Academic literature on the topic 'Représentation fonctionnelle'

L’article porte sur l’implantation d’un dispositif sociotechnique visant à intégrer les services aux personnes âgées en perte d’autonomie fonctionnelle en France. Il se déploie en trois parties. La première introduit les théories de l’innovation, la seconde présente le modèle d’intégration des services objet de l’innovation, alors que la dernière porte sur le rapport que les praticiens entretiennent aux dispositifs sociotechniques constitutifs de l’innovation dans le contexte français. En verra que ce rapport s’effectue dans une tension épistémique entre une représentation philique de ces dispositifs, supposés porteurs d’un renouveau attendu des pratiques professionnelles et managériales, et une représentation phobique, projetant sur l’innovation différents fantasmes quant à leur caractère plus ou moins explicitement totalitaire. Mais malgré cette tension, le véritable enjeu est celui de la cohérence perçue par les adoptants de l’innovation entre les principes qui sous-tendent l’innovation et la volonté réelle de ses promoteurs politiques.

L'actuel régime juridique de représentation syndicale perçoit le syndicat primordialement comme un agent local de négociation collective et l'investit à cette fin d'un pouvoir de représentation exclusif d'une collectivité particulière de salariés. Privilégiant la représentation sur le plan de l'entreprise, il ne prend en considération la réalité syndicale que partiellement. La réalité de la représentation syndicale est en effet plus riche et plus variée. L'action syndicale s'exerce sur un grand nombre de plans à l'égard d'une variété d'objets. Le présent texte traite de la représentation syndicale au-delà de l'entreprise sous ses diverses formes et, plus particulièrement, de la participation des syndicats au sein de différentes instances étatiques au Québec. A partir d'une distinction entre la représentation du salarié en tant que salarié et du salarié en tant que citoyen, il veut d'abord établir généralement les différentes dimensions de la représentation syndicale au-delà de l'entreprise. Il s'attarde ensuite aux manifestations de cette représentation au Québec pour tenter d'en dégager les traits significatifs. Au Québec, l'appréhension du rôle des groupements syndicaux ne saurait être complète sans aller au-delà de l'entreprise. Dans ces sphères plus vastes, plusieurs d'entre eux exercent des actions ou, à tout le moins, une influence qui concernent aussi bien le salarié en tant que tel que le salarié-citoyen. Saisie globalement, la représentation syndicale est toutefois loin d'équivaloir à une intégration des mouvements syndicaux à la gouverne de l'État. Au Québec, sans doute peut-on aller jusqu'à parler d'une certaine « inclusion », dans la mesure où les groupements syndicaux sont appelés à participer, à titre consultatif, à diverses institutions à vocation particulière, sans pour autant avoir part à la détermination des orientations de l'État. Au fédéral, la reconnaissance étatique de la représentativité des groupements syndicaux paraît relativement marginale, surtout depuis l'abolition de certains grands organismes étatiques de consultation. En sens inverse, il y a toutefois lieu de tenir compte de l'émergence de nouveaux organismes dont la mission s'étend à certains aspects de la restructuration économique, particulièrement la formation professionnelle, et qui se caractérise par une forte participation syndicale. Lorsqu'il s'agit du salarié-citoyen, la représentation syndicale subit la concurrence de la part de divers autres groupements établis en fonction de nouvelles identités. La composition des organismes établis par la loi devient alors franchement multipartite. De surcroît, les critères de représentativité des groupements appelés à participer, dont ceux de nature syndicale, sont absents, ce qui affaiblit leur légitimité. D'importants courants d'opinion contemporains favorisent même la représentation directe et exclusive du citoyen-individu, par rapport à l'État, aux dépens de toute intermédiation fonctionnelle. Les acquis de la représentation syndicale, quoique perfectibles, témoignent cependant déjà de façon significative de la présence de divers intérêts collectifs dans la société québécoise, ainsi que de la vocation des groupements syndicaux à participer à leur expression.

À partir de remarques de Peirce prouvant qu’il était sensible à la «qualité » de certains supports, on s’interroge sur le fait qu’il n’ait pas pris en compte cette qualité dans sa conception de l’« icône ». L’hypothèse avancée ici est que cette ignorance – ou ce refus – a son origine dans la définition que Platon avait donnée luimême de l’icône, et qui est fondée sur l’amalgame d’interprétations erronées relatives à la peinture et à l’écriture. La notion de « représentation », notamment, est à l’origine de confusions qui ont interdit à Platon – puis à Peirce – de voir que la différence essentielle qui sépare idéogramme et lettre alphabétique repose sur la relation fonctionnelle que l’un entretient, et l’autre non, avec son support.

L’analyse de la production sociologique au Québec, de 1945 à 1980, ne saurait être entreprise sans faire référence à la transformation des conditions générales d’énonciation qu’a connue la société québécoise durant cette période. On peut schématiquement regrouper cette sociographie en quatre courants distincts. Le premier, de 1945 à 1960, se donne comme un savoir critique de l’adaptation illustrant l’inadéquation de la référence au traditionalisme. Le début des années soixante marque le passage à la dominance d’une forme de la représentation présentant désormais le Québec comme une société politique. Une sociologie fonctionnelle de l’adaptation se développe dès lors, liée à la mise en place de l’État keynésien. Les années soixante-dix voient au contraire l’affirmation d’une sociologie de l’émancipation. Divisée en deux courants antagonistes, culturaliste et politiste, cette sociologie travaille à la redéfinition d’une société québécoise dorénavant soumise aux pleines déterminations de la modernité.

This article describes the main lines of relations between the Qing and two neighbors, Đại Việt (Vietnam) and Siam (Thailand), ca. 1700-1820. It argues that the tribute system was not a “fossil” of Qing pretensions and meaningless ceremonies but a functional matrix for adjustment to changing realities. It cites archival sources in Beijing and Taipei that will repay further detailed study. Cet article décrit les principaux canaux de communication entre les Qing et deux de leurs voisins, le Đại Việt (Vietnam) et le Siam (Thaïlande), pendant les années 1700-1820 approximativement. Il est démontré que le système tributaire, loin d’être une représentation fossilisée des prétentions des Qing et de se limiter à un ensemble de cérémonies dénuées de sens, constituait une matrice fonctionnelle permettant de s’adapter à des réalités changeantes. Les sources citées, extraites des archives conservées à Pékin et à Taipei, devraient permettre de poursuivre l’enquête de manière fructueuse.

Dans une étude récente, Henri Lefebvre propose de distinguer la conscience, le psychisme et Y idéologie de classe. La spécificité de l'idéologie par rapport aux deux autres composantes apparaît aisément. D'une part, ses fabricateurs sont généralement extérieurs aux classes impliquées. D'autre part, l'idéologie se fonde avant tout sur le besoin de donner cohérence à des situations. D'où vient cette exigence de cohérence ? D'abord, sans doute, du souci de fournir une représentation quelconque des rapports de la conscience de classe et du psychisme de classe. Mais aussi de la nécessité de mettre en relations le système de classes et la société globale. Insistons sur cette dernière proposition : elle indique le cadre de l'analyse qui va suivre. On peut postuler qu'il est particulièrement important, pour la société globale, de ramener les classes à une quelconque systématisation fonctionnelle, car leur existence est, pour elle, le défi le plus grand. Songeons, par exemple, à la nation. Se représenter la collectivité en termes ethniques ou en termes de classes : n'est-ce point une des questions, un des problèmes les plus décisifs qui tourmentent l'Occident depuis des siècles et qui ont gagné maintenant les pays en voie de développement ? Le conflit mérite d'autant plus de nous retenir que la distinction des trois éléments des classes que nous avons évoqués paraît être tout aussi valable et même nécessaire pour la société globale elle-même. Ici encore on pourrait parler de conscience, de psychisme et d'idéologie de la nation. De même, la fonction intégratrice des idéologies est primordiale. Car on ne saurait rendre compte de la cohésion qu'implique la nation en évoquant seulement un vague sentiment d'appartenance. Par ailleurs, les facteurs dits « objectifs » (comme la langue, la religion, l'organisation politique) varient d'une nation à l'autre, et même, pour une nation donnée, selon les phases historiques. Et les groupements, à l'intérieur d'une nation, ne sont pas toujours d'accord sur les mêmes facteurs d'intégration : on pense, par exemple, aux perpétuelles discussions sur la nation canadienne-française et sur la nation canadienne. D'où la fonction déterminante des idéologies qui réunissent, dans une sorte de « théorie », des conditions préalables comme la communauté de langue, de religion, etc., tout en se nourrissant de la conscience diffuse de traits distinctifs et d'une relative opposition à des autrui (c'est-à-dire, à d'autres nations). Le problème ainsi posé est particulièrement passionnant si on le traduit dans le contexte canadien-français. Nous sommes devant une nation qui s'est donné ses premières définitions idéologiques d'elle-même au moment où elle était encore une « société paysanne ». Elle a subi ensuite, à un rythme extrêmement rapide, l'impact de l'industrialisation. Si on ajoute à cela un angoissant voisinage avec l'Anglais et l'Américain, beaucoup plus riches et maîtres du pouvoir économique, on admettra qu'il s'agit d'un très beau cas où devraient nous apparaître certains mécanismes exemplaires de syncrétisme dans les définitions idéologiques des classes et de la société globale. Durant un siècle — en gros, des années 1840 aux lendemains de la dernière guerre — une idéologie très organique a régné ici presque sans conteste. Nous ne reprendrons pas ici la démonstration du caractère unitaire de cette idéologie ; nous l'avons esquissée dans d'autres travaux et, d'ailleurs, il existe à ce sujet une certaine unanimité des chercheurs canadiens-français. Nous nous attacherons plutôt, dans une première partie, à éclairer la constitution de cette idéologie et à repérer ses définiteurs en tâchant de déceler leur allégeance de classe. Nous analyserons brièvement, dans une deuxième partie, les grands thèmes de cette idéologie, en dégageant naturellement surtout la représentation des classes. Nous tâcherons enfin, dans une brève section finale, de formuler quelques hypothèses sur les remaniements impliqués par la crise profonde que traverse actuellement le Canada français. Nous nous imposerons ainsi un long détour historique, mais celui-ci est suggéré par la nature même du phénomène qui nous intéresse.

Le cadre de la thèse concerne la modélisation d’objets 3D à partir d’un nuage de points sur la surface de celui-ci. Nous nous sommes intéressés à la modélisation constructive de solides, et à la façon d'implémenter les opérations ensemblistes par des fonctions afin de garantir une bonne approximation de la distance ainsi que certaines propriétés de différentiabilité, nécessaires pour plusieurs classes d'opérations ou applications sur les solides. Nous avons construit différents types de fonctions implémentant les principales opérations ensemblistes (union, intersection, différence). Ces fonctions peuvent être ensuite appliquées à des primitives, définies par la distance à la surface de la primitive, afin de construire récursivement des solides complexes, définies eux-mêmes par une approximation à la distance du solide. Ces fonctions sont appelées Signed Approximate Real Distance Functions (SARDF). Le cadre SARDF a été utilisé pour la modélisation d’objets en utilisant des algorithmes génétiques (pour la détermination des paramètres de modèle défini par un utilisateur) ou la programmation génétique (pour la détermination conjointe du modèle et des paramètres associés).

L'objet de cette these est la verification formelle de circuits digitaux syndrones consideres au niveau transfert de registres. Le processus de preuve s'insere dans le systeme de cao cascade, ie les circuits sont decrits au moyen du hdl associe, et les descriptions sont transformees automatiquement de facon a satisfaire les formats d'entree des demonstrateurs mis en jeu pour la verification. Suivant le type de circuit a traiter, le processus de preuve choisit l'un des deux systemes de demonstration suivants le demonstrateur de tautologie tache, ou le systeme inductif de boyer-moore. Cette these analyse toutes les etapes de traduction et de transformation utilisees pour generer a partir du hdl cascade, le modele prouvable par ces demonstrateurs. Elle presente en outre une etude approfondie de l'adaptabilite du systeme de boyer-moore a la preuve de circuits digitaux. Cette etude comprend essentiellement les points suivants: 1) determination d'un modele general de representation des circuits digitaux synchrones dans le formalisme boyer-moore. Il s'agit d'une fonction recursive de type pseudo-iteratif; 2) demonstration de l'equivalence entre cette modelisation et une representation recursive pure plus immediate; 3) classification de certains types de circuits digitaux et determination des modeles particuliers associes a chacun d'eux; 4) mise au point d'une methode de generalisaton de specifications fonctionnelles

Une des grandes problématiques en écologie est d’identifier les liens qui existent entre ce qui se passe au niveau de la physiologie et du comportement des individus et les propriétés émergentes qui apparaissent au niveau de la population et des écosystèmes dans leur globalité.Dans cette thèse, nous avons abordé cette problématique à travers la modélisation du phénomène de prédation, en nous intéressant plus particulièrement à la représentation mathématique de la réponse fonctionnelle. Cette fonction représente la quantité de proies consommées par prédateur et par unité de temps. Elle synthétiseau niveau de la population un ensemble de processus survenant à différentes échelles d’organisation. La modélisation du phénomène de prédation rencontre diverses limitations liées à la complexité de ce processus biologique, et il existe donc une forte incertitude sur la nature de la réponse fonctionnelle à utiliser.A travers l’étude d’un modèle prédateur-proie en chemostat d’une part, et l’utilisation de méthodes de changement d’échelle sur un modèle prédateur-proie en patchs d’autre part, nous avons cherché à déterminer les sources de variations dans la représentation de cette réponse.Tout d’abord, nous avons mis en évidence l’influence de la variabilité des données sur la paramétrisation de la réponse fonctionnelle ainsi que sur la robustesse des sorties du modèle. Une étude de sensibilité a également permis de montrer la forte sensibilité structurelle du modèle face à cette formulation, qui peut-être plus importante que face à des changements de paramètres.De plus, il apparait que la représentation mathématique de la réponse fonctionnelle dépend fortement de l’échelle d’observation considérée. En effet, la nature de la réponse peut être modifiée lorsque l’on passe de l’échelle d’une population à celle de la communauté
One of the major issues in ecology is to identify the links between what happens in terms of physiology and behavior of individuals and the emergent properties that appear at the population and ecosystems level. In this thesis, we addressed this problem through modeling of the phenomenon of predation, especially by focusing on the mathematical functional response representation. This function represents the amount of prey consumed by predator per unit time. It synthesizes at the population level a set processes occurring at different scales of organization. Modeling of the phenomenon of predation encounters various limitations related to the complexity of this biological process, and there is, therefore, considerable uncertainty aboutthe nature of the functional response to use.Through the study of a predator-prey model in chemostat on the one hand, and use of scaling methods in a patches predator-prey model on the other hand, we seek to determine sources of variations in therepresentation of that response.First, we demonstrated the influence of data variability on the parameterization of the functional response as well as the robustness of the model outputs. A sensitivity study has also demonstrated the high structural sensitivity of the model to the formulation of this response, which may be more important than to parameterchanges.In addition, it appears that the mathematical representation of the functional response depends strongly on the scale of observation considered. The nature of the response can, indeed, be modified when changing the scale from the population to the community level

La construction de la représentation de soi est basée sur l'intégration des informations que l'on reçoit des différentes modalités sensorielles telles que les informations visuelles, auditives, tactiles ou proprioceptives. L'interaction entre les actions et les mouvements, et plus récemment les interactions sociales et l'espace ont été étudiées essentiellement au niveau comportemental, moins au niveau fonctionnel et beaucoup reste encore à élucider. En particulier, il est important et essentiel de comprendre exactement quels processus sont impliqués dans la construction d'une représentation spatiale et comment ces processus sont mis en oeuvre, non seulement au niveau local par l'activité de neurones spécifiques, dans une zone corticale spécifique, mais aussi à l'échelle du réseau dans son ensemble ainsi qu'à l'échelle du cerveau entier. Le premier axe de ma thèse s'intéresse à l'espace peripersonnel, qui est l'espace le plus proche de nous et qui représente l'un des sous-espaces fonctionnels de la représentation spatiale. Nous faisons l'hypothèse que ce sont les mêmes régions qui contribuent à la convergence multisensorielle, à la prédiction des conséquences sur le traitement tactile d'une stimulation visuelle approchant le corps et à la construction de l'espace peripersonnel. Pour tester cette hypothèse, nous avons étudié l'effet des aspects prédictifs temporels et spatiaux d'un stimulus visuel dynamique sur la détection du stimulus tactile chez l'Homme (étude comportementale) et le primate non humain (étude en IRM fonctionnelle) ainsi que les bases neuronales de la représentation de l'espace proche et de la représentation de l'espace lointain, chez le primate non humain (étude en IRM fonctionnelle). Nous mettons en évidence l'implication d'un réseau parieto-frontal, essentiellement composé par l'aire intrapariétale ventrale VIP et l'aire prémotrice F4 qui sont activées par ces trois mécanismes différents. Nous proposons que ce réseau traite non seulement la trajectoire de l'objet approchant vis-à-vis du corps, mais qu'il anticipe également ses conséquences sur le corps et prépare des actions de protection en réponse à ce stimulus approchant. Le deuxième axe de ma thèse porte sur la caractérisation de l'étendue de la plasticité dans la représentation visuelle dans le cerveau adulte (par opposition aux premiers stades de plasticité observées autour des périodes critiques du développement) et en particulier, sur des développements méthodologiques permettant de mesurer les changements fins dans le cortex visuel induits par une telle plasticité. Plus précisément, nous avons développé un ensemble de méthodes d'IRM à haute résolution : imagerie fonctionnelle (cartographie visuelle à haute résolution, IRM au repos), pharmacologique (imagerie spectroscopique du GABA) et structurelle (IRM anatomique, DTI basée sur la diffusion des molécules d'eau), afin de définir des mesures de référence pour évaluer les changements induits par la plasticité à différents moments après son induction, à travers une étude longitudinale réalisée chez les mêmes animaux. Certaines de ces méthodes nécessitent encore quelques raffinements et ajustements mais, dans l'ensemble, elles montrent leur potentiel prometteur pour étudier la plasticité chez les primates non humains. Dans l'ensemble, ce travail de thèse a permis de créer un lien fonctionnel entre les études d'IRMf effectuées chez l'Homme et les études d'enregistrement d'électrophysiologies chez le primate non humain. De plus, il entraine de nouvelles stratégies et pistes d'explorations à étudier dans le domaine de la représentation spatiale, à la fois chez l'Homme et le primate non humain
The construction of the representation of self is based on the integration of information received by our different sensory modalities such as visual, auditory, tactile or proprioceptive information. The interaction between actions and movements and more recently social interactions and space are being explored at the behavioral level, but less so at the functional level and much more remains to be elucidated. In particular, it is important and fundamental to understand exactly which processes are involved in space representation and how, not only from a partial view focusing on specific cortical areas and single neuron processes but at the scale of the whole brain and the functional networks. The first axis of my thesis focuses on peripersonal space, that is the space that is closest to us, and represents one of the functional subspaces of spatial representation. We assume that it is the same regions that contribute to multisensory convergence, to the prediction of the consequences of a looming visual stimulus onto tactile processing and to the construction of peripersonal space. To test this hypothesis, we investigated the effect of the temporal and spatial predictive aspects of a dynamical looming visual stimulus onto tactile stimulus detection in humans (behavioral study) and non-human primates (fMRI study); the neural bases of near space and far space representations, in non-human primate (fMRI study). We highlight the involvement of a parieto-frontal network, essentially composed by the ventral intraparietal area VIP, the premotor area F4 as well as striate and extra-striate cortical regions, which are activated by these three different mechanisms. We propose that this network not only processes the trajectory of the looming object with respect to the body, but also anticipates its consequences onto the body and prepares protective actions in response to the looming stimulus. The second axis of my thesis focuses on characterizing the extent of plasticity in the visual representation of the adult brain (as opposed to the early stages around the critical developmental periods) and in particular, how the associated fine-grained changes in the visual cortex can be precisely quantified along multiple dimensions (anatomical, functional, pharmacological). Specifically, we have developed a set of high-resolution MRI methods to assess functional (high-resolution visual mapping fMRI, rs-MRI), pharmacological (GABA spectroscopy imaging) and structural (anatomical MRI, DTI) imaging to define reference measures against which to evaluate the changes induced by plasticity at different times after its induction, through a longitudinal study performed in the same animals. Some of these methods need to be more refined but they show that they are really promising to study plasticity in nonhuman primate. On the whole, this present doctoral research allows to make a functional link between human fMRI studies and monkey single cell recording studies and provides new strategies and explorations to perform on the spatial representation field both in humans and non-human primates

Quelle est l’étendue des représentations mentales inconscientes ? Pour répondre à cette question, nous avons développé deux paradigmes de perception subliminale utilisant la valence émotionnelle comme attribut sémantique. Dans le premier, nous avons pu mettre en évidence une modulation amygdalienne par la valence émotionnelle de mots n’accédant pas à la conscience. Dans le second, nous avons démontré l’existence d’une modulation du seuil de conscience par la valence émotionnelle. Dans ces études, nous avons insisté sur la nécessité d’un contrôle : la perception consciente préalable des mêmes mots au cours du même paradigme pourrait être à l’origine d’associations directes court-circuitant les étapes sémantiques. Nous avons ainsi décrit un modèle général de spécification directe de code, dans lequel un indice inconsciemment perçu peut recruter des processus complexes sous réserve que ces mécanismes aient été mis en place consciemment au préalable.

L'objet de cette these est la definition d'un langage fonctionnel a objets possedant de bonnes proprietes de reutilisabilite et d'expressivite. Dans ce memoire, nous proposons un nouveau modele de reutilisabilite qui repose sur les notions de representations et de transformations. La premiere partie presente une etude synthetique des modeles de type et d'effets impurs. La deuxieme partie decrit le modele a base de representations et de transformations et propose plusieurs evolutions des mecanismes usuels de la programmation par objets. La troisieme partie presente un premier langage: micro-fol. Les representations y sont definies a partir de signatures et les methodes et transformations a partir de fonctions. Nous proposons un mecanisme d'inference de type par resolution de contraintes ensemblistes qui permet d'associer des informations de type precises aux phrases du langage. Ce mecanisme exploite les differentes formes de polymorphisme associees a la programmation par objets: genericite, sous-typage et surcharge. La quatrieme partie etudie l'introduction d'effets impurs dans la programmation fonctionnelle en utilisant la structure de monade qui permet de definir une semantique uniforme des differents effets impurs. La derniere partie est consacree a la presentation du langage fol, extension syntaxique de micro-fol. Le langage ainsi obtenu constitue un support pour l'etude des proprietes d'expressivite et de reutilisabilite

Face à l’augmentation des capacités de séquençage, on assiste à une accumulation de prédictions in silico dans les banques de séquences biologiques. Cette masse de données dépasse nos capacités d’expertise humaine et, malgré des progrès méthodologiques, ces analyses automatisées produisent de nombreuses erreurs notamment dans la prédiction de la fonction biologique des protéines. Par conséquent, il est nécessaire de se doter d’outils capables de guider l’expertise humaine par une évaluation des prédictions en confrontation avec les connaissances sur l’organisme étudié.GROOLS (pour “Genomic Rule Object-Oriented Logic System”) est un système expert capable de raisonner à partir d’informations incomplètes et contradictoires. Il a été développé afin de devenir l’assistant du biologiste dans un processus d’annotation fonctionnelle de génome intégrant une grande quantité d’information de sources diverses. GROOLS utilise une représentation générique des connaissances sous la forme d’un graphe de concepts qui est orienté et acyclique. Les concepts représentent les différents composants de processus biologiques (e.g. voies métaboliques) et sont connectés par des relations de différents types (i.e. “part-of”, “subtype-of”). Ces "Connaissances-a-priori" représentent des théories dont on souhaite élucider leur présence dans un organisme. Elles vont servir de socle au raisonnement afin d’être évaluées à partir d’observations de type “Prédiction” (e.g. activités enzymatiques prédites) ou “Expectation” (e.g. phénotypes de croissance). Pour cela, GROOLS met en œuvre une logique paraconsistante sur des ensembles de faits que sont les observations. Au travers de différentes règles, les valeurs de “Prédiction” et d’“Expectation” vont être propagées dans le graphe sous la forme d’ensembles de valeurs de vérité. A la fin du raisonnement, une conclusion sera donnée pour chaque "Connaissance-a-priori" en combinant leur valeurs de “Prédiction” et d' “Expectation”. Les valeurs de conclusion peuvent, par exemple, indiquer une “Présence-confirmée” (i.e. fonction prédite et attendue), une “Absence” (i.e. fonction non prédite mais attendue) ou une “Présence-non-attendue” (i.e. fonction prédite mais pas attendue dans l’organisme). Le raisonnement de GROOLS a été appliqué sur plusieurs organismes microbiens avec différentes sources de “Prédictions” (i.e. annotations d’UniProtKB ou de MicroScope) et de processus biologiques (i.e. GenomeProperties et UniPathway). Pour les “Expectations”, des données de phénotype de croissance et les voies de biosynthèse des acides aminés ont été utilisées. Les résultats obtenus permettent rapidement d’évaluer la qualité globale des annotations d’un génome et de proposer aux biologistes des annotations à compléter ou à corriger car contradictoires. Plus généralement, le logiciel GROOLS peut être utilisé pour l’amélioration de la reconstruction du réseau métabolique d’un organisme qui est une étape indispensable à l’obtention d’un modèle métabolique de qualité
One consequence of increasing sequencing capacity is the the accumulation of in silico predictions in biological sequence databanks. This amount of data exceeds human curation capacity and, despite methodological progress, numerous errors on the prediction of protein functions are made. Therefore, tools are required to guide human expertise in the evaluation of bioinformatics predictions taking into account background knowledge on the studied organism.GROOLS (for “Genomic Rule Object-Oriented Logic System”) is an expert system that is able to reason on incomplete and contradictory information. It was developed with the objective of assisting biologists in the process of genome functional annotation by integrating high quantity of information from various sources. GROOLS adopts a generic representation of knowledge using a directed acyclic graph of concepts that represent the different components of a biological process (e.g. a metabolic pathway) connected by two types of relations (i.e. “part-of” and “subtype-of”). These concepts are called “Prior Knowledge concepts” and correspond to theories for which their presence in an organism needs to be elucidated. They serve as basis for the reasoning and are evaluated from observations of “Prediction” (e.g. a predicted enzymatic activity) or “Expectation” (e.g. growth phenotypes) type. Indeed, GROOLS implements a paraconsistent logic on set of facts that are observations. Using different rules, “Prediction” and “Expectation” values are propagated on the graph as sets of truth values. At the end of the reasoning, a conclusion is given on each “Prior Knowledge concepts” by combining “Prediction” and “Expectation” values. Conclusions may, for example, indicate a “Confirmed-Presence” (i.e. the function is predicted and expected), a “Missing” concept (i.e. the function is expected but not predicted) or an “Unexpected-Presence” (i.e. the function is predicted but not expected in the organisms).GROOLS reasoning was applied on several organisms and with different sources of “Predictions” (i.e. annotations from UniProtKB or MicroScope) and biological processes (i.e. GenomeProperties and UniPathway). For “Expectations”, growth phenotype data and amino-acid biosynthesis pathways were used. GROOLS results are useful to quickly evaluate the overall annotation quality of a genome and to propose annotations to be completed or corrected by a biocurator. More generally, the GROOLS software can be used to improve the reconstruction of the metabolic network of an organism which is an essential step in obtaining a high-quality metabolic model

Ce travail de thèse propose d'utiliser Fanalyse fonctionnelle dans le processus de conception des structures de convertisseurs statiques. L'analyse fonctionnelle permet d'obtenir un niveau de raisonnement relativement détaché d'une technologie de réalisation. Ainsi, elle permet de guider le concepteur vers l'obtention de plusieurs structures à partir d'un même cahier des charges. L'approche présentée ici est restreinte aux convertisseurs statiques mais peut être étendue aux entraînements électriques. Un modèle est proposé pour représenter les fonctions et les agencer sous forme de graphes fonctionnels. En complément, une analyse de cohérence de ces derniers a été élaborée afin d'aider le concepteur tout au long de sa démarche de conception, en lui signalant des problèmes éventuels de construction des graphes et en lui proposant même parfois des éléments de solution. A partir de là, nous avons mis en œuvre un prototype informatique afin de valider tous ces concepts. Cet outil ne réalise que la vérification de la cohérence et laisse à la charge du concepteur le choix des fonctions et le passage fonction-structure.

La compréhension des dysfonctionnements locomoteurs est limitée par l'absence de technologie permettant l'analyse dynamique des structures internes et en particulier des segments osseux. Les imageurs tridimensionnels donnent accès à une description précise mais statique de la morphologie osseuse. Les systèmes d'analyse du mouvement par marqueurs externes fournissent quant à eux une information dynamique mais potentiellement empreinte d'erreurs relativement importantes en raison de la présence de tissus mous entre les os et la peau.

Dans un premier temps, une étude a été menée pour proposer une méthode de correction des artéfacts des tissus mous lors de l'estimation du mouvement. Une approche surfacique est décrite. Cette méthode repose sur le suivi de la déformation, induite par le déplacement de l'omoplate, d'une nappe de marqueurs à la surface de la peau. Le suivi est réalisé par un algorithme de recalage robuste, l'IMCP. Cet algorithme, développé dans des travaux précédents, a été modifié et adapté de manière à prendre en compte le contexte de l'étude. Les améliorations ont principalement consisté en un post-traitement des données afin d'exploiter au maximum les capacités de mutualisation de l'information de l'algorithme, la prise en compte de l'influence des bords de la nappe de marqueurs et enfin l'optimisation du temps de calcul. Dans un second temps, afin de réaliser une étude morpho-fonctionnelle dans un espace commun de représentation, un protocole spécifique d'acquisition IRM a été mis en place. Celui-ci a pour objectif le recalage des repères locaux propres à l'acquisition morphologique et à celle du mouvement. L'analyse morpho-fonctionnelle de l'articulation glénohumérale, dans le cas de mouvements empreints d'erreurs, a également nécessité le développement de mesures quantifiant la cohérence articulaire.

Les résultats obtenus montrent que l'utilisation d'une nappe de marqueurs recouvrant l'omoplate à la surface de la peau ne permet pas le suivi de l'empreinte de l'os. L'étude sur des simulations conduisent à avancer 2 hypothèses pour expliquer ces résultats : le bruit crée par les tissus mous est trop important et / ou la résolution de la surface de la peau disponible est insuffisante. L'intérêt de tendre vers des méthodes d'acquisition sans marqueurs est ainsi également mis en évidence. L'analyse morpho-fonctionelle a quant à elle mis en évidence l'influence du protocole d'acquisition utilisé sur la cohérence articulaire lors de l'animation des os. Le choix du positionnement des marqueurs sur l'omoplate et sur l'humérus ainsi que la méthode de traitement employée pour reconstruire le mouvement ont ainsi une influence significative sur l'estimation du mouvement des structures osseuses.