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Dissertations / Theses on the topic 'Signal modification'
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1
Mason, Steven George. "A modification of OPM : a signal-independent methodology for single-trial signal extraction." Thesis, University of British Columbia, 1990. http://hdl.handle.net/2429/30024.
Full textAbstract:
Initial investigations of the Outlier Processing Method (OPM), first introduced by Birch [1][2][3] in 1988, have demonstrated a promising ability to extract a special class of signals, called highly variable events (HVEs), from coloured noise processes. The term HVE is introduced in this thesis to identify a finite-duration signal whose shape and latency vary dramatically from trial to trial and typically has a very low signal-to-noise ratio (SNR).
This thesis presents a modified version of the original OPM algorithm, which can generate an estimate of the HVE with significantly less estimation noise than the original OPM algorithm. Simulation experiments are used to identify the strengths and limitations of this modified OPM algorithm for linear and stationary processes and to compare the modified algorithm's performance to the performance of the original algorithm and to the performance of a minimum mean-square-error (MMSE) filter. The results of these experiments verify that the modified algorithm can extract an HVE with less estimation noise than the original algorithm. The results also show, that the MMSE filter is unsuitable for extracting HVEs and that its performance is generally inferior to the modified algorithm's performance. The experiments indicate that the modified algorithm can extract HVEs from a linear and stationary process for SNR levels above -2.5dB and can work effectively above -7.5dB for HVEs with certain characteristics.Applied Science, Faculty of
Electrical and Computer Engineering, Department of
Graduate
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Salloum, Jasmin B. "Behavioral modification of fMRI signal in studies of emotion." [S.l. : s.n.], 2001. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=962689300.
Full text
3
Savard, Patrick-André. "Méthode hybride de modification de durée d'un signal audio." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2008. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/1440.
Full textAbstract:
Le domaine de recherche de la modification de durée d'un signal audio est actif depuis plus d'une quarantaine d'années. Aujourd'hui, plusieurs applications en font usage: livres audio, synthèse par échantillonnage, voix sur IP, postsynchronisation audio-vidéo, etc. Dans la plupart des cas, l'objectif des techniques de modification de durée est de modifier le débit du signal tout en y affectant le moins possible ses caractéristiques perceptuelles (tel que la tonalité). Plusieurs algorithmes de modification de durée ont été proposés pour tenter d'atteindre ce but. Ceux-ci sont caractérisés par des forces et faiblesses selon le type de signal traité. Dans le cas où l'on tente de traiter un signal de type variable, l'ensemble des techniques proposées à ce jour exhibent des artéfacts audibles qui affectent l'ensemble de la qualité subjective du signal d'origine. Une étude approfondie de l'état de l'art permet de constater que les algorithmes de modification de durée peuvent être classés sous deux familles, soit les techniques appliquées dans le domaine temporel et les techniques appliquées dans le domaine fréquentiel. Selon le domaine de traitement choisi (temporel ou fréquentiel), la qualité subjective obtenue prime sur un type de signal particulier. Par exemple, les techniques appliquées dans le domaine temporel ont la caractéristique d'être efficaces sur des signaux monophoniques, tandis que les techniques appliquées dans le domaine fréquentiel sont plus performantes sur des signaux polyphoniques ou bruités. Ce constat permet d'établir qu'il existe une complémentarité entre les techniques appliquées dans le domaine temporel et le domaine fréquentiel. Ceci motive la création d'un algorithme de modification de durée qui en tire avantage, de façon à résoudre le problème du traitement de signaux composés de plusieurs types. Cet ouvrage présente une méthode novatrice qui vise à exploiter la complémentarité observée entre les techniques appliquées dans le domaine temporel et le domaine fréquentiel. Cette méthode introduit les contributions suivantes: (1) Le choix de deux techniques de modification de durée, basé sur une étude de la qualité du signal obtenu selon le type de signal traité. (2) Une étape de classification du signal, appliquée trame par trame, permettant de choisir la technique appropriée. (3) L'introduction de dispositions permettant la transition transparente entre les techniques choisies. (4) La définition d'un ensemble de paramètres régissant l'occurrence et la fréquence des transitions entre les techniques. (5) L'adaptation du codeur de phase amélioré, permettant d'obtenir un signal de synthèse de longueur fixe. La méthode de modification de durée obtenue est caractérisée par une haute qualité subjective sur une large gamme de signaux.
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Pedroso, Meloni Luis Geraldo. "Compression spectrale du signal vocal par modification du modèle autorégressif." Grenoble 2 : ANRT, 1986. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37600316k.
Full text
5
PEETERS, GEOFFROY. "Modeles et modification du signal sonore adaptes aux caracteristiques locales." Paris 6, 2001. http://www.theses.fr/2001PA066193.
Full textAbstract:
L'objectif de cette recherche est l'elaboration d'une methode de modification du signal sonore utilisant des modeles de representation du signal adaptes a ses caracteristiques locales. A cet effet, deux modeles de representation sont etudies, correspondant chacun a une interpretation differente d'un signal sonore : la decomposition temporelle d'un signal en formes d'onde elementaires et la representation d'un signal par une somme de sinusoides variables au cours du temps. L'originalite de notre methode consiste a tirer parti des avantages de chacun des deux modeles pour la classe de signaux pour laquelle il est le mieux adapte. Cette methode hybride necessite l'estimation des parametres de chacun des deux modeles (localisation des formes d'ondes, frequence fondamentale, frequence, amplitude et phase des composantes frequentielles) ainsi que d'un ensemble de caracteristiques permettant le choix du modele le mieux adapte a la representation d'une region du plan temps/frequence donnee (singularite des formes d'onde, erreur de modelisation, erreur de specification, voisement, harmonicite). De nouveaux estimateurs sont proposes et nous montrons la pertinence de l'information de phase pour l'estimation. Dans chaque cas, les estimateurs proposes sont compares aux estimateurs communement utilises. Les methodes de modification du signal associees a ces deux modeles sont la methode psola (pitch synchronous overlap-add) et la synthese par addition de sinusoides. Les possibilites de modification du signal de ces deux methodes sont etudiees et des ameliorations sont proposees, en particulier en ce qui concerne la prise en compte des relations de phase lors de modifications d'un signal. Les deux modeles sont ensuite utilises dans une nouvelle methode hybride de modification du signal (sinola), assignant a chaque region du plan temps/frequence celui des deux modeles le plus adapte a sa representation et a sa modification.
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Pedroso, Meloni Luis Geraldo. "Compression spectrale du signal vocal par modification du modèle autorégressif." Nancy 1, 1985. http://www.theses.fr/1985NAN10275.
Full textAbstract:
Une technique pour améliorer la réception de la parole par les malentendants présentant des troubles auditifs neurosensoriels dans les hautes fréquences. Cette technique est basée sur la modélisation du conduit vocal par prédiction linéaire, suivie d'une modification convenable du filtre de synthèse. Les fréquences et les largeurs de bande des formants sont réduites de façon non-uniforme par le déplacement des pôles dans le plan complexe. La parole est synthétisée par le modèle modifié à partir du signal d'erreur. Le signal obtenu est soumis à un filtrage qui aligne les amplitudes des pics spectraux du modèle modifié, sur celles du modèle original. Il a été conçu et réalisé un système architecturé autour d'un processeur de traitement du signal, qui a permis l'étaude sur l'exécution de la méthode en temps réel. Des résultats obtenus sur quelques dizaines de mots traités montrent une bonne intelligibilité, ainsi qu'une bonne conservation des structures temporelles telles que les traits rythmiques, la durée des segments, le contour de la période fondamental
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Dowell, Ashley Lynn. "Evaluating the Safety Effects of Signal Improvements." BYU ScholarsArchive, 2013. https://scholarsarchive.byu.edu/etd/3575.
Full textAbstract:
As a result of high crash frequencies on roadways, transportation safety has become a high priority for the United States Department of Transportation and the Utah Department of Transportation. A large percentage of fatal and injury crashes on roadways occur at intersections and traffic signals have been implemented to reduce these severe crashes. There is a need to evaluate the effectiveness of the traffic signal improvements through the development of Crash Modification Factors (CMFs). Recent research has shown that traditional safety evaluation methods have been inadequate in developing CMFs. In recent years, Bayesian statistical methods have been utilized in traffic safety studies to more accurately analyze the effectiveness of safety improvements. The hierarchical Bayesian method is an advanced statistical technique that has the capability to account for the shortcomings of traditional methods and to more fully reflect the effectiveness of safety improvements. This report uses a hierarchical Bayesian model to analyze the effectiveness of new traffic signal installations and modified traffic signals. CMFs were developed for multiple scenarios for both new and modified traffic signals. A benefit-to-cost (B/C) analysis was also performed for each improvement to determine how long it would take to recover the cost of installation. The results showed that there was an increase in overall crashes for both new signal installations and modifications to existing signals. The severe crash analysis revealed that there was an increase in non-severe crashes and a reduction in severe crashes; the improvements are effectively reducing severe crashes and improving safety at intersections. The B/C analyses indicate that there is a safety benefit to both improvements and that new signal installation costs can be recovered in approximately 5 years while the installation of a left-turn signal modification can be recovered in approximately 9 weeks.
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Lupi, Rosita. "Characterization of post translational modification of heterotrimeric G proteins." Thesis, Open University, 2001. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.343748.
Full text
9
Klenotic, Philip Alan. "E. Coli signal Peptidase I : active site analysis and modification for Tryptophan Fluorescence /." The Ohio State University, 2000. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1488193665236817.
Full text
10
Kahlert, Günther. "Mass spectrometric analysis of signal dependent protein modifications." Doctoral thesis, Humboldt-Universität zu Berlin, Lebenswissenschaftliche Fakultät, 2015. http://dx.doi.org/10.18452/17281.
Full textAbstract:
C/EBPα und C/EBPβ sind Transkriptionsfaktoren, die die Zellproliferation und Zelldifferenzierung in vielen Geweben regulieren. C/EBPα und C/EBPβ spielen auch eine onkogene Rolle in akuter myeloischer Leukämie und anaplastisch-großzelligen Lymphomen (ALCL). In dieser Studie wird C/EBPα auf neue posttranslationale Modifikationen, wie z. B. Arginin-Methylierungen und Citrullinierungen, sowie Lysin-Methylierungen und Acetylierungen, mit massenspektrometrischen Mitteln untersucht. Es werden eine modifizierbare C/EBPα-Arginin-Citrullinierungsposition und die C/EBPα-Lysinsumoylierung eingehend auf ihren Einfluss auf C/EBPα-Proteininteraktionsnetzwerk überprüft. Außerdem wurde im Verlauf dieser Studie ein Hochdurchsatz-Screening-Verfahren entwickelt, das wir Protein Interaktions-Screening auf einer Peptid Matrix (PrISMa) nennen. Dieses Verfahren dient der Aufklärung des modifikationsabhängigen Proteininteraktionsnetzwerkes von C/EBPβ. PrISMa basiert auf einer Peptidmembran, auf der C/EBPβ-Peptide synthetisiert sind. Viele dieser Peptide enthalten methylierte Arginine und Lysine, acetylierte Lysine, citrullinierte Arginine und phosphorylierte Serine, Tyrosine und Threonine. Mittels PrISMa konnten Interaktionen von C/EBPβ mit Histonacetyltransferasen, dem Mediatorkomplex, Proteinen des nukleären Transports und RNA bindenden und spleißenden Proteinen verifiziert und kartiert werden. Des Weiteren konnte mit Hilfe von PrISMa eine große Anzahl von publizierten C/EBPβ Interaktionspartner spezifischen C/EBPβ-Sequenzen zugeordnet werden. C/EBPβ wird in ALCL in hohem Maße exprimiert und ist für die Zellproliferation dieser Krebsart wichtig. In dieser Studie wird das Proteininteraktionsnetzwerk C/EBPβ in einer ALCL Zelllinie aufgeklärt, um tiefere Einsichten über die Funktion von C/EBPβ als Onkogen zu erlangen.C/EBPα and C/EBPβ regulate cell proliferation and differentiation in multiple cell types. Moreover, C/EBPα and C/EBPβ are known to play oncogenic roles in acute myeloid leukemia and anaplastic large cell lymphomas (ALCLs). In this study C/EBPα is screened for novel posttranslational modifications (PTMs), such as arginine methylation and citrullination, as well as lysine methylation and acetylation by using mass spectrometry. A in this survey identified C/EBPα site of arginine citrullination and the C/EBPα lysine sumoylation are scrutinized for their impact on C/EBPα protein interaction network. A new high-throughput method named Protein Interaction Screen on peptide Matrices (PrISMa) is introduced in this study. This method was developed to determine the C/EBPβ protein interaction network in a PTM dependent manner. The PrISMa survey is based on a peptide membrane spotted with C/EBPβ peptides. Many of these C/EBPβ peptide sequences contain amino acid sequences comprising arginine and lysine methylation, lysine acetylation, arginine citrullination and serine, tyrosine and threonine phosphorylation. By means of PrISMa the C/EBPβ interplay with histone acetyltransferases, the mediator complex, proteins of the nucleoplasmic transport and RNA processing proteins is verified and specified by mapping these interactions to C/EBPβ amino acid sequences. Furthermore, PrISMa provides a map of C/EBPβ protein interaction patterns for a great number of the up to date published C/EBPβ protein interaction partners. C/EBPβ is highly expressed in ALCL cell lines and is essential for the cell proliferation of this type of cancer. In this study the C/EBPβ protein-protein interaction pattern in an ALCL cell line is unraveled providing valuable insight into the protein interaction network of C/EBPβ as an oncogene.
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Selegård, Linnéa. "Synthesis, Surface Modification, and Characterization of Metal Oxide Nanoparticles : Nanoprobes for Signal Enhancement in Biomedical Imaging." Doctoral thesis, Linköpings universitet, Molekylär ytfysik och nanovetenskap, 2013. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:liu:diva-91849.
Full textAbstract:
In this thesis we investigate crystalline metal oxide nanoparticles of our own design to obtain nanoprobes for signal enhancement and bioimaging purposes. We report fabrication, surface modification and characterization of nanoparticles based on zinc (Zn), and rare earths (i.e. gadolinium (Gd) and europium (Eu)) singly and in combination. Our ZnO nanoparticles show high potential as fluorescent probes and Gd2O3 nanoparticles are promising as nanoprobes for MR signal enhancement. A combined Zn, Gd material is investigated as a potential dual probe. Interestingly, this nanoprobe shows, compared to the pure oxides, both increased fluorescent quantum yield and do induce improved relaxivity and by that enhanced MR signal. Nanoparticles composed of Eu doped Gd2O3 are also investigated in terms of their ability to interact with silicon surfaces. The presence of nanoparticles shows a catalytic effect on the annealing procedure of SiOx. Surface modification of Gd and Zn based nanoparticles is performed, in a first step to improve stabilization of the nanoparticle core. Both carboxylic acids (paper I) and a thiol terminated silane (paper II and III) are used for this purpose. In a second step, a polyethylene glycol (PEG) is used for surface modification, to increase the biocompatibility of the nanoparticles. The Mal PEG NHS is chemically linked to thiol terminated silane groups via a maleimide coupling (Paper II). The presence of free NHS functional groups is intended to enable further linking of specific molecules for targeting purposes. The fluorescent dye rhodamine was, as a proof of concept, linked via the NHS functional group to the PEGylated Gd2O3 nanoparticles (Paper II). In Paper III, an alternative linking strategy is investigated, using iodized PEG2-Biotin for coupling via the iodide unit to the thiol terminated silane on ZnO nanoparticles. The resulting surface modified nanoparticles are investigated by means of coordination chemistry and coupling efficiency using X-ray photoelectron spectroscopy, near edge X-ray absorption fine structure spectroscopy and infrared spectroscopy.
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Enroth, Stefan. "The Nucleosome as a Signal Carrying Unit : From Experimental Data to Combinatorial Models of Transcriptional Control." Doctoral thesis, Uppsala universitet, Centrum för bioinformatik, 2010. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-129181.
Full textAbstract:
The human genome consists of over 3 billion nucleotides and would be around 2 meters long if uncoiled and laid out. Each human somatic cell contains all this in their nucleus which is only around 5 µm across. This extreme compaction is largely achieved by wrapping the DNA around a histone octamer, the nucleosome. Still, the DNA is accessible to the transcriptional machinery and this regulation is highly dynamic and change rapidly with, e.g. exposure to drugs. The individual histone proteins can carry specific modifications such as methylations and acetylations. These modifications are a major part of the epigenetic status of the DNA which contributes significantly to the transcriptional status of a gene - certain modifications repress transcription and others are necessary for transcription to occur. Specific histone methylations and acetylations have also been implicated in more detailed regulation such as inclusion/exclusion of individual exons, i.e. splicing. Thus, the nucleosome is involved in chromatin remodeling and transcriptional regulation – both directly from steric hindrance but also as a signaling platform via the epigenetic modifications. In this work, we have developed tools for storage (Paper I) and normalization (Paper II) of next generation sequencing data in general, and analyzed nucleosome locations and histone modification in particular (Paper I, III and IV). The computational tools developed allowed us as one of the first groups to discover well positioned nucleosomes over internal exons in such wide spread organisms as worm, mouse and human. We have also provided biological insight into how the epigenetic histone modifications can control exon expression in a combinatorial way. This was achieved by applying a Monte Carlo feature selection system in combination with rule based modeling of exon expression. The constructed model was validated on data generated in three additional cell types suggesting a general mechanism.
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Le, Roux Jonathan. "Exploitation de régularités dans les scènes acoustiques naturelles pour l'estimation, la décomposition, la restauration et la modification de signaux audio monocanal." Paris 6, 2009. http://www.theses.fr/2009PA066070.
Full textAbstract:
Un problème essentiel en ingénieurie audio est que les situations réelles d'application sont caractérisées par des conditions extrêmement défavorables. Les humains font néanmoins preuve d'une grande robustesse dans leur perception et leur compréhension du monde acoustique complexe qui les entoure, en s'appuyant sur les régularités statistiques de l'environnement. Le but de cette thèse est de proposer une approche statistique de l'analyse de scènes acoustiques naturelles basée sur des modèles de ces régularités, de sorte que les taches considérées peuvent être résolues efficacement comme autant de problèmes d'optimisation sous contrainte bien posés. Nous proposons des méthodes d'analyse de signaux audio monocanal dans le domaine de puissance temps-fréquence, le domaine temps-fréquence complexe et le domaine temporel, avec de nombreuses applications comme l'estimation de fréquence fondamentale, la séparation de sources, la décomposition de signaux, ou la restauration de données manquantes.
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Tang, Xiaofang. "Regulation of Wingless secretion, distribution and signaling." University of Cincinnati / OhioLINK, 2012. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=ucin1353100929.
Full text
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Fabre, Anne-Lise. "Synthèse et modification des glycanes glycosylphosphatidylinositol chez Saccharomyces cerevislae et d'autres levures." Angers, 2007. http://www.theses.fr/2007ANGE0053.
Full textAbstract:
Les glycosylphosphatidylinositols (GPIs) sont des modifications glycolipidiques permettant d'ancrer certaines protéines eucaryotes secrétées à la surface cellulaire. Les ancres GPI partagent la même sructure centrale très conservée protéine-PEthN-6Manα1-2Man&l-6Manαl-4GlcNH2&l-6inositol-PO4-lipide, synthétisée en plus de 12 étapes enzymatiques. Au moins une protéine a déja été identifiée pour chacune de ces étapes, à l'exception de l'addition du second mannose. Une stratégie bioinformatique m'a permis d'identifier une protéine non caractérisée, Gpi 18p, responsable de l'ajout de Man2. Des cellules mutantes où l'expression de Gpi 18p est bloquée accumulent Man1 (EthNP)-GPI indiquant que l'addition d'EthN-P aurait lieu plus tôt que préalablement supposé dans la biosynthèse GPI. J'ai étendu mes recherches sur les modifications des glycanes GPI aux champignons pathogènes ou intéressants sur le plan évolutif. Mon travail a contribué à la caractérisation génétique de la fonction de Smp3p chez l levure à fission Schizasaccharomyces pombe chez lequel l'addition d'un quatrième mannose s'est avérée obligatoire. Enfin, j'ai pu initialement caractérisé les GPIs chez le champignon pathogène Cryptococcus neoformans, par prédiction bioinformatique. La fonction des enzymes de la voie de biosynthèse des GPIs ainsi identifiées, a été testée chez les mutants gpi de S. Cerevisiae. Un système acellulaire utilisant les membranes de C. Neoformans a permis de visualiser des intermédiaires GPI. Nos données préliminaires suggèrent que les glycanes GPI pourraient être structurellement moins complexes que ceux de S. Cerevisiae et des mammifères de part l'absence des ramifications EthN-Ps et Man-4Glycosylphosphatidylinositols (GPIs) are essential glycolipid modification of certain eukaryotic secretory proteins. Their primary function is to anchor a protein to the surface of a cell. However, GPIs have also been implicated in many important cellular processes such as cell adhesion, fungal pathogenesis, and cell wall formation. All GPI anchors share a highly conserved core structure of protein-CO-PEthN-6Manα1-2Manα1-6Manα1-4GlcNH2αl-6myo-inositol-PO4-lipid which is synthesized in the endoplasmic reticulum. In both S. Cerevisiae and humans, the GPI biosynthesis pathway involves more than ten enzymatic steps for which at least one protein has been identified except for addition of the second mannose. I devised a bioinformatics-based strategy to identify a previously uncharacterized protein, Gpi 18p, which is responsible for addition of intermediate lipid having an EthN-P side-branch indicating that EthN-P addition to GPI glycans may occur earlier in GPI biosynthesis than previously thought. . .
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Lemyre, Catherine. "Détection et modification des transitoires d'un signal de parole dans le but de rendre un codec plus robuste aux pertes de paquets." Thèse, Université de Sherbrooke, 2012. http://hdl.handle.net/11143/6629.
Full textAbstract:
Pour transmettre les signaux de parole de façon efficace, ces derniers sont compressés et transmis en trames typiquement de 10 à 20 ms. Lors de la transmission des trames, il arrive que ces dernières soient perdues. Lors de la reconstruction du signal au décodeur, il est préférable de remplacer les trames perdues par un signal qui se rapproche le plus possible du signal manquant. Le signal perdu est souvent reconstruit en se basant sur l'information des dernières trames reçues, puisque, de façon générale, les propriétés statistiques du signal de parole évoluent relativement lentement d'une trame à la suivante. Les signaux de parole peuvent être classés en différentes catégories (parole voisée, nonvoisée, transitoire, etc.). Afin de mieux exploiter les caractéristiques de chaque catégorie, il est pertinent d'appliquer un classificateur à chaque trame de signal. Cette classification des signaux permet un meilleur camouflage des trames perdues, optimisé pour les différentes classes. La classification des trames est parfois imprécise lors des transitions entre une trame non-voisée et une trame voisée. Ces erreurs de classification entraînent de mauvaises reconstructions de signal lors des pertes de trames. Pour pallier ces erreurs, cette Thèse propose un nouvel algorithme robuste qui identifie les trames critiques et qui applique la classification appropriée. Pour les trames dont les propriétés ne correspondent pas exactement à l'une des classes disponibles, une modification transparente du signal est appliquée pour rendre ces trames conformes à la classification proposée. Ces modifications permettent d'obtenir une meilleure reconstruction du signal si les trames suivantes sont perdues.
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Baracat, Bruno. "Changements liés à l'âge dans les processus de prise de décision. Application de la théorie de la détection du signal chez l'homme adulte." Toulouse 3, 1992. http://www.theses.fr/1992TOU30255.
Full textAbstract:
L'age adulte est une periode de la vie qui se caracterise a la fois par la poursuite d'un processus amorce pendant l'enfance et l'adolescence (acquisition et organisation des connaissances) et par l'amorce du vieillissement des capacites fondamentales de reception et de traitement de l'information qui se poursuivent et s'accentuent pendant la senescence. Ces deux aspects de la cognition sont mis en uvre de facon integree dans les processus de prise de decision en situation d'incertitude. Du fait des transformations liees a l'age dans ces deux aspects du fonctionnement cognitif, notre hypothese est que la prise de decision varie avec l'age sur le plan qualitatif et quantitatif. Cette hypothese generale a ete mise a l'epreuve dans trois travaux experimentaux. Pour les conduire, nous avons utilise la theorie de la detection du signal afin de dissocier, dans les performances des sujets, ce qui revient aux capacites de traitement de l'information (sensibilite d'un canal d'information) de ce qui revele des criteres de prise de decision. Les resultats indiquent que les sujets les plus ages adoptent dans toutes les situations des attitudes plus prudentes ou plus precises que ce que l'on trouve chez les jeunes. Ces differences sont dues notamment au fait que les sujets les plus ages definissent, sur la base de leur experience, des representations et des attentes differentes de celles des jeunes
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Kitali, Angela E. "Bayesian Approach on Quantifying the Safety Effects of Pedestrian Countdown Signals to Drivers." UNF Digital Commons, 2017. http://digitalcommons.unf.edu/etd/729.
Full textAbstract:
Pedestrian countdown signals (PCSs) are viable traffic control devices that assist pedestrians in crossing intersections safely. Despite the fact that PCSs are meant for pedestrians, they also have an impact on drivers’ behavior at intersections. This study focuses on the evaluation of the safety effectiveness of PCSs to drivers in the cities of Jacksonville and Gainesville, Florida. The study employs two Bayesian approaches, before-and-after empirical Bayes (EB) and full Bayes (FB) with a comparison group, to quantify the safety impacts of PCSs to drivers. Specifically, crash modification factors (CMFs), which are estimated using the aforementioned two methods, were used to evaluate the safety effects of PCSs to drivers. Apart from establishing CMFs, crash modification functions (CMFunctions) were also developed to observe the relationship between CMFs and traffic volume.
The CMFs were established for distinctive categories of crashes based on crash type (rear-end and angle collisions) and severity level (total, fatal and injury (FI), and property damage only (PDO) collisions). The CMFs findings, using the EB approach indicated that installing PCSs result in a significant improvement of driver’s safety, at a 95% confidence interval (CI), by a 8.8% reduction in total crashes, a 8.0% reduction in rear-end crashes, and a 7.1% reduction in PDO crashes. In addition, FI crashes and angle crashes were observed to be reduced by 4.8%, whereas a 4.6% reduction in angle crashes was observed. In the case of the FB approach, PCSs were observed to be effective and significant, at a 95% Bayesian credible interval (BCI), for a total (Mean = 0.894, 95% BCI (0.828, 0.911)), PDO (Mean = 0.908, 95% BCI (0.838, 0.953)), and rear-end (Mean = 0.920, 95% BCI (0.842, 0.942)) crashes. The results of two crash categories such as FI (Mean = 0.957, 95% BCI (0.886, 1. 020)) and angle (Mean = 0.969, 95% BCI (0.931, 1.022)) crashes are less than one but are not significant at the 95 % BCI.
Also, discussed in this study are the CMFunctions, showing the relationship between the developed CMFs and total entering traffic volume, obtained by combining the total traffic on the major and the minor approaches. In addition, the CMFunctions developed using the FB indicated the relationship between the estimated CMFs with the post-treatment year. The CMFunctions developed in this study clearly show that the treatment effectiveness varies considerably with post-treatment time and traffic volume. Moreover, using the FB methodology, the results suggest the treatment effectiveness increased over time in the post-treatment years for the crash categories with two important indicators of effectiveness, i.e., total and PDO, and rear-end crashes. Nevertheless, the treatment effectiveness on rear-end crashes is observed to decline with post-treatment time, although the base value is still less than one for all the three years. In summary, the results suggest the usefulness of PCSs for drivers.
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Wojcinski, Alexandre. "Etude du rôle de la modification de l'état de sulfatation des héparanes sulfates protéoglycanes (HSPGs) par la protéine DSulf1 dans la régulation de la voie de signalisation Hedgehog (Hh) chez la drosophile." Toulouse 3, 2011. http://thesesups.ups-tlse.fr/1209/.
Full textAbstract:
L'information de position mise en place au cours du développement des organismes pluricellulaires est, dans la majorité des cas, donnée par des molécules appelées morphogènes. Ces molécules synthétisées de manière localisée diffusent dans les tissus cibles en établissant un gradient de concentration décroissant permettant ainsi de réguler l'expression de gènes cibles en fonction de la dose perçue par les cellules. Parmi les familles de morphogènes existantes, les molécules de la famille Hedgehog (Hh) ont un rôle particulièrement important et sont impliquées dans la régulation de nombreux processus développementaux à la fois chez la Drosophile et les vertébrés. Une étape clé de la régulation de cette voie de signalisation est la compréhension des mécanismes moléculaires qui contrôlent la formation du gradient de concentration dans le territoire cible. Parmi les facteurs impliqués dans le mouvement de Hh dans l'espace extracellulaire, les macromolécules matricielles appartenant à la famille des héparanes sulfates protéoglycanes (HSPGs) ont été décrites comme jouant un rôle important dans ce processus. Les HSPGs sont composés d'une protéine cœur sur laquelle sont liées, de manière covalente des chaînes polysaccharidiques. Au cours de leur biosynthèse, ces chaînes de type HS peuvent être modifiées par l'ajout de groupements sulfates à différentes positions permettant ainsi d'établir un profil de sulfatation caractéristique des différents HSPGs. L'identification récente de sulfatases sécrétées de type Sulf, enzymes qui catalysent l'élimination de groupements sulfates en position 6-O (6-O-endosulfatase), indique que le profil de sulfatation des HSPGs peut également être modulé dans l'espace extracellulaire. Mes travaux de thèse, ont permis d'identifier DSulf1, l'unique gène codant pour une 6-O-endosulfatase chez la drosophile, comme un nouveau régulateur de la voie de signalisation Hh au cours du développement de l'aile. En particulier, j'ai pu montrer, dans le disque imaginal d'aile, structure larvaire à l'origine de l'aile adulte, que DSulf1, en modulant la distribution du morphogène au pôle apical des cellules, permet de positionner précisément les domaines d'expression des gènes cibles de Hh. De manière intéressante, nous avons pu mettre en évidence que cette enzyme, par la même activité, possède deux fonctions distinctes dans ce tissu. En effet, DSulf1 se comporte comme un régulateur positif dans le territoire source de Hh, en permettant un relargage plus important du morphogène dans le compartiment cible. A l'inverse, dans le tissu cible celle-ci agit comme un régulateur négatif, probablement en déstabilisant la liaison de Hh sur les HSPGs, interaction nécessaire pour une activation efficace de la voie de transduction du signal. Nous avons, par ailleurs montré que l'expression de DSulf1 est dynamique et que celle-ci apparait secondairement à l'expression des gènes cibles de la voie en réponse à l'activité de la voie de signalisation EGFR, elle-même positionnée par le morphogène Hh. Ces résultats nous ont permis de proposer que DSulf1 fait partie d'une boucle de rétrocontrôle qui permet de maintenir dans l'espace et le temps les domaines d'expression des gènes cibles de la voie de signalisation Hh au cours du développement de l'aile chez la drosophileThe positional information during multicellular organisms development is, in most cases, given by molecules called morphogens. These molecules are synthesized in a localized fashion and spread in target tissues, establishing a decreasing concentration gradient and regulate the expression of target genes in a dose dependant manner. Among morphogens, molecules of the Hedgehog family (Hh) are involved in regulating many developmental processes in both Drosophila and vertebrates. A key step in regulating this pathway is the molecular mechanisms that control the formation of concentration gradient in the target territory. Several factors regulating the movement of Hh in the extracellular space, have been identified among which the macromolecules belonging to the family of heparan sulfate proteoglycans (HSPG). The HSPG are extracellular components consisting of a core protein which is linked covalently to polysaccharide chains. During their biosynthesis, these chains, called HS chains, can be modified by the addition of sulfate groups at different positions leading to establishment of distinct profiles and thus a great variety of HSPGs. The recent identification of secreted sulfatases that catalyze the specific removal of sulfate groups in position 6-O oh HS (6-O-endosulfatase) indicates that the sulfation pattern of HSPG may also be modulated in the extracellular space. During my thesis work, we identified DSulf1, the only gene encoding for a 6-O-endosulfatase in Drosophila as a novel regulator of the Hh signaling pathway during wing development. In particular, I showed that DSulf1, by modulating the distribution of Hh morphogen at the apical pole of cells, can accurately position the expression domains of Hh target genes in the wing imaginal disc, larval structure giving rise to the adult wing. Interestingly, we demonstrated that this enzyme, by the same effects on Hh release, has two distinct functions in this tissue. Indeed, DSulf1 behaves as a positive regulator in Hh producing cells, allowing an enhanced release of the Hh morphogen towards its target field. Conversely, in the target tissue, it acts as a negative regulator, likely by destabilizing the binding of Hh/ HSPG interaction required for efficient activation of the signal transduction pathway. We have also shown that Dsulf1 expression is dynamic and it starts secondarily to the expression of Hh target genes. Our work shows that Dsulf1 expression depends on EGFR signaling pathway, which is itself positioned by the Hh morphogen. These results enabled us to propose that DSulf1 is part of a feedback loop that maintains in space and time expression domains of Hh target genes during Drosophila wing development
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Lönn, Peter. "Regulation of TGF-β Signaling by Post-Translational Modifications." Doctoral thesis, Uppsala universitet, Ludwiginstitutet för cancerforskning, 2010. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-128855.
Full textAbstract:
Transforming growth factor-β (TGF-β) signaling is initiated when the ligand binds to type II and type I serine/threonine kinase receptors at the cell surface. Activated TGF-β type I receptors phosphorylate R-Smads which relocate, together with co-Smads, to the cell nucleus and regulate transcription. Enhancement or repression of Smad-specific gene targets leads to intracellular protein compositions which organize functional complexes and thus govern cellular processes such as proliferation, migration and differentiation. TGF-β/Smad signaling relays are regulated by various post-translational modifications. From receptors to gene promoters, intricate interplays between phosphorylation, acetylation, ubiquitination and numerous other modifications, control Smad signaling initiation and duration. However, many steps in the cascade, including receptor internalization, Smad nuclear shuttling and transcriptional termination, still remain elusive. The open gaps in our understanding of these mechanisms most likely involve additional post-translational regulations. Thus, the aim of the present investigation was to identify novel modulators of TGF-β/Smad signaling. In the first part of this thesis, we show the importance of ADP-ribosylation in Smad-mediated transcription. We identified poly(ADP-ribose) polymerase 1 (PARP-1) as a Smad interacting protein. Our work revealed that PARP-1 forms direct interactions with Smad3/4, and PARylates residues in their MH1 domains. This modification restricts Smads from binding to DNA and attenuates Smad-activated transcription. PARylation is reversed by the glycohydrolase PARG. We provide evidence that PARG can de-ADP-ribosylate Smads, which enhances Smad-promoted gene regulation. In the second part, we examine a Smad-dependent gene target of TGF-β signaling, salt inducible kinase 1 (SIK). After induction, SIK cooperates with Smad7 and Smurf2 to downregulate the TGF-β type I receptor. The mechanism relies on both the kinase and UBA domain of SIK as well as the E3-ligase activity of Smurf2. In summary, we have unveiled two enzyme-dependent TGF-β/Smad modulatory mechanisms; SIK promoted receptor turnover and PARP-1/PARG-regulated Smad signaling.
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Fuchs, Alexandra. "Clonage, expression et caractérisation des facteurs protéiques de l'activation de la NADPH oxydase des neutrophiles : mise en évidence de domaines spécifiques d'interaction." Université Joseph Fourier (Grenoble), 1995. http://www.theses.fr/1995GRE10059.
Full textAbstract:
Les neutrophiles constituent la premiere ligne de defense contre les pathogenes d'origine bacterienne ou fongique. Leur capacite a tuer les microorganismes au niveau de foyers d'infection depend pour une large part du fonctionnement d'un systeme enzymatique producteur d'ions sueproxyde o#2#-, le complexe nadph oxydase, forme d'un flavocytochrome b heterodimerique qui reside dans la membrane plasmique. Ce composant redox transporte les electrons du nadph vers l'oxygene via un fad et un heme de type b sous le controle de la proteine g monomerique geranyl-geranylee rac suite au transfert des proteines cytosoliques, p67phox, p47phox, p40phox. Le travail experimental presente dans ce memoire porte sur 1) les parametres moleculaires et topographiques relatifs a rac, pour une activation maximale de l'oxydase en milieu acellulaire: p47phox, p67phox et rac1 ont ete clonees et surexprimees dans le systeme d'expression cellules d'insecte/baculovirus puis purifiees et utilisees avec une preparation de membranes de neutrophiles pour etudier l'activation de la nadph oxydase. Le role de la geranyl-geranylation post traductionnelle de rac et de la nature du guanine-nucleotide fixe par rac a ete precise. 2) la localisation des zones d'interaction dans p47phox, p67phox et p40phox proteines riches en domaines sh3 et motifs polyproline lors de l'assemblage du complexe oxydase, grace a l'utilisation d'un systeme de clonage par interaction in vivo, le systeme double-hybride: l'emploi de differentes constructions impliquant les proteines p47, p67 et p40 entieres ou tronquees a conduit a localiser plusieurs sites specifiques d'interaction et a permis de construire un modele du complexe oxydase faisant apparaitre de facon coherente les assemblages des composants du complexe, ainsi que leur evolution au cours de l'activation
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Johnson, Bruce. ""C" Band Telemetry an Aircraft Perspective." International Foundation for Telemetering, 2011. http://hdl.handle.net/10150/595617.
Full textAbstract:
ITC/USA 2011 Conference Proceedings / The Forty-Seventh Annual International Telemetering Conference and Technical Exhibition / October 24-27, 2011 / Bally's Las Vegas, Las Vegas, NevadaThis paper concentrates on aircraft specific issues and impacts of utilizing a "C" band telemetry system on a new or existing instrumentation system.
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Schaeffer, Étienne. "Etude des modifications post-traductionnelles de la protéine ATF7." Thesis, Strasbourg, 2014. http://www.theses.fr/2014STRAJ017/document.
Full textAbstract:
L’objectif de ces travaux de thèse est l’étude des modifications post-traductionnelles de la protéine ATF7. Cette protéine est phosphorylée sur les résidus thréonine (T) 51, T53 et T112 lorsque les cellules subissent un stress (UVs, choc osmotique). Cela permet à la protéine d’être active transcriptionnellement. En absence de stress une fraction de la protéine ATF7 est sumoylée et cela induit une inhibition de son activité transcriptionnelle. Le premier projet consiste à développer des outils qui permettent l’étude de la forme sumoylée de la protéine ATF7. Ces travaux ont permis l’élaboration de scFv-bispécifiques tétramériques qui permettent la reconnaissance simultanée de la protéine ATF7 et de la protéine SUMO1. L’autre projet principal était l’étude du rôle de la phosphorylation de la T112 en absence de stress. Les travaux menés au laboratoire ont permis de montrer que cette thréonine est phosphorylée pendant la phase M du cycle cellulaire et que cet événement est conduit par une autre voie de phosphorylation que la voie du stress et met en jeu la CDK1The objective of this thesis work was is the study of post-translationnal modifications (PTM) of the protein ATF7. This protein is phosphorylated on several threonine (T) residues upon stress (UVs, osmotic chock). This allows the protein to be transcriptionally active. In the absence of stress, a fraction of the protein is sumoylated resulting in an inhibition of its transcriptional activity. The first project raise to the development of tools that will enable the study of the sumoylated form of ATF7 protein. This work raise to the development of tetrameric bispecific scFv possessing a simultaneously recognizing ability of the proteins ATF7 and SUMO1. The other main project was the study of ATF7 T112 phosphorylation in the absence of stress. The experiments drove in the lab have shown that thus threonine is phosphorylated during mitosis by a specific pathway, which includes the CDK1
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Chen, Li. "TAK1-Mediated Post-Translational Modifications Modulate Immune Response: A Dissertation." eScholarship@UMMS, 2005. http://escholarship.umassmed.edu/gsbs_diss/786.
Full textAbstract:
Innate immunity is the first line of defense against invading pathogens. It provides immediate protection by initiating both cellular and humoral immune reactions in response to a wide range of infections. It is also important to the development of long-lasting and pathogen-specific adaptive immunity. Thus, studying of the innate immunity, especially the pathogen recognition and signaling modulation, is crucial for understanding the intrinsic mechanisms underlying the host defense, as well as contributing the development of the fight against infectious diseases. Drosophila is an ideal model organism for study of innate immunity. Comparing to mammals, Drosophila immunity is relative conserved and less redundant. A variety of molecular and genetic tools available add further convenience to the research in this system. My work is focused on the signaling modulation by post-translational modification after activation. In these studies I demonstrated in the center of Imd pathway, the Imd protein undergoes proteolytic cleavage, K63-polyubiquitination, phosphorylation, K63-deubiquitination and K48-polyubiquitination/degradation in a stimulation-dependent manner. These modifications of Imd play a crucial role in regulating signaling in response to infection. The characterization of ubiquitin-editing event provides a new insight into the molecular mechanisms underlying the activation and termination of insect immune signaling pathway.
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Chen, Li. "TAK1-Mediated Post-Translational Modifications Modulate Immune Response: A Dissertation." eScholarship@UMMS, 2015. https://escholarship.umassmed.edu/gsbs_diss/786.
Full textAbstract:
Innate immunity is the first line of defense against invading pathogens. It provides immediate protection by initiating both cellular and humoral immune reactions in response to a wide range of infections. It is also important to the development of long-lasting and pathogen-specific adaptive immunity. Thus, studying of the innate immunity, especially the pathogen recognition and signaling modulation, is crucial for understanding the intrinsic mechanisms underlying the host defense, as well as contributing the development of the fight against infectious diseases. Drosophila is an ideal model organism for study of innate immunity. Comparing to mammals, Drosophila immunity is relative conserved and less redundant. A variety of molecular and genetic tools available add further convenience to the research in this system. My work is focused on the signaling modulation by post-translational modification after activation. In these studies I demonstrated in the center of Imd pathway, the Imd protein undergoes proteolytic cleavage, K63-polyubiquitination, phosphorylation, K63-deubiquitination and K48-polyubiquitination/degradation in a stimulation-dependent manner. These modifications of Imd play a crucial role in regulating signaling in response to infection. The characterization of ubiquitin-editing event provides a new insight into the molecular mechanisms underlying the activation and termination of insect immune signaling pathway.
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Labruto, Fausto. "Modifications of cardiovascular response to ischemia and trauma /." Stockholm, 2005. http://diss.kib.ki.se/2005/91-7140-379-5/.
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Kahlert, Günther [Verfasser], Achim [Akademischer Betreuer] Leutz, Matthias [Akademischer Betreuer] Selbach, and Udo [Akademischer Betreuer] Heinemann. "Mass spectrometric analysis of signal dependent protein modifications / Günther Kahlert. Gutachter: Achim Leutz ; Matthias Selbach ; Udo Heinemann." Berlin : Lebenswissenschaftliche Fakultät, 2015. http://d-nb.info/1075802318/34.
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Papaioannou, Alexandra. "Fine-tuning UPR signals and subsequent cellular outputs." Thesis, Rennes 1, 2019. http://www.theses.fr/2019REN1B013.
Full textAbstract:
La présente thèse explore le monde de la biologie du stress du RE (réticulum endoplasmique). Une vue globale du RE et du stress du RE est d'abord fournie en commençant par les mécanismes de base impliqués pour aller vers de possibles applications cliniques. L'accent est ensuite mis sur le rôle crucial de l'UPR dans la cancérogénèse, qui est activée en réponse au stress du RE dans la micro-environnement de la tumeur. Après avoir passé en revue ces aspects, nous mettons en évidence des éléments manquants dans notre compréhension de la façon dont les signaux UPR sont affinés et conduisent soit à la restauration de l'homéostasie du RE et des cellules soit à la mort cellulaire. Parmi les branches de l'UPR, les signaux ATF6 et IRE1 deviennent notre sujet d'investigation en raison de leur convergence dans la régulation du facteur XBP1 favorisant la survie. D'une part, nous découvrons les mécanismes provenant du lumen du RE qui régulent l'activation de l'ATF6 en réponse au stress du RE et affectant la signalisation adaptative cellulaire de l'ATF6 en aval. D'autre part, nous observons l'existence d'un réseau autorégulateur de l'activité RNase de l’IRE1 consistant en un système tyrosine kinase-phosphatase ciblant la RtcB et impactant l'épissage de l'ARNm de XBP1. Ainsi, grâce à nos études, nous avons découvert un circuit de signalisation intégré capable d’ajuster avec précision les sorties cellulaires de l’activation conjointe ATF6 et IRE1 en réponse au stress du REThe present thesis explores the world of ER (endoplasmic reticulum) stress biology. A global view of ER and ER stress is first provided with a transition from the basic mechanisms involved to possible clinical applications. The focus is then placed to the crucial role of the UPR in carcinogenesis that is activated in response to ER stress in the micro-environment of the tumor. After reviewing these aspects, we point to missing parts in our comprehension of how UPR signals are fine-tuned and lead to either restoration of ER and cell homeostasis or cell death. Among the UPR branches, ATF6 and IRE1 signaling become our focus of investigation because of their convergence in the regulation of the pro-survival factor XBP1s. On the one hand, we unravel mechanisms originating from the ER lumen that regulate the ATF6 activation in response to ER stress and affect its downstream cell adaptive signaling. On the other hand, we witness the existence of an auto-regulatory network of IRE1 RNase activity consisted of a tyrosine kinase-phosphatase system that targets RtcB and impacts on XBP1 mRNA splicing. Hence, through our studies we uncover an integrated signaling circuit that can fine-tune the cellular outputs of the joint ATF6 and IRE1 activation in response to ER stress
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Ferreira, Susana Catarina da Costa. "Study of the epigenetic signals in the human genome." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2016. http://hdl.handle.net/10773/16568.
Full textAbstract:
Mestrado em Biomedicina MolecularEpigenetics can be defined as changes in the genome that are inherited during cell division, however without direct modify the DNA sequence. These genomic changes are supported by three major epigenetic mechanisms: DNA methylation, histone modification and small RNAs. Different epigenetic marks function by regulating gene transcription, because when these processes are altered, this triggers various diseases such as cancer. Thus, one main objective was to study the epigenetics signals in the human genome, meaning, whether there is dependence observed between the context and the occurrence of epigenomic marking. For this purpose we used histone epigenomes available in the NIH Roadmap Epigenomics Mapping Consortium database that contains various types of cells and various types of tissues. The present study employed different statistical methodologies, namely, statistical tests, effect size measures, residue analysis and hierarchical classification. With this analysis, we compared genomic contexts of epigenetic marking among chromosomes and among epigenomes. Complementing the analysis with a control scenario, without marking and factoring the CG content. As a result of this study, it was possible to identify one dependency between the context and the occurrence of epigenetic marking and we were able to identify specific genomic contexts in histone modifications.
A epigenética pode ser definida pela ocorrência de modificações no genoma, que são herdadas durante a divisão celular, não havendo no entanto modificações directas na sequência do DNA. Estas modificações genómicas são apoiadas em três grandes mecanismos epigenéticos: metilação do DNA, modificação de histonas e pequenos RNAs. Estas diferentes marcas epigenéticas podem ter como função regular a transcrição genética, pois quando existe algum tipo de alteração nestes processos, pode desencadear-se em diversas patologias como o cancro. Assim, o objectivo principal deste trabalho é estudar os sinais epigenéticos no genoma humano, ou seja, observar se existe dependência entre o contexto e a ocorrência da marcação epigenómica. Para esse efeito foram utilizados os epigenomas das histonas disponíveis na base de dados do NIH Roadmap Epigenomics Mapping Consortium que contêm vários tipos de células e vários tipos de tecidos. No presente estudo são empregues diferentes metodologias estatísticas, nomeadamente testes estatísticos, medidas do tamanho do efeito, análise de resíduos e classificação hierárquica. Com esta análise, comparam-se contextos genómicos da marcação epigenética entre cromossomas e entre epigenomas. Complementando a análise com um cenário de controlo, sem marcação e factorizando pelo teor de CG. Foi possível identificar uma dependência entre o contexto e a ocorrência de marcação epigenética, sendo possível identificar contextos genómicos específicos para as modificações das histonas.
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Jurzynski, Christophe. "Cytoadhérence de P. Falciparum : nouveaux facteurs de virulence et modifications des cellules endothéliales." Aix-Marseille 2, 2008. http://www.theses.fr/2008AIX20657.
Full textAbstract:
Les mécanismes de la pathogenèse des formes graves du paludisme restent à ce jour largement incompris. Il est cependant généralement admis que la séquestration des érythrocytes infectés par Plasmodium falciparum (EI) dans la microvascularisation de certains organes, est l'élément déclencheur de pathologies telles que le neuropaludisme, l'oedème pulmonaire, ou le paludisme de la femme enceinte. L'étude de cette séquestration s'est essentiellement focalisée sur l'identification des ligands parasitaires et des récepteurs endothéliaux, qui permettent la cytoadhérence des EI aux cellules endothéliales microvasculaires, avec l'idée que chaque forme grave du paludisme serait due à la présence d'un phénotype de cytoadhérence particulier. Malgré les nombreux récepteurs endothéliaux identifiés, cette hypothèse ne s'est vue confirmée que dans le cas du paludisme de la femme enceinte, lié à la présence d'EI cytoadhérant via la chondroitine-4-sulfate présente à la surface des syncytiotrophoblastes. L'une des hypothèses qui permet d'expliquer ce peu de succès est que les phénotypes parasitaires de cytoadhérence impliqués dans les autres formes graves du paludisme n'ont pas encore été identifiés. Il est également possible que d'autres mécanismes résultant de la cytoadhérence soient en jeu, tels que l'induction d'apoptose, la perméabilisation de la barrière hématoencéphalique ou la modification des cellules endothéliales. Mon travail de thèse s'est focalisé sur ces deux axes, en utilisant comme bases des observations précédemment réalisées au laboratoire, qui montraient d'une part l'existence d'une cytoadhérence des EI sur les cellules CHO745, qui n'expriment aucun récepteur connu de la cytoadhérence, et d'autre part un phénomène de régulation de la cytoadhérence de certains EI. J'ai participé à la mise en évidence d'un nouveau phénotype de cytoadhérence, utilisant la molécule NCAM (neural cell adhesion molecule), sous sa forme faiblement polysialilée, comme récepteur de cytoadhérence. J'ai également démontré l'existence d'un deuxième nouveau phénotype, dont le récepteur de cytoadhérence pourrait être le NCAM sous sa forme hautement polysialilée, déduction qui reste à démontrer. Les parasites de ces deux nouveaux phénotypes sont capables d'interagir avec plusieurs récepteurs, caractéristique ayant précédemment été associée à la gravité de l'infection palustre. La caractérisation de la cytoadérence de ces deux phénotypes en conditions de flux m'a permis de mettre en évidence l'existence d'une nouvelle forme de cytoadhérence, optimale pour l'obstruction des microvaisseaux, que nous avons appelée macroagrégats cytoadhérents. J’ai pu montrer que des parasites d’un phénotype de cytoadhérence minoritaire (CSA) pouvait induire la mise en place de signaux via le CD44, les Src-kinases et les MAP kinases, qui aboutissaient à l’inhibition de la cytoadhérence de parasites d’un phénotype de cytoadhérence majoritaire (CD36). Cette inhibition, qui pourrait passer par un remaniement de la répartition du CD36 à la surface des cellules, pourrait être considérée comme un facteur de virulence puisqu’elle favorise la cytoadhérence d'EI d’un phénotype minoritaire plus apte à induire l'obstruction des microvaisseaux et à créer des conditions favorables à la séquestration d'EI de phénotypes moins performants. Ces travaux ouvrent un certain nombre de pistes pour mieux comprendre la pathogenèse des formes graves, ainsi que pour développer des moyens de contrôle de la cytoadhérence et donc de la parasitémie.
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Robin, Jean-Patrice. "Modifications metaboliques et comportementales au cours du jeune prolonge : realimentation apres un jeune prolonge." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1989. http://www.theses.fr/1989STR13055.
Full text
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Wehbi, Vanessa. "Modulation de l'efficacité des hormones gonadotropes par l'intermédiaire d'anticorps potentialisants ou de modifications chimiques du ligand." Thesis, Tours, 2009. http://www.theses.fr/2009TOUR4008.
Full textAbstract:
L’hormone lutéinisante équine (eLH) et l’hormone choriogonadotrope équine (eCG) ont la particularité d’activer à la fois les récepteurs LH et FSH (hormone folliculo-stimulante) d’origine non-équine. Des modifications structurales des chaînes glycanniques de la eLH ou des changements conformationnels de la eCG induits par la liaison d’anticorps à effet potentialisant entraînent une modulation de leur efficacité biologique. Dans le but de comprendre les mécanismes moléculaires mis en place par ces 2 types de ligands, nous avons étudié leur impact sur les 2 voies de signalisation induites lors de l’activation du récepteur FSH (RFSH) : la voie dépendante des protéines G et la voie dépendante des b-arrestines. Nos résultats mettent en évidence que chaque type de nouvel agoniste peut entraîner un biais dans la signalisation de l’une ou des 2 voies impliquées et induire des effets sélectifs au niveau des voies de signalisation. Ces résultats ouvrent sur la perspective d’une nouvelle pharmacologie des hormones gonadotropes qui pourraient être de potentiels candidats thérapeutiques en médecine vétérinaire et humaineThe equine luteinizing hormone (eLH) and the equine chorionic gonadotrophin (eCG) activate cell signaling from two distinct GPCRs in non-equine species: the LH receptor (LHR) and the FSH (Follicle stimulating Hormone) receptor (FSHR). Structural modifications of glycanic chains of eLH or conformational modification of eCG consecutive to its interaction with an antibody (Ab) both led to a modulation of the native hormone’s biological efficacy. In order to understand the molecular mechanisms induced by the 2 type of hormone modifications, we have studied their impact on 2 of the signaling pathways triggered by FSHR: the G protein-and the b-arrestin-dependent pathway. Our results demonstrate that modifications induce signaling bias. We conclude that our finding might lead the way to a new generation of gonadotrophins’ modulating drugs with promising applications in animal breeding and in Human medicine
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Bres, Vanessa. "Etude des modifications post-traductionnelles de la protéine Tat du virus de l'immunodéficience humaine de type-1 : rôle dans la régulation de son activité transcriptionnelle." Montpellier 2, 2002. http://www.theses.fr/2002MON20101.
Full text
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Calzada, Defez Àngel. "Conveying expressivity and vocal effort transformation in synthetic speech with Harmonic plus Noise Models." Doctoral thesis, Universitat Ramon Llull, 2016. http://hdl.handle.net/10803/360587.
Full textAbstract:
Aquesta tesi s'ha dut a terme dins del Grup en de Tecnologies Mèdia (GTM) de l'Escola d'Enginyeria i Arquitectura la Salle. El grup te una llarga trajectòria dins del cap de la síntesi de veu i fins i tot disposa d'un sistema propi de síntesi per concatenació d'unitats (US-TTS) que permet sintetitzar diferents estils expressius usant múltiples corpus. De forma que per a realitzar una síntesi agressiva, el sistema usa el corpus de l'estil agressiu, i per a realitzar una síntesi sensual, usa el corpus de l'estil corresponent. Aquesta tesi pretén proposar modificacions del esquema del US-TTS que permetin millorar la flexibilitat del sistema per sintetitzar múltiples expressivitats usant només un únic corpus d'estil neutre. L'enfoc seguit en aquesta tesi es basa en l'ús de tècniques de processament digital del senyal (DSP) per aplicar modificacions de senyal a la veu sintetitzada per tal que aquesta expressi l'estil de parla desitjat. Per tal de dur a terme aquestes modificacions de senyal s'han usat els models harmònic més soroll per la seva flexibilitat a l'hora de realitzar modificacions de senyal.
La qualitat de la veu (VoQ) juga un paper important en els diferents estils expressius. És per això que es va estudiar la síntesi de diferents emocions mitjançant la modificació de paràmetres de VoQ de baix nivell. D'aquest estudi es van identificar un conjunt de limitacions que van donar lloc als objectius d'aquesta tesi, entre ells el trobar un paràmetre amb gran impacte sobre els estils expressius. Per aquest fet l'esforç vocal (VE) es va escollir per el seu paper important en la parla expressiva. Primer es va estudiar la possibilitat de transferir l'VE entre dues realitzacions amb diferent VE de la mateixa paraula basant-se en la tècnica de predicció lineal adaptativa del filtre de pre-èmfasi (APLP). La proposta va permetre transferir l'VE correctament però presentava limitacions per a poder generar nivells intermitjos d'VE. Amb la finalitat de millorar la flexibilitat i control de l'VE expressat a la veu sintetitzada, es va proposar un nou model d'VE basat en polinomis lineals. Aquesta proposta va permetre transferir l'VE entre dues paraules qualsevols i sintetitzar nous nivells d'VE diferents dels disponibles al corpus. Aquesta flexibilitat esta alineada amb l'objectiu general d'aquesta tesi, permetre als sistemes US-TTS sintetitzar diferents estils expressius a partir d'un únic corpus d'estil neutre. La proposta realitzada també inclou un paràmetre que permet controlar fàcilment el nivell d'VE sintetitzat. Això obre moltes possibilitats per controlar fàcilment el procés de síntesi tal i com es va fer al projecte CreaVeu usant interfícies gràfiques simples i intuïtives, també realitzat dins del grup GTM. Aquesta memòria conclou presentant el treball realitzat en aquesta tesi i amb una proposta de modificació de l'esquema d'un sistema US-TTS per incloure els blocs de DSP desenvolupats en aquesta tesi que permetin al sistema sintetitzar múltiple nivells d'VE a partir d'un corpus d'estil neutre.
Això obre moltes possibilitats per generar interfícies d'usuari que permetin controlar fàcilment el procés de síntesi, tal i com es va fer al projecte CreaVeu, també realitzat dins del grup GTM. Aquesta memòria conclou presentant el treball realitzat en aquesta tesi i amb una proposta de modificació de l'esquema del sistema US-TTS per incloure els blocs de DSP desenvolupats en aquesta tesi que permetin al sistema sintetitzar múltiple nivells d'VE a partir d'un corpus d'estil neutre.Esta tesis se llevó a cabo en el Grup en Tecnologies Mèdia de la Escuela de Ingeniería y Arquitectura la Salle. El grupo lleva una larga trayectoria dentro del campo de la síntesis de voz y cuenta con su propio sistema de síntesis por concatenación de unidades (US-TTS). El sistema permite sintetizar múltiples estilos expresivos mediante el uso de corpus específicos para cada estilo expresivo. De este modo, para realizar una síntesis agresiva, el sistema usa el corpus de este estilo, y para un estilo sensual, usa otro corpus específico para ese estilo. La presente tesis aborda el problema con un enfoque distinto proponiendo cambios en el esquema del sistema con el fin de mejorar la flexibilidad para sintetizar múltiples estilos expresivos a partir de un único corpus de estilo de habla neutro. El planteamiento seguido en esta tesis esta basado en el uso de técnicas de procesamiento de señales (DSP) para llevar a cabo modificaciones del señal de voz para que este exprese el estilo de habla deseado. Para llevar acabo las modificaciones de la señal de voz se han usado los modelos harmónico más ruido (HNM) por su flexibilidad para efectuar modificaciones de señales. La cualidad de la voz (VoQ) juega un papel importante en diferentes estilos expresivos. Por ello se exploró la síntesis expresiva basada en modificaciones de parámetros de bajo nivel de la VoQ. Durante este estudio se detectaron diferentes problemas que dieron pié a los objetivos planteados en esta tesis, entre ellos el encontrar un único parámetro con fuerte influencia en la expresividad. El parámetro seleccionado fue el esfuerzo vocal (VE) por su importante papel a la hora de expresar diferentes emociones. Las primeras pruebas se realizaron con el fin de transferir el VE entre dos realizaciones con diferente grado de VE de la misma palabra usando una metodología basada en un proceso filtrado de pre-émfasis adaptativo con coeficientes de predicción lineales (APLP). Esta primera aproximación logró transferir el nivel de VE entre dos realizaciones de la misma palabra, sin embargo el proceso presentaba limitaciones para generar niveles de esfuerzo vocal intermedios. A fin de mejorar la flexibilidad y el control del sistema para expresar diferentes niveles de VE, se planteó un nuevo modelo de VE basado en polinomios lineales. Este modelo permitió transferir el VE entre dos palabras diferentes e incluso generar nuevos niveles no presentes en el corpus usado para la síntesis. Esta flexibilidad está alineada con el objetivo general de esta tesis de permitir a un sistema US-TTS expresar múltiples estilos de habla expresivos a partir de un único corpus de estilo neutro. Además, la metodología propuesta incorpora un parámetro que permite de forma sencilla controlar el nivel de VE expresado en la voz sintetizada. Esto abre la posibilidad de controlar fácilmente el proceso de síntesis tal y como se hizo en el proyecto CreaVeu usando interfaces simples e intuitivas, también realizado dentro del grupo GTM. Esta memoria concluye con una revisión del trabajo realizado en esta tesis y con una propuesta de modificación de un esquema de US-TTS para expresar diferentes niveles de VE a partir de un único corpus neutro.
This thesis was conducted in the Grup en Tecnologies M`edia (GTM) from Escola d’Enginyeria i Arquitectura la Salle. The group has a long trajectory in the speech synthesis field and has developed their own Unit-Selection Text-To-Speech (US-TTS) which is able to convey multiple expressive styles using multiple expressive corpora, one for each expressive style. Thus, in order to convey aggressive speech, the US-TTS uses an aggressive corpus, whereas for a sensual speech style, the system uses a sensual corpus. Unlike that approach, this dissertation aims to present a new schema for enhancing the flexibility of the US-TTS system for performing multiple expressive styles using a single neutral corpus. The approach followed in this dissertation is based on applying Digital Signal Processing (DSP) techniques for carrying out speech modifications in order to synthesize the desired expressive style. For conducting the speech modifications the Harmonics plus Noise Model (HNM) was chosen for its flexibility in conducting signal modifications. Voice Quality (VoQ) has been proven to play an important role in different expressive styles. Thus, low-level VoQ acoustic parameters were explored for conveying multiple emotions. This raised several problems setting new objectives for the rest of the thesis, among them finding a single parameter with strong impact on the expressive style conveyed. Vocal Effort (VE) was selected for conducting expressive speech style modifications due to its salient role in expressive speech. The first approach working with VE was based on transferring VE between two parallel utterances based on the Adaptive Pre-emphasis Linear Prediction (APLP) technique. This approach allowed transferring VE but the model presented certain restrictions regarding its flexibility for generating new intermediate VE levels. Aiming to improve the flexibility and control of the conveyed VE, a new approach using polynomial model for modelling VE was presented. This model not only allowed transferring VE levels between two different utterances, but also allowed to generate other VE levels than those present in the speech corpus. This is aligned with the general goal of this thesis, allowing US-TTS systems to convey multiple expressive styles with a single neutral corpus. Moreover, the proposed methodology introduces a parameter for controlling the degree of VE in the synthesized speech signal. This opens new possibilities for controlling the synthesis process such as the one in the CreaVeu project using a simple and intuitive graphical interfaces, also conducted in the GTM group. The dissertation concludes with a review of the conducted work and a proposal for schema modifications within a US-TTS system for introducing the VE modification blocks designed in this dissertation.
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Campbell, Pearl. "Pou5f1 Post-translational Modifications Modulate Gene Expression and Cell Fate." Thèse, Université d'Ottawa / University of Ottawa, 2012. http://hdl.handle.net/10393/23607.
Full textAbstract:
Embryonic stem cells (ESCs) are characterized by their unlimited capacity for self-renewal and the ability to contribute to every lineage of the developing embryo. The promoters of developmentally regulated loci within these cells are marked by coincident epigenetic modifications of gene activation and repression, termed bivalent domains. Trithorax group (TrxG) and Polycomb Group (PcG) proteins respectively place these epigenetic marks on chromatin and extensively colocalize with Oct4 in ESCs. Although it appears that these cells are poised and ready for differentiation, the switch that permits this transition is critically held in check. The derepression of bivalent domains upon knockdown of Oct4 or PcG underscores their respective roles in maintaining the pluripotent state through epigenetic regulation of chromatin structure. The mechanisms that facilitate the recruitment and retention of Oct4, TrxG, and PcG proteins at developmentally regulated loci to maintain the pluripotent state, however, remain unknown. Oct4 may function as either a transcriptional activator or repressor. Prevailing thought holds that both of these activities are required to maintain the pluripotent state through activation of genes implicated in pluripotency and cell-cycle control with concomitant repression of genes required for differentiation and lineage-specific differentiation. More recent evidence however, suggests that the activator function of Oct4 may play a more critical role in maintaining the pluripotent state (Hammachi et al., 2012). The purpose of the studies described in this dissertation was to clarify the underlying mechanisms by which Oct4 functions in transcriptional activation and repression. By so doing, we wished to contextualize its role in pluripotent cells, and to provide insight into how changes in Oct4 function might account for its ability to facilitate cell fate transitions. As a result of our studies we find that Oct4 function is dependent upon post-translational modifications (PTMs). We find through a combination of experimental approaches, including genome-wide microarray analysis, bioinformatics, chromatin immunoprecipitation, functional molecular, and biochemical analyses, that in the pluripotent state Oct4, Akt, and Hmgb2 participate in a regulatory feedback loop. Akt-mediated phosphorylation of Oct4 facilitates interaction with PcG recruiter Hmgb2. Consequently, Hmgb2 functions as a context dependent modulator of Akt and Oct4 function, promoting transcriptional poise at Oct4 bound loci. Sumoylation of Oct4 is then required to maintain Hmgb2 enrichment at repressed loci and to transmit the H3K27me3 mark in daughter progeny. The expression of Oct4 phosphorylation mutants however, leads to Akt inactivation and initiates the DNA Damage Checkpoint response. Our results suggest that this may subsequently facilitate chromatin reorganization and cell fate transitions. In summary, our results suggest that controlled modulation of Oct4, Akt, and Hmgb2 function is required to maintain pluripotency and for the faithful induction of transcriptional programs required for lineage specific differentiation.
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JEHLE, MURILLON GENEVIEVE. "Les modifications de signal des noyaux gris centraux en irm a haut champ magnetique au cours du vieillissement et dans la maladie de parkinson." Lyon 1, 1992. http://www.theses.fr/1992LYO1M109.
Full text
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Anantharaman, B. "Compressed Domain Processing of MPEG Audio." Thesis, Indian Institute of Science, 2001. http://hdl.handle.net/2005/68.
Full textAbstract:
MPEG audio compression techniques significantly reduces the storage and transmission requirements for high quality digital audio. However, compression complicates the processing of audio in many applications. If a compressed audio signal is to be processed, a direct method would be to decode the compressed signal, process the decoded signal and re-encode it. This is computationally expensive due to the complexity of the MPEG filter bank. This thesis deals with processing of MPEG compressed audio. The main contributions of this thesis are
a) Extracting wavelet coefficients in the MPEG compressed domain.
b) Wavelet based pitch extraction in MPEG compressed domain.
c) Time Scale Modifications of MPEG audio.
d) Watermarking of MPEG audio.
The research contributions starts with a technique for calculating several levels of wavelet coefficients from the output of the MPEG analysis filter bank. The technique exploits the toeplitz structure which arises when the MPEG and wavelet filter banks are represented in a matrix form, The computational complexity for extracting several levels of wavelet coefficients after decoding the compressed signal and directly from the output of the MPEG analysis filter bank are compared. The proposed technique is found to be computationally efficient for extracting higher levels of wavelet coefficients.
Extracting pitch in the compressed domain becomes essential when large multimedia databases need to be indexed. For example one may be interested in listening to a particular speaker or to listen to male female audio segments in a multimedia document. For this application, pitch information is one of the very basic and important features required. Pitch is basically the time interval between two successive glottal closures. Glottal closures are accompanied by sharp transients in the speech signal which in turn gives rise to a local maxima in the wavelet coefficients. Pitch can be calculated by finding the time interval between two successive maxima in the wavelet coefficients. It is shown that the computational complexity for extracting pitch in the compressed domain is less than 7% of the uncompressed domain processing. An algorithm for extracting pitch in the compressed domain is proposed. The result of this algorithm for synthetic signals, and utterances of words by male/female is reported.
In a number of important applications, one needs to modify an audio signal to render it more useful than its original. Typical applications include changing the time evolution of an audio signal (increase or decrease the rate of articulation of a speaker),or to adapt a given audio sequence to a given video sequence. In this thesis, time scale modifications are obtained in the subband domain such that when the modified subband signals are given to the MPEG synthesis filter bank, the desired time scale modification of the decoded signal is achieved. This is done by making use of sinusoidal modeling [I]. Here, each of the subband signal is modeled in terms of parameters such as amplitude phase and frequencies and are subsequently synthesised by using these parameters with Ls = k La where Ls is the length of the synthesis window , k is the time scale factor and La is the length of the analysis window. As the PCM version of the time scaled signal is not available, psychoacoustic model based bit allocation cannot be used. Hence a new bit allocation is done by using a subband coding algorithm. This method has been satisfactorily tested for time scale expansion and compression of speech and music signals.
The recent growth of multimedia systems has increased the need for protecting digital media. Digital watermarking has been proposed as a method for protecting digital documents. The watermark needs to be added to the signal in such a way that it does not cause audible distortions. However the idea behind the lossy MPEC encoders is to remove or make insignificant those portions of the signal which does not affect human hearing. This renders the watermark insignificant and hence proving ownership of the signal becomes difficult when an audio signal is compressed. The existing compressed domain methods merely change the bits or the scale factors according to a key. Though simple, these methods are not robust to attacks. Further these methods require original signal to be available in the verification process. In this thesis we propose a watermarking method based on spread spectrum technique which does not require original signal during the verification process. It is also shown to be more robust than the existing methods. In our method the watermark is spread across many subband samples. Here two factors need to be considered, a) the watermark is to be embedded only in those subbands which will make the addition of the noise inaudible. b) The watermark should be added to those subbands which has sufficient bit allocation so that the watermark does not become insignificant due to lack of bit allocation. Embedding the watermark in the lower subbands would cause distortion and in the higher subbands would prove futile as the bit allocation in these subbands are practically zero. Considering a11 these factors, one can introduce noise to samples across many frames corresponding to subbands 4 to 8. In the verification process, it is sufficient to have the key/code and the possibly attacked signal. This method has been satisfactorily tested for robustness to scalefactor, LSB change and MPEG decoding and re-encoding.
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Lobry, Camille. "Etude des modifications post-traductionnelles de Bcl10 et de leurs effets sur l'activation de NF-(kappa)B induite par le récepteur des lymphocytes T." Paris 7, 2008. http://www.theses.fr/2008PA077016.
Full textAbstract:
L'activation des facteurs de transcription de la famille NF-{kappa}B en réponse à une stimulation antigénique joue un rôle très important pour la différentiation des lymphocytes, leur activation, leur prolifération et leur protection contre l’apoptose. De nombreux progrès ont été réalisés dans la compréhension des mécanismes moléculaires menant à l'activation de NF-{kappa}KB, mais comment cette activation est régulée et contrôlée est beaucoup moins bien compris. Des études récentes ont montré que la protéine Bcl10 joue un rôle clef dans l'activation de NF-{kappa}B en réponse à une stimulation antigénique dans les lymphocytes. Mon travail a montré qu'en plus d'être un régulateur positif de l'activation de NF-{kappa}B induite par la stimulation du TCR, Bcl10 était également un régulateur négatif de cette voie de signalisation car sa phosphorylation par le complexe NEMO/IKK conduit à sa dégradation par le proteasome. De façon surprenante, nous avons montré que le blocage de la dégradation de Bcl10, par mutagénèse de certains de ses sites de phosphorylation ou par le traitement avec des inhibiteurs du proteasome, était responsable de sa présence dans le noyau. Cette localisation nucléaire étant caractéristique de certains lymphomes du MALT des mutations de Bcl10 au niveau de ses sites de phosphorylation pourrait être dans certains cas responsable de la maladie. Par ailleurs, la présence de Bcl10 dans le noyau lorsqu'il est muté pourrait jouer un rôle régulateur de la transcription. L'étude des mécanismes de régulation de Bcl10 devrait permettre de mieux comprendre les dysfonctionnements cellulaires à l'origine des lymphomes du MALT et pourrait également offrir de nouvelles cibles diagnostiques et thérapeutiquesAntigen-induced NF-{kappa}B activation plays a crucial role in a large number of biological process including lymphocyte proliferation, activation, differentiation and protection against apoptosis. Progress have been made in the understanding of the molecular events leading to NF-{ kappa} B activation, but how this activation is regulated and controlled is largely misunderstood. Recent studies have shown that Bcl10 protein plays a key role in antigen-induced NF-{kappa}B activation. My work has unravelled that Bcl10 is not only a positive but also a negative regulator of antigen-induced NF-{kappa}B activation. I have shown that after TCR-induced NF-{kappa}B activation Bcl10 is phosphorylated by the NEMO/IKK complex and subsequently degraded by the proteasome. Interestingly, inhibiting the TCR-induced Bcl10 degradation either by mutating the phospho-acceptor sites or by using a proteasome inhibitor leads to the accumulation of Bcl10 inside the nucleus. This nuclear localisation of Bcl10 is a hallmark of some subtypes of Mucosa associated with lymphoid tissues lymphomas and mutations of BcllO phospho-acceptor sites could be involved in the pathogenesis of MALT lymphomas. The study of Bcl10 regulation mechanisms could allow us to better understand the molecular events involved in the pathogenesis of MALT lymphomas and lead to the design of new therapeutic agents
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Jumelle-Laclau, Muriel. "Modifications de la stœchiométrie des systèmes transducteurs d'énergie des mitochondries isolées de foie de rat : effets des découplants et de l'almitrine en fonction de l'âge." Bordeaux 2, 1993. http://www.theses.fr/1993BOR28247.
Full text
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Jimenez, Pedro Julião. "O competidor interespecífico pode alterar a agressividade intraespecífica? um estudo com caranguejos do gênero Uca." Botucatu, 2016. http://hdl.handle.net/11449/138028.
Full textAbstract:
Orientador: Rodrigo Egydio BarretoResumo: Experimentalmente, em campo e em laboratório, usando como modelo as espécies Uca leptodactyla e U. uruguayensis, avaliamos como o estímulo direto e o estímulo visual de um competidor interespecífico pode alterar a agressividade e os comportamentos agonísticos durante as lutas intraespecíficas. Vimos que o comportamento de estender o quelípodo (ameaça), que é um comportamento pouco escalado, ocorre em menos lutas na presença do estímulo do competidor interespecífico nos experimentos em laboratório. Em U. leptodactyla, o comportamento de entrelaçar/agarrar os quelípodos, que indica combates mais escalados, esteve presente em mais lutas com o estímulo direto do interespecífico, diferindo das lutas na presença do estímulo do intraespecífico. Nos experimentos com estímulo visual, em U. uruguayensis, houve mais comportamento de entrelaçar no grupo experimental sem a presença do estímulo, diferindo do grupo experimental com estímulo intraespecífico. Nos experimentos em campo, em U. uruguayensis houve maior número do comportamento arremessar, o mais escalado analisado neste estudo, nas lutas com ausência do estímulo de competidores. Os resultados sugerem que na presença de interespecíficos ocorrem diferenças nas lutas, em que menos comportamentos de ameaça são utilizados. Parece haver identidade mal interpretada do estímulo visual dos competidores, pois não ocorrem diferenças entre os grupos com estímulo visual intra- e interespecífico. Os dados sugerem existir diferenças na ameaça o... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Abstract: Experimentally, in field and laboratory, using as models the species Uca leptodactyla e U. uruguayensis, we evaluated how the direct and the visual stimulus of an interspecific competitor can alter the aggressivity and agonistic behaviors in intraspecific fights. The cheliped extend (threat behavior), a less scalated behavior, occurred in less fights in the presence of the interspecific competitor, in the laboratory experiments. In U. leptodactyla, the interlace/grapple behavior, that indicate more escalated combats, occurred in more fights when in the presence of the direct stimulus of the interspecific, differing of the fights in the presence of the intraspecific stimulus. In the field experiments, there was a bigger number of the flick behavior, the most escalated in this study, in the fights of U. uruguayensis when in the absence of competitor’s stimulus. The results suggest that differences occur in the fights when interspecific competitors are present, occurring less threat behaviors. It seems that occur a misidentification of the specie identity when only exposed to visual cues of the competitors, not occurring differences between the groups with the intra- and interspecific stimulus. The data suggests differences in the offered threat by the interspecific between the species, and the assessment that the individuals do about their adversaries can lead to different response by the species.
Mestre
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Jimenez, Pedro Julião [UNESP]. "O competidor interespecífico pode alterar a agressividade intraespecífica? um estudo com caranguejos do gênero Uca." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2016. http://hdl.handle.net/11449/138028.
Full textAbstract:
Submitted by PEDRO JULIÃO JIMENEZ null (p_j_jimenez@hotmail.com) on 2016-04-18T20:29:32Z
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Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Experimentalmente, em campo e em laboratório, usando como modelo as espécies Uca leptodactyla e U. uruguayensis, avaliamos como o estímulo direto e o estímulo visual de um competidor interespecífico pode alterar a agressividade e os comportamentos agonísticos durante as lutas intraespecíficas. Vimos que o comportamento de estender o quelípodo (ameaça), que é um comportamento pouco escalado, ocorre em menos lutas na presença do estímulo do competidor interespecífico nos experimentos em laboratório. Em U. leptodactyla, o comportamento de entrelaçar/agarrar os quelípodos, que indica combates mais escalados, esteve presente em mais lutas com o estímulo direto do interespecífico, diferindo das lutas na presença do estímulo do intraespecífico. Nos experimentos com estímulo visual, em U. uruguayensis, houve mais comportamento de entrelaçar no grupo experimental sem a presença do estímulo, diferindo do grupo experimental com estímulo intraespecífico. Nos experimentos em campo, em U. uruguayensis houve maior número do comportamento arremessar, o mais escalado analisado neste estudo, nas lutas com ausência do estímulo de competidores. Os resultados sugerem que na presença de interespecíficos ocorrem diferenças nas lutas, em que menos comportamentos de ameaça são utilizados. Parece haver identidade mal interpretada do estímulo visual dos competidores, pois não ocorrem diferenças entre os grupos com estímulo visual intra- e interespecífico. Os dados sugerem existir diferenças na ameaça oferecida pelo interespecífico para as diferentes espécies, e a avaliação que os indivíduos fazem dos adversários pode ter levado a respostas diferentes pelas espécies.
Experimentally, in field and laboratory, using as models the species Uca leptodactyla e U. uruguayensis, we evaluated how the direct and the visual stimulus of an interspecific competitor can alter the aggressivity and agonistic behaviors in intraspecific fights. The cheliped extend (threat behavior), a less scalated behavior, occurred in less fights in the presence of the interspecific competitor, in the laboratory experiments. In U. leptodactyla, the interlace/grapple behavior, that indicate more escalated combats, occurred in more fights when in the presence of the direct stimulus of the interspecific, differing of the fights in the presence of the intraspecific stimulus. In the field experiments, there was a bigger number of the flick behavior, the most escalated in this study, in the fights of U. uruguayensis when in the absence of competitor’s stimulus. The results suggest that differences occur in the fights when interspecific competitors are present, occurring less threat behaviors. It seems that occur a misidentification of the specie identity when only exposed to visual cues of the competitors, not occurring differences between the groups with the intra- and interspecific stimulus. The data suggests differences in the offered threat by the interspecific between the species, and the assessment that the individuals do about their adversaries can lead to different response by the species.
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Mangiarotti, Sylvain. "Les variations basse fréquence du niveau de la Mer Méditerranée au cours de la deuxième moitié du XXe siècle par altimétrie spatiale et marégraphie." Toulouse 3, 2003. http://www.theses.fr/2003TOU30063.
Full text
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Tobek, Miroslav. "Řešení dopravy v centru Havlíčkova Brodu." Master's thesis, Vysoké učení technické v Brně. Fakulta stavební, 2013. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-225922.
Full textAbstract:
The aim of this diploma thesis is the solution of the traffic situation in the city center of Havlíčkův Brod. Mainly the ground road number II/150 adjustment, which consist in the modification of the two-way traffic to one-way traffic organization in the streets Dolní, Žižkova and Na Ostrově by using the analogy of a roundabout layout, is solved within this thesis. All mentioned modifications simplify the traffic situation, improve the orientation and increase the security and the traffic flow mainly in relation to pedestrians and cyclists. Another part of this thesis is focused on revitalization of the public spaces in front of the community center called Ostrov and junction of existing cycle tracks situated on the both banks of the Sázava river. In relation to this topic the adjustment of rainwater sewerage system, low-voltage above ground network, public lighting, communication electric cables, fire brigade signal lights and low-pressure gas pipeline is also solved.
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Haas, Gabrielle. "Étude de l’importation nucléaire de la protéine P6 du virus de la mosaïque du chou-fleur et de son rôle dans la suppression du RNA silencing antiviral." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2007. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2007/HAAS_Gabrielle_2007.pdf.
Full textAbstract:
La protéine P6 du virus de la mosaïque du chou-fleur (CaMV), un pararétrovirus de plante, est un composant clé du cycle de multiplication du CaMV. Cette protéine multifonctionnelle est impliquée dans le déterminisme du spectre d’hôte, dans l’expression des symptômes de la virose, et dans la synthèse des autres protéines virales à partir d’un ARN polycistronique, selon un mécanisme non canonique. En outre, cette protéine forme des corps d’inclusion cytoplasmiques, les viroplasmes denses, considérés comme un compartiment viral où résident les étapes principales de la multiplication virale. Enfin, des données récentes ont montré que P6 est une protéine nucléo-cytoplasmique, laissant entrevoir qu’elle exerce une ou plusieurs fonctions au sein du noyau. Afin d’élucider le rôle nucléaire de P6, nous avons étudié la voie d’importation de cette protéine. Des expériences de mutagenèse dirigée et d’interaction protéine-protéine in vitro ont révélé que P6 est importée dans le noyau par l’importine α grâce à deux signaux de localisation nucléaire (NLS), l’un classique et l’autre atypique. Des expériences menées in planta ont également révélé que le transport nucléo-cytoplasmique de la protéine est essentiel pour l’infectivité du virus, attestant de l’importance de la ou des fonctions nucléaires de P6. Grâce à des études génétiques, nous avons pu démontrer qu’une des fonctions nucléaires de P6 est de supprimer le RNA silencing, un mécanisme paneucaryotique de régulation de l’expression des gènes, impliqué dans la défense contre les infections virales, dans le développement, et dans le maintien de l’intégrité du génome nucléaireThe P6 protein of Cauliflower mosaic virus (CaMV), a plant pararetrovirus, is a key component of the CaMV replication cycle. This multifunctional protein is involved in host specificity, symptoms expression, and in viral proteins synthesis from a polycistronic viral RNA through a noncanonical strategy. It also forms cytoplasmic inclusion bodies, called viroplasms, which are considered as viral factories. Finally, recent studies indicate that P6 shuttles between the nucleus and the cytoplasm, suggesting that the protein has one or several nuclear functions. To elucidate this aspect, we first studied the nuclear import properties of P6. Directed mutagenesis experiments combined to protein-protein interaction assays revealed that P6 contains one canonical and one non-conventional nuclear localization signal (NLS), both of which are cooperatively required for its import through the importin α pathway. In addition, in planta experiments showed that P6 nucleocytoplasmic shuttling is essential for virus infectivity demonstrating the importance of its nuclear function(s). Through genetic approaches, we have uncovered one of these functions: nuclear P6 suppresses RNA silencing, a paneukaryotic mechanism for regulation of gene expression, involved in antiviral defence, in development and in maintenance of nuclear genome integrity
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Bastin, Guillaume. "Les résidus cystéines en positions 2 et 12 de RGS4 influencent son trafic intracellulaire et ses fonctions." Thesis, Lille 1, 2013. http://www.theses.fr/2013LIL10003/document.
Full textAbstract:
Les protéines RGS (Regulator of G-protein Signaling) sont des inhibiteurs des voies de signalisation des protéines G. RGS4 atténue l’activité de protéines G dans plusieurs tissus tel que la diminution de son activité peut accroître la sévérité de la bradycardie, cardiomyopathies liées au diabète, l’invasion de cellule cancéreuse du sein, résistance à l’insuline et intolérance au glucose. RGS4 a été localisé à la membrane plasmique ainsi que dans des compartiments intracellulaires, cependant, son mode de trafique intracellulaire reste méconnu. En utilisant des outils de microscopie confocale sur cellules vivantes et méthode de détection d’activité des voies de signalisation conditionnée par les protéines G, nous avons caractérisé l’importance de deux sites de palmitoylation, ces deux sites : Cys2 et Cys12 montrent des intérêts complémentaires dans le trafic de RGS4 vers la membrane cellulaire. Dans un axe linéaire, nous avons identifié DHHC3 et 7, deux enzymes de palmitoylation participant au trafique intracellulaire de RGS4 et donc à la maximalisation de son activité inhibitrice des voies de signalisation contrôlées par Galphaq. Enfin des marqueurs de membranes endosomales, les protéines rab ont permis de caractériser les voies de trafic intracellulaire empruntée par RGS4, par exemple RGS4 est internalisé de la membrane plasmique par Rab5 et recyclé à la membrane cellulaire par Rab11. L’activation ou inhibition de Rab5 et 11 ont permis d’observer des changements d’activité de RGS4. Ces travaux confèrent une base de données pour des études ultérieures visant à développer des stratégies thérapeutiques à accroître les fonctionnalités de RGS4RGS proteins (Regulator of G-protein Signaling) are potent inhibitors of heterotrimeric G-protein signaling. RGS4 attenuates G-protein activity in several tissues such that loss of its function may lead to bradycardia, diabetic cardiomyopathy, breast cancer cell invasion, insulin resistance and glucose intolerance. RGS4 has been localized to both plasma membrane and intracellular pools, however, the nature of its intracellular trafficking remains to be elucidated. G-protein inhibition requires the presence of RGS4 at the plasma membrane. In this work, we characterized the complementary roles of two putative palmitoylation sites on RGS4 to target intracellular compartments and plasma membrane. We identified palmitoylation on Cys2 and 12 respectively important for RGS4 endosomal targeting and plasma membrane localization, when mutations were introduced to the palmitoylation sites, RGS4 capability of inhibiting Gq-mediated signaling was impaired. As a continuum we identified two palmitoylating enzymes, DHHC3 and 7 as modulator of RGS4 localization and function. Knock downs of DHHC3 and 7 impaired RGS4 endosomal and plasma membrane targeting and capability of inhibiting M1-muscarinic receptor signaling. Finally we used live cell confocal microscopy to define RGS4 intracellular trafficking routes. Specifically Rab5 mediated RGS4 trafficking from the plasma membrane to intracellular compartments while Rab11 mediated RGS4 trafficking to the plasma membrane. Activation and inhibition of Rab5 and 11 routes impaired RGS4 capability of inhibiting M1-muscarinic receptor signaling pathway. These novel findings provide a strong rationale for future studies aimed at developing new strategies to increase the function of RGS4
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Rerra, Anna-Isavella. "Genome-wide analyses of signaling pathways controlled by steroid receptors." Thesis, Strasbourg, 2019. http://www.theses.fr/2019STRAJ059.
Full textAbstract:
Les androgens(ADs) et les glucocorticoïdes (GCs) sont des hormones stéroïdiennes qui exercent des effets pléiotropes chez les mammifères. Leurs effets sont relayés par deux récepteurs nucléaires, le récepteur des androgènes (AR) et le récepteur des glucocorticoïdes (GR), respectivement. Même si les GCs sont fréquemment utilisés pour traiter les maladies inflammatoires et les antiandrogènes pour le cancer de la prostate, les traitements à long terme induisent des effets secondaires majeurs, notamment l'atrophie musculaire.Afin de préciser les mécanismes d’action de ces hormones, nous avons réalisé des analyses phénotypiques, transcriptomiques et cistromiques. La première partie de ce travail démontre que GR des myofibres contrôle négativement la masse et la force musculaire aux niveaux physiologiques de GCs. La perte de GR dans les muscles squelettiques n'affecte pas les voies cataboliques, mais augmente l’expression de facteurs anaboliques et réduit celle de facteurs anti-anaboliques. Nous avons également montré que GR se lie à des éléments de réponse du GR (GREs) situés aux enhancers, en association avec Myod1 et Foxf2, et interagit avec des facteurs liés aux promoteurs, tels que Nrf1, pour favoriser la transcription des gènes.Dans la deuxième partie de ce travail, nous avons comparé le cistrome et le transcriptome du GR dans la prostate et le muscle squelettique, et identifié des sites de liaison pour d'autres facteurs de transcription proche des GREs, indiquant que ces facteurs contribuent à la spécificité tissulaire. De plus, en comparant les cistromes et transcriptomes d’AR et de GR dans la prostate, nous montrons que les éléments de réponse liés par les deux récepteurs sont distincts de ceux liés uniquement par AR ou GR, et que la sélectivité du récepteur dépend de la liaison d’autres facteurs de transcription.Enfin, nous avons comparé les données transcriptomiques et épigénétiques du tissu musculaire squelettique et de myoblastes et myotubes C2C12, et nous fournissons une description détaillée de gènes, voies de signalisation et facteurs de transcription exprimés de façon différentielle pendant la différenciation myogénique.En conclusion, nos travaux ont permis de clarifier les mécanismes moléculaires régulant l'homéostasie musculaire et ont établi la base d'une compréhension moléculaire des effets spécifiques des ADs et des GCs dans divers types cellulairesAndrogens (ADs) and glucocorticoids (GCs) are steroid hormones exerting pleiotropic effects in mammals. Their effects are mediated by two nuclear receptors, the androgen (AR) and the glucocorticoid (GR) receptor, respectively. Although GCs are extensively used to treat inflammatory diseases and antiandrogens for prostate cancer, long-term treatments induce major side effects such as muscle atrophy.To determine the mechanisms underlying their effects in muscle, we performed phenotypic, transcriptomic and cistromic analyses. The first part of this work demonstrates that myofiber GR negatively controls muscle mass and strength under physiological GCs levels. GR loss in skeletal muscle did not affect catabolic pathways, but enhanced the expression of anabolic factors and reduced that of anti-anabolic ones. We also showed that myofiber GR binds DNA to GR response elements (GREs) located at enhancers, in association with Myod1 and Foxf2, and interact with promoter-bound factors such as Nrf1 to promote gene transcription.In the second part of this work, we compared GR cistromes and transcriptomes in prostate and skeletal muscle, and identified binding sites for additional transcription factors in the vicinity of GREs, indicating that they contribute to the tissue specificity. In addition, by comparing the AR and GR cistromes and transcriptomes in prostate, we show that the response elements bound by both receptors are distinct from those bound by either AR or GR, and that the receptor-selectivity depends mostly on the surrounding factors.Finally, we compared transcriptomic and epigenetic data of skeletal muscle tissue and C2C12 myoblasts and myotubes and provide a detailed description of genes, signaling pathways and transcription factors that are differentially expressed during myogenic differentiation.In conclusion, our work allowed to clarify the molecular mechanisms regulating muscle homeostasis and provides the basis of a molecular understanding of tissue- and/or promoter-specific activity of ADs and GCs
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Kalisch, Thomas. "Caractérisation fonctionnelle et biochimique d'un nouveau partenaire de la poly(ADP-ribose) polymérase I : high-mobility group protein containing 2-like 1." Thesis, Strasbourg, 2013. http://www.theses.fr/2013STRAJ068.
Full textAbstract:
La poly(ADP-ribosyl)ation est une modification post-traductionnelle des protéines catalysée par une famille d’enzymes : les poly(ADP-ribose) polymérases. Parmi les plus étudiées, PARP-1 et PARP-2 interviennent dans l’organisation, l’expression et le maintien de l’intégrité du génome. Nous avons initié l'étude d'un nouveau partenaire de PARP-1 préalablement identifié par double-hybride, et encore peu étudié à ce jour : HMG2L1 (High-Mobility Group protein 2 Like-1). La protéine humaine de 601 acides aminés contient un domaine HMG (High-Mobility Group) normalement impliqué dans l’interaction avec l’ADN. Quelques études ont montré que HMG2L1 régule la transcription en agissant comme co-régulateur négatif ou positif. Dans un premier temps, nous avons caractérisé le lien entre PARP-1 et HMG2L1. L’interaction avec PARP-1 a été confirmée in-vivo et in vitro. Nous avons montré que HMG2L1 pouvait également interagir avec PARP-2. HMG2L1 est poly(ADP-ribosyl)ée par PARP-1 et PARP-2, de même qu’elle est capable d’interagir avec le poly(ADP-ribose). La construction de formes tronquées de HMG2L1 en fusion avec la GFP nous a permis de montrer que le domaine N-terminal – en amont du domaine HMG – est impliqué dans ces interactions. Ce domaine N-terminal est très électropositif et intrinsèquement désordonné ce qui lui confère de nombreuses potentialités d’interactions. L’expression des fusions GFP dans des cellules HeLa nous a permis de montrer la localisation nucléaire et nucléolaire de HMG2L1, comme c’est le cas pour PARP-1 et PARP- 2. En outre, HMG2L1 colocalise avec UBF (Upstream Binding Factor), le facteur de transcription de l’ARN polymérase I responsable de la transcription des ARN ribosomaux. La surexpression de GFP-hHMG2L1 entraîne un stress nucléolaire caractérisé par l’inhibition de la transcription des ADNr et la formation de coiffes nucléolaires. Nous avons également entrepris une recherche de partenaires de HMG2L1 par spectrométrie de masse. De nombreuses protéines nucléolaires, impliquées dans la biogenèse des ribosomes ou la maturation des ARNs ont été identifiées, suggérant un rôle de HMG2L1 dans ces processus. Nous avons montré que la protéine purifiée interagit avec l’ADN via son domaine HMG principalement, et qu’elle interagit avec l’ARN via son domaine N-terminal. Mais surtout, nous avons mis en évidence une activité ARN-chaperonne, qui peut être régulée par le poly(ADP-ribose). La localisation de HMG2L1, son réseau d’interaction ainsi que son activité chaperonne nous laissent à penser qu’elle pourrait être impliquée dans des processus de maturation des ARN, régulés par la poly(ADPribosyl)ationPoly(ADP-ribosyl)ation is a post-translational modification of proteins mediated by a family of enzymes called poly(ADP-ribose) polymerases. Among the best studied, PARP-1 and PARP-2 are both implicated into the transcription, organization and integrity of genome. We have initiated the characterization of a new PARP-1 partner previously identified in a yeast two-hybrid screen, and still poorly studied: HMG2L1 (High-Mobility Group protein 2 Like-1). The human protein of 601 amino acids contains one HMGbox domain normally implicated in the recognition of DNA. Some studies have reported the role of HMG2L1 in the regulation of transcription by acting as a negative or positive coregulator. First, we characterized the link between PARP-1 and HMG2L1. We confirmed the interaction between both proteins in vivo and in vitro. We also showed that HMG2L1 couldinteract with PARP-2. HMG2L1 is poly(ADP-ribosyl)ated by PARP-1 and PARP-2, and is able to interact with poly(ADP-ribose). The construction of GFP-fused truncated versions of HMG2L1 allowed us to show that the N-terminal part – upstream to the HMGbox – is responsible for all these interactions. This N-terminal domain is highly electropositive and intrinsically disordered conferring a lot of interactions potentialities. The expression of the GFP-fused proteins in HeLa cells allowed us to localizeHMG2L1 into the nucleus and the nucleolus, like PARP-1 and PARP-2. Moreover, HMG2L1 colocalizes with UBF (Upstream Binding Factor), the transcription factor responsible for the transcription of ribosomal ARNs by RNA polymerase I. The overexpression of GFPhHMG2L1 leads to a nucleolar stress illustrated by the inhibition of transcription and the formation of nucleolar caps. We also undertook a proteomic study to find new partners of HMG2L1. We found a huge amount of nucleolar proteins, involved in ribosome biogenesis or RNA maturation, suggesting that HMG2L1 could be involved in these processes. Finally, we demonstrated the ability of the purified protein to interact with DNA mostly through its HMGbox domain and RNA through its N-terminal domain. Moreover, we discovered that HMG2L1 is endowed with a RNA-chaperone activity, that can be regulated by poly(ADP-ribose). Taken together, the localization of HMG2L1, its interacting partners and its RNA chaperone activity allow us to make the assumption that HMG2L1 could be implicated in RNA maturation processes, regulated by poly(ADP-ribosyl)ation
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Mattiuzzo, Ysabelle. ""Les paradis littéraires de la fenêtre" : Paul Auster, Michel Butor, Franz Kafka." Clermont-Ferrand 2, 2002. http://www.theses.fr/2002CLF20012.
Full textAbstract:
"Les paradis littéraires de la fenêtre" entreprend une approche littéraire comparée et interdisciplinaire (architecture, peinture, cinéma) de la fenêtre, à partir de "L'Emploi du temps" et "La modification" de Michel Butor, "La trilogie new-yorkaise" de Paul Auster, "Le château", "Le procès" et "Amérique" de Kafka. La démonstration montre la modernité du motif et comprend son intérêt dans le texte littéraire. Elle se développe à partir d'une esthétique de la transparence. La spatialité intervient comme élément qui classe et hiérarchise à partir du motif mais elle s'ouvre à l'ensemble de l'oeuvre, vue comme une structure, percée d'ouvertures transparentes. L'oeuvre montre une quête de soi, visible à travers le cheminement d'un personnage, élément d'une expérience littéraire, ontologique et philosophique. Elle comprend deux parties. La première réfléchit au lien entre la fenêtre et l'homme (anthropomorphisme de la maison) ; elle crée des liens entre l'auteur et sa maison, entre l'artiste et sa production (imaginaire de la maison). Dans la deuxième partie, sont abordés "Les paradis littéraires c'est-à-dire toute la poétique de la fenêtre (point de vue narratologique, approche linguistique)
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Salloum, Jasmin B. [Verfasser]. "Behavioral modification of fMRI signal in studies of emotion / submitted by Jasmin B. Salloum." 2001. http://d-nb.info/962689300/34.
Full text
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"Methionine sulfoxide reductases: studies on the reducing requirements and role in the metabolism of sulindac." Thesis, Florida Atlantic University, 2009. http://purl.flvc.org/FAU/227979.
Full textAbstract:
The methionine sulfoxide reductase (Msr) enzymes catalyze the reduction of methionine sulfoxide (Met(O)) to methionine. The Msr enzymes protect cells against oxidative stress and may have a role in aging. The MsrA family of enzymes reduces stereospecifically the S epimer of free and protein-bound Met(O) while the MsrB family reduces the R epimer of Met(O) in proteins. It has been generally accepted, primarily from studies on MsrA, that the biological reductant for the Msr enzymes is thioredoxin (Trx), although high levels of dithiothreitol (DTT) can be used as the reductant in vitro. In contrast, certain MsrB enzymes show less than 10% of the activity with Trx as compared to DTT. This raises the possibility that in animal cells Trx may not be the direct hydrogen donor for the MsrB enzymes. Studies with bovine liver extracts have shown that thionein, the apoprotein of metallothionein, can function as a reductant for the Msr proteins. Certain selenium compounds such as selenocystamine and selenocystine can also serve as potent reducing agents for the Msr enzymes. Since an increased activity of Msr enzymes can reduce the level of oxidative damage in tissues, compounds that could activate Msr may have therapeutic potential. A high-throughput screening assay has been developed to screen large chemical libraries to find activators of MsrA, as well as specific inhibitors that could be useful research tools. This study will be done in collaboration with The Scripps Florida Research Institute. Sulindac was originally developed as a non-steroidal anti-inflammatory drug but has also shown efficacy in the treatment of certain cancers. The S epimer of sulindac is known to be reduced by MsrA, but the enzymes responsible for reduction of the R epimer are not knownAn activity has been purified from rat liver which is capable of reducing the R epimers of sulindac, free Met(O) and a dabsylated Met(O) substrate, the latter suggesting that this enzyme may have properties similar t o the MsrB enzymes. The oxidation of the epimers of sulindac to sulindac sulfone has also been characterized, and the members of the cytochrome P450 family involved in the oxidation have been identified
by David J. Brunell
Thesis (Ph.D.)--Florida Atlantic University, 2009
Includes bibliography
Electronic reproduction. Boca Raton, Fla., 2009. Mode of access: World Wide Web