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Dissertations / Theses on the topic 'Réseau transcriptionnel'

Author: Grafiati
Published: 4 June 2021
Last updated: 1 February 2022

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Carat, Solenne. "Génomique intégrative du coactivateur transcriptionnel PRC." Nantes, 2010. https://archive.bu.univ-nantes.fr/pollux/show/show?id=e47e15ea-a685-4ec3-9239-0a8bf6758367.

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Abstract:
L’avènement ces dernières années de technologies à haut débit comme les puces à ADN et plus récemment le « séquençage nouvelle génération » permet maintenant une analyse exhaustive du génome à différents niveaux de régulation parmi lesquels la mesure de l’expression de l’ensemble des gènes d’une cellule, les interactions ADN - facteurs de transcription, ou encore la méthylation de l’ADN. Il devient alors indispensable d’intégrer ces différentes données afin de pouvoir comprendre puis modéliser tous les mécanismes mis en jeu pour le fonctionnement global d’une cellule. Cette compréhension perme
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Oldfield, Andrew. "Etude du réseau transcriptionnel du gène Xist, acteur principal de l'inactivation du chromosome X." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00815096.

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Abstract:
L'inactivation du chromosome X est la réponse trouvée par l'évolution pour pallier à la divergence gonosomique entre mâle (XY) et femelle (XX). Ce phénomène sert donc à mettre les deux sexes sur un pied d'égalité en limitant la quantité de transcrits provenant des chromosomes X présents dans les cellules femelles. Au cours de mon doctorat, j'ai tenté de contribuer à l'étude des mécanismes de régulation transcriptionnelle, notamment l'activation, des deux acteurs principaux de l'inactivation: Xist et Tsix, son transcrit antisens. Pendant ces 4 anne��es, j'ai entrepris de cartographier le profil
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Deyell, Matthew. "Multiplexed Genetic Perturbations of the Regulatory Network of E. coli." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2018. http://www.theses.fr/2018USPCC175/document.

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Abstract:
Malgré les progrès réalisés dans le séquençage de l’ADN, nous n’avons pas encore compris comment le phénotype d’un organisme se rapporte au contenu de son génome. Cependant, il est devenu clair que l'impact des gènes dépend du contexte. La simple présence d'un gène dans un génome ne nous informe pas du moment où il est exprimé et des autres gènes qui y sont exprimés. Comprendre comment l'expression des gènes est régulée est un élément nécessaire pour comprendre comment les phénotypes émergent d'un génotype donné. Les facteurs de transcription, qui peuvent activer ou réprimer l'expression d'un
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4

Sultan, Islam. "La construction du réseau de régulation transcriptionnelle." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLS184/document.

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Abstract:
Une part prépondérante de la régulation au niveau transcriptionnel passe par la modulation du taux d’initiation de la transcription. Chez les bactéries,l’initiation de la transcription implique la reconnaissance par le facteur sigma de l’ANR polymérase d’un motif de séquence particulier localisé approximativement10 bp en amont du site d’initiation de la transcription(TSS). Elle est modulée par la fixation de facteurs de transcription qui reconnaissent d’autres motifs à proximité. La technologie RNA-Seq donne accès au répertoire des TSS et des unités de transcriptions et offre donc des perspect
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Vallat, Laurent. "Réseaux de régulation transcriptionnelle de la leucémie lymphode chronique." Paris 7, 2006. http://www.theses.fr/2006PA077174.

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Abstract:
La leucémie lymphoïde chronique (LLC) est un syndrome lymphoprolifératif B de mécanisme encore mal élucidé, caractérisé par une évolution clinique hétérogène. Les cellules des formes agressives de LLC se distinguent des formes indolentes par la nature de leur récepteur à l'antigène (BCR) Elles présentent également des anomalies d'intégration de plusieurs voies de signalisation cytoplasmiques, dont la voie du BCR et les voies de réponse aux lésions de l'ADN, associées à de fréquentes aberrations génétiques. Les cellules de LLC révèlent un profil transcriptionnel qui les distingue des autres hém
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Marois-Blanchet, François-Christophe. "Le rôle de la régulation transcriptionnelle dans l'évolution des réseaux d'interaction protéine-protéine." Thesis, Université Laval, 2011. http://www.theses.ulaval.ca/2011/28445/28445.pdf.

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Abstract:
L’évolution par la duplication de gènes est maintenant reconnue comme un des mécanismes les plus importants dans l’évolution et plusieurs évidences ont été retrouvées dans le génome des organismes. Ce qui est moins connu, et plus débattu, est l’implication respective de la divergence de la régulation transcriptionnelle et de la divergence de la séquence codante dans l’évolution phénotypique. Nous avons établi une méthode nous permettant d’évaluer le rôle de la régulation transcriptionnelle dans la divergence des interactions protéine-protéine sur les gènes dupliqués chez l’organisme Saccharomy
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Lopez, Pierre fabrice. "De l'analyse de la régulation transcriptionnelle à la modélisation logique des réseaux géniques." Aix-Marseille 2, 2009. http://www.theses.fr/2009AIX22064.

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Abstract:
Ce mémoire porte sur l'analyse bioinformatique des mécanismes impliqués dans la régulation de l'expression des gènes, phénomène ubiquitaire chez les êtres vivants, notamment à l'origine de la différenciation cellulaire. L'exploitation des jeux de données génomiques à haut débit a motivé la mise au point d'algorithmes et de méthodes spécifiques. Ces approches ont conduit au développement d'outils et de bases de données, notamment le logiciel BZScan pour la quantification des images de puces à ADN, la base de données ATD répertoriant les sites de polydénylation dans les génomes de l'homme et de
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Abou-Jaoude, Wassim. "Oscillations et bistabilité dans des réseaux de régulation transcriptionnelle: étude théorique et expérimentale." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2009. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/210295.

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Abstract:
Face à un environnement changeant, la cellule a dû développer des systèmes de régulation lui permettant de s’adapter et d’assurer son développement et sa survie. Ces systèmes de régulation s’organisent autour de réseaux de régulation transcriptionnelle permettant l’expression des gènes codant pour les protéines dont la cellule a besoin. Dans la plupart des réseaux trancriptionnels, la régulation de la transcription des gènes est « raffinée » par la présence de circuits de rétroaction positifs et négatifs à l’origine de deux types de comportements différents: la multistabilité d’une part, et le
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Enriquez, Jonathan. "Contrôle transcriptionnel de l'identité musculaire chez la Drosophile." Toulouse 3, 2009. http://thesesups.ups-tlse.fr/734/.

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Abstract:
Le patron musculaire qui se met en place au cours du développement embryonnaire permet l'ensemble des mouvements coordonnés propres à chaque espèce animale. Un muscle est formé de fibres musculaires issues de la fusion et de la différenciation de cellules immatures, les myoblastes, un processus appelé myogenèse. Chaque muscle du corps joue un rôle unique, conféré par une "identité" propre: position, forme, taille, sites d'attachement au squelette et innervation. Si le contrôle transcriptionnel de la myogenèse commence à être bien compris, les mécanismes conférant à chaque muscle son identité r
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Thiébaut, Antonin. "Transcriptional networks of the stress responses in the human pathogen Candida glabrata." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2018. http://www.theses.fr/2018SORUS485.

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Abstract:
Candida glabrata est à la fois un commensal de l’homme et une levure pathogène dont la prévalence est en train d’exploser. Elle est souvent cause d’infections systémiques mortelles, notamment en raison de ses aptitudes à résister aux azoles, limiter sa détection par le système immunitaire et facilement coloniser l’hôte humain. Par ailleurs, elle possède une incroyable capacité à s’adapter et résister aux conditions de croissance défavorables. Cependant, on ne sait que très peu de choses sur les capacités d’adaptation de C. glabrata et les régulations qui les sous-tendent. Ce constat a mené à l
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Wang, Jingkui. "Dynamical effects of delay, fluctuation and transcriptional pausing on genetic networks." Thesis, Lille 1, 2012. http://www.theses.fr/2012LIL10093/document.

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Abstract:
Les cellules vivantes peuvent être considérées comme des systèmes dynamiques. Ses propriétés dynamiques sont essentiellement régulées par des réseaux génétiques. Ce travail de thèse est motivé par l’existence de comportements dynamiques récurrents des réseaux génétiques tels que les oscillations, et s’articule autour de trois études. La première étude concerne le rôle des délais qui sont des ingrédients clés des oscillations. Dans la modélisation déterministe, le délai est modélisé comme délai explicite ou délai réactionnel. En étudiant un réseau génétique comprenant un gène auto-réprimé qui c
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Marc, Philippe. "Analyse bio-informatique des réseaux de régulation transcriptionnels de la levure Saccharomyces cerevisiae grâce aux puces à ADN." Paris 7, 2002. http://www.theses.fr/2002PA077116.

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Rouault, Hervé. "Réseaux génétiques et dynamique spatio-temporelle d'ensembles cellulaires." Paris 7, 2009. http://www.theses.fr/2009PA077265.

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Abstract:
Cette thèse regroupe plusieurs études concernant certains aspects du développement et de la différenciation cellulaire. Une première partie présente un algorithme bioinformatique que nous avons développé au cours de la thèse, permettant d'étudier les séquences du génome responsables de l'expression spécifique des gènes dans les différents tissus d'un organisme. L'algorithme extrait les éléments essentiels et une partie de la syntaxe des séquences cis -régulatrices. Nous exposons une application à la spécification des précurseurs des soies sensorielles de Drosophila melanogaster. Une deuxième p
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Mordelet, Fantine. "Méthodes d'apprentissage statistique à partir d'exemples positifs et indéterminés en biologie." Phd thesis, École Nationale Supérieure des Mines de Paris, 2010. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00566401.

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Abstract:
La biologie est un domaine scientifique qui reste encore très incomplet au sens où la somme de connaissances qu'il nous reste à découvrir est non négligeable. Il est fréquent que les techniques de laboratoire traditionnelles soient inadaptées à la complexité du problème traité. Une raison possible à cela est que leur mise en œuvre requiert souvent beaucoup de temps et/ou de moyens financiers. Par ailleurs, certaines d'entre elles produisent des résultats peu fiables ou à trop faible débit. C'est pourquoi ces techniques peinent parfois à apporter des réponses aux nombreuses questions biologique
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Taffin, de Tilques Mathilde de. "Contrôle transcriptionnel de l'identité musculaire chez la drosophile : modules cis-régulateurs et gènes cibles directs de Collier." Toulouse 3, 2013. http://thesesups.ups-tlse.fr/2232/.

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Abstract:
Les facteurs de transcription (FT) COE (Col-EBF) sont conservés chez les métazoaires et participent au contrôle de divers processus biologiques : hématopoïèse, neurogenèse, myogenèse. Leur dérégulation entraîne de graves dysfonctionnements chez les mammifères (défauts de spécification des lymphocytes B, de sous-types neuronaux. . . ). Cependant les gènes cibles régulés par les FT COE restent majoritairement inconnus. Notre équipe utilise la drosophile comme système modèle pour étudier la spécificité d'action des FT COE selon le contexte cellulaire. Mon travail de thèse est centré sur l'identif
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Touleimat, Nizar. "Méthodologie d'extraction et d'analyse de réseaux de régulation de gènes : analyse de la réponse transcriptionnelle à l'irradiation chez S. cerevisiæ." Phd thesis, Université d'Evry-Val d'Essonne, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00877095.

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Abstract:
La réponse cellulaire aux dommages de l'ADN provoqués par l'irradiation (IR) est relativement bien étudiée mais de nombreuses observations montrent l'implication de l'expression de nombreux gènes. Nous souhaitons identifier les différentes formes de la réponse transcriptionnelle à l'IR et reconstruire un réseau de régulation génique impliqué dans son contrôle. La problématique réside dans l'exploitation de dynamiques d'expression de gènes dans des conditions de perturbations génétiques et dans l'intégration d'informations biologiques systémiques. Nous définissons une approche constituée d'une
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Touleimat, Mohamed Nizar. "Méthodologie d'extraction et d'analyse de réseaux de régulation de gènes : analyse de la réponse transcriptionnelle à l'irradiation chez S. cerevisiæ." Thesis, Evry-Val d'Essonne, 2008. http://www.theses.fr/2008EVRY0044/document.

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Abstract:
La réponse cellulaire aux dommages de l'ADN provoqués par l'irradiation (IR) est relativement bien étudiée mais de nombreuses observations montrent l'implication de l'expression de nombreux gènes. Nous souhaitons identifier les différentes formes de la réponse transcriptionnelle à l'IR et reconstruire un réseau de régulation génique impliqué dans son contrôle. La problématique réside dans l'exploitation de dynamiques d'expression de gènes dans des conditions de perturbations génétiques et dans l'intégration d'informations biologiques systémiques. Nous définissons une approche constituée d'une
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Vandermoëre, Constant. "Exemples d'oscillateurs génétiques : le gène auto-réprimé à dynamique transcriptionnelle lente et l'oscillateur central de l'horloge circadienne de l'algue Ostreococcus Tauri." Thesis, Lille 1, 2011. http://www.theses.fr/2011LIL10118/document.

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Abstract:
Les gènes situés sur la molécule d'ADN au coeur de nos cellules nonseulement portent une information héréditaire, mais de plusparticipent dynamiquement au fonctionnement de la cellule ensynthétisant plus ou moins activement des protéines. Ces dernièressont susceptibles de nombreuses interactions non linéaires avecd'autres acteurs, menant à la formation de réseaux biochimiques quipeuvent présenter des comportements dynamiques divers et complexes. Enparticulier, la régulation de l'activité des gènes (leur taux detranscription) par des protéines spécifiques peut aboutir à laformation de boucle de
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De, Dieuleveult Maud. "Implication des factures de remodelage de chromatine de la famille CHD dans les réseaux de régulation transcriptionnelle des cellules souches embryonnaires." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00555030.

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Abstract:
Les cellules souches embryonnaires (cellules ES) ont la capacité unique de se diviser indéfiniment et de pouvoir se différencier en de multiples types cellulaires. Elles apparaissent donc très prometteuses comme agents thérapeutiques dans les traitements médicaux du futur. Un enjeu majeur de la recherche actuelle consiste à comprendre la contribution des protéines régulatrices de la chromatine à la plasticité et au contrôle de l'expression du génome des cellules. La famille des remodeleurs Chd, qui fait partie de la super famille SNF2, comprend neuf membres, soit le tiers des remodeleurs expri
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Dieuleveult, Maud de. "Implication des facteurs de remodelage de chromatine de la famille CHD dans les réseaux de régulation transcriptionnelle des cellules souches embryonnaires." Paris 11, 2010. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00555030.

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Abstract:
La nouvelle peroxydase (POX1B) extraite de l‘Ail possède des propriétés biochimiques intéressantes par comparaison à HRP. En effet, elle est hautement active à pH acide et stable vis-à-vis de la température et de la conservation. Elle présente un pH optimum d‘environ 5 et une température optimale de 30°C. L‘enzyme conserve 70 % de son activité initiale à 60°C et une activité totale à 50 et 40°C après 40 min. Par la suite, l‘étude de la relation structure-fonction a été réalisée en analysant les propriétés spectroscopiques ainsi que leur corrélation à la structure déterminée par une nouvelle gé
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Saison-Ridinger, Maya. "Rôle du facteur de transcription Spi-1/PU. 1 dans la progression leucémique : dérégulation des réseaux transcriptionnnels et inhibition de l'apoptose." Paris 7, 2012. http://www.theses.fr/2012PA077034.

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Abstract:
L'érythroleucémie développée par les souris transgéniques pour le facteur de transcription spi-1 est un modèle de progression leucémique multi-étapes. Ce modèle représente le paradigme du développement des leucémies aiguës myéloïdes, impliquant la coopération entre deux classes d'événements oncogéniques : une mutation d'un facteur de transcription et une mutation d'une protéine de la signalisation. La surexpression de Spi-1 participe à l'érythroleucémie en bloquant la différenciation érythroïde, l'apoptose, et en entraînant une instabilité génomique par un contrôle de la réplication de l'ADN.
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Schleiss, Cédric. "Anomalies des programmes de réponse lymphocytaire après stimulation du récepteur à l’antigène dans la leucémie lymphoïde chronique." Thesis, Strasbourg, 2018. http://www.theses.fr/2018STRAJ133.

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Abstract:
Une cellule reçoit en permanence des signaux de son environnement. Cette stimulation induit une cascade de signalisation activant un programme génique et protéomique dynamique aboutissant à une réponse cellulaire adaptée. Dans la leucémie lymphoïde chronique (LLC), la stimulation du récepteur à l’antigène induit un programme et une réponse anormale à l’origine de la prolifération leucémique. Notre objectif est de caractériser ce programme cellulaire pathologique. Pour cela, nous avons mis en place un modèle de stimulation afin de reproduire ex vivo cette stimulation du récepteur à l’antigène d
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Marmiesse, Lucas. "Mathematical modelling of the transcriptional network controlled by MYB30 and MYB96, two transcription factors involved in the defence response of the model plant Arabidopsis thaliana." Thesis, Toulouse 3, 2016. http://www.theses.fr/2016TOU30278.

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Abstract:
Au cours des années, de nombreuses données ont été accumulées concernant le rôle et la régulation des facteurs de transcription MYB30 et MYB96 lors des réponses de défense de la plante Arabidopsis thaliana à l'attaque de bactéries pathogènes. Mon travail de thèse a consisté en la mise en place de méthodes de modélisation mathématique afin d'étudier l'effet de ces facteurs de transcription sur le métabolisme de la plante durant l'infection. Pour cela, j'ai développé des méthodes hybrides capables de combiner l'analyse de réseaux de régulation et du métabolisme. Ces études ont pu mettre en évide
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Boukhatmi, Hadi. "Mise en place de l'identité des muscles au cours de la spécification des myoblastes chez la drosophile." Toulouse 3, 2012. http://thesesups.ups-tlse.fr/1777/.

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Abstract:
La formation des muscles squelettiques au cours de l'embryogenèse de la drosophile est un modèle d'étude du contrôle génétique de la différentiation cellulaire. La formation de chaque muscle comprend quatre étapes successives: spécification d'un groupe promusculaire, sélection d'un progéniteur (PC) à partir de ce groupe, division asymétrique de ce progéniteur pour donner des cellules fondatrices de muscles (FC) ; fusion de chaque FC avec des myoblastes compétents (FCM), suivie de la différenciation musculaire. Chaque muscle squelettique est composé d'une fibre. Chaque muscle présente des propr
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Seyres, Denis. "Identification et analyse d'éléments cis-régulateurs impliqués dans les mécanismes de régulation transcriptionnelle des gènes au cours de la cardiogénèse chez la drosophile." Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM4068.

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Abstract:
Comprendre comment l’expression des gènes est régulée spécifiquement dans chaque tissu et de manière dynamique au cours du temps demeure une étape centrale de notre compréhension de l’organogénèse. L’identification des éléments cis-régulateurs de la transcription de manière tissu-spécifique peut permettre de comprendre les règles logiques d’organisation du réseau de gènes régulateur et aussi d’identifier de nouveaux acteurs (facteurs de transcription notamment). L’analyse de marques de chromatine (H3K27ac et H3K4me3) spécifiquement dans les cardioblastes (104 cellules) au cours de la différent
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Marguet, Didier. "Analyses structurale et fonctionnelle du gène SRP de Saccharomyces cerevisiae codant pour une protéine riche en résidu sérine : étude de sa régulation transcriptionnelle positive par le glucose." Grenoble 1, 1986. http://www.theses.fr/1986GRE10036.

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Cerutti, Franck. "Evolution et coévolution des petits ARNs régulateurs et des gènes codants chez les bactéries." Thesis, Toulouse 3, 2018. http://www.theses.fr/2018TOU30010/document.

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Abstract:
Les ARNs non-codants régulateurs (ARNnc) regroupent des acteurs majeurs de la régulation de l'expression des gènes, retrouvés de manière ubiquitaire dans l'ensemble des domaines du vivant. Chez les bactéries ils sont également appelés sRNAs, jouent des rôles clefs dans de nombreuxprocessus physiologiques et adaptatifs. Ces sRNAs ont été mis en évidence par des méthodes expérimentales haut-débit (microarray, tilling-array...) dans plusieurs espèces bactériennes d'intérêt. Ils agissent majoritairement au niveau post-transcriptionnel via une interaction physique avec un ou plusieurs ARNs messager
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Girardot, Charles. "Deciphering enhancer activity in Drosophila based on transcription factor occupancy and chromatin state chromatin state characterization." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00829472.

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Abstract:
La caractérisation des modules cis-régulateurs (CRM) ainsi que de leur activité sont essentiels pour comprendre la régulation des gènes au cours du développement des métazoaires. La technique de l'immunoprécipitation de la chromatine suivie du séquenage à haut débit de l'ADN (ChIP-seq) constitue une approche puissante pour localiser les CRM. Afin de localiser des facteurs génériques au sein de tissus spécifiques, nous avons développé une approche ChIP-seq sur des noyaux triés par cytométrie de flux et localisons des modifications post-traductionelles de l'histone H3, ainsi que l'ARN polyméra
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Treffandier, Hélène. "Etude du phosphorelais RcsCDB/FA d'Escherichia coli." Toulouse 3, 2009. http://thesesups.ups-tlse.fr/797/.

Full text
Abstract:
Les phosphorelais histidine-aspartate constituent la voie préférentielle de transduction des signaux environnementaux chez les bactéries et médient un grand nombre de réponses adaptatives différentes. Le système Rcs d'Escherichia coli est un phosphorelais complexe constitué de cinq protéines RcsCDBFA. Exclusif des Entérobactéries, il module la formation des biofilms et la virulence de différents pathogènes. Il est activé par des altérations de l'enveloppe et contrôle 2 à 3 % du génome bactérien. Cependant, le rôle du système Rcs dans l'adaptation des cellules à leur environnement reste peu doc
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Znaidi, Sadri. "Identification des réseaux transcriptionnnels de résistance aux antifongiques chez Candida albicans." Thèse, 2009. http://hdl.handle.net/1866/3560.

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Abstract:
Plusieurs souches cliniques de Candida albicans résistantes aux médicaments antifongiques azolés surexpriment des gènes encodant des effecteurs de la résistance appartenant à deux classes fonctionnelles : i) des transporteurs expulsant les azoles, CDR1, CDR2 et MDR1 et ii) la cible des azoles 14-lanostérol déméthylase encodée par ERG11. La surexpression de ces gènes est due à la sélection de mutations activatrices dans des facteurs de transcription à doigts de zinc de la famille zinc cluster (Zn2Cys6) qui contrôlent leur expression : Tac1p (Transcriptional activator of CDR genes 1) contrôlant
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Deneault, Eric. "Activité des cellules souches : identification de nouveaux effecteurs dans le système hématopoïétique." Thèse, 2012. http://hdl.handle.net/1866/9002.

Full text
Abstract:
Les cellules souches somatiques présentent habituellement un comportement très différent des cellules souches pluripotentes. Les bases moléculaires de l’auto-renouvellement des cellules souches embryonnaires ont été récemment déchiffrées grâce à la facilité avec laquelle nous pouvons maintenant les purifier et les maintenir en culture durant de longues périodes de temps. Par contre, il en va tout autrement pour les cellules souches hématopoïétiques. Dans le but d’en apprendre davantage sur le fonctionnement moléculaire de l’auto-renouvellement des cellules souches hématopoïétiques, j’ai d’abor
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Al-Khoury, Racha. "Systematic analysis of protein complexes involved in the human RNA polymerase II machinery." Thèse, 2009. http://hdl.handle.net/1866/2930.

Full text
Abstract:
La transcription, la maturation d’ARN, et le remodelage de la chromatine sont tous des processus centraux dans l'interprétation de l'information contenue dans l’ADN. Bien que beaucoup de complexes de protéines formant la machinerie cellulaire de transcription aient été étudiés, plusieurs restent encore à identifier et caractériser. En utilisant une approche protéomique, notre laboratoire a purifié plusieurs composantes de la machinerie de transcription de l’ARNPII humaine par double chromatographie d’affinité "TAP". Cette procédure permet l'isolement de complexes protéiques comme ils existent
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