Dissertations / Theses on the topic 'VHB [Virus de l'hépatite B]'

L'Organisation Mondiale de la Santé estime à plus de 370 millions le nombre de porteurs chroniques du virus de l'Hépatite B (VHB). L'éradication de cette maladie, même dans les pays développés ayant accès à tous les équipements médicaux, est difficile. Ceci est due en partie à l'existence de variants du VHB. Leur étude est indispensable pour mieux comprendre la biologie du VHB et lutter toujours plus efficacement contre ce virus. Toutefois l'amplification des génomes entiers des variants du VHB est souvent difficile. Ainsi durant ma thèse je me suis intéressée à différents variants du VHB. Dans un premier temps, mon travail s'est basé sur un patient (Z1) présentant à la fois de forts taux d'AgHBs et d'anticorps anti-HBs. Les analyses moléculaires et biologiques ont montré que le patient était infecté par un VHB d'apparence sauvage. L'étude de l'affinité des anti-HBs de Z1 a permis d'établir qu'il avait développé une réponse immunitaire quasi-monoclonale vis-à-vis d'un épitope antigénique différent de celui porté par le virus circulant. Dans un second temps, j'ai développé une nouvelle technique d'amplification pour l'étude des variants de VHB difficiles à obtenir par les techniques standard de PCR. Pour ce faire, j'ai appliqué une technique innovante et hautement sensible, nommée amplification en cercle roulant (RCA). La RCA associée à une PCR spécifique du VHB amplifie l'ADNccc avec une sensibilité similaire à celle d'une PCR en temps réel. La RCA présente un avantage certain puisqu'elle permet d'obtenir le génome viral entier et non des fragments sous génomiques. L'étude d'un patient infecté par un VHB résistant à la lamivudine a validé l'efficacité, la fidélité et la haute sensibilité de la RCA. En conclusion, ce travail a montré qu'il était indispensable d'étudier de grandes cohortes de patients pour pouvoir dégager des consensus concernant les différents types de variants du VHB. La RCA devrait être un atout majeur dans l'étude des variants du VHB, et aussi pour l'étude de l'ADNccc qui est à l'origine de la persistance viral et de la propagation des mutations

Malgré l'existence d'un vaccin efficace, l'infection par le virus de l'hépatite B (VHB) demeure un problème majeur de santé publique. En effet, il demeure 400 millions de porteurs chroniques du VHB dans le monde dont 25% environ évoluant vers la cirrhose et/ou le carcinome hépatocellulaire. Actuellement, le Chimpanzé est le seul animal susceptible à l'infection par le VHB mais cet animal est protégé et onéreux. Le développement de nouveaux modèles primates infectables par le VHB est donc un enjeu majeur pour l'étude du cycle viral de ce virus et pour la recherche de nouveaux traitements anti-VHB. Actuellement, deux modèles sont actuellement utilisés pour tester l'efficacité de nouvelles approches thérapeutiques tel que le vaccin par ADN nu ou de nouvelles molécules antivirales. Il s'agit du canard de Pékin infecté par le DHBV et de la marmotte américaine infectée par le WHV. Afin d'étudier les mécanismes de l'infection par le VHB et tester de nouvelles approches antivirales, il serait essentiel de disposer d'un modèle primate tel que le Macaque qui est plus facile d'utilisation et d'accès que le chimpanzé tout en étant proche de l'homme. Dans le cadre d'une transfection intrahépatique expérimentale de 3 Macaques sylvanus par l'ADN du VHB nous avons pu observer que 2/3 M. Sylvanus développent des marqueurs propres à l'infection par le VHB avec des AgHBs et des séquences virales dans le sérum et le foie. Nous avons donc démontré pour la première fois la susceptibilité du M. Sylvanus au VHB humain. Nous travaillons également sur un autre modèle appartenant à une espèce voisine du M. Sylvanus, il s'agit du M. Cynomolgus originaire de l'île Maurice. Des marqueurs propres à l'infection par le VHB ont été retrouvés dans le foie et le sérum chez 42% des animaux. Récemment, il est admis que des primates, essentiellement de l'ancien monde, ont leurs propres virus de l'hépatite B. En effet, ces dernières années, des hépadnavirus propres à certaines espèces de primates ont été décrits. Ils concernent les Chimpanzés, les Gibbons, les Orangs-outans, les Gorilles mais aussi un seul singe du nouveau monde, le singe laineux. L'objectif principal est d'obtenir un modèle d'infection chronique par le VHB. En effet, en l'absence de modèle primate autre que le Chimpanzé, nous espérons à terme mettre en place un nouveau modèle pour tester l'efficacité thérapeutique de nouvelles molécules anti-VHB applicables en thérapie chez l'homme, et aussi pour évaluer la capacité de réplication de variants détectés chez des patients porteurs chroniques su VHB

L’infection par le virus de l’hépatite B occulte, définie par la présence de l’ADN du VHB en l’absence d’AgHBs dans le sérum, a été retrouvée de manière fréquente dans les hépatites C chroniques. Afin de mieux cerner les mécanismes d’échappement du VHB occulte aux tests diagnostiques classiques et de déterminer les conséquences de cette co-infection sur l’évolution de l’hépatite C chronique, nous avons analysé, par des techniques moléculaires très sensibles développées au laboratoire, les sérums de 203 patients atteints d’hépatite C chroniques avant qu’ils ne soient traités. Les résultats de cette première étude ont montré que la prévalence des infections occultes chez les patients porteurs chroniques du VHC pourrait atteindre 20% en France et que la présence de l’infection à VHB occulte est associée à une mauvaise réponse au traitement ainsi qu’à l’aggravation des lésions hépatiques et à l’accélération de l’évolution vers l’hépatocarcinome. Afin de permettre la caractérisation moléculaire du VHB occulte, le génome entier a été amplifié, puis cloné et séquencé dans le cas particulier d’un patient VHC transplanté. L’analyse des différents clones n’a pas montré les mutations connues susceptibles d’expliquer l’absence de détection de l’AgHBs. Ces résultats suggèrent d’une part, l’implication d’autres facteurs dans la suppression de la réplication et l’altération de l’expression du VHB, d’autre part, l’importance des sites extrahépatiques dans l’infection à VHB occulte. Ces travaux soulignent la nécessité de développer de nouvelles approches diagnostiques et thérapeutiques dans la prise en charge du VHB occulte et particulièrement dans les co-infections avec le VHC
Occult Hepatitis B infection (HBV), defined by HBV DNA positivity in absence of HBsAg in the serum was found in 30% of hepatitis of unknown aetiology and frequently among HCV chronic carriers. In order to better understand how HBV escape to diagnosis tests and determine the consequences of this co-infection on HCV chronic infection, we analyzed by ultra sensitive molecular tests developed in the lab, serum samples from 203 HCV chronic carriers before any antiviral treatment. The results from this first study showed that occult HBV infection frequency could reach 20% in France and that occult HBV infection may worsen the course of HCV infection being associated to a bad response to antiviral therapy and aggravation of liver disease. In order to perform the molecular characterization of hepatitis B viruses in cases of occult HBV infections, the whole HBV genome was amplified by a new technique developed in the lab, named Rolling Cycle Amplification (RCA), cloned and sequenced in a HCV transplanted case. The analysis of the cloned sequences did not show the presence of any of the known mutations in the viral genome that may explain HBsAg negativity. Our results suggest, on one hand, the implication of other factors in the suppression of the HBV replication and altered expression of HBV, on the other hand, the importance of extra hepatic sites of HBV replication during occult HBV infections, since it was able to persist after liver transplantation. Our work emphasise the need to develop new diagnostic and therapeutic tools in the case of occult HBV infections especially during co-infection with HCV

La technique d'amplification de l'adn ou polymerase chain reaction (pcr) du fait de son extreme sensibilite a de multiples applications dans le domaine du diagnostic des infections virales et l'etude approfondie des phenomenes qui leur sont associees. Nous avons applique cette technique au diagnostic et au suivi des infections chroniques par le virus de l'hepatite b humaine (vhb) et montrer en particulier la persistance du virus apres traitement antiviral et meme apres seroconversion hbs/anti-hbs indiquant la guerison du malade. C'est cependant dans les infections atypiques ou toutes les autres techniques diagnostiques s'averent insuffisantes que la pcr est precieuse. Ainsi nous avons analyse l'hypothese de l'existence d'un agent responsable d'hepatite non-a, non-b post-transfusionnelle (hpt). Trois donneurs et 2 receveurs impliques dans deux cas d'hpt sans aucun marqueur serologique du vhb ont ete etudies. Des sequences d'adn et vhb ont pu etre identifiees dans le serum et les lymphocytes des donneurs et receveurs impliques. L'absence de changement significatif au niveau de ces sequences permet de supposer que la transmission simultanee du virus de l'hepatite c (vhc) demontree chez ces patients est a l'origine du caractere silencieux de ces infections par le vhb. Une des explications possible a la persistance du vhb dans ces infections atypiques est l'existence de virus non ou peu repliquant dans les cellules lymphoides. Nous avons donc analyser la capacite du vhb a se repliquer au sein des lymphocytes infectes et montrer la presence d'adn et d'arn viral dans ces cellules

En 1989, près de quinze ans après la mise en évidence d’une forme d’hépatite virale « non A-non B », le virus de l’hépatite C (VHC) a pu être isolé et son génome séquencé. En presque vingt ans, de nombreuses avancées techniques majeures ont permis de mieux comprendre le cycle de réplication de ce virus. Cependant, l’infection par ce virus représente actuellement la première indication de transplantation hépatique dans les pays industrialisés. On estime que 3% de la population mondiale est constituée de porteurs chroniques du VHC ; faisant de cette maladie un problème majeur de santé publique. De plus, même si des thérapies anti-virales sont disponibles pour enrayer la réplication du VHC, ces traitements ne sont vraiment efficaces que pour la moitié des patients traités. Malgré une recherche intensive, il n’existe toujours pas de vaccin préventif contre le VHC ayant fait la preuve définitive de son efficacité. La plupart des candidats vaccins en développement reposent sur l’utilisation de formes tronquées des protéines d’enveloppe du virus, constituant des immunogènes probablement moins pertinents que les formes complètes retrouvées sur l’enveloppe virale. L’objectif de ce travail de thèse a donc été de développer et de produire des particules dites sous-virales d’enveloppe constituées uniquement de l’enveloppe lipoprotéique du virus comme candidat vaccin potentiel contre le VHC, en exploitant les stratégies utilisées pour la production du vaccin contre le virus de l’hépatite B (VHB). En effet, le vaccin contre l’hépatite B repose sur la capacité de la petite protéine d’enveloppe S du VHB à générer spontanément des particules d’enveloppe vides sécrétées et non infectieuses. L’utilisation de ces particules comme vaccin a fait ses preuves depuis maintenant plus de vingt ans. Au cours de ce travail, nous avons dans un premier temps développé un modèle d’étude de la morphogenèse de ces particules sous-virales du VHB, basé sur la production de la protéine S du virus à l’aide d’un vecteur dérivé du génome du virus de la Forêt de Semliki (SFV). Ce modèle s’est avéré déterminant pour apporter des informations originales sur la morphogenèse et le trafic intracellulaire des particules sous-virales d’enveloppe du VHB. Nous avons pu montré que le bourgeonnement de ces particules au sein du réticulum endoplasmique (RE) se fait initialement sous forme de structures filamenteuses ; contrairement à ce qui était présumé dans le modèle couramment admis. Empaquetés et transportés vers un compartiment intermédiaire entre le RE et l’appareil de Golgi (ERGIC), ces filaments sont ensuite convertis en particules sphériques qui seront sécrétées. Dans un second temps, ce modèle nous a permis d’étudier les capacités d’assemblage en particules sous-virales d’enveloppe de différentes protéines chimères d’enveloppe VHC-VHB. Nous avons démontré que ces protéines de fusion, contenant la totalité de la protéine d’enveloppe E1 ou E2 du VHC, étaient capables de s’assembler puis d’être sécrétées sous forme particulaire lorsqu’elles étaient co-produites avec la protéine S sauvage du VHB. De telles particules, morphologiquement similaires à celles du vaccin contre l’hépatite B, pourraient donc constituer la base d’un vaccin prototype. Le système d’expression transitoire utilisé pour ces expériences ne permettant pas de produire ces particules en grande quantité, des clones cellulaires de la lignée CHO produisant de manière stable les particules d’enveloppe chimèriques ont été développés. Si comme nous l’espérons ce vaccin prototype donnait des résultats encourageants, sa production pourrait s’appuyer à terme sur les procédures industrielles existantes pour la production du vaccin contre le VHB, dans le but d’obtenir à grande échelle un vaccin protégeant à la fois contre l’hépatite B et l’hépatite C
N/a

Au cours de la derniere decennie deux facteurs principaux ont ete impliques dans l'etiopathogenie du cancer hepatocellulaire (chc) chez l'homme: le virus de l'hepatite b (vhb) et un carcinogene chimique l'aflatoxine b1 (afb1). Nous avons utilise le canard infecte par le virus de l'hepatite b du canard (dhbv), tres proche du vhb, pour etudier le mecanisme de l'oncogenese hepatique. Apres avoir demontre la presence du dhbv dans les populations des canards domestiques francais et de canards sauvages colvert, nous avons isole differentes souches de ce virus, compare leurs proprietes biologiques et recherche leur eventuel pouvoir oncogene. En administrant l'afb1 pendant deux ans a des canards, infectes ou non par dhbv, nous avons reussi a induire des chc dans ces deux groupes et montrer un effet synergique de l'afb1 et de l'infection virale dans l'oncogenese hepatique chez le canard. D'autre part, nous avons utilise le modele du canard pour l'etude du role de proteines pre-s, composantes d'enveloppe virale, dans la replication du dhbv. En transfectant in vivo les canetons avec l'adn du dhbv mute au niveau de la region pre-s, nous avons demontre que ce virus peut se repliquer en depit de deletions ou insertions portant sur un total de neuf aminoacides introduits dans la partie c terminale de la proteine pre-s. A l'aide d'anticorps monoclonaux murins, nous avons identifie et localise au niveau des proteines pre-s, un epitope neutralisant conserve chez les differentes souches du virus dhbv et localise a la surface du virus

La chimiothérapie actuelle du virus de l'immunodéficience humaine (vih) repose sur les inhibiteurs de deux enzymes clés du cycle de réplication du VIH : la Transcriptase Inverse (TI) et la Protéase. Les effets secondaires des drogues administrées, et les résistances virales observées tant pour les anti-TI que pour les anti-protéases risquent de remettre en cause, a moyen terme, les thérapies mettant en jeu ces classes d'inhibiteurs. Récemment, un cofacteur d'entrée du VIH dans la cellule a été mis en evidence (CXCR-4 pour les lymphocytes T, et CCR-5 dans le cas des macrophages), ce corecepteur est indispensable a la fusion des membranes entre le virus et la cellule cible. A partir de ces observations et de divers résultats publiés dans la littérature, nous avons conçu et synthétise un nouveau prototype moléculaire bipharmacophore. Une première classe de conjugues met en jeu un synthon mono-tetraazamacrocycle lie de façon covalente a un inhibiteur de la TI via un lien enzymolabile, une deuxième classe de conjugues a été synthétisée 0 partir d'un bis-tetraazamacrocycle. La synthèse des deux classes de conjugues a été possible grâce à l'application de schémas synthétiques originaux mettant en jeu la protection des fonctions amines et la fonctionnalisation regioselective du polyazamacrocycle. Les études de spectrométrie (RMN et Masse) ont permis d'élucider sans ambigüité les nouvelles structures. Les nouveaux compos2s ont été soumis a une évaluation antivirale (VIH et VHB) et compares aux nucléosides parents

L’infection par le VHB est endémique en Thaïlande. Malgré l’introduction des programmes de vaccination contre le VHB, la transmission périnatale reste une cause majeure d’infection chronique. Les objectifs de ce travail étaient d’identifier les mutants du VHB pouvant être associés à des échecs de vaccination, de diagnostic et de thérapeutique. Le travail présenté ici est divisé en trois parties. Dans une première partie, nous avons analysé la prévalence de la transmission périnatale du VHB dans une cohorte issue d’un protocole thérapeutique de prévention de la transmission materno-fœtale du VIH. Nous avons cherché à caractériser les mutants d’échappement à la vaccination contre le VHB. Parmi 3349 femmes enceintes séropositives pour le VIH, l’antigène (Ag) HBs était positif dans 7% des cas. L’Ag HBs était détectable à l’âge de 2 et 18 mois chez 11 enfants nés de mères porteuses chroniques. Les variants du VHB présents au sein de 9 de ces paires mère-enfant ont pu être étudiés après séquençage et clonage. Trois types de transmission du VHB ont pu être décrites ; i) transmission de variants non mutés par les mères présentant une charge virale VHB élevée ii) transmission d’un virus mutant minoritaire isolé chez la mère, et iii) transmission de mutants déjà présents à plus de 20% chez la mère. La capacité in vitro de ces mutants à échapper à la réponse neutralisante anti-HBs sera étudiée en utilisant un modèle de pseudo-particules portant les mutations identifiées
Thailand is an endemic area for chronic HBV infection. Despite implementation of HBV vaccination, perinatal HBV transmission remains a major cause of chronic infection. This study aimed at identifying HBV mutants that may be associated with vaccine failure, misdiagnosis of chronic HBV infection and antiviral treatment failure. The dissertation is divided in three parts. In the first part, we analyzed the prevalence of perinatal HBV transmission in a large HIV prevention cohort in Thailand and characterized the HBV vaccine escape mutants. Among 3,349 HIV-infected pregnant women, 7% were found HBsAg positive. Eleven children born to HBsAg-positive mother were found HBsAg-positive at 2–18 months of age. Complete series of samples were available for 9 mother-child pairs. Based on direct sequencing and cloning analysis, 3 patterns of transmission were observed : i) transmission of wild-type variants from mothers with high HBV DNA level, ii) transmission of maternal minor variant and iii) transmission of variants already present in maternal blood samples. The capacity of HBV variants to escape from anti-HBs neutralization in vitro will be further studied using HBV-pseudoviral particles harboring the characterized mutations

Un polyépitope du VIH-1 restreint à l'allèle HLA*A2. 01 et fusionné à l'AgHBs du VHB a été optimisé afin d'obtenir la production de particules pseudo-virales (VLP) in vitro et in vivo. L'immunisation ADN d'un modèle murin transgénique humanisé a permis de mettre en évidence l'induction d'une réponse T CD8+ sécrétrice d'IFN-γ et CTL spécifique du VIH-1, ainsi que la production d'Ac anti-VHB. Les avancées dans les biotechnologies végétales ont permis le développement de produits vaccinaux administrables oralement dirigés contre le VHB. Le gène codant pour la protéine de fusion a donc été intégré dans le génome nucléaire de Nicotiana tabacum et d'Arabidopsis thaliana. La caractérisation des plantes transgéniques nous a permis de montrer qu'il est possible d'exprimer stablement des VLP chimériques dans ces espèces végétales. Enfin, l'analyse des clones issus de la première génération sexuelle de tabac nous assure de la pérennité de l'intégration et de l'expression des VLP chimériques
A fusion protein formed by an HIV-1 polyepitope restricted to the HLA*A2. 01 allele combined to HBV HBsAg has been optimized to obtain virus like particles (VLP) production in vitro and in vivo. An expression plasmid of the fusion protein has been used for DNA vaccination of humanized transgenic mice. This immunization induced gamma interferon-producing CD8+ T cells and anti-HIV-1 cytotoxic T lymphocytes as well as anti-VHB antibody production. The new developments in plant biotechnology allowed the production in plant of vaccines against HBV that can be administrated by ingestion. In order to experiment this strategy for HIV-1, the fusion protein gene has been inserted into the genome of Nicotiana tabacum and Arabidopsis thaliana. We were able to show the stable expression of VLP in these plants. Finally, the analysis of the first generation of tobacco-plants obtained by sexual reproduction showed the conservation of the fusion protein gene as well as the VLP production

L'infection chronique par le VHB reste un problème de santé publique majeur, touchant 400 millions de personnes dans le monde. La présence d'anticorps spécifiques de la protéine « Hepatitis-B spliced-generated protein » (HBSP) chez 30% des porteurs chroniques du VHB a été associée à la sévérité de la fibrose hépatique, suggérant un rôle possible de la réponse immunitaire spécifique de HBSP dans la fibrogenèse. Nous avons identifié plusieurs épitopes dérivés de HBSP capables d'activer une réponse T CD8 chez des souris transgéniques pour les molécules HLA-A2 et HLA-B7 immunisées à l'aide de vecteurs codant pour HBSP. Nous avons ensuite montré que ces épitopes étaient également apprêtés et reconnus chez les porteurs chroniques du VHB. Nous recherchons actuellement les liens éventuels entre la réponse T spécifique de HBSP et la sévérité de la fibrose hépatique et/ou la réplication virale. Dans une deuxième partie, nous avons étudié la fonction auxiliaire de deux épitopes du VHB présentés par HLA-DR1. Le transport et l'apprêtement efficaces de ces épitopes grâce à la chaîne invariante de nos vecteurs a permis d'aider au développement d'une réponse T CD8 polyfonctionneîle spécifique de l'enveloppe virale. Les épitopes décrits ici sont de puissants activateurs des réponses T CD8 et/ou CD4. Leur utilisation au sein de vaccins polyépitopiques pourrait améliorer les réponses cellulaires activées par ces vaccins. De plus, l'identification de réponses T cellulaires spécifiques de HBSP corrélant avec l'évolution de la maladie hépatique, pourrait avoir un impact clinique notamment dans le développement d'un outil de diagnostique de la progression de la fibrose
Chronic HBV infection remains a Worldwide health problem, as 400 million people are chronic HBV-carriers. Detection of antibodies against the recently identified "Hepatitis B spliced-generated protein" (HBSP) in 30% of HBV chronic carriers has been related to the severity of fîbrosis. This suggests a possible role of HBSP-specific T cell immune response in fibrogenesis. We first studied the HBSP-specific T cell immune response in HLA-A2 and HLArB7:transgenic mice immunized with HBSP-encoding vectors. Several epitopes activated CD8 T cell responses in immunized mice. Then, we showed that these epitopes were efficiently processed and recognized by T cells from HBV chronic carriers. We are currently investigating the possible link of these immune responses with severe fibrosis and/or viral replication by exploring the HBSP-specific T cell immune response/in patients with different clinical settings. In a second part, we studied the helper potential of two HLA-DRl-restricted epitopes derived from HBV. Invariant chain of our vectors allowed efficient transport and processing of HLA-DR1 epitopes. These epitopes efficiently helped to develop a polyfunctional CD8 T cell response specific for HBV envelope. Ail the epitopes described here are strong activators of CD8 and/or CD4 T cell immune responses. They could be included in polyepitopic DNA vaccine constructs to increase the cellular responses primed by such vaccines. Moreover, if HBSP-specific T cell responses are correlated with outcome of disease, it could have a great clinical impact, for example to develop a diagnostic tool for fibrosis progression

Les tests de laboratoire basés sur des techniques de biologie moléculaire sont des outils inestimables pour le suivi des patients, en particulier dans le cadre de l’infectiologie. Dans ce contexte clinique, ils peuvent permettre d’établir un diagnostic, un pronostic ainsi que de déterminer la stratégie thérapeutique antivirale la plus adaptée. Les virus hautement variables tel que le virus de l’immunodéficience humaine (VIH), de l’hépatite B (VHB) et de l’hépatite C (VHC) sont présents sous forme de quasi-espèces au sein de leur environnement réplicatif. Lorsque des pressions de sélection s’exercent telle que l’administration d’un antiviral, une redistribution des variants majoritaires est fréquemment observée en variants mutés pour mieux s’adapter à cet environnement. Nos travaux ont permis, dans ce contexte, de valider l’impact clinique des mutations majoritaires mais aussi minoritaires grâce à la mise en œuvre de plusieurs techniques de séquençage (pyroséquençage, séquençage à haut débit et PCR en allèle spécifique). Nous avons également validé l’utilisation d’un logiciel simple, fiable et utilisable en routine par le clinicien pour l’interprétation clinique de la masse de données générées par le séquençage à haut débit. Enfin dans le contexte du test diagnostique, nous avons cliniquement validé sur une cohorte de patients infectés par le VHB, l’utilisation du papier buvard (Dried Blood Spot) comme support de prélèvement alternatif non invasif de diagnostic, en particulier pour les populations n’ayant pas accès aux structures classiques de soins et pour les pays en voie de développement
Molecular biology based assays are invaluable tools for the patients follow-up. They can help to establish the prognosis, guide for the treatment decisions and assess the virological response to therapy. Highly variable viruses like Human Immunodeficiency Virus (HIV), Hepatitis B Virus (HBV) and Hepatitis C virus (HCV) which have a quasispecies distribution. Selection pressure on viral replicative environment such as an antiviral drug treatment, generally lead to a redistribution of the viral quasispecies with an increasing of the best adapted viral mutant. Our work allowed in this context to validate the clinical impact of majority but also minority mutations through the implementation of several sequencing techniques (pyrosequencing, high-throughput sequencing and allele-specific PCR). We also validated the use of a simple, reliable and routinely software solution by clinician for clinical interpretation of the mass of data generated by high-throughput sequencing. Finally, in the context of the diagnostic testing, we clinically validated in a cohort of patients infected with HBV, use the Dried Blood Spot technique as a supporting noninvasive diagnostic alternative sampling, especially for populations that have no access to conventional health structures and developing countries

L’hépatite B est une maladie infectieuse grave et extrêmement contagieuse. Malgré l’existence d’un vaccin efficace plus de 240 millions de personnes souffrent d’une infection hépatique chronique et plus de 780 000 personnes meurent chaque année des conséquences aiguës ou chroniques de l’hépatite B. Les traitements actuels qui consistent en l’utilisation d’interféron et/ou d’inhibiteurs de la réplication virale sont encore insuffisants. De nouvelles thérapeutiques ciblant l’entrée virale sont en développement, notamment le Myrcludex B qui inhibe l’infection en empêchant l’entrée virale. Cependant, les mécanismes d’entrée du VHB dans l’hépatocyte sont encore mal connus. Récemment, l’identification du NTCP comme récepteur spécifique du VHB a permis de mieux comprendre le mécanisme d’attachement de ce virus. Ce récepteur constitue une nouvelle cible pour des antiviraux. C’est aussi un transporteur de sels biliaires fortement régulé par les cytokines pro-inflammatoires. Les objectifs de ce travail étaient : (i) d’étudier la fusion du VHB, étape cruciale de l’entrée d’un virus enveloppé, en établissant un modèle artificiel de fusion entre des particules virales purifiées et des liposomes, et (ii) d’étudier l’effet de l’interleukine 6 sur l’entrée virale. Nous n’avons pas pu mettre en évidence de fusion entre les particules virales et des liposomes suggérant l’incapacité de ce virus à fusionner avec une bicouche lipidique néanmoins il reste possible que des conditions particulières liées aux spécificités du VHB soient requises. Nos résultats ont également montré que l’interleukine 6 inhibait l’entrée virale en diminuant l’expression de NTCP
Hepatitis B is a severe and extremely contagious infectious disease. Despite an effective vaccine more than 240 million people are suffering from chronic infection and over 780 000 persons die each year from the consequences of acute and chronic hepatitis B. Current treatments consisting in the use of interferon and/or viral replication inhibitors are insufficient. New therapeutics targeting viral entry are in progress, such as Myrcludex B that has been shown to inhibit HBV infection by preventing HBV entry. However, the mechanism of HBV entry into hepatocytes is still poorly understood. Recently, the identification of NTCP as a specific HBV receptor allowed us to better understand the attachment of this virus. This receptor is now a target for antiviral molecules. It is also a carrier for bile salts known to be strongly regulated by pro inflammatory cytokines. The aims of our thesis were: (i) to study HBV entry by establishing an artificial model of fusion between purified viral particles and liposomes, and (ii) to study the interleukin 6 effect on viral entry. Our results with fusion assays suggest an absence of fusion in the entry process of this virus. However, fusion could require peculiar conditions related to HBV specificities. Our results also demonstrated that interleukin 6 inhibits virus entry by down-regulating NTCP expression

Actuellement un des besoins vaccinaux les plus importants est de trouver un moyen d'immunisation efficace et économique contre l'hépatite B et d'autres maladies touchant les pays en voie de développement. Les plantes transgéniques pourraient être une source alternative simple, efficace et bon marché des composants du vaccin, ne nécessitant pas un personnel médical hautement qualifié pour l'administration. Nous avons obtenu les plantes transgéniques du tabac contenant la séquence codant le petit antigène de surface du VHB-SHBsAg. Le niveau d'expression de SHBsAG a été vérifié par le test immunoenzymatique ELISA, et la capacité de former des pseudo-particules virales (VLPs) a été confirmée indirectement par western blot et directement par microscopie électronique à transmission. Les plantes caractérisées par un haut niveau d'expression de la protéine SHBsAg ont été lyophilisées et le matériel vaccinal obtenu a été utilisé pour l'immunisation orale de souris "humanisées" dans le but d'étudier une réponse spécifique cellulaire par stimulation des lymphocytes T CD8+ et de déterminer le niveau des lymphocytes Treg dans les ganglions lymphatiques et la rate, ainsi que la réponse humorale par l'analyse du niveau des anticorps sécrétés IgA (S-IgA), des IgA et IgC dans le sérum. Les plantes de tabac non transgéniques et les plantes SHBsAg choisies ont été utilisées pour la retransformation avec les vecteurs modifiés pCAMBIA contenant les séquences codant les protéines de fusion PE-SHBsAg composées du polyépitope du VIH-1 et de SHBsAg. Les données obtenues élargissent la connaissance sur l'utilisation des pseudo-particules virales du VHB comme porteurs d'épitopes du VIH-1 exprimant les protéines polyépitope-SHBsAg chez les plantes, sur la retransformation des plantes, et sur l'immunisation orale par le matériel vaccinal d'origine végétale
Currently one of the most important worldwide demands is to find a more efficacious, cost-effective and reliable method of mass immunization for hepatitis B and many other fatal diseases afflicting underdeveloped regions of the globe. Plants plants could potentially symplify, and thus lower, the cost of immunization and by obviating the need for needles and specialized medical staff. We obtained the transgenic tobacco plants expressing small hepatitis B antigen (SHBsAg). The production and structure of SHBsAg was measured by anti-SHBsAg ELISA, western blot and transmission electron microscopy. Transformants showing high SHBsAg expression were lyophilized and the immunogenicity of dried leaves containing SHBsAg was evaluated by measuring cellular and humoral responses. For the cellular response, we measured the activation of CD8 T cells and the presence of T regulatory cells (Tregs) in peripheral lymph nodes and spleen. The humoral response was evaluated by ELISA tests, measuring anti-SHBsAg IgGs in serum and anti-SHBsAg IgAs in faeces and serum. Non-transgenic tobacco plants and plants producing SHBsAg were used for genetic transformation with three different constructs containing an HIV polyepitope-SHBsAg fusion protein. These results brings new knowledge in the use of the Hepatitis B virus-like particles as carrier of an HIV-1 polyepitope in palnts, second genetic plant transformation and plant oral immunization

Le diagnostic et le suivi des infections par le VIH, VHB et VHC restent un défi dans les pays à faibles ressources qui sont par ailleurs les plus touchés. Il est urgent de pouvoir disposer d'outils de biologie simples, fiables et peu chers pour le contrôle de ces infections virales. Le défi est immense d'un point de vue clinique et politique de santé. L'objectif de ce travail de recherche effectué dans le cadre de la présente thèse est de développer et valider des stratégies et de nouveaux outils de biologie adaptés au diagnostic et au suivi des hépatites virales et de l'infection VIH dans les pays à ressources limitées. Dans un premier temps, nous avons investigué sur les résultats de sérologie VIH discordants, car en biologie et en pratique clinique, il est important d'établir le statut sérologique réel des personnes dépistées avec des résultats clairs pour une prise de décision adéquate à l'échelle individuelle. Dans ce travail, nous avons trouvé que les résultats discordants par l'algorithme de dépistage des femmes enceintes au Burkina Faso, étaient dans 94% des cas de faux positifs dus au test Determine™ HIV-1/2 et 4% de faux négatifs liés au test Genie II™ HIV-1/HIV-2. En matière de santé publique, les femmes présentant ce type de résultat peuvent être considérées comme séronégatives dans les centres où des investigations supplémentaires ne sont pas possibles, surtout dans les pays comme le Burkina Faso où la prévalence de l'infection est basse avec une faible diversité génétique. Dans un second temps, nous avons focalisé nos travaux sur la faisabilité d'une stratégie de dépistage qui combine la détection des trois infections (VIH, VHB et VHC) sur une seule carte DBS. Dans cette étude pilote, nous avons démontré que le DBS collecté en parallèle au test rapide VIH dans un centre de dépistage volontaire permet d'une part de faire la confirmation du VIH par immunoblot, et d'autre part de compléter par le diagnostic des hépatites B et C par ELISA suivi de western blot et PCR pour la confirmation pour le VHC. Cette stratégie peut servir de modèle pour promouvoir et vulgariser le dépistage des hépatites virales B et C dans les pays à ressources limitées. Le DBS peut servir de contrôle et de confirmation du diagnostic du VIH, VHB et VHC. Par la suite, nous avons évalué la performance de deux tests de 4ème génération immunoluminométriques (Elecsys® HIV Combi PT assay, Roche Diagnostics et Liaison® XL Murex HIV Ab/Ag test, DiaSorin) sur des échantillons séchés sur papier filtre en comparaison au test de diagnostic rapide et aux échantillons de sérum frais prélevés chez les patients en primo-infection VIH. Ces travaux ont clairement montré que les deux tests de 4ème génération réalisés sur papier filtre offrent de bonnes performances dans le diagnostic de la primo-infection par rapport aux tests de diagnostic rapide sur sérum frais. Cette méthode peut être utilisée pour détecter précocement le VIH chez les personnes difficiles à atteindre et les populations vivant dans des zones périphériques des pays à ressources limitées. Enfin, nous avons mis au point une technique de PCR en temps réel de détection et de quantification de l'ADN du VHB. A cet effet, nous sommes partis de deux PCR « maison » ciblant deux régions génomiques différentes (gène X pour la qPCR 1 et gène S pour la qPCR 2) en comparaison à un test commercial de charge virale (Cobas AmpliPrep/Cobas TaqMan HBV Test, version 2.0, Roche Diagnostics). La qPCR 2 avec un seuil de détection à 91 UI/ml (vs 104 UI/ml pour la qPCR 1) a montré une meilleure performance dans la quantification de l'ADN du VHB. Cette qPCR 2 peu chère est aujourd'hui produite sous forme de kit par une start-up appelée OMUNIS. Ce kit en développement fera l'objet d'une évaluation multicentrique en France, en Afrique et en Asie du Sud-Est à travers un réseau de laboratoires sous la promotion de l'ANRS
Diagnosis and management of hepatitis B, hepatitis C and HIV infections are a real challenge in middle and low-income countries. There is an urgent need for simple, reliable and inexpensive tools to control these infections in high prevalence sittings like Africa and Asia. The challenge is immense in clinical and public health policy hands. The main goal of this research work performed for our PhD is the development and validation of strategies and tools to diagnose and monitor HIV, HBV and HCV infections in resource-constrained countries. At a first step, we investigated the results of HIV discordant results, since it is important to establish the real HIV status of people tested with clear results for appropriate decision-making in biological and clinical practice. This work show that discordant results obtained in the algorithm of HIV screening among pregnant women in Burkina Faso, are false positive results in 94% of cases due to the Determine™ HIV-1/2 immunochromatographic test and false negative results in 4% of cases due to the Genie II ™ HIV-1 / HIV-2 test. In public health practice, women with this type of result can be considered as negative for HIV testing in centers where additional investigations are not possible, especially in countries like Burkina Faso with a low incidence and a low genetic diversity of HIV.In a second step, we focused our work on the feasibility of a screening strategy that detects HIV, HBV and HCV infections into a single card of DBS. In this pilot study, we demonstrated that DBS collected in parallel to HIV rapid testing in a voluntary counseling and testing center allows HIV confirmation using immunoblotting, and an additional testing by diagnosing HBV and HCV using ELISA followed by immunoblotting and PCR for HCV confirmation. This strategy can serve as a model to promote and scale-up the screening of HBV and HCV in resource-limited countries. DBS can be served as control and confirmation of HIV, HBV and HCV diagnosis. Furthermore, we evaluated the performance of two 4th generation chemiluminescent immunoassays (Elecsys HIV Combi PT assay, Roche Diagnostics and Liaison XL Murex HIV Ab/Ag test, DiaSorin) tested on filter paper samples in comparison to rapid diagnostic test and fresh serum samples from patients with acute HIV infection. These studies have clearly shown that the two 4th generation tests performed on filter paper offer good performance in terms of sensitivity for the diagnosis of HIV infection in its early phases compared with rapid diagnostic tests. This approach may be used in combination with HIV rapid tests in hard-to-reach individuals and populations living in remote areas of when an early HIV infection is suspected since rapid tests do not offer appropriate performance in this case.Finally, we developed a real-time PCR for HBV DNA detection and quantification. In this study, we evaluated two in-house PCR targeting two different regions of HBV genome (X gene for qPCR 1 and S gene for qPCR 2) in comparison with a commercial Roche HBV DNA test (Cobas AmpliPrep / Cobas TaqMan HBV Test, version 2.0, Roche Diagnostics) as a gold standard. The qPCR 2 with a low detection limit of 91 IU/ml (vs 104 IU/ml for 1 qPCR) showed a better performance in HBV DNA quantification. This inexpensive qPCR with best performance characteristics is producing by a start-up called OMUNIS. This kit will be evaluated in France, in Africa and in South and East Asia in a research study funded by ANRS (France REcherche Nord & sud Sida-hiv Hépatites)

La protéine HBx du virus de l'hépatite B (VHB) potentialise la survenue du carcinome hépatocellulaire (CHC). Cependant, les mécanismes par lesquels, HBx favorise l'instabilité génétique lors de la prolifération hépatique restent flous. La polyploïdisation hépatocytaire participe à la diversité génétique dans le foie. La modulation de la polyploïdie par l'HBx contribuerait-elle au développement de la maladie hépatique ? Ainsi, la polyploïdisation au cours du développement et de la maladie hépatique induite par le tétrachlorure de carbone ou le diéthylnitrosamine, a été évaluée dans les souris transgéniques FL-HBx (forme complète). Au cours du développement postnatal et dans la maladie hépatique, FL-HBx inhibe la binucléation hépatique au profit de noyaux polyploïdes (? 4n) par la dérégulation des transitions G1/S et G2/M, et l'accumulation d'ADN altérés. Une polyploïdisation similaire a été observé dans des souris avec un foie humanisé et infecté par le VHB. Dans les souris FL-HBx, l'initiation du CHC est associée à l'inactivation de ChK1, l'inhibition de Mre11, Rad51 et de l'apoptose, et à la surexpression d'IL-6 tandis que dans la fibrose, l'augmentation d'?-sma, PdgfR-?, TGF-?, TNF-? et la perte de l'expression de la glutamine synthétase ont été observées. De plus, les hépatocytes FL-HBx traitées présentent une prolifération anormale avec une forte expression de Ly6D, GpC3 et AFP. En conclusion, nos résultats montrent que par la surexpression de PLK1 via p38/ERK, FL-HBx induit une polyploïdisation pathologique du foie conduisant à la propagation d'ADN altérés et à l'apparition de marqueurs tumoraux au cours de la fibrose hépatique et de l'initiation du CHC
Hepatitis B virus X protein (HBx) is involved in the development of hepatocellular carcinoma (HCC). However, how HBx promotes genetic instability or DNA damage during liver proliferation remains unclear. For that, we used mice transgenic for the full-length HBx (FL-HBx) to investigated the impact of HBx expression on polyploidization during normal liver proliferation and in liver diseases (fibrosis : carbon tetrachloride and HCC : diethyl nitrosamine, treatments). During postnatal liver development as well as in liver diseases, FL-HBx inhibits liver binucleation and triggers early production of polyploid nuclei (≥ 4n). These features were associated with aberrant G1/S and G2/M transitions and the propagation of DNA damage. Furthermore, hepatitis B virus infection, in liver humanized mouse model, shows similar deregulation of hepatocytes polyploidization. In FL-HBx animals, HCC initiation was associated with impairment of ChK1 activation and Mre11 and Rad51 expression (DNA repair proteins), inhibited apoptosis and upregulated IL-6 transcription while in fibrosis, increased expression of α-sma, PdgfR-β, TGF-β, TNF-α as well as a defect in glutamine synthetase expression were observed. In addition, treated FL-HBx animals displayed marked alterations to the cell cycle associated with stronger expression of HCC progenitor cell markers (Ly6D, GpC3, AFP). Finally, we showed that FL-HBx protein induces pathological polyploidization of hepatocytes by upregulating PLK1 through p38/ERK Mapks pathways. That promotes a loss of genomic integrity and an increase of hepatocytes expressing tumor progenitor cell markers during liver fibrosis and HCC initiation

Le VHB est un problème majeur puisque les 350 millions de porteurs chroniques existant ont un risque accru de développer une cirrhose ou un carcinome hépatocellulaire. Compte tenu du manque de système d'étude du VHB in vitro qui soit facile d'accès et pleinement satisfaisant, l'objectif était d'améliorer l'un de ceux qui utilisent des baculovirus VHB recombinants pour délivrer le génome VHB dans des cellules hépatocytaires. La pertinence de ce système pour réaliser des tests phénotypiques et étudier le « fitness » des mutants résistants aux antiviraux a ensuite été démontrée. Enfin, l'utilisation de ces baculovirus VHB recombinants dans des cellules HepaRG a permis de mettre en évidence une réponse IFN efficace de l'hépatocyte suite à la synthèse des protéines du VHB. Ceci constitue une donnée nouvelle dans l'étude des interactions virus/cellules puisque le VHB était considéré jusqu'à présent comme un virus silencieux vis-à-vis de la réponse innée cellulaire. L'ensemble de ces résultats a des implications importantes dans la compréhension des mécanismes de persistance du VHB et le développement de nouveaux modèles cellulaires d'infection.

Le virus de l’hépatite B (VHB) utilise la machinerie transcriptionnelle nucléaire pour sa réplication. Le génome viral est transporté de la périphérie cellulaire à l’enveloppe nucléaire. Généralement, ce transport intracytoplasmique rétrograde est facilité par le réseau de Mt via l’utilisation du complexe moteur de la dynéine. Nous avons montré que le transport des capsides du VHB dépend des Mt, ce qui permet l’adressage des capsides aux complexes du pore nucléaire (NPC) ; lequel est requis pour l’étape de libération du génome de la capside dans le noyau.Dans cette étude, nous avons utilisé des capsides provenant de virus récupérés dans du surnageant de HepG2.2.15, qui contiennent le génome mature partiellement double brin (capsides matures), et des capsides exprimées chez E.coli. Ces dernières sont utilisées telles quelles, capsides E.coli contenant de l’ARN, ou bien sont utilisées pour préparer des capsides vides. Après microinjection dans des ovocytes de Xenopus laevis, nous avons observé que les capsides vides et les capsides matures sont transloquées aux NPC avec une cinétique similaire. Les capsides contenant de l’ARN ne sont pas identifiées aux NPCs ce qui implique que le transport des deux autres types de capsides est actif. Cela a été confirmé par la pré-injection d’anticorps anti tubuline qui neutralisent le transport assuré par les Mt.L’attachement spécifique des capsides matures et vides aux Mt a été confirmé en utilisant des Mt polymérisés in vitro, nous avons montré que cette interaction nécessitait des protéines cytosoliques. En utilisant des expériences de coïmmunoprécipitation et de cosédimentation nous avons identifié une chaîne légère de la dynéine (DynLL1 membre de la famille Lc8) comme partenaire des capsides. Dans les expériences de microinjection, la comicroinjection d’un excès de DynLL1 avec les capsides inhibe leur transport vers les NPCs, indiquant que DynLL1 est impliquée dans le transport actif des capsides.DynLL2 qui n’interagit pas avec les capsides diffère de DynLL1 de seulement six acides aminés. Par mutagénèse dirigée de DynLL1, nous avons montré l’implication de deux acides aminés dans l’interaction directe avec les capsides. Ces deux acides aminés sont présents à la surface du dimère de DynLL1 et absents dans le sillon résultant de la dimérisation de DynLL1, sillon impliqué dans l’interaction avec la DynIC. Nous avons partiellement reconstitué le complexe DynIC, DynLL1 et capsides vides qui doit en partie refléter la situation in vivo
Hepatitis B virus (HBV) needs the nuclear transcription machinery for replication. The virus thus depends on the transport of its genome from the cell periphery to the nuclear envelope. In general this retrograde intracytoplasmic trafficking is facilitated along Mt (MT) using motor protein complexes of the dynein family. As we showed earlier HBV capsid transport also depends upon intact MT in order to allow their arrival at the nuclear pores, which in turn is required for genome liberation from the capsid.In the analysis we used virus-derived HBV capsids obtained from the supernatant of HepG2.2.15, which contain the mature partially double-stranded DNA genome (mature capsids) and capsids expressed in E. coli. The latter were applied in two forms: as unspecific E. coli RNA- containing capsids and as empty capsids. Upon microinjection into Xenopus laevis oocytes we observed that mature and empty capsids were translocated to the nuclear pores with a similar kinetic. RNA-containing capsids failed to arrive at the pores implying that transport of the two other capsid types was active. Active translocation was confirmed by pre-injecting anti tubulin antibodies which interfere with MT-mediated translocation.In vitro reconstitution assays confirmed the specific attachment of mature and empty capsids to MTs and showed the need of further cytosolic proteins. Using pull-down and co-sedimentation experiments we identified one dynein light chain (DYNLL1, member of the Lc8 family) as interaction partner of the capsids. Injecting an excess of recombinant DYNLL1 with empty capsids into Xenopus laevis oocytes inhibited capsid transport to the nuclear pores indicating that DYNLL1 was only functional interaction partner implied in active transport.DNYLL2 did not interact with the capsids although differing from DYNLL1 by just six amino acids. Site directed mutagenesis of DYNLL1 revealed that two amino acids were critical for a direct interaction with the capsids. Both localized at the exterior of the DYNLL1 dimer and not in the groove of DYNLL1, which interacts with the dynein intermediate chain. Accordingly we could reconstitute a complex consisting of empty capsids, DYNLL1 and dynein intermediate chain as it should be in the in vivo situation

Ce travail comprend deux volets : l’appréciation du risque transfusionnel viral et son évolution ; la maîtrise de ce risque au travers d’une veille scientifique et technique. Le risque résiduel est établi selon un modèle mathématique utilisant des données observées sur la population des donneurs de sang (DS) français et sur l’histoire naturelle des infections concernées. La maîtrise du risque s’appuie sur (i) la surveillance de la diversité virale chez les DS, afin de prévenir des défaillances du dépistage, (ii) la vigilance sur les outils de dépistage (validation des techniques existantes ou nouvelles) et l’évaluation de la stratégie globale du dépistage, (iii) la veille sur les risques émergents. Le risque lié aux virus « majeurs » a atteint son niveau le plus bas grâce à l’action conjuguée de nombreuses mesures préventives. Son évolution montrant une tendance à la stabilisation, on peut s’interroger sur les actions spécifiques qui pourraient encore le réduire.

Les traitements actuels contre le virus de l’hépatite B (VHB) combinent un ou plusieurs analogues de nucléos(t)ides qui inhibent directement la réplication virale en bloquant l’étape de transcription inverse. Ces traitements très efficaces sont pourtant confrontés à l’émergence de virus résistants à ces traitements. Ces résistances sont la conséquence de l’émergence et la sélection de mutants parfois complexes présentant des mutations à la fois dans le gène de la polymérase (pol) et de l’enveloppe virale. Les objectifs principaux de ce doctorat ont été d’étudier la sensibilité des variants résistants du VHB vis-à-vis d’analogues de nucléos(t)ides et de nouveaux composés nonnucléos(t)idiques agissant contre la nucléocapside, mais également de comparer les performances virales de différents mutants afin de comprendre le processus de sélection des mutants qui s’opère chez le patient sous pression thérapeutique. Ces études ont caractérisé la sensibilité de certaines mutations de résistance aux analogues de nucléos(t)ides, de souligner l’importance des modifications de l’enveloppe dues aux mutations de résistance dans le processus d’émergence et de sélection des variants dans la quasi-espèce virale et d’identifier de nouvelles molécules antivirales efficaces permettant, en combinaison avec les analogues de nucléos(t)ide, de diminuer fortement les phénomènes de résistance du VHB. Mieux comprendre les phénomènes de résistance, les procédés d’émergence, de sélection et de transmission des mutants du VHB pour élaborer les meilleures stratégies cliniques de combinaisons thérapeutiques peut réduire considérablement le nombre de personnes touchées par ce virus
Current therapies against the hepatitis B virus (HBV) combine one or more nucleoside analogues that directly inhibit viral replication by blocking reverse transcription step. These treatments are very effective, however, faced with the emergence of viruses resistant to these treatments. These resistances are the result of the emergence and selection of mutants with mutations can be complex in both the polymerase gene (pol) and the viral envelope. The main objectives of this PhD was to study the sensitivity of resistant HBV variants vis-à-vis similar nucleos(t)ides and new compounds non-nucleos(t)idic acting against the nucleocapsid, but also compare the performance of different viral mutants to understand the process of selection of mutants that occurs in patients under therapeutic pressure. These studies have characterized the sensitivity of some resistance mutations to nucleoside analogues, to highlight the importance of the envelope changes due to resistance mutations in the process of emergence and selection of variants in the quasispecies virus and to identify new effective antiviral drugs may allow, in combination with nucleoside analogues, to greatly reduce the phenomenon of HBV resistance. Better understanding the phenomenon of resistance, the processes of emergence, selection and transmission of HBV mutants to develop the best clinical strategies of combination therapy can significantly reduce the number of people affected by this virus

L'infection par le virus de l'hépatite B (VHB) est un problème de santé publique majeur avec plus de 257 millions de porteurs chroniques dans le monde ayant un risque important de développer une cirrhose et/ou un hépatocarcinome. L'histoire naturelle de l'infection est très différente selon l'âge auquel l'infection est contractée. Alors que chez l'adulte l'infection est spontanément résolutive dans la majorité des cas, la contamination materno-infantile ou en bas âge aboutit le plus souvent à une infection chronique. Le cccDNA est la forme de persistance du génome viral dans les hépatocytes infectés et la base de transcription de tous les ARN viraux. La protéine virale HBx joue un rôle crucial dans le recrutement des facteurs épigénétiques sur le cccDNA et favorise son activité transcriptionnelle. Les traitements actuels à base d'interféron et d'analogues nucléos(t)idiques ne permettent pas l'éradication du cccDNA et leur interruption est presque toujours suivie d'une réactivation de la réplication du virus. De nouvelles molécules thérapeutiques ciblant le cccDNA sont donc nécessaires pour espérer obtenir une cure fonctionnelle chez les patients chroniquement infectés. Il existe des liens étroits entre l'infection par le VHB et le métabolisme des acides biliaires (AB). Ainsi, notre équipe a précédemment montré que le récepteur nucléaire des acides biliaires, le farnesoid X receptor alpha (FXRalpha) se fixe sur deux éléments de réponse présents dans la région Enhancer II - promoteur de Core du génome viral et module son activité transcriptionnelle. De plus, le VHB et les AB entrent en compétition pour le même récepteur d'entrée hépatocytaire NTCP, modifiant la concentration cellulaire des AB avec des conséquences sur la fonction et l'expression de FXRalpha. Enfin, HBx interagit avec FXRalphaet modifie son activité. Au cours de cette thèse nous avons dans un premier temps identifié une régulation réciproque existante entre la réplication du VHB et FXRalpha. Puis nous avons montré in vitro, dans des cellules HepaRG différenciées et des hépatocytes primaires humains, que FXRalphaest un facteur proviral pour le VHB et que les agonistes de FXRalpha inhibent l'expression de l'ensemble des marqueurs viraux de manière dépendante ou indépendante de la protéine virale HBx. Enfin, dans un modèle in vivo de souris C3H/HeN transduites par un vecteur recombinant AAV2/8-VHB, nous avons obtenu l'effet inhibiteur des agonistes de FXRalphamais uniquement chez les souris adultes et pas chez les souris jeunes. Compte tenu de l'évolution de la flore intestinale avec l'âge et de son importance dans le métabolisme des AB, ces résultats suggèrent que le fort taux d'évolution chronique chez les jeunes enfants pourrait être lié à l'immaturité du métabolisme des AB. La mise en évidence d'un lien entre microbiote, métabolisme des AB et infection par le VHB contribuerait grandement à une meilleure compréhension de l'histoire naturelle de cette infection. De plus, l'identification de FXRalphacomme un facteur de l'hôte favorisant l'infection et l'existence de molécules capables de moduler l'activité de FXRalphasuggèrent que FXRalphapourrait constituer une cible thérapeutique intéressante ciblant le cccDNA et permettant d'améliorer le traitement des patients infectés par le VHB
Hepatitis B virus (HBV) infection is a major global health problem with more than 257 million chronic carriers worldwide that remain at significant risk for developing cirrhosis and/or hepatocellular carcinoma. The natural history of infection is very different depending on the age at which the infection is contracted. Whereas in adults most HBV infections spontaneously resolve, in infants and young children they usually result in chronic infection. cccDNA is the molecular form of viral persistence in infected hepatocytes and serves as a transcription template for all viral RNAs. The viral protein HBx plays a crucial role in the recruitment of epigenetic factors to the cccDNA and promotes its transcriptional activity. Currently, interferon and nucleot(s)ide analogues are the first-line agents in the treatment of chronic hepatitis B without allowing eradication of cccDNA and their interruption are almost always followed by a reactivation of the replication of the virus. New therapeutic molecules targeting cccDNA are therefore needed to hope for a functional cure in chronically infected patients. HBV infection and bile acid (BA) metabolism are tightly linked. Therefore, our team has previously shown that the bile acid nuclear receptor, the farnesoid X receptor alpha (FXRalpha) bind to two response elements present in the Enhancer II - Core promoter region of HBV genome and modulate its transcriptional activity. Moreover, HBV and BA compete for the same entry receptor of hepatocytes NTCP and modify BA cell concentration with consequences on the function and expression of FXRalpha. Finally, HBx interacts with FXRalpha and modify its activity. During my PhD. we have first identified a reciprocal regulation between HBV replication and FXRalpha. Second, we have showed in vitro, in HepaRG differentiated cells and in primary human hepatocytes, that FXRalpha is a proviral factor for HBV and that FXRalpha agonists inhibit the expression of all HBV markers in a dependent or independent manner of the viral protein HBx. Finally, in an in vivo model of C3H/HeN mice transduced with a recombinant AAV2/8-HBV vector, we obtained the inhibitory effect of FXRalpha agonists but only in adult and not in young mice. Considering the evolution of the gut flora with age and its importance in the metabolism of BA, these results suggest that the high rate of chronic progression in young children might be related to the immaturity of BA metabolism. The identification of a link between BA metabolism, gut microbiome composition and evolution of HBV infection will represent a big step toward the understanding of HBV natural history. Moreover, the identification of FXRalpha as a proviral factor for HBV and the capacity of FXRalpha ligands to modulate the transcriptional activity of cccDNA suggest that FXR ligands might represent a new class of molecules with the aim to obtain functional cure for HBV infected patients

Le carcinome hépatocellulaire (HCC) est une tumeur de mauvais pronostic caractérisée, comme la plupart de cancers, par l'association paradoxale de télomères courts et d'une importante activité télomérase. Cette attrition télomérique joue un rôle central dans l'instabilité chromosomique à l'origine de la promotion et de l'évolution tumorale. Les premières causes d'HCC correspondent aux infections chroniques par les virus hépatotropes : virus de l'hépatite B (VHB) et virus de l'hépatite C (VHC). Dans une première étape nous avons disséqué les dérégulations télomériques dans les HCC et les cirrhoses liées au VHB, VHC ou encore à l'alcool. Nous avons observé que ces dérégulations sont acquises tôt, au stade prétumoral, et persistent au stade tumoral. Ces dérégulations sont spécifiques d'un carcinogène donné. Aux stades tardifs et tumoraux de l'infection par le VHB, les cellules hépatiques expriment fréquemment une protéine tronquée en partie C-terminale d'HBx ainsi que des formes réarrangées du gène PreS/S telle que PreS2. Dans une seconde étape nous avons trouvé qu'à l'opposé de la forme sauvage, HBx tronquée réprime hTERT, diminue l'activité télomérase, raccourcit les télomères, augmente la proportion de ponts anaphasiques et déclenche la sénescence de cellules primaires. Sachant qu'au stade tumoral les cellules transformées ré-expriment hTERT nous avons testé l'effet d'une coexpression de PreS2 et d'HBx tronquée et avons pu montrer que PreS2 contrecarrait l'effet répresseur d'HBx sur hTERT. Néanmoins de façon étonnante, PreS2 ne parvenait pas à rallonger les télomères en présence d'HBx tronquée. Les facteurs protégeant les télomères coopèrent avec la télomérase pour l'élongation et plusieurs de ces protéines sont par ailleurs impliquées dans la réparation des dommages à l'ADN. Nous avons trouvé qu'HBx tronquée modifiait spécifiquement l'expression de la plupart des protéines du télosome selon un patron connu pour inhiber l'effet de la télomérase. Nous avons montré que des dommages à l'ADN télomérique liés à l'incubation de cellules primaires avec la néocarcinostatine inhibaient l'élongation des télomères par hTERT. Ayant trouvé que PreS2 et HBx tronquée induisaient des dommages à l'ADN, nous proposons que cet effet explique l'impossibilité pour PreS2 d'allonger les télomères de cellules exprimant HBx tronquée
Among the numerous genetic defects that underly with hepatocarcinogenesis, telomere abnormalities seem to play a role both in tumor promotion and maintenance. Telomeres, the chromosome extremities, are protected by specific proteins, the Shelterin complex and by additional factors. Besides telomerase dysregulation, changes in the expression of these telomere factors have been observed in cancers. Herewe first tested the hypothesis that such dysregulations might occur in HCC with patterns depending onthe cause of HCC. For HBV-, HCV- and alcool-dependant HCC we found that telomeric dysregulations appear to be carcinogen-specific and occur early during the course of the disease and are persistent in the tumor. At the late stage of HBV-dependent disease and corresponding tumors, hepatocytes produce 3’ deleted mutants of HBx (3’DM HBx) but also a rearranged form of the PreS/S gene: PreS2. We then found that, unlike WT HBx, 3’ DM HBx repress hTERT transcription, decrease telomerase activity, shorten telomere length, increase anaphase bridges and trigger senescence in transfected primary cells. It’s well known that hTERT it re-expressed in tumors, so we tested PreS2 and 3’DM HBx transfection. We show that PreS2 counteracts 3’DM HBx effect on hTERT transcription and telomerase activity. However surprisingly PreS2 wasn’t able to elongate telomeres in 3’DM HBx expressing cells. Telomeric factors interact with telomerase allowing telomere elongation. Moreover many of these factors are implicated in DNA damage repair systems. We found that all Shelterin’s and some other telomeric factors’s expression in dyregulated in 3’DM HBx expressing cells. Moreover we show that neocarcinostatin dependent DNA damage in MRC5 primary cell prevent hTERT-based telomere elongation. Also finding that PreS2 and 3’DM induce DNA damage, we suggest that 3’DM HBx prevents PreS2 and hTERT- based telomere elongation

La densité des particules du virus de lhépatite C circulant dans le sang des patients infectés est très hétérogène. La densité très légère de certaines particules est liée à l'association du virus aux apoB lipoprotéines riches en triglycérides (TRL), formant une lipoprotéine hybride appelée lipo-viro-particule (LVP), contenant les glycoprotéines d'enveloppes virales E1 et E2, la capside et l'ARN viral. L'infectivité spécifique de ces particules légères est supérieure à celle des particules de plus forte densité. Le rôle des apolipoprotéines dans la synthèse et l'assemblage des particules virales est inconnu. Les cellules Caco-2 se différentient in vitro en enterocytes sécrétant de l'apoB dans des conditions particulières de culture. Après différentiation, les cellules exprimant E1 et E2 de manière stable sécrètent ces dernières de façon concomitante à la sécrétion des TRL. Elles sont détectées uniquement dans les fractions de densité contenant l'apoB et celle-ci peut être co-immunoprécipitée avec des anticorps anti-E2. Cette association avec l'apoB est aussi visualisée en microscopie électronique. La sécrétion de E1 et E2 est réduite lorsqu'on inhibe la production des TRL. E1 et E2 sont sécrétées en association avec les TRL aussi dans la lignée HepG2, mais pas dans les lignées d'hépatome Huh-7 et Huh-7. 5 qui s'avèrent déficientes dans l'assemblage des lipoprotéines. E1 et E2 ont donc la capacité intrinsèque d'utiliser la machinerie d'assemblage des lipoprotéines. Un modèle d'assemblage des LVP est proposé. Les particules produites par les Caco-2 sont capables de fusionner avec des liposomes de manière dose et pH dépendante, mais pas celles produites par les Huh-7. 5
The density of circulating hepatitis C virus particles in the blood of chronically infected patients is very heterogeneous. The very low density of some particles is linked to an association of the virus with apolipoprotein B (apoB) positive and triglyceride rich lipoproteins (TRL), resulting in hybrid lipoproteins known as lipo-viro-particles (LVP) containing the viral envelope glycoproteins E1 and E2, capsid and viral RNA. The specific infectivity of these particles has been shown to be higher than the infectivity of particles of higher density. The role of apolipoproteins in the synthesis and assembly of the viral particles is unknown? The intestinal Caco-2 cell line diferentiates in vitro into enterocyte in special conditions o culture. After one week of differentiation, Caco-2 cells stably expressing E1 and E2 secreted E1 and E2 concomitantly with TRL secretion. Secreted E1 and E2 were only detected in apoB containing density fractions. ApoB could be co-immunoprecipitated with E2-specific antibodies. ApoB and E2 association on TRL surface is also confirmed by immuno-gold labeling by using electron microscopy. E1 and E2 secretion was reduced by inhibiting the secretion of TRL. E1 and E2 were similary secreted in association with TRL from the human liver cell line HepG2 but not by Huh-7 and Huh-7. 5 hepatoma cells that proved deficient for lipoprotein assembly. E1 and E2 have thus the intrinsic capacity to utilize apoB synthesis and lipoprotein assembly machinery. A model for LVP assembly is proposed. The particles secreted by Caco-2 cells are able to fuse with liposomes in a dose and pH dependent way, whereas the particles secreted by Huh-7. 5 cells are not

L’hépatite B, causée par le virus de l’hépatite B (VHB), est responsable d’un à deux millions de morts chaque année dans le monde. Le VHB occasionne des lésions importantes au niveau du foie, pouvant amener à la cirrhose et au carcinome hépatocellulaire. Ce virus, de la famille des hepadnavirus, contient une capside formée de 240 copies d’une même protéine : la protéine core. Des biopsies de patients infectés par le VHB montrent que la protéine de capside se localise soit dans le noyau soit dans le cytoplasme des cellules infectées. On s’accorde à dire qu’une localisation majoritairement cytoplasmique est liée à une aggravation de la maladie. Nous avons observé que, dans des cellules HuH-7, la protéine core seule est nucléaire alors qu’en contexte viral, elle se localise dans le cytoplasme. Après avoir vérifié que nos observations ne sont pas dues aux conditions de culture des cellules, nous avons démontré que la relocalisation de core est due à des facteurs viraux : la polymérase virale grâce à son domaine TP ainsi que la Tige/Boucle  présente sur l’ARN prégénomique. La localisation de core est aussi influencée par l’état de phosphorylation de ses sérines 157, 170 et 172.Ainsi, nous avons pu montrer à quel point le trafic de core était complexe et qu’il était régulé par divers facteurs viraux et cellulaires. Ces travaux permettront une étude plus approfondie des régulations du trafic intracellulaire de la protéine core et ainsi de faire évoluer plus favorablement l’hépatite B chez les patients infectés
Hepatitis B is a liver inflammation caused by the Hepatitis B virus (HBV). It is responsible of one to two millions deaths per year in the world. HBV is the cause of important liver damages and may lead to cirrhosis and hepatocellular carcinoma.HBV is a member of hepadnaviral family. It has a capsid composed of 240 copies of the same protein: the core protein. In literature, patients’ biopsies showed that capsid is found either in the nucleus or in the cytoplasm or both compartments of hepatocytes. In general, a cytoplasmic localization is related to an advanced state of the disease.In our study, we observed that in HuH-7 cells, core protein alone has a nuclear localization, whereas in viral context it is essentially found in the cytoplasm. We verified that these observations were not due to culture conditions. Then, we demonstrated that the cytoplasmic localization of core was due to viral factors. The viral polymerase is implied by its TP domain. The second component is the viral pregenomic RNA, by its Epsilon stem loop structure. At last, core localization is also influenced by the phosphorylation state of its serines 157, 170 and 172.Thus, we demonstrated that the core protein traffic is very complex and regulated by different viral and cellular factors. This work will further study the regulation of intracellular trafficking of the core protein and allow a better outcome for the infected patients

L'épidémiologie des infections sexuellement transmissibles (IST) à Mayotte est peu documentée notamment chez les femmes enceintes (FE) et la connaissance des déterminants favorisants les IST sur l'île dans un contexte socio-économique et sanitaire très particulier est nécessaire. Les objectifs de ce travail étaient d'estimer les fréquences et facteurs de risque associées au VIH, au VHB, et à la syphilis, d'étudier la vaccination anti-VHB et de décrire les connaissances, attitudes, croyances et comportements liées aux VIH/SIDA-IST chez les FE. Une étude transversale prospective a été réalisée auprès de 671 FE suivies dans les centres de Protection Maternelle et Infantile (PMI) de Mayotte. Aucun cas de séropositivité au VIH n'a été observé. La prévalence de l'antigène HBs du VHB était de 3,4% et celle de la syphilis active était de 2,1%, mais la prévalence de l'infection au VHB et de la vaccination anti-VHB était respectivement de 35.5% et 18.6%. L'infection par le VHB était associée au lieu de naissance (Comores), à des facteurs comportementaux et à des antécédents d'IST. La syphilis était plutôt associée au manque d'éducation et aux antécédents d'IST. La vaccination anti-VHB était associée à des déterminants sociodémographiques. L'étude socio-comportementale a montré qu'il existe une bonne connaissance du VIH/SIDA-IST chez les FE malgré la pratique de certains comportements sexuels à risque. Ce travail a permis de dresser un état des lieux du VIH et des IST, et de leurs déterminants chez les femmes enceintes à Mayotte, et permettra la mise en place de méthodes de prévention adaptées à ce contexte
The epidemiology of sexually transmitted infections (STIs) is poorly documented in Mayotte especially among pregnant women (PW) and knowledge of determinants that increased STI in the island, and in this particular socio-economic and health situation, is needed. The objectives of this study were to estimate the frequency and risk factors associated with HIV, HBV, and syphilis, to study the HBV vaccination and describe the knowledge, attitudes, beliefs and behaviors related to HIV/AIDS-STIs in PW. A prospective cross-sectional study was conducted among 671 PW followed in Mayotte public prenatal clinic (Protection Maternelle et Infantile (PMI)) services. No case of HIV seropositivity was observed. The prevalence of HBsAg of HBV was 3.4% and of active syphilis was 2.1%, but the prevalence of HBV infection and HBV vaccination was respectively 35.5% and 18.6%. The HBV infection was associated with birthplace (Comoros), behavioral factors and history of STIs. Syphilis was rather associated with lack of education and history of STIs. The HBV vaccination was associated with sociodemographic determinants. The socio-behavioral study showed that there is a good knowledge of HIV/AIDS-STIs in PW despite the practice of some risky sexual behaviors. This work has helped to draw up an update of HIV and STIs, and their determinants among PW in Mayotte, and could lead to the development of prevention methods adapted to this context

Le virus de l'hépatite B (VHB) est un virus enveloppé composé d'un ADN partiellement double brin (ADNrc) contenu dans une capside icosahédrique. Le VHB est responsable d'infections aiguës et chroniques. VHB est non cytopathique mais l’inflammation chronique entraîne une fibrose hépatique, une cirrhose et un carcinome hépatocellulaire. Le VHB se réplique via un intermédiaire à ARN. La transcription nécessite que l'ADNrc soit convertit en un ADN circulaire clos de manière covalente (ADNccc). Cet ADNccc sert de matrice pour la transcription de l'ARN prégénomique (ARNpg), qui est spécifiquement encapsidé grâce aux interactions entre la polymérase virale, l'ARNpg et la protéine core (Cp) qui forme la capside. La polymérase rétrotranscrit l'ARNpg en ADN monocaténaire puis en ADNrc, conduisant à des matrices de capside matures (MatC). Cp avec 185 aa contient un domaine N-terminal structuré, et un domaine C-terminal (CTD) flexible. Le CTD comprend deux signaux de localisation nucléaire (NLS) et un domaine de liaison avec l’importin β (IBB). Le CTD est orienté vers l'intérieur de la capside de part son interaction avec les acides nucléiques simples brins tandis qu'il est exposé vers l'extérieur dans les capsides vides (EmpC) et les MatC. De plus Cp étant surexprimée, cela conduit à l'assemblage des EmpC. Le VHB doit délivrer son génome dans le noyau des cellules infectées pour sa réplication. Le transport nucléaire est médié par la capside qui interagit avec les récepteurs d'import. L’équipe a démontré préalablement que ce transport a besoin des récepteurs Importin α (Imp.α) et Importin β (Imp.β) en induisant le transport des capsides au panier nucléaire où elle est stoppée par l'interaction avec la nucléoporine 153 (Nup153). Nous avons démontré que l’Imp.α, mais pas l'Imp.β, se lie aux MatC suggérant que seule la partie du CTD qui contient les NLS est exposée à l’extérieur des MatC. En comparaison, nous avons analysé les EmpC en collaboration avec Adam Zlotnick (Université d'Indiana, États-Unis) et démontré que les EmpC sont capables de lier directement l'Imp.β. Cette interaction qui est plus forte que l’interaction avec l'Imp.α s'effectue via la reconnaissance du domaine IBB du CTD, ce qui implique une exposition totale du CTD à l'extérieur de la capside. Nous avons aussi montré que la liaison avec l'Imp.β à des concentrations très élevées fournit des forces de déstabilisation menant au désassemblage des EmpC. La libération du génome dans le panier nucléaire implique que l’interaction entre les MatC et Nup153 participe au désassemblage de la capside. Afin de valider cette hypothèse, nous avons exposé des MatC dont le génome est radiomarqué avec un fragment de Nup153 contenant le domaine clé, montré pour interagir avec la capside, en présence de nucléases. Nous avons mis en évidence qu'en présence de ce fragment, les MatC restent stables. Cela suggère la nécessité de facteurs cellulaires additionnels pour le désassemblage des MatC. Cette conclusion est conforme avec nos résultats sur noyaux isolés, dans lesquels nous avons observé une localisation nucléaire des capsides laissant supposer que les facteurs cellulaires nécessaires au désassemblage des MatC sont nucléaires. Afin d'étudier plus en détail l'étape de désassemblage et la libération du génome viral, nous avons mis au point un système permettant de suivre en temps réel le devenir du génome viral
The Hepatitis B Virus (HBV) is an enveloped virus containing a partially double stranded DNA genome (rcDNA). HBV causes acute and chronic infections. HBV is not cytotoxic but chronic inflammation leads to liver fibrosis, cirrhosis and hepatocellular carcinoma. HBV replicates via an RNA intermediate, which is transcribed from a covalently closed circular form of the viral DNA (cccDNA). This pregenomic RNA is specifically encapsidated into the capsid by interaction with the viral polymerase, which also interacts with the core protein (Cp), forming the capsid. The polymerase retrotranscribes the pregenomic RNA into single stranded DNA and subsequently partially double stranded DNA resulting in mature capsids (MatC). Cp is an 185 aa long polypeptide comprising a N-terminal assembly domain, and a flexible C-terminal domain (CTD). The CTD includes two overlapping nuclear localization signals (NLS) of eight aa and an Importin ß Binding Domain (IBB) of 34 aa. The CTD is fixed in the interior of the capsid by interacting with single stranded nucleic acids but translocates to the exterior in MatC and empty capsids (EmpC). Cp is over expressed leading to assembly of EmpC. The virus has to deliver its genome into the nucleus of infected cells for replication. Nuclear transport is mediated by the capsid that interacts with nuclear import receptors. The group has recently shown that MatC need either both, importin  (Imp.) and importin ß (Imp.ß), or Imp.ß alone for transport of the capsids into the nuclear basket. In this structure where genome liberation likely occurs, the transport of the capsid is arrested by interaction between the capsid and the nucleoporin Nup153. In the thesis we demonstrate that MatC binds to Imp.α but not Imp.ß, suggesting that only the part of the CTD, which contains the NLSs is exposed on capsids’ surface. In collaboration with the Adam Zlotnick (Indiana University, U.S.A.) we showed that EmpC, in contrast, bind Imp.β directly without Imp.α acting as an adaptor. This interaction, which is stronger than the one of Imp. occurs needs IBB exposure, meaning that the entire CTD becomes externalized. Furthermore, exposure to very high Imp.ß concentration led to EmpC destabilization. The genome release within the nuclear basket implies that Nup153 is involved in genome liberation from MatC. To verify this hypothesis we used MatC with a radioactively labeled genome, which were exposed to the capsid binding-Nup153 fragment. Investigating the accessibility of the genome to nucleases we found that the Nup153 fragment had no impact on capsids stability, suggesting the need of cellular factors driving disassembly. This conclusion is in agreement with our observation that MatC added to isolated nuclei resulted in nuclear capsid entry, which requires disassembly. To further study the disassembly step and the consequent release of the viral genome, we developed a system to directly visualize the viral genome allowing investigations of genome uncoating in real time. The system is based on the cooperative binding of a fluorescent fusion protein between the bacterial protein OR with GFP to a double stranded DNA sequence called Anch. Using this model we showed that infection of OR-GFP-expressing hepatoma cells with HBV containing a modified Anch genome allowed monitoring genome release into the nucleus. In future, this system may help identifying factors involved in genome release and repair and to decipher their molecular interactions

Les cellules NK sont des lymphocytes de l’immunité innée qui ont un rôle majeur dans le contrôle précoce des infections virales et dans l’immunosurveillance des tumeurs. Cependant, en cas de stimulation chronique, un état d’anergie, où les cellules NK n’exercent plus leur fonction a été mis en évidence. Les mécanismes conduisant à cette perte de fonction demeurent mal caractérisés et s’il s’agit d’une cause ou d’une conséquence de la chronicité n’est pas non plus déterminé. Cibler les cellules NK constitue une perspective thérapeutique de choix mais nécessite une meilleure compréhension de ces aspects. L’objectif de ce travail de thèse s’articule autour de trois points. Premièrement, nous avons généré un modèle tumoral murin sensible aux cellules NK permettant l’étude de la réponse anti-tumorale et l’établissement d’une stimulation chronique. Deuxièmement, l’utilisation de ce modèle a permis d’investiguer les mécanismes conduisant à la perte de fonctionnalité des cellules NK et de tester des stratégies de restauration. Enfin, nous avons mené une étude parallèle, chez l’homme, par analyse d’une cohorte de patients chroniquement infectés par le virus de l’Hépatite B dans le but de déterminer le phénotype des cellules NK et d’identifier les causes conduisant à leur perte de fonction dans ce contexte
NK cells are innate lymphocytes which play a crucial role in the early control of viral infection and in tumor immunosurveillance. However, a state of tolerance, where NK cells are poorly functional, occurs in the context of chronic stimulation. The mechanisms leading to this process remain poorly understood and whether this is a cause, or a consequence of chronicity is unknown. Targeting NK cells appears to be a potent therapeutic strategy but requires further investigation. With the lack of clarity in the field this work had three main objectives. First, we engineered a tumoral mouse model that was strongly immunogenic for NK cells and thus allowed us to study the anti-tumoral response of NK cells and to trigger chronic stimulation. Then, we used this model to investigate the mechanisms driving NK cell loss of function and to test potential therapeutic strategies to reverse this state. Finally, in the context of human chronic infection we analyzed samples from HBV infected patients in order to determine the phenotype, function and signaling capacity of NK cells to identify the drivers of NK cell dysfunction

Le carcinome hépatocellulaire (CHC) est la principale forme de cancer primitif du foie. Le CHC présente des variations d'incidence géographique qui reflètent les variations de prévalence des infections chroniques par les virus de l'hépatite B (VHB) et/ou C (VHC), ainsi que l'exposition alimentaire aux aflatoxines. Dans les régions de haute incidence, une mutation spécifique au le codon 249 du gène TP53 est très fréquemment détectée dans les CHC et a été proposée comme un marqueur moléculaire de l'exposition aux aflatoxines. La protéine mutée correspondante, p.R249S, interagit avec l'oncogène viral HBx, qui module la réplication virale, la prolifération et la survie cellulaire. Des séquences HBX sont détectables dans l'ADN génomique de plus de 80% des CHC liés au VHB. Nous avons étudié les associations de mutation R249S avec les caractéristiques moléculaires de HBX et la progression du CHC en utilisant des spécimens obtenus dans deux études cas-témoins développées Thaïlande et en Gambie. Nos résultats démontrent (1) que la mutation R249S est préférentiellement associée aux CHC qui se développent en l'absence de cirrhose hépatique préexistante ; (2) que la mutation est associée à la présence de polymorphismes dans l'intron 1 de TP53, suggérant l'influence de facteurs de susceptibilité génétique sur la formation des mutations ; (3) que la mutation est généralement associée à la rétention dans les cancers de séquences de HBX complètes. Ces résultats suggèrent que la protéine mutée p.R249S coopère avec HBx pour favoriser le développement de CHC sans cirrhose, et que la susceptibilité à la formation de cette mutation est influencée par la structure polymorphique de TP53
Hepatocellular carcinoma (HCC) is the main form of primary liver cancer. HCC presents geographical variations in incidence that reflect variations in the prevalence of chronic infections by hepatitis B virus (HBV) and / or C (HCV) and dietary exposure to aflatoxins. In areas of high incidence, a specific mutation at codon 249 of TP53 gene is frequently detected in HCC and has been proposed as a molecular hallmark of aflatoxin exposure. The corresponding mutated protein p.R249S, interacts with the viral oncogene HBx, which modulates viral replication, proliferation and cell survival. HBX sequences are detectable in the genomic DNA of more than 80% of HBVrelated HCC. We investigated the associations of mutation R249S with the molecular characteristics of HBX and progression of HCC using specimens obtained in two case-control studies developed in Thailand and in The Gambia. Our results demonstrate (1) that the mutation R249S is preferentially associated with HCC that develop in the absence of pre-existing liver cirrhosis, (2) that the mutation is associated with the presence of polymorphisms in intron 1 of TP53, suggesting influence of genetic susceptibility factors on the formation of mutations, (3) that the mutation is usually associated with the retention of cancers with complete HBX sequences. These results suggest that the mutated protein p.R249S cooperates with HBx to promote the development of HCC without cirrhosis, and that susceptibility to the formation of this mutation is influenced by the polymorphic structure of TP53

Introduction

La transfusion sanguine est un acte médical, qui a pour but d’apporter au malade du sang ou ses dérivés. Elle est le résultat d’une chaîne d’activités complexes au cours de laquelle interviennent différentes catégories de personnel médical et paramédical, par conséquent elle ne peut pas être considérée comme un acte anodin. Elle reste entachée de beaucoup de risques, qui peuvent être, de type infectieux, immunologiques, hémodynamiques et métaboliques.

Afin de lutter contre ces risques, la sécurité transfusionnelle (l’ensemble des mesures visant à éliminer les risques immunologiques et infectieux liés à la transfusion des produits sanguins a été définie par l’OMS qui de surcroit en a précisé les 3 composantes principales qui sont: a) la disponibilité du sang. b) l’innocuité du sang. c) l’utilisation judicieuse de produits sanguins labiles.

Notre travail s’est focalisé sur l’un de ces aspects à savoir l’innocuité du sang. En effet, tandis que les pays du Nord sont à la recherche des virus émergents et commencent à déclarer que les risques viraux sont de plus en plus maîtrisés, l’Afrique se trouve encore dans la phase d’implantation de politiques et stratégies de sécurité transfusionnelle sous l’impulsion de l’OMS .L’incidence des risques viraux globalement supérieures à celle des pays du Nord est différente d’un pays à un autre.

Le risque résiduel (qui est un risque qui subsiste après la réponse au risque ou après l'application de mesures d'atténuation du risque) viral transfusionnel peut être attribué à quatre facteurs :a) l’erreur technique la plupart du temps humaine ;b) un variant viral non reconnu par certains réactifs ;c) un don infectieux séronégatif chez un porteur chronique ;d) ou un don réalisé chez un sujet très récemment infecté (« fenêtre silencieuse »).

Hypothèses :

Les hypothèses émises pour ce travail étaient :

- La connaissance, les attitudes et les pratiques de la population générale, des donneurs de sang et des prestataires de soins ne sont pas adéquates vis-à-vis de la sécurité transfusionnelle.

- La sécurité transfusionnelle en RDC n’est pas suffisante associée à un taux élevé des dons familiaux, une prévalence élevée des marqueurs viraux, le risque résiduel de virus de VIH, VHB et VHC devrait être considérable.

Objectif :

Contribuer à l’amélioration de la transfusion sanguine en RD Congo en apportant des informations évidentes et actualisées, susceptibles de contribuer à la réduction de la morbidité liée aux maladies transmissibles par le sang.

Méthodologie

Ce travail regroupe huit études. Une première étude retrace l’historique de l’implantation des services de transfusion sanguine et les différents résultats obtenus. Les 3 études suivantes évaluent la connaissance, l’attitude et la pratique des différents intervenants (la population générale, les donneurs de sang et les prestataires de soins) de la chaine de la transfusion sanguine. Deux études se focalisent sur la séroprévalence des hépatites et l’estimation du risque résiduel des hépatites B, C et du VIH. Les deux dernières études ont porté sur les séroprévalences des hépatites B, C et du VIH chez les receveurs (femmes enceintes et enfants de 6-59 mois).

La première étude fut une synthèse des données des rapports annuels du Centre National de Transfusion Sanguine avec comme objectif de jeter un regard sur l’organisation du système transfusionnel et ses réalisations.

La deuxième étude était une étude transversale menée d’une manière aléatoire auprès de 416 personnes âgées de 18 à 65 ans, résidant dans les trois zones de santé de la ville de Bukavu à l’Est de la RDC. Elle avait comme objectif l’évaluation des connaissances, attitudes et pratiques en matière de don de sang dans la population générale.

La troisième étude transversale descriptive et analytique a concerné 595 donneurs de sang de la ville de Bukavu. Son objectif était d’évaluer les connaissances, attitudes, pratiques et comportements chez les donneurs de sang du Sud-Kivu et identifier les facteurs de risque des marqueurs viraux.

La quatrième étude qui était transversale, a porté sur tout le personnel des soins :médecins, infirmiers, sage femmes, agents de formation rapide en activité dans les services hospitaliers du Sud-Kivu. Elle a eu comme objectif l’évaluation des connaissances, attitudes et pratiques des prestataires en matière de transfusion sanguine, d’infections VIH et d’hépatites B et C dans la province du Sud-Kivu.

La cinquième étude fut celle de suivi de cohorte des donneurs de sang bénévoles et non rémunérés. Son objectif était d’évaluer la séroprévalence des hépatites B et C chez les donneurs de sang bénévoles et non rémunérés.

La sixième étude a consisté aussi à l’étude de cohorte de donneurs de sang bénévoles à Bukavu. Son l’objectif était de déterminer les taux d’incidences du VIH, AgHBs et VHC chez les donneurs bénévoles du sang et estimer le risque résiduel du VIH, AgHBs et VHC chez les donneurs de sang de Bukavu.

La septième étude était une étude transversale sur les femmes enceintes de la communauté de Maniema (RD Congo). Elle avait comme objectif de déterminer la prévalence de VHB, VHC et VIH chez la femme enceinte et identifier les facteurs de risque.

Enfin la huitième étude était aussi une étude transversale sur les enfants de 6 à 59 mois de la communauté de Maniema (RD Congo). Elle avait comme objectif de déterminer la prévalence de VHB, du VHC et du VIH chez les enfants de 6 à 59 mois et en déterminer les facteurs de risque.

Résultats

Le système transfusionnel en République Démocratique du Congo est en phase d’implantation. En douze ans, c'est-à-dire de 2 001 à 2 012, il y a eu 112 882 donneurs bénévoles de sang mobilisés, plus de 80 % de produits sanguins sécurisés et plus de 80% des besoins couverts. Par ailleurs 89 688 infections du VIH ont pu être évitées par la qualification systématique des produits sanguins. Pendant la même période, 8 461 personnes ont pu être formées en transfusion sanguine. Mais il y a eu surtout une régression des marqueurs viraux. C’est ainsi que pour le VIH la prévalence est passée de 4,7% à 2,1 % entre 2 001 et 2 012 tandis que l’hépatite B a connu une régression de 7,1% à 3,5% pendant la même période. Pour l’hépatite C, ce taux est passé de 11,8% à 2,3% entre 2 004 et 2 012.

Dans la population générale la pratique de don de sang est très peu connue, nos travaux ont montré que :61% de la population ne connaissaient pas la pratique de don de sang. Certains aspects (risque infectieux viral) de la sécurité transfusionnelle ne sont pas très connus par le premier maillon de la chaine transfusionnelle (donneur de sang) et les prestataires de soins. En effet les résultats de nos études ont montré que 23,5% de donneurs de sang avaient un bon score de connaissance sur les aspects de la sécurité transfusionnelle et 11,7% prestataires avaient un bon score de la connaissance et de la pratique sur la sécurité transfusionnelle. Notre travail a montré que la prévalence des trois virus chez les donneurs de sang est importante :dans une série la séroprévalence était pour le VHB de 4,8%, pour le VHC de 3,9% et pour le VIH de 1,6%. Dans une autre série la prévalence était de 4,2% et 3,8% respectivement pour les hépatites B et C tandis que la coïnfection VHB et VHC a été évaluée à 2,2%.

L’estimation du risque résiduel a montré que le risque résiduel est très élevé dans notre pays. Ce risque résiduel est de 1/1 515 dons pour le VIH soit 6 dons de sang sur 10 000 seraient séropositifs alors qu’ils étaient testés négatifs. Pour les hépatites B et C, le risque résiduel était de 1/329 pour le VHC et de 1/126 dons pour l’hépatite B. Pour 1 000 dons de sang testés au virus de l’hépatite B, 8 seraient séropositifs alors qu’ils avaient été déclarés négatifs au test. Pour le virus de l’hépatite C, ce sont 3 personnes pour 1 000 dons de sang.

Au niveau des principaux receveurs :la séroprévalence du VIH chez les femmes enceintes était de 4,1 %, mais elle était plus importante, 15,6%,chez les femmes enceintes qui avaient un antécédent de transfusion sanguine (OR =4,9 et p=0,02).La prévalence du VHB était de 5,9 % mais plus élevée chez la femme enceinte avec antécédent de transfusion (12,5%) et de tatouage (24,2%) et la prévalence du VHC était de 4,1% et plus élevée chez la femme avec antécédent de transfusion sanguine (12,5%).

Chez les enfants les résultats étaient les suivants :la prévalence du VHB observée dans notre étude était de 3,6%, mais cette prévalence était de 6,6% chez les enfants avec un antécédent de transfusion sanguine. Elle était de 5,7% chez les enfants dont la mère avait eu une transfusion sanguine lors de la grossesse. La prévalence du VHC était de 2,8%. Elle était plus élevée chez les enfants qui avaient un antécédent de transfusion (7,6%) et dont la mère avait un antécédent de transfusion sanguine (11,1%). La séroprévalence du VIH était de 3,7%. Une prévalence plus élevée du VIH était observée chez les enfants avec une histoire personnelle de transfusion sanguine (11,4%) et une histoire maternelle de transfusion (9,8%).

Conclusion

Les résultats de ce travail montrent que la sécurité transfusionnelle est précaire. Cette précarité se situe à plusieurs niveaux :au niveau des services ayant la transfusion en charge par suite d’insuffisance dans l’organisation et dans le financement. Ensuite au niveau des acteurs c.-à-d. la population générale et les institutions sanitaires, par l’insuffisance des notions de base de la sécurité transfusionnelle et de prévention des maladies virales transmissibles par le sang.

Les résultats de ce travail montrent que la séroprévalence des marqueurs du VIH, des hépatites B et C est importante et leur risque résiduel est considérable.

Il est utile de procéder au renforcement des capacités de tous les acteurs de la chaine transfusionnelle en appliquant certaines stratégies innovantes proposées dans ce travail (utilisation des sociologues, anthropologues dans les séances de sensibilisation de la population…), l’éducation de la population, des techniques éfficaces de dépistage afin d’espérer réduire le risque infectieux lié à la transfusion sanguine.

Doctorat en Sciences de la santé publique
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L'IRES du VHC est organisé en une structure secondaire, complexe et hautement conservée, qui comprend quatre domaines distincts (I-IV). Cette organisation permet la liaison directe du facteur d'initiation eucaryote eIF3 et de la sous-unité 40S du ribosome. Le facteur d'initiation eucaryote eIF3 est un complexe de 13 protéines (~ 800 kDa). Certaines de ses sous-unités montrent une affinité pour l'ARN, et parmi elles deux possèdent des motifs de reconnaissance à l'ARN (MRR) : eIF3b (aa : 185-268) et eIF3g (aa : 239-317). Afin de déterminer l'implication de ces motifs dans l'interaction ARN-protéine, nous avons cloné les domaines contenant ces motifs MRR, ainsi que les protéines entières eIF3b et eIF3g. Nous avons ensuite étudié l'interaction de l'ARN et/ou domaines d'ARN avec le complexe eIF3 et/ou protéines ou domaines protéiques en utilisant la méthode de rétention sur filtre. Nous avons ainsi calculé les différentes constantes apparentes de dissociation entre : eIF3/IRES, eIF3b/IRES et MRR-eIF3b/IRES. Ces résultats montrent que la sous-unité eIF3b se lie directement au domaine III de l'IRES via son motif MRR situé dans le domaine N-terminal. Dans un deuxième temps, nous avons utilisé la spectroscopie RMN pour identifier précisément les acides aminés impliqués dans la reconnaissance de l'ARN viral. En utilisant différentes techniques telles que FBA, RMN et SAXS, il s'avère que le domaine IIId (30 nucléotides) représente le motif minimum impliqué dans l'interaction MRR-eIF3b/IRES. Enfin, la technique de SAXS a été mise à profit pour étudier la structure tridimensionnelle de l'IRES libre en solution.

Le polymorphisme génétique du virus de l’hépatite B (VHB) a déjà été étudié pourtenter de comprendre les facteurs viraux influençant l'évolution de la maladie, mais les étudessont discordantes. Ceci peut être lié au fait que les précédents travaux n’ont été menés quedans des populations avec une faible variété de génotypes et présentant des charges viralesplasmatiques (CVP) élevées.Nous avons donc étudié la variabilité du génome complet du VHB chez 422 individusinfectés chroniquement, naïfs de traitements anti-viraux et dont 38% présentaient une CVPinférieure à 103 UI/mL. L’optimisation de l’amplification par PCR du génome complet duVHB nous a permis de séquencer en technique Sanger plus de 90% du génome pour 320échantillons. Le séquençage direct a mis en évidence des co-infections. Ceci a été confirmé enséquençage clonal par pyroséquençage de 27 échantillons qui a montré des proportions departicules défectives variables mais toujours en co-infections avec des sous-populationssauvages. Le génotypage des séquences obtenues par technique Sanger a montré une grandereprésentativité des génotypes les plus fréquents (A à E) ainsi que 60 potentiels recombinantsinter-génotypiques. Cependant le séquençage clonal par pyroséquençage et clonage vectorielclassique de ces derniers montre la présence de co-infections de plusieurs génotypes ou laprésence de génotypes intermédiaires entre génotypes proches. Ceci est en défaveur derecombinaison par échange de matériel génétique comme ce qui a été suggéré dans lalittérature.Cette étude sera complétée par l’analyse de corrélation entre les polymorphismes et lesmarqueurs de mauvaise évolution de la pathologie
The genetic polymorphism of hepatitis B virus (HBV) has been investigated tounderstand its impact on disease evolution, with discordant results. This could be due to thenarrow range of genotype and plasmatic viral load in these studies.We analysed complete genome variability of circulating HBV, in 422 chronicallyinfected patients. All were naive of anti-viral treatement and 38% had a plasmatic viral loadbelow 103 UI/mL. After optimisation of full length genome PCR amplification, we obtainedSanger sequences for more than 90% of HBV genome in 320 samples. We detected by directsequencing multiples co-infections that were confirmed by clonal pyrosequencing in 27samples. Defective viruses were always observed in co-infection with wild type virus. Directsequences showed a large representation of the most frequent genotypes (A to E), but also 60potential inter-genotypic recombinants. Clonal pyrosequencing and vectorial sequencingshowed that these potential recombinants were co-infections with different genotypes orintermediate genotypes located between close genotypes. These observations are incontradiction with the hypothesis described in the literature on recombination by geneticmaterial exchange.This study will be completed by a correlation analysis between the polymorphisms andmarkers of bad prognosis during HBV-induced disease

Les traitements actuels visant a inhiber la replication du virus de l'hepatite b (vhb) chez les patients chroniquement infectes, et ainsi a prevenir l'evolution des hepatites b chroniques vers l'hepatocarcinome, ont une efficacite insuffisante. Des donnees recentes suggerent que les approches immunotherapeutiques, et en particulier l'immunisation par adn nu ou vaccin genetique, pourraient etre particulierement interessantes pour le controle de l'infection chronique par le vhb. Cette nouvelle approche de vaccination est basee sur l'induction de puissantes reponses immunitaires par injection de l'adn exprimant une proteine antigenique virale. L'objectif de notre travail etait d'utiliser le modele du virus de l'hepatite b du canard (dhbv), etroitement apparente au vhb, afin d'evaluer l'efficacite de la vaccination genetique pour la protection et la therapie de l'hepatite b. Dans un premier temps, nous avons mis au point l'immunisation par adn nu de canards avec un plasmide codant pour la grande proteine d'enveloppe (l) du dhbv. Nos resultats montrent que l'immunisation d'animaux adultes non infectes avec ce plasmide induit une reponse humorale forte, specifique de la proteine l du dhbv, et capable de neutraliser le pouvoir infectieux du virus. De plus, les anticorps induits sont transmis verticalement de la cane immunisee aux canetons, via l'uf, et sont capables de les proteger contre une epreuve virulente par le dhbv. Dans un deuxieme temps, nous avons demontre que la combinaison de l'immunisation par adn avec la production d'anticorps dans les ufs permet d'obtenir rapidement des quantites tres importantes d'anticorps specifiques de l'enveloppe virale et neutralisants (brevet depose). De plus, l'immunisation d'animaux nouveau-nes par adn nu non seulement n'induit pas d'immunotolerance mais est egalement capable d'induire une reponse primaire memoire superieure a celle induite par l'immunisation avec une proteine recombinante. Enfin, l'immunotherapie par adn nu d'animaux chroniquement infectes par le dhbv induit une baisse de la replication virale chez tous les animaux traites, et meme dans quelques cas l'elimination de la forme d'adn viral superenroule intrahepatique responsable de la chronicite de l'infection. L'ensemble de ces resultats suggere que l'immunisation par adn pourrait representer la base de nouvelles approches protectrices et therapeutiques de l'infection par le vhb.

Les protéines d'enveloppe HBV bourgeonnent spontanément dans la lumière du RE, majoritairement sous la forme de particules sous virales vides. Dans de rares cas, elles recrutent la nucléocapside HBV, aboutissant à la formation de virions HBV. Ce mode de bourgeonnement profite à l'HDV, un virus défectif qui emprunte les protéines d'enveloppe HBV pour accomplir son cycle infectieux. Ces protéines, au nombre de trois, possèdent une extrémité C-terminale commune. La protéine S-AgHBs est formée du seul domaine S, la protéine M-AgHBs des domaine S et pre-S2, et L-AgHBs des domaines S, pre-S2, et pre-S1. S- et L-AgHBs sont requises pour la maturation d'HBV alors que S-HBsAg suffit à l'assemblage de virions HDV. Le domaine S contient quatre domaines transmembranaires qui délimitent deux boucles cytosoliques (BCY-I et -II) et une boucle disposée dans la lumière du RE, appelée boucle antigénique. Nous avons recherché, sur les BCY-I et -II, des déterminants de maturation et d'infectiosité HBV et HDV. Nos résultats montrent l'absence de déterminant dans la BCY-I. Par ailleurs, la BCY-II n'a pas de fonction à l'entrée virale. Nous avons ensuite étudié la région pre-S de L-AgHBs, qui porte le déterminant majeur d'entrée virale HBV et le domaine matrice de maturation HBV. Nous avons utilisé le modèle HDV pour cette étude. Nos résultats montrent que les déterminants d'infectiosité HDV dans la région pre-S sont confinés aux 75 premiers acides aminés, éliminant tout rôle du domaine matrice. Ces résultats vont dans le sens d'un mécanisme d'entrée virale commun pour les virions HBV et HDV
The HBV envelope proteins bud spontaneously at the ER membrane, mainly as subviral empty particles. In rare cases, the HBV nucleocapsid is recruited, leading to the formation of virions. This peculiar budding process is to the benefit of HDV, a defective virus that needs the HBV envelope proteins to complete its life cycle. Three envelope proteins are encoded by the HBV genome. They differ from each other by the size of their N-terminal extension. The S-HBsAg protein is made of the S domain only, M-HBsAg is made of the S and pre-S2 domains, and L-HBsAg is made of the pre-S1, pre-S2, and S domains. S- and L-HBsAg are required for HBV maturation. S-HBsAg is sufficient for HDV maturation. The S domain contains four transmembrane domains, two cytosolic loops (CYL-I and -II), and a loop located in the ER lumen. The first part of our work consisted in the identification of HBV and HDV infectivity and maturation determinants in CYL-I and -II. Our results show the absence of maturation and infectivity determinants for HBV and HDV in CYL-I. CYL-II does not contain any amino-acid indispensable for viral entry. The second part of our work consisted in a study of the L-HBsAg pre-S domain, which harbours the main HBV infectivity determinant. The pre-S domain also contains the matrix domain for HBV maturation, whose role at viral entry could not be tested in the HBV model. We used the HDV model to study this region. Our results show that HDV infectivity determinants are confined to the first 75 N-terminal amino-acids of pre-S1, excluding any role of the matrix domain in the infection process. These results are in favour of common infectivity determinants for HBV and HDV

Le virus de l'hépatites B (VHB) appartient à la famille des Hepadnaviridae caractérisés par leur génome à ADN, leur réplication par une transcriptase inverse et leur hépatotropisme. Ces virus sont à l'origine d'hépatites aiguës ou chroniques qui favorisent l’apparition de cirrhoses conduisant souvent vers le développement d'un carcinome hépatocellulaire. Malgré l'existence d'un vaccin efficace contre le VHB et l'utilisation de tests performants pour la détection de ce virus, l'infection par le VHB lors de transfusion sanguine demeure la transmission virale la plus importante. Ces tests ont été récemment remis en cause chez certains individus qui sont infectés par des variants du VHB qui se répliquent peu ou qui sont mutés dans différents gènes viraux et qui ne sont détectés par aucun des tests commerciaux de diagnostic utilisés en routine. Ces mutants particuliers ont été dénommés : "VHB cryptiques". Dans ce contexte, nos travaux ont permis de déterminer les particularités qui distinguent certains virus de l’hépatite B cryptiques des VHB sauvages et par quels moyens ces variants échappent aux tests classiques de dépistage du VHB. L’objectif de ce travail était d’amplifier, cloner et séquencer tout ou une partie de ces génomes viraux afin de les comparer avec des séquences de VHB sauvage et enfin analyser biologiquement ces génomes de VHB cryptiques. Dans un premier temps, nous avons comparé plus d’une centaine de fragment sous génomiques ou génomiques de ces virus. Nous avons pu observer que la charge virale sérique des VHB cryptiques est 100 à 1000 fois plus faible que pour les VHB sauvages. Des mutations importantes ont été aussi constatées au niveau du déterminant "a" de l'AgHBs qui est l’épitope principalement reconnu par les tests de diagnostic. Dans un deuxième temps, nous avons sélectionné 12 séquences ayant des mutations uniques ou rares au niveau de l’AgHBs parmi toutes celles étudiées. Elles ont été ensuite clonées dans un vecteur d’expression dans le but d’étudier la capacité des tests de détection à reconnaître ce type de mutation. Les résultats de cette étude montrent que la majorité des mutations analysées (75%) sont parfaitement détectées. On peut donc expliquer le défaut de reconnaissance des tests par un défaut de sensibilité plutôt qu’un défaut de spécificité. Notre dernière étude a consisté à amplifier et cloner les génomes entiers de VHB infectant un patient (X27). Nous avons montré l’existence d’une double population virale de génotypes différents (A et D). La population de génotype D est prédominante par rapport à la population de génotype A mais nous avons aussi établi l’obligation d’une complémentation entre ces deux populations qui ne pourraient exister seule chez un hôte. A terme, l’ensemble de nos travaux a pour but de mieux connaître les caractéristiques particulières de ces VHB cryptiques afin d’améliorer les tests de détection existants et permettre ainsi l'identification des individus porteurs de VHB cryptiques qui n'ont pas, ou n'ont pas encore, de signes cliniques d’une infection virale

Le virus de l'hepatite b (vhb) est responsable d'infections chroniques du foie pouvant evoluer vers l'hepatocarcinome. Les mecanismes impliques dans la pathogenese de la maladie font intervenir des facteurs de l'hote et viraux. La variabilite genetique du vhb joue un role dans toutes les etapes de la progression de la maladie. Cette etude aborde plusieurs aspects de cette variabilite genetique et de ses consequences sur la maladie. La vaccination de porteurs chroniques du vhb, par des proteines de l'enveloppe, entraine une diminution de la replication virale. Nous avons etudie son impact sur l'emergence de variants. Aucun mutant d'echappement, sur le determinant antigenique majeur de l'enveloppe, le determinant a, n'a ete mis en evidence apres comparaison de sequences avant et apres vaccinotherapie. Par contre, plusieurs mutations ont ete identifiees dans la sequence complete du gene de l'enveloppe. Cependant, ces mutations ne sont pas correlees a la reponse au traitement. L'arn viral, matrice de la replication, peut etre episse sur plusieurs sites. Les transcrits episses generent la formation de particules defectives circulantes, dont la plus frequente resulte de l'epissage entre les nucleotides 2447 et 489. Nous avons demontre que cette particule defective inhibe l'effet antiviral de l'interferon. Il resulte de la diminution de l'expression la proteine mxa, inductible par l'interferon , par la surexpression de la proteine de capside. Ce genome defectif est egalement capable de coder pour une nouvelle proteine du vhb, la proteine hbsp. In vivo, la proteine hbsp a ete detectee dans le foie de porteurs chroniques du vhb. De plus, des anticorps anti-hbsp ont ete retrouves dans 46% des serums testes. In vitro, l'expression ectopique de la proteine hbsp ne modifie pas la replication virale, mais module la viabilite cellulaire en induisant une apoptose, independante du cycle cellulaire. Ces travaux suggerent le role direct des particules defectives du vhb dans des mecanismes impliques dans la reponse a l'infection.

La repartition du virus de l'hepatite delta (vhd) et son association aux hepatites aigues, aux maladies hepatiques chroniques et au carcinome hepatocellulaire (chc) ont ete etudiees chez des sujets presentant des signes serologiques d'infection actuelle par le virus de l'hepatite b (vhb) en milieu maghrebin, en afrique noire et dans une population francaise tres exposee au vhb. Aucune positivite pour les anticorps anti-delta n'a ete retrouvee chez 66 enfants algerois presentant une hepatite aigue b ou apparentee (presence transitoire de marqueurs non conventionnels de vhb). En tunisie centrale, anti-delta etait retrouve, parmi les sujets positifs pour aghbs, chez 12/42 donneurs de sang, 16/26 cirrhotiques dans chc et 17/23 sujets atteints de chc. Parmi les 211 sujets porteurs d'aghbs originaires du mali et du senegal, 4 sujets etaient positifs pour anti-delta. Par contre, au senegal, ce marqueur etait retrouve chez 4/13 cirrhoses sans chc et 26/114 chc (22,8%) positifs pour aghbs. Au mozambique, l'etude a porte sur 227 sujets aghbs positifs (105 hepatites aigues, 20 cirrhoses sans chc, 102 chc); ces sujets etaient negatifs pour anti-delta a deux exceptions pres (1 cirrhose et 1chc). Seulement 1 des 28 homosexuels francais aghbs positifs testes pour anti-delta etait positif. Ces resultats montrent que la repartition de l'infection par le vhd presente d'importantes variations geographiques

Le carcinome hépatocellulaire (CHC) est le plus fréquent des tumeurs primitives du foie. La carcinogenèse hépatique est un processus complexe et multifactoriel qui fait intervenir à la fois des facteurs génétiques de prédisposition (e.g. les SNPs) et environnementaux. Près de 50% des CHC ont pour étiologie une infection par le virus de l'hépatite B (VHB). Au cours de cette infection, de multiples altérations génétiques et virales s'accumulent et favorisent le développement tumoral. Nous avons montré que les CHC liés au VHB présentaient des caractéristiques cliniques et pathologiques différents que ceux d’autres étiologies : 1). Les mutations inactivatrices d’HBx sont sélectionnées dans les tissus tumoraux des CHC liés au VHB, suggérant qu’il existe une pression de sélection spécifique au cours de l’hépatocarcinogenèse. 2). Chez les patients ayant un faible nombre de copies d'ADN VHB par cellule dans le foie non-tumoral, une corrélation avec les facteurs de risque supplémentaires (VHC/OH/NASH) a été identifiée, suggérant un effet coopératif pour la carcinogenèse induite par le VHB. 3). Les mutations TP53 sont associées à un pronostic moins favorable chez les patients ayant un CHC liés au VHB. 4). Les CHC liés au VHB montrent plus fréquemment des phénotypes progéniteurs, avec une surexpression des gènes impliqués dans la régulation du cycle cellulaire et codant pour les protéines onco-fœtales. Quatre SNPs précédemment identifiés par des études pangénomiques (GWAS) asiatiques ont été validés dans la population européenne. Les distributions alléliques semblent varier selon l’étiologie de la pathologie hépatique. Ces résultats soulignent la complexité de la prédisposition génétique au CHC, dont l’étude doit prendre en considération l’origine géographique des patients ainsi que les facteurs de risque associés
Hepatocellular carcinoma (HCC) is the most common primary liver tumors. Hepatic carcinogenesis is a complex and multifactorial process involving both genetic predisposition (e.g. SNPs) and environmental factors. Nearly 50% of HCC are caused by the hepatitis B virus (HBV) infection worldwide. During HBV infection, multiple genetic and viral alterations accumulate and promote tumor development. By analyzing resected HCC in France, we identified specific molecular features related to HBV infection. First, HBx inactivating mutations are selected in HCC tissues suggesting specific pressure of selection during hepatocarcinogenesis. Second, in patients with a low number of HBV DNA copies per liver cell, we identified additional risk factors like HCV infection, alcohol intake or NASH, suggesting a cooperative effect of these factors with HBV to induce the malignant transformation. Third, TP53 mutations associated with a poor prognostic for HBV infected resected HCC patients. At last, HBV-related tumors demonstrate more frequent progenitor phenotype compared to non-HBV HCC, with an up-regulation of genes that involved in cell cycle regulation and encoded onco-fetal/progenitor proteins. Four SNPs previously identified by genome-wide studies (GWAS) in Asian, have been validated in our European population. Allelic distributions seem to vary according to the etiologies of adjacent liver diseases. These findings underscore the complexity of the genetic predisposition of HCC; further study must consider the geographical origin of patients and associated risk factors

Contexte: Le carcinome hépatocellulaire (CHC) est la plus fréquent des tumeurs primitives du foie. Près de 50% des CHC sont causés par une infection par le virus de l'hépatite B (VHB). Au cours des différents stades de l’infection par le VHB, des multiples altérations génétiques et/ou chromosomiques s'accumulent et favorisent ainsi le développement tumoral. Objectives: a) étudier, in vitro et in vivo, le rôle potentiel d’un nouveau gène susceptible d’être impliqué dans la carcinogénèse hépatique : IRF-2 (Interferon regulatory factor 2). Ce gène a été identifié comme fréquemment délété par analyse CGH-SNP dans les CHC liés à l’infection par le VHB. b) caractériser une série de CHC liés au VHB en étudiant le statut viral, les altérations génétiques et l’expression de différents gènes afin de mieux comprendre le rôle du VHB dans l’hépato-carcinogenèse et comparer ces différents paramètres avec une série de CHC non liés au VHB. Résultats : a) Dans une série de 125 CHC, Sandrine Imbeaud, au sein du laboratoire, a effectué une analyse CGH-SNP microarray et a identifié une région commune de délétion homozygote localisée en 4q34.3-35 comprenant le gène IRF-2 dans 4 échantillons. Nous avons ensuite mis en évidence par séquençage des mutations somatiques inactivatrices dans 2 autres tumeurs. In vitro, la sousexpression d’IRF-2 a entrainé une augmentation de la prolifération cellulaire et sa sur-expression a induit une promotion de l'apoptose cellulaire. In vivo, l’extinction d’IRF-2 était responsable de la formation de tumeurs de grande taille. Les 6 tumeurs inactivées pour IRF-2 étaient associées au VHB (p = 0.0003), et les mutations de TP53 et d’IRF-2 étaient mutuellement exclusives. La sousexpression de IRF-2 induisait une sous-expression de TP53 et une forte corrélation entre les expressions protéiques de p53 et de IRF-2 a été observée (r2 = 0,72, p = 0,004). En plus, on a observé que l’expression des gènes cibles directs de TP53 était modulée par le niveau d‘expression d’IRF-2. Nous avons émise l'hypothèse que IRF-2 pourrait altérer la fonction de p53 car IRF-2 est connue pour se lier à MDM2, un régulateur négatif de l’expression de p53. Le traitement des cellules inactivées pour IRF-2 avec MG132, un inhibiteur du protéasome, a induit la restauration de l'expression de p53. In vivo, le traitement avec bortézomib, un inhibiteur du proteasome utilisé en oncologie, a entrainé une régression des tumeurs inactivées pour IRF-2. b) Nous avons caractérisé sur le plan clinique et moléculaire une série de CHC liés au VHB et, ensuite, nous avons comparé nos résultats avec ceux d’une série de CHC liés à autres étiologies. Nous avons montré que les CHC liés au VHB présentaient des caractéristiques cliniques et pathologiques différentes de celles des CHC non liés au VHB : ils survenaient chez des patients plus jeunes (P < 0.0001), d'origine Africaine ou Asiatique (P < 0.0001), avec un taux sérique d'alpha-foeto protéine élevé (P = 0.008) et étaient sur le plan histologique des tumeurs peu différenciés (P = 0.04). Nous avons identifié des mutations inactivatrices du gène HBX dans 71% des tumeurs et dans 33% des tissus non tumoraux adjacents (P < 0.0001). Dans 63% des cas, le nombre de copies virales dans les tumeurs était plus faible que dans les tissus non tumoraux adjacents (P < 0.0001). Le gène TP53 était le gène le plus fréquemment muté dans les CHC liés au VHB (41%, P = 0.0002), avec des mutations R249S présentes dans 14 échantillons (16%, p < 0.0001). Ce type de mutation est classiquement associé à l'aflatoxine B1. Nous avons observé que les mutations de TP53 étaient un prédicteur indépendant de survie uniquement pour les patients infectés par le VHB. Enfin,
Pas de résumé en anglais
Introduzione: Il carcinoma epatocellulare (HCC) è il tumore primitivo più comune del fegato. Nel mondo, quasi il 50% di tutti gli HCC sono causati dal virus dell'epatite B (HBV). Durante le fasi dell’ infezione da HBV, si possono accumulare alterazioni genetiche e / o cromosomiche e quindi promuovere lo sviluppo del tumore. Obiettivi: a) analizzare in vitro e in vivo il ruolo potenziale di un nuovo gene potenzialmente coinvolto nella carcinogenesi epatica: IRF-2 (Interferon regulatory factor 2). Questo gene è stato identificato mediante l’analisi CGH-SNP come frequentemente deleto negli HCC correlati all’ HBV. b) caratterizzare una cohorte di HCC correlati all’HBV studiandone lo stato virale, le alterazioni genetiche e l’espressione di differenti geni al fine di comprendere meglio il ruolo di HBV nella carcinogenesis epatocellulare e confrontare questi parametri con una cohorte di HCC a diversa eziologia. Risultati: a) In laboratorio, Sandrine Imbeaud ha condotto un'analisi SNP-CGH microarray su una cohorte di 125 HCC che ha evidenziato una regione deleta in maniera omozigote localizzata sul braccio lungo del cromosoma 4 (4q34.3-35) in 4 campioni tumorali. La regione comprende un unico gene: IRF2. In altri due campioni sono state identificate mutazioni somatiche inattivatrici mediante sequenziamento della regione codante di IRF-2. In vitro, la soppressione di IRF-2 ha indotto un aumento della proliferazione cellulare, al contrario, la sua sovra-espressione ha causato un aumento dell’apoptosi cellulare. In vivo, la soppressione di IRF-2 è responsabile della formazione di tumori più grandi nei topi nude. I 6 tumori mutati per IRF2 sono tutti correlati all’ HBV (p = 0,0003. Nella cohorte di tumori studiati, le mutazioni di TP53 e di IRF-2 erano vicendevolmente esclusive. Inoltre, la soppressione dell’espressione della proteina IRF-2 induceva una riduzione dell’espressione della proteina p53 ed una stretta correlazione tra l’espressione delle due proteine è stata osservata (r2 = 0,72, p = 0,004). Inoltre, abbiamo dimostrato che il livello di espressione di IRF-2 è in grado di modulare l'espressione di alcuni geni target di TP53. Abbiamo, quindi, ipotizzato che IRF2 possa alterare la funzione di p53. Come è noto IRF2 può legarsi a MDM2, un regolatore negativo di p53 che induce la sua degradazione proteasomica. Il trattamento di cellule inattivate per IRF2 con MG132, un inibitore del proteasoma, induceva il restauro dell’espressione di p53. In vivo, il trattamento con bortezomib, chemioterapico inibitore del proteasoma, ha determinato la regressione del tumore inattivato per IRF2. b) 86 HCC correlati all’HBV sono stati caratterizzati dal punto di vista clinico e molecolare ed in seguito sono stati confrontati una serie di 90 HCC correlati ad altre eziologie. Gli HCC correlati all’HBV hanno delle caratteristiche cliniche e patologiche diverse da quelle degli HCC d’altra eziologia: insorgenza in pazienti più giovani (p <0,0001), di origine africana o asiatica (P <0.0001), alfa-fetoproteina sierica elevata (P = 0.008) e scarsa differenziazione istologica (P = 0,04). Mutazioni inattivatrici del gene HBX sono state identificate nel 71% dei tumori e il 33% dei tessuti non tumorali adiacenti (P <0.0001). Nel 63% dei casi, il numero di copie virali nel tessuto tumorale era inferiore rispetto al tessuto non tumorale adiacente (p <0,0001). Il gene TP53 è stato il gene più frequentemente mutato nella serie di HCC correlati a HBV (41%, p = 0,0002), con una considerevole presenza di mutazioni al codone 249 (R249S) (16%, p <0,0001). Questo tipo di mutazione è associate classicamente all’ aflatossina B1. Abbiamo osservato, inoltre, che TP53 mutato era un predittore indipendente di sopravvivenza solo per i pazienti infetti da HBV. Infine,

Le virus de l’hépatite B (HBV) est un virus enveloppé à ADN. Sa nucléocapside est incluse dans une enveloppe composée de lipides et des protéines d’enveloppe virales dénommées grande (L), moyenne (M), et petite (S). Une caractéristique unique du cycle de réplication de l’HBV concerne le mécanisme d’assemblage des virions. Ces derniers sont produits en quantités mineures par rapport à l’abondante production de particules sous-virales (PSV) dépourvues de nucléocapside, que l’on retrouve en majorité dans un sérum infectieux. Les PSV sont constituées de lipides d’origine cellulaire et des protéines d’enveloppe HBV. Ces dernières assurent la dynamique d’assemblage des particules lipoprotéiques et recrutent la nucléocapside pour l’exporter sous forme de virions. Elles ont aussi la charge d’adresser les virions spécifiquement à la surface de la cellule cible, l’hépatocyte humain. Par ailleurs, les protéines d’enveloppe HBV peuvent également véhiculer la ribonucléoprotéine du virus de l’hépatite delta (HDV), un virus satellite occasionnel d’HBV dépourvu de système de propagation. Mon travail de thèse a consisté à étudier la fonction des protéines d’enveloppe HBV à l’entrée virale en utilisant le modèle HDV, et les cellules sensibles HepaRG. Il a permis de mettre en place un système sensible et fiable pour l’étude des fonctions des protéines d’enveloppe HBV à l’entrée virale. L’utilisation de ce système a permis de démontrer un rôle indispensable à l’entrée virale HDV du groupement myristate lié à la protéine L en son extrémité N-terminale. En outre, il a permis d’identifier, sur les protéines d’enveloppe, un nouveau déterminant d’infectiosité situé dans la boucle antigénique (BAG). Ce domaine constitue la cible principale des anticorps neutralisants, et il porte 8 résidus cystéine qui semblent jouer un rôle majeur à l’infection. La BAG porte donc un site actif à l’entrée virale qui pourrait faire l’objet d’un ciblage spécifique par de nouveaux antiviraux.

Le VHB est un problème majeur puisque les 350 millions de porteurs chroniques existant ont un risque accru de développer une cirrhose ou un carcinome hépatocellulaire. Compte tenu du manque de système d'étude du VHB in vitro qui soit facile d'accès et pleinement satisfaisant, l'objectif était d'améliorer l'un de ceux qui utilisent des baculovirus VHB recombinants pour délivrer le génome VHB dans des cellules hépatocytaires. La pertinence de ce système pour réaliser des tests phénotypiques et étudier le « fitness » des mutants résistants aux antiviraux a ensuite été démontrée. Enfin, l'utilisation de ces baculovirus VHB recombinants dans des cellules HepaRG a permis de mettre en évidence une réponse IFN efficace de l'hépatocyte suite à la synthèse des protéines du VHB. Ceci constitue une donnée nouvelle dans l'étude des interactions virus/cellules puisque le VHB était considéré jusqu'à présent comme un virus silencieux vis-à-vis de la réponse innée cellulaire. L'ensemble de ces résultats a des implications importantes dans la compréhension des mécanismes de persistance du VHB et le développement de nouveaux modèles cellulaires d'infection
HBV is a major problem issue since the 400 million existing chronic carriers have greater risk to develop cirrhosis or hepatocellular carcinoma. Because of the lack of relevant and convenient in vitro HBV studying model, the aim was to improve the one that uses HBV recombinant baculoviruses to deliver HBV genome in hepatocytes. Relevance of this improved system was then demonstrated for phenotypic and resistant mutant fitness analysis. Finally, with the use of HBV recombinant baculovirus in HepaRG cells, an HBV-mediated effective IFN response within cells was highlighted. This constitutes new data in the study of virus/host cell interaction since HBV was considered as a “stealth” virus until now. Taken together, these results have important implications in the comprehension HBV persistence mechanisms and in the development of new cellular models of infection

L'hépatite B est encore, à ce jour, responsable de l'apparition de nombreux hépatocarcinomes. Ces derniers sont le résultat de l'hépatite chronique, caractérisée par le maintien du virus dans l'organisme. Dans le but de comprendre quel(s) mécanisme(s) est(sont) responsable(s) du développement de la chronicité, nous avons axé nos recherches sur une protéine semblant jouer un rôle dans l'établissement de la persistance virale : l'antigène " e " du VHB (HBe). Néanmoins, les mécanismes mis en jeu sont encore obscurs. A l'inverse de son rôle, la voie de biosynthèse d'HBe a été bien décrite. HBe est issue de la maturation du précurseur P25, dans la voie de sécrétion. Notre laboratoire s'est plus particulièrement intéressé au rôle de l'un des précurseurs de HBe, la protéine P22. Nous avons montré que P22 interagit spécifiquement avec une protéine cellulaire de 32 kDa, nommée PAP22 pour Protéine Associée à P22, non identifiée au début de ces travaux de thèse. Grâce à la mise au point d'un système 'interaction in vitro basé sur la sur-expression d'une protéine P22 recombinante, nous avons identifié PAP22 comme étant la protéine cellulaire gC1qR. Les études bibliographiques ont montré que gC1qR est impliquée dans différents mécanismes allant de l'épissage, à l'apoptose en passant par la régulation de la réponse immunitaire. Nous avons élaboré et testé des hypothèses quant à l'implication du complexe P22/gC1qR dans l'établissement de la persistance virale via un contrôle du niveau apoptotique cellulaire. Ainsi, nous avons démontré que ce complexe peut agir sur l'épissage de l'ARN prégénomique du VHB et ainsi contrôler la synthèse d'une protéine virale pro-apoptotique nommée HBSP. De plus, nous avons montré que gC1qR peut contrôler le niveau apoptotique cellulaire et que ce contrôle peut être régulé par la présence de la protéine P22 Ces travaux de thèse permettent d'ouvrir une nouvelle voie d'étude du rôle de l'antigène HBe, en mettant en évidence un rôle plus important de la protéine P22, que celui de simple précurseur
The HBV virus responsible for hepatitis B is still a worldwide health issue. Its ability to stay as an episome in infected cells is responsible for chronicity, which can lead to hepatocarcinoma and cirrhosis. We focused our research on the HBe antigen of HBV, which seems implicated in viral persistence. Hbe is a cleavage product of the p22 protein. We have show a specific interaction between P22 and 32kDa cellular protein we named PAP for protein associated to P22. Using an in vitro interaction assay based on over expressing recombinant P, we identified PAP22 as gClqR. Bibliographical data indicate roles of PAP22 in spicing, apoptosis and the immune response. We could demonstrate a rôle of the P22/gC1qR complex into the HBV pre-genome spicing, which, therefore, implies a control of the pro-apoptotic HBSP protein by P22/gC1qR. Moreove, we have shown thet gClqR regulates apoptosis in a p22-sensitive manner. Our data suggest a possible role of this complex in allowing viral persistence through a tight control of apoptosis. This work opens new avenues in studying HBe functions by demonstrating specific functions of P22 thet are independent from its precursor role

Le mécanisme de bourgeonnement du virus de l'hépatite B (HBV) repose entièrement sur ses protéines d'enveloppe. Celles-ci s'oligomérisent et bourgeonnent spontanément dans la lumière du réticulum endoplasmique (RE), essentiellement sous la forme de particules sous-virales vides, sécrétées en abondance par une cellule infectée. Occasionnellement, les protéines d'enveloppe recrutent la nucléocapside HBV et conduisent à la formation de virions complets, ou particules de Dane. Ce mode de bourgeonnement atypique est parasité par les ribonucléoprotéines du virus de l'hépatite delta (HDV), qui s'associent aux protéines d'enveloppe et sont sécrétées sous la forme de virions HDV. Les protéines d'enveloppent HBV sont au nombre de trois : la petite, S-AgHBs, la moyenne, M-AgHBs et la grande, L-AgHBs. Elles partagent un domaine C-terminal commun et diffèrent par la taille de leur extrémité N-teminale. La protéine S est constituée du seul domaine S, la protéine M des domaines S et preS2 et la protéine L-AgHBs, des domaines S, preS2 et preSl. La protéine S-AgHBs est le moteur du bourgeonnement des particules HBV et HDV. C'est une protéine intégrale synthétisée à la membrane du RE. Son domaine N-terminal contient deux domaines transmembranaires délimitant une boucle cytosolique et une boucle antigénique (BAG), présentée à la surface des virus. Sa partie C-terminale est très hydrophobe et prédite comme membranaire. Par ailleurs, deux déterminants d'infectiosité ont été identifiés sur preSl et la BAG. La première partie de nos travaux a consisté à caractériser le mode de fonctionnement des deux déterminants d'infectiosité. Nos résultats sont en faveur d'un fonctionnement indépendant de preSl et de la BAG à l'entrée virale. De plus, le rôle de la BAG nécessiterait la coordination de nombreuses protéines de surface alors que seulement quelques domaines preSl sont suffisants à l'infection. Finalement, le mode de fonctionnement de preSl semble reposer sur une coopération allostérique des différents sous-éléments qu'il contient. La deuxième partie de nos travaux a consisté à préciser la topologie du domaine C-terminal de la protéine S-AgHBs de manière à caractériser plus précisément son rôle dans la morphogénèse HBV et HDV. Cette région s'associerait aux membranes cellulaires vraisemblablement par les domaines 154-174 et 202-226. Les résidus 202-226 sont très hydrophobes et pourrait participer, avec la région 71-102, à la dimérisation des protéines de surface. La région 154-174 est probablement organisée en hélice amphiphile positionnée parallèlement aux membranes ; elle pourrait participer au recrutement du cholestérol. Enfin, les résidus 193-204 serait cytoplasmiques, en accord avec leur fonction dans le recrutement de la ribonucléoprotéine HDV
The budding mechanism of the Hepatitis B Virus (HBV) is entirely dépendent on its envelope proteins. These proteins form oligomers and spontaneously bud into the lumen of the endoplasmic réticulum (ER), mainly as empty subviral particles that are secreted in large quantities by infected cells. The envelope proteins occasionally recruit HBV nucleocapsids leading to the formation of complete virions also called Dane particles. Ribonucleoproteins of the Hepatitis Delta Virus (HDV) take advantage of this unusal budding mechanism: they bind to the envelope proteins and are secreted as HDV virions. There are three HBV envelope proteins: the small protein S-AgHBs, the medium protein M-AgHBs, and the large protein L-AgHBs. They share a common C-terminal domain but the size of their N-terminal domains differs. The S protein contains only the S domain, while the M and the L proteins consist respectively of the S and preS2 domains, and the S, preS2, and preSl domains. The S-AgHBs protein drives HBV and HDV budding. This integral protein is synthesized at the ER membrane. Its N-terminal region contains two transmembrane domains forming a first cytosolic loop and an antigenic loop (AGL) that is presented at the surface of the viruses. Its C-terminal domain is highly hydrophobic and predicted as a membrane domain. In addition two infectivity determinants have been identified on the preSl domain and the AGL. First our study aimed at characterizing the mechanism of action of the two infectivity determinants. Our results indicate that these determinants are functionaly independant at viral entry. The role of the AGL may require the intervention of many surface proteins while only a few domains of preSl are sufficient for infection. Finally, the mode of action of the preSl domain seems to be mediated by an allosteric cooperation of its sub-elements. The second part of our study aimed at specifying the topology of the C-terminal domain of the S-AgHBs protein in order to further characterize its role in HBV et HDV morphogenesis. This region most likely associates with cellular membranes through the 154-174 and 202-226 domains. The 202-226 residues are highly hydrophobic and may be implicated, together with the 71-102 region, in the surface proteins dimerization. The 154-174 region is presumably organized as an amphipathic helix, which is parallel to membranes. It may participate in cholesterol recruitment. Lastly, residues 193-204 may be exposed cytoplasm in agreement their role in HDV ribonucleoprotein recruitment