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Dissertations / Theses on the topic 'Réseau de co-expression génique'

Author: Grafiati
Published: 4 June 2021
Last updated: 18 February 2022

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Tourlet, Sébastien. "Proposition d’une stratégie d’analyse statistique des données de puces à ADN décrivant une cinétique d’expression génique." Thesis, Tours, 2009. http://www.theses.fr/2009TOUR3134.

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Abstract:
Les résultats d’expériences de microarray furent décriés par le manque de concordance inter-expériences. Les listes immenses de gènes résultant de filtrages statistiques sont difficiles à exploiter. La Food and Drug Administration a montré que le choix d’indicateurs de filtrage de gènes était la source d’une grande disparité entre expériences de microarray issus de laboratoires indépendants. Dans ce contexte, nous avons développé une méthode de sélection basée sur la modélisation de l’allure de la courbe d’expression avec le Log2 du « fold-change » entre les points de cinétique. En effet, des
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Marti, Marimon Maria Eugenia. "3D genome conformation and gene expression in fetal pig muscle at late gestation." Thesis, Toulouse, INPT, 2018. http://www.theses.fr/2018INPT0099.

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Abstract:
Dans le secteur de l’élevage porcin, les truies ont été sélectionnées pendant des décennies pour leur prolificité afin de maximiser la production de viande. Cependant, cette sélection a été associée à une mortalité plus élevée des nouveau-nés. Dans ce contexte, le muscle foetal squelettique est essentiel à la survie du porcelet, car il est nécessaire pour les fonctions motrices et la thermorégulation. Par ailleurs, la structure tridimensionnelle du génome s'est avérée jouer un rôle important dans la régulation de l'expression génique. Ainsi, dans ce projet, nous nous sommes intéressés à la con
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Berthoumieux, Sara. "Méthodes pour l’identification des modèles de réseaux biochimiques." Thesis, Lyon 1, 2012. http://www.theses.fr/2012LYO10073/document.

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Abstract:
Les bactéries ajustent constamment leur composition moléculaire pour répondre à deschangements environnementaux. Nous nous intéressons aux systèmes de régulation métabolique et génique permettant une telle adaptation, notamment dans le contexte de la diauxie chez Escherichia coli lors de la transition de croissance sur une source de carbone riche, le glucose, à une source plus pauvre, l’acétate. Afin de modéliser de tels réseaux métaboliques, nous utilisons un formalisme cinétique approché appelé linlog et abordons les problèmes ren- contrés lors de l’estimation de paramètres. Ainsi, nous propo
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Le, Béchec Antony. "Gestion, analyse et intégration des données transcriptomiques." Rennes 1, 2007. http://www.theses.fr/2007REN1S051.

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Abstract:
Dans le cadre de l'étude des mécanismes moléculaires impliqués dans les processus biologiques liés aux pathologies, la transcriptomique permet d’étudier l’expression de plusieurs milliers de gènes en une seule expérience. Les standards internationaux permettent actuellement de gérer la grande quantité de données générées par cette technologie et de nombreux algorithmes permettent le traitement et l’analyse des données d’expression. Le grand défi d’aujourd’hui réside dans l’interprétation des données, notamment par l’intégration de connaissances biologiques supplémentaires permettant la créatio
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Laaberki, Maria-Halima. "Régulation de l’expression du Locus d’effacement des entérocytes chez les escherichia coli Enterohémorragiques : rôle des ARN non-codants." Toulouse 3, 2006. http://www.theses.fr/2006TOU30196.

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Abstract:
L'adhésion des Escherichia coli enterohémorragiques (EHEC) aux entérocytes est une étape cruciale du développement de l'infection. Les déterminants moléculaires de cette adhésion sont codés par les gènes du Locus d'Effacement des Entérocytes (ou LEE). Les EHEC perçoivent les signaux externes et modulent l'expression du LEE en conséquence. Les ARN non codants (ARNnc) sont des systèmes permettant de sentir et de réguler l'expression des gènes. J'ai démontré que certains ARNnc modulent l'expression du LEE et mis en évidence que certains ARNnc, dont DsrA, augmentent l'expression des gènes du LEE.
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Ouedraogo, Marion. "Identification de gènes co-exprimés et co-localisés par des analyses multivariées : analyse des groupes de gènes co-exprimés en fonction des interactions physiques à l’échelle du génome." Rennes, Agrocampus Ouest, 2013. http://www.theses.fr/2013NSARB234.

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Abstract:
De nombreuses études ont montré que l’architecture des génomes et les interactions entre les chromosomes jouent un rôle majeur dans la régulation de l’expression des gènes. Par exemple chez les eucaryotes, les chromosomes sont organisés en territoires chromosomiques à l’interface desquels des interactions physiques activent ou inhibent l’expression des gènes. De plus, les gènes sont fortement transcrits dans des zones particulières du noyau appelées usines de transcription. Récemment, de nouvelles méthodes de biologie moléculaire ont permis de cartographier les interactions physiques d’un géno
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Hussain, Syed Fawad. "Une Nouvelle Mesure de Co-Similarité : Applications aux Données Textuelles et Génomique." Phd thesis, Grenoble, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00525366.

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Abstract:
La classification de données (ou apprentissage non-supervisé) vise à regrouper un ensemble d'observations sous la forme de classes homogènes et contrastées. Lorsque les données sont caractérisées par un grand nombre de variables, il devient nécessaire d'adapter les méthodes classiques, notamment au niveau des métriques, afin de maintenir des classes pertinentes ; ce phénomène est connu sous le nom de "malédiction de la dimension". Dans cette thèse, nous proposons une mesure de co-similarité basée sur la notion de co-occurrences d'ordre supérieur, directement extraites à partir des données. Dan
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Gnimpieba, Zohim Etienne. "Modélisation bioinformatique des réseaux de régulation génétique et métabolique : application à l'étude du comportement des cellules exposées au déficit en folates et à des contaminants alimentaires en cause dans la génèse du cancer." Compiègne, 2011. http://www.theses.fr/2011COMP1954.

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Abstract:
L'analyse des réseaux biologiques est confrontée à la complexité des régulations entre les différentes entités en présence (gènes, métabolites, enzymes, facteurs de transcription). Dans cette thèse, nous proposons une approche générale afin de mieux intégrer les régulations de l'expression des gènes dans l'étude du comportement des réseaux métaboliques. Le but visé par les trois parties de notre approche est de faciliter l'identification des cibles potentielles de la dérégulation des processus biologiques spécifiques. Ainsi notre approche a été appliquée à l'étude du métabolisme des monocarbon
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Meyroneinc, Arnaud. "Réseaux de régulation génétiques et exclusion allélique : des modèles à temps discret linéaires par morceaux." Aix-Marseille 2, 2006. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/2006AIX22023.pdf.

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Robert, Flavie. "TRRAP,une protéine plateforme : Fonction d'un co-facteur de l'acétylation des histones dans la réparation des cassures double brin de l'ADN." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2005. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2005/ROBERT_Flavie_2005.pdf.

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Abstract:
L'initiation de la transcription est une étape clé de la régulation de l'expression des gènes codant pour les protéines. Le complexe TFIID, formé de TBP et des TAFs (TBP associated factors), est au cœur de ce processus car il reconnaît le promoteur du gène, et déclenche la formation du complexe de pré-initiation (PIC). Le complexe TFTC (TBP free TAF containing complex) peut lui aussi initier la transcription, malgré l'absence de TBP. Conservé de la levure à l'homme, il possède en sus une activité d'acétylation des queues d'histones, et participe à l'ouverture de la chromatine. TRRAP, sa plus g
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Grac, Edith. "Stochasticité dans la réponse d'individus bactériens à une perturbation : étude dynamique." Phd thesis, Université de Grenoble, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00728293.

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Abstract:
Nous nous proposons d'étudier la gestion du bruit stochastique d'expression génique. On s'intéresse plus particulièrement à la dynamique du bruit lors de la réponse cellulaire. Comment évolue le bruit? Quels sont les mécanismes en jeux? Quelle est l'importance du bruit dans le fonctionnement cellulaire? Pour répondre à ces questions, nous nous appuyons sur le réseau de régulation génétique qui gère la réponse au stress nutritionnel chez E. Coli. L'étude du comportement dynamique de ce réseau, au niveau d'une population de bactéries, a été initiée et est portée par la forte collaboration de deu
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Cordova, Amanda. "Co-culture d'embryons bovins et de cellules épithéliales d'oviducte : un modèle in vitro pour la compréhension du dialogue embryo-maternel précoce." Thesis, Tours, 2013. http://www.theses.fr/2013TOUR4030.

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Abstract:
L’oviducte joue un rôle central dans le transport et la préparation des gamètes, la fécondation et le développement précoce. Un dialogue embryo-maternel s’établit pour assurer le succès du développement de l’embryon et de son transport vers le site d’implantation. L’objectif principal de ce travail était de confirmer l’existence d’un dialogue moléculaire et fonctionnel précoce grâce à la coculture d’embryons bovins produits in vitro sur des cellules épithéliales tubaires bovines (BOEC). Nous avons montré que les BOEC ont un effet important sur le développement embryonnaire précoce, particulièr
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Bru, Catherine. "Analyse évolutive des familles de domaines protéiques." Toulouse 3, 2005. http://www.theses.fr/2005TOU30061.

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Abstract:
L'inférence fonctionnelle est un problème central dans le contexte actuel de séquençage et d'annotation massifs de génomes entiers. La traditionnelle méthode d'annotation fonctionnelle par recherche d'homologie n'est pas toujours suffisante. En conséquence, plusieurs méthodologies ont été développées pour mettre en évidence des corrélations fonctionnelles entre gènes. Parmi celles-ci figure la méthode des profils phylogénétiques. Cependant, l'inconvénient de cette méthode est qu'elle ne tient pas compte de la structure arborescente de la taxonomie qui relie les espèces étudiées entre elles. Af
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Laboucarié, Thomas. "Régulation de l’expression des gènes par le coactivateur transcriptionnel SAGA en réponse aux nutriments." Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT005/document.

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Abstract:
La régulation de l’expression des gènes joue un rôle fondamental dans la réponse et l’adaptation des cellules à leur environnement. L'expression des gènes peut être régulée à plusieurs étapes distinctes, mais un niveau de contrôle critique est l’initiation de la transcription. Celle-ci implique le recrutement séquentiel de nombreux régulateurs différents, dont les complexes co-activateurs. De nombreuses études ont démontré et caractérisé leurs fonctions dans la transcription. Cependant, il est moins bien compris comment les co-activateurs sont directement régulés par les conditions environneme
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Cioli, Claudia. "Organisation multi-échelle du cortex humain : des réseaux anatomo-fonctioneles à l'expression des gènes." Thesis, Paris 6, 2015. http://www.theses.fr/2015PA066412/document.

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Abstract:
Ce travail est conçu dans le panorama de développement rapide de grandes bases de données qui rassemblent des ensembles de résultats expérimentaux sur l’organisation anatomo-fonctionnelle du cerveau humain à différentes échelles; l’abondance d’informations demande un effort intra et interdisciplinaire pour les synthétiser de façon cohérente. Le but de cette thèse est de contribuer à cet effort de synthèse. Le travail suit deux chemins: intra disciplinaire pour relier et synthétiser les résultats produits par la communauté de l’imagerie cérébrale, avec une focalisation particulière sur les Rése
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Janbain, Ali. "Utilisation d'algorithmes génétiques pour l'identification systématique de réseaux de gènes co-régulés." Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTT019/document.

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Abstract:
L’objectif de ce travail est de mettre au point une nouvelle approche automatique pour identifier les réseaux de gènes concourant à une même fonction biologique. Ceci permet une meilleure compréhension des phénomènes biologiques et notamment des processus impliqués dans les maladies telles que les cancers. Différentes stratégies ont été développées pour essayer de regrouper les gènes d’un organisme selon leurs relations fonctionnelles : génétique classique et génétique moléculaire. Ici, nous utilisons une propriété connue des réseaux de gènes fonctionnellement liés à savoir que ces gènes sont
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Khoshal, Abdullah Khan. "Le déoxynivalénol et des mycotoxines émergentes dans l'alimentation du porc : co-occurrence et toxicité combinée sur cellules intestinales et explants hépatiques." Thesis, Toulouse 3, 2020. http://www.theses.fr/2020TOU30017.

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Abstract:
Les mycotoxines sont des métabolites secondaires toxiques produits par certains champignons filamenteux. Selon leur toxicité et leur occurrence, certaines d'entre elles dont le déoxynivalénol (DON), l'une des toxines les plus répandues dans l'alimentation humaine et animale, sont été réglementées au sein de l'Union Européenne. D'autres métabolites secondaires découverts récemment ou encore peu étudiés sont appelées mycotoxines émergentes et ne sont ni détectés en routine ni réglementés. Les denrées alimentaires destinées à l'homme et à l'animal peuvent être naturellement contaminées par plusie
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Briens, Mickaël. "Rôle de la sélénoprotéine N dans les réseaux de régulation rédox : études physiologique et transcriptomique." Thesis, Strasbourg, 2014. http://www.theses.fr/2014STRAJ038/document.

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Abstract:
La réponse au stress oxydatif joue un rôle important dans de nombreux processus d’adaptation biologique. Les sélénoprotéines jouent un rôle clef dans le contrôle du stress oxydatif. Des mutations du gène codant pour la sélénoproteine N (SelN) sont la cause de différentes formes de dystrophies musculaires chez l’Homme mais la fonction moléculaire de SelN reste inconnue. Au cours de ma thèse j’ai cherché à déterminer la fonction moléculaire de SelN, et son rôle dans les mécanismes de régulation Rédox. Le modèle de souris Sepn1-/- a constitué l’outil central permettant de répondre à ces objectifs
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Toueni, Maoulida. "Étude de l'interaction entre Verticillium alfalfae et Medicago truncatula." Thesis, Toulouse, INPT, 2014. http://www.theses.fr/2014INPT0097/document.

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Abstract:
La verticilliose de la luzerne cultivée (Medicago sativa L.) est une maladie de flétrissement vasculaire causée par le champignon du sol Verticillium alfalfae. C’est une des maladies les plus dévastatrices et les plus difficiles à contrôler. Les symptômes sont un jaunissement des feuilles suivi de flétrissement et défoliation. Les structures de dormance produites en fin de cycle de maladie constituent une source de contamination pour plusieurs années. Aucun traitement fongicide n’est efficace, la seule méthode de contrôle reste la production de variétés résistantes. En raison de sa nature tétr
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Yvinec, Romain. "Modélisation probabiliste en biologie moléculaire et cellulaire." Phd thesis, Université Claude Bernard - Lyon I, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00749633.

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Abstract:
De nombreux travaux récents ont démontré l'importance de la stochasticité dans l'expression des gènes à différentes échelles. On passera tout d'abord en revue les principaux résultats expérimentaux pour motiver l'étude de modèles mathématiques prenant en compte des effets aléatoires. On étudiera ensuite deux modèles particuliers où les effets aléatoires induisent des comportements intéressants, en lien avec des résultats expérimentaux: une dynamique intermittente dans un modèle d'auto-régulation de l'expression d'un gène; et l'émergence d'hétérogénéité à partir d'une population homogène de pro
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Scott-Boyer, Marie Pier. "Études de réseaux d’expression génique : utilité pour l’élucidation des déterminants génétiques des traits complexes." Thèse, 2013. http://hdl.handle.net/1866/10133.

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Abstract:
Les traits quantitatifs complexes sont des caractéristiques mesurables d’organismes vivants qui résultent de l’interaction entre plusieurs gènes et facteurs environnementaux. Les locus génétiques liés à un caractère complexe sont appelés «locus de traits quantitatifs » (QTL). Récemment, en considérant les niveaux d’expression tissulaire de milliers de gènes comme des traits quantitatifs, il est devenu possible de détecter des «QTLs d’expression» (eQTL). Alors que ces derniers ont été considérés comme des phénotypes intermédiaires permettant de mieux comprendre l’architecture biologique des tra
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