Academic literature on the topic 'Vaches laitières – Maladies – Épidémiologie'

Avec cinq litres par habitant et par an, la consommation de produits laitiers à Madagascar reste faible. Toutefois, diverses campagnes de communication sont actuellement menées pour inciter la population à consommer davantage de produits laitiers et pour motiver les producteurs à améliorer la qualité du lait et les quantités produites (3). La majeure partie de la production nationale (90 p. 100) provient de la zone du triangle laitier situé sur les hauts plateaux de Madagascar dans les régions d’Antsi­rabe, d’Antananarivo et de Tsiroanomandidy.Toutefois, l’état sanitaire du cheptel laitier reste peu documenté et les maladies zoonotiques telles que la tuberculose demeurent négligées. La tuberculose bovine est une maladie animale chro­nique due à la bactérie Mycobacterium bovis. Elle peut être contractée par l’homme par voie aérienne ou par la consomma­tion de lait cru provenant de vaches infectées (1).En l’absence de données sanitaires récentes sur le niveau d’in­fection des cheptels laitiers par M. bovis et afin d’élaborer des stratégies de contrôle, une étude épidémiologique a été réalisée dans 15 communes (Fokontany) du district d’Antanifotsy dans la région du Vakinankaratra.Un dépistage a été effectué sur 429 vaches laitières par intra­dermo-tuberculination selon la méthode recommandée par l’Organisation mondiale de la santé animale (2) pour la détec­tion de la tuberculose bovine. Une dose de 0,1 ml (2 000 UI) de tuberculine bovine a été injectée par voie intradermique au niveau du cou de la vache. Lorsque la réaction est positive, un épaississement du pli de la peau est observé après 48 heures. La réaction est considérée comme négative quand le gonflement de la peau mesure moins de 2 mm avec un cutimètre. Elle est douteuse si aucun signe clinique n’est observé et si l’augmenta­tion de l’épaississement du pli de la peau mesure plus de 2 mm et moins de 4 mm. En revanche, Elle est positive si des signes cliniques sont observés ou s’il y a une augmentation de 4 mm ou plus de l’épaisseur du pli de la peau.Le diagnostic a été douteux pour seulement quatre vaches (0,9 p. 100) après la deuxième lecture (tableau I). Les 425 autres tests ont été négatifs.Alors qu’une très petite quantité du lait produit dans le district d’Antanifotsy est transformée localement, la grande majorité est collectée, souvent mélangée avec des laits d’origine inconnue, et acheminée vers la capitale. Sans traçabilité ni contrôle sanitaire le long de la chaîne de commercialisation, les laits crus vendus sur les marchés finaux présentent un risque de contamination pour les consommateurs et, même si nos résultats indiquent une faible prévalence de la tuberculose dans la population bovine laitière d’Antanifotsy, la pasteurisation du lait produit à Madagascar reste donc nécessaire.

Au cours d’une enquête menée dans 88 fermes de deux provinces du nord-est de l’Algérie – Oum El Bouaghi et Skikda –, 89 cas cliniques de piroplasmoses, soit un taux d’infection de 11,6 % des bovins examinés, ont été enregistrés entre mai et septembre 2011 dans 86,4 % des fermes visitées. Trois espèces de piroplasmes ont été identifiées dans les étalements sanguins colorés au Giemsa : Theileria annulata (chez 94,0 % des bovins malades), Babesia bovis (33,7 %) et Babesia bigemina (3,4 %), avec 31 % de co-infections. Il n’y avait pas de différence significative de prévalence entre les deux provinces ni entre les races bovines. La theilériose tropicale a provoqué une baisse significative de la production laitière, estimée à 319 litres par vache infectée pendant les deux mois suivant la maladie. Sept espèces de tiques ont été collectées dans les fermes pendant l’étude. Le pic d’infestation a été observé en juillet pour Hyalomma scupense (syn. H. detritum), H. lusitanicum, H. anatolicum, Rhipicephalus bursa et R. turanicus, et en août pour H. marginatum et H. excavatum. Une corrélation positive a été observée entre les cas cliniques de theilériose tropicale bovine et la charge parasitaire en H. scupense, d’une part, et entre les cas cliniques de babésioses et la charge parasitaire en R. bursa, d’autre part.

Les décisions de gestion de la santé animale correspondent à un large éventail de situations et de problèmes. Illustrant ce constat, sept maladies majeures des troupeaux bovins laitiers sont examinées pour identifier les facteurs les plus courants limitant l’efficacité des plans de maîtrise ainsi que les perspectives d’amélioration de la maîtrise sur le terrain. Pour les infections intra-mammaires, la recherche vise à la mise au point de vaccins multivalents, le ciblage des vaches à traiter par les antibactériens, la méthodologie des interventions en ferme, et l’augmentation de la résistance innée par la sélection génomique. Pour les strongyloses gastro-intestinales, les recherches prioritaires s’orientent aussi vers les stratégies de traitement anthelminthique raisonné et ciblé, la voie génétique semblant moins prioritaire que chez les petits ruminants. La maîtrise de la maladie de Mortellaro, affection de l’appareil locomoteur, ne pourra plus recourir aux désinfectants classiquement utilisés dans les pédiluves et des approches alternatives sont nécessaires. La maîtrise de la fièvre Q est à rechercher par la vaccination de l’ensemble du troupeau sur plusieurs années et l’hygiène de la parturition. La paratuberculose pourrait à terme être maîtrisée par la sélection génomique, en raison de l’absence de traitement et de vaccin efficaces et de l’existence de bases génétiques de résistance/résilience prometteuses. La maîtrise de l’infection par le virus BVDV semble pouvoir être atteinte par des mesures sanitaires combinées ou non avec la vaccination. La quasi-éradication des sérotypes exotiques du virus de la fièvre catarrhale ovine pourrait être obtenue par la surveillance ciblée et la vaccination massive et rapide. Les spécificités de l’étiologie, de l’épidémiologie et des moyens de maîtrise des maladies étudiées n’autorisent guère de conclusions génériques.

Le lait n’est pas tout à fait un aliment comme les autres puisqu’il est aussi produit par l’Homme. Cet aliment est indispensable à l’alimentation de l’enfant, car sa richesse nutritionnelle combinée à sa forme liquide en font une ration « tout en un » du jeune pendant ses premières semaines de vie. L’homme a très tôt domestiqué d’autres mammifères pour produire cet aliment nécessaire pour le jeune et l’a aussi intégré dans l’alimentation de l’adulte sous forme native ou après transformation. De fait, le lait est un des rares produits animaux avec l’oeuf qui est produit régulièrement et qu’il est possible d’obtenir sans tuer l’animal. Sa production fait pleinement partie de la fonction de reproduction et son prélèvement doit être géré pour ne pas handicaper le développement du jeune animal qui est également un élément d’avenir dans l’élevage. Les vaches laitières ont longtemps bénéficié de noms très personnalisés, voire de prénoms, jusqu’à ce que la traçabilité ne vienne proposer des identifiants plus proches du matricule de la sécurité sociale que des petits noms affectueux utilisés jusqu’alors. La traite est un moment particulier où l’éleveur se substitue au jeune pour prélever le lait plusieurs fois par jour. Tout ceci fait traditionnellement de l’élevage laitier un élevage qui associe étroitement l’homme et l’animal. Au commencement de la domestication et pendant longtemps, le principal défaut du lait a résidé dans sa faible aptitude à la conservation, nécessitant une consommation plutôt locale, le temps entre production et consommation devant rester le plus court possible. De fait, le développement de sa consommation dans les villes est récent et ne s’est pas fait sans quelques soucis (Fanica 2008). Bien entendu, les évolutions de l’industrie laitière et des transports ont permis de franchir ce double cap de la conservation et des distances, faisant en quelques décennies d’un produit local du peuple d’un terroir, riche d’identité, d’histoire et de culture (Faye et al 2010), un produit générique du commerce mondial qui s’échange entre continents suivant les règles de l’organisation mondiale du commerce et dont la demande augmente régulièrement. Ce passage du local au mondial ne s’effectue pas sans des changements radicaux des modes de production et de l’organisation des filières, avec des conséquences parfois importantes sur les territoires. La production de lait en France, pays traditionnel d’élevage bovin laitier, illustre parfaitement cette évolution et se trouve aujourd’hui à une période charnière. Riche d’une grande diversité de terroirs et de produits, la production française présente un profil original dont on ne sait pas aujourd’hui si c’est une force ou une faiblesse dans cette évolution. Depuis 1984, le système des quotas laitiers liés à la terre et non commercialisables en France a ralenti, comparativement aux pays voisins, l’évolution vers une spécialisation et une intensification des systèmes de production laitiers, mais il disparaîtra en 2015. Le contexte économique des prix des matières premières et du prix du lait devient beaucoup plus instable que par le passé. Le métier d’éleveur laitier, avec sa complexité, sa charge de travail importante, ses astreintes et la diminution de sa rémunération, devient moins attractif. La nécessaire prise en compte de l’impact de l’élevage sur l’environnement et plus globalement de la durabilité, constitue un nouveau défi qui est souvent vécu comme une contrainte supplémentaire. Cependant, les connaissances scientifiques et technologiques ont beaucoup progressé et offrent de nouveaux outils à l’élevage laitier pour construire une trajectoire originale dans cette évolution. Ce numéro spécial d’INRA Productions Animales se propose donc en quelques articles de faire un état des lieux des connaissances concernant la production laitière, ainsi que des nouveaux défis et des nouveaux outils qui s’offrent à la filière pour construire son avenir. Ce panorama n’est volontairement pas exhaustif et traitera prioritairement des vaches laitières avec cependant, lorsqu’il est apparu nécessaire, quelques exemples tirés de travaux réalisés chez les caprins. De même, il ne s’agit pas ici d’aborder la transformation du lait et les évolutions des nombreux produits transformés. Mais nous avons cherché à présenter un point sur un certain nombre de sujets en mettant en avant les avancées récentes et les défis scientifiques, techniques, économiques et organisationnels qui concernent la production laitière, en quatre grandes parties. La première plantera tout d’abord le décor du secteur laitier français. La deuxième présentera les nouvelles avancées des travaux sur la femelle laitière, la lactation et le lait. La troisième analysera les différents leviers que constituent la sélection génétique, la gestion de la santé, l’alimentation et la traite, pour mieux maîtriser la production de lait en élevage. Enfin, la dernière partie abordera des questions plus spécifiques concernant les systèmes d’élevage et leur futur. Le premier article de V. Chatellier et al fournit une analyse à la fois du bilan et des perspectives du secteur laitier français. Après une analyse du marché des produits laitiers au travers de la demande et de l’offre et des grandes stratégies des acteurs de la filière, cet article présente les spécificités françaises des exploitations laitières liées en particulier à la diversité des systèmes de production et des territoires. Cette double diversité se traduit également dans les écarts de productivité et des résultats économiques des exploitations dont la main-d’oeuvre reste majoritairement familiale, avec la question de son renouvellement qui se pose différemment selon les territoires. Enfin, à l’aune des changements importants de contexte qui se préparent avec la fin des quotas et les nouvelles relations qui se mettent en place entre producteurs et transformateurs, les auteurs étudient les différents scénarios qui en découlent et qui conduiront à l’écriture du futur du secteur laitier français dans les territoires et le marché mondial. La série d’articles sur l’animal et le lait débute par une approche systémique de l’animal laitier. La vache laitière est d’abord perçue au travers de sa fonction de production, et les modèles de prévision de la lactation se sont longtemps focalisés sur cette seule fonction. La notion d’animaux plus robustes et d’élevages plus durables (cf. Dossier « Robustesse... », Sauvant et Perez 2010) amène à revisiter cet angle d’approche pour l’élargir à ensemble des fonctions physiologiques en prenant mieux en compte les interactions entre les génotypes animaux et leurs environnements. La modélisation aborde cette complexité de deux façons contrastées, l’une plutôt ascendante en partant des mécanismes élémentaires et en les agrégeant, l’autre plutôt descendante, en partant de grandes propriétés émergeantes des principales fonctions et de leurs interactions, voire de leur compétition dans l’accès aux ressources nutritionnelles. La revue de Friggens et al aborde ainsi la question de la dynamique de partition des nutriments entre fonction physiologiques chez les vaches laitières en fonction du génotype en présentant plusieurs approches de modélisation. Cette revue s’attache à montrer l’intérêt de partir des propriétés émergeantes pour arriver à modéliser les réponses complexes (production, reproduction, composition du lait, état corporel…) d’une vache soumise à différentes conduites d’élevage au cours de sa carrière. Les outils de demain qui permettront d’optimiser la conduited’élevage face aux aléas économiques et climatiques dépendront de l’avancée de ces modèles et des connaissances scientifiques qui les sous-tendent. La fonction de lactation est la conséquence de nombreux mécanismes à l’échelle de l’animal, tout particulièrement au niveau de la glande mammaire. Le développement et le fonctionnement de cet organe caractérisé par sa cyclicité ont fait l’objet de nombreux travaux à l’Inra et dans de nombreuses équipes de recherches internationales. Il ne s’agissait pas ici de relater l’ensemble de ces travaux mais de consacrer un article aux dernières connaissances acquises sur les mécanismes de biosynthèse et de sécrétion des constituants du lait. L’article de Leroux et al présente les travaux sur la régulation de l’expression génique dans la glande mammaire avec un intérêt particulier pour les données acquises avec les nouveaux outils d’études globales de génomique expressionnelle. Ceux-ci apportent de nouvelles connaissances sur les effets des facteurs génétiques sur la biosynthèse et la sécrétion du lait, sur leur régulation nutritionnelle et sur l’interaction de ces facteurs. Ce dernier point constitue un champ d’investigation supplémentaire pour décrypter les secrets du fonctionnement mammaire avec notamment l’intervention de nouveaux acteurs que sont les petits ARN non codants (ou microARN) qui vient encore accroître la complexité du fonctionnement mammaire dans son rôle prépondérant lors de la lactation. Après avoir fait cet état des lieux des connaissances sur la biosynthèse et la sécrétion des constituants du lait au niveau de la glande mammaire, l’article de Léonil et al présente la complexité des fractions protéique et lipidique du lait et de leur assemblage en structures supramoléculaires. Ces structures finales sont sous la dépendance de la nature et de la variabilité des constituants, ellesmêmes dues aux polymorphismes des gènes responsables de leur synthèse. Ainsi, les auteurs font un état des lieux des connaissances sur la structure et le polymorphisme des gènes spécifiant les protéines coagulables du lait que sont les caséines pour arriver à l’organisation de ces dernières en micelles. Le rôle nutritionnel de ces protéines majeures du lait et leur fonction biologique sont revisitées à la lumière des connaissances croissantes sur les peptides bioactifs qu’elles contiennent. La fraction lipidique n’est pas en reste avec la présentation de sa complexité et de son organisation sous forme de globule gras ainsi que de son impact nutritionnel sur le consommateur. Enfin, la découverte récente, dans le lait, de petites particules (ou exosomes) véhiculant des protéines et des ARN ouvre de nouvelle voies d’investigation de l’impact du lait sur la santé du consommateur. La série d’articles consacrée aux leviers d’action dont disposent les éleveurs pour moduler la production laitière ainsi que la composition du lait débute par l’article de Brochard et al, qui retrace l’impact de la sélection génétique pour arriver aux apports de la sélection génomique des races bovines laitières. Un bref historique de la sélection génétique présente les progrès réalisés sur les caractères de production laitière mais aussi sur des caractères de robustesse (fertilité, mammites…) et permet ainsi de dresser le décor génétique des élevages français. L’avènement des outils de génomique grâce au séquençage du génome bovin a conduit à renouveler les perspectives de sélection des bovins laitiers (cf. Numéro spécial, «amélioration génétique" Mulsant et al 2011). La présentation brève de ces outils permet de mieux appréhender les retombées attendues. Les opportunités offertes par la sélection génomique sur les caractères laitiers sensu stricto se complètent et permettent également de proposer une sélection sur de nouveaux caractères. En effet, la prise en compte progressive d’autres caractères oriente la sélection vers une complexité accrue notamment grâce à l’établissement de nouvelles mesures phénotypiques. L’évolution vers une meilleure robustesse, une efficacité alimentaire optimisée mais aussi une empreinte environnementale réduite, sera d’autant plus envisageable que la sélection pourra s’appuyer sur des capacités de phénotypage de plus en plus fin et à grande échelle. Un autre facteur prépondérant dans l’élevage laitier concerne la gestion de la santé animale qui affecte, notamment, la durabilité des élevages sous l’angle socio-économique. Cette gestion complexe doit prendre en compte de nombreux paramètres tel que le nombre des traitements nécessaires, le temps passé, les pertes économiques directes à court et long terme, etc. Les infections ne touchent pas toutes directement la glande mammaire, mais en affectant l’animal, elles impactent la lactation, l’efficacité de production du troupeau et donc l’élevage. L’article de Seegers et al passe en revue sept maladies majeures classées en trois groupes affectant les bovins laitiers. Il présente les connaissances récentes acquises sur ces maladies et les perspectives qu’elles ouvrent pour mieux les maîtriser. Ces maladies ont bien souvent un impact économique fort sur les élevages et/ou sont transmissibles à l’Homme constituant ainsi des questionnements de recherche forts et pour lesquels les moyens d’actions sont aussi multiples que variés. De plus, les attentes sociétales visent à diminuer, autant que faire se peut, les intrants médicamenteux. L’alimentation est un levier de maîtrise de la production et de la composition du lait qui présente l’avantage d’avoir des effets rapides et réversibles. Bien que ce levier puisse également moduler la composition protéique du lait, l’impact prépondérant de l’alimentation sur la composition en acides gras du lait, dans le but de fournir aux consommateurs une qualité nutritionnelle du lait la plus favorable possible, a été mis en exergue par de nombreuses études. La détermination de la composition en acides gras des laits est de plus en plus précise, notamment du fait des nouvelles techniques qui permettent une meilleure caractérisation de ces profils. Outre l’impact de l’alimentation, les effets des apports nutritionnels chez le ruminant sur les teneurs en composés vitaminiques du lait sont également à prendre en compte dans la perspective de l’utilisation du lait comme source complémentaire naturelle de vitamines chez les sujets présentant une efficacité d’absorption réduite (tel que les jeunes ou à l’inverse les personnes âgées). L’article de Ferlay et al recense les principaux facteurs alimentaires (nature de la ration de base, supplémentation oléagineuse, différents types de suppléments lipidiques et leurs interactions) influençant la composition en acides gras et en vitamines du lait de vache. Enfin, la traite constitue un outil supplémentaire de pilotage des troupeaux en termes de production laitière mais aussi de qualité sanitaire, technologique et nutritionnelle du lait. De plus, une meilleure connaissance des effets des différentes pratiques de traite est cruciale dans le contexte actuel de gestion du travail dans les exploitations laitières (cf. Numéro spécial, « Travail en élevage », Hostiou et al 2012). Les moyens mis en oeuvre se situent à différents niveaux allant de la fréquence de traite aux systèmes de stockage des laits en passant par les réglages possibles ou les types de machines à traire. L’article de Guinard-Flament et al fait le point des connaissances actuelles sur les effets et les conséquences de modifications de la conduite des animaux à la traite. Il présente les effets de la fréquence de traite sur le niveau de production laitière et sur la composition du lait. Le contexte de la traite, avec les effets mécaniques de la machine à traire et celui du système de stockage, est également présenté dans ses multiples facettes pour souligner leur rôle prépondérant sur la qualité microbienne des laits. La conduite des vaches à la traite est également un moyen de gestion de la carrière d’une vache laitière à travers le pilotage de certaines phases du cycle de production (effets sur la reproduction et sur la durée de la lactation et leurs conséquences sur la santé de l’animal...). La dimension des systèmes d’élevage est dominée ces dernières années par la question environnementale, notamment depuis la parution du rapport de la FAO « Livestock’s long shadow » (Steinfeld et al 2006). L’élevage laitier, très consommateur de ressources de qualité, est concerné au premier rang par ce défi environnemental. Mais ces enjeux, peu perceptibles à l’échelle de l’élevage pourtant à l’origine de ces risques, sont difficiles à intégrer dans les objectifs des systèmes de production. L’article de Dollé et al sur les impacts environnementaux des systèmes bovins laitiers français apporte de nombreux éléments quantifiés sur les émissions des éléments à risque pour l’environnement par les élevages laitiers. Ces risques concernent bien entendu la qualité de l’eau, notamment via les excrétions d’azote et de phosphore, ce qui est connu depuis longtemps avec leurs impacts sur l’eutrophisation des cours d’eau et des côtes. Les risques liés à la qualité de l’air ont été pris en compte beaucoup plus récemment et concernent principalement les émissions d’ammoniac pouvant affecter la santé humaine et des gaz à effet de serre responsables du réchauffement climatique (cf. Dossier, « Gaz à effet de serre en élevage bovin : le méthane », Doreau et al 2011). Ensuite, l’article aborde la question de la biodiversité, auxiliaire de l’agriculture et des paysages, où l’élevage joue un rôle central au sein des territoires agricoles. L’article aborde pour finir la question de la quantification de ces impacts afin d’améliorer objectivement les performances environnementales des élevages et montre que performances environnementales et économiques en élevage laitier ne sont pas antinomiques. En guise de conclusion de ce numéro, J.L. Peyraud et K. Duhem se sont prêtés à un exercice d’analyse prospective des élevages laitiers et du lait de demain en reprenant certains des constats de l’article introductif, notamment sur la diversité des systèmes et des territoires, la restructuration rapide de la filière et la reconstruction du métier d’éleveur. La filière devra demain affronter la tension entre l’amélioration de la compétitivité et celle de la durabilité de l’élevage en tirant profit des innovations. La meilleure prise en compte des qualités nutritionnelles des produits et de l’évolution des demandes tout en améliorant l’intégration de l’élevage au sein des territoires constitue un double défi pour résoudre cette tension. L’analyse des auteurs prône cependant un maintien de la diversité et la complémentarité des systèmes dans une diversité de territoires pour mieux répondre aux enjeux de la société et des éleveurs. Ce numéro spécial montre combien la filière laitière est aujourd’hui plus que jamais à la croisée des chemins avec des défis économiques et sociétaux difficiles à relever dans un climat de plus en plus incertain. Entre diversité d'une part, et spécialisation et standardisation d'autre part, le chemin de la filière française reste complexe à définir. Les nombreuses évolutions des connaissances scientifiques permettent de disposer à court ou moyen terme de nouveaux outils pour relever ces défis. La sélection génomique pour disposer des animaux les plus adaptés à leur système, les modèles de prévision pour anticiper les aléas et leurs conséquences, les outils d’évaluation environnementale pour maîtriser les risques, les outils de monitoring et d’information des troupeaux d’élevage pour améliorer les conditions de travail et l’efficience des troupeaux, les possibilités de piloter la qualité des produits par les conduites d’élevage et en particulier l’alimentation, une meilleure connaissance des mécanismes de régulation de la lactation, la découverte de la richesse des constituants du lait et de leurs propriétés nutritionnelles et fonctionnelles sont autant d’atouts pour la filière pour affronter ces défis. A travers les articles de ce numéro, nous avons voulu illustrer quelques un de ces défis et des perspectives offertes par la recherche. L’enjeu sera de les mobiliser à bon escient dans le cadre de stratégies cohérentes. Cela nécessitera la collaboration de tous les acteurs de la recherche, de la formation, du développement et de la filière. A leur niveau, les articles de ce numéro, par les nombreuses signatures communes entre chercheurs, enseignants-chercheurs et ingénieurs de recherche-développement, témoignent de la vitalité des unités mixtes de recherche et des unités mixtes thématiques impliquées dans l’élevage laitier. De même, bon nombre de travaux relatés dans les articles de ce numéro sont le fruit de programmes de recherche co-financés et menés en collaboration étroite entre la recherche, les instituts technique et la filière. Nous y voyons un fort signe positif pour l'avenir de l'élevage laitier en France Cet avant-propos ne saurait s’achever sans remercier René Baumont et le comité de rédaction d’Inra Productions Animales pour l’initiative judicieuse de ce numéro spécial, mais aussi pour nous avoir aidés à mener à bien ce projet comprenant de nombreux auteurs, qui ont bien voulu se prêter à l’exercice difficile de la rédaction d’un article de synthèse qui conjugue la rigueur de l’information scientifique avec l’exigence de la rendre accessible à un large public. Ce numéro doit beaucoup aussi aux relectures constructives de nombreux collègues que nous remercions ici anonymement. Enfin, cet ouvrage doit aussi sa qualité à un travail remarquable d’édition technique assuré par Pascale Béraudque nous associons à ces remerciements. Nous avons eu la primeur de ces articles et nous espérons que vous partagerez l’intérêt que nous avons eu à leur lecture à la fois instructive, enrichissante et propice à nourrir notre réflexion pour le futur de la recherche-développement dans le domaine de l’élevage bovin laitier.Philippe FAVERDIN, Christine LEROUX RéférencesDoreau M., Baumont R., Perez J.M., (Eds) 2011. Dossier, Gaz à effet de serre en élevage bovin : le méthane. INRA Prod. Anim., 24, 411-474. Fanica P.O., 2008. Le lait, la vache et le citadin. Du XVIIe au XXe siècle. Editions Quae, Paris, France,520p. Faye B., Bonnet P., Corniaux C., Duteurtre G., 2010. Peuples du lait. Editions Quae, Paris France, 160p. Hostiou N., Dedieu B., Baumont R., (Eds) 2012. Numéro spécial, Travail en élevage. INRA Prod. Anim., 25, 83-220. Mulsant P., Bodin L., Coudurier B., Deretz S., Le Roy P., Quillet E., Perez J.M., (Eds) 2011. Numéro spécial, Amélioration génétique. INRA Prod. Anim., 24, 283-404. Sauvant D., Perez J.M., (Eds) 2010. Dossier, Robustesse, rusticité, flexibilité, plasticité, résilience… les nouveaux critères de qualité des animaux et des systèmes d'élevage. INRA Prod. Anim., 23, 1-102. Steinfeld H., Gerber P., Wassenaar T., Castel V., Rosales M., de Haan C., 2006. Livestock's long shadow: environmental issues and options. Food and Agriculture Organization of the United Nations,414p.

Les facteurs de risque de la composante nutritionnelle des troubles de sante de la vache laitiere sont etudies via des enquetes epidemiologiques conduites dans des exploitations volontaires en france. Le colza fourrager et des uremies elevees refletant de forts apports en azote non proteique sont facteurs de risque des troubles hepatiques. Une ration de tarissement riche en ensilage d'herbe et pauvre en concentres a base de cereales augmente le risque de retention placentaire. Le risque de fievre vitulaire est superieur chez les vaches recevant beaucoup de calcium via le concentre mineral et de tourteau de soja en fin de gestation. Il y a plus de mortinatalite chez les vaches ingerant du colza fourrager en fin de gestation. Une alimentation comportant de l'uree et un velage d'hiver augmente le risque de metrite du post-partum. Un mauvais equilibre en acides gras polyinsatures, energie et calcium, une surnutrition azotee et des composes toxiques du colza sont a l'origine des troubles de sante. Les hypotheses etiologiques precises sont presentees et des regles preventives proposees pour mieux garantir la sante de la vache laitiere

L’amélioration du bien-être des vaches laitières est un réel enjeu face aux attentes sociétales. Cette thèse a pour objectifs d’identifier (i) les aspects les plus dégradés du bien-être des vaches, (ii)les indicateurs de risque et (iii) les facteurs associés à l’atteinte de la relation homme-animal. Ce projet repose sur une étude épidémiologique utilisant la méthode Welfare Quality R pour évaluer le bien-être des vaches. En général, les boiteries étaient peu fréquentes et les animaux avaient une bonne liberté de mouvement. L’absence de faim et de soif et l’expression des comportements étaient bien respectés mais variables entre élevages. Le confort de couchage, l’absence de blessures et de maladies, le comportement social, l’état émotionnel et la relation homme-animal étaient dégradés et variables. L’écornage était souvent réalisé sans antidouleurs. Les principaux indicateurs de risque pour le bien-être des vaches sont la localisation géographique (pour la soif), la race (faim,comportement social), le logement (confort de couchage, blessures), l’interaction logement-race (état émotionnel) et localisation géographique-système de traite (expression des comportements propres à l’espèce). La mise en place de plan d’actions doit donc tenir compte du type d’élevage. Aucune association entre le système d’élevage et la relation homme animal n’a été trouvée. Les conditions de vêlage, les représentations des éleveurs et le comportement social des vaches étaient par contre associés à ce critère. De plus, de fortes variations entre vaches ont été relevées, suggérant que le tempérament des animaux joue un rôle important
Improving dairy cows’ welfare is a major challenge in response to citizen concerns. The present thesis aimed to identify (i) major welfare problems, (ii) which farm characteristics are associated with the impairment of welfare and (iii) which factors are associated with the impairment of human-animal relationships. We conducted an epidemiological survey and used the Welfare Quality R protocol to assess dairy cows’ welfare. In general, prevalence of lameness was low and cows had opportunities to walk. The absence of hunger and thirst and the expression of species-specific behaviors were achieved but variable between farms. Resting comfort, skin injuries, health, social behavior, cows’ emotional state and human-animal relationships were affected and variable. Disbudding was often performed without pain relief. The main risk indicators of poor cow welfare were farm location (for thirst), breed (hunger, social behavior), housing (resting comfort and skin injuries), the interaction housing-breed (emotional state) and location-milking system (expression of species-specific behaviors). Action plans should be designed according to farm types. The quality of the human-animal relationship was not associated with farm main characteristics, but to calving conditions, farmers’ attitudes and cows’ social behavior. In addition, we observed large variations between-cows in their responses to humans, suggesting that individual behavioral traits of cows play a major role

L’objectif était de produire des connaissances épidémiologiques descriptives pour la conception ultérieure de plans de maîtrise de l’infection des bovins par Coxiella burnetii, agent d’une zoonose la Fièvre Q. Les performances d’outils de détection de l’infection au niveau de l’animal et de mesure de son étendue au sein des troupeaux ont été évaluées en conditions d’élevage. La détection des bovins excréteurs peut être pratiquée à l’aide d’une technique PCR en temps réel, appliquée simultanément au lait, au mucus vaginal et aux fèces, compte-tenu de la non concomitance de l’excrétion. Pour la détection des bovins porteurs d’anticorps anti-Coxiella burnetii, l’utilisation d’un test ELISA basé sur un antigène obtenu à partir d’une souche ovine de Coxiella burnetii plutôt que de la souche Nine-Mile, appliqué aussi bien au sérum qu’au lait, est à privilégier pour limiter le risque de faux-négatifs. A l’échelle du troupeau, le lait de tank apparaît comme un prélèvement d’intérêt pour estimer à l’aide de la même technique PCR en temps réel la prévalence des vaches excrétrices dans le lait et à l’aide du même test ELISA la séroprévalence intra-troupeau. Les caractéristiques de l’excrétion de Coxiella burnetii ont été décrites dans le cadre d’un suivi longitudinal sur une période de 6 mois de l’ensemble des vaches laitières de 5 troupeaux naturellement infectés. L’excrétion fécale a concerné moins de 20% des vaches prélevées et ceci principalement de façon sporadique. L’excrétion vaginale a concerné environ 50% des vaches, à tout stade de lactation, de façon sporadique ou intermittente. Environ 40% des vaches ont été détectées excrétrices dans le lait, le plus souvent de manière persistante ou sporadique. Des titres estimés en Coxiella burnetii significativement plus élevés ont été observés chez les vaches présentant un profil d’excrétion persistante. Les apports et limites des résultats produits sont discutés dans la perspective de l’élaboration ultérieure d’actions de maîtrise et des perspectives de recherche complémentaires sont avancées.

Q fever is a worldwide zoonosis caused by Coxiella burnetii which induces reproductive disorders in livestock. Ruminants are also recognized as the most important source of human infection. Therefore, the control of this infection in cattle is crucial to limit both the infection in livestock and the zoonotic risk. The objective of this thesis was to better understand the natural course of the infection within dairy cattle herds in order to propose effective control measures. A stochastic individual-based model in discrete time was conceptualised to represent the C. Burnetii spread within a dairy herd. Its main epidemiological parameters were assessed from field data using a Bayesian approach. As a great heterogeneity between shedder cows, known to impact infection dynamics, has been described, the shedding routes and levels were explicitly represented in a variant of the first model. The most influential parameters of the infection dynamics, identified through a sensitivity analysis, were the levels of shedding, the characteristics of the bacterium in the environment and some physiological features of cows. Lastly, the long-term effectiveness of three different vaccination strategies in reducing the shedders prevalence, the number of abortions, the environmental bacterial load, and in leading to infection extinction was tested by simulation. A 10-year vaccination programme for both cows and heifers was found to be the most effective one. Besides providing a better understanding of C. Burnetii infection dynamics, this work can help prioritizing needs of research and designing effective control programmes for Q fever in cattle
La fièvre Q est une zoonose mondialement répandue due à Coxiella burnetii. Elle peut engendrer des troubles de la reproduction chez les ruminants. De plus, ces derniers constituent la principale source d’infection pour l’Homme. Il est donc nécessaire de lutter contre la propagation de C. Burnetii en troupeaux bovins pour améliorer les performances de ces élevages et limiter le risque zoonotique. L’objectif de cette thèse a été de mieux comprendre la propagation de l’infection au sein d’un troupeau bovin laitier, afin de mieux la contrôler. Un modèle épidémiologique stochastique, individu-centré et en temps discret représentant la propagation intra-troupeau de C. Burnetii a été développé. Ses paramètres ont été estimés à partir de données de terrain en utilisant une approche Bayésienne. Une forte hétérogénéité entre vaches excrétrices ayant été rapportée, les voies et niveaux d’excrétion ont été explicitement représentés dans une variante du premier modèle. Les paramètres influençant le plus la dynamique d’infection, identifiés par une analyse de sensibilité, étaient les niveaux d’excrétion, les caractéristiques de la bactérie dans l’environnement et certains traits physiologiques des animaux. Enfin, trois stratégies de vaccination ont été représentées dans le modèle et leurs efficacités à long terme ont été comparées par simulation. La vaccination des vaches et génisses pendant 10 ans s’est avérée la stratégie la plus efficace. En conclusion, outre une meilleure compréhension de la dynamique d’infection, ce travail fournit une aide à la priorisation des besoins de recherche et à la définition des mesures efficaces pour contrôler la fièvre Q en troupeaux bovins laitiers

L'objectif était d'évaluer la valeur informative de la concentration en cellules somatiques (CCS) du lait de quartier pour dépister l'infection intramammaire (IIM) des vaches laitières et d'étudier son aptitude à estimer la prévalence des IIM. Deux synthèses bibliographiques ont été menées dans le but d'estimer des moyennes de CCS lors d'IIM par différentes bactéries et de calculer des valeurs synthétiques de sensibilité et de spécificité du test basé sur la CCS pour dépister les IIM. Ce test est plus précis au niveau du quartier qu'au niveau de la mamelle et de meilleure qualité quand il est appliqué au dépistage des IIM dues aux agents pathogènes majeurs. La prise en compte du numéro et du stade de lactation, de l'interprétation des résultats bactériologiques et de l'évolution de la CCS n'a pas amélioré la qualité intrinsèque de ce test. En revanche, la prise en compte de l'évolution de la CCS améliore sa valeur prédictive positive. Par ailleurs, il a été montré que la CCS est un estimateur médiocre de la prévalence des IIM.

L'ecopathologie represente une approche systemique de la pathologie d'elevage. Elle concerne essentiellement les malades d'etiologie multifactorielle. A partir de divers referentiels sanitaires (facteurs de variation temporelle et spatiale), et en fonction de certaines normes de comportement, l'eleveur realise des pratiques qui conduisent a des performances sanitaires. De ce fait, ces pratiques peuvent constituer des facteurs de risque. Cependant, les performances sanitaires dependent aussi des ressources et du milieu environnant. Les performances et l'environnement ainsi que les productions du systeme d'elevage peuvent etre perceptibles a partir d'indicateurs du fonctionnement tel que l'indice de proprete pour l'hygiene. Ces indicateurs sont indispensables pour que l'eleveur opere ses choix techniques et que le veterinaire gere la sante du troupeau

L'amélioration du bien-être des vaches laitières est un réel enjeu face aux attentes sociétales. Cette thèse a pour objectifs d'identifier (i) les aspects les plus dégradés du bien-être des vaches, (ii)les indicateurs de risque et (iii) les facteurs associés à l'atteinte de la relation homme-animal. Ce projet repose sur une étude épidémiologique utilisant la méthode Welfare Quality R pour évaluer le bien-être des vaches. En général, les boiteries étaient peu fréquentes et les animaux avaient une bonne liberté de mouvement. L'absence de faim et de soif et l'expression des comportements étaient bien respectés mais variables entre élevages. Le confort de couchage, l'absence de blessures et de maladies, le comportement social, l'état émotionnel et la relation homme-animal étaient dégradés et variables. L'écornage était souvent réalisé sans antidouleurs. Les principaux indicateurs de risque pour le bien-être des vaches sont la localisation géographique (pour la soif), la race (faim,comportement social), le logement (confort de couchage, blessures), l'interaction logement-race (état émotionnel) et localisation géographique-système de traite (expression des comportements propres à l'espèce). La mise en place de plan d'actions doit donc tenir compte du type d'élevage. Aucune association entre le système d'élevage et la relation homme animal n'a été trouvée. Les conditions de vêlage, les représentations des éleveurs et le comportement social des vaches étaient par contre associés à ce critère. De plus, de fortes variations entre vaches ont été relevées, suggérant que le tempérament des animaux joue un rôle important.

Paratuberculosis is a worldwide incurable disease of ruminants resulting in a decrease in milk production and slaughter value. The aim of this thesis was to evaluate the epidemiological and economic effectiveness of selected control programmes in infected dairy herds. A stochastic simulation model has been developed to represent both the population dynamics within a dairy herd and the transmission of Mycobacterium avium subsp. Paratuberculosis (Map). It has been coupled to an existing bioeconomic model. The spontaneous within-herd progression of Map infection after the introduction of one infected cattle in an initially susceptible herd was studied in the absence of control measure. The effect of within-herd contacts on Map spread in a persistently infected herd was investigated. The cost-effectiveness of test-and-cull strategies to control Map infection in dairy herds was assessed. Simulation outcomes put forward that, even when no control measure is implemented, fadeout can occur if less than two clinically affected animals are present. In persistently infected herds, the two main transmission routes are transmission via the environment of the farm and in utero transmission. Isolating calves from their herd mates during the first weeks of age has no significant impact on Map transmission. Limiting or delaying calf exposure to adult faeces and early culling of clinically affected adults are thus recommended to decrease Map prevalence in infected dairy herds. Systematic test-and-cull appears cost-effective if implemented from the day one infected cattle is introduced. The tool designed here is flexible and enables studying other control options within a dairy herd
La paratuberculose est une maladie incurable des ruminants entraînant une diminution de la production laitière et de la valeur de carcasse des animaux infectés. L'objectif de ma thèse est d'évaluer l'efficacité épidémiologique et économique d'actions de maîtrise en troupeaux bovins laitiers infectés. Un modèle de simulation stochastique représentant la dynamique de population d'un troupeau bovin laitier et la transmission indirecte de Mycobacterium avium subsp. Paratuberculosis (Map) a été, élaboré puis couplé à un simulateur bioéconomique existant. L'évolution spontanée de l'infection après I'introduction d'un animal infecté dans un troupeau initialement sensible est étudiée en l'absence d'action de maîtrise. L'effet de la structure de contact sur la transmission de Map est exploré. La rentabilité de stratégies de maîtrise de l'infection est évaluée. Une extinction de l'infection peut survenir lorsque moins de deux animaux cliniquement infectés sont présents en cinq ans, en l'absence d'action de maîtrise. Dans les troupeaux infectés persistants, la transmission in utero et via l'environnement contaminé sont les deux principales voies de transmission. Empêcher le contact précoce entre veaux n'a pas d'impact sur la transmission de Map. Il est recommandé de limiter ou retarder l'exposition des veaux aux fèces des adultes et de réformer rapidement les animaux cliniquement infectés pour réduire la prévalence de l'infection. L'utilisation de tests suivis de réformes mis en place systématiquement dès l'introduction d'un animal infecté semble rentable. L'outil développé ici est flexible et permettra d'étudier d'autres actions de maîtrise en troupeau laitier

Le protozoaire Blastocystis et la bactérie Campylobacter sont des microorganismes zoonotiques ayant un impact majeur en santé publique. Même si son pouvoir pathogène reste controversé, Blastocystis est l’eucaryote unicellulaire le plus fréquemment retrouvé dans les selles humaines alors que Campylobacter est considérée comme la cause la plus courante de gastroentérite humaine. Ces microorganismes sont fréquemment présents chez les animaux destinés à l’alimentation comme les volailles ou les bovins et leur transmission peut être liée à la consommation ou à un contact répété avec les manipulateurs de ces animaux. Malgré ce risque potentiel majeur pour l’Homme, très peu de données étaient disponibles concernant la prévalence et les espèces de Campylobacter ou sous-types de Blastocystis présents dans les filières avicole et bovine au Liban. De plus, le risque de transmission zoonotique par contact direct avec le personnel des abattoirs ou les éleveurs n’avait jamais été évalué. Pour ce qui est des bovins, Blastocystis a été identifié par PCR quantitative en temps réel dans plus de 60% des échantillons de selle de vaches laitières analysés au Nord-Liban. Une prédominance du sous-type (ST) 10 et du ST14 a été observée confirmant que les bovins sont les hôtes naturels de ces deux STs. Les ST2, ST1, ST5, ST3 et ST7 ont aussi été identifiés avec de faibles prévalences. Chez les éleveurs comme dans un groupe de patients sans contact avec ces animaux, une prévalence importante dépassant les 50% a été rapportée avec une prédominance du ST3. Cependant, la comparaison des isolats identifiés dans ces cohortes humaine et animale suggère que les bovins joueraient un rôle négligeable en tant que réservoirs zoonotiques de Blastocystis. Dans la filière avicole, la prévalence de ce même parasite dépassait les 30% dans les caeca de poulets de chair analysés dans des abattoirs du Nord-Liban. Tous les isolats aviaires caractérisés appartenaient aux ST6 et ST7 confirmant que les oiseaux sont des hôtes naturels de ces deux STs. Chez le personnel d’abattoir comme dans un groupe de patients sans contact avec les volailles, la prévalence de Blastocystis dépassait les 50% avec une prédominance du ST3. De plus, l’identification du ST6 aviaire chez le personnel d’un abattoir confirmait le potentiel zoonotique de ce ST. Toujours dans cette filière avicole et en analysant à la fois les même caeca et des carcasses de poulets en fin de chaîne d’abatage, la prévalence de Campylobacter était respectivement de 67% et 17,2% dans ces prélèvements. Les deux principales espèces identifiées étaient C. jejuni et C. coli. Des niveaux élevés de diversité génétique ont été observés parmi les 51 isolats de C. jejuni identifiés chez les poulets et répartis en 25 profils distincts. Une prédominance des profils 1, 13, 30 et 38 a été observée alors qu’ils sont aussi fréquemment retrouvés parmi les cas cliniques humains français suggérant que ces animaux représentent un réservoir potentiel de campylobactériose humaine. Une prévalence significativement plus élevée de Campylobacter a été rapportée chez le personnel de l'abattoir par rapport à celle observée dans la cohorte de patients sans contact avec la volaille montrant que les poulets de chair contaminés à l'abattoir représentaient une source non négligeable de transmission zoonotique de la bactérie. Les mêmes caeca de poulets ont pu être comparés pour la présence de Campylobacter et de Blastocystis. Cette comparaison révélait une association statistiquement significative de ces deux microorganismes suggérant que la présence de Campylobacter serait favorisée par celle de Blastocystis et vice versa [...]
The protozoan Blastocystis and the bacterium Campylobacter are zoonotic microorganisms with a major impact on public health. Although its pathogenicity remains controversial, Blastocystis is the most common single-celled eukaryote found in human stool, while Campylobacter is considered the most common cause of human gastroenteritis. These microorganisms are frequently present in food-producing animals such as poultry or cattle and their transmission may be related to consumption or repeated contact with the handlers of these animals. Despite this major potential risk to humans, very little data were available on the prevalence and species of Campylobacter or Blastocystis subtypes present in the poultry and bovid sectors in Lebanon. In addition, the risk of zoonotic transmission through direct contact with slaughterhouse staff or farmers had never been assessed. Regarding bovids, Blastocystis was identified by PCR in more than 60% of the dairy cattle stool samples analysed in North Lebanon. A predominance of ST10 and ST14 has been observed confirming that cattle are the natural hosts of these two STs. ST2, ST1, ST5, ST3 and ST7 were also identified with lower prevalences. In breeders as well as in a group of patients without contact with these animals, a significant prevalence exceeding 50% has been reported with a predominance of ST3. However, a comparison of the isolates identified in these human and animal cohorts suggests that cattle would play a negligible role as zoonotic reservoirs of Blastocystis. In the poultry sector, the prevalence of the same parasite exceeded 30% in broiler caeca analysed in slaughterhouses in North Lebanon. All characterized avian isolates belonged to ST6 and ST7 confirming that birds are natural hosts of these two STs. Among slaughterhouse staff as well as in a group of patients without contact with poultry, the prevalence of Blastocystis exceeded 50% with a prevalence of ST3. In addition, the identification of avian ST6 in slaughterhouse staff confirmed the zoonotic potential of this ST. Still in this poultry sector and by analysing both the same caeca samples and chicken carcasses, the prevalence of Campylobacter was 67% and 17.2%, respectively, in these specimens. The two main species identified were C. jejuni and C. coli. High level of genetic diversity was observed among the 51 C. jejuni isolates identified in chickens and distributed in 25 distinct profiles. A predominance of profiles 1, 13, 30 and 38 has been observed, although they are also frequently found among French human clinical cases suggesting that these animals represent a potential reservoir of human campylobacteriosis. A significantly higher prevalence of Campylobacter was reported among slaughterhouse staff compared to that observed in the cohort of patients without contact with poultry, showing that contaminated broilers at the slaughterhouse were a significant source of zoonotic transmission of the bacteria. The same chicken caeca samples were compared for the presence of Campylobacter and Blastocystis. This comparison revealed a statistically significant association of these two microorganisms suggesting that the presence of Campylobacter would be enhanced by that of Blastocystis and vice versa. This first large-scale survey conducted in Lebanon provided major data on the prevalence and circulation of Blastocystis and Campylobacter in this ocuntry and assessed the need to put in place measures to prevent and control these microorganisms in poultry and cattle breeding or slaughter facilities in order to limit their transmission