Academic literature on the topic 'Résistance au triméthoprime'

Introduction : Les infections à Pseudomonas constituent un réel problème de santé publique mondiale.L'objectif de cette étude était de déterminer les espèces de Pseudomonas isolées de diverses secrétionsbiologiques ainsi que leur sensibilité aux antibiotiques. Matériel et méthodes : Il s'agit d'une étuderétrospective réalisée à l'Hôpital de l'Amitié Sino-Guinéenne de Juin 2014 à Juin 2018. Les cultures ont étéfaites sur milieux gélosés. L'identification bactérienne, les antibiogrammes et la détermination desconcentrations minimales inhibitrices (CMI) ont été faites à l'automate Vitek2 Compact 15. Résultats :Soixante-quinze souches de Pseudomonas ont été identifiées : Pseudomonas aeruginosa (44), de Pseudomonasluteola (15), Pseudomonas fluorescens (13), Pseudomonas mendocina (1), Pseudomonas oryzihabitans (1) etPseudomonas putida (1). L'âge moyen des patients était de 49,12±23,48 ans [18 jours-90 ans]. Le sexe-ratio(M/F) = 0,875. La majorité des souches étaient sensibles à l'imipénème (93,33%), l'amikacine (88,00%), lagentamicine (72,00%), la tobramycine (70,66%), piperacilline/tazobactam (70,66%), la ceftazidime (60,00%),céfotaxime (54,66%), à l'ofloxacine (57,33%) et la ciprofloxacine (58,66%). En revanche, ces souches étaientrésistantes à l'ampicilline (89,33%), triméthoprime/sulfaméthoxazole (89,33%), l'acide nalidixique (85,33%), lacéfalotine (77,33%), la ticarcilline (68,00%), la cefoxitine (64,00%), et la nitrofurantoine (57,33%). Des cas demulti-résistance aux antibiotiques ont été observés avec CMI élevées. Particulièrement, une souche dePseudomonas aeruginosa désignée N°64 était multi-résistante à tous les d'antibiotiques testés. Conclusion : Sixespèces de Pseudomonas ont été identifiées avec des phénotypes de multi-résistance aux antibiotiqueshabituellement utilisés en Guinée.

L’objectif de l’étude était de caractériser les sérotypes et les profils phénotypiques de résistance aux antibiotiques, et de typer les plasmides de 55 isolats de Salmonella enterica subsp. enterica isolés dans différentes matrices provenant de 77 points de vente de porc à Kampala, en Ouganda. Sept différents serovars ont été identifiés : Enteritidis (60,0 %), Offa (10,9 %), Gallinarum (7,3 %), Arechavaleta (monophasique) (7,3 %), Zanzibar (7,3 %), Kampala (5,4 %), et Saintpaul (1,8 %). La majorité des isolats provenaient de porc cru (40,0 %) mais on en trouvait aussi dans des mouches (27,3 %), des légumes frais (18,2 %), de l’eau (12,7 %) et du porc grillé (1,8 %). Tous les isolats sauf un (98 %) ont montré une résistance à au moins un antibiotique parmi les 22 testés. Le plus haut niveau de résistance a été observé avec la céfazoline (95 %) et le céfotaxime (93 %), un niveau intermédiaire a été observé avec la ciprofloxacine (58 %), le chloramphénicol (58 %) et l’amoxicilline/acide clavulanique (56 %). La majorité des isolats étaient sensibles à la lévofloxacine (75 %), au sulfaméthoxazole-triméthoprime (80 %) et à l’ofloxacine (96 %). La caractérisation des souches par le typage des réplicons, une technique basée sur la PCR, a détecté les réplicons FIA, FIB, FIC, HI1, HI2, I1-1ᵞ, L/M, N, P, W, T, A/C, K, B/O, X, Y, F et FIIA. Six groupes de réplicons (FIA, W, FIC, FIB, P, and Y) ont été identifiés dans 53 des 55 isolats (96,4 %), et plus d’un groupe a été trouvé dans 42 isolats différents. Alors que le nombre moyen de groupes de réplicons par souche était bas (2,6), le taux de résistance phénotypique est resté élevé, ce qui implique que certaines souches semblent encoder des résistances sur les chromosomes ou sur les plasmides non détectés, respectivement. Les sources de résistance aux antibiotiques ainsi que les causes potentielles liées aux systèmes d’élevage et à la médecine humaine doivent être identifiées pour protéger la santé publique en Ouganda.

Background: Staphylococcus aureus is a ubiquitous bacterium present in the environment and one of the leading causes of superficial and deep infections. In the food industry, it is acclaimed to be globally responsible for several food-borne diseases. This study was designed to isolate methicillin-resistant S. aureus (MRSA) and determine the effect of rinsing on MRSA load in frozen meat and fish obtained from open market in Benin City.Methodology: Forty frozen meat samples (15 beef, 10 fish and 15 chickens) were randomly obtained from five markets in Benin City. The samples were analysed before and after rinsing using standard culture-based techniques to determine heterotrophic bacterial count, isolation of S. aureus, MRSA, and antibiotic susceptibility testing. Data were analysed using SPSS version 21 and Microsoft excel 2016, and association between variables were measured using Student’s t-test with a probability level of < 0.05.Results: The natural logarithm (LN) of heterotrophic bacterial count (CFU/g) before rinsing were 11.53±1.25 (beef), 11.16±0.95 (fish) and 11.42±1.58 (chicken), while the counts after rinsing were 2.70±0.45 (beef), 2.68±0.25 (fish) and 2.79±0.49 (chicken) (p<0.05). Sixteen of the 40 (40%) were positive for S. aureus, of which 4 (10%) were MRSA. Amongst the frozen meat evaluated in the study, beef had the highest frequency of S. aureus contamination (46.7%) followed by chicken (40.0%) and fish (30.0%). The profile of antibiotic resistance of S.aureus showed that they were least resistant to ciprofloxacin (6%) but showed high resistance to erythromycin (94%), amoxicillin/clavulanic acid (87.5%) and trimethoprim-sulfamethoxazole (81%). Multiple antibiotic resistance index of S. aureus was calculated to be 0.63.Conclusion: The findings in this study revealed that frozen foods could act as a vehicle for the dissemination of antibiotic-resistant bacteria (ARB) and potential health risks for consumers. Keywords: Staphylococcus aureus; antibiotic-resistant bacteria; MRSA; frozen meat; rinsing French title: Effets du rinçage sur les charge de Staphylococcus aureus dans les viandes congelées et les poissons obtenus sur les marchés ouverts de Benin City, Nigéria Contexte: Staphylococcus aureus est une bactérie ubiquitaire présente dans l'environnement et l'une des principales causes d'infections superficielles et profondes. Dans l'industrie alimentaire, il est reconnu pour être globalement responsable de plusieurs maladies d'origine alimentaire. Cette étude a été conçue pour isoler S. aureus résistant à la méthicilline (SARM) et déterminer l'effet du rinçage sur la charge de SARM dans la viande et le poisson congelés obtenus sur le marché libre de Benin City.Méthodologie: Quarante échantillons de viande congelée (15 bœuf, 10 poissons et 15 poulets) ont été obtenus au hasard sur cinq marchés de Benin City. Les échantillons ont été analysés avant et après le rinçage en utilisant des techniques de culture standard pour déterminer le nombre de bactéries hétérotrophes, l'isolement de S. aureus, le SARM et les tests de sensibilité aux antibiotiques. Les données ont été analysées à l'aide de SPSS version 21 et de Microsoft Excel 2016, et l'association entre les variables a été mesurée à l'aide du test t de Student avec un niveau de probabilité <0,05.Résultats: Le logarithme naturel (LN) du nombre de bactéries hétérotrophes (UFC/g) avant rinçage était de 11,53±1,25 (bœuf), 11,16±0,95 (poisson) et 11,42±1,58 (poulet), tandis que les comptages après rinçage étaient de 2,70±0,45 (bœuf), 2,68±0,25 (poisson) et 2,79±0,49 (poulet) (p<0,05). Seize des 40 (40%) étaient positifs pour S. aureus, dont 4 (10%) étaient SARM. Parmi les viandes congelées évaluées dans l'étude, le bœuf présentait la fréquence la plus élevée de contamination par S. aureus (46,7%), suivi du poulet (40,0%) et du poisson (30,0%). Le profil de résistance aux antibiotiques de S. aureus a montré qu'ils étaient les moins résistants à la ciprofloxacine (6%) mais présentaient une résistance élevée à l'érythromycine (94%), à l'amoxicilline/acide clavulanique (87,5%) et au triméthoprime-sulfaméthoxazole (81%). L'indice de résistance aux antibiotiques multiples de S. aureus a été calculé à 0,63.Conclusion: Les résultats de cette étude ont révélé que les aliments surgelés pourraient servir de vecteur de dissémination de bactéries résistantes aux antibiotiques (ARA) et de risques potentiels pour la santé des consommateurs. Mots clés: Staphylococcus aureus; bactéries résistantes aux antibiotiques; SARM; viande congelée; rinçage

Background: The rising global emergence of Gram-negative bacteria (GNB) producing β-lactam hydrolysing enzymes in clinical infections constitutes a growing public health threat. This study investigated the occurrence of co-production of extended spectrum β-lactamase (ESβL), AmpC β-lactamases, and carbapenemases among GNB isolated from HIVinfected patients in two tertiary healthcare facilities in southwest Nigeria.Methodology: A total of 115 GNB isolates previously recovered from HIV-infected patients at the Obafemi Awolowo University Teaching Hospitals Complex, Ile-Ife, and the State Specialist Hospital, Akure, were investigated. The isolates were characterized to species level with the Microbact 24E kit and screened for ESβL production using the double-disc test (DDT) and combination disc methods, AmpC using modified Hodge test (MHT) and AmpC EDTA disc, and carbapenemase production using the MHT and EDTA disc test. Antibiotic susceptibility testing (AST) was performed by the Kirby-Bauer disc diffusion method.Results: A total of 15 species of GNB were characterized. The AST profile of the isolates revealed high resistance rates to ampicillin (94.5%), tetracycline (74.5%), sulphamethoxazole-trimethoprim (66.3%), and lowest resistance to imipenem (10.9%). Multi-drug resistance (MDR) was observed in 93.6% while 98.8% of ESβL, AmpC, and carbapenemase-producing isolates had multiple antibiotic resistance (MAR) indices ≥ 0.2. ESβL production was detected in 53.9%, AmpC in 20.9% and carbapenemase in 25.2% of the isolates. ESβL, AmpC or carbapenemase or co-production of two or all three enzymes was detected in 80 (69.6%) isolates, while only 10.0% produced all three enzymes.Conclusion: The isolation of MDR bacteria and isolates co-producing β-lactam hydrolysing enzymes in immunocompromised individuals portend grave consequences. Routine screening for these enzymes in MDR bacteria will be highly essential to guide the institution of appropriate antibiotic therapy and infection control measures. Keywords: ESβL, AmpC, carbapenemase, HIV, MDR, clinical isolates, MHT, DDST French Title: Coproduction d'ESβL, AmpC et carbapénémase dans des bactéries Gram-négatives multirésistantes de patients infectés par le VIH dans le sud-ouest du Nigéria Contexte: L'émergence mondiale croissante de bactéries à Gram négatif (GNB) produisant des enzymes d'hydrolyse de β-lactame dans les infections cliniques constitue une menace croissante pour la santé publique. Cette étude a examiné l'occurrence de la coproduction de β-lactamases à spectre étendu (ESβL), de β-lactamases AmpC et de carbapénémases parmi les GNB isolés de patients infectés par le VIH dans deux établissements de santé tertiaires du sud-ouest du Nigéria. Méthodologie: Un total de 115 isolats de GNB précédemment récupérés de patients infectés par le VIH au complexe hospitalier universitaire Obafemi Awolowo, Ile-Ife, et au State Specialist Hospital, Akure, ont été étudiés. Les isolats ont été caractérisés au niveau des espèces avec le kit Microbact 24E et criblés pour la production d'ESβL en utilisant le test à double disque (DDT) et les méthodes de disques combinés, AmpC en utilisant le test Hodge modifié (MHT) et le disque AmpC EDTA, et la production de carbapénémase en utilisant le MHT et test de disque EDTA. Le test de sensibilité aux antibiotiques (AST) a été effectué par la méthode de diffusion de disque de Kirby-Bauer Résultats: Un total de 15 espèces de GNB ont été caractérisées. Le profil AST des isolats a révélé des taux derésistance élevés à l'ampicilline (94,5%), à la tétracycline (74,5%), au sulfaméthoxazole-triméthoprime (66,3%) età la plus faible résistance à l'imipénème (10,9%). Une résistance à plusieurs médicaments (MDR) a été observéedans 93,6% tandis que 98,8% des isolats producteurs d'ESβL, AmpC et carbapénémase avaient de multiples indices de résistance aux antibiotiques (MAR) ≥ 0,2. La production d'ESβL a été détectée dans 53,9%, AmpC dans 20,9% et carbapénémase dans 25,2% des isolats. ESβL, AmpC ou carbapénémase ou la coproduction de deux ou des trois enzymes a été détectée dans 80 isolats (69,6%), tandis que seulement 10,0% ont produit les trois enzymes. Conclusion: L'isolement des bactéries MDR et des isolats co-producteurs d'enzymes d'hydrolyse des β-lactamines chez les individus immunodéprimés laisse présager de graves conséquences. Le dépistage systématique de ces enzymes dans les bactéries MDR sera très essentiel pour guider la mise en place d'une antibiothérapie appropriée et de mesures de contrôle des infections. Mots-clés: ESβL, AmpC, carbapénémase, VIH, MDR, isolats cliniques, MHT, DDST

Des essais sur la sensibilité d’antimicrobiens et la présence de plasmides ont été effectués sur dix-huit souches de Pasteurella multocida isolées à partir de zébus du Laboratoire de recherche vétérinaire, Institut national de recherche vétérinaire, Vom, en 2012. Parmi les 18 isolats, 13 (72 p. 100) étaient sensibles à la sulfaméthoxazole/triméthoprime, 8 (44 p. 100) à la gentamicine, 8 à l’acide amoxicilline / acide clavulanique, 7 (39 p. 100) à la ciprofloxacine, 7 au chloramphenicol, 5 (28 p. 100) à l’ampicilline, 1 (5,6 p. 100) à l’oxacilline, et 1 à la vancomycine. Tous les isolats étaient résistants à la tétracycline et à l’érythromycine. Tous hébergeaient un plasmide de 5 kb. Trois isolats du sérotype E ont présenté un plasmide supplémentaire de 3 kb, un autre a exhibé un plasmide supplémentaire de 6 kb mais aucun des isolats ne contenait à la fois les trois plasmides.

OBJECTIVE: To review the clinical pharmacology of fosfomycin tromethamine, a new antimicrobial agent for the treatment of uncomplicated lower urinary tract infections (UTIs). DATA SOURCE: Publications in English on fosfomycin, fosfomycin tromethamine, and fosfomycin trometamol (MEDLINE, 1970–1997), as well as unpublished studies submitted to the Food and Drug Administration (FDA), were reviewed. STUDY SELECTION: Comparative, randomized, controlled studies were used to analyze the efficacy and safety of fosfomycin tromethamine. DATA SYNTHESIS: Fosfomycin tromethamine is an oral antimicrobial indicated for the treatment of uncomplicated lower UTIs. This agent is active in the urine against common uropathogens that are associated with cystitis in women, including organisms resistant to other antibiotics. A single dose of fosfomycin tromethamine is well absorbed and produces therapeutic concentrations in the urine for 2–4 days. Comparative clinical trials suggest that a single dose of fosfomycin tromethamine 3.0 g is as clinically effective as 7- to 10-day treatment regimens of standard agents used to treat UTIs, such as nitrofurantoin, norfloxacin, and trimethoprim/sulfamethoxazole. Fosfomycin tromethamine is well tolerated and appears safe to use during pregnancy. CONCLUSIONS: Fosfomycin tromethamine is the only antimicrobial to be approved by the FDA for single-dose therapy in women with acute cystitis. It is as effective and safe as multidose comparators and appears safe to use during pregnancy. The acquisition cost of this new drug will need to be weighed against the improved compliance and convenience associated with its use in the treatment of uncomplicated UTIs. OBJETIVO: Revisar la farmacología de la fosfomicina trometamina, un agente antimicrobiano nuevo indicado para el tratamiento de las infecciones leves del tracto urinario. FUENTES DE INFORMACIÓN: Publicaciones en inglés sobre la fosfomicina, fosfomicina trometamina, y fosfomicina trometamol identificadas a través de MEDLINE. Además, estudios sin publicar suministrados a la Administración de Drogas y Alimentos de los Estados Unidos. SELECCIÓN DE FUENTES DE INFORMACIÓN: Estudios comparativos, controlados, y de asignación aleatoria del tratamiento de prueba, empleados para analizar la eficacia, y la seguridad de la fosfomicina trometamina. SÍNTESIS: La fosfomicina trometamina es un agente antimicrobiano oral indicado para el tratamiento de las infecciones leves del tracto urinario. Este agente es activo en la orina contra uropatógenos que están asociados con la cistitis en la mujer, incluyendo organismos resistentes a otros antibióticos. Una dosis linica de la fosfomicina trometamina se absorbe bién y produce concentracions terapéuticas en la orina for un período de 2–4 días. Estudios clínicos comparativos sugieren que una dosis única de 3.0 g de fosfomicina trometamina es tan efectiva clínicamente como un régimen de tratamiento de 7–10 días con agentes comúnmente usados en esta condición tales como la nitrofurantoína, la norfloxacina, y el sulfametoxazol con trimetoprim. La fosfomicina trometamina se tolera bién y no parecer ocasionar efectos adversos durante el embarazo. CONCLUSIONES: La fosfomicina trometamina es el único agente antimicrobiano a ser aprobado por la Administración de Drogas y Alimentos de los Estados Unidos como terapia de dosis única en mujeres con cistitis aguda. Este agente es tan efectivo y seguro como los agentes competidores usados en dosis múltiples. Además, su uso durante el embarazo parece seguro. El costo elevado de adquisición de este nuevo medicamento debe pesarse contra sus ventajas sobretodo en lo referente la mejoramiento del cumplimiento del tratamiento y conveniencia de administración en pacientes con infecciones leves del tracto urinario. OBJECTIF: Revoir la pharmacologie clinique du trométhamine de fosfomycine, un nouvel agent antimicrobien pour le traitement des infections urinaires basses non compliquées. REVUE DE LITTÉRATURE: Les publications en langue anglaise sur la fosfomycine, le trométhamine de fosfomycine, et le trométamol de fosfomycine ont été recherchées dans la banque informatisée MEDLINE aussi bien que les études non publiées soumises à l'Administration des Drogues et Alimentaires (ADA). SÉLECTION DES ÉTUDES: Les études comparatives, randomisées, et contrôlées ont été retenues pour analyser l'efficacité et l'innocuité du trométhamine de fosfomycine. RÉSUMÉ: Le trométhamine de fosfomycine est un antibiotique oral indiqué pour le traitement des infections urinaires basses non compliquées. Cet agent est actif dans l'urine contre les pathogènes du tractus urinaire responsables de la cystite chez la femme, incluant des organismes résistants à d'autres antibiotiques. Une dose unique de trométhamine de fosfomycine est bien absorbée et produit des concentrations thérapeutiques dans l'urine pour une période de 2–4 jours. Des essais cliniques comparatifs suggèrent qu'une dose unique de 3 g de trométhamine de fosfomycine est aussi efficace cliniquement qu'un traitement standard de 7–10 jours avec les agents habituellement utilisés pour le traitement des infections urinaires basses, comme la nitrofurantoïne, la norfloxacine, et le triméthoprime-sulfaméthoxazole. Le trométhamine de fosfomycine est bien toléré et semble sécuritaire lors de grossesse. CONCLUSIONS: Le trométhamine de fosfomycine est le seul antibiotique approuvé par la ADA pour la thérapie unidose de la cystite aiguë chez la femme. Il est aussi efficace et sécuritaire que les agents comparateurs à doses multiples et semble sécuritaire lors de grossesse. Le coût d'acquisition de ce nouveau médicament peut se justifier par une meilleur observance du traitement et la facilité associée à son emploi lors de traitement des infections urinaires basses non compliquées.

Les bactéries intracellulaires strictes, de par leur localisation, sont difficiles à neutraliser par les antibiotiques. Dans une première partie nous présentons une revue exhaustive des mécanismes moléculaires associés à la résistance aux antibiotiques et des tentatives de manipulation génétique chez les bactéries intracellulaires. Notre travail de recherche s’est intéressé à l’une d’entre elles: Tropheryma whipplei, l’agent de la maladie de Whipple. Durant le traitement de cette maladie, la combinaison sulfaméthoxazole/triméthoprime est administrée. Un travail récent au laboratoire a démontré l’inefficacité in vitro du triméthoprime du fait de l’absence du gène cible folA dans le génome bactérien. Des cas d’échecs thérapeutiques à ce traitement ainsi que des rechutes ont été également rapportés dans la littérature suggérant la possibilité d’acquisition de résistance au sulfaméthoxazole au cours du traitement. Le 1er objectif de notre travail a été d’étudier le mécanisme moléculaire de la résistance au sulfaméthoxazole chez T. Whipplei. La séquence du gène folP codant pour la cible du sulfaméthoxazole : la dihydropteroate synthase (DHPS) a été obtenue à partir d’isolats cliniques de T. Whipplei et également à partir de prélèvements positifs en PCR d’un patient en échec thérapeutique avant et après le début de son traitement. Les séquences obtenues chez ce patient ont mis en évidence plusieurs mutations par rapport aux séquences obtenues à partir des isolats cliniques de T. Whipplei. L’analyse de ce gène a révélé que chez T. Whipplei folP fait partie d’un gène codant pour une enzyme trifonctionnelle dans laquelle DHPS est combinée avec les 2 enzymes qui la précèdent dans la voie classique de biosynthèse des folates. La complémentation d’une souche d’Escherichia coli knock-out pour le gène folP, par la séquence mutée de folP associée à l’échec thérapeutique a non seulement restauré la fonction de DHPS et par conséquent la voie de biosynthèse des folates mais a aussi induit une résistance au sulfaméthoxazole par rapport à la séquence sauvage. Nous avons ainsi démontré pour la première fois que la séquence mutée de ce gène se traduisant par une séquence protéique différente induisait une résistance in vitro au sulfaméthoxazole et pouvait expliquer les échecs et rechutes observés au cours du traitement de cette maladie. La deuxième partie de cette thèse a porté sur l’évaluation de la sensibilité de T. Whipplei in vitro à un autre sulfamide: la sulfadiazine. Au vu des résultats obtenus et des propriétés pharmacologiques de ce composé, nous proposons son utilisation comme traitement de la maladie de Whipple en alternative à la combinaison de sulfaméthoxazole et de triméthoprime dans les formes neurologiques en association avec la doxycycline et l’hydroxychloroquine
Obligate intracellular bacteria, by their intracellular location, are difficult to neutralize by antibiotics. In a first part, we present a review of molecular mechanisms of resistance to antibiotics and attempts at genetic manipulation of intracellular bacteria. Our work has focused on one of them: Tropheryma whipplei, the agent of Whipple's disease. The recommended empirical treatment for this disease involves the simultaneous administration of sulfamethoxazole and trimethoprim (cotrimoxazole). A recent work in our laboratory has demonstrated the ineffectiveness of trimethoprim in vitro because of the absence of its target gene, folA coding for DHFR in the genome of the bacterium. Cases of treatment failures with this treatment and relapses were also reported in the literature suggesting the possibility of acquiring resistance to sulfamethoxazole during treatment. The 1st objective of this thesis was to study the molecular mechanism of antibiotic resistance of T. Whipplei to sulfamethoxazole. The sequence of folP the encoding gene of sulfamethoxazole’s target: the dihydropteroate synthase (DHPS) was obtained from clinical isolates of T. Whipplei and also from positive samples from a patient with treatment failure before and after starting treatment. The sequences obtained from this patient showed several mutations compared to sequences obtained from other strains of T. Whipplei. Gene analysis showed that folP was identified among genes encoding a unique trifunctional enzyme in which DHPS is combined with the 2 preceding enzymes of the folate biosynthesis pathway. Sequencing showed multiple mutations in folP gene in the patient case. Complementation of an Escherichia coli strain knockout for folP with sequence associated with treatment failure has not only restored the folate biosynthesis pathway but also induced resistance to sulfamethoxazole compared with the wild sequence. We also demonstrated for the first time that the mutated sequence of this gene has led to a different protein sequence and induced resistance in vitro to sulfamethoxazole and could explain the failures and relapses observed during the treatment of this disease. The second part of this thesis has focused on assessing the susceptibility of T. Whipplei in vitro to another sulfonamide: the sulfadiazine. Given the results obtained and the pharmacological properties of this compound, we propose its use as an alternative to the cotrimoxazole in combination with doxycycline and hydroxychloroquine in neurological involvement

Listeria monocytogenes est un bacille à Gram positif pathogène pour l'homme. Jusqu'à récemment, le genre listeria était considéré comme toujours sensible aux antibiotiques. La première souche de L. Monocytogenes multi-résistante aux antibiotiques, BM4210, isolée en France, héberge le plasmide PIP811 autotransférable de 37 kilobases (kb) qui porte l'ensemble des caractères de résistance. Le déterminant de résistance à la tétracycline-minocycline de PIP811 constitue le prototype d'une nouvelle classe de gènes de résistance qui a été caractérisée et nommée TET(s). La protéine correspondante, TET(s), pourrait agir en protégeant la cible ribosomale de l'action de la tétracycline. Le déterminant TET(s) a par la suite été retrouvé chez deux autres isolats cliniques multi-résistants de L. Monocytogenes, trois souches de L. Innocua, une souche de L. Welshimeri et 22 isolats cliniques de Enterococcus Faecalis. Chez les espèces L. Innocua, L. Welshimeri et E. Faecalis, TET(s) serait localisé sur le chromosome. Le transfert par conjugaison de ce gène a été obtenu de E. Faecalis à L. Monocytogenes et/ou E. Faecalis. Nous proposons que la résistance à la tétracycline, résistance la plus répandue chez le genre listeria, résulterait de l'acquisition de gènes de résistance portés par des plasmides autotransférables ou des transposons de type conjugatifs provenant des genres enterococcus-streptococcus. La souche de L. Monocytogenes BM4293, résistante au triméthoprime, un caractère non encore rapporté chez Listeria, a été isolée de l'environnement en France. Cette résistance est particulièrement importante, le triméthoprime représentant l'alternative thérapeutique à l'ampicilline dans le traitement des listérioses humaines. Cette souche héberge un plasmide de 3,7 kb que nous avons caractérisé et nomme PIP823. Ce plasmide appartient à la famille PC194/PUB110 des plasmides à réplication de type cercle-roulant des bactéries à gram positif. Il porte le gène DFRD, nouveau déterminant, qui code pour une dihydrofolate réductase additionnelle résistante au triméthoprime.

Burkholderia pseudomallei et Burkholderia mallei sont respectivement les agents biologiques responsables de la mélioïdose et de la morve. Pour déterminer si les échecs thérapeutiques étaient dus à l'émergence d'une résistance acquise durant le traitement antibiotique, nous avons sélectionné des souches de Burkholderia thailandensis, modèle d'étude, B. pseudomallei et B. mallei, avec différents antibiotiques : le chloramphénicol, la doxycycline et le triméthoprime-sulfaméthoxazole. Les Burkholderia ont montré qu'elles étaient capables de développer une multirésistance in vitro en réponse à chaque antibiotique utilisé dans le traitement oral de la mélioïdose ou de la morve. Pour comprendre les mécanismes de résistance impliqués, nous avons étudié les aspects moléculaires et génétiques de la résistance chez B. thailandensis par des méthodes protéomiques et transcriptomiques. Nous avons développé une méthode pour quantifier l'expression des gènes de pompes d'efflux par RT-PCR quantitative après normalisation sur plusieurs gènes de référence. Ces méthodes nous ont permis d'identifier la surproduction séquentielle de trois pompes d'efflux de type RND : BpeAB-OprB, AmrAB-OprA et BpeEF-OprC, toutes induites par le chloramphénicol ou la doxycycline chez les souches multirésistantes. L'étude de mutants déficients en pompe d'efflux nous a permis de mieux appréhender les relations étroites entre ces trois pompes et a confirmé que l'efflux actif était le principal mécanisme impliqué cette résistance induite
Burkholderia pseudomallei and Burkholderia mallei are respectively the causative agents of melioidosis and glanders. To determine whether treatment failures were due to the emergence of acquired resistance during antibiotic treatment, we selected strains of B. pseudomallei, B. mallei, and Burkholderia thailandensis, used as a study model of these two pathogenic bacteria, with structurally unrelated antibiotics: chloramphenicol, doxycycline and trimethoprim-sulfamethoxazole. We showed that Burkholderia were able to develop multidrug resistance in vitro in response to each of theses antibiotics used in the oral treatment of melioidosis and glanders. To understand the resistance mechanisms involved, we studied the molecular and genetic aspects of resistance in B. thailandensis by proteomic and transcriptomic methods. We have developed a method to quantify efflux pumps gene expression by quantitative RT-PCR after normalization with several reference genes. These methods allowed us to identify sequential overproduction of three RND efflux pumps: BpeAB-OprB, AmrAB-OprA and BpeEF-OprC, all induced by chloramphenicol or doxycycline in multiresistant strains. The study of mutants respectively defective in one of these efflux pumps has allowed us to better understand the close relationship between these three pumps and confirmed that active efflux acted as a major mechanism involved in the induced resistance

L’antibiorésistance des entérobactéries en République Centrafrique a été marquée par la détection d’une forte prévalence des résistances au cotrimoxazole (80%) chez des Escherichia coli isolés en 2003, puis par l’isolement de 38 souches d’entérobactéries productrices de β-lactamases à spectre élargi (BLSE) entre 2003 et 2006. Les BLSE en cause étaient, blaCTX-M-15 (84%), blaSHV-12 (10%), blaSHV-2a (4%) et blaCTX-M-3 (2%). La séquence d’insertion ISEcp1 a été retrouvée en amont des deux gènes blaCTX-M. Le transposon Tn2 a été localisé en aval de blaCTX-M-15. D'autres gènes conférant la résistance aux βlactamine-lactamines, aminosides, cyclines, et quinolones ont été trouvés : blaTEM-1 (95%), blaOXA-1 (28%), aac3-II (76%), aac6’-1b (73%), tetA (47 %) et qnrA (5%). La caractérisation de la résistance aux sulfamides et des gènes cassettes chez 78 souches d’entérobactéries BLSE ou non, résistantes au cotrimoxazole, a permis d’identifier 2 gènes codant la résistance aux sulfamides (sul1et sul2), 6 gènes cassettes de résistance au triméthoprime (dfrA7, dfrA1, dfr2d, dfrA12, dfrA1 et dfrA5) et 3 gènes cassettes de résistance à la streptomycine (aadA1, aadA5 et aadA8)

Chez les patients traités par un régime posologique, La concentration sérique moyenne et l'écart type de la concentration SMX était 161,01 ± 69,154 mg/L et de 5,788 ± 2,74 mg/L pour le TMP. La concentration minimale inhibitrice 90% (CMI 90) était de 10 mg/L pour le cotrimoxazole et la sulfadiazine contre Mycobacterium tuberculosis. Toutes les mycobactéries étaient inhibées par 20 mg/L de cotrimoxazole et de sulfadiazine. Les CMI de l'ivermectine contre 13 souches complexe M. tuberculosis ont varié entre 10 et 40 mg/L. En outre, tous isoler M. tuberculosis étaient résistants à la squalamine avec CMI > 100 mg/L. Dans une autre partie nous avons montré que tous les isolats du complexe Mycobacterium avium étaient résistants au triméthoprime avec une CMI > 200 mg/mL. Le cotrimoxazole, le sulfaméthoxazole et la sulfadiazine ont montré une CMI respectivement de 10 mg/L, 25 mg/L et 20 mg/L, à l'exception de Mycobacterium chimaera qui présentait une CMI de 10 mg/L pour ces molécules. La comparaison de la séquence du gène de la dihydroptéroate synthase de M. intracellulare et M. chimaera a montré seulement quatre changements d'acides aminés
Firstly, we measured the serum concentration of Sulfamethoxazole (SMX)-Trimethoprim (TMP) in patients treated with high dosage regimen. The mean values and standard deviation for SMX concentration was 161.01± 69.154 mg/L and of 5.788 ± 2.74 mg/L for TMP. Susceptibility testing yielded a minimum inhibitory concentration 90% (MIC90) of 10 mg/L for cotrimoxazole and sulfadiazine. All M. tuberculosis complex mycobacteria (MTC) were inhibited by 20 mg/L cotrimoxazole and sulfadiazine. Also, the MICs of ivermectin varied between 10 and 40 mg/L, against 13 MTC mycobacteria. Moreover, all M. tuberculosis isolate were resistant to squalamine with MIC > 100 mg/L. Also, all Mycobacterium avium complex (MAC) isolates were resistant to trimethoprim with MIC > 200 mg/L. Cotrimoxazole, sulfamethoxazole and sulfadiazine exhibited MIC of 10 mg/L, 25 mg/L and 20 mg/L, respectively against all tested MAC isolates except for Mycobacterium chimaera which exhibited MICs of 10 mg/L for these molecules. Comparing the DHPS gene sequence in M. intracellulare and M. chimaera type strains and clinical isolates yielded only four amino acid changes

Le triméthoprime (TMP) est un antibiotique communément utilisé depuis les années 60. Le TMP est un inhibiteur de la dihydrofolate réductase (DHFR) bactérienne chromosomale. Cette enzyme est responsable de la réduction du dihydrofolate (DHF) en tétrahydrofolate (THF) chez les bactéries, qui lui, est essentiel à la synthèse des purines et ainsi, à la prolifération cellulaire. La résistance bactérienne au TMP est documentée depuis plus de 30 ans. Une des causes de cette résistance provient du fait que certaines souches bactériennes expriment une DHFR plasmidique, la DHFR R67. La DHFR R67 n'est pas affectée par le TMP, et peut ainsi remplacer la DHFR chromosomale lorsque celle-ci est inhibée par le TMP. À ce jour, aucun inhibiteur spécifique de la DHFR R67 est connu. En découvrant des inhibiteurs contre la DHFR R67, il serait possible de lever la résistance au TMP que la DHFR R67 confère aux bactéries. Afin de découvrir des inhibiteurs de DHFR R67, les approches de design à base de fragments et de criblage virtuel ont été choisies. L'approche de design à base de fragments a permis d'identifier sept composés simples et de faible poids moléculaire (fragments) inhibant faiblement la DHFR R67. À partir de ces fragments, des composés plus complexes et symétriques, inhibant la DHFR R67 dans l'ordre du micromolaire, ont été élaborés. Des études cinétiques ont montré que ces inhibiteurs sont compétitifs et qu'au moins deux molécules se lient simultanément dans le site actif de la DHFR R67. L'étude d'analogues des inhibiteurs micromolaires de la DHFR R67 a permis de déterminer que la présence de groupements carboxylate, benzimidazole et que la longueur des molécules influencent la puissance des inhibiteurs. Une étude par arrimage moléculaire, appuyée par les résultats in vitro, a permis d'élaborer un modèle qui suggère que les résidus Lys32, Gln67 et Ile68 seraient impliqués dans la liaison avec les inhibiteurs. Le criblage virtuel de la librairie de 80 000 composés de Maybridge avec le logiciel Moldock, et les essais d'inhibition in vitro des meilleurs candidats, a permis d'identifier quatre inhibiteurs micromolaires appartenant à des familles distinctes des composés précédemment identifiés. Un second criblage virtuel, d'une banque de 6 millions de composés, a permis d'identifier trois inhibiteurs micromolaires toujours distincts. Ces résultats offrent la base à partir de laquelle il sera possible de développer iv des composés plus efficaces et possédant des propriétés phamacologiquement acceptables dans le but de développer un antibiotique pouvant lever la résistance au TMP conféré par la DHFR R67.
Trimethoprim (TMP) is a common antibiotic which is used since the 60's. TMP is an inhibitor of the bacterial chromosomal dihydrofolate reductase (DHFR). This enzyme catalyses the reduction of the dihydrofolate (DHF) to tetrahydrofolate (THF) which is essential to the biosynthesis of purines thus to cellular proliferation. Bacterial TMP resistance is documented since about 30 years. One of the cause of this resistance comes from the fact that certain bacteria express a plasmidic DHFR, the R67 DHFR, which confers TMP resistance. The R67 DHFR is not inhibited by TMP and can replace the chromosomal DHFR when the latter is inhibited by TMP. The discovery of R67 DHFR inhibitors would allow to break the trimethoprim resistance granted by R67 DHFR. In order to discover R67 DHFR inhibitors, fragment based design and virtual screening approaches were selected. By fragment based design, seven simple compounds with a low molecular mass which inhibited weakly R67 DHFR (fragments) were identified. From these fragments, more complex and symmetrical compounds inhibiting R67 DHFR in the micromolar range were identified. Kinetic studies showed these inhibitors were competitive and at least two molecules bind simultaneously to the active site of the R67 DHFR. Test of the micromolar inhibitors analog showed that the presence of carboxylate, benzimidazole and the length of the molecule all have an effect on the potency of the inhibitors. Molecular docking of the inhibitors, supported by in vitro data, were used to develop a model which suggest that residue like Lys32, Gln67 and Ile68 would be involved in the binding of the inhibitors to the R67 DHFR. Virtual screening of the 80 000 compound Maybridge library with Moldock software, followed by in vitro test of the best candidate, identified four micromolar inhibitors which are chemically distinct from the inhibitor beforehand identified. A second virtual screening of a 6 million compounds bank identified three micromolar inhibitors which are also distinct from the inhibitor beforehand identified. vi These results offer a basis which will allow further development of more potent inhibitors with more acceptable pharmacologic properties in order to develop an antibiotic which would break the TMP resistance granted by the R67 DHFR.