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Dissertations / Theses on the topic 'Résistance antivirale'
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Dostert, Catherine. "Etude de la réponse antivirale de la drosophile." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2005. http://www.theses.fr/2005STR13146.
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Yang, Kun. "Rôle des IRAK-4 et NEMO dans l'immunité innée antivirale chez l'homme." Paris 5, 2007. http://www.theses.fr/2007PA05D018.
Full textAbstract:
Les patients déficients en IRAK-4, une protéine kinase critique impliquée dans la voie de signalisation des Toll-like récepteurs (TLRs), sont résistants aux infections virales. L'induction des IFN-α/-ß et -lambda via l'activation des TLR7/8/9 est abrogée mais reste normale via l'activation des TLR3 et 4 dans leur cellules sanguines. L'induction des IFN-β et -lambda en réponse au VSV par les fibroblastes d'un patient encéphalite herpétique muté en NEMO, un gène crucial impliqué dans la voie de signalisation NF-kB en aval de TLRs, est diminuée. Ceci a pour conséquence une augmentation de la mort cellulaire et de la réplication virale similaire. La production des IFN-β et -lambda en réponse à la stimulation de TLR3 est également altérée. Ces deux études suggèrent une redondance de l'immunité innée antivirale médiée par le TLR7/8/9, et en revanche une indispensabilité d'induction des IFNs médiée par NF-kB (NEMO) en réponse à TLR3 dans la défense anti-herpétique du système nerveux central chez l'homme<br>Patients with a defect of IRAK-4, a critical kinase downstream from Toll-like receptors (TLRs), are resistant to common viruses. IFN-α/-β and -lambda induction by the patients' blood cells via TLR7/8/9 was abolished. In contrast, it was normal via TLR3 and 4 activation. The fibroblasts from a child died of herpes simplex virus 1 (HSV-1) encephalitis carrying a hypomorphic mutation in NEMO, an important gene implicated in the NF-kB signalling pathway downstream from TLRs, showed weak induction of IFN-β and -lambda in response to VSV which resulted in enhanced viral replication and cell death. Similar impaired IFN induction was also found after TLR3 stimulation. These two studies suggest a redundant role of TLR7/8/9-mediated innate antiviral immunity by contrast of an indispensable role of TLR3-mediated IFN response in the defence of HSV-1 infection in human central nervous system
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Germon, Stéphanie. "Utilisation du modèle de l'hépatite B du canard pour la détermination de l'activité antivirale du L-FMAU et l'étude de la biologie de mutants de résistance à la lamivudine." Lyon 1, 1999. http://www.theses.fr/1999LYO1T274.
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Allaire, Andréa. "Étude du mécanisme moléculaire de résistance antivirale du cytomégalovirus humain et des mutations de l’ADN polymérase UL54 qui lui sont associées." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2017. http://hdl.handle.net/11143/11543.
Full textAbstract:
Le cytomégalovirus humain (HCMV), un membre de la famille des Herpesviridae, cause des infections latentes chez plus de la moitié (60 %) de la population dans les pays développés. Cette proportion peut atteindre jusqu’à la totalité (100%) de la population dans les pays en voie de développement. Sa primo-infection chez le foetus en développement ou chez le nouveau-né ainsi que sa réactivation chez les individus immunodéprimés sont associés à de nombreux cas de morbidité et de mortalité. L’infection congénitale est l’infection à HCMV la plus importante et engendre un coût économique de plus de 2 milliards de dollars américains chaque année. Aucun vaccin n’est approuvé à ce jour pour la prévention de l’infection à HCMV. Cependant, des antiviraux sont disponibles pour le traitement de cette infection. Parmi ceux-ci, on retrouve trois types d’analogues : un analogue nucléosidique (ganciclovir), un analogue nucléosidique monophosphaté (cidofovir) et un analogue du pyrophosphate inorganique (foscarnet). Ces antiviraux ont tous comme cible commune l’ADN polymérase virale. Toutefois, de nombreuses souches résistantes à ces antiviraux sont retrouvées chez certains individus infectés. Ces souches résistantes présentent de nombreuses mutations au niveau du gène viral qui encode pour l’ADN polymérase UL54 du cytomégalovirus. Jusqu’à présent dans la littérature, seule l’association entre les mutations et la résistance antivirale a été proposée. Les travaux présentés dans ce mémoire visent à mieux comprendre l’effet des mutations sur la liaison des antiviraux à la polymérase et donc éventuellement élucider le mécanisme moléculaire de résistance aux antiviraux chez ce pathogène. Cette recherche a permis de déterminer que les mutations, associées à la résistance antivirale, affectent la liaison optimale des désoxynucléotides (dNTPs) et bloquent la liaison de l’antiviral (foscarnet) à l’ADN polymérase virale UL54. Toutefois, ces mutations n’affectent pas la liaison de l’ADN simple brin à celle-ci. De plus, selon l’étude présentée ici, les mutations n’affectent pas le repliement global de l’ADN polymérase virale. Le mécanisme de résistance moléculaire semble donc avoir un impact très local sur la protéine. Peu d’informations sur la structure de cette polymérase virale sont disponibles à ce jour dans la littérature. Il serait donc pertinent d’élucider la structure cristallographique de cette polymérase pour éventuellement étudier l’effet structural des mutations sur la polymérase et ainsi élucider le ou les mécanismes moléculaires de résistance aux antiviraux.
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Castanier, Céline. "Étude de la régulation de la protéine mitochondriale MAVS au cours de l’immunité innée antivirale." Thesis, Paris 11, 2011. http://www.theses.fr/2011PA11T046.
Full textAbstract:
L’immunité innée représente la première ligne de défense d’un organisme face à une infection virale, en engendrant une réponse rapide capable de restreindre la menace microbienne. Dans la cellule, les récepteurs Toll-likes (TLRs) et les hélicases cytosoliques RIG-I like (RLRs) représentent les deux systèmes majeurs de reconnaissance des virus. Les acides nucléiques viraux sont notamment reconnus les hélicases cytosoliques RIG-I et MDA5. Ces deux protéines possèdent deux domaines CARD impliqués dans le recrutement de la protéine adaptatrice MAVS, capable d’induire l’activation des promoteurs interférons (IFNs) de type I et de NF-B pour la mise en place d’une réponse antivirale. De façon surprenante, MAVS est localisée au niveau de la mitochondrie et a besoin de cette association au compartiment mitochondrial pour exercer sa fonction. Bien que de nombreuses études aient montré le rôle crucial de la protéine mitochondriale MAVS dans la signalisation antivirale des RLRs, sa régulation est encore mal connue à ce jour. Ce travail de doctorat a permis de mettre en évidence que la dégradation de MAVS suite à une infection virale est nécessaire à la transduction du signal antiviral. Nous avons ainsi déterminé que l’E3 ubiquitine ligase TRIM25 induit l’ubiquitination puis la dégradation de MAVS quelques heures après une infection virale. De plus, nous avons montré que l’activation du signalosome aboutissant à la production des IFNs de type I et dépendant de MAVS n’a lieu que suite à sa translocation de la mitochondrie vers le cytosol permise par la dégradation de MAVS. Enfin, nous avons mis en évidence le rôle essentiel de l’élongation du réseau mitochondrial suite à une infection virale pour la transduction du signal dépendant de MAVS<br>Innate Immunity acts as the first line of the host defense against viral infection, providing a rapid response to restrict the microbial threats. Toll-like receptors (TLRs) and cytosolic RIG-I-like helicases (RLRs) are the two major receptor systems for detecting virus. Viral nucleic acids are recognised by the helicases RIG-I and MDA5. These receptors contain two CARD domains involve in the recruitment of the mitochondrial antiviral signaling adaptor MAVS whose activation triggers a rapid production of type 1 interferons (IFNs) and of pro-inflammatory cytokines. Interestingly, it has been reported that MAVS must be localized to mitochondria to exert its function. While MAVS is essential for this signaling, its function and regulation remain unclear. In this work, we report that RLR activation triggers MAVS ubiquitination by the E3 ubiquitin ligase TRIM25 and marks it for proteasomal degradation concomitantly with downstream signaling. MAVS appears to function as a recruitment platform to first assemble a signaling complex, then the proteasome-mediated MAVS degradation is required to unleash into the cytosol this signaling complex allowing the signalosome activation and ensuing type I IFNs production. Futhermore, we reported that mitochondrial dynamics regulate MAVS-mediated signaling after viral infection
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Bernard, David Claude. "Etude du système lymphocytaire Tαβ d'un poisson téléostéen, la truite arc-en-ciel : répertoires, récepteurs de co-stimulation, réponse antivirale". Versailles-St Quentin en Yvelines, 2005. http://www.theses.fr/2005VERS0018.
Full textAbstract:
Les poissons osseux possèdent les principaux constituants du système immunitaire des vertébrés dans un contexte physiologique particulier. En cela, le système lymphocytaire T et sa réponse spécifique contre les agents pathogènes présentent des aspects originaux, différents des mécanismes observés chez l'homme ou la souris. En réponse à une vaccination ADN contre le virus de la Septicémie Hémorragique Virale (SHV) et en utilisant une méthodologie de spectratypage de CDR3, les modifications du répertoire TCR des splénocytes ont été analysées. Cette approche a permis de montrer que la truite arc-en-ciel est capable, comme les mammifères, de produire une réponse publique présentant une surprenante complexité interne, dirigée contre une protéine virale. Des homologues des récepteurs de co-stimulation CD28 et CTLA4 ont également été identifiés. La structure des gènes, les profils d'expression des transcrits et la fonctionnalité des protéines ont été étudiés, suggérant que ces récepteurs possèdent des fonctions homologues à celles de leurs équivalents chez les mammifères. Enfin, une population intestinale d'IEL a été caractérisée, qui exprime des homologues de marqueurs T. Cette population possède un répertoire TCR polyclonal chez des individus naïfs, ce qui contraste fortement avec les répertoires humains ou murins. Ces IEL sont également capables d'élaborer une réponse publique après une infection systémique. La truite arc-en-ciel effectue donc des réponses T d'une grande diversité suivant des mécanismes d'activation proches de ceux des mammifères. En revanche, l'organisation des compartiments T semble différente au regard des observations réalisées sur les IEL<br>Most of the basic components of the vertebrate adaptive immune system are present in teleost fish, in the context of a particular physiology. Original aspects of the T-cell system and specific cellular response could be observed, compared to other vertebrate immune mechanisms. Using a CDR3 spectratyping method, we have described the modifications of the TCR repertoire induced by DNA vaccination against Viral Hemorrhagic Septicemia (VHS). This approach demonstrated that a public response was targeted to VHS glycoprotein and revealed a great internal complexity. CD28 and CTLA4 homologues were also identified. Several lines of evidences as intron/exon structure, mRNA expression profiles and functional experiments suggest that these receptors constitute co-stimulatory receptors as their mammalian counterparts. At last, an intestinal IEL population was characterized. These cells expressed typical T-cell markers, and displayed a polyclonal and diverse TCR repertoire in naive fish, in sharp contrast to what is observed in human and in the mouse. Moreover, IEL contain antigen responsive T cells, since they participate to the specific T-cell response against a systemic viral infection. The specific immune T-cell response in rainbow trout is extremely diverse and displays activation mechanisms comparable to their mammalian counterparts. However, the IEL characterization revealed that the organization of T-cell compartments is different from the one observed in human or in the mouse
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Isorce, Nathalie. "Du criblage de l’activité antivirale de divers interférons et cytokines pro-inflammatoires contre HBV, vers la description du mécanisme antiviral de l’interleukine-1β dépendant de NF-κB". Thesis, Lyon 1, 2015. http://www.theses.fr/2015LYO10130.
Full textAbstract:
Dans les patients infectés par HBV, les thérapies avec les analogues de nucléos(t)ides (NAs) ou l'interféron α (IFNα) restent inefficaces pour éradiquer l'infection, à cause d'une forme persistante d'HBV, appelée l'ADN circulaire covalent clos (ADNccc), organisé comme un mini-chromosome. Notre but a été de revisiter l'activité anti-HBV d'un panel de cytokines in vitro en utilisant des hépatocytes non transformés, afin d'identifier de nouvelles options immunothérapeutiques. Parmi toutes les molécules testées, l'IFNβ, l'IFNγ, les IFNλ, le TNFα, l'IL-6, l'IL-1β et le ténofovir (ce dernier utilisé comme contrôle positif) ont montré un effet suppresseur sur la réplication d'HBV aussi fort et parfois plus fort que l'IFNα. La cytokine ayant l'effet le plus élevé sur l'ADN total d'HBV (EC50 ≈ 25 pg/mL), sans cytotoxicité, était l'interleukine-1β (IL-1β), qui est naturellement produite par les cellules de Kupffer (KC), les macrophages du foie. De façon importante, les ARNs totaux d'HBV et l'antigène sécrété HBeAg, mais pas HBsAg, ni l'ADNccc, sont fortement diminués par l'IL-1β. Nous avons donc émis l'hypothèse selon laquelle des promoteurs viraux spécifiques su l'ADNccc pourraient être inhibés, même si l'ADNccc n'est pas dégradé. Ensuite, nous avons étudié le mécanisme de l'activité antivirale de l'IL-1β. Nous avons montré que tous les promoteurs d'HBV sembleraient être inhibés par l'IL-1β. En parallèle, nous avons vérifié que l'IL-1β pouvait activer le promoteur de NF-κB, dont la fonction de transcription a été confirmée. Grâce à cette étude, l'IL-1β a été montré comme ayant un effet antiviral très efficace contre HBV in vitro, par l'intermédiaire de la fixation de NF-κB sur l'ADNccc<br>In HBV-infected patients, therapies with nucleos(t)ide analogues (NAs) or interferon α (IFNα) remain ineffective in eradicating the infection, because of a persistent form of HBV DNA, namely the covalently closed circular DNA (cccDNA), which is organized as a minichromosome. Our aim was to revisit the anti-HBV activity of a panel of IFNs and pro-inflammatory cytokines in vitro using nontransformed cultured hepatocytes of HBV infection, to identify new immunotherapeutic options. Amongst all molecules tested, IFNβ, IFNγ, IFNλ, TNFα, IL-6, IL-1β and tenofovir showed a suppressive effect on HBV replication at least as strong as, but sometimes stronger than IFNα. The cytokine showing the highest effect on intracellular total HBV DNA without any cytotoxicity, was interleukin-1β (IL-1β), which is naturally produced by Kupffer cells (KC), representing the macrophages of the liver. Importantly, total HBV RNAs and secreted HBeAg, but nor HBsAg, neither cccDNA, were strongly decreased. Thus, we hypothesized that even if cccDNA was not degraded, specific viral promoters on cccDNA could be silenced. Then, we investigated the mechanism of IL-1β antiviral activity. We have shown that all HBV promoters were early inhibited by IL-1β. In the meantime, we have verified that IL-1β can induce nuclear Translocation and expression of NF-κB. We also checked NF-κB functionality. Thanks to this study, IL-1β has been found to have very potent antiviral effect against HBV in vitro, through the binding of NF-κB on cccDNA
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Hemmer, Caroline. "Développement et utilisation de nanobodies dirigés contre le Grapevine fanleaf virus (GFLV) en lutte antivirale et comme biocapteur in planta." Thesis, Strasbourg, 2015. http://www.theses.fr/2015STRAJ085/document.
Full textAbstract:
Par leur stabilité, leur petite taille et leur nature monomérique, les domaines variables des immunoglobulines à chaînes lourdes, ou Nanobodies (Nb), sont incontournables en diagnostic et recherche médicale. Pourtant, leur utilisation en agro-biotechnologies demeure confidentielle.Dans l'idée de les utiliser pour étudier et combattre le Grapevine fanleaf virus (GFLV), responsable de la maladie du court-noué très préjudiciable à l'économie viticole mondiale, j'ai produit une collection de Nb spécifiques du GFLV.Fusionné à une protéine fluorescente et exprimé en plante de façon stable, un de ces Nb (alors appelé Chromobody, Cb) a conféré une haute résistance au GFLV inoculé mécaniquement ou transmis par nématodes.Le potentiel du Cb comme biocapteur a été validé par le suivi in vivo d’un isolat contournant la résistance mais toujours reconnu par le Cb. La structure du complexe Nb/GFLV a été résolue à 2,8 Å et révèle la zone occupée par le Nb à la surface de la capside.Ces résultats ouvrent des perspectives innovantes pour la compréhension du cycle infectieux d'un phytovirus et l'élaboration de nouvelles stratégies de lutte antivirale<br>Due to their small size, high stability and strict monomeric nature, Nanobodies (Nbs) deriving from camelids heavy chain only antibodies have proven very valuable as diagnostic and therapeutic tools. However their use in agro biotechnology remains limited.In order to apply Nbs to the study and the control of grapevine fanleaf degeneration, I produced acollection of Nbs against Grapevine fanleaf virus (GFLV), the causal agent of this devastating disease worldwide.When fused to a fluorescent protein and stably expressed in plants, one of these Nbs (calledChromobody, Cb) conferred high resistance to GFLV, whether inoculated mechanically or by vector-mediated transmission.The identification of an isolate overcoming the resistance but still bound by the Cb allowed real-time tracking of the infection showing the high potential of Cbs as biosensors.The cryoEM structure of the Nb/GFLV complex was obtained at 2,8 Å and provides a clear picture of the footprint of the Nb on the surface of the GFLV capsid.These results pave the way for the innovative use of Nbs to unravel viral life cycle and to counter viral diseases
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El, Asmi Faten. "Rôle différentiel des isoformes de PML en réponse au trioxyde d’arsenic et dans la défense antivirale." Thesis, Paris 11, 2013. http://www.theses.fr/2013PA11T102.
Full textAbstract:
Les interférons (IFN) constituent une famille de cytokines aux propriétés antiprolifératives et antivirales. Ils activent, via la voie Jak/STAT, des gènes spécifiques dont les produits sont les médiateurs des effets biologiques des IFN. C’est le cas de PML (Promyelocytic leukemia), appelée aussi TRIM19, qui joue un rôle central dans la défense antivirale. PML appartenant à la famille des protéines Tripartite Motif (TRIM), caractérisée par la présence en N-terminal d’un motif RBCC, constitué d’un domaine RING, d’une ou de deux boites B et d’un domaine coiled-coil. PML a été identifiée dans la leucémie aiguë promyélocytaire, une pathologie causée par la translocation chromosomique t(15 ;17) qui fusionne les gènes PML et RARA, aboutissant à la synthèse d'une protéine chimère PML-RARA. Le trioxyde d'arsenic (As2O3) cible la portion PML de la protéine oncogénique, entraînant sa dégradation et la rémission complète des patients. Dans les cellules saines, les transcrits PML issus d’un gène unique génèrent par épissage alternatif 7 isoformes principales de PML, dont six sont nucléaires (PMLI à PMLVI) et une cytoplasmique (PMLVIIb). Toutes possèdent la même extrémité N-terminale mais diffèrent au niveau de leur extrémité C-terminale, conférant à chaque isoforme des fonctions spécifiques.PML est l’organisatrice d’une structure multi-protéique appelée corps nucléaires (CN), impliquée dans divers processus cellulaires tels que l’apoptose, la dégradation des protéines ou encore la défense antivirale.PML est modifiée par SUMO de façon covalente au niveau de trois sites lysines (K65, K160, K490) et de façon non covalente, via son domaine SIM (pour « SUMO Interacting Motif »). Ces modifications sont requises pour la formation de CN fonctionnels et le recrutement de protéines partenaires au sein de ceux-ci. Le but de ma thèse a été d’étudier le rôle différentiel des différentes isoformes de PML en réponse à l’As2O3 et suite à l’infection virale. Nous avons montré que le SIM de PML est nécessaire à sa dégradation en réponse à l'As2O3. Ce motif est présent dans toutes les isoformes de PML, hormis l’isoforme nucléaire PMLVI et l’isoforme cytoplasmique PMLVIIb. Le SIM de PML n’est pas requis pour sa SUMOylation et son interaction avec RNF4 (une E3 ubiquitine ligase responsable de la dégradation de PML via le protéasome). En revanche, ce motif est requis pour l’ubiquitination de PML, le recrutement des composants du protéasome et sa dégradation en réponse à l’As2O3. Concernant les propriétés antivirales de PML, l’étude que nous avons menée avec toutes les isoformes de PML a permis de montrer que seules PMLIII et PMLIV confèrent une résistance au Virus de la Stomatite Vésiculaire (VSV). L’effet antiviral de PMLIII n'est observé qu'à faible multiplicité d’infection (MOI) et est indépendant de la production d’IFN. Par contre, PMLIV exerce une puissante activité anti-VSV, y compris à forte MOI et s'exerce selon deux mécanismes distincts : (i) PMLIV inhibe la réplication du VSV par un mécanisme précoce indépendant de l’IFN, (ii) PMLIV augmente tardivement la production d’IFN-β via une plus forte activation d’IRF3 qui est due à la séquestration spécifique de Pin1 au sein des CN par PMLIV. Ces deux processus nécessitent la SUMOylation de PMLIV. Ces résultats montrent que PMLIV exerce une activité antivirale intrinsèque et est impliquée dans l’immunité innée en régulant positivement la voie de transduction conduisant à la synthèse d’IFN-β<br>Interferons (IFNs) are a family of cytokines with antiproliferative and antiviral properties.They activate, via the Jak/Stat pathway, specific genes whose products are the mediators of the biological effects of IFNs. This is the case of PML (Promyelocytic leukemia), also known as TRIM19, which plays a central role in antiviral defense.PML belongs to the Tripartite Motif (TRIM) protein family, characterized by the presence of an N- terminal RBCC pattern, consisting of a RING domain, one or two B-boxes and a coiled-coil domain. PML was identified in acute promyelocytic leukemia, a disease caused by the chromosomal translocation t(15 ;17), which fuses the PML and RARA genes, leading to the synthesis of a chimeric protein PML-RARA . Arsenic trioxide (As2O3) targets the PML moiety of the oncogenic protein, resulting in its degradation and in the complete remission of patients.In healthy cells, PML transcripts derived from a single gene generate seven major isoforms of PML by alternative splicing, including six nuclear (PMLI to PMLVI) and one cytoplasmic (PMLVIIb). All share the same N-terminus but differ at their C-terminus, giving each isoform specific functions.PML is the organizer of a multi-protein structure called nuclear bodies (NBs) that are involved in various cellular processes such as apoptosis, protein degradation or antiviral defense.PML is covalently modified by SUMO at three lysine residues (K65, K160, K490) but also non-covalently via its SIM domain (for « SUMO Interacting Motif »). These modifications are required for the formation of functional NBs and the recruitment of partner proteins within them.The aim of my thesis was to study the differential role of the different PML isoforms in response to As2O3 and during viral infection.We have shown that the SIM PML SIM is necessary for its degradation in response to As2O3. This motif is present in all PML isoforms, except the nuclear PMLVI and the cytoplasmic PMLVIIb isoforms. The SIM of PML is not required for its SUMOylation and its interaction with RNF4 (the E3 ubiquitin ligase responsible for PML proteasome-dependent degradation). However, this motif is required for the ubiquitination of PML, the recruitment of proteasome components and the degradation of PML in response to As2O3.Concerning the antiviral properties of PML, the study that we conducted with all PML isoforms allowed us to show that only PMLIII and PMLIV confer resistance to Vesicular Stomatitis Virus (VSV). Whereas the antiviral activity of PMLIII is only observed at low multiplicity of infection (MOI) and is independent of IFN production, PMLIV has a potent anti-VSV activity, including at high MOI, which is mediated through two distinct mechanisms: (i) PMLIV inhibits the replication of VSV by an early and IFN-independent mechanism, (ii) PMLIV later increases the production of IFN-β via a stronger activation of IRF3, which is due to the specific sequestration of Pin1 by PMLIV within NBs. Both processes require the PMLIV SUMOylation. These results show that PMLIV has an intrinsic antiviral activity and is also involved in innate immunity by positively regulating the transduction pathway leading to IFN-β synthesis
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Garcia, Stephan. "Etude de deux nairovirus de la famille des Bunyaviridae, virus Hazara et virus de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo : induction et analyse de la résistance antivirale liée à un phénomène de résistance dérivée du pathogène dans les cellules de tiques et développement d'outils moléculaires pour le diagnostic." Aix-Marseille 2, 2005. http://www.theses.fr/2005AIX20656.
Full textAbstract:
Ce mémoire présente les études que nous avons réalisées sur deux nairovirus, le virus Hazara et le virus de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo (CCHFV). Nous avons utilisé le réplicon du virus de la forêt de Semliki pour induire un mécanisme de résistance dérivée du pathogène contre le virus Hazara dans les cellules de tiques. Nous avons montré que cette résistance est liée à un phénomène d'interférence par ARN, induit dans les cellules de tiques et nous avons détecté deux marqueurs de l'interférence, une activité ribonucléasique et des ARN de 21-24 nucléotides (siRNA) spécifiques. Nous avons également mis au point un système original de gène rapporteur permettant l'induction de l'interférence par ARN dans des cellules de tiques pour étudier des suppresseurs viraux. Dans la dernière partie, nous avons abordé les méthodes de diagnostic de l'infection par le CCHFV. Nous avons mis au point deux nouvelles méthodes de diagnostic d'une infection. L'une repose sur l'utilisation d'un antigène recombinant et l'autre sur la quantification en temps réel des acides nucléiques viraux. Nous avons validé l'efficacité de l'antigène recombinant pour la détection d'anticorps spécifiques dans des sérums de patients et d'animaux d'Iran et nous avons montré que cette méthode est aussi sensible et spécifique que celle utilisant un antigène natif inactivé produit dans des cellules infectées<br>This manuscript presents the different studies that we have conducted on two nairoviruses, Hazara virus and Crimean-Congo haemorrhagic fever virus (CCHFV). We have used recombinant Semliki forest virus replicon to induce and study a pathogen-derived resistance against Hazara virus in tick cells. We showed that the resistance is directly linked to a phenomenon associated with RNA interference induced in the tick cells and we have detected two markers of this interference: a specific ribonucleasic activity and specific siRNAs. We have then set up an original system using a reporter gene to induce RNA inference in tick cells and to study of viral suppressors of RNA interference. In the last part of our work, we have developed tools to diagnose the CCHFV infection. We have set up two methods to diagnostic an infection, based on the use of a recombinant antigen or on the real-time quantification of viral nucleic acids. We have validated the recombinant antigen to detect specific antibodies against CCHFV in human and animal sera from Iran and we showed that this recombinant antigen is as sensitive and specific as a native antigen produced in infected cell cultures
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Richard, Mathilde. "Diversité des mécanismes de résistance aux inhibiteurs de la neuraminidase des virus influenza A : implications de résidus conservés dans le site actif de la neuraminidase et de la balance fonctionnelle entre la neuraminidase et l’hémagglutinine." Thesis, Lyon 1, 2010. http://www.theses.fr/2010LYO10323.
Full textAbstract:
Chaque année, les épidémies de grippe, dont les principaux agents étiologiques sont les virus influenza de type A, ont un impact considérable sur la population en terme de morbidité et de mortalité. Le virus influenza A comporte à sa surface deux glycoprotéines, la neuraminidase et l’hémagglutinine. Ces deux protéines ont des fonctions antagonistes : l’hémagglutinine permet l’entrée du virus dans la cellule hôte et la neuraminidase, par son activité sialidase, libère les nouveaux virions formés. Bien que la prophylaxie du virus grippal repose essentiellement sur la vaccination, les antiviraux jouent un rôle important dans la lutte contre les épidémies de grippe et dans la stratégie développée en prévision d'une pandémie grippale. Les inhibiteurs de la neuraminidase (INAs) sont des antiviraux efficaces contre la grippe. Ils inhibent l’activité enzymatique de la neuraminidase et empêchent la libération des nouveaux virions formés. La démarche méthodologique qui a conduit à l’élaboration de molécules ciblant la neuraminidase laissait espérer une apparition limitée de résistance. Cependant, des cas de résistances aux INAs ont été mis en évidence lors d’études cliniques. Outre la nécessité d’une surveillance étroite, il est donc important d’étudier et de comprendre les diverses mécanismes susceptibles d’induire une résistance aux INAs. Le travail de cette thèse s’est ainsi porté sur la compréhension de la diversité des mécanismes de résistance. Dans un premier temps, nous avons étudié l’impact de mutations sur l’ensemble des résidus structuraux du site actif de la neuraminidase. Nous avons observé que la plupart de ces mutations n’altéraient pas les caractéristiques du virus et induisaient une légère baisse de sensibilité aux INAs. Par la suite, nous avons cherché à explorer les possibilités de synergie dans la résistance aux INAs par la combinaison de deux mutations structurales du site actif de la neuraminidase. Sur quatre virus produits, seul le virus possédant la double mutation E119V+I222L était viable, malgré une capacité réplicative in vitro altérée. La combinaison de ces deux mutations induit une synergie dans la résistance à l’oseltamivir. Enfin, nous avons voulu intégrer l’interaction fonctionnelle de la neuraminidase avec l’hémagglutinine. Nous avons montré que la combinaison d’une hémagglutinine de faible affinité pour les récepteurs sialylés permettait de restaurer un virus possédant une neuraminidase déficiente. Ainsi, un virus influenza peut se libérer de la fonction de la neuraminidase, cible des seuls antiviraux efficaces disponibles à l’heure actuelle. Les mécanismes de résistances aux inhibiteurs de la neuraminidase sont multiples. L’émergence durant les deux dernières saisons hivernales de virus résistants aux INAs sans pression de sélection a remis en question les hypothèses développées sur l’infectivité et la transmissibilité de souches résistantes, ouvrant de nouvelles perspectives quant à l’étude des mécanismes permettant l’obtention de virus épidémiogènes résistants aux INAs<br>Each winter, influenza epidemics have a considerable impact on the population in terms of morbidity and mortality. Influenza A virus is the main etiologic agents of influenza. They present at their surface two glycoproteins, the neuraminidase and the hemagglutinin. These two proteins have antagonist functions : the hemagglutinin allows the virus to enter the host cell and the neuraminidase, through its sialidase activity, releases progeny virions from host cells. Although prophylaxis of influenza is mainly based on vaccination, antiviral drugs play a very important role in the fight against epidemics of influenza and the strategy developed in anticipation of a flu pandemic. The neuraminidase inhibitors are effective antiviral against influenza. Through the inhibition of the neuraminidase enzymatic activity, they prevent the release of new virions formed. The introduction into clinical practice of new drugs requires monitoring in order to detect the potential emergence of resistance. Although the approach to the design of neuraminidase inhibitors has provided hope that resistance will be limited, resistance to NAIs already been observed in clinical, encouraging close monitoring. It is therefore important to continue to study and understand the various mechanisms of resistance to neuraminidase inhibitors. The work of this thesis has thus focused on understanding the diversity of resistance mechanisms. Initially, we studied the impact of mutations in all structural residues of the active site of neuraminidase. We observed that most of these mutations did not alter the characteristics of the virus and induced very limited resistance to antivirals. Subsequently, we then sought to explore opportunities for synergy in resistance by the combination of two structural mutations of the active site of neuraminidase. On four viruses produced, only the virus with the double mutation E119V+I222L in the active site of neuraminidase was viable, although its in vitro replicative capacity was impaired. The combination of these two mutations induced a synergistic resistance to oseltamivir. Finally, we wanted to integrate the functional interaction of neuraminidase with hemagglutinin. We have shown that the combination of a hemagglutinin low affinity for sialylated receptors allowed to rescue a virus with a deficient neuraminidase. Thus an influenza virus may discharge the function of neuraminidase, the target of the only available effective antivirals. The mechanisms of resistance to neuraminidase inhibitors are numerous. Plus, the circulation in the last two seasons of resistant viruses without selective pressure challenges the assumptions developed on the possible emergence of resistance in clinic. This opens new issues to consider in order to understand the mechanisms that allowed this emergence and transmission
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Champier, Gaël. "Cytomégalovirus humain et antiviraux : supports génétiques des résistances et cibles de nouveaux antiviraux." Limoges, 2006. https://aurore.unilim.fr/theses/nxfile/default/c57da91d-7f5d-4bff-8610-292402dcec28/blobholder:0/2006LIMO0013.pdf.
Full textAbstract:
Le cytomégalovirus est un herpèsvirus responsable d'infections graves chez les personnes immunodéprimées. Les traitements disponibles, peu nombreux, s’appuient sur des inhibiteurs de l’ADN polymérase virale pUL54 : le cidofovir, le foscarnet et le ganciclovir. Le ganciclovir, utilisé en première intention pour la prévention ou le traitement des infections à cytomégalovirus, nécessite, pour être actif, d’être primo-phosphorylé par la kinase virale pUL97. Du fait de la cytotoxicité de ces agents, de leur faible biodisponibilité et de l’émergence de résistances, de nouvelles molécules ne ciblant pas la synthèse de l’ADN viral sont en voie de développement. Il s’agit de dérivés benzimidazolés dextrogyres, le BDCRB et le TCRB, qui ciblent des protéines impliquées dans l’encapsidation de l’ADN viral (pUL56, pUL89, et pUL104), et d’un dérivé benzimidazolé lévogyre, le maribavir, qui inhibe l’exportation extranucléaire des capsides néoformées par un mécanisme impliquant la phosphotransférase pUL97 et la protéine pUL27. Ce travail s’articule en deux axes principaux : les antiviraux actuels et les molécules en développement. Concernant les traitements actuels nous avons développé des outils de détection et d’étude des résistances. Puis nous avons appliqué ces outils à des études multicentriques, visant à définir la fréquence des résistances et le polymorphisme naturel des cibles des antiviraux actuels (pUL97 et pUL54). Ensuite, nous avons développé des modèles théoriques de la structure tridimensionnelle des domaines fonctionnels de ces enzymes afin de mieux comprendre leur fonction et d’évaluer le rôle de certaines mutations dans les résistances. Concernant les molécules antivirales en développement, nous avons utilisé le principe de génotypage développé pour les cibles des antiviraux traditionnels pour étudier le polymorphisme naturel des protéines cibles de ces molécules (pUL27, pUL56, pUL89 et pUL104). Dans un deuxième temps, nous avons analysé la conservation inter-espèces et la structure primaire de ces protéines afin de mieux comprendre leur fonction et les mécanismes moléculaires des résistances<br>Drugs usually used for treatment or prophylaxis of HCMV disease lean on few inhibitors of viral DNA synthesis targeting the HCMV DNA polymerase pUL54 : ganciclovir, cidofovir and foscarnet. Because of these drugs are associated with multiple side effects and drug resistance emergence, new drugs like benzimidazole derivatives, that target the viral DNA processing, being developed. The benzimidazole d-ribonucleosides inhibit DNA packaging by a process implicating the packaging proteins pUL56 and pUL89 and the portal protein pUL104. The benzimidazole l-ribonucleosides inhibit the virion nuclear egress. Little is known about both the benzimidazole D-ribonucleosides and benzimidazole L-ribonucleosides mechanisms of action. The aim of this study was to develop fast and standardized tools for detection of HCMV drugs resistance and to study the function of the targets of these molecules and their mechanism of action
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Cotin, Sébastien. "Cytomégalovirus humain, mutations de résistances, et nouveaux antiviraux." Limoges, 2011. https://aurore.unilim.fr/theses/nxfile/default/f3d249e6-e73f-444a-a399-704ab7479c43/blobholder:0/2011LIMO310B.pdf.
Full textAbstract:
Le CMVH est unherpesvirus ubiquitaire, qui infecte environ un individu sur deux, et persiste sous forme latente après la primo-infection. La gravité des infections à CMVH au cours du sida, après transplantation d’organe ou de cellules souches hématopoïétiques, et au cours de toute pathologie nécessitant ou entraînant une immunodépression cellulaire importante justifie l’utilisation de traitements antiviraux, curatifs et préventifs. Les antiviraux actuellement disponibles en pratique clinique sont peu nombreux, présentent une toxicité qui limite leur utilisation et a conduit à l’émergence de mutations conférant des résistances à ces molécules. Les acteurs principaux de ces résistances sont les gènes UL54 et UL97 qui codent respectivement l’ADN polymérase virale et une kinase nécessaire à l’activation de la molécule thérapeutique la plus utilisée : le ganciclovir. Au cours de notre travail, nous avons étudié l’émergence des mutations de résistance au sein d’une cohorte multicentrique de patients transplantés et avons pu mettre en évidence de nouvelles mutations. Nous avons aussi développé une technique basée sur la technologie des BAC qui nous a permis de caractériser l’impact de deux nouvelles mutations dans UL54. Dans une même optique, nous avons développé un test d’activité kinase in vitro non radioactif afin de déterminer l’impact des mutations sur l’activité d’UL97 et une étude structurale nous a amené à l’hypothèse qu’UL27 serait un potentiel cofacteur de cette kinase et aurait un rôle dans la résistance. Enfin, nous avons pu mettre en évidence au moins trois flavonoïdes, des molécules issues du monde végétal, inhibant activement la réplication du CMVH in vitro<br>HCMV is a ubiquitous herpesvirus which infects about fifty percent of the population and persists at latent state after primo infection. Severity of HCMV infections during AIDS, after organ or hematopoietic stem cells transplant and during pathologies that require or lead to cell immunosuppression justify the use of antiviral, curative and preventative treatments. The few antiviral drugs currently available in clinical practice reveal a toxicity that limits their use and lead to an emergence of conferring mutations that offers resistance to these molecules. The key players of this resistance are UL54 and UL97 genes that encode respectively viral DNA polymerase and a kinase necessary to the activation of the most used therapeutic molecule which is the ganciclovir. During our work, we have studied the emergence of resistance mutations within multicenter cohort of transplant recipients and we could have highlighted new resistance mutations. We have also developed a technique based on the BAC technology which allowed us to characterize the impact of two new mutations in UL54. Within the similar objectives, we developed in vitro nonradioactive kinase activity test in order to determine the mutations impact on UL97 activity and a structural study lead us to the hypothesis that UL27 might be a potential cofactor of this kinase and might have a role in the resistance. Finally, we have highlighted at least three flavonoids, molecules from plant world, inhibiting actively in vitro HCMV replication
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Hantz, Sébastien. "Résistance du cytomégalovirus aux antiviraux : de la clinique à la structure." Limoges, 2009. https://aurore.unilim.fr/theses/nxfile/default/e59d1b79-2c41-4f4a-827c-d2bb73ed9d08/blobholder:0/2009LIMO310C.pdf.
Full textAbstract:
Le cytomégalovirus (CMVH) est un virus ubiquitaire, peu pathogène chez l’immunocompétent mais qui représente un problème majeur pour les transplantés d’organes et les greffés de moelle osseuse. Les thérapeutiques actuellement disponibles (ganciclovir, cidofovir et foscarnet) sont insatisfaisantes du fait de leur toxicité et de l’émergence de mutations conférant une résistance à ces molécules au sein du gène de la protéine cible, l’ADN polymérase pUL54, ou du gène de la protéine nécessaire à l’activation du ganciclovir: la phosphotransférase Pul97. La première partie de notre travail a porté sur l’étude génotypique et phénotypique des mutations de résistance du CMV aux antiviraux actuellement disponibles à partir d’une cohorte multicentrique de patients transplantés. Ces études ont permis de mettre en évidence de nouvelles mutations de résistance dans UL97 et UL54 et de mieux comprendre les facteurs influençant l’émergence de résistance en fonction des différents profils de patients. Dans un deuxième temps, nous avons analysé, à partir du principe de génotypage développé pour les cibles des antiviraux traditionnels, la conservation inter-espèces et la structure primaire de protéines cibles de nouveaux antiviraux. Cette approche nous a permis de déterminer des domaines fonctionnels pour chaque protéine et de prédire leur structure secondaire afin de mieux comprendre leur fonction et les mécanismes moléculaires des résistances. Ces nouveaux antiviraux inhibent deux étapes spécifiquement virales, l’encapsidation et la sortie des nucléocapsides hors du noyau. Il s’agit de dérivés benzimidazolés D-ribonucléosides, qui ciblent des protéines impliquées dans l’encapsidation de l’ADN viral (pUL56, pUL89, et pUL104), et d’un dérivé benzimidazolé lévogyre, le maribavir, qui inhibe l’exportation extranucléaire des capsides néoformées par un mécanisme impliquant la phosphotransférase pUL97 et la protéine pUL27<br>The cytomegalovirus (CMVH) is a largely widespread virus, with low pathogenicity in immunocompetent but represents a major problem for organ and bone marrow transplant recipients. The currently available therapies (ganciclovir, cidofovir and foscarnet) are unsatisfactory because of their toxicity and the emergence of mutations conferring resistance to these antivirals within the gene of the target protein, DNA polymerase pUL54, or gene protein necessary for activation of ganciclovir: pUL97 phosphotransferase. The first part of our work has focused on the phenotypic and genotypic studies of currently available antivirals resistance mutations from a multicenter cohort of transplant recipients. These studies highlight new resistance mutations in UL97 and UL54 and led to better understand the factors influencing the emergence of resistance based on different patient profiles. In a second step, we have analyzed, from the principle of genotyping developed for traditional antiviral targets, the inter-species conservation and the primary structure of protein targets for new antiviral drugs. This approach allowed us to identify functional domains for each protein and to predict their secondary structure to better understand their function and molecular mechanisms of resistance. These new antiviral drugs inhibit two specific viral steps: encapsidation and nuclear egress of the capsid. The benzimidazole D-ribonucleoside derivatives, which target specific proteins involved in encapsidation of viral DNA (pUL56, pUL89, and pUL104), and a benzimidazole L-ribonucleoside derivative, the maribavir, which inhibits extranuclear export of neoformed capsids by a mechanism involving the phosphotransferase protein pUL97 and pUL27
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Deback, Claire. "Variabilité génétique des virus herpès simplex : épidémiologie moléculaire et résistance aux antiviraux." Paris 6, 2009. http://www.theses.fr/2009PA066155.
Full textAbstract:
La variabilité génétique des virus herpes simplex 1 (HSV-1) et 2 (HSV-2) a été étudiée sur le plan épidémiologique et sur celui de leur résistance aux antiviraux. Dans une première partie, nos travaux portent sur la pneumopathie herpétique (HSV BPn). Lors d’une étude clinique prospective chez des patients intubés et ventilés, 42 patients (21%) ont présenté une HSV BPn Une association significative a été montrée entre la présence d’HSV-1 dans l’oropharynx et l’ HSV BPn. L’analyse moléculaire montre que les HSV BPn font suite à la réactivation d’HSV-1 dans l’oropharynx, sans transmission nosocomiale. Dans une seconde partie, un test de sensibilité aux antiviraux des HSV par PCR en temps réel a été mis au point. Ce test est corrélé avec la technique de réduction des plages de lyse pour l’aciclovir et le foscarnet, mais ne l’est pas pour le cidofovir (CDV). L’analyse phénotypique et génotypique des souches d’HSV-2 isolées de patients ayant présenté une résistance clinique au cidofovir, a révélé que des mutations de l’ADN polymérase, cible du CDV, n’étaient pas en cause, faisant envisager la possibilité d’une autre cible virale.
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Bestman-Smith, Julie. "Caractérisation des mutations du virus Herpès simplex impliquées dans la résistance aux antiviraux." Thesis, Université Laval, 2004. http://www.theses.ulaval.ca/2004/21483/21483.pdf.
Full textAbstract:
La résistance du virus de l’herpès simplex (VHS) aux antiviraux est un problème courant chez les individus immunosupprimés. Des mutations au sein du gène de la thymidine kinase (TK) virale sont principalement à l’origine de la résistance au traitement de première ligne, i.e. les analogues des nucléosides. La cible ultime de tous les antiviraux anti-herpétique demeure cependant l’ADN polymérase (pol) virale. Ces deux gènes viraux (TK et ADN pol) démontrent un certain degré de polymorphisme génétique et il peut devenir difficile d’identifier avec certitude les mutations responsables de la résistance aux antiviraux. Les travaux présentés dans cette thèse de Doctorat démontrent le développement de nouvelles méthodes afin d’établir un lien entre l’apparition de mutations au niveau de gênes viraux et un phénotype de résistance particulier. Un système d’expression du gène de la TK virale chez le parasite Leishmania et un ensemble de cosmides et de plasmides recombinants permettant de générer des virus ADN pol mutants ont été mis au point. Ces nouvelles stratégies nous ont permis de caractériser les mutations virales impliquées dans la résistance aux antiviraux.<br>Drug resistant HSV isolates are responsible form substantial morbidity among immunocompromised subjects. The genetic basis for resistance to nucleoside analogs such as acyclovir (ACV) have been mapped to point mutations in the viral thymidine kinase (TK) gene while mutations within the viral DNA pol gene, the main target for all anti-herpetic drug actually available, could lead to a multidrug resistance phenotype. However, the distinction between viral mutations (TK and DNA pol) involved in antiviral resistance or part of viral polymorphism can be difficult to evaluate with current methodologies. OBJECTIVE: The aim of this research project is thus to evaluate the role of particular mutations within the HSV TK and DNA pol gene with regard to drug-resistance patterns and viral fitness, by designing new gene expression systems. METHODS: The protozoan parasite Leishmania stably transfected with a TK expression vector (pSP72αNEOα) was used as an heterologous system to evaluate the role of several different point mutations within the coding region of the TK gene in conferring resistance to nucleoside analogs. Susceptibility of TK-expressing parasites to nucleoside analogs can thus be tested very easily by a simple measurement of the optic density of cultures grown in the presence or in the absence of the drug. Finally, a set of overlapping viral cosmids and plasmids for the rapid generation of recombinant HSV-1 DNA pol mutants have been developed. RESULTS: Expression of the TK gene from ACV-susceptible clinical isolates resulted in Leishmania susceptibility to the antiviral, whereas expression of a TK gene with frameshift mutations or nucleotide substitutions from ACV-resistant isolates gave rise to parasites with high levels of antiviral resistance. Twenty HSV-1 recombinants with single or dual mutations within the DNA pol gene were successfully generated with the cosmid/plasmid based approach. Mutations within the central part of the enzyme’s catalytic domain (regions II and VI) were associated with resistance to ACV, FOS, and ADV, whereas mutations inserted within extremities (δ-region C, I, V, and VII) were mostly related to the replicative activity of the enzyme. CONCLUSION: Such new strategies provide an easy, reliable, and sensitive means of evaluating the functional role of viral mutations which should translate in improved management of drug-resistant HSV infections.
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Vanwalscappel, Bénédicte. "Caractérisation de la résistance du VIH-1 à l'effet antiviral des interférons de type I." Sorbonne Paris Cité, 2015. http://www.theses.fr/2015USPCC155.
Full textAbstract:
Les IFN de type I induisent l'expression de centaines d'ISGs dont certains ont une activité antivirale directe. Ces effecteurs induits par l'IFN inhibent plusieurs étapes du cycle réplicatif du VIH-1, résultant en une puissante inhibition de la réplication du VIH-1 in vitro et une réduction transitoire de la virémie chez les patients traités avec de l'IFN. L'objectif de ce travail a été d'étudier les possibles voies d'échappement du VIH-1, quand il est confronté à cette pression de sélection qui agit sur différentes cibles. Nous avons donc analysé l'évolution du VIH-1 en présence d'IFN dans deux contextes : 1) dans une lignée cellulaire de lymphocytes T traitées avec de l'IFN ; et 2) chez des patients co-infectés VIH-VHC traités avec de l'IFN-Ribavirine et en l'absence de traitement antirétroviral. Au cours de l'étude in vivo, nous avons analysé l'évolution de la population virale chez différents patients par « deep sequencing ». L'objectif ici, était d'identifier les gènes viraux qui ont évolué sous la pression de sélection induite par l'IFN. Le gène pour lequel nous avons vu le plus fréquemment un remplacement de la population virale dominante au cours du temps, fut vpu. Nous avons donc exploré la possibilité que Vpu présent au cours du traitement avec IFN, confère un avantage réplicatif au virus en présence d'IFN en les comparant pour les propriétés connues de Vpu. Nous avons décrit pour 3 des 5 patients que les allèles vpu sélectionnés au cours du traitement avec l'IFN confèrent au virus une meilleure capacité réplicative. Ce phénotype est associé pour deux d'entre eux à une meilleure efficacité à contrecarrer la rétention des virions par le facteur de restriction BST2, induit par l'IFN. En ce qui concerne l'étude in vitro, en forçant le VIH-1 à se répliquer en culture en présence d'IFN, nous avons sélectionné des variants présentant une sensibilité moindre à l'IFN et nous les avons caractérisé génotypiquement et phénotypiquement afin de déterminer les possibles causes d'échappement viral. Nous avons décrit que l'émergence de mutations dans le gène env qui confère une meilleure entrée viral associée à une augmentation d'infectivité, représente une stratégie évolutive efficace qui permet au virus de surmonter les activités antivirales induites par l'IFN, incluant celles qui agissent post-entrée. Les expériences d'optimisation réalisées au cours de cette étude ont permis l'élaboration d'un modèle mathématique de la réplication du VIH et de l'inhibition par l'IFN. Nous avons observé que le principal effet de l'IFN est d'empêcher l'infection par le VIH-1 plutôt que d'inhiber la production de virions dans les cultures cellulaires<br>Type-I interferon (IFN) induces the expression of hundreds of cellular genes, some of which have direct antiviral activity IFN-induced effectors can restrict numerous steps in the HIV replicative cycle, resulting in potent inhibition of HIV replication in tissue culture and transient reduction of viremia in IFN-treated patients. Overall our project aimed at analyzing the evolution of HIV in the presence of IFN in two situations: i) in tissue culture of T lymphocytes treated by IFN, where the virus is passages to select for resistant variants; and ii)HIV-infected patients, treated by IFN because of a concurrent HCV infection. Concerning the study in vitro, by forcing the HIV to replicate in culture in the presence of IFN, we aimed to select variants with decrease susceptibility to IFN and characterize them genotypically, in order to determine possible escape strategies. For this purpose, initially, culture conditions were optimized to force HIV to replicate in a T-cell line (MT4R5) in the presence of IFNa2. The data collected from these experiments were fitted in a mathematical model of virus replication. This approach allowed to determine several viral and cellular parameters of HIV replication and inhibition by IFN. Genotypic and phenotypic characterization showed the emergence of mutations in env gene, which improves the efficiency viral entry associated with an increased infectivity. This represents an evolutionary strategy that allows the virus to overcome antiviral aetivities induced by IFN, including those act post-entry. Concerning the study in patients, we analyzed the evolution of HIV populations under treatment by IFN, in 7 HIV-HCV co-infected patients who were not treated for HIV. The aim was to identify HIV genomic regions that could be under selective pressure by IFN in vivo. The gene in which we saw more frequently a replacement of the dominant population over time was vpu, for which in 5 of 7 patients the population present during IFN-treatment carried changes in the N-terminal half of the protein. Changes were seen also for vpr and vif, but concerned fewer patients. We thus explore whether Vpu present during IFN-treatment conferred a replication advantage to the virus in IFN-treated cultures. For 2 of the 5 patients, we described that Vpu present during IFN-treatment confer to the virus a better fitness in presence of IFN associated with a better virions release efficiency, allowing the virus to overcome the antiviral activities induced by IFN
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Sergerie, Yan. "LE VIRUS HERPES SIMPLEX DE TYPE 1 : RÉSISTANCE AUX ANTIVIRAUX ET RÉPONSE INFLAMMATOIRE CÉRÉBRALE." Thesis, Université Laval, 2007. http://www.theses.ulaval.ca/2007/24960/24960.pdf.
Full textAbstract:
La résistance du virus herpes simplex (VHS) aux antiviraux, particulièrement chez des sujets immunosupprimés, et sa capacité d’envahir le système nerveux central soulèvent de nombreuses questions au niveau clinique. Des mutations au sein du gène de la thymidine kinase et de l’ADN polymérase virale sont responsables de la résistance aux traitements antiviraux. Il est donc important d’élucider davantage les différents mécanismes moléculaires à l’origine de ces évènements de résistance et de développer de nouvelles avenues thérapeutiques. De plus, le VHS est la cause la plus fréquente d’encéphalite sporadique et potentiellement fatale dans les pays de l’ouest. Ce type de pathologie est occasionné en partie par une intense réplication virale mais également par une réponse immunologique encore incomprise jusqu’à maintenant. Les travaux présentés dans cette thèse de doctorat ont pour but de développer de nouveaux modèles in vitro et in vivo permettant d’étudier ces deux facettes importantes du VHS. L’impact de certaines mutations et l’effet d’un nouveau traitement dans la résistance du VHS aux antiviraux ont été évalués. La réponse immunitaire innée cérébrale de même qu’une nouvelle approche thérapeutique en rapport avec une encéphalite à VHS ont également été caractérisées.<br>Herpes simplex virus (HSV) resistance to antiviral treatment is a real concern among immunocompromised population. Mutations localized in the thymidine kinase (TK) and/or the DNA polymerase (pol) genes are mainly responsible for those resistance issues. Thus, it is becoming important to increase knowledge in this area and to develop new therapeutic strategies. Also, HSV has this unique biological property to invade the nervous central system and causes encephalitis. During this type of infection, an important immunological process occurs. However, this inflammatory response is still very controversial and needs to be elucidated. The main objectives of this doctoral thesis consisted of: 1- the characterization of antiviral resistance and 2- the elucidation of the brain inflammatory response to HSV. The first part consisted in the development of an in vitro system allowing the characterization of several mutations in the TK and/or the DNA pol genes responsible for antiviral resistance and the elaboration of a new antiviral strategy. The second part was to characterize the inflammatory response following the induction of HSV-1 encephalitis in a mouse model and to develop an alternative immunomodulatory approache. Mutations localized in conserved and non-conserved regions of the TK are associated with ACV resistance. Hydroxyurea increases the activity of nucleoside (ACV) and nucleotide (CDV) analogues. A delayed glucocorticoid treatment is highly beneficial by decreasing the brain viral load as well as pro-inflammatory cytokine production in the brain of infected mice. TNF- and IL-1permit the initiation of an innate immune response allowing a control of the viral replication and an efficient transition to the adaptive immune response required for viral clearance during HSV-1 encephalitis. A prophylactic treatment with a TLR3 agonist significantly increases the mean life expectancy and survival rate of mice infected with HSV-1 compared to non-treated mice. The experimental models developed during this Ph. D. allow a better understanding of the molecular mechanisms of resistance and of the brain inflammatory response to the HSV.
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Bonnafous, Pascale. "Etude des mécanismes moléculaires de la résistance du sixième herpèsvirus (HHV-6) aux antiviraux." Paris 6, 2007. http://www.theses.fr/2007PA066398.
Full textAbstract:
Le sixième herpèsvirus humain ou HHV-6 appartient à la sous-famille des bêtaherpèsvirus, tout comme le cytomégalovirus humain (CMV), et peut être à l’origine d’infections graves nécessitant une chimiothérapie antivirale par ganciclovir (GCV), foscarnet (PFA) ou cidofovir (CDV). Nous nous sommes intéressés ici à la résistance du HHV-6 aux antiviraux. La quantification de la charge virale par PCR en temps réel a été utilisée pour suivre la cinétique de réplication de la souche HST sur lignée lymphocytaire MT4, et pour développer une nouvelle méthode d’étude de la sensibilité du HHV-6 aux antiviraux. La charge virale suit une phase exponentielle puis stationnaire, l’ADN persistant dans la culture cellulaire longtemps après la fin de l’infection lytique. Une quantification précoce pendant la réplication active est possible et nécessaire à une bonne interprétation des résultats de l’antivirogramme. Comparée à la cytométrie en flux, la PCR en temps réel permet de réduire le temps de lecture et est plus économe en cellules et en virus. Cette méthode a été utilisée pour tester de nouvelles molécules antivirales et pour caractériser de nouvelles souches. En particulier, parmi plusieurs médicaments utilisés dans le traitement de l’épilepsie dont l’étiologie du HHV-6 est discutée, la lamotrigine a montré une certaine activité anti-HHV-6, sur la souche HST comme sur d’autres souches virales. D’autre part, la culture in vitro des souches HST sauvage ou GCVR1 (dérivée d’HST, résistante au GCV), en présence de concentrations croissantes de PFA, a conduit à la sélection de deux nouvelles souches, 8 et 15 fois plus résistantes au PFA qu’HST. De nouvelles mutations ont été mises en évidence dans le gène U38 codant l’ADN polymérase, qui est l’enzyme cible des antiviraux : T435R , H507Y et C525S localisées dans le domaine conservé dC, et F292S en dehors des domaines conservés, détectée dans une souche qui n’a pu être isolée. Les mutations T435R et C525S sont en outre aux positions homologues respectivement des mutations N495K et S585A du gène UL54 codant l’ADN polymérase du CMV et associées à une résistance du CMV au PFA. Dans un test fonctionnel permettant de mesurer l’activité enzymatique de l’ADN polymérase du HHV-6, la présence des quatre mutations nouvellement décrites, seules ou en association, diminue significativement l’effet inhibiteur du PFA sur l’enzyme. Une troisième souche sélectionnée à partir d’HST en concentrations croissantes de CDV, s’est montrée 118 fois plus résistante à cet antiviral que la souche sauvage, et une seule mutation a été détectée dans l’ADN polymérase, R798I, localisée dans le domaine VII. Comme dans le cas de GCVR1, une résistance croisée au CDV et GCV a été observée. Enfin, pour mieux appréhender les interactions des antiviraux avec leur cible et comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans la résistance, la structure tridimensionnelle de l’ADN polymérase du HHV-6 a été modélisée. Deux modèles « ouvert » (enzyme seule) et « fermé » (enzyme en mode de polymérisation) ont été élaborés à partir des structures connues des ADN polymérases de l’herpèsvirus simplex 1 (HSV-1) et du bactériophage RB69. Dans les deux modèles, les acides aminés modifiés dans les souches mutantes sont situés dans les différents domaines structuraux de l’enzyme, et éloignés du site actif. L’implication de chaque mutation dans la résistance aux antiviraux pourrait alors s’expliquer, non pas par une modification du site actif lui-même, mais par une modification conformationnelle de l’enzyme limitant l’accès ou la fixation de l’antiviral. Ces résultats sont une première étape dans l’interprétation de mutations décrites dans l’ADN polymérase associées à une résistance du HHV-6 aux antiviraux et dans la compréhension des mécanismes moléculaires sous-jacents.
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Mertens, Eva. "Viral Determinants of West Nile Virus résistance to antiviral action of 2',5' Oligoadenylate Synthetase Ib." Paris 7, 2010. http://www.theses.fr/2010PA077016.
Full textAbstract:
Le virus West Nile (WNV) est un flavivirus émergent transmis par les moustiques de grande importance en termes de santé publique. Ce virus est capable d'infecter le système nerveux central et est responsable de fièvres, d'encéphalopathies et d'autres complications neurologiques sévères chez l'homme. Une attention particulière s'est récemment focalisée sur la capacité du WNV à échapper à la réponse anti-virale assurée par les interférons de type I (IFN). L'enzyme 2',5' Oligoadénylate-Synthétase Ib (Oaslb), induite par l'IFN, contribue à l'établissement de cette réponse anti-virale dirigée contre le WNV en enrayant l'accumulation d'ARN viral dans les cellules infectées. Cette étude avait pour objectif d'identifier les déterminants viraux permettant au WNV de contrecarrer l'activité anti-virale assurée par l'Oaslb. Au cours de cette étude nous avons produit un variant de WNV par passages répétés du virus sur des fibroblastes murins exprimant l'Oaslb. Ce virus variant exhibe une résistance à l'action anti-virale de cette enzyme. Nos résultats suggèrent que le rétablissement de la réplication virale dans les fibroblastes murins exprimant ['Oaslb infectés par le variant n'est pas lié à une inhibition de la suppression des ARN viraux médiée par POaslb mais à une augmentation globale de leur production. Le séquençage du génome complet du variant de WNV résistant à l'Oaslb a permis d'identifier une substitution de la Serine 365 en Glycine dans le domaine ATPase/Hélicase de la protéine NS3, ainsi que de la Valine 9 en Méthionine dans le segment C-terminal 2K de la protéine NS4A. Une étude in vitro a permis de montrer que la mutation dans le domaine ATPase/Hélicase de la protéine NS3 réduit la consommation d'ATP nécessaire à son activité ATPase. L'effet de ces deux mutations sur l'inhibition de la réplication virale médiée par l'Oaslb a été étudié en les introduisant par mutagénèse dirigée dans l'ADN complémentaire de taille génomique et infectieux de WNV. Bien que le virus muté dans la protéine NS3 n'échappe pas à l'activité inhibitrice de l'Oaslb, la production d'ARN viral est plus importante que pour le virus sauvage. Nos résultats suggèrent que la mutation dans le domaine 2K participe à la résistance de WNV à l'action é Bée de l'Oaslb en augmentant la synthèse des ARN viraux et la production virale dans des cellules surexprimant l'Oaslb. La mutation dans la protéine NS3 pourrait contribuer à ce mécanisme en conférant une résistance accrue à la dégradation des ARN viraux générée par l'Oaslb<br>West Nile virus (WNV) is an emerging mosquito-borne flavivirus of global significance that can infect the central nervous System and cause severe neurological disease. Recent attention focused on the ability of WNV to circumvent antiviral mechanisms mediated by Type-[ interferons (IFNs). The IFN-inducible 2',5' Oligoadenylate Synthetase Ib (Oaslb) contributes to the establishment of an antiviral state against WNV by suppressing vRNA accumulation in infected cells. This study aimed to identify viral determinants that promote WNV to counteract antiviral activity of Oaslb. We report the characterization of a WNV variant produced by serial passage in mouse fibroblasts expressing Oaslb that shows increased growth capacity. Our data suggest that the rescue of viral growth in Oaslb-expressing cells infected with the WNV variant did not arise from impairment of Oaslb-mediated vRNA suppression, but from overall increased vRNA production. Genetic analysis of the Oaslb-resistant WNV variant identified a Ser-365-Gly change in the NS3 ATPase/helicase domain and a Val-9-Met change in the C-terminal 2K segment of NS4A. Mechanistic study demonstrated that the mutation in the NS3 ATPase/helicase alters the requirement of ATP for its ATPase activity. The effect of the two amino acid substitutions on Oaslb-mediated WNV inhibition was investigated by engineering the individual mutations into an infectious WNV cDNA clone. Although growth of NS3-mutant virus was impaired in Oaslb-expressing cells, a rescue of Oaslb-mediated vRNA inhibition compared to WT virus was observed. Our data suggests that the 2K-mutation is critical for WNV résistance to antiviral action of Oaslb by enhancing vRNA replication and promoting viral growth in Oaslb-expressing cells. The NS3 mutation might contribute to this mechanism by conferring increased résistance to Oaslb-mediated vRNA degradation
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Billioud, Gaëtan. "Étude des performances de variants du virus de l’hépatite B." Thesis, Lyon 1, 2011. http://www.theses.fr/2011LYO10077.
Full textAbstract:
Les traitements actuels contre le virus de l’hépatite B (VHB) combinent un ou plusieurs analogues de nucléos(t)ides qui inhibent directement la réplication virale en bloquant l’étape de transcription inverse. Ces traitements très efficaces sont pourtant confrontés à l’émergence de virus résistants à ces traitements. Ces résistances sont la conséquence de l’émergence et la sélection de mutants parfois complexes présentant des mutations à la fois dans le gène de la polymérase (pol) et de l’enveloppe virale. Les objectifs principaux de ce doctorat ont été d’étudier la sensibilité des variants résistants du VHB vis-à-vis d’analogues de nucléos(t)ides et de nouveaux composés nonnucléos(t)idiques agissant contre la nucléocapside, mais également de comparer les performances virales de différents mutants afin de comprendre le processus de sélection des mutants qui s’opère chez le patient sous pression thérapeutique. Ces études ont caractérisé la sensibilité de certaines mutations de résistance aux analogues de nucléos(t)ides, de souligner l’importance des modifications de l’enveloppe dues aux mutations de résistance dans le processus d’émergence et de sélection des variants dans la quasi-espèce virale et d’identifier de nouvelles molécules antivirales efficaces permettant, en combinaison avec les analogues de nucléos(t)ide, de diminuer fortement les phénomènes de résistance du VHB. Mieux comprendre les phénomènes de résistance, les procédés d’émergence, de sélection et de transmission des mutants du VHB pour élaborer les meilleures stratégies cliniques de combinaisons thérapeutiques peut réduire considérablement le nombre de personnes touchées par ce virus<br>Current therapies against the hepatitis B virus (HBV) combine one or more nucleoside analogues that directly inhibit viral replication by blocking reverse transcription step. These treatments are very effective, however, faced with the emergence of viruses resistant to these treatments. These resistances are the result of the emergence and selection of mutants with mutations can be complex in both the polymerase gene (pol) and the viral envelope. The main objectives of this PhD was to study the sensitivity of resistant HBV variants vis-à-vis similar nucleos(t)ides and new compounds non-nucleos(t)idic acting against the nucleocapsid, but also compare the performance of different viral mutants to understand the process of selection of mutants that occurs in patients under therapeutic pressure. These studies have characterized the sensitivity of some resistance mutations to nucleoside analogues, to highlight the importance of the envelope changes due to resistance mutations in the process of emergence and selection of variants in the quasispecies virus and to identify new effective antiviral drugs may allow, in combination with nucleoside analogues, to greatly reduce the phenomenon of HBV resistance. Better understanding the phenomenon of resistance, the processes of emergence, selection and transmission of HBV mutants to develop the best clinical strategies of combination therapy can significantly reduce the number of people affected by this virus
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Manichanh, Chaysavanh. "Etude phénotypique et génotypique de la résistance du sixième herpesvirus humain (HHV-6) aux antiviraux." Paris 6, 2001. http://www.theses.fr/2001PA066458.
Full text
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Bonte, Dorine. "Interactions des protéines NS5A et p7 du virus de l'hépatite C avec la cellule hôte ou les molécules antivirales." Paris 7, 2004. http://www.theses.fr/2004PA077020.
Full text
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Aillot, Ludovic. "Effets antiviraux de l'agonisation des Toll-like Récepteurs dans les cellules du foie, une nouvelle stratégie immunothérapeutique dans la lutte contre HBV." Thesis, Lyon, 2018. http://www.theses.fr/2018LYSE1139/document.
Full textAbstract:
Le virus de l'hépatite B (HBV) infecte chroniquement près de 240 millions d'individus dans le monde. L'infection chronique par HBV est un souci de santé publique majeur puisque l'infection peut évoluer au cours du temps vers la cirrhose et/ou l'hépatocarcinome (CHC). Malgré l'existence de traitements efficaces à base d'analogues de nucléos(t)ides permettant de diminuer la charge virale chez les patients, ceux-ci nécessitent une prise médicamenteuse à vie. En effet, malgré la diminution importante du risque de développer un cancer du foie, ces traitements ne permettent pas l'élimination définitive du virus. Les cellules infectées par HBV sont les hépatocytes du foie, qui remplissent la majorité des rôles vitaux de cet organe. La formation d'un minichromosome viral au sein de ces cellules infectées appelés ADNccc (pour ADN circulaire-covalemment-clos), est majoritairement responsable de la persistance du HBV. Les traitements actuels utilisés sont principalement des analogues de nucléos(t)ides et ceux-ci n'ont pas ou peu d'effets sur l'ADNccc. La nécessité de développer de nouvelles stratégies antivirales visant à éliminer définitivement HBV a donc conduit de nombreux laboratoires, dont le nôtre, à étudier l'utilisation de stratégies immuno-thérapeutiques incluant des stimulateurs de l'immunité innée (agonistes de TLR7, TLR8, RIG-1.) dans le cadre d'infections chroniques. De nombreuses études ont démontré que l'utilisation de ligands stimulant les récepteurs de l'immunité innée promouvait un fort effet antiviral, médié par la production endogène et locale de cytokines pro-inflammatoires et l'induction de gènes régulés par l'interféron (1SG). Dans ce but, nous nous sommes intéressés plus particulièrement aux potentiels effets antiviraux de l'agonisation des senseurs de l'immunité innée les plus connus, les Toll-like récepteurs (TLR), dans le cadre de l'infection par HBV dans les cellules hépatiques. La stratégie immuno-thérapeutique envisagée, vise à stimuler aussi bien les cellules immunitaires que les hépatocytes infectés. La caractérisation de l'expression de différents senseurs de l'immunité innée, d'une part dans les cellules primaires isolées du foie et d'autre part dans certaines lignées cellulaires correspondantes, nous a permis d'avoir une vue d'ensemble 1) des récepteurs exprimés par les différentes cellules du foie notamment dans les hépatocytes (TLR2/TLR3/TLR4/TLR5) ; 2) d'évaluer la fonctionnalité de ceux-ci pour la production de cytokines (IL-6 ; IP-10) lors de leur agonisation 3) d'évaluer les modèles disponibles parmi les lignées cellulaires les plus proches immunologiquement des cellules hépatiques. Les cellules HepaRG et une nouvelle lignée dérivée des macrophages du foie les iKC par exemple sont plus proches respectivement des hépatocytes et des macrophages primaires hépatiques et sont donc des modèles relevant pour les études immuno-thérapeutiques. L'utilisation de ligands de TLR2 et TLR3 sur des hépatocytes infectés chroniquement par HBV, a montré le plus fort effet antiviral (incluant une médiation par la sécrétion de cytokines et l'induction d'1SG) aussi bien sur la réplication d'HBV que sur l'ADNccc. De plus, cet effet semble stable au cours du temps sans résurgence massive de productions virales. Cette stratégie cible non seulement les hépatocytes infectés, mais également les cellules immunitaires dont les productions cytokiniques ont également un fort effet antiviral. Bien que l'effet in vivo, dans un modèle murin, ait été plus modeste, un ajustement des doses d'agonistes utilisées ainsi qu'un meilleur moyen de délivrance au foie de ligands de TLR2 ou TLR3 pourraient être une stratégie immuno-thérapeutique intéressante. Enfin nous nous sommes intéressés au cas particulier de l'agonisation du TLR9 en présence d'HBV… [etc]<br>HBV chronically infects 240 million peoples around the world. HBV chronic infection is a major public health problem and can lead to cirrhosis or/and hepatocarcinoma (HCC). Even if some efficient treatments are already available, based in particular on the use of nucleos(t)ides analogues that induce a decrease of viral load in patients, these drugs do not lead to a definitive HBV cure They enable an important decrease of liver cancer risk but need to be taken life-long. HBV infects hepatocytes the major liver cells which are involve in many vital mechanisms into the organism. The HBV minichromosome, which is formed into infected cells also called cccDNA (i.e., covalently-closed-circular DNA), is not affected by nucleos(t)ides treatments and thus is responsible for HBV persistence. The use of immune receptors (e.g. Toll-like receptors/TLR) agonists can lead to 1) an important cytokines/interferon (IFN) secretion; 2) promote immune cells activation/recruitment and 3) induction of many Interferon-Stimulated Genes (ISG). These mechanisms could lead to a greater viral clearance by cccDNA degradation or silencing. The need for new strategies to permanently eliminate HBV infection led many laboratories, including ours, to explore the use of immunotherapeutic treatments in a context of chronic infection, including innate immune stimulators (e.g. TLR7, TLR8 or RIG-I agonist are under clinical trials). To this end, we got interested on the potential anti-HBV effects of many TLR agonists in liver cells. Our strategy is to stimulate both infected hepatocytes and immune cells. We first characterized the expression of innate immune sensors in primary liver cells as well as in some liver cell lines. This allowed us to: 1) identify which sensors are expressed by liver cells, especially in hepatocytes (TLR2, TLR3, TLR4, TLR5); 2) evaluate their ability to produce cytokines (IL-6, IP-10) upon agonisation; 3) evaluation of cell lines model which are immunologically closed to the primary liver cells. HepaRG and a new liver macrophage cell line call iKC are immunologically close to their primary cells and appear to be relevant models for immune-therapeutics studies. The use of TLR2 and TLR3 agonists on HBV chronically infected hepatocytes showed a strong antiviral effect (i.e., decrease of HBV replication and cccDNA level) mediated directly by NF- kB-inducible and ISG genes activation and indirectly by cytokines secretion. Furthermore, this effect was shown stable over time without any viral replication rebound. This strategy targets not only infected hepatocytes but also immune cells, whose cytokines production also has a strong antiviral effect. Despite a weak in vivo effect in mice, a tuning in agonist doses used and better liver delivery could be an interesting immune-therapeutic strategy. Finally, we were investigated the particular case of TLR9 agonisation in presence of HBV. We showed an interaction between synthetic or not DNA ligands such as CpG ODN and HBV particles. This interaction leads in one hand, to HBV entry inhibition in hepatocytes, on the other hand, to a blockage of ligand delivery to TLR9 in pDC, which is not due to an inhibition of the TLR9 pathway, but to a lack of access of the ligand to its receptor. These two mechanisms are responsible for a decrease of viral infection during its establishment and a decrease in IFN synthesis by pDC, respectively. A decrease in IFN production, which this time was linked to a bona fide inhibition of the TLR9 pathway, in the presence of the sub-viral particles HBsAg was still observed, without retention of TLR9 ligand of the latter. It would seem, therefore, that use of TLR agonists represent an interesting strategy in setting up new anti-HBV immune-therapeutic approaches. However, their improvement will depend on the evaluation of viro-induced inhibitory mechanisms as well as better ways of in vivo delivering these ligands
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Boulestin, Anne. "Facteurs viraux et pharmacologiques impliqués dans la résistance du virus de l'hépatite C aux traitements antiviraux." Aix-Marseille 2, 2006. http://www.theses.fr/2006AIX20686.
Full textAbstract:
Le traitement de l'hépatite chronique C repose sur l'administration d'interféron alpha (IFN-α) combiné à la ribavirine. La glycoprotéine E2 et la protéine NS5A ayant été impliquées dans la résistance au traitement, nous avons étudié ces deux gènes et n'avons pas trouvé de lien entre leur séquence et l'issue du traitement. L’impact du génotype et de la charge virale sur la réponse précoce a été évalué. La réponse immune préthérapeutique apparaît déterminante, mais une immunothérapie par l’Il-2 s'est révélée décevante. Des concentrations circulantes suboptimales d'IFN-α sont associées à une mauvaise réponse précoce chez les patients dont le poids est élevé. Une méthode biologique est optimale pour comparer les concentrations circulantes des deux formes d'IFN pégylé, leurs activités antivirales intrinsèques n’étant pas équivalentes. Les paramètres pharmacologiques sont impliqués dans la réponse au traitement cependant l'étude de la réponse immune des patients serait informative<br>Alpha Interferon (IFN-α) combinated to ribavirin is the mainstay of the treatment of chronic hepatitis C. Since glycoprotein E2 and protein NS5A have been involved in resistance to treatment, we studied these two genes and failed to find a correlation between their sequence and treatment outcome. Genotype and viral load were shown to affect early response. Although pretherapeutic immune response appears to be decisive, an Il-2 based immunotherapy gave disappointing results. We also studied IFN-α pharmacokinetics. Suboptimal serum concentrations of IFN-α were associated with a poor early response to treatment in high weighted patients. A bioassay allows to compare serum concentrations of the two forms of pegylated IFN, as these two molecules are not equivalent in terms of antiviral potency. Pharmacological parameters play a role in response to treatment but study of patient immune response could give new insights
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Martin, Mélanie. "Étude des mécanismes de résistance du cytomégalovirus humain et développement de nouveaux antiviraux contre les virus herpétiques." Thesis, Université Laval, 2010. http://www.theses.ulaval.ca/2010/27103/27103.pdf.
Full text
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Pizzorno, Mario Andres. "Mechanisms of resistance to neuraminidase inhibitors in influenza A viruses and evaluation of combined antiviral therapy." Doctoral thesis, Université Laval, 2015. http://hdl.handle.net/20.500.11794/25902.
Full textAbstract:
Les inhibiteurs de la neuraminidase (INAs) jouent un rôle central dans le contrôle des infections grippales, tant dans le cas des épidémies et des pandémies comme chez les patients immunosuprimés et d'autres patients à risque. Cependant, le développement et la dissémination de la résistance compromettent l'utilité à long terme de cette intervention. En fait, le problème de la résistance aux INAs a été mis en évidence pendant les épidémies de grippe annuelles de 2007-09, avec la dissémination globale d’une variante de la souche A(H1N1) saisonnière résistante à l'oseltamivir. Dans ce cas, les observations préliminaires ont spéculé avec l'existence d'un ensemble de mutations “permissives” qui auraient facilité cette transmission mondiale. Heureusement, l'émergence et la propagation mondiale de la souche pandémique en 2009 a mené au remplacement de la souche saisonnière A/Brisbane/59/2007 (H1N1) résistante à l'oseltamivir, par le virus A(H1N1)pdm09 naturellement sensible aux INA, et, par conséquent, l'oseltamivir a récupéré son utilité clinique. En fait, la plupart des virus A(H1N1)pdm09, A(H3N2) et B circulants à ce jour restent sensibles à l'oseltamivir, avec seulement 1-2% de souches résistantes. Néanmoins, le nombre croissant de souches résistantes récemment détectées en l’absence de traitement fait craindre que ce problème puisse encore augmenter. À cet égard, l'impact de l'émergence et la dissémination de la résistance sur le choix limité des antiviraux actuellement disponibles renforce la nécessité d’une meilleure compréhension des mécanismes sous-jacents à ce phénomène ainsi que de nouvelles approches thérapeutiques. Les différentes études présentées dans le cadre de cette thèse convergent vers l'objectif général de mieux décrire les mécanismes de développement de la résistance aux INAs dans les virus de la grippe. En outre, nous prévoyons que les thérapies combinées pourraient induire une meilleure réponse virologique et immunologique par rapport à la monothérapie antivirale. À la fin, nous nous attendons à ce que notre travail ait un impact sur la gestion des infections grippales en guidant la surveillance mondiale des marqueurs potentiels de résistance, ainsi qu’en proposant des traitements novateurs qui minimisent le développement de souches résistantes.<br>Neuraminidase inhibitors (NAIs) play a central role in the control of influenza infections, with important implications in the management of outbreaks and pandemics as well as in immunocompromised and other at risk patients, with both prophylactic and therapeutic indications. However, the development and dissemination of antiviral drug resistance represents a major limitation that compromises the long-term usefulness of this intervention. Actually, the problem of resistance to NAIs was highlighted by the worldwide dissemination of the oseltamivir-resistant seasonal A(H1N1) neuraminidase H274Y variant during the 2007-09 annual influenza epidemics. In that case, preliminary observations speculated with the existence of a set of “permissive” mutations that could have facilitated this global transmission. Fortunately, the antigenic shift that enabled the emergence of and global spread of the 2009 pandemic strain meant the replacement of the oseltamivir-resistant seasonal A/Brisbane/59/2007 (H1N1) virus by the naturally NAI-susceptible A(H1N1)pdm09 virus, and, consequently, oseltamivir recovered its clinical utility. In fact, most of the circulating A(H1N1)pdm09, A(H3N2) and B viruses remain susceptible to oseltamivir with only 1-2% of tested strains exhibiting phenotypic or genotypic evidence of resistance. Nevertheless, the growing number of resistant strains recently detected in the absence of therapy raises concern that this problem could increase. In that regard, the impact of the emergence and dissemination of resistance on the limited choice of antivirals currently available underscores a better understanding of the mechanisms underlying this phenomenon as well as the necessity for innovative therapeutic approaches. The different studies presented in this thesis converge to the general objective of better describing the mechanisms underlying the development of resistance to NAIs in influenza viruses. Also, we anticipate that combination therapies will induce better virological and immunological responses compared to antiviral monotherapy. In the end, we expect that our work will have an impact on the management of influenza infections by guiding the global surveillance of potential drug resistance markers, as well as proposing innovative ways to improve the clinical outcome and minimizing the development of drug-resistant strains.
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Thomas, D'Aquin Toni. "Etude de la variabilité génétique du VIH-1 en Côte d'Ivoire et relation avec la résistance aux antiviraux." Bordeaux 2, 2004. http://www.theses.fr/2004BOR21132.
Full textAbstract:
Le VIH-1 est caractérisé par une grande variabilité génétique. Dans les pays en développement où circulent la majorité des sous-types non B, la résistance naturelle aux antirétroviraux (ARV) due à la diversité génétique ou la résistance primaire liée à la transmission de virus résistants sont peu documentées. Nous avonscaractérisé la diversité génétique de variants VIH retrouvés dans une population de patients naifs de traitement antirétroviral à Abidjan, Côte d'Ivoire. Dans cette population virale appartenant majoritairement au recombinant CRF02_AG, nous avons montré que la prévalence des mutations de résistance augmentait régulièrement entre 1997 et 2004. Nous avons également caractérisé le génome entier de certains virus et décrit des recombinants secondaires impliquant dans leur structure génomique le CRF09_cpx et d'autres recombinants déjà décrits. L'ensemble de ces données constitue une base pour la poursuite d'un suivi longitudinal de la résistance et de la diversité génétique du VIH-1 en Côte d'Ivoire<br>One of the major characteristics of HIV is its high genetic diversity. In developing countries where HIV-1 non-B subtypes are predominant, few data concerning HIV-1 natural or primary resistance to antiretroviral drug are available. We characterized the genetic diversity of HIV-1 variants infecting drug-naive patients from Abidjan, Côte d'Ivoire. Most HIV-1 viruses were recombinant CRF02_AG. In this population, we showed an increasing frequency of key resistance mutations from 1997 to 2004. Moreover, a number of HIV-1 genomes were entirely sequenced. We characterized second-generation HIV-1 recombinants with genomic structure involving CRF09_cpx and other previously described recombinants. A continued monitoring of HIV-1 resistance and genetic diversity is necessary in Côte d'Ivoire
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Mohamed, Sofiane. "Recherche de mutations induisant des résistances aux antiviraux chez des patients atteints du virus de l'immunodéficience humaine de type 1, du virus de l'hépatite B et de l'hépatite C." Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM5000/document.
Full textAbstract:
Les tests de laboratoire basés sur des techniques de biologie moléculaire sont des outils inestimables pour le suivi des patients, en particulier dans le cadre de l’infectiologie. Dans ce contexte clinique, ils peuvent permettre d’établir un diagnostic, un pronostic ainsi que de déterminer la stratégie thérapeutique antivirale la plus adaptée. Les virus hautement variables tel que le virus de l’immunodéficience humaine (VIH), de l’hépatite B (VHB) et de l’hépatite C (VHC) sont présents sous forme de quasi-espèces au sein de leur environnement réplicatif. Lorsque des pressions de sélection s’exercent telle que l’administration d’un antiviral, une redistribution des variants majoritaires est fréquemment observée en variants mutés pour mieux s’adapter à cet environnement. Nos travaux ont permis, dans ce contexte, de valider l’impact clinique des mutations majoritaires mais aussi minoritaires grâce à la mise en œuvre de plusieurs techniques de séquençage (pyroséquençage, séquençage à haut débit et PCR en allèle spécifique). Nous avons également validé l’utilisation d’un logiciel simple, fiable et utilisable en routine par le clinicien pour l’interprétation clinique de la masse de données générées par le séquençage à haut débit. Enfin dans le contexte du test diagnostique, nous avons cliniquement validé sur une cohorte de patients infectés par le VHB, l’utilisation du papier buvard (Dried Blood Spot) comme support de prélèvement alternatif non invasif de diagnostic, en particulier pour les populations n’ayant pas accès aux structures classiques de soins et pour les pays en voie de développement<br>Molecular biology based assays are invaluable tools for the patients follow-up. They can help to establish the prognosis, guide for the treatment decisions and assess the virological response to therapy. Highly variable viruses like Human Immunodeficiency Virus (HIV), Hepatitis B Virus (HBV) and Hepatitis C virus (HCV) which have a quasispecies distribution. Selection pressure on viral replicative environment such as an antiviral drug treatment, generally lead to a redistribution of the viral quasispecies with an increasing of the best adapted viral mutant. Our work allowed in this context to validate the clinical impact of majority but also minority mutations through the implementation of several sequencing techniques (pyrosequencing, high-throughput sequencing and allele-specific PCR). We also validated the use of a simple, reliable and routinely software solution by clinician for clinical interpretation of the mass of data generated by high-throughput sequencing. Finally, in the context of the diagnostic testing, we clinically validated in a cohort of patients infected with HBV, use the Dried Blood Spot technique as a supporting noninvasive diagnostic alternative sampling, especially for populations that have no access to conventional health structures and developing countries
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Drouot, Emilien, and Emilien Drouot. "Étude des mécanismes moléculaires de résistance du cytomégalovirus humain aux antiviraux et évaluation de nouvelles combinaisons thérapeutiques in vitro." Doctoral thesis, Université Laval, 2015. http://hdl.handle.net/20.500.11794/26555.
Full textAbstract:
Le cytomégalovirus humain (CMV) est un virus de la famille des Herpesviridae qui infecte la majorité de la population mondiale dès les premiers mois de la vie. Chez les patients immunocompétents, les infections sont généralement asymptomatiques car bien contrôlées par le système immunitaire de l’hôte. En revanche, chez les patients immunosupprimés, tel que les patients sidéens avec de faibles niveaux de cellules T CD4+ ou les patients transplantés, les infections à CMV sont associées à des taux élevés de morbidité et de mortalité. Quelques agents antiviraux (ganciclovir (GCV), foscarnet (FOS) et cidofovir (CDV)) sont approuvés pour la prévention et le traitement des maladies à CMV. Ils ciblent tous l’ADN polymérase virale pUL54. Une autre enzyme clé est la phosphotransférase pUL97 qui est impliquée dans l’activation (phosphorylation) du GCV. Deux inconvénients majeurs sont associés à ces antiviraux. D’une part, le virus peut développer une résistance suite à l’apparition de mutations dans les gènes codant pour les deux protéines impliquées dans leur mécanisme d’action, soit UL54 et UL97. La méthode la plus répandue pour détecter si un virus est résistant aux antiviraux consiste à amplifier et à séquencer ces deux gènes pour détecter des mutations impliquées dans la résistance. Cependant, cette méthode nécessite de connaitre au préalable le rôle des mutations dans la résistance. Mes travaux de doctorat avaient donc comme premier objectif de développer un système pour générer des virus recombinants avec gène rapporteur permettant d’introduire une ou plusieurs mutations dans le génome du CMV. Notre deuxième objectif était de caractériser le rôle de 5 mutations retrouvées au sein d’un spécimen clinique, dont 2 inconnues, dans la résistance aux antiviraux. A l’aide de ce système, nous avons également étudié l’impact de la combinaison de plusieurs mutations sur la résistance aux antiviraux et les capacités réplicatives virales. Nous avons démontré que la combinaison de mutations dans les gènes UL97 et UL54 augmentait la résistance au GCV de manière additive et que l’association de deux mutations dans UL54 engendrait une résistance au GCV supérieure à l’additivité des niveaux de résistance de chaque mutation seule. D’autre part, une toxicité importante est associée aux molécules antivirales actuelles. Afin d’améliorer leur efficacité et diminuer leur toxicité, nous avons étudié l’impact que pouvait avoir la combinaison d’artésunate (ART), un composé antiparasitaire ayant démontré une activité anti-CMV, sur l’efficacité antivirale in vitro de plusieurs antiviraux. Nous avons rapporté que l’ART avait un effet synergique avec le GCV, le CDV et le maribavir, un antiviral en phase de développement clinique ciblant la phosphotransférase pUL97. L’ART a également montré un synergisme modéré avec le FOS et le letermovir, un autre antiviral en phase de développement clinique ciblant la terminase virale. En conclusion, nos travaux ont permis de mieux caractériser les mécanismes de résistance du CMV et d’envisager une nouvelle stratégie pour améliorer les traitements antiviraux actuels.<br>Le cytomégalovirus humain (CMV) est un virus de la famille des Herpesviridae qui infecte la majorité de la population mondiale dès les premiers mois de la vie. Chez les patients immunocompétents, les infections sont généralement asymptomatiques car bien contrôlées par le système immunitaire de l’hôte. En revanche, chez les patients immunosupprimés, tel que les patients sidéens avec de faibles niveaux de cellules T CD4+ ou les patients transplantés, les infections à CMV sont associées à des taux élevés de morbidité et de mortalité. Quelques agents antiviraux (ganciclovir (GCV), foscarnet (FOS) et cidofovir (CDV)) sont approuvés pour la prévention et le traitement des maladies à CMV. Ils ciblent tous l’ADN polymérase virale pUL54. Une autre enzyme clé est la phosphotransférase pUL97 qui est impliquée dans l’activation (phosphorylation) du GCV. Deux inconvénients majeurs sont associés à ces antiviraux. D’une part, le virus peut développer une résistance suite à l’apparition de mutations dans les gènes codant pour les deux protéines impliquées dans leur mécanisme d’action, soit UL54 et UL97. La méthode la plus répandue pour détecter si un virus est résistant aux antiviraux consiste à amplifier et à séquencer ces deux gènes pour détecter des mutations impliquées dans la résistance. Cependant, cette méthode nécessite de connaitre au préalable le rôle des mutations dans la résistance. Mes travaux de doctorat avaient donc comme premier objectif de développer un système pour générer des virus recombinants avec gène rapporteur permettant d’introduire une ou plusieurs mutations dans le génome du CMV. Notre deuxième objectif était de caractériser le rôle de 5 mutations retrouvées au sein d’un spécimen clinique, dont 2 inconnues, dans la résistance aux antiviraux. A l’aide de ce système, nous avons également étudié l’impact de la combinaison de plusieurs mutations sur la résistance aux antiviraux et les capacités réplicatives virales. Nous avons démontré que la combinaison de mutations dans les gènes UL97 et UL54 augmentait la résistance au GCV de manière additive et que l’association de deux mutations dans UL54 engendrait une résistance au GCV supérieure à l’additivité des niveaux de résistance de chaque mutation seule. D’autre part, une toxicité importante est associée aux molécules antivirales actuelles. Afin d’améliorer leur efficacité et diminuer leur toxicité, nous avons étudié l’impact que pouvait avoir la combinaison d’artésunate (ART), un composé antiparasitaire ayant démontré une activité anti-CMV, sur l’efficacité antivirale in vitro de plusieurs antiviraux. Nous avons rapporté que l’ART avait un effet synergique avec le GCV, le CDV et le maribavir, un antiviral en phase de développement clinique ciblant la phosphotransférase pUL97. L’ART a également montré un synergisme modéré avec le FOS et le letermovir, un autre antiviral en phase de développement clinique ciblant la terminase virale. En conclusion, nos travaux ont permis de mieux caractériser les mécanismes de résistance du CMV et d’envisager une nouvelle stratégie pour améliorer les traitements antiviraux actuels.
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Gaudy-Graffin, Catherine. "Variabilité génétique de l'enveloppe du virus de l'hépatite C de génotype 1b en relation avec la réponse au traitement antiviral : étude du polymorphisme des régions HVR1 et PePHD." Tours, 2004. http://www.theses.fr/2004TOUR3302.
Full textAbstract:
L'implication de la variabilité génétique du virus de l'hépatite C dans la résistance au traitement est encore mal connue. Deux régions du gène de l'enveloppe ont été explorées : la région hypervariable (HVR1) et le domaine PePHD. Nous avons exploré la diversité de HVR1 chez 15 patients infectés par un VHC de génotype 1b. Après analyse de 150 domaines pré-thérapeutiques de HVR1, aucune mutation de HVR1 ne paraît associée à la résistance ou à la sensibilité au traitement. Les domaines HVR1 issus des patients répondeurs ne présentent pas de trou antigénique régulièrement marqué aux positions 16 et 17, comme le montrent ceux issus des patients non répondeurs. L'implication de PePHD dans la résistance au traitement a été testée. Les résultats du séquençage, réalisé chez 25 patients, montrent une conservation du motif quel que soit le type de réponse, indiquant que le séquençage de PePHD n'est pas informatif pour prédire le type de réponse chez les patients infectés un VHC de génotype 1b<br>The heterogeneite of hypervariable region 1 (HVR1), located in the E2 envelope, may be involved in resistance to IFN treatment. We investigated whether peculiar HVR1 domain profiles before treatment were associated with sensitivity or resistance to treatment. Fifteen patients infected with HCV-1b and treated with IFN +/- ribavirin were selected : ten responders (R1/R2) and five non-responders (NR). HVR1 sequences of 150 naturally occuring variants present in the sera previos therapy, were compared in correlation to treatment outcome. Antigenic prediction for HVR1 domains showed that NR variants had a constant no antigenic segment that was not found in variants from the R groups. Variability of PePHD domain, was explored in 25 HCV-1b-infected patients. The PePHD was conserved in resistant and susceptible genotype 1b strains. PePHD sequence cannot be used to predict reliably the outcome of treatment in HCV-1b-infected patients
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Jacquard, Anne-Carole. "Évaluation de nouvelles stratégies thérapeutiques pour prévenir les résistances virales lors de l'infection chronique par le virus de l'hépatite B." Lyon 1, 2004. http://www.theses.fr/2004LYO10226.
Full textAbstract:
Nous avons évalué l'efficacité d'une bithérapie L-FMAU + FTC associée à une thérapie génique par l'IFNγ in vivo. L'activité antivirale du L-FMAU et du FTC est augmentée en combinaison, ce qui permet de réduire le pool d'ADNccc. Nous avons ensuite caractérisé l'efficacité antivirale d'un nouvel analogue de guanosine, le FLG. Nos résultats démontrent que le FLG-TP serait un terminateur de chaîne, inhibiteur compétitif de l'incorporation du dGTP naturel qui inhibe avec la même efficacité la réplication des VHB mutants résistants à la Lamivudine et/ou à l'Adéfovir in vitro. Enfin, nous avons caractérisé phénotypiquement, in vitro, une souche virale associant les mutations de résistance à la Lamivudine et à l'Adéfovir. Nos résultats indiquent que ce triple mutant est résistant à l'Adéfovir, à la Lamividine, à la bithérapie et présente une résistance croisée au β-L-FD4C, au FTC, et au L-FMAU. Le FLG reste la drogue la plus efficace contre la réplication du triple mutant
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Rodriguez, Christophe. "Dynamique adaptative des virus hautement variables à un nouvel environnement réplicatif." Phd thesis, Université Paris-Est, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00916824.
Full textAbstract:
La lutte pour les ressources est un phénomène qui a débuté dès l'apparition d'organismes reproductifs et dont la description a été initiée par Malthus puis remarquablement synthétisée et étendue à la biologie sous le terme d'évolution par Darwin en 1859 dans " De l'origine des espèces ". Si le concept est ancien à l'échelle des sciences biologiques, il continue à caractériser des domaines à l'époque insoupçonnés par son auteur tels que la virologie. En effet, les virus hautement variables tels que le virus de l'immunodéficience humaine (VIH), de l'hépatite B (VHB) et de l'hépatite C (VHC) sont présents sous forme de quasi espèce au sein de leur environnement réplicatif, c'est à dire qu'une multitude de virus génétiquement proche mais distincts coexistent au sein de cet espace qu'ils doivent partager selon les mêmes règles générales que les êtres vivants. Ainsi, lorsque des pressions de sélection s'exercent (immunitaires, antivirales...), une redistribution des variants majoritaires est observé au bénéfice de variants minoritaires mieux adaptés à cet environnement changeant. La modélisation mathématique et informatique de la capacité mutationnelle et la dynamique d'adaptation des variants minoritaires au travers de 6 études de cohortes de patients infectés, par la technique ultra-sensible de pyroséquençage haut débit associée à des logiciels originaux ont permis de mettre en évidence, caractériser et évaluer l'impact de marqueurs diagnostics permettant de prédire la résistance aux antiviraux mais aussi de caractériser de nouvelles cibles antivirales.
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Khattab, Essam Shawky Abd El Hady. "Étude de la variabilité génétique du Virus de l'Hépatite C (VHC) et de son implication dans la résistance aux traitements antiviraux." Lyon 1, 2004. http://www.theses.fr/2004LYO10100.
Full textAbstract:
Les mécanismes de la résistance du VHC aux traitements antiviraux Interféron/Ribavirine sont encore peu connus. La caractérisation du phénomène d'échappement viral à la bithérapie IFN/Ribavirine pourrait permettre de mieux comprendre les mécanismes viraux conduisant à la résistance du VHC aux traitements. Plusieurs régions génomiques peuvent affecter le processus antiviral induit par l'IFN. Notre premier objectif était consacré à l'étude de l'implication des régions IRES et core du VHC dans l'échappement viral à la bithérapie IFN/Ribavirine, en identifiant des séquences virales associées à ce phénomène de résistance au traitement. Nous avons donc étudié la variabilité génétique des régions IRES et core chez 9 patients atteints d'hépatite C chronique et présentant un échappement viral à la bithérapie IFN/Ribavirine, et chez 5 non répondeurs et 5 répondeurs. Notre analyse de la variabilité génétique de ces régions du VHC n'a pas pu expliquer cette non réponse particulière au traitement. La majorité des mutations nucléotidiques ou protéiques trouvées n'étaient pas au niveau de positions fonctionnellement essentielles, et n'étaient pas associées à un profil de réponse thérapeutique particulier, à l'exception d'un patient échappeur (NaM). L'évolution du profil génomique du VHC ne permet pas d'expliquer l'échappement à la bithérapie IFN/Ribavirine. La co-infection par le VHB occulte chez des patients porteurs du VHC peut avoir un impact sur l'évolution de la maladie, l'efficacité du traitement antiviral et le pouvoir réplicatif des virus. Le deuxième objectif de thèse était d'étudier l'impact de ce type de co-infection et de caractériser les isolats du VHB présents chez ces patients. Nous avons recherché la présence du VHB occulte chez 53 patients atteints d'hépatite C chronique et traités par la bithérapie IFN/Ribavirine, puis suivi dans le temps 4 patients coinfectés (3 échappeurs et un non répondeur). Notre étude a montré que la prévalence de la co-infection par le VHB occulte était faible dans cette population de patients atteints de l'hépatite C chronique. La co-infection avec le VHB occulte n'avait aucun effet sur le statut clinico-pathologique de ces patients ni sur la réponse à la bithérapie. Nous avons mis en évidence de nombreuses mutations au niveau de l'AgHBs et tout particulièrement au niveau du déterminant ''a'', qui pourraient entraîner des modifications conformationnelles de l'AgHBs, expliquent l'absence de sa détection par les tests classiques sérologiques. Notre analyse de la variabilité génétique du VHB occulte chez des patients co-infectés par les virus VHC/VHB occulte et présentant un échappement viral pendant la bithérapie IFN/Ribavirine n'a pas pu expliquer cette non réponse particulière au traitement. De plus nous n'avons pas observé de mutation spécifique dans la région core du VHC associée à la suppression de la réplication du VHB occulte, à l'exception d'un patient non répondeur
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Dupin, Valérie. "Chimiothérapie des infections à VIH et à Herpesviridae : modes d'action : mécanismes de résistances : revue de la littérature." Bordeaux 2, 1993. http://www.theses.fr/1993BOR2P017.
Full text
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Castéra, Laurent. "Rôle de la distribution en quasi espèces des virus d'hépatites dans la résistance aux traitements antiviraux et l'évolution de la maladie hépatique." Paris 12, 2007. https://athena.u-pec.fr/primo-explore/search?query=any,exact,990004051060204611&vid=upec.
Full textAbstract:
Dans la première partie de ce travail, nous nous sommes intéressés à la signification de la stéatose hépatique au cours de l'hépatite chronique C. Celle-ci est présente dansplus de 50% des cas et pourrait contribuer à laprogression de la maladie. Nous avons montré, chez 96 patients ayant eu 2 biopsies hépatiques et non traités dans l'intervalle, que la progression de la fibrose était fortement associée à l'aggravation de la stéatose. Nous avons également montré chez 151 patients traités ayant eu deux biopsies hépatiques avec une stéatose sur la biopsie initiale, qu'il existait une amélioration significative de la stéatose en cas d'éradication virale uniquement chez les patients infectés par le génotype 3. Nos résultats suggèrent que 2 types distincts de stéatose hépatique peuvent être rencontrés au cours de l'hépatite chronique C : une stéatose "métabolique" chez les patients infectés par un génotype non 3 présentant pour lamajorité des facteurs de risque métaboliques classiques (surpoids, diabète, dyslipidémie, alcool) ; une stéatose "virale" chez les patients infectés par le génotype 3, par un effet cytopathogène direct du virus de l'hépatite C dont les mécanismes restent à élucider. Dans la deuxième partie, nous nous sommes intéressés aux mécanismes impliqués dans la résistance du virus del'hépatite B (VHB) à la lamivudine (inhibiteur de la reverse transcriptase (RT) du VHB). Celle-ci est observée avec une incidence annuelle de 20% et peut conduire à une aggravation de la maladie hépatique. Nous avons caractérisé de façon approfondie les dynamiques des "quasi espèces" des variants du VHB chez 4 patients résistants à la lamivudine. L'échappement virologique était précédé de 2 à 4 mois par l'émergence de variants de quasi espèces porteurs de substitutions aminoacidiques au sein de la RT au niveau du site catalytique YMDD à la position 204 (rtM204V/I). Trois patients ont une transition progressive d'une population initiale de variants YMDD sauvages vers une population de variants tous résistants à la lamivudine alors que le patient restant avait une dynamique d'évolution de profil fluctuant. Nos résultats suggèrent que l'optimisation individuelle des traitements nécessitera l'utilisation de méthodes sensibles permettant de détecter l'émergence de variants viraux résistants avant que ceux-ci acquièrent les capacités de réplication optimales<br>In the first part of this work, we studied the significance of hepatic steatosis, a frequent histological finding in patients with chronic hepatitis C, that has been suggested to influence disease progression. We have known that, in 96 untreated patients with paired liver biopsies, fibrosis progression was strongly associated with worsening of steatosis. We have shown also in 151 treated patients with steatosis, a significant improvement in steatosis in patients infected with HCV genotype 3, who achieved sustained viral clearance. Our results suggest that two distinct forms of hepatocellular steatosis can be seen in patients with chronic hepatitis C. Classical metabolic risk factors for steatosis account for the vast majority of cases os steatosis in patients infected by non genotype 3 HCV strains. In contrast, in patients infected by HCV genotype 3, steatosis is generally induced by the virus itself through a direct cytopathic effect, the mechanisms of which remain debated. In the second part of this work, we studied the mechanisms of hepatitis B virus (HVB) resistance to lamivudine (first approved inhibitor of BHV reverse transcriptase (RT)), which occurs with a 20% annual incidence and can lead to hepatic disease exacerbation. We extensively characterized the dynamics of HBV quasispecies variant populations in four HBV-infected patients who developed lamivudine resistance. Virological breakthrough was preceded by 2 to 4 months by the emergence quasispecies variants bearing amino acid substitutions at RT position 204, i. E. , within the YMDD catalytic motif (rtM204V/I). Three patients had a gradual switch from a YMDD variant population at baseline to a 100% lamivudine resistant variant population, whereas the remaining patient had a fluctuating pattern of resistance variant dynamics. Our findings suggest that individual treatment optimization will require sensitive methods capable of detecting the emergence of viral resistance before the relevant variant acquire optimal replicative capacities
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Burrel, Sonia. "Virus herpes simplex de type 2 : développement de nouveaux outils d’investigation des mécanismes moléculaires de la résistance aux antiviraux et de la diversité génétique." Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066451.
Full textAbstract:
Au cours de ce travail, la résistance génotypique du virus herpes simplex de type 2 (HSV-2) a été étudiée. Initialement, nous avons mis en évidence un faible polymorphisme naturel, sans conséquence sur la sensibilité aux antiviraux, de la thymidine kinase (TK, gène UL23) et du complexe ADN polymérase/facteur de processivité (gènes UL30 et UL42). Dans le but de démontrer l’implication dans la résistance à l’aciclovir (ACV) de nouvelles mutations identifiées dans la TK, nous avons mis au point une méthode d’étude de l’activité de phosphorylation de l’ACV in vitro par des TK recombinantes. L’objectif de ces travaux était de mettre au point une méthode générale de détection de la résistance des HSV aux antiviraux fondée uniquement sur l’analyse génétique. Un test de résistance génotypique a mis en évidence une variabilité anormalement élevée du gène UL30 d’un isolat clinique de HSV-2. Le criblage rétrospectif des souches cliniques par un système spécifique de PCR en temps réel, a permis d’estimer la prévalence de ce nouveau variant de HSV-2 variant (HSV-2v) à 3%. Les patients infectés étaient tous originaires d’Afrique sub-saharienne et fréquemment co-infectés par le HIV. Sur l’arbre phylogénique construit à partir des séquences UL30, ces isolats de HSV-2v apparaissent distincts des isolats classiques de HSV-2 et proches de l’alphaherpèsvirus du chimpanzé (ChHV). Afin de caractériser la variabilité de l’ensemble du génome viral, nous avons mis au point une technique d’e��tude utilisant les marqueurs génétiques de type microsatellites, mais des études complémentaires sont nécessaires pour répondre à la question de l’origine du HSV-2v<br>In this work, the genetic variability of herpes simplex virus type 2 was studied in the context of resistance to antivirals. First, a weak natural polymorphism was reported in HSV-2 concerning the thymidine kinase (TK, UL23 gene) and the DNA polymerase/processivity factor complex (UL30/UL42 genes) with no consequence on the antiviral susceptibility of HSV-2 strains. Then, a novel nonradioactive method for the evaluation the TK phosphorylation activity in vitro was performed to clarify the impact of new mutations previously identified within HSV-2 TK. The aim of these works was to develop a general method for the detection of HSV resistance to antivirals drugs bases solely on genetic analysis. Over a genotypic resistance test, a new genetic variant of HSV-2 was reported with an unexpected high divergence within UL30. The retrospective screening of numerous HSV-2 clinical isolates using a specific real-time PCR assay designed within UL30 gene permitted the identification of additional HSV-2 variants (HSV-2v) leading to an overall prevalence of 2. 2%. All patients were natives from West and Central Africa and were mainly co-infected with HIV. Phylogenetic analysis based on UL30 gene evidenced that HSV-2v isolates clustered in a genetic group distinct from the one of HSV-2 classical isolates close to the chimpanzee alphaherpesvirus ChHV. The molecular study over the whole genome was performed using microsatellite molecular markers. Nevertheless, these results raise the question of the origin of this new virus and further studies are warranted to assess its relationships to other simplexviruses
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Lafont, Maxime. "Mécanismes et spécificité du priming immunitaire antiviral chez un Lophotrochozoaire, l'huitre creuse Crassostrea gigas." Thesis, Perpignan, 2017. http://www.theses.fr/2017PERP0041/document.
Full textAbstract:
Depuis 2008, des épisodes de surmortalité massive d’origine multifactorielle, affectent mondialement les élevages de juvéniles d’huître creuse Crassostrea gigas dont le virus de type herpès, l’OsHV-1, peut être considéré comme un des agents pathogènes majeurs. L’immunité des huîtres, repose sur un système immunitaire inné et a longtemps été considéré comme peu spécifique et dépourvu de mémoire. Cependant, cette vision a été remise en question via des études ayant démontré l’existence d’une réponse immunitaire spécifique et mémoire chez des invertébrés. Dans le cadre de cette thèse, l’objectif était de caractériser le priming immunitaire antiviral ainsi que ses mécanismes chez l’huître face au virus OsHV-1. En stimulant les huîtres avec un agent mimétique viral, le poly(I:C), nos travaux ont montré que cette molécule protégeait spécifiquement contre l’OsHV-1 en milieu contrôlé et en milieu naturel sur le long terme, en améliorant le taux de survie des huîtres de près de 100%, mais pas d’infections bactériennes. Une approche RNA-seq nous a permis d’identifier différentes voies de signalisations immunitaires antivirales régulées suite à la stimulation par le poly(I:C). Les profils de régulation sont majoritairement maintenus dans le temps (au moins 10 jours), ce qui pourrait expliquer la protection observée. L’ensemble de ces résultats montre l’existence d’un phénomène de priming immunitaire antiviral efficace chez un Lophotrochozoaire et apporte une contribution à la compréhension des mécanismes moléculaires sous-jacents à ce phénomène. Ces travaux ont permis d’apporter des pistes de sortie de crise pour la filière ostréicole jusqu’alors inexplorées<br>Since 2008, mass mortality events of multifactorial origin have affected the Pacific oyster Crassostrea gigas farms worldwide, in which a herpesvirus, the OsHV-1, can be considered as one of the major pathogens. The immunity of oysters, as for all invertebrates, is based on an innate immune system that has long been considered to be scarcely specific and to lack memory. However, in recent years this simplistic view has been questioned through studies that have demonstrated the existence of a specific immune response and memory. However, knowledge about the mechanisms underlying these phenomena still remains extremely fragmentary. The aim of this thesis was to characterize the antiviral immune priming and its mechanisms in the oyster against OsHV-1. By stimulating oysters with a viral mimic, poly(I:C), we have shown that this molecule specifically protects against OsHV-1 in controlled environment and in natural environment, protecting oysters from mass mortality events on the long term (min. 5 months) by improving oyster survival by almost 100% but does not protect against bacterial infection. A RNA-seq approach carried out during this thesis allowed us to identify different antiviral immune pathways regulated following the stimulation by poly(I:C). The regulation profiles are mostly maintained over time (at least 10 days), which could explain the observed protection. All these results show the existence of an effective antiviral immune priming phenomenon in a Lophotrochozoan and contribute to the understanding of the molecular mechanisms underlying this phenomenon. This work opens new perspectives hitherto unexplored to support oyster farming against this crisis
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Mussabekova, Assel. "Evaluating antiviral activity of nucleic acid binding proteins across species." Thesis, Strasbourg, 2019. http://www.theses.fr/2019STRAJ006.
Full textAbstract:
Le projet a permis d’identifier des répertoires de protéines interagissant avec différentes espèces d’acides nucléiques caractéristiques des virus chez cinq espèces animales (Homme, souris, poulet, drosophile, nématode). Ces protéines représentent des candidats pour remplir des fonctions de récepteurs de l’immunité innée ou de molécules antivirales. Certaines d’entre elles ont été conservées au cours de l’évolution, ce qui m’a permis de tester leur fonction dans la drosophile. J’ai réalisé un crible impliquant des infections avec cinq virus différents sur 100 protéines conservées. Ce crible m’a permis d’identifier huit protéines dont l’inhibition impacte la réplication virale. Deux d’entres elles, CG5641 et Zn72D, sont nécessaires pour la réplication des virus de type picornavirus (CrPV). Le candidat le plus intéressant identifié est cependant la protéine Tao, dont l’inhibition entraîne une augmentation de la réplication de virus appartenant à plusieurs familles, chez la drosophile et dans les cellules de mammifères<br>Antiviral response largely relies on the recognition of viral nucleic acids. The aim of the project was to characterize the range of nucleic acid binding proteins in the context of viral infection in flies. We identified a wide repertoire of proteins, which recognize viral nucleic acids in five species (human, mouse, chicken, fruit fly and roundworm). Among these proteins, there are ones, which are conserved in insects and humans, and therefore their function can be easily studied in the fruit fly model. Afterwards, we have performed a large screen in flies to study more precisely the function of 100 proteins in infection with 5 different viruses. We have found eight promising candidates as a result of this screen. We identified two Drosophila proteins CG5641 and Zn72D, which are also present in humans, as proviral factors. We also identified a protein Tao, which is conserved in humans, and is antiviral against several types of viruses
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Yvon, Anne. "Etude des bases moléculaires de la résistance du virus de l'immunodéficience humaine 1 à la stavudine et la lamivudine en combinaison "in vitro"." Paris 5, 1997. http://www.theses.fr/1997PA05P020.
Full text
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Kali, Sabrina. "Développement d'antiviraux à large spectre contre le virus de la rage et les autres virus à ARN négatif." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2019. http://www.theses.fr/2019SORUS547.
Full textAbstract:
La rage est une zoonose des mammifères qui provoque environ 59000 morts/an malgré l’existence d’une prophylaxie efficace réalisable en pré- ou post-exposition. L’OMS recommande une vaccination immédiate complémentée par l’instillation d’immunoglobulines antirabiques au site de morsure mais reste mortelle sans vaccination. Pourtant plusieurs approches antivirales ont été décrites dans la littérature comme le protocole de Milwaukee appliqué à une jeune fille déjà symptomatique qui a reçu un cocktail de drogues ciblant différentes étapes du cycle viral (amantadine, ribavirine, ketamine) après induction d’un coma thérapeutique. L’idée de développer des antiviraux à large spectre inhibant plusieurs pathogènes reste l’alternative la plus réaliste pour espérer trouver un antiviral efficace contre la rage. C’est dans cette optique que s’inscrit mon travail de thèse au sein de l’Unité des Stratégies Antivirales de l’Institut Pasteur. Ceci a permis l’identification de molécules ayant un potentiel inhibiteur contre le virus de la rage qu’elles soient (i) disponibles sur le marché à d’autres fins thérapeutiques ou (ii) candidates issues d’un criblage à haut débit dirigé originellement contre d’autres pathogènes. Je me suis principalement intéressée à l’action de 4 molécules : 1. Arbidol (Umefenovir), un inhibiteur de fusion à large spectre utilisé contre le virus Influenza en Russie et en Chine; 2/3. ABMA et DABMA, deux drogues issues d’un criblage à haut débit contre la ricine, possédant une similarité de structure avec l’amantadine utilisée dans le protocole de Milwaukee ; 4 la Ribavirine, elle aussi utilisée au cours du protocole, préconisée contre plusieurs infections virales et qui a déjà montré une efficacité contre le virus de la rage in vitro. Enfin, dans le cadre du développement d’antiviraux à large spectre, l’efficacité des ces drogues a aussi été évaluée contre d’autres virus à ARN négatif comme le virus de la vallée du Rift et l’hantavirus Tula<br>Rabies is a mammalian zoonosis that causes about 59,000 deaths / year despite the existence of effective prophylaxis feasible pre- or post-exposure. WHO recommends immediate vaccination supplemented by instillation of anti-rabies immunoglobulin at the bite site but remains fatal without vaccination. Yet several antiviral approaches have been described in the literature as the Milwaukee protocol applied to an already symptomatic girl who received a cocktail of drugs targeting different stages of the viral cycle (amantadine, ribavirin, ketamine) after induction of a therapeutic coma. The idea of developing broad-spectrum antivirals that inhibit several pathogens remains the most realistic alternative for hoping to find an effective antiviral against rabies. It is in this perspective that my PhD work is part of the Antiviral Strategies Unit of the Institut Pasteur. This allowed the identification of molecules with inhibitory potential against rabies virus whether they were (i) commercially available for other therapeutic purposes or (ii) candidates from a broadband screening originally designed against other pathogens. I was mainly interested in the action of 4 molecules: 1. Arbidol (Umefenovir), a broad-spectrum fusion inhibitor used against Influenza virus in Russia and China; 2/3. ABMA and DABMA, two high-throughput ricin screened drugs with similar structure to amantadine used in the Milwaukee protocol; 4 Ribavirin, also used during the protocol, recommended against several viral infections and has already shown efficacy against rabies virus in vitro. Finally, in the development of broad spectrum antivirals, the efficacy of these drugs has also been evaluated against other negative RNA viruses such as Rift Valley virus and Tula hantavirus
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Grass, Vincent. "Étude fonctionnelle des intéractions génétiques du virus Zika avec les réponses antivirales de l'hôte." Thesis, Lyon, 2018. http://www.theses.fr/2018LYSEN010/document.
Full textAbstract:
Au cours des récentes épidémies, l’infection par le virus Zika (ZIKV) est à l’origine de microcéphalies chez le fœtus, d’avortements spontanés et du syndrome de Guillain–Barré chez l’adulte. L’infection par ZIKV représente donc un problème de santé publique. Il est nécessaire de comprendre la biologie de ce virus et quelles sont les réponses cellulaires impliquées. Dans les cellules infectées, les virus sont détectés par des récepteurs de la réponse immunitaire innée, tels que les Toll-like receptors (TLR). Cette reconnaissance conduit à la production de molécules antivirales, tel que l’interféron (IFN) de type I et III. De récents travaux montrent que l’activation de la voie TLR3 contribuerait au contrôle de la propagation de ZIKV et sa pathogénèse. Nous avons mis en place une approche pour cartographier les interactions génétiques entre le génome viral et différents régulateurs et effecteurs de cette réponse antivirale, incluant les étapes de reconnaissance du virus par TLR3. Cette approche est basée sur une combinaison de biologie moléculaire et d’évolution expérimentale qui repose sur le taux élevé de mutation de ZIKV et sa rapide faculté d’adaptation. J’ai pu mettre en avant l’apparition d’un phénotype de ZIKV face aux défenses antivirales de lignées cellulaires humaines qui se caractérise par une résistance à l’activation de la voie TLR3 et une meilleure propagation du virus après 5 passages. J’ai été capable d’observer que la population virale adaptée présente une perte d’activation des réponses antivirales (i.e. ISG15, MxA) 3h post-infection. La mise au point et la validation de l’approche CirSeq permet une analyse de précision des données de séquençage haut-débit, et permettra ainsi de prédire l’évolution de mécanismes d’échappement viral<br>Zika virus (ZIKV) infection causes neurological diseases and birth defects representing an important threat for human health. Recent studies demonstrated that interferon (IFN) response is pivotal for the control of ZIKV spread, its in utero transmission and protects against ZIKV-induced neurological diseases. It is necessary to understand the biology of this virus and what are the cellular responses involved. In infected cells, viruses are detected by receptors of the innate immune response, such as Toll-like receptors (TLRs). This recognition leads to the production of antiviral molecules, such as type I and III interferon (IFN). Recent work shows that activation of the TLR3 pathway contributes to controlling the spread of ZIKV and its pathogenesis. We have implemented an approach to map the interactions between the viral genome and different regulators and effectors of this antiviral response, including the TLR3 virus recognition steps. This approach is based on a combination of molecular biology and experimental evolution based on the high mutation rate of ZIKV and its rapid adaptation. I was able to highlight the appearance of a phenotype of ZIKV against the antiviral defenses of human cell lines that triggered resistance to activation of the TLR3 pathway and a better spread of the virus after 5 iterative passages. I was able to observe that the adapted viral population exhibited a loss of activation of antiviral responses (i.e. ISG15, MxA) 3h after infection. The implementation and validation of the CirSeq approach allows an analysis of the accuracy of high throughput sequencing data, as well as predicting the evolution of viral escape mechanisms
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Khiar, Samira. "Étude de molécules antivirales originales ciblant les fonctions cellulaires et la réponse immunitaire innée." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2016. http://www.theses.fr/2016USPCC272/document.
Full textAbstract:
Alors que les infections virales représentent toujours un problème majeur de santé publique, notamment en raison de l’émergence de nouveaux virus, notre arsenal thérapeutique reste limité. Les antiviraux à action directe existants sont généralement très spécifiques d’une espèce virale donnée générant l’apparition de souches résistantes aux traitements. L’objectif au laboratoire a donc été de chercher de nouveaux antiviraux à large spectre ciblant l’hôte. Pour cela, deux systèmes de criblage distincts ont été mis au point au laboratoire. La première stratégie de criblage, basée sur la combinaison d'infections in vitro par les virus recombinants de la rougeole et du chikungunya, a permis d’identifier deux molécules actives : le ChX77 qui est une triaminopyrimidine, et le sr1057 qui est une pyrroloquinoxaline. Dans ce travail, nous décrivons les propriétés antivirales puissantes in vitro de ChX77 aussi bien contre les virus de la rougeole et du chikungunya que contre le virus Coxsackie B3, trois virus à ARN très distincts. La molécule sr1057, quant à elle, présente une activité inhibitrice non seulement contre des virus à ARN tels que le virus de la rougeole, le virus du chikungunya et le virus Ebola, mais aussi contre des virus à ADN tels que les virus de l’herpès simplex humains et équins in vitro. Ce qui en fait des molécules antivirales à large spectre qui cibleraient probablement l’hôte car elles ont la capacité d’inhiber la réplication des virus de familles complètement différentes. La seconde stratégie développée a permis d’identifier ChX79, un dérivé 1H-benzimidazole-4-carboxamides, stimulant la réponse immunitaire innée par l’utilisation d’une lignée rapportrice exprimant la luciférase sous contrôle d'un élément de réponse aux interférons (ISRE : Interferon-Stimulated Response Element). Cette molécule présente de remarquables propriétés immunostimulatrices et induit spécifiquement certains gènes impliqués dans la réponse interféron de type I via la protéine adaptatrice MAVS et le facteur de transcription IRF1. Par ailleurs, cette molécule induit un programme de stress cellulaire intégré associé notamment à des dommages à l’ADN. Enfin, l’originalité de cette molécule demeure dans sa capacité à agir de façon synergique sur la réponse cellulaire à de l’ADN exogène permettant la production des quantités importantes d’interféron de type I via une voie STING dépendante. Ces résultats éclairent les mécanismes susceptibles de moduler la réponse cellulaire à de l’ADN cytosolique, un PAMP associé aux infections par des virus ou des bactéries, mais également à des stress génotoxiques liés à des radiations ou des agents carcinogènes<br>While viral infections are still a major public health problem, particularly because of the emergence of new viruses, our therapeutic arsenal remains limited. The existing Direct-acting antivirals are usually very specific for a given virus species generating the development of resistance to treatment. The objective of the laboratory was looking for new broad-spectrum antivirals targeting the host. For this, two different screening systems have been developed in the laboratory. The first strategy, based on the combination of infections in vitro with recombinant measles and chikungunya viruses, allowed us to identify two active molecules: the ChX77 which is a triaminopyrimidine, and the sr1057 which is a pyrroloquinoxaline. In this work we describe the powerful antiviral properties in vitro of ChX77 against both measles and chikungunya viruses and against the Coxsackievirus B3, three very distinct RNA viruses. The sr1057 molecule, for its part, has an inhibitory activity not only against RNA viruses such as measles, chikungunya and Ebola viruses, but also against DNA viruses such as human and equine herpes simplex virus in vitro. These results suggest that these drugs, with a broad-spectrum antiviral activity, target probably the host because they have the ability to inhibit the viral replication of viruses from completely different families. The second strategy developed allowed us to select ChX79, a 1Hbenzimidazole-4-carboxamides, stimulating the innate immune response by using a rapporteur line expressing luciferase under the control of an interferon response element (ISRE: Interferon-Stimulated Response Element). This molecule has remarkable immunostimulatory properties and induces specifically genes involved in type I interferon response via the mitochondrial signaling protein MAVS and the transcription factor IRF1. Finally, the originality of this molecule remains in its ability to prime efficiently cellular response to transfected plasmid DNA as assessed by potent synergistic effects on IFN-β secretion and ISG expression levels via STING-dependent pathway. All together, these results bring tools to decipher the mechanisms that modulate the cellular response to the cytosolic DNA, a PAMP associated to infections by viruses or bacteria, but also to genotoxic stress related to radiation or carcinogens
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Roux, Loic. "Tenothiovir et Adethiovir : Nouveaux analogues phosphonates acycliques pour cibler les VIH-1 résistants." Thesis, Aix-Marseille, 2012. http://www.theses.fr/2012AIXM4014.
Full textAbstract:
Les virus de l'Immunodéficience Humaine de type 1 et 2 (HIV-1 et HIV-2) et de l'Hépatite B (HBV) représentent un intérêt particulier en santé publique. En effet, on estime à plus de 33 millions le nombre de personnes infectées par le virus HIV dans le monde et 360 millions par HBV. La transcriptase inverse (RT) est une enzyme nécessaire à leur réplication et constitue donc une cible majeure des drogues antivirales. Parmi les NRTI commercialisés, les analogues de nucleotides de type phosphonates acyclique, comme l'Adefovir (HEPSERA®, Gilead) et le Tenofovir (VIREAD®, Gilead) sous forme prodrogue, ont révolutionné les traitements contre les virus HBV et HIV. Devant l'emmergence de virus résistants, il est urgent de développer de nouveaux antiviraux plus puissants et surtout actifs sur ces souches afin d'optimiser les multithérapies antivirales. Dans ce but, nous avons conçu des analogues thiophosphonates dérivés de l'Adefovir (PMEA) et du Tenofovir (PMPA), non toxiques pour la cellules et actifs contre HIV-1, HIV-2 et HBV en culture de cellules infectées. Ces composés, baptisés Adethiovir et Tenothiovir, ont été synthétisés selon une méthode originale et ont fait l'objet d'un dépôt de brevet. Nous avons synthétisé les formes diphosphates correspondantes : incorporés par la RT, terminateurs de chaîne, ils contournent la résistance associée au mutant K65R. Notre objectif est donc de les pousser plus loin dans le « pipe-line » du développement de médicaments antiviraux<br>The Human Immunodeficiency Virus type 1 and type 2 (HIV-1 and HIV-2) and Hepatitis B (HBV) constitue a special interest in public health. Indeed, it is estimated that more than 33 million people infected with HIV worldwide and 360 million with HBV. Reverse transcriptase (RT) is an enzyme required for their replication and is therefore a key target for antiviral drugs. Among the NRTI marketed, nucleotide analogues like acyclic phosphonates, such as adefovir (Hepsera ®, Gilead) and Tenofovir (VIREAD ®, Gilead) as a prodrug form, have revolutionized the treatment against HBV and HIV. With the emmergence of resistant virus, there is a need to develop new antiviral compounds that are targetting especially these to optimize antiviral combination therapies. For this purpose, we designed analogues thiophosphonates derivatives Adefovir (PMEA) and tenofovir (PMPA), that are non-toxic in cells and active against HIV-1, HBV and HIV-2 infected cell cultures. These compounds, named Adethiovir Tenothiovir, were synthesized according to an original method and were the subject of a patent. We synthesized the corresponding diphosphates forms: incorporated by RT, chain terminators, they bypass the resistance associated with the K65R mutant. Our goal is to push them further in the "pipeline" development of antiviral drugs
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Nguyen, Thuy. "Ultra-deep sequencing applications in virology research." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2018. http://www.theses.fr/2018SORUS282.
Full textAbstract:
Les deux virus d’ARN VIH et VHC attirent beaucoup d’attention de la santé publique parce qu’ils partagent des mêmes facteurs de risque de transmission par le sang et par des contacts sexuels. En plus, les maladies associées aux infections par le VIH et par le VHC sont des causes principales de mortalité et de morbidité globalement. Néanmoins, grâce à l’introduction des thérapies d’antirétroviraux pour le traitement de l’infection par le VIH et les antiviraux à action directe (AADs) pour le traitement de l’infection par le VHC, les patients infectés par ces virus constatent une amélioration significative de leur qualité de vie. Cependant, le taux de réplication élevé et l'absence de mécanisme de correction d'erreur de ces virus génèrent une population virale diversifiée appelée des quasi-espèces. Sous la pression sélective de traitement, les quasi-espèces virales sélectionnent des variants de résistance au médicament correspondant et rendent la thérapie inefficace, en particulier dans les cas où une surveillance appropriée du traitement n'est pas assurée. Afin de réserver un large choix de traitement antirétroviral tout au long de la vie chez les patients infectés par le VIH et, parallèlement, de réduire le coût de traitement des infections par le VIH et le VHC, il est fondamental de mener des recherches ciblées sur la détection, la surveillance et la transmission des mutations de résistance aux antiviraux. Dans cette thèse, nous avons utilisé les technologies de séquençage haut-débit (UDS) ou de séquençage de nouvelle génération (NGS) pour chercher des variants de résistance minoritaires (MiRVs) qui sont classiquement considérés comme représentant moins de 15%-25% de la population virale et ne sont pas trouvés par la technique de séquençage Sanger. La présence des MiRVs à baseline est responsable possiblement de l'échec de traitement et leur présence à l'échec peut limiter les options des traitements ultérieurs. Dans cette thèse, nous avons évalué la prévalence et l’impact clinique des MiRVs sur le gène de l’intégrase chez les patients infectés par le VIH qui ont été en échec d’un régime thérapeutique contenant un inhibiteur de l’intégrase. Nous avons également évalué l’impact des MiRVs chez les patients infectés par le VHC de génotype 3 et de génotype 4 et ayant échoué aux AADs. De plus, nous avons utilisé la technique UDS pour identifier et caractériser les chaines de transmission du VHC parmi une population clé d'hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes, co-infectés par le VIH ou ayant un risque élevé d'acquisition du VIH. Nous avons également observé plusieurs cas d’infections mixtes de génotype du VHC dans cette population, probablement à cause du risque élevé de multiples expositions au VHC. Les questions sur l’avantage de l'UDS dans la recherche en virologie et l'applicabilité de cette technique en clinique ont été posées et vérifiées au travers de multiples types de projets dans cette thèse. L’UDS n’a pas été établi de manière concluante comme étant plus intéressant et bénéfique que la technique de séquençage de Sanger pour prévenir l’échec au traitement chez les patients infectés par le VIH ou le VHC et pour identifier les chaînes de transmission à grande échelle si le coût et le temps de l’expérience pour l’analyse des données sont pris en compte. Cependant, le développement dynamique des nouvelles technologies de l’UDS et les efforts sans cesse afin d’optimiser des procédures d'analyse montrent un rôle prometteur de l’UDS. Et l'applicabilité de l'UDS en pratique clinique devra encore être élucidée dans différents types de projets de recherche<br>The two RNA viruses HIV and HCV are getting a lot of public health concerns because both of them have overlapping risk factors for transmission through direct blood and sexual contacts. Furthermore, HIV and HCV infections are the leading cause of mortality and morbidity globally due to related diseases. However, with the introduction of antiretroviral therapy (ART) for the treatment of HIV infection and direct-acting antivirals (DAAs) for the treatment of HCV infection, patients infected by these viruses are witnessing significant improvement in their quality of life. However, the high replication rate and the lack of error correction mechanism of these viruses result in a diverse viral population referred to as quasispecies. Under drug- selective pressure, the viral quasispecies select resistance variants against corresponding drug and render the therapy ineffective especially in cases an appropriate treatment monitoring is not ensured.To reserve a wide range of possibilities for a life-long ART in HIV-infected patients and in parallel to reduce cost for treatment of both HIV and HCV infection, research focusing on detection, surveillance and transmission of resistance mutations is fundamental to prevent treatment failure on antivirals. In this PhD, we employed the ultra-deep sequencing (UDS) or next-generation sequencing (NGS) technologies to look for minority resistant variants (MiRVs) which are conventionally considered to represent less than 15%-25% of viral population and undetectable by Sanger sequencing. The presence of MiRVs at baseline is possibly responsible for the treatment failure and their presence at failure may limit options for subsequent therapies. In this PhD, we evaluated the prevalence and clinical impact of MiRVs on integrase gene in HIV-infected patients failing an integrase inhibitor containing regimen. We also evaluated the impact of MiRVs in HCV genotype 3 and genotype 4-infected patients failing DAAs. Furthermore, we used the UDS technique to identify and characterize the HCV transmission networks among a key population of men having sex with men either co-infected with HIV or at high risk of HIV acquisition. We also discovered several cases of mixed HCV genotype infections in this population probably for their high risk of multiple HCV exposures. The advantages of UDS in virology research and the applicability of this technique in clinic have been questioned and verified throughout multiple types of projects in this PhD. UDS has not been conclusively established to be more interesting and beneficial than Sanger sequencing in prevention of treatment failure in patients infected by HIV or HCV and in identifying the viral transmission networks at large scale if taking into account the experiment cost and time for data analysis. However, the dynamic development of UDS technologies and the continuing attempts in optimizing analysis procedures display a promising role of UDS. And the applicability of UDS in clinical practice still needs to be elucidated in different kinds of research projects
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Rath, Barbara. "La mégère apprivoisée : élaborer des stratégies pour la gestion de la résistance aux médicaments dans la grippe et l'infection par le virus de l'immunodéficience humaine." Thesis, Besançon, 2012. http://www.theses.fr/2012BESA3012/document.
Full textAbstract:
Le développement de médicaments efficaces contre le virus de l'immunodéficience humaine (VIH) est l'une des plus grandes réussites dans l'histoire médicale récente: lorsque la thérapie combinée est devenu la norme des soins en 1996, une maladie mortelle a été progressivement transformée en une maladie chronique gérable. Les décennies suivantes ont été consacrées à l'élaboration des schémas thérapeutiques consolidés pour les adultes et les enfants, à la prévention de la transmission mère-enfant et à élargir l'accès à la thérapie antirétrovirale dans les pays en développement. La réussite d'un traitement antiviral de l'infection par le VIH est devenue un modèle pour l'élaboration de stratégies de traitement efficaces pour d'autres maladies virales, telles que les hépatites, les infections à herpesviridae, enteroviridae, et la grippe A et B. Cette thèse vise à tracer une ligne continue depuis : (1) de nouveaux modèles in vitro pour simuler un traitement combiné contre un VIH-1 multirésistant afin de promouvoir la sélection du régime le plus/ durable chez les patients en sauvetage thérapeutique, à (2) la meilleure approche e11 termes de coût-bénéfice pour la surveillance de la pharmacorésistance dans les cohortes de patients traités dans des milieux à faibles ressources, et enfin jusqu'à (3) une approche translationnelle vers la gestion du traitement de la grippe et la prédiction du développement- de virus résistants aux médicaments chez les enfants. Elle vise à fournir une synthèse des leçons apprises dans l'optimisation de stratégies de traitements antiviraux et de la prévention des résistances contre le VIH et le virus de fa grippe chez les adultes et les enfants<br>The development or efficacious drugs against the human immunodeficiency virus is one of the greatest success stories in the recent medical history: when combination therapy became standard of care after the Vancouver Conference in 1996, a deadly disease was gradually turned into a manageable chronic condition. The following decades have been dedicated to developing consolidated treatment regimens for both adults and children, to the prevention of mother-to-child transmission and to expanding access to antiretroviral therapy (AR1) in developing countries. Subsequently, the success story of antiviral treatment of Hl V infection has become a model for tl1e development of successful treatment strategies for other viral diseases, such as hepatitis and infections with herpesviridae, enteroviridae and influenza A and B. This thesis aims to draw a continuous line from: (1) new in vitro models to simulate comhination therapy against multidrug-resistant HIV-1 promoting the selection of the most sustainable regimen in salvage patients, to (2) a cost-effective approach to monitoring drug resistance in treatment cohorts in low-resource settings, and finally to (3) a translational approach to managing influenza therapy and predicting the development of drug resistant influenza in children. The work presented herein aims to provide a comprehensive view of the lessons learned in optimizing antiviral treatment strategies against HIV and influenza virus in adults and children
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Kovalenko, Lesia. "Sélection et caractérisation de molécules ciblant la protéine de la nucléocapside de VIH-1." Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAJ086.
Full textAbstract:
La tri-thérapie utilisée pour le traitement du VIH-1 est efficace mais limitée par l'apparition de résistances. Par conséquent, des cibles virales alternatives sont nécessaires. Une des cibles les plus prometteuses est la protéine nucléocapside (NC), qui est hautement conservée et qui joue un rôle essentiel dans le cycle viral. Dans ce contexte, le projet européen THINPAD a eu pour but de développer des inhibiteurs de la NC en combinant plusieurs approches : criblage virtuel, criblage secondaire in vitro, tests antiviraux et de toxicité. Pour le criblage in vitro, nous avons utilisé le test de déstabilisation de cTAR, hautement spécifique de l’activité chaperonne de NC. Cinq séries de molécules ont été sélectionnées par les premiers criblages et tests antiviraux. Après des études de relation structure-activité, une seule des cinq séries a été poursuivie jusqu’aux tests d'efficacité chez les souris. Les composés de cette série présentent une activité antivirale à des concentrations nanomolaires, mais ne sont pas actifs dans le modèle murin. Les études de mécanisme d'action ont révélés que leur activité antivirale était bien consécutive au ciblage de la NC<br>Highly Active Anti-Retroviral Therapy (HAART) is successfully used for HIV-1 treatment, but is hampered by the appearance of drug resistance. Thereby, alternative drug targets are required. One of the most promising target is the nucleocapsid protein (NC), which is highly conserved and plays essential role in HIV life cycle. In this context, the European project THINPAD was organized with the aim to develop NC inhibitors. To fulfil this objective, several approaches were used, including virtual screening, in vitro secondary screening, in cellulo antivirals tests, and toxicity evaluation. For in vitro screening, the specific NC-promoted cTAR destabilization assay was used. Five series of molecules were selected by the first screenings and antiviral tests. After structure-activity relationship studies, only one series was continued until efficacy testing in mice. The compounds of this series exhibit antiviral activity at nanomolar concentrations but are not active in the murine model. The mechanisms of action studies revealed that their antiviral activity was indeed consecutive to the targeting of the NC
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Barbier, Vincent. "Pastrel, a restriction factor for picornalike-viruses in Drosophila melanogaster." Thesis, Strasbourg, 2013. http://www.theses.fr/2013STRAJ114/document.
Full textAbstract:
La drosophile est un excellent modèle pour l’étude des mécanismes moléculaires de l’immunité innée, y compris les virus. Elle a permis la caractérisation de mécanismes de défense immunitaire conservés au cours de l’évolution, tel que les voies Toll et IMD qui régulent l’expression des peptides antimicrobiens induits en réponse aux infections fongiques et bactériennes. Deux types de réponse sont impliqués dans le contrôle des infections virales chez la drosophile : une réponse inductible et l’ARN interférence. Nous avons montré que l’ARN interférence est un mécanisme global de défense antivirale puisqu’il contrôle l’infection par un virus à ADN, en plus des virus à ARN tel que le virus C de la drosophile (DCV). Le virus DCV, apparenté aux Picornaviridae, est un pathogène naturel de la drosophile. Nous avons également observé que la résistance de mouches contrôles à l’infection par le virus DCV est dépendante du fond génétique. Elle est d’ailleurs corrélée à des polymorphismes présents dans un gène porté par le chromosome III : le gène pastrel. Nos expériences de perte et gain de fonction indiquent que ce gène code pour un facteur de restriction viral, bloquant l’infection par le virus DCV mais aussi par le virus de la paralysie du cricket (CrPV). Cette restriction apparait dans les premières heures après infection. La région C-terminale de la protéine Pastrel est nécessaire à son activité antivirale ainsi qu’à sa localisation dans les cellules. La protéine Pastrel co-localise avec le Rouge de Nil, un marqueur des gouttelettes lipidiques. Ainsi, nos résultats suggèrent un lien entre le métabolisme lipidique et le blocage d’une infection virale chez la drosophile<br>Since the discovery of the evolutionarily conserved TOLL and IMD pathways, involved in antifungal and antibacterial immune responses, the fruit fly Drosophila melanogaster is used as a model to study the molecular mechanisms of innate immunity. To defend against viral pathogens, Drosophila relies on two main facets: the RNA interference (RNAi) pathway and virus specific inducible responses. We show that the RNAi pathway plays a role in the control of a DNA virus, in addition to RNA viruses. We also observe that the fly genetic background can modulate the resistance to infection by Drosophila C virus (DCV), a natural pathogen of Drosophila. This resistance to DCV infection is correlated with polymorphisms in a gene named pastrel,localized on the left arm of the third chromosome. Our loss- and gain-of-function experiments indicate that pastrel encodes a molecule opposing infection by picorna-like viruses DCV and also Cricket Paralysis virus (CrPV), raising the question of the mechanism involved. This restriction appears early after infection. The Cterminal region of Pastrel protein is important for its antiviral activity and its localization in vesicular structures co-localizing with Nile Red staining, a marker for lipid droplets. Altogether, our data suggest a connection between lipid droplets and restriction of viral infection in Drosophila, as already described in mammals between the restriction factor Viperin, present on lipid droplets, and the replication of the human pathogen Hepatitis C Virus
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Aissa, Larousse Jameleddine. "Etude de la variabilité génétique des régions NS3, NS5A et NS5B du virus de l'hépatite C chez des patients Tunisiens non traités." Thesis, Bordeaux, 2015. http://www.theses.fr/2015BORD0434/document.
Full textAbstract:
Introduction : Le virus de l’hépatite C (VHC), est l’une des premières causes de pathologie hépatique dans le monde. Ce virus à ARN est responsable de l’hépatite C qui aboutit au développement de la cirrhose et du cancer du foie. Selon l’Organisation Mondiale de la Santé, le VHC infecte actuellement plus de 170 millions de personnes dans le monde, soit 3% de la population. L’hépatite C chronique connait toujours en Tunisie un taux de guérison faible pour le génotype 1 car le traitement standard actuellement disponible est la bithérapie interféron pégylé associé à la ribavirine. A l’heure actuelle, le développement de différentes molécules ciblant spécifiquement le VHC, appelées les antiviraux à action directe (AAD), apparait comme une potentielle révolution dans le traitement de l’infection par le VHC.Ces AAD comprennent les inhibiteurs de protéase (IP), les inhibiteurs nucléos(t)idiques (IN) et les inhibiteurs non-nucléosidiques (INN) de la polymérase NS5B ainsi que les inhibiteurs de la protéine NS5A. La quasi-espèce virale est formée d’un mélange complexe de variants viraux parmi lesquels se trouvent des variants associés à des degrés variables à la résistance aux AAD. Ces variants peuvent donc exister naturellement en absence de toute pression médicamenteuse et sont susceptibles d’avoir un impact sur la réponse aux différents traitements par AAD. Notre objectif était de déterminer la prévalence des variants associés à la résistance dans les souches tunisiennes circulantes en préambule à l’introduction deces molécules en Tunisie. Méthodes : L’amplification et le séquençage direct de la protéase NS3, de la polymérase NS5B ainsi que la région NS5A ont été effectuées chez 149 patients tunisiens naïfs de traitement et infectés par le VHC de génotype 1 (génotype 1b = 142 ; génotype 1a = 7). Résultats : Douze séquences NS3 (12/131 ; 9,2%) ont montré des mutations connes pour conférer une résistance aux IP. Une seule séquence (1/95 ; 1,1%) a montré la mutation V321I connue pour conférer une résistance aux IN-NS5B. Trente quatre séquences (34/95 ; 35,8%) ont montré des mutations connues pour diminuer la sensibilité des INN-NS5B. Une seule séquence de génotype 1a (1/7 ; 14,3%) et 17 séquences de génotype 1b (17/112 ; 16,2%) ont montré des mutations connues pour conférer une résistance au inhibiteurs de la protéine NS5A. Conclusions : Notre étude a permis de mettre en évidence la présence de substitutions conférant une diminution de la sensibilité aux AAD chez des patients tunisiens naïfs de tout traitement anti-VHC. Des études in situ seront nécessaires pour évaluer l’impact de ces mutations sur la réponse au traitement<br>Introduction: Hepatitis C virus (HCV) is a major cause of liver disease worldwide. This RNA virus is responsible for hepatitis C, which leads to the development of cirrhosis and liver cancer. According to the World Health Organization, HCV infects more than 170 million people worldwide, about 3% of the population. Chronic hepatitis C still know in Tunisia low cure rates for genotype 1, because the currently standard treatment available is combination therapy of pegylated interferon plus ribavirin. At present, the development of different molecules that specifically target HCV, called direct-acting antivirals (DAA) appears as a potential revolution in the treatment of HCV infection. These DAA include protease inhibitors (PI), nucleos(t)ide (NI) and non-nucleoside inhibitors (NNI) for NS5B polymerase and NS5A inhibitors. The viral quasispecies is formed by a complex mixture of viral variants including variants associated with variable degrees of resistance to DAA. These variants may therefore exist naturally in absence of drug pressure and may affect response to different treatments by DAA. Our objective was to determine the prevalence of variants associated with resistance in circulating Tunisian strains preamble to the introduction of these molecules in Tunisia. Methods: Amplification and direct sequencing of NS3 protease, NS5B polymerase and NS5A region were performed in 149 Tunisian naïve patients infected with HCV genotype 1 (genotype 1b = 142; genotype 1a = 7) . Results: Twelve sequences NS3 (12/131; 9.2%) showed mutations known to confer resistance to PI. One sequence (1/95; 1.1%) showed the V321I mutation known to confer resistance to NS5B-IN. Thirty four sequences (34/95; 35.8%) showed mutations known to reduce the sensitivity of NS5B-INN. One genotype 1a sequence (1/7; 14.3%) and 17 genotype 1b sequences (17/112; 16.2%) showed mutations known to confer resistance to NS5A inhibitors.Conclusions: Our study highlighted the presence of substitutions conferring decreased susceptibility to DAA in naïve patients infected with HCV genotype 1. Field studies will be needed to evaluate the impact of these mutations on the treatment response
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Mhamdi, Zeineb. "Variations génomiques et antigéniques du virus de la grippe porcine (Influenzavirus porcin) sur le territoire québécois." Thèse, 2016. http://hdl.handle.net/1866/18651.
Full textAbstract:
A ce jour, les données génétiques et moléculaires se rapportant aux virus influenza de type A (VIs) présents dans la population porcine au Québec sont relativement rares. Pourtant, ces informations sont essentielles pour la compréhension de de l'évolution des VIs à grande échelle de 2011 à 2015. Afin de remédier à ce manque de données, différents échantillons (pulmonaires, salivaires et nasaux) ont été prélevés à partir de 24 foyers dans lesquelles les animaux présentaient des signes cliniques. Ensuite, les souches virales ont été isolées en culture cellulaire (MDCK) ou sur oeufs embryonnés. Les 8 segments génomiques des VIs de 18 souches virales ont par la suite été séquencés et analysés intégralement. La résistance aux drogues antivirales telles que l’oseltamivir (GS4071) carboxylate, le zanamivir (GS167) et l’amantadine hydrochloride a également été évaluée par des tests d'inhibition de la neuraminidase (INAs) ainsi que par un test de réduction sur plaque. Deux sous-types viraux H3N2 et H1N1 ont été identifiés dans la population porcine au Québec. Douze souches des VIs de sous-type trH3N2 ont été génétiquement liées au Cluster IV, avec au moins 6 profils de réassortiment différents. D'autre part, 6 souches virales ont été trouvées génétiquement liées au virus pandémique A(H1N1)pdm09 avec au moins trois profils de réassortiment génétique différents. Le sous-type trH3N2 des VIs est le plus répandu dans la population porcine au Québec (66,7%). La cartographie d'épitope de la protéine HA de sous-type H3 a présenté la plus forte variabilité avec 21 substitutions d’acides aminés sur 5 sites antigéniques A (5), B (8), C (5), D (1), et E (2). Toutefois, la protéine HA du sous-type H1 avait seulement 5 substitutions d'aa sur les 3 sites antigéniques Sb (1), Ca1 (2) et Ca2 (2). Un isolat H1N1 (1/6 = 16,7%) et 1 autre trH3N2 (1/12 = 8,3%) ont été trouvés comme étant résistants à l'oseltamivir. En revanche, 2 isolats du H1N1 (2/6 = 33,3%) et 2 autres du trH3N2 (2/12 = 16,7%) ont révélé être résistants au zanamivir. Dans l'ensemble, le taux de résistance aux INAs et à l’amantadine était compris entre 33,3% et 100%. La présence des VIs résistants aux drogues antivirales chez les porcs ainsi que l'émergence possible de nouvelles souches virales constituent des préoccupations majeures en la santé publique et animale justifiant ainsi la surveillance continue des VIs dans la population porcine au Québec.<br>Data about genomic variability of swine influenza A viruses (SIV) in Quebec herds are scarce. Yet, this information is important for understanding virus evolution in Quebec from until 2015. Different clinical samples were obtained from 24 outbreaks of swine flu in which animals were experiencing respiratory disease. Samples including lung tissues, saliva and nasal swabs were collected and virus isolation was attempted in MDCK cells and embryonated eggs. All eight gene segments of the 18 isolated SIV strains were sequenced and analysed. Antiviral drugs resistance against oseltamivir carboxylate (GS4071), zanamivir (GS167) and amantadine hydrochloride was evaluated by neuraminidase inhibition assays (NAIs) and plaque reduction assay. Two subtypes of SIV, H3N2 and H1N1, were identified in Quebec pig herds. Twelve SIV strains were genetically related to trH3N2 Cluster IV and at least 6 different reassortment profiles were identified. On the other hand, 6 Quebec SIV strains were found to be genetically related to the pandemic virus A(H1N1)pdm09 and from which three reassortment profiles were identified. Overall, the trH3N2 was the most prevalent subtype (66.7%) found in Quebec swine herds. The epitope mapping of HA indicated that the H3 subtype was the most variable with a possibility of 21 amino acids (aa) substitutions within the 5 antigenic sites A(5), B(8), C(5), D(1) and E(2). However, the HA protein of the H1 subtype had only 5 aa substitutions within 3 antigenic sites Sb(1), Ca1(2) and Ca2(2). One H1N1 (1/6 = 16.7%) and one trH3N2 (1/12 = 8.3%) were identified as strains resistant against oseltamivir. In contrast, two H1N1 (2/6 = 33.3%) and two trH3N2 (2/12 = 16.7%) strains were found to be resistant against zanamivir. Overall, the SIV resistance against antiviral neuraminidase inhibitor drugs was (33.3%). All strains were resistant against the M2 inhibitor antiviral drug, amantadine. The presence of antiviral drug resistance in Quebec swine herds and the possible emergence of new SIVs strains are public health concerns supporting the surveillance of SIVs.