Journal articles on the topic 'Secuenciación del gen 16S rRNA'

La metagenómica utiliza técnicas de biología molecular para analizar la diversidad de los genomas microbianos (metagenomas). La diversidad de los metagenomas se ha analizado mediante marcadores moleculares para clasificar bacterias y arqueas en grupos taxonómicos a nivel de género. Entre los marcadores moleculares más utilizados se encuentran los genes ribosomales, genes que codifican subunidades del citocromo C y algunos genes constitutivos (gyrB, rpoB, rpoD, recA, atpD, infB, groEL, pmoA, sodA). El marcador más utilizado es el gen 16S rRNA para clasificar bacterias y arqueas de muestras metagenómicas, aunque no permite clasificar de forma adecuada algunas secuencias. Sin embargo, con la secuenciación del gen completo 16S rRNA se identifican todas las secuencias de las regiones hipervariables, por lo que se ha logrado clasificar hasta nivel taxonómico de especie con este marcador molecular. La secuenciación de próxima generación, también llamada secuenciación masiva o de alto rendimiento ha ayudado a describir metagenomas complejos como los de muestras ambientales, con importancia ecológica, así como metagenomas que crecen en ambientes extremos. También han ayudado a estudios relacionados con sanidad animal y en humanos, y en el ámbito agroalimentario. Específicamente, tanto el uso del marcador molecular 16S rRNA como la secuenciación de alta eficiencia combinadas con el uso de las herramientas bioinformáticas para el análisis metagenómico se han usado para describir el metagenoma ruminal, una comunidad microbiana de gran importancia debido a que está involucrada en la producción animal de carne y leche. A pesar de los muchos estudios que se han realizado en este campo, aún faltan microorganismos por descubrir y caracterizar.

El objetivo del estudio fue dentificar el gen mecA-1 de aislados de Staphylococcus con fenotipo meticilino resistente (SMR) obtenidos de muestras biológicas y superficies de una clínica veterinaria. Se seleccionaron nueve aislamientos con fenotipo SMR clasificado por el sistema automatizado VITEK. El género y la variabilidad se corroboraron por amplificación y secuenciación de los genes 16S rRNA y tuf. También se estableció la presencia del gen mecA-1 por PCR. En los nueve aislamientos con fenotipo SMR se identificaron los genes 16S rRNA y tuf, evidenciando un 99% de similitud con cepas de referencia; sin embargo, solo en cinco muestras se encontró el gen mecA-1. Los resultados demuestran una mayor identificación del genotipo MR en superficies intrahospitalarias, lo que evidencia la necesidad del control y seguimiento de estas cepas en hospitales veterinarios debido a las implicaciones que tienen en salud pública.

Actualmente, el uso de bacterias promotoras de crecimiento vegetal resulta una alternativa viable al uso indiscriminado de agroquímicos. Con el fin de obtener bacterias con capacidad de promoción del crecimiento vegetal, en este trabajo se aislaron doce cepas con actividad de fijación de nitrógeno a partir de la rizósfera de zacate bermuda (Cyonodon dactylon) ruderal. Con base en la rapidez e intensidad del cambio de color en la prueba cualitativa de fijación del nitrógeno, se seleccionaron dos aislados para su identificación molecular y caracterización. La amplificación, secuenciación y análisis de fragmentos del gen ribosomal 16S rRNA permitió identificar a Pseudomonas monteilii (Pm0710) y Chryseobacterium massiliae ca (Cm0711). Ambos aislados mostraron actividad de solubilización de fosfatos, de producción de ácido indol-3-acético, ácido giberélico y sideróforos, de fosfatasa alcalina y ACC deaminasa, así como de inhibición contra: Fusarium brachygibbosum, F. falciforme, F. oxysporum y Ceratobasidium sp. Aunque Cm0711 fue significativamente superior que Pm0710 en la mayoría de las propiedades analizadas, las dos bacterias tienen potencial para ser utilizadas como bioinoculantes; sin embargo, antes se debe realizar su validación in vivo.

La biznaga dulce (Echinocactus platyacanthus) es una cactácea endémica de México caracterizada por su lento crecimiento y baja tasa de reproducción, lo que aunado a una alta presión de recolecta, coloca a las poblaciones silvestres en una situación de riesgo. Actualmente, el estudio de las comunidades bacterianas asociadas a cactáceas es escaso y se desconoce qué bacterias cultivables están presentes en la rizósfera de las biznagas dulces que crecen en la naturaleza y en las que se cultivan en viveros. Para este estudio se recolectó material rizosférico de biznagas silvestres y cultivadas, además de suelo no rizosférico. Se aislaron en total de 268 morfotipos y se agruparon en 41 ribotipos diferentes por RFLP. Representantes de cada ribotipo se identificaron mediante la secuenciación del gen 16S rRNA. La fracción cultivable de la comunidad bacteriana asociada con E. platyacanthus está compuesta principalmente por miembros de los géneros Bacillus (21 cepas), Pseudomonas (seis cepas), Stenotrophomonas (cuatro cepas), Paenibacillus (dos cepas), Brevibacterium, Staphylococcus y Cutibacterium (una cepa, cada una), siendo Bacillus el género predominante. Los géneros Bacillus y Pseudomonas han sido reportados previamente por llevar a cabo actividades beneficiosas para las plantas a las que están asociados.

El estudio tuvo como objetivo el aislar e identificar microorganismos nativos lactobacilos del tracto digestivo de lechones con la posibilidad de utilizarlos como inóculos para la mejora de los niveles productivos de lechones. Las muestras fueron sembradas y purificadas en agar Man, Rogosa y Sharpe (MRS). La identificación molecular de las bacterias se hizo mediante secuenciación del gen 16S ARNr. Se idientificaron cuatro especies: Lactobacillus johnsonii, Lactobacillus brevis, Enterococcus hirae y Pediococcus pentosaceus.

El objetivo del trabajo se enfocó en identificar bacterias fluorescentes productoras de metabolitos secundarios antagónicos y analizar su biodiversidad al gen ARNr 16S. Las bacterias se aislaron de cultivares nativos de Musa de las provincias: Los Ríos, Cotopaxi y Bolívar. El escrutinio de las cepas antagónicas se basó en la actividad proteolítica y la amplificación de genes antifúngicos. Además, se realizó el análisis filogenético al ARN ribosomal 16S por análisis de restricción ARDRA y secuenciación. Desde rizósfera de siete cultivares nativos de Musa se rescató y seleccionó 16 cepas nativas con emisión fluorescente, observando la actividad proteasa (PR) para las cepas (PB3-6, BO3-4, BA4-19, PM3-8 y PM3-14). Verificando por PCR la presencia del gen hcnABC (HCN) de 570 pb en las cepas (PB3-6, BO3-4, PM3-8 y PM3-14) y pirrolnitrina (Prn) de 786 pb en las cepas (BMR2-2, BMR2-4, BMR2-12, BO3-4 y PM3-14). Los perfiles genéticos por ARDRA agruparon las cepas nativas de Musa productoras a PR, Prn y HCN (BMR2-2, BMR2-12, PB3-6, BO3-4, BA4-19, PM3-8 y PM3-14). La caracterización molecular por secuenciación del gen ARNr 16S, se verificaron los géneros: Serratia, Pseudomonas, Acinetobacter, Enterobacter y Klebsiella. Considerando siete cepas de bacterias candidatas de actividad antagónica que servirán para la continuidad de la investigación al efecto positivo en incremento de biomasa en plantaciones de banano y efecto bio-controlador a Mycosphaerella fijiensis.

El objetivo del trabajo se enfocó en identificar bacterias fluorescentes productoras de metabolitos secundarios antagónicos y analizar su biodiversidad al gen ARNr 16S. Las bacterias se aislaron de cultivares nativos de Musa de las provincias: Los Ríos, Cotopaxi y Bolívar. El escrutinio de las cepas antagónicas se basó en la actividad proteolítica y la amplificación de genes antifúngicos. Además, se realizó el análisis filogenético al ARN ribosomal 16S por análisis de restricción ARDRA y secuenciación. Desde rizósfera de siete cultivares nativos de Musa se rescató y seleccionó 16 cepas nativas con emisión fluorescente, observando la actividad proteasa (PR) para las cepas (PB3-6, BO3-4, BA4-19, PM3-8 y PM3-14). Verificando por PCR la presencia del gen hcnABC (HCN) de 570 pb en las cepas (PB3-6, BO3-4, PM3-8 y PM3-14) y pirrolnitrina (Prn) de 786 pb en las cepas (BMR2-2, BMR2-4, BMR2-12, BO3-4 y PM3-14). Los perfiles genéticos por ARDRA agruparon las cepas nativas de Musa productoras a PR, Prn y HCN (BMR2-2, BMR2-12, PB3-6, BO3-4, BA4-19, PM3-8 y PM3-14). La caracterización molecular por secuenciación del gen ARNr 16S, se verificaron los géneros: Serratia, Pseudomonas, Acinetobacter, Enterobacter y Klebsiella. Considerando siete cepas de bacterias candidatas de actividad antagónica que servirán para la continuidad de la investigación al efecto positivo en incremento de biomasa en plantaciones de banano y efecto bio-controlador a Mycosphaerella fijiensis.

El objetivo del estudio fue caracterizar la microbiota del tracto intestinal de robalo (Centropomus sp), proveniente de medio natural y cautiverio, además de aislar e identificar bacterias con potencial probiótico. La microbiota intestinal se caracterizó mediante metagenómica dirigida al gen 16S ARNr. Además, se sembraron muestras de mucus intestinal en medio de cultivo MRS para el aislamiento bacteriano. La identificación molecular se hizo mediante la secuenciación del gen 16S ARNr. Las capacidades probióticas se evidenciaron mediante ensayos proteolíticos y de antagonismo bacteriano frente a Plesiomona shigelloides, Aeromonas hydrophila, Aeromonas veronii y Vibrio harveyi. Los géneros bacterianos con mayor abundancia fueron Clostridium, Photobacterium, Cetobacterium y Rubritepida. Las especies bacterianas, incluyendo Klebsiella sp, dos cepas de Weisiella cibaria y Lactococcus sp fueron aisladas en agar MRS a partir del tracto intestinal. Las cepas W. cibaria mostraron amplio espectro antagonista y actividad proteolítica positiva.

La cadena del frío constituye un elemento clave en seguridad alimentaria, pues la mayoría de los microorganismos detienen su crecimiento a bajas temperaturas. Se han desarrollado técnicas, basadas en la secuenciación masiva, que analizan las poblaciones bacterianas de una muestra mediante secuenciación de un fragmento del gen ribosómico 16S, permitiendo la caracterización microbiana de alimentos.El objetivo del presente estudio consistió en la identificación y cuantificación de bacterias sobre alimentos refrigerados y sin refrigerar utilizando secuenciación masiva del ADNr16S, para describir el rol del mantenimiento de la cadena del frío sobre la evolución de comunidades microbianas en alimentos.Así, se secuenció el ADN extraído de muestras de pollo, espinacas, queso fresco y yogurt, a los 2 y 4 días. Las Unidades de Operación Taxonómica (Operational Taxonomic Units: OTUs) obtenidas se compararon con bases de datos de secuencias de organismos (NCBI). Además, se realizó el cultivo de microorganismos de las muestras en el momento de su compra.De forma general se observó un aumento de la cantidad y diversidad de bacterias en las muestras sin refrigerar, confirmando que la cadena del frío retrasa el desarrollo de microorganismos en los alimentos, aumentando la vida útil de los mismos. Además, el estudio demuestra la eficacia de la secuenciación masiva del ADNr16S para estudiar el efecto de la temperatura en el desarrollo de comunidades bacterianas sobre los alimentos.

Marcadores moleculares basados en el ADN mitocondrial (ADNmt) tienen herencia materna y se pueden utilizar para evaluar relaciones filogenéticas y taxonómicas. El diagnóstico de similaridad en los seres vivos se puede lograr mediante análisis genómico del ARN ribosomal 16S (16S rARN). El objetivo de este estudio fue evaluar el potencial de marcador molecular en el16S ARNr como una metodología para la identificación de las diferentes especies de animales y determinar el grado de similitud genética entre estos individuos. Para ello, el ADN se extrajo a partir de 13 animales, 5 ovinos, 4 bovinos y 4 peces, a continuación se amplificaron, se purificaron y se secuenciaron las muestras. Los análisis de las secuencias se realizaron en los programas MEGA 5.10 y BLAST. Las secuencias identificadas en GenBank® mostraron que los animales pertenecían a las espécies Ovis aries (ovino), Bos taurus (bovino), Prochilodus lineatus (curimba) Pseudoplatystoma corruscans (pintado), Pseudoplatystoma reticulatum (cachara) y Leporinus obtusidens (piau). La distancia genética entre los diferentes grupos de animales fue de 0,10 bovinos/ovinos, 0,66 bovinos/peces y 0,65 ovinos/peces. La construcción del árbol filogenético ha determinado dos clases distintas siendo Mammalia, que contiene las subfamilias: Bovinae y Caprinae, y Actinopterygii que contiene las órdenes: Caraciforme (curimba y piau) y Siluriforme (pintado y cachara). La tecnología de los marcadores moleculares del ADNmt demonstró la posibilidad de utilizarla como herramienta en la identificación y diferenciación de las especies asistiendo a la obra de los taxonomistas. Por lo tanto, la secuenciación parcial de la región del gen 16S rARN fue suficiente para la identificación de ovinos, bovinos y diferentes especies de peces sobre la base de la similitud del gen en programa BLAST.

El objetivo del siguiente trabajo fue confirmar la presencia de Ehrlichia canis por diagnóstico molecular, a partir de muestras de perros con diagnósticos presuntivos, oriundos de la ciudad de Concordia, provincia de Entre Ríos. ADN fue extraído de 14 muestras de sangre de perros con diagnóstico presuntivo de EMC. Para la detección de ADN de E. canis se amplificó un fragmento del gen dsb, específico de este género, y su confirmación específica se realizó mediante secuenciación. Doce de las 14 muestras mostraron bandas del tamaño esperado. Las secuencias obtenidas mostraron un 98-100% de identidad con secuencias registradas en GenBank para E. canis. Además, se amplificó un fragmento del gen ARNr 16S mitocondrial de garrapatas obtenidas de un perro positivo. Las secuencias demostraron que corresponden a R. sanguineus sensu stricto (linaje templado). En este estudio se confirma la presencia de E. canis en la ciudad de Concordia, Entre Ríos, resultando en una alerta para los médicos veterinarios de la región, a fin de incentivar estrategias de prevención de la enfermedad y control del vector.

Xanthomonas fragariae es el agente causal de la mancha angular de la hoja en el cultivo de fresa (Fragaria × ananassa Duch) en México. El objetivo de este estudio fue caracterizar e identificar las bacterias aisladas basadas en la caracterización fisiológica, bioquímica, morfológica y en pruebas de patogenicidad y genética por PCR. Se aislaron colonias de bacterias con morfología similar a la descrita para X. fragariae a partir de tejido foliar de diferentes genotipos de fresa en Cd. Guzmán, Jalisco, México con síntomas de manchas angulares acuosas en el área adaxial, exudado en nervaduras primarias y secundarias y manchas necróticas. Los resultados de la caracterización de los aislamientos bacterianos los identificaron como X. fragariae, lo cual fue confirmado por el análisis genético con la amplificación del gen hrp y la amplificación y secuenciación del gen 16S rADN. La inoculación de la cepa X. fragariae-22 produjo lesiones angulares y necrosis adyacentes a la nervadura de las hojas en plantas susceptibles de fresa var. Jacona.

Las bacterias promotoras de crecimiento tienen la capacidad de fungir como biofertilizantes que proveen a la planta nutrientes, así como con la producción de fitohormonas como el ácido indolacético (IAA, por sus siglas en inglés). Se evaluaron muestras aisladas de suelo rizosférico de cultivos de cebolla de la ciudad de Fresnillo, Zacatecas, México. Se obtuvieron 6 cepas positivas para la producción de ácido indol-acético. Las seis cepas se identificaron mediante la extracción de ADN y la posterior secuenciación bidireccional del gen 16S. La cepa identificada como Pseudomona cedrina fue la mayor productora de ácido indol-acético con un valor de 174±0.06µg/mL; las bacterias identificadas presentan potencial para ser usadas en la formulación de biofertilizantes.

Muestras de agua del humedal “Laguna de tierra blanca” de Soacha, Cundinamarca, fueron sembradas en agar MacConkey y EMB. Una colonia verde metálico, catalasa positiva y oxidasa negativa se resembró de nuevo en agar EMB y fue sometida a la prueba bioquímica API E20. Se extrajo el DNA, se amplificó el gen 16S rRNA por PCR y se cortó con las endonucleasas de restricción AluI y HpyCH4III. Un análisis de ARDRA in silico fue realizado para 11 secuencias del gen 16S rRNA de todas las especies del género, reportadas en GenBank. El sistema API E20 reveló la presencia de Citrobacter sp. El análisis de ARDRA mostró que el patrón de bandas generado por HpyCH4III no presentó ninguna coincidencia con los reportados en GenBank. AluI presentó seis bandas con tamaños de 592, 338, 368, 227, 95, 92 y 49 pb, coincidiendo con las bandas in silico reportadas para las especies Citrobacter sedlakii y Citrobacter gillenii, presentándose para cada especie bacteriana una banda adicional. La banda de 367 pb identificó a C. gillenii y la de 338 pb a.C. sedlakii, concluyéndose que la colonia aislada contenía posiblemente estas dos cepas bacterianas.

En el presente estudio, las comunidades bacterianas en muestras de suelo y agua, procedentes de pozas artesanales de lixiviación con cianuro, fueron caracterizadas por análisis dependientes e independientes de cultivo. Para la caracterización de la comunidad bacteriana cultivable, se emplearon técnicas clásicas de microbiología hasta la obtención de cepas puras, las cuales fueron identificadas a nivel molecular. Por otro lado, las comunidades bacterianas no cultivables fueron caracterizadas por secuenciación de próxima generación del gen ARNr 16S. La comunidad bacteriana cultivable estaba principalmente representada por los géneros Pseudomonas, Bacillus y Acinetobacter; mientras que las comunidades no cultivables, predominantes en muestras de suelo, fueron los filos Proteobacteria (12.91%), Firmicutes (11.32%), Actinobacteria (11.25%) y Bacteroidetes (10.16%). Por otro lado, en muestras de agua predominaron los filos Firmicutes (59.16%) y Actinobacteria (38.99%).

La producción orgánica de seda incluye la aplicación de compost como practica de cultivo en morera (Morus alba), sin embargo, el efecto de la fertilización orgánica en las poblaciones de bacterias rizosféricas no siempre es positivo. Para evaluar el efecto del compost en la diversidad de bacterias rizosféricas en cultivos de morera (Morus alba), se aplicaron 0, 0.25, 0.5 y 1 kg.m-2 de compost a parcelas con morera dispuestas en un diseño en bloques completos al azar. De cada parcela se extrajo ADN del suelo rizosférico a los 0, 5, 10 y 90 días de aplicado el compost y se amplificó la región V4 del gen ADNr 16S para su secuenciación y asignación taxonómica de los OTUS. Los índices de diversidad alpha mostraron la dominancia de algunos grupos taxonómicos, como los phyla Proteobacteria y Acidobacteria y los géneros Pseudomonas, Opitutus, Luteolibacter y Nitrospir. La diversidad beta indicó similitud entre las muestras influenciadas por la aplicación compost y el incremento de la diversidad en las parcelas muestreadas al final del experimento (90 días). Los grupos taxonómicos dominantes se caracterizan por su función en el ciclo del nitrógeno. Así, se concluyó que la aplicación de 1 kg.m-2 llevó al aumento de la humedad del suelo, el pH y la disponibilidad de nutrientes, lo que incremento la diversidad de bacterias rizosféricas con cambios positivos en composición, riqueza y abundancia en los niveles de orden, familia y género.

Introducción. Las especies patógenas del género Leptospira ocasionan la leptospirosis en seres humanos y animales susceptibles. Los roedores son los reservorios naturales de las bacterias; otros animales silvestres son hospederos accidentales. Las musarañas han sido involucradas en el ciclo de transmisión de este patógeno en varios países; sin embargo, en México, no existe información al respecto. Objetivo. Describir la infección con Leptospira spp. en musarañas capturadas en Yucatán, México. Material y métodos. Se capturaron dos ejemplares de musaraña (Cryptotis mayensis) en el municipio de Hunucmá. Ambos fueron eutanasiados para recolectar fragmentos de riñón, bazo y músculo estriado esquelético que sirvieron en la extracción de ADN total. La infección con Leptospira se exploró por PCR convencional para la amplificación de un fragmento del gen 16S ribosomal (16S rRNA). Asimismo, para corroborar y robustecer los resultados, se realizaron otras reacciones para la amplificación de fragmentos correspondientes a los genes lipL32 y rpoC. Resultados. En la extracción de ADN correspondiente a tejido renal de un ejemplar se obtuvieron los amplificados de los genes 16S rRNA y rpoC. Conclusiones. Este trabajo representa el primer reporte de la infección con Leptospira en tejido renal de C. mayensis de Yucatán, México. Es necesario realizar más estudios en la región para determinar la participación de estos animales en el ciclo epidemiológico del género bacteriano.

El objetivo del estudio fue aislar y caracterizar fenotípica y molecularmente al patógeno Edwardsiella anguillarum, así como determinar las lesiones anatomo-histopatológicas en tilapia (Oreochromis niloticus) cultivada con tecnología biofloc en la zona norte de Lima, Perú. Se trabajó con cinco cepas bacterianas aisladas y caracterizadas mediante técnicas bioquímicas convencionales y por el sistema API 20E. Se identificó E. anguillarum a partir de órganos internos mediante las técnicas bioquímica y molecular. Los signos clínicos externos más frecuentes fueron exoftalmia bilateral, eritema en aletas pectorales y alrededor del ano. Internamente se apreció nodulaciones blanquecinas en el corazón e hígado. El estudio histopatológico reveló necrosis en lamelas branquiales, bazo, intestino, riñón posterior y gónada, así como presencia de reacción inflamatoria de tipo granulomatosa en corazón, hígado, bazo, riñón y gónadas. Las cepas evaluadas presentaron metabolismo fermentativo de glucosa y positividad ante las pruebas de rojo de metilo, producción de sulfuro de hidrógeno, indol y ácido a partir de manitol. Los aislados fueron confirmados por la técnica de PCR y secuenciación del gen 16S ARNr. Todas las cepas presentaron sensibilidad a los antibióticos ácido nalidíxico, florfenicol, gentamicina, kanamicina, flumequina, oxitetraciclina y sulfatrimetoprim.

Los microorganismos fitopatógenos son una amenaza importante para la producción de alimentos y su control mediante el uso de microorganismos antagonistas es una práctica mundial, lo que ha llevado a la investigación y búsqueda de nuevos aislamientos que sean efectivos en el control biológico. En esta investigación se llevó a cabo el aislamiento e identificación de bacterias a partir de bioinsumos producido artesanalmente en Nicaragua y se evaluó in vitro su antagonismo frente a hongos fitopatógenos de interés agrícola. Se realizó la caracterización morfológica de 14 aislados bacterianos y confirmación por secuenciación del gen ADNr 16S; posteriormente se evaluó el potencial antagónico mediante confrontación dual frente a los hongos identificados como Fusarium equiseti, Fusarium sp. y Alternaría alternata. Como resultado se encontraron 6 cepas con efecto inhibitorio, sobresaliendo Bacillus subtilis cepa F con los mejores porcentajes de inhibición del crecimiento de los fitopatógenos evaluados en un rango de 50-100%. Otros resultados de interés fueron obtenidos mediante la identificación de Bacillus megaterium y la utilización de Rhizobium sp, este último inhibió entre 50-90% el crecimiento de los hongos, lo cual sugiere considerar su aplicación no solo como bioestimulante, sino también como bioprotector al inhibir de crecimiento de ciertos fitopatógenos.

Se revisa el estado taxonómico de Gastrotheca peruana usando métodos filogenéticos en base a secuencias de 16S rRNA. Los árboles de máxima verosimilitud y Bayesiano mostraron que las variantes génicas de G. peruana forman dos clados que no son hermanos. Uno de estos clados se distribuye en el norte de Perú, incluyendo un individuo procedente de la localidad típica de G. peruana dissimilis. El segundo clado está restringido al centro de Perú y contiene individuos de las localidades tipo de dos formas nominales, G. p. peruana y G. p. junensis, y es hermano de G. aratia. De esta forma, reconocemos dos especies dentro de lo que actualmente se conoce como G. peruana. Restringimos Gastrotheca peruana a las poblaciones del centro de Perú (departamentos de Ancash, Lima, Pasco y Junín) y asignamos Gastrotheca dissimilis a las poblaciones de los departamentos de La Libertad y Cajamarca.

<p align="left">Se evaluo el efecto de aplicacion de vinaza y potasio sobre la estructura de comunidades bacterianas de maiz dulce (<em>Zea mays</em>) en un Entic dystropept y en un Fluventic haplustoll del Valle de Cauca, Colombia. Se siguio un diseno completamente al azar con cuatro tratamientos y cinco repeticiones: T1 (100% requerimiento de K+ con KCl), T2 (100% requerimiento de K+ con vinaza), T3 (50% requerimiento de K+ con KCl +50% con vinaza) y T4 (25% requerimiento de K+ con KCl +75% con vinaza). Se establecio la relacion entre estructuras de comunidades microbianas y aplicacion de vinaza por el metodo PCR-DGGE de amplicones del gen rRNA 16S. El T1 y T2 del Entic dystropept presento mayor numero de amplicones y el analisis cluster de distancia euclidiana indico que existe similaridad de comunidades bacterianas en estos tratamientos donde tanto la vinaza como KCl fueron aplicados para suplir el 100% de fuente de potasio</p>

Introducción: La bioprospección de metabolitos de interés antropogénico emplea métodos de recolección de microorganismos en ecosistemas extremófilos o endémicos. La microbiota aislada en estos lugares puede o no incluir microorganismos patógenos. Es imprescindible un enfoque interdisciplinario que permita abordar la búsqueda de las especies de interés mientras se preserva la buena salud de los investigadores. Objetivo: Identificar molecular, bioquímica y morfológicamente microorganismos patógenos humanos en cepas celulolíticas de importancia industrial almacenadas en el banco de cepas del Laboratorio de Investigación de la Facultad de Ingeniería Química de la Universidad Central del Ecuador, procedentes del Yasuní, la Antártida y Balzapamba. Métodos: Se realizó un estudio de bioprospección de bacterias celulolíticas empleando técnicas de microbiología ambiental. Se evaluaron las características morfológicas mediante tinciones, como por ejemplo Gram. Además, se realizaron pruebas bioquímicas y antibiogramas para bacterias Gram-negativas y Gram-positivas. Las pruebas moleculares utilizaron extracción de ADN bacteriano para la secuenciación Sanger del gen 16S. Resultados: Se encontraron las especies Klebsiella pneumoniae (Y2 y Y3r) y Nocardia asteroides (Y1 y Y3p) en las muestras de material lignocelulósico recolectadas en Yasuní, mientras que las especies aisladas en la Antártida y en Balzapamba corresponden a Bacillus subtillis. Conclusiones: Se identificaron cepas pertenecientes a diferentes géneros bacterianos. Las bacterias del género Klebsiella, en las muestras colectadas en Yasuní, podrían tener un potencial patógeno. Eso se puede corroborar con técnicas de genotipificación. Por lo tanto, puede existir riesgo para los seres humanos que realizan bioprospección en ese ecosistema y se deben tomar medidas de bioseguridad.

El “permanente del tomate”, “manchado del tubérculo” o “zebra chip” en papa y “brotes cloróticos” del chile, son tres enfermedades descritas en México con signos coincidentes de aborto de flor, oscurecimiento de tejido vascular en la base del tallo y raíz de las plantas. Se ha mencionado la asociación entre estas enfermedades y la bacteria emergente Candidatus Liberibacter solanacearum (CLs) así como al psílido Bactericera cockerelli como su vector. Estas enfermedades, que en inicio se localizaban en tres estados de México se han diseminado a las principales regiones productoras de solanáceas, tanto en condiciones de campo como en invernadero. El objetivo del estudio fue conocer la presencia de CLs asociado a enfermedades que afectan los cultivos de tomate, para y chile en México. La bacteria se identificó por PCR del gen 16S de ADNr, clonación y secuenciación. La alineación de secuencias nucleotídicas se realizó con el método Clustal W y el árbol filogenético se construyó con el algoritmo de Neighbor-Joining a partir de distancias calculadas con el método de Tajima-Nei y un índice de Felsenstein de 1 000 réplicas, utilizando el software MEGA versión 5.05. En total se analizaron 167 muestras, de las cuales 86 resultaron positivas, provenientes de 14 estados de México. Se obtuvieron cinco secuencias nucleotídicas de Guanajuato, San Luis Potosí y Sinaloa correspondientes al tomate, papa y chile, adultos y huevecillos de B. cockerelli. El análisis de las secuencias mostró una identidad de 99.4% al comparase entre estas y hasta 99.8% con accesiones del GenBank descritas para CLs en EUA, Nueva Zelanda y Canadá.

Para la investigación, los almidones de papa (Solanum tuberosum), camote (lpomoea batatas) y yuca (Manihot esculenta) fueron hidrolizados por la enzima amilasa obtenida por cultivo líquido de la bacteria termófila, designada como Bacillus licheniformis BA-3 y aislada de los géiseres de Calientes, Candarave, Tacna. Se obtuvo el extracto crudo, el cual fue filtrado, centrifugado y precipitado con sulfato de amonio al 60 % y dializado por 24 horas en refrigeración a - 5 °C. Asimismo, la bacteria termófila utilizada presentó el 99 % de identidad mediante la secuenciación del gen ARNr 16S. Se evaluó la concentración de azúcares reductores de los almidones y, a partir de ello, se determinó la cinética de velocidad enzimática propuesta por Michaelis-Menten, a concentraciones de 1 %, 1.5 %, 2 %, 2.5 % y 3 % de solución de cada almidón con 5 μl de enzima amilasa a temperatura de 50 °C y pH 7. Se obtuvieron las constantes de Michaelis- Menten (Km) de 0.4225 g/ml, 0.0024 g/ml y 0.1263 g/ml para Solanum tuberosum, lpomoea batatas y Manihot esculenta, respectivamente. De igual forma, se obtuvo valores de velocidad máxima (Vmax) de 0.00091 g/ml *min, 0.00011 g/ml*min y 0.00099 g/ml*min para cada almidón estudiado. Se concluyó que existe mayor afinidad de la enzima producida por Bacillus licheniformis BA-3 con el almidón de lpomoea batatas por ser el menor valor de Km obtenido.

El uso de microorganismos promotores del crecimiento, tiene grandes beneficios, los que ayudan a disminuir el uso excesivo de fertilizantes y pesticidas usados en la producción agrícola. Los objetivos fueron aislar, caracterizar y evaluar en campo cepas del género Bacillus spp., en el rendimiento de maíz forrajero. El estudio fue realizado en el campo experimental de la Facultad de Agricultura y Zootecnia en la Universidad Juárez del Estado de Durango en la región de la Comarca Lagunera, ubicada en el norte de México, durante 2018. Se aislaron y se identificaron cepas de Bacillus spp., a partir de raíces de plantas de zacate Johnson (Sorghum halepense), maíz (Zea mays) y sorgo (Sorghum bicolor), preseleccionadas de acuerdo a la capacidad para fijar nitrógeno y caracterizadas por secuenciación del gen 16S rDNA. Fueron identificadas dos cepas de Bacillus amyloliquefaciens y tres más de Bacillus subtilis. Posteriormente, evaluadas en campo durante los ciclos primavera-verano (P-V) y otoño-invierno (O-I) del año 2018, en dos híbridos de maíz (Galáctico y AG 614). La inoculación con la cepa Bacillus amyloliquefaciens favoreció un buen resultado para peso fresco de la planta, peso seco, diámetro de tallo, número de elotes, peso fresco de raíz y en longitud de la raíz; mientras que Bacillus subtilis, mejor en peso fresco de raíz respecto al testigo. Con referencia al área foliar y porcentaje de proteína cruda, no se observó diferencia significativa entre los tratamientos con resultados similares al tratamiento químico. Finalmente, para diámetro de raíz, el resultado más favorable se presentó con el tratamiento químico. Los mejores resultados fueron encontrados durante el ciclo P-V.

DDT al igual que otros pesticidas organoclorados han sido utilizados extensivamente en Colombia entre los años 1970 y 1980 en cultivos de algodón. DDT es resistente a la degradación y fuertemente relacionado con numerosos problemas de salud y actualmente está prohibido su uso. El propósito de esta investigación fue evaluar la biodegradación de DDT y de los productos DDD y DDE, presentes en el suelo contaminado durante 16 años en le municipio Agustín Codazzi, Cesar, Colombia. Se llevaron a cabo bioestimulación, bioaumentación y un tratamiento de control bajo condiciones anaerobias y aerobias secuenciales. El proceso de biodegradación anaerobia duró 8 semanas y consecutivamente se realizó el proceso aerobio por 20 semanas. En el proceso de bioestimulación se adicionó fósforo para optimizar la proporción C:N:P en el suelo tratado. De las bacterias nativas se aislaron las cepas bacterianas con la capacidad biodegradadora del DDT y fueron identificadas mediante las características morfológicas y ampliación por PCR de la región de 1465 pb del gen ribosomal 16S y secuenciación. De estas se seleccionaron cuatro cepas bacterianas para el proceso de bioaumentación: Burkholderia cepacia, Pseudomonas fluorescens, Aeromona caviae, y Bacillus sp, las cuales fueron bioaumentadas en el laboratorio e inoculadas en el suelo tratado en concentración de 108 UFC/ml. La concentración de DDT, DDD y DDE se determinó por medio de cromatografía de gases. Los mejores resultados se obtuvieron durante la fase anaerobia logrando una remoción de DDT, DDD y DDE en un 56,2%, 17,1% y 44,5% respectivamente.

En el presente trabajo se ensayó una técnica de degradación biológica del explosivo 2,4,6 trinitrotolueno (TNT) encondiciones in vitro. Se realizó un screening de cepas bacterianas degradadoras de TNT a partir de 18 cepasprovenientes de suelo contaminado con derivados de hidrocarburo y de un sistema de tratamiento de relaves mineros.Se seleccionaron dos cepas: UP1 y 3T412C, identificadas por análisis de la secuencia parcial del gen rRNA 16S como Serratia marcescens UP1 y Klebsiella oxytoca 3T412C con los que se formó un consorcio evaluándose la degradación de 60 mg/1 de TNT en medio Mínimo Modificado con succinato como única fuente de carbono a temperatura ambiente (28 ± 2°C) en agitación constante a 150 rpm por 72 horas. La concentración de TNT del medio de cultivo fue cuantificada por Cromatografía Líquida de Alta Eficacia (HPLC). El porcentaje de degradación de TNT para Klebsiella oxytoca 3T412C fue 97,87 %, para el consorcio 95,81 % y para Serratia marcescensUPl 42,94 % tras 72 horas de incubación. En conclusión, estos resultados demuestran la presencia de bacterias degradadoras de TNT con potencial para ser empleadas en procesos de biorremediación.

Background: The isolation of cellulolytic bacteria, which hydrolyze cellulose to cellobiose and glucose, can provide useful information about rumen diversity. Objective: To identify and characterize a microorganism capable of hydrolyzing cellulose, isolated from a cow rumen. Methods: Anaerobic culture techniques were used for isolating cellulose-degrading rumen bacteria. Congo red staining was used to evaluate β-D-glucanase activity, and carbohydrate fermentation pattern was obtained with the kit API 50CHB/E. DNA extraction was performed and the 16S rDNA gene was amplified using 8F (5'-AGA GTT TGA TCC TGG CTC AG-3'), and 1492R (5' GGT TAC CTT GTT ACG ACT T 3') primers. The phylogenetic tree was reconstructed with the algorithm of maximum parsimony (bootstrap 5000), and 16S rDNA sequence was deposited in the NCBI database (accession number: KM094184). Results: The isolated bacterium showed cellulolytic activity detected with Congo red; besides, glycerol, ribose, xylose, sucrose, galactose and glucose were fermented by this bacterium. However, biochemical tests did not identify the bacteria because no match was found at database of API WEB Software. The phylogenetic inference indicated that this bacterium belongs to Shigella genus, with 98% maximal identity respect to the other taxonomic species. Conclusions: Phylogenetic analysis of 16S rRNA genes showed that the rumen isolated bacterium was a member of the genus Shigella, which, under mesophilic conditions, is an interesting candidate for obtaining oligosaccharides from lignocellulosic biomass.Keywords: cellulolytic, fermentation, monophyletic, rumen, Shigella. Resumen Antecedentes: El aislamiento de las bacterias celulolíticas, que hidrolizan la celulosa a celobiosa y glucosa, proporciona valiosa información sobre la diversidad del rumen,. Objetivo: Identificar y caracterizar un microorganismo capaz de hidrolizar celulosa, aislado de un rumen vacuno. Métodos: Se utilizaron técnicas de cultivo anaeróbico para aislar bacterias ruminales que degradan celulosa. La tinción con rojo Congo se usó para evaluar la actividad β-D-glucanasa y el patrón de fermentación de carbohidratos se obtuvo con el kit API 50CHB/E. Se realizó la extracción de DNA y se amplificó el gen de 16S rDNA utilizando los cebadores 8F (5'-AGA GTT TGA TCC TGG CTC AG-3'), y 1492R (5' GGT TAC CTT GTT ACG ACT T 3'). El árbol filogenético se reconstruyó con el algoritmo de máxima parsimonia (replicas 5000) y la secuencia 16S rDNA se depositó en la base de datos del NCBI (número de acceso: KM094184). Resultados: La bacteria aislada mostró actividad celulolítica detectada con la tinción de rojo Congo; además, esta bacteria fermenta glicerol, ribosa, xilosa, sacarosa, galactosa y glucosa. Sin embargo, las pruebas bioquímicas no permitieron identificar a la bacteria aislada, por no encontrar coincidencias en la base de datos del software API WEB. La inferencia filogenética indicó que esta bacteria pertenece al género Shigella, con 98% de identidad máxima respecto a las otras especies taxonómicas. Conclusiones: El análisis filogenético del gen 16S rRNA mostró que la bacteria aislada del rumen es un miembro del género Shigella que, en condiciones mesófilas, es un candidato interesante para obtener oligosacáridos a partir de biomasa lignocelulósica.Palabras clave: celulolítica, fermentación, monofilético, rumen, Shigella. ResumoAntecedentes: As bactérias celulolíticas hidrolizam a celulosa em celobiose e glicose, e o isolamento desses microrganismos fornece informações sobre a diversidade do rúmen. Objetivo: Identificar e caracterizar um microorganismo isolada do rúmen de uma vaca, com capacidade para hidrolisar a celulose. Métodos: Técnicas de cultura anaeróbica foram utilizadas para isolar bactérias ruminais que degradam a celulose. A atividade β-D-glucanase foi mostrada utilizando mancha de vermelho Congo, e o padrão de fermentação de carbohidratos foi obtida com o kit API 50CHB/E. A extracção foi realizada de DNA e amplificou-se os genes 16S rDNA utilizando os iniciadores 8F (AGA GTT TGA 5'-TCC TGG CTC AG-3'), e 1492R (5' CTT GGT TAC GTT ACG TCA T 3'). A árvore filogenética foi reconstruída com o algoritmo de máxima parcimônia (réplicas 5000). A sequência de rDNA 16S foi depositada no banco de dados do NCBI (número de acesso: KM094184). Resultados: O isolado mostrou uma atividade celulolítica com coloração vermelho Congo; además esta bactéria fermentação de glicerol, ribose, xilose, sacarose, galactose e glicose. No entanto, com as provas bioquímicas não se identificou a bactérias isolada, já que não se encontrou na base de dados do software API WEB. A inferência filogenética indicou que esta bactéria pertence ao género Shigella, com 98% de identidade de máximo respeito para outras espécies taxonômicas. Conclusão: A análise filogenética do gene 16S rRNA mostrou as bactérias isoladas do ambiente ruminal como um membro do género Shigella, que condições mesofilicas é um candidato atraente para obter oligossacarídeos da biomassa lignocelulósica.Palavras-chave: celulolítica, fermentação, monofilético, rúmen, Shigella.

Introducción. La inflamación del antro gástrico por Helicobacter pylori aumenta el riesgo de úlcera duodenal, y la del cuerpo gástrico puede producir gastritis atrófica e incrementar la probabilidad de cáncer gástrico. Estas reacciones inflamatorias diferenciadas según su localización, podrían explicarse por la composición de la microbiota gástrica asociada con H. pylori.Objetivo. Identificar y comparar la microbiota del antro y del cuerpo del estómago en individuos de dos poblaciones: una con alto riesgo y otra con bajo riesgo de cáncer gástrico en Nariño, Colombia.Materiales y métodos. Se incluyeron biopsias del cuerpo y el antro gástrico de pacientes con gastritis no atrófica o con gastritis atrófica y metaplasia. La microbiota se definió por secuenciación de la región V3-V4 del gen 16S del ARNr de H. pylori (illumina-MiSeq™). Las unidades taxonómicas operativas se clasificaron utilizando las bases de datos BLASTn y RDPII. Las diferencias entre las poblaciones microbianas del antro y del cuerpo gástrico se evaluaron mediante el análisis de varianza multivariado con base en permutaciones (Permutational Multivariate Analysis of Variance, PERMANOVA) y análisis multivariados. Resultados. La clase Epsilonproteobacteria representada por H. pylori fue más abundante en las biopsias del antro y del cuerpo de los individuos con gastritis no atrófica (>50 %), en tanto que, en los individuos con gastritis no atrófica, esta clase correspondió al 20 % con una mayor diversidad metagenómica. La infección por H. pylori disminuyó significativamente la diversidad metagenómica del antro (p=0,005), en comparación con la del cuerpo gástrico.Conclusiones. Los grupos bacterianos involucrados en la disbacteriosis pueden colonizar ambas regiones topográficas del estómago, independientemente de las reacciones sectorizadas de inflamación. La infección por H. pylori asociada con la microbiota gástrica está relacionada con su localización en el estómago, el tipo de lesión y el mayor o menor riesgo de cáncer gástrico, lo que sugiere su importancia en la disbacteriosis y la de esta en la enfermedad gástrica.

El fósforo es un elemento esencial para el cultivo de café, sin embargo la mayoría de los suelos en Colombia presentan niveles bajos de este nutriente. La presencia de microorganismos solubilizadores de fosfatos (MSF) es una de las estrategias para suplir su demanda, en ese sentido se aislaron 26 bacterias rizosféricas de Typic melanudans de Cajibío (Cauca, Colombia), en tres agroecosistemas: café sin sombra, café con sombra y relicto de bosque secundario, evaluándoles la eficiencia solubilizadora de P (ESF) en Ca-P, Al-P, Fe-P en medios Pikovskaya sólido y líquido, obteniendo la secuencia de solubilización Ca-P > Al-P > Fe-P. Los dos aislamientos bacterianos con mayor ESF se identificaron por extracción del ADN y análisis del gen 16S rRNA como Kocuria sp, y Bacillus subtilis. Posteriormente se cuantificaron e identificaron los ácidos orgánicos presentes en las tres fuentes de fosforo por HPLC, siendo ellos los ácidos cítrico, glucónico, D- y L-málico, D- y L-láctico con mayor presencia en Ca-P- Kocuria sp. En todas las condiciones, se observó que ocurrió acidificación de los medios, siendo más fuerte en Fe-P y Al-P.

Xylella fastidiosa es una bacteria Gram negativa que infecta plantaciones de vid (Vitis vinifera L.) en el municipio de Parras, Coahuila, México. La presente investigación tuvo como objetivo identificar la subespecie de X. fastidiosa y determinar su asociación con diferentes especies de plantas cultivadas y silvestres en el municipio. Durante el verano y otoño de 2018 se obtuvieron, en dos predios del municipio de Parras, 83 muestras procedentes de árboles frutales (n = 36), incluyendo vid, árboles forestales (n = 4), plantas ornamentales (n = 2) y plantas silvestres (n = 41). Para la identificación de la bacteria se amplificaron por PCR secuencias parciales de los genes gyrB, HL y 16S rRNA, así como de los genes de mantenimiento (MLST) leuA, petC, malF, cysG, holC, nuoL y gltT, además del gen de adherencia a superficies pilU. La reconstrucción filogenética mostró que las secuencias amplificadas correspondieron a X. fastidiosa subsp. fastidiosa. El clado X. fastidiosa subsp. fastidiosa mostró que las secuencias concatenadas de los genes MLST se agruparon con las secuencias ST1, ST2 y ST3, y las del gen pilU con la secuencia ST1. Los resultados confirmaron la presencia de X. fastidiosa subsp. fastidiosa en las especies cultivadas de Carya sp., Cydonia sp., Ficus carica, Olea europaea y V. vinifera, y en las especies silvestres Celtis pallida, Baccharis sp., Phragmites sp. y Rubus sp. Sólo en Cydonia sp., O. europaea, Phragmites sp. y V. vinifera se registró síntoma de escaldadura en las hojas, característico de X. fastidiosa. Los resultados indican que en el municipio de Parras, Coahuila se presentan infecciones recurrentes que representan una fuente de inóculo de la bacteria para los viñedos, principal cultivo de la región. Este es el primer reporte de X. fastidiosa subsp. fastidiosa en Cydonia sp., la cual se propone como nuevo hospedante de la bacteria.

Introducción. La leptospirosis es una enfermedad zoonótica endémica en México, ocasionada por la bacteria del género Leptospira, la cual constituye un problema de salud pública y veterinaria. Los roedores son los reservorios más relevantes de Leptospira spp., debido a que la bacteria se establece y se reproduce en su tejido renal y es excretada por la orina.Objetivo. Identificar la presencia de Leptospira spp. en tejido renal de roedores capturados en Yucatán, México.Materiales y métodos. Se capturaron roedores sinantrópicos y silvestres en el municipio rural de Cenotillo, Yucatán, México. Se tomó un riñón de cada roedor y se extrajo el ADN total. La identificación de Leptospira spp. se hizo mediante la detección de dos fragmentos del gen 16S rRNA con una reacción en cadena de la polimerasa (PCR) de punto final. Los productos positivos se secuenciaron y se analizaron con herramientas de alineamiento.Resultados. Se capturaron 92 roedores pertenecientes a siete especies distintas. La PCR arrojó 5,4 % (5/92) de positividad global. El análisis del alineamiento de los aislamientos de los roedores infectados demostró 100 % de cobertura e identidad con la especie Leptospira interrogans. Esta es la primera evidencia molecular de la circulación de Leptospira spp. en Heteromys gaumeri capturados en Yucatán, México.Conclusión. Se evidenció que los roedores de Yucatán, México, son reservorios de Leptospira spp. y participan en el ciclo de infección de la leptospirosis en la región.

El empleo de biofertilizantes con base en rizobacterias promotoras del crecimiento, constituye una alternativa biotecnológica para mejorar la producción de especies de interés hortícola. En el presente trabajo se identificaron mediante análisis del gen 16S rRNA, cuatro rizobacterias previamente aisladas de plantas de tomate (Lycopersicum esculentum Mill.), las que fueron caracterizadas por sus propiedades bioquímicas relacionadas con la promoción del crecimiento vegetal y evaluadas por su efecto en la germinación y crecimiento de plántulas de tomate y pimiento (Capsicum annuum L.). Las cuatro cepas, denominadas MA04, MA06, MA12 y MA17, pertenecen al género Bacillus, producen ácido indolacético (0.9 a 2.3 mg L-1), solubilizan fósfato tricálcico (18.5 a 34.7 mg L-1) y poseen actividad ACC deaminasa. Además, MA04, MA06 y MA12 fueron capaces de crecer en ausencia de nitrógeno (potenciales fijadoras de nitrógeno atmosférico). Al evaluar el efecto de la inoculación de estas rizobacterias en semillas de tomate se encontró que MA04 y MA17 aumentaron el porcentaje de germinación en 5 y 6 % respectivamente, mientras que las cepas MA06 y MA12 incrementaron el peso de las plántulas en 17 y 20 % respectivamente. En semillas de pimiento, la cepa MA06 incrementó el porcentaje de germinación en 7 %, y MA12 y MA17 incrementaron la biomasa en 37 y 16 %, respectivamente. La cepa MA12 fue más versátil para promover el crecimiento de plántulas de tomate y pimiento, y podría recomendarse para la formulación de biofertilizantes destinados al tratamiento de tales cultivos.

La investigación tuvo como objetivo la caracterización bioquímica e identificación molecular de cepas patógenas de Aeromonas sp aisladas de truchas arcoíris juveniles con signología compatible a aeromoniasis, cultivadas en seis piscigranjas de los departamentos de Junín (2), Pasco (2), Cajamarca (1) y Ancash (1), Perú. Se seleccionaron 60 truchas juveniles de 4-5 meses, con signología sugerente de brotes de aeromoniasis entre 2017 y 2018. Se realizó la eutanasia y necropsia y se registraron las lesiones externas e internas presentes. Se efectuó el aislamiento bacteriano de muestras de bazo y riñón anterior en agar TSA y GSP por 24-48 horas a 25 °C, se caracterizaron las colonias bacterianas mediante pruebas bioquímicas y se identificaron por PCR convencional utilizando cebadores específicos del gen ARNr 16S (Aeromonas spp.), fstA (A. salmonicida) y gyrB (A. hydrophila). Además, se realizó la secuenciación y se confirmó por análisis BLAST (NCBI). Las lesiones externas registradas fueron melanosis, aletas necróticas y hemorrágicas, úlceras en la piel y distensión abdominal. Las lesiones internas fueron hepatomegalia, esplenomegalia y hemorragia petequial en hígado, ciegos pilóricos y grasa peritoneal. Se aislaron 12 cepas en GSP (7 de Junín y 5 de Cajamarca), caracterizadas como Aeromonas spp, siendo negativas en las muestras de Pasco y Ancash. Las pruebas bioquímicas determinaron cuatro cepas como Aeromonas salmonicida y ocho como Aeromonas sp móviles, diferenciándose por pruebas de motilidad e indol. La identificación molecular por PCR determinó cuatro cepas A. salmonicida procedentes de Junín, una cepa A. hydrophila de Cajamarca y siete cepas móviles Aeromonas spp (3 de Junín y 4 de Cajamarca) que fueron negativas a la PCR de A. salmonicida y A. hydrophila. El análisis BLAST (NCBI) confirmó las cepas A. salmonicida y Aeromonas spp (identidad de 98-100%); además, la cepa de Cajamarca (identificada como A. hydrophila por bioquímica) presentó identidad de 95.65% con A. hydrophila subespecie dhakensis. En conclusión, Aeromonas salmonicida, A. hydrophila subespecie dhakensis y otras Aeromonas móviles patógenas causan signología asociada a aeromoniasis en truchas arcoiris juveniles en las piscigranjas de Junín y Cajamarca. Es la primera vez que se detecta A. hydrophila subsp. dhakensis en el país.

El objetivo de este estudio es caracterizar molecularmente bacterias con potencial probiótico aisladas de heces de neonatos humanos. Se evaluó 60 muestras de heces de neonatos (0-3 días) se enriquecieron en caldo Man Rogosa y Sharp (MRS) a 37°C/24h. Se seleccionó y se sometió a pruebas in vitro con sales biliares, resistencia a pH bajo y actividad antimicrobiana frente a Escherichia coli ATCC25922, E. coli ATCC35218, Salmonella enterica y Listeria inocua mediante el ensayo difusión en agar. La identificación molecular se realizó con amplificaciones PCR-BOX y el secuenciamiento del gen 16S rRNA. Se aislaron un total de 48 cepas y todas presentaron resistencia a pH 3 y 0.3% sales biliares; 3 cepas mostraron actividad antimicrobiana frente a E. coli ATCC25922, 1 cepa frente a E. coli ATCC35218, 5 cepas frente a L. inocua y todas frente a S. entérica. De las 48 cepas se obtuvieron dos perfiles BOX-PCR pertenecientes a los géneros de Lactobacillus y Enterococcus. Nueve cepas (C52, C61, C71, C112, C16 2, C192, C20, C35, y C42) presentaron un 100% de similaridad a L. plantarum ATCC 14917T [ACGZ01000098] y dos cepas (C15 y C40) un 99.93% y 99.80% de similaridad, respectivamente a Enterococcus faecium CGMCC 1.2136T [AJKH01000109]; estas cepas mostraron actividad en leche con diferencias significativas (p valor < 0.05) en la cinética de pH 3. En conclusión se encontró bacterias con potencial probiótico.

El estudio de la microbiota en corales es de fundamental importancia para un mejor entendimiento de los procesos que determinan su asociación con el holobionte, sin embargo, aún se conoce poco acerca de los mecanismos básicos de dicha asociación. En esta investigación el objetivo fue aislar a partir de corales sin signos aparentes de enfermedad, las bacterias predominantes de la comunidad, determinar su capacidad de adhesión al moco producido por Pocillopora sp. e identificarlas molecularmente. Se recolectaron corales de los géneros Pocillopora sp. y P. panamensis, se cuantificó la población de cuatro grupos de microorganismos (expresados como Log de UFC g-1): bacterias mesófilas aerobias (4.7 - 6.4), bacterias ácido lácticas (˂1.0-5.8), bacterias del género Vibrio (˂1.0-4.5), así como hongos y levaduras (˂1.0-3.6). Se aislaron 156 cepas bacterianas del holobionte homogeneizado y se seleccionaron aquellas con mayor crecimiento a las 24 h para el ensayo de adhesión, que consistió en 25 cepas de Pocillopora sp. y 27 de Porites panamensis. El ensayo de adhesión al extracto crudo de moco de Pocillopora sp., marcado enzimáticamente con HRP mostró que el 82 % de las cepas se adhieren. Se extrajo ADN de todas las cepas, sin embargo, con los oligonucleótidos universales utilizados se obtuvieron productos de PCR solo de 32. Se identificaron molecularmente 14 de Pocillopora sp. y 18 de P. panamensis con base en la secuenciación y análisis del gen 16S DNAr. Las cepas identificadas correspondieron a 17 especies, donde predominó el género Bacillus, con 64 % en Pocillopora sp. y 44 % en P. panamensis. Las especies de bacterias que comparten estos corales son B. subtilis y Staphylococcus hominis. Se sugiere que las especies identificadas adherentes tienen la capacidad de colonizar el moco del coral, son comensales y potencialmente benéficas, debido a que fueron aisladas de corales aparentemente sanos. Adhesion ability to coral mucus of isolated bacteria from Pocillopora sp. and Porites panamensis of California Gulf southeast ABSTRACT. The study of coral microbiota is of fundamental importance for a better understanding of the processes that determine its association with the holobiont, however, little is known about the basic mechanisms of this association. In this research, the objective was to isolate from corals without apparent signs of disease, the predominant bacteria of the community, determine their ability to adhere to the mucus produced by Pocillopora sp. and identify them molecularly. Corals of the genera Pocillopora sp. and Porites panamensis were recollected, the population of four groups of microorganisms (expressed as Log of CFU g-1) was quantified. Results indicated aerobic mesophilic bacteria (4.7 - 6.4), lactic acid bacteria (˂1.0-5.8), bacteria of the Vibrio genus (˂ 1.0-4.5), as well as fungi and yeasts (˂1.0-3.6). 156 bacterial strains of the homogenized holobiont were isolated and those with the highest growth at 24 h were selected for the adhesion test, which consisted of 25 strains of Pocillopora sp. and 27 of P. panamensis. The adhesion test to the enzymatically labeled with HRP crude mucus extract of Pocillopora sp., showed that 82% of the strains adhere. DNA was extracted from all strains, however, with the universal oligonucleotides used, only 32 PCR products were obtained. 14 strains from Pocillopora sp. and 18 from P. panamensis were molecularly identified based on the sequencing and analysis of the 16S DNAr gene. The strains identified corresponded to 17 species, where the genus Bacillus predominated, with 64% in Pocillopora sp. and 44% in P. panamensis. The species of bacteria that share these corals are B. subtilis and Staphylococcus hominis. It is suggested that the identified adherent species have the ability to colonize coral mucus, are commensal and potentially beneficial, because they were isolated from apparently healthy corals.

<p class="MsoNormal" style="text-align: justify;"> </p><p><strong>Título en ingles: Evaluation of organic acid production by <em>Streptomyces</em> spp. and solubilization of three phosphorus sources by strain T3A</strong></p><p class="MsoNormal" style="text-align: justify;"> </p><p><strong>Título corto: </strong><strong>Producción de ácidos orgánicos por <em>Streptomyces</em> spp. y solubilización de fosfatos por la cepa T3A.</strong></p><p class="MsoNormal" style="text-align: justify;"> </p><p><strong>Título corto en ingles: Organic acid production by <em>Streptomyces</em> spp. and solubilization by strain T3A</strong></p><p><strong>Resumen: </strong>Quince aislamientos de actinobacterias solubilizadoras de fósforo obtenidas a partir de suelos de los andes orientales colombianos fueron identificadas por sus características morfológicas y por la secuenciación del gen 16S ADNr. El análisis BLASTN de las 15 secuencias obtenidas mostró que los aislamientos pertenecían al género <em>Streptomyces. </em>Paralelamente, los aislamientos fueron sometidos a la detección de ácidos orgánicos, durante el proceso de solubilización de fósforo con la presencia mayoritaria de los ácidos oxálico, cítrico y glucónico. Dentro de las cepas evaluadas <em>Streptomyces </em>sp. T3A fue seleccionada para ser evaluada bajo diferentes fuentes de fósforo inorgánico debido a los resultados de evaluaciones cualitativas y cuantitativas realizadas previamente, en las cuales mostró una actividad solubilizadora de fósforo significativamente alta. Los resultados evidenciaron la capacidad de ésta actinobacteria para solubilizar diferentes fuentes de fosfatos insolubles con valores de 122 mgP·L^-1paraCa₃(PO₄)₂, 14 mgP·L^-1para AlPO₄ y 19,6 mgP·L^-1 para roca fosfórica. También los ensayos revelaron que la actividad se mantiene en un rango de pH de 5 a 8 con las mismas fuentes de fosfatos evaluadas. Los resultados presentados contribuyen al avance en la caracterización de estas bacterias como promotoras de crecimiento vegetal con el fin de presentarlos como un recurso clave a nivel de biotecnología agrícola.</p><p class="MsoNormal" style="text-align: justify;"> </p><p><strong>Palabras clave:</strong> <em>Streptomyces</em>, Solubilización de fósforo, ácidos orgánicos, actinobacteria, HPLC.</p><p class="MsoNormal" style="text-align: justify;"> </p><p><strong>Abstrac: </strong>Fifteen isolates of Eastern Cordillera of the Colombian Andes were identified by morphological characteristics and 16S rDNA gene sequence. The BLAST analysis of 15 sequences shows that isolates belong to <em>Streptomyes</em>. Also we detected the organic acids in the solubilization process mainly oxalic acid, citric acid and gluconic acid. <em>Streptomyces </em>sp. (T3A) was selected in preliminary qualitative and quantitative assays by the high phosphorus solubilizing activity; in this work we evaluate this strain with different forms of inorganic phosphate. The results evidenced the capacity of this actinobacteria to solubilize phosphorous showed 122 mgP•L^-1 Ca₃(PO₄)₂, 14 mgP•L^-1 AlPO₄ and 19,6 mgP•L^-1 for rock phosphate. Also the assays revealed that the activity was maintained between a pH range of 5 to 8 with the same sources of insoluble phosphates evaluated. These results contribute to characterize these strains as plant growth promotion bacteria and as key source in agricultural biotech.</p><p class="MsoNormal" style="text-align: justify;"> </p><p><strong>Key words: </strong><em>Streptomyces, </em>phosphate solubilization, organic acids, actinobacteria, HPLC.</p><p class="MsoNormal" style="text-align: justify;"> </p><p><strong>Recibido: </strong>octubre 10 de 2014<strong> Aprobado:</strong> abril 28 de 2015</p>

Environments containing significant concentration of NaCl such as salt lakes harbor extremophiles microorganisms which have a great biotechnology interest. To explore the diversity of Bacteria in Chott Tinsilt (Algeria), an isolation program was performed. Water samples were collected from the saltern during the pre-salt harvesting phase. This Chott is high in salt (22.47% (w/v). Seven halophiles Bacteria were selected for further characterization. The isolated strains were able to grow optimally in media with 10–25% (w/v) total salts. Molecular identification of the isolates was performed by sequencing the 16S rRNA gene. It showed that these cultured isolates included members belonging to the Halomonas, Staphylococcus, Salinivibrio, Planococcus and Halobacillus genera with less than 98% of similarity with their closest phylogenetic relative. The halophilic bacterial isolates were also characterized for the production of biosurfactant and industrially important enzymes. Most isolates produced hydrolases and biosurfactants at high salt concentration. In fact, this is the first report on bacterial strains (A4 and B4) which were a good biosurfactant and coagulase producer at 20% and 25% ((w/v)) NaCl. In addition, the biosurfactant produced by the strain B4 at high salinity (25%) was also stable at high temperature (30-100°C) and high alkalinity (pH 11).Key word: Salt Lake, Bacteria, biosurfactant, Chott, halophiles, hydrolases, 16S rRNAINTRODUCTIONSaline lakes cover approximately 10% of the Earth’s surface area. The microbial populations of many hypersaline environments have already been studied in different geographical regions such as Great Salt Lake (USA), Dead Sea (Israel), Wadi Natrun Lake (Egypt), Lake Magadi (Kenya), Soda Lake (Antarctica) and Big Soda Lake and Mono Lake (California). Hypersaline regions differ from each other in terms of geographical location, salt concentration and chemical composition, which determine the nature of inhabitant microorganisms (Gupta et al., 2015). Then low taxonomic diversity is common to all these saline environments (Oren et al., 1993). Halophiles are found in nearly all major microbial clades, including prokaryotic (Bacteria and Archaea) and eukaryotic forms (DasSarma and Arora, 2001). They are classified as slight halophiles when they grow optimally at 0.2–0.85 M (2–5%) NaCl, as moderate halophiles when they grow at 0.85–3.4 M (5–20%) NaCl, and as extreme halophiles when they grow at 3.4–5.1 M (20–30%) NaCl. Hyper saline environments are inhabited by extremely halophilic and halotolerant microorganisms such as Halobacillus sp, Halobacterium sp., Haloarcula sp., Salinibacter ruber , Haloferax sp and Bacillus spp. (Solomon and Viswalingam, 2013). There is a tremendous demand for halophilic bacteria due to their biotechnological importance as sources of halophilic enzymes. Enzymes derived from halophiles are endowed with unique structural features and catalytic power to sustain the metabolic and physiological processes under high salt conditions. Some of these enzymes have been reported to be active and stable under more than one extreme condition (Karan and Khare, 2010). Applications are being considered in a range of industries such as food processing, washing, biosynthetic processes and environmental bioremediation. Halophilic proteases are widely used in the detergent and food industries (DasSarma and Arora, 2001). However, esterases and lipases have also been useful in laundry detergents for the removal of oil stains and are widely used as biocatalysts because of their ability to produce pure compounds. Likewise, amylases are used industrially in the first step of the production of high fructose corn syrup (hydrolysis of corn starch). They are also used in the textile industry in the de-sizing process and added to laundry detergents. Furthermore, for the environmental applications, the use of halophiles for bioremediation and biodegradation of various materials from industrial effluents to soil contaminants and accidental spills are being widely explored. In addition to enzymes, halophilic / halotolerants microorganisms living in saline environments, offer another potential applications in various fields of biotechnology like the production of biosurfactant. Biosurfactants are amphiphilic compounds synthesized from plants and microorganisms. They reduce surface tension and interfacial tension between individual molecules at the surface and interface respectively (Akbari et al., 2018). Comparing to the chemical surfactant, biosurfactant are promising alternative molecules due to their low toxicity, high biodegradability, environmental capability, mild production conditions, lower critical micelle concentration, higher selectivity, availability of resources and ability to function in wide ranges of pH, temperature and salinity (Rocha et al., 1992). They are used in various industries which include pharmaceuticals, petroleum, food, detergents, cosmetics, paints, paper products and water treatment (Akbari et al., 2018). The search for biosurfactants in extremophiles is particularly promising since these biomolecules can adapt and be stable in the harsh environments in which they are to be applied in biotechnology.OBJECTIVESEastern Algeria features numerous ecosystems including hypersaline environments, which are an important source of salt for food. The microbial diversity in Chott Tinsilt, a shallow Salt Lake with more than 200g/L salt concentration and a superficies of 2.154 Ha, has never yet been studied. The purpose of this research was to chemically analyse water samples collected from the Chott, isolate novel extremely or moderate halophilic Bacteria, and examine their phenotypic and phylogenetic characteristics with a view to screening for biosurfactants and enzymes of industrial interest.MATERIALS AND METHODSStudy area: The area is at 5 km of the Commune of Souk-Naâmane and 17 km in the South of the town of Aïn-Melila. This area skirts the trunk road 3 serving Constantine and Batna and the railway Constantine-Biskra. It is part the administrative jurisdiction of the Wilaya of Oum El Bouaghi. The Chott belongs to the wetlands of the High Plains of Constantine with a depth varying rather regularly without never exceeding 0.5 meter. Its length extends on 4 km with a width of 2.5 km (figure 1).Water samples and physico-chemical analysis: In February 2013, water samples were collected from various places at the Chott Tinsilt using Global Positioning System (GPS) coordinates of 35°53’14” N lat. and 06°28’44”E long. Samples were collected randomly in sterile polythene bags and transported immediately to the laboratory for isolation of halophilic microorganisms. All samples were treated within 24 h after collection. Temperature, pH and salinity were measured in situ using a multi-parameter probe (Hanna Instruments, Smithfield, RI, USA). The analytical methods used in this study to measure ions concentration (Ca2+, Mg2+, Fe2+, Na+, K+, Cl−, HCO3−, SO42−) were based on 4500-S-2 F standard methods described elsewhere (Association et al., 1920).Isolation of halophilic bacteria from water sample: The media (M1) used in the present study contain (g/L): 2.0 g of KCl, 100.0/200.0 g of NaCl, 1.0 g of MgSO4.7HO2, 3.0 g of Sodium Citrate, 0.36 g of MnCl2, 10.0 g of yeast extract and 15.0 g agar. The pH was adjusted to 8.0. Different dilutions of water samples were added to the above medium and incubated at 30°C during 2–7 days or more depending on growth. Appearance and growth of halophilic bacteria were monitored regularly. The growth was diluted 10 times and plated on complete medium agar (g/L): glucose 10.0; peptone 5.0; yeast extract 5.0; KH2PO4 5.0; agar 30.0; and NaCl 100.0/200.0. Resultant colonies were purified by repeated streaking on complete media agar. The pure cultures were preserved in 20% glycerol vials and stored at −80°C for long-term preservation.Biochemical characterisation of halophilic bacterial isolates: Bacterial isolates were studied for Gram’s reaction, cell morphology and pigmentation. Enzymatic assays (catalase, oxidase, nitrate reductase and urease), and assays for fermentation of lactose and mannitol were done as described by Smibert (1994).Optimization of growth conditions: Temperature, pH, and salt concentration were optimized for the growth of halophilic bacterial isolates. These growth parameters were studied quantitatively by growing the bacterial isolates in M1 medium with shaking at 200 rpm and measuring the cell density at 600 nm after 8 days of incubation. To study the effect of NaCl on the growth, bacterial isolates were inoculated on M1 medium supplemented with different concentration of NaCl: 1%-35% (w/v). The effect of pH on the growth of halophilic bacterial strains was studied by inoculating isolates on above described growth media containing NaCl and adjusted to acidic pH of 5 and 6 by using 1N HCl and alkaline pH of 8, 9, 10, 11 and 12 using 5N NaOH. The effect of temperature was studied by culturing the bacterial isolates in M1 medium at different temperatures of incubation (4°C–55°C).Screening of halophilic bacteria for hydrolytic enzymes: Hydrolase producing bacteria among the isolates were screened by plate assay on starch, tributyrin, gelatin and DNA agar plates respectively for amylase, lipase, protease and DNAse activities. Amylolytic activity of the cultures was screened on starch nutrient agar plates containing g/L: starch 10.0; peptone 5.0; yeast extract 3.0; agar 30.0; NaCl 100.0/250.0. The pH was 7.0. After incubation at 30 ºC for 7 days, the zone of clearance was determined by flooding the plates with iodine solution. The potential amylase producers were selected based on ratio of zone of clearance diameter to colony diameter. Lipase activity of the cultures was screened on tributyrin nutrient agar plates containing 1% (v/v) of tributyrin. Isolates that showed clear zones of tributyrin hydrolysis were identified as lipase producing bacteria. Proteolytic activity of the isolates was similarly screened on gelatin nutrient agar plates containing 10.0 g/L of gelatin. The isolates showing zones of gelatin clearance upon treatment with acidic mercuric chloride were selected and designated as protease producing bacteria. The presence of DNAse activity on plates was determined on DNAse test agar (BBL) containing 10%-25% (w/v) total salt. After incubation for 7days, the plates were flooded with 1N HCl solution. Clear halos around the colonies indicated DNAse activity (Jeffries et al., 1957).Milk clotting activity (coagulase activity) of the isolates was also determined following the procedure described (Berridge, 1952). Skim milk powder was reconstituted in 10 mM aqueous CaCl2 (pH 6.5) to a final concentration of 0.12 kg/L. Enzyme extracts were added at a rate of 0.1 mL per mL of milk. The coagulation point was determined by manual rotating of the test tube periodically, at short time intervals, and checking for visible clot formation.Screening of halophilic bacteria for biosurfactant production. Oil spread Assay: The Petridis base was filled with 50 mL of distilled water. On the water surface, 20μL of diesel and 10μl of culture were added respectively. The culture was introduced at different spots on the diesel, which is coated on the water surface. The occurrence of a clear zone was an indicator of positive result (Morikawa et al., 2000). The diameter of the oil expelling circles was measured by slide caliber (with a degree of accuracy of 0.02 mm).Surface tension and emulsification index (E24): Isolates were cultivated at 30 °C for 7 days on the enrichment medium containing 10-25% NaCl and diesel oil as the sole carbon source. The medium was centrifuged (7000 rpm for 20 min) and the surface tension of the cell-free culture broth was measured with a TS90000 surface tensiometer (Nima, Coventry, England) as a qualitative indicator of biosurfactant production. The culture broth was collected with a Pasteur pipette to remove the non-emulsified hydrocarbons. The emulsifying capacity was evaluated by an emulsification index (E24). The E24 of culture samples was determined by adding 2 mL of diesel oil to the same amount of culture, mixed for 2 min with a vortex, and allowed to stand for 24 h. E24 index is defined as the percentage of height of emulsified layer (mm) divided by the total height of the liquid column (mm).Biosurfactant stability studies : After growth on diesel oil as sole source of carbone, cultures supernatant obtained after centrifugation at 6,000 rpm for 15 min were considered as the source of crude biosurfactant. Its stability was determined by subjecting the culture supernatant to various temperature ranges (30, 40, 50, 60, 70, 80 and 100 °C) for 30 min then cooled to room temperature. Similarly, the effect of different pH (2–11) on the activity of the biosurfactant was tested. The activity of the biosurfactant was investigated by measuring the emulsification index (El-Sersy, 2012).Molecular identification of potential strains. DNA extraction and PCR amplification of 16S rDNA: Total cellular DNA was extracted from strains and purified as described by Sambrook et al. (1989). DNA was purified using Geneclean® Turbo (Q-BIO gene, Carlsbad, CA, USA) before use as a template in polymerase chain reaction (PCR) amplification. For the 16S rDNA gene sequence, the purified DNA was amplified using a universal primer set, forward primer (27f; 5′-AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG) and a reverse primer (1492r; 5′-TAC GGY TAC CTT GTT ACG ACT T) (Lane, 1991). Agarose gel electrophoresis confirmed the amplification product as a 1400-bp DNA fragment.16S rDNA sequencing and Phylogenic analysis: Amplicons generated using primer pair 27f-1492r was sequenced using an automatic sequencer system at Macrogene Company (Seoul, Korea). The sequences were compared with those of the NCBI BLAST GenBank nucleotide sequence databases. Phylogenetic trees were constructed by the neighbor-joining method using MEGA version 5.05 software (Tamura et al., 2011). Bootstrap resembling analysis for 1,000 replicates was performed to estimate the confidence of tree topologies.Nucleotide sequence accession numbers: The nucleotide sequences reported in this work have been deposited in the EMBL Nucleotide Sequence Database. The accession numbers are represented in table 5.Statistics: All experiments were conducted in triplicates. Results were evaluated for statistical significance using ANOVA.RESULTSPhysico-chemical parameters of the collected water samples: The physicochemical properties of the collected water samples are reported in table 1. At the time of sampling, the temperature was 10.6°C and pH 7.89. The salinity of the sample, as determined in situ, was 224.70 g/L (22,47% (w/v)). Chemical analysis of water sample indicated that Na +and Cl- were the most abundant ions (table 1). SO4-2 and Mg+2 was present in much smaller amounts compared to Na +and Cl- concentration. Low levels of calcium, potassium and bicarbonate were also detected, often at less than 1 g/L.Characterization of isolates. Morphological and biochemical characteristic feature of halophilic bacterial isolates: Among 52 strains isolated from water of Chott Tinsilt, seven distinct bacteria (A1, A2, A3, A4, B1, B4 and B5) were chosen for further characterization (table 2). The colour of the isolates varied from beige, pale yellow, yellowish and orange. The bacterial isolates A1, A2, A4, B1 and B5 were rod shaped and gram negative (except B5), whereas A3 and B4 were cocci and gram positive. All strains were oxidase and catalase positive except for B1. Nitrate reductase and urease activities were observed in all the bacterial isolates, except B4. All the bacterial isolates were negative for H2S formation. B5 was the only strain positive for mannitol fermentation (table 2).We isolated halophilic bacteria on growth medium with NaCl supplementation at pH 7 and temperature of 30°C. We studied the effect of NaCl, temperature and pH on the growth of bacterial isolates. All the isolates exhibited growth only in the presence of NaCl indicating that these strains are halophilic. The optimum growth of isolates A3 and B1 was observed in the presence of 10% NaCl, whereas it was 15% NaCl for A1, A2 and B5. A4 and B4 showed optimum growth in the presence of 20% and 25% NaCl respectively. A4, B4 and B5 strains can tolerate up to 35% NaCl.The isolate B1 showed growth in medium supplemented with 10% NaCl and pH range of 7–10. The optimum pH for the growth B1 was 9 and they did not show any detectable growth at or below pH 6 (table 2), which indicates the alkaliphilic nature of B1 isolate. The bacterial isolates A1, A2 and A4 exhibited growth in the range of pH 6–10, while A3 and B4 did not show any growth at pH greater than 8. The optimum pH for growth of all strains (except B1) was pH 7.0 (table 2). These results indicate that A1, A2, A3, A4, B4 and B5 are neutrophilic in nature. All the bacterial isolates exhibited optimal growth at 30°C and no detectable growth at 55°C. Also, detectable growth of isolates A1, A2 and A4 was observed at 4°C. However, none of the bacterial strains could grow below 4°C and above 50°C (table 2).Screening of the halophilic enzymes: To characterize the diversity of halophiles able to produce hydrolytic enzymes among the population of microorganisms inhabiting the hypersaline habitats of East Algeria (Chott Tinsilt), a screening was performed. As described in Materials and Methods, samples were plated on solid media containing 10%-25% (w/v) of total salts and different substrates for the detection of amylase, protease, lipase and DNAse activities. However, coagulase activity was determined in liquid medium using milk as substrate (figure 3). Distributions of hydrolytic activity among the isolates are summarized in table 4.From the seven bacterial isolates, four strains A1, A2, A4 and B5 showed combined hydrolytic activities. They were positive for gelatinase, lipase and coagulase. A3 strain showed gelatinase and lipase activities. DNAse activities were detected with A1, A4, B1 and B5 isolates. B4 presented lipase and coagulase activity. Surprisingly, no amylase activity was detected among all the isolates.Screening for biosurfactant producing isolates: Oil spread assay: The results showed that all the strains could produce notable (>4 cm diameter) oil expelling circles (ranging from 4.11 cm to 4.67 cm). The average diameter for strain B5 was 4.67 cm, significantly (P < 0.05) higher than for the other strains.Surface tension and emulsification index (E24): The assimilation of hydrocarbons as the sole sources of carbon by the isolate strains led to the production of biosurfactants indicated by the emulsification index and the lowering of the surface tension of cell-free supernatant. Based on rapid growth on media containing diesel oil as sole carbon source, the seven isolates were tested for biosurfactant production and emulsification activity. The obtained values of the surface tension measurements as well as the emulsification index (E24) are shown in table 3. The highest reduction of surface tension was achieved with B5 and A3 isolates with values of 25.3 mN m−1 and 28.1 mN m−1 respectively. The emulsifying capacity evaluated by the E24 emulsification index was highest in the culture of isolate B4 (78%), B5 (77%) and A3 (76%) as shown in table 3 and figure 2. These emulsions were stable even after 4 months. The bacteria with emulsification indices higher than 50 % and/or reduction in the surface tension (under 30 mN/m) have been defined as potential biosurfactant producers. Based on surface tension and the E24 index results, isolates B5, B4, A3 and A4 are the best candidates for biosurfactant production. It is important to note that, strains B4 and A4 produce biosurfactant in medium containing respectively 25% and 20% (w/v) NaCl.Stability of biosurfactant activities: The applicability of biosurfactants in several biotechnological fields depends on their stability at different environmental conditions (temperatures, pH and NaCl). For this study, the strain B4 appear very interesting (It can produce biosurfactant at 25 % NaCl) and was choosen for futher analysis for biosurfactant stability. The effects of temperature and pH on the biosurfactant production by the strain B4 are shown in figure 4.biosurfactant in medium containing respectively 25% and 20% (w/v) NaCl.Stability of biosurfactant activities: The applicability of biosurfactants in several biotechnological fields depends on their stability at different environmental conditions (temperatures, pH and NaCl). For this study, the strain B4 appear very interesting (It can produce biosurfactant at 25 % NaCl) and was chosen for further analysis for biosurfactant stability. The effects of temperature and pH on the biosurfactant production by the strain B4 are shown in figure 4. The biosurfactant produced by this strain was shown to be thermostable giving an E-24 Index value greater than 78% (figure 4A). Heating of the biosurfactant to 100 °C caused no significant effect on the biosurfactant performance. Therefore, the surface activity of the crude biosurfactant supernatant remained relatively stable to pH changes between pH 6 and 11. At pH 11, the value of E24 showed almost 76% activity, whereas below pH 6 the activity was decreased up to 40% (figure 4A). The decreases of the emulsification activity by decreasing the pH value from basic to an acidic region; may be due to partial precipitation of the biosurfactant. This result indicated that biosurfactant produced by strain B4 show higher stability at alkaline than in acidic conditions.Molecular identification and phylogenies of potential isolates: To identify halophilic bacterial isolates, the 16S rDNA gene was amplified using gene-specific primers. A PCR product of ≈ 1.3 kb was detected in all the seven isolates. The 16S rDNA amplicons of each bacterial isolate was sequenced on both strands using 27F and 1492R primers. The complete nucleotide sequence of 1336,1374, 1377,1313, 1305,1308 and 1273 bp sequences were obtained from A1, A2, A3, A4, B1, B4 and B5 isolates respectively, and subjected to BLAST analysis. The 16S rDNA sequence analysis showed that the isolated strains belong to the genera Halomonas, Staphylococcus, Salinivibrio, Planococcus and Halobacillus as shown in table 5. The halophilic isolates A2 and A4 showed 97% similarity with the Halomonas variabilis strain GSP3 (accession no. AY505527) and the Halomonas sp. M59 (accession no. AM229319), respectively. As for A1, it showed 96% similarity with the Halomonas venusta strain GSP24 (accession no. AY553074). B1 and B4 showed for their part 96% similarity with the Salinivibrio costicola subsp. alcaliphilus strain 18AG DSM4743 (accession no. NR_042255) and the Planococcus citreus (accession no. JX122551), respectively. The bacterial isolate B5 showed 98% sequence similarity with the Halobacillus trueperi (accession no. HG931926), As for A3, it showed only 95% similarity with the Staphylococcus arlettae (accession no. KR047785). The 16S rDNA nucleotide sequences of all the seven halophilic bacterial strains have been submitted to the NCBI GenBank database under the accession number presented in table 5. The phylogenetic association of the isolates is shown in figure 5.DICUSSIONThe physicochemical properties of the collected water samples indicated that this water was relatively neutral (pH 7.89) similar to the Dead Sea and the Great Salt Lake (USA) and in contrast to the more basic lakes such as Lake Wadi Natrun (Egypt) (pH 11) and El Golea Salt Lake (Algeria) (pH 9). The salinity of the sample was 224.70 g/L (22,47% (w/v). This range of salinity (20-30%) for Chott Tinsilt is comparable to a number of well characterized hypersaline ecosystems including both natural and man-made habitats, such as the Great Salt Lake (USA) and solar salterns of Puerto Rico. Thus, Chott Tinsilt is a hypersaline environment, i.e. environments with salt concentrations well above that of seawater. Chemical analysis of water sample indicated that Na +and Cl- were the most abundant ions, as in most hypersaline ecosystems (with some exceptions such as the Dead Sea). These chemical water characteristics were consistent with the previously reported data in other hypersaline ecosystems (DasSarma and Arora, 2001; Oren, 2002; Hacěne et al., 2004). Among 52 strains isolated from this Chott, seven distinct bacteria (A1, A2, A3, A4, B1, B4 and B5) were chosen for phenotypique, genotypique and phylogenetique characterization.The 16S rDNA sequence analysis showed that the isolated strains belong to the genera Halomonas, Staphylococcus, Salinivibrio, Planococcus and Halobacillus. Genera obtained in the present study are commonly occurring in various saline habitats across the globe. Staphylococci have the ability to grow in a wide range of salt concentrations (Graham and Wilkinson, 1992; Morikawa et al., 2009; Roohi et al., 2014). For example, in Pakistan, Staphylococcus strains were isolated from various salt samples during the study conducted by Roohi et al. (2014) and these results agreed with previous reports. Halomonas, halophilic and/or halotolerant Gram-negative bacteria are typically found in saline environments (Kim et al., 2013). The presence of Planococcus and Halobacillus has been reported in studies about hypersaline lakes; like La Sal del Rey (USA) (Phillips et al., 2012) and Great Salt Lake (Spring et al., 1996), respectively. The Salinivibrio costicola was a representative model for studies on osmoregulatory and other physiological mechanisms of moderately halophilic bacteria (Oren, 2006).However, it is interesting to note that all strains shared less than 98.7% identity (the usual species cut-off proposed by Yarza et al. (2014) with their closest phylogenetic relative, suggesting that they could be considered as new species. Phenotypic, genetic and phylogenetic analyses have been suggested for the complete identification of these strains. Theses bacterial strains were tested for the production of industrially important enzymes (Amylase, protease, lipase, DNAse and coagulase). These isolates are good candidates as sources of novel enzymes with biotechnological potential as they can be used in different industrial processes at high salt concentration (up to 25% NaCl for B4). Prominent amylase, lipase, protease and DNAase activities have been reported from different hypersaline environments across the globe; e.g., Spain (Sánchez‐Porro et al., 2003), Iran (Rohban et al., 2009), Tunisia (Baati et al., 2010) and India (Gupta et al., 2016). However, to the best of our knowledge, the coagulase activity has never been detected in extreme halophilic bacteria. Isolation and characterization of crude enzymes (especially coagulase) to investigate their properties and stability are in progress.The finding of novel enzymes with optimal activities at various ranges of salt concentrations is of great importance. Besides being intrinsically stable and active at high salt concentrations, halophilic and halotolerant enzymes offer great opportunities in biotechnological applications, such as environmental bioremediation (marine, oilfiel) and food processing. The bacterial isolates were also characterized for production of biosurfactants by oil-spread assay, measurement of surface tension and emulsification index (E24). There are few reports on biosurfactant producers in hypersaline environments and in recent years, there has been a greater increase in interest and importance in halophilic bacteria for biomolecules (Donio et al., 2013; Sarafin et al., 2014). Halophiles, which have a unique lipid composition, may have an important role to play as surface-active agents. The archae bacterial ether-linked phytanyl membrane lipid of the extremely halophilic bacteria has been shown to have surfactant properties (Post and Collins, 1982). Yakimov et al. (1995) reported the production of biosurfactant by a halotolerant Bacillus licheniformis strain BAS 50 which was able to produce a lipopeptide surfactant when cultured at salinities up to 13% NaCl. From solar salt, Halomonas sp. BS4 and Kocuria marina BS-15 were found to be able to produce biosurfactant when cultured at salinities of 8% and 10% NaCl respectively (Donio et al., 2013; Sarafin et al., 2014). In the present work, strains B4 and A4 produce biosurfactant in medium containing respectively 25% and 20% NaCl. To our knowledge, this is the first report on biosurfactant production by bacteria under such salt concentration. Biosurfactants have a wide variety of industrial and environmental applications (Akbari et al., 2018) but their applicability depends on their stability at different environmental conditions. The strain B4 which can produce biosurfactant at 25% NaCl showed good stability in alkaline pH and at a temperature range of 30°C-100°C. Due to the enormous utilization of biosurfactant in detergent manufacture the choice of alkaline biosurfactant is researched (Elazzazy et al., 2015). On the other hand, the interesting finding was the thermostability of the produced biosurfactant even after heat treatment (100°C for 30 min) which suggests the use of this biosurfactant in industries where heating is of a paramount importance (Khopade et al., 2012). To date, more attention has been focused on biosurfactant producing bacteria under extreme conditions for industrial and commercial usefulness. In fact, the biosurfactant produce by strain B4 have promising usefulness in pharmaceutical, cosmetics and food industries and for bioremediation in marine environment and Microbial enhanced oil recovery (MEOR) where the salinity, temperature and pH are high.CONCLUSIONThis is the first study on the culturable halophilic bacteria community inhabiting Chott Tinsilt in Eastern Algeria. Different genera of halotolerant bacteria with different phylogeneticaly characteristics have been isolated from this Chott. Culturing of bacteria and their molecular analysis provides an opportunity to have a wide range of cultured microorganisms from extreme habitats like hypersaline environments. Enzymes produced by halophilic bacteria show interesting properties like their ability to remain functional in extreme conditions, such as high temperatures, wide range of pH, and high salt concentrations. These enzymes have great economical potential in industrial, agricultural, chemical, pharmaceutical, and biotechnological applications. Thus, the halophiles isolated from Chott Tinsilt offer an important potential for application in microbial and enzyme biotechnology. In addition, these halo bacterial biosurfactants producers isolated from this Chott will help to develop more valuable eco-friendly products to the pharmacological and food industries and will be usefulness for bioremediation in marine environment and petroleum industry.ACKNOWLEDGMENTSOur thanks to Professor Abdelhamid Zoubir for proofreading the English composition of the present paper.CONFLICT OF INTERESTThe authors declare that they have no conflict of interest.Akbari, S., N. H. Abdurahman, R. M. Yunus, F. Fayaz and O. R. Alara, 2018. Biosurfactants—a new frontier for social and environmental safety: A mini review. Biotechnology research innovation, 2(1): 81-90.Association, A. P. H., A. W. W. Association, W. P. C. 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El síndrome de desorden del peridermo comúnmente conocido como pink eye, es una enfermedad que produce un deterioro en la superficie del tubérculo de Solanum tuberosum (papa) generando una pérdida de casi el 100% del almidón. La sintomatología que presenta esta enfermedad es la pudrición acelerada, lesiones de textura acuosa, manchas negras en el tallo y puntos rosados en la superficie del tubérculo, causada por Pseudomonas fluorescens y Pseudomonas marginalis. Si bien P. fluorescens ha sido descrita como un eficiente controlador biológico, en Ecuador no ha sido reportada como agente patógeno en cultivos de papa. Ante las sospechas de síntomas relacionados con pink eye en zonas productoras, se planteó identificar su agente causal en plantas sintomáticas y asintomáticas en tres provincias del Ecuador. Se realizó un muestreo aleatorio en las provincias de Pichincha, Carchi y Chimborazo. Las muestras fueron inoculadas en medio B de King y luego de 48 horas de incubación se aislaron y purificaron veinte morfotipos coloniales de interés, los cuales por reconocimiento visual a través de luz UV, pruebas bioquímicas tradicionales, sistema Biolog Inc y la secuenciación del gen 16S rRNA se identificaron siete aislados, dos como P. fluorescens y cinco como P. marginalis. Adicionalmente, se realizaron los postulados de Koch con P. fluorescens y P. marginalis en veinte tubérculos, diez para cada especie y se confirmó la patogenicidad que producen las dos bacterias por separado en S. tuberosum.

Los oxisoles de la altillanura en Colombia contienen hasta 400 mg/kg de fósforo. Sin embargo, la fracción disponible para las plantas es inferior a 3,5 mg/kg, lo que obliga la suplementación con fertilizantes fosfóricos. Las plantas pueden adaptarse a estas condiciones por medio de interacciones con bacterias solubilizadoras de fosfatos (BSF) presentes en el suelo. Los oxisoles serían una potencial fuente de BSF; no obstante, existe un desconocimiento de su diversidad en la altillanura colombiana. El objetivo de esta investigación fue aislar, caracterizar e identificar BSF de oxisoles de la altillanura colombiana. A partir de muestras compuestas de suelo con cultivos transitorios y sabana, se obtuvieron 42 aislamientos. De estos, 14 cepas mostraron índices de solubilización de fosfatos entre 1,2 y 2,4. Las cepas M15 y M18 se seleccionaron por su alta actividad de las fosfatasas ácidas con 297,7 ± 89,6 y 638,3 ± 31,2 μg de p-nitrofenilfosfato/mL/h, respectivamente. Los dos aislamientos promovieron el crecimiento vegetal en plantas de arroz en condiciones de invernadero. Mediante la secuenciación parcial del gen 16S rRNA, las dos cepas fueron identificadas dentro del género Burkholderia. Esta investigación amplía el conocimiento de las BSF presentes en los oxisoles de la altillanura colombiana, así como sus capacidades para favorecer la disponibilidad de fósforo en el suelo y promover el crecimiento vegetal.

Objetivo. Detectar e identificar agentes de la familia Anaplasmataceae y piroplasmas en equinos colombianos que llegan a la planta de beneficio La Rinconada ubicada en el municipio de Rionegro, Antioquia. Materiales y métodos. Se realizó un estudio descriptivo de corte transversal durante parte del 2015 a equinos seleccionados por conveniencia. Se recopiló información tal como especie, sexo, edad y localidad de procedencia. Se obtuvieron muestras de sangre para extracción de ADN, y se amplificó un fragmento de 360pb del gen 16S ribosomal de Anaplasmataceae y un fragmento de 450 pb del gen 18S ribosomal de piroplasmas para detección de hemoparásitos. Amplicones de PCR fueron sometidos a secuenciación para identificación de los hemoparásitos a través de análisis genético. Resultados. Se analizaron 135 equinos provenientes de los departamentos de Antioquia, Córdoba y Sucre. Un 78% eran caballos, un 16% eran asnos y un 6% eran mulas. El 100% de los animales fueron negativos para agentes de la familia Anaplasmataceae y un 13% fueron positivos para piroplasmas. Se identificó por secuenciación la circulación de Theileria equi en la zona norte de Colombia. Conclusión. Se presenta la primera evidencia molecular de al menos tres genotipos de T. equi infectando equinos del norte del país.

En el proceso de cultivo <em>in vitro</em> de tejidos de plantas, se presentan microorganismos potencialmente fitopatógenos y/o aparentemente contaminantes, que eventualmente ocasionan perdidas de material vegetal. La presente investigación tuvo como objetivo identificar a bacterias endófitas asociadas a <em>Prosthechea citrina</em>, una orquídea endémica de México, mediante el aislamiento, cultivo<em> in vitro</em> y secuenciación del gen 16S del ARN ribosomal de las cepas bacterianas. Se identificaron a <em>Aeromonas hydrophila</em> y <em>Enterobacter</em> sp. como simbiontes, no patogénicos, del bulbo y de base de hoja y a <em>A. hydrophila</em> en la parte media y el ápice foliar. Se evaluaron cuatro antibióticos para su control<em> in vitro</em> mediante el método de disco-placa, cuantificando el diámetro de crecimiento de la colonia. El mayor halo de inhibición, con significancia estadística, se obtuvo con oxitetraciclina para <em>A. hydrophila</em> y con ampicilina para <em>Enterobacter</em> sp. Se demuestra la presencia de bacterias endófitas, con especificidad de ubicación en el tejido, así como el antibiótico correspondiente que las inhibe.

<p>[Characterization of the First Case of Human Infection by Ehrlichia canis in Panama]</p><p><strong>Resumen</strong></p><p>Ehrlichia canis fue considerada un patógeno exclusivo de caninos y tiene como su principal vector a garrapatas del complejo Rhipicephalus sanguineus. Diversos estudios de casos demuestran que también puede producir patología en humanos, de las que hasta el momento sólo se han asociado a infecciones asintomáticas y de leve a moderada intensidad. El objetivo de este manuscrito es describir la presentación clínica de un caso severo de ehrlichiosis en un joven inmunocompetente y presentar el diagnóstico diferencial de E. canis. La determinación del agente etiológico se realizó por medio de pruebas serológicas (IFI) y moleculares (gltA, ompA, 16S rARN, ECC, ECB, Dsb-330 y Dsb-728) a muestras de sangre del paciente. No se obtuvieron resultados para pruebas serológicas contra dengue, hantavirus, HIV, Leptospira, tampoco dio resultado el PCR de parainfluenza (1, 2, 3), adenovirus, influenza (A y B) y rinovirus. Los resultados para Rickettsia demostraron sero-reacción IgG, pero no IgM ni para los análisis moleculares. Secuencias de los segmentos amplificados mostraron un 99% de homología con E. canis para el gen 16S rARN y de 100% el gen dsb. Este es el primer caso confirmado y descrito de infección de E. canis en un paciente inmunocompetente humano en Panamá.<br /><br /><strong>Abstract</strong><br />Ehrlichia canis was considered an exclusive canine pathogen and its main vector is ticks of the Rhipicephalus sanguineus complex. Several case studies show that it can also cause pathology in humans, which until now have only been associated with asymptomatic infections and mild to moderate intensity. The aim of this paper is describe the clinical presentation of a severe case of ehrlichiosis, an immuno-competent young man. Present the differential diagnosis of Ehrlichia canis. The determination of the etiological agent, serological (IFA) and molecular tests (gltA, ompA, 16S rRNA, ECC, ECB, Dsb-330 and Dsb-728) were performed on patient blood samples. No results were obtained for serological tests against dengue, hantavirus, HIV, Leptospira, nor on PCR for parainfluenza (1, 2, 3), adenovirus, influenza (A and B), and rhinovirus. The results for Rickettsia demonstrated sero-reaction IgG, but not IgM nor for molecular analyzes. Sequences of the amplified segments showed 99% homology with E. canis for the 16S rRNA gene and 100% for the dsb gene. This is the first confirmed and described case of E. canis infection in a human immunocompetent patient in Panama.<br /><br /></p>

Para la caracterización microbiológica y molecular se aislaron e identificaron microorganismos cultivables de 4 bioinsumos comerciales provenientes del occidente y norte de Nicaragua. Esto involucró la tipificación morfológica a través de: tinción Gram para bacterias y observación de esporas para hongos filamentosos. Se realizó la extracción y secuenciación del ADN (gen ADNr 16S – bacterias, región ITS1- ITS4 hongos filamentosos) para obtener los arboles filogenéticos. Se logró la identificación molecular de 28 de 30 microorganismos aislados (23 bacterias: 12 especies, 11 géneros; 5 hongos filamentosos: 4 especies, 1 género). Encontrándose en los Bioisumos zona norte: muestra TS: 5 bacterias (Bacillus pumilus, Bacillus thuringiensis, 2 Bacillus sp. y Stenotrophomonas sp.) y 3 hongos filamentosos (Monascus pupureus, Neosartorya glabra y Aspergillus flavus- reportado como patógeno para cultivos); muestra LS: 6 bacterias (Bacillus megaterium, Bacillus subtilis, Bacillus sp., 2 Stenotrophomonas sp. y Paenibacillus sp.); muestra LL: 3 bacterias (Bacillus Megaterium, Staphylococcus succinus y Bacillus sp.) y 2 hongos filamentosos (Byssochlamys nívea – reportado como contaminante en fruta procesada y otro no identificado). Zona de occidente, muestra DCL: 9 bacterias (2 Lysinibacillus macroides, Bacillus subtilis, Bacillus flexus, Bacillus cereus – patógeno para el ser humano, Agrobacterium tumefaciens, 2 Bacillus sp. y una Stenotrophomonas sp.) y 1 hongo levaduriforme no identificado molecularmente. Lo anterior muestra gran diversidad microbiana y la presencia de patógenos en los bioinsumos que son perjudiciales para la planta y el ser humano.

La leptospirosis es una zoonosis de distribución mundial, que causa grandes pérdidas económicas en animales de interés zootécnico y de impacto en salud pública. Objetivo. Determinar la presencia de L. interrogans sensu lato en orina de bovinos y en fuentes de aguas en zonas rurales de Ciénaga de Oro, Córdoba (Colombia). Materiales y métodos. Se tomaron 78 muestras de orina de vacas y 39 muestras de agua para cultivo bacteriológico y la determinación del gen 16S rRNA de L. interrogans sensu lato. Resultados. Aunque no se logró el islamiento, se detectó por PCR L. interrogans sensu lato en tres orinas y en una muestra de aguas residuales. La determinación por PCR permitió confirmar la circulación de L. interrogans sensu lato. Conclusiones. Estas evidencias moleculares permiten inferir que en las zonas rurales de Ciénaga de Oro hay circulación activa de L. interrogans sensu lato en bovinos y fuentes de aguas.

Objetivo: Comparar la prevalencia de cuatro bacterias periodontopáticas incluyendo Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Porphyromonas gingivalis, Fusobacterium nucleatum y Treponema denticola en muestras de placa supragingival de niños con y sin anemia de Fanconi. Material y métodos: Muestras de placa supragingival fueron colectadas en 71 personas con edades entre 6-18 años de edad. Las muestras se dividieron en tres grupos: anemia de Fanconi pre-trasplante (n= 25), anemia de Fanconi post-trasplante (n=23) y control (n=24). Las bacterias se identifi on mediante la reacción en cadena de la polimerasa para amplifi in vitro al gen codifi 16S rRNA. Resultados: El A. actinomycetemcomytans sólo fue encontrado en una muestra del grupo pretrasplante. El microorganismo P. gingivalis se identificó en una muestra del grupo pre-trasplante y en una del grupo post-trasplante. El T. denticola se encontró únicamente en dos muestras del grupo pre-trasplante. El microorganismo F. nucleatum se observó en todos los grupos. La presencia de los microorganismos varió del 30% en el grupo control al 58% en el grupo Prétrasplante. No fueron encontradas diferencias estadísticas entre los grupos. Conclusión: Los resultados del estudio sugieren que las alteraciones sistémicas encontradas en los individuos con AF no afectan la prevalencia de las cuatro bacterias analizadas.

Introducción: Las rizobacterias promotoras del crecimiento vegetal (RPCV) son un grupo de bacterias rizosféricas con la habilidad de promover el crecimiento y la salud de las plantas, y restaurar la fertilidad del suelo. El presente estudio tuvo como objetivo evaluar la promoción del crecimiento en el cultivo de trigo (Triticum turgidum L. subsp. durum) por la co-inoculación de cepas nativas del género Bacillus aisladas del Valle del Yaqui, México, para su potencial uso como inoculante microbiano.Método: Tres cepas bacterias obtenidas de la Colección de Microorganismos Edáficos y Endófitos Nativos (COLMENA), aisladas del cultivo de trigo en el Valle del Yaqui, fueron estudiadas. Primeramente, se realizó la identificación molecular de las cepas mediante la secuenciación del gen 16S RNAr, mediante la plataforma Sanger. Además, las cepas bacterianas fueron caracterizadas metabólicamente mediante actividades funcionales asociadas a la promoción del crecimiento vegetal (producción de indoles, solubilización de fósforo insoluble, y producción de sideróforos). Finalmente, el impacto de la inoculación de estas cepas individualmente, y en consorcios fue determinado utilizando el cultivo de trigo (Triticum turgidum L subsp. durum) como planta modelo, simulando las condiciones edafo-climáticas del Valle del Yaqui. Las variables morfométricas medidas fueron la longitud aérea y de raíz, peso seco aéreo y de raíz, e índice de biovolumen.Resultados: Las cepas TRQ8, TRQ65 y TE3T fueron afiliadas taxonómicamente a Bacillus megaterium, Bacillus paralicheniformis y Bacillus cabrialesii, respectivamente; dicha clasificación fue soportada por sus características macro-microscópica como: su forma bacilar y tinción Gram positiva, que son características propias de este género bacteriano. Las cepas en estudio tuvieron la capacidad de producir indoles, siendo B. paralicheniformis TRQ65 quien presentó mayor producción con 39.29 µg/mL. Mientras que en la prueba de solubilización de fósforo insoluble las 3 cepas mostraron la capacidad en un rango de índice de solubilización de 1.37 a 1.43; finalmente, solamente la cepa B. megaterium TRQ8 mostró un índice de producción de sideróforos de 8.17. La inoculación del consorcio B. megaterium TRQ8 + B. paralicheniformis TRQ65 mostró los mayores incrementos en las 5 variables medidas en la planta, diferencia significativa (p<0.05) vs. el tratamiento no inoculado, la longitud aérea y radical mostró un incremento de 6 y 10% respectivamente, mientras que la biomasa seca aérea aumentó 60% y la biomasa seca radicular se incrementó en 82%. El índice de biovolumen se incrementó en 18% por la inoculación de dicho consorcio bacteriano.Discusión o Conclusión: Las cepas estudiadas presentan características de promoción de crecimiento in vitro e in vivo. Sin embargo, la co-inoculación de B. megaterium TRQ8 y B. paralicheniformis TRQ65 incrementó su capacidad de promoción del crecimiento en plantas de trigo. Por lo cual, los mecanismos asociados a dicho efecto, así como sus funciones ecológicas e interacción con los factores bióticos y abióticos de los agro-sistemas deben ser estudiadas para su validación en diferentes agroecosistemas, antes de su utilización extensiva como un inoculante microbiano.