Dissertations / Theses on the topic 'Protozoaires pathogènes'

Les microsporidies Nosemoides vivieri et nosema apis sont des protozoaires parasites intracellulaires obligatoires, dont tous les stades du cycle sont en contact direct avec le cytoplasme de la cellule-hôte. Ce cycle est caracterisé par l'alternance de deux phases: une phase végétative (ou mérogonie) à structure cellulaire non specialisée pendant laquelle le parasite croît et se multiplie activement, et une phase sporogonique (ou sporogonie) aboutissant a la formation de la spore qui montre une structure complexe hautement différenciée. En effet celle-ci contient le germe infectieux ou sporoplasme, mais aussi tout l'appareil nécessaire à son inoculation dans la cellule-hôte. L'étude ultrastructurale des différents stades du cycle : mérontes, sporontes, sporoblastes et spores montre le rôle primordial des vésicules golgiennes et du réticulum endoplasmique dans la genèse des différents organites de la spore : sac polaire, filament polaire, polaroplaste, vacuole postérieure. La cryofracture confirme, chez Nosema apis, les résultats obtenus en ultrastructure classique et met en evidence l'évolution des systèmes membranaires tout au long du cycle du parasite, en particulier les modifications intervenant au niveau de la membrane plasmique au cours de la transformation sporoblastique

L'interconversion tachyzoïte-bradyzoïte est une étape importante dans le cycle de Toxoplasma gondii chez l'hôte intermédiaire. La forme proliférative tachyzoïte responsable de l'infection aiguë, laisse place à la forme bradyzoïte (kyste) caractérisant la forme chronique de la toxoplasmose. Le phénomène d'interconversion entre stade est à l'origine de la réactivation de la maladie chez les immunodéprimés. Les facteurs influençant son déclenchement sont mal connus. Le développement de sondes monoclonales spécifiques de stade a permis d'étudier le phénomène d'interconversion in vitro. L'étude descriptive des événements survenant lors de la conversion du stade tachyzoïte vers le stade bradyzoïte a montré l'existence de stades intermédiaires. L'engagement dans cette voie de différenciation est progressif : l'expression des protéines spécifiques du bradyzoïte est séquentielle et les changements morphologiques résultant sont graduels. Ceci génère toute une gamme de stades intermédiaires pour aboutir à des structures kystiques matures renfermant des parasites dont les caractéristiques sont proches du bradyzoïte obtenu in vivo. Nous avons mis au point diverses méthodes permettant d'induire la différenciation des tachyzoïtes en bradyzoïtes in vitro. Ces travaux suggèrent que des altérations métaboliques du couple parasite/cellule hôte sont impliquées dans le déclenchement de la conversion. Récemment, la chaîne respiratoire mitochondriale du parasite a été désignée comme cible probable des facteurs de différenciation. Grâce aux techniques d'induction de la différenciation développées in vitro, une protéine spécifique du stade bradyzoïte a pu être purifiée. Le gène correspondant a été cloné et est en cours de séquençage. La caractérisation de gènes dont l'expression est dépendante du stade parasitaire ouvre comme perspective l'étude de la régulation de la différenciation à l'échelle moléculaire, et pourrait aider à la compréhension du déterminisme de l'interconversion, évènement clé dans la pathogenèse de la toxoplasmose.

Le parasite protozoaire Toxoplasma gondii assure son développement intracellulaire dans une vacuole dite parasitophore. La vacuole parasitophore (VP) est un compartiment spécialisé qui d'une part résiste à la fusion avec les endosomes de la cellule-hôte et d'autre part constitue une interface d'échanges métaboliques entre le parasite et la cellule parasitée. Les protéines GRA, contenues dans les granules denses du parasite, sont sécrétées sous forme soluble dans la VP où elles acquièrent une topologie membranaire. Constituants majeurs de la VP, les protéines GRA joueraient un rôle déterminant dans le développement intracellulaire du toxoplasme, cependant à ce jour la fonction de ces protéines n'est pas connue. Les protéines GRA5 et GRA6 ont été choisies comme modèles d'étude car bien que présentant des similitudes structurales (deux domaines hydrophobes encadrés de régions hydrophiles), elles présentent un tropisme membranaire différentiel au sein de la vacuole parasitophore. La protéine GRA5 traverse la bicouche lipidique de membrane délimitante de la vacuole parasitophore alors que la protéine GRA6, s'intègre dans les membranes du réseau intravacuolaire
Au cours de la première partie de ce travail, nous avons mis en évidence l'existence d'un polymorphisme de taille des protéines GRA5 et GRA6 chez différentes souches de toxoplasmes. Ce polymorphisme permet de répertorier les souches parasitaires dans les trois groupes génotypiques de Toxoplasma gondii. Dans un second temps, le développement de la manipulation génétique du toxoplasme, nous a permis d'aborder la fonction de la protéine GRA5 par l'invalidation de son gène. La mise en place d'un système de double sélection positive-négative a permis l'obtention d'un mutant nul GRA5 dans la souche RH. L'analyse du phénotype du mutant nul a mis en évidence que la protéine GRA5 est une protéine non essentielle pour les toxoplasmes de la souche RH. De plus, l'absence de son expression ne perturbe ni l'ultrastructure de la vacuole parasitophore, ni la virulence chez la souris, ni la multiplication intracellulaire du toxoplasme
Enfin, dans le cadre des études sur les mécanismes d'insertion membranaire post-sécrétoire des protéines GRA, la troisième partie de ce travail visait à appréhender l'étude du tropisme différentiel de GRA5 et GRA6 pour les membranes vacuolaires, par l'expression de protéines chimériques (GRA5-GRA6). Des lignées stables de toxoplasmes exprimant les protéines hybrides (échange des domaines N- et C- terminaux) fusionnées à leur extrémité C-terminale avec l'épitope du virus de l'influenza ont été obtenues. Les protéines chimériques N5T5C6-HA9, N6T5C5-HA9 et N6T5C6-HA9 se comportent comme des protéines membranaires dans la VP. L'analyse de leur trafic intravacuolaire, 10 minutes après l'invasion cellulaire, a révélé que seule, la protéine N6T5C6-HA9 se comporte comme GRA6 en transitant par la partie postérieure du parasite. Les protéines N5T5C6-HA9, N6T5C5-HA9 semblent se comporter comme la protéine RGA5. Ces résultats suggèrent l'intervention des domaines N-et C-terminaux de GRA6 lors de son accumulation postérieure dans la VP

La Bonamiose, maladie due au protozaire Bonamia ostreae a été détectée en 1979 pour la première fois en Bretagne au cours d'épisodes de mortalité. Depuis, cette maladie s'est propagée à tous les centres ostréicoles français, puis européens. Une autre espèce, B. Sp. A été décrite en Nouvelle Zélande et en Australie. En outre, deux autres parasites ont été rapprochés du genre Bonamia. Il s'agit de Mikrocytos mackini qui affecte les huîtres creuses, Crassostrea gigas au Canada et M. Roughleyi qui affecte les huîtres sauvages en Australie, Saccostrea commercialis. Ces quatre parasites sont regroupés sous le nom " microcell ". Les caractérisations ultrastructurales et moléculaires de ces parasites ont été réalisées. Elles ont permis d'inclure les parasites B. Ostreae, B. Sp et M. Roughleyi dans le phylum des Haplosporidia. Une nouvelle espèce a été créée pour B. Sp. , B. Exitiosus. Des outils moléculaires de détection des genres B. Spp. Et M. Spp et d'identification d'espèces ont été mis au point (PCR, PCR-RFLP, Hybridation in situ). L'analyse en cytométrie en flux nous a permis de caractériser morphologiquement et fonctionnellement les effecteurs cellulaires des mécanismes de défense des huîtres plates, les hémocytes circulants. Trois types hémocytaires ont été décrits sur la base de leur taille et de leur granularité. La répartition hémocytaire indique que la population des cellules agranuleuses est majoritaire dans l'hémolymphe. Quatre lectines hétérologues ont permis de discriminer les populations granuleuses et agranuleuses. La mise au point de dosage d'activités cellulaires a permis d'évaluer pour chaque type cellulaire l'expression de six activités déterminantes dans les mécanismes post-phagocytaires. Ces activités sont majoritaires dans les granulocytes. Les grandes cellules agranuleuses et les petits hyalinocytes présentent les mêmes activités mais les taux d'expression sont plus faibles. Les résultats de phagocytose, in vitro, suggèrent que le parasite B. Ostreae intervient de manière active dans la phagocytose. Les résidus glycosylés présents sur la membrane cytoplasmique du parasite sont identiques à ceux présents à la surface des granulocytes suggérant un rôle important des lectines dans les phénomènes de reconnaissance et d'internalisation. Afin de rechercher d'éventuelles relations entre ces paramètres et la résistance à la Bonamiose, différentes populations d'huîtres sensibles et sélectionnées ont été comparées. L'étude a permis de mettre en évidence une corrélation entre l'expression des estérases des grandes cellules agranuleuses et la résistance à la Bonamiose. Ces paramètres pourront servir de critère de sélection dans les programmes d'amélioration génétique.

Selon le dernier rapport de l’EFSA-ECDC (EFSA Journal 2014), les parasites se classent en 8ème position des agents étiologiques impliqués dans les épidémies d’origine alimentaire reportées en 2012 en Europe. Par ailleurs, un récent rapport de l’OMS et la FAO (2014) classe Toxoplasma gondii en première position des parasites protozoaires à considérer dans le domaine alimentaire, suivi de Cryptosporidium spp et Giardia duodenalis. Les oocystes de T. gondii et Cryptosporidium spp et les kystes de G. duodenalis sont des formes très résistantes excrétées en très grande quantité dans les selles des individus malades. Lorsqu’ils se retrouvent dans l’environnement, ils peuvent y persister longtemps et contaminer certaines matrices alimentaires (végétaux et mollusques) lors de leur production primaire. A l’heure actuelle, en l’absence de méthodes d’analyse standardisées dans les aliments pour ces 3 parasites, peu de données de prévalence sont disponibles dans la littérature et les épidémies d’origine alimentaire restent négligées. Pour combler ce manque, une norme pour la détection/quantification des kystes de G. duodenalis et des oocystes de Cryptosporidium spp. dans les végétaux à feuilles vertes et fruits rouges à baies par microscopie à fluorescence est en cours de rédaction (ISO 18744). Des approches moléculaires, plus compatibles avec l’analyse de routine ont été développées par ACTALIA et l’équipe PROTAL pour détecter les 3 parasites simultanément sur des matrices végétales (Protofood, ANR-09-ALIA-009). Cependant, quelque soit la méthode de détection utilisée, elle met en évidence les parasites vivants et morts. Or, seul un parasite viable pourra être infectieux et donc potentiellement provoquer une maladie. A l’heure actuelle, les modèles in vivo constituent la méthode de choix pour évaluer l’infectiosité de manière précise, sensible et quantitative. Ils sont en revanche coûteux, lourds à mettre en œuvre et présentent un délai de réponse de plusieurs jours voire semaines qui n’est pas compatible avec les attentes des professionnels de l’agroalimentaire. L’objectif de la thèse est de développer des méthodes moléculaires pour caractériser la viabilité des 3 protozoaires dans des matrices alimentaires et disposer d’un outil permettant l’évaluation du risque lié à la détection de ces dangers dans les aliments. Ces méthodes seront comparées à celles qui permettent de mesurer l’infectiosité. Elles seront ensuite mises en œuvre pour évaluer leur potentiel pour déterminer l’efficacité d’inactivation de traitements technologiques sur des matrices alimentaires
In the latest report from EFSA-ECDC (EFSA Journal 2014), parasites are ranked in the 8th position of the etiological agents involved in foodborne outbreaks reported in Europe in 2012. Moreover, in a recent report from the WHO and FAO (2014), Toxoplasma gondii is designated as the first protozoan parasite to be considered in the food domain, followed by Cryptosporidium spp. and Giardia duodenalis. Oocysts of T. gondii and Cryptosporidium spp., and cysts of G. duodenalis are excreted in big quantity by infected hosts and are particularly resistant. Consequently they can be found in the environment during long period and contaminate food matrices (vegetables and molluscs) during primary production. For now, since there are no standard methods to detect these 3 parasites in food samples, only few occurrence data are available and foodborne outbreaks remain neglected. To fill this gap, an ISO standard which describes a method for the detection and quantification of Cryptosporidium and Giardia in green leafy vegetables and red berries fruit by fluorescence microscopy is being draft (ISO 18744). Molecular approaches which are more suitable for routine analyses were developed by ACTALIA and PROTAL to simultaneously detect the 3 parasites in vegetable matrices (Protofood, ANR-09-ALIA-009). Nevertheless, whatever the used detection method, it highlights alive and dead parasites. But solely a living parasite can be infectious and induce pathology. For the moment, animal models are the favorite method to quantitatively evaluate infectivity with accuracy and sensitivity. However they are costly, heavy to implement and display a long time-to-result (from days to weeks) which does not fit with the agro-industrial needs. The objective of the thesis is to develop molecular methods to characterize the viability of the three protozoa in food matrices in order to have a tool allowing risk assessment in food safety. These methods will be compared to infectivity measurement methods. Then they will be implemented to evaluate their potential to determine the efficiency of technological treatments to inactivate protozoa in food matrices

Toxoplasma goondi est un protozoaire parasite intracelulaire responsable de la toxoplasmose. L'invasion de la cellule hote semble impliquer des organites particuliers localises a la partie apicale des organismes infectieux (tachyzoites). Le fractionnement subcellulaire de tachyzoites de toxoplasma gondii et l'ultracentrifugation en gradient de densite ont permis d'obtenir une fraction fortement enrichie en rhoptries et legerement contaminee par les granules denses. Cette fraction d'organites a ete utilisee pour produire un immunserum de lapin et des anticorps monoclonaux de souris. Les principaux composants proteiques des rhoptries et des granules denses du toxoplasme ont ete analyses par electrophorese mono et bidimensionnelle et immunoempreinte. Les immunodetections ultrastructurales suggerent l'existence de deux types distincts de phenomenes: 1#o) secretion du contenu de rhoptries dans la membrane de la vacuole parasitophore, intervenant precocement lors de l'invasion de la cellule hote par le parasite. 2#o) exocytose du contenu des granules denses dans le reseau tubulaire intravacuolaire, se produisant plus tardivement, apres installation du toxoplasme a l'interieur de la cellule hote. Des experiences preliminaires ont ete realisees pour rechercher des activites enzymatiques dans la fraction rhoptries granules denses: des phosphatases acide et alcaline et des proteases ont ainsi ete identifiees

Caractérisation moléculaire et fonctionnelle de la jonction mobile contrôlant l'invasion de la cellule hôte par Toxoplasma gondii. Les apicomplexes sont des parasites eucaryotes responsables d'infections humaines et animales, dont le paludisme et la toxoplasmose. La plupart sont des parasites intracellulaires obligatoires ; l'entrée dans la cellule hôte est donc un évènement crucial dans leur cycle de développement. Ce processus, conservé au sein du phylum, implique la sécrétion séquentielle du contenu de deux organites : les micronèmes et les rhoptries. Lors de l'invasion, le parasite établit un contact étroit entre son extrêmité apicale et la membrane plasmique de la cellule hôte, appelé la jonction mobile (JM). La JM est un point d'ancrage à la cellule hôte qui est initié chez Toxoplasma par la sécrétion de protéines du col des rhoptries appelées TgRON2/RON4/RON5/RON8 (complexe de RONs). Ces protéines sont sécrétées dans la cellule hôte et TgRON2 est insérée dans la membrane de la cellule hôte. TgRON2 peut servir de récepteur à la protéine TgAMA1 (Apical Membrane Antigen 1) qui est une protéine de micronèmes sécrétée à la surface du parasite durant l'invasion. L'interaction AMA1-RON2 est également conservée chez Plasmodium, mais il n'existe pas de réactivité croisée entre espèces d'apicomplexes. La résolution de la structure de la protéine recombinante TgAMA1 en complexe avec un peptide TgRON2 nous a permis de déterminer des résidus critiques à l'interaction entre ces deux protéines in vitro et à l'invasion du parasite in vivo, et de définir les bases structurales de la spécificité intra-espèce de l'interaction AMA1-RON2. Par l'obtention d'une souche dépourvue de TgAMA1, nous montrons qu'AMA1 n'est pas essentielle à la survie du toxoplasme, comme il avait été supposé depuis longtemps. Nous confirmons le rôle clé de cette protéine dans l'invasion et la formation de la JM. Les mutants dépourvus d'AMA1 sont capables d'insérer le complexe de RONs dans la cellule hôte mais se détachent plus fréquemment, entrainant des invasions abortives. L'invasion résiduelle observée en absence d'AMA1 pourrait impliquer des protéines homologues à TgAMA1, TgRON2 et TgRON4, dont nous avons entamé la caractérisation moléculaire et fonctionnelle.Mot-clés : Apicomplexes, Toxoplasma gondii, invasion, jonction mobile, micronèmes, rhoptries
Molecular and functional characterisation of the moving junction controlling host cell invasion by Toxoplasma gondiiAbstract:Apicomplexa are eukaryotic parasites responsible for a variety of human and animal diseases, including malaria or toxoplasmosis. Most of them have an obligatory intracellular stage; thus, the invasive process is a crucial step in their developmental cycle. It implies the sequential secretion of two organelles: micronemes and rhoptries. During invasion, the parasite establishes a structure called the moving junction (MJ), which is a close apposition between the apical end and the plasma membrane of host cell. The MJ is an anchoring point for invasion that is initiated in Toxoplasma by the secretion of rhoptry neck proteins named TgRON2/RON4/RON5/RON8 (the RONs complex). These proteins are exported to the host cell cytoplasm and TgRON2 spans the host cell membrane. There, TgRON2 will function as a receptor to Apical Membrane antigen 1 (TgAMA1), which is a micronemal protein displayed on the surface of the parasite during the invasion process. The AMA1-RON2 interaction is conserved in Plasmodium but there is no interspecies cross-binding.We have determined the structure of a TgAMA1 recombinant protein in complex with a TgRON2 peptide, which allowed us to determine which residues are critical for the interaction between both proteins in vitro and for parasite invasion in vivo. Moreover, the co-structure explains at the structural level the evolutionary constraint of the AMA1-RON2 interaction. By generating an AMA1 null strain in T. gondii, we demonstrate that TgAMA1 is not an essential gene, as claimed before. We confirm the importance of AMA1 in invasion and its key role in MJ formation. AMA1 null parasites insert the RON complex into the host cell but are more frequently detached from it, causing abortive invasions. The residual invasion might involve proteins homologous to TgAMA1, TgRON2 and TgRON4, for which the molecular and functional characterization is undertaken.Keywords: Apicomplexes, Toxoplasma gondii, invasion, moving junction, micronemes, rhoptries

Les Apicomplexa sont des parasites eucaryotes intracellulaires obligatoires responsables d'infections humaines et animales, dont le paludisme et la toxoplasmose. Leur entrée dans la cellule hôte (CH) est un événement crucial et conservé. Elle implique la sécrétion séquentielle du contenu de deux organites: les micronèmes et les rhoptries. Les protéines de micronèmes interviennent dans la motilité parasitaire et l'attachement à la CH, celles des rhoptries dans la formation de la vacuole parasitophore dans laquelle le parasite se développe. Lors de l'invasion, celui-ci établit une jonction étroite entre son extrémité apicale et la membrane plasmique de la CH, appelée la jonction mobile (JM). Cette structure en forme d'anneau migre le long du parasite pendant l'invasion et assure l'ancrage du mécanisme. Nous avons caractérisé pour la première fois chez Toxoplasma gondii, une protéine (RON4) sécrétée à partir du col des rhoptries, localisée à la JM, appartenant à un complexe protéique
Apicomplexan are obligatory intracellular eukaryotic parasites responsibles for human and animal infections, including malaria and toxoplasmosis. Their host cell (HC) entry is a crucial and conserved event. It involves sequential secretion of the content of two organelles: micronèmes and rhoptries. Micronemes proteins are involved in gliding motility and HC attachment, whereas rhoptries proteins contribute to the formation of the parasitophorous vacuole (PV) in which the parasite multiply. During invasion, a close apposition between the parasite and the HC membrane is formed, that is called moving junction (MJ). It is a ring-like structure which moves backward along the parasite during invasion and which ensures the anchoring of the mechanism. We have characterized for the first time in Toxoplasma gondii, a protein (RON4) secreted from the rhoptry neck, localized at the MJ, belonging to a protein complex

L'interaction in vitro des sporozoites d'eimeria falciformis var. Pragensis et des cellules phagocytaires, macrophages et neutrophiles prelevees du peritoine des souris indemnes ou infectees, est etudiee. Une activite anticoccidienne, lyse intracellulaire des sporozoites par les macrophages, ou extracellulaire par les polymorphonucleaires neutrophiles, est demontree. Dans le systeme des macrophages, cette activite n'est observee, ni en presence du serum immun decomplemente, ni avec des macrophages appartenant a des souris vierges. Cependant, elle est obtenue avec des macrophages immuns d'une part ou normaux mais pretraites par du milieu conditionne ou certaines cytokines (rifn , gm-csf, rifn , tnf) d'autre part. Un pretraitement de ces macrophages par la chloroquine inhibe la digestion des parasites et conduit a leur accumulation dans les cellules. Des experiences d'immunoadsorption montrent que les anticorps actifs dans ce systeme sont des igg2a. Dans le systeme des neutrophiles (e/t>2/1), la lyse est observee apres 6 heures d'incubation. Elle depend de la presence des cations mg#2#+ et ca#2#+ dans le milieu. Des experiences d'inhibition de la fonction de ces cellules par la dexamethasone ou l'inhibition des mecanismes de la lyse par differents agents ont montre que l'activite anticoccidienne des pmn est reelle et qu'elle fait intervenir des anions peroxides et des secretions enzymatiques. Deux acmo c20-3 (igg2a), d14-5 (igg1) sont actifs dans les deux systemes. Ces acmo reconnaissent les memes proteines de 27-30 kda. Celles-ci seront purifiees, injectees a des animaux hotes afin de determiner leur capacite de protection contre les infections ulterieures

Toxoplasma gondii, Neospora caninum et Plasmodium falciparum sont des parasites protozoaires intracellulaires obligatoires, respectivement responsables de la toxoplasmose, de la néosporose et du paludisme. Les différents traitements mis en œuvre reposent sur une association médicamenteuse. Cependant, des échecs thérapeutiques et des résistances aux traitements ont été décrits. Notre travail a porté sur l’identification de molécules actives isolées par Chomatographie de Partage Centrifuge (CPC) à partir d’extraits d’écorces d’Anogeissus leiocarpus, un arbre d’Afrique de l’ouest connu pour son activité antipaludique, et de dix arbres de la région Champagne-Ardenne. Nous nous sommes penchés, dans un premier temps, sur l’activité antiparasitaire des fractions obtenues à partir d’extrait d’écorce d’A. leiocarpus. La trachélospérogénine E et l’extrait global sans tanin se sont révélés actifs, notamment en inhibant l’invasion des cellules hôtes par T. gondii. Cet extrait a également préservé la survie des souris atteintes de toxoplasmose chronique. Les mêmes composés naturels ont eu un effet contre N. caninum et P. falciparum. Dans une seconde partie, 30 extraits d’écorces de dix arbres de la région Champagne-Ardenne ont été testés sur T. gondii et N. caninum. Les composés responsables de l’activité antiparasitaire présents chez Alnus glutinosa semblent être la bétuline et ses dérivés. Dans la dernière partie, nous nous sommes intéressés à l’activité de 400 molécules de synthèse de la Pathogen Box. Huit d’entre elles ont eu un effet significatif contre T. gondii, dont trois avec une sélectivité importante. Des expérimentations sont toutefois à réaliser pour N. caninum
Toxoplasma gondii, Neospora caninum and Plasmodium falciparum are mandatory intracellular protozoan parasites and are responsible for toxoplasmosis, neosporosis and malaria, respectively. The different treatments used are based on drug combination. However therapeutic failures and drug resistances have been described. Our work focused on the identification of active compounds isolated by Centrifugal Partition Chromatography (CPC) from crude barks extracts from Anogeissus leiocarpus, a West African tree known for its antimalarial activity, and ten trees from the Champagne-Ardenne region. First we studied the activity of the fractions obtained from the crude bark extract from A. leiocarpus. Trachelosperogenin E and the global extract without tannin showed a good activity by inhibiting host cell invasion by T. gondii. The latter was able to preserve mice survival toward chronic toxoplasmosis. These extracts were also active on N. caninum and P. falciparum. In a second part 30 crude barks extracts from ten trees located in the Champagne-Ardenne region were screened on T. gondii and N. caninum. Compounds responsible for the antiparasitic activity found in Alnus glutinosa were especially betulin and its derivatives. In the last part of this study we focused on the antiparasitic activity of 400 synthetic molecules from the Pathogen Box. Eight out of them were significantly efficient against T. gondii, among which three showed an important selectivity. Further experiments must be completed in the case of N. caninum

Afin de situer le role d'hexamita nelsoni au sein de la pathologie des huitres, l'etude de la cytologie et de la biologie du parasite ainsi que celle des relations avec son hote et l'environnement sont entreprises

Les systèmes marins côtiers sont généralement discontinus et constitués d’une mosaïque de paysages sous-marins différents, créant ainsi des distributions parfois très fragmentées chez les espèces qui les colonisent. Les espèces marines côtières sont donc structurées en réseaux de populations connectées entre elles via la dispersion larvaire. Comprendre le fonctionnement et la connectivité entre les populations d’une espèce est indispensable pour adapter les stratégies de conservation. La grande nacre, Pinna nobilis, est une espèce endémique de la mer Méditerranée qui fait aujourd’hui face à une crise majeure qui menace sa survie. Depuis Octobre 2016, des mortalités de masse sont signalées sur ses populations, à travers toutes la mer Méditerranée, causées par un protozoaire parasite, Haplosporidium pinnae. Il s’agit d’un évènement sans précédent, que ce soit par le taux de mortalité (près de 100 %) ou la vitesse de propagation, et qui pourrait conduire à l’extinction de l’espèce. En se focalisant sur le littoral Occitan, cette thèse apporte des connaissances sur la biologie et l’écologie de l’espèce mais aussi sur son fonctionnement et les processus qui permettent le maintien de ses populations afin de proposer des priorités de conservation. Ainsi, nous avons mis en évidence la diversité d’habitats colonisés par l’espèce ainsi que l’importance des lagunes car elles abritent près de 90 % des grandes nacres, sur le littoral Occitan, et semblent servir d’habitat refuge à l’espèce en limitant l’infestation par le parasite. A l’aide de marqueurs microsatellites nouvellement développés, nous avons montré une structure génétique très homogène sur toute la côte, ce qui implique un certain niveau de connectivité et laisse penser qu’une grande partie de la diversité génétique de l’espèce reste préservée dans les lagunes. En se focalisant sur la population de la baie de Peyrefite, dans la Réserve Naturelle Marine de Cerbère-Banyuls, et grâce à une analyse de parenté, nous avons apporté des connaissances sur la dynamique démographique et les processus de repeuplement de l’espèce. L’ensemble de cette thèse permet de définir des recommandations qui seront utiles à la mise en place de mesures de conservation adaptées, indispensables pour la survie de l’espèce
In marine systems, coastal environments are viewed as discontinuous and made up of a mosaic of diversified seascapes, leading to highly fragmented species distributions. Coastal marine species are thus structured in networks of populations that are connected to each other through larval dispersal. Understanding functioning and connectivity patterns between populations of a given species is essential to adapt conservation strategies. The fan mussel, Pinna nobilis, endemic to the Mediterranean Sea, is facing today a major crisis threatening its survival. Starting in October 2016, mass mortalities caused by the protozoan parasite Haplosporidium pinnae have been reported through the entire Mediterranean Sea. This is an unprecedented situation for which neither the mortality rates (around 100%) nor the speed of propagation have ever been recorded for a marine species, and it could lead to the potential extinction of P. nobilis. By focusing on the Occitan coast, this work provides knowledge on the biology and ecology of the species but also on the processes which allow the replenishment of its populations in order to suggest priorities for conservation. We highlighted the wide diversity of habitats colonized by the species and the importance of lagoons as they shelter 90 % of fan mussels recorded on the Occitan coast, and seem to provide natural refuge as only the lagoon populations remain unaffected by H. pinnae. Using newly developed microsatellite markers, we highlighted a very homogeneous genetic structure over the entire coast, which implies some connectivity and suggests that most of the genetic diversity of the species remains preserved in the lagoons. By focusing on the population of Peyrefite Bay, in the Marine Protected Area of Cerbère-Banyuls, through parentage analysis, we provided knowledge on the demographic dynamics and the repopulation processes of the species. Based on the present work, we defined recommendations that will help to design adapted conservation measures that will be essential for the survival of the species

The aim of this thesis was to provide a picture of the trypanosomosis and drug resistance prevalence in Eastern Province of Zambia, to understand the underlying factors of drug resistance (drug use habits), to improve the diagnosis of trypanosomosis in livestock and finally, to improve the diagnosis of isometamidium resistance in T.congolense. After an introductory part where available trypanosomosis and trypanocide resistance diagnostic methods are described and discussed, the body of the thesis is divided in two main sections. In the first section are presented the results of a cross-sectional and a longitudinal epidemiological survey describing the geographical distribution of trypanosomosis cases, of resistant isolates and of cattle treated with isometamidium chloride. The results of the monitoring of unsupervised treatments of cattle with isometamidium by farmers and veterinary assistants with the Isometamidium-ELISA technique are also presented. The second section describes the development of two new diagnostic methods, the first one allowing the diagnosis of trypanosome infections with high sensitivity and specificity through semi-nested polymerase chain reaction and restriction fragment length polymorphism. This is the first report of a pan-trypanosome PCR test (a single PCR test for the diagnosis of all important pathogenic trypanosomes of cattle). The second new method that was developed allows the diagnosis of isometamidium resistant T.congolense strains by PCR-RFLP. This is the first report of a PCR based diagnostic test of trypanocide resistance in T. congolense.

Doctorat en sciences, Spécialisation biologie moléculaire
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Les gastroentérites aiguës affectent chaque année entre un quart et la moitié des personnes dans le Monde. Elles sont causes de morbidité, de mortalité et de coûts de santé importants. Leur transmission directe ou indirecte via l’eau, les aliments, l’air ou les surfaces inertes dépend de leur étiologie (virale, bactérienne ou parasitaire) et du contexte local. Bogotá et sa région présentent plusieurs spécificités : des eaux usées rejetées en rivière souvent sans ou après seulement un traitement primaire, la mise en décharge des papiers toilettes, couches et protections souillés par les excréments, et une consommation de fruits et légumes faible et limitée à des produits bon marché irrigués par des eaux pouvant être contaminées fécalement. Notre thèse visait à évaluer les flux de certains pathogènes entériques de l’Homme dans l’environnement à proximité de Bogotá et à essayer de relier ces flux à la santé de la population.La thèse a associé trois contributions. Premièrement, une méthode de culture du norovirus humain a été mise au point en utilisant des villosités intestinales isolées de souris comme modèle cellulaire présentant toute la diversité des cellules épithéliales intestinales. Plusieurs concentrations en trypsine ont été testées pour activer les norovirus ; la méthode a été appliquée à des échantillons fécaux et environnementaux. Deuxièmement, les contaminations en E. coli et en pathogènes entériques de l’Homme ont été suivies dans des eaux (lixiviat de décharge, eau de ruissellement, rivière, eau d’irrigation, eau potable), des légumes-feuilles mangés crus (blettes) et l'air (au-dessus d’une décharge, en zone rurale, en zone urbaine) dans la région de Bogotá. Troisièmement, l’impact des contextes socioéconomiques et des pratiques individuelles (alimentation, hygiène et santé) sur les cas de gastroentérites aiguës a été testé à partir d’enquêtes réalisées dans un district de Bogotá et analysées par divers outils (analyse en composante principale, modélisation …).Nous avons montré que les villosités intestinales isolées de souris permettent l'infection et la réplication du norovirus humain. Le virus doit être activé avec de la trypsine et a un cycle réplicatif moyen de 10 h. Les villosités sont efficaces pour obtenir un matériel biologique abondant et sont idéales pour étudier l'activité biologique du norovirus ou générer des anticorps. Elles ont permis de voir des norovirus non détectés par méthode moléculaire dans certains excréments ou échantillons environnementaux ; les échantillons positifs par méthode moléculaire ou en immunodot-blot contenaient quasiment tous des norovirus infectieux. Au niveau régional, les rejets d'eaux usées dans les rivières Bogotá et Balsillas et dans le marais Tres Esquinas contaminent le réseau d'irrigation de La Ramada au nord-ouest de Bogotá en E. coli et potentiellement en pathogènes entériques de l’Homme. Les blettes récoltées dans cette zone étaient fortement contaminées, en contraste d’autres zones de culture. Leur contamination évoluait de leur production à leur achat dans les commerces de proximité, les lavages pouvant être contaminants ou décontaminants, les manipulations sur l’étal des marchands étant contaminantes. L’air était souvent contaminé par E. coli et par Shigella spp., sans pouvoir attribuer à la décharge Doña Juana un rôle particulier. La présence de Shigella spp. était observée parallèlement dans plus de la moitié des selles des personnes diarrhéiques. Les enquêtes réalisées ont montré que la fréquence annuelle des gastroentérites aiguës diminuait avec l’accroissement de l’âge des personnes ; elle semblait plus faible dans les foyers avec personnes âgées, peut-être en lien avec des pratiques plus strictes en matière d’hygiène, alimentaire notamment
Acute gastroenteritis affect between a quarter and a half of people in the World each year. They are responsible for significant morbidity, mortality and healthcare costs. Their direct or indirect transmissions via water, food, air or inert surfaces depend on their aetiology (viral, bacterial or parasitic) and the local context. Bogotá and its region have several specificities: wastewater are often discharged into rivers without or after primary treatment only, the deposit in landfill of toilet papers and diapers soiled by excrement, and the low consumption of fruits and vegetables largely restricted to a handful of relatively cheap products that may be irrigated by surface freshwaters heavily contaminated with faeces. Our PhD aimed to assess the fluxes of some human enteric pathogens in the region of Bogotá and to try to relate these fluxes to the population health. The PhD combined three contributions. First, a method for culturing the human norovirus has been developed using isolated mouse intestinal villi as a cell model exhibiting the full diversity of intestinal epithelial cells. Several concentrations of trypsin were tested to activate noroviruses; the method was applied to faecal and environmental samples. Second, contamination with E. coli and some human enteric pathogens was monitored in water (landfill leachate, runoff water, river, irrigation water, drinking water), leafy vegetables eaten raw (chards) and air (above a landfill, in rural areas, in urban areas) in the Bogotá region. Third, the impact of socioeconomic contexts and individual practices (food, hygiene and health) on cases of acute gastroenteritis was assessed from surveys carried out in one district of Bogotá and analysed by various tools (principal component analysis, modelling …). We have shown that mouse isolated intestinal villi allow the infection and replication of human norovirus. The virus has to be activated with trypsin and has an average replicative cycle of 10 h. Villi are efficient in obtaining abundant biological material and are ideal for studying the biological activity of norovirus or for generating antibodies. They made it possible to see infectious noroviruses not detected by molecular method in several faeces and environmental samples; almost all samples positive by molecular method or immunodot-blot contain infectious noroviruses. At the regional level, the discharges of wastewater in the Bogotá and Balsillas rivers and in Tres Esquinas march contaminate the irrigation network of La Ramada area in the northwest of Bogotá with E. coli and potentially human enteric pathogens. Chards harvested in this area were heavily contaminated, in contrast to other growing areas. Their contamination evolved from their production to their purchase in nearby stores, washings increasing or decreasing their contamination, and handling on the merchant's stalls increasing contamination. The air was often contaminated with E. coli and Shigella spp.; it was not possible to detect a particular contribution of the Doña Juana landfill in pathogen aerosolization. The presence of Shigella spp. was observed in parallel in more than half of the stools of people with diarrhoea. Surveys have shown that the annual frequency of acute gastroenteritis decreases with increasing age; it seemed less common in households with elderly people, possibly due to stricter food hygiene practices. A transmission model of acute gastroenteritis distinguishing contamination from outside the households and contaminations between people in the same households did not show significant differences between neighbourhoods. Used to simulate numerical experiments, it suggests working on much higher numbers of surveys
La gastroenteritis aguda afecta entre una cuarta parte y la mitad de las personas en el mundo cada año. Son responsables de importantes costos de morbilidad, mortalidad y asistencia sanitaria. Sus transmisiones directas o indirectas a través del agua, alimentos, aire o superficies inertes dependen de su etiología (viral, bacteriana o parasitaria) y del contexto local. Bogotá y su región aledaña tienen varias especificidades: las aguas residuales a menudo se vierten a los ríos sin o solo después de un tratamiento primario, el depósito de papel higiénico y pañales sucios con excrementos son dispuestos generalmente en un relleno sanitario, y el bajo consumo de frutas y verduras restringido en gran medida a un puñado de productos relativamente baratos pueden ser irrigados por aguas dulces superficiales muy contaminadas con excrementos. Nuestra tesis doctoral tuvo como objetivo evaluar los flujos de algunos patógenos entéricos humanos en la región de Bogotá y tratar de relacionar estos flujos con la salud de la población. El doctorado combinó tres contribuciones. En primer lugar, se desarrolló un método para cultivar el norovirus humano utilizando vellosidades intestinales aisladas de ratón como modelo celular que exhibe la diversidad completa de células epiteliales intestinales. Se probaron varias concentraciones de tripsina para activar norovirus; el método se aplicó a muestras fecales y ambientales. En segundo lugar, se evidenció la contaminación de E. coli y patógenos entéricos humanos en el agua (lixiviados de vertedero, agua de escorrentía, río, agua de riego, agua potable), vegetales de hoja que se comen crudos (acelgas) y aire (sobre un vertedero sanitario, así como en áreas rurales y urbanas) en la región de Bogotá. En tercer lugar, se evaluó el impacto de los contextos socioeconómicos y las prácticas individuales (alimentación, higiene y salud) frente a los casos de gastroenteritis aguda a partir de encuestas realizadas en una localidad de Bogotá y analizadas mediante diversas herramientas (análisis de componentes principales, modelización…). Con este doctorado, hemos demostrado que las vellosidades intestinales aisladas de ratón permiten la infección y la replicación del norovirus humano. El virus debe activarse con tripsina y tiene un ciclo replicativo promedio de 10 h. Las vellosidades son eficaces para obtener abundante material biológico y son ideales para estudiar la actividad biológica de los norovirus o para generar anticuerpos. Ellas permitieron ver norovirus infecciosos no detectados por método molecular en varias heces y muestras ambientales; casi todas las muestras positivas por método molecular o inmunodot-blot contienían norovirus infecciosos. A nivel regional, los vertidos de aguas residuales en los ríos Bogotá y Balsillas y en el humedal Tres Esquinas contaminan la red de riego La Ramada en el noroeste de Bogotá con E. coli y potencialmete con patógenos entéricos humanos. Las acelgas recolectadas en esta área resultaron muy contaminadas, a diferencia de otras áreas de cultivo. Su contaminación evolucionó desde la producción hasta su compra en las tiendas cercanas, los lavados aumentaron o disminuyeron su contaminación y la manipulación en los puestos de comercio aumentaron la contaminación. El aire a menudo estaba contaminado con E. coli y Shigella spp., sin poder atribuir al relleno sanitario Doña Juana un rol particular. A su vez la presencia de Shigella spp. se observó en paralelo en más de la mitad de las deposiciones de personas con diarrea. Las encuestas demostraron que la frecuencia anual de gastroenteritis aguda disminuye respecto al aumento en edad; parecía menos común en hogares con personas mayores, posiblemente debido a prácticas de higiene alimentaria más estrictas. Un modelo de transmisión de gastroenteritis aguda que distinguió la contaminación fuera de los hogares y las contaminaciones entre personas dentro de los mismos hogares no mostró diferencias significativas entre vecindarios