Journal articles on the topic 'Variabilité phénotypique'

Le cheptel ovin algérien reste méconnu, malgré son intérêt économique et les qualités très précieuses des races locales qui montrent des adaptations exceptionnelles dans des conditions environnementales extrêmes. La variabilité phénotypique de la Rembi, race algérienne menacée, a été étudiée au moyen d’une analyse discriminante multivariée. L’échantillonnage a pris en considération la diversité des environnements de production présents dans le pays selon les recommandations de la FAO. Au total 722 femelles et 60 mâles ont été phénotypés sur une grande zone incluant le berceau de la race, en utilisant 21 variables quantitatives et 12 variables qualitatives. Les résultats montrent une forte homogénéité phénotypique qui suggère une homogénéité intraraciale au niveau génétique, à confirmer par des analyses moléculaires. En effet, aucune structuration phénotypique n’a été mise en évidence, que ce soit en considérant le statut de la ferme (privée/étatique), la zone climatique (aride/semi-aride/subhumide), la mobilité du troupeau (sédentaire/semi-sédentaire/transhumant) ou encore la variété. Seule la considération du facteur région a permis la mise en évidence de sous-groupes au sein de la race. Les échanges commerciaux, organisés autour de marchés principaux, favorisent les flux d’individus à l’intérieur des différentes régions et semblent responsables d’un modèle phénotypique unique. Ces résultats permettent pour la première fois de caractériser finement la Rembi. Les indices morphologiques la situent notamment parmi les races à viande. Cette étude est la première étape vers la mise en place de programmes de conservation de cette race très menacée par des croisements avec la Ouled-Djellal, la race algérienne dominante.

La tendreté de la viande bovine présente une forte variabilité non maîtrisée qui est à l’origine d’une insatisfaction des consommateurs. De plus, il n’existe pas d’outils fiables et utilisables par la filière bovine pour prédire ce critère de qualité. Depuis de nombreuses années, l’implication des caractéristiques musculaires (collagène, lipides, systèmes protéolytiques, fibres) dans la tendreté a été bien étudiée. Toutefois, lorsque ces caractéristiques sont maîtrisées, il demeure encore une variabilité élevée et non expliquée. Afin d’approfondir les connaissances sur l’origine de cette variabilité, des études de génomique fonctionnelle ont été conduites durant les 10 dernières années. Ces approches permettent de rechercher sans a priori des gènes ou des protéines dont l’expression varie en fonction de la tendreté de la viande. Ces études ont permis d’établir une liste de marqueurs biologiques de la tendreté dont l’analyse phénotypique pourra venir compléter les analyses génétiques de recherche de polymorphismes.

Les performances pondérales moyennes des agneaux de La zone soudano-sahélienne du Mali sont confrontées à celles observées dans d'autres troupeaux ovins africains. Bien qu'expression de leurs potentiels génétiques, ces performances sont aussi dépendantes des facteurs non génétiques dont le troupeau constitue le plus marquant. Il détermine en effet près de 50 % de la variabilité totale des poids et vitesses de croissance. Enfin, outre la grande variabilité phénotypique interindividus, la faible corrélation entre les GMQ 30 et GMQ 3060 paraît indiquer une étape probable de changement du régime alimentaire des agneaux entre 30 et 60 jours d'âge. La productivité globale du troupeau est estimée à deux étapes cruciales de l'élevage des animaux : la naissance et le sevrage. Une prise en compte de ces éléments constitue un gage pour l'accroissement de la productivité des animaux et, en conséquence, celle des troupeaux.

Description du sujet. Plantago albicans est une psammophyte pastorale dont la variabilité morphologique est observable sur le terrain. L’évaluation de l’influence des conditions du milieu sur les caractères morphologiques de l’espèce a été étudiée. Objectifs. L’objectif du présent travail est d’analyser la variabilité morphologique de quelques populations de P. albicans dans la région du Sud-Oranais (Ouest algérien). Méthode. Deux-cents-quarante individus répartis en 12 populations ont été récoltés le long d’un transect nord-sud et sont issus de biotopes différents. Ces individus ont fait l’objet de mesures morphométriques sur lesquelles des analyses univariées et multivariées sont appliquées. Résultats. L’étude a révélé une variabilité inter-populations qui serait liée à la combinaison de facteurs stationnels et à la diversité biologique des biotopes. Des coupes anatomiques réalisées sur des axes aphylles érigés entre la rosette de feuilles et la racine ont permis de conclure à une structure anatomique adaptée de la tige de P. albicans qui, au fur et à mesure de la croissance de la rosette, surélève la partie feuillée photosynthétique évitant l’ensevelissement de la plante lors d’un ensablement trop important. Conclusions. La variabilité des caractères morphologiques de P. albicans (longueur et largeur de la feuille, longueur de la hampe florale, de l’épi et de l’axe aphylle) semble traduire une plasticité phénotypique, c'est-à-dire une aptitude à exprimer le phénotype qui s’accommode le mieux aux conditions du milieu et souligne la capacité de l’espèce à occuper des milieux fortement ensablés.

En s’appuyant sur les deux principales phases successives, la larviculture et le grossissement, qui caractérisent un cycle de production en aquaculture, la fonction de croissance est analysée sous l’angle d’une typologie fonctionnelle. Pour tous les stades de développement, une très forte hétérogénéité de croissance (intra- et interspécifique) est constatée, elle s’explique principalement par l’action de facteurs inhérents à l’espèce ou imposés (abiotiques et biotiques). Pour la phase de grossissement, cette forte variabilité phénotypique ne permet pas le regroupement d’espèces par rapport à des types de croissance donnés. De fortes interactions avec d’autres fonctions biologiques, comme la reproduction, contribuent à cet effet. La fonction de croissance ne permet pas de discriminer des groupes d’espèces en relation avec des stratégies fonctionnelles. Pour la phase de larviculture (stades larve, post-larve et juvénile), l’hétérogénéité de croissance intraspécifique et l’impact du cannibalisme pourraient être liés aux stratégies de vie des espèces de poissons.

Cet article rappelle les notions et principes relatifs aux anomalies génétiques dont on observe régulièrement des émergences dans les populations animales d’élevage. Ces anomalies proviennent de mutations naturelles et certaines d’entre elles voient leur fréquence augmenter du fait principalement de la dérive génétique, parfois de la sélection. Lorsqu’elles sont dominantes, elles sont généralement rapidement contre-sélectionnées et tendent à disparaître. Mais lorsqu’elles sont récessives, les cas observables ne représentent qu’une toute petite fraction des individus porteurs. On définit généralement les anomalies génétiques comme des syndromes monogéniques. Toutefois, cette règle a beaucoup d’exceptions, soit parce que l’anomalie se révèle plus complexe qu’initialement supposé, soit parce que le syndrome présente une variabilité phénotypique due à des gènes modulateurs. Les anomalies récessives sont principalement dues à des mutations de type perte de fonction, tandis que les mutations dominantes résultent souvent d’interactions entre gènes ou entre protéines, ou de l’altération d’un gène répresseur. Les anomalies cytogénétiques conduisent à des phénotypes anormaux généralement différents entre types de caryotypes déséquilibrés. Enfin, les anomalies présentent parfois des déterminismes particuliers, par exemple dans le cas de gènes portés par les chromosomes sexuels ou soumis à empreinte parentale.

Les vaches de réforme représentent une part importante de la consommation de viande bovine en France, et une part non négligeable des revenus des éleveurs de bovins laitiers (10 %) et allaitants (près de 30 %). Les observations en exploitation font état d’une grande variabilité phénotypique des vaches réformées en termes d’âge, de format, d’état sanitaire, d’état physiologique et d’état d’engraissement. Dans ce contexte, raisonner au mieux l’alimentation des vaches en engraissement est un véritable enjeu pour fournir à l’abattage des vaches bien conformées et d’état d’engraissement satisfaisant.
 Les recommandations alimentaires établies en 1988 utilisent le poids vif et le gain de poids vif pour estimer les besoins énergétiques en engraissement. Elles ne permettent pas de prendre en compte l’âge, le format et la note d’état. Dans le cadre de la réactualisation des recommandations alimentaires pour les bovins en croissance et à l’engrais, nous avons développé un nouveau modèle prédictif, appelé VDR, pour estimer les besoins des vaches en engraissement. Cet article recense d’abord brièvement les facteurs influençant les variations de gain de poids et de composition du gain chez les vaches en engraissement et expose les approches de modélisation existantes. Dans un deuxième temps, nous décrivons le principe et les équations du modèle VDR. Ce modèle repose sur une approche originale associant modèle de croissance pendant la carrière de la vache et modèle spécifique de la période d’engraissement. Le paramétrage a été réalisé pour les vaches de races Charolaise, Limousine et Holstein. La validation du modèle entreprise pour des vaches Charolaises montre que VDR explique près de 80 % de la variabilité des besoins énergétiques des vaches. La comparaison entreprise avec les recommandations de 1988 permet de quantifier les améliorations apportées par VDR. Enfin, la construction d’un tableau synthétique simple d’utilisation pour estimer les besoins énergétiques est explicitée en dernière partie.

Afin d’évaluer la diversité phénotypique caméline en Mauritanie, des mensurations corporelles ont été réalisées sur 131 chamelles adultes amenées à l’abattoir de Nouakchott, animaux en provenance de l’ensemble du territoire mauritanien. En moyenne les mensurations corporelles ont été (en cm) de 51,5 ± 2,0 (longueur de la tête), 21,5 ± 1,5 (largeur de la tête), 108,4 ± 6,6 (longueur du cou), 65,6 ± 4,9 (tour du cou), 184,7 ± 8,1 (hauteur au garrot), 197,8 ± 8,2 (tour de poitrine), 147,1 ± 9,3 (longueur du corps) et 76,8 ± 5,2 (tour de cuisse). Par classification automatique, il a été possible d’identifier cinq phénotypes allant des animaux de petite taille, au petit gabarit et au cou fin et court, à des animaux longilignes de grande taille en passant par des gabarits de taille moyenne se distinguant par la grosseur de la tête ou des membres. Comparés aux données de la littérature, ces phénotypes apparaissent très proches des races décrites dans les pays du Maghreb et plus globalement des races africaines, et s’opposent aux races asiatiques, plus grandes et plus productives. La variabilité des phénotypes mauritaniens s’est avérée de faible ampleur, ce qui peut s’expliquer par la position de la Mauritanie, à l’extrémité occidentale de l’aire de répartition du dromadaire en Afrique, zone de brassage génétique important avec de faibles divergences rendues possibles par la topographie du pays.

Au Burkina Faso les informations sur la poule locale sont rares entrainant des difficultés objectives de son exploitation rationnelle. Un total de 948 individus (692 femelles et 256 mâles) provenant de 251 élevages reparties dans les 3 zones agro-écologiques du Burkina Faso a été évalué pour 13 traits corporels quantitatifs et 09 qualitatifs dans le but de caractériser la variabilité phénotypique de la poule locale. Il ressort 13 coloris de plumage avec le blanc (19,16%) et l’herminé (16,75%) comme couleurs dominantes. Le site et le sexe ont eu une influence (p<0,05) sur les traits corporels analysés. L’Analyse en Composante Principale révèle l’existence de 2 sous-populations: une souche légère de petit gabarit (0,91 kg) dans les trois zones agro-écologiques et une souche lourde de grand gabarit (1,37 kg) dans les zones soudano-sahélienne et soudanienne, laissant présager des différences d’adaptation liées aux facteurs environnementaux. Un dimorphisme sexuel en faveur des mâles a été observé au niveau du poids vif moyen (1,64 kg vs 1,14 kg), de la longueur du corps (42,16 cm vs 37,30 cm) et du périmètre thoracique (29,01 cm vs 25,96 cm). Les résultats rapportés dans cette étude serviront de base pour l’élaboration de programmes de développement basés sur une exploitation rationnelle de la poule locale.Mots clés : Caractérisation phénotypique, poules locales, zones agro-écologiques, Burkina Faso.
 
 In Burkina Faso, information on poultry genetic resources is scarce and this scenario does not allow an accurate identification and management strategy for this species. A total of 948 individuals (692 females and 256 males) belonging to 251 different household, accros the 3 agro-ecological zones of Burkina Faso have been assessed for 13 quantitative traits and 9 qualitative traits in order to characterize phenotypic variability of local poultry. The most frequent plumage colors are white (19.16%) and hermine (16.75%) out of 13 different coulors identified. The site and the sex of the individuals had a statistically significant influence (P <0.05) on the 13 body measurements analyzed. Principal Component Analysis reveals the existence of 2 subpopulations in the 3 agro-ecological zones, a light hen with small size (0.91 kg) and a heavy and large size hen (1.37 kg), almost encountered in Sudan-Sahel and Sudan areas, suggesting differences in adaptation due to environmental factors. A sexual dimorphism was observed in favor of the males considering bodyweight (1,64 kg vs 1,14 kg), body length (42.16 cm vs 37.30 cm) and the Heart girth (29.01 cm vs 25.96 cm for females). The results reported in the current study will be useful for the establishment of breeding programme based on rational management of local poultry in Burkina Faso.Keywords : Phenotypic characterization, local hens, agro-ecological zones, Burkina Faso.

ABSTRACT. Variation of specific morphological traits and ploidy level of five Aegilops L. species in Morocco.The genus Aegilops L. represents an important natural source of useful genes for wheat breeding, with particular emphasis on biotic and abiotic stress resistance. For successful crosses, the primarily step is to select appropriate Aegilops accessions. In this paper, we studied five Moroccan species of an Aegilops collection on the basis of spike structure and chromosome number. Twenty-eight specific morphological characters were used to differentiate the species. Statistical analyses, in particular the DFA, allowed the characterization of the genetic variability of the species; the two first standardized axes explained 96,2% of the total variability and 100% of the entities were classified within their own group. In addition, the dendrogram constructed using morphological data reveals a significant variability within and between species. Cytogenetic study revealed four species, A. geniculata Roth, A. triuncialis L., A. ventricosa Tausch and A.peregrina Maire & Weiller, to be tetraploid. However, A. neglecta Req. ex. Bertol., where only two accessions are represented in the collection, revealed to be hexaploid, and can then be classified as A. neglecta subsp. recta Chennav.Key words. Aegilops, Variation, Morphology, Ploidy, Morocco.RÉSUMÉ. Variation des caracteres morphologiques specificities et niveau de plordie de an(' espéces Aegilops L. au Maroc. Le genre Aegilops L. représente une importante source de genes, potentiellement utilisables dans Pamelioration des blés cultivés (Triticum spp.) notamment pour la resistance aux stress biotiques et abiotiques. Le choix des accessions Aegilops á employer, dans un programme d' hybridation interspécifique, necessite une caractérisation taxonomique et une evaluation préalables. L'objectif de ce travail a ete d'étudier des accessions, appartenant á 5 especes marocaines constituant une collection d'Aegilops, sur la base de caracteres morphologiques specifiques de l'épi et du niveau de ploYdie. La caractérisation phénotypique a été basée sur l'étude de 28 caracteres morphologiques qui discriminent entre les especes. Les resultats des analyses statistiques, en particulier de l'AFD, ont permis de caractériser la variabilite génetique de ces especes et ant donne un pourcentage d'appartenance á l'espece de 100%. Aussi, les deux premiers axes standardises expliquent 96,2% de la variabilité totale. Un demlrogramme a éte aussi construit, revelant une variabilite interspecifique. L'étude cytogenétique a révélé une tetraploYdie pour A. geniculata Roth, A. triuncialis L., A. ventricosa Tausch et A. peregrina Maire & Weiller. Quant á A. neglecta Req. ex. Bertol., une hexaploYdie a été mise en evidence pour les deux uniques accessions disponibles dans la collection, permettant de leur attribuer le nom A. neglecta subsp. recta Chennav.Mots clés. Aegilops, Variation, Morphologic, Plolidie, Maroc.

Macrotyloma geocarpum est une légumineuse dont sa culture est largement abandonnée au profit de celle d’autres légumineuses. Cette étude avait pour objectif d’identifier les écotypes performants à partir d’une caractérisation agromorphologique dans les conditions pluviales. Les résultats ont montré une diversité phénotypique entre les écotypes pour les caractères couleur du tégument, couleur des fleurs et du pétiole. L’analyse de variance a révélé une faible variabilité entre les caractères quantitatifs. La classification ascendante hiérarchique a mis en évidence 3 ensembles de diversité agro-morphologique. Le premier groupe constitué de 3 écotypes à graines noires, est caractérisé par un nombre important de feuilles trifoliolées à la floraison, un cycle du semis à la floraison intermédiaire et un poids de 100 bonnes graines élevé. Le second groupe compte un seul écotype à graines blanches, caractérisé par un cycle de floraison précoce, un nombre de feuilles trifoliolées faible et un poids de 100 bonnes graines faible. Le troisième groupe constitué de 3 écotypes à graines noires, est caractérisé par un cycle de floraison tardif, un nombre de feuilles trifoliolées moyen et un poids de 100 bonnes graines moyen. Ces résultats pourront contribuer à la création de variétés performantes répondant aux attentes des producteurs et consommateurs.Mots clés: Culture négligée, génotypes, caractères, variabilité, climat.
 English Title: Agro-morphological evaluation of seven earth lens (Macrotyloma geocarpum) ecotypes cultivated in Burkina FasoMacrotyloma geocarpum is a legume whose cultivation is largely abandoned in favor of that of other legumes. The objective of this study was to identify successful ecotypes based on agromorphological characterization in rainfed conditions. The results showed phenotypic diversity between the ecotypes for seed coat color, flower color and petiole color. Analysis of Variance revealed little variability between quantitative traits. The hierarchical ascending classification has highlighted 3 sets of agro-morphological diversity. The first group consisting of 3 black-seeded ecotypes is characterized by a large number of trifoliate leaves at flowering, a cycle of sowing at intermediate flowering and a high weight of 100 good seeds. The second group has only one white-seeded ecotype characterized by an early flowering cycle, a low trifoliate leaf count and a low good seed weight of 100. The third group of 3 black-seeded ecotypes is characterized by a late flowering cycle, a medium number of trifoliate leaves and a medium weight of 100 good seeds. These results can contribute to the creation of high-performance varieties that meet the expectations of producers and consumers.Keywords: Neglected crop, Genotypes, characters, variability, climate.

Des données pondérales prélevées de 1983 à 1985 sur 398 agneaux Djallonké du Centre de Kolokopé (Togo) ont été analysées. Les poids moyens obtenus par la méthode des moindres carrés étaient de 1,69 + ou - 0,08 kg à la naissance, 4,01 + ou - 0,13 kg à 30 jours et 9,64 + ou - 0,27 kg à 120 jours (au sevrage). Les gains moyens quotidiens (GMQ) obtenus par la même méthode étaient estimés à 78,32 + ou - 3,18 g et 57,11 + ou - 1,81 g, respectivement de 0 à 30 jours et de 30 à 120 jours. Les agneaux nés en mars (fin saison sèche - début saison des pluies) et novembre-décembre (début saison sèche) ont été généralement les plus performants. Le type d'agnelage est la cause la plus importante (P < 0,001) de la variabilité phénotypique observée. A l'exception du poids à la naissance, tous les paramètres considérés ont été très influencés (P < 0,001 ou P < 0,01) par l'âge de la mère. Les performances maximales ont été observées chez les agneaux issus des mères de 4 ans. Les agneaux élevés sur parcours naturels ont été moins performants que ceux entretenus sur pâturages améliorés, les écarts étant de 0,45 kg (P < 0,01), 1,04 kg (P < 0,001), 10,46 g (P <0,01) et 5,41 g (P < 0,01), respectivement à 30 jours, 120 jours, de la naissance à 30 jours et de 30 à 120 jours.

L’objectif de cette étude était de collecter, trier et étudier la diversité phénotypique des accessions de maïs de décrue sur la base de quelques variables sélectionnées, parmi les descripteurs du maïs. Cent soixante-deux (162) accessions de maïs de décrue collectées dans la haute et moyenne vallée du fleuve Sénégal ont été ainsi triées et évaluées au plan morphologique. Parmi ces 162 accessions, 64,81% sont collectées au niveau de la haute vallée et 35,19 % dans la moyenne vallée. En se basant sur trois caractères morphologiques du maïs, (couleurs des grains, texture des grains et couleur de la rafle), le tri de cette collection a montré une très grande variabilité en morphotypes (15), avec la dominance du morphotype Jaune-Corné-Blanc (J-C-B) dans la collection avec un effectif (85/162). Les morphotypes avérés très rares ne dépassent pas l’effectif 1 dans la collection. La caractérisation sur épis de ces morphotypes en fonction de certains caractères (poids de l’épi et le poids de 100 graines, longueur de l’épi,…), liés au rendement a montré une diversité phénotypique très importante. En effet, le poids de l’épi varie de 63,03g pour les morphotypes à petits épis à 290 g pour les morphotypes à gros épis de même que pour la longueur de l’épi qui varie de 10,5 cm à 26 cm. Cette diversité offre une grande possibilité de choix des géniteurs pour la création de variétés améliorées de maïs ayant un potentiel de rendement élevé et adaptées à différentes zones agro-écologiques de la vallée du fleuve Sénégal. ABSTRACT The objective of this study was to collect, sort and study the phenotypic diversity of flood recession maize accessions based on a few selected variables, among the maize descriptors. One hundred and sixty-two (162) flood recession maize accessions collected in the high and medium valley of the Senegal River were thus sorted and evaluated morphologically.Among these 162 accessions, 64.81% are collected in the upper valley and 35.18% in the middle valley. Based on three morphological characteristics of the maize (grain colors, texture and color of the stalk), the sorting of this collection showed a great variability in morphotypes (15), with the dominance of the morphotype Yellow-Corné-Blanc (JCB) in the collection with a strength (85/162). The morphotypes found to bevery rare do not exceed the number 1 in the collection. Characterization on the ears of these morphotypes according to some characteristics (weight of the ear and the weight of 100 g, length of the ear), related to the yield showed a very important phenotypic diversity. In fact, the weight of the ear varies from 63.03 g for short-eared morphotypes to 290 g for coarse-cut morphotypes as well as for spike length ranging from 10.5 cm to 26 cm. This diversity offers a great opportunity for brood stock selection for the creation of improved maize varieties with high yield potential and adapted to different agro-ecological zones of the Senegal River Valley.

Dans le but de contribuer à la caractérisation phénotypique du Cephalophus monticola (céphalophe bleu) dans la partie méridionale du Cameroun (trois zones agroécologiques), 22 caractéristiques biométriques ont été considérés sur 180 céphalophes bleus adultes sélectionnés selon la méthode opportuniste. L’analyse des données s’est faite en utilisant la statistique descriptive à travers le logiciel d’analyse SPSS version 21.0 et XLSAT-Pro version 7.5.2. Il en résulte que les caractéristiques biométriques de la tête ne subissent aucune n’influence des zones agroécologiques. Cependant, l’envergure des cornes (EC) présente une très grande variation dans la zone V (CV=113,27%) dont la femelle avec un CV=96,55%. Pour ce qui est du tronc, la longueur du corps (LCprs) présente une grande dispersion autour de la moyenne avec des valeurs suivantes (en cm) : (71,78 ± 12,46) ; (69,13 ± 13,66) et (66,53 ± 15,54) respectivement aux zones III, IV et V. De tous les caractéristiques biométriques, la longueur de la queue (LQ), le tour du canon antérieur (TCA) présentent une différence significative (P<0,05). L’analyse en composante principale (ACP) permet de voir le niveau de variabilité génétique du céphalophe bleu à travers les caractéristiques biométriques. Ainsi deux niveaux de variabilité génétiques sont observés selon les axes F1 (46,94%) et F2 (10,81%). Les caractéristiques biométriques étudiées permettraient de différencier les céphalophes bleus dans les trois zones agroécologiques. L’utilisation des outils moléculaires ouvriraient des perspectives de mieux cerner la génétique des populations du céphalophe bleu au CamerounAbstract This study aimed at contributing to the phenotypic characterization of Cephalophus monticola (blue duiker) in 3 agroecological zones of the Southern Cameroon region. A total of 22 morphological data were collected on 180 adult blue duikers and 15 cranial measurements on 60 skulls using the opportunistic approach. Data analyses were performed using the descriptive statistics through the software SPSS version 21.0 and XLSTAT-Pro version 7.5.2. From the findings, it appears that the biometric characteristics of the head were not influenced by the agro ecological factor. However, horn width (HW) presents a large variation in zone V (CV=113.27%) which the female having an CV=96.55%. Concerning the trunk, the Body length (BL) expresses a large dispersion with the respective values (in cm): (71.78 ± 12.46); (69.13 ± 13.66) and (66.53 ± 15.54) respectively to agroecological zones III, IV and V. Three traits, tail length (TL) and fore leg girth (FLG) showed significant differences (P<0.05). The principal component analysis (PCA) displays the level of genetic variability of blue duiker through biometric characters. Then, it was observed two levels of genetic of variability according to the axes F1 (46,94%) and F2 (10,81%). The biometric traits tended to discriminate blue duikers in the three agroecological zones. This could be interesting for further investigations involving molecular tools for population genetics.

Introduction : Les défauts primaires d’éruption (DPE) correspondent à l’échec partiel ou total d’éruption d’une ou de plusieurs dents, sans obstacle mécanique; des formes isolées et syndromiques de cette pathologie existent. Ils résultent d’une anomalie des processus d’éruption qui peut toucher les dents temporaires et/ou les dents permanentes. Les molaires sont les principales dents atteintes, provoquant des infraclusions postérieures. Pathologie rare, les DPE sont essentiellement pris en charge par les spécialistes en orthopédie dento-faciale (ODF). Les tentatives de traction chirurgico-orthodontiques se soldent généralement par un échec. Matériels et méthodes : Le but de ce travail était d’évaluer, par une enquête prospective basée sur un questionnaire anonyme, les connaissances des orthodontistes et la complexité de la prise en charge de cette anomalie de l’éruption. Les praticiens des régions Grand Est et Bourgogne-Franche-Comté ont été sollicités. Résultats : Le taux de participation était de 33,5 %. Les participants ont principalement obtenu leur qualification entre 1980 et 2009 (80 %), via le Certificat d’Études Cliniques Spécialisées Mention Orthodontie (CECSMO) (87 %). Quatre-vingt-six pour cent d’entre eux connaissaient les DPE mais 20 % seulement l’implication possible du gène PTHR1 (Parathyroid Hormone Receptor 1). Le vaste panel de thérapeutiques envisagées et les faibles taux de satisfaction soulignent les difficultés rencontrées par les praticiens. Discussion : La variabilité phénotypique complique le diagnostic et rend difficile toute systématisation de la prise en charge. Conclusion : De nouveaux projets de recherche clinique, notamment en matière de diagnostic moléculaire, amélioreront les connaissances sur les corrélations génotype-phénotype, et conditionneront éventuellement la prise en charge thérapeutique.

RésuméCette étude a été menée dans les élevages périurbains et au niveau des marchés à bétail de Ouagadougou avec pour objectif de caractériser sur le plan phénotypique les petits ruminants de race locale “Mossi”. 314 animaux (202 ovins et 112 caprins) repartis chez 25 producteurs ont été concernés. Les mesures corporelles suivantes ont été effectuées: le poids vif (PV), le périmètre thoracique (PT), la hauteur au garrot (HG), la hauteur à la croupe (HC) et la longueur de la diagonale du corps (LDC). Ont été également enregistrées la présence ou non de cornes, de barbiche, la couleur de la robe (blanc, noir, noir et blanc, brun, blanc-brun) et la structure du poil (ras et dur, ras et lisse, long et dur, long et lisse).Les résultats ont mis en évidence entre les variables corporelles mesurées, des différences liées au sexe en fonction de l’âge. Les ovins locaux de type “Mossi” sont eumétriques avec un PV moyen à l’âge adulte de 23,3±5,0 kg et une HG de 59,3±5,5 cm. Chez les caprins, le PV moyen est de 20,2plusmn;4,5 kg et la HG est de 48,4±4,1 cm.Ce sont des types génétiques à robes multicolores avec cependant une prédominance de la couleur “noir et blanc” chez les ovins, “blanc-brun” chez les caprins. Le poil est généralement “ras et dur” chez les ovins et “ras et lisse” chez les caprins. Le port des oreilles est “dressé et court” chez les caprins et “tombant et court” chez les ovins.La grande variabilité notée pour la couleur de la robe et le PV chez les individus de ces races indique de grandes possibilités d'amélioration génétique par sélection.

Allèle : une des formes alternatives d'un locus. Dans une cellule diploïde, il y a deux allèles pour chaque locus (un allèle transmis par chaque parent), qui peuvent être identiques. Dans une population, on peut avoir plusieurs allèles pour un locus.Annotation structurale : repérage des coordonnées des diverses structures dans le génome, telles que les gènes.Annotation fonctionnelle : renseignements sur les fonctions des séquences, le plus souvent pour les gènes.BAC : Bacterial Artificial Chromosome. Vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant un grand fragment d’ADN génomique (taille > 100 kb*). Les BAC assemblés en contigs* sont à la base des cartes physiques du génome.Carte cytogénétique : carte des chromosomes. Réalisée par localisation visuelle (FISH*) au microscope de fragments d’ADN sur les chromosomes au stade métaphase de la mitose.Carte d’hybrides irradiés : réalisée en testant par PCR la présence ou l’absence de fragments d’ADN dans une collection de clones d’hybrides irradiés (RH*). Deux fragments d’ADN sont proches sur le génome s’ils sont trouvés fréquemment dans les mêmes clones.Carte génétique : obtenue par l’étude de la ségrégation dans des familles ou des populations, de marqueurs polymorphes, soit moléculaires, soit phénotypiques, deux séquences étant d’autant plus proches qu’elles sont souvent transmises ensemble lors de la méiose.Clonage positionnel : stratégie visant à identifier un gène responsable de l’expression d’un phénotype en utilisant des informations de position sur le génome.Contig : ensemble de clones (le plus souvent des BAC*) ou de lectures de séquence ordonnés grâce à des informations sur leur parties chevauchantes.Cosmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragments d’ADN génomique de taille avoisinant les 50 kb*.CNV : Copy Number Variation ; polymorphisme du génome correspondant à la variation du nombre de copies d’une séquence, pouvant dans certains cas contenir un ou plusieurs gènes.Déséquilibre gamétique : pour deux loci quelconques, c'est le fait que la fréquence des haplotypes* estimée pour tous les gamètes est différente de celle attendue à partir du produit des fréquences alléliques de chaque locus. Synonyme : déséquilibre de liaison. Contraire de : équilibre gamétique.Dominance : qualificatif de l’effet d'un allèle, dont une copie suffit à l'expression du phénotype* approprié. L’allèle A est dominant sur l’allèle a si l’hétérozygote* Aa a le même phénotype* que l’homozygote AA.EST : Expressed Sequence Tag : séquences étiquettes (partielles) de transcrit, obtenues par séquençage aléatoire d’ARN.Evaluation génomique : évaluation de la valeur génétique d’individus d’après leurs génotypes pour un ensemble de loci distribués sur le génome, d’après des équations établies à partir des performances d’individus de référencephénotypés et génotypés.Expression génique : études visant à estimer le niveau de production (expression) des gènes en fonction d’états physiologiques ou de tissus différents.Exon : fraction de la partie codante d’un gène eucaryote. Les gènes des organismes eucaryotes sont le plus souvent fractionnés en plusieurs séquences d’ADN dans le génome, les exons, séparés entre eux par d’autres séquences (introns*).FISH : Fluorescent In Situ Hybridisation. Hybridation de sondes d’ADN marquées à l’aide d’un fluorochrome, sur des chromosomes au stade métaphase de la mitose. Permet la réalisation de la carte cytogénétique.Fingerprinting : technique permettant d’estimer très grossièrement la similarité entre des séquences d’ADN sans les séquencer, par la comparaison des longueurs de bandes produites par des enzymes de restriction coupant l’ADN à des sites précis.Fosmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragment d’ADN génomique de taille déterminée et égale à 40 kb*.FPC : FingerPrint Contig* ; contig* de clones (généralement des BAC*) ordonnés par la technique du fingerprinting, afin d’obtenir une carte physique du génome.Génotype 1 : constitution génétique d'un individu. 2. Combinaison allélique* à un locus particulier, ex: Aa ou aa.Haplotype : combinaison allélique spécifique pour des loci appartenant à un fragment de chromosome défini.Héritabilité au sens strict : proportion de la variance phénotypique due à la variabilité des valeurs génétiques = proportion de la variance phénotypique due à la variance génétique additive.Hétérozygote : individu ayant des allèles non identiques pour un locus* particulier ou pour plusieurs loci. Cette condition définit l’ «hétérozygotie». Contraire de: homozygote.Homologues : séquences similaires en raison d’une origine évolutive commune.Hybride irradié : cellule hybride obtenue par fusion entre cellules hôte d’une espèce et donneuse d’une autre espèce, contenant une fraction aléatoire du génome de l’espèce donneuse, après cassures par irradiation, reconstitution aléatoire de chromosomes ou insertion dans des chromosomes de la cellule hôte et rétention partielle. Deux séquences proches sur le génome sont en probabilité dans les mêmes clones RH*, tandis que deux séquences distantes ont une probabilité faible d’être conservées ensemble.IBD : pour identity by descent. Identité entre deux chromosomes (ou parties de chromosomes), liée à leur descendance d’un même chromosome ancestral.Indel : Insertion – deletion ; polymorphisme de présence ou absence d’un ou plusieurs nucléotides.Intron : séquence non-codante dans les gènes, séparant les exons, qui codent pour une protéine.Kb : kilobase ; séquence de mille paires de bases (pb*).Locus (pl. : loci) : Site sur un chromosome. Par extension, emplacement d’un gène ou d’un marqueur génétique sur un chromosome.Marqueur génétique : séquence d'ADN dont le polymorphisme est employé pour identifier un emplacement particulier (locus) sur un chromosome particulier.Mate-pair : séquences appariées (1 à 10 kb* de distance), produites en circularisant les fragments d’ADN, puis par séquençage à travers le point de jointure.Mb : mégabase ; séquence d’un million de paires de bases (pb*) de longueur.Orthologues : séquences homologues* entre deux espèces.Paired-end : séquences appariées produites par la lecture des deux extrémités de courts fragments d’ADN (moins de 500 pb*) dans le cas des nouvelles technologies de séquençage.Paralogues : séquences homologues* résultat de la duplication d’une séquence ancestrale dans le génome. Il s’agit de deux (ou plus) séquences similaires par homologie dans un même génome.Pb : paire de base ; unité de séquence d’ADN, représentée par une base et sa complémentaire-inverse sur l’autre brin.Phénotype : caractère observable d'un individu résultant des effets conjugués du génotype et du milieu.Phylogénomique : utilise les méthodes de la génomique et de la phylogénie. Par la comparaison de génomes entiers, permet de mettre en évidence des pertes et gains de gènes dans les génomes, ainsi que leur variabilité moléculaire, afin (entre autres buts) d’aider à prédire leur fonctions.Plasmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragment d’ADN génomique de taille allant de 500 pb* à 10 kb* environ.Polymorphisme d'ADN : existence de deux ou de plusieurs allèles* alternatifs à un locus.Puce à ADN ou puce pangénomique : Système permettant pour un individu le génotypage simultané de très nombreux marqueurs génétiques (de quelques milliers à quelques centaines de milliers).QTL : abréviation de locus à effets quantitatifs (de l’anglais Quantitative Trait Locus).Récessivité : qualificatif de l’effet d'un allèle, où l'homozygotie* est nécessaire pour l'expression du phénotype* approprié. opposé de : dominance*.RH : Radiation Hybrid (hybride irradié*)Sanger (méthode de) : méthode de séquençage publiée en 1977 (Sanger et al 1977) et encore utilisée de nos jours avec les séquenceurs à électrophorèse capillaire.Scaffold : ensemble de contigs* de séquence reliés entre eux par des informations apportées par des lectures appariées (mate-pairs* ou paired-ends*).Sélection assistée par marqueurs (abréviation : SAM) : utilisation d’un jeu restreint de marqueurs de l'ADN pour améliorer la réponse à la sélection dans une population : les marqueurs sont choisis comme étroitement liés à un ou plusieurs loci cibles, qui sont souvent des loci à effets quantitatifs ou QTL*.SNP : polymorphisme d'un seul nucléotide à une position particulière de la séquence d’ADN (abréviation de l’anglais Single Nucleotide Polymorphism).Supercontig : nom alternatif pour les scaffolds*.WGS : Whole Genome Shotgun ; production de lectures de séquence d’un génome entier de manière aléatoire.

De 1993 à 1996 les données sur le poids à la naissance de 610 agneaux issus de 199 brebis Foulbé primipares, saillies au hasard par 21 béliers, ont été recueillies à la Station polyvalente de Recherche agricole pour le développement de Garoua. Les données ont été utilisées pour identifier et quantifier les facteurs affectant le poids à la naissance (PN) et le poids de la portée à la naissance (PPN), et pour obtenir les estimations des héritabilités directe et maternelle ainsi que les corrélations génétiques et phénotypiques entre les effets direct et maternel. Les résultats ont montré que, respectivement, 26,86 et 34,20 p. 100 de la variabilité du PN et du PPN étaient expliqués par le sexe, la saison et l’année de naissance, la parité, le type de naissance et le type d’aliment. Des agneaux plus lourds (2,36 kg) ont été produits pendant la saison sèche froide (octobre à janvier). Les portées mixtes avaient des poids significativement plus élevés (3,97 kg) que celles composées uniquement de mâles (2,73 kg) ou de femelles (2,64 kg). Les estimations de l’héritabilité directe et maternelle ont été respectivement de 0,61 et 0,32 pour le PN et de 0,30 et 0,27 pour le PPN. Les estimations pour les corrélations génétiques et phénotypiques entre les effets direct et maternel ont été respectivement de -0,48 et 0,28 pour le PN, et de -0,65 et 0,57 pour le PPN. Toutefois, en raison des estimations élevées mais négatives de la corrélation génétique, la sélection à long terme sur la performance directe portant sur le PN ou le PPN affecte de façon négative la performance maternelle.

Introduction. Le moustique Aedes aegypti, vecteur majeur d’arbovirus, se développe dans un large panel de réservoirs artificiels en zone urbaine. Ces gîtes larvaires sont exposés à des conditions biotiques et abiotiques variables pouvant influencer la capacité vectorielle du moustique adulte et, par conséquent, le risque de transmission de pathogènes. Ici, nous recensons l’état des connaissances sur les propriétés physico-chimiques et microbiologiques des habitats aquatiques d’Ae. aegypti qui affectent le comportement de pré-oviposition, le développement et la capacité à transmettre les virus de ce Culicidae. Littérature. La grande variabilité spatio-temporelle des propriétés abiotiques et biotiques des gîtes d’Ae. aegypti rend complexe leur caractérisation. Certains facteurs biotiques (matière organique, larves congénères, microbiote) et abiotiques (salinité, température, pH) des gîtes ont des effets forts et directs sur le développement des larves et se répercutent sur les caractéristiques physiologiques et morphologiques du moustique adulte telles que la taille, la fécondité, la longévité et sa capacité vectorielle. Conclusions. Au vu de l’influence du gîte larvaire, et notamment de son microbiote, sur des nombreux traits phénotypiques chez Ae. aegypti, des efforts sont encore requis pour mieux comprendre comment la variabilité naturelle des gîtes façonne la capacité vectorielle des populations de cette espèce invasive à travers le globe.

The Portuguese Oak in Algeria (Quercus faginea, Fagaceae): germination potential and variability of acorn and seedling morphology
 Background and aims – The Portuguese Oak, Quercus faginea Lam. (Fagaceae) forms part of iconic Mediterranean forest communities and is of great ecological and taxonomic value in Algeria. Unfortunately, the species is under threat and its populations remain poorly characterized. The aim of this paper is to study the variability of acorn morphology and germination potential of Q. faginea in Algeria, to examine variability in the growth of seedlings and to evaluate the influence of physical treatments on germination capacity and the subsequent development of seedlings at the intra- and inter-provenance levels.Methods – Mature acorns from four Q. faginea provenances of the species in Algeria were used for this work. In each provenance, ten trees were selected, and 100 acorns collected from each tree. Prior to germination, phenotypic seed traits were measured and a set of physical treatments was performed. The germinated seedlings were transplanted into polyethylene bags and several characteristics of plant growth were measured.Key results – The comparative analysis on acorn morphology and germination features revealed heavier acorns in the Baloul provenance and smaller and lighter leaves in the Chelia provenance, in comparison with other provenances. Germination features and seedling growth showed that the size of the acorns had no influence on seedling development.Conclusions – Our results show a morphological variability of leaves and acorns of the Portuguese Oak at the inter-provenance level. This diversity is probably a consequence of genetic variation and / or variable environmental conditions of the provenances. The study of the germination and seedling development reveals a considerable potential for germination and growth. Given all the factors that threaten the persistence of Portuguese Oak in Algeria, we recommend conservation action for the species through reforestation, ex situ plantations and protective fences to avoid genuine and irreversible population regression, which would most likely lead to its disappearance.
 
 Contexte et buts visés – Le chêne faginé, Quercus faginea Lam. (Fagaceae), représente un intérêt patrimonial, écologique et taxonomique remarquable en Algérie, mais malheureusement l’espèce est menacée et peu étudiée. L’objectif de ce travail est d’étudier la variabilité morphologique et le potentiel germinatif des glands de Q. faginea en Algérie, d’examiner la variabilité de la croissance des semis et d’évaluer l’influence des traitements physiques sur le potentiel germinatif et le développement ultérieur des semis, tant au niveau intra- qu’inter-stationnel.Méthodes – Des glands mûrs de chêne faginé récoltés sur quatre stations de l’espèce en Algérie ont été utilisés. Sur chaque station, dix arbres ont été sélectionnés, représentés par 100 glands chacun. Une analyse de traits phénotypiques a été réalisée sur les glands ; ensuite un ensemble de traitements physiques ont été effectués afin de tester leur effet sur la germination. Les semis issus de la germination ont été transplantés dans des sachets en polyéthylène et plusieurs caractères de croissance ont été mesurés. Résultats-clés – L’étude comparative morphologique et germinative révèle des glands plus longs et plus lourds à la station de Baloul, et des feuilles plus petites et plus légères à la station de Chélia, en comparaison avec les autres stations. Un effet significatif des traitements sur la germination a été montré dans toutes les stations. La taille des glands n’a aucune influence sur le développement des jeunes semis.Conclusions – Nos résultats montrent une variabilité morphologique inter-stationnelle des feuilles et des glands du chêne faginé. Cette diversité est probablement la conséquence de variations génétiques et/ou des conditions environnementales des stations. L’étude de la germination et de l’évolution de plants révèle un potentiel germinatif et de croissance considérables. Compte tenu de l’ensemble des facteurs qui menacent la pérennité du chêne faginé en Algérie, nous recommandons des actions pour la conservation de l’espèce telles que des reboisements, des plantations ex situ et des clôtures de protection pour éviter une régression réelle et irréversible des peuplements qui conduirait très probablement à sa disparition.

Dossier "PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait
 Avant-propos
 Le lait est un produit animal complexe à l’origine de multiples valorisations en alimentation humaine : laits de consommation incluant les laits infantiles, fromages, beurres, crèmes, yaourts, desserts et boissons lactées, ingrédient dans une grande diversité de pâtisseries et de plats cuisinés, etc. Il s’agit donc d’un pilier de l’alimentation humaine y compris à l’âge adulte et ce depuis des milliers d’années.
 Toutefois, les demandes des consommateurs et de la société ont évolué rapidement ces dernières années et les exigences en matière de qualité des produits se sont complexifiées (Le Bihan-Duval et al 2014). Tout d’abord du point de vue du consommateur, en particulier occidental, l’alimentation doit désormais répondre à une diversité d’attentes. A la demande en « quantité » d’après-guerre, se sont en particulier ajoutées des exigences sanitaires, des exigences organoleptiques, de traçabilité du produit, des exigences nutritionnelles, et après une période « nutrition - santé » (Cniel 2011), une exigence croissante de « naturalité ». De plus, du point de vue du citoyen, la qualité intègre l’environnement, le bien-être animal, les conditions de production. Une partie des consommateurs a d’ailleurs évolué vers une stratégie d’achat « responsable » (Cniel 2011). Simultanément, le lait, bien que bénéficiant d’une image traditionnellement et majoritairement favorable à plusieurs titres, est confronté ces dernières années à des remises en causes parfois virulentes (allergies, intolérances, rejet des matières grasses saturées et trans…) qui s’installent probablement durablement dans les rapports des consommateurs avec le lait (Cniel 2011).
 Malgré ce contexte exigeant et changeant, jusqu’à aujourd’hui, au-delà des quantités totales en matières grasses et protéiques, peu de dispositifs sont disponibles et mis en œuvre pour suivre, qualifier, voire piloter la composition fine du lait « en sortie de ferme ». Le lait a suivi, avec le développement du secteur laitier, un processus de standardisation conformément au principe du « lait apte à toute transformation », devenant une matière première à laquelle l’application de procédés de fabrication variés donne de la valeur. Ce constat est à moduler pour les filières AOP fromagères. La composition fine du lait, en particulier la variabilité des profils en acides gras et en protéines, n’est pas ou peu valorisée, ni au niveau de la production, ni au niveau de la transformation. Dans le contexte actuel, traiter le lait de manière indifférenciée peut être contre-productif, en particulier si l’on reconsidère la richesse intrinsèque de la matière première « lait » et le fait que la composition du produit final reflète largement la composition du lait d’origine (Lucas et al 2006). Le lait « en sortie de ferme » se situe à la charnière entre l’amont et l’aval des filières laitières et, à ce titre, est idéalement placé pour être une source importante de compétitivité et d’adaptabilité des filières laitières dans leur globalité.
 Le sujet de la composition fine du lait a bien entendu fait l’objet de travaux bien avant que le programme PhénoFinlait ne soit imaginé et mis en œuvre. Ainsi, les liens entre alimentation et profil en acides gras (Chilliard et al 2007, Couvreur et al 2007, Hurtaud et al 2007) ou encore les variants génétiques des lactoprotéines majeures (Grosclaude et al 1987, Grosclaude 1988) ont été étudiés généralement à partir de dispositifs expérimentaux. Ces connaissances ont servi de point de départ et d’assurance sur la faisabilité et l’intérêt d’engager un programme à grande échelle. L’ambition de PhénoFinlait était alors de transposer ces connaissances et hypothèses en élevages privés avec une grande diversité de systèmes d’alimentation et de coupler cela à une analyse conjointe du déterminisme génétique afin d’apporter aux éleveurs et à leurs filières des outils et des réponses globales. De nombreuses nouvelles références étaient bien évidemment à établir, mais l’un des enjeux majeurs portait et porte toujours sur les possibilités de transfert aux filières.
 Les développements à la fois de la spectrométrie dans l’infra-rouge et de la sélection génomique ont ouvert de nouvelles portes en matière d’accès à la composition fine du lait à coûts réduits et d’analyses de ses déterminants génétiques.Les travaux pionniers de la Faculté Universitaire des Sciences Agronomiques de Gembloux (Soyeurt et al 2006) ont ainsi ouvert la voie à l’estimation de nombreux composants fins du lait à partir d’une exploitation plus fine des données d’absorbance de la lumière dans le Moyen Infra-Rouge (MIR) principalement. Le principe est simple : la spectrométrie MIR, utilisée pour estimer les taux de matière grasse et protéique en routine dans les laboratoires d’analyse du lait, peut aussi être utilisée pour quantifier individuellement certains composants fins. Des modèles de prédiction sont développés à partir d’un jeu d’échantillons caractérisés à la fois à l’aide d’une méthode d’ancrage et par un spectre MIR. Ces modèles sont ensuite appliqués aux données spectrales telles que celles produites dans le cadre des analyses laitières habituelles de paiement du lait à la qualité et de contrôle laitier. Plusieurs dizaines d’acides gras et protéines peuvent ainsi être estimés avec une précision satisfaisante et à un coût additionnel modeste par rapport aux analyses déjà réalisées en routine.
 Parallèlement, les avancées dans le domaine de la génomique permettent d’analyser et d’exploiter plus rapidement et plus finement le déterminisme génétique des caractères. Là encore, le principe est relativement simple : deséquations d’estimation du potentiel génétique des animaux pour les différents caractères sont établies à partir d’une population de référence (animaux génotypés et caractérisés d’un point de vue phénotypique). Cette population peut être de taille beaucoup plus restreinte que celle nécessaire pour mettre en œuvre une évaluation génétique « classique ». Par ailleurs, les équations produites permettent de déterminer le potentiel génétique d’un animal sans pour autant qu’il dispose lui-même (ou ses descendants) de phénotype mesuré (Robert-Granié et al 2011). L’un des enjeux en sélection est alors de concevoir et de mettre en œuvre des programmes de caractérisation phénotypique de populations de référence, ce que l’on a appelé des programmes de « phénotypage » à plus ou moins grande échelle. Le programme PhénoFinlait est l’un des premiers grands programmes de phénotypage à haut débit (Hocquette et al 2011) avec ses caractéristiques : phénotypage fin sur la composition du lait, dans des systèmes d’élevage caractérisés, en particulier, par l’alimentation, préalable à un génotypage à haut débit des animaux suivis.
 Face à ces enjeux pour la filière laitière et ces nouvelles potentialités techniques et scientifiques, les filières laitières bovine, caprine et ovine, les acteurs de l’élevage (conseil en élevage et laboratoires d’analyse du lait) et de la génétique (entreprises de sélection et de mise en place d’insémination), les instituts de recherche et de développement (Inra, Institut de l’Elevage, Actalia) et APIS-GENE ont décidé de se constituer en consortium afin d’unifier leurs efforts et de partager leurs compétences et réseaux. Le consortium, avec le soutien financier d’APIS-GENE, de l’ANR, du Cniel, du Ministère de l’Agriculture (fond dédié CASDAR et Action Innovante), de France AgriMer, de France Génétique Elevage, du fond IBiSA et de l’Union Européenne, a initié début 2008 un programme pour :- analyser la composition fine du lait en acides gras et en protéines par des méthodes de routine et des méthodes d’ancrage ultra-résolutives (protéines) ;- appliquer ces méthodes à grande échelle sur une diversité de systèmes et de races représentatives de la diversité de la ferme France afin d’identifier des facteurs influençant la composition fine du lait ;- optimiser la valorisation des ressources alimentaires et génétiques par le conseil en élevage ;- initier une sélection génomique.
 Au-delà de ces objectifs, le programme PhénoFinlait a été envisagé comme un investissement majeur et collectif pour les filières laitières françaises afin de leur permettre de conserver ou de développer des avantages compétitifs par la possibilité de mieux valoriser la composition fine et demain ultrafine (grâce à des méthodes plus fines encore que la spectrométrie MIR) du lait. Les bases de données et d’échantillons ont ainsi vocation à être exploitées et ré-exploitées pendant plusieurs années au fur et à mesure des demandes des filières et de l’avancée des connaissances et des technologies d’analyse du lait. D’autres pays se mobilisent également sur cette problématique : Pays-Bas, Nouvelle-Zélande, Danemark et Suède, Italie, Belgique, etc.
 Ce dossier de la revue Inra Productions Animales fait état des principales productions issues à ce jour du programme PhénoFinlait. Il n’a pas vocation à couvrir exhaustivement les résultats produits. En particulier, nous ne présenterons pas systématiquement l’ensemble des résultats pour l’ensemble des espèces, races et composants. Néanmoins, nous nous sommes attachés à présenter à travers trois articles de synthèse et un article conclusif les principales avancées permises par ce programme à partir d’exemples pris dans les différentes filières.
 Gelé et al, débutent ce dossier par une présentation du programme dans ses différents volets, depuis la détermination des élevages et animaux à suivre jusqu’à la collecte et la conservation d’échantillons (de lait et de sang), en passant par l’enregistrement en routine des spectres MIR, des conditions d’alimentation, le prélèvement d’échantillons de sang puis, plus tard, le génotypage sur des puces pangénomiques. Cet article développe plus particulièrement la méthodologie mise en place pour déterminer la composition du lait en acides gras etprotéines à partir de spectres MIR. Enfin, il dresse un bilan des données collectées, permettant d’actualiser les références sur la caractérisation des troupeaux, des femelles laitières, des régimes alimentaires, et du profil des laits produits dans les trois filières laitières françaises.
 Legarto et al, présentent ensuite les résultats relatifs à l’influence des facteurs physiologiques (stade de lactation...), alimentaires (à travers des typologies de systèmes d’alimentation), raciaux et saisonniers, sur les profilsen acides gras. Ces résultats mettent en évidence de nombreuses sources de variation de la composition du lait qui pourront être exploitées à différentes échelles : animal, troupeau et bassin de collecte. Enfin, Boichard et al, présentent une synthèse de l’analyse du déterminisme génétique des acides gras d’une part et des protéines d’autre part. Cette synthèse aborde les estimations de paramètres génétiques tels que l’héritabilité et les corrélations génétiques entre caractères de composition fine entre eux, et avec les caractères de production. Ces résultats permettent en particulier de définir les potentialités de sélection ainsi que les liaisons génétiques à considérer. Ces analyses ont aussi permis de mesurer l’importance du choix de l’unité d’expression des teneurs (en pourcentage de la matière grasse ou protéique, ou en pourcentage dans le lait). Dans une dernière partie, cet article présente les analyses de détection de QTL avec une analyse des co-localisations entre races, entre composants et avec des gènes majeurs connus.
 RéférencesBoichard D., Govignon-Gion A., Larroque H., Maroteau C., Palhière I., Tosser-Klopp G., Rupp R., Sanchez M.P., Brochard M., 2014. Déterminisme génétique de la composition en acides gras et protéines du lait des ruminants. In : PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait. Brochard M., Boichard D., Brunschwig P., Peyraud J.L. (Eds). Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 283-298.
 Chilliard Y., Glasser F., Ferlay A., Bernard L., Rouel J., Doreau M., 2007. Diet, rumen biohydrogenation, cow and goat milk fat nutritional quality: a review. Eur. J. Lipid Sci. Technol., 109, 828-855.
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 Gelé M., Minery S., Astruc J.M., Brunschwig P., Ferrand M., Lagriffoul G., Larroque H., Legarto J., Martin P., Miranda G., Palhière I., Trossat P., Brochard M., 2014. Phénotypage et génotypage à grande échelle de la composition fine des laits dans les filières bovine, ovine et caprine. In : PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait. Brochard M., Boichard D., Brunschwig P., Peyraud J.L. (Eds). Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 255-268.
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SUMMARY. Diversity analysis of moroccan carob (Ceratonia siliqua L.) accessions using phenotypic traits and RAPD markers. The carob (Ceratonia siliqua L.) is a perennial leguminous (Caesalpinioideae) that grows as an evergreen shrub or tree. It’s an important component of the Mediterranean vegetation and its adaptation in marginal soils of the Mediterranean regions is important environmentally and economically. Phenotypic and genetic diversity among 10 Ceratonia siliqua accessions coming from different areas of Morocco were studied with morphometric and RAPD approaches. The analysis of discriminative fruit characters showed highly significant differences among these accessions, the closely related ones have a similarity level less than 65%. No molecular studies have been carried out so far on Ceratonia siliqua. To provide markers useful for molecular diversity study of the carob tree, genomic DNA extraction and amplification conditions were finalized and 67 arbitrary primers were screened. 52 of them showed clearly reproducible banding patterns. The analysis of RAPD profiles revealed a high degree of genetic diversity within these carob accessions and enabled each of them to be uniquely fingerprinted. Overall, in our study we note that morphological relationship between carob accessions is deeply different to their molecular relationship. Concerning the distribution of the accessions according to their geographical origin, clustering based on RAPD data revealed a rough distribution of theses accessions. Indeed, Sidi Bou Ottman, Demnate and Essaouira accessions coming from the south of Morocco seem to be linked in the PCA plot. However, two geographically distant accessions, Aïn Sfa and Ouazzane coming from the north (about 700 Km) were clustered with Essaouira and Demanate - Sidi Bou Ottman, respectively.Key words. Carob, Ceratonia siliqua L., genetic variability, morphometry, RAPD.RÉSUMÉ. Analyse de la diversite des accessions du caroubier marocain (Ceratonia siliqua L.) utilisant des traits phenotypiques et des marqueurs RAPD. Le caroubier (Ceratonia siliqua L.) est une légumineuse pérenne (Caesalpinioideae), à feuillage persistant et pouvant croître entant qu’arbrisseau ou arbre. C’est un composant important de la végétation méditerranéenne et son adaptation aux sols marginaux des régions méditerranéennes est d’une grande importance écologique et économique. La diversité phénotypique et génétique au sein de 10 accessions de caroubier provenant de différentes régions du Maroc a été étudiée par des approches morphométriques et moléculaires (RAPD). L’analyse des caractères morphologiques discriminants du fruit a montré des différences hautement significatives au sein des accessions, puisque les apparentées d’entre elles n’ont approximativement que 65% de similarité. Jusqu’à nos jours, aucune étude moléculaire n’a été entreprise sur Ceratonia siliqua. Pour mettre à disposition des marqueurs utiles pour l’étude de la diversité moléculaire du caroubier, l’extraction de l’ADN génomique et les conditions de l’amplification ont été mises au point et 67 amorces arbitraires ont été criblées. 52 d’entre elles ont montré clairement des profils de bandes reproductibles. L’analyse des profils RAPD a révélé une diversité génétique de haut niveau entre les accessions de caroubier ce qui a permis à chacune d’elles d’être distinguée génétiquement de façon singulière. De manière générale, nous avons noté que la relation morphologique entre les accessions du caroubier est profondément différente de leur relation moléculaire. Concernant la distribution des accessions selon leur origine géographique, le regroupement basé sur les données de la RAPD a révélé une distribution grossière. En effet, les provenances de Sidi Bou Ottman, Demnate et Essaouira, originaires du sud de Maroc, semblent être liés par l’analyse des composantes principales (PCA). Cependant, deux accessions géographiquement distantes, Aïn Sfa et Ouazzane, originaires du Nord (approximativement 700 Kms) ont été liées avec Essaouira et Demanate - Sidi Bou Ottman, respectivement.Mots clés. Caroubier, Ceratonia siliqua L., diversité génétique, morphométrie, RAPD.

Le lait n’est pas tout à fait un aliment comme les autres puisqu’il est aussi produit par l’Homme. Cet aliment est indispensable à l’alimentation de l’enfant, car sa richesse nutritionnelle combinée à sa forme liquide en font une ration « tout en un » du jeune pendant ses premières semaines de vie. L’homme a très tôt domestiqué d’autres mammifères pour produire cet aliment nécessaire pour le jeune et l’a aussi intégré dans l’alimentation de l’adulte sous forme native ou après transformation. De fait, le lait est un des rares produits animaux avec l’oeuf qui est produit régulièrement et qu’il est possible d’obtenir sans tuer l’animal. Sa production fait pleinement partie de la fonction de reproduction et son prélèvement doit être géré pour ne pas handicaper le développement du jeune animal qui est également un élément d’avenir dans l’élevage.
 Les vaches laitières ont longtemps bénéficié de noms très personnalisés, voire de prénoms, jusqu’à ce que la traçabilité ne vienne proposer des identifiants plus proches du matricule de la sécurité sociale que des petits noms affectueux utilisés jusqu’alors. La traite est un moment particulier où l’éleveur se substitue au jeune pour prélever le lait plusieurs fois par jour. Tout ceci fait traditionnellement de l’élevage laitier un élevage qui associe étroitement l’homme et l’animal.
 Au commencement de la domestication et pendant longtemps, le principal défaut du lait a résidé dans sa faible aptitude à la conservation, nécessitant une consommation plutôt locale, le temps entre production et consommation devant rester le plus court possible. De fait, le développement de sa consommation dans les villes est récent et ne s’est pas fait sans quelques soucis (Fanica 2008). Bien entendu, les évolutions de l’industrie laitière et des transports ont permis de franchir ce double cap de la conservation et des distances, faisant en quelques décennies d’un produit local du peuple d’un terroir, riche d’identité, d’histoire et de culture (Faye et al 2010), un produit générique du commerce mondial qui s’échange entre continents suivant les règles de l’organisation mondiale du commerce et dont la demande augmente régulièrement. Ce passage du local au mondial ne s’effectue pas sans des changements radicaux des modes de production et de l’organisation des filières, avec des conséquences parfois importantes sur les territoires.
 La production de lait en France, pays traditionnel d’élevage bovin laitier, illustre parfaitement cette évolution et se trouve aujourd’hui à une période charnière. Riche d’une grande diversité de terroirs et de produits, la production française présente un profil original dont on ne sait pas aujourd’hui si c’est une force ou une faiblesse dans cette évolution. Depuis 1984, le système des quotas laitiers liés à la terre et non commercialisables en France a ralenti, comparativement aux pays voisins, l’évolution vers une spécialisation et une intensification des systèmes de production laitiers, mais il disparaîtra en 2015. Le contexte économique des prix des matières premières et du prix du lait devient beaucoup plus instable que par le passé. Le métier d’éleveur laitier, avec sa complexité, sa charge de travail importante, ses astreintes et la diminution de sa rémunération, devient moins attractif. La nécessaire prise en compte de l’impact de l’élevage sur l’environnement et plus globalement de la durabilité, constitue un nouveau défi qui est souvent vécu comme une contrainte supplémentaire. Cependant, les connaissances scientifiques et technologiques ont beaucoup progressé et offrent de nouveaux outils à l’élevage laitier pour construire une trajectoire originale dans cette évolution.
 Ce numéro spécial d’INRA Productions Animales se propose donc en quelques articles de faire un état des lieux des connaissances concernant la production laitière, ainsi que des nouveaux défis et des nouveaux outils qui s’offrent à la filière pour construire son avenir. Ce panorama n’est volontairement pas exhaustif et traitera prioritairement des vaches laitières avec cependant, lorsqu’il est apparu nécessaire, quelques exemples tirés de travaux réalisés chez les caprins. De même, il ne s’agit pas ici d’aborder la transformation du lait et les évolutions des nombreux produits transformés. Mais nous avons cherché à présenter un point sur un certain nombre de sujets en mettant en avant les avancées récentes et les défis scientifiques, techniques, économiques et organisationnels qui concernent la production laitière, en quatre grandes parties. La première plantera tout d’abord le décor du secteur laitier français. La deuxième présentera les nouvelles avancées des travaux sur la femelle laitière, la lactation et le lait. La troisième analysera les différents leviers que constituent la sélection génétique, la gestion de la santé, l’alimentation et la traite, pour mieux maîtriser la production de lait en élevage. Enfin, la dernière partie abordera des questions plus spécifiques concernant les systèmes d’élevage et leur futur.
 Le premier article de V. Chatellier et al fournit une analyse à la fois du bilan et des perspectives du secteur laitier français. Après une analyse du marché des produits laitiers au travers de la demande et de l’offre et des grandes stratégies des acteurs de la filière, cet article présente les spécificités françaises des exploitations laitières liées en particulier à la diversité des systèmes de production et des territoires. Cette double diversité se traduit également dans les écarts de productivité et des résultats économiques des exploitations dont la main-d’oeuvre reste majoritairement familiale, avec la question de son renouvellement qui se pose différemment selon les territoires. Enfin, à l’aune des changements importants de contexte qui se préparent avec la fin des quotas et les nouvelles relations qui se mettent en place entre producteurs et transformateurs, les auteurs étudient les différents scénarios qui en découlent et qui conduiront à l’écriture du futur du secteur laitier français dans les territoires et le marché mondial.
 La série d’articles sur l’animal et le lait débute par une approche systémique de l’animal laitier. La vache laitière est d’abord perçue au travers de sa fonction de production, et les modèles de prévision de la lactation se sont longtemps focalisés sur cette seule fonction. La notion d’animaux plus robustes et d’élevages plus durables (cf. Dossier « Robustesse... », Sauvant et Perez 2010) amène à revisiter cet angle d’approche pour l’élargir à ensemble des fonctions physiologiques en prenant mieux en compte les interactions entre les génotypes animaux et leurs environnements. La modélisation aborde cette complexité de deux façons contrastées, l’une plutôt ascendante en partant des mécanismes élémentaires et en les agrégeant, l’autre plutôt descendante, en partant de grandes propriétés émergeantes des principales fonctions et de leurs interactions, voire de leur compétition dans l’accès aux ressources nutritionnelles. La revue de Friggens et al aborde ainsi la question de la dynamique de partition des nutriments entre fonction physiologiques chez les vaches laitières en fonction du génotype en présentant plusieurs approches de modélisation. Cette revue s’attache à montrer l’intérêt de partir des propriétés émergeantes pour arriver à modéliser les réponses complexes (production, reproduction, composition du lait, état corporel…) d’une vache soumise à différentes conduites d’élevage au cours de sa carrière. Les outils de demain qui permettront d’optimiser la conduited’élevage face aux aléas économiques et climatiques dépendront de l’avancée de ces modèles et des connaissances scientifiques qui les sous-tendent.
 La fonction de lactation est la conséquence de nombreux mécanismes à l’échelle de l’animal, tout particulièrement au niveau de la glande mammaire. Le développement et le fonctionnement de cet organe caractérisé par sa cyclicité ont fait l’objet de nombreux travaux à l’Inra et dans de nombreuses équipes de recherches internationales. Il ne s’agissait pas ici de relater l’ensemble de ces travaux mais de consacrer un article aux dernières connaissances acquises sur les mécanismes de biosynthèse et de sécrétion des constituants du lait. L’article de Leroux et al présente les travaux sur la régulation de l’expression génique dans la glande mammaire avec un intérêt particulier pour les données acquises avec les nouveaux outils d’études globales de génomique expressionnelle. Ceux-ci apportent de nouvelles connaissances sur les effets des facteurs génétiques sur la biosynthèse et la sécrétion du lait, sur leur régulation nutritionnelle et sur l’interaction de ces facteurs. Ce dernier point constitue un champ d’investigation supplémentaire pour décrypter les secrets du fonctionnement mammaire avec notamment l’intervention de nouveaux acteurs que sont les petits ARN non codants (ou microARN) qui vient encore accroître la complexité du fonctionnement mammaire dans son rôle prépondérant lors de la lactation.
 Après avoir fait cet état des lieux des connaissances sur la biosynthèse et la sécrétion des constituants du lait au niveau de la glande mammaire, l’article de Léonil et al présente la complexité des fractions protéique et lipidique du lait et de leur assemblage en structures supramoléculaires. Ces structures finales sont sous la dépendance de la nature et de la variabilité des constituants, ellesmêmes dues aux polymorphismes des gènes responsables de leur synthèse. Ainsi, les auteurs font un état des lieux des connaissances sur la structure et le polymorphisme des gènes spécifiant les protéines coagulables du lait que sont les caséines pour arriver à l’organisation de ces dernières en micelles. Le rôle nutritionnel de ces protéines majeures du lait et leur fonction biologique sont revisitées à la lumière des connaissances croissantes sur les peptides bioactifs qu’elles contiennent. La fraction lipidique n’est pas en reste avec la présentation de sa complexité et de son organisation sous forme de globule gras ainsi que de son impact nutritionnel sur le consommateur. Enfin, la découverte récente, dans le lait, de petites particules (ou exosomes) véhiculant des protéines et des ARN ouvre de nouvelle voies d’investigation de l’impact du lait sur la santé du consommateur.
 La série d’articles consacrée aux leviers d’action dont disposent les éleveurs pour moduler la production laitière ainsi que la composition du lait débute par l’article de Brochard et al, qui retrace l’impact de la sélection génétique pour arriver aux apports de la sélection génomique des races bovines laitières. Un bref historique de la sélection génétique présente les progrès réalisés sur les caractères de production laitière mais aussi sur des caractères de robustesse (fertilité, mammites…) et permet ainsi de dresser le décor génétique des élevages français. L’avènement des outils de génomique grâce au séquençage du génome bovin a conduit à renouveler les perspectives de sélection des bovins laitiers (cf. Numéro spécial, «amélioration génétique" Mulsant et al 2011). La présentation brève de ces outils permet de mieux appréhender les retombées attendues. Les opportunités offertes par la sélection génomique sur les caractères laitiers sensu stricto se complètent et permettent également de proposer une sélection sur de nouveaux caractères. En effet, la prise en compte progressive d’autres caractères oriente la sélection vers une complexité accrue notamment grâce à l’établissement de nouvelles mesures phénotypiques. L’évolution vers une meilleure robustesse, une efficacité alimentaire optimisée mais aussi une empreinte environnementale réduite, sera d’autant plus envisageable que la sélection pourra s’appuyer sur des capacités de phénotypage de plus en plus fin et à grande échelle. Un autre facteur prépondérant dans l’élevage laitier concerne la gestion de la santé animale qui affecte, notamment, la durabilité des élevages sous l’angle socio-économique. Cette gestion complexe doit prendre en compte de nombreux paramètres tel que le nombre des traitements nécessaires, le temps passé, les pertes économiques directes à court et long terme, etc. Les infections ne touchent pas toutes directement la glande mammaire, mais en affectant l’animal, elles impactent la lactation, l’efficacité de production du troupeau et donc l’élevage. L’article de Seegers et al passe en revue sept maladies majeures classées en trois groupes affectant les bovins laitiers. Il présente les connaissances récentes acquises sur ces maladies et les perspectives qu’elles ouvrent pour mieux les maîtriser. Ces maladies ont bien souvent un impact économique fort sur les élevages et/ou sont transmissibles à l’Homme constituant ainsi des questionnements de recherche forts et pour lesquels les moyens d’actions sont aussi multiples que variés. De plus, les attentes sociétales visent à diminuer, autant que faire se peut, les intrants médicamenteux.
 L’alimentation est un levier de maîtrise de la production et de la composition du lait qui présente l’avantage d’avoir des effets rapides et réversibles. Bien que ce levier puisse également moduler la composition protéique du lait, l’impact prépondérant de l’alimentation sur la composition en acides gras du lait, dans le but de fournir aux consommateurs une qualité nutritionnelle du lait la plus favorable possible, a été mis en exergue par de nombreuses études. La détermination de la composition en acides gras des laits est de plus en plus précise, notamment du fait des nouvelles techniques qui permettent une meilleure caractérisation de ces profils. Outre l’impact de l’alimentation, les effets des apports nutritionnels chez le ruminant sur les teneurs en composés vitaminiques du lait sont également à prendre en compte dans la perspective de l’utilisation du lait comme source complémentaire naturelle de vitamines chez les sujets présentant une efficacité d’absorption réduite (tel que les jeunes ou à l’inverse les personnes âgées). L’article de Ferlay et al recense les principaux facteurs alimentaires (nature de la ration de base, supplémentation oléagineuse, différents types de suppléments lipidiques et leurs interactions) influençant la composition en acides gras et en vitamines du lait de vache.
 Enfin, la traite constitue un outil supplémentaire de pilotage des troupeaux en termes de production laitière mais aussi de qualité sanitaire, technologique et nutritionnelle du lait. De plus, une meilleure connaissance des effets des différentes pratiques de traite est cruciale dans le contexte actuel de gestion du travail dans les exploitations laitières (cf. Numéro spécial, « Travail en élevage », Hostiou et al 2012). Les moyens mis en oeuvre se situent à différents niveaux allant de la fréquence de traite aux systèmes de stockage des laits en passant par les réglages possibles ou les types de machines à traire. L’article de Guinard-Flament et al fait le point des connaissances actuelles sur les effets et les conséquences de modifications de la conduite des animaux à la traite. Il présente les effets de la fréquence de traite sur le niveau de production laitière et sur la composition du lait. Le contexte de la traite, avec les effets mécaniques de la machine à traire et celui du système de stockage, est également présenté dans ses multiples facettes pour souligner leur rôle prépondérant sur la qualité microbienne des laits. La conduite des vaches à la traite est également un moyen de gestion de la carrière d’une vache laitière à travers le pilotage de certaines phases du cycle de production (effets sur la reproduction et sur la durée de la lactation et leurs conséquences sur la santé de l’animal...).
 La dimension des systèmes d’élevage est dominée ces dernières années par la question environnementale, notamment depuis la parution du rapport de la FAO « Livestock’s long shadow » (Steinfeld et al 2006). L’élevage laitier, très consommateur de ressources de qualité, est concerné au premier rang par ce défi environnemental. Mais ces enjeux, peu perceptibles à l’échelle de l’élevage pourtant à l’origine de ces risques, sont difficiles à intégrer dans les objectifs des systèmes de production. L’article de Dollé et al sur les impacts environnementaux des systèmes bovins laitiers français apporte de nombreux éléments quantifiés sur les émissions des éléments à risque pour l’environnement par les élevages laitiers. Ces risques concernent bien entendu la qualité de l’eau, notamment via les excrétions d’azote et de phosphore, ce qui est connu depuis longtemps avec leurs impacts sur l’eutrophisation des cours d’eau et des côtes. Les risques liés à la qualité de l’air ont été pris en compte beaucoup plus récemment et concernent principalement les émissions d’ammoniac pouvant affecter la santé humaine et des gaz à effet de serre responsables du réchauffement climatique (cf. Dossier, « Gaz à effet de serre en élevage bovin : le méthane », Doreau et al 2011). Ensuite, l’article aborde la question de la biodiversité, auxiliaire de l’agriculture et des paysages, où l’élevage joue un rôle central au sein des territoires agricoles. L’article aborde pour finir la question de la quantification de ces impacts afin d’améliorer objectivement les performances environnementales des élevages et montre que performances environnementales et économiques en élevage laitier ne sont pas antinomiques.
 En guise de conclusion de ce numéro, J.L. Peyraud et K. Duhem se sont prêtés à un exercice d’analyse prospective des élevages laitiers et du lait de demain en reprenant certains des constats de l’article introductif, notamment sur la diversité des systèmes et des territoires, la restructuration rapide de la filière et la reconstruction du métier d’éleveur. La filière devra demain affronter la tension entre l’amélioration de la compétitivité et celle de la durabilité de l’élevage en tirant profit des innovations. La meilleure prise en compte des qualités nutritionnelles des produits et de l’évolution des demandes tout en améliorant l’intégration de l’élevage au sein des territoires constitue un double défi pour résoudre cette tension. L’analyse des auteurs prône cependant un maintien de la diversité et la complémentarité des systèmes dans une diversité de territoires pour mieux répondre aux enjeux de la société et des éleveurs. Ce numéro spécial montre combien la filière laitière est aujourd’hui plus que jamais à la croisée des chemins avec des défis économiques et sociétaux difficiles à relever dans un climat de plus en plus incertain. Entre diversité d'une part, et spécialisation et standardisation d'autre part, le chemin de la filière française reste complexe à définir. Les nombreuses évolutions des connaissances scientifiques permettent de disposer à court ou moyen terme de nouveaux outils pour relever ces défis. La sélection génomique pour disposer des animaux les plus adaptés à leur système, les modèles de prévision pour anticiper les aléas et leurs conséquences, les outils d’évaluation environnementale pour maîtriser les risques, les outils de monitoring et d’information des troupeaux d’élevage pour améliorer les conditions de travail et l’efficience des troupeaux, les possibilités de piloter la qualité des produits par les conduites d’élevage et en particulier l’alimentation, une meilleure connaissance des mécanismes de régulation de la lactation, la découverte de la richesse des constituants du lait et de leurs propriétés nutritionnelles et fonctionnelles sont autant d’atouts pour la filière pour affronter ces défis. A travers les articles de ce numéro, nous avons voulu illustrer quelques un de ces défis et des perspectives offertes par la recherche. L’enjeu sera de les mobiliser à bon escient dans le cadre de stratégies cohérentes. Cela nécessitera la collaboration de tous les acteurs de la recherche, de la formation, du développement et de la filière. A leur niveau, les articles de ce numéro, par les nombreuses signatures communes entre chercheurs, enseignants-chercheurs et ingénieurs de recherche-développement, témoignent de la vitalité des unités mixtes de recherche et des unités mixtes thématiques impliquées dans l’élevage laitier. De même, bon nombre de travaux relatés dans les articles de ce numéro sont le fruit de programmes de recherche co-financés et menés en collaboration étroite entre la recherche, les instituts technique et la filière. Nous y voyons un fort signe positif pour l'avenir de l'élevage laitier en France Cet avant-propos ne saurait s’achever sans remercier René Baumont et le comité de rédaction d’Inra Productions Animales pour l’initiative judicieuse de ce numéro spécial, mais aussi pour nous avoir aidés à mener à bien ce projet comprenant de nombreux auteurs, qui ont bien voulu se prêter à l’exercice difficile de la rédaction d’un article de synthèse qui conjugue la rigueur de l’information scientifique avec l’exigence de la rendre accessible à un large public. Ce numéro doit beaucoup aussi aux relectures constructives de nombreux collègues que nous remercions ici anonymement. Enfin, cet ouvrage doit aussi sa qualité à un travail remarquable d’édition technique assuré par Pascale Béraudque nous associons à ces remerciements. Nous avons eu la primeur de ces articles et nous espérons que vous partagerez l’intérêt que nous avons eu à leur lecture à la fois instructive, enrichissante et propice à nourrir notre réflexion pour le futur de la recherche-développement dans le domaine de l’élevage bovin laitier.Philippe FAVERDIN, Christine LEROUX
 RéférencesDoreau M., Baumont R., Perez J.M., (Eds) 2011. Dossier, Gaz à effet de serre en élevage bovin : le méthane. INRA Prod. Anim., 24, 411-474.
 Fanica P.O., 2008. Le lait, la vache et le citadin. Du XVIIe au XXe siècle. Editions Quae, Paris, France,520p.
 Faye B., Bonnet P., Corniaux C., Duteurtre G., 2010. Peuples du lait. Editions Quae, Paris France, 160p.
 Hostiou N., Dedieu B., Baumont R., (Eds) 2012. Numéro spécial, Travail en élevage. INRA Prod. Anim., 25, 83-220.
 Mulsant P., Bodin L., Coudurier B., Deretz S., Le Roy P., Quillet E., Perez J.M., (Eds) 2011. Numéro spécial, Amélioration génétique. INRA Prod. Anim., 24, 283-404.
 Sauvant D., Perez J.M., (Eds) 2010. Dossier, Robustesse, rusticité, flexibilité, plasticité, résilience… les nouveaux critères de qualité des animaux et des systèmes d'élevage. INRA Prod. Anim., 23, 1-102.
 Steinfeld H., Gerber P., Wassenaar T., Castel V., Rosales M., de Haan C., 2006. Livestock's long shadow: environmental issues and options. Food and Agriculture Organization of the United Nations,414p.

Objectives: The agro morphological diversity of Bambara nut remains poorly understood. In this study 90 Bambara nut accessions were assessed for phenotypic variability of agronomic and morphological traits. Methodology and results: A trial was conducted at Rollo (Bam province) on 90 accessions of Bambara nut of 3 agro ecological zones in Burkina Faso. Accessions were evaluated on 27 morphological characters. Result of qualitative traits analysis showed dominance of cream-coloured seeds, butterfly-grey eyes, and smooth yellowish-brown pods. The majority of quantitative traits were discriminant at 1%. The completed PCA indicates that the first two axes expressed 55.60% of the total variability. The dendogram highlighted four groups of diversity. Conclusion and application of results: The agro morphological characterization showed great variability within the accessions studied. The different associations between yield components and the clustering into classes could be exploited in breeding programs for improvement of Bambara nut productivity. RESUME Objectifs: La diversité agro morphologique du pois bambara reste mal connue. Dans cette étude, la variabilité phénotypique des caractères agronomiques et morphologiques de 90 accessions de pois bambara a été évaluées. Méthodologie et résultats: Un essai a été conduit à Rollo (Province de Bam) sur 90 accessions de pois bambara issues de quatre zones agro-écologiques du Burkina Faso. Les accessions ont été évaluées sur 27 caractères morphologiques. Les résultats de l’analyse des caractères qualitatifs ont montré la dominance des graines de couleur crème, des yeux gris papillon et des gousses lisses brun jaunâtre. La majorité des Caractères quantitatifs étaient discriminants à 1%. L'ACP indique que les deux premiers axes ont exprimé 55, 60% de la variabilité totale. Le dendrogramme a mis en évidence quatre groupes de diversité. Kambou et al., J. Appl. Biosci. 2020 Agro-morphological characterization of Bambara nut accessions [Vigna subterranea (L) Verdcourt] from Burkina Faso 15728 Conclusion et application des résultats: La caractérisation agro morphologique a montré une grande variabilité au sein des accessions étudiées. Les différentes associations entre les composantes du rendement et la subdivision en classes pourraient être exploités dans les programmes de sélection pour l'amélioration de la productivité du pois bambara. Mots clés: Pois bambara, caractères morphologiques, variabilité

Les effets du changement climatique induisent dans la région méditerranéenne la recrudescence d’évènements extrêmes comme la sécheresse accentuant la dégradation des écosystèmes forestiers de Quercus suber L. Des jeunes plants de trois provenances tunisiennes de Quercus suber (EF, BM et OZ) ont été évalués pour leur tolérance au manque d’eau en les soumettant durant 90 jours à trois régimes hydriques (S0 : irrigation à 100 % de la capacité au champ (CC), S1 : 50 % CC et S2 : 25% CC). De nombreuses variables ont été mesurées (croissance des tiges, surface foliaire, densité et dimension des trichomes et des stomates, échanges gazeux et concentration en chlorophylles). Le déficit hydrique a occasionné une réduction des variables écophysiologiques et une augmentation de la densité des stomates et des trichomes. Une variabilité intraspécifique a été enregistrée. Les plants EF et BM ont montré un indice de plasticité phénotypique supérieur à celui des plants OZ. La meilleure flexibilité vis-à-vis du stress hydrique s’est traduite chez les plants EF par une augmentation de l’EUEi convertie en une croissance plus soutenue des tiges. Dans un contexte global de réchauffement climatique et de fragilité des forêts méditerranéennes, la réussite des nouveaux boisements de Quercus suber exige le choix de provenances les plus adaptées à la faible disponibilité en eau à l’instar de la provenance EF. 
 The effects of climate change induce the increase of extreme events such as drought in the Mediterranean region, accentuating the degradation of forest ecosystems of Quercus suber L. Seedlings of Quercus suber (EF, BM and OZ) from three Tunisian provenances were evaluated for their tolerance to water shortage by subjecting them for 90 to three water regimes (S0: irrigation at 100% of the field capacity (FC), S1: 50% FC and S2: 25% FC) for 90 days. Several variables were measured (stem growth, leaf area, trichome and stomatal density and size, gas exchange and chlorophyll concentration). The moisture deficit caused a decrease in ecophysiological variables and an increase in stomata and trichomes density. Intraspecific variability was recorded. EF and BM plants showed a higher phenotypic plasticity index than OZ plants. The better flexibility towards hydric stress was reflected in the EF plants by an increase of the WUEint converted into a more sustained stem growth. In the overall context of global warming and of Mediterranean forests fragility, the success of new afforestation of Quercus suber requires the selection of the best adapted provenances to low water availability, such as the EF provenance

Deux faits signent la nature profonde de l’être humain : (i) un cerveau d’une grande plasticité et (ii) la puissance impérieuse de la culture qui se manifeste non seulement par la diversité et l’intensité de son expression, mais aussi par la forte influence qu’elle exerce rétroactivement sur le développement de notre architecture cérébrale – qui l’a rendue possible. Cette plasticité développementale, résumée dans l’idée que « nous héritons notre cerveau ; nous acquérons notre esprit » (we inherit our brains ; we acquire our minds)(Goldschmidt 2000), relève d’un processus plus général appelé « altricialité » par les éthologues. Le terme est dérivé de l’anglais altricial, mot qui vient lui-même du latin altrix : « celle qui nourrit », « nourrice » (Gaffiot 1934). Dans son acception première, l’altricialité signifie qu’une espèce n’est pas immédiatement compétente à la naissance, contrairement aux espèces dites précoces. C’est le cas, par exemple, de la plupart des passereaux qui naissent les yeux fermés et dont la survie dépend entièrement de l’aide apportée par leur entourage. Il en va de même pour notre espèce. Dans le cas des nouveau-nés humains, toutefois, s’ajoute à l’altricialité primaire une altricialité secondaire. On désigne ainsi le fait que notre cerveau n’est pleinement compétent (sur les plans cognitif, émotionnel, sensoriel et moteur) que tardivement. La force et la durée de la croissance cérébrale post-natale caractérisent cette altricialité secondaire. Du point de vue de la force, le chimpanzé Pan troglodytes, espèce animale qui nous est phylogénétiquement la plus proche, a un coefficient de croissance cérébrale de 2,5 entre la naissance et l’âge adulte, contre 3,3 chez les humains (DeSilva et Lesnik 2008). Du point de vue de la durée, on a longtemps cru que la maturité du cerveau humain coïncidait avec la puberté, mais on sait aujourd’hui que la période de surproduction et d’élimination des épines dendritiques sur les neurones pyramidaux du cortex préfrontal court jusqu’à la trentaine (Petanjeket al. 2011). Outre des contraintes obstétriques, cette maturation prolongée est probablement due aux coûts métaboliques élevés du développement cérébral (Goyal et al. 2014), un processus de co-évolution ayant favorisé l’étalement dans le temps de la dépense énergétique (Kuzawa et al. 2014). Cette forte altricialité cérébrale est propre aux êtres humains, le contrôle génétique qui s’exerce sur l’organisation somatopique de notre cortex, sur la connectique cérébrale et sur les aires d’association étant plus faible que chez le chimpanzé commun. Par exemple, deux frères chimpanzés auront des sillons cérébraux davantage similaires que deux frères humains, parce que le cerveau des premiers est moins réceptif aux influences environnementales que celui des membres de notre espèce (Gómez-Robles et al. 2015). Cette spécificité du cerveau humain est tout aussi importante que son quotient d’encéphalisation (6,9 fois plus élevé que celui d’un autre mammifère du même poids, et 2,6 fois supérieur à celui d’un chimpanzé), le nombre élevé de ses neurones (86 milliards contre 28 milliards chez le chimpanzé), la complexité de sa connectique (environ 1014 synapses), les changements néoténiques lors de l’expression des gènes (Somel et al. 2009) et son architecture complexe. Chez le nouveau-né humain, la neurogenèse est achevée, excepté dans la zone sous-ventriculaire – connectée aux bulbes olfactifs – et la zone sous-granulaire, qui part du gyrus denté de l’hippocampe (Eriksson et al. 1998). Toutefois, si tous les neurones sont déjà présents, le cerveau néonatal représente moins de 30% de sa taille adulte. Immédiatement après la naissance, sa croissance se poursuit au même taux qu’au stade fœtal pour atteindre 50% de la taille adulte vers 1 an et 95% vers 10 ans. Cette croissance concerne essentiellement les connexions des neurones entre eux (synaptogenèse, mais aussi élagage de cette interconnectivité ou synaptose) et la myélinisation néocorticale. À chaque minute de la vie du bébé, rappelle Jean-Pierre Changeux (2002), « plus de deux millions de synapses se mettent en place ! » Au total, 50% de ces connexions se font après la naissance (Changeux 2003). Cette spécificité d’Homo sapiens a une portée anthropologique capitale. Elle expose si fortement les êtres humains aux influences de leur environnement qu’ils deviennent naturellement des êtres hyper-sociaux et hyper-culturels, ce qu’avait pressenti Malinowski (1922 : 79-80) quand il soutenait que nos « états mentaux sont façonnés d’une certaine manière » par les « institutions au sein desquelles ils se développent ». Le développement du cerveau dans la longue durée permet une « imprégnation » progressive du tissu cérébral par l’environnement physique et social (Changeux 1983), en particulier lors des phases de socialisation primaire et secondaire. L’être humain a ainsi des «dispositions épigénétiques à l’empreinte culturelle » (Changeux 2002). Les effets sociaux et les incidences évolutionnaires (Kuzawa et Bragg 2012) d’une telle aptitude sont immenses. L’entourage doit non seulement aider les nouveau-nés, mais aussi accompagner les enfants jusqu’à leur développement complet, l’immaturité du cerveau des adolescents étant à l’origine de leur caractère souvent impulsif. Cet accompagnement de l’enfant se traduit par des changements dans la structure sociale, au sein de la famille et de la société tout entière, notamment sous la forme d’institutions d’apprentissage social et culturel. Les êtres humains sont ainsi contraints de coopérer, d’abord à l’intérieur de leur groupe familial et d’appartenance, puis sous des formes plus ouvertes (voir Coopération). Née de processus évolutifs anciens d’au moins 200 000 ans (Neubaueret al. 2018), l’altricialité secondaire nous donne un avantage adaptatif : contrairement à d’autres espèces, nos comportements ne sont pas « mis sur des rails » à la naissance, ce qui les rend flexibles face à des environnements changeants, favorisant ainsi la diversité phénotypique et culturelle. Cette plasticité cérébrale peut produire le meilleur. Par exemple, 15 mois seulement d’éducation musicale avant l’âge de 7 ans peuvent renforcer les connexions entre les deux hémisphères cérébraux (Schlaug et al. 1995) et induire d’autres changements structuraux dans les régions assurant des fonctions motrices, auditives et visuo-spatiales (Hyde et al. 2009). Une formation musicale précoce prévient aussi la perte d’audition (White-Schwoch et al. 2013) et améliore la perception de la parole (Du et Zatorre 2017). Cependant, comme cela est souvent le cas en évolution, il y a un prix à payer pour cet avantage considérable qu’est l’altricialité secondaire. Il a pour contrepartie un appétit vorace en énergie de notre cerveau (Pontzer et al. 2016). Il nous rend plus vulnérables, non seulement jusqu’à l’adolescence mais tout au long de la vie où, suppose-t-on, des anomalies des reconfigurations neuronales contribuent au développement de certaines pathologies neurologiques (Greenhill et al. 2015). Enfin, un risque associé au « recyclage culturel des cartes corticales » (Dehaene et Cohen 2007) est rarement noté : si ce recyclage peut produire le meilleur, il peut aussi produire le pire, selon la nature de la matrice culturelle dans laquelle les individus sont pris (Candau 2017). Par exemple, le choix social et culturel consistant à développer des industries polluantes peut provoquer des maladies neurodégénératives et divers désordres mentaux (Underwood 2017), notamment chez les enfants (Bennett et al. 2016), phénomène qui est accentué quand il est associé à l’adversité sociale précoce (Stein et al. 2016). Toujours dans le registre économique, la mise en œuvre de politiques qui appauvrissent des populations peut affecter le développement intellectuel des enfants (Luby et al. 2013), un message clé du World Development Report 2015 étant que la pauvreté est une « taxe cognitive ». Un dernier exemple : Voigtländer et Voth (2015) ont montré que les Allemands nés dans les années 1920 et 1930 manifestent un degré d’antisémitisme deux à trois fois plus élevé que leurs compatriotes nés avant ou après cette période. Bien plus souvent que d’autres Allemands, ils se représentent les Juifs comme « une population qui a trop d’influence dans le monde » ou « qui est responsable de sa propre persécution ». Ceci est la conséquence de l’endoctrinement nazi qu’ils ont subi durant toute leur enfance, notamment à l’école, en pleine période d’altricialité secondaire. En résumé, l’altricialité secondaire est au fondement (i) de l’aptitude naturelle de notre cerveau à devenir une représentation du monde et (ii) d’une focalisation culturelle de cette représentation, sous l’influence de la diversité des matrices culturelles, cela pour le meilleur comme pour le pire. Cette hyperplasticité du cerveau pendant la période altricielle laisse la place à une plasticité plus modérée à l’âge adulte puis décroît à l’approche du grand âge, mais elle ne disparaît jamais complètement. Par conséquent, loin de voir dans les données neurobiologiques des contraintes qui auraient pour seule caractéristique de déterminer les limites de la variabilité culturelle – limitation qui est incontestable – il faut les considérer également comme la possibilité de cette variabilité.