Dissertations / Theses: 'Variabilité intraspécifique'

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Rota, Thibaut. "Effets de la variabilité intraspécifique du phénotype des invertébrés sur la décomposition des litières." Thesis, Toulouse 3, 2018. http://www.theses.fr/2018TOU30309.

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Abstract:

La variabilité intraspécifique du phénotype des individus est à la base de la sélection naturelle, mais est peu évaluée d'un point de vue des conséquences sur le fonctionnement de l'écosystème. Mes recherches se sont attachées à mesurer les différences individuelles et populationnelles de traits phénotypiques chez des invertébrés au sein du réseau trophique détritique et d'en évaluer les conséquences sur le processus de décomposition des litières. Je montre d'abord que la variabilité intraspécifique du taux de consommation de litières est forte par rapport à la variabilité interspécifique mesurée expérimentalement sur un échantillon de 10 espèces de détritivores terrestres et aquatiques. Une autre étude en laboratoire a permis d'établir que les différences de taux de consommation de litières entre individus d'une même population de détritivores aquatiques sont explicables à partir de traits comportementaux et énergétiques. La taille corporelle des individus s'est révélée être moins importante que des traits comportementaux et énergétiques pour expliquer la variabilité inter-individuelle du taux de consommation des litières. Les traits des invertébrés prédateurs peuvent aussi agir sur la décomposition des litières de manière indirecte via des interactions avec les détritivores. Une expérience in situ en ruisseau a permis de montrer que des individus prédateurs arborant différents phénotypes peuvent avoir des effets sur la décomposition qui s'opposent. La variabilité de la cascade trophique était expliquée par les différences de sexe et de rythme de vie, défini par une combinaison de traits de comportement et d'histoire de vie. Finalement, j'ai validé l'hypothèse selon laquelle l'origine de la population de prédateur, le long d'un gradient latitudinal en Europe, pourrait moduler la réponse de la décomposition des litières au réchauffement climatique. L'ensemble de mes travaux mettent en lumière le rôle sous-estimé de la variabilité intraspécifique du phénotype en Ecologie. L'individu, plutôt que l'espèce, devrait constituer l'unité de base pour mieux appréhender le contrôle biotique du fonctionnement des écosystèmes et prédire les conséquences écologiques des changements environnementaux
Intraspecific variability of individuals' phenotype is at the root of natural selection, but remains poorly evaluated from the ecosystem functioning perspective. My research has focused on measuring individual and population differences in phenotypic traits of invertebrates involved in detrital food webs, as well as evaluating their impact on litter decomposition. First, I showed that intraspecific differences of litter consumption rate is high compared to the interspecific differences measured experimentally on a sample of 10 terrestrial and aquatic detritivore species. Another laboratory study revealed that litter consumption rate differences between individuals of a same population can be explained by behavioral and energetic traits. Oppositely, body size of individuals proved to be less effective in explaining inter-individual variability of litter consumption rates. Traits of predator invertebrates can also act on litter decomposition indirectly through interactions with detritivores. An in situ experiment has shown that predator individuals with different phenotypes can have opposite effects on decomposition. Trophic cascade variability was explained by sex and a lifestyle index, defined by a combination of behavioral and life history traits. Finally, I validated the hypothesis that the origin of predator populations sampled along a latitudinal gradient in Europe modulates the response of litter decomposition to global warming. All my work highlights the underestimated role of intraspecific variability of phenotype in Ecology. Individual, rather than species, should be the basic unit to better understand the biotic control of ecosystem functioning and to predict the ecological consequences of environmental changes

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Albert, Cécile. "Variabilité fonctionnelle intraspécifique : quantification in situ et implications dans une vallée alpine." Phd thesis, Grenoble 1, 2009. http://www.theses.fr/2009GRE10273.

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Abstract:

Face à une méconnaissance de la variabilité intraspécifique des traits fonctionnels végétaux, ce travail visait à la quantifier, comprendre le rôle des gradients environnementaux sur celle-ci, quantifier son importance relative vis-à-vis de la variabilité interspécifique et tester son impact sur le calcul d'indices de diversité fonctionnelle et un modèle de dynamique de la végétation. Suivant une stratégie d'échantillonnage stratifiée et hiérarchique, nous avons collecté des traits sur seize espèces communes d'une vallée alpine française. Nous avons montré qu'il existait une forte variabilité intraspécifique des traits. Celle-ci était plus faible que la variabilité interspécifique, mais non négligeable, elle résultait en partie d'effets environnementaux, pouvait être expliquée par les modèles d'habitat de chaque espèce et modifiait fortement le calcul des indices de diversité fonctionnelle. En conclusion la variabilité fonctionnelle intraspécifique devrait être plus souvent considérée
Intraspecific functional variability being poorly known, this work aimed at quantifying this variability, understanding the role of environmental gradients on this variability, disentangling its relative importance compared to interspecific variability and testing its impact on the calculation of functional diversity indices and a model of vegetation dynamics. Following a stratified and hierarchical sampling strategy, we collected traits on sixteen contrasted common species in a French alpine valley. We showed a strong intraspecific variability of traits. This variability was lower than interspecific one, but not negligible, it results partly from environmental effects and could be explained by species habitat models; it also strongly altered the calculation of functional diversity indices. In conclusion, intraspecific functional variability should be more often considered

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Albert, Cécile. "Variabilité fonctionnelle intraspécifique : quantification in situ et implications dans une vallée alpine." Phd thesis, Université Joseph Fourier (Grenoble), 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00450219.

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Abstract:

Face à une méconnaissance de la variabilité intraspécifique des traits fonctionnels végétaux, ce travail visait à la quantifier, comprendre le rôle des gradients environnementaux sur celle-ci, quantifier son importance relative vis-à-vis de la variabilité interspécifique et tester son impact sur le calcul d'indices de diversité fonctionnelle et un modèle de dynamique de la végétation. Suivant une stratégie d'échantillonnage stratifiée et hiérarchique, nous avons collecté des traits sur seize espèces communes d'une vallée alpine française. Nous avons montré qu'il existait une forte variabilité intraspécifique des traits. Celle-ci était plus faible que la variabilité interspécifique, mais non négligeable, elle résultait en partie d'effets environnementaux, pouvait être expliquée par les modèles d'habitat de chaque espèce et modifiait fortement le calcul des indices de diversité fonctionnelle. En conclusion la variabilité fonctionnelle intraspécifique devrait être plus souvent considérée.

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Auger, Sébastien. "L'importance de la variabilité interspécifique des traits fonctionnels par rapport à la variabillité intraspécifique chez les jeunes arbres en forêt mature." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2011. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4937.

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Abstract:

L'approche par traits fonctionnels pour étudier les communautés végétales est de plus en plus populaire en comparaison avec l'approche taxonomique. Il devient alors important de vérifier les suppositions de base de cette approche par traits. Le but de cette étude était d'évaluer la justesse d'une de ces suppositions, soit que la variabilité entre les espèces est relativement plus importante que la variabilité à l'intérieur des espèces. En effet, pour faire le lien entre des traits qui sont mesurés au niveau des individus et des communautés végétales, nous devons utiliser les traits agrégés, qui sont une moyenne d'un trait pondérée en fonction des espèces présentes dans la communauté. Pour tester la supposition de base des traits agrégés dans un cas de borne critique inférieure de celle-ci, nous avons choisi un cadre d'étude avec de faibles gradients environnementaux, peu d'espèces d'arbres et plusieurs traits fonctionnels. Notre étude a été faite chez des jeunes arbres en forêt mature, pour réduire au maximum la variabilité interspécifique. Si la variabilité interspécifique est encore relativement la plus grande, alors la supposition de base des traits agrégés sera renforcée. Pour ce faire, nous avons vérifié l'importance relative des variabilités temporelle, environnementale, interspécifique, intraspécifique et intra-individuelle par décomposition de la variance, pour 15 traits fonctionnels. Pour la majorité des traits, la variabilité interspécifique occupe une place relativement plus importante que les autres niveaux de variabilité. Cependant, pour certains traits, les variabilités intraspécifique et environnementale ne sont pas totalement négligeables. Ainsi, dans les cas où les traits utilisés sont peu plastiques au niveau environnemental, où il y a beaucoup d'espèces, et de forts gradients environnementaux, l'utilisation des traits agrégés au niveau des communautés est raisonnable, car la variabilité interspécifique sera probablement assez grande. Par contre, dans les cas où les traits sont très plastiques, où il y a peu d'espèces, il vaut peut-être mieux calculer des traits agrégés pour chaque site, ne sachant si les variabilités intraspécifique et environnementale sont vraiment négligeables.

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Bilhère, Eric. "Etude de la diversité génétique intraspécifique chez la bactérie lactique Œnococcus œni." Bordeaux 2, 2009. http://www.theses.fr/2009BOR21611.

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Abstract:

La bactérie lactique Œnococcus œni joue un rôle essentiel lors de la vinification. Grâce à son aptitude à survivre à des pHs acides et des concentrations élevées en alcool, elle devient rapidement l'espèce majoritaire qui assure presque seule la fermentation malolactique. Toutefois, il existe naturellement une grande diversité de souches qui diffèrent par leur vitesse de croissance, leur efficacité fermentaire ou encore leur production d'arômes. Afin de mieux comprendre l'origine de ces variations phénotypiques, nous avons étudié plusieurs aspects de la diversité génétique intraspécifique d'Œ. œni. Premièrement, nous avons analysé la structure de population des souches d'Œ. œni en réalisant un double typage par séquençage multilocus et électrophorèse en champ pulsé. Ce travail révèle une espèce particulièrement conservée en termes de séquences, mais qui présente néanmoins une importante diversité génotypique en raison d'événements de recombinaison fréquents. D'autre part, nous avons mis en évidence deux sous-populations de souches distinctes par leurs répertoires alléliques et leurs profils de digestion. Deuxièmement, grâce à une approche par hybridation soustractive suppressive nous avons dressé un catalogue d'une centaine de gènes spécifiques de certaines souches d'Œ. œni. L'un d'entre eux, le gène dpsA, intervient d'ailleurs dans la réponse au stress oxydatif et favorise la survie bactérienne dans le vin. Troisièmement, nous avons caractérisé un plasmide de 18 Kb isolé chez une souche commerciale d'Œ. Œni. Ll s'agit d'un plasmide de type thêta à faible nombre de copies. L'analyse de sa séquence révèle de fortes homologies avec des plasmides d'autres bactéries lactiques retrouvées dans le vin
The lactic acid bacterium Œnococcus œni plays a key role in winemaking. Since it can survive to acidic pHs and to high concentrations of alcohol, it quickly becomes the predominant species which performs the malolactic fermentation. However, there is a great natural diversity of strains which differ in terms of growth rate, fermentation efficiency or production of aromatic compounds. To better understand the origins of these phenotypic variations, we have studied several aspects of the intraspecific genetic diversity of Œ. œni. First, we have analyzed the population structure of Œ. œni strains using a dual approach involving multilocus sequencing and pulsed-field gel electrophoresis. This work revealed a species particularly well conserved in terms of sequences, but which shows a significant genotypic diversity due to frequent recombination events. In addition, we have detected two sub-populations distinguishable by their allelic repertories and their profiles of macrodigestion. Second, using suppressive subtractive hybridization, we have established a catalog of genes specific to certain strains of Œ. œni. The characterization of one of them, the mobile dpsA gene, revealed that it is involved in the response to oxidative stress and promotes bacterial survival in wine. Third, we have characterized a 18 Kb plasmid isolated from a commercial Œ. œni strain. This is a theta replicating and low copy number plasmid. Analysis of its sequence has revealed strong homologies with plasmids of other lactic acid bacteria frequently found in wine

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Roubeau, Dumont Eva. "Variabilité intraspécifique de la sensibilité des macrophytes aquatiques à la contamination chimique : l'exemple du cuivre." Thesis, Toulouse 3, 2018. http://www.theses.fr/2018TOU30299/document.

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Abstract:

La variabilité intraspécifique fait partie intégrante de la réponse à court et à long terme des organismes vivants aux fluctuations environnementales. Cette variabilité, exprimée au travers de différents traits des individus, peut potentiellement influencer la sensibilité des espèces à une contamination chimique. La variabilité intraspécifique n'est pas, à l'heure actuelle, prise en compte en évaluation des risques écotoxicologiques, alors même qu'elle pourrait en biaiser les résultats. Pour examiner cette hypothèse, l'importance de la variabilité intraspécifique dans la réponse au cuivre (Cu) a été quantifiée en conditions contrôlées pour trois espèces de macrophytes aquatiques, Lemna minor, Myriophyllum spicatum et Ceratophyllum demersum. Les variations entre génotypes de chacune de ces 3 espèces ont été comparées à la variabilité interspécifique. Les résultats ont mis en évidence une variabilité génotypique significative, dont l'importance dépend de l'espèce considérée. En effet, L. minor a montré une faible variabilité, au contraire de M. spicatum dont la variabilité de l'inhibition de croissance par le Cu est supérieure aux différences interspécifiques. Afin de préciser l'étendue et les mécanismes de la variabilité génotypique chez M. spicatum, d'autres expériences impliquant des mesures de traits d'histoire de vie ont été réalisées sur 7 génotypes exposés au Cu. Les résultats ont montré que certains génotypes étaient jusqu'à 8 fois plus sensibles au Cu à des concentrations allant de 0.15 à 0.5 mg/L). Ces différences de sensibilité sont en partie expliquées par les traits mesurés, mais des mesures physiologiques et/ou des approches en transcriptomique devraient pouvoir expliquer de façon plus consistante la source de ces différences de sensibilité. Enfin, 3 expériences faisant varier respectivement la teneur en nutriments, l'intensité lumineuse et la préexposition au Cu, ont démontré que la plasticité phénotypique joue un rôle majeur dans la sensibilité au Cu chez L. minor. En effet, l'affaiblissement des individus, résultant des conditions environnementales défavorables, peut conduire au doublement de la sensibilité de L. minor au Cu. [...]
Intraspecific variability plays a pivotal role in short and long term responses of species to environmental fluctuations. This variability, expressed through different traits of individuals, can potentially influence species sensitivity to chemical contamination. This intraspecific variability is currently not taken into account in ecotoxicological risk assessment, whereas it can mislead its results. To examine this hypothesis, the importance of intraspecific variability in the response to copper (Cu) was quantified in controlled conditions for three aquatic macrophyte species, Lemna minor, Myriophyllum spicatum and Ceratophyllum demersum. Variations among genotypes of each of these 3 species were compared to interspecific variability. Results have highlighted a significant genotypic variability, whose importance depends on the species considered. Indeed, L. minor demonstrated a low variability, contrarily to M. spicatum whose variability in growth inhibition by Cu was higher than interspecific differences. In order to specify the extent and the mechanisms of genotypic variability in M. spicatum, other experiments involving measurements of life-history traits have been conducted on 7 genotypes exposed to Cu. Results showed that some genotypes were up to eightfold more sensitive to Cu than others (at concentrations ranging between 0.15 and 0.5 mg/L). These differences in sensitivity were partly explained by the traits measured, but physiological or transcriptomic endpoints may explain more precisely the source of these differences in sensitivity. Finally, 3 experiments with fluctuations in nutrient concentrations, light intensity and Cu pre-exposure have demonstrated that phenotypic plasticity plays an important role in L. minor sensitivity to Cu. Indeed, the weakening of individuals, as a result of unfavorable environmental conditions, can lead to a two-fold increase in sensitivity to Cu.[...]

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L'Honoré, Thibaut. "Plasticité phénotypique et variabilité intraspécifique de la tolérance à la dessalure chez le loup méditerranéen Dicentrarchus labrax." Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTG081.

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Abstract:

Face à un changement dans leur environnement, les organismes peuvent être amenés à fuir ou à s’acclimater. L’acclimatation repose sur la capacité des organismes à pouvoir modifier leur phénotype, c’est à dire certains de leur traits biologiques (métabolisme,comportement, physiologie) afin de pouvoir survivre dans un environnement donné. On parle alors de plasticité phénotypique. Cependant,les autres individus d’une même espèce peuvent présenter des différences au sein de leur génotype et phénotypes. On parle alors de variabilité inter-individuelle ou intraspécifique. Cette variabilité peut se retrouver dans la plasticité que possèdent les organismes à répondre à des changements rapides ou à long terme de leur environnement. Le bar ou loup Européen Dicentrarchus labrax est un poisson marin dont l’aire de répartition s’étend des côtes nord européennes jusqu’aux côtés africaines en passant par la Méditerranée. Il entreprend des migrations saisonnières dès le stade juvénile dans les lagunes et les estuaires voire parfois même en rivière. C’est donc une espèce plastique en termes de physiologie osmorégulatrice, capable de supporter une grande gamme de salinité : de 0 à 90 ppt. En revanche, en laboratoire une forte variabilité dans la réponse osmorégulatrice en eau douce a pu être mise en évidence. Les objectifs de cette thèse étaient de caractériser la plasticité phénotypique et la variabilité intraspécifique du loup méditerranéen en lien avec la dessalure.Pour cela, des loups ont été transférés en eau douce et étudiés par différentes approches. La première m’a permis d’appréhender les effets de la dessalure sur le métabolisme respiratoire et la tolérance à l’hypoxie. En eau douce, les capacités respiratoires des loups diffèrent de celles en eau de mer avec un taux métabolique plus haut, ainsi qu’une tolérance à l’hypoxie plus accrue. De plus, l’étude des transcrits révèle des réponses différentes après deux semaines et après deux mois passés en eau douce. Les individus incapables de tolérer l’eau douce ont été caractérisés par des traits comportementaux (vitesse, déplacement) et biochimiques (pression osmotique,chlorure et sodium sanguins) plus faibles que ceux des tolérants à la dessalure. L’étude des transcrits (transporteurs ioniques et récepteurs aux hormones) a révélé que l’intolérance à l’eau douce serait due en partie à une incapacité au niveau rénale à réabsorber les ions et donc à maintenir leur balance hydrominérale. L’étude de la variabilité phénotypique des loups méditerranéens en eau douce a été répétée à des âges différents. Elle démontre que la tolérance/l’intolérance à l’eau douce est un phénomène stable en termes de proportions (30% d’intolérants),mais labile avec le temps (ce ne sont pas forcément les mêmes individus qui sont tolérants ou intolérants à la dessalure suite à des transferts successifs). Cela suggère des mécanismes de régulation aléatoire, génétiques et/ou épigénétiques. Une étude préliminaire de la méthylation des cystéines de l’ADN a permis de déduire que le transfert en eau douce influe sur la méthylation globale de l’ADN. Le lien entre variabilitéintra spécifique liée à la tolérance à l’eau douce et méthylation de l’ADN reste à étudier.La dernière approche menée a consisté à étudier la dynamique des télomères (longueur et expression du gène de la télomérase)comme potentiels marqueurs de stress hypo-osmotiques chez le loup. La méthode, désormais au point n’indique aucun effet du stress hypoosmotique sur la dynamique des télomères. Néanmoins, la réponse des loups intolérants à l’eau douce reste à confirmer en augmentant le nombre d’individus. Ces résultats préliminaires suggèrent que les transitions vers les environnements hypo-osmotiques ne provoquent pas plus de dommages oxydatifs au niveau branchial. Il serait intéressant d’aborder l’approche de la dynamique des télomères dans le cadre d’autres stress environnementaux et de creuser l’approche sur d’autres organes
Facing environmental change, organisms may have to flee or to acclimate. Acclimation is based on the ability of organisms tomodify their phenotype, i.e. some of their biological traits (metabolism, behaviour, physiology) in order to survive in a given environment.This is called phenotypic plasticity. However, individuals of the same species may differ within their genotype and phenotypes. This isreferred as inter-individual or intra-individual variability. This variability can be found in the plasticity of organisms to respond to rapid orlong-term changes in their environment. The European sea bass Dicentrarchus labrax is a marine fish whose range extends from the northernEuropean coasts to the African sides and the Mediterranean sea. It undertakes seasonal migrations from the juvenile stage in lagoons andestuaries and sometimes even in rivers. It is therefore a plastic species in terms of osmoregulatory physiology, capable of withstanding a widerange of salinity: from 0 to 90 ppt. On the other hand, in the laboratory, a high variability in the osmoregulatory response in fresh water wasfound. The objectives of this thesis were to characterise the phenotypic plasticity and intraspecific variability of the Mediterranean sea bass inrelation to desalination.To do this, fish were transferred to fresh water and studied by different approaches. The first one allowed me to understand theeffects of desalination on respiratory metabolism and hypoxia tolerance. In fresh water, the respiratory capacities of sea bass differ fromthose of seawater with a higher metabolic rate, as well as a higher tolerance to hypoxia. In addition, the study of the transcripts revealsdifferent responses after two weeks and two months in fresh water. Individuals unable to tolerate fresh water were characterised by lowerbehavioural traits (velocity, displacement) and biochemical traits (osmotic pressure, blood chloride and sodium) than those of freshwatertolerant. The study of transcripts (ionic transporters and hormone receptors) revealed that intolerance to fresh water is partly due to aninability at the renal level to reabsorb ions and thus maintain the hydromineral balance. The study of the phenotypic variability ofMediterranean sea bass in fresh water has been repeated at different ages. It shows that tolerance/intolerance to fresh water is a stablephenomenon in terms of proportions (30% intolerant), but labile over time (it is not necessarily the same individuals who are tolerant orintolerant to fresh water following successive transfers). This suggests random, genetic and/or epigenetic regulatory mechanisms. Apreliminary study of DNA cysteine methylation concluded that freshwater transfer influences overall DNA methylation. The link betweenintraspecific variability related to freshwater tolerance and DNA methylation remains to be investigated.The last approach used was to study telomere dynamics (length and expression of the telomerase gene) as potential markers ofhypo-osmotic stress in sea bass. The method, now in development, does not indicate any effect of hypo-osmotic stress on telomere dynamics.Nevertheless, the response of intolerant sea bass to fresh water has yet to be confirmed by increasing the number of individuals. Thesepreliminary results suggest that transitions to hypo-osmotic environments do not cause more oxidative damage at the branchial level. Itwould be interesting to use this approach in the context of other environmental stressors and to explore other organs telomere dynamics

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Solsona, Michel. "Variabilité intraspécifique de trois mycoplasmes pathogènes majeurs chez les ruminants et applications épidémiologiques." Lyon 1, 1995. http://www.theses.fr/1995LYO10140.

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Abstract:

La variabilite intraspecifique a ete evaluee pour trois especes mycoplasmiques: mycoplasma (m. ) bovis, m. Agalactiae et m. Myocoides subsp. Mycoides biotype small colony (m. M. M. Sc), l'agent de la peripneumonie contagieuse bovine (ppcb). Les souches ont ete comparees selon: leur profil de restriction chromosomique a l'aide d'endonucleases, leur profil proteique obtenu par electrophorese en gel de polyacrylamide, leur profil antigenique obtenu par immunoblotting avec des anticorps polyclonaux, monospecifiques ou monoclonaux. Certaines particularites mise en evidence, se sont averees d'interessants marqueurs epidemiologiques. Parmi 37 souches de m. Bovis on a distingue 13 groupes genomiques differents. La variabilite des profils antigeniques s'avere importante et independante de la repartition genomique. Cette variabilite s'explique en particulier, par l'existence de systemes antigeniques membranaires complexes, qui presente des variations d'expression et de taille, d'une souche a l'autre mais egalement dans la descendance d'un clone et ceci avec une frequence elevee. Parmi 25 souches de m. M. M. Sc on a distingue 3 principaux groupes genomiques et des particularites dont la souche de reference et les souches vaccinales. Les souches europeennes sont differentes des souches africaines. Antigeniquement, les 46 souches etudiees s'averent assez homogenes. Cependant, les souches italiennes presentent une particularite qui n'est partagee par aucune autre souche. Ces donnees permettent d'argumenter les possibles filiations entre les differentes zones d'enzootie de ppcb. Aucune difference genomique n'a ete caracterisee parmi 12 souches de m. Agalactiae differant par leur espece animale hote, par leur origine geographique et par leur pouvoir pathogene. Les profils antigeniques de 31 souches apparaissent tres variables, cependant deux grands types se dessinent: les souches isolees dans le sud-ouest de la france et celles isolees dans les alpes. Cette variabilite resulte de differences antigeniques reelles mais egalement de l'existence d'antigenes dont l'expression et la taille varie d'une souche a l'autre

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Evangelista, Charlotte. "Variabilité intraspécifique chez les espèces invasives et ses conséquences sur le fonctionnement des écosystèmes aquatiques." Thesis, Toulouse 3, 2016. http://www.theses.fr/2016TOU30233/document.

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Abstract:

Les invasions biologiques sont considérées comme étant une cause majeure de changement des écosystèmes. Les impacts écologiques des espèces invasives pourraient être modulés par la variabilité intraspécifique des traits biologiques et écologiques entre et au sein de leurs populations. Cette thèse a révélé, à différentes échelles spatiales, la présence de variabilités phénotypiques fortes chez deux espèces invasives, Lepomis gibbosus et Procambarus clarkii. Il est apparu que les réponses phénotypiques des individus aux conditions environnementales pourraient être complexes, révélant notamment la contre productivité des méthodes de gestion utilisées pour contrôler les populations invasives et l'importance de l'histoire de colonisation des populations dans les relations phénotype-environnement. Des expérimentations ont également démontré comment la variabilité intraspécifique pourrait moduler les effets des espèces invasives sur la structure des communautés et le fonctionnement des écosystèmes. Ces résultats soutiennent l'idée qu'intégrer la variabilité intraspécifique dans un contexte d'invasion biologique est indispensable afin de mieux évaluer les impacts et adapter les méthodes de gestion aux caractéristiques des populations invasifs
While biological invasions are widely recognized as a major cause of ecosystem changes, the ecological impacts of invasive species could be modulated by intraspecific variability in ecological traits occurring between and within populations. The present work demonstrated, at different geographical scales, the existence of a strong phenotypic variability within two freshwater invaders, Lepomis gibbosus and Procambarus clarkii. In addition, phenotypic responses to environmental conditions was demonstrated to be complex, revealing notably that the methods used to control invasive populations can be counter-productive and that the colonization history of invasive populations is an important driver of phenotype-environment relationships. Experimental approaches also demonstrated that intraspecific variability modulated the intensity of the ecological impacts of invasive species on community structure and ecosystem functioning. These findings strongly support the idea that integrating intraspecific variability in the context of biological invasions is essential to better appreciate their impacts on recipient ecosystem and ultimately improve the efficient of management methods based on the characteristics of invasive populations

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Roussel, Magali. "Variabilité intraspécifique de l’efficience d’utilisation de l’eau dans une famille de chêne pédonculé (Quercus robur L.) : causes physiologiques et/ou anatomiques." Thesis, Nancy 1, 2008. http://www.theses.fr/2008NAN10090/document.

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Abstract:

Le chêne pédonculé est une espèce présentant une forte variabilité intra-spécifique d'efficience d'utilisation de l'eau (WUE) dont le déterminisme génétique a été démontré. WUE est un caractère complexe qui, à l'échelle foliaire, est défini par le rapport entre le taux d’assimilation nette de CO2 (A) et la conductance stomatique pour la vapeur d’eau (gs). Ce rapport - estimé par la composition isotopique en 13C de la matière organique (?13C)- est influencé par une multitude de facteurs physiologiques et structuraux qui conditionnent A (quantité de chlorophylle, épaisseur des différents tissus…) et gs (densité stomatique…). La comparaison pour ces traits foliaires de génotypes issus d'une même famille de plein-frères de chêne pédonculé, en conditions non-limitantes, a permis de montrer que la variabilité de WUE, dans cette famille, était surtout liée à gs et non aux capacités photosynthétiques. Pour approfondir ce travail, une étude a été menée sur la possibilité d'utiliser les variations de composition isotopique en oxygène (16O/18O) de l'eau foliaire et de la matière organique foliaire pour décomposer des différences d'efficience d'utilisation de l'eau en composantes photosynthétiques et transpiratoires. Les résultats de cette étude laissent envisager la possibilité d’utiliser l'outil isotopique 18O comme estimateur de gs chez le chêne pédonculé, mais seulement en conditions contrôlées, et après améliorations des techniques d’extractions de la matière organique
Pedunculate oak is a species that shows a large intraspecific variability of water-use efficiency (WUE). The genetic determinism of WUE in this species has been demonstrated. WUE is a complex trait which is defined at a leaf level as the ratio of net CO2 assimilation rate (A) on stomatal conductance for water vapor (gs). This ratio – estimated with carbon isotope composition of organic matter (?13C) – is therefore influenced by numerous physiological or anatomical traits that influence A (chlorophyll content, thickness of leaf tissue) or gs (stomatal density…). The comparison of genotypes belonging to a same full-sib family of pedunculate oak, in non-limiting conditions, for these foliar traits has shown that the variability of WUE in this family was linked to the variability of gs instead of photosynthetic capacity. To go further, a study has been done on the possibility to use the variations of the isotope composition of oxygen (16O/18O) of leaf water and leaf organic matter to decompose the differences in water-use efficiency in its photosynthetic and transpiratory components. The results of this study has shown that the 18O signature coulb be used as a proxy for gs for pedunculate oak, but only in controlled conditions, and after amelioration of organic matter extraction procedures

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Reisser, Cyrielle. "Analyse de la variabilité intraspécifique chez les levures : résistance à l'ammonium et aux composés azolés." Thesis, Strasbourg, 2014. http://www.theses.fr/2014STRAJ012/document.

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Abstract:

Dans toutes les espèces, les mutations et les réarrangements chromosomiques constituent des moteurs de l’évolution des génomes. Ils génèrent une diversité génétique à l’origine de la variation phénotypique observée entre les individus d’une même espèce. Cette variation est particulièrement importante chez les levures. Elles constituent donc d’excellents modèles pour déterminer les origines génétiques de la variation intra-spécifique. C’est dans ce contexte que ce travail s’est focalisé sur l’étude de la variation de résistance à l’ammonium et aux antifongiques azolés chez deux espèces de levures : Saccharomyces cerevisiae et Lachancea kluyveri. L’analyse des origines génétiques de la résistance à ces composés à mis en évidence que les variations génétiques pouvaient avoir lieu à plusieurs niveaux : séquence codante pour la résistance à l’ammonium et séquence régulatrice pour la résistance aux antifongiques. De plus, la réalisation d’expériences d’évolution adaptative a permis de mettre en évidence que l’adaptation à un nouvel environnement se faisait par dosage génique via l’acquisition d’un chromosome supplémentaire chez les espèces étudiées
In all species, mutations and chromosomal rearrangements are drivers of genomes evolution. These processes generate the genetic diversity at the origin of the phenotypic variations observed between the individuals of the same species. This variation is essential for their adaptation to a new environment. The yeasts are isolated from various ecological and geographical niches and show an important phenotypic variation. According to these characteristics, they are excellent modelorganisms to determine the genetic origins of the observed phenotypic variation. In this context, the study focused on the variation of resistance to ammonium and azole antifungals within two yeast species: Saccharomyces cerevisiae and Lachancea kluyveri. The analyses of the genetic origin of the resistance to these compounds show that this genetic variation could occur at several levels: coding sequence for resistance to ammonium and regulatory sequence for resistance to antifungal agents. In addition, evolving experiments have showed that the adaptation to a new environment was done by gene dosage, through the acquisition of extrachromosomes in both species studied

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Wagner-Deyries, Margot. "Toxicité de la méthylisothiazolinone sur l'espèce clé de voûte des écosystèmes d’eau douce Daphnia pulex." Electronic Thesis or Diss., Rennes, Agrocampus Ouest, 2023. http://www.theses.fr/2023NSARA092.

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Abstract:

Les isothiazolinones sont des molécules organiques utilisées comme biocides à large spectre dans une grande variété d'applications industrielles et de consommation. Bien que leur présence dans les sols et les eaux douces ait été détectée, les rapports des fabricants ont jugé les quantités concernées inoffensives pour l'écosystème. Toutefois, compte tenu des quantités libérées dans l'environnement depuis des décennies, des inquiétudes ont été exprimées quant à leur impact sur les processus d'évolution des espèces non ciblées, qui ne sont pas examinés dans des conditions de tests de toxicité standard. Ce travail vise à étudier en particulier les effets de la plus inoffensive de ces molécules, la méthylisothiazolinone (MIT). Sa toxicité aiguë a été évaluée sur Daphnia pulex, un invertébré aquatique emblématique en écotoxicologie et en biologie évolutive.Ces tests à court terme ont révélé une grande variabilité intraspécifique dans la tolérance, ce qui a également été vérifié dans une expérience à long terme utilisant de faibles concentrations de MIT. En outre, l'exposition à la MIT a eu des effets létaux et sublétaux sur la fitness des daphnies, avec une évolution sur quatre générations dans le cas d'une exposition multigénérationnelle continue, mais pas dans le cas d'une exposition parentale ou grand-parentale. Ces effets ont été étudiés plus en détail par analyse d’expression différentielle à partir de données globales d'ARNseq. La variabilité intraspécifique et les changements dans les réponses au sein d'une espèce appellent à l'inclusion des processus évolutifs dans les évaluations des risques et au réexamen des interprétations des tests d'écotoxicité standards
Isothiazolinones are a family of organic molecules used as broad-spectrum biocides in a wide variety of consumer and industrial applications. Although their presence in the environment has been detected, especially in soils and freshwater, reports by the manufacturers deemed the quantities involved harmless for the ecosystem. However, given the daily amounts of it released in the environment over decades, concerns were raised about their impact on non-target species evolutionary processes, which cannot be examined under standard ecotoxicity test conditions. This work aims to provide some answers by studying the effects of the most innocuous of these molecules, methylisothiazolinone (MIT). MIT acute toxicity was assessed on Daphnia pulex, an iconic ecotoxicology and evolutionary model species of aquatic invertebrates.These short-term tests revealed a great intraspecific variability in the tolerance to MIT contamination, which was also verified in a longterm experiment using low concentration. Moreover, MIT exposure caused lethal and sublethal effects on daphnia fitness, with developments over four generations in the case of a continuous multigenerational exposure, but not in the case of parental or grandparental exposure. These effects were further investigated with differential expression analysis from global RNAseq data. Both intraspecific variability and multigenerational change in the responses within one species call for the inclusion of evolutionary processes in risk assessments and the reconsideration of standard ecotoxicity tests interpretations

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Sauvey, Aurore. "Variabilité interspécifique et intraspécifique des indices physiologiques chez les diatomées toxiques du genre Pseudo-nitzschia : influence du cycle de vie." Thesis, Normandie, 2018. http://www.theses.fr/2018NORMC266/document.

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Abstract:

Chez les diatomées du genre Pseudo-nitzschia, certaines espèces produisent une neurotoxine, l’acide domoïque responsable chez l’homme d’intoxications amnésiantes suite à la consommation de mollusques contaminés. En Baie de Seine, la variabilité interannuelle de ces efflorescences toxiques, qui provoquent certaines années des fermetures de zones de pêche à la coquille Saint-Jacques, est liée à des changements de diversité spécifique au sein des communautés de Pseudo-nitzschia. Cette thèse avait pour objectif de caractériser la diversité écophysiologique au sein du genre Pseudo-nitzschia afin de mieux comprendre les facteurs qui influencent les différences de toxicité et de phénologies des efflorescences des principales espèces de Pseudo-nitzschia de Baie de Seine. Différents paramètres physiologiques, tels que la croissance, la production d’acide domoïque, les quotas élémentaires, les paramètres photosynthétiques, ainsi que les paramètres de cinétiques d’absorption du nitrate, du silicate et du phosphate, ont été étudiés chez quatre espèces : P. australis, P. pungens, P. fraudulenta et P. delicatissima. De plus, la variabilité intraspécifique a été évalué en étudiant de nombreuses souches par espèce et en estimant l’influence des variations de la taille cellulaire liées au cycle de vie de Pseudo-nitzschia sur les paramètres physiologiques. Les résultats montrent une importante diversité intraspécifique de la physiologie des quatre espèces, en partie liée à la taille cellulaire et parfois au cycle de vie. La connaissance de cette diversité intraspécifique a permis de caractériser différents traits physiologiques pour chaque espèce. Les résultats apportent des éléments de compréhension sur les conditions physiologiques favorables à la production d’acide domoïque et le rôle des éléments nutritifs dans le déterminisme des efflorescences des espèces de Pseudo-nitzschia
In the diatom Pseudo-nitzschia, some species produce a neurotoxin called domoic acid responsible for amnesic shellfish poisoning in humans following the consumption of contaminated molluscs. In the Bay of Seine (English Channel), the variability of bloom toxicity is linked to differences in the Pseudo-nitzschia species diversity. The aim of this thesis was to characterize the ecophysiological diversity within the genus Pseudo-nitzschia in order to better understand the physiological parameters influencing differences in toxicity and bloom phenology among the main Pseudo-nitzschia species of the Bay of Seine. Growth, domoic acid production, elemental intracellular quotas, photosynthetic parameters and kinetic parameters for nitrate, phosphate, and silicic acid uptake were studied in four Pseudo-nitzschia species: P. australis, P. pungens, P. fraudulenta et P. delicatissima. The intraspecific variability was characterized with a multi-strain approach and also considering the effect of cell size on the studied physiological parameters. The results highlight the importance of the intraspecific variability in the physiology of the four species, in part due to cell size reduction linked to Pseudo-nitzschia life cycle. Delineate the intraspecific diversity allowed to characterize different physiological traits for each species. This work brings new information on the physiological conditions favorable to domoic acid production and on the role of nutrients in controlling Pseudo-nitzschia species diversity during blooms

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Bergonier, Dominique. "Etude de la variabilité intraspécifique de Mycoplasma agalactiae : bases pour l'amélioration du diagnostic de l'agalactie contagieuse." Lyon 1, 1996. http://www.theses.fr/1996LYO10187.

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Abstract:

Dans la premiere section de l'etude, la variabilite antigenique intraspecifique a ete analysee a l'aide d'anticorps monoclonaux reconnaissant des epitopes de surface. Parmi les 9 epitopes specifiques reconnus 4 subissent des variations d'expression dans les generations d'une cellule. Cette instabilite affecte des epitopes simples ou portes par plusieurs proteines et apparait in vitro de facon aleatoire et a une frequence elevee. L'etude du degre de representativite des epitopes specifiques au sein de 245 isolements a permis de souligner une nette heterogeneite intraspecifique qui est partiellement reliee a l'origine geographique des souches. La caracterisation de la variabilite antigenique membranaire par immunoblotting a montre que les modifications antigeniques procedent de variations d'expression mais egalement de variations du poids moleculaire des proteines. Ces systemes antigeniques variables in vitro sont portes par des proteines immunogenes in vivo. L'immunomodulation par la reponse immunitaire de l'hote de ces mecanismes a ete evaluee in vitro en utilisant un test de pression immunitaire. L'activite immunomodulatrice directe de la reponse humorale a ete demontree par l'observation de modifications reproductibles de l'antigenicite, qui pourraient avoir une fonction d'echappement a la reponse immunitaire de l'hote. Dans la deuxieme section, la variabilite intraspecifique proteique et genomique a ete analysee par electrophorese en gel de molyacrylamide et par profils de restriction de l'adn. M. Agalactiae apparait sur ces 2 plans comme une espece heterogene. Une technique pcr (polymerase chain reaction) permettant l'amplification d'une sequence du gene de l'arn ribosomal 16s a ete developpee, afin de proposer une methode alternative de definition de l'espece et de diagnostic. Cette technique a permis la detection de m. Agalactiae et de m. Bovis. Une amplification apres purification d'adn a ete obtenue pour 150 souches

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Bridier, Julen. "Etude de la diversité intraspécifique de l’espèce Oenococcus oeni, relation entre variabilité phénotypique et diversité génétique." Thesis, Bordeaux 2, 2011. http://www.theses.fr/2011BOR21881/document.

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Abstract:

Oenococcus oeni est l’agent principalement responsable de la fermentation malolactique durant la vinification. Son adaptation au milieu vin est une étape clé dans la réussite de la FML, et donc dans la qualité des vins finis. Cependant, au sein de l’espèce, il existe une variabilité phénotypique importante, et de nombreuses souches ne sont ainsi pas aptes à réaliser la FML. La sélection des meilleures souches œnologiques passe ainsi par l’analyse de la diversité d’O. oeni. Cette étude a été abordée dans cette thèse, selon trois grands axes de recherche. Premièrement, la diversité génétique a été étudiée par des approches MLST, REA-PFGE et présence de marqueurs, et a montré une structuration de l’espèce en deux groupes phylogénétiques et plusieurs sous-groupes, reliés à des souches d’origine géographique précise. Ensuite, l’étude de la diversité phénotypique a montré la grande variabilité d’adaptation au vin des souches étudiées et un meilleur comportement de celles du groupe phylogénétique A durant la vinification. Enfin, une étude transcriptomique a mis en lumière certains mécanismes moléculaires éventuellement impliqués dans la réponse au stress vin chez O. oeni
Oenococcus oeni is the main agent responsible for the malolactic fermentation, during the wine making process. Its adaptation to wine environment is a key step for the success of the MLF, and then for wines quality. However, there is a high phenotypic variability among the species and several strains are unable to perform MLF. The selection of the best enological strains implies starting by analyzing the diversity of O. oeni. This study has been divided in three main themes of research. Firstly, the genetic diversity has been analyzed using several approaches, MLST, REA-PFGE and presence of genetic markers. That study proved the structuration of the species in two phylogenetic groups and several subgroups, related to geographical areas. Secondly, the study of the phenotypic diversity showed that all the studied strains present a high variability and the best behavior in wine making conditions is found in those from the phylogenetic group A. Finally, a transcriptional analysis has revealed some molecular mechanisms possibly implicated in stress response in O. oeni

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Cao, Quanquan. "Physiological and molecular responses of Atlantic and Mediterranean sea bass lineages to hypersalinity : A comparative study." Thesis, Université de Montpellier (2022-….), 2022. http://www.theses.fr/2022UMONG019.

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Abstract:

Le loup Européen ou bar (Dicentrarchus labrax) effectue des migrations saisonnières vers des habitats où la salinité peut atteindre des niveaux dépassant les 50 ‰, notamment dans les lagunes Méditerranéennes. Nous avons comparé les réponses physiologiques à l’hyper salinité de deux lignées génétiques de D. labrax, en provenance d’Atlantique et de Méditerranée Ouest. Le rôle du rein et de l’intestin dans la réabsorption d’eau dépendante du transport de solutés ont été analysés. L’expression des récepteurs de l’arginine vasotocine et de l’isotocine (AVTR et ITR) a également été mesurée. Les analyses ont été réalisées deux semaines après un transfert de D. labrax soit en eau de mer (EM, 36 ‰), soit en eau hypersalée (EHS, 55 ‰). Une taille inférieure des glomérules rénaux a été mesurée en milieu hyper salé indiquant une limitation des pertes d'eau via l’urine en milieu hypersalé. Les niveaux protéiques et l’activité de l’ATPase Na+/K+ (NKA) étaient supérieurs en milieu hyper salé indiquant un transport actif accrue à cette salinité. L’aquaporine 1a (AQP1a) est exprimée dans certains tubules proximaux n’exprimant que très peu la NKA. De plus, les transcrits aqp1a et aqp1b sont moins exprimés en EHS qu’en EM suggérant un rôle limité de l’AQP1 dans la réabsorption d’eau couplée au transport ionique. Dans l’intestin postérieur, les niveaux de transcrits nka α1a, nkcc2, aqp8ab et aqp8aa étaient supérieurs en EHS qu’en EM ainsi que le niveau protéique AQP8ab. AQP8ab est localisé dans les enterocytes au niveau subapical, exprimant également le cotransporteur Na+/K+/2Cl- (NKCC2) apicalement, suggérant un lien fonctionnel entre l’absorption de Na+, Cl- et l’eau. Parmi les gènes paralogues AVTR, v1a2 est le plus abondant au niveau intestinal et il est surexprimé en EHS. Une comparaison intraspécifique a montré que la lignée Méditerranéenne présente une pression osmotique sanguine supérieure en EHS alors que la lignée Atlantique maintient sa pression osmotique constante. Des différences entre les lignées ont été montrées au niveau de l’intestin postérieur avec des activités NKA supérieures chez les loups Méditerranéens mais aussi une expression plus importante de plusieurs gènes chez les loups Méditerranéens, reflétant des différences adaptatives dans les mécanismes d’absorption d’eau entre les lignées de D. labrax
The European sea bass (Dicentrarchus labrax) migrates towards habitats where salinity can reach levels over 50 ‰, notably in Mediterranean lagoons. We compared physiological responses of Atlantic and West Mediterranean sea bass to hypersalinity. We focused on the role of the kidney and intestine in solute-driven water reabsorption. Intestinal arginine vasotocin and isotocin receptor (AVTR and ITR) expression were also analyzed. Fish were sampled following a two-week transfer from seawater (SW, 36 ‰) to either SW or hypersaline water (HW, 55 ‰). A decreased renal glomerulus size was measured in HW compared to SW indicating that sea bass minimize water loss through urine upon salinity increase. Renal relative protein amounts and activity of Na+/K+-ATPase (NKA) were significantly higher in fish exposed to hypersalinity regardless of their origin indicating increased ion transport. Renal aquaporin 1a (AQP1a) immunolabeling was mainly detected in proximal tubules that do not express NKA and aqp1a, aqp1b were downregulated in HW suggesting a limited role of AQP1 in solute-coupled water uptake at 55 ‰. In the posterior intestine, nka α1a, nkcc2, aqp8ab and aqp8aa mRNA expressions were higher in HW compared to SW as well as relative protein expression of AQP8ab. The sub-apical localization of AQP8ab and apical localization of Na+/K+, 2Cl- cotransporter (NKCC2) in enterocytes could indicate a functional link between Na+, Cl- and water uptake. Among AVTR paralogs, highest mRNA levels were recorded for v1a2 paralog which showed a higher expression in D. labrax intestine after transfer of fish to HW. Intraspecific comparisons showed that blood osmolality was unchanged in Atlantic sea bass following salinity transfer but was higher in Mediterranean sea bass in HW compared to SW. Differences between D. labrax lineages were observed in posterior intestines of fish maintained in SW regarding NKA activities and the expression of several genes invo lved in solute-coupled water uptake with significantly higher levels in Mediterranean sea bass, most likely reflecting adaptive differences in mechanism linked to ion-driven water reuptake within D. labrax lineages

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Gachet, Christophe. "Inventaire et hiérarchisation de paramètres structuraux facteurs de variabilité intraspécifique de certaines propriétés mécano physiques des tissus ligneux." Phd thesis, Université Sciences et Technologies - Bordeaux I, 2003. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00007161.

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Abstract:

Si la majeure partie de la variabilité inter spécifique des caractéristiques élastiques du bois normal peut être expliquée par des indicateurs identifiés (nature de l'essence, masse volumique, taux d'humidité), l'étude menée ici permet d'élucider les causes de la variabilité de ces mêmes propriétés au niveau intra spécifique. La simulation de l'anisotropie élastique d'un bois résineux sans défaut est réalisée par l'empilement de quatre échelles de descriptions, faisant passer successivement du niveau des bio polymères essentiels à celui de chaque sous couche élémentaire (Passage 1), de celui de la sous couche à celui de la double paroi cellulaire (Passage 2), de la double paroi au tissu ligneux (Passage 3) et enfin de chacun des tissus ligneux à l'échelle du cerne (Passage 4). Les modèles micromécaniques utilisés à chaque étape restent basés sur la recherche du solide élastique homogène équivalent, par des lois des mélanges simples appliquées à des assemblages série ou parallèle de sous domaines supposés homogènes. Un jeu utile de 22 paramètres réalistes, en regard de données bibliographiques variées, est optimisé sur la base des données caractéristiques élastiques anisotropes du « résineux standard ». Un Résineux Standard Virtuel (RSV) est alors défini. L'outil de modélisation se révèle particulièrement adapté à l'analyse de la sensibilité des propriétés élastiques à la variabilité des paramètres structuraux et ultrastructuraux retenus. Une hiérarchisation objective est alors menée et permet de confirmer le rôle essentiel que joue l'inclinaison des microfibrilles dans S2 (AMF) sur l'anisotropie élastique globale (macroscopique) du matériau. Une campagne expérimentale partielle, menée sur du bois de réaction de trois essences résineuses permet de comparer les résultats prédits par le modèle RSV à ceux obtenus par diverses techniques.

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Jung, Vincent. "Etude de la structuration des communautés végétales des prairies alluviales le long d'un gradient d'inondation." Thesis, Metz, 2009. http://www.theses.fr/2009METZ010S.

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Abstract:

Il est largement admis que la composition des communautés végétales n’est pas due au hasard et dépend des conditions environnementales. Pourtant, les mécanismes qui régissent la distribution spatiale des espèces ainsi que leur coexistence au sein de communautés demeurent mal connus. Ce travail de thèse est consacré en majeure partie à l’étude de la structuration des communautés végétales prairiales distribuées le long d’un gradient d’inondation. Dans un premier temps, l’importance relative des filtres abiotique (conditions hydrologiques) et biotique (compétition) a été étudié à l’échelle spécifique. Cette analyse a montré que la réponse écologique des espèces le long du gradient d’inondation est modelée par des phénomènes interactifs entre les conditions hydrologiques et la compétition. Il a également été démontré que la compétition est un facteur plus important dans l’établissement de la limite de distribution supérieure des espèces le long du gradient (située vers l’extrémité sèche du gradient) que dans l’établissement de leur limite inférieure. Une seconde analyse, menée à l’échelle des communautés et basée sur l’utilisation de traits fonctionnels, a révélé l’existence de deux processus déterministes (l’« habitat filtering » et la « limiting similarity ») qui contrôlent l’assemblage des communautés. De plus, la détection de ces processus a été fortement améliorée en considérant la variabilité intraspécifique des traits. Ces résultats démontrent que la variabilité intraspécifique des traits fonctionnels est un élément important à considérer dans l’étude des mécanismes qui structurent les communautés végétales. Une expérimentation a été réalisée afin d’évaluer si la variabilité intraspécifique est impliquée dans la réponse à court terme de plusieurs espèces prairiales à une modification brutale des conditions hydrologiques. Cette étude a montré que les variations intraspécifiques de traits foliaires confèrent à certaines espèces la capacité de s’acclimater à une modification du régime hydrologique. Enfin, la dernière partie de ce travail porte sur une analyse protéomique réalisée sur deux espèces de Rumex prélevées en différents points du gradient d’inondation. Les différenciations intra- et interspécifique du protéome des deux espèces se sont révélées très similaires. Ces résultats démontrent ainsi l’existence d’un lien étroit entre les processus écophysiologiques d’acclimatation aux facteurs environnementaux et les processus évolutifs de spéciation
It is well recognize that the species composition of plant communities is not random and depends on environmental conditions. However, mechanisms controlling species spatial distribution as well as species coexistence within communities remain unknown. This study investigates the structure of meadow plant communities distributed along a flooding gradient. We first quantified the relative importance of abiotic (hydrolory) and biotic (competition) filters at the species level. We demonstrated that species ecological responses along the flooding gradient are shaped by interactive effects between hydrological conditions and competition. Moreover, we demonstrated that competition is more important in constraining upper distribution limits of species (dry end of the gradient) than lower limits. A traitbased approach at the community scale revealed the existence of two niche-based processes (habitat filtering and limiting similarity) that control community assembly. However, the detection of these processes was strongly improved when intraspecific trait variation was included in the analysis. These results demonstrate that intraspecific trait variation should improve our mechanistic understanding of community assembly. An experimental study was carried out to evaluate whether intraspecific variability is involved in the short-term response of meadow species to an important change in hydrological conditions. This study demonstrated that intraspecific variations of leaf traits allow some species to acclimate to a change in hydrolory. Finally, we conducted a proteomics analysis of two Rumex species among different gradient locations. We found strong similarities between intra- and interspecific differentiations of proteomes. Our results underline the link between ecological and evolutionary processes

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Bert, Didier. "L'influence de la variabilité intraspécifique sur la taxinomie, la biostratigraphie et l'évolution des ammonites : une approche paléobiologique : exemples pris dans le Jurassique supérieur et le Crétacé inférieur." Thesis, Rennes 1, 2014. http://www.theses.fr/2014REN1S047/document.

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Abstract:

La problématique de ce travail concerne des cas concrets d'application de l'approche paléobiologique chez les ammonites. Une attention spéciale a été donnée à la variabilité intraspécifique et ses conséquences taxinomiques, ainsi qu'à l'étude des patterns et processus évolutifs des groupes étudiés, afin d'en tirer des généralités. Les études paléobiologiques sur des exemples très variés montrent que la variabilité et le degré de sa prise en compte par les auteurs a une influence particulière sur les conceptions taxinomiques, et par conséquent sur la biostratigraphie et sur la compréhension des mécanismes évolutifs. Les lois de Westermann semblent être prépondérantes pour expliquer la variabilité intraspécifique d'un grand nombre de groupes d'ammonites, mais elles ne sont pas la seule source de covariation et leur influence doit être relativisée face à d'autres facteurs habituellement peu pris en compte. Les facteurs de la variabilité intraspécifique reconnus concernent : (1) le dimorphisme, (2) une variabilité dipolaire dans l'application stricte de la première loi de Westermann, (3) des variation par rapport à l'énoncé général de cette loi, (4) une variabilité tripolaire, (5) des relations hétérochroniques morphologiques dépendantes ou indépendantes, (6) un facteur d'atténuation de l'ornementation, et (7) différents facteurs d'enroulement liés ou non à d'autres caractères morphologiques et ornementaux chez les ammonites hétéromorphes
The issue of this work involves concrete case of application of the palaeobiological approach in ammonites. Special attention was given to intraspecific variability and its taxonomic consequences and the study of evolutionary processes and patterns of the groups studied, in order to draw generalizations. Paleobiological studies on a variety of examples show that the degree of variability and its consideration by the authors has a particular influence on taxonomic concepts, and consequently on the biostratigraphy and the understanding of evolutionary mechanisms. Westermann laws seem to be dominant to explain intraspecific variability of a large number of ammonites groups, but they are not the only source of covariation and their influence must be relativized against other factors usually not taken into account. Factors of intraspecific variability recognized are: (1) dimorphism, (2) a dipolar variability in the strict application of the first Westermann’s law, (3) changes compared to the general statement of the law, (4) tripolar variability, (5) heterochronic relationships morphological dependent or independent, (6) an attenuation factor of ornamentation, and (7) various coiling factors related or not to other morphological and ornamental characters in heteromorphic ammonites

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Petit-Paly, Geneviève. "Les Alcaloïdes quaternaires dihydrofuroquinoléiques à activité cytotoxique de Ptelea trifoliata L. (Rutacee) : comparaison de la variabilité intraspécifique (in vivo) et la variabilité somaclonale (in vitro) : mise en évidence de molécules nouvelles." Tours, 1988. http://www.theses.fr/1988TOUR3803.

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Ramia, Nancy. "Compétition par interférence et diversité génétique à l’échelle intraspécifique chez la bactérie lactique Carnobacterium maltaromaticum." Electronic Thesis or Diss., Université de Lorraine, 2018. http://www.theses.fr/2018LORR0211.

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Compétition et diversité sont des phénomènes majeurs en microbiologie. Dans le secteur de l’agroalimentaire, la compétition est à la base de la biopréservation, un procédé dont l’objectif est d’inhiber des microorganismes indésirables par l’utilisation de microorganismes compétiteurs. La diversité microbienne est quant à elle à l’origine de la diversité de produits fermentés et en particulier de la typicité des fromages. Pourtant, l’écologie de la compétition microbienne dans les aliments et le lien avec la diversité microbienne sont très mal connus. L’objectif de ces travaux de thèse était d’une part d’étudier la diversité et d’autre part la compétition chez une bactérie représentative de l’écosystème fromager. Le modèle d’étude choisi est la bactérie lactique Carnobacterium maltaromaticum. Une analyse de diversité de 21 souches de C. maltaromaticum a été réalisée par MultiLocus Sequence Typing (MLST) et a permis de compléter la structure connue de la population de C. maltaromaticum. Cette étude a permis de révéler la présence de 56 génotypes au sein d’une collection de 71 souches, montrant une grande diversité génétique au sein de cette espèce. La compétition par interférence a été étudiée par réalisation de tests de compétition à haut débit. Chaque test de compétition mettait en jeu deux souches de la collection, une souche en situation d’expédition et une souche en situation de réception. Au total 5776 tests ont été réalisés à partir de la collection de 76 souches. Les résultats ont révélé que 60% des souches inhibaient au moins une autre souche de la collection indiquant que la compétition intraspécifique est majeure au sein de l’espèce C. maltaromaticum. Par ailleurs, une grande variabilité de largeur de spectre d’inhibition et de spectre de sensibilité a été observée. Une approche d’analyse de réseau a révélé une architecture « nested » du réseau compétitif suggérant que l’inhibition dépend non seulement des caractéristiques antagonistes des souches inhibitrices mais également du niveau de sensibilité des souches réceptrices. Une analyse génomique de 26 souches de la collection a été réalisée en vue de prédire leur contenu en gènes codant la synthèse de substances antagonistes et a permis d’identifier des gènes codant potentiellement des bactériocines. En conclusion, ces travaux de thèse ont montré que l’espèce Carnobacterium maltaromaticum est d’une part caractérisée par une grande diversité génétique et que d’autre part la compétition par interférence est fréquente au sein de la population
Competition and diversity are major phenomena in microbiology. In the agri-food sector, competition is the very basis of biopreservation, a process which objective is to inhibit undesirable microorganisms through the use of microbial competitors. Microbial diversity lies at the origin of the diversity of fermented products and particularly of the typicality of cheeses. However, the ecology of microbial competition in food and the link with microbial diversity are poorly understood. The goal of this thesis was to study the diversity and the competition of a representative model bacterium of the cheese ecosystem. The study model chosen is the lactic acid bacterium Carnobacterium maltaromaticum. An analysis of the diversity of 21 strains of C. maltaromaticum was performed by MultiLocus Sequence Typing (MLST) and allowed to complete the scheme of C. maltaromaticum population structure. This study revealed the presence of 56 genotypes among a collection of 71 strains, showing a high genetic diversity within this species. Interference competition was studied by performing high-throughput competition assays. Each competition assay involved two strains, one in the position of the sender strain and the other in the position of the receiver. In total, 5776 tests were performed on a collection of 76 strains. The results revealed that 60% of strains inhibited at least one other strain of the collection, indicating that intraspecific competition is major in C. maltaromaticum. Moreover, a large variability in the width of inhibition and sensitivity spectra has been observed. A network analysis approach revealed a nested architecture of the competitive network, suggesting that inhibition depends not only on the antagonistic characteristics of the inhibitory strains but also on the level of sensitivity of the receiver strains. A genomic analysis of 26 strains from the collection was performed in order to predict their gene content encoding the synthesis of antagonistic substances, and it allowed the identification of genes potentially encoding bacteriocins. In conclusion, this thesis has shown that the species Carnobacterium maltaromaticum is characterized by a high genetic diversity and that interference competition is frequent in the population

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Bristiel, Pauline. "Variabilité intraspécifique des stratégies adaptatives à la sécheresse d’une graminée pérenne (Dactylis glomerata L.) : les compromis fonctionnels des traits aériens et souterrains peuvent-ils expliciter le compromis entre potentiel de croissance et survie au stress ?" Thesis, Montpellier, 2017. http://www.theses.fr/2017MONTT108/document.

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Abstract:

Les risques de sécheresse sévère augmentent sous l’effet du changement climatique. Mieux comprendre les stratégies adaptatives des plantes au stress hydrique est ainsi l’un des défis majeurs de la recherche écologique et agronomique. Cette thèse explore la survie à la sécheresse d’une graminée herbacée pérenne (Dactylis glomerata L.) en étudiant la variabilité intraspécifique des traits aériens et souterrains d’une quinzaine de populations natives et cultivées issues d’un gradient latitudinal allant de la Scandinavie au Maroc. Une caractérisation des populations en conditions optimales sur une année a montré une coordination phénologique des traits aériens en relation avec les limitations saisonnières de croissances liées à l’origine des populations. Le rythme de croissance au printemps et à l’automne ne discrimine pas les origines, alors que la dormance estivale des populations méditerranéennes s’oppose à la dormance hivernale des populations scandinaves. Ces résultats suggéraient l’existence d’un compromis entre survie à une déshydratation sévère (sécheresse, gel) et potentiel de croissance. Alors que ce compromis a été vérifié en été (sècheresse sévère à Montpellier) et en hiver (gel en Norvège), la survie à une déshydratation de contre-saison au printemps n’est pas corrélée au potentiel de croissance des populations. Les résultats invalident donc l’existence d’un compromis constant entre survie au stress et potentiel de croissance aérienne. Ce découplage chez le dactyle permet d’envisager la sélection artificielle, à partir de la variabilité intraspécifique existante, de variétés à la fois productives et tolérantes au stress hydrique. L’imposition d’une déshydratation édaphique sévère en pots limitant l’expansion du système racinaire a montré que les populations méditerranéennes survivent mieux que les populations tempérées ou nordiques. L’association de ces résultats avec ceux issus d’une expérimentation en longs tubes favorisant le développement potentiel des racines révèle un compromis entre les stratégies d’évitement de la déshydratation (acquisition de l’eau et maintien de la croissance) et de tolérance à la déshydratation (faible croissance et forte survie à la sécheresse) qui pourrait limiter la combinaison de stratégies adaptatives au sein d’un même phénotype. Cette thèse contribue à améliorer notre compréhension des compromis fonctionnels, peu étudiés à l’échelle intraspécifique, mais qui sous-tendent la réponse des plantes à la sécheresse
Drought risk increases with climate change. Improving our understanding of the adaptive mechanisms of plants response to drought has thus become one of the major challenges of ecological and agronomical research. This work investigates the drought survival of a perennial herbaceous species (Dactylis glomerata L.) through the intraspecific variability of above and below ground traits expressed by fifteen native and cultivated populations originating from a large latitudinal gradient, from Scandinavia to Morocco. Population traits characterization across one year under optimal growth conditions showed phenological coordination of above ground traits associated with seasonal growth limitations according to the origins of the populations. The spring growth rhythm does not discriminate origins while the summer dormancy of Mediterranean population contrasts with the winter dormancy of Scandinavian populations. These results suggested a growth-dehydration stress survival trade-off. Although this trade-off was confirmed in summer (severe drought in Montpellier) and winter (severe frost in Norway), no correlation was found between an off-season (spring) drought stress survival and populations’ growth potential. The result invalidates the existence of a constant trade-off between stress survival and aerial growth potential. This apparent decoupling in cocksfoot could be considered to produce new cultivars with both high productivity and high drought tolerance, from existent intraspecific variability. A severe dehydration stress imposed on plants grown in short pots, limiting roots expansion, showed that Mediterranean populations survived better than temperate or Nordic populations. In association with a long tube experiment allowing full expression of roots development, this result revealed a functional trade-off between dehydration avoidance (water acquisition and growth maintenance) and dehydration tolerance (low growth and high drought survival) which could limit the combination of adaptive strategies in a single phenotype. This work contribute to improve our knowledge about functional trade-offs, few studied within species, that underpin plant response to drought stress

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Gonzalo-Turpin, Héloïse. "Produire des connaissances pertinentes pour l'action en sciences de la conservation : cas de la gestion de la diversité génétique intraspécifique en restauration écologique." Phd thesis, Toulouse, INPT, 2008. http://oatao.univ-toulouse.fr/7805/1/gonzalo_turpin.pdf.

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Abstract:

Les sciences de la conservation ont pour objet l'évaluation des dégradations causées à la biodiversité et la conception de solutions pour la conserver et la restaurer. Si ces sciences sont historiquement ancrées dans des disciplines biologiques, elles s'en différencient car elles sont explicitement destinées à l'action. Cela suppose la conception de projets en collaboration avec des acteurs de terrain et l'adoption d'une certaine interdisciplinarité. Très peu d'auteurs relatent ce que ces deux perspectives impliquent concrètement concernant les projets de gestion de la biodiversité et la recherche en sciences de la conservation. L'enjeu principal de cette thèse était de mettre concrètement en œuvre ces perspectives afin de produire des connaissances plus pertinentes pour l'action dans un projet relatif à la gestion de la biodiversité, et ce faisant, de donner à voir le cheminement que cela suppose pour un biologiste pratiquant les sciences de la conservation. Ce travail de thèse est ancré dans le projet Ecovars (2005-2007). Ce projet était porté par le Conservatoire Botanique Pyrénéen en partenariat avec l'Institut National de la Recherche Agronomique et le Service d'Utilité Inter-chambres d'Agriculture des Pyrénées. L'objectif finalisé de la thèse était d'établir un outil (des zones de transfert de graines) permettant de gérer sur le massif pyrénéen la diversité génétique intraspécifique de la flore locale. Cette gestion devait intégrer les points de vue des acteurs utilisant les espaces à restaurer. Ce travail s'appuie sur l'étude conjointe des diversités génétiques neutre et adaptative d'une graminée alpine sauvage (Festuca eskia) destinée à la restauration des pelouses alpines, de son patron d'infection par un endophyte (Epichloë festucae) et des points de vue d'acteurs concernés par des opérations de restauration. L'étude conjointe de la diversité génétique neutre et de l'endophytisme met en évidence que F. eskia est divisée en deux entités génétiques distinctes (Est versus Ouest). L'étude de la diversité génétique adaptative montre que F. eskia présente une différenciation génétique adaptative le long des gradients altitudinaux, malgré des flux de gènes important entre altitudes. Cette étude montre aussi que le potentiel adaptatif de F. eskia n'est pas faible et ne diminue pas avec l'altitude contrairement aux hypothèses classiques sur les plantes alpines. La complexité des patrons génétiques mis en évidence amène à reconsidérer la pertinence d'établir des zones de transfert de graines. Au-delà, l'analyse des points de vue d'acteurs conduit à abandonner l'idée d'un mode de gestion uniforme de la diversité génétique et plus généralement conduit à proposer l'intégration de la restauration à une gestion globale des territoires. Par ailleurs, l'analyse de cette expérience au sein d'Ecovars montre la nécessité de repenser le partenariat dans les projets de conservation et de restauration afin de produire des connaissances pertinentes pour l'action. A l'issue de ce travail, mon cheminement m'amène à proposer de raisonner les opérations de restauration comme des constructions collectives et locales. Ce cheminement effectué au cours de ma thèse, depuis une approche basée sur des référentiels disciplinaires (dans mon cas la biologie évolutive et l'écologie) jusqu'à une approche plus holiste et plus relativiste des sciences de la conservation est à mon sens ce qui permettrait aux biologistes de faire des sciences de la conservation de vraies sciences pour l'action.

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Lupoli, Roland. "Recherches sur la caractérisation intraspécifique moléculaire et biologique des pucerons en vue de son application à l'épidémiologie des virus de type non persistant." Montpellier 2, 1990. http://www.theses.fr/1990MON20101.

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Abstract:

Un critere de differenciation des populations de pucerons reposant sur les techniques d'hybridation a l'aide d'une sonde d'adn ribosomal a ete obtenu. La variabilite observee est liee aux regions non transcrites de l'adn ribosomal. Elle n'est pas la meme chez toutes les especes de pucerons: on l'observe a l'echelle d'un meme champ avec rhopalosiphum maidis, et a l'echelle de plusieurs centraines de kilometres chez aphis gossypii. L'efficacite de transmission d'un virus de type non persistant est un caractere stable au cours du temps chez un meme clone de puceron en conditions controlees. A l'echelle regionale, l'amplitude de ce caractere est faible chez aphis gossypii. Les utilisations de ces methodologies pour suivre les deplacements des pucerons ou evaluer les risques d'introduction de populations virales sont discutees

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Jalalzadeh, Moghaddam Shahri Banafsheh. "Evolution intraspécifique du génome et modes de reproduction générateurs de diversité génétique chez Agaricus bisporus." Thesis, Bordeaux, 2014. http://www.theses.fr/2014BORD0420/document.

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Abstract:

Agaricus bisporus, le champignon de Paris, est un basidiomycète saprophytenaturellement présent dans la litière de cyprès (Cupressus macrocarpa). Il possède différentsmodes de reproduction. Pour étudier leur rôle dans la dynamique spatio-temporelle et l’évolutionde la diversité génétique au cours du temps, des dispositifs expérimentaux ont été mis en place.Dix souches sauvages d’Agaricus bisporus var. bisporus ont été sélectionnées, à partir de deuxpopulations françaises, sur leurs traits phénotypiques et génotypiques. L’étude de l’évolutionmoléculaire de leurs génomes a montré que, pour le génome mitochondrial, la mobilité desintrons de groupe I apparait comme la principale source de polymorphisme. Des taux desubstitution nucléotidique (nt) faibles ont été observés chez tous les types de séquencesmitochondriales (éléments mobiles, séquences géniques et inter géniques). Cette forteconservation, comparée avec les taux élevés de substitution nt des séquences nucléairessimilaires, contraste avec ce qui est généralement décrit dans l’évolution des séquencesfongiques. Des expériences de croisements entre sporocarpes et mycelia de souches sauvages ontété menées sur du compost, dans une chambre de culture, pour simuler l’implantation d’unepopulation naturelle. Pour les sporocarpes récoltés, les données montrent l’existence d’unphénomène parasexuel de Buller conduisant à des souches hybrides d’A. bisporus dans lachambre de culture et potentiellement dans la nature. Parallèlement, les mycelia de souchessauvages ont été introduits dans deux parcelles expérimentales de cyprès. L’analyse génotypiquedes sporocarpes récoltés la première année d’introduction n’a pas permis de mettre en évidencede souche hybride et les conditions climatiques de la seconde année n’ont pas permis d’obtenir defructification. Les dispositifs et outils mis au point doivent permettre un suivi génétique spatiotemporelde la population sur le long terme
Agaricus bisporus, the button mushroom, is a saprophytic basidiomycete naturallyfound in cypress litter (Cupressus macrocarpa). It possesses different modes of reproduction. Tostudy their role in the spatio-temporal dynamics and in the evolution of the genetic diversity,experimental systems have been set up. Ten wild strains of Agaricus bisporus var. bisporus havebeen selected, from two french populations, on both phenotypic and genotypic traits. Themolecular evolution of their genomes has shown that, for the mitochondrial genome, group Iintron mobility was the main source of gene polymorphism. Low nucleotide (nt) substitutionrates were found in all types of mitochondrial sequences (mobile elements, genic and intergenicones). This stringent conservation of mitochondrial sequences, when compared with the high ntsubstitution rates of their nuclear counterparts, contrasts to what is widely accepted in fungalsequence evolution. Mating experiments between sporocarps and mycelia of wild strains wereconducted on compost in a room culture, to simulate the implantation of a natural population.Among the collected sporocarps, results indicate the occurrence of a parasexual Bullerphenomenon leading to hybrid strains of A. bisporus in room culture and putatively in the wild.In parallel, mycelia of the wild strains have been introduced in two experimental plots of cypress.Genotypic analysis of the sporocarps collected from these plots in the first year of introduction,failed to evidence a hybrid strain. The climatic conditions of the second year did not allowobtaining fruiting-bodies. The developed experimental systems and tools must allow a followingat the genetic level of the spatio-temporal evolution of the population

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Ramia, Nancy. "Compétition par interférence et diversité génétique à l’échelle intraspécifique chez la bactérie lactique Carnobacterium maltaromaticum." Thesis, Université de Lorraine, 2018. http://www.theses.fr/2018LORR0211.

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Abstract:

Compétition et diversité sont des phénomènes majeurs en microbiologie. Dans le secteur de l’agroalimentaire, la compétition est à la base de la biopréservation, un procédé dont l’objectif est d’inhiber des microorganismes indésirables par l’utilisation de microorganismes compétiteurs. La diversité microbienne est quant à elle à l’origine de la diversité de produits fermentés et en particulier de la typicité des fromages. Pourtant, l’écologie de la compétition microbienne dans les aliments et le lien avec la diversité microbienne sont très mal connus. L’objectif de ces travaux de thèse était d’une part d’étudier la diversité et d’autre part la compétition chez une bactérie représentative de l’écosystème fromager. Le modèle d’étude choisi est la bactérie lactique Carnobacterium maltaromaticum. Une analyse de diversité de 21 souches de C. maltaromaticum a été réalisée par MultiLocus Sequence Typing (MLST) et a permis de compléter la structure connue de la population de C. maltaromaticum. Cette étude a permis de révéler la présence de 56 génotypes au sein d’une collection de 71 souches, montrant une grande diversité génétique au sein de cette espèce. La compétition par interférence a été étudiée par réalisation de tests de compétition à haut débit. Chaque test de compétition mettait en jeu deux souches de la collection, une souche en situation d’expédition et une souche en situation de réception. Au total 5776 tests ont été réalisés à partir de la collection de 76 souches. Les résultats ont révélé que 60% des souches inhibaient au moins une autre souche de la collection indiquant que la compétition intraspécifique est majeure au sein de l’espèce C. maltaromaticum. Par ailleurs, une grande variabilité de largeur de spectre d’inhibition et de spectre de sensibilité a été observée. Une approche d’analyse de réseau a révélé une architecture « nested » du réseau compétitif suggérant que l’inhibition dépend non seulement des caractéristiques antagonistes des souches inhibitrices mais également du niveau de sensibilité des souches réceptrices. Une analyse génomique de 26 souches de la collection a été réalisée en vue de prédire leur contenu en gènes codant la synthèse de substances antagonistes et a permis d’identifier des gènes codant potentiellement des bactériocines. En conclusion, ces travaux de thèse ont montré que l’espèce Carnobacterium maltaromaticum est d’une part caractérisée par une grande diversité génétique et que d’autre part la compétition par interférence est fréquente au sein de la population
Competition and diversity are major phenomena in microbiology. In the agri-food sector, competition is the very basis of biopreservation, a process which objective is to inhibit undesirable microorganisms through the use of microbial competitors. Microbial diversity lies at the origin of the diversity of fermented products and particularly of the typicality of cheeses. However, the ecology of microbial competition in food and the link with microbial diversity are poorly understood. The goal of this thesis was to study the diversity and the competition of a representative model bacterium of the cheese ecosystem. The study model chosen is the lactic acid bacterium Carnobacterium maltaromaticum. An analysis of the diversity of 21 strains of C. maltaromaticum was performed by MultiLocus Sequence Typing (MLST) and allowed to complete the scheme of C. maltaromaticum population structure. This study revealed the presence of 56 genotypes among a collection of 71 strains, showing a high genetic diversity within this species. Interference competition was studied by performing high-throughput competition assays. Each competition assay involved two strains, one in the position of the sender strain and the other in the position of the receiver. In total, 5776 tests were performed on a collection of 76 strains. The results revealed that 60% of strains inhibited at least one other strain of the collection, indicating that intraspecific competition is major in C. maltaromaticum. Moreover, a large variability in the width of inhibition and sensitivity spectra has been observed. A network analysis approach revealed a nested architecture of the competitive network, suggesting that inhibition depends not only on the antagonistic characteristics of the inhibitory strains but also on the level of sensitivity of the receiver strains. A genomic analysis of 26 strains from the collection was performed in order to predict their gene content encoding the synthesis of antagonistic substances, and it allowed the identification of genes potentially encoding bacteriocins. In conclusion, this thesis has shown that the species Carnobacterium maltaromaticum is characterized by a high genetic diversity and that interference competition is frequent in the population

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Baillard, Vincent. "Modélisation de distribution de sensibilité des espèces pour la protection des communautés." Electronic Thesis or Diss., Université de Lorraine, 2021. http://www.theses.fr/2021LORR0065.

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Abstract:

Les activités humaines ont de nombreux effets sur les écosystèmes. Elles peuvent se traduire par exemple par le déversement ou la fuite de contaminants dans les écosystèmes, comme lors de l'épandage de pesticides dans une zone agricole. L'évaluation du risque environnemental permet de caractériser et de quantifier ces effets afin de les maintenir à un niveau considéré acceptable. Cette évaluation se fait le plus souvent à partir de bioessais monospécifiques, mais les relations concentration-réponse ainsi décrites peuvent ensuite être intégrées au sein d'une distribution de sensibilité des espèces (ou SSD pour Species Sensitivity Distribution). Ces SSD, largement utilisées en évaluation du risque environnemental, permettent alors de définir une concentration n'ayant d'effets que sur une petite fraction des espèces présentes dans un écosystème (le plus souvent 5% donnant ainsi des concentrations dangereuses pour 5% des espèces). L'un des problèmes importants de ce type d'approches reste cependant une représentativité environnementale encore limitée. En effet, les bioessais monospécifiques fournissant l’information de base pour produire ces SSD sont le plus souvent réalisés dans des conditions non réalistes (organismes isolés et donc non soumis aux interactions biotiques, conditions expérimentales éloignées de la réalité environnementale, obtention d'une valeur de sensibilité unique pour une espèce alors que cette sensibilité peut être variable d'une population à l'autre...). Ce manque de réalisme est compensé par l'application d'un facteur de sécurité venant diviser la valeur finale par une valeur d'autant plus grande que l'estimation réalisée est éloignée de la réalité environnementale, donnant ainsi des valeurs d'autant plus basses et donc considérées plus protectrices. Les travaux présentés ici ont cherché à intégrer (i) l’effet de la variabilité intraspécifique sur les paramètres des courbes SSD, et notamment la concentration dangereuse pour 5% des espèces et (ii) l’effet combiné d’un herbicide et de la compétition interspécifique sur les communautés végétales des bandes enherbées, en adoptant plusieurs démarches de modélisation, à chaque étape du processus d’analyse de données. Les résultats mettent en évidence l’importance d’intégrer toute cette complexité biologique dans les démarches d’évaluation du risque environnemental, ainsi que le risque de sous-estimation des facteurs de sécurité généralement appliqués sur les résultats issus d’une modélisation SSD
Human activities have numerous effects on ecosystems. They can for example result in spillage or leakage of contaminants in ecosystems as during spreading of pesticides in agricultural lands. Environmental risk assessment allows to characterize those effects to maintain them at a level considered acceptable. This assessment is usually based on monospecific bioassays, but concentration-response relationships thus described can then be included in Species Sensitivity Distributions (SSD). Those SSD, widely used in environmental risk assessment, then allows to define a concentration that only have an effect on a small fraction of the species found in an ecosystem (usually 5%, leading to hazardous concentrations for 5% of species). One of the most important problems of this kind of approaches is that it still lacks environmental relevance. Monospecific bioassays indeed providing the information to model SSD are usually realised in non realist conditions (organisms isolated and thus not subject to biotic interactions, experimental conditions far from environmental reality, obtention of a unique sensitivity value for a species whereas this sensibility can be variable from one population to another...). This lack of realism is compensated by the application of an assessment factor which divides the final value by a value that increases as the realised estimation is distant from environmental reality, thus giving lower values that are considered more protectives. The work presented here sought to integrate (i) the effect of intraspecific variability on SSD curves parameters, in particular on hazardous concentrations for 5% of species and (ii) the combined effect of an herbicide and interspecific competition on the vegetal communities that are grass stripes following several modeling approaches for each data processing step. Results show the importance of the integration of all this biological complexity in environmental risk assessment procedures as well as the risk of underestimation of assessment factors usually applied on results from SSD modeling

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Suong, Malyna. "Effets de l'agriculture de conservation sur les nématodes parasitiques des racines du riz et étude de la diversité de Meloidogyne graminicola en Asie du Sud-Est." Thesis, Montpellier, 2017. http://www.theses.fr/2017MONTT155/document.

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Abstract:

Meloidogyne graminicola est un nématode à galle du genre Meloidogyne spp. (RKN) qui est prépondérant dans les rizières d’Asie du Sud-Est et qui provoque des pertes significatives chez le riz. Malgré son impact négatif sur le rendement, les moyens de control et les méthodes d’identification de cette espèce sont encore limités. Dans cette étude, nous avons évalué l'incidence et la prévalence des RKN dans les rizières du Cambodge, du Laos et du Vietnam grâce à des marqueurs moléculaires développés dans cette étude. Nous avons de plus évalué, sur une séquence de deux ans, les effets de l'Agriculture de conservation (CA) sur la présence et la dynamique des nématodes parasites des racines (RPN) du riz, en relations avec le rendement et la qualité du sol, dans un champ d’expérimentation sableux de bas fond au Cambodge. Nous avons parallèlement évalué la susceptibilité à M. graminicola de 13 plantes adventices couramment utilisées en CA, ainsi que celle de trois variétés de riz, et identifié des plantes réservoir poussant dans les rizières Cambodgiennes. Dans une autre partie, nous avons validé des marqueurs intraspécifiques pour M. graminicola et étudié sa diversité génétique en Asie du Sud-Est. Par des approches de génomique comparative nous avons discuté des relations évolutives qu’il y aurait pu potentiellement y avoir entre M. graminicola et les espèces génétiquement proches
The rice Root-knot nematode (RKN), Meloidogyne graminicola, reduces significantly rice yield in Southeast (SE) Asia and is prevalent in rice fields in this region. Despite its negative impact on yields, suitable methods of controls and current molecular markers used for M. graminicola identification are still limited. In this study, we evaluated the current occurrence of RKN in rice fields of Cambodia, Laos and Vietnam, and identified those RKN species using molecular markers developed in this study. We then evaluated, during two years sequences, the effects of the Conservation agriculture (CA) on the occurrence and dynamics of root-parasitic nematodes (RPN) of rice, in relation with yields and soil nutrients, in a lowland-sandy field in Cambodia. Host response to M. graminicola of 13 selected cover crops commonly used in CA, of three rice cultivars as well as rice weeds as reservoirs for M. graminicola, were evaluated. Furthermore, we validated intraspecific markers for M. graminicola, studied its genetic diversity in SE Asia, and discussed the potential evolutionary relations of Meloidogyne species using comparative genomics approaches

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Sartori, Kevin. "Compromis écophysiologiques, stratégies d’utilisation des ressources et adaptation locale chez l’espèce modèle Arabidopsis thaliana (L.) Heynh." Thesis, Montpellier, 2020. http://www.theses.fr/2020MONTG009.

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Abstract:

L’écologie comparative, grâce à des campagnes de mesures de caractères morpho-physiologiques à grande échelle, a fait état de contraintes dans la diversification des végétaux. Ces contraintes se manifestent par la covariation de caractères dit « fonctionnels » dont le résultat est un espace phénotypique restreint, délimité par des combinaisons de traits impossibles. Ces observations mettent en évidence l’existence de stratégies écologiques des végétaux favorisées par certaines combinaisons de traits. Au niveau des feuilles, la relation négative entre la durée de vie et la vitesse de photosynthèse représente un compromis majeur des capacités d’acquisition et d’utilisation des ressources, commun à l’ensemble des végétaux. De toute évidence, ce syndrome d’économie des ressources implique d’autres caractères liés à la conservation et la distribution de l’eau et des nutriments. Cependant, jusqu’à présent les mécanismes écologiques et évolutifs d’un tel syndrome restent mal connus. En particulier parce que de nombreux travaux ont été menés au niveau interspécifique. Ainsi, les travaux développés dans cette thèse ont pour objectif d’analyser les déterminismes génétiques et physiologiques de ce syndrome d’économie des ressources pour contribuer à une meilleure connaissance des mécanismes écologiques et évolutifs mis en jeu. Pour cela, nous avons focalisé notre approche au niveau intraspécifique en bénéficiant du matériel et des méthodes génétiques disponibles chez l’espèce modèle Arabidopsis thaliana. En particulier, nous avons analysé les covariations de traits liés à la conservation de l’azote et les caractéristiques du réseau de nervures des feuilles sur un grand nombre de génotypes en conditions semi-contrôlées. Ce phénotypage à haut-débit nous a permis d’identifier des déterminismes génétiques de ces traits pouvant être impliqués dans l’émergence du syndrome d’économie au niveau des feuilles mais aussi de la plante entière. Une approche de génétique populationnelle a également permis d’ouvrir des perspectives prometteuses pour un rôle sélectif de l’environnement sur les populations locales
Comparative ecology, through large-scale screening of plant morpho-physiological traits, has brought evidence that plant diversity is constrained. Several co-variations between functional traits appear to be pervasive across species and ecosystems. This has been interpreted as differing resource use ecological strategies. At the leaf scale, the negative correlation between leaf lifespan and leaf photosynthetic rate represents a major trade-off of carbon economy common to all plants. This trade-off is expected to involve other leaf properties related to water and nutrient acquisition and conservation within an integrated resource economics syndrome. However, up to now the evolutionary and physiological bases of this syndrome are poorly understood. This thesis aims to fill this gap by exploring the genetic and physiologic mechanisms involved. We translated the interspecific comparative approach to the study of large sets of Arabidopsis thaliana genotypes. We analyzed the covariation between traits related to carbon economy and nitrogen conservation at the leaf and plant scales, and explored the role of leaf vein architecture in the resource economics syndrome. Taking advantage from the extensive genetic data and the genetic tools available for the species, we detected significant associations between genes and functional traits involved in this syndrome. Further, a population genetic approach revealed evidence of selection associated with natural variation of plant level ecological strategies, leaf vein architecture and nitrogen conservation

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Ahmad, Hafiz Bashir. "Intraspecific variability in embolism resistance and functional trade-offs in sunflower (Helianthus annuus L.) and Maritime pine (Pinus pinaster Ait.)." Thesis, Bordeaux, 2017. http://www.theses.fr/2017BORD0747/document.

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Abstract:

Plusieurs études ont montré que la productivité des forêts et des cultures décroît sur l’ensemble de la planète en réponse au changement climatique, et que les risques de mortalité liée à la sécheresse s’accroissent. Ces mortalités massives ont été observées dans tous les écosystèmes forestiers et seraient dues à un dysfonctionnement hydraulique des plantes, causé par de l’embolie xylémiène. Le spectre interspécifique de résistance à l'embolie a été largement étudiée, mais peu d'attention a été accordée à la variabilité intra-spécifique de ce trait. C’est pourquoi, l’objectif de ce travail de thèse était d’améliorer notre compréhension de la variabilité intra-spécifique de la résistance à l’embolie chez une espèce cultivée(Helianthus annuus L.) et chez un conifère (Pinus pinaster). Nous avons déterminé la vulnérabilité à l’embolie de quatre variétés de tournesol, présentant des différences significatives de P50 (pression induisant 50% de perte de conductivité hydraulique), allant de -2.67 à -3.22 MPa. Un compromis entre sécurité hydraulique et croissance a été observé mais pas entre la sécurité hydraulique et la capacité de transport de l'eau du xylème. Seuls quelques caractères anatomiques, tels que la densité des vaisseaux et la surface du lumen, présentent une corrélation avec la résistance à l’embolie. Dans un second temps, nous avons phénotypé pour la résistance à l’embolie et la densité du bois 477 génotypes de P. pinaster, issus d’une F2 de pleins-frères correspondant à la 3ème génération consanguine obtenue par auto-fécondation d’un hybride inter-provenance “Corse × Landes. La variabilité de la P50 au sein de l’espèce était extrêmement faible (CVP=5.6%). D’autre part, nous avons mis en évidence l’absence de compromis entre sécurité hydraulique et densité du bois. La part de variance du caractère P50 expliquée par QTLs (PEV)correspondait à 23.6% de la variance phénotypique totale mais aucun QTL commun n’a pu être détecté entre P50 et densité du bois, suggérant qu’au sein de cette famille, la plus forte résistance à l’embolie de certains génotypes n’est pas liée à un bois plus dense. Une analyse multi-caractère du fonctionnement de la feuille et du xylème a été réalisée via l’étude de la dynamique saisonnière de la fluorescence du photosystème II et des traits hydrauliques de la tige, sur une famille de pleins-frères d’un hybride interprovenance “Maroc × Landes” de P. pinaster ; en réponse à une diminution du potentiel hydrique,l’efficience du photosystème II et la conductance stomatique ont tous deux diminué, induisant une décroissance rapide du taux d’assimilation. La résistance à l’embolie du xylème n’a pas montré de relation significative avec les traits foliaires. L’absence de compromis entre ces caractères permet donc d’envisager la sélection génétique de génotypes à la fois efficients et résistants
As a consequence of current global climate change, forest and crop ecosystems are decreasing inproductivity worldwide and are under increased threat of widespread drought-induced mortality due tohydraulic failure caused by xylem embolism. The range of embolism resistance across species has been intensively studied but little attention has been paid to intraspecific variability. This thesis aimed thereforeat improving our understanding of the intraspecific variation in embolism resistance in one crop species(Helianthus annuus L.) and one conifer species (Pinus pinaster). In the first place, vulnerability to embolism was determined across four sunflower accessions with significant variations in P50 (pressure inducing 50% loss of hydraulic conductivity) ranging between -2.67 and -3.22 MPa. A trade-off between hydraulic safety and growth was observed but not between hydraulic safety and efficiency. Only few anatomical traits, such as vessel density and vessel lumen area, were found related to embolism resistance.Secondly, we phenotyped 477 P. pinaster full-sib F2 genotypes corresponding to a three-generation inbred pedigree obtained by the self-pollination of an inter “Corsica × Landes” provenance hybrid, for embolismresistance and wood density. The variability for P50 within species was remarkably low (CVP=5.6%). Wealso found a lack of trade-off between hydraulic safety and wood density. The phenotypic variance explained by QTLs (PEV) detected for P50 accounted for 23.6% of the phenotypic variation but no QTL collocated between P50 and wood density, suggesting that embolism resistant genotypes in this family are not dependent on denser wood. A multi-trait analysis of leaf and xylem functioning was performed through seasonal measurements of photosystem II fluorescence and stem hydraulic traits on a full-sib family of aninter “Morocco × Landes” provenance hybrid of P. pinaster; it revealed that with decreasing water potential, the efficiency of both photosystem II and stomatal conductance decreased which resulted in rapid decrease in assimilation rate. Xylem resistance to embolism was found having no relationship with leaf functioning traits. The absence of trade-off between these traits makes it possible to consider selection for both efficient and resistant genotypes

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Madelaine-Antin, Cécile. "Dynamique des peuplements forestiers tropicaux hétérogènes : variabilité inter et intraspécifique de la croissance des arbres et trajectoires de développement en forêt dense humide sempervirente, dans les Ghâts occidentaux de l'Inde." Phd thesis, Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00454610.

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Abstract:

Une analyse de la dynamique forestière et de la croissance des arbres d'une forêt sempervirente des Ghâts occidentaux de l'Inde (dispositif d'étude permanent d'Uppangala) est réalisée, à partir des données de suivis annuels de croissance radiale effectués entre 1990 et 2008 sur plus de 3500 arbres, et de mesures dendrométriques complémentaires (hauteur totale et dimensions de couronne) réalisées ponctuellement. Associée à l'analyse des paramètres démographiques (mortalité et recrutement), l'analyse de la croissance, abordée sous différents aspects (ajustement des croissances radiales moyenne et potentielle, analyse de séries longitudinales de croissance radiale, ajustement d'allométries), permet de caractériser les stratégies de croissance des espèces en fonction de la strate occupée par l'arbre adulte (sous-bois, sous-canopée, canopée, strate émergente). Les cinq espèces principales étudiées présentent des différences significatives aussi bien en termes de démographie que de croissance radiale moyenne et potentielle ; d'allocation préférentielle de la biomasse entre les différentes parties de l'arbre ; de « plasticité » morphologique et de rythmes supra-annuels (et saisonniers) de croissance radiale. D'autre part, les analyses mettent en évidence une forte variabilité intra-spécifique de la croissance radiale, de l'allocation préférentielle de la biomasse entre les différentes parties de l'arbre et des rythmes de croissance. Les résultats obtenus ouvrent des perspectives en modélisation de la dynamique des communautés forestières, pour l'exploration par simulations du rôle des stratégies de croissance dans la coexistence des espèces en peuplement forestier hétérogène.

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Madelaine, Antin Cécile. "Dynamique des peuplements forestiers tropicaux hétérogènes : variabilité inter et intraspécifique de la croissance des arbres et trajectoires de développement en forêt dense humide sempervirente, dans les Ghâts occidentaux de l'Inde." Montpellier SupAgro, 2009. http://www.theses.fr/2009NSAM0034.

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Abstract:

Une analyse de la dynamique forestière et de la croissance des arbres d’une forêt sempervirente des Ghâts occidentaux de l’Inde (dispositif d’étude permanent d’Uppangala) est réalisée, à partir des données de suivis annuels de croissance radiale effectués entre 1990 et 2008 sur plus de 3500 arbres, et de mesures dendrométriques complémentaires (hauteur totale et dimensions de couronne) réalisées ponctuellement. Associée à l’analyse des paramètres démographiques (mortalité et recrutement), l’analyse de la croissance, abordée sous différents aspects (ajustement des croissances radiales moyenne et potentielle, analyse de séries longitudinales de croissance radiale, ajustement d’allométries), permet de caractériser les stratégies de croissance des espèces en fonction de la strate occupée par l’arbre adulte (sous-bois, sous-canopée, canopée, strate émergente). Les cinq espèces principales étudiées présentent des différences significatives aussi bien en termes de démographie que de croissance radiale moyenne et potentielle ; d’allocation préférentielle de la biomasse entre les différentes parties de l’arbre ; de « plasticité » morphologique et de rythmes supra-annuels (et saisonniers) de croissance radiale. D’autre part, les analyses mettent en évidence une forte variabilité intra-spécifique de la croissance radiale, de l’allocation préférentielle de la biomasse entre les différentes parties de l’arbre et des rythmes de croissance. Les résultats obtenus ouvrent des perspectives en modélisation de la dynamique des communautés forestières, pour l’exploration par simulations du rôle des stratégies de croissance dans la coexistence des espèces en peuplement forestier hétérogène

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Delhaye, Guillaume. "Mécanismes d’assemblage des communautés végétales le long de gradients d’éléments-traces métalliques en Afrique Centrale." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2018. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/277244.

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Abstract:

La perte de biodiversité due à la destruction des écosystèmes est un des défis majeurs de notre temps. Dans ce cadre, l‘identification des mécanismes régissant l’assemblage des communautés de plantes est une étape cruciale pour comprendre leur fonctionnement. L’étude des caractéristiques morpho-physiologiques des organismes qui influencent leur performance (traits fonctionnels), permet, en théorie, de comprendre et de mesurer l’amplitude des mécanismes qui déterminent la composition des communautés. L’utilisation de méthodes combinant à la fois cette approche fonctionnelle et une autre basée sur les distances phylogénétiques entre espèces connait un succès croissant. Par ailleurs, l’importance de la variabilité des traits au sein des espèces est de plus en plus mise en avant pour expliquer les interactions entre organismes ainsi qu’avec leur environnement. Bien que l’étude des mécanismes d’assemblage des communautés par l’utilisation des traits fonctionnels soit maintenant populaire en écologie, les communautés de plantes se développant sur des sols enrichis en éléments traces métalliques (ETM) restent quasiment inexplorées de ce point de vue. Dans la région du Haut-Katanga (sud-est de la République Démocratique du Congo), une anomalie géologique a produit des collines sur lesquelles des gradients naturels en cuivre et en cobalt ont sélectionné une végétation tout à fait originale. De la base au sommet de ces « collines de cuivre », les teneurs en cuivre varient de 10 à plus de 10 000 mg.kg-1 et celles en cobalt de 10 à plus de 1000 mg.kg-1 dans le sol. On observe le long de ces gradients plusieurs communautés végétales contrastées comprenant plusieurs taxa endémiques. Cependant, ces écosystèmes sont parmi les plus menacés sur la planète, l’exploitation minière du cuivre et du cobalt détruisant totalement leurs végétations. Dans cette thèse, j’étudie l’amplitude de la variation fonctionnelle dans ces communautés, les patterns de diversité fonctionnelle et phylogénétique ainsi que les covariations entre traits, sur base de plusieurs indices uni- et multivariés, le long d’un gradient d’ETM. De plus j’évalue la contribution de la variabilité intraspécifique des traits à la variation fonctionnelle des communautés ainsi que l’importance de la variation populationnelle pour comprendre la variation intraspécifique chez une espèce à large niche. Le long du gradient d’ETM, on remarque une variation de l’importance des mécanismes d’assemblage :sur les sols pauvres en ETM, une grande diversité de stratégies fonctionnelles permet la coexistence des espèces dans des conditions de compétition intense pour les ressources. Sur les sols riches en ETM, un filtre environnemental imposé par les particularités édaphiques sélectionne un sous ensemble de valeurs et des combinaisons de traits fonctionnels permettant la survie dans ces conditions. Bien que la majorité des espèces possède une niche restreinte le long du gradient d’ETM, quelques unes possèdent une large niche réalisée. Celles-ci peuvent montrer des variations importantes de valeurs de traits en réponse au gradient local d’ETM mais également des variations populationnelles. Une part de cette variation intraspécifique pourrait être d’origine génétique, la toxicité du métal représentant un filtre environnemental puissant, même à courte distance. La mise en place d’expériences de transplantation et l’étude de la diversité génétique des populations permettraient de confirmer les hypothèses soulevées par ce travail.
Doctorat en Sciences
info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Lang, Iris. "Variabilité génétique et phénotypique de deux espèces invasives : patrons, déterminants et implications pour le fonctionnement des écosystèmes dulçaquicoles." Thesis, Toulouse 3, 2020. http://www.theses.fr/2020TOU30216.

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Abstract:

L'importance de la variabilité intraspécifique dans le fonctionnement des écosystèmes est maintenant reconnue. Dans le contexte des invasions biologiques, qui impactent fortement les processus écologiques, il est donc important de décrire les patrons de variabilité génétique et phénotypique et d'en identifier les déterminants, afin de mieux comprendre les conséquences des individus invasifs sur les écosystèmes natifs. Nous avons mis en évidence une très grande variabilité intraspécifique au sein et entre populations de deux espèces d'écrevisses invasives aux traits d'histoires de vie et aux histoires de colonisation différentes, Procambarus clarkii et Faxonius limosus. Les deux espèces possédaient des patrons de variabilité génétique et phénotypique différents. Nous avons montré que les principaux déterminants de la variabilité inter populationnelle étaient la durée d'invasion et les conditions environnementales. Les analyses génétiques nous ont permis d'identifier les routes locales d'invasion pour P. clarkii, qui possédait une grande variabilité génétique, tandis que pour F. limosus, qui avait une faible variabilité génétique, il était plus complexe d'inférer les routes locales d'invasion. Nous avons montré que des processus neutres et adaptatif avaient façonné la variabilité phénotypique en différentes proportions pour chaque espèce. Ensuite, nous avons mis en évidence l'existence d'un polymorphisme de ressource stable le long de l'axe benthique littoral-pélagique au sein de populations de P. clarkii, ce qui suggérait que des individus avaient des impacts différents sur le fonctionnement de l'écosystème entre les chaînes trophiques littorales et pélagiques. Enfin, dans un contexte expérimental avec une approche multi-traits sur des individus provenant d'une population sympatrique, nous avons montré que la structure de covariation de traits différait entre les deux espèces. Nos résultats suggèrent que P. clarkii aurait des impacts plus prédictibles que F. limosus, et qu'elle pourrait affecter plus de processus écologiques ou impacter plus fortement le fonctionnement de l'écosystème par rapport à F. limosus. Globalement, les résultats du présent travail soulignent l'importance d'intégrer la variabilité intraspécifique dans le contexte des invasions biologiques, afin de mieux comprendre et évaluer leurs impacts sur le fonctionnement des écosystèmes
Intraspecific variability is now recognized for its importance on ecosystem functioning. In the context of biological invasions, which can strongly impact ecological processes, it is of high importance to understand the determinants and the patterns of genetic and phenotypic variability to fully apprehend the consequences of invasive individuals on recipient ecosystems. We demonstrated a high variability among and within populations of two crayfish species, Procambarus clarkii and Faxonius limosus, with distinct life-history traits and colonization histories in a narrow-invaded area. We highlighted that colonization history and environmental conditions were the main drivers of the contrasting patterns of genetic and phenotypic variability between the two species. Genetic analyses provided a great inference of local invasion pathways for P. clarkii, which had a great genetic variability, compared to F. limosus for which the local invasion pathways were more cryptic. We found that neutral and adaptive processes shaped the phenotypic variability of the two species in differing proportions. Then, we demonstrated the existence of a stable resource polymorphism along the benthic littoral-pelagic axis within populations of P. clarkii, suggesting that invaders could have contrasting impacts on ecosystem functioning between littoral and pelagic trophic chains. Finally, in an experiment context using a multi-traits approach, we demonstrated that the structure of trait covariations differed between species in a sympatric population, suggesting that P. clarkii impacts would be more predictable than F. limosus, and that P. clarkii could affect a higher range of ecological processes or impact the ecosystem functioning with a greater intensity than F. limosus. Overall, our findings stress the need to integrate intraspecific variability in the context of biological invasions to better understand their impacts on ecosystem functioning

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Dupont-Prinet, Aurélie. "Physiologie cardio-respiratoire du loup, Dicentrarchus labrax (Linnaeus, 1758) : mécanismes de base et implications écologiques." Montpellier 2, 2009. http://www.theses.fr/2009MON20059.

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Chalmandrier, Loic. "De la communauté à la méta-communauté, décrypter les patrons de diversité." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2015. http://www.theses.fr/2015GREAV033/document.

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Abstract:

Les patrons de diversité caractérisent la structure de la diversité des communautés, c'est-à-dire sa valeur, sa distribution et son changement dans l'espace et le temps. Leur étude peut amener des informations importantes sur les processus écologiques qui en sont à l'origine. Cependant de nombreuses hypothèses de travail sont faites lors de leur analyse. L'idée générale de cette thèse est qu'en remettant en cause ces hypothèses, un certain nombre de développements liés aux indices de diversité et aux modèles nuls deviennent possibles et permettent de mieux comprendre les processus écologiques à l'origine des patrons de diversité fonctionnelle ou phylogénétique. Le premier chapitre est consacré à l'étude des patrons de diversité fonctionnelle des communautés végétales alpines à de multiples échelles spatiales et organisationnelles. Le second chapitre s'intéresse aux perspectives méthodologiques amenés par les nombres de Hill. Dans le dernier chapitre, on s'intéresse aux enjeux méthodologiques d'un nouveau type de données de communautés : l'ADN environnemental
Patterns of community diversity refers to the structure of diversity, i.e. its quantification, its distribution and its turnover in space and time. Its study is likely to shed the light on the assembly rules that determined the structure of communities. However, numerous ecological assumptions are often made when studying diversity patterns. What motivated the work was the perspective that by relaxing these assumptions, a number of developments linked to diversity indices and null models are possible and can help to understand the impact of multiple ecological processes on phylogenetic and functional diversity patterns. In a first part we studied the pattern of functional diversity of alpine plant communities as a function of spatial and organizational scales. In the second part, we studied the methodological perspectives brought by the Hill numbers. In a third part, we addressed the main methodological issues of a new type of community data: environmental DNA

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Yan, Bo-Fang. "Ecophysiologie de l'allocation du cadmium au grain chez le blé dur." Thesis, Bordeaux, 2018. http://www.theses.fr/2018BORD0114/document.

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Abstract:

Le cadmium (Cd) est un élément toxique. Les activités humaines ont contaminé un large éventail de sols agricoles. L'exposition de l'homme au Cd se fait majoritairement par voie alimentaire, notamment à travers les aliments de base tels que les céréales. Le blé dur accumule naturellement plus de Cd dans ses grains que les autres céréales. Une fraction significative de la production française de blé dur dépasse la limite réglementaire européenne fixée pour le Cd. Il est donc nécessaire de réduire l'accumulation de Cd dans les grains de blé dur. Cette thèse portant sur l'écophysiologie de l'allocation du Cd aux grains chez le blé dur a pour ambition d'aider au développement de stratégies agronomiques visant à réduire le niveau de contamination en Cd du blé dur et de ses dérivés.Dans un premier temps, nous avons étudié la relation entre la structure de la biomasse aérienne et l'allocation de Cd aux grains. Nous avons fait l'hypothèse que la répartition de la biomasse aérienne entre pailles et grains était un facteur déterminant de l'allocation du Cd aux grains. Huit cultivars Français de blé dur - de hauteur de paille contrastée - ont été cultivés en présence de Cd. Comme prévu, le principal facteur expliquant la différence d'accumulation de Cd dans le grain était la structure de la biomasse aérienne. Les cultivars allouant une plus grande proportion de leur biomasse aérienne aux pailles - autrement dit les cultivars à longue tige - avaient tendance à accumuler moins de Cd dans leurs grains, car les tiges et les feuilles sont des puits de Cd en concurrence avec les grains lors de leur remplissage.Les minéraux importés dans les grains proviennent soit de leur absorption directe par la racine après l'anthèse, soit de leur remobilisation depuis des réserves constituées avant l'anthèse. La deuxième partie de ce travail a été consacrée à déterminer l'importance quantitative de ces deux « sources » pour le Cd chez le blé dur, et de préciser comment leur contribution relative varie entre cultivars et avec le niveau d'azote (N). Le traçage isotopique a été utilisé pour suivre le flux de Cd absorbé après l'anthèse. L'impact du niveau d'azote a été testé en privant la moitié des plantes de N après l'anthèse, sur deux cultivars montrant une capacité contrastée à accumuler le Cd dans leurs grains. La contribution de la remobilisation a été estimé à 50%, ce qui signifie que la moitié du Cd accumulé dans les grains provenait du Cd prélevé après l'anthèse. Le Cd a été remobilisé à partir des tiges, peut-être des racines, mais pas à partir des feuilles. La contribution de la remobilisation n'a pas varié entre les deux cultivars, de sorte qu'aucune relation entre la « source » de Cd et son niveau d'accumulation dans le grain n'a été mise en évidence. La privation d'azote en phase de remplissage a stimulé la remobilisation de N sans affecter celle de Cd, ce qui suggère que la remobilisation de Cd est un processus indépendant de la sénescence.En troisième lieu, nous avons examiné comment les caractéristiques d'allocation de Cd aux grains étaient modulées par le niveau d'exposition au Cd. [...]Enfin, nous nous sommes intéressés à la localisation de Cd dans le grain. [...] Ce travail a fourni la première carte de localisation de Cd dans un grain de blé dur. La distribution de Cd s'est caractérisée par une forte accumulation de Cd dans le sillon et par une dissémination dans l'endosperme amylacé plus prononcée que celle de Fe et Zn
Cadmium (Cd) is a toxic element. Human activities have contaminated a wide range of agricultural soils. Most of Cd entering human bodies is through the dietary intake, and especially through staple food like cereals. Durum wheat naturally accumulates more Cd in its grains than other cereals. A significant fraction of the French durum wheat production has been found to exceed the European regulatory limit set for Cd. There is thus a need to reduce the accumulation of Cd in durum wheat grains. This thesis is dedicated to a better understanding of the ecophysiology of Cd allocation to the grains in durum wheat, with the ambition of helping to find agronomic strategies to reduce the Cd contamination level of durum wheat products.In first, we investigated the relationship between the aboveground partitioning of Cd and the shoot allometry. We hypothesized that the partitioning of shoot biomass between grains and straws is a driver of the allocation of Cd to the grains. Eight French durum wheat cultivars differing in their stem height were grown in presence of Cd. As expected, the main factor explaining the difference in their grain Cd was the shoot biomass partitioning. Cultivars allocating a higher proportion of their aerial biomass to the straws, i.e. long-stem cultivars, tended to accumulate less Cd in their grains because stems and leaves are sinks for Cd in competition with developing grains.Minerals imported into cereal grains originate from either direct post-anthesis root uptake or from the remobilization of pre-anthesis stores. The second part of this work was dedicated to determine the quantitative importance of these two pathways for Cd in durum wheat, and how their relative contribution vary between cultivars and with the level of nitrogen (N) supply. Stable isotopic labelling was used to trace the flux of Cd taken up post-anthesis. The impact of N supply was tested by depriving half of the plants of N after anthesis, in two cultivars showing a contrasted ability to accumulate Cd in their grains. The contribution of Cd remobilization was around 50%, which means that half of Cd in grains originated from Cd taken up pre-anthesis. Cd was remobilized from stems, possibly from roots, but not from leaves. The contribution of remobilization did not vary between the two cultivars so that no relationship between the pathway and the level of accumulation of Cd in grain was evidenced. Post-anthesis N deprivation triggered the remobilization of N without affecting that of Cd, which suggests that Cd remobilization is a senescent-independent process.In third, we investigated how the characteristics of Cd allocation to the grains was affected by the level of Cd exposure. [...]In last, we focused on how Cd was distributed within durum wheat grains. [...] This work provided the first map of Cd localization in durum wheat grains. Cd distribution was characterized by a strong accumulation of Cd in the crease and by a non-negligible dissemination in the starchy endosperm, as compared to Fe and Zn

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Cochard, Arnaud. "Influence des facteurs paysagers sur la flore des habitats herbacés sous influence urbaine : approche taxonomiques et fonctionnelles." Thesis, Rennes, Agrocampus Ouest, 2017. http://www.theses.fr/2017NSARH102/document.

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Abstract:

Le processus d’urbanisation conduit à un ensemble de transformations et perturbations qui peuvent avoir des conséquences sur la flore spontanée. Ce travail de thèse porte sur les communautés végétales des espaces herbacés ordinaires distribués au sein 3 aires urbaines de l’ouest de la France : Angers, Nantes et la Roche-sur-Yon. A travers deux approches, taxonomique et fonctionnelle, l’objectif est d’analyser les variations de diversités et de composition floristiques le long de gradients paysagers (notamment d’urbanisation et de connectivité des habitats). Ces milieux apparaissent diversifiés, tout en ne présentant qu’un faible nombre d’espèces exotiques. Le gradient urbain-rural structure les communautés, établissant notamment de fortes distinctions dans leurs compositions spécifiques, et ce, malgré l’absence de variations en terme de richesse et d’homogénéisation. Ces distinctions sont en lien avec des traits relatifs à leurs exigences écologiques (habitat, pH, humidité, lumière)et au niveau de perturbation plus élevé en ville. Ces relations varient malgré tout selon que l’on considère l’abondance locale ou régionale des espèces suggérant que d’autres mécanismes viennent s’ajouter à ces processus de filtre. La mesure in situ de trois traits fonctionnels (hauteur, SLA et phénologie) montre également l’importance de ce processus de filtre sur les espèces à un niveau intraspécifique. L’ensemble des résultats montre la façon dont ces espèces communes s’assemblent au regard des processus écologiques à l’oeuvre dans des environnements urbains, et permet d’ouvrir des perspect
The process of urbanisation leads to a series of transformations and disturbances that may have consequences for wild plant communities. This thesis presents a study of the plant communities of ordinary grasslands distributed among three cities of western France: Angers, Nantes and La Roche-sur-Yon. Using both taxonomical and functional approaches, the aim is to analyse the variation in plant diversity and composition along landscape gradients, in particular those of urbanisation and habitat connectivity. Such grassland habitats appear to be diverse, despite a low number of exotic species. The urban-rural gradient structures such communities, in particular by strongly modifying species composition; and this despite an absence of variation in species richness or of homogenisation. These modifications in community structure are linked to traits for ecological requirements (for habitat, pH, humidity or light)or for adaptation to higher levels of disturbance in towns. These relationships vary according to species’ local or regional abundance, suggesting that other mecanisms accompany the filtering process. Taking into account three functional traits (height, SLA and phenology) measured in situ shows that the filtering process also has consequences at intraspecific level. Taken together, the results show how common species are assembled in response to ecological processes operating in urban environments and open up new perspectives and applications for the integration of grassland plant communities into biodiversity conservation objectives in urban areas

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Questiau, Sophie. "Evolution intraspécifique et système de reproduction de la gorge bleue à miroir (Luscinia svecica)." Université Joseph Fourier (Grenoble ; 1971-2015), 1998. http://www.theses.fr/1998GRE10102.

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Abstract:

Nous avons etudie l'evolution intraspecifique de la gorgebleue a miroir luscinia svecica. Nous avons teste, en premier lieu, si les sous-especes decrites correspondaient a des entites genetiques claires. En sequencant une partie de la region de controle et du gene du cytochrome b situes sur l'adn mitochondrial, nous avons revele que les sous-especes sont en fait tres proches genetiquement (region de controle: 0,00168 0,00001 (divergence moyenne es), cyt. B : 0,00344 0,00017, pour les deux sous-especes les plus differentes morphologiquement). Les sous-especes ont donc diverge rapidement apres un goulot d'etranglement recent, comme le montre le nombre eleve d'haplotype ne divergeant que par quelques mutations. L'emergence de morphes differents s'est probablement produite sous l'influence de pressions selectives fortes ou par derive genetique dans des zones separees apres un second goulot d'etranglement. La selection sexuelle pourrait avoir entraine la divergence des caractere sexuels secondaires comme la couleur du miroir. Pour qu'il y ait selection sexuelle, une variance dans les succes reproducteurs individuels doit exister. Nous avons donc etudie le systeme de reproduction d'une population de gorgebleue nichant dans les marais salants de guerande (bretagne) pour evaluer les variations des succes reproducteurs grace aux empreintes genetiques. Chez les especes monogames, il est en effet possible de maximiser son succes reproducteur via des fecondations hors-couples. Nous avons utilise les aflp (amplified fragment length polymorphism) pour mesurer le taux de paternites hors-couples dans les nichees. Comme nous le pensions, 63,8% des nichees contiennent au moins un jeune issu d'une fecondation hors-couple (= 41,9% des jeunes). Cela souligne le role potentiel d'une forte selection sexuelle chez cette espece. Par contre, aucun biais de la sex-ratio vers les males en fonction de l'attractivite du pere n'a ete mis en evidence dans les couvees.

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Schmitt, Sylvain. "Ecological genomics of niche exploitation and individual performance in tropical forest trees." Thesis, Bordeaux, 2020. http://www.theses.fr/2020BORD0247.

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Abstract:

Les forêts tropicales abritent la plus grande diversité d'espèces au monde, un fait qui reste en partie inexpliqué et dont l'origine est sujette à débat. Même à l'échelle de l'hectare, les forêts tropicales abritent des genres riches en espèces, avec des espèces d’arbres étroitement apparentées qui coexistent en sympatrie. En raison de contraintes phylogénétiques, on s'attend à ce que les espèces étroitement apparentées possèdent des niches et des stratégies fonctionnelles similaires, ce qui questionne les mécanismes de leur coexistence locale. Les espèces étroitement apparentées peuvent former un complexe d'espèces, composé d’espèces morphologiquement similaires ou qui partagent une importante proportion de leur variabilité génétique en raison d'une ascendance commune récente ou d'hybridation, et qui peut résulter d'une radiation écologique adaptative des espèces selon des gradients environnementaux. Malgré le rôle clé des complexes d'espèces dans l'écologie, la diversification et l'évolution des forêts néotropicales, les forces éco-évolutives qui créent et maintiennent la diversité au sein des complexes d'espèces néotropicales restent peu connues. Nous avons exploré la variabilité génétique intraspécifique comme un continuum au sein de populations structurées d'espèces étroitement apparentées, et mesuré son rôle sur la performance individuelle des arbres à travers la croissance dans le temps, tout en tenant compte des effets d'un environnement finement caractérisé au niveau abiotique et biotique. En combinant des inventaires forestiers, des données topographiques, des traits fonctionnels foliaires et des données de capture de gènes dans la station de recherche de Paracou, en Guyane Française, nous avons utilisé la génomique des populations, les analyses d'associations environnementales et génomiques, et la modélisation Bayésienne sur les complexes d'espèces Symphonia et Eschweilera clade Parvifolia. Nous avons montré que les complexes d'espèces d'arbres couvrent l’ensemble des gradients locaux de topographie et de compétition présents dans le site d'étude alors que la plupart des espèces qui les composent présentent une différenciation de niche marquée le long de ces mêmes gradients. Plus précisément, dans les complexes d'espèces étudiés, la diminution de la disponibilité en eau, par exemple depuis les bas-fonds jusqu’aux plateaux, a entraîné une modification des traits fonctionnels foliaires, depuis des stratégies d'acquisition à des stratégies conservatrices, tant entre les espèces qu'au sein de celles-ci. Les espèces de Symphonia sont génétiquement adaptées à la distribution de l'eau et des nutriments, elles coexistent donc localement en exploitant un large gradient d'habitats locaux. Inversement, les espèces d'Eschweilera sont différentiellement adaptées à la chimie du sol et évitent les habitats les plus humides et hydromorphes. Enfin, les génotypes individuels des espèces de Symphonia sont différentiellement adaptés pour se régénérer et croître en réponse à la fine dynamique spatio-temporelle des trouées forestières, avec des stratégies adaptatives de croissance divergentes le long des niches de succession. Par conséquent, la topographie et la dynamique des trouées forestières entraînent des adaptations spatio-temporelles à fine échelle des individus au sein et entre les espèces des complexes d'espèces Symphonia et Eschweilera. Je suggère que les adaptations à la topographie et à la dynamique des trouées forestières favorisent la coexistence des individus au sein et entre les espèces des complexes d'espèces, et peut-être plus généralement entre les espèces d'arbres de forêts matures. Dans l'ensemble, je soutiens le rôle primordial des individus au sein des espèces dans la diversité des forêts tropicales, et suggère que nous devrions élaborer une théorie de l'écologie des communautés en commençant par les individus, car les interactions avec les environnements se produisent après tout au niveau de l’individu
Tropical forests shelter the highest species diversity worldwide, a fact that remains partly unexplained and the origin of which is subject to debate. Even at the hectare-scale, tropical forests shelter species-rich genera with closely-related tree species coexisting in sympatry. Due to phylogenetic constraints, closely related species are expected to have similar niches and functional strategies, which raises questions on the mechanisms of their local coexistence. Closely related species may form a species complex, defined as morphologically similar species that share large amounts of genetic variation due to recent common ancestry and hybridization, and that can result from ecological adaptive radiation of species segregating along environmental gradients. Despite the key role of species complexes in Neotropical forest ecology, diversification, and evolution, little is known of the eco-evolutionary forces creating and maintaining diversity within Neotropical species complexes. We explored the intraspecific genomic variability as a continuum within structured populations of closely related species, and measured its role on individual tree performance through growth over time, while accounting for effects of a finely-characterized environment at the abiotic and biotic level. Combining tree inventories, LiDAR-derived topographic data, leaf functional traits, and gene capture data in the research station of Paracou, French Guiana, we used population genomics, environmental association analyses, genome-wide association studies and Bayesian modelling on the tree species complexes Symphonia and Eschweilera clade Parvifolia. We showed that the species complexes of Neotropical trees cover all local gradients of topography and competition and are therefore widespread in the study site whereas most of the species within them exhibit pervasive niche differentiation along these same gradients. Specifically, in the species complexes Symphonia and Eschweilera clade Parvifolia, the decrease in water availability due to higher topographic position, e.g., from bottomlands to plateaus, has led to a change in leaf functional traits from acquisitive strategies to conservative strategies, both among and within species. Symphonia species are genetically adapted to the distribution of water and nutrients, hence they coexist locally through exploiting a broad gradient of local habitats. Conversely, Eschweilera species are differentially adapted to soil chemistry and avoid the wettest, hydromorphic habitats. Last but not least, individual tree genotypes of Symphonia species are differentially adapted to regenerate and thrive in response to the fine spatio-temporal dynamics of forest gaps with divergent adaptive growth strategies along successional niches. Consequently, topography and the dynamics of forest gaps drive fine-scale spatio-temporal adaptations of individuals within and among distinct but genetically connected species within the species complexes Symphonia and Eschweilera clade Parvifolia. Fine-scale topography drives genetic divergence and niche differentiation with genetic adaptations among species, while forest gap dynamics maintains genetic diversity with divergent adaptive strategies within species. I suggest that adaptations of tree species and individuals to topography and dynamics of forest gaps promote coexistence within and among species within species complexes, and perhaps among mature forest tree species outside species complexes. Overall, I defend the primordial role of individuals within species in tropical forest diversity, suggesting that we should develop a theory of community ecology starting with individuals, because interactions with environments happen after all at the individual level

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Subrahmaniam, Jaishree. "Identification des bases génétiques de la coopération plante-plante chez la plante modèle Arabidopsis thaliana." Thesis, Toulouse 3, 2020. http://www.theses.fr/2020TOU30043.

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Abstract:

Malgré l'importance des interactions plante-plante dans le fonctionnement des écosystèmes naturels et des agro-écosystèmes, les études sur les interactions plante-plante ont encore deux lacunes importantes à combler, à savoir (i) la génétique associée à la variation naturelle des interactions plante-plante et (ii) l'importance relative des interactions positives au sein des espèces végétales. Après avoir rédigé deux revues faisant un état de l'art sur chacune de ces lacunes, j'ai décidé de m’intéresser à l’étude des bases génétiques adaptatives des interactions plante-plante positives chez Arabidopsis thaliana à deux échelles géographiques. Pour cela, j’ai adopté une approche interdisciplinaire entre génétique quantitative, écologie et génétique d’association pangénomique. Dans un premier temps, sur la base d'une expérience réalisée sur un terrain expérimental conçue pour étudier la variation naturelle des interactions génotype-génotype entre 52 populations naturelles de la région Midi-Pyrénées, j'ai identifié deux stratégies contrastées d'interactions positives, à savoir la coopération entre apparentés (kin cooperation) et la surproduction (overyielding). La variation naturelle des interactions positives entre ces populations était principalement associée à des facteurs écologiques biotiques variant à une fine échelle spatiale, tels que la présence de bactéries commensales ou l'indice de Shannon des communautés végétales dans les habitats natifs. Par ailleurs, les QTL associés à la variation des interactions positives sont significativement enrichis en signatures génomiques d'adaptation locale. Dans un deuxième temps, à partir d’une expérience en serre basée sur 195 accessions collectées dans une population locale française située dans une communauté végétale très diversifiée et compétitive, nous avons révélé l'existence de certaines combinaisons génotypiques où chaque accession bénéficie réciproquement de la présence de l'autre accession, résultant en une stratégie de ‘super overyielding’. De manière intéressante, nous avons trouvé que les accessions coopératives étaient génétiquement très différenciées au niveau des QTL associés à cette stratégie, ce qui soutient l'hypothèse des ‘gènes de compatibilité’ comme étant à la base de cette stratégie de ‘super overyielding’. Finalement, aux deux échelles géographiques, nous avons identifié que la variation naturelle des interactions positives étaient associées à une prédominance de fonctions génétiques liées au métabolisme, ce qui pourrait s'expliquer par leurs rôles potentiels dans (i) le recrutement de microbiotes similaires par deux plantes ayant le même génotype pour expliquer la coopération entre apparentés, et (ii) l’alimentation croisée complémentaire de métabolites pour expliquer la surproduction. La prochaine étape est sans aucun doute le clonage des gènes candidats pour identifier les associations causales, ce qui pourrait permettre de commencer à avoir un aperçu du paysage génétique et moléculaire associé aux interactions positives chez A. thaliana
Despite the importance of plant-plant interactions in the functioning of both natural ecosystems and agro-ecosystems, studies on plant-plant interactions still have two major gaps to be addressed, that is (i) the genetics of natural variation of plant-plant interactions and (ii) the relative importance of positive interactions within plant species. After writing two reviews on the state-of- the-art related to these gaps, I decided to understand the adaptive genetic bases of intraspecific positive plant-plant interactions in Arabidopsis thaliana at two geographical scales. To do so, I adopted an interdisciplinary approach between quantitative genetics, ecology and genome-wide association mapping. Firstly, based on a field experiment designed to study natural variation of genotype-by-genotype interactions among 52 whole-genome sequenced natural populations from the Midi-Pyrénées region, I identified two different strategies of positive interactions, i.e. kin cooperation and overyielding. Natural variation of positive interactions among these populations were mainly associated with biotic ecological factors varying at a fine spatial scale, such as presence of commensal bacteria or Shannon index of plant communities in the native habitats. Importantly, QTLs associated with variation of positive interactions were significantly enriched in genomic signatures of local adaptation. Secondly, based on a greenhouse experiment using 195 whole-genome sequenced accessions collected in a local French population located in a highly diverse and competitive environment, we revealed the existence of certain genotypic combinations that were benefitting reciprocally to each other’s presence, resulting in a ‘super overyielding’ strategy. Importantly, genetic dissimilarity at the QTLs associated with this strategy was detected for such pairs, supporting the ‘compatibility genes’ hypothesis as underlying this ‘super overyielding’ strategy. Finally, at both geographical scales, we detected a predominance of metabolism related gene functions underlying natural variation of positive interactions, which might be explained by their putative roles in (i) recruitment of similar microbiota by kin to explain kin cooperation, and (ii) potential complementary metabolite cross-feeding to explain overyielding. The next step is undoubtedly cloning of the candidate genes to identify causal associations, thereby allowing to start getting a glimpse on the genetic and molecular landscape associated with positive interactions in A. thaliana

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Malanda, Kiyabou Gabriel. "Les eucalyptus du Congo : variations inter et intraspécifiques du rendement et de la composition chimique de leurs huiles essentielles." Montpellier 2, 1992. http://www.theses.fr/1992MON20259.

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Abstract:

Dans la perspective d'une valorisation de plantations d'eucalyptus realisees, a l'echelle industrielle, dans la region de pointe-noire, au congo, 37 echantillons d'huiles essentielles issus de 9 especes pures et de 13 hybrides ont ete etudies. Les variations inter et intraspecifiques de leurs caracteristiques chimiques ont ete evaluees; l'influence de l'hybridation sur ces parametres a ete examinee. Parallelement, l'etude de la variation individuelle du rendement en huile essentielle et de sa composition chimique, en fonction du cycle vegetatif, a ete realisee sur deux especes (e. Urophylla, e. Grandis) et leur hybride. L'utilisation de ces resultats pour la selection d'individus susceptibles de conduire a une exploitation commerciale est discutee

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Levionnois, Sébastien. "Diversité et variabilité de l’architecture vasculaire et hydraulique de la pousse feuillée chez des arbres de canopée d’une forêt tropicale humide Scaling of petiole anatomies, mechanics, and vasculatures with leaf size in the widespread Neotropical pioneer tree species Cecropia obtusa Trécul (Urticaceae) Linking drought-induced embolism resistance in stem xylem tissue to multi-scale wood anatomical traits of Neotropical trees." Thesis, Guyane, 2019. http://www.theses.fr/2019YANE0011.

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Abstract:

Les traits hydrauliques sont reliés aux fonctions fondamentales du transport de l’eau dans la plante et de la résistance à la sécheresse, déterminant l’écologie, l’évolution, et les processus en lien avec le changement climatique pour les plantes. Cependant, ces traits restent que peu documentés pour les forêts tropicales humides, empêchant de mieux comprendre l’écologie des arbres tropicaux et le futur des forêts tropicales. À partir d’une approche générale s’intéressant à la structure (morphologie et anatomie) et au fonctionnement (physiologie) de la pousse feuillée au sein des arbres, cette thèse analyse la structure et le fonctionnement de la pousse feuillée des arbres, notamment dans la perspective de la résistance à la sécheresse. Cette thèse s’appuie sur un jeu de données général qui concerne 42 espèces d’arbres de canopée échantillonnées en forêt tropicale humide de Guyane, et qui illustre une large gamme de tailles de feuilles. Un second jeu de données, destiné à mieux comprendre les sources de variabilité intraspécifique, porte de l’espèce pionnière Cecropia obtusa Trécul (Urticaceae). Une première partie de la thèse vise à comprendre la coordination entre la feuille et la tige pour une large gamme de dimension foliaire, en analysant les changements morpho-anatomiques et fonctionnels soulignant la relation entre dimensions de la feuille et dimensions de la tige à l’échelle interspécifique. Ce cadre est aussi appliqué à l’échelle intraspécifique pour le modèle C. obtusa pour la relation pétiole-limbe. Comprendre les changements liés aux dimensions de la feuille permet ainsi d’investir correctement les effets ontogénétiques et saisonniers sur les traits foliaires vasculaires et hydrauliques pour C. obtusa. La seconde partie vise à mieux comprendre les mécanismes de résistance à la sécheresse de la pousse feuillée. En retenant 25 espèces, les déterminants anatomiques de la résistance à l’embolie par sécheresse des tiges et sont étudiés. Les différentes propriétés et mécanismes déjà connus pour des plantes tempérées sont abordés conjointement afin de conforter ou non leur existence et comprendre leurs contributions relatives. La segmentation de vulnérabilité (c.-a.d. la différenciation de résistance à l’embolie) à l’interface tige-feuille est également étudiée pour 20 espèces. Sa coordination avec la segmentation hydraulique (c.-à-d. différenciation de résistance hydraulique), qui est dérivée des études anatomiques réalisées dans la première partie, est étudiée. Je montre ainsi (i) un large spectre de variation pour la segmentation de vulnérabilité entre espèces, (ii) une relation positive avec la segmentation hydraulique, suggérant qu’il y a des espèces promouvant à la fois la segmentation hydraulique et la segmentation de vulnérabilité pour découpler le fonctionnement la feuille de la tige du point de vue hydraulique, et (iii) que la segmentation de vulnérabilité a un impact important sur le temps de dessiccation théorique de la pousse feuillée, confirmant que la segmentation de vulnérabilité est un mécanisme de résistance à la sécheresse. Dans une dernière partie, je teste le pouvoir prédictif des différents traits hydrauliques étudiés sur la distribution hydro-topographique des espèces, ainsi que l’impact du stress hydrique sur la croissance des arbres, à une échelle locale. Dans la Discussion générale, je discute de la signification fonctionnelle de la surface de la feuille et des traits de résistance à la sécheresse en forêt tropicale humide, ainsi que la relation potentielle entre la surface de la feuille et la résistance à la sécheresse
Hydraulic traits are related to the fundamental functions of conduction and drought resistance, driving plant ecology, evolution, and processes related to climate change. However, these traits are still poorly documented for tropical rainforest, hindering our understanding of tropical tree ecology and the future of tropical forests. Through a trait-based approach combining leaf and stem in-depth anatomy and physiology, this thesis analyses the structure and the functioning of tree leafy shoots, a compartment exposed to the most severe water stress within a tree. This thesis is based on a dataset of 42 canopy tree species sampled in a rainforest in French Guiana, exemplifying a large range of leaf size. A second dataset, aiming at better understanding the sources of intraspecific variability, focus on the pioneer tree species Cecropia obtusa Trécul (Urticaceae). The first part aims at understanding the coordination between leaf and stem across a large leaf size range, by analysing the morpho-anatomical and functional changes underlying the leaf size-stem size relationship for 42 tropical rainforest canopy trees. This framework is also applied at the intraspecific level for the model C. obtusa, for the petiole-lamina relationship. Understanding leaf size-related changes allows to properly investigate ontogenetic and seasonal effects on leaf vascular and hydraulic traits for C. obtusa. The second part aims at better understanding the drought resistance of the leafy shoot. By retaining 25 species, the anatomical determinants of drought-induced embolism resistance for stems are studied. The different properties and mechanisms already known for temperate plants are investigated jointly to consolidate or not their existence, and understand their relative contribution. Vulnerability segmentation (i.e. differentiation of embolism resistance) at the leaf-stem interface is investigated across 20 species. I further evidenced (i) a large spectrum of variation for vulnerability segmentation across species, (ii) a positive relation with hydraulic segmentation (i.e. differentiation of hydraulic resistance), suggesting that some species promote both hydraulic and vulnerability segmentations to decouple hydraulically leaf and stem, and (iii) that vulnerability segmentation has a massive role in enhancing the theoretical desiccation time of shoots, confirming vulnerability segmentation as a drought resistance mechanism for tropical trees. In a final part, all traits are merged to test their predictive power for species hydro-topographic distribution and growth-mediated response to water stress, at a local scale. In the general discussion, I discuss the functional signification of leaf size and drought resistance traits for tropical rainforest, as also potential relation between leaf size and drought resistance

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Planque, Yann. "Écologie trophique de deux espèces sympatriques de phoques en périphérie de leur aire de répartition." Thesis, La Rochelle, 2021. http://www.theses.fr/2021LAROS032.

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Abstract:

Le phoque veau-marin (Phoca vitulina) et le phoque gris (Halichoerus grypus), deux espèces sympatriques de mammifères marins, sont de plus en plus considérés comme des compétiteurs potentiels, et ce plus particulièrement au cœur de leur distribution européenne. L’objectif de cette thèse est d’étudier les stratégies de chasse et l’écologie trophique de ces espèces en limite de leur aire de distribution (baie de Somme, Manche Est, France), et d’explorer l’hypothèse de compétition interspécifique. Des outils de bio-télémétrie ont été déployés sur 49 individus afin d’obtenir des données sur leurs déplacements et plongées en mer. L’analyse des localisations en surface et du comportement en plongée, complétée plus récemment par la détection de tentatives de captures de proies (accélérométrie), a permis de mieux comprendre les stratégies de chasse de ces espèces, et d’améliorer la détection des zones de chasse. Les niches trophiques des deux espèces de phoques ont ensuite été caractérisées par analyse du régime alimentaire, des isotopes stables (vibrisses des mêmes individus capturés), et des zones de chasse. Un important chevauchement interspécifique a été identifié entre ces niches, résultant de la consommation de poissons plats benthiques en zone côtière, ce qui apporte ici le contexte informatif d’une potentielle compétition. Cette étude montre aussi le rôle clé des stratégies individuelles de chasse sur les conclusions écologiques à l’échelle de l’espèce/sous-population,dont la potentielle compétition qui serait induite par certains phoques gris. La poursuite des suivis est nécessaire pour détecter tout potentiel changement écologique dont l’origine serait trophique
Harbour seal (Phoca vitulina) and grey seal (Halichoerus grypus) are two sympatric marine mammal species that are increasingly considered as potential competitors, especially at their European core distributions. The objective of this PhD was to study the foraging strategies and trophic ecology of these species at the limit of their range (Baie de Somme, Eastern English Channel, France), and to investigate the hypothesis of potential interspecific competition. Biotelemetry devices were fitted on 49 individuals to document their movements and dives at sea.The analysis of surface locations and diving behaviour, completed recently by the detection of Prey Capture Attempts (accelerometry), allowed for a better understanding of the two seal species’ foraging strategies and improved the detection of their foraging areas. Trophic niches of the two seal species were then characterised with the analysis of diet, stable isotopes (in the whiskers of the same captured individuals), and foraging areas. A high interspecific trophic overlap was identified between these niches, resulting from the consumption of benthic flatfish in coastal areas, and we suggest that it provides here the basis for potential competition between both species. This study also showed the key role of individual foraging strategies on the ecological conclusions at the scale of the species/sub-population, including that the potential competition may be due to some individual grey seal strategies. Continuing these studies is essential to detect any potential ecological changes that could be trophically-induced

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Dissertations / Theses on the topic 'Variabilité intraspécifique'

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