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Dissertations / Theses on the topic 'Stabilité génétique'
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Xhemalce, Blerta. "Rôle de SUMO dans l'(in)stabilité génétique chez S. Pombe." Paris 7, 2006. http://www.theses.fr/2006PA077177.
Full textAbstract:
La sumoylation est un mécanisme conservé de modification post-traductionnelle aboutissant à l'attachement d'une petite protéine reliée à l'ubiquitine et appelée SUMO (Small Ubiquitin like MOdifier) sur les protéines cibles. Ici, nous avons utilisé S. Pombe. Un organisme eucaryote unicellulaire génétiquement puissant, comme modèle d'étude pour élucider le rôle de la sumoylation dans les processus cellulaires responsables de la maintenance de la stabilité du génome. Nous avons montré que Pli 1p est une SUMO E3-ligase de la famille Siz/PIAS impliquée dans trois fonctions clé pour la stabilité génétique: les centromères, les télomères et la réparation des dommages à l'ADN durant la phase de duplication du génomeSumoylation represents a conserved mechanism of post-translational modification resulting in the covalent attachment of the Small Ubiquitin-like Modifier SUMO protein on target proteins. Here, we have used S. Pombe, a monocellular eukaryotic organism providinq powerfull genetic tools as a model system to elucidate the roles of sumoylation in cellullar processes responsible for the maintenance of the stability of the genome. We showed Pli 1p to be a SUMO E3 Ligase of the Siz/PIAS family implicated in three key nuclear fonctions for genetic stability : the centromeres, the telomères and the repair of DMA damage occurring durina the S phase of genome duplication
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Attaiech, Laetitia. "Déterminants de stabilité et de maturation de l'ADN internalisé lors de la transformation génétique naturelle chez Streptococcus pneumoniae." Toulouse 3, 2009. http://thesesups.ups-tlse.fr/707/.
Full textAbstract:
Streptococcus pneumoniae est un pathogène majeur de l'homme qui pose un problème de santé publique du fait de sa variabilité antigénique et de sa capacité à acquérir des gènes de résistance aux antibiotiques. En fait, cette bactérie peut développer un état physiologique transitoire régulé génétiquement (la compétence), lors duquel elle peut internaliser et intégrer dans son chromosome par recombinaison homologue de l'ADN exogène (transformation génétique naturelle). Nous avons montré que la compétence (et donc la transformation) pouvait être induite par des antibiotiques couramment utilisés en thérapie (Prudhomme, Attaiech et al. Science 2006). Ainsi, l'utilisation mal contrôlée d'antibiotiques peut augmenter le pouvoir pathogène de S. Pneumoniae en favorisant les transferts génétiques. J'ai ensuite travaillé sur le devenir de l'ADN transformant après son internalisation. J'ai tout d'abord tenté d'identifier la/les nucléase(s) qui peuvent agir sur cet ADN. Les différentes approches utilisées n'ont pas abouti mais parmi les candidats testés, j'ai pu montrer que Pms et CoiA influent sur l'efficacité du système général de réparation des mésappariements (Hex) et j'ai étudié RadC pour laquelle nous avons proposé une révision de l'annotation pfam (Attaiech, et al. J. Bact. 2008). Nous avons ensuite déterminé que la protéine majeure du complexe d'éclipse (forme protégée de l'ADN internalisé) est SsbB (Morrison et al. J. Bact. 2007). Toutefois, en poursuivant la caractérisation de ce complexe, nous avons pu montrer que la méthode de purification utilisée n'est pas adaptée pour connaître sa composition protéique exhaustiveDuring my doctorate, I studied different aspects of genetic transformation in the human pathogen Streptococcus pneumoniae. This bacterium can naturally develop a transient physiological state, named competence, in which it is able to internalize and integrate exogenous DNA into its chromosome by homologous recombination. We showed that antibiotic treatment can induce competence and transformation, thus enabling genetic plasticity and increasing pathogenicity of S. Pneumoniae (Prudhomme, Attaiech et al. Science 2006). Then, my work concentrates on the fate of DNA after internalization during the process of transformation. First, I have analysed several mutants with the aim of identifying the nuclease(s) that can degrade internalized DNA. So far, I have been unable to identify this nuclease. However, among the tested candidates, CoiA and Pms have been implied in the mismatch repair process and we showed that, despite the original annotation, there is no evidence of a role of RadC in connection with repair and/or recombination. This permitted a revision of the Pfam annotation (Attaiech et al. J. Bact. 2008). Finally, we focused on the protection of internalized DNA and showed that the major protein component of the eclipse complex (EC, a nucleocomplex in which internalized DNA is protected) is the competence-induced protein SsbB (Morrison et al. J. Bact. 2007). I have done further biochemical experiments on the characteristics of EC and show that the support used during purification exhibits strong affinity for a lot of protein. That implies that the real nature of the EC has to be discovered
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Louat, Thierry. "Signalisation et (in)stabilité génétique : nouvelles voies de régulation de la réparation de l'ADN." Toulouse 3, 2004. http://www.theses.fr/2004TOU30102.
Full textAbstract:
Parmi les mécanismes de réparation de l'ADN, la réparation par excision de nucléotides (NER) est celui qui corrige la plus grande variété de dommages. Nous avons étudié l'effet de l'expression de deux kinases (p210BCR-ABL et PKCzeta) dans la modulation des capacités de réparation de l'ADN. La transfection de l'oncogène p210bcr-abl dans les cellules myéloi͏̈des stimule l'activité NER de façon strictement dépendante de son activité kinase. Inversement, l'expression de p210BCR-ABL dans une lignée lymphoi͏̈de réprime l'activité NER et sensibilise les cellules aux UVC de façon dépendante de son activité kinase. Le rôle de p210BCR-ABL dans la modulation de NER se situe au début du processus NER, avant le recrutement de XPB. L'expression ectopique de PKCzeta confère aux cellules myéloi͏̈des une résistance aux UVC, au cisplatine et au melphalan. L'activité NER est stimulée par la surexpression de PKCzeta qui active les deux voies alternes de NER en augmentant l'expression des complexes de reconnaissance. Les protéines CSA et CSB sont surexprimées par la stimulation de leur transcription via l'activation de Sp1, alors que le complexe XPC/hHR23B est surexprimé pour des raisons non encore élucidées mais les hypothèses de régulation transcriptionnelle et de phosphorylation directe semblent exclues. Parallèlement, PKCzeta interagit avec et phosphoryle le complexe de reconnaissance des mésappariements de l'ADN, hMutSalpha. Cette phosphorylation empêche sa dégradation par le protéasome et conduit à l'activation de la réparation des mésappariements. .Cells and DNA are exposed to various endogenous or exogenous genotoxic insults. Cells dispose of six DNA repair mechanisms. Among these, the nucleotide excision repair, NER, corrects a large variety of damage. We focused on the impact of kinase expression, p210BCR-ABL and PKCzeta, in DNA repair activity modulation. P210bcr-abl oncogene transfection in myeloid cells increases NER activity in a kinase activity-dependant pathway. Inversely, p210BCR-ABL expression in a lymphoid cell line represses NER activity and sensitises cells to UVC in a kinase activity-dependant pathway. P210BCR-ABL seems to target the initial steps of the NER process, before XPB recruitment occurs. We also show that ectopic expression of PKCzeta confers cell resistance to UVC, cisplatin and melphalan. PKCzeta overexpression stimulates NER activity by increasing global genome repair and transcription-coupled repair detection complex levels. CSA and CSB proteins are overexpressed by Sp1-mediated transcriptional stimulation. Reasons for XPC/hHR23B overexpression were unable to be elucidated thought transcriptional and direct phosphorylation, however are excluded. PKCzeta interacts with, and phosphorylates, the mismatch detection complex, hMutSalpha. Its phosphorylation prohibits proteasome degradation and increases mismatch repair activity. .
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Sossou-Becker, Marguerite. "Etude du rôle de l' interaction entre XRCC1 et APE1 dans la stabilité génétique." Paris 6, 2005. http://www.theses.fr/2005PA066359.
Full text
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Bombarde, Oriane. "La stabilité télomérique : étude fondamentale et applications thérapeutiques." Toulouse 3, 2009. http://thesesups.ups-tlse.fr/785/.
Full textAbstract:
Dans la plupart des cellules somatiques, en absence de la télomérase, les extrémités des chromosomes appelées télomères, raccourcissent au cours des divisions cellulaires, jusqu'à atteindre une taille limite qui définit la capacité proliférative des cellules. La réactivation de la télomérase provoque une prolifération infinie des cellules : c'est l'immortalisation cellulaire, un processus clé de la cancérogenèse. La molécule ID3-010 présente in vitro pour les structures en G-quadruplex (se formant au niveau des télomères) une affinité 10000 fois supérieure par rapport aux duplex ADN. Malgré une bonne inhibition de la télomérase in vitro, cette molécule s'est révélée inapte à provoquer l'arrêt de prolifération des cellules cancéreuses. Contrairement aux cassures double-brin de l'ADN (CDB), les télomères sont peu réactifs vis à vis des mécanismes de religature de ces cassures. Le mécanisme C-NHEJ ("non-homologous end-joining" classique) est majoritairement responsable de la réparation des CDB dans les cellules humaines. Dans un 2ème projet, j'ai étudié les mécanismes d'inhibition de la C-NHEJ aux télomères. J'ai montré que l'inhibition de la C-NHEJ est basée sur une compétition entre les protéines télomériques TRF2/RAP1 et les protéines de la C-NHEJ, KU et DNA-PKcs. De façon paradoxale, ces protéines de la C-NHEJ sont nécessaires à la stabilité télomérique car leur absence conduit à des fusions dépendantes d'un mécanisme alternatif de ligation (B-NHEJ). Il est proposé un modèle de double protection des télomères contre leur ligature dans lequel les protéines TRF2/RAP1 inhibent la C-NHEJ via un contrôle négatif de KU et DNA-PKcs qui en retour inhibent la voie B- NHEJIn absence of telomerase, telomere decrease during cells divisions, until a limitant length which define the proliferative capacity of cells. Reactivation of telomerase causes a infinite proliferation of cells : it's cell immortalization, a key process of cancerogenesis. ID3-010 molecule had in vitro an affinity 10000 fold high for G-quadruplex (structures formed in telomere) rather than DNA duplex. Despite of a good inhibition of telomerase in vitro, this molecule can't inhibit cancer cell proliferation. Contrary to DNA double strand break (DSB), natural extremities of telomere don't react with ligation or signalization mechanisms. C-NHEJ mechanism (classical non-homologous end-joining) repairs most of DSB in human cells. In the second project of my thesis, I study the inhibition mechanism of C-NHEJ in telomere. I show with ligation and pulldown experiment that inhibition of C-NHEJ is supported by a competition between telomeric proteins TRF2/RAP1 and C-NHEJ proteins KU and DNA-PKcs. Paradoxically, KU and DNA-PKcs are necessary to telomeric stability. Indeed, lack of this proteins causes fusions with a alternative ligation mechanism (B-NHEJ). We propose a model of double protection of telomere against ligation in which TRF2/RAP1 inhibit C-NHEJ via a negative control of KU and DNA-PKcs, themselves inhibit B-NHEJ
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Bacquin, Agathe. "Régulation de l’hélicase FBH1 et conséquences sur le maintien de la stabilité génétique chez l’homme." Thesis, Paris 11, 2012. http://www.theses.fr/2012PA11T060.
Full textAbstract:
Bien que la recombinaison homologue (RH) soit requise, notamment, pour la réparation fidèle des cassures double brins et la prise en charge des fourches de réplication bloquées, une mauvaise régulation de ce mécanisme peut provoquer des réarrangements chromosomiques importants et des pertes d’hétérozygoties. Chez la levure S. cerevisiae, la forme SUMOylée du facteur de processivité des polymérases réplicatives, PCNA, recruterait l’hélicase Srs2 au niveau des fourches de réplication bloquées afin de prévenir les évènements de RH inappropriés via la dissociation du nucléofilament de Rad51. Préalablement à ce projet, notre équipe a montré que la SUMOylation de PCNA sur la lysine 164 existe chez l’homme et qu’elle est présente en particulier dans les cellules déficientes en polymérase translésionnelle η (Pol η). Au cours de cette thèse, nous avons d’abord examiné la localisation de cette forme SUMOylée et montrons qu’elle s’accumule au niveau des dommages induits par une irradiation aux ultra-violets (UV), ce qui suggère son implication dans la réponse à ce type de lésions.Dans le but de préciser la fonction de cette forme modifiée, nous nous sommes demandé si celle-ci était impliquée dans le recrutement d’une hélicase anti-recombinogène.L’hélicase humaine FBH1 a été proposée récemment comme homologue fonctionnel potentiel de Srs2 : elle complémente partiellement les levures déficientes en Srs2, possède une activité anti-recombinogène et s’accumule aux sites de cassures double brins ou de stress réplicatif. Afin de caractériser plus précisément la fonction et le mode de régulation de l’hélicase FBH1 dans les cellules humaines, nous avons examiné sa localisation subcellulaire en l’absence de dommage et après traitement aux UV et à un agent méthylant l’ADN. Nous montrons que FBH1 est recrutée au niveau des foyers de réplication où elle est colocalisée avec PCNA. Après traitement génotoxique, FBH1 s’accumule aux sites de dommages de l’ADN de façon précoce et transitoire. Nous montrons que PCNA contrôle l’accumulation de FBH1 pendant la réplication et en réponse à des dommages via une interaction directe par le biais de deux motifs distincts d’interaction à PCNA : PIP et APIM. FBH1 n’interagit cependant pas de façon préférentielle avec PCNA-SUMO.De plus, nous montrons que le recrutement de FBH1 est suivi de sa polyubiquitination et de sa dégradation par la voie du protéasome. Cette dégradation dépend de l’action conjuguée de PCNA et du complexe ubiquitine-ligase CRL4Cdt2. Elle est nécessaire au recrutement optimal de Pol η.Notre hypothèse est donc que FBH1 serait recrutée sur l’ADN via une interaction avec PCNA au moment de la réplication ou en réponse à un stress génotoxique, afin de limiter les événements de recombinaison non programmés dépendant de RAD51. Par la suite, PCNA et CRL4Cdt2 provoqueraient la dégradation de FBH1 afin de limiter le temps de résidence de l’hélicase qui pourrait interférer avec la prise en charge des dommages par le mécanisme de synthèse translésionnelleAlthough Homologous Recombination (HR) is required for error-free repair of double-strand breaks and stalled or collapsed replication forks, it has to be highly regulated to prevent unscheduled genome rearrangements and loss of heterozygosity. In yeast S. cerevisiae, the SUMOylated form of Proliferating Cell Nuclear Antigen (PCNA) recruits the DNA helicase Srs2 at stalled replication forks to prevent unscheduled HR events by disrupting Rad51 nucleoprotein. In our laboratory, previous results showed that PCNA is also SUMOylated in human on lysine 164, especially in translesion polymerase η (Pol η) deficient cells.During my phD, I first studied the localization of SUMO-PCNA and showed that it accumulates at UV-induced DNA damage. It suggests that PCNA is involved in the DNA damage response to this kind of lesions. To characterize the function of this modified form of PCNA, we wondered whether it could recruit an anti-recombinogenic helicase.The human FBH1 helicase was recently thought to act as a functional homolog of Srs2, since it can partially complement Srs2-deficient S. cerevisiae strains. Besides, hFBH1 has an anti-recombinogenic activity and accumulates at sites of DNA breaks or replication stress.To further characterize the function and regulation of hFBH1 in human cells, we examined its subcellular localization in response to several DNA damaging agents. Our results showed that, without external treatment, FBH1 accumulates into replication foci where it colocalizes with PCNA. After genotoxic treatment, FBH1 accumulates early ant transiently to DNA damage. We show that PCNA coordinates the accumulation of FBH1 during replication and after DNA damage through direct interaction via two distinct PCNA interaction motifs: PIP and APIM. However, FBH1 does not interact preferentially with SUMO-PCNA.We also show that FBH1 recruitment is followed by its polyubiquitination and degradation by the proteasome. This degradation depends on PCNA and the ubiquitin-ligase CRL4Cdt2 and is required for Pol η proper recruitment to UV-induced DNA damage. These findings suggest that PCNA recruits FBH1 at stalled replication forks or in response to DNA damage to limit unscheduled RAD51-dependent recombination. Then, PCNA and CRL4Cdt2 would promote FBH1 degradation to enable translesion synthesis
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Helliot, Bertrand. "Croissance et stabilité génétique des vitroplants de prunier Ferlenain Plumina® après cryoconservation de méristèmes." Bordeaux 1, 1998. http://www.theses.fr/1998BOR10653.
Full textAbstract:
La conservation des ressources génétiques du genre Prunus représente aujourd'hui un enjeu important pour la sauvegarde de la biodiversité de ce genre. Les techniques traditionnelles de conservation présentent un certain nombre d'inconvénients qui peuvent être palliés par l'utilisation complémentaire de la cryoconservation dans l'azote liquide (-196°C). Dans une première partie, l'étude de l'impact de différents facteurs sur la reprise de croissance nous a permis de développer un protocole de congélation en deux étapes dans les conditions suivantes : acclimatation au froid des vitroplants 24 heures à 4°C, préculture des méristèmes 24 heures à 4°C sur un milieu de préculture contenant 5% de DMSO et 20% de proline ; cryoprotection des méristèmes de 45 minutes à 4°c dans une solution cryoprotectrice PVS-2 modifiée et contenant 5% de proline ; congélation à la vitesse de 5°C/min jusqu'à -40°C, stockage dans l'azote liquide et décongélation rapide dans un bain-marie à +40°C. Ce protocole nous a permis d'obtenir la régénération de 50 à 60% des méristèmes congelés. Dans une deuxième partie, l'étude de la stabilité des plants issus de la congélation et de différents plants témoins a été entreprise afin de déterminer l'impact, d'une part, des variations de températures engendrées par les cycles de congélation-décongélation et d'autre part, des différents cryoprotecteurs. Des techniques de biologie moléculaire (RAPD et AFLP) ont été principalement utilisées pour détecter du polymorphisme parmi les vitroplants congelés ou non. Nous avons observé une augmentation significative de la fréquence de réarrangement de l'ADN de certains vitroplants imputable à la cryoconservationConservation of Prunus germplasm is important for the preservation of biodiversity for this genus. Traditional germplasm conservation technologies present a number of disadvantages which may be overcome by the complementary use of cryopreservation in liquid nitrogen (-196°C). We developed a cryopreservation procedure for plum meristems incorporating both vitrification solution and slow freezing. In vitro-grown plantlets were cold acclimated for 24h at 4°C, then meristems were excised and pretreated for 24h at 4°C on MS medium supplemented with 5% DMSO and 20% proline. Meristems were transferred to modified PVS-2 solution containing 5% proline for 45 minutes at 4°C, then frozen at 5°C/min to -40°C, and plunged into liquid nitrogen. Thawing was in a +40°C water bath. This procedure allowed us to reach 50-60% of regrowth rate. Study of the genetic stability of plants recovered from cryopreservation and different control in vitro-grown plants was instituted to determine if temperature variations during the freeze-thaw cycle or chemical cryoprotectants, like DMSO, affected plant DNA. RAPD and AFLP techniques were used to detect polymorphism between the control and frozen plants. We observed a significant increase in DNA rearrangement in the cryopreserved plants compared to the different control in vitro-grown plants
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Langlois, de Septenville Anne. "Rôle des hélicases et des protéines de la recombinaison lors des collisions entre la réplication et la transcription." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066515.
Full textAbstract:
Les protéines liées à l'ADN, comme les ARN polymérases peuvent arrêter la réplication. Chez E. Coli, le chromosome est simultanément transcrit et répliqué, et la réplication progresse 10 fois plus vite que la transcription. Les gènes essentiels et fortement transcrits sont co-orientés avec la réplication, comme les 7 opérons ribosomiques (rrn), transcrits mais pas traduits. L'inversion de grandes régions chromosomiques contenant plusieurs rrn n'affecte pas la viabilité des cellules, suggérant qu'il existe des protéines dont le rôle est de faciliter la progression des fourches de réplication à travers les rrn inversés. Nous avons montré que les hélicases DinG, Rep et UvrD sont essentielles pour le passage de la réplication à travers des rrn fortement transcrits en orientation opposée. Deux de ces trois hélicases sont nécessaires pour empêcher le blocage de la réplication et DinG est capable d'enlever les R-loop. Lorsque la fourches de réplication est bloquée, les brins néo-synthétisés peuvent s'apparier, formant une extrémité double-brin et une jonction de Holliday. Cette réaction est appelée réversion de la fourche de réplication (RFR). Les extrémités double-brin sont prises en charge par RecBCD et les jonctions de Holliday par RuvABC. Lorsqu'un rrn est inversé, la RFR et la re-réplication des fourches arrêtées créent des cassures du chromosome. Nos résultats montrent que les extrémités double-brin formées par ces cassures sont reconnues par des exonucléases telles que RecBCD et RecJ et que leur dégradation est ralentie au niveau des rrn. Nous proposons que le redémarrage des fourches après réversion soit couplé à l'action des hélicases qui délogent les ARN polymérases.
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Majed, Zeina. "Elaboration d'un nouveau modèle pour la caractérisation de nouveaux gènes impliqués dans la stabilité des sites fragiles." Montpellier 1, 2009. http://www.theses.fr/2009MON1T022.
Full textAbstract:
Les sites fragiles sont des sites récurrents de cassures, favorisant l'apparition de remaniements chromosomiques et participant ainsi à la progression tumorale. Les mécanismes et les gènes impliqués dans cette fragilité chromosomique sont actuellement peu connus. Afin de mieux comprendre ces mécanismes, nous avons établis un nouveau modèle d'étude. Ce modèle est constitué de clones cellulaires issus de la lignée HCT116 MMR déficiente, pour lesquels un ou plusieurs gènes cibles, potentiellement impliqués dans la stabilité des sites fragiles, possèdent une mutation l'inactivant partiellement. Nous avons sélectionné et analysé 20 gènes codant pour des protéines impliquées dans les voies de signalisation de la réponse aux dommages de l'ADN, au stress réplicatif et à la condensation des chromosomes. Nous avons ainsi établi une collection de 200 clones cellulaires qui portent des mutations dans 13 gènes étudiés. Nous avons ensuite mis en évidence le rôle de la mutation obtenue dans le gène ATR dans l'inactivation de ce dernier en favorisant l'accumulation des cassures au niveau des sites fragiles. Ces résultats nous ont permis de proposer un système modèle constituant un outil de choix pour l'étude des sites fragiles. Dans une étude menée en parallèle, nous nous sommes intéressés au gène MCPH1/BRIT1 codant pour une protéine impliquée dans plusieurs processus cellulaires. Nous avons pu mettre en évidence qu'une dérégulation du gène MCPH1/BRIT1 engendre une instabilité chromosomique et une accumulation des cassures au niveau des sites fragilesCommon fragile sites are chomosomal regions involved in recurrent breaks, which are "expressed" under various physiological stresses, most of them are known to disturb DNA replication. A direct link between fragile sites and emergence of various types of chromosomal rearrangement has been established, even in early stages of tumorigenesis. However, only few genes involved in genome stability at fragile sites have been identified. The aim of this study is to identify new genes involved in the expression of fragile sites and to elucidate molecular processes that affect their stability. We established a cell based system on a mismatch repair deficient background. 20 candidate genes were targeted in this study. We examined the incidence of frameshift mutations in 32 mononucleotide repeats of these genes. 17 frameshift mutations were found. We demonstrate that frameshift mutations affecting coding mononucleotide repeat of ATR, inactivate one of the two alleles leading to formation of breaks at fragile sites. This collection of clones gives us a unique cellular model to study precisely the maintenance of genome stability at fragile sites. Furthermore, we have investigated the effects of the deregulation of the expression of MCPH1/BRIT1 on common fragile site stability. MCPH1/BRIT1 acts as a regulator of both the intra-S and G2/M keckpoints. We show that deregulation of the expression of MCPH1/BRIT1 increase H2AX phosphorylation suggesting the accumulation of DNA double-strand breaks. This leads to formation of breaks at fragile sites. These findings demonstrate a critical role for the MCPH1/BRIT1 in regulating chromosome stability, and in particular, common fragile site
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Henri, Julien. "Etudes structurales et fonctionnelles d'acteurs de la terminaison de la traduction et de la stabilité des ARN messagers eucaryotes." Paris 11, 2010. http://www.theses.fr/2010PA112138.
Full textAbstract:
L'expression génique est une fonction essentielle dont le niveau, la fidélité et l'efficacité sont précisément contrôlés. Au cours de ma thèse je me suis concentré sur l'acteur de l'efficacité de terminaison de la traduction Tpa1, sur son partenaire Ett1 et sur le complexe Dom34-Hbs1 impliqué dans les voies de contrôle qualité de l'ARN, NGD et NRD. Nous avons entrepris une caractérisation structurale par cristallographie aux rayons X de chacune de ces protéines, complétée par une étude fonctionnelleGene expression is an essential function which level, fidelity and efficiency are tightly controlled. During my thesis I have focused on the actor of translation termination efficiency Tpa1, on its partner Ett1 and on the complex Dom34-Hbs1 involved in the RNA quality-control mechanisms NGD and NRD. We have solved the crystal structure of each of these proteins and realized a biochemical functional characterization
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Debin, Arnaud. "Formation et stabilité des triples hélices purines : études in vitro et dans les cellules de mammifères." Paris 11, 2000. http://www.theses.fr/2000PA11T013.
Full textAbstract:
Les oligonucléotides qui forment des triples hélices (OFT) sont de courts fragments d'acides nucléiques capables de reconnaître sélectivement des séquences d 'ADN double brins. Dans ce travail, nous avons étudié la formation et la stabilité de triples hélices obtenues à l'aide d'oligonucléotides composés de purines, les OFT (G,A). Nous avons sélectionné in vitro les séquences d'ADN double brin capable de former des triples hélices stables à 20°C et 50°C dans des conditions ioniques déterminées. Cette sélection a été obtenue par une double approche aptamère dans laquelle les séquences de départ des oligonucléotides et les duplex cibles d 'ADN sont aléatoires. Les séquences sélectionnées obéissent à 2 règles : - elles possèdent toutes un grand pourcentage de guanine: elles sont dites riches en G - pour un nombre de G donné, la stabilité du triplex résultant est plus grande si les guanines se suivent en bloc non interrompu par des adénines. Cette étude démontre l 'importance cruciale de la composition relative en guanine de l'OFT sur la stabilité de la triple hélice. Elle conduit à la notion de triples hélices riches en G, qui englobe les triples hélices purines G,A mais aussi les triples hélices mixtes G,T. L'étude de la formation et de la stabilité des triples hélices riches en guanine in vitro, dans des conditions ioniques mimant les conditions ioniques intracellulaires, a confirmé la grande sensibilité des triples hélices purines aux concentrations en magnésium mais aussi au potassium, notamment sur la cinétique de formation, limitant potentiellement leur utilisation en culture cellulaire. Afin de surmonter l'effet inhibiteur du potassium, un nouveau concept d'oligonucléotide OFT, que nous appelons le concept " oligonucléotide ZIPPER", a été développé. Nous avons ensuite étudié la stabilité et la formation des triples hélices purines ex vivo, grâce à l'utilisation d'une technique d 'empreinte au Diméthylsulfate (DMS), permettant la visualisation de l'empreinte de 1'oligonucléotide sur l'ADN directement dans les cellules. Ceci a permis de démontrer la stabilité des triples hélices dans les cellules de mammifères lorsqu'elles sont introduites artificiellement dans les cellules après préformation in vitro. En revanche, nous n’avons pu détecter par cette méthode la formation des triples hélices directement dans les cellulesTriplex-Forming Oligonucleotides (TFOs) are short nucleic acid fragments able to recognize selectively double-stranded DNA sequences. In this thesis, we have studied the formation and stability of triples helices using purine TFOs (composed of Guanines and Adenines). Firstly, we have selected double-stranded DNA sequences capable offorming stable triplexes at 20 or 5. Q. °C with corresponding 13mer purine oligonucleotides. This selection was obtained by a double aptamer approach where both the starting sequences of the oligonucleotides and the target DNA duplex were random. The results of selection were confirmed by a cold exchange method and the influence ofthe position of a 'mismatch' on the stability ofthe triplex was documented in several cases. The selected sequences obey two rules: (i) they have a high G content; (ii) for a given G content the stability of the resulting triplex is higher if the G residues lie in stretches. Secondly, triplex formation was studied in conditions mimicking potassium concentrations and temperatures in cells. In presence of 1OmM Mgcl2, KCl concentrations up to 150 mM significantly lowered both efficiency (triplex: initial duplex) and rate constants of triplex formation. For 20 mer TFO, no dissociation of triplex was observed during 24 hours either in the absence of monovalent cations or in the presence of 150 mM KCl. In this case, the negative effect of the KCl is probably due to the self-association of the oligonucleotide in competitive structures. This negative effect may be overcome by the prior formation of a short duplex either on the 3 '-or 5'- end of the 20mer TFO. We refer to these partial duplexes as 'zipper' TFOs. It was demonstrated that a 'zipper' TFO could forma triplex over the full lengh of the target, thus unzipping the short complementary strand. Thirdly, triplex stability and formation was studied in live mammalian cells. Ex vivo DMS footprint analysis after electroporation of the pre-formed into the cell have shown the presence of the triple helix inside the cells. However we were unable to show triplex formation inside cells using various methods of oligonucleotide delivery, and using various target sequences. Our results show that neither (i) chromatinization of the DNA target, (ii) intracellular K+ concentration nor (iii) cytoplasmic versus nuclear separation of the TFO and DNA target are responsible for the intracellular arrest of triplex formation. We suggest the existence of a cellular mechanism, based on a compartmentalization of TFOs and/or TFO trapping, which separates oligonucleotides from the DNA target. Further work is needed to find oligonucleotide derivatives and means for their delivery to overcome the problem of triplex formation inside cells
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Brunel, Brigitte. "Stabilité phénotypique et génétique de souches bactériennes introduites dans le sol : cas du Bradyrhizobium japonicum, microsymbiote du soja." Lyon 1, 1988. http://www.theses.fr/1988LYO10149.
Full textAbstract:
Etude de la derive genetique eventuelle de bradyrhizobium japonicum apres inoculation dans le sol de souches depuis 8, 10 et 13 ans. Les organismes sont reisoles par piegeage par la plante et les 122 isolats obtenus sont compares avec les populations parentales a l'aide de caracteres phenotypiques et genetiques
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Matot, Béatrice. "Etude de la structure quatemaire de la protéine Rap1 impliquée dans le maintien de la stabilité des télomères chez la levure Saccharomyces cerevisiae." Paris 6, 2010. http://www.theses.fr/2010PA066210.
Full textAbstract:
Chez les eucaryotes, les télomères sont des complexes nucléoprotéiques constituant l’extrémité terminale des chromosomes linéaires. Ils se composent, sur une longueur variable, de la succession d’un motif nucléique double-brin TG1-3 orienté dans le sens 5’ vers 3’ et se prolongent par une extrémité 3’ simple-brin. Le raccourcissement naturel des télomères au fil des divisions cellulaires mène à la sénescence ou à l’apoptose. Leur élongation implique la télomérase. La régulation de cette élongation et le maintien de la stabilité des télomères sont essentiels à l’intégrité du génome. Chez Saccharomyces cerevisiae, la protéine Rap1 (Repressor Activator Protein 1) est au centre du complexe macromoléculaire télomérique et des mécanismes fonctionnels associés. Rap1 interagit avec l’ADN via son domaine central Myb et recrute ses partenaires fonctionnels via son domaine RCT. Elle possède un domaine BRCT N-terminal dont le rôle reste mal compris. Notre objectif est de comprendre le lien entre l’architecture quaternaire et les mécanismes liés à la stabilité des télomères. Les données disponibles montrent que les structures des domaines indépendants de Rap1 ne suffisent pas à comprendre ses fonctions à l’échelle moléculaire. Pour accéder à l’information quaternaire nous avons développé une approche de biologie structurale intégrative qui inclut la cristallographie, le SAXS, la RMN et le SRCD. La combinaison des données résultantes nous apporte la première structure quaternaire d’une protéine télomérique en interaction avec l’ADN. D’autre part, les chevauchements des interfaces associées aux interactions Rap1/partenaires (Rif2, Sir3) suggèrent une compétition des fonctions associées
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Cumenal, Delphine. "Cycline G, contrôle de la transcription et stabilité du développement." Thesis, Paris 6, 2015. http://www.theses.fr/2015PA066298.
Full textAbstract:
Au cours du développement, les cellules acquièrent progressivement leur identité en établissant des profils transcriptionnels spécifiques qui seront maintenus à travers les divisions cellulaires successives par des mécanismes dits épigénétiques. En dépit de nombreuses sources de variations de l’environnement, génétiques ou aléatoires, les organismes vivants présentent des phénotypes très stéréotypés. Cela suggère l’existence de processus de régulation assurant l’homéostasie du développement. Chez la drosophile, la protéine Cycline G jouerait un rôle dans la stabilité du développement, processus qui tamponne les variations aléatoires du développement. De plus, cette cycline est un régulateur trancriptionnel et interagit avec deux Enhancers de Trithorax et Polycomb (ETP) : ASX et Corto, impliqués dans l’activation et la répression de nombreux gènes. L’analyse du= transcriptome des disques imaginaux d’ailes de larves de drosophile qui surpexpriment CycG nous a permis d’identifier ses cibles transcriptionnelles. Nous avons montré que le domaine d’interaction avec les ETP (ASX et Corto) de Cycline G pourrait être impliqué dans la stabilité du développement. Nos résultats suggèrent qu’une interaction fonctionnelle entre Cycline G et deux complexes Polycomb répresseurs (PR-DUB et PRC1), contrôlerait l’expression de gènes importants pour la stabilité du développement. Par ailleurs, l’interaction fonctionnelle entre des facteurs d’épissage et Cycline G serait également impliquée dans la stabilité du développement. Nos résultats suggèrent que la dérégulation de CycG induirait une augmentation du bruit transcriptionnel, ayant des répercussions sur la stabilité du développementDuring development, cells progressively acquire their identity by establishing specific transcriptional profiles that will be maintained throughout successive cell divisions by epigenetic mechanisms. Despite numerous sources of developmental variability - whether environmental, genetic or stochastic, living organisms exhibit uncannily stereotyped phenotypes, suggesting the existence of regulation processes tending to developmental homeostasis. In Drosophila, Cyclin G could participate in developmental stability, which buffers stochastic developmental variation. Moreover, this cyclin is a transcriptional regulator and interacts with two Enhancers of Trithorax and Polycomb (ETP): ASX and Corto, both involved in transcriptional gene silencing and activation. By studying the transcriptome of Drosophila imaginal wing discs overexpressing Cyclin G, we have identified its transcriptional targets. We determined that the ETP-interacting domain of Cyclin G (which binds ASX and Corto) may be involved in developmental stability. Our results show that a functional interaction between Cyclin G and two Polycomb group complexes involved in transcriptional gene silencing (PR-DUB and PRC1), may control the expression of genes required for developmental stability. Additionally, Cycling G might participate indevelopmental stability through functional interactions with splicing factors. Altogether, our results suggest that Cyclin G deregulation may induce an increase in transcriptional noise, resulting in heightened developmental variation
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Maes, Alexandre. "Rôle et mécanismes de la polyadénylation dans l'expression génétique chez Escherichia coli." Paris 7, 2010. http://www.theses.fr/2010PA077054.
Full textAbstract:
Si le rôle stabilisateur essentiel de la polyadénylation eucaryote dans l'expression génétique est élucidé depuis des décennies, celui chez les bactéries a longtemps été négligé. Chez E. Co//, et comme chez de nombreuses bactéries, les extensions poly(A) sont très courtes et entraînent la dégradation des ARN par les nombreuses exoribonucléases cytoplasmiques. Une banque d'ARN polyadénylés et un protéome nous ont permis de déterminer les cibles de la poly(A) polymérase bactérienne et ces effets sur l'abondance des protéines. Ce sont le plus souvent des fragments cTARNm non fonctionnels, des ARN antisens cryptiques, mais aussi des ARN stables et des ARNnc qui sont polyadénylés. Ainsi, outre son rôle passif d'aide à la dégradation des ARN structurés, la polyadénylation chez E coli intervient dans la régulation de l'expression génétique, permettant la maturation et le contrôle de qualité d'ARNt, en modifiant la stabilité d'ARN régulateurs et l'abondance de protéines essentielles comme la protéine GlmS, ou encore en stimulant la mobilité bactérienne et la réponse au choc thermique. Les mécanismes de régulation poly(A) dépendants sont souvent complexes et ses rôles importants dans la coordination des fonctions cellulaires et l'adaptation de la bactérie à l'environnementEucaryotic polyadenylation's stabilizing model has been established for a long while, bacterial one is not. In E. Coli, and others bacteria, poly(A) tails are short and lead to degradation of structured RNA by numerous exoribonucleases. Poly(A) RNA Library and 2D gels proteins permit to establish targets of the bacterial poly(A) polymérase and its effect on proteins synthesis. MRNA fragments, antisense RNA but also stable RNA and non coding RNA are polyadenylated. Polyadenylation in E. Coli permits not only to degrade non functionnal structured RNA fragments but also modulates genetic expression throught tRNA quality control or ncRNA stability, modulating proteins synthesis like GlmS, stimulating bacterial mobility or heat shock response. Poly(A) dependant mechanism in E. Coli are often complex and play major roles in cellular coordination and bacterial adaptation
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Taty, Taty Gemael Cedrick. "Rôle des modifications de la chromatine dans la réparation des cassures double-brin de l'ADN et la stabilité génétique." Thesis, Toulouse 3, 2016. http://www.theses.fr/2016TOU30190/document.
Full textAbstract:
Le génome humain est constamment la cible d'agents qui endommagent l'ADN. Ces dommages sont multiples et variés tels que les cassures simple et double brin (DSB). Les DSBs sont des lésions très toxiques dont l'origine peut être multiple. Les cellules de mammifères réparent les DSBs en utilisant deux mécanismes principaux, la recombinaison homologue (RH) qui est dépendante du cycle cellulaire et utilise la chromatide sœur comme matrice de réparation et la jonction des extrémités non homologues (NHEJ) qui est indépendante du cycle cellulaire et consiste en la ligation des extrémités d'ADN endommagées. Cette réparation a lieu dans un contexte chromatinien qui nécessite un dynamisme pour rendre accessible les sites lésés aux différentes machineries de réparation. Lors de mes travaux, j'ai étudié le remodeleur de la chromatine p400 ainsi que le variant d'histone H2A.Z qui sont deux protéines impliquées dans la dynamique de la chromatine, afin de comprendre leur rôle dans les mécanismes de réparation des DSBs et la stabilité du génome. p400, une ATPase de la famille SWI2/SNF2 participe à l'incorporation du variant d'histone H2A.Z dans la chromatine. Au cours de ma thèse, j'ai montré que la déplétion par siRNA du variant d'histone H2A.Z, dans la lignée d'ostéosarcome humain (U2OS) et dans des fibroblastes humains immortalisées, n'a pas d'effets sur la réparation des DSBs. Ces résultats sont corrélés avec une absence de recrutement de H2A.Z au niveau des cassures après étude par micro irradiation laser ou par immunoprécipitation de chromatine. Cependant, la déplétion de H2A.Z affecte la prolifération cellulaire en influençant l'efficacité de clonage et le cycle cellulaire. L'autre partie de mes travaux a mis en évidence que l'ATPase p400 est un frein à l'utilisation de la voie alternative de jonction des extrémités (alt-EJ) qui est un processus de réparation des DSBs très mutagène. L'augmentation des événements du NHEJ-Alternatif et la génération d'instabilité génétique observés lors de la déplétion de p400 par siRNA semblent tributaires de la résection des DSBs par CtIP. Ces résultats indiquent que p400 joue un rôle post-résection dans les étapes plus tardives de la RH. De plus, la déplétion de p400 conduit au recrutement de la polyADP ribose polymérase (PARP) et de l'ADN ligase 3 à la DSB, ce qui provoque la mort sélective de ces cellules lors d'un traitement par des inhibiteurs de PARP. Ces résultats montrent que P400 agit comme un frein pour empêcher l'utilisation du NHEJ-Alternatif et donc l'instabilité génétiqueThe human genome is constantly targeted by DNA damaging agents. These damages are many and varied, such as single and double strand breaks (DSBs). The DSB are highly toxic lesions whose origin can be multiple. Mammalian cells mainly use two DNA repair pathways to repair DSB, homologous recombination (RH), which is dependent on the presence of the intact homologous copy (the sister chromatid) and on the cell cycle stage and the non-homologous end joining (NHEJ) pathway, which is cell cycle independent and performs direct ligation of the two DNA ends. The repair of DNA damage takes place in a chromatin context that needs to be remodeled to give access to damaged sites. During my work, I studied the chromatin remodeler p400 and the histone variant H2A.Z both involved in chromatin remodeling, to understand their role in DSB repair and genome stability. p400, an ATPase of the SWI2/SNF2 family is involved in the incorporation of H2A.Z in chromatin. I have shown that H2A.Z depletion in the osteosarcoma cell line U2OS and in immortalized human fibroblasts did not alter DSB repair. These results are correlated with the lack of H2A.Z recruitment at DSB observed after local laser irradiation or Chromatin Immunoprecipitation. However, H2A.Z depletion affects cell proliferation and the cell cycle distribution. In addition, I have shown that the chromatin remodeler p400 is a brake to the use of alternative End Joining (alt-EJ) which is a highly mutagenic repair process. The increase in alt-EJ events observed in p400-depleted cells is dependent on CtIP- mediated resection of DNA ends. Moreover, p400 depletion leads to the recruitment of poly(ADP) ribose polymerase (PARP) and DNA ligase 3 at DSB, leading to selective cell killing by PARP inhibitors. Altogether these results show that p400 acts as a brake to prevent alt-EJ dependent genetic instability and underline its potential value as a clinical marker
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Cilas, Christian. "Stabilité des caractères dans le temps chez les plantes pérennes : étude génétique de la capacité productive chez Coffea spp." Paris 11, 2004. http://www.theses.fr/2004PA112032.
Full textAbstract:
L'efficacité de l'amélioration génétique des plantes pérennes est limitée par des contraintes particulières liées à la durée d'exploitation des cultures. Si les méthodes d'estimation des paramètres génétiques ont été bien améliorées, les caractères sur lesquels portent les analyses ne sont pas toujours bien appréhendés. Par ailleurs, s'agissant d'une production de fruits ou de graines comme chez le caféier, combien d'années d'observation sont nécessaires à la définition du caractère de production ? Et comment intégrer les variations des caractères dans le temps en vue de la définition d'un objectif de sélection dans lequel stabilité et durabilité sont souvent mentionnés. Après un premier chapitre caractérisant les compétitions entre production fructifère et croissance végétative, deux approches complémentaires ont été suivies pour répondre à ces questions. Dans la première approche, différents essais et plans de croisements chez Coffea arabica et Coffea canephora ont été analysés. La particularité de ces essais, notamment chez C. Canephora, réside dans leur suivi qui s'est étalé sur un grand nombre d'années (14 ans). Ces analyses ont permis de souligner que la production du premier cycle (avant le premier recepage des caféiers) ne suffisait pas toujours pour prédire la production des cycles suivants. Par ailleurs, des indices ont été proposés pour caractériser le matériel végétal pour sa stratégie de répartition des productions annuelles dans le temps. Une deuxième approche a consisté à identifier des caractères architecturaux aptes à prédire la capacité productive des caféiers. Ainsi, les caféiers trapus, à entre-nœuds courts, constituent les morphotypes à promouvoirWith perennial plants, the efficiency of genetic improvement is limited by particular constraints associated with the economic life span of the crops. Although ways of estimating genetic parameters have been improved, the characters on which analyses are based do not always have a very precise biological sense. For exemple, when considering fruits or seeds, as in the case of coffee trees, how many years of observations does it take to define the "production" character? How can variations in characters over time be integrated with a view to defining a breeding objective in which frequent reference is made to stability and sustainability. After an initial section characterizing competition between fruit production and vegetative growth, two complementary approaches have been taken to try and answer these questions. The first consisted in analysing different trials and mating designs for the species Coffea arabica and Coffea canephora. The particularity of those trials, notably for C. Canephora, lay in the way they were monitored, over a large number of years (14 years). It was found that first cycle production (before coffee trees are cut back for the first time) was not always sufficient for predicting the production of the following cycles. In addition, indexes are proposed for characterizing how planting material distributes its annual yields over time. The second approach consisted in identifying architectural characters able to predict the production capacity of the coffee trees. Thus, the squat coffee trees, with short inter nodes, constitute the morphotypes to be promoted
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Azaiez, Aida. "Implication des gènes de réparation de l'ADN dans la stabilité du génome d'Arabidopsis thaliana - Étude de l'instabilité des microsatellites." Doctoral thesis, Université Laval, 2005. http://hdl.handle.net/20.500.11794/18033.
Full textAbstract:
La présente étude nous a permis de développer un système rapporteur, basé sur le gène bactérien codant pour la β-glucuronidase (GUS), afin de mesurer l’instabilité des microsatellites chez Arabidopsis thaliana. Les microsatellites sont des séquences particulières du génome susceptibles à des mutations fréquentes qui se produisent au cours de la réplication. On a démontré dans ce projet une corrélation entre la longueur du microsatellite et son taux de mutation. De même, l’orientation du microsatellite influence son instabilité. Dans deux études ultérieures, nous avons également étudié l’implication des gènes de correction des mésappariements (système MMR, « Mismatch repair ») dans l’instabilité des microsatellites. Le système MMR corrige les erreurs survenues au cours de la réplication des microsatellites. Nous avons montré que l’inactivation des gènes AtPMS1 et AtMSH2 entraîne l’augmentation de l’instabilité des séquences répétées, d’où l’importance de ces gènes dans le maintien de la stabilité des microsatellites en particulier et du génome en général.The present study allowed us to develop a reporter system based on a bacterial gene encoding for β-glucuronidase (GUS), in order to measure microsatellite instability in Arabidopsis thaliana. Microsatellites are particular regions of the genome undergoing frequent mutations during replication. A correlation between length of the repetitive tracts and microsatellite instability was demonstrated. Besides, the orientation of the microsatellite influenced its instability. In two later studies, we have also studied the effect of mismatch repair genes (MMR) on microsatellite instability. Mismatch repair system corrects errors that occur during the replication of microsatellites. We showed that inactivation of AtPMS1 and AtMSH2 genes increased tracts instability, hence the importance of these genes in the maintenance of microsatellite stability and genome stability in general.
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Rasheed, Fahad. "Composantes de l'efficience de transpiration du peuplier : diversité génétique, stabilité avec l'âge et changement d'échelle de la feuille à la plante entière." Phd thesis, AgroParisTech, 2012. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-01057801.
Full textAbstract:
Une approche a plusieurs echelles a été développé afin de vérifier si les différences de Δ13C entre les genotypes de peuplier représentaient les différences d'efficience de transpiration à l'échelle des feuilles et la plante entière. Nous avons également vérifié la stabilité des différences génotypiques pour Δ13C dans le temps. Nous avons constaté que les différences génotypiques pour Δ13C pouvaient etre traduites comme la difference d efficience de transpiration a l echelle des feuilles ainsi qu au niveau de la plante entière. L amplitude de la variabilité de l efficience de transpiration a l echelle du plant etait plus grand par rapport à la variabilite a l echelle de la feuille, demontrant le rôle de la perte du carbone lors de la respiration diurne et nocturne (Φc) ainsi que l'eau perdue pendant la transpiration nocturne (Φw). La productivité génotypique augmentait avec l efficience de transpiration chez Populus deltoides × nigra, mais restait stable chez Populus nigra. Les valeurs absolues de l efficience de transpiration observees lors de cette etude etaient plus elevees que chez les autres especes. L enrichissement en 18O de la matiere organique (Δ18Olb) et de l eau (Δ18Olw) des feuilles correlait avec la variation de la conductance stomatique (gs) soit au niveau de l individu ou au niveau génotypique. Lors d une premiere experience nous avons montre que les valeurs de Δ13C restaient stables pour les genotypes Populus deltoides × nigra ages de 5 a 15 ans, avec un classement génotypique particulierement conservé pendant l etude. Toutefois, une seconde experience nous a permis de demontre que des arbres ages de 4 a 7 ans presentaient des valeurs de Δ13C significativement plus faibles que celles observees lors de la premiere experimentation, avec une augmentation progressive de ces valeurs avec l age. Nous concluons que, chez le peuplier, le Δ13C peut etre considere comme un estimateur fiable de l efficience de transpiration a l echelle du plant entier, et le classement genotypique établi chez de jeunes arbres pour Δ13C reste stable avec l'âge.
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Lenain, Christelle. "Identification et caractérisation de la nucléase Apollon comme facteur de protection des télomères humains." Lyon, École normale supérieure (sciences), 2007. http://www.theses.fr/2007ENSL0397.
Full text
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Cevallos, Almeida María Belén. "Salmonella en filière porcine : dynamique d’infection, pouvoir colonisateur et virulence." Thesis, Rennes 1, 2018. http://www.theses.fr/2018REN1B013/document.
Full textAbstract:
Salmonella est la deuxième cause de zoonoses humaines dans l’Union Européenne et représente un enjeu majeur pour la filière porcine. Les sérovars, S. Typhimurium, S. Derby et le variant monophasique de S. Typhimurium sont très prévalents chez le porc et également chez les humains. Les objectifs de ces travaux étaient d’établir la dynamique d’infection chez le porc par Salmonella en condition d’élevage conventionnel et expérimental, d’évaluer le pouvoir colonisateur chez le porc et le pouvoir pathogène chez les humains des trois sérovars. En élevage conventionnel, le suivi sérologique des anticorps anti-Salmonella a permis d’évaluer l’âge moyen de séroconversion à 137 jours et d’identifier un « effet ferme » sur l’âge de séroconversion. Le premier essai en condition expérimentale a mis en évidence que les porcs inoculés avec le variant monophasique de S. Typhimurium excrétaient ce sérovar de façon continue dans les fèces. Aux dates d’autopsies 21, 49 ou 84 jours après inoculation, les salmonelles ont été retrouvées dans les différentes parties de l’intestin, dans les nœuds lymphatiques et à des niveaux très élevés dans les amygdales. Après passage dans le tractus digestif, des profils MLVA différents de celui de la souche inoculée ont été identifiés suggérant que le génome de la souche a évolué. Le deuxième essai visant à comparer le pouvoir colonisateur chez le porc des trois sérovars a montré que la dynamique d’excrétion et de colonisation était similaire quel que soit le sérovar. Cependant, la quantité excrétée était significativement différente ; plus élevée avec le variant monophasique par rapport à S.Typhimurium. Le pouvoir pathogène chez l’homme de 15 souches d’origine porcine appartenant aux 3 sérovars a été évalué in vivo sur un modèle insecte Galleria mellonella, et in vitro sur cellules Caco-2. Les souches se sont révélées être potentiellement virulentes. Sur Caco-2, le variant monophasique avait un pourcentage d’adhésion aux cellules le plus élevé et Derby le plus bas. Différents niveaux de virulence ont été observés entre souches d’un même sérovar. Ce travail a apporté des nouvelles connaissances sur la problématique Salmonella en filière porcineSalmonella is the second leading cause of human zoonoses in the European Union and represents a major challenge for the pork industry. Serovars S. Typhimurium, S. Derby and the monophasic variant of S. Typhimurium, implicated in human salmonellosis, are highly prevalent in pigs and also in human. The objectives of this research were to establish the infection dynamics in pigs by Salmonella under conventional and experimental rearing conditions, to evaluate pig colonization ability and pathogenicity in humans of the three serovars. In conventional farms, the serological monitoring of Salmonella antibodies allowed to evaluate the average age of seroconversion at 137 days and to identify a "farm effect" on the age of seroconversion. The first trial under experimental conditions revealed that pigs inoculated with the monophasic variant of S. Typhimurium excreted this serovar continuously in the feces. At autopsy dates 21, 49 or 84 days after inoculation, Salmonella were found in the different parts of the intestine, in the lymph nodes and at very high levels in the tonsils. After passage through the digestive tract, different MLVA profiles from that of the inoculated strain were identified suggesting that the genome of the strain has evolved. The second attempt to compare the colonizing ability in the pigs of the three serovars showed that the dynamics of excretion and colonization were similar regardless of the serovar. However, the amount excreted was significantly different: higher with the monophasic variant compared to S. Typhimurium. The pathogenicity in humans of 15 strains of porcine origin belonging to the 3 serovars was evaluated in vivo on an insect model Galleria mellonella, and in vitro on Caco-2 cells. The strains were found to be potentially virulent. On Caco-2, the monophasic variant had the highest cell adhesion percentage and Derby, the lowest. Different levels of virulence were observed between strains of the same serovar. This work brought new knowledge on the Salmonella issue in the pig sector
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Goebels, Carolin. "Novel mechanisms of gene expression regulation in the human fungal pathogen Cryptococcus neoformans." Paris 7, 2014. http://www.theses.fr/2014PA077086.
Full textAbstract:
Cryptococcus neoformans est un champignon présent dans l'environnement qui est responsable d'infections mortelles principalement chez les patients immunodéprimés. De ce fait, il est exposé à des conditions variables, dans son habitat naturel ainsi qu'en contact avec l'hôte humain. Cela requiert une adaptabilité considérable dont le réseau fondamental de régulation n'est pas encore connu. Une combinaison d'approches ciblées et globales a été utilisée afin de caractériser le rôle des introns dans la régulation de l'expression des gènes chez C. Neoformans. L'analyse du génome d'une souche de référence a révélé une structure de transcriptome très complexe. L'impact des introns sur l'expression des gènes a été abordé en étudiant les transcrits d'un allèle sans intron. Pour la plupart de gènes testés la présence des introns était nécessaire à leur expression. De plus, la protéine nucléaire de liaison de la queue poly(A) Pab2 avait été identifiée comme étant impliquée dans ce processus de régulation. D'autres facteurs potentiels de cette voie et leur interdépendance ont été étudiés. Ces études ont permis de proposer l'existence de deux voies, partiellement redondantes qui contrôlent la dégradation nucléaire des transcrits non-épissés par les exonucleases Rrp44p et Xrn2p, cette dernière appartenant à la même voie que Pab2p. Par ailleurs, une analyse globale par des approches transcriptomiques et protéomiques a été lancée pour la caractérisation du réseau des interactions de Pab2p. En parallèle, une étude phénotypique des souches mutantes a mis en évidence une action coordonnée de différentes exonucléases sur la 'virulence et la reproduction sexuée chez C. NeoformansCryptococcus neoformans is an environmentally harboured, opportunistic pathogen that causes life-threatening infections mainly in immunocompromised individuals. As such it is constantly exposed to changing conditions, in its natural habitat as well as when encountering a human host. This requires considerable adaptive capacity of which the underlying regulatory network has yet to be fully explored. Candidate gene and global experimental approaches were pursued during this thesis to delineate the role of introns on gene expression regulation. Genome analysis of an important reference strain revealed a rather complex transcriptome structure. The impact of introns on gene expression was addressed by studying the fate of transcripts derived from an intronless allele. Earlier studies in the lab had shown that most tested genes require introns for their proper expression and identified the nuclear poly(A)-binding protein Pab2 as implicated in this regulatory process. The involvement of several additional components in this pathway and their interconnection were investigated here and finally led to the proposition of two partially redundant pathways that control nuclear degradation of non-spliced mRNAs by the exonucle¬ases Rrp44p and Xrn2p, the latter depending on Pab2p. A global analysis of Pab2p function by transcriptomics and proteomics approaches was initiated for the characterisation of a Pab2p interaction network. In parallel, extensive phenotypic studies of exonucleolytic mutants revealed their concerted contributions to virulence and mating in C. Neoformans
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Lauth, Jérémie. "Conflits et stabilité évolutive dans un mutualisme tripartite plante - fourmis- champignon." Thesis, Antilles-Guyane, 2013. http://www.theses.fr/2013AGUY0622/document.
Full textAbstract:
Les mutualismes, interactions interspécifiques où chaque partenaire retire un bénéfice net de leur association, sont centraux dans l’origine et l’organisation de la biodiversité. Bien que globalement bénéfiques pour chacun des partenaires, ces interactions n’enlèvent rien à l’égoïsme inhérent de chaque espèce pour sa survie et sa reproduction, générant des conflits d’intérêts entre les espèces. Ainsi, comprendre les processus écologiques et évolutifs qui maintiennent le caractère mutualiste d’interactions entre plusieurs espèces est primordial dans la compréhension du maintien de la biodiversité. Néanmoins, le corpus scientifique s’est jusqu'à présent surtout concentré sur des paires d’espèces en interaction. Or, ces avancées scientifiques restent partielles car la plupart de ces interactions s’englobent dans un contexte communautaire. C’est dans ce cadre conceptuel que se place mon travail de thèse. Alors que la diversité structurelle des mutualismes de protection entre plantes et fourmis en ont fait un modèle d’étude clé dans la compréhension des mutualismes, j’ai concentré mes recherches sur l’intégration d’un troisième partenaire fongique pour comprendre ses conséquences sur les résultantes écologiques et évolutives de ces mutualismes tripartites. Je me suis tout d’abord intéressé à définir la relation qui lie de façon mutualiste le champignon aux deux autres partenaires et à établir les conflits d’intérêts émanant de ces différentes interactions pour comprendre quels facteurs permettaient de les réguler. Ainsi, la relation qui lie le champignon aux fourmis peut être qualifiée d’agriculture. Les fourmis protègent, nourrissent et disséminent le champignon et celui-ci, via ses propriétés structurales, permet l’élaboration de galeries servant de piège pour capturer des proies. Ce phénomène crée cependant un conflit d’allocation de la force ouvrière des fourmis et nuit directement aux bénéfices de la plante par une diminution de l’intensité des patrouilles sur ses feuilles, diminuant consécutivement sa protection et sa fitness. Néanmoins, le rôle du champignon dans les transferts de nutriments entre les fourmis et la plante, ainsi que certaines réponses évolutives de la plante permettent de réguler ces conflits, stabilisant les bénéfices nets de chaque partenaire dans ce mutualisme tripartite. Puis, je me suis concentré à comprendre comment certains facteurs évolutifs pouvaient moduler cette résultante écologique. La prise en compte du caractère multipartite d’un mutualisme change radicalement la vision de l’évolution des mutualismes jusqu’alors étudiée entre paires d’espèces. Alors que le corpus scientifique s’accorde à dire que la spécialisation entre espèce par coévolution renforce la stabilité et les bénéfices perçus par chaque partenaire, le contexte multipartite semble altérer ces prédictions. Au contraire la spécialisation multipartite peut être dans certains cas un moteur d’instabilité et de baisse des bénéfices. Enfin cette thèse permet de faire le lien entre deux concepts qui s’opposent : la coévolution diffuse et la coévolution par paire. Je montre ainsi que la coévolution peut intervenir sur plus de deux espèces à la fois, mais qu’elle peut quand même entrainer une spécialisation multispécifique. Finalement, au contraire des prédictions de la coévolution diffuse, cette thèse montre que plusieurs pressions de sélection contrastées émanant de différentes espèces envers un seul trait d’une troisième espèce peuvent promouvoir la spécialisation multi-spécifiqueMutualisms, defined as interspecific interactions where each partner receives net benefices from their interactions, are central to the organization of earth biodiversity. Although globally beneficial for each partner, such interactions do not modify the inherent selfishness of species for their survival and reproduction, generating conflicts of interests between species. Thus understanding the ecological and the evolutionary processes maintaining positive outcomes in mutualisms is fundamental to understand how mutualisms shape earth biodiversity. However, scientific research on mutualisms has most of the time focused on interaction between pairs of species. Such knowledge is thus partial as mutualisms are embraced in a community context. My doctoral thesis takes place in this conceptual framework. I focused my research on the integration of a third fungal partner in protective interactions between ants and plants to evaluate its consequences on the ecological and evolutionary outcomes of such mutualisms, taken as multispecies interactions. I first focused my researches in defining the mutualistic interaction linking the fungal partner with its two other associates and in revealing any conflict of interests and their regulation that may emerge from such tripartite interactions. The interactions between the ants and the fungi can be qualified as a case of non-food fungiculture. The ants protect, provide food and disseminate the fungus, and the latter, thanks to its structural properties, allows the elaboration of galleries used that are then used as trap to capture preys. This phenomenon creates a conflict of interest in the allocation of the worker force, altering host plant benefits through a decrease of worker patrolling activity and consequently leaves protection and thus fitness. However, the role of the fungus in the nutrient transfers between ants and plants added to evolutionary responses from the plant allows regulating this conflict, stabilizing the net benefits towards the plant. Then I have concentrated my researches in understanding how evolutionary factors would modulate the ecological outcomes of such interactions. Taking into account the multispecific character of mutualisms changes radically the vision on the evolution of mutualisms when pair of species are considered. While it is widely accepted that specialization of mutualist species through coevolution reinforce the stability of the interaction and the net benefit of each partner, the multispecific context seems to deviate these predictions. Conversely, I show that specialization between three mutualistic partners can drive instability and decrease of benefits. Finally, the results of this thesis join the gap between two previously opposed concepts: diffuse coevolution and pairwise coevolution. I show that coevolution can happen between more than two species simultaneously and that it can drive mutlispecific specialization. Opposed to the diffuse coevolution, I show that contrasting selective pressures on a same trait from different partner can promote specialization of species
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Etourneaud, Laure. "Impact de la lamine B1 sur la stabilité du génome." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016SACLS301.
Full textAbstract:
Un lien étroit existe entre l’intégrité du génome et l’architecture nucléaire. Les lamines, composants majeurs de l’enveloppe nucléaire sont impliquées dans de nombreux processus nucléaires, tels que la réplication, la transcription et le maintien de l’architecture nucléaire. Il a notamment été rapporté que les lamines de type A sont impliquées dans la réparation des cassures double brin de l’ADN et la stabilité des télomères. Toutefois, peu d’études ont été réalisées sur les lamines de type B. Fait intéressant, il a été observé que l’accumulation de la lamine B1 est retrouvée dans différentes tumeurs. Cependant, les conséquences d’une dérégulation de cette lamine sur la stabilité du génome restent peu documentées.Au cours de ma thèse, je me suis intéressée à l’impact d’une dérégulation de la lamine B1 sur le maintien de la stabilité du génome, notamment sur la réparation des cassures double brin de l’ADN et la stabilité des télomères. Nous avons pu mettre en évidence que la surexpression de lamine B1 conduit à un défaut de réparation par NHEJ, associé à une diminution de recrutement de 53BP1 aux dommages radio-induits. Nous avons également démontré que la lamine B1 interagit directement avec 53BP1, protéine impliquée dans le choix de la voie de réparation, et que cette interaction est régulée en cas de dommages à l’ADN. En effet, la liaison entre ces deux protéines est rompue après dommages en condition endogène, ce qui n’est pas le cas après surexpression de la lamine B1. Ce défaut de recrutement de 53BP1 aux dommages pourrait rendre compte de la diminution de l’efficacité du NHEJ. De plus, j’ai pu identifier les domaines protéiques impliqués dans cette interaction. Il est intéressant de noter que la surexpression du domaine de la lamine B1 impliquée dans l’interaction mime la surexpression de la lamine B1 entière. Au contraire, la lamine B1 délétée de ce domaine n’a aucun impact sur le recrutement de 53BP1 et la persistance des dommages. Ces différentes données confortent notre hypothèse quant à la séquestration de 53BP1 après surexpression de lamine B1.En parallèle, nous avons pu démontrer que la surexpression de la lamine B1 entraine l’apparition de diplochromosomes concomitants à une sénescence accrue. Ce phénomène d’endoréplication peut être induit par des défauts télomériques, tels que des télomères dysfonctionnels ou déprotégés. De façon intéressante, mes données montrent que la surexpression de la lamine B1 entrainent des dommages télomériques. Nous avons également établit que la lamine B1 interagit avec TRF2, protéine du complexe « shelterin » permettant la protection des télomères contre la signalisation des dommages à l’ADN. La rétention putative de TRF2 par la lamine B1 pourrait être à l’origine des défauts télomériques observés après la surexpression de cette dernièreCette étude démontre de nouveaux rôles de la lamine B1 dans le maintien de la stabilité du génome, notamment à travers ses interactions avec deux protéines clefs dans la réparation des cassures double brin et la stabilité des télomères. Cela nous ouvre de nouvelles pistes de recherche qui permettront une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires impliqués dans la tumorigenèse et en particulier sur le lien existant entre l’intégrité de l’architecture nucléaire et la stabilité du génomeA close link exists between genome stability and nuclear architecture. Lamins, major component of the nuclear envelope, are involved in many nuclear processes, such as replication, transcription and nuclear architecture. It has been reported than lamins A/C are involved in double strand break repair and telomere stability. However, few studies have been conducted on B-type lamins. Interestingly, it was observed that the accumulation of lamin B1 is found in different tumors. Nevertheless, consequences of its deregulation on genome stability remain poorly documented.During my PhD, I analysed the impact of deregulation of lamin B1 on genome maintenance, including double-strand breaks repair and telomere stability. We were able to demonstrate that overexpression of lamin B1 leads to defect of NHEJ, associated with decrease of the 53BP1 recruitment to DNA damage. We have also shown that lamin B1 interacts directly with 53BP1, a protein involved in the choice of the repair pathway, and that this interaction is regulated upon DNA damage. Indeed, the association between these two proteins is disrupted after damage, in endogenous condition, in contrast this dissociation is not observed after lamin B1 overexpression. The defect of 53BP1 recruitment to DNA damage could account for the decrease in the NHEJ efficiency. Moreover, I have identify the protein domains involved in this interaction. It is interesting to note that overexpression of the interaction domain mimics the overexpression of the full lamin B1. Instead, lamin B1 deleted from this domain has no impact on 53BP1 recruitment and on DNA damage persistence. These data support our hypothesis about the sequestration 53BP1 after overexpression of lamin B1.In parallel, we have demonstrated that the lamin B1 overexpression causes the appearance of diplochromosomes concurrent to an increase of senescence. This phenomenon of endoreduplication can be induced by telomere defects such as dysfunctional or deprotected telomeres. Interestingly, I have observed that lamin B1 overexpression leads telomere damages. We also established that lamin B1 interacts with TRF2, a protein of "shelterin" complex involved in the protection against the DNA damage signaling at telomere. The putative retention TRF2 by lamin B1 could cause telomere defects observed after overexpression of the latter.This study identifies new roles of lamin B1 in maintaining genome stability, including through its interactions with two key proteins in the repair of double-strand breaks and stability of telomeres. This opens up new ways of research that will enable a better understanding of the molecular mechanisms involved in tumorigenesis and in particular on the relationship between the integrity of the nuclear architecture and genome stability
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Rey, Laurie. "L'ADN polymérase eta humaine est requise pour la stabilité des séquences particulières de l'ADN en absence de stress exogène : rôle dans la réplication et/ou dans la réparation par recombinaison homologue?" Toulouse 3, 2009. http://thesesups.ups-tlse.fr/510/.
Full textAbstract:
La réplication du génome eucaryote nécessite la coopération de nombreuses ADN polymérases. Les ADN polymérases réplicatives, fidèles, sont responsables de la majorité de la synthèse d'ADN mais sont ralenties ou bloquées par des lésions exogènes ou par des barrières naturelles de fourches de réplication telles que les structures secondaires de l'ADN. Le rôle des ADN polymérases translésionnelles a été clairement démontré dans les processus de synthèse translésionnelle de lésions exogènes. Ceci est notamment illustré dans le syndrome du Xeroderma pigmentosum Variant (XP-V) qui est dû à la perte de fonction de l'ADN polymérase eta (Pol eta). En effet, Pol eta permet la synthèse translésionnelle des dimères de thymines induits par les UV et en son absence, les individus sont prédisposés au cancer de la peau. Par contre, le rôle des ADN polymérases TLS dans le maintien de la stabilité du génome en absence de stress exogène n'a été que très peu exploré dans les cellules humaines. Nous avons principalement montré que i) Pol eta pourrait intervenir spécifiquement au niveau des séquences riches en G susceptibles d'adopter des structures en G-quadruplex, retrouvées notamment au niveau des télomères, ii) et que Pol eta était importante pour la stabilité des sites fragiles communs, domaines chromosomiques possédant parfois des gènes suppresseurs de tumeur et fréquemment réarrangés dans les cellules tumorales. Le mécanisme d'implication de Pol eta au niveau de ces séquences a aussi été abordé et les premiers résultats suggèrent un rôle de Pol eta dans la réplication de ces séquences ou dans le redémarrage des fourches de réplication bloquées au niveau de ces séquences. Ces travaux identifient Pol eta comme un nouveau facteur du maintien de la stabilité du génome des cellules et permettent de proposer de nouveaux mécanismes expliquant certaines manifestations d'instabilité génétique dans les cancers ou au cours du vieillissement cellulaireReplication of the eukaryotic genome requires the cooperation of a large number of DNA polymerases. The accurate replicative DNA polymerases are responsible for the majority of DNA synthesis but are slowed down or blocked when they encounter a DNA lesion induced by exogenous agents such as UV radiations. Specialised DNA polymerases are then recruited to bypass these lesions by Translesion Synthesis. The importance of the ability of these specialised polymerases to maintain genomic stability is illustrated by the human disorder Xeroderma Pigmentosum Variant, which arises in consequence of mutations in DNA polymerase eta (Pol eta). Pol eta prevents skin cancer susceptibility by promoting accurate TLS past sunlight-induced cyclobutane pyrimidine dimers. Despite the established requirement for Pol eta in processing DNA damage, its role in maintaining genome stability in absence of external damage has not been extensively explored, especially for the stability of endogenous structured DNA regions, which also impede the replication fork progression. We have demonstrated that i) Pol eta could function to process G-rich sequences able to form G4 structures, frequently found in telomeric domains in human cells, ii) Pol eta is important for the stability of common fragile sites, which are frequently rearranged in tumours. The mechanism involved has also been investigated and the first results suggest a direct role of Pol eta in the replication of these particular sequences or in the restart of blocked replication forks at these sites. Together, these results reveal a new role of Pol eta in maintaining genomic stability during unperturbed S-phase and in preventing breakage at common fragile sites. They challenge the current concept of the unique involvement of Pol eta in tolerance and repair pathways after external stress
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Di, Paolo Aurélie. "Fonctions de BRCA1 dans le maintien de la stabilité chromosomique lors de la progression mitotique." Toulouse 3, 2011. http://thesesups.ups-tlse.fr/1317/.
Full textAbstract:
BRCA1 est un gène suppresseur de tumeurs dont les mutations inactivatrices prédisposent au cancer du sein et de l'ovaire. BRCA1 code une protéine multifonctionnelle, impliquée dans la réponse à l'endommagement de l'ADN qui intervient à la fois dans la réparation des cassures double-brin de l'ADN et dans la transduction du signal menant à l'arrêt du cycle cellulaire et à l'apoptose. Les fonctions connues de BRCA1 ont majoritairement été décrites en interphase. A ce jour, très peu de travaux ont étudié son implication en mitose. Des données récentes ont mis en évidence l'implication de BRCA1 dans le contrôle de la progression mitotique et suggère que BRCA1 est un déterminant important de la ségrégation correcte des chromosomes. Le principal objectif de ma thèse a été de caractériser le(s) mécanisme(s) moléculaire(s) impliquant la perte de BRCA1 dans l'acquisition d'une instabilité chromosomique au cours de la progression mitotique des cellules tumorales. Mes résultats ont démontré la présence de BRCA1 au niveau des centromères mitotiques et ont suggéré que BRCA1 pourrait jouer un rôle protecteur vis-à-vis de ces complexes en participant à leur cohésion par un mécanisme qui reste encore à préciser. Mes expériences ont également démontré que BRCA1 est impliquée dans la réparation des dommages induits au niveau des centromères et favorise donc le maintien de l'intégrité génomique au niveau de ces complexes en mitose. L'ensemble de nos travaux a permis de préciser certaines des fonctions de BRCA1 au cours de la progression mitotique. En particulier, nos résultats démontrent l'importance de BRCA1 dans le maintien de l'intégrité structurale et génomique des centromères mitotiquesBRCA1 is a tumor suppressor gene whose inactivating mutations predispose to breast and ovary cancers. BRCA1 encodes a multifunctional protein, involved in the response to DNA damage such as the repair of DNA double-strand breaks and the signal transduction leading to cell cycle arrest and apoptosis induction. The known functions of BRCA1 were mainly described in interphase. To date, very few works have studied its involvement in mitosis. Recent data have shown its role in the control of the mitotic progression and have suggest that BRCA1 is important for the proper segregation of chromosomes. The main objective of my work was to characterize the molecular mechanism (s) involving the loss of BRCA1 in the acquisition of a chromosomal instability during the mitotic progression in cells. My results have shown the presence of BRCA at mitotic centromeres and have suggest that BRCA1 could play a protective role towards centromeres by participating in their cohesion by a mechanism which remains to be specified. My experiments also indicate that BRCA1 is involved in the repair of DNA damages localized at mitotic centromeres and suggest that BRCA1 is required for maintaining the genomic integrity of these complexes during mitosis. This work allowed us to precise some of the functions of BRCA1 during the mitotic progression. At particular, our results show the important role of BRCA1 in the maintenance of the structural and genomic integrity of mitotic centromeres
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Drogat, Julie. "Rôle des protéines Ssl3 et Ssl38 dans la transmission des chromosomes chez Schizosaccharomyces Pompe." Bordeaux 2, 2007. http://www.theses.fr/2007BOR21497.
Full textAbstract:
La transmission fidèle des chromosomes lors des divisions mitotiques est essentielle à la stabilité du génome. En début de mitose, les chromosomes préalablement dupliqués en phase S condensent sous la forme de deux chromatides soeurs associées et les centromètres capturent les microtubulures du fuseau. Lors de la transition métaphase-anaphase, la cohésion des chromatides soeurs est éliminée, déclenchant leur migration vers les pôles opposés du fuseau. La cohésion est assurée par le complexe cohésine, chargé sur les chromosomes en phase G1 du cycle cellulaire et maintenu jusqu'en anaphase. Les mécanismes par lesquels les cohésines s'associent aux chromosomes et assurent la cohésion sont mal compris. Les centromères sont généralement constitués d'hétérochromatine, une forme compacte de la chromatine, dont l'assemblage fait intervenir la machinerie de RNAi. Des mutations affectant certains composants structuraux de l'hétérochromatine, comme Swi6/HP1 chez Saccharomyces pombe, altèrent la ségrégation des chromosomes en mitose. Afin d'appréhender les rôles de Swi6, ses partenaires fonctionnels ont été recherchés par un crible génétique. Ici, je présente l'étude des gènes ss13 et ss138 (swi6 synthétique létal). Le gène ss13 code un facteur de chargement des cohésines en phase G1 du cycle cellulaire, dont la fonction est conservée au cours de l'évolution. Etonnament, ss138 code un composant du spliceosome. Les résultats présentés montrent que Ss138 est nécessaire à l'intégrité de l'hétérochromatine centromérique. La signification biologique du lien entre Ss138, la maturation des ARNs, et l'assemblage de l'hétérochromatine centrométrique est discutéeIn all eukaryotes, the genome stability relies on accurate chromosome segregation throughout mitotic divisions. During early mitosis, each duplicated chromosomes condense into a pair of tightly linked sister chromatids and centromeres capture spindle microtubules. At the metaphase to anaphase transition, cohesion between sister chromatids is removed, triggering their migration towards the opposite spindle poles. Sister chromatid cohesion is ensured by cohesin, a proteinaceous complex loaded onto chromosomes in G1 and maitained chromosomally bound until anaphase onset. The mechanisms through which cohesin is loaded onto chromosomes and ensures cohesion are ill defined. In most eukaryotes, centromeres are made of heterochromatin : a specialized form of chromatin whose assembly and maintenance rely on the RNAi pathway. Mutations affecting structural components of heterochromatin, such as Swi6/HP1 in fission yeast, impair chromosome segregation. In order to investigate the biological functions of Swi6, its functional partners were sought through a genetic screen. Here I report on the study of ss13 and ss138 (swi6 synthetic lethal). The ss13 gene encodes a cohesin loading factor, whose function in G1 in evolutionarily conserved. Unexpectedly, ss138 encodes a spliceosome component. Experimental data indicate that ss138 is essential for centrometric heterochromatin integrity and accurate chromosome segregation. The biological significance of a link between Ss138, RNA modifications and the assembly of centrometric heterochromatin is discussed
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Bétous, Rémy. "Rôle de l'ADN polymérase Kappa dans le maintien de la stabilité du génome au cours de la phase S ; impact de sa dérégulation sur l'instabilité génétique des cellules tumorales." Toulouse 3, 2008. http://thesesups.ups-tlse.fr/414/.
Full textAbstract:
Au cours de la progression tumorale, l'adaptation des cellules malignes aux pressions de sélection provient d'une forte instabilité génétique. De récents travaux indiquent que cette instabilité est engendrée principalement pendant la phase S, dès les stades hyperplasiques ou pré-cancéreux, suite à des modifications du programme de réplication du génome, mais les bases moléculaires demeurent encore inexpliquées. Les travaux de cette thèse ont exploré le rôle dans ces mécanismes d'une ADN polymérase, Pol kappa, dite " translésionnelle " (TLS) ou " spécialisée ", dont l'expression est très finement régulée dans les cellules humaines, et décrite jusqu'à présent comme un acteur de réparation ou de tolérance après endommagement externe de l'ADN. Grâce à une méthodologie d'interférence ARN, nous avons d'abord démontré que Pol kappa était un facteur de la réplication génomique en absence de tout stress génotoxique externe, requise notamment pour la réplication de séquences d'ADN chromosomiques capables de former des structures non conventionnelles (ADN non-B ; sites fragiles) et pour l'activation de la kinase effectrice majeure du point de contrôle de phase S, Chk1. Puis nous avons démontré qu'une dérégulation de Pol kappa, positive ou négative, fréquemment observée dans les cancers humains, conduisait dans les deux cas à une perturbation du programme de la réplication (vitesse des fourches et densité d'origines), source de cassures et d'instabilité chromosomiques. D'un point de vue cancérologique, la dérégulation négative de Pol kappa apparaît majeure puisque non seulement elle génère de l'instabilité génétique, mais elle empêche aussi l'activation d'une kinase nécessaire pour contenir cette instabilité. Ces travaux révèlent un rôle inattendu d'une ADN polymérase TLS humaine et ouvrent de nouvelles perspectives sur la compréhension du stress réplicatif dans les cancersDuring the tumoral process, the adaptation of malignan cells comes from a strong genetic intability. Recent studies indicate that this instability is mainly generated during S-phase in hyperplasia cells, an early stage of tumorigenesis, by a défective replication program, but the related molecular bases are not still well understood. This PhD work has investigated the potential role in this process of the translesional or specialized DNA polymerase Kappa whose expression is finely tuned in human cells and which is described at the present time as a repair or an adaptative factor after DNA injuries. By the RNA interferance approach, we have demonstrated that Pol kappa is a replication factor in absence of any external genetic stresses, particularly for the replication of chromosomic DNA sequences which are able to form secondary structures (Non-B DNA, fragil sites. . . ) as well as for the activation of Chk1, the main kinase effector of the S-phase checkpoint. Then we have shown that positive or negative deregulation of Pol kappa, frequently observed in human cancers leads in both case to a replication stress (at the forks speed and origins density levels), which is a source of DNA breaks and chromosomic instability. In Cance cells, the negative misregulation of Pol kappa appears to be critical since it triggers genetic instability, by preventing the activation of the main S-phase checkpoint kinase Chk1 which is required to maintain genomic stability. This work highlighted an unexpected role for a human DNA polymerase and open new insights on our understanding of the replicative stress in cancer cells
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Tuduri, Sandie. "La topoisomérase I : un rôle essentiel dans le maintien de la stabilité des génomes." Montpellier 1, 2008. http://www.theses.fr/2008MON1T038.
Full textAbstract:
"La réplication de l'ADN et la transcription des ARNm sont deux processus biologiques fondamentaux qui partagent la même matrice : la double hélice d'ADN. Il n'est donc pas surprenant que les interactions physiques et fonctionnelles existent entre ces deux mécanismes et que la cellule ait développé de nombreux processus permettant de limiter les conflits. Même si les mécanismes à la base de ce processus de TAR (pour Transcription-Associated Recombination") sont encore mal définis, un contrôle étroit de l'interférence entre transcription et réplication est considéré aujourd'hui comme essentiel au maintien de l'intégrité des génomes dans tous les organismes. La topoisomérase I (Topo 1) est une enzyme ubiquitaire impliquée dans de multiples fonctions biologiques au carrefour entre réplication, transcription et maturation des ARNs. Au cours de ma thèse, nous nous sommes particulièrement intéressés au rôle de la Topo 1 dans le maintien de l'intégrité des génomes et nous avons regardé si cette enzyme pouvait réguler les TAR chez les eucaryotes supérieurs. Nous avons alors montré que les cellules Topo 1 accumulent de profonds remaniements chromosomiques, qui s'accompagnent d'une augmentation de cassures de l'ADN au cours de la phase S. Par peignage moléculaire de l'ADN, nous avons ensuite démontré qu'une perte d'expression de la Topo 1 ralentit considérablement la vitesse de réplication et est associée à de fréquents arrêts des fourches. La complémentation de la Topo 1 dans des cellules Topo 1- restaure le phénotype sauvage. De manière intéressante, nous avons observé que l'inhibition de l'activité kinase de la Topo 1 ou la déplétion de sa cible ASF/SF2 miment le phénotype Topo 1- dans des lignées contrôles. Au contraire, défaut réplicatifs et instabilité génomique sont supprimés après inhibition de l'élongation de la transcription ou sur-expression de la RNase H dans les lignées Topo 1-. Pour finir, des analyses de ChIP-pn-chip et de FISH nous ont permis de confirmer que, dans les cellules Topo 1-, les dommages de l'ADN se produisent préférentiellement au niveau des régions transcrites du génome ou des sites fragiles. Ainsi, nos résultats suggèrent que la transcription représente une source majeure de stress réplicatif dans les cellules humaines et que la Topo 1 limite ce mécanisme en prévenant la formation de R-loop. "
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Gelot, Camille. "Rôle du complexe de cohésion sur la ligature d'extrémités d'ADN non homologues et la stabilité du génome." Thesis, Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066300/document.
Full textAbstract:
Au cours de la réplication, la réparation des cassures double brin (CDB) par recombinaison homologue (RH), basée sur la synthèse d’ADN à partir de la chromatide sœur, permet le maintien de la stabilité du génome. La religature d’extrémités (EJ) éloignées de CDB peut quant à elle générer des réarrangements menaçant son intégrité. Nous avons étudié le mécanisme de réparation par EJ en fonction de la distance séparant deux cassures double brin. En utilisant des substrats intra-chromosomiques permettant la mesure de l’efficacité et de la fidélité du EJ après ligature d’extrémités éloignées ou proximales, nous avons mis en évidence l’implication du complexe de cohésion dans l’inhibition du EJ d’extrémités distales. Le complexe de cohésion joue donc un rôle central dans l’interface réplication/réparation ; la cohésion des chromatides sœurs favorise la réparation par RH et permet l’inhibition spécifique du EJ d’extrémités éloignées, probablement en limitant la mobilité de la chromatine endommagée et la formation d’une synapse propice au rapprochement des extrémités. La religature d’extrémités éloignées est également nécessaire aux mécanismes de diversification des gènes des immunoglobulines tels que la recombinaison V(D)J et la commutation de classe. L’étude de souris Rad21+/- a également démontré une implication du complexe de cohésion dans ces mécanismes essentiels à la diversité de l’information génétique. Le complexe de cohésion étant impliqué dans ces mécanismes et dans l’inhibition des réarrangements complexes tels que les translocations et insertions il est un acteur essentiel de la diversité et de la stabilité génomiqueDNA double-strand breaks (DSBs) repair is essential for genome stability/diversity, but can also generate genome rearrangements. Although non-homologous end-joining (NHEJ) is required for genome stability maintenance, the joining of distant double strand ends (DSE) should inexorably lead to genetic rearrangements. We analyzed the efficiency and accurency of close or distal EJ repair. Our data show that global end-joining is more efficient on close ends (34bp) compared to distal ends (3200bp) and that C-NHEJ is favored on close ends, resulting in more accurate outcome, compared to distal ends where more mutagenic A-EJ events takes place. In addition, the joining of distal ends favors the insertion/capture of DNA sequences. These data show only few kb distances between two DSEs are sufficient to jeopardize DSB repair efficiency and accuracy, leading to complex scars at the re-sealed junctions, and cell response is sufficiently sensitive to differently process such distal ends. We next addressed the question of the mechanisms preventing the joining of distant DSE. We show that depletion of the cohesin complex proteins specifically stimulates the end-joining of I-SceI-induced DSBs distant of 3200bp, while the joining of close DSEs (34bp) remained unaffected. Consistently, exome sequencing and cytogenetic analysis revealed that RAD21 ablation generates large chromosome rearrangements and a strong induction of replication stress-induced chromosome fusions. These data reveal a role for the cohesin complex in the protection against profound genome rearrangements arising through ligation of distant DSEs
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Cahn, Alice. "Fonction et régulation de l’ADN polymérase spécialisée eta dans la stabilité des régions intrinsèquement difficiles à répliquer." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASL061.
Full textAbstract:
La réplication complète et fidèle de l’ADN est cruciale pour transmettre l’information génétique de manière correcte aux cellules filles. Divers obstacles peuvent interférer avec la progression de la machinerie de réplication, et donc menacer l’intégrité du génome. Des ADN polymérases spécialisées, dites translésionnelles (polymérases TLS), assistent les ADN polymérases réplicatives pour la poursuite de la réplication malgré ces lésions. Elles peuvent répliquer de manière fidèle ou non ces entraves, mais sont mutagènes sur des séquences d’ADN non-endommagées. Au cours de ma thèse, j’ai pu caractériser davantage la contribution de l’ADN polymérase TLS eta (polη) au cours de la réplication non-perturbée. Cette polymérase permet principalement de prévenir la mutagénèse induite par les UV. Mais il a également été montré qu’elle promeut la stabilité des sites fragiles communs, et est associée au réplisome durant la phase S non-perturbée. Cependant, la nature des obstacles nécessitant polη et les conséquences de son absence pour la réplication de ces régions restaient à déterminer. Mes résultats montrent que polη est recrutée au niveau d’une fraction des fourches de réplication tout au long de la phase S et que l’absence de pol eta conduit à une modification du timing de réplication de régions génomiques riches en grands gènes transcrits, où les conflits entre réplication et transcription sont potentiellement plus fréquents. Plus généralement, je montre que le recrutement de pol eta à la fourche de réplication dépend de la transcription et qu’elle joue un rôle dans la prise en charge des conflits entre réplication et transcription. Ces résultats mettent en évidence un nouveau rôle de protection de la stabilité du génome pour cette ADN polymérase mutagèneComplete and accurate DNA replication is crucial to transfer correct genetic information to the daughter cells. Various obstacles can interfere with the progression of the replication machinery, threatening genome integrity. Specialized error-prone translesion DNA polymerases (TLS polymerases) assist the replicative polymerases to replicate across DNA lesions. During my PhD I characterized the contribution of TLS pol eta (polη), best known for its role in preventing UV-induced mutagenesis, during unperturbed replication. Polη was shown to promote the stability of the common fragile sites and associates with the replisome in unchallenged S phase. However, the kind of replication barriers requiring pol eta and the consequences of its absence on the replication of these regions were unclear. My results show that polη is recruited at a subset of replication forks all along the S phase and that polη defect modifies the replication timing of genomic regions enriched in large transcribed genes, where transcription-replication conflicts (TRCs) are more likely to occur. Overall, I show that polη recruitment at the replication fork is transcription-dependent, and that pol eta plays a role in the coping with TRCs. Altogether, these results highlight a new role for an error-prone DNA polymerase in protecting the genome stability
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Labadie, Thomas. "Stabilité du virus de la grippe dans l'environnement : influence des protéines virales." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2017. http://www.theses.fr/2017USPCC274/document.
Full textAbstract:
La transmission des virus grippaux de type A s’effectue via l’eau, l’air ou les surfaces. Elle implique donc toujours une étape dans l’environnement, durant laquelle les virus sont inactivés plus ou moins rapidement en fonction du sous-type ou de la souche virale analysés. Cependant, à ce jour, les facteurs moléculaires déterminant la stabilité des particules virales en dehors de l’hôte restent largement méconnus. Dans le but d’identifier ces déterminants, nous avons généré différentes combinaisons de réassortiments entre deux virus grippaux de sous-types H1N1 possédant un phénotype de stabilité différent. Les stabilités respectives de ces virus réassortants ont été évaluées dans un environnement-modèle, puis comparées entre elles. Pour cela, nous avons utilisé un système d’analyse en temps réel des cultures cellulaires, permettant de calculer, pour chacun des virus testés, une pente d’inactivation moyenne et, in fine, de mesurer l’influence respective de chacun des segments viraux sur le phénotype de stabilité des virus. D’après nos résultats, le phénotype de stabilité des virus grippaux est majoritairement déterminé par l’hémagglutinine (HA) et la neuraminidase (NA), qui sont les principales glycoprotéines de surface de ces virus. De plus, nous avons identifié des changements d’acides aminés dans la HA et dans la NA, qui ont pour effet une diminution ou une augmentation de la stabilité des particules virales dans l’environnement. Nous avons également montré qu’un virus avec un gène de la HA codons-optimisés, et donc porteur de mutations synonymes, suffit pour augmenter significativement la stabilité des particules virales dans l’environnement. La stabilité de la HA à pH acide, le taux d’expression de la HA dans les cellules infectées, et le nombre de sites de fixation aux ions calcium dans la NA sont modifiés par les mutations décrites dans cette étude, et sont donc des facteurs de stabilité des particules virales. De plus, une analyse en microscopie a permis de montrer que les virus inactivés dans l’environnement peuvent fixer leurs récepteurs cellulaires, mais sont incompétents pour induire l’étape de fusion dans l’endosome nécessaire à l’entrée des virus dans la cellule. Ces deux étapes du cycle viral sont dépendantes de la HA. Dans l’ensemble, nos résultats montrent l’importance de la HA et de la NA des virus grippaux dans la détermination du phénotype de stabilité des virus grippaux dans l’environnement. Par conséquent, la diversité connue des HA et NA dans la nature laisse supposer des variations fréquentes du phénotype de stabilité de ces virus. Leur étude pourrait permettre de mieux décrire l’écologie et l’épidémiologie de ces virus. L’analyse des données épidémiologiques et climatiques des épidémies de grippe saisonnière, sur 5 ans et dans 13 pays, a ainsi révélé une différence de distribution des virus H1N1 et H3N2, en fonction de la température hebdomadaire dans ces pays. La comparaison de la stabilité de ces virus sur des surfaces, à 4 °C et à 20 °C, suggère que la distribution des sous-types viraux au début des épidémies est en partie régulée par leur stabilité en fonction de la températureThe transmission of Influenza A viruses (IAV), either airborne in mammals or oro-faecal in aquatic birds, submits viral particle to a wide range of environmental conditions. These environmental conditions modulate IAV survival outside the host, which is also dependent on the viral subtype or strains. To date, the molecular drivers of IAV environmental persistence remain to be identified. In order to identify IAV molecular drivers of the environmental persistence, we generated different reassortant viruses between two H1N1 viruses that do not have the same stability outside the host. To this purpose, we performed survival kinetic and compared the inactivation slope of generated reassortant viruses in our controlledenvironment, using a real time cell analysis system. Our results demonstrate that the hemagglutinin (HA) and the neuraminidase (NA) are the main viral segments driving IAV environmental persistence. In addition, mutations driving viral stability in the environment were identified in the HA and NA amino-acid sequences. We also demonstrated that synonymous mutations introduced in the HA, using a codon-optimization strategy, drive the environmental persistence of IAV. The HA stability at low pH, HA surface expression levels in infected cells and the number of calcium binding sites of the NA were alternately changed by the mutations described in our study, indicating that these are stability determinants of IAV survival outside the host. Then, the sequential events of viral entry were analysed with fluorescence microscopy assays, showing that viral particles being exposed for a long period in saline water at 35°C are still able to bind their cellular receptor whereas the HA-mediated fusion within the endosome is not possible anymore. These two steps of the viral cycle are mainly mediated by the HA protein. Altogether, these result highlight the importance of the HA and the NA proteins, driving the environmental persistence of IAV. Given the known diversity of these two proteins in nature, this arouses interest in studying IAV environmental persistence at a more global scale. Such study could improve our knowledge on IAV ecology and epidemiology. Epidemiologic and climatic data analyse of human seasonal influenza viruses during 5 years and from 13 countries revealed that H1N1 virus and H3N2 virus distribution differs according to the mean weekly temperature in these countries. We then compared the H1N1 virus and H3N2 virus persistence on stainless steel surface at 4 °C and 20 °C, and the preliminary results suggest that IAV seasonal subtypes distribution might be partly regulated by their stability according to the temperature
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Rodrigue, Amélie. "Rôles des paralogues de RAD51 humains dans la recombinaison homologue et le maintien de la stabilité du génome en mitose." Thesis, Université Laval, 2011. http://www.theses.ulaval.ca/2011/27916/27916.pdf.
Full text
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Dupé, Aurélien. "Étude des éléments régulateurs « cis » et « trans » impliqués dans la stabilité du transcrit de l'amastine au stade intracellulaire chez « Leishmania »." Thesis, Université Laval, 2013. http://www.theses.ulaval.ca/2013/30205/30205.pdf.
Full textAbstract:
Le genre Leishmania regroupe des parasites protozoaires transmis par piqûre d’un insecte vecteur et qui sont responsables des leishmanioses. Le cycle de Leishmania alterne entre promastigotes dans l’appareil digestif de l’insecte et amastigotes dans les phagolysosomes des macrophages d’un hôte mammifère. Les delta-amastines sont une famille de protéines membranaires qui jouent potentiellement un rôle dans la virulence. L’expression exclusivement au stade intracellulaire de l’un de ces gènes est permise par une accumulation préférentielle de l’ARNm et la stimulation de la traduction, toutes deux chez les amastigotes. L’objectif de cette thèse est de caractériser les mécanismes permettant l’expression différentielle de l’ARNm de la delta-amastine. Ces organismes ont divergé rapidement des autres eucaryotes, ce qui engendre plusieurs différences fonctionnelles, dont notamment l’absence de régulation transcriptionnelle. Notre hypothèse est que la présence d’une région riche en uridines (URE) dans l’extrémité 3’ non traduite (3’UTR) du transcrit peut être impliquée dans la dégradation de l’ARNm. Nous démontrons que le URE est responsable d’une dégradation du transcrit au stade promastigote, par un phénomène indépendant de la déadénylation. Nous avons identifié une protéine à domaine Alba, LiAlba20, liant l’ARNm de la delta-amastine dans une région proche de l’URE. La suppression de cette protéine réduit l’accumulation du transcrit au stade amastigote. Ainsi, deux mécanismes complémentaires sont responsables de l’expression différentielle de ce transcrit. Le génome de Leishmania code pour une seconde protéine à domaine Alba, LiAlba13. Ces protéines interagissent ensemble, mais LiAlba13 n’affecte pas l’abondance de l’ARNm de la delta-amastine. Les protéines Alba ont une évolution exceptionnelle puisqu’elles stabilisent l’ADN chez les Archaea, et sont retrouvées dans les complexes RNase P/MRP chez les eucaryotes supérieurs. Nos résultats montrent qu’elles régulent l’expression de protéines spécifiques du stade amastigote, ce qui concorde avec les récents travaux chez d’autres parasites protozoaires. Ces protéines sont cytoplasmiques dans les deux stades de développement. Cependant, pendant la différenciation, elles s’accumulent dans le flagelle et le nucléole, respectivement décrits comme senseur et coordinateur de la réponse au stress. Nos travaux suggèrent donc l’implication du flagelle et du nucléole dans la coordination de la régulation de facteurs de virulence pendant la différenciation du parasite.The Leishmania genus encompasses protozoan parasites which are transmitted through the bite of an insect vector and are responsible for leishmaniasis. The Leishmania life cycle alternates between promastigote forms within the gut of the insect vector and amastigotes which multiply in the phagolysosomal vacuoles of the mammalian host’s macrophages. Delta-amastins are part of a multigenic family of membrane proteins that potentially act in parasite virulence. One of the delta-amastin's exclusive expression in the intracellular stage is mediated by mRNA accumulation and translation stimulation, both taking place in the amastigote stage. The aim of this thesis is to characterize the mechanisms implicated in the differential expression of delta-amastin mRNA. Leishmania splits early in evolution from other eukaryotes and this split correlates with many functional differences, including the absence of transcriptional control of gene expression. Our hypothesis is that the presence of a uridine-rich element (URE) within the 3’ untranslated region (3’UTR) of the transcript might be implicated in an mRNA decay mechanism. We reveal that the URE is responsible for a fast mRNA decay only in the promastigote stage, performed by an unusual deadenylation-independent pathway. We next identified an Alba domain protein, LiAlba20, which binds to the delta-amastin mRNA in a region flanking the URE. Depletion of this protein leads to a reduced mRNA accumulation in the amastigote stage specifically. Therefore, we identified two complementary mechanisms taking part in the transcript’s differential expression. The Leishmania genome encodes a second Alba domain protein, LiAlba13. These proteins interact together, but LiAlba13 does not affect the delta-amastin mRNA level during the parasite life cycle. Alba domain proteins have a remarkable evolution, being involved in DNA stabilization in Archaea and subunits of the RNAses P/MRP complexes in higher eukaryotes. In addition, our data show that these proteins regulate stage-specific protein expression, which is in agreement with recent works in other protozoan parasites. Alba domain proteins are constitutively expressed in the cytoplasm of both parasite life cycle stages. Nevertheless, during the differentiation, those proteins accumulate in flagellar and nucleolus compartments, respectively described as sensor and stress response coordinators in higher eukaryotes. Our work suggests that the flagellum is implicated in the coordination of stage-specific transcript expression in response to stress in Leishmania.
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Cunha, Silveira Sandra. "Voies de sauvetage du pool des pyrimidines et du NAD : des alliés inattendus dans le maintien de la stabilité du génome." Thesis, Paris Sciences et Lettres (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018PSLET011.
Full textAbstract:
Le syndrome de Bloom (SB) est une maladie humaine autosomique récessive rare résultant d’une mutation sur les deux copies du gène BLM, qui code pour la protéine BLM, une 3’-5’ ADN hélicase de la sous-famille recQ. Les cellules SB présentent une forte instabilité génétique et les patients atteints du SB sont prédisposés au développement de tous les types de cancers affectant la population générale. La déplétion en BLM conduit à une chute drastique de l’expression de la cytidine désaminase (CDA), une enzyme de la voie de sauvetage des pyrimidines qui catalyse la désamination hydrolytique de la cytidine (C) et de la désoxycytidine (dC) en uridine (U) et désoxyuridine (dU). La déficience en CDA conduit à un excès de dC et de dCTP (désoxycytidine triphosphate) dans les cellules SB, mais également dans les cellules qui expriment BLM, ce qui entraîne une instabilité génétique. Effectivement, ce déséquilibre du pool de pyrimidines conduit à une diminution significative de l’activité basale de la poly (ADP-ribose) polymérase 1 (PARP-1) qui, elle-même, entraîne une réduction de l’activation de Chk1. Ceci affaiblit l‘efficacité des points de contrôle du cycle cellulaire en aval, favorisant l’accumulation en mitose de séquences d’ADN non répliquées qui conduisent à une formation excessive de ponts anaphasiques ultrafins (UFB). Ces séquences concernent essentiellement des régions du génome « difficiles à répliquer », comme les centromères et les sites fragiles. L’objectif de mon projet thèse était de décrypter le mécanisme conduisant à la réduction de l’activité basale de PARP-1 dans les cellules déficientes en CDA. Nous avons effectué une étude comparative des métabolomes de deux couples de lignées isogéniques exprimant ou non CDA qui a révélé une augmentation du niveau de nicotinamide (NAM), substrat de la nicotinamide phosphoribosyltransférase (NAMPT), et une diminution du niveau de nicotinamide mononucléotide (NMN), produit de la NAMPT, dans les cellules déficientes en CDA. Nous avons confirmé la réduction de l’activité de la NAMPT nucléaire dans les cellules déficientes en CDA. Nous avons également montré que la déplétion en NAMPT par ARN interférence ou l’inhibition chimique de l’activité de la NAMPT reproduit la réduction de l’activité basale de PARP-1 dans les cellules exprimant CDA, et pas dans les cellules déficientes en CDA. De plus, l’expression exogène de la NAMPT sauvage, mais pas celle de la NAMPT mutée dans son site catalytique, restaure complètement l’activité basale de PARP-1 dans les cellules déficientes en CDA, entraînant de fait une normalisation de la fréquence des UFBs dans ces cellules. Ces résultats indiquent que la réduction de l’activité basale de PARP-1 dans les cellules déficientes en CDA résulte de la diminution de l’activité de la NAMPT. Nous proposons un modèle dans lequel l’accumulation intracellulaire de dC /dCTP résultant de la déficience en CDA pourrait entraver l’activité de la NAMPT nucléaire, provoquant une accumulation intracellulaire de NAM, un inhibiteur naturel connu de PARP-1, qui par conséquent réduirait l'activité basale de PARP-1. Nos résultats révèlent pour la première fois, un lien entre la déficience en CDA et le métabolisme du nicotinamide, voie métabolique essentielle pour le maintien de l’intégrité de la celluleBloom syndrome (BS) is a rare human autosomal recessive disorder resulting from mutations in both copies of the BLM gene, encoding BLM, a 3’-5’ RecQ DNA helicase. BS cells present a strong genetic instability and BS patients are predisposed to a wide range of cancers that commonly affect the general population. BLM depletion leads to the downregulation of cytidine deaminase (CDA), an enzyme of the pyrimidine salvage pathway that catalyzes the hydrolytic deamination of cytidine (C) and deoxycytidine (dC) to uridine (U) and deoxyuridine (U), respectively. CDA defect leads to an excess of cellular dC and deoxycytidine triphosphate (dCTP) in either BS cells or BLM-expressing cells, that jeopardizes genome stability. Indeed, this nucleotide pool disequilibrium leads to a significant reduction of basal Poly (ADP-ribose) polymerase 1 (PARP-1) activity. The resulting low levels of PARP-1 activity disturb Chk1 activation and decrease the efficiency of downstream checkpoints, leading to the accumulation, during mitosis, of unreplicated DNA at some “difficult-to-replicate” loci in the genome, such as centromeres, fragile sites, leading to excess ultrafine anaphase bridge (UFB) formation. The objective of my PhD project was to decipher the mechanism leading to the reduction of basal PARP-1 activity in the absence of CDA. We performed a metabolomic study that revealed an increase in nicotinamide (NAM) levels, the substrate of nicotinamide phosphoribosyltransferase (NAMPT), and a decrease in nicotinamide mononucleotide (NMN) levels, the product of NAMPT. We confirmed the reduction of the nuclear NAMPT activity in CDA-deficient cells. We found that the siRNA-mediated NAMPT knockdown or the chemical NAMPT inhibition reproduce the reduction of basal PARP-1 activity in CDA-proficient cells, but not in CDA-deficient cells. Moreover, expression of exogenous wild type NAMPT, but not of the NAMPT catalytic mutant, fully rescued the reduction of basal PARP1 activity, and the subsequent increase in UFB frequency in CDA-deficient cells. These results indicate that the reduced basal PARP-1 activity in CDA-deficient cells is due to a reduced NAMPT activity. We propose a model in which the intracellular accumulation of dC/dCTP resulting from CDA deficiency might impair the nuclear NAMPT activity, resulting in an intracellular accumulation of NAM, a known natural inhibitor of PARP-1, that consequently reduces PARP-1 activity. Our results highlight for the first time a link between cytidine deaminase deficiency and nicotinamide metabolism, a pathway essential for the maintenance of cell integrity
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Fischer, Gilles. "Variabilité des régions terminales de l'ADN chromosomique linéaire de streptomyces ambofaciens : implications évolutives de l'instabilité génétique." Nancy 1, 1998. http://www.theses.fr/1998NAN10240.
Full textAbstract:
Chez les bactéries du genre streptomyces, la fréquence d'apparition de mutants spontanés est très élevée et cette variabilité est corrélée à la formation de délétions et d'amplifications de séquences chromosomiques. La cartographie physique du génome de trois souches de streptomyces ambofaciens a montré que l’ADN chromosomique est une molécule linéaire d'environ 8 Mb, caractérisée par la présence de répétitions terminales inversées (TIR, terminal inverted repeats) et par des protéines fixées de façon covalente aux extrémités d’ADN. Dans la souche s. Ambofaciens DSM40697, les TIR mesurent 210 kb et les réarrangements chromosomiques affectent les régions terminales du chromosome. La structure des chromosomes délétés est soit linéaire, soit circulaire. Les chromosomes circulaires ont perdu toutes les séquences des TIR alors que les chromosomes linéaires présentent un polymorphisme important de la taille des TIR, de 100 kb pour la plus petite structure caractérisée, à 850 kb pour la plus grande. De plus, la fusion en orientation inversée de deux chromosomes délétés génèrerait des TIR de plus de 6500 kb. Si la recombinaison illégitime a souvent été impliquée dans la formation des délétions, la recombinaison homologue entre séquences répétées participe également à ce phénomène. Les études de cartographie comparée, entre espèces proches, montrent que la conservation de l'organisation génétique du chromosome ne s'étend pas aux régions terminales de l’ADN. La forte instabilité à laquelle les extrémités sont sujettes, produit une grande diversité de structures chromosomiques. Cette instabilité structurale, associée au transfert horizontal d'information génétique, pourrait participer à l'évolution rapide des régions terminales de l’ADN chromosomique linéaire des streptomyces.
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Sayadi, Sami. "Stabilisation génétique des microorganismes à ADN recombiné et maintien d'une forte productivité en catéchol 2,3-dioxygénase par immobilisation des cellules d'E. Coli." Compiègne, 1988. http://www.theses.fr/1988COMPD118.
Full textAbstract:
Les plasmides sont des outils puissants pour la production de peptides, d'enzymes ou de métabolites par génie génétique. Cependant, l'inconvénient majeur est leur instabilité potentielle quand les cellules porteuses du plasmid sont cultivées en cultures continues sans pression de sélection. Plusieurs approches ont été proposées pour remédier à l'instabilité plasmidique mais sont limitées. Une nouvelle méthode permettant d'éviter l'apparition et/ou la prolifération des cellules sans plasmides est l'utilisation de l'immobilisation cellulaire. Les recherches entreprises dans le cadre de cette thèse ont pour objectif de développer cette approche pour maintenir une stabilité génétique du système "cellule hôte-vecteur" et une productivité élevée de catéchol 2,3 diooxyqénase (codé par le gène xyl E). Cette étude met en évidence la possibilité d'utiliser la méthode d'immobilisation des cellules pour l'amélioration de la stabilité de plusieurs plasmides dans différentes souches d'E. Coli. D'autre part, l'influence de quelques paramètres (taux de dilution, limitations nutritionnelles, température, concentrations en inoculum, concentration et volume du gel) sur la stabilité plasmidique et l'expression du gène cloné a été étudié en culture en continu de cellules libres et immobilisées. Nous avons montré que l'augmentation de la stabilité dans les cellules immobilisées n'est pas due à un transfert du plasmide ni à une augmentation du nombre de copies (en milieu LB) mais essentiellement due aux propriétés mécaniques du gel qui ne permettent qu'un nombre limité de divisions (qui varie avec la concentration de l'inoculum) dans chaque clone de cellules avant qu'il ne sorte du gel. Enfin l'immobilisation des cellules à ADN recombiné permet d'éviter plusieurs phénomènes tels que les fluctuations de la proportion de cellules porteuses du plasmide ou les modifications génétiques qui peuvent avoir lieu autour de cultures en continu de cellules libresPlasmids are powerful tools in producing peptides enzymes and metabolites in recombinant DNA technology. However, the major disadvantage of these plasmids was their potential instability when plasmid containing cells were grown in continuous cultures without selection pressure. Several approaches to overcome plasmid instability have been proposed but are not efficient. A novel method for ensuring plasmid stability is the use of immobilized plasmid-containing cells. The aim of the research work carried out for this study is to develop this approach for maintaining a high genetic stability of "host-vector” system and high productivity of catechol 2,3 dioxygenase (encoded by xyl E gene). This study highlights the possibility of using the cell immobilization method for the improvement of stability of several plasmids in different strains of E. Coli. Furthermore, the influence of some parameters (dilution rate, nutritional limitationsl temperature inoculums size, gel and volume concentrations) on plasmid stability and cloned gene expression have been carried out in continuous cultures of free and immobilized cells. We showed that the increase of plasmid stability in immobilized cells is due neither to plasmid transfer not to not increase of plasmid copu number (in LB medium) but essentially due to the mechanical properties of the qel bead system that allow only a limited number of cell division (which carried with the inoculums size) to occur in each clone of cells before the clone escapes from the gel bead. Moreover, phenomena such as fluctuation or genetic modifications which occurred in free continuous system could be avoided throughout cell immobilization
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Beral, Aurore. "Déterminisme génétique et écophysiologique de la variabilité des masses de grains individuels chez le blé tendre (Triticum aestivum)." Thesis, Université Clermont Auvergne (2017-2020), 2020. http://www.theses.fr/2020CLFAC039.
Full textAbstract:
L’amélioration variétale du blé tendre doit faire face au double enjeu du changement climatique et de l’évolution des pratiques agricoles. Dans ce contexte, de nouvelles stratégies de sélection basées sur la recherche de stabilité du rendement dans le matériel génétique futur se développent. Le rendement final du blé est la résultante de composantes (nombre d’épis/m², nombre de grains/épi, nombre de grains/m², poids de mille grains (PMG)) corrélées entre elles du fait de compensations entre les différentes échelles du couvert (m2, plante, épi, grain). Jusqu’à aujourd’hui, l’amélioration du rendement s’est principalement réalisée à travers l’augmentation du nombre de grain par m². Cependant, avec le risque accru d’occurrence de stress abiotiques pendant la période post-floraison, le PMG, qui se met en place durant cette période, peut être une cible importante pour l’amélioration du rendement. Il est donc pertinent d’en étudier les déterminismes génétique et environnemental. Le PMG, comme les autres composantes de rendement, est classiquement étudié via sa valeur moyenne à l’échelle de la parcelle. Or, il existe une variabilité intra-génotypique importante des masses finales des grains individuels entre épis et au sein des épis. L’identification d’une telle variabilité intra-génotypique et son rôle dans la construction du PMG et sa réponse aux stress abiotiques post-floraison reste inexplorée. Le travail présenté dans cette thèse cherche donc à évaluer l’intérêt de la prise en compte de la variabilité intra-génotypique dans l’amélioration du rendement par une sélection du PMG en conditions de stress abiotiques post-floraison.Les résultats montrent qu’il existe une variabilité génétique dans le lien grain individuel-PMG, c’est-à-dire que des génotypes peuvent construire un PMG similaire à partir de distributions de masses de grains individuels de variabilité intra-génotypique différentes. Cette variabilité intra-génotypique est essentiellement déterminée par des différences dans la mise en place du nombre de grains par m² mais aussi par un déterminisme génétique spécifique. De plus, la prise en compte explicite de l’échelle du grain individuel a permis d’affiner notre compréhension des bases physiologiques de la variabilité génétique du PMG en mettant en évidence des différences génotypiques de masses de grains individuels indépendantes de la mise en place du nombre de grains par m² et variables selon la position du grain au sein de l’épi. L’étude à l’échelle du grain individuel a également révélé des réponses différentielles des grains individuels à un stress thermique post-floraison selon leur position au sein d’un épi.L’ensemble de ces résultats démontre la pertinence de prendre en compte non seulement la valeur moyenne du caractère cible (le PMG) mais aussi sa variance pour envisager la recherche de matériel génétique futur tolérant à des stress abiotiques post-floraison. Pour cela il faut cibler des stratégies génotypiques spécifiques de mise en place du nombre de grains par m² et/ou de la variabilité génétique intrinsèque de la variance intra-génotypique. Plus globalement, cette thèse s’est inscrite dans une démarche, inspirée de l’écologie, de compréhension du rôle de la variabilité intra-génotypique des traits sur la stabilité de la performance des couverts végétauxWheat breeding faces the dual challenge of climate change and changes in agricultural practices. In this context, new breeding strategies based on the search for yield stability in future genetic material are being developed. Wheat grain yield is usually decomposed into yield components: number of spikes/m², number of grains/spike, number of grains/m² and thousand kernel weight (TKW). These components are correlated one with another due to compensations that exist between the different scales of the canopy (m2, plant, spike, grain). Until now, the yield gains achieved by wheat breeders in recent decades mainly occured through increases in grain number per m². However, with increasing occurrences of post-flowering abiotic stress associated with climate change, TKW may become severely limiting and hence a target for breeding. TKW is usually studied at the plot scale as it represents the average mass of a grain. However, this view disregards the large intra-genotypic variance of individual grain mass that exists between- and within spikes. The identification of such intra-genotypic variability and its implication in TKW setting as well as in the response of TKW to post-flowering abiotic stresses remains unexplored. This work therefore aims to evaluate the interest of taking into account explicitly intra-genotypic variability in improving yield through breeding for TKW under post-flowering abiotic stress.The results show that there is a genetic variability of the correlation between the individual grain mass and TKW, i.e. genotypes may have similar TKW from distributions of individual grain masses with different intra-genotypic variability. This intra-genotypic variability is mainly driven by canopy structure (number of grains per m²) but has also a specific genetic determinism. Moreover, considering the single grain scale allowed to refine our understanding of the physiological basis of the genetic variability of TKW by highlighting constitutive genotypic differences in individual grain masses; these differences are independent from the number of grains per m², and vary according to the position of the grain within the spike. This single grain scale also reveals differential responses of individual grains to post-flowering heat stress depending on their position within the spike. These results demonstrate the relevance of considering not only the mean value of the target trait (TKW) but also its variance and offer new perspectives for the search for future genetic material tolerant to post-flowering abiotic stress. To do this, genotypic strategies of grain number establishment and/or the specific genetic variability of the intra-genotypic variance could be targeted. More generally, this thesis is part of a conceptual framework developed in ecology with the aim to understand the role of intra-genotypic variability of traits on the stability of plant canopy performance
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Brinkmeier, Julia. "Propriétés biochimiques de la Topoisomérase VI d’Ectocarpus siliculosus et ses facteurs accessoires potentiels." Thesis, Montpellier, 2020. http://www.theses.fr/2020MONTT002.
Full textAbstract:
Les topoisomérases d'ADN (appelées topoisomérases) sont des enzymes essentielles qui jouent un rôle crucial dans les processus biologiques tels que la réplication, la transcription, la recombinaison, la réparation et le remodelage de la chromatine de l'ADN. Il existe de nombreuses familles de topoisomérases différentes qui gèrent les enchevêtrements d'ADN en induisant soit une cassure transitoire de l'ADN simple brin (type I), soit une cassure double brin (type II) suivie d'une étape de re-ligature. Ce projet de doctorat visait à déterminer et à analyser les activités biochimiques d'une famille de topoisomérases non caractérisées chez les eucaryotes, la Topoisomérase VI (TopoVI), et son homologue méiotique TopoVIL. Comme observé chez A. thaliana, chez l'eucaryote Ectocarpus siliculosus, on trouve non seulement TopoVIA et TopoVIB mais aussi leurs homologues méiotiques TopoVIA-Like (TopoVIAL), orthologue de SPO11, et TopoVIB-Like (TopoVIBL). Nous avons décidé de profiter de l'existence de TopoVI et TopoVIL chez E. siliculosus pour identifier les différences et les similitudes et pour avoir un aperçu de leurs activités catalytiques. Pour ce faire, les protéines TopoVI et TopoVIL recombinantes ont été co-exprimées dans des cellules d'insectes infectées par des baculovirus, puis un complexe protéique a été purifié en appliquant une purification par affinité en deux étapes et une chromatographie d'exclusion de taille. En outre, pour TopoVI, j'ai cherché à co-exprimer ses cofacteurs potentiels, E. siliculosus Bin4 et Rhl1, dans des bactéries pour les purifier et finalement les ajouter dans des tests d'activité biochimique. J'ai pu exprimer et purifier les protéines TopoVI et TopoVIL, mais avec un poids moléculaire natif suggérant une agrégation. J'ai pu exprimer la protéine Bin4 recombinante, mais dans notre système d'expression bactérien, elle reste agrégée. L'agrégation des protéines observée pourrait être due à la surexpression et/ou aux conditions de purification qui entraînent des protéines mal repliées. J'ai donc réalisé une expérience de traduction in vitro en collaboration avec Lionel Imbert (IBS, Grenoble). Cette a permis de produire la protéine Bin4 soluble, ce qui ouvre la possibilité de réaliser des tests biochimiques. Enfin, Henri-Marc Bourbon (CBI, Toulouse) a établi une phylogénie de TopoVI (et TopoVIL) chez les eucaryotes. Ici, je présente des données complémentaires à cette étude avec l’analyse des interactions entre TopoVIA, Bin4 et Rhl1 chez E. siliculosus par des tests de double-hybride chez la levureDNA topoisomerases (referred to as topoisomerases) are essential enzymes that play crucial roles in biological processes such as DNA replication, transcription, recombination, repair and chromatin remodeling. Many different topoisomerase families exist that manage DNA entanglements by either inducing a transient DNA single strand (type I) or double strand break (type II) followed by a re-ligation step. This PhD project aimed to determine and analyze the biochemical activities of an uncharacterized topoisomerase family in eukaryotes, Topoisomerase VI (TopoVI), and its meiotic homologue TopoVIL. As observed in A. thaliana, in the eukaryote Ectocarpus siliculosus not only TopoVIA and TopoVIB are found but also their meiotic homologues TopoVIA-Like (TopoVIAL), orthologous to SPO11, and TopoVIB-Like (TopoVIBL). We decided to take advantage of the existence of both TopoVI and TopoVIL in E. siliculosus to identify differences and similarities and to get insight into their catalytic activities. For this, tagged recombinant TopoVI and TopoVIL proteins were co-expressed in baculovirus infected insect cells followed by protein complex purification applying a 2-step affinity tag purification and size exclusion chromatography. Furthermore, for TopoVI, I aimed to co-express its potential co-factors, E. siliculosus Bin4 and Rhl1, in bacteria to purify them and ultimately add them in biochemical activity tests. I was able to express and purify both TopoVI and TopoVIL proteins but with a native molecular weight suggesting aggregation. I was able to express tagged recombinant Bin4 but in our bacterial expression system it remains aggregated. The observed protein aggregation might be due to the overexpression and/or to the purification conditions resulting in misfolded proteins. Therefore, I performed a cell-free in vitro translation experiment in collaboration with Lionel Imbert (IBS, Grenoble). From this, I obtained soluble Bin4 which opens for the possibility to perform biochemical assays. Finally, Henri-Marc Bourbon (CBI, Toulouse) has established a phylogeny of TopoVI (and TopoVIL) in eukaryotes. Here, I present complementary data to this study by monitoring the interaction between TopoVIA, Bin4 and Rhl1 in E. siliculosus by a Yeast-two-hybrid experiment
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Carnesecchi, Julie. "Régulation réciproque et coopération transcriptionnelle du complexe ERRalpha-LSD1." Thesis, Lyon, École normale supérieure, 2014. http://www.theses.fr/2014ENSL0935.
Full textAbstract:
Les récepteurs nucléaires sont des facteurs de transcription qui exercent leur fonction via le contrôle de la transcription de leurs gènes cibles, une régulation qui est dépendante de cofacteurs associés. Les complexes transcriptionnels ainsi formés dialogueront avec l’environnement chromatinien (méthylation de l’ADN, remodelage des nucléosomes, modifications post-traductionnelles des histones) afin de promouvoir la répression ou l’activation transcriptionnelle des cibles géniques de ces récepteurs. Ce projet a identifié une interaction entre la lysine déméthylase LSD1 et le récepteur nucléaire orphelin ERRα dans des cellules humaines de cancers du sein. LSD1 protège ERRα d’une dégradation protéasomale de manière indépendante de son activité catalytique. Par ailleurs, LSD1 déméthyle H3K9 et H3K4 in vivo, mais est incapable in vitro de déméthyler H3K9. La présence de ERRα révèle cette activité de LSD1 sur H3K9, suggérant que le complexe ERRα -LSD1 agit comme un régulateur positif de la transcription. En ce sens, ERRα et LSD1 régulent un nombre important de gènes communs identifiés par RNAseq. Ainsi, 10 gènes activés ont été sélectionnés et le recrutement de ERRα et LSD1 a été examiné sur ces cibles géniques. En association avec les résultats obtenus in vitro, nous avons observé in vivo qu’en absence de ERRα ou LSD1, les gènes activés par ces deux partenaires présentent une augmentation de la marque répressive H3K9me2 sans affecter H3K4me2 au niveau du site d’initiation de la transcription. En conclusion, LSD1 interagit avec ERRα et inhibe sa dégradation, conduisant à une coopération transcriptionnelle de ces protéines. Pour la première fois, un rôle direct de ERRα sur l’environnement chromatinien a été identifié via l’activité de LSD1 sur des marques répressives d’histonesNuclear receptors are transcription factors that cooperate with chromatin associated factors to promote their activities. These transcriptional complexes are able to modulate the chromatin landscape to repress or promote transcription. Interestingly, there is an intricate cross-talk between these complexes and the chromatin environment that can influence each other to coordinate gene expression led by nuclear receptors. Post-translational modifications of histones regulate in part, DNA accessibility and the activities of nuclear receptors. One of these histone modifiers is LSD1, which is known to demethylate lysines 4 (H3K4) and 9 (H3K9) on histone 3. This manuscript focuses on the discovered LSD1-ERRα complex in human cancer cell lines. LSD1 interacts with ERRα, hence, modulates ERRα protein stability via a demethylation independent manner. Moreover, LSD1 is able to demethylate H3K4me2 in vitro but not H3K9me2. Interestingly, we observed that ERRα is able to switch LSD1 activity toward H3K9me2 to promote gene transcription without any additional cofactor in vitro. To confirm this effect in vivo, a transcriptomic analysis on mammary cancer cells was performed and highlights common target genes between ERRα and LSD1. We selected 10 genes activated by both and verified ERRα and LSD1 recruitment on these targets. Moreover, upon knock-down of ERRα or LSD1, the transcriptional start sites of activated genes -bound and regulated by both proteins- are enriched in the repressive mark H3K9me2. Altogether, these results describe a positive regulation of ERRα by LSD1 which in turn, drives the demethylase activity on H3K9me2 to promote transcription. Finally, these data highlight a direct function of ERRα on chromatin landscape
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Poulet, Anaïs. "Mise en évidence de nouvelles propriétés de TRF1 et de TRF2 impliquées dans la stabilité de l'ADN télomérique humain." Lyon, Ecole normale supérieure, 2010. http://www.theses.fr/2010ENSL0566.
Full textAbstract:
Les télomères sont des structures nucléoprotéiques qui protègent l'extrémité des chromosomes. Une des protéines clés de la structure des télomères est la protéine TRF2. Cette protéine serait en effet à l'origine de la formation d'une structure responsable de la protection des télomères contre leur reconnaissance comme des cassures double brin : la boucle télomérique ou "t-loop". Un modèle de formation de cette boucle propose que TRF2 facilite l'invasion du simple brin télomérique terminal dans la double hélice en cis donc après repliement du télomère sur lui même. Une précédente étude a montré que TRF2 stimule effectivement l'invasion télomérique en facilitant l'ouverture de la double hélice grâce à des modifications topologiques de l'ADN. Au pied de la t-loop, il y aurait alors formation d'une jonction de Holliday. J'ai montré pendant ma thèse que la protéine TRF2, via son domaine N-terminal basique, stabilise et protège ce type de structure contre la résolution par des résolvases, ce qui pourrait expliquer le rôle de protection de TRF2. D'autre part, TRF1, protéine homologue de TRF2, possède les mêmes propriétés intrinsèques que TRF2 vis-à-vis de l'invasion, mais ces propriétés sont modulées par son domaine N-terminal acide. Dans la dernière partie de cette thèse, nous avons mis en évidence une synergie entre TRF2, Apollon et la topoisomérase IIα pour la résolution de contraintes topologiques induites lors de la réplication de séquences télomériques. L'ensemble de ces résultats permet de mieux comprendre les fonctions de TRF2 aux télomères : un role dans la formation de la t-loop, mais aussi dans la résolution de problèmes topologiques aux télomèresTelomeres are nucleoproteic structures that cap the end of eukaryotic chromosomes. TRF2 is a key protein in the dynamic of telomere. Telomeres can fold into t-loops that were proposed to result from the invasion of the 3' overhang of telomeres into duplex DNA. A model for the formation of the t-loop implicates TRF2 : it could facilitate the invasion of the telomeric single strand into the upstream double strand DNA after the telomere folding. Indeed a previous study shows that TRF2 stimulates the telomeric invasion by modifying DNA topology. We reveal here thet TRF2, with its N-terminal basic domain, stabilizes and protects telomeric Holliday junction, a structure that could be formed at the foot of the t-loop. This result could explain the protective role of TRF2 at telomeres. We also demonstrate that TRF1 owns the same intrinsic properties than TRF2, but these properties are modulated by the N-terminal acidic domain of TRF1. The last part of this thesis reports the fact that there is a balance between quantities of TRF2-Apollo and topoisomerase IIα during the replication of telomeric sequences to resolve topological constraints. The results presented here give fresh insight in new TRF2 functions which are not only implicated in the t-loop formation, but also in the resolution of topological problems at telomeres
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Fleiss, Aubin. "Impact phénotypique des réarrangements chromosomiques et évolution des génomes de levures." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2018. http://www.theses.fr/2018SORUS491.
Full textAbstract:
Nous avons cherché à évaluer l’impact des réarrangements chromosomiques sur l’évolution des génomes de levures selon deux approches. La première approche a consisté à retracer les réarrangements chromosomiques au cours de l’évolution des Saccharomycotina. Nous avons construit un arbre phylogénétique à partir de 66 génomes issus de bases de données publiques et reconstruit la structure des génomes ancestraux des 66 espèces. La comparaison des génomes ancestraux a permi d’inférer 5150 réarrangements chromosomiques passés. Nous avons montré que selon les clades considérés, les génomes évoluent plutôt par inversion ou par translocation et que les réarrangements chromosomiques et les mutations non-synonymes s’accumulent à un rythme coordonné au cours de l’évolution. La seconde approche a consisté à quantifier l’impact phénotypique des variations structurelles (SV) du génome en termes de taux de croissance végétative et de viabilité méiotique chez Saccharomyces cerevisiae. Nous avons développé une technique pour induire à façon des SV ciblés dans le génome de S. cerevisiae, en induisant deux coupures simultanées dans le génome de S. cerevisiae avec CRISPR/Cas9 et à guider la réparation des cassures par recombinaison homologue avec des oligonucléotides chimériques. Nous avons alors adapté cette technique pour induire en une étape un grand nombre de SV aléatoires. L’impact phénotypique des SV obtenus a été quantifié en méiose et en croissance végétative. Ces travaux montrent que même des réarrangements chromosomiques balancés n’affectant aucune phase codante génèrent une grande diversité phénotypique qui participe à l’adaptation des organismes à leur environnementThe aim of this work was to assess the impact of chromosomal rearrangements on the evolution of yeast genomes with two approaches. The first approach consisted in retracing past rearrangements during the evolution of Saccharomycotina yeast genomes. We have built a phylogenetic tree of 66 genomes gathered from public databases, then reconstructed the structure of all ancestral genomes of these species. By comparing the structure of reconstructed ancestral genomes, we have inferred 5150 past rearrangements. We showed that depending on the clades, genomes tend to evolve mostly by inversion or by translocation. In addition, we showed that chromosomal rearrangements and non-synonymous mutations tend to accumulate at a coordinated pace during evolution. The second approach aimed at quantifying the phenotypic impact of structural variations of chromosomes (SVs) in terms of vegetative growth and meiotic viability in Saccharomyces cerevisiae. We developed a technique to induce easily targeted SVs in the genome of S. cerevisiae by inducing two chromosomal breaks with CRISPR/Cas9 and providing the cells with chimerical donor oligonucleotides to repair the split chromosomes by homologous recombination. We have then adapted this technique to induce multiple random SVs in a single step. The phenotypic impact of obtained variants on vegetative growth and on spore viability was quantified. These results show that even balanced chromosomal rearrangements that do not affect coding sequence generate a wide phenotypic diversity that contributes to the adaptation of organisms to their environment
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Berry-Mortada, Fadwa. "Stabilité des plasmides recombinés en cellules libres et immobilisées : développement d'un système à double réacteur en continu en vue d'une surproduction de catéchol 2,3-dioxygénase." Compiègne, 1989. http://www.theses.fr/1989COMPD211.
Full textAbstract:
Dans cette étude, l'effet de certains facteurs, comme les caractéristiques génétiques des vecteurs la concentration de l'inoculum, les conditions de culture, etc. . . . Sur la stabilité de différents vecteurs (portant le gène sous contrôle de différents promoteurs) et la production de catéchol 2,3-dioxygénase en culture de cellules libres et immobilisées a été étudié. Nous avons montré d'une part, qu'en suspension les plasmides sont maintenus avec un degré variable de stabilité dans les souches d'E. Coli. L'instabilité des plasmides pTG201 et pTG205 est surtout attribuée à la forte expression du gène XyIE porté par les plasmides. D'autre part, par opposition au système libre, dans un système immobilisé les plasmides sont maintenus très stables durant plusieurs centaines de générations. L'immobilisation augmente considérablement la stabilité des plasmides pTG201 et pTG205, même dans les conditions de répression. Cette stabilité est d'autant plus importante quand la concentration de l'inoculum est élevée. L'immobilisation des cellules recombinées a permis aussi de maintenir constant le nombre de copies des plasmides et d'empêcher les phénomènes de fluctuations et de modifications géniques observes dans le système libre. Pour surmonter l'impact de la forte expression du gène XyIE sur la stabilité des plasmides pTG201 (contenant le promoteur puissant de Lambda Pr) et pTG205 (contenant le promoteur trp), nous avons développé un système à deux réacteurs. Dans le premier réacteur, les cellules recombinées sont cultivées à l'état immobilisé et dans un état de répression. Cet état permet une meilleure stabilité de l'information génétique. Dans le deuxième réacteur, les cellules sont maintenues dans un état de dérépression. Ce procédé a permis de maintenir très stable les plasmides pTG201 et pTG205 dans le premier réacteur durant l'équivalent de plusieurs centaines de générations et une expression élevée et constante dans le temps du gène XyIE dans le second réacteur. Ce système à double réacteur, qui associe le génie enzymatique (par le biais de l'immobilisation) et le génie génétique (avec l'utilisation de systèmes inductibles) peut être utilisé comme procédé pour la production de produits de haute valeur ajoutée.
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Benseddik, Kahia Khedidja. "Etude des voies de signalisation associées à la stabilité des microtubules et au chimiotactisme induits par le récepteur à tyrosine kinase ErbB2, dans le cancer du sein." Thesis, Aix-Marseille, 2012. http://www.theses.fr/2012AIXM5033/document.
Full textAbstract:
ErbB2 est un récepteur à activité tyrosine kinase dont la surexpression dans le cancer du sein est corrélée à un mauvais pronostic. Son activation induit de nombreuses voies de signalisation. L'objectif de notre travail était d'étudier le réseau de signalisation associé à la migration dépendante d'ErbB2 et de déterminer la contribution des microtubules à ce processus.ErbB2 recrute un module de signalisation qui comporte l'effecteur Memo, la GTPase RhoA, et la formine mDia1. Ce module réprime GSK3, pour permettre la localisation à la membrane plasmique d'un complexe de capture des microtubules comprenant le suppresseur de tumeur APC et la spectraplakine ACF7.La voie Memo/ACF7 est impliquée dans le chimiotactisme via la capture des microtubules ainsi que la phospholipase PLCγ1, un autre effecteur d'ErbB2 qui participe également à la capture des microtubules. Sa signalisation rejoint la voie Memo en amont de GSK3 via les PKC classiques. PLCγ1 agit aussi via aPKCζ.PI3K est également impliquée dans le chimiotactisme grâce à la stabilisation des microtubules. Elle implique l'inhibition de GSK3 et la phosphorylation de la Stathmine par la kinase PAK1.Sur la base de ces résultats, nous proposons un modèle, basé sur un processus en deux étapes. Tout d'abord, les microtubules sont capturés lors de la formation de la protrusion cellulaire. Puis, ils sont stabilisées à l'avant des cellules. Ces deux étapes sont régies par des voies de signalisation différentes qui coordonnent la capture des microtubules et la stabilité des microtubules pour contrôler la réponse chimiotactiqueErbB2 is a receptor tyrosine kinase who's over expression in breast cancer correlates with poor prognosis. Upon activation, ErbB2 induces numerous signaling pathways. Our aim is to investigate the signaling network associated with ErbB2-driven migration and to determine the contribution of microtubules to migration.ErbB2 recruits a signaling module including the ErbB2 effector Memo, the GTPase RhoA, and the formin mDia1. It represses GSK3 activity, to allow the localization to the plasma membrane of a microtubule capture complex comprising the tumor suppressor APC and the spectraplakin ACF7.Memo/ACF7 pathway is involved in chemotaxis via microtubule capture. PLCγ1, another effector of ErbB2, also participates in microtubule capture. It joins Memo pathway via classic PKCs upstream GSK3, and also acts via aPKCζ. PI3K is involved in chemotaxis through microtubule stabilization. Our results suggested that PI3K-dependent microtubules stabilization involves inhibition of GSK3 activity and phosphorylation of Stathmin via PAK1 activity.Defects in microtubule capture/stability are closely correlated with chemotaxis disturbances and rescue of microtubules within cell protrusion re-establishes cell orientation.We propose a model based on a two-step process to explain regulation of microtubule dynamics downstream of ErbB2. First, microtubules are captured during the formation of cell protrusions. Then they are stabilized at the cell front. These two steps are governed by different signaling pathways that coordinate microtubule capture and microtubule stability to control chemotaxis
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Martin, Sophie. "Le composant des granules de stress G3BP : caractérisation phénotypique de souris KO, et identification de son interactome ribonucléoprotéique dans le cerveau de souris." Thesis, Montpellier 2, 2012. http://www.theses.fr/2012MON20247.
Full textAbstract:
Les protéines capables de lier des ARNs sont essentielles pour les différentes étapes de maturation de l'ARN messager (ARNm), en dirigeant leur localisation et leur devenir dans la cellule, et en formant avec les ARNs des particules ribonucléoprotéiques (mRNPs). Les mRNPS peuvent former des structures cellulaires dynamiques qui sont adressées vers des fonctions spécifiques. Ces granules, tels que les granules de stress formés suite à un stress cellulaire, contiennent des ARNm dont la traduction est inhibée et qui sont stockés transitoirement. Ma thèse a consisté en la caractérisation fonctionnelle de G3BP (RasGAP SH3 binding protein), une RBP exprimée de façon ubiquitaire chez l'homme et la souris, et impliquée dans l'assemblage des granules de stress. Par recombinaison homologue classique, des souris knock-out pour G3BP ont été générées. Ces souris ont une espérance de vie faible et des défauts du comportement associés au Système Nerveux Central, en particulier un phénotype de type ataxie. Des expériences d'électrophysiologie ont aussi montré une altération de la plasticité synaptique dans l'hippocampe des souris KO. J'ai donc réalisé des expériences d'immunoprécipitation après cross-link (Cross-Linking and Immunoprecipitation, CLIP) pour purifier à partir de cerveau de souris un complexe stable contenant G3BP, et les ARNs associés ont été identifiés par séquençage haut débit (High-Throughput Sequencing, HITS-CLIP). De façon surprenante, la plupart des cibles de G3BP correspondent à des transcrits codants mais qui contiennent des séquences introniques, et des ARNs non codants. De plus, mes résultats ont montré que l'absence de G3BP1 affecte la stabilité de ces transcrits pré-matures spécifiquement dans le cervelet, ce qui peut être corrélé au phénotype d'ataxie des souris KO G3BP1. Cela suggère un nouveau mécanisme de régulation qui passe par la stabilisation de transcrits pré-matures, qui pourraient être convertis en transcrits matures par exemple lors d'un stress et de la séquestration de G3BP dans les granulesRNA binding proteins (RBPs) are essential in the different steps of processing of the messenger RNAs (mRNAs), directing their localization and fate within the cell, and forming with them the ribonucleoprotein particles (mRNPs). mRNPs can assemble into dynamic cellular structures in which they are routed towards specific functions. RNA granules such as stress granules (SGs) contain translationally silenced mRNPs storing transiently repressed mRNAs.My thesis work consisted in the functional characterization of G3BP (RasGAP SH3 binding protein), an RBP that is expressed ubiquitously in both humans and mice and is involved in the assembly of SGs. Using classical homozygous recombination, viable G3BP1 knock out mice were generated that demonstrated short lifespan.and behavioral defects linked to the Central Nervous System (CNS), notably an ataxia phenotype. Electrophysiology experiments showed an alteration of synaptic plasticity in the hippocampus of KO mice. Therefore, I used Cross-Linking and Immunoprecipitation (CLIP) to purify from mouse brain a stable complex containing G3BP, and performed High-Throughput Sequencing (HITS-CLIP) to identify associated RNAs. Strikingly, most of the G3BP targets correspond to intron sequence-retaining transcripts and non-coding RNAs. My results also showed that G3BP1 depletion influences the stability of these premature transcripts in the cerebellum, which can be correlated to the ataxia phenotype of the G3BP1 KO mice. This comprehensive analysis suggests a new mechanism of gene regulation based on stabilization of silenced premature transcripts which might be converted to mature transcripts under stress condition and sequestration of G3BP in SGs
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Auchter, Morgan. "Implication de la topoisomérase IIIa dans la stabilité chromosomique au cours de la recombinaison télomérique des cellules cancéreuses." Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM4008.
Full textAbstract:
Dans les cellules somatiques, les télomères s'érodent à chaque division cellulaire. Ce processus appelé « Sénescence Réplicative» est contrebalancé de manière basale chez la levure bourgeonnante S. cerevisiae par l'action de la télomérase qui, alors qu'elle est inactive dans les cellules somatiques des eucaryotes supérieures, est activée dans 85% des cancers. Un autre mécanisme impliqué dans les 15% des cas de cancer restants et est appelé Alternative Lengthening of Telomere (ALT). Dans ce processus, le maintien des télomères est assuré par des mécanismes de recombinaison télomérique induisant des échanges de séquences télomériques de chromatides sœurs (T-SCE).Nous avons évalué l'existence d'ALT dans la LLC-B connue pour rarement exprimer la télomérase. Nous avons montrer que 90% des patients LLC-B présentent une diminution de l'expression de TopoIIIα corrélée à une méthylation plus importante des îlots CpG de la région promotrice du gène suggérant que dans les LLC-B le maintien des télomères est défectueux.Nous avons étudié l'implication de la SUMOylation de TopoIIIα/Top3 dans les mécanismes de régulation du ALT. Nous avons montré que TopoIIIα était SUMOylée in vitro et in vivo au sein des cellules U2-OS ALT. Nous avons aussi observé chez S. cerevisiae que Top3 ne serait SUMOylée qu'en absence d'une activité télomérase. Nos résultats suggèrent que la SUMOylation de TopoIIIα augmenterait son activité in vitro et in vivo en diminuant son affinité pour les télomères une fois la recombinaison achevée et qu'elle serait requise pour son accumulation dans les APBs mais pas pour leur formationIn somatic cells, telomeres erode with each cell division. This process named « Replicative Senescence » is basically counterbalanced in the budding yeast Saccharomyces cerevisiae by the action of telomerase which, while it is inactive in somatic cells of higher eukaryotes is activated in 85 % of cancer cases. Another process of telomere maintenance is involved in 15% of remaining cancer cases and is called Alternative Lengthening of Telomere (ALT). In this process, telomere maintenance is provided by telomeric recombination mechanisms inducing exchange of telomeric sister chromatid (T-SCE).We assessed the existence of an ALT mechanism in B-CLL known to rarely express telomerase. We have shown that 90% of B-CLL patients have a decreased expression of TopoIIIα correlated with largest methylation of CpG islands of the gene promoter region. Our results suggest that in B-CLL, telomere maintenance is defective either by telomerase or ALT mechanism.We investigated the involvement of post- SUMOylation of TopoIIIα/Top3 in mechanisms regulating ALT phenomenon. We have shown that TopoIIIα was SUMOylated in vitro and in vivo in U2-OS ALT cells. We also observed in S. cerevisiae that Top3p might be SUMOylated in absence of telomerase activity. Our results suggested that the SUMOylation of TopoIIIα increased its activity in vitro and in vivo by reducing its affinity for telomeres once recombination occurred and would be required for its accumulation in APBs but not for their formation
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Barbottin, Aude. "Utilisation d'un modèle de culture pour évaluer le comportement des génotypes: Pertinence de l'utilisation d'Azodyn pour analyser la variabilité du rendement et de la teneur en protéines du blé tendre." Phd thesis, INAPG (AgroParisTech), 2004. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00001262.
Full textAbstract:
L'évolution des pratiques agricoles vers des systèmes moins intensifs nécessite d'évaluer rapidement la capacité des nouvelles variétés à valoriser ces systèmes pour des conditions pédoclimatiques variées. Les expérimentations traditionnellement réalisées dans cet objectif offrent une réponse souvent partielle, car les gammes explorées sont limitées par rapport à celles rencontrées dans la pratique agricole, et trop lente par rapport au renouvellement rapide des variétés en blé tendre. Pour accélérer cette étape d'évaluation des variétés, il est possible de s'appuyer sur de nouveaux types d'outils prévisionnels. Le travail présenté ici a pour objectif d'étudier la possibilité d'utiliser un modèle de culture pour analyser et prévoir le comportement variétal, dans une gamme d'environnements variés, pour des variétés existantes ou à créer. Nous nous sommes interrogés sur les adaptations nécessaires de ces outils pour prendre en compte le comportement variétal et nous avons proposé des pistes d'évaluation de la capacité de tels outils à choisir la variété la mieux adaptée aux conditions du milieu considéré. Les concepts et formalismes développés dans les modèles de culture en font des outils a priori pertinents pour l'évaluation et la prédiction du comportement variétal, les interactions entre la culture et le milieu étant simulées. Cependant, peu d'études se sont attachées à proposer des méthodologies d'estimation des paramètres génotypiques et d'évaluation de la capacité des modèles ajustés à rendre compte du comportement variétal. A partir d'un exemple de modèle de culture, Azodyn, intégrant dans son formalisme l'élaboration du rendement et de la teneur en protéines des grains, ainsi que les différents processus d'absorption et de transfert d'azote dans le système Sol-Plante, nous avons proposé une méthodologie d'identification et d'ajustement des paramètres génotypiques des modèles de culture, ainsi que différents critères d'évaluation de la capacité de ces modèles à rendre compte du comportement variétal. Nous avons dans un premier temps identifié, parmi tous les paramètres du modèle, ceux qui variaient en fonction du génotype, à partir d'expérimentations spécifiques, des acquis de la littérature et des connaissances d'experts. Nous avons identifié trois paramètres et trois variables d'entrée du modèle, variables entre génotypes, et susceptibles de représenter des marqueurs du comportement facilement accessibles aux différents utilisateurs de variétés. Les paramètres du modèle ont été ajustés pour un ensemble de quatorze génotypes par mesure directe de la valeur du paramètre dans des expérimentations spécifiques. Les effets des différents paramètres et variables d'entrée génotypiques sur les variations de la teneur en protéines des grains et du rendement ont été estimés par une analyse de sensibilité du modèle. Cette approche nous a permis d'identifier les principaux facteurs d'adaptation des variétés aux environnements, à savoir le poids de mille grains, les précocités à montaison et à floraison, et la capacité à fabriquer un nombre de grains élevé. Aucun paramètre spécifique à la nutrition azotée n'est apparu comme déterminant des sorties. Nous avons ensuite évalué la capacité du modèle à rendre compte du comportement des différents génotypes expérimentés sur 21 environnements, variant par la nature et l'intensité de facteurs limitants du rendement. Nous avons montré que, sur la base de ce faible nombre de paramètres variétaux, il était possible de rendre compte des niveaux moyens de rendements et de teneurs en protéines des grains des différents génotypes, pour des environnements variés. Nous avons également montré que le modèle de culture était un outil pertinent de prédiction du comportement des génotypes, que l'on s'intéresse à la stabilité des différents génotypes ou à leur classement pour différentes conditions de culture.
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Gueguen, Erwan. "Étude de la thermosensibilité de transposition de la séquence d'insertion bactérienne IS911." Toulouse 3, 2006. http://www.theses.fr/2006TOU30183.
Full text
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Booij, Isabelle. "Recherche de marqueurs biochimiques en vue de la caractérisation variétale chez le palmier dattier (Phoenix dactylifera L. ), et étude de la stabilité de ces marqueurs pendant et après culture "in vitro"." Montpellier 2, 1992. http://www.theses.fr/1992MON20099.
Full textAbstract:
Une analyse de la composition chimique des fruits et du polymorphisme enzymatique de folioles de palmes a ete entreprise pour etudier la variabilite genetique chez le palmier dattier (phoenix dactylifera l. ) et evaluer celle induite par les methodes de culture in vitro. Les teneurs en eau, sels mineraux, sucres et acides amines libres des dattes ne permettent pas de distinguer les differents cultivars entre eux, mais peuvent se reveler interessants lors de l'etude de la physiologie des fruits, notamment au cours de leur maturation. La comparaison de la composition chimique de dattes recoltees sur des rejets et des vitroplants acclimates de memes cultivars n'a revele aucune difference notable pour les cultivars obtenus par bourgeonnement axillaire (bou sthammi noire, mejhool, thoory et zahidi). Cependant, les dattes mures du cultivar deglet nour, obtenues par embryogenese somatique, montrent des differences importantes de leur teneur en saccharose, acide aminobutyrique, acide glutamique, arginine et asparagine. L'etude de 15 systemes enzymatiques par electrophorese sur phast system a revele un polymorphisme intravarietal important. L'etude de 5 systemes enzymatiques permet de distinguer 69% des cultivars analyses. Les cultivars nabout seif, thoory et halawy presentent un genotype unique pour le systeme esterase. Cet outil n'a pas permis de mettre en evidence une variabilite isoenzymatique chez les vitroplants. L'analyse des plantules en cours de multiplication in vitro a permis de mettre en evidence une succession de phases de bourgeonnement et de phases de croissance. On a mis en evidence une correlation positive entre le bourgeonnement et l'activite des peroxydases
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Jullien, Laurent. "Rôle de la protéine télomérique TRF1 sur la stabilité chromosomique et la longévité des cellules normales humaines." Thesis, Montpellier 2, 2010. http://www.theses.fr/2010MON20216.
Full textAbstract:
TRF1 est une protéine télomérique essentielle pour la stabilité et la régulation de la longueur des télomères. Son expression est altérée dans de nombreux cancers humains, et son inhibition, dans un contexte p53 déficient, favorise le développement de tumeurs chez la souris. Nous montrons ici que l'inhibition de TRF1 dans les fibroblastes primaires humains conduit à une accumulation télomérique de γ-H2AX et à une activation de la voie de réponse aux dommages de l'ADN dépendante des kinases ATR/Chk1, menant rapidement les cellules vers la sénescence. En revanche, lorsque les voies p53 et pRb sont défaillantes, les cellules échappent à la sénescence. L'érosion accrue des télomères engendre alors une fragilité télomérique et une instabilité chromosomique, caractérisées par la présence de fusions entres chromatides soeurs et de signaux multi-télomériques (MTS). Un niveau élevé de MTS, associés à la présence de télomères courts, est également retrouvé après la surexpression de TRF1. Cette fragilité télomérique conduit à une extension de la capacité proliférative des cellules, due à une stabilisation de la longueur des télomères par réactivation de la télomérase. Nous proposons que la fragilité des télomères, induit par l'altération de la charge télomérique de TRF1, conduit à une instabilité chromosomique qui facilite la réactivation de la télomérase et à des anomalies chromosomiques comparables à celles retrouvées dans les tumeurs. La dérégulation de l'expression de TRF1 joueraient un rôle dans la progression tumorale des cellules p53 et pRb déficientesTRF1 is a telomere-binding protein which is essential for both telomere stability and telomere length regulation. TRF1 depletion in the context of p53 deficiency promotes tumor development in the mouse, and TRF1 expression is altered in some human cancers. We report here that inhibition of TRF1 in human primary fibroblast results in rapid induction of senescence, which is concomitant with telomeric accumulation of γ-H2AX and phosphorylation of the ATR downstream checkpoint kinase Chk1. Abrogation of p53 and pRb pathways bypasses senescence but leads to accelerated telomere shortening and early onset of chromosomal instability, including sister chromatid fusions and the occurrence of multi-telomeric signals (MTS) related to telomere fragility. MTS are also elevated in TRF1-overexpressing cells and are coincident with the presence of short telomeres. Elevated telomere fragility was associated with greater immortalization potential and resultant cells maintained their telomeres via telomerase reactivation. We propose that changes in TRF1 occupancy at telomeres lead to telomere-fragility driven chromosome instability, which facilitates the reactivation of telomerase and engenders cancer-relevant chromosomal aberrations. These events would occur at early stages of the tumor progression process in the context of an impaired p53 and pRb response