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Dissertations / Theses on the topic 'Structure 3D protéine'

Author: Grafiati
Published: 21 September 2024

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Woźnicka-Misăilă, Aleksandra. "An investigation and characterization of different ADP/ATP Carrier homologs." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016GREAV011/document.

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Abstract:
L'objectif principal de ce projet de thèse était d'obtenir de nouvelles données structurales sur les transporteurs ADP/ATP mitochondriaux et de développer des outils pour les approches de micro- et nano-cristallographie appliquées à la biologie structurale des protéines membranaires.Le rôle principal du transporteur ADP/ATP (AAC) est d'importer et d'exporter respectivement de l’ADP3- et l’ATP4- à travers la membrane mitochondriale interne, entre l'espace intermembranaire et la matrice. AAC est le transporteur mitochondrial le mieux caractérisé de toute cette famille de protéines. De nombreuses
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Dos, Santos Morais Raphael. "Interaction dystrophine-membrane : structure 3D de fragments de la dystrophine en présence de phospholipides." Thesis, Rennes 1, 2017. http://www.theses.fr/2017REN1B062/document.

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Abstract:
La dystrophine est une grande protéine membranaire périphérique qui assure un rôle de soutien du sarcolemme permettant aux cellules musculaires de résister aux stress mécaniques engendrés lors des processus de contraction/élongation. Des mutations génétiques conduisent à sa production sous forme tronquée voire à un déficit total en protéine engendrant de sévères myopathies actuellement incurables. Concevoir des thérapies adaptées passe par une meilleure compréhension du rôle biologique de la dystrophine. Par une approche structure/fonction, notre objectif est de déterminer les bases moléculair
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Touré, Océane. "Approche biocatalytique pour la synthèse de lactames." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2024. http://www.theses.fr/2024UPASF027.

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Abstract:
La biotechnologie est maintenant bien établie dans le paysage de l'industrie chimique. Dans le domaine de la biocatalyse, il existe de nombreux exemples de mise en oeuvre réussie d'étapes enzymatiques dans des procédés de synthèse ou de développement de voies enzymatiques complètes, en particulier dans l'industrie pharmaceutique.Les lactames sont des composés qui se retrouvent dans de nombreux produits naturels et synthétiques, tels que les ingrédients pharmaceutiques actifs (API) et sont des précurseurs dans la chimie des polymères. Pour accéder aux lactames à partir de squelettes simples d'a
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Hoffmann, Brice. "Développement d'approches de chémogénomique pour la prédiction des interactions protéine - ligand." Phd thesis, École Nationale Supérieure des Mines de Paris, 2011. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00679718.

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Abstract:
Cette thèse porte sur le développement de méthodes bioinformatiques permettant la prédiction des interactions protéine - ligand. L'approche employée est d'utiliser le partage entre protéines, des informations connues, à la fois sur les protéines et sur les ligands, afin d'améliorer la prédiction de ces interactions. Les méthodes proposées appartiennent aux méthodes dites de chémogénomique. La première contribution de cette thèse est le développement d'une méthode d'apprentissage statistique pour la prédiction des interactions protéines - ligands par famille. Elle est illustrée dans le cas des
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Segueni, Julie. "DNA methylation changes CTCF binding and reorganizes 3D genome structure in breast cancer cells." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2024. http://www.theses.fr/2024UPASL020.

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Abstract:
Les génomes des mammifères adoptent une organisation 3D fonctionnelle où les interactions entre les enhancers et les promoteurs des gènes sont contenues à l'intérieur de domaines d'association topologique (TADs). La protéine insulatrice CTCF a deux rôles dans ce processus : sa liaison aux promoteurs permettant la formation de boucles enhancers-promoteurs (structure intra-TAD) et sa liaison aux frontières des TADs empêchant la formation de boucles ectopiques entre domaines voisins. Surtout, les perturbations de la liaison de la protéine CTCF à des sites particuliers dans des cellules cancéreuse
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Bragantini, Benoît. "Caractérisation structurale et fonctionnelle de la protéine Bcd1, impliquée dans la biogenèse des snoRNP à boîtes C/D chez la levure Saccharomyces cerevisiae." Thesis, Université de Lorraine, 2016. http://www.theses.fr/2016LORR0295/document.

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Abstract:
La protéine Bcd1 est un facteur nucléaire essentiel à la viabilité cellulaire de la levure Saccharomyces cerevisiae. Il est décrit comme requis pour assurer la stabilité des snoRNA à boîtes C/D. Ces petits ARN non codants s’assemblent à un jeu de 4 protéines invariables pour former les snoRNP à boîtes C/D qui sont des acteurs cruciaux de la biogenèse des ribosomes. En effet, quelques-unes de ces particules participent aux mécanismes assurant la maturation du précurseur des ARN ribosomiques et la grande majorité des autres particules sont des catalyseurs de la modification par 2’-O-méthylation
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Dhifli, Wajdi. "Topological and domain Knowledge-based subgraph mining : application on protein 3D-structures." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00946989.

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Abstract:
This thesis is in the intersection of two proliferating research fields, namely data mining and bioinformatics. With the emergence of graph data in the last few years, many efforts have been devoted to mining frequent subgraphs from graph databases. Yet, the number of discovered frequentsubgraphs is usually exponential, mainly because of the combinatorial nature of graphs. Many frequent subgraphs are irrelevant because they are redundant or just useless for the user. Besides, their high number may hinder and even makes further explorations unfeasible. Redundancy in frequent subgraphs is mainly
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Delavoie, Franck. "Formation, cristallogenèse et détermination de la structure tridimensionnelle, d'un dérivé phosphorylé covalent stable, de l'ATPase-Ca2+ du réticulum sarcoplasmique." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2003. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00364640.

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Abstract:
Un dérivé phosphorylé covalent stable de la Ca-ATPase du réticulum sarcoplasmique est obtenu à partir de la protéine modifiée par le FITC. Nous avons produit de façon reproductible, des cristaux de type tubulaire de ce dérivé phosphorylé cuvaient stable, à partir de vésicules de réticulum sarcoplasmique natives. Après un traitement d'image de clichés de cryomicroscopie électronique, nous avons calculé la première structure tridimensionnelle d'un dérivé phosphorylé covalent stable d'une ATPase de type P à 8À de résolution. La comparaison de cette nouvelle structure avec les autres structures ex
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Dhifli, Wajdi. "Fouille de Sous-graphes Basée sur la Topologie et la Connaissance du Domaine: Application sur les Structures 3D de Protéines." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00922209.

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Abstract:
Cette thèse est à l'intersection de deux domaines de recherche en plein expansion, à savoir la fouille de données et la bio-informatique. Avec l'émergence des bases de graphes au cours des dernières années, de nombreux efforts ont été consacrés à la fouille des sous-graphes fréquents. Mais le nombre de sous-graphes fréquents découverts est exponentiel, cela est due principalement à la nature combinatoire des graphes. Beaucoup de sous-graphes fréquents ne sont pas pertinents parce qu'ils sont redondants ou tout simplement inutiles pour l'utilisateur. En outre, leur nombre élevé peut nuire ou mê
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Rolland, Nicolas. "Étude chez la levure Saccharomyces cerevisiae des relations entre la structure du petit ARN nucléolaire U3, ses interactions avec les protéines de la particule nucléolaire snoRNP U3 et sa fonction dans la biogenèse des ribosomes." Thesis, Université de Lorraine, 2012. http://www.theses.fr/2012LORR0317.

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Abstract:
Le snoRNA U3 contient deux motifs conservés C'/D et de B/C qui permettent de recruter les protéines constitutives de la snoRNP U3. La liaison de la protéine Snu13p/15.5 kD à chacun de ces motifs est un préalable pour le recrutement des 4 autres protéines, à savoir : Nop1p, Nop56p et Nop58p sur le motif C'/D et de Rrp9p, une protéine spécifique du snoRNA U3, sur le motif B/C. Nous avons utilisé la structure 3D connue d'une protéine humaine contenant 7 motifs WD-40 et des méthodes de modélisation moléculaire pour proposer un modèle de structure 3D de Rrp9p. En parallèle, nous avons identifié les
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Guilhot-Gaudeffroy, Adrien. "Modélisation et score de complexes protéine-ARN." Thesis, Paris 11, 2014. http://www.theses.fr/2014PA112228/document.

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Abstract:
Cette thèse présente des résultats dans le domaine de la prédiction d’interactions protéine-ARN. C’est un domaine de recherche très actif, pour lequel la communauté internationale organise régulièrement des compétitions pour évaluer différentes techniques de prédictions in silico d’interactions protéine-protéine et protéine-ARN sur des données benchmarks (CAPRI, Critical Assessment of PRedictedInteractions), par prédiction en aveugle et en temps limité. Dans ce cadre, de nombreuses approches reposant sur des techniques d’apprentissage supervisé ont récemment obtenus de très bons résultats.Nos
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Faure, Guilhem. "Prédictions de structures 3D des complexes macromoléculaires." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066490.

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Abstract:
Prédire comment les protéines s'assemblent constitue un enjeu majeur pour palier aux difficultés inhérentes à la résolution expérimentale des structures de complexes. Au cours de l'évolution, les surfaces des protéines ont été soumises à de multiples pressions de sélection assurant le maintient des interactions entre partenaires. Une des stratégies pour prédire la structure des complexes consiste à analyser les empreintes évolutives que les interactions ont laissées à la surface des partenaires. J’ai modélisé la structure du complexe protéique Xrcc4/Cernunnos en suivant ce principe. Un an plus
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Moniot, Antoine. "Modélisation 3D de complexes ARN-protéine par assemblage combinatoire de fragments structuraux." Electronic Thesis or Diss., Université de Lorraine, 2022. http://www.theses.fr/2022LORR0339.

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Abstract:
La caractérisation des complexes ARN-protéine à l'échelle atomique nous permet de mieux comprendre les fonctions de ces complexes, et de définir des cibles thérapeutiques pour réguler les phénomènes biologiques auxquels ils participent. L'objet de cette thèse est de développer des outils permettant de prédire la structure d'un complexe protéine-ARN lorsque l'on connaît une structure 3D de la protéine ainsi que la structure secondaire de la partie d'ARN en interaction. Nous nous concentrons sur le cas où l'ARN est principalement sous forme simple brin (nucléotides non appariés), posant la diffi
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Sekhi, Ikram. "Développement d'un alphabet structural intégrant la flexibilité des structures protéiques." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2018. http://www.theses.fr/2018USPCC084/document.

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Abstract:
L’objectif de cette thèse est de proposer un Alphabet Structural (AS) permettant une caractérisation fine et précise des structures tridimensionnelles (3D) des protéines, à l’aide des chaînes de Markov cachées (HMM) qui permettent de prendre en compte la logique issue de l’enchaînement des fragments structuraux en intégrant l’augmentation des conformations 3D des structures protéiques désormais disponibles dans la banque de données de la Protein Data Bank (PDB). Nous proposons dans cette thèse un nouvel alphabet, améliorant l’alphabet structural HMM-SA27,appelé SAFlex (Structural Alphabet Flex
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Jambon, Martin. "Un système bioinformatique de recherche de similitudes fonctionnelles dans les structures 3D de protéines." Lyon 1, 2003. http://www.theses.fr/2003LYO10075.

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Abstract:
SuMo est un système bioinformatique de comparaison de structure 3D de protéines. Le but de cette approche est de faciliter l'exploration des données structurales par les biologistes et la formulation h'ypothèses fines sur l'implication biologique des protéines. Contrairement aux approches existantes dans ce domaine, SuMo ne s'attache pas à résoudre un problème formel dérivant d'une modélisation de la notion de fonction biologiqie. Ceci autorise des efforts constants de développement de l'heuristique mise en oeuvre, permettant de se rapprocher des notions intuitives de fonction biologique plutô
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Do, Viet Phuong. "Développement et applications de méthodes bioinformatiques pour l'identification des répétitions en tandem dans les structures des protéines." Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT072.

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Abstract:
Les structures protéiques peuvent être divisées en répétitives et apériodiques, les structures apériodiques correspondant pour la plupart à des protéines globulaires. Les protéines répétitives (PRs) contiennent des unités de répétitions adjacentes, appelées séquences répétées en tandem (TRs). Les PRs sont abondantes et ont une importance fonctionnelle fondamentale. De plus de nombreuses études ont démontré l'implication des TRs dans les pathologies humaines. Ainsi, la découverte des PRs et la compréhension de leur relation séquence-structure-fonction, offrent des perspectives de recherche prom
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Dhondge, Hrishikesh. "Structural characterization of RNA binding to RNA recognition motif (RRM) domains using data integration, 3D modeling and molecular dynamic simulation." Electronic Thesis or Diss., Université de Lorraine, 2023. http://www.theses.fr/2023LORR0103.

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Abstract:
Cette thèse a été réalisée dans le cadre d'un projet Européen plus vaste (ITN RNAct) dans lequel des approches informatiques et biologiques étaient combinées pour progresser vers la synthèse de nouveaux domaines protéiques capables de se fixer sur des séquences spécifiques d'ARN. L'objectif spécifique de cette thèse était de concevoir et développer des outils informatiques pour mieux exploiter les connaissances existantes sur les domaines à Motif de Reconnaissance de l'ARN (RRM) lors de la modélisation 3D des complexes RRM-ARN. Les domaines RRMs représentent 50% de toutes les protéines fixant
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Devillé, Julie. "Etude structurale des cassures d'hélices et son application à la modélisation des récepteurs couplés aux protéines G (RCPG)." Phd thesis, Université d'Angers, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00346950.

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Abstract:
Nos récepteurs d'intérêt, les récepteurs à l'angiotensine AT1 et AT2, appartiennent à la classe A de la grande famille des récepteurs couplés aux protéines G (RCPG). Jusqu'à très récemment, la rhodopsine bovine était le seul RCPG dont la structure cristallographique était résolue. La structure de la rhodopsine est employée couramment comme modèle en modélisation par homologie des RCPG de classe A. La structure de la rhodopsine est constituée de sept hélices transmembranaires. La plupart de ces hélices ne sont pas droites, mais cassées ou incurvées. Pour comprendre quels sont les motifs structu
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Matar, Merheb Rachel Rima. "Caractérisation d’une nouvelle génération de détergents stabilisateurs des transporteurs abc en solution : cristallisation de BmrA, transporteur ABC bactérien." Thesis, Lyon 1, 2010. http://www.theses.fr/2010LYO10303.

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Abstract:
En raison de leur résistance aux agents chimiothérapeutiques, les transporteurs ABC de phénotype MDR ont attiré l'attention de la communauté scientifique. Notre projet vise à trouver des conditions dans lesquelles les transporteurs ABC restent fonctionnels en solution pour aboutir à la cristallisation de ces protéines dans une conformation active. Dans ce but, nous avons conçu et développé une nouvelle classe de détergents, à base de calix[4]arène, qui stabilisent ces protéines. Afin de résoudre la structure 3D à résolution atomique du transporteur ABC bactérien "BmrA", responsable de la résis
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Habenstein, Birgit. "Structural insights into fibrillar proteins from solid-state NMR spectroscopy." Thesis, Lyon 1, 2011. http://www.theses.fr/2011LYO10212.

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Abstract:
La RMN à l’état solide est une méthode de choix pour l’étude des protéines insolubles et des complexes protéiques de haut poids moléculaire. L’insolubilité intrinsèque des protéines fibrillaires, ainsi que leur architecture complexe, rendent difficile leur caractérisation structurale par la cristallographie et par la RMN en solution. La RMN à l‘état solide n’est pas limitée par le poids moléculaire et constitue donc un outil puissant pour l’étude des protéines fibrillaires. L’attribution des résonances RMN est le prérequis pour obtenir des informations structurales à résolution atomique. La pr
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DUPUIS, Franck. "Tessellations de Voronoï appliquées aux structures protéiques." Phd thesis, Université Paris-Diderot - Paris VII, 2003. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00006058.

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Abstract:
Une tessellation de Voronoï est un moyen de diviser l'espace 3D en régions associées avec chaque élément d'un ensemble discret de points dans le but de caractériser leurs relations topologiques. Le processus associe à chacun de ces éléments un polyèdre, appelé cellule de Voronoï, défini par les intersections des plans de contact construits à mi chemin entre les points. Chaque cellule contient donc le voisinage le plus proche du point qui lui est associé et ses faces définissent les contacts avec ses plus proches voisins. Pour un ensemble donné de points, la décomposition en cellules de Voronoï
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Kilburg, Arnaud. "Cristallisation du transporteur ABC BmrA de Bacillus subtilis : développement d’une nouvelle méthode de dosage des détergents par Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization (MALDI)." Thesis, Lyon 1, 2015. http://www.theses.fr/2015LYO10116/document.

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Abstract:
Notre projet vise à déterminer la structure 3D du transporteur BmrA de Bacillus subtilis. La protéine a été purifiée dans six détergents différents. L'utilisation de foscholine 12, a conduit à cristalliser OmpF, une porine de la membrane externe d'E. coli. Nous montrons que les conditions de cristallisation influencent directement l'empilement cristallin d'OmpF. Le protocole de purification de BmrA, optimisé en utilisant du triton X100 à l'extraction puis un mélange β-D-dodecyl maltoside-cholate pour les étapes chromatographiques nous a permis d'obtenir à 4°C des cristaux, pour lesquels nous a
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Boudard, Mélanie. "Prédiction de structure tridimensionnelle de molécules d’ARN par minimisation de regret." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016SACLV026/document.

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Abstract:
Les fonctions d'une molécule d'ARN dans les processus cellulaires sont très étroitement liées à sa structure tridimensionnelle. Il est donc essentiel de pouvoir prédire cette structure pour étudier sa fonction. Le repliement de l'ARN peut être vu comme un processus en deux étapes : le repliement en structure secondaire, grâce à des interactions fortes, puis le repliement en structure tridimensionnelle par des interactions tertiaires. Prédire la structure secondaire a donné lieu à de nombreuses avancées depuis plus de trente ans. Toutefois, la prédiction de la structure tridimensionnelle est un
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Racine, Victor. "Quantification des dynamiques cellulaires par analyse de données de vidéo-microscopie 3D+t." Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066480.

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Abstract:
Cette thèse présente des méthodes d’analyse d’images numériques issues de la microscopie de fluorescente pour la biologie cellulaire. Elle s’intéresse essentiellement à la localisation et au suivi des complexes multimoléculaires dans les données multidimensionnelles (2D, 2D+t, 3D et 3D+t). Une première partie du travail est dédiée à l’extraction et la caractérisation de structures biologiques dans les images en utilisant des techniques de segmentation basées sur la décomposition en ondelettes. Plusieurs études biologiques réalisées en collaboration avec différentes équipes de recherche et expl
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Melet, Armelle. "Etude par mutagenèse dirigée de la topologie des sites actifs et des spécificités de substrats des cytochromes P450 2C9 et 2C8 humains." Paris 5, 2004. http://www.theses.fr/2004PA05P602.

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Abstract:
Ce manuscrit présente une étude fonctionnelle et structurale de deux enzymes du métabolisme des médicaments : les cytochromes P450 CYP2C9 et CYP2C8 humains. Nous avons utilisé les outils de la biologie moléculaire (mutagenèse dirigée, construction de chimères) afin d'évaluer l'importance fonctionnelle de plusieurs résidus de ces hémoprotéines. Le choix des mutations s'est appuyé sur l'analyse in silico de modèles de complexes enzyme/substrat, sur les structures RX publiées et les alignements de séquences entre CYP2Cs. Neuf mutants du CYP2C9, 21 mutants du CYP2C8 et 4 chimères CYP2C8/2C9 ont ai
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Arumugam, Karthik. "Prédiction de structure d'ATPases de type P1 et simulations de dynamique moléculaire (DM) de leurs domaines de liaison des métaux." Phd thesis, Grenoble 1, 2009. http://www.theses.fr/2009GRE10221.

Full text
Abstract:
Les ATPases de type P1 sont des pompes utilisant l'énergie de l'hydrolyse de l'ATP pour transporter les ions lourds (Cu+, Zn2+, Pb2+, Cd2+) à travers la membrane cellulaire. Elles sont difficiles à purifier et cristalliser et leur structure 3D est en général inconnue. Nous nous sommes intéressés à la structure et à la dymanique de la partie membranaire de l'ATPase cadmium CadA et aux domaines de liaison du métal de l'ATPase cuivre humaine de Menkés. Similarité de séquence et analyses d'hydropathie, complétées par des expériences ont montré que les ATPases de type P1 sont constituées de 8 segme
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Arumugam, Karthik. "Prédiction de structure d'ATPases de type P1 et simulations de dynamique moléculaire (DM) de leurs domaines de liaison des métaux." Phd thesis, Université Joseph Fourier (Grenoble), 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00481898.

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Abstract:
Les ATPases de type P1 sont des pompes utilisant l'énergie de l'hydrolyse de l'ATP pour transporter les ions lourds (Cu+, Zn2+, Pb2+ Cd2+) à travers la membrane cellulaire. Elles sont difficiles à purifier et cristalliser et leur structure 3D est en général inconnue. Nous nous sommes intéressés à la structure et à la dymanique de la partie membranaire de l'ATPase cadmium CadA et aux domaines de liaison du métal de l'ATPase cuivre humaine de Menkés. Similarité de séquence et analyses d'hydropathie, complétées par des expériences ont montré que les ATPases de type P1 sont constituées de 8 segmen
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Ganne, Géraldine. "Etudes structurales et fonctionnelles de lectines et d'adhésines chez Pseudomonas aeruginosa." Phd thesis, Université de Grenoble, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00949168.

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Abstract:
Pseudomonas aeruginosa est un pathogène opportuniste responsable de nombreuses maladies nosocomiales chez les patients immunodéprimés ainsi que d'infections graves chez les patients atteints de la mucoviscidose (CF). La colonisation des voies respiratoires des patients CF est souvent mortelle car une fois installée, cette bactérie est difficile à éradiquer et provoque le déclin des fonctions respiratoires des patients. L'antibiothérapie devient inefficace face au développement de souches multi-résistantes et sa capacité à former un biofilm. L'étape cruciale initiant l'infection ou la formation
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Briot, Julie. "Identification biochimique et fonctionnelle des domaines structuraux d’une sous-unité des canaux calciques." Thèse, 2018. http://hdl.handle.net/1866/21202.

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Van, Melckebeke Hélène. "Etude structurale des protéines et des acides nucléiques par RMN. Etude de la répression du gène de la beta-lactamase chez B. licheniformis 749/I. Augmentation de la résolution des spectres RMN multidimensionnels par filtrage Hadamard." Phd thesis, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00011563.

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Abstract:
La RMN est une méthode de choix pour la détermination de la structure tridimensionnelle des protéines et des acides nucléiques en solution. Cependant, la taille des systèmes que l'on peut étudier actuellement par RMN est limitée. Dans la première partie de ce travail, la structure du répresseur BlaI de la beta-lactamase de B. licheniformis 749/I et son interaction avec l'ADN ont été étudiées par RMN avec des méthodes classiques. Ces résultats ont permis de mieux caractériser la répression des gènes de plusieurs mécanismes de résistance aux antibiotiques, incluant la résistance à la méthicillin
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