Academic literature on the topic 'Science ouverte'

L' institution sociale de la science académique ou "science ouverte", est régie par des règles et normes formelles ou informelles présidant à la création, la divulgation et l'évaluation des connaissances scientifiques. Ces règles et normes constituent un mode de coordination et de récompense original qui dispose de propriétés incitatives fortes,adaptées à la création collective et décentralisée de connaissances, permettant de préserver simultanément les incitations à la création et à la divulgation de connaissances et de rémunérer les externalités positives de connaissance. Nous obtenons une représentation idéale de la science ou "science parfaite",au regard de laquelle le fonctionnement réel de la science rencontre des défaillances. Son étude s'apparente à une "économie de la science imparfaite". L 'exploration théorique et empirique de différentes voies de recherche ainsi ouvertes constitue le principal objet de la thèse<br>The social institution of academic science, called open science, is governed by formal and informal rules and norms that organize creation, disclosure and evaluation of scientific knowledge. These rules and norms are constituting original reward system and coordination mode that exhibit well suited incentive structure for collective and decentralized knowledge creation. Especially, they permit to solve traditional economic problems like the simultaneous preservation of knowledge spillovers. This way, what we obtain is an ideal representation of science that we may call "perfect science", with regard to which, the effective functioning of science obviously encounters failures. Its analysis, explored by the different essays of the thesis, may be called "economics of imperfect science"

L’émergence des contenus multimédias sur Internet, l’accès aux contenus multimédias et leurs enrichissements constituent un vaste domaine de recherche. Cette thèse s’inscrit dans ce contexte, et présente la réalisation complète et opérationnelle d’une plate-forme de diffusion multimédia interopérable et ouverte. Après avoir spécifié l’architecture de la plate-forme en introduisant le support de tous types de médias, l’indexation efficace, la recherche de contenus et leurs visualisations en ligne, la première contribution de cette thèse est une extension de la norme MPEG 7 permettant d’assurer la gestion des contenus graphiques 3D, ainsi que des informations liées à un système multimédia. Cette extension a permis le développement d’une plate-forme de diffusion gérant tous types de contenus, appelée MyMultimédiaWorld.com, entièrement normalisée à l’aide de MPEG 7 et MPEG 4. La deuxième contribution porte sur les facilités d’accès à la plate-forme multimédia. D’une part, nous avons développé une solution simple et originale d’API d’accès aux contenus multimédia par de applications tierces. D’autre part, nous proposons une solution basée sur le principe d’API pour intégrer dans une plate-forme des algorithmes multimédias. Cette solution permet la création de nouveaux services à partir d’algorithmes externes. A partir des deux APIs, nous proposons une nouvelle approche pour l’évaluation automatique d’algorithmes multimédias. Les aspects clés de cette approche sont l’évaluation en ligne, des conditions identiques pour l’exécution des algorithmes et la mise à jour automatique des résultats. L’approche développée est démontrée à l’aide de deux benchmarks différents, le premier pour l’évaluation des algorithmes de compression de maillage 3D et le second pour le benchmark des descripteurs de formes 3D développé dans le cadre des projets FAME2 et POPS du pôle de compétitivité System@tic. Les avantages de cette approche ont été reconnus récemment par le comité de normalisation MPEG avec sa décision d’adopter www.MyMultimédiaWorld.com pour l’évaluation des algorithmes de compression de maillage 3D<br>The emergency of the Internet as a medium for multimedia content, the manner to access the content including means of enriching it with semantic information constitute large research domains. This thesis situates in this context and introduces an operational implementation of an open and interoperable multimedia content distribution platform. After specifying the platform architecture introducing the support of all media types, effective indexation, content search and on-line visualisation, the first contribution of the thesis consists in several MPEG 7 extensions allowing 3D object description, as well as multimedia service specification. These extensions makes it possible a novel approach of asset management systems fully normalised with MPEG 7 and MPEG 4, the concept being demonstrated by the implementation of the www.MyMultimédiaWorld.com platform. The second contribution of the thesis concerns the fundaments and tools to ensure easy access to the multimedia platform. We developed an original solution based on an access API making possible to third party applications to access content and metadata resident into the platform. A second API, makes it possible to integrate multimedia processing algorithm directly in the platform, transforming it into a continuous evolving environment. The Web2.0 paradigm of user generated content is now extended to user generated functionality. Based on the two APIs, we proposed a novel approach for evaluation of multimedia related algorithms. The key aspects are the online processing, evolving content, execution of algorithms in identical conditions, always up-to-date results. The approach is demonstrated for two benchmarks: the first deals with 3D mesh compression algorithms and the second with 3D shape descriptors developed in the FAME2 and POPS projects of the System@tic competitiveness cluster. The advantages of such benchmarking approach were recognized recently by MPEG committee when deciding to adopt www.MyMultimédiaWorld.com as the standard evaluation tool for 3D mesh compression

On a l’habitude, concernant Bergson et Popper, de souligner que le second emprunte au premier la notion de « société ouverte » en la détournant de son sens. C’est une erreur : au moment où il met cette notion au centre de La société ouverte et ses ennemis, Popper est persuadé d’être l’inventeur de la notion. Lorsqu’il apprend que Bergson en a fait usage avant lui, il marque la différence entre les deux sociétés ouvertes tout en reconnaissant une similitude entre les deux sociétés closes. Mais comment, si la société close s’oppose, par définition, à la société ouverte, et si les deux notions de « société close » sont similaires, les deux notions de « société ouverte » pourraient-elles être fondamentalement dissemblables ? Nous nous demandons, dans une première partie, jusqu’où les deux sociétés closes peuvent être considérées comme similaires et s’il est possible d’en construire une conception unifiée. Nous cherchons d’abord à montrer comment Bergson et Popper, en partant de problèmes différents, finissent par se rejoindre sur la notion d’une morale naturelle close. Nous montrons ensuite que ces deux modalités du clos — exclusivisme guerrier et holisme conservateur — se trouvent chez les deux auteurs, sans qu’ils ne leur accordent la même importance : un certain nombre de différences souterraines annoncent les oppositions à venir sur la société ouverte. Ces différences n’empêchent toutefois pas l’élaboration d’une conception unifiée de la société close. Nous suivons Bergson pour articuler les deux modalités du clos en considérant que la cohésion sociale trouve en partie sa source dans l’hostilité à l’égard des ennemis. Notre deuxième partie se demande si ce qui apparaît au premier abord comme contradictoire entre les deux sociétés ouvertes ne pourrait pas plutôt être considéré comme des tensions au sein d’une même société ouverte. Nous insistons d’abord sur ce qui peut apparaître comme contradictoire en montrant que l’ouverture n’a pas le même sens chez Bergson et chez Popper : passage de la cité à une société comprenant l’humanité pour le premier, passage à une cité où sont libérés les pouvoirs critiques de l’homme pour le second. La société ouverte de Popper est close pour Bergson, la société ouverte de Bergson relève pour Popper d’une nostalgie pour la société close. Mais la contradiction vient du fait qu’on compare la modalité de l’ouvert que chacun privilégie et qui n’est pas la même. Il faut, pour avoir une vision plus juste, comparer la modalité rationaliste de l’ouverture chez les deux auteurs, et la modalité mystique de l’ouverture chez l’un et chez l’autre. En procédant à cette comparaison, on peut montrer que ces deux modalités sont l’une et l’autre une façon, pour une société, de transcender la nature, d’être créatrice. En ce qui concerne la modalité rationaliste de l’ouverture, c’est Popper qui parvient à en montrer le caractère créateur, sur le plan théorique comme sur le plan pratique — Bergson en étant empêché par sa conception de l’intelligence ; pour ce qui est de la modalité mystique, c’est Bergson qui montre comment elle permet à une société de transcender, au moins partiellement, la nature — Popper en étant empêché par sa conception de l’amour. A partir de là, il ne semble pas impossible d’élaborer une conception unifiée de la société ouverte articulant ces deux modalités : la modalité rationaliste de l’ouverture repose sur la foi en la fraternité humaine, laquelle ne peut trouver son plein élan que dans la modalité mystique. Il est vrai qu’il y a tension entre ces deux modalités de l’ouvert, mais leur équilibre est nécessaire à la société qui s’ouvre : la présence de la modalité mystique évite à la modalité rationaliste, qui permet le conflit, une dégénérescence guerrière ; la présence de la modalité rationaliste évite à la modalité mystique, qui transcende les conflits dans l’enthousiasme, de dégénérer en « nationalisme mystique »<br>It is usually said, when talking about Bergson and Popper, that the former borrows the notion of “open society” to the latter and diverts its meaning. It is a mistake: when he puts this notion in the center of The open society and its enemies, Popper is convinced that he is the one who came up with the notion. When he learns that Bergson used it before him, he underlines the differences between both open societies, while admitting a similarity between both closed societies. But how, if the closed society opposes, by definition, the open society, and if both notions of “closed society” are similar, could both notions of “open society” be fundamentally dissimilar?We are wondering, in our first part, to what degree the two closed societies can be considered similar, and if it is possible to build a unified conception of both of them. We are first seeking to show how Bergson and Popper, while starting from different issues, end up reuniting on the notion of a closed natural morality. We are then showing that these two modalities of the closed – warrior exclusivism and conservative holism – are found in both authors, although they don’t give it the same degree of importance: a number of underlying differences are announcing the upcoming oppositions on the open society. These differences, however, do not prevent the elaboration of a unified conception for the closed society. We are following Bergson to articulate both modalities of the closed while considering that social cohesion comes partly from hostility towards enemies. Our second part questions if what first shows up as a contradiction between both open societies could not be considered rather as tensions among one same open society. We first insist on what can appear as contradictory by showing that openness doesn’t have the same meaning for Bergson it does for Popper: for the former, it’s stepping from the city to a society containing humanity. For the latter, it’s stepping to a city where man’s critical powers are liberated. Popper’s open society is closed to Bergson, and Bergson’s open society is, to Popper, an expression of the longing for the unity of the closed society. But the contradiction comes from comparing each author’s preferred modality for openness, which differs. It is necessary, to have a better vision, to compare the rationalist modality of openness for both authors, as well as the mystical modality of openness for one and the other.By proceeding to this comparison, we can show that these two modalities are both a way for a society to transcend nature, for it to be inventive or creative. When it comes to the rationalist modality of openness, Popper is the one who manages to show its creative aspect, in both theory and practice – Bergson being restrained to do so by his conception of intelligence; when it comes to the mystical modality, it is Bergson who shows how it allows a society to transcend, at least partially, nature – Popper being restrained to do so by his conception of love.From this point, it doesn’t seem impossible to elaborate a unified conception for the open society articulating both of these modalities: the rationalist modality of openness is based on faith in human fraternity, which can only reach its fullest with the mystical modality. It is true that there is tension between these two modalities of openness, but their balance is necessary for a society that opens up: the mystical modality’s presence prevents the rationalist modality, that allows conflict, to fall into warrior degeneracy; the rationalist modality’s presence prevents the mystical modality, that transcends conflicts in enthusiasm, to degenerate into “mystical nationalism”

L'émergence des contenus multimédias sur Internet, l'accès aux contenus multimédias et leurs enrichissements constituent un vaste domaine de recherche. Cette thèse s'inscrit dans ce contexte, et présente la réalisation complète et opérationnelle d'une plate-forme de diffusion multimédia interopérable et ouverte. Après avoir spécifié l'architecture de la plate-forme en introduisant le support de tous types de médias, l'indexation efficace, la recherche de contenus et leurs visualisations en ligne, la première contribution de cette thèse est une extension de la norme MPEG 7 permettant d'assurer la gestion des contenus graphiques 3D, ainsi que des informations liées à un système multimédia. Cette extension a permis le développement d'une plate-forme de diffusion gérant tous types de contenus, appelée MyMultimédiaWorld.com, entièrement normalisée à l'aide de MPEG 7 et MPEG 4. La deuxième contribution porte sur les facilités d'accès à la plate-forme multimédia. D'une part, nous avons développé une solution simple et originale d'API d'accès aux contenus multimédia par de applications tierces. D'autre part, nous proposons une solution basée sur le principe d'API pour intégrer dans une plate-forme des algorithmes multimédias. Cette solution permet la création de nouveaux services à partir d'algorithmes externes. A partir des deux APIs, nous proposons une nouvelle approche pour l'évaluation automatique d'algorithmes multimédias. Les aspects clés de cette approche sont l'évaluation en ligne, des conditions identiques pour l'exécution des algorithmes et la mise à jour automatique des résultats. L'approche développée est démontrée à l'aide de deux benchmarks différents, le premier pour l'évaluation des algorithmes de compression de maillage 3D et le second pour le benchmark des descripteurs de formes 3D développé dans le cadre des projets FAME2 et POPS du pôle de compétitivité System@tic. Les avantages de cette approche ont été reconnus récemment par le comité de normalisation MPEG avec sa décision d'adopter www.MyMultimédiaWorld.com pour l'évaluation des algorithmes de compression de maillage 3D.

A partir de 1948 la société palestinienne est déstabilisée suite à la guerre qui voit la perte de la Palestine historique. La grande majorité des Palestiniens se retrouve dispersée dans les pays de la région et au-delà de la Méditerranée. Aussi l'élite ancienne construite à partir de fondements religieux, familiaux ou de richesses foncières se retrouve elle aussi expulsée de ses terres. Elle perd donc ses positions de privilèges, désemparée et désorientée, elle ne reviendra plus jamais au devant de la scène nationale palestinienne. Ce sont les hommes qui dirigeront la lutte pour la récupération de la Palestine de 1948, ensuite et à partir de 1967 contre l'occupation de la Cisjordanie et de la bande de Gaza (partie de la Palestine historique) d'abord sous forme de lutte armée ensuite par la diplomatie et la politique de négociations, qui deviennent les nouvelles figures sur la scène politique palestinienne. Ils sont originaires non de l'ancienne bourgeoisie religieuse et familiale mais de la classe moyenne des villes et des zones rurales qui vont recruter dans les camps de réfugiés les futurs combattants. Ce sont les nouveaux dirigeants. C'est un processus qui a commencé dès la moitié des années 1960 pour se consolider avec la création de partis et mouvements palestiniens opérant dans les divers pays d'accueil de la région. Cette nouvelle élite se conforme aux changements et aléas de la diplomatie internationale et d'un rapport de force inégal face à Israël tout au long du conflit israélo-palestinien. Pour comprendre l'évolution des élites palestiniennes il fallait donc adopter l'approche historique des événements et faits marquants touchant le peuple palestinien depuis 1948 jusqu'à l'après-Oslo (1993) ; vingt ans d'Autorité Nationale Palestinienne caractérisée par une souveraineté limitée aux principales villes de la Cisjordanie et de la bande de Gaza, au contraire de ce qu'avaient stipulé les Accords de 1993 : ceux-ci devaient progresser vers le statut définitif des Territoires occupés en 1967. C'est dans ces territoires occupés depuis 1967, en Cisjordanie et dans la bande de Gaza, que se situe donc notre terrain de recherche. À partir de 1993 les dirigeants rapatriés de l'exil formant les membres dirigeants de l'Autorité nationale, vont favoriser les initiatives de palestiniens, en particulier, les figures proéminentes des villes, dans la création d'établissements universitaires. Ceci est entrepris non seulement pour répondre aux besoins d'éducation d'une population jeune dans un acte de résilience face à l'occupation, mais aussi pour répondre aux exigences du projet de construction des institutions du futur Etat à l'intérieur des Territoires de 1967. De nouvelles compétences, de nouveaux savoir-faire devenaient nécessaires dans cette nouvelle situation du post-Oslo où, en parallèle à la lutte politique, l'enseignement supérieur devenait un enjeu vital pour l'existence de la société palestinienne dont l'ambition est d'avoir une place à part entière parmi les nations modernes du monde. D'autres figures émergeront à partir de ces universités pour former une nouvelle et différente élite qui gouvernera dans un contexte de règles démocratiques où le pouvoir ne sera pas exclusivement dans la main de quelques dirigeants. L'OLP, dès 1990, va créer une Université pour tous, l'Université Ouverte Al-Quds (l'UOQ), se basant sur le mode ouvert et à distance. C'était un choix devenu urgent pour surmonter les difficultés et les entraves qu'imposait l'occupation. L'UOQ connaîtra un grand succès comme en témoigne le nombre grossissant de ses inscrits dans un contexte de tension. Plus tard et malgré son offre limitée dans les disciplines d'études, elle va attirer les jeunes à la recherche d'un métier, les adultes pour poursuivre des études inachevées, les femmes pour la proximité de ses centres d'études.

Les pratiques organisationnelles et sociales non-marchandes et non-hiérarchiques liées aux nouvelles technologies de l'information et de la communication suscitent aujourd'hui de nombreuses réactions et controverses. Certains acteurs et chercheurs en contestent l'existence, d'autres affirment qu'il s'agit d'un phénomène minoritaire ou non durable, d'autres enfin, les cantonnent à la sphère virtuelle. S'inscrivant dans ces débats, ce travail analyse les différentes approches théoriques qui les sous-tendent, et les confronte à une observation empirique du réseau coopératif des logiciels libres et du projet d'encyclopédie libre et ouverte Wikipédia, en les replaçant dans le contexte idéologique propre à l'activité informatique. En développant un cadre conceptuel adéquat pour l'étude de ces entités sociales qui s'appuie sur l'interactionnisme symbolique et la sociologie critique d'Ivan Illich, cette réflexion dévoile la spécificité organisationnelle, économique et sociale de ces nouvelles pratiques, et expose ce qui a favorisé leur développement et leur croissance au cours de ces trois dernières décennies. L'accent est tout particulièrement mis sur l'intégration des facteurs culturels et sur la compréhension des mécanismes qui favorisent l'essor et l'expansion de ces nouvelles pratiques dans d'autres activités. Au final, cette réflexion rejoint un des questionnements fondamentaux de la société contemporaine, à savoir, celui posé par le développement de l'économie non-marchande et non-hiérarchique et par la déprofessionnalisation des activités immatérielles.

La communauté scientifique se doit de maximiser la valeur des données des essais cliniques en les partageant pour générer de nouvelles connaissances. Celles-ci pouvant potentiellement améliorer la santé des populations, le partage peut être considéré comme un impératif éthique et scientifique. Devant cette promesse, les différentes parties prenantes des recherches telles que les patient·es, les financeurs, les chercheur·ses, les décideurs publics, les institutions, les industriels et les éditeurs s’accordent globalement pour encourager le partage. Toutefois, la communauté scientifique est contrainte d’évoluer dans un cadre « aussi ouvert que possible, aussi fermé que nécessaire » à la limite de l’injonction contradictoire. D’un côté, elle est encouragée voire obligée de partager, d’un autre, le partage lui est complexe à mettre en oeuvre dans le contexte juridique actuel. Il est donc nécessaire d’évaluer l’impact réel du partage et de proposer des recommandations permettant de le rendre faisable. Dans ce manuscrit, nous explorons les principes d’intégrité scientifique qui régissent un partage responsable des données de la recherche clinique. Nous présentons également les recommandations que nous avons élaborées, avec les différentes parties prenantes, permettant de rendre possible le partage des données individuelles issues de recherches cliniques dans le contexte juridique français. D’un point de vue quantitatif, nous rapportons les résultats de notre analyse rétrospective de la politique de partage de la revue Annals of Internal Medicine – pionnière sur cet aspect – sur une durée de 10 ans entre 2007 et 2017. Bien que nous n’ayons pas réussi à démontrer l’impact du partage des données, cette étude permet d’informer les journaux biomédicaux à propos des politiques de partages et ouvre des perspectives dans le contexte actuel, à l’heure où les pratiques de partage sont probablement plus fréquentes. Arriver à un partage efficace, maximisant réellement la valeur des données issues de la recherche clinique reste un objectif difficile à atteindre. L’élaboration de recommandations prenant en compte le contexte juridique local a été une tâche longue et difficile. Par ailleurs, au vu de la complexité de la mise en oeuvre d’un partage responsable dans ce contexte, nous pensons qu’une adaptation du cadre juridique est indispensable. Cela inclurait non seulement la simplification des formalités permettant de traiter des données, mais également une intensification des contrôles et des peines appliquées en cas d’usages illicites de données, comme les tentatives de réidentification des personnes à leur insu<br>The scientific community has a duty to maximize the value of clinical trial data by sharing it to generate new knowledge. As this knowledge has the potential to improve public health, sharing it can be seen as an ethical and scientific imperative. Faced with this promise, the various stakeholders in research, such as patients, funders, researchers, public decision-makers, institutions, manufacturers and publishers, are generally in agreement in encouraging sharing. However, the scientific community is obliged to operate within a framework that is ‘as open as possible, as closed as necessary’, bordering on a contradictory injunction. On the one hand, it is encouraged or even obliged to share, but on the other, sharing is difficult to implement in the current legal context. It is therefore necessary to assess the real impact of sharing and to propose recommendations to make it feasible. In this manuscript, we explore the principles of scientific integrity that govern the responsible sharing of clinical trial data. We also present the recommendations we have developed, with the various stakeholders, to make it possible to share individual clinical trial data in the French legal context. From a quantitative point of view, we report the results of our retrospective analysis of the sharing policy of the journal Annals of Internal Medicine - a pioneer in this respect - over a 10-year period between 2007 and 2017. Although we did not succeed in demonstrating the impact of data sharing, this study helps to inform biomedical journals about sharing policies and opens up perspectives in the current context, at a time when sharing practices are probably more frequent. Achieving effective sharing that really maximizes the value of data from clinical trials remains a difficult objective. Drawing up recommendations that take account of the local legal context has been a long and difficult task. Furthermore, given the complexity of implementing responsible sharing in this context, we believe that the legal framework needs to be adapted. This would include not only simplifying the formalities for processing data, but also stepping up controls and penalties for the illicit use of data, such as attempts to re-identify people without their knowledge

Cette thèse aborde le problème de la reproductibilité dans la recherche scientifique du point de vue des chercheurs universitaires, des éditeurs et de l'industrie. À partir d'un examen de l'état de l'art de l'activité de ces acteurs, nous fournissons une analyse des lacunes qui comprend des aspects tels que l'évaluation et la récompense de la reproductibilité, le suivi et le contrôle des artefacts de recherche et les meilleures pratiques dans les projets de science ouverte. Nous contribuons en proposant des solutions à ces problèmes identifiés avec une méthodologie concrète qui comprend la définition de nouveaux identifiants pour relier facilement les auteurs aux publications scientifiques et à leur code source dans son ensemble, ainsi qu'à toutes les données associées. Nous appellerons cette méthodologie OVD-SaaS (Online Verifiable Datascience, Software as a Service). Cette recherche est complétée par une implémentation de référence comme preuve de concept, et nous discutons de la différence entre les démos avec un cycle de vie court et les applications complètes axées sur les applications industrielles. Nous fournissons quelques cas d'utilisation illustratifs à cette fin. Enfin, nous analysons la viabilité de l'OVD-SaaS en tenant compte des besoins et des exigences des chercheurs universitaires, des éditeurs et de l'industrie<br>This thesis addresses the problem of reproducibility in scientific research from the point of view of academic researchers, publishers and industry. From a review of the state of the art of the activity of these actors we provide a gap analysis which includes aspects such as evaluating and rewarding reproducibility, tracking and controlling research artifacts, and best practices in open science projects. We contribute by proposing solutions to these identified problem with a concrete methodology which includes the definition of new identifiers to conveniently join together authors with scientific publications and their source code as a whole, as well as any associated data. We shall call this methodology OVD-SaaS (Online Verifiable Datascience, Software as a Service). This research is complemented with a reference implementation as a proof of concept, and we discuss the difference between demos with a short life cycle with complete applications focused to industrial applications. We provide some illustrative use cases to this purpose. Finally, we analyze the viability of the OVD-SaaS taking into account the needs and requirements of academic researchers, publishers and industry

Le développement du séquençage à haut débit a suscité un regain d'intérêt pour l'étude de divers microbiomes. Parmi eux, le microbiome des légumes fermentés est particulièrement intéressant en raison de son établissement spontané et de sa grande diversité. Cela pose des défis en matière de contrôle de la production ainsi que des propriétés organoleptiques et nutritionnelles. La gestion de la fermentation des aliments repose encore largement sur des connaissances empiriques, car la compréhension des dynamiques des communautés microbiennes et des réseaux métaboliques produisant des produits sûrs et nutritifs reste incomplète. Le paradigme de la science ouverte, notamment la disponibilité de nombreux jeux de données, offre l'opportunité de caractériser ce microbiome de manière plus approfondie. Cette thèse présente diverses méthodes intégratives pour analyser le microbiome des légumes fermentés, en intégrant divers jeux de données publiques afin de caractériser et de comparer de manière exhaustive les microbiomes des légumes fermentés. Tout d'abord, nous avons étudié les dynamiques de succession des communautés bactériennes lors de la fermentation des légumes. Pour cela, nous avons conçu une approche basée sur les réseaux pour comparer dix jeux de données métataxonomiques 16S publiques, comprenant 931 échantillons, et ciblant différents légumes fermentés au fil du temps. Les réseaux construits à partir des jeux de données individuels sont intégrés dans un “core réseau”, mettant en évidence des associations significatives. Cette méthode a permis de mettre en lumière les dynamiques de la fermentation des légumes en caractérisant les processus de succession des communautés parmi différents assemblages bactériens. En second lieu, nous avons utilisé une approche métataxonomique multi-marqueurs pour étudier l'influence des facteurs de production sur les communautés bactériennes lors de la fermentation. Nous avons ensuite examiné la relation entre le core microbiote et les voies métaboliques des légumes fermentés. Pour cela, nous avons analysé de manière exhaustive la diversité microbienne, la composition taxonomique et les profils métaboliques de neuf jeux de données indépendants, incluant 142 échantillons. En utilisant un workflow reproductible, nous avons identifié un ensemble de core espèces et souches microbiennes. Nous les avons reliées à un ensemble de fonctions métaboliques partagées qui peuvent représenter un réseau d'activités importantes durant la fermentation des légumes<br>The development of high-throughput sequencing has sparked renewed interest in studying various microbiomes. Among them, the microbiome of fermented vegetables is particularly intriguing due to its spontaneous establishment and high diversity. This poses challenges in control of production and organoleptic and nutritional properties. The management of food fermentation still relies heavily on empirical knowledge, as understanding the dynamics of microbial communities and the metabolic networks producing safe and nutritious products still needs to be explored. The open science paradigm, especially the availability of numerous datasets, provides an opportunity to characterize this microbiome more in-depth. This thesis presents various integrative methods for analyzing the microbiome of fermented vegetables, incorporating diverse public data to characterize and compare microbiomes across fermented vegetables comprehensively. Firstly, we investigated the succession dynamics of bacterial communities during the fermentation of vegetables. Therefore, we designed a network-based approach to compare ten public metataxonomic 16S datasets, including 931 samples, and targeting different fermented vegetables throughout time. Networks for individual datasets are integrated into a core network, highlighting significant associations. This method sheds light on the dynamics of vegetable fermentation by characterizing the processes of community succession among different bacterial assemblages. On a secondary level, we used a multi-marker metataxonomic approach to study the influence of processing factors on the bacterial communities during the fermentation. We then investigated the relationship between the core microbiota and the core metabolic pathways of fermented vegetables. To this end, we comprehensively analyzed the microbial diversity, taxonomic composition, and metabolic profiles of nine independent datasets, including 142 samples. Using a reproducible analytical workflow with a read-based approach, we identified a core set of microbial species and strains. We linked them to a set of shared metabolic functions that may represent a network of activities important during the fermentation of vegetables