Academic literature on the topic 'RPC DETECTOR'

When studying detection systems, parameters associated with the Receiver Operating Characteristic (ROC) curve are often estimated to assess system performance. In some applied settings it is often not possible to test the detection system with large numbers of stimuli. The resulting small sample statistics many have undesirable properties. The characteristics of these small sample ROC estimators were examined in a Monte Carlo simulation. Three popular ROC parameters were chosen for study. One of the parameters was a single parameter index of system performance, Area under the ROC curve. The other parameters, ROC intercept and slope, were considered as a pair. ROC intercept and slope were varied along with sample size and points on the certainty rating scale to form a four way factorial design. Several types of estimators were examined. For the parameter, Area under the curve, Maximum Likelihood (ML), three types of Least Squares (LS), and Distribution Free (DF) estimators were considered. Except for the DF estimator, the same estimators were considered for the parameters, intercept and slope. These estimators were compared with respect to three characteristics: bias, efficiency, and consistency. For Area under the curve, the ML estimator was the least biased. The DF estimator was the most efficient, and all the estimators except the DF estimator appeared to be consistent. For intercept and slope the LS estimator that minimized vertical error of the points from the ROC curve (line) was the least biased for both estimators. This LS estimator was also the most efficient. This estimator along with the ML estimator also appeared to be the most consistent. The other two estimators had no significant trend toward consistency. These results along with other findings, illustrate that different estimators may be "best" for different sample sizes and for different parameters. Therefore, researchers should carefully consider the characteristics of ROC estimators before using them as indices of system performance.

Avui en dia, hi ha la necessitat de desenvolupar un sistema per a la detecció d'ADN que sigui ràpid, simple, econòmic i reproduïble per al diagnòstic en diferents camps com malalties genètiques, detecció de patògens, medicina forense i medicina personalitzada.Els mètodes convencionals per a la detecció de seqüències d'ADN específiques es basen en assajos de seqüenciació directa o d'hibridació, essent aquest últim el més utilitzat en genosensors. Aquest mètode consisteix en l'ús de superfícies transductores modificades amb sondes d'ADN monocatenari, que reconeixen la seva seqüència complementària (diana) amb alta afinitat i especificitat.Una de les limitacions de l'aplicació d'aquests sensors a dispositius portàtils és la necessitat de la realització d'etapes posteriors a l'amplificació. Aquestes etapes inclouen la generació d'ADN monocatenari o la seva modificació amb un marcador abans de assolir la detecció.En aquest treball, es combina l'amplificació isotèrmica i l'ús d'encebadors modificats per simplificar les etapes necessàries per la detecció electroquímica d'ADN. Aquests encebadors, contenen una seqüència d'oligonucleòtids monocatenària unida a un espaiador de carboni, que bloqueja eficaçment l'elongació, abans de la seqüència del encebador. Per tant, el producte final està compost per un ADN de doble cadena flanquejat per dues cues d'ADN monocatenàries. Una de les cues es va utilitzar per hibridar a una sonda immobilitzada en la superfície i l'altra a una sonda marcada amb enzims o nanopartícules d'or. L'ús d'aquests encebadors modificats van permetre detectar l’ADN electroquímicament sense necessitat d'un tractament posterior a l'amplificació de la mostra, disminuint el temps d'assaig i presentant un enfocament més portable per ser aplicat en qualsevol situació.<br>Hoy en día, existe la necesidad de desarrollar un sistema para la detección de ADN que sea rápido, simple, económico y reproducible para el diagnóstico en diferentes campos como enfermedades genéticas, detección de patógenos, medicina forense y medicina personalizada.Los métodos convencionales para la detección de secuencias de ADN específicas se basan en ensayos de secuenciación directa o de hibridación, siendo este último el más utilizado en genosensores. Este método consiste en el uso de superficies transductoras modificadas con sondas de ADN monocatenario (ssDNA), que reconocen su secuencia complementaria (diana) con alta afinidad y especificidad.Una de las limitaciones de la aplicación de estos sensores a dispositivos portátiles es la necesidad de la realización de etapas posteriores a la amplificación. Estas etapas incluyen la generación de ADN monocatenario o su modificación con un marcador antes de pasar a la detección.En este trabajo, se combina la amplificación isotérmica y el uso de cebadores modificados para simplificar los pasos necesarios para la detección electroquímica de ADN. Estos cebadores, contienen una secuencia de oligonucleótidos monocatenaria unida a un espaciador de carbono, que bloquea eficazmente la elongación, antes de la secuencia del cebador. Por lo tanto, el producto final está compuesto por un ADN de doble cadena flanqueado por dos colas de ADN monocatenarias. Una de las colas se usó para hibridar a una sonda inmovilizada en la superficie y la otra a una sonda marcada con enzimas o nanopartículas de oro. El uso de estos cebadores modificados permitió detectar ADN electroquímicamente sin necesidad de un tratamiento posterior a la amplificación de la muestra, disminuyendo el tiempo de ensayo y presentando un enfoque más portable para ser aplicado en cualquier situación<br>Nowadays, there is a need to develop a rapid, simple, inexpensive and reliable DNA testing system for diagnosis in different fields such as genetic diseases, pathogens detection, forensics, and personalised medicine. Conventional methods for the detection of specific DNA sequences are based on direct sequencing or hybridisation assays, being this last one approach, the most widely used in genosensors. It consists on single-stranded DNA (ssDNA) tethered probes on a transducer surface, which recognises its complementary sequence (target) with high affinity and specificity. One of the limitations of these DNA sensors to apply them for a portable molecular diagnostics devices is the multi-step procedures needed, since post-amplification treatment is necessary for its detection by generating ssDNA or adding a hapten labelling. In this work, the isothermal amplification and modified tailed primers to simplify the steps required for the electrochemical DNA detection are combined. Modified tailed primers are based on a single stranded oligonucleotide sequence linked to a carbon spacer, which effectively blocks elongation, prior to the primer sequence. Thus, resulting in an amplicon with a duplex flanked by two single stranded DNA tails. One of the tails was used to hybridise to a surface immobilised probe and the other to an enzyme or gold nanoparticles labelled reporter probe. Using these modified primers allowed us to detect DNA electrochemically without any need for post-amplification sample treatment decreasing the assay time and presenting an approach that can facilely find application at the point of need.

L'objectiu general d'aquesta tesi doctoral és desenvolupar plataformes de geno-sensors de baix cost per a la detecció múltiple de polimorfismes d'un sol nucleòtid. La determinació de polimorfismes d'un sol nucleòtid (SNP) és de gran importància en les ciències de la vida, tenint aplicació en la medicina personalitzada, estratificació de pacients, forense, a més de brindar informació sobre la predisposició a la malaltia. En l'actualitat, els mètodes basats en l'electroquímica es revelen com alternatives atractives a les tècniques més utilitzades per determinar el punt de fusió de l'ADN, per la seva alta sensibilitat, simplicitat, rendibilitat i compatibilitat amb la microfabricació. La primera plataforma es va basar en una reacció d'extensió d'encebadors electroquímics, on els polioximetalats actius redox de Keggin i Dawson es van utilitzar per modificar dideoxinucleótids a través de la formació d'enllaços amida. La segona plataforma es basa en la detecció de polimorfismes d'un sol nucleòtid mitjançant l'anàlisi electroquímic de la corba de desnaturalització. L'enfocament es basa en l'anàlisi de la corba de desnaturalització en fase sòlida que utilitza sondes immobilitzades en elèctrodes d'or. Es va desenvolupar un prototip de dispositiu capaç de detectar un ADN diana que porta un SNP relacionat amb la miocardiopatia amb una sola base en la diferència. Finalment, aquest dispositiu es va aplicar a la detecció de SNP en mostres de sang reals. La diana de seqüència de SNP relacionada amb l'osteoporosi es va extreure d'una punxada al dit i es va amplificar usant PCR asimètrica. A més, es van optimitzar les condicions d'amplificació per obtenir el millor rendiment del producte i es va definir l'SNP d'una mostra de sang.<br>El objetivo general de esta tesis doctoral es desarrollar plataformas de geno-sensores de bajo costo para la detección múltiple de polimorfismos de un solo nucleótido. La determinación de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) es de gran importancia en las ciencias de la vida, teniendo aplicación en la medicina personalizada, estratificación de pacientes, forense, además de brindar información sobre la predisposición a la enfermedad. En la actualidad, los métodos basados en la electroquímica se revelan como alternativas atractivas a las técnicas más utilizadas para determinar el punto de fusión del ADN, debido a su alta sensibilidad, simplicidad, rentabilidad y compatibilidad con la microfabricación. La primera plataforma se basó en una reacción de extensión de cebadores electroquímicos, donde los polioximetalatos activos redox de Keggin y Dawson se utilizaron para modificar didesoxinucleótidos a través de la formación de enlaces amida. La segunda plataforma se basa en la detección de polimorfismos de un solo nucleótido mediante el análisis electroquímico de la curva de desnaturalización. El enfoque se basa en el análisis de la curva de desnaturalización en fase sólida que utiliza sondas inmovilizadas en electrodos de oro. Se desarrolló un prototipo de dispositivo capaz de detectar un ADN diana que porta un SNP relacionado con la miocardiopatía con una sola base en la diferencia. Finalmente, este dispositivo se aplicó a la detección de SNP en muestras de sangre reales. La diana de secuencia de SNP relacionada con la osteoporosis se extrajo de un pinchazo en el dedo y se amplificó usando PCR asimétrica. Además, se optimizaron las condiciones de amplificación para obtener el mejor rendimiento del producto y se definió el SNP de una muestra de sangre.<br>The overall objective of this PhD thesis is to develop low cost geno-sensor platforms for multiplexed detection of single nucleotide polymorphism. The determination of single nucleotide polymorphisms (SNP) is of great importance in life sciences, having application in personalised medicine, patient stratification, forensics, as well as providing information regarding predisposition to disease. Nowadays electrochemistry-based methods are revealed as attractive alternatives to the most commonly used techniques for determining DNA melting point, because of their high sensitivity, simplicity, cost-effective and compatibility with microfabrication. The first platform was based on an electrochemical primer extension reaction, where the redox active Keggin and Dawson polyoxymetalates were used to modify dideoxynucleotides through amide bond formation. The second platform is based on the detection of single nucleotide polymorphisms using electrochemical melting curve analysis. The approach is based on solid phase melting curve analysis that exploits probes immobilised on gold electrodes. We developed a home-made electrochemical melting curve analysis device, able to detect a DNA target that carries a SNP related to cardiomyopathy from others with only one base in difference. Finally, this device was applied to SNPs detection in real blood samples. Osteoporosis related SNP sequence target was extracted from a finger prick and amplified using asymmetric Recombinase Polymerase Amplification. Also, the amplification conditions were optimised for best product yield, and the SNP from a blood sample was defined.

This diploma thesis deals with pause identification with degraded speech signal. The speech characteristics and the conception of speech signal processing are described here. The work aim was to create the reliable recognizing method to establish speech and non-speech segments of speech signal with and without degraded speech signal. The five empty pause detectors were realized in computing environment MATLAB. There was the energetic detector in time domain, two-step detector in spectral domain, one-step integral detector, two-step integral detector and differential detector in cepstrum. The spectral detector makes use of energetic characteristics of speech signal in first step and statistic analysis in second step. Cepstral detectors make use of integral or differential algorithms. The detectors robustness was tested for different types of speech degradation and different values of Signal to Noise Ratio. The test of influence different speech degradation was conducted to compare non-speech detection for detectors by ROC (Receiver Operating Characteristic) Curves.