Dissertations / Theses: 'Transcription génique'

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Vigneault, François. "Régulation génique par les facteurs de transcription NFI." Thesis, Université Laval, 2008. http://www.theses.ulaval.ca/2008/25325/25325.pdf.

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Roth, Virginie. "Dynamique chromosomique et duplication génique chez Streptomyces ambofaciens." Nancy 1, 2003. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_2003_0228_ROTH.pdf.

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Abstract:

La bactérie Streptomyces ambofaciens peut être considérée comme un modèle d'étude des phénomènes d'évolution des génomes par duplication du matériel génétique. La dynamique du phénomène de duplication peut être abordée grâce à la caractérisation des réarrangements présents chez certains mutants de l'instabilité génétique de S. Ambofaciens. L'analyse des descendances de mutants, porteurs d'une fusion chromosomique, a permis de montrer que cette structure conférait un état " mutateur ", à l'origine d'une grande diversité chromosomique avec des duplications géniques. Une duplication génique, localisée dans les régions terminales du chromosome, a été impliquée dans la formation d'un réarrangement génomique. Ces gènes dupliqués hasR et hasL coderaient des facteurs sigma alternatifs, homologues du facteur sigmaB de réponse générale aux stress chez Bacillus subtilis. La duplication des gènes has chez S. Ambofaciens est un événement récent en terme évolutif, et pourrait résulter d'un réarrangement chromosomique, à l'image des réarrangements de l'instabilité génétique. L'impact de cette duplication sur l'information de l'espèce S. Ambofaciens a été recherché par deux approches. La construction de mutants, visant à associer un phénotype à la mutation de l'une voire des deux copies des gènes has, a permis de montrer que ces facteurs sigma participaient à la réponse générale aux stress. Une analyse transcriptionnelle fine a mis en évidence l'appartenance de ces deux facteurs s à un réseau de régulation complexe, avec des phénomènes d'autorégulation, de régulation croisée, d'inhibition mais aussi avec l'intervention d'autres facteurs sigma, soulignant la redondance de ces facteurs chez les Streptomyces
Gene duplication is a key mechanism for genome evolution and can be very well studied in the bacterium Streptomyces ambofaciens. The dynamics of duplication can be studied thanks to the characterization of the rearrangements in some mutants of the genetic instability of S. Ambofaciens. The progeny analysis of mutants carrying a chromosomal fusion showed that this structure initiate a cycle of genomic and genetic instability with gene duplications. A gene duplication located at the chromosomal ends of the linear chromosome was implied in the formation of a genomic rearrangement. The duplicated hasR and hasL genes encode alternative sigma factors belonging to the B. Subtilis general stress response sigmaB family factors. The duplication of the has genes in S. Ambofaciens is a recent event on a evolutive scale and can result from a genomic rearrangement of genetic instability. Impact of this duplication on the S. Ambofaciens specie information was studied by two approaches. The construction of mutants in the order to associate a phenotype with the mutation of one even two copies of the has genes showed that these sigma factors take part in the general stress response. Quantitative transcriptional analysis in single and double has mutant strains revealed that sigmaBR and sigmaBL direct their own transcription as well as that of the duplicate and that other sigma factors take part to this complex regulation network, underlining the redondancy of the sigma factors in Streptomyces

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Guérin, Valérie. "Caractérisation du rôle de HSM3 en transcription génique chez Saccharomyces cerevisiae." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2012. http://hdl.handle.net/11143/5744.

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Abstract:

La chromatine est une structure composée d'ADN et de protéines, principalement des histones, permettant la compaction du génome à l'intérieur du noyau des cellules eucaryotes. Cette compaction de l'ADN, bien qu'essentielle, représente dans un même temps une barrière à plusieurs processus cellulaires exigeant un accès à l'ADN, dont la transcription génique. L'échange d'histones canoniques par des variants d'histones, tel H2A.Z, est un des moyens utilisés par les cellules pour reconfigurer la chromatine, et ainsi contrôler l'expression des gènes. Connaître les interactions protéiques de H2A.Z est donc une façon de mieux comprendre cette histone, mais également les mécanismes de transcription génique. Dans ce but, nous avons utilisé et optimisé une méthode basée sur une purification par affinité en tandem de protéines complexées à H2A.Z sur la chromatine, chez la levure Saccharomyces cerevisiae . Les partenaires protéiques de H2A.Z isolés de cette façon ont par la suite pu être identifiés à l'aide de la spectrométrie de masse, et c'est ainsi que la protéine Hsm3 a été relevée. La protéine Hsm3 était déjà connue comme étant importante pour la réparation des bases mal appariées, ainsi que comme chaperonne dans l'assemblage de la base de la sous-unité 19S du protéasome, mais aucun rôle en transcription ne lui était jusqu'à présent associé. Nous avons tenté de mieux caractériser cette protéine en construisant une souche de levure n'exprimant plus le gène HSM3 , puis en faisant des essais de croissance avec cette souche sur différents milieux. Ceci nous a permis de constater que Hsm3 est importante pour la croissance des cellules sur un milieu contenant de la caféine. À l'aide d'autres immunoprécipitations, nous avons par la suite pu confirmer l'interaction de cette protéine avec les histones H2A et H2A.Z sur la chromatine. Des essais d'expression ont finalement démontré la nécessité de Hsm3 pour l'induction de l'expression des gènes INO1, SUC2, GAL1 et GAL10 , mais seulement sous certaines conditions de croissance. Puisque cette protéine était déjà connue en tant que chaperonne du protéasome, nous avons vérifié si les phénotypes associés à la suppression de Hsm3 provenaient seulement d'un retard dans l'assemblage de ce complexe. Pour ce faire, nous avons comparé les effets de l'inactivation du protéasome à une suppression de Hsm3 sur l'induction de l'expression des gènes, mais nos résultats ne nous ont pas permis de confirmer ni d'infirmer cette hypothèse. En conclusion, la protéine Hsm3 interagit directement avec la chromatine, et est impliquée dans certains mécanismes de transcription génique, cette implication étant fortement dépendante des conditions de croissance utilisées.

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Martin, Grégoire Marie. "Hypoxie, stress oxydatif et expression génique chez le chondrocyte articulaire." Caen, 2003. http://www.theses.fr/2003CAEN2016.

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Abstract:

Le cartilage articulaire est composé d'un seul type cellulaire, le chondrocyte et d'une abondante matrice extra cellulaire. Les chondrocytes vivent dans un environnement hypoxique. Nous avons étudié les effets de l'IL-1, du stress oxydatif et de l'hypoxie dans la régulation de l'expression génique chez le chondrocyte dans le cadre de l'arthrose. L'IL-1 et le stress oxydatif induit par H2O2 diminuent l'expression du collagène de type II et de l'agrécane et augmentent l'activation des métalloprotéases-1 et -3. Les facteurs de transcription NF- B " nuclear factor- B " et AP-1 " activating protein-1 " sont activés par l'IL-1. H2O2 active AP-1 mais n'a pas d'effet sur NF- B. L'hypoxie renforce les effets de l'IL-1ß au niveau de l'inhibition des gènes matriciels et de l'activation des facteurs de transcription. NF- B participe à l'inhibition de l'expression basale de gènes matriciels. L'IL-1 active la transcription des protéases matricielles par l'intermédiaire d'AP-1 et de NF- B.

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Demény, Maté Agoston. "Analysis of TAF8, a subunit of TFIID and SMAT (smal TAF complex), reveals novel regulation of the assembly of TAF-containing complexes." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2006. http://www.theses.fr/2006STR13096.

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Cloutier, Alexandre. "Caractérisation des facteurs de transcription impliqués dans l'expression génique de cytokines chez les neutrophiles humains." Thèse, Université de Sherbrooke, 2009. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4273.

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Abstract:

Les neutrophiles représentent une composante fondamentale du système immunitaire. En effet, il est bien connu qu'ils sont essentiels à la défense de l'organisme contre les agressions microbiennes. En plus de leurs fonctions anti-microbiennes classiques, les neutrophiles, via la sécrétion de cytokines (incluant les chimiokines), jouent un rôle prépondérant dans l'initiation et la modulation de la réponse immunitaire. Lors d'une infection ou d'une blessure, les neutrophiles agissent à titre de premier répondant et migrent rapidement au site de l'aggression. La production rapide de cytokines par les neutrophiles permet le recrutement additionnel de neutrophiles au site inflammatoire et celui d'autres populations leucocytaires, tout en modulant les fonctions de ces dernières. La génération de cytokines par les neutrophiles est induite par une vaste gamme de stimuli: agonistes d'origine microbienne, facteurs chimiotactiques, cytokines, chimiokines et facteurs de croissance. Ces signaux inflammatoires induisent l'activation de nombreuses voies de signalisation menant ultimement à l'activation de facteurs transcriptionnels. L'expression des gènes de cytokines inflammatoires doit être finement régulée afin qu'il y ait une production adéquate de ces médiateurs. Elle repose, en grande partie, sur le recrutement de facteurs transcriptionnels capables de se lier à des séquencescibles sur les promoteurs de ces gènes.Les travaux présentés dans cette thèse portent sur l'identification des facteurs de transcription impliqués, ainsi que des sentiers de signalisation en amont, dans l'expression de gènes encodant des cytokines chez le neutrophile humain. Dans le premier chapitre de la section résultats, nous avons montré que l'expression génique des cytokines dépend fortement de l'activation du facteur de transcription NF-[kappa]B. Celui-ci contrôle l'expression inductible de tous les gènes étudiés. De plus, nous avons montré que la génération de ces cytokines chez les neutrophiles dépend fortement de l'activation des voies p38 MAP kinases (aux niveaux transcriptionnel et traductionnel) et MEK/ERK (au niveau traductionnel seulement). Dans le deuxième chapitre, nous avons étudié l'expression et la localisation des différents facteurs de transcription de la famille C/EBP, de même que l'activation de C/EBP[bêta] via sa phosphorylation en Thr 235 chez les neutrophiles humains. Grâce à la surexpression d'un répresseur des C/EBP (A-C/EBP2N3T) chez les cellules PLB-985 granulocytiques, nous avons montré l'importance de la famille de C/EBP dans la production de MIP-1[alpha], de MIP-1[bêta] et d'IL-8 chez les neutrophiles humains.Les facteurs C/EBP ne semblent toutefois pas impliqués dans la production de TNF-[alpha] par ces cellules. La surexpression d'un mutant de C/EBP[bêta] (C/EBP[bêta] T235A) chez ces mêmes cellules nous a par ailleurs permis de déterminer que la phosphorylation de cet acide aminé est essentielle à la production des chimiokines MIP-1[alpha], MIP-1[bêta] et IL-8. Nous démontrons enfin une association constitutive de C/EBP[bêta] et de C/EBP[epsilon] avec le promoteur de l'IL-8 chez les neutrophiles primaires humains. Un des éléments déclencheurs de la transcription de ce gène serait probablement l'induction de la phosphorylation de C/EBP[bêta] sur les promoteurs géniques. Enfin, dans le troisième chapitre de la section résultats, nous explorons le rôle de la MAPK p38 dans la production de cytokines chez les neutrophiles. Nous y identifions quelques-uns de ses substrats impliqués dans la transcription et la traduction de cytokines inflammatoires. Ainsi, nous avons determiné que la MAPK p38 participe à l'activation des facteurs de transcription C/EBP[bêta] et CREB, probablement via l'activation des kinases MSK-1 et RSK. Nous avons également établi l'impact de la phosphorylation de la Ser 133 de CREB sur la production de cytokines chez les neutrophiles humains. Finalement, nous avons documenté l'activation de la kinase MNK1 par la MAPK p38, et son rôle dans la régulation traductionnelle des cytokines. L'ensemble de ces travaux a permis d'identifier des molécules-clés dans la génération de cytokines, plus particulièrement de chimiokines, chez le neutrophile humain. Nos travaux ont donc contribué de manière substantielle à nos connaissances des mécanismes transcriptionnels et traductionnels gouvernant l'expression de gènes précoces chez le neutrophile. Nos résultats permettront en outre l'identification de cibles thérapeutiques potentielles qui pourraient servir à atténuer l'inflammation chronique observée dans de nombreuses pathologies où les neutrophiles prédominent.

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Reyes, Dominguez Yazmid. "Composants de la chromatine et expression génique chez Aspergillus nidulans." Paris 11, 2005. http://www.theses.fr/2005PA112214.

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Abstract:

Cette thèse s'inscrit dans le cadre de l'étude des composants de la chromatine et leur relation avec la régulation de l'expression génique chez le champignon filamenteux Aspergillus nidulans. Le complexe multiprotéique SAGA agit en tant que coactivateur de la transcription de plusieurs gènes chez la levure. Ce complexe comporte parmi ses composants l'histone acétyl transferase Gcn5 et une protéine qui module son activité, Ada2p. Nous avons étudié chez A. Nidulans, l'effet de la délétion des gènes codant pour des homologues de Gcn5p et Ada2p sur la régulation génique et la structure chromatinienne de trois promoteurs qui répondent à la répression catabolique. Des résultats inattendus suggèrent que le complexe SAGA pourrait agir comme répresseur de l'expression génique chez A. Nidulans. Dans une deuxième partie de cette thèse, on a étudié le rôle de la protéine HP1 lors de la répression génique et du "silencing " de gènes. HP1 est une protéine structurale et fonctionnelle de l'hétérochromatine. Nous avons identifié et délété du génome d'A. Nidulans, le gène hpA codant pour la protéine homologue de HP1. Une analyse du transcriptome de la souche hpA delta a été réalisée. Les résultats de cette étude suggèrent que HP1 est un régulateur négatif des gènes qui codent pour des métabolites secondaires. Dans les chapitres annexes, on décrit la recherche des séquences d'ADN méthylées dans le génome d'A. Nidulans et l'étude d'une région silencieuse putative, psxA. Un chapitre supplémentaire décrit la mise au point d'un système de délétion de gènes par le biais de l'assemblage des produits de PCR ce qui fait l'objet d'une publication dans Fungal Genetics and Biology
The subject of this dissertation is the study of the chromatin components and it's relation with the gene regulation using as a model the filamentous fungus Aspergillus nidulans. SAGA it's a multiprotein complex that acts as a coactivator of several genes in the budding yeast Saccharomyces cerevisiae. The catalytic core of this complex is formed by the Gcn5p protein which harbors a histone acetyl tranferase activity, this last is regulated by the protein Ada2p. We have studied the effect of the deletion of two genes that code for the Gcn5p and AdaB homologous proteins in A. Nidulans, during the transcriptional activation and chromatin remodel of three genes that are subject to the carbon catabolite repression. Our unexpected results suggest that SAGA complex could act as a repressor of the gene expression in A. Nidulans. In the second part of this dissertation, we analyse the function of the heterochromatin protein HP1 and it's relation with the gene silencing HP1 is a functional and constitutive element of the heterochromatin. We have identified and deleted from A. Nidulans genome, the gene hpA, which codes for the HP1 homologue. We carried out a transcriptome analysis of the hpA delta strain. The results of this analysis suggest that HPA could be involved in the negative regulation of several genes which products are secondary metabolites. In a supplementary chapter, we describe the search of methylated DNA sequences in A. Nidulans genome and the study of a putative silenced region, psxA. Finally, a technical procedure for an efficient gene deletion system based in the amplification of chimerical PCR products is described

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Girardot, Charles Félix Béranger. "Deciphering enhancer activity in Drosophila based on transcription factor occupancy and chromatin state chromatin state characterization." Paris 6, 2012. http://www.theses.fr/2012PA066198.

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Abstract:

La caractérisation des modules cis-régulateurs (CRM) ainsi que de leur activité sont essentiels pour comprendre la régulation des gènes au cours du développement des métazoaires. La technique de l'immunoprécipitation de la chromatine suivie du séquenage à haut débit de l'ADN (ChIP-seq) constitue une approche puissante pour localiser les CRM. Afin de localiser des facteurs génériques au sein de tissus spécifiques, nous avons développé une approche ChIP-seq sur des noyaux triés par cytométrie de flux et localisons des modifications post-traductionelles de l'histone H3, ainsi que l'ARN polymérase II (PolII) dans le mésoderme de la Drosophile. Nous montrons que les CRM actifs sont caractérisés par la présence d'H3 modifiés (K27Ac et K79me3) et de PolII. De plus, la présence et la forme des signaux correspondants à ces marques corrèlent dynamiquement avec l'activité des CRM. Enfin, nous prédisons la présence de CRM actifs et confirmons leur activité in vivo à 89%. Paralllement, nous étudions comment cinq facteurs essentiels au développement cardiaque se coordonnent en cis au sein du mésoderme dorsal, précurseur des mésodermes cardiaque (MC) et viscéral (MV). Nous démontrons que ces facteurs sont recrutés en tant que collectif au niveau des CRM cardiaques via un nombre limité de sites de fixation et en l'absence de contraintes architecturales. En outre, nous découvrons que ces facteurs cardiaques sont recrutés au niveau de CRM actifs dans le MV voisin et activement réprimés dans le MC, reflétant ainsi l'origine tissulaire commune de ces deux populations cellulaires. Nous concluons que les CRM impliqués dans le développement peuvent présenter une empreinte développementale
The characterization of cis-regulatory modules (CRMs) and of their activity is central to understanding gene regulation and metazoan development. Chromatin immunoprecipitation followed by microarray or deep sequencing (ChIP-seq) against TFs are powerful approaches to map CRMs. To enable in vivo tissue-specific ChIP against ubiquitously expressed factors, we develop a ChIP protocol relying on the sorting of fluorescence activated cells, followed by deep sequencing. Using this protocol, we map histone modifications and RNA Polymerase II (PolII) occupancy in the Drosophila mesoderm, and subsequently study the chromatin state of active CRMs in vivo. We show that active CRMs are enriched for H3K27Ac, H3K79me3 and PolII, and that the presence and shape of these marks dynamically correlate with CRM activity timing and nucleosome positioning. Using Bayesian inference, we predict new CRMs to be active in the mesoderm and validate 89% of them in vivo. Next, we investigate how five TFs essential for cardiac specification operate in cis in the dorsal mesoderm, the developmental precursor of the visceral mesoderm (VM) and the cardiac mesoderm (CM). We demonstrate that they are recruited as a TF collective at cardiac CRMs without strong sequence requirements, thereby suggesting a novel mode for CRM activation. We further observe that cardiac TFs occupy CRMs that are active in the VM sibling lineage, echoing the fact that both cell populations derived from the dorsal mesoderm. We thus conclude that dormant TF binding signatures may reveal a developmental footprint of a cell lineage

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Yan, Kaiping. "Characterization and functional analyses of the transcriptional cofactor TIF1γ gene." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2003. http://www.theses.fr/2003STR13144.

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Courilleau, Delphine. "Modulation de l'expression génique par le butyrate de sodium." Paris 11, 2000. http://www.theses.fr/2000PA11T027.

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Abstract:

Le butyrate de sodium, acide gras à quatre carbones, exerce à la fois une action antiproliférative et différenciatrice sur de nombreuses lignées cellulaires. Cette drogue agit par l'inhibition des histones désacétylases, aboutissant à des changements spécifiques de l'expression génique. Des travaux antérieurs au laboratoire ont montré que dans la lignée fibroblastique BP-A31, l’arrêt du cycle cellulaire en G1 induit par le butyrate est dépendant de la transcription. Dans ce contexte, nous avons cherché à identifier des cibles moléculaires du butyrate de sodium, impliquées dans ses effets antiprolifératifs. Par la technique de differential display, nous avons identifié l'ADNe B-indl (pour Butyrate induced 1) correspondant à un transcrit de 3 kb induit par le butyrate dans la lignée BP-A31. A l'aide de ce transcrit, en criblant une banque d'ADNe provenant de cerveau humain, nous avons obtenu l'homologue humain de B-indl qui code pour une nouvelle protéine de 370 acides aminés, nommée hB-indl. Nous avons observé que le butyrate active fortement le facteur transcriptionnel NF-kB, et que la surexpression de la protéine hB-indl augmente cette activation. Le facteur transcriptionnel NF-kB est également activé par les protéines de la famille Rho (RhoA, Racl et Cdc42). Nous avons exploré l'hypothèse selon laquelle B-indl interviendrait dans la voie de signalisation empruntée par ces GTPases. Nos résultats démontrent que hB-indl potentialise l'activité transcriptionnelle de NF-kB induite par la protéine Racl ainsi que l'activation de la kinase JNK (c-Jun N-terminal kinase) également induite par Racl. Nous concluons donc que la protéine hB-indl est un nouveau médiateur impliqué dans les voies de signalisation médiées par la protéine Racl. De plus, nous avons étudié l'effet du butyrate sur la progression cellulaire. D'une part, nous avons montré que dans la lignée BP-A31, le butyrate induit un arrêt du cycle cellulaire en phase Gl par une inhibition de la transcription du gène codant pour la cycline D1. D'autre part, nous avons observé que le butyrate de sodium inhibe la progression en phase G2 des cellules de cancer de sein MDA-MB-231. Cet arrêt en phase G2 est corrélé avec une augmentation du contenu cellulaire de la protéine P21Waf1 libre ou liée à la cycline A, avec une hypophosphorylation de la protéine de rétinoblastome, ainsi qu'avec une inhibition de l'expression des cyclines A et B1 et de la POLO-like kinase. Après l'élimination du butyrate, les cellules sont compétentes pour une nouvelle phase de synthèse d'ADN sans avoir au préalable accompli la mitose. Le butyrate de sodium est donc capable de perturber l'alternance de la réplication de l'ADN et de la mitose dans certains types cellulaires.

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Core, Nathalie. "Etude d'un gène de morphogénèse chez Drosophila Melanogaster : régulation du gène homéotique teashirt." Aix-Marseille 2, 1993. http://www.theses.fr/1993AIX22070.

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Abstract:

Le travail presente dans ce memoire est expose en deux parties. La premiere concerne la validite de la technique du piege a elements regulateurs. Cette technique consiste a inserer un element transposable p, contenant le gene reporteur lacz, au hasard dans le genome ; le controle de l'expression du gene lacz depend de l'activite d'elements regulateurs localises a proximite du lieu d'insertion du transposon. Le profil spatio-temporel d'expression du gene lacz peut alors reveler celui d'un gene endogene controle par les memes elements de regulation. Nous avons pu confirmer la fiabilite de cette technique en piegeant, de cette facon, les elements regulateurs necessaires pour controler l'expression du gene pair rule hairy. La seconde partie concerne la caracterisation d'un nouveau gene de morphogenese par l'utilisation de cette technique. Le gene teashirt code pour une proteine doigt a zinc dont la fonction est necessaire pour induire l'identite specifique des segments du tronc de l'embryon. La dissection fonctionnelle des sequences genomiques entourant l'unite de transcription du gene a permis de definir les regions cis-regulatrices de tsh et d'identifier plusieurs elements regulateurs specifiques qui controlent l'expression spatio-temporelle de tsh au cours des stades embryonnaires et larvaires. Certains de ces elements sont probablement des cibles de la regulation par les proteines homeotiques hom-c. Une etude plus approfondie, concernant un aspect de la regulation precoce de tsh, revele que le produit du gene pari rule fushi tarazu active l'initiation de la transcription de tsh en interagissant directement avec une sequence regulatrice localisee en 3 du gene

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Chauveau, Christine. "Etude structurale et fonctionnelle des activateurs transcriptionnels situés en 3' du locus IgH." Limoges, 1998. http://www.theses.fr/1998LIMO0005.

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Abstract:

L'expression des genes de chaines lourdes d'immunoglobulines est regulee par des elements repartis sur le locus igh. En plus du couple promoteur vh/activateur transcriptionnel e, quatre nouveaux activateurs transcriptionnels ont ete caracterises en 3' du locus igh murin. La combinaison de ces trois elements possede les caracteres d'une region de controle du locus. L'un d'entre eux semble implique dans le processus de recombinaison isotypique. Nous avons caracterise une structure palindromique originale d'une longueur de 25kb qui inclue trois des quatre activateurs transcriptionnels 3'. Deux de ces elements se sont averes etre des repetitions inversees l'un de l'autre. Nous avons ensuite etudie les interactions entre les activateurs 3' : ces observations montrent l'importance fonctionnelle de l'architecture palindromique de la region pour son activite stimulatrice de la transcription. Une activite puissante des activateurs 3' combines a ete observee a tous les stades de maturation b. Cette observation etait d'autant plus inattendue que 3 des elements 3' sont individuellement silencieux au stade pre-b et peu actifs dans les cellules b mures. Une application pratique de ces resultats a consiste en la realisation de vecteurs d'expression particulierement efficaces dans les cellules b. Une autre partie de ce travail a concerne l'etude de la region 3'igh du locus humain. Chez l'homme, seul l'activateur transcriptionnel e avait ete caracterise. Nous avons pu identifier les equivalents humains des elements e3'igh et hs3 murins et mettre en evidence l'existence d'alleles pour l'activateurs e3'igh1. Ce travail se poursuit par des experiences de transgenese visant a explorer en detail l'effet lcr de diverses combinaisons d'activateurs du locus igh. Cette etude se prolongera par l'etude d'autres phenomenes specifiques du locus igh, tels que les recombinaisons de commutation de classe et l'hypermutation somatique.

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Toulza, Eve. "Expression génique au cours de la différenciation de l’épiderme humain." Toulouse 3, 2006. http://www.theses.fr/2006TOU30122.

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Abstract:

La fonction barrière de l’épiderme est assurée par les cornéocytes, cellules anucléées, intercohésives, entourées d’un milieu riche en lipides. Les éléments constitutifs de ces cellules, ainsi que les enzymes qui régulent leur détachement au cours de la desquamation, sont principalement synthétisés par les kératinocytes granuleux qui constituent la couche cellulaire sous-jacente. La production d’une banque de 22 000 EST à partir de kératinocytes granuleux isolés d’épiderme humain normal a permis d’identifier par bioanalyse 3387 gènes transcrits par ces cellules. Parmi 36 gènes spécifiques de ce stade de différenciation, la dermokine (DMKN), codant pour une protéine de fonction inconnue, et l’Alpha 2-Macroglobulin-Like 1 (A2ML1), qui code pour un nouvel inhibiteur de protéases, ont été caractérisés. Ces résultats ouvrent la voie à la caractérisation de nouvelles protéines de la différenciation kératinocytaire, susceptibles de constituer des cibles pharmacologiques en pathologie cutanée
The barrier function of epidermis is provided by corneocytes, strongly interconnected cells surrounded by a lipid-rich matrix. Their constituents, as well as enzymes regulating their release leading to desquamation, are mainly produced by keratinocytes of the subjacent granular layer, the granular keratinocytes. The production of a 22 000 EST library, starting from granular keratinocytes of human normal epidermis, and their bioanalysis led to identification of 3387 genes transcribed in these cells. Among 36 genes that were specific for this stage of differentiation, dermokine (DMKN) encoding a protein with unknown function, and Alpha 2-Macroglobulin-Like 1 (A2ML1), enconding a new protease inhibitor, have been characterized. This work paves the way for description of additional genes involved in keratinocyte differentiation, as so many potential pharmacological targets in cutaneous pathology

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Chery, Alicia. "Rôle de la transcription pervasive antisens chez Saccharomyces cerevisiae dans la régulation de l'expression des gènes." Thesis, Paris 6, 2017. http://www.theses.fr/2017PA066191/document.

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Abstract:

L'expression des gènes est finement régulée dans la cellule et soumise à de multiples contrôles-qualité. Cette régulation intervient à différents niveaux, de façon à garantir une synthèse efficace des produits fonctionnels de l'expression génique, et pour assurer une adaptation à un changement environnemental. Notamment, les régulations transcriptionnelles sont cruciales pour contrôler la cinétique et le niveau d'expression des gènes. La transcription pervasive est une transcription généralisée non-codante et instable qui fut révélée chez la levure Saccharomyces cerevisiae. Bien que son potentiel régulateur ait été démontré de façon ponctuelle, la question de sa fonctionnalité globale restait ouverte. Lors de ma thèse, j'ai pu montrer l'existence de phénomènes multiples d'interférence transcriptionnelle liés à la transcription pervasive, pour co-réguler un ensemble de gènes entre la phase exponentielle et la quiescence. En effet, la transcription non-codante en antisens des gènes concernés conduit à leur répression, dans des conditions où ils ne doivent pas être exprimés. Le mécanisme de répression fait intervenir des modifications de la chromatine. La levure bourgeonnante, dépourvue de la machinerie d'ARN interférence, présente donc un système fin de régulation de l'expression génique utilisant la transcription pervasive
In the cell, gene expression is finely tuned and is submitted to different quality-controls. Gene are regulated at different expression levels in order to guarantee a proper synthesis of functional products, and to ensure an optimal adaptation to environmental changes. In particular, transcriptional regulations are critical for gene expression level and kinetics.Pervasive transcription, defined as a generalized non-coding and unstable transcription, was discovered in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Although its regulatory potential was punctually shown, the question of its global functionality still remained. During my PhD, I could show the existence of numerous transcriptional interference mechanisms involved in the co-regulation of a group of genes between exponential phase and quiescence. Indeed, non-coding transcription in antisense to genes promoter leads to its repression in conditions where they have to be switched off. The repression mechanism is allowed by chromatin modifications.Hence, budding yeast that lacks RNA interference machinery has developed a fine regulation system using pervasive transcription

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Lionneton, Frédéric. "Identification d'un variant du facteur de transcription Ets-1 chez la souris : régulation de l'activité transcriptionnelle du promoteur de la VE-cadhérine." Lille 1, 2003. https://ori-nuxeo.univ-lille1.fr/nuxeo/site/esupversions/e0e66392-2003-47c5-82ba-014b678a77b5.

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Abstract:

Le facteur de transcription Ets-I est le membre fondateur de la famille ETS dont l'expression est associée aux cellules endothéliales au cours de l'angiogenèse. Les protéines ETS partagent un domaine conservé de 85 acides aminés, appelé domaine ETS, capable de reconnaître un motif d'ADN contenant une séquence centrale GGAW, nommé EBS. Nous avons identifié chez la souris un variant d'épissage alternatif de l'exon VII qui code pour une protéine de 40,5 kDa, nommée p42Ets-l. Le domaine codé par l'exon VII est impliqué dans la régulation de l'activité trancriptionnelle de la protéine p5I Ets-l. Le transcrit de ce variant est exprimé, à un niveau plus faible, dans toutes les lignées cellulaires exprimant celui de p5lEts-1 ainsi que dans l'embryon. Nous avons montré que la protéine p42Ets-1 reconnaît des EBS plus variés que p51Ets-l. La principale variation observée se situe au niveau de la base localisée en -1 du motif GGAW. En construisant une série de mutants de délétion, nous avons localisé la région responsable de cette différence de reconnaissance entre Val280 et Glu302 du domaine codé par l'exon VII. Nous avons montré que les deux isoformes de Ets-l activent le promoteur de la VEcadhérine par deux EBS fonctionnels et ce, de façon différente. Nos travaux suggèrent que p42Ets-1 est un facteur de transcription à part entière distinct de p51Ets-l et susceptible de réguler l'expression de ses propres gènes. D'autre part, nous avons recherché les gènes cibles de Ets-l dans les cellules endothéliales. En analysant l'effet de la sur-expression de Ets-l sur l'expression de différents marqueurs endothéliaux, nous avons montré que Ets-l induisait l'expression du gène fli-l dans les cellules endothéliales et analysé la régulation du promoteur de fli-l. Nous avons également mis en évidence une boucle d'autorégulation de fli-l. Enfin, nous avons mis en évidence une régulation de l'expression du gène de la VEcadhérine par l'hypoxie.

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Steunou, Anne-Lise. "Régulation de l'expression génique dans les mélanomes : implication des facteurs de transcription N Oct-3 et HIF." Toulouse 3, 2010. http://www.theses.fr/2010TOU30207.

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Abstract:

La protéine N Oct-3 (Brn-2 / POU3F2) joue un rôle clairement démontré dans la prolifération des mélanomes mais les mécanismes moléculaires associés demeurent méconnus. En collaboration avec l’équipe du Dr L. Larue à l’Institut Curie d’Orsay, le rôle de cette protéine et de la phosphorylation de son domaine de liaison à l’ADN dans la prolifération au sein du lignage mélanocytaire a été mis en évidence et les mécanismes moléculaires associés à ce processus élucidés. D’autre part, en collaboration avec l’équipe du Dr I. Davidson à l’Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire d’Illkirch, j’ai participé à la caractérisation exhaustive des gènes cibles de N Oct-3 dans la lignée de mélanome 501-mel. Je me suis également intéressée durant ma thèse aux facteurs de transcription induits par l’hypoxie HIF (Hypoxia Inducible Factor), des acteurs clé de l’angiogenèse impliqués dans de nombreuses pathologies parmi lesquelles les cancers et en particulier les mélanomes. Afin de caractériser les complexes de régulation de la transcription engageant la protéine HIF-2, j’ai entrepris l’identification des partenaires nucléaires de cette protéine dans les mélanomes à l’aide d’une stratégie protéomique. Ce travail a permis de mettre en évidence de nouveaux interactants de la protéine HIF-2 parmi lesquels se trouvent deux facteurs de transcription qui jouent un rôle central dans la régulation de l’expression génique au sein des mélanomes : MITF et SOX10 ainsi que la protéine Béta-caténine, protéine centrale de la voie Wnt/Béta-caténine retrouvée dérégulée dans environ 30% des mélanomes
N Oct-3 (Brn-2 / POU3F2) is a master gene of melanoma proliferation. However, the molecular mechanisms associated with N Oct-3 induced melanoma proliferation are still not well understood. In collaboration with Dr L. Larue’s team at Marie Curie Institute in Orsay, I have demonstrated the role of this protein and particularly the phosphorylation of its DNA binding domain on the proliferation in melanocyte lineage proliferation and elucidated the molecular mechanisms associated with this process. Moreover, in collaboration with Dr I. Davidson’s team from the Institute of Genetics and Molecular and Cellular Biology in Illkirch, I have participated to the exhaustive analysis of N Oct-3 target genes in the 501-mel melanoma cell line. Furthermore, during my Ph. D. , I have also deal with transcription factors induced by hypoxia known as HIF (Hypoxia Inducible Factor) proteins. These proteins play a crucial role in angiogenesis and are involved in numerous pathologies as cancers and in particular melanomas. In order to characterize transcriptional complexes involving HIF-2 protein, I used a proteomic approach to identify nuclear protein partners of HIF-2 in melanomas. Our data revealed new interesting partners of HIF-2 protein like the transcription factors MITF and SOX10, two factors demonstrated as essential regulators of gene expression in melanomas, as well as Béta-catenin, a central protein of the Wnt/Béta-catenin pathway deregulated in more than 30% of melanomas

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Dubessay, Pascal. "Génomique fonctionnelle chez Leishmania : Application à l'étude de la fonction et régulation génique, Recherche des fonctions centromériques." Montpellier 1, 2000. http://www.theses.fr/2000MON1T002.

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Averous, Julien. "Mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation de l'expression des gènes par les acides aminés chez les Mammifères : exemples de CHOP et d'IGFBP1." Clermont-Ferrand 1, 2004. http://www.theses.fr/2004CLF1MM02.

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Robert, Flavie. "TRRAP,une protéine plateforme : Fonction d'un co-facteur de l'acétylation des histones dans la réparation des cassures double brin de l'ADN." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2005. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2005/ROBERT_Flavie_2005.pdf.

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Abstract:

L'initiation de la transcription est une étape clé de la régulation de l'expression des gènes codant pour les protéines. Le complexe TFIID, formé de TBP et des TAFs (TBP associated factors), est au cœur de ce processus car il reconnaît le promoteur du gène, et déclenche la formation du complexe de pré-initiation (PIC). Le complexe TFTC (TBP free TAF containing complex) peut lui aussi initier la transcription, malgré l'absence de TBP. Conservé de la levure à l'homme, il possède en sus une activité d'acétylation des queues d'histones, et participe à l'ouverture de la chromatine. TRRAP, sa plus grande sous unité, est le sujet d'étude de cette thèse. Le gène trrap est essentiel au développement embryonnaire, et influence le cycle cellulaire. Au niveau moléculaire, la protéine est la cible de nombreux activateurs de la transcription. Cependant, sa fonction propre était mal connue au début de ce travail, d'autant plus que TRRAP appartient par sa structure à une famille de kinase (PI3K), mais n'en possède pas l'activité enzymatique. Un protocole d'immuno-purification et d'analyse par spectrométrie de masse, complété par des contrôles biochimiques, nous a permis de mettre en évidence une interaction stable entre TRRAP et le complexe Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN), indépendamment de TFTC. MRN est un acteur central de la réponse cellulaire aux cassures double brin de l'ADN. Notre étude de la fonctionnalité de cette interaction a montré que MRN associé à TRRAP est dépourvu d'activité d'acétylation des histones. En revanche, elle apporte les preuves in vitro et in vivo que TRRAP a un rôle spécifique dans la réparation et la signalisation des cassures double brin de l'ADN, comme ATM et ATR qui sont d'autres protéines PI3K. La participation de TRRAP à de nombreuses structures multiprotéiques, suggère que cette grande protéine se comporte en plateforme de communication et d'échange entre les machineries cellulaires de transcription, de réparation et de modification de la chromatine. Ce manuscrit présente par ailleurs des résultats indépendants, portant sur la caractérisation par spectrométrie de masse d'une modification post-traductionnelle de l'histone H3 spécifique de la mitose
Transcription initiation is a key event in the regulated expression of protein-coding genes. The general transcription factor TFIID, containing TBP and TAFs (TBP associated factors), plays a central role in transcription, because it recognizes the promoter, and triggers pre-initiation complex formation. TFTC (TBP free TAF containing complex) is another complex able to initiate transcription. TFTC possesses Histone Acetyltransferase (HAT) activity and thus participates in chromatin opening. These studies focus on TRRAP, TFTC's largest subunit. Trrap gene is essential to embryonic development, and indirectly influences the cell cycle. Moreover, TRRAP protein is targeted by DNA binding activators of transcription. Despite the fact that TRRAP structurally belongs to the family of PI3K kinase, which regulates cellular response to genotoxic stress, its in vivo function is not well understood. Immunoprecipitation and mass spectrometry analysis, associated to biochemical controls, reveal a stable interaction between TRRAP and Mre11-Rad50-Nbs1 complex (MRN) independent of TFTC. MRN is a critical component of DNA double strand break (DSB) cellular response. Functional studies of the TRRAP-MRN complex have shown that it does not possess HAT activity. Nevertheless, in vitro and in vivo evidences demonstrate that TRRAP, like other members of the PIKK family, plays a specific role in DNA DSB repair and signalling. Taken together, our studies give an insight into TRRAP function as a transcription co-factor. We propose to discuss in which TRRAP acts as a molecular platform, allowing communication between the cellular processes of DNA transcription, DNA repair, and chromatin remodeling. Independently, this manuscript summarizes the results of another study, addressing the mass spectrometry characterisation of a mitosis-specific post-translational modification of histone H3

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Pichon, Bruno. "Contrôle de l'expression génique par l'AMPc dans la thyroïde :étude du rôle possible du facteur de transcription NGFI-B." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 1998. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/212050.

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Maurel, Marion. "Les microARNs régulateurs de l’expression génique du Glypican-3 dans le Carcinome Hépatocellulaire." Thesis, Bordeaux 2, 2012. http://www.theses.fr/2012BOR21945/document.

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Abstract:

Le Glypican-3 (GPC3) est surexprimé dans 72% des carcinomes hépatocellulaire (CHC). C’est un co-récepteur membranaire du récepteur WNT, qui appartient à la famille des protéoglycanes à sulfates d'héparane. L'objectif général de ma thèse vise à étudier les mécanismes de régulation post-transcriptionnelle de l’expression du GPC3 dans le CHC. Pour cela, j’ai développé un test fonctionnel qui m’a permis de cribler une bibliothèque de 876 microARNs humains. Ceci a conduit à l’identification de 5 microARNs régulateurs de l’expression de l’ARNm codant pour le GPC3 via sa région 3’ non traduite (NT). Mon travail de thèse porte plus particulièrement sur le miR-1271 et le miR-1291 car ils sont dérégulés dans le CHC et sont respectivement inhibiteur et inducteur de l’expression du GPC3. Dans un premier projet, j’ai démontré que le miR-1271 cible directement la région 3’NT du GPC3 et diminue la stabilité de son ARNm. Ce microARN est sous-exprimé dans le CHC et son expression corrèle négativement avec celle de l'ARNm du GPC3 dans les CHC associés à une infection par le virus de l’hépatite B. Dans un deuxième projet, j’ai démontré que le miR-1291 régule positivement l’expression du GPC3 en inhibant un facteur intermédiaire. Une analyse in silico a permis d’identifier IRE1α comme candidat. IRE1α est une protéine transmembranaire du réticulum endoplasmique (RE) qui participe à « l’Unfolded Protein Response », une réponse adaptative activée lors de l’accumulation de protéines mal conformées dans le RE. J’ai démontré qu’IRE1α clive l’ARNm codant pour le GPC3 grâce à son activité endoribonucléase. D’autre part, le miR-1291 cible directement l’ARNm codant pour IRE1α dans sa région 5’NT ce qui inhibe son expression et induit une surexpression du GPC3. Le miR-1291 est surexprimé dans le CHC et son expression corrèle positivement avec celle de l’ARNm du GPC3. En conclusion, mon travail de thèse m’a permis de mettre en évidence et de caractériser deux nouveaux microARNs (miR-1271 et miR-1291) contrôlant l’expression du GPC3 par des mécanismes directs ou indirects. La pertinence physiopathologique de ces régulations dans le CHC est en accord avec les niveaux d’expression respectifs de ces microARNs, qui pourraient contribuer à la surexpression du GPC3 dans ces tumeurs
Glypican-3 (GPC3) is overexpressed in 72% of hepatocellular carcinoma (HCC). It is a co-receptor for WNT receptor and belongs to the heparan sulfate proteoglycans family. The general objective of my PhD thesis was to study the mechanisms by which GPC3 is post-transcriptionnally regulated in HCC. To this end, I developed a functional test that allowed me to screen a library of 876 human microRNAs. This led me to identify 5 microRNAs that regulate the expression of GPC3 mRNA through its 3’Untranslated Region (UTR). The work presented in this thesis particulary focuses on miR-1271 and miR-1291 as both microRNAs present a deregulated expression in HCC and are respectively inhibitor and activator of GPC3 mRNA expression. In a first project, I demonstrated that miR-1271 directly binds to GPC3 mRNA 3’UTR and affects its stability. This microRNA is underexpressed in HCC and its expression negatively correlates with that of GPC3 mRNA in a subgroup of HCC corresponding to those associated with hepatitis B virus infection. In a second project, I demonstrated that miR-1291 postively regulates the expression of GPC3 mRNA by targeting an intermediate factor. An in silico analysis led to the identification of the Inositol Requiring Enzyme 1 alpha (IRE1α) as a potential candidate. IRE1α is an endoplasmic reticulum (ER) resident type I transmembrane protein and contributes to the signaling of the Unfolded Protein Response (UPR). The UPR is an adaptive response activated upon accumulation of improperly folded proteins in the ER. I showed that IRE1α cleaves GPC3 mRNA through its endoribonuclease activity. Moreover I demonstrated that miR-1291 directly targets IRE1α mRNA through its 5’UTR, thereby decreasing its expression and contributing to GPC3 mRNA overexpression. MiR-1291 is overexpressed in HCC and its expression positively correlates with that of GPC3 mRNA. In summary, the work carried out during my PhD allowed the identification and the characterization of two new microRNAs (miR-1271 and miR-1291) that control the expression of GPC3 mRNA through direct or indirect mechanisms. The pathophysiological relevance of these regulatory mechanisms is in agreement with the respective expression levels of these microRNAs in HCC, which could therefore contribute to the overexpression of GPC3 in those tumors

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Verbeke, Jonathan. "Vers l'optimisation du cocktail cellulolytique de trichoderma reesei par les protéines apparentées aux expansines." Aix-Marseille 1, 2009. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/2009AIX11064.pdf.

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Abstract:

La production industrielle de bioéthanol à partir de biomasse lignocellulosique nécessite l'amélioration de l'efficacité hydrolytique du cocktail enzymatique de Trichoderma reesei. Ce champignon filamenteux présente l'intérêt de sécréter des enzymes cellulolytiques en grande quantité mais l'analyse de son génome montre que la diversité de gènes codant ces enzymes est restreinte. C'est pourquoi, dans ce travail, une complémentation de ce cocktail par des enzymes auxiliaires a été envisagée. Récemment, la présence de la swollénine, une protéine apparentée aux expansines végétales, a été mise en évidence chez T. Reesei. Sa capacité à écarter les fibres de cellulose et l'induction de son gène parallèle à ceux des cellulases laisse penser que cette protéine peut avoir un rôle auxiliaire pendant la cellulolyse. L'étude in silico de séquences comportant des similarités avec les expansines chez les champignons a montré l'existence de plusieurs familles dont une est absente chez T. Reesei. Un représentant de cette famille, la protéine CELA d'Aspergillus fumigatus ainsi qu'une swollénine de cette espèce, SWOAfu, ont donc été choisies pour une expression hétérologue dans T. Reesei. De plus, des constructions chimériques destinées à rapprocher physiquement SWOAfu de la cellobiohydrolase CBH1 de T. Reesei ont été réalisées. Cette protéine de fusion, qui devrait permettre d'augmenter leur synergie a également été exprimée dans T. Reesei. Enfin, pour étudier une implication éventuelle des protéines Endoglucanase-45/Expansin-Like (EEL) de T. Reesei dans l'hydrolyse de la lignocellulose, des études transcriptionnelles ont été réalisées dans des conditions d’induction de cellulases. Une expression constitutive d'une d'entre elles, semblable à celle de l'endoglucanase Cel5b a pu être montrée. Après analyse de leur structure protéique et de leurs promoteurs, les fonctions potentielles des protéines EEL sont discutées
The industrial production of bioethanol from lignocellulosic biomass requires the increase of the hydrolytic efficiency of the enzymatic pool produced by Trichoderma reesei. This fungus is able to secrete large amounts of cellulolytic enzymes, but its genome shows a low diversity of genes encoding these enzymes. Therefore, in this work, a complementation of this cocktail with auxiliary proteins was envisaged. Recently, the presence of swollenin, a protein related to plant expansins, was brought to light in T. Reesei. Its capacity to loosen cellulose fibers and the induction of its gene parallel to cellulase genes suggests that this protein could have an auxiliary role in cellulose hydrolysis. A database search of sequences presenting similarities with plant expansins in fungi showed that different families exist, one of which is absent in T. Reesei. CELA from Aspergillus fumigatus, a protein belonging to this family, and a swollenin from this species, SWOAfu, were selected for heterologous expression in T. Reesei. Moreover, chimeric protein constructions were realised to approach the catalytic domains of SWOAfu and the cellobiohydrolase CBH1 from T. Reesei. This chimeric protein which should lead to an increase of their synergy was also expressed in T. Reesei. Finally, in order to investigate a potential implication of Endoglucanase-45/Expansin-Like (EEL) proteins of T. Reesei in the cellulolytic process, transcriptional studies were realised under conditions of cellulase induction. A constitutive expression, similarly to the endoglucanase Cel5b, was shown for one of them. Potential functions of the EEL proteins are discussed with regard to their protein and promoter structure

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Martin, David. "Analyse bioinformatique de régions cis-régulatrices de Drosophila melanogaster." Aix-Marseille 2, 2005. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/2005AIX22047.pdf.

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Chérasse, Yoan. "Etude des mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation de la transcription du gène CHOP au cours d'une carence en acides aminés." Clermont-Ferrand 1, 2007. http://www.theses.fr/2007CLF1MM29.

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Abstract:

Les cellules de mammifères régulent l'expression de leurs gènes en réponse aux modifications de leur environnement, telle une modification de la disponibilité en nutriments. Une voie de réponse ayant pour rôle de détecter et de réagir face à une carence en acides aminés a été découverte. Une carence en un acide aminé essentiel active cette voie aboutissant à l'augmentation de la traduction du facteur de transcription ATF4 (Activating Transcription Factor 4) qui va réguler spécifiquement l'expression de nombreux gènes. L'étude de la régulation de la transcription de deux gènes en particuliers, C/EBP Homologous Protein (CHOP) et Asparagine Synthetase (ASNS), au cours d'une carence en acides aminés, a permis d'obtenir de nombreuses informations. Des études précédentes ont mis en évidence l'existence d'un élément de réponse aux acides aminés (AARE) sur lequel se fixent ATF2 et ATF4, deux facteurs indispensables à l'induction de CHOP au cours d'une carence en leucine. Le but de ce travail de thèse était d'identifier de nouveaux mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation de la transcription de CHOP au cours d'une carence en acides aminés. Au cours de ce travail nous avons montré que : (1) P300/CBP-Associated Factor (PCAF), une histone acétyl transférase, interagit avec ATF4 au cours d'une carence en acides aminés. La présence de PCAF s'avère nécessaire pour obtenir une induction maximale de CHOP au cours de la carence en leucine. (2) La fixation d'ATF2 sur l'AARE de CHOP est à l'origine de l'acétylation des histones H2B et H4 en réponse à la carence en acides aminés. Une étude cinétique a montré que la phosphorylation d'ATF2 sur son résidu Thréonine 71 précède l'acétylation des histones, la fixation d'ATF4 et l'augmentation de la transcription de CHOP. (3) Le facteur Jun Dimerization Protein 2 (JDP2) est fixé à l'AARE en condition basale. Au cours d'une carence en acides aminés, cette fixation diminue. Nous avons montré que JDP2 joue le rôle de répresseur transcriptionnel et nous avons émis l'hypothèse qu'il pouvait s'associer avec HDAC3 afin d'inhiber la transcription de CHOP
Mammalian cells regulate gene expression in response to changes in the external environment such as nutrient availability. An amino acid (AA) response pathway designed to detect and respond to AA deficiency has been described. Limiting any essential AA initiates this signalling cascade, which leads to increased translation of a "master regulator", Activating Transcription Factor 4 (ATF4) and ultimately, to regulation of various gene expression. Most of the results have been obtained studying the transcriptional regulation of C/EBP Homologous Protein (CHOP) and Asparagine Synthetase (ASNS) gene expression in response to AA deprivation. Earlier studies have identified an Amino Acid Response Element (AARE) described to bind in vitro Activating Transcription Factor 2 (ATF2) and ATF4 which was shown to be essential for the transcriptional activation of CHOP by leucine starvation. The aim of this work was to identify new mechanisms involved in gene transcription regulation during amino acids starvation. In this work we show that: (1) P300/CBP-Associated Factor (PCAF), a histone acetyltransferase, interacts with ATF4 in AA starved cells. We demonstrate that PCAF is required to obtain maximal induction of CHOP by leucine starvation. (2) Binding of ATF2 to the CHOP AARE is correlated to acetylation of histones H4 and H2B in response to AA starvation. A time course analysis revealed that phosphorylation of ATF2 on Threonine 71 precedes histone acetylation, ATF4 binding and the increase in CHOP mRNA. (3) Jun Dimerization Protein 2 (JDP2) binds to the AARE in non starved conditions and its binding decreases following amino acids starvation. We show that JDP2 acts as a repressor and we suggest that it could be functionally associated with HDAC3 to inhibit CHOP transcription

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Neumann, Hannah. "Implication de la région C-terminale du variant d'histone H2A.Z dans sa localisation génomique et dans le contrôle de la transcription génique." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2017. http://hdl.handle.net/11143/11796.

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Abstract:

H2A.Z, un variant de l'histone canonique H2A, est conservé chez divers organismes eucaryotes, de la levure aux mammifères, et son incorporation dans la chromatine permet de créer des domaines de chromatine spécialisés. Des analyses de la localisation de H2A.Z à l'échelle du génome ont démontré que H2A.Z se trouve préférentiellement dans les régions promotrices et régulatrices des gènes. De plus, il a été démontré que H2A.Z a une importance dans la régulation positive et négative de la transcription des gènes. H2A.Z est trouvé dans les promoteurs de gènes inactifs ou très peu transcrits et on pense que les nucléosomes contenant H2A.Z forment une structure de la chromatine spéciale qui prépare les nucléosomes à être désassemblés suite à l'activation de la transcription de ces gènes. La divergence principale entre les protéines de H2A.Z et H2A réside dans leurs régions C-terminales contenant le domaine d'amarrage, qui contacte le tétramère H3-H4 et possède une extension de résidus acidiques de l'hélice αC continuant sur l'histone H2B et qui forment une surface d'interaction. On pense que le domaine d'amarrage de H2A.Z pourrait représenter une plateforme de liaison à des partenaires d'interaction afin de moduler les activités de remodelage de la chromatine. Dans le but d'étudier le rôle fonctionnel de la région C-terminale du variant d'histone H2A.Z dans sa localisation génomique et dans le contrôle de la transcription génique, nous avons utilisé des protéines de fusion dérivées de H2A.Z exprimées dans l'organisme modèle Saccharomyces cerevisiae. En comparant les distributions de H2A.Z et des protéines de fusion à l'échelle du génome, nous démontrons que la localisation de H2A.Z au niveau des promoteurs, ainsi qu'à d'autres régions précises des chromosomes et d'autres éléments transcrits, est dépendante de sa région C-terminale. Nous avons observé que les gènes associés à H2A.Z sont impliqués dans plusieurs processus biologiques tels l'organisation du cytosquelette, la transcription des promoteurs reconnus par l'ARN polymérase II, le cycle cellulaire, la réparation de l'ADN, la ségrégation des chromosomes et l'épissage de l'ARN. De manière intéressante, nous démontrons que l'expression des gènes impliqués dans les processus enrichis pour les gènes associés à H2A.Z est dérégulée lorsque la région C-terminale de H2A.Z est modifiée. De plus, nous observons qu'environ le quart des gènes essentiels chez la levure sont des gènes associés à H2A.Z et que la modification de la région C-terminale de H2A.Z affecte également leur expression. Bien que le mécanisme d'action de H2A.Z dans le contrôle de la transcription ne soit pas tout à fait établi, cette étude permet de faire un rapprochement entre la localisation spécifique de H2A.Z aux promoteurs et son implication dans la régulation de la transcription. Dans cette étude, nous démontrons que la modification de la région C-terminale de H2A.Z entraîne des changements d'expression génique pouvant affecter plusieurs processus biologiques, tels que la réparation de l'ADN, la progression et régulation du cycle cellulaire et la mitose, souvent débalancés dans la carcinogenèse. Pour la première fois, nos résultats mettent en évidence un potentiel rôle transcriptionnel global pour la région C-terminale de H2A.Z chez Saccharomyces cerevisiae.

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Villeneuve, Dominic. "Profils génomiques de la transcription génique durant la progression du cycle de division cellulaire d'hépatocytes synchronisés suite à une hépatectomie partielle." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2013. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/69.

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Abstract:

La capacité de régénération des foies de mammifères est considérable. Suite à une hépatectomie partielle, les hépatocytes entrent de façon synchrone dans un état de prolifération dans lequel ils quittent simultanément la phase G0 pour entrer en phase G1. Nous nous sommes intéressés aux changements épigénétiques et transcriptionnels qui surviennent durant ce processus. Pour ce faire, nous avons généré des données de ChIP-seq pour différents temps suivant cette chirurgie pour : - la polymérase II (pol II), - la polymérase III (pol III), - les marqueurs épigénétiques H3K4me3 et H3K36me3, - ainsi que le cofacteur de transcription HCF-1. Ces données nous ont permis de suivre et d’explorer les modifications dans la transcription et les changements à travers le génome durant la régénération hépatique. La chromatine a été préparée à partir de huit points dans le temps différents suivant l'hépatectomie partielle (1h, 10h, 20h, 28h, 36h, 44h, 48h et 60h). Les échantillons ont été séquencés avec la technologie dite "paired-end" (chaque fragment donne lieu à deux lectures de 50 ou 100 nucléotides, une pour chaque bout) permettant la localisation précise et la longueur exacte de chaque fragment séquencé sur le génome. En moyenne, 225 millions de séquences ont été obtenues pour chaque échantillon, puis cartographiées sur le génome murin (C57BL6/J, assemblage MGSCv37/mm9, juillet 2007). De façon consistante avec une synchronisation robuste du cycle de division cellulaire, les patrons de transcription des gènes du cycle cellulaire (par exemple, les cdks et les cyclines) révèlent un état actif ou inactif bien défini qui corrèle avec l'activité attendue du gène. Nous avons effectué une première analyse globale de l'occupation par la pol II à travers les différents points dans le temps et avons identifié 9 423 gènes montrant un changement significatif dans la fixation de la polymérase au promoteur. En groupant les gènes ayant un profil similaire, nous avons remarqué une concordance significative entre le point dans le temps du cycle cellulaire pendant lequel la pol II est présente de façon maximale au promoteur des gènes et la fonction qui leur est reliée. Nous continuons d’explorer gène par gène, les variations au niveau des marqueurs épigénétiques, en fonction du profil de fixation de la pol II. Aucune analyse n’a cependant encore débuté en ce qui concerne la pol III et le facteur de transcription HCF-1. L'analyse continue de la transcription des gènes du cycle de division cellulaire durant ce processus de régénération hépatique vous sera présentée.

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Chery, Alicia. "Rôle de la transcription pervasive antisens chez Saccharomyces cerevisiae dans la régulation de l'expression des gènes." Electronic Thesis or Diss., Paris 6, 2017. http://www.theses.fr/2017PA066191.

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Abstract:

L'expression des gènes est finement régulée dans la cellule et soumise à de multiples contrôles-qualité. Cette régulation intervient à différents niveaux, de façon à garantir une synthèse efficace des produits fonctionnels de l'expression génique, et pour assurer une adaptation à un changement environnemental. Notamment, les régulations transcriptionnelles sont cruciales pour contrôler la cinétique et le niveau d'expression des gènes. La transcription pervasive est une transcription généralisée non-codante et instable qui fut révélée chez la levure Saccharomyces cerevisiae. Bien que son potentiel régulateur ait été démontré de façon ponctuelle, la question de sa fonctionnalité globale restait ouverte. Lors de ma thèse, j'ai pu montrer l'existence de phénomènes multiples d'interférence transcriptionnelle liés à la transcription pervasive, pour co-réguler un ensemble de gènes entre la phase exponentielle et la quiescence. En effet, la transcription non-codante en antisens des gènes concernés conduit à leur répression, dans des conditions où ils ne doivent pas être exprimés. Le mécanisme de répression fait intervenir des modifications de la chromatine. La levure bourgeonnante, dépourvue de la machinerie d'ARN interférence, présente donc un système fin de régulation de l'expression génique utilisant la transcription pervasive
In the cell, gene expression is finely tuned and is submitted to different quality-controls. Gene are regulated at different expression levels in order to guarantee a proper synthesis of functional products, and to ensure an optimal adaptation to environmental changes. In particular, transcriptional regulations are critical for gene expression level and kinetics.Pervasive transcription, defined as a generalized non-coding and unstable transcription, was discovered in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Although its regulatory potential was punctually shown, the question of its global functionality still remained. During my PhD, I could show the existence of numerous transcriptional interference mechanisms involved in the co-regulation of a group of genes between exponential phase and quiescence. Indeed, non-coding transcription in antisense to genes promoter leads to its repression in conditions where they have to be switched off. The repression mechanism is allowed by chromatin modifications.Hence, budding yeast that lacks RNA interference machinery has developed a fine regulation system using pervasive transcription

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Bedon, Frank. "Structure génique et caractérisation fonctionnelle de facteurs de transcription MYB-R2R3 impliqués dans la formation du xylème chez les conifères." Thesis, Université Laval, 2007. http://www.theses.ulaval.ca/2007/24997/24997.pdf.

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Cloutier, Alexandre. "Régulation de l'expression génique des chimiokines chez les neutrophiles humains étude des facteurs de transcription AP-1 et C/EBP." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2003. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/3330.

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Abstract:

Les neutrophiles représentent une composante essentielle du système immunitaire inné. Ils jouent un rôle-clé dans la défense de l'organisme contre les infections microbiennes. En plus de leur illustre fonction phagocytaire et de leur capacité à libérer un large éventail de produits antimicrobiens, les neutrophiles produisent également diverses protéines immunomodulatrices, dont une vaste gamme de chimiokines (IL-8, MIP-1[alpha]/[bêta], IP-10, I-TAC, etc.). La génération de ces dernières permet le recrutement massif de neutrophiles et d'autres populations leucocytaires au site inflammatoire, contribuant ainsi au déroulement de la réponse inflammatoire. La génération de chimiokines par les neutrophiles est induite par des agonistes particulaires, des agents chimiotactiques, ou par des médiateurs inflammatoires (cytokines, chimiokines, facteurs de croissance), et implique l'activation de nombreuses voies de signalisation et de facteurs transcriptionnels. Dans la présente étude, nous avons voulu déterminer l'impact des facteurs de transcription AP-1 et C/EBP dans l'induction de l'expression des chimiokines chez les neutrophiles humains isolés du sang périphérique. L'utilisation de différentes classes d'agonistes et d'inhibiteurs pharmacologiques des voies de signalisation nous a permis d'écarter l'implication du facteur AP-1 dans ce processus. Ainsi, malgré la présence de plusieurs protéines de la famille AP-1, et d'une activation de JNK1 dans certaines conditions, la formation d'un complexe authentique AP-1 n'a été observée en aucun cas. Qui plus est, l'inhibition de la voie JNK n'a pas affecté la génération d'IL-8, de MIP-1[alpha] et de MIP-1[bêta] induite par le LPS ou le TNF-[alpha]. Par ailleurs, l'expression des différents membres de la famille C/EBP, de même que l'activation de ceux-ci par le LPS et le TNF-[alpha], laissent présager un rôle dans l'expression des chimiokines chez le neutrophile.

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Dumortier, Alexis. "Analyse des dérégulations d'expression génique associées au développement de lymphomes T chez des souris déficientes pour le gène Ikaros." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2003. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2003/DUMORTIER_Alexis_2003.pdf.

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Abstract:

Ikaros est un facteur de transcription à doigts de zinc qui est un régulateur essentiel de la lymphopoi͏̈èse. Différentes mutations du locus Ikaros, produites chez la souris, conduisent au développement de lymphomes T, suggérant qu'Ikaros est un gène suppresseur de tumeurs. Les souris homozygotes IkL/L (mutation hypomorphe d'Ikaros) développent des lymphomes T entre l'âge de 3 et 6 mois. Cependant, les mécanismes moléculaires impliqués dans la formation de ces tumeurs restent encore peu connus. L'analyse du transcriptome des tumeurs IkL/L montre une augmentation de l'expression de plusieurs gènes de la voie de signalisation Notch, qui est également observée dans des tumeurs en cours d'expansion, suggérant qu'une altération de la voie Notch constitue un événement précoce dans l'établissement des tumeurs IkL/L. D'autre part, la ré-expression d'une forme normale de la protéine Ikaros dans des lignées cellulaires établies à partir de cellules tumorales conduit à une diminution du niveau d'expression de plusieurs gènes cibles de Notch, suggèrant également qu'Ikaros régule directement l'expression de certains de ces gènes. Par ailleurs, la ré-expression d'Ikaros dans ces lignées inhibe l'amplification des cellules tumorales in vitro. Ces résultats montrent qu'une réduction de l'activité d'Ikaros dans les thymocytes peut être favorable à l'initiation du développement tumoral, et qu'il pourrait exister une convergence fonctionnelle entre Ikaros et Notch dans le processus de transformation des lymphocytes T
Ikaros is a zinc finger transcription factor which is an essential regulator of lymphopoiesis. Different mutations in the Ikaros locus lead to T lymphoma development, suggesting that Ikaros is a tumor suppressor gene. Homozygote IkL/L mice expressing a hypomorphic mutation of Ikaros develop T lymphomas between 3 and 6 months of age. However, the molecular mechanisms involved in the formation of these tumors are still ill-defined. Transcriptome analyses of IkL/L tumors show an up-regulation of several genes of the Notch signaling pathway. This deregulation is also observed in early tumors, suggesting that deregulation of the Notch pathway is an early event in IkL/L tumor development. Re-expression of a normal Ikaros protein in IkL/L tumor-derived cell lines downregulates several Notch genes, suggesting that Ikaros directly modulates the expression of some Notch genes. Moreover, the re-expression of Ikaros in the cell lines triggers an arrest in tumor cell growth in vitro. These results show that thymocytes with a reduction in Ikaros activity are more susceptible T lymphoma development, and that Ikaros and Notch could cooperate during T lymphocyte transformation

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Cavallini, Bruno. "Mise en évidence, purification, et clonage du gène, d'un facteur général de transcription de l'ARN polymérase B." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1990. http://www.theses.fr/1990STR13159.

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Abstract:

La compréhension des mécanismes de régulation de l'expression des gènes codant pour les protéines chez les eucaryotes passe par l'identification et la caractérisation des séquences d'ADN promotrices et des diverses protéines qui s'y lient. On distingue les séquences modulatrices et celles constituant le promoteur minimal. Ces dernières sont responsables du positionnement précis du site d'initiation de la transcription et de l'établissement d'un niveau basal de transcription. On reconnait 2 éléments de séquence dans les promoteurs minimaux des gènes de classe B. Un élément initiateur, et la séquence 5'-TATAAA-3' encore appelée TATA-box. Cette séquence placée 30 paires de bases en amont des sites d'initiation interagit avec le facteur général de transcription BTF1 (TFIID). Cette interaction est la 1ère étape de l'assemblage du complexe d'initiation, qui comprend outre BTF1, l'ADN, l'ARN polymérase B, et au moins 4 autres facteurs généraux de transcription. BTF1 est le seul facteur général de transcription à interagir de manière spécifique avec l'ADN, il joue un rôle clé dans l'établissement de la transcription basale et dans les phénomènes de transactivation. Il s'est révélé impossible de purifier le facteur BTF1 à partir de cellules d'eucaryotes supérieurs. Utilisant un test de transcription in vitro, nous avons mis en évidence le facteur TATA-box de S. Cerevisiae, BTF1Y. Puis nous l'avons caractérisé et purifié par fractionnement chromatographique. C'est un polypeptide de 27 kDa semblable au facteur BTF1 humain dans ses caractéristiques de liaison aux séquences TATA-box et d'initiation de la transcription. Nous avons cloné le gène l'encodant. Ce gène situé sur le chromosome VIII de S. Cerevisiae est unique et essentiel. Il code pour un polypeptide de 240 résidus, à caractère fortement basique, et qui ne montre aucune homologie avec une quelconque protéine connue. Nous avons remarqué un domaine dupliqué en tandem dans la partie COOH terminale de la protéine. Entre ces 2 régions répétées, une zone est susceptible d'adopter une conformation en hélice α qui présenterait sur une face une majorité de résidus basiques (Lys, Arg). L'importance de ces éléments structuraux est encore incertaine. Le clonage du gène codant BTF1Y a ouvert la voie au clonage du gène humain homologue. La protéine BTF1Y surexprimée dans E. Coli est d'ores et déjà disponible pour l'analyse détaillée de ses propriétés biochimiques et de son rôle dans les mécanismes d'initiation de la transcription des gènes de classe B.

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Mounier, Nicole. "Étude de la structure et de l'expression de trois gènes d'actine chez Bombyx mori." Lyon 1, 1991. http://www.theses.fr/1991LYO19011.

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Abstract:

Trois gènes d'actine ont été isoles d'une banque génomique et leur région codante a été séquencée. L'étude de leur expression pendant le développement a montré que deux d'entre eux codent pour des actines musculaires et que le troisième est un gène d'actine cytoplasmique. Les actines musculaires d'insectes sont des protéines très voisines qui ont significativement divergé des actines cytoplasmiques des invertébrés et des vertèbres. L'expression du gène d'actine cytoplasmique a été analysée dans la glande séricigène en relation avec le cycle de production de la soie. L'accumulation de ses ARNM est étroitement liée à l'alternance mue inter-mue. Ce gène a été transféré dans la lignée germinale de la drosophile et est transcrit dans les lignées transgéniques

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Ronsmans, Aria. "Mechanisms of nitrogen catabolite repression-sensitive gene regulation by the GATA transcription factors in Saccharomyces cerevisiae." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2014. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/209169.

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Abstract:

The process of specific gene transcription by RNA polymerase II (Pol II) is initiated by the

binding of specific transcription factors to DNA. A global understanding of the mechanisms of gene

transcriptional regulation of Saccharomyces cerevisiae goes through the description of the targets and

the behavior of those transcription factors.

The GATA factors are specific transcription factors intervening in the regulation of Nitrogen

Catabolite Repression (NCR)-sensitive genes, a mechanism encompassing the transcriptional

regulations leading to the preferential use of good nitrogen sources of the growth medium of yeast in

the presence of less good nitrogen sources. Those 4 GATA factors involved in NCR comprise 2

activators (Gat1 and Gln3) and 2 repressors (Gzf3 and Dal80).

Generally speaking, the promoters of genes have always been described like the main place for

the integration of the transcription regulation signals relayed by the general and specific transcription

factors and the chromatin remodeling factors. Furthermore, the GATA factors have been described as

integrating the external signals of nitrogen availability thanks to their specific DNA binding to

consensus GATA sequences in the promoter of NCR-sensitive genes. The results presented here

introduce many nuances to the model, notably implying new proteins but also new regions in the

regulation process of the NCR-sensitive gene regulation. Indeed, the first goal of this work is to

discover and understand the mechanisms of NCR-sensitive gene regulation that will explain the

variations in their expression levels in the presence of various nitrogen sources and their dependency

towards the GATA factors.

Strikingly, it appeared that GATA factor positioning was not limited to the promoter, but

occurred also in the transcribed region. It seems that the transcription factors may have been driven

by the general transcription machinery (Pol II). The binding of a chromatin remodeling complex, RSC,

has also been demonstrated in the coding region of NCR-sensitive genes. Moreover, the binding of the

histone acetyltransferase complex, SAGA, recruited by the GATA activators, was highlighted along

NCR-sensitive genes. The SAGA complex was also implied in their transcriptional regulation.

Finally, a ChIP-sequencing experiment revealed an unsuspected number and diversification of

targets of the GATA factors in yeast, which were not limited to NCR-sensitive genes.

Doctorat en Sciences
info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Rougemaille, Mathieu. "Interactions entre transcription, maturation et dégradation des ARNs chez Saccharomyces cerevisiae." Paris 11, 2007. http://www.theses.fr/2007PA112276.

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Abstract:

Chez la levure Saccharomyces cerevisiae, l’exosome est un large complexe possédant une activité exonucléase 3’-5’ et participant à de nombreuses réactions de maturation et de dégradation de l’ARN. Nous avons montré que plusieurs transcripts dérivant de regions intergéniques sont rapidement degradés dans une souche sauvage par l’action combinée de l’exosome et d’un nouveau complexe appelé TRAMP, dont la sous-unité catalytique est une poly(A) polymérase. Nous avons proposé que la dégradation de ces ARNs, nommés CUTs pour Cryptic Unstable Transcripts, est un mécanisme requis pour limiter la transcription inappropriée ou pour permettre la transcription sans production d’ARNs. Nous avons aussi démontré que la terminaison de la transcription des CUTs est induite par des protéines de liaison à l’ARN, Nrd1p and Nab3p, qui ciblent les transcripts vers la dégradation par l’exosome et TRAMP. Le complexe THO et l’ARN hélicase Sub2p sont impliqués dans la biogénèse des ARNms et participent au couplage entre transcription et export. Des mutations dans ces gènes entraînent la dégradation et la rétention d’ARNms à proximité du site de transcription par l’exosome. Nous avons montré que le complexe TRAMP est impliqué dans la dégradation des transcripts mais pas leur rétention. Par ailleurs, nous avons observé que dans des mutants THO/sub2, un complexe associé à l’ADN qui contient des facteurs de polyadénylation et des composants du pore nucléaire ne peut pas être résolu pour les étapes suivantes d’export. Le complexe THO et Sub2p seraient ainsi impliqués dans une étape de remodelage requise pour déplacer le complexe de polyadénylation et engager l’ARNm dans la voie d’export
In budding yeast Saccharomyces cerevisiae, the exosome is a large complex with 3’ to 5’ exonuclease activity that has been implicated in numerous RNA processing and degradation events. We have shown that several transcripts mapping to intergenic regions are rapidly degraded in a wild type strain by the combined action of the exosome and a novel complex called TRAMP, whose catalytic subunit is a poly(A) polymerase. We proposed that degradation of these RNAs, called CUTs for Cryptic Unstable Transcripts, is a mechanism required to limit inappropriate transcription or to allow the occurrence of transcription without RNA production. We have also demonstrated that transcription termination of CUTs is triggered by specific RNA-binding proteins, Nrd1p and Nab3p, which direct nascent transcripts to exosome/TRAMP-mediated degradation. The THO complex and its associated RNA helicase Sub2p are involved in mRNA biogenesis and couple transcription to mRNA export. Mutations in any of these genes lead to exosome-dependent degradation and retention of mRNAs at or near the transcription site. We have shown that the TRAMP complex is involved in mRNA degradation but not in retention. Furthermore, we observed that, in THO/sub2 mutants, a DNA-interacting complex containing polyadenylation factors and components of the Nuclear Pore Complex cannot be resolved for further mRNA export. Accordingly, the THO/Sub2p complex would be involved in a remodeling step required to displace the polyadenylation complex and to engage productively the mRNA in the export pathway

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Couttet, Philippe. "Dégradation des ARNm chez les mammifères : lien avec la traduction." Paris 11, 1999. http://www.theses.fr/1999PA11T010.

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Abstract:

Le contrôle de la stabilité d'un ARNm joue un rôle important dans la régulation de l'expression génétique dans tous les organismes, des bactéries aux mammifères. Dans les cellules de mammifères, l'abondance d'un ARNm particulier peut fluctuer énormément suite à un changement de sa stabilité sans qu'il y ait aucune modification du taux de transcription. Les mécanismes de dégradation des ARNm sont mieux compris chez la levure car on peut combiner les approches génétiques et biochimiques. Chez les mammifères ces mécanismes sont peu connus et nécessitent des approches biochimiques puissantes. J'ai ainsi mis au point une approche biochimique performante: la cRT-PCR. Le principe repose sur l'auto-ligation des molécules d'ARN, leur copie en ADNe et l'amplification par PCR des séquences autour du point de ligation. Ceci m'a permis de visualiser très précisément des produits de dégradation des ARNm et de montrer que la voie de dégradation majoritaire des ARNm est conservée de la levure à l'homme. Les ARNm sont ainsi déadénylés en 3' puis décoiffés en 5' avant d'être vraisemblablement digérés par des exonucléases 5'-3'. Une interaction entre les deux extrémités d'une même molécules d'ARNm est suggèrée. Parallèlement, j'ai étudié et analysé l'effet de la dexamethasone, de la forskoline et de l'insuline sur la stabilité de I'ARNm PEPCK dans les hépatomes de rat en présence d'inhibiteurs de la transcription. L'absence de visualisation d'effets décrits et la difficulté d'interpréter les résultats liées à l'utilisation simultanée des hormones et agonistes d'hormones avec les inhibiteurs de transcription m'ont conduit à mettre au point un système novateur permettant d'analyser certains ARNm lors d'une stimulation transitoire de la transcription. Ce système évite l'utilisation d'inhibiteurs de la transcription. Les résultats émanant de la cRT-PCR m'ont dirigé vers l'étude du rôle (controversé) de la traduction dans la stabilité des ARNm. Ceci m'a permis d'étudier le rôle de l'initiation et de l'élongation de la traduction dans la dégradation d'ARNm chimérique codant pour la Luciférase et pour la β-globine. J'ai ainsi montré que la terminaison précoce de la traduction déclenchait la dégradation de I'ARNm cible par décoiffage, comme cela avait été décrit chez la levure. Par contre, le déclenchement du décoiffage semble conserver la dépendance du raccourcissement de la queue poly(A).

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Voulgaris, Angélique. "Analyse de la fonction de la protéine humaine ICBP90 et l'étude de son rôle dans la régulation de la transcription du gène de la topoisomérase II α humaine : Etudes in vitro et dans les cellules en culture." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2003. http://www.theses.fr/2003STR13139.

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Abstract:

Les topoisomérases sont des enzymes ubiquitaires, hautement conservées : elles catalysent l'interconversion des formes topologiques de l'ADN et participent aux processus impliquant la double hélice. L'isoforme a (topoIIa) est essentielle à la survie cellulaire. Dans les cellules normales, la protéine est un marqueur de division cellulaire car son expression est faible pendant les phases G0/G1 et forte pendant la mitose. Cette régulation est altérée dans les cellules cancéreuses dans lesquelles l'enzyme est surexprimée. Ainsi, la topoIIa est une cible primaire des drogues anti-cancéreuses couramment utilisées. Cependant, des modifications de l'expression du gène peuvent être la cause de phénomènes de 'résistance' à ces traitements. ICBP90 (Inverted CCAAT box Binding Protein of 90kDa) est capable d' interagir avec la boîte ICB2 du promoteur du gène de la topoIIa humaine (topoIIah) et serait potentiellement impliquée dans les mécanismes qui contrôlent la régulation de ce promoteur. Pour répondre à cette question, nous avons dans un premier temps étudié le profil d'expression de l'ICBP90 endogène dans du tissu cancéreux. Ces études, combinées à des expériences de synchronisation par privation de sérum de cellules en culture, ont montré que la régulation de l'expression d'ICBP90 était dépendante du cycle cellulaire, induite lors de la transition G1/S et dérégulée dans les cancers. Ce schéma étant en accord avec un rôle de la protéine dans la régulation de l'expression du gène de la topoIIah, nous avons réalisé des transfections transitoires de cellules en culture par de l'ADN recombinant contenant le gène rapporteur CAT, mais aussi des expériences de transcription in vitro. Après avoir caractérisé partiellement le promoteur de la topoIIah, nous avons montré que la surexpression d'ICBP90 était responsable d'une diminution de l'activité de ce dernier et d'une augmentation de celui du HSVtk. Nous avons également utilisé deux techniques différentes pour diminuer la quantité d'ICBP90 endogène: la transfection des cellules HeLa par un siRNA ('small interfering RNA') spécifique, a montré que la diminution de la quantité de cette protéine est accompagnée de celle de topoIIah mais non de celle de la lamine A/C, de la ß-actine et de la grande majorité des protéines nucléaires. Enfin, nous avons réalisé un premier pas vers l'utilisation de l'anticorps monoclonal dirigé contre l'ICBP90 (1RC1C10) à des buts thérapeutiques : ainsi le fragment Fab de cet anticorps a été cloné, exprimé dans E. Coli et purifié à partir du surnageant de culture
Topoisomerases are ubiquitous, highly conserved enzymes : they catalyse the interconversion of topological forms of DNA and participate in the procedures which implicate the double helix. The a isoform (topoIIa) is essential to the cell survival. In normal cells, the protein is a marker of cell division since its expression is low during the G0/G1 phase and high during mitosis. This regulation is altered in cancer cells, in which the enzyme is overexpressed. Thus, the topoIIa is a primary target for widely used anticancer drugs. Nevertheless, modifications of the gene expression could lead to 'resistance' phenomena to these treatments. ICBP90 (Inverted CCAAT box Binding Protein of 90kDa) is capable of interact with the ICB2 box of the human topoIIa (htopoIIa) gene promoter and could be involved in the mechanisms controlling the regulation of this promoter. To answer that issue, we studied at first the expression profile of endogenous ICBP90, in cancer tissue. These studies, combined to experiments of cultured cells synchronization by serum starvation, showed that the regulation of ICBP90 was cell-cycle dependent, induced during the G0/G1 phase transition and deregulated in cancer. These findings being consistent with a role of the protein in the regulation of the htopoIIa gene expression, we transiently transfected cultured cells with recombinant DNA containing the reporter gene CAT, but also performed in vitro transcription experiments. After a partial characterization of the htopoIIa gene promoter, we have shown that the ICBP90 overexpression was responsible of a decrease of its activity. On the contrary, an increase of the HSVtk promoter activity was observed. In addition to that, we used two different techniques in order to decrease the endogenous ICBP90 protein quantity: HeLa cells transfection experiments using a specific siRNA ('small interfering RNA'), showed that the decrease in the protein expression was accompanied by a decrease of that of the htopoIIa but not of that of lamin A/C, ß-actin and the majority of nuclear proteins. Finally, we performed a first step towards the use of the monoclonal antibody directed against ICBP90 (IRC1C10) in therapeutic goals : the Fab fragment of this antibody has been cloned, expressed in E. Coli and purified from the cultured medium

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Grienenberger, Aurélie. "Etude de deux modes de régulation de l'expression génique au cours du développement chez Drosophila melanogaster : Spécificité d'action du facteur de transcription homéotique AbdominalA et répression épigénétique par l'histone acétyltransférase Chameau." Aix-Marseille 2, 2001. http://www.theses.fr/2001AIX22026.

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Malenfant, Francis. "La régulation de l’expression génique peut passer par un mécanisme de terminaison prémature de la transcription dépendant de la RNase III chez Saccharomyces cerevisiae." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2017. http://hdl.handle.net/11143/11078.

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Abstract:

L’expression des gènes est un ensemble hautement régulé de mécanismes ayant pour objectifs de synthétiser les protéines fonctionnelles dont la cellule a besoin à partir des codes inscrits dans l’ADN. Pour contrôler la quantité de signal utilisé et pour que ce message puisse physiquement traverser la cellule, celle-ci utilise la transcription des ARN messagers comme intermédiaire. Pour assurer la qualité de ce signal et pour contrôler son niveau d’expression, plusieurs mécanismes de dégradation des ARNm se coordonnent dans les organismes en fonction de leurs spécificités propres. La littérature a depuis longtemps démontré les liens entre les machineries de synthèse des ARNm et celles de leur dégradation en identifiant comment ceux-ci travaillent ensemble pour assurer une bonne régulation génique. Un de ces mécanismes induit une terminaison dans la région non-codante en 3’ de certains gènes à partir d’un clivage par la ribonucléase III. Dans ce mémoire, nous voulons démontrer qu’un mécanisme similaire dépendant de la ribonucléase III peut induire une terminaison prémature de la transcription à l’intérieur même de séquences codantes. Ce mécanisme semble être indépendant du promoteur et du terminateur des gènes, préférant réguler sa sélectivité à partir de la structure liée au clivage de l’ARNm. Plusieurs séquences et structures sous forme de tige-boucles d’ARNm peuvent être reconnues par la ribonucléase III. Cependant, il existe des différences fonctionnelles entre les différentes tige-boucles et toutes n’induisent pas un mécanisme de terminaison prématurée. Comme ce type de mécanisme doit être inductible et/ou permissible afin de ne pas empêcher complètement l’expression des gènes cibles, nous pouvons potentiellement faire affaire à un nouveau modèle de régulation génique.
Abstract : Gene expression is a highly regulated coordination of processes with the objective of producing functional proteins from the DNA code of the cell. To control the amount of proteins produced, cells use messenger RNAs as an intermediate to permit genomic information to move across the cell. To assure the quality of this signal and to control the level of gene expression, many RNA degradation mechanisms coordinate together according to their own specificities. Scientific literature has demonstrated long ago the existing interactions between RNA synthesis and RNA degradation pathways and how they closely work together to achieve viable gene expression regulation. One of those mechanisms induces transcription termination in the 3’ untranscribed region of coding genes initiated with a RNA cleavage from a ribonuclease III. In this master thesis, we show that a similar RNase III dependent mechanism can induce premature transcription termination inside the coding sequence. This mechanism seems promotor and terminator independent and depends mostly on the sequence coding for a stem-loop structure in the mRNA. Different sequences can induce a stem-loop structure recognizable by RNase III. However, there are some functional differences between stem-loop structures and not all of them can induce premature transcription termination. Since this mechanism must not happen every time and somehow must be inducible to permit gene expression when needed, this could possibly lead to a new gene regulation model.

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Hommel, Marie. "La régulation transcriptionnelle de l'expression génique dans le fruit de tomate : caractérisation fonctionnelle de promoteurs fruit-spécifiques et d'un co-facteur de la transcription de type MBF1." Phd thesis, Toulouse, INPT, 2007. http://oatao.univ-toulouse.fr/7697/1/hommel.pdf.

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Abstract:

Les travaux présentés dans ce manuscrit s'intéressent à la régulation transcriptionnelle de l'expression des gènes au cours du développement du fruit de tomate à travers l'étude des cis-régulations et des trans-régulations. Dans un premier temps, une tentative de caractérisation de promoteur dirigeant l'expression génique spécifiquement dans le fruit a été menée. Pour cela, nous nous sommes focalisés sur l'étude de régions promotrices d'un gène codant une expansine et d'un autre codant une alcool acyl transférase. Ces études ont été menées en évaluant la capacité de ces régions promotrices à diriger l'expression du gène rapporteur codant pour la β-glucuronidase dans des plants de tomate et d'Arabidopsis. Néanmoins, ces approches fonctionnelles n'ont pas permis de dégager un motif consensus capable à lui seul de conférer une expression fruit-spécifique. C'est pourquoi, les travaux de thèse se sont orientés vers la caractérisation d'un co-activateur de transcription de type MBF1 (Multiprotein Bridging Factor1), SlER24 de tomate. Nous avons montré qu'une fusion de SlER24 à un motif répresseur EAR (Ethylene-responsive element-binding associated Amphiphilic Repression) est capable, dans un système cellulaire, de réduire l'expression du gène rapporteur GFP dirigée par un promoteur synthétique de réponse à l'éthylène. Cette validation fonctionnelle par une méthode transitoire, nous a conduit à surexprimer cette construction, de façon stable, dans la tomate MicroTom. Cette surexpression de la construction chimérique SlER24-EAR, induit un retard de germination mais n'a pas d'effet notable sur le développement de la plante. Une fusion similaire de son orthologue AtMBF1c au motif EAR entraîne chez Arabidopsis thaliana une réduction du pourcentage de germination et un nanisme de la plante. Au-delà de l'information sur le rôle des gènes MBF1 dans le développement des plantes, cette étude démontre que la stratégie utilisant le domaine répresseur EAR n'est pas seulement efficace pour l'étude des facteurs de transcription comme cela a été démontré jusque là, mais également pour les co-activateurs ne se liant pas directement à l'ADN.

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Stadelmayer, Bernd. "Le noyau cellulaire et la régulation génique par les protéines du groupe Polycomb." Thesis, Montpellier 1, 2010. http://www.theses.fr/2010MON13507/document.

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Abstract:

Les protéines des groupes Polycomb et trithorax sont des régulateurs épigénétiques très conservés qui permettent le maintient de l'identité cellulaire en régulant le niveau d'expression des gènes. Ils agissent sur leurs gènes cibles à travers des éléments régulateurs en cis, appelés éléments de réponse aux Polycombs (PRE). Dans des tests transgéniques, il a été montré que deux copies du même PRE sont fréquemment regroupés dans la même région nucléaire. Dans le cas particulier du PRE Fab-7, ce regroupement corrèle avec sa fonction répressive. Durant ma thèse, j'ai tenté de cloner un outil bicolore qui permet la visualisation en 4D de deux PRE Fab-7 stablement intégrés dans le génome de Drosophila melanogaster. De plus, j'ai amélioré le protocole de DNA-FISH du labo. Ceci m'a permis d'identifier vestigial et apterous comme étant des loci qui forment des associations nucléaires, de façon dépendante de la transcription, dans Drosophila melanogaster
Polycomb- and trithorax-Group proteins are highly conserved epigenetic regulators which maintain cell identities by maintaining states of gene expression. They act on their target genes through /cis/ regulatory elements, named Polycomb Response Elements (PREs). In transgene assays it has been shown that two copies of the same PRE are frequently found clustered in nuclear space and for one particular PRE named Fab-7 clustering is correlated with its repressive function. In the course of this thesis I tried to clone a two colour real-time tool which allows distinguishing in 4D two /Fab-7/s stably integrated into the genome of Drosophila melanogaster. Additionally, I improved the DNA-FISH protocol of the lab and identified vestigial and apterous as potential gene loci forming nuclear associations dependent on transcription in Drosophila melanogaster

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Polit, Lélia. "Régulation de l’expression génique par le facteur de transcription SPI1/PU.1 dans l’érythroleucémie : mécanismes de répression des gènes par sa liaison à l’ADN, conséquences de sa liaison à l’ARN." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASL064.

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Abstract:

SPI1/PU.1 est un facteur de transcription de la famille ETS, cette famille est caractérisée par un domaine de fixation à l’ADN très conservé (domaine ETS) et un noyau de fixation commun : la séquence 5’-GGAA/T-3’. C’est un régulateur clé de l’hématopoïèse dont la régulation de l’expression et la fonction dépendent du lignage. La dérégulation de l’expression de spi1 ou de son activité contribue à des hémopathies, il peut se comporter comme un oncogène ou comme un suppresseur de tumeur selon les lignages. Dans différentes pathologies, la macroglobulémie de Waldenström, la leucémie aïgue lymphoblastique à cellules T pédiatrique et dans l’érythroleucémie, SPI1 se comporte comme un oncogène. Les leucémies aïgues érythroïdes sont des leucémies rares mais à haut risque et dont les bases génétiques sont mal connues. Dans le lignage érythroïde, une expression anormale et non-contrôlée de SPI1 entraîne une leucémie aiguë, en partie en inhibant la différenciation érythroïde et l'apoptose des progéniteurs engagés dans la différenciation érythroïde. SPI1 est un facteur de transcription dont les fonctions les plus connues et les mieux établies concernent l’activation de l’expression génique. C’est un facteur de transcription pionnier qui est capable de se fixer sur de la chromatine non-accessible afin de recruter des facteurs épigénétiques, des (co-)facteurs ou des facteurs de transcription spécifiques de lignage. Il a également une fonction dans l’épissage de l’ARN. En revanche, les fonctions répressives de SPI1 sont très peu connues, en effet on ne sait pas si ces fonctions sont liées à sa capacité à lier l’ADN et/ou l’ARN. Mon travail de thèse concerne la caractérisation des mécanismes par lesquels SPI1 réprime l’expression génique dans un modèle d’érythroleucémie murine. J’ai étudié son implication dans les modifications épigénétiques ainsi que les conséquences de sa fixation à l’ARN. En utilisant des cellules pré-leucémiques issues de souris transgéniques pour spi1, dans lesquelles l’expression de spi1 peut être contrôlée (sur-exprimée ou réprimée), j’ai comparé des données de séquençage à haut débit pour caractériser l’accessibilité de la chromatine, les modifications épigénétiques des protéines histones et l’expression des gènes en fonction de la présence ou de l’absence de SPI1. Pour comparer les signaux de ChIP-seq entre différentes conditions, nous avons développé un package R : ChIP-seq Intersample Normalization (CHIPIN) dont l’algorithme est basé sur l’hypothèse biologique selon laquelle les gènes dont l’expression est constante entre les conditions, ont, en moyenne, des intensités de ChIP-seq similaires. Nous avons ainsi démontré que la répression des gènes par SPI1, dont certains sont liés à la différenciation érythroïde et à l’apoptose, est basée sur la coordination de deux mécanismes qui impliquent et sont contrôlés par l’histone dé-acétylase 1 (HDAC1) et le complexe répressif Polycomb (PRC2). J’ai également caractérisé la fixation de SPI1 à l’ARN en utilisant des données de CLIP-seq et démontré que cette fixation à l’ARN n’était pas liée à la régulation de l’expression génique. Ainsi, le rôle exact de la fixation de SPI1 à l’ARN n’est pas encore totalement expliqué, même si nous avons pu montrer que SPI1 se fixait majoritairement dans des régions introniques. Mes travaux de thèse ont donc permis de mettre en évidence de nouveaux mécanismes, jusqu’ici inconnus, pour la répression de l’expression génique par SPI1 dans l’érythroleucémie en coopération avec deux facteurs épigénétiques : PRC2 et HDAC1. De plus, une partie de mon travail de thèse a été dédié au développement d’un nouveau package R pour la normalisation de signaux de ChIP-seq entre différentes conditions ou échantillons. Cette méthode peut également être appliquée à des données d’ATAC-seq, elle est facile d’utilisation et peut ainsi être mise en oeuvre par les bioinformaticiens mais aussi par les biologistes
SPI1/PU.1 is a transcription factor belonging to the ETS family characterized by a highly conserved DNA binding domain (ETS domain) and a common core binding the 5’-GGAA/T-3’ DNA sequence. SPI1 is a key regulator of haematopoiesis, the regulation of SPI1 expression and function depends on lineage. Deregulation of Spi1 expression or activity contributes to hemopathies; SPI1 behaves as an oncogene or a tumor suppressor according to the hematopoietic lineage. SPI1 has been shown to be oncogenic in Waldenström’s macroglobulinemia, pediatric T cell acute lymphoblastic leukemia and erythroleukemia. Acute erythroid leukemia is a rare but high-risk leukaemia of poorly understood genetic basis. In the murine erythroid lineage, SPI1 abnormal unrestrained expression leads to acute leukemia, in part by inhibiting erythroid differentiation and apoptosis of erythroid progenitors.SPI1 is a transcription factor that also affects splicing processes. The ways SPI1 activates gene expression are now mostly established. As a pioneering transcription factor, SPI1 is able to bind closed chromatin and then to recruit many epigenetic and/or lineage specific co- or transcriptional factors. In contrast, Spi1 repressive functions on gene expression remain poorly understood. Whether it acts through its ability to bind DNA and/or RNA is not known. My PhD thesis is dedicated to the characterization of the mechanisms by which SPI1 represses gene expression. In particular, I studied how SPI1 represses gene expression in a model of murine erythroleukemia by investigating the role of SPI1 on epigenetic modifications. I also investigated the consequences of SPI1 binding to RNA. Using pre-leukemic cells issued from Spi1 transgenic mice, cells in which spi1 expression can be controlled (overexpressed or down-regulated), I performed an integrated analysis of several high throughput sequencing data sets to characterize epigenetic histone modifications, chromatin accessibility and gene expression. In order to compare histone modification signals from different conditions, we developed an R package, named ChIP-seq Inter-sample Normalization (CHIPIN). The algorithm of CHIPIN is based on the biological assumption that genes with constant expression across conditions have, on average, similar “true” ChIP-seq binding intensities. Using bioinformatic analysis combined with biological experiments, we demonstrate that SPI1 gene repression activity was based on the coordination of two mechanisms that involved and are controlled by histone deacetylase 1 (HDAC1) and polycomb repressive complex 2 (PRC2). Repressed genes include genes coding for apoptosis and erythroid differentiation. Finally, I studied the landscape of SPI1 binding on RNA using CLIP-seq data and showed that SPI1 binding on RNA was not related to gene expression regulation. Thus, the role of SPI1 when it binds RNA is not fully explain, even if we showed that SPI1 binds mainly in intronic regions on RNA. To sum up, my work highlighted new mechanisms for gene repression regulation by SPI1 in erythroleukemia in cooperation with two epigenetics factors: PRC2 and HDAC1. This work provides new insights in the role of the major hematopoietic regulator SPI1 for gene repression mechanisms. In addition, part of my work was dedicated to develop an R package called CHIPIN allowing for normalization of ChIP-seq signals from several conditions or samples. This method can be also used for ATAC-seq data. The R package is user friendly and can therefore be used by both bioinformaticians and biologists

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Labialle, Stéphane. "Élément invMED1 et complexe LRP130 d'activation du gène MDR1 humain : découverte et application à la génothérapie du phénotype de multi-chimiorésistance des cancers." Lyon 1, 2004. http://www.theses.fr/2004LYO10032.

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Abstract:

Le phénotype de résistance des cancers à la chimiothérapie (MRD) est principalement dû à la surproduction de protéines membranaires telles que la Pgp codée par le gène MDR1 chez l'humain. Nous rapportons ici la découverte d'un élément cis-activateur de la transcription des gènes MDR1 et MVP impliqués dans le phénotype MDR, que nous avons nommé invMED1. Nous avons étudié un facteur nucléaire de 150 kDa dont l'intensité d'interaction avec l'élément invMED1 croît lorsque le niveau de chimiorésistance intrinsèque de cellules cancéreuses en culture augmente. La caractérisation de ce facteur a permis d'indentifier sa copmposante protéique, la protéine LRP130, et suggère la présence d'un partenaire ARN. Ces détails permettent de développer nos stratégies de génothérapie du phénotype MDR. Grâce à l'établissement de lignées cancéreuses issues de mélanomes uvéaux humains et caractérisées par un groupe phénotype MDR complexe, nous avons pu tester le bénéfice apporté par l'administration de leurres transcriptionnels reproduisant l'élément invMED1 sur des cellules qui coexpriment les gènes MDR1 et MVP. Ces travaux permettent d'espérer une thèrapie génique du phénotype MDR qui aboutisse au traitement des cancers résistants par la chimiothérapie conventionnelle.

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Bastide, Lionel. "Contribution à l'étude de la régulation des gènes par des Bis-PNA." Montpellier 1, 1999. http://www.theses.fr/1999MON13510.

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Bigey, Pascal. "Reconnaissance et coupures spécifiques d'ADN double brin à l'aide d'oligonucléotides ou de PNA porteurs d'une nucléase chimique." Toulouse 3, 1995. http://www.theses.fr/1995TOU30152.

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Abstract:

Une premiere partie de ce travail est consacre a la synthese de differentes porphyrines cationiques de fer(iii) ou de manganese(iii), et a leur caracterisation precise par spectrometrie de masse par electrospray. Ces composes, qui sont des nucleases chimiques artificielles efficaces, sont ensuite couples sur des oligonucleotides ou des pna fonctionnalises par des fonctions amine primaire (les pna etant des analogues d'oligonucleotides possedant un squelette peptidique neutre). Les molecules hybrides oligonucleotide-metalloporphyrine (ou pna-metalloporphyrine) obtenues possedent une partie de reconnaissance de l'adn double brin (l'oligonucleotide ou le pna), et une nuclease chimique (la metalloporphyrine). L'objectif suivant a ete d'hybrider dans le grand sillon de l'adn ces molecules hybrides, afin de former une triple helice et de degrader l'adn double brin de facon specifique. En effet, la metalloporphyrine activee par l'intermediaire d'un oxydant donneur d'atome d'oxygene, provoquera des coupures de l'adn a l'endroit de la formation de la triple helice. L'influence de la longueur et de la nature du lien entre l'oligonucleotide et la metalloporphyrine a ete etudiee. Le meilleur resultat a ete obtenu avec un lien polyamine: la spermine. Cette molecule possede une bonne affinite pour l'adn, et elle a permis d'obtenir des structures en triple helice stables jusqu'a 40c, c'est-a-dire au dessus de la temperature physiologique. Si la spermine est remplacee par une diamine aliphatique, la triple helice n'est stable que jusqu'a 30c. La degradation du fragment d'adn double brin obtenue avec le lien spermine a ete de l'ordre de 70-80%

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Simard, François. "Régulation de l'expression génique et de la sécrétion des cytokines chez le neutrophile humain : implication de la voie des MAPK MEK/ERK et son découplage." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2012. http://hdl.handle.net/11143/6361.

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Abstract:

Le neutrophile humain est une composante essentielle du système immunitaire inné. Il joue un rôle-clé comme phagocyte professionnel pour la défense contre les agents externes. De plus, il a la capacité de libérer un large éventail de produits antimicrobiens et de produire également diverses protéines immunorégulatrices, dont une vaste gamme de cytokines (IL-8, MIP-1[alpha]/[beta], IP-10, I-TAC, TNF-[alpha], etc.). La génération de ces dernières permet le recrutement massif de neutrophiles et d'autres populations leucocytaires au site inflammatoire, contribuant ainsi au bon déroulement de la réponse inflammatoire. La génération de cytokines par le neutrophile humain est induite par différents agonistes, dont des molécules bactériennes (LPS, peptides N-formylés) ou les médiateurs inflammatoires (cytokines, chimiokines, facteurs de croissance). Ces molécules vont activer des récepteurs à la surface du neutrophile et déclancher ainsi plusieurs voies de signalisation et des facteurs transcriptionnels. Dans la présente étude, nous avons déterminé l'impact de la voie de signalisation MEK/ERK dans l'induction de l'expression des cytokines chez le neutrophile humain isolé du sang périphérique. Nous avons noté un découplage du module MEK/ERK suite à une stimulation avec certains agonistes pro-inflammatoires (LPS, TNF-[alpha]), mais par pour d'autres (fMLP, GM-CSF). L'utilisation de différentes classes d'agonistes et d'inhibiteurs pharmacologiques des voies de signalisation nous a permis de mettre en évidence les rôles différents de MEK et de ERK en ce qui concerne la sécrétion et la transcription de cytokines. Les kinases ERK et MEK sont toutes deux impliquées dans la sécrétion de cytokines, mais ERK est la seule des deux qui est associée à la transcription. Par contre, nous n'avons toujours pas identifié la kinase responsable de l'activation de ERK lorsque le module MEK/ERK est découplé. Enfin, à défaut d'identifier la kinase qui phosphoryle ERK, nous montrons que la MAP3K, TAK1, agit en amont de ERK et de MEK chez les neutrophiles. Nos résultats suggèrent que les thérapies basées sur l'inhibition de MEK devront être complémentées d'une inhibition de ERK, en particulier dans des maladies inflammatoires chroniques à forte prédominance neutrophilique.

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Falquerho, Laurence. "Etude de la phosphoprotéine hépatique PP63 : propriétés biologiques, expression et transcription constitutive de son gène." Montpellier 2, 1991. http://www.theses.fr/1991MON20222.

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Abstract:

La phosphoproteine pp63 secretee par l'hepatocyte de rat adulte est un inhibiteur de l'activite tyrosine kinase du recepteur de l'insuline in vitro sur le recepteur solubilise partiellement purifie et sur des cellules d'hepatomes en culture. Pp63 inhibe egalement l'activite mitogene de l'insuline sur ces meme cellules mais est sans action sur les effets metaboliques de l'hormone. Le precurseur proteique de pp63 a une masse moleculaire d'environ 40 kda et est riche en residus cysteine. Chez le rat adulte, l'expression de pp63 est limitee au foie. Malgre ce que laissait envisager son activite anti-mitogene, nous n'avons pas pu mettre en evidence de relation entre l'expression de pp63 et l'etat proliferatif des hepatocytes. Le gene codant pour pp63 a ete clone. Il comporte 7 exons repartis sur environ 8. 5 kilobases et est situe sur le chromosome 11. Pp63 presente un fort degre d'identite avec l'alpha-2hs glycoproteine humaine et la fetuine bovine. L'etude de la region promotrice a montre qu'elle comporte 5 sites de fixation pour des proteines nucleaires. Seules 2 familles de proteines s'y fixent, celles de la proteine qui se lie a la boite caat et du facteur nucleaire 1. Leurs sites de liaison sont situes en alternance sur le promoteur. Le premier site de fixation de la proteine qui se lie a la boite ccat est suffisant a la transcription dans un systeme acellulaire. Par contre la presence du premier site de fixation pour le facteur nucleaire 1 est necessaire egalement pour l'activite transcriptionnelle du promoteur dans des hepatocytes en culture primaire. L'expression maximale requiere les 5 sites de fixation

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Jobert, Laure. "Analysis of the function of human TAF15 in the regulation of gene expression." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2007. http://www.theses.fr/2007STR13193.

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Abstract:

TAF15 (TBP-associated factor 15) constitue avec EWS (Ewing sarcoma) et TLS (translocated in liposarcoma) la famille des protéines TET, dont les gènes correspondants sont fréquemment transloqués dans les sarcomes humains. TAF15 fait partie d’une sous-population du facteur général de transcription TFIID et de l’ARN polymérase II. Une analyse sur puce à ADN a révélé que 7. 5% des gènes présents sur la puce sont dérégulés en absence de TAF15. Une analyse plus détaillée de certains gènes régulés par TAF15 a montré que TAF15 agit au niveau transcriptionnel et est recruté sur les transcrits de ses gènes cibles. En outre, TAF15 forme un nouveau complexe avec le petit ARN nucléaire U1 (U1 snRNA), qui est distinct de la particule ribonucléoprotéique U1 bien caractérisée dans l’épissage. Puisque TAF15 lie à la fois l’ARN U1 et ses transcrits cibles et contrôle aussi la transcription d’un groupe de gènes, TAF15 peut participer au couplage de la transcription et de l’épissage de certains gènes
TAF15 (TBP-associated factor 15) forms with EWS (Ewing sarcoma) and TLS (translocated in liposarcoma) the TET protein family, whose genes are frequently translocated in human sarcomas. TAF15 has been identified on the basis of its association with a subpopulation of the general transcription factor TFIID and RNA polymerase II. We found by gene expression profiling that about 7. 5% of the genes were misregulated upon TAF15 knockdown. A detailed analysis of certain TAF15-regulated genes showed that TAF15 acts at the transcriptional level and is recruited on the transcripts of its target genes. Most importantly, TAF15 can form a novel complex with the spliceosomal small nuclear U1 RNA (U1 snRNA) that is distinct from the well-characterized small nuclear ribonucleoprotein U1 particle. Since TAF15 binds both the U1 snRNA and its target transcripts and also controls transcription of a specific set of genes, TAF15 may participate in the coupling of transcription and splicing on certain genes

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Bru, Thierry. "Les rétrovirus recombinants : un outil pour l'étude de la transcription inverse et de la mobilisation d'ARNs hétérologues." Tours, 2004. http://www.theses.fr/2004TOUR3301.

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Abstract:

Les rétrovirus ont été les premiers virus utilisés comme vecteurs en thérapie génique. La conservation de séquences d'origine virale dans les vecteurs est à l'origine de recombinaisons pouvant conduire à l'obtention de virus partiellement réplicatifs. D'autres évènements de recombinaison ont également été mis en évidence lors de la transcription inverse des ARN viraux. Nombre d'études ont montré que la transcriptase inverse pouvait réaliser des sauts intra- ou inter-moléculaires entre 2 ARNs génomiques. Le premier objectif de notre étude a été d'analyser et de quantifier les évènements de sauts inter-moléculaires réalisés par la transcriptase inverse lors de la synthèse de l'ADN proviral. Pour cela, nous avons construit une série de vecteurs rétroviraux défectifs pour leur réplication, ne pouvant réaliser une réaction complète de transcription inverse. Différentes séquences identiques ont été clonées dans les vecteurs complémentaires afin de comparer les fréquences de recombinaison induites par chacune d'entre elles. Nous nous sommes également intéressés au signal d'encapsidation des vecteurs rétroviraux. Nous avons remplacé, au sein d'un provirus recombinant, le par une banque de séquences aléatoires. Ces vecteurs ont été sélectionnés par une technique dérivée du SELEX. Le crible devait sélectionner, par infection, les séquences capables de se substituer efficacement au sauvage. Enfin, certaines études ont montré que l'expression isolée du gène gag dans un vecteur dérivé du Semliki Forest Virus (SFV) permettait d'obtenir de particules ayant recrutées les ARN hétérologues du vecteur SFV. Nous avons tiré profit de cette observation pour promouvoir le recrutement rétroviral d'un vecteur SFV défectif. Nous avons également montré que les réplicons ARN de SFV pouvaient être mobilisés dans des pseudoparticules formées par la seule expression de l'enveloppe du VSV
Retroviral vectors have been the first used in clinical gene therapy. The presence of viral sequences in these vectors can promote homologous recombination leading to the formation of fully or partially replicative competent retrovirus. Other recombination events have been identified during the reverse transcription of the viral RNA. Many studies have shown that the reverse transcriptase can realise intra-molecular switches within the RNA template and inter-molecular switches between identical sequences present in copackaged viral RNA. The first aim of our study was to analyse and quantify the events of inter-molecular switches during the proviral DNA synthesis. For that, we designed different couple of retroviral vectors defective for the completion of reverse transcription. Different homologous sequences were cloned in complementary vectors to compare the frequencies of recombination initiated by each sequence. We have realised a second study concerning the MoMLV packaging signal in retroviral vectors. We have replaced, in a recombinant provirus, the by a bank of random sequences. These vectors have been selected by a technique derivated from the SELEX. This approach should have allowed us to select, by infection, all the sequences able to efficiently replaced the wild type. Others studies have shown that the expression of the gag gene in an SFV (Semliki Forest Virus ) vector promoted to the formation of particles mobilising heterologous SFV RNA. We have first tested the mobilisation of SFV RNA within retroviral particles. We have also shown that SFV RNA could be efficiently mobilised in virus-like particles obtained by the expression of VSV glycoprotein alone. Preliminary studies were realised to understand this mechanism of SFV RNA mobilisation

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Ainaoui, Nadéra. "Étude de la régulation de l'expression génique du facteur de croissance FGF-1 au cours de la myogénèse." Toulouse 3, 2011. http://thesesups.ups-tlse.fr/1708/.

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Abstract:

Le FGF1 (fibroblast growth factor 1) est un facteur de croissance connu pour son rôle dans l'angiogenèse, qui est également impliqué dans la myogenèse. Le gène du FGF1 contient quatre promoteurs tissu-spécifiques permettant la synthèse de quatre transcrits possédant des régions 5' non traduite (5'NT) distinctes. Les ARNm issus des promoteurs A et C contiennent un IRES (internal ribosome entry site), élément structural de l'ARN qui permet la traduction de l'ARNm par un mécanisme différent du mécanisme classique dépendant de la coiffe. La première partie de ma thèse a porté sur l'implication du FGF1 au cours de la différenciation des myotubes in vitro, et durant la régénération musculaire in vivo. Nous avons pu démontrer que le FGF1 est induit lors de la différenciation et de la régénération musculaire, et que cette induction est requise pour la différenciation des myoblastes en myotubes. Il apparaît que cette induction est due à une activation coordonnée de la transcription à partir du promoteur A et de la traduction sous contrôle de l'IRES A, suggérant un mécanisme de couplage transcription-traduction. Dans le but d'élucider ce mécanisme, j'ai focalisé la deuxième partie de ma thèse sur la recherche des facteurs protéiques impliqués dans cette régulation au cours de la myogenèse. Par la technologie d'interaction biomoléculaire couplé à la spectrométrie de masse (BIA-MS) et par des expériences de CHIP, nous avons identifié deux protéines candidates, la hnRNPM et p54 nrb/NonO, qui se lient à la fois à l'IRES et au promoteur du FGF1 au cours de la différenciation des myoblastes. Nos résultats démontrent que ces protéines appartiennent à un même complexe qui est transloqué du noyau au cytoplasme spécifiquement au deuxième jour de différenciation myoblastiques, et qu'elles ont la double fonction d'activateur transcriptionnel et traductionnel. De plus, hnRNPM et p54 nrb/NonO se lient au domaine CTD de l'ARN polymérase II, et leur fonction d'activateur de l'IRES nécessite une étape transcriptionnel. Ces données nous permettent de proposer un modèle de couplage transcription-traduction dans lequel les deux protéines se lient au promoteur et activent la transcription, puis sont transférées sur l'ARNm naissant où elles jouent alors le rôle d'ITAF (IRES trans-acting factor). Ainsi nous montrons que la traduction est régulée de manière co-transcriptionnel à l'instar des étapes de maturation de l'ARNm comme l'épissage ou la polyadénylation. De plus, l'inhibition de p54 nrb/NonO bloque l'induction du FGF1 et la formation des myotubes, démontrant la relevance physiologique de ce mécanisme. La troisième partie de ma thèse a été consacrée à l'étude de l'influence de la région 3' non traduite (3'NT) de l'ARNm du FGF1 sur la régulation de ce facteur au cours de la myogenèse. Les résultats montrent que cette région 3'NT joue le rôle d'activateur de l'IRES, particulièrement en présence du promoteur. A l'issue de cette thèse j'ai donc pu démontrer que la régulation de l'expression du FGF1 lors de la myogenèse est très complexe, qu'elle implique un mécanisme de couplage transcription-traduction régulé par des facteurs protéiques, ainsi qu'un dialogue entre l'IRES et la région 3'NT de l'ARNm. En perspective il apparaît qu'un tel mécanisme de couplage pourra certainement se généraliser sur d'autres ARNm de la myogenèse possédant des IRES, ainsi qu'à d'autres processus physiologiques
The FGF1 (fibroblast growth factor 1) is a growth factor known for its role in the angiogenesis, which is also involved in the myogenesis. The gene of the FGF1 contains four promoters tissue specific allowing the synthesis of transcribed four possessing different regions 5 'untranslated region ( UTR). The mRNA from promoters A and C contains one IRES (internal entry ribosome site), structural element which allows the translation of the mRNA by a mechanism different from the classic mechanism dependent on the cap. The first part of my thesis concerned the implication of the FGF1 during the differentiation of the in vitro myotubes, and during the in vivo muscular regeneration. We were able to demonstrate that the FGF1 is involved during the differentiation and during the muscular regeneration, and that this induction is required for the differentiation of myotubes. It seems that this induction is due to a coordinated activation of the transcription from the promoter A and of the translation under control of IRES A, suggesting a coupling mechanism transcription-translation. With the aim of clarifying this mechanism, I focused the second part of my thesis on the research for the protein factors implied in this regulation during the myogenesis. By the technology of biomolecular interaction coupled with the mass spectrometry (BIA-MS) and experiments of CHIP, we identified two candidate proteins, the hnRNPM and p54 nrb / NonO, which are bound at the same time in IRES and to the promoter of the FGF1 during the differentiation of myoblastes. Our results demonstrate that these proteins belong to the same complex which is shuttle in the nucleocytoplasmic specifically in the second day of differentiation myoblastiques, and that they have the double function of transcriptionnel and translation activator. Furthermore, hnRNPM and p54 nrb / NonO are bound in the domain CTD of the polymérase RNA II, and their function of activator of IRES requires a stage transcriptionnel. These data allow us to propose a model of coupling transcription-translation in which both proteins are bound to the promoter and activate the transcription, then are transferred on the rising ARNm where they play then the role of ITAF (IRES trans-acting factor). So we show that the translation is regulated in a way co-transcriptionnel following the example of the stages of maturation of the mRNA as the splicing or the polyadénylation. Furthermore, the inhibition of p54 nrb / NonO blocks the induction of the FGF1 and the training of myotubes, demonstrating the physiological relevance of this mechanism. The third part of my thesis was dedicated to the study of the influence of the region 3 ' untranslated (3'UTR) from the mRNA of the FGF1 on the regulation of this factor during the myogenèse. The results show that this region 3'UTR plays activator's role of IRES, particularly in the presence of the promoter A. Finally I was thus able to demonstrate that the regulation of the expression of the FGF1 during the myogenesis is very complex, that it implies a coupling mechanism transcription-translation regulated by protein factors, as well as a dialogue enters IRES A and the region 3'UTR of the mRNA. In perspective it seems that such a coupling mechanism can certainly become widespread on other mRNA of the myogenesis possessing IRES, as well as in the other physiological processes

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Maallem, Saïd. "Osmoadaptation cellulaire cérébrale en situation d'hypertonicité systémique chez le rat : expession des gènes osmoprotecteurs et de leur facteur de transcription transactivateur : Identification de nouveaux gènes osmo-inductibles." Lyon 1, 2007. http://www.theses.fr/2007LYO10014.

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Abstract:

Les observations cliniques suggèrent que les cellules du cerveau possèdent une capacité d'osmoadaptation. Dans un modèle animal d'hypertonicité systémique, nous avons étudié, au niveau du cerveau par immunocytochimie et hybridation in situ, l'expression cellulaire des gènes osmoprotecteurs aldose réductase (AR) et transporteur du myo-inositol (SMIT) et celle de leur facteur de transcription transactivateur (TonEBP). L'expression osmo-induite de TonEBP est restreinte aux neurones, celle de AR et de SMIT à certaines sous-populations respectivement neuronales et non-neuronales. Cette divergence d'expression cellulaire suggère l'implication d'autres gènes. Par biopuce, nous avons identifié quatre gènes précoces codant des facteurs de transcription et un transporteur des acides aminés neutres dont l'expression est osmo-induite dans le tissu cérébral et qui sont potentiellement impliqués dans l'osmoadaptation celluaire cérébrale
Clinical observations suggest that brain cells possess osmoadaptation ability. Using an animal model of systemic hypertonicity, we have studied by immunocytochemistry and in situ hybridization cellular expression of osmoprotective genes, aldose reductase (AR) and myo-inositol transporter (SMIT) and their transactivator transcription factor (TonEBP). TonEBP is expressed and tonicity-induced in neurons only. Tonicity-induced expression of AR and SMIT is restricted to respectively some neuronal and non-neuronal cell subsets. These large discrepancies in cellular expression suggest the involvement of other genes. Using microarray analysis, we have identified four immediate early genes encoding transcription factors and one neutral aminoacid transporter whose tissular expression is tonicity-induced in brain and which might be involved in brain cellular osmoadaptation

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Dissertations / Theses on the topic 'Transcription génique'

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