Dissertations / Theses on the topic 'Variabilité chromosomique'

Le présent travail a pour but, sur le plan fondamental une meilleure connaissance de l'hybride naturel intergénérique stérile x Fatshedera lizei (Fatsia japonica x Hederahelix var. Hibernica Une étude faite au double point de vue caryologique et palynologique vise à préciser ses origines. Sur le plan appliqué sa polyploïdisation expérimentale a été tentée dans le but le rendre fertile. Au plan caryologique, l’hybride et ses parents montrent une variabilité inter- et intraindividuelle importante des valeurs de 2·n, chaque individu étant une mosaïque chromosomique. La multiplication végétative, en exploitation les anomalies mitotique entretient et diversifie ces mosaïques (dérivé chromosomique). Il a été recherché également qu’elle pouvait être la nature des gamètes parentaux responsables de l’apparition du Fatshedera lizei. Au plan palynologique cet hybride anormaux) montre des caractères qualitatifs et quantitatifs intermédiaires entre ceux de ses parents, mais se révèle plus proche du parent femelle Fatsia Japonica pour son tectum. Le doublement du nombre chromosomique par action de la colchicine se révèle très difficile et n'est que partielle
The purpose of the present work is, fundamentally, a better knowledge of the natural hybride sterile Fatshedera lizei (Fatsia japonica x Hedera helix var. Hibernica). A study of the cytological and palynological point of vue aims to precise its origin. In the applicated fiels his experimental polyploidisation has been tried to make it fertile. On the caryological plan, the hybrid and its parents display an important inter individual variability of the values 2 n, because each individual is a chromosomical mosaics. The vegetative multiplication which exploits the mitotics anomalies maintains and diversifies this mosaics. The nature of the parental gamets responsible of the appearance of Fatshedera liezi has been equally researched. On the palynological plan, this intergenerical hybrid (63 % of anormal grains) displays qualitative and quantitative characters intermediate between the characters of its parents, but it appears more akin to his femel parent Fatsia japonica for its tectum. The doubly of the chromosomical number by the action of colchicine appears too difficult and only partial

Rayons ionisants, dessiccation, ou encore métabolites secondaires exogènes sont autant de facteurs qui peuvent engendrer des dommages à l’ADN chez les bactéries du sol, notamment en provoquant la formation de cassures double-brin (DSB), préjudice majeur pour une cellule. Chez les procaryotes, l’évolution a sélectionné deux principaux mécanismes de réparation des DSB, à savoir la recombinaison homologue (RH) et le non-homologous end joining (NHEJ). La RH est un mécanisme quasi-ubiquiste dans le monde bactérien qui repose sur l’utilisation d’une copie intacte de la molécule endommagée comme matrice pour la réparation de la DSB. Contrairement à la RH, le NHEJ n’est présent que chez 20 à 25% des bactéries et est considéré comme un mécanisme mutagène puisque la réparation de la DSB se fait sans matrice homologue et peut entrainer l’ajout ou la délétion de nucléotides au site de cassure. Chez la bactérie modèle Mycobacterium, seuls deux acteurs sont nécessaires pour la réparation par NHEJ. Ainsi, un dimère de protéine Ku se fixe sur la cassure puis recrute la protéine multifonctionnelle LigD, qui catalyse le traitement puis la ligation des extrémités grâce à ses domaines polymérase, nucléase et ligase. Les mécanismes de réparation des DSB chez les Streptomyces étaient peu connus à l’initiation de ce travail. Cette bactérie présente des caractéristiques génomiques remarquables avec notamment un chromosome linéaire de grande taille (6 à 12 Mb). En ce qui concerne la RH, nous avons focalisé nos recherches sur les étapes tardives (post-synaptiques) et étudié le rôle du complexe RuvABC et de RecG impliqués chez Escherichia coli dans la migration de la croix de Holliday et de sa résolution. La construction de mutants simples et multiples a montré que bien que les gènes codant ces protéines soient très conservés chez les Streptomyces, leur déficience ne se traduit chez Streptomyces ambofaciens que par une faible baisse de la recombinaison suite à un événement de conjugaison. Aucune baisse de l’efficacité de recombinaison intrachromosomique n’a en revanche été observée. Ces résultats suggèrent que des acteurs alternatifs majeurs sont encore à découvrir chez les Streptomyces. Le décryptage du mécanisme de NHEJ chez S. ambofaciens constitue une première dans ce genre bactérien. Une étude génomique exhaustive a permis de révéler la très grande diversité du nombre d’acteurs potentiels de ce mécanisme (Ku, LigDom, PolDom, NucDom) et de l’organisation des gènes qui les codent.. L’analyse fonctionnelle a révélé que l’ensemble des acteurs étaient impliqués dans la réponse à l’exposition à un faisceau d’électrons accélérés, connus pour induire, entre autre, la formation de DSB. La génération de DSB, par coupure endonucléasique I-SceI, a par ailleurs permis de mettre en évidence au niveau moléculaire des réparations de type NHEJ (délétions ou insertions de quelques nucléotides, intégration de fragments d’ADN). Les cassures dans les régions terminales du chromosome sont accompagnées de grandes délétions (jusqu’à 2,1 Mb) et de réarrangements de grande ampleur incluant circularisations du chromosome et amplifications d’ADN. Les conséquences de la réparation de DSB chez S. ambofaciens sont en tous points similaires aux réarrangements observés spontanément ou par comparaison des génomes des espèces types. Ainsi, il est possible de lier la plasticité du génome à la réparation de DSB. En outre, l’intégration de matériel génétique exogène serait favorisée au cours de la réparation NHEJ ce qui donnerait à ce système de réparation une place importante dans le processus de transfert horizontal, mécanisme d’évolution majeur chez les bactéries
Ionizing radiation, desiccation or exogenous secondary metabolites are all factors that can cause DNA damage in soil bacteria, especially by triggering double strand breaks (DSB), the most detrimental harm for the cell. In prokaryotes, evolution selected two main DSB repair pathways, namely homologous recombination (HR) and non-homologous end joining (NHEJ). HR is almost ubiquitous in bacteria and relies on an intact copy of the damaged DNA molecule as a template for DSB repair. In contrast to HR, NHEJ is only present in 20 to 25% of bacteria and is considered as a mutagenic pathway since DSB repair is performed without the need of any template and can lead to nucleotide addition or deletion at DSB site. In the bacterial model Mycobacterium, two partners are sufficient for a functional NHEJ pathway. Thus, Ku protein dimer recognizes and binds the DSB and then recruits the multifunctional LigD protein for extremities treatment and ligation thanks to its polymerase, nuclease and ligase domains. At the beginning of this work, few informations on DSB repair in Streptomyces were available. This bacteria exhibits remarkable genomic features including a large linear chromosome (6 to 12 Mb). Regarding HR, we focused on the late stage (post-synaptic step) in studying the role of RuvABC complex and RecG, involved in branch migration and Holliday junction resolution in E. coli. Construction of single and multiple mutants showed that although the genes encoding these proteins are highly conserved in Streptomyces, their deficiency in Streptomyces ambofaciens only results in a mild decrease of recombination after conjugation events. Besides, no decrease of intrachromosomal recombination efficiency could be observed. These results suggest that major alternative factors are still to be discovered in Streptomyces. This work was also the first occasion to decipher a NHEJ pathway in Streptomyces. An exhaustive genomic study revealed a great diversity in the number of factors potentially implicated in this pathway (Ku, LigDom, PolDom, NucDom) and in the organization of their encoding genes. Functional analyses revealed that all the factors, whatever they are conserved or not between species, were involved in the response to electron beam exposure, known to induce, amongst other things, DSB formation. Generation of DSB by I-SceI endonuclease cleavage was also used to evidence at a molecular level NHEJ type DSB repair (deletions or insertions of several nucleotides, integration of DNA fragments). Targeted breaks in the terminal regions of the chromosome were accompanied by large deletions (up to 2.1 Mb) and major rearrangements including chromosome circularizations and DNA amplifications. Consequences of DSB repair in S. ambofaciens are in all points similar to chromosome rearrangements observed spontaneously or by comparing genomes of different species. Thus, it is possible to link the genome plasticity to DSB repair. In addition, the integration of exogenous genetic material would be favoured during NHEJ repair which would give this repair system a major role in the horizontal transfer process, known to be a main evolution mechanism in bacteria

Une instabilité affectant les Loci RRN a été mise en évidence chez streptococcus thermophilus. Leur nombre est variable, non seulement à l'intérieur de l'espèce, mais aussi parmi les clones issus de la souche cnrz368. Celle-ci possède 6 Loci RRN alors que 5% de ses descendants n'en possèdent que 5. Dans tous les cas observés, une délétion s'est produite à l'intérieur du tandem RRND-RRNE, résultant très vraisemblablement de recombinaisons homologues, et conduisant à la formation d'un locus hybride RRND/e et a la perte de la région inter-operonique. Un autre phénomène d'instabilité génétique chez streptococcus thermophilus est mis en évidence par la variabilité morphologique des colonies. Toutes les lignées obtenues à partir de la souche cnrz368 sont instables. Les mutations portées par trois de ces variants ont été étudiées. La souche nst1404, de phénotype diffus, porte une mutation ponctuelle à l'extrémité 3 d'un des gènes d'arnr23s. Une délétion d'environ de 1,5 kb a été mise en évidence chez la souche nst1401 de phénotype opaque. La souche nst1403 de phénotype auréolé, porte une duplication de 167pb dans la région 3 du gène gor. Ce gène code pour la glutathion réductase, enzyme impliquée dans la réponse au stress oxydatif. L'ORF n'est pas modifiée mais la duplication est transcrite. La régulation de l'expression du gène est modifiée dans la souche mutante. La diversité des mutations portées par les clones variants suggère que l'instabilité génétique chez s. Thermophilus résulte d'une faible efficacité des systèmes de conservation du matériel génétique

Chez les bactéries du genre streptomyces, la fréquence d'apparition de mutants spontanés est très élevée et cette variabilité est corrélée à la formation de délétions et d'amplifications de séquences chromosomiques. La cartographie physique du génome de trois souches de streptomyces ambofaciens a montré que l’ADN chromosomique est une molécule linéaire d'environ 8 Mb, caractérisée par la présence de répétitions terminales inversées (TIR, terminal inverted repeats) et par des protéines fixées de façon covalente aux extrémités d’ADN. Dans la souche s. Ambofaciens DSM40697, les TIR mesurent 210 kb et les réarrangements chromosomiques affectent les régions terminales du chromosome. La structure des chromosomes délétés est soit linéaire, soit circulaire. Les chromosomes circulaires ont perdu toutes les séquences des TIR alors que les chromosomes linéaires présentent un polymorphisme important de la taille des TIR, de 100 kb pour la plus petite structure caractérisée, à 850 kb pour la plus grande. De plus, la fusion en orientation inversée de deux chromosomes délétés génèrerait des TIR de plus de 6500 kb. Si la recombinaison illégitime a souvent été impliquée dans la formation des délétions, la recombinaison homologue entre séquences répétées participe également à ce phénomène. Les études de cartographie comparée, entre espèces proches, montrent que la conservation de l'organisation génétique du chromosome ne s'étend pas aux régions terminales de l’ADN. La forte instabilité à laquelle les extrémités sont sujettes, produit une grande diversité de structures chromosomiques. Cette instabilité structurale, associée au transfert horizontal d'information génétique, pourrait participer à l'évolution rapide des régions terminales de l’ADN chromosomique linéaire des streptomyces.

Les Streptomyces sont des bactéries du sol possédant un chromosome linéaire de grande taille (8-11 Mb), un fort taux en bases G-C (72,1% chez S. coelicolor) ainsi que l’apparition à haute fréquence de mutants, présentant de grands réarrangements touchant les régions terminales chromosomiques. L’analyse des séquences des régions terminales et des séquences partielles de la région centrale de la souche ATCC23877 de S. ambofaciens a permis de montrer que la taille de la région spécifique d’espèce augmente avec l’éloignement phylogénétique. Cette perte progressive de synténie est le résultat d’évènements d’insertions/délétions (indels) de petits fragments d’ADN. La comparaison des séquences des Répétitions Terminales Inversées de deux souches de S. ambofaciens a montré la présence de frontières ancestrales communes et les régions spécifiques situées aux extrémités. Cette variabilité serait la conséquence de remplacements d’extrémités de réplicons linéaires potentiellement d’origine plasmidique. L’intervention différentielle de mécanismes de réparation de cassures double brin ou une fréquence plus importante des cassures le long du chromosome pourraient être à la base de cette variabilité. Une conséquence de la formation de cassures double brin est l’entrée dans le cycle de cassure-fusion-pont (CFP) dont un intermédiaire est un chromosome dicentrique. L’entrée dans ce cycle serait la conséquence de la fusion de deux chromosomes délétés d’un bras chromosomique. L’analyse de souches de S. ambofaciens DSM40697 contenant un second centre de partition précisera l’implication des systèmes de partition dans l’instabilité et l’évolution du chromosome des Streptomyces
The Streptomyces are soil bacteria with a large linear chromosome, typically 8 to 10 Mb, high part of G-C bases (72.1% for S. coelicolor) and are subject to a high degree of genetic instability, correlated with the formation of large rearrangement occurring in the terminal chromosomal regions. The analysis of the terminal regions sequences and partial sequence central region of S. ambofaciens ATCC23877 shows that the size of the terminal species-specific regions increases as the phylogenetic distance between compared species increases. The synteny observed between central regions degenerates progressively over several hundreds of kilobases before reaching the terminal species-specific regions. This synteny appears as gradually parceled out by multiple insertions/deletions (indels) of genes. The comparison of the sequences of the Terminal Inverted Repeat (TIR) of two S. ambofaciens strains shows the two strains share the same ancestral boundaries of TIRs. On the other hand, the terminals regions are strain-specific suggesting that exchanges of replicon extremities, potentially plasmidic, have occurred, contributing to the terminal variability observed at the intraspecific level. The mechanisms of double breaks repair or the frequency of these double breaks could be the reasons of this variability. Sometimes, the chromosome becomes dicentric and enters in a break-fusion-bridge (BFB) cycle. This cycle is the consequence of a end-to-end fusion of two deleted chromosomes. The analysis of S. ambofaciens DSM40697 strains with a second locus involved in the partitioning narrows the implication of this one in the chromosomic instability and the Streptomyces’ evolution

Des mutants issus de l'instabilité génétique chez Streptomyces ambofaciens appelés Pig-pap ont été caractérisés. L'analyse du chromosome de la souche 29C1 a révélé un nouveau type de réarrangement associé à la production d'un pigment vert. Les mutants Pig-pap dépigmentés et non sporulants sont issus de papilles sur les colonies. L'introduction du gène whiG codant un facteur sigma permet le retour à la sporulation et à la pigmentation. Ce gène n'est pas muté et est transcrit chez ces mutants. Le gène whiH dont la transcription dépend de WhiG n'est pas transcrit. WhiG ne serait pas fonctionnel et une modification post-transcriptionnelle de whiG aboutirait au phénotype Pig-pap. L'analyse de mutants issus d'un transconjugant a montré que le transgène whiG constitue une cible mutationnelle. De plus, la production de ces mutants est augmentée lors d'une carence en acides aminés et un mutant relA ne produit pas de papille, impliquant la réponse stringente dans ce phénomène
In Streptomyces ambofaciens, mutants generated by genetic instability and named Pig-pap were characterised. Analyses of the chromosome of the 29C1 strain revealed a new type of rearrangement associated to the production of a green pigment. The Pig-pap mutants, pigment and spore deficient, derived from papillae on the colonies. The introduction of the whiG gene coding a sigma factor restored sporulation and pigmentation. In these mutants, this gene is not mutated and is transcribed. WhiH gene whose transcription depends on WhiG is not transcribed. WhiG would be not fonctional and a post-transcriptional modification could be responsible of the Pig-pap phenotype. Study of mutants derived from a transconjugant showed that the whiG transgene constitute a target of mutations. More, the production of mutants is increased during a amino acids limitation and a relA mutant does not produce papilla, implicating the stringent response in this phenomenon

Des mutants issus de l'instabilité génétique chez Streptomyces ambofaciens appelés Pig-pap ont été caractérisés. L'analyse du chromosome de la souche 29C1 a révélé un nouveau type de réarrangement associé à la production d'un pigment vert. Les mutants Pig-pap dépigmentés et non sporulants sont issus de papilles sur les colonies. L'introduction du gène whiG codant un facteur sigma permet le retour à la sporulation et à la pigmentation. Ce gène n'est pas muté et est transcrit chez ces mutants. Le gène whiH dont la transcription dépend de WhiG n'est pas transcrit. WhiG ne serait pas fonctionnel et une modification post-transcriptionnelle de whiG aboutirait au phénotype Pig-pap. L'analyse de mutants issus d'un transconjugant a montré que le transgène whiG constitue une cible mutationnelle. De plus, la production de ces mutants est augmentée lors d'une carence en acides aminés et un mutant relA ne produit pas de papille, impliquant la réponse stringente dans ce phénomène.

Sisyrinchium micranthum Cav. is an herbaceous plant, one of the rare species of the genus which is described as annual. In Brazil, its distribution occurs throughout the states of Rio Grande do Sul (RS), Santa Catarina (SC), Paraná (PR), São Paulo (SP), and Rio de Janeiro (RJ). The species has a wide morphological variability reported in several studies, and different combinations of morphological features can be observed in the wild. Based on these combinations that characterize various plant profiles, three morphological types have been described as CI, CII and CIII. Sisyrinchium micranthum has three ploidy levels described in the literature whose basic number is x = 8, 2n = 2x = 16, 2n = 4x = 32, and 2n = 6x = 48. To contribute to the knowledge on the taxonomy, reproduction and evolution of the species, this study investigated genetic and cytogenetic characteristics of S. micranthum, as well as aspects of reproductive biology. To study the population genetic structure of S. micranthum in southern Brazil, firstly, nine microsatellite markers were isolated using an enriched genomic library, and characterized in a diploid population. Later, from the analysis of genetic variability with seven markers for 583 plants of 14 sampled sites in the states of RS, SC and PR, populations with individuals of different ploidy levels were observed. An autopolyploid origin was presumed for these polyploids. The gene and allelic diversities were rather similar for most of the accessions. The inbreeding coefficient over all loci showed that S. micranthum exhibited an average excess of heterozygotes (negative inbreeding coefficient value), but the FIS values of individual populations ranged from -0.273 to 0.454. The heterozygote excess could be expected since autopolyploids present polysomic inheritance, which contributes substantially for a high heterozygosity. In addition, the populations were highly structured. The results from the cytogenetic analyses, demonstrated that the variability of S. micranthum is also present in terms of genome organization. Regarding S. micranthum and related species S. laxum Otto ex Sims and S. rosulatum E.P. Bicknell, it was verified that the 18S-26S rDNA varies in number of loci, with a notable reduction of the same in polyploids in relation to diploids, while 5S locus showed a proportional increase in the number of signals as increased ploidy level. The data on genome size (Cx) for the three species studied showed a genome downsizing from diploids to polyploids, and also a small inter and intraspecific variation with respect to the C-value. In terms of reproductive biology, selfing and outcrossing were recorded for the species. Furthermore, crossing between different morphological categories of S. micranthum are compatible as resulted in the formation of fruits. Likewise, the data suggest that S. micranthum and S. laxum do not present complete reproductive isolation. The genetic variability of S. micranthum demonstrated in this study in terms of genetic divergence between populations and variation in rDNA loci number possibly reflect the complex relationship between polyploidy and reproductive aspects of the species.

Les Streptomyces sont des bactéries du sol productrices d'une grande diversité de métabolites dont les antibiotiques. Elles présentent des caractéristiques génomiques originales chez les bactéries avec un ADN chromosomique linéaire de taille importante (8-11 Mb) et une richesse en bases G+C extrême (70-73%). Le séquençage partiel et l'annotation du chromosome de Streptomyces ambofaciens ont été entrepris afin d'étudier l'organisation génétique et les forces évolutives structurant le génome mais aussi pour identifier de nouvelles voies de biosynthèse de métabolites d'intérêt. Le développement de méthodes bioinformatiques a constitué la première étape du travail et a révélé une compartimentation génomique où la variabilité est concentrée dans les régions terminales (jusqu'à 2 Mb). La génomique comparée de S. Ambofaciens avec les génomes de trois espèces de Streptomyces a fourni une vision dynamique de l'évolution de leur chromosome. Des échanges d'extrémités de réplicons linéaires seraient notamment responsables de la diversification des extrémités au niveau intraspécifique, établissant ainsi un lien entre linéarité chromosomique et variabilité. En outre, les régions terminales sont bombardées d'information génétique exogène résultant de transferts horizontaux. Une dégénérescence graduelle de la synténie révèle un gradient d'événements d'insertion/délétion de fragments d'ADN de fréquence croissante vers les extrémités chromosomiques. Ce mécanisme serait le moteur de la diversification des Streptomyces et jouerait un rôle majeur dans l'adaptation
Streptomyces are soil dwelling bacteria producers of a considerable number of antibiotic compounds. They exhibit very particular genomic features among bacteria since their chromosomal DNA is linear, among the largest described (8-11 Mb) and with a very high G+C content (70-73%). Partial sequencing and annotation of the Streptomyces ambofaciens chromosome has been undertaken in order to study the genetic organization and evolutionary forces that shape the genome and also to identify new interesting metabolite biosynthesis pathways. Development of bioinformatics methods was the first step of this work and has revealed a genomic compartmentalization where variability is confined in the terminal regions (up to 2 Mb). Comparative genomics between S. Ambofaciens and three other Streptomyces species has provided a dynamic view of genome evolution. Exchanges of extremities between linear replicons could be at the origin of intraspecific variability, associating linearity to variability. In addition, terminal regions appear as privileged targets for acquisition of new genetic information resulting from horizontal transfer events. A progressive degeneration of the synteny reveals a gradient of insertion/deletion events which frequency increases toward the chromosomal ends. This mechanism would be the force driving the diversification of Streptomyces and could play a major role in adaptation to the environment

Il est établi depuis plusieurs années que l'irradiation induit des dommages chromosomiques qui varient selon des relations dose-effet et selon le type d'irradiation. Le suivi de la transmission des remaniements chromosomiques radioinduits au cours de la prolifération cellulaire a permis de mettre en évidence l'induction d'autres anomalies chromosomiques de novo se manifestant dans la descendance des cellules irradiées. Ce travail a eu pour objectif d'étudier l'implication du processus apoptotique dans la modulation des dommages chromosomique à court et à long terme (c'est à dire immédiatement et plusieurs générations après le stress). Dans les trois modèles cellulaires étudiés, les résultats démontrent, le rôle à court terme de l'apoptose dans le maintien des dommages chromosomiques, une inhibition de ce processus de mort s'accompagnant d'une augmentation du nombre d'aberrations dans la (ou les) première(s) génération(s) cellulaires suivant une irradiation ou une exposition au H2O2. Cette augmentation est concomitante avec une survie cellulaire prolongée. Bien que la survie soit favorisée, aucune immortalisation n'a été observée dans des conditions de culture en "masse". Dans les trois approches, l'inhibition de l'apoptose a été obtenue de manière différente (modèle n°1 , lymphocytes T de radiosensibilité différente; modèle n°2, lignée lymphoblastoïde surexprimant Bcl-2 ou Bcl-xL; modèle n°3, le lymphocyte B Leucémie Lymphoïde Chronique, pathologie dont l'origine proviendrait d'un défaut d'apoptose). Dans ce troisième modèle, nous avons également établi l'implication de la réparation dans la formation de ces dommages. En revanche, le processus apoptotique n'apparaît pas influencer l'apparition de dommages chromosomiques de novo dans la descendance à long terme des cellules irradiées. Sachant que de nombreuses tumeurs se caractérisent par 1'accumulation de remaniements chromosomiques, impliquant l'instabilité chromosomique dans le processus de cancérogenèse, nos résultats suggèrent que l'apoptose en réponse précoce après un stress, et l'instabilité chromosomique en réponse tardive - ces deux événements participant à l’acquisition d'un phénotype pré-tumoral - ne sont pas directement associés
Telomeres are nucleoproteic structures which are specifie of the end of the chromosomes. Their DNA sequence is a tandem repeat which is rich in Guanine on one strand that is TTAGGG in most of eukaryotes. Such sequences have also been observed at interstitial sites. These interstitial telomeric sequences (ITS) should result from the internalisation oftelomeres deriving from fusions of chromosomes, inversions, translocations or transposition during the phylogenic evolution. As the telomeres shorten after each DNA replication round, they have been shown to generate chromosomal instability. To determine the potential role of ITS on chromosomal instability in human cells, we used a cytogenetic approach to characterize 3 cell lines transfected with a plasmid containing telomeric sequences which has inserted in an interstitial site. The chromosomal instability was assessed by scoring the number of breaks which occured in cells, in the chromosome containing the plasmid and in the region of integration comparing to parental cell lines. As a first result, we showed that the presence of transfected telomefic sequences at an interstitial site did not modify the intrinsec instability of the 3 clones analysed (Desmaze et al. , 1999). Because ionizing radiations (IR) could promote the developpment of tumors and chromosomal instability has been observed during cellular transformation process, we irradiated sorne of the human cell lines we already studied to investigate the role of ITS in chromosomal instability and the formation of chromosomal aberrations after gamma irradiation. Our results show that the site of insertion of the plasmid seems to be more sensitivity to IR, compared to other region of the chromosome but without any influence of the telomeric sequences. We also discuss about the capacity of telomeric or anonymous sequences to integrate at sensitive sites

Dans le génome humain, les variations génétiques se présentent, entre autres, sous forme de polymorphismes ponctuels (SNP), de microsatellites ou de moyennes ou grandes délétions et/ou duplications, appelées CNV pour copy-number variant. L’ensemble de ces variations contribue en partie aux différences phénotypiques normales de la population en général. Mais aussi elles peuvent être à l’origine de pathologies héréditaires ou à composante génétique. OBJECTIF : L’objectif de mes travaux était de mettre au point une méthodologie simple et efficace pour déterminer le nombre de copies de régions chromosomiques, connues pour être variables, dans un grand échantillon d’individus. MÉTHODE : La recherche des régions cibles dans la base de données des variations génomiques (http://projects.tcga.ca/variation/) a permis d’identifier les coordonnées chromosomiques des sites variables d’intérêt. Parmi soixante gènes ou régions sélectionnés, nous avons identifié vingt CNVs à étudier. Le Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) (une méthode de quantification du nombre de copies pour les régions chromosomiques ciblées) a été développé pour chacun des marqueurs CNVs et un échantillon de 30 individus canadiens français a été testé pour vérifier si une fréquence d’au moins 5% était observée dans cette population. CONCLUSION : Le MLPA s’est avéré très sensible, ayant une bonne reproductibilité et facile à utiliser pour tester plusieurs séquences en multiplex. Les résultats obtenus ont été validés avec succès par PCR quantitative (TaqMan®). Nous avons donc adapté, optimisé et standardisé cette méthode pour l’étude des CNVs dans un grand échantillon d’individus. Pour faciliter l’analyse des résultats générés, un outil Excel® a été développé pour automatiser les calculs nécessaires à l’obtention d’un ratio du nombre de copies pour un locus donné. Finalement, six CNVs présentant une fréquence supérieure à 5% ont été analysés dans un échantillon de 715 femmes canadiennes françaises dans le cadre d’un projet sur les marqueurs génétiques de l’ostéoporose.

Dans le cadre d'une approche biosystematique du genre centaurea l. , une etude morphologique, chimique et cytogenetique a ete entreprise sur deux especes marocaines, centaurea incana desf. Et centaurea nana desf. . . Pour centaurea incana desf. , espece tres polymorphe, un caractere original, l'eriopodie, a permis de faire une distinction nette entre la ssp. Pubescens (willd. ) maire, eriopode et la ssp. Ornata (willd. ) maire non eriopode. Sur le plan numerique, chacune des populations presente une differenciation morphologique avec cependant un certain continuum chez les populations sympatriques. La realisation d'un criblage chimique a mis en evidence des differences allant frequemment dans le meme sens que les differences morphologiques. L'etude cytogenetique a permis d'elucider les principales causes de ce polymorphisme: polyploidie, presence de chromosome b, mosaique de cellules, satellites, etc. Tous ces resultats montrent que centaurea incana desf. Est un bon exemple d'evolution en marche

Suite a des missions de prospections realisees en afrique de l'ouest entre 1986 et 1991, une large gamme de symptomes differents des symptomes typiques induits par le peanut clump virus (pcv) associes a la presence du pcv, a ete mise en evidence sur les cultures d'arachide. Cette variabilite symptomatologique a ete confirmee par passage de tous les isolats de pcv sur une meme variete d'arachide 69101 en conditions controlees en cellule climatique. La variabilite symptomatologique existe egalement dans le cas de l'indexation biologique sur la plante test chenopodium amaranticolor. L'etude serologique en test indas-elisa, a l'aide d'une batterie d'anticorps monoclonaux confirme la grande variabilite du pcv, puisqu'elle permet de distinguer 5 serogroupes differents, dont un ne presente aucune relation serologique avec l'isolat de reference. L'etude du genome du pcv nous a permis de verifier l'existence de deux arns dont un le rna2 a pu etre entierement sequence. Cet arn porte le gene de la proteine de capside, ainsi que le triple gene block. L'etude comparative de 5 isolats differents pour ce rna2 revele l'existence d'importantes deletions pour 2 isolats. D'autre part, la sequence du gene de la proteine de capside peut presenter un nombre variable de substitutions

Le genre Astragalus L. (Fabaceae) est l'un des genres ayant le plus grand nombre de représentants parmi les angiospermes. Son centre d'origine et de diversité est situé dans les zones arides des montagnes de l'Asie centrale et sud-ouest. Au Liban, ce genre est aussi l'un des plus genres représentés dans la flore, avec 62 espèces et sous-espèces et 22 espèces endémiques identifiés. Les différents taxons de ce genre sont difficiles à identifier en se basant uniquement sur les caractères morphologiques et leur statut actuel de la distribution doit être évaluée. Les relations phylogénétiques, les variations dans la taille du génome et le rôle de la polyploïdie dans l'évolution du genre Astragalus dans les chaînes de montagnes du Liban ont été étudiés. Nos données confirment qu'un polymorphisme chromosomique interspécifique significatif existe dans le genre Astragalus du Liban et la polyploïdie et l'évolution subséquente du génome peuvent être d'importants moteurs de l'évolution de ce genre. Le processus de diversification du genre Astragalus qui a eu lieu au Liban a été analysé en utilisant des méthodes de datation phylogénétiques et moléculaires et des analyses des aires ancestrales. Nos résultats confirment que le Liban est le troisième centre de diversité pour les Astragales et doit être considéré comme un «berceau» de la biodiversité. Par conséquent, cette étude est une contribution à une meilleure compréhension de l'évolution et des processus biogéographiques à l'origine de la mise en place de la biodiversité au Liban, avec une finalité appliquée de conservation biogéographique
The genus Astragalus L. (Fabaceae) is one of the genera with the largest number of representatives among the angiosperms. Its center of origin and diversity is located in the arid mountains of Central and Southwest Asia. In Lebanon, this genus is also one of the most represented genera in the flora, with 62 species and subspecies and 22 endemic species identified. The different taxa of this genus are difficult to identify based only on morphological characters and their current status of distribution must be evaluated. Phylogenetic relationships, changes in genome size and the role of polyploidy in the evolution of Astragalus genus in the Lebanese mountains range were studied. Our data confirm that a significant interspecific chromosomal polymorphism exists in the genus Astragalus of Lebanon and polyploidy and the subsequent evolution of the genome may be important drivers of the evolution of this genus. The diversification process of Astragalus genus that took place in Lebanon was analyzed using phylogenetic and molecular dating methods and analysis of ancestral areas. Our results confirm that Lebanon is the third center of diversity and should be considered as a "cradle" of biodiversity. Therefore, this study is a contribution to a better understanding of evolutionary and biogeographic processes behind the development of biodiversity in Lebanon, with an applied purpose of biogeographic conservation