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Dissertations / Theses on the topic 'Structure 3D du génome'

Author: Grafiati

Published: 18 May 2024

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1

Varoquaux, Nelle. "Inférence de la structure tri-dimensionnelle du génome." Thesis, Paris, ENMP, 2015. http://www.theses.fr/2015ENMP0059/document.

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Abstract:

La structure de l'ADN, des chromosomes et l'organisation du génome sont des sujets fascinants du monde de la biologie. La plupart de la recherche s'est concentrée sur la structure unidimensionnelle du génome, étudiant comment les gènes et les chromosomes sont organisés, et le lien entre l'organisation unidimensionnelle et la régulation des gènes, l'épissage, la méthylation… Cependant, le génome est avant tout organisé dans un espace euclidien tridimensionnel, et cette structure 3D, bien que moins étudiée, joue elle aussi un rôle important dans la fonction génomique de la cellule. La capture de

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Grange, Stéphane. "Modélisation simplifiée 3D de l'intéraction sol-structure : application au génie parasismique." Grenoble INPG, 2008. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00306842.

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Abstract:

Dans le domaine du génie parasismique, l’Interaction du Sol avec la Structure (ISS) est un phénomène important à considérer pour espérer rendre compte du comportement réel d’une structure et donc évaluer sa vulnérabilité. Ce travail présente la construction d’un élément d’interface 3D modélisant une fondation superficielle de forme circulaire, rectangulaire ou filante reposant sur un massif de sol semi infini et permettant de prendre en compte l’ISS en considérant les non-linéarités matérielles (la plasticité du sol) et les non-linéarités géométriques (le décollement de la fondation). Basé sur

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3

Segueni, Julie. "DNA methylation changes CTCF binding and reorganizes 3D genome structure in breast cancer cells." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2024. http://www.theses.fr/2024UPASL020.

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Abstract:

Les génomes des mammifères adoptent une organisation 3D fonctionnelle où les interactions entre les enhancers et les promoteurs des gènes sont contenues à l'intérieur de domaines d'association topologique (TADs). La protéine insulatrice CTCF a deux rôles dans ce processus : sa liaison aux promoteurs permettant la formation de boucles enhancers-promoteurs (structure intra-TAD) et sa liaison aux frontières des TADs empêchant la formation de boucles ectopiques entre domaines voisins. Surtout, les perturbations de la liaison de la protéine CTCF à des sites particuliers dans des cellules cancéreuse

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4

Nader, François. "Modélisation de la rupture 3D des grains polyédriques par éléments discrets." Thesis, Lyon, 2017. http://www.theses.fr/2017LYSEI082/document.

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Abstract:

Les structures en enrochements sont parmi les ouvrages les plus usuels de génie civil (barrages, murs de soutènement,. . . ). Des tassements importants peuvent apparaître tout au long de leur durée de vie et sont principalement dus à la rupture des blocs rocheux. Cette thèse propose un modèle numérique permettant de simuler le comportement de matériaux granulaires présentant des ruptures de grains. Afin de prendre en compte la nature discontinue de ces milieux, la méthode des éléments discrets est utilisée. La modélisation adoptée est de type "Non-Smooth Contact Dynamics", où les grains et par

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N'Guessan, Cécilia. "La phosphatase PPM9 de Plasmodium : caractérisation moléculaire et fonctionnelle, structure 3D du site catalytique et découverte de nouvelles molécules antipaludiques." Thesis, Lille, 2020. http://www.theses.fr/2020LILUS033.

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Abstract:

Le paludisme est l’une des maladies infectieuses les plus répandues à travers le monde. En 2018, cette parasitose fut responsable de 405 000 morts. RTS, S/A01, le seul vaccin testé à grande échelle, ne remplit pas à ce jour tous les critères d’efficacité exigés. Plasmodium falciparum (Pf), l’espèce responsable de la plus forte mortalité, a développé des résistances contre quasi tout l’arsenal thérapeutique. Il est crucial d’approfondir nos connaissances sur la biologie de ce parasite, en vue de découvrir de nouveaux médicaments. Chez Pf, de nombreuses études ont montré que les kinases et les p

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Bouyer, Charlène. "Manipulations acoustiques de cellules pour l'ingénierie tissulaire." Thesis, Lyon 1, 2015. http://www.theses.fr/2015LYO10297/document.

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Abstract:

Manipuler génétiquement ou physiquement des cellules présente un très grand intérêt pour l'ingénierie tissulaire mais soulève encore de nombreux challenges. Les technologies actuelles pour la fabrication de tissus, comme l'assemblage de micro-gels, le remplissage de matrice 3D, le modelage ou l'impression biocompatible sont limités dans leur capacité à organiser spatialement des cellules, souffrent d'un temps de manipulation conséquent, d'effets secondaires potentiellement cytotoxiques et d'une grande complexité de mise en œuvre, empêchant leur utilisation à grande échelle. Nous nous sommes in

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Collin, Simon. "Production d'échafaudages cellulaires épais pour applications de génie tissulaire via impression 3D d'encre fugitive." Master's thesis, Université Laval, 2020. http://hdl.handle.net/20.500.11794/66706.

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Abstract:

Les travaux présentés dans ce mémoire s’inscrivent dans un projet visant à fabriquer des valves aortiques bioartificielles de remplacement pour des patients atteints de maladies cardiaques. La méthode globale étudiée consiste à produire un moule sacrificiel en sucre vitrifié produit par fabrication additive, prenant la forme d’une valve aortique et injecté avec un échafaudage cellulaire. En soumettant la valve moulée aux conditions physiologiques ressenties par une valve aortique réelle, il est espéré qu’une valve aortique fonctionnelle sera développée. Un des éléments importants dans ce procé

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Ravel, Christophe. "Structure et dynamique du génome de Leishmania (protozoa, kinetoplastida)." Montpellier 1, 1996. http://www.theses.fr/1996MON1T004.

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9

Doublet, V. "Structure et Evolution du Génome Mitochondrial des Oniscidea (Crustacea, Isopoda)." Phd thesis, Université de Poitiers, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00586370.

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Abstract:

L'ADN mitochondrial (ADNmt) des animaux est généralement constitué de molécules circulaires monomériques de ~16 kb. Cependant, parmi les rares exceptions qui ont été décrites, deux espèces d'Oniscidea Armadillidium vulgare et Porcellionides pruinosus (Crustacés Isopodes terrestres) présentent un ADNmt atypique composé de molécules monomériques linéaires de ~14 kb associées à des dimères circulaires et palindromiques de ~28 kb. Afin de connaître plus en détail sa structure, l'ADNmt atypique d'A. vulgare a été séquencé. Il contient bien les 13 gènes codants pour des protéines et les deux sous un

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Doublet, Vincent. "Structure et évolution du génome mitochondrial des Oniscidea (Crustacea, Isopoda)." Poitiers, 2010. http://theses.edel.univ-poitiers/theses/2010/Doublet-Vincent/2010-Doublet-Vincent-These.pdf.

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Abstract:

L'ADN mitochondrial (ADNmt) des animaux est généralement constitué de molécules circulaires monomériques de ~16 kb. Cependant, parmi les rares exceptions qui ont été décrites, deux espèces d’Oniscidea Armadillidium vulgare et Porcellionides pruinosus (Crustacés Isopodes terrestres) présentent un ADNmt atypique composé de molécules monomériques linéaires de ~14 kb associées à des dimères circulaires et palindromiques de ~28 kb. Afin de connaître plus en détail sa structure, l'ADNmt atypique d'A. Vulgare a été séquencé. Il contient bien les 13 gènes codants pour des protéines et les deux sous un

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Gobin, Stéphanie. "Caractérisation de la structure et de l'expression du gène humain de la carnitine palmitoyltransferase 1A (CPT1A) : contribution à l'analyse moléculaire et fonctionnelle des patients déficitaires." Paris 5, 2003. http://www.theses.fr/2003PA05N094.

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Abstract:

La première partie du travail a porté sur la caractérisation de la structure du gène humain de la carnitine palmytoytransférase 1A, qui code une enzyme impliquée dans le transport des acides gras à chaine longue dans la matrice mitochondriale. Ce travail a permis d'effectuer l'analyse moléculaire de 6 patients déficitaires et d'identifier chez eux 10 mutations. La seconde partie du travail a consisté à faire la validation fonctionnelle des 5 mutations faux-sens préalablement identifiées dans un système d'expression hétérologue. Les résultats de cette étude et la localisation des résidus mutés

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Martinez, Pascal. "Structure, évolution et expression anaérobique du gène nucléaire de la glycéraldéhyde-3-phosphate déshydrogénase cytosolique de Zea mays." Grenoble 1, 1989. http://www.theses.fr/1989GRE10020.

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Brinkmann, Henner. "Structure primaire et évolution des glycéraldéhyde-3-phosphate déshydrogénases cytosoliques et chloroplastiques de deux plantes supérieures (Pisum sativum et Zea mays)." Grenoble 1, 1989. http://www.theses.fr/1989GRE10068.

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Rochette, Félix. "Codage robuste d'un patron de lumière structurée pour la capture 3D de scènes dynamiques." Thesis, Université Laval, 2012. http://www.theses.ulaval.ca/2012/28388/28388.pdf.

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Paradis, Nicolas. "Segmentation d'un patron de lumière structurée : vision 3D active et codée utilisant la lumière blanche." Thesis, Université Laval, 2011. http://www.theses.ulaval.ca/2011/27778/27778.pdf.

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Toulemonde-Darré, Fleur. "Structure, évolution et expression des gènes "chimériques" spécifiques des Primates." Nice, 2007. https://theses.hal.science/tel-00170281.

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Abstract:

Les processus de l’évolution des génomes, particulièrement des génomes de primates, font l’objet de cette thèse. Ont été ainsi creusées les questions de la conservation ou non de séquences nucléiques de précurseurs peptidiques dans la lignée des primates, et de la mise en place, de l’évolution et de l’expression de deux familles de gènes spécifiques des primates. Brassages d’exons, rétrotransposition, duplications… sont impliqués dans la création de nouveaux gènes. L’étude de la création et des premiers temps d’un gène nécessite la mise en évidence de gènes récents, ayant conservé les caractér

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Hor, Boramy. "Évaluation et réduction des conséquences des mouvements de terrains sur le bâti : approches expérimentale et numérique." Phd thesis, INSA de Lyon, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00737787.

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Abstract:

L'instabilité des cavités souterraines (mines, carrières, tunnels,...) peut induire les mouvements de terrains d'amplitude suffisante pour endommager les bâtiments et les infrastructures en surface. Les méthodes traditionnelles, utilisées dans les pratiques d'ingénieur pour prévoir les déformations dans les structures, sont basées sur les caractéristiques des mouvements de terrain en condition de terrain vierge sans prendre en compte l'effet de la présence des structures en surface. L'objectif de cette thèse est de prédire les déformations des ouvrages en tenant compte de l'influence de l'inte

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Terrone, Sophie. "Connexion entre organisation 3D du génome et épissage alternatif médiée par les hélicases DDX5 et DDX17." Thesis, Lyon, 2019. https://n2t.net/ark:/47881/m6n015wq.

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Abstract:

L'épissage alternatif est le mécanisme permettant la production de plusieurs isoformes d'ARNs messagers à partir du même gène. La majorité des gènes humains sont concernés par ce processus. Epissage et transcription étant simultanés, les deux processus sont co-régulés. Plusieurs études récentes ont proposé que l'organisation tridimensionnelle du génome, qui régule la transcription, pourrait également moduler l'épissage. DDX5 et DDX17 sont deux hélicases à ARN impliquées dans plusieurs étapes de la biogenèse et de la maturation des ARNs, y compris la transcription et l'épissage. Des travaux de

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Zaworski, Julie. "Deinococcus geothermalis genome scale structure study to design and engineer heterologous metabolic pathways." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017SACLE031.

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Abstract:

Deinococcus geothermalis est un organisme non-model intéressant pour les bio-productions de part sa résistance extrême et ses capacités de fermentation partant de diverses sources de carbone. Cependant les outils d’ingénierie permettant une fine maîtrise des voix métaboliques restent limités pour cet organisme. Le but de ce travail de thèse, est d’essayer de surpasser cet obstacle à travers l’observation des motifs génétiques et de leur organisation. L’analyses de ces motifs a été menée via deux approches. La première est l’étude de l’impact de la position dans le génome sur l’expression d’une

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Wei, Yichen. "3D structure computation from multiple views /." View abstract or full-text, 2006. http://library.ust.hk/cgi/db/thesis.pl?COMP%202006%20WEI.

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Arceneaux, Donald J. "A 3D Printed Polycaprolactone Honeycomb Structure." Thesis, University of Louisiana at Lafayette, 2018. http://pqdtopen.proquest.com/#viewpdf?dispub=10640968.

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Abstract:

<p> The application of sophisticated geometric structures within future host materials for increasing energy absorption and compression strength, while being fabricated from crack-healing materials, is of high interest for many functions. Raw feedstock extrusion and three-dimensional printing (3DP) technology were used to develop precise honeycomb structures through intricate deposition of polycaprolactone (PCL) filament. For standardization purposes during 3D model slicing and print quality consistency, constant wall thickness was used for honeycomb structure fabrication, manipulating only th

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Burt, Andrew Philip. "New 3D measurements of forest structure." Thesis, University College London (University of London), 2017. http://discovery.ucl.ac.uk/1575534/.

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Abstract:

Regular assessment of the state and change of the world’s forests is essential because of the range of climate and ecosystem services they provide. Earth observation efforts responsible for monitoring the above-ground biomass (AGB) of the world’s forests, a frequently used proxy for forest state, rely on calibration from a network of field plots. In lieu of impracticable direct measurement of AGB at these plots, estimates are ob- tained through empirical allometric correlations that relate simple measurements of tree structure, to mass. Throughout tropical forest, few pan-tropical allometric m

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Dadon, Daniel Benjamin. "3D chromosome structure and chromatin proteomics." Thesis, Massachusetts Institute of Technology, 2016. http://hdl.handle.net/1721.1/104174.

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Abstract:

Thesis: Ph. D., Massachusetts Institute of Technology, Department of Biology, 2016.<br>Cataloged from PDF version of thesis. "May 2016."<br>Includes bibliographical references.<br>The selective interpretation of the genome through transcription enables the production of every cell type's distinct gene expression program from a common genome. Transcription takes place within, and is controlled by, highly organized three-dimensional (3D) chromosome structures. The first part of the work presented here describes the generation of 3D chromosome regulatory landscape maps of human naive and primed e

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Dinda, Stephen B. "Predicting RNA Mutation Using 3D Structure." Bowling Green State University / OhioLINK, 2011. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=bgsu1321280932.

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Lema, Amado Rafael. "Comprehensive study of 3D chromatin structure." Doctoral thesis, Universitat de Barcelona, 2020. http://hdl.handle.net/10803/672188.

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Abstract:

The connection between DNA folding and chromatin conformation has been much studied but the relation between the modulation of chromatin conformation and biological processes such as DNA damage, cell differentiation and DNA replication, still remains unclear. To better understand these mechanisms, an interdisciplinary study combining several technologies is required to provide an integrative view of what happens from the level of nucleosome interactions up to whole genome organisation. In this thesis, we aimed to set up chromatin conformation methodologies such as Hi-C and Micro-C to analys

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LIVESU, MARCO. "Understanding the Structure of 3D Shapes." Doctoral thesis, Università degli Studi di Cagliari, 2014. http://hdl.handle.net/11584/266500.

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Abstract:

Compact representations of three dimensional objects are very often used in computer graphics to create effective ways to analyse, manipulate and transmit 3D models. Their ability to abstract from the concrete shapes and expose their structure is important in a number of applications, spanning from computer animation, to medicine, to physical simulations. This thesis will investigate new methods for the generation of compact shape representations. In the first part, the problem of computing optimal PolyCube base complexes will be considered. PolyCubes are orthogonal polyhedra used in c

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Ben, Kahla Alia (1973. "Contribution au développement de méthodes biomathématique et bioinformatique pour l'analyse de la structure des génomes." Aix-Marseille 1, 2001. http://www.theses.fr/2001AIX11007.

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Abstract:

Cette these est une contribution au developpement de methodes biomathematiques et bioinformatiques pour l'etude de la structure des genomes. Cinq etudes ont ete entreprises ; elles se basent sur des genomes complets et sont pour la plupart, des analyses a grande echelle de tableaux de donnees. Pour chacune d'elle, des tests statistiques ont ete utilises pour evaluer la significativite des resultats. Deux des etudes sont des applications a la genomique fonctionnelle, l'une utilisant des donnees du transcriptome (analyse de co-expression) et l'autre utilisant la genomique comparative (analyse de

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David, Gabriel. "Structure et dynamique du cytoplasme auto-organisé : exemple par la ségrégation du génome bactérien." Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTS098.

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Abstract:

Les organismes cellulaires apparaissent organisés. Les bactéries utilisent des compartiments sans membrane pour confiner les réactions chimiques dans l'espace et le temps. Il existe un paradigme général de l'auto-organisation de l'espace intracellulaire qui distingue les auto-assemblages, structures moléculaires assemblées par des mécanismes passifs de transition de phase, et les structures dissipatives, engendrés par exemple par des processus de réaction-diffusion. Si les auto-assemblages correspondent à l'évolution vers l'équilibre thermodynamique, les structures dissipatives sont des manife

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Lacasa, Michel. "Le virus herpétique du poisson-chat : structure et clonage du génome, transcription in vivo." Paris 6, 1986. http://www.theses.fr/1986PA066233.

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30

Raheja, Jagdish Lal. "Recognition of 3D settlement structure for generalization." [S.l. : s.n.], 2005. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=974167223.

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Nordström, Rickard. "3DPOPS : From carbohydrate sequence to 3D structure." Thesis, University of Skövde, Department of Computer Science, 2002. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:his:diva-713.

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Abstract:

<p>In this project a web-based system called 3DPOPS have been designed, developed and implemented. The system creates initial 3D structures of oligosaccharides according to user input data and is intended to be integrated with an automatized 3D prediction system for saccharides. The web interface uses a novel approach with a dynamically updated graphical representation of the input carbohydrate. The interface is embedded in a web page as a Java applet. Both expert and novice users needs are met by informative messages, a familiar concept and a dynamically updated graphical user interface in wh

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Wall, Mostyn Leonard Thomas. "3D seismic analysis of the Silverpit structure." Thesis, Cardiff University, 2008. http://orca.cf.ac.uk/55061/.

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Abstract:

This thesis uses industry 3D seismic reflection datasets to investigate the Silverpit structure, a proposed impact crater located in the southern North Sea, UK. The principal aim of this thesis is to investigate the origin of the Silverpit structure. Research has focused on constraining the age of the Silverpit structure, investigation into regional magmatic activity in the southern North Sea study area and structural analysis of the Silverpit structure. The Silverpit structure is a multi-ringed circular structure 20 km in diameter found within Cretaceous and Eocene age marine sediments. The S

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Sun, Lawrence (Lawrence J. ). "Inference of 3D structure of diploid chromosomes." Thesis, Massachusetts Institute of Technology, 2018. http://hdl.handle.net/1721.1/119570.

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Abstract:

Thesis: M. Eng., Massachusetts Institute of Technology, Department of Electrical Engineering and Computer Science, 2018.<br>This electronic version was submitted by the student author. The certified thesis is available in the Institute Archives and Special Collections.<br>Cataloged from student-submitted PDF version of thesis.<br>Includes bibliographical references (pages 61-62).<br>The spatial organization of DNA in the cell nucleus plays an important role for gene regulation, DNA replication, and genomic integrity. Through the development of chromosome capture experiments (such as 3C, 4C, H

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Clift, Louis G. "Robotic 3D reconstruction utilising structure from motion." Thesis, University of Essex, 2017. http://repository.essex.ac.uk/20734/.

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Abstract:

Sensing the real-world is a well-established and continual problem in the field of robotics. Investigations into autonomous aerial and underwater vehicles have extended this challenge into sensing, mapping and localising in three dimensions. This thesis seeks to understand and tackle the challenges of recovering 3D information from an environment using vision alone. There is a well-established literature on the principles of doing this, and some impressive demonstrations; but this thesis explores the practicality of doing vision-based 3D reconstruction using multiple, mobile robotic platforms,

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Stombaugh, Jesse. "Predicting the Structure of RNA 3D Motifs." Bowling Green State University / OhioLINK, 2008. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=bgsu1225391806.

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Xue, Boyu. "3D Printed Lattice Structure for Driveline Applications." Thesis, KTH, Materialvetenskap, 2021. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-299270.

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Abstract:

Lattice structures have received a lot of attention as cellular materials in recent years because of their outstanding properties, such as high strength-to-weight ratio, heat transfer, energy absorption, and capability of improving noise, vibration and harshness (NVH) behavior. This type of structure received a boost from additive manufacturing (AM) technology, which can fabricate geometries in practically any shape. Due to economic and environmental requirements, lightweight design is increasingly used in automobile and construction equipment applications. NVH behavior is a crucial issue for

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Sabir, Kenneth Spencer. "Visual Analytics Of 3D Macro Molecular Structure." Thesis, The University of Sydney, 2018. http://hdl.handle.net/2123/18860.

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Abstract:

Currently, molecular biology research is dominated by the rapid advances in DNA sequencing and related technologies. However, interpreting these data, and gaining insight into underlying molecular processes, remains challenging. Of the many strategies being pursued in this effort to understand the biomolecular machinery of life, one of the most enduring involves considering three-dimensional structure. Increasingly, experimental data is providing information on this 3D structure and dynamics of chromosomes in living cells –– these data, in turn, promise new insight into fundamental genomic pro

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Gignac, Isabelle. "Protéomique structurale de Methanobacterium thermoautotrophicum; structure et fonction d'une protéine classifiée préservée dans le génome." Thesis, Université Laval, 2004. http://www.theses.ulaval.ca/2004/21738/21738.pdf.

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Abstract:

La fonction d’une protéine est ultimement déterminée par sa structure tridimensionnelle. La compréhension complète de la fonction d’une protéine implique donc la connaissance de sa structure. Le grand nombre de projet de séquençage de génome résulte en plusieurs dizaines de milliers de séquences de protéines pour lesquelles il n’existe aucune information fonctionnelle. La protéomique structurale implique l’étude de la structure tridimensionnelle de toutes les protéines d’un protéome. Comme la détermination de la structure d’une protéine est un processus laborieux, la protéomique structural

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Cornu, François. "Etude de la structure primaire de l'oncogène c-kit." Paris 5, 1989. http://www.theses.fr/1989PA05P001.

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Bulteau, Laurent. "Ordres et désordres dans l'algorithmique du génome." Phd thesis, Université de Nantes, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00906929.

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Abstract:

Dans cette thèse, nous explorons la complexité algorithmique de plusieurs problèmes issus de la génomique comparative, et nous apportons des solutions à certains de ces problèmes sous la forme d'algorithmes d'approximation ou paramétrés. Le dénominateur commun aux problèmes soulevés est la mise en commun d'informations génomiques provenant de plusieurs espèces dans le but de tirer des conclusions pertinentes pour l'étude de ces espèces. Les problèmes de tri par transpositions et de tri par inversions pré xes permettent de retrouver l'histoire évolutive des deux espèces. Les problèmes de distan

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Pulicani, Sylvain. "Lien entre les réarrangements chromosomiques et la structure de la chromatine chez la Drosophile." Thesis, Montpellier, 2018. http://www.theses.fr/2018MONTS105/document.

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Abstract:

Entre espèces, les génomes présentent des différences dans leur organisation, que ce soit au niveau du caryotype ou de l'ordre des gènes. Ceci reste vrai même entre espèces relativement proches comme l'humain et la souris, et est du aux réarrangements chromosomiques. Reconstruire l'histoire évolutive d'une lignée revient donc à déterminer des scénarios de réarrangements qui transforment un génome actuel en un autre. Le génome ancestral se trouve alors être l'un des états intermédiaires atteint par l'un de ces scénarios.Les réarrangements chromosomiques sont des évènements biologiques violents

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Reinharz, Vladimir. "Towards 3D structure prediction of large RNA molecules: an integer programming framework to insert local 3D motifs in secondary structure." Thesis, McGill University, 2013. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=114361.

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Abstract:

The prediction of RNA three-dimensional structures from its sequence only is a milestone to RNA function analysis and prediction. In recent years, many methods addressed this challenge, ranging from cycle decomposition and fragment assembly to molecular dynamics simulations. However, their predictions remain fragile and limited to small RNAs. In this work, we introduce RNA-MoIP, a new framework incorporating the novel local motif information available in databases for the prediction of RNA structures. We show that our approach (i) improves the accuracy of canonical base pair predictions, (ii)

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Gouilloud, Évelyne. "Structure et expression d'un gène d'ARN de transfert tyrosine isolé dans le génome de X. Laevis." Paris 11, 1985. http://www.theses.fr/1985PA112271.

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Abstract:

Deux types de gènes de tRNA tyrosine ont été isolés dans le génome de X. Laevis. Le premier (TyrC) est groupé avec 7 autres gènes de tRNA sur un fragment de 3. 18 kb répété 150X en tandem à un locus chromosomique unique. L’autre (TyrD), présenté dans cette thèse a été isolé à partir d’une banque de DNA génomique de X. Laevis. Il se trouve sur un fragment de 9. 4 kb présent à 1-3 copies par génome haploïde. Le gène TyrD a été séquencé, transcrit in vitro, et son produit analysé par fingerprinting. Les deux gènes ont des séquences adjacentes en 3’ et en 5’ différentes, des introns avec une homol

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Fidjestøl, Svein. "Effective Quantification of the Paper Surface 3D Structure." Thesis, Norwegian University of Science and Technology, Department of Computer and Information Science, 2005. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:no:ntnu:diva-9208.

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Abstract:

<p>This thesis covers the topic of image processing in relation to the segmentation and analysis of pores protruding the surface in the three dimensional surface structure of paper. The successful analysis of pores is related to a greater goal of relating such an analysis to the perceived quality of the surface of a paper sample. The first part of the thesis gives an introduction to the context of image processing in relation to paper research. Also, an overview of the image processing framework used for image processing plugin development, ImageJ, is provided, together with the current statu

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Chu, Chen. "Design synthesis for morphing 3D meso-scale structure." Thesis, Georgia Institute of Technology, 2009. http://hdl.handle.net/1853/34676.

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Abstract:

Rapid prototyping (RP) can be used to make complex shapes with very little or even no constraint on the form of the parts. New design methods are needed for parts that can take advantage of the unique capabilities of RP. Although current synthesis methods can successfully solve simple design problems, practical applications with thousands to millions elements are prohibitive to generate solution for. Two factors are considered. One is the number of design variables; the other is the optimization method. To reduce the number of design variables, parametric approach is introduced. Control diamet

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AndÅ, Hiroshi. "Dynamic reconstruction and integration of 3D structure information." Thesis, Massachusetts Institute of Technology, 1993. http://hdl.handle.net/1721.1/12360.

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Picart, Picolo Ariadna. "L'importance du nucléole et des gènes d'ARN ribosomique 45S dans l'organisation 3D et la stabilité du génome chez Arabidopsis thaliana." Thesis, Perpignan, 2019. http://www.theses.fr/2019PERP0025/document.

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Abstract:

Le nucléole est le site de biogenèse des ribosomes, qui commence par la transcription des gènes d’ARN ribosomique (ARNr). Cependant, le nucléole est également impliqué dans d'autres processus cellulaires, comme l’organisation 3D du génome. Ainsi, des régions génomiques appelées NADs pour Nucleolus-Associated chromatin Domains, ont été identifiées dans des cellules animales et végétales. Ces régions sont surtout hétérochromatiques et les gènes associés ont tendance a être peu ou pas transcrits. Un des objectifs de ma thèse a été d’étudier l’implication du nucléole dans l’organisation de la chro

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Lepers, Sandra. "Etude de la diversité génétique et de la structure du génome des vanilliers cultivés en Polynésie française." Paris 11, 2010. http://www.theses.fr/2010PA112319.

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Abstract:

Le vanillier a été importé en Polynésie française au XIXème siècle et multiplié par voie végétative mais les plants cultivés aujourd'hui sont différents des vanilliers supposés avoir été introduits (Vanilla planifolia G. Jacskon, Vanilla pompona Schiede). Dans le cadre du développement de la culture de la vanille en Polynésie et notamment la mise en place d'une Appellation d'Origine « Vanille de Tahiti» il est devenu primordial de définir l'origine du vanillier tahitien et de déterminer si la diversité morphologique observée est liée à une diversité génétique et quels ont pu être les mécanisme

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Jubier-Maurin, Véronique. "Structure et évolution de la famille L1 de longues séquences répétées dispersées du génome de la souris." Montpellier 2, 1989. http://www.theses.fr/1989MON20167.

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Abstract:

Chez la souris, une seule famille de longues sequences repetees a ete bien caracterisee: la famille l1. Les donnees actuelle suggerent que la dispersion des elements l1 ait eu lieu par retrotransposition, a partir des transcrits des copies progenitrices completes. Nous avons compare son organisation dans plusieurs especes apparentees. Deux mecanismes, la conversion et la retrotransposition, pourraient intervenir dans l'evolution concertee des repetitions l1. Des etudes prealables ont montre que plusieurs elements l1 complets possedent en 5 differents motifs repetes en tandem, a ou f. Leur sequ

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Hashemi, Beni Leila. "Development of a 3D Kinetic Data Structure adapted for a 3D Spatial Dynamic Field Simulation." Thesis, Université Laval, 2009. http://www.theses.ulaval.ca/2009/26532/26532.pdf.

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Abstract:

Les systèmes d'information géographique (SIG) sont employés couramment pour la représentation, la gestion et l'analyse des données spatiales dans un grand nombre de disciplines, notamment les sciences de la terre, l'agriculture, la sylviculture, la météorologie, l'océanographie et plusieurs autres. Plus particulièrement, les géoscientifiques utilisent de plus en plus ces outils pour l'intégration et la gestion de données dans différents types d'applications environnementales, allant de la gestion des ressources en eau à l'étude du réchauffement climatique. Au delà de ces possibilités, les géos

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