Academic literature on the topic 'Recombinación genética'

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Journal articles on the topic "Recombinación genética"

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Ortega Paredes, David, and Jeannete Zurita. "Integrones: plataformas bacterianas de recombinación genética y su influencia en la resistencia bacteriana." Revista Ecuatoriana de Medicina y Ciencias Biológicas 34, no. 1-2 (August 14, 2017): 167–85. http://dx.doi.org/10.26807/remcb.v34i1-2.242.

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Abstract:
La gran plasticidad de los genomas bacterianos ha permitido su adaptación frente a la presión selectiva ejercida por la terapia con antibióticos; esta versatilidad se encuentra mediada por elementos genéticos que permiten la reorganización de genes y la diseminación de determinantes de resistencia por transferencia horizontal. Dentro de este contexto, los integrones juegan un papel importante al ser plataformas de recombinación sitio-específica con capacidad de incorporar y expresar genes en casete. Se han descrito gran número de genes en casete con capacidad de conferir resistencia a diversas familias de antimicrobianos. Dichas estructuras genéticas pueden incorporarse en los integrones y formar colecciones de genes que confieren multiresistencia a antibióticos. Los integrones se encuentran frecuentemente asociados a estructuras genéticas móviles como plásmidos y transposones lo cual los convierte en actores fundamentales para la dispersión horizontal intra e interespecífica de genes. Muchos de los arreglos de genes en casete descritos en América del Sur se relacionan con resistencia a familias de antibióticos de amplio uso clínico como β-lactámicos, quinolonas y aminoglucósidos lo cual produce un marcado incremento en el fracaso terapéutico, al proporcionar a los patógenos bacterianos una combinación de genes de resistencia a los compuestos más empleados en el tratamiento de infecciones bacterianas.
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2

Alor, Néstor, Raquel Marquinez, and José Ignacio Ruiz de Galarreta. "MILDIU DE LA PATATA, UNA ENFERMEDAD EN EVOLUCIÓN." Ciencia & Desarrollo, no. 17 (April 26, 2019): 99–103. http://dx.doi.org/10.33326/26176033.2014.17.422.

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Abstract:
El Oomycete Phytophthora infestans (Mont) de Bary, causante del mildiu de la patata ha sufrido a lo largo de su historia diferentes etapas, que han afectado a su comportamiento y agresividad. La aparición en Europa en la década de los 70 del tipo sexual A2, acabó con 130 años de estabilidad genética del patógeno. La recombinación genética favoreció la aparición de nuevas cepas del patógeno, más adaptadas, capaces de vencer resistencias y tratamientos. El presente trabajo de investigación tiene por finalidad dar a conocer la metodología de prospección, aislamiento, identificación tanto a nivel fenotípico como molecular, y mantenimiento del patógeno P. infestans.
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3

Ruiz-Chutan, Jose Alejandro, Julio E. Berdúo-Sandoval, and Amilcar Sánchez-Pérez. "Diversidad genética de aislados de Phytophthora infestans colectados en zonas productoras de papa y tomate de Guatemala." Ciencia, Tecnologí­a y Salud 5, no. 2 (September 27, 2018): 151–61. http://dx.doi.org/10.36829/63cts.v5i2.489.

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Abstract:
Phytophthora infestans (Mont) DeBary es el agente causal de la enfermedad conocida como tizón tardío, la cual ha sido catalogada como la enfermedad de plantas más devastadora reportada en la historia de la humanidad. Este patógeno afecta plantas de importancia económica de la familia Solanaceae, como el tomate y la papa. P. infestans es un oomicete heterotálico y necesita de dos tipos de apareamiento, A1 y A2, para presentar una reproducción sexual, la cual es la principal vía por la que este patógeno incrementa su grado de diversidad, a través de una recombinación de su material genético, que representa el mayor desafío para el manejo de la enfermedad. Este estudio determinó el nivel de variabilidad genética, a través del marcador molecular amplified fragment length polymorphism (AFLP), de 22 aislados de P. infestans colectados en diferentes zonas productoras de papa y tomate. Con el perfil de bandas generado por el marcador molecular, se realizó un análisis cluster creando un dendograma de tipo unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA), con el índice de Dice, mediante una matriz de distancias genéticas. Los aislados fueron situados en tres grupos principales, los cuales responden al lugar de procedencia y al tipo de planta hospedera.
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4

Moedano-Mariano, Magda K., Julio Huerta-Espino, Susanne Dreisigacker, Héctor E. Villaseñor-Mir, Amalio Santacruz-Varela, Ricardo Lobato-Ortiz, and Ignacio Benítez-Riquelme. "RELACIÓN ENTRE EL GEN Lr67 DE RESISTENCIA A ROYA DE LA HOJA Y EL GEN Rht-D1 DE ENANISMO DEL TRIGO." Revista Fitotecnia Mexicana 43, no. 2 (June 24, 2020): 143. http://dx.doi.org/10.35196/rfm.2020.2.143.

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Abstract:
El gen Lr67, localizado en el cromosoma 4D, confiere resistencia a la roya de la hoja causada por Puccinia triticina E. Este gen fue común en las variedades de trigo (Triticum spp.) de porte alto liberadas en México hasta antes de 1960, no así en las variedades semienanas liberadas desde esa fecha hasta el presente. Las variedades semienanas de trigo liberadas en México poseen ya sea el gen de enanismo Rht-B1 localizado en el cromosoma 4B o el gen Rht-D1 localizado en el cromosoma 4D. Con el fin de investigar si existe algún impedimento genético para conjuntar los genes Lr67 y Rht-D1 en la misma variedad de trigo, se caracterizó genotípicamente la F3 de la cruza entre la variedad Nasma que posee el gen Rht-D1 con la variedad Marroqui 588 poseedora del gen Lr67. Mediante pruebas de ji-cuadrada y marcadores moleculares de diagnóstico, se encontró que la distancia genética entre ambos genes es de 23.6 cM con análisis de ligamiento y de 27.6 cM con análisis molecular. Estas distancias son suficientemente grandes para que exista recombinación genética, por lo que no hay ningún impedimento genético para obtener genotipos recombinantes que combinen el gen de resistencia a roya de la hoja (Lr67) con el gen de porte bajo de planta (Rht-D1), mismos que en los progenitores se encuentran en fase de repulsión.
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Osorio Pérez, Adriana, and Lenin Arias Rodriguez. "LOS ESPERMATOZOIDES DE LOS PECES." Kuxulkab 26, no. 54 (September 3, 2019): 41. http://dx.doi.org/10.19136/kuxulkab.a26n54.2942.

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Abstract:
El conocimiento sobre los espermatozoides en peces sigue siendo un tema de amplio interés para varias áreas de ciencia básica y aplicada, en la que está implicado el desarrollo de las células espermáticas desde la espermatogonia hasta el espermatozoide maduro. Los estadios del desarrollo, que experimentan las espermatogonias hasta diferenciarse en espermatozoides maduros, también implican durante la meiosis I y meiosis II, aspectos de tipo genético que están vinculados a la recombinación y la diversidad genética de las poblaciones naturales. El origen de poblaciones de células espermáticas poliploides, están ligadas a disfunciones durante la meiosis. Es por ello que es importante conocer detalladamente todas las etapas del ciclo celular en mitosis y meiosis que conllevan a desarrollar gametos normales o anormales. El desarrollo de protocolos novedosos, ayudaran en un futuro cercano a comprender varios aspectos del desarrollo espermático de los peces que aún continúan como una incógnita de interés en ciencia básica y aplicada.
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Sprockel, John Jaime, and Wilson Alzate. "Aplicación de la computación evolutiva en el diagnóstico del infarto agudo del miocardio: Hospital de San José, Bogotá DC, Colombia. 2012." Revista Repertorio de Medicina y Cirugía 23, no. 3 (September 1, 2014): 199–203. http://dx.doi.org/10.31260/repertmedcir.v23.n3.2014.709.

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Abstract:
La evaluación de los pacientes con dolor torácico representa un reto para los profesionales de la salud, al ser el infarto cardíaco fuente importante de muertes en el mundo. Se presenta un algoritmo genético (AG) para seleccionar el mejor conjunto de reglas que puedan soportar su diagnóstico. Los individuos fueron representados como una combinación de 17 operaciones lógicas OR o AND (determinados como 1 ó 0) que relacionaban las 18 variables de la escala de Braunwald. Se seleccionó una población de 200 individuos y a partir de ellos se generaron 200 hijos por recombinación y mutación (95% y 5% de probabilidad respectiva), durante 200 iteraciones (generaciones). La función de correspondencia fitness fue calculada a partir de la evaluación del fenotipo de cada individuo en el conjunto de entrenamiento (119 pacientes). Tras validar las reglas resultantes en el conjunto de pruebas (40 pacientes) se alcanzó una precisión del 85% en el diagnóstico. Este resultado es parecido al desempeño de los médicos de urgencias y podría servir de apoyo en el diagnóstico diferencial del síndrome coronario agudo. Abreviaturas: CE, computación evolutiva; SCA, síndrome coronario agudo; AG, algoritmo genético; PG, programación y genética.
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Rojas Vergara, Patricio, Sandra Perret, and María Paz Molina Brand. "Ensayos de hibridación artificial OSP en Eucalyptus globulus y E. camaldulensis con especies tolerantes al déficit hídrico = Pollination trials using OSP technique on Eucalyptus globulus and E. camaldulensis with drought resistant Eucalyptus species." Ciencia & Investigación Forestal 13, no. 2 (July 9, 2007): 311–24. http://dx.doi.org/10.52904/0718-4646.2007.285.

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Abstract:
Aunque existen herramientas biotecnológicas para la recombinación genética entre especies, de alta tecnología, como fusión de protoplastos, transferencia de genes y otras, éstas son de elevado costo y requieren de equipamiento altamente tecnológico, entre otros aspectos. Por ello se ha propuesto una tecnología de hibridación artificial más apropiada a los recursos existentes en la zona semiárida de Chile, por su bajo costo y factibilidad de implementación. El presente trabajo resume los resultados obtenidos con la aplicación de la polinización en una sola visita (one stop pollination) en madres de Eucalyptus globulus y Eucalyptus camaldulensis para la generación de semillas híbridas. La semilla obtenida de los cruzamientos será probada en ensayos de progenies híbridas y también empleada como plantas madres para su propagación clonal y posterior uso en programas operacionales de plantación.
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Nájera, Guillermo Castañón, and Luis Latournerie Moreno. "Comportamiento de familias S1 de maíz en distintos pH del suelo." Bragantia 63, no. 1 (2004): 63–72. http://dx.doi.org/10.1590/s0006-87052004000100007.

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Abstract:
La investigación se realizó en tres localidades del Estado de Veracruz, México, durante primavera-verano de 1997. Los objetivos del trabajo fueron medir la respuesta de familias S1 de maíz (Zea mays L.) en localidades con y sin problemas de acidez del suelo, estimar parámetros genéticos en tales familias, y seleccionar familias S1 con base en su comportamiento medio. Se evaluaron 129 familias S1 derivadas de la población de maíz SA-6 del Centro Internacional de Mejoramiento de Maíz y Trigo (CIMMYT) en dos repeticiones por ambiente. Se midieron la floración masculina (FM), la floración femenina (FF), la altura de planta (AP), la altura de mazorca (AM), la sincronía de la floración (ASI), la prolificidad (PRO), el número de mazorcas podridas (MP) y el rendimiento de grano (RG). Se encontraron diferencias entre localidades (L), familias (F) y localidades x familias (L x F) en todos los caracteres estudiados. Las variables medidas fueron más afectadas en el CEPAP (suelo ácido), que en el CBTA # 36 (suelo ligeramente ácido) y CECOT (suelo normal). Los valores de heredabilidad fueron altos: AP (0,65), AM (0,65), RG (0,58) y FM (0,52). Las estimaciones de los límites inferior y superior de los intervalos de confianza para la heredabilidad de cada una de las variables estudiadas fueron diferentes de cero. Los mayores coeficientes de variación genética (CV) fueron observados para RG (18,29%) y MP (20,95 %). Las familias seleccionadas superaron a la media de la población en seis variables, por lo que mediante recombinación de ellas puede continuarse mejorando la población y para tolerancia a la acidez del suelo.
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Linhares, A. C., Y. B. Gabbay, J. D. P. Mascarenhas, R. B. de Freitas, C. S. Oliveira, N. Bellesi, T. A. F. Monteiro, Zéa Lins-Lainson, F. L. P. Ramos, and S. A. Valente. "Inmunogenicidad, inocuidad y eficacia de una vacuna tetravalente obtenida por recombinación genética de rotavirus aislados de monos rhesus y seres humanos en Belém, Brasil." Revista Panamericana de Salud Pública 3, no. 5 (May 1998): 326–36. http://dx.doi.org/10.1590/s1020-49891998000500007.

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Martínez Cruz, Eliel, Espitia Rangel Eduardo, Héctor Eduardo Villaseñor Mir, René Hortelano Santa Rosa, María Florencia Rodríguez García, and Roberto Javier Peña Bautista. "Las combinaciones de gluteninas de los loci Glu-1 y Glu-3 y la calidad de la masa en trigo harinero." Revista Mexicana de Ciencias Agrícolas 4, no. 8 (April 23, 2018): 1139–49. http://dx.doi.org/10.29312/remexca.v4i8.1128.

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Abstract:
Se estudió el efecto de las combinaciones de gluteninas de alto peso molecular (GAPM) y gluteninas de bajo peso molecular (GBPM) sobre la calidad (fuerza y extensibilidad) de la masa. Se utilizaron tres grupos de 98 líneas, derivadas de Verano S91 x Salamanca S75, Verano S91 x Gálvez M87 y Rebeca F2000 x Bacanora T88. Las variables evaluadas fueron: tiempo y estabilidad al amasado, tolerancia al sobre amasado, fuerza de la masa y la relación tenacidad/ extensibilidad. Las GAPM y GBPM Se identificaron mediante electroforesis en geles de poliacrilamida. En Verano S91 x Salamanca S75, las GAPM 2*, 17+18, 2+12 combinadasconlasGBPMe,g?,b;c,h,byc,g?,bse asociaron con masas de mayor fuerza respecto a 2*, 17+18, 2+12, e, h, b. En Verano S91 x Gálvez M87, 2*, 17+18, 2+12, e, h, c; 1, 17+18, 2+12, b, h, c y 1, 17+18, 2+12, b, h, b presentaron gluten medio fuerte y extensible. En Rebeca F2000 x Bacanora T88, 2*, 7+9, 5+10, c. g, b y 1, 17+18, 5+10, c, g, b mostraron gluten fuerte y extensible, contrario a lo expresado por 2*, 7+9, 5+10, c. j, b. Lo anterior indica que mediante la recombinación genética se pueden generar y seleccionar combinaciones de GAPM y GBPM que se asocian a valores específicos de fuerza y extensibilidad y consecuentemente definen la calidad del producto final.
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Dissertations / Theses on the topic "Recombinación genética"

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Sanglas, Baulenas Ariadna. "Nous marcadors moleculars per resoldre les espècies del gènere Aeromonas." Doctoral thesis, Universitat de Barcelona, 2015. http://hdl.handle.net/10803/305621.

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Abstract:
En aquesta tesi doctoral s’ha analitzat la utilitat dels gens malat deshidrogenasa (mdh)i recombinasa A (recA) com a marcadors moleculars per a la construcció de filogènies fiables del gènere Aeromonas. Les dades obtingudes han permès l’obtenció, mitjançant mètodes de màxima versemblança (ML) i d’inferència bayesiana (IB), de filogènies amb un alt suport estadístic en la majoria dels nodes dels arbres obtinguts, indicant que els arbres construïts a partir de les seqüències d’aquests gens són robusts. Com a resultat d’aquesta anàlisi, s’han reclassificat algunes soques mal identificades, s’ha detectat un fragment recombinant en 4 soques d’A.bestiarum, del qual s’ha pogut identificar l’inici i final, així com el parental recombinant del que molt probablement deriva aquest segment, i s’ha determinat el possible efecte d’aquest esdeveniment de recombinació a l’estructura i funció de la proteïna RecA. A partir de les filogènies obtingudes i utilitzant un punt de calibratge extern, s’ha determinat l’origen de l’ancestre comú d’Aeromonas i dels diferents llinatges d’aquest gènere bacterià. A més, s’ha pogut establir a partir de diferents aproximacions, el model de diversificació seguit al llarg dels anys en que Aeromonas ha estat evolucionant, així com la seva taxa de diversificació (nombre d’espècies/milió d’anys). Finalment, s’ha comparat l’evolució seguida per Aeromonas, des del seu origen fins a l’actualitat, amb la de totes les espècies animals. Els resultats suggereixen, que des de la gran extinció del Permià-Triàsic, Aeromonas hauria evolucionat paral·lelament a l’augment del nombre dels gèneres animals. L’explosiva proliferació d’organismes multicel·lulars i la seva decisiva influència en l’estructura i funció dels ecosistemes va proporcionar un nou univers de nínxols ecològics potencials pels llinatges bacterians presents. La bona correlació observada entre el nombre de gèneres animals i la diversificació d’Aeromonas en els darrers 250 Ma, podria ser explicada per la colonització d’aquests nous nínxols.
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Garcia, Linares Carles. "Finding genes related to homologous recombination as modifiers of the number of dermal neurofibromas in neurofibromatosis type 1 patients / Estudi sobre la implicació dels gens de recombinació homòloga com a modificadors del nombre de neurofibromes dèrmics en pacients amb Neurofibromatosi tipus 1." Doctoral thesis, Universitat de Barcelona, 2012. http://hdl.handle.net/10803/97356.

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Abstract:
Neurofibromatosis type 1 patients present a high variability in their clinical expressivity. The most common manifestation is the appearance of dermal neurofibromas, benign tumors that arise in the peripheral nervous system. They appear at puberty and increase their number throughout life, with patients showing a great variation in their number, ranging from tens to thousands. The main objective of this thesis consisted in the identification of genes and variants influencing the number of dermal neurofibromas developed by NF1 patients. We centered our studies only to Schwann cells (neurofibromas develop due to a double inactivation of the NF1 gene, but only Schwann cells bear it), and the HR mechanism (HR has been found to be responsible for a high percentage of somatic NF1 inactivations in neurofibromas). In the first part of this project we characterized our cohort of 117 NF1 patients at clinical (age, sex, the number of dermal neurofibromas developed) and tumor molecular (estimating the LOH frequencies together with the identification of the mechanisms generating these LOHs) level. 23.7% of tumors showed LOH. 37% of tumors exhibited LOH due to deletion, and 63% due to HR. LOH frequencies were very variable, ranging from less than 10% to more than 50% of LOH. In addition, our studies suggested that patients with the highest rates of HR frequency showed the highest rates of nº of dNFs (with a p value close to significance). We developed the Microsatellite Multiplex PCR Analysis (MMPA) that improved and facilitated neurofibroma analysis. With this technique it was possible to obtain: data regarding the tumor sample allelic imbalance (AI) status and extension, the percentage of normal cells present in the tumor sample, the copy-number status of specific alleles of heterozygous loci showing AI and the mechanisms generating these AIs, in only one PCR reaction. The re-analysis of 29 neurofibromas showed a good agreement between the information generated by MMPA and the data generated for the same tumors by other techniques. In the second part of this project we selected candidate genes, involved in the HR mechanism, as possible modifiers of the number of dermal neurofibromas. We developed the HoReYe assay to model HR in yeast. With this technique we were able to determine the HR rate for the yeast strain BMA64. Once more yeast strains were characterized for the HR rate, the X-QTL assay would be performed to determine genetic variation responsible for high or low HR rates. In addition, due to the complexity of the HoReYe setting up, a surrogate of this technique was proposed to determine, in an easier way, the HR rate of yeast strains. In the third part of this project genetic variation of candidate genes would be analyzed by direct sequencing to identify both common and rare variants. Sanger sequencing was first used to analyze the BLM gene in 12 NF1 patients, but not variant found was affecting the protein structure. We would employ Next-generation sequencing to analyze genetic variation the 18 NF1 patients characterized. However, until now, only data from patient P027 was recovered showing 845 variants, which will be further analyzed in the near future. This thesis has established the basis to identify candidate genes related to HR rate, which will be studied in the NF1 patients previously characterized in order to identify allelic variants responsible for the number of dermal neurofibromas developed.
Els pacients amb Neurofibromatosi tipus 1 presenten una gran variabilitat en les seves manifestacions clíniques. El tret més característic és l’aparició de neurofibromes dèrmics, els quals poden aparèixer a decenes o milers en un pacient. L’objectiu principal de la present tesi ha estat identificar aquells gens i variants al•lèliques responsables del nombre de neurofibromes desenvolupats pels pacients NF1. Per a realitzar aquest treball ens hem centrat en estudiar les cèl•lules de Schwann, les portadores de la doble inactivació del gen NF1, i el mecanisme de recombinació homòloga, responsable d’un alt percentatge de les inactivacions somàtiques del gen NF1. En la primera part del treball vam caracteritzar els pacients NF1 de forma clínica, analitzant el sexe, edat i el nombre de neurofibromes desenvolupats, i molecular a nivell tumoral, determinant la presència de LOH i els mecanismes mutacionals generadors d’aquesta. Així, vam establir una prevalença de LOH als pacients d’un 23.7%, éssent el mecanisme de recombinació homòloga el més frequent, i vam obtenir una possible correlació entre tenir un elevat percentatge de recombinació homòloga generant LOHs i un elevat nombre de neurofibromes desenvolupats. A més, vam desenvolupar la tècnica de MMPA per a facilitar l’anàlisi de neurofibromes dèrmics, la qual pot ser aplicada a l’anàlisi d’altres tumors. La segona part del treball consistia en identificar gens candidats responsables del nombre de neurofibromes desenvolupats pels pacients NF1. Vam decidir utilitzar el llevat com a organisme model per a estudiar el mecanisme de recombinació homòloga, i obtenir gens candidats relacionats amb aquest mecanisme. Vam desenvolupar la tècnica HoReYe per a obtenir la taxa de recombinació homòloga en diferents soques de llevat. A més, vam idear les tècniques que s’haurien d’utilitzar posteriorment per a determinar les variants al•lèliques responsables d’aquestes taxes. En la tercera part del treball els gens candidats es van analitzar, tant per sequenciació per Sanger, com per seqüenciació de próxima generació. La intenció era trobar variants tant rares com comunes, per a no perdre cap tipus de variabilitat en l’anàlisi. En aquest treball s’han introduit les bases per a identificar, en pacients prèviament caracteritzats, els gens responsables del nombre de neurofibromes desenvolupats en pacients NF1.
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Vaghi, Medina Carlos Gastón. "Diversidad genética, recombinación y filogeografía de bogomovirus que infectan tomate en Argentina." Doctoral thesis, 2015. http://hdl.handle.net/11086/2542.

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Abstract:
Tesis (Doctor en Ciencias Agropecuarias)--UNC- Facultad de Ciencias Agropecuarias, 2015
El tomate es la hortaliza de mayor producción en la Argentina y esta afectado por diversos patógenos entre los cuales se cuentan los begomovirus. Este género de virus pertenece a la familia Geminiviridae y sus especies son transmitidos por la mosca blanca (Bemisia tabaci Genn.). La mayoría de los begomovirus del Nuevo Mundo poseen dos componentes genómicos, el DNA-A y el DNA-B. El objetivo del presente trabajo es caracterizar la diversidad de begomovirus presente en infecciones simples y mixtas en el cultivo de tomate en distintas regiones agroecológicas y evaluar sus características evolutivas mediante análisis de filogenia, recombinación y filogeografía. Se amplificaron, clonaron y secuenciaron 32 DNA-A y 23 DNA-B a partir de 155 y 17 muestras positivas de plantas de tomate y de malezas respectivamente. Se identificaron las siguientes especies: Tomato yellow vein streak virus (ToYVSV), Tomato rugose yellow leaf curl virus (ToRYLCV), Solanum mosaic Bolivia virus (SoMBoV), Soybean blistering mosaic virus (SbBMV), Tomato yellow spot virus (ToYSV), Sida Brasil virus (SiBrV). Además, se reportaron y caracterizaron molecularmente por primera vez cuatro especies: Tomato dwarf leaf virus (ToDfLV), Tomato mottle wrinkle virus (ToMoWV) y las especies nsp3 y nsp4. Se estableció el primer mapa de distribución de especies de begomovirus en tomate para Argentina siendo la región Norandina la más rica en especies y el ToYVSV la única que se encontró en todas las regiones relevadas. Los análisis filogenéticos demuestran que las especies identificadas pertenecen a tres grupos monofiléticos diferentes. Los análisis de recombinación permitieron determinar cuatro especies recombinantes (ToMoWV, ToRYLCV, nsp3 y nsp4), sus secuencias parentales y puntos de quiebre. Mediante análisis filogeográficos se logró establecer la ruta de dispersión del ToYVSV desde Brasil y los parámetros evolutivos como por ejemplo su alta tasa de sustitución. Se demostró una compleja red de infecciones de begomovirus mediante la caracterización de especies involucradas en infecciones mixtas y la riqueza de patrones de RCA-RFLP. La diversidad de begomovirus que infectan tomate en Argentina se debe a la variedad en la composición de especies involucradas en las infecciones mixtas y a la recombinación. En este escenario ¿Es la utilización de cultivares de tomate con resistencia-tolerancia a una especie de begomovirus una estrategia de manejo viable para el control de estos patógenos?
Tomato is the main vegetable crop in Argentina and is affected by several pathogens including begomoviruses. This virus genre belongs to Geminiviridae family and its species are transmitted by the whitefly Bemisia tabaci Genn. Most New World begomoviruses have two genomic components, DNA-A and DNA-B. The objective of this work is to characterize the diversity of begomovirus present in simple and mixed infections in tomato crop in different agro-ecological regions, assessing their evolutionary characteristics by phylogenetic, recombination and phylogeography analysis. They were amplified, cloned and sequenced 32 DNA-A and 23 DNA-B from 155 and 17 positive tomato plants and weeds samples, respectively. The following species were identify: Tomato yellow vein streak virus (ToYVSV), Tomato rugose yellow leaf curl virus (ToRYLCV), Solanum mosaic Bolivia virus (SoMBoV), Soybean blistering mosaic virus (SbBMV), Tomato yellow spot virus (ToYSV), Sida Brasil virus (SiBrV). In addition, they were reported and molecularly characterized for the first time four species: Tomato dwarf leaf virus (ToDfLV), Tomato mottle wrinkle virus (ToMoWV) and nsp3 y nsp4 species. A map of tomato begomovirus species distribution in Argentina was described determining the Northern Andean as the most species-rich region and ToYVSV the only one species found in all regions surveyed. Phylogenetic analyzes showed that the identified species belong to three different monophyletic groups. Recombination analysis allowed determining four recombinant species (ToMoWV, ToRYLCV, nsp3 and nsp4), their parental sequences and break points. By phylogeographic analysis it was possible to establish the route of ToYVSV dispersion from Brazil and the evolutionary parameters such as its high rate of substitution. A complex network of infections begomoviruses was evidenced by the characterization of the species involved in mixed infections and the richness of RCA-RFLP patterns. Argentina tomato infecting begomoviruses diversity is due to the multiplicity of species composition involved in mixed infections and their recombination. In this scenario, is the use of tomato cultivars with resistance/tolerance to a particular begomovirus species a viable management strategy to control these pathogens?
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Garavello, Miguel Fernando. "Análisis del nivel de ploidía y estructura genética de gametos de mandarino." Doctoral thesis, 2020. http://hdl.handle.net/10251/149567.

Full text
Abstract:
[ES] Uno de los principales objetivos de los programas de mejora genética de mandarinos es generar nuevas variedades que no produzcan semillas ni induzcan la formación de semillas en otras variedades por polinización cruzada, como es el caso de los híbridos triploides. La manipulación del nivel de ploidía es una estrategia fundamental para la obtención de híbridos triploides de mandarino sin semillas, que se pueden obtener a partir de hibridaciones entre dos genotipos diploides, como consecuencia de la formación de gametos no reducidos diploides, o mediante hibridaciones entre parentales diploides y tetraploides. En cítricos, la citometría de flujo se ha empleado para determinar el tamaño del genoma y para determinar el nivel de ploidía de plantas regeneradas mediante técnicas de cultivo in vitro e hibridaciones sexuales. Sin embargo, no se ha aplicado hasta el momento para el análisis del nivel de ploidía de granos de polen maduros de genotipos diploides y euploides, debido a la inexistencia de una metodología apropiada de extracción de núcleos. Por otro lado, Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS) es una metodología que permite, a partir de poblaciones o subpoblaciones de núcleos de granos de polen, su aislamiento y clasificación según su nivel de ploidía para su posterior análisis genético con marcadores moleculares. No obstante, los análisis genéticos con marcadores moleculares se encuentran limitados por la escasa cantidad de ADN que poseen los núcleos individualizados. Una opción para solventar este problema es el uso de kits de Whole Genome Amplification (WGA) que permiten generar mayor cantidad de ADN a partir del contenido de un solo núcleo. La utilización conjunta de estas dos metodologías nunca se ha aplicado en cítricos y su implementación permitiría generar nuevo conocimiento sobre su biología reproductiva y su aplicación en los programas de mejora genética. Las hibridaciones sexuales 2x X 4x y 4x X 2x son dos estrategias que permiten obtener elevadas poblaciones de híbridos triploides. Las estructuras genéticas de estos híbridos dependen en gran medida de los modelos de segregación cromosómica de los parentales tetraploides, ya que influyen en la transmisión de heterocigosidad parental al gameto diploide. Existen dos modelos extremos de segregación de plantas tetraploides, disómico y tetrasómico, aunque también se han descrito modelos de segregación intermedia. En este sentido, es clave realizar estudios con marcadores moleculares que permitan determinar los modelos de segregación de los parentales tetraploides utilizados en los programas de mejora genética de mandarino para optimizar y seleccionar las estrategias más eficientes para la obtención de híbridos triploides con determinadas características. En esta tesis, se ha utilizado por primera vez la citometría de flujo para determinar el nivel de ploidía de poblaciones de granos de polen de diferentes especies diploides, triploides y tetraploides de cítricos, demostrando que los granos de polen maduros son binucleados. Los granos de polen de genotipos diploides mostraron dos picos perfectamente definidos con diferentes intensidades de fluorescencia, correspondiendo el primer pico a la población de núcleos vegetativos y el segundo, a los núcleos generativos. Únicamente se han identificado dos excepciones con picos adicionales en sus histogramas; el tangor `CSO´ y la lima `Mexicana´. El tangor `CSO´ mostró un pico adicional de fluorescencia equivalente a la suma de los valores fluorescencia de los núcleos vegetativos y generativos, lo que sugiere que los núcleos permanecen unidos después de su aislamiento de los granos de polen mediante el método de ruptura y aislamiento; y corroborado posteriormente mediante marcadores moleculares, ya que las tres poblaciones de núcleos presentan el mismo origen genético. Sin embargo, en la lima `Mexicana´ se han identificado por primera vez en cítricos gametos no reducidos de polen mediante citometría de flujo. Las poblaciones de granos de polen de genotipos triploides no evidenciaron picos claros y definidos en los histogramas obtenidos-, mientras que los genotipos tetraploides revelaron dos poblaciones de núcleos, una de núcleos vegetativos y la otra de núcleos generativos, con el doble de intensidad de fluorescencia que sus núcleos homólogos en los genotipos diploides. Una vez puesta punto una metodología para determinar el nivel de ploidía de los núcleos de granos de polen, utilizando la técnica FACS, se aislaron individualmente los núcleos de las poblaciones identificadas con el objetivo de analizar el origen y la estructura genética de los núcleos de los granos de polen de genotipos diploides y tetraploides e identificar los mecanismos implicados en la formación de gametos no reducidos de lima `Mexicana´, mediante la amplificación del genoma de cada núcleo utilizando un kit de WGA y su posterior análisis con marcadores moleculares de tipo Simple Sequence Repeat (SSR) y Single Nucleotide Polymorphism (SNP). Inicialmente se aislaron núcleos de las tres poblaciones identificadas en el histograma del tangor `CSO´ y se demostró la presencia de un solo alelo, confirmando que corresponden a núcleos de granos de polen reducidos (normales). Estos resultados son de gran importancia para una correcta interpretación de los histogramas, lo que nos permite afirmar que la presencia de un segundo (o tercer) pico en las poblaciones de granos de polen no corresponde con la presencia de granos de polen no reducidos. El uso combinado de FACS y WGA se mostró como una metodología válida y adecuada para la individualización y amplificación genómica de núcleos haploides de granos de polen de genotipos diploides, permitiendo su posterior genotipado con marcadores SSR y SNP. Posteriormente, esta metodología se utilizó tentativamente para identificar el mecanismo implicado en la formación de gametos no reducidos de polen de lima `Mexicana´ y para estudiar el modo de segregación cromosómica de las plantas tetraploides. Para ello, y como control, se aislaron y amplificaron núcleos de hojas de genotipos diploides que se analizaron con diferentes marcadores heterocigotos. Los resultados obtenidos a partir de los núcleos diploides de hoja evidenciaron una amplificación desbalanceada hacia uno de los dos alelos y por lo tanto no amplificando los alelos correspondientes en la proporción esperada (1:1). Estos resultados indican que esta metodología no es adecuada para la realización de estudios genéticos con núcleos no haploides. Con la puesta a punto de la metodología combinada para individualizar y amplificar núcleos haploides para su posterior análisis con múltiples marcadores moleculares, se estudiaron por primera vez eventos de recombinación y distorsiones de la segregación (SD) en núcleos de granos de polen haploides. El análisis de los eventos de recombinación se realizó en el cromosoma 1 del limón `Eureka´, revelando la presencia de hasta cinco eventos en un brazo y cuatro en el otro brazo, con un promedio 1,97 puntos de recombinación por gameto. Asimismo, cinco muestras mostraron ausencia de eventos de recombinación para los marcadores moleculares utilizados. La SD se analizó en una población de núcleos de granos de polen individualizados del tangor `CSO´ y una población de plantas (`RTSO´) que se obtuvo a partir del cruzamiento entre el tangor `RTO´ como parental femenino y el tangor `CSO´ como parental masculino. La SD obtenida en los núcleos de granos de polen del tangor `CSO´ fue ligeramente menor (13.8%) respecto a la observada en la población de plantas `RTSO´ (20.7%). Ambas poblaciones mostraron SD sincronizada en el grupo de ligamiento (GL) 2, mientras que el GL 7 solo mostró una SD en la población de plantas `RTSO´. Se distinguieron mecanismos de selección gametofítica masculina en la población de núcleos de granos de polen, mientras que en la población de plantas se observaron mecanismos de selección gametofítica y/o selección zigótica. Estos resultados demuestran que esta metodología es eficiente para realizar estudios genéticos con un gran número de marcadores moleculares sin la necesidad de generar poblaciones. Además, podría permitir la realización de proyectos de secuenciación en especies altamente heterocigóticas como los cítricos evitando la obtención de haplotipos a través de técnicas de cultivo in vitro. La obtención de dos poblaciones de híbridos triploides generadas con el mandarino `Moncada´ tetraploide en hibridaciones 2x x 4x y 4x x 2x nos ha permitido estudiar los modelos de segregación cromosómica a nivel masculino y femenino de un mismo genotipo. Como parental femenino, presentó un modelo de segregación tetrasómica completa en siete de los nueve GLs (GL1, GL2, GL3, GL5, GL6, GL7, y GL9). Sin embargo, en el GL8 se observó un modelo de herencia intermedia con tendencia hacia la tetrasomía, mientras que el GL4 mostró una clara herencia intermedia. Como parental masculino, siete de los GL se ajustaron a un modelo de segregación tetrasómica, excepto en los GL 5 y 6 que presentaron modelos de segregación intermedios. Estas variaciones en el modo de segregación a nivel de GL según la dirección de las hibridaciones tienen importantes implicaciones en los programas de mejora genética. Dependiendo en qué GL se encuentre un gen que controle un carácter de interés, la regulación genética del carácter y la dirección del cruzamiento, la segregación obtenida en la descendencia será diferente. Además, el mandarino `Moncada´ 4x presentó valores significativos de DR. Como parental femenino se observaron valores significativos en cinco GLs (GL2, GL3, GL4, GL7 y GL9) y como parental masculino en seis GLs (GL2, GL3, GL4, GL5 GL6 y GL7). La producción de valores más elevados de homocigosidad podría ser útil para los programas de mejora genética de mandarino dirigidos a la obtención de híbridos triploides debido al potencial efecto de “limpieza” que puede tener la DR al revelar alelos nocivos o deletéreos para la selección y aumentar las configuraciones alélicas raras pero favorables que pueden detectarse mediante marcadores moleculares. El conocimiento generado en esta tesis doctoral a sobre el análisis del nivel de ploidía e individualización de núcleos de granos de polen de genotipos diploides, triploides y tetraploides de cítricos mediante FACS y posterior amplificación genómica para su genotipado con marcadores SSR y SNP, así como el conocimiento de los modelos de segregación cromosómica del mandarino `Moncada´ 4x permitirá un desarrollo más eficiente de los programas de mejora genética de cítricos con el objetivo de obtener nuevas variedades de elite sin semillas para el mercado de consumo en fresco. De hecho, los resultados obtenidos se están aplicando actualmente, y suponen un punto de partida para realizar nuevos trabajos de investigación.
[CA] Un dels principals objectius dels programes de millora genètica de mandariners és generar noves varietats que no produïsquen llavors ni induïsquen la formació de llavors en altres varietats per pol·linització creuada, com és el cas dels híbrids triploides. La manipulació del nivell de ploidía és una estratègia fonamental per a l'obtenció d'híbrids triploides de mandariner sense llavors, que es poden obtindre a partir d'hibridacions entre dos genotips diploides, com a conseqüència de la formació de gàmetes no reduïts diploides, o mitjançant hibridacions entre parentals diploides i tetraploides. En cítrics, la citometria de flux s'ha emprat per a determinar la grandària del genoma i per a determinar el nivell de ploidía de plantes regenerades mitjançant tècniques de cultiu in vitro e hibridacions sexuals. No obstant això, no s'ha aplicat fins al moment per a l'anàlisi del nivell de ploidía de grans de pol·len madurs de genotips diploides i euploides, a causa de la inexistència d'una metodologia apropiada d'extracció de nuclis. D'altra banda, Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS) és una metodologia que permet, a partir de poblacions o subpoblacions de nuclis de grans de pol·len, el seu aïllament i classificació segons el seu nivell de ploidía per a la seua posterior anàlisi genètica amb marcadors moleculars. No obstant això, les anàlisis genètiques amb marcadors moleculars es troben limitats per l'escassa quantitat d'ADN que posseeixen els nuclis individualitzats. Una opció per a solucionar aquest problema és l'ús de kits de Whole Genome Amplification (WGA) que permeten generar major quantitat d'ADN a partir del contingut d'un sol nucli. La utilització conjunta d'aquestes dues metodologies mai s'ha aplicat en cítrics i la seua implementació permetria generar nou coneixement sobre la seua biologia reproductiva i la seua aplicació en els programes de millora genètica. Les hibridacions sexuals 2x X 4x i 4x X 2x són dues estratègies que permeten obtindre elevades poblacions d'híbrids triploides. Les estructures genètiques d'aquests híbrids depenen en gran manera dels models de segregació cromosòmica dels parentals tetraploides, ja que influeixen en la transmissió de l´heterocigositat parental al gàmeta diploide. Existeixen dos models extrems de segregació de plantes tetraploides, disómic i tetrasómic, encara que també s'han descrit models de segregació intermèdia. En aquest sentit, és clau realitzar estudis amb marcadors moleculars que permeten determinar els models de segregació dels parentals tetraploides utilitzats en els programes de millora genètica de mandariner per a optimitzar i seleccionar les estratègies més eficients per a l'obtenció d'híbrids triploides amb determinades característiques. En aquesta tesi, s'ha utilitzat per primera vegada la citometria de flux per a determinar el nivell de ploidía de poblacions de grans de pol·len de diferents espècies diploides, triploides i tetraploides de cítrics, demostrant que els grans de pol·len madurs són binucleat. Els grans de pol·len de genotips diploides van mostrar dos pics perfectament definits amb diferents intensitats de fluorescència, corresponent el primer pic a la població de nuclis vegetatius i el segon, als nuclis generatius. Únicament s'han identificat dues excepcions amb pics addicionals en els seus histogrames; el tangor `CSO´ i la llima `Mexicana´. El tangor `CSO´ va mostrar un pic addicional de fluorescència equivalent a la suma dels valors de fluorescència dels nuclis vegetatius i generatius, la qual cosa suggereix que els nuclis romanen units després del seu aïllament dels grans de pol·len mitjançant el mètode de ruptura i aïllament; i corroborat posteriorment mitjançant marcadors moleculars, ja que les tres poblacions de nuclis presenten el mateix origen genètic. No obstant això, en la llima `Mexicana´ s'han identificat per primera vegada en cítrics gàmetes no reduïts de pol·len mitjançant citometria de flux. Les poblacions de grans de pol·len de genotips triploides no van evidenciar pics clars i definits en els histogrames obtinguts, mentre que els genotips tetraploides van revelar dues poblacions de nuclis, una de nuclis vegetatius i l'altra de nuclis generatius, amb el doble d'intensitat de fluorescència que els seus nuclis homòlegs en els genotips diploides. Una vegada posada punt una metodologia per a determinar el nivell de ploidía dels nuclis de grans de pol·len, utilitzant la tècnica FACS, es van aïllar individualment els nuclis de les poblacions identificades amb l'objectiu d'analitzar l'origen i l'estructura genètica dels nuclis dels grans de pol·len de genotips diploides i tetraploides i identificar els mecanismes implicats en la formació de gàmetes no reduïts de llima `Mexicana´, mitjançant l'amplificació del genoma de cada nucli utilitzant un kit de WGA i la seua posterior anàlisi amb marcadors moleculars de tipus Simple Sequence Repeat (SSR) i Single Nucleotide Polymorphism (SNP). Inicialment es van aïllar nuclis de les tres poblacions identificades en l'histograma del tangor `CSO´ i es va demostrar la presència d'un sol al·lel, confirmant que corresponen a nuclis de grans de pol·len reduïts (normals). Aquests resultats són de gran importància per a una correcta interpretació dels histogrames, la qual cosa ens permet afirmar que la presència d'un segon (o tercer) pic en les poblacions de grans de pol·len no correspon amb la presència de grans de pol·len no reduïts. L'ús combinat de FACS i WGA es va mostrar com una metodologia vàlida i adequada per a la individualització i amplificació genòmica de nuclis haploides de grans de pol·len de genotips diploides, permetent el seu posterior genotipat amb marcadors SSR i SNP. Posteriorment, aquesta metodologia es va utilitzar temptativament per a identificar el mecanisme implicat en la formació de gàmetes no reduïts de pol·len de llima `Mexicana´ i per a estudiar la manera de segregació cromosòmica de les plantes tetraploides. Per a això, i com a control, es van aïllar i van amplificar nuclis de fulles de genotips diploides que es van analitzar amb diferents marcadors heterozigots. Els resultats obtinguts a partir dels nuclis diploides de fulla van evidenciar una amplificació desbalanceada cap a un dels dos al·lels i per tant no amplificant els al·lels corresponents en la proporció esperada (1:1). Aquests resultats indiquen que aquesta metodologia no és adequada per a la realització d'estudis genètics amb nuclis no haploides. Amb la posada a punt de la metodologia combinada per a individualitzar i amplificar nuclis haploides per a la seua posterior anàlisi amb múltiples marcadors moleculars, es van estudiar per primera vegada esdeveniments de recombinació i distorsions de la segregació (SD) en nuclis de grans de pol·len haploides. L'anàlisi dels esdeveniments de recombinació es va realitzar en el cromosoma 1 de la llima `Eureka´, revelant la presència de fins a cinc esdeveniments en un braç i quatre en l'altre braç, amb una mitjana 1,97 punts de recombinació per gàmeta. Així mateix, cinc mostres van mostrar absència d'esdeveniments de recombinació per als marcadors moleculars utilitzats. L'SD es va analitzar en una població de nuclis de grans de pol·len individualitzats del tangor `CSO´ i una població de plantes (`RTSO´) que es va obtindre a partir del creuament entre el tangor `RTO´ com a parental femení i el tangor `CSO´ com a parental masculí. L'SD obtinguda en els nuclis de grans de pol·len del tangor `CSO´ va ser lleugerament menor (13.8%) respecte a l'observada en la població de plantes `RTSO´ (20.7%). Totes dues poblacions van mostrar SD sincronitzada en el grup de lligament (GL) 2, mentre que el GL 7 només va mostrar una SD en la població de plantes `RTSO´. Es van distingir mecanismes de selecció gametofítica masculina en la població de nuclis de grans de pol·len, mentre que en la població de plantes es van observar mecanismes de selecció gametofítica i/o selecció zigótica. Aquests resultats demostren que aquesta metodologia és eficient per a realitzar estudis genètics amb un gran nombre de marcadors moleculars sense la necessitat de generar poblacions. A més, podria permetre la realització de projectes de seqüenciació en espècies altament heterocigóticas com els cítrics evitant l'obtenció de haplotipos a través de tècniques de cultiu in vitro. L'obtenció de dues poblacions d'híbrids triploides generades amb el mandariner `Moncada´ tetraploide en hibridacions 2x X 4x i 4x X 2x ens ha permés estudiar els models de segregació cromosòmica a nivell masculí i femení d'un mateix genotip. Com a parental femení, va presentar un model de segregació tetrasómica completa en set dels nou GLs (GL1, GL2, GL3, GL5, GL6, GL7, i GL9). No obstant això, en el GL8 es va observar un model d'herència intermèdia amb tendència cap a la tetrasomía, mentre que el GL4 va mostrar una clara herència intermèdia. Com a parental masculí, set dels GL es van ajustar a un model de segregació tetrasómica, excepte en els GL 5 i 6 que van presentar models de segregació intermedis. Aquestes variacions en la manera de segregació a nivell de GL segons la direcció de les hibridacions tenen importants implicacions en els programes de millora genètica. Depenent en quin GL es trobe un gen que controle un caràcter d'interés, la regulació genètica del caràcter i la direcció del creuament, la segregació obtinguda en la descendència serà diferent. A més, el mandariner `Moncada´ 4x va presentar valors significatius de DR. Com a parental femení es van observar valors significatius en cinc GLs (GL2, GL3, GL4, GL7 i GL9) i com a parental masculí en sis GLs (GL2, GL3, GL4, GL5 GL6 i GL7). La producció de valors més elevats de homocigositat podria ser útil per als programes de millora genètica de mandariner dirigits a l'obtenció d'híbrids triploides a causa del potencial efecte de “neteja” que pot tindre la DR en revelar al·lels nocius o deleteris per a la selecció i augmentar les configuracions al·lèliques estranyes però favorables que poden detectar-se mitjançant marcadors moleculars. El coneixement generat en aquesta tesi doctoral sobre l'anàlisi del nivell de ploidía i individualització de nuclis de grans de pol·len de genotips diploides, triploides i tetraploides de cítrics mitjançant FACS i posterior amplificació genòmica per al seu genotipat amb marcadors SSR i SNP, així com el coneixement dels models de segregació cromosòmica del mandariner `Moncada´ 4x permetrà un desenvolupament més eficient dels programes de millora genètica de cítrics amb l'objectiu d'obtindre noves varietats d'elit sense llavors per al mercat de consum en fresc. De fet, els resultats obtinguts s'estan aplicant actualment, i suposen un punt de partida per a realitzar nous treballs de recerca.
[EN] One of the main objectives of mandarin breeding programs is to generate new varieties that neither produce seeds nor induce seed formation in other varieties by crossed pollination, as with triploid hybrids. Ploidy manipulation is a fundamental strategy to obtain mandarin triploid hybrids without seeds, which can be achieved by hybridisations between two diploid genotypes as a result of non-reduced diploid gamete formation, or between diploid and tetraploid parentals. In citrus, flow cytometry has been employed to determine not only genome size, but also the ploidy level of regenerated plants by in vitro culture techniques and sexual hybridisations. Nevertheless, flow cytometry has not yet been applied to analyse the ploidy level of mature pollen grains of diploid and euploid genotypes because no suitable nuclei extraction methodology exists. Moreover, the Fluorescence-Activated Cell Sorting (FACS) methodology isolates and classifies populations or pollen grain nuclei subpopulations according to their ploidy level to then submit them to genetic analyses with molecular markers. Nonetheless, genetic analyses with molecular markers are limited due to the small amount of DNA that individual nuclei possess. One option to overcome this problem is to use Whole Genome Amplification (WGA) kits that can obtain more DNA from the content of a single nucleus. The joint use of both these methodologies has never been applied to citrus, and its implementation will generate new knowledge about their reproductive biology and application in genetic improvement programs. 2x X 4x and 4x X 2x sexual hybridisations are two strategies that allow to recover large populations of triploid hybrids. To a great extent, the genetic structures of these hybrids depend on the chromosome segregation models of tetraploid parentals as they influence the parental heterozygosity transmission to diploid gametes. Two extreme tetraploid plant segregation models exist, disomic and tetrasomic, and intermediate segregation models have also been described. Therefore, it is key to conduct studies with molecular markers to determine the segregation models of the tetraploid parents employed in mandarin breeding programs to optimise and select the most efficient strategies to obtain triploid hybrids with certain characteristics. In this thesis, flow cytometry has been used for the first time to determine the ploidy level of pollen grain populations from different diploid, triploid and tetraploid citrus species to demonstrate that mature pollen grains are binucleate. The pollen grains of diploid genotypes show two perfectly defined peaks with different fluorescence intensities: the first peak corresponds to the vegetative nuclei population and the second to generative nuclei. Only two exceptions have been identified with additional peaks in their histograms; `CSO´ tangor and `Mexican´ lime. `CSO´ tangor shows another equivalent fluorescence peak to the sum of the fluorescence values of vegetative and generative nuclei, which suggests that nuclei continue to bind after being isolated from pollen grains via the rupture and isolation method. This was later corroborated by molecular markers because the three nuclei populations are of the same genetic origin. Nonetheless, non-reduced pollen gametes were identified in citrus for the first time in `Mexican´ lime by flow cytometry. The pollen grain populations of triploid genotypes evidenced no clear well-defined peaks in the obtained histograms, whereas two nuclei populations were revealed with tetraploid genotypes, one vegetative nuclei population and another generative nuclei population, with 2-fold higher fluorescence intensity than their homologous nuclei in the diploid genotypes. After setting up the methodology to determine the ploidy level of pollen grain nuclei by FACS, the nuclei of the identified populations were individually isolated to analyse the origin and genetic structure of the pollen grain nuclei of both the diploid and tetraploid genotypes, and to identity the mechanisms involved in non-reduced `Mexican´ lime gamete formation by amplifying the genome of each nucleus with a WGA kit to then be analysed by Simple Sequence Repeat- (SSR) and Single Nucleotide Polymorphism- (SNP) molecular markers. Initially, the nuclei of the three populations identified on the `CSO´ tangor histogram were isolated, and the presence of a single allele was demonstrated, which confirmed that they corresponded to (normal) reduced pollen grain nuclei. These results are most important to correctly interpret histograms and enable us to state that the presence of a second (or third) peak in pollen grain populations does not correspond to the presence of non-reduced pollen grains. The combined use of FACS and WGA is an adequate methodology for the individualisation and whole genome amplification of haploid pollen grain nuclei of diploid genotypes because it allows subsequent genotyping with SSR and SNP markers. Later this methodology was used to tentatively identify the mechanism involved in the formation of non-reduced `Mexican´ lime pollen gametes, and to study the segregation pattern of tetraploid plants. To this end, and as a control, the nuclei of leaves from diploid genotypes were isolated and amplified, which were analysed with different heterozygote markers. The results obtained from diploid leaf nuclei evidenced an unbalanced amplification towards one of the two alleles, thus the corresponding alleles were not amplified in the expected proportion (1:1). These results indicate that this methodology is not suitable for conducting genetic studies with non-haploid nuclei. After setting up the combined methodology to individualise and amplify haploid nuclei to then analyse them with many molecular markers, recombination events and segregation distortions (SDs) were studied for the first time in haploid pollen grain nuclei. The analysis of recombination events was carried out in chromosome 1 of `Eureka´ lemon, which revealed the presence of up to five events on one arm and four on the other, with an average of 1.97 recombination points per gamete. Five samples showed that recombination events were absent for the employed molecular markers. The SD was analysed in a population of pollen grains that were individualised from `CSO´ tangor and a plant population (`RTSO´) obtained by a cross between `RTO´ tangor as female parent and `CSO´ tangor as male parent. The SD obtained from the pollen grain nuclei population of `CSO´ tangor was slightly lower (13.8%) than that observed in the `RTSO´ plant population (20.7%). Both populations showed a synchronised SD in the linkage groups 2 (LG2), whereas LG7 only displayed one SD in the `RTSO´ plant population. Gametophytic selection mechanisms were observed in the pollen grain nuclei population, while gametophytic selection and/or zygotic selection mechanisms were noted in the plant population. These results reveal that this methodology is efficient for conducting genetic studies using a large number of molecular markers without having to recover progenies. It could also allow sequencing projects to be undertaken in highly heterozygotic species like citrus to avoid obtaining haplotypes by in vitro culture techniques. The recovery of two different triploid hybrid populations generated with the tetraploid `Moncada´ mandarin in 2x X 4x and 4x X 2x sexual hybridisations enabled us to study chromosomal segregation models of the same genotype acting as male or female parent. As a female parent, it presented a complete tetrasomic segregation model in seven of the nine GLs (GL1, GL2, GL3, GL5, GL6, GL7 and GL9). However, an intermediate inheritance model was observed in GL8 with a tendency towards tetrasomy, while GL4 displayed clear intermediate inheritance. As a male parent, seven GLs matched a tetrasomic segregation model, save in GL5 and GL6, which presented intermediate segregation models. These variations in GL segregation according to the direction of hybridisations have major implications for genetic breeding programs. Depending on which GL a gene is found in, which controls not only a character of interest, but also the genetic regulation of the character and the direction of the cross, the segregation obtained in the progenies will differ. Moreover, the tetraploid `Moncada´ mandarin displayed important double reduction (DR) values. Significant values were also observed as female parent in five GLs (GL2, GL3, GL4, GL7 and GL9) and in six GLs (GL2, GL3, GL4, GL5 GL6 and GL7) as male parent. The production of higher levels of homozygosity could be useful in triploid mandarin breeding for the potential cleaning effect that DR can have by revealing deleterious alleles to selection. DR also could increase the accumulation of rare but favorable allelic configurations through selection with molecular markers. Knowledge acquired in this doctoral thesis on the ploidy level analysis and individualisation of pollen grain nuclei of diploid, triploid and tetraploid citrus genotypes by FACS, followed by WGA and genotyping with SSR and SNP markers, as well as knowledge about the segregation patterns of tetraploid `Moncada´ mandarin, will allow citrus breeding programs to be more efficiently run with the objective to recover new elite seedless varieties for the fresh-fruit market. In fact, the obtained results are presently being applied and act as a starting point to conduct new research works.
Garavello, MF. (2020). Análisis del nivel de ploidía y estructura genética de gametos de mandarino [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/149567
TESIS
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Borgogno, María Victoria. "Regulación de la recombinación genética entre secuencias de ADN divergentes : recombinasas y sistema de reparación de bases apareadas incorrectamente." Doctoral thesis, 2016. http://hdl.handle.net/11086/17458.

Full text
Abstract:
Tesis (Doctor en Ciencias Químicas) - - Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas, 2016
La recombinación homóloga es un proceso esencial en el metabolismo celular de todos los organismos que permite la reorganización de genes dentro y entre cromosomas, provee una de las mayores vías de reparación de rupturas de ADN doble cadena y asegura la segregación correcta de los cromosomas en la meiosis eucariota.
Fil: Borgogno, María Victoria. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas; Argentina
Fil: Argaraña, Carlos Enrique. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Departamento de Química Biológica; Argentina.
Fil: Argaraña, Carlos Enrique. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones en Química Biológica de Córdoba; Argentina.
Fil: Alvarez, María Elena. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Departamento de Química Biológica; Argentina.
Fil: Alvarez, María Elena. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones en Química Biológica de Córdoba; Argentina.
Fil: Rubiales de Barioglio, Susana Elizabeth. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Departamento de Farmacología; Argentina.
Fil: Rubiales de Barioglio, Susana Elizabeth.Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Farmacología Experimental de Córdoba; Argentina.
Fil: Echenique, José Ricardo. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Departamento de Bioquímica Clínica; Argentina.
Fil: Echenique, José Ricardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina.
Fil: Spampinato, Claudia Patricia. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Bioquímica y Farmacia; Argentina.
Fil: Spampinato, Claudia Patricia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos; Argentina.
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