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Dissertations / Theses on the topic 'Score de prédiction'
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El, Hajj Maya. "Elaboration d'un Score Prédictif des Accidents Vasculaires Cérébraux au Liban." Thesis, Paris Est, 2017. http://www.theses.fr/2017PESC0078/document.
Full textAbstract:
Background : L’accident Vasculaire Cérébral (AVC) est la deuxième cause de décès au Liban et dans le monde. Il existe une pénurie d'informations fiables concernant l'épidémiologie de l'AVC au Liban. L’objectif de cette étude est d’identifier les facteurs de risque et les symptômes d'AVC dans la population libanaise et de développer un score pour la future prédiction de l'AVC et un score pour le diagnostic de l'AVC en situation d'urgence.Méthodes : Une étude cas-témoin a été menée pour la génération des scores. Les données ont été collectées à l’aide d’une fiche de collecte de données conçue dans deux hôpitaux tertiaires au Liban entre le 1er janvier 2012 et le 31 décembre 2014. Une régression logistique a permis de déterminer les facteurs de risque et les symptômes d'AVC. Les coefficients arrondis ont engendré un score pour le risque d’AVC (ROSS) et un score de diagnostic de l'AVC (DS-Stroke). Une autre étude cas-témoin a été menée pour la validation des scores, où les données ont été collectées à l'aide d'un questionnaire normalisé dans cinq différents hôpitaux tertiaires entre le 1er janvier 2015 et le 31 décembre 2016. Le ROSS et le DS-Stroke ont été validés en les comparant au diagnostic final des hôpitaux.Résultats : En total, 732 participants ont été inclus dans l'étude de génération du score (202 cas d'AVC et 530 contrôles sans AVC) et 650 participants ont été inclus dans l'étude de validation du score (205 cas et 445 contrôles sans AVC). Plusieurs facteurs de risque et symptômes ont été associés à l'AVC au Liban. Le ROSS et le DS-Stroke ont été construits et évalués avec des hautes zones sous la courbe et des valeurs négatives et positives prédictives élevées.Conclusion : Le ROSS est un bon outil d'évaluation des risques pour améliorer la prévision de l'AVC dans la population libanaise et serait particulièrement intéressant dans le cadre des soins primaires afin de réduire l'incidence de l'AVC. Le DS-Stroke est un autre outil précieux à utiliser pour le diagnostic de l'AVC à l'urgence et serait intéressant pour l'utilisateur afin d'avoir un diagnostic précis de l'AVC, appeler à d'autres tests d'urgence si nécessaire et d’accélérer le traitement pour les patients AVCBackground: Stroke is the second leading cause of death in Lebanon and worldwide. There is a scarcity of reliable information about the epidemiology of stroke in Lebanon. We aim to identify stroke risk factors and symptoms in the Lebanese population and develop a score for future stroke prediction and another for stroke diagnosis at emergency.Methods: A case-control study was conducted for the scores generation. Data were collected through a designed data collection sheet at two tertiary hospitals in Lebanon between January 1st, 2012 and December 31st, 2014. A logistic regression determined stroke risk factors and symptoms and the rounded coefficients generated a Risk of Stroke Score (ROSS) and a Diagnosis Score for Stroke (DS-Stroke). Another case-control study was conducted for the scores validation where data were collected through a standardized questionnaire at five different tertiary hospitals between January 1st, 2015 and December 31st, 2016. ROSS and DS-Stroke were validated by comparing them to the hospitals final diagnosis.Results: In total, 732 participants were included in the score generation study (202 stroke cases and 530 stroke-free controls) and 650 participants were included in the score validation study (205 cases and 445 stroke-free controls). Many risk factors and symptoms were found to be associated with stroke in Lebanon. ROSS and DS-Stroke were constructed and validated with high areas under the curve and high negative and positive prediction values.Conclusion: ROSS is a good risk assessment tool for use to improve the prediction of stroke in the Lebanese population and would be of particular interest in the primary care setting to reduce stroke incidence. DS-Stroke is another valuable tool to use for stroke diagnosis at emergency and would be interesting to user in order to have an accurate diagnosis of stroke, call for further emergency testing if necessary and speed up the treatment for stroke patients
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Masset, Christophe. "Lésions inflammatoires et vasculaires en transplantation pancréatique." Electronic Thesis or Diss., Nantes Université, 2025. http://www.theses.fr/2025NANU1002.
Full textAbstract:
La transplantation pancréatique est la meilleure option pour certains patients diabétiques, mais elle est souvent compliquée par une perte précoce du greffon due à une thrombose. Dans ce manuscrit, nous avons d’abord examiné les preuves reliant cette complication thrombotique à l’activation du système immunitaire, provoquée soit par l’état du donneur, soit par des lésions d’ischémie/reperfusion, introduisant ainsi le concept d’immunothrombose en transplantation pancréatique. Nous avons identifié des facteurs de risque méconnus, mettant en évidence le rôle délétère de l’hypertension chez les donneurs. Nous avons ensuite exploré in vitro les réponses des cellules endothéliales pancréatiques aux cytokines inflammatoires liées à l’ischémie/reperfusion et à l’état du donneur. Ces modèles expérimentaux montrent que les cellules endothéliales pancréatiques présentent un phénotype plus pro-inflammatoire et prothrombotique que les cellules endothéliales glomérulaires à l’état basal. De plus, leur réponse à des molécules comme l’IL1β et l’IL6 semble exacerbée, suggérant un intérêt potentiel pour des thérapies ciblées. D’autres molécules présentes chez le donneur, comme la MMP-9, pourraient également activer l’endothélium. Par ailleurs, l’analyse des auto-anticorps anti-AT1R dans le sérum des receveurs révèle que leur présence au moment de la transplantation est significativement associée à un risque accru de thrombose et de rejet. Enfin, nous avons posé les bases d’un score prédictif composite pour la perte des greffons pancréatiques, intégrant à la fois des paramètres cliniques et des biomarqueurs issus du sérum des receveurs au moment de la transplantationPancreatic transplantation is the best option to propose for selected diabetic patients, but often complicates with occurrence of early allograft failure due to thrombosis. In this manuscript, we first reviewed evidences linking this thrombotic complication with activation of the immune system, due either to donor’s condition or to ischemia/reperfusion injuries, thus leading to the concept of Immunothrombosis in pancreatic transplantation. We first investigated possible unknown risk factors of thrombosis and evidenced the deleterious role of donor’s hypertension in early pancreas. We further explored in-vitro responses of endothelial pancreatic cells to inflammatory cytokines related to ischemia/reperfusion and donor’s condition. From these experimental models, we showed that pancreatic endothelial cells exert a more pro-inflammatory and pro-thrombotic phenotype than glomerular endothelial cells in a resting state. Furthermore, their response to inflammatory molecules such as IL1β and IL6 seems exacerbed, which could suggest an interest in targeted therapies. Additional molecules present in the donor such as MMP-9 may also play a role in the endothelium activation. Besides inflammatory molecules, we assessed the role of anti-AT1R auto-antibodies in recipient’s sera. It reveals that their presence at the time of transplantation is significantly associated with a higher risk of pancreatic thrombosis and rejection, suggesting an implication of recipient’s inflammatory condition in addition to donor’s one. Finally, we laid the groundwork for the construction of a future composite predicitve score for allograft failure, incorporating both clinical parameters and biomarkers from recipient’s sera at the time of transplantation
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Koskas, Martin. "Utilisation et développement d'outils statistiques pour la prédiction individuelle du statut ganglionnaire dans le cancer de l'endomètre." Thesis, Versailles-St Quentin en Yvelines, 2014. http://www.theses.fr/2014VERS0038.
Full textAbstract:
Le cancer de l’endomètre est le plus fréquent des cancers gynécologiques pelviens. L’envahissement ganglionnaire constitue l’un des principaux facteurs pronostiques mais le rôle des curages ganglionnaires reste débattu.Nous avons construit le score PREGE (Prédiction du Risque d’Envahissement Ganglionnaire dans le cancer de l’Endomètre), à partir d’une base de données de près de 20000 cancers de l’endomètre, après la sélection de caractéristiques individuelles (race et âge) et tumorales définitives, obtenues sur la pièce d’hystérectomie (type, grade et extension locale) significativement associées à l’existence de métastase ganglionnaire. Le score PREGE a été validé sur une base de données multicentrique française (AUC dans les populations de développement et de validation de 0,80 et 0,79 respectivement). Le score était correctement calibré.En utilisant les données préopératoires (IRM et biopsie d’endomètre), les capacités de discrimination du score PREGE étaient conservées. Différents seuils d’intérêt pour la décision clinique ont été définis. Avec un seuil de 100 points, la valeur prédictive négative était de 100%.Dans aucun quantile du score PREGE, la survie spécifique n’était supérieure chez les patientes ayant eu une lymphadénectomie. Toutefois, avec un seuil prédit d’envahissement ganglionnaire supérieur à 20%, nous avons mis en évidence un bénéfice de la lymphadénectomie emportant au moins 10 ganglions.L’utilisation du score PREGE pour la sélection des patientes atteintes d’un cancer de l’endomètre candidates à une lymphadénectomie pourrait permettre de réduire le recours à cette intervention morbide sans altérer la survie spécifiqueEndometrial cancer is the most common malignancy of the female genital tract. Lymph node metastasis is one of the most important prognostic factors. However, the therapeutic role of lymphadenectomy is still debated.We developed the score PREGE, able to predict lymph node metastasis based on pathological hysterectomy characteristics in endometrial cancer. Data from almost 20,000 patients who underwent hysterectomy and lymphadenectomy were analyzed and significant prognostic features were selected: final pathological characteristics (histologic type, grade and primary site tumoral extension) and patients’ characteristics (age and race). In a French multicentric cohort, the nomogram showed good discrimination (AUC=0.79 ) and was well calibrated.Lymph node metastasis prediction by the score using preoperative data was as accurate as that obtained using the final tumor characteristics. With a cut-off value of 100 points for the total score, the negative predictive value was 100%.Patients were clustered into quintiles according to their lymph node metastasis probability. The cancer related survival was compared based on whether patients underwent lymphadenectomy. In the five quintile groups, the specific survival rate was significantly higher in the patients who did not undergo lymphadenectomy. However, when lymph node letastatic probabilityexceeded 20%, specific survival was higher in patients in whom at least 10 lymph nodes were removed.PREGE score could be useful to select few patients who will really benefit from lymphadenectomy and avoid lymphadenectomy in most patients with endometrial cancer
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Nguile, Makao Molière. "Pneumonies nosocomiales acquises sous ventilation mécanique : prédiction du diagnostic et influence sur le pronostic." Phd thesis, Grenoble, 2010. http://www.theses.fr/2010GRENM073.
Full textAbstract:
La pneumonie nosocomiale est l'infection la plus fréquente et la plus grave rencontrée en réanimation, notamment chez les patients sous ventilation mécanique invasive. L'objectif de ces travaux de thèse est d'élaborer des outils d'optimisation de la prévention des Pneumonies nosocomiales Acquises sous Ventilation Mécanique (PAVM) en utilisant les informations de la base de donnée OUCOMEREA. Ainsi, un score de PAVM a été construit à partir d'une régression logistique hiérarchique mixte à effet aléatoire permettant de comparer les structures de soin. Le modèle de régression logistique présentant quelques insuffisances, nos travaux ont été orientés vers les modèles multi-états. En particulier, nous avons étudié le modèle Progressive Disability à partir duquel la mortalité attribuable à la PAVM a été évaluée efficacement et les groupes de patients ayant une mortalité imputable très élevée ont été identifié. Ce modèle a été simplifié en modèle Disability. Par la suite, les covariables sont incluses via l'estimateur de Breslow et la mortalité imputable est ré-estimée. A partir du modèle Disability, une prédiction globale et individualisée de la PAVM dans les trois jours qui suivent l'instant d'observation est construite. La performance de la prédiction est évaluée par une fonction de perte pondérée par la fréquence des évènements au cours du tempsNosocomial Pneumonia is the most frequent and severe infection encountered in intensive care unit, notably in patients under mechanical ventilation. The objective of this thesis is to develop tools to optimize the prevention of Ventilation Associated nosocomial Pneumonias (VAP) using the information of OUTCOMEREA database. Thus, a VAP score was built from a hierarchical logistic regression mixed model to compare the care structures. As the logistic regression model presenting a few shortcomings, we oriented our work towards multi-state models. In particular, we studied the Progressive Disability model from which the attributable mortality due to VAP was evaluated efficiently and patients groups with bad prognosis were identified. This model has been simplified to a Disability model. Thereafter, the covariates were included via the Breslow estimator and the mortality was re-estimated. From the Disability model, a global and individualized prediction of VAP in the three days following observation time was built. The prediction performance is evaluated by a loss function weighted by events frequency over time
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Nguile, Makao Molière. "Pneumonies nosocomiales acquises sous ventilation mécanique : prédiction du diagnostic et influence sur le pronostic." Phd thesis, Grenoble, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00538779.
Full textAbstract:
La pneumonie nosocomiale est l'infection la plus fréquente et la plus grave rencontrée en réanimation, notamment chez les patients sous ventilation mécanique invasive. L'objectif de ces travaux de thèse est d'élaborer des outils d'optimisation de la prévention des Pneumonies nosocomiales Acquises sous Ventilation Mécanique (PAVM) en utilisant les informations de la base de donnée OUCOMEREA. Ainsi, un score de PAVM a été construit à partir d'une régression logistique hiérarchique mixte à effet aléatoire permettant de comparer les structures de soin. Le modèle de régression logistique présentant quelques insuffisances, nos travaux ont été orientés vers les modèles multi-états. En particulier, nous avons étudié le modèle Progressive Disability à partir duquel la mortalité attribuable à la PAVM a été évaluée efficacement et les groupes de patients ayant une mortalité imputable très élevée ont été identifié. Ce modèle a été simplifié en modèle Disability. Par la suite, les covariables sont incluses via l'estimateur de Breslow et la mortalité imputable est ré-estimée. A partir du modèle Disability, une prédiction globale et individualisée de la PAVM dans les trois jours qui suivent l'instant d'observation est construite. La performance de la prédiction est évaluée par une fonction de perte pondérée par la fréquence des évènements au cours du temps.
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Turc, Guillaume. "Prédiction du pronostic fonctionnel de l’infarctus cérébral traité par thrombolyse intraveineuse." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2015. http://www.theses.fr/2015PA05T043/document.
Full textAbstract:
La thrombolyse intraveineuse (TIV) est le seul traitement médical autorisé à la phase aiguë de l’infarctus cérébral (IC). Malgré ce traitement, un patient sur deux présente un mauvais pronostic fonctionnel à 3 mois (score mRS>2), ce qui s’explique le plus souvent par l’absence de recanalisation précoce ou la survenue d’une hémorragie intracrânienne symptomatique (sICH). Nos objectifs étaient, d’une part, de déterminer s’il est possible d’estimer le pronostic fonctionnel (mRS) 3 mois après TIV à partir de variables cliniques et IRM disponibles à l’admission, et, d’autre part, d’étudier les relations entre l’évolution au cours des premières 24 heures et le mRS à 3 mois. Nous avons collecté les données cliniques et d’IRM de l’ensemble des patients traités par TIV pour un IC≤4h30 entre 2003 et 2015 à l’hôpital Sainte-Anne. (1) Nous avons proposé le score MRI-DRAGON, un outil simple basé sur 7 variables cliniques et IRM disponibles à l’admission, qui permet une prédiction satisfaisante du mRS>2. 3 mois après un IC traité par TIV (c=0,83 [0,78-0,88]). (2) Nous avons ensuite réalisé une validation externe de ce score sur la cohorte du CHRU de Lille, confirmant qu’il présente une discrimination et une calibration satisfaisantes, malgré une surestimation du risque de mRS>2 en cas de score MRI-DRAGON élevé. (3) Afin d’essayer d’améliorer la prédiction, nous avons étudié les relations entre microsaignements (CMBs) sur l’IRM initiale et pronostic fonctionnel, et montré que le nombre de CMBs n’était pas un prédicteur indépendant du mRS à 3 mois, après ajustement sur les facteurs de confusion (âge, HTA). Nous avons par ailleurs étudié les relations entre l’évolution clinique très précoce après TIV et mRS à 3 mois, à partir de deux situations: (4) Premièrement, l’absence d’amélioration neurologique 1 heure après le début de la TIV en cas d’occlusion artérielle proximale, présente chez 77% des patients et fortement associée au mRS à 3 mois, mais qui n’améliorait pas la prédiction par rapport au score MRI-DRAGON. (5) Deuxièmement, l’aggravation neurologique survenant dans les 24 heures après le début de la TIV (END), dont l’incidence au sein de notre revue systématique était de 14%. (6) Au sein de notre cohorte, la valeur prédictive positive de l’END pour le mRS>2 à 3 mois était de 90%. L’END de cause indéterminée représentait 70% des END, et était associé à l’absence d’antiplaquettaire avant l’admission, la présence d’une occlusion artérielle proximale, d’un important mismatch diffusion-perfusion, et l’absence de recanalisation. Nous avons proposé un score simple permettant de prédire dès l’admission le pronostic fonctionnel à 3 mois d’un patient traité par TIV pour IC aigu. Il pourrait être utilisé pour guider la décision thérapeutique en identifiant les patients ayant une forte probabilité de mRS ≤2 après TIV seule. Par ailleurs, notre travail suggère que la prise en compte des CMBs avant TIV ne permet pas d’améliorer la prédiction pronostique, et que l’association entre CMBs et mRS n’est pas indépendante. Nous participons actuellement à une méta-analyse internationale sur données individuelles visant à déterminer si un sous-groupe de patients avec CMBs présente un risque de sICH si important qu’il pourrait annuler le bénéfice attendu de la TIV. Bien que l’absence d’amélioration neurologique à 1 heure soit fortement associée au mRS>2 à 3 mois, elle ne semble pas être un outil suffisamment robuste pour guider la décision d’une thrombectomie complémentaire à la TIV (bridging therapy), et ne doit donc pas retarder le geste endovasculaire. Enfin, nos résultats suggèrent que la majorité des END sont favorisés par la persistance d’une hypoperfusion cérébrale, et qu’une part d’entre eux pourrait être prochainement évitée, depuis la démonstration fin 2014, de la nette supériorité du bridging therapy par rapport à la TIV seule concernant la recanalisation artérielle. (...)Intravenous thrombolysis (IVT) is the only licensed drug for acute ischemic stroke (AIS). However, about half of the treated patients do not achieve functional independence at 3 months (mRS>2), mostly due to lack of early recanalization or symptomatic intracranial hemorrhage (sICH). Firstly, we aimed to determine if 3-month outcome (mRS) after IVT can be reliably predicted based on clinical and MRI variables available at admission. Secondly, we assessed the relationships between the clinical course within 24 hours after IVT and 3-month mRS. We collected clinical and MRI data of all patients treated by IVT ≤4.5 hrs for AIS between 2003 and 2015 in Sainte-Anne hospital, Paris. (1) We derived the MRI-DRAGON score, a simple tool consisting of 7 clinical and MRI variables available at admission, which can reliably predict 3-month mRS>2 (c-statistic=0.83 [0.78-0.88]). (2) We then performed an external validation of this score in the Lille cohort, showing good discrimination and calibration of the model, despite an overestimation of the risk of mRS>2 in patients with a high MRI-DRAGON score. (3) Trying to find additional predictors of long-term outcome, we showed that the cerebral microbleed (CMB) burden at baseline was not an independent predictor of 3-month mRS after adjusting for confounding factors (age and hypertension).Furthermore, we assessed the relationships between early clinical course after IVT and 3-month mRS, based on two common clinical events: (4) Firstly, the lack of very early neurological improvement (VENI) 1 hour after IVT, which was observed in 77% patients and strongly associated with 3-month mRS, but did not improve the predictive ability of the model when incorporated into the MRI-DRAGON score. (5) Secondly, early neurological deterioration (END) within 24 hours after IVT, occuring in 14% patients in our systematic review and meta-analysis. (6) In our cohort, the positive predictive value of END for 3-month mRS>2 prediction was 90%. END of undetermined cause (ENDunexplained) accounted for 70% of ENDs, and was associated with no prior use of antiplatelets, proximal artery occlusion, DWI-PWI mismatch volume and lack of recanalization. We proposed a simple score to predict 3-month mRS soon after admission in patients treated by IVT for AIS. It may be used to help therapeutic decisions, by identifying patients likely to achieve 3-month mRS ≤2 after IVT alone. We have also shown that CMB burden before IVT is not an independent predictor or 3-month outcome. We participate in an ongoing international individual patient data meta-analysis to determine whether there is a subgroup of patients with CMBs, which seems to have an independent risk of poor 3-month outcome so important that it might outweigh the expected benefit of IVT. Although lack of VENI 1 hour after IVT is strongly associated with 3-month mRS>2, it doesn’t seem to be specific enough to guide decision-making regarding additional thrombectomy (bridging therapy), and should therefore not delay an endovascular procedure. Finally, our results suggest that a persistent cerebral hypoperfusion contributes to most ENDs. Therefore, many ENDs might be avoided in a near future, given the recent proof of the clear superiority of bridging therapy over IVT alone regarding recanalization. This revolution in acute stroke management leads the way to important clinical research perspectives, such as developing a tool to accurately predict 3-month mRS after bridging therapy. Important research efforts will be needed to develop a personalized treatment algorithm, helping to determine which therapeutic option (bridging therapy, IVT alone, thrombectomy alone, or no recanalization therapy) would be the best for each patient
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Blanche, Paul. "Contribution à l'évaluation de capacités pronostiques en présence de données censurées, de risques concurrents et de marqueurs longitudinaux : inférence et applications à la prédiction de la démence." Thesis, Bordeaux 2, 2013. http://www.theses.fr/2013BOR22098/document.
Full textAbstract:
Ce travail a eu pour objectif de proposer des méthodes statistiques pour évaluer et comparer les capacités prédictives de divers outils pronostiques. Le Brier score et principalement les courbes ROC dépendant du temps ont été étudiés. Tous deux dépendent d'un temps t, représentant un horizon de prédiction. Motivé par les applications à la prédiction de la démence et des données de cohortes de personnes âgées, ce travail s'est spécifiquement intéressé à des procédures d'inférence en présence de données censurées et de risques concurrents. Le risque concurrent de décès sans démence est en effet important lorsque l'on s'intéresse à prédire une démence chez des sujets âgés. Pour obtenir des estimateurs consistants, nous avons utilisé une méthode appelée “Inverse Probability of Censoring Weighting” (IPCW). Dans un premier travail, nous montrons qu'elle permet d'étendre simplement les estimateurs pour données non censurées et de prendre en compte une censure éventuellement dépendante de l'outil pronostique étudié. Dans un second travail, nous proposons des adaptations pour les situations de risques concurrents. Quelques résultats asymptotiques sont donnés et permettent de dériver des régions de confiance et des tests de comparaison d'outils pronostiques. Enfin, un troisième travail s'intéresse à la comparaison d'outils pronostiques dynamiques, basés sur des marqueurs longitudinaux. Les mesures de capacités pronostiques dépendent ici à la fois du temps s auquel on fait la prédiction et de l'horizon de prédiction t. Des courbes de capacités pronostiques selon s sont proposées pour leur évaluation et quelques procédures d'inférence sont développées, permettant de construire des régions de confiance et des tests de comparaison de ces courbes. L'application des méthodes proposées a permis de montrer que des outils prédictifs de la démence basés sur des tests cognitifs ou des mesures répétées de ces tests ont de bonnes capacités pronostiquesThe objective of this work is to develop statistical methods that can be used to evaluate and compare the prognostic ability of different prognostic tools. To measure prognostic ability, mainly the time-dependent ROC curve is studied and also the Brier score for a prediction horizon t. Motivated by applications where the aim is to predict the risk of dementia in cohort data of elderly people, this work focuses on inference procedures in the presence of right censoring and competing risks. In elderly populations death is a highly prevalent competing risk. To define consistent estimators of the prediction ability measures, we use the inverse probability of censoring weighting (IPCW) approach. In our first work, we show that the IPCW approach provides consistent estimators of prediction ability based on right censored data, even when the censoring distribution is marker-dependent. In our second work, we adapt the estimators to settings with competing risks. Asymptotic results are provided and we derive confidence regions and tests for comparing different prognostic tools. Finally, in a third work we focus on comparing dynamic prognostic tools which use information from repeated marker measurements to predict future events. The prognostic ability measures now depend on both the time s at which predictions are made and on the prediction horizon t. Curves of the prognostic ability as a function of s are developed for the evaluation of dynamic risk predictions. Inference procedures are adapted and so are confidence regions and tests to compare the curves. The applications of the proposed methods to cohort data show that the prognostic tools that use cognitive tests, or repeated measurements of cognitive tests, have high prognostic abilities
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Sene, Mbery. "Développement d’outils pronostiques dynamiques dans le cancer de la prostate localisé traité par radiothérapie." Thesis, Bordeaux 2, 2013. http://www.theses.fr/2013BOR22115/document.
Full textAbstract:
La prédiction d'un événement clinique à l'aide d'outils pronostiques est une question centrale en oncologie. L'émergence des biomarqueurs mesurés au cours du temps permet de proposer des outils incorporant les données répétées de ces biomarqueurs pour mieux guider le clinicien dans la prise en charge des patients. L'objectif de ce travail est de développer et valider des outils pronostiques dynamiques de rechute de cancer de la prostate, chez des patients traités initialement par radiothérapie externe, en prenant en compte les données répétées du PSA, l'antigène spécifique de la prostate, en plus des facteurs pronostiques standard. Ces outils sont dynamiques car ils peuvent être mis à jour à chaque nouvelle mesure disponible du biomarqueur. Ils sont construits à partir de modèles conjoints pour données longitudinales et de temps d'événement. Le principe de la modélisation conjointe est de décrire l'évolution du biomarqueur à travers un modèle linéaire mixte, décrire le risque d'événement à travers un modèle de survie et lier ces deux processus à travers une structure latente. Deux approches existent, les modèles conjoints à effets aléatoires partagés et les modèles conjoints à classes latentes. Dans un premier travail, nous avons tout d'abord comparé, en terme de qualité d'ajustement et de pouvoir prédictif, des modèles conjoints à effets aléatoires partagés différant par leur forme de dépendance entre le PSA et le risque de rechute clinique. Puis nous avons évalué et comparé ces deux approches de modélisation conjointe. Dans un deuxième travail, nous avons proposé un outil pronostique dynamique différentiel permettant d'évaluer le risque de rechute clinique suivant l'initiation ou non d'un second traitement (un traitement hormonal) au cours du suivi. Dans ces travaux, la validation de l'outil pronostique a été basée sur deux mesures de pouvoir prédictif: le score de Brier et l'entropie croisée pronostique. Dans un troisième travail, nous avons enfin décrit la dynamique des PSA après un second traitement de type hormonal chez des patients traités initialement par une radiothérapie seuleThe prediction of a clinical event with prognostic tools is a central issue in oncology. The emergence of biomarkers measured over time can provide tools incorporating repeated data of these biomarkers to better guide the clinician in the management of patients. The objective of this work is to develop and validate dynamic prognostic tools of recurrence of prostate cancer in patients initially treated by external beam radiation therapy, taking into account the repeated data of PSA, the Prostate-Specific Antigen, in addition to standard prognostic factors. These tools are dynamic because they can be updated at each available new measurement of the biomarker. They are built from joint models for longitudinal and time-to-event data. The principle of joint modelling is to describe the evolution of the biomarker through a linear mixed model, describe the risk of event through a survival model and link these two processes through a latent structure. Two approaches exist, shared random-effect models and joint latent class models. In a first study, we first compared in terms of goodness-of-fit and predictive accuracy shared random-effect models differing in the form of dependency between the PSA and the risk of clinical recurrence. Then we have evaluated and compared these two approaches of joint modelling. In a second study, we proposed a differential dynamic prognostic tool to evaluate the risk of clinical recurrence according to the initiation or not of a second treatment (an hormonal treatment) during the follow-up. In these works, validation of the prognostic tool was based on two measures of predictive accuracy: the Brier score and the prognostic cross-entropy. In a third study, we have described the PSA dynamics after a second treatment (hormonal) in patients initially treated by a radiation therapy alone
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Vernerey, Dewi. "Méthodologie statistique pour la prédiction du risque et la construction de score pronostique en transplantation rénale et en oncologie : une pierre angulaire de la médecine de précision." Thesis, Besançon, 2016. http://www.theses.fr/2016BESA3004/document.
Full textAbstract:
Le pronostic est depuis longtemps un concept de base de la médecine. Hippocrate envisageait déjà le pronostic des maladies par l’étude des circonstances passées, l’établissement des faits présents, et enfin la prédiction des phénomènes à venir. Pour lui, tout l’art du pronostic était de savoir interpréter intelligemment ces informations, et ainsi moduler le pronostic en fonction de leur valeur relative. Une recherche à visée pronostique consiste toujours actuellement en l’examen des relations entre un état de santé connu au moment de l’investigation et un évènement futur. L’augmentation de l’espérance de vie implique que de plus en plus de personnes vivent avec une ou plusieurs maladies ou problèmes altérant leur santé. Dans ce contexte, l’étude du pronostic n’a jamais été aussi importante. Cependant, contrairement au domaine des essais cliniques randomisés dans lequel les recommandations CONSORT sont appliquées depuis plus de 20 ans et garantissent une recherche de qualité, la recherche pronostique commence seulement à se doter d’initiatives similaires. En effet, des recommandations TRIPOD ont été élaborées en 2015 et un groupe de travail, PROGRESS, s’est constitué en 2013 au Royaume-Uni et a fait le constat que les recherches a visée pronostique sont réalisées de façon très hétérogènes et malheureusement ne respectent pas toujours des standards de qualité nécessaires pour supporter leurs conclusions et garantir la reproductibilité des résultats (...)Prognosis is historically a basic concept of medicine. Hippocrates already considered the prognosis of disease as the study of the past circumstances, the establishment of the present state of health and finally the prediction of future events. He presented the prognosis as the ability to interpret these elements and to adapt the prognosis regarding their relative values. Currently, the prognostic research is still based on the examination of the relationship between a well-established health condition at the time of the investigation and the occurrence of an event. The increase in life expectancy implies that more and more people are living with one or more diseases or with problems that can impair their health status. In this context, the study of the prognosis has never been more important. However, in comparison with the field of randomized clinical trials in which the CONSORT statement recommendations are implemented for more than 20 years in order to guarantee quality research, the prognostic research only begins to develop similar initiatives. Indeed, in 2015 the TRIPOD statement recommendations were provided and in 2013 a working group called PROGRESS was constituted in the United Kingdom and its members made the observation that prognostic researches are developed with considerable heterogeneity in the methodology used and unfortunately do not always meet the quality standards required to support their conclusions and their reproducibility (...)
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Berthenet, Cyril. "Méthode computationnelle pour la prédiction de la mobilité des peptides et l'identification de leurs sites de phosphorylation par empreinte phospho-peptidique bidimensionnelle sur couche mince de cellulose." Montpellier 2, 2007. http://www.theses.fr/2007MON20198.
Full textAbstract:
Actuellement, un des plus importants challenges en biologie est la compréhension des mécanismes moléculaires modulant et régulant les fonctions cellulaires, et plus particulièrement le rôle des modifications post-traductionnelles des protéines. Contrairement au génome, qui est le même pour chacun des cellules d'un organisme, les protéomes varient dynamiquement en fonction du type cellulaire, de la physiologie cellulaire et au travers de modifications post-traductionnelles intervenant sur plusieurs sites simultanément. Pour les protéines eucaryotes, la phosphorylation réversible est parmi les plus importantes modifications et agit en modulant de nombreux évènements cellulaires incluant la progression du cycle cellulaire, la croissance et la différentiation. Approximativement 30% des protéines cellulaires sont susceptibles d'être phosphorylées et environ 30% de ces protéines sont phosphorylées à tout moment. Bien que le marquage métabolique avec [32P] permette d'accroître le seuil de détection des phospho-protéines, ce dernier n'est pas compatible avec la spectrométrie de masse. Nous avons donc développé une méthode alternative pour l'identification des protéines et de leurs modifications post-traductionnelles à partir de la séparation de peptides trypsiques en deux dimensions sur couche mince de cellulose. Les peptides sont, dans un premier temps, séparés par électrophorèse à haut voltage en fonction de leurs charges nettes et de leurs masses moléculaires avant d'être séparés en deuxième dimension en fonction de leurs propriétés physico-chimiques par chromatographie ascendante. La mobilité est mesurée pour chacun des peptides dans les deux dimensions en co-migrant des peptides marqueurs pour calibrer la migration, et leur identification est établie à partir de leurs scores d'identité dérivés des modèles calculant les mobilités électrophorétiques et chromatographiques théoriques à partir de la séquence primaire des peptides. Le taux de réussite de notre approche est estimé à 98% pour un mélange peptidique simple et à 80% sur l'ensemble des digestions protéiques. De plus, nous sommes capable d'identifier spécifiquement une même séquence peptidique contenant des sites phosphorylés, oxydés et/ou d'exception pour la trypsineTo date, one of the most important challenges in biology is to understand the molecular mechanisms which modulate and regulate cellular functions and in particular the role of protein post-translational modification. Contrary to the genome with is the same for each cell within an organism, proteomes vary dynamically according to cell type, cell physiology and through multi-site simultaneous post-translational modifications. In eukaryotic proteins, reversible phosphorylation is among the most important modifications and acts in modulating many cellular events including cell cycle transit, growth and differentiation. Approximately 30% of cellular proteins are susceptible to phosphorylation and around 30% of these proteins are phosphorylated at any given time. While metabolic labelling with [32P] provides a powerful and highly sensitive means to increase phospho-protein detection threshold, it is presently incompatible with mass spectrometry. We have therefore developed an alternative method for identifying proteins and post-translational modifications based on analysis of two dimensional tryptic peptide separation on thin layer cellulose plates. Peptides are separated by high voltage electrophoresis according to net charge and molecular mass before second dimension separation by physical-chemical characteristics in a water solvent exchange system using ascending chromatography. Phospho-peptide mobility is measured for each peptide in each dimension with the use of co-migrated marker peptides to calibrate peptide migrations and peptide identity established from an identity score derived from models calculating the predicted electrophoretic and chromatographic mobilities from the primary aminoacid sequence of the peptides. The success rate of this approach, which exceeds 98% on simple peptide mixtures, is estimated at 80% on whole protein digests. Moreover, we are able to specifically differentiate a same peptidic sequence containing phosphorylated, oxidized amino acids and/or exception trypsic sites
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Huchon, Cyrille. "Développement d'un autoquestionnaire pour le diagnostic des algies pelviennes aigües." Phd thesis, Université René Descartes - Paris V, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00691369.
Full textAbstract:
Les algies pelviennes aigues constituent le premier motif de consultation aux urgences gynécologiques. Les étiologies possibles de ces algies pelviennes aigues sont nombreuses et incluent à la fois des affections gynécologiques et non gynécologiques. Certaines de ces affections peuvent, en l'absence de diagnostic précoce et d'un traitement adapté, avoir des conséquences très graves. Dans ce travail, nous avons développé un autoquestionnaire standardisé de manière qualitative dédié aux urgences gynécologiques par des entretiens structurés. Nous avons ensuite construit des modèles de prédiction clinique dédiés (i) au diagnostic de rupture tubaire chez les patientes porteuses de grossesses extra-utérines et (ii) au diagnostic de torsion d'annexe à partir de cet autoquestionnaire. Après avoir défini le concept d'urgence potentiellement à risque en gynécologie, nous avons proposé (iii) un modèle de prédiction clinique de celles-ci basé sur notre autoquestionnaire standardisé. A l'issue du développement de ces modèles, nous avons sélectionné certains items de l'autoquestionnaire standardisé afin d'en proposer une version simplifiée. L'utilisation de nos modèles pour le tri et le diagnostic des patientes aux urgences gynécologiques pourrait permettre d'optimiser la prise en charge des patientes. Dans les groupes à haut risque de pathologie, les patientes pourraient bénéficier d'une prise en charge plus rapide avec une éventuelle diminution de la morbidité secondaire à la pathologie. Pour les patientes classées à bas risque, une désescalade des examens complémentaires et des chirurgies inutiles pourrait aussi permettre une diminution de la morbidité d'origine iatrogène.
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Giaconi, Smoje Valentina. "Modélisation statistique de l'impact des environnements académiques sur les croyances et la réussite des élèves au Chili." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016GREAH040/document.
Full textAbstract:
Cette thèse de doctorat est consacrée à la modélisation statistique de l'impact des environnements académiques sur les croyances et la réussite des élèves au Chili. Nous contribuons au domaine de l'efficacité éducative avec une discussion statistique et deux études empiriques. La discussion statique questionne la façon de combiner les modèles multiniveaux avec des méthodes pour le biais de sélection et pour les données manquantes. Cette discussion statistique sera utilisée pour prendre des décisions méthodologiques dans les études empiriques. La première étude empirique consiste en une évaluation d'intervention de l'impact des cours de sciences sur les croyances des étudiants. La deuxième étude empirique concerne l'effet des écoles sur les trajectoires des scores de mathématiques et de lecture des élèves. Dans la partie statistique, nous avons décrit et analysé les méthodes d'ajustement linéaire et d'appariement des scores de propension pour modéliser le biais de sélection. En ce qui concerne les problèmes de données manquantes, nous avons analysé la méthode d'imputation multiple. Chacune de ces méthodes est compatible avec les modèles multi-niveaux. En revanche, l'utilisation combinée de ces méthodes pour des données hiérarchiques n'est pas résolu. Nous présentons alors une discussion statistique qui analyse et classe des stratégies pour combiner ces méthodes.La première étude empirique concerne l'influence des disciplines scientifiques qui s'intéressent à des objets vivants et non-vivants sur les croyances épistémiques et le sentiment d'auto-efficacité des étudiants de secondaire. Nous avons comparé, pour ces croyances, les étudiants qui ont suivi des cours de sciences à un groupe contrôle sur deux temps de mesure, à la fin des cours et 4 mois après. Nous avons constaté un effet positif du travail en laboratoire et des disciplines qui s'intéressent à des objets vivants (en contrôlant les variables confondues). Cette étude met en lumière des différences entre les disciplines qui s'intéressent à des objets vivant et des objets non-vivant qui devront être explorées.La deuxième étude empirique concerne l'effet des écoles sur les trajectoires des scores en mathématiques et en lecture des élèves. Le premier objectif est de décrire les caractéristiques des trajectoires et la variance expliquée par les écoles primaires et secondaires. Le deuxième objectif est de mesurer l'effet du type d'école, publique ou voucher (privée avec un financement de l'état), sur les trajectoires. Nous avons utilisé une base de données nationale longitudinale qui comprenait des mesures pour les mêmes élèves en 4ème, 8ème et 10ème années. Des modèles de croissance multiniveaux ont été utilisés pour modéliser les trajectoires. Nos résultats montrent que les écoles secondaires et primaires ont un effet sur les interceptes et les pentes des trajectoires. Par ailleurs, nous avons constaté un effet négatif de l'école publique, qui est devenu non significatif lorsque nous avons contrôlé la composition socio-économique de l'école et ses pratiques de sélection. Ces résultats illustrent la stratification entre le système public et le système voucher ainsi que la nécessité de questionner l'efficacité des écoles pour chaque systèmeThis PhD thesis is dedicated to the statistical modeling of the impact of academic environments on student’s beliefs and achievement in Chile. We contribute to the field of educational effectiveness with a statistical discussion regarding how to combine multilevel models with methods for selection bias and missing data and two empirical studies. The statistical discussion was used to take methodological decisions in the empirical studies. The first empirical study evaluates the impact of science courses on students’ beliefs. The second empirical study is about school effects on students’ trajectories in mathematics and reading scores. In the statistical part, we analyze linear adjustment and propensity score matching to address selection bias. Regarding the missing data problem, we considered multiple imputation techniques. Each of these methods is compatible with multilevel models. However, the problem of addressing selection bias and missing data simultaneously with hierarchical data is not resolved. We present a statistical discussion that classifies and analyzes strategies to combine the methods. The first empirical study regards the influence of Life and Non-life science courses in secondary students’ epistemic and self-efficacy beliefs related to sciences. We compared students that took summer science courses with a control group in a post and follow-up beliefs questionnaire. We found positive effects of Life courses and courses with laboratory work, controlling for confounding variables. The results show differences between Life and Non-life scientific disciplines that should be explored. The second empirical study concerns school effects on trajectories of Chilean students. It has two aims. The first aim is to describe the characteristics of the trajectories in mathematics and reading scores and the variation explained by primary and secondary schools. The second aim is to measure the effect of public schools in comparison with voucher schools on students’ trajectories in mathematics and reading scores. We used a longitudinal national database which included measures for the same students at 4th, 8th and 10th grade. Multilevel growth models were used to model the trajectories. We found effects of secondary and primary schools on intercepts and slopes. In addition, we found negative effects from public education, which became not significant after controlling for school’ socioeconomic composition and selection practices. The results illustrate the stratification between the public system and voucher system and the need to study inside each system which schools are more efficient
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Sasso, Milène. "Candidoses invasives en réanimation : données épidémiologiques, élaboration d’un score prédictif et mise au point de PCR pour le diagnostic." Thesis, Montpellier, 2017. http://www.theses.fr/2017MONTT008/document.
Full textAbstract:
Les patients de réanimation sont des patients à très haut risque de survenue de candidoses invasives associées à une importante mortalité. Les espèces du genre Candida sont retrouvées en troisième position des agents infectieux les plus fréquemment isolés au cours des septicémies. Le diagnostic reste difficile en raison d’une clinique aspécifique et d’une sensibilité médiocre des hémocultures. Des scores prédictifs, des biomarqueurs ou encore des PCR ont été développés de manière à améliorer le diagnostic et l’identification des patients à risque. Dans ce travail, la première partie présente les données de l’évolution de l’écologie fongique, des candidoses invasives, des prescriptions d’antifongiques et des sensibilités aux antifongiques sur une période de dix ans dans un service de réanimation. Au cours de cette période, les changements observés dans la prescription d’antifongiques n’ont pas entrainé de modifications significatives de l’écologie fongique ni d’apparition de résistances. Dans une deuxième partie, nous présentons les résultats d’une étude prospective observationnelle bicentrique réalisée chez 435 patients non neutropéniques de réanimation. L’analyse de plusieurs variables (facteurs de risque de candidose invasive, colonisation à Candida sp., dosages d’antigène mannane et d’anticorps anti-mannane) a permis l’élaboration d’un score prédictif de survenue de candidose invasive. Finalement, la dernière partie du travail présente la mise au point de PCR Candida en temps réel dans le sang ainsi qu’une évaluation de la technologie de digital PCRPatients in intensive care units (ICU) are at very high risk of invasive candidiasis associated with high mortality rate. Candida species are the third cause of septicemia. Clinical signs lack of specificity and blood cultures lack of sensitivity, and therefore the diagnosis remains a challenge. In order to improve the identification of patients with invasive candidiasis, predictive rules, biomarkers and PCR have been developed. The first part of this work describes the evolution over a ten years period in one ICU in Candida species distribution, susceptibility to antifungal drugs and consumption of antifungal agents. Changes in antifungal drug consumption were observed but they were not associated with significant changes in fungal ecology or with the emergence of resistant species. In a second part, we present a prospective, observational and bicentric study performed in 435 non-neutropenic patients in ICU. Several variables (risk factors of invasive candidiasis, Candida colonization, mannan antigen and anti-mannan antibodies) were analyzed and a predictive score of invasive candidiasis has been developed. Finally, the last part presents the development of Candida real-time PCR in blood, as well as the evaluation of a digital PCR
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Haddadi, Ahmed Zine El Abidine. "Construction d’un score prédictif du risque nosocomial pour des patients de réanimation." Thesis, Lille 2, 2013. http://www.theses.fr/2013LIL2S039/document.
Full textAbstract:
Les infections nosocomiales demeurent un véritable défi de santé publique en dépit des progrès techniques considérables enregistrés. Inhérentes à la prise en charge de soins, se sont les services de réanimation qui comptabilisent les plus fort taux de prévalence. En effet, quelle que soit leur orientation (chirurgicale, médicale ou mixte), ces services, ont pour mission la prise en charge des patients dont le processus vital est menacé par la survenue brutale d’une ou de plusieurs défaillances organiques nécessitant un arsenal diagnostic et/ou thérapeutique souvent invasif.Parmi les conséquences induites par ces infections ; i) l’allongement de la durée de séjour, ii) le surcoût, iii) une augmentation de la mortalité, et iv) la résistance bactérienne.Pouvoir anticiper en amont et en aval cette problématique aux motifs complexes et aux conséquences parfois fatales serait un atout majeur au profit des patients et un outil stratégique pour les équipes soignantes.Organisée autour de trois étapes charnières, la présente étude s’est d’abord attelée à la phasede l’identification des facteurs de risque de l’évènement nosocomial et de mortalité au service de réanimation ou s’est passé l’étude –prise en compte du case-mix du service de réanimation CHU la TIMONE-. Réalisée grâce à deux méthodes statistiques différentes à savoir la régression logistique et la méthode des risques compétitifs. L’étape suivante a consisté dans un premier temps à comparer les capacités prédictives des scores APACHE II, LOD, SOFA et SAPS II chez ces patients -hospitalisés en réanimation-ayant développé un épisode nosocomial. Dans un second temps de déterminer si la variation des scores LOD, SOFA, APACHEII et SAPS II est un facteur pronostique du risque nosocomial. Les résultats obtenus révèlent que la meilleure performance prédictive est objectivée au profit du SOFA et que seule la variation de ce même score entre le premier jour d’hospitalisation et celui du diagnostic de l’infection nosocomiale mesurée grâce à l’AUC est prédictive du risque nosocomial.À l’issue de ces étapes et au moyen des résultats obtenus une construction d’un score prédictif est réalisée grâce à la méthode de régression logistique. L’objectif de ce score est d’éclairer voire d’influencer le prescripteur lors de ses prises de décisions ou d’éventuelle démarche d’ajustement de ses conduites thérapeutiquesLimiting nosocomial infections is still a health challenge although the technical development has improved. They are inherent in medical care and the health care services have the highest prevalence. Indeed, whatever the service (surgical, medical or both), the patients life-giving process is under attack because of the emergence of one or several organ faillures;This generates a diagnostic and therapeutic arsenal which is often invasive.Among the consequences resulting from these infections we will take into account :i) a longer stay in hospitalii) an extra costiii) a higher mortality rateiv) bacterial resistance .If we could anticipate upstream and downstream this issue with complex origins and sometimes fatal consequences, it would be a major asset for patients and a strategic tool for medical teams.The present study is organized in three parts, and first focusses onto the identification of the nosocomial event and death risk factors in intensive care where the study took place. We took into account the the case-mix of the intensive care unit in the TIMONE University Hospital. The study was made with two different statistic methods that is logistic regression and the competitive risks method.The next step first consisted in comparing the predictive capacities of the APACHE II, LOD, SOFA and SAPS II scores in nosocomial patients hospitalized in intensive care . Then it tried to determine if the variation of the LOD, SOFA, APACHEII and SAPS II scores was a prognostic risk factor.Results showed that the best predictive performance was objectively measured by the SOFA and that only the variation of this score between the first day in hospital and the day of the diagnosis of a nosocomial infection, calculated thanks to the AUC, could be predictive of a nosocomal risk. After these steps, and with the results calculated , the construction of a predictive score could be established thanks to the logistic regression method. The objective of this score is to help, or even influence the prescribing doctors when they take decisions or when they try to adjust their therapeutic practices
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Ledaguenel, Patrick. "Detection des lithiases de la voie biliaire principale : proposition d'un score prédictif." Bordeaux 2, 1994. http://www.theses.fr/1994BOR23010.
Full text
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Cordet, Frédéric. "Sédation et endoscopie digestive haute : étude d'un score prédictif, revue bibliographique et recommandations." Bordeaux 2, 1997. http://www.theses.fr/1997BOR23050.
Full text
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Pessaux, Patrick. "Complications infectieuses en chirurgie non colo-rectale : facteurs de risque et élaboration de score prédictif." Lyon 1, 2005. http://www.theses.fr/2005LYO10070.
Full textAbstract:
De 1982 à 1986, une base de données de 5798 patients ayant eu une chirurgie abdominale non colo-rectale a été établi à partir de trois études randomisées prospectives multicentriques. Une analyse multivariée a été réalisée à l'aide d'une régression logistique non conditionnelle exprimée en oddsratio. Le taux de complications infectieuses globales, d'infection du site opératoire (ISO), de complications infectieuses pariétales, profondes avec ou sans fistules étaient respectivement de 13,3 %, 4,05 %, 2,2 %, 2,18 % et 1,38 %. Les facteurs de risque d'ISO et de complications infectieuses globales sont différents, car le seul facteur commun est la réalisation d'une suture ou d'une anastomose digestive. Un score prédictif a été établi en chirurgie abdominale propre (strate 1) sans mise en place d'un matériel prothétique : - 4,9 + (1,5 x cirrhose) + (autre comorbidité) + (0,8 x sonde urinaire). Dans le taux de complication infectieuse, alors que dans le sous groupe à haut risque (score [supérieur] - 4,5) l'administration d'une antibioprophylaxie réduisait significativement le taux d'infection du site opératoire et d'abcès de paroi de 58 % et 69 %. Un score prédictif a été établi après cure d'hernie inguinale sans mise en place d'un matériel prothétique : - 4,7 + (0,95 x âge ≥ 75 ans (1,1 obésite) + (2,1x sonde urinaire). Dans le sous groupe à faible risque, l'administration d'une antibioprophylaxie ne réduisait pas le taux de complication infectieuse, alors que dans le sous groupe à haut risque l'administration d'une antibioprophylaxie réduisait significativement le taux d'infection du site opératoire, d'infection globale, et d'abcès de paroi de 72 %, 67 % et 76,8 % respectivement. Ce score validé sur une autre série retrouve les mêmes résultats
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Brönnimann, Anne. "Etude des facteurs prédictifs de la dégradation ostéo-cartilagineuse de la polyarthrite rhumatoi͏̈de débutante : étude muticentrique sur 191 patients après trois ans d'évolution de la polyarthrite rhumatoi͏̈de." Montpellier 1, 1998. http://www.theses.fr/1998MON11109.
Full text
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Nkam, Beriye Dorette Lionelle. "Prédiction du pronostic des patients atteints de muscoviscidose." Thesis, Paris, CNAM, 2017. http://www.theses.fr/2017CNAM1162/document.
Full textAbstract:
La mucoviscidose est à ce jour une maladie malheureusement incurable. Malgré les nombreux progrès réalisés dans la recherche à ce sujet, il reste indispensable d’avoir davantage une meilleure connaissance de la maladie afin de proposer des traitements encore plus adaptés aux patients. La majorité des traitements actuels visent principalement à réduire les symptômes de la maladie sans toutefois la guérir. A ce jour, la transplantation pulmonaire reste le moyen le plus adéquat pour améliorer la qualité de vie et prolonger la vie des patients dont l’état respiratoire s’est considérablement dégradé. Cependant les critères d’identification des patients éligibles à la transplantation pulmonaire sont assez variés. Il est donc nécessaire de fournir aux cliniciens des outils d’aide à la décision pour mieux identifier les patients nécessitant une transplantation pulmonaire. Pour ce faire, il est indispensable de connaitre d’une part, les facteurs pronostics de transplantation pulmonaire et d’autre part, de savoir convenablement pronostiquer la survenue de cet événement chez les sujets atteints de mucoviscidose. L’objectif de ce travail de thèse est de développer des outils pronostiques utiles à l’évaluation des choix thérapeutiques liés à la transplantation pulmonaire. Dans la première partie de ce travail, nous avons réévalué les facteurs pronostiques de la transplantation pulmonaire ou du décès chez les adultes atteints de mucoviscidose. Suite aux progrès thérapeutiques qui ont conduit à l’amélioration du pronostic au cours des dernières années, ce travail a permis d’identifier des facteurs pronostiques en adéquation avec l’état actuel de la recherche. Un deuxième travail a consisté à développer un modèle conjoint à classes latentes fournissant des prédictions dynamiques pour la transplantation pulmonaire ou le décès. Ce modèle a permis d’identifier trois profils d’évolution de la maladie et également d’actualiser le risque de survenue de la transplantation pulmonaire ou du décès à partir des données longitudinales du marqueur VEMS. Ces modèles pronostiques ont été développés à partir des données du registre français de la mucoviscidose et ont fourni de bonnes capacités prédictives en termes de discrimination et de calibrationCystic Fibrosis is unfortunately an incurable inherited disorder. Despite real progress in research, it is essential to always have a better understanding of the disease in order to provide suitable treatments to patients. Current treatments mostly aim to reduce the disease symptoms without curing it. Lung transplantation is proposed to cystic fibrosis patients with terminal respiratory failure with the aim of improving life expectancy and quality of life. However, criteria for referring patients for lung transplantation still vary widely among transplant centers. It is necessary to guide clinicians in identifying in a good way patients requiring an evaluation for lung transplantation. It is thus important to clearly identify prognostic factors related to lung transplantation and to predict in a good way the occurrence of this event in patients with cystic fibrosis. The aim of this work was to develop prognostic tools to assist clinicians in the evaluation of different therapeutic options related to lung transplantation. First, we reevaluated prognostic factors of lung transplantation or death in adult with cystic fibrosis. indeed, therapeutic progress in patients with cystic fibrosis has resulted in improved prognosis over the past decades. We identified prognostic factors related to the current state of research in the cystic fibrosis field. We further developed a joint model with latent classes which provided dynamic predictions for lung transplantation or death. This model identified three profile of the evolution of the disease and was able to update the risk of lung transplantation or death taking into account the evolution of the longitudinal marker FEV1 which describes the lung function. These prognostic models were developed using the French cystic fibrosis registry and provided good predictive accuracies in terms of discrimination and calibration
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Gimbergues, Pierre. "Le ganglion sentinelle post chimiothérapie." Phd thesis, Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00719621.
Full textAbstract:
Une désescalade thérapeutique des traitements du cancer du sein est observée notamment grâce à la chimiothérapie néo-adjuvante (CNA). Alors que la technique du ganglion sentinelle (GS) n'est actuellement pas recommandée après CNA, nous avons démontré sa faisabilité dans une série prospective de 129 patientes traitées par CNA avec un taux d'identification de 93,8%, un taux de FN de 14,3% et de 0% pour les patientes N0 avant CNA. En cas d'atteinte duGS, le risque de GNS métastatique était corrélé à la taille tumorale (p=0.016) et la taille de la métastase du GS (p=0.0055). Le nomogramme du MD Anderson (AUC=0.716) et le score de Thenon (AUC=0.778) pouvaient évaluer la probabilité d'atteinte du GNS. L'analyse per opératoire du GS par apposition a permis l'identification d'une métastase chez 72% des patientes (sensibilité=38.2% ; spécificité=97.8%). Les patientes qui présentaient une micro métastase ou la présence de cellules tumorales isolées dans le GS avaient un risque multiplié par 2,3 de FN de l'apposition par rapport aux patientes qui avaient une atteinte macro métastatique. En conclusion, notre travail a permis de montrer que la CNA n'avait pas d'influence négative sur la faisabilité de la technique du GS, en particulier pour les patientes N0 clinique avant traitement. Après CNA, l'analyse per opératoire du GS est possible ainsi que l'utilisation de certains nomogrammes déjà existants pour calculer la probabilité d'atteinte du GNS lorsque le GS est métastatique.
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Narbey, David. "Epidémiologie des hémolyses post transfusionnelles retardées chez les patients drépanocytaires adultes : incidence, facteurs de risque et construction d’un score prédictif." Thesis, Paris Est, 2017. http://www.theses.fr/2017PESC0017.
Full textAbstract:
L’hémolyse post transfusionnelle retardée (HPTR) est une complication potentiellement mortelle de la transfusion dans la drépanocytose. Sa fréquence est sous-estimée et aucun facteur prédictif de sa survenue n'a encore été identifié. Nous avons mené une étude observationnelle prospective monocentrique pendant 30 mois. Nous avons inclus 694 épisodes transfusionnels (ET) chez 311 patients adultes drépanocytaires, divisés en ET ponctuels (ETP = 360) et en ET chronique dans le cadre d’un programme (ETC = 334). Au cours de ce suivi, 15 HPTR ont été enregistrées, exclusivement après un ETP. L'incidence cumulative d’HPTR sur 30 mois était de 4,2 % par ETP (IC 95 % [2,6 ; 6,9]) ou 6,8 % par drépanocytaires transfusés (IC 95 % [4,2 ; 11,3]). Le taux d’incidence était de 16,4 HPTR pour 1000 ETP-Année (IC 95 % [10,1 ; 27,2]) ou 27,1 HPTR pour 1000 Personne-Année (IC 95% [16,7 ; 45,0]). Nous avons étudié 11 HPTR supplémentaires afin de construire un score prédictif. Les variables retenues étaient un antécédent d’HPTR, le nombre d’unités précédemment transfusées et l’état d’immunisation pré transfusionnelle. L’adéquation du score était excellente (Hosmer-Lemeshow = 1,40, p = 0,71), sa capacité discriminante très satisfaisante (aire sous la courbe ROC = 0,85 ; p < 0,0001), une valeur prédictive négative de 98,4 % et une valeur prédictive positive de 50,0 %. La validité interne du score, réalisée par Bootstrap, montre une très bonne performance. Nous rapportons, pour la première fois, l'incidence de l’HPTR et montrons qu’elle survient uniquement suite à un ETP. Nous décrivons également un score simple de prédiction d’une HPTR avant un ETP afin de mieux prendre en charge cette transfusionDelayed hemolytic transfusion reaction (DHTR) is a life-threatening complication of transfusion in sickle cell disease (SCD). The frequency of DHTR is underestimated and no predictive fac-tors for identifying patients likely to develop DHTR have yet been defined. We conducted a prospective single-center observational study over 30 months. We included 694 transfusion epi-sodes (TE) in 311 adult patients, divided into occasional TE (OTE: 360) and TE during a chronic program (CTE: 334). During follow-up, 15 cases of DHTR were recorded, exclusively after OTEs. DHTR cumulative incidence durin the 30 months was 4.2% per OTE (95% CI [2.6, 6.9]) or 66.8% per patient (95% CI [4.2, 11.3]). The incidence rate was 16.4 DHTR per 1000 OTE-Year (95% CI [10.1, 27.2]) or 27.1 DHTR per 1000 Person-Year (95% CI [16.7 ; 45.0]). We studied 11 additional DHTR cases to construct a score for predicting DHTR after OTE. Fifteen % of the 26 DHTR patients died. The variables retained in the multivariate model were history of DHTR, number of units previously transfused and immunization status before transfusion. The score adequacy was excellent (Hosmer-Lemeshow = 1.40, p = 0.71), very satisfactory dis-criminant capacity (area under ROC curve = 0.85, p <0.0001), negative-predictive value of 98.4% and a positive-predictive value of 50%. The internal validity of the score, realized by Bootstrap, shows a very good performance.We report, for the first time, the incidence of DHTR and we show that DHTR developed only in OTE. We also describe a simple score for predicting DHTR in patients undergoing occasional transfusion, to facilitate the management of blood transfusion in SCD patients
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Iacobelli, Silvia. "Facteurs cliniques périnatals et paramètres biologiques prédictifs du pronostic chez l'enfant prématuré." Phd thesis, Université de Bourgogne, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00967931.
Full textAbstract:
L'objectif de ce travail était de décrire les facteurs biologiques précoces influençant le pronostic des enfants grands prématurés. A partir d'une population de 1 067 enfants admis en réanimation néonatale au CHU de Dijon de 2001 à 2008 et faisant l'objet d'un recueil prospectif de données clinico-biologiques périnatales, deux objectifs de recherche ont été identifiés : 1) évaluer l'impact des troubles de la chlorémie au cours de l'adaptation postnatale sur la morbidité neurologique ; 2) caractériser la possible association entre l'hypoprotidémie du premier jour de vie (J1) et le pronostic défavorable. Ces objectifs ont été approfondis dans 4 études, réalisées sur la population initiale et sur 3 autres cohortes de grands prématurés. Nous avons observé que l'hyperchlorémie entraine une acidose métabolique sévère dans les 7 à 10 premiers jours de vie sans que ceci ne s'associe à un pronostic neurologique défavorable (hémorragie intraventriculaire et/ou paralysie cérébrale à 18 mois d'âge corrigé). Les résultats ont montré l'importance de contrôler les apports de chlore des médicaments et de la nutrition parentérale, afin de prévenir toute acidose métabolique indésirable après la naissance. Les études sur la protidémie ont montré que l'hypoprotidémie à J1 est un facteur indépendant associé au décès ou à la survie avec anomalies neurologiques sévères et que son pouvoir prédictif de pronostic défavorable est comparable à celui d'autres scores de gravité validés. Ce travail contribue à la compréhension des facteurs périnatals influençant le pronostic du grand prématuré et ouvre de nouvelles perspectives de recherche sur la prise en charge de ces enfants vulnérables.
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Sbidian, Émilie. "Evolution et facteurs pronostiques de la Neurofibromatose 1." Thesis, Paris 11, 2012. http://www.theses.fr/2012PA11T064/document.
Full textAbstract:
La Neurofibromatose 1 (NF1) est une maladie autosomique dominante dont l’évolutivité est inconnue. En effet, ni le type de mutation du gène, la gravité d’éventuels cas familiaux, ni une première complication ne permettent de prédire le pronostic de la maladie. L’objectif général de ce travail de thèse était de cibler les malades les plus à risque de morbi-mortalité au cours de la NF1. Méthode. Les différents travaux se sont appuyés sur les données phénotypiques de patients NF1 suivis dans le Réseau NF-France labellisé par le ministère de la Santé. Il s’agit d’une filière nationale monothématique ayant pour mission la prise en charge des malades atteints de NF1. Une cohorte d’environ 2500 malades est actuellement suivie dans ce réseau. Résultats. La mortalité des patients NF1 a tout d’abord été comparée à celle de la population générale française par l’estimation du rapport de mortalité standardisée (SMR). Entre 1980 et 2006, 1 895 patients NF1 ont été rétrospectivement inclus dans la cohorte. Un excès de mortalité était observé chez les [10-20[ ans (SMR=5.2, IC95% : 2.6 – 9.3, p<10-4) et les [20-40[ ans (SMR=4.1, IC95% : 2.8 – 5.8, p<10-4). Les principales causes de décès étaient la transformation de neurofibromes internes en tumeurs malignes des gaines nerveuses (TMGN). Une étude cas témoins portant sur 208 patients NF1 a permis d’expliquer le risque de mortalité accru chez les patients présentant des neurofibromes sous cutanés (SC-NF) en confirmant en IRM la présence chez ces patients de neurofibromes internes à fort risque de transformation en TMGN (OR=4.3, IC95% : 2.2 – 8.2). Cet effet était d’autant plus marqué que le nombre de SC-NF était important et notamment au-delà d’un seuil de 10 (OR=82, IC95% : 10.4 – 647.9) et que les neurofibromes internes étaient diffus (OR=14.7, IC95% : 3.8 – 57.3) et de taille ≥ 3 cm (OR=6.3, IC95% : 2.3 – 17.4). Les patients présentant des SC-NF représentent 20 à 30% de la population NF1. Afin d’identifier les patients à risque de développer une TMGN, nous avons élaboré un score prédictif de la présence des neurofibromes internes à partir des caractéristiques phénotypiques des patients. La présence de SC-NF (OR=4.7, IC95% : 2.1 – 10.5), l’absence de neurofibromes cutanés (OR=2.6, IC95% : 0.9 – 7.5), un âge inférieur ou égal à 30 ans (OR=3.1, IC95% : 1.4 – 6.8) et moins de 6 tâches café au lait (OR=2, IC95% : 0.9 – 4.6) étaient les variables qui constituaient le NF1Score. Le NF1Score = 10*(âge ≤ 30 ans) + 10*(absence de neurofibromes cutanés) + 5*(moins de 6 tâches café-au-lait) + 15*(plus de 2 neurofibrome sous cutanés) avait une excellente adéquation (test C de Hosmer-Lemeshow=4,53 avec 7ddl, p>0,50) et une capacité discriminante satisfaisante (aire sous la courbe ROC non paramétrique = 0,75 [0,68-0,82]). Enfin, l’expression phénotypique variant au cours du temps chez un même patient nous avons réalisé une étude spécifique chez l’enfant. Ainsi, l’âge (OR=1.1, IC95% : 1.0 – 1.2), la présence de xanthogranulomes (OR=4.5, IC95% : 0.9 – 21.7), celle de neurofibromes sous cutanés et plexiformes (OR=5.0, IC95% : 1.8 – 13.6) étaient indépendamment associés à celle des neurofibromes internes chez l’enfant NF1 de moins de 17 ans. Dans cette dernière étude, les neurofibromes internes se développaient de façon exponentielle pendant l’adolescence et plus précocement chez les femmes en accord avec les données de la littérature. Conclusion. La période à risque de développer des neurofibromes internes semblent donc sesituer entre l’adolescence et l’âge de 30 ans. Les recommandations de suivi pourraient prendre en compte le phénotype à risque, mais également la période de survenue de ces complications en réévaluant l’intérêt dans ce contexte d’investigations complémentairesNeurofibromatosis-1 (NF1) is a common autosomal dominant condition which is a source of various multisystemic manifestations related either to the accumulation of neurofibromas or to specific developmental abnormalities. There are no obvious factors that predict disease progression. Thus, the aim of our project was to characterize the phenotype of NF1 patients with a severe prognosis. Patients were identified among adults with NF-1 followed up in the Réseau NF-France. The Réseau NF-France is a French medical network devoted to neurofibromatosis 1. It has elaborated recommendations for the management of the disease and recommended a coordinated follow-up in specialized multidisciplinary centres. About 2 500 patients were enrolled. We first evaluated the mortality in a large retrospective cohort of NF1 patients. The standardized mortality ratio (SMR) with its 95% confidence interval (CI) was calculated as the ratio of observed over expected numbers of deaths. Between 1980 and 2006, 1895 NF1 patients were seen. The excess mortality occurred among patients aged 10 to 20 years (SMR=5.2; CI, 2.6-9.3; P<10-4) and 20 to 40 years (SMR, 4.1; 2.8-5.8; P<10-4). The main cause of death was the malignant tumors of the nerve sheath (MPNSTs) developing from preexisting internal neurofibromas. Then, a case-control study including 208 patients with NF1 allowed us to explain the increased risk of mortality among NF1 patients harboring subcutaneous neurofibromas (SC-NF) by the presence of internal neurofibromas (NF) at risk of MPNSTs systematically investigated with imaging (MRI) (OR=4.3, IC95% : 2.2 – 8.2). The association with SC-NF was stronger for patients with ten or more SC-NFs (OR=82, IC95% : 10.4 – 647.9) and for diffuse (OR=14.7, IC95% : 3.8 – 57.3), and ≥ 3 cm (OR=6.3, IC95% : 2.3 – 17.4) internal neurofibromas. Patients with SC-NF constituted 20 to 30% of the NF1 population. So, to characterize patients at risk of developping MPNSTs, we developped and validated a clinical score for predicting internal neurofibromas in adults. Four variables were independently associated with internal neurofibromas: at least two subcutaneous neurofibromas (OR=4.7, IC95% : 2.1 – 10.5), age ≤30 years (OR=3.1, IC95% : 1.4 – 6.8), absence of cutaneous neurofibromas (OR=2.6, IC95% : 0.9 – 7.5), and fewer than six café-au-lait spots (OR=2, IC95% : 0.9 – 4.6). The NF1Score was computed as 10 . [age ≤30 years] + 10 • [absence of cutaneous neurofibromas] + 15 • [≥2 subcutaneous neurofibromas] + 5 • [<6 café-au-lait spots]). Calibration was excellent (Hosmer-Lemeshow statistic=4.53; degrees of freedom=7; P>0.5) and discrimination was good (AUC-ROC= 0.75; 95%CI, 0.7-0.8). Finally clinical expressivity is variable and manifestations of NF1 change at different times in an individual’s life. Consequently, a specific study was needed in pediatric patients. We identified easily recognizable clinical characteristics associated with internal neurofibromas in children with NF1. By multivariate analysis, age (OR=1.1, IC95% : 1.0 – 1.2), xanthogranulomas (OR=4.5, IC95% : 0.9 – 21.7), and presence of both subcutaneous and plexiform neurofibromas (OR=5.0, IC95% : 1.8 – 13.6) were independently associated with internal neurofibromas. Moreover internal neurofibromas increased during adolescence. Excess risk of developing internal neurofibromas seems to occur between the adolescence and the age of to 30 in NF1 patients. These clinical features in adults and children would define a new population at risk for complications that may need closer clinical and imaging follow-up
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Claudel, Clotilde. "Inférence fonctionnelle et prédiction de voies métaboliques.Application à la bactérie fixatrice d'azote Sinorhizobium meliloti." Phd thesis, Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2003. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00104955.
Full textAbstract:
Des génomes entiers de bactéries sont séquencés en nombre croissant. Parallèlement sont mis en place des programmes d'analyse systématique de l'expression des gènes et des protéines dans différentes conditions. La compréhension du fonctionnement d'un organisme nécessite une annotation des fonctions des gènes et l'intégration de ces données dans des schémas fonctionnels. Les voies métaboliques constituent une classe de fonctions permettant d'aborder ce problème d'intégration, elles sont bien répertoriées chez de nombreux organismes et sont accessibles à l'expérimentation.Dans un premier temps, nous avons développé une méthode automatique de prédiction de fonction spécifique des enzymes. Cette méthode nommée PRIAM (PRofils pour l'Identification Automatique du Métabolisme) repose sur la nomenclature des enzymes et sur la construction automatique d'un jeu de profils spécifiques des fonctions enzymatiques. Puis, cette méthode permet d'identifier les enzymes dans un génome complet et de visualiser les résultats obtenus sur les graphes des voies métaboliques de la base de données KEGG.
Dans un second temps, cette méthode a été appliquée sur le génome de la bactérie fixatrice d'azote Sinorhizobium meliloti et nous a permis l'analyse des voies métaboliques spécifiques de cet organisme symbiote.
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Dall'Anese, Rémy. "Essai de détermination d'un score prédictif et pronostique de la maladie coronarienne par l'épreuve d'effort sur cycloergonomètre en analyse multivariée, à partir de 106 patients." Bordeaux 2, 2000. http://www.theses.fr/2000BOR23078.
Full text
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Guimbaud, Jean-Baptiste. "Enhancing Environmental Risk Scores with Informed Machine Learning and Explainable AI." Electronic Thesis or Diss., Lyon 1, 2024. http://www.theses.fr/2024LYO10188.
Full textAbstract:
Dès la conception, des facteurs environnementaux tels que la qualité de l'air ou les habitudes alimentaires peuvent significativement influencer le risque de développer diverses maladies chroniques. Dans la littérature épidémiologique, des indicateurs connus sous le nom de Scores de Risque Environnemental (Environmental Risk Score, ERS) sont utilisés non seulement pour identifier les individus à risque, mais aussi pour étudier les relations entre les facteurs environnementaux et la santé. Une limite de la plupart des ERSs est qu'ils sont exprimés sous forme de combinaisons linéaires d'un nombre limité de facteurs. Cette thèse de doctorat vise à développer des indicateurs ERSs capables d'investiguer des relations non linéaires et des interactions à travers un large éventail d'expositions tout en découvrant des facteurs actionnables pour guider des mesures et interventions préventives, tant chez les adultes que chez les enfants. Pour atteindre cet objectif, nous exploitons les capacités prédictives des méthodes d'apprentissage automatique non paramétriques, combinées avec des outils récents d'IA explicable et des connaissances existantes du domaine. Dans la première partie de cette thèse, nous calculons des scores de risque environnemental basés sur l'apprentissage automatique pour la santé mentale, cardiométabolique et respiratoire de l'enfant. En plus d'identifier des relations non linéaires et des interactions entre expositions, nous avons identifié de nouveaux prédicteurs de maladies chez les enfants. Les scores peuvent expliquer une proportion significative de la variance des données et leurs performances sont stables à travers différentes cohortes. Dans la deuxième partie, nous proposons SEANN, une nouvelle approche intégrant des connaissances expertes sous forme d'Effet Agrégées (Pooled Effect Size, PES) dans l'entraînement de réseaux neuronaux profonds pour le calcul de scores de risque environnemental informés (Informed ERS). SEANN vise à calculer des ERSs plus robustes, généralisables à une population plus large, et capables de capturer des relations d'exposition plus proches de celles connues dans la littérature. Nous illustrons expérimentalement les avantages de cette approche en utilisant des données synthétiques. Par rapport à un réseau neuronal agnostique, nous obtenons une meilleure généralisation des prédictions dans des contextes de données bruitées et une fiabilité améliorée des interprétations obtenues en utilisant des méthodes d'Intelligence Artificielle Explicable (Explainable AI - XAI).Dans la dernière partie de cette thèse, nous proposons une application concrète de SEANN en utilisant les données d'une cohorte espagnole composée d'adultes. Comparé à un score de risque environnemental basé sur un réseau neuronal agnostique, le score obtenu avec SEANN capture des relations mieux alignées avec les associations de la littérature sans détériorer les performances prédictives. De plus, les expositions ayant une couverture littéraire limitée diffèrent significativement de celles obtenues avec la méthode agnostique de référence en bénéficiant de directions d'associations plus plausibles. En conclusion, nos scores de risque démontrent un indubitable potentiel pour la découverte informée de relation environnement-santé non linéaires peu connues, tirant parti des connaissances existantes sur les relations bien connues. Au-delà de leur utilité dans la recherche épidémiologique, nos indicateurs de risque sont capables de capturer, de manière holistique, des relations de risque au niveau individuel et d'informer les praticiens sur des facteurs de risque actionnables identifiés. Alors que dans l'ère post-génétique, la prévention en médecine personnalisée se concentrera de plus en plus sur les facteurs non héréditaires et actionnables, nous pensons que ces approches seront déterminantes pour façonner les futurs paradigmes de la santéFrom conception onward, environmental factors such as air quality or dietary habits can significantly impact the risk of developing various chronic diseases. Within the epidemiological literature, indicators known as Environmental Risk Scores (ERSs) are used not only to identify individuals at risk but also to study the relationships between environmental factors and health. A limit of most ERSs is that they are expressed as linear combinations of a limited number of factors. This doctoral thesis aims to develop ERS indicators able to investigate nonlinear relationships and interactions across a broad range of exposures while discovering actionable factors to guide preventive measures and interventions, both in adults and children. To achieve this aim, we leverage the predictive abilities of non-parametric machine learning methods, combined with recent Explainable AI tools and existing domain knowledge. In the first part of this thesis, we compute machine learning-based environmental risk scores for mental, cardiometabolic, and respiratory general health for children. On top of identifying nonlinear relationships and exposure-exposure interactions, we identified new predictors of disease in childhood. The scores could explain a significant proportion of variance and their performances were stable across different cohorts. In the second part, we propose SEANN, a new approach integrating expert knowledge in the form of Pooled Effect Sizes (PESs) into the training of deep neural networks for the computation of extit{informed environmental risk scores}. SEANN aims to compute more robust ERSs, generalizable to a broader population, and able to capture exposure relationships that are closer to evidence known from the literature. We experimentally illustrate the approach's benefits using synthetic data, showing improved prediction generalizability in noisy contexts (i.e., observational settings) and improved reliability of interpretation using Explainable Artificial Intelligence (XAI) methods compared to an agnostic neural network. In the last part of this thesis, we propose a concrete application for SEANN using data from a cohort of Spanish adults. Compared to an agnostic neural network-based ERS, the score obtained with SEANN effectively captures relationships more in line with the literature-based associations without deteriorating the predictive performances. Moreover, exposures with poor literature coverage significantly differ from those obtained with the agnostic baseline method with more plausible directions of associations.In conclusion, our risk scores demonstrate substantial potential for the data-driven discovery of unknown nonlinear environmental health relationships by leveraging existing knowledge about well-known relationships. Beyond their utility in epidemiological research, our risk indicators are able to capture holistic individual-level non-hereditary risk associations that can inform practitioners about actionable factors in high-risk individuals. As in the post-genetic era, personalized medicine prevention will focus more and more on modifiable factors, we believe that such approaches will be instrumental in shaping future healthcare paradigms
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Auclin, Édouard. "Modélisation statistique de la valeur pronostique d'un paramètre et proposition d'un score intégratif : application dans le cancer du colon localisé." Thesis, Bourgogne Franche-Comté, 2019. http://www.theses.fr/2019UBFCE010.
Full textAbstract:
L’étude du pronostic des patients, c’est-à-dire la capacité à prédire la survenue d’un événement, est une problématique centrale en Oncologie. Plusieurs recommandations existent sur la bonne pratique pour l’étude d’un paramètre et la création d’un score pronostique, notamment une méthodologie développée par D. Vernerey (NNT: 2016BESA3004). L’intérêt de l’étude du pronostic des patients dans le cancer du colon localisé est triple: i) aider à la prise de décision pour l’introduction d’une chimiothérapie adjuvante chez les patients atteints d’un cancer du colon de stade II ii) diminuer le sur-traitement par chimiothérapie après une chirurgie chez les patients ayant un cancer du colon de stade III et ainsi réduire les séquelles neurologiques liées à l’oxaliplatine, iii) aider à la stratification et au design des essais thérapeutiques.Les objectifs de cette thèse étaient de résumer les facteurs pronostiques connus dans les cancers du colon localisé, et notamment les cancers du colon de stade III, d’identifier et de s’approprier une méthodologie adaptée pour l’évaluation précise des paramètres potentiellement associés avec la survie, et d’appliquer cette méthodologie pour la création d’un outil pronostique visant à expliquer le plus précisément possible le pronostic des patients atteints d’un cancer du colon localisé.Dans un premier temps nous avons analysé de façon précise la valeur pronostique du dosage biologique d’un marqueur tumoral connu de longue date : l’antigène carcino-embryonnaire (ACE). En effet, celui-ci est utilisé de façon peu précise dans la littérature avec un seuil de positivité très débattu. Nous avons montré que les patients ayant une valeur de l’ACE en post-opératoire considérée comme normale selon les seuils usuels constituaient une population très hétérogène en terme de risque de rechute et de décès. Nous avons modélisé la relation entre l’ACE et les survies sans maladie et globale, puis validé un seuil inférieur à celui utilisé usuellement pour la détection optimale du risque de progression et de décès. Cette étude a été menée dans 2 cohortes différentes : une cohorte de patients ayant un cancer du colon de stade II (étude MOSAIC), et une cohorte de patients traités pour un cancer du colon de stade III (étude MOSAIC puis validation externe dans l’étude PETACC-8). Chez les patients atteints d’un cancer du colon de stade II à haut risque de rechute, le dosage de l’ACE permettait d’identifier les patients bénéficiant de l’ajout de l’oxaliplatine à une chimiothérapie adjuvante à base de fluoropyrimidines seules.Après avoir validé la méthodologie de Vernerey et al pour l’étude d’un paramètre pronostique, nous avons appliqué ses recommandations pour la création d’un score pronostique dans le cancer du colon de stade III. Dans cette optique plusieurs modèles ont été créés afin de déterminer l’apport des différents groupes de variables à notre disposition (clinique, anatomopathologiques, biologiques, et moléculaires) dans l’estimation du pronostic de ces patients. Nous avons montré que l’ajout de ces différents paramètres améliorait significativement l’estimation du pronostic des patients. Enfin, à partir d’un modèle regroupant toutes ces variables, nous avons, toujours en suivant une méthodologie rigoureuse, créé un score pronostique et un nomogramme permettant d’expliquer avec des bonnes performances la survie sans maladie (c-index 0,70) et la survie globale (c-index 0,73). Ces outils n’avaient pas de caractère prédictif pour prédire le bénéfice de l’ajout du cetuximab à une chimiothérapie par FOLFOX chez les patients atteints d’un cancer du colon de stade III et inclus dans l’étude PETACC-8. Cette étude nécessitera une validation externe dans le futur.En conclusion, une approche méthodologique rigoureuse permet de mieux évaluer et exploiter des facteurs pronostiques, même connus, et de créer des outils permettant de répondre à des questions cliniques pertinentesThe study of patients’ prognosis, that is to say the ability to predict the occurrence of an event, is a central problem in oncology. Several guidelines for the study of factor and the creation of a prognostic score exist, in particular the one by D. Vernerey et al (NNT 2016BESA3004). The aims of studying prognosis for patients with a localized colon cancer are: i) to help clinician decide whether adjuvant chemotherapy should be administered for stage II colon cancer, ii) to decrease over treatment for stage III colon cancer and thus decrease the oxaliplatin related neuropathy, iii) to better stratify and design the clinical trials.The aims of this PhD thesis were, firstly, to summarize the known prognostic factors for localized colon cancer (specifically for stage III colon cancer), secondly to identify and better understand an appropriate and rigorous methodology for the precise evaluation of a prognostic factor, and finally to apply this methodology in order to construct a prognostic tool for the prediction of recurrence or death in localized colon cancer.The first step of this work was to analyse precisely the prognostic value of a well known underestimated biological marker: the carcinoembryonic antigen (CEA). Indeed, the cut-point value for “normal” CEA is debated in the literature. We showed that patients with a value of post operative CEA considered as normal were in fact a very heterogeneous population in term of risk of recurrence and death. We modelled the relation between CEA level and disease free and overall survivals, then we validated a lower cut-point value for CEA which better predicted the risk of recurrence or death. This work was lead in two cohorts: one of stage II colon cancer (MOSAIC trial), and one of stage III colon cancer (MOSAIC trial and external validation in the PETACC-8 trial). In the patients with stage II colon cancer, we found a predictive value of the CEA level: only patients with high risk stage II colon cancer with a high post operative CEA level benefited from the oxaliplatin addition to the fluorouracile chemotherapy backbone.The second step of this work was to apply Vernerey’s methodology for the creation of a prognostic score in stage III colon cancer. In this study, we created four models in order to analyse the input of different kinds of variables in the prognosis assessment: clinical, pathological, biological, and molecular variables. We showed that the addition of pathological, biological and molecular variables increased significantly the performance of the prediction model. Then we created a score and a nomogram for each survival endpoint with a good discrimination (c-index=0.70 for disease free survival, and 0.73 for overall survival). However, no predictive value was found for these scores in term of chemotherapy benefit. This study will have to be validated externally.To conclude, a rigorous methodological approach leads to better evaluation and utilisation of prognostic factors, and helps create effective tools answering clinical questions
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Robin, Christine. "Infections fongiques compliquant les hémopathies et les greffes de cellules souches : incidence, facteurs de risque, mortalité, et développement de scores prédictifs décisionnels pour améliorer la pertinence des prophylaxies." Thesis, Paris Est, 2018. http://www.theses.fr/2018PESC0056/document.
Full textAbstract:
Les infections fongiques sont une complication fréquente des patients d’hématologie et en particulier des patients ayant reçu un greffe de cellules souches hématopoïétiques (CSH). L’objectif de ce travail était d’identifier les facteurs de risque d’infections fongiques intrinsèques et la transmission.Nous avons d’abord étudié l’aspergillose invasive (AI) qui est l’infection fongique la plus fréquente chez les greffés de CSH en croisant les données du registre européen des greffés ProMise et la base de données de l’étude prospective SAIF. Nous avons mené une étude cas-témoins nichée dans une cohorte de 185 cas et 651 témoins appariés. Les facteurs associés à la survenue d’une aspergillose étaient l’irradiation corporelle totale, une GvH aiguë de grade ≥2 et la rechute de l’hémopathie. Trente-cinq cas étaient précoces (J100). Le facteur associé à la survenue d’une AI précoce était l’absence de prise de greffe. Le facteur associé à la survenue d’une AI tardive était la GvH aiguë de grade 3-4. Les facteurs associés à la survenue d’une AI très tardive étaient la GvH aiguë de grade ≥2, la rechute et la neutropénie secondaire. Tous les facteurs pré-greffe étaient effacés par les facteurs post-greffe.Puis nous avons étudié la transmission d’infection fongique par l’étude d’une épidémie de pneumocystose survenue dans le service. Douze cas de pneumocystose sont survenus en 7 mois dans le service soir beaucoup plus qu’au cours des années précédentes. L’analyse moléculaire a permis de montrer que 4 cas appartenaient au même génotype, qui est un génotype rare jamais décrit dans une série de plus de 300 génotypes en Europe. La carte de transmission a permis de constater que ces 4 patients se sont rencontrés uniquement en hôpital de jour. Cette étude est la première démonstration moléculaire d’une épidémie de pneumocystose dans un service d’hématologieFungal infections are a common complication of hematology patients and especially in hematopoietic stem cell transplantation (HSCT) recipients. The objective of this work was to identify intrinsic risk factors for fungal infections and transmission.We first studied invasive aspergillosis (IA), which is the most common fungal infection after HSCT by crossing data from the European HSCT registry ProMise and the prospective study database SAIF. We conducted a nested case-control study in a cohort of 185 cases and 651 matched controls. Factors associated with onset of aspergillosis were total body irradiation, acute GVHD grade ≥2, and relapse of the underlying disease. Thirty-five IA were early ( D100). The factor associated with the occurrence of an early IA was the absence of engraftment. The factor associated with the occurrence of late IA was acute grade 3-4 GvH. Factors associated with the occurrence of very late IA were acute GVHD grade ≥2, relapse, and secondary neutropenia. All pre-transplant factors were supplanted by post-transplant factors.Then we studied the transmission of fungal infection by studying a pneumocystosis outbreak occurring in the hematology department. Twelve cases occurred within 7 months. Molecular analysis showed that 4 of them belonged to the same genotype, which is a rare genotype never described in a series of more than 300 genotypes in Europe. The transmission map permitted to identify that these 4 patients met only in the daycare center. This study is the first molecular demonstration of a pneumocystis outbreak in a hematology ward
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Bohossian, Nora. "Pharmacogénomique de la sclérose en plaques : méthodes et applications." Toulouse 3, 2013. http://thesesups.ups-tlse.fr/2244/.
Full textAbstract:
L'expansion ainsi que l'évolution du domaine de la génétique au cours de ces dernières années a été fulgurante. Cela s'accompagne par la génération d'une masse importante d'information génétique sur les traits complexes chez l'homme. Une question naturelle est de savoir comment utiliser cette information dans la pratique médicale quotidienne. Il y a dix ans à peine le séquençage du génome humain nécessitait une collaboration scientifique d'envergure internationale entre les différents acteurs de la recherche biomédicale. Aujourd'hui, il n'est pas exclu à ce que, dans un avenir proche, on puisse obtenir le profil génétique de chaque patient dans la pratique médicale courante. La pharmacogénomique, une fusion de la pharmacologie et de la génomique, vise à déterminer le traitement le plus approprié à chaque patient en fonction de son patrimoine génétique. En effet, plusieurs études pharmacogénomiques ont pu démontrer l'intérêt d'intégrer l'information génétique du patient pour déterminer son traitement optimal. Le cas de la warfarine, un anticoagulant, a souvent été considéré comme l'un des succès les plus motivants pour poursuivre ce type d'études. Cependant, le succès ainsi que le besoin de ces études dépendent de multiples facteurs et varient considérablement selon les traits étudiés. L'objectif de ce travail est d'évaluer l'état actuel des connaissances pour la sclérose en plaques (SEP), une maladie neurologique invalidante touchant principalement les jeunes adultes. À ce jour, il n'existe aucun remède à la SEP, mais il existe des traitements modificateurs de la maladie avec des degrés d'efficacité et de toxicité variable. Les facteurs génétiques qui influencent la réponse au traitement chez les patients atteints de SEP sont à ce jour mal connus. Même si ces facteurs peuvent être mis en évidence dans le futur, il n'en demeure pas moins que leur utilisation en routine clinique n'est pas aussi simple que supposée. Dans ce travail, nous avons essayé de mettre en évidence la complexité du passage de l'utilisation de données génétiques à grande échelle à la pratique médicale pour les traits complexes. Nous avons mené des études d'association et de prédiction. Tout d'abord, nous exposons leurs concepts et revisitons les différences dans leurs objectifs. Plus précisément, nous avons effectué une analyse d'association simple-marqueur de la réponse à l'interféron-bêta chez les patients atteint de SEP. Ensuite, nous avons comparé les modèles simple-marqueur et multi-marqueur dans le contexte de la recherche d'association puis dans celui de la prédiction en utilisant des données réelles et des données simulées. Différentes approches de modélisation multi-marqueur existent. Nous nous sommes basés sur l'analyse des scores polygéniques et des méthodes d'estimation bayésienne en évaluant plusieurs des propriétés de ces approches de modélisation. Nos résultats montrent que, dans la cadre d'une étude d'association pangénomique, les modèles multi-marqueurs, récemment préconisés, ne sont pas forcément plus puissants que les modèles classiques simple-marqueur. En revanche, les modèles multi-marqueurs qui prennent en compte l'effet de plusieurs marqueurs simultanément apparaissent clairement mieux adaptés pour prédire le risque génétique. Néanmoins, en se concentrant sur l'analyse des scores polygéniques, nous montrons que de nombreux facteurs comme la taille de l'échantillon de l'étude et l'héritabilité du trait influencent la performance prédictive d'un modèle. Les études pharmacogénomiques peuvent révolutionner les soins aux patients. Cependant, en dehors de l'enthousiasme qu'elles peuvent susciter, nous discutons dans la dernière partie de cette thèse les questions sociales, éthiques et économiques qu'elles soulèventThe field of genetics is rapidly expanding and evolving. As more and more is understood on the genetics of complex human traits, a natural question arises as to how these findings can be translated to the everyday medical practice. While a little more than a decade ago sequencing the entire human genome was achieved by the largest international scientific collaboration ever undertaken in biology, today it is not farfetched to expect that in the near future obtaining the genetic profile of each patient may become routine medical practice. Pharmacogenomics, a blend of pharmacology and genomics, aims to determine the most suitable treatment for each patient as a function of his or her genetic makeup. Pharmacogenomic studies have increasingly provided evidence that there are gains to be achieved by incorporating genetic information when determining the optimal treatment choice for a patient. The case of warfarin, an anticoagulant, has often been considered as one of the most motivating success stories to pursue such type of studies. The success as well as the need of such studies, however, depend on a multitude of factors and vary greatly across traits. The objective of this thesis is to evaluate the current state of the art for Multiple Sclerosis (MS), a debilitating neurological disorder affecting primarily young adults. To date, no cure exists for MS but a number of disease-modifying therapies have been approved with varying degree of efficacy and toxicity. So far, little is known on the genetic factors that influence response to treatment in MS patients. Moreover, even if such factors are known apriori, evaluating and proving their utility at the clinical level is not as straightforward as one may be inclined to think. In this thesis, we highlight why the road to translate such findings to medical practice remains rough and challenging. In particular, relying on the association and prediction studies that we have conducted, we expose the design and limitations of each and discuss model choice in each context. Specifically, we conducted single-marker association analysis of response to interferon-bêta in MS patients. We compared single-marker to multi-marker models in the context of association and also in that of prediction using both real and simulated datasets. Different approaches to multi-marker modeling exist. We focused on polygenic score analyses and Bayesian estimation methods and evaluated several of the properties of these modeling approaches. Our findings showed that, in the context of association, the use of more complex and computationally heavy multi-marker models that has been recently advocated may lead to little, if any, benefit over the classical single-marker association analysis. On the other hand, multi-marker models that take into account the effect of many markers simultaneously clearly appear better suited to predict genetic risk. Nevertheless, focusing on polygenic score analyses, we demonstrated that many factors such as the study sample size and the heritability of the trait influence the predictive performance of a model. Pharmacogenomic studies may revolutionize patient care. However, in all the excitement of the promise that they hold, in the concluding part of this thesis we also address the social, ethical and economic issues that they raise
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Méry, Benoîte. "Complications cardiovasculaires et cancer du sein : magnitude et challenges." Electronic Thesis or Diss., Lyon, 2021. http://www.theses.fr/2021LYSES018.
Full textAbstract:
Le cancer du sein reste la principale cause de mortalité et le plus fréquent des cancers chez la femme dans les pays développés avec plus de 520 000 nouveaux cas en France. Le cancer du sein et les maladies cardiovasculaires partagent des facteurs de risque communs et se disputent la première place de la morbi-mortalité faisant de la patiente prise en charge pour un cancer du sein, un sujet à haut risque cardiovasculaire, outrepassant la seule toxicité cardiovasculaire des traitements entrepris. Si le pronostic des patientes porteuses d'un cancer du sein s'est considérablement amélioré grâce notamment à l'enrichissement de l'arsenal thérapeutique et un dépistage généralisé, avec des taux de survie à 5 ans proches de 90%, les évènements cardiovasculaires représentent une des complications les plus préoccupantes, et peuvent survenir tout au long du traitement du cancer du sein, mais aussi à plus long terme, impactant conséquemment l'efficacité des traitements, le pronostic et la survie des patientes. En effet, les événements cardio-vasculaires représentent la 1ère cause de décès chez des patients avec un cancer du sein. Cependant, il n'existe pas à l'heure actuelle d'outils spécifiques permettant d'identifier les patientes à risque de développer une pathologie cardiovasculaire au cours de la prise en charge d'un cancer du sein et donc pour lesquelles une surveillance et a fortiori éventuellement un traitement préventif serait à mettre en œuvre. Parallèlement, il n'existe pas de recommandations spécifiques pour celle population particulière concernant le suivi et la prise en charge des patientes lorsque les pathologies cardiovasculaires surviennent. Ce travail de thèse vise à explorer les interactions complexes entre cancer du sein et pathologies cardio-vasculaires, à travers la détermination de la prévalence d'évènements cardio-vasculaires au sein d'une population prise en charge pour un cancer du sein, l'identification de facteurs de risque prédictifs de survenue d'événements cardiovasculaires, et la validation externe d'un score prédictif pour in fine améliorer le pronostic et la qualité de vie des patientes prises en charge pour un cancer du seinBreast cancer remains the main cause or death and the most frequent cancer in women in developed countries with more than 52.000 new cases per year in France. Breast cancer and cardiovascular diseases share common risk factors and compete for the first place in morbidity and mortality, making the patient with breast cancer, a patient at high cardiovascular risk, which goes beyond cardiovascular toxicity or cancer treatments. If the prognosis of patients wilh breast cancer has improved thanks to the enrichment of the therapeuthic arsenal and generalized screening, with 5-year survival rates close to 90%, cardiovascular disease events constitute one of the most worrying complications, and can occur throughout breast cancer treatment, but also in the long term, consequently impacting. the effectiveness of treatments, prognosis and patient survival. lndeed, cardiovascular disease events represents the leading cause or death in patients with breast cancer. However, at the present time there are no specific tools making it possible to identify patients with high risk of developing a cardiovascular desease during the treatment of breast cancer and therefore for monitoring and implement preventive treatment. At the same time. there are no specific recommandations for this particular population concerning the monitoring and management or patients when cardiovascular disease events occur. This thesis aims to explore the complex interactions between breast cancer and cardiovascular pathologies, through the determination or the prevalence or cardiovascular disease events within a population with breast cancer, the identificalion of predictive risk factors for the occurrence or cardiovascular events, and external validation of a predictive score to ultimate improve the prognosis and quality of life of patients treated fort breast cancer
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Sbidian, Emilie. "Evolution et facteurs pronostiques de la Neurofibromatose 1." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00853858.
Full textAbstract:
La Neurofibromatose 1 (NF1) est une maladie autosomique dominante dont l'évolutivité est inconnue. En effet, ni le type de mutation du gène, la gravité d'éventuels cas familiaux, ni une première complication ne permettent de prédire le pronostic de la maladie. L'objectif général de ce travail de thèse était de cibler les malades les plus à risque de morbi-mortalité au cours de la NF1. Méthode. Les différents travaux se sont appuyés sur les données phénotypiques de patients NF1 suivis dans le Réseau NF-France labellisé par le ministère de la Santé. Il s'agit d'une filière nationale monothématique ayant pour mission la prise en charge des malades atteints de NF1. Une cohorte d'environ 2500 malades est actuellement suivie dans ce réseau. Résultats. La mortalité des patients NF1 a tout d'abord été comparée à celle de la population générale française par l'estimation du rapport de mortalité standardisée (SMR). Entre 1980 et 2006, 1 895 patients NF1 ont été rétrospectivement inclus dans la cohorte. Un excès de mortalité était observé chez les [10-20[ ans (SMR=5.2, IC95% : 2.6 - 9.3, p<10-4) et les [20-40[ ans (SMR=4.1, IC95% : 2.8 - 5.8, p<10-4). Les principales causes de décès étaient la transformation de neurofibromes internes en tumeurs malignes des gaines nerveuses (TMGN). Une étude cas témoins portant sur 208 patients NF1 a permis d'expliquer le risque de mortalité accru chez les patients présentant des neurofibromes sous cutanés (SC-NF) en confirmant en IRM la présence chez ces patients de neurofibromes internes à fort risque de transformation en TMGN (OR=4.3, IC95% : 2.2 - 8.2). Cet effet était d'autant plus marqué que le nombre de SC-NF était important et notamment au-delà d'un seuil de 10 (OR=82, IC95% : 10.4 - 647.9) et que les neurofibromes internes étaient diffus (OR=14.7, IC95% : 3.8 - 57.3) et de taille ≥ 3 cm (OR=6.3, IC95% : 2.3 - 17.4). Les patients présentant des SC-NF représentent 20 à 30% de la population NF1. Afin d'identifier les patients à risque de développer une TMGN, nous avons élaboré un score prédictif de la présence des neurofibromes internes à partir des caractéristiques phénotypiques des patients. La présence de SC-NF (OR=4.7, IC95% : 2.1 - 10.5), l'absence de neurofibromes cutanés (OR=2.6, IC95% : 0.9 - 7.5), un âge inférieur ou égal à 30 ans (OR=3.1, IC95% : 1.4 - 6.8) et moins de 6 tâches café au lait (OR=2, IC95% : 0.9 - 4.6) étaient les variables qui constituaient le NF1Score. Le NF1Score = 10*(âge ≤ 30 ans) + 10*(absence de neurofibromes cutanés) + 5*(moins de 6 tâches café-au-lait) + 15*(plus de 2 neurofibrome sous cutanés) avait une excellente adéquation (test C de Hosmer-Lemeshow=4,53 avec 7ddl, p>0,50) et une capacité discriminante satisfaisante (aire sous la courbe ROC non paramétrique = 0,75 [0,68-0,82]). Enfin, l'expression phénotypique variant au cours du temps chez un même patient nous avons réalisé une étude spécifique chez l'enfant. Ainsi, l'âge (OR=1.1, IC95% : 1.0 - 1.2), la présence de xanthogranulomes (OR=4.5, IC95% : 0.9 - 21.7), celle de neurofibromes sous cutanés et plexiformes (OR=5.0, IC95% : 1.8 - 13.6) étaient indépendamment associés à celle des neurofibromes internes chez l'enfant NF1 de moins de 17 ans. Dans cette dernière étude, les neurofibromes internes se développaient de façon exponentielle pendant l'adolescence et plus précocement chez les femmes en accord avec les données de la littérature. Conclusion. La période à risque de développer des neurofibromes internes semblent donc sesituer entre l'adolescence et l'âge de 30 ans. Les recommandations de suivi pourraient prendre en compte le phénotype à risque, mais également la période de survenue de ces complications en réévaluant l'intérêt dans ce contexte d'investigations complémentaires
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Hoang-Thy, Nhac-Vu. "Contribution à une meilleure compréhension du devenir des blessés de la route : évaluation des conséquences à un an dans une cohorte ESPARR." Phd thesis, Université Claude Bernard - Lyon I, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01071748.
Full textAbstract:
Contexte : il est possible qu'une victime subisse de multiples conséquences d'accident de la route,conséquences pouvant retentir durablement sur sa vie. Cependant, peu d'études permettent de connaitre leprofil du blessé grave ainsi que les facteurs prédictifs de son devenir. De plus, il existe peu d'outilsprédictifs servant à prédire les conséquences post-accidentelles. L'objectif de la thèse est de caractériserces conséquences, de chercher les éléments pronostiques de gravité des conséquences un an aprèsl'accident et de donner une évaluation, à partir de données réelles, de la qualité de prédiction del'indicateur de déficience à un an appelé IIS (Injury Impairment Score - un indice de déficience - défini apriori à partir des lésions- et utilisé fréquemment).Méthodes : la thèse est réalisée dans le cadre de la cohorte ESPARR (Étude et Suivi d'une Populationd'Accidentés de la Route dans le Rhône), qui s'appuie sur les données du Registre des accidents de lacirculation du Rhône, et qui inclut 1372 sujets blessés dans des accidents de la route dont 1168 sujets âgésde 16 ans et plus. Parmi ces sujets, 886 adultes ont répondu à un questionnaire de suivi à un an, 616 sujetsont des données complètes et sont classés dans des groupes homogènes en fonction de leur devenir à unan par l'analyse des correspondances multiples et la méthode de classification hiérarchique. L'analyse desfacteurs prédictifs de leur appartenance à un de ces groupes de victimes, mesurés à la date de l'accident, aété effectuée à l'aide de modèles de régressions logistiques multinomiales pondérés. L'évaluation de l'IISsur les données réelles est réalisée en regardant la cohérence entre l'IIS et les différents facteurs mesurés àun an.Résultats : cinq groupes homogènes au niveau des conséquences de l'accident à un an ont été identifiés :le groupe-1 contient 206 sujets, dont une majorité est considérée en bonne récupération ; le groupe-2concerne les sujets ayant uniquement des conséquences physiques ; les groupes 3, 4 et 5 concernent lessujets ayant des conséquences multiples. À part les conséquences physiques en lien avec les sujets dansces groupes, certains plus en lien avec des répercussions sur la vie social (groupe-3), d'autres en lien avecdes difficultés sociales ou environnementales (groupe-4). Le groupe-5 comprend tous les sujets quisouffrent de syndrome post-commotionnel de la population d'étude. Après avoir ajusté sur plusieursvariables recueillies lors de l'accident, notre étude montre que, en plus des facteurs déjà évoqués dans lalittérature (âge, gravité...), le niveau de fragilité socioéconomique et le fait d'avoir un proche blessé dansl'accident sont également des facteurs prédisant le devenir des victimes d'un accident. En ce qui concernel'évaluation de l'IIS sur les données réelles, nous trouvons que le niveau des conséquences prédites par l'IIS ne correspond pas parfaitement à celui observé en réalité à un an quels que soient les facteurs mesurés.Conclusion : un an après l'accident, de nombreuses victimes d'accident de la route, même parmi cellessouffrant de lésions légères, continuent de présenter de multiples problèmes tant sur leur santé physiqueque mentale, sur le plan social ainsi que sur leur environnement. Dans une perspective de réadaptation à lavie quotidienne, ces résultats peuvent être utiles à l'amélioration de la prise en charge des accidentés de laroute.
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Leneuve, Dorilas Malika. "Les facteurs de risque de la naissance prématurée en Guyane Française Rosk factors for premature birth in French Guiana: the importance of reducing health inegalities Predictive factors of preterms delivery in French Guiana for singleton pregnancies: definition and validation of a predictive score Risk Factors for Very Preterm Births in French Guiana : The Burden of Induced Preterm Birth African ancestry and the threshold defining preterm delivery: in French Guiana black babies born at 36 weeks are as vulnerable as white babies." Thesis, Guyane, 2019. http://www.theses.fr/2019YANE0003.
Full textAbstract:
Contexte et objectif : La Guyane Française, département-région d’outre-mer, compte près de 8 000 naissances par année.Depuis 1992, la proportion de naissances prématurées y est importante aux alentours de 13,5% ; soit presque le double de celle de la France (7%). Contrairement à la plupart des pays où une augmentation de la prématurité est observée, en Guyane, son taux est stable. Certes, on pourrait se satisfaire de cette non-augmentation, cependant, les décès liés à la périnatalité restent l’une des principales causes de mortalité prématurée dans ce département. Si en Guyane, le taux de prématurité n’augmente pas, il ne régresse pas non plus. Devant cette absence de régression, il semble important de comprendre les facteurs qui font qu’en Guyane, la prématurité reste si fréquente et si difficile à endiguer. Méthodologie : Ce travail de recherche se décline en quatre axes d'investigations : Une étude rétrospective descriptive, à partir des données du RIGI (Registre d’Issue de Grossesses Informatisé) 2013-2014 de 12 983 naissances viables du département. L’élaboration d’un score prédictif de prématurité à partir du RIGI 2013-2014, confronté aux données du RIGI 2015 de 6 914 naissances viables. Une étude étiologique cas-témoins de la grande prématurité, monocentrique, de Février 2016 à Janvier 2017 dans l’unique établissement de santé de type III de la Région. Enfin, l’analyse du terme moyen à la naissance et de la morbi-mortalité à partir du RIG (Registre d’Issue de Grossesses) 2002-2007 de 35 648 naissances viables et du RIGI 2013-2014. Résultats :Sur la période d’étude, la proportion de naissances prématurées était de 13,5% (1 755/12 983). La proportion de prématurité spontanée et induite était respectivement de 51,3% et 48,7% selon le RIGI 2013-2014.Plus de la moitié (57,2%) de la population d’étude bénéficiait de la sécurité sociale, néanmoins 9,3% (1 211/12 983) n’avait aucune couverture sociale. L’absence de couverture sociale représentait un facteur de risque de prématurité avec un OR ajusté de 1,9 IC à 95% [1,6-2,3] p=0,0001. De même, l’absence d’entretien prénatal tout comme celui de préparation à la naissance multiplieraient par deux le risque de naissance prématurée. D’autre part, le syndrome pré-éclamptique était la principale dysgravidie associée au risque de prématurité (OR ajusté de 6,7 [IC 95% =5,6-8,1] p=0,001). Enfin, l’hypothèse assez répandue, suggérant qu’une partie du taux de prématurité élevée serait liée du fait que les bébés « noirs » seraient plus matures et que les mères « noires » d’ascendance afro-caraibéenne accoucheraient physiologiquement plus tôt, ne ressortait pas dans nos analyses. En effet, il n’y avait pas de différence statistiquement significative de morbi-mortalité pour les nouveau-nés de mères d’origine afro-caribéennes et ceux de femmes caucasiennes.Conclusion : Les travaux réalisés ont retrouvé nombre de facteurs associés à la prématurité, pour certains déjà décrits par ailleurs. Bien qu’à l’échelle individuelle, il était impossible de prédire qui accoucherait prématurément, le poids des facteurs sociaux et du mauvais suivi de grossesse, suggéraient qu’une approche populationnelle pourrait être pertinente. Ainsi les femmes les plus vulnérables résidaient souvent dans des zones bien identifiées qui pourraient faire l’objet d’actions ciblées pour améliorer le suivi et dépister les complications. Cette problématique d’inégalités sociales de santé va bien au-delà de la prématurité et se retrouve pour presque toutes les pathologies, ce qui suggère qu’il y a des synergies à rechercher et que l’échelle populationnelle est sans doute stratégique. Le poids du syndrome pré-éclamptique comme facteur de risque de prématurité induite en Guyane pose question, il semble nettement plus important qu’ailleurs pour des raisons qui restent à éluciderContext and objective: French Guiana, an overseas department and region, has nearly 8,000 births per year.Since 1992, the proportion of premature births, although stable, has remained high at around 13.5%, almost double that of France (7%) (data from the Pregnancy Outcome Register and national perinatal survey). While in most countries we see an increase in prematurity, we could, wrongly, be satisfied with a non-increase in the prematurity rate that would reflect progress. However, deaths from perinatal causes remain one of the main causes of premature mortality in French Guiana and partly explain the gap with France in terms of life expectancy at birth.Given this lack of improvement in the prematurity rate, it seems important to better understand the factors that make prematurity so frequent and so difficult to control in French Guiana. The thesis focused on identifying the predictive factors of prematurity with the ultimate aim of contributing to improving the care of pregnant women and curbing the curve of the prematurity rate. Methodology: This research work is divided into 4 areas of investigation:- A descriptive retrospective study, based on data from the RIGI (Register of Computerized Pregnancy Outcomes) 2013-2014 of 12,983 viable births in the department,- The development of a predictive prematurity score from the 2013-2014 RIGI, compared to the 2015 RIGI data of 6,914 viable births,- A case-control etiological study of extreme prematurity, monocentric, from February 2016 to January 2017 in the only type III health-care institution in the French Guiana Region,- Analysis of the average term at birth and morbidity and mortality from the RIG (Register of Pregnancy Outcomes) 2002-2007 of 35,648 viable births and the RIGI 2013-2014.Results:Over the study period, the proportion of preterm births was 13.5% (1,755/12,983). The proportion of spontaneous prematurity was 51.3% , compared to 48.7% of induced prematurity. More than half (57.2% or 7 421/12 983) of the study population had social security, but 9.3% had no social security coverage. The lack of social security coverage was a risk factor for prematurity with an adjusted OR of 1.9 CI at 95% [1.6-2.3] p=0.0001. Similarly, with regard to pregnancy management, the absence of prenatal care as well as that of birth preparation would double the risk of premature birth. For pathologies associated with pregnancy, pre-eclampsia syndrome was the main dysgravidia associated with the risk of prematurity (OR adjusted by 6.7[95% CI =5.6-8.1] p=0.0001). Finally, the fairly common hypothesis that part of the high prematurity rate is related to the fact that black babies are more mature and black mothers give birth physiologically a little earlier did not emerge in our analyses. Indeed, there was no statistically significant difference in morbidity and mortality for infants born to Afro-Caribbean mothers and Caucasian women. Conclusion: The work carried out has identified many factors associated with prematurity, factors already described elsewhere. Although at the individual level it was impossible to predict who would give birth prematurely, the weight of social factors and poor follow-up suggested that a population-based approach might be appropriate. Thus, the most vulnerable women often reside in well-identified areas that could be the subject of targeted actions to improve follow-up and identify complications. This problem of social inequalities in health goes well beyond prematurity and is found for almost all pathologies, suggesting that there are synergies to be sought and that the population scale is undoubtedly strategic. The weight of preeclampsia as a risk factor for induced prematurity in French Guiana raises questions: indeed, it seems much more important than elsewhere for reasons that remain to be clarified
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Idbenjra, Khaoula. "Essays on Segmented-Modeling Approaches for Business Analytical Applications." Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2023. http://www.theses.fr/2023ULILA027.
Full textAbstract:
Les complexités croissantes de la prise de décision financière, intensifiées par les crises financières récentes, requièrent une modélisation prédictive avancée et transparente, notamment dans les domaines du scoring de crédit et de la fidélisation des clients. Cette thèse explore les mérites significatifs des modèles hybrides basés sur la segmentation, en se concentrant de manière cruciale sur le Logit Leaf Model (LLM), à travers différentes applications : la fidélisation des clients Business-to-Business (B2B), le scoring de crédit, et la gestion des Prêts Non Performants (NPL). L'urgence d'outils analytiques robustes, interprétables et flexibles a été amplifiée, surtout sur fond de défis financiers et économiques modernes. Ainsi, cette recherche lie minutieusement les conclusions de trois études clés pour explorer et critiquer la fonctionnalité, l'applicabilité, et le mérite du LLM dans divers contextes.L'étude dans le chapitre 2 met en lumière l'applicabilité du LLM dans les scénarios B2B, où la rétention des clients devient cruciale. L'étude montre comment le LLM peut améliorer les stratégies de rétention des clients B2B en utilisant la modélisation uplift et en fournissant des insights essentiels aux managers à travers des visualisations spécifiques, globales et de niveau segmentaire qui renforcent la prise de décision managériale. La seconde étude, présentée dans le chapitre 3, explore le domaine du scoring de crédit, mettant en lumière les performances prédictives supérieures du LLM et son interprétabilité exceptionnelle, ce qui le fait se démarquer des modèles traditionnels tels que la régression logistique et les arbres de décision, et même par rapport à des modèles avancés tels que les réseaux de neurones.Chapitre 4, introduisant la troisième étude, propose une analyse détaillée en utilisant le LLM pour démontrer sa capacité à prédire et comprendre les complexités des prêts non performants (NPL). Ceci est réalisé grâce à un examen approfondi des caractéristiques du débiteur, du prêt, et des indicateurs macroéconomiques. La capacité du modèle à fournir simultanément des prédictions précises et à produire des insights pratiques, comparée à divers autres modèles alternatifs de risque de crédit, souligne sa praticité dans la gestion du risque financier, en particulier pour les banques.À travers une exploration approfondie et une combinaison des études mentionnées ci-dessus, cette thèse met en lumière les diverses aptitudes du LLM à naviguer à travers différents domaines, tous guidés par les données. Elle soulève une discussion sur l'utilité des modèles hybrides basés sur la segmentation pour prendre des décisions complexes, louant le LLM pour sa capacité à allier puissance prédictive et interprétabilité, et à agir en tant qu'outil puissant à travers diverses applications. La thèse suggère également des domaines pour la recherche future dans le chapitre 5, encourageant une exploration plus poussée de la scalabilité, de l'adaptabilité, et des améliorations potentielles du LLM à travers divers secteurs et défis analytiquesThe increasing complexities of financial decision-making, intensified by recent financial crises, necessitate transparent advanced predictive modeling, especially in the realms of credit scoring and customer retention. This dissertation explores the significant merits of hybrid segmentation-based models, with a pivotal focus on the Logit Leaf Model (LLM), across varied applications: Business-to-Business (B2B) customer retention, credit scoring, and Non-Performing Loan (NPL) management. The exigency for robust, interpretable, and flexible analytical tools has been amplified, especially against the backdrop of modern financial and economic challenges. Thus, this research meticulously interweaves findings from three pivotal studies to explore and critique the functionality, applicability, and merit of the LLM in diverse contexts.The study in chapter 2 highlights LLM's applicability in B2B scenarios, where customer retention becomes crucial. The study shows how the LLM can improve strategies for B2B customer retention by using uplift modeling and providing essential insights to managers through specific, overall, and segment-level visualizations that strengthen managerial decision-making. The second study, presented in chapter 3, explores the field of credit scoring, spotlighting LLM's superior predictive performance and exceptional interpretability, which makes it stand out amidst traditional models like logistic regression and decision trees, and even when compared to advanced models such as neural networks.Chapter 4, introducing the third study, offers a detailed analysis using the Logit Leaf Model (LLM) to demonstrate its capability to predict and comprehend the complexities of Non-Performing Loans (NPLs). This is achieved through a thorough examination of debtor, loan, and macroeconomic features. The model's ability to concurrently provide precise predictions and yield practical insights, when compared with various alternate credit risk models, accentuates its practicality in managing financial risk, especially within retail banking scenarios.Through a thorough exploration and combination of the studies mentioned above, this dissertation highlights the LLM's varied abilities in navigating through different but inherently data-driven fields. It raises discussion on the usefulness of hybrid segmentation-based models in making complex decisions, praising the LLM for its ability to combine predictive power with interpretability and act as a powerful tool across various applications. The dissertation also suggests areas for future research in chapter 5, encouraging further exploration into the scalability, adaptability, and potential improvements of the LLM across various sectors and analytical challenges
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Seners, Pierre. "Recanalisation artérielle précoce après thrombolyse intraveineuse d’un accident ischémique cérébral avec occlusion artérielle proximale : incidence, prédiction et physiopathologie Indicidence and predictors of early recanalization following IV thrombolysis. A systematic review and meta-analysis Post-thrombolysis recanalization in stroke referrals for thrombectomy: Incidence, predictors and prediction scores Relationships between brain perfusion and early recanalization after intravenous thrombolysis for acute stroke with large vessel occlusion Better collaterals are independently associated with post-thrombolysis recanalization before thrombectomy Thrombus length predicts lack of post-thrombolysis early recanalization in minor stroke with large vessel occlusion Early recanalization in tenecteplase vs. alteplase-treated drip-and-ship patients referred for thrombectomy." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2018. http://www.theses.fr/2018USPCB222.
Full textAbstract:
À la phase aigüe de l’accident ischémique cérébral (AIC) avec occlusion artérielle proximale, la cible thérapeutique principale est l’obtention d’une recanalisation artérielle la plus rapide possible. L’utilisation combinée de la thrombolyse intraveineuse (TIV) par alteplase et de la thrombectomie mécanique (TM), dénommée « bridging therapy » et recommandée depuis 2015, est actuellement remise en question car i) en cas de faible probabilité de recanalisation précoce (RP) post-TIV, celle-ci pourrait être non seulement inutile, mais aussi délétère ; et ii) inversement, si la probabilité de RP est forte, un transfert en centre spécialisé pour TM pourrait s’avérer inutile. Une meilleure compréhension des mécanismes physiopathologiques sous-tendant la résistance à la TIV, et le développement d’outils prédictifs de la survenue de celle-ci, pourraient avoir des implications cliniques importantes, notamment le développement de thérapies intraveineuses plus efficaces ou l’avancée vers une médecine personnalisée sélectionnant le traitement de recanalisation (c’est-à-dire, TIV seule, bridging ou TM seule) le plus adapté à chaque patient. Dans cette thèse, nous avons étudié l’incidence et les facteurs prédictifs de la RP post-TIV dans une large cohorte multicentrique française d’AIC avec occlusion proximale (n=1107), traités par TIV et adressés pour TM entre 2015 et 2017. La RP était évaluée dans les 3h suivant la TIV, sur le premier jet de l’artériographie ou par imagerie vasculaire non-invasive. Notre travail a montré que l’incidence de la RP post-TIV est relativement importante, survenant en moyenne chez 1 patient sur 5. L’analyse des facteurs prédictifs a montré que la localisation du thrombus dans l’arbre artériel, sa longueur, le délai entre la TIV et l’évaluation de la recanalisation, et la qualité du réseau artériel collatéral ou la sévérité de l’hypoperfusion cérébrale, sont associés de manière indépendante à la survenue d’une RP, contribuant de ce fait à la compréhension des mécanismes sous-tendant celle-ci. Un score prédictif original, créé par combinaison des trois premières variables, permettait de prédire l’absence de RP avec une très grande spécificité, mais de façon insuffisamment fiable la survenue d’une RP. Ce score devrait permettre à l’avenir d’aider à la sélection des patients pour des essais randomisés comparant bridging vs. TM seule, mais pas de limiter les « transferts futiles » en TM. Dans le sous-groupe de patients avec déficit neurologique mineur (score NIHSS<6), situation dans laquelle le traitement optimal est actuellement incertain, nous avons montré que la longueur du thrombus est un facteur prédictif puissant de RP, et qu’un seuil de 9mm permet de prédire l’absence de RP avec un bon rapport sensibilité/spécificité, ce qui pourrait aider au dessin d’essais randomisés testant TIV seule vs. bridging dans cette population. Enfin, dans un échantillon de patients nécessitant un transfert inter-hospitalier pour la réalisation de la TM, situation clinique la plus fréquente actuellement, l’incidence de RP n’était pas différente entre patients thrombolysés par tenecteplase (un nouveau thrombolytique prometteur) en comparaison à l’alteplase. La divergence de ce résultat avec ceux de l’essai randomisé de phase II EXTEND-IA TNK qui a rapporté une incidence deux fois plus élevée de RP après tenecteplase dans une population admise directement dans un centre de TM (chez qui le délai thrombolyse-thrombectomie était donc nettement plus court), s’expliquerait par une recanalisation plus précoce après tenecteplase, ce qui, en cas de confirmation par des études futures, pourrait avoir des conséquences cliniques importantes. (...)In acute stroke patients with large-vessel occlusion (LVO), the goal of intravenous thrombolysis (IVT) is to achieve early recanalization. Whether all patients with LVO need to undergo intravenous thrombolysis (IVT) before mechanical thrombectomy (MT) – i.e. bridging therapy, which is standard-of-care since 2015 – is debated as: i) thrombolysis may be harmful in patients unlikely to recanalize following IVT; and, ii) conversely, transfer for MT may be unnecessary in patients highly likely to recanalize. It is therefore timely and important to investigate the mechanisms and predictors of post-IVT recanalization, since the findings could have major clinical implications, such as the development of more efficient intravenous therapies, as well as moving towards personalized medicine, involving the selection of individual patients for best therapy, i.e., IVT alone, bridging, or MT alone. In the present thesis, we studied the incidence and predictors of post-IVT early recanalization in a large French multicentric cohort of acute stroke with LVO (n=1107), where all patients were treated with IVT and referred for MT between 2015 and 2017. Recanalization was evaluated on first intracranial angiogram or non-invasive vascular imaging within the first 3h following IVT start. The incidence of early recanalization following IVT was substantial in the overall cohort, occurring in ~1 in 5 patients. Thrombus site and length, time elapsed between IVT start and recanalization assessment, and quality of the leptomeningeal collateral flow or severity of hypoperfusion, were all independently associated with early recanalization occurrence. These findings are novel and important, and shed new light on the mechanisms underlying post-IVT recanalization. A six-point score derived from the three former variables afforded >90% specificity for no-recanalization, but did not reliably predict occurrence of early recanalization. This score should prove of value for patient selection into trials, testing e.g. bridging therapy vs. MT alone, but may not be used to support decisions to withhold referral for MT. In the subgroup of LVO patients with minor neurological symptoms (NIHSS score <6), in whom the optimal treatment is unknown, we found that thrombus length was a powerful independent predictor of no-recanalization, and that the optimal cutoff (9mm) had a high sensitivity/specificity ratio for no-recanalization, which may help design randomized trials aiming to test bridging therapy vs. IVT alone in this population. Lastly, unlike the EXTEND-IA TNK randomized trial which found 2-fold higher early recanalization rate before mechanical MT following IVT with tenecteplase as compared to alteplase in patients directly admitted to MT-capable centres, we found similar early recanalization rates with these two thrombolytic agents in patients transferred for MT from a non MT-capable centre (i.e., with longer IVT-to-MT delays than in EXTEND-IA TNK), currently the most frequently encountered clinical situation. Taken together, these data suggest that recanalization may occur earlier with tenecteplase, which if confirmed would have clinical relevance. Towards further clarifying the pathophysiology of post-thrombolysis early recanalization failure and develop more efficient intravenous therapies for acute ischemic stroke, specific studies will need to address two additional potentially important predictors of early recanalization, namely haemostatic biomarkers and thrombus composition
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Santucci, Lara. "Évaluation de nouvelles méthodes de prédiction et de dépistage précoce de l’albuminurie chez les patients avec diabète de type 2." Thesis, 2019. http://hdl.handle.net/1866/24507.
Full textAbstract:
Le diabète de type 2 (DT2) est une maladie chronique grave et sa prévalence ne cesse d’augmenter partout dans le monde. La complication la plus sévère et la plus courante du diabète est la néphropathie diabétique dont le premier symptôme est l’albuminurie. Notre premier objectif est d’évaluer si un dépistage précoce de l’albuminurie permet une meilleure prise en charge de cette complication dans la pratique générale des médecins. Notre deuxième objectif est de valider l’efficacité de notre score de risque polygénique (SRP) sur la prédiction du risque d’albuminurie sur une cohorte canadienne composée de patients DT2, hypertendus provenant de groupe de médecine familiale (GMF) et de family health team (FHT) au Québec et en Ontario (CLINPRADIA I). Le SRP a permis de déterminer les 30% de patients à risque élevé de développer l’albuminurie. En effet, la prévalence d’albuminurie des 30% des sujets classés à haut risque génétique par le SRP était 2,6 fois plus élevée que le reste des patients de CLINPRADIA I. Dans la même cohorte, nous avons démontré que l’introduction d’un point of care testing (POCT) a amélioré la pratique et l’adhésion des médecins aux lignes directrices du traitement de l’albuminurie. Les valeurs d’albuminurie et le nombre de patients albuminuriques ont diminué significativement en réponse à l’introduction du POCT. Nous pouvons conclure de nos résultats que l’utilisation de notre SRP permettrait d’identifier les patients à risque élevés d’albuminurie alors que le POCT permettrait un dépistage précoce et un meilleur suivi de l’albuminurie chez ces patients.Type 2 diabetes (T2D) is a serious chronic disease and its prevalence keeps increasing all over the world. The most severe and common diabetes complication is nephropathy of which the first symptom is albuminuria. Our first objective is to evaluate if early screening of albuminuria allows for a better patient care of this condition in general practitioner practice. Our second objective is to validate the efficacy of our polygenetic risk score (PRS) on the risk prediction of albuminuria on Canadian cohort composed of hypertensive TD2 patients from groupe de médecine familiale (GMF) and family health team (FHT) in Quebec and in Ontario (CLINPRADIA I). The PRS identified the 30% of T2D patients at high risk of developing albuminuria. Indeed, the albuminuria prevalence of the 30% of subjects at high genetic risk based on the PRS was 2.6 times higher than the remaining patients of CLINPRADIA I. In the same cohort, we established that the introduction of the point of care testing (POCT) improves the practice and the adherence of physicians to the guidelines for the treatment of albuminuria. The values of albuminuria and the number of patients with albuminuria decreased significantly after the introduction of the POCT. We can conclude from our results that the use of our PRS enables the early identification of the patients at high risk of albuminuria while the POCT enables the early detection of patients with albuminuria who benefited from an early intervention.
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Attaoua, Redha. "Investigation génétique de NAFLD dans le diabète de type 2 via construction d’un modèle de prédiction de la maladie et par criblage du locus PNPLA3-SAMM50." Thèse, 2019. http://hdl.handle.net/1866/23636.
Full textAbstract:
La stéatose hépatique non-alcoolique (NAFLD) est une altération hépatique fréquente dans le diabète de type 2 (DT2) et est associée à diverses complications telles que la mortalité. L’établissement d’outils de prédiction non-invasifs de NAFLD est primordial. Mon projet de maîtrise avait pour objectif d’établir des marqueurs génétiques de NAFLD dans le DT2 via deux stratégies : 1) une sélection non-ciblée des marqueurs génétiques (SNPs) via la méthode LASSO et 2) une sélection ciblée de SNPs rapportés comme liés à la maladie ou à des altérations associées. Une population de 4098 patients avec DT2 d’origine caucasienne (ADVANCE) a été utilisée. Des données statistiques sommaires d’études pangénomiques ont été exploitées pour sélectionner, via LASSO, les marqueurs génétiques (SNPs) à inclure dans le score de risque polygénique (PRS). J’ai également développé un modèle de 3210 SNPs ajusté par des covariables capable de prédire les taux élevés de ALT (AUC=0,69) et la mortalité non-cardiovasculaire (AUC=0,66). Le criblage du locus candidat PNPLA3-SAMM50 a mis en avant une diversité des associations génétiques aux différentes altérations métaboliques comme les taux de ALT (substitut du diagnostic de NAFLD) (rs2294915, P = 1,83x10-7), à la mortalité non-cardiovasculaire (rs2294917, P = 3,9x10-4) et à l’efficacité de la thérapie intensive antidiabétique chez certains patients de la population (porteurs GG de rs16991236, P=0,007). Mes travaux ont permis de mieux comprendre le fond génétique de NAFLD dans le DT2 et laissent envisager l’établissement d’outils de diagnostic et de suivi de la maladie plus adéquats.Non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD) is a liver disorder more frequent in type 2 diabetes (T2D) and is associated with complications such as mortality. For this reason, establishing non-invasive tools for predicting NAFLD is crucial. My master’s project aimed to establish genetic markers for NAFLD in T2D using two strategies: 1) a non-targeted selection of genetic markers (SNPs) by the LASSO method and 2) a targeted selection of SNPs reported as associated with the disease or its related abnormalities. A population involving 4098 patients with T2D and Caucasian ancestry was used. Summary statistics data of pangenomic studies were exploited for the selection of SNPs to be involved in the polygenic risk score (PRS). I also designed a model of 3210 SNPs adjusted by covariates and able to predict the high rates of ALT (AUC=0.69) and non-cardiovascular death (AUC=0.66). Mapping of the candidate locus PNPLA3-SAMM50 allowed the observation of diversity in terms of genetic association with the metabolic abnormalities such as ALT (surrogate of NAFLD) (rs2294915, P = 1.83x10-7), non-cardiovascular death (rs2294917, P = 3.9x10-4) and the efficiency of the intensive antidiabetic therapy within a subgroup in the population (individuals with GG of rs16991236, P = 0.007). My studies allowed for a better understanding of the genetic background of NAFLD in T2D and open perspectives for establishing more adequate tools for diagnosis and follow-up of the disease.
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Béland, Sarah-Gabrielle. "Développement et validation d’un index de prédiction des risques d’institutionnalisation et de décès pour le contrôle des variables confondantes non-mesurées dans la population âgée." Thèse, 2011. http://hdl.handle.net/1866/6245.
Full textAbstract:
Le biais de confusion est un défi majeur des études observationnelles, surtout s'ils sont induits par des caractéristiques difficiles, voire impossibles, à mesurer dans les banques de données administratives de soins de santé. Un des biais de confusion souvent présents dans les études pharmacoépidémiologiques est la prescription sélective (en anglais « prescription channeling »), qui se manifeste lorsque le choix du traitement dépend de l'état de santé du patient et/ou de son expérience antérieure avec diverses options thérapeutiques. Parmi les méthodes de contrôle de ce biais, on retrouve le score de comorbidité, qui caractérise l'état de santé d'un patient à partir de médicaments délivrés ou de diagnostics médicaux rapportés dans les données de facturations des médecins. La performance des scores de comorbidité fait cependant l'objet de controverses car elle semble varier de façon importante selon la population d'intérêt.
Les objectifs de cette thèse étaient de développer, valider, et comparer les performances de deux scores de comorbidité (un qui prédit le décès et l’autre qui prédit l’institutionnalisation), développés à partir des banques de services pharmaceutiques de la Régie de l'assurance-maladie du Québec (RAMQ) pour leur utilisation dans la population âgée. Cette thèse vise également à déterminer si l'inclusion de caractéristiques non rapportées ou peu valides dans les banques de données administratives (caractéristiques socio-démographiques, troubles mentaux ou du sommeil), améliore la performance des scores de comorbidité dans la population âgée.
Une étude cas-témoins intra-cohorte fut réalisée. La cohorte source consistait en un échantillon aléatoire de 87 389 personnes âgées vivant à domicile, répartie en une cohorte de développement (n=61 172; 70%) et une cohorte de validation (n=26 217; 30%). Les données ont été obtenues à partir des banques de données de la RAMQ. Pour être inclus dans l’étude, les sujets devaient être âgés de 66 ans et plus, et être membres du régime public d'assurance-médicaments du Québec entre le 1er janvier 2000 et le 31 décembre 2009. Les scores ont été développés à partir de la méthode du Framingham Heart Study, et leur performance évaluée par la c-statistique et l’aire sous les courbes « Receiver Operating Curves ». Pour le dernier objectif qui est de documenter l’impact de l’ajout de variables non-mesurées ou peu valides dans les banques de données au score de comorbidité développé, une étude de cohorte prospective (2005-2008) a été réalisée. La population à l'étude, de même que les données, sont issues de l'Étude sur la Santé des Aînés (n=1 494). Les variables d'intérêt incluaient statut marital, soutien social, présence de troubles de santé mentale ainsi que troubles du sommeil.
Tel que décrit dans l'article 1, le Geriatric Comorbidity Score (GCS) basé sur le décès, a été développé et a présenté une bonne performance (c-statistique=0.75; IC95% 0.73-0.78). Cette performance s'est avérée supérieure à celle du Chronic Disease Score (CDS) lorsqu'appliqué dans la population à l'étude (c-statistique du CDS : 0.47; IC 95%: 0.45-0.49). Une revue de littérature exhaustive a montré que les facteurs associés au décès étaient très différents de ceux associés à l’institutionnalisation, justifiant ainsi le développement d'un score spécifique pour prédire le risque d'institutionnalisation. La performance de ce dernier s'est avérée non statistiquement différente de celle du score de décès (c-statistique institutionnalisation : 0.79 IC95% 0.77-0.81). L'inclusion de variables non rapportées dans les banques de données administratives n'a amélioré que de 11% la performance du score de décès; le statut marital et le soutien social ayant le plus contribué à l'amélioration observée.
En conclusion, de cette thèse, sont issues trois contributions majeures. D'une part, il a été démontré que la performance des scores de comorbidité basés sur le décès dépend de la population cible, d'où l'intérêt du Geriatric Comorbidity Score, qui fut développé pour la population âgée vivant à domicile. D'autre part, les médicaments associés au risque d'institutionnalisation diffèrent de ceux associés au risque de décès dans la population âgé, justifiant ainsi le développement de deux scores distincts. Cependant, les performances des deux scores sont semblables. Enfin, les résultats indiquent que, dans la population âgée, l'absence de certaines caractéristiques ne compromet pas de façon importante la performance des scores de comorbidité déterminés à partir de banques de données d'ordonnances. Par conséquent, les scores de comorbidité demeurent un outil de recherche important pour les études observationnelles.Confounding is an important challenge in observational studies given that they are induced by characteristics difficult, if not impossible, to measure in administrative claims databases. Prescription channelling is a frequent source of confounding in pharmacoepidemiologic studies, and occurs when the selection of one treatment over another is influenced by overall health status and patient's experience with other treatment options. Among the methods available to control for this bias, comorbidity scores are frequently used. Most of the comorbidity scores published in the literature assess the patients’ health status through drug dispensing or diagnostic codes included in physicians’ billings. These comorbidity scores, however, are controversial since their performance appears to vary according to the population of interest ( example: elderly vs. adult). The objectives of this thesis were to develop, validate and compare the performance of two comorbidity scores (the Geriatric Comorbidity Score based on death, and a comorbidity score based on institutionalization) derived from dispensing data for use in the community-dwelling elderly population. Furthermore, this thesis aimed to evaluate whether the inclusion of characteristics not usually included in administrative claims databases or with a low validity (such as sociodemographic characteristics, sleep or mental disorders) improves the performance of the Geriatric Comorbidity Score. A nested case-control analysis was conducted within a cohort that consisted of a random sample of 87,389 elderly distributed into a construction cohort (n=61,172; 70%) and a validation cohort (n=26,217; 30%). Sources of data consisted of the databases of the Régie de l’assurance maladie du Québec (RAMQ). To be included in the study, subjects had to be 66 years and older and covered by the public drug insurance program of Quebec between 1st January 2000 and 31st December 2009. Scores were developed using the Framingham Heart Study method, and their performances were assessed using the c-statistics and receiver operating curves (ROC). For the last objective, a prospective cohort study was performed using the participants in the Étude sur la Santé des Aînés (ESA) (n=1,494) which covered the period ranging from 2005 to 2008. Study variables included marital status, social support, mental health as well as sleep disorders. The comprehensive literature review conducted in the thesis and our results revealed that factors associated with death greatly differed from those associated with institutionalization, which supported the need to develop two distinct scores. Performances of the institutionalization score were, however, not statistically different from the death score (institutionalization c-statistic = 0.79; 95% CI: 0.77-0.81; death c-statistic= 0.75; 95% CI: 0.73-0.78). The Geriatric Comorbidity Score (death score) revealed a better performance than the Chronic Disease Score, which has been widely used in the literature (c-statistic= 0.47; 95%CI: 0.45-0.49). The inclusion of variables not recorded in claims databases yielded an improvement of the death score of only 11%, with marital status and social support being mainly responsible for the improvement. In terms of achievement, this thesis made three contributions. First, it was shown that the performance of comorbidity scores based on death vary according to the study population, reinforcing the need for specific scores, such as the Geriatric Comorbidity Score which was developed here. Second, factors associated with the risk of institutionalization were different than those associated with the risk of death in the elderly population, which supported the development of an institutionalization score. Even if the performance of death and institutionalization scores were similar, the latter would be preferred in studies that aim at assessing the effect of drugs on institutionalisation in the elderly. Lastly, the results indicate that the absence of some characteristics in the administrative databases do not appear to have a major impact on the performance of scores based on claims data. Consequently, comorbidity scores based on drug dispensing data remain important research tools for pharmacoepidemiologic studies conducted through health claims databases.
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Dufresne, Marie-Hélène. "Impact de la réussite au traitement de la délinquance sexuelle sur la récidive, en lien avec les scores obtenus au PCL-R, au SORAG et à la Statique-99." Thèse, 2005. http://hdl.handle.net/1866/16985.
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