Journal articles on the topic 'Ruminants domestiques'

La survie et la germination des graines de sept espèces de légumineuses ligneuses (A. nilotica adansonii, A. raddiana, A. senegal, A. seyal, B. rufescens, F. albida et P. juliflora) ont été étudiées après ingestion et excrétion par des bovins, des ovins et des caprins. Cette étude montre que : - les graines dures restent intactes et conservent leur viabilité après excrétion par les ruminants domestiques alors que les graines aux téguments perméables sont détruites; - les bovins excrètent significativement plus de graines intactes que les petits ruminants. Cette différence semble liée essentiellement à l'activité masticatoire plus importante chez les ovins et les caprins; - la germination des graines dures n'est pas améliorée après passage dans le tractus digestif des ruminants. Au total, l'ingestion par les ruminants domestiques ne peut être considérée comme un facteur favorisant la levée de dormance des graines dures, mais seulement comme un moyen de dissémination de graines intactes.

Mis à part certaines pathologies spécifiques telle la myiase à Wohlfartia magnifica, la plupart des maladies infectieuses et parasitaires d’importance sont véhiculées sur l’estive avec leurs hôtes, bovins et ovins. La problématique des cheptels collectifs constitués de troupeaux de statuts sanitaires différents et les fortes variations climatiques et thermiques favorisent l’expression des maladies infectieuses. La montée en estive d’animaux infectés constitue le facteur majeur de risque, induisant à terme un accroissement de la morbidité, de la mortalité et des pertes économiques. La meilleure prévention réside dans la meilleure maîtrise sanitaire des troupeauxavant leur transhumance.

Pour évaluer les aliments et orienter leurs choix alimentaires, les ruminants utilisent les informations pré-ingestives (c'est-à-dire les caractéristiques sensorielles des aliments perçues avant leur déglutition) et les informations post-ingestives (c'est-à-dire les conséquences digestives et métaboliques expérimentées par les animaux après la déglutition). Des associations entre informations pré- et post-ingestives peuvent être apprises par les animaux, leur permettant ainsi d’éviter les aliments qui induisent des conséquences négatives et de sélectionner ceux qui induisent des conséquences positives. Les informations post-ingestives sont considérées comme étant le principal facteur influençant le comportement alimentaire des ruminants, alors que les caractéristiques sensorielles des aliments seraient utilisées uniquement pour discriminer les aliments et pour les associer aux conséquences post-ingestives lors de processus d’apprentissage. Cependant, les caractéristiques sensorielles jouent également d’autres rôles. Premièrement, certaines caractéristiques sensorielles possèdent une valeur hédonique qui influence l’ingestion, les préférences et l’apprentissage de la valeur des aliments indépendamment des conséquences post-ingestives immédiates. Deuxièmement, certaines caractéristiques sensorielles deviennent des indicateurs des conséquences post-ingestives après que leur valeur hédonique initiale a acquis une valeur positive ou négative via un apprentissage ou le processus évolutif. Ces caractéristiques jouent alors le rôle de signal permettant d’aider les ruminants à anticiper les conséquences post-ingestives et à améliorer leur capacité d’apprentissage des conséquences des aliments, en particulier dans des environnements alimentaires complexes. Les caractéristiques sensorielles des aliments pourraient être utilisées pour procurer un plaisir alimentaire aux animaux, augmenter la palatabilité des aliments et accroître la capacité d’apprentissage des animaux dans des situations alimentaires complexes, autant d’éléments de nature à améliorer leur bien-être et leur productivité.

La démographie est un déterminant essentiel de la production des cheptels de ruminants domestiques élevés en conditions extensives tropicales. L’esti- mation des taux démographiques (taux de reproduction, de mortalité et d’ex- ploitation des animaux) est nécessaire pour évaluer l’effet d’interventions zootechniques sur la production des cheptels. Cette estimation est cependant particulièrement difficile et contraignante. Les systèmes d’élevage traditionnels posent des problèmes spécifiques et importants pour la collecte des données dans les troupeaux. La présente synthèse fait le point sur les méthodes d’enquête utilisées en milieu villageois pour estimer les taux démographiques des ruminants : les suivis individuels d’animaux, les suivis de troupeaux sans identification individuelle des animaux et les enquêtes rétrospectives transversales. Des perspectives de recherche sont proposées pour améliorer les méthodes, notamment dans le cadre des suivis nécessaires pour prendre en compte la variabilité interannuelle des taux démographiques.

Ces dernières années, l’élevage de cervidés s’est considérablement développé en Nouvelle-Zélande pour devenir une industrie profitable. Alors que quelques cervidés (daim d’Europe et cerf élaphe) font l’objet de domestication et d’élevage dans un but commercial, d’autres espèces et sous-espèces de cervidés sont menacées d’extinction dans le milieu naturel. Les travaux de recherches effectués afin de mieux caractériser et maîtriser la fonction de reproduction de ces ruminants sont présentés dans cette étude bibliographique. Il apparaît qu’à l’instar de nos ruminants domestiques (ovins, caprins), les cervidés originaires des zones tempérées sont généralement caractérisés par un saisonnement marqué de leur fonction de reproduction. Ces variations saisonnières d’activité sexuelle sont dictées par les variations photopériodiques et permettent la naissance des jeunes en fin de printemps. Chez les cervidés, les différences entre les périodes d’activité et de repos sexuels semblent beaucoup plus marquées en comparaison de nos ruminants domestiques. La période d’activi-té sexuelle est variable d’une espèce à l’autre (été, automne ou début de l’hiver) mais très fixe pour une espèce donnée. La période de repos sexuel traduit des modifications importantes dans les sécrétions de gonadotrophines et se caractérise notamment par une aspermie complète chez le mâle. Chez la femelle, l’état d’anoestrus est profond et associé à une absence d’ovulation. La durée de gestation est également variable d’une espèce à l’autre mais est remarquablement fixe pour une espèce donnée. Chez les cervidés originaires des zones subtropicales et selon les espèces, les variations d’activité sexuelle sont plus discrètes permettant une répartition des mises bas plus ou moins homogène au cours de l’année, y compris lorsque les animaux sont transportés sous des latitudes élevées. Dans le cas des espèces de cervidés menacés d’extinction, l’utilisation des biotechnologies de la reproduction et des méthodes de procréation assistée pourrait, à terme, faciliter la réalisation des programmes conservatoires. Les techniques classiques de production in vivo d’embryons basées sur l’ovulation multiple, l’insémination artificielle et le transfert embryonnaire se sont avérées difficilement applicables aux cervidés. Aussi, les recherches portent actuellement sur le développement de techniques de production in vitro d’embryons.

L’épizoo-épidémie de la Fièvre de la Vallée du Rift (FVR), survenue suite à une pluviométrie marquée par de fortes précipitations dans la région de Tahoua frontalière au département d’Ingal qui accueille l’événement de la cure salée chaque année, a engendré de nombreuses pertes en vies humaines. Au niveau du secteur animal, l’impact économique et sanitaire est également considérable, compte-tenu des lourdes pertes engendrées dans le cheptel. Ces pertes sont une forte mortalité chez les jeunes, des taux d’avortements élevés chez les femelles gravides et une baisse de la productivité des élevages touchés. Afin d’évaluer la séroprévalence de la FVR chez les ruminants de la région, des échantillons de sérums prélevés lors du seromonitoring des campagnes de vaccination contre la peste des petits ruminants et la péripneumonie contagieuse des bovidés financé par le Projet Régional d’Appui au Pastoralisme au Sahel (PRAPS) en février 2017, ont été analysés pour la détection d’anticorps du virus de la FVR au moyen du test ELISA de compétition. Les séroprévalences obtenues chez les espèces étudiées sont assez élevées chez les bovins (30,62%) et les caprins (18,40%), suivies de celle des ovins qui est de 14,90%.Les résultats sérologiques répartis dans les communes montrent que les bovins de Ibohaman et Tassara sont significativement les plus affectés avec une prévalence de 50,00% chacune (P=0,00224). Par contre, chez les petits ruminants, les communes de Tchintabaraden et Abalak ont significativement les prévalences les plus élevées tant chez les ovins (22,07% et 40,90%) que chez les caprins (8,69% et 37,21%).Toutefois, il n’y a pas de différence significative entre les prévalences d’infection des ovins et caprins pour chaque commune. Les résultats révèlent que la prévalence est plus élevée chez les mâles que chez les femelles (32,35±11,11 contre 18,49±3,43), mais la différence n’est pas significative. En somme, la mise en place d’une stratégie privilégiant l’approche « One Health » est nécessaire pour une lutte efficace contre la FVR, mais aussi la nécessité d’études entomologiques complémentairesMots clés: Sérologie, c-ELISA, Fièvre de la vallée de Rift, Bovins, Ovins, Caprins. English Title: Rift valley fever seroprevalence in domestic ruminants in Tahoua region/NigerThe epizoo-epidemic outbreak of Rift Valley Fever (RVF) that occurred following a heavy rainfall in the region of Tahoua, along the border of Ingal’s department that hosts every year, the salt cure event has caused considerable human deaths. Considerable economic and health losses were reported in livestock sector. These losses include high mortality in young animals, high abortion rates in pregnant females and decrease productivity in affected farms. To assess the seroprevalence of RVF of ruminants from that region, sera samples collected in February 2017, for the Seromonitoring of vaccination campaigns against Peste des Petits Ruminants (PPR) and Contagious Bovine Peri Pneumonia (CBPP), Supported by the Regional Project for Pastoralism in the Sahel (PRAPS), were tested for antibodies against RVF virus using the competitive ELISA test. The seroprevalence of RVF in the studied species, reveal a high prevalence in cattle (30.62%) and goats (18.40%) followed by sheep (14.90%).Cattle, from Ibohaman and Tassara are significantly affected with a prevalence of 50.00% each (P=0.00224) compared to other districts. Small ruminants from the districts of Tchintabaraden and Abalak have significantly the highest prevalence both in sheep (22.07% and 40.90%) and goats (8.69% and 37.21%). However, there is no significant difference between the prevalence of infection of sheep and goats in each district. Seroprevalence is higher in males than females (32.35±11.11) versus (18.49±3.43), with no significant difference between the two species. Based on the above results, for effective control of RVF it, is necessary to implement a one heath approach in the country couple with additional entomological investigations.Keywords: Serology, c-ELISA, Rift Valley Fever, Cattle, Sheep, Goats.

Un test ELISA a été mis au point pour la détection d'anticorps contre Cowdria ruminantium dans le sérum de ruminants domestiques. Les micro-organismes cultivés dans des cellules bovines endothéliales ombilicales ont été utilisés comme antigène. Lorsque la culture a montré une lyse à 90 %, le surnageant a été centrifugé, soniqué et appliqué sur des plaques microtitres en polystyrène. Des anticorps ont été détectés à partir de 9 jours après immunisation expérimentale de chèvres. La sensibilité de l'ELISA, calculée sur 73 sérums de ruminants, se trouvait entre 97,3 et 98,6 %. La spécificité globale du test était de 97 % (N = 2925). Néanmoins, la spécificité était beaucoup plus basse pour les ovins (94,4 %, N = 881) que pour les caprins (98,6 %, N = 651) et les bovins (97,8 %, N = 1393). Des réactions croisées, qui peuvent expliquer certaines des réactions faussement positives, ont été trouvées entre l'antigène de Cowdria et des sérums contre Ehrlichia bovis (1 bovin positif sur 2 infectés expérimentalement) et E. ovina (2 moutons positifs sur 2 infectés), mais non pas contre E. phagocytophila. Les variabilités intra- et inter-test étaient respectivement de 7,5 et de 7,8 %, ce qui montre une bonne reproductibilité de l'ELISA.

De nombreuses populations d’espèces animales domestiques présentent un polymorphisme visible très marqué pour la couleur, le type de pelage, le cornage et autres caractères. ces populations polymorphes ont été appelées non uniformes, traditionnelles ou primaires. Le polymorphisme est dû à la présence, à certains locus, de plusieurs allèles en ségrégation dont les fréquences ont atteint une valeur d’équilibre entre 0 et 1 selon les lois de la génétique des populations. L’hypothèse la plus couramment admise est que ces populations appartiennent à des populations de taille infinie qui se reproduisent en panmixie, deux conditions qui ont en général été vérifiées par des études de terrain. on pense que ces populations polymorphes apparaissent chez certaines espèces animales après leur domestication et servent de réservoir de variabilité dans lesquels puisent les éleveurs pour créer les races standardisées ou fixées (avec une société d’élevage ou reconnues par un organisme). des populations polymorphes existent aussi chez les espèces sauvages mais elles sont plutôt rares alors qu’elles sont couramment observées à l’état domestique, au moins chez les espèces qui sont conduites en troupeaux et où le contrôle des accouplements n’est pas très strict, en particulier chez certaines espèces de ruminants conduites en élevage extensif. certains locus de coloration du pelage constituent l’essentiel des locus à effet visible en ségrégation dans les populations polymorphes. ces locus présentent des séries alléliques homologues entre espèces dont l’identification qui remonte aux premières décennies de la génétique mendélienne a depuis été confirmée par la génétique moléculaire.

Deux espèces de tiques tropicales, Boophilus microplus, d’origine asiatique, et Amblyomma variegatum, d’origine africaine, parasitent les ruminants des Antilles, en particulier des Antilles françaises (Guadeloupe et Martinique). Elles sont vectrices de diverses maladies : babésioses et anaplasmose pour Boophilus, theilérioses bénignes et cowdriose pour Amblyomma. De plus Amblyomma est associé aux formes cliniques sévères, fréquemment mortelles, de la dermatophilose. En Guadeloupe, où la majorité des bovins sont de type créole, hautement résistants à ces maladies, mais où les caprins paient un lourd tribut à la cowdriose, le préjudice annuel généré par les tiques est estimé à 13,8 MF. Alors que Boophilus a couvert dans les Antilles et sur le continent l’ensemble de son aire de distribution potentielle, Amblyomma, l’espèce la plus pathogène, n’est encore présente que dans les Petites Antilles et à Porto Rico. Encore confinée à 4 îles au milieu de ce siècle, elle a infesté 14 îles nouvelles au cours des 25 dernières années. De fortes présomptions permettent de penser que le Héron garde-boeufs, arrivé dans les Petites Antilles à la fin des années 50 depuis l’Afrique, largement répandu dans la Caraïbe, pourrait être à l’origine de l’accélération récente de la propagation de la tique dans la région. Celle-ci menace le continent américain et les Grandes Antilles. Malgré de grandes capacités de diffusion régionale sur ses hôtes, cette tique a une productivité numérique, donc un pouvoir d’installation et de colonisation, bien moindre que Boophilus. Dès l’apparition d’un foyer, la mise en place de mesures adaptées peut donc efficacement entraver son développement. Là où elle est établie, des mesures rigoureuses doivent permettre de rompre son cycle de développement et de détruire définitivement ses populations. De plus, elle ne semble pas manifester actuellement de phénomène de résistance aux acaricides, et elle est, au stade adulte, assez spécifique des animaux domestiques de grande taille. Ceci est en faveur de la mise en oeuvre d’une stratégie de lutte ayant pour objectif un programme d’éradication spécifique basé sur l’application régulière d’acaricides sur ses hôtes domestiques.

La Caraïbe a été peuplée par les espèces de ruminants domestiques à partir du XV ème siècle. Après les premières introductions de bétail ibérique, des apports variés ont occasionné de nombreux métissages. Ils ont pu être plus ou moins importants, allant jusqu’à l’utilisation de croisements systématiques se substituant aux populations Créoles d’origine. Des populations locales variées et originales se maintiennent, malgré des apports récents liés aux échanges commerciaux et aux progrès des méthodes modernes de reproduction. Ces populations animales contribuent fortement à l’élevage de la région, principalement dans des systèmes de production traditionnels ou familiaux où leurs qualités d’adaptation sont appréciées. Malgré leur faible spécialisation, elles révèlent également des aptitudes intéressantes de production. Elles constituent également un matériel biologique modèle pour l’étude de caractères d’adaptation, comme la résistance à certaines pathologies tropicales. Peu d’actions ont été mises en œuvre pour la conservation ou la gestion des populations locales dans la Caraïbe. Elles concernent principalement les Grandes Antilles, où quelques troupeaux d’animaux Créoles subsistent, mais aussi des races synthétiques de constitution plus récente et fortement organisées. Dans les Petites Antilles, seuls les départements français proposent une gestion des races locales in situ, avec des programmes de sélection concertés. Avec des effectifs réduits et dispersés, la Caraïbe rassemble de nombreuses ressources génétiques locales méconnues et peu exploitées. Des travaux récents relancent l’intérêt pour ces ressources, au sein de systèmes d’élevage durables. La mise en place d’une stratégie globale de gestion de ces populations dans la Caraïbe et l’Amérique Latine devrait renforcer les efforts des différents partenaires dans ce sens.

Une nouvelle méthode d’analyse comparative de la productivité des cheptels domestiques tropicaux est présentée ici. Cette méthode a utilisé les modèles démographiques matriciels et la méthode des modèles de production à l’équilibre (steady-state models). Les méthodes démographiques classiques utilisent des modèles à pas de temps annuel, peu adaptés pour les espèces à cycle de reproduction relativement court et dont les mises bas surviennent tout au long de l’année. Dans ce nouveau modèle, l’année a été décomposée en quinzaines. Trois apports opérationnels principaux ont été présentés. Premièrement, le pas de temps court a pu diminuer le biais dans l’estimation des paramètres démographiques (fécondité, mortalité, exploitation ou importation d’animaux). Deuxièmement, le modèle périodique a pu représenter conjointement les variations intra-annuelles et interannuelles des paramètres démographiques et d’autres paramètres comme le poids ou le prix de vente des animaux. Enfin, la méthode d’inférence proposée (utilisant le bootstrap non paramétrique) a permis de calculer des intervalles de confiance et de réaliser des tests pour comparer la productivité de cheptels différents. La méthode a été testée avec des données de terrain récoltées sur des cheptels d’ovins au Sénégal. Elle peut également être appliquée à d’autres espèces domestiques ou sauvages dans divers contextes zootechniques ou écologiques.

Une soixantaine d'espèces ligneuses ont été inventoriées dans les savanes du Nord-Cameroun comme entrant dans l'alimentation des ruminants domestiques. La phénologie de certaines d'entre elles a été suivie tant sur parcours naturels qu'en plantation pendant 4 ans. De cette étude, il ressort que les arbres et arbustes les plus exploités sont par ordre de préférence : Ficus sycomorus, Daniellia oliveri, Afzelia africana pour ce qui est du feuillage, Acacia albida, Dichrostachys cinerea, Prosopis africana pour ce qui est des fruits. Les fleurs de Daniellia oliveri, Pterocarpus erinaceus, Bombax costatum sont également très appréciées. Ficus sycomorus, Pericopsis laxiflora, Daniellia oliveri et Detarium microcarpum présentent en outre une phénologie en milieu naturel compatible avec une exploitation optimale du feuillage pendant la période de soudure alimentaire.

L'analyse des teneurs en oligo-éléments de 17 fourrages et 310 plasmas (116 caprins, 83 ovins, 52 camelins, 59 bovins) en provenance de 38 sites de prélèvement a permis de révéler : l'étendue des carences en zinc sur l'ensemble du territoire avec des valeurs moyennes, à l'exception des bovins, inférieures aux normes admises (97,9 æg/100 ml pour les bovins, 71,5 pour les caprins, 65,9 pour les ovins et 46,2 pour les dromadaires); la sévérité des carences primaires en cuivre chez les dromadaires pâturant dans les mangroves de la côte d'Obock; la présence d'ataxie néonatale due à une carence secondaire en cuivre (liée à un excès de molybdène et de soufre) dans la région du lac Abbé; les particularités de la compositi on minérale des fourrés à Salvadora persica (pauvres en cuivre, zinc, manganèse, et riches à l'excès en molybdène, sélénium et soufre) et de la mangrove (très pauvre en cuivre, zinc, manganèse et sélénium). Dix zones géographiques naturelles sont analysées du point de vue du statut minéral des troupeaux et des carences ou excès potentiels liés aux fourrages dominants de ces dix biotopes

La synthèse des lipides est une composante importante de l’efficacité et de la qualité des productions animales : - des produits de qualité (viande, lait, oeufs, foie gras, ...) doivent être adaptés aux demandes - parfois contradictoires - des transformateurs et des consommateurs, tant pour leur teneur en lipides que pour la composition de ceux-ci (classes de lipides - cholestérol notamment - et leur composition en acides gras - saturés, polyinsaturés, trans...) qui peuvent modifier leurs caractéristiques technologiques, organoleptiques et diététiques ; - une production efficace suppose d’assurer une production minimale de lipides, en raison de leurs effets positifs sur la qualité, tout en évitant une production excessive qui peut nuire à la qualité et se traduire par un gaspillage énergétique du fait du dépôt ou de la sécrétion de lipides animaux peu valorisables ; - l’adaptation des animaux à des périodes de sous-nutrition physiologique (fin de gestation, début de lactation ...) ou économique (économie d’aliments coûteux) suppose que les réserves lipidiques corporelles mobilisées soient ensuite reconstituées efficacement. Compte tenu de ces enjeux importants pour les différentes filières de production et de la diversité des problématiques de recherche rencontrés pour les différentes espèces domestiques élevées en France, un programme a été mis en place à l’INRA, de 1994 à 1998, à l’initiative de F. Grosclaude et de la Direction Scientifique des Productions Animales. Outre les avancées significatives des méthodes d’étude (notamment utilisation des outils moléculaires), et des connaissances mécanistiques et pratiques qui émergent de cet ensemble de travaux, il faut souligner la dynamique induite par ce programme, avec un développement important de collaborations entre équipes travaillant dans des sites géographiques différents et sur des espèces, des situations physiologiques et des types de produits très variés. Ces travaux ont fait l’objet d’un symposium satellite "Lipogenèse chez les animaux domestiques" dans le cadre des 3èmes journées franco-britanniques de Nutrition (AFN-NS-SNDLF) qui ont eu lieu à Nancy du 30 septembre au 2 octobre 1998. Le présent ouvrage regroupe sept articles d’équipes de l’INRA, qui replacent leurs résultats récents dans le cadre des connaissances disponibles sur la lipogenèse chez huit espèces domestiques (poissons, oiseaux, mammifères monogastriques et ruminants) et onze types de production (viande, oeufs, foie gras, races spécialisées ...). En outre, un texte prospectif de synthèse préparé par R.G. Vernon et al (Hannah Research Institute, Ecosse) compare les animaux domestiques, les rongeurs et l’Homme, et présente les récentes évolutions des recherches sur les mécanismes régulant les voies lipogéniques de différents tissus (muscle, foie, tissu adipeux et glande mammaire).

Les prospections faites auprès des éleveurs et bouviers des grandes régions d'élevage du Burundi, du Rwanda et du Zaïre, ont permis d'inventorier 242 espèces d'arbres et arbustes indigènes consommés par les bovins, caprins et ovins. Ces espèces sont réparties dans 53 familles botaniques. Tous les ruminants domestiques des régions prospectées s'adonnent au brout à l'une ou l'autre époque de l'année, selon la disponibilité en herbes fourragères et surtout selon l'espèce animale à laquelle ils appartiennent. L'époque de prélèvement maximal reste la saison sèche. L'éleveur traditionnel a une bonne connaissance des arbres et arbustes fourragers indigènes mais les principaux usages qu'il leur reconnaît sont ceux de tout arbre. L'usage fourrager est simplement observé, ce qui explique que les arbres et arbustes fourragers ne font pas l'objet d'un traitement particulier. L'analyse chimique de quelques espèces a été effectuée et s'est révélée intéressante avec une moyenne en matières azotées de 18,5 % de la matière sèche en saison des pluies et 17,6 %en saison sèche.

La maîtrise de l’alimentation des animaux à fort niveau de production est nécessaire pour éviter des pertes économiques importantes. Parmi les pistes explorées, le bilan électrolytique, défini comme [sodium] + [potassium]-[chlore], est une voie intéressante pour limiter la production d’acides à l’origine de troubles métaboliques. A partir de trois bases de données (vaches en lactation, porcs en croissance et ruminants en croissance), cette synthèse étudie par analyse de covariance, les réponses zootechniques et celles de l’homéostasie acido-basique en fonction de la valeur du bilan électrolytique de la ration. Les quantités ingérées, la production de lait à 4% et le gain moyen quotidien augmentent avec l’augmentation du bilan électrolytique. Dans le même temps, le pH et les concentrations en bicarbonates du sang suivent la même évolution. La chlorémie diminue fortement avec l’augmentation du bilan électrolytique : le chlore est l’ion le plus impliqué dans la régulation de l’homéostasie acido-basique. Enfin, le pH urinaire augmente avec l’accroissement du bilan électrolytique de la ration, la corrélation obtenue est très forte. La voie urinaire est donc la principale voie d’excrétions des ions, et le pH urinaire pourrait être un bon indicateur de la valeur du bilan électrolytique des rations distribuées. L’augmentation du bilan électrolytique de la ration est donc un moyen efficace de lutter contre la production d’acides liée au métabolisme intense des animaux à fort potentiel de production. L’homogénéité des résultats entre les différents modèles suggère un effet du bilan électrolytique à un niveau systémique, même si quelques différences entre ruminants et monogastriques laissent à penser un effet au niveau du rumen.

Les taux annuels de mise bas et de mortalité sont des données de base nécessaires pour quantifier la productivité des cheptels domestiques tropicaux élevés en milieux extensifs. Les suivis de troupeaux avec bouclage des animaux sont une méthode de référence pour estimer ces paramètres sur le terrain. Les méthodes transversales rétrospectives, basées sur des entretiens avec les éleveurs et leur mémoire à court ou long terme de la démographie des troupeaux, sont des alternatives. La présente étude a évalué une méthode rétrospective (12MO) pour estimer les taux de mise bas et de mortalité pour la période des douze derniers mois précédents l’enquête. Le biais de différentes approximations utilisées dans les calculs a été évalué d’après plusieurs jeux de données disponibles et collectées sur les bovins et les petits ruminants au Sénégal. Le principal résultat de l’étude a été la variabilité potentiellement élevée du biais (en particulier pour le taux de mortalité des petits ruminants pour lequel le biais relatif a varié entre -60 et 96 p. 100 dans la classe d’âge « 0 à 1 an »), malgré un biais médian acceptable (la médiane de biais relatif a été ≤ 6 p. 100 en valeur absolue). Les méthodes rétrospectives telles que 12MO devraient être utilisées avec parcimonie (par exemple pour évaluer approximativement l’impact immédiat de chocs importants ou d’innovations) et leurs résultats interprétés avec précaution. Lorsque cela est possible, les suivis de troupeaux (avec ou sans identification des animaux) sur plusieurs années consécutives devraient être privilégiés.

La fièvre Q est une zoonose bactérienne causée par Coxiella burnetii, une bac­térie intracellulaire stricte, de répartition mondiale. Les ruminants domestiques sont le principal réservoir de la bactérie. L’objectif de cette étude a été de déter­miner la séroprévalence de la fièvre Q chez des bovins de la région de Bejaïa, au nord de l’Algérie. Un total de 180 sérums provenant de 50 élevages laitiers a été analysé par la technique Elisa (enzyme-linked immunosorbent assay). Dix-neuf sérums provenant de 11 élevages étaient positifs, soit une prévalence indi­viduelle de 10,6 % (intervalle de confiance [IC] à 95 %, 6,1 % à 15,0 %) et une séroprévalence troupeau de 22 % (IC 95 %, 10,5 % à 33,5 %). Une cor­rélation statistiquement significative a été mise en évidence entre la séropositi­vité et l’existence d’antécédents de rétention placentaire (p = 0,025), de métrites (p < 0,001) ou de retour régulier en chaleurs (p = 0,026) chez les vaches. La fièvre Q circule donc dans les élevages bovins de cette région. D’autres études sont fortement recommandées afin de mieux comprendre l’épidémiologie de cette maladie.

Les taux plasmatiques de thyroxine libre (FT4) et de triiodothyronine libre (FT3) ont été mesurés chez 30 dromadaires mâles adultes, chez 31 chamelles non gravides et non allaitantes et chez 13 chamelles et leur fœtus de 6 mois ou leur nouveau-né, de la naissance à l’âge de 30 jours. Les valeurs basales de FT4 et de FT3 plasmatiques (pM) chez le dromadaire mâle adulte ont été respectivement de 24,8 ± 2,8 et 8,6 ± 1,4. Au cours de la gestation (6 mois), ces valeurs (pM) ont été respectivement de 43,4 ± 4,1 et 1,4 ± 0,4 chez le fœtus, et de 31,1 ± 2,8 et 16,9 ± 2,1 chez la chamelle. Chez le chamelon, les taux de FT4 (50,7 ± 4,1) et de FT3 (18,6 ± 2,3) plasmatiques (pM), très élevés à la naissance, ont diminué progressivement jusqu’au 7e jour (FT4 : 28,3 ± 2,8 ; P < 0,05 ; FT3 : 9,6 ± 1,7 ; P < 0,05), puis sont restés stables jusqu’au 30e jour. L’évolution périnatale et postnatale des taux de FT4 et de FT3 plasmatiques chez la chamelle et son chamelon était similaire à celle rapportée chez les autres ruminants domestiques.

Cette étude porte sur une évaluation de la fréquence des anticorps antivirus Akabane chez les ruminants domestiques dans différentes zones écologiques au Soudan. Les anticorps neutralisants ont été détectés chez les moutons, les chèvres et les bovins. Les sérums de ces animaux ont été récoltés entre 1979 et 1980 à El Obeid, Nyala, Kassala, Sennar et Jonglei. C'est dans cette dernière région qu'ont été trouvés les plus forts taux de présence d'anticorps antivirus dans les sérums analysés : respectivement 27 %, 36 % et 47 % chez les moutons (6), les chèvres (11) et les bovins (90). Bien que les anticorps aient été détectés chez 8 % des 79 vaches et chez 15 % des 70 vaches dans deux troupeaux sentinelles au Centre du Soudan, respectivement à Shambat et Um Benein, aucun des veaux suivis dans ces élevages entre 1981 et 1983 ne s'est révélé positif. Par la suite, des sérums d'échantillons aléatoires prélevés en 1985 sur des animaux âgés de 1 à 3 ans ont montré la présence d'anticorps chez 8 veaux sur 57 (14 %) à Shambat et 5 veaux sur 40 (12 %) à Um Benein. Les implications de ces résultats sont discutées.

Au Sahel, la végétation se compose d’une strate herbacée principalement composée de plantes annuelles et d’une strate ligneuse peu dense dominée par des épineux. Dans cette région, l’essentiel de la production fourragère a lieu entre juillet et septembre. Le disponible fourrager constitué au cours de cette courte période décroît durant les neuf mois de la saison sèche sous l’effet de plusieurs facteurs, dont la pâture des ruminants domestiques. Les effets de la pâture sur la dynamique saisonnière de la phytomasse herbacée ont fait l’objet de peu d’études au Sahel. La dynamique de saison sèche de la phytomasse herbacée sous l’effet de la pâture est simulée à l’aide du module « Patsec » du modèle STEP. Une étude de sensibilité du module Patsec à la composition spécifique, l’intensité et la saisonnalité de la charge compare les sorties du module aux observations faites en 2010–2011 sur trois sites pastoraux proches de Hombori à l’Est du Sahel malien. Les résultats montrent que le prélèvement fourrager par le bétail ne contribue que de façon secondaire à la « dégradation » saisonnière de la phytomasse herbacée. Par contre, les effets de la pâture sur le transfert des pailles dressées à la litière et l’enfouissement dans le sol de cette dernière sont nets. L’étude montre également qu’à charge égale exprimée en poids vif, la pâture par les bovins contribue moins au transfert paille-litière et à l’enfouissement de la litière que la pâture de petits ruminants, malgré l’importance du fourrage ligneux dans la ration des chèvres. Le modèle testé reproduit de façon satisfaisante la dynamique saisonnière de la phytomasse herbacée et peut servir d’outil de prévention des crises pastorales liées aux pénuries de fourrage en région sahélienne à travers un suivi de la charge animale et du disponible fourrager de saison sèche.

Trypanosoma (Duttonella) vivax est un parasite des ruminants domestiques en Afrique et en Amérique latine. Les souches en Amérique latine, transmises mécaniquement par divers insectes piqueurs, ont perdu la capacité d'infecter les glossines qui les transmettent cycliquement en Afrique subsaharienne. Les auteurs ont passé en revue diverses techniques de diagnostic utilisées pour détecter T. vivax sur le terrain, allant des examens parasitologiques classiques aux techniques moléculaires (PCR), en passant par les tests sérologiques. La PCR, qui offrait une sensibilité et une spécificité non égalées, a été utilisée au CIRDES, Bobo-Dioulasso, Burkina Faso, et les résultats obtenus par cette technique pour identifier T. vivax sur les bovins et sur les pièces buccales des glossines ont été comparés aux résultats parasitologiques de plusieurs études récentes en Afrique de l'Ouest. Le fait le plus marquant concernait, dans certaines régions, une proportion non négligeable de mouches infectées seulement dans le proboscis (cycle de T. vivax) ne donnant aucun signal PCR avec les amorces T. vivax. Les auteurs ont envisagé plusieurs hypothèses pour expliquer ces résultats, la plus probable semblant être la circulation de souches du sous-genre Duttonella non reconnues par les marqueurs utilisés. Des études de variabilité génétique et de pathogénicité des souches locales seraient intéressantes à mener.

Dans cet article de synthèse les quantités de matière sèche ingérées de fourrages distribués à l’auge, ainsi que leur digestibilité, sont comparées chez différentes espèces d’herbivores domestiques (ovins, caprins, bovins, cerfs, lamas, chevaux). Par rapport au poids vif des animaux c’est avec les fourrages pauvres que les écarts de quantités ingérées sont les plus importants, à l’avantage surtout des cervidés et des caprins. Pour les foins tardifs de graminées des écarts notables se maintiennent. Pour les foins de bonne qualité, toutes les espèces comparées, sauf les lamas, donnent des résultats identiques. Les résultats sont aussi exprimés par rapport au poids métabolique (PV0,75). Des éléments d’information et d’explication sont donnés à travers la durée journalière d’ingestion, le contrôle physiologique de l’ingestion, la durée de rumination, le mécanisme de comminution des aliments et la salivation. Pour ce qui concerne les digestibilités il existe des différences notables entre espèces. Ces différences, faibles pour les fourrages de bonne qualité, s’accroissent au fur et à mesure que la qualité des fourrages comparés diminue. Le classement des espèces est alors net, dans l’ordre décroissant : lamas, bovins, caprins, ovins, cerfs, chevaux. Les différences observées sont expliquées à partir de l’importance relative des différents sites de digestion, de l’intensité variable de la digestion microbienne, des temps de séjour des digesta dans le tube digestif, et de l’efficacité des recyclages d’azote et de minéraux. L’ingestion de matière organique digestible exprimée par rapport au poids métabolique des animaux donne une bonne idée des possibilités de couverture de leurs besoins par les différentes espèces. De ce point de vue les animaux à grand format sont largement avantagés, bovins et chevaux étant comparables. Parmi les animaux à petit format les ovins sont théoriquement désavantagés par rapport aux caprins, aux cerfs et aux lamas. Lorsqu’ils sont en liberté, les petits ruminants sont donc obligés d’ingérer des aliments plus digestibles que les gros ruminants.

L’élevage du cerf pour la production de viande se développe actuellement en France, après l’Ecosse et la Nouvelle-Zélande où les premiers élevages ont été créés il y a une vingtaine d’années. Cette espèce se différencie des ruminants domestiques traditionnels par un certain nombre de points dont en particulier une variation très importante de la capacité d’ingestion avec la saison (elle varie du simple au double entre l’hiver et l’été sous l’effet des variations de la photopériode) et une moindre digestibilité des fourrages grossiers (5 à 7 % de moins que le mouton). Les besoins d’entretien des cerfs sont voisins de ceux des bovins ; s’y ajoutent, chez le mâle, des besoins spécifiques pour la croissance annuelle des bois (énergie et surtout minéraux dont une partie provient d’une déminéralisation du squelette). Les naissances gémellaires sont très rares chez la biche dont la fertilité dépend essentiellement du poids au moment du rut (les biches doivent peser 60 kg ou plus). Le poids des faons à la naissance est voisin de 8-9 kg, il varie avec leur sexe et selon le niveau alimentaire moyen du troupeau. La production laitière des biches varie entre 120 et 200 litres en 100 jours selon la qualité du pâturage. Leur lait est très riche en lipides et en protéines (respectivement 10,3 et 7,6 % au cours du second mois de lactation) soit deux fois plus que le lait de vache.

L’élevage de camélidés sud-américains a pu être envisagé dans le cadre d’une politique d’entretien de l’espace et de diversification des productions. Cette étude bibliographique permet de mieux évaluer les possibilités et les limites de ces espèces. Il existe quatre espèces de camélidés sud-américains, deux sauvages, le Guanaco et la Vigogne, et deux domestiques, l’Alpaga et le Lama. Elles vivent sur les hauts plateaux andins. Alpagas et lamas peuvent se reproduire en toutes saisons. La reproduction présente des traits originaux : les mâles, pubères à un an, sont handicapés jusqu’à deux ans par des adhérences préputiales et sont rarement exploités avant trois ans. Chez la femelle, l’ovulation, simple le plus souvent, est provoquée par l’accouplement. Un seul foetus se développe, toujours dans la corne gauche de l’utérus. La gestation dure 345 jours environ. Le réaccouplement est possible peu après la parturition. Les jeunes pèsent 7-8 kg (alpagas) à 10-11 kg (lamas) à la naissance. Le sevrage a lieu vers 7 à 9 mois. Alpagas et lamas sont des ruminants, caractérisés par un estomac à 3 compartiments, sans homologie avec les quatre compartiments de l’estomac des ovins, bovins et caprins. Leur contenu, très sec, est riche en bactéries. Les alpagas consomment essentiellement de l’herbe, même en touffes hautes et grossières ; ce sont des "pâtureurs". Les lamas, normalement "pâtureurs", consomment aussi, de façon minoritaire, des espèces arbustives si l’herbe se fait rare. Alpagas et lamas mangent généralement moins que les ovins et caprins (30 à 55 g MS/kg P0,75 selon les fourrages, soit 20 à 40 % de moins à régime comparable). L’utilisation digestive des matières organiques et azotées est égale (fourrages de bonne qualité) ou supérieure (fourrages grossiers, pauvres en protéines) à celle de ces deux espèces. Les camélidés sud-américains coexistent sans problème avec les petits ruminants ; leur organisation sociale (hiérarchie, protection du troupeau) nécessite un minimum de précautions dans la conduite des animaux. La principale production des alpagas est leur toison formée de fibres fines (25 à 30 μ) et médullées, d’un rendement élevé (80 %) mais d’un poids modeste (1,7 et 2,8 kg chez les femelles et les mâles). Les lamas ont des toisons plus grossières comportant également des poils. Elles sont utilisables en artisanat. En France, il n’existe encore aucune étude économique sérieuse qui permette d’inciter les éleveurs à investir dans l’élevage de camélidés sudaméricains.

La dermatophilose est une des maladies les plus importantes des ruminants domestiques des îles caraïbes, où la maladie clinique est associée à la présence de la tique Amblyomma variegatum. Des études séroépidémiologiques ont été effectuées afin d’éclaircir l’épidémiologie de la maladie dans la région, en faisant particulièrement attention au rôle d’A. variegatum. Une banque de 1300 sérums de bovins des Petites Antilles a été examinée par ELISA pour la présence d’anticorps contre Dermatophilus congolensis. Il s’est avéré que des animaux séropositifs existent dans des îles non infestées par A. variegatum, et où la dermatophilose n’est jamais ou rarement observée. De plus, il n’y avait pas de différence significative entre la prévalence d’animaux séropositifs des zones infestées par la tique et des zones non infestées de la Martinique et de Sainte-Lucie, deux îles partiellement infestées et où la dermatophilose n’est observée que dans les parties infestées par la tique. La prévalence était basse dans les petites îles ayant un climat sec. Ceci confirme les résultats expérimentaux indiquant qu’A. variegatum n’est pas indispensable pour la transmission de D. congolensis, qui est très répandu dans la plupart des îles. Les concentrations élevées de prostaglandine E2 (entre 151 et 377 ng/ml) et de prostacycline (entre 124 et 134 ng/ml) trouvées dans la salive des femelles d’A. variegatum, suggèrent fortement que la tique pourrait favoriser le développement des lésions par une activité immunomodulatrice de sa salive. Néanmoins, malgré un certain succès dans la reproduction de la dermatophilose chez des chèvres simultanément infestées avec des adultes d’A. variegatum et scarifiées avec Dermatophilus, on n’a pas observé de différence entre des bovins Créole naturellement résistants et des Brahman hautement sensibles, utilisant le même modèle. Les lésions de la dermatophilose sont restées très bénignes sur les animaux des deux races. Après cette expérience, les Brahman ont développé une dermatophilose généralisée après avoir été mis au pâturage, ce qui indique que le rôle respectif des facteurs de risque identifiés comme étant d’importance majeure pour l’expression de la dermatophilose clinique, n’est pas complètement clarifié et demande d’être étudié davantage.

Les trois articles qui suivent retracent le contenu de trois exposés présentés dans le cadre du groupe de réflexion sur le thème ingestion au sein du département Elevage et Nutrition des Animaux de l’INRA. Ce groupe "Ingestion", qui existe depuis environ une dizaine d’année maintenant, se réunit une ou deux fois par an autour d’un thème particulier dont les différents aspects sont traités par des membres du groupe ou invités par le groupe. Il nous est apparu que ce travail pouvait intéresser un public francophone plus large que les seuls participants à ces réunions. A l’avenir, des dossiers seront donc ainsi proposés à la revue Productions Animales en fonction des activités du groupe. Le premier dossier a pour thème "Palatabilité et choix alimentaires". Avant même d’essayer d’en définir les termes, le titre posait problème : fallait- il parler de palatabilité ou d’appétibilité ? Si palatabilité nous apparaît aujourd’hui comme un néologisme, Gallouin et Le Magnen (1987) nous ont rassurés en nous apprenant que les Anglais l’ont importé de France il y a plusieurs siècles. Quant au mot appétibilité, il n’a été proposé qu’il y a un peu moins d’un demi-siècle pour traduire "palatability" de l’anglais. Malheureusement, résoudre ce différend linguistique ne permet pas de définir facilement et précisément ce terme. L’estimation de la palatabilité est généralement décrite par la notion de préférence alimentaire, donc de choix, sans que les deux soient équivalents. Enfin, ce critère de palatabilité est très couramment associé aux qualités organoleptiques des aliments. Différences de définitions, de méthodes de caractérisation, de mécanismes impliqués pour expliquer ces phénomènes, il est apparu important de clarifier la situation et de faire le point sur ce sujet. Les finalités des travaux sur la prise alimentaire chez les monogastriques et les ruminants sont généralement différentes. La nature de la ration (des aliments concentrés jusqu’aux prairies naturelles), mais également le type de production qui recouvre des échelles de temps très variées (de quelques semaines à 10 ans) posent des problèmes de prise alimentaire très différents. Les travaux sur les monogastriques (porcs et volailles) et les ruminants sont donc traités dans des articles séparés. Ces textes permettent de mieux percevoir la spécificité d’approche pour chaque espèce, mais soulignent les points communs quant aux mécanismes associés au concept de palatabilité. Pour les espèces à cycle court, les problèmes d’apprentissage et les choix alimentaires peuvent affecter rapidement la productivité des systèmes. Le refus par des jeunes d’un nouvel aliment pendant quelques jours va affecter leur croissance, même si, a priori, dans l’aliment rien de perceptible par l’homme ne permet de comprendre ce comportement. La synthèse de Marie- Christine Meunier-Salaün et Michel Picard essaye donc de préciser les relations entre ces problèmes de choix alimentaires, de préférence ou d’aversion, et la notion de palatabilité chez le porc et les volailles et discute les moyens d’étudier ces problèmes. Les ruminants disposent souvent de fourrages à volonté. Les fourrages étant généralement, en France, d’un coût plus faible que les autres aliments, l’éleveur souhaite en maximiser l’utilisation. Ceci suppose que le fourrage soit bien ingéré par l’animal. La palatabilité d’un aliment interfère-t-elle avec le niveau d’ingestion de cet aliment ? Comment apprécier objectivement cette notion de palatabilité ? Quel est le rôle des sens dans les préférences alimentaires des ruminants ? La revue de René Baumont essaye de répondre à ces questions à l’aide de nombreux exemples. Les ruminants d’élevage disposent généralement pendant plus de la moitié de l’année d’un accès au pâturage. Dans ces conditions d’alimentation très particulières l’animal va être amené à gérer lui-même ses prises alimentaires avec des situations de choix parfois très complexes. Cette complexité au pâturage est accrue par la dispersion de l’offre alimentaire. Les choix comportementaux ne sont donc pas que le reflet des préférences alimentaires strictes pour telle ou telle espèce ou partie de végétal, mais le résultat d’une stratégie de pâturage complexe qui pourrait chercher à maximiser le bénéfice énergétique. Ces relations entre les préférences alimentaires des ruminants et les choix alimentaires effectués au pâturage sont étudiées par Bertrand Dumont qui en présente une synthèse dans le dernier article de ce dossier. Bien que recouvrant des approches et des points de vue très divers, ces trois articles partagent certaines conclusions sur la notion de palatabilité. En particulier, on peut difficilement la dissocier d’une notion d’apprentissage si l’on veut en comprendre les rouages. Essayer de s’en défaire ne fait que renforcer le poids des apprentissages précédents (souvent inconnus) au détriment de la propre expérience de l’animal sur tel aliment. Les choix d’un animal peuvent donc évoluer pour prendre en compte des signaux post-ingestifs. L’utilisation de tests en tout genre pour apprécier la palatabilité doit donc se faire avec discernement. Néanmoins, une meilleure connaissance des mécanismes d’apprentissage et d’identification de l’aliment permettrait de limiter les problèmes lors des transitions alimentaires et de mieux comprendre comment l’animal équilibre sa ration. Un travail de réflexion important reste donc à réaliser pour mettre en place des méthodologies adaptées afin de mieux expliquer les choix alimentaires des animaux domestiques. Gallouin F., Le Magnen J., 1987. Evolution historique des concepts de faim, satiété et appétit. Reprod. Nutr. Dévelop., 27, 109-128.

L’élevage intensif du porc impose des contraintes qui peuvent être néfastes à son bien-être. Chez le sanglier ou le porc domestique en conditions semi-naturelles, la femelle parturiente vit en groupe matriarcal et confectionne un nid destiné à dissimuler et protéger les jeunes. Un lien s’établit entre la truie et ses porcelets et la période d’allaitement dure au minimum 10 à 12 semaines. Les conduites d’élevage actuelles ont fondamentalement modifié le mode de vie du porc. Les truies sont généralement placées en cases individuelles et ne peuvent confectionner un nid. Pendant toute la durée de l’allaitement, les contacts avec les porcelets sont réduits au minimum et initiés par ces derniers. Il existe néanmoins des échanges vocaux et olfactifs facilitant la localisation des tétines et conduisant à une reconnaissance réciproque mère-jeunes, effective dans les 48 heures. L’absorption rapide de colostrum est essentielle pour la protection immunitaire et l’apport énergétique. Le rythme des allaitements est d’environ 1 par heure pendant les premières semaines de lactation, avant de diminuer progressivement. Les porcelets développent rapidement une grande fidélité aux tétines, à l’issue de combats souvent intenses. Le lien mère-jeunes n’est pas aussi sélectif que chez les ruminants et des adoptions sont facilement réalisables lorsque les porcelets sont âgés de moins de trois jours. Ultérieurement, l’adoption de quelques porcelets devient difficile et ceux-ci tardent à s’engager à la tétée. Cependant, la substitution d’une portée entière est facilement acceptée par la truie, même après 3 semaines d’allaitement. Le sevrage, interdit en deçà de 4 semaines sauf dans les élevages en bandes, est réalisé à cet âge dans la majorité des élevages intensifs. Il peut être pratiqué dès que les porcelets sont âgés d’une semaine, mais uniquement si leur survie est en jeu. Les perturbations comportementales et zootechniques sont d’autant plus négatives que le sevrage est précoce. La prise en compte du bien-être de l’animal impose des précautions visant à ne pas placer l’animal dans une situation de peur ou d’anxiété et à lui permettre d’exprimer les comportements dits normaux de l’espèce.

Un dossier d’INRA Productions Animales consacré à l’élevage caprin en 2012 peut surprendre. Représentant moins de 1% du produit brut de l’Agriculture Française, cet élevage largement ancré dans son environnement socioculturel local et dans la tradition de terroirs variés, évoque encore, mais de moins en moins, des images du passé comme celle de la «vache du pauvre» ou de la grandmère gardant trois chèvres au bord du chemin. Cet élevage s’est en effet marginalisé au XIXème siècle et dans la première moitié du XXème siècle dans les pays qui s’industrialisaient, notamment en Europe où l’effectif caprin ne représente plus actuellement que 2% du total mondial. De nombreux arguments ont milité pour éditer ce dossier, d’abord la rapide transformation de l’élevage caprin à la fin du XXème siècle et plus encore dans ces premières années du XXIème siècle, ensuite des travaux originaux conduits récemment sur l’espèce caprine, qui sont venus combler le retard important que cette espèce avait accumulé en matière de recherches agronomiques et vétérinaires. A l’échelle mondiale, l’élevage caprin est celui dont les effectifs ont le plus augmenté au cours de ces vingt dernières années (FAOSTAT 2010) : 4ème troupeau mondial avec plus de 900 millions de têtes (470 millions en 1975) derrière les bovins, les ovins et les porcins ; d’après les prévisions, il deviendrait le 3ème autour de 2015. Nombreuses sont les explications à cette situation un peu paradoxale, mais deux sont souvent avancées par les experts. Cette progression actuelle des effectifs caprins s’observe presque exclusivement dans les pays en développement et dans certains pays émergents. Elle serait surtout due aux difficultés que rencontre le maintien de l’élevage des autres espèces domestiques dans ces zones, dans certains cas du fait de l’appauvrissement des éleveurs et des acteurs des filières animales. Cette progression tient aussi au fait que le marché des caprins a une réalité essentiellement locale et que, dans ces conditions, il n’est pas exposé aux crises internationales que le marché des produits des autres espèces a pu subir au cours des quarante dernières années. En Europe, les effectifs caprins sont restés assez stables : 12,5 M de têtes au total, 1,3 M en France dont 1,1 M de femelles laitières âgées de plus d’un an. La France possède le troisième troupeau (10% des effectifs européens), assez loin derrière la Grèce (37%) et l’Espagne (22%). Il convient de noter la progression importante des effectifs caprins en Roumaine et aux Pays-Bas au cours de la dernière décennie. L’élevage caprin européen, et particulièrement l’élevage français, s’est fortement spécialisé en production laitière puisque 75 à 93% environ du produit brut des ateliers caprins en France provient du lait. En effet, la marge brute que dégage la production de chevreaux de boucherie est réduite en raison des coûts des aliments d’allaitement et des aléas liés à la mortalité périnatale. Des avancées dans les techniques d’élevage, notamment dans les domaines de l’alimentation et de la génétique, ont permis des améliorations assez rapides des performances des femelles laitières. La production laitière moyenne des 240 000 chèvres inscrites au contrôle laitier en 2010 était de 842 kg de lait sur une durée moyenne de lactation de 274 jours avec un taux protéique de 32,3 g/kg de lait et un taux butyreux de 37,0 g/kg de lait. Le plus intéressant à noter, c’est qu’en dix ans la production laitière annuelle au contrôle laitier a progressé de 90 kg, le taux protéique de 1,6 g/kg et le taux butyreux de 2,5 g/kg (Institut de l’Elevage 2012). La France est le premier producteur européen de lait de chèvre avec 30% du lait produit. Plus de 80% de ce lait est transformé en fromages. Même si la consommation présente quelques signes d’essoufflement actuellement, l’augmentation de la production de lait de chèvre depuis plus de trente ans et en conséquence celle des fromages a en général été bien absorbée par la demande, en progression malgré quelques périodes tendues. Ce résultat est dû notamment à de nouveaux produits de qualités rhéologique et organoleptique bien adaptées pour conquérir de nouveaux marchés, à l’utilisation de technologies avancées en matière fromagère et à la bonne image de ce fromage (produit festif et de qualité) auprès des consommateurs. Le secteur caprin en France a suivi l’évolution générale des productions animales : mécanisation du travail, simplification des techniques pour réduire le coût de production et pour améliorer l’efficacité du travail, augmentation rapide de la taille des unités de production. Plus de 35% de chèvres laitières appartiennent à des unités de plus de 350 têtes et la production est de plus en plus concentrée dans une région, le Poitou-Charentes, qui produit plus de 50% du lait de chèvre en France et en transforme encore plus. Bref, cette évolution et ces résultats, malgré un contexte qui tend à devenir de moins en moins favorable, s’expliquent par de multiples raisons, entre autres, la mise en place d’une filière bien organisée, des éleveurs motivés et le plus souvent passionnés par leur métier et une coopération étroite et efficace entre la recherche et le développement tant au niveau national que régional. Cette coopération exemplaire a débuté dès les années 1955-1965 avec des pionniers comme G. Ricordeau, à qui l’on doit la mise en évidence du gène sans corne expliquant le taux élevé d’infertilité en caprins, facteur qui a longtemps freiné le développement caprin (Ricordeau 2008) et J.-M. Corteel, qui a beaucoup travaillé sur la mise au point des techniques d’insémination artificielle (Leboeuf 2013). Ils ont su gagner la confiance des éleveurs, même parfois de petites unités. Ce lien s’est poursuivi et développé ensuite grâce à la création de la section caprine de l’Institut technique ovin et caprin (ITOVIC), mais aussi par des relations directes et personnelles entre chercheurs et responsables du développement ou par des réunions informelles autour de certains problèmes que rencontraient les éleveurs.Cette coopération a très bien résisté dans les années 1980, d’une part, aux nouvelles demandes des éleveurs qui donnaient la priorité aux questions socio-économiques suite à la première crise du prix du lait de chèvre en 1981 et, d’autre part, aux évolutions de la politique de l’INRA, qui face aux nouveaux enjeux scientifiques et technologiques, a été conduit à considérer comme moins prioritaire certaines recherches appliquées intéressant le développement. Ainsi, malgré l’évolution des problématiques scientifiques et des relations entre le monde de la recherche et du développement, mais aussi face au développement rapide de la recherche caprine dans les pays émergents, la recherche caprine en France est toujours très active. Un sondage bibliométrique montre que le nombre de publications avec «dairy goat» en mot-clé, de 250 à 300 par an dans les années 1980-1990, s’est accru nettement au début des années 2000 pour se situer actuellement vers les 700 publications par an. Au cours des dix dernières années, les pays qui ont le plus contribué à ces publications ont été la France, donc l’INRA, suivie par les USA, l’Italie et l’Espagne, eux-mêmes suivis par le Brésil, le Mexique et la Turquie. Ce dossier de la revue INRA Productions Animales a donc pour objectif d’illustrer le dynamisme des recherches menées en France sur les caprins, s’il était encore nécessaire de le faire. Le choix des six thèmes de recherche retenus pour constituer ce numéro n’a pas été aisé en raison du nombre de thèmes possibles. L’ambition de ce dossier n’étant pas d’être exhaustif, la rédaction de la revue et son comité se sont mis d’accord pour ne pas retenir de sujets dans les domaines où les publications ont déjà été nombreuses. C’est le cas, par exemple, de la traite des chèvres laitières (Le Du 1989, Marnet et al 2001), du polymorphisme de la caséine alpha chez les caprins (Grosclaude et al 1994, Manfredi et al 1995) ou encore de la reproduction caprine. INRA Production Animales a en effet déjà publié des articles exhaustifs sur la neuro-endocrinologie de la reproduction chez le caprin (Chemineau et Delgadillo 1994), sur le comportement sexuel de cette espèce (Fabre-Nys 2000), sur la production et la conservation de semence de bouc (Leboeuf et al 2003) et récemment sur la maîtrise de la reproduction de l’espèce caprine (Leboeuf et al 2008). Il a été proposé de sélectionner des thèmes novateurs ou riches en résultats récents, qui intéressent le développement de l’élevage caprin en France, mais aussi de portée internationale. Dans ces conditions, il a d’abord été retenu trois thèmes représentant des dimensions basiques de l’élevage : génétique, pathologie, alimentation avec des articles faisant le point sur les dernières avancées dans chaque secteur, et trois autres thèmes originaux et porteurs d’avenir, le pâturage des chèvres laitières hautes productrices, les apports de la modélisation pour comprendre le fonctionnement du troupeau de chèvres laitières et les techniques rationnelles d’élevage caprin en milieu tropical. Le premier article de Manfredi et Ådnøy (2012) sur la génétique des caprins laitiers, est un travail franco-norvégien illustrant la collaboration continue sur ce thème entre les deux pays depuis près de 50 ans. Il fait le point sur les études de génétique polygénique relatives à la production et à la composition du lait. Il traite de l’approche moléculaire qui démarre en caprins et surtout répond à la question d’actualité sur ce que nous pouvons attendre dans les années futures de la sélection génomique en caprins. Le deuxième article de Hoste et al (2012) sur la pathologie caprine, a réuni des spécialistes de l’INRA, des écoles vétérinaires, de l’Anses et de l’Institut de l’Elevage. Il fait le point sur les recherches en cours et leurs applications concernant diverses pathologies infectieuses d’actualité dans le secteur caprin. Ainsi il passe en revue les principales pathologies provoquées par les prions et les virus, par les agents bactériens et la question des parasites gastro-intestinaux. L’article évoque aussi le projet de la mise en place d’un observatoire des maladies caprines en France. Il se termine par une réflexion intéressante soulignant la proximité des agents pathogènes en ovins et caprins et les différences dans les processus morbides chez ces deux espèces. Il en conclut que des études originales sur caprins sont tout à fait fondamentales pour appréhender certains mécanismes pathogéniques. L’article suivant de Sauvant et al (2012) se propose d’actualiser les recommandations alimentaires des caprins publiées en 2007, pour répondre à une demande du développement. Les avancées dans ce domaine proviennent notamment d’une approche modélisée de la connaissance des nombreuxfacteurs de variation du poids vif, de la production laitière et de la composition de lait. Les lois de réponse plus précises aux apports d’aliments concentrés, les nouvelles lois de réponse concernant la sécrétion des acides gras du lait ainsi que les excrétions d’azote et de méthane, ainsi que les valeurs repères applicables sur le terrain concernant le comportement alimentaire, l’acidose et les besoins en eau sont les principales nouveautés. L’alimentation représente, rappelons-le, 70% en moyenne du prix de revient du litre de lait de chèvre. Parmi les trois articles plus spécifiques sur des sujets originaux, figure l’article de Lefrileux et al (2012) sur l’aptitude des chèvres hautes productrices de lait à valoriser les prairies temporaires au pâturage. Il répond à des demandes variées, notamment la demande sociétale pour une conduite d’élevage plus écologique. Or, peu d’information existe sur ce sujet, d’une part, en raison de la diminution de ce mode d’alimentation à cause des problèmes parasitaires rencontrés et, d’autre part, car la chèvre a la réputation d’être une mauvaise utilisatrice du pâturage et d’avoir un comportement très affirmé pour sélectionner son ingéré. Les auteurs montrent qu’il est possible d’obtenir des performances laitières de 1000 – 1100 kg de lait par an et par chèvre avec des régimes alimentaires où plus de 50% des besoins énergétiques sont couverts par le pâturage. L’étude du fonctionnement du troupeau caprin est un sujet qui a déjà été développé à l’INRA (Santucci et al 1994) mais, au cours de ces dernières années, elle a fait l’objet d’avancées importantes grâce à l’utilisation de la modélisation. L’article de Puillet et al (2012) présente un simulateur de fonctionnement du troupeau caprin laitier permettant de tenir compte de la variabilité individuelle des carrières animales et d’étudier comment les conduites de l’alimentation et de la reproduction mises en œuvre par l’éleveur, modulent les performances du troupeau. De tels outils sont appelés à l’avenir à avoir diverses applications au niveau du terrain pour les agents de développement, par exemple pour quantifier le risque biologique associé à certaines conduites d’élevage. Le Centre INRA des Antilles-Guyane travaille depuis plus de 50 ans sur l’amélioration des systèmes de production caprine en milieu tropical (Alexandre et al 1997). Alexandre et al (2012) présentent dans le dernier article de ce numéro une synthèse sur la situation de l’élevage caprin en zone tropicale. Rappelons que 95% des caprins vivent en milieu tropical. A travers leur grande expérience du sujet, ces auteurs proposent des voies d’amélioration très prometteuses grâce à l’apport d’intrants bien réfléchi techniquement et économiquement, à l’utilisation de l’effet mâle en reproduction et à une complémentation à base d’aliments non conventionnels. Les six articles de ce numéro ne doivent pas occulter les autres recherches sur les caprins effectuées par l’INRA ou d’autres organismes. Comme il n’est pas possible d’être exhaustif, citons simplement quelques exemples qui peuvent intéresser le développement : la maîtrise de la reproduction femelle sans utilisation d’hormones pour répondre aux cahiers des charges de certains produits caprins labellisés (Brice et al 2002) ; la monotraite, technique qui a priori séduit les éleveurs en permettant une réduction de charge de travail (Komara et Marnet 2009) ; les risques d’acidose en liaison avec le comportement alimentaire des chèvres laitières, trouble métabolique encore fréquent avec certainstypes de régimes et dont les conséquences économiques peuvent être importantes (Desnoyers et al 2009) ; l’évaluation des systèmes de production caprine (Bossis et al 2008, Toussaint et al 2009) sans oublier les travaux de technologie laitière réalisées par l’ITPLC sur le fromage de chèvre (Raynal-Ljutovac et al 2007a). Il faut noter aussi le début d’études sur le bien-être des caprins (Servière et Morand-Fehr 2012) et le besoin de travaux sur les lactations longues (14 - 20 mois),technique qui séduit de plus en plus d’éleveurs. Nous devons aussi signaler deux documents importants, l’un sur la qualité du lait de petits ruminants (Haenlein et al 2007) et l’autre sur la production et la qualité de la viande caprine (Mahgoub et al 2011) dans lesquels les travaux de recherches français sur l’influence des systèmes d’alimentation sur la qualité du lait de chèvre (Morand-Fehr et al 2007), sur la stabilité à la chaleur de ce lait (Raynal-Ljutovac et al 2007b) et sur la composition lipidique du chevreau (Morand-Fehr et al 2011) sont présentés. Il nous reste à souhaiter que la lecture de ce numéro apporte une somme d’informations originales à tous les lecteurs cherchant à prendre connaissance des dernières avancées de la recherche caprine et que la recherche caprine se maintienne et se développe à l’avenir en France pour répondre aux demandes de la filière, mais aussi en milieu tropical où les caprins jouent un rôle socio-économique essentiel pour certaines populations rurales.

L’Agriculture Biologique (AB) se présente comme un mode de production agricole spécifique basé sur le respect d’un certain nombre de principes et de pratiques visant à réduire au maximum les impacts négatifs sur l’environnement. Elle est soumise à des interdictions et/ou des obligations de moyens, par exemple l’interdiction des Organismes Génétiquement Modifiés (OGM), des engrais de synthèse et des pesticides ou l’obligation de rotations pluriannuelles. Dans le cas de l’élevage, les critères portent sur l’origine des animaux, les conditions de logement et d’accès aux parcours, l’alimentation ainsi que la prévention et le traitement des maladies. Ainsi, la prévention des maladies est principalement basée sur l’utilisation de techniques d’élevage stimulant les défenses naturelles des animaux et, en cas de problème sanitaire, le recours à l’homéopathie ou à la phytothérapie ; l’emploi d’autres médicaments vétérinaires n’est pas exclu à condition de respecter des conditions réglementaires strictes1. L’AB s’inscrit dans des filières d’approvisionnement et de commercialisation incluant la transformation et la préparation des aliments, la distribution de gros et/ou de détail et le consommateur final. Dans tous les pays, agriculteurs, conditionneurs et importateurs doivent se conformer à des réglementations pour associer à leurs produits un étiquetage attestant de leur nature biologique. Les produits issus de l’AB sont certifiés et des mécanismes d’inspection assurent le respect des règlements. L’AB mondiale est aujourd’hui encore une activité marginale au regard des terres consacrées (moins de 2%), du nombre d’agriculteurs engagés ou des volumes concernés. Il s’agit toutefois d’une activité en forte croissance avec, par exemple, un triplement des surfaces mondiales dédiées entre 1999 et aujourd’hui. Le marché mondial des produits issus de l’AB était estimé à 25 milliards d’euros en 2006, soit deux fois plus qu’en 2000 (données IFOAM). La consommation est très fortement concentrée, à plus de 95% en Amérique du Nord d’une part, et en Europe de l’Ouest où les principaux marchés sont l’Allemagne, l’Italie, la France et le Royaume-Uni, d’autre part. Sur ces deux continents, les importations sont nécessaires pour pallier le déficit de l’offre domestique au regard de la demande intérieure. Ceci est particulièrement vrai en France. Selon le ministère en charge de l’agriculture (2009), «la demande [française] de produits issus de l’AB croît de 10% par an depuis 1999. Or, l’offre [nationale] de produits issus de l’AB est aujourd’hui insuffisante pour satisfaire cette demande croissante. Les surfaces des 11 970 exploitations agricoles françaises en AB ne représentent que 2% de la surface agricole. Par défaut d’organisation entre les producteurs et à cause de l’éparpillement des productions, une part significative des produits bio n’est pas valorisée». Et simultanément, 25% environ de la consommation française de produits bio est satisfaite par des importations. Cette situation a conduit le Ministre en charge de l’agriculture à proposer, dans le cadre du Grenelle de l’environnement, un plan visant le triplement à l’horizon 2012 des surfaces françaises en AB (6% de la surface agricole utile en 2012). Pour atteindre cet objectif, le plan inclut un soutien budgétaire à la structuration de la filière bio (sous la forme d’un fonds de structuration doté de 15 millions d’euros sur cinq ans), la mobilisation de la recherche (notamment sous la forme de crédits «recherche»), un soutien accru aux exploitations converties en AB (via le déplafonnement des 7 600 €/an/unité des aides agro-environnementales pour les exploitations en conversion vers l’AB et une augmentation de l’enveloppe dédiée, ainsi que la reconduction du crédit d’impôt en 2009, celui-ci étant par ailleurs augmenté) et enfin, l’obligation dès 2012 faite à la restauration collective de proposer dans ses menus 20% de produits issus de l’AB. Enfin, dans le cadre du bilan de santé de la Politique Agricole Commune (PAC) du 23 février 2009, une aide spécifique aux exploitations en AB d’un montant d’un peu moins de 40 millions d’euros a été adoptée. Le plan français en faveur de l’AB, popularisé sous le libellé «AB : objectif 2012», vise donc à développer la production domestique de produits issus de l’AB via la fixation d’un objectif quantitatif en termes de surfaces dédiées en jouant simultanément sur la demande (via une contrainte d’incorporation de produits issus de l’AB dans la restauration collective) et l’offre (via, de façon générale, un soutien augmenté aux exploitations en conversion vers l’AB et déjà converties à l’AB). Dans ce contexte, le comité éditorial de la revue Inra Productions Animales et la direction de l’Inra ont souhaité apporter un éclairage scientifique sur les acquis, les verrous et les perspectives en matière d’élevage AB. Ce numéro a été coordonné par J.M. Perez avec l’aide de nombreux relecteurs : que tous soient ici remerciés. Après une présentation du cahier des charges français et de la réglementation communautaire (Leroux et al), le numéro se décline en trois parties : une série d’articles sur différentes filières animales concernées (avicole, porcine, bovine allaitante, ovine allaitante), un focus sur deux approches à l’échelle des systèmes d’élevage (ovin allaitant et bovin laitier), et enfin des articles centrés sur les problèmes les plus aigus rencontrés dans le domaine de la gestion sanitaire et de la maitrise de la reproduction. L’article conclusif de Bellon et al fait le point sur les principales questions de recherche qui demeurent. En aviculture (Guémené et al), à l’exception de l’œuf, la production bio reste marginale, mais les filières sont bien organisées. Cette situation résulte d’une relative synergie avec les filières label rouge, avec lesquelles elles partagent plusieurs caractéristiques (types génétiques, longue durée d’élevage, parcours). Des difficultés multiples subsistent néanmoins. La production bio est pénalisée par le manque de poussins AB, des difficultés de maintien de l’état environnemental et sanitaire des parcours, la rareté de l’aliment bio et la difficulté d’assurer l’équilibre en acides aminés des rations (pas d’acides aminés de synthèse), élément susceptible d’expliquer la surmortalité constatée en pondeuse (liée à des problèmes comportementaux). Par suite, les performances sont inférieures à celles de l’élevage conventionnel (augmentation de la durée d’élevage et de l’indice de conversion) et l’impact environnemental, bien qu’amélioré quand il est rapporté à l’hectare, est moins favorable quand il est mesuré par unité produite, à l’exception notable de l’utilisation de pesticides. Prunier et al aboutissent aux mêmes conclusions dans le cas de la production de porcs AB. Relativement au conventionnel, les contraintes sont fortes sur le plan alimentaire (rareté de l’aliment AB, problème d’équilibre en acides aminés des rations) et de la conduite d’élevage (interdiction ou limitation des pratiques de convenance, âge des animaux au sevrage de 40 jours, difficultés de synchronisation des chaleurs et des mises bas, limitation des traitements vétérinaires). Ces contraintes et la grande diversité des élevages de porcs AB se traduisent par une forte variabilité des performances en termes de survie, reproduction, composition corporelle ou qualité des produits : autant de critères qu’il conviendra de mieux maîtriser à l’avenir pour assurer la pérennité de l’élevage porcin AB. Les performances zootechniques et économiques de l’élevage bovin allaitant bio sont abordées dans l’article de Veysset et al à partir d’un échantillon limité d’exploitations situées en zones défavorisées. Les caractéristiques des unités AB diffèrent peu de celles de leurs voisines en élevage conventionnel ; avec un chargement à l’hectare plus faible mais une plus grande autonomie alimentaire, les résultats techniques des élevages AB sont proches de ceux des élevages conventionnels et ce, en dépit d’une moindre production de viande vive par unité de bétail, en raison d’un cycle de production en moyenne plus long. Sur le plan économique, les charges plus faibles (pas de traitements antiparasitaires, pas de vaccinations systématiques) ne suffisent pas à compenser un moindre produit à l’hectare. Un verrou majeur est le déficit de gestion collective de la filière verticale (absence totale de débouché en AB pour les animaux maigres, en particulier) qui se traduit par un problème aigu de sous-valorisation puisque dans l’échantillon enquêté 71% des animaux sont vendus sans signe de qualité : nul doute qu’il s’agit là d’une priorité d’action. En élevage ovin (Benoit et Laignel), également sur la base d’un échantillon malheureusement restreint, les différences de performances techniques et économiques des élevages conventionnels versus bio varient sensiblement selon la localisation géographique, plaine ou montagne ; il est de ce fait difficile (et dangereux) de dégager des enseignements généraux valables pour l’élevage bio dans son ensemble. L’étude détaillée des adaptations des systèmes d’élevage aux potentialités agronomiques réalisée sur quatre fermes expérimentales montre néanmoins le rôle clé de la variable «autonomie alimentaire». Par suite, la situation économique des élevages ovins bio est plus difficile en zone de montagne où l’autonomie alimentaire, voire fourragère, est moindre (l’achat des aliments non produits sur l’exploitation représente 41% du prix de vente des agneaux dans l’échantillon enquêté). In fine, cela suggère que la variabilité des performances de l’élevage ovin bio, de plaine et de montagne, dépend plus du coût de l’aliment et de la valorisation des agneaux que de la productivité numérique. L’article de Benoit et al porte également sur l’élevage ovin biologique, plus précisément la comparaison de deux systèmes ovins allaitants AB différant par le rythme de reproduction des animaux. Cela montre que les performances de l’élevage ovin AB ne s’améliorent pas quand le rythme de reproduction est accéléré, le faible avantage de productivité numérique ne permettant pas de compenser l’augmentation des consommations d’aliments concentrés et la moindre qualité des agneaux. Au final, cela illustre la plus grande difficulté à piloter le système AB le plus intensif. L’article de Coquil et al relève aussi d’une approche systémique appliquée cette fois à l’élevage bovin laitier. Il porte sur l’analyse d’un dispositif original de polyculture-élevage mis en place à la Station Inra de Mirecourt reposant sur la valorisation maximale des ressources du milieu naturel et accordant une importance première à l’autonomie en paille et à la culture des légumineuses (protéagineux, luzerne). Le cheptel valorise les produits végétaux (prairies et cultures) et assure la fertilisation des parcelles en retour. L’autonomie alimentaire étant privilégiée, les effectifs animaux sont une variable d’ajustement, situation plutôt inhabituelle par comparaison avec des élevages laitiers conventionnels qui cherchent en premier lieu à maintenir les cheptels et les capacités de production animale. Les premiers retours d’expérience suggèrent une révision du dispositif en maximisant les synergies et les complémentarités plutôt que de considérer que l’une des deux activités, la culture ou l’élevage, est au service de l’autre. Cabaret et al proposent un éclairage sur les problèmes sanitaires en élevage biologique. Sur la base, d’une part, d’une analyse des déclaratifs des acteurs de l’élevage, et, d’autre part, d’évaluations aussi objectivées que possible, les chercheurs montrent qu’il n’y aurait pas de différence notable entre l’AB et le conventionnel sur le plan des maladies infectieuses et parasitaires (nature, fréquence). La gestion de la santé des cheptels AB repose davantage sur l’éleveur que sur les prescripteurs externes auxquels il est moins fait appel, et sur une planification sanitaire préalable privilégiant la prévention et une réflexion de plus long terme sur la santé globale du troupeau, l’ensemble des maladies qui peuvent l’affecter, etc. La planification n’est pas uniquement technique. Elle requiert aussi l’adhésion des éleveurs. De fait, l’enquête analysée dans cet article relative aux élevages ovins allaitants met en lumière l’importance de ces aspects individuels et culturels sur la gestion de la santé en élevage biologique. Les alternatives aux traitements anthelminthiques en élevage ruminant AB font l’objet de nombreux travaux (Hoste et al). Différents moyens de lutte contre les parasitoses sont mis en œuvre : gestion du pâturage de façon à limiter le parasitisme helminthique (rotations, mise au repos, assainissement), augmentation de la résistance de l’hôte (génétique, nutrition, vaccination), et traitements alternatifs des animaux infectés (homéopathie, phytothérapie, aromathérapie). Les protocoles d’évaluation objective de ces traitements alternatifs posent des problèmes méthodologiques non totalement résolus à ce jour. Mais traiter autrement, c’est aussi réduire le nombre de traitements anthelminthiques de synthèse via un emploi plus ciblé (saison, catégories d’animaux). Au total, de par la contrainte du cahier des charges à respecter, l’élevage biologique a recours à l’ensemble des moyens de lutte contre les maladies parasitaires. Dans le cadre de cette approche intégrée de la santé animale, l’élevage biologique peut jouer un rôle de démonstrateur pour l’ensemble des systèmes d’élevage concernés par le problème de la résistance et des alternatives aux anthelminthiques utilisés à grande échelle. Même si la réglementation n’impose pas de conduites de reproduction spécifiques en élevage AB, elle contraint fortement les pratiques, notamment l’utilisation des traitements hormonaux. L’impact de ces contraintes est particulièrement fort en élevage de petits ruminants (où le recours à des hormones de synthèse permet l’induction et la synchronisation des chaleurs et des ovulations) et en production porcine (où la synchronisation des chaleurs et des mises bas est très pratiquée). Néanmoins, Pellicer-Rubio et al rappellent que des solutions utilisées en élevage conventionnel peuvent également être mobilisées en élevage biologique, l’effet mâle et les traitements photopériodiques naturels notamment, et ce dans toutes les filières, en particulier celles fortement consommatrices de traitements hormonaux. De façon générale, les marges de progrès sont encore importantes et les solutions seront inévitablement multiformes, combinant diverses techniques selon une approche intégrée. Ici aussi, l’AB veut être valeur d’exemple, en particulier dans la perspective d’une possible interdiction des hormones exogènes en productions animales. L’article de Bellon et al conclut le numéro. Il met l’accent sur quatre thématiques prioritaires de recherche à développer, à savoir 1) la conception de systèmes d’élevage AB, 2) l’évaluation de l’état sanitaire des troupeaux et le développement d’outils thérapeutiques alternatifs, 3) la maîtrise de la qualité des produits et 4) l’étude des interactions entre élevage AB et environnement. A ces quatre orientations, on ajoutera la nécessité de recherches sur l’organisation des filières, la distribution, les politiques publiques, etc. dans la perspective de différenciation et de valorisation par le consommateur des produits issus de l’élevage biologique. Dans le droit fil de ces conclusions, l’Inra a lancé, ce printemps, un nouvel appel à projets de recherche sur l’AB dans le cadre du programme dit AgriBio3 (programme qui prend la suite de deux premiers programmes également ciblés sur l’AB). Les deux grandes thématiques privilégiées sont, d’une part, les performances techniques de l’AB (évaluation, amélioration, conséquences sur les pratiques), et, d’autre part, le développement économique de l’AB (caractérisation de la demande, ajustement entre l’offre et la demande, stratégie des acteurs et politiques publiques). Ce programme, associé à d’autres initiatives nationales (appel à projets d’innovation et de partenariat CASDAR du ministère en charge de l’agriculture) et européennes (programme européen CORE Organic en cours de montage, suite à un premier programme éponyme), devrait permettre, du moins nous l’espérons, de répondre aux défis de l’AB, plus spécifiquement ici à ceux de l’élevage biologique. Un enjeu important est aussi que les innovations qui émergeront de ces futurs programmes, tout comme des travaux pionniers décrits dans ce numéro, constituent une source d’inspiration pour faire évoluer et asseoirla durabilité d’autres formes d’élevage.

Le lait n’est pas tout à fait un aliment comme les autres puisqu’il est aussi produit par l’Homme. Cet aliment est indispensable à l’alimentation de l’enfant, car sa richesse nutritionnelle combinée à sa forme liquide en font une ration « tout en un » du jeune pendant ses premières semaines de vie. L’homme a très tôt domestiqué d’autres mammifères pour produire cet aliment nécessaire pour le jeune et l’a aussi intégré dans l’alimentation de l’adulte sous forme native ou après transformation. De fait, le lait est un des rares produits animaux avec l’oeuf qui est produit régulièrement et qu’il est possible d’obtenir sans tuer l’animal. Sa production fait pleinement partie de la fonction de reproduction et son prélèvement doit être géré pour ne pas handicaper le développement du jeune animal qui est également un élément d’avenir dans l’élevage. Les vaches laitières ont longtemps bénéficié de noms très personnalisés, voire de prénoms, jusqu’à ce que la traçabilité ne vienne proposer des identifiants plus proches du matricule de la sécurité sociale que des petits noms affectueux utilisés jusqu’alors. La traite est un moment particulier où l’éleveur se substitue au jeune pour prélever le lait plusieurs fois par jour. Tout ceci fait traditionnellement de l’élevage laitier un élevage qui associe étroitement l’homme et l’animal. Au commencement de la domestication et pendant longtemps, le principal défaut du lait a résidé dans sa faible aptitude à la conservation, nécessitant une consommation plutôt locale, le temps entre production et consommation devant rester le plus court possible. De fait, le développement de sa consommation dans les villes est récent et ne s’est pas fait sans quelques soucis (Fanica 2008). Bien entendu, les évolutions de l’industrie laitière et des transports ont permis de franchir ce double cap de la conservation et des distances, faisant en quelques décennies d’un produit local du peuple d’un terroir, riche d’identité, d’histoire et de culture (Faye et al 2010), un produit générique du commerce mondial qui s’échange entre continents suivant les règles de l’organisation mondiale du commerce et dont la demande augmente régulièrement. Ce passage du local au mondial ne s’effectue pas sans des changements radicaux des modes de production et de l’organisation des filières, avec des conséquences parfois importantes sur les territoires. La production de lait en France, pays traditionnel d’élevage bovin laitier, illustre parfaitement cette évolution et se trouve aujourd’hui à une période charnière. Riche d’une grande diversité de terroirs et de produits, la production française présente un profil original dont on ne sait pas aujourd’hui si c’est une force ou une faiblesse dans cette évolution. Depuis 1984, le système des quotas laitiers liés à la terre et non commercialisables en France a ralenti, comparativement aux pays voisins, l’évolution vers une spécialisation et une intensification des systèmes de production laitiers, mais il disparaîtra en 2015. Le contexte économique des prix des matières premières et du prix du lait devient beaucoup plus instable que par le passé. Le métier d’éleveur laitier, avec sa complexité, sa charge de travail importante, ses astreintes et la diminution de sa rémunération, devient moins attractif. La nécessaire prise en compte de l’impact de l’élevage sur l’environnement et plus globalement de la durabilité, constitue un nouveau défi qui est souvent vécu comme une contrainte supplémentaire. Cependant, les connaissances scientifiques et technologiques ont beaucoup progressé et offrent de nouveaux outils à l’élevage laitier pour construire une trajectoire originale dans cette évolution. Ce numéro spécial d’INRA Productions Animales se propose donc en quelques articles de faire un état des lieux des connaissances concernant la production laitière, ainsi que des nouveaux défis et des nouveaux outils qui s’offrent à la filière pour construire son avenir. Ce panorama n’est volontairement pas exhaustif et traitera prioritairement des vaches laitières avec cependant, lorsqu’il est apparu nécessaire, quelques exemples tirés de travaux réalisés chez les caprins. De même, il ne s’agit pas ici d’aborder la transformation du lait et les évolutions des nombreux produits transformés. Mais nous avons cherché à présenter un point sur un certain nombre de sujets en mettant en avant les avancées récentes et les défis scientifiques, techniques, économiques et organisationnels qui concernent la production laitière, en quatre grandes parties. La première plantera tout d’abord le décor du secteur laitier français. La deuxième présentera les nouvelles avancées des travaux sur la femelle laitière, la lactation et le lait. La troisième analysera les différents leviers que constituent la sélection génétique, la gestion de la santé, l’alimentation et la traite, pour mieux maîtriser la production de lait en élevage. Enfin, la dernière partie abordera des questions plus spécifiques concernant les systèmes d’élevage et leur futur. Le premier article de V. Chatellier et al fournit une analyse à la fois du bilan et des perspectives du secteur laitier français. Après une analyse du marché des produits laitiers au travers de la demande et de l’offre et des grandes stratégies des acteurs de la filière, cet article présente les spécificités françaises des exploitations laitières liées en particulier à la diversité des systèmes de production et des territoires. Cette double diversité se traduit également dans les écarts de productivité et des résultats économiques des exploitations dont la main-d’oeuvre reste majoritairement familiale, avec la question de son renouvellement qui se pose différemment selon les territoires. Enfin, à l’aune des changements importants de contexte qui se préparent avec la fin des quotas et les nouvelles relations qui se mettent en place entre producteurs et transformateurs, les auteurs étudient les différents scénarios qui en découlent et qui conduiront à l’écriture du futur du secteur laitier français dans les territoires et le marché mondial. La série d’articles sur l’animal et le lait débute par une approche systémique de l’animal laitier. La vache laitière est d’abord perçue au travers de sa fonction de production, et les modèles de prévision de la lactation se sont longtemps focalisés sur cette seule fonction. La notion d’animaux plus robustes et d’élevages plus durables (cf. Dossier « Robustesse... », Sauvant et Perez 2010) amène à revisiter cet angle d’approche pour l’élargir à ensemble des fonctions physiologiques en prenant mieux en compte les interactions entre les génotypes animaux et leurs environnements. La modélisation aborde cette complexité de deux façons contrastées, l’une plutôt ascendante en partant des mécanismes élémentaires et en les agrégeant, l’autre plutôt descendante, en partant de grandes propriétés émergeantes des principales fonctions et de leurs interactions, voire de leur compétition dans l’accès aux ressources nutritionnelles. La revue de Friggens et al aborde ainsi la question de la dynamique de partition des nutriments entre fonction physiologiques chez les vaches laitières en fonction du génotype en présentant plusieurs approches de modélisation. Cette revue s’attache à montrer l’intérêt de partir des propriétés émergeantes pour arriver à modéliser les réponses complexes (production, reproduction, composition du lait, état corporel…) d’une vache soumise à différentes conduites d’élevage au cours de sa carrière. Les outils de demain qui permettront d’optimiser la conduited’élevage face aux aléas économiques et climatiques dépendront de l’avancée de ces modèles et des connaissances scientifiques qui les sous-tendent. La fonction de lactation est la conséquence de nombreux mécanismes à l’échelle de l’animal, tout particulièrement au niveau de la glande mammaire. Le développement et le fonctionnement de cet organe caractérisé par sa cyclicité ont fait l’objet de nombreux travaux à l’Inra et dans de nombreuses équipes de recherches internationales. Il ne s’agissait pas ici de relater l’ensemble de ces travaux mais de consacrer un article aux dernières connaissances acquises sur les mécanismes de biosynthèse et de sécrétion des constituants du lait. L’article de Leroux et al présente les travaux sur la régulation de l’expression génique dans la glande mammaire avec un intérêt particulier pour les données acquises avec les nouveaux outils d’études globales de génomique expressionnelle. Ceux-ci apportent de nouvelles connaissances sur les effets des facteurs génétiques sur la biosynthèse et la sécrétion du lait, sur leur régulation nutritionnelle et sur l’interaction de ces facteurs. Ce dernier point constitue un champ d’investigation supplémentaire pour décrypter les secrets du fonctionnement mammaire avec notamment l’intervention de nouveaux acteurs que sont les petits ARN non codants (ou microARN) qui vient encore accroître la complexité du fonctionnement mammaire dans son rôle prépondérant lors de la lactation. Après avoir fait cet état des lieux des connaissances sur la biosynthèse et la sécrétion des constituants du lait au niveau de la glande mammaire, l’article de Léonil et al présente la complexité des fractions protéique et lipidique du lait et de leur assemblage en structures supramoléculaires. Ces structures finales sont sous la dépendance de la nature et de la variabilité des constituants, ellesmêmes dues aux polymorphismes des gènes responsables de leur synthèse. Ainsi, les auteurs font un état des lieux des connaissances sur la structure et le polymorphisme des gènes spécifiant les protéines coagulables du lait que sont les caséines pour arriver à l’organisation de ces dernières en micelles. Le rôle nutritionnel de ces protéines majeures du lait et leur fonction biologique sont revisitées à la lumière des connaissances croissantes sur les peptides bioactifs qu’elles contiennent. La fraction lipidique n’est pas en reste avec la présentation de sa complexité et de son organisation sous forme de globule gras ainsi que de son impact nutritionnel sur le consommateur. Enfin, la découverte récente, dans le lait, de petites particules (ou exosomes) véhiculant des protéines et des ARN ouvre de nouvelle voies d’investigation de l’impact du lait sur la santé du consommateur. La série d’articles consacrée aux leviers d’action dont disposent les éleveurs pour moduler la production laitière ainsi que la composition du lait débute par l’article de Brochard et al, qui retrace l’impact de la sélection génétique pour arriver aux apports de la sélection génomique des races bovines laitières. Un bref historique de la sélection génétique présente les progrès réalisés sur les caractères de production laitière mais aussi sur des caractères de robustesse (fertilité, mammites…) et permet ainsi de dresser le décor génétique des élevages français. L’avènement des outils de génomique grâce au séquençage du génome bovin a conduit à renouveler les perspectives de sélection des bovins laitiers (cf. Numéro spécial, «amélioration génétique" Mulsant et al 2011). La présentation brève de ces outils permet de mieux appréhender les retombées attendues. Les opportunités offertes par la sélection génomique sur les caractères laitiers sensu stricto se complètent et permettent également de proposer une sélection sur de nouveaux caractères. En effet, la prise en compte progressive d’autres caractères oriente la sélection vers une complexité accrue notamment grâce à l’établissement de nouvelles mesures phénotypiques. L’évolution vers une meilleure robustesse, une efficacité alimentaire optimisée mais aussi une empreinte environnementale réduite, sera d’autant plus envisageable que la sélection pourra s’appuyer sur des capacités de phénotypage de plus en plus fin et à grande échelle. Un autre facteur prépondérant dans l’élevage laitier concerne la gestion de la santé animale qui affecte, notamment, la durabilité des élevages sous l’angle socio-économique. Cette gestion complexe doit prendre en compte de nombreux paramètres tel que le nombre des traitements nécessaires, le temps passé, les pertes économiques directes à court et long terme, etc. Les infections ne touchent pas toutes directement la glande mammaire, mais en affectant l’animal, elles impactent la lactation, l’efficacité de production du troupeau et donc l’élevage. L’article de Seegers et al passe en revue sept maladies majeures classées en trois groupes affectant les bovins laitiers. Il présente les connaissances récentes acquises sur ces maladies et les perspectives qu’elles ouvrent pour mieux les maîtriser. Ces maladies ont bien souvent un impact économique fort sur les élevages et/ou sont transmissibles à l’Homme constituant ainsi des questionnements de recherche forts et pour lesquels les moyens d’actions sont aussi multiples que variés. De plus, les attentes sociétales visent à diminuer, autant que faire se peut, les intrants médicamenteux. L’alimentation est un levier de maîtrise de la production et de la composition du lait qui présente l’avantage d’avoir des effets rapides et réversibles. Bien que ce levier puisse également moduler la composition protéique du lait, l’impact prépondérant de l’alimentation sur la composition en acides gras du lait, dans le but de fournir aux consommateurs une qualité nutritionnelle du lait la plus favorable possible, a été mis en exergue par de nombreuses études. La détermination de la composition en acides gras des laits est de plus en plus précise, notamment du fait des nouvelles techniques qui permettent une meilleure caractérisation de ces profils. Outre l’impact de l’alimentation, les effets des apports nutritionnels chez le ruminant sur les teneurs en composés vitaminiques du lait sont également à prendre en compte dans la perspective de l’utilisation du lait comme source complémentaire naturelle de vitamines chez les sujets présentant une efficacité d’absorption réduite (tel que les jeunes ou à l’inverse les personnes âgées). L’article de Ferlay et al recense les principaux facteurs alimentaires (nature de la ration de base, supplémentation oléagineuse, différents types de suppléments lipidiques et leurs interactions) influençant la composition en acides gras et en vitamines du lait de vache. Enfin, la traite constitue un outil supplémentaire de pilotage des troupeaux en termes de production laitière mais aussi de qualité sanitaire, technologique et nutritionnelle du lait. De plus, une meilleure connaissance des effets des différentes pratiques de traite est cruciale dans le contexte actuel de gestion du travail dans les exploitations laitières (cf. Numéro spécial, « Travail en élevage », Hostiou et al 2012). Les moyens mis en oeuvre se situent à différents niveaux allant de la fréquence de traite aux systèmes de stockage des laits en passant par les réglages possibles ou les types de machines à traire. L’article de Guinard-Flament et al fait le point des connaissances actuelles sur les effets et les conséquences de modifications de la conduite des animaux à la traite. Il présente les effets de la fréquence de traite sur le niveau de production laitière et sur la composition du lait. Le contexte de la traite, avec les effets mécaniques de la machine à traire et celui du système de stockage, est également présenté dans ses multiples facettes pour souligner leur rôle prépondérant sur la qualité microbienne des laits. La conduite des vaches à la traite est également un moyen de gestion de la carrière d’une vache laitière à travers le pilotage de certaines phases du cycle de production (effets sur la reproduction et sur la durée de la lactation et leurs conséquences sur la santé de l’animal...). La dimension des systèmes d’élevage est dominée ces dernières années par la question environnementale, notamment depuis la parution du rapport de la FAO « Livestock’s long shadow » (Steinfeld et al 2006). L’élevage laitier, très consommateur de ressources de qualité, est concerné au premier rang par ce défi environnemental. Mais ces enjeux, peu perceptibles à l’échelle de l’élevage pourtant à l’origine de ces risques, sont difficiles à intégrer dans les objectifs des systèmes de production. L’article de Dollé et al sur les impacts environnementaux des systèmes bovins laitiers français apporte de nombreux éléments quantifiés sur les émissions des éléments à risque pour l’environnement par les élevages laitiers. Ces risques concernent bien entendu la qualité de l’eau, notamment via les excrétions d’azote et de phosphore, ce qui est connu depuis longtemps avec leurs impacts sur l’eutrophisation des cours d’eau et des côtes. Les risques liés à la qualité de l’air ont été pris en compte beaucoup plus récemment et concernent principalement les émissions d’ammoniac pouvant affecter la santé humaine et des gaz à effet de serre responsables du réchauffement climatique (cf. Dossier, « Gaz à effet de serre en élevage bovin : le méthane », Doreau et al 2011). Ensuite, l’article aborde la question de la biodiversité, auxiliaire de l’agriculture et des paysages, où l’élevage joue un rôle central au sein des territoires agricoles. L’article aborde pour finir la question de la quantification de ces impacts afin d’améliorer objectivement les performances environnementales des élevages et montre que performances environnementales et économiques en élevage laitier ne sont pas antinomiques. En guise de conclusion de ce numéro, J.L. Peyraud et K. Duhem se sont prêtés à un exercice d’analyse prospective des élevages laitiers et du lait de demain en reprenant certains des constats de l’article introductif, notamment sur la diversité des systèmes et des territoires, la restructuration rapide de la filière et la reconstruction du métier d’éleveur. La filière devra demain affronter la tension entre l’amélioration de la compétitivité et celle de la durabilité de l’élevage en tirant profit des innovations. La meilleure prise en compte des qualités nutritionnelles des produits et de l’évolution des demandes tout en améliorant l’intégration de l’élevage au sein des territoires constitue un double défi pour résoudre cette tension. L’analyse des auteurs prône cependant un maintien de la diversité et la complémentarité des systèmes dans une diversité de territoires pour mieux répondre aux enjeux de la société et des éleveurs. Ce numéro spécial montre combien la filière laitière est aujourd’hui plus que jamais à la croisée des chemins avec des défis économiques et sociétaux difficiles à relever dans un climat de plus en plus incertain. Entre diversité d'une part, et spécialisation et standardisation d'autre part, le chemin de la filière française reste complexe à définir. Les nombreuses évolutions des connaissances scientifiques permettent de disposer à court ou moyen terme de nouveaux outils pour relever ces défis. La sélection génomique pour disposer des animaux les plus adaptés à leur système, les modèles de prévision pour anticiper les aléas et leurs conséquences, les outils d’évaluation environnementale pour maîtriser les risques, les outils de monitoring et d’information des troupeaux d’élevage pour améliorer les conditions de travail et l’efficience des troupeaux, les possibilités de piloter la qualité des produits par les conduites d’élevage et en particulier l’alimentation, une meilleure connaissance des mécanismes de régulation de la lactation, la découverte de la richesse des constituants du lait et de leurs propriétés nutritionnelles et fonctionnelles sont autant d’atouts pour la filière pour affronter ces défis. A travers les articles de ce numéro, nous avons voulu illustrer quelques un de ces défis et des perspectives offertes par la recherche. L’enjeu sera de les mobiliser à bon escient dans le cadre de stratégies cohérentes. Cela nécessitera la collaboration de tous les acteurs de la recherche, de la formation, du développement et de la filière. A leur niveau, les articles de ce numéro, par les nombreuses signatures communes entre chercheurs, enseignants-chercheurs et ingénieurs de recherche-développement, témoignent de la vitalité des unités mixtes de recherche et des unités mixtes thématiques impliquées dans l’élevage laitier. De même, bon nombre de travaux relatés dans les articles de ce numéro sont le fruit de programmes de recherche co-financés et menés en collaboration étroite entre la recherche, les instituts technique et la filière. Nous y voyons un fort signe positif pour l'avenir de l'élevage laitier en France Cet avant-propos ne saurait s’achever sans remercier René Baumont et le comité de rédaction d’Inra Productions Animales pour l’initiative judicieuse de ce numéro spécial, mais aussi pour nous avoir aidés à mener à bien ce projet comprenant de nombreux auteurs, qui ont bien voulu se prêter à l’exercice difficile de la rédaction d’un article de synthèse qui conjugue la rigueur de l’information scientifique avec l’exigence de la rendre accessible à un large public. Ce numéro doit beaucoup aussi aux relectures constructives de nombreux collègues que nous remercions ici anonymement. Enfin, cet ouvrage doit aussi sa qualité à un travail remarquable d’édition technique assuré par Pascale Béraudque nous associons à ces remerciements. Nous avons eu la primeur de ces articles et nous espérons que vous partagerez l’intérêt que nous avons eu à leur lecture à la fois instructive, enrichissante et propice à nourrir notre réflexion pour le futur de la recherche-développement dans le domaine de l’élevage bovin laitier.Philippe FAVERDIN, Christine LEROUX RéférencesDoreau M., Baumont R., Perez J.M., (Eds) 2011. Dossier, Gaz à effet de serre en élevage bovin : le méthane. INRA Prod. Anim., 24, 411-474. Fanica P.O., 2008. Le lait, la vache et le citadin. Du XVIIe au XXe siècle. Editions Quae, Paris, France,520p. Faye B., Bonnet P., Corniaux C., Duteurtre G., 2010. Peuples du lait. Editions Quae, Paris France, 160p. Hostiou N., Dedieu B., Baumont R., (Eds) 2012. Numéro spécial, Travail en élevage. INRA Prod. Anim., 25, 83-220. Mulsant P., Bodin L., Coudurier B., Deretz S., Le Roy P., Quillet E., Perez J.M., (Eds) 2011. Numéro spécial, Amélioration génétique. INRA Prod. Anim., 24, 283-404. Sauvant D., Perez J.M., (Eds) 2010. Dossier, Robustesse, rusticité, flexibilité, plasticité, résilience… les nouveaux critères de qualité des animaux et des systèmes d'élevage. INRA Prod. Anim., 23, 1-102. Steinfeld H., Gerber P., Wassenaar T., Castel V., Rosales M., de Haan C., 2006. Livestock's long shadow: environmental issues and options. Food and Agriculture Organization of the United Nations,414p.

Ridremont (Note soumise le 21 janvier 2021, acceptée le 2021) Résumé Les coronaviroses bovines, dues au coronavirus bovin (BCoV), sont à l’origine de troubles digestifs et respiratoires chez les bovins domestiques et sauvages. On ne distingue qu’un seul sérotype de coronavirus bovin, appartenant au genre Embecovirus, même si la variabilité des souches existe au sein de clades, voire de sous-clades. Par ailleurs, des souches « BCoV-like » ont été mises en évidence chez des espèces de ruminants sauvages et domestiques appartenant à la grande famille des Bovidés, notamment les ovins et caprins. La présente publication étudie enfin le potentiel de transmission du coronavirus bovin à d’autres espèces animales et fait le point sur la réceptivité et la sensibilité des bovins à d’autres coronavirus dont le Sars-CoV-2 responsable de la Covid-19.

Les coronavirus sont présents chez de nombreuses espèces animales : chiens, chats, mais également porcs, ruminants, oiseaux, ainsi que dans la faune sauvage dont les chauves-souris. Les coronavirus infectant les mammifères domestiques et les chiroptères appartiennent aux genres Alpha ou Betacoronavirus. Le genre Gammacoronavirus comprend exclusivement des virus infectant les oiseaux et les mammifères marins tandis que les virus du genre Deltacoronavirus infectent soit les oiseaux soit certains mammifères. Il a été fait l’hypothèse que les virus du genre Alpha et Betacoronavirus trouvent leur origine parmi les coronavirus infectant les chauve-souris tandis que les virus du genre Gamma et Deltacoronavirus seraient issus de virus aviaires. Une même espèce animale peut être infectée par différents coronavirus parfois de genres différents. La multitude d’espèces animales infectées couplée aux possibilités importantes de variabilité du génome des Coronavirus favorisent les transmissions virales inter-espèces et l’émergence de nouveaux virus par recombinaison notamment. Mots clés : coronavirus animaux, transmission inter-espèce, pathogénicité

Le portage bactérien chez les animaux domestiques a commencé à être analysé relativement récemment, malgré son importance considérable dans l’épidémiologie et l’évolution des maladies infectieuses. La grande majorité des exemples documentés concernent des zoonoses, maladies transmises des animaux à l’Homme, le plus souvent via les aliments. L’animal porteur est infecté par un agent infectieux mais ne présente pas de symptômes consécutifs à cette infection ; cette bactérie est transmise à l’Homme ou à d’autres animaux qui eux, pourront développer une maladie, plus ou moins grave. La prévalence du portage chez les animaux est très élevée dans certains cas et son importance est aussi liée à la fréquence et à la gravité des maladies qu’il suscite. Il est mal compris et une meilleure compréhension de ses mécanismes devrait en améliorer la maîtrise, ce qui limitera les risques de maladie notamment chez l’Homme. La mise en œuvre d’outils d’analyse dans des modèles expérimentaux pertinents a permis de commencer à étudier les facteurs bactériens comme les facteurs de l’hôte impliqués dans le portage. Le plus documenté, l’exemple du portage intestinal a été comparé dans plusieurs modèles : ceux de Salmonella enterica sérovar Typhimurium ou Salmonella enterica sérovar Enteritidis chez la poule, de Campylobacter jejuni dans la même espèce et d’Escherichia coli O157:H7 chez les ruminants. Ce bilan met en évidence une multiplicité des facteurs en cause aussi bien chez la bactérie que chez l’hôte et il identifie des facteurs spécifiques à chaque modèle et quelques points communs. Il montre la mise en jeu de régulations ou de modulations contribuant à expliquer cet équilibre entre la bactérie et son hôte.