Dissertations / Theses: 'Résistance microbienne au mercure'

1

Durand, Alexis. "Diversité et caractérisation fonctionnelle des communautés microbiennes inféodées au peuplier et issues d'une friche industrielle enrichie en mercure." Thesis, Bourgogne Franche-Comté, 2017. http://www.theses.fr/2017UBFCD037/document.

Full text

Abstract:

Le sol possède un capital naturel qui lui confère la capacité à produire des services écosystémiques aussi bien culturel que de régulation ou d’approvisionnement, il est indispensable à la Vie telle que nous la connaissons et au développement des activités humaines. Cependant les activités anthropiques et les pollutions, notamment par les éléments traces métalliques (ETMs) tel que le mercure (Hg), perturbent les sols et modifient en profondeur l’organisation des écosystèmes. Face à ces enjeux, des projets de remédiation et de gestion des sites et sols pollués se sont multipliés durant les dernières décennies en vue de futures ré-exploitations de ces sols. Cette thèse s’inscrit dans le cadre des projets ANR-BIOFILTREE et EC2CO FREIDI-Hg gérés par le laboratoire Chrono-Environnement. Mes travaux ont permis l’exploration de la diversité des communautés de microorganismes associées à une plantation de peuplier sur un site contaminé par le Hg et géré par phytomanagement, via les approches combinées de séquençage à très haut débit et par l’approche culture dépendante. Ces méthodes combinées ont permis de révéler i) la diversité des communautés bactériennes et fongiques de la peupleraie ; ii) les groupes de microorganismes particulièrement résistant au Hg (Trichoderma et Pseudomonas) ; et iii) des bactéries promotrices de croissance des plantes (PGPB). Par ailleurs, la compréhension des mécanismes cellulaires liés à l’accumulation de Hg par les microorganismes a été un de mes sujets d’étude en partenariat avec le LIEC (Université de Lorraine). Les modèles eucaryotes Saccharomyces cerevisiae et Podospora anserina ont été utilisés pour tester le rôle potentiel de certains transporteurs d’ions dans l’entrée du Hg dans les cellules fongiques. Les résultats ont montré que le transporteur de magnésium Alr1 situé sur la membrane plasmique pourrait participer au transport du Hg. En outre, une approche de transcriptomique chez Saccharomyces cerevisiae après une courte exposition au Hg des souches mutantes et sauvages a été mise en œuvre. Pour conclure, ce travail de thèse ambitionne d’être un travail de référence pour les futurs projets de phytomanagement en milieux contaminé par le Hg, qui met en avant les communautés de microorganismes et leurs rôles fondamentaux
Soil has a natural capital that gives it the capacity to produce ecosystem services, cultural as well as regulation or supply, it is essential to the Life as we know it and the development of human activities. However, anthropogenic activities and pollution, in particular by trace elements (ETs) such as mercury (Hg), disrupt the soil and modify in depth the organization of ecosystems. Facing these challenges, remediation and management projects for polluted sites and soils have emerged during the last decades with a view to future re-exploitation of these soils. This thesis is part of the ANR-BIOFILTREE and EC2CO FREIDI-Hg projects managed by the Chrono-Environnement laboratory. My Ph-D work explored the diversity of microorganism communities associated with a poplar plantation at a Hg-contaminated site managed by phytomanagement, combining approaches such as very high-throughput sequencing and conventional culture-based techniques. These combined methods revealed i) the diversity of the bacterial and fungal communities of the poplar plantation; ii) the groups of microorganisms particularly resistant to Hg (Trichoderma and Pseudomonas); and iii) plant growth promoting bacteria (PGPB). In addition, understanding the cellular mechanisms related to the accumulation of Hg by microorganisms was one of my objectives carried out in collaboration with the LIEC (University of Lorraine). The eukaryotic models Saccharomyces cerevisiae and Podospora anserina were used to test the potential role of some ion transporters in the entry of Hg into fungal cells. The results showed that the magnesium transporter Alr1 located on the plasma membrane could participate in the transport of Hg. In addition, a transcriptomic approach in Saccharomyces cerevisiae after a short exposure to Hg of mutant and wild strains has been implemented. To conclude, this work aims to be a reference work for future phytomanagement projects in Hg-contaminated environments, which highlights micro-organism communities and their fundamental roles

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

2

Ramond, Jean-Baptiste. "Etude des communautés microbiennes résistantes au mercure en milieu estuarien." Rouen, 2007. http://www.theses.fr/2008ROUES013.

Full text

Abstract:

Les sédiments de vasières estuariennes contaminés par des métaux traces sont des environnements où les microorganismes jouent un rôle important dans la spéciation des métaux, et particulièrement du mercure, et aussi des lieux favorables à la croissance de bactéries résistantes aux métaux. Afin d’évaluer l’abondance des bactéries résistantes au mercure dans ces sédiments de vasières, nous avons développé une PCR-compétitive permettant la quantification moléculaire du gène merA de bactéries à Gram négatif, qui code l’enzyme clé de la résistance bactérienne au mercure : la réductase mercurique. Des carottes sédimentaires de vasières de trois estuaires européens (Seine, Authie et Medway), présentant différents niveaux de contamination en mercure, ont été étudiées. Une analyse multidisciplinaire des résultats, intégrant les données de chimie et de sédimentologie, a permis de mettre en évidence un lien entre l’abondance du gène merA dans les sédiments de vasières et (i) les évènements de dépôts/érosions de surface, (ii) l’anthropisation de l’ensemble du bassin versant et (iii) la biodisponibilité du mercure. Une étude en microcosme suggère que le principal facteur déterminant l’occurrence des bactéries résistantes au mercure dans les sédiments de vasières de l’estuaire de la Seine est le dépôt de bactéries merA allochtones de ces sédiments, associées au particules dans la colonne d’eau, et essentiellement des bactéries d’origine fécale. Les stations d’épurations constituent des sources importantes en bactéries merA dans les eaux de Seine, où le niveau de résistance au mercure de populations d’E. Coli (bactéries allochtones d’origine fécale) est supérieure à celle observée au sein de population d’Aeromonas (bactéries autochtones). Ainsi, le niveau de résistance au mercure des E. Coli isolées des eaux de la Seine semble lié à une exposition ancienne et importante au mercure de l’ensemble du bassin versant estuarien, étendu aux compartiments humains et animaux. Une comparaison avec une population d’E. Coli isolée d’eaux de l’Oyapock (Guyane), dont les populations humaines et animales du bassin versant sont fortement exposées au mercure, indique que le niveau de résistance au mercure des populations d’E. Coli est significativement plus élevé dans l’estuaire de Seine que dans l’Oyapock. Les gènes de résistance au mercure étant souvent associés à des gènes de résistances aux antibiotiques, ces résultats suggèrent que l’usage des antibiotiques pourrait être favorable au maintien de la résistance au mercure au sein des populations d’E. Coli chez les hommes et animaux présents dans le bassin versant de la Seine, qui une fois rejetées dans les eaux de l’estuaire se déposent en surface des vasières de l’estuaire
Metal-contaminated estuarine mudflats are environments where microorganisms play crucial roles in metals speciation, especially for mercury, and favourable places for the growth of metal-resistant bacteria. In order to evaluate the abundance of mercury resistant bacteria in such an environment, a molecular tool was developed, based on competitive-PCR, for the quantification of Gram negative bacteria merA genes, which encodes the key enzyme of the bacterial mercury resistance: the mercuric reductase. Sedimentary cores from mudflats of three European estuaries (Seine, Authie, Medway), presenting contrasted mercury contaminations, have been investigated. A multidisciplinary analysis of the results, integrating chemistry and hydrosedimentary data, revealed in the mudflat sediment a relationship between the abundance of merA genes and (i) erosion deposit/events, (ii) the anthropization of the watershed and (iii) the bioavaibility of mercury. A microcosm study suggests that the main determining factor in the occurrence of mercury-resistant bacteria seems to be the deposit of particle-attached allochtonous merA bacteria, and essentially faecal bacteria. Wastewater Treatment plants are sources of merA bacteria in the waters of the Seine estuary, where the mercury resistance level is higher in E. Coli (allochtonous faecal bacteria) than in Aeromonas (autochthonous bacteria) bacterial populations isolated from the Seine waters. Thus, the mercury resistance level of the E. Coli population isolated from the Seine River seems related to the ancient and important mercury exposure of the global watershed, extended to the human and animal compartments. A comparison with an E. Coli population isolated from the Oyapock River (Guyana), where human and animals are exposed to high levels of mercury, indicates that the E. Coli population mercury resistance level is significantly higher in the Seine estuary than in the Oyapock. As mer determinants are often linked with antibiotic resistance genes, these results suggest that the use of antibiotics could be favourable to the maintain of mercury resistance in the E. Coli populations of human and animals from the Seine watershed, which once discharged in the Seine river deposit onto mudflat surfaces

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

3

Van, Cuyck Gandré Hélène. "Contribution à l'étude de la résistance bactérienne au mercure." Lyon 1, 1988. http://www.theses.fr/1988LYO10004.

Full text

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

4

Hébert, Laurent. "Étude de la résistance au lysozyme chez Enterococcus faecalis." Caen, 2008. http://www.theses.fr/2008CAEN2010.

Full text

Abstract:

Lors des deux dernières décennies, Enterococcus faecalis a émergé comme une cause majeure d'infections nosocomiales. E. Faecalis est une des rares bactéries presque complètement résistante à l'un des composés les plus importants et les plus répandus du système immunitaire inné : le lysozyme. C'est donc l'étude des causes de cette résistance qui nous a intéressé au cours de ce travail de thèse. Nous avons identifié deux gènes nommés EF0783 et EF1843, potentiellement impliqués dans la résistance au lysozyme. Les protéines codées par ces gènes partagent respectivement des homologies avec une O-acétyltransférase du peptidoglycane (OatA) de Staphylococcus aureus et une N-acétylglucosamine déacétylase (PgdA) de Streptococcus pneumoniae. Nous avons construit les mutants correspondants (DeltaEF0783 et DeltaEF1843) et le double mutant DeltaEF0783-DeltaEF1843. Nous avons montré que la mutation de EF0783 entraînait la perte des groupements O-acétyles du peptidoglycane ainsi qu'une diminution de la résistance au lysozyme. Par contre, aucun effet sur la résistance au lysozyme n'a été associé au gène EF1843. De plus, la délétion de EF0783 et/ou de EF1843 affecte significativement la capacité d'E. Faecalis à survivre dans des macrophages murins. Bien que EF0783 soit effectivement impliqué dans la résistance au lysozyme, la O-acétylation et la dé-N-acétylation ne sont pas les principaux mécanismes conférant les hauts niveaux de résistance au lysozyme à E. Faecalis. Des expériences pour identifier d'autres facteurs expliquant cette résistance au lysozyme sont à envisager
Over the two last decades, Enterococcus faecalis has emerged as major cause of nosocomial infections. E. Faecalis is also a member of the few bacteria that are almost completely resistant to one of the most important and widespread compounds of the constitutive defence system: the lysozyme. Therefore, the bases of this high resistance to lysozyme were investigated within this thesis work. We identified two genes referred as EF0783 and EF1843, potentially involved in lysozyme resistance. Proteins encoded by these genes share homology with Staphylococcus aureus peptidoglycan O-acetyltransferase (OatA) and Streptococcus pneumoniae N-acetylglucosamine deacetylase (PgdA), respectively. We constructed the corresponding mutants (DeltaEF0783 and DeltaEF1843) and the double mutant DeltaEF0783-DeltaEF1843. We showed that EF0783 mutation leads to the loss of O-acetyl groups from the peptidoglycan and to a decrease of the lysozyme resistance. On the other hand, no effect on lysozyme sensitivity could be associated to the EF1843 gene. Moreover, the EF0783 and/or EF1843 deletions significantly affect the ability of E. Faecalis to survive within murine macrophages. While EF0783 is involved in the lysozyme resistance, the peptidoglycan O-acetylation and de-N-acetylation are not the main mechanisms conferring high levels of lysozyme resistance to E. Faecalis. Experiments aiming to identify additional factors explaining this lysozyme resistance have to be considered

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

5

Percoco, Giuseppe. "Biomolécules et immunité cutanée en lien avec l'écologie microbienne de la peau." Rouen, 2012. http://www.theses.fr/2012ROUES007.

Full text

Abstract:

Interface entre l‟organisme et l‟environnement, la peau est le plus grand organe qui assure une fonction « barrière » vis-à-vis des stress biotiques ou abiotiques. Elle est constituée de trois couches cellulaires superposées: l‟hypoderme, le derme, et l‟épiderme. L’épiderme renferme également quatre couches cellulaires distinctes: la couche basale, la couche épineuse, la couche granuleuse et la couche cornée. Les kératinocytes issus de la couche basale, constituent le type cellulaire le plus abondant au sein de l‟épiderme. Dans ce projet, nous avons analysé l‟expression de nombreux gènes (gènes structuraux et gènes de défense) par PCR quantitative en temps réel, au sein des différentes couches épidermiques isolées d‟explant de peau humaine saine par microdissection laser (Laser Capture Microdissection, LCM). Nous avons ensuite évalué les effets de bactéries du microbiome cutané sur l‟expression de gènes de défense. La distribution des produits de ces gènes a également été examinée par une approche immunocytochimique. Les résultats majeurs obtenus sont décrits ci-après. 1) Nous avons optimisé le protocole de LCM pour isoler deux fractions épidermiques respectivement enrichies en kératinocytes de la couche basale et de la couche granuleuse (Percoco et al. , 2012. Experimental Dermatology 21, 531-534). Cet outil prometteur est maintenant aisément applicable à la recherche en Dermatologie. 2) Nous avons montré, que dans une peau humaine saine, les gènes responsables de l‟immunité innée, codant notamment pour les bêta-defensines humaines de type 2 et 3 (human beta-defensin, hBD), sont exprimés de façon différentielle au sein des couches épidermiques. 3) Nous avons observé que les trois bactéries Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus et Pseudomonas fluorescens sont capables de moduler positivement l‟expression des gènes codant pour des beta-defensines (hBD2 et hBD3) et des cytokines pro-inflammatoires (IL-1 alpha et bêta et IL-6). 4) En utilisant des anticorps spécifiques, nous avons localisé les produits de ces gènes dans les différentes couches épidermiques, à l‟échelle cellulaire par microscopie à épifluorescence, et à l‟échelle ultrastructurale par microscopie électronique à transmission (Percoco et al. , Soumis).

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

6

Larose, Catherine. "Interactions entre composition chimique et populations microbiennes de la neige : quelles sont les conséquences sur le cycle du mercure en Arctique ?" Université Joseph Fourier (Grenoble), 2010. http://www.theses.fr/2010GRENU004.

Full text

Abstract:

L'objectif principal de cette thèse est de caractériser les interactions entre la composition chimique et la structure des communautés microbiennes dans un manteau neigeux arctique. Une attention toute particulière est portée au mercure, dont le702 cycle biogéochimique complexe est encore mal connu. Avant toute chose, les fractions biotiques et abiotiques d'un manteau neigeux saisonnier doivent être caractérisées. A partir d'échantillons de neige et d'eau de fonte prélevés au cours d'une étude de deux mois en 2007 à Ny-Ålesund, nous avons montré que la diversité des séquences est élevée et nous avons également examiné le devenir du mercure, depuis son dépôt au cours des phénomènes de déplétions jusqu'à son transfert lors de la fonte des neiges. Les résultats de cette campagne ont souligné la nécessité d'améliorer nos connaissances sur la spéciation du mercure et ont conduit à l'élaboration d'un biocapteur mer-lux pour mesurer la fraction biodisponible de mercure, déployé lors d'une seconde campagne de deux mois au printemps 2008. En parallèle à l'analyse chimique, nous avons suivi les changements dans la structure des communautés microbiennes présentes dans les échantillons de neige et d'eau de fonte. Nous avons enfin exploré l'effet de la contamination au mercure sur la fonction de la communauté et démontré que le méthylmercure affecte la structure des communautés ainsi que sa fonction à des concentrations beaucoup plus faibles que précédemment rapportées. Nos résultats fournissent une base pour de nouvelles études sur l'interaction entre la composition chimique, la présence de contaminants anthropiques et la structure des communautés microbiennes
The main objective of this thesis is to characterize the interactions between seasonal snow chemistry and microbial community structure in an arctic snowpack. In order to do so, the biotic and abiotic compartments of the snowpack must be first characterized. From snow and meltwater samples obtained during a two-month field study held in Ny-Ålesund (Svalbard, Norway, 78°56'N, 11°52'E) in 2007, we showed that the sequence diversity in arctic snow and meltwater libraries is elevated. We also examined the fate of Hg in an arctic snowpack, from its deposition during atmospheric mercury depletion events up until its transfer during snow melt and reported an increase in methylmercury concentrations in the snowpack during late spring. The results from this campaign highlighted the need to improve our knowledge on mercury speciation and led to the development of a mer-lux biosensor to measure the bioavailable fraction of mercury. We deployed the biosensor during a second two-month field campaign in Ny-Ålesund in spring 2008 and the results obtained led to a novel model for mercury methylation in oxic environments. In parallel, we followed changes in microbial community structure in snow and meltwater samples using a 16S microarray. We modeled the interactions between snow chemistry and community structure and found a significant co-structure. We also explored functional community changes due to mercury contamination of snowpacks. Based on our results, methylmercury affects community structure and function at concentrations much lower than previously reported. Our results provide a basis for further studies on the interaction between chemistry and microbial community structure

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

7

Hébert, Laurent. "Etude de la résistance au lysozyme chez Enterococcus faecalis." Phd thesis, Université de Caen, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00787051.

Full text

Abstract:

Lors des deux dernières décennies, Enterococcus faecalis a émergé comme une cause majeure d'infections nosocomiales. E. faecalis est une des rares bactéries presque complètement résistante à l'un des composés les plus importants et les plus répandus du système immunitaire inné : le lysozyme. C'est donc l'étude des causes de cette résistance qui nous a intéressé au cours de ce travail de thèse. Nous avons identifié deux gènes nommés EF0783 et EF1843, potentiellement impliqués dans la résistance au lysozyme. Les protéines codées par ces gènes partagent respectivement des homologies avec une O-acétyltransférase du peptidoglycane (OatA) de Staphylococcus aureus et une N-acétylglucosamine déacétylase (PgdA) de Streptococcus pneumoniae. Nous avons construit les mutants correspondants (DEF0783 et DEF1843) et le double mutant DEF0783-DEF1843. Nous avons montré que la mutation de EF0783 entraînait la perte des groupements O-acétyles du peptidoglycane ainsi qu'une diminution de la résistance au lysozyme. Par contre, aucun effet sur la résistance au lysozyme n'a été associé au gène EF1843. De plus, la délétion de EF0783 et/ou de EF1843 affecte significativement la capacité d'E. faecalis à survivre dans des macrophages murins. Bien que EF0783 soit effectivement impliqué dans la résistance au lysozyme, la Oacétylation et la dé-N-acétylation ne sont pas les principaux mécanismes conférant les hauts niveaux de résistance au lysozyme à E. faecalis. Des expériences pour identifier d'autres facteurs expliquant cette résistance au lysozyme sont à envisager.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

8

Champier, Ludovic. "Caractérisation des protéines de régulation impliquées dans la résistance au mercure inorganique chez Ralstonia metallidurans CH34." Université Joseph Fourier (Grenoble), 2003. http://www.theses.fr/2003GRE10156.

Full text

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

9

Bocquet, Laetitia. "Les composés phénoliques du houblon, Humulus lupulus L. : Lutte contre la résistance microbienne et perspectives industrielles." Thesis, Lille 1, 2018. http://www.theses.fr/2018LIL1R027/document.

Full text

Abstract:

Le houblon, Humulus lupulus L. (Cannabaceae), est connu pour son pouvoir antimicrobien. Ses cônes femelles sont utilisés par l’industrie brassicole pour la conservation de la bière. Ce potentiel n’est en revanche pas exploité pour lutter contre la résistance microbienne. Dans cette étude, l’activité́ antimicrobienne des cônes femelles de houblon a été́ évaluée vis-à-vis de bactéries pathogènes de l’Homme, ainsi que de phytopathogènes. En suivant un processus de fractionnement bioguidé, les composés responsables des diverses activités antimicrobiennes ont été purifiés par chromatographie de partage centrifuge (CPC) et par chromatographie liquide haute performance (CLHP). Une attention particulière a été́ portée sur deux chalcones : le xanthohumol et le desméthylxanthohumol, ainsi que sur un dérivé́ d’acylphloroglucinols : la lupulone. Ils présentent des perspectives prometteuses, notamment dans la lutte contre des souches de S. aureus résistantes à la méticilline (SARM)
Hop, Humulus lupulus L. (Cannabaceae), is known for its antimicrobial properties. Female inflorescences are used by the brewing industry for beer conservation. This potential is however not exploited to fight against microbial resistance. In this study, the antimicrobial activity of female hop cones was assessed against human-pathogenic bacteria and some phytopathogens. By following a bioguided fractionation process, centrifugal partition chromatography (CPC) and high performance liquid chromatography (HPLC) allowed to purify antimicrobial products. Particular attention was focused on two prenylated chalcones: xanthohumol and desmethylxanthohumol, as well as one acylphloroglucinol derivative: lupulone. They raise promising prospects, especially in the fight against strains of methicillin-resistant S. aureus (MRSA)

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

10

Barbier, François. "Diffusion de la résistance à la méticilline chez les souches communautaires de staphylocoques à coagulase négative." Paris 7, 2013. http://www.theses.fr/2013PA077243.

Full text

Abstract:

Nous avons souhaité étudier l'épidémiologie du portage de staphylocoques à coagulase négative résistants à la méticilline (SCNRM) dans la communauté, et leur rôle de réservoir de Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) dans cet environnement. La prévalence du portage nasal de C-SCNRM était comprise entre 11% et 50% dans les différentes populations étudiées. Ce portage était un phénomène dynamique, à l'échelle individuelle comme à celle d'une population donnée. Staphylococcus epidermidis RM (SERM) représentait 32% à 78% des isolats de C-SCNRM : le typage des souches de SERM par MLST et MLVA suggérait l'émergence fréquente de nouvelles souches par transfert horizontal de SCCmec. Les SCCmec présents chez les C-SCNRM étaient polymorphes. SCCmec IV, majoritaire chez les souches communautaires de SARM (C-SARM), était la cassette la plus fréquente chez les C-SERM. Les séquences des SCCmec IV portés par les C-SERM étaient identiques à >99% à celles décrites chez certains clones épidémiques de C¬SARM. L'élément génétique Arginine Catabolic Mobile Element (ACME), identifié chez 68% des C-SERM, pourrait faciliter leur persistance dans la flore cutanéo-muqueuse. Enfin, l'imp_pct de l'antibiothérapie ambulatoire sur le portage nasal de C-SCNRM a été analysé chez 479 patients de médecine générale. L'acquisition de C-SCNRM était plus fréquente chez les patients traités par pénicillines que chez ceux exposés aux fluoroquinolones, aux macrolides ou à la pristinamycine. Ces travaux apportent des données originales sur la dissémination massive des SERM et des autres SCNRM dans la communauté, et sur leur rôle de réservoir dynamique de SCCmec dans cet environnement
Our objectives were to appraise the epidemiological patterns of methiillin-resistant coagulase-negative staphylococci (MRCNS) carriage in the community and to assess the role of MRCNS in the dissemination of Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) elements in this environment. Rates of MRCNS nasal carriage ranged from 11% to 50% (6 distinct geographic regions). Chronic comorbidities and living with other persons at home were associated with an increased risk of carriage. MR Staphylococcus epidermidis (MRSE) (from 32% to 78% of MRCNS isolates) were characterized by MLST and MLVA: a marked diversity was observed, suggesting that new strains commonly emerge in the community. SCCmec elements were highly polymorphic. SCCmec IV, the leading type in community-acquired MRSA (CA-MRSA), was the most frequent cassette in MRSE. Complete sequences of SCCmec IV from MRSE were >99% identical to those described in epidemic clones of CA-MRSA. These findings strongly suggest that CA-MRSE are a potential source of SCCmec IV for S. Aureus in the community. The Arginine Catabolic Mobile Element (ACME) found in 68% of CA-MRSE strains may esse their persistence in the skin and mucosal microbiota. The impact of antimicrobials on CA-MRCNS carriage was investigated in 479 primary care patients. CA-MRCNS acquisitions were more frequent in patients receiving penicillinase-resistant penicillins than in those treated by fluoroquinolones, macrolides or pristinamycin. These results point out that MRSE and other MRCNS are widely disseminated in the community, and form a dynamic reservoir of SCCmec elements in this environment

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

11

Jacquier, Hervé. "Impact des mutations aléatoires sur les bêta-lactamases : le paysage adaptatif de la résistance aux bêta-lactamines." Paris 7, 2012. http://www.theses.fr/2012PA077082.

Full text

Abstract:

L'évolution des enzymes est limitée par l'effet des mutations sur leur activité. Pour élucider les déterminants moléculaires de ces effets, nous avons produit et séquence 10. 000 mutants aléatoires de la bêta-lactamase TEM-1. Nous avons estimé la concentration minimale inhibitrice (CMI) à l'amoxicilline de 990 mutants portant chacun une mutation faux-sens unique. Le type de mutation, l'accessibilité des résidus à un solvant et l'incidence prévue des mutations sur la stabilité de la protéine contribuent seules ou en association à expliquer les changements de la CMI des mutants. La modification radicale de la répartition de l'effet des mutations induites par la présence de la mutation stabilisatrice Ml 82T peut être prédite par un modèle biophysique simple axé sur la stabilité des protéines, ce qui génère un cadre intégré pour étudier les effets des mutations et de leurs interactions épispastiques
The evolution of enzymes is constrained by the effect of mutations on their activity. To unravel the molecular determinants of these effects, we produced and sequenced 10,000 random mutants of beta-lactamase TEM-1. We estimated the amoxicillin minimum inhibitory concentration (MIC) of 990 mutants carrying each a unique missense mutation. Mutation type, solvent accessibility of residues and the predicted effect of mutations on protein stability contributed alone or in combination to explain changes in the MIC of mutants. The drastic modification of the distribution of mutations effects induced by the presence of the stabilizing mutation M182T, could be captured by a simple biophysical model centered on protein stability, that generates an integrated framework to study mutation effects and their epistastic interactions

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

12

Le, Jeune André. "Etude des facteurs sigma de fonction extracytoplasmique (ECF) et leur lien avec la résistance au lysozyme et la virulence chez Enterococcus faecalis : [thèse soutenue sur un ensemble de travaux]." Caen, 2010. http://www.theses.fr/2010CAEN2021.

Full text

Abstract:

Enterococcus faecalis est une bactérie lactique commensale de la flore gastro-intestinale des hommes et des animaux. Au cours de ces deux dernières décennies, elle a émergé comme une cause majeure d’infections nosocomiales. Pour provoquer une infection, cette bactérie doit être capable de contourner les défenses de l’hôte. Un des composés les plus importants et les plus répandus de l'arsenal anti infectieux des vertébrés est le lysozyme. Une méthode commune d'adaptation au stress chez les bactéries repose sur l’utilisation de facteurs sigma alternatifs par l’ARN polymérase. Parmi eux, les facteurs sigma de fonction extracytoplasmique (ECF) constituent un groupe distinct, dédié à la réponse aux stress environnementaux et éventuellement au processus infectieux. Dans ce travail, nous avons entrepris de caractériser les facteurs sigma ECF SigV, SigX et SigG d’E. Faecalis, ainsi que les causes de sa forte résistance au lysozyme. Nous avons mis en évidence que ce germe possède un mécanisme original de résistance au lysozyme où SigV joue un rôle majeur. De plus, SigV est également impliqué de façon importante dans la virulence d’E. Faecalis, établissant ainsi un lien direct avec la résistance au lysozyme. En absence d'un régulateur de la réponse générale au stress chez E. Faecalis, il apparaît que SigV peut remplir ce rôle, du moins en partie. Les facteurs SigX et SigG contribuent modérément à la réponse aux stress et à la virulence d’E. Faecalis. Ils sont respectivement impliqués dans la résistance au pH acide et au choc thermique
The lactic acid bacterium Enterococcus faecalis is a commensal member of human and animal flora of the gastro-intestinal tract. Over the past two decades, E. Faecalis has emerged as an opportunistic pathogen and one of the leading causes of nosocomial infections. In fact, problems occur when this organism gains access to sites it does not normally colonize. To cause diseases, opportunistic bacteria have to adapt and survive to the defence systems encountered within the host. One of the most important and widespread compounds of the host innate defence response against invading microorganisms is the lysozyme. A common method of adaptation to stress in bacteria is to switch the sigma factor used by the core RNA polymerase. The extracytoplasmic function (ECF) sigma factors constitute a distinct group of alternative sigma factors, which regulate gene expression in response to environnemental stress and pathogenesis. This study aimed to characterize the ECF sigma factors SigV, SigX and SigG of E. Faecalis. It is assumed that E. Faecalis is one of the few bacteria that are completely lysozyme resistant. In our work, we investigated the causes of this abnormal lysozyme resistance. Evidence was found that E. Faecalis displays an original model of lysozyme resistance mechanism in which SigV plays a key role. SigV is also importantly involved in virulence of E. Faecalis. Thereby, in absence of a general stress response regulator in the genome sequence of E. Faecalis, it appears that SigV can fulfil this role at least in part. This work revealed also the involvement of SigX and SigG, respectively in acid pH and heat shock treatments, and both contribute moderately to the virulence

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

13

Bahmed, Karim. "Teneur de la chitine des parois, relation avec la résistance des levures à l'amphotéricine B." Nancy 1, 2003. http://www.theses.fr/2003NAN12505.

Full text

Abstract:

Afin de définir le rôle de la paroi et en particulier la chitine dans la résistance des levures à l'Amphotéricine E, plusieurs espèces et souches sont utilisées pour cette étude : Rhodotorula, Schizosaccharomyces, Candida et Kluyveromyces. Bien que ces levures ne soient pas des agents pathogènes (à l'exception de la souche Candida albicans), elles ont la caractéristique d'avoir des différences de résistance ainsi que des taux de chitine différents. Les sphéroplastes des souches étudiées ont montré une sensibilité élevée à l'AmE. En effet, les levures débarrassées de leur paroi sont 3 à 6 fois plus sensibles à l'AmE que les cellules intactes, et dans ces conditions les différences de sensibilité à l'AmE entre les souches sont moins prononcées. De plus, l'extraction et le dosage des stérols des levures ne montrent aucune relation directe entre la quantité de ces stérols et en particulier de l'ergostérol et la résistance de ces levures à l'AmE. Ceci montre que la membrane n'est pas la seule structure cellulaire impliquée dans le mécanisme d'action de l'AmE. Il existe donc un rôle de la paroi dans l'action de l'AmE sur les levures. Dans le but de perturber la structure pariétale et de cibler ainsi le composé intervenant dans la rés'istance des levures à l'antifongique, les levures ont été traitées par différentes enzymes. Or, après incubation des cellules avec les protéases, phosphatases et les glucanases ces dernières deviennent plus sensibles à cet antifongique. Par contre, le traitement des levures par la chitinase rend les levures plus résistantes à cet antifongique. L'analyse quantitative des constituants de la paroi montre qu'à l'exception de la chitine qui varie, les teneurs des autres constituants ne montrent aucune relation entre leurs variations quantitatives et la résistance (et sensibilité) des levures à l'AmE. Par contre, les parois des deux levures qui ont acquis une résistance à l'AmE sont toutes les deux plus riches en chitine que leurs cellules mères respectives, alors que l'augmentation de la résistance , intrinsèque des autres souches de levures s'accompagne d'une diminution du taux de chitine. Les activités chitine synthétases, CSI, CSII et CSIII montrent que les trois chitine synthétases sont présentes tant chez les mutants que chez les souches mères et que la souche Kb présente une activité enzymatique plus élevée que la souche Kbm. Ce qui rejette l 'hypothèse de l'augmentation des taux de chitine dans les parois des mutants en conséquence à une activation des chitine synthétases. Comme la chitinase peut aussi agir sur les taux de chitine pariétale, nous avons vérifié l'expression de cette enzyme chez les différentes souches. Cette enzyme est détectée à des taux très faibles chez les souches qui ont acquis une résistance à l'AmE par comparaison à l'activite des souches mères respectives. Ainsi l'augmentation du taux de chitine dans les parois cellulaires des mutants semble résulter d'une répression ou diminution d'activités de la chitinase et la chitine pariétale est un élément à retenir pour expliquer les mécanismes d'action de l 'AmE pour chaque type de levures.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

14

Ruppé, Etienne. "Épidémiologie, quantification et conséquences du portage intestinal d'entérobactéries multirésistantes." Paris 7, 2013. http://www.theses.fr/2013PA077067.

Full text

Abstract:

La diffusion récente et mondiale des entérobactéries multirésistantes et notamment celles qui produisent des béta-lactamases à spectre élargi (BLSE) a compromis l'efficacité des antibiotiques utilisés dans les infections qu'elles causent. Le microbiote intestinal joue un rôle central dans ce phénomène en étant le réservoir des entérobactéries chez l'Homme. Pourtant, la caractérisation de ce portage reste parcellaire sur de nombreux points, ce qui empêche d'en prendre en compte ses caractéristiques pour le soin des patients. C'est pourquoi nous avons tenté dans ce travail d'enrichir les connaissances autour des différentes phases du portage digestif d'entérobactéries multirésistantes (pré-colonisation, colonisation et post-colonisation). Nous nous sommes tout d'abord intéressés à la phase qui précède la colonisation en cherchant à caractériser les déterminants menant au portage d'entérobactéries productrices de BLSE. Nous avons pu observer que ces bactéries diffusaient dans des zones géographiques isolées, et que la prédiction de leur portage digestif à l'entrée à l'hôpital en France était difficile à partir des données disponibles à ce moment. En ce qui concerne la colonisation elle-même, nous avons développé un nouveau marqueur quantitatif du portage d'çntérobactéries résistantes : l'abondance relative (soit le ratio entre la densité intestinale des entérobactéries résistantes sur celle des entérobactéries totales). Nous avons étudié l'évolution de ce marqueur lors d'un traitement par lévofloxacine, un antibiotique largement utilisé dans les infections urinaires. Toujours pour mieux caractériser la colonisation elle-même, nous avons développé une méthode microbiologique de détection des entérobactéries productrices de la carbapénémase OXA-48 après sa découverte incidentelle chez une patiente ne présentant pas de facteurs de risque habituels pour le portage de telles bactéries. Enfin, nous avons étudié la phase post-colonisation (i) en établissant pour la première fois le lien entre abondance relative dans les selles des Escherichia coli producteurs de BLSE et le risque d'infection urinaire à ces bactéries, et (ii) en objectivant le transfert In vivo d'une carbapénémase KPC d'une Klebsiella pneumoniae acquise en Grèce vers une K. Pneumoniae commensale. En conclusion, nos travaux autour du portage digestif d'entérobactéries multirésistantes ont montré le rôle central du microbiote intestinal et ont ouvert des perspectives innovantes et concrètes dans le contrôle de ces bactéries
The recent widespread of multidrug-resistant enterobacteria, especially those producing extended-spectrum beta-lactamases (ESBL), has jeopardized the efficacy of currently advised treatments of the infections they cause. The intestinal microbiota might play a key role in this phenomenon as being the main reservoir for enterobacteria. Still, data about intestinal carriage of multidrug-resistant enterobacteria remain scarce for some aspects that could benefit to the patients. In the present work, we aimed to add knowledge to the different phases of the intestinal carriage of multidrug-resistant enterobacteria (pre-colonization, colonization and post-colonization). We first focused on the pre-colonization phase and studied the determinants that lead to the intestinal carriage of multidrug-resistant enterobacteria. We found that such bacteria had spread even in extremely remote places, and that at hospital admission, the prediction of their digestive carriage was poorly effective based on the clinical data available at that time. About colonization itself, we worked on the quantitative dimension of the carriage of ESBL-producing enterobacteria and introduced a new marker: the relative abundance i. E. The ratio between the intestinal densities of ESBL-producing enterobacteria and that of total enterobacteria. We observed the evolution of this marker after a short exposure to levofloxacin, a widely-prescribed fluoroquinolone. Furthermore about thé colonization phase, we developed a microbiological method to recover enterobacteria producing the OXA-48 carbapénémase, subsequently to its incidental detection in a patient with no obvious risk factors for carriage of such bacteria. Eventually, we studied the post-colonization phase (i) in establishing for the first time the link between the relative abundance of ESBL-producing enterobacteria and their occurrence in urinary-tract infections in women, and (ii) in observing the in vivo transfer of the KPC carbapenemase from a Greece-acquired strain of Klebsiella pneumoniae to a commensal K. Pneumoniae. In conclusion, our results highlighted the central role played by the intestinal microbiota and opened new, concrete perspectives of the management of multidrug-resistant enterobacteria

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

15

Guillot, Jean-François. "Eco-épidémiologie des Escherichia coli résistant aux antibiotiques chez les volailles." Lyon 1, 1987. http://www.theses.fr/1987LYO10015.

Full text

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

16

Ramanandraibe, Rasoanarivo Nivoharisoa Elise. "Influence de l'amphotéricine B sur l'enveloppe cellulaire de deux souches de levures Kluyveromyces lactis." Nancy 1, 1999. http://www.theses.fr/1999NAN12014.

Full text

Abstract:

Deux souches sont utilisées pour cette étude : Kluyveromyces lactis, (Kl), sauvage et sensible (ATCC 96897) et l'autre Kluyveromyces lactis (KIm), résistante à l'Amphotéricine B (ATTC 96896). Les propriétés physiologiques (croissance, respiration et perméablité) des deux souches cultivées en présence et en absence de cet antifongique montre qu'en présence d'AmB, la culture de la souche KI est 10 fois plus sensible que la souche KIm. La respiration est fortement stimulée par l'AmB chez les deux souches au cours des premières heures de culture puis la consommation en O2 diminue. [. . . ] L'ensemble des résultats montre que les différences de sensibilité de ces deux souches de levures à l'AmB résultent d'une altération de la structure membranaire et pariétale. La membrane est le site d'action de l'AmB. La souche résistante possède moins d'ergostérol membranaire que la souche sauvage. Ceci est une caractéristique du phénomène de résistance des levures à l'AmB. De plus, cette souche KIm a un rapport stérols/phospholipides moins élevé et une insaturation en acides gras plus élevée que la souche Kl. Ainsi, la souche KIm résistante pourrait avoir une plus forte fluidité que la souche sensible KI. Toutefois, la structure de la paroi a aussi un rôle marqué dans cette résistance pour preuve l'élimination de la paroi rend la souche résistante plus sensible à l'AmB que l'élimination de la paroi de la souche sauvage. Des constituants modifiant les charges ioniques peuvent expliquer une partie du phénomène de résistance.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

17

Colin, Yannick. "Développement méthodologique pour l’étude de la diversité des micro-organismes sulfato-réducteurs et leur rôle dans la méthylation du mercure." Thesis, Pau, 2012. http://www.theses.fr/2012PAUU3036/document.

Full text

Abstract:

Les Bactéries sulfato-réductrices (BSR) représentent un groupe fonctionnel majeur dans les habitats aquatiques en intervenant dans les processus de minéralisation de la matière organique. En plus de leur implication dans le cycle du carbone et du soufre, les BSR sont considérées comme les principaux producteurs de méthylmercure en milieu côtier, un composé neurotoxique extrêmement bioaccumulable dans les réseaux trophiques. Dans ce contexte, la diversité des BSR dans les sédiments et le panache de l'estuaire de l’Adour (France) a été évaluée par une approche polyphasique incluant le clonage des gènes dsrAB et une méthode de culture haut-débit en microplaques 384 puits. Ces deux techniques ont fourni des données très complémentaires et donc, une meilleure représentation de la diversité sulfato-réductrice réellement présente dans l’estuaire. La réduction des volumes de culture à raison de 100 µL a permis d’améliorer significativement l’efficacité d’isolement des BSR. Près de 200 souches ont été isolées et identifiées à partir des sédiments et du panache de l’estuaire, et plusieurs d'entre elles ont constitué de nouveaux taxons cultivés. En parallèle, un biosenseur luminescent sensible spécifiquement au méthylmercure a été appliqué pour l’étude de la méthylation du mercure par les BSR. Cet outil simple et rapide constitue une bonne alternative aux méthodes de détection chimique traditionnellement utilisées pour évaluer les potentiels de méthylation du mercure des micro-organismes. L’analyse de la production de méthylmercure chez 21 BSR affiliées à la famille des Desulfobulbaceae a permis d’identifier des souches méthylantes, dont certaines ont été identifiées comme abondantes dans les sédiments de l’estuaire. À long terme, l’utilisation du biosenseur pour l’analyse des capacités de méthylation du mercure chez les BSR ou d’autres groupes fonctionnels permettra de mieux connaître la distribution phylogénétique des micro-organismes méthylants et d'appréhender le déterminisme génétique de ces transformations
Sulfate-Reducing Bacteria (SRB) represent a significant part of the standing microbial communities living in coastal sediments. This functional group is involved in the decomposition and the mineralization of organic matter as well as in the sulfur cycle. In addition, production of methylmercury was shown to be mainly driven by SRB in aquatic ecosystems. Environmental methylation of inorganic mercury constitutes a human health issue due to its neurotoxic effect and its biomagnification in aquatic food webs. In this context, sulfate-reducing diversity was evaluated in anoxic sediments, as well as in the water plume of the Adour estuary. SRB were characterized through a polyphasic approach including dsrAB genes analysis and high throughput isolations in 384-well microplates. As a result, the microplate approach contributed to assess a significant part of the sulfate-reducing community and provided complementary results to the molecular approach. High-throughput SRB isolation permitted a rapid access to numerous but also original strains and around 200 SRB were isolated and identified from the estuarine sediments and the estuarine plume. Beside, the mercury methylation potentials of 21 sulfate reducing strains were determined using a bacterial sensor. All strains were related to the Desulfobulbaceae family and the capacity to produce methylmercury varied a lot. This work permit to identify some methylating strains identified as abundant in the Adour estuarine sediments. On the long view, the use of the biosensor to assess the mercury methylation potential will offer a better knowledge on the distribution of methylating bacteria among the SRB and other functional groups and could help to identify the molecular determinism beside these transformations

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

18

Salauze, Damien. "Contribution à l'étude des gènes impliqués dans la biosynthèse des antibiotiques aminoglycosidiques chez "Bacillus circulans", "Micromonospora chalcea" et "Streptomyces fradiae" : analyse des gènes de résistance à ces antibiotiques." Paris 5, 1990. http://www.theses.fr/1990PA05P606.

Full text

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

19

Monchy, Sébastien. "Organisation et expression des gènes de résistance aux métaux lourds chez Cupriavidus metallidurans CH34." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2007. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/210706.

Full text

Abstract:

Cupriavidus metallidurans CH34 est une béta-protéobactérie, résistante aux métaux lourds, isolée des sédiments d'une usine de métallurgie non-ferreuse en Belgique.

Le génome de cette bactérie contient un chromosome (3.6 Mb), un mégaplasmide (2.6 Mb) et deux plasmides pMOL28 (171 kb) et pMOL30 (234 kb) déjà connus pour porter des gènes de résistance aux métaux lourds.

Nous avons d'abord fait le catalogue des gènes impliqués dans la résistance aux métaux lourds et, ensuite, cherché à mesurer leur expression par deux approches transcriptomiques :RT-PCR et puces à ADN.

L'analyse du génome montre au moins 170 gènes relatifs à la résistance aux ions métalliques localisés sur les 4 réplicons, principalement sur les deux plasmides. Ces gènes codent essentiellement pour des systèmes d'efflux tel que les HME-RND (transport chimioosmotique avec flux de protons à contresens), les ATPases de type P ou encore pour le système de résistance aux ions Cu(II). Dans le génome de C. metallidurans, nous avons identifié 13 opérons qui codent pour des systèmes HME-RND, seuls trois, localisés sur les plasmides, sont surexprimés en présence de métaux lourds. Huit gènes codent pour des ATPases de type P, dont deux appartiennent à une classe dont les substrats ne sont pas métalliques. Deux ATPases appartiennent à une famille spécialisée pour l'efflux du Cu(II) et les quatre autres à une autre grande famille impliquée dans l'efflux des ions Cd(II), Pb(II) et Zn(II). Les analyses transcriptomiques montrent la surexpression des deux premières classes d'ATPases P en présence des métaux lourds. La mutagenèse du gène zntA (mégaplasmide), codant pour l'une des ATPases, provoque une diminution de la viabilité en présence de Zn(II), Cd(II) et dans une moindre mesure de Pb(II), Tl(I) et Bi(III).

Sur pMOL30, la résistance au cuivre implique un groupe de 19 gènes cop codant pour la résistance au cuivre au niveau du périplasme et du cytoplasme, et vraisemblablement pour une forme de stockage du cuivre essentiel. Ces 19 gènes sont surexprimés en présence de cuivre, mais une quinzaine de gènes proches semblent aussi requis pour une expression optimale de la résistance au cuivre.

L'annotation des plasmides a mis en évidence la parenté du plasmide pMOL28 avec le plasmide pHG1 (hydrogénotrophie, fixation du CO2) de C. eutrophus H16 et le plasmide pSym (fixation de l'azote) de C. taiwanensis, et chez pMOL30, la présence de deux îlots génomiques concentrant la plupart des résistances aux métaux lourds. Les puces montrent la surexpression de 83 sur 164 gènes dans pMOL28, et de 143 sur 250 gènes dans pMOL30. Elles montrent aussi que les gènes présents sur les deux plasmides sont davantage surexprimés que ceux localisés sur les deux mégaréplicons. Parmi les gènes surexprimés les plus intéressants du plasmide pMOL30, il faut mentionner des transposases tronquées et des gènes impliqués dans la synthèse des membranes (glycosyltransférases). L'analyse de l'expression des gènes plasmidiens de résistance aux métaux lourds montre la surexpression en présence de plusieurs ions métalliques ajoutés indépendamment et pas seulement par les substrats métalliques de ces opérons, ce qui suggère l'intervention de deux types de régulation dont les gènes correspondants sont aussi localisés sur le chromosome et le mégaplasmide.

Ce travail met en évidence la spécialisation de la bactérie dans la réponse à un grand spectre de concentrations de métaux lourds, jusqu'à la limite majeure de la toxicité observée pour les bactéries mésophiles hétérotrophes. Cette spécialisation correspond bien aux biotopes industriels de divers continents dans lesquels on l'a trouvée.

Doctorat en sciences, Spécialisation biologie moléculaire
info:eu-repo/semantics/nonPublished

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

20

Paul-Pont, Ika. "Sensibilité et adaptation de populations de bivalves marins soumis à des stress multiples : infestation parasitaire, contamination microbienne et pollution métallique." Thesis, Bordeaux 1, 2010. http://www.theses.fr/2010BOR14008/document.

Full text

Abstract:

Dans les écosystèmes littoraux, l‘activité anthropique, mais aussi le contexte naturel induisent chez les organismes aquatiques des situations de « multistress ». Parmi les sources potentielles de perturbation, trois d‘entre elles ont été étudiées : contamination métallique, infection bactérienne et infestation parasitaire. Une approche intégrée de leurs interactions sur la réponse génétique, protéique, cellulaire et populationnelle chez la coque Cerastoderma edule et la palourde japonaise Ruditapes philippinarum a été entreprise sur le terrain et en laboratoire. In situ, un suivi de deux ans a été mené sur quatre populations de bivalves issues d‘environnements différents afin d‘estimer la santé des populations (paramètres de dynamique de population), de la mettre en rapport avec les niveaux de base des stress subis (métaux, parasites) et d‘évaluer les réponses adaptatives mises en place par les bivalves en termes de détoxication et de défenses immunitaires. Cette approche a permis de décrire un certain nombre de scenarii concernant les relations entre des populations de bivalves et leur environnement. En laboratoire, des expériences de co-infestation contrôlées (parasite trématode Himasthla elongata, bactérie Vibrio tapetis) en milieu indemne de métaux ou contaminé au cadmium ont été menées sur certaines de ces populations et montrent que la réponse des bivalves à ces agressions multiples dépend des espèces, des combinaisons subies, et ne se déduit pas intuitivement à partir des réponses « mono-stress », soulignant ainsi la notion d‘interactions. Malgré la complexité et la diversité de ces dernières, certains mécanismes semblent prédominer quelle que soit l‘espèce étudiée. Alors que l‘infestation par le parasite ne semble pas modulée par la présence du métal ou de la bactérie dans le milieu, la bioaccumulation métallique est fortement influencée par la présence d‘un ou plusieurs agents pathogènes. En plus de perturber l‘accumulation du polluant, la présence d‘organismes pathogènes interfère dans les mécanismes de détoxication cellulaire avec notamment une perturbation de la synthèse des métallothionéines (MT). Des travaux menés plus particulièrement sur la réponse des MT chez la coque exposée à un métal, à travers l‘expression de l‘isoforme Cemt1 et la synthèse de la protéine, confirment la complémentarité des observations (génétique et protéique) ainsi que la nécessité d‘observer les réponses des organismes à différentes échelles afin d‘avoir une vision globale des processus interactifs existants entre polluants et pathogènes. Des interactions fortes sont révélées au niveau génétique, protéique et immunitaire: « cadmium x trématode » chez la coque et « bactérie x trématode » chez la palourde. Enfin ces expériences, en parallèle du suivi in situ, mettent en évidence le rôle majeur de l‘histoire de vie dans la sensibilité des organismes aux interactions polluants-pathogènes
In coastal ecosystems, man-mediated activity and natural context induce a ?multistress? situation in aquatic organisms. Amongst potential perturbation sources, three of them were studied: metal contamination, bacterial infection and parasite infestation. An integrated approach of their interactions on genetic, protein, cellular and population dynamics responses in the cockle (Cerastoderma edule) and the Manila clam (Ruditapes philippinarum) was undertaken through field and laboratory studies. A two-years monitoring was conducted in four bivalve populations from different environments to estimate the fitness of populations (parameters of population dynamics), in relation with the baseline levels of stressors (metals, parasites) and with the adaptive responses implemented by bivalves in terms of detoxification and immunity. This approach allowed describing different scenarii concerning the relationship between bivalve populations and their environment. In laboratory, co-infection experiments (trematode parasite Himasthla elongata, bacteria Vibrio tapetis) were conducted on these populations in controlled condition with or without metal contamination (cadmium). They showed that the response of bivalves to stress is species-dependent. Combinations were not intuitively deduced from the "mono - stress" responses underscoring the concept of interactions. Despite the complexity and diversity of these interactions, some mechanisms predominated regardless of the studied species. While parasite infestation was not modulated by the presence of metal or bacteria in the environment, metal bioaccumulation in turn was strongly influenced by the presence of one or several pathogens. Beyond disrupting the accumulation of pollutants, the presence of pathogens interfered with the cellular detoxification mechanisms including impairment of the metallothionein (MT) synthesis. A focus on the response of MT in cockles exposed to a metal through the expression of isoform Cemt1 and protein synthesis confirmed the complementary of these observations (gene and protein). They also highlighted the need to analyze responses at different scales to obtain an overview of existing interactive process between pollutants and pathogens. Strong interactions were found: ?Cd x parasite? in the cockle and" bacteria x parasite "in the clam, at the genetic, protein and immune levels. Finally, these experiments highlighted the important role of life history on the sensitivity of organisms to pollutant-pathogen interactions

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

21

Vallance, Jessica. "Lutte biologique par utilisation de l’oomycète Pythium oligandrum : colonisation de la rhizosphère et influence sur la dynamique des populations microbiennes." Brest, 2009. http://www.theses.fr/2009BRES2030.

Full text

Abstract:

Une des principales limites de la lutte biologique réside dans la variabilité des résultats expérimentaux souvent imputée à la non-persistance des micro-organismes introduits sur les végétaux. Dans le cadre de cette thèse, Pythiurn oligandrum, un oomycète connu pour ses propriétés d’agent antagoniste et d’inducteur de résistance chez les plantes, a été utilisé. L’objectif principal a été d’étudier la colonisation et la persistance de P. Oligandrum après son introduction au niveau du système racinaire de plants de tomate en culture hors-sol, et d’apprécier son incidence sur les communautés microbiennes de la rhizosphère et des effluents de serre. Trois souches de P. Oligandrum ont d’abord été sélectionnées pour leur production d’oospores (structure de résistance) ainsi que de molécules ayant des effets positifs sur la croissance (une auxine : la tryptamine) et la résistance des plantes (un éliciteur : l’oligandrine). La colonisation des racines et des solutions circulantes par P. Oligandrum et Pythium dissotocum, un agent pathogène mineur très fréquent en hors-sol, a été estimée par méthodes culturales et moléculaires. L’antagoniste a persisté à des taux élevés tout au long de la saison culturale (avril à septembre), la rhizosphère des plantes ayant été colonisée à 90% par la souche produisant le moins d’oospores (détermination par Inter Simple Sequence Repeat). Malgré son abondance au niveau racinaire, peu ou pas de P. Oligandrum a été détecté dans les différents effluents de la serre. P. Dissotocum a, quant à lui, colonisé les racines et les effluents de drainage pendant les mois d’été. Un léger effet retard et une moindre colonisation au niveau des racines colonisées par l’antagoniste ont été mis en évidence. L’analyse des communautés microbiennes (fongiques et bactériennes) racinaires et circulantes par SSCP (Single-Strand Conformational Polymorphism) a révélé que ces communautés avaient subi des changements structurels importants au cours de la saison culturale. Ces évolutions temporelles sont intervenues indépendamment de l’inoculation et de la persistance de l’agent antagoniste P. Oligandrum. Des archées ont également été détectées durant toute la saison culturale dans les effluents mais uniquement aux mois de septembre et octobre au niveau des racines. Dans ce cas aussi, l’inoculation par P. Oligandrum ne semble pas avoir engendré d’effet sur ces communautés. Les résultats décrits précédemment reposent sur l’extraction et l’amplification d’ADN. Un des inconvénients de cette stratégie est qu’elle ne permet pas d’étudier les communautés microbiennes d’un point de vue fonctionnel. Afin d’évaluer et de comparer la diversité structurelle et fonctionnelle des populations fongiques rhizosphériques, ADN et ARN ont été extraits puis analysés par SSCP en fonction de trois cibles génétiques différentes: la région ITS1, l’ARNr 28S, la grande sous-unité de l’ARNr mitochondrial. Les informations générées par l’analyse de ces trois marqueurs génétiques sont relativement différentes, confirmant ainsi l’intérêt d’utiliser des amorces ciblant des régions de l’ADN très différentes pour obtenir une vision plus exhaustive de la microflore fongique
Biocontrol efficacy is mainly limited by the variability of the rhizosphere competence of the inoculated microorganisms. This doctoral thesis focused on Pythium oligandrum, an oomycete acknowledged as an antagonistic organism able to protect plants from pathogenic attacks. The aim of this work was to study the colonisation and the persistence of P. Oligandrum after its introduction in the root system of tomato plants grown in soilless culture; and to assess its impact on microbial communities colonizing the rhizosphere and the greenhouse effluents. Three strains of P. Oligandrum were selected on the basis of their ability to produce oospores (resting structures) and production of tryptamine (an auxin like compound) and of oligandrin (a glycoprotein elicitor). Real-time PCR and plate counting demonstrated the persistence of large amounts of the antagonistic oomycete in the rhizosphere throughout the cropping season (April to September). Inter Simple Sequence Repeat (ISSR) analysis showed that, among the three strains inoculated, the one producing the lowest amount of oospores was detected at 90%. Despite its abundance on roots, no traces of P. Oligandrum were detected in the different effluents of the soilless greenhouse. P. Clissotocum (ubiquitous tomato root minor pathogen) colonized the rhizosphere and the effluents only in summer. There was a reduction of P. Dissotocum populations in inoculated root systems. Single-Strand Conformational Polymorphism (SSCP) analysis revealed that the genetic structure of microbial communities (fungi and bacteria) colonizing the rhizosphere and the effluents, evolved throughout the cropping season. This temporal evolution was independent from the inoculation and the persistence of the antagonist P. Oligandrum. Effluents were also colonized by Archaeabacteria but roots, only during the last two months of culture. These populations grew independently from P. Oligandrum. Results previously described, rely on DNA extraction and amplification. This strategy suffers from the inability to investigate active microbial communities. DNA and RNA data obtained by SSCP analysis of three different genetic regions (ITS1, rRNA 28S, mitochondrial RNA large subunit) highlighted the interest of using different primers for having an exhaustive view of the fungal microflora

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

22

Ben, Sassi Meriem. "Impacts d’apports de composts de déchets urbains sur la résistance et la résilience de la microflore du sol à des évènements de type canicule/sécheresse." Thesis, Avignon, 2012. http://www.theses.fr/2012AVIG0639/document.

Full text

Abstract:

Face aux changements climatiques actuels et à l'augmentation des populations, la vulnérabilité du sol et des services écosystémiques qu’il rend s’accroît. En particulier dans les zones climatiques méditerranéennes, les modèles météorologiques prévoient une augmentation des sécheresses estivales et une augmentation des températures accompagnées par l’apparition plus fréquente d’évènements extrêmes de type canicule et sécheresse. Ces événements, leur intensité, leur durée et la soudaineté avec laquelle ils arrivent, sont de nature à affecter la structure et la fonction des écosystèmes avec des conséquences principalement négatives sur leur biodiversité et leurs fonctions et services. Par ailleurs, l’apport de compost au sol pourrait constituer une solution pour prévenir et atténuer les effets des sécheresses et des canicules dans les agrosystèmes méditerranéens. Les objectifs de ce travail étaient de caractériser les effets à court et à long-terme de perturbations de type canicule et/ou sécheresse appliquées à un sol méditerranéen agricole (structures et fonctions des communautés microbiennes édaphiques) et d’étudier les impacts d’épandage préalable de composts sur la réponse à court et à long-terme de ces communautés microbiennes (structures et fonctions) vis-à-vis d’un événement extrême de canicule-sécheresse. Nos travaux nous ont permis d’évaluer l’influence de chacun des facteurs température élevée et sécheresse dans la perturbation canicule et sécheresse associées sur les paramètres microbiologiques et physico-chimiques du sol. Les effets de cette combinaison des deux perturbations a induit des réponses similaires à l’une ou l’autre des perturbations appliquées individuellement en bénéficiant des effets positifs et négatifs sur la communauté microbienne de chaque type de perturbation. Nous avons mis en évidence une durée seuil de la perturbation canicule-sécheresse sur la résistance de la communauté microbienne induisant un changement de structure taxonomique et fonctionnelle. Cette déstructuration de la communauté microbienne est durable et n’a pas permis de résilience. L’ajout préalable de composts de différents types au champ a amélioré la structure physico-chimique et stimulé les microorganismes indigènes du sol. Cependant, face à des perturbations de type canicule-sécheresse (telles que nous les avons testées), il semble que l’apport préalable de compost n’ait pas d’effets majeurs sur l’amélioration de la qualité du sol en terme de stabilité microbienne, mais que l’historique saisonnier influencerait cette stabilité
Current climate change and increasing populations’ growth enhance soil and ecosystem services vulnerability. Meteorological models predicted an increase in summer drought and higher air temperature with more frequent occurrence of extreme events like heat-waves and drought. Intensity and duration of these events may affect structure and functions of ecosystems and thereby the biodiversity and the functions of soil. The amendment of soils with composts could be an alternative to prevent and mitigate the effects of drought and heat waves in the Mediterranean agroecosystems. The objectives of this work were to characterize the effects of short and long-term high temperature and/or drought perturbation on soil Mediterranean microbial communities (structures and functions) and to study the impacts of compost amendment on short and long-term functional and taxonomic responses of microbial communities subjected to drought and high temperature. Our work allowed us to evaluate the influence of each factor (drought or high temperature) within the combined perturbation (drought and high temperature) on microbiological and physico-chemical soil properties. The effects of this combined perturbation induced similar or different responses of each of perturbations applied individually involving positive and negative effects on the microbial community. This work had shown threshold resistance duration inducing a change in taxonomic and functional microbial community structure after high temperature and drought perturbation. This abrupt shift in the community response did not allow resilience. Compost amendments improved the physico-chemical soil structure and stimulated indigenous soil microorganisms. However, it seemed that seasonal soil variations history rather than compost amendment influences soil microbial stability

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

23

Fortin, Nathalie. "Système biphasique liquide-liquide : étude des échanges génétiques naturels : mise au point d'une technique analytique : l'impédancemétrie indirecte ventilée." Compiègne, 1996. http://www.theses.fr/1996COMPD863.

Full text

Abstract:

L'efficacité des systèmes biphasiques liquide-liquide (organique-aqueux) a favorisé le transfert d'information génétique a été étudié. La méthode des fermenteurs étages, adaptée au milieu biphasique, a été développée pour l'obtention de recombinants capable de minéraliser le 4,4'-DCBP comme unique source de carbone et d'énergie. Bien que les voies métaboliques des composés biphényl chlorés et des chloro-benzoates soient complémentaires, il existe de nombreuses interactions métaboliques expliquant les difficultés à isoler un recombinant compétant. Ainsi, le seul transfert d'information génétique entre souches parentales doit s'accompagner de remaniement génétiques internes. A partir d'une analyse des équilibres chimiques sur lesquels reposent l'impédancemetrie indirecte, il a été démontré que l'absorption du CO2 (variation et sensibilité du signal) est régit par les paramètres alcalins (molarité, volume et concentration), la pression partielle en CO2, la température, et le débit d'air impose. Celle ci est cependant quantifiable, et peut donc permettre le suivi de la croissance microbienne. Par la suite, l'aération du système a permis l'oxygénation de la culture et la ventilation du CO2 produit, et donc le suivi en-ligne des micro-organisme aerobie stricte.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

24

Hraiech, Sami. "Evaluation de stratégies thérapeutiques dans des modèles murins de pneumonie." Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM5076/document.

Full text

Abstract:

L'émergence de bactéries résistantes à plusieurs classes d'antibiotiques rend difficile le traitement des pneumonies nosocomiales. Notre objectif était d'évaluer de nouvelles stratégies thérapeutiques et hypothèses physiopathologiques dans des modèles murins de pneumonie.Dans un premier modèle de pneumonie aigue létale à A. baumannii chez le rat, nous avons comparé la virulence de 2 souches nosocomiales, l'une sensible (ABCS) et l'autre résistante (ABCR) à la colistine. Nous avons montré une diminution de la mortalité, du compte bactérien pulmonaire, de l'incidence des bactériémies et des lésions histologiques pulmonaires chez les animaux infectés avec ABCR, ceci confirmant la baisse de virulence associée à l'acquisition de la résistance à la colistine. Dans un second travail, nous avons développé un modèle de pneumonie chronique à P. aeruginosa chez le rat et montré que des aérosols de squalamine permettaient une diminution de la charge bactérienne pulmonaire et du nombre de lésions histologiques de pneumonie. Au cours d'un troisième travail, nous avons évalué l'effet inhibiteur du quorum sensing d'une lactonase in vitro et dans un modèle de pneumonie aigue létale à P. aeruginosa chez le rat. Nous avons constaté une diminution de l'activation de gènes de virulence et de la synthèse de biofilm bactérien in vitro. Ceci était associé à une diminution de la mortalité de 75 à 20 % chez les animaux traités.ConclusionsCe travail de thèse nous a permis de montrer le potentiel thérapeutique de 2 molécules dans des pneumonies à P. aeruginosa et d'illustrer la perte de virulence associée à la résistance à la colistine dans une souche clinique d'A. baumannii
The emergence multi-drug resistant bacteria hardens the treatment of nosocomial pneumonia. Our objective was to evaluate new therapeutic strategies and pathophysiological hypotheses in murine models of pneumonia.In a first model of acute lethal pneumonia with A. baumannii in rats, we compared the virulence of two hospital strains, one susceptible (ABCS) and the other resistant (ABCR) to colistin. We showed a reduction in mortality, pulmonary bacterial count, incidence of bacteremia and pulmonary histological lesions in animals infected with ABCR. This confirms the impaired virulence associated with the acquisition of resistance to colistin. In a second study, we developed a model of chronic pneumonia with P. aeruginosa in rats and showed thataerosols of squalamine permitted a reduction in pulmonary bacterial load and the number of histological lesions of pneumonia. In a third study, we evaluated the quorum quenching effects of a lactonase in vitro and in a model of acute lethal P. aeruginosa pneumonia in rats. We found a decrease in virulence gene activation and bacterial biofilm synthesis in vitro. This was associated with a decreased mortality from 75 to 20% in the treated animals.ConclusionsIn this work, we described the therapeutic potential of 2 molecules in P. aeruginosa pneumonia and illustratesd the loss of virulence associated with resistance to colistin in a clinical strain of A. baumannii

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

25

Bardet, Lucie. "Développement de nouveaux outils de détection des bacilles à Gram négatif résistants à la colistine." Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0596.

Full text

Abstract:

La découverte récente du premier gène de résistance plasmidique à la colistine mcr-1 a mis en évidence le besoin urgent d'améliorer la détection des isolats résistant à la colistine dans les laboratoires de microbiologie clinique afin de pouvoir rapidement isoler les patients porteurs. L’objectif de ma thèse a ainsi été de répondre à cette problématique par le développement et l’évaluation d’outils spécifiques. Une revue a été rédigée visant à résumer les nouveaux outils développés pour détecter la résistance aux polymyxines, y compris la présentation des méthodes actuelles phénotypiques, antibiogrammes et génotypiques. Le milieu de culture LBJMR a été développé pour détecter toutes les bactéries à Gram négatif résistantes à la colistine et également les souches d’entérocoques résistants à la vancomycine qui représentent un autre problème majeur de santé publique. LBJMR est polyvalent et a permis de dépister 3 bactéries d'intérêt clinique à partir d’un même échantillon: E. coli et K. pneumoniae résistantes à la colistine, et E. faecium résistant à la vancomycine. Un brevet a été déposé. Le kit UMIC Colistine est un dispositif commercial de détermination de la CMI basé sur la méthode de référence. Évalué conformément à la norme ISO 20776, sa sensibilité était excellente pour la détection des souches porteuses du gène mcr-1. Le kit UMIC Colistine constitue ainsi une méthode rapide et fiable pour évaluer la CMI des isolats cliniques dans les laboratoires de microbiologie clinique. Enfin, mes travaux de thèse ont compris l’analyse d’une souche de K. pneumoniae hétérorésistante à la colistine et la description d’une nouvelle espèce bactérienne : Pseudomonas massiliensis
The recent discovery of mcr-1, the first plasmid-mediated colistin resistance gene, highlighted the urgent need to implement the detection of colistin-resistant isolates in clinical microbiology laboratories, in order to isolate carrier patients. My thesis aimed to address this issue by developing and evaluating specific tools. A review was redacted to summarize the new tools developed to detect polymyxin resistance including the current phenotyping, susceptibility testing and genotyping methods. The LBJMR culture medium has been developed to detect all colistin-resistant Gram-negative bacteria and also the vancomycin-resistant enterococci which represent another major problem of public health. The LBJMR medium allowed the detection of different bacteria of interest from the same clinical sample: colistin-resistant E. coli and K. pneumoniae and also a vancomycin-resistant E. faecium. This project led to a patent filing. The UMIC Colistine kit is a ready-to-use device based on the reference method to determine the polymyxin MIC. Evaluated in accordance with ISO 20776 standard, its sensitivity was excellent for the detection of colistin-resistant strains harboring the mcr-1 gene. The UMIC Colistin system is a rapid and reliable method to determine colistin MIC of clinical isolates in clinical microbiology laboratories. My thesis project also included the analysis of a colistin-heteroresistant Klebsiella pneumoniae strain, and the description of a new bacteril species, Pseudomonas massiliensis. These studies highlight the need to improve the detection of colistin-resistant strains by using reliable methods, suitable for diagnosis in clinical microbiology laboratories

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

26

El, Achkar Salam. "Prevalence of drug-resistant tuberculosis assessed by next-generation sequencing : an 18-month nationwide study in Lebanon." Thesis, Lille 2, 2019. http://www.theses.fr/2019LIL2S045.

Full text

Abstract:

La tuberculose (TB) est la première maladie infectieuse mortelle, avec 10 millions de nouveaux cas estimés dans le monde en 2017. La résistance aux médicaments antituberculeux ainsi que le diagnostic de cette résistance sont particulièrement problématiques. Seulement 25% des 450 000 cas de tuberculose multi-résistante estimés au cours de la même année ont été diagnostiqués et traités comme tels.Bien que le Liban ait un faible taux de tuberculose, le contrôle de la maladie pose d’importants problèmes. Le Liban est le pays au monde accueillant la plus grande population de réfugiés par rapport à sa population nationale. Suite à la guerre en Syrie, le pays compte 1,5 million de réfugiés syriens, ainsi qu’un nombre important de réfugiés palestiniens et de travailleurs migrants. Ces populations sont particulièrement vulnérables face aux risques de tuberculose et à l’émergence de résistance aux antituberculeux. La dernière enquête nationale de prévalence de résistance aux antitberculeux avait été réalisée il y a 15 ans, bien avant le début de la crise syrienne en 2011. Même les taux les plus récents de tuberculose multi-résistante signalés reposaient en grande partie sur des estimations. Les tests de sensibilité aux antibiotiques (DST) de seconde intention et les traitements individualisés de tuberculose ultra-résistante (XDR) n'étaient jusqu’alors pas disponibles dans le pays.Afin d'obtenir une vue globale et actualisée de la situation de la tuberculose dans le pays, nous avons mis en place la première étude nationale combinant des tests phénotypiques et moléculaires avancés pour déterminer la prévalence et l'étendue de la résistance aux antituberculeux. Au total, 417 patients ont été inclus dans l’étude. Ils correspondent aux cas de tuberculose confirmés et signalés au programme national de lutte contre la tuberculose entre juin 2016 et novembre 2017. Des cultures en milieu Lowenstein-Jensen et/ou MGIT ainsi que des tests moléculaires GeneXpert MTB/RIF et/ou Anyplex MTB/NTM Real-Time ont été effectués au Liban pour confirmer le diagnostic et tester la sensibilité aux antituberculeux. À Lille, nous avons évalué, pour la première fois sur un échantillon national représentatif, un nouveau test de détection de résistances aux antibiotiques, Deeplex-MycTB. Ce test, basé sur le séquençage de nouvelle génération (NGS) et en profondeur de l’ADN, permet une prédiction étendue des résistances aux antituberculeux ainsi qu’un génotypage des isolats de patients. Le typage MIRU-VNTR standardisé a été utilisé en combinaison pour définir les clusters moléculaires potentiellement évocateurs de souches de mycobactéries à circulation endémique ou à transmission épidémique.Pour la première fois dans le pays, sur les 354 cas de tuberculose à culture positive avec DST disponible, 3 cas de XDR, résistants au moins à la rifampicine (RIF), à l'isoniazide (INH), à la kanamycine (KAN)/amikacine (AMI) et à la lévofloxacine (LFX) ont été détectés, en plus de 5 cas multi-résistants (résistant au moins à RIF, INH) et un cas mono-résistant à la RIF. Parmi les cas restants, 3,4% (12/354) présentaient une résistance à l'INH et à la streptomycine (SM), 3,4% (12/354) une mono-résistance à l'INH, 0,3% (1/354) une mono-résistance à l'éthambutol (EMB), 8,5% (30/354) une mono-résistance à la SM, tandis que 81,9% (290/354) étaient sensibles aux 4 médicaments de première intention testés. Bien qu'aucun cas de tuberculose multi- ou ultra-résistante n'ait été trouvé dans des clusters moléculaires, un cluster important comprenant 36 autres patients a été identifié, suggérant une souche non résistante hautement endémique ou transmise activement.Deeplex-MycTB a prédit un total de 4184 sur les 4407 (94,9%) phénotypes possibles pour 339/348 (97,4%) échantillons analysables, dont 1282/1380 (92,9%) correspondaient aux résultats phénotypiques disponibles [...]
Tuberculosis (TB) is the first killer infectious disease, with 10 million new cases estimated worldwide in 2017. TB drug resistance and its diagnosis are particularly problematic. Only 25% of the 450,000 incident multidrug resistant (MDR) TB patients estimated over the same year were diagnosed and treated as such.Although Lebanon is a low-TB burden country, significant challenges exist in terms of disease control. Lebanon is the country hosting the largest refugee population proportionally to its national population worldwide, with 1.5 million Syrian refugees as a consequence of the war in Syria, in addition to large populations of Palestinian refugees and migrant workers. Such populations are particularly vulnerable to risks of TB and emergence of drug resistance. The last national survey on the prevalence of drug resistant TB was done 15 years ago, well before the start of the Syrian crisis in 2011. Even most recent reported rates of MDR TB largely relied on estimates. Second-line drug susceptibility testing (DST) and individualized extensively drug-resistant (XDR) TB treatments were not available in the country.In order to gain a more comprehensive view of the TB situation, we set up the first nationwide study combining phenotypic and extensive molecular testing to determine the prevalence and extent of TB drug resistance in the country. A total of 417 patients were included, corresponding to all confirmed TB cases reported to the national tuberculosis program between June, 2016 and November, 2017. Lowenstein-Jensen and/or MGIT culturing, and molecular testing using GeneXpert MTB/RIF and/or Anyplex MTB/NTM Real-time were used in Lebanon for diagnostic confirmation and DST. In Lille, we evaluated, for the first time on a nationally representative sample, a new deep sequencing assay called Deeplex-MycTB, for extensive drug resistance prediction and genotyping of patient isolates. MIRU-VNTR typing was used in combination for defining molecular clusters, potentially suggestive of endemically circulating or epidemically transmitted TB strains.For the first time in the country, out of the 354 culture positive TB cases with available DST, 3 XDR cases, resistant to at least rifampicin (RIF), isoniazid (INH), kanamycin (KAN)/amikacin (AMI) and levofloxacin (LFX) were detected, in addition to 5 MDR (resistant to at least RIF, INH) cases and one RIF mono-resistant case. Among the remaining cases, 3.4% (12/354) had resistance to INH and streptomycin (SM), 3.4% (12/354) mono-resistance to INH, 0.3% (1/354) mono-resistance to ethambutol (EMB), 8.5% (30/354) mono-resistance to streptomycin (SM), while 81.9% (290/354) were susceptible to all 4 first line drugs. While none of MDR and XDR TB cases were found in molecular clusters, a large cluster comprising 36 other patients was identified, suggestive of a highly endemic or actively transmitted drug susceptible strain.A total of 4184 out of 4407 (94.9%) possible phenotypes could be predicted by Deeplex-MycTB for 339/348 (97.4%) analyzable samples, of which 1282/1380 (92.9%) matched the available phenotypic results. Based on detectable resistance determinants, INH, RIF, EMB and SM resistance was concordantly predicted with 90.3%, 100%, 100%, 52.8% sensitivity, respectively, and susceptibility with 99.6%, 100%, 99.4%, 99.6% specificity, respectively. While predicted first and second-line drug resistance matched almost completely the available phenotypic profiles of the 8 MDR and XDR cases, mutations were additionally detected in all of these 8 cases in targets predicting supplementary pyrazinamide and/or ethionamide resistance, not phenotypically tested. Moreover, resistance to fluoroquinolones was also predicted in 34/339 (10%) non-MDR cases, not subjected to LFX DST. Finally, the use of advanced molecular testing allowed us to identify the first 12 (3.4%) zoonotic TB cases identified in the country [...]

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

27

Touat, Mehdi Benjamin. "Coût de l’antibiorésistance en France : évaluation à partir des bases de données médico-administratives." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASV005.

Full text

Abstract:

La résistance aux antibiotiques est considérée comme une menace majeure pour la santé publique mondiale. Le traitement des infections à germe résistant est plus difficile et conduit à des modifications de l’organisation des soins avec une augmentation des durées de séjour, de la morbidité et de la mortalité. L’évaluation du poids économique de la résistance aux antibiotiques pourrait éclairer les décideurs sur les priorités d’action à mener en termes de prévention, de recherche et de prise en charge. L’objectif général de cette thèse est d’évaluer l’impact économique de la résistance aux antibiotiques à partir des données du Système National des Données de Santé (SNDS). L’utilisation du SNDS permet d’identifier de façon exhaustive les patients hospitalisés atteints d’une infection bactérienne, suivis ou non par les professionnels libéraux ou en structure adaptée. Le suivi des séjours hospitaliers avec les consultations en médecine de ville rend possible la reconstitution des parcours de soins et les coûts qui y sont associés. La population étudiée concerne l’ensemble des patients hospitalisés présentant une infection bactérienne aiguë (regroupé en 13 sites infectieux). Dans un premier travail, nous nous sommes intéressés au coût hospitalier, du point de vue du payeur. Une étude cas-témoins appariés a permis d’estimer un surcoût hospitalier attribuable à la résistance de 110 millions € en 2015 et une extrapolation conduit à un surcoût de 290 millions €. Dans un second temps, nous nous sommes concentrés sur les conséquences à 12 mois d’une hospitalisation à germe résistant aux travers de quatre études : (1) Pour les patients ayant eu une infection à germe résistant, une analyse de séquence a permis d’identifier cinq parcours hospitaliers types. Les parcours hospitaliers les plus longs étaient observés suite à une infection ostéo-articulaire et une mortalité élevée concernait principalement les infections du cœur et du médiastin ou des voies respiratoires basses ; (2) La dépense ambulatoire étudiée par une approche de double différence, a montré que la surconsommation attribuable à la résistance aux antibiotiques était faible et limitée au premier mois qui suit une hospitalisation ; (3) La consommation de ressources hospitalières mesurée par la durée d’hospitalisations (en jours) attribuable à l’antibiorésistance est augmentée pour deux secteurs : en séjours hospitaliers en soins de courte durée pour infection et en hospitalisation à domicile ; (4) le surcoût hospitalier attribuable à la résistance aux antibiotiques l’année qui suit l’hospitalisation initiale a été estimé à 618 € [IC95% 419 ; 817] par patient. À travers 5 indicateurs économiques, cette thèse a mise en évidence que l’antibiorésistance provoque un coût substantiel pour l’assurance maladie
Antimicrobial resistance (AMR) is a major threat to global public health, makes infections more difficult to treat, and potentially jeopardizes medical progress and innovation. AMR is also associated with higher morbidity and mortality. Assessing the economic burden of AMR could highlight priorities in prevention, research and management for decision-makers. The main objective of this Ph.D. dissertation is to assess the economic impact of AMR in France based on data from the National Health Data System (SNDS) database. SNDS contains patient-level medical data and inpatient and outpatient care costs reimbursed by national health insurance. We thus used SNDS to analyse care pathways and associated costs among a population that included all hospitalized patients with acute bacterial infection (classified into 13 infectious sites). First, we investigated the hospital cost from the payer's perspective. Through a matched case-control design, we estimated an additional hospital cost of €110 million caused by AMR in 2015, with an extrapolation showing that the overall cost could reach €290 million. Second, we focused on the effects at 12 months of hospitalization with AMR. In this context, four studies were developed. (1) For patients with resistant infections, a sequence analysis identified five distinct hospital pathways. Longest hospital stays were observed for bone and joint infections, whereas patients with heart and mediastinum infections or lower respiratory tract infections had higher mortality rates. (2) Ambulatory expenditure was studied using a difference-in-difference approach and we showed a low overconsumption due to AMR, limited to the first month following hospitalization. (3) Hospital resource consumption measured by duration of hospitalization due to AMR was increased in acute care hospital stays for infection and in hospitalization at home. (4) Additional hospital cost due to antibiotic resistance during the year following initial hospitalization was estimated at €618 [IC95% 419; 817] per patient. In conclusion, using five economic criteria this Ph.D dissertation has shown that AMR bears a substantial cost burden on the French public health insurance system

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

28

Beye, Mamadou. "Génomique en temps réel appliquée aux isolats bactériens cliniques atypiques." Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0558.

Full text

Abstract:

Le diagnostic, la caractérisation et l'identification rapides et précis des agents pathogènes sont essentiels pour guider le traitement, détecter les événements de transmission ou les échecs de traitement. Cependant le monde biomédical est confronté à des pathogènes émergents et ré-émergents. Ainsi certaines souches bactériennes cliniques présentent des spécificités de virulence, contagiosité et/ou de résistance aux antibiotiques. Le séquençage génomique à haut débit et l’analyse comparative des génomes bactériens constituent une bonne stratégie pour étudier rapidement les caractéristiques de ces pathogènes émergents. En à peine un peu plus de 20 ans, la génomique a connu un développement considérable grâce aux nouvelles technologies de séquençage à haut débit et à l’intérêt des scientifiques, qui ont permis l’augmentation exponentielle du nombre de génomes bactériens séquencés et disponibles dans les bases de données publiques. La génomique en temps-réel consiste en une analyse rapide du génome d’une souche bactérienne clinique pour identifier les déterminants génétiques de ses caractéristiques phénotypiques inhabituelles. C’est ainsi que les objectifs de ce projet de thèse étaient : d’exploiter rapidement les données de séquençage de génomes complets pour déterminer les répertoires de résistance et de virulence ; de comparer les génomes provenant des bactéries cliniques atypiques à ceux d’autres bactéries des mêmes espèces pour identifier leurs caractéristiques spécifiques ; d’utiliser les génomes comme outil taxonomique pour décrire rapidement les nouvelles espèces bactériennes isolées dans le laboratoire par culturomique
Rapid and accurate diagnosis, characterization and identification of pathogens are essential to guide treatment and detect transmission events or treatments failures. However, the biomedical field is confronted with emerging and re-emerging pathogens. Some of these clinical bacterial strains exhibit specificities concerning the virulence, contagiousness and / or resistance to antibiotics. High-throughput sequencing and comparative analysis of bacterial genomes is a reliable strategy enabling the rapid study of the characteristics of these emerging pathogens. In a short period, not exceeding 20 years, genomics has known a considerable revolution. In effect the introduction of the new high-throughput sequencingtechnologies and the increased concern of the scientist into this field, led to an exponential increase of number of available sequenced bacterial genomes in public databases. Real-time genomics is a strategy consisting on rapid analysis of the genome of a clinical bacterial strain in order to identify the genetic determinants justifying its unusual phenotypic characteristics. Thus, the objectives of this thesis project were: to rapidly exploit whole-genome sequencing data for identification of the virulence or resistance repertoire; to compare genomes from atypical clinical bacteria to those of other bacteria of the same species in order to identify their specific features; to use genomes as a taxonomic tool to rapidly describe the new bacterial species isolated in the laboratory by culturomics approach

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

29

Molitor, Alexander. "Régulation de la perméabilité membranaire chez les bactéries à Gram négatif et la relation avec la sensibilité aux antibiotiques." Thesis, Aix-Marseille 2, 2010. http://www.theses.fr/2010AIX20658/document.

Full text

Abstract:

La perméabilité membranaire joue un rôle important dans la résistance aux antibiotiques chez lesbactéries à Gram négatif.L’objectif de notre travail était de caractériser la fonction tenue par les deux régulateurs globaux dela perméabilité membranaire chez Enterobacer aerogenes: mar et ram. L’objectif initial futd’identifier le répresseur spécifique de RamA qui manquait en tant qu’élément de la cascade derégulation actuellement définie. La sélection de 60 souches nous a permis de confirmer le rôlecentral joué par RamA dans la régulation, ainsi qu’identifier des mutations pouvant être critiques, auniveau de RamR. Ainsi, l’absence variations observées dans le régulon marRAB et l’expressionmodérée des transcrits montrée par qRT-PCR laisse penser, que RamA a un rôle clef dans larégulation de l’expression des porines et des pompes d’efflux chez E. aerogenes.L’autre partie de notre travail reposait sur l’étude de la translocation des antibiotiques au traversdes porines. L’étude des interactions porine-carbapénèmes s’est faite sur la porine sauvage OmpFd'Escherichia coli et deux mutations. Les résultats indiquent également l'importance de l'aspartateen position 113 dans la sélectivité de translocation des carbapénèmes au sein de la porine OmpF.Ce travail montre ainsi que la translocation des pénicillines est aussi sous la dépendance desinteractions qui se créent entre le substrat et le résidu en position 113 de OmpF et limitent alorsleur passage au niveau du canal porine. Nous avons recherché la contribution attribuée à la porineOmp36 d'E. aerogenes dans la translocation de certaines béta-lactamines. Les mesures ont permisde conclure que les deux beta-lactamin
Genetic permeability plays an important role in antibiotic resistance of Gram-negative bacteria.Our work was to characterize and better understand of the genetic regulation of membranepermeability in E. aerogenes. We focused on two global regulators, mar and ram, in about 60clinical isolates. Alterations in the upstream region of ramA and in ramR but no mutations in marAnor marR were observed. Overexpression of ramA or ramR led to an altered antibiotic susceptibilityassociated to decrease of porins expression and over-expression of efflux-pumps. qRT-PCR pointedout the estimated importance of the ram-regulon in the regulation cascade.Another part of this work was to characterize the translocation of compounds through porins andthe role of porins in drug uptake in general. Measurement of the rate of antibiotic action of threecarbapenems in an E. coli strain solely expressing OmpF as porin clearly indicated the importanceof the aspartate at position 113 in antibiotic translocation. A multi-disciplinary three way approachof computer modeling, black-lipid-bilayer assays and measurement of antibiotic action, suggestedthat interactions with residue D113 of E. coli porin OmpF are rate-limiting for transport throughthe porin channel. Combination of biological and biophysical measurements with E. aerogenesporin Omp36 denoted that interactions between the porin channel and the antibiotic facilitate andaccelerate transport

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

30

Abedini, Amin. "Evaluation biologique et phytochimique des substances naturelles d’Hyptis atrorubens Poit. (Lamiaceae), sélectionnée par un criblage d'extraits de 42 plantes." Thesis, Lille 2, 2013. http://www.theses.fr/2013LIL2S025/document.

Full text

Abstract:

La présente étude porte tout d’abord sur la mesure de l’activité antimicrobienne de 42 plantes médicinales qui sont utilisées traditionnellement en Iran et en Guadeloupe, contre 36 souches microbiennes résistantes à de multiples drogues afin de sélectionner la plante la plus intéressante. Les résultats obtenus révèlent la présence des principes actifs antimicrobiens dans chacune des plantes.Nous avons finalement sélectionné Hyptis atrorubens Poit. qui présente une forte activité antimicrobienne. De plus, cette plante n’a jamais été étudiée dans la littérature. Des analyses phytochimiques et biologiques sur l’extrait hydro-méthanolique des tiges, nous ont permis de trouver pour la première fois les quatre principaux composés actifs de cette plante : acide rosmarinique, rosmarinate de méthyle, quercétine-3-glucoside (isoquercétine) et quercétine-3-galactoside (hyperoside). L’activité antibactérienne de ces composés a été évaluée par différentes valeurs microbiologiques (CMI, CMB, synergie, dénombrement bactérien et courbes de croissance). La meilleure activité inhibitrice et bactéricide a été trouvée pour le rosmarinate de méthyle (0,3 mg/ml). Cette recherche suggère la forte potentialité d’activité antimicrobienne pour la combinaison de quatre composés avec une CMI de 70 µg/ml, qui s’approche de la CMI des antibiotiques.Ce travail présente les composés d’Hyptis atrorubens Poit. comme étant de nouveaux agents antimicrobiens et comme étant une source potentielle de lutte contre les bactéries, de plus en plus résistantes aux antibiotiques
This study focuses firstly on the extent of the antimicrobial activity of 42 medicinal plants that are traditionally used in Iran and Guadeloupe, against a panel of 36 pathogenic and multi-resistant bacteria and fungi. The results show presence of the antimicrobial agents in all plants.We finally selected Hyptis atrorubens Poit. which has a strong antimicrobial activity. In addition, this plant has never been studied in the literature. Phytochemical and biological analysis of the hydro-methanolic extract of stems, enabled us to find for the first time the four main active compounds of this plant: rosmarinic acid, methyl rosmarinate, quercetin-3-glucoside (isoquercetin) and quercetin-3-galactoside (hyperoside).The antibacterial activity of these compounds was evaluated by various microbiological values (MIC, MBC, synergy, kill-time and growth curves).The best inhibitory and bactericidal activity was found for methyl rosmarinate (0.3 mg/ml).This research suggests the high potential of antimicrobial activity for a combination of all four compounds (MIC = 70 µg/ml), which is very close to MICs of antibiotics.This work presents the main compounds of Hyptis atrorubens Poit. as new antimicrobial agents and as potentially useful tools against bacteria that are more and more resistant to antibiotics

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

31

Borselli, Diane. "Adjuvants pour limiter la consommation d'antibiotiques en médecine vétérinaire." Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0093/document.

Full text

Abstract:

L’émergence de bactéries multirésistantes aux antibiotiques conduit la médecine humaine et vétérinaire à des impasses thérapeutiques. L’usage abusif des ATBs accélère et accentue fortement le processus d’antibiorésistance. Le but de mon travail de thèse était d’apporter une solution au problème de surconsommation d’ATBs en médecine vétérinaire, particulièrement dans les élevages, tout en garantissant la santé animale. Nous avons développé une approche de thérapie combinatoire basée sur l’association d’ATBs déjà existants avec des molécules adjuvantes. Nous avons ainsi évalué l’activité de différents dérivés polyaminés d’origine naturelle sur des pathogènes dits « ESKAPE » qui présentent une relevance clinique majeure en médecine humaine. Ces différentes études ont permis de développer des protocoles de criblage, mais également des méthodes permettant d’élucider leur impact sur la physiologie bactérienne.Nous avons testé l’activité de ces composés en combinaison avec le florfénicol, ATB couramment utilisé pour traiter les infections respiratoires chez le porc. Après avoir identifié un adjuvant au florfénicol, nous avons pu déterminer son mode d’action par différentes méthodes de fluorescence et de bioluminescence. Nous avons pu démontrer que le composé permet de potentialiser l’activité de l’ATB par une action membranotrope et par une inhibition de l'efflux, augmentant ainsi la concentration intracellulaire en ATB, mais également par une inhibition de la force proton motrice (FPM). La motricité flagellaire des bactéries, est un facteur de virulence fonctionnant avec la FPM nous avons pu mettre en évidence une inhibition de la mobilité par le composé
The constant increase of multidrug resistant bacteria is leaving clinicians and veterinarians with very limited options to treat bacterial infections. The main goal of my work was find a chemical solution to reduce the use of antibiotics in veterinary medicine, especially in swines, without affecting the health of the livestock. To achieve this goal, we have developed a drug combination approach based on the association of antibiotics with chemosensitizers, herein called adjuvants, some of which were polyamines derivatives from natural sources. To provide the proof of concept, combination of several derivatives from different chemical sources (marine sponges and plants) have been tested ex vivo on « ESKAPE » pathogens, which are among the most urgent bacterial threats. Results from these studies allowed us to develop procedures for screening antibacterial activities and methodologies for understanding the impact of the selected adjuvants on bacterial physiology.Florfenicol is a widely used antibiotic to treat respiratory infections in swine. Therefore, derivatives were further assessed in combination with florfenicol, and florfenicol adjuvants were identified. The mode of action of one chosen adjuvant on bacterial membranes was further investigated by using fluorescence and bioluminescence methods. Data showed that this molecule was able to potentiate the antibiotic activity by increasing its intracellular concentration (membranotrope activity and inhibition of efflux) but also causes inner membrane depolarization. Flagellar motility represents an important virulence factor which use PMF, and we showed a diminution of the motility's halo with our compound

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

32

Picard, Marion. "Étude de l'implication d’une voie MyD88/IL-22 dans le contrôle de la colonisation par la bactérie segmentée filamenteuse." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2017. http://www.theses.fr/2017USPCB107/document.

Full text

Abstract:

L’intestin des mammifères est colonisé par une dense communauté microbienne avec lequel il a établi, au cours d’une longue co-évolution, des relations mutualistes. Ces relations, bien qu’essentiellement basées sur des avantages métaboliques permettent également la maturation complète du système immunitaire, dont le développement est initié in utero par un programme génétique. Chez la souris, seule la SFB a été décrite comme présentant un fort pouvoir immunostimulant permettant la coordination d’un large panel de réponses immunes, notamment IgA et Th17 dont le site d’induction préférentiel serait les plaques de Peyer. La première partie de ma thèse a contribué à la finalisation de travaux consacrés à l’étude des caractéristiques des réponses IgA et Th17 induites par SFB. Nous avons ainsi mis en évidence la capacité de la SFB à stimuler la maturation post-natale de follicules lymphoïdes isolés et de tissus lymphoïdes tertiaires qui se substitueraient aux plaques de Peyer en tant que sites inducteurs des réponses IgA et Th17 stimulées par SFB. Cependant, ce microbiote constitue aussi une source antigénique importante pouvant représenter une menace pour l’intégrité de l’hôte. Notamment, la SFB peut provoquer une inflammation chronique délétère en périphérie de l’intestin, chez des souris prédisposées génétiquement. Cela suggère l’existence de mécanismes capables de réguler la colonisation par la SFB, afin d’éviter tout phénomènes compromettant l’intégrité physiologique de l’hôte. À l’aide de souris immunodéficientes axéniques ou seulement colonisées par SFB, nous avons pu mettre en évidence un rôle de la voie de signalisation des TLR dans le contrôle de la colonisation par SFB. Cependant, ni les peptides anti-microbiens, ni les IgA ne semblent impliqué dans le contrôle de la colonisation par SFB
The mammalian intestine is heavily colonized by a huge microbial community. During a long coevolution process, the host has evolved mutualistic relationships with its microbiota. Thes relationships, mainly based on metabolstic advantages, also allow the full maturation of the host immune system, which development is initiated in utero by a genetic program. In mice, only SFB has been yet described to display strong immunostimulant properties allowing the coordination of a large panel of immune responses, more specifically IgA and Th17 responses, which preferential induction sites might be the Peyer's patches. The first part of my thesis contributed to complete a work dedicated to the characterization of the IgA et Th17 responses induced by SFB. We have underscored SFB capacity to stimulate the post-natal maturation of isolated lymphoid follicles and also tertiary lymphoid tissues that would substitute to Peyer's patches as inductors sites of both IgA and Th17 responses induced by SFB. However, this microbiote also constitutes a potential antigenic threat for the host integrity. Notably, the SFB could provoke chronic deleterious inflammation in peripheric compartment in genetically predisposed individuals. It suggests the establishment of highly regulated mechanisms regulating SFB colonization, to avoid compromising events for the host homeostasis. In a second part of my thesis, with the help of immunodeficient axenic mice, we have shown a role of TLR signaling pathways in the control of SFB colonization. However, antimicrobial peptides, IgA, IL-17 or IL-22 seem to be involved int eh control of SFB colonization

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

33

Périamé, Marina. "Caractérisation des mécanismes d'adaptation d'Enterobacter gergoviae aux conservateurs en cosmétique." Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM5027.

Full text

Abstract:

Des contaminations par Enterobacter gergoviae, dans les formulations cosmétiques diverses soulèvent le problème de la résistance bactérienne aux biocides. J'ai pu mettre en évidence, que certains épisodes de contaminations apparus au sein de l'entreprise partenaire, étaient dus à un même isolat persistant suite à un système de conservation/désinfection inefficace. Aux concentrations maximales autorisées par la commission européenne, les conservateurs ont des effets bactériostatiques mais ne présentent pas d'effets synergiques en association. Par conséquent, l'adaptation aux produits cosmétiques est favorisée. Divers mécanismes de résistance peuvent être mis en place par E. gergoviae : enzymatique (synthèse de peroxyredoxine), modifications de l'enveloppe (expression d'appendices externes : flagelles ou fimbriae/pili), modification de la mobilité, et formation de biofilms. L'apparition de ces mécanismes a aussi favorisé les résistances croisées conservateurs /désinfectants-détergents
Contaminations by Enterobacter gergoviae in various cosmetic formulations raise the problem of bacterial resistance to biocides of the species, which represent the third source of cosmetics bacterial contaminations. The collaborative cosmetic company was concerned by unrelated contaminations but some contamination events were due to persistence of isolates in internal system process, despite disinfection protocols and use of preservatives. At the maximum levels allowed by the European Commission, preservatives tested have bacteriostatic effects and do not exhibit synergistic effects in combination. Therefore, adaptation in cosmetics is facilitated. Various resistance mechanisms can be implemented by E. gergoviae: Enzymatic (peroxyredoxin synthesis), changes in the envelope (expression of external appendages: flagella or fimbriae/pili), changes in mobility and biofilm formation. The appearance of such mechanisms has also promoted a cross-resistance conservative / disinfectant - detergent

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

34

Diene, Seydina Mouhamadou. "Analyse génomique et moléculaire d'isolats cliniques de bactéries multi-résistantes aux antibiotiques." Thesis, Aix-Marseille, 2012. http://www.theses.fr/2012AIXM5049.

Full text

Abstract:

L'augmentation et la dissémination de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries à gram-negatif, particulièrement les Entérobactéries, les bactéries du genre Pseudomonas et Acinetobacter, représentent un problème majeur de santé publique au niveau mondial. Les infections nosocomiales causées par les bactéries multi-résistantes (BMR) ont conduit non seulement à une augmentation de la mortalité, de la morbidité, et du coût de traitement, mais aussi continuent de mettre en danger la vie des patients surtout immunodéprimés en milieu hospitalier. Bien entendu, l'utilisation abusive et non contrôlée des antibiotiques a grandement contribué à la large diffusion des déterminants de la résistance; cependant, des études récentes ont démontré que ces déterminants de la résistance pouvaient émerger à partir de sources anciennes et/ou environnementales. Ainsi, face à cette préoccupation mondiale, plusieurs études ont été rapportées avec des recommandations importantes de conduire des études épidémiologiques, moléculaires, et génomiques afin de contrôler la diffusion et l'augmentation de la résistance aux antibiotiques. De plus, durant ces 10 dernières années, nous avons assisté à l'emergence et au développement de nouvelles technologies de séquençage à haut débit coïncidant avec une augmentation exponentielle du nombre de genomes bactériens séquencés
The increase and spread of multidrug-resistant (MDR) gram-negative bacteria especially Enterobacteriaceae, Pseudomonas, and Acinetobacter (E.P.A) species have become a major concern worldwide. The hospital-acquired infections caused by MDR bacteria have led not only to an increase in mortality, morbidity, and cost of treatment, but also continue to endanger the life of patients, especially those immunocompromised. Although the frequent misuse of antibiotic drug has greatly contributed to worldwide dissemination and resistance to antibiotics; recent studies have shown that these resistance determinants could emerge from ancient or environmental sources. Front of this worldwide concern, several studies have been reported with significant recommendations to conduct molecular epidemiology, and genomic studies, in order to control the increase and the dissemination of the antibiotic resistance. Moreover, during these last 10 years, we are witnessing the emergence and development of new technologies of high throughput sequencing and coinciding with an exponential increase of number of bacterial genomes sequenced today. Therefore, it is in this context that the project of this thesis was conducted with three essential objectives: (i) the genome sequencing of clinical MDR bacteria, the analysis and the identification of the mechanisms and the genetic determinants of antimicrobial resistance (ii) the achievement of molecular epidemiology studies from clinical MDR bacteria responsible of outbreak (iii) the development and implementation of molecular tools for monitoring and diagnosis of potential MDR bacteria

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

35

Lusley, Pauline. "Compréhension des mécanismes directs et indirects de résistance à la pourriture racinaire du pois causée par Aphanomyces euteiches : influence du choix variétal et de la cohorte microbienne associée. Compared analysis of architectural symptoms and disease severity caused by Aphanomyces euteiches between winter and spring peas. Co-existence of Rhizobia and non-rhizobial bacteria in the nodules of Pisum sativum L. depending on cultivars and influencing mycelium growth of Aphanomyces euteiches. The microbial cavalry: how crop could be determinant to beneficially shape soil microbiome in the battlefield against Aphanomyces euteiches." Thesis, Normandie, 2020. http://www.theses.fr/2020NORMR091.

Full text

Abstract:

Le pois protéagineux, dont la culture est bien adaptée au contexte pédoclimatique normand, représente une source nutritive importante en protéines végétales. A l’heure actuelle, les cultures protéagineuses font partie des cultures d’avenir aux vues de leurs nombreux intérêts agronomique, économique et environnemental. Malgré ses multiples atouts, la culture du pois protéagineux n'a pas autant de succès, principalement en raison d’une forte atteinte par diverses phytopathologies, dont le plus préjudiciable est la pourriture racinaire du pois causée par Aphanomyces euteiches. Les dégâts occasionnés peuvent conduire à une baisse importante du rendement et ainsi pénaliser les agriculteurs. Ne disposant d’aucun traitement efficace à ce jour, il est donc important de focaliser les recherches sur le développement de moyens de contrôle, ce qui passe par une compréhension holistique du pathobiome. Dans cette thèse, les travaux se sont concentrés sur la compréhension de certains mécanismes de résistance directs ou indirects à la pourriture racinaire du pois causée par A. euteiches, en se focalisant sur l’étude de la contribution des facteurs biotiques, à savoir, le génotype variétal, seul ou accompagné de son phytobiome, et donc la mise en place de multiples interactions avec les microorganismes. L’analyse comparée de l’expression de la maladie et des modifications architecturales induites a montré une expression différentielle de la maladie selon leur appartenance au groupe hiver ou printemps. Les variétés d’hiver caractérisées par une grande tolérance au froid présentent 2 traits d’intérêt : un retard d’impact sur les parties aériennes malgré une atteinte racinaire et un accroissement du système racinaire en réponse à l’infection. De plus, l’étude de la diversité bactérienne intra-nodules chez ces mêmes variétés de pois d’hiver et de printemps, a montré que la diversité de ce microbiome endophyte varie en fonction du génotype variétal. Cette étude a permis de déceler le fort potentiel biocontrôle des endophytes bactériens intra-nodulaires, avec une abondance relative observée des genres bactériens connus pour leurs effets antagonistes envers A. euteiches plus importante chez deux variétés de pois d’hiver. Le génotype variétal constitue donc un levier, direct et indirect via l’établissement d’interactions avec des microorganismes bénéfiques, pour lutter contre la pourriture racinaire du pois. Le dernier axe de recherche a démontré la forte influence des espèces cultivés sur les associations microbiennes au sien de la rhizosphère, en particulier sur l’assemblage des populations bénéfiques. La manipulation de la composition des communautés microbiennes par les couverts végétaux au bénéfice de la culture suivante représente un argument de plus en faveur de l’utilisation des rotations des cultures comme levier contre les phytopathologies. Plusieurs pistes intéressantes ressortent donc de ce travail, pour une lutte efficiente et globale contre A. euteiches : à l’échelle de la variété, par ses caractéristiques propres en lien avec son génotype et sa capacité à sélectionner des endophytes protecteurs, et à l’échelle de la rotation, par la manipulation du microbiome en faveur du pois. De belles perspectives de recherche se profilent, notamment la réalisation de tests d’efficacité de protection de tous les potentiels agents de biocontrôles isolés, qui permettraient la mise en oeuvre de consortia bénéfiques adaptés au terroir normand et aux spécificités variétales du pois
Pea, well-adapted to the Normandy pedoclimatic context, represents an important nutritional source of plant proteins. At present, protein crops are among the promoting crops in view of their many agronomical, economic, and environmental interests. Despite their multiple advantages, the cultivation of protein peas is not as successful, mainly due to strong attacks by various phytopathology. The most damaging is pea root rot caused by Aphanomyces euteiches leading to a significant drop in yield and thus can penalize farmers. As there is no effective treatment to date, numerous focus researches are in progress to develop efficient control methods, which requires a holistic understanding of the pathobiome. In this thesis, studies were focused on the understanding of some direct and indirect resistance mechanisms of pea root rot caused by A. euteiches. The contribution of biotic factors in this disease were studied, specifically the influence of varietal genotype and its associated phytobiome, and so the establishment of multiple interactions with microorganisms. The comparative analysis of disease severity and induced architectural modifications, showed a differential expression according to their affiliation to winter or spring group. The two winter pea cultivars characterized by a high cold tolerance presented two features of interest: a delayed impact on aerial part despite significant root damage and an increased growth of root system in response to infection. In addition, the study of intra-nodule bacterial diversity in these same cultivars showed that the diversity of their nodule microbiome varies according to varietal genotype. This study highlighted the strong biocontrol potential of intra-nodule bacterial endophytes, with a higher relative abundance of known antagonistic bacterial genera towards A. euteiches for two winter pea cultivars. The varietal genotype therefore constitutes a direct and indirect lever by the establishment of interactions with beneficial microorganisms, to fight against pea root rot. The last research line has demonstrated the strong influence of plant cultivated species on the microbial associations in the rhizosphere, specifically a modulation of the assemblage of beneficial populations. Shaping the microbial community composition though the cultivation of crops to the benefit of the next crop represents an additional argument in favor of crop rotation use as a lever against phytopathology. Several interesting alternatives were highlighted in this research work to effectively and efficiently manage A. euteiches: at the cultivar scale, by specific characteristics in relation to varieties’ genotype and their ability to select protective endophytes, and at the scale of crop rotation, by shaping microbiome in favor of pea. Great research perspectives are emerging, especially the efficiency of protection resulting from all potential isolated biocontrol agents, which would allow the development and implementation of beneficial consortia adapted to Normandy soils and to pea cultivars specificities

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

36

Poulain, Alexandre. "Transformations rédox et spéciation du Hg dans la neige et les eaux de surface de l'extrême arctique et de régions tempérées." Thèse, 2007. http://hdl.handle.net/1866/17081.

Full text

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

37

Girard, Catherine. "Le mercure en Arctique, de l’environnement à la santé humaine : photodéméthylation aquatique, bioaccessibilité alimentaire et interactions avec le microbiome intestinal humain." Thèse, 2017. http://hdl.handle.net/1866/20592.

Full text

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

Dissertations / Theses on the topic 'Résistance microbienne au mercure'

Create a spot-on reference in APA, MLA, Chicago, Harvard, and other styles