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Dissertations / Theses on the topic 'Séquence du génome'

Author: Grafiati

Published: 4 June 2021

Last updated: 17 February 2022

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1

Thomarat, Fabienne. "Analyse phylogénétique du génome complet de la microsporidie Encephalitozoon cuniculi." Lyon 1, 2002. http://www.theses.fr/2002LYO10072.

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Abstract:

Les microsporidies sont des eucaryotes unicellulaires, parasites intracellulaires obligatoires de nombreux animaux et prostites. Dépourvues de mitochondries, elles ont longtemps été considérées comme des eucaryotes primitifs ayant divergé avant l'endosymbiose à l'origine des mitochondries, en accord avec les premières phylogénies moléculaires. Mais de nouvelles phylogénies moléculaires et la découverte d'un gène d'origine mitochondriale dans leur génome, suggèrent qu'elles sont en réalité des champignons ayant évolué plus rapidement que les autres eucaryotes, peut-être en raison de leur mode d

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2

Pascarel, Devilder Marie-Claire. "Caractérisation, séquence nucléotidique et organisation du génome du virus 4 de Spiroplasma melliferum : spv4." Bordeaux 2, 1987. http://www.theses.fr/1987BOR22002.

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3

Puzos-Barbe, Valérie. "De la séquence à l’analyse de génomes procaryotes : application à l’étude de trois génomes du genre Acinetobacter sp." Evry-Val d'Essonne, 2007. http://www.biblio.univ-evry.fr/theses/2007/interne/2007EVRY0003.pdf.

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Abstract:

Bien que la production de données de séquences augmente exponentiellement, des difficultés résident encore dans l’assemblage et la finition de génomes complets. La première partie de cette thèse est consacrée à la présentation de solutions techniques pour s’affranchir de ces principales difficultés. Une deuxième partie est consacrée à l’analyse comparative de trois génomes du genre Acinetobacter. L’analyse du génome de A. Baylyi ADP1, une bactérie du sol, a mis en évidence un archipel d’îlots cataboliques. Le génome de la souche A. Baumannii SDF, isolée dans l’intestin du pou, semble être soum

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4

Penaud, Stéphanie. "Analyse de la séquence génomique et étude de l'adaptation à l'acidité de L. Delbrueckii ssp. Bulgaricus ATCCC11842." Paris, Institut national d'agronomie de Paris Grignon, 2006. http://www.theses.fr/2006INAP0013.

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5

Becker, Nathalie. "Identification et caractérisation d'une séquence de type enhancer dans la région transcrite du génome de HIV-1." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 1993. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/212794.

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6

Jubier-Maurin, Véronique. "Structure et évolution de la famille L1 de longues séquences répétées dispersées du génome de la souris." Montpellier 2, 1989. http://www.theses.fr/1989MON20167.

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Abstract:

Chez la souris, une seule famille de longues sequences repetees a ete bien caracterisee: la famille l1. Les donnees actuelle suggerent que la dispersion des elements l1 ait eu lieu par retrotransposition, a partir des transcrits des copies progenitrices completes. Nous avons compare son organisation dans plusieurs especes apparentees. Deux mecanismes, la conversion et la retrotransposition, pourraient intervenir dans l'evolution concertee des repetitions l1. Des etudes prealables ont montre que plusieurs elements l1 complets possedent en 5 differents motifs repetes en tandem, a ou f. Leur sequ

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Jaillon, Olivier. "La séquence du génome de Tetraodon nigroviridis comme outil dans l’inventaire des gènes humains et dans l’analyse de l’évolution des chromosomes de vertébrés." Evry-Val d'Essonne, 2006. http://www.theses.fr/2006EVRY0045.

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Abstract:

Pour affiner notre connaissance de la structure et de l'évolution des génomes de vertébrés nous avons comparé la séquence d'ADN du poisson téléostéen Tetraodon nigroviridis et celle du génome humain. Dans un premier temps, sous l’hypothèse d’une dérive aléatoire des régions génomiques dépourvues de pression de sélection, nous avons développé un outil d’identification des régions codantes protéiques conservées par l’évolution entre l’humain et T. Nigroviridis. Nous avons alors donné une première ré-estimation à la baisse et fiable du nombre de gènes humains. Dans un second temps, en analysant l

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8

Biteau, Nicolas. "Faisabilité du séquençage systématique d'un chromosome : stratégies et exploration du génome de Saccharomyces cerevisiae." Bordeaux 2, 1993. http://www.theses.fr/1993BOR28241.

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9

Argout, Xavier. "Le génome du cacaoyer : du décodage de sa séquence jusqu'à l'étude des gènes impliqués dans des caractères agronomiques d'intérêt." Thesis, Montpellier, SupAgro, 2017. http://www.theses.fr/2017NSAM0006/document.

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Abstract:

Depuis plusieurs années, les programmes de recherche chez le cacaoyer ont mis l'accent sur l'étude des bases génétiques des caractères agronomiques d'intérêt, notamment concernant la résistance aux maladies et la qualité des fèves de cacao, qui représentent deux attributs importants pour la cacaoculture et la production de chocolat. Ce travail présente, par l'exploration du transcriptome et du génome du cacaoyer, la constitution de ressources moléculaires et l'analyse des voies de biosynthèse impliquées dans plusieurs de ces caractères agronomiques d'intérêt. L'étude du transcriptome a permis

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Doiron, Sarah. "Analyse comparative de la séquence complète du génome mitochondrial chez l'omble de fontaine, Salvelinus fontinalis, et l'omble chevalier, S. alpinus." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 2000. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk1/tape2/PQDD_0017/MQ53939.pdf.

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11

Lancrey, Astrid. "Assemblage de répétitions de la séquence 601 dans le génome de Saccharomyces cerevisiae pour dicter l'espacement des nucléosomes in vivo." Thesis, Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2018. http://www.theses.fr/2018MNHN0001/document.

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Abstract:

Le positionnement des nucléosomes le long des génomes eucaryotes est crucial étant donné qu’il affecte l’accessibilité de l’ADN à des protéines impliquées dans la transcription, la réplication, ou encore la réparation de l’ADN. Si il est aujourd’hui admis que les remodeleurs de chromatine ainsi que les préférences des nucléosomes pour certains motifs d’ADN constituent les deux principaux déterminants du positionnement des nucléosomes in vivo, leur importance relative fait encore l’objet de controverses. Dans le cadre de cette problématique nous avons développé une stratégie d’assemblage de rép

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12

Bicep, Cédric. "Métagénomique intégrative : étude de la diversité génétique par des méthodes de réseaux de similarité de séquence et application au microbiome intestinal humain." Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066778.

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Abstract:

Le nombre de génomes complets et de métagénomes ne cesse d’augmenter, et se chiffre en milliers. Les séquences d’eucaryotes, de procaryotes et d’éléments génétiques mobiles ainsi obtenues sont riches en information au sujet de l’évolution microbienne. Les méthodes comparatives utilisées pour étudier une telle quantité de données sont néanmoins encore assez limitées. Dans cette thèse, j’ai développé de nouveaux outils et de nouveaux protocoles exploitant les propriétés topologiques des réseaux de similarité de séquence. Ces avancées méthodologiques ont permis (i) de détecter et de visualiser le

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13

Thoisy, Benoît de. "Implication des singes amazoniens dans la circulation et l'évolution des arbovirus et herpesvirus." Paris 7, 2005. http://www.theses.fr/2005PA077200.

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Abstract:

La circulation d'arbovirus amazoniens: Dengue, Mayaro et Fièvre Jaune, a été étudiée dans une communauté de mammifères sauvages de Guyane. Le virus de la Dengue ne circule pas en cycle strictement forestier en Amérique du sud, mais les mammifères des zones périurbaines pourraient être des hôtes accidentels. Les singes seraient eux des réservoirs majeurs des virus de Mayaro et de la Fièvre Jaune. Toutes les autres espèces partageant les microhabitats des vecteurs seraient aussi susceptibles d'être infectées, et pourraient servir de réservoirs. L'ubiquité de ces virus peut être une adaptation au

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Garnier, Olivier. "Epigénèse de la différenciation macronucléaire chez Paramecium aurelia : phénomènes dépendants de l'homologie de séquence." Paris 6, 2002. http://www.theses.fr/2002PA066408.

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15

Raeside, Colin. "Plasticité du génome au cours d'une expérience d'évolution au long terme chez Escherichia Coli." Thesis, Grenoble, 2014. http://www.theses.fr/2014GRENV070/document.

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Abstract:

Les réarrangements d'ADN à grande échelle, tels que inversions, amplifications, duplications, délétions, insertions et transposition des éléments génétiques mobiles, sont des acteurs essentiels de l'évolution. Ils ont une forte incidence sur l'organisation et l'expression des chromosomes, ce qui affecte le phénotype des organismes. Toutefois, la dynamique de ces réarrangements au cours de l'évolution et leurs effets sur l'adaptation des organismes sont souvent inconnus. Nous avons abordé ces questions en utilisant la plus longue expérience d'évolution en cours. A partir d'un ancêtre commun d'E

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Aci, Samia. "Etude par simulation de dynamique moléculaire de la variabilité conformationnelle du dimère de la séquence SL1 du génome de VIH-1." Orléans, 2004. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00008151v3.

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Abstract:

Le génome du VIH-1, l'agent responsable du SIDA, est composé de deux molécules identiques d'ARN liées de façon non-covalente par une région de leur extrémité 5'. Il a été montré que la tige-boucle SL1, localisée dans cette région, était capable d'initier cette dimérisation. La dimérisation constitue une étape clé du cycle de réplication du virus et fait intervenir deux types de complexe de SL1 : un « kissing-complex » et un complexe en forme de double hélice contenant deux boucles internes. Plusieurs structures contradictoires ont été publiées pour ces deux complexe, et différents mécanismes d

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Penaud, Stéphanie. "Analyse de la séquence génomique et Etude de l'adaptation à l'acidité de L. delbrueckii ssp. bulgaricus ATCC11842." Phd thesis, INAPG (AgroParisTech), 2006. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00002283.

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Abstract:

Le travail décrit dans cette thèse a commencé à un moment où peu de données génétiques sur Lactobacillus delbrueckii ssp. bulgaricus (L. bulgaricus) étaient disponibles. Le séquençage du génome de la souche ATCC 11842, en collaboration avec le Génoscope, était en cours. La première partie de cette thèse décrit le travail effectué sur l'annotation et l'analyse du génome. Cette dernière suggère que L. bulgaricus est en voie de spécialisation à une niche écologique restreinte, le milieu lait. Elle révèle également que L. bulgaricus possède peu de systèmes de régulation et de résistance aux stress

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Daccord, Nicolas. "Analyse bioinformatique du génome et de l’épigénome du pommier." Thesis, Angers, 2018. http://www.theses.fr/2018ANGE0034/document.

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Abstract:

La pomme est l’un des fruits les plus consommés au monde. En utilisant les dernières technologies de séquençage (PacBio) et de cartes optiques (BioNano), nous avons généré un assemblage de novo de haute qualité du génome du pommier (Malus domestica Borkh.). Nous avons réalisé une annotation des gènes et des éléments transposables pour permettre à cet assemblage d’être utilisé en tant que génome de référence. La grande contiguité de l’assemblage a permis de détecter les éléments transposables de façon exhaustive, ce qui fournit une opportunité sans précédents d’étudier les régions non-caractéri

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Jourdan, Mireille. "Clonage et séquençage du génome infectieux d'un Parvovirus d'Insecte, le Densovirus du Lépidoptère Junonia coenia." Montpellier 2, 1990. http://www.theses.fr/1990MON20320.

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Abstract:

La carte physique du genome du densovirus de junonia coenia (jc dnv) a ete etablie pour 37 sites de restriction a l'aide de 25 enzymes. Une sequence correspondant a la quasi-totalite du genome a ete clonee dans pbr322 au site unique eco rv. Le plasmide obtenu (pbrj) est capable de transfecter les larves de l'insecte sensible spodoptera littoralis avec la meme efficacite que l'adn extrait des virions. Les virions issus de cette transfection sont identiques a ceux de type sauvage par leurs proprietes biologiques et biophysiques. L'insert viral de pbrj a ete sequence dans sa totalite, soit 5908 n

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Charlebois, Patrick. "Automatisation des étapes informatiques du séquençage d'un génome d'organite et utilisation de l'ordre de gènes pour analyses phylogénétiques." Thesis, Université Laval, 2007. http://www.theses.ulaval.ca/2007/24740/24740.pdf.

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Jachiet, Pierre-Alain. "Étude de l'évolution combinatoire des gènes par l'analyse de réseaux de similarité de séquence." Thesis, Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066358/document.

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Abstract:

L’accumulation récente de données de séquences génomiques a montré que l’évolution des gènes n’est pas strictement arborescente. De nombreux processus évolutifs, comme l’exon shuffling, la fusion de gènes ou la recombinaison illégitime remodèlent les gènes, créant des structures composites, formées de parties dont les histoires évolutives sont différentes. Le développement de réseaux de similarité de séquences fournit un cadre analytique permettant d’étudier l’impact de ces processus sur l’évolution moléculaire, en structurant les relations de ressemblance entre séquences et en formalisant en

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Delétoile, Alexis. "Phylogénie, espèces et populations bactériennes : Séquençage de gènes ubiquistes chez les Enterobacteriaceae et Bifidobacterium." Paris 7, 2009. http://www.theses.fr/2009PA077047.

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Abstract:

La diversité phylogénétique bactérienne est d'une richesse considérable, tant en nombre d'espèces que par la diversité clonale en leur sein. La connaissance de cette biodiversité est nécessaire pour comprendre l'évolution des propriétés biologiques, les mécanismes de spéciation et pour le suivi épidémiologique. L'emploi de gènes multiples codant pour des protéines apporte une précision phylogénétique nettement supérieure à l'ARN 16S et minimise les distorsions causées par la recombinaison. Les objectifs de cette thèse étaient d'appliquer le séquençage de gènes de ménage multiples à large échel

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Arhondakis, Stylianos. "Corrélation entre expression des gènes et isochores." Paris 7, 2008. http://www.theses.fr/2008PA077009.

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Abstract:

Cette thèse rapporte les effets de la composition en base de l'ADN (GC, le pourcentage de guanine et cytosine) sur l'expression des gènes humains, tant sur le plan génique que génomique. Au-delà de l'importance évolutive des découvertes faites ici, nous montrons comment les fluctuations du contenu en GC peuvent biaiser les méthodes utilisées pour estimer le niveau d'expression des gènes. Dans la première partie de ce manuscrit, la persistance et la validité biologique des corrélations entre niveau d'expression et contenu en GC des gènes humains sont montrées, soutenant une des propriétés fonda

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Moliner, Claire. "Caractéristiques génétiques d'un pathogène d'amibe : Legionella Drancourtii." Aix-Marseille 2, 2009. http://www.theses.fr/2009AIX20685.

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Abstract:

Les amibes sont des phagocytes sauvages se nourrissant de particules présentes dans leur environnement, dont des virus et des bactéries. Certains de ces microorganismes, pathogènes potentiels, se sont adaptés pour résister à cette phagocytose et parfois à la vie intra-amibienne. Contrairement aux autres pathogènes intracellulaires, les microorganismes intra-amibiens ne sont pas spécialisés et vivent dans un milieu polymicrobien. Pour étudier l’impact de leur mode de vie sur leur génome, nous avons entrepris le séquençage d’un nouveau pathogène d’amibe, Legionella drancourtii. La taille conséqu

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Rodriguez, Patricia. "Caractérisation moléculaire de chlamydia trachomatis : étude du polymorphisme et séquençage du gène omp1, et étude du génome total par électrophorèse en champ pulsé." Bordeaux 2, 1993. http://www.theses.fr/1993BOR28255.

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Shi, Zhengli. "Etude d'un virus bacilliforme des crevettes Penaeidae ("White Spot Syndrome Virus", WSSV) : clonage, analyse partiel[le] du génome et outils de diagnostic." Montpellier 2, 2000. http://www.theses.fr/2000MON20058.

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Abstract:

Le wssv (white spot syndrome virus) est un agent viral hautement pathogene pour les crevettes penaeidae en elevage. Il est a l'origine de l'effondrement de la production de crevettes en asie et plus particulierement en chine. Nos recherches ont d'abord porte sur la construction de differentes banques genomiques issues de fragments d'adn viral. A partir de ces donnees nous avons tente d'assembler des fragments afin de reconstituer le genome viral, d'en dresser la carte physique et d'en determiner sa taille. Un certain nombre de fragments sequences on pu etre analyses, et utilises comme outils d

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Hébert, Charles. "Mise en évidence d'un signal génomique dans les séquences promotrices humaines et son implication dans le positionnement du nucléosome." Paris 7, 2009. http://www.theses.fr/2009PA077135.

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Abstract:

Les génomes eucaryotes sont compactés sous forme de chromatine dont l'unité fondamentale est le nucléosome. Il a été mis en évidence que le positionnement du nucléosome joue un rôle important pour l'accessibilité de la chromatine et de ce fait, contribue à la régulation de l'expression des gènes. Cependant, la dynamique du remodelage de la chromatine et les mécanismes de positionnement clés nucléosomes sur les régions promotrices des gènes sont peu connus. Deux modèles s'opposent dans la littérature depuis une dizaine d'années : l'existence d'un code génomique (le squelette phospho-diester de

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Salah, Woubit. "Utilisation d'une séquence complète du génome d'une souche de mycoplasma mycoides subsp. Mycoides LC pour la mise au point de tests de diagnostic, application à l'expression de gènes hétérologues." Toulouse, INPT, 2008. http://ethesis.inp-toulouse.fr/archive/00000564/.

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Abstract:

Les mycoplasmes sont des bactéries dépourvues de paroi qui dérivent de bactéries Gram plus. Il existe un groupe d'espèces, appelé le «Groupe mycoides» qui rassemble des espèces pathogènes pour les ruminants bien qu'il soit phylogénétiquement proche d'espèces pathogènes de plante. Leur génome est très réduit, environ un million de paires de bases et peu riche en G + C, environ 25 %. Parmi ce groupe, Mycoplasma mycoides subsp. Mycoides LC (MmmLC) est un agent responsable d'agalaxie contagieuse chez les chèvres. Il est très proche de Mycoplasma mycoides subsp. Mycoides SC (MmmSC) qui est l'agent

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Chalhoub, Boulos. "Le sérotype PAV du virus de la jaunisse nanisante de l'orge (BYDV-PAV) : interaction d'isolats du BYDV-PAV avec l'orge cultivée (Hordeum vulgare L) : contrôle génétique de la résistance partielle des génotypes d'orge : polymorphisme de la région 3'-Terminale du génome viral." Toulouse, INPT, 1994. http://www.theses.fr/1994INPT014A.

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Abstract:

Le virus de la jaunisse nanisante de l'orge ou barley yellow dwarf virus (bydv) regroupe plusieurs luteovirus des poacees. L'organisation de leur genome, a arn simple brin de polarite positive et d'environ 5600 nucleotides, permet de les separer en deux sous-groupes (1 et 2). L'objectif de cette these a ete d'etudier la variabilite pathotypique et moleculaire d'isolats du serotype pav, membre du sous-groupe 1 du bydv. Quatre types d'isolats de bydv-pav, ont ete caracterises sur la base des symptomes induits sur differents genotypes d'orge cultivee (hordeum vulgare l) et les concentrations vira

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Flutre, Timothée. "L' annotation des éléments transposables par la compréhension de leur diversification." Paris 7, 2010. http://www.theses.fr/2010PA077239.

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Abstract:

Les éléments transposables sont des fragments du génome possédant la particularité d'être mobiles. Ils ont un impact majeur sur la structure des génomes mais également sur l'expression des gènes avoisinants, notamment via des mécanismes épigénétiques. Cependant, mis à part certains organismes modèles pour lesquels nous disposons de séquences de référence, l'annotation des éléments transposables représente un goulot d'étranglement dans l'analyse des génomes séquences. J'ai donc comparé les programmes informatiques existants utilisés dans les approches d'annotation de novo des éléments transposa

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Bégu, Dominique. "Organisation et expression du génome mitochondrial des plantes supérieures : structure des gènes "editing" des ARNs et séquence protéique directe de la sous-unité 9 de l'ATPase mitichondriale de blé : études in vivo et in vitro." Bordeaux 2, 1991. http://www.theses.fr/1991BOR22012.

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Abstract:

Dans le genome mitochondrial de ble, le gene atp9 codant pour la sous-unite 9 de l'atpsynthase (atpase) est present sous forme de deux copies etroitement associees au gene atpa codant pour la sous-unite alpha de l'atpase. Ces genes sont cotranscrits et le profil de transcription est conserve dans les lignees de ble isoplasmique fertile, alloplasmique smc et a ferilite restauree. L'analyse de sequence des genes atp9 et des adnc des transcrits dans les differentes lignees a montre que la region codante est majoritairement modifiee par huit conversions de c en u entrainant le changement de 5 acid

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Fischer, Gilles. "Variabilité des régions terminales de l'ADN chromosomique linéaire de streptomyces ambofaciens : implications évolutives de l'instabilité génétique." Nancy 1, 1998. http://www.theses.fr/1998NAN10240.

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Abstract:

Chez les bactéries du genre streptomyces, la fréquence d'apparition de mutants spontanés est très élevée et cette variabilité est corrélée à la formation de délétions et d'amplifications de séquences chromosomiques. La cartographie physique du génome de trois souches de streptomyces ambofaciens a montré que l’ADN chromosomique est une molécule linéaire d'environ 8 Mb, caractérisée par la présence de répétitions terminales inversées (TIR, terminal inverted repeats) et par des protéines fixées de façon covalente aux extrémités d’ADN. Dans la souche s. Ambofaciens DSM40697, les TIR mesurent 210 k

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Mauger, Florence. "Développement de méthodes d'analyse de l'ADN par clivage d'une chimère ARN/ADN et par spectrométrie de masse MALDI-TOF." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00833267.

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Abstract:

Depuis le séquençage complet du génome humain, la génomique se focalise sur la détection des modifications de l'ADN des gènes potentiellement impliqués dans les maladies humaines. Les modifications de l'ADN sont au niveau de la séquence ou épigénétique. Ces polymorphismes, fréquents, rares, connus ou inconnus, peuvent être identifiés par le développement de nouvelles méthodes de séquençage de l'ADN pour chaque individu. Ce projet a pour but le développement de méthodes d'analyse de l'ADN par clivage d'une chimère ARN/ADN et par MALDI-TOF MS. Elle repose sur l'utilisation d'une nouvelle classe

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Muri, Florence. "Comparaison d'algorithmes d'identification de chaînes de Markov cachées et application a la détection de régions homogènes dans les séquences d'ADN." Paris 5, 1997. http://www.theses.fr/1997PA05S008.

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Abstract:

Avec les rapides projets de séquençage de génomes d'organismes divers, les biologistes disposent d'un nombre croissant de séquences d’ADN et sont à la recherche d'outils statistiques leur permettant d'analyser toute cette information. L'un des problèmes concerne la non prise en compte dans la modélisation de l'hétérogénéité observée dans une séquence d’ADN. Notre but est d'utiliser un modèle, expliquant au mieux cette hétérogénéité, pour délimiter les régions homogènes de la séquence étudiée. La détection de ces régions est importante d'un point de vue biologique car elle est susceptible de ré

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Sauvage, Ulrich. "Assemblage de séquences ; séquençage des génomes." Montpellier 1, 1996. http://www.theses.fr/1996MON1T005.

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Andréani, Julien. "Etude des grands virus à ADN nucléo-cytoplasmique : isolements et caractérisations." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0695.

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Abstract:

La plupart des virus sont connus pour leur capacité à causer des maladies symptomatiques chez l’Homme et chez les autres animaux. Certains d’entre eux sont des grands virus à ADN nommés Virus à Grand ADN Nucléo-Cytoplasmique (NCLDV), rapportés comme infectant les cellules eucaryotiques. Au début du XXI ème siècle, quatre familles ont été définies par Iyer et al. comme ayant une origine commune (groupe monophylétique) : Asfarviridae, Phycodnaviridae, Irido-Ascoviridae et Poxviridae.En 2003, la description d’Acanthamoeba polyphaga mimivirus a cassé un paradigme dans le monde des virus. Par leur

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Eymery, Angéline. "Etude de la transcription des séquences satellites du génome humain." Phd thesis, Université Joseph Fourier (Grenoble), 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00368271.

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Abstract:

Le gène est défini comme une unité fonctionnelle de l'hérédité. En effet, les gènes, transcrits en ARN, codent pour des protéines qui assurent l'essentiel des fonctions cellulaires. Cependant, les gènes ne représentent que 2% du génome humain. Ainsi, notre génome est presque exclusivement composé d'ADN non codant (ADNnc) qui, en raison d'une absence apparente de fonction (c'est-à-dire de transcription et de traduction), est également connu sous le terme peu élogieux d' « ADN poubelle ». De manière surprenante, la quantité d'ADNnc présente dans les cellules est proportionnelle au degré de compl

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Leclercq, Sébastien. "Origines des séquences microsatellites dans les génomes eucaryotes." Phd thesis, Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00261560.

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Abstract:

Les microsatellites, séquences répétées en tandem de période une à six paires de bases, sont des entités génomiques présentes dans tous les organismes qu'ils soient animaux, végétaux ou microbiens. Ils présentent un cycle de vie caractérisé par trois phases principales : une apparition et une maturation, une dynamique à l'état mature, puis une dégénérescence. Nous nous intéressons dans cette thèse à la première phase, l'apparition des microsatellites. <br />Pour traiter ces questions, nous nous sommes basés sur l'analyse de la séquence du génome humain. L'une des lacunes de ce type d'analyse e

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Gagnon, Marie-Christine. "Séquencage et caractèrisation du génome chloroplastique et du génome mitochondrial de l'algue verte Monomastix OKE-1." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 2001. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk3/ftp05/MQ65404.pdf.

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Rasschaert, Denis. "Étude d'un coronavirus, le virus de la gastro-entérite transmissible du porc : identification des gènes structuraux et non-structuraux et localisation d'un site antigénique majeur sur la séquence de la glycoprotéine de spicule E2." Paris 11, 1988. http://www.theses.fr/1988PA112082.

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Abstract:

Le virus de la Gastro-entérite du porc appartient à la famille des Coronaviridae, un groupe de virus enveloppés dont le génome est constitué d'un long ARN de polarité positive. La séquence des 8300 nucléotides en région 3' de l'ARN génomique du VGET (souche Purdue-115) a été établie à partir de clones d'ADNc. Par rapport au génome entier (> 20 kb) cela recouvre l'ensemble des séquences exprimées par l'intermédiaire des 6 ARNs subgénomiques détectés dans les cellules infectées. Ces ARNs forment, avec l'ARNg, des séquences emboîtées coterminales en 3', caractéristiques du mode de réplication des

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Guizard, Sébastien. "Etude de l'organisation du génome de poulet à travers les séquences répétées." Thesis, Tours, 2016. http://www.theses.fr/2016TOUR4015/document.

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Abstract:

Les génomes des espèces aviaires ont des caractéristiques particulières comme la structure des chromosomes et le contenu en séquences répétées. En effet, alors que dans les génomes vertébrés, la proportion de répétitions dans le génome varie de 30 à 55 %, dans les espèces aviaires, cette proportion est plus faible et varie de 8 à 10 %. L’annotation du contenu répété est le plus souvent réalisée avec le programme RepeatMasker qui s’appuie généralement sur la banque de séquences répétées Repbase. Ce genre de méthode repose uniquement sur la séquence des éléments transposables connus. De fait, ce

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Kozomara, Ana. "Détection des ARNnc dans les séquences génomiques : application au génome de Ralstonia solanacearum." Toulouse 3, 2009. http://thesesups.ups-tlse.fr/1221/.

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Abstract:

Les ARN non-codant sont des régulateurs clés des divers processus cellulaires, chez les procaryotes et les eucaryotes. Malgré le grand nombre des ARN non-codant connus à ce jour il n'existe pas de méthode bioinformatique universelle permettant leur détection. Il est connu que, dans les genomes archéans A+T riches hyperthermophiles, la détection est possible à l'aide de leur composition en G+C elevée dans ces génomes. Ici nous étudions l'approche par biais de composition pour la détection des ARN non-codant dans le génome G+C riche de Ralstonia solanacearum pour lequel aucun étude de recherche

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Jacques, Pierre-Étienne. "Analyse bio-informatique de génomes procaryotes entièrement séquencés." Thèse, Université de Sherbrooke, 2005. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/5051.

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Abstract:

Les séquences génomiques complètes de nombreux organismes, pour la plupart procaryotes, ont été rendues disponibles au cours des dix dernières années. Dans le cadre de cette thèse, deux aspects de l’analyse des informations génomiques ont été exploités. Le premier aspect a découlé d’une constatation concernant l’absence de compilation des informations de régulation transcriptionnelle chez Mycobacterium tuberculosis. Étant un organisme d’intérêt au laboratoire, nous avons donc entrepris de concevoir une base de données consacrée à la régulation transcriptionnelle chez ce pathogène et de la rend

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Hubert, François. "Reconstructions phylogénétiques du genre Quercus à partir de séquences du génome nucléaire et chloroplastique." Thesis, Bordeaux 1, 2013. http://www.theses.fr/2013BOR14804/document.

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Abstract:

Le genre Quercus comprend plus de 500 espèces et est réparti sur l’ensemble de l’hémisphère nord. La phylogénie du genre, faite à ce jour à partir d’un nombre très limité de marqueurs nucléaires, n’était pas résolue. Des incertitudes demeuraient au niveau des nœuds profonds où ont divergé les principaux groupes taxonomiques aujourd’hui reconnus. L’objectif de cette thèse était d’explorer de manière plus exhaustive les ressources génomiques nucléaires et chloroplastiques pour affiner la phylogénie du genre. Les travaux sont basés sur les séquences de six gènes nucléaires et de l’ensemble du gén

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Deslandes, Sylvie. "Détermination des effets régulateurs de séquences cellulaires de souris sur un génome viral adjacent." Mémoire, Université de Sherbrooke, 1988. http://hdl.handle.net/11143/11711.

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Abstract:

La lignée CYP a été obtenue après transformation de cellules embryonnaires de souris par le mutant thermosensible précoce du virus du polyome (Py), ts P155, à 39°C (température restrictive). Dans tous les clones obtenus on déclenche, après transfert à la température non-restrictive de 33°C, l'excision et la réplication du génome de P155. Par contre, dans le clone C12/a1 et les sous-clones dérivés, on obtient majoritairement une molécule hybride, appelée RmI, formée de 1.03 copie du génome de P155 et de 1628 pb provenant de l'ADN de souris situé à gauche du site d'intégration du provirus. La sé

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Corneloup, Alix. "La dissémination des séquences REP dans les génomes bactériens : caractérisation des activités des protéines TnpAREP." Thesis, Toulouse 3, 2016. http://www.theses.fr/2016TOU30201.

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Abstract:

Les génomes bactériens contiennent de nombreuses séquences répétées qui ont un rôle majeur dans la plasticité et l'évolution des génomes. Parmi elles, les séquences REP sont de courtes séquences d'ADN, trouvées en grand nombre dans des régions intergéniques de plusieurs espèces bactériennes. Ces séquences ont la particularité de présenter des structures en tige boucle précédées par un tétranucléotide conservé. Elles peuvent exister seules mais sont majoritairement groupées dans des clusters consécutifs appelés BIME. De nombreux rôles ont été attribués aux REP/BIME dans la physiologie de la cel

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Nicolas, Jacques. "Syntaxe, raisonnement et génomes." Habilitation à diriger des recherches, Université Rennes 1, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00355156.

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Abstract:

J'ai travaillé sur les problèmes de modélisation du vivant avec l'hypothèse fondamentale qu'il s'agit de machines symboliques et la volonté d'aider le chercheur en biologie à traiter avec le bon niveau d'abstraction ces machines. Le cœur de mes travaux considère les ensembles de séquences que forment les macromolécules du vivant comme des langages formels et cherche à approfondir les concepts nécessaires pour mener à bien leur analyse linguistique. Il faut tout d'abord étudier le contenu lexical des séquences génomiques, son vocabulaire. Au niveau élémentaire, les facteurs répétés fournissent

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Diop, Awa. "Analyse des séquences des génomes bactériens en tant que source d'information taxonomique." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0276/document.

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Abstract:

L’Identification rapide et la classification microbienne précise sont cruciales en microbiologie médicale pour la surveillance de la santé humaine et animale, établir un diagnostic clinique approprié et choisir des mesures thérapeutiques et de contrôle optimales. Cependant, les seuils universels utilisés pour la définition des espèces ne sont pas applicables à de nombreux genres bactériens. C'est notamment le cas des espèces du genre Rickettsia, qui expriment peu de caractéristiques phénotypiques distinctives. Compte tenu de la disponibilité des séquences de près de 100 génomes de Rickettsia,

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Martel, Bruno. "CRISPR-Cas : un nouvel outil pour l'étude des génomes de bactériophages." Master's thesis, Université Laval, 2014. http://hdl.handle.net/20.500.11794/25506.

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Abstract:

Les bactériophages sont maintenant reconnus pour jouer un rôle majeur dans divers écosystèmes. De nouveaux gènes sont fréquemment identifiés dans les génomes de ces bactériophages issus de différentes études environnementales. La majorité de ces gènes ne peuvent être associés à une fonction connue, d’où la nécessité de développer des outils génétiques performants afin mieux comprendre leur rôle dans la biologie des bactériophages virulents. Dans ce projet de maîtrise, le système CRISPR-Cas de la souche Streptococcus thermophilus DGCC7710 a été utilisé afin de pouvoir étudier des gènes sans fon

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Gabella, Silvia. "Le génome des Tuberaceae : analyse fonctionnelle des séquences exprimées durant la morphogénèse de Tuber borchii Vittad." Nancy 1, 2004. http://www.theses.fr/2004NAN10196.

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Abstract:

La formation de l'ascocarpe des truffes conduit à des modifications de leur taille, de l'organisation cellulaire et de la production des arômes. La réalisation de deux banques d'ADNc à partir de fructifications à deux stades de maturation différent a permis la production de 2043 clones d'ADNc et de 641 ESTs. La comparaison de l'expression génique sur filtre d'ADNc dans le mycélium et dans différents stades de maturation de l'ascocarpe montre que : 1) la majorité des gènes régulés lors de la formation de l'ascocarpe ont une fonction inconnue ; 2) un certain nombre de transcrits codent pour des

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