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Dissertations / Theses on the topic 'Rétrovirus – Génétique'
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Alexandre, Cyrille. "Activation de gènes cellulaires par le transactivateur Tax du rétrovirus HTLV-1." Montpellier 2, 1991. http://www.theses.fr/1991MON20065.
Full textAbstract:
La comprehension de la pathogenese d'une infection virale necessite la connaissance du role exact des facteurs cellulaires et des proteines virales qui controlent la replication du virus. Dans le cs du retrovirus htlv-1, responsable de leucemies (atl) et de maladies neurologiques (tsp), il semble que la proteine tax joue un role cle dans les evenements moleculaires conduisant a ces pathogeneses. En effet, tax active son propre promoteur (ltr), augmentant ainsi la replication virale. Mais tax est aussi capable d'activer des genes cellulaires comme l'il-2 et l'il-2ralpha et de reprimer un gene (human beta polymerase). Au cours de notre etude, nous avons donc recherche si tax etait capable d'activer d'autres genes cellulaires et nous nous sommes particulierement interesses aux genes impliques dans les processus de differenciation et de proliferation cellulaire. Ainsi nous avons pu mettre en evidence la transactivation de quatre genes par tax: un gene codant pour une proteine du cytosquelette (la vimentine), un proto-oncogene (c-fos) et deux genes codant pour des facteurs de transcription. Tax transactive le gene vimentine via la sequence nf-kb alors que la transactivation des genes c-fos, krox-20 et krox-24 fait intervenir des sequences regulatrices telle que le camp response element (cre) et le serum response element (sre). L'activation de ces quatre genes par tax, en association avec les autres genes regles par tax, semble jouer un role important dans l'apparition des maladies associees au retrovirus htlv-1
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Lemaître, Cécile. "Virologie moléculaire d'un rétrovirus endogène humain fonctionnel." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2016. http://www.theses.fr/2016USPCC329/document.
Full textAbstract:
Environ 8% du génome humain est constitué de rétrovirus endogènes (HERV). La famille de bétarétrovirus HERV-K(HML2), l'une des plus actives chez l'homme, est entrée il y a 45 millions d'années dans le génome des primates et s'est amplifiée efficacement depuis, et ce malgré l'existence de nombreuses protéines cellulaires, appelées facteurs de restriction, qui s'opposent à la réplication du virus dans la cellule hôte. La Tetherin/BST2, l'un d'entre eux, est une protéine membranaire capable de bloquer le relargage des virions dans le milieu extracellulaire et est active sur la plupart des virus enveloppés testés jusqu'à présent, en particulier HERV-K(HML2). Nous avons tout d'abord mis en évidence que l'enveloppe (Env) de la famille HML2 est un antagoniste de la Tetherin, propriété qui a pu contribuer au succès de l'amplification de la famille HERV¬K(HML2) dans les génomes. Plusieurs domaines de l'enveloppe coopèrent pour s'opposer à l'action du facteur de restriction : la SU (domaine d'interaction), ainsi que la partie transmembranaire, alors que la queue cytoplasmique n'est pas indispensable. Le mécanisme de cette inhibition n'a pas été encore complètement élucidé, mais l'on sait, comme pour la glycoprotéine d'Ebola, que l'Env HERV-K(HML2) n'induit ni relocalisation, ni dégradation de la Tetherin. Etant donné le grand polymorphisme insertionnel de la famille HERV-K(1-IML2), il est très probable que cette activité anti-Tetherin endogène soit variable entre les individus, ce qui pourrait avoir des conséquences dans les pathologies où les éléments HERV-K(HML2) sont spécifiquement induits. Parmi ces pathologies, les cancers de la peau, du sein et de la lignée germinale présentent une association particulièrement forte avec l'expression de l'Env HERV-K(HML2), que nous avons voulu mieux comprendre dans la suite de ces travaux de thèse. Nous avons dans un premier temps montré que l'expression de l'Env dans des cellules humaines non transformées de l'épithélium de sein (MCF10A), induit la transition vers un phénotype mésenchymateux (EMT, transition épithélio-mésenchymateuse), caractéristique de l'apparition de métastases dans les cancers. Cette transition est associée à une augmentation de la mobilité des cellules (mise en évidence dans des tests Transwell), à un changement de morphologie des cellules et à une modification du profil d'expression de quelques marqueurs moléculaires caractéristiques (E-cadherin, N-cadherin, vimentin, fibronectin). Grâce à une étude transcriptomique en cellules 293T, nous avons mis en évidence que l'expression de l'Env HERV-K induit fortement plusieurs facteurs de transcription : ETV4, ETVS, ainsi que EGR1, qui ont été identifiés comme des marqueurs du processus de tumorigénèse dans différents modèles. Nous avons également montré que l'Env HERV-K active la voie des MAP kinases via ERK 1/2 —dérégulée dans un grand nombre de cancers- en amont de la kinase Raf. Ces phénomènes d'induction de la transduction de signal requièrent la présence de la queue cytoplasmique de l'enveloppe. De façon remarquable, seule l'enveloppe du bétarétrovirus de mouton JSRV, oncogénique in vivo, est capable d'activer les mêmes voies de signalisation, ce qui renforce l'hypothèse d'une implication de l'Env HERV-K(HML2) dans la tumorigenèse<br>Human endogenous retroviruses (HERV) represent about 8% of our genomic content. HERV-K(HML2) betaretroviral family is one of the most active in humans. Although it entered 45 million years ago in the primate genomes, its members have amplified quite recently despite the existence of restriction factors, which are host proteins blocking viral replication in cells. Tetherin/BST2 is one of them and acts by keeping the viral particles attached to the cell surface. It targets most enveloped viruses tested so far including HERV-K(HML2). We show that the envelope protein (Env) of HML2 family is an antagonist of Tetherin retriction, property that probably helped the endogenous retrovirus to efficiently amplify in the genomes. We mapped several domains required for antagonism : the surface subunit of Env (SU), which interacts with Tetherin, and the transmembrane. We also show that the cytoplasmic tail is dispensable for counteraction. Similar to Ebola glycoprotein, HERV-K(HML2) Env does not mediate Tetherin degradation or cell surface removal; therefore, it uses a yet-undescribed mechanism to inactivate the restriction factor. Due to their recent amplification, HERV-K(HML2) elements are extremely polymorphic in the human population, and it is likely that individuals will not all possess the same anti-Tetherin potential. This could have functional consequences in pathologies where HERV-K(HML2) is specifically induced. Among them, melanomas, breast cancers and germ line tumors display a strong association with HML2 Env expression, that we wanted to better analyse. We first show that Env expression in a model of epithelial human breast cancer cells induces the so-called EMT (epithelial mesenchymal transition), critical for cancer progression and the process of metastasis. This includes enhanced migratory capacities (shown by transwell assays), changes in cell morphology and characteristic modifications in a set of molecular markers (e.g. E-cadherin, N-cadherin, vimentin, fibronectin). Microarray experiments performed in 293T cells revealed that HERV-K(HML2) Env is a strong inducer of several transcription factors, namely ETV4, ETVS and EGRI, which have been associated with cellular transformation. Importantly, we also show that HERV-K(HML2) Env activates the MAP kinase pathway via ERK 1/2, key player in numerous cancers. This induction occurs upstream of the kinase Raf and involves the cytoplasmic tail of HERV-K(HML2) Env. In addition, this phenomenon is very specific, being absent with every other Env tested, except for JSRV Env which is already known to have transforming properties in vivo
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Bru, Thierry. "Les rétrovirus recombinants : un outil pour l'étude de la transcription inverse et de la mobilisation d'ARNs hétérologues." Tours, 2004. http://www.theses.fr/2004TOUR3301.
Full textAbstract:
Les rétrovirus ont été les premiers virus utilisés comme vecteurs en thérapie génique. La conservation de séquences d'origine virale dans les vecteurs est à l'origine de recombinaisons pouvant conduire à l'obtention de virus partiellement réplicatifs. D'autres évènements de recombinaison ont également été mis en évidence lors de la transcription inverse des ARN viraux. Nombre d'études ont montré que la transcriptase inverse pouvait réaliser des sauts intra- ou inter-moléculaires entre 2 ARNs génomiques. Le premier objectif de notre étude a été d'analyser et de quantifier les évènements de sauts inter-moléculaires réalisés par la transcriptase inverse lors de la synthèse de l'ADN proviral. Pour cela, nous avons construit une série de vecteurs rétroviraux défectifs pour leur réplication, ne pouvant réaliser une réaction complète de transcription inverse. Différentes séquences identiques ont été clonées dans les vecteurs complémentaires afin de comparer les fréquences de recombinaison induites par chacune d'entre elles. Nous nous sommes également intéressés au signal d'encapsidation des vecteurs rétroviraux. Nous avons remplacé, au sein d'un provirus recombinant, le par une banque de séquences aléatoires. Ces vecteurs ont été sélectionnés par une technique dérivée du SELEX. Le crible devait sélectionner, par infection, les séquences capables de se substituer efficacement au sauvage. Enfin, certaines études ont montré que l'expression isolée du gène gag dans un vecteur dérivé du Semliki Forest Virus (SFV) permettait d'obtenir de particules ayant recrutées les ARN hétérologues du vecteur SFV. Nous avons tiré profit de cette observation pour promouvoir le recrutement rétroviral d'un vecteur SFV défectif. Nous avons également montré que les réplicons ARN de SFV pouvaient être mobilisés dans des pseudoparticules formées par la seule expression de l'enveloppe du VSV<br>Retroviral vectors have been the first used in clinical gene therapy. The presence of viral sequences in these vectors can promote homologous recombination leading to the formation of fully or partially replicative competent retrovirus. Other recombination events have been identified during the reverse transcription of the viral RNA. Many studies have shown that the reverse transcriptase can realise intra-molecular switches within the RNA template and inter-molecular switches between identical sequences present in copackaged viral RNA. The first aim of our study was to analyse and quantify the events of inter-molecular switches during the proviral DNA synthesis. For that, we designed different couple of retroviral vectors defective for the completion of reverse transcription. Different homologous sequences were cloned in complementary vectors to compare the frequencies of recombination initiated by each sequence. We have realised a second study concerning the MoMLV packaging signal in retroviral vectors. We have replaced, in a recombinant provirus, the by a bank of random sequences. These vectors have been selected by a technique derivated from the SELEX. This approach should have allowed us to select, by infection, all the sequences able to efficiently replaced the wild type. Others studies have shown that the expression of the gag gene in an SFV (Semliki Forest Virus ) vector promoted to the formation of particles mobilising heterologous SFV RNA. We have first tested the mobilisation of SFV RNA within retroviral particles. We have also shown that SFV RNA could be efficiently mobilised in virus-like particles obtained by the expression of VSV glycoprotein alone. Preliminary studies were realised to understand this mechanism of SFV RNA mobilisation
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Thoraval, Pierrick. "Utilisation de rétrovirus aviaires pour l'élaboration de vecteurs rétroviraux : applications à l'établissement d'une lignée cellulaire aviaire transcomplémentante et à l'action de l'oncogène cellulaire p53 sur les cellules aviaires." Lyon 1, 1988. http://www.theses.fr/1988LYO10144.
Full textAbstract:
Construction de vecteurs a partir de virus defectifs de l'erythroblastose aviaire chez lequel les oncogenes u-erb a et u-erb b sont deletes. Ces vecteurs permettent de vehiculer deux genes exogenes dont l'expression est dirigee par les promoteurs retroviraux. Developpement d'une lignee cellulaire aviaire permettant l'obtention de virus defectifs. Etude de l'expression du gene p53 aviaire a partir de cultures de fibroblastes d'embryon de poulet. L'etude de cet oncogene est en effet necessaire pour l'obtention de lignees cellulaires immortelles. Le gene p53 possede une action positive sur la multiplication cellulaire qui s'avere toutefois insuffisante pour perenniser les cellules infectees
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Moumen, Abdeladim. "Etude du mécanisme de la recombinaison homologue chez les rétrovirus." Paris 11, 2002. http://www.theses.fr/2002PA112133.
Full textAbstract:
Un des facteurs majeurs générant la variabilité génétique chez les rétrovirus est la recombinaison homologue. La recombinaison homologue est le résultat d'un transfert de la synthèse de l'ADN, au cours de la transcription inverse, d'un ARN génomique (ARN donneur) à l'autre ARN (ARN accepteur) présent dans le virion. Afin de disséquer le mécanisme de transfert de brin, nous avons développé un système expérimental qui permet d'étudier la recombinaison sur des séquences rétrovirales in vitro. Un tiers du génome du VIH-1 a été analysé et nous avons montré que des transferts de brin se produisaient fréquemment sur la plupart des séquences étudiées. Nous avons mis en évidence, pour la première fois, un rôle des régions avoisinantes sur la capacité recombinogène d'une région donnée. La capacité de recombinaison d'une séquence donnée est dépendante de la présence d'une structure en tige-boucle. Cette structure est plutôt requise sur l'ARN accepteur que sur le donneur. De plus, nous avons montré que la réaction de transfert est une réaction qui passe par un intermédiaire mono-moléculaire dans lequel un complexe constitué par la transcriptase inverse (RT), l'ARN donneur, l'ADN naissant et l'ARN accepteur se forme avant la réalisation du transfert. Sur la base de ces résultats, nous avons construit un modèle original du transfert de brin. Dans ce modèle, une hybridation de l'accepteur par sa structure tige-boucle sur l'ADN naissant permet de rapprocher l'accepteur du complexe RT/ARN donneur/ADN et d'exercer une contrainte mécanique sur l'ADN qui induit une perturbation de la transcription inverse sur le donneur et aboutit à un remplacement de celui-ci par l'accepteur. Il est bien connu que le repliement de l'ARN est impliqué dans plusieurs processus biologiques, nous avons montré qu'elle est aussi impliquée dans le phénomène qui participe à la génération de la variabilité génétique chez les rétrovirus: la recombinaison homologue<br>Homologous recombination is one of the main factors generating genetic variability in retrovirus. Recombination results from a transfer, by the reverse transcriptase, of the DNA synthesis from a genomic RNA (donor RNA) to the other one (acceptor RNA) presents within the virion. In order to dissect the molecular mechanism of this phenomenon, we have developed a reconstituted in vitro system, which allowed us to study recombination on any retroviral sequence of interest. One third of the genome has been investigated and most regions analysed yielded a high degree of recombination. We have identified, for the first time, that recombination efficiency of a given sequence was dependent on its folding and namely on the presence of a stable hairpin. This hairpin structure was required to be present in the acceptor RNA. Furthermore, we have shown that the strand transfer reaction is an intramolecular process where the acceptor RNA is complexed to the nascent DNA before the transfer. Based on these results, we have proposed a model of recombination in which the acceptor RNA, by its hairpin structure, hybridises to the nascent DNA before the switch occurs. This hybridisation both allows the acceptor RNA to be in close proximity with the nascent DNA and disrupts the process of reverse transcription ongoing on the donor RNA, thereby leading to a displacement of the donor RNA from the polemerase active site and its replacement by the acceptor RNA. It is well known that the folding of the RNA is involved in several biological processes, we have now demonstrated that it is also involved in the process, which generates genetic variability in retrovirus: homologous recombination
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Renoux-Elbé, Céline. "Phylogénie des rétrovirus, et utilisation de la variabilité génétique du SIV dans l'étude de l'immunopathologie." Paris 7, 2003. http://www.theses.fr/2003PA077104.
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Misseri, Yolande. "Analyse fonctionnelle et structurale de la protéine d'enveloppe du rétrovirus endogène GYPSY chez "Drosophila melanogaster"." Montpellier 2, 2003. http://www.theses.fr/2003MON20024.
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Sarot, Émeline. "Régulation du rétrovirus "gipsy" par le locus "flamenco" de "Drosophila melanogaster" : mise en évidence d'un mécanisme d'inhibition par homologie de séquence." Montpellier 2, 2005. http://www.theses.fr/2005MON20060.
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Housset, Valérie. "Analyses génétique et biochimique du rôle de la protéine de nucléocapside du rétrovirus leucémogène murin de Moloney, Molulv." Toulouse 3, 1992. http://www.theses.fr/1992TOU30201.
Full textAbstract:
La proteine de nucleocapside ncp10 du retrovirus leucemogene murin (momulv) est une proteine tres basique de 56 acides amines, possedant un doigt a zinc. Cette proteine est initialement synthetisee sous forme d'un precurseur polyproteique (le precurseur gag) qui par la suite est mature sous l'action de la protease virale, codee par le gene pol. La proteine ncp10 est necessaire a l'encapsidation specifique du genome viral dans les particules. In vitro, la ncp10 active la dimerisation de l'arn viral et favorise l'hybridation du tarn amorce de la reverse transcription sur cet arn. Les resultats obtenus suggerent que le doigt a zinc de la ncp10, bien que requis pour l'encapsidation de l'arn viral dans les virions, n'est pas directement implique dans les interactions avec l'arn viral. De plus, les activites de la proteine in vitro sont independantes de la fixation du zinc. L'etude de mutants de residus arginines et lysines situes de part et d'autre du doigt a zinc de la ncp10 indique que les residus basiques de la proteine sont directement impliques dans les interactions avec l'arn. De telles interactions arn/ncp10 sont necessaires pour conduire a l'encapsidation dans les virions d'un genome viral competent pour la replication. Ces interactions semblent necessiter la maturation de la proteine ncp10. En effet, la deletion de la protease virale, conduit a la production de virions immatures, non infectieux, affectes dans l'encapsidation de l'arnviral. De plus, la proteine ncp10 sous forme precurseur est incapable d'interagir avec l'arn viral dans les particules. Des mutations ponctuelles du site de maturation de la proteine ncp10 inhibent fortement la production de particules virales. Ces resultats suggerent que la maturation de la proteine ncp10 est une etape importante pour initier l'assemblage et l'expulsion des virions d'une cellule infectee par le retrovirus murin momulv
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Lopez-Lastra, Marcello. "Mise en évidence de sites d'entrée directe des ribosomes (IRES) chez les rétrovirus et développement de vecteurs rétroviraux polycistroniques MLV-IRES pour la transgénèse." Lyon 1, 1999. http://www.theses.fr/1999LYO1T206.
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Waysbort, Axel. "Etude du contrôle traductionnel des rétrovirus primates VIH1, VIH2, SIV et HTL V-I." Toulouse 3, 2000. http://www.theses.fr/2000TOU30216.
Full text
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El, Hage Jeanne. "Caractérisation génétique de la race de mouton Awassi du Liban en utilisant comme marqueurs des rétrovirus endogènes et l’ADN mitochondrial." Thesis, Paris Sciences et Lettres (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017PSLEP068/document.
Full textAbstract:
La domestication des bétails représente une étape importante dans l'histoire de l'humanité. Le mouton était l'un des premiers animaux à être domestiqués dans le croissant fertile. Ces événements de domestication, probablement initiés au début du Néolithique, ont génétiquement construit les races contemporaines du Moyen-Orient mais aussi du monde entier. L'élevage de moutons, principalement mouton de la race Awassi, représente une activité économique essentielle du Liban ; cependant, jusqu'à présent, il n'existe que très peu de données génétiques sur cette race. De nos jours, les outils moléculaires disponibles nous permettent de définir en détail la diversité génétique des populations de moutons et de retracer leur histoire évolutive. Par conséquent, l'objectif principal de mon projet de thèse était de caractériser génétiquement la race Awassi du Liban. Pour cette étude, 277 échantillons d'ADN génomique prélevés des moutons Awassi du Liban (n = 254) et de la Syrie (n = 23) ont été analysés. Au début, nous avons utilisé cinq rétrovirus endogènes (rétrovirus endogène de moutons de Jaagsiekte-enJSRV) qui sont polymorphiques par insertion dans les génomes du mouton domestique (enJSRV-18, -7, -15, -16 et -22) et ont été précédemment considérés comme très informatifs principalement pour distinguer génétiquement les moutons primitifs des races plus modernes (c.-à-d. le dernier issu de l'épisode migratoire impliquant des moutons avec des traits de production améliorés). En utilisant cette approche, nos résultats montrent une prédominance du type R2 (enjSRV-18 seulement) confirmant que le mouton Awassi du Liban est une race moderne. Comme prévu, le rétrotype R4 (à la fois enJSRV-18 et enJSRV-7), une caractéristique commune des populations de moutons du bassin méditerranéen, se trouve également dans le génome des moutons d'Awassi du Liban et plus accentué dans les troupeaux Syriens. Il est intéressant de noter que les populations de moutons d'Awassi situés dans le nord-est du Liban et ayant ainsi un accès plus restreint à la mer Méditerranée que les autres populations (c'est-à-dire en raison de la chaîne de montagne centrale qui coupe le pays sur deux), présentent une faible fréquence de R4. Bien que l'origine des animaux utilisés pour établir les troupeaux analysés au cours de cette étude soit inconnue, nos résultats fournissent également certaines preuves que le mode d'élevage (ouvert ou fermé) peut influencer les rétrotypes observés et en particulier le R4. De manière surprenante, au cours de cette étude, nous avons également dévoilé la présence de soi-disant "Solo-LTR" (c'est-à-dire généré par une recombinaison homologue) pour un autre enJSRV (enJSRV-6) qui prédomine dans deux troupeaux d'une région particulière du Liban (Nabatieh). Et comme approche complémentaire, deux marqueurs mitochondriaux ont été utilisés, le cytochrome b (Cyt-b) et D-Loop, pour étudier l'origine maternelle de cette race et sa relation phylogénétique au sein de la famille Ovis aries. Dans notre étude, le Cyt-b se révèle plus discriminant que le D-Loop. Des mouton d'Awassi analysé, quatre haplogroupes (HPG) du Moyen-Orient ont été trouvés avec l'analyse du Cyt-b : HPG A, B, C et E, ce dernier étant peu fréquent. De même, l’analyse de la super-séquence, alignement Cyt-b_D-Loop, a permis l’identification de l’HPG D, un HPG extrêmement rare et limité jusqu’à présent aux moutons à queue grasse tel que l’Awassi. Enfin, une expansion passée de la population est observée pour les HPG A, B et C (mais pas pour HPG E) avec les distributions incompatibles et des tests de neutralité négatifs significatifs. Dans l'ensemble, les résultats obtenus au cours de cette étude fournissent une caractérisation génétique complète ainsi que quelques idées sur la structure phylogéographique des populations de moutons de la race Awassi au Liban<br>Livestock domestication represents a milestone in the history of mankind. Sheep was one of the first animals to be domesticated in the Fertile Crescent. These domestication events, probably initiated in the early Neolithic, have genetically built the contemporary races of the Middle East but also of the whole world. Sheep farming, mainly sheep of Awassi breed, represents an essential economic activity of Lebanon; however, so far, only very few genetic data exist on this breed. Nowadays, the molecular tools available allow us to define in details the genetic diversity of sheep populations and to trace their evolutionary history. Hence, the main objective of my PhD project was to genetically characterize the Awassi breed of Lebanon. For this study, 277 genomic DNA samples collected from Awassi sheep of Lebanon (n=254) and Syria (n=23) were analyzed. Initially, we used five endogenous retroviruses (endogenous Jaagsiekte sheep retrovirus-enJSRV) that are insertionally polymorphic within the genomes of domestic sheep (enJSRV-18, -7, -15, -16 and -22) and have been previously shown to be very informative mainly to genetically distinguish between primitive sheep from more modern breeds (i.e. the latter originating from the migratory episode involving sheep with improved production traits). Using this approach, our results show a predominance of the R2 retrotype (enJSRV-18 only) confirming that the Awassi sheep of Lebanon is a modern breed. As expected, the R4 retrotype (both enJSRV-18 and enJSRV-7), a common feature of the sheep populations present within the Mediterranean area, is also found in the Awassi sheep of Lebanon and to more extend in those of Syria. Interesting, the populations of Awassi sheep located in the northeast of Lebanon and thus having a more restricted access to the Mediterranean Sea than the other populations (i.e. due to the central mountain chain cutting the country in two) present R4 weaklier. Even though the origin of the animals used to establish the herds analyzed during this study is unknown, our results also provide some evidences that the mode of rearing (open or closed) may influence the observed retrotypes and in particular R4. Surprisingly, during this study, we also unveiled the presence of so-called “Solo-LTR” (i.e. generated by homologous recombination) for another enJSRV (enJSRV-6) that are predominant in two herds of a particular region of Lebanon (Nabatieh). As a complementary approach, two mitochondrial markers were used, the cytochrome b (Cyt-b) and D-Loop, to investigate the maternal origin of this breed and its phylogenetic relationship within the Ovis aries family. In our study, the Cyt-b turns out to be more discriminative than the D-Loop. From the Awassi sheep analyzed, four haplogroups (HPGs) of the Middle-East were found with Cyt-b analysis: HPG A, B, C and E, the latter being the least frequent. Also, the super-sequence analysis, Cyt-b_D-Loop alignment, allowed the identification of HPG D, an extremely rare HPG, limited till now to fat-tailed sheep such as Awassi. Finally, a past population expansion is observed for the HPG A, B and C (but not for HPG E) with mismatch distributions and significant negative neutrality tests. Overall, the results obtained during this study provide a comprehensive genetic characterization as well as some insights into the phylogeographic structure of the sheep populations of the Awassi breed in Lebanon
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Blond, Jean-Luc. "Caractérisation moléculaire d'une nouvelle famille de rétrovirus endogènes humains : herv-w : approches d'une signification biologique." Lyon 1, 1999. http://www.theses.fr/1999LYO10236.
Full textAbstract:
Les rétrovirus endogènes humains (HERV) représentent environ 1% du génome humain mais la signification biologique de leur expression demeure mal comprise. Nos travaux sur les Herv s'inscrivaient initialement dans le cadre d'un projet de recherche sur une étiologie rétrovirale de la sclérose en plaques. En premier lieu, une courte séquence rétrovirale originale a été décrite puis étendue à partir de matériel issu de ce contexte pathologique. Une sonde pol définie à partir de cette séquence rétrovirale partielle a permis de mettre en évidence une expression restreinte au placenta de séquences proches. Par criblage d'une banque d'ADNc d'origine placentaire, nous avons isolé des clones chevauchants permettant la caractérisation moléculaire complète d'une nouvelle famille multicopie de rétrovirus endogènes humains, appelée HERV-W. Nous avons identifié une LRT fonctionnelle, des gènes gag et pol défectifs et un cadre ouvert de lecture complète au niveau du gène Env, codant pour une protéine présentant tous les attributs d'une enveloppe rétrovirale fonctionnelle complète. Une analyse phylogénétique effectuée au niveau nucléique et au niveau protéique montre retrospectivement qe la famille HERV-W appartient à la classe 1 des HERV (pol de type C) et que l'enveloppe est de type D. L'expression de la protéine Env a été mise en évidence dans le placenta. Nous avons suivi plusieurs approches fonctionnelles pour expliquer cette expression dans un contexte physiologique. Nous avons ainsi mis en évidence les propriétés fusogènes de l'enveloppe de HERV-W par l'observation, sur des cellules cultivées exprimant la protéine, de la formation de syncytia via l'interaction avec un récepteur spécifique. L'expression de l'enveloppe dans le placenta et la fonction fusogène mise en évidence suggèrent un rôle physiologique de cette protéine et contribuent à l'exploration de la signification biologique de l'expression des rétrovirus endogènes humains<br>The human genome contains about 1% of human endogenous retrovirus (HERVs) vertically transmitted to the offspring. The biological signifiance of HERV expression awaits clarification. A research program on a retroviral etiology of multiple sclerosis initiated our findings on HERVs. Frst, a short yet undescribed retroviral sequence has been detected and partially characterised from biological material obtained in this pathological context. A Pol probe designed according to this sequence allowed us to reveal a placental restricted expression of related sequences. This led to the isolation of overlapping cDNA clones from a placental cDNA library and to the complete molecular characterization of a novel multicopy human endogenous retrovirus family, HERV-W. We identified a functional LTR, defective Gag and Pol genes and a complete Env open reading frame (ORF) which encoded a glycoprotein exhibiting the whole features of a functional retroviral envelope. According to the phylogenetic analyses, HERV-W was a class 1 HERV family (with a C-type Pol sequence) with a D-type envelope. The placental expression of the Env glycoprotein has been evidenced. To further characterise such an expression in a physiological contex, we followed several functional approaches. We demonstrate that the HERV-W Env gene product is an highly fusogenic membrane glycoprotein which induces the formation of a syncytia upon its specific interaction with cells expressing the D-type mammalian retroviruses receptor. These fusion events together with the placental restricted expression suggests a physiological role and sustain the debate about the biological significance of HERV expression with experimental data
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Ramirez, Jean-Marie. "Leucémogenèse induite par les rétrovirus Mo-MLV chez la souris." Montpellier 1, 2005. http://www.theses.fr/2005MON1T007.
Full textAbstract:
CHEZ LA SOURIS ADULTE BALB/c PREALABLEMENT TRAITEE AU PRISTANE, L'INOCULATION DU RETROVIRUS Mo-MLV INDUIT LA FORMATION DE LEUCEMIES MYELOIDES (MML). DANS 100% DES TUMEURS, LE RETROVIRUS EST INTEGRE DANS LA REGION 5' DU PROTO-ONCOGENE c-myb ET INDUIT LA FORMATION D'UN ARN HYBRIDE gag-myb, QUI RECRUTE UN SITE DONNEUR SD' SITUE DANS gag. DANS LE LABORATOIRE, IL A ETE MONTRE QUE LE SITE SD' GENERE UN ARN SD', TRADUIT EN UNE PROTEINE, APPELEE p50. L'INACTIVATION DE CE DERNIER REDUIT LE POUVOIR INFECTIEUX DES RETROVIRUS Mo-MLV ET F-MLV. AFIN DE DETERMINER LE ROLE DE SD' DANS LA LEUCEMOGENESE DANS LE MODELE MML, NOUS AVONS INFECTE DEUX GROUPES DE SOURIS, LE PREMIER AVEC LE VIRUS Mo-MLV ET LE SECOND AVEC LE VIRUS Mo-MLV MUTE EN SD'. L'ANALYSE DES LEUCEMIES INDUITES PAR CES VIRUS MONTRE QUE LE SITE DONNEUR SD' EST INDISPENSABLE AU DEVELOPPEMENT DE LEUCEMIES MYELOIDES IMPLIQUANT LA FORMATION D'ARN HYBRIDE gag-myb. DANS UNE SECONDE ETAPE, NOUS AVONS ETUDIE LA FONCTION DE SD' DANS LA REPLICATION VIRALE. POUR CELA, L'EXPRESSION DU VIRUS F-MLV ET DE SA VERSION MUTEE EN SD' (F1) A ETE COMPAREE APRES INFECTION NORMALISEE SUR DES CELLULES MURINES MUS DUNNI ET DANS DES CELLULES HUMAINES 293 T APRES TRANSFECTION. NOUS OBSERVONS QUE LE MUTANT F1 EST PLUS FAIBLEMENT EXPRIME PAR RAPPORT A F57. PUIS, NOUS AVONS ANALYSE LA FONCTION DE LA PROTEINE p50 ET L'ARN SD' DANS L'INFECTIOSITE A PARTIR D'UN SYSTEME DE RECONSTITUTION DE VIRUS A L'AIDE DE TROIS VECTEURS. IL SEMBLERAIT QUE LA PROTEINE p50 ET L'ARN SD' PARTICIPENT TOUS DEUX AU POUVOIR REPLICATIF DE F-MLV. NOS RESULTATS REVELENT L'IMPORTANCE DE SD' IN VIVO DANS LA LEUCEMOGENESE DANS LE MODELE MML ET EX VIVO AU COURS DU CYCLE REPLICATIF DU VIRUS.
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Faye, Babacar. "Etude du cycle de réplication de ZAM et d'Idefix, deux rétrovirus endogènes de Drosophila melanogaster : processus d'intégration et de traduction." Clermont-Ferrand 1, 2007. http://www.theses.fr/2007CLF1MM06.
Full textAbstract:
ZAM et Idefix sont 2 rétrovirus endogènes de Drosophila melanogaster, qui possèdent comme les rétrovirus de mammifères tels que HIV, 2 longues répétitions terminales (LTR) en 5' et 3' encadrant 3 cadres de lecture ouverts analogues aux gènes rétroviraux Gag, Pol et Env, et une région non traduite (5'UTR) en aval du 5'LTR. Ce travail de thèse a consisté à étudier 2 étapes essentielles dans le cycle de réplication des rétrovirus : la traduction des protéines virales et l'intégration de l'ADN proviral. La région 5'UTR d'Idefix initie la traduction des protéines virales par une entrée interne des ribosomes (IRES) et Gag réprime ce mode traduction. Cette région est structurée en 5 boucles (A, B, C, D, E) et en séquences répétées en 3'. Nous avons montré in vitro que la séquence minimale capable d'initier la traduction IRES-dépendante des protéines virales d'Idefix (IRES minimum) est contenue dans la séquence 576-834 nts de la région 5'UTR. La boucle A et les séquences répétées ne sont pas nécessaires à la fonction IRES. En outre le domaine Cter de la protéine Gag est responsable de la répression de l'IRES d'Idefix. Ce domaine contient 5 clusters d'acides aminés basiques qui seraient probablement responsable de l'interaction de Gag d'Idefix avec son ARN. Cette partie Cter de Gag se présente comme un domaine clé dans la réplication d'Idefix. Les données permettent de proposer un modèle dans lequel, au cours du cycle viral, l'ARNm d'Idefix est directement traduit par son IRES, puis la protéine Gag produite se fixe sur cet ARN, au niveau région 5'UTR par son domaine Cter et le conduit à l'encapsidation. Cette régulation entre traduction et encapsidation est fonction de la concentration de la protéine Gag. L'ARN génomique des rétrovirus est rétrotranscrit en ADNc et, est inséré dans l'ADN de l'hôte à partir duquel, il sera transcrit par la machinerie de cellulaire. ZAM s'intègre spécifiquement dans une séquence consensus GCGCGC. Nous avons montré que l'intégrase (IN) de ZAM interagit spécifiquement avec ce site d'insertion et avec un autre site de fixation dont la séquence contient au moins le triplet CTC. L'interaction de l'IN de ZAM avec ce site de fixation est nécessaire à son activité endonucléasique au niveau du site d'intégration GCGCGC. De plus, nous avons démontré que la fixation des LTR de ZAM et de l'ADN de l'hôte est la propriété du domaine Cter de l'IN. Ces données nous permettent de proposer un modèle dans lequel, l'IN de ZAM interagit avec l'ADN proviral pour former le complexe de préintégration (PIC) et, avec le site de fixation CTC pour cliver ensuite au niveau de la séquence GCGCGC de l'ADN de l'hôte, permettant enfin l'intégration du provirus ZAM. Une meilleure compréhension des mécanismes de traduction et d'intégration de ZAM et Idefix, apporteront certainement des informations importantes pour la mise au pint des molécules contre les rétrovirus comme le HIV, vu leurs similitudes structurales et fonctionnelles<br>ZAM and Idefix are 2 endogenous retroviruses from Drosophila melanogaster very similar to mammalian retroviruses such as HIV. Two long terminal repeat (LTR) flank 3 open reading frames Gag, Pol and Env, and an unstranslated region (5'UTR) downstream the 5'LTR. The aim of this PhD was to study 2 essentially steps in the retroviral cycle of ZAM and Idefix : their genomic integration as proviral copies, and the translation of their proteins. The ribosome fixation on an IRES (Internal ribosomal entry site) identified in the Idefix 5'UTR region allows translation of its open reading frames. However, it has been shown that the Gag product of Idefix is able to repress this IRES dependent translation. At a structural level, the RNA molecule transcribed from the 5'UTR of Idefix is composed of 5 loops (A, B, C, D and E) and a stretch of repeated sequences present at the 3' end. We demonstrated in vitro that the minimal sequence able to initiate the IRES dependent translation, the so-called minimal IRES, is localised between the 576-834 nucleotides of the 5'UTR region of Idefix. Additionally, the A loop and the repeated sequences are not necessary for the IRES function. The C-terminal region of the Gag protein is involved in the Idefix IRES repression. This domain contains 5 basic amino acid clusters which are probably important for the interaction between Gag and its RNA. From these results, we propose a model in which Idefix mRNA are translated in an IRES dependent manner during the viral cycle. When Gag is produced, it targets and binds this RNA, and leads it to viral encapsidation. This occurs by an interaction between its basic C-terminal domain and the 5'UTR RNA. In the course of retroviral replication, the genomic RNA is firstly reverse transcribed and the resulting cDNA is inserted into the host genome as a proviral copy that will initiate new rounds of replication with the help of the cellular machinery of its host. The consensus sequence GCGCGC is known to be a preferential target for ZAM integration within the Drosophila genome. We demonstrated that the ZAM integrase (IN) interacts with 2 specific sequences of the host genome : the consensus sequence GCGCGC identified as the integration site, and another site containing the CTC sequence. We demonstrated that the IN C-terminal domain binds the ZAM LTR. We propose a model whereby ZAM integrase binds its own LTR to form a preintegration complex (PIC) and then, targets a genomic CTC triplet and cuts a proximal GCGCGC site to proceed to ZAM integration. Because of their structural and functional similarities, a better understanding of ZAM and Idefix translation and integration pathways will certainly bring crucial data for the understanding of mammalian retroviral replication cycles
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Wang, Piao. "Contribution à l'étude de l'encapsidation de l'ARN génomique dimère du rétrovirus murin MuLV et à l'examen de sa dérive génétique." Toulouse 3, 1990. http://www.theses.fr/1990TOU30093.
Full textAbstract:
Le virus de la leucemie murine (mulv) appartient a la famille des retrovirus qui provoquent diverses formes de cancer, d'immunodeficience et d'arthrite chez l'animal et l'homme. Des donnees genetiques ont montre que l'encapsidation du genome mulv, un arn positif et dimere, etait controlee en cis par la sequence psi, et en trans par la proteine de la nucleocapside virale ncp10. Les etapes precoces de l'encapsidation du genome mulv ont ete etudiees grace a des approches biochimique et genetique. Les donnees biochimiques montrent que la dimerisation de l'arn mulv est sous le controle de la sequence psi et de la proteine ncp10 et qu'elle semble necessaire a l'encapsidation du genome arn. Le virus sarcomatogene murin hamsv se replique grace au virus auxiliaire mulv. Dans ces conditions, l'encapsidation du genome de hamsv est sous le controle en trans de la ncp10 du virus auxiliaire mulv et en cis de l'element psi de hamsv. La sequence psi de hamsv a ete cartographiee et les resultats montrent que psi de hamsv, plus riche en guanine que psi de mulv, semble promouvoir une encapsidation deux fois plus efficace du genome retroviral que psi de mulv. Sachant que les retrovirus sont soumis a une intense derive genetique, la variabilite de la sequence psi et des elements qui controlent l'epissage et l'initiation de la reserve transcription du genome retroviral a ete analysee. Les resultats montrent que ces elements qui sont essentiels pour la replication virale sont fortement conserves
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Morisson, Mireille. "Les glycoprotéines d'enveloppe du rétrovirus BLV : étude de trois épitopes conformationnels inducteurs d'anticorps neutralisants." Bordeaux 2, 1992. http://www.theses.fr/1992BOR28198.
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Desjardins, Delphine. "Nouvelles stratégie de vaccination génétique et modèles d'étude pour le développement d'un vaccin contre le virus de l'hépatite C." Paris 6, 2009. http://www.theses.fr/2009PA066160.
Full textAbstract:
Le développement de vaccins contre les virus responsables d’infections chroniques tels le virus de l’hépatite C (VHC) et le virus de l’immunodéficience humaine représente un réel défi à l’heure actuelle. De nouvelles stratégies vaccinales capables d’induire simultanément des réponses immunes cellulaires fortes et des réponses anticorps neutralisantes doivent être développées afin de générer des vaccins efficaces contre ces virus. L’expérience vaccinale chez l’homme et les observations expérimentales révèlent que la forme particulaire des antigènes est la meilleure forme d’immunisation possible. Nous avons ainsi développé une stratégie vaccinale innovante dite « plasmoVLP » qui combine les avantages de la vaccination ADN à ceux de la vaccination par les pseudo-particules virales (les « VLPs » pour « virus-like particles »). Les plasmoVLPs sont des plasmides qui, après injection, aboutissent à la production in situ de pseudo-particules virales véhiculant des antigènes d’intérêt. Nous avons démontré que les plasmoVLPs induisent une immunité antivirale protectrice contre un virus leucémogène murin, contrairement à des vecteurs contrôles prévenant la formation des pseudo-particules virales. L’utilisation de pseudo-particules virales recombinantes comme plateforme antigénique pour des antigènes modèles nous a également permis de montrer les avantages de la stratégie plasmoVLP aussi bien pour la génération des réponses immunes cellulaires que des réponses anticorps neutralisantes. La possibilité de pseudotypage des pseudo-particules virales par les glycoprotéines d’enveloppe du VHC nous a permis de développer l’utilisation des plasmoVLPs pour la vaccination contre ce virus. L’ensemble de nos études vaccinales réalisées dans des modèles d’étude murins démontre l’importance de la formulation particulaire des antigènes pour la génération d’une immunité cellulaire anti-VHC efficace et protectrice. Nous avons par ailleurs intégré les plasmoVLPs dans une approche vaccinale de type prime-boost hétérologue où des vecteurs adénoviraux sont utilisés pour la primo-immunisation et les plasmoVLPs en rappel. Au regard de l’efficacité vaccinale de cette stratégie, nous pensons que notre approche offre des perspectives nouvelles pour le développement d’un vaccin contre le VHC. Enfin, soucieux de répondre aux problèmes posés par la différence d’immunogénicité observée pour les nouveaux candidats vaccins dans les études précliniques et cliniques, nous avons évalué la possibilité d’utiliser un modèle de souris humanisées comme outil prédictif des réponses immunes vaccinales humaines. Nos données actuelles soulèvent de nombreuses questions quant à l’utilisation de ce modèle pour l’évaluation de l’immunogénicité des candidats vaccins.
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Landry, Sébastien. "Caractérisation et régulation de la transcription antisens chez le VIH-1 et les rétrovirus HTLVs." Thesis, Université Laval, 2009. http://www.theses.ulaval.ca/2009/26531/26531.pdf.
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Sol, Nathalie. "Etude de l'interaction de la protéine NS1 du parvovirus humain B19 avec la région LTR du rétrovirus VIH1." Paris 5, 1992. http://www.theses.fr/1992PA05P004.
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Marchand, Virginie. "Etude des mécanismes de régulation de l'épissage des ARN de deux rétrovirus, le virus du Sarcome de Rous (RSV) et le virus responsable de l'immunodéficience humaine (VIH-1)." Nancy 1, 2005. http://www.theses.fr/2005NAN10190.
Full textAbstract:
L'épissage est une étape majeure dans le cycle de multiplication du virus VIH-1. Un seul transcrit permet la production d'une quarantaine d'ARNm différents par l'utilisation combinée de 4 sites 5' et 8 sites 3' d'épissage. Nous avons établit la structure secondaire de la région autour d'un site 3' (A7) et mis en évidence un nouvel élément régulateur alternatif Janus qui fixe les protéines hnRNP A1 ou les protéines SR ASF/SF2. Nous avons montré que l'épissage au site A7 est régulé par les protéines SR ASF/SF2, 9G8 et hnRNP A1. Par ailleurs, nous avons développé une approche de protéomique basée sur une chromatographie d'affinité couplée à une électrophorèse mono ou bi-dimensionnel suivie d'une analyse par spectrométrie de masse qui a permis l'identification de nouvelles protéines capables d'interagir avec un ARN contenant le site A7 et l'élément Janus. Enfin, nous avons créé un plasmide avec deux gènes rapporteurs luciférases permettant de quantifier l'épissage des ARN pré-messagers dans les cellules de mammifères. En parallèle, nous avons établit la structure secondaire de l'élément NRS du virus du Sarcome de Rous et identifié les sites de fixation des protéines SR (SC35, SRp40 et ASF/SF2) et hnRNP A1<br>Pre-mRNA splicing is a key step for HIV-1 multiplication. Four donor and eight acceptor sites are used in combination to produce 40 different mRNA. We established the RNA secondary structure around the A7 3' acceptor site and discovered a new regulatory cis acting sequence called Janus element that binds either hnRNP A1 or ASF/SF2 proteins. Moreover, the A7 splicing site is regulated by ASF/SF2, 9G8 and hnRNP A1. We used a proteomic approach based on an affinity chromatography coupled with 1 or 2D gel electrophoresis and mass spectrometry. By this approach, we identified new proteins which can interact with an RNA containing A7 3' acceptor site and the Janus element. Finally, we developed a dual luciferase reporter plasmid that can measure the pre-mRNA splicing efficiency in mammalian cells. In parallel, we established RNA secondary structure of the NRS element of the Rous sarcoma virus and identified the binding sites for SR proteins (9G8, SRp40 and ASF/SF2) and hnRNP A1
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Diaz, Jean-Jacques. "Étude des variations de phosphorylation de la protéine ribosomique S6 dans le foie de rat et dans des cellules infectées par des rétrovirus porteurs d'oncogènes." Lyon 1, 1988. http://www.theses.fr/1988LYO1T061.
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Muchardt, Christian. "Régulation transcriptionnelle des rétrovirus humains HIV-1 et HTLV-I : [thèse en partie soutenue sur un ensemble de travaux]." Toulouse, INSA, 1992. http://www.theses.fr/1992ISAT0007.
Full textAbstract:
Hiv-1 et htlv-i sont respectivement les agents etiologiques du sida et de la leucemie des cellules t chez l'adulte. La regulation transcriptionnelle des promoteurs (ltr) de ces virus est entre autre dependante de sequences adn homologues aux sites de fixation du facteur nfkb. Les facteurs c-rel (famille nfkb) et prdii-bf1 reconnaissent potentiellement ces sequences adn et ont ete testes en transfection. Le facteur c-rel est capable d'activer la transcription a partir du ltr de hiv-1 et ce independamment du trans-activateur viral de hiv-1, tat. Prdii-bf1, par contre, necessite la presence de tat pour l'activation du ltr de hiv-1 et la presence du trans-activateur tax de htlv-i pour l'activation du ltr de htlv-i. Par ailleurs, a proximite immediate du site nfkb du ltr de htlv-i, a ete identifie une sequence de reconnaissance du facteur de transcription ap-2. Ce facteur est egalement capable d'activer la transcription du ltr de htlv-i. Cependant, ap-2 peut se complexer avec le trans-activateur tax avec pour effet une inhibition de l'effet activateur de ap-2. Il est egalement demontre que les facteurs de transcription membres de la famille ets participent a la regulation transcriptionnelle du ltr de htlv-i et interviennent dans le mecanisme d'activation par tax
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Calvignac, Sébastien. "De l'identification des séquences anciennes à leur utilisation : études paléogénétiques des ours bruns et des retrovirus simiens." Lyon, École normale supérieure (sciences), 2007. http://www.theses.fr/2007ENSL0423.
Full textAbstract:
Depuis l'intervention de la PC, les fossiles sont devenus un sujet d'étude de la biologie moléculaire. Suivant une méthodologie rigoureuse, le paléogénéticien peut en effet déterminer les séquences des rares fragments d'ADN parfois présents dans les restes anciens. Ces séquences anciennes nous renseignent notamment sur la diversité passée des espèces. Nous nous sommes ainsi intéressés à deux populations disparues d'ours bruns (Ursus arctos), ours de l'Atlas et l'ours de Syrie. Nos analyses indiquent que leurs extinctions à l'époque historique correspondent en fait à une diminution sévère de la diversité génétique de l'espèce , ce qui amène reconsidérer son histoire évolutive. De manière plus inattendue, les séquences anciennes pourraient aussi devenir un outil de la veille anti-rétrovirale. Nous démontrons ici que des os de singes africains (Chlorocebus aethiops) du début du XXème siècle permettent l'amplification d'ADN proviral, ouvrant de nouvelles perspectives à la rétrovirologie<br>Since PCR was invented, fossils have become a subjet of study for molecular biologists. Following a scrupulous methodology, the paleogeneticist can indeed determine the sequences of the rare DNA fragments sometimes still preserved in bones. These sequences notably give us information about the past genetic diversity of species. In the manuscript, we focused on two extinct populations of the brown bear (Ursus arctos) : the Atlas brown bear and the Syrian brown bear. Our analyses indicate that their extinctions during the historical period in fact stand for a severe reduction of the mitochondrial genetic diversity of the species, thus leading to a reassessment of its evolutionary history. In a unexpected fashion, ancient sequences could also become a useful tool in the fight against retroviruses. We show here that bones of early XXth century African monkeys (Chlorocebus aethiops) allow the PCR amplification of proviral DNA, opening new perspectives to retrovirology
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Wahbi, Kamal. "Caractérisation moléculaire d'une translocation t(7;14)(q21;q32) apparue dans une leucémie lymphoïde chronique impliquant un rétrovirus endogène humain et la chaîne lourde des immunoglobulines." Lyon 1, 1997. http://www.theses.fr/1997LYO1T208.
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Rochus, Christina. "Diversité génétique du mouton domestique : exemple de populations suédoises et françaises." Thesis, Paris, Institut agronomique, vétérinaire et forestier de France, 2017. http://www.theses.fr/2017IAVF0008.
Full textAbstract:
Les moutons domestiques sont élevés pour la production de viande, de lait et de laine et sont retrouvés partout dans le monde dans des environnements variés. On a montré que les moutons présentaient une certaine diversité génétique, mais celle-ci n'a pas été complètement caractérisée: il existe encore de nombreuses populations de moutons qui n'ont pas été étudiées. L’objectif de cette thèse était d'étudier la diversité génétique dans des races de moutons suédoises et françaises, en utilisant puces de marqueurs de haute densité. De plus, dans les populations suédoises, d’autres méthodes ont été utilisées: le génotypage de marqueurs microsatellites, de séquences de rétrovirus endogènes et les données de pedigree. Dans la population Gute, l’estimation du niveau de consanguinité et d’'hétérozygotie, en utilisant le pedigree de toute la population suédoise enregistrée, ainsi que le pedigree et des génotypages de microsatellites complémentaires d'un échantillon de la population (N = 94) ont indiqué un schéma de sélection orienté vers une réduction de la consanguinité. L'étude des relations génétiques entre les races grâce au génotypage de rétrovirus endogènes a montré que les races ovines Klövsjö, Värmland, Finewool, Gute et Roslag avaient des caractéristiques de races primitives (absence de rétrovirus ou présence de la séquence rétrovirale spécifique enJSRV-7) tandis que les races ovines Finewool, Gute et Roslag avaient des fréquences modérées de enJSRV-18, ce qui signe des races de moutons plus modernes. L'étude des variants de deux gènes de coloration de la toison, ASIP et MC1R, et leur association avec la couleur noire a révélé différentes histoires de sélection dans cinq races de moutons suédoises étudiées. L'étude de la structure des populations de moutons Dalapäls, Fjällnäs, Gotland, Gute et Klövsjö, grâce au génotypage de puces SNP à haute densité a révélé que ces races sont génétiquement distinctes. Leur comparaison avec d'autres races européennes et des races du Sud-Ouest asiatique les rapproche d'autres races de moutons à queue courte du nord de l'Europe et montre qu’elles ont accumulé plus de dérive génétique que les races provenant d'autres zones géographiques. L'étude de 27 races françaises avec des génotypages de puces à haute densité a révélé que les populations de moutons français abritent une grande partie de la diversité des moutons européens au sein d’une petite région géographique. Les balayages sélectifs ont montré : des points chauds de sélection, des cibles de sélection partagées par de nombreuses espèces, l’introgression d'un allèle adaptatif et une hétérogénéité allélique, qui a été confirmée par le reséquençage ciblé d'un gène de couleur de la toison, MC1R, dans des races sous sélection<br>Domestic sheep are raised for meat, milk and fibre production and are found all around the world in many types of environments. Sheep have been shown to be genetically diverse but this genetic diversity has not been fully described: there are still many sheep populations which have not yet been studied. The purpose of this thesis was to study genetic diversity in Swedish and French sheep breeds using high density marker arrays. Additional methods, including genotyping of microsatellite markers, and endogenous retroviruses and pedigree information were used to study Swedish sheep populations. Inbreeding and heterozygosity estimated in Gute sheep using the pedigree of the entire registered Swedish population and additionally microsatellite genotypes and pedigree from a sample of the population (N=94) indicated a breeding program with the purpose of reducing inbreeding. Studying genetic relationships among breeds by genotyping endogenous retroviruses indicated Klövsjö, Värmland, Finewool, Gute and Roslag sheep breeds had characteristics of primitive breeds (absence of retroviruses or presence of the specific retrovirus event enJSRV-7) although Finewool, Gute and Roslag sheep breeds had moderate frequencies of enJSRV-18 which is indicative of more modern sheep breeds. Studying variants in two coat colour genes, ASIP and MC1R, and their association with black coat colour revealed different selection histories in five Swedish sheep breeds studied. Studying the population structure of Dalapäls, Fjällnäs, Gotland, Gute and Klövsjö sheep, using high density SNP genotyping revealed that these breeds are genetically distinct breeds. When comparing with other European breeds and south west Asian breeds, they grouped with other north European short-tailed sheep breeds and they had generally accumulated more drift than breeds from other geographical areas. Studying 27 French breeds with high density genotypes revealed that French sheep populations harbour much of European sheep diversity in a small geographic area. Selective sweeps identified: selection hotspots, selection targets in many species; introgression of an adaptive allele; and allelic heterogeneity, which was confirmed with targeted resequencing of a coat colour gene, MC1R, in breeds under selection
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Licznar, Patricia. "Les boucles appariées et autres éléments particuliers du recodage : approche descriptive et biologique." Toulouse 3, 2002. http://www.theses.fr/2002TOU3A200.
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Bonnaud, Bertrand. "Composantes évolutives et transcriptionnelles du contrôle de l'activité des éléments rétroviraux endogènes par leur hôte." Lyon 1, 2005. http://www.theses.fr/2005LYO10048.
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Colin, Laurence. "Molecular control of gene expression in the HIV-1 and BLV retroviruses." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2011. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/209944.
Full textAbstract:
Après intégration dans le génome cellulaire de l’hôte, l’expression des rétrovirus dépend d’éléments agissant en cis localisés dans la longue répétition terminale 5’ (LTR5’) et la région leader, de facteurs de transcription cellulaires et viraux agissant en trans ainsi que de l’organisation chromatinienne du provirus intégré. Notre laboratoire a précédemment identifié dans le génome du rétrovirus HIV-1 (Human Immunodeficiency Virus type 1) une région intragénique importante (nt 4079-6026, où nt +1 est le début de U3 dans le LTR5’) composée du fragment 5103, du site hypersensible aux nucléases SH7 et du fragment 5105. Lors de ce travail, nous avons caractérisé physiquement et fonctionnellement différents sites de liaison pour des facteurs de transcription cellulaires localisés dans la région intragénique du virus HIV-1, dont trois sites de liaison pour le facteur inductible AP-1, dans des expériences de retard de migration sur gel et de transfection transitoire. Nous avons montré l’importance de ces trois sites AP-1 pour la réplication virale au niveau transcriptionnel dans des expériences d’infection et d’immunoprécipitation de la chromatine. De plus, nous avons caractérisé l’activité transcriptionnelle associée à la région intragénique du virus HIV-1. D’autre part, la structure nucléosomale du provirus intégré et les modifications épigénétiques associées jouent un rôle crucial pour l’expression des rétrovirus. La répression transcriptionnelle du rétrovirus oncogène BLV (Bovine Leukemia Virus) lui permet d’échapper au système immunitaire de son hôte bovin et favorise ainsi l’apparition de tumeurs. Dans ce contexte, nous avons montré que la méthylation de l’ADN au niveau du promoteur viral permet le maintient de la latence transcriptionnelle. En effet, la méthylation des dinucleotides CpGs localisés dans le LTR5‘ empêche le recrutement in vivo des facteurs de transcription activateurs CREB/CREM/ATF. Nous avons également montré que l’activation transcriptionnelle de l’expression du BLV par la combinaison PMA/ionomycine s’accompagne d’un remodelage chromatinien rapide mais transitoire au niveau du promoteur viral par des expériences de marquage indirect des extrémités et d’immunoprécipitation de chromatine. Nous avons ensuite démontré l’importance du site de liaison pour le facteur de transcription PU.1 et de la E-box 4 qui lie USF-1/-2, tous deux localisés dans la région dont l’accessibilité aux nucléases s’accroît après traitement des cellules, pour l’activation transcriptionnelle de l’expression virale par cette combinaison d’inducteurs. En conclusion, notre travail devrait permettre une meilleure compréhension des mécanismes transcriptionnels et épigénétiques régulant l’expression des rétrovirus HIV-1 et BLV.<br>Doctorat en Sciences<br>info:eu-repo/semantics/nonPublished
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Laverdure, Sylvain. "Régulation de la transcription bidirectionnelle chez le Virus de l'Immunodéficience Humaine de type 1." Thesis, Montpellier 1, 2012. http://www.theses.fr/2012MON13514/document.
Full textAbstract:
Le génome des rétrovirus existe sous deux formes différentes : sous forme d'ARN simple brin, qui est traduit ou encapsidé, ou sous forme d'ADN double brin intégré dans le génome de la cellule hôte infectée. Cette dernière forme, l'ADN proviral, est indispensable à la production de tous les ARNm viraux nécessaires à la synthèse des protéines virales, qui en retour agissent sur la région promotrice située au niveau du LTR 5'. Cependant, l'ADN proviral possède un second LTR à son extrémité 3', capable de réguler une transcription antisens, orientée dans la direction opposée à celle contrôlée par le LTR 5'. L'ADN proviral a donc deux brins codants, ce qui offre au virus un plus grand potentiel de synthèse protéique. Dans le cas du Virus de l'immunodéficience Humaine de type 1 (VIH-1), la transcription antisens permet la production d'une protéine, appelée ASP (Antisense Protein). Dans ce manuscrit, nous démontrons que cette activité transcriptionnelle antisens s'exprime préférentiellement dans les cellules d'origine monocytaire, en particulier les cellules dendritiques ; une localisation membranaire de la protéine ASP a par ailleurs été mise en évidence dans ce type cellulaire. Nos résultats suggèrent également que la transcription antisens du VIH-1 est indépendante de la protéine Tat, et que par ailleurs les deux types de transcriptions ne sont pas exprimés simultanément au sein d'une même cellule. En outre, nos données soulignent que la séquence codante de la protéine ASP est très fortement conservée parmi les différents isolats viraux. Sur la base de l'ensemble de ces résultats, notre hypothèse est que la protéine ASP du VIH-1 possède des fonctions cruciales dans le cycle réplicatif des rétrovirus, indépendantes de la production virale<br>Genome of retroviruses exists in two different forms: as single-stranded RNA that is translated or packaged, or as double-stranded DNA integrated into the genome of the infected host cell. The latter form, the proviral DNA, is essential for the production of all viral mRNAs required for the synthesis of viral proteins, which in turn act on the promoter region located at the 5 '-LTR. However, the proviral DNA has a second LTR at its 3 '-end, capable of regulating antisense transcription oriented in the opposite direction to that controlled by the 5'-LTR. The proviral DNA has then two coding strands, which gives the virus a greater potential for protein synthesis. In the case of the Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1), antisense transcription allows the production of a protein called ASP (Antisense Protein). In this manuscript, we demonstrate that this antisense transcriptional activity is preferentially expressed in cells of the monocyte lineage, in particular dendritic cells; a membrane localization of the ASP protein was also observed in this cell type. Our results also suggest that the antisense transcription of HIV-1 is Tat-independent, and what's more that the two types of transcription are not expressed simultaneously within the same cell. In addition, our data highlight that the ASP protein coding sequence is highly conserved among different viral isolates. Based on these results, our hypothesis is that the ASP protein of HIV-1 has critical functions in the replicative cycle of retroviruses, distinct from viral production
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Molina, Rosa-Maria. "Facteurs influençant l'expression de vecteurs rétroviraux dérivés des virus ALSV in vitro : rôle des pseudotypes rétroviraux sur la spécificité tissulaire du transfert de gènes intraembryonnaire chez les oiseaux." Lyon 1, 1994. http://www.theses.fr/1994LYO10097.
Full textAbstract:
Les animaux transgeniques constituent actuellement un modele particulierement adapte pour de nombreuses etudes in vivo tant en recherche fondamentale qu'en recherche appliquee. Les vecteurs mis au point dans notre laboratoire pour transferer des genes exogenes chez les oiseaux sont derives des retrovirus aviaires alsv et produits en condition helper-free. Ils infectent les cellules permissives et l'information genetique qu'ils vehiculent s'integre efficacement dans le genome cellulaire. Cependant, l'expression stable et efficace des genes transferes depend de multiples facteurs. Ce travail a montre que les sequences regulatrices de la transcription et de la traduction originaires des virus rav-1 et rav-2 autorisent une expression stable et efficace du gene marqueur lacz, introduit par infection retrovirale dans la lignee cellulaire qt6. De plus, la nature et le niveau de la selection appliquee sur les cellules qt6 infectees revelent une grande variabilite de l'efficacite et la stabilite d'expression du gene marqueur transfere. Par ailleurs, l'emploi de stocks viraux portant un genome vecteur identique mais des enveloppes appartenant a des sous-groupes viraux differents, et de titre eleve, permet de cibler l'infection de certains organes in vivo. Cependant, le tropisme d'expression du gene lacz varie egalement en fonction du stade embryonnaire au cours duquel est effectuee l'infection retrovirale. De plus, certains tissus, comme le foie et l'estomac, expriment rarement le gene marqueur bien qu'ils aient incorpore l'information genetique portee par les vecteurs retroviraux
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Drynda, Antoine. "Construction et analyse de vecteurs rétroviraux pour l'étude de l'intégration rétrovirale et le transfert de gènes." Lyon 1, 1994. http://www.theses.fr/1994LYO10042.
Full textAbstract:
Le travail realise porte sur l'utilisation de vecteurs retroviraux derives du virus de l'erythroblastose aviaire (aev). Ce retrovirus transduit deux oncogenes v-erba et v-erbb. Des vecteurs ont ete construits dans lesquels v-erba est remplace par un gene neo de resistance au g418 et v-erbb est remplace par un gene hygro de resistance a l'hygromycine. Ces vecteurs expriment le gene neo a partir du promoteur viral. Le gene hygro est controle par un promoteur heterologue et utilise un signal interne de polyadenylation. La capacite des vecteurs retroviraux a transduire les genes a ete analysee. Les structures etudiees conferent une seule resistance, celle pour laquelle la cellule a ete selectionnee apres l'infection. Les structures provirales sont caracterisees par la deletion du gene de resistance non selectionne. Deux mecanismes moleculaires distincts sont a l'origine des deletions: 1) des recombinaisons, pendant la retro-transcription dans les cellules cibles, qui engendrent la perte du gene hygro; 2) une encapsidation d'un arn sous-genomique anormal dans la lignee productrice, qui est responsable de la perte du gene neo. Dans un autre vecteur, une sequence de 88 pb contenant le signal d'integration du virus aev (appele att2) a ete inseree en amont du promoteur interne. La presence de att2 permet de transduire le gene hygro 100 fois plus efficacement. Le sequencage des jonctions entre l'adn cellulaire et l'adn proviral demontre que la sequence att2 est utilisee lors de l'integration dans le genome cellulaire
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Cosset, François-Loïc. "Tranfert de gènes par des vecteurs rétroviraux aviaires : élaboration de lignées cellulaires transcomplémentantes aviaires, mise au point d'un nouveau procédé de vaccination utilisation des vecteurs rétroviraux." Lyon 1, 1990. http://www.theses.fr/1990LYO10102.
Full textAbstract:
Les retrovirus permettent la mise au point de vecteurs de transfert de genes efficaces, en substituant leurs genes par ceux que l'on veut faire vehiculer. Les structures retrovirales recombinantes qui en resultent sont alors defectives. Pour obtenir sous forme de particules virales vecteur ces structures recombinantes, il est imperatif d'elaborer des cellules dites transcomplementantes qui assurent la formation des seules particules virales vecteurs, ce qui conduit a un stock viral defectif qui ne peut alors perpetuer l'etat de viroproduction. Une premiere partie du travail presente dans ce memoire s'inscrit dans le cadre de l'amelioration des deux composantes du systeme de transfert: les vecteurs retroviraux, et les cellules transcomplementantes, a partir des virus de leucose aviaire (alsv), et en particulier des retrovirus rav-1 (rous associated virus) et aev (avian erythroblastosis virus). Nos resultats montrent qu'il est possible de constuire et de caracteriser des vecteurs retroviraux dont on peut obtenir des titres superieurs a 10#5 particules infectieuses par ml, egalement grace a l'amelioration de vecteurs permettant l'elaboration de cellules transcomplementantes. Une des ameliorations apportees sur les vecteurs retroviraux, consiste a definir parmi plusieurs retrovirus, quelles sont les regions les plus actives agissant en cis sur l'expression. Une des ameliorations apportees sur les constructions transcomplementantes est representee par l'insertion de genes de selection sur les genomes recombinants construits, et l'apport dans une cellule, des genes viraux gag, pol, env selon deux constructions distinctes. Une deuxieme partie du travail presente dans ce memoire porte sur une des possibilites d'utilisation du systeme de transfert de genes developpe, chez l'animal, a des fins de vaccinations, soit contre la leucose aviaire induite par les retrovirus, soit contre la maladie de newcastle indu
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Savard, Nathalie. "Production de vecteurs rétroviraux à l'aide de vecteurs herpétiques de type amplicon." Lyon 1, 1996. http://www.theses.fr/1996LYO10299.
Full textAbstract:
Le travail rapporte dans ce memoire concerne la mise au point d'un nouveau systeme de production de vecteurs retroviraux a partir de vecteurs herpetiques de type amplicon. Pour ceci, une unite de transcription retrovirale, contenant les genes gag, pol et env de momlv sous le controle de sequences activatrice, promotrice et de polyadenylation herpetiques, a ete construite. Cette unite, deletee des deux ltrs, des sites pbs et ppt ainsi que du signal d'encapsidation, mais conservant les sites accepteur et donneur d'epissage, a ete clonee dans un plasmide vecteur herpetique de type amplicon. Des amplicons vecteurs (ou vecteurs gpe) ont ete produits en utilisant un virus auxiliaire hsv-1 defectif, sur des cellules transcomplementantes. La population virale heterogene, constituee de vecteurs gpe et de virus hsv-1 auxiliaires, a ete utilisee pour infecter des cellules te, contenant un provirus integre porteur du gene lacz, (les cellules te-lac2), et le surnageant de ces cellules infectees a ete preleve et filtre a differents temps post-infection. Ces surnageants contiennent des particules retrovirales lacz ecotropes, capables de transduire une activite -galactosidase dans des cellules murines nih3t3, mais non dans des cellules humaines te671. L'arn viral de ces vecteurs a ete detecte et caracterise par rt-pcr. Le titre de vecteurs retroviraux produits apres infection des cellules te-lac2 par les amplicons gpe augmente avec la quantite d'amplicons utilises. La production de vecteurs retroviraux est fortement inhibee par une surinfection des cellules te-lac2 avec le virus hsv-1 auxiliaire, indiquant que la co-infection par le virus auxiliaire perturbe la production de vecteurs retroviraux induite par les amplicons gpe. Les particules retrovirales semblent donc etre produites seulement dans les cellules te-lac2 qui recoivent uniquement l'amplicon gpe. L'induction de la production de vecteurs retroviraux par les amplicons gpe est neutralisee par des anticorps anti-hsv-1 mais pas par des anticorps anti-momlv. La transduction de l'activite -galactosidase par le surnageant des cellules te-lac2 infectees par les vecteurs gpe est, quant a elle, neutralisee par les anticorps anti-momlv. Ces resultats montrent qu'un vecteur de type amplicon, porteur de l'unite retrovirale gpe, peut permettre la production de maniere transitoire de vecteurs retroviraux. Une des applications possible de ce nouveau systeme de production serait d'utiliser ces amplicons gpe afin de remobiliser un genome vecteur retroviral integre dans une cellule, aussi bien in vivo qu'in vitro
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Wittmann, Sandrine. "Etude des glycoprotéines d'enveloppe rétrovirales aviaires et modification du tropisme d'infection de vecteurs rétroviraux aviaires." Lyon 1, 1995. http://www.theses.fr/1995LYO10037.
Full textAbstract:
Les vecteurs retroviraux recombinants constituent a l'heure actuelle, un des outils les plus performants pour le transfert de genes dans les cellules non quiescentes. Dans une perspective de maitrise de l'infection retrovirale, nous nous sommes proposes, d'une part, d'effectuer une etude theorique et fonctionnelle des glycoproteines d'enveloppe retrovirales aviaires, qui regissent la specificite d'infection, et d'autre part, de modifier la specificite d'infection de vecteurs retroviraux aviaires par insection de ligands dans les glycoproteines d'enveloppe. Les etudes theoriques et fonctionnelles des glycoproteines d'enveloppe retrovirales ont permis l'identification de quatre regions du domaine de reconnaissance (appelees 1, 2, 3 et 4) peu conservees et structurees, particulierement flexibles, accessibles et hydrophiles, potentiellement favorables a l'insertion de ligands. Les resultats obtenus mettent en evidence que l'insertion d'un peptide de 16 acides amines (correspondant a un ligand des integrines) en position 2 du gene d'enveloppe permet la production de particules virales recombinantes aviaires ayant conserve leur tropisme initial aviaire, mais qui acquierent la capacite d'infecter specifiquement des cellules mammiferes grace a l'utilisation du nouveau recepteur
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Girod, Anne. "Production de vecteurs rétroviraux par des lignées transcomplémentantes aviaires : augmentation du titre en vecteurs et analyse des formes virales parasites produites." Lyon 1, 1995. http://www.theses.fr/1995LYO10312.
Full textAbstract:
Le laboratoire a developpe, a partir de retrovirus aviaires de type alsv, des lignees transcomplementantes productrices de particules vecteurs en condition helper-free. Nous avons ici recherche a augmenter le titre en particules produites par ces lignees transcomplementantes et analyse les formes virales recombinantes generees par ces systemes. L'introduction du genome vecteur dans la lignee d'empaquetage par infection plutot que par transfection a permis d'accroitre les titres des stocks de vecteurs retroviraux a des valeurs de 10#6 efu-(expressing forming unit)/ml. En revanche, le systeme ping-pong decrit pour les vecteurs retroviraux murins n'a pas permis d'obtenir l'amplification escomptee des titres en virus vecteurs. En outre, dans de telles cocultures, il apparait un virus competent pour la replication, qui porte les fonctions trans des genomes transcomplementants et les fonctions cis du genome vecteur. Les genomes transcomplementants sont deletes de la sequence d'encapsidation et de sequences necessaires a la transcription inverse et l'integration. Cependant, des arn transcrits a partir de ces genomes peuvent etre encapsides, retrotranscrits et s'integrer dans l'adn de la cellule cible. Ce transfert parasite, de l'ordre de 1 particule pour 10#5 particules vecteurs, peut etre explique par des evenements de recombinaison retrovirale entre le genome transcomplementant et le genome vecteur coencapsides. Ces formes virales parasites defectives pour la replication pourraient conduire, apres plusieurs cycles de replication successifs, a l'emergence de formes virales completes, comme celles observees dans le surnageant des cocultures decrites ci-dessus. Le genome des cellules de poule contient des sequences dites endogenes dont la structure est proche de celle des retrovirus. Lorsque les cellules lmh de leghorn noire sont utilisees pour la construction de lignees transcomplementantes, la presence de l'endogene ev3 conduit a la generation de formes virales parasites defectives pour la replication. Celles-ci representent 1% des particules virales produites. Ces resultats permettent d'obtenir une meilleure connaissance des systemes de production de vecteurs retroviraux
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Sandrin, Virginie. "Aspects fondamental et appliqué des pseudotypes rétroviraux : mécanismes d'assemblage et propriétés pour le transfert de gène." Lyon, École normale supérieure (sciences), 2005. http://www.theses.fr/2005ENSL0311.
Full text
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Torne-Celer, Caroline. "Développement d'un nouveau type de vecteur rétroviral autodéletant pour l'étude de l'intégration rétrovirale et le transfert de gènes." Lyon 1, 2000. http://www.theses.fr/2000LYO10114.
Full textAbstract:
Un systeme de transfert de genes est constitue de 2 composantes : un vecteur et une lignee transcomplementante qui permet sa production sous forme de particules retrovirales. Ce travail a eu pour principal objectif d'ameliorer la composante vecteur d'un systeme retroviral. Le vecteur etudie possede une sequence d'integration surnumeraire (sequence att) en position interne, entre 2 genes de selection (neo sous controle de la ltr et puro sous controle d'un promoteur interne). L'analyse de clones d'infection a mis en evidence un mecanisme d'integration atypique pour 31% des provirus (clivage imprecis des extremites virales, duplications de taille incorrecte et frequentes deletions d'adn genomique au cours de l'integration), qui pourrait resulter du clivage de la sequence att interne par l'integrase, bien que l'existence d'un precurseur att-ltr issu de la transcription inverse ne puisse etre exclue (1). D'autres provirus integres selon le mecanisme classique, par le biais des ltr, presentent des duplications de taille incorrecte qui pourraient s'expliquer par un mauvais positionnement de l'in du a des homologies de sequences entre adn viral et adn cellulaire (2). Le vecteur att presente des proprietes autodeletantes qui permettent de reduire le risque de mobilisation du vecteur en cas de surinfection. L'efficacite de ce processus d'autodeletion peut etre amelioree en augmentant la pression de selection sur le gene puro (75% des provirus sont bornes par la sequence att interne et la ltr3' et plus de 92% sont non mobilisables). La production du vecteur est augmentee d'un facteur 10 par la deletion du signal de polyadenylation du gene puro ou bien le retournement de la cassette de selection puro. L'efficacite de transduction du gene puro est amelioree par l'augmentation de la taille de la sequence att interne (3). Enfin, nous avons montre que le vecteur att conserve ses proprietes autodeletantes sur cellules humaines (4). Ces resultats presentent un nouveau type de vecteur autodeletant qui pourrait etre utilise pour des applications de transfert de genes ou de therapie genique.
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Aubert, Denise. "Analyse moléculaire de la différenciation érythrocytique aviaire par transfert de gènes au moyen de vecteurs rétroviraux." Lyon 1, 1991. http://www.theses.fr/1991LYO10222.
Full textAbstract:
Le role de trois proteines soupconnees intervenir dans le controle de la differenciation erythrocytique aviaire a ete etudie par le transfert de leur sequences codantes dans les cellules qui ne les expriment pas initialement. Pour cela, nous avons construit un nouveau vecteur retroviral capable de promouvoir le transfert et l'expression stable, elevee et eventuellement regulable, d'unites genetiques completes. L'originalite de ce vecteur, appele autoinactivable, reside dans la formation d'une deletion inhibant la transcription virale dans les cellules cibles du transfert. Le transfert et l'expression de l'histone h5 dans des fibroblastes en culture a permis de montrer que cette proteine provoque la condensation de la chromatine et consecutivement bloque la proliferation cellulaire. Nous avons de plus montre que cette fonction est inhibee par la phosphorylation de la proteine. Les deux autres proteines etudiees sont: l'anhydrase carbonique ii, dont l'expression dans les precurseurs erythrocytiques est induite par l'hormone thyroidienne t3, et un des recepteur de t3, c-erba. Nous suggerons un role pour ces proteines dans l'inhibition de la proliferation cellulaire. Enfin, nous avons construit diverses chimeres entre c-erba et son derive oncogenique v-erba et montre par le transfert et l'expression de ces sequences dans des fibroblastes, que les mutations de v-erba qui rendent la proteine incapable de fixer l'hormone t3, sont suffisantes pour expliquer la derive oncogenique, et l'activite transformante de v-erba
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Chambonnet, Frédérique. "Utilisation de vecteurs rétroviraux dérivés de l'AEV (Avian Erythroblastosis Virus) pour le transfert de gènes in vivo chez le poulet." Lyon 1, 1988. http://www.theses.fr/1988LYO10041.
Full textAbstract:
Les proprietes d'infection et d'integration des retrovirus sont utilisees pour transferer des informations genetiques exogenes in vivo afin de determiner les conditions d'obtention de poulets transgenique. Deux strategies d'infection ont ete developpees: 1) inoculation de suspension virale dans les embryons apres 24 heures d'incubation, 2) injection intratesticulaire chez les coqs reproducteurs. Identification d'arn et de sequences d'adn specifiques des genes inseres chez des embryons de 9 jours et dans les organes de poussins eclos
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Jung, Laura. "Optimisation de protocoles de reprogrammation de cellules somatiques humaines en cellules souches à pluripotence induite (hiPSC)." Thesis, Strasbourg, 2013. http://www.theses.fr/2013STRAJ066.
Full textAbstract:
En 2006 et 2007, les équipes de Yamanaka et Thomson réalisent la reprogrammation de cellules somatiques murines et humaines en cellules souches pluripotentes à partir de deux cocktails de gènes : OCT4, SOX2, KLF4, cMYC (OSKM) et OCT4, NANOG, SOX2, LIN28 (ONSL). Les cellules souches à pluripotence induite générées (iPS) partagent les propriétés fondamentales des cellules souches embryonnaires : l’auto-renouvèlement, le maintien de la pluripotence et la capacité de différenciation. Ces cellules laissent entrevoir des applications considérables tant en recherche fondamentale (compréhension des mécanismes de développement et de pathologies, développement de modèles) qu’en recherche appliquée (médecine régénérative, toxicologie prédictive, criblage de médicaments). L’avantage majeur de l’utilisation des iPS réside dans leur origine non embryonnaire. Les contraintes d’ordre éthique sont écartées et une grande diversité de types cellulaires à partir de n’importe quel donneur a priori est disponible pour une reprogrammation. L’établissement d’une banque d’hiPS issus de donneurs sains ou de patients, serait d’une grande utilité pour la communauté scientifique se consacrant à l’étude des mécanismes physiopathologiques ou de développement et une source considérable pour la dérivation à des fins de thérapie cellulaire. Dans le but de mettre en place une telle banque, nous avons développé avec la société Vectalys des rétrovirus de reprogrammation contenant les cassettes polycistroniques ONSL et OSKM. Dans un premier temps, nous avons établi un protocole de reprogrammation robuste à l’aide des rétrovirus RV-ONSL. Nous avons ensuite mis en évidence la synergie entre les facteurs ONSL et OSKM, la combinaison équimolaire de RV-ONSL et RV-OSKM permettant d’atteindre 2% d’efficacité de reprogrammation. Nous avons également entrepris la reprogrammation propre par transfections d’ARNm polycistroniques ONSL et OKM mettant à profit cette incroyable synergie<br>In 2006 and 2007, Yamanaka and Thomson teams achieved the reprogramming of mouse and human somatic cells into pluripotent stem cells through the transfection of two cocktails of genes: OCT4, SOX2, KLF4, cMYC (OSKM) and OCT4, NANOG, SOX2, LIN28 (ONSL). The generated cells, called induced Pluripotent Stem Cells (iPSC) share the same fundamental properties of ESC : self-renewing, pluripotency maintenance and capacity of differentiation into the three germ layers and suggest the same application potential in basic research (developmental and epigenetic biology) as well as in therapy (regenerative medicine, disease modeling for drug development). One of the major advantages of iPSC lies in their non-embryonic origin. Indeed, the use of iPSC resolves the ethical constraints and offers the possibility to work with extensive cell types directly from the patient to treat. Stéphane Viville’s research team aims to develop a hiPSC bank from patient suffering from genetic or other diseases which will be available for the scientific community. We are experienced in human primary fibroblasts reprogramming especially with the use of two polycistronic cassettes: ONSL encoding Thomson’s cocktail and OSKM encoding Yamanaka’s cocktail separated with 2A peptides. Thanks to the combination of RV-ONSL and RV-OSKM retroviral vectors (developed with Vectalys) we are yielding more than 2% of reprogramming efficiency in a highly reproducible way. Indeed, we demonstrated the reprogramming synergy of ONSL and OSKM combination. We are now focusing our effort on non-integrative strategies (ie mRNA) which are more appropriate for clinical usage
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Mallet, François. "Transfert de gènes par des vecteurs rétroviraux aviaires dérivés de l'AEV ES4 (Avian Erythroblastosis virus) : rôle de la position du gène inséré et de son contexte traductionnel sur l'efficacité des vecteurs." Lyon 1, 1988. http://www.theses.fr/1988LYO10112.
Full textAbstract:
Le virus de l'erythroblastose aviaire (aev es4) est un virus defectif leucenogene comportant deux oncogenes v-erba et v-erbb. Construction de vecteurs retroviraus derives du genone de l'aev. Les retrovirus recombinants recoltes ont servi a infecter des fibroblastes d'embryon de poulet (cef) ou des fibroblastes immortalises de caille (qtg). Construction de vecteurs a double expression genique, regulation de l'epissage
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Afanassieff, Marielle. "Transfert de gènes chez le poulet : analyse des intégrations provirales lors d'injections intratesticulaires ou intraembryonnaires de vecteurs rétroviraux dérivés des ALSV (Avian Leukemia Sarcoma Viruses)." Lyon 1, 1991. http://www.theses.fr/1991LYO10230.
Full textAbstract:
Le programme de transfert de genes chez les oiseaux aborde dans notre laboratoire vise a integrer de nouvelles informations genetiques dans la lignee germinale du poulet, au moyen de vecteurs retroviraux derives des alsv (avian leukemia sarcoma viruses). Le travail presente dans ce memoire s'inscrit dans cette direction, en etudiant deux protocoles de transfert de genes in vivo, l'un par injections de retrovirus dans les testicules de coqs adultes, l'autre par injections de retrovirus dans des embryons de 0 ou 24 heures. Dans un premier temps, ce travail a consiste a obtenir un troupeau de poulets de la souche leghorn doree homogene et bien caracterise pour ses structures endogenes. En effet, la connaissance des loci endogenes des animaux utilises est indispensable pour distinguer, lors des manipulations de transgenese, les structures virales exogenes integrees des endovirus. Dans un second temps, les deux protocoles de transfert de genes ont ete analyses, en utilisant des vecteurs retroviraux vehiculant des genes modeles produits soit en systeme helper-vecteur en association avec le rav-1 (rous associated virus type 1), soit en systeme helper free a partir de lignees transcomplementantes aviaires. Les injections de retrovirus dans les testicules de coqs adultes permettent d'obtenir une infection des gonades qui reste cependant insuffisante pour aboutir a un transfert de genes. En effet, la reaction immunitaire des animaux semble intervenir pour eliminer les cellules infectees puisqu'aucune integration provirale n'est detectee dans l'adn extrait des cellules spermatiques des coqs traites. En revanche, les resultats obtenus par injections de retrovirus dans des embryons de 0 ou 24 heures sont beaucoup plus prometteurs pour obtenir a un transfert de genes. En effet, le taux d'infection embryonnaire obtenu est notable, puisqu'avec un systeme helper free au minimum une cellule sur 75 presente une integration provirale. On peut donc supposer que parmi les cellules infectees se trouvent des cellules germinales souches. Afin de verifier la possibilite d'un transfert germinal, des poussins issus d'injections intraembryonnaires de vecteurs retroviraux helper free ont ete obtenus. La reproduction de ces animaux potentiellement mosaiques permettra de definir le taux de transmission genetique des vecteurs integres
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Olayat, Sophie. "Utilisation de vecteurs rétroviraux aviaires pour l'étude de l'implication de gènes dans la resistance des oiseaux aux maladies viro-induites." Tours, 1996. http://www.theses.fr/1996TOUR3309.
Full text
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Roux, Pierre. "Ciblage cellulaire à l'aide de vecteurs rétroviraux et étude du contrôle de la translocation nucléaire de la protéine codée par l'oncogène fos." Montpellier 2, 1990. http://www.theses.fr/1990MON20003.
Full textAbstract:
Nous avons pu montrer que le ciblage cellulaire in vitro a l'aide de vecteurs retroviraux recombinants etait possible en utilisant une methode de pontage entre le virus et sa cible. Cette technique nous a permis d'infecter par des retrovirus murins ecotropes, certains types de cellules humaines normalement non infectables par ce type de virus. Dans un second temps, le clonage et la caracterisation d'un adnc fos humain nous ont permis de mettre en evidence que la translocation nucleaire de la proteine codee par le proto-oncogene c-fos est un mecanisme hautement regule par des facteurs extra-cellulaires. La perte de ce controle par les homologues viraux de c-fos constitue une nouvelle contribution potentielle a l'activite oncogene des proteines v-fos
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Thomas, Jean-Luc. "Transfert de gènes chez le poulet à l'aide des vecteurs rétroviraux aviaires dérivés des ALV : études de l'expression des gènes transférés chez l'embryon à un stade précoce de développement." Lyon 1, 1991. http://www.theses.fr/1991LYO10167.
Full textAbstract:
Le travail presente dans cette these s'inscrit dans un projet de transgenese chez le poulet a l'aide de vecteurs retroviraux aviaires. Les resultats obtenus concernent specifiquement l'etude de l'expression retrovirale chez l'embryon de poulet inocule a un stade precoce du developpement (0 h et 24 h d'incubation). L'etude par immunocytochimie anti-cap27 (proteine majoritaire de la capside) de l'expression du virus rav-1 (rous associated virus type 1) chez des embryons de 6 jours et de 72 h inocules a 24 h a permis de constater, entre ces deux stades de developpement, une large diffusion de l'expression virale a un grand nombre de tissus issus des 3 feuillets embryonnaires initiaux (ectoderme, mesoderme, endoderme). Seul le systeme nerveux exprime le virus de facon tres circonscrite. La cinetique de viroproduction a partir des broyats d'embryons met en evidence un phenomene d'extinction de la viroproduction a 96 h d'incubation ce qui rejoint un resultat d'howlett et al. (1987). Le meme cadre d'etude a ensuite ete adopte avec des vecteurs retroviraux defectifs portant le gene marqueur d'expression lacz (vecteur nl). L'etude de l'expression de ces vecteurs helper-free (absence de virus assistants) nl portant les sequences regulatrices issues des rav (rous associated virus) et de l'aev (avian erythroblastosis virus) montre une faible efficacite d'infection des embryons de 0 h et 24 h d'incubation. L'expression de 3 types de vecteurs, les nla, nlb et nl53 porteurs des ltr de rav-1, rav-2 et aev respectivement, ne semble pas restreinte a un tissu somatique particulier. En ce qui concerne la lignee germinale, nous n'avons pu clairement determiner s'il existait un marquage des cellules germinales d'embryons de 72 h ou d'embryon de 96 h, bien que ceci ne puisse etre exclu. Le vecteur nla montre un tropisme d'expression preferentiel pour le cur par rapport aux 2 autres vecteurs alors que le vecteur nlb montre plutot un tropisme pour le tissu nerveux, aucun tropisme particulier ne peut etre mis en evidence pour le nl53. Cette particularite pourrait etre lie a la nature des la ltr. Des differences de sequences existent au niveau des sequences enhancer qui pourraient suffire a expliquer ce phenomene. Il semble egalement exister une regulation de l'expression des vecteurs au cours du developpement embryonnaire
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Mancera-Martinez, Eder Alberto. "Fonction de la protéine cellulaire RISP (Reinitiation Supporting Protein) dans la reinitiation de la traduction chez les plantes." Thesis, Strasbourg, 2014. http://www.theses.fr/2014STRAJ084.
Full textAbstract:
Chez Arabidopsis, la protéine RISP est détournée par le virus CaMV pour assurer, ensemble avec la protéine virale TAV, la traduction de son ARN polycistronique. RISP a été identifiée comme une cible de la voie de signalisation de TOR et il a été montré que sa phosphorylation est requise pour promouvoir la réinitiation de la traduction activée par TAV. Les résultats que j’ai obtenus suggèrent que RISP, lorsqu’elle n’est pas phosphorylée, intervient ensemble avec eIF3, au niveau du complexe de pré-initiation 43S pour recruter le complexe ternaire grâce à l’interaction entre RISP et la sous-unité b du facteur eIF2. Il s’est avéré que RISP a la capacité, lorsqu’elle est phosphorylée, d’interagir non seulement avec la protéine ribosomique eL24 mais également avec eS6. Nos résultats indiquent que la liaison entre les sous-unités ribosomiques 60S et 40S sous l’effet de RISP, est régulée par la voie de TOR et qu’elle joue un rôle important dans le contrôle de la réinitiation de la traduction<br>Many factors are required to recruit the tRNAi and a 60S ribosomal subunit to the 40S ribosomal subunit preinitiation complex. This recruitment is normally strictly limited during reinitiation of translation if factors recruited during the primary translation event are shed from 40S. However, factor retention can occur during long ORF translation if the CaMV viral factor TAV is present. RISP is a downstream target of TOR and found either within the 43S preinitiation complex, if bound to eIF3, and/or attached to 60S, if phosphorylated by TOR. We show here that RISP interacts with subunit b of eIF2 before phosphorylation. Critically, TOR activation up-regulates phosphorylation of both RISP and eS6 as well as the binding of both factors. Importantly, eS6-deficient plants are less active in TAV-mediated reinitiation and are thus less susceptible to CaMV infection. It is attractive to propose that eS6 phosphorylation contributes to retention and re-use of 60S during 40S scanning
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Maurice, Marielle. "Modification de la glycoprotéine portée par les vecteurs rétroviraux pour favoriser le transfert de gènes dans les cellules quiescentes et le ciblage cellulaire." Lyon 1, 2000. http://www.theses.fr/2000LYO10274.
Full text
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Nicolini, Franck. "Vers la thérapie génique de la drépanocytose : description et évaluation d'un modèle de cellules hématopoïétiques primitives humaines permettant d'étudier le transfert de gène rétroviral de la β-globine dans leur descendance érythroïde". Lyon 1, 2002. http://www.theses.fr/2002LYO10028.
Full textAbstract:
La drépanocytose est une maladie héréditaire monogénique de la β-globine, pour laquelle il n'existe aucun traitement éradicateur en dehors de l'allogreffe de cellules souches hématopoi͏̈étiques, lorsqu'elle est possible. Une thérapeutique par thérapie génique de cette maladie est proposée. Dans ce contexte, nous avons développé un modèle permettant d'étudier l'érythropoi͏̈èse humaine, in vitro et in vivo (souris NOD/SCID ou β2 microglobuline"nulles" NOD/SCID), ainsi que ses modifications après transfert rétroviral de la β-globine dans les cellules souches hématopoiétiques humaines parentales. Nous avons pu démontrer que le foie foetal humain contenait un grand nombre de cellules hématopoi͏̈étiques primitives (LTC-IC, CFU-GEMM et CRU) et différenciées (CFU-GM, CFU-MK, BFU-E, érythroblastes), par comparaison à d'autres sources cellulaires plus tardives. En outre, les capacités du foie foetal humain à produire in vivo des cellules érythroi͏̈des matures et immatures (LTC-IC, CD34+38- et CRU), sont supérieurs à celles observées avec le sang de cordon et la moelle osseuse adulte. Ces propriétés uniques ont été exploitées dans un second volet où l'on a transféré in vitro, par rétrovirus, le gène de la β-globine humaine (+HS-2), couplé à la GFP dans les cellules hématopoi͏̈étiques primitives (LTC-IC et CRU) de foie foetal humain et de sang de cordon ombilical, et obtenu l'expression du transgène (au niveau de l'ARN messager), dans les cellules érythroi͏̈des matures générées in vivo et régénérées in vivo. Nous avons enfin détaillé les caractéristiques fonctionnelles des LTC-IC du sang périphérique de patients drépanocytaires, pouvant éventuellement représenter une population cellulaire cible de choix pour transfert du gène de la β-globine, dans un système autologue. Le succès récent de notre groupe dans le traitement de deux modèles de souris transgéniques drépanocytaires, au moyen de vecteurs lentiviraux (R. Pawliuk et coll. , Science, 2001; 294; 2368-2371), ouvre de nouvelles perspectives intéressantes quant au traitement de le maladie humaine par transfert de gènes.
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Bourara, Khaoula. "Mise en évidence d'un processus d'édition des ARNm rétroviraux au cours de l'expression du virus de l'immunodéficience humaine de type 1." Bordeaux 2, 2000. http://www.theses.fr/2000BOR28751.
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