Academic literature on the topic 'Résistance microbienne au mercure'

Pour notre étude, nous avons obtenu quatre fractions flavonoïques à partir de l’extrait brut de feuilles de Ballota hirsuta Benth. La séparation des flavonoïdes par chromatographie sur couche mince révèle la présence des molécules flavonoïques en particulier dans la fraction chloroformique et l’acétate d’éthyle. Les résultats de l’HPLC montrent la présence de la naringine dans la fraction n-BuOH, de la sylibine et de la taxifoline dans la fraction d’acétate. Une forte activité inhibitrice des quatre extraits a été remarquée sur Escherichia coli ATCC 25922 et Staphylococcus aureus ATCC 13565. En revanche, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27835 s’est révélée résistante par rapport aux autres bactéries, cela est dû à la structure de sa paroi qui lui confère cette résistance. Les concentrations minimales inhibitrices varient entre 0,25 et 2 mg/ml en fonction de l’extrait flavonoïque et de la souche microbienne.

Les infections des voies urinaires (IVU) représentent un problème de santé mondial. La résistance microbienne, due à la pression sélective des antibiotiques, a une influence directe sur l’évolution et l’impact de ces infections. L’objectif de ces travaux était d’identifier le profil de susceptibilité antimicrobienne des uropathogènes isolés dans des échantillons d’uroculture provenant d’un laboratoire privé de la ville de Macapá/AP. Il s’agit d’une étude quantitative, rétrospective et transversale, à l’aide d’une base de données de laboratoire. Les données ont été recueillies à partir des résultats des urocultures avec antibiogramme analysés de janvier à décembre 2019. La présente étude a évalué 3 510 urocultures, réalisées au cours de la période d’étude, dont 1 269 avaient une croissance bactérienne, soit l’équivalent de 36,15 %. Parmi les résultats positifs, nous avons trouvé les bactéries Escherichia coli (66,59%), Staphylococcus aureus (32,62%), colonies mixtes de E. coli et S. aureus (0,47%), Staphylococcus saprophyticus (0,24%) et Serratia marcescens (0,08%). Le sexe masculin était responsable de 16,35 % (n = 574) des urocultures analysées, tandis que la population féminine était de 83,65 % (n = 2936). Lors de l’analyse de la distribution de bactéries isolées par sexe, les mâles ont été considérés comme un facteur protecteur avec 42% moins de chances de présenter des bactéries dans l’urine. La bactérie E. coli était l’agent pathogène prédominant dans ces infections chez les deux sexes et dans tous les groupes d’âge.

Le sol possède un capital naturel qui lui confère la capacité à produire des services écosystémiques aussi bien culturel que de régulation ou d’approvisionnement, il est indispensable à la Vie telle que nous la connaissons et au développement des activités humaines. Cependant les activités anthropiques et les pollutions, notamment par les éléments traces métalliques (ETMs) tel que le mercure (Hg), perturbent les sols et modifient en profondeur l’organisation des écosystèmes. Face à ces enjeux, des projets de remédiation et de gestion des sites et sols pollués se sont multipliés durant les dernières décennies en vue de futures ré-exploitations de ces sols. Cette thèse s’inscrit dans le cadre des projets ANR-BIOFILTREE et EC2CO FREIDI-Hg gérés par le laboratoire Chrono-Environnement. Mes travaux ont permis l’exploration de la diversité des communautés de microorganismes associées à une plantation de peuplier sur un site contaminé par le Hg et géré par phytomanagement, via les approches combinées de séquençage à très haut débit et par l’approche culture dépendante. Ces méthodes combinées ont permis de révéler i) la diversité des communautés bactériennes et fongiques de la peupleraie ; ii) les groupes de microorganismes particulièrement résistant au Hg (Trichoderma et Pseudomonas) ; et iii) des bactéries promotrices de croissance des plantes (PGPB). Par ailleurs, la compréhension des mécanismes cellulaires liés à l’accumulation de Hg par les microorganismes a été un de mes sujets d’étude en partenariat avec le LIEC (Université de Lorraine). Les modèles eucaryotes Saccharomyces cerevisiae et Podospora anserina ont été utilisés pour tester le rôle potentiel de certains transporteurs d’ions dans l’entrée du Hg dans les cellules fongiques. Les résultats ont montré que le transporteur de magnésium Alr1 situé sur la membrane plasmique pourrait participer au transport du Hg. En outre, une approche de transcriptomique chez Saccharomyces cerevisiae après une courte exposition au Hg des souches mutantes et sauvages a été mise en œuvre. Pour conclure, ce travail de thèse ambitionne d’être un travail de référence pour les futurs projets de phytomanagement en milieux contaminé par le Hg, qui met en avant les communautés de microorganismes et leurs rôles fondamentaux
Soil has a natural capital that gives it the capacity to produce ecosystem services, cultural as well as regulation or supply, it is essential to the Life as we know it and the development of human activities. However, anthropogenic activities and pollution, in particular by trace elements (ETs) such as mercury (Hg), disrupt the soil and modify in depth the organization of ecosystems. Facing these challenges, remediation and management projects for polluted sites and soils have emerged during the last decades with a view to future re-exploitation of these soils. This thesis is part of the ANR-BIOFILTREE and EC2CO FREIDI-Hg projects managed by the Chrono-Environnement laboratory. My Ph-D work explored the diversity of microorganism communities associated with a poplar plantation at a Hg-contaminated site managed by phytomanagement, combining approaches such as very high-throughput sequencing and conventional culture-based techniques. These combined methods revealed i) the diversity of the bacterial and fungal communities of the poplar plantation; ii) the groups of microorganisms particularly resistant to Hg (Trichoderma and Pseudomonas); and iii) plant growth promoting bacteria (PGPB). In addition, understanding the cellular mechanisms related to the accumulation of Hg by microorganisms was one of my objectives carried out in collaboration with the LIEC (University of Lorraine). The eukaryotic models Saccharomyces cerevisiae and Podospora anserina were used to test the potential role of some ion transporters in the entry of Hg into fungal cells. The results showed that the magnesium transporter Alr1 located on the plasma membrane could participate in the transport of Hg. In addition, a transcriptomic approach in Saccharomyces cerevisiae after a short exposure to Hg of mutant and wild strains has been implemented. To conclude, this work aims to be a reference work for future phytomanagement projects in Hg-contaminated environments, which highlights micro-organism communities and their fundamental roles

Les sédiments de vasières estuariennes contaminés par des métaux traces sont des environnements où les microorganismes jouent un rôle important dans la spéciation des métaux, et particulièrement du mercure, et aussi des lieux favorables à la croissance de bactéries résistantes aux métaux. Afin d’évaluer l’abondance des bactéries résistantes au mercure dans ces sédiments de vasières, nous avons développé une PCR-compétitive permettant la quantification moléculaire du gène merA de bactéries à Gram négatif, qui code l’enzyme clé de la résistance bactérienne au mercure : la réductase mercurique. Des carottes sédimentaires de vasières de trois estuaires européens (Seine, Authie et Medway), présentant différents niveaux de contamination en mercure, ont été étudiées. Une analyse multidisciplinaire des résultats, intégrant les données de chimie et de sédimentologie, a permis de mettre en évidence un lien entre l’abondance du gène merA dans les sédiments de vasières et (i) les évènements de dépôts/érosions de surface, (ii) l’anthropisation de l’ensemble du bassin versant et (iii) la biodisponibilité du mercure. Une étude en microcosme suggère que le principal facteur déterminant l’occurrence des bactéries résistantes au mercure dans les sédiments de vasières de l’estuaire de la Seine est le dépôt de bactéries merA allochtones de ces sédiments, associées au particules dans la colonne d’eau, et essentiellement des bactéries d’origine fécale. Les stations d’épurations constituent des sources importantes en bactéries merA dans les eaux de Seine, où le niveau de résistance au mercure de populations d’E. Coli (bactéries allochtones d’origine fécale) est supérieure à celle observée au sein de population d’Aeromonas (bactéries autochtones). Ainsi, le niveau de résistance au mercure des E. Coli isolées des eaux de la Seine semble lié à une exposition ancienne et importante au mercure de l’ensemble du bassin versant estuarien, étendu aux compartiments humains et animaux. Une comparaison avec une population d’E. Coli isolée d’eaux de l’Oyapock (Guyane), dont les populations humaines et animales du bassin versant sont fortement exposées au mercure, indique que le niveau de résistance au mercure des populations d’E. Coli est significativement plus élevé dans l’estuaire de Seine que dans l’Oyapock. Les gènes de résistance au mercure étant souvent associés à des gènes de résistances aux antibiotiques, ces résultats suggèrent que l’usage des antibiotiques pourrait être favorable au maintien de la résistance au mercure au sein des populations d’E. Coli chez les hommes et animaux présents dans le bassin versant de la Seine, qui une fois rejetées dans les eaux de l’estuaire se déposent en surface des vasières de l’estuaire
Metal-contaminated estuarine mudflats are environments where microorganisms play crucial roles in metals speciation, especially for mercury, and favourable places for the growth of metal-resistant bacteria. In order to evaluate the abundance of mercury resistant bacteria in such an environment, a molecular tool was developed, based on competitive-PCR, for the quantification of Gram negative bacteria merA genes, which encodes the key enzyme of the bacterial mercury resistance: the mercuric reductase. Sedimentary cores from mudflats of three European estuaries (Seine, Authie, Medway), presenting contrasted mercury contaminations, have been investigated. A multidisciplinary analysis of the results, integrating chemistry and hydrosedimentary data, revealed in the mudflat sediment a relationship between the abundance of merA genes and (i) erosion deposit/events, (ii) the anthropization of the watershed and (iii) the bioavaibility of mercury. A microcosm study suggests that the main determining factor in the occurrence of mercury-resistant bacteria seems to be the deposit of particle-attached allochtonous merA bacteria, and essentially faecal bacteria. Wastewater Treatment plants are sources of merA bacteria in the waters of the Seine estuary, where the mercury resistance level is higher in E. Coli (allochtonous faecal bacteria) than in Aeromonas (autochthonous bacteria) bacterial populations isolated from the Seine waters. Thus, the mercury resistance level of the E. Coli population isolated from the Seine River seems related to the ancient and important mercury exposure of the global watershed, extended to the human and animal compartments. A comparison with an E. Coli population isolated from the Oyapock River (Guyana), where human and animals are exposed to high levels of mercury, indicates that the E. Coli population mercury resistance level is significantly higher in the Seine estuary than in the Oyapock. As mer determinants are often linked with antibiotic resistance genes, these results suggest that the use of antibiotics could be favourable to the maintain of mercury resistance in the E. Coli populations of human and animals from the Seine watershed, which once discharged in the Seine river deposit onto mudflat surfaces

Lors des deux dernières décennies, Enterococcus faecalis a émergé comme une cause majeure d'infections nosocomiales. E. Faecalis est une des rares bactéries presque complètement résistante à l'un des composés les plus importants et les plus répandus du système immunitaire inné : le lysozyme. C'est donc l'étude des causes de cette résistance qui nous a intéressé au cours de ce travail de thèse. Nous avons identifié deux gènes nommés EF0783 et EF1843, potentiellement impliqués dans la résistance au lysozyme. Les protéines codées par ces gènes partagent respectivement des homologies avec une O-acétyltransférase du peptidoglycane (OatA) de Staphylococcus aureus et une N-acétylglucosamine déacétylase (PgdA) de Streptococcus pneumoniae. Nous avons construit les mutants correspondants (DeltaEF0783 et DeltaEF1843) et le double mutant DeltaEF0783-DeltaEF1843. Nous avons montré que la mutation de EF0783 entraînait la perte des groupements O-acétyles du peptidoglycane ainsi qu'une diminution de la résistance au lysozyme. Par contre, aucun effet sur la résistance au lysozyme n'a été associé au gène EF1843. De plus, la délétion de EF0783 et/ou de EF1843 affecte significativement la capacité d'E. Faecalis à survivre dans des macrophages murins. Bien que EF0783 soit effectivement impliqué dans la résistance au lysozyme, la O-acétylation et la dé-N-acétylation ne sont pas les principaux mécanismes conférant les hauts niveaux de résistance au lysozyme à E. Faecalis. Des expériences pour identifier d'autres facteurs expliquant cette résistance au lysozyme sont à envisager
Over the two last decades, Enterococcus faecalis has emerged as major cause of nosocomial infections. E. Faecalis is also a member of the few bacteria that are almost completely resistant to one of the most important and widespread compounds of the constitutive defence system: the lysozyme. Therefore, the bases of this high resistance to lysozyme were investigated within this thesis work. We identified two genes referred as EF0783 and EF1843, potentially involved in lysozyme resistance. Proteins encoded by these genes share homology with Staphylococcus aureus peptidoglycan O-acetyltransferase (OatA) and Streptococcus pneumoniae N-acetylglucosamine deacetylase (PgdA), respectively. We constructed the corresponding mutants (DeltaEF0783 and DeltaEF1843) and the double mutant DeltaEF0783-DeltaEF1843. We showed that EF0783 mutation leads to the loss of O-acetyl groups from the peptidoglycan and to a decrease of the lysozyme resistance. On the other hand, no effect on lysozyme sensitivity could be associated to the EF1843 gene. Moreover, the EF0783 and/or EF1843 deletions significantly affect the ability of E. Faecalis to survive within murine macrophages. While EF0783 is involved in the lysozyme resistance, the peptidoglycan O-acetylation and de-N-acetylation are not the main mechanisms conferring high levels of lysozyme resistance to E. Faecalis. Experiments aiming to identify additional factors explaining this lysozyme resistance have to be considered

Interface entre l‟organisme et l‟environnement, la peau est le plus grand organe qui assure une fonction « barrière » vis-à-vis des stress biotiques ou abiotiques. Elle est constituée de trois couches cellulaires superposées: l‟hypoderme, le derme, et l‟épiderme. L’épiderme renferme également quatre couches cellulaires distinctes: la couche basale, la couche épineuse, la couche granuleuse et la couche cornée. Les kératinocytes issus de la couche basale, constituent le type cellulaire le plus abondant au sein de l‟épiderme. Dans ce projet, nous avons analysé l‟expression de nombreux gènes (gènes structuraux et gènes de défense) par PCR quantitative en temps réel, au sein des différentes couches épidermiques isolées d‟explant de peau humaine saine par microdissection laser (Laser Capture Microdissection, LCM). Nous avons ensuite évalué les effets de bactéries du microbiome cutané sur l‟expression de gènes de défense. La distribution des produits de ces gènes a également été examinée par une approche immunocytochimique. Les résultats majeurs obtenus sont décrits ci-après. 1) Nous avons optimisé le protocole de LCM pour isoler deux fractions épidermiques respectivement enrichies en kératinocytes de la couche basale et de la couche granuleuse (Percoco et al. , 2012. Experimental Dermatology 21, 531-534). Cet outil prometteur est maintenant aisément applicable à la recherche en Dermatologie. 2) Nous avons montré, que dans une peau humaine saine, les gènes responsables de l‟immunité innée, codant notamment pour les bêta-defensines humaines de type 2 et 3 (human beta-defensin, hBD), sont exprimés de façon différentielle au sein des couches épidermiques. 3) Nous avons observé que les trois bactéries Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus et Pseudomonas fluorescens sont capables de moduler positivement l‟expression des gènes codant pour des beta-defensines (hBD2 et hBD3) et des cytokines pro-inflammatoires (IL-1 alpha et bêta et IL-6). 4) En utilisant des anticorps spécifiques, nous avons localisé les produits de ces gènes dans les différentes couches épidermiques, à l‟échelle cellulaire par microscopie à épifluorescence, et à l‟échelle ultrastructurale par microscopie électronique à transmission (Percoco et al. , Soumis).

L'objectif principal de cette thèse est de caractériser les interactions entre la composition chimique et la structure des communautés microbiennes dans un manteau neigeux arctique. Une attention toute particulière est portée au mercure, dont le702 cycle biogéochimique complexe est encore mal connu. Avant toute chose, les fractions biotiques et abiotiques d'un manteau neigeux saisonnier doivent être caractérisées. A partir d'échantillons de neige et d'eau de fonte prélevés au cours d'une étude de deux mois en 2007 à Ny-Ålesund, nous avons montré que la diversité des séquences est élevée et nous avons également examiné le devenir du mercure, depuis son dépôt au cours des phénomènes de déplétions jusqu'à son transfert lors de la fonte des neiges. Les résultats de cette campagne ont souligné la nécessité d'améliorer nos connaissances sur la spéciation du mercure et ont conduit à l'élaboration d'un biocapteur mer-lux pour mesurer la fraction biodisponible de mercure, déployé lors d'une seconde campagne de deux mois au printemps 2008. En parallèle à l'analyse chimique, nous avons suivi les changements dans la structure des communautés microbiennes présentes dans les échantillons de neige et d'eau de fonte. Nous avons enfin exploré l'effet de la contamination au mercure sur la fonction de la communauté et démontré que le méthylmercure affecte la structure des communautés ainsi que sa fonction à des concentrations beaucoup plus faibles que précédemment rapportées. Nos résultats fournissent une base pour de nouvelles études sur l'interaction entre la composition chimique, la présence de contaminants anthropiques et la structure des communautés microbiennes
The main objective of this thesis is to characterize the interactions between seasonal snow chemistry and microbial community structure in an arctic snowpack. In order to do so, the biotic and abiotic compartments of the snowpack must be first characterized. From snow and meltwater samples obtained during a two-month field study held in Ny-Ålesund (Svalbard, Norway, 78°56'N, 11°52'E) in 2007, we showed that the sequence diversity in arctic snow and meltwater libraries is elevated. We also examined the fate of Hg in an arctic snowpack, from its deposition during atmospheric mercury depletion events up until its transfer during snow melt and reported an increase in methylmercury concentrations in the snowpack during late spring. The results from this campaign highlighted the need to improve our knowledge on mercury speciation and led to the development of a mer-lux biosensor to measure the bioavailable fraction of mercury. We deployed the biosensor during a second two-month field campaign in Ny-Ålesund in spring 2008 and the results obtained led to a novel model for mercury methylation in oxic environments. In parallel, we followed changes in microbial community structure in snow and meltwater samples using a 16S microarray. We modeled the interactions between snow chemistry and community structure and found a significant co-structure. We also explored functional community changes due to mercury contamination of snowpacks. Based on our results, methylmercury affects community structure and function at concentrations much lower than previously reported. Our results provide a basis for further studies on the interaction between chemistry and microbial community structure

Lors des deux dernières décennies, Enterococcus faecalis a émergé comme une cause majeure d'infections nosocomiales. E. faecalis est une des rares bactéries presque complètement résistante à l'un des composés les plus importants et les plus répandus du système immunitaire inné : le lysozyme. C'est donc l'étude des causes de cette résistance qui nous a intéressé au cours de ce travail de thèse. Nous avons identifié deux gènes nommés EF0783 et EF1843, potentiellement impliqués dans la résistance au lysozyme. Les protéines codées par ces gènes partagent respectivement des homologies avec une O-acétyltransférase du peptidoglycane (OatA) de Staphylococcus aureus et une N-acétylglucosamine déacétylase (PgdA) de Streptococcus pneumoniae. Nous avons construit les mutants correspondants (DEF0783 et DEF1843) et le double mutant DEF0783-DEF1843. Nous avons montré que la mutation de EF0783 entraînait la perte des groupements O-acétyles du peptidoglycane ainsi qu'une diminution de la résistance au lysozyme. Par contre, aucun effet sur la résistance au lysozyme n'a été associé au gène EF1843. De plus, la délétion de EF0783 et/ou de EF1843 affecte significativement la capacité d'E. faecalis à survivre dans des macrophages murins. Bien que EF0783 soit effectivement impliqué dans la résistance au lysozyme, la Oacétylation et la dé-N-acétylation ne sont pas les principaux mécanismes conférant les hauts niveaux de résistance au lysozyme à E. faecalis. Des expériences pour identifier d'autres facteurs expliquant cette résistance au lysozyme sont à envisager.

Le houblon, Humulus lupulus L. (Cannabaceae), est connu pour son pouvoir antimicrobien. Ses cônes femelles sont utilisés par l’industrie brassicole pour la conservation de la bière. Ce potentiel n’est en revanche pas exploité pour lutter contre la résistance microbienne. Dans cette étude, l’activité́ antimicrobienne des cônes femelles de houblon a été́ évaluée vis-à-vis de bactéries pathogènes de l’Homme, ainsi que de phytopathogènes. En suivant un processus de fractionnement bioguidé, les composés responsables des diverses activités antimicrobiennes ont été purifiés par chromatographie de partage centrifuge (CPC) et par chromatographie liquide haute performance (CLHP). Une attention particulière a été́ portée sur deux chalcones : le xanthohumol et le desméthylxanthohumol, ainsi que sur un dérivé́ d’acylphloroglucinols : la lupulone. Ils présentent des perspectives prometteuses, notamment dans la lutte contre des souches de S. aureus résistantes à la méticilline (SARM)
Hop, Humulus lupulus L. (Cannabaceae), is known for its antimicrobial properties. Female inflorescences are used by the brewing industry for beer conservation. This potential is however not exploited to fight against microbial resistance. In this study, the antimicrobial activity of female hop cones was assessed against human-pathogenic bacteria and some phytopathogens. By following a bioguided fractionation process, centrifugal partition chromatography (CPC) and high performance liquid chromatography (HPLC) allowed to purify antimicrobial products. Particular attention was focused on two prenylated chalcones: xanthohumol and desmethylxanthohumol, as well as one acylphloroglucinol derivative: lupulone. They raise promising prospects, especially in the fight against strains of methicillin-resistant S. aureus (MRSA)

Nous avons souhaité étudier l'épidémiologie du portage de staphylocoques à coagulase négative résistants à la méticilline (SCNRM) dans la communauté, et leur rôle de réservoir de Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) dans cet environnement. La prévalence du portage nasal de C-SCNRM était comprise entre 11% et 50% dans les différentes populations étudiées. Ce portage était un phénomène dynamique, à l'échelle individuelle comme à celle d'une population donnée. Staphylococcus epidermidis RM (SERM) représentait 32% à 78% des isolats de C-SCNRM : le typage des souches de SERM par MLST et MLVA suggérait l'émergence fréquente de nouvelles souches par transfert horizontal de SCCmec. Les SCCmec présents chez les C-SCNRM étaient polymorphes. SCCmec IV, majoritaire chez les souches communautaires de SARM (C-SARM), était la cassette la plus fréquente chez les C-SERM. Les séquences des SCCmec IV portés par les C-SERM étaient identiques à >99% à celles décrites chez certains clones épidémiques de C¬SARM. L'élément génétique Arginine Catabolic Mobile Element (ACME), identifié chez 68% des C-SERM, pourrait faciliter leur persistance dans la flore cutanéo-muqueuse. Enfin, l'imp_pct de l'antibiothérapie ambulatoire sur le portage nasal de C-SCNRM a été analysé chez 479 patients de médecine générale. L'acquisition de C-SCNRM était plus fréquente chez les patients traités par pénicillines que chez ceux exposés aux fluoroquinolones, aux macrolides ou à la pristinamycine. Ces travaux apportent des données originales sur la dissémination massive des SERM et des autres SCNRM dans la communauté, et sur leur rôle de réservoir dynamique de SCCmec dans cet environnement
Our objectives were to appraise the epidemiological patterns of methiillin-resistant coagulase-negative staphylococci (MRCNS) carriage in the community and to assess the role of MRCNS in the dissemination of Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) elements in this environment. Rates of MRCNS nasal carriage ranged from 11% to 50% (6 distinct geographic regions). Chronic comorbidities and living with other persons at home were associated with an increased risk of carriage. MR Staphylococcus epidermidis (MRSE) (from 32% to 78% of MRCNS isolates) were characterized by MLST and MLVA: a marked diversity was observed, suggesting that new strains commonly emerge in the community. SCCmec elements were highly polymorphic. SCCmec IV, the leading type in community-acquired MRSA (CA-MRSA), was the most frequent cassette in MRSE. Complete sequences of SCCmec IV from MRSE were >99% identical to those described in epidemic clones of CA-MRSA. These findings strongly suggest that CA-MRSE are a potential source of SCCmec IV for S. Aureus in the community. The Arginine Catabolic Mobile Element (ACME) found in 68% of CA-MRSE strains may esse their persistence in the skin and mucosal microbiota. The impact of antimicrobials on CA-MRCNS carriage was investigated in 479 primary care patients. CA-MRCNS acquisitions were more frequent in patients receiving penicillinase-resistant penicillins than in those treated by fluoroquinolones, macrolides or pristinamycin. These results point out that MRSE and other MRCNS are widely disseminated in the community, and form a dynamic reservoir of SCCmec elements in this environment