To see the other types of publications on this topic, follow the link: Synthèse microbiologique.
Dissertations / Theses on the topic 'Synthèse microbiologique'
Create a spot-on reference in APA, MLA, Chicago, Harvard, and other styles
Consult the top 45 dissertations / theses for your research on the topic 'Synthèse microbiologique.'
Next to every source in the list of references, there is an 'Add to bibliography' button. Press on it, and we will generate automatically the bibliographic reference to the chosen work in the citation style you need: APA, MLA, Harvard, Chicago, Vancouver, etc.
You can also download the full text of the academic publication as pdf and read online its abstract whenever available in the metadata.
Browse dissertations / theses on a wide variety of disciplines and organise your bibliography correctly.
1
Randriantsoa, Mialy. "Synthèse microbiologique des antigènes glucidiques des groupes sanguins." Université Joseph Fourier (Grenoble), 2008. http://www.theses.fr/2008GRE10132.
Full textAbstract:
Les antigènes glucidiques des groupes sanguins ont été longtemps étudiés pour leur rôle crucial en matière de greffe et de transplantation. Ils ont été identifiés à la surface des globules rouges mais sont également présents dans les sécrétions et sur de nombreux tissus de l’organisme et. L’essor de la glycobiologie au cours des vingt dernières années a permis de définir leur implication dans d’autres mécanismes biologiques importants notamment l’infection, l’oncogenèse ou l’embryogenèse. De ces différentes implications découlent de nombreuses applications thérapeutiques. Les structures saccharidiques présentent un énorme potentiel pour des développements innovants dans le domaine de la santé. La fabrication de nouveaux médicaments à partir d’oligosaccharides des groupes sanguins requiert leur disponibilité en grande quantité. Les méthodes de synthèse chimique et enzymatique ont été développées, mais elles restent difficiles et donnent un rendement final assez faible. Une approche alternative est la synthèse par voie microbiologique. Elle consiste en une production par culture à haute densité de souches recombinantes d’Escherichia coli qui surexpriment des gènes codant pour des glycosyltransférases. Grâce à ce procédé, une cinquantaine d’oligosaccharides des groupes sanguins ont été obtenus à l’échelle du gramme lors de cette étude. Ces molécules appartiennent aux familles d’antigènes sanguins principales possédant de réels potentiels biologiques, en l’occurence les systèmes ABH (types 1, 2, 4, 5), Lewis et PSaccharidic blood group antigens are well known for their crucial role in blood transfusion and organe transplantation. They were first discovered more than a century ago on red cells and were later found in various tissues and secretion fluids. The rise of glycobiology during the past twenty years demonstrates their involvment in other biological mechanisms such as the binding of bacteria, toxins, or viruses to mammalian cell surface glycans or the specific role in oncogenesis and embryogenesis. From these different implications derived several therapeutic applications, the blood group antigens are very promising targets for drug development. In this perspective, large amount of these molecules is required. Chemical and enzymatic syntheses are developed but not allow the obtaining of large scale preparative samples of pure well-characterized oligosaccharides for use in biological studies. An alternative approach called “the living factory” is proposed in this study, it is based on high cell density culture of Escherichia coli strain overexpressing the glycosyltransferase genes. Through this process, some fifty oligosaccharides with biological interest belong to three systems of blood group (ABH type 1, 2, 4, 5, Lewis and P) have been synthesized in gram scale
2
Bel, Rhlid Rachid. "Réduction microbiologique énantiogénique d'alpha-diones. Application à la synthèse de phéromones." Clermont-Ferrand 2, 1990. http://www.theses.fr/1990CLF21226.
Full textAbstract:
L'étude systématique de la réduction microbiologique énantiogénique d'alpha-dicétones acycliques (2,3 et 3,4) et cyclique-1,2 par des levures des champignons et des bactéries, a permis d'obtenir facilement un grand nombre d'-hydroxycétones principalement de configuration s et tous les stéréoisomères d'-diols chiraux correspondants, les diols de configuration RR n'étant pas obtenus dans tous les cas. Nous avons synthétisé les cétols de configuration R et les diols RR par réduction d'-dicétones dont l'une des fonctions carbonyles est bloquée sous forme de thioacétals. Cette méthode détournée impliquant a la fois la synthèse chimique et la réduction microbiologique a permis d'accéder aux cétols et aux diols souhaites. Au cours de ce travail, nous avons aussi mis au point une méthode de déprotection sélective, de fonctions carbonyles bloquées, par voie électrochimique. Les résultats obtenus ont été utilisés pour développer quelques applications dans le domaine des phéromones d'insectes. Nous avons ainsi préparé la phéromone naturelle de xylotrechus pyrrhoderus ravageur de la vigne au japon, les deux enantiomères de la phéromone de dendroctonus brevicomis parasite des pins de l'Amérique de l'Ouest et les deux énantiomères de la phéromone de dryocoetes autographus parasite des pins de Norvège
3
Petit, Frédéric. "Synthèse de lactones optiquement actives par réaction de baeyer-villiger microbiologique." Aix-Marseille 2, 1993. http://www.theses.fr/1993AIX22027.
Full textAbstract:
Nous avons effectué la synthèse de nouvelles lactones bicycliques oxygénées optiquement actives en utilisant la bactérie acinétobacter calcoacetiscus NCIB 9871. Ce microorganisme est capable de réaliser des réactions de baeyer-villiger asymétriques. Il nous a permis d'oxyder des cétones de type oxabicyclo(N. 2. 0) alcanones en deux lactones régioisomères avec des rendements et des excès énantiomériques très élevés. Cette réaction totalement originale nous a conduit à synthétiser des perhydrofurofuranes optiquement actifs qui sont des synthons chiraux importants pour la synthèse de molécule biologiquement actives telles que la clérodine. Nous avons également étudié la possibilité d'inhiber de façon énantioséléctive la cyclohéxanone monooxygénase d'acinétobacter NCIB 9871 (Enzyme catalysant l'oxydation de baeyer-villiger). Ce travail, actuellement en cours, nous permettra éventuellement de mieux comprendre le mécanisme d'action de cette enzyme
4
Alphand, Véronique. "Synthèse de lactones optiquement activés par réaction de Baeyer-Villiger microbiologique." Aix-Marseille 2, 1990. http://www.theses.fr/1990AIX22020.
Full textAbstract:
Nous avons etudie la possibilite de realiser, a partir de diverses cetones, des reactions de baeyer-villiger asymetriques par voie microbiologique. Une etude exploratoire sur plusieurs microorganismes nous a permis de selectionner deux bacteries, a. Calcoaceticus ncib 9871 et acinetobacter td 63. La premiere, dotee d'une lactone hydrolase tres active, est utilisee en presence d'un inhibiteur; la seconde est naturellement depourvue de cette enzyme. Un certain nombre de cetones, choisies soit pour leur interet dans le domaine des aromes (cetones cyclopentaniques et cyclohexaniques), soit comme precurseurs de synthons chiraux (cetones de structure bicyclo 2. 2. 1 heptane, bicyclo 3. 2. 0 heptane et bicyclo 4. 2. 0 octane), ont ete testees avec succes. La regio- et l'enantioselectivite de ces biotransformations dependent de la structure des cetones de depart. Dans la plupart des cas, cependant, ces reactions sont hautement regio- et enantioselectives. De nombreuses lactones sont obtenues avec de bons rendements et des exces enantiomeriques eleves
5
Baghdikian, Béatrice. "Les iridoi͏̈des d'Harpagophytum procumbens et zeyheri, et leurs produits de transformation par voie chimique, enzymatique et microbiologique." Aix-Marseille 3, 1998. http://www.theses.fr/1998AIX30021.
Full textAbstract:
L'etude de la composition en iridoides presents dans harpagophytum procumbens et harpagophytum zeyheri a ete realisee par clhp. L'harpagoside est present dans les deux especes, cependant harpagophytum procumbens est le plus riche en cet iridoide. La teneur en 8-o-p-coumaroylharpagide est beaucoup plus elevee dans harpagophytum zeyheri que dans harpagophytum procumbens. Cette particularite permet de differencier sur le plan chimique, sans ambiguite, harpagophytum procumbens et harpagophytum zeyheri. L'activite pharmacologique d'extraits aqueux prepares a partir de ces deux especes d'harpagophyton a ete etudiee. Harpagophytum procumbens et harpagophytum zeyheri possedent les memes activites antiinflammatoire et analgesique. Les iridoides purs : harpagide, harpagoside et 8-o-p-coumaroylharpagide sont transformes en aucubinine b, alcaloide monoterpenique, par voie chimique, enzymatique et microbiologique sous l'action de bacteries intestinales. Les iridoides presents dans un extrait commercial d'harpagophytum procumbens sont transformes, par voie chimique, en aucubinine b et en alcaloides appeles beatrine 1 et beatrine 2. Ces deux derniers produits sont des composes nouveaux. Sous l'action de bacteries intestinales, les iridoides presents dans l'extrait sont metabolises en aucubinine b uniquement. L'identification des six souches bacteriennes metabolisant le plus activement l'harpagoside en aucubinine b a ete realisee.
6
Zhang, Xiao-Ming. "Biooxygénation asymétrique de doubles liaisons isolées par voie microbiologique : synthèse de produits naturels à pureté optique élevée." Aix-Marseille 2, 1991. http://www.theses.fr/1991AIX22031.
Full textAbstract:
L'objet de cette etude a ete de mettre au point une bioconversion avec le champignon aspergillus niger permettant de realiser l'oxydation stereoselective de doubles liaisons isolees. Une etude approfondie de cette bioconversion a permis de controler parfaitement sa stereoselectivite. Une etude de son mecanisme par marquage isotopique a mis en evidence un mecanisme en deux etapes correspondant a une epoxydation stereoselective suivie d'une hydrolyse, enzymatique ou chimique, regioselective. La clarification du mecanisme permet de former a volonte les diols s ou r avec des exces enantiomeriques tres eleves. L'utilisation de cette bioconversion sur diverses olefines a conduit a des diols chiraux permettant la synthese de molecules naturelles douees d'activites biologiques comme par exemple, la marmine et le pityol
7
Marc, Jillian. "Modulation par approches microbiologique et génétique de la synthèse d'acide acétique lors de la production d'éthanol sous métabolisme oxydo-réductif chez Saccharomyces cerevisiae." Thesis, Toulouse, INSA, 2013. http://www.theses.fr/2013ISAT0051.
Full textAbstract:
L’objectif de ces travaux de thèse était de rechercher un potentiel effet inhibiteur de l’acide acétique endogène sur le métabolisme oxydo réductif de Saccharomyces cerevisiae, afin d’évaluer la pertinence d’une stratégie d’amélioration des capacités de production d’éthanol par la modulation de la synthèse de cet acide. Ces travaux devaient également permettre d’approfondir la compréhension des principaux facteurs commandant la synthèse de l’acide acétique et plus largement des acides organiques. La stratégie de modulation de la synthèse d’acide acétique mise en place reposait sur des approches microbiologique et génétique, consistant en l’ajout d’acide oléique et / ou de carnitine dans le milieu de culture ainsi que la surexpression du gène CIT2 ou la suppression du gène ALD6.Cette démarche a permis de montrer que, contrairement à la version exogène, l’acide acétique endogène ne présentait pas d’effet inhibiteur du métabolisme oxydo réductif de Saccharomyces cerevisiae ou qu’il était négligeable par rapport au stress éthanol. En outre, la modulation de la production de cet acide ne semble pas être une stratégie envisageable en vue de l’amélioration des capacités de production d’éthanol de cette levure, bien qu’une corrélation ait été observée entre les titres finaux de ces deux molécules.En outre, il a été montré que l’isoforme 6 de l’acétaldéhyde déshydrogénase (Ald6p) était essentiel pour assurer la croissance cellulaire normale ainsi que les mécanismes de résistance au stress éthanol dans ces conditions de culture. Plus largement, l’interrelation entre les différents isoformes ne paraissait pas aussi flexible qu’en anaérobiose. Saccharomyces cerevisiae semblait également présenter un métabolisme flexible en réponse à une modulation de la synthèse d’acide acétique. La voie des pentoses phosphates serait ainsi capable de prendre le relais de l’Ald6p pour assurer la régénération du NADPH cytosolique, bien que le flux à travers cette voie semble avoir été limité par le ratio NADP+ / NADPH. Enfin, les cellules paraissaient capables de réguler la synthèse de l’acétyl coA à partir d’acide acétique en réaction à une évolution des besoins anaboliques lors de la fin de la phase de croissance. Elles seraient toutefois incapables de pallier le manque d’acétyl coA suite à la suppression du gène ALD6. La modulation de la synthèse des acides pyruvique et succinique a également fait l’objet de discussionsThe aim of this work was to investigate a potential inhibitory effect of endogenous acetic acid on the oxido-reductive metabolism of Saccharomyces cerevisiae, to assess the relevance of a strategy based of the modulation of the synthesis of this acid, to improve ethanol production capacities. This work should also help to broaden the understanding of the main factors controlling the synthesis of acetic acid, and more generally organic acids. The strategy to modulate the synthesis of acetic acid was based on microbiological and genetic approaches, consisting in the addition of oleic acid and / or carnitine in the medium as well as the overexpression of the gene CIT2 or the deletion of the gene ALD6.This approach has shown that, contrary to exogenous version, endogenous acetic acid did not induce inhibitory effects on the oxido-reductive metabolism of Saccharomyces cerevisiae, or was negligible compared to stress caused by ethanol. Moreover, the modulation of the synthesis of this acid appear to be not an attractive strategy to improve ethanol production capacities of the yeast, although a correlation was observed between the end-culture titer of these two molecules.In addition, it has been shown that the isoform 6 of acetaldehyde dehydrogenase (Ald6p) was essential to ensure regular growth and mechanisms of ethanol stress resistance under these conditions of culture. More broadly, the interrelation between the different isoforms did not seem as flexible as under anaerobic conditions. Saccharomyces cerevisiae also seemed to have a flexible metabolism in response to a modulation of the synthesis of acetic acid. The pentose-phosphate way would be able to take over from Ald6p for regeneration of cytosolic NADPH, although the ratio NADP+ / NADPH seemed to lessen the flux through this pathway. Finally, the cells appeared to be able to regulate the synthesis of acetyl-CoA from acetic acid in response to changing in anabolic needs at the end of the growth phase. However, yeasts would be unable to overcome the lack of acetyl-CoA following the suppression of the gene ALD6. The modulation of the synthesis of pyruvic and succinic acids has also been discussed
8
Pagliardini, Julien. "Optimisation du rendement de production de bioéthanol chez Saccharomyces cerevisiae par minimisation de la synthèse du glycérol : approche intégrée de génie métabolique et microbiologique." Thesis, Toulouse, INSA, 2010. http://www.theses.fr/2010ISAT0036/document.
Full textAbstract:
Ces travaux visaient à étudier la possibilité de réduire la production de glycérol chezSaccharomyces cerevisiae, afin d’améliorer le rendement éthanol, tout en préservant les capacités decroissance et de production des levures. La production minimale de glycérol nécessaire à la croissancea été déterminée à l'aide d'un modèle de calcul des flux métaboliques. Des souches présentant uneactivité des enzymes de la voie de production du glycérol modulée, afin de s'approcher au plus près del'activité minimale nécessaire estimée in silico, ont été utilisées.Cette stratégie d’ajustement de l’activité de la voie de synthèse du glycérol a permis, encondition aérobie, de réduire de 88 % le rendement glycérol et d'améliorer le rendement éthanol de4,7 % sans modifier la tolérance des mutants à l'éthanol, mais au détriment de la vitesse spécifique decroissance, légèrement réduite. En condition anaérobie, une diminution de 61 % du rendementglycérol et une amélioration de 7 % du rendement éthanol ont pu être obtenues, mais au détriment dela vitesse spécifique de croissance,qui subit une sévère diminution, et de la tolérance à l'éthanol,qui estréduite.L'analyse fine des résultats, grâce à un modèle métabolique, a permis de mettre en évidence,chez les souches mutantes, un besoin accru en énergie, interprété comme la traduction d'une plusgrande difficulté à gérer le stress du procédé et une réorganisation du métabolisme oxydo-réductif,interprétée comme l'impact de la réduction du glycérol sur les voies de réoxydation du cofacteurNADH dans les cellules.Ces résultats ont permis de valider la pertinence de la stratégie de réajustement des fluxmétaboliques, assistée par modélisation stoechiométrique pour l'amélioration des souches, mais aussid'accroître la compréhension du rôle physiologique du glycérol et son intégration au métabolismecellulaireThis work aimed to assess the possibility of reducing Saccharomyces cerevisiae's glycerolproduction, in order to improve ethanol yield, without altering the abilities of yeasts to grow andproduce ethanol. Minimum glycerol production required for growth was found, thanks to a metabolicflux calculation model. Strains showing a fine tuned activity in the glycerol synthesis pathway enzymeswere used, to get close to the minimum activity established in silico.This fine tuning strategy lead, in aerobiosis, to a 88 % glycerol yield decrease together with a4.7 % ethanol yield increase, with no reduction of mutants'ethanol tolerance, but there is a slightdecrease of the growth rate. In anaerobiosis, a 61 % glycerol yield decrease, together with a 7 %ethanol yield increase were obtained, but mutant strains suffered of a sharp growth rate reduction anda decrease in their ethanol tolerance.A close analysis of the results, with the help of a metabolic model, highlighted both an increaseof mutants' energy requirements, interpreted as an increased difficulty to cope with osmotic stress,and a reorganisation of their oxydo-reductive metabolism, interpreted as glycerol reduction's impacton the NADH cofactor reoxydation pathway.These results validated the relevance of metabolic fine-tuning, assisted with in silicostoichiometric model for strains improvement and they increased the understanding of the integrationof glycerol in cell metabolism as well as its physiological role
9
Ouazzani, Chahadi Jamaleddine. "Réduction et oxydation microbiologiques : une voie nouvelle d'accès aux synthons chiraux ou aux substances naturelles." Paris 11, 1988. http://www.theses.fr/1988PA112012.
Full textAbstract:
Les différentes spécificités catalytiques de deux systèmes enzymatiques in vivo ont été utilisées pour préparer à partir de 1,4-cyclohexanediones 2,5 substituées, des cétols 4S ou 4R optiquement purs. Ces cétols portant jusqu’à trois centres asymétriques conduisent par oxydation selon Baeyer-Villiger suivie d'une déshydratation, à des synthons lactoniques asymétriques insaturés très intéressants. La déshydrogénase de Curvularia lunata, qui est exprimée dans des conditions faiblement aérobies en présence de glucose ajouté, réduit des 1,4-cyclohexanediones 2,5 substituées de manière régio- et stéréospécifique et conduit à des cétols 4S optiquement purs. La monooxygénanse de Curvularia lunata, exprimée dans des conditions de forte aération et en absence d'une source de carbone, oxyde les cétones en lactones, exactement comme les peracides dans la réaction chimique équivalente (réaction de Baeyer-Villiger). On a démontré, pour la première fois que cette enzyme est hautement énantiosélective. En effet, à partir de cétols racémiques, cette enzyme oxyde exclusivement l'énantiomère 4S, le cétol 4R résiduel peut être récupéré optiquement pur. On a aussi monté que cette activité oxydante est inductible aussi bien par l'énantiomère 4R du cétol que par l'énantiomère 45; dans les deux cas, sa stéréosélectivité reste identique. En parallèle à ces réactions enzymatiques, une étude de mise au point des réactions chimiques impliquées, et de recherche de réducteurs chimiques régiosélectifs a été menée. De plus, on est parvenu à la caractérisation chimique complète des lactones obtenues. La combinaison des deux réactions enzymatiques décrites, associée à la réaction de Baeyer-Villiger, a permis à titre de modèle d'application, la synthèse des quatres isomères de l'eldanolide, phéromone sexuelle d'Eldana saccharina, parasite de la canne à sucreThe different catalytic specificities of the two enzymic systems were used, in vivo, to prepare opticallypure ketols, from substituted 1,4-cyclohexanediones. These ketols, bearing one to three asymetric centers, were oxidized in a Baeyer-Villiger reaction, and dehydrated to form unsatured asymetric lactones. Such lactones are potential chiral synthons or natural products. A dehydrogenase present in Curvularia lunata cells is able to reduce 2,5 substitued 1,4-cyclohexanediones with a high regio and strereospecificity, leading to optically pure 4S ketols. A monooxygenase present in Curvularia lunata cells, is able to oxidize ketones to lactones, exactly as peracids in the chemical Baeyer-Villiger reaction. We have demonstrated, for the first time, that this enzyme is highly enantioselective. From a racemic mixture, was lactonized exclusively the 4S ketol, and the residual 4R ketol can be recovered optically pure. This monooxygenase is fally induced by the 4S ketol as well by the 4R enantiomer; however, it exhibit always the same stereospecificity. In parallel to these enzymic reactions, we have studied some equivalent chemical reactions, mainly regioselective chemical reductions. Furthemore, we have established the complete structure of all the lactones synthetised. The combination of these enzymic reactions, associated to equivalent chemical reactions, allow to prepare the four isomers of eldanolide, the wing gland pheromone of an african sugar cane borer, Eldana sacchariana
10
Boudreau, Vanessa. "Production inductible d'anhydrase carbonique par pichia pastoris." Thesis, Université Laval, 2011. http://www.theses.ulaval.ca/2011/28711/28711.pdf.
Full text
11
Boularot, Adrien. "La peptide déformylase, une cible pour de nouveaux agents antibiotiques : conception d'inhibiteurs et étude fonctionnelle des effets biologiques in vitro et in vivo." Paris 11, 2005. http://www.theses.fr/2005PA112239.
Full textAbstract:
La résistance des bactéries aux antibiotiques est devenue un problème de santé publique qui touche la quasi-totalité des agents antibactériens. Une des priorités pour traiter ce problème est la recherche d'antibiotiques innovants, agissant sur de nouvelles cibles. A ce titre, le peptide déformylase (PDF) qui est présente chez toutes les bactéries répond à ce critère de sélection. Cependant, une PDF humaine a été isolée au laboratoire récemment et démontrée comme se localisant dans la mitochondrie. Le principe de précaution impose que cette forme ne puisse en aucun cas être inhibée. Au laboratoire, notre approche de la problématique nous a donc amenés à penser que des nouvelles têtes de séries seraient plus efficaces et surtout sélectives des formes bactériennes. Mettant à profit les propriétés de chimie de coordination des PDFs, des séries de molécules possédant une fonction coordinante du métal ont été synthétisée. D'autre part des squelettes possédant soit une chaîne pseudopeptidique respectant les conditions de reconnaissance par l'enzyme, soit un hétérocycle y ont été associés afin d'augmenter la sélectivité de ces composés. Ces molécules ont été testée in vitro soit par des tests d'inhibition enzymatiques, soit par la technique d'empreinte RMN. Les composés s'avérant les plus efficaces in vitro ont été testés in vivo sur des cultures bactériennes. Leur action spécifique in vivo sur la PDF a été mesurée et les effets antibiotiques déterminés sur des bactéries modèles Gram-positives et Gram-négatives. Enfin, nos composés ont été démontrés comme sélectifs et agissant comme de potentiels antibiotiques ciblant spécifiquement les PDFs bactériennes et non la forme humaineThe emergence of bacteria' resistance to antibiotics is becoming a major public health issue which involves quite all-antibacterial agents. One of the priorities to solve this problem is the search of innovative antibacterial agents active against novel targets. Hence the peptide deformylase (PDF), a metalloprotease present in all bacteria, fulfils this selection criterion. However, human PDF has been recently isolated and shown to be located in the mitochondria. This identification could impose major reservations as to the possible medical use of PDF's inhibitors since human form must not be inhibited. New series' leader compounds would therefore appear to be more efficient and selective against bacterial forms. Taking advantage of the chelating properties of PDFs, series of molecules with a one or two-coordinate metal-binding group were synthesized. Moreover backbones with either a pseudo-peptidic chain recognized by the enzyme, or a heterocycle were used to increase the selectivity of compounds. About sixty molecules were tested in vitro for their affinity towards PDF and their capacity to inhibit it, by either enzymatic inhibition tests or MNR spectroscopic experiments. Finally, the selectivity of these compounds was clearly shown as they act as potential antibiotics targeting specifically bacterial PDFs and not the human form. After the in vitro assessments of the inhibition potency, the most efficient compounds were tested in vivo on bacterial cultures. Their specificity in vivo against PDF has been shown, measured and their antibiotic effects have been determined on Gram-positives and Gram-negatives bacteria in different genetic contexts
12
Henrot, Serge. "Synthèse stéréo et énantiosélective de béta-hydroxy-esters fonctionnalisés par voie chimique et par voie microbiologique." Grenoble 2 : ANRT, 1987. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37605889c.
Full text
13
CABON, ODILE. "Synthese diastereo- et enantioselective de 2-chloro-3-hydroxyesters par voie microbiologique. Etude de leur reactivite et applications." Paris 6, 1995. http://www.theses.fr/1995PA066034.
Full textAbstract:
Les 2-chloro-3-aryl ou alkyl-3-oxopropionates sont reduits par des microorganismes en syn et/ou anti 2-chloro-3-hydroxyesters. Suivant l'espece utilisee, il est possible d'obtenir les chlorohydroxyesters enantiomeriquement purs. Ces composes peuvent etre convertis stereospecifiquement en esters glycidiques correspondants. L'ouverture regioselective des epoxyesters peut mener a la preparation de la 3-phenylisoserine, qui est le precurseur de la chaine laterale du taxotere
14
Jeannot, Valérie. "Contribution à l'utilisation de rhodamines pour le ciblage intracellulaire : synthèse de rhodamnes aliphatiques et étude par imagerie de fluorescence." Perpignan, 1996. http://www.theses.fr/1996PERP0338.
Full textAbstract:
Le but de ce travail etait de determiner si la presence d'une chaine aliphatique longue - a la place du groupement methyle - sur la rhodamine 123 (r123), pouvait modifier la localisation intracellulaire de cette sonde. Cela devait permettre d'une part de mieux connaitre les mecanismes d'internalisation de la r123 dans les cellules, et d'autre part de determiner les facultes d'entrainement par la r123 de molecules jusqu'aux mitochondries. La premiere partie de ce travail a consiste a synthetiser de nouvelles molecules derivees de la r123. La purification de ces produits, apres leur synthese, a ete realisee par chromatographie sur colonne ouverte et leur structure a ete confirmee par spectrometrie de resonance magnetique nucleaire (rmn). Les proprietes spectroscopiques de ces nouvelles sondes fluorescentes ont ensuite ete etudiees en solution. Puis, l'etude de leur accumulation intracellulaire a ete realisee par videofluorimetrie. Il a ainsi pu etre montre que ces molecules - bien que portant une longue chaine aliphatique - marquaient, tout comme la r123, les mitochondries de cellules vivantes. Une deuxieme partie de ce travail a consiste a etudier l'accumulation intracellulaire de la r110, homologue acide de la r123, reputee d'apres la litterature ne pas marquer les cellules. Or, il a ete montre que non seulement la r110 etait capable de marquer les cellules mais que, de plus, elle marquait egalement les mitochondries de ces cellules avec toutefois une specificite beaucoup plus faible que la r123. L'ensemble de ce travail a donc permis de mettre en evidence une affinite tres forte du cycle anthranoyle de la r123 pour les mitochondries et aussi une importante faculte d'entrainement par la r123 de molecules jusqu'aux mitochondries. Cette etude a ensuite ete completee par une etude comparee de l'accumulation intracellulaire de la r123, des derivees de la r123 et de la r110 dans les cellules sensibles et dans les cellules presentant une resistance mdr.
15
Passaquin, Anne-Catherine. "Interferon et syntheses hormono-inductibles : etude de l'effet de l'interferon sur la synthese de la lactate deshydrogenase inductible par les catecholamines." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1986. http://www.theses.fr/1986STR13109.
Full text
16
Li, Sizhe. "Signalisation chimique du Quorum Sensing bactérien : Conception, synthèse et évaluation biologique de mimes d'autoinducteurs et d'analogues d'agrocinopines." Thesis, Lyon, 2017. http://www.theses.fr/2017LYSEI022/document.
Full textAbstract:
Les bactéries ont longtemps été considérées comme des organismes unicellulaires. Cependant, elles se comportent comme des systèmes multicellulaires dans lesquels des cellules séparées communiquent ensemble en utilisant des systèmes moléculaires appelés autoinducteurs. Ce processus, appelé Quorum Sensing (QS), est capable de détecter la densité de population bactérienne et régule ainsi l'expression de certaines fonctions biologiques importantes, telles que la virulence bactérienne ou la formation de biofilm, liées à la pathogénicité humaine ou à la croissance végétale. Comme le QS implique plusieurs types de molécules, il s'agit donc d’une thématique intéressante pour les études à l’interface chimie biologie visant à synthétiser des molécules capables de moduler le QS. Deux aspects du QS sont étudiés dans cette thèse: Le premier est la conception, la synthèse et l'évaluation biologique d’analogues d’autoinducteurs en tant que modulateur QS bactérien. Dans cette section, différentes relations structure-propriété d'un type d'auto-inducteur chez les bactéries Gram-négatives : les Acyl Homoserine Lactones (AHL) ont été étudiées. Ces études montrent que la chiralité de l’homosérine lactone est importante, que le remplacement du groupe amide central par des hétérocycliques ou des composés AHL structurellement non apparentés jouent un rôle important dans la modulation QS. Dans une deuxème partie, une étude structurale a permis de comprendre comment l’agrocinopine A a été en mesure d'intervenir dans le processus du QS c’est à dire la production de signaux AHL et d'activer la virulence bactérienne chez la bactérie Agrobacterium tumefaciens. Le rôle clé du groupement pyranose-2-phosphate de l'agrocinopine est démontré comme étant responsable de sa reconnaissance par les protéines de transport AccA et de la régulation du QS. Dans l'ensemble, cette thèse est la combinaison de deux composés organiques synthétiques liés au QS, tous deux destinés à améliorer les connaissances de base de ce processus biologique, contribuant potentiellement à l'avenir à de nouvelles stratégies capables d'influencer la pathogénicité bactérienneOver the past decades, it has been recognized that the social communication of bacteria either play a beneficial role or can worse pathogenicity in plant and human health. The language of bacteria used for communication are signal molecules called auto-inducers (AIs), which are regulated by themselves. This specific bacterial regulation process is termed as “quorum sensing (QS)”, by which bacteria coordinate various phenotypes such as biofilm formation or virulence factors in many microorganisms. To artificially alter the QS response of bacteria through design of QS chemical signal molecules for improving the pathogenicity have attracted the attention with innovative antibacterial strategies. Two chemical approaches towards bacteria QS have been studied in this thesis. One contributed to the design, synthesis and biological evaluation of novel QS inhibitors, another focused on the investigation of the role of agrocinopine and analogues in QS regulation in a specific bacteria Agrobacterium tumefaciens (AT). Both aimed at improving basic knowledge on QS biological processes in bacteria. The first part figured out the chirality-activity relationship of Acyl Homoserine Lactones (AHLs), studied the replacement of the central amide group of AHLs by heterocyclic scaffolds, and designed a family of nitroaniline derivatives as LuxR-regulated QS inhibitors. The L-one of enantiomeric AHLs was found to be predominant in QS modulation, and some AHLs unrelated nitroaniline compounds were capable of inhibiting LuxR type of QS, whereas the bioactivity of heterocyclic scaffolds depends on its substitution sites. The second part elaborated the mechanism by which agrocinopine A and its analogues were able to involve QS process, and activate virulence spread in AT. A series of analogues of agrocinopine A have been synthetized for investigating their binding properties with AccA. A specific key pyranose-2-phosphate motif has been identified to be responsible for both antibiotic import and QS regulation in AT
17
Henrot, Serge. "Synthese stereo et enantioselective de beta-hydroxy esters fonctionnalises par voie chimique et par voie microbiologique : application a la preparation de la (-) alpha multistriatine et du r (-) gabob." Paris 6, 1987. http://www.theses.fr/1987PA066428.
Full text
18
Sabbah, Mohamad. "Synthèse et évaluation biologique de nouveaux inhibiteurs du quorum sensing bactérien." Thesis, Lyon, INSA, 2011. http://www.theses.fr/2011ISAL0089.
Full textAbstract:
Les bactéries sont capables de communiquer entre elles afin de coordonner l’expression de certains gènes en fonction de leur densité de population. Ce système de communication utilise de petites molécules appelées autoinducteurs (AIs) comme messagers chimiques et est connu sous le nom de Quorum Sensing (QS). Chez les bactéries pathogènes, les gènes régulés sont, en particulier, ceux codant pour la production des facteurs de virulence et la structuration des biofilms. Ainsi des inhibiteurs du QS chez ces bactéries pourraient être de nouveaux agents anti-bactériens alternatifs aux antibiotiques actuels. Chez les bactéries à Gram-négatif, les AIs sont très majoritairement des acyl-homosérine lactones (AHLs). Utilisant deux approches, la conception rationnelle et le criblage virtuel, nous avons découvert cinq nouvelles familles d’antagonistes des AHLs, ainsi qu’un certain nombre d’agonistes. Nous avons également préparé des analogues d’antagonistes naturels de la famille des bromo-furanones, afin d’établir une étude structure-activité de ce type de composésThe bacteria are able to communicate with each other for coordinating gene expression depending on their population density. This communication system use small molecules called autoinducers (AIs) as chemical messengers and is referred to as quorum sensing (QS). In pathogenic bacteria, the regulated genes are, in particular, those coding for the production of virulence factors and biofilms formation. Thus, inhibitors of bacterial QS could be used as new anti-bacterial agents providing an alternative to current antibiotics. In Gram-negative bacteria, the main AIs are acyl-homoserine lactones (AHLs). Using two approaches, rational design and virtual screening, we have discovered five new families of AHLs antagonists, and some agonists. We have also prepared analogues of natural bromo-furanones antagonists, in order to establish a structure-activity study of this type of compounds
19
Dejouy, Garance. "Synthèse de nouveaux fluorophores organiques – Application à la conception de substrats fluorogéniques d'enzymes fondés sur le principe de la synthèse in situ." Thesis, Bourgogne Franche-Comté, 2020. http://www.theses.fr/2020UBFCK027.
Full textAbstract:
La détection et l'imagerie par fluorescence de systèmes biologiques nécessite la mise en place d'outils efficaces, robustes et simples d'utilisation. Les sondes fluorogéniques conventionnelles, actuellement utilisées en microbiologie manquent de précision puisqu'elles résultent de la simple modification chimique de la structure d'un fluorophore déjà formé, conduisant souvent à une extinction incomplète de sa fluorescence intrinsèque. Mes travaux de thèse ont pour but de développer de nouveaux substrats fluorogéniques d'enzymes basés sur le principe du "covalent assembly". Cette approche de synthèse chimique in situ d'un cœur fluorescent à partir d'un précurseur dit "cagé" non-fluorescent, met en jeu des réactions domino caractérisées par la formation et la rupture de liaisons covalentes, déclenchées par une réaction enzymatique déclenchée par les bactéries à identifier. Les avantages d'une telle approche sont nombreux (meilleur rapport signal sur bruit, exemplification aisée à un large éventail d'analytes, …). Dans ce contexte, le premier objectif de ma thèse a été de synthétiser des fluorophores de type hétéro-xanthène originaux afin de valider leur stabilité dans des conditions physiologiques. De nouvelles sulfone- et Si-pyronines ont été obtenus. La synthèse des précurseurs "cagés" correspondant aux composés les plus stables en milieux aqueux, a été entreprise pour pouvoir les utiliser comme sondes à peptidases. L'ensemble de ces travaux sont décrits dans le chapitre I et II de ce manuscrit. Les difficultés rencontrées lors de la mise en œuvre de l'approche "covalent assembly" avec ces hétéro-xanthènes, nous ont conduit à explorer une nouvelle famille de fluorophores, les quinoxalinones. La formation in-situ de ces hétérocycles fluorescents, faisant suite à un stimuli enzymatique d'un précurseur "cagé" est présenté dans le chapitre III. Enfin le dernier chapitre traite de la synthèse d'une sonde conventionnelle dérivée d'une bis-sulfonyle-bis-aniline récemment publiée dans la littératureDetection and fluorescence imaging of biologic systems requires the implementation of efficient, robust and easy-to-use tools. Conventional fluorogenic probes currently used in microbiology lack efficiency since they are based on the single chemical modification of a fluorophore bearing an optically tunable reactive group, which often leads to incomplete fluorescence quenching. The main goal of my Ph.D thesis was to develop novel fluorogenic enzymatic substrates based on the "covalent assembly" principle. This approach also named "in situ synthesis" is based on the use of domino reactions to form a fluorescent moiety starting from a "caged" non-fluorescent molecule. In our case, the bioanalyte that triggers the reaction is present in bacteria, that we want to detect. This strategy provides many advantages (improved signal-to-noise ratio, easy exemplification to a wide range of analytes, …). In this context, the first goal of my thesis was to synthesize original fluorescent hetero-xanthene dyes to assess their stability under physiological conditions. Novel sulfone- and Si-pyronin derivatives were obtained. Synthesis of the corresponding "caged" precursors to the most stable compounds was then undertaken for their use as a peptidase-responsive probes. This work is described in the first and second chapter of this manuscript. Faced with difficulties to implement "covalent assembly" probe design principle to Si-pyronins, another class of fluorophores, namely quinoxalinone was explored. In situ formation of these fluorescent heterocycles triggered by an enzyme is presented in the third chapter. Finally, the last chapter was devoted to the synthesis of a conventional probe derived from a bis-sulfonyl-bis-aniline recently reported in the literature
20
Boudreau, Luc. "Contrôle physiologique et pharmacologique de la biosynthèse des leucotriènes." Thesis, Université Laval, 2012. http://www.theses.ulaval.ca/2012/29041/29041.pdf.
Full textAbstract:
L’inflammation est un processus normal de défense du corps humain contre les pathogènes. Bien que la réponse immunitaire soit normalement favorable au corps humain, elle peut être aussi très néfaste. En fait, une réponse inflammatoire excessive non contrôlée (ex : inflammation chronique) contribue à la persistance de pathologies chroniques, telles que l’asthme, l’athérosclérose et l’arthrite rhumatoïde. Une enzyme qui joue un rôle important dans ces maladies inflammatoires est la 5 lipoxygénase (5-LO). La 5-LO est responsable de la biosynthèse de puissant médiateurs lipidiques nommés leucotriènes. Le rôle biologique des leucotriènes implique la chimiotaxie, la brochoconstriction ainsi que l’augmentation de la perméabilité vasculaire. Cette thèse cette thèse a pour but de mieux comprendre certains aspects de la régulation physiologique et pharmacologique de la 5-lipoxygénase, soit par l’entremise de molécules endogènes ou de nouveaux composés pharmacologiques.
Un aspect intéressant du génome humain est le phénomène de l’épissage alternatif. Il est très impressionnant de constater qu’environ 70-80% de tous les gènes humains peuvent subir de l’épissage alternatif. Nous avons donc évalué si le gène ALOX5, qui code pour la protéine 5-LO, est susceptible à l’épissage alternatif. Nous avons identifié et caractérisé la présence de nouvelles isoformes protéiques de la 5-LO chez les neutrophiles humains ainsi que chez les lignées cellulaires leucocytaires Raji (lymphocytes B), THP-1 (cellules monocytaires), Reh (lymphocytes non B et non T) et TA (lymphocytes B).
Dans la seconde partie de mes études, nous avons évalué les propriétés anti-inflammatoires d’un composé actif provenant de la propolis de ruches d’abeille, soit l’ester d’acide caféique phénéthyle (CAPE). Nous avons aussi synthétisé de nouveaux analogues de CAPE dont certains ont démontré une activité anti-inflammatoire. Certains de ces composés, tels que le CAPE et son analogue amide, ont démontré une capacité inhibitrice de la 5-LO équipotente ou supérieur au seul inhibiteur actuellement utilisé en clinique, soit le zileuton.
Il est important de continuer la recherche de nouveaux inhibiteurs de la 5-LO, car le zileuton, bien qu’il soit très efficace dans le traitement de l’asthme, peut causer une certaine toxicité au niveau du foie.Inflammation is a natural process of the human body’s defence against pathogens. Although the immune response is primarily favourable to the human body, it can also be very harmful. In fact, an uncontrolled and excessive inflammatory response (e.g. chronic inflammation) can result in chronic pathologies such as asthma, atherosclerosis and rheumatoid arthritis. One enzyme that plays an important role in certain chronic inflammatory pathologies is the 5-lipoxygenase (5-LO), which is responsible for the biosynthesis of powerful lipid mediators called leukotrienes. The biological role of leukotrienes includes chemotaxis, bronchoconstriction and vascular permeability. The present thesis focuses at better understanding the physiological and pharmacological regulation of 5-LO, either with natural endogenous molecules or with novel anti-inflammatory drugs. One particularly intriguing aspect of the human genome is the alternative splicing phenomenon. Indeed, it is estimated that between 70-80% of all human genes undergo alternative splicing. Therefore, we investigated if the ALOX5 gene, which codes for the 5 LO protein, underwent alternative splicing. We identified novel isoforms of the 5-LO protein in leukocyte Raji (B cells), THP-1 (monocytes), Reh (non B non T) and TA (B cells). In the second part of my studies, we investigated the anti-inflammatory and antioxidant properties of an active component from propolis of honeybee hives, known as caffeic acid phenethyl ester (CAPE). We also synthesized analogues of CAPE, some of which possess anti-inflammatory properties. Some of these compounds such as CAPE and its amid analogue, are novel 5-LO inhibitors that are either equipotent or more potent than the only clinically approved and commercially available 5-LO inhibitor zileuton. Since some adverse effects result from the clinical use of zileuton in some patient (liver toxicity), it is clear that there is room for improvement in regards to current 5-LO inhibitors.
21
Bernardi, Sarah. "Surfaces polymères antibactériennes à base de polyionènes : synthèses et études aux interfaces en physico-chimie et biologie." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASF034.
Full textAbstract:
La contamination bactérienne des surfaces est une problématique majeure dans des domaines comme le médical ou l’agroalimentaire. Afin d’agir en amont de la formation du biofilm, nous avons choisi de réaliser des surfaces bioactives par contact pour inhiber les bactéries sans relargage d’agents actifs. L’objectif de cette thèse est de créer ces surfaces en greffant de façon covalente des polyionènes (PI) et d’en étudier les propriétés biologiques en faisant un lien avec la structure des polymères greffés.Les PI possèdent des propriétés antimicrobiennes à la fois puissantes et modulables grâce à la possibilité de modifier le ratio charge/hydrophobicité de façon contrôlée. Une gamme de PI a été synthétisée en faisant varier la longueur et la nature des segments (aliphatiques et éthers), ainsi que la masse molaire, afin d’étudier l’impact de ces trois paramètres sur l’efficacité antibactérienne et la cytotoxicité. La gamme aliphatique s’est révélée être la plus bactériostatique avec un gradient d’efficacité qui augmente avec la longueur du segment aliphatique.La gamme de PI aliphatiques a ensuite été greffée de façon covalente sur des surfaces de verre et des wafers de silicium selon une procédure séquentielle combinant un dépôt de polydopamine, une étape de polymérisation induite par des sels de diazonium et une polyaddition en surface. Les étapes de chimie ont été caractérisées en détails via diverses techniques d’analyse de surface (XPS, mesures d’énergie de surface et de potentiels zêta). Les propriétés antibactériennes des surfaces greffées ont ensuite été évaluées par des essais d’adhésion (observations des flores totales et dénombrements des flores viables cultivables). Les résultats montrent que les surfaces greffées PI présentent des propriétés antibactériennes efficaces et modulables selon la longueur du segment aliphatique, associées à un effet pro-adhésif important. Des tests de cytotoxicité ont également démontré l’absence de relargage et de toxicité des matériaux. Les chaînes greffées en surface ont aussi été étudiées par réflectivité des rayons X et des neutrons pour déterminer avec précision l’épaisseur des couches polymères et tenter d’établir un lien entre la conformation des chaînes et leur mécanisme d’action sur les bactéries.Lors de cette thèse, trois procédés ont aussi été développés afin de fonctionnaliser de façon covalente des surfaces de polyéthylène (PE), matériau principal des films alimentaires. Les PI ont d’abord été greffés sur le PE avec un procédé chimique analogue à celui du verre. Ensuite, la fonctionnalisation a été effectuée par impression après la formation d’une encre à base de PI. Enfin, dans le souci d’élaborer un procédé plus industrialisable, les PI ont été incorporés via un mélange-maître lors de l’extrusion du film de PE. Pour chacun de ces procédés, nous avons évalué la possibilité de leurs applications en caractérisant les propriétés antibactériennes et cytotoxiques des films PE modifiésBacterial contamination of surfaces is one of the most pressing concerns for the medical and the food industries. In order to act prior to the biofilm formation, we chose a preemptive strategy by creating contact-bioactive surfaces to inhibit bacteria without releasing bioactive agents. The main objective of this thesis is to prepare such surfaces by covalently grafting polyionenes (PI) and to study their biological characteristics, as well as the influence of the polymer structure on these properties.PI possess both powerful and versatile antimicrobial properties, which can be controlled by fine-tuning the charges/hydrophobic spacers ratio. A range of PI was synthesized by varying both the length and the nature of the spacers (aliphatic and ether), as well as the molecular weight, in order to evaluate the impact of these parameters on antibacterial activity and cytotoxicity. The aliphatic series was found to be more bacteriostatic, with an efficiency gradient that increases with the length of the aliphatic spacer.The aliphatic PI were then covalently grafted onto glass surfaces and silicon wafers using a sequential procedure combining polydopamine coating, diazonium salts induced polymerization and surface polyaddition. The chemical steps were characterized in detail via various surface analysis techniques (XPS, energy and zeta potential measurements). Antibacterial properties of the grafted surfaces were then evaluated by adhesion tests (total flora observations and enumerations of viable cultivable flora). PI-grafted surfaces were shown to display effective and versatile antibacterial properties, associated with a pro-adhesive effect. Cytotoxicity tests also demonstrated the absence of release and the non-toxicity of these materials. X-ray and neutron reflectivity experiments were performed on PI grafted chains to determine the thickness of polymers layers and to establish a link between the chains conformation and their mechanism of action towards bacteria.During this thesis, three procedures were developed to covalently functionalize polyethylene (PE) surfaces, the main component of food packaging. Firstly, PI were grafted onto PE with a chemical process similar to the one performed on glass. Secondly, a PI based ink was prepared to functionalize the PE film with an ink-jet printing process. Lastly, in order to develop a more industrializable process, PI were incorporated in bulk during the extrusion of PE films. For each procedure, we evaluated the possibility of their applications by characterizing their antimicrobial and cytotoxicity properties
22
Cloutier, Nathalie. "Rôle des protéines de latence du virus humain herpès-8 sur la synthèse d'interféron de type 1." Thesis, Université Laval, 2010. http://www.theses.ulaval.ca/2010/27219/27219.pdf.
Full text
23
Salducci, Xavier. "Activation des gènes de nodulation de Bradyrhizobium japonicum par des composés isoflavoniques de synthèse : relation entre activité métabolique bactérienne et infectivité." Lyon 1, 1992. http://www.theses.fr/1992LYO10234.
Full textAbstract:
Afin de determiner l'importance relative de la physiologie bacterienne et des composes isoflavoniques dans l'expression des genes nod de b. Japonicum et la formation de nodosites chez le soja, quatre niveaux d'approche ont ete envisages: 1) l'etude des caracteristiques nutritionnelles et physiologiques des souches g49 et sm gs1 a conduit a la definition d'un milieu de culture synthetique. L'intensite respiratoire initiale des microorganismes dans ce milieu ainsi que la duree de la phase de latence pourraient etre utilisees comme indicateur du vieillissement des suspensions bacteriennes; 2) la recherche d'inducteurs de synthese de l'activation des genes nod a ete realisee a l'aide d'une souche de b. Japonicum comportant une fusion de genes nody-lacz. Dans la gamme des concentrations optimales (1 a 10 micro m) la genisteine est l'activateur le plus puissant, en revanche, pour de plus faibles concentrations, certains composes isoflavoniques de synthese se sont averes plus puissants; 3) l'interaction entre l'activite metabolique de b. Japonicum, l'activation des genes nod et le potentiel infectieux des bacteries a ete etudiee en conditions controlees. L'infectivite et la competitivite de la souche g 49 varient en fonction de l'age de la culture et peuvent etre ameliorees par l'addition de genisteine dans le milieu de croissance de la bacterie; 4) l'efficacite des inducteurs naturels ou de synthese des genes nod a ete testee en plein champ. Une augmentation du nombre de nodosites, pouvant conduire a une augmentation du rendement, a pu etre obtenue pour les stades precoces de developpement du soja (v3 et v6) et dans certains types de sol
24
LACOMBE, CHRISTIAN. "Métabolisme du cardiolipide chez B. Subtilis : synthèse, dégradation, régulation, topologie." Poitiers, 1987. http://www.theses.fr/1987POIT2002.
Full text
25
Magne, Fanny. "Synthèse d’hétérocycles spiraniques à visée thérapeutique." Thesis, Orléans, 2016. http://www.theses.fr/2016ORLE2046/document.
Full textAbstract:
Depuis quelques années, l’élaboration de molécules spiraniques connait un essor considérable avec, en particulier, comme but essentiel l’accroissement de la diversité moléculaire considérée à ce jour comme insuffisamment développée. L’objectif de cette thèse de doctorat a été la synthèse de nouvelles entités tricycliques arylaliphatiques possédant un carbone spiranique et ce, en complément des travaux antérieurement effectués au laboratoire. Dans un premier temps, nous avons choisi de générer des molécules regroupant des structures de type indane-1,2’-(azétidine, pyrrolidine et pipéridine). La possibilité de fixer par exemple un groupe fonctionnel tel qu’un amide ou un bras espaceur voire de substituer le noyau aromatique nous a permis d’exploiter les différentes directions de l’espace. Dans un second temps, nous avons développé une réaction d’arylation intramoléculaire en position α de groupements électroattracteurs. Cette arylation catalysée par des métaux (dans notre cas le cuivre) permet d’accéder à des composés aux motifs spiroindane- ou spirotétraline-1,3’-(azétidine, pyrrolidine et pipéridine). Dans un troisième temps, nous avons étudié les réactions d’addition nucléophiles intramoléculaires de pyridines N-activées pour accéder à des structures spirocycliques pyridiniques fonctionnalisées. Des essais préliminaires utilisant de l’anhydride acétique comme agent activant nous ont permis de générer les intermédiaires recherchés. Afin d’accroître la diversité moléculaire et découvrir de nouveaux fragments susceptibles de nous mener à des agents thérapeutiques, nous nous sommes intéressé, dans un dernier temps, au domaine des biotechnologies blanches en exploitant le potentiel des micro-organismes et de leurs enzymes pour fonctionnaliser des liaisons C-H non activées présentes au sein de charpentes spirocycliques préalablement préparéesIn recent years, the elaboration of spirocyclic molecules has arisen, particularly with an essential purpose to increase of molecular diversity which is not sufficiently developed to date. The objective of this work was the synthesis of new arylaliphatic tricyclic entities with spiranic carbon and it in addition to previous work in the laboratory. Firstly, we have chosen to generate molecules having indane-1,2’-(azetidine, pyrrolidine and piperidine) moiety. The possibility of incorporating a functional group such as an amide, a spacer group or even a substituent on the aromatic ring has allowed us to exploit all space directions. Secondly, we have developed an intramolecular arylation in α position of the electroattractive groups. This metal catalyzed arylation, (in this case copper) provides access to compounds with spiroindane or spirotetraline-1,3’-(azetidine, pyrrolidine and piperidine) patterns. Thirdly, we have studied the intramolecular nucleophilic addition of N-activated pyridine to accede to spirocyclic functionalized pyridine structures. Preliminary tests using acetic anhydride as the activating agent allowed us to generate some desired intermediates. Last but not least, in an effort to increase the molecular diversity and the discovery of new fragments that could lead us to therapeutic agents, we were interested in the field of white biotechnology by harnessing the potential of microorganisms and their enzymes to functionalize in activated C-H bonds in previously prepared spirocyclic scaffolds
26
Bergeron, Marc. "Modulations of mouse macrophage IFN-γ-dependent functions by the intracellular parasite Trypanosoma cruzi." Doctoral thesis, Université Laval, 2007. http://hdl.handle.net/20.500.11794/19087.
Full text
27
Paquet, Véronique. "Mise en évidence de facteurs d'induction de la production des pristinamycines chez Streptomyces pristinaespiralis." Toulouse, INSA, 1990. http://www.theses.fr/1990ISAT0022.
Full textAbstract:
Les pristinamycines sont des antibiotiques synthetises par streptomyces pristinaespiralis. Differents facteurs regissent l'initiation du metabolisme secondaire. Un phenomene d'induction specifique de la production des pristinamycines est recherche. Chez une souche mutante de streptomyces pristinaespiralis non productrice, la synthese de pristinamycines est obtenue en milieu solide en presence de differentes molecules exogenes de structure lactonique. L'etude de l'efficacite des gamma-lactones en fonction de la longueur de la chaine substituante montre que la concentration minimale inductrice necessaire diminue avec le nombre d'atomes de carbone. Le pouvoir inducteur de ces molecules reste toutefois faible. La recherche d'un facteur d'induction endogene (gamma-lactone substituee) est ensuite entreprise chez la souche productrice. Une activite d'induction est trouvee dans un extrait a l'acetate d'ethyle d'un mout de fermentation. Elle serait repartie entre plusieurs molecules
28
Abidi, Nabil. "Valorisation du lactose et du lactosérum en acide succinique par fermentation bactérienne." Thesis, Université Laval, 2009. http://www.theses.ulaval.ca/2009/26699/26699.pdf.
Full text
29
Remaud, Magali. "Synthese enzymatique d'oligosaccharides a l'aide de glucosyltransferases de leuconostoc mesenteroides." Toulouse 3, 1988. http://www.theses.fr/1988TOU30190.
Full text
30
Cimmino, Teresa. "Whole genome sequencing to decipher the resistome of clinical multidrug-resistant bacteria." Thesis, Aix-Marseille, 2016. http://www.theses.fr/2016AIXM5068/document.
Full textAbstract:
WGS permet d'analyser et de déchiffrer l'étude de résistances de bactéries multirésistantes(MDR), en comprenant les différents mécanismes de résistance, les annuaires génétiques. Au cours de ma thèse de doctorat, j'ai réalisé: 1 revue de la littérature sur l'utilisation de nouveaux outils de diagnostic contemporains et les capacités dans la détection des foyers dans les maladies infectieuses causées par MDR. L'identification et l'analyse de résistances de bactéries multirésistantes Comme étant des Shewanellalgae, normalement de l'environnement marin, dans notre cas une souche clinique isolée du lavage bronchoalvéolaire d'un patient hospitalis avec pneumonie et Chryseobacteriumin dologenes, isolé d'une fibrose kystique du patient. Dans cette analyse, nous pouvons montrer que les bactéries environnementales telles que les S.algae peuvent être un réservoir de gènes de résistance aux antibiotiques. L'analyse exhaustive de ces bactéries a montré leur capacité à s'adapter à leurs écosystèmes, y compris l'acquisition de nouveaux éléments génétiques par transfert latéral de gènes. La détection des gènes impliqués dans la synthèse de peptides synthetasenon ribosomale et de polycétide synthétase peut avoir un rôle dans leur capacité à survivre dans des environnements hostiles tels que le tractus respiratoire des patients atteints de fibrose kystique ou leur présence chez des patients ayant subi plusieurs antibiotiques. Nous avons réalisé une analyse standardisée «insilico» afin de déterminer la résistance de ces bactéries et la présence de métabolites secondaires associés aux bactériocines et aux NRPS/PKS. L'application du NTS pour le séquençage du génome bactérien de nouvelles espèces bactériennes isolées dans le microbiome humain nous a permis de développer une plateforme capable d'analyser ces nouvelles espèces dans les 48heures. Ce travail permet de mieux comprendre la biodiversité des bactéries isolées dans le microbiome humainTheuse of WG Sallows to analyze and to decipherthe study of resistome of Multi Drug Resistant bacteria (MDR), understanding the different resistance mechanisms, genetic directories and their dissemination mechanisms at global level. During them y thesis I have achieved: 1. A literature review on the use of new contemporary diagnostic tools and capabilities in detecting out breaksin infectious diseases caused by MDR. 2: The identification and the analysis of resistome of multidrug resistant bacteria from clinical isolates suchasShewanellaalgae, normally marine environmental, in our case clinical strain isolated from the broncho alveolar lavage of a hospitalized patient with pneumonia and Chryseobacteriumin dologenes, isolated from a patient cysticfibrosis. In this analysis, we can show that environment albacteria suchas S.algae can be a reservoir of antibiotic resistance genes. The exhaustive analysis of these bacteria showed their ability to a dapttotheirecosystemsincludingtheacquisitionofnewgeneticelementsbylateralgenetransfer. The detection of genes in volved in the synthesis of nonribosomal peptide synthetase and polyketide synthases may have a role in their ability to survive in hostile environments suchas therespiratorytractofCFpatients or their presence inpatients having suffered multipleofantibiotic. 3:In this work,through theuse of the NTS onnew bacterial species isolated from human microbiome,we have a chieveda standardized analysis"insilico"to determine there sistome of these bacteria and the presence of secondary metabolites associated bacteriocins and the NRPS/PKS. The application of the NTS for sequenc in go bacterial genome of new bacterial species isolated in the human microbiome, allowe dus to develop a platform capable of analyzing the senew species within 48
31
DISCHERT, WANDA. "Caracterisation du regulateur de reponse hupr, activateur de la synthese de l'hydrogenase chez rhodobacter capsulatus." Université Joseph Fourier (Grenoble), 2001. http://www.theses.fr/2001GRE10007.
Full textAbstract:
L'hydrogenase de rhodobacter capsulatus est une enzyme a nickel et a fer qui, en oxydant l'hydrogene, permet a la bacterie de croitre en autotrophie. La synthese de l'hydrogenase est soumise a plusieurs niveaux de regulation. En absence de carbone organique l'enzyme est toujours synthetisee. En heterotrophie, l'expression des genes de structure de l'hydrogenase, les genes hupslc, a lieu seulement en presence d'h 2. La proteine hupr est un facteur de transcription essentiel a l'expression de l'operon hupslc. Des fusions traductionnelles phups : : lacz ainsi qu'une etude in vitro de la fixation de la proteine hupr purifiee au promoteur de hups ont montre que le regulateur se fixe sur une seule sequence palindromique, ttg-n 5-caa, en position -162/-152 nt du site d'initiation de la transcription. Hupr est un regulateur de reponse de la sous-famille ntrc des systemes a deux composants et il interagit par transfert de phosphate avec la proteine histidine kinase hupt. Des experiences realisees avec des proteines huprd54 mutees confirment que l'aspartate 54 est bien le site de phosphorylation de la proteine. Nous avons mis en evidence les deux particularites du systeme a deux composants hupt/hupr. D'une part, le regulateur est actif a l'etat non phosphoryle et la phosphorylation l'inactive. En effet, les proteines mutees huprd54 ou huprnter restaurent le phenotype sauvage d'une souche hupr , en conditions d'activation de l'hydrogenase. D'autre part, le regulateur hupr active une arn polymerase a 7 0 et non a 5 4 comme c'est le cas generalement pour les regulateurs de reponse des systemes a deux composants. La regulation de la synthese de l'hydrogenase en reponse a l'h 2 fait aussi intervenir l'hydrogenase regulatrice hupuv. Afin de reconstituer in vitro cette cascade de regulation, nous avons surproduit et purifie les proteines hupuv sur colonne d'affinite, mais elles etaient inactives. Le systeme de regulation global regb/rega est implique dans la repression de la synthese de l'hydrogenase. L'action du systeme regb/rega se superpose a celle du systeme specifique hupt/hupr. L'objectif est donc maintenant de comprendre comment se font les interactions entre les diverses proteines fixees au promoteur phups (hupr, ihf, rega et la polymerase a 7 0). Il faudra notamment preciser comment hupr active la polymerase a facteur 7 0 et comment rega reprime la synthese de l'hydrogenase.
32
Boyaud, France. "Synthèse totale de la laxaphycine B : un lipopeptide cyclique d’origine marine : extension à d’autres peptides apparentés." Thesis, Montpellier 2, 2013. http://www.theses.fr/2013MON20083.
Full textAbstract:
Le milieu marin représente une source d'inspiration pour les chimistes, grâce à l'incroyable diversité structurale des composés isolés des organismes et micro-organismes marins. Parmi eux, la laxaphycine B, un lipopeptide cyclique isolée de la cyanobactérie Anabaena torulosa est comme la plupart des peptides marins produit selon une voie de biosynthèse non ribosomale « NRPS /PKS » et présente une forte activité cytotoxique sur différentes lignées cellulaires cancéreuses. Une des problématiques de ce lipopeptide est l'absence d'information sur son mécanisme d'action. Afin d'identifier des cibles potentielles, mais surtout d'entreprendre des études des relations structure-activités, la confirmation de sa structure est nécessaire. C'est dans cette optique que nous avons entrepris la synthèse de la laxaphycine B en synthèse peptidique en phase solide (SPPS). Dans un premier temps, nous avons entrepris la synthèse des quatre aminoacides non ribosomaux. Dans un second temps, nos efforts se sont concentrés sur le développement d'une stratégie de synthèse pour l'obtention de ce lipopeptide. En dernier lieu, nous avons étudié la structure secondaire possible de la laxaphycine B, afin d'apporter une explication sur son mécanisme d'actionMarine environment is a source of inspiration for chemists, thanks to the incredible structural diversity isolated from marine organisms and microorganism's compounds. Among them, laxaphycine B, a cyclic lipopeptide isolated from Anabena torulosa cyanobacteria, as like most marine peptides produced by a non-ribosomal biosynthesis pathway "NRPS/PKS”. Furthemore, this peptide has shown a strong cytotoxic activity on various cancer cell lines. One of the problems of this lipopeptide, is the lack of information on its mechanism of action. To identify potential targets and also to study in structure activity relationships, confirmation of its structure is necessary. It is in this context that we undertook laxaphycine B's synthesis using SPPS. In a first step, the four non-ribosomal aminoacids have been synthesized. In a second step, our efforts have focused on the development of a synthesis strategy to obtain laxaphycine B. Lastly, we studied the laxaphycin B's secondary structure to understand its mechanism of action
33
Imbs, Claire. "Synthèses éco-compatibles de nouveaux fongicides par chimie radicalaire." Thesis, Compiègne, 2018. http://www.theses.fr/2018COMP2457/document.
Full textAbstract:
Les travaux de recherche présentés ici ont pour objectif la synthèse de fongicides innovants de la manière la plus éco-compatible qu’il soit. Pour cela, plusieurs axes de réflexion ont été étudiés. Tout d’abord, la synthèse d’un intermédiaire de fongicides bien connu, l’o-crésol1, a été réalisée à partir d’un substrat naturel, le salicylaldéhyde2. Les conditions expérimentales ont été éco-conçues afin de correspondre au mieux aux exigences de la chimie verte. Des solvants et des réactifs classés verts ont été utilisés, comme l’éthanol, l’eau et l’acide acétique3 par exemple, ainsi que des techniques alternatives comme l’activation par micro-ondes (Schéma 1). Dans un second temps, des synthèses éco-compatibles de nouveaux fongicides ont été réalisées. Le salicylaldéhyde, substrat naturel de référence, a été mis à réagir avec différents alcools afin de réaliser des réactions d’éthérifications réductrices. Les molécules obtenues sont composées d’une partie phénolique portant un groupement alcoxyle en position 2. Ce groupement alcoxyle se compose d’une longueur de chaîne variable ayant une influence sur les propriétés fongicides des produits synthétisés (Schéma 1). Troisièmement, des réactions d’homo- et d’hétéro-couplages pinacoliques ont été réalisées entre divers aldéhydes, aromatiques et aliphatiques, afin d’obtenir des diols vicinaux, appelés pinacols, symétriques ou non (Schéma 1). Dernièrement, les propriétés fongicides et anti-oxydantes de toutes les molécules obtenues de manière stable, référencées ou non, ainsi que les substrats de départ, ont été testés. Les tests microbiologiques ont été réalisés sur une gamme de diverses souches fongiquesThe purpose of this research is to synthesize innovative fungicides by the most ecocompatible way. Several hypotheses have been investigated. First, an extensively studied molecule, intermediate of fungicides, o-cresol1, has been achieved from a natural substrate, salicylaldehyde2. The experimental conditions have been eco-designed in the aim to best match green chemistry requirements. Green solvents and reactants have been used, as ethanol, water and acetic acid3 for example, as well as alternative technologies like microwaves activation (Schema 1). Secondly, novel fungicides green syntheses have been carried out. Salicylaldehyde, a natural substrate model, reacted with various alcohols in the aim to perform reductive etherification reactions. In this way, products were composed of phenolic part with an alkoxyl group at the 2nd position. These alcoxyl groups have various chain lengths, playing a key role in fungicidal ability (Schema 1). Then, homo and hetero pinacol coupling reactions have been achieved with various aromatic or aliphatic aldehydes to obtain symmetrical and asymmetrical vicinal diols, called pinacols (Schema 1). At last, fungidal and antioxidant properties of all stable obtained molecules, referenced or not, as well as starting materials, have been evaluated. Microbiological studies have been carried out with various fungal strains
34
Aldeek, Fadi. "Synthèse et fonctionnalisation de nanocristaux fluorescents (Quantum Dots) pour l'imagerie et la caractérisation des propriétés hydrophobes/hydrophiles de biofilms bactériens." Thesis, Nancy 1, 2010. http://www.theses.fr/2010NAN10078/document.
Full textAbstract:
Les biofilms sont des communautés de microorganismes emprisonnés dans une matrice de polymères organiques extracellulaires (EPS) permettant de stabiliser ces édifices tridimensionnels. La cohésion des EPS polyanioniques dans un environnement hydraté est assurée par des microdomaines hydrophobes. La localisation de ces sites hydrophobes est très importante pour comprendre la variabilité ainsi que la réactivité des EPS. Notre travail vise la synthèse de nouvelles sondes fluorescentes hydrophiles ou amphiphiles capables de marquer les EPS. Dans ce but, nous avons synthétisé une série de nanocristaux fluorescents à coeur CdSe, appelés Quantum Dots (QDs), modifiés à leur périphérie par des ligands hydrophiles (acide 3-mercaptopropionic) ou amphiphiles (acide dihydrolipoique couplé à des acides aminés hydrophobes tels que la Leucine ou la Phénylalanine). Par microscopie confocale de fluorescence et spectroscopie de corrélation de fluorescence (FCS), nous avons montré que les QDs fonctionnalisés s'associaient fortement aux EPS des biofilms de la bactérie S. oneidensis. La distribution de ces nanoparticules dans les EPS est dépendante de la structure du ligand et de sa densité à la périphérie des QDs. Une dispersion homogène des QDs hydrophiles dans l'ensemble du biofilm et une clusterisation des QDs amphiphiles dans des microdomaines hydrophobes ont notamment été observés. Les nouvelles sondes fluorescentes développées dans ce travail permettront de suivre le développement ainsi que la réorganisation de matrices biologiques complexes telles que les biofilmsMicroorganisms predominantly live in communities, such as biofilms, in which extracellular polymeric substances (EPS) form the matrix and stabilize the three-dimensional structure. Hydrophobic microdomains allow the cohesiveness of these hydrophilic, polyanionic systems. The localization of these hydrophobic sites is very important to understand the variability and the reactivity of the EPS. The objective of our work was to engineer new fluorescent probes with amphiphilic or hydrophilic properties able to label the EPS. For that purpose, we have synthesized a series of fluorescent CdSe-core nanocrystals, also called Quantum Dots (QDs), modified at their periphery with hydrophilic (3-mercaptopropionic acid) or amphiphilic ligands (dihydrolipoic acid coupled to hydrophobic aminoacids like Leucine or Phenylalanine). Using confocal fluorescence microscopy and fluorescence correlation spectroscopy (FCS), we demonstrated that the functionalized QDs strongly associated with the EPS of S. oneidensis biofilms and allow imaging of these microbial communities. The location of these probes within the EPS was dependent on the surface ligand structure and on its density at the periphery of QDs. A homogeneous dispersion of hydrophilic QDs in the whole biofilm was observed, while amphiphilic QDs clusterized in the small hydrophobic domains. These new fluorescent probes will be of great use to understand the development and the reorganization of complex biological matrix like biofilms
35
Friguet, Bertrand. "Relations entre changements conformationnels et proprietes fonctionnelles de la tryptophane synthase d'escherichia coli : approche immunochimique avec des anticorps monoclonaux." Paris 6, 1987. http://www.theses.fr/1987PA066383.
Full text
36
Barray, Sylvie. "Etude des synthèses polypeptidiques dans les cellules d'insectes infectées par le chilo iridescent virus (CIV, iridovirus type 6)." Rouen, 1987. http://www.theses.fr/1987ROUES036.
Full text
37
Poueymiro, Marie. "Caractérisation fonctionnelle des effecteurs de type III de Ralstonia solanacearum : AvrA et PopP1, délimitant le spectre d'hôte et RipTPS, synthétisant une molécule signal chez les plantes." Toulouse 3, 2009. http://thesesups.ups-tlse.fr/1111/.
Full textAbstract:
La bactérie phytopathogène R. Solanacearum est l'agent causal du flétrissement bactérien. Les effecteurs de type III sont des protéines injectées par la bactérie dans le cytoplasme végétal et essentielles au pouvoir pathogène mais certains peuvent être reconnus par les plantes ce qui conduit à la résistance végétale. Nous avons identifié deux effecteurs, AvrA et PopP1 qui limitent le spectre d'hôte de R. Solanacearum GMI1000 sur trois espèces de tabac. Nous avons aussi pu démontrer l'activité enzymatique tréhalose-6-phosphate synthase (TPS) de l'effecteur RipTPS (pour Ralstonia injected protein TPS). Le tréhalose-6-phosphate étant une molécule signal qui régule notamment le métabolisme des sucres chez les plantes, il est possible que RipTPS altère le métabolisme végétal au cours de l'infectionThe plant pathogenic bacterium R. Solanacearum is the causal agent of bacterial wilt. The type III effector proteins that are delivered by the bacteria into plant cells manipulate the host cell physiology in a way that favors bacterial multiplication, but recognition of these effectors by the plant immune system can also lead to resistance against the pathogen. We have identified two effectors, AvrA and PopP1, which determine host specificity of strain GMI1000 on three tobacco species. We have also demonstrated that an effector, called RipTPS (Ralstonia injected protein TPS), possesses a trehalose-6-phosphate synthase (TPS) activity. Since trehalose-6-phosphate is a key signal molecule controlling sugar metabolism in plants, it is hypothesized that RipTPS specifically alters the plant cell metabolism during infection
38
Chabrière, Eric. "Etude structurale de la pyruvate:ferrédoxine oxydoréductase de Desulfovibrio africanus par cristallographie des rayons X : vers une meilleure connaissance du mécanisme réactionnel du cofacteur thiamine pyrophosphate." Université Joseph Fourier (Grenoble), 1999. http://www.theses.fr/1999GRE10094.
Full textAbstract:
Les pyruvate : ferredoxine oxydoreductases (pfor) sont des enzymes qui, chez la plupart des organismes anaerobes, catalysent la decarboxylation oxydative du pyruvate en utilisant le cofacteur thiamine pyrophosphate, suivant la reaction : pyruvate + coa-sh acetyl-coa + co 2 + 2e + h + dans cette these, nous expliquons comment nous avons resolu, par cristallographie, la premiere structure tridimensionnelle d'une pfor, celle de desulfovibrio africanus, une bacterie sulfato-reductrice anaerobe. Nous montrons aussi comment l'analyse de cette structure a apporte une meilleure comprehension du mecanisme reactionnel. Les techniques utilisees ont ete le mad, le mir, le remplacement moleculaire, et l'extension des phases par moyennation et aplatissement de solvant sur 2 formes cristallines. Nous avons aussi developpe une methode appelee pbr qui a pour but d'ameliorer les phases lorsque des derives d'atomes lourds contiennent des sites en commun. Cette structure nous a permis d'expliquer l'architecture des domaines qui composent les pfor, de proposer des chemins d'acces pour les substrats jusqu'au site actif, de montrer un chemin possible du site actif jusqu'a la surface pour les electrons liberes au cours de la reaction et d'expliquer comment un bras c-terminal, qui possede un pont disulfure, peut intervenir dans la stabilite de l'enzyme vis-a-vis l'oxygene en protegeant l'agregat proximal. Nous avons aussi resolu la structure du complexe pfor-pyruvate a ph 6 sans qu'il y ait eu reaction et la structure de l'enzyme active dans un etat intermediaire radicalaire a ph 9. Ces structures nous ont permis de caracteriser au niveau structural le site actif et d'affiner nos connaissances sur le mecanisme reactionnel. Ces connaissances constituent une base utile pour commencer une recherche, ou une amelioration rationnelle, d'inhibiteurs specifiques des pfor qui pourraient etre utilises dans le traitement contre certains organismes pathogenes.
39
Blanchet, Sandra. "Fidélité de la terminaison de la traduction chez les eucaryotes." Thesis, Paris 11, 2014. http://www.theses.fr/2014PA112181/document.
Full textAbstract:
La terminaison de la traduction se produit lorsqu’un codon stop entre au site A du ribosome où il est reconnu par le facteur de terminaison eRF1 accompagné du facteur eRF3. Cette étape de la traduction est encore mal comprise chez les eucaryotes. Au cours de ma thèse je me suis intéressée à l’étude de la fidélité de la terminaison de la traduction afin de mieux comprendre et caractériser les mécanismes moléculaires mis en jeu lors du décodage du codon stop.L’un de mes projets consistait à mieux caractériser une région du domaine N-terminal d’eRF1, la cavité P1, identifiée comme étant impliquée dans l’efficacité de terminaison. Grâce à une quantification de l’efficacité de translecture de mutants de la cavité P1, j’ai pu mettre en évidence le rôle de résidus clés comme les serines 33 et 70, impliquées dans le décodage spécifique du codon UGA probablement via une interaction directe entre les deux résidus, ou encore l’arginine 65 et la lysine 109, essentielles pour une terminaison efficace sur les trois codons stop. L’analyse par RMN de ces mutants a également permis de montrer que ces résidus étaient importants pour la conformation correcte de la cavité et potentiellement impliqués dans une interaction directe avec l’ARNm. La combinaison des données génétiques et structurales nous a permis de proposer un modèle d’interaction entre l’ARNm et le facteur de terminaison eRF1 dans lequel le codon stop serait reconnu en partie par l’intermédiaire de la cavité P1. Dans la cellule, la terminaison est toujours en compétition avec la translecture, qui correspond à l’incorporation d’un ARNt proche-cognat au niveau du codon stop. Afin d’identifier les acides aminés incorporés par translecture au niveau du codon stop, j’ai mis au point un système basé sur l’expression et la purification de protéines issues de la translecture qui sont ensuite analysées par spectrométrie de masse. J’ai pu mettre en évidence que la glutamine, la tyrosine et la lysine s’incorporent au niveau des codons UAA et UAG, alors que le tryptophane, la cystéine et l’arginine sont retrouvés au niveau du codon UGA. J’ai également pu montrer que le contexte en 5’ n’influençait pas l’incorporation des acides aminés au codon stop mais qu’en revanche, la présence de la paromomycine avait un impact sur la sélection des ARNt suppresseurs naturels. Ce projet permet d’apporter de nouvelles informations sur les règles de décodage grâce à l’analyse des appariements entre codons stop et anticodons des ARNt naturels suppresseurs. Il permet également d’envisager des perspectives thérapeutiques dans le cadre des maladies liées à la présence d’un codon stop prématuré et pour lesquelles le traitement repose sur l’utilisation de la translecture afin de ré-exprimer des protéines entièresTranslation termination occurs when a stop codon enters the A site of the ribosome where it is recognized by eRF1 (eukaryotic release factor 1), associated with eRF3. This step of translation is not yet understood in eukaryotes. During my PhD, I was interested in studying translation termination accuracy to better understand and characterize the molecular mechanisms involved in stop codon decoding.One of my project consisted in characterizing a region in eRF1 N-terminal domain, pocket P1, identified to be involved in termination efficiency. Through a quantification of readthrough efficiency of pocket P1 mutants, I have highlighted the role of key residues, like serine 33 and serine 70, implicated in specific recognition of UGA stop codon, probably through a direct interaction between the two amino acids, and also arginine 65 and lysine 109, essential for efficient termination on the three stop codons. The analysis of the mutants by NMR revealed that these residues are also important for proper conformation of the cavity and potentially involved in a direct interaction with mRNA. The combination of our genetic data and structural analysis allowed us to propose a model of interaction between termination factor eRF1 and the mRNA, in which the stop codon would be recognized partially through pocket P1.In cells, termination always competes with readthrough which corresponds to the incorporation of near-cognate tRNAs at the stop codon. To identify the amino acids inserted by readthrough at the stop codon, I have developed a reporter system based on the expression and purification of readthrough proteins that are analyzed by mass spectrometry. I found that glutamine, tyrosine and lysine are inserted at UAA and UAG stop codons, whereas tryptophan, cysteine and arginine are inserted at UGA stop codon. I also showed that the 5’ nucleotide context does not influence the incorporation of amino acids at the stop codons by readthrough, but that, in contrast, the presence of paromomycin impacted the selection of natural suppressors tRNAs incorporated by readthrough. This project gives us new insights into the decoding rules by analyzing the base pairings between stop codon and near-cognates anticodons. It also allows us to consider therapeutic prospects for the treatment of premature stop codon diseases which uses readthrough as a tool to re-express full-length proteins from mRNAs that are interrupted by the presence of a premature stop codon
40
Cruciere, Catherine. "Contribution a l'etude du coronavirus : analyse des arn poly(a)plus induits lors de la replication du coronavirus enteritique bovin, determination et analyse de la sequence du gene codant pour la proteine de sa nucleocapside." Paris 7, 1988. http://www.theses.fr/1988PA077043.
Full text
41
Imhaus, Anne-Flore. "Rôle et mode d’action des pilines mineures des pili de type IV de Neisseria meningitidis." Thesis, Paris 5, 2013. http://www.theses.fr/2013PA05T019/document.
Full textAbstract:
Les pili de type IV (PT4), certainement les organelles les plus répandues des bactéries à Gram-négatif, sont des machineries à multiples fonctions qui jouent un rôle crucial dans la pathogenèse de nombreux pathogènes humains, notamment notre modèle Neisseria meningitidis. L’assemblage des PT4 nécessite une machinerie complexe incluant au moins vingt protéines localisées dans la membrane interne, le périplasme et la membrane externe. Certaines de ces protéines ne sont pas nécessaires pour la biosynthèse des PT4, mais supportent les fonctions qui leur sont associées. Ces protéines, appelées pilines mineures, sont au nombre de trois. Par l’analyse phénotypique des mutants dans les gènes codant pour les pilines mineures, le rôle de chacune a pu être déterminée. Ainsi la piline mineure ComP est nécessaire pour la compétence pour la transformation d’ADN, PilV est requise pour la déformation de la membrane plasmique de la cellule hôte et PilX est essentielle pour l’adhésion des bactéries sur les cellules épithéliales et endothéliales, la formation d’agrégats bactériens et la déformation de la membrane plasmique de la cellule hôte. De nombreuses similarités avec la piline majoritaire laissent penser que les pilines mineures s’insèrent dans la fibre des PT4 pour exercer leurs fonctions, bien que ceci n’a jamais été démontré. Si on connait bien les fonctions des pilines mineures, leur mode d’action n’est toujours pas compris. L’objectif global de ce travail de thèse a été de comprendre comment une fibre protéique peut assurer une diversité de fonctions aussi importante. Pour y parvenir, l’étude du mode d’action des pilines mineures a été entreprise. Contrairement à ce qui prévalait dans le modèle dominant, les pilines mineures PilV et PilX exercent leur fonction à partir de l’espace périplasmique pour moduler la quantité de pili exprimés en surface. En effet, les mutants pilV et pilX présentent respectivement des défauts de piliation de l’ordre de 39% et de 63% par rapport à la souche sauvage. Ces défauts expliquent cependant les phénotypes des mutants. En effet, l’ensemble des fonctions dépendantes des PT4 nécessite une forte quantité de PT4, soit au moins 40% pour l’agrégation et l’adhésion et 70% pour le déclenchement de la réponse cellulaire. Ces résultats révèlent que les pilines mineures sont impliquées dans la biogenèse des PT4 plutôt que dans le support biochimique direct de leurs propriétés. Le défaut de piliation de ces mutants est restauré par l’absence de rétraction, indiquant que les pilines mineures PilV et PilX jouent un rôle dans la stabilité des PT4. Nous avons également montré que la piline mineure ComP est nécessaire pour la piliation et qu’elle présente une fonction redondante avec la piline mineure PilV. Afin de comprendre comment les pilines mineures PilV et PilX exercent leur rôle sur la quantité de pili exprimés en surface, nous avons réalisé une étude structure/fonction de ces deux protéines. Nous avons observé une absence de piliation, en bloquant les pilines PilV et PilX dans la membrane interne, indiquant une interaction directe avec la machinerie des PT4 probablement via la piline majeure PilE. Nous avons également montré qu’il existe une interaction entre les pilines mineures et PilE au niveau de la membrane interne et en amont de l’assemblage des pili. Ces résultats, obtenus par une technique de pontage disulfure, ont cependant besoin d’être confirmés par des contrôles supplémentaires. Par une stratégie de mutagenèse, nous avons enfin mis en évidence que la région D de PilV et les boucles α/β et β2/β3 de PilX sont nécessaires à leur fonctionnement. Ces travaux ont permis de montrer que la quantité de pili exprimés par la bactérie est un facteur déterminant pour définir les propriétés des PT4. Les pilines mineures agissent au niveau du périplasme pour promouvoir la biosynthèse des pili, ce qui met en avant le rôle direct de la piline majeure PilE dans les fonctions associées aux PT4Type IV Pili (TFP) are widespread filamentous organelles extending from the surface of many Gram-negative bacteria that mediate multiple functions and play a key role in the pathogenesis of several important human pathogens, including our model, Neisseria meningitidis. The assembly of TFP requires a complex machinery composed by at least twenty proteins that are localized in the inner membrane, the outer membrane and the periplasm. Three of these proteins, called minor pilins, are not required for the biosynthesis of the TFP, but support their functions. Based on the phenotypes associated with the mutants, their role on TFP functions has been determined. The minor pilin Comp is required for natural competence for DNA transformation, PilV is required for the deformation of the host cell plasma membrane and PilX is essential for the adhesion of bacteria to epithelial and endothelial cells, the bacterial aggregation and the deformation of the host cell plasma membrane. Many similarities with the major pilin PilE suggests that minor pilin are inserted into the fiber of TFP to exert their functions, although it has never been demonstrated. How these proteins carry out their functions mechanistically is not elucidated. The general objective of this thesis was to understand how a single fiber can provide such a variety of functions. To achieve this, the study of the mode of action of minor pilins was undertaken. Contrarily to what has been previously proposed, the PilV and PilX minor pilins seem to exert their functions from the periplasmic space to modulate the amount of surface exposed pili. Indeed, pilV and pilX strains show piliation defects of 39 % and 63 % respectively compared to the wild type. Besides, we have shown that TFP functions require a large amount of TFP, at least 40 % for the aggregation and adhesion and 70% to induce the reorganization of the plasma membrane. Thus these modest decreases in the amount of pili explain the phenotypes of these mutants. These results indicate that the minor pilins are involved in the biogenesis of TFP rather than in the direct support of their biochemical properties. Moreover, the piliation defect of these mutants is restored in the absence of retraction, indicating that the PilV and PilX minor pilins play a role in the stability of TFP. To understand how PilV and PilX minor pilins modulate surface exposed pili level, we performed a structure/ function analysis of these two proteins. Blocking the PilV and PilX minor pilins in the inner membrane abolishes piliation, indicating a direct interaction with the machinery of TFP, probably via the major pilin PilE. We have also shown that an interaction between the minor pilins and the major pilin occurs in the inner membrane and upstream of the pilus assembly. However, these results, obtained by biochemical techniques, need to be confirmed by additional controls. By a mutagenesis strategy, we finally demonstrated that the D region of PilV and the α/β and β2/β3 loops of PilX are necessary for their functions. This study has shown that a relatively modest decrease in the amount of pili displayed on the bacterial surface leads to a strong effect on the functions carried by TFP. Minor pilins act in the periplasm to promote the biosynthesis of pili, which highlights the direct role of the major pilin in the TFP-dependent functions
42
Gillard, Sylvie. "Mise en evidence et caracterisation d'un gene viral essentiel pour la replication du virus de la vaccine sur cellules humaines." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1986. http://www.theses.fr/1986STR13108.
Full text
43
El, Badaoui Khalid. "Contribution à l'étude des protéases de quelques champignons ectomycorhiziens." Nancy 1, 1988. http://www.theses.fr/1988NAN10123.
Full text
44
Ziegler, Véronique. "La rhizomanie, une maladie virale de la betterave a sucre : contribution a l'etude du mecanisme d'expression et des proprietes biologiques du genome du virus des nervures jaunes et necrotiques de la betterave." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1987. http://www.theses.fr/1987STR13017.
Full text
45
Sherteel, Rajaa. "Metabolic Engineering to Improve Biohydrogen Production by Rhodobacter capsulatus JP91." Thèse, 2017. http://hdl.handle.net/1866/20525.
Full text