Dissertations / Theses: 'TEP amyloïde'

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Barbay, Mélanie. "Troubles neurocognitifs légers et majeurs post-AVC : prévalence et contribution de l'amyloïdopathie." Thesis, Amiens, 2021. http://www.theses.fr/2021AMIE0063.

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Abstract:

La prévalence des troubles neurocognitifs post-AVC (TNCPA) dans la littérature est hétérogène. Des travaux récents ont proposé une harmonisation des critères et des procédures d'évaluation cognitive post-AVC. De nombreuses études ont évalués les déterminants neuroradiologiques des TNCPA, mais peu ont évaluées le statut amyloïde. Les objectifs principaux de ce travail étaient : (1) de réaliser une méta-analyse avec revue systématique sur la prévalence et les profils des TNCPA (2) puis d'étudier la prévalence et les profils dans une cohorte française utilisant une méthodologie validée (3) d'évaluer la prévalence des dépôts amyloïdes et le devenir cognitif selon le statut amyloïde post-AVC ; (4) de préciser les corrélats neuroradiologiques du statut amyloïde et cognitif post-AVC. La population étudiée était celle de la cohorte GRECogVASC [NCT01339195] et de l'étude ancillaire IDEA 3 [NCT 02813434]. L'étude 1 montrait que plus de la moitié des patients présenterait des TNCPA, dont les deux-tiers étaient des TNC légers et un tiers des TNC majeurs. L'étude 2 démontrait que le critère optimal était le score cognitif global abrégé (c.-à-d. les performances moyennes pour la vitesse d'action, fonctions exécutives et langage). En utilisant ces critères optimisés, la prévalence des TNCPA dans la cohorte GRECogVASC était de 49,5% (IC : 44,6–54,4), dont 39% de TNC légers (IC 95% :34,4–43,9) et 10,4% de TNC majeurs (IC :7,4–13,4). L'étude 3 montrait que les dépôts amyloïdes étaient observés chez 13,5% (IC 95 : 6,39-20,58) des patients. Le statut amyloïde positif était associé à un déficit cognitif plus précoce. L'étude 4 montrait que les facteurs neuroradiologiques associés au statut amyloïde étaient : le nombre d'espaces dilatées (>10) dans les centres semi-ovales et leur présence dans la région cingulaire postérieure. Les microsaignements lobaires, l'hémosidérose et les anomalies de substance blanche temporale étaient également associées au statut amyloïde
Prevalence of post stroke neurocognitive disorders (PSNCD) is heterogeneous in the literature. Recent work has proposed the harmonization of diagnostic criteria and cognitive assessment procedures. Neuroradiological determinants of PSNCD have been studied, less other indicators as amyloid deposits. The main objectives of this work were: (1) to perform a meta-analysis with systematic review on prevalence and profiles of PSNCD; (2) to study the prevalence and profile of mild and major NCD in a French cohort, including a validated methodology (3) to assess the prevalence of post-stroke amyloid deposits and cognitive outcome according to the post-stroke amyloid status; (4) to clarify the neuroradiological correlates of amyloid and post-stroke cognitive status. The study population was the GRECogVASC cohort [NCT01339195] and the ancillary study IDEA 3 [NCT 02813434]. Study 1 showed that more than half of the patients presented with post-stroke NCD, of whom two-thirds had mild NCD and one-third had major NCD. Study 2 demonstrated that the optimal criterion was the shortened summary score (i.e., averaged performance for action speed, executive functions, and language). Using this criterion, the mean (95% confidence interval) prevalence of poststroke NCD was 49.5% (44.6–54.4), most of which corresponded to mild NCD (39.1%; 95 CI: 34.4–43.9) rather than dementia (10.4%; 95% CI:7.4–13.4). Study 3 showed that amyloid deposits were observed in 13.5% (95 CI: 6.39-20.58) of patients. A positive amyloid status was also associated with earlier cognitive impairment. Study 4 showed that neuroradiological factors associated with amyloid status were the number of dilated spaces (> 10) in the semi-oval center and their presence in the posterior cingulate region. Lobar microbleeds, hemosiderosis and temporal white matter abnormalities were also associated with the positive amyloid status

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Gosselin, Thomas. "ANIMAL Antidépresseurs, neuroinflammation et maladie d'alzheimer." Thesis, Tours, 2016. http://www.theses.fr/2016TOUR3305/document.

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Abstract:

Aujourd’hui, malgré la description des mécanismes à l’origine du développement de la dépression et de la MA, aucun traitement curatif n’existe pour ces pathologies suggérant l’implication d’un autre phénomène. L’un des processus retrouvé communément dans ces pathologies est la neuroinflammation. Or pour le moment, les essais cliniques entrepris dans la MA afin de réduire la neuroinflammation n’ont pas permis d’aboutir à une amélioration significative des symptômes. L’une des raisons de cet échec serait une mauvaise fenêtre thérapeutique qui aurait pour conséquence d’exacerber les effets délétères de la neuroinflammation. Ceci met en lumière la méconnaissance de la cinétique de la neuroinflammation dans la MA. Ainsi notre travail de thèse avait pour but, d’une part, d’étudier l’impact d’anti-inflammatoires comparativement à celui d’antidépresseur dans la dépression chez la souris, et d’autre part, d’étudier l’impact de l’utilisation d’antidépresseur et d’anti-inflammatoires dans un modèle murin de MA
Today, despite the description of the mechanisms underlying the development of depression and AD (Alzheimer’s disease), no cure exists for these diseases suggesting the involvement of another phenomenon. One of the processes commonly found in these pathologies is neuroinflammation. However, clinical trials undertaken in the AD to reduce neuroinflammation have not led to a significant improvement of symptoms. One reason for this failure could be a bad therapeutic window which would result in the increase of deleterious effects of neuroinflammation. This highlights the lack of understanding of the kinetics of neuroinflammation in AD

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Leuma, Yona Rodrigue. "Etude des interactions des dérivés de la Thioflavine T avec les agrégats amyloïdes." Toulouse 3, 2009. http://thesesups.ups-tlse.fr/601/.

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Abstract:

Les ligands pour le diagnostic précoce de la maladie d'Alzheimer par des techniques d'imageries nucléaires (TEP, TEM. . . . ) actuellement en cours d'études peuvent être répartis en trois catégories : les dérivés de la Thioflavine T (ThT), les styrylbenzenes (SB) et les aminonaphtyles. Jusqu'à présent peu d'études fondamentales portant sur l'interaction des petites molécules avec les agrégats amyloïdes ß ont été effectuées. Les variations de structures ne semblent pas être issues d'un design moléculaire rationnel, mais plutôt obtenues de manière presque aléatoire. Durant ce travail de thèse, nous avons synthétisé les composés dérivant de la ThT et effectué une étude rationnelle de leur relation structure-affinité pour les agrégats amyloïdes. Tout d'abord, les dérivés de la ThT ont été obtenus avec de bons rendements par activation au micro-onde ou de manière catalytique en présence de lanthanide. Diverses fonctions ont par la suite pu être introduites soit par alkylation réductrice en présence de dérivés carbonylés ou par des réactions de couplage de Suzuki. Le transfert de ces méthodes sur un automate de synthèse pour une synthèse parallèle a été exploré. Nous avons ensuite préparé et caractérisé les agrégats amyloïdes in vitro. Enfin, nous avons déterminé les constantes d'affinités de ces dérivés pour les agrégats amyloïdes in vitro. Une étude rationnelle nous a permis de proposer certaines hypothèses permettant une amélioration de l'affinité. Ce travail de thèse nous a permis de proposer des méthodes alternatives permettant d'obtenir les ligands de la famille de la ThT, il nous a permis d'obtenir des dérivés pouvant être fonctionnalisés ultérieurement, de proposer des hypothèses sur le design des composés de la famille de la ThT permettant d'avoir une forte affinité pour les agrégats amyloïdes. Cette étude sera poursuivie dans le but de synthétiser des composés ayant une meilleure affinité et une spécificité pour l'utilisation par imagerie TEP
Three main categories of PET ligands (ThioflavinT (ThT), styrylbenzene (SB) and aminonaphtyl derivatives) of Alzheimer's disease associated aggregates are currently under investigation for the early diagnostic by this molecular imaging technique. Yet not much is known about the structure/function relationships explaining the nature of the interaction marker/ aggregate and most improvement of binding affinity seemed to arise from random studies. In the course of this PhD work, we have synthesized ThT derivatives and started a rational structure/affinity study. First of all, syntheses of derivatives have been carried out either under microwave irradiation or using lanthanide catalysis. Further functionnalization has been obtained either by the way of reductive alkylation with an array of carbonyl derivatives, or using Suzuki cross coupling. Benzothiazole derivatives were obtained in all cases with good to excellent yields. The transfer of these syntheses to an automatised synthesiser allowing parallel synthesis has been explored. We then prepared and characterized amyloïd fibrils in vitro. Finally, in vitro binding affinities of theses derivatives to different amyloïd aggregates have been determined by Chemical Physics techniques. This enabled us to propose some important feature regarding the marker/Amyloid beta fibrils interaction. This work now allows us to propose efficient alternative methods to obtain such PET radioligands, this gives an efficient access to a broad array of derivatives of this family and to their later functionnalization. One can also propose some hypotheses regarding the molecular design of binding affinity of this family of ligand to amyloïd fibrils. This study will be pursued in order to synthesize radioligands with better binding affinity and specificity for PET imaging

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Dufour, Emilie. "Inhibiteurs et modèles moléculaires de fibres amyloïdes ° et tau impliquées dans la maladie d'Alzheimer : conception, synthèse et caractérisation." Phd thesis, Université de Grenoble, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01062180.

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Abstract:

L'objectif de ce projet est d'élaborer des composés capables d'interagir avec des processus biologiques impliquant des associations protéines-protéines, soit pour les inhiber, soit pour les marquer. Deux cibles protéiques impliquées dans la maladie d'Alzheimer et formant des fibres amylogènes sont envisagées : la protéine tau et le peptide Aβ40. Notre conception des inhibiteurs consiste à présenter de façon multimérique des composés biologiquement actifs (peptides et molécules organiques) sur un châssis moléculaire, la dicétopiperazine. L'activité biologique de nos composés est évaluée par des tests in vitro et in vivo. Un autre aspect du projet est la conception, la synthèse et la caractérisation d'un peptidomimétique des fibres de la protéine tau.

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Krishnashenoy, Padmabai Jayakrishna Shenoy. "Structural characterization of amyloid fibrils by solid-state NMR." Thesis, Bordeaux, 2020. http://www.theses.fr/2020BORD0245.

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Abstract:

Projet 1- Dissection structurelle de fibrilles amyloïdes de différentes constructions TDP-43 par RMN à l'état solide. La protéine de liaison à l'ADN TAR de 43 kDa (TDP-43) est observée comme le principal composant des inclusions cytoplasmiques des cellules de patients souffrants de la sclérose latérale amyotrophique (SLA) et de la démence lobaire frontotemporale (DLF). La protéine TDP-43 se compose d'un domaine N-terminal (NTD) possédant une structure définie, de deux domaines de motifs de reconnaissance de l'ARN (RRM1 et RRM2) et d'un domaine C-terminal intrinsèquement désordonné (CTD). Le domaine C-terminal de type prion contient la plupart des mutations pathologiques pertinentes aujourd’hui connues et joue un rôle essentiel dans l'agrégation spontanée de TDP-43 et de la pathologie associée. Nous avons utilisé une combinaison de microscopie électronique, de diffraction des rayons X, d'analyse par spectroscopie infrarouge (par Transformée de Fourier) et de spectroscopie RMN des solides pour étudier l'organisation moléculaire de différents fragments de TDP, à savoir le TDP-43 complet, deux fragments C-terminaux (TDP-35 et TDP-16) et un fragment C-terminal tronqué (TDP-43 ∆GaroS2) dans leur état fibrillaire. Bien que les différentes constructions protéiques présentent une morphologie fibrillaire similaire et une signature typique de cross-β par diffraction des rayons X, les expériences de RMN des solides indiquent que TDP-43 et TDP-35 partagent la même structure moléculaire polymorphe. En même temps, la protéine tronquée TDP-16 comprend un noyau amyloïde bien ordonné. Nos résultats démontrent que les fragments C-terminaux peuvent adopter une conformation moléculaire différente, indépendamment ou dans le contexte de l'assemblage complet, ce qui suggère que les domaines N-terminaux et RRM jouent un rôle essentiel dans la transition amyloïde de la protéine TDP-43. Les études par RMN des solides des isoformes TDP-43 (sTDP43-1, sTDP43-2) responsables des sous-types de la SLA démontrent que ces isoformes peuvent former des amyloïdes sans le CTD et adopter un pli amyloïde similaire à TDP-43 complet, suggérant un mécanisme de repliage non-correct des domaines NTD et RRM responsables de la transition amyloïde dans les isoformes TDP43.Projet 2- Mécanisme moléculaire des protéines de signalisation amyloïdes hétérotypiques NWD2/HET-s impliquées dans la mort cellulaire programmée chez les champignonsLe prion [Het-s] active la protéine HET-S formant des pores et déclenchant la mort cellulaire programmée (PCD) chez le champignon Podospora anserina. La structure de type solénoïde de HET-s sert de modèle pour la transition amyloïde du domaine de formation du prion HET-S (PFD). Une protéine de la famille des récepteurs de type Nod-like (NLR) appelée NWD2, codée par le gène voisin de het-S, possède un motif N-terminal (R0) homologue à l'unité répétitive élémentaire de la structure b-solénoïde de HET-s (R1, R2). Les NLR sont associés à la défense de l'hôte et à la mort cellulaire programmée chez les plantes, les animaux et les champignons. Lors de l'activation, le motif N-terminal (R0) peut adopter la conformation solénoïde, servir de modèle à la transition amyloïde du domaine HET-S formant le prion, et déclencher la voie de mort cellulaire en aval. Dans ce travail, nous avons déduit la structure à résolution atomique adoptée par l'amyloïde fonctionnelle NWD2 (R0) en utilisant la RMN des solides. Nous avons également montré que le mécanisme de modélisation impliquant NWD2 et HET-S est obtenu par la formation d'une interface amyloïde hétérotypique via R0/R2, suivie par la PCD
Project 1- Structural dissection of amyloid fibrils of different TDP-43 constructs by solid-state NMRThe TAR DNA binding protein of 43 kDa (TDP-43) is observed as the main component in amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal lobar dementia (FTLD) cytoplasmic inclusions. TDP-43 consists of a well-folded N-terminal domain (NTD), two RNA recognition motif domains (RRM1 and RRM2) and an intrinsically disordered C-terminal domain (CTD). The prion-like C-terminal domain possesses most of the pathologically relevant mutations and plays a critical role in the spontaneous aggregation of TDP-43 and associated proteinopathy. We used a combination of electron microscopy, X‐ray fiber diffraction, Fourier‐transform infrared spectroscopy analysis, and solid‐state NMR spectroscopy to investigate the molecular organization of different TDP construct namely full-length TDP-43, two C-terminal fragments (TDP-35 and TDP-16) and a C-terminal truncated fragment (TDP-43 ∆GaroS2) in their fibrillar state. Although the different protein constructs exhibit similar fibril morphology and a typical cross-β signature by X-ray diffraction, solid-state NMR indicates that TDP-43 and TDP-35 share the same polymorphic molecular structure. At the same time, TDP-16 encompasses a well-ordered amyloid core. Our findings demonstrate that C-terminal fragments can adopt a different molecular conformation in isolation or the context of the full-length assembly, suggesting that the N-terminal and RRM domains play a critical role in the TDP-43 amyloid transition. ss-NMR studies of TDP-43 isoforms (sTDP43-1, sTDP43-2) responsible for ALS subtypes demonstrate that these isoforms can form amyloids without the CTD and adopt an amyloid fold similar to full-length TDP-43, suggesting a misfolding mechanism of NTD and RRM domains responsible for the amyloid transition in TDP43 isoforms.Project 2- Molecular mechanism of heterotypic amyloid signaling proteins NWD2/HET-s involved in Programmed cell death in fungiThe [Het-s] prion activates HET-S pore-forming protein and triggers programmed cell death (PCD) in the fungus Podospora anserina. The HET-s -solenoid fold act as a template for the amyloid transition of the HET-S prion-forming domain (PFD). A Nod-like receptor (NLR) protein called NWD2, encoded by the gene next to het-S possesses an N-terminal motif (R0) homologous to the elementary repeat unit of HET-s b-solenoid fold (R1, R2). The NLRs are associated with host defense and programmed cell death in plants, animals, and fungi. Upon activation, the N-terminal motif (R0) can adopt the b-solenoid fold, template the amyloid transition of the HET-S prion-forming domain, and trigger the downstream cell death pathway. In this work, we deduced the atomic resolution structure of the b-solenoid fold adopted by the functional amyloid NWD2 (R0) using solid-state NMR. Also, we showed that the templating mechanism involving NWD2 and HET-S achieved by the formation of a heterotypic amyloid interface via R0/R2, followed by PCD. Ss-NMR restraints determined an atomic-resolution structure of the heterotypic amyloid interface R0/R2

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Tanase, Maria Elena. "Nanomaterials self-assembly driven by beta-amyloid peptides." ScholarWorks@UNO, 2005. http://louisdl.louislibraries.org/u?/NOD,223.

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Abstract:

Thesis (M.S.)--University of New Orleans, 2005.
Title from electronic submission form. "A thesis ... in partial fulfillment of the requirements for the degree of Master of Science in the Department of Chemistry"--Thesis t.p. Vita. Includes bibliographical references.

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Frandemiche, Marie-Lise. "Etude de la dynamique de tau dans le compartiment synaptique dans un contexte physiologique et pathologique exemple de la maladie d'Alzheimer." Phd thesis, Université de Grenoble, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01060064.

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Abstract:

La maladie d'Alzheimer est une pathologie neurodégénérative caractérisée par une perte progressive des fonctions cognitives. Cette perte des fonctions cognitives est directement liée à une atteinte neuronale et plus particulièrement synaptique. Deux caractéristiques histopathologiques en lien avec des dérégulations protéiques sont retrouvées chez les patients atteints de la MA : les plaques séniles extracellulaires composées de peptides β-amyloïdes (Aβ) fibrillaires et la dégénérescence neurofibrillaire constituée d'agrégats intracellulaires de protéines tau hyper et anormalement phosphorylées. Les formes agrégées de ces protéines ont longtemps été considérées comme neurotoxiques, cependant, il est maintenant avéré que les formes solubles de ces protéines dérégulées étaient à l'origine de la pathologie. Les synapses excitatrices situées au niveau des épines dendritiques sont les cibles du peptide Aβ sous forme soluble et oligomèrique (Aβo). Ce dernier en altère la fonction et induit leurs pertes. Récemment, il a été montré que cette action synaptotoxique de l'Aβo est dépendante de la protéine tau. De plus, dans un autre modèle de tauopathie, la démence fronto-temporale avec syndrome parkinsonien liée au chromosome 17 (FTDP-17), la synaptotoxicité de tau s'est révélée dépendante de son état de phosphorylation. Ainsi, il émerge le concept de tau synaptique dans un contexte pathologique. Cependant, des études plus récentes ont montré que, en condition physiologique, une petite portion de tau se retrouve au niveau de la synapse. Au regard de ces nouvelles données, il est possible que tau, en plus d'être une protéine axonale, nucléaire et membranaire, soit aussi synaptique. Dans ce contexte, les travaux présentés dans cette thèse visent à étudier l'implication de la protéine tau dans la fonction synaptique et les perturbations induites par la présence d'Aβo. Ces travaux ont été effectués sur un modèle cellulaire de cultures primaires de neurones corticaux et sur tranche d'hippocampe de souris par des méthodes biochimiques et d'analyse dynamique en microscopie confocale sur cellules vivantes. Afin d'étudier l'impact d'une activation synaptique sur un système de culture neuronal, l'utilisation combinée de la bicuculline, antagoniste des récepteurs gabaergique GABAa et de 4-amino pyridine, bloqueur de canaux potassique, permet d'établir une potentialisation à long terme sur les synapses. Grâce à un protocole d'extraction permettant d'isoler le compartiment post-synaptique (fraction contenant la densité post synaptique dont le marqueur protéique PSD-95), nous avons montré que l'activation synaptique enrichit la fraction PSD en protéine tau suggérant son implication dans les phénomènes de plasticité synaptique. L'étude du cytosquelette d'actine prépondérant au niveau synaptique a révélé que l'actine filamenteuse est un partenaire de tau. Dans un contexte pathologique, l'incubation d'Aβo induit le recrutement de tau à la synapse et perturbe l'organisation du cytosquelette d'actine. Ce changement structurel du cytosquelette d'actine pourrait être à l'origine des perturbations de la plasticité et du maintien synaptique induit par Aβo. En conclusion, l'ensemble des résultats de cette thèse suggère que tau exerce une fonction physiologique au sein de la synapse impliquant une interaction avec le cytosquelette d'actine et qu'en conditions pathologiques (induites par Aβo), on observe une altération fonctionnelle du rôle de tau à la synapse qui pourrait participer aux perturbations cognitives caractéristiques de la MA.

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Ahmed, Abdullah. "Dévelopement d'une méthode bio-informatique pour la prédiction des régions amyloidogéniques dans les protéines." Phd thesis, Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00998437.

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Abstract:

La formation d'agrégats protéiques insolubles et fibreux, appelés fibrilles amyloïdes, est impliquée dans une large variété de maladies humaines. Parmi elles, figurent entre autres, le diabète de type II, l'arthrite rhumatoïde et, notamment, les atteintes neurodégénératives débilitantes, telles que les maladies d'Alzheimer, de Parkinson ou encore de Huntington. Actuellement, il n'existe ni traitement, ni diagnostic précoce pour aucune de ces maladies.De nombreuses études ont montré que la capacité à former des fibrilles amyloïdes est une propriété inhérente à la chaîne polypeptidique. Ce constat a conduit au développement d'un certain nombre d'approches computationnelles permettant de prédire les propriétés amyloïdogéniques à partir de séquences d'amino-acides. Si ces méthodes s'avèrent très performantes vis à vis de courts peptides (~ 6 résidus), leur application à des séquences plus longues correspondant aux peptides et protéines en lien avec les maladies, engendre un nombre trop élevé de faux positifs. Le principal objectif de cette thèse consiste à développer une meilleure approche bioinformatique, capable de prédire les régions amyloïdogéniques à partir d'une séquence protéique. Récemment, l'utilisation de nouvelles techniques expérimentales a permis de mieux appréhender la structure des amyloïdes. Il est ainsi apparu que l'élément caractéristique de la majorité des fibrilles amyloïdes impliquées dans les maladies, était constitué d'une structure étagée (β-arcade), résultant de l'empilement de motifs " feuillet β - coude - feuillet b " appelés " β-arches ". Nous avons mis à profit cette particularité structurale pour créer une approche bioinformatique permettant de prédire les régions amyloïdogéniques d'une protéine à partir de l'information contenue dans sa séquence. Les résultats provenant de l'analyse des structures de type β-arcade, connues et modélisées, ont été compilés et traités à l'aide d'un algorithme écrit en langage Java, afin de créer le programme ArchCandy.L'application de ce programme à une sélection de séquences protéiques et peptidiques, connues pour leur lien avec les maladies, a permis de démontrer qu'il était en mesure de prédire correctement la majorité de ces séquences, de même que les séquences mutées impliquées dans les maladies familiales. Outre la prédiction de régions à haut potentiel amyloïde, ce programme suggère la conformation structurale adoptée par les fibrilles amyloïdes. Le séquençage de génomes entiers devenant toujours plus abordable, notre méthode offre une perspective de détermination individuelle des profils à risque, vis à vis de maladies neurodégénératives, liées à l'âge ou autres. Elle s'inscrit ainsi pleinement dans l'ère de la médecine personnalisée.

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Horvath, Christophe. "Réalisation de nanofils de protéines." Phd thesis, Université de Grenoble, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00647308.

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Abstract:

Ce travail de thèse propose de réaliser un nanofil électrique auto-assemblé constitué de protéines. L'unité de base de ce nanofil est une protéine chimère comprenant un domaine capable de former des fibres amyloïdes (Het-s 218-289) et un domaine capable d'effectuer des transferts d'électrons (une rubrédoxine). Le premier domaine permet la réalisation d'une fibre par auto-assemblage tandis que le deuxième est exposé à la surface de cette structure. Les caractéristiques redox du domaine exposé permettent aux électrons de se déplacer d'un bout à l'autre de la fibre par sauts successifs. Un tel nanofil a été créé et caractérisé par différentes techniques biophysiques. Ensuite, la preuve de la conduction des nanofils a été apportée sur des ensembles d'objets, de manière indirecte par électrochimie, et de manière directe par des mesures tension/courant. Ces travaux ouvrent la voie à la réalisation d'objets biocompatibles, biodégradables, possédant des propriétés électroniques exploitables dans des dispositifs technologiques.

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Ouberaï, Myriam. "Conception de modèles de fibres amyloïdes et d'inhibiteurs de la fibrillogénèse." Phd thesis, Université Joseph Fourier (Grenoble), 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00361444.

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Abstract:

Les peptides et protéines amyloïdes sont impliqués dans de nombreuses pathologies regroupées sous le terme d'amyloses. Ces protéines, dans des conditions encore mal connues, se replient en feuillets β croisés et s'assemblent en fibres. Afin de comprendre les principes physico-chimiques impliqués dans ce processus, nous avons conçu des modèles de fibres amyloïdes par la synthèse d'édifices peptidiques basés sur la séquence du peptide β amyloïde. Ils se composent de deux ou quatre fragments amyloïdes mutés, linéaires ou cyclisés, que nous avons liés à un châssis décapeptide cyclique. Ces édifices se replient en feuillets β croisés et s'assemblent en protofilaments de 5 à 6 nm de diamètre. A l'aide de la modélisation moléculaire, nous avons montré que le repliement en boucle de type brin β-boucle-brin β et la création d'un cœur hydrophobe sont nécessaires pour la formation des feuillets β croisés parallèles. Ces édifices sont des modèles très prometteurs pour la compréhension du mécanisme de formation des fibres amyloïdes.
Parmi les stratégies thérapeutiques développées récemment pour lutter contre les amyloses, l'inhibition de la formation des dépôts amyloïdes a été largement étudiée. Au cours de nos travaux, nous avons développé des inhibiteurs de la fibrillogénèse par la présentation de plusieurs exemplaires de molécules hydrophobes sur un cyclodécapeptide. Cette stratégie a pour but de créer une zone d'interaction avec le peptide β amyloïde suffisamment importante pour perturber son auto-association. Nous avons montré, par la réalisation d'expériences de polymérisation du peptide Aβ40, que ces composés sont des inhibiteurs très efficaces par comparaison avec les dérivés monomériques. Ces résultats confirment l'intérêt de cette stratégie pour interférer avec le phénomène de formation des fibres amyloïdes.

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Ehrnhöfer, Dagmar Elisabeth. "Green tea catechins change the aggregation behavior of proteins associated with neurodegenerative disease." Doctoral thesis, Humboldt-Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I, 2007. http://dx.doi.org/10.18452/15624.

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Abstract:

Eine Gemeinsamkeit verschiedener neurodegenerativer Erkrankungen ist die abnormale Ansammlung von Proteinen im Gehirn, wie z. B. von alpha-Synuclein (Syn)-Aggregaten bei der Parkinson''schen Krankheit (PD) oder von Huntingtin (Htt)-Aggregaten bei Chorea Huntington (HD). Am Anfang dieser Studie wurde eine Bibliothek von ca. 5000 natürlichen Substanzen nach Inhibitoren der Htt-Aggregation durchsucht. Eine der wirksamen Substanzen war (-)-Epigallocatechingallat (EGCG), eine Verbindung, die in grünem und schwarzem Tee vorkommt. Die antioxidativen Eigenschaften von EGCG wurden bereits mit einer neuroprotektiven Wirkung in Verbindung gebracht, was EGCG zu einem vielversprechenden Kandidaten für die Entwicklung einer neuen Behandlungsmethode macht. Eine inhibierende Wirkung auf Proteinaggregation wurde jedoch bis jetzt noch nicht nachgewiesen. Diese Studie zeigt, dass EGCG die Aggregation von Htt und Syn hemmt, indem es dosisabhängig eine oligomere Proteinkonformation stabilisiert. Diese Oligomere wirken jedoch nicht als Keime in Aggregationsreaktionen. Zusätzlich verändert EGCG die Exposition bestimmter Epitope, die von konformationsspezifischen Antikörpern im Laufe der Aggregation erkannt werden. Daher könnte die Substanz Proteine, die zur Aggregation neigen, auf einen alternativen Faltungspfad in der Missfaltungskaskade führen. Weiterhin legen die Ergebnisse nahe, dass eine direkte Wechselwirkung zwischen EGCG und Proteinen in einer ungefalteten Konformation stattfindet. In verschiedenen Zellkultur-Modellsystemen verringerte EGCG die Toxizität, die von missgefalteten Proteinen ausgeht, was nahelegt, dass die neu geformten oligomeren Spezies nicht toxisch sind. EGCG könnte daher ein chemisches Chaperon darstellen, das die Missfaltung und Toxizität von Proteinen, die mit neurodegenerativen Krankheiten assoziiert sind, verringert. Die Substanz könnte daher die Basis zur Entwicklung einer neuen Therapie für diese unheilbaren Krankheiten darstellen.
A common feature of neurodegenerative disorders is the abnormal accumulation of aggregated protein the brain, such as alpha-Synuclein (Syn) aggregates in Parkinson''s disease (PD) and Huntingtin (Htt) aggregates in Huntington''s disease (HD). In this study, a library of approximately 5000 natural compounds was screened for inhibitors of Htt aggregation. One of the hits was (-)- Epigallocatechin gallate (EGCG), a compound present in green and black tea. The antioxidant properties of this substance have been linked to neuroprotection before, making it a promising candidate for the development of a treatment for neurodegenerative diseases. Inhibition of protein aggregation by EGCG, however, has not been demonstrated so far. This study shows that EGCG inhibits the aggregation of Htt and Syn by stabilizing an oligomeric conformation of the respective proteins in a dose-dependent manner. These oligomers do not seed the aggregation of Htt and Syn. Also, EGCG modifies the exposure of different epitopes recognized by conformation-specific antibodies during the aggregation process. The compound might therefore lead aggregation-prone proteins on an alternative folding pathway in the misfolding cascade. The results furthermore suggest that direct interaction occurs between EGCG and proteins in an unfolded conformation. EGCG also reduces toxicity caused by misfolded Htt or Syn in cell culture model systems, suggesting that the oligomeric protein species formed in the presence of EGCG are not toxic to living cells. EGCG might therefore represent a chemical chaperone that can modulate misfolding and toxicity of proteins associated with neurodegenerative diseases and could provide the basis for the development of a novel pharmacotherapy for these fatal disorders.

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Laumet, Geoffroy. "Rôle des ADAM dans le processus physiopathologique de la maladie d'Alzheimer." Phd thesis, Université du Droit et de la Santé - Lille II, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00576504.

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Abstract:

La maladie d'Alzheimer est une maladie neurodégénérative, elle représente 70% des formes de démences et affecte près de 860 000 personnes en France. Cette maladie est caractérisée par deux lésions neuropathologiques : les Dégénérescences neurofibrillaires et les Plaques séniles. Ces dernières sont principalement constituées de peptides amyloïdes (Aβ) résultant du clivage d'une protéine membranaire appelée Précurseur du peptide amyloïde (APP). L'étude des formes familiales monogéniques a montré que des mutations des gènes de l'APP et des Présénilines 1 et 2 conduisaient systématiquement à une augmentation de la production d'Aβ. Cette observation a permis l'élaboration de la cascade amyloïde plaçant le métabolisme de l'APP au centre du processus physiopathologique. Même si aujourd'hui ce métabolisme commence à être relativement bien connu, plusieurs zones d'ombres subsistent encore. Dans l'optique de caractériser de nouveaux acteurs intervenant dans ce métabolisme, nous avons émis une hypothèse qui repose sur deux constatations : (i) les protéines impliquées dans l'étiologie de la maladie sont différentiellement exprimées entre les cerveaux des patients et ceux des témoins (ii) dans le cerveau, de nombreuses métalloprotéases participent aux même mécanismes que l'APP (adhésion cellulaire, neuroinflammation, plasticité neuronale...), certaines sont aussi directement actrices du métabolisme de l'APP en tant qu'α-sécrétase (ADAM9, ADAM10 et ADAM17) ou en dégradant l'Aβ (NEP, IDE, MMP2, MMP3 et MMP9). Nous avons donc supposé que les métalloprotéases présentant une différence d'expression entre le tissu cérébral des malades et celui des témoins soient des candidates intéressantes pour moduler le métabolisme et le trafic de l'APP. Une première analyse transcriptomique par biopuce, à partir d'ARN totaux issus des cerveaux de 12 malades et de 12 témoins, nous a permis d'identifier quatre métalloprotéases présentant une différence d'expression significative (p<10-5) : ADAMTS16, ADAM17, ADAM30 et ADAM33. Nous avons cherché à confirmer ce résultat par une autre technologie sur un plus grand nombre d'échantillons (malades n=52 et témoins n=42). Seules ADAM30 et ADAM33 ont pu être validées. Nous avons également pu observer que l'expression d'ADAM30 dans le tissu cérébral des malades est inversement proportionnelle à la quantité d'Aβ42 déposée dans la parenchyme (Aβ42 la forme d'Aβ la plus neurotoxique). De plus, au niveau cérébral, l'expression d'ADAM30 est restreinte aux neurones, cellules sièges du métabolisme de l'APP. Nous avons donc sélectionné ADAM30 comme intervenante potentielle dans le métabolisme de l'APP. Pour tester notre hypothèse, nous avons sous- et sur-exprimé ADAM30 dans deux modèles cellulaires différents. Nous avons mis en évidence que la sur-expression d'ADAM30 entraîne une diminution de l'ensemble des produits du métabolisme de l'APP. En mutant le site catalytique de cette protéase, nous avons remarqué que cette action sur le métabolisme de l'APP est dépendante de cette activité catalytique. De manière cohérente, une sous-expression d'ADAM30 entraîne une augmentation de l'ensemble des produits du métabolisme de l'APP. En utilisant les inhibiteurs alcalisant, nous avons démontré que l'effet d'ADAM30 sur le métabolisme de l'APP met en jeu la dégradation par le lysosome. Des expériences d'immunofluorescence ont attesté qu'ADAM30 est localisée dans le réticulum endoplasmique et l'appareil de Golgi et qu'elle co-localise fortement avec l'APP dans ces organites. Au vu des résultats obtenus durant ces quatre années, nous pensons qu'ADAM30 pourrait être une protéine clé de la régulation de l'APP en inhibant son acheminement jusqu'à la membrane plasmique et en favorisant sa dégradation par le lysosome. [...]

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Zirah, Séverine. "Rôle de la région N-terminale 1-16 du peptide amyloïde Abeta dans la deposition amyloïde associée à la maladie d'Alzheimer : Plasticité conformationnelle, modifications liées au vieillissement protéique et interaction avec les ions Zn2+." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2004. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00170474.

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Abstract:

Les dépôts amyloïdes sont des dépôts fibrillaires extracellulaires associés à la maladie d'Alzheimer, dont le constituant principal est le peptide amyloïde (Aβ). La fibrillogenèse d'Aβ s'accompagne d'une transconformation du peptide, depuis une structure secondaire principalement en hélice au voisinage des membranes ou non structurée en milieu aqueux vers une structure en feuillet β. Cette transconformation est couplée à une oligomérisation. Les plaques amyloïdes renferment une quantité importante de cations métalliques, en particulier Zn2+, et le peptide amyloïde y est caractérisé par une grande hétérogénéité de sa partie N-terminale qui présente des troncations et des isomérisations/racémisations. Ces modifications et l'interaction d'Aβ avec les cations ont été proposées comme des facteurs contribuant à la déposition amyloïde.
Afin de caractériser ces différents mécanismes moléculaires, nous avons examiné la région N-terminale 1-16 du peptide amyloïde, Aβ(1-16), qui apparaît impliquée dans l'interaction du peptide avec les cations métalliques et renferme plusieurs sites susceptibles de subir des modifications liées au vieillissement protéique. Du fait de son accessibilité au sein des fibrilles amyloïdes, ce domaine d'Aβ constitue une cible thérapeutique potentielle, notamment pour un traitement immunologique.
Au cours de ce travail, nous avons mis en évidence la plasticité conformationnelle d'Aβ(1-16) par dichroïsme circulaire (DC) et RMN et nous avons caractérisé la structure qu'adopte ce peptide en milieu aqueux et en milieu mimant un environnement membranaire. Nous avons également identifié les formes produites par vieillissement in vitro. Le complexe Aβ(1-16)/Zn2+ a été examiné par DC, RMN et ESI-MS, ce qui a conduit à établir un modèle d'attachement du cation Zn(II) au peptide Aβ(1-16). Ce modèle implique une coordination tétraédrique de Zn(II), les résidus H6, E11, H13 et H14 étant identifiés comme ligands. Nous avons de plus montré que l'interaction Aβ(1-16)/Zn2+ modifie le profil de vieillissement protéique et exerce un effet agoniste sur la reconnaissance de la région 1-16 d'Aβ par des anticorps spécifiques. La conformation de deux peptides isomères issus du vieillissement d'Aβ(1-16), Aβ(1-16)-L-IsoAsp7 et Aβ(1-16)-D-Asp7 a été examinée par RMN. Un changement conformationnel local est observé dans la région H6-S8 par rapport à Aβ(1-16), mais pas de remaniement conformationnel global. L'étude de l'interaction Aβ(1-16)-L-IsoAsp7/Zn2+ par RMN a suggéré la participation du résidu IsoAsp7 à la coordination du cation Zn(II).
Enfin, une étude complémentaire entreprise sur Aβ(1-40) a mis en évidence l'absence de fibrillogenèse du peptide en présence d'ions Zn2+ ou d'anticorps ciblant la région N-terminale d'Aβ, au profit de la formation de différents types d'agrégats. Ces résultats suggèrent que les différentes interactions établies entre la région N-terminale 1-16 d'Aβ et Zn2+ ou des anticorps anti-Aβ inhiberaient la fibrillogenèse du peptide amyloïde pleine longueur.

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Sevalle, Jean. "Etude de la production et de la dégradation du peptide amyloïde dans la maladie d'Alzheimer." Phd thesis, Université de Nice Sophia-Antipolis, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00419365.

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Abstract:

Au cours de la voie de maturation amyloïdogène, la βAPP subit l'action séquentielle de deux activités enzymatiques appelées sécrétases : la β-sécrétase puis la γ-sécrétase qui conditionne la longueur des peptides Aβ en C-terminal. L'activité γ-sécrétase dépendante des présénilines est portée par un complexe multi protéique composé d'au moins quatre partenaires : Aph-1, Pen-2, la nicastrine et les présénilines (PS1 ou PS2). Ces présénilines subissent une coupure protéolytique par une « présénilinase » qui génère deux fragments qui s'apparient en hétérodimère, forme biologiquement active au sein du complexe. La γ-sécrétase au sens générique du terme est impliquée dans la protéolyse de nombreux substrats et sa nature reste très discutée.
Dans une première partie de ma thèse, je me suis intéressé à la production du peptide amyloïde. Dans ce but, j'ai mis au point 3 dosages enzymatiques qui permettent de mesurer des activités de type γ- et ε-sécrétase hydrolysant la βAPP et ε-sécrétase clivant Notch. Ces dosages sont un outil permettant de répondre à plusieurs questions : l'activité g sécrétase est-elle portée par plusieurs enzymes, dépendantes ou indépendantes des présénilines ? Les activités g- et ε-sécrétase sont elles portées par une seule et même enzyme ? L'activité ε-sécrétase qui clive Notch est-elle identique à celle coupant la βAPP ?
Les premiers résultats obtenus avec le substrat dérivé du site γ-sécrétase sur la βAPP (JMV2660) ont permis la mise en évidence d'une activité γ-sécrétase dans un système cellulaire dépourvu de présénilines, activité qui, paradoxalement, conserve une sensibilité à un inhibiteur classique de γ-sécrétase qui interagit physiquement avec les présénilines. La mise au point des deux autres dosages a conduit à la mise en évidence de l'implication de plusieurs activités enzymatiques regroupées sous le terme générique γ-sécrétase. Au final, ces dosages, fiables et reproductibles, permettront de tester en routine et à haut débit des inhibiteurs capables de discriminer les différentes activités de type γ-sécrétase et ε-sécrétase.
Un autre aspect de mon travail de thèse a concerné la dégradation du peptide amyloïde et plus particulièrement les modifications qui se produisent au niveau de son extrémité N-terminale. Dans le cadre de cette étude, j'ai pu démontrer l'implication de l'aminopeptidase A dans la dégradation de l'extrémité N-terminale du peptide amyloïde grâce à une approche utilisant des inhibiteurs spécifiques et à la mise au point un essai enzymatique de l'activité gamma-sécrétase basé sur l'hydrolyse d'un substrat recombinant in vitro.
Nous disposons au laboratoire d'un inhibiteur d'aminopeptidase A sous forme de pro-drogue active in vivo, ainsi, nous pourrons confirmer ces résultats sur des modèles de souris transgéniques « alzheimerisées » mais également déterminer l'impact d'un traitement ciblant l'aminopeptidase A sur le développement de la pathologie.

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Guilloreau, Luc. "Le complexe CuII Amyloïde-bêta lié à la Maladie d'Alzheimer :Etude structurale, thermodynamique et réactivité." Phd thesis, Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00142748.

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Abstract:

Nos études portent sur le complexe soluble CuII-Aβ. (i) Nous avons montré en titration isotherme calorimétrique que le peptide Aβ possède 2 sites de fixation pour le cuivre avec des constantes de dissociation espectives de 100nM et 10µM. (ii) A pH 7,4 les complexes sont hétérogènes. La RPE et la RMN proposent que la forme majoritaire fait intervenir les 3 Histidines de la séquence (en position 6, 13 et 14) et la fonction carboxylique de l'Asp1. (iii) Nous avons également montré que les complexes CuII-Aβ sont capables de produire des radicaux hydroxyles HO•. La quantité de HO• générée a par ailleurs été corrélée aux potentiels d'oxydo-réduction des complexes. (iv) L'influence des métaux sur l'agrégation (vitesse, formation d'oligomères, type d'agrégats formés) a été analysée.

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Deraeve, Céline. "Synthèse et évaluation biologique de dérivés polyquinoléine chélateurs d'ions métalliques en relation avec la maladie d'Alzheimer." Phd thesis, Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00142741.

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Abstract:

Les ions métalliques ZnII, CuII et FeIII interagissent avec le peptide b-amyloïde (Ab) dans la maladie d'Alzheimer. Ils participent à la précipitation d'A_ et à sa toxicité via la production d'H2O2. Une stratégie thérapeutique consiste à chélater ces ions métalliques par des ligands hétérocycliques reliés de façon covalente afin d'augmenter leur affinité pour ces ions. Parmi eux, la Cyclo-bi-Phen diminue les plaques amyloïdes de souris transgéniques modélisant la maladie d'Alzheimer. Une nouvelle série a été établie à partir du clioquinol, un ligand quinoléine actif in vitro et in vivo. Plus de 20 dérivés polyquinoléine ont été synthétisés et possèdent une forte affinité pour ZnII et CuII. Des tests in vitro sur Ab en présence d'ions métalliques ont révélé qu'ils inhibent la précipitation d'Ab et la production d'H2O2 par ces systèmes.

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Brambilla, Davide. "Polymeric nanoparticles as original theranostic approach for alzheimer‟s disease." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00692581.

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Abstract:

The proof of concept of an original nanotechnology-based theranostic approach for Alzheimer‟s disease has been explored. Novel fluorescently tagged nanoparticles have been designed and employed for internalization and transcytosis studies across a recently developed human in vitro blood-brain barrier model. A small library of polymeric nanoparticles have been designed and their ability to capture the Amyloid β1-42 peptide, considered one of the causes of the Alzheimer‟s disease, has been investigated and quantified using an on purpose designed method.

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Forestier, Anne. "Effets du peptide Amyloïde-ß, caractéristique de la maladie d'Alzheimer, sur les systèmes de réparation de l'ADN." Phd thesis, Université de Grenoble, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00680083.

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Abstract:

La maladie d'Alzheimer est une maladie neurodégénérative sénile, entrainant une perte progressive et irréversible des fonctions cognitives et comportementales. Les deux principales caractéristiques pathologiques observées chez les patients atteints d'Alzheimer sont la présence d'enchevêtrements neurofibrillaires intracellulaires (majoritairement constitués par la protéine Tau hyperphosphorylée) et l'agrégation extracellulaire de plaques séniles ou amyloïdes (majoritairement constituées du peptide Amyloïde-β (Aβ)).Si l'étiologie complexe de la maladie reste à établir, la participation du stress oxydant (en partie induit par le peptide Aβ) est largement admise. Il a ainsi été proposé que la mort neuronale puisse être due à l'accumulation de dommages oxydatifs au niveau de la molécule d'ADN, qui pourrait en outre être associée à un dysfonctionnement du système de réparation de ce dernier. Dans notre étude, nous avons cherché à préciser les effets spécifiques du peptide Aβ sur les systèmes de réparation de l'ADN d'une lignée de neuroblastome humain (APP751). Cette dernière sécrète le peptide Aβ à des concentrations très physiologiques. Nous avons observé dans ce modèle une augmentation des dommages oxydatifs à l'état basal et plus encore à l'issue d'un stress additionnel, métallique ou oxydant. De manière surprenante le système BER, associé à la réparation des lésions oxydatives, est apparu sous-exprimé en présence d'Aβ, et réduit d'avantage après l'application d'un stress. Ces observations suggèrent une incapacité de la lignée sécrétrice d'Aβ à répondre à une attaque extérieure, ce qui est vraisemblablement susceptible d'engendrer une accumulation de dommages au niveau de la molécule d'ADN. L'autre fait marquant de ce travail, est la surexpression de facteurs généralement associés au NER, en présence d'Aβ couplé à un stress oxydant. Ces facteurs présentent une multifonctionnalité au sein de la cellule et leur stimulation pourrait représenter la mise en place d'un processus apoptotique plutôt que l'initiation de la réparation de l'ADN. Ces travaux nous ont permis d'établir pour la première fois un lien entre la sécrétion du peptide Aβ et la perturbation des systèmes de réparation de l'ADN, phénomènes susceptibles d'entrainer la mort cellulaire observée en excès dans la maladie d'Alzheimer.

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Babinchak, William Michael. "Pathological Aggregation and Liquid-Liquid Phase Separation of TDP-43 in Neurodegenerative Disease." Case Western Reserve University School of Graduate Studies / OhioLINK, 2020. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=case158575494511376.

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Rezai-Zadeh, Kavon. "Flavonoids as Modulators of Amyloid Precursor Protein Metabolism and Alzheimer Disease Pathology." [Tampa, Fla] : University of South Florida, 2008. http://purl.fcla.edu/usf/dc/et/SFE0002683.

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Baccouche, Sonia. "Développement d'une méthode de séparation électrocinétique de biomarqueurs de la polyneuropathie amyloïde familiale à transthyrétine : vers une miniaturisation de l'analyse." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2014. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01056470.

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Abstract:

Ces travaux de recherche s'intéressent à la conception de nouvelles méthodologies analytiques destinées à mesurer le bénéfice d'une transplantation hépatique ou bien encore à l'évaluation de nouvelles voies thérapeutiques à l'essai pour des patients atteints de la polyneuropathie amyloïde familiale à transthyrétine (TTR). Cette maladie rare se caractérise par une déstabilisation structurale du tétramère de TTR qui aboutit à l'agrégation de fibrille dans les tissus du système nerveux autonome, au niveau des nerfs périphériques et autour de certains organes dont le cœur. Dans le cadre d'une collaboration entre hospitalo-universitaires, chimistes analystes, électrochimistes, physico-chimistes et technologues, nous nous sommes attachés à développer des séparations en électrophorèse capillaire couplée avec une détection optique de peptides natif et muté qui sont directement associés à une variente de cette maladie rare. La difficulté première de cette recherche concerne le choix même de ces biomarqueurs qui s'est finalement révélé pertinent grâce de la réalisation de cartes peptidiques à partir du sérum. Ensuite deux voies ont été explorées : une séparation électrocinétique avec une détection spectrométrique d'absorbance dans l'ultra-violet et l'autre nécessitant le marquage préalable de peptides par des molécules fluorophores ou fluorogènes pour ensuite faire une séparation en électrophorèse couplée LIF (laser induced fluorescence). Dans les deux cas le critère principal de séparation, la résolution, autorise une quantification et surtout les validations analytiques associées montrent une réelle robustesse des méthodologies développées. L'autre signe encourageant pour la transposition des ces méthodes à l'analyse de prélèvements issus de patients, concerne la limite de quantification qui est inférieure à celle couramment mesuré dans le sérum. La spectrométrie de masse, moyen d'investigation physico-chimique puissant à permis de suivre et de comprendre d'un point vue plus fondamental le produit des réactions de chimie organique de dérivation des peptides par trois marqueurs fluorescents : le TAMRA-SE, le NDA et le FQ. La possibilité de proposer un outil d'analyse miniaturisé et simple d'utilisation pour le monde hospitalier a également été étudiée. Un poste d'analyse sur puce microfluidique permettant l'analyse quantitative et qualitative a été installé pour permettre la réalisation de premiers essais expérimentaux de séparations électrocinétiques sur puce microfluidique. Ces travaux jettent les bases d'une nouvelle voie analytique pour séparer et quantifier les différents biomarqueurs caractéristiques de la polyneuropathie amyloïde familliale à TTR.

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Youssef, Ihsen. "Etude des mécanismes moléculaires impliqués dans la mort neuronale induite par le peptide bêta amyloïde soluble : Recherche et validation fonctionnelle de cibles cellulaires." Phd thesis, Institut National Polytechnique de Lorraine - INPL, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00264025.

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Abstract:

Le vieillissement des populations est corrélé à l'augmentation des pathologies neurodégénératives liées à l'âge, plus particulièrement la maladie d'Alzheimer. La recherche de marqueurs précoces de la maladie ainsi que l'élaboration de nouvelles stratégies thérapeutiques constituent un enjeu de taille. Parmi les mécanismes moléculaires de la formation des plaques amyloïdes actuellement explorés, les formes oligomériques tronquées de peptide amyloïde (Aß), notamment le peptide Aß3(pE) 42 retrouvé à des stades précoces de la maladie, joueraient un rôle déterminant. Ces travaux de thèse ont permis de montrer, dans un premier temps, que l'injection intracérébrale de ce peptide chez la souris entraîne des altérations de la mémoire de travail et des capacités d'apprentissage, associées à une accumulation d'espèces réactives dérivées de l'oxygène dans des régions cérébrales spécifiques (hippocampe et bulbes olfactifs) de ces animaux. Des essais menés in vitro sur des cultures primaires de neurones de souris montrent leur implication dans les voies apoptotiques impliquant l'activation des caspases et la cascade métabolique de l'acide arachidonique. La seconde étape de ces travaux a constitué en l'étude des effets protecteurs d'un peptide antiapoptotique d'origine endogène, l'humanine (HN) et son variant S14G (HNG). In vitro, un effet protecteur de ces peptides a été mesuré après traitement de neurones en culture par le peptide Aß3(pE) 42. Les résultats les plus marquants résident dans les observations faites in vivo : en effet, ces peptides inhibent l'effet délétère de l'injection intracérébroventriculaire du peptide Aß3(pE) 42, en restaurant les performances mnésiques des animaux dans les tests comportementaux. A la lumière de ces résultats, les peptides HN pourraient constituer de nouveaux outils thérapeutiques dans le traitement ou la prévention des dommages cellulaires précoces liés à la présence des oligomères solubles du peptide Aß.

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Garin, Dominique. "Etudes biologiques de nouveaux radiotraceurs pour l'imagerie moléculaire de la maladie d'Alzheimer." Phd thesis, Université de Grenoble, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00965541.

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Abstract:

La maladie d'Alzheimer (MA) est une pathologie neurodégénérative s'exprimant par des troubles de la mémoire et un déclin cognitif évoluant progressivement vers un stade de démence incurable. Elle représente la cause principale de syndrome démentiel puisque l'on estime qu'elle est à l'origine de plus de 70% des cas de démences. Du fait de sa prévalence élevée après 60 ans, la MA représente un problème majeur de santé publique. La MA se caractérise par la présence de deux types de lésions cérébrales : les dégénérescences neurofibrillaires (DNF) et les plaques amyloïdes. Cependant, aucun consensus clair ne se dégage concernant les relations qui lient les deux types de lésions. Leur présence ne peut être mise en évidence que par un examen post-mortem. La MA est par définition une pathologie évolutive, cet examen ne permet donc pas de caractériser de manière adéquate les processus dynamiques qui sous-tendent cette pathologie. La mise au point de techniques d'imagerie non invasives permettant de réaliser un suivi longitudinal in vivo de ces lésions s'avère déterminante dans la compréhension de la physiopathologie de la MA. Les travaux effectués au cours de cette thèse ont pour objectif la mise au point de nouveaux radiotraceurs des lésions amyloïdes et neurofibrillaires pour l'imagerie nucléaire. Cette approche se distingue en trois parties. Dans un premier temps, nous avons validé un modèle animal de la MA: les souris transgéniques 3xTgAD. Dans un second temps, nous avons réalisé l'évaluation biologique de différents radiotraceurs connus sur ce modèle animal : le 99mTc-HMPAO, le 18F-FDG et le 125I-IMPY. Enfin, nous avons initié le développement de plusieurs nouveaux traceurs pour permettre le suivi de la MA in vivo : les para-sulfonato-calixarènes qui présentent une affinité intéressante pour les plaques amyloïdes, les composés COB qui inhibent la formation des agrégats de peptides amyloïdes in vitro ainsi qu'un peptide, A93, associé à un vecteur qui pourrait interagir avec les dégénérescences neurofibrillaires.

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Arbez, Nicolas. "Etude des effets des peptides amyloïdes : du fonctionnement de la synapse aux modifications du cytosquelette dans l'apoptose neuronale." Phd thesis, Université René Descartes - Paris V, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00069706.

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Abstract:

L'accumulation du peptide amyloïde Aβ semble être le facteurs décisif dans la
physiopathologie de la maladie d'Alzheimer.
Au cours de ce travail, nous avons montré différents effets de ces peptides.
Nous avons montré les effets de différents types de peptides amyloïdes sur les
courants calciques des neurones de l'hippocampe. Ainsi, l'Aβ(25-35) augmente les courants
calciques de type L alors que l'Aβ(1-40) ceux de types non-L.
Ensuite, l'application de peptide Aβ diminue les courants postsynaptiques excitateurs
évoqués mais également des courants miniatures spontanés. Ces diminutions seraient dues à
une internalisation des récepteurs AMPA et impliquent des processus inflammatoires et
l'activation de voies de transduction.
Enfin, lors de l'apoptose neuronale induite par le peptide amyloïde la β-tubuline de
classe III est exclue des microtubules et forme des agrégats cytoplasmiques. Ces effets ne sont
pas dus à des changements dans les modifications post-traductionnelles de la tubuline.

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Renvez, Guillaume. "Application des modes statiques à l'étude de la flexibilité des protéines : vers un processus de docking." Phd thesis, Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00541964.

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Abstract:

La compréhension des interactions entre molécules biologiques passe aujourd'hui par le développement d'outils de simulation à l'échelle atomique. De la conception de médicaments aux biotechnologies, la modélisation tient un rôle important en matière d'interprétation et de prédiction de ces phénomènes. Les algorithmes existants se montrent peu satisfaisants, car ils ne traitent pas correctement la flexibilité conformationnelle des macromolécules. C'est dans ce contexte qu'a été développée au sein du laboratoire une méthode nouvelle qui permet le traitement de la flexibilité totale du système : les modes statiques. Cette méthode, basée sur le concept "induced-fit" d'arrimage de macromolécules (ou docking), est capable de calculer les déformations d'une molécule induites par une force appliquée sur un atome dans une direction de l'espace : un mode statique. L'efficacité de ce modèle a été démontré par des travaux effectués sur des biomolécules telles que les protéines et les acides nucléiques. Grâce à cette méthode, le docking se résume au calcul d'interactions entre sites réactionnels et des déformations induites. Nous montrons dans cette thèse comment les modes statiques permettent de "cartographier" les déformations d'une molécule. Cette méthode nous a également permis de décrire comment réagi une molécule (le peptide Amyloïde ß(1-16)) suite au passage d'un ion métallique, notamment les changements conformationnels engendrés. Cette application que nous avons appelée "sonde électrostatique", est également le premier pas vers un processus de docking moléculaire utilisant le modèle des modes statiques.

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Seguin, J. "Apports d'outils biologiques pour la caractérisation de tauopathies en regard de diverses présentations cliniques de pathologies neurodégénératives." Phd thesis, Université Claude Bernard - Lyon I, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00635537.

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Abstract:

Le diagnostic de la maladie d'Alzheimer (MA) est tardif et présente un manque de fiabilité en regard de l'examen neuropathologique postmortem permettant de confirmer ce diagnostic. En effet, les présentations cliniques de la MA peuvent être multiples et parfois atypiques. Des anomalies dans les concentrations des protéines tau, tau phosphorylées et amyloïdes bêta, au sein du liquide céphalorachidien (LCR), ont permis d'améliorer le diagnostic du vivant du patient. Nous avons évalué la performance de ces marqueurs, dans le LCR, utilisés pour le diagnostic de la MA dans les formes syndromiques atypiques. L'utilisation de ces marqueurs augmente la précision du diagnostic lors de ces différentes présentations cliniques. De plus, nous avons mis au point un test diagnostic biochimique postmortem des différentes tauopathies permettant de mieux les caractériser en complément de l'examen neuropathologique. Enfin, nous avons conçu et caractérisé des anticorps spécifiquement dirigés contre la protéine tau phosphorylée en position 231. Cet outil nous a permis de développer un test ELISA dans le LCR. Des résultats préliminaires suggéreraient une interaction in vivo entre les protéines tau et Prion. Ces résultats, décrits pour la première fois, sont corrélés à nos observations histologiques.

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Lembré, Pierre. "Contribution à l'étude de l'organisation et des propriétés mécaniques d'exopolymères de matrice de biofilms modèles." Phd thesis, Université de Cergy Pontoise, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00844745.

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Abstract:

Les biofilms sont des édifices macromoléculaires qui résultent de l'adhérence de microorganismes à une surface. Ils sont constitués de cellules enchâssées dans un réseau d'exopolymères d'origine biologique qui forment une matrice extracellulaire. Les biofilms posent des problèmes technologiques et sanitaires dans de nombreux domaines, aussi bien agroalimentaire, médical, ou industriel. Comprendre les mécanismes de formation de ces structures est donc un enjeu majeur. Malgré une grande diversité de la structure des biofilms, de grands principes semblent en régir la composition. Ainsi, la présence de polysaccharides comme l'alginate et la cellulose joue un rôle majeur dans leur formation et dans la définition de leurs propriétés mécaniques. Si la présence de polymères protéiques comme les fibres amyloïdes semble avoir un caractère universel au sein des biofilms, leur rôle dans la formation de la matrice et dans ses propriétés mécaniques restait à définir. Lors de cette étude, nous avons caractérisé la structure et la composition de trois biofilms monobactériens issus de trois espèces différentes P. aeruginosa NK 125502, S. enterica CIP 58.58 et S. epidermidis CIP 53.124. Nous avons décrit la formation de fibres amyloïdes par différents peptides issus de protéines bactériennes impliquées dans la formation de biofilm et montré par différentes techniques qu'ils sont capables de former des fibres amyloïdes. Nous avons notamment identifié un peptide amyloïde, suggérant la présence de ce type de fibre au sein des biofilms de Staphylococcus, mais aussi plus généralement dans les biofilms des espèces exprimant une protéine de type Bap (Biofilm associated protein). Enfin, nous avons analysé les propriétés mécaniques de différentes matrices synthétiques à base d'alginate et de méthyl-cellulose, en présence et en absence de protéines et de peptides amyloïdes afin de mieux comprendre l'apport qu'a ce type de fibre sur les propriétés de ces structures. Ainsi, les fibres amyloïdes modifient les propriétés mécaniques des gels synthétiques, permettant d'augmenter la déformation sous contrainte. En conclusion, ce travail apporte de nouveaux éléments pour la compréhension du rôle des fibres amyloïdes dans le renforcement de la matrice du biofilm. La capacité à former des fibres amyloïdes par un peptide issu de la protéine Bap de S. epidermidis suggère que cette propriété est plus largement présente au sein de cette famille de protéines. Les travaux menés au cours de cette thèse, et l'ensemble des techniques utilisées, avec notamment la mise au point de l'observation de la biréfringence du rouge Congo par microscopie confocale permettront de développer les études sur cette famille de protéines amyloïdes ainsi que sur les matrices complexes de type biofilm

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Kihal, Nadjib. "Synthèse et évaluation pharmacologique de nouveaux peptides biomimétiques et de benzothiadiazines." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00940587.

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Abstract:

Les canaux potassiques sensibles à l'ATP (KATP) jouent un rôle primordial dans plusieurs processus cellulaires. La modulation de ces canaux par des molécules activatrices constituerait des applications pharmacologiques et médicinales très intéressantes. À cet effet nous avons conçu et synthétisé de nouvelles molécules hybrides cromakalim-diazoxide et diazoxide-amine/aminoacide. Nous avons également, évalué l'activité myorelaxante de ces composés sur l'aorte de rates. Les résultats obtenus ne montrent pas un effet myorelaxant significatif. Des études sur d'autres tissus, notamment les cellules β pancréatiques et le muscle utérin, sont envisagées afin d'explorer une éventuelle sélectivité tissulaire. Par ailleurs, les interactions protéine-protéine jouent un rôle fondamental dans presque tous les processus cellulaires. Elles sont fortement impliquées dans la formation de la structure dimérique de la protéase du VIH-1 et l'agrégation du peptide β amyloïde impliquée dans la maladie d'Alzheimer. L'inhibition de ces interactions serait donc d'un avantage thérapeutique pour le traitement du SIDA et de la maladie d'Alzheimer. Nous avons conçu et synthétisé d'une part, des pinces moléculaires à base de motifs carbonylhydrazides et oligohydrazides (Azatide), et d'autre part, des molécules pentapeptidiques avec un peudoaminoacide central alcoolfluoré. Enfin, nous avons testé la capacité des pinces moléculaires à perturber le feuillet β terminal de la PR du VIH-1 afin d'inhiber sa dimérisation et donc son activité. Nous avons réalisé de même une étude de relation structure-activité et d'après l'ensemble des résultats obtenus, il semblerait que la flexibilité est délétère pour l'activité inhibitrice. Nous avons également évalué la capacité des nouvelles molécules peptidomimétiques alcool fluorées à accélérer ou inhiber l'agrégation du peptide Aβ1-42 dans le but de diminuer la présence de petits oligomères neurotoxiques. Les résultats obtenus sont très prometteurs, nous avons réussi à développer d'une part un pentapeptide capable d'inhiber totalement l'agrégation de Aβ1-42, et d'autre part des pseudopentapeptides capables d'accélérer son agrégation. Nous avons aussi démontré l'influence de l'atome de fluor sur la structuration d'un pentapeptide. Des études par RMN et DC sont en cours.

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Picot, Vincent. "Outils microfluidiques pour la maladie d'Alzheimer: Etude de l'agrégation de l'amyloïde-B." Phd thesis, Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00797071.

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Abstract:

Le vieillissement de nos sociétés provoque une augmentation du nombre de personnes atteintes de maladies neuro-dégénératives telles que la maladie d'Alzheimer (5% des plus de 65 ans et 15% des plus de 85 ans) ou de Parkinson. Les personnes atteintes nécessitent un suivi et une prise en charge importante de la part de leurs proches ou d'organismes spécialisés. Face à ce constat, il apparaît nécessaire de mieux appréhender les mécanismes de développement de ces maladies qui sont encore méconnus, dans le but final de trouver des traitements efficaces. La maladie d'Alzheimer est caractérisée par des pertes neuronales et synaptiques dans des zones précises du cerveau ce qui induirait les troubles de la mémoire et du comportement observés chez les malades. L'une des hypothèses, pour expliquer ces lésions cérébrales, est l'agrégation d'une protéine au niveau neuronal, l'amyloïde-β. Ces agrégats vont conduire à la mort neuronale, probablement par divers mécanismes. L'agrégation de cette protéine forme des plaques séniles en surfaces des neurones, une des caractéristiques de la maladie d'Alzheimer. De nombreuses études, s'appuyant sur des méthodes classiques de la biochimie, ont permis de montrer que de multiples facteurs influaient sur le mécanisme d'agrégation (concentration en amyloïde-beta, pH, présence d'ions métalliques et autre composés, température, propriétés des surfaces). De plus, la cinétique d'agrégation est dynamique, complexe, difficilement contrôlable par les outils classiques de la biologie moléculaire. Dans ce contexte, cette thèse présente une approche originale, basée sur l'utilisation de l'outil microfluidique (manipulation de fluides au sein de systèmes microfabriqués), pour appréhender ce problème. Pour cela, nous avons développé deux types de puces microfluidiques complémentaires. La première a pour but de cribler différentes conditions réactionnelles afin de connaître les facteurs importants et les seuils de concentration critiques. Dans ce but, nous avons réalisé des systèmes permettant de réaliser des gradients de concentration linéaire, grâce auxquels nous avons essentiellement testé l'impact de la concentration en amyloïde-β sur l'agrégation. Ces expériences nous ont permis de montrer l'existence d'un seuil de concentration. La seconde approche est complémentaire de la première, elle a pour but de s'intéresser à la cinétique de réaction. Les puces sont basées sur le principe de réaction-diffusion, cela nous permet de mesurer tout d'abord le coefficient de diffusion du peptide seul (sans agrégation) puis durant l'agrégation. La comparaison des deux situations nous renseigne sur la taille des agrégats. Ces expériences nous ont permis de mesurer le coefficient de diffusion pour différentes molécules (fluorescéine, rhodamine B) et peptides modèles. Concernant l'agrégation, l'adsorption de la protéine sur les parois des canalisations limite encore l'interprétation de nos expériences préliminaires en termes de cinétique. A travers cette thèse, nous avons développé des outils microfluidiques permettant l'étude de l'agrégation de l'amyloïde-β. D'une part, nous avons réalisé un système permettant le criblage de nombreuses conditions réactionnelles qui peut être appliqué au domaine du génie chimique. D'autre part, une configuration de réaction-diffusion vise à remonter à la cinétique d'agrégation. La principale limitation actuelle des systèmes est le contrôle des conditions d'adsorption des protéines sur les parois.

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Poully, Jean Christophe. "Spectroscopie IR et spectrométrie de mobilité ionique appliquées aux structures de systèmes chargés isolés d'intérêt pharmaceutique." Phd thesis, Université Paris-Nord - Paris XIII, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00465057.

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Abstract:

Les caractéristiques structurales et les interactions intra et/ou intermoléculaires non-covalentes jouent un rôle primordial dans l'activité des molécules d'intérêt biologique, notamment lors de la reconnaissance moléculaire entre un médicament et son récepteur. Par ailleurs, on peut connaître par les études en phase gazeuse (sans les effets du solvant) les propriétés intrinsèques des systèmes moléculaires. Des calculs de chimie quantique élaborés peuvent ainsi être comparés aux résultats des expériences pour en tirer des informations précises. L'équipe AMIBES tente ainsi de décrire les structures de peptides, d'oligonucléotides ou de complexes d'intérêt pharmaceutiques. Pour cela, nous prenons appui sur deux techniques expérimentales complémentaires, la spectroscopie IRMPD et la spectrométrie de mobilité ionique, dont les résultats sont comparés avec des simulations. Dans ce travail de thèse, j'ai d'abord testé les prédictions d'une méthode QM/MM en ce qui concerne le calcul des spectres IR d'espèces d'intérêt biologique isolées. J'ai ensuite utilisé cette méthode pour simuler les spectres IR de brins de la protéine amyloïde β en phase gazeuse. Il ressort de ces études que leur structure secondaire varie selon l'état de protonation et le solvant dans lequel ils sont dissous: un solvant polaire favorise les structures globulaires, alors qu'une constante diélectrique plus basse permet de conserver une structure en hélice α. Je me suis également intéressé aux changements de structure induits par la complexation d'un antibiotique, la vancomycine, avec un modèle de son récepteur. En mode positif, le site de fixation de celui-ci est différent de celui révélé par la cristallographie, mais les interactions spécifiques responsables de la grande constante d'affinité en solution sont conservées dans le complexe déprotoné.

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Jingami, Naoto. "Two-Point Dynamic Observation of Alzheimer’s Disease Cerebrospinal Fluid Biomarkers in Idiopathic Normal Pressure Hydrocephalus." Kyoto University, 2020. http://hdl.handle.net/2433/253481.

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Bouillez, Audrey. "Implication de la mucine membranaire MUC1 dans la progression tumorale rénale et identification de nouvelles cibles thérapeutiques." Phd thesis, Université du Droit et de la Santé - Lille II, 2014. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01062692.

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Abstract:

Le carcinome rénal représente 5% des tumeurs de l'adulte et se développe au niveau des tubules rénaux. Le sous-type histologique majeur des cancers du rein est le carcinome rénal à cellules claires (cRCC). 90% des cRCC présentent une inactivation biallélique du gène suppresseur de tumeur de Von Hippel Lindau (VHL) induisant une activation constitutive de la voie de l'hypoxie via le facteur de transcription HIF1-α (Hypoxia Inducible Factor) qui contribue à la physiologie des tumeurs. Les cRCC sont des tumeurs à la fois radio- et chimiorésistantes, rendant la prise en charge thérapeutique des patients très difficile.Nos recherches consistaient en l'étude des rôles de la mucine membranaire MUC1, dont la queue cytoplasmique (MUC1 CT) peut interagir avec différentes voies de signalisation et agir en tant que co-activateur transcriptionnel de nombreux gènes impliqués dans la progression tumorale et la diffusion métastatique. Des travaux antérieurs réalisés au laboratoire montraient que la surexpression de MUC1 observée dans les cRCC était associée au statut métastatique des patients et marquait un mauvais pronostic. Cette surexpression de MUC1 est également impliquée dans la voie de l'hypoxie, voie majeure de la carcinogenèse rénale. Le premier objectif de l'étude était donc de déterminer les effets de la surexpression de MUC1 sur les propriétés des cellules de cRCC. Nous montrons ainsi que le domaine extracellulaire de MUC1 ainsi que sa partie cytoplasmique sont impliqués dans l'augmentation des capacités migratoires et de la viabilité des cellules cancéreuses rénales et qu'elle leur confère une résistance à l'anoïkis, programme de mort cellulaire déclenché lorsque la cellule perd ses contacts avec les cellules voisines ou avec la matrice extra-cellulaire et diminuent les propriétés d'agrégation des cellules tumorales. Nous montrons également que MUC1 est impliquée dans la chimiorésistance des cRCC en induisant l'expression de genes de chimiorésistance comme ABCG2 et GSTO2. Nous montrons par ailleurs que les propriétés invasives des cellules de cRCC sont exclusivement liées à MUC1 CT. Le deuxième objectif de l'étude était d'identifier les mécanismes moléculaires à l'origine du clivage de MUC1 CT. En utilisant différentes stratégies (siARN, inhibiteurs pharmacologiques et peptides), nous montrons pour la première fois que deux sheddases, ADAM10 et ADAM17 et la gamma secrétase sont nécessaires au clivage de MUC1 C, permettant ainsi sa délocalisation nucléaire et l'augmentation des propriétés invasives des cellules de cRCC. Enfin, nous montrons que la surexpression de MUC1 augmente l'expression protéique d'ADAM10/17, suggérant une boucle de régulation positive existant en conditions pathologiques.En conclusion, notre étude souligne le rôle de MUC1 dans la progression tumorale rénale et montre que la localisation nucléaire de MUC1-C est à l'origine de l'acquisition d'un phénotype invasif et chimiorésistant via l'action des sheddases ADAM10/17 et de la gamma secrétase. MUC1 apparait alors comme une cible thérapeutique potentielle intéressante dans la prise en charge des cRCC.

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Chen, Rong-Shuo, and 陳容碩. "Understanding the Molecular Interaction of TDP-43 and Amyloid-β in Alzheimer’s disease." Thesis, 2019. http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/25d4v4.

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Abstract:

碩士
國立臺灣大學
生化科技學系
107
ALS disease hallmarks, TDP-43 pathology, were rather common in Alzheimer’s disease (AD), which suggested that TDP-43 might be the third important disease hallmarks in AD besides the well-known AD hallmarks, amyloid-β (Aβ) and tau protein. From the previous results of Dr. Yun-Ru Chen’s lab, we found that TDP-43 could affect Aβ40 aggregation, retain it in its oligomeric state, and interact with it, which motivated me to investigate how did they interact in molecular level. Firstly, in Thioflavin-T assay we demonstrated TDP-43 might interact with Aβ40 by its N-terminal or RNA recognition motif 2 (RRM2) region with the aid of selected self-prepared TDP-O antibodies and commercial antibodies. In addition, both mouse and human TDP-43 could affect Aβ40 aggregation although mouse TDP-43 mainly differed with human TDP-43 in RRM2 motif. Secondly, in 1H-15N HSQC protein NMR experiments we found that 15N-Aβ40 preparation buffer altered TDP-43 conformation and might interrupt the interaction between 15N-Aβ40 and TDP-43. But we still demonstrated no significant changes in N-terminal of 15N-TDP-43 NMR graph after Aβ40 preparation was changed. The results showed that in the experimental condition, the two proteins did not stably interact. Thirdly, in ELISA assay, we demonstrated TDP-43 interacted with biotin-Aβ40 by its C-terminal or RRM1+2 domain with the aid of our TDP-O antibodies and the commercial antibodies. Our results suggested that Aβ40 could interact with multiple domains of TDP-43 and the specific interaction sites need further examination.

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Liu, Chun-Hao, and 劉君浩. "Characterization of the aggregation propertis of amyloid core in the TDP-43 C-terminal fragments." Thesis, 2012. http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/57248370187337331522.

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Abstract:

碩士
國立臺灣大學
化學研究所
100
It has been known that the core sequence of cleaved peptides or proteins provides molecular recognition as well as self-assembly driving force during amyloid fibrils formation. In 2010, the peptide fragment D1 (287-322) from the C-terminal domain of TDP-43 has been demonstrated to form amyloid fibrils in phosphate buffer. To further characterize the amyloid core in this fragment, we sequentially synthesize the truncated peptides and confirm the amyloid fibrils formation by Circular Dichroism (CD), Transmission Electronic Microscopy (TEM), Raman spectroscopy and Thioflavin T (ThT) assay. We had found that only the peptides containing the sequence (307-322) may undergo a conformational change from the random coil to a β-sheet rich structure when compared to the shorter peptides (312-322, 307-317). Moreover, the hydrophobicity, average flexibility and beta-sheet predictions have been applied to confirm the biophysical properties of these peptides. According to CD results, amyloid peptides having increasing intensity in β-sheet have been carefully compared. The core sequence shows higher increasing rate compared to the longer amyloid peptides. In order to gain insight into the properties of the amyloid core sequence, three glycines in the peptide TDP307-322 has been replaced to proline, TDP307-322 G3308P3, as proline had been reported to block the β-sheet structure. We expect to see the proline can block the β-sheet structure formation and indirectly inhibit amyloid fibrils formation. To our surprise, the triple-proline we introduced somehow make the peptide to generate a strong poly(L-proline) Ⅱ (PPⅡ)-helical conformation in CD spectra, and as a matter of fact, the wild-type TDP307-322 was observed to contain PPⅡconformation during the conformational change as well. Therefore, we postulate the residues in 307-312 may have significant impact of aggregation and fibril formation. Here, we replace one and two proline substitutions in between zero and three in the core sequence to see the perturbation of amyloid fibrils formation in different extent. What we have found is that the different amounts of proline substitutions demonstrate delicate behavior in tuning the amyloid fibrils formation. The PPⅡ helix conformation might play an important role in kinetically controlling the intermediate state toward β-sheet structure during amyloid fibril formation. If we can find a way to redirect the aggregation pathway based on the possible intermediate state and control the amyloid properties during aggregation, it is possible to reverse the situation which related to oligomer toxicity, membrane pore formation, or some other defect in amyloidogenesis.

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Moisand, Lachenal Gaelle. "Exosomes neuronaux: sécrétion de protéines membranaires impliquées dans les processus physiologiques et pathologiques du système nerveux." Phd thesis, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00481716.

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Abstract:

Les exosomes sont des microvésicules sécrétées par les cellules après la fusion des endosomes multivésiculaires avec la membrane plasmique. Ils permettent le transfert intercellulaire de protéines, mais aussi de lipides et d'ARN. Ils sont particulièrement étudiés dans le système immunitaire, car ils permettent la mise en route d'une réponse anti-tumorale par l'échange de molécules du CMH entre cellules dendritiques. Nous nous sommes intéressés au rôle que les exosomes pourraient jouer dans le système nerveux. Au cours de ma thèse, nous avons d'abord fait la démonstration que les neurones en cours de différentiation sécrètent des exosomes. Nous avons ensuite montré que les neurones matures en sécrètent également. Les exosomes neuronaux contiennent certaines sous-unités des récepteurs au glutamate (GluR1 et 2), et la protéine endogène du prion (PrPc). Nous avons également découvert que la partie C-terminale de la toxine du tétanos peut être sécrétée par voie exosomale. Enfin, nous avons mis en évidence que la sécrétion des exosomes par les neurones est directement reliée à l'activité synaptique glutamatergique, et à une entrée de Ca2+. A partir d'une lignée cellulaire, nous avons étudié la sécrétion des fragments de clivage de l'APP (amyloid precursor protein) en fonction de deux mutations retrouvées dans des cas familiaux de la maladie d'Alzheimer. Nous avons montré que les exosomes contiennent le fragment amyloïdogénique C99, et une autre étude a révélé qu'ils contiennent une partie du peptide Aβ sécrété. Les exosomes neuronaux pourraient donc jouer un rôle dans la physiologie normale de la synapse, en permettant l'échange de récepteurs aux neurotransmetteurs entre neurones. Ils pourraient également être impliqués dans la propagation de protéines pathogènes dont certaines sont mises en cause dans des maladies neurodégénératives comme Alzheimer et Creutzfeldt-Jacob.

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Cardoso, Mateus. "De l'amidon de riz aux cristaux d'amylose : extraction alcaline de l'amidon de riz, propriétés de l'amylose en solution et structure de complexes d'inclusion de l'amylose V." Phd thesis, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00166338.

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Abstract:

Durant ce travail, nous avons étudié l'extraction alcaline de l'amidon de riz brésilien, le comportement hydrodynamique de l'amylose en solution ainsi que la formation et la structure cristalline de complexes d'inclusion d'amylose V. L'efficacité de la déprotéinisation pendant l'extraction alcaline a été évaluée en utilisant le test de Biuret ainsi que les spectroscopies UV Vis et de fluorescence. En parallèle, les modifications morphologiques des granules d'amidon et leur gélatinisation alcaline ont été étudiées. L'évolution de la cristallinité a été suivie afin de comprendre l'effet de la soude sur l'ultrastructure des grains d'amidon. L'amylose a été extraite de l'amidon de riz brésilien et purifiée par dissolution et reprécipitation avec le thymol. L'échantillon obtenu a été fractionné par chromatographie de filtration sur gel et analysé par diffusion de la lumière. En outre, de l'amylose commerciale a été étudiée en solution aqueuse en fonction du temps de stockage et de la force ionique. Des cristaux lamellaires d'amylose V ont été préparés par addition de complexants à des solutions métastables diluées d'amylose synthétique. La morphologie et la structure des cristaux ont été étudiées par microscopie électronique en transmission et diffraction des électrons et des rayons X. La structure cristalline du complexe de l'amylose V avec l'α-naphthol a été étudiée en détail par modélisation moléculaire. Le modèle conduisant au meilleur facteur d'accord est constitué d'un réseau tétragonal de simples hélices gauches d'ordre 8, empilées de manière anti-parallèle. Des molécules d'α-naphthol sont incluses dans la maille cristalline, à la fois dans et entre les hélices

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Blanchet, Clement. "Repliement des protéines et formation de fibres amyloïdes.Le cas de l'alpha-lactalbumine." Phd thesis, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00327686.

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Abstract:

Le repliement des protéines est un des problèmes centraux de la biologie. Il s'agit de comprendre comment la chaîne polypeptidique d'une protéine se replie pour acquérir sa structure tridimensionnelle biologiquement active. Il a été démontré dans les années 60 que la forme repliée de la protéine est le plus stable d'un point de vue thermodynamique et qu'il est défini par la structure primaire. La réaction de repliement correspond ainsi à la dernière étape de l'utilisation de l'information contenue dans l'ADN. Cependant, Il est possible que les protéines se replient mal et interagissent entre elles pour former des fibres amyloïdes. Ce sont des agrégats structurés impliqués dans plusieurs maladies comme la maladie d'Alzheimer, de Parkinson...
Ces phénomènes sont étudiés ici dans le cas de l'alpha-lactalbumine, une protéine du lait qui possède un site de liaison pour le calcium. Le repliement est tout d'abord étudié en présence de métaux se liant au site du calcium. Ces expériences sont couplées à des expériences de dénaturation thermiques pour caractériser le rôle de la fixation des métaux sur les différents états de la protéine et son influence sur la cinétique de repliement.
La réaction est ensuite caractérisée en absence d'ion métallique. Elle est alors beaucoup plus lente et complexe. Différentes techniques spectroscopiques sont utilisées. Les résultats obtenus permettent de proposer un schéma réactionnel selon lequel un état précurseur de fibres amyloïdes est transitoirement peuplé. Enfin, pour compléter cette étude, les effets des interactions entre protéines sur la formation de fibres amyloïdes ont été étudiés pour différentes concentrations en sel.

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Dissertations / Theses on the topic 'TEP amyloïde'

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