Dissertations / Theses on the topic 'Reproduction temporelle'

Alexandrium minutum est un dinoflagellé à l’origine d’efflorescences toxiques récurrentes le long des côtes bretonnes. Originaire de Méditerranée, cette espèce a progressivement envahi l’Europe. L’objectif de ce travail était d’étudier les processus pouvant influencer la diversité génétique des populations d’A. Minutum. Tout d’abord, des expériences que nous avons réalisées montrent que la rencontre des gamètes suit un processus complexe où les fusions ne sont pas régies par un système bipolaire. Ce qui pourrait expliquer la forte diversité observée au sein des efflorescences. En effet, l’utilisation des microsatellites a permis de révéler une forte diversité génétique et génotypique. La reproduction sexuée chez cette espèce serait donc prédominante. L’étude de la variabilité génétique spatiotemporelle au cours des efflorescences pendant deux années consécutives dans les estuaires de Penzé et de Rance révèle des différenciations génétiques significatives aux deux échelles. Ces résultats indiquent que les populations d’A. Minutum le long des côtes bretonnes sont isolées génétiquement mais aussi que leur composition génétique évolue au cours de la saison. Les traits d’histoire de vie de cette espèce (production de kystes sexués) pourraient expliquer cette dynamique spatio-temporelle en renforçant la différenciation génétique entre estuaires. Les kystes pourraient constituer une réserve de génotypes, leur présence en grand nombre pourrait par un effet de tampon génétique et de compétition limiter l’arrivée de nouveaux migrants dans ces estuaires. Ces résultats fournissent des paramètres essentiels pour la gestion des milieux côtiers menacés par les algues toxiques
Alexandrium minutum is a dinoflagellate producing recurrent toxic blooms along the French Atlantic coast. Originally from the Mediterranean, this species has gradually invaded the European coasts. In this study we examined the processes that may affect population genetic diversity of A. Minutum. We made crossing experiments to determine its reproductive system. Then we used molecular tools to determine the importance of sexual reproduction in natural populations. Finally, we studied the genetic variability of annual blooms for two consecutive years in Penzé and Rance estuaries. Crossing experiments showed that gametes recognition in this species is not a bipolar system but involves different mating types. Using microsatellite markers, we found that blooms have a high genetic and genotypic diversity suggesting that clonal reproduction is not a dominant process during bloom period. The spatio-temporal genetic analyses showed significant differentiation at both spatial and temporal scales and indicates a restricted gene flow between the two sites. The genetic differentiation between estuaries could also be closely linked to the life history traits. Indeed, the rapid development of blooms in a new site, followed by the formation of a large number of cysts accumulated in estuaries could be a particular system characterized by high genetic buffer and limiting arrival of immigrants by competition. Finally, our results suggest that the toxic blooms observed in Rance, in the Morlaix Bay and Brest estuaries correspond to different introductions processes

Dans la présente étude, l’effet de traitement non temporel sur la tâche de reproduction d’intervalles de temps est testé dans quatre expériences. Trois tâches non temporelles nécessitant l’encodage ou la récupération d’information en mémoire ainsi qu’une tâche d’interruption d’estimation temporelle sont combinées à une tâche de reproduction temporelle nécessitant l’encodage et la reproduction de durées (environ 2 secondes). Les résultats obtenus révèlent que les tâches non temporelles affectent davantage la phase de reproduction que la phase d’encodage de durées suggérant ainsi que l’interférence du traitement non temporel avec la reproduction temporelle simultanée diffère selon que le traitement prenne place durant la phase d’encodage ou la phase de reproduction. Une hypothèse explicative est proposée selon laquelle l’interférence du traitement non temporel avec l’estimation temporelle concurrente varie selon les processus impliqués et les ressources requises dans les deux phases de la tâche temporelle. L’ensemble des résultats est interprété dans le cadre des modèles d’accumulation de l’information temporelle.

L’environnement physique de l'estuaire de la Loire est aussi naturellement complexe que modifie par les pollutions et aménagements. La variabilité de la salinité, la mosaïque des sédiments, une turbidité accentuée sont les caractéristiques de ce milieu. Les peuplements macrozoobenthiques s'organisent selon le gradient de salinité mais l'oxygène dissous, la teneur en fines du sédiment et la matière organique conditionnent la présence de certaines espèces sensibles ainsi que la densité et la diversité des peuplements. Le long du gradient halin, trois communautés, elles-mêmes parfois divisées en facies, se succèdent. Les espèces recensées sont peu nombreuses, la diversité reste faible et l'abondance est maximale en milieu limnique. Le suivi sur deux ans d'une radiale coupant le secteur polyhalin à travers une vasière franche et deux estrans sablo-vaseux, montre l'existence de trois micropeuplements définis par des facteurs abiotiques et microphytobenthiques: matière organique, microphytobenthos, pourcentage de fines. Les paramètres de richesse et structure des peuplements ainsi que l'évolution des espèces principales, dans le temps comme dans l'espace, ont complète l'étude. Les facteurs du milieu justifient très souvent la variabilité spatio-temporelle des abondances et des biomasses tandis que la richesse spécifique reste toujours faible. Les peuplements alternent entre les divers stades de maturité, dans un état néanmoins révélateur d'immaturité. L’ensemble des espèces est euryece tolérant mais celles-ci peuvent devenir sensibles ou opportunistes à un facteur particulier. Macoma balthica et Scrobicularia plana montrent aussi une plasticité adaptative aux conditions de l'environnement, mais ce sont les fluctuations des quantités de nourriture disponible et les températures hivernales qui sont les plus restrictives pour ces Tellinidés. . .

Alexandrium minutum est un dinoflagellé qui est à l'origine des efflorescences toxiques observées de façon récurrente le long des côtes Bretonnes. Cette microalgue produit des toxines paralysantes qui sont parmi les plus puissantes au monde. Originaire de Méditerranée, cette espèce a progressivement envahi les côtes européennes atlantiques. Cette algue invasive a été observée en Bretagne dans les années 80, puis a atteint successivement l'Angleterre, l'Irlande et le Danemark. Aujourd'hui, elle semble durablement installée dans de nombreux estuaires bretons, produisant de façon récurrente des efflorescences toxiques, bien que dans certains sites les proliférations semblent être limitées par la présence de parasite. Dans cette étude nous nous sommes interrogés sur les processus pouvant influencer la diversité génétique des populations d'A. minutum et les répercussions de ces capacités d'adaptation vis à vis des facteurs biotiques et abiotiques. Nous avons en particulier, réalisé des expériences de croisement en laboratoire afin de mieux comprendre sa reproduction et de déterminer son système de reproduction. Puis nous avons utilisé des outils moléculaires afin de déterminer quelle était l'importance de la reproduction sexuée dans les populations naturelles en Bretagne (reproduction sexuée versus asexuée). Enfin, nous avons étudié la variabilité génétique des efflorescences annuelles pendant deux années consécutives dans les estuaires de la Rance et de la Penzé. Les expériences de croisement in vitro ont permis de mettre en évidence que la reconnaissance gamétique était un processus complexe où les fusions ne sont pas régit par un système bipolaire comme c'est généralement le cas chez de nombreux organismes. D'autre part nos résultats suggèrent que les kystes temporaires auraient une capacité de survie de plusieurs mois au froid et à l'obscurité dans les conditions de laboratoire. Grâce à l'utilisation des marqueurs microsatellites, nous avons montré que les efflorescences d'A. minutum présentaient une diversité génétique et génotypique très élevée et que les génotypes étaient tous différents les uns des autres au sein de ces efflorescences. Ces résultats suggèrent que la reproduction clonale n'est pas dominante au cours des évènements d'efflorescence. L'analyse génétique spatio-temporelle (entre Penzé et Rance, entre années et entre période d'efflorescence) montre des différenciations significatives aux différentes échelles. La différence spatiale indique un flux de gènes restreint entre les deux sites et cela principalement au cours des blooms. En effet, les efflorescences qui se développent généralement pendant les marées de morte-eau restent relativement isolées. Ces résultats ont été confirmés par l'étude de la structure génétique des populations A. minutum le long des côtes Bretonnes qui révèle des flux de gènes limités entre populations. Ces résultats suggèrent que la migration est relativement restreinte entre estuaires. De plus, la différenciation génétique entre estuaires pourrait également étroitement être liée aux traits d'histoire de vie de cette espèce. En effet, le développement rapide des efflorescences dans un nouveau site colonisé, suivi par la formation d'un grand nombre de kystes de résistance qui s'accumulent au sein des estuaires pourrait constituer un système particulier présentant une forte inertie au changement (tampon génétique) et limitant, par compétition, l'arrivée de nouveaux migrants (hypothèse de monopolisation des sites (De Meester et al. 2002). Enfin, nos résultats suggèrent que les efflorescences toxiques observées en Rance, en Baie de Morlaix et en Rade de Brest correspondraient à des évènements d'introduction différents.

Cette thèse s'intéresse aux variations spatio-temporelles de la reproduction du sapin pectine (Abies alba), en limite sud de son aire de répartition dans les populations du mont Ventoux et de la montagne de Lure. En général, les populations marginales présentent des densités faibles et variables. Pour nos populations de sapins, nous avons montré que les densités faibles entraînent une augmentation des taux d'autofécondation par loi d'action de masse, à l'échelle de la population mais également individuelle. Les populations moins denses présentent également une réduction du taux de germination par expression de la dépression de consanguinité, mais qui est compensée par une meilleure survie des semis pouvant provenir d'une purge plus efficace du fardeau génétique. Cependant, la diminution de la densité entraîne dans nos populations une baisse de la production efficace de graines par augmentation du taux de graines vides, probablement à cause d'une dispersion du pollen limitée. En effet, nos analyses génétiques conduisent à une distance de dispersion moyenne estimée de 20 à 50m. Cette faible dispersion induit également une forte variabilité individuelle du régime de reproduction liée aux variations locales de densité et de productions individuelles de pollen. Finalement, nous avons trouvé des variations inter-annuelles importantes de la structure génétique spatiale du nuage de pollen avec une différenciation entre arbres-mères de 8% et une différenciation entre années au sein des mères de 13%. Les années avec les plus fortes productions de pollen étaient également celles avec la plus faible diversité génétique globale. Cette étude confirme donc la nécessité de considérer de multiples années quand on s'intéresse à la reproduction d'une espèce pérenne comme le sapin, à la fois pour des études théoriques et pour des questions centrées sur la gestion de la diversité
This study focuses on the spatio-temporal varibility of reproduction in silver fir (Abies alba), in its French rear edge populations in the Mont Ventoux and Lure mountain. Usually, marginal populations contrast from core populations with lower and more variable densities. In our populations of firs, we found that lower densitiy leads to higher selfing rates through a mass-action law at both population and individual levels. As a consequence, germinative abilities were lower for seeds from lower density populations, mainly because of inbreeeding depression. But this was balanced by a higher survival rates at the seedling stage. A more efficient genetic purge could explain this. However, in our populations, a lower density also induced a lower effective seed production, through an increased rate of empty seeds. This can result from pollen limi tation. Indeed, genetic analyses revealed a rather high spatial genetic structure of pollen pool, indicating a limited dispersal with a mean dispersal distance between 20 and 50m. This limited dispersal also induced a high inter-individual variability of the mating system mainly due to variations of local density and individual pollen production. Finally, we found strong inter-annual variations of the pollen pools : giving an inter-mothers differentiation of 8%, we obtained an inter-annual differenciation of 13% within mothers. The year with the higher pollen productions also presented the lower overall genetic diversity. Thus this study confirms the necessity to consider multiple years in studies on the reproduction of a perennial tree such as fir, either for theoretical concerns of for practical questions focused on the management of genetic diversity

Le fonctionnement écologique des écosystèmes côtiers est soumis à l’action synergique des changements climatiques et des pressions anthropiques. Au sein du Bassin d’Arcachon, l’huître Crassostrea gigas, montre depuis quelques années une modification du cycle reproductif (i.e. faible formation des gamètes, retard de ponte), qui semble lié aux modifications globales des conditions thermiques et trophiques du milieu. L’objectif de ce travail consiste à réaliser un état des lieux de la variabilité spatio-temporelle de l’état reproductif des huîtres dans le Bassin d’Arcachon, en lien avec l’origine, la quantité et la qualité de la ressource trophique. Les résultats obtenus ont permis de révéler d’importants gradients spatiaux de variabilité du développement gonadique et du signal trophique chez C. gigas, entre les parties internes sous influences des rivières (sud-est et nord-est), et la partie externe sous influences océaniques. Deux facteurs clés se sont révélés en partie explicatifs de cette variabilité, le temps d’immersion et le temps de renouvellement océanique. Un comparatif de la gamétogenèse et du pool nutritif entre les parties sud-est et nord-est du bassin a permis de démontrer une variabilité temporelle de la composition phytoplanctonique associée à une variabilité des apports en acides gras essentiels à la formation et la maturité des gamètes. La dynamique de la mise en réserves ainsi que le déclenchement des pontes chez C. gigas se sont révélés synchrones à la variabilité saisonnière de la quantité et la qualité du pool nutritif. Ces résultats représentent une première étape vers le développement d’un modèle prédictif des besoins énergétiques de l’espèce sous l’effet des changements globaux des conditions environnementales
The ecological functioning of coastal ecosystems is subjected to the synergistic action of climate change and anthropogenic pressures. In Arcachon Bay, the reproductive cycle of the oyster Crassostrea gigas has changed in recent years (e.g. weak gametogenesis, spawning delay). This pattern seems to be associated with global changes in thermal and trophic conditions. The aim of this work was to characterize the spatio-temporal variability in the reproductive investment of oysters in Arcachon Bay. This variability has been investigated in relation to the origin, quantity and quality of the trophic resources. The results revealed important spatial gradients of variability in gonadal development and trophic signal in C. gigas, between inner parts of the bay influenced by river inputs (south-east and north-east) and the external part of the bay, which is influenced by oceanic inputs. Two hydrodynamic factors explained most of the observed variability: immersion time and oceanic water renewal. A comparison of C. gigas gametogenesis and the nutritional value of available food sources between the south-eastern and north-eastern parts of the bay revealed temporal variability in the composition of phytoplankton. This variability was associated with variability in the amounts of essential fatty acids, necessary for gametogenesis. Changes in energy reserves and gamete release cycle were synchronized with the seasonal nutrient variability. These results constitute a first approach in the development of a model predicting the evolution of the energetic needs of C. gigas under the global change in environmental conditions

L'élevage de précision consiste à enregistrer des paramètres sur les animaux ou leur environnement grâce à divers capteurs. Dans cette thèse, il s'agit de suivre le comportement de vaches laitières via un système de localisation en temps réel. Les données sont collectées en une suite de valeurs à intervalle régulier, c'est ce que l'on appelle une série temporelle. Les problèmes liés à l'utilisation de capteurs sont le grand nombre de données engendré et la qualité de ces données. Le Machine Learning (ML) permet d'atténuer ce problème. Le but de cette thèse est de détecter les comportements anormaux de vaches. L'hypothèse de travail, étayée par la littérature en biologie, est que le rythme circadien d'activité d'une vache change si celle-ci passe d'un état normal à un état de maladie, stress ou encore un stade physiologique spécifique (œstrus, mise-bas) et ce, de manière très précoce. La détection d'une anomalie de comportement permettrait de prendre des décisions plus rapidement en élevage. Pour cela, il existe des outils de classification de séries temporelles ou Time Series Classification (TSC) en anglais. Le problème avec les données de comportement est que le schéma comportemental dit normal de la vache varie selon les vaches, les jours, la ferme, la saison, etc. Trouver un schéma normal commun à toutes les vaches est donc impossible. Or, la plupart des outils de TSC se basent sur l'apprentissage d'un modèle global pour définir si un comportement donné est proche de ce modèle ou non. Cette thèse s'articule autour de deux grandes contributions. La première consiste à l'élaboration d'une nouvelle méthode de TSC : FBAT. Elle se base sur les transformées de Fourier pour identifier un pattern d'activité sur 24 h et le comparer à celui d'une autre période de 24 h consécutive, afin de palier le problème de l'absence de schéma commun d'une vache normale. La deuxième contribution consiste à utiliser les étiquettes floues. En effet, autour des jours considérés comme anormaux, il est possible de définir une zone incertaine où la vache serait dans un état intermédiaire. Nous montrons que la logique floue permet d'améliorer les résultats quand les étiquettes sont incertaines et nous introduisons une variante floue de FBAT : F-FBAT
Precision livestock farming consists of recording parameters on the animals or their environment using various sensors. In this thesis, the aim is to monitor the behaviour of dairy cows via a real-time localisation system. The data are collected in a sequence of values at regular intervals, a so-called time series. The problems associated with the use of sensors are the large amount of data generated and the quality of this data. The Machine Learning (ML) helps to alleviate this problem. The aim of this thesis is to detect abnormal cow behaviour. The working hypothesis, supported by the biological literature, is that the circadian rhythm of a cow's activity changes if it goes from a normal state to a state of disease, stress or a specific physiological stage (oestrus, farrowing) at a very early stage. The detection of a behavioural anomaly would allow decisions to be taken more quickly in breeding. To do this, there are Time Series Classification (TSC) tools. The problem with behavioural data is that the so-called normal behavioural pattern of the cow varies from cow to cow, day to day, farm to farm, season to season, and so on. Finding a common normal pattern to all cows is therefore impossible. However, most TSC tools rely on learning a global model to define whether a given behaviour is close to this model or not. This thesis is structured around two major contributions. The first one is the development of a new TSC method: FBAT. It is based on Fourier transforms to identify a pattern of activity over 24 hours and compare it to another consecutive 24-hour period, in order to overcome the problem of the lack of a common pattern in a normal cow. The second contribution is the use of fuzzy labels. Indeed, around the days considered abnormal, it is possible to define an uncertain area where the cow would be in an intermediate state. We show that fuzzy logic improves results when labels are uncertain and we introduce a fuzzy variant of FBAT: F-FBAT

Si les patrons d'expression de la diversité génétique des essences forestières à distribution grégaire des forêts tropicales humides ont fait l'objet de nombreuses études, les connaissances sur les essences forestières disséminées et représentées à très faible densité à l'hectare (dites rares) restent encore embryonnaires. Ces dernières suivent elles les mêmes patrons de distribution de la diversité génétique? Quels facteurs biotiques et abiotiques régissent l'organisation spatiale et l'évolution de la diversité génétique chez ce type d'espèce ? Afin d'améliorer les connaissances sur la biologie des espèces rares, nous nous proposons au travers de marqueurs microsatellites nucléaires(nuc) et chloroplastiques(cp) (i) d'analyser le régime de reproduction chez une espèce rare (ii) d'évaluer sa capacité de dispersion des gènes via les graines et le pollen , et enfin de(iii) décrire l'organisation spatiale de la diversité génétique à fine et à large échelle. Nous avons abordé ces questions avec Baillonella toxisperma (le Moabi), une essence commerciale dite rare (1 adulte/15ha à 20 ha), à multi- usages, représentée à travers les différentes écozones du bassin du Congo. Trois résultats majeurs découlent de nos travaux : (i) En dépit d'un isolement prononcé des adultes, B. toxisperma présente un régime de reproduction allogame prépondérant (tm ≈ 98%) avec des taux réduits d'autofécondation (1 - tm < 3%) probablement favorisé par la protandrie. (ii) Comme attendu dans le cas d'arbres disséminés, l'intensité de sa structure génétique spatiale à fine échelle est faible (Spnuc = 0.003 ; Spcp = 0.015) et reflète bien les flux de gènes à longues distances mesurés via le pollen [σp = 9.8 km à 10.8 km] et les graines [σs = 4.0 km à 6.3 km], probablement dû aux disperseurs efficaces que sont la chauve-souris, l'éléphant et l'homme. A large échelle spatiale, un signal phylogéographique a été détecté entre les individus situés de part et d'autre de l'équateur thermique, notamment entre ceux du massif forestier Camerounais et du Gabon (Rst = 0.313 > Rstp = 0.115, P < 0.001). Deux sous-groupes du massif forestier gabonais qui séparent les individus des forêts côtières de l'Ouest, de ceux des forêts planitaires de l'intérieur des terre, à l'Est, ont également été détectés, et présentent une différenciation génétique modérée (FST = 0.068, P < 0.001). La divergence génétique entre ces trois groupes pourrait s'expliquer par un isolement géographique qui remonterait aux perturbations climatiques du pléistocène et de l'Holocène sur la forêt tropicale humide africaine, et qui serait encore aujourd'hui maintenu par un isolement dans la reproduction du fait d'un asynchronisme dans la période de floraison entre leurs individus. La mise en évidence de ces trois groupes génétiques suggère une répartition biogéographique de B. toxisperma dans le bassin du Congo en partie façonnée par le climat actuel et passé. Nos conclusions peuvent servir d'outils d'aide à la décision pour les programmes de conservation et d'aménagement durable de la biodiversité en Afrique centrale
If genetic diversity patterns of gregarious rainforest forest trees are well known, few knowledges are available about low density tree species. Does those last one follow the same genetic distribution pattern? Which biotic and abiotic factors underline the spatial structure and evolution of the genetic diversity of such species? In order to improve the knowledge of the biology of such species, we have propose through nuclear microsatellite(nuc) and chlorosplastic (cp) markers to (i) analyse the reproductive system of a low density tree species, (ii) assess its dispersal capacity through seeds and pollen, and finally to (iii) describe the spatial genetic structure at a fine and large scale. We have addressed those questions with Baillonella toxisperma Pierre (commonly named Moabi), a commercial tree of many uses, known to be rare (1 ind/15ha à 20 ha) and distributed through different ecologicals areas of Congo basin. Three main results rise from our study: (i) Despite a strong isolation of the adults, B. toxisperma has a dominant allogamous reproductive system (tm ≈ 98%) with a reduce rate of self-pollination (1- tm< 3%) which is probably due to occurrence of protandry. (ii) As expected in the case of low density trees, the spatial statistic (Sp) of the fine spatial genetic structure is very low [Spnuc = 0.003 ; Spcp = 0.015]. Those reflected a very high gene flow mediated through pollen [σp = 9.8 km à 10.8 km] and seeds [σs = 4.0 km à 6.3 km], that probably mediated by efficient dispersal vectors like bats, human and elephant. At a large scale, a phylogenetic signal has been detected between individuals located in both side of the thermic equator, mainly between those from the block forest of Cameroon and Gabon [RST = 0.313 > RSTp = 0.115, P < 0.001]. Two discretes genetics units from the Gabon block forest which separate individuals of the West coastal forests from the lowland forest ones (in the inland) have also been detected and showed a moderate genetic differentiation [FST = 0.068, P < 0.001]. The genetic differentiation between these three units could be explained by a geographical isolation during past climatic disturbances in the African rainforest, occurred in the Pleistocene and Holocene, and which will be still maintained up to date by a reproductive isolation caused by flowering asynchrony periods among individuals. The occurrence of these three genetic units suggests a biogeographical repartition of B. toxisperma in the Congo basin that is mainly due to the past and current climate. Our conclusions may lead to implement conservation strategies and sustainable management programm for biodiversity in Central Africa

De 1956 a 1994, les colonies des neuf especes de charadriiformes de camargue ont ete recensees entre le grau-du-roi et fos-sur-mer environ tous les trois ans. Ces recensements ont permis de mettre en relation la dynamique coloniale de ces especes avec les modifications du paysage. Les amenagements durant cette periode ont stabilise des milieux caracterises a l'origine par une forte variabilite inter-annuelle de leurs conditions d'inondation. La dynamique paysagere, engendree par l'expansion des salins, a tout d'abord ete favorable aux sternes, aux mouettes et aux avocettes en creant de nouveaux ilots de nidification. Mais la stabilisation posterieure de l'habitat a eu pour double effet d'interdire la creation naturelle de ces ilots tout en permettant leur degradation par erosion. La stabilite de l'habitat a, de plus, favorise l'installation du goeland leucophee qui, par competition, a rejete les autres especes coloniales des derniers sites de reproduction disponibles. La rarefaction des ilots de nidification serait ainsi la cause principale, en camargue, de l'occupation par ces oiseaux de sites de substitution ou la productivite en poussins est extremement faible. Ce phenomene serait de plus responsable de la diminution des effectifs reproducteurs de la region. Cependant quatre especes, le goeland leucophee, la mouette melanocephale, le goeland railleur et la sterne caugek montrent une augmentation exponentielle de leurs effectifs. La croissance de leurs populations ne peut s'expliquer que par un apport exterieur par immigration

L'objectif de cette thèse est d'étudier l'idée du tatouage dans le traitement du son.Les recherches en tatouage audio se sont principalement tournées vers des applications sécuritaires ou de transmission de données auxiliaires. Une des applications visées par ce concept consiste à améliorer la qualité du signal hôte ayant subi des transformations et ceci en exploitant l'information qu'il véhicule. Le tatouage audio est donc considéré comme mémoire porteuse d'informations sur le signal originel. La compression à bas débit des signaux audio est une des applications visée par ce concept. Dans ce cadre, deux objectifs sont proposés : la réduction du pré-écho et de l'amollissement d'attaque, deux phénomènes introduits par les codeurs audio perceptifs, en particulier les codeurs AAC et MP3; la préservation de l'harmonicité des signaux audio dégradée par les codeurs perceptifs à extension de bande, en particulier le codeur HE-AAC.La première partie de ce manuscrit présente les principes de base des systèmes de codage bas débit et étudie les différentes distorsions introduites par ces derniers. Fondées sur cette étude, deux solutions sont proposées. La première, visant principalement la réduction du pré-écho, consiste à corriger l'enveloppe temporelle du signal après réception en exploitant la connaissance a priori de l'enveloppe temporelle du signal original, supposée transmise par un canal auxiliaire à faible débit (< 500 bits/s). La seconde solution vise à corriger les ruptures d'harmonicité générées par les codeurs à extension de bande. Ce phénomène touche essentiellement les signaux fortement harmoniques (exemple : violon) et est perçu comme une dissonance. Une préservation de l'harmonicité des signaux audio par des opérations de translation spectrale est alors proposée, les paramètres étant là encore transmis par un canal auxiliaire à faible débit.La seconde partie de ce document est consacrée à l'intégration du tatouage audio dans les techniques de renforcement de la qualité des signaux audio précitées. Dans ce contexte, le tatouage audio remplace le canal auxiliaire précédent et œuvre comme une mémoire du signal originel, porteuse d'informations nécessaires pour la correction d'harmonicité et la réduction de pré-écho. Cette seconde partie a été précédée par une étape approfondie de l'évaluation des performances de la technique de tatouage adoptée en terme de robustesse à la compression MPEG (MP3, AAC et aacPlus).

Dicorynia guianensis (Angélique) est un grand arbre de la forêt tropicale humide du plateau des Guyanes et la première espèce exploitée pour son bois en Guyane. La gestion durable de cette ressource exige de pouvoir prédire à long terme le renouvellement du stock exploitable et pour cela, de mieux cerner les processus écologiques qui déterminent la dynamique de sa régénération. Le travail présenté est la synthèse d'études menées sur l'écologie de la graine et la démographie de la régénération de D. guianensis en forêt naturelle et en forêt exploitée sur le site de Paracou, en Guyane. Les connaissances acquises, à l'échelle de la population, sur la régénération de l'espèce ont permis de calibrer un modèle de recrutement à partir de la graine intégrant la variabilité des processus d'installation, de croissance et de mortalité. Ce modèle constitue le point de départ d'un simulateur de la dynamique des populations naturelles de D. guianensis sélectivement exploitées en Guyane.

L’étude des traits d’histoires de vie des organismes et de leurs covariations est extrêmement informative sur la démographie des populations ainsi que sur leur évolution. Parmi ces traits, la survie adulte est centrale en tant que composante de la valeur sélective. La phénologie de la reproduction est également un élément clef par ses conséquences majeures sur la valeur sélective et sa sensibilité aux variations environnementales, notamment dans le contexte actuel de changement climatique. L’étude du lien entre ces deux traits est déterminante dans la compréhension des relations complexes entre traits d’histoires de vie dans une population, mais il reste cependant peu étudié. Cette thèse vise à explorer les variations de survie dans quatre populations de mésanges bleues (Cyanistes caeruleus) en région méditerranéenne, et à examiner l’existence de lien entre celle-ci et d’autres composantes démographiques ou environnementales des populations, notamment la phénologie de la reproduction. Grâce à des modèles de type capture-marquage-recapture, nous avons pu estimer les taux de survie dans les différentes populations. Nous avons montré que dans l’une de ces populations, la phénologie de la population impactait la survie adulte au niveau populationnel (une diminution de la date de ponte médiane de la population est liée à une diminution de la survie) ainsi qu’au niveau individuel en sens contraire (les individus les plus précoces au sein de la population sont ceux qui ont la survie la plus élevée dans l’année qui suit). Ces covariations s’inscrivent dans un système de relations complexe qui fait intervenir le succès reproducteur (lié à la date de ponte), l’environnement (effet sur la date de ponte et sur le succès reproducteur), et la densité de population (effets sur la date de ponte, le succès reproducteur et sur la survie adulte). Au total, nos travaux éclairent d’un jour nouveau les processus liés à la survie adulte et ses variations spatio-temporelles dans les populations étudiées, ainsi que leurs liens avec les variations environnementales
The study of life history traits and their covariations is critical to fully understand population demography and evolution. Among these traits, adult survival is central, as a component of fitness. Reproductive phenology is also a key element through its major consequences on fitness and through its sensitivity to environmental variations, particularly in the current context of climate change. The study of the relationship between these two traits is crucial in understanding the complex relationships between life history traits in a population. It is however surprisingly not often studied. This thesis aims to explore variations in survival in four populations of blue tit (Cyanistes caeruleus) in the Mediterranean region, and to examine the existence of links between survival and other demographic or environmental components of populations, including reproductive phenology. Using capture-mark-recapture models, we were able to estimate survival probabilities in the different populations. We showed that in one of these populations, the phenology of the population impacted adult survival at the population level (a decrease in the median laying date of the population causes a decrease in subsequent survival) as well as at the individual level (but in the opposite direction: the earliest individuals in the population are those who have the highest survival probabilities in the following year). These covariations are part of a complex relationship system that involves reproductive success (related to laying date), environment (which impacts laying date and reproductive success), and population density (which has negative effects on laying date, reproductive success and adult survival). In total, our work sheds new light on the processes related to adult survival and its spatial and temporal variations in the populations studied, as well as their links with environmental variations

Le réchauffement climatique a des conséquences sur la phénologie, les aires de répartition et la taille des organismes. Cependant, les processus physiologiques sous-jacents à ces phénomènes restent peu connus. Les ectothermes dont le métabolisme est positivement corrélé à la température pourraient montrer, sous réchauffement climatique, une production accrue d'espèces réactives de l'oxygène (ERO). Ces ERO ont été depuis quelques décennies définis comme l'un des mécanismes physiologiques sous-jacents aux stratégies d'histoire de vie. Dans cette thèse, nous avons exploré la physiologie oxydative de poissons dans des contextes thermiques variés et ses conséquences sur la gestion des traits d'histoire de vie. Nos approches expérimentales et de terrains menées sur Oryzias latipes, Perca fluviatilis & Rutilus rutilus, nous ont permis de montrer ces liens. Ces résultats sont à compléter, notamment sur le terrain où de nombreux effets confondants ont rendu les conclusions difficiles
Global warming affects the phenology, range and body-sizes of species. However, the underlying physiological processes remain poorly understood. Ectothermic organisms, whose metabolism is positively correlated with temperature, would show an increase in reactive oxygen species (ROS) production under global warming. These ROS have been proposed to be one of the physiological triggers of the life history strategies. In this thesis, we explored the oxidative physiology of fish in different warming contexts and their effects on life-history traits. Our experimental and field approaches on Oryzias latipes, Perca fluviatilis & Rutilus rutilus, allowed us highlight these links. However, further studies are necessary, especially in natura where many confounding effects have made conclusions difficult

Le traitement de l'information temporelle est étroitement lié au fonctionnement quotidien, alors que sa modulation par l'émotion favorise l'adaptation de l'être humain à son environnement. Or, la perception du temps demeure à ce jour un aspect relativement méconnu des diagnostics de Trouble du spectre autistique (TSA) et de Trouble déficitaire de l’attention avec ou sans hyperactivité (TDAH), qui sont associés à des particularités dans le traitement de l'information et la gestion des émotions, ainsi qu'à des difficultés interpersonnelles. La présente thèse a pour objectif d'évaluer l'impact de l'émotion perçue sur la performance lors de tâches de bissection et de reproduction temporelles chez des adolescents âgés de 11 à 18 ans qui ont reçu un diagnostic de TSA et de TDAH (11 participants par groupe clinique et 10 dans le groupe contrôle). Des visages neutres ou exprimant la colère ou la peur sont utilisés afin d'évaluer l'impact de l'émotion perçue sur la perception du temps des participants. De même, les tâches de bissection (400-1600 ms) et de reproduction (2000 et 10000 ms) permettent d'évaluer respectivement la perception de durées courtes et longues, qui repose sur des mécanismes distincts. Les résultats de la tâche de bissection ne révèlent aucune différence significative entre les groupes, suggérant ainsi que le mécanisme de l'horloge interne est relativement préservé dans les diagnostics de TSA et de TDAH. L'impact de l'émotion perçue sur la performance en bissection temporelle n'est pas significatif, mais il est possible d'observer une plus grande proportion de réponses longues pour la durée de 800 ms lorsque le visage présenté exprime la peur plutôt que d'être neutre. De même, la colère présentée lors de la phase d'encodage de la durée de deux secondes est associée à une surestimation de la durée, et ce, dans les trois groupes. La colère présentée lors de l'encodage du standard de dix secondes affecte également la performance des adolescents des trois groupes, mais son impact s'avère plus marqué lorsqu'un visage neutre est présenté pendant la reproduction. Le coefficient de variation des groupes TSA et TDAH varie selon l'émotion perçue au cours de la phase de reproduction. Chez les adolescents du groupe TSA, une plus grande sensibilité temporelle est ainsi observée lorsqu'un visage en colère est présenté, alors que le patron inverse est observé dans le groupe TDAH. Les résultats de la tâche de reproduction temporelle suggèrent que l'émotion perçue engendre des distorsions dans l'appréciation de la durée écoulée chez les adolescents porteurs de diagnostics de TSA et de TDAH. Les analyses corrélationnelles suggèrent pour leur part un impact plus marqué de l'émotion chez les adolescents qui présentent des troubles de comportement. De bonnes habiletés sociales tendent au contraire à limiter l'impression subjective d'allongement de la durée. Les études à venir devraient inclure un plus grand échantillon et une évaluation clinique des participants issus de populations cliniques. Le protocole devrait proposer diverses tâches temporelles afin d'évaluer le fonctionnement de l'horloge interne, mais aussi d'apprécier la contribution des fonctions cognitives à la perception du temps. De même, le recours à des stimuli dynamiques et la présentation de visages dont l'expression est nuancée et subtile amélioreraient la validité écologique des études réalisées à propos de l'impact de l'émotion perçue sur la perception du temps.

En Afrique subsaharienne, le fardeau exact du cancer reste largement méconnu et sous étudié. La Gambie et le Mali sont parmi les rares pays d'Afrique à avoir des registres de cancer opérationnels basés sur la population. Les données allant de 1988 à 2006 pour la Gambie et de 1987 à 2009 pour Bamako-Mali, ont été utilisées afin d'analyser les taux d'incidence en fonction de l'âge, du sexe, de l'ethnicité et de caractériser les profils des femmes atteintes de cancers du sein et du foie. Les données ont été arbitrairement divisées en deux sous périodes ; 1988-1997 et 1998-2006 pour la Gambie et 1987-1997, 1998-2009 pour Bamako-Mali. En plus de ceci, une étude cas témoins sur les facteurs de risque associés à la vie reproductive des femmes atteintes de cancer du sein a été réalisée au Mali. Dans ces deux pays, le cancer du sein chez les femmes est caractérisé par une prédominance de cancers pré-ménopausiques. Ces femmes sont pour la plupart multipares et leur âge médian au moment du diagnostic est compris dans la tranche d'âge 40-45 ans. L'étude cas témoins a montré une association significative entre l'âge tardif aux premières règles et une augmentation du risque de développer un cancer du sein chez les femmes préménopausées contre une baisse du risque chez les femmes post-ménopausées (pas significatif). Pour ce qui est du cancer du foie, pendant que l'incidence de ce dernier était relativement stable chez les hommes de la Gambie, elle augmentait chez les femmes de ce même pays. Par contre au Mali, une baisse progressive et homogène dans l'incidence du cancer du foie a été observée au fil des ans et pour les deux sexes. Des études supplémentaires sont nécessaires afin de caractériser le profil biologique du cancer du sein et les facteurs de risque qui y sont associés, mais aussi afin d'évaluer le rôle de l'obésité et de l'exposition à l'aflatoxine B1 dans les tendances observées sur le cancer du foie en Afrique de l'Ouest
In Sub-Saharan Africa, the exact burden of cancer remains largely unknown and understudied. The Gambia and Mali are among the few African countries with operational population-based cancer registries. Data from 1988 to 2006 for the Gambia and from 1987 to 2009 for Bamako-Mali were used to analyze the incidence rates according to age, sex and ethnicity and to characterize the profile of women with breast and liver cancers. The data were arbitrarily divided into two periods, 1988-1997 and 1998-2006 for the Gambia and 1987-1997, 1998-2009 for Bamako- Mali. In addition to this, a case-control study evaluating the risk factors associated with the reproductive life of women with breast cancer was conducted in Mali. In both countries, breast cancer in women is characterized by a predominance of premenopausal cancers. These women are mostly parous with a median age at diagnosis in the age group 40-45 years. The case-control study showed a significant association between late age at menarche and increased risk of developing breast cancer in pre-menopausal women against a decrease in risk among post menopausal women. Concerning liver cancer, while the incidence rate was relatively stable among males in the Gambia, it was increasing among females of this country. In contrary, in Mali, a gradual decline and homogeneous in the incidence of liver cancer was observed over the years and for both sexes. Further studies are needed to characterize the biological profile of breast cancer and risk factors associated with it, but also to assess the role of obesity and exposure to aflatoxin B1 in order to understand the trends observed in liver cancer in West Africa