Dissertations / Theses: 'Tests de diagnostic rapide'

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Ritouret, Isabelle. "Actualités sur les tests de diagnostic rapides en biologie clinique." Bordeaux 2, 1989. http://www.theses.fr/1989BOR25082.

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Andries, Anne-Claire. "Diagnostic de la dengue : trois solutions pour améliorer la prise en charge des patients et faciliter les études épidémiologiques." Thesis, Montpellier, 2015. http://www.theses.fr/2015MONTS146/document.

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Abstract:

La dengue est une maladie virale des régions tropicales et subtropicales, transmise par les moustiques du genre Aedes. Le virus de la dengue (DENV) appartient à la famille des Flaviviridae, genre Flavivirus. Si la plupart des infections sont asymptomatiques ou se traduisent par un syndrome fébrile sans gravité, le virus peut aussi causer une maladie plus sévère caractérisée par une fuite plasmatique, avec ou sans hémorragie. Sans prise en charge adéquate, les formes les plus sévères peuvent évoluer vers un syndrome de choc, potentiellement mortel. Il n’existe pas de traitement spécifique de la dengue mais une réhydratation adaptée et débutée précocement permet de réduire la survenue de formes sévères de la maladie. Malheureusement, les symptômes initiaux de la dengue avant la survenue des éventuelles complications ne sont pas spécifiques et seul un diagnostic biologique basé sur la détection du génome viral, de l’antigène NS1 ou des anticorps anti-DENV dans le sang des patients permet de confirmer la nature exacte de l’infection. La dengue constitue à l’heure actuelle un problème majeur de santé publique du fait de son expansion mondiale et de l’augmentation annuelle du nombre de cas sévères. Pour assurer la surveillance épidémiologique et le contrôle de la maladie, il est indispensable de développer des outils diagnostiques performants et faciles à mettre en œuvre, à la fois utilisables par les médecins de toutes les structures médicales, des simples centres de soins de santé primaire aux centres de référence, et utilisables lors d’enquêtes épidémiologiques pour l’investigation de nouvelles épidémies. Le travail de cette thèse a porté sur plusieurs aspects de cette problématique. Dans une première partie, un test commercial de diagnostic rapide (TDR) permettant la détection simultanée de la NS1 et des IgG et IgM anti-DENV, a été évalué, en laboratoire spécialisé et sur le terrain, afin de comparer, à partir des mêmes échantillons, les performances du test dans deux situations différentes. La sensibilité s’est révélée plus faible lors de l’utilisation sur le terrain que lors de l’utilisation en laboratoire de référence. La majorité des discordances a été observées pour la détection des IgG et des IgM. L’impact de la mise à disposition du test sur la prise en charge des patients a également été évalué et il s’est avéré qu’au cours de cette étude les pédiatres cambodgiens ont ignorés les résultats du test rapide et ont préféré suivre leur instinct clinique.Un second volet a porté sur la faisabilité d’utiliser les urines et la salive en remplacement du sang veineux pour les tests employés en routine pour le diagnostic de la dengue. Les urines et la salive sont des fluides biologiques plus faciles à prélever que le sang veineux ce qui présente un avantage majeur pour les enquêtes épidémiologiques mais peut également secourir les médecins lorsqu’un prélèvement de sang veineux est difficile à obtenir, par exemple chez les enfants. Bien que les performances des différentes méthodes de diagnostic ne soient pas aussi bonnes avec de l’urine et la salive qu’avec du plasma, les résultats obtenus par PCR en temps réel et avec les ELISAs de détection des anticorps anti-DENV démontrent l’intérêt potentiel de ces deux fluides biologiques pour détecter les infections par le DENV lorsqu’il est difficile d’obtenir du sang veineux. Plusieurs TDR commerciaux développés pour permettre la détection de la NS1 et des anticorps anti-DENV (IgM, IgG et IgA) dans les urines et la salive ont été évalués mais les performances obtenues se sont révélées peu satisfaisantes.Une dernière partie du travail a été consacrée à l’étude de la protéinurie comme marqueur pronostic potentiel de sévérité de la dengue. Ce marqueur biologique ne s’est pas révélé être utile pour diagnostiquer précocement les formes sévères de la maladie
Dengue is a viral disease transmitted by Aedes species mosquitoes, in tropical and subtropical regions. Dengue virus (DENV) belongs to the family Flaviviridae, genus Flavivirus. Although most DENV infections are asymptomatic or result in a self-limited febrile illness, severe diseases characterized by plasma leakage, with or without hemorrhage, can also occur. Patients with a severe dengue can rapidly progress into a life-threatening shock syndrome if no efficient clinical management is provided. There is no specific treatment available for dengue but an accurate and early fluid therapy substantially reduces the occurrence of severe forms of the disease. Dengue symptoms are typically non-specific until or unless complications develop. Only a biologic diagnosis based on DENV genome, NS1 antigen or anti-DENV antibodies detection enables to confirm dengue cases. Dengue is now a major public health problem due to both its geographical spread and the increase in the number of severe cases. New diagnostic tools are necessary to ensure epidemiological surveillance and control of the disease. These tools need to be effective and easy to use in every medical settings, from the smallest primary health centers to the biggest reference centers, and also usable for epidemiologic studies, e.g. for epidemic investigations. The work presented in this thesis was dedicated to this problematic.In a first part of the work, a rapid diagnostic test (RDT), designed to detect NS1 antigen, anti-DENV IgG and IgM, was evaluated, both in a specialized laboratory and in the field, in order to compare the test performances in two different settings, with the same samples. Interestingly, sensitivity was lower when the test was used in the field compared to the sensitivity of the test when performed in the specialized laboratory. Discordances were mainly observed for IgM and IgG detection. Impact of the use of the RDT on clinical management was also assessed during the field study and it revealed that Cambodian pediatricians ignored the results of the RDT and followed their clinical instinct.A second part of the work was dedicated to the assessment of the usefulness of urine and saliva for dengue diagnostic. Dengue diagnostic normally requires a venous blood sample that can be difficult to obtain in certain conditions such as in children or during epidemiological studies. Urine and saliva are easier to collect as the procedure is non-invasive. We showed that, although the performances of the different diagnostic methods were not as good in saliva and urine as in plasma specimens, the results obtained by qRT-PCR and by anti-DENV antibody ELISA could well justify the use of these two body fluids to detect dengue infection in situations when the collection of blood samples is difficult. Performances of commercial RDTs developed for NS1 and anti-DENV antibodies (IgM, IgG and IgA) detection in urine and saliva specimens were not satisfactory.In the last part of the thesis, the potential use of proteinuria as a prognostic marker of severity was assessed but it didn’t prove to be a useful marker for risk prediction

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Bauffe, Frédérique. "Etude de protéines parasitaires pour l'amélioration des tests de diagnostic rapide du paludisme." Thesis, Aix-Marseille, 2012. http://www.theses.fr/2012AIXM5068.

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Abstract:

Le paludisme est un problème de santé public dans de nombreux pays. Cinq espèces infectent l'homme : P. falciparum, responsable de la grande majorité des décès, et P. vivax, P. ovale, P. malariae et P. knowlesi qui provoquent des formes bénignes de la maladie. Le diagnostic qui fait partie des moyens de lutte, est une urgence médicale. Les tests de diagnostic rapides (TDRs) dont l'usage est recommandés par l'OMS, sont donc de plus en plus employés. Cependant, la détection et l'identification des espèces non P. falciparum par ces tests est insuffisante. Le besoin en nouveaux couples « antigènes-anticorps » est une nécessité pour améliorer les TDRs. Au cours de ce travail, de nouveaux anticorps anti LDH de P.malariae ont été produits.Une recherche de nouveaux antigènes a également été entreprise. Pour cela, certaines enzymes de la voie de la glycolyse ont été étudiées. Pour la première fois des séquences des enzymes de cette voie ont été obtenues pour P. ovale et P. malariae. Elles ont permis de déterminer de nombreux épitopes cibles potentiels spécifiques et ceux communs à toutes les espèces. Dans un deuxième temps, une recherche en protéomique a été menée pour identifier des biomarqueurs parasitaires. L'étude du culot globulaire et du plasma de patients infectés a permis la sélection de 8 protéines cibles originales. Ces travaux préparent la fabrication et la commercialisation par la société Whidiag d'une nouvelle génération de TDRs pour le paludisme
Malaria is a public health problem in many countries. Five species infect humans: P. falciparum, responsible for the vast majority of deaths, and P. vivax, P. ovale, P. malariae and P. knowlesi causing mild forms of the disease. The diagnostic is a means of control and a medical emergency. The rapid diagnostic tests (RDT) whose are recommended by WHO, are increasingly used. However, the detection and identification of not P. falciparum species is insufficient. New "antigen-antibody" couples are a need to improve the RDTs performance. In this work, new anti LDH antibodies from P. malariae were produced. A search for new antigens was also undertaken. For this purpose, some enzyme of glycolysis pathway were studied. For the first time the sequences of the enzymes from this pathway were obtained for P. ovale and P. malariae. We identified many potential target epitopes specific and common to all those species. In a second step, a proteomics approches has been conducted to identify parasites biomarkers. The study of red blood cells and plasma of infected patients has led to the selection of 8 original target proteins. This work prepares the manufacturing and marketing of a new generation of RDTs for malaria by the company Whidiag

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Haddar, Cyrille Hedi. "Développement et évaluation de tests antigéniques rapides pour le diagnostic d’infections méningococciques et pneumococciques." Thesis, Lyon, 2019. http://www.theses.fr/2019LYSES065.

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Abstract:

Les tests de diagnostic rapide (TDR) sont aujourd’hui des outils indispensables pour une réponse urgente en pathologie infectieuse. De nombreux tests sont disponibles pour rechercher différents agents pathogènes (VIH, streptocoque du groupe A, plasmodium …) dans des prélèvements biologiques variés (urine, liquide cérébrospinal ou LCS, sang …). L’avantage de ce mode de diagnostic est leur rapidité, leur simplicité de mise en œuvre, y compris par des non-spécialistes ou à l’extérieur d’une structure de laboratoire, et leur coût raisonnable. Dans ce travail de thèse CIFRE, nous présentons trois TDR que nous avons contribué à développer et à évaluer, basés sur l’immunochromatographie à flux latéral (LFIA). Le premier TDR cible Neisseria meningitidis dans le LCS, bactérie responsable de redoutables épidémies de méningites dans les pays à ressources limitées. Ce TDR est le seul test commercial de type LFIA qui permette de détecter 5 des 6 principaux sérogroupes impliqués dans la maladie (A/C/W/X/Y). Une étude publiée sous l’égide du CNR des méningocoques à l’Institut Pasteur de Paris montre les excellentes performances de ce test sur près de 560 échantillons de LCS provenant de 6 pays. Le deuxième TDR cible Streptococcus pneumoniae dans l’urine et le LCS, également dans le cadre du diagnostic des méningites bactériennes. Ce test, couplé au précédent, fait l’objet d’une étude multicentrique en Afrique de l’ouest sous couvert de l’OMS. Le troisième TDR est un avatar du précédent dédié aux sécrétions respiratoires. Dénommé PneumoResp, il introduit le concept de TDR semi-quantitatif en proposant d’effectuer le test sur sécrétions non diluées et, en cas de résultat positif, sur sécrétions diluées au 1 :100ème. Nous proposons un algorithme (qui fait l’objet d’un brevet en cours d’expertise) qui vise à différencier le portage de l’infection invasive à S. pneumoniae chez l’enfant. Par rapport aux techniques conventionnelles (culture semi-quantitative et qPCR), nous montrons sur quelque 200 échantillons respiratoires une excellente sensibilité et une très bonne valeur prédictive négative de ce test pour exclure ou suspecter une infection active à S. pneumoniae chez l’enfant dès le premier jour
Nowadays, Rapid Diagnostic Tests (RDTs) are essential tools for an urgent response in infectious diseases. Many tests are available to search for different pathogens (HIV, group A streptococcus, plasmodium ...) in various biological samples (urine, cerebrospinal fluid or CSF, blood ...). The main advantages of this mode of diagnosis are speed, simplicity of implementation, including by non-specialists or outside a laboratory structure, and reasonable cost. In this “CIFRE” (industrial) thesis, we present three RDTs based on lateral flow immunochromatography (LFIA) that we contributed to develop and evaluate.The first TDR targets Neisseria meningitidis, a bacterium responsible for severe outbreaks of meningitis in resource-limited countries, in CSF samples. This RDT is the only LFIA-type commercial test that can detect 5 of the 6 major serogroups involved in the disease (A/C/W/X/Y). A study published under the authority of the meningococci reference centre at the Institut Pasteur of Paris showed the excellent performances of this test on nearly 560 CSF samples collected from 6 countries including 5 in Africa.The second TDR targets Streptococcus pneumoniae in urine and CSF; it is also intended to the diagnosis of bacterial meningitis. This test, coupled with the previous one, is the object of a multicentric study presently conducted in West Africa under cover of WHO.The third TDR is an avatar of the previous one but was dedicated to respiratory secretions. Called PneumoResp, it introduces the concept of semi-quantitative RDT. It proposes to perform the test on undiluted secretions and, in the case of positive result, on 1:100-diluted secretions. We present an algorithm (which is the object of a patent pending appraisal) that aims to differentiate S. pneumoniae carriage from invasive infection by this germ in children. Compared to conventional techniques (semi-quantitative culture and qPCR assays), the test performed on 196 respiratory specimens showed an excellent sensitivity and a very good negative predictive value, allowing to exclude or suspect an active S. pneumoniae infection as soon as the first day

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Delshadi, Sarah. "Tests de diagnostic immunologique rapides combinant des nanoparticules magnétiques et des micro-aimants structurés." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017GREAV070.

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Abstract:

Cette thèse présente le développement de tests immunologiques innovants, rapides et sensibles combinant des nanoparticules superparamagnétiques (SPN) fonctionnalisées et des micro-aimants : nos immuno-essais magnétiques exploitent les forts gradients de champ magnétique de ces micro-aimants pour capturer les complexes immunologiques liés aux SPN. L’attraction magnétique est souvent utilisée en biotechnologies car elle peut générér des forces capables de capturer des molécules d’intérêt. Les immuno-essais sur billes utilisent habituellement des aimants centi- et millimétriques pour capturer des micro-particules. Réduire la taille des particules magnétiques est très intéressant pour réduire les cinétiques de réactions, tout en diminuant les phénomènes de sédimentation et d’agrégation. Cette réduction d’échelle des particules permet aussi d’augmenter la surface de réaction et ainsi d’augmenter la sensibilité des tests. Cependant les aimants millimétriques génèrent des gradients faibles qui capturent difficilement les SPN, trop mobiles. Les micro-aimants de l’Institut Néel génèrent des forts gradients locaux et ainsi des forces magnétiques importantes. Ces technologies innovantes sont utilisées dans cette thèse pour développer des immuno-essais rapides tirant profit de la réduction d’échelle des particules et des aimants, par rapport aux technologies commerciales.Dans un premier temps, nous avons développé un test immunologique magnétique (MagIA) colorimétrique, comme approche innovante du test ELISA. Nous avons réalisé une preuve de concept pour la détection d’anticorps dirigé contre l’ovalbumine et comparé les résultats avec ceux de tests ELISA. Le test MagIA optimisé présente une limite de détection et une zone dynamique similaires au test ELISA développé avec les mêmes réactifs biologiques. Les micro-aimants fabriqués selon la méthode de micro-magnetic imprinting sont intégrés à bas coût dans les micro-puits des plaques multi-puits ELISA, et permettent la capture efficace des complexes immunologiques couplés aux SPN. La méthode est générique est permet de réaliser des tests ELISA en 30 minutes avec le même équipement.Nous avons ensuite développé un test magnétique immunologique avec une détection fluorescente locale tirant profit des propriétés de capture locale des SPN sur les micro-aimants. Ce test permet la quantification de la molécule d’intérêt en à peine 15 minutes sans étape de lavage. Une preuve de concept réalisée sur la détection de l’anticorps anti-ovalbumine a été réalisée, avec des anticorps de détection fluorescents et des micro-aimants fabriqués selon la méthode de thermo-magnetic patterning. La mesure différentielle entre le signal fluorescent provenant des complexes immunologiques couplés aux SPN localisées sur les micro-aimants, et le signal non spécifique (à l’extérieur des micro-aimants) permet la quantification d’une molécule. Ce test MLFIA (magnetically localized FIA) possède des performances jusqu’à 100 fois meilleures que les tests ELISA standard, pour la détection d’anticorps anti-ovalbumine en PBS. Le test MLFIA a ensuite été transféré à la détection de paramètres cliniques tels que la protéine C réactive, l'ostéopontine, et les sérologies de la toxoplasmose (IgG et IgM). La comparaison des résultats avec des méthodes automatisées a montré d’excellentes corrélations. Le test MLFIA présente plusieurs avantages : il est versatile, compatible avec les milieux biologiques, utilise de faibles volumes et requiert peu d’énergie. Ces résultats ouvrent la voie à une nouvelle génération de tests immunologiques sensibles et nous développons désormais un lecteur miniature pour le diagnostic portable
This thesis reports the development of innovative, sensitive and fast immunoassays combining functionalized superparamagnetic nanoparticles (SPN) and micro-magnets. Our magnetic immunoassays exploit high gradients generated by micro-magnets to capture immune-complexes captured on SPN. Magnetic attraction is widely used in biotechnology, because it provides long-range forces able to capture molecules of interest. Bead-based immunoassays use common centimetre-scale magnets to attract micro-particles. Those magnets generate low magnetic gradients and struggle to capture superparamagnetic nano-particles, which are too small and mobile to be efficiently trapped. Down-scaling the size of magnetic particles is very interesting since it allows diffusion-based transport to perform faster reactions, while avoiding particle sedimentation and aggregation. Furthermore, it increases the reaction surface, which improves the sensitivity of immunoassays. Thanks to the scaling law effects micro-magnets from Institut Néel generate high local gradients and therefore large magnetic volume forces: we use this innovative technology to develop fast immuno-assays that take advantage of a radical size reduction, compared to commercial technology.We first developed a colorimetric magnetic immunoassay (MagIA) as a new approach to standard ELISA. A proof-of-concept based on colorimetric quantification of anti-ovalbumin antibody in buffer was performed and compared with conventional ELISAs. After optimization, MagIA exhibits a limit of detection and dynamic range similar to ELISAs developed using the same biochemical tools. Micromagnets made by the micro-magnetic imprinting method can be fully integrated in multi-well plates at low cost, allowing the efficient capture of immuno-complexes carried by SPNs. The method is generic and performs magnetic ELISA in 30 min.We then developed a magnetically localized fluorescent immunoassay (MLFIA) exploiting the local capture of SPN on micro-magnets. The differential measurement of fluorescence localized on and besides micro-magnet arrays allows the detection and quantification of a molecule in only 15 minutes without fluid handling. We present a proof of concept based on the detection of monoclonal antibody anti-ovalbumin. Functionalized nanoparticles are incubated with fluorescent detection antibody and the sample containing the molecule to be detected. After a single incubation step, the nanoparticles are captured on micro-magnets made by thermo-magnetic patterning. Fluorescence is then read under a microscope. Differential measurement between the signal from the immunological complex localised on the micro-magnets and the non-specific signal localised besides micro-magnets allows the quantification of mAb anti-OVA. The performance of MLFIA was compared with conventional ELISA and exhibits a limit of detection up to 100 times better for anti-OVA mAb in PBS. For further validation, MLFIA was used to measure clinical parameters: we developed a sandwich assay to detect C-reactive protein, and a serology for Toxoplasma gondii immunoglobulin G and M or osteopontin in human samples. Comparisons with data obtained with routine clinical automatized methods show excellent correlation. Our MLFIA technology presents several key advantages: it is compatible with biological media (serum, plasma), uses small volumes and requires little energy. It also is versatile and thus can be used to detect any antigen or antibody in complex media. We are currently developing a portable prototype for point-of-care diagnostics. The results will open the way to a new generation of sensitive immunological lab-on-chip

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Touitou, Robert Cohen Robert. "Intérêt des tests de diagnostic rapide de la grippe chez l'enfant dans la prise en charge des syndromes grippaux ou de la fièvre isolée en période de circulation des virus de la grippe." Créteil : Université de Paris-Val-de-Marne, 2006. http://doxa.scd.univ-paris12.fr:80/theses/th0236140.pdf.

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Djeutchouang, Sayang Collins. "Intérêt de l’utilisation des tests de diagnostic rapide du paludisme sur le coût et l’efficacité de la prise en charge des patients fébriles à Yaoundé, Cameroun." Thesis, Aix-Marseille 2, 2010. http://www.theses.fr/2010AIX20663/document.

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Abstract:

Cette étude a été réalisée dans un centre de santé de Yaoundé avec pour objectif de rationaliser la prise en charge des patients fébriles à l’aide d’un test de diagnostic rapide du paludisme (TDR). Les patients évoquant un accès palustre non compliqué et remplissant les critères d’inclusion étaient inclus et traités de façon présomptive par des antipaludiques (bras présomptif) ou selon le résultat du TDR (bras TDR). La première phase de l’étude (novembre 2007-janvier 2008), menée chez 313 enfants et adultes en utilisant le TDR DiaSpot®, a permis de démontrer l’impact du TDR sur l’amélioration du taux de guérison des enfants de moins de 5 ans, malgré une sensibilité de 71,4%. Par contre, cet outil s’est montré de peu d’intérêt chez les patients de plus de 5 ans. Au cours de la seconde phase (octobre 2008-janvier 2009), 382 patients < 5 ans ont été recrutés. Le paludisme était la quatrième cause de morbidité (14,7%); 42,9% présentaient une fièvre sans cause apparente, probablement d’origine virale et nécessitant uniquement un antipyrétique. Les enfants souffraient essentiellement d’infections respiratoires aiguës (31,4%) et de diarrhée (16,2%). Le TDR Paracheck-Pf® a été utilisé avec une sensibilité de 96,2% et une spécificité de 97,6%. Cet outil a occasionné 13,7% de traitements antipaludiques abusifs à cause de résultats faussement positifs, contre 84% pour la stratégie présomptive. Après 3 jours de suivi, les taux d’amélioration de l’état de santé des patients inclus dans le bras présomptif et le bras TDR étaient respectivement de 68,4% et 80,5%. Un cas de paludisme traité a coûté en moyenne 20 euros dans le groupe présomptif contre 8,40 euros dans le groupe TDR ; soit un coût marginal de 2,30 euros par faux positif évité grâce au nouvel outil diagnostic. Un model interactif variant ces paramètres économiques en fonction de la prévalence du paludisme a été réalisé dans un tableur Excel. Théoriquement, la stratégie TDR demeure la moins coûteuse des deux méthodes lorsque la proportion des fièvres palustres reste < 80% et le prix du test < 2,65 euros. Sur la base de ces résultats, la stratégie TDR est recommandée pour améliorer la prise en charge des patients fébriles à un moindre coût et pour limiter les traitements antipaludiques abusifs à Yaoundé
This study was conducted in a health center in Yaoundé with the aim to develop a rational management of febrile patients with the use of a rapid diagnostic test for malaria (RDT). Patients suspected to be suffering from uncomplicated malaria and satisfying the inclusion criteria were enrolled and treated with antimalarial drugs based on a presumptive diagnosis (presumptive arm) or the test result (RDT arm). The first phase of the study (November 2007-January 2008), performed in 313 children and adults using the RDT DiaSpot® showed the impact of RDT on the improvement of cure rate in children less than five years of age despite the sensitivity of 71.4%. On the contrary, RDT was not useful in patients > 5 years. During the second phase of the study (October 2008-January 2009), 382 patients < 5 years were enrolled. Malaria was the fourth cause of morbidity (14.7%); 42.9% of them had fever of unknown origin, probably of viral origin, requiring only antipyretics. Children suffered essentially from acute respiratory infections (31.4%) and diarrhea (16.2%). The RDT Paracheck-Pf® was used and showed a sensitivity of 96.2% and a specificity of 97.6%. The use of RDT resulted in 13.7% of unjustified antimalarial treatment due to false-positives, as compared to 84% of unjustified antimalarial treatment in the presumptive strategy. After 3 days of follow-up, the recovery rates in the presumptive and RDT arms were 68.4% and 80.5%, respectively. Treatment of a malaria case cost, in average, 20.00 euros in the presumptive arm, as compared with 8.40 euros in the RDT arm, i.e. an incremental cost of 2.30 euros per false positive averted due to the use of the novel diagnostic tool. An interactive model based on these economic parameters in relation with malaria prevalence was developed with Excel spreadsheet. Theoretically, of the two methods, the RDT-based management is less expensive if the proportion of malaria-related fever is < 80% and the price of RDT is < 2.65 euros. Based on these results, the use of malaria RDT is recommended to improve management of febrile patients at a lower cost and reduce the unjustified use of antimalarial drugs in Yaoundé

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Tanos, Rita. "Développement de tests diagnostiques par détection d'ADN extracellulaire." Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTT054.

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Abstract:

Après sa découverte en 1948, l'ADN circulant (ADNcir) a été étudié dans divers domaines. Il est devenu un biomarqueur émergent, en particulier en oncologie, un domaine dans lequel plusieurs travaux ont récemment cherché à étudier son intérêt dans le dépistage et la détection précoce du cancer. La première partie de ma thèse a été consacrée à l’étude des caractéristiques quantitatives et structurelles de l’ADNcir, en prenant en compte son origine (ADNcir nucléaire et mitochondrial) et sa structure (fragmentation et profil de taille), pour le dépistage et la détection précoce du cancer. Deux paramètres, le Ref A 67 (concentration totale d’ADNcir nucléaire) et le MNR (Rapport entre la concentration de l’ADNcir mitochondrial et nucléaire), ont été quantifiés par q-PCR dans un modèle murin puis validés dans les milieux des cellules en culture pour évaluer leur potentiel à discriminer un état sain d’un état cancéreux. Ces deux paramètres ont été quantifiés chez l’Homme, en prenant en compte d'autres paramètres quantitatifs et structurels de l'ADNcir, après réajustement en fonction de l’âge, dans le plasma de 289 individus sains, 99 individus à risque de cancer colorectal (CCR) et 983 patients atteints de CCR (n = 791), de cancer du sein (n = 169) et d'autres cancers (hépatocellulaire, pancréatique, ovarien et lymphome) (n = 23). Par une approche d’apprentissage automatique, nous avons combiné ces différents paramètres dans un modèle de prédiction en utilisant des arbres de décision pour la classification des patients sains et cancéreux. Nous avons obtenu des résultats très encourageants, en particulier pour les cancers de stades précoces. Cette méthode semble prometteuse pour une détection précoce et non invasive du cancer. L'ajout d'autres biomarqueurs, comme le profil de taille ou le profil de méthylation de l'ADNcir, pourrait encore en augmenter le potentiel. La deuxième partie de ma thèse a été consacrée à l’étude de la relation entre la quantité d’ADN extracellulaire d’origine nucléaire et mitochondriale dans le milieu de culture d’embryons, et la qualité de ces embryons lors d’une fécondation in vitro (FIV). En effet, il a été montré qu’un embryon libère de l’ADN extracellulaire dans le milieu de culture lors d’une FIV, et que cet ADN pourrait être un biomarqueur prédictif de la qualité de l’embryon et servir comme test génétique préimplantatoire (PGT) non invasif. Nous avons détecté le gène SRY dans le milieu de culture afin de déterminer le sexe de l’embryon, ce qui constitue une information importante dans les cas des maladies génétiques liées au sexe. Nous avons également entrepris de détecter la présence de la mutation Delta F508 du gène CFTR responsable de la mucoviscidose par analyse de l’ADN extracellulaire issu d’embryons à risque, afin d’évaluer son potentiel en tant que PGT non invasif
After its discovery in 1948, circulating DNA (cirDNA) was studied in various fields. It has become an emerging biomarker, particularly in oncology, and several studies have recently sought to investigate its interest in cancer screening and early detection. The first part of my thesis was devoted to the study of the quantitative and structural characteristics of cirDNA, taking into account its origin (nuclear and mitochondrial cirDNA) and its structure (fragmentation and size profile), for the screening and early detection of cancer. Two cirDNA parameters, the Ref A 67 (total nuclear cirDNA concentration) and the MNR (Mitochondrial to Nuclear Ratio), were quantified by q-PCR in a mouse model and further validated in cell culture media to assess their potential to discriminate between a healthy and a cancerous state. These two variables were evaluated by taking into account other quantitative and structural parameters of cirDNA, after age adjustment, in the plasma of 289 healthy individuals, 99 individuals at risk of colorectal cancer (CRC) and 983 patients with CRC (n = 791), breast cancer (n = 169) and other cancers (hepatocellular, pancreatic, ovarian and lymphoma) (n = 23). Through a machine learning approach, we combined these different parameters into a prediction model using decision trees for the classification of healthy and cancer patients. We have obtained very encouraging results, especially for early-stage cancers. This method seems promising for early and non-invasive cancer detection. The addition of other biomarkers such as the size profile of the cirDNA or the detection of methylation markers could further increase its potential.The second part of my thesis was devoted to the study of the relationship between the quantity of extracellular DNA of nuclear and mitochondrial origin in the embryo culture medium, and the quality of these embryos during in vitro fertilization (IVF). It has been shown that an embryo releases extracellular DNA into the culture medium during IVF, and that this DNA could be a predictive biomarker of embryo quality and thus be used as a non-invasive preimplantation genetic test (PGT). We detected, as well, the SRY gene in the culture medium to determine the sex of the embryo, which is an important information in the case of gender-related genetic disorders. We also tried to detect the presence of the Delta F508 mutation of the CFTR gene responsible for cystic fibrosis, by analyzing extracellular DNA from high-risk embryos to assess its potential as a non-invasive PGT

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Cohen, Jérémie. "Stratégies diagnostiques des pharyngites de l'enfant : du test de diagnostic rapide aux règles de décision clinique." Thesis, Paris 5, 2014. http://www.theses.fr/2014PA05S011/document.

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Abstract:

Introduction – La place des tests de diagnostic rapide (TDR) et des règles de décision cliniques (RDC) pour le diagnostic des pharyngites à streptocoque du groupe A (SGA) chez l’enfant varie selon les recommandations internationales en raison de doutes sur la stabilité des performances diagnostiques du TDR et d’une validation insuffisante des RDC. Méthodes – Dans une étude prospective multicentrique (n=17) ambulatoire réalisée au sein du réseau clinique pédiatrique ACTIV de 2009 à 2011, 1776 enfants avec pharyngite ou sains ont été soumis à des prélèvements de gorge pour réaliser un TDR et une mise en culture (test de référence). Nous avons étudié l’effet indépendant de variables liées aux patients et aux médecins sur les performances diagnostiques du TDR, exploré systématiquement les faux-Positifs (FP) du TDR et réalisé une validation externe et une comparaison des RDC existantes. Résultats – La sensibilité du TDR (en moyenne 87%) variait selon la présentation clinique (âge, signes cliniques), l’inoculum bactérien et le phénomène de portage (paramètres aussi liés entre eux), et selon des variables liées aux médecins (dont le type d’activité clinique). La valeur prédictive négative du TDR était élevée (autour de 90%) et stable. Les FP du TDR étaient positifs pour le SGA en PCR. Aucune RDC n’était satisfaisante en termes de calibration et de discrimination. Conclusion – Le TDR est suffisant pour le diagnostic de pharyngite à SGA si les cliniciens évaluent leurs propres performances et les améliorent si besoin. Aucune RDC ne peut être recommandée en pratique clinique en pédiatrie
Background – The roles of rapid antigen detection tests (RADT) and clinical prediction rules (CPR) for the diagnosis of group A streptococcus (GAS) in children with pharyngitis vary across international clinical guidelines. This might be related to unstable diagnostic accuracy of RADTs and insufficient validation of CPRs. Methods – In a prospective multicenter (n=17) office-Based study that took place in France within the ACTIV network between 2009 and 2011, 1776 children with pharyngitis or healthy controls underwent throat swabs to perform a RADT and a throat culture (reference standard). We assessed the independent effect of patient- and physician-Level characteristics on the accuracy of a RADT, systematically re-Analyzed RADT false-Positive results, and externally validated and compared existing CPRs. Results – RADT sensitivity (overall 87%) varied according to clinical signs and symptoms, bacterial inoculum size and GAS throat carriage (factors also related to each other), and according to physician-Level characteristics (including type of clinical practice). RADT negative predictive value was high (about 90%) and stable. RADT false-Positives were positive for GAS when using a new PCR technique. No CPR had sufficient performances regarding calibration and discrimination. Conclusions – RADTs are sufficient for diagnosing GAS pharyngitis if clinicians accept diagnostic accuracy monitoring and adequate training when needed. No CPR can be recommended for use in pediatrics

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Chartrand, Caroline. "Rapid influenza diagnostic tests: a meta-analysis of 127 studies." Thesis, McGill University, 2011. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=104871.

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Abstract:

BACKGROUND: Timely diagnosis of influenza is important to administer appropriate antiviral therapy, institute proper infection control measures, and decrease ancillary test usage. While viral culture or reverse-transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) are considered the most accurate diagnostic tests, a vast array of rapid influenza diagnostic tests (RIDTs) is available and could potentially impact patient management at the point-of-care. OBJECTIVE: To summarize, using meta-analysis, available evidence on the diagnostic accuracy of RIDTs compared to a reference standard in adults and children with influenza-like illness and to evaluate patient and test factors associated with higher accuracy.METHODS: Four databases (MEDLINE, EMBASE, Biosis, Web of Science) were searched up to and including September 2010 for studies on RIDTs' accuracy compared to a reference standard of either RT-PCR (first choice) or viral culture. Sensitivity and specificity were pooled using a bivariate random effects regression model and investigation of heterogeneity was done using subgroup analyses and meta-regression using an extension of the summary receiver operating characteristic curve (SROC) model. RESULTS: A total of 100 articles, comprising 127 studies were identified. The pooled sensitivity of all RIDTs was 64.5% (95% CI: 60.6, 68.6), while the pooled specificity was 98.1% (95% CI: 97.3, 98.6). Sensitivity estimates were highly heterogeneous. Some of this heterogeneity was explained by significantly higher sensitivity in children (71.1%, 95% CI: 65.6, 76.1) than in adults (51.6%, 95% CI: 43.9, 59.1). Virus type also accounted for some of the heterogeneity in sensitivity (68.0%, 95% CI: 62.3, 73.1, for influenza A versus 51.8%, 95% CI: 42.8, 60.6, for influenza B) as well as the circulating strain of influenza A (56.9%, 95% CI: 50.9, 62.6, for influenza A/H1N1/2009 versus 72.8%, 95% CI: 65.9-78.8, for other seasonal influenza A strains). Finally, RIDTs performed better when compared against culture as the reference standard (sensitivity of 71.0%, 95% CI: 65.9, 75.6) than when compared against RT-PCR (sensitivity of 56.0%, 95% CI: 49.7, 62.1). Few studies reported duration of symptoms before testing, but studies that did showed a trend toward better accuracy at 24-48h with a rapid decline thereafter. When a meta-regression was conducted including several study-level covariates, only age remained significant with a relative diagnostic odds ratio (RDOR) of 2.67 (95% CI: 1.17, 6.11) for children versus adults.CONCLUSION: RIDTs have modest sensitivity and high specificity, but heterogeneity in sensitivity is a concern. While they are more accurate in children than adults, and for influenza A compared to influenza B, these factors do not completely explain the heterogeneity in sensitivity. Because of their high specificity, RIDTs may be useful to rule in influenza. However, a negative test cannot be used to rule out influenza and should be confirmed by one of the reference standard tests. Further work is needed to summarize the clinical impact of RIDTs on patient management and patient-important outcomes.
INTRODUCTION: Poser rapidement le diagnostic d'influenza permet d'administrer une thérapie antivirale appropriée, de débuter en temps opportun des mesures de prévention des infections et de diminuer le recours à d'autres tests diagnostiques. Bien que la culture virale et le RT-PCR demeurent les outils diagnostiques les plus fiables, il existe une vaste gamme de tests de diagnostic rapide de l'influenza (TDRI) pouvant potentiellement avoir un impact sur la prise en charge des patients. OBJECTIFS: Résumer, par le biais d'une méta-analyse, l'ensemble des données disponibles sur la sensibilité et la spécificité des TDRIs comparés à un test de référence, chez les adultes et les enfants souffrant d'un syndrome d'allure grippal, ainsi qu'évaluer les facteurs liés au test ou au patient qui sont associés à une plus grande fiabilité. MÉTHODES: Nous avons cherché à travers quatre bases de données (PubMed, EMBASE, Biosis, Web of Science), jusqu'en septembre 2010, pour des études sur la fiabilité des TDRIs comparés au RT-PCR (1er choix) ou à la culture virale. Nous avons méta-analysé la sensibilité et spécificité des TDRIs au moyen d'un bivariate random effect regression model et tenté d'expliquer l'hétérogénéité des résultats au moyen d'analyses de sous-groupes et d'une méta-régression, via une extension du modèle SROC (summary receiver operating characteristic curve).RÉSULTATS: Nous avons identifiés 100 articles, comprenant 127 études. La sensibilité globale des TDRIs était de 64.5% (95% CI: 60.6, 68.6), alors que leur spécificité globale était de 98.1% (95% CI: 97.3, 98.6). Par contre, on a retrouvé une grande hétérogénéité au niveau de la sensibilité. Une partie de cette hétérogénéité pourrait être expliquée par une sensibilité significativement plus élevée lorsque le test est utilisé chez les enfants (71.1%, 95% CI: 65.6, 76.1) plutôt que chez les adultes (51.6%, 95% CI: 43.9, 59.1). La sensibilité des TDRIs variait également en fonction du type de virus (68.0%, 95% CI: 62.3, 73.1, pour l'influenza A versus 51.8%, 95% CI: 42.8, 60.6, pour l'influenza B) ainsi que de la souche d'influenza A en circulation (56.9%, 95% CI: 50.9, 62.6, pour l'influenza A/H1N1/2009 versus 72.8%, 95% CI: 65.9-78.8, pour les autres souches saisonnières d'influenza A). Finalement, les TDRIs affichaient une meilleure performance lorsque comparés à la culture virale (sensibilité: 71.0%, 95% CI: 65.9, 75.6) plutôt qu'au RT-PCR (sensibilité: 56.0%, 95% CI: 49.7, 62.1). Peu d'études ont évalué l'effet de la durée des symptômes sur la fiabilité des TDRIs, mais les quelques études qui se sont penchées sur le sujet tendaient à démontrer une meilleure sensibilité 24-48h après le début des symptômes suivi d'un déclin rapide. Lorsque plusieurs de ces variables furent analysées en même temps, au moyen d'une méta-régression, seulement l'âge est demeuré significativement associé à la fiabilité des TDRIs, avec un rapport de cotes diagnostiques de 2.67 (95% CI: 1.17, 6.11) pour les enfants versus les adultes.CONCLUSION: Les TDRIs ont une sensibilité modeste et une bonne spécificité, mais une grande hétérogénéité au niveau de la sensibilité demeure une préoccupation. Bien que les TDRIs soient plus fiables chez les enfants que chez les adultes et pour détecter l'influenza A versus l'influenza B, ces facteurs ne suffisent pas à expliquer l'hétérogénéité notée au niveau de la sensibilité. Puisqu'ils sont très spécifiques, les TDRIs sont utiles pour confirmer le diagnostic d'influenza. Cependant, un TDRI négatif n'est pas suffisant pour infirmer le diagnostic d'influenza et devrait être confirmé au moyen d'un des tests de référence. D'autres études sont nécessaires pour résumer l'impact clinique des TDRIs sur la prise en charge des patients.

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Agnememel, Alain. "Développement de tests rapides pour le diagnostic des méningites bactériennes aiguës : étude de l’émergence du sérogroupe X." Sorbonne Paris Cité, 2015. http://www.theses.fr/2015USPCC099.

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Abstract:

L'émergence des méningites X dues à Neisseria meningitidis (NmX) a été observée en Afrique sub-saharienne en 2006. Cependant, les isolats du NmX y ont été détectés depuis les années 1990. Notre objectif était d'entreprendre des études génomiques pour comprendre cette émergence et développer des outils permettant l'amélioration de la surveillance épidémiologique des méningites X. Nous avons séquencé les génomes entiers d'isolats du sérogroupe X de pays de l'Afrique sub-saharienne et avons montré que l'émergence est due à l'expansion d'un génotype particulier dans le complexe clonai (cc) 181. Ces isolats africains sont plus virulents dans un modèle de souris transgénique en comparaison aux isolats du sérogroupe X de l'Europe. Ensuite, nous avons développé et évalué un nouveau test de diagnostic rapide (TDR) pour détecter le polyoside capsulaire (cps) du NmX (cpsX). Des bactéries entières inactivées NmX et des conjugués cpsX ont été utilisés pour produire des anticorps qui ont été utilisés pour développer un test rapide (TDR) d'immunochromatographie en bandelette pour détecter le sérogroupe X. Ce TDR été évalué sur une collection de 369 liquides cérébro-spinaux (LCS) obtenus dans plusieurs sites (Cameroun, Côte d' Ivoire, France et Niger). Un test PCR a été utilisé comme référence. Le TDR était spécifique pour les souches NmX avec une limite de détection à 105 CFU/ml et de 1 ng / ml pour le cpsX purifié. La sensibilité et la spécificité étaient de 100 % et 94 % pour les 369 LCS testés ; et les valeurs prédictive positive et négative étaient 100 et 98% respectivement avec un accord élevé entre le test de référence (PCR) et le TDR (coefficient Kappa de 0,98)
The emergence of meningitis X due to Neisseria meningitidis (NmX) occurred in sub-Saharan Africa in 2006. However, NmX isolates were detected since the 1990s. Our objective was to undertake genomic studies to understand the emergence and also develop tools for improving epidemiological surveillance of meningitis X. We sequenced the whole genomes of NmX isolates from countries in sub-Saharan Africa and showed that emergence is due to the expansion of a particular genotype in clonal complex (CC) 181. These Africans isolates are more virulent in a transgenic mouse model compared to NmX isolates from France. Then we have developed and evaluated a new rapid diagnostic test (RDT) to detect the capsular polysaccharide (cps) of NmX (cpsX). Whole bacteria NmX inactivated and conjugated cpsX were used to produce antibodies that were used to develop a rapid test (RDT) in immunochromatography strip to detect serogroup X. This TDR was been evaluated on a collection of 369 cerebrospinal fluid (CSF) obtained from several sites (Cameroon, Ivory Coast, Niger and France). A PCR assay was used as reference. TDR was specific for NmX strains with a detection limit of 105 CFU / ml and 1 ng / ml for purified cpsX. The sensitivity and specificity were 100% and 94% for the 369 tested CSF; and positive and negative predictive values were 100 and 98% respectively with a high agreement between the reference test (PCR) and TDR (kappa 0. 98)

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Grobost, Béatrice. "Identification de 32 souches de bacilles à gram positif asporulés anaérobies stricts : comparaison des tests conventionnels et des galeries d'identification rapide." Bordeaux 2, 1992. http://www.theses.fr/1992BOR2P066.

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Manirakiza, Alexandre. "Utilisation du test de diagnostic rapide(paracheck-pf®) en consultation prénatale dans le cadre du traitement antipaludique à Bangui, République Centrafricaine." Thesis, Aix-Marseille, 2012. http://www.theses.fr/2012AIXM5040/document.

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Abstract:

Entre juin et septembre 2009, nous avons réalisé une étude transversale pour évaluer l'état de la prise en charge du paludisme chez la femme enceinte à Bangui. Les résultats de cette évaluation ont montré que dans les services de consultation prénatale (CPN) de Bangui, 28,8% des femmes enceintes reçoivent à titre curatif au moins une prescription de médicament antipaludique pendant leur grossesse. La quinine et les combinaisons à base d'artémisinine, antipaludiques compatibles avec la grossesse, sont prescrites dans des proportions de 56,7% et 26,8% respectivement. Par contre, la confirmation du paludisme par un examen de laboratoire est réalisée seulement dans 18,9% des cas avant la prescription du traitement. Les deux doses recommandées de traitement préventif intermittent du paludisme par la sulfadoxine-pyrimethamine (TPIsp) sont administrées à 30,5% des femmes pendant leur grossesse. Les moustiquaires imprégnées d'insecticide à longue durée (MIILD) sont utilisées par 42,4% des femmes enceintes. Malgré ce, la prévalence de la parasitémie placentaire à l'accouchement est relativement faible (4%). Ces données nous ont amené à réaliser une étude dont l'objectif était d'évaluer l'intérêt de l'introduction d'un test de diagnostic rapide (TDR) sur la rationalisation du traitement du paludisme chez les femmes enceintes lors des CPN. Entre octobre 2009 et octobre 2011, nous avons réalisé une étude sur une cohorte de 76 femmes enceintes. Le nombre de traitements antipaludiques après confirmation du paludisme par TDR Paracheck-Pf® lors des CPN a été déterminé sur cette cohorte
From June to September 2009, we designed a cross-sectional study aiming to assess malaria management during pregnancy in antenatal health care in Bangui. Our findings showed that antimalarials are prescribed to 28.8% of pregnant women attending antenatal clinics (ANCs) in Bangui. Quinine and artemisinin combined therapies are widely used (56.7% and 26.8% respectively). However, laboratory diagnosis of malaria infection is performed for solely 18.9% of consultants. The recommended two doses of intermittent preventive treatment with sulfadoxine-pyrimethamine (IPTsp) are given to 30.5% of pregnant women, while 42.4% of them use the insecticides treated nets (ITNs). Nonetheless, the prevalence of placental malaria at delivery is relatively low (4%). From those preliminary data of our study we assessed the impact of a systematic rapid diagnosis test (RDT) of malaria during pregnancy on antimalarials prescription, during the period from October 2009 and October 2011. The proportions of antimalarial treatment episodes were compared in two groups of women: a cohort of 76 pregnant women presenting at their ANCs visits, in which a systematic screening of malaria with the RDT Paracheck-Pf® was performed and a control group of women who delivered in the same period. Our findings showed that in the cohort, there was a proportion of 13.8 % of positive RDT, hence requiring antimalarial treatment, while the proportion of antimalarials prescriptions in the control group was 26.3% (P = 0.0001). The avoidable rate of unnecessary antimalarials prescriptions was estimated at 47%

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Tegha, Gerald Loiswayo. "Detection and identification of plasmodium species causing malaria in Malawi using rapid diagnostic tests." Thesis, Nelson Mandela Metropolitan University, 2011. http://hdl.handle.net/10948/d1021240.

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Abstract:

Malaria represents one of the oldest documented diseases among humans and even today organisms in the genus Plasmodium kill more people than any other infectious disease, especially in tropical and subtropical areas. The four most common species which infect humans are Plasmodium falciparum, Plasmodium vivax, Plasmodium ovale and Plasmodium malaria. Of these four species, Plasmodium falciparum and Plasmodium vivax account for 95 percent of infections globally. Microscopy has been used since early days for the diagnosis of malaria because this method is simple, does not require highly equipped facilities, and in most cases enables differentiation among the species causing malaria in humans when performed by skilled microscopy readers. However, this method has been misleading in identifying parasite species, especially in the case of low level parasitemia, a mixed parasite infection, or modification by drug treatment as well as in placental malaria. Malaria rapid diagnostic tests (RDT) have played a major role in malaria management; particularly in providing blood based diagnosis in remote locations where microscopy based diagnosis is unavailable. These diagnostic tests are fast and easy to perform and do not require electricity or specific equipment. As part of strengthening malaria diagnostics in Malawi, the Ministry of Health and Population strongly recommends the use of malaria RDT’s at all levels of the health care delivery system. However, malaria microscopy remains a gold standard test for malaria. All patients (regardless of age) with suspected uncomplicated malaria should have a confirmed diagnosis with malaria RDT before anti-malaria treatment is administered. Based on field performance evaluations that assessed performance, quality control and production capacities of the manufacturing companies of malaria RDT’s, the Ministry of Health and Population recommended two brands of Histidine Rich Protein 2 (HRP-2), RDT’s for use in Malawi. These are SD Bioline malaria Ag Pf and the New Paracheck malaria Ag Pf. All these RDT’s are able to detect only P. falciparum. However, other species have been reported to exist in the country and there is a need to find proper RDT’s which will be able to detect all other species including P. falciparum. The main aim of this study was to evaluate Paramax-3 Pf/Pv/Pan RDT (Zephyr Biomedicals, India), if used in Malawi, could be able to detect and identify the different species of Plasmodium causing malaria in Malawi. The study recruited a total of 250 adult and infants at Bwaila Hospital in Lilongwe, Malawi. Study results showed that the overall sensitivity and specificity of the Paramax-3 RDT used in the study were 100 percent and 83 percent respectively. However, it was observed that the RDT test was not able to identify the P. ovale, and in some cases, the RDT test was positive for P. falciparum when the PCR identified the species as P. ovale. No P. vivax was detected both by RDT and PCR. This study was able to detect and identify the presence of P. malaria and P. ovale in Malawi apart from the P. falciparum. There were no significant differences between microscopy results compared to both the RDT and the PCR, with 94 percent and 98 percent sensitivities of R1 and R2 compared to RDT, as well as 94 percent and 96 percent sensitivities for R1 and R2 compared to PCR respectively. Both R1 and R2 had low specificities for example, R1 had 72 percent and R2 had 80 percent compared to RDT. Comparing R1 and R2 to PCR, the sensitivities were 64.9 percent and 67.2 percent respectively. However, the readers had difficulties differentiating the different species microscopically. The history of anti-malaria treatment had no significant effect on the outcome of the results in both the RDT and PCR.

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Bouzid, Donia. "Stratégies de diagnostic des infections respiratoires virales aux urgences." Electronic Thesis or Diss., Université Paris Cité, 2021. http://www.theses.fr/2021UNIP5235.

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Abstract:

Les infections respiratoires hautes et basses constituent un motif fréquent de recours aux soins. Parmi les suspicions d’infections respiratoires basses aux urgences, les virus respiratoires sont retrouvés dans 30 à 50% des cas. Leur diagnostic précis et rapide est nécessaire au bon usage des anti-infectieux, au recours à l’hospitalisation, à la gestion du flux de patients et à l’instauration des mesures de précaution nécessaires. Nous avons évalué l’impact de l’implémentation d’une PCR multiplex permettant un diagnostic syndromique rapide et délocalisé dans un service d’accueil des urgences des virus responsables d’infections respiratoires. Dans un premier temps, nous avons réalisé une revue narrative des tests microbiologiques disponibles puis nous avons: 1) Étudié l’impact du délai de réponse du laboratoire de virologie centralisé (médiane 18h) sur les stratégies de placement en chambre seule des patients présentant une infection par des virus influenza, 2) Mené une étude de faisabilité de l’implémentation d’une technique de PCR syndromique rapide délocalisée aux urgences, 3) Évalué prospectivement l’impact de la réponse virologique rapide sur la prise en charge des patients suspects d’infections respiratoires basses à l’aide d’une essai clinique contrôlé, 4) Etudié, au début de la pandémie de SARS-CoV-2, les caractéristiques cliniques et biologiques qui permettaient de distinguer les patients infectés par le SARS-CoV-2 ou un autre virus respiratoire comme les virus influenza, le VRS ou le rhinovirus. Nous avons ainsi montré : - que le long délai de rendu du laboratoire centralisé ne permettait pas une prise en compte efficace du résultat de PCR pour le placement des patients grippés en chambre seule, que le diagnostic viral délocalisé aux urgences est possible et permet plus d’hospitalisation en chambre seule pour les patients influenza positif au cours de l’étude randomisée (74% vs 50%), mais pas trouvé de bénéfice du diagnostic délocalisé sur la durée de l’antibiothérapie ou de l’hospitalisation. - que la fièvre, l’âge, le sexe masculin et l’absence d’expectoration étaient plus fréquemment associés au diagnostic d’un SARS-CoV-2 que d’un autre virus respiratoire et que la co-infection d’un SARS- CoV-2 avec un autre virus respiratoire n’était pas associée à un pronostic plus sévère.Il parait aujourd’hui nécessaire d’intégrer la mPCR dans une stratégie plus large, incluant scanner et marqueurs d’inflammation, pour une prise en charge optimale aux urgences et impacter la consommation d’antibiotiques et les durées de séjours
Upper and lower respiratory infections are a frequent reason for seeking treatment. Among the suspicions of lower respiratory infections in emergency rooms, respiratory viruses are found in 30 to 50% of cases. Their precise and rapid diagnosis is necessary for the proper use of anti-infectives, for hospitalization, for the management of the flow of patients, and the establishment of the necessary precautionary measures. We evaluated the impact of the implementation of a multiplex PCR allowing a rapid and delocalized syndromic diagnosis in an emergency department of the viruses responsible for respiratory infections. First, we carried out a narrative review of the available microbiological tests, then we:- Studied the impact of the response time of the centralized virology laboratory (median 18h) on room-only placement strategies for patients with influenza virus infection,- Conducted a feasibility study on the implementation of a rapid syndromic PCR technique relocated to the emergency room, -Prospectively evaluated the impact of the rapid virological response on the management of patients with suspected lower respiratory infections using a controlled clinical trial, - Studied, at the start of the SARS-CoV-2 pandemic, the clinical and biological characteristics which made it possible to distinguish patients infected with SARS-CoV-2 or another respiratory virus such as influenza viruses, RSV, or rhinovirus.We have thus shown:- that the long turnaround time from the centralized laboratory did not allow effective consideration of the PCR result for the single room assignment of influenza-positive patients - that delocalized viral diagnosis in the emergency room is possible and allows more room-only hospitalization for influenza-positive patients during the randomized study (74% vs 50%), but no benefit was found from delocalized diagnosis throughout antibiotic therapy or hospitalization. - that fever, age, male sex, and absence of sputum were more frequently associated with the diagnosis of SARS-CoV-2 than with any other respiratory virus, and co-infection with SARS- CoV-2 with another respiratory virus was not associated with a more severe prognosis. It now seems necessary to integrate mPCR into a broader strategy, including CT scan and inflammation markers, for optimal management in emergencies and impact the consumption of antibiotics and the length of stays

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Jansson, Line. "Evaluation of different rapid diagnostic tests to see what kind is the optimal choice for malaria diagnosis in Mozambique;a literature review." Thesis, Örebro universitet, Institutionen för hälsovetenskap och medicin, 2014. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:oru:diva-35691.

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Belaïd, Baya. "Production d'anticorps monoclonaux spécifiques de Mycoplasma capricolum : application potentielle à un test de diagnostic rapide sur des laits suspects." Université de Paris-Sud. Faculté de pharmacie (Châtenay-Malabry, Hauts-de-Seine), 1992. http://www.theses.fr/1992PA114823.

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Abstract:

Après immunisation de souris BALB/c par des membranes de mycoplasmes traitées par les ultrasons et par la digitonine, des anticorps monoclonaux (AcM) ont été produits contre les 3 espèces de mycoplasmes (M. Capricolum, M. Agalactiae et M. Mycoides su b s p mycoides LC) incriminés dans le syndrome agalaxie contagieuse. Seuls 5 AcM dirigés contre l'espèce M. Capricolum ont été caractétisés. Ils sont spécifiques d'une protéine membranaire interne de 37,5 Kilodaltons. Grâce à ces AcM, un test d'immunodot spécifique et rapide a été mis au point. L'application potentielle de ce test à 14 laits de chèvres et de brebis suspectes d'agalaxie contagieuse, montre que ce test est envisageable sur le terrain. Par ailleurs, la sensibilité du test capable de détecter environ 10-20 pg de protéines membranaires et entre 3,5 102 à 7 103 germes, laisse supposer que ce test est applicable pour la détection de M. Capricolum.

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Odaga, John. "Rapid diagnostic tests for malaria : effect on quality of care under experimental conditions and in routine practice." Thesis, University of Liverpool, 2011. http://livrepository.liverpool.ac.uk/7393/.

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Abstract:

Introduction We know that translating new knowledge from research into change in health care delivery is not a simple process. This thesis examines this process for a new technology applied to primary health care in tropical countries: including RDTs in clinical guidelines for treating fever in children Method The thesis examines the question: ―does implementing policy of using RDTs to target treatment instead of presumptive treatment of fever result in better quality patient care under experimental conditions as well as in routine practice?‖ Three methodological approaches are used to delineate translation to change in the field. A Cochrane review of randomised trials examines effects on quality of care in a trial, where delivery conditions are usually optimal. An analysis of a dataset from an effectiveness trial from Uganda examines effects of the policy on quality of care delivered within the context of a trial through routine health services. And third, a survey of current practice assesses implementation of an RDT-based guideline when it is introduced into the health system for routine use in selected districts. Across all three components, the thesis examines implementation of the guideline. In addition, both the systematic review and the effectiveness trial measure effects of the intervention on prescribing of antimalarials and antibiotics, and clinical outcomes (primary outcomes).The effectiveness trial evaluates effects of the policy on incremental cost, and the survey of current practice also assesses adequacy of essential health systems inputs and support services. Results The systematic review showed that HWs prescribed antimalarials to as many as 40% to 80% of cases with negative RDTs under experimental conditions. Use of RDTs was associated with 29% decline in prescribing of antimalarial drugs. Prescribing of antibiotics did not change in one trial but increased by 19% in another. Data from the effectiveness trial show that HWs used RDTs and adhered to RDT results almost all the time. This reduced antimalarials usage by 60.2% (high), 48.9% (medium) and by 22.1% (low). The data show no significant change in usage of antibiotics. Both the review and the pragmatic trial detected no significant difference in clinical outcomes between RDT and clinical diagnosis arms. Data from the effectiveness trial shows that use of RDTs is associated with a cost-saving of US$ 0.50 per case of fever (24.5% decline) in low transmission setting, and a cost-saving of US$ 0.33 per case of fever (17.7% decline) in medium transmission. Use of RDTs did not lead to a significant change in cost in high transmission settings: US$ +0.02 (95% CI: US$ -0.97 to US$+1.06). Cost-savings were accrued exclusively in older children and adults. The survey found inadequate implementation of all components of the guideline in both districts. Essential supplies, equipment and in-service training were inadequate in both districts. Discussion and conclusion Antimalarial use is lower when RDTs are used to guide treatment of fever instead of presumptive treatment. This results in savings from drugs costs in older children and adults with fever in low and medium transmission areas. This research does not confirm whether or not use of RDT-based guidelines has any effects on usage of antibiotics or clinical outcomes. A case study of Uganda shows that when delivered through routine services, none of the components of an RDT-based guideline is implemented to acceptable standards. There is insufficient evidence to suggest that the policy is superior to presumptive treatment of fever in terms of clinical outcomes. However, it can save money for medicines in low and medium transmission settings if its use is restricted to older children and adults.

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Piola, Patrice A. "Essais cliniques thérapeutiques et diagnostiques en Afrique sur les populations les plus vulnérables au paludisme." Paris 6, 2010. http://www.theses.fr/2010PA066229.

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Leygues, Nathalie. "Test de diagnostic rapide en une étape par immunochromatographie : détection de la progestérone au moyen de deux types de marqueurs, la phosphatase alcaline et les microparticules colorées." Compiègne, 1991. http://www.theses.fr/1991COMPD388.

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Abstract:

Les tests d'immunodiagnostic évoluent vers une simplification extrême. Certains d'entre eux sont mis en œuvre à l'aide d'un automate, d'autres ne nécessitent pas d'équipement et l'interprétation des résultats s'effectue en quelques minutes (tests rapides unitaires). Le test en une étape, ou la seule manipulation consiste en un dépôt de l'échantillon, représente la génération ultime du diagnostique rapide. Le modèle par immunochromatographie consiste en une migration le long d'un support, du réactif immunologique marqué vers les autres immobilisés sur le même support. Ce principe permet l'absence d'étape de lavage. On a choisi un dosage par compétition. Le système est développé sur le modèle de la progestérone pour un test de diagnostic de non gestation chez la vache. Pour ce qui concerne cette application, la rapidité du résultat est essentielle car il laisse la possibilité à l'éleveur, le cas échéant, de reinséminer l'animal sans attendre le cycle suivant. Les technologies de base qui serviront au développement d'un test rapide en une étape par immunochromatographie pour la détection de la progestérone, ont été mises au point. L'haptène (progestérone) est immobilisé sur la membrane via une molécule porteuse. L'anticorps spécifique de la progestérone est marqué soit par une enzyme, la phosphatase alcaline, soit par des microparticules de polystyrène colorées (latex). Le conjugué (anticorps marqué) est déposé et séché sur le support. Grâce à l'étude détaillée du traitement du support et des paramètres de la réaction immunologique (choix de la molécule porteuse, conditions de couplage de la progestérone, techniques de conjugaison, purification de l'enzyme libre, conditions d'immobilisation de la progestérone et de dépôt du conjugué) des solutions ont été développées pour permettre la migration complète du conjugué sur le support et la spécificité de la réaction du conjugué sur l'antigène immobilisé. Les solutions mises au point dépendent du type de marquage de l'anticorps.

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Bertrand-Cervi, Claire. "Evaluation d'un test rapide de détection des IgM anti Puumala virus et son intérêt dans la prise en charge du patient dans un service du centre hospitalier de Charleville-Mézières." Reims, 2009. http://www.theses.fr/2009REIMP075.

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Werngren, Jim. "Rapid assessment of drug susceptibility and mutation to resistance in mycobacterium tuberculosis Beijing type /." Stockholm, 2006. http://diss.kib.ki.se/2006/91-7357-024-9/.

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Degerman, Gunnarsson Malin. "Biomarkers as Monitors of Drug Effect, Diagnostic Tools and Predictors of Deterioration Rate in Alzheimer’s Disease." Doctoral thesis, Uppsala universitet, Institutionen för folkhälso- och vårdvetenskap, 2013. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-196965.

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Abstract:

Decreased amyloid-ß42 (Aß42), increased total tau (t-tau) and phosphorylated tau (p-tau) in cerebrospinal fluid (CSF) reflect histopathological core changes in the most common dementia disorder, Alzheimer’s disease (AD). They discriminate AD from healthy controls and predict conversion to AD with a relatively high accuracy. Memantine, an uncompetitive NMDA-receptor antagonist, is indicated for symptomatic treatment of AD. The first aim of this thesis was to investigate effects of memantine on CSF concentrations of Aβ42, tau and p-tau. Secondly, the aim was to explore the relation between these CSF biomarkers and retention of the amyloid biomarker Pittsburgh compound B using positron emission tomography (PIB PET), regional glucose metabolism measured with 18Fluoro-2-deoxy-d-glucose (FDG) PET and neuropsychological test performance. The third aim was to investigate their possible utility as predictors of future rate of AD dementia deterioration. All patients in the studies were recruited from the Memory Clinic, Uppsala University Hospital. In study I CSF p-tau concentrations in 11 AD patients were reduced after twelve months treatment with memantine, indicating that this compound may affect a key pathological process in AD. Results from study II showed that the concentrations of CSF Aß42 are lower in PIB+ patients than in PIB- patients, and that the PIB retention was stable during 12 months. In study III 10 patients with the diagnoses AD (6 PIB+/4 PIB-) and 8 subjects (1 PIB+/7 PIB-) with frontotemporal dementia were included. PIB+ patients had lower psychomotor speed measured by performance on the Trail Making Test A and impaired visual episodic memory compared to the PIB- patients. The initial clinical diagnoses were changed in 33% of the patients (6/18) during follow-up. Study IV is the first-ever report of an association between high CSF tau and dying in severe dementia. These 196 AD patients were followed up to nine years after baseline lumbar puncture. Moreover, CSF t-tau concentrations above median was associated with an increased risk of rapid cognitive decline (OR 3.31 (95% CI 1.53-7.16), independently of baseline functional stage. Thus, a clear association between high levels of CSF t-tau and p-tau and a more aggressive course of the disease was shown.

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Nougairede, Antoine. "Pandémie grippale A/H1N1 2009/2010 : Diagnostic et épidémiologie au laboratoire hospitalier de microbiologie clinique à Marseille." Thesis, Aix-Marseille, 2012. http://www.theses.fr/2012AIXM5000/document.

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Abstract:

Fin avril 2009, un nouveau virus grippal A/H1N1 d'origine porcine émerge dans le monde causant la première pandémie grippale du XXIème siècle. Les différents travaux présentés dans cette thèse retracent la gestion de cette situation au laboratoire de virologie des hôpitaux publics de Marseille. D'avril 2009 à avril 2010, nous avons analysé plus de 13 000 prélèvements issus de cas suspects. Nous avons dû adapter continuellement les moyens mis en œuvre pour effectuer le diagnostic et la mise en place d'une stratégie 'Point of Care' s'est avérée très utile. Nos résultats montrent que l'usage des tests rapides en complément de la RT-PCR en temps réel permet de réduire significativement le délai de rendu des résultats pour les patients infectés. Les données épidémiologiques sur les nombreux cas suspects dépistés ont également permis d'obtenir en temps réel des informations précieuses sur l'épidémiologie de cette pandémie comme l'estimation de l'incidence par classe d'âge, la proportion de patients hospitalisés et la mortalité. Enfin, nous avons réalisé une étude de séroprévalence qui montre qu'environ 12% de la population française a été infectée par ce nouveau virus en 2009-2010 et que les taux d'attaque les plus élevés ont été observés chez les enfants et les jeunes adultes
In late April 2009, a new swine-origin A/H1N1 Influenza virus emerged and spread rapidly worldwide causing the first influenza pandemic of the 21st century. This work describes how we coped with this emergency situation in the virology laboratory of Marseille public hospitals. From April 2009 to April 2010, we analyzed more than 13,000 samples from suspected cases. We needed to adapt continuously the organization to maintain diagnostic capacity and the implementation of a point of care strategy revealed very useful to achieve this goal. Our results support the use of rapid Influenza detection tests in combination with real-time RT-PCR because it reduces significantly the delay from sample to result for positive cases, thus giving the opportunity to improve patient management. Epidemiological data from all suspected cases tested allowed us to obtain timely precious information about the epidemiology of this pandemic as the estimation of (i) the incidence by age group, (ii) the rate of hospitalization and (iii) the mortality rate among tested patients. Finally, we set up a serological study and showed that around 12% of the French population had been infected by this new virus in 2009-2010 with higher attack rates observed in children and young adults

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Zikusooka, Charlotte Muheki. "Evaluating the cost-effectiveness of artemisinin-based combination antimalarial drugs and malaria rapid diagnostic tests within the context of effective vector control : case study of Southern Africa." Doctoral thesis, University of Cape Town, 2006. http://hdl.handle.net/11427/7439.

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Abstract:

Includes bibliographical references (p. 253-265)
This study seeks to use the techniques of cost-effectiveness analysis to evaluate, within the context of effective vector control, the change to artemisinin-based combination therapies (ACTs) as first line malaria treatment and to evaluate the relevance of using definitive diagnosis (as opposed to clinical diagnosis) as the basis for initiating malaria treatment, especially when using ACTs for treatment. The cost-effectiveness of ACTs was evaluated in two study sites (i.e. In Kwazulu Natal which switched from SP monotherapy to AL in 2001 and in Mpumalanga which changed from SP monotherapy to AS+SP in 2003) in South Africa. The economic evaluation of use of routine definitive diagnosis as part of malaria case management, using rapid diagnostic tests (ROTs), was undertaken at two districts (Namaacha and Matutuine), in southern Mozambique, where routine use of ROTs and treating malaria patients with an ACT (using artesunate + SP) were implemented at pilot level in 2003.

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BETTINGER, STEPHANE. "Diagnostic serologique des infections a v. I. H. : developpement et optimisation d'un test rapide de detection des anticorps diriges contre les virus de l'immunodeficience humaine v.i.h.1 et v.i.h.2." Paris 6, 1990. http://www.theses.fr/1990PA066813.

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Abstract:

Le diagnostic des infections retrovirales a vih1 et vih2 est fondee en pratique courante sur la detection des anticorps specifiques. Des tests elisa detectant les anticorps vis-a-vis d'un antigene viral produit a partir de cultures cellulaires infectees par le vih ont ete les premiers developpes. Leur bonne sensibilite est contrebalancee par une specificite imparfaite. Des techniques analytiques plus specifiques (wb, ripa) sont utilisees pour la confirmation d'un resultat mais ce sont des techniques sophistiquees, inadaptees au diagnostic de routine. La meilleure connaissance des caracteristiques moleculaires et immunologiques des retrovirus vih permet le developpement de tests diagnostiques plus specifiques, en particulier grace a immunoenzymatique rapide pour le diagnostic serologique des infections a vih1 et vih2. L'utilisation de deux peptides synthetiques issus des glycoproteines transmembranaires gp41 pour vih1 et gp36 pour vih2, permet la detection et le typage des anticorps correspondants. Ce format original reunit les criteres requis de sensibilite et specificite maximales, par sa mise au point a partir de ce type d'antigene, la simplicite technique et la rapidite du diagnostic, par le processus de filtration. Le present memoire expose toutes les etapes du developpement et de l'optimisation de cette trousse serodiagnostique, ainsi que les resultats d'etudes cliniques internes et externes multicentriques, l'ensemble de ces validations cliniques ayant abouti a l'agrement de cette trousse aupres du laboratoire national de la sante

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Seck, Ibrahima. "The Effectiveness of Home Based Management of Uncomplicated Malaria Using Artemisinin Combination Treatments (ACTs) and Rapid Diagnostic Tests (RDTs) in Rural Senegal (West Africa)| Pilot Study in Three Districts." Thesis, Tulane University, Payson Center for International Development, 2017. http://pqdtopen.proquest.com/#viewpdf?dispub=10257455.

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Abstract:

Introduction: The Home-based Management of Malaria (HMM) is a cornerstone of malaria control in sub-Saharan Africa (SSA) and is recommended by WHO to provide prompt access to antimalarial treatment for children in under-served areas. Although HMM has been shown to reduce malaria morbidity and mortality with chloroquine, it has not been examined previously in the era of artemisinin-based combination therapies. The objectives of this study were to determine whether HMM reduced: 1] the time from when a mother or guardian realized her child was ill to the time when the child was brought for treatment and 2] malaria morbidity in children less than 5 years of age.

Methodology: This cross-sectional retrospective study (2008-2014) was performed in intervention villages (receiving HMM) and control villages (not receiving HMM) to examine the effectiveness of HMM.

Key Results: More mothers and guardians were informed about the malaria control activities performed (98% vs. 24%) in intervention than control villages (p < 0.001). Consistent with that result, mothers and guardians in intervention villages sought care for their sick children earlier than mothers in control villages (p < 0.001) and were more likely to obtain treatment from community health workers (CHWs) in their home villages. In contrast, more children were referred for malaria treatment to health posts and health centers from control than intervention villages (p < 0.001). Likewise, more children with complicated malaria were referred for treatment from control villages (p < 0.001), although those conclusions were limited by the small numbers of complicated (severe) malaria cases.

Conclusions: These results indicate HMM shortens the time mothers wait before taking their children to receive treatment. Because more children with uncomplicated or complicated malaria are referred for treatment from control than intervention villages, these results indicate that the availability of HMM treatment in the child’s home village reduces morbidity (the risk of severe malarial disease). However, additional studies with larger numbers of subjects will be necessary to determine if HMM reduces mortality.

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Maartens, Gary. "Tuberculous pleural effusions : a prospective study of rapid diagnostic tests (adenosine deaminase, antigen capture enzyme-linked immunosorbent assay, and the polymerase chain reaction) and evaluation of a radiometric mycobacterial culture system." Master's thesis, University of Cape Town, 1990. http://hdl.handle.net/11427/26240.

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Abstract:

A prospective study was undertaken to assess the diagnostic value of various rapid diagnostic tests for tuberculosis in pleural fluid, and to assess the sensitivity and speed of a radiometric mycobacterial culture system (BACTEC, Johnson Laboratories). Patients presenting to the Department of Medicine at Groote Schuur Hospital with pleural effusions for diagnostic pleural aspiration and biopsy over a 6 month period were entered into the study. Because the incidence of tuberculous effusions was observed to be high in this population (65% of 94 patients), patients from the Department of Radiotherapy with proven malignant disease and the development of new pleural effusions requiring diagnostic or therapeutic aspiration were included in the study in order to increase the number of control patients without tuberculosis. The 111 patients (17 of whom were recruited from the Department of Radiotherapy) were divided into 4 diagnostic categories: tuberculosis - 62 patients, malignant - 28 patients, miscellaneous conditions - 10 patients, and undiagnosed - 11 patients (3 of whom probably had tuberculosis). There were 59 male patients. The racial distribution was 11 whites, 51 of mixed race, and 49 blacks. Exudative pleural effusions were present in 109 patients. Closed pleural biopsies with the Abrams needle were performed on 100 patients using a modified version of the standard technique whereby larger specimens were obtained by stripping pleura off the chest wall. Seven pleural biopsies were reported as inadequate by the pathologist and the diagnostic yield of the procedure was 63%. Tuberculosis was confirmed histologically or by culture in 62 patients. The age distribution of these patients was bimodal, with most cases occuring in the third decade. The presentation was usually acute, with 60% of patients being symptomatic for less than 4 weeks. Granulomata were found on initial pleural biopsy in 52 cases (84%). Pleural biopsy culture was positive in 44 cases (71%). The radiometric culture system tested (12B BACTEC) yielded the same number (14) of positive cultures as conventional mycobacterial culture media in pleural fluid, but was almost twice as fast. Bedside inoculation of pleural fluid into 13A BACTEC bottles more than doubled the yield in the 24 patients tested (11 positive cultures compared with 4 each for conventional and 12B BACTEC media, p=0.046). The rapid diagnostic tests assessed on pleural fluid were adenosine deaminase (ADA), an antigen (BCG) capture enzymelinked immunosorbent assay (ELISA), and a specific DNA probe after amplification with the polymerase chain reaction. ADA was found to have a sensitivity of 0.77 and a specificity of 0.83 in the 109 patients tested, and values were significantly higher in tuberculosis patients compared with the other three diagnostic categories (p< 0.001 ). The ELISA test was performed on 103 patients and showed a sensitivity of only 0.26 and a specificity of 0.72. The DNA probe was performed on 43 patients, and had a sensitivity of 0.93 with a specificity of 0.43. Contamination of samples or latent tuberculous infection may have been responsible for the poor specificity of the DNA probe.

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Lansac, Nicolas. "Développement de tests de diagnostic rapides basés sur l'ADN permettant la détection et l'identification de Neisseria spp., Neisseria meningitidis, Listeria monocytogenes ainsi que d'autres pathogènes associés à la méningite bactérienne." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 2000. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk1/tape2/PQDD_0023/MQ51149.pdf.

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Bourgoin, Pénélope. "Recherche de nouveaux tests rapides en cytométrie en flux pour l’établissement de diagnostics « aux lits des patients » : application à la discrimination des infections bactériennes et/ou virales en vue de réduire l’usage inutile des antibiotiques." Thesis, Aix-Marseille, 2020. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/200213_BOURGOIN_959uvzsse391uijk154knph339nyhkrq_TH.pdf.

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Abstract:

Les maladies infectieuses sont des pathologies dont le diagnostic étiologique est souvent complexe. Le clinicien doit baser son diagnostic sur ses observations cliniques et les relier aux mesures biologiques du patient. Plusieurs groupes recherchent activement de nouveaux marqueurs biologiques pour préciser ce diagnostic. C’est dans cette optique que la cytométrie en flux a été utilisée et optimisée pour comparer l’expression de nouveaux biomarqueurs sur les cellules du sang des patients infectés ou des sujets sains. La caractérisation des mécanismes d’expression des marqueurs montre que l’expression du CD64 sur les neutrophiles est amplifiée chez les patients infectés par une bactérie via l’interféron γ, alors que l’expression du CD169 sur les monocytes est amplifiée chez les patients infectés par un virus via la famille des interférons de type I (α, β, ω). De plus, l’expression de l’HLA-DR sur les monocytes semble aider à l’identification étiologique de l’infection. Les travaux suggèrent que le dosage de ces trois biomarqueurs par la technique de cytométrie en flux optimisée pourrait être un candidat intéressant dans les études sur le diagnostic des infections bactériennes et virales
Infectious diseases are pathologies whose etiological diagnosis is often complex. The clinician must base his diagnosis on his clinical observations and link them to the patient's biological measurements. Several groups are actively seeking new biomarkers to clarify this diagnosis. It is for this purpose that flow cytometry has been used and optimized to compare the expression of new biomarkers on blood cells of infected patients or healthy subjects. Characterization of the expression mechanisms of the markers shows that the expression of CD64 on neutrophils is amplified in patients infected by a bacterium via interferon γ, whereas the expression of CD169 on monocytes is amplified in patients infected with a virus via the type I interferon family (α, β, ω). In addition, the expression of HLA-DR on monocytes seems to help the etiological identification of the infection. The work suggests that the assay of these three biomarkers combined into an optimized flow cytometry technique could be an interesting candidate in studies on the diagnosis of bacterial and viral infections

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Ben, Aissa Soler Alejandra. "Rapid diagnostic test for the detection of communicable diseases." Doctoral thesis, TDX (Tesis Doctorals en Xarxa), 2020. http://hdl.handle.net/10803/670392.

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Abstract:

La prevenció i el control de les malalties transmissibles depenen, en gran mesura, de la detecció ràpida i eficaç. Els mètodes convencionals per a la detecció d'un patogen, com ara el cultiu microbiològic, generalment requereixen molt de temps, són laboriosos, necessiten personal qualificat i no són aptes com a eines de diagnòstic en el punt d'atenció. El desenvolupament de mètodes de diagnòstic ràpid en el marc dels criteris ASSURED, de l'anglès (A) Affordable, (SS) Sensitive i Didàctiques, (O) User-friendly, (R) Rapid and Robust, (I) Equipment free, and (d) Deliverable to those who need it, Affordable, descrits per l'Organització Mundial de la Salut (OMS), es troben en l'actualitat sota intens estudi. Per tant, la present tesi aborda el disseny i desenvolupament d'estratègies, mètodes i materials per millorar les prestacions analítiques i simplificar el procediment en proves de diagnòstic ràpid, incloses noves estratègies de preconcentració en fase sòlida, mètodes d'amplificació i materials avançats, així com la seva integració en diferents plataformes (principalment biosensors basats en detecció electroquímica i proves en paper amb lectura òptica). En tots els casos, les aplicacions seleccionades es centren en malalties transmissibles, inclosos els patògens transmesos pels aliments i els micobacteris. Amb aquesta finalitat, es comparen dues plataformes basades en paper en diferents configuracions (flux lateral i vertical) en termes de rendiment analític per a la detecció de Mycobacterium. Per aconseguir una millora addicional en el límit de detecció, s'estudia la preconcentració prèvia dels bacteris per separació immunomagnètica. En segon lloc, s'avaluen i es comparen en termes del seu rendiment analític la detecció simultània de Salmonella i E. coli mitjançant flux lateral d'àcid nucleic amb lectura visual i genosensors electroquímics. Si bé aquests mètodes requereixen PCR de doble etiquetatge per a l'amplificació, es poden adaptar fàcilment a termocicladors portàtils que funcionen amb bateries per poder ser realitzats en entorns amb recursos limitats per satisfer les demandes de diagnòstic ASSURED. A més, també es presenta en aquesta tesi la síntesi de polímers magnètics impresos molecularment, per tal de reemplaçar les partícules magnètiques biològicament modificades, i prenent com a model la detecció de biotina i de molècules biotinilades. A més, es realitza la caracterització del material mitjançant diferents tècniques analítiques i es compara, en tots els casos, amb el polímer no imprès. Aquest material biomimètic mostra un gran potencial per a la preconcentració i detecció d'una àmplia gamma d'analits. Malgrat tot els progressos, les tècniques d'amplificació d'àcid nucleic segueixen essent necessàries per assolir els límits de detecció requerits en algunes malalties transmissibles. En aquest sentit, les tècniques d'amplificació isotèrmiques són bons candidats per dur a terme proves de diagnòstic en entorns on la PCR pot ser una barrera. En concret, es descriu en aquest treball la detecció d' E.coli mitjançant un genosensor electroquímic basat en l'amplificació isotèrmica. En aquest cas, s'optimitza la lectura electroquímica per voltamperometria d'ona quadrada en elèctrodes d'un sol ús comparant dues estratègies de marcatge del producte amplificat. És important ressaltar que totes aquestes estratègies apunten a ser utilitzades com a eines per millorar les proves de diagnòstic ràpid en entorns de baixos recursos, per interrompre la cadena d'infecció de malalties transmissibles i permetre, per tant, un tractament precoç.
La prevención y el control de las enfermedades transmisibles dependen, en gran medida, de la detección rápida y eficaz. Los métodos convencionales para la detección de un patógeno, como el cultivo microbiológico, generalmente requieren mucho tiempo, son laboriosos, necesitan personal cualificado y no son aptos como herramientas de diagnóstico en el punto de atención. El desarrollo de métodos de diagnóstico rápido en el marco de los criterios ASSURED, del inglés (A) Affordable, (SS) Sensitive and Specific, (U) User-friendly, (R) Rapid and Robust, (E) Equipment free, and (D) Deliverable to those who need it, Affordable, descritos por la Organización Mundial de la Salud (OMS), se encuentran en la actualidad bajo intenso estudio. Por lo tanto, la presente tesis aborda el diseño y desarrollo de estrategias, métodos y materiales para mejorar las prestaciones analíticas y simplificar el procedimiento en pruebas de diagnóstico rápido, incluidas nuevas estrategias de preconcentración en fase sólida, métodos de amplificación y materiales avanzados, así como su integración en diferentes plataformas (principalmente biosensores basados en detección electroquímica y pruebas en papel con lectura óptica). En todos los casos, las aplicaciones seleccionadas se centran en enfermedades transmisibles, incluidos los patógenos transmitidas por los alimentos y las micobacterias. Con este fin, se comparan dos plataformas basadas en papel en diferentes configuraciones (flujo lateral y vertical) en términos del rendimiento analítico para la detección de Mycobacterium. Para lograr una mejora adicional en el límite de detección, se estudia la preconcentración previa de las bacterias por separación inmunomagnética. En segundo lugar, se evalúan y se comparan en términos de su rendimiento analítico la detección simultánea de Salmonella y E. coli mediante flujo lateral de ácido nucleico con lectura visual y genosensores electroquímicos. Si bien estos métodos requieren PCR de doble etiquetado para la amplificación, se pueden adaptar fácilmente a termocicladores portátiles que funcionan con baterías para poder ser realizados en entornos con recursos limitados para satisfacer las demandas de diagnóstico ASSURED. Además, también se presenta en esta disertación la síntesis de polímeros magnéticos impresos molecularmente, con el objeto de reemplazar las partículas magnéticas biológicamente modificadas, y tomando como modelo la detección de biotina y moléculas biotiniladas. Además, se realiza la caracterización del material mediante diferentes técnicas analíticas y se compara, en todos los casos, con el polímero no impreso. Este material biomimético muestra un gran potencial para la preconcentración y detección de una amplia gama de analitos. A pesar de todo este progreso, las técnicas de amplificación de ácido nucleico siguen siendo necesarias para alcanzar los límites de detección requeridos en algunas enfermedades transmisibles. Las técnicas de amplificación isotérmica son buenos candidatos para llevar pruebas de diagnóstico en entornos donde la PCR puede ser una barrera. En concreto, se describe en esta disertación la detección de E. coli mediante un genosensor electroquímico basada en la amplificación isotérmica. En este caso, se optimiza la lectura electroquímica por voltamperometría de onda cuadrada en electrodos desechables comparando dos estrategias de marcaje del producto amplificado. Es importante resaltar que todas estas estrategias apuntan a ser utilizadas como herramientas para mejorar las pruebas de diagnóstico rápido en entornos de bajos recursos, para interrumpir la cadena de infección de enfermedades transmisibles y permitir, por tanto, un tratamiento precoz.
The prevention and control of communicable disease rely, to a large extent, on effective and early detection approaches. Conventional methods for the detection of a pathogen, such as microbiological culture, are usually time-consuming, laborious, need skilled personnel and are non-amenable to point-of-care diagnostic tools. The development of rapid diagnostic methods in the framework of the ASSURED criteria as (A) Affordable, (SS) Sensitive and Specific, (U) User-friendly, (R) Rapid and Robust, (E) Equipment free, and (D) Deliverable to those who need it, outlined by the World Health Organization (WHO), are under intensive study. Therefore, the present dissertation addresses the design and development of strategies, methods and materials to improve the analytical performance and to simplify the analytical procedure in rapid diagnostic tests, including novel solid-phase preconcentration strategies, amplification methods and advanced materials, as well as their integration in different platforms (mainly biosensors based on electrochemical detection and paper-based strips for optical readout). In all instances, the applications selected are focused on communicable diseases, including foodborne pathogens and mycobacteria. Therefore, two paper-based platforms in different configurations (nucleic acid lateral and vertical flow) are compared in terms of the analytical performance for the detection of Mycobacterium. In order to achieve a further improvement in the limit of detection, the preconcentration of the bacteria is performed by immunomagnetic separation. Secondly, the simultaneous detection of Salmonella and E. coli by nucleic acid lateral flow with visual readout and electrochemical genosensing are evaluated and compared in terms of their analytical performance. Although these methods required double-tagging PCR for amplification, portable, battery-powered thermocyclers can easily be adapted for resource-constrained settings to meet the demands for ASSURED diagnosis. Furthermore, the synthesis of Magnetic Molecularly Imprinted Polymers, in order to replace biological-modified magnetic particles is also presented in this dissertation, taking as a model the detection of biotin and biotinylated molecules with outstanding performance. Moreover, the characterization of the material is performed by different analytical techniques and compared, in all instances, with the non-imprinted polymer. This biomimetic material shows a great potential for the preconcentration and detection of a huge range of analytes. Despite all these progress, nucleic acid amplification techniques are still necessary to reach the challenging limits of detection required in some communicable disease. Isothermal amplification techniques are good candidates to bring sensitive diagnostic tests in places where the PCR can be a barrier. In detail, the electrochemical genosensing of E. coli based on isothermal amplification is also described in this dissertation. In this approach, the electrochemical readout by square-wave voltammetry on disposable electrodes is optimized comparing two different labelling approaches. It is important to highlight that all these strategies aim to be used as tools for the improvement of rapid diagnostic test in low resource settings, to interrupt the chain of infection of communicable diseases and enabling the rapid treatment.

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Asmar, Shady. "Diagnostic rapide de la tuberculose par culture." Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM5024.

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Abstract:

L'isolement de Mycobacterium tuberculosis par culture est la méthode de référence pour le diagnostic de la tuberculose. Le but de notre travail était d'améliorer et de faciliter le diagnostic par culture de la tuberculose. Dans un premier temps, nous avons produit une revue bibliographique en comparant les différentes techniques ou protocoles utilisés pour le diagnostic de la tuberculose. Ce travail nous a permis d'actualiser notre protocole de diagnostic, avec la mise en place d’un "kit-tuberculose" contenant des containers imprégnés de chlorhexidine pour la récupération et la décontamination directe d’échantillons cliniques non- invasifs, suivi par la culture sur un milieu solide à base d'oeuf, et détection des colonies par microscope inversé ou par un système d'imagerie en temps réel. Nous avons mis en place une méthode de décontamination par 0,7%-chlorhexidine et avons montré que cette méthode était plus efficace que la méthode de référence NALC-NaOH. Ensuite, nous avons développé un milieu de culture à base de sérum animal, le MOD9 dont nous avons montré par une étude comparative qu'il était supérieur au milieu solide LJ de référence. Une deuxième étude comparant un protocole de décontamination par la chlorhexidine et culture sur milieu MOD9 au protocole standard, NALC-NaOH/Bactec960 a montré une supériorité par rapport au protocole standard. Enfin, la mise en place d'un système de détection des micro-colonies de M. tuberculosis sur MOD9 par imagerie en temps réel Advencis-Biosystem a permis de réduire le temps de détection de M. tuberculosis à 3,2 jours avec le protocole chlorhexidine/MOD9/Advencis, avec un record mondial de détection en 25h
Isolation of Mycobacterium tuberculosis by culture is the gold standard for the diagnosis of tuberculosis. The aim of my thesis work was to simplify and improve the culture diagnosis of tuberculosis. At first we started with a bibliographic study, comparing step by step the different techniques and protocols that have been used for the diagnosis of tuberculosis. This work has allowed us to update our tuberculosis diagnosis protocol, starting with the implementation of a "Tuberculosis-kit" consisting of chlorhexidine containing containers for the recovery and decontamination of non-invasive specimens, followed by culture on an egg-based medium, a micro- colonies detection using an inverted microscope or an automated real-time imaging incubator system and finally an identification using mass spectrometry. We established a new chlorhexidine- based decontamination method that we showed to be more efficient for the recovery and isolation of M. tuberculosis than the standard NALC-NaOH method. Than we developed a new serum-based culture medium, the MOD9 that we showed in a comparative study to be superior to the reference LJ medium for the recovery of M. tuberculosis. In a second study we proved that our chlorhexidine/MOD9 protocol was superior to the standard NALC-NaOH/Bactec 960 MGIT protocol for the isolation of M. tuberculosis. And finally the implementation of a real time imaging system for the detection of M. tuberculosis micro-colonies on MOD9 permits us to dramatically reduce the detection time from 15 days with the standard NALC-NaOH/Bactec 960 MGIT protocol to 3.2 days with our 0.7%-chlorhexidine/MOD9/Advencis-Biosystem protocol with a world record detection time of 25h

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Neumark, Thomas. "Treatment of Respiratory Tract Infections in Primary Care with special emphasis on Acute Otitis Media." Doctoral thesis, Linköpings universitet, Allmänmedicin, 2010. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:liu:diva-54832.

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Abstract:

Background and aims: Most respiratory tract infections (RTI) are self-limiting. Despite this, they are associated with high antibiotic prescription rates in general practice in Sweden. The aim of this thesis was to evaluate the management of respiratory tract infections (RTIs) with particular emphasis on acute otitis media (AOM). Methods: Paper I: A prospective, open, randomized study of 179 children presenting with AOM and performed in primary care. Paper II & III: Study of 6 years data from primary care in Kalmar County on visits for RTI, retrieved from electronic patient records. Paper IV: Observational, clinical study of 71 children presenting with AOM complicated by perforation, without initial use of antibiotics. Results: Children with AOM who received PcV had some less pain, used fewer analgesics and consulted less, but the PcV treatment did not affect the recovery time or complication rate (I). Between 1999 and 2005, 240 445 visits for RTI were analyzed (II & III). Antibiotics were prescribed in 45% of visits, mostly PcV (60%) and doxycycline (18%). Visiting rates for AOM and tonsillitis declined by >10%/year, but prescription rates of antibiotics remained unchanged. For sore throat, 65% received antibiotics. Patients tested but without presence of S.pyogenes received antibiotics in 40% of cases. CRP was analyzed in 36% of consultations for RTI. At CRP<50mg/l antibiotics, mostly doxycycline, were prescribed in 54% of visits for bronchitis. Roughly 50% of patients not tested received antibiotics over the years.Twelve of 71 children with AOM and spontaneous perforation completing the trial received antibiotics during the first nine days due to lack of improvement, one child after 16 days due to recurrent AOM and six had new incidents of AOM after 30 days (IV). Antibiotics were used more frequently when the eardrum appeared pulsating and secretion was purulent and abundant. All patients with presence of S.pyogenes received antibiotics. Results: Children with AOM who received PcV had some less pain, used fewer analgesics and consulted less, but the PcV treatment did not affect the recovery time or complication rate (I). Between 1999 and 2005, 240 445 visits for RTI were analyzed (II & III). Antibiotics were prescribed in 45% of visits, mostly PcV (60%) and doxycycline (18%). Visiting rates for AOM and tonsillitis declined by >10%/year, but prescription rates of antibiotics remained unchanged. For sore throat, 65% received antibiotics. Patients tested but without presence of S.pyogenes received antibiotics in 40% of cases. CRP was analyzed in 36% of consultations for RTI. At CRP<50mg/l antibiotics, mostly doxycycline, were prescribed in 54% of visits for bronchitis. Roughly 50% of patients not tested received antibiotics over the years.Twelve of 71 children with AOM and spontaneous perforation completing the trial received antibiotics during the first nine days due to lack of improvement, one child after 16 days due to recurrent AOM and six had new incidents of AOM after 30 days (IV). Antibiotics were used more frequently when the eardrum appeared pulsating and secretion was purulent and abundant. All patients with presence of S.pyogenes received antibiotics.

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Lovergne, Lila. "Diagnostic pré-symptomatique rapide du sepsis par spectroscopie vibrationnelle." Thesis, Reims, 2018. http://www.theses.fr/2018REIMS026.

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Abstract:

Le sepsis est une dérégulation de la réponse de l’hôte à une infection, associé à un dysfonctionnement des organes engageant le pronostic vital du patient. Plus de 30 millions de cas et 5 millions de décès sont estimés par an dans le monde. Le diagnostic du sepsis est basé sur des signes cliniques non spécifiques et la longue procédure d’identification des pathogènes responsables de l’infection. L’objectif de cette étude est de développer et d’évaluer le potentiel de la spectroscopie vibrationnelle appliquée au sérum pour améliorer le diagnostic du sepsis. Les défis inhérents à la nature de l’échantillon et à la technique de même que certains paramètres pré-analytiques ont été évalués pour assurer la qualité des données. Les variations de contenu en eau des échantillons après séchage pouvant affecter la discrimination des données, ont été corrigées en testant différentes méthodes. Enfin, des sérums de patients septicémiques (n=380) collectés avant chirurgie et jusqu’à 3 jours avant et le jour du diagnostic ont été analysés. Les échantillons du groupe contrôle (n=353) collectés suivant la même cinétique, provenant de patients ayant un profil similaire en termes d’âge, de sexe, de procédure chirurgicale subie mais n’ayant pas développé de sepsis et des échantillons (n=180) de patients atteints d’un syndrome de réponse inflammatoire systémique collectés avant chirurgie et le jour du diagnostic ont également été analysés. Les données acquises ont été exploitées par méthodes chimiométriques pour discriminer des zones spectrales reflétant des différences de composition moléculaire avec des sensibilités et spécificités supérieures à 70% malgré l’influence de l’eau résiduelle
Sepsis is a dysregulated host response to an infection that causes life-threatening organ dysfunction. Each year, over 30 million cases and 5 million deaths are estimated worldwide. Diagnosis of sepsis is based on non-specific clinical signs and time consuming positive identification of the causative pathogen. The objective of this study is to develop and evaluate the potential of vibrational spectroscopy applied to human serum to improve diagnosis of sepsis. Challenges of serum spectroscopy inherent to the sample nature and preparation as well as to the technique have been assessed to determine the most suitable methodological approach. Then, some aspects of the pre-analytical phase have been addressed in order to standardise protocols in sample handling and preparation for spectral acquisitions to ensure quality and reproducibility of spectral data collected. Different methods have been tested to correct water content variations in dried serum, which can impact on data discrimination. Finally, based upon the developed methodology, patient serum samples (n=380) collected before surgery, up to 3 days before sepsis diagnosis, and on the day of sepsis diagnosis have been analysed. Control serum samples (n=353) from age/ sex/ procedure-matched patients who did not go on to develop sepsis have been also analysed over similar timeframes post-surgery as well as samples (n=180) from patients with systemic inflammatory response syndrome. Spectral data acquired have been interrogated by chemometric methods to identify spectral zones reflecting differences in molecular composition allowing discrimination with over 70% of sensitivities and specificities despite water interferences

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Chan, Ealine Y. L. "Diagnostic accuracy of tests for asthma." Thesis, Queen Mary, University of London, 2010. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.511810.

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Olivier, Brigitte. "Herpès et grossesse : critique des nouvelles méthodes de diagnostic rapide." Caen, 1991. http://www.theses.fr/1991CAEN3053.

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Allaouchiche, Bernard. "Méthodes de diagnostic rapide des pneumopathies acquises sous ventilation mécanique." Lyon 1, 2000. http://www.theses.fr/2000LYO1T067.

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Guimarães, João Pedro Tôrres. "Desenvolvimento de teste rápido para diagnóstico de Hantavirose humana." Universidade Federal de Goiás, 2017. http://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tede/7200.

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Abstract:

Submitted by JÚLIO HEBER SILVA (julioheber@yahoo.com.br) on 2017-04-19T19:12:43Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - João Pedro Tôrres Guimarães - 2017.pdf: 4247262 bytes, checksum: 8d423b0ec9df0ffdc2bb269e4572c28a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)
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Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq
Human Hantavirosis is a serious lung disease caused by Hantavírus, pathogen that is related mainly with wild rodents, insectivorous animals and small mammals (shrews, moles and bats). In humans, the disease is called Hantavírus Cardiopulmonary Syndrome (HCPS), which has high mortality rates (~ 50%). In Brazil, 1,871 cases of HCPS have been confirmed, with 789 deaths between the years 1993 to 2016. The symptoms in humans are not very characteristic in the initial stage, and very similar to diseases such as Dengue and Yellow Fever, making it difficult to diagnose, with a need of fast and accurate diagnostic methods for Hantaviruses. To assist in the diagnosis of Hantavírus, we aim to develop a quick and simple test based on immunochromatography. This paper presents results obtained with 3 prototypes of tests compoused by a nitrocellulose membrane (NC) impregnated in the form of a line with the recombinant nucleocapsid protein (rN) Hantavírus-specific, as the capture agent and another parallel line impregnated with protein A, as reaction control. In the NC edges we have a sample zone composed of cellulose fiber and a glass microfiber tape containing the anti-IgM antibodies and / or anti-human IgG conjugated to colloidal gold and at the other end an absorption zone composed of cellulose fiber. We evaluated 163 samples, among them, positive serum for Hantavírus, Dengue, Mayaro, Oropouche, Yellow fever, Malaria (P. falciparum) Malaria (P. vivax), Parvovirus B19, Rubella, HIV, Chikungunya and samples from health donors. After several evaluations, the prototype for the detection of IgM and IgG simultaneously, using the C concentration of protein rN, cutoff point 1 and reading time of the results of 10 minutes was chosen, presenting 100% sensitivity, 99, 3% specificity, 90.9% VPP and 100% VPN. It is expected that the product of this study helps in the diagnosis of severe cases of Hantavírus improving the prognosis of patients and reducing the high rates of HCPS fatality, moreover, helping to promote health by conducting epidemiological studies thereby promoting the construction of strategies to prevent Hantavírus infection.
A Hantavirose humana é uma doença pulmonar grave causada pelo Hantavírus, patógeno que está relacionado, principalmente, com roedores selvagens, animais insetívoros e pequenos mamíferos (musaranhos, toupeiras e morcegos). Em humanos, a doença é denominada Síndrome Cardiopulmonar pelo Hantavírus (HCPS), a qual possui altos índices de mortalidade (~50%). No Brasil, foram confirmados 1.871 casos de HCPS, com 789 óbitos entre os anos de 1993 a 2016. Os sintomas em humanos são pouco característicos na fase inicial, semelhantes aos de doenças como a Dengue e Febre Amarela, o que dificulta o diagnóstico. Portanto, existe a necessidade de métodos de diagnóstico rápidos e precisos para Hantavirose. Para auxiliar no diagnóstico da Hantavirose, objetivamos desenvolver um teste rápido e simples, baseado em imunocromatografia. Neste trabalho são apresentados resultados obtidos com 3 protótipos de testes compostos por uma membrana de nitrocelulose (NC) com a proteína do nucleocapsídeo recombinante (rN) específica de Hantavírus impregnada na forma de uma linha, atuando como agente de captura dos anticorpos na amostra, e outra linha paralela posterior à do antígeno com proteína A como controle da reação. Numa das extremidades da NC temos a zona receptora de amostra composta por fibra de celulose e uma fita de microfibra de vidro contendo os anticorpos anti-IgM e/ou anti-IgG humanas conjugados com ouro coloidal e, na outra extremidade por uma zona de absorção composta por fibra de celulose. Foram avaliadas 163 amostras, dentre elas, soros positivos para Hantavírus, Dengue, Mayaro, Oropouche, Febre Amarela, Malária (P. falciparum), Malária (P. vivax), Parvovírus B19, Rubéola, HIV, Chikungunya e soros de doadores de sangue sadios. Após diversas avaliações, o protótipo para detecção de IgM e IgG simultaneamente, com concentração C de proteína rN na linha teste, ponto de corte 1 e tempo de leitura dos resultados de 10 minutos foi escolhido, apresentando 100% de sensibilidade, 99,3% de especificidade, 90,9% de VPP e 100% de VPN. Espera-se que o produto deste estudo auxilie no diagnóstico dos casos graves de Hantavirose melhorando o prognóstico dos pacientes e diminuindo os altos índices de fatalidade de HCPS, além disso, auxiliando na promoção à saúde, através da realização de estudos epidemiológicos promovendo assim a construção de estratégias de prevenção da infecção pelo Hantavírus.

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Emery, Isabelle. "Méthode immunoenzymatique rapide pour la détection d'antigènes solubles bactériens." Lyon 1, 1988. http://www.theses.fr/1988LYO1T140.

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Gallegos, Karen M. "Characterization of Pathogens for Potential Diagnostic Tests." University of Cincinnati / OhioLINK, 2013. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=ucin1367942509.

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Desailly-Chanson, Marie-Ange. "Evaluation d'une méthode rapide d'identification des anaérobies : an-ident." Bordeaux 2, 1989. http://www.theses.fr/1989BOR23063.

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Nerson, Daniel Alain Jacques. "Méthode ELISA "sandwich" pour la détection rapide d'antigènes solubles bactériens." Lyon 1, 1985. http://www.theses.fr/1985LYO1W032.

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Fang, Raymond Rui. "Simultaneous and sequential ROC analyses for diagnostic tests." Thesis, University of British Columbia, 1991. http://hdl.handle.net/2429/29835.

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Abstract:

Relative or receiver operating characteristic (ROC) analysis is a simple procedure which can be used to measure the accuracy of diagnostic tests. Diagnostic tests are often used to classify an individual as belonging to one of two populations. Based on statistical decision theory, ROC was first developed to evaluate the performance of electronic signal detection, and has been used to evaluate the accuracy of diagnostic tests. The ROC theory for evaluating one single test, or comparing individual tests is reasonably well understood. The question arises in cases where multiple tests are available as to whether some combination of the tests are better than any single one. In this paper, two ROC procedures of evaluating the aggregate performance of multiple diagnostic tests were presented, one is for evaluating simultaneous multiple diagnostic tests, and the other is for sequential diagnostic tests. These procedures are illustrated by using a breast cancer data set.
Science, Faculty of
Statistics, Department of
Graduate

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Mabruk, Ben Othmen. "Diagnostic value of Ruffier and breath-holding tests." Thesis, БДМУ, 2020. http://dspace.bsmu.edu.ua:8080/xmlui/handle/123456789/17655.

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To, Duc Khanh. "Statistical evaluation of diagnostic tests under verification bias." Doctoral thesis, Università degli studi di Padova, 2017. http://hdl.handle.net/11577/3425717.

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Abstract:

The use of diagnostic tests to discriminate between disease classes is becoming more and more popular in medicine, which leads to the urgent need for assessing accuracy of diagnostic tests before their implementation. To do that, a common tool is receiver operating characteristic (ROC) analysis. More precisely, the ROC curve and the area under the ROC curve (AUC) are commonly employed when two disease classes (typically, non-diseased and diseased) are considered, whereas the ROC surface and the volume under the ROC surface (VUS) are frequently used when the disease status has three categories (e.g., non-diseased, intermediate and diseased). In estimating such parameters, we assume that the true disease status of each patient can be determined by means of a gold standard test. In practice, unfortunately, the true disease status could be unavailable for all study subjects, due to the expensiveness or invasiveness of the gold standard test. Thus, often only a subset of patients undergoes disease verification. Statistical evaluations of diagnostic accuracy of a test based only on data from subjects with verified disease status are typically biased. This bias is known as verification bias. Various methods have been developed to adjust for verification bias in estimation of the ROC curve and its area for tests with binary or ordinal or continuous results. For the ROC surface and its volume, verification bias correction methods exist for tests with ordinal responses, but not for continuous tests. In this thesis, we propose several bias--corrected methods for estimating the ROC surface and the VUS of continuous diagnostic tests in presence of verification bias. In particular, these methods are constructed based on imputation and re--weighting techniques, and work well when the missingness mechanism of the true disease status is missing at random or missing not at random. The asymptotic behaviors of the estimators are also studied. To illustrate how to use the methods in real applications, two datasets dealing with epithelial ovarian cancer are considered. To support researchers in carrying out the ROC surface analysis in presence of verification bias, an R package and the corresponding Shiny web application have been created.
L’uso corrente di test diagnostici per discriminare tra diverse malattie o classi di malattia pone l’accento sulla necessità di una valutazione attenta e fondata della loro accuratezza. Gli strumenti più comunemente impiegati a tal scopo sono basati sulla cosidetta receiver operating characteristic (ROC) analysis. Si utilizzano, in particolare, la curva ROC e l’area sotto la curva ROC (AUC) quando la diagnosi prevede due possibili esiti (tipicamente, non malato e malato), e la superficie ROC e il volume sotteso (VUS) quando la diagnosi si articola su tre classi (ad esempio, sano, stadio iniziale di malattia, stadio avanzato di malattia). Tali strumenti assumono che la vera diagnosi possa essere stabilita per ciascun paziente con certezza utilizzando un test gold standard. Nella pratica, purtroppo, la vera diagnosi potrebbe non essere acquisibile tramite un gold standard per tutti i soggetti coinvolti in uno studio, a causa per esempio del costo o della invasività del gold standard. Cosı̀, spesso, la verifica della diagnosi tramite gold standard viene condotta solo per un sottogruppo di pazienti. La valutazione statistica dell’accuratezza diagnostica di un test costruita solo utilizzando i dati dei soggetti con stato di malattia verificato è in genere distorta. Tale effetto è noto come distorsione di verifica. Esistono vari metodi per correggere tale distorsione nella stima della curva ROC e della area sottesa, sia per test diagnostici binari, che ordinali, che continui. Per quanto riguarda la superficie ROC ed il volume sotteso, esistono metodi di correzione della distorsione solo per test diagnostici ordinali. In questa tesi, si propongono diversi metodi per la correzione della distorsione di verfica per la stima della superficie ROC e del VUS per test diagnostici continui. Tali metodi sono costruiti su strategie di imputazione e riponderazione, e sono sviluppati per meccanismi di mancanza del vero stato di malattia sia casuali che non ignorabili. Viene fornito il comportamento asintotico degli stimatori. A titolo illustrativo, l’applicazione dei metodi è mostrata su due insiemi di dati relativi al cancro ovarico epiteliale. Per garantire applicabilità dei metodi, viene fornito un pacchetto R e l’applicazione web Shiny corrispondente.

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Dawson, Emily Mae. "Development and evaluation of a rapid diagnostic test (RDT) for detection of anti-schistosome antibodies." Thesis, University of Nottingham, 2014. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.659220.

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Abstract:

Diagnosis of schistosomiasis is still widely reliant on traditional parasitological methods, i.e. the Kato-Katz faecal smear for Schistosoma mansoni and urine filtration for S. haematobium. Since these methods are insensitive, relatively laborious and expensive to perform, much effort has been expended into developing alternative ways of diagnosing the disease. Antibody-detection is the best method for diagnosis in areas of low endemicity. It has the merit of high sensitivity and is likely to be useful for schistosomiasis control as programmes are expanded and accelerated towards meeting the WHO's 2020 goals for neglected tropical diseases (NTDs). A rapid diagnostic test (RDT) for use at the point-of-care (POC) is much more likely to be useful in low-middle income countries than the current assays that are available for antibody-detection. Work has therefore begun towards developing such a test that incorporates S. mansoni cercarial transformation fluid (SmCTF) for the detection of anti -schistosome antibodies in human blood. Here it is demonstrated that SmCTF performs equivalently to S. mansoni soluble egg antigens (SmSEA) in an enzyme-linked immunosorbent assay (ELlSA) format for the detection of anti -So mansoni, anti-So haematobium and anti-So japonicum antibodies.

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Olanié, Florian Amador del Valle Gilles. "Les tests biologiques en parodontologie." [S.l.] : [s.n.], 2008. http://castore.univ-nantes.fr/castore/GetOAIRef?idDoc=50576.

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Boutal, Hervé. "Développement et validation de tests de détection rapide de la résistance aux antibiotiques." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017SACLS499/document.

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Abstract:

Les béta-lactamines sont les antibiotiques préférentiellement utilisés contre les bactéries Gram négatif responsables d’infections. La dissémination mondiale d’organismes produisant des béta-lactamases à spectre élargi (BLSE) ou des carbapénémases est une préoccupation générale ainsi qu’une menace économique.Parmi ces organismes, les Entérobactéries jouent un rôle important dans les infections nosocomiales (ainsi que les infections communautaires pour E. coli). L’émergence et la dissémination d’Entérobactéries productrices de BLSE (E-BLSE), exprimant principalement des béta-lactamases de la famille des CTX-Ms, et dans une mesure plus inquiétante de carbapénémases (EPC), principalement les enzymes NDM, KPC, IMP, VIM et OXA-48, sont sans le moindre doute un problème de santé publique majeur.Les CTX-Ms hydrolysent les céphalosporines à large spectre et sont les BLSEs principalement rencontrées chez les Entérobactéries lors d’infections urinaires communautaires, mais aussi les bactériémies à E. coli qui peuvent en découler. Ces infections sévères sont traitées avec des carbapénèmes, considérés comme les antibiotiques de dernier recours. Malheureusement, leur utilisation croissante à soumis les entérobactéries à une pression de sélection conduisant à de plus en plus de souches montrant une sensibilité réduite aux carbapénèmes pouvant aboutir à un échec thérapeutique.Si l’on considère les possibilités de traitement limitées pour les E-BLSEs, que les EPCs sont souvent résistantes à plusieurs si ce n’est toutes les classes d’antibiotiques, et que pour certaines peu ou pas de traitements antibiotiques sont disponibles, leur rapide détection et identification sont essentielles. Des tests fiables sont nécessaires pour aider les cliniciens à, rapidement mettre en place des mesures de contrôle de ces infections, adapter les traitements antibiotiques et optimiser les stratégies de soins et leur issue favorable.Lors de la détection des E-BLSEs et des EPCs, il est aussi crucial d’identifier la béta-lactamase impliquée pour la mise en place d’une thérapie adaptée. Les méthodes basées sur la spécificité des anticorps sont sans aucun doute parmi les plus appropriées pour atteindre cet objectif.Pour répondre aux besoins actuels, les méthodes de détection des résistances ont antibiotiques doivent être peu coûteuses (coûts réduits des consommables et des équipements) et facile à mettre en place (technicité faible) pour l’utilisateur. C’est pourquoi nous avons décidé de développer des tests immunochromatographiques qui répondent parfaitement à ce cahier des charges. Pour atteindre cet objectif, nous avons produit des anticorps monoclonaux dirigés contre les CTX-Ms, et les familles de carbapénémases NDM, KPC, et OXA-48. Les tests immuno-chromatographiques correspondants ont été développés et validés. Nos tests sont robustes, facilement transférables dans une version commerciale et stables pour 24 mois sans réfrigération. Ils sont conviviaux, performants en termes de spécificité et sensibilité, et peu couteux, de 7€ (pour un mono-test) à moins de 15€ (pour un multiplex). De plus les résultats sont obtenus dans un court délai sans la nécessité d’un équipement particulier pour la lecture. Nous avons validé un mono-test pour la détection des CTX-Ms du groupe 1, et évalué la détection des groupes 1, 2, 8 et 9 directement dans des échantillons cliniques comme les hémocultures ou l’urine. Des mono-tests pour la détection des NDMs, KPCs et des OXA-48 et un multiplex pour la détection simultanée des cinq principales carbapénémases ont également été validés. Pour ce faire, nous avons utilisés 180 souches isolées sur boites, provenant du Centre National de Référence pour la résistance aux carbapénémases chez les Entérobactéries, dont le contenu en béta-lactamase est caractérisé
Beta-lactams are antibiotics preferentially used against gram-negative bacilli infections. The worldwide spread of extended spectrum beta-lactamases (ESBL) or carbapenemase-producing organisms is a global concern and also an economic threat.Within those organisms, Enterobacteriaceae have a major role as causes of nosocomial infections (and, for E. coli, also of community-acquired infections). The emergence and dissemination of ESBL-producing Enterobacteriaceae (ESBL-E), mainly expressing beta-lactamases from the CTX-M family, and in a worrier aspect of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (CPE), mainly NDM, KPC, IMP, VIM and OXA-48 like enzymes, are undoubtedly a matter of great public health concern.CTX-Ms hydrolyze broad-spectrum cephalosporins and are the most encountered BLSE in Enterobacteriaceae, and CTX-Ms producers have been reported as the most prevalent ESBL producers in community-onset urinary tract infections (UTIs). Moreover, CTX-M-producing E.coli are a major cause of bloodstream infections that are often secondary to UTIs. These severe infections are treated with carbapenems, considered as last resort antibiotics. Unfortunately, their increasing use put a selective pressure on Enterobacteriaceae, leading to more and more strains showing decreased susceptibility to carbapenems and potentially leading to therapeutic failure.Considering the limited treatment options for ESBL-E and that CPE are often resistant to several if not all classes of antibiotics, and for which very few (or no) antibiotic options remain available, their rapid detection and identification are essential. Reliable tests are needed to help physicians, to quickly provide appropriate infection control measures, to adapt rapidly antibiotic treatment and optimize care strategies and outcomes.While detecting ESBL-Es or EPCs, it is also crucial to identify the implicated beta-lactamase for accurate therapy implementation. To do so, the antibody-specificity based methods are undoubtedly appropriate. To respond to the current needs, antimicrobial drug resistance detection methods must be cheap (reduced costs of consumables and equipment) and easy to use (reduced technical complexity) for the end user, and LFIAs respond to this requirements. Our objective was to develop such tests, and this led us to produce monoclonal antibodies against CTX-Ms, NDM, KPC, IMP, VIM and OXA-48 carbapenemase families and to develop and validate the corresponding LFIAs. Our tests are robust assays, easily transferable in a commercialized version, stable for more than 24 months without refrigeration, user-friendly (no requirement of trained staff), high performance (sensitive and specific), low cost, from 7€ (monotest) to less than 15€ (multiplex). Moreover, the detection results are obtained in short delay without the need for highly technical equipment for the readout.Here, we validated a LFIA for the detection of CTX-Ms (from group 1) and to a wider extent evaluated the direct detection of CTX-Ms from groups 1, 2, 8 and 9 in clinical samples such as blood culture and urine. Mono-tests to detect NDMs and OXA-48-like, and a multiplex for the simultaneous detection of the five main carbapenemases were also validated. These validations were conducted using 180 well characterized isolates in terms of their -lactamase content from the French National Reference Centre for carbapenem-resistant Enterobacteriaceae

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Debarre, Étienne. "Application du prototypage rapide à l'aide au diagnostic en chirurgie traumatologique et orthopédique." Thesis, Artois, 2011. http://www.theses.fr/2011ARTO0210/document.

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Les technologies d’imagerie médicale permettent de visualiser pathologies et traumatismes. Cependant, même si cette imagerie permet des vues perspectives dynamiques, elle reste du domaine du 3D virtuel puisque sur un écran 2D. Une réplique présente dès lors un avantage certain : elle rend palpable la notion d'échelle et de volume et apparents des détails cachés ou ambigus et ainsi améliore ou facilite le diagnostic et la solution chirurgicale.Le prototypage rapide permet la fabrication d'une réplique à partir d'un fichier CAO issu des données d'imagerie, mais ce procédé n'est pour l'instant appliqué qu'à des cas très spécifiques. Nos travaux montrent qu'il peut l'être avec profit en orthopédie et traumatologie à des cas chirurgicaux certes complexes mais courants, et passer du laboratoire de recherche à l'établissement hospitalier.Une méthodologie est définie visant à passer des données DICOM3 à une réplique en ABS par prototypage rapide par dépôt de fil fondu via une reconstruction 3D numérique à l'aide de logiciels dédiés. Une étude de capabilité, transposable à tout procédé, quantifie la réponse et la fidélité de la machine et les paramètres optimaux. Trois applications (à partir de la tomographie RX) sont présentées à travers trois cas cliniques (ostéotomie, arthroplastie, trochléoplastie).Les exemples montrent que le procédé s'avère pertinent (et économiquement raisonnable) dès qu’il est question de géométrie complexe, de matérialisation du relief et d’appréciation d’un volume osseux. La représentation objective de l’échelle des volumes en constitue le point fort et l'intérêt est indéniable dans nombre de domaines de la chirurgie orthopédique et traumatologique
The medical imaging technologies allow the visualization of diseases and injuries. However, even if dynamic perspective ones, these views remain a virtual 3D visualization because on a 2D screen. Real replicas have therefore a definite advantage: they can make palpable the notion of scale and volume and apparent hidden or ambiguous details and thus enhance or facilitate the diagnosis and the surgical solution.The rapid prototyping allows to achieve a replica from a CAD file issued from imaging data but this process is now only applied to specific cases. Our work shows that it can be applied with profit for complex but usual orthopaedic and trauma surgery cases. It can be so transfered from the research laboratory to the hospital.A methodology is defined to manufacture an ABS replica through rapid prototyping by fused deposition modelling from DICOM3 data and digital 3D reconstructions using dedicated software. The study of the capability, transferable to any process, quantifies the response and the accuracy of the machine and the optimal parameters. Three applications (from CT-scan) are presented through three clinical cases (osteotomy, arthroplasty and trochleoplasty) . The examples show that the method is appropriate (and economically reasonable) when it comes to complex geometry or assessment of bone volume. The objective representation of the volumes is the strength of the method and the interest is undeniable in many areas of orthopaedic surgery and traumatology

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Ghodbane, Ramzi. "Diagnostic rapide de la tuberculose pulmonaire par isolement et culture de Mycobacterium tuberculosis." Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM5057.

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Abstract:

Mycobacterium tuberculosis est la cause d’une des maladies infectieuses les plus fréquentes dans le monde causant la mort de plus de 1,2 millions de personnes chaque année selon l’organisation mondiale de la santé (OMS). Actuellement, la tuberculose à M. tuberculosis émerge chez d’autres espèces comme l’a montré notre revue bibliographique des cas de tuberculose à M. tuberculosis chez les primates non-humains, les éléphants d’Asie, les animaux de ferme, les animaux de compagnie et certains animaux sauvages. Nous avons montré que ces trois espèces survivent dans le sol pendant au moins 12 mois et restent pathogènes dans un modèle souris. Egalement nous avons montré que le sol infecté par M. tuberculosis est une source potentielle de contamination pour les animaux. Nous avons ensuite développé un protocole de culture rapide de M. tuberculosis, incluant un nouveau milieu de culture solide, des conditions optimisées d’incubation, et la détection des microcolonies par autofluorescence. Notre travail de thèse a permis de mettre en place des techniques et protocoles qui révolutionnent la culture et l’isolement de M. tuberculosis en réduisant les délais de culture et des antibiogrammes, un point déterminant pour la lutte contre la tuberculose notamment dans les pays à ressources limitées et les pays à forte émergence de souches de M. tuberculosis de plus en plus résistantes. Ces protocoles sont en cours de transfert pour la routine de laboratoire
Mycobacterium tuberculosis is the cause of one of the most common infectious diseases in the world killing more than 1.2 million people each year according to the World Health Organization (WHO). Currently, M. tuberculosis tuberculosis emerges in other species like non-human primates, Asian elephants, farm animals and some wild animals. We have shown that three species of M. tuberculosis complex survive in the soil for at least 12 months and are pathogenic in a mouse model and M. tuberculosis-infected soil is a potential source of infection for animals. We then developed a protocol for rapid culture of M. tuberculosis, including a new solid culture medium, optimized conditions of incubation, and detection of microcolonies by autofluorescence. Our thesis has helped develop techniques and protocols that are revolutionizing the culture and isolation of M. tuberculosis by reducing delays culture and susceptibility testing, a crucial point for the fight against tuberculosis, especially in countries limited resources and countries with strong emergence of M. tuberculosis strains more resistant. These protocols are being transferred to the routine laboratory

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Dissertations / Theses on the topic 'Tests de diagnostic rapide'

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