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Academic literature on the topic 'Secuenciación del gen 16S rRNA'
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Journal articles on the topic "Secuenciación del gen 16S rRNA"
1
Cortés-López, Nohemí Gabriela, Perla Lucía Ordóñez-Baquera, and Joel Domínguez-Viveros. "Herramientas moleculares utilizadas para el análisis metagenómico. Revisión." Revista Mexicana de Ciencias Pecuarias 11, no. 4 (December 18, 2020): 1150–73. http://dx.doi.org/10.22319/rmcp.v11i4.5202.
Full textAbstract:
La metagenómica utiliza técnicas de biología molecular para analizar la diversidad de los genomas microbianos (metagenomas). La diversidad de los metagenomas se ha analizado mediante marcadores moleculares para clasificar bacterias y arqueas en grupos taxonómicos a nivel de género. Entre los marcadores moleculares más utilizados se encuentran los genes ribosomales, genes que codifican subunidades del citocromo C y algunos genes constitutivos (gyrB, rpoB, rpoD, recA, atpD, infB, groEL, pmoA, sodA). El marcador más utilizado es el gen 16S rRNA para clasificar bacterias y arqueas de muestras metagenómicas, aunque no permite clasificar de forma adecuada algunas secuencias. Sin embargo, con la secuenciación del gen completo 16S rRNA se identifican todas las secuencias de las regiones hipervariables, por lo que se ha logrado clasificar hasta nivel taxonómico de especie con este marcador molecular. La secuenciación de próxima generación, también llamada secuenciación masiva o de alto rendimiento ha ayudado a describir metagenomas complejos como los de muestras ambientales, con importancia ecológica, así como metagenomas que crecen en ambientes extremos. También han ayudado a estudios relacionados con sanidad animal y en humanos, y en el ámbito agroalimentario. Específicamente, tanto el uso del marcador molecular 16S rRNA como la secuenciación de alta eficiencia combinadas con el uso de las herramientas bioinformáticas para el análisis metagenómico se han usado para describir el metagenoma ruminal, una comunidad microbiana de gran importancia debido a que está involucrada en la producción animal de carne y leche. A pesar de los muchos estudios que se han realizado en este campo, aún faltan microorganismos por descubrir y caracterizar.
2
Espejo, Luis José, Karen Lorena Rodríguez, Martha Fabiola Rodríguez, and Arlen Patricia Gómez Ramírez. "Identificación genotípica de Staphylococcus con fenotipo meticilino resistente aislados de muestras de humanos, animales y ambiente." Revista de Investigaciones Veterinarias del Perú 30, no. 1 (March 4, 2019): 364–76. http://dx.doi.org/10.15381/rivep.v30i1.14614.
Full textAbstract:
El objetivo del estudio fue dentificar el gen mecA-1 de aislados de Staphylococcus con fenotipo meticilino resistente (SMR) obtenidos de muestras biológicas y superficies de una clínica veterinaria. Se seleccionaron nueve aislamientos con fenotipo SMR clasificado por el sistema automatizado VITEK. El género y la variabilidad se corroboraron por amplificación y secuenciación de los genes 16S rRNA y tuf. También se estableció la presencia del gen mecA-1 por PCR. En los nueve aislamientos con fenotipo SMR se identificaron los genes 16S rRNA y tuf, evidenciando un 99% de similitud con cepas de referencia; sin embargo, solo en cinco muestras se encontró el gen mecA-1. Los resultados demuestran una mayor identificación del genotipo MR en superficies intrahospitalarias, lo que evidencia la necesidad del control y seguimiento de estas cepas en hospitales veterinarios debido a las implicaciones que tienen en salud pública.
3
Moreno Salazar, Sergio Francisco, María Eugenia Rentería Martínez, Andrés Ochoa Meza, Juan Manuel Guzmán Ortíz, Ernesto Fernández Herrera, and Miguel Ángel Barrera Silva. "Actividad in vitro de promoción del crecimiento vegetal y control biológico de rizobacterias aisladas de zacate bermuda ruderal." Revista Mexicana de Ciencias Agrícolas 10, no. 2 (March 22, 2019): 311–24. http://dx.doi.org/10.29312/remexca.v10i2.1541.
Full textAbstract:
Actualmente, el uso de bacterias promotoras de crecimiento vegetal resulta una alternativa viable al uso indiscriminado de agroquímicos. Con el fin de obtener bacterias con capacidad de promoción del crecimiento vegetal, en este trabajo se aislaron doce cepas con actividad de fijación de nitrógeno a partir de la rizósfera de zacate bermuda (Cyonodon dactylon) ruderal. Con base en la rapidez e intensidad del cambio de color en la prueba cualitativa de fijación del nitrógeno, se seleccionaron dos aislados para su identificación molecular y caracterización. La amplificación, secuenciación y análisis de fragmentos del gen ribosomal 16S rRNA permitió identificar a Pseudomonas monteilii (Pm0710) y Chryseobacterium massiliae ca (Cm0711). Ambos aislados mostraron actividad de solubilización de fosfatos, de producción de ácido indol-3-acético, ácido giberélico y sideróforos, de fosfatasa alcalina y ACC deaminasa, así como de inhibición contra: Fusarium brachygibbosum, F. falciforme, F. oxysporum y Ceratobasidium sp. Aunque Cm0711 fue significativamente superior que Pm0710 en la mayoría de las propiedades analizadas, las dos bacterias tienen potencial para ser utilizadas como bioinoculantes; sin embargo, antes se debe realizar su validación in vivo.
4
Salinas Virgen, Leilani Itzel, María Eugenia De la Torre Hernández, José Félix Aguirre Garrido, and Hugo César Ramírez Saad. "Caracterización molecular de bacterias rizosféricas asociadas a Echinocactus platyacanthus en invernadero y silvestres." Revista Mexicana de Ciencias Agrícolas 11, no. 3 (May 12, 2020): 531–42. http://dx.doi.org/10.29312/remexca.v11i3.2017.
Full textAbstract:
La biznaga dulce (Echinocactus platyacanthus) es una cactácea endémica de México caracterizada por su lento crecimiento y baja tasa de reproducción, lo que aunado a una alta presión de recolecta, coloca a las poblaciones silvestres en una situación de riesgo. Actualmente, el estudio de las comunidades bacterianas asociadas a cactáceas es escaso y se desconoce qué bacterias cultivables están presentes en la rizósfera de las biznagas dulces que crecen en la naturaleza y en las que se cultivan en viveros. Para este estudio se recolectó material rizosférico de biznagas silvestres y cultivadas, además de suelo no rizosférico. Se aislaron en total de 268 morfotipos y se agruparon en 41 ribotipos diferentes por RFLP. Representantes de cada ribotipo se identificaron mediante la secuenciación del gen 16S rRNA. La fracción cultivable de la comunidad bacteriana asociada con E. platyacanthus está compuesta principalmente por miembros de los géneros Bacillus (21 cepas), Pseudomonas (seis cepas), Stenotrophomonas (cuatro cepas), Paenibacillus (dos cepas), Brevibacterium, Staphylococcus y Cutibacterium (una cepa, cada una), siendo Bacillus el género predominante. Los géneros Bacillus y Pseudomonas han sido reportados previamente por llevar a cabo actividades beneficiosas para las plantas a las que están asociados.
5
Sánchez Súarez, Héctor, Fredy Fabián Domínguez, Gloria Ochoa Mogollón, and Rubén Alfaro Aguilera. "Aislamiento de Bacterias Ácido Lácticas a partir del Tracto Digestivo del Lechón." Revista de Investigaciones Veterinarias del Perú 28, no. 3 (October 11, 2017): 730. http://dx.doi.org/10.15381/rivep.v28i3.13372.
Full textAbstract:
El estudio tuvo como objetivo el aislar e identificar microorganismos nativos lactobacilos del tracto digestivo de lechones con la posibilidad de utilizarlos como inóculos para la mejora de los niveles productivos de lechones. Las muestras fueron sembradas y purificadas en agar Man, Rogosa y Sharpe (MRS). La identificación molecular de las bacterias se hizo mediante secuenciación del gen 16S ARNr. Se idientificaron cuatro especies: Lactobacillus johnsonii, Lactobacillus brevis, Enterococcus hirae y Pediococcus pentosaceus.
6
Martínez, Hayron Fabricio Canchignia, Karen Tatiana Chávez-Arteaga, Jefferson Javier Guato-Molina, María Fernanda Peñafiel-Jaramillo, and Camilo Alexander Mestanza-Uquillas. "Selección Bacterias fluorescentes productoras de metabolitos antagónicos de cultivares nativos de Musa sp. y su diversidad filogenética al gen ARNr 16S." Ciencia y Tecnología 11, no. 2 (December 30, 2018): 17–29. http://dx.doi.org/10.18779/cyt.v11i2.204.
Full textAbstract:
El objetivo del trabajo se enfocó en identificar bacterias fluorescentes productoras de metabolitos secundarios antagónicos y analizar su biodiversidad al gen ARNr 16S. Las bacterias se aislaron de cultivares nativos de Musa de las provincias: Los Ríos, Cotopaxi y Bolívar. El escrutinio de las cepas antagónicas se basó en la actividad proteolítica y la amplificación de genes antifúngicos. Además, se realizó el análisis filogenético al ARN ribosomal 16S por análisis de restricción ARDRA y secuenciación. Desde rizósfera de siete cultivares nativos de Musa se rescató y seleccionó 16 cepas nativas con emisión fluorescente, observando la actividad proteasa (PR) para las cepas (PB3-6, BO3-4, BA4-19, PM3-8 y PM3-14). Verificando por PCR la presencia del gen hcnABC (HCN) de 570 pb en las cepas (PB3-6, BO3-4, PM3-8 y PM3-14) y pirrolnitrina (Prn) de 786 pb en las cepas (BMR2-2, BMR2-4, BMR2-12, BO3-4 y PM3-14). Los perfiles genéticos por ARDRA agruparon las cepas nativas de Musa productoras a PR, Prn y HCN (BMR2-2, BMR2-12, PB3-6, BO3-4, BA4-19, PM3-8 y PM3-14). La caracterización molecular por secuenciación del gen ARNr 16S, se verificaron los géneros: Serratia, Pseudomonas, Acinetobacter, Enterobacter y Klebsiella. Considerando siete cepas de bacterias candidatas de actividad antagónica que servirán para la continuidad de la investigación al efecto positivo en incremento de biomasa en plantaciones de banano y efecto bio-controlador a Mycosphaerella fijiensis.
7
Martínez, Hayron Fabricio, Karen Chávez-Arteaga, Jefferson Guato-Molina, María Peñafiel-Jaramillo, and Camilo Mestanza-Uquillas. "Bacterias fluorescentes productoras de metabolitos antagónicos de cultivares nativos de Musa sp. y su diversidad filogenética al gen ARNr 16S." Ciencia y Tecnología 11, no. 2 (December 30, 2018): 17–29. http://dx.doi.org/10.18779/cyt.v11i2.232.
Full textAbstract:
El objetivo del trabajo se enfocó en identificar bacterias fluorescentes productoras de metabolitos secundarios antagónicos y analizar su biodiversidad al gen ARNr 16S. Las bacterias se aislaron de cultivares nativos de Musa de las provincias: Los Ríos, Cotopaxi y Bolívar. El escrutinio de las cepas antagónicas se basó en la actividad proteolítica y la amplificación de genes antifúngicos. Además, se realizó el análisis filogenético al ARN ribosomal 16S por análisis de restricción ARDRA y secuenciación. Desde rizósfera de siete cultivares nativos de Musa se rescató y seleccionó 16 cepas nativas con emisión fluorescente, observando la actividad proteasa (PR) para las cepas (PB3-6, BO3-4, BA4-19, PM3-8 y PM3-14). Verificando por PCR la presencia del gen hcnABC (HCN) de 570 pb en las cepas (PB3-6, BO3-4, PM3-8 y PM3-14) y pirrolnitrina (Prn) de 786 pb en las cepas (BMR2-2, BMR2-4, BMR2-12, BO3-4 y PM3-14). Los perfiles genéticos por ARDRA agruparon las cepas nativas de Musa productoras a PR, Prn y HCN (BMR2-2, BMR2-12, PB3-6, BO3-4, BA4-19, PM3-8 y PM3-14). La caracterización molecular por secuenciación del gen ARNr 16S, se verificaron los géneros: Serratia, Pseudomonas, Acinetobacter, Enterobacter y Klebsiella. Considerando siete cepas de bacterias candidatas de actividad antagónica que servirán para la continuidad de la investigación al efecto positivo en incremento de biomasa en plantaciones de banano y efecto bio-controlador a Mycosphaerella fijiensis.
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Zatán Valdiviezo, Adrian Edú, Deysy Castillo Chunga, Arnaldo Edward Castañeda Vargas, Manuel Alberto Feria Zevallos, Odalis Epifanía Toledo Valdiviezo, Jorge Luis Aguilar Zavaleta, Mario David Cueva Távara, and Emmerik Motte. "Caracterización de la microbiota intestinal en robalo (Centropomus sp.) y aislamiento de bacterias probióticas potenciales." Revista de Investigaciones Veterinarias del Perú 31, no. 3 (August 10, 2020): e16036. http://dx.doi.org/10.15381/rivep.v31i3.16036.
Full textAbstract:
El objetivo del estudio fue caracterizar la microbiota del tracto intestinal de robalo (Centropomus sp), proveniente de medio natural y cautiverio, además de aislar e identificar bacterias con potencial probiótico. La microbiota intestinal se caracterizó mediante metagenómica dirigida al gen 16S ARNr. Además, se sembraron muestras de mucus intestinal en medio de cultivo MRS para el aislamiento bacteriano. La identificación molecular se hizo mediante la secuenciación del gen 16S ARNr. Las capacidades probióticas se evidenciaron mediante ensayos proteolíticos y de antagonismo bacteriano frente a Plesiomona shigelloides, Aeromonas hydrophila, Aeromonas veronii y Vibrio harveyi. Los géneros bacterianos con mayor abundancia fueron Clostridium, Photobacterium, Cetobacterium y Rubritepida. Las especies bacterianas, incluyendo Klebsiella sp, dos cepas de Weisiella cibaria y Lactococcus sp fueron aisladas en agar MRS a partir del tracto intestinal. Las cepas W. cibaria mostraron amplio espectro antagonista y actividad proteolítica positiva.
9
Pires, Virginia, Raúl Rivas, and Paula García-Fraile. "Análisis metagenómico de la evolución de las comunidades microbianas en alimentos sometidos a refrigeración y en condiciones de ausencia de frío." FarmaJournal 4, no. 2 (September 1, 2019): 73–84. http://dx.doi.org/10.14201/fj2019427384.
Full textAbstract:
La cadena del frío constituye un elemento clave en seguridad alimentaria, pues la mayoría de los microorganismos detienen su crecimiento a bajas temperaturas. Se han desarrollado técnicas, basadas en la secuenciación masiva, que analizan las poblaciones bacterianas de una muestra mediante secuenciación de un fragmento del gen ribosómico 16S, permitiendo la caracterización microbiana de alimentos.El objetivo del presente estudio consistió en la identificación y cuantificación de bacterias sobre alimentos refrigerados y sin refrigerar utilizando secuenciación masiva del ADNr16S, para describir el rol del mantenimiento de la cadena del frío sobre la evolución de comunidades microbianas en alimentos.Así, se secuenció el ADN extraído de muestras de pollo, espinacas, queso fresco y yogurt, a los 2 y 4 días. Las Unidades de Operación Taxonómica (Operational Taxonomic Units: OTUs) obtenidas se compararon con bases de datos de secuencias de organismos (NCBI). Además, se realizó el cultivo de microorganismos de las muestras en el momento de su compra.De forma general se observó un aumento de la cantidad y diversidad de bacterias en las muestras sin refrigerar, confirmando que la cadena del frío retrasa el desarrollo de microorganismos en los alimentos, aumentando la vida útil de los mismos. Además, el estudio demuestra la eficacia de la secuenciación masiva del ADNr16S para estudiar el efecto de la temperatura en el desarrollo de comunidades bacterianas sobre los alimentos.
10
AZAMBUJA DE OLIVEIRA,, JOYCE, BRUNO DO AMARAL CRISPIM, NAYARA MORENO MARTINS, ALESSANDRA OLIVEIRA DA SILVA, PRISCILA LEOCÁDIA ROSA DOURADO, MONYQUE PALAGANO DA ROCHA,, and ALEXÉIA BARUFATTI GRISOLIA. "Secuencias del gen mitocondrial para identificación de especies de animales." Revista Colombiana de Ciencia Animal - RECIA 5, no. 2 (July 12, 2013): 396. http://dx.doi.org/10.24188/recia.v5.n2.2013.451.
Full textAbstract:
Marcadores moleculares basados en el ADN mitocondrial (ADNmt) tienen herencia materna y se pueden utilizar para evaluar relaciones filogenéticas y taxonómicas. El diagnóstico de similaridad en los seres vivos se puede lograr mediante análisis genómico del ARN ribosomal 16S (16S rARN). El objetivo de este estudio fue evaluar el potencial de marcador molecular en el16S ARNr como una metodología para la identificación de las diferentes especies de animales y determinar el grado de similitud genética entre estos individuos. Para ello, el ADN se extrajo a partir de 13 animales, 5 ovinos, 4 bovinos y 4 peces, a continuación se amplificaron, se purificaron y se secuenciaron las muestras. Los análisis de las secuencias se realizaron en los programas MEGA 5.10 y BLAST. Las secuencias identificadas en GenBank® mostraron que los animales pertenecían a las espécies Ovis aries (ovino), Bos taurus (bovino), Prochilodus lineatus (curimba) Pseudoplatystoma corruscans (pintado), Pseudoplatystoma reticulatum (cachara) y Leporinus obtusidens (piau). La distancia genética entre los diferentes grupos de animales fue de 0,10 bovinos/ovinos, 0,66 bovinos/peces y 0,65 ovinos/peces. La construcción del árbol filogenético ha determinado dos clases distintas siendo Mammalia, que contiene las subfamilias: Bovinae y Caprinae, y Actinopterygii que contiene las órdenes: Caraciforme (curimba y piau) y Siluriforme (pintado y cachara). La tecnología de los marcadores moleculares del ADNmt demonstró la posibilidad de utilizarla como herramienta en la identificación y diferenciación de las especies asistiendo a la obra de los taxonomistas. Por lo tanto, la secuenciación parcial de la región del gen 16S rARN fue suficiente para la identificación de ovinos, bovinos y diferentes especies de peces sobre la base de la similitud del gen en programa BLAST.
Dissertations / Theses on the topic "Secuenciación del gen 16S rRNA"
1
Casas, Reyes Andrea. "Caracterizacion metagenomica asociada a corrosion en un pozo petrolero." Tesis de Licenciatura, Universidad Autónoma del Estado de México, 2018. http://hdl.handle.net/20.500.11799/68483.
Full textAbstract:
Según los resultados presentados para poder conocer el perfil taxonómico de las muestras de agua obtenidas de un pozo petrolero ubicado en Tabasco utilizando dos distintas plataformas de secuenciación masiva, fue posible conocer mediante dos perspectivas un análisis más completo de la comunidad que se encuentra en dicho pozo, ya que si hubieran sido utilizadas técnicas más básicas de biología molecular e incluso haber recurrido únicamente al uso de técnicas de cultivos bacterianos, no hubiera sido posible conocer más a fondo la comunidad analizada en este trabajo.
Por otro lado, los OTUs encontrados que fueron asignados a los distintos niveles taxonómicos gracias a las herramientas bioinformáticas utilizadas, independientemente del método de secuenciación que fue utilizado para su análisis, indican la presencia de una gran variedad de bacterias que desempeñan diferentes funciones, entre las principales, fueron encontradas bacterias del tipo sulfato reductoras, ácido productoras, metanógenas e incluso, aunque en proporciones menores dentro de la muestra, fueron también encontradas arqueas, estos tipos de bacterias, de acuerdo con la bibliografía, se han visto involucradas en procesos que resultan ser dañinos para las estructuras metálicas de los pozos petroleros, lo que resulta en casos de corrosión severa, esto gracias al metabolismo que desempeñan, ya que las bacterias encontradas en el pozo pueden estar creciendo de manera sinérgica unas con otras, llevando a cabo funciones específicas para la deterioración del metal.Existen pocos estudios relacionados con la corrosión influenciada por microorganismos que logren dar un perfil más cercano de la comunidad bacteriana que se encuentra presente en los pozos petroleros, ya que en la mayoría de los trabajos realizados se utilizan técnicas moleculares y de cultivo que no logran cubrir en su mayoría el perfil taxonómico y de diversidad presente en las muestras analizadas. Es por eso que, en el presente trabajo de tesis se da un acercamiento más profundo de la comunidad bacteriana que existe en muestras de agua provenientes de un pozo petrolero ubicado en Tabasco, utilizando dos métodos de secuenciación masiva (Ion Torrent y MiSeq) los cuales secuencian distinto número de regiones hipervariables del gen ribosomal 16S. La comparación fue realizada para conocer qué plataforma de secuenciación resulta ser más conveniente al dar a conocer los resultados de diversidad y taxonomía del pozo petrolero. Los resultados encontrados variaron según el método de secuenciación que fue utilizado para analizar las secuencias obtenidas del pozo petrolero de Tabasco, al comparar ambas plataformas, se obtuvo un perfil taxonómico más completo con la tecnología Ion Torrent. Por otro lado, sin importar la tecnología de secuenciación que fue utilizada, los tipos de microorganismos mayormente encontrados en las muestras se encuentran catalogados como sulfato reductores y productores de ácido, también fueron encontrados microorganismos que llevan a cabo actividades biorremediadoras, entre otros. Se cree que los microorganismos encontrados en el pozo petrolero se encuentran creciendo de manera sinérgica y de acuerdo con los principales tipos de bacterias encontradas, es probable que las tuberías del pozo analizadas en este trabajo estén corroídas por acción de los microorganismos.
2
Romero, Condori Pedro Eduardo. "Diversidad y estructura genética de Bostryx scalariformis (Mollusca, Gastropoda) en base a polimorfismos del gen mitocondrial 16S rRNA." Bachelor's thesis, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2008. https://hdl.handle.net/20.500.12672/882.
Full textAbstract:
Bostryx scalariformis (Mollusca, Gastropoda) es un molusco terrestre endémico de las lomas costeras de la costa central del Perú que habita principalmente las zonas arenosas. Sólo se encuentran individuos vivos en las siguientes lomas del departamento de Lima: Ancón, Pasamayo, Lachay y Cerro de Agua. Además, posee morfotipos geográficamente aislados, uno en Ancón-Pasamayo y el otro en Lachay-Cerro de Agua. La fragmentación de su hábitat y la disminución en su tamaño poblacional pueden haber conllevado al decremento en su diversidad genética y una diferenciación genética entre sus poblaciones.
El objetivo principal de esta investigación fue evaluar la diversidad genética en B. scalariformis comparándola con su distribución geográfica y morfotipos, para así obtener información sobre la estructura genético-poblacional de la especie. Para ello, se realizó un análisis morfométrico del diseño de la concha en 200 individuos. De las 10 variables utilizadas, 8 fueron digitalizadas y procesadas para encontrar las distancias entre los puntos de medición; a este conjunto se sumaron las variables: número de costillas por cada 3 mm y número de vueltas. Luego, se utilizaron individuos colectados vivos para la extracción de DNA total a partir de tejido del músculo del pie y se realizaron las amplificaciones del gen mitocondrial 16S rRNA por PCR. Los productos de amplificación fueron secuenciados y las secuencias obtenidas se utilizaron en el análisis filogenético intraespecífico y poblacional.--- Bostryx scalariformis (Mollusca, Gastropoda) is a land snail species from central Peru. It is endemic to coastal "lomas" ecosystem and inhabits mainly in sand formations. Alive individuals have only been found in Ancon, Pasamayo, Lachay and Cerro de Agua lomas from Lima department. This species has two morphotypes, which in turn are geographically isolated, one morphotype inhabits in Ancon-Pasamayo lomas and the other one in Lachay-Cerro de Agua. Habitat fragmentation and decreasing of population size could have lead to reduction of genetic diversity and to genetic differentiation between its populations. The aim of this research was to evaluate genetic diversity in B. scalariformis comparing it with both its geographical distribution and morphotypes, in order to know about its population genetic structure.
Tesis