Dissertations / Theses: 'Techniques de double hybride'

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Abdel, Gawwad Mohamed Ragab. "Révélation des interactions spécifiques des membres de la famille des TRX et leurs cibles potentielles, par la technique de la double hybride." Perpignan, 2008. http://www.theses.fr/2008PERP0930.

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Abstract:

Les thiorédoxines (TRX) sont de petites protéines (≈ 12kDa) avec un pont disulfure actif redox actuel dans le site actif caractéristique CxxC (Schürmann et Jacquot, 2000). Ce site actif est conservé dans beaucoup d'autre TRXs de différents organismes et est considéré comme signature desTRX. Le motif structural de TRX se compose de 4 hélices alpha entourant 5 feuillets bêta. Les TRXs ont été trouvés chez les procaryotes et les eucaryotes, la région autour du site active est fortement conservée. Un certain nombre de protéines escarotiques contiennent des domaines TRX conservés au cours de l'évolution, bon nombre d'entre elles font partie de la famille de protéines isomérase disulfide (PDI). Sous leur forme réduite elles constituent des oxydoréductases très efficaces de protéine disulfide. Le nombre de gènes de TRX dans les organismes non-photosynthetiques est relativement limité si on le compare à celui des organismes photosynthétiques. 42 gènes codant pour les TRXs avec un site actif CXXC ou CXXS et de grandes protéines contenant au moins un domaine de TRX (TRX-like protéines) ont été identifiés dans le génome d'Arabidopsis thaliana. Les progrès considérables dans l'identification de nouvelles cibles de TRX ont complètement changé cette situation suggérant que les TRX constituent des régulateurs centraux du métabolisme des cellules en plusieurs compartiments sous-cellulaires. En dépit de l'utilisation de différents isoforms de TRX connus pour rechercher des préférences parmi les cibles des TRX, aucune spécificité n'a été montrée en utilisant les approches biochimiques. Dans ce travail, on a utilisé une approche d'interaction par double hybride à l'aide de deux systèmes: certaines thioredoxines interagissent avec leurs cibles de manière stable par interactions de charges électrostatiques ou hydrophiles hydrophobes. Ces interactions peuvent être mises en évidence dans un système double hybride commercial. Pour la plupart des TRX l'interaction est trop fugace et ne peut être mise en évidence qu'en stabilisant le complexe intermédiaire qui associe la TRX et sa cible par un pont disulfure. Dans une levure double hybride commerciale le complexe est détruit par les TRX endogènes et aucun signal n'est observé. Nous avons utilisé la souche cy306 (souche de levure rapporteur dont les TRX endogènes ont été inactivées) et nous avons pu ainsi démontrer des interactions TRX cibles. On a étudié deux systèmes redox classiques chloroplastique TRXf/FBpase et TRXm/MDH ainsi que les interactions entre certaines TRX h cytosoliques et une MDH cytosolique. Les résultats obtenus montrent que cette approche double hybride révèle mieux que les test d'activité ou la protéomique la spécificité d'interaction des TRX pour leurs cibles
TRXs are small proteins (≈ 12 kDa) with a redox active disulfide bridge present in the characteristic active site CxxC (Schürmann and Jacquot, 2000). It was found that this active site is conserved in many other TRXs from different organisms and was considered as a special signature for TRX. The structural motif of TRX is composed of 4 alpha helices surrounding 5 beta strands. TRXs have been found in both prokaryotes and eukaryotes and the sequence around the redox-active disulphide bond seems to be highly conserved. A number of eukaryotic proteins contain domains evolutionary related to thioredoxin, many of them are part of the protein disulphide isomerase (PDI) family. In their reduced form they constitute very efficient protein disulfide oxido-reductases. The number of TRX genes in non-photosynthetic organisms is relatively limited if it compared to that of photosynthetic organisms. Genes encoding TRXs with a CXXC or CXXS active site and large proteins containing at least one TRX domain (TRX-like proteins) are considered, 42 genes can be identified in the genome of Arabidopsis thaliana. The considerable progress in the identification of new TRX targets has completely changed this situation and suggests that TRXs could constitute central regulators of cell metabolism in several subcellular compartments. Despite the use of different TRX isoforms known to exhibit distinct preferences for TRX targets, no specificity has been observed biochemical approaches. In this work, we have used CY306 Y2H a new tool in which the two endogene TRX are deleted to bring the specificity between TRXs and their targets. We have studied both classical redox system; TRXf/FBPase and TRXm/MDH. In this work, we used an approach of Yeast-two hybrid: some thioredoxins interact with their targets in a stable way by interactions of electrostatic or absorbent loads hydrophobic. These interactions can be highlighted in a system commercial yeast two hybrid. For the majority of the TRX the interaction is too fugacious and can be highlighted only by stabilizing the intermediate complex which associates the TRX and its target by a bridge disulfide. In a commercial Y2H the complex doubles is destroyed by the endogenous TRX and no signal is observed. We used the stock cy306 (yeast strain stock in which endogenous TRX were inactivated) and we thus could show target interactions TRX. One studied two systems strain redox chloroplastic TRXf/FBpase and TRXm/MDH as well as the interactions between certain cytosolic TRX h and a cytosolic MDH. The results obtained show that this approach doubles hybrid reveals better than the test of activity or proteomic the specificity of interaction of the TRX for their targets

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Védrine-Bochard, Valérie. "Étude des interactions entre Int6 et les protéines cellulaires." Lyon, École normale supérieure (sciences), 2001. http://www.theses.fr/2001ENSL0197.

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Abstract:

La protéine Int6 humaine, localisée à la fois dans le noyau et le cytoplasme, a initialement été caractérisée comme une cible de la protéine oncogénique Tax du rétrovirus HTLV-I. La fonction de cette protéine, exprimée à la fois chez S. Pombe, les plantes et les mammifères n’a pas été encore élucidée. Cependant les publications récentes montrent qu’elle est associée à au moins deux complexes multiprotéiques à domaine PCI : le facteur d’initiation de la traduction eIF3, et le signalosome COP9. Mes travaux sur la fonction d’Int6 ont débuté par la réalisation d’un criblage en double hybride dans la levure des protéines humaines interagissant avec Int6. Nous avons ainsi mis en évidence puis confirmé l’interaction Int6 avec la sous-unité MCM7 du complexe MCM d’initiation de la réplication. Cette interaction a été l’objet principal de mes recherches durant ma thèse. Nous avons ainsi confirmé l’interaction d’Int6 avec les protéines MCM4, 6 et 7 par co-immunoprécipitation des protéines endogènes. L’analyse du complexe Int6-MCM7 dans des cellules Jurkat synchronisées a montré que ce complexe se formait essentiellement en phase G1 et se dissociait en phase S. Chez le xénope, l’intéraction d’Int6 avec MCM7 est détectée dans des extraits mitotiques d’œufs. Dans ce système d’étude, l’introduction d’un excès de protéine Int6 recombinante inhibe la réplication in vitro. La multiplicité des interacteurs mis en évidence (Rfp, eIF3, COP9, MCM) et les différentes fonctions affectées (cycle cellulaire, traduction, réplication) impliquent donc qu’Int6 joue un rôle important au sein de la cellule
The int6 gene was originally identified as a frequent site of integration of the MMTV provirus in preneoplastic and neoplastic mammary lesions. The human cDNA encoding Int6 was independently isolated in a two-hybrid screen for cellular proteins interacting with the Tax oncoprotein of HTLV-1. Finally, the Int6 protein was shown to correspond to a subunit of purified eIF3 translation initiation factor. Its presence in eIF3 has been established in the following organisms : rabbit, S. Pombe et A. Thaliana. In A. Thaliana Int6 has also been shown to associate with the signalosome via binding to the CSN7 subunit of this complex. A two-hybrid screen performed with the Int6 protein as bait showed that it binds the Ret finger protein (Rfp) which interacts with PML and localises with a subset of PML nucear bodies. Int6 and Rfp are co-localised in certain PML nuclear bodies in lymphocytes. Another clones were interesting with respect to recent publications indicating interactions between eIF3, signalosome and proteasome complexes : CSN3, a subunit of signalosome, and Rpt4, a subunit of 19D proteasome. Finally, the two-hybrid screen showed that Int6 binds to MCM7, a component of MCM complex. Analysis of this interaction indicated that it intervenes between normal endogenous proteins in primary cells. Experiments with synchronised cells established that Int6 binds MCM7 in a cell cycle dependent manner during mitosis and G1. The Int6 protein also exists in Xenopus. Its association with the MCM complex was observed only with metaphase-arrested egg extract but not interphase extract. In vitro DNA replication assays using the Xenopus system showed that addition of purified In-6 has an inhibitory effect. These results suggest that Int6 regulates the activity of the MCM complex through an interaction with its MCM7 subunit. They also support a possible link between oncogenesis and the control of the licensing activity

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Truong, Nhat My. "Analyse fonctionnelle des effecteurs nucléaires du parasitisme des nématodes à galle Meloidogyne incognita et caractérisation de leurs cibles végétales." Thesis, Université Côte d'Azur (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016AZUR4149.

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Abstract:

Le nématode à galle, Meloidogyne incognita est un parasite extrêmement polyphage capable d'induire la redifférentiation de cellules racinaires en cellules en cellules nourricières hypertrophiées
The root-knot nematode Meloidogyne incognita is among the most devastating plant pathogens

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Brault, Jean-Baptiste. "Etude de l'interaction entre la protéine de membrane des flavivirus et la chaîne légère de dynéineTcex-1." Paris 7, 2011. http://www.theses.fr/2011PA077055.

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Abstract:

Les flavivirus transmis par les moustiques comme le virus de la dengue (DENV), le virus West-Nile (WNV), le virus de la fièvre jaune (YFV) ou encore de l'encéphalite japonaise (JEV) sont des virus émergents ou ré-émergents qui représentent une menace pour l'Homme. Ces virus sont composés d'une nucléocapside recouverte d'une enveloppe lipidique dans laquelle sont enchâssées les deux protéines de structure: la protéine d'enveloppe E, nécessaire à l'entrée du virus dans la cellule, et la protéine de membrane M. La protéine de membrane est synthétisée sous la forme d'un précurseur prM qui est clivé en fin de cycle. Le rôle que joue la protéine prM/M au cours du cycle viral n'est pas bien compris. Cette étude avait pour objectif d'identifier des partenaires cellulaires de cette protéine virale afin de mieux en comprendre la fonction. Ces travaux ont permis d'identifier, par la technique du double-hybride ainsi que par purification d'affinité par capture de GST, la chaîne légère de dynéine Tctex-1 comme étant un interacteur cellulaire de l'ectodomaine de la protéine M (ectoM). L'établissement de mutants de l'ectoM a permis d'isoler un acide aminé essentiel pour l'interaction avec la protéine Tctex-1. Des expériences d'ARN interférence visant à éteindre l'expression de la protéine Tctex-1 ont induit une diminution de la production de particules virales de WNV et DENV. La même extinction dans des cellules exprimant des particules vides constituées de prM et de E a permis de déterminer que ce facteur cellulaire est important pour les étapes tardives du cycle infectieux. Ce mécanisme semble indépendant du transport rétrograde du moteur dynéine h Ions des microtubules
Mosquito-borne flaviviruses such as dengue (DENV), West-Nile (WNV), yellow fever (YFV) or Japanese encephalitis (JEV) viruses are now Worldwide emerging or reemerging infectious threats. These viruses consist of a nucleocapsid surrounded by a lipidic membrane containing the two viral structural proteins: the E envelope protein, involved in entry of the virus into its target cell, and the small M membrane protein. The membrane protein is synthesized as a precursor prM that is cleaved late in the viral life cycle. The role that prM/M plays during the viral life cycle remains to be investigated. In this study we sought to identify for the first time new cellular interactors of this protein in order to better understand its function. Using a yeast two-hybrid screen and GSTpull-down assays, we identified the dynein light chain protein Tctex-1 as a cellular interactor of the ectodomain of the M protein (ectoM). Engineering of mutants of the ectoM allowed us to pinpoint a single amino-acid that is important for the interaction with Tctex-1. Silencing of Tctex-1 expression using RNA interference prior to infection induced a significant decrease of DENV and WNV viral progeny production. Silencing Tctex-1 expression in a stable cell line expressing recombinant subviral particles highlighted a role of this cellular factor in the late steps of the viral life cycle. This mechanism seems to be independent from the dynein motor complex retrograde transport along microtubules

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Fang, Lei. "Exploring Constraint Satisfiability Techniques in Formal Verification." Diss., Virginia Tech, 2008. http://hdl.handle.net/10919/27573.

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Abstract:

Due to the widespread demands for efficient Propositional Satisfiability (SAT) solvers and its derivatives in Electronic Design Automation applications, methods to boost the performance of the SAT solver are highly desired. This dissertation aims to enhance the performance of SAT and related SAT solving problems. A hybrid solution to boost SAT solver performance is proposed as an initial attack in this dissertation, via an integration of local and DPLL-based search approaches. Next, a different hybrid strategy is attempted that takes advantage of the conflicts in the SAT search, which plays a critical role in modern SAT solvers. Usually a learned conflict-induced clause is added back to the clause database. Although conflict-induced clauses help to block a portion of the search space, they can also become a burden due to the added cost in memory consumption and Boolean Constraint Propagation (BCP). We thus propose a novel double-layer conflict-driven learning to store only those "primary" conflict clauses back into the clause database while keeping the other clauses as pseudo Boolean constraints. With this approach our experiments demonstrate that the approach can improve both in performance and memory consumption. This work opens the door on how to assess the usefulness of conflict induced clauses. Besides the aforementioned works about enhancing SAT solver performance and reducing memory cost, this dissertation also proposed a contributing work on the extended SAT problem solving. The current SAT solvers can provide an assignment for a satisfiable propositional formula. However, the capability for a SAT solver to return an "optimal" solution for a given objective function is severely lacking. MIN-ONE SAT is an optimization problem which requires the satisfying assignment with the minimal number of Ones, and it can be easily extended to minimize an arbitrary linear objective function. While some research has been conducted on MIN-ONE SAT, the existing algorithms do not scale very well on large formulas. This dissertation presents a novel approximation algorithm (RelaxSAT) for MIN-ONE SAT. RelaxSAT generates a set of constraints from the objective function to guide the search. The constraints are gradually relaxed to eliminate the conflicts with the original Boolean SAT formula until a solution is found. The experiments demonstrate that RelaxSAT is able to handle very large instances which cannot be solved by existing MIN-ONE algorithms; furthermore, RelaxSAT is able to obtain a very tight bound on the solution with one to two orders of magnitude speedup. Based on the proposed powerful MIN-ONE SAT algorithm, we built a MAX-SAT solver which achieved more than one order of magnitude speed up compared with the-state-of-art MAX-SAT solver. We also discuss a promising application of this MAX-SAT solver in formal verification.
Ph. D.

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Maiga, Oumou. "Rôle de la protéine "Disc Large" dans les cellules de la paroi vasculaire humaine." Paris 7, 2012. http://www.theses.fr/2012PA077024.

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Abstract:

Les protéines d'architecture jouent un rôle fondamental dans l'organisation des réseaux d'interactions protéiques. Ces protéines sont constituées de multiples domaines d'interaction protéine-protéine leur permettant de participer au regroupement, à l'adressage fonctionnel et à la coordination des activités des différents membres d'un complexe multiprotéique. Au cours de ce travail, nous nous sommes intéressés à l'expression et aux fonctions d'un membre de la famille des protéines d'architecture « membrane-associatedguanylate kinase » (MAGUK), la protéine « Disc large » (Dlg), aussi connue sous le nom de « synapse-associatedprotein-97 », dans les cellules constitutives de la paroi vasculaire humaine. Afin d'appréhender le rôle de Dlg dans ces cellules, nous avons cherché à identifier ses protéines partenaires à travers deux méthodes protéomiques, la technique du double hybride chez la levure, et celle de la co-immunoprécipitation couplée à la spectrométrie de masse. L'analyse des interactions mises en évidence a permis de suggérer l'implication de Dlg dans la régulation de la voie de signalisation « extracellular signal-responsive kinase » (ERK) dans les cellules musculaires lisses vasculaires, et sa contribution dans le trafic intracellulaire dans les cellules endothéliales microvasculaires. L'ensemble de ce travail permet de mieux comprendre la fonction de Dlg dans la paroi vasculaire et offre de nouvelles perspectives d'études
Scaffold proteins play a key role in the organization of protein interaction networks. These proteins are made of multiple protein-protein interaction domains that allow them to bring together different members of a multiprotein complex, to address this complex at specific areas of the cell and to coordinate its activities. In this work, we looked for the expression and functions of a member of the architecture protein family, membrane-associated guanylate kinase (MAGUK), the protein Disc large (Dlg), also known as the synapse-associated protein-97, in the human vessel wall. Thus, we show for the first time the expression of this protein in vascular smooth muscle cells and in microvascular endothelial cells. In order to understand the role of Dlg in these cells, we sought to identify their partner proteins through two proteomic approaches, the yeast two-hybrid method, and co-immunoprecipitation coupled with mass spectrometry. The analysis of identified interactions has highlighted the involvement of Dlg in the regulation o extracellular signal-responsive kinase (ERK) signaling pathway in smooth muscle cells, and suggests its contribution to the intracellular trafficking in endothelial cells. This work provides insight into the function of Dlg in the vascular wall and offers new perspectives for studies

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Samson, Jérôme. "Conception d'inhibiteurs du domaine SH3 de la protéine RasGAP à activité anti-tumorale potentielle." Paris 5, 2005. http://www.theses.fr/2005PA05P607.

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Abstract:

Au sein de la voie Ras, fréquemment impliquée dans les tumeurs humaines, la protéine RasGAP joue un rôle particulier, à la fois régulateur négatif et effecteur de Ras. RasGAP-SH3 a déjà été identifiée comme une cible thérapeutique pertinente par plusieurs équipes. Par un crible double-hybride, nous avons obtenu des protéines synthétiques (aptamères), interagissant spécifiquement avec le domaine SH3 de RasGAP, et exprimés dans des cellules tumorales provoque une diminution de leur capacité à former des colonies et de leur viabilité cellulaire. Nous avons synthétisé les peptides responsables de leur interaction avec RasGAP-SH3, et mesuré leur affinité. Nous avons ainsi obtenu un peptide cyclique dont l'affinité est de l'ordre du micromolaire, et dont l'empreinte sur le SH3 a été déterminée par RMN. Ces données structurales permettront de modifier nos peptides, afin d'en augmenter affinité, et activité sur cellules en culture. L'activité anti-tumorale de ces molécules sera ensuite évaluée
Within the Ras pathway, frequently implicated in human tumors, the RasGAP protein plays two apparently contrary roles, both as a negative regulator and a positive effector. Its SH3 domain has already been identified as a relevant anti-tumoral target. Using peptide aptamers obtained by yeast two-hybrid screening, we bring a new validation of this target: we have discovered synthetic proteins specifically interacting with RasGAP-SH3. Moreover, when expressed in tumor cells, they decrease their colony-forming capacity and their cell viability. We have synthesized peptides derived from their variable loops, responsible for the interaction with RasGAP-SH3, and evaluated their affinity. Our best molecule is a sub-micromolar-affinity cyclic peptide, which binding fingerprint on the SH3 has been determined by NMR. These structural data will guide modifications of our peptides, in order to increase their affinity and cell-penetrating capacity. Their antitumoral properties will then be assessed

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Abdessamad, Mahmoud. "Caractérisation moléculaire et fonctionnelle des signalosomes PTEN/MAGI-1b/TRIP6 et PTEN/PTPN13." Paris 7, 2012. http://www.theses.fr/2012PA077048.

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Abstract:

Le suppresseur de tumeurs PTEN est une phosphatase capable de déphosphoryler certains résidus tyrosine, mais également les phosphoinositides produits de la PI3K. Dans son extrémité C- terminale, PTEN comporte un motif d'interaction avec les domaines PDZ. Notre équipe a établi le rôle majeur de l'activité lipide-phosphatase dans la stabilisation des contacts cellulaires et le contrôle de l'invasion. PTEN est recruté vers les jonctions cellulaires E-cadhérine β-caténine, via la molécule à domaines PDZ MAGI-1. Afin d'identifier de nouveaux partenaires de PTEN, nous avons engagé une approche par le système de double hybrides. Cette approche a permis d'identifier TRIP6 et PTPN13. Nous avons montré que TRIP6 induit l'invasion des cellules épithéliales MDCK, via i) la compétition avec les (3-caténines pour lier MAGI-1 et la déstabilisation des complexes jonctionnels, ii) l'activation des voies de signalisations dépendantes de la PI3K et de NFKB (FASEB J 23:916,2009). PTPN13 est une tyrosine phosphatase qui comporte 5 domaines PDZ. Nous avons confirmé l'interaction de PTEN avec le domaine PDZ2 de PTPN13 in vitro et ex vivo. Nous avons montré que PTEN est substrat de PTPN13 in vitro. De même, la surexpression de PTPN13 native, mais pas d'une forme défective dans l'activité phosphatase, induit une diminution de la phosphorylation de PTEN. Cette surexpression n'affecte pas le niveau de phosphorylation de Akt -reflet de l'activité de cette kinase- dans des lignées déficientes en PTEN, mais potentialise les effets inhibiteurs de PTEN sur cet effecteur de la PI3K. Par conséquent, nos résultats démontrent le rôle critique de PTPN13 dans le contrôle de la signalisation dépendante de PTEN
The PTEN tumor suppressor is a multifunctional protein endowed with a phosphatase activity that dephosphorylates not only some phosphotyrosine residues, but also the phosphoinositides generated by PI3K. In its C-terminus, PTEN encodes a PDZ-binding motif. Our Team has demonstrated the critical role of the lipid phosphatase activity of PTEN in stabilizing junctional complexes and in reverting invasiveness. PTEN interacts with cadherin β3-catenin complexes through the PDZ domain containing- protein MAGI-1. To identify new molecular PTEN partners, we applied yeast-two-hybrid assay, and identified TRIP6 and PTPN13. We have demonstrated that TRIP6 induces invasiveness of the MDCK epithelial cells, through i) the competition with (3-catenin for binding to MAGI-1 b and the destabilization of junctional complexes, ii) the activation of the PI3K/ Akt, and NFKB signaling pathways (FASEB J 23:916,2009). PTPN13 is a tyrosine phosphatase with 5 PDZ domains. We have confirmed the interaction of PTEN C-terminus with the 2nd PDZ domain of PTPN13 in vitro and ex vivo. We showed that PTEN is a PTPN13 substrate in vitro. In line with these results, the overexpression of wild-type PTPN13, but not of a mutant deficient in phosphatase activity decreased PTEN phosphorylation. This overexpression did not alter Akt phosphorylation -a reflect of the activity of this kinase- in PTEN deficient cell lines, but potentiated PTEN effects on this downstream target of PI3K. Thus, our results demonstrated the critical role of PTPN13 in controling PTEN signaling pathway

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Magnard, Clémence. "Approche fonctionnelle de la protéine codée par le gène de prédisposition au cancer du sein BRCA1 : identification de partenaires protéiques de sa région carboxy-terminale BRCT." Lyon 1, 2002. http://www.theses.fr/2002LYO1T049.

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Abstract:

Mon sujet de thèse a pour objet la protéine codée par le gène majeur de prédisposition au cancer du sein BRCA1. Lorsque j'ai débuté ma thèse, cette protéine étudiée depuis peu semblait impliquée dans différents mécanismes cellulaires tels le contrôle du cycle cellulaire, la différenciation et la réparation de l'ADN. Afin de préciser son rôle biologique, l'objectif de mon travail a été de rechercher des partenaires protéiques de l'un de ses domaines fonctionnels connus : le domaine BRCT (BRCA1 c-terminus). La technique de cosédimentation de lysats cellulaires avec des protéines de fusion à la GST m'a permis d'identifier un premier partenaire majeur du domaine BRCT de la protéine Brca1 murine. Il s'agit d'une protéine cytoplasmique, l'acétyl-coA carboxylase a, enzyme clé du métabolisme des acides gras. L'interaction de l'ACCa avec BRCA1 a été confirmée in vitro et in vivo, et est conservée chez la souris et chez l'homme. J'ai également pu montrer que la présence simultanée des deux modules du domaine BRCT est requise pour la liaison de l'ACCa sur BRCA1, et que des mutations prédisposant au cancer situées dans cette région abolissent l'interaction de BRCA1 avec l'ACCa. Un criblage en deux-hybride chez la levure m'a également permis d'isoler neuf partenaires potentiels du domaine BRCT de Brca1. A ce jour, l'interaction de trois d'entre eux avec la protéine BRCA1 a pu être confirmée in vitro et in vivo. Il s'agit de la protéine de liaison aux queues poly(A) des ARN messagers PABP, du répresseur de la traduction NAT1 ou eIF4G2 et de la protéine à empreinte parentale PEG10. Au total, l'identification de ces partenaires de la protéine BRCA1 dévoile des facettes inattendues de sa fonction et ouvre de nouvelles perspectives pour l'étude de l'implication de BRCA1 dans la tumorigenèse de la glande mammaire.

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Ménade, Marie. "Étude de complexes ribonucléoprotéiques impliqués dans la régulation de l'expression des protéines au cours de l'initiation de la traduction." Phd thesis, Grenoble 1, 2007. http://www.theses.fr/2007GRE10133.

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Abstract:

L'expression génique est régulée à de nombreuses étapes de la vie cellulaire. La synthèse des protéines ou traduction, étape ultime de cette expression, est finement régulée. Elle comporte trois phases: l'initiation, l'élongation et la terminaison. L'initiation commence par l'établissement de la sous-unité ribosomique 40S sur cet ARNm qu'elle balaye ensuite jusqu'au codon initiation. Pour cela, des facteurs canoniques sont impliqués. Parmi eux, le facteur elF3 interagit directement avec celle-ci. Au cours de mes travaux, j'ai étudié dans une première partie l'interaction putative entre le facteur elF3 et la petite sous-unité ribosomique 40S. Le ribosome est constitué par deux types d'entités: des protéines ribosomiques et l'ARNr. Lefacteur eIF3, contient au moins 13 sous-unités, dont deux possèdent un RRM, et sont potentiellement capables de lier cet ARNr via leur RRM: p44 et p116. ElF3p44 a montré auparavant qu'elle pouvait lier l'ARNr l8S. J'ai effectué un criblage d'une banque de ftagments de cet ARNr pour identifier un site de liaison de p44 sur la sous-unité 40S. Les ARNm néo-synthétisés sont transportés et localisés afin de permettre l'expression des protéines aumoment opportun et en un lieu précis de la cellule. Dans une deuxième partie, j'ai étudié des interactions impliquées dans le contrôle de l'initiation de la traduction d'un ARNm localisé chez la levure S. Cerevisiae pendant son transport: l'ARNm ASHI. Il est régulé par Khdlp, protéine à trois domaines KH, qui lie directement un de ses éléments de localisation. Cette interaction est abolie par la phosphorylation de Khd 1 P lorsque l'ARNm est correctement localisé
Gene expression is ftequently regulated during cellular life. Protein synthesis, also called translation, is the last part ofthat expression and is wholly regulated. Translation is divided in three parts: initiation, elongation and termination. Initiation starts when the 40S ribosomal subunit binds the mRNA and scans it until it reaches the initiation codon. Many initiation factors are involved. Among them, elF3 directly binds that subunit. During my work, 1 studied in a first part the putative interaction between the factor eIF3 and the small ribosomal subunit 40S. The ribosome is constituted oftwo different entities: ribosomal proteins and rRNA. The factor elF3 contains at least 13 subunits. Two possess a RRM and are potentially able to bind that rRNA vif their RRM: p44 et p 116. ElF3p44 showed previously that it was able to bind l8S rRNA. 1 screened a library of 18S rRNA fragments with the aim of identifying a binding site ofp44 on the 40S subunit. The newly synthesized mRNAs are transported and localized into the cytoplasm to control spatiall~ and temporally protein expression. Ln a second part, 1 studied the interactions involved in translation initiation control of aS. Cerevisiae localized mRNA, ASH1, during its transport. Its regulation is mediated through its direct interaction with Khdlp, a three KH domain protein, on one ofits RNA localization elements. This interaction is abolished by Khdlp phosphorylation when ASHI mRNA is welliocalized

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Van, Wayenbergh Réginald. "Recherche de partenaires protéiques du facteur de transcription HRT1 par la technique du double hybride: identification de BOIP, nouvel ADNc codant une protéine interagissant avec le domaine Orange de HRT1." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2004. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/211120.

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Abstract:

Un nouveau facteur de transcription, appartenant à la famille des protéines à domaine bHLH, a récemment été isolé dans notre laboratoire. Initialement appelé « clone bc8 » puis HRT1, ce facteur présentait des similitudes avec les protéines Hairy and Enhancer of split qui interviennent notamment dans le phénomène d’inhibition latérale lors de la formation du tissu neural. Des études d’hybridation in situ réalisées chez l'embryon de xénope ont suggéré un rôle important de XHRT1, la protéine HRT1 de xénope, dans le développement neural. Nous avons recherché les partenaires protéiques de XHRT1 par la technique du double-hybride afin de mieux comprendre son mécanisme d’action moléculaire dans la neurogenèse.

Tout d’abord nous avons construit les outils appropriés pour l’élaboration du travail, à savoir, les clones de levures exprimant les appâts spécifiques des domaines de la protéine étudiée et la création d’une banque d’ADNc du xénope au stade de la neurulation. Ensuite, trois criblages ont été réalisés. Dans le premier cas, nous avons recherché les partenaires des domaines bHLH et Orange (bHLH-O). Le domaine bHLH est en effet responsable de la dimérisation de ce type de protéine. Le domaine Orange qui suit le domaine bHLH, pourrait participer dans le choix du partenaire d’hétérodimérisation. Nous avons isolé deux facteurs de type bHLH-Orange apparentés à HRT1, XHairy1 et XHairy2b et confirmé leur interaction avec XHRT1. Les domaines impliqués dans ces interactions sont les bHLH-O pour les trois facteurs. Ce même criblage nous a permis d’isoler un nouvel ADNc qui code une protéine sans domaine apparent connu actuellement. Nous avons montré que cette protéine reconnaissait spécifiquement le domaine Orange de HRT1 mais pas celui des autres facteurs de type bHLH-O. Elle a été baptisée BOIP pour Bc8 Orange Interacting Protein. Le rôle physiologique de cette interaction n’a pu être démontré. Nous avons établi que la protéine BOIP pouvait aussi s’homodimériser. Nous avons aussi déterminé son profil d’expression chez le xénope et la souris. Son transcrit est hautement présent dans les testicules adultes. La protéine pourrait donc jouer un rôle important dans la spermatogenèse. Les deux autres criblages, utilisant les domaines situés dans la partie C-terminale de XHRT1, ont apporté des nouveaux partenaires potentiels, mais ces interactions n’ont pu être confirmées dans un système indépendant.

Enfin, en étudiant plus en détail les interactions entre XHRT1 et XHairy1 ou XHairy2b, nous avons mis à jour une possible fonction de spécificité dans le choix du partenaire dans la région C-terminale de HRT1. La formation de ces dimères pourrait jouer un rôle dans la formation du tube neural mais également dans d’autres différenciations tissulaires.

Doctorat en sciences, Spécialisation biologie moléculaire
info:eu-repo/semantics/nonPublished

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BROCHERIOU, VALERIE. "- recherche de partenaires proteiques de la dystrophine dans le coeur et le cerveau par la technique du double hybride dans la levure - etude de l'apoptose dans differentes pathologies musculaires et cardiaque." Paris 6, 1999. http://www.theses.fr/1999PA066593.

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Abstract:

La dystrophine, proteine impliquee dans la dystrophie musculaire de duchenne (dmd), et son complexe etablissent un lien entre la matrice extra- cellulaire et le cytosquelette du muscle squelettique. Mon travail s'est articule en deux parties : (i) la recherche de proteines associees a la dystrophine dans le tissu cerebral et cardiaque et (ii) l'etude de l'implication de l'apoptose dans differentes pathologies musculaires, dont la dmd. La dystrophine et ses partenaires possedent de nombreuses isoformes tissu- et developpement- specifiques. Cette panoplie s'enrichit encore de proteines apparentees a la dystrophine et de leurs isoformes. Neanmoins, en dehors du muscle squelettique, les partenaires de cette famille de proteines sont tres mal connus. Pourtant, une meilleure connaissance de l'agencement de ces proteines dans des tissus comme le coeur ou le cerveau, permettrait de mieux comprendre les defauts cardiaques et cognitifs associes a la dmd. Nous avons, dans un premier temps, recherche de nouveaux partenaires proteiques de la dystrophine dans ces deux tissus par la technique du double- hybride dans la levure. Ce travail nous a permis de valider in vivo l'interaction de l'1- syntrophine avec la dystrophine, de cloner la sequence humaine de l'1- syntrophine, et de preciser sa region d'interaction avec la dystrophine. Enfin, nous avons caracterise un nouveau potentiel partenaire de l'extremite carboxy- terminale de la dystrophine et de l'utrophine dans le cerveau. De nombreux travaux ont recemment rapporte l'existence d'un processus apoptotique dans le muscle mdx, modele murin de deficience en dystrophine, mais aussi dans de nombreuses autres pathologies musculaires comme la deficience en merosine, la denervation ou encore l'ischemie-reperfusion myocardique. Toutefois, l'intervention de ce processus dans la physiopathologie de ces affections n'etait pas demontree jusqu'a present. Nous avons developpe des lignees de souris transgeniques surexprimant la proteine humaine bcl- 2 specifiquement dans le muscle et le coeur, et teste la capacite de ce facteur anti- apoptotique a ameliorer, par une diminution de l'apoptose, le phenotype observe dans ces quatre pathologies. Les principaux resultats de cette etude sont les suivants : - bcl- 2 ne semble pas capable de proteger le muscle de l'atrophie musculaire induite par une denervation, malgre l'observation d'une baisse significative du nombre de noyaux en apoptose, suggerant que ce processus intervient peu dans le phenotype musculaire pathologique. - en revanche, la surexpression de cette proteine permet de reduire significativement l'etendue des lesions d'ischemie- reperfusion myocardiques induites par occlusion temporaire de l'artere interventriculaire anterieure de la souris. Cet effet protecteur est associe a une amelioration de la fonction cardiaque et a une diminution de l'apoptose. Ainsi, la composante apoptotique observee au cours de la phase aigue de l'infarctus du myocarde constitue-t-elle un reel enjeu therapeutique dans lequel le facteur bcl- 2 pourrait jouer un role essentiel.

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Nicol, Jérôme. "Nouveaux polyomavirus : épidemiologie et partenaires cellulaires des protéines mineures de capside du polyomavirus à cellules de Merkel." Thesis, Tours, 2014. http://www.theses.fr/2014TOUR3803/document.

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Abstract:

Les polyomavirus sont des virus très prévalents dans la population générale. Chez les sujets immunodéprimés, quatre polyomavirus sont associés à des pathologies. Parmi ces virus, le MCPyV est quant à lui responsable du carcinome à cellules de Merkel. Son implication dans un cancer humain a conduit à un regain d’intérêt pour la famille des Polyomaviridae. Au cours de ma thèse, nous nous somme intéressés à l’épidémiologie de six nouveaux polyomavirus humains (MCPyV, HPyV6, HPyV7, TSPyV, HPyV9 et MWPyV). Ces études ont montré que ces virus sont très répandus dans la population générale et que les infections surviennent dès l’enfance. Par ailleurs, nous nous sommes intéressés aux réactivités croisées entre polyomavirus humains et simiens phylogénétiquement proches. Nous avons montré qu’il existe des cross réactions entre le LPyV et l’HPyV9, entre le MCPyV et deux virus de chimpanzé (PtvPyV1 et PtvPyV2). Ces polyomavirus simiens ne circulent donc pas chez l’Homme. D’autre part, afin de mieux comprendre le cycle du MCPyV, nous avons initié l’identification des partenaires cellulaires de l’ensemble de ses protéines. Ce travail a tout d’abord été réalisé sur les protéines mineures de capside VP2/VP3. Des cribles en double hybride en levure ont permis d’identifier les partenaires cellulaires des VP2/3. L’interaction effective entre les protéines virales et cellulaires a ensuite été validée en cellules de mammifères par une approche de complémentation de la luciférase Gaussia princeps. Les partenaires cellulaires des protéines VP2/VP3 identifiés sont impliqués dans les voies de prolifération cellulaire, d’apoptose, NF?B et dans le transport intracellulaire du virus
Polyomaviruses are ubiquitous in the general population and in immunocompromised patients, and four are associated with disease. 0f these viruses, MCPyV is responsible for Merkel ceil carcinoma, and its involvement in human cancer has led to a renewed interest in the Polyomaviridae family. My thesis work has focused on the epidemiology of six new human polyomaviruses (MCPyV, HPyV6, HPyV7, TSPyV, HPyV9 and MWPyV). These studies have shown that these viruses are widespread in the genera population and that infection occurs in early childhood. We have also focused on cross-reactivity between phylogenetically closely related human and simian polyomaviruses. We have shown that there is cross-reactivity between sirnian virus LPyV and HPyV9 and between MCPyV and two chimpanzee viruses (PtvPyVl and PtvPyV2). However, these simian polyomaviruses do not circulate in humans. Moreover, in order to improve understanding of the cycle of MCPyV, we set out to identify the cellular partners of its proteins. This work was initially performed on minor capsid proteins VP2 and VP3. Screening in yeast two-hybrid identified cellular partners of VP2 and VP3. Interactions between viral and cellular proteins were then validated in mammalian celis by complementation assay using Gaussia princeps luciferase. Cellular patners of VP2 and VP3 are involved in ceil proliferation, apoptosis, NFkB and intracellular transport of the virus

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Sawma, Paul. "Rôle des domaines transmembraires dans les interactions helice-helice des protéines membranaires bitopiques." Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM4031.

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Abstract:

Les protéines membranaires représentent environ le tiers des gènes dans les différents génomes séquencés. La prépondérance de ce type de protéines en terme de cibles thérapeutiques (50 % des médicaments) ainsi que leur implication dans beaucoup de phénomènes cellulaires tel que la transduction d'énergie, le transport de nutriments et la signalisation reflètent leur importance. Les interactions entre protéines membranaires jouent un rôle primordial dans leur structure, leurs fonctions et leur assemblage en complexes. La fonction de la plupart des protéines membranaires est liée à l'assemblage de leurs segments transmembranaires TMs dans la bicouche lipidique. Les segments TMs sont des morceaux de séquences majoritairement hydrophobes d'environ 20 résidus adoptant une structure en hélice alpha. En fait, les interactions entre hélices TMs sont essentielles pour le repliement des protéines membranaires et leur organisation dans la membrane. Pour cette raison, des interactions qualitatives entre domaines TMs de différentes protéines bitopiques ont été caractérisé en utilisant le système du double hybride bactérien (BACTH) basé sur une complémentation protéique de type adénylate cyclase. Ce système a révélé des interactions homo- et hétérologues entre des domaines TMs appartenant à deux familles de récepteurs humains, la famille des récepteurs du facteur de croissance épidermique à activité tyrosine kinase (EGFRs) et les Neuropilines
Many cellular and biochemical processes/activities are actually carried out by the complexome, which is defined as a set of protein complexes. Identification and characterization of the complexome are essential for a comprehensive understanding and global visioning of cell functions since protein-protein interactions are the core of an entire interactomics system of any living cell. Membrane proteins make up to 30% of proteomes in eukaryotes and prokaryotes. They form a major class of proteins that are essentially involved in vital processes including bioenergetics, signal transduction, cell adhesion, catalysis and so on. Thus, they also represent more than 50% of all currently available drug targets. The function of most membrane proteins is inextricably linked to the proper packing and assembly of their transmembrane (TM) segments in the lipid bilayer. So, deciphering the contribution of TM domains interaction in the assembly of protein complexes will help to understand the dynamic assembly of membrane proteins complexes which are most important in cell signaling. For this reason, qualitative interactions between the TM domains of different bitopic proteins have been characterized using the bacterial adenylate cyclase complementation assay (BACTH). This system has been successfully adapted in the lab to study the homo- and heteromeric associations of selected TM sequences, using well characterized interactions as controls. Moreover, BACTH has revealed TM interactions of two major classes of mammalian membrane receptors, the family of epidermal growth factor receptors (EGFRs) which belongs to receptor tyrosine kinases (RTKs) superfamily and the neuropilins

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L'Hoste, Sébastien. "Etablissement d'une carte d'interactions protéiques des petites GTPases Ras et Rap chez l'Homme et la Drosophile par technique de double-hybride : validation génétique des interactions Ras1/CG8965 et Ras1/D-EPAC chez Drosophila melanogaster." Paris 7, 2004. http://www.theses.fr/2004PA077117.

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Obiang, Linda. "Rôles des partenaires cellulaires de la protéine de matrice du virus de la stomatite vésiculaire dans le cycle viral." Paris 7, 2011. http://www.theses.fr/2011PA077044.

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Abstract:

La protéine de matrice (M) du virus de la stomatite vésiculaire (VSV) est une petite protéine multifonctionnelle de 26,6 kDa. La protéine M joue un rôle majeur dans les processus d'assemblage et de bourgeonnement du VSV. Elle est aussi responsable de l'extinction des synthèses cellulaires, elle déstabilise le réseau de microtubule et induit l'apoptose par voie mitochondriale. Pour remplir l'ensemble de ses fonctions, la protéine M recrute des partenaires cellulaires. Certains de ces partenaires étaient déjà connus. Parmi ceux-ci, nous nous sommes intéressés aux protéines Nedd4, une ubiquitine ligase, et TSG101, un composant du complexe ESCRT I. Lors d'un crible double hybride effectué au laboratoire, nous avons identifié trois nouveaux partenaires de la protéine M : la dynamine, une GTPase impliquée dans le processus d'endocytose, LMP2, une sous-unité catalytique de l'immunoprotéasome et l'a-caténine, une protéine appartenant aux complexes formant les jonctions intercellulaires. Dans un premier temps, nous avons étudié les rôles des protéines Nedd4, TSG101 et dynamine dans les étapes tardives du cycle viral : l'assemblage et le bourgeonnement. Nous avons caractérisé des virus recombinants mutants dont la protéine de matrice n'interagit plus avec un ou deux de ces partenaires. Pour ce faire, nous avons mis au point une nouvelle technique, plus précise, de titration du virus par fluorescence. Cette technique a été utilisée pour établir les cinétiques de production des différents virus recombinants dans divers types cellulaires. L'ensemble de nos résultats suggère que TSG101 a un rôle dans le bourgeonnement que l'on ne met en évidence que dans un contexte de double mutation. Nos observations de microscopie électronique nous ont indiqué que la dynamine intervient en amont de la protéine Nedd4. Enfin, les virions dont la protéine de matrice n'interagit plus avec Nedd4 ont une morphologie aberrante et leur protéine de matrice n'est plus ubiquitinylée. Nous nous sommes ensuite intéressés aux nouveaux partenaires de la protéine de matrice : les protéines LMP2 et l'a-caténine. Nous avions exprimé ces protéines en fusion avec la GST et nous avons montré que ces constructions étaient bien capables d'interagir avec la protéine de matrice, confirmant ainsi les interactions mise en évidence par double hybride. Enfin, nous avons précisé les résidus et les domaines impliqués dans les associations M-LMP2 et M-a-caténine. Des expériences préliminaires nous ont aussi permis de voir que la protéine de matrice et l'a-caténine colocalisent au niveau de la membrane des cellules. L'ensemble de ces résultats contribue à une meilleure compréhension de l'interactome complexe de la protéine de matrice et au rôle des diverses protéines le constituant
The matrix protein (M) of vesicular stomatitis virus (VSV) is a multifunctional 26,6 kDa small protein. M protein plays a key role in assembly and budding processes and is responsible for cellular synthesis shut down, microtubules destabilization and apoptosis. For these reasons, M protein recruits several cellular partners. Among cellular proteins identified so far, we are interested in Nedd4, E3 unbiquitin ligase and TSG101, a component of ESCRT I complex. 2-Yeast Hybrid technique allowed us to identify three news partners for M protein: Dynamin, protein involved in endocytic pathway, LMP2, catalytic subunit of immunoproteasome and Catenin a, that belongs to intercellular junctions. First, we studied the implication of Nedd4, TSG101 and dynamin during late stages of the viral cycle: assembly and budding. We characterized recombinants mutant virus containing matrix protein that does not interact anymore with one or two partners. For that, we developed a new technique to titrate with higher accuracy viral supernatants. We applied this technique for growth curves in different cell type. Our results" suggest that TSG101 plays a role during budding that highlighted with double mutant virus. EM observations indicate that dynamin acts upstream Nedd4. We also showed that some viral particles produced from an infection using virus containing M protein that does not interact with Nedd4 display an aberrant morphology and their M protein is no longer ubiquitinated. After, we started the study of new partners of M protein: LMP2 and Catenin a, previously identified. We expressed these proteins in fusion with GST and we have shown that these buildings were well able to interact with the M, confirming both interactions. Finally we could define residues and domains involved in M-LMP2 and M-Catenin a interactions. Preliminary experiments show that M protein and Catenin a colocalize at level of epithelial cells membrane. An results contribute to a better understanding of the interactome complex matrix protein

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Caignard, Grégory. "Cartographie des intéractions entre protéines virales codées par le gène P des Paramyxoviridae et protéines cellulaires." Paris 7, 2010. http://www.theses.fr/2010PA077020.

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Abstract:

La famille des Paramyxoviridae comprend plusieurs virus pathogènes pour l'homme, certains connus depuis longtemps comme le virus de la rougeole (MV), le virus des oreillons (MuV) ou le virus parainfluenza de type 3 (hPIV3), et d'autres identifiés plus récemment comme le virus Nipah (NiV). Dans le cadre d'un programme de cartographie des interactions virus-hôte, mon projet de thèse vise à identifier les cibles cellulaires des protéines codées par le gène P de ces quatre virus ainsi que du virus Tioman (TioV) dont le seul hôte connu à ce jour est la chauve-souris frugivore. J'ai ainsi réalisé 44 cribles double-hybride et identifié une centaine d'interactions virus-hôte nouvelles. L'analyse de ces interactions montre clairement un enrichissement pour des facteurs de transduction du signal, notamment des protéines impliquées dans la réponse immunitaire. L'identification de STAT1, STAT2 et Jakl, comme partenaires cellulaires de la protéine V du virus de la rougeole nous a permis d'expliquer l'inhibition de la réponse interféron de type I par cette protéine virale. Par ailleurs, nous avons démontré que la protéine V du virus Tioman n'est pas capable de bloquer efficacement le signal IFN-cc/|3 dans des cellules humaines, probablement à cause d'un défaut d'interaction avec STAT2. Une autre étude nous a permis de mettre en évidence l'activité duale portée par la protéine C du virus hPIV3 sur le signal IFN-ct/|3 et la voie MAPK/ERK. La potentialisation de la voie MAPK/ERK en réponse aux facteurs de croissance comme l'EGF par C-hPIV3 pourrait expliquer Phyper-inflammation de Pépithélium respiratoire observée dans le cas d'une infection par ce virus
Viruses belonging to Paramyxoviridae family are important human pathogens. Some, such as measles virus (MV), mumps virus (MuV) and human parainfluenza virus type 3 (hPIV3), have been known for a long time. Others, such as Nipah virus (NiV), have been recently identified. As part of a large-scale mapping project of virus-host protein interactions, the goal of my thesis is to identify interactions between viral proteins encoded by the P gene of these four paramyxoviruses and cellular proteins. Tioman virus (TioV), whose natural host is the flying fox, was also included in this project. Therefore, 44 yeast two-hybrid screens were performed and hundreds of new virus-host interactions were identified. The global analysis of these interactions has uncovered many signal transduction factors, in particular proteins involved in immune response. The identification of STAT1, STAT2 and Jakl as interactors of MV-V protein allowed us to explain type IIFN signaling inhibition by this viral protein. Futhermore, we demonstrated that TioV-V protein was unable to block efficiently type I IFN signaling in human cells probably because of its inability to interact with STAT2. Finally, we have shown that hPIV3 C protein both increases MAPK/ERK signaling in response to EGF and inhibits type I IFN signaling. These data suggest that an excessive activation of MAPK/ERK pathway by hPIV3-C contributes to the severe airway inflammation associated with hPIV3 infections

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Ferté-Chaudoy, Marion. "Virus host interactome du polyomavirus à cellules de Merkel." Thesis, Tours, 2017. http://www.theses.fr/2017TOUR3805/document.

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Abstract:

Le polyomavirus à cellules de Merkel est aujourd’hui reconnu comme l’agent étiologique du carcinome à cellules de Merkel (CCM). Le cycle viral et les mécanismes de l’oncogenèse viro-induite sont peu connus et les connaissances se basent essentiellement sur les études menées notamment sur le polyomavirus SV40. L’objectif des travaux de thèse était d’identifier les interactions entre les protéines virales et les protéines cellulaires lors de l’infection ou dans le contexte du carcinome à cellules de Merkel (CCM). Pour identifier ces interactions, nous avons réalisé des cribles double hybride en levures sur les oncogènes du MCPyV et du BKPyV. Afin valider les interactions obtenues en levures, nous avons utilisé une méthode orthogonale de validation par complémentation en cellules de mammifères reposant sur la restauration de la luciférase de Gaussia princeps. La combinaison de ses deux techniques nous a permis de valider des interactions avec des partenaires cellulaires impliqués dans la régulation du cycle cellulaire ou encore de la voie Akt-mTOR. Les précédents travaux du laboratoire, qui portaient sur l’interactome des protéines mineures de capsides VP2/VP3, avaient également permis d’identifier des interactions avec des protéines de la voie NF-kB. Nous avons alors testé les interactions entre les oncogènes et la protéine mineure de capside VP2 avec des protéines cellulaires impliquées dans cette voie. Ces travaux nous ont conduits à tester l’activation de la voie, l’expression des gènes sous le contrôle de NF-kB et la régulation de l’apoptose. Les résultats obtenus montrent une action de la protéine VP2 sur l’activation de la voie NF-kB et une induction de l’apoptose
The Merkel cell polyomavirus is now recognized as the etiologic agent of Merkel cell carcinoma (MCC). The viral cycle and viro-induced oncogenesis mechanisms are not fully understood and the knowledge is mainly based on the studies carried out particularly on the SV40 polyomavirus. The aim of our work is to identify interactions between viral proteins and cellular proteins during productive infection or in MCC context. To identify these interactions, we performed yeast two hybrid screens on MCPyV and BKPyV oncogenes, as control. To validate the interactions obtained in yeasts, we used an orthogonal method of validation by complementation in mammalian cells based on the restoration of Gaussia princeps luciferase. The combination of these two orthogonal techniques allowed us to validate interactions with cellular partners involved in cell cycle regulation or Akt-mTOR pathway. Previous lab work on VP2/VP3 minor capsid proteins allowed the identification of interactions with NF-kB pathway involved proteins. We examined the interactions between oncogenes, VP2, with the cellular proteins involved in this pathway. This work led us to evaluate pathway activation, genes expression under the control of NF-kB and apoptosis regulation. These results evidenced an action of the VP2 protein on the activation of NF-kB pathway and an induction of apoptosis

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Guglielmi, Benjamin. "Etude de la structure du médiateur de la transcription de Saccharomyces cerevisiae et de la fonction des protéines Med31 (Soh1) et TFIIS dans l'initiation de la transcription." Paris 11, 2005. http://www.theses.fr/2005PA112043.

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Abstract:

Au cour de ma thèse, j’ai étudié, chez la levure Saccharomyces cerevisiae, les propriétés de deux facteurs de transcription eucaryotes. Le Médiateur (un complexe multiprotéique de 24 sous-unités chez S. Cerevisiae) est connu pour son rôle dans l’initiation de la transcription, et TFIIS est connu pour son rôle dans l’élongation de la transcription. À l’aide d’une approche double-hybride systématique, nous avons obtenu une carte des interactions au sein du complexe Médiateur. Cette carte confirme l'existence de trois modules distinct au sein du Médiateur, et identifie les domaines d'interaction entre les sous-unités. Ces interactions sont en partie conservées au sein du Médiateur de Drosophila Melanogaster suggérant une conservation de la structure et de la fonction du Médiateur de la levure aux métazoaires. Les cribles double-hybride ont montré que la protéine Med31(Soh1) interagit avec les sous-unités du Médiateur de la levure. Med31 n’avait jamais été identifié dans le Médiateur de S. Cerevisiae bien qu’elle ait été purifiée avec les complexes Médiateur métazoaires. Nous avons montré que Med31 copurifie également avec le Médiateur de levure, et que cette sous-unité est importante pour le recrutement de l'ARN polymérase II (Pol II) au promoteur d'un gène activé. L’étude plus approfondie de la fonction de cette protéine nous a conduit à proposer que le facteur d’élongation TFIIS joue un rôle nouveau dans l’initiation de la transcription. Ce rôle est indépendant de son activité de clivage des ARNm mais dépend de sa capacité à lier la Pol II. TFIIS est présent au promoteur d'un gène activé (GAL1), et pourrait être important pour le recrutement de la Pol II à ce promoteur
This study deals with the property of two eukaryotic transcription factors the Mediator complex and TFIIS. All experiment were carried in saccharomyces cerevisiae. Mediator is implicated in transcription initiation and TFIIS is implicated in transcription elongation. Based on a high through-put two-hybrid analysis, we produced a protein interaction map of the Mediator complex. The interaction map delineates numerous interaction domains between Mediator subunits, and confirms the organisation of Mediator in three independent modules. The interaction map is partially conserved in Drosophila Melanogaster, suggesting that Mediator structure and function are conserved from yeast to metazoans. Two-hybrid screens together with co-immunoprecipitation studies revealed that Med31 (Soh1) is associated with the yeast Mediator. We provide evidence that Med31 is required for the full recruitment of RNA polymerase II (Pol II) to an activated promoter. We show that the colethality of SOH1 deletion with the TFIIS encoding gene DST1 deletion is fully complemented by TFIIS domain II and linker and is thus independent of TFIIS Rnase activity essential for its elongation function. Moreover, a point mutation in the Pol II interacting domain II of TFIIS is sufficient for colethality with soh1-delta. Finally, we found that TFIIS interaction with Pol II is required for the full recruitment of Pol II to GAL1 promoter under activation in soh1-delta cells. We propose that Soh1 and TFIIS have redundant functions required for the efficient recruitment of Pol II at the GAL1 promoter following transcription activation

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Six, Martin. "Hybrid Finance in the Double Tax Treaties." SFB International Tax Coordination, WU Vienna University of Economics and Business, 2007. http://epub.wu.ac.at/1574/1/document.pdf.

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Abstract:

The compartmentalisation of company finance into equity and debt does not truly capture the enormous diversity of financial instruments available. A wide variety of hybrid instruments incorporate elements of both equity and debt. From a fiscal point of view the classification of such hybrid instruments as equity or debt is crucial for two reasons. First of all, the issuer can treat interest on the latter as tax-deductible in most cases, and secondly, for the investor the classification determines whether the payments received from the respective instrument is treated as a dividend or as interest. One important question in this context is how hybrid instruments are treated in the tax treaty between the source state and the residence state. It is the aim of this paper, to show how the yield on hybrid financial instruments can or must be qualified as either dividend or interest in the double tax treaties, irrespective of the treatment in contracting states.
Series: Discussion Papers SFB International Tax Coordination

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Cougot, Nicolas. "Identification et caractérisation des facteurs impliqués dans la dégradation des ARNm eucaryotes." Paris 11, 2004. http://www.theses.fr/2004PA112230.

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Abstract:

Chez les eucaryotes, l’expression du programme génétique des cellules s’opère selon trois évènements majeurs. Dans un premier temps, l’ADN est transcrit en ARN. Il est ensuite maturé et exporté vers le cytoplasme où il est finalement traduit en protéine. La dégradation de l’ARN messager apparaît comme une étape importante dans le contrôle de l’expression génétique. Notre étude a porté sur l’étape de clivage de la coiffe impliqué dans deux voies de dégradation des ARNm. Au cours d’études menées sur cellules humaines, nous avons montré que les protéines hDcp1a et hDcp2, qui constituent le complexe de clivage de la coiffe des ARNm, co-localisent dans de nouvelles structures cytoplasmiques. D'autres analyses ont révélées que plusieurs autres facteurs impliqués dans la dégradation des ARNm étaient présents dans ces structures. Finalement, en utilisant la technique d’interférence ARN, nous avons montré que ces structures sont des centres actifs de dégradation des ARNm. L’ensemble des facteurs impliqués dans l’étape de clivage de la coiffe forme un réseau d’interactions assurant la transition entre traduction et dégradation. Ainsi, parallèlement aux études menées chez l’homme, nous avons cherché à cartographier les différents domaines d’interaction entre ces différents facteurs Par double hybride, nous avons ainsi initié l’identification des domaines impliqués dans les interactions entre les différents facteurs intervenant dans l’étape de clivage de la coiffe. Ces travaux devraient permettre comprendre la cinétique de formation des structures de dégradation identifiées chez l’homme, les résultats obtenus permettant de servir de base à l’étude de ces interactions chez l’homme
In eukaryotic cells, gene expression involve three main steps. First DNA is transcribed in RNA. This RNA, after maturation is exported to the cytoplasm where it will be translated into protein. MRNA decay has been shown to be a key step in gene expression regulation. Our study was on mRNA decapping, a step involved in two decay pathways. We show that in human cells, hDcp1 and hDcp2, form the decapping complex, and co-localize in cytoplasmic foci. Other studies show that other factors, involved in mRNA decay are also located in these cytoplasmic foci. We show that these foci are not related to already described stress granules. By using RNA interference, we show that these structures are active mRNA decay centers. All the factors involved in mRNA decapping form a network of interactions ensuring the transition between translation and degradation. Our second project was to map the domains of interaction between these different factors. Using the two-hybrid method, we initiate the mapping of the different domains involved in these interactions. These studies would allow better comprehension of the formation of the decay center in human cells by using the results obtained with S. Cerevisiae as a starting point

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Mancini, Laura. "Double resonance techniques for clinical magnetic spectroscopy." Thesis, Institute of Cancer Research (University Of London), 2004. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.407823.

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Planson, Anne-Gaëlle. "Influence de l'environnement cellulaire sur le repliement et l'assemblage de fragments protéiques." Paris 7, 2004. http://www.theses.fr/2004PA077144.

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Ben, Azzouz Seifeddine. "Libération contrôlée d'un neuroleptique par voie orale en utilisant des capsules hybrides PLGA-PEG / Alginate/." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2017. http://www.theses.fr/2017USPCC116.

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Abstract:

Actuellement les traitements thérapeutiques pour soigner la schizophrénie, par voie intraveineuse ou orale, ne sont qu’en partie efficaces et associés généralement à des effets extrapyramidaux souvent dangereux et très gênants pour les patients. Afin d’augmenter l’efficacité du traitement toute en neutralisant les effets indésirables, ce travail a eu comme objectif de concevoir des capsules composites (PLGA-PEG / alginate) destinées à être administrées par voie orale et capables de libérer localement, de façon spécifique et contrôlée, le neuroleptique halopéridol dans le cerveau. L’optimisation du protocole de synthèse a permis d’obtenir de façon reproductible des nanocapsules de PLGA poreuses monodisperses et peu agrégées, possédant un diamètre hydrodynamique moyen inférieur à 80 nm et une bonne stabilité en solution aqueuse. Une fois fonctionnalisées avec le Poly (éthylène glycol) diamine, des études in vitro ont montré la faible toxicité de ces nanoparticules furtives ainsi que leur capacité à encapsuler une quantité satisfaisante d’halopéridol et de libérer ce principe actif sur une durée d’un mois avec un faible effet « burst ». L’incorporation des nanoparticules pégylées dans des matrices préparées à haute concentration d’alginate et de 100 % CaCl2 a permis d’obtenir des billes nanocomposites possédants une meilleure stabilité à la sortie du milieu gastrique simulé et persistent environ 30 minutes en milieu intestinal simulé. Enfin des études in vivo préliminaires sur des souris adultes utilisant des nanoparticules injectées et des billes nanocomposites ingérées ont démontré l’efficacité de ces systèmes à délivrer l’halopéridol au cerveau
Currently therapeutic treatments for schizophrenia, intravenously or orally, are only partially effective and generally associated with extrapyramidal effects often dangerous and very troublesome for patients. In order, to increase the treatment efficiency by neutralizing any side effects the aim of this work was to design composite capsules (PLGA-PEG / alginate) intended to be administered by way oral and able to release locally, in a specific and controlled way, the neuroleptic “haloperidol” in the brain. The optimization of the protocol of synthesis allowed to obtain in a reproducible way of the nanocapsules of monodisperse and not very aggregate porous PLGA, having an average hydrodynamic diameter lower than 80 Nm and a good stability in aqueous solution. Once functionalized with Poly (ethylene glycol) diamine, in vitro studies showed the low toxicity of these furtive nanoparticles as well as their ability to encapsulate a satisfactory amount of haloperidol and release this active principle over a period of one month with a low burst effect. The incorporation of the PEGylated nanoparticles in matrices prepared with a high concentration of alginate and 100% CaCl2 made it possible to obtain nanocomposite beads having a better stability at the exit from the simulated gastric medium and persist approximately 30 minutes in simulated intestinal medium. Finally, preliminary in vivo studies on adult mice using injected nanoparticles and ingested nanocomposite balls showed the effectiveness of these systems to deliver haloperidol in the brain

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Ousley, Larry James. "Solo Techniques for Unaccompanied Pizzicato Jazz Double Bass." Scholarly Repository, 2008. http://scholarlyrepository.miami.edu/oa_dissertations/96.

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Abstract:

The purpose of this study was to research and demonstrate various techniques that a double bassist may utilize when performing an unaccompanied solo in a jazz setting. This study primarily focused on pizzicato (plucked) styles and sought to maximize the polyphonic potential of the double bass, which has traditionally been considered a homophonic instrument. This study provides a written, organized approach that illustrates recorded examples and augments private instruction for the double bass. This study offers a vocabulary of techniques comprising chords and intervals that allow the double bassist to accompany oneself. It uses an intervallic approach to determining practical ways of voicing chords and accompanying melodic statements. Specific songs from the standard repertoire were chosen to demonstrate self-accompaniment techniques in the contexts of melodic and harmonic movement. Recorded examples are provided that show how specific bassists successfully used certain techniques in the context of songs. Bassists that were examined include Ray Brown, Niels-Henning Orsted Pedersen, Dave Holland, Charlie Hayden, Ron Carter, Edgar Meyer, Lynn Seaton, and David Friesen.

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Meyer, Mariechen. "Contemporary Double Bass Techniques: An Advanced Technical Approach." Thesis, University of North Texas, 2018. https://digital.library.unt.edu/ark:/67531/metadc1157540/.

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Abstract:

Diverse practicing methods are evidence of the importance of applying creativity in our practice regimes. Regardless of a player's technique - traditional or modern - it must be regularly practiced and then applied. One of the most common ways to do that is through practicing technical exercises, which generally means the practice of scales, arpeggios and etudes. These exercises generally function as a warm-up regime for all musicians, but this regime doesn't necessarily provide enough reference for the player in the learning process of a new piece. Adapting exercises to address technical difficulties in a newly learned piece can provide the player with a wide range of practice methods to use, to be creative, to be more aware while practicing, and to build a solid technical foundation for the newly learned piece. Two well-known pedagogues who applied this approach are German bassist Ludwig Streicher and Czech violinist Otakar Ševčik. By implementing analytical studies and composing exercises based on the standard repertoire, Ševčik and Streicher became highly influential teachers in the 20th century. Their work serves as a model in achieving the purposes of this dissertation: the assessment of technical difficulties and compilation of a technique booklet based on six unaccompanied contemporary solo pieces written as required works for the solo competition of the International Society of Bassists' biennial convention since 2007.

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Franco, Xavier-Charles. "Recherche de protéines interagissant avec le précurseur du peptide amyloi͏̈de par la méthode double hybride." Paris 5, 1995. http://www.theses.fr/1995PA05P161.

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Albert, Annik. "Mise au point d'un criblage double-hybride nucléaire chez la levure pour l'antigène tumoral CA125." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2005. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/3384.

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Abstract:

Le cancer de l’ovaire est le plus mortel des cancers gynécologiques. CA125 est le marqueur de progression utilisé pour effectuer le suivi des patientes atteintes de ce dernier. La protéine CA125 est surexprimée au niveau des tissus ovariens tumoraux, mais elle est non détectable avec les moyens d'aujourd'hui au niveau des tissus ovariens normaux. CA125 est une protéine dont les fonctions demeurent inconnues sinon hypothétiques. Dans notre laboratoire, la recherche est axée sur la détermination des fonctions de l’antigène tumoral CA125. Pour cela un projet de maîtrise précédent au miens a permis la mise au point d’un outil nommé anticorps monovalent modifié (ScFv) dans une lignée de cellules tumorales de l’ovaire. Cet outil permet la liaison de la protéine cible, dans notre cas CA125, et empêche sa localisation physiologique à la membrane, éliminant ainsi sa fonction dans la cellule ciblée. Grâce à cet outil, quelques rôles potentiels ont pu être proposés. CA125 aurait des implications dans la prolifération, l’adhésion cellule-cellule, la résistance à l’apoptose et la migration des cellules tumorales de l’ovaire. Pour étudier cette protéine d’un point de vue moléculaire, mon projet principal consistait à effectuer un criblage double-hybride nucléaire chez la levure pour découvrir des interactions protéiques à une échelle cellulaire. En parallèle, l’utilisation de la méthode d’immunoprécipitation avec des cellules tumorales de l’ovaire en tant que projet secondaire avait pour but de vérifier des voies de signalisation spécifiques. Grâce aux résultats précédents obtenus par des expériences antérieures dans le laboratoire ainsi qu'à ceux obtenus pour d’autres mucines, certaines voies de signalisation démontraient un potentiel intéressant pour l’implication de la protéine CA125. Par des expériences d'immunoprécipitation, nous avons découvert que des complexes protéiques contenant la protéine E-cadhérine et la protéine β-caténine contiennent aussi CA125. Ces protéines sont impliquées dans la prolifération et l’adhésion cellulaire. Certaines fonctions hypothétiques de CA125 sont reliées à ces processus cellulaires, c’est-à-dire l’adhésion cellule-cellule et la prolifération cellulaire. Ces interactions protéiques permettront de mieux comprendre l’implication de CA125 dans ces processus cellulaires. Mon projet principal était la mise au point d’un double-hybride nucléaire chez la levure. Pour y parvenir, nous avons dû modifier les protocoles proposés normalement pour ce type de double-hybride. Nous avions choisi d’effectuer notre criblage avec le domaine cytoplasmique de CA125. Par contre, étant donné que ce domaine est très court seulement 31 a.a., le domaine transmembranaire de CA125 a été ajouté au premier domaine mentionné pour favoriser une conformation protéique adéquate. Le domaine cytoplasmique de CA125 a été choisi pour tenter de mieux comprendre d’un point de vue moléculaire les voies de signalisation dans lesquelles cet antigène tumoral est impliqué. Lors du premier essai pilote de double-hybride effectué, nous avons repêché une protéine qui interagit probablement de manière non spécifique avec CA125 selon des statistiques recueillies lors de criblages pour d’autres protéines transmembranaires. Pour remédier à ce problème majeur, nous avons recherché la source de ce problème. Nous avons alors réalisé que les levures utilisées n’étaient pas les Saccharomyces cerevisiae PJ69-4A que nous avions choisies pour effectuer notre double-hybride. Par la suite, les levures ont été maintenues sur des milieux sélectifs pour les PJ69-4A, c’est-à-dire en absence de lysine (Lys -). Pour parvenir à obtenir des colonies positives lors de la transformation de l’ADN de la librairie avec notre construction, il nous a fallu amplifier les transformants en milieu liquide toute la nuit en sélectionnant pour les vecteurs et la levure. Une fois les transformants amplifiés, nous avons obtenu des candidats potentiels qui ont franchi les différentes étapes de sélection du double-hybride. D’autres techniques ont dû être adaptées à nos besoins pour parvenir à mettre au point notre double-hybride nucléaire chez la levure pour notre protéine transmembranaire. Grâce à ces efforts, certains candidats ont été séquencés et la première protéine découverte par ce criblage est RNF5 (ring finger protein 5). Cette dernière est impliquée dans la régulation de la motilité cellulaire. CA125 semble être aussi impliqué dans ce processus. Il est alors possible de relier CA125 à RNF5. Ce premier résultat nous suggère que nous avons réussi à mettre au point un double-hybride nucléaire chez la levure pour l’antigène tumoral CA125.

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Rioux, Paré Rachel. "Développement d'un système double hybride de mammifère pour trouver de nouvelles protéines interagissant avec CIITA." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2007. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4759.

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Abstract:

Les molécules du CMH de classe II sont cruciales pour le bon fonctionnement du système immunitaire. Leur rôle est de présenter les antigènes provenant de pathogènes aux lymphocytes T auxiliaires CD4+ et de permettre ainsi la réponse immunitaire. Leur expression est principalement régulée au niveau transcriptionnel par le transactivateur CIITA (CMHII transactivator). CIITA est un régulateur particulier car il possède un domaine d’activation de la transcription, mais ne dispose pas de domaine de liaison à l’ADN. Ainsi, pour activer la transcription, CIITA doit interagir avec plusieurs autres protéines qui sont fixées au niveau du promoteur des CMHII. Il possède également une région de liaison à la GTP et des domaines répétés riches en leucines (LRR pour « leucine rich repeats ») en c-terminal connues comme étant importants pour les interactions protéiques. Pour mieux étudier l’importance de ces différents domaines pour les fonctions transactivatrices, plusieurs différents mutants de CIITA ont été générés. De nombreuses études ont aussi tenté d’expliquer la localisation nucléocytoplasmique de CIITA et de l’inter relier aux fonctions transactivatrices. Malgré tout, le mécanisme d’importation au noyau de CIITA ainsi que son mode de transactivation ne sont pas totalement démystifiés. Il est connu que les interactions protéine-protéine jouent un rôle important dans les mécanismes cellulaires. CIITA est dépendant de ce type d’interaction pour activer la transcription des CMHII. Aussi, plusieurs indices suggèrent la présence de partenaires encore inconnus et par système double hybride de levure, quelques laboratoires ont tenté de les trouver, mais sans succès. Il est connu que certaines interactions protéiques peuvent passer inaperçues dans ce système et il est probable que cet échec est plutôt dû à la technique de criblage plutôt qu’à l’absence de protéine d’interaction. Dans ce projet, un système double hybride de mammifère se basant sur celui chez la levure a donc été développé et utilisé pour tenter de trouver les partenaires inconnus de CIITA. Le système développé utilise un appât couplé à un domaine de liaison à l’ADN (GAL4DBD pour ‘DNA binding domain’) et une proie couplée à un domaine d’activation de la transcription (VP16). CIITA sans son domaine d’activation et couplé à Gal4DBD constitue « l’appât ». La « proie » est une banque d’ADN complémentaire de Raji liée au domaine VP16. De plus, pour repérer et tester de nouvelles interactions protéiques avec CIITA, quelques constructions de CIITA manquant certains domaines et couplé à Gal4DBD ont été fabriquées. Ensuite, la cassette d’expression des gènes rapporteurs a été intégrée au génome de la lignée cellulaire RJ 2.2.5 (Lymphome de Burkitt) en utilisant une adaptation du système Flp-In™ d’Invitrogen. Cette nouvelle lignée a été nommée RjFlp-casset. Grâce au promoteur synthétique Gal4 de la cassette d’expression, lorsque l’appât et la proie interagissent, VP16 active la transcription des gènes rapporteurs CD8a’ et blasticidineR. Ensuite, les cellules ont été sélectionnées par tri cellulaire en utilisant des billes magnétiques et/ou traitement à la blasticidine ou à la puromycine (gène de résistance sur le vecteur proie). Toutes les combinaisons de traitements ont été utilisées. L’ADN épisomale des cellules où les gènes rapporteurs s’exprimaient a été extrait et amplifié dans E. coli pour être ensuite analysé sur gel d’agarose. Plusieurs rondes de transfection/sélection/extraction/retransfection ont été faites. Malheureusement, après plusieurs mois de criblage, aucune nouvelle interaction impliquant CIITA n’a été découverte. Quelques modifications et perfectionnements de la stratégie semblent être nécessaires. Par exemple, développer une ligné cellulaire RjFlp-casset avec en plus l’appât intégré au génome augmenterait les chances de réussite par la présence constitutive de l’appât.[Symboles non conformes]

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Gervais, Marie-Laure. "Etude des intéractions protéine-protéine par double hybride bactérien : applications en agro-alimentaire et en santé." Phd thesis, Université d'Angers, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00555532.

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Abstract:

Les interactions entre protéines sont un enjeu majeur en recherche. Hautement spécifiques, elles régulent l'organisation cellulaire, ainsi que les réponses aux stimuli extérieurs ; ce sont des cibles idéales des agents thérapeutiques. Diverses techniques d'étude sont disponibles, mais peu d'entre elles permettent d'analyser simultanément plusieurs interactions. L'objectif de ce travail est d'utiliser le double hybride bactérien pour découvrir de nouveaux partenaires de 2 régulateurs de la prolifération tumorale humaine, p21 et STAT3, et en parallèle pour déterminer la fonction de MtSAP1, impliquée dans la germination et la réponse aux stress abiotiques chez Medicago truncatula. L'analyse des partenaires potentiels de l'oncogène STAT3 et de l'inhibiteur p21 suggère l'existence de nouveaux mécanismes moléculaires de la tumorogenèse auxquels participerait STAT3, et permet d'envisager de nouvelles hypothèses quant au rôle de p21. Un nouveau complexe, p21/prohibitine2, est étudié mais sa fonction reste supposée : il pourrait agir comme corégulateur transcriptionnel et/ou réguler la protéolyse de p21. L'étude du gène MtSAP1 et des partenaires d'interactions suggèrent fortement que MtSAP1 serait induit par l'hypoxie : elle jouerait un rôle considérable dans la détoxification et la tolérance de la plante au stress. Ce travail, appuyé par la littérature, met en évidence un lien fonctionnel entre p21, STAT3 et MtSAP1 au cours de l'hypoxie dans les cellules cancéreuses humaines. La confirmation de cette hypothèse permettrait d'approfondir les mécanismes de protection cellulaire face à l'hypoxie, tant au sein des tumeurs humaines que lors de la tolérance de Medicago truncatula.

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Polge, Cécile. "Etude de la structure des complexes kinases AKIN chez Arabidopsis thaliana : expression et fonctions des sous-unités de type beta." Paris 11, 2004. http://www.theses.fr/2004PA112102.

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Abstract:

Les complexes kinases SNF1/AMPK chez la levure et les mammifères sont considérés comme des régulateurs importants du métabolisme en réponse à des changements environnementaux et nutritionnels. SNF1 est notamment impliqué dans la réponse de S. Cerevisiae à une carence en glucose et AMPK dans la réponse des cellules à un faible taux d'ATP. Les données actuelles suggèrent fortement que leur homologue chez les plantes, SnRK1, régulerait des enzymes clefs du métabolisme carboné et azoté. Chez la levure et les mammifères, le complexe fonctionne sous forme d'hétérotrimère comprenant deux sous-unités non catalytiques : une sous-unité de type b et une sous-unité de type g. Dans un premier temps, une étude fine de la structure des complexes chez A. Thaliana a été réalisée par l'analyse par techniques de double-hybride et coimmunoprécipitation, des interactions entre ces différentes sous-unités ou différents domaines de ces protéines. Une étude approfondie de l'expression des gènes AKINb au cours du développement et en réponse à différents changements environnementaux a permis de montrer qu'un des niveaux de régulation du complexe pourrait se faire via une régulation transcriptionnelle différentielle des sous-unités de type b. L'utilisation de plantes transgéniques a permis de mettre en évidence des profils d'expression extrêmement variables et très spécifiques de chacune des sous-unités b, tout au long du développement de la plante. Finalement, l'utilisation de trois approches, complémentation de mutants de levure, plantes transgéniques et criblages double-hybride réalisées avec les trois sous-unités b a ouvert des pistes pour l'identification de différentes fonctions du complexe
Several evidences designate the yeast SNF1 and mammals AMPK as important regulators of the metabolism in response to environmental or nutritional changes. SNF1 is implicated in the response of S. Cerevisiae to glucose starvation and AMPK in the response of cells to low ATP levels. Currently, data indicate that their plant homologues SnRK1 could regulate key enzymes of sugar synthesis and nitrate assimilation. SNF1 and AMPK have been shown to function as an heterotrimeric complex including two types of non-catalytic subunits : the b- and g-types subunits. We have first performed a detailed structural analysis of the complexes. Two-hybrid and co-immunoprecipitation experiments have been performed in order to study the interactions occurring between the different subunits and between different domains of these proteins. Interestingly, detailed expression studies of AKINb genes during development and in response to environmental changes reveal that one level of regulation of the SnRK1 kinase could be due to the a differential transcription of the ? subunits. Precisely, we have shown that the three b-type subunits present very specific and differential patterns of expression all along plant development. Finally three different approaches, yeast complementation, transgenic plants and two-hybrid screens using b1/2/3-subunits as baits, have provided different indications related to the functions of these different complexes in plants

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Penfold-Fitch, Zoë. "Measuring carbon nanotube double quantum dots using high frequency techniques." Thesis, University of Cambridge, 2015. https://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.709294.

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Amara, Yacine. "Contribution à la conception et à la commande des machines synchrones à double excitation : application au véhicule hybride." Paris 11, 2001. http://www.theses.fr/2001PA112325.

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Abstract:

Les machines à double excitation sont des machines synchrones où coexistent deux circuits d'excitation, l'un à aimants permanents et l'autre bobiné. L'étude a montré que la double excitation permet d'allier les avantages des machines synchrones à inducteur bobiné à celles des machines à aimants permanents. Ce concept permet un meilleur dimensionnement de l'ensemble convertisseur-machine, et une meilleure gestion de l'énergie. Pour que les machines à aimants permanents puissent fonctionner sur une large plage de vitesse, il est nécessaire qu'elles aient une réaction magnétique d'induit du même ordre que le flux d'excitation. En contre partie, le facteur de puissance est plus faible et le convertisseur d'alimentation est surdimensionné. La double excitation permet aux machines à aimants permanents de fonctionner sur une large plage de vitesse, même si la réaction magnétique d'induit est relativement faible par rapport au flux d'excitation, tout en ayant un meilleur facteur de puissance. .
Synchronous double excitation machines are synchronous machines where coexist two excitation circuits, one with permanent-magnets, and the other with coiled excitation. The study of these machines showed that the double excitation makes it possible to combine the advantages of the wound field synchronous machines with those of the permanent-magnet machines. This concept allows a better design of the converter-machine set, and a better management of energy. Until now, the use of permanent magnet machines has been limited by the magnets fixed excitation flux. The constant excitation flux, in light of the constraints imposed by power electronics, does not allow machines to operate beyond a certain speed (base speed). However, flux control is possible by acting upon the component in the d-axis of the magnetic armature reaction by means of the static converter. This step is not possible if the static converter present in the conversion chain is not controlled, which reflects the case of an alternator discharging on a diode-rectifier. .

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Taboury, Jean. "Etude des conformations en double hélice droite et en double hélice gauche d'ADN synthétiques par plusieurs techniques spectroscopiques." Paris 13, 1985. http://www.theses.fr/1985PA132021.

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Bach, Dan. "The Double-Cut Techniques for Grafting Cacti to Trichocereus pachanoi Rootstock." University of Arizona (Tucson, AZ), 2009. http://hdl.handle.net/10150/556561.

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Fouix, Sylvaine. "Recherche de nouveaux partenaires de la voie de signalisation Hedgehog chez Drosophila melanogaster par la méthode du double-hybride." Paris 6, 2003. http://www.theses.fr/2003PA066122.

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Holbert, Sébastien. "Contribution à l'étude du rôle des partenaires moléculaires de la huntingtine dans la physiopathologie de la maladie de Huntington : identification et caractérisation des protéines CA150 et CIP4." Paris 6, 2003. http://www.theses.fr/2003PA066159.

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Thoreau, Vincent. "Clonage du gene syntaxine 8 humain par un criblage double hybride avec le domaine r de cftr comme appat." Paris 7, 1999. http://www.theses.fr/1999PA077235.

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Abstract:

La mucoviscidose est une maladie genetique grave a transmission autosomique recessive provoquee par des mutations du gene cftr (cystic fibrosis transmembrane conductance regulator). Ce gene code pour une proteine de la famille des transporteurs abc (atp-binding cassette), qui est exprimee au niveau de la membrane apicale des cellules epitheliales. La proteine cftr possede une activite de canal chlore activee par la voie de l'ampc et participe a la regulation d'autres canaux ioniques. Dans le but d'etudier les proteines de structure ou de regulation interagissant avec le domaine cytoplasmique r (regulateur) de cftr, nous avons crible une banque d'adnc de poumon humain par la technique du double hybride, en utilisant le domaine r de cftr comme appat. Nous avons ainsi clone l'adnc codant pour la syntaxine 8 humaine (gene stx8). Un arnm de 1,3 kb a ete observe par northern blot dans tous les tissus que nous avons testes. Le gene stx8, localise en 17p12, est constitue de 6 exons et sa region promotrice a ete caracterisee. Le gene stx8 code pour une proteine de 236 acides amines, qui a ete modelisee par la methode hca (hydrophobic cluster analysis). La syntaxine 8 contient dans sa moitie c-terminale un domaine en helice-alpha tres conserve dans la superfamille des proteines t-snare (recepteur de snap dans la membrane cible). Ces proteines sont impliquees dans les processus d'adressages des vesicules et de fusions membranaires. L'extremite c-terminale de la syntaxine 8 est constituee d'une region hydrophobe pouvant participer a l'ancrage de la proteine dans la membrane. Il a ete decrit recemment que la conduction du chlore par le canal cftr ainsi que son adressage a la membrane plasmique pouvaient etre regulees par une interaction directe avec la syntaxine 1a, un autre membre de la famille des proteines t-snare. Ceci nous amene a envisager que la syntaxine 8 puisse etre impliquee dans ce type de regulations.

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Milord, Laurent. "Dispositifs photoniques innovants pour le piégeage optique : Cavité étendue à double période et structure hybride cristal photonique-nano antenne." Thesis, Lyon, 2016. http://www.theses.fr/2016LYSEI026/document.

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Abstract:

Depuis les premiers travaux d’Ashkin sur les pinces optiques classiques, beaucoup d’efforts ont été fait pour piéger des nano particules. Néanmoins, elles peuvent difficilement piéger des particules inférieures à 200 nm à cause des limites imposées par la diffraction. Cette limite peut être dépassée grâce aux forces optiques de gradient provenant du champ évanescent généré et amplifié par des nano cavités photoniques. Cependant, cette approche est confrontée à deux verrous importants pour les applications : La surface de piégeage est très faible ce qui rend peu probable la capture d’une nanoparticule animée d’un mouvement brownien et pour les pinces « ultimes » de type nanoantenne où le mode est confiné dans des régions nanométriques, leur excitation en espace libre n’est pas très efficace. L’objectif de ce travail vise à lever ces deux verrous. Pour augmenter la surface de piégeage, nous présenterons d’abord une approche utilisant le mode de Bloch d’une cavité étendue à double période dans un cristal photonique fabriqué sur SOI. Nous montrerons que cette approche permet le piégeage de particules de 200, 100 et 75 nm sur une surface étendue de 5x5 µm² en utilisant un faisceau laser d’excitation en espace libre. Dans un deuxième temps, nous nous intéresserons à l’excitation optique en espace libre de structures nanométriques. Nous présenterons une structure hybride nano antenne – cristal photonique, où le cristal photonique joue le rôle de réservoir à photons pour la nano antenne. Cela permet ainsi un effet « entonnoir à photon» où la lumière issu d’un faisceau large (5µm) est concentrée dans la nanoantenne. Nous démontrerons la pertinence de cette approche par le piégeage particules de 100 nm
Since the first work on optical tweezers by Ashkin, a lot of efforts have been made to trap nanoparticles. However, optical tweezers are diffraction limited and can hardly trap particles below 200 nm. This limit can be overstepped using the optical gradient forces of an evanescent field generated and amplified by a photonic nano cavity. Nonetheless, this approach faces two major issues for applications: the trapping section is very small, making the capture of a Brownian motion animated particle very unlikely, and for the “ultimate” nano antennas with nanometric optical modes, their excitation from free space is not effective. The goal of this work is to overcome these two difficulties. To increase the trapping surface, we will first present a device using slow Bloch modes within a double period extended cavity designed in a photonic crystal made out of SOI. We will show that this approach allow for the trapping of 200, 100 and 75 nm particles on an extended surface of 5x5 µm² using a free space laser beam excitation. Secondly, we will investigate the free space excitation of nanometric structures. A photonic crystal – nano antenna mixed structure will be presented, where the photonic crystal is used as a photon pool for the nano antenna. This lead to a funnel effect where the light coming from a large free space laser beam (5µm wide) is focused into the nano antenna. The trapping of 100 nm particles will demonstrate the relevance of this approach

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Assimi, Abdel Nasser. "Diversity techniques for HARQ transmissions over frequency-selective channels." Cergy-Pontoise, 2009. http://biblioweb.u-cergy.fr/theses/09CERG0428.pdf.

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Abstract:

Nous considérons dans cette thèse le problème de la transmission fiable de données par paquets en utilisant une transmission mono-porteuse sur des canaux sélectifs en fréquence à évanouissements. Notre objectif est de concevoir des couples émetteurs-récepteurs permettant d'améliorer les performances de la détection en l'absence d'information sur le canal à la transmission et ceci en exploitant la diversité temporelle disponible dans le cadre des protocoles de retransmission hybrides (HARQ). En analysant les performances du système de transmission avec un récepteur à maximum de vraisemblance, nous établissons un critère pertinent pour l'étude des performances du système basé sur les statistiques de la distance Euclidienne à la sortie du canal sélectif en fréquence. A partir de ce cadre théorique, nous proposons un nouveau schéma de diversité entre les différentes retransmissions, nommé précodage de phase, qui permet de combattre l'interférence entre symboles pour les canaux lentement variables dans le temps. Puis, à l'aide de nos outils d'analyse, nous revisitons un autre schéma de diversité qu'est la diversité d’entrelacement. En particulier, nous soulignons le double avantage offert par ce schéma, à savoir la diversité de modulation et la réduction de l'interférence entre symboles. Nous réalisons ensuite une étude comparative entre les deux schémas de diversité précédents sous traitement itératif ou non itératif au récepteur. Enfin, nous introduisons un nouveau protocole de retransmission adaptative pour les transmissions dîtes multi-couches afin de réduire l'interférence entre couches pour les canaux rapidement variant dans le temps utilisant des informations de retour limitées
In this thesis, we consider the problem of reliable data packets transmission using single-carrier signaling over frequency-selective fading channels. Our objective is to design enhanced transceivers with improved detection performance in the absence of channel state information at the transmitter by exploiting the available time-diversity in Chase combining Hybrid Automatic Repeat reQuest (HARQ) protocols. By analyzing the performance of the transmission scheme using an optimal maximum-likelihood receiver, we establish a suitable criterion for the study of system performance based on the statistics of the Euclidean distance at the output of a frequency-selective channel. From this theoretical framework, we propose a novel transmit-diversity scheme between subsequent HARQ transmissions, called phase-precoding, which allows the mitigation of intersymbol interference for slow time-varying channels. Then, with the help of our analytical tools, we revisit another transmit-diversity scheme which is the bit-interleaving diversity scheme. In particular, we emphasize the double advantage offered by this diversity scheme including the inherent modulation diversity in addition to the intersymbol interference reduction. Subsequently, we perform a comparative study between phase-precoding and bit-interleaving diversity schemes under iterative and non-iterative receiver structures. Finally, we introduce a new adaptive retransmission protocol for a multi-layer transmission scheme for the mitigation of inter-layers interference for rapidly time-varying channels using limited feedback information

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Dorogan, Kateryna. "Schémas numériques pour la modélisation hybride des écoulements turbulents gaz-particules." Phd thesis, Aix-Marseille Université, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00820978.

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Abstract:

Les méthodes hybrides Moments/PDF sont bien adaptées pour la description des écoulements diphasiques turbulents, polydispersés, hors équilibre thermodynamique. Ces méthodes permettent d'avoir une description assez fine de la polydispersion, de la convection et des termes sources non-linéaires. Cependant, les approximations issues de telles simulations sont bruitées ce qui, dans certaines situations, occasionne un biais. L'approche alternative étudiée dans ce travail consiste à coupler une description Eulerienne des moments avec une description stochastique Lagrangienne à l'intérieur de la phase dispersée, permettant de réduire l'erreur statistique et d'éliminer le biais. La mise en oeuvre de cette méthode nécessite le développement de schémas numériques robustes. Les approches proposées sont basées sur l'utilisation simultanée des techniques de relaxation et de décentrement, et permettent d'obtenir des approximations stables des solutions instationnaires du système d'équations aux dérivées partielles, avec des données peu régulières provenant du couplage avec le modèle stochastique. Une comparaison des résultats de la méthode hybride Moments-Moments/PDF avec ceux issus de la méthode hybride ''classique'' est présentée en termes d'analyse des erreurs numériques sur un cas de jet co-courant gaz-particules.

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Fournier, Catherine. "Etude fonctionnelle du domaine sh3 des spectrines erythroides et non erythroides ; recherche de ligands par le systeme du double-hybride." Paris 7, 1998. http://www.theses.fr/1998PA077057.

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Abstract:

Les spectrines/fodrines sont l'un des composants majeurs des squelettes membranaires. Elles sont constituees de deux longues chaines et qui s'associent en tetrameres ()#2 pour former l'unite fonctionnelle de la molecule. Chacune des chaines est composee par la repetition de segments homologues, presentant une structure trihelicoidale, a l'exception du segment 10 qui correspond a un motif sh3 (src homology 3). Les sh3 sont des petits domaines proteiques impliques dans les interactions proteine/proteine. La fonction du domaine sh3 des spectrines et fodrines n'est pas encore caracterisee. La spectrine joue un role important dans les proprietes mecaniques du globule rouge, comme le montre l'etude des anemies hemolytiques associees a une mutation de cette proteine. Nous avons identifie une nouvelle mutation de la chaine spectrine associee, a l'etat homozygote, a un cas de poikilocytose severe. Cette mutation entraine la deletion d'une helice situee immediatement en amont du motif sh3, et pourrait perturber une fonction importante de ce domaine. Afin de caracteriser l'interaction des domaines sh3 spectrine et fodrine avec leurs ligands, nous avons crible une banque de peptides aleatoires exprimes a la surface d'un phage. Nous avons pu definir un nouveau motif consensus d'interaction, h/r x w h/r h/r, different du motif pxxp jusqu'alors defini pour la plupart des domaines sh3. Par ailleurs, le criblage a l'aide du systeme double-hybride, d'une banque d'expression lymphocytaire par le sh3 fodrine, a mis en evidence une interaction entre ce domaine et trois classes de proteines. La premiere classe (e3b1) correspond a des ligands riches en prolines. La deuxieme classe (p70-ku, la sous-unite p27 du proteasome et la hsp86) comprend des proteines tres riches en residus k et e. Dans la troisieme categorie, l'isoforme a de la tyrosine-phosphatase de faible poids moleculaire (lmptp-a) semble particulierement interessante. Cette enzyme cytosolique, initialement isolee a partir de globules rouges, peut egalement interagir avec le sh3 spectrine. Dans le globule rouge, la bande 3 constitue la principale proteine phosphorylee sur residus tyrosine. L'interaction du sh3 spectrine avec la phosphatase lmptp-a pourrait permettre l'adressage de l'enzyme vers son substrat membranaire, la bande 3.

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Jabeur, Kotb. "Ambipolar independent double gate FET (Am -IDGFET) logic design : methods and techniques." Phd thesis, Ecole Centrale de Lyon, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00777679.

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Abstract:

The continuous growth of global demand for semiconductor products (in a broad range of sectors, such as security, healthcare, entertainment, connectivity, energy, etc.) has been both enabled and fuelled by Moore's law and regular doubling of circuit density and performance increases. However, as CMOS technology scaling begins to reach its theoretical limits, the ITRS predicts a new era known as "Beyond CMOS". Novel materials and devices show an ability to complement or even replace the CMOS transistor or its channel in systems on chip with silicon-based technology. This has led to the identification of promising phenomena such as ambipolar conduction in quasi one- and zero-dimensional structures, for example in carbon nanotubes, graphene and silicon nanowires. Ambipolarity, in a dual-gate context (DG-FETs), means that n- and p-type behavior can be observed in the same device depending on the backgate voltage polarity. In addition to their attractive performances and the low power consumption, ambipolar double gate devices enable the development of completely new circuit structures and design paradigms. Conventional logic synthesis techniques cannot represent the capability of DG-FETs to operate as either n-type or p-type switches and new techniques must be found to build optimal logic. The work in this thesis explores design techniques to enable the use of such devices by defining generic approaches and design techniques based on ambipolar DG-FETs. Two different contexts are tackled: (i) improving standard cell logic design with more compact structures and better performance, as well as low-power design techniques exploiting the fourth terminal of the device, and (ii) adapting conventional logic synthesis and verification techniques such as Binary Decision Diagrams or Function Classification to ambipolar DGFETs in order to build reconfigurable logic cells. The proposed methods and techniques are validated and evaluated in a case study focused on DG-CNTFET through accurate simulations, using the most mature and recent DG-CNTFET model available in the literature.

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Tani, Akiko. "Distinguishing between single- and double-stranded DNA : votammetric and muon spectroscopic techniques." Thesis, University of East Anglia, 2002. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.249775.

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Van, Sluis Robert. "Multinuclear acquisition and double resonance MR spectroscopy in vivo : techniques and applications." Thesis, Institute of Cancer Research (University Of London), 1996. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.338821.

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Nicolas, Gaël. "Étude fonctionnelle et structurale de certains domaines des spectrines érythroïdes et non érythroïdes : site de tétramérisation et domaine SH3." Phd thesis, Université Paris-Diderot - Paris VII, 1999. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00284819.

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Abstract:

Les spectrines, protéines liant l'actine, sont des constituants majeurs du squelette membranaire, réseau multiprotéique localisé sous la membrane plasmique. Érythroïdes ou non érythroïdes (dans ce cas, on les appelle fodrines), les spectrines ont un rôle structural important dans la membrane comme cela a déjà été démontré, pour la spectrine, dans le globule rouge. Elles sont constituées de deux longues chaînes a et ß associées côte à côte en tétramères (aß)2 qui forment les longs filaments du réseau. Chacune des chaînes est composée par la répétition de segments homologues, 22 pour a et 17 pour ß. Ces segments sont constitués de trois hélices a (hélices A, B et C) repliées sur elles-mêmes. Cette succession de structures trihélicoïdales est parfois interrompue par un domaine particulier comme le domaine SH3 (Src Homology 3) présent au milieu de la chaîne a. Les tétramères (aß)2 de spectrine constituent les filaments du squelette membranaire. L'interaction tête-à-tête de deux dimères aß implique les extrémités NH2 de la chaîne a et COOH de la chaîne ß. D'une part la sévérité du défaut d'auto-association et la localisation des mutations associées à celui-ci et d'autre part, les séquences en acides aminés des extrémités impliquées dans le site d'auto-association ont permis de proposer un modèle : la première hélice C isolée de la chaîne a pourrait s'associer aux deux dernières hélices A et B de la chaîne ß pour reconstituer une unité conformationnelle trihélicoïdale semblable à celles observées le long de la molécule. Un défaut dans la formation du tétramère est le support moléculaire le plus fréquemment observé dans les elliptocytoses héréditaires (HE). À l'aide de peptides recombinants, nous avons défini, sur les deux chaînes, les régions nécessaires et suffisantes possédant les caractéristiques pleinement fonctionnelles du site de tétramérisation. Nous avons ensuite, par mutagenèse dirigée, reproduit le lien entre la présence de mutations HE localisées dans les hélices A ou B et le défaut d'auto-association observé dans les globules rouges de patients HE. La présence d'un domaine SH3 localisé au milieu de la chaîne a confère probablement aux spectrine des fonctions autres que le maintien et la stabilité de la membrane. Les SH3, petits domaines protéiques, participent aux interactions protéine/protéine. Le seul partenaire connu du domaine SH3 de la fodrine était la sous-unité a du canal sodium sensible à l'amiloride (ENaC) mais la fonction de ce complexe n'était pas encore caractérisée. À l'aide de différentes méthodes, nous avons remis en cause l'interaction directe entre ENaC et le SH3 de la fodrine. La fonction de ce domaine SH3 étant liée à la nature de son ligand, nous avons donc recherché les partenaires putatifs du domaine SH3 de la fodrine par la technique du double-hybride. 29 partenaires ont été identifiés, regroupés en 19 familles et 10 clones isolés. La spécificité des interactions a été étudiée à la fois par double-hybride, à l'aide de mutants du domaine SH3 de la fodrine produits par mutagenèse dirigée. Les interactions vis-à-vis d'autres domaines SH3 (spectrine ou une protéine de levure non relatée Scd2) ont été également analysées. Enfin, la spécificité de certains partenaires a été confirmée par des études d'interactions in vitro. Deux des protéines les plus spécifiques du domaine SH3 de la fodrine sont des protéines tyrosine-phosphatase PTP. La première est l'isoforme A de PTP de faible poids moléculaire (LMPTPA) mais l'interaction n'a pas été confirmée in vitro. La deuxième, TD14, est une nouvelle PTP dont la seule fonction connue est d'inhiber la formation des foyers tumoraux des cellules surexprimant l'oncogène Ha-ras. Ces PTP pourraient soit déphosphoryler la fodrine, soit être recrutées sous la membrane pour déphosphoryler une autre cible. Nous avons également identifié trois partenaires (N-WASP, Evl et une protéine de la famille des formines) suggérant que les domaines SH3 des spectrines pourraient être impliqués dans les processus de polymérisation de l'actine liés à la mobilité ou la différenciation cellulaire. Mot clés : spectrine, fodrine, tétramérisation, SH3, double-hybride, polymérisation de l'actine

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Réal, Eléonore. "Etude du complexe de transcription et réplication des lyssavirus." Paris 7, 2004. http://www.theses.fr/2004PA077223.

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Dobrev, Ivan. "Modèle hybride de surface active pour l’analyse du comportement aérodynamique des rotors éoliens à pales rigides ou déformables." Paris, ENSAM, 2009. http://www.theses.fr/2009ENAM0034.

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Abstract:

Les travaux présentés ici portent sur l’exploration et la modélisation de l’écoulement à travers les rotors éoliens. Le but est de proposer un modèle hybride de surface active permettant de simuler rapidement l’écoulement et d’être intégrable dans un calcul de couplage fluide structure. Les travaux de modélisation sont accompagnés par des explorations à l’aide de la PIV et de l’anémométrie à fil chaud. Ces explorations d’écoulement autour d’une éolienne et autour des profils de pales en rotation, ainsi que le développement d’une méthode d’analyse de l’écoulement, ont permis de fournir les données nécessaires pour le calcul et notamment les caractéristiques 3D du profil en rotation. Les autres mesures réalisées ont servi comme base de données pour valider le modèle proposé. Dans les travaux de simulations, un nouveau modèle hybride, basé sur la surface active, est développé. Le calcul à l’aide du modèle proposé est un calcul itératif mené par un solveur d’équations de Navier-Stokes. Un logiciel spécifique est créé et intégré au solveur afin de déterminer les efforts appliqués sur les surfaces actives à chaque itération. Pour le calcul de puissance, les résultats du modèle sont comparés avec les données expérimentales issues des essais NREL Phase VI dans la soufflerie de la NASA Ames. En ce qui concerne les champs de vitesse autour des profils des pales et au travers du rotor, le calcul est comparé avec les données expérimentales obtenues dans le cadre de cette thèse, dans la soufflerie d’Arts et Métiers ParisTech. L’étude menée par la suite prouve que ce modèle est bien adapté pour l’étude des éoliennes à pales déformables où l’on doit tenir compte du couplage « fluide-structure ». Pour valider la méthode proposée pour l’étude des éoliennes à pales déformables, l’étude est faite dans le cas de l’éolienne NREL Phase VI. Les résultats de simulation sont comparés avec les données expérimentales et montrent la faisabilité et l’efficacité du modèle et de la méthode de couplage
This work presents the exploration and modeling of flow past wind turbine rotor. The aim is to propose an actuator surface hybrid model to simulate rapidly the flow and also be coupled with structure solver for fluid structure interaction. Besides numerical simulation, the PIV and hot wire explorations are also carried out. These explorations of flow around the wind turbine and rotating blades airfoil have provided the data necessary to calculate 3D airfoil aerodynamic performance while in rotation. The results of these measurements are also used to validate the proposed model. The new actuator surface model is developed to model the flow around wind turbine rotor. To implement the proposed model, Navier-Stokes solver is used. Specific software is created and integrated into the solver to determine the forces applied on the blade surfaces after each iteration. The aerodynamic performance obtained by this hybrid model is compared with experimental data of NREL Phase VI obtained in wind tunnel at NASA Ames. Whereas, the velocity field around the blade airfoil and flow past the rotor are compared with experimental data obtained in this research work in the wind tunnel of Arts et Metiers ParisTech. Further research shows that this model is well suited for the study of flexible wind turbines blades, where it is needed to take into account the fluid-structure interaction. To validate the proposed method for the flexible blades, a study is also conducted for the case of the NREL Phase VI wind turbine. The simulation results are finally compared with experimental data which show the feasibility and effectiveness of the proposed model and the coupling method

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LAMOTHE, BETTY. "Le recepteur de l'insuline : etudes employant l'invalidation de gene chez la souris et le systeme du double-hybride chez la levure." Paris 6, 1999. http://www.theses.fr/1999PA066276.

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Abstract:

Nous avons invalide le gene du recepteur de l'insuline (ri) chez la souris par recombinaison homologue et analyse les alterations phenotypiques qui en resultent. Les souriceaux ri (-/-) sont d'apparence normale a la naissance montrant que ri n'est pas indispensable durant la vie foetal. Toutefois, la defaillance de la signalisation par ri conduit rapidement a une hyperglycemie extreme, une hyperinsulinemie et une hyperlipidemie conduisant a un diabete avec acidocetose et steatose hepatique et a la mort des animaux dans la semaine qui suit leur naissance. Le recepteur des igfs (insulin-like growth factors) de type i (rigf-i) ne represente donc qu'un recepteur alternatif partiel pour l'action metabolique de l'insuline, apres la naissance. Nous avons derive une lignee fibroblastique a partir des souriceaux depourvus de ri et montre que rigf-i active par son ligand homologue igf-i ou par l'insuline peut conduire a la stimulation de l'entree du glucose, a l'incorporation du glucose dans le glycogene et a l'incorporation de la thymidine dans l'adn ainsi qu'a l'activation de la pi 3-kinase et de la map kinase. Rigf-i possede donc clairement un potentiel metabolique et pourrait realiser certaines actions de l'insuline. Toutefois, les courbes dose-reponses pour l'effet mitogenique avec l'igf-i ou l'insuline indiquent que les differents couples ligand/recepteur ne seraient pas equivalents. Nous avons par ailleurs etudie l'interaction directe de la sous-unite regulatrice p85 de la pi 3-kinase avec la chaine de ri et de rigf-i dans le systeme du double hybride chez la levure. Ce travail a permis de mettre en evidence des differences qualitatives et quantitatives dans l'interaction de p85 avec ri et rigf-i. L'interaction differentielle de proteines effectrices avec ces deux recepteurs pourrait contribuer a la specialite de signalisation. Nous n'avons pas pu mettre en evidence d'interaction directe des domaines sh2 de deux autres proteines effectrices, syp et gap, avec ri ou rigf-i dans ce systeme.

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Lipian, Michal. "Modèle hybride pour simuler l’écoulement à travers un birotor éolien caréné et sa validation expérimentale." Thesis, Paris, ENSAM, 2018. http://www.theses.fr/2018ENAM0073/document.

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Abstract:

La thèse résume la recherche sur le fonctionnement et l’écoulement autour d’une éolienne caréné à deux rotors. Le placement d’une turbine à l’entrée d’un canal divergent permet d’augmenter le débit massique à travers le rotor. Afin de mieux tirer parti de l’augmentation de la vitesse du vent à l’entrée du diffuseur, il a été décidé d’examiner la possibilité de placer un deuxième rotor, tournant dans le sens opposé, dans cette zone.L'étude menée combinait plusieurs voies de recherche différentes, y compris les méthodes de la mécanique des fluides numérique (CFD) et des études expérimentales. Cela a permis de mieux comprendre la nature de l'écoulement et du fonctionnement d'une éolienne à deux rotors. Des recherches expérimentales ont été menées dans la soufflerie de l’Institut de Turbomachinerie de l’Ecole Polytechnique de Lodz (Pologne). Une série de mesures de systèmes d'éoliennes divers, avec et sans carénage, à un et deux rotors, a été réalisée. Les résultats recueillis ont permis de confirmer que le carénage pouvait augmenter considérablement (même deux fois) l'efficacité du rotor. Cependant, les forces aérodynamiques et la vitesse de rotation augmentent également. Cet inconvénient peut être partiellement résolu en utilisant un deuxième rotor et en répartissant les charges aérodynamiques sur deux étages de turbine.Une partie importante de l'étude était les simulations numériques. Ils ont permis de préciser la nature et les paramètres de l'écoulement et d'estimer leur impact sur les performances de l'éolienne. Deux modèles numériques différents ont été développés:• Modèle rotor complet (anglais : Fully-resolved Rotor Model, FRM): modèle URANS dans ANSYS CFX, basé sur la discrétisation de la géométrie complète du rotor; ce modèle a été utilisé pour l'analyse de l’écoulement,• Modèle hybride CFD-BET (théorie de l’élément de pâle): modèle RANS dans ANSYS Fluent, dans lequel le rotor est représenté par les termes source dans les équations de Navier-Stokes, déterminés par un code interne; ce modèle a été utilisé pour évaluer les performances de différentes configurations d'éoliennes.Au cours de la recherche, une correction empirique interne de la perte d’extrémité de la pâle (anglais : tip loss correction) a été proposée, en tenant compte de l’influence du diffuseur. L’étude réalisée a permis d’observer, entre autres, que le déplacement du rotor en aval vers la sortie du diffuseur pouvait entraîner une réduction de la vitesse du vent à travers le rotor en amont, placé à l’entrée du diffuseur, et une diminution de la puissance globale du système
Doctoral dissertation summarizes the research on the functioning and flow around a two-stage, shrouded wind turbine. Placing the turbine at the inlet of a diverging channel allows to increase the mass flow rate of the flow through the rotor. To better take advantage of the increase in wind speed at the diffuser inlet, it was decided to examine the possibility of placing a second rotor in this area, with the opposite direction of rotation.The conducted study combined several different research paths, including Computational Fluid Dynamics (CFD) methods and experimental studies. This allowed for a more refined understanding of the nature of the flow and operation of a wind turbine with two rotors. Experimental research was carried out in the IMP TUL wind tunnel. A series of measurements of various turbine systems with and without shroud, with single- and double-rotor wind turbine were made. The collected results allowed to confirm that the shrouding can significantly (even twice) increase the efficiency of the rotor. However, aerodynamic forces and rotational speed also increase. This disadvantage can be partially addressed by using a second rotor and distributing aerodynamic loads to two turbine stages.An important part of the study were numerical simulations. They allowed to specify in more detail the nature and parameters of the flow and to estimate their impact on the performance of the wind turbine. Two different numerical models were developed:• Fully-resolved Rotor Model: URANS model in ANSYS CFX, based on discretising the entire geometry of the rotor, used for the flow analysis,• Hybrid model CFD-BET (Blade-Element Theory): RANS model in ANSYS Fluent, in which the rotor is represented by source terms in the Navier-Stokes equations, determined by an in-house code; the model was used to evaluate the performance of different wind turbine configurations.In the course of the research an in-house, empirical tip loss correction was proposed, taking into account the influence of the diffuser. The performed study permitted to observe, among others, that moving the rear rotor towards the outlet of the diffuser may result in a reduction of the wind speed through the front rotor, placed at the inlet to the diffuser, and a decrease in the overall system power

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Dissertations / Theses on the topic 'Techniques de double hybride'

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