Academic literature on the topic 'Ressources génétiques – Gestion'

Depuis les années 2000, le développement de la génomique permet une connaissance étendue de l’ADN des plantes et animaux domestiques. Cette innovation transforme la façon dont ceux-ci sont évalués, sélectionnés et mis sur le marché. Couplée à des changements politiques et règlementaires, cette technologie contribue à faire évoluer les arrangements institutionnels dans le champ étudié - ici celui de l’amélioration génétique animale - aussi bien au niveau des dispositifs nationaux que des pratiques des acteurs. La libéralisation en cours questionne notamment la dimension collective de la production du progrès génétique et les droits de propriétés sur les ressources génétiques. Dans une perspective comparative impliquant la France, l’Irlande et les Pays-Bas, cette synthèse a pour objectif de présenter la pluralité des arrangements institutionnels établis dans le champ de la sélection génomique de la race bovine Holstein. Elle met d’abord en évidence trois régimes institutionnels qui présentent des arrangements différents notamment entre organisations publiques et privées. Ensuite, cette diversité d’arrangements est précisée par l’analyse des instruments contractuels entre entreprises de sélection et éleveurs via des modèles d’organisation de la production et des échanges de ressources génétiques (sous leurs formes biologiques et informationnelles). Ces modèles illustrent la diversité des formes de propriété dont ces ressources génétiques font l’objet entre éleveurs et entreprises et montrent que les rôles respectifs de ces acteurs sont redéfinis. Ces résultats permettent de mieux comprendre le développement d’une logique libérale (aux Pays-Bas) en dualité avec le renforcement (en Irlande) ou la fragilisation (en France) d’une logique coopérative de production du progrès génétique.

Même s’il n’existe pas de corps de doctrine officialisée, l’évaluation de la diversité génétique domestique animale est un exercice auquel se sont livrés et se livrent encore de nombreux auteurs. Une telle démarche est évidemment fondamentale en phylogénie, sélection et gestion rationnelle des ressources génétiques de la planète. En ces quelques pages il ne peut être question d’épuiser le sujet, mais de dégager quelques notions de base.

Depuis 1950, le nombre d’espèces de poissons en production est passée de 42 à 186. La grande diversité des espèces concernées, le caractère récent de la mise en élevage et l’existence de ressources génétiques sauvages pour la plupart des espèces font de la domestication une question récurrente en aquaculture. Les aspects génétiques de la domestication concernent deux aspects majeurs : la phase de mise au point des élevages et de création des souches de départ, et la gestion des populations au cours de l’élevage pour assurer à la fois l’efficacité de la production et le bien-être du poisson. Pour le premier aspect, les études existantes, peu nombreuses, indiquent qu’il est sans doute difficile de conclure sur les aptitudes d’une souche particulière à l’adaptation aux conditions d’élevage sur la simple base de sa variabilité génétique aux marqueurs neutres ou d’observations écologiques en milieu naturel. Un testage de souche peut être pratiqué avant la mise en élevage, mais, pour être pertinent, il doit être réalisé en conditions contrôlées, les plus proches possibles des conditions réelles d’élevage. Dans tous les cas, le choix d’une souche de départ ayant une base génétique la plus large possible et une bonne gestion des reproductions permet d’assurer le maintien de la variabilité génétique au cours des générations. Le processus de domestication s’accompagne de modifications d’un grand nombre de caractères, mais dont les mécanismes génétiques ne sont pas toujours maîtrisés. Il pourrait cependant être possible d’orienter volontairement l’évolution des caractères d’adaptation au milieu d’élevage, à l’aide de programmes de sélection artificielle dirigés.

La conservation des races animales domestiques menacées dans leurs effectifs est un élément de la gestion des ressources génétiques exploitables par l’agriculture. Les programmes de conservation comportent, outre des actions visant à assurer une place de ces races dans l’économie, un volet de gestion génétique. L’objet de ce dernier est d’éviter au sein de ce type de populations, dont les effectifs sont limités, une élévation trop rapide de la consanguinité et la réduction concomitante de la variabilité génétigue. Des outils de description de cette variabilité, comme les coefficients de parenté et de consanguinité ou les probabilités d’origine des gènes, permettent de raisonner les méthodes de gestion génétique, qui reposent sur l’uniformisation des tailles de descendance entre les reproducteurs, et la division des populations en groupes de reproduction. Les exemples de la race ovine Solognote et de la race bovine Parthenaise permettent d’illustrer l’efficacité de ces méthodes. Ils permettent également de souligner l’importance de définir des règles de gestion suffisamment simples pour être appliquées en pratique, et l’absolue nécessité qu’il y a de trouver des débouchés économiques viables pour ces races qui ont été délaissées par les systèmes de production habituels.

SommaireAvec l’entrée en vigueur de la Convention sur la diversité biologique, les ressources génétiques de la biosphère sont soumises à la juridiction de l’État à l’intérieur du territoire où elles se trouvent, conformément au principe de la souveraineté permanente des États sur les ressources naturelles. L’idée d’une gestion de ces ressources par la communauté internationale au profit de l’humanité, sehn les caractéristiques propres du concept de patrimoine commun de l’humanité, n’a pu être retenue à cause de l’attitude des pays développés. Ces derniers refusaient d’établir des mécanismes de préférence à l’égard des pays en développement, quant à la transmission des connaisances et des brevets en matière de biotechnologie, en échange de leur libre accès aux ressources génétiques.Le rejet du concept de patrimoine commun de l’humanité par les pays en développement a été encouragé par leur désillusionnement quant à son application à d’autres ressources naturelles communes, ainsi que par le traitement fait à la diversité biologique par la Commission mondiale sur l’environnement et le développement dans le rapport qu’elle a produit. Les pays en développement, s’appuyant sur le concept de développement durable, entendent poursuivre la réalisation des éléments constitutifs du nouvel ordre économique international à travers la gestion des ressources génétiques.

Un certain nombre de ressources génétiques animales sont mobilisées dans des démarches de valorisation qui représentent un enjeu fort et ne sont pas sans conséquence sur la façon dont ces ressources sont gérées. Nous montrons, en mobilisant des exemples de valorisation de races locales, combien il est important d’étendre les recherches aux formes de valorisation autres que sous formes de Signes Officiels de Qualité (SOQ) territorialisés. Le cas de la Bretonne Pie Noir, par exemple, invite à considérer les produits valorisés en dehors des SOQ et celui de la brebis Solognote invite à considérer la mobilisation de ces races pour la gestion d’espaces spécifiques. D’une manière générale, les avancées dans les travaux de recherche sur les interactions entre races locales et produits sous AOP invitent à étendre le questionnement à d’autres formes de valorisation, qui posent différemment la question de l’interaction, et qui ne sont pas sans réinterroger la gestion génétique des races. Nous discutons les spécificités de démarche qu’implique pour la recherche le fait d’aborder l’ensemble de ces formes de valorisation.

La Gestion Dynamique (GD) des ressources génétiques est une stratégie de gestion de la diversité génétique dans laquelle des populations hétérogènes évoluent dans des environnements contrastés sous la pression de la sélection naturelle et des autres forces évolutives. La GD a pour but de permettre aux populations de s’adapter localement tout en conservant la diversité initiale sur l’ensemble du système. Afin d’étudier cette approche, des populations expérimentales de GD de blé ont été mises en place à l’INRA depuis 1984. Ces populations se sont différenciées pour des caractères de phénologie et de résistance aux pathogènes. La sélection et la dérive ont eu pour conséquence une diminution de la diversité génétique intra-population qui peut conduire à une perte de valeur sélective ou du potentiel évolutif à plus ou moins long terme. Le sauvetage génétique par migration peut limiter ce phénomène en augmentant la variabilité génétique dans ces populations. Cependant, la présence de dépression hybride peut contrecarrer les effets positifs du sauvetage génétique. L’objectif de la thèse est de répondre à la question suivante : “Comment gérer la migration dans un système de GD afin de maintenir le potentiel évolutif sans compromettre l’adaptation locale dans chaque population ?” Nous avons analysé des descendances de croisements intra et inter-populations sur 2 générations. La deuxième génération a été évaluée sur les 3 sites d’origines des populations parentales des croisements. Nous avons tout d’abord mis en évidence la présence d’adaptation locale dans les populations pour la hauteur de plante et le poids de 1000 grains. Grâce à une analyse conjointe de ces caractères avec la précocité de floraison, nous avons mis en évidence la contre-sélection des plantes tardives dans le Sud par l’intermédiaire du poids de 1000 grains. Nous avons ensuite montré que le gène VRN1 était impliqué dans la précocité de floraison dans les populations de GD et que sa structuration et l’évolution de sa diversité pouvaient être reliées à des pressions sélectives en relation avec l’adaptation climatique. L’analyse de la 1ère et de la 2ème génération de descendances des croisements nous a permis de mettre en évidence de la dépression de consanguinité dans les populations mais peu de fardeau génétique (faible composante inter-populations de l’hétérosis). Nous n’avons pas trouvé de dépression hybride pour aucun type de croisements analysés. Ce dernier résultat peut être expliqué par deux hypothèses : (i) il n’y a pas de complexes de gènes co-adaptés cassés par les croisements et l’adaptation locale n’a pas un impact important sur les valeurs en croisements ou (ii) les effets positifs d’hétérosis et négatifs de dépression hybride se compensent ce qui conduit à une faible composante inter-populations de l’hétérosis
Dynamic management (DM) of genetic ressources is a strategy for the conservation of genetic diversity in which heterogenous populations evolve in contrasted environements under natural selection pressure and other evolutionary forces. The aim of the DM is to let individual populations become locally adapted while maintaining the initial diversity over the whole system. In order to study this approach, DM experimental wheat populations were developed by INRA starting in 1984. These populations beacame differentiated for flowering time and disease resistance, thereby showing indices of local adaptation. Selection and drift led to a decrease of within-population genetic diversity, which could lead to a decrease of fitness or evolutionary potential in the mid to long term. Genetic rescue by migration can limit this phenomenon by increasing within-population genetic variability. However, outbreeding depression can counteract the positive effects of genetic rescue. The aim of this thesis is to answer to the question: "What is the best strategy to manage migration in a DM system in order to maintain evolutionary potential without compromising local adaptation within each population?" We have analysed within and between-population cross progeny over two generations. The second generation was evaluated in the three sites of origin of the parental populations of the crosses (reciprocal transplants). In the transplant experiment, we have shown that local adaptation occured in the populations for plant height ans thousand-kernel weight. Using an analysis of covariance of this trait with flowering time, we showed that late genotypes were selected against in the South because of their low thousand-kernel weight. We then showed that VRN1 gene was involved in flowerinf time in the DM populations and that its structuration and the evolution of its diversity could be linked to selective pressures related to climatic adaptation. Analysis of the 1st and 2nd progeny generations allowed us to show that there was inbreeding depression within populations but only small genetic loads (small between population components of heterosis). We did not find outbreeding depression for any type of cross. This last result could be explained by two hypotheses: (i) there were no co-adapted genes complexes broken by outcrossing and local adaptation had only weak effects on the cross progeny values or (ii) the positive effects of heterosis and the negative effects of outbreeding depression compensated for each other which lead to weak betweenpopulations component of heterosis

Adapte a la cerealiculture en conditions de secheresse extreme, le sorgho (sorghum bicolor (l. ) moench) est une cereale majeure pour l'agriculture des regions tropicales semi-arides. La collection de sorgho maintenue a l'icrisat (inde) recense 22 473 varietes traditionnelles et pose le probleme de la conservation et de l'utilisation optimale des ressources genetiques. Dans ce travail, mene en collaboration avec l'icrisat, nous apportons des elements de reponse a trois questions : - quelle diversite genetique est conservee a l'iac ? peut-on faciliter l'acces a la collection de ressources genetiques ? - il est impossible de s'interesser de maniere efficace a une grande collection. Quelles strategies peut-on utiliser pour constituer des core collections ? - diversite prise en compte vs. Diversite non prise en compte lors de l'echantillonnage, quel est l'impact de l'une sur l'autre ? dans notre etude nous avons analyse la diversite morpho-agronomique de la collection de base de maniere globale, et en fonction des races et des origines. Differentes strategies de prelevement aleatoires (c, p et l) et non aleatoires (pcs et multi-criteres) ont ete appliquees. Les core collections obtenues ont ete comparees en fonction de la diversite morpho-agronomique et de la diversite moleculaire (15 locus microsatellites) retenues. A l'exception de quelques locus presentant des associations fortes avec les caracteres structurant de la diversite, les diversites moleculaire et morpho-agronomique semblent relativement independantes. Les marqueurs moleculaires peuvent donc etre des outils interessant a considerer pour la constitution de core collections.

La gestion des ressources génétiques animales domestiques est aujourd'hui au cœur d'une actualité renouvelée. La gestion de tels biens communs territorialisés repose sur des dispositifs coopératifs impliquant un nombre croissant d'acteurs. Se pose alors la question des modes de pilotage de ces dispositifs et des crises de la coopération qui peuvent les fragiliser, véritables enjeux pour le maintien de la biodiversité. Au travers de l'analyse des dispositifs de sélection des races ovines laitières locales des Pyrénées-Atlantiques, cette thèse vise à montrer l'intérêt d'une approche multi-niveaux de la coopération autour de biens communs. Nous proposons de considérer les biens communs non comme donnés mais comme résultant d'un processus de conception. Ainsi une approche généalogique retraçant l'évolution des formes de coopération autour de ces biens nous permet de construire quatre régimes de coopération (communautaire, entrepreneurial, intensif et découplé) dont les dynamiques expliquent en partie les tensions actuelles autour des ressources concernées. Nous montrons ensuite l'importance d'étudier ces dispositifs non par les intentions des managers mais par les effets et les usages inattendus de leur instrumentation technique, scientifique et gestionnaire. Leur étude fine questionne l'universalité des modèles scientifiques et techniques, souvent considérés comme neutres par leurs concepteurs. Mais la coopération autour de biens communs nécessite aussi la gestion de la qualification collective de ces biens impliquant les usagers, activité dont l'importance est souvent minimisée par les gestionnaires de ces dispositifs. L'étude des instruments utilisés dans les activités de qualification des animaux permet de dépasser les controverses et dichotomies entre formes de connaissances, et de réfuter le mythe d'un régime scientifique pur de production de connaissances sur les animaux. Nous proposons enfin une analyse du marché des biens et des services produits par ces dispositifs, montrant l'inexistence d'un marché auto-régulateur des ressources génétiques. L'important est donc de gérer la diffusion de ces ressources pour maintenir la légitimité des dispositifs. Ce travail permet de mieux comprendre le rôle de l'instrumentation dans la coopération pour la production de biens communs territorialisés. Il s'agit alors de concevoir une instrumentation favorisant les apprentissages et la gestion de la diversité des points de vue.

Présentation des outils d'analyse pour les réseaux à files (réseaux à files à choix libre topologique et réseaux linéaires). Utilisation du réseau coloré associé permettant de décider la quasi-vivacité, la terminaison infinie et la vivacité. Détermination du centre des réseaux. Forme générale du langage d'entrée des files. Description du langage d'un système de deux processus communiquant par files (langage d'un réseau de pétri)

Aujourd'hui, la congélation de l'embryon est la voie privilégiée pour la cryoconservation des ressources génétiques lapin au sein de la Cryobanque Nationale. Les objectifs de notre travail étaient d'optimiser la production des embryons et de développer une nouvelle voie de cryoconservation des ovocytes MII de lapin par congélation lente et par vitrification. Les expériences menées sur les traitements de superovulation et de synchronisation ainsi que sur le moment d'insémination par rapport au sevrage montrent que les conditions d'environnement des lapines sont plus importantes que la nature des traitements administrés. De plus, l'évaluation du métabolisme, de la structure et de la capacité de développement ovocytaire après réchauffement suggère que la vitrification et la congélation lente altèrent fortement les ovocytes par des lésions associées respectivement à leur importante sensibilité aux cryoprotecteurs et à la cristallisation intracellulaire.

Les ressources phytogénétiques pour l'alimentation et l'agriculture (RPGAA) sont vitales pour toute l'humanité. Grâce au travail des générations des agriculteurs (conservation in situ) et à l'établissement des banques de gènes (conservation ex situ), nous disposons d'une diversité considérable des RPGAA. Or, les RPGAA sont menacées d'appauvrissement et d'extinction, provoquant un réel risque d'insécurité alimentaire. Adopté en 2001, le Traité international sur les RPGAA vise à promouvoir l'importance de ces ressources, et à proposer des solutions pour leur conservation et utilisation durable. Le Traité a deux apports principaux innovants : la reconnaissance des droits des agriculteurs et la constitution d'un système multilatéral de l'accès et du partage des avantages. La thèse est un travail de conceptualisation du Traité. Elle étudie les concepts et les mécanismes juridiques utilisés et examine les rapports entre le Traité et les textes internationaux des domaines connexes (Convention sur la diversité biologique, Convention internationale pour la protection des obtentions végétales, le droit de brevet issu de l'Accord sur les aspects de droit de propriété intellectuelle qui touchent au commerce) afin d'analyser les moyens juridiques pour la mise en oeuvre du Traité au niveau régional, sous-régional et national. L'établissement du Système multilatéral permet d'envisager une nouvelle façon de gérer les ressources naturelles. La mutualisation des ressources appartenant à l'Etat démontre qu'il s'agit d'une application du concept du patrimoine commun de l'humanité. Les droits des agriculteurs sont une complémentarité nécessaire des droits des obtenteurs et phytogénéticiens, vu le rôle actif des agriculteurs dans la conservation des RPGAA. La mise en oeuvre de ces deux mécanismes juridiques par les Etats Parties est déterminante pour le bon fonctionnement du Traité
Plant genetic ressources for food and agriculture (PGRFA) are crucial for humanity. We inherit an amazing diversity of genetic ressources thanks to the work of generations of farmers (in situ conservation) and genebanks (ex situ conservation). The loss of the ressources would result in the potential for major food insecurity. Adopted in 2001, the International Treaty on PGRFA promotes an understanding of the importance of theses ressources and the implementation of solutions for their conservation and sustainable use. The Treaty has two main innovative elements: the recognition of farmers' rights to the ressources that past generations of farmers have developed, and the constitution of a Multilateral System of Access to and Benefit-Sharing of theses ressources. This thesis investigates the scope and application of the Treaty through a detailed study of its concepts and mechanisms and the relationship between the Treaty and other international texts (Convention on Biological Diversity, Convention for the Protection of New Varieties of Plants, patent law of the Agreement on Trade-Related Aspects of Intellectual Property Law). It analyses the effectiveness of legal means of implementation of the Treaty at regional, sub-regional and national levels. The establishment of this Multilateral System is a new and innovative tool of the management of natural ressources. In fact, it is an application of the concept of « common heritage of mankind » because it ensures that the genetic ressources held under the sovereignty of individual States are available to others. The concept of farmers' rights in the Treaty is complementary to existing Breeders' Rights, recognizing the active role of farmers in the conservation of PGRFA. The identification of mechanisms for the successful implementation of these two facets, several of which are explored within the thesis, is essential to the success of the Treaty

Des variétés locales d’espèces fruitières, céréalières et potagères ont été collectées dans une zone Alpine propice à leur maintien en culture : le Parc national des Écrins. L’étude a été réalisée en deux phases : 1-Une phase de terrain qui consiste en une analyse ethnobotanique conduisant à une meilleure connaissance de l’origine et de l’identité des variétés locales. 2-Une phase de recherche en laboratoire limitée à l’espèce annuelle la plus représentée, le haricot (Phaseolus vulgaris L. ) qui se décompose en : une analyse agronomique où l’on compare le potentiel des variétés locales aux standards actuels : tests de résistance à l’anthracnose (Colletotrichum lindemuthianum) et étude du comportement photopériodique ; une analyse génétique par électrophorèse enzymatique visant à situer la variabilité des variétés locales par comparaison avec d’autres échantillons de P. Vulgaris, puis de diverses espèces du complexe des Phaseolus. D’un point de vue méthodologique, les résultats obtenus mettent en évidence l’intérêt de l’analyse isozymique pour différencier et classer les différentes espèces de Phaseolus. Sur le plan des ressources génétiques, l’inventaire des variétés locales du Parc national des Écrins dégage les grandes lignes d’une stratégie de collecte, de conservation, et d’évaluation des variétés locales.

Depuis la préoccupation de conservation génétique apparue dans les années 1970, les enjeux autour de la gestion des populations animales à petits effectifs en France se sont diversifiés (valorisation etc.). Les dispositifs de gestion de ces populations ont pris des formes multiples, les acteurs s'y impliquant s'étant eux même diversifiés. L'objectif de ce travail est de contribuer à caractériser ces dispositifs, dans leur diversité et dans leurs dynamiques. La démarche adoptée combine une lecture transversale de récits concernant vingt dispositifs de gestion, et une étude approfondie de trois cas, les cas du porc Blanc de l'Ouest, de la brebis Landaise, et de la vache Rouge Flamande, dans lesquels une attention particulière est portée aux controverses qui se développent. Ce travail propose de porter trois regards sur les dispositifs selon trois pôles : la conservation, la valorisation, l'orientation des populations animales. Des éléments clés de chacun de ces pôles sont repérés dans la lecture transversale des vingt récits. L'étude des controverses dans les trois cas fait ressortir des éléments de compréhension des processus de construction des choix techniques et des organisations. Les dynamiques d'interaction entre conservation et valorisation sont en particulier soulignées, ainsi que le rôle central de la définition des races.