Academic literature on the topic 'Rétention des ARN'

Allèle : une des formes alternatives d'un locus. Dans une cellule diploïde, il y a deux allèles pour chaque locus (un allèle transmis par chaque parent), qui peuvent être identiques. Dans une population, on peut avoir plusieurs allèles pour un locus.Annotation structurale : repérage des coordonnées des diverses structures dans le génome, telles que les gènes.Annotation fonctionnelle : renseignements sur les fonctions des séquences, le plus souvent pour les gènes.BAC : Bacterial Artificial Chromosome. Vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant un grand fragment d’ADN génomique (taille > 100 kb*). Les BAC assemblés en contigs* sont à la base des cartes physiques du génome.Carte cytogénétique : carte des chromosomes. Réalisée par localisation visuelle (FISH*) au microscope de fragments d’ADN sur les chromosomes au stade métaphase de la mitose.Carte d’hybrides irradiés : réalisée en testant par PCR la présence ou l’absence de fragments d’ADN dans une collection de clones d’hybrides irradiés (RH*). Deux fragments d’ADN sont proches sur le génome s’ils sont trouvés fréquemment dans les mêmes clones.Carte génétique : obtenue par l’étude de la ségrégation dans des familles ou des populations, de marqueurs polymorphes, soit moléculaires, soit phénotypiques, deux séquences étant d’autant plus proches qu’elles sont souvent transmises ensemble lors de la méiose.Clonage positionnel : stratégie visant à identifier un gène responsable de l’expression d’un phénotype en utilisant des informations de position sur le génome.Contig : ensemble de clones (le plus souvent des BAC*) ou de lectures de séquence ordonnés grâce à des informations sur leur parties chevauchantes.Cosmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragments d’ADN génomique de taille avoisinant les 50 kb*.CNV : Copy Number Variation ; polymorphisme du génome correspondant à la variation du nombre de copies d’une séquence, pouvant dans certains cas contenir un ou plusieurs gènes.Déséquilibre gamétique : pour deux loci quelconques, c'est le fait que la fréquence des haplotypes* estimée pour tous les gamètes est différente de celle attendue à partir du produit des fréquences alléliques de chaque locus. Synonyme : déséquilibre de liaison. Contraire de : équilibre gamétique.Dominance : qualificatif de l’effet d'un allèle, dont une copie suffit à l'expression du phénotype* approprié. L’allèle A est dominant sur l’allèle a si l’hétérozygote* Aa a le même phénotype* que l’homozygote AA.EST : Expressed Sequence Tag : séquences étiquettes (partielles) de transcrit, obtenues par séquençage aléatoire d’ARN.Evaluation génomique : évaluation de la valeur génétique d’individus d’après leurs génotypes pour un ensemble de loci distribués sur le génome, d’après des équations établies à partir des performances d’individus de référencephénotypés et génotypés.Expression génique : études visant à estimer le niveau de production (expression) des gènes en fonction d’états physiologiques ou de tissus différents.Exon : fraction de la partie codante d’un gène eucaryote. Les gènes des organismes eucaryotes sont le plus souvent fractionnés en plusieurs séquences d’ADN dans le génome, les exons, séparés entre eux par d’autres séquences (introns*).FISH : Fluorescent In Situ Hybridisation. Hybridation de sondes d’ADN marquées à l’aide d’un fluorochrome, sur des chromosomes au stade métaphase de la mitose. Permet la réalisation de la carte cytogénétique.Fingerprinting : technique permettant d’estimer très grossièrement la similarité entre des séquences d’ADN sans les séquencer, par la comparaison des longueurs de bandes produites par des enzymes de restriction coupant l’ADN à des sites précis.Fosmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragment d’ADN génomique de taille déterminée et égale à 40 kb*.FPC : FingerPrint Contig* ; contig* de clones (généralement des BAC*) ordonnés par la technique du fingerprinting, afin d’obtenir une carte physique du génome.Génotype 1 : constitution génétique d'un individu. 2. Combinaison allélique* à un locus particulier, ex: Aa ou aa.Haplotype : combinaison allélique spécifique pour des loci appartenant à un fragment de chromosome défini.Héritabilité au sens strict : proportion de la variance phénotypique due à la variabilité des valeurs génétiques = proportion de la variance phénotypique due à la variance génétique additive.Hétérozygote : individu ayant des allèles non identiques pour un locus* particulier ou pour plusieurs loci. Cette condition définit l’ «hétérozygotie». Contraire de: homozygote.Homologues : séquences similaires en raison d’une origine évolutive commune.Hybride irradié : cellule hybride obtenue par fusion entre cellules hôte d’une espèce et donneuse d’une autre espèce, contenant une fraction aléatoire du génome de l’espèce donneuse, après cassures par irradiation, reconstitution aléatoire de chromosomes ou insertion dans des chromosomes de la cellule hôte et rétention partielle. Deux séquences proches sur le génome sont en probabilité dans les mêmes clones RH*, tandis que deux séquences distantes ont une probabilité faible d’être conservées ensemble.IBD : pour identity by descent. Identité entre deux chromosomes (ou parties de chromosomes), liée à leur descendance d’un même chromosome ancestral.Indel : Insertion – deletion ; polymorphisme de présence ou absence d’un ou plusieurs nucléotides.Intron : séquence non-codante dans les gènes, séparant les exons, qui codent pour une protéine.Kb : kilobase ; séquence de mille paires de bases (pb*).Locus (pl. : loci) : Site sur un chromosome. Par extension, emplacement d’un gène ou d’un marqueur génétique sur un chromosome.Marqueur génétique : séquence d'ADN dont le polymorphisme est employé pour identifier un emplacement particulier (locus) sur un chromosome particulier.Mate-pair : séquences appariées (1 à 10 kb* de distance), produites en circularisant les fragments d’ADN, puis par séquençage à travers le point de jointure.Mb : mégabase ; séquence d’un million de paires de bases (pb*) de longueur.Orthologues : séquences homologues* entre deux espèces.Paired-end : séquences appariées produites par la lecture des deux extrémités de courts fragments d’ADN (moins de 500 pb*) dans le cas des nouvelles technologies de séquençage.Paralogues : séquences homologues* résultat de la duplication d’une séquence ancestrale dans le génome. Il s’agit de deux (ou plus) séquences similaires par homologie dans un même génome.Pb : paire de base ; unité de séquence d’ADN, représentée par une base et sa complémentaire-inverse sur l’autre brin.Phénotype : caractère observable d'un individu résultant des effets conjugués du génotype et du milieu.Phylogénomique : utilise les méthodes de la génomique et de la phylogénie. Par la comparaison de génomes entiers, permet de mettre en évidence des pertes et gains de gènes dans les génomes, ainsi que leur variabilité moléculaire, afin (entre autres buts) d’aider à prédire leur fonctions.Plasmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragment d’ADN génomique de taille allant de 500 pb* à 10 kb* environ.Polymorphisme d'ADN : existence de deux ou de plusieurs allèles* alternatifs à un locus.Puce à ADN ou puce pangénomique : Système permettant pour un individu le génotypage simultané de très nombreux marqueurs génétiques (de quelques milliers à quelques centaines de milliers).QTL : abréviation de locus à effets quantitatifs (de l’anglais Quantitative Trait Locus).Récessivité : qualificatif de l’effet d'un allèle, où l'homozygotie* est nécessaire pour l'expression du phénotype* approprié. opposé de : dominance*.RH : Radiation Hybrid (hybride irradié*)Sanger (méthode de) : méthode de séquençage publiée en 1977 (Sanger et al 1977) et encore utilisée de nos jours avec les séquenceurs à électrophorèse capillaire.Scaffold : ensemble de contigs* de séquence reliés entre eux par des informations apportées par des lectures appariées (mate-pairs* ou paired-ends*).Sélection assistée par marqueurs (abréviation : SAM) : utilisation d’un jeu restreint de marqueurs de l'ADN pour améliorer la réponse à la sélection dans une population : les marqueurs sont choisis comme étroitement liés à un ou plusieurs loci cibles, qui sont souvent des loci à effets quantitatifs ou QTL*.SNP : polymorphisme d'un seul nucléotide à une position particulière de la séquence d’ADN (abréviation de l’anglais Single Nucleotide Polymorphism).Supercontig : nom alternatif pour les scaffolds*.WGS : Whole Genome Shotgun ; production de lectures de séquence d’un génome entier de manière aléatoire.

On reconnaît maintenant aux transcrits des implications multiples dans le fonctionnement des cellules eucaryotes. En plus de leur rôle originel de messagers assurant la liaison entre l'ADN et la synthèse protéique, l’usage de transcrits alternatifs apparaît comme un mode de contrôle post-transcriptionnel de l'expression génique. Exemplairement, plusieurs mécanismes distincts de régulation impliquant la production de transcrits matures retenant des introns (IRTs) ont été récemment décrits. Ces observations sont largement tributaires du développement de la seconde génération de séquençage haut-débit de l'ARN (RNA-seq). Cependant, ces données ne permettent pas d’identifier la structure complète des IRTs , dont le répertoire est encore très parcellaire. L’émergence d’une troisième génération de séquençage, à même de lire les transcrits dans leur intégralité, pourrait permettre d’y remédier. Bien que chaque technologie présente des inconvénients propres qui n'autorisent qu'une vision partielle et partiale du transcriptome, elles se complètent sur plusieurs points. Leur association, au moyen de méthodes dites hybrides, offre donc des perspectives intéressantes pour aborder l'étude des isoformes. L'objet de cette thèse est d'examiner ce que ces deux types de données peuvent, seuls ou combinés, apporter plus spécifiquement à l'étude des événements de rétention d'intron (IR). Un nombre croissant de travaux exploitent la profondeur et la largeur de couverture des données de seconde génération pour déceler et quantifier l'IR. Toutefois, il existe encore peu de méthodes informatiques dédiées à leur analyse et l’on fait souvent appel à des méthodes conçues pour d'autres usages comme l'étude de l'expression des gènes ou des exons. En tous les cas, leur capacité à apprécier correctement l'IR ne sont pas garanties. C'est la raison pour laquelle nous mettons en place un plan d'évaluation des méthodes de mesure des niveaux d’IR. Cette analyse révèle un certain nombre de biais, susceptibles de nuire à l'interprétation des résultats et nous amène à proposer une nouvelle méthode d’estimation. Au-delà de la vision centrée sur les variants, les données de longs reads Oxford Nanopore ont le potentiel de révéler la structure complète des IRTs, et ainsi, d’inférer un certain nombre de leurs caractéristiques. Cependant, leur taux d’erreur élevé et la troncation des séquences sont des obstacles incontournables. A large échelle, le traitement informatique de ces données nécessite l’introduction d’heuristiques, qui privilégient certaines formes de transcrits et, en général, occultent les formes rares ou inattendues. Il en résulte une perte importante d’information et de qualité d’interprétation. Pour la réduire, nous développons une méthode hybride de correction des séquences et proposons des stratégies ciblées pour reconstituer et caractériser les IRTs
In eucaryotic cells, the roles of RNA transcripts are known to be varied. Besides their role as messengers, transferring information from DNA to protein synthesis, the usage of alternative transcripts appears as a means to control gene expression in a post-transcriptional manner. Exemplary, the production of mature transcripts retaining introns (IRTs) was recently shown to take part in several distinct regulatory mechanisms. These observations benefited greatly from the development of the second generation of RNA-sequencing (RNA-seq). However, these data do not allow to identify the entire structure of IRTs, whose catalog is still fragmented. The emerging third generation of RNA-seq, apt to read RNA sequences in their full extent, could help achieve this goal. Despite their respective drawbacks and biases, both technologies are, to some extent, complementary. It is therefore appealing to try and combine them through so-called hybrid methods, so as to perform analyses at the isoform level. In the present thesis, we aim to investigate the potential of these two types of data, alone or in combination, in order to study intron retention (IR) events, more specifically. A growing number of studies harness the high coverage depths provided by second generation data to detect and quantify IR. However, there exist few dedicated computational methods, and many studies rely on methods designed for other purposes, such as gene or exon expression analysis. In any case, their ability to accurately measure IR has not been certified. For this reason, we set up a benchmark of the various IR quantification methods. Our study reveals several biases, prone to prejudice the interpretation of results and prompted us to suggest a novel method to estimate IR levels. Beyond event-centered analyses, Oxford Nanopore long read data have the capability to reveal the full-length structure of IRTs, and thereby to allow to infer some of their features. However, their high error rate and truncation events constitute inescapable impediments. Transcriptome-wide, the computational treatment of these data necessitates heuristics which will favor specific transcript forms, and, generally, overlook rare or unexpected ones. This results in a considerable loss of information and precludes meaningful interpretations. To address these issues, we develop a hybrid correction method and suggest specific strategies to recover and characterize IRTs

La maturation nucléaire des primary microARN (pri-miARN) catalysée par le complexe DGCR8-Drosha (Microprocesseur) est hautement régulée. Cependant peu de choses sont connues quant à l'organisation spatiale de la biogénèse des microARN dans le noyau des mammifères. Nous avons pu visualiser pour la première fois, dans des cellules vivantes et à l'échelle du noyau unique, le cheminement intra-nucléaire d'un pri-miARN exprimé de manière endogène et généré par le cluster de microARN du chromosome 19 (C19MC) depuis son site de transcription jusqu'aux molécules uniques de pri-miARN liées à DGCR8 dans le nucléoplasme. Nous avons pu montrer que le microprocesseur et dans un moindre cas les protéines RHA, ILF3, hnRNP C1/C2 et EWS se concentrent au niveau des pri-miARN non épissés du C19MC à proximité de leurs gènes. La combinaison d'expériences de Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP), Fluorescence Cross-Correlation Spectroscopy (FCCS) et de depletion par ARN interférence (RNAi), apporte des évidences d'un recrutement de DGCR8 et Drosha au niveau des pri-miARN du C19MC sous la forme d'un complexe préformé qui se dissocie séparément. Notre étude par une approche d'imagerie de cellules vivantes suggère que suite à l'interaction avec les pri-miARN et probablement de manière concomitante avec le clivage effectué par Drosha, le microprocesseur subit des changements conformationnels qui permettent le relargage de Drosha alors que DGCR8 reste lié de façon plus stable aux pri-miARN
Nuclear primary microRNA (pri-miRNA) processing catalyzed by the DGCR8-Drosha (Microprocessor) complex is highly regulated. Little is known, however, about how microRNA biogenesis is spatially organized within the mammalian nucleus. Here, we image for the first time, in living cells and at the single-gene level, the intra-nuclear trafficking of endogenously-expressed pri-miRNAs generated at the human imprinted Chromosome 19 MicroRNA Cluster (C19MC), from transcription sites to single molecules of DGCR8-bound pri-miRNA in the nucleoplasm. We report that Microprocessor and, to lesser extent, RHA, ILF3, hnRNP C1/C2, and EWS proteins, concentrate onto unspliced C19MC pri-miRNA retained in close proximity to their genes. A combination of Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP), Fluorescence Cross-Correlation Spectroscopy (FCCS) and RNAi experiments provides direct visual evidence that DGCR8 and Drosha are targeted to C19MC pri-miRNAs as a preformed complex but dissociate separately. Our live-cell imaging study supports the view that, upon pri-miRNA loading and most likely concomitantly with Drosha-mediated cleavages, Microprocessor undergoes conformational changes that trigger the release of Drosha while DGCR8 remains stably bound to pri-miRNA

L’adaptation motrice renvoie à la capacité de notre système nerveux à produire continuellement des mouvements précis et ce malgré le fait que notre environnement ainsi que notre corps puissent être soumis à des modifications. Le transfert d’adaptation entre les membres découle de notre habilité à généraliser ce que l’on a appris, par exemple, avec un bras au bras opposé. Le transfert entre les membres est un objet d’étude complexe. Les conditions amenant au transfert sont largement débattues dans la littérature car les résultats d’une étude à l’autre peuvent être contradictoires. Ce travail de thèse s’inscrit dans une tentative d’apporter une explication concernant l’hétérogénéité des performances et les divergences observées dans les différentes études portant sur le transfert entre les membres. Les deux premières expériences avaient pour but d’identifier si des conditions paradigmatiques ou idiosyncratiques pouvaient influencer les performances du transfert au bras opposé. L’objectif de la troisième expérience était d’étudier l’influence des processus sous-jacents à l’adaptation sur le transfert entre les membres d’après le modèle de Smith et collaborateurs (2006). Nos résultats nous ont permis d’éclaircir certains aspects du transfert concernant les facteurs prédictifs et les processus mis en jeu. Nos deux premières études suggèrent que les différences individuelles sont une source d’information pertinente pour expliquer certains comportements tels que le transfert entre les membres. Notre troisième étude nous a permis de caractériser les processus qui, durant l’adaptation, prédisposent au transfert
Motor adaptation refers to the capacity of our nervous system to produce accurate movements while the properties of our body and our environment continuously change. Interlimb transfer is a process that directly stems from motor adaptation. It occurs when knowledge gained through training with one arm change the performance of the opposite arm movements. Interlimb transfer of adaptation is an intricate process. Numerous studies have investigated the patterns of transfer and conflicted results have been found. The attempt of my PhD project was to identify which factors and processes favor interlimb transfer of adaptation and thence may explain the discrepancies found in the literature. The first two experiments aimed at investigated whether paradigmatic or idiosyncratic features would influence the performance in interlimb transfer. The third experiment provided some insights on the processes allowing interlimb transfer by using the dual-rate model of adaptation put forth by Smith et al. (2006). Our results show that inter-individual differences may be a key factor to consider when studying interlimb transfer of adaptation. Also, the study of the different sub-processes of adaptation seems helpful to understand how interlimb transfer works and how it can be related to other behaviors such as the expression of motor memory