Dissertations / Theses on the topic 'Systématique des espèces [zoologie]'

Les espèces de coraux du genre Pocillopora sont notoirement difficiles à identifier. Pour tenter d'y remédier, les génomes mitochondriaux de deux individus ont été séquencés, révélant la présence de deux régions variables : un cadre ouvert de lecture de fonction inconnue et la région de contrôle putative. Par ailleurs, une méthode nouvelle pour le séquençage direct de mélanges d'haplotypes a été mise au point et appliquée à l'analyse de quatre marqueurs nucléaires (l’ITS2 et trois introns) : de manière inattendue, pour chacun de ces marqueurs plus de deux séquences ont été détectées chez certains individus. L’analyse d’échantillons récoltés en diverses localités de l’océan Pacifique (Okinawa, Philippines, Nouvelle Calédonie, Hawaii, Clipperton et Mexique) suggère un nombre d'espèces de Pocillopora inférieur à ce que la variation morphologique laissait supposer, et remet en question l'hypothèse d'un centre de biodiversité du genre localisé dans le Pacifique Est
Corals of the genus Pocillopora are notoriously difficult to identify down to species level. In the present study, the complete mitochondrial genomes of two individuals of contrasting morphologies were sequenced, revealing the presence of two variable regions: the putative D-loop and a novel ORF of unknown function. Moreover, a method was discovered allowing for direct sequencing of haplotype mixtures and applied to the development and analysis of four nuclear sequence markers (the ITS2 region and three introns): unexpectedly, for each of them more than two sequences were detected in some individuals. Analysis of these markers for a set of samples collected across the Pacific Ocean (Okinawa, Philippines, New Caledonia, Hawaii, Clipperton and Mexico) suggests that Pocillopora species are fewer than inferred from morphology and challenges the hypothesis of an eastern Pacific center of biodiversity for this genus

Débutée en 2005, l'ère du pangénome a connu un important essor ces dernières années, notamment grâce aux progrès des techniques de séquençage haut débit. Le pangénome, qui est divisé en deux grandes parties, le core génome et le génome accessoire, offre un grand éventail d'utilisation. Au cours de ces trois dernières années, nous avons étudié cette gamme de possibilités en nous basant sur des pathogènes humains tel que Coxiella burnetii, Kingella kingae et Bacillus anthracis. Ainsi, outre la découverte d'une nouvelle espèce de Kingella et l'étude de quelques génomes spécifiques, nous nous sommes attardés sur le lien entre pangénome et pathogénicité, sur l'importance des SNPs (Single Nucleotide Polymorphism), ainsi que sur la corrélation entre pangénome et taxonomie et donc, par extension, nous avons étudié la notion d'espèce bactérienne
The pangenome area began in 2005 and had known a huge increase thanks to the improvement of the Next Generation Sequencing methods. The pangenome, which is divided into two parts, the core and the accessory genome, offer a large panel of uses. During the last three years, we have studied all these possibilities. We based our work on human pathogens as Coxiella burnetii, Kingella kingae and Bacillus anthracis. Thus, in addition to the discovery of a new Kingella species and the study of some specific genomes, we studied in details the link between pangenome and pathogenicity, the importance of SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) and the correlation between pangenome and taxonomy. Finally, we worked on the bacterial species definition

L’objectif de la thèse est une mise au point des espèces de Stephania répertoriées au Cambodge par l’étude systématique, phytochimique et pharmacologique. Du point de vue systématique, les travaux ont permis de répertorier sept espèces et deux variétés de Stephania au Cambodge : S. cambodica, S. japonica var. discolor et var. timoriensis, S. oblata, S. pierrei, S. rotunda (espèce-type), S. suberosa, et S. venosa. La clef de détermination établie lors de ce travail de thèse permet d’identifier ces espèces. D’après les résultats phylogénétiques, seul S. pierrei est monophylétique, ce qui représente moins de 10% des espèces de Stephania. L’étude chimique de cinq espèces a été réalisée par des méthodes chromatographiques (CLHP, UCLHP) et des méthodes spectroscopiques. Différents alcaloïdes ont été proposés comme marqueurs : la palmatine, la roémérine et la tétrahydropalmatine pour S. cambodica et S. rotunda, la cépharanthine, la tétrahydropalmatine et la xylopinine pour S. suberosa, la cépharanthine pour S. pierrei, la crébanine, et la tétrahydropalmatine pour S. venosa. Neuf alcaloïdes ont été isolés à partir du tubercule de S. cambodica, dont un nouveau composé dénommé «angkorwatine ». Une méthode d’éco-extraction des alcaloïdes assistée par ultrasons a été mise au point et optimisée par un plan d’expérience pour cette espèce. Une méthode analytique par UCLHP a été développée et validée pour le contrôle qualité de S. cambodica. Les résultats montrent que les extraits hydroéthanoliques obtenus par macération à partir du tubercule de S. suberosa, S. venosa et S. rotunda présentent une activité anti-inflammatoire importante (in vitro) avec un ratio anti-inflammatoire élevé
The thesis aims to provide update on species of the genus Stephania recorded in Cambodia by systematic, phytochemical and pharmacological studies.The systematic study allowed to list seven species and two varieties of Stephania in Cambodia: S. cambodica, S. japonica var. discolor and var. timoriensis, S. oblata, S. pierrei, S. rotunda (type species), S. suberosa and S. venosa. The presence of S. japonica var. timoriensis and S. oblata is reported for the first time in Cambodia. According to the phylogenetic results, only S. pierrei is monophyletic, which represents less than 10% of species in the genus Stephania. Chemical studies on the tubers of five species were carried out using chromatographic methods (HPLC, UHPLC) and spectroscopic methods. Different isolated alkaloids have been proposed as markers: palmatine, roemerine and tetrahydropalmatine for S. cambodica and S. rotunda, cepharanthine, tetrahydropalmatine, and xylopinine for S. suberosa, cepharanthine for S. pierrei, crebanine, and tetrahydropalmatine for S. venosa. Nine alkaloids belonging to five classes were isolated from the tuber of S. cambodica and a new compound namely "angkorwatine" was described. Ultrasound assisted extraction of alkaloids was developed and optimized by Design of Experiment for this species. This innovative extraction is a good alternative to conventional methods. An analytical UHPLC method was developed and validated for the quality control of S. cambodica. Results show that hydroethanolic extracts obtained by maceration of S. suberosa, S. rotunda and S. venosa exhibit significant anti-inflammatory activity with high anti-inflammatory ratio (selectivity index)

Le polymorphisme électrophorétique de l'amylase a été étudié chez drosophila ananassae et dix autres espèces du sous-groupe ananassae. D. Ananassae apparait très polymorphe avec 14 isozymes identifiées. Les autres espèces sont remarquablement moins polymorphes. D. Ananassae montre une différenciation géographique marquée: les populations africaines sont bien plus polymorphes que celles des régions orientales ou pacifiques. Chez cette espèce, on trouve des phénotypes complexes, avec jusqu'à 5 bandes par individu. Cela suggère que le gène est multiplié. Des croisements montrent qu'il y a deux locus indépendants contenant chacun au moins deux copies actives. Les hybridations in situ confirment ces résultats. Des southern blots montrent que le nombre de copies est variable à l'intérieur de l'espèce d. Ananassae. Une banque génomique a fourni des clones qui montrent que certaines copies du gène amy sont disposées en tandem. La régulation de l'expression du gène amy est complexe et les larves ont des profils différents des adultes. Enfin, on suggère que le polymorphisme géographique observe serait dû a un polymorphisme de gènes qui contrôlent l'expression du gène amy

En vinification, les bactéries lactiques conduisent la fermentation malolactique, processus de désacidification du vin. Cependant, certaines d’entre elles peuvent être à l’origine d’altérations. Le contrôle de la flore microbienne est donc souhaitable à toutes les étapes de la vinification, grâce à la mise en œuvre de méthodes d’identification de plus en plus efficaces. L’identification moléculaire des bactéries lactiques est désormais réalisée par une méthode d’hybridation ADN/ADN. Mais, des hybridations croisées sont observées entre plusieurs souches L. Hilgardii et L. Brevis, différenciées au préalable d’après leur profils API. Les souches fermentant ce pentose sont classées au sein de l’espèce L. Brevis, les autres au sein de l’espèce L. Hilgardii. La caractérisation moléculaire des espèces L. Hilgardii et L. Brevis constitue donc l’essentiel de ce travail. Des sondes et tests PCR spécifiques de l’espèce L. Hilgardii ont été élaborés. Par contre, dans le cas de L. Brevis, les polymorphismes génomiques observés laissent supposer que le regroupement de souches effectué sur la base de profil fermentaire ne correspond pas véritablement à une espèce. Ainsi, trois souches fermentant l’arabinose, mais possédant toutes les caractéristiques génomiques requises, ont été reclassés au sein de l’espèce L. Hilgardii, remettant ainsi en cause la validité du test biochimique. Une étude métabolique et génétique de l’assimilation de l’arabinose a donc été abordée chez différentes souches L. Hilgardii et L. Brevis. Les différences phénotyques observées entre les souches L. Hilgardii ne porteraient pas forcément sur la capacité ou non à fermenter l’arabinose. Enfin, dans le but de réaliser un contrôle de qualité efficace des vins, une méthode d’hybridation in situ a été adaptée au contrôle de la flore lactique avec les sondes d’ores et déjà utilisées pour des méthodes d’hybridation en tache ou sur colonie.

Cette étude des vertébrés du Maastrichtien supérieur d'Europe est plus particulièrement consacrée aux sites inédits des Petites-Pyrénées dont les fouilles ont livré plusieurs taxons inconnus jusqu'alors dans le Maastrichtien supérieur français et qui font l'objet d'une description détaillée. L'étude géologique, biochronologique et paléogéographique permet de proposer une corrélation de ces sites, situés à la transition des domaines marins et continentaux. Deux grands assemblages se différencient, l'un constitue l'écosystème d'Europe Orientale et l'autre celui d'Europe Occidentale dont l'essentiel de la faune dinosaurienne est composée par les Hadrosauridae. .
This study of European Late Maastrichtian vertebrates is based upon the findings at several newly discovered sites in the Petites-Pyrénées. The excavations of these have yielded numerous different taxa previously unknown in the French Late Maastrichtian and which are described in detail. By studying the geology, biochronology and palaeogeography, correlation between the sites, situated at the transition of marine and continental domains, has been made possible. Two large assemblages have become apparent. The first corresponds to the Oriental European ecosystem. .

Les espèces fongiques du genre Melampsora sont responsables de la rouille du peuplier, maladie importante en populiculture. La définition et la reconnaissance de ces espèces sont essentielles pour assurer des prises de décision rapides et efficaces en cas d’introduction ou de propagation de ces pathogènes. Tout d’abord, cette thèse fait le bilan de 170 ans de descriptions taxonomiques pour les espèces du genre Melampsora identifiées sur peuplier. L’analyse des publications scientifiques met en évidence le problème de la définition du terme ‘espèce’ au sein du genre Melampsora ainsi que les difficultés de reconnaissance pour les espèces et formes spéciales définies avec des critères taxonomiques traditionnels. Ensuite, le potentiel de 14 gènes mitochondriaux est évalué pour leur utilisation en tant que code-barres génétique, un outil de taxonomie moléculaire utilisé pour différencier les espèces. Seulement 3 des 14 gènes étudiés in silico présentent toutes les caractéristiques d’un code-barres génétique idéal. Évalués in vivo, aucun gène mitochondrial n’apparait meilleur que les loci ribosomaux déjà utilisés en taxonomie moléculaire pour le règne fongique. Puis, l’étude par code-barres génétique des différentes espèces du genre Melampsora identifiées sur les peupliers de la section Populus confirme ces résultats. Le locus ribosomique correspondant à l’espaceur interne transcrit (ITS) apparait comme le code-barres génétique le plus performant pour différencier les espèces et formes spéciales du complexe Melampsora populnea. De plus, cette étude a permis de révèler la distance génétique existante entre différentes espèces jusqu’à maintenant considérées comme synonymes, ainsi que de nombreuses erreurs d’identification au sein des herbiers nationaux canadiens. Ces résultats soulignent la nécessité d’une approche moléculaire, complémentaire à la taxonomie actuelle, pour permettre une définition plus robuste des espèces fongiques responsables de la rouille du peuplier. Enfin, l’étude de concordance généalogique de 4 régions génétiques indépendantes (ADN ribosomique, ADN mitochondrial et 2 gènes nucléaires codants) permet de définir les barrières existantes entre ces espèces au niveau phylogénétique. Les résultats de cette étude indiquent une probable coévolution entre les espèces du genre Melampsora et leur hôte écidien confirmant l’importance de l’identité de cet hôte dans la délimitation naturelle des espèces responsables de la rouille du peuplier.
Poplar rust species, belonging to the genus Melampsora, are considered the most important poplar disease. In case of introduction and/or propagation of these pathogens, species definition and recognition are critical steps in determining rapid and efficient management options. First, this thesis work reviewed 170 years of taxonomical descriptions for Melampsora species identified on poplar. This analysis of peer-reviewed publications showed uncertainties in the Melampsora species concept and difficulties in species and formae speciales recognition using traditional taxonomical criteria. Despite the development of molecular tools, recognition at the species level and evolutionary relationships among poplar Melampsora taxa remain obscure. Thus, 14 mitochondrial genes were evaluated as potential DNA barcodes, a recent popular molecular taxonomic tool proposed to identify species. Assessed in silico, only 3 out of the 14 genes showed all characteristics for an optimal DNA barcode. Moreover, biological validation indicated that no single mitochondrial gene gave a better taxonomic resolution than ribosomal loci, regions already widely used in fungal molecular taxonomy. A molecular approach, applied to Melampsora species identified on poplars from the botanical section Populus, confirms these previous results. A DNA barcode obtained from the ribosomal internal transcribed spacer (ITS) sequence provided the most accurate results for identifying and resolving taxa among Melampsora populnea, a taxonomical challenging species complex found on white poplars. Moreover, this DNA barcode approach provided evidence for genetic distance between two different species considered as synonymous and highlighted species misidentifications in specimens from Canadian national herbaria. These results confirmed the need for a molecular approach, in complement to previous taxonomical descriptions, to achieve a robust species definition among the poplar rusts. Finally, phylogenetic species boundaries were defined using genealogical concordance of four independent gene regions (ribosomal DNA, mitochondrial DNA, and 2 nuclear coding genes). The phylogenetic relationships revealed a potential co-evolution between Melampsora species and their alternate host (aecial host) and confirmed the importance of this criterion in natural poplar rust species delineation.

Ce travail aborde les problèmes de polymorphisme de l'amylase dans les populations naturelles des espèces de Drosophila appartenant au sous groupe melanoqaster et de la relation entre l'enzyme et l'utilisation métabolique de l'amidon par les drosophiles. L'étude des populations naturelles de D. Melanogaster a révélé que cette espèce est très polymorphe (12 allèles trouvés) et qu'elle présente des variations géographiques importantes du taux de polymorphisme… L'utilisation d!une souche amylase nulle (qui n'exprime pas cette enzyme) a permis d'étudier la nature et la fréquence des haplotypes, c'est-à-dire des allèles situés côte à côte sur le même chromosome. . Cette étude, effectuée sur environ 2000 chromosomes prélevés dans 4 populations naturelles d'Afrique et d'Amérique tropicale, a fourni des résultats concordants. Aucun déséquilibre zygotique n'a été observé, c'est-à-dire qu'il existe une panmixie des haplotypes. En revanche, il existe toujours un déséquilibre de liaison. Dans les différentes populations étudiées, ce sont les mêmes haplotypes qui sont en excès et les mêmes qui sont déficients. Le rôle physiologique de l'amylase a enfin été analysé, en relation avec l'activité de cette enzyme. Un test biologique mis au point sur les adultes a permis de mesurer l'utilisation digestive de l'amidon. Le mutant dépourvu d'enzyme est incapable d'utiliser ce produit comme source d'énergie. D. Melanoqaster, qui a une forte activité, utilise bien l'amidon comme nourriture. Au contraire, D. Sechellia , où l'activité est faible, utilise mal ce substrat. L'étude de D. Mauritiana a enfin mis en évidence un phénomène surprenant, à savoir une très grande différence entre les mâles et les femelles, phénomène qui n'existe pas chez les autres espèces. En définitive, l’amylase de D. M e 1 a n o g a s t e r est une protéine particulièrement intéressante à étudier en raison de sa structure génétique (duplication), de son haut degré de polymorphisme, de sa valeur phylogénétique et enfin de son rôle physiologique identifiable. Les caractéristiques des populations naturelles s'expliquent à la fois par des processus stochastiques (effet de fondation, dérive) et par la sélection naturelle, en particulier la proportion d'amidon existant dans les ressources.

Hybridization and genetic introgression are significant evolutionary processes playing a keyrole in the adaptation and diversification of species. In desert ants of the genus Cataglyphis,some species have evolved a remarkable reproductive strategy, termed social hybridogenesis,that relies on a perpetual hybridization between two sympatric, yet genetically distinct lineages.The non-reproductive workers systematically result from mating between partners of differentlineages; in contrast, queens and males are both produced asexually by parthenogenesis.Consequently, workers are all interlineage hybrids, whereas reproductives are all pure-lineageindividuals. Although several studies have been carried out on the reproductive strategies ofCataglyphis desert ants, the origin and the mechanisms underlying social hybridogenesis in thegenus remain unclear.In this thesis, I first examined three aspects associated to the persistence of socialhybridogenesis using the ant Cataglyphis mauritanica as a model. (i) I showed that the tightcaste – genotype association stems from a strong genetic influence on female caste fate.However, some degree of phenotypic plasticity was retained in hybrid as well as pure-lineagegenomes, although not expressed in natural conditions. (ii) The genetic survey of a largehybridogenetic population of C. mauritanica reveals that the two lineages occur with equalfrequency. Furthermore, restricted dispersal and parthenogenetic production of queens result ina mosaic of clonal patches. In contrast, males disperse over patches, ensuring successfulinterlineage mating. (iii) To determine whether mating between partners from the same geneticlineage participate to queen production, I simulated genetic data under various rates of sexualvs. asexual queen production. I found that genetic diversity within each lineage fits with theoccurrence a few sex; however, the 100% clonality hypothesis could not be discarded.I then investigated the evolutionary origin of social hybridogenesis in Cataglyphis. Bycharacterizing the reproductive system of 11 Cataglyphis species, five new instances of socialhybridogenesis were discovered. Inferences from phylogenetic analyses, including thesespecies and all Cataglyphis species for which reproductive information was available, indicatedthat this reproductive system independently evolved multiple times in the genus Cataglyphis.Overall, the results of this thesis highlight the singularities of a hybridogenesic systemassociated to queen parthenogenesis, which may have facilitated the repeated evolution ofdependent-lineages in Cataglyphis ants.
L’hybridation et l’introgression génétique jouent un rôle majeur dans l’adaptation et ladiversification des espèces. Chez les fourmis du désert du genre Cataglyphis, certaines espècesont évolué une stratégie de reproduction remarquable, appelée hybridogenèse sociale, reposantsur l’hybridation systématique entre deux lignées génétiquement distinctes. Les ouvrières nonreproductricessont issues de l’accouplement entre des partenaires de lignées distinctes ;enrevanche, les reines et les mâles sont produits de façon asexuée par parthénogenèse. Lesouvrières sont donc toutes des hybrides des deux lignées, alors que les individus reproducteurssont de pure-lignées. Bien que plusieurs études aient analysé les stratégies de reproduction desfourmis Cataglyphis, l’origine et le fonctionnement de l’hybridogenèse sociale au sein du genrerestent obscurs.Dans cette thèse, trois aspects associés au maintien de ce système ont premièrement étéétudiés en prenant la fourmi Cataglyphis mauritanica comme modèle. (i) La forte associationentre génotype et caste des femelles est lié à une forte influence génétique sur le déterminismede la caste. Néanmoins, une certaine plasticité phénotypique est maintenue dans les génomeshybrides et pure-lignée mais elle ne s’exprime pas en conditions naturelles. (ii) L’analysegénétique d’une population hybridogène de C. mauritanica montre que les deux lignées sontéquifréquentes. De plus, une dispersion limitée des reines ainsi que leur production parparthénogenèse mènent à la formation d’une mosaïque de patches clonaux. A l’inverse, lesmâles dispersent d’un patch à l’autre assurant les accouplements interlignées. (iii) Afin dedéterminer si les accouplements intralignées participent à la production des reines, des donnéesgénétiques ont été simulées sous différents taux de reproduction sexuée et asexuée. Les résultatsmontrent que la diversité génétique au sein de chaque lignée correspond à une faible fréquencede reproduction sexuée, bien que qu’un scénario avec 100% de clonalité ne puisse être écarté.Ensuite, l’origine évolutive de l’hybridogenèse sociale chez les Cataglyphis a étéanalysée. L’étude des systèmes reproducteurs de 11 espèces de Cataglyphis a permis ladécouverte de 5 nouveaux systèmes hybridogènes. Des analyses phylogénétiques, basées surces espèces et sur toutes les espèces de Cataglyphis pour lesquels le système reproducteur a étéprécédemment étudié, indiquent que ce système reproducteur aurait évolué plusieurs foisindépendamment au sein du genre Cataglyphis.En conclusion, les résultats de cette thèse soulignent les singularités d’un systèmehybridogène associé à la parthénogénèse des reines, qui a pu faciliter l’évolution répétée delignées dépendantes chez les fourmis Cataglyphis.
Doctorat en Sciences
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Le genre Eupelmus Dalman (Chalcidoidea: Eupelmidae: Eupelminae) comprend des ecto-parasitoïdes s'attaquant essentiellement aux stades larvaires et nymphaux de divers insectes holométaboles. Jusqu'à présent, la systématique du genre Eupelmus restait mal résolue compte tenu des données limitées et restreintes à la morphologie et de l'absence de révisions taxonomiques récentes, fiables et globales. Dans ce contexte, de nombreuses questions se posent concernant (i) la pertinence de la classification infra-générique actuelle du genre Eupelmus; (ii) la validité du statut taxonomique des certaines espèces décrites; (iii) la fiabilité des informations écologiques telles que la gamme d'hôtes et la distribution géographique et, donc, (iv) la compréhension des processus de spécialisation écologique et du rôle potentiel de certaines espèces d'Eupelmus comme auxiliaires de lutte biologique. Ce travail de thèse a donc eu pour objectif d'aborder l'ensemble de ces questions en utilisant, à des fins de phylogénie et de taxonomie, une approche intégrative combinant des données moléculaires (ADN mitochondrial et nucléaire) et morphologiques.Les résultats obtenus concernant les relations phylogénétiques infra-générique montrent que la structuration supposée du genre Eupelmus en trois sous-genres (Eupelmus, Episolindelia et Macroneura), ne peut pas être retenue et que ce genre se structurerait plutôt, à l'échelle géographique retenue, en une douzaine de groupes d'espèces. De plus, l'étude de la taxonomie de deux complexes (ensemble d'espèces morphologiquement proches), les complexes “urozonus” et “vesicularis”, met globalement en évidence une diversité insoupçonnée dans la zone Euro-méditerranéenne et plus d'une dizaine d'espèces ont été découvertes et décrites comme de nouvelles espèces à l'occasion de ces travaux. D'une façon générale, les caractères morphologiques, les marqueurs nucléaires et les marqueurs mitochondriaux se sont révélés relativement concordants sauf au sein du complexe vesicularis qui présente une divergence plus marquée au niveau d'ADN mitochondrial.Dans le cadre particulier du groupe urozonus, ce travail de thèse nous a également permis d'étudier l'évolution de la spécificité d'hôtes en lien avec une phylogénie moléculaire multi-locus relativement bien résolue et une estimation de la longueur d'ovipositeur, un caractère morphologique susceptible d'expliquer l'accès aux hôtes. D'une façon générale, les analyses comparatives révèlent que la spécificité d'hôtes n'est pas contrainte par la phylogénie. Nous observons ainsi des spectres d'hôtes très contrastés entre des espèces phylogénétiquement très proches. De même, la longueur d'ovipositeur, qui semble un caractère très labile à cette échelle, ne semble pas déterminer le spectre d'hôtes. L'ensemble des résultats obtenus ont finalement été utilisées de façon à mieux comprendre le rôle potentiel de certaines espèces d'Eupelmus sur des insectes ravageurs, la mouche de l'olive Bactrocera oleae et le cynips du châtaignier Dryocosmus kuriphilus
The genus Eupelmus Dalman (Chalcidoidea: Eupelmidae: Eupelminae) includes ecto-parasitoids attacking mostly nymphal and larval stages of various holometabolous insects. So far, the systematics of the Eupelmus genus remained poorly resolved due to limited data restricted to morphological information and the absence of recent, reliable and comprehensive taxonomic revisions. In this context, many questions arise concerning (i) the relevance of the current sub-generic classification of the Eupelmus genus; (ii) the availability of the taxonomic status of some species described; (iii) the reliability of ecologic information such as the host range and the geographical distribution; and therefore, (iv) the understanding of the ecological specialization's processes and the potential role of certain species of Eupelmus as auxiliaries of biological control. This thesis work has therefore aimed to address all of these questions by using, for the purposes of phylogeny and taxonomy, an integrative approach combining molecular (nuclear and mitochondrial DNA) and morphological data.The results obtained concerning the sub-generic phylogenetic relationships show that the supposed structuration of Eupelmus genus into three subgenera (Eupelmus, Episolindelia and Macroneura), can not be retained and that this genus would be rather structured, at the retained geographical scale, in a dozen of species groups. In addition, the study of taxonomy of two complexes (sets of morphologically similar species), the complex “urozonus” and “vesicularis”, overall highlights unsuspected diversity in the Euro-Mediterranean area and more than ten species have been discovered and described as new species on the occasion of this work. Generally, the morphological characteristics, nuclear markers and mitochondrial markers have been relatively consistent except within the vesicularis complex which exhibits more marked divergence in the mitochondrial DNA.In the particular case of the urozonus species group, this thesis work has also allowed us to study the evolution of the host specificity in relation to a relatively well-resolved multi-locus molecular phylogeny and an estimate of the length of ovipositor, a morphological character that could explain the ability to parasitize protected hosts. In general, the comparative analyses show that the host specificity is not constrained by the phylogeny. We indeed observe highly contrasted hosts ranges between closely phylogenetically related species. Similarly, the length of ovipositor, which seems a very labile character at this scale, does not seem to determine the host range. All the results obtained have finally been used to better understand the potential role of some Eupelmus species on two insect pests, the fruit olive fly Bactrocera oleae and the chestnut gall wasp Dryocosmus kuriphilus

Afin d’éclaircir l’alpha-taxonomie du genre Bythinella, plusieurs approches, moléculaires et morphométriques ont été conduites ainsi que l’application de critères de délimitation dérivés d’un cadre théorique de concept unifié de l’espèce. Ces analyses ont mis en évidence la présence de lignées attribuables au rang d’espèce. Nos résultats ont bouleversé notre regard sur le groupe. Alors que la taxonomie traditionnelle reconnaissait le moindre morphe local comme bonne espèce, nous montrons que même les caractères conchyliologiques les moins discutés ne reflètent pas les limites réelles entre espèces. Les analyses morphométriques ont révélé que ces entités évolutives ont fixé des caractères conchyliologiques comme la forme globale de la coquille. Cependant ces différences interspécifiques semblent en partie biaisées par la variabilité intraspécifique. Nos résultats permettent de donner les premiers outils diagnostiques, moléculaires et morphométriques, pour identifier ces différents taxons nominaux
In order to clarify the alpha-taxonomy of the genus Bythinella, we performed several molecular and morphometric methods and applied delimitation criteria derived from an unified species concept framework. Our results challenge the knowledge of the group. Whereas traditional taxonomy recognized all morphs as good species, we showed that even the least discussed shell characters do not reflect true species boundaries. Thus it seems that traditional alpha-taxonomy led to an overestimation in epigean habitats and to an underestimation of the genus alpha-diversity in underground habitats. Morphometric analyses revealed that these evolutionary lineages fixed morphological characters such as the global shell shape. But, inter-specific differences are partly biased by intra-specific variability. Our results allow to give the first diagnostic tools, molecular and morphometric, to identify these different nominal taxa

Le manteau qui enveloppe la masse viscerale des bivalves assure la croissance de la coquille par la production de matrice organique et de biocristaux carbonates. La description histochimique, histoenzymologique, structurale et ultrastructurale des zones distale et palleale du manteau a ete realisee chez l'huitre perliere pinctada margaritifera. Cette etude a permis de definir la normalite tissulaire, de proposer une fonctionnalite pour plusieurs zones epitheliales en relation avec leur role dans le depot des prismes calcitiques, des tablettes de nacre et de leurs enveloppes organiques. La localisation du greffon a prelever pour la perliculture peut en etre deduite. L'equipement enzymatique du manteau d'un echantillon altere n'est pas significativement different de celui d'un echantillon normal. L'analyse cladistique du polymorphisme enzymatique du manteau chez quatre especes a montre l'ancestralite de pinctada radiata, la recente differenciation de p. Margaritifera et p. Mazatlanica et la position intermediaire de p. Maculata. Ces resultats sont interpretes en fonction des modeles biogeographiques de vicariance et de dispersion

Thèse de Docteur-Ingénieur en Ecologie, Mention Zooécologie.
Ce travail porte sur l'étude comparée de trois espéces de Trichogrannnes T. buesi VOEGELE, T. maidis PINTUREAU et VOEGELE et T. embryophagum HARTIG, originaires de trois strates végétales bien marquees, respectivement: basse, moyenne et haute. Une premiére partie, consacrée à la systematique examine les différences et distances séparant les trois espèces, sur le plan morphologique, biométrique et enzymatique. Elle révèle l'importance de la soie du tornus au niveau taxonomique et les differences marquées au niveau des estérases. La seconde partie met en évidence l'importance de l'hôte, de la température, du rythme nycthémèral et de la compétition sur la capacité parasitaire, la fertilité, le taux sexuel et l'émergence. T. ernbryophagum se distinge des deux autres espèces par une moindre fécondite et une ponte beaucoup plus étalée, par son caratère dominant dans les compétitions interspécifiques et par son émergence en phase éclairée au lieu d'obscure. La troisième partie axée sur l'éthologie décrit l'influence de la température et de la lumière sur la mobilité. Elle examine également les différentes séquences du comportement de ponte en fonction de l'hôte et de l'âge des femelles et souligne l'importance de la position du support dans la recherche du site de ponte.

RésuméLe présent travail a été réalisé dans et autour de la forêt de montagne du Parc National de Kahuzi-Biega (PNKB), à l’Est de la RD Congo. Ce site naturel de patrimoine mondial fut créé principalement pour protéger la sous-espèce de gorille, le Gorilla beringei graueri, une espèce en danger critique d’extinction. L’objectif de cette thèse est d’analyser le double usage des espèces végétales qui sont utilisées dans la médecine traditionnelle et dans le régime alimentaire des gorilles pour une gestion durable de la biodiversité, et en particulier, des ces espèces végétales les plus sollicitées par les tradipraticiens et qui sont utiles dans l’alimentation et potentiellement l’automédication des gorilles. Pour réaliser cette étude, nous avons abordé les tradipraticiens spécialistes ;nous avons fait des observations directes de gorilles de 4 groupes et nous avons évalué la végétation de leur habitat en forêt d’altitude du parc. L’analyse des données a été réalisée grâce aux approches de l’ethnobotanique quantitative et de l’écologie numérique.Les résultats montrent que, sur la base de l’usage de 77 espèces médicinales inventoriées, la typologie des tradipraticiens n’est pas basée sur leurs origines ethniques et géographiques mais sur leurs spécialités. Ils utilisent les mêmes plantes pour soigner les mêmes maladies. La forte convergence de leurs pratiques et le degré de consensus très élevé sur les plantes qu’ils utilisent pour traiter les maladies traduisent une tradition médicinale solidement ancrée au sein des groupes ethniques vivant dans cette région du Parc. Cependant, 83% des espèces utilisées par les tradipraticiens sont forestières. Les usages des plantes médicinales comparés aux choix alimentaires des gorilles montrent que 78 % des espèces végétales consommées par ces primates sont utilisées par les tradipraticiens, avec une similarité de 80% d’usage des parties de plantes. Ce chevauchement très élevé d’usages traduit une compétition potentielle pour les plantes à double usage. Il met en danger à la fois les plantes, les gorilles et la médecine locale.Cette thèse montre ainsi la nécessité de mieux comprendre les différentes spécialités médicinales au sein des ethnies et leur recours à certaines plantes spécifiques d’une part, et d’autre part ,le besoin de mieux étudier les pratiques d’automédication du gorille de Grauer au PNKB.Ces enseignements contribueront à la conservation de ces espèces végétales à double usage à la fois utiles pour l’homme et pour les grands singes.AbstractThis work was carried out in the mountain region of Kahuzi-Biega National Park (KBNP) in eastern DR Congo. That natural site was primarily created to protect the lowland gorilla, Gorilla beringei graueri, a species in critical danger of extinction. The aim of this thesis is to analyze the dual-use of plants that are used both in traditional medecine and by gorillas in order to sustain the conservation management of plants most used by traditional healers and at the same time as food or for medication purposes by gorillas. For this study, we addressed traditional healers recognized as specialists in Batwa, Havu, Bashi and Tembo ethnic groups; we made direct observations of 4 groups of gorillas and assessed the vegetation within gorilla habitat in the mountain forest. Data analysis was conducted with two approaches: quantitative ethnobotany and numerical ecology. For 77 medicinal species identified, the results show that the typology of traditional healers relies on their specialisation than on ethnic and geographical membership. They use the same plants to treat the same diseases.The strong convergence of their practices and the high degree of consensus on plants they use to treat diseases reflect a consolidated medicinal tradition among ethnic groups living in this area of the Park. However, 83% of species used by traditional healers grow in the forest.The uses of medicinal plants compared to gorilla’s food choices show that 78% of plant species consumed by these primates are also used by traditional healers, with a similarity of 80% of use of plant parts. This high overlap of uses reflects a potential competition for dual-use plants, that endangers both plants, gorillas and local medicine.The topic thus shows the need of further studies for better understanding the different specialisation within local medicine and the use of specific plants on the one hand. The other hand, the self-medication practices of Grauer's gorilla in KBNP need to be investigated.These insights will contribute to the conservation of these dual-use plant species which are useful for both humans and great apes.Keywords: Traditional medicine – Traditional healers- Gorilla Grauer - Kahuzi-Biega- National Park- DR Congo.
Doctorat en Sciences agronomiques et ingénierie biologique
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Discrimination des genomes des sous especes m. M. Domesticus et m. M. Musculus etudie a l'aide de differents marqueurs genetiques, locus autosomaux, chromosome y et adn mitochondiral; mise en evidence d'une zone d'hybridations entre ces especes

Le groupe " scoparius " est composé de Cytisus scoparius (Genisteae, Fabaceae) et des taxons qui lui sont apparentés dans le genre Cytisus. Des études taxinomiques et morphométriques ont permis de délimiter 10 espèces réparties en trois sections Alburnoides, Spartopsis et Verzinum. Une phylogénie moléculaire basée sur des marqueurs chloroplastiques trnD-T, trnS-G et nucléaires ITS, LEGCYCIAa, LEGCYCIAb et LEGCYCIAc a montré que les sections Alburnoides et Verzinum, toutes deux monophylétiques (à condition d'inclure C. striatus dans la section Alburnoides), sont des groupes frères alors que la section Spartopsis, paraphylétique ou monophylétique selon la position de C. commutatus (sect. Corothamnus) est plus éloignée. Quatre hybrides cultivés sont issus de croisements entre espèces du groupe " scoparius ". La comparaison de données ITS issues de clonage a confirmé les deux parents proposés par la littérature pour trois de ces hybrides et un des parents du dernier hybride. Le marqueur chloroplastique trnD-T s'est révélé efficace pour déterminer le sens du croisement à l'origine de trois des hybrides du groupe. L'addition des quatre hybrides dans les analyses phylogénétiques a montré que les hybrides entre taxons proches forment un clade avec leur parent maternel et ne modifient pas les relations entre taxons non hybrides. En revanche, l'ajout d'hybrides entre taxons éloignés peut provoquer des effondrements de clades ainsi que des changements de topologie. Le groupe " scoparius " comprend également plus de 150 cultivars dont 40 ont été caractérisés. L'analyse de données ISSR, trnD-T et SSR a permis de confirmer et de compléter les données généalogiques de 28 de ces cultivars et ainsi de reconstituer un pedigree à 7 générations.

La repartition de la variabilite de l'ADN mitochondrial et du chromosome y ont ete examinees a une echelle continentale montrant une incompatibilite de repartition de ces deux marqueurs expliquee par une influence de la selection sur le chromosome Y. Nous avons egalement analyse ces deux marqueurs a une echelle populationnelle montrant ainsi une absence de flux genique par les males entre des races chromosomiques. Parallelement l'evolution de la famille multigenique zfy a ete etudiee dans le genre mus

Le groupe des Vipera s. L. Comprend les nombreuses espèces du genre Vipera, mais aussi celles des genres apparentés Macrovipera et Daboia. La systématique de ce groupe basée sur les caractères morphologiques ainsi que sur les distances immunologiques est mal définie. Ces vipères présentent une morphologie relativement similaire, peu favorable à la détermination de synapomorphies. C'est l'apparition récente de la neurotoxicité du venin des V. Aspis aspis du Sud-Est de la France qui nous a amené à étudier plus précisément le genre Vipera. Le venin de V. A. Zinnikeri, localisée dans le Sud-Ouest de la France, présente une neurotoxicité déjà décrite depuis longtemps, mais la distance qui sépare les populations de ces deux taxons neurotoxiques ne favorise pas l'hypothèse de l'hybridation. Pour appréhender le problème, deux approches complémentaires ont été tentées pour étudier le polymorphisme génétique du groupe de V. Aspis s. L. : (1) la phylogénie moléculaire de 43 taxons basée sur l'analyse de la variabilité nucléotidique de deux gènes mitochondriaux (Cyt b et ND2) et (2) la structure génétique des populations françaises de V. A. Aspis et V. A. Zinnikeri définie à partir de l'analyse de marqueurs neutres telles que les isoenzymes. Les résultats ont permis de (1) améliorer la systématique du groupe des Vipera s. L. Définie par la tribu des Viperini, en dégageant quatre genres répartis en deux groupes (le groupe européen composé du genre Vipera, et le groupe oriental composé par Montivipera, Macrovipera et Daboia), trois clades à l'intérieur du genre Vipera (le complexe de V. Ammodytes, le groupe de V. Aspis et Pelias), et deux clades (italien et français) au sein des V. Aspis, (2) caractériser les populations de V. A. Aspis neurotoxiques du Sud-Est de la France qui forment un groupe émergeant très tôt de la lignée des V. A. Aspis, (3) dégager les stratégies évolutives mises en place dans les différents taxons au cours de leur histoire, et (4) proposer une synthèse sur la répartition biogéographique des Viperini. Les perspectives à ce travail sont nombreuses et parmi elles, on peut citer : l'amélioration des relations phylogénétiques au sein des Viperini en réalisant davantage d'études moléculaires, morphologiques, écologiques, toxicologiques et des caryotypes de ce groupe. La poursuite et l'amélioration des études de génétique des populations et de phylogéographie devront être incitées pour mesurer l'impact des bouleversements de l'environnement sur l'organisation des populations de vipères
Vipera s. L. Group includes numerous species belonging to the Vipera genus and to related genera Macrovipera and Daboia. Although neurotoxicity properties of the Vipera aspis zinnikeri venom is already known, it has never been described before 1992 for Vipera aspis aspis in the southeastern France. Two complementary approaches were conducted to study genetic polymorphism of Vipera s. L. And to better understand European vipers evolution: (1) molecular phylogeny inferred from mitochondrial DNA (Cyt b and ND2) for 43 taxa, and (2) genetic structure of French V. A. Aspis and V. A. Zinnikeri populations from allozymes analyses. Our results clarified the systematic of the Vipera s. L. , defining the tribe of Viperini with four genera (Vipera, Montivipera, Macrovipera and Daboia). Three clades composed the Vipera genus with V. Ammodytes complex, V. Aspis group and Pelias, whereas the V. Aspis complex was divided into two clades, an Italian and a French. The neurotoxic populations of V. A. Aspis from southeastern France were clustered and branched out very early in the V. A. Aspis history. We have discussed the patterns of evolution within Viperini and presented a synthesis of the biogeography of this group

Les angrecoïdes constituent le groupe d'orchidées épiphytes le plus diversifié dans les Afrotropiques, comprenant environ 800 espèces. Bien que beaucoup d'attention leur aient été porté, certaines énigmes taxonomiques subsistent au sein des angraecoïdes, et les facteurs à l'origine de leur diversification rapide sont encore inconnus. Les angraecoïdes présentent une remarquable diversité en termes du nombre chromosomique, en faisant un système très approprié pour explorer l'impact des changements caryotypiques sur la cladogenèse, les taux de spéciation/extinction et la diversification morphologique dans le contexte des fluctuations climatiques en Afrique tropicale depuis le Miocène. En outre, grâce au large éventail des longueurs d'éperon nectarifère que ces orchidées présentent, elles ont fait l'objet, depuis Darwin, de recherches approfondies dans le cadre des interactions plantes-animaux. Ici, sur base de nouveaux arbres phylogénétiques produits en utilisant ITS-1 ainsi que cinq marqueurs plastidiques et englobant environ 40 % des espèces, nous fournissons un nouveau cadre taxonomique pour les principales lignées d'Angraecinae. De plus, le cadre taxonomique des angraecoïdes est mis à jour avec, notamment, la description de trois nouveaux genres et six nouvelles espèces. Cette nouvelle hypothèse phylogénétique nous a permis d'étudier si les changements des caryotypes et des pollinisateurs ont pu être les moteurs de la radiation évolutive des angraecoïdes. La reconstruction des états ancestraux du nombre chromosomique révèle une histoire caryotypique dominée par la dysploïdie descendante en Afrique tropicale continentale, où environ 90 % des espèces dérivent d'au moins un changement inféré de n = 17–18 à n = 25 au Miocène moyen. L’examen des intervalles de position du nectar par rapport au pollen dans les Afrotropiques a révélé qu'environ 3 % de la flore des angiospermes de Madagascar est probablement pollinisée par des sphinx, alors que cette proportion est d'environ 1,6 % en Afrique continentale. Les nombreux changements de guilde de pollinisateur vers la sphingophilie ayant eu lieu chez les angraecoïdes seraient à l’origine d’environ 31 % des espèces, y compris certaines lignées ayant les taux de spéciation les plus élevés. En dehors du domaine de la sphingophilie, de nouveaux exemples possibles d’ornithophilie, de phalénophilie et de pollinisation par des tipules à long proboscis/microlepidoptères sont discutées. Des perspectives de recherche concernant l'évolution génomique chez les angraecoïdes et l'impact et les mécanismes des changements des sites de fixation des pollinies sont suggérées. Enfin, certaines priorités pour l’observation de nouveaux pollinisateurs sur le terrain et les frontières de l’alpha et bêta-taxonomie chez les angraecoïdes sont présentées.
Doctorat en Sciences
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La présente thèse s’intéresse à l’histoire de la forêt tropicale Africaine de la région Guinéo-Congolaise (GC), plus particulièrement à l’histoire de sa fragmentation au niveau de la trouée du Dahomey ou Dahomey Gap (DG). Le DG est un corridor de savanes situé au niveau du sud Bénin et Togo et qui sépare la forêt GC en deux blocs :le bloc d’Afrique de l’ouest (WA) ou Haut Guinéen (UG) et le bloc d’Afrique centrale (CA), phytogéographiquement constitué du Bas Guinéen (LG) à l’ouest et du Congolais (C) à l’est. En effet, Les études de reconstitution des paléo-végétations dans le DG ont révélé que la forêt GC formait un seul bloc durant certaines phases interglaciaires et aurait subi une fragmentation durant les phases glaciaires. De plus, les études botaniques et phytogéographiques de la végétation actuelle du Bénin et du Togo (DG) ont révélé la présence d’îlots de forêts denses semi-décidues, de galeries forestières et de forêts riveraines qui contiennent des espèces typiques des forêts denses humides GC. Ces données pointent le rôle de barrière intermittente joué par le DG, mais on connaît mal l’origine de ces espèces GC du Dahomey Gap ni les conséquences évolutives des changements démographiques passés sur la diversité génétique de leurs populations. L’objectif principal de cette thèse est donc de déterminer avec une approche pluridisciplinaire l’origine des populations d’espèces GC du Dahomey Gap en vue de mieux comprendre l’histoire de la fragmentation de la forêt GC au niveau du DG et l’impact des changements climatiques passés sur la diversité intraspécifique. Pour atteindre cet objectif, au niveau interspécifique, (1) les patrons de diversité et de distribution géographique des espèces GC du DG ont été analysés afin de déterminer l’affinité ou origine WA et/ou CA de ces espèces. Ensuite, au niveau intraspécifique des données de microsatellites nucléaires et de génome chloroplastique entier ont été acquises afin de réaliser des analyses de diversité génétique, de phylogéographie et de l’histoire démographique des populations chez trois espèces d’arbres GC présentes dans le DG :Anthonotha macrophylla, Distemonanthus benthamianus et Terminalia superba. Pour chaque espèce nous avons tenté de déterminer (2) si les populations du DG de ces espèces se distinguent génétiquement des populations forestières, (3) si il y a des signatures génétiques de changements démographiques au sein des populations (changement de taille, fragmentation, fusion), (4) quelle est l’origine et la période d’installation des populations actuelles du DG et (5) quelles sont les capacités de dispersion des gènes et leur potentiel de colonisation. L’étude des patrons de diversité et de distribution géographique de la flore GC du DG montre que cette flore est partagée à 67 % par les deux blocs forestiers, mais qu’une plus grande proportion de ces espèces a une origine ou affinité CA (19,7%) que WA (13,3%). Elle montre aussi un patron est-ouest attendu (proportion d’espèces WA croissante vers l’ouest du DG), mais aussi nord-sud au niveau du Bénin (plus d’espèces WA vers le nord) suggérant le rôle potentiel de la chaîne de l’Atacora dans la colonisation du nord du DG par des espèces du UG.Au niveau génétique, les données de microsatellites nucléaires et de plastome montrent une forte structure génétique et une discontinuité génétique au sein des trois espèces séparant la population du DG avec celles des zones forestières indiquant une barrière passée au flux de gènes (1 pool génétique dans le DG, 1 pool génétique dans le WA et 3 pools génétiques dans le CA ou LG ;avec les données microsatellites nucléaires). Les inférences démographiques sur base des mêmes données microsatellites soutiennent le scénario d’origine par mélange de la population du DG pour les espèces D. benthamianus et T. superba tandis que pour A. macrophylla, c’est plutôt une origine CA. Les données de plastome quant à elles, soutiennent que la population du DG provient de la lignée LG (notamment depuis la ligne volcanique du Cameroun) des deux espèces D. benthamianus et A. macrophylla. Ce résultat concorde avec celui obtenu avec les données microsatellites de A. macrophylla mais pas pour D. benthamianus, laissant ainsi penser que l’origine de mélange obtenu pour cette espèce pourrait être due à un flux de gènes intense depuis le UG. Les datations à partir des données microsatellites nucléaires montrent que l’installation des populations des espèces T. superba et A. macrophylla date d’avant le Dernier maximum glaciaire (DMG), suggérant que certaines espèces GC du DG auraient survécu au DMG. Pour D. benthamianus, la population du DG proviendrait plutôt d’une colonisation post glaciaire notamment lors de l’Holocène humide. Cette étude montre aussi que les populations du DG des différentes espèces présentent une faible diversité génétique comparativement aux zones forestières. Cette faible diversité génétique est congruente avec le déclin de la taille efficace suivi d’une dérive génétique pour A. macrophylla et T. superba, et avec l’effet de fondation ou un goulot d’étranglement suivi d’une dérive génétique pour D. benthamianus; obtenus à partir des analyses démographiques.En conclusion, cette étude doctorale révèle donc la particularité génétique de la population du DG des trois modèles étudiés et supportent une origine LG (probablement depuis la ligne volcanique du Cameroun) de la population du DG de ces espèces avec un flux de gènes intense depuis le UG. Elle pointe aussi que la réponse des espèces GC du DG aux changements climatiques passées pourrait n’avoir pas été synchrone, probablement en raison de l’écologie de chacune des espèces. Les fragments forestiers du DG devraient faire l’objet d’attention particulière de conservation car, il n’est pas exclu que malgré leur faible diversité, les populations du DG aient subit une sélection génétique et qu’elles soient plus adaptées aux conditions climatiques sèches du DG, dans quel cas elles représentent une ressource phytogénétique potentiellement importante.
Doctorat en Sciences
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Le lac de Tonlé Sap (TSL), Cambodge, est un écosystème lac-rivière de forêt alluviale au régime d'écoulement alternatif. Le lac est un déversoir lors de l'inondation saisonnière du Mékong et sert de réservoir en période de basses eaux. La superficie du lac pendant la saison sèche (février à mai), est d'environ 2 700 km2 pour une profondeur d'environ 1 mètre. Cette superficie est pratiquement multipliée par six quand arrive la saison des pluies, pour atteindre près de 16 000 km2 et une profondeur de 9 mètres, noyant rizières et forêts. C'est le plus grand lac d'eau douce d'Asie du Sud-Est. C'est aussi l'une des zones de pêche d'eau douce les plus importantes et productives du monde avec près de 75% du volume annuel de pêche en eau douce du Cambodge, ce qui permet la survie de près de 2,5 millions de personnes. Les changements saisonniers du cycle hydrologique ont une influence sur la structuration des communautés de poissons à l'échelle temporelle et spatiale, mais aussi sur les comportements trophiques des principales espèces qui n'exploitent alors pas les mêmes habitats. Toutefois, le bassin versant du Mékong est en changement constant avec un développement important des infrastructures en lien avec l'eau : production d'hydro-électricité, besoins important en irrigation, maitrise des inondations, eau potable, ... Les changements climatiques accélèrent les modifications du cycle hydrologique annuel. Il est alors supposé que ces modifications ont des effets forts sur les habitats et les proies disponibles et finalement sur la biodiversité, notamment de l'ichtyofaune et sur l'abondance des poissons disponibles pour les pêcheries.Dans un premier temps, nous avons caractérisé les variations spatio-temporelles de la composition taxonomique des poissons et mis en lumière quels sont les déterminants de ces variations. À cette fin, nous avons estimé la diversité bêta comme la variance totale de la matrice site par communauté d'espèce et l'avons divisée en contribution locale à la diversité bêta (LCBD) et contribution des espèces à la diversité bêta (SCBD). Nous avons ensuite effectué plusieurs régressions linéaires pour déterminer si la richesse taxonomique, l'abondance des espèces et le niveau de l'eau expliquaient la variation temporelle de la contribution du site et de l'espèce à la diversité bêta. Nos résultats indiquent une forte variation temporelle de la diversité bêta due aux contributions différentielles des sites et des espèces à la variation spatiale de la composition taxonomique des poissons. Nous avons également constaté que la direction, la forme et l'effet relatif de la richesse spécifique, de l'abondance et du niveau de l'eau sur la variation temporelle des valeurs LCBD et SCBD varient grandement selon les sites. Ces résultats suggèrent ainsi une variation spatiale des processus conduisant à une variation temporelle de la composition de la communauté. Dans l'ensemble, nos résultats suggèrent que la composition taxonomique des poissons n'est pas distribuée de manière homogène dans l'espace et dans le temps et risque d'être affectée à l'avenir si la dynamique saisonnière d'écoulement du système est altérée par les activités humaines et/ou les changements climatiques. Dans un second temps, nous avons cherché à étudier le modèle d'évolution temporel des principales espèces en terme d'occurrence et d'abondance à travers le cycle saisonnier hydrologique
The Tonle Sap Lake (TSL), Cambodia, is a flood-pulse system. It is the largest natural lake in South- East Asia and constitutes one of the largest fisheries over the world, supporting the livelihood 2.5 million peoples. Seasonal change in annual hydrological cycle appears to have influence on fish community structure, both spatial and temporal variation, particularly on feeding behavior of TSL's fishes. Nonetheless, the Mekong River Basin is changing rapidly due to accelerating water infrastructure development (hydropower, irrigation, flood control, and water supply) and climate change, bringing considerable modifications to the annual flood-pulse of the TSL. Such modifications are expected to have strong impacts on fish biodiversity, abundance, reduced habitat and food availability within the lake. To invest how TSL's fish community structure responds to the seasonal change, how they shift their diet across hydrological cycles and feeding competing for food resource: First, we aim to characterize the spatio-temporal variations of fish taxonomic composition and to highlights the underlying determinants of these variations. For this purpose, we estimated beta diversity as the total variance of the site-by-species community matrix and partitioned it into Local Contribution to Beta Diversity (LCBD) and Species Contribution to Beta Diversity (SCBD). We then performed multiple linear regressions to determine whether species richness, species abundances and water level explained the temporal variation in the contribution of site and species to beta diversity. Our results indicate strong temporal variation of beta diversity due to differential contributions of sites and species to the spatial variation of fish taxonomic composition. We further found that the direction, the shape and the relative effect of species richness, abundances and water level on temporal variation in LCBD and SCBD values greatly varied among sites, thus suggesting spatial variation in the processes leading to temporal variation in community composition. Overall, our results suggest that fish taxonomic composition is not homogeneously distributed over space and time and is likely to be impacted in the future if the flood-pulse dynamic of the system is altered by human activities. Second, we aim to investigate the temporal pattern of the most occurrence and abundance species and how their co-occurrence pattern across hydrological cycles. We found that occurrence and abundance patterns were temporally varied at all water level seasons. Strong temporal variation in species occurrence was occurred with visiting species such as Labiobarbus leptocheilus and Poropuntius deauratus while water level starts to fill into the TSL. We further observed that the abundance of 17 species was strongly varied while other 22 species (mainly TSL's residential species) were stable within the year. Positive species co-occurrence pattern was generally higher than negative species co-occurrence at all water level seasons. Highest positive co-occurrence patterns were found during the period of decrease and low water level seasons while fishes are migrating from flooded areas, competing for resource and habitats during low water season. Study on temporal distribution and species co-occurrence of fish and how community responds to the seasonal change in hydrological cycles provides critical information for fisheries management and conservation in the Tonle Sap Lake (TSL) as well as maintaining fish biodiversity in the Mekong system. Third, the implications of seasonality on food web structure have been notoriously understudied in empirical ecology, particularly in TSL's system. The current study, we focus on seasonal changes in one key attribute of a food web, vertical trophic position of consumers

Chez les insectes phytophages, l'adaptation à la plante hôte peut correspondre à l'une des premières étapes de la spéciation. Dans ce contexte, ce manuscrit s'intéresse à Spodoptera frugiperda (Lepidoptera : Noctuidae), un ravageur responsable de dommages importants sur de nombreuses cultures en Amérique et dans les Caraïbes. Spodoptera frugiperda présente deux variants, l'un adapté au riz et l'autre au maïs, et constitue un modèle biologique pertinent pour étudier ce mécanisme. En effet, les deux variants sont morphologiquement identiques, mais ils sont génétiquement différenciés et présentent des différences écologiques et comportementales. L'ensemble de ces caractéristiques suggèrent la présence d'un isolement reproducteur entre les deux variants, qui pourraient alors correspondre à deux espèces différentes. Cependant la présence d'hybrides dans la nature ainsi que des résultats controversés sur le succès d'accouplement entre les deux variants, rendent ambiguë le statut d'espèce de S. frugiperda. L'objectif de ce travail est donc de mieux estimer, à travers une étude intégrative, le niveau de différenciation génétique présent entre les deux variants de S. frugiperda. Grâce à un premier niveau d'analyse, menées à partir de population naturelles, il a été possible de mettre en évidence un niveau de différenciation génétique élevé entre les deux variants, qui est compatible à celui attendu entre deux espèces. Le deuxième niveau d'étude réalisé à partir de population de laboratoire nous a permis de mettre en évidence la présence d'un isolement reproducteur entre les deux variants, se traduisant notamment par une distorsion de ségrégation méiotique des marqueurs moléculaires chez les hybrides. L'ensemble de ces résultats supportent l'hypothèse selon laquelle le variant riz et maïs de Spodoptera frugiperda seraient des entités situées à une étape avancée dans le continuum de la spéciation
In phytophagous insects, adaptation to host plant could be the first step leading to speciation. In this context, this document focus on moth Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae), a pest responsible for serious damages in several crops in the Western hemisphere. Spodoptera frugiperda consists of two host-plant strains, one adapted to rice and the other adapted to maize, which made it a relevant model to study this mechanism. Though the two variants are morphologically identical, they are nonetheless genetically distinguishable and present some ecological and behavioral differences. The species status of S. frugiperda is also highly controversial because hybrids naturally occur in the wild, not to mention the fact of the discrepancies among published results concerning mating success between the two strains. The aim of this thesis is thus to better estimate, through an integrative approach, the level of genetic differentiation between the two variants of S. frugiperda. Starting with natural populations, various phylogenetic methods allowed us to highlight a high level of genetic differentiation between the two variants, compatible with what is expected between distinct species. Furthermore, studies on laboratory populations, including crossing experiments, showed a significant unidirectional bias in inter-strain mating success and the presence of meiotic segregation distortion of molecular markers in hybrid progenies. These results as a whole support the assumption that the two strains of S. frugiperda are well-advanced in the continuum of speciation

Les écosystèmes sub-Antarctiques sont particulièrement vulnérables aux perturbations environnementales et notamment aux invasions biologiques. L'introduction du Chat (Felis silvestris catus) sur la Grande Terre de l'archipel des Kerguelen a eu des effets désastreux sur les communautés d'oiseaux marins. Ce prédateur doit sa survie dans cet environnement à la présence d'une proie introduite, le Lapin (Oryctolagus cuniculus), qui constitue sa ressource principale pendant l'hiver lorsque les oiseaux marins sont repartis en mer. L'éradication du chat n'apparaît pas être une solution réaliste compte tenu de la taille de l'île (6675 km2) et son inaccessibilité. De plus elle serait susceptible de conduire à des résultats non souhaités comme par exemple une explosion démographique des populations de lapins. La mise en place d'une politique de gestion adaptée nécessite d'améliorer notre connaissance des facteurs qui conditionnent la dynamique spatio-temporelle des populations de chats. Au cours de cette thèse, j'ai cherché à identi_er les mécanismes des interactions entre le chat, le lapin et la végétation, car elles sont attendues conditionner celles existantes entre le chat et les oiseaux marins. J'ai analysé la dynamique spatio-temporelle de quatre populations de chats sur la Grande Terre et j'ai en particulier recherché si des conditions environnementales spatialement corrélées (effet Moran) pouvaient, en se propageant dans la chaine alimentaire, synchroniser les variations temporelles d'abondance des populations de chats. Enfin, j'ai étudié l'impact des variations spatio-temporelles d'abondance des populations de chats sur les variations spatio-temporelles de la structure génétique des populations de chats.

Sous les latitudes tempérées, les aires de distribution respectives des espèces d'insectes sont généralement conditionnées par les températures hivernales au travers de seuils minimaux de tolérance pour la survie et le développement. Ainsi, le déplacement des aires de répartition est un des effets les plus notables du réchauffement climatique sur les espèces sensibles au froid. Cependant, les conséquences de la colonisation de nouveaux milieux par les espèces en expansion, notamment sur les interactions interspécifiques restent largement inexplorées. La processionnaire du pin est un ravageur d'origine méditerranéenne, dont l'aire de répartition s'est considérablement étendue vers le nord et en altitude ces deux dernières décennies. Cette expansion est liée à la hausse des températures hivernales qui permet une meilleure survie des colonies se développant durant cette période. Notre étude s'est développée autour de deux axes de recherches : (1) la réponse des ennemis naturels à l'expansion de leur hôte ; (2) l'impact de la colonisation sur une espèce protégée inféodée à la même ressource alimentaire, l'Isabelle de France. Nos résultats ont montré que dans les zones nouvellement colonisées, la processionnaire du pin est libérée de la pression de ses parasitoïdes oophages. Ainsi, au niveau du front d'expansion, une femelle de processionnaire du pin produira plus de descendants que dans le coeur de son aire de répartition. De plus, la défoliation par la processionnaire du pin a un effet négatif sur le développement des chenilles d'Isabelle de France. Nos résultats contribuent à comprendre les causes de l'expansion de ce ravageur forestier et ses conséquences sur les espèces autochtones des zones nouvellement colonisées.

Cette étude comparative est une révision de la famille des Harrimaniidae basée sur les caractères morphologiques d'espèces connues et nouvelles provenant des collections de William E. Ritter, Theodore H. Bullock et Kandula P. Rao rassemblées au cours du 20e siècle. Les descriptions présentées ici portent le total des genres de cinq à neuf par l'ajout de Horstia n. gen., Mesoglossus n. gen., Ritteria n. gen et Saxipendium, un genre auparavant attribué à la famille monospécifique des Saxipendidae. Le nombre d'espèces est porté à 34 par la description de cinq nouvelles espèces du Pacifique oriental: Horstia kincaidi, Mesoglossus intermedius, Mesoglossus macginitiei, Protoglossus mackiei et Ritteria ambigua. La description d'une sixième espèce, Stereobalanus willeyi Ritter et Davis, 1904 (nomen nudum) est présentée ici pour la première fois, ainsi qu'une description abrégée de Saxipendium coronatum. Quatre espèces précédemment attribuées au genre Saccoglossus sont transférées au genre Mesoglossus: M. bournei, M. caraibicus, M. gurneyi, et M. pygmaeus et Saccoglossus borealis est transféré au genre Harrimania. Une hypothèse phylogénétique sur la famille des Harrimaniidae est émise, présentant l'évolution possible des caractères morphologiques au sein du groupe. Finalement, des notes sur la distribution géographique étendue mais discontinue de plusieurs espèces suggère que les entéropneustes auraient pu avoir une distribution ancienne continue et plus grande qui aurait été fragmentée par la suite.
This comparative study is a revision of the family Harrimaniidae based on morphological characters of described and undescribed species from the collections of William E. Ritter, Theodore H. Bullock and Kandula P. Rao, gathered in the 20th century. The new descriptions bring the total number of genera to nine by the addition of Horstia n. gen., Mesoglossus n. gen., Ritteria n. gen and Saxipendium, a genus previously assigned to the monospecific family Saxipendidae The number of species is increased to 34, resulting from the description of five new species from the eastern Pacific: Horstia kincaidi, Mesoglossus intermedius, Mesoglossus macginitiei, Protoglossus mackiei and Ritteria ambigua. The description of a sixth species, Stereobalanus willeyi Ritter et Davis, 1904 (nomen nudum) is presented here for the first time and a brief description of Saxipendium coronatum is also presented. Four species previously assigned to the genus Saccoglossus are transfered to the genus Mesoglossus: M. bournei, M. caraibicus, M. gurneyi, and M. pygmaeus, while Saccoglossus borealis is transfered to the genus Harrimania. A phylogenetic hypothesis on the Harrimaniidae is postulated presenting the possible evolution of morphological characters within the group. Finally, notes on the wide but spotty distribution of several species suggest that the Enteropneusta may have once had a wider distribution that has since become fragmented.

De nombreuses espèces animales vivent et s'alimentent en groupe, une situation qui requière que les animaux adoptent des réponses comportementales spécifiques à cette condition sociale. Les travaux effectués lors de mes études doctorales se sont principalement intéressés à explorer les effets que peuvent avoir le nombre de compagnons ainsi que leurs comportements et décisions sur les réponses comportementales des individus appartenant à une espèce sociale d'Estrildidés, le capucin damier (Lonchura punctulata). Une diminution de la vigilance individuelle combinée à une augmentation de la vitesse d'alimentation est généralement rapportée lorsque la taille du groupe augmente. L'augmentation des taux d'alimentation est communément expliquée par les bénéfices en sécurité d'être en groupe: le temps épargné en vigilance étant réalloué dans l'alimentation. Cependant, ceci peut également être expliqué par l'augmentation de la compétition pour les ressources. Il demeure difficile de distinguer entre les différentes fonctions des réponses comportementales induites par une augmentation de la taille du groupe à cause de la difficulté de modifier le comportement des compagnons sans modifier la taille du groupe. Nous avons développé une technique basée sur l'utilisation de repasses d'images vidéos afin de pouvoir contrôler précisément les comportements de vigilance et d'approvisionnement des compagnons. Le premier chapitre présente la première validation de la technique de repasses d'images vidéos dans un contexte d'alimentation sociale chez le capucin damier. Des oiseaux focaux ont été testés dans un dispositif expérimental leur permettant de s'alimenter face à des compagnons ou face à des séquences vidéos de conspécifiques engagés dans l'alimentation. Nos résultats suggèrent que les capucins damiers expriment bien des réponses comportementales en accord avec l'effet de la taille du groupe. Nos résultats montrent également que les individus focaux expriment des patrons de vigilance et d'alimentation similaires lorsqu'ils s'alimentent dans des groupes composés de compagnons réels ou simulés. Il est donc possible de conclure que la technique de repasses d'images vidéos est appropriée pour explorer l'approvisionnement social chez des espèces aviaires. Dans le second chapitre, nous avons testé l'origine de cette augmentation chez les capucins damiers. En utilisant des repasses vidéos, nous avons modifié la taille des groupes et les comportements des compagnons. Nos résultats indiquent que l'augmentation des taux d'alimentation n'apparaît que si les compagnons s'alimentent. Des compagnons ne s'alimentant pas n'induisent ni une diminution de la vigilance individuelle ni l'augmentation des taux d'alimentation. Une augmentation du niveau de compétition induit une diminution de la vigilance des individus focaux. Nos résultats indiquent que l'effet de la taille du groupe chez les capucins damiers semble donc être induit par les coûts imposés par la compétition pour les ressources. Le troisième chapitre est dédié à l'étude des différences interindividuelles lors de l'ajustement comportemental face à une augmentation de la taille du groupe. Dans un premier temps, il a été montré que, malgré des différences interindividuelles constantes entre les individus suggérant une forte constance comportementale, les capucins damiers expriment des patrons similaires de vigilance et d'alimentation en réponse à un changement de la taille du groupe. Dans un deuxième temps, nous avons comparé la force de la plasticité comportementale face à celle de la constance comportementale. Nos résultats suggèrent qu'une forte plasticité comportementale semble être favorisée dans un contexte d'approvisionnement social, car elle devient le prix à payer pour répondre adéquatement à des changements de pression de compétition pour la ressource lorsque le nombre de compétiteurs change. L'information sociale, que des individus obtiennent en observant les décisions de leurs congénères, peut parfois entrer en conflit avec leur information personnelle. Dans le quatrième chapitre, nous avons exploré les coûts éventuels de l'utilisation d'information sociale dans un contexte d'approvisionnement social chez le capucin damier. Il est admis que d'outrepasser son information personnelle et copier les décisions des autres peut être optimal; les individus pouvant alors se retrouver engagés dans des cascades d'information. Si ces cascades impliquent souvent les bonnes décisions, elles peuvent entraîner le groupe à adopter des comportements incorrects. Nous avons examiné comment les capucins damiers utilisent préférentiellement soit l'information sociale soit leur information personnelle dans des situations où les deux types d'informations sont en accord ou se contredisent et en fonction de la force de l'information sociale. Nos résultats montrent que les capucins damiers outrepassent une information personnelle dont la fiabilité est élevée lorsque de l'information sociale suffisamment persuasive est présentée. Si ces phénomènes de cascades ont été décrits chez des humains, notre étude constitue la première évidence empirique montrant que les premiers évènements d'une cascade d'information peuvent apparaître chez des animaux qui s'alimentent en groupe. En conclusion, nous avons montré que chez une espèce d'oiseaux s'alimentant en groupe, les individus vont moduler leurs comportements en fonction, non seulement du nombre et des comportements des autres membres du groupe, mais également de leurs décisions et de la force de l'information sociale. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Capucin damier, Lonchura punctulata, Effet de la taille du groupe, Approvisionnement social, Information sociale, Compétition par exploitation, Repasse d'images vidéo, Plasticité comportementale, Constance comportementale.