui régissent cette structuration. La dernière étude a été menée dans la Méditerranée Occidentale, au niveu de quatre stations situées dans le Golfe du Lion, soumises à l'influence du fleuve Rhône, sur une période de 2 ans (2012-2014). Elle avait pour objectif de réaliser la liste la plus exhaustive possible de la diversité des protistes eucaryotes et d'évaluer leur variabilité spatiale en relation avec les variables environnementales. Cette étude a confirmé l'effet prépondérant du Rhône sur la structuration des communautés, particulièrement dans la partie Est du Golf du Lion. Globalement, ces travaux de thèse ont permis de renforcer, par le biais d'approches combinées de microscopie et de biologie moléculaire, nos connaissances sur le fonctionnement, la diversité taxonomique et la succession des espèces microbiennes, en relation avec les paramètres environnementaux, de deux écosystèmes marins contrastés
In marine ecosystems, protists play an important role as primary producers, predators or symbionts. Therefore studying their diversity and metabolic activity is fundamental for understanding the functioning of marine ecosystems. In order to achieve this goal, molecular approaches were coupled with microscopy analysis for an in depth examination of microbial communities diversity in two contrasting ecosystems (Eastern English Channel EEC and Mediterranean). The first study, conducted in the EEC, allowed to establish a precise overview of eukaryotic protists diversity over 4 years (from March 2011 to July 2015) and to examine the influence of environmental variables on their temporal distribution. The innovative approach used during this study was to sequence simultaneously rRNA and rDNA. This double targeting allowed calculating the rRNA : rDNA ratio and demonstrate that it could be an useful and significant parameter for measuring the relative cellular activity of the microbial community. We also showed the feasibility of using this rRNA : rDNA ratio as an indicator of ecological transitions of iconic microbial species (e.g. bloom of Phaeocystis globosa). Thus, calculation of this ratio for each individual OTU provided additional information that are essential for a better understanding of the functioning of the ecosystem and the influence of biotic parameters on the structuring of microbial communities, in particular in the context of global change. The second study was also conducted in the EEC on sequencing data obtained during the period 2011-2013. It aimed to highlight the relationships between eukaryotic parasites and other taxa as well as environmental parameters. This study revealed un unsuspected diversity of symbionts / decomposers in the EEC, and their importance for structuring microbial community and influence seasonal succession. More specifically, correlation network analysis showed the predominance of inter-taxa relations, over those between OTUs and abiotic parameters, and the central position of symbionts / decomposers in these relationships. This study highlighted the complexity and importance of microbial inteactions in the structuring of microbial communities while providing crucial information to better understand underlying lechanisms. The last study was conducted in the Western Mediterranean , at four stations located in the Golfe du Lion, subject to the influence of the Rhône River, over a period of two years. This study aimed to provide the most exhaustive list of eukaryotic protist diversity and to evaluate its spatial variability in relation with environmental variables. This study further underlined the effect of the Rh^ne on the structuring of microbial communities, particularly in the eastern part of the Golfe du Lion. Overall, thesis workhas reinforced, through combined aproaches of microscopy and molecular biology, our knowledge of the functioning, taxonomic diversity and succession of microbial species, in relation to environmental parameters, of two contrasted marine ecosystems

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Georges, Clément. "Les communautés de protistes au sein d'un bloom phytoplanctonique dans la région naturellement fertilisée en fer des îles de Kerguelen (Océan Australe)." Thesis, Littoral, 2015. http://www.theses.fr/2015DUNK0415.

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Abstract:

Depuis les années 90, les études portant sur les différentes zones HNLC ont permis d'étudier les effets biologiques et biogéochimiques qu'entrainaient les enrichissements artificiels ou naturels en fer. Il est maintenant bien documenté que l'enrichissement en fer induit des blooms phytoplanctoniques et notamment des blooms de diatomées. En dehors des diatomées, très peu d'informations sont disponibles concernant les autres groupes de protistes et en particulier les protistes hétérotrophes consommateur du phytoplancton. Ce travail a été effectué dans un contexte de fertilisation naturelle en fer, dans la région des îles de Kerguélen (Océan Australe) pendant la campagne KEOPS 2 (Kerguelen Ocean and Plateau compared Study 2) lors de l'initiation du bloom phytoplanctonique et s'est focalisé en particulier sur les protistes hétérotrophes. Des approches moléculaires (tag-pyroséquençages 454) et morphologiques (microscopie) ont été utilisées afin de caractériser la structure des communautés de protistes dans la zone de référence HNLC et dans les différents blooms phytoplanctoniques. l'approche moléculaire a permis (i) de caractériser les communautés de protistes présentes (ii) de mettre en évidence des différences notables entre les structures de protistes dans la région HNLC et la région naturellement enrichie en fer, mais également entre les différents blooms. Les observations microscopiques ont révélé des tendances similaires entre les différentes régions mais aussi des liens significatifs entre les communautés microzooplanctoniques et leurs proies phytoplanctoniques. Les observations microscopiques ont également fournis des valeurs de biomasses des différents compatiments qui ont permis d'estimer le potentiel du microzooplancton en tant que consommateur du phytoplancton ou en tant que source nutritive pour le mésozooplancton. Ce travail représente la première étude caractérisant la communauté des protistes planctoniques dans son ensemble dans un contexte de fertilisation naturelle en fer
Since the 90s, studies on different HNLC areas allowed to investigated the biological and biogeochemical effects due to artificial or natural iron-enrichment. It is now well documented that iron enrichment induced phytoplankton blooms and more specifically diatom blooms. With the exception of diatoms, very few information is available concerning other protists groups e. g. heterotrophic protists which are consumers of phytoplankton.This work was performed is a natural iron-fertilization context in the Kerguelen Island area (Southern Ocean) during the KEOPS 2 (Kerguelen Ocean and Plateau compared Study 2) cruise at the beginning of the phytoplankton bloom and focused specifically on heterotrophic protists. Molecular (tag-pyrosequencing 454) and morphological (microscopy) approaches were used to characterize the structure of protist communities in the HNLC reference area and in the phytoplankton blooms. The molecular approach allowed (i) to provide a complete picture of the protist communities (ii) to evidence significant differences in protists structures between HNLC and the naturally iron-fertilized area, but also between the different blooms. Microscopic observation revealed similar trends between regions but also significant links between microzooplanctonic communities and their phytoplankton preys. Microscopic observations also provided biomass values from different compartments allowing an estimation of the potential of microzooplankton as phytoplankton consumer or as a nutrient source for mesozooplankton. Above all, this work represents the first study characterizing the global planktonic protists community in the context of natural iron fertilization

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Weatherby, Anita J. "Species coexistence and community assembly in protist microcosms." Thesis, University of Sheffield, 2000. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.322945.

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Bachy, Charles. "Phylogénie, diversité et dynamique temporelle chez les ciliés tintinnidés marins." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00769949.

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Abstract:

La diversité des protistes marins planctoniques, après avoir été historiquement étudiée sur des critères morphologiques, est depuis récemment sujette à une intense recherche à l'aide d'approches moléculaires. Notamment, les études basées sur l'amplification directe de marqueurs moléculaires à partir d'ADN environnemental ont révélées une exceptionnelle diversité. L'objectif central de ce travail est d'améliorer notre compréhension sur le lien existant entre la connaissance classique des eucaryotes unicellulaires et leur diversité estimée à partir des données moléculaires, en particulier pour une meilleure interprétation des processus évolutifs et écologiques. Pour cela, nous avons utilisé comme système modèle l'ordre des ciliés tintinnidés (Tintinnida) qui constituent un groupe riche en espèces, aisément identifiables au microscope grâce à leur coquille externe (lorica) et communément rencontrés dans l'ensemble des eaux marines et lacustres du monde. Un suivi approfondi sur deux ans des tintinnidés de la Baie de Villefranche-sur-Mer (Mer Méditerrannée, France), couplant des analyses moléculaires de la diversité à partir de cellules individuelles et à partir d'ADN environnemental, a permis de caractériser la composition de ces communautés et leur dynamique temporelle aux échelles macro- et micro-évolutives. La première partie de ce travail a été destinée à la réalisation d'une phylogénie moléculaire de référence pour les tintinnidés en incorporant les séquences de 62 individus de morphologies diverses pour lesquelles des données moléculaires n'étaient pas disponibles. Nous avons amplifié et séquencé les gènes codant pour les ARN ribosomiques (ARNr 18S, 5.8S et 28S) et les espaces intergéniques correspondants (ITS1 et ITS2). La classification taxonomique a été réévaluée d'après les données moléculaires. Dans un deuxième temps, nous avons testé l'efficacité des approches moléculaires conventionnelles (amplification, clonage et séquençage Sanger du gène de l'ARNr 18S) et plus récentes (amplification et pyroséquençage de régions de l'ARNr 18S et de l'ITS), pour décrire la composition des communautés des tintinnidés dans des échantillons environnementaux en les comparant avec des estimations de la diversité par observation morphologique sur les mêmes échantillons. Si il existe de légères incongruences entre les approches et/ou les différents marqueurs employés, les approches cultureindépendantes s'avèrent efficaces pour décrire la diversité morphologique. En revanche, afin de ne pas surévaluer artificiellement le nombre d'espèces estimées à partir des données de pyroséquençage, il faut que des méthodes de débruitage et de regroupement en unités taxonomiques opérationnelles (UTOs) contraignantes soient appliquées. La troisième partie de ce travail a été dédiée au suivi temporel des communautés de tintinnidés à différentes profondeurs dans la baie de Villefranche, basé sur le clonage et le séquençage du gène de l'ARNr 18S et des régions ITS. Il apparaît des différences de distribution au cours de l'année à une même profondeur, en particulier en termes d'abondance de séquences pour une UTO donnée. Malgré un cadre phylogénétique solide et assez enrichi, l'approche moléculaire révèle des séquences éloignées des espèces déjà séquencées. La découverte de ces clades environnementaux souligne potentiellement l'importance écologique d'espèces encore mal connues. Enfin, le séquençage direct du gène de l'ARNr 18S et de l'ITS2 à partir des cellules individuelles de l'espèce a offert l'opportunité d'une étude populationnelle sur une période de deux ans. La diversité intra-spécifique mesurée met à jour des phénomènes d'hybridation entre variantes génétiques. Une structuration génétique temporelle a également été observée pour le gène de l'ARNr 18S. Les implications de ces différentes recherches sont discutées dans le cadre de l'étude de la diversité et de l'écologie des tintinnidés, et plus largement, des protistes marins.

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Armstrong, Evelyn. "Ecological studies of heterotrophic protists associated with seaweed surfaces." Thesis, University of London, 1998. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.286075.

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Dufernez, Fabienne. "Les superoxyde dismutases des protistes : caractérisation et origine phylogénétique." Lille 2, 2005. http://www.theses.fr/2005LIL2S030.

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Abstract:

Les organismes aérobies ont développé des mécanismes pour se protéger des attaques des espèces activées de l'oxygène produites lors du métabolisme cellulaire. La superoxyde dismutase (SOD) est une métalloenzyme du système de défense anti-oxydant. Elle catalyse la dismutation de l'anion superoxyde en peroxyde d'hydrogène. Les SOD se divisent en 2 grandes familles qui diffèrent fondamentalement d'un point de vue structural : les SOD qui utilisent simultanément le cuivre et le zinc comme métaux cofacteurs (Cu/Zn-SOD) et les SOD utilisant soit le fer (FeSOD) soit le manganèse (MnSOD) comme métal cofacteur. Sur la base d'un alignement de 261 séquences de SOD et de 12 structures cristallographiques de SOD à fer et à manganèse, nous avons analysé les conservations en terme de structure et de séquence parmi les SOD à fer et à manganèse. Les résidus caractéristiques de la fonction enzymatique, de la conformation en dimère ou tétramère et de la spécificité de métal ont été identifiés. Toutes ces données nous ont été utiles lors de nos études de SOD de nombreux protozoaires. Les protozoaires parasites étudiés jusqu'à présent ont ,en effet, la particularité de ne contenir qu'un seul type de SOD, des FeSOD qui différent des Cu/Zn SOD et SOD tétramérique à manganèse présentes chez l'humain. Ceci fait de la SOD à fer des protistes une cible thérapeutique potentielle. Chez Trypanosoma brucei, agent de la maladie du sommeil, nous avons identifié 4 gènes de SOD après interrogation des banques de données du programme de séquençage : soda, sodb1 et sodb2 ainsi que sodc nouvellement identifié. Ces 4 gènes correspondaient à des SOD dimériques à fer. Les protéines recombinantes correspondantes ont été produites et se sont révélées actives. Des modélisations structurales ont été réalisées par homologie avec des structures cristallographiques connues et ont montrées une grande similarité de structure entre ces FeSOD. Afin de déterminer la localisation cellulaire, nous avons réalisé des expériences de fusion de chacune de ces enzymes avec la GFP, ces constructions ont été transfectées dans des cellules procycliques de trypanosome. Nous avons alors mis en évidence la localisation mitochondriale des 2 enzymes FeSODA et FeSODC et la présence des FeSODB dans le cytoplasme et les glycosomes, localisation confirmée par un marquage sur fractions cellulaires : la FeSODB1 étant plutôt cytosolique et la FeSODB2 plutôt glycosomale. Chez le dinoflagellé Crypthecodinium cohnii nous n'avons retrouvé que des activités SOD correspondantes à des SOD à fer. Une famille multigénique codant pour des FeSOD a été caractérisée. La protéine recombinante correspondante à un gène complet de FeSOD dimérique a été produite et s'est révelée active. Les SOD d'un second prostiste parasite Trichomonas vaginalis ont également été étudiées. T. Vaginalis est responsable de la trichomoniase humaine, la maladie sexuellement transmissible la plus répandue à travers le monde. La recherche dans les bases de données du programme de séquençage du parasite nous a permis d'identifier 7 gènes de SOD chez ce parasite. Ces SOD comportent toutes les caractéristiques des SOD à fer dimériques et sont actives lorsqu'on les produit sous forme de protéines recombinantes. La protéine recombinante SOD6 de T. Vaginalis a été également purifiée et la structure cristallographique obtenue. Ces données sont essentielles pour la conception éventuelle d'inhibiteurs. Toutes ces séquences de FeSOD ont été incluses dans une large analyse phylogénétique afin de proposer une origine pour les FeSOD des protistes. Cette analyse confirme l'origine bactérienne de ces enzymes via des transferts de gènes de bactéries vers les protistes, suivi de duplications successives.

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Hersha, Deborah Kay. "Agricultural Effects on Protists Assemblage Structure in Headwater Streams." The Ohio State University, 2009. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1236463645.

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Klouch, Khadidja Zeyneb. "Paléoécologie des protistes à partir d'archives biologiques provenant d'écosystèmes marins côtiers." Thesis, Paris 6, 2016. http://www.theses.fr/2016PA066280/document.

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Abstract:

La composition des communautés de protistes et leur dynamique temporelle sont traditionnellement étudiées en analysant des séries de données de surveillance/observation dont la mise en place est relativement récente (≤40 ans). Dans cette étude, nous avons analysé les traces biologiques (formes de résistance et ADN ancien) préservés dans des sédiments couvrant une échelle temporelle d’environ 150 ans afin d’étudier les changements de la composition et la dynamique temporelle des protistes marins, principalement dans deux écosystèmes estuariens de la rade de Brest (Bretagne, France). Les analyses de metabarcoding montrent que seulement une partie minoritaire (16-18%) de la richesse des protistes (#OTUs) des sédiments superficiels est retrouvée dans les sédiments profonds et que la plupart des protistes présents dans les sédiments anciens sont connus pour être capables de produire des formes de résistance. La composition des communautés de protistes étaient différenciées en deux principales paléocommunautés (avant/après 1950), suggérant une biodiversité spécifique à chaque période. Les abondances relatives des dinoflagellés ont montré une tendance à la baisse depuis les années 70’ et les genres Alexandrium et Gonyaulax ont montré une dynamique opposée en termes d’abondance relative à travers le temps. Les données paléogénétiques (PCR en temps réel) suggèrent qu’A. minutum est présente dans la rade depuis au moins 1873 ± 7 et qu’au cours des derniers 150 ans, l’espèce est devenue envahissante, proliférant dans la rade seulement ces dernières années. De plus, Les données de PCR en temps réel suggèrent que la partie sud-est de la rade, où des sédiments à typologie vaseuse sont plus abondants, est potentiellement plus favorable à l’accumulation des kystes de l’espèce. Les analyses écophysiologiques (taux de croissance, taux de consommation de phosphore, biomasse maximale atteinte) réalisés sur des souches de dinoflagellés (A. minutum et Scrippsiella donghaienis) obtenues par germination montrent une forte variabilité phénotypique intraspécifique au sein des deux espèces et dans les deux milieux étudiés. Les résultats de ces travaux de thèse contribuent au domaine de la recherche en paléoécologie sédimentaire, montrant les avantages et les limites de cette approche pour révéler des patrons biologiques encore peu explorés
The community composition of protist and their temporal dynamic are are traditionally studied by analyzing data sets of monitoring/observation networks, whose implementation is however relatively recent (≤40 years). In this study, we analyzed the biological traces (resting stages and ancient DNA) preserved in sediments covering a time scale of 150 years in order to study changes in the composition and the temporal dynamics of marine protists, focusing mainly on two estuarine ecosystems of the Bay of Brest (Brittany, France). Metabarcoding analyses showed that only a minor part (16-18%) of the protists richness (#OTUs) of superficial sediments is retrieved in deep sediments, and that most of the protists found in ancient sediments are known to produce resting stages. Two main paleocommunities were differentiated (before/after 1950), suggesting the existence of a distinct and specific biodiversity for the identified periods. The relative abundances of dinoflagellates showed a decreasing trend since the 70s' and Alexandrium and Gonyaulax genera showed an opposite dynamic in terms of relative abundance over the time. Paleogenetic data (real-time PCR) suggest that A. minutum is present in the Bay of Brest since at least 1873 ± 7 and that, across a time scale of about 150 years, the species has proliferated only recently in the estuaries of the bay. Moreover, real-time PCR data suggest that the south-eastern part of the bay, where muddy sediment are more abundant, is potentially more favorable for the accumulation of the species cysts. Ecophysiological analyses (growth rate, phosphorus assimilation rate, and maximal biomass attained) performed on dinoflagellate strains (A. minutum and Scrippsiella donghaienis) showed a strong phenotypic intraspecific variability for both species and for both analyzed media. The results of this thesis work contribute to the research in sedimentary paleoecology, showing the advantages and limits of this approach to reveal still underexplored biological patterns

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Rajamani, Sathish. "Small molecule signaling and detection systems in protists and bacteria." Columbus, Ohio : Ohio State University, 2006. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc%5Fnum=osu1155564098.

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Fleck, Roland Alexander. "Mechanisms of cell damage and recovery in cryopreserved freshwater protists." Thesis, University of Abertay Dundee, 1998. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.241751.

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Noël, Christophe. "Cytosquelette, morphogenèse et phylogénie d'un groupe de protistes, les parabasalia." Lille 2, 2002. http://www.theses.fr/2002LIL2MT18.

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Abstract:

Dans la première partie de notre étude, nous nous sommes intéressés à la composition, la fonction et la dynamique du cytosquelette microtubulaire du Parabasalia Trichomonas vaginalis. Deux gènes codant pour l'-tubuline ont été clonés chez ce protozoaire. Ces deux séquences d'-tubuline montraient une forte identité avec celles obtenues chez les métazoaires. De plus, le modèle tridimensionnel de l'hétérodimère de tubuline de Trichomonas vaginalis était très similaire à celui de cerveau de porc. L'analyse des séquences disponibles d'- et de -tubuline confirmaient que les microtubules de Trichomonas vaginalis étaient très probablement acétylés, non tyrosinés, glutamylés et non glycylés. Des considérations évolutives relatives à l'apparition de ces différentes modifications post-traductionnelles au cours de l'évolution, sont proposées sur la base de l'émergence supposée primitive de ces protistes dans l'eucaryogenèse. En parallèle, le devenir des structures microtubulaires au cours du cycle cellulaire a été suivi chez Trichomonas vaginalis par immunofluorescence avec un anticorps monoclonal anti--tubuline. Couplé à un marquage du noyau, nous avons pu décrire les différentes étapes de la mitose. Nous avons aussi montré que le complexe axostyle-pelta parental dépolymérisait durant la division et que les flagelles étaient assemblés durant la mitose. L'observation de cellules de Trichomonas vaginalis traitées à la griséofulvine montrait que l'élongation de la paradesmose n'était pas la principale force motrice permettant la migration des deux cinétides filles à chaque pôle de la cellule en division suggèrant l'existence d'autres molécules et/ou mécanismes intervenant lors de cet événement morphogénétique. Des figures de type « corps apoptotiques » ont pu être observées chez ces mêmes cellules traitées à la griséofulvine. En utilisant principalement des drogues pro-apoptotiques, nous avons montré qu'une forme de mort cellulaire ayant des caractéristiques ressemblant à l'apoptose, existait en effet chez Trichomonas vaginalis, un protiste dépourvu de mitochondries. La seconde partie de nos travaux s'est focalisée sur les relations phylogénétiques entre taxons des Parabasalia établies d'après la comparaison des séquences des gènes codant pour les ARNr 16S. Cette phylogénie moléculaire a été confrontée à celles établies d'après des caractères morphologiques. Nos arbres confirment la nécessité d'une refonte complète de la systématique de ce groupe de protozoaires. De plus, nous avons, pour la première fois, identifié par amplification et séquençage des gènes codant pour les ARNr 16S, Trichomonas vaginalis associé à Pneumocystis carinii, au niveau des poumons d'un patient sidéen. Enfin, la dernière partie de notre étude s'est focalisée sur l'analyse phylogénétique de deux enzymes, la fumarase de classe II et la superoxyde dismutase, chez plusieurs espèces de trichomonadines. D'après nos analyses, nous avons suggéré que 1) les séquences des gènes codant pour la fumarase de classe II chez les trichomonadines se groupaient avec certaines séquences homologues de bactéries mais pas avec celles des -protéobactéries comme c'est le cas pour les autres eucaryotes et 2) les gènes codant pour une superoxyde dismutase à fer dimérique pourrait avoir une origine endosymbiotique chez les trichomonadines. Plusieurs autres scénarios évolutifs possibles sont discutés pour chacune de ces enzymes
In a first part of our study, we investigated the composition, function and morphogenesis of the microtubular cytoskeleton of the Parabasalia Trichomonas vaginalis. Two -tubulin genes have been cloned from this protist. Both -tubulin sequences showed high identity to those described in metazoa. In addition, the three-dimensional model of the Trichomonas vaginalis tubulin heterodimer was very similar to that of pig brain. Analysis of both - and -tubulin available sequences confirmed that microtubules are likely acetylated, non-tyrosinated, glutamylated and non-glycylated in Trichomonas vaginalis. Evolutionary considerations concerning the time of appearance of these tubulin post-traductional modifications are also proposed since parabasalids are potentially one of the earliest diverging eukaryotic lineages. In parallel, the behavior of microtubular structures during division has been followed by immunofluorescence in Trichomonas vaginalis using an anti--tubulin monoclonal antibody together with nuclear staining, allowing us to describe successive mitotic stages. We showed that the microtubular axostyle-pelta complex depolymerized during division and that the flagella were assembled during mitosis. Observation of griseofulvin-treated Trichomonas vaginalis cells revealed that the elongation of the mitotic spindle or paradesmosis was not the main motile force separating the daughter kinetids to opposite poles during division, suggesting the existence of other mechanisms and/or molecules involved in this morphogenetic event. Interestingly, “apoptotic-like bodies” were observed in griseofulvin-treated cells. Using mainly pro-apoptotic drugs, we have shown that a form of cell death with some features ressembling apoptosis was indeed present in the amitochondriate protist, Trichomonas vaginalis. The second part of our work was focused on the phylogenetic relationships among parabasalid taxa based on the comparison of SSU rRNA gene sequences. An updated molecular phylogeny was provided and compared to those inferred from ultrastructural data. Our trees reinforced previous statements indicating a necessary revision of the parabasalid systematic. In addition, SSU rRNA gene amplification and sequencing was used to identify, for the first time, Trichomonas vaginalis together with Pneumocystis carinii, in the lungs of a Human Immunodeficienvy Virus-positive patient. Finally, the last part of our study was focused on the phylogenetic analysis of two enzymes, class II fumarase and superoxyde dismutase, in several trichomonad species. From our analyses, we suggested that 1) class II fumarase genes from trichomonads emerged among eubacterial homologs but were not of alpha-proteobacterial origin like those of other eukaryotes and 2) genes encoding for dimeric iron-containing superoxide dismutases could be of apparent mitochondrial endosymbiotic origin in trichomonads. Additional evolutionary scenarios are discussed for both of these enzymes

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Friedenberg, Laura Elizabeth. "Feeding dynamics of larval Pacific herring (Clupea pallasi) on natural prey assemblages the importance of protists /." Pullman, Wash. : Washington State University, 2009. http://www.dissertations.wsu.edu/Thesis/Fall2009/L_Friedenberg_121409.pdf.

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Abstract:

Thesis (M.S. in environmental science)--Washington State University, December 2009.
Title from PDF title page (viewed on Feb. 10, 2010). "School of Earth and Environmental Science." Includes bibliographical references (p. 31-34).

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Chotteau-Lelièvre, Anne. "Identification de deux gènes de la famille des proto-oncogènes ets chez une annélide polychète, Nereis diversicolor." Lille 1, 1994. http://www.theses.fr/1994LIL10046.

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Abstract:

Les proteines de la famille ets sont des facteurs de transcription constituant une nouvelle famille de proteines eucaryotiques se liant a l'adn. Ces proteines ont au moins en commun le domaine de liaision a l'adn, appele domaine ets, qui constitue un nouveau motif structural de reconnaissance adn-proteines et qui permet de les classer en differents groupes. Dans le cadre d'une etude phylogenique, nous avons recherche la presence de membres de la famille ets chez l'annelide polychete nereis diversicolor. Nous avons identifie deux genes appartenant aux groupes ets et erg de cette famille. La partie identifiee du gene ets de nereis, traduite en acides amines, presente une homologie importante avec les sequences des proteines ets de l'homme, de la drosophile et de l'oursin. Nous avons une connaissance plus complete de l'erg de nereis. Le fragment d'adn sequence montre qu'il contient dans le meme exon la region codant la totalite du domaine ets et une partie de la region codant le domaine r caracteristique des proteines erg. Le domaine ets presente une forte homologie avec les domaines ets des proteines erg de vertebres et d'invertebres. Le domaine r presente de l'homologie avec celui des proteines erg et fli de l'homme, de la souris et de l'oursin, seuls organismes ou ce domaine est actuellement connu. La famille des proto-oncogenes ets est une famille ancienne deja diversifiee des les metazoaires primitifs, dont le domaine de liaison de l'adn est bien conserve jusqu'aux vertebres et aux arthropodes. La diversification des genes ets s'est effectuee par mouvement d'exons, en meme temps que par duplication de genes, puis divergence. La situation phylogenique particuliere des annelides polychetes, a proximite des coelomates primitifs, en fait un materiel de choix pour la comprehension de l'origine des differents groupes de proteines de la famille ets et du role des differents domaines fonctionnels de ces proteines.

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Edgar, Robyn. "Un premier aperçu de la diversité génétique de cinq microbes eucaryotique de l'océan arctique." Master's thesis, Université Laval, 2015. http://hdl.handle.net/20.500.11794/26265.

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Abstract:

Malgré leur abondance, leur diversité et leur importance pour la production primaire et l'écosystème marin arctique, la diversité génétique des microbes marins eucaryotes arctiques reste relativement inconnue. De récentes études moléculaires ont montré que les espèces florissantes dans l'Arctique sont phylogénétiquement divergentes des espèces de protistes marins non-polaires. Pour mieux à comprendre l'histoire évolutive et la diversité des espèces dans l'océan Arctique, cinq cultures de microalgues arctiques (un pélagophyte, un dictyochophyte, un chrysophyte, un cryptophyte et un haptophyte) ont été cultivées sous différentes conditions pour générer des transcriptomes de ces cinq espèces et produire une ébauche du génome du pélagophyte. L'analyse des données de transcriptomique et de génomique du pélagophyte ont démontré sa capacité génétique à utiliser l'azote organique et son aptitude à vivre sous de faibles conditions de lumière, de façon similaire à un pélagophyte formant des floraisons dans des régions tempérées. Une analyse phylogénétique de gènes spécifiques à la physiologie photosynthétique et non-photosynthétique a donné un aperçu de l'histoire évolutive du pélagophyte et des quatre autres protistes marins arctiques.
Despite their abundance, diversity, importance to primary production and the Arctic marine ecosystem, the genetic diversity of Arctic marine microbial eukaryotes remains relatively unknown. Recent molecular studies have shown that the species thriving in the Arctic are phylogenetically divergent from non-polar species of marine protists. To begin to understand the evolutionary history and genetic diversity of species from the Arctic Ocean, five Arctic microalgae isolates (a pelagophyte, dictyochophyte, chrysophyte, cryptophyte and haptophyte) were grown under a variety of conditions to generate transcriptomes of all five species and a draft genome of the pelagophyte. Analysis of the transcriptomic and genomic data of the pelagophyte revealed the genetic capacity to use organic nitrogen and live under low light conditions, similar to a temperate bloom-forming pelagophyte. A phylogenetic analysis of genes specific to both photosynthetic and non-photosynthetic physiology provided insight into the evolutionary history of the pelagophyte and the other four Arctic marine protists.

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Hamiliton, Kristina. "Infections of Clyde Sea crustaceans by the protist parasite Hematodinium." Thesis, Royal Holloway, University of London, 2007. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.498730.

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Arias, Bulbena Anna. "Diel feeding rhythms in marine protistan grazers." Doctoral thesis, Universitat de Barcelona, 2020. http://hdl.handle.net/10803/672410.

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Abstract:

Protistan grazers are a key component of marine planktonic food webs. These marine protists are the major grazers of pelagic primary production in the oceans and, therefore, they display a crucial role in marine biogeochemical cycles as pivotal intermediaries of the energy and mass flux from primary producers to higher trophic levels. Notwithstanding their relevant role in the global pelagic system, some key aspects related to their trophic behaviour remain still poorly understood. Among these features, diel feeding rhythms are of relevant importance as they represent the coupling between the cycles of primary production and the feeding cycles of their predators and, consequently, they strongly condition the carbon flux mediated by marine protistan grazers and the dynamics of planktonic food webs. This Ph.D. Thesis aims to deepen our knowledge of the diel feeding rhythms in marine protistan grazers, exploring their occurrence and the mechanisms that generate and modulate this rhythmic behaviour. Accordingly, we first investigated the existence of diel feeding rhythms in diverse species of heterotrophic and mixotrophic protistan grazers (the dinoflagellates Gyrodinium dominans, Oxyrrhis marina and Karlodinium armiger, and the ciliates Strombidium arenicola and Mesodinium rubrum). Then, we evaluated how intrinsic characteristics of the prey (Rhodomonas salina), including the growth phase and the diel variations on its stoichiometric composition, as well as own characteristics of the grazers, such as their previous feeding history and the timing for cell division, may be causal factors or perhaps regulate the diel feeding activity of marine protists. We also assessed the effect of extrinsic factors, such as the prey concentration, the light and the risk of predation, on the feeding rhythm of marine protists. Finally, we conducted field experimentation to study the diel feeding rhythms of protistan grazers in a natural ecosystem, the Gullmar Fjord (Sweden). As major conclusions of the present Ph.D. Thesis, we found that there might not exist a unique underlying mechanism causing the different patterns of diel feeding rhythms we observed in marine protistan grazers. Instead, it appears that marine protists species might have developed feeding rhythms largely conditioned by their physiological and behavioural characteristics, as well as by the ecological conditions from their original habitat, which might determine the factors by which it is modulated.
Los ramoneadores protistas son un componente clave de las redes tróficas planctónicas marinas. Estos protistas marinos son los principales consumidores de producción primaria pelágica en los océanos y presentan, por lo tanto, un papel crucial en los ciclos biogeoquímicos marinos como intermediarios fundamentales de los flujos de energía y masa desde los productores primarios hacia niveles tróficos superiores. A pesar de su relevante papel en el sistema pelágico global, algunos aspectos clave relacionados con su comportamiento trófico son todavía poco conocidos. Entre estas características, los ritmos diarios de alimentación son de gran importancia, ya que representan el acoplamiento entre los ciclos de producción primaria y los ciclos de alimentación de sus depredadores y, en consecuencia, condicionan en gran medida el flujo de carbono mediado por los ramoneadores protistas marinos y la dinámica de las redes alimentarias planctónicas. Esta Tesis Doctoral tiene como objetivo profundizar en nuestro conocimiento de los ritmos de alimentación en los ramoneadores protistas marinos, estudiando su ocurrencia y los mecanismos que generan y modulan este comportamiento rítmico. Por ello, primeramente investigamos la presencia de ritmos diarios de alimentación en diversas especies de ramoneadores protistas heterotróficos y mixótrofos (los dinoflagelados Gyrodinium dominans, Oxyrrhis marina y Karlodinium armiger, y los ciliados Strombidium arenicola y Mesodinium rubrum). Luego, evaluamos como características intrínsecas de la presa (Rhodomonas salina), como son su fase de crecimiento y las variaciones diarias en su composición estequiométrica, así como también características propias de los ramoneadores, tales como su historia de alimentación previa y el momento de división celular, pueden ser factores causantes o bien reguladores de los ritmos diarios de alimentación en los protistas marinos. También investigamos el efecto de factores extrínsecos, como son la concentración de presas, la luz y el riesgo de depredación, sobre la actividad de alimentación rítmica de los protistas marinos. Finalmente, realizamos un estudio de campo sobre los ritmos de alimentación diarios de los ramoneadores protistas en un ecosistema natural, el Fiordo de Gullmar (Suecia). Como conclusiones principales de la presente Tesis Doctoral, encontramos que quizás no exista un mecanismo causal único que explique los diferentes patrones de ritmos diarios de alimentación en los ramoneadores protistas marinos. Nuestro estudio parece indicar que las especies de protistas marinos desarrollan ritmos diarios de alimentación condicionados, en gran medida, por sus características fisiológicas y de comportamiento, además de por las particularidades ecológicas de su hábitat de origen, las cuales determinarían los factores por los que este patrón de actividad puede ser modulado.
Els pastors protistes són un component clau de les xarxes alimentàries planctòniques marines. Aquests protistes marins constitueix el principal consumidor de la producció primària pelàgica en els oceans i presenta, per tant, un paper crucial en els cicles biogeoquímics marins com intermediaris fonamentals en els fluxos d’energia i de massa des dels productors primaris cap a nivells tròfics superiors. Tot i el seu rol rellevant en el sistema pelàgic global, alguns aspectes clau relacionats amb el seu comportament tròfic són encara poc coneguts. Entre aquestes característiques, els ritmes diaris d’alimentació són de gran importància, ja que representen l’acoblament entre els cicles de producció primària i els cicles d’alimentació dels seus depredadors i, en conseqüència, condicionen en gran manera el flux de carboni mediat pels pastors protistes marins i la dinàmica de la xarxa alimentaria planctònica. Aquesta Tesi Doctoral té com a objectiu aprofundir en el nostre coneixement sobre els ritmes d’alimentació diaris en els pastors protistes marins, estudiant la seva presencia i els mecanismes que generen i modulen aquest comportament rítmic. Així doncs, primerament vam investigar l’existència de ritmes diaris d’alimentació en diverses espècies de pastors protistes heterotròfics i mixòtrofs (els dinoflagel·lats Gyrodinium dominans, Oxyrrhis marina, i Karlodinium armiger, i els ciliats Strombidium arenicola i Mesodinium rubrum). Llavors, vam avaluar com característiques intrínseques de la presa (Rhodomonas salina), com són la fase de creixement i les variacions diàries en la seva composició estequiomètrica, així com també característiques pròpies dels pastors, com la seva història d’alimentació prèvia i el moment de divisió cel·lular, poden ser factors causants o bé reguladors dels ritmes diaris d’alimentació dels protistes marins. També vam avaluar l’efecte de factors extrínsecs, com són la concentració de presa, la llum i el risc de depredació, en l’activitat d’alimentació rítmica dels protistes marins. Finalment, vam portar a terme un estudi de camp per explorar els ritmes d’alimentació dels pastors protistes en un ecosistema natural (el Fiord de Gullmar, Suècia). Com a conclusions principals de la present Tesi Doctoral, vam trobar que potser no existeix un mecanisme causant únic dels ritmes diaris d’alimentació en pastors protistes marins. El nostre estudi sembla indicar que les espècies de protistes marins desenvolupen ritmes d’alimentació condicionats, en gran manera, per les seves característiques fisiològiques i de comportament, així com també de les particularitats ecològiques del seu hàbitat d’origen, les quals determinarien els factors pels quals el ritme és modulat.

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Charvet, Sophie. "Diversité et dynamique des communautés de protistes dans le haut Arctique canadien." Thesis, Université Laval, 2013. http://www.theses.ulaval.ca/2013/30036/30036.pdf.

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Abstract:

Le paysage arctique est un mélange d’étendues désertiques, fouettées par les vents, et d’une grande diversité d’écosystèmes aquatiques. Confronté à des augmentations de température nettement supérieures à la moyenne globale qui modifient les propriétés de ces paysages, l’Arctique est un site d’étude stratégique pour suivre les impacts des changements climatiques sur les communautés microbiennes endogènes. Caractéristique importante des écosystèmes arctiques, la cryosphère commence déjà à atteindre des seuils de non-retour le long de la côte nord de l’île d’Ellesmere. Dans les lacs, la combinaison naturelle des basses températures, de la variabilité de l’irradiance et de la faible teneur en nutriments inorganiques limite la production primaire et la croissance de nombreux organismes. La richesse des microorganismes dans ces systèmes est le résultat d’une diversité de stratégies adaptatives et nutritives. Ainsi, les changements observés dans les couverts de glace auront des impacts sur l’activité biologique de ces lacs. Contribuant à celle-ci, les protistes, eucaryotes unicellulaires microscopiques, exploitent une large gamme des ressources de carbone et d’énergie, incluant la phototrophie, la prédation et la combinaison des deux, la mixotrophie. Cette thèse cherche à déterminer la contribution des mixotrophes à la structure des communautés de protistes dans les lacs arctiques, et à développer la connaissance sur leurs réponses potentielles aux conditions environnementales changeantes. Le lac Char, le lac A et le lac Ward Hunt ont été sélectionnés pour leurs propriétés limnologiques distinctes et pour investiguer la biodiversité de leurs communautés de protistes en Aout 2008. La microscopie, les pigments et les banques de clones du gène de l'ARN de la petite sous-unité ribosomale 18S indiquent la dominance des chrysophytes, des protistes principalement mixotrophes, dans les trois lacs. Pour le lac A, l’été 2008 était marqué par la perte d’un couvert de glace permanent, créant des conditions d’eau libre inhabituelles. Le séquençage à haut-débit de la région V4 du gène 18S ARNr révèle le contraste entre les communautés homogènes dans la colonne d’eau marquée d’une stratification méromictique sous le couvert de glace en mai 2008 et les variabilités spatiales établies en août 2008 dans la colonne d’eau libre de glace ainsi qu’en Juillet 2009 sous un couvert de glace normal. Ces résultats illustrent l’importance qu’ont les facteurs environnementaux, tel que l’irradiance, sur les communautés de protistes. Pour examiner plus attentivement le rôle de la lumière et investiguer l’impact de la disponibilité des proies, nous avons entrepris une expérience de lumière/dilution au lac Ward Hunt. Le pyroséquençage de la région V4 de l’ARN ribosomal ainsi que son gène révèlent des différences taxonomiques entre les deux traitements d’irradiance, suggérant une divergence du type de mixotrophie entre une dominance de dinoflagellés essentiellement brouteurs à faible irradiance et de chrysophytes bactérivores sous une forte lumière. Cette thèse révèle la diversité des protistes et leur variation saisonnière au sein des lacs arctiques, et offre un aperçu de l’importance des conditions environnementales sur la stratégie mixotrophe adoptée par les communautés de protistes.
The Arctic region is a blend of stark windswept landscapes interwoven with a wide diversity of freshwater ecosystems. Presently confronted by temperature increases well above global average, causing changes in landscape and aquatic properties, the Arctic is a strategic area to study the impact of climate change on endogenous microbial communities. Ice is a crucial characteristic of Arctic ecosystems and has already begun to cross thresholds along the northern coastline of Ellesmere Island. In lakes, the effects of cold temperatures, variable irradiance and low inorganic nutrients combine to restrict primary production and growth of most organisms. The established richness of microorganisms present in these systems is due to the high diversity of their adaptive and nutritive strategies. Hence, the observed shifts in ice cover regimes of lakes will have impacts on their biological activity. Of these microbial components, the protists, unicellular eukaryotes, exploit a wide range of carbon and energy resources from phototrophy to predation and the combination of both, mixotrophy. The subject of this research was to determine the contribution of mixotrophs to protist community structure in Arctic lakes, and to develop knowledge of their potential response to the changing environmental conditions. Char Lake, Lake A and Ward Hunt Lake, three limnologically different lakes, were chosen to investigate the biodiversity of protists in August 2008. Microscopy, pigments and 18S gene clone libraries revealed a dominance of each lake by chrysophytes, prominent mixotrophic protists. At Lake A, the summer of 2008 was marked by a loss of ice-cover, creating atypical open-water conditions. High-throughput sequencing of the V4 region of the 18S ribosomal RNA gene revealed the contrast between the homogenous community structure within the ice-covered water column of May 2008, despite the sharp physico-chemical meromictic stratification within the lake, and the established spatial variability of the protist communities under the ice-free conditions of August 2008 and ice-covered conditions of July 2009. These results illustrate the importance of varying environmental factors, such as underwater irradiance, in shaping protist communities. To further examine the role of light and to investigate the impact of low prey resources, we conducted a light/dilution experiment at Ward Hunt Lake. Pyrosequencing of the V4 region of the 18S ribosomal RNA, along with the gene, showed taxonomic differences under the two light conditions, suggesting a divergence in the dominant type of mixotrophy, with dominance of primarily microflagellate grazers, the dinoflagellates, under low irradiance, and of bacterivorus chrysophytes in the high light treatment. This thesis research underscored the diversity of mixotrophs and their seasonal variations in Arctic lakes, and provided insights into the importance of environmental conditions on the mixotrophic strategy adopted by protist communities.

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Mantini, Clea. "Identification, évolution et mort cellulaire chez un groupe de protistes, les Parabasalia." Phd thesis, Université du Droit et de la Santé - Lille II, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00578013.

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Abstract:

Les Parabasalia constituent un groupe d'eucaryotes unicellulaires répartis en 2 classes : les hypermastigines et les trichomonadines. Le premier volet de ma thèse concerne l'étude de la systématique de ce groupe par l'utilisation d'outils moléculaires. En séquençant les gènes codant pour différents marqueurs de nombreux taxons d'intérêt, des phylogénies moléculaires sont construites et comparées à la systématique traditionnelle basée sur un nombre limité de caractères morphologiques. Ces phylogénies moléculaires sont largement en conflit avec la classification actuelle et appelle donc à une révision globale de la taxonomie de ce groupe. Le second volet de mes travaux concerne l'étude des processus de mort cellulaire chez la trichomonadine, Trichomonas vaginalis, l'agent responsable de la trichomonose humaine qui est la maladie transmise sexuellement d'origine non virale la plus répandue à travers le monde. Il est possible d'induire une forme de mort cellulaire distincte de la nécrose chez ce parasite via l'utilisation de drogues pro-apoptotiques comme la staurosporine. Certaines caractéristiques de cette mort cellulaire sont communes à celles observées pour l'apoptose des métazoaires alors que d'autres semblent spécifiques à ce parasite. Ce microorganisme présente en outre deux particularités intéressantes dans le cadre de notre projet. La première est son unicellularité. En effet, on sait aujourd'hui que l'apparition des mécanismes de mort cellulaire a précédé celle de la multicellularité. De ce fait, étudier ces processus de mort cellulaire chez les unicellulaires peut apporter des informations intéressantes sur un problème de biologie générale qui est l'origine de la mort cellulaire chez les métazoaires. La seconde est qu'il est dépourvu de mitochondries et de ce fait pouvoir induire une mort cellulaire chez Trichomonas pourrait remettre en question le rôle central de la mitochondrie dans le processus apoptotique. Nous avons donc initié l'identification et la caractérisation des molécules potentiellement impliquées dans la mort cellulaire chez ce microorganisme. Une recherche in silico menée dans le programme de séquençage du génome de T. vaginalis ne nous a pas permis d'identifier de protéines homologues à celles connues comme étant impliquées dans le processus d'apoptose chez les métazoaires à l'exception de possibles métacaspases qui sont considérées comme des caspases primitives. Ces protéines, au nombre de 11 chez Trichomonas, possèdent toutes le domaine catalytique peptidase C14 et la dyade histidine-cystéine du site catalytique caractéristiques des caspases. Ces métacaspases de Trichomonas peuvent se regrouper en deux classes : l'une englobant celles présentant une extension amino-terminale et l'autre regroupant celles ne présentant pas cette extension. Dans un premier temps, nous avons étudié l'expression relative des 11 gènes codant ces métacaspases par PCR quantitative après induction de l'apoptose par la staurosporine. Nous avons montré une surexpression significative de la plupart de ces gènes. Cette régulation est donc différente de celle généralement observée pour les gènes de caspases. Nous avons ensuite mené une étude biochimique et enzymatique pour un représentant de chacune des deux classes de métacaspases de Trichomonas. Après production de ces protéines en système bactérien, nous avons montré, par western blot, qu'elles ont la propriété de s'autocliver tout comme les métacaspases étudiées chez d'autres organismes et les caspases initiatrices des métazoaires. Ces résultats ont été confirmés par la production de ces deux métacaspases mutées au niveau des deux résidus C et H du site catalytique. De plus, l'étude de l'activité enzymatique de ces protéines révèle une forte spécificité endopeptidase arginine ou lysine spécifique comme pour les autres métacaspases décrites jusqu'à présent et donc différente de celle des caspases qui est aspartate spécifique. [...]

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GERBOD, DELPHINE. "Phylogenies d'un groupe de protistes, les parabasala, basees sur differents indicateurs moleculaires." Clermont-Ferrand 2, 2000. http://www.theses.fr/2000CLF22242.

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Abstract:

Une phylogenie moleculaire, englobant toutes les sequences des genes d'arnr 16s de parabasala disponibles dans les bases de donnees et celles que nous avons obtenu pour trichomitus batrachorum, tetratrichomonas gallinarum, pentatrichomonas hominis, histomonas meleagridis et certaines trichomonadines symbiontes du termite calotermes flavicollis, a ete construite et confrontee a celle etablie d'apres l'analyse des caracteres morphologiques. Dans nos arbres, la position primitive de certaines hypermastigines retourne la polarite traditionnellement admise pour ce groupe de protistes allant du plus simple vers le plus complique. Notre analyse remet aussi en cause la taxonomie actuelle puisque la plupart des classes et des familles de parabasala representees ne forment pas de groupes monophyletiques. D'autres observations peuvent etre tirees de nos arbres, comme la perte secondaire de certaines structures cytosquelettiques chez toutes les monocercomonadidae etudiees, l'existence de formes secondairement libres et l'absence de co-evolution entre les parabasala et leurs hotes respectifs. Une phylogenie moleculaire, basee sur la comparaison des sequences de fumarase de classe ii, incluant celles obtenues pour cinq especes de trichomonadines, trichomonas vaginalis, tetratrichomonas gallinarum, tritrichomonas ftus, monocercomonas sp. Et trichomitus batrachorum, a aussi ete proposee. Dans notre arbre, les trichomonadines forment, de facon inattendue, un groupe polyphyletique. Les sequences des genes de trichomonadines se groupent avec des homologues bacteriens et divergent profondement de celles des autres eucaryotes qui sont d'origine mitochondriale. Bien qu'etant probablement secondairement depourvus de mitochondies, les trichomonadines ont donc acquis leurs genes de fumarase de classe ii par un mecanisme different de celui des autres eucaryotes. Differents scenarios evolutifs sont alors proposes.

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Van, der Heyden Sophie. "Testing ubiquitous dispersal and freshwater/marine divergence in free-living protist groups." Thesis, University of Oxford, 2004. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.409856.

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Spingler, Kevin C. "The Temporal Variability in the Protist Community Structure in Port Everglades, Florida." NSUWorks, 1999. http://nsuworks.nova.edu/occ_stuetd/321.

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Abstract:

The composition, abundance, and variability of the protist community in Port Everglades (Florida) estuary system was studied between September 1995 and August 1996. Surface water samples were collected from a fixed station in the port every two weeks and were examined using a modified Utermohl procedure to determine species composition and abundance. At the time the water samples were collected, a CTD cast was made to determine the surface salinity and water temperature, and to obtain a profile of the water column. The Secchi Depth was also measured at the time of the sample collection. Two hundred and eighty four species were identified during the course of the study. There were 187 diatom species, 51 dinoflagellate species, 8 chlorophyte species, 19 tintinnid species, 15 cyanophyte species, 1 silicoflagellate species, 1 chrysophycean species, 1 foraminiferan species, and 1 euglenophyte species identified as being at least present in the samples. The diatoms were the most abundant and most common species identified over the course of the year with the largest numbers being found during the rainy seasons. The most abundant diatom species were Skeletonema costatum, Pseudonitzschia pungens, and Thalassionema nitzschiodes. Protoperidinium pellucidum was the most abundant dinoflagellate present in the samples. The greater than 20 micrometer cell abundance ranged from a high of 3.67 x 105 cells liter-1 during the rainy season to a low 00.22 x 103 cells liter-1 during the dry season. The smaller than 20 micrometer cell abundance ranged from a high of 4.56 x 107 cells liter-1 during the rainy season, to a low of 1.23 x 106 cells liter-1 during the dry season. Species diversity was calculated using the Shannon index for each sample date. It ranged from a low of 0.0626 during the rainy season to a high of 1.51 towards the end of the dry season. Patterns exhibited by the 25 most abundant species identified during the study, the surface water temperature, and the salinity were evaluated using principal components analysis. Results of the analysis revealed one factor accounting for 22.0% of the variability. This factor exhibited a significant positive correlation with salinity, (r - 0.40), and distinguished between organisms with high and low salinity preferences. Two dinoflagellate species, one of the ciliate species, and three diatom species had high positive factor loadings for this principal component.

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Tong, Susan Mary. "The taxonomy and seasonal dynamics of heterotrophic flagellates in Southampton Water, U.K." Thesis, University of Southampton, 1994. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.295903.

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Van, der Merwe Laurianne. "UDP-glucose: [beta]-(1-3)-glucan (paramylon) synthase from Euglena gracillis /." Link to the online version, 2007. http://hdl.handle.net/10019/722.

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Lepère, Cécile. "Diversité, dynamique et facteurs de régulation des picoeurocaryotes dans les écosystèmes lacustres." Chambéry, 2007. http://www.theses.fr/2007CHAMS005.

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Abstract:

L'analyse de la composition de la communauté picoeucaryotique (<5 mm), realise dans plusieurs systèmes lacustres différant par leur statut trophique, leur taille, leur morphologie et leur géographie, a permis d' obtenir une première estimation de la diversité de ces microorganismes. L 'étude de leur dynamique, au cours de deux années consécutives dans un lac oligo-mésotrophe, a permis d'observer l'évolution saisonnière et les relations s'établissant entre les variations spatio-temporelles de la structure des picoeucaryotes et celles des facteurs environnementaux susceptibles de les réguler. Les résultats relatifs aux facteurs de régulation ont par ailleurs été complétés par une étude expérimentale en mésocosmes. La méthode moléculaire de clonage séquençage a été utilisée pour la caractérisation des différents clades, de plus, cette méthode a été couplée à la technique de T -RFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) pour étudier la dynamique saisonnière de la communauté picoeucaryotique. Enfin, la méthode TSA-FISH (Tyramide Signal Amplification-Fluorescent In Situ Hybridization) a été utilisée pour identifier et quantifier des groupes d'eucaryotes cibles. Ces travaux ont révélé une grande diversité parmi ces cellules de petite taille. La richesse et la diversité les plus élevées ont été observées dans les lacs de statut trophique intermédiaire (lac mésotrophe). A l'issue de ce travail, il apparaît toutefois que les écosystèmes étudiés présentent des spécificités communes. En effet, leur communauté picoeucaryotique est toujours dominée par un faible nombre de taxons, et la majorité des séquences lacustres obtenues sont affiliées a des groupes hétérotrophes (84% des séquences). Parmi ces organismes hétérotrophes, on note, l'importance des séquences affiliées à des groupes parasites, notamment les Champignons et les Perkinsozoa. Des comparaisons avec les groupes recensés en milieux marins ont pu être établies, ainsi, il apparaît que les nouveaux clades définis dans les écosystèmes océaniques (Stramenopiles et Alveolata) ne sont pas présents dans les écosystèmes lacustres
The composition and structure of small eukaryotes (size less than 5 mm was considered) were studied in several lakes which are characterised by contrasted trophic status, size, morphology and geography. The results allowed to obtain a first assessment of diversity and a first characterisation of lacustrine clades. The dynamics of these micro-organisms was studied during a two years long survey in an oligomesotrophic lake, allowing to observe both the seasonal changes and the relationships between modifications in small eukaryotes structure and changes measured for environmental parameters (physical, chemical, biological). Moreover, the relative importance of regulatory factors which affect small eukaryotes structure were tested using a mesocosms experimental approach. Cloning sequencing and T-RFLP were two molecular methods which were used to describe the composition and dynamics of the small eukaryote community both in ecosystemic and experimental approaches. Moreover, the TSA-FISH method was used to identify and count some specific groups of small eukaryotes. The results revealed a large diversity (number of phylogenetic groups) within the picoeukaryotic assemblage. The highest richness and diversity were reported for the mesotrophic lake. In all studied lakes, the small eukaryotes community was dominated by a small number of taxa, and sequences were mainly affiliated to heterotrophic groups. Among these heterotrophs, we highlight the importance of parasitic groups, mainly fungi and Perkinsozoa. On the basis of our data, the comparisons with small eukaryote groups observed in marine systems showed that the new clades found in oceanic systems (Stramenopiles and Alveolata) were not observed in lakes. Moreoever, large seasonal variations could be observed in the structure of small eukaryotes but, no seasonal reproducibility of small eukaryote community was observed from one year to the next

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Bustamante, Díaz Jorge, Castillo Pedro Jesús Sánchez, and Dávila Miguel Alejandro Villanueva. "Diagnóstico operativo empresarial de la empresa Protisa." Master's thesis, Pontificia Universidad Católica del Perú, 2019. http://hdl.handle.net/20.500.12404/15863.

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Abstract:

Las operaciones productivas en la industria peruana representan uno de los tres vértices estratégicos para el éxito empresarial, esto se ve más potenciado aun cuando se trata de producción de bienes donde no solo está la mayor cantidad de activos e inversión, sino también la mayor cantidad de fuerza laboral de la organización, por ello, es importante desarrollar un diagnostico operativo con visión empresarial que permita visualizar puntos fuertes y focos de atención donde se pueda generar más valor haciendo más competitiva a la organización con visión a futuro. Protisa es actual líder del mercado peruano en productos elaborados a partir de papel tissue, tiene más de 20 años en el país y debido al incremento de la demanda ha decidido ampliar su operación instalando una nueva planta. La investigación está centrada en la nueva planta de Protisa ubicada en Cañete y fundada en el 2017, actualmente esta planta es la más moderna en todo Latinoamérica en producción de papel tissue y está concebida para cubrir demanda local y demanda regional (exportaciones). La investigación tiene como objetivo hacer un reconocimiento de todas las operaciones e identificar las oportunidades donde se pueda agregar valor a través del uso de conceptos de operaciones adquiridos en el programa de maestría, estas oportunidades están explicadas y representadas en beneficio económico llegando a un acumulado anual de S/. 7,480,793 ya sea por ingreso directo (reducción de costos) o de manera intangible (incremento de productividad).
The productive operations in Peruvian industry represent one of the three strategic parts for business success, this situation it is reinforced when it is about production of goods because is not only the greatest amount of assets and investment, it is also the greatest amount of human labor force in the company. Therefore, it is important develop an operational diagnostic with business vision and identify strong points and attention focus where it will be possible add value to do the organization more competitive with a good longterm to the future. Protisa is the current leader in Peruvian market in products made from tissue paper and it has more than 20 years in the country and due to increase in demand it has decided to expand its operation by installing a new plant. The research is focused on the new Protisa facilities located in Cañete, 150 km south of Lima, and founded in 2017, at the date of this document this plant is the most modern in Latin America in tissue paper production and is designed to satisfy local demand and regional demand (exports). The research targets to make a recognition of all operations and identify opportunities where you can add value using concepts of operations acquired in the master's program, these opportunities are explained and represented in economic benefit reaching an annual accumulation of S/. 7,480,793 either by direct income (cost reduction) or intangible (productivity increase).
Tesis

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Preisner, Harald [Verfasser]. "Cytoskelett-Analyse parabasalischer Parasiten: Die Präsenz potentieller Intermediärfilament-Proteine in Protisten / Harald Preisner." Düsseldorf : Universitäts- und Landesbibliothek der Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf, 2017. http://d-nb.info/1124978178/34.

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Wöhle, Christian Verfasser], William F. [Akademischer Betreuer] [Martin, and Gerhard [Akademischer Betreuer] Steger. "Evolutionäre und funktionelle Transkriptomanalyse der Protisten / Christian Wöhle. Gutachter: William Martin ; Gerhard Steger." Düsseldorf : Universitäts- und Landesbibliothek der Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf, 2014. http://d-nb.info/1054134979/34.

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Lahr, Daniel José Galafasse. "Taxonomia dos Arcellinida Kent, 1880 (Protista: Ramicristates) do parque ecológico do rio Tietê." Universidade de São Paulo, 2006. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41133/tde-29092009-135940/.

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Abstract:

O presente trabalho explora os aspectos taxonomicos, ecologicos, morfologicos, biometricos e biogeograficos dos Arcellinida Kent, 1880 coletados no Parque Ecologico do Rio Tiete, Sao Paulo Brasil. Foram encontrados organismos pertencentes a cerca de 30 taxons nominais, no entanto, a revisao da literatura, novos dados morfologicos obtidos atraves do Microscopio Eletronico de Varredura e medidas biometricas realizadas com grande numero de individuos permitem afirmar que muitos destes taxons estao se referindo a mesma entidade na natureza. Logo, na presente pesquisa sao descritas, com detalhes de distribuicao geografica, morfologia ultra-estrutural, morfometria e ecologia, especies pertencentes a quatro familias e cinco generos: Difflugia corona Wallich, 1864; Difflugia gramen Penard, 1902; Difflugia lanceolata Penard, 1890; Difflugia claviformis Penard, 1899; Difflugia gigantea Chardez, 1967; Centropyxis aculeata (Ehrenberg, 1838); Netzelia wailesi (Ogden, 1980); Lesquereusia modesta Rhumbler, 1895; Lesquereusia mimetica Penard, 1911; Arcella hemisphaerica Perty, 1852; Arcella gibbosa Penard, 1890; Arcella discoides Ehrenberg, 1871 e Arcella brasiliensis Cunha, 1913. Sao discutidas inovacoes taxonomicas para que a comparacao de dados obtidos usando tecnicas atuais com aqueles reportados na literatura tradicional seja feita da maneira mais explicita possivel, de modo a delimitar melhor o conceito taxonomico de cada especie abordada.
The present survey explores the taxonomic, ecologic, morphologic, biometric and biogeographic aspects of the Arcellinida Kent, 1880 collected at the Ecological Park of the Tiete River, Sao Paolo Brazil. Around 30 nominal taxa were identified, however, a review of the literature and new morphologic data obtained via the Scanning Electron Microscope and biometric measures with a large number of individuals allow the inference that many of these taxa are referring to the same natural entity. Therefore, the present work describes species from four families and five genera, along with details about geographic distribution, ultra-structural morphology, morphometry and ecology: Difflugia corona Wallich, 1864; Difflugia gramen Penard, 1902; Difflugia lanceolata Penard, 1890; Difflugia claviformis Penard, 1899; Difflugia gigantea Chardez, 1967; Centropyxis aculeata (Ehrenberg, 1838); Netzelia wailesi (Ogden, 1980); Lesquereusia modesta Rhumbler, 1895; Lesquereusia mimetica Penard, 1911; Arcella hemisphaerica Perty, 1852; Arcella gibbosa Penard, 1890; Arcella discoides Ehrenberg, 1871 e Arcella brasiliensis Cunha, 1913. Taxonomic innovations are discussed in order to make comparison of recent data with those reported on traditional literature a more explicit practice, allowing a better understanding of each species taxonomic concept.

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Wöhle, Christian [Verfasser], William F. [Akademischer Betreuer] Martin, and Gerhard [Akademischer Betreuer] Steger. "Evolutionäre und funktionelle Transkriptomanalyse der Protisten / Christian Wöhle. Gutachter: William Martin ; Gerhard Steger." Düsseldorf : Universitäts- und Landesbibliothek der Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf, 2014. http://d-nb.info/1054134979/34.

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Grimonprez, Adrien. "Symbioses bactériennes chez les protistes ciliés des sédiments réduits de mangroves de Guadeloupe." Thesis, Antilles, 2018. http://www.theses.fr/2018ANTI0324/document.

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Abstract:

Alors que la Guadeloupe possède la plus grande bordure littorale de mangroves des Petites Antilles, la microfaune et la microflore bactérienne marine associées à cet écosystème sont très mal connues. Pourtant, ces diverses communautés de micro-organismes sont à la base du réseau trophique des sédiments marins de mangrove. En effet, grâce à leurs activités basées sur des processus hétérotrophes, ces micro-organismes vont permettre de dégrader la litière constituée de feuilles et branches de palétuviers tombées à la surface du sédiment. En condition anoxique, la dégradation des substrats végétaux par des bactéries sulfato-réductrices entraine la production de sulfures qui vont soutenir l’activité de bactéries chimiosynthétiques. Les protistes ciliés sont des micro-organismes eucaryotes unicellulaires caractérisés par la présence de cils sur la surface cellulaire et appartenant au micro-zooplancton. Leur mode de nutrition basé sur la phagocytose permet non seulement de favoriser la reminéralisation de la biomasse microbienne, ce qui augmente le transfert de nutriments à d'autres organismes du réseau trophique, mais facilite surtout l’émergence de nombreuses associations symbiotiques. Les résultats obtenus durant cette thèse ont permis de mettre en évidence la présence d’associations symbiotiques entre des bactéries sulfo-oxydantes ou hétérotrophes et des espèces de protistes ciliés faisant parties du périphyton de mangrove
While Guadeloupe has the largest coastal edge of mangroves in the Lesser Antilles, the microfauna and marine bacterial microflora associated with this ecosystem are very poorly understood. However, these diverse communities of microorganisms are at the base of the marine mangrove sediment food web. Indeed, thanks to their activities based on heterotrophic processes, these micro-organisms will make it possible to degrade the litter composed of mangrove leaves and branches that have fallen to the surface of the sediment. In anoxic conditions, the degradation of plant substrates by sulfate-reducing bacteria leads to the production of sulfides that will support the activity of chemosynthetic bacteria. Ciliates protists are unicellular eukaryotic microorganisms characterized by the presence of cilia on the cell surface and belonging to micro-zooplankton. Their phagocytosis-based nutrition not only promotes the remineralization of microbial biomass, which increases the transfer of nutrients to other organisms in the food web, but also facilitates the emergence of many symbiotic associations. The results obtained during this thesis allowed to highlight the presence of symbiotic associations between sulfur-oxidizing or heterotrophic bacteria and ciliates protist species that are part of the mangrove periphyton

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Michaud, Caroline. "Dynamique des symbioses mutualistes hôtes-microbiotes : mode et efficacité de transmission des symbiotes dans les populations du termite xylophage Reticulitermes grassei." Thesis, Tours, 2019. http://www.theses.fr/2019TOUR4027.

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Abstract:

Les symbioses mutualistes sont ubiquistes et jouent un rôle majeur dans le fonctionnement des écosystèmes. Chez les insectes, il est souvent décrit que la spécificité et la stabilité évolutive de ces symbioses mutualistes est due à une transmission verticale stricte des symbiotes des parents à la descendance. Pour tester le rôle de la transmission verticale dans le maintien évolutif des symbioses mutualiste, son exclusivité et son efficacité doivent être étudiées à une échelle évolutive (d’une lignée hôte à une autre) ainsi qu’à une échelle écologique (d’une génération à la suivante). Ce projet de thèse a pour but d’étudier la transmission verticale comme mécanisme de stabilisation évolutive dans les associations nutritionnelles entre les termites souterrains du genre Reticulitermes et leurs symbiotes mutualistes intestinaux. Pour cela, des outils de biologie moléculaire ont été développés afin d’étudier la diversité et la composition de la communauté microbienne intestinale totale des termites (approche de méta-code barre), mais également en se focalisant sur les protistes du genre Trichonympha qui jouent un rôle essentiel dans la dégradation de la lignocellulose (approches de barcoding ADN et de PCR quantitative). Le premier axe de cette thèse vise à étudier les patterns de transmission des symbiotes à l’échelle évolutive du genre Reticulitermes en testant l’hypothèse que la phylogénie de l’hôte est un facteur majeur expliquant la composition du microbiote intestinal des termites. L’étude menée sur les Trichonympha de termites a permis de montrer que la diversification de ces associations n’est pas uniquement expliquée par des événements de co-spéciation, mais que des événements de changement d’hôte et de perte de symbiotes ont eu lieu. L’étude menée sur l’ensemble du microbiote intestinal des termites permettra de déterminer ces patterns de diversification sur l’ensemble des taxa microbiens. Le second axe de cette thèse est d’évaluer le niveau de fidélité entre partenaires à une échelle intergénérationnelle en testant l’hypothèse que la transmission verticale des symbiotes est stricte d’une génération à une autre. L’efficacité de la transmission verticale a été mesurée en deux étapes : (i) en comparant les symbiotes présents dans les ouvriers de la colonie avec ceux portés par les reproducteurs primaires (i.e. les alates) lorsqu’ils quittent leur colonie natale pour en fonder une nouvelle, et (ii) en comparant les symbiotes présents dans les ouvriers des deux colonies parentales avec ceux portés par la nouvelle colonie fondée. Les résultats préliminaires de l’étude sur les deux Trichonympha présents chez R. grassei semblent indiquer qu’ils sont co-transmis dans les alates. L’étude sur l’ensemble du microbiote intestinal permettra de déterminer si tous les taxa microbiens sont co-transmis ou si une transmission aléatoire des symbiotes a lieu dans les alates. Une troisième étude sur l’ensemble du microbiote permettra de déterminer si tous les taxa microbiens sont transmis par les parents à la descendance. Ensemble, ces différentes études permettront de tester la transmission verticale comme mécanisme induisant une fidélité entre partenaires dans les systèmes termitesmicrobiote intestinal. A l’échelle des protistes du genre Trichonympha, ce mécanisme ne semble pas le seul impliqué dans la stabilité évolutive de ces associations
Many animals including humans live in symbiotic interaction with gut microorganisms contributing to essential functions (nutrition, immunity). The ‘vertical’ way of transmission of symbionts (i.e., from parents to offspring) must stabilise these symbioses, notably by strengthening partner fidelity. However, the efficiency of vertical transmission has rarely been studied, especially in the case where hosts harbour a complex microbial community (or ‘microbiota’) composed by many microbial taxa interacting between them and with the host.The objective of this work was to study the mode and efficiency of transmission of gut microorganisms (protists and bacteria) helping the wood-feeding termite Reticulitermes grassei to digest ingested wood (lignocellulose fibres). Our results revealed contrasted situations between microorganisms. While protists are efficiently vertically transmitted, the majority of bacterial taxa is not only vertically transmitted but seems to be acquired by the environment

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Scholes, Lianna. "The response of species richness to manipulations of energy supply in protist microcosms." Thesis, University of Sheffield, 2005. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.421224.

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Geisen, Stefan [Verfasser], Michael [Akademischer Betreuer] Bonkowski, and Hartmut [Akademischer Betreuer] Arndt. "Soil Protists Diversity, Distribution and Ecological Functioning / Stefan Geisen. Gutachter: Michael Bonkowski ; Hartmut Arndt." Köln : Universitäts- und Stadtbibliothek Köln, 2014. http://d-nb.info/1068619759/34.

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Stecher, Anique [Verfasser]. "Functional biodiversity of sea ice-associated protists in the central Arctic Ocean / Anique Stecher." Konstanz : Bibliothek der Universität Konstanz, 2016. http://d-nb.info/1151075191/34.

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Dissertations / Theses on the topic 'Protiste'

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