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Dissertations / Theses on the topic 'Simulations moléculaire interactive'

Author: Grafiati
Published: 25 May 2024
Last updated: 31 July 2025

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Lanrezac, André. "Interprétation de données expérimentales par simulation et visualisation moléculaire interactive." Electronic Thesis or Diss., Université Paris Cité, 2023. http://www.theses.fr/2023UNIP7133.

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Abstract:
L'objectif de l'approche des simulations moléculaires interactive (Interactive Molecular Simulations - IMS) est d'observer en direct la dynamique conformationnelle d'une simulation moléculaire en cours. Le retour visuel instantané permet un suivi instructif ainsi que l'observation des changements structurels imposés par la manipulation de l'IMS par l'utilisateur. J'ai mené une étude approfondie des connaissances pour rassembler et synthétiser l'ensemble des recherches qui ont développé l'IMS. La dynamique moléculaire interactive (Interactive Molecular Dynamics - IMD) est l'un des premiers prot
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Barnoud, Jonathan. "Interaction entre modèles de membranes biologiques et nanoparticules, une études par simulation moléculaire." Paris 7, 2014. http://www.theses.fr/2014PA077260.

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Abstract:
Les membranes biologiques jouent un rôle crucial pour les cellules. Elles constituent leurs barrières externes et internes. Ces membranes régulent les flux de matière, d'information et d'énergie au sein des cellules. Les fonctions d'une membrane sont intimement liées à sa composition, altérer de cette composition peut altérer les fonctions membranaires. Un tel changement de composition peut être du à l'ajout de molécules exogènes, tels des médicaments ou des polluants. L'effet de ces molécules sur les membranes n'est pas toujours compris. De plus, l'environnement chimique d'une molécule affect
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Özdamar, Burak. "First-principles simulations of the interaction of metal-organic molecules with a surface and as building blocks for nanodevices." Thesis, Strasbourg, 2016. http://www.theses.fr/2016STRAE043/document.

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Abstract:
Ce travail de thèse est focalisé sur l'interaction de molécules organométalliques avec des métaux de transition. Cette thématique a un large éventail d'applications dans plusieurs domaines tels que la réalisation de nanojonctions pour la nano-électronique, la bioimagerie et le stockage d'énergie magnétique, la nano-catalyse et les applications biomédicales. Dans ce cadre général, ce projet de thèse vise la modélisation à l’échelle atomique des interactions fondamentales entre les briques moléculaires afin de comprendre leur rôle dans l’assemblage et la fonctionnalisation des nanostructures. L’
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Roux, Raphaël. "Étude probabiliste de systèmes de particules en interaction : applications à la simulation moléculaire." Phd thesis, Université Paris-Est, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00597479.

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Abstract:
Ce travail présente quelques résultats sur les systèmes de particules en interaction pour l'interprétation probabiliste des équations aux dérivées partielles, avec des applications à des questions de dynamique moléculaire et de chimie quantique. On présente notamment une méthode particulaire permettant d'analyser le processus de la force biaisante adaptative, utilisé en dynamique moléculaire pour le calcul de différences d'énergies libres. On étudie également la sensibilité de dynamiques stochastiques par rapport à un paramètre, en vue du calcul des forces dans l'approximation de Born-Oppenhei
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Simard, Jean. "Collaboration haptique étroitement couplée pour la manipulation moléculaire interactive." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00688036.

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Abstract:
Le docking moléculaire est une tâche complexe, difficile à appréhender pour une personne seule. C'est pourquoi, nous nous proposons d'étudier la distribution cognitive des charges de travail à travers la collaboration. Une plate-forme distribuée de déformation moléculaire interactive a été mise en place afin d'étudier les avantages mais aussi les limites et les contraintes du travail collaboratif étroitement couplé. Cette première étude, basée sur trois expérimentations, a permis de valider l'intérêt d'une approche collaborative pour des tâches complexes à fort couplage.
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Davydova, Alexandra. "MD simulation of H2 plasma/graphene interaction for innovative etching processes development." Thesis, Grenoble, 2014. http://www.theses.fr/2014GRENT054.

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Abstract:
Graphène est un matériau bidimensionnel unique physique, chimique et les propriétés mécaniques. Il pourrait être prometteur pour de nouvelles applications, mais le contrôle nm échelle de traitement de graphène défis la technologie actuelle, en particulier dans le traitement du plasma, empêchant ainsi le développement de la technologie à base de graphène à l'échelle industrielle<br>Graphene is a two-dimensional material with unique physical, chemical and mechanical properties. It could be promising for novel applications, but the nm-scale control of graphene processing challenges current techno
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Luo, Yun. "Etude des interactions sucre-sucre : synthèse totale de deux glycosphingolipides pentaosyl Lewis déoxygéné et simulations de dynamique moléculaire d'un agglomérat de Lewis." Paris 6, 2007. http://www.theses.fr/2007PA066355.

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Abstract:
Depuis leur découverte, par Hakomori durant les années 1989-1993, les interactions sucre-sucre ont été étudiées par diverses méthodes. Elles représentent un nouveau type d'interaction moléculaire rencontré dans l'adhésion et la reconnaissance cellulaire. Une des structures impliquées dans ce mécanisme est le déterminant Lewisx (Lex) (Ga14 [Fuc13]GcNAc1R). Des agglomérats de glycosphingolipides du Lewisx (Lex GSLs) se forment à la surface des cellules, et l'interaction entre ces microdomaines a été proposée comme étant responsable de l'étape initiale de l'adhésion cellulaire, l'embryogénè
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Doutreligne, Sébastien. "interactive molecular dynamics software development : Application to biomolecule folding." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2017. http://www.theses.fr/2017USPCC180/document.

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Abstract:
Le repliement de biomolécules à partir de méthodes computationelles reste un grand défi. Plus particulièrement, les simulations de dynamique moléculaire tout-atomes sont intrinsèquement longues et ne permettent pas encore d’atteindre l’échelle de temps de la microseconde de façon courante. En général, un approche gros-grain est préférée pour simuler des systèmes plus grands et des échelles de temps plus longues. Les approches automatiques comme la dynamique moléculaire ne tiennent pas compte de l’expertise de l’investigateur. Ce travail de thèse explore le repliement des biomolécules au
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Khalfa, Adil. "Etude des cycles peptidiques en interaction avec les membranes lipidiques par simulations de dynamique moléculaire utilisant l'approche gros grains." Thesis, Nancy 1, 2009. http://www.theses.fr/2009NAN10024/document.

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Abstract:
Les cycles peptidiques (CPs) composés d’un nombre paire d’acides aminés avec l’alternance de chiralité L/D, sont capables de s’auto assembler pour former des nanotubes peptidiques tubulaires creux grâce à un réseau de liaisons d’hydrogène. La partition des CPs hydrophobes dans une membrane lipidique forme un nanotube transmembranaire, alors que les CPs chargés caractérisé par l’amphipacité montrent une forte activité antibactérienne contre les bactéries gram+/-. Le but de ce travail consiste principalement à étudier les interactions des CPs avec des membranes lipidiques par simulations de dyna
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Madeleine, Noelly. "Recherche d'inhibiteurs de l'interaction Lutheran-Laminine par des techniques de modélisation et de simulation moléculaires." Thesis, La Réunion, 2017. http://www.theses.fr/2017LARE0054/document.

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Abstract:
La drépanocytose est une maladie génétique qui se caractérise par des globules rouges en forme de faucille. Chez les personnes atteintes de drépanocytose, ces globules rouges (GR) adhèrent à l’endothélium vasculaire et provoquent ainsi une vaso-occlusion. Ce phénomène s’explique par la surexpression de la protéine Lutheran (Lu) à la surface des globules rouges falciformes qui se lie fortement à la Laminine (Ln) 511/521 exprimée par l’endothélium vasculaire enflammé. Le but de cette étude est d’identifier un inhibiteur d’interaction protéine-protéine (PPI) qui possède une forte probabilité de l
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Casciola, Maura. "Interaction of pulsed electric fields with membrane models for controlled release of drugs." Thesis, Université de Lorraine, 2016. http://www.theses.fr/2016LORR0017/document.

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Abstract:
Électroporation (EP) est une technique utilisée pour affecter l’intégrité des membranes cellulaires de plasma et/ou organites internes, conséquence de l’application d’un champ électrique d’énergie suffisante, dépendant de son intensité et sa durée. Il a été montré in- directement par de nombreuses études expérimentales et in-silico que ce phénomène résulte de la perméabilisation de la membrane par la formation pores aqueux. L’EP permet ainsi la vectorisation de molécules normalement non perméantes. Les applications de l’EP vont de l’électrochimiothérapie, à la vaccination à ADN. Les impulsions
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França, João. "Solid-liquid interaction in ionanofluids. Experiments and molecular simulation." Thesis, Université Clermont Auvergne‎ (2017-2020), 2017. http://www.theses.fr/2017CLFAC077.

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Abstract:
L'un des principaux domaines de recherche en chimie et en ingénierie chimique implique l'utilisation de liquides ioniques et de nanomatériaux comme alternatives à de nombreux produits chimiques et processus chimiques, comme ce dernier étant actuellement considérés comme non respectueux de l'environnement. Leur utilisation potentiel comme nouveaux fluides de transfert de chaleur et matériaux de stockage de chaleur, qui peuvent obéir à la plupart des principes de la chimie verte, nécessite l'étude expérimentale et théorique des mécanismes de transfert de chaleur dans les fluides complexes comme
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Martirosyan, Vahagn. "Atomistic simulations of H2 and He plasmas modification of thin-films materials for advanced etch processes." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017GREAT101/document.

Full text
Abstract:
Ce travail de thèse aborde l’un des défis technologiques liés au développement de nouvelles générations de transistors (FinFET, FDSOI), pour lesquels la gravure de couches ultraminces révèle plusieurs problèmes. En particulier, la gravure des espaceurs nitrure (SiN) doit être réalisée avec une précision nanométrique sans endommager les couches sous-jacentes, étape qui ne peut plus être réalisée par des plasmas conventionnels continus. Afin de dépasser cette limitation, une approche innovante a été récemment développée (dite Smart-Etch), qui s’appuie sur l'implantation d’ions légers et se dérou
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Oberlin, Michael. "Etude in silico de la reconnaissance moléculaire et de la communication allostérique dans les récepteurs nucléaires ERα et ERRγ". Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2008. http://www.theses.fr/2008STR13074.

Full text
Abstract:
Cette thèse porte sur l'étude in silico de deux récepteurs nucléaires, ERR3 (Estrogen Related Receptor 3) et ER alpha (Estrogen Receptor alpha). Nous nous sommes focalisés sur l'étude du mécanisme moléculaire de l'activation de ER alpha par son ligand et sur les phénomènes de communication allostérique au sein du domaine de liaison du ligand des récepteurs nucléaires. Les résultats reposent sur deux approches : l'analyse énergétique des interactions et l'étude des caractéristiques dynamiques des résidus. Ces travaux nous ont permis d'un part de mieux comprendre les effets du ligand sur la stru
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Castanié, Fabien. "Approches numérique et théorique du microscope à force atomique : interaction, dynamique et imagerie." Toulouse 3, 2012. http://thesesups.ups-tlse.fr/1831/.

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Abstract:
La microscopie à force atomique (AFM) est un outil puissant et polyvalent capable de réaliser des images avec une résolution sub-nanométrique d'un grand type d'échantillons, comme des surfaces de matériaux inorganiques avec ou sans molécules adsorbées, et d'opérer dans des environnements allant de l'ultra-haut vide (UHV) à l'interface solide/liquide. Parmi les différents modes existants, l'AFM en mode modulation de fréquence (FM-AFM) donne des résultats remarquables grâce à deux boucles de contrôle et une d'asservissement qui s'influencent mutuellement. En contrepartie, la compréhension du fon
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Morelon, Nhan Duc. "Dynamique moléculaire du composé d'inclusion TANO-heptane : une étude combinée : simulation numérique/diffusion quasiélastique incohérente des neutrons." Université Joseph Fourier (Grenoble), 1999. http://www.theses.fr/1999GRE10015.

Full text
Abstract:
Les composes d'inclusion du tano sont des complexes moleculaires constitues de deux especes chimiques. Les molecules de tano forment une matrice ayant une structure en canaux, dans laquelle sont incluses une grande variete de molecules lineaires (alcanes, polymeres, etc). La complexite et la variete du desordre dynamique rencontre dans ces cristaux plastiques nous a amener a completer les etudes experimentales anterieures par des simulations de dynamique moleculaire. Apres un resume des principales caracteristiques des composes d'inclusion du tano (descriptions des phases basse et haute temper
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Tian, Falin. "Interaction between Nanoparticles and Aggregates of Amphiphile Molecules." Thesis, Lyon, École normale supérieure, 2015. http://www.theses.fr/2015ENSL1002.

Full text
Abstract:
Ayant une structure particulière avec une tête hydrophile et une queue hydrophobe, des molécules amphiphile ont de nombreuses applications importantes, comme par exemple, la fabrication des détergents, la protection et la fonctionnalisation de surfaces, etc. Des agrégats de diverses formes, micelles, véhicules, membranes etc., peuvent se former à partir des amphiphiles. La complexité de ces agrégats moléculaires rend l’étude théorique de ce type de systèmes extrêmement difficile. Jusqu’à présent, notre connaissance sur l’interaction entre des nanoparticules et des agrégats des amphiphiles rest
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Véry, Thibaut. "Simulation de propriétés photophysiques de complexes de ruthénium en interaction avec l'ADN." Thesis, Université de Lorraine, 2012. http://www.theses.fr/2012LORR0232/document.

Full text
Abstract:
Les molécules se trouvent très rarement isolées, ceci implique qu'une modélisation de leur environnement doit être faite lors du calcul de propriétés physiques ou chimiques. Il est possible de considérer l'environnement par plusieurs méthodes de chimie théorique. Le modèle du continuum polarisable est un exemple dont les premières applications ont maintenant plus de 30 ans. Ce modèle permet de reproduire l'influence d'un solvant mais n'est pas capable de représenter des milieux fortement anisotropes tels que les macro-molécules. Afin de représenter de tels environnements, des méthodes couplant
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Panadés-Barrueta, Ramón Lorenzo. "Full quantum simulations of the interaction between atmospheric molecules and model soot particles." Thesis, Lille 1, 2020. http://www.theses.fr/2020LIL1R022.

Full text
Abstract:
Nous visons à simuler avec des arguments purement quantiques (noyaux et électrons) les processus d’adsorption et de photoréactivité du NO2 adsorbé sur des particules de suie (modélisées comme de grands hydrocarbures aromatiques polycycliques, HAP) dans les conditions atmosphériques. Une description détaillée de ces processus est nécessaire pour comprendre le comportement différentiel (jour-nuit) de la production de HONO, qui est un précurseur du radical hydroxyle (OH). En particulier, le mécanisme spécifique de l’interconversion entre NO2 et HONO par la suie n’est pas encore totalement compris
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Panadés-Barrueta, Ramón Lorenzo. "Full quantum simulations of the interaction between atmospheric molecules and model soot particles." Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2018-2021), 2020. http://www.theses.fr/2020LILUR022.

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Abstract:
Nous visons à simuler avec des arguments purement quantiques (noyaux et électrons) les processus d’adsorption et de photoréactivité du NO2 adsorbé sur des particules de suie (modélisées comme de grands hydrocarbures aromatiques polycycliques, HAP) dans les conditions atmosphériques. Une description détaillée de ces processus est nécessaire pour comprendre le comportement différentiel (jour-nuit) de la production de HONO, qui est un précurseur du radical hydroxyle (OH). En particulier, le mécanisme spécifique de l’interconversion entre NO2 et HONO par la suie n’est pas encore totalement compris
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Semrouni, David. "Énergétique et spectroscopie de polypeptides par dynamique moléculaire : champ de force de seconde génération et chimie quantique." Phd thesis, Ecole Polytechnique X, 2010. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00528244.

Full text
Abstract:
La spectroscopie de dissociation par absorption de multiples photons infrarouge ou IRMPD permet d'obtenir les signatures vibrationnelles d'espèces chargées en phase gazeuse. L'attribution des modes de vibration pour établir une relation entre spectre et structure moléculaire n'est cependant pas triviale et nécessite le recours à la modélisation moléculaire. Ce mémoire présente une méthodologie complète de calcul de spectres vibrationnels et son application à des peptides attachés à un cation sodium. Nous commençons par l'exploration efficace de l'espace conformationnel complexe de ces systèmes
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Shahsavari, Bedoustani Ashkan. "Dynamique des polymères à grande densité d'interactions fortes." Thesis, Lyon, 2017. http://www.theses.fr/2017LYSE1133/document.

Full text
Abstract:
L'objectif de la thèse a été d'étudier les propriétés dynamiques des polymères à grande densité d'interactions fortes intermoléculaires, en fonction de l'énergie et de la densité de ces interactions. Cette étude s'est effectuée par la méthode de la dynamique moléculaire. Deux types d'interactions fortes ont étés proposés et implémentés numériquement. Un premier modèle dit isotrope dans lequel des interactions fortes sont modélisées par un potentiel isotrope, représentant par exemple des interactions ioniques. Et un second modèle dans lequel nous avons choisi un potentiel directionnel, modélisa
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Dupin, Lucie. "Validation et criblage de nouvelles molécules anti-infectieuses sur microarray : applications à Pseudomonas aeruginosa." Thesis, Lyon, 2016. http://www.theses.fr/2016LYSEC018/document.

Full text
Abstract:
Pseudomonas aeruginosa (PA) est la troisième bactérie impliquée dans les maladies nosocomiales et est la principale cause de mortalité des patients atteints de la mucoviscidose. PA est résistante à la plupart des traitements antibiotiques. Trouver de nouvelles stratégies thérapeutiques est devenu un enjeu majeur de santé publique, l’une d’entre elles est l’inhibition de facteurs de virulence. Parmi ceux-ci, les lectines sont des protéines impliquées dans l’adhésion et la formation de biofilm via des interactions avec des sucres (PA-IL, PA- IIL, FliC, FliD, PilA, PilY1 et CupB6).Le but de ce tr
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Fabre, Gabin. "Molecular interaction of natural compounds with lipid bilayer membranes : Towards a better understanding of their biological and pharmaceutical actions." Thesis, Limoges, 2015. http://www.theses.fr/2015LIMO0122/document.

Full text
Abstract:
Une des clés pour comprendre les mécanismes d’action biologiques des molécules naturelles et thérapeutiques est leur faculté à incorporer ou traverser les membranes lipidiques. Parce que les méthodes expérimentales sont parfois couteuses et répondent partiellement aux questions posés par les interactions composé-membrane, la modélisation moléculaire est devenue une sérieuse alternative. Les simulations de dynamique moléculaire ont ouvert de nombreuses perspectives ces dernières années en offrant la possibilité de décrire ces interactions intermoléculaires au niveau atomique. À l’aide de ces si
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Chung, Salomon. "Effet d'un champ électrique sur la structure et la dynamique de suspensions colloïdales confinées : étude numérique par simulation." Thesis, Paris Est, 2017. http://www.theses.fr/2017PESC1059/document.

Full text
Abstract:
Le travail présenté dans ce mémoire s'inscrit dans le cadre des études théoriques dedispersions colloïdales, ou suspensions de particules dont la taille varie du nanomètre aumicromètre. Dans ces milieux, les interactions entre les particules peuvent être moduléesen jouant par exemple sur leur composition superficielle, de même qu'il est possible demodifier l'environnement des colloïdes comme le solvant, le confinement du mélange et/ouéventuellement un champ extérieur pour influer sur leurs propriétés thermodynamiques.La modélisation-simulation permet alors de tester sur ordinateurcertains jeux
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Ortega, Varga Laura. "Innovative inhibition strategy against functional structural transitions of essential pathogenic factors : Computational applications to Malarial and Neurotransmitter targets." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2019. http://www.theses.fr/2019SORUS455.

Full text
Abstract:
Ce projet de thèse décrit la conception d'inhibiteurs de deux enzymes de l'agent du paludisme et de modulateurs de la sous-unité α5 des récepteurs nicotiniques de l'acétylcholine (nAChR) impliqués dans les dépendances. La subtilase de Plasmodium vivax (SUB1), nécessaire pour la sortie des parasites des cellules a été ciblée avec des inhibiteurs covalents réversibles. Nous avons effectué un docking covalent de peptidomimétiques candidats et étudié leur cyclisation. Plusieurs mimétiques ont montré une activité sub-micromolaire et leur structure a pu être résolue par co-cristallisation. Nous avon
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Rachel, Schurhammer. "Simulations par dynamique moléculaire de la solvatation et du comportement interfacial d'espèces hydrophobes.Application à l'hypothèse TATB et à l'extraction liquide/liquide de cations par le CO2 supercritique." Phd thesis, Université Louis Pasteur - Strasbourg I, 2001. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00292205.

Full text
Abstract:
Nous avons étudié par simulations de dynamique moléculaire la solvatation de molécules hydrophobes chargées dans des liquides purs et à des interfaces liquide / liquide. <br />La première partie concerne l'hypothèse TATB qui suppose que les deux ions AsΦ4+ (TA+) et BΦ4- (TB-) ont la même énergie de solvatation dans tout solvant. Nous avons montré que les deux ions étaient solvatés différemment dans des liquides purs (eau, chloroforme, acétonitrile) ainsi qu'à une interface chloroforme / eau. Des calculs de différences d'énergie libre de transfert ont confirmé cette tendance, de même que des si
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Fernandes, Mendonça Ana Catarina. "Simulations moléculaires d'une nouvelle classe de liquides ioniques basés sur la fonction ammonium pour l'utilisation potentielle en tant qu'huiles lubrifiantes respectueuses de l'environnement." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00857336.

Full text
Abstract:
L'objectif de ce travail est de comprendre la structure et les interactions des liquides ioniques au contact de surfaces métalliques à l'échelle moléculaire en ayant recours aux méthodes de dynamique moléculaire. Il s'agit également d'étudier l'impact de ces caractéristiques microscopiques sur les propriétés tribologiques du système. Les liquides ioniques choisis en tant qu'huiles lubrifiantes potentielles présentent des propriétés biodégradables et des caractéristiques tribologiques appropriées. Ils reposent sur des cations alkylammonium combinés avec des anions alkylsulfonate et bistriflamid
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Yu, Jinchao. "développement méthodologique et applications de la prédiction des interactions protéine-protéine." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017SACLS021.

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Abstract:
Les interactions protéine-protéine (IPP) jouent un rôle essentiel dans le vivant. Mon travail de thèse s’est concentré sur développement de méthodes bio-informatiques pour la prédiction et la modélisation structurale des IPP. Mon objectif était d'améliorer le pouvoir prédictif des méthodes permettant de prédire les structures d’assemblages macromoléculaires (docking) et d'aborder les problèmes rencontrés par les biologistes sur des cas réels d’interactions.Pour obtenir des modèles de protéines isolées de meilleure qualité, j’ai tout d’abord développé le serveur HHalign-Kbest basé sur des algor
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Castanié, Fabien. "APPROCHES NUMÉRIQUE ET THÉORIQUE DU MICROSCOPE À FORCE ATOMIQUE‭ ‬:‭ ‬INTERACTION,‭ ‬DYNAMIQUE ET IMAGERIE." Phd thesis, Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00788143.

Full text
Abstract:
La microscopie à force atomique‭ (‬AFM‭) ‬est un outil puissant et polyvalent capable‭ de réaliser des images avec une résolution sub-nanométrique d'un grand type d'échantillons,‭ ‬comme des surfaces de matériaux inorganiques avec ou sans molécules adsorbées,‭ ‬et d'opérer dans des environnements allant de l'ultra-haut vide‭ (‬UHV‭) ‬à l'interface solide/liquide.‭ ‬Parmi les différents modes existants,‭ ‬l'AFM en mode modulation de fréquence‭ (‬FM-AFM‭) ‬donne des résultats remarquables grâce à deux boucles de contrôle et une d'asservissement qui s'influencent mutuellement.‭ ‬En contrepartie,‭
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Douady, Julie. "Etude théorique et simulations de petites molécules de sodium excitées, immergées dans des matrices de gaz rare." Caen, 2007. http://www.theses.fr/2007CAEN2044.

Full text
Abstract:
L'objectif de ce travail de thèse est d'étudier l'influence d'un environnement de gaz rare sur les propriétés statiques et dynamiques de petites molécules de sodium. Les différentes propriétés physicochimiques de ce système permettent une modélisation à deux niveaux dans laquelle seuls les degrés de liberté associés aux électrons de valence de la molécule sont traités quantiquement. Nous avons développé une approche générale permettant de traiter le problème de la structure électronique de la molécule immergée par une méthode d'interaction de configurations, dans laquelle ses noyaux et les ato
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Panel, Nicolas. "Étude computationnelle du domaine PDZ de Tiam1." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017SACLX062/document.

Full text
Abstract:
Les interactions protéine-protéine sont souvent contrôlées par de petits domaines protéiques qui régulent les chemins de signalisation au sein des cellules eucaryotes. Les domaines PDZ sont parmi les domaines les plus répandus et les plus étudiés. Ils reconnaissent spécifiquement les 4 à 10 acides aminés C-terminaux de leurs partenaires. Tiam1 est un facteur d'échange de GTP de la protéine Rac1 qui contrôle la migration et la prolifération cellulaire et dont le domaine PDZ lie les protéines Syndecan-1 (Sdc1), Caspr4 et Neurexine. Des petits peptides ou des molécules peptidomimétiques peuvent p
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Qin, Liang. "Application of irreversible Monte Carlo in realistic long-range systems." Thesis, Université Paris sciences et lettres, 2020. http://www.theses.fr/2020UPSLE009.

Full text
Abstract:
Cette thèse étudie le comportement de la chaîne d'événements de Monte Carlo (ECMC) dans les systèmes de particules à interaction de longue portée. Les deux premiers chapitres présentent les méthodes actuelles de simulation moléculaire, en soulignant leurs difficultés à traiter l'interaction de Coulomb, et donnent les bases de l'ECMC. Le troisième chapitre présente notre cadre d'échantillonnage du système de Coulomb à l'aide de l'ECMC. Dans le cadre de la convention "tin-foil", la formulation constituée d’interaction à deux corps pour l'électrostatique peut être appliquée directement à la métho
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Agueny, Hicham. "Etude théorique des processus électroniques ayant lieu au cours de collisions atomiques et moléculaires : approches non perturbatives." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2014. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01021304.

Full text
Abstract:
Deux domaines différents de la physique des collisions ont fait l'objet de mes travaux de thèse réalisés dans le cadre d'une cotutelle entre l'Université Moulay Ismail, Meknes-Maroc et l'Université Pierre et Marie Curie, Paris-France: le premier concerne les collisions ion-atome/molécule dans le régime des énergies intermédiaires (keV), alors que le second vise le domaine des collisions électron-atome assistées par un champ laser intense. Bien que distincts, les deux thèmes sont interconnectés puisqu'il s'agit principalement d'étudier, dans des approches non-perturbatives, les phénomènes de di
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Agueny, Hicham. "étude théorique des processus électroniques ayant lieu au cours de collisions atomiques et moléculaires: approches non perturbatives." Phd thesis, Université Paris-Sorbonne - Paris IV, 2014. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01052860.

Full text
Abstract:
Deux domaines différents de la physique des collisions ont fait l'objet de mes travaux de thèse réalisés dans le cadre d'une cotutelle entre l'Université Moulay Ismail, Meknes-Maroc et l'Université Pierre et Marie Curie, Paris-France: le premier concerne les collisions ion-atome/molécule dans le régime des énergies intermédiaires (keV), alors que le second vise le domaine des collisions électron-atome assistées par un champ laser intense. Bien que distincts, les deux thèmes sont interconnectés puisqu'il s'agit principalement d'étudier, dans des approches non-perturbatives, les phénomènes de di
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Sawmynaden, Jaysen. "Conception de peptide cyclique et étude de l'interaction protéine-protéine par des méthodes d'échantillonnage accélérée." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2020. http://www.theses.fr/2020SORUS389.

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Abstract:
Dans le milieu cellulaire, l’activité d’une protéine est souvent conditionnée par l’interaction protéines protéines (IPP). Pouvoir inhiber ces IPP a un intérêt pour comprendre des mécanismes moléculaires au sein de la cellule ou bien dans le développement de médicaments. Les peptides cycliques (PC) sont adaptés pour bloquer des IPP. Ils possèdent une grande surface d’interaction tout en ayant une bonne stabilité conformationnelle ce qui permet d’avoir une bonne spécificité et affinité pour leur cible. A l’heure actuelle, peu de méthodes existent pour prédire les structures les plus probables d
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Vamparys, Lydie. "Exploration de la reconnaissance de la courbure membranaire par le motif ALPS." Phd thesis, Université Paris-Diderot - Paris VII, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00934412.

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Abstract:
Certains processus biologiques tels que le transport vésiculaire sont régulés par des motifs qui guident les protéines vers les membranes courbées. L'un d'entre eux est le motif ALPS (Amphipathic Lipid Packing Sensor) qui reconnaît les défauts de packing provoqués par la courbure convexe de la membrane. Dans ce travail, nous combinons des simulations de dynamique moléculaire (DM) et des expériences de dichroïsme circulaire (CD) pour comprendre ce phénomène à l'échelle moléculaire. Les simulations de DM nous ont permis de caractériser et de quantifier les défauts de packing entre les lipides. N
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Van, de Steen Cyril. "Modélisation des propriétés de transport des ions moléculaires de krypton et xénon pour l'optimisation des générateurs de plasma froids utilisant les gaz rares." Thesis, Toulouse 3, 2018. http://www.theses.fr/2018TOU30264/document.

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Abstract:
L'utilisation de plasmas froids à base de gaz rares (Rg) dans des applications biomédicales ainsi que dans la propulsion spatiale est en nette évolution. Pour optimiser ces réacteurs plasmas, une compréhension fine des processus ayant lieu dans ces réacteurs est nécessaire. Ce travail de thèse a pour objectif de fournir les données manquantes dans la littérature (coefficients de transport et réaction) en passant par des données mésoscopiques (sections efficaces) obtenues à partir de données microscopiques (potentiels d'interaction) pour le xénon et krypton dans leur gaz parent. Seul des plasma
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Duffour, Emmanuel. "Interaction plasma-isolant. Applications au lanceurélectrothermique et à l'interaction SF6-polyéthylène." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2000. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00011655.

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Abstract:
Ce travail propose une nouvelle approche de la description des phénomènes physiques qui interviennent dans le cadre de la modélisation de l'interaction plasma-isolant. Pour cela un code de calcul de dynamique moléculaire à été réalisé pour décrire les mécanismes fondamentaux qui régissent cette interaction à l'échelle microscopique.<br />Une étude fondamentale de la dynamique moléculaire, basée sur l'utilisation des méthodes numériques particulières comme les intégrateurs symplétiques et l'exploitation des différents potentiels d'interactions existants (Morse, Lennard-Jones...), a abouti à deu
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Naseem-Khan, Sehr. "Development of a polarizable ab initio force field : From separability of intermolecular interactions to condensed phase properties." Thesis, Sorbonne université, 2018. http://www.theses.fr/2018SORUS564.

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Abstract:
Grâce aux récents progrès de l’informatique, il devient alors possible d’utiliser des champs de forces polarisables sophistiqués tel que SIBFA. En effet, le potentiel intermoléculaire SIBFA et ses gradients sont désormais implémentés dans le code Tinker-HP. La calibration initiale de SIBFA est basée sur la méthode RVS, une méthode de décomposition de l’énergie seulement accessible au niveau Hartree-Fock. Ainsi, les objectifs de ce travail sont double : i) choisir une nouvelle méthode référence de décomposition de l’énergie afin d’obtenir les paramètres de SIBFA au niveau corrélé ; ii) réaliser
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Attal, Loïse. "A system-bath model to address anharmonicity effects in the quantum vibrational dynamics of complex or interacting molecular systems." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2024. http://www.theses.fr/2024UPASP129.

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Abstract:
La dynamique quantique permet la description la plus complète de l'évolution temporelle des systèmes moléculaires en tenant compte de leur nature quantifiée. Cependant, l'effort pour résoudre les équations sous-jacentes croît exponentiellement avec le nombre de degrés de liberté. C'est ce que l'on appelle la malédiction de la dimension. Elle est particulièrement frappante pour les systèmes quantiques ouverts (ceux qui sont en contact avec un environnement), qui sont omniprésents en physique et en chimie. Elle limite aussi considérablement notre capacité à décrire rigoureusement les molécules c
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Chevrollier, Nicolas. "Développement et application d’une approche de docking par fragments pour modéliser les interactions entre protéines et ARN simple-brin." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLS106/document.

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Abstract:
Les interactions ARN-protéine interviennent dans de nombreux processus cellulaires fondamentaux. L'obtention de détails à l'échelle atomique de ces interactions nous éclaire sur leurs fonctions, mais permet également d'envisager la conception rationnelle de ligands pouvant les moduler. Lorsque les deux techniques majeures que sont la RMN et la cristallographie aux rayons X ne permettent pas d'obtenir une structure 3D entre les deux partenaires, des approches de docking peuvent être utilisées pour apporter des modèles. L'application de ces approches aux complexes ARN-protéine se heurtent cepend
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Laudet, Béatrice. "Stratégies pour inhiber une interaction protéine-protéine de haute affinité : l'exemple de la protéine kinase CK2." Grenoble 1, 2007. http://www.theses.fr/2007GRE10172.

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Abstract:
Les nombreux arguments qui plaident en faveur du potentiel oncogénique de la protéine kinase CK2 en font une cible thérapeutique prometteuse en cancérologie. Cette protéine kinase se présente sous la forme d'un complexe de deux sous-unités catalytiques CK2α constitutivement actives et d'un dimère de sous-unités régulatrices CK2ß. Notre laboratoire a montré que l'interaction dynamique entre ces sous-unités dans la cellule est une composante essentielle dans la régulation de cette enzyme. Pour mieux comprendre cette régulation dans les processus cellulaires normaux et pathologiques, il apparaît
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Saurabh, Suman. "Nature of Inter-biomolecular interaction and its consequences : protein, DNA and their Complexes." Thesis, Tours, 2017. http://www.theses.fr/2017TOUR4052/document.

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Abstract:
Le monde biologique est rempli de mystères. La compréhension de nombreux processus biologiques extrêmement complexes est grandement améliorée par la combinaison d’approches empruntées à différentes disciplines telles que la chimie et plus récemment la physique. La physique utilise des outils expérimentaux tels que les pinces optiques et les microscopies optique et électronique pour explorer les mécanismes à l’échelle microscopique se déroulant dans la cellule. La connaissance de la nature des interactions entre biomolécules et la possibilité de traduire ces interactions en équations ont permis
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Chicheportiche, Alexandre. "Données de base des ions atomiques et moléculaires de l'hélium et de l'argon pour l'optimisation des jets de plasmas froids utilisés dans le domaine biomédical." Toulouse 3, 2014. http://thesesups.ups-tlse.fr/2437/.

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Abstract:
L'utilisation des jets de plasmas froids à pression atmosphérique (PA) pour des applications biomédicales est un sujet de recherche relativement nouveau, et en plein essor. De nombreuses espèces actives (photons, radicaux, particules chargées, champ électrique etc. ) sont produites par ces dispositifs et sont à l'origine des effets biologiques observés. Un des défis principaux est alors de pouvoir en contrôler la production. Pour cela, des modèles physico-chimiques ont été développés mais requièrent, en données d'entrée, les coefficients de transport, souvent indisponibles dans la littérature,
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Makhlouf, Sandy. "Modélisation et simulation de la structure électronique de petites molécules environnementales : Un exemple : les halogénures et monoxydes de Lanthanides (Ce et Lu)." Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2018-2021), 2021. http://www.theses.fr/2021LILUR042.

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Abstract:
Nos travaux de recherche portent sur l’étude théorique de la structure électronique de molécules diatomiques environnementales telles que le monoxyde de cérium et de lutétium (CeO et LuO), le monofluorure de cérium (CeF) et le monosulfure de zirconium (ZrS). Pour réaliser ces études, nous avons eu recours aux méthodes ab initio de chimie quantique qui englobent les méthodes de Hartree-Fock, la méthode du champ auto-cohérent complet de l'espace actif (CASSCF) et les méthodes d'interaction de configuration multi-référence (MRCI) à simple et double excitation. Le progiciel MOLPRO a été utilisé po
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Garcia, Manon. "Développement de nouveaux agents anticancéreux inhibiteurs de la syntenin." Electronic Thesis or Diss., Aix-Marseille, 2021. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/210312_GARCIA_59el396udxeux306vl471dzd_TH.pdf.

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Abstract:
Les travaux de thèse présentés décrivent l’identification et l’optimisation d’inhibiteurs sélectifs du complexe protéique syntenin/syndecan, grâce à une stratégie de « Fragment-based drug design » (FBDD), qui pourrait ouvrir la voie vers de nouvelles thérapies anticancéreuses. L'interaction syntenin/syndecan joue un rôle majeur dans le recyclage des endosomes vers la membrane plasmique, ainsi que dans la biogénèse et la libération des exosomes dérivés de cellules tumorales. Par conséquent, nous avons réalisé un programme de FBDD ciblant sélectivement l’interaction syntenin/syndecan. Pour ce fa
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Briot, Julie. "Identification biochimique et fonctionnelle des domaines structuraux d’une sous-unité des canaux calciques." Thèse, 2018. http://hdl.handle.net/1866/21202.

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