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Dissertations / Theses on the topic 'Ruminococcus'

Author: Grafiati

Published: 23 November 2024

Last updated: 31 July 2025

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1

Zhang, Jun Xian. "Genetic determination of xylanases in rumen bacterium ruminococcus flavefaciens." Thesis, University of Aberdeen, 1992. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.317940.

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Abstract:

The xylanases and xylanase genes in the rumen cellulolytic bacterium <i>Ruminococcus flavefaciens</i> were studied in this thesis. Based on the experiments carried out in this thesis, the following conclusions can be drawn: At least seven multiple xylanases are revealed in <i>R.flavefaciens</i> strain 17 and strain 007, and nine in strain FD-1 by the method used here for activity detection in gels. A im54 kDa constitutive xylanase appears in both strains 17 and 007, but not in FD-1. Straw and xylan are the best substrates for production of most xylanases in <i>R.flavefaciens</i>. Sequencing on

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2

Beaufrère, Marie. "Rôle de la dysbiose du microbiote intestinal et réponse Th17 dans les spondyloarthrites : pathogénie et causalité." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2024. http://www.theses.fr/2024UPASL046.

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Abstract:

Les spondyloarthrites (SpA) sont desrhumatismes inflammatoires chroniques fortementassociés à l'allèle HLA-B27 du complexe majeurd'histocompatibilité de classe I. La preuve du rôlepathogène du HLA-B27 a été apportée par plusieurslignées de rats transgéniques pour le HLA-B27 et lab2 microglobuline humaine (rats B27). Ces rats B27développent spontanément des manifestationscomparables à la SpA humaine. Dans ce modèle, lescellules hématopoïétiques HLA-B27+, leslymphocytes T CD4+ et un microbiote conventionnelsont nécessaires pour développer la maladie. Le rôledu microbiote a également été étayé pa

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3

Reveneau, Carine. "Biochemical and Genome-Based Analysis of Polysaccharide Degradation by Ruminococcus Albus." The Ohio State University, 2002. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1419948721.

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4

Andrade, Gabriel Belem de. "Estudos estruturais de dockerinas e cohesinas em Ruminococcus flavefaciens e sua aplicação no desenvolvimento de matrizes auto montáveis de proteínas." Universidade de São Paulo, 2017. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-14092017-105719/.

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Abstract:

O celulossomo é um complexo multienzimático extracelular utilizado por bactérias anaeróbias para a degradação de biomassa vegetal. Ele é composto por escafoldinas, estruturas alongadas que abrigam diversos módulos cohesina, às quais se ligam dockerinas, seus parceiros de interação específica de alta afinidade, fusionados às enzimas celulolíticas. Os módulos cohesina e dockerina compõem o elemento central da interação entre todos os componentes que integram o celulossomo. Esses módulos são divididos em tipos, de acordo com sua sequência primária. Essa divisão reflete efeitos funcionais distinto

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5

Cervera-Tison, Marine. "Investigating the structure, function and regulation of Ruminococcus gnavus E1 alpha-galactosidases." Thesis, University of East Anglia, 2011. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.578253.

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Abstract:

Here we report the enzymatic characteristics and regulation of expression for two GH36 a- galactosidases. Agu 1 and Aga,'. li'0111 R. gnavus El. Bioinforrnatics analysis of their respective genetic environment showed a different organisation. Aga 1 having a simple organisation while Aga2 is organised as part nf an ()p~wn. They were heterologously expressed in Escherichia coli. puri tied to homogeneity and their biochemical properties and substrate preferences comparatively analysed. The growth pattern (If the strain in minimum media demonstrates a preference tor complex substratcs (melibiose a

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6

Torres, Marco Tulio Rincon. "Cellulosome organisation of plant cell wall degrading enzymes in Ruminococcus flavefaciens 17." Thesis, University of Aberdeen, 2000. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.327013.

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7

Alatou, Radia. "Caractérisation d'une adhésine de la famille des MSCRAMMs chez ruminococcus gnavus E1." Aix-Marseille 3, 2010. http://www.theses.fr/2010AIX30014.

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Abstract:

Ruminococcus gnavus E1, une bactérie à Gram positif, anaérobie stricte, isolée du microbiote dominant d'un homme sain. Un ORF d'environ 6kb, nommé radA, a été identifié sur le chromosome de la souche E1, à proximité des clusters génétiques impliqués dans la biosynthèse des bactériocines RumA et RumC qui sont actives contre le pathogène Closthdium perfringens. RadA présente de fortes homologies avec des gènes de Staphylococcus aureus, Bacillus cereus et C. Perfingens codant pour des protéines des adhésines de la famille des MSCRAMMs. La partie du gène radA codant pour les 414 acides aminés situ

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8

Cervera, Tison Marine. "Investigating the structure, function and regulation of Ruminococcus gnavus E1 [alpha]-galactosidases." Thesis, Aix-Marseille 3, 2011. http://www.theses.fr/2011AIX30050.

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Abstract:

Ruminococcus gnavus E1 appartient au groupe des Firmicutes, l’un des deux groupes dominants du microbiote intestinal humain. Les a-galactosidases sont des glycosides hydrolase (GH) actives sur des substrats contenant des galactoses liés en a. Elles sont très largement distribuées dans tous les domaines du vivant, bactéries, champignons, plantes et animaux, mais sont absentes du tractus digestif humain. Ces travaux portent sur les caractéristiques enzymatiques et la régulation de l’expression de deux -galactosidase, Aga1 et Aga2, de R. gnavus E1. L’analyse bioinformatique de leur enviro

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9

Kirby, James. "Multiplicity and organisation of plant cell wall degrading enzymes in Ruminococcus flavefaciens 17." Thesis, University of Aberdeen, 1996. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.362230.

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Abstract:

The Gram-positive, strictly anaerobic bacterium, <I>R. flavefaciens</I>, plays an important role in the degradation of plant cell wall polysaccharides in the rumen. There is a paucity of information available, however, regarding the multiplicity and organisation of <I>R. flavefaciens </I>cellulolytic and xylanolytic enzyme systems. A technique involving PCR amplification of DNA with primers designed from conserved sequences, followed by hybridisation of the PCR products to chromosomal DNA, has led to an estimate of xylanase gene multiplicity in <I>R. flavefaciens</I>. The xylanase-specific pri

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10

Wang, Wenyen. "Molecular analysis of two cellulase genes from Ruminococcus flavefaciens FD-1 and their transcriptional regulation." Doctoral thesis, University of Cape Town, 1993. http://hdl.handle.net/11427/23584.

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Abstract:

The mesophilic Ruminococcus flavefaciens FD-1 (NCDO 2215) is a Gram-positive obligate anaerobic bacterium. The aim of this thesis was to clone, sequence and analyze a cellodextrinase gene (celA) and a carboxymethylcellulase gene (celE), and study their regulation and induction at the transcriptional level. The sequence of the celA gene from FD-1 was determined and the amino acid sequence of the CelA enzyme (336 amino acid residues) deduced. It showed 40% identity with endoglucanase C of Clostridium thermocellum and 27.4% identity with endoglucanase 3 of Fibrobacter succinogenes. These three en

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11

Balty, Clémence. "Caractérisation d'un nouveau RiPP issu du microbiote intestinal : la Ruminococcin C." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLS490.

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Abstract:

Le microbiote humain est constitué de milliers d’espèces bactériennes qui synthétisent de nombreux métabolites secondaires. Cependant, notre connaissance des produits naturels dérivés du microbiome est encore limitée. Parmi eux, les RiPPs (Ribosomally Synthesized and Post-translationally modified Peptides) apparaissent comme une famille majeure de produits naturels possédant diverses structures et fonctions biologiques dont des propriétés antibiotiques, en faisant une famille de molécules d’intérêt majeur pour la santé publique. La biosynthèse des RiPPs commence par la traduction d’un peptide

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12

Graziani, Fabien. "Communication moléculaire microbiote - hôte : impact de Ruminococcus gnavus E1 sur la glycosylation des cellules épithéliales intestinales." Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM4312.

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Abstract:

L'objectif du groupe Im3i est d'étudier les mécanismes moléculaires impliqués dans la relation symbiotique entre l'hôte et le microbiote intestinal afin de proposer des solutions pour le traitement de certaines pathologies humaines dans le contexte de la nutrition et de la sécurité alimentaire. Nous avons choisi une bactérie à Gram positif, Ruminococcus gnavus E1 , comme modèle d'étude. Cette bactérie, anaérobie stricte, a été isolée à partir du microbiote d'un adulte sain et son génome a été séquencé . L'étude in vivo a été menée sur des groupes de souris mono-colonisées par R. gnavus E1. Nos

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Gomes, Pedro Miguel Bule. "Divergent cellulosome architecture in rumen bacteria : structure and function studies in cohesin-dockerin complexes of Ruminococcus flavefaciens." Doctoral thesis, Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina Veterinária, 2017. http://hdl.handle.net/10400.5/14242.

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Abstract:

Tese de Doutoramento em Ciências Veterinárias, na Especialidade de Produção Animal<br>Protein-protein interactions play a vital role in many cellular processes as exemplified by the assembly of the cellulosome, a bacterial multi-enzyme complex that efficiently degrades cellulose and hemicellulose. Cellulosome assembly involves the high-affinity binding of type I enzyme-borne dockerins to repeated cohesin modules located on non-catalytic structural proteins termed scaffoldins. In addition, the complex is anchored into the bacterial surface through the binding of a scaffoldin type II dockerin to

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Roger, Valérie. "Facteurs influençant l'adhésion à la cellulose de deux bactéries cellulolytiques du rumen : fibrobacter succinogenes et ruminococcus flavefaciens." Clermont-Ferrand 1, 1990. http://www.theses.fr/1990CLF1DD02.

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Abstract:

Nous avons comparé quatre méthodes de détermination du pourcentage de bactéries fixées à la cellulose Avicel à partir de cultures pures de bactéries cellulolytiques du rumen, Fibrobacter succinogenes et Ruminococcus flavefaciens. Nous avons ensuite étudié l'influence de quelques facteurs physico-chimiques sur ce phénomène et enfin comparé la charge énergétique et la teneur en nucléotides adényliques des bactéries fixées et des bactéries libres. L'ensemble des résultats laissent supposer que les mécanismes d'adhésion sont différents pour ces deux espèces bactériennes. L'adhésion de F. Succinoge

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Rakotoarivonina, Harivony. "Le système d'adhésion de ruminococcus albus : implication de pili de type IV et de deux glycosl-hydrolases." Lyon 1, 2003. http://www.theses.fr/2003LYO10211.

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Abstract:

Ruminococcus albus est une des bactéries cellulolytiques majeures du rumen. L'adhésion de cette bactérie à la cellulose est une première étape indispensable dans le processus de dégradation des fibres végétales. L'objectif de ce travail est d'élucider les mécanismes impliqués dans l'adhésion de R. Albus à la cellulose. Ce travail a permis de caractériser une glycoprotéine de 25 kDa (GP25) sous-produite par un mutant non adhérent de la souche 20 de R. Albus. GP25 est la sous-unité majeure des pili de type IV observés à la surface de R. Albus 20. Ces pili sont nécessaires à l'adhésion de la bact

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Bruel, Laëtitia. "Identification et caractérisation d'une enzyme bifonctionnelle de Ruminococcus gnavus E1 (AgaSK), présentant une activité [alpha]-galactosidase et une activité kinase." Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM4309.

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Abstract:

Les α-galactosides sont des glucides non digestibles constitués d'unités galactose liées en α(1,6). Les α-galactosides de la famille du raffinose (RFO) sont, avec le saccharose, les principaux oligosaccharides des légumineuses. Cependant, aucune activité α(1,6)-galactosidase n'est retrouvée au niveau de l'épithélium intestinal humain, les RFO sont donc exclusivement fermentés par les enzymes microbiennes. Ces travaux introduisent une enzyme bifonctionnelle de Ruminococcus gnavus E1, un membre majoritaire du microbiote intestinal humain, présentant une activité α(1,6)-galactosidase/ saccharose

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Hata, D. Jane. "Purification and characterization of an alpha galactosidase from ruminococcus gnavus ; enzymatic conversion of type B to H antigen on erythrocyte membranes." Free to MU Campus, others may purchase, 2002. http://wwwlib.umi.com/cr/mo/fullcit?p3052175.

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Crost, Emmanuelle. "Caractérisation de la Ruminococcine C, bactériocine produite par la bactérie commensale Ruminococcus gnavus E1 et active contre le pathogène Clostridium perfringens." Aix-Marseille 3, 2007. http://www.theses.fr/2007AIX30025.

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Abstract:

Chez le rat monoxénique et sous la dépendance de trypsine, Ruminococcus gnavus E1, souche isolée de fèces humains, produit RumC, une bactériocine anti-Clostridium perfringens. LEM 9-17, capable de produire RumC in vitro, a été obtenue par mutagenèse aléatoire. RumC a été purifiée à partir de contenu caecal de rats monoxéniques pour E1 et de surnageant de culture de LEM 9-17. Dans les 2 cas, 2 fractions ont été identifiées : la 1ère contient un peptide de 4235 Da, la 2ème 2 peptides de 4324 et 4456 Da. Les séquences N-terminales des peptides contenus dans ces fractions sont très homologues, mai

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Chiumento, Steve. "Les bactériocines RumC, une nouvelle famille de peptides antimicrobiens comme alternative aux antibiotiques conventionnels." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019GREAV018/document.

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Abstract:

Les antibiotiques sont des médicaments qui ont changé notre manière d’aborder les infections bactériennes et sont devenus l’un des symboles de la médecine moderne. Cependant leur utilisation massive a conduit à l'émergence de souches bactériennes multirésistantes. Ce problème est sans aucun doute un des grands défis que la médecine actuelle doit relever. Sachant que les bactéries évoluent à un rythme plus rapide que la production de nouveaux antibiotiques, il est urgent de trouver des approches alternatives. Il a été mis en évidence que ces mêmes bactéries sont capables de sécréter différents

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Venditto, Immacolata. "Structure and Function of novel Carbohydrate-Active Enzymes (CAZymes) and Carbohydrate-Binding Modules (CBMs) involved in Plant Cell Wall degradation." Doctoral thesis, Universidade de Lisboa. Faculdade de Medicina Veterinária, 2015. http://hdl.handle.net/10400.5/7894.

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Abstract:

Tese de doutoramento em Ciências Veterinárias. Especialidade de Ciências Biológicas e Biomédicas<br>ABSTRACT - Plant cell wall polysaccharides offer an abundant energy source efficiently utilized by a large repertoire of micro-organisms, which thus play a central role in carbon re-cycling. Aerobic micro-organisms secrete Carbohydrate-Active Enzymes (CAZymes) as free-standing proteins, whereas anaerobic bacteria organize a diverse enzyme consortium in a multi-component complex, the cellulosome, which performs a more efficient deconstruction of this composite structure. CAZymes are modular enzym

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Ongey, Elvis Legala [Verfasser], Peter [Akademischer Betreuer] Neubauer, Peter [Gutachter] Neubauer, Nediljko [Gutachter] Budisa, and Oscar P. [Gutachter] Kuipers. "Reconstruction of the lantibiotic ruminococcin-A biosynthesis machinery in Escherichia coli and structural characterization / Elvis Legala Ongey ; Gutachter: Peter Neubauer, Nediljko Budisa, Oscar P. Kuipers ; Betreuer: Peter Neubauer." Berlin : Technische Universität Berlin, 2018. http://d-nb.info/116565041X/34.

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Chen, I.-Hung, and 陳宜鴻. "Semi-purification and characterization of bacteriocin from Ruminococcus albus 7." Thesis, 2008. http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/68169916843374820968.

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Abstract:

碩士<br>國立臺灣大學<br>動物科學技術學研究所<br>96<br>Our research was set up to find more detailed characteristics of the bacteriocin from R. albus 7 and its potential as alternative of antibiotics. We also tried to establish reliable production and semi-purification procedures. In our results, R. albus 7 could be cultured in the medium without ruminal fluid to produce bacteriocin effectively against five pathogens (Enterobacter, Bacillus, Pseudomonas, Samonella, Staphylococcus). MIC50 and MIC90 of R. albus 7 bacteriocin were as low as 0.75 mg/mL and 6.5 mg/mL, respectively. The bacteriocin is highly released

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Ντάικου, Ιωάννα. "Παραγωγή υδρογόνου από καθαρές καλλιέργειες του ινολυτικού βακτηρίου Ruminococcus albus σε συνθετικά υποστρώματα και ενεργειακή βιομάζα γλυκού σόργου (Sorghum bicolor)". Thesis, 2006. http://nemertes.lis.upatras.gr/jspui/handle/10889/1466.

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Abstract:

Στόχος της παρούσας εργασίας ήταν η διερεύνηση της δυνατότητας παραγωγής υδρογόνου από καθαρές καλλιέργειες του μικροοργανισμού Ruminococcus albus εστιάζοντας κυρίως στο μηχανισμό της διεργασίας. Ο R. albus είναι ένα ετερότροφο, αυστηρά αναερόβιο βακτήριο που διαβιεί στο πρώτο διαμέρισμα του τετραμερούς στομάχου των μηρυκαστικών, τον κεκρύφαλο (rumen). Αναπτύσσεται καταναλώνοντας τους σύνθετους υδατάνθρακες που φτάνουν εκεί μέσω της πρόσληψης τροφής από το μηρυκαστικό, αφού πρώτα τους υδρολύσει μέσω εξωκυτταρικών ενζύμων που παράγει. Τα προϊόντα της υδρόλυσης είναι απλοί υδατάνθρακες που ζυμών

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Ribeiro, Diana de Oliveira. "Protein-carbohydrate recognition in the biodegradation of the plant cell wall: Functional and structural studies using carbohydrate microarrays and X-ray crystallography." Doctoral thesis, 2020. http://hdl.handle.net/10362/100951.

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Abstract:

The plant cell wall is, in its majority, constituted by complex and structurally diverse polysaccharides that are valuable resources for industrial and biotechnological applications. Anaerobic microbial organisms are highly efficient for plant cell wall polysaccharide biodegradation and have evolved a multi-enzyme complex system, the Cellulosome, where catalytic enzymes have non-catalytic Carbohydrate Binding Modules (CBMs) appended that highly potentiate the enzymes’ catalytic efficiency. Deciphering at molecular level the mechanisms underlying plant cell wall carbohydrate recognition and dec

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