Academic literature on the topic 'Virus de l'immunodéfience humaine de type 1 (VIH-1)'

L'interférence ARN (RNAi) est depuis peu considérée comme un mécanisme de défense antivirale chez de nombreux organismes. Chez les vertébrés, ce mécanisme met en jeu une nouvelle famille de petits ARN non codant régulateurs de l'expression génique appelés micro(mi)RNA. Ces miRNA sont produits dans le noyau sous la forme de transcrits longs qui sont successivement clivés par une RNase appelée Drosha, exportés dans le cytoplasme grâce à l'Exportine-5, puis clivés en miRNA double brin par une autre RNase appelée Dicer. L'un des brins est incorporé dans un complexe appelé RISC (RNA-induced silencing complex), où il sert de guide et permet de cibler et de bloquer spécifiquement la traduction ou d'induire la dégradation d'ARN messagers (ARNm) partiellement complémentaires. Durant ma thèse, j'ai étudié l'implication du RNAi et des miRNA dans l'infection par le virus de l'immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1). Mes résultats indiquent notamment que les protéines Dicer et Drosha sont des répresseurs de l'infection par le VIH-1 ; que l'infection s'accompagne d'une dérégulation de l'expression de plusieurs miRNA cellulaires ; que parmi ces miRNA, les miR-17-5p et 20a ciblent l'ARNm de PCAF (p300/CBP-associated factor), une protéine impliquée dans la régulation de l'expression des gènes du VIH-1. Ces résultats indiquent que la voie des miRNA et certains miRNA interfèrent avec la réplication du VIH-1. Cette étude ouvre de nouvelles perspectives quant à l'identification de facteurs impliqués dans la régulation de la réplication et de la latence virale.

L'intégrase (IN) rétrovirale catalyse l'intégration de l'ADN du VIH-1 dans l'ADN des cellules infectées en deux étapes: la maturation en 3’ (3’P) et le transfert de brin (ST). Le ST est inhibé par les dicétoacidesou leurs isostèrestels que le raltégravir (RAL)approuvé par la FDA en tant que médicament anti-SIDA et le TB11 qui agit aussi sur 3’P. L’étude comparative de ces deux composés montre que TB11 et RAL interagissent avec les extrémités LTR processée et non-processée, bien que l’affinité de TB11 soit beaucoup plus faible. Les Kd de liaison à l'ADN processésont proches des IC50 rapportés pour le ST suggérant l’existence d’une corrélation fonctionnelle entre l'affinité pour l’ADN processé et l'inhibition de ST. TB11 contrairement à RAL interagit avec IN prise isolément et s'intercale à forte concentration dans les paires de bases de l'ADN ce qui expliqueraitsa forte toxicité. La compréhension du mécanisme d’inhibition de INs’est poursuivi par l’étude de deux anticorps monoclonaux anti-K159 (peptide 147-175 de IN), 4C6 et 4F4 dont les épitopes se situent respectivement dans les portions N- et C-terminalesde K159. Les résultats montrent que 1) les anticorps sont capables de reconnaître leurs épitopes dans IN; 2) IN se sert des mêmes résidus pour interagir avec les anticorps et l’ADN viral ; 3) les anticorps reconnaissent leurs épitopes avec une forte affinité. Nos résultats sur les inhibiteurs de ST serviront au développementd’une nouvelle génération d'inhibiteurs interagissant préférentiellement avec l’ADN viral et induisant moins de mutations de résistance dans IN; ceux sur les anticorps aideront à progresser dans la recherche d'inhibiteurs actifs sur le 3’P
Retroviral Integrase (IN) catalyzes integration of viral cDNA into the infected cell chromosome in a two-step reaction: the 3’processing (3’P) and the strand transfer (ST). The ST reaction is inhibited by diketoacids or isosteres as raltegravir (RAL) approved by FDA for use in anti-AIDS therapy or TB11 that acts also on the 3’P reaction. The comparative study of the two compoundsdemonstrate that TB11 similarly to RAL interacts with the free LTR ends, either processed or unprocessed, although with a much lower affinity compared with RAL. For each compound, we found a good agreement between the affinity values for processed LTR and the in vitro IC50 values reported for ST inhibition, suggesting a functional relationship between drug binding to DNA and ST inhibition. TB11, unlike RAL, binds to free IN and intercalates into DNA base pairs upon increase of drug concentration which could be at the basis of its high toxicity. The understanding of the inhibition mechanism of INwas pursued by the study of two monoclonal antibodies anti-K159 (147-175 peptide of HIV-1 IN), 4C6 and 4F4. The antibodies recognize epitopes lying in the N-terminal portion and in the C-terminal portion of K159. Results show that 1) both antibodies are able to recognize their epitopes in the entire IN; 2) IN uses common residues to interact with the viral DNA and the antibody and 3) antibodies recognize epitopes with very high affinity. Our results on ST inhibitors can be used for developmentof a new family of inhibitors interacting preferentially with viral DNA, thereby inducing less resistance mutations in IN, those on antibodies should help us in the search of inhibitors acting preferentially on 3’P

L’infection des cellules cibles par le Virus de l’Immunodéficience Humaine de type 1(VIH-1) suit une succession d’étapes finement régulées par de nombreux facteurs cellulaires et viraux. Mon travail de thèse a consisté à étudier certains aspects de cette régulation, en particulier la protéine virale Nef et son impact sur l’infectivité des virus, mais aussi la susceptibilité des cellules cibles à l’infection. Tout d’abord, nous nous sommes intéressés aux mécanismes selon lesquels Nef augmente l’infectivité virale. Pour cela, nous avons identifié les différences entre le protéome des virus sauvages et des virus dépourvus du gène nef (Δnef) grâce à deux méthodes protéomiques, laDIGE et l’iTRAQ. Nous avons pu mettre en évidence que les protéines Ezrine et EHD4 sont impliquées dans des processus qui rendent les virus sauvages plus infectieux que les virusΔnef. L’augmentation de l’infectivité virale par Nef dépend des glycoprotéines d’enveloppes avec lesquelles les particules virales sont pseudotypées. Dans le but d’identifier les bases moléculaires de ce mécanisme, nous avons généré des constructions chimériques entre des glycoprotéines d’enveloppes qui permettent (enveloppes permissives) ou ne permettent pas(enveloppes non permissives) au phénotype Nef de se manifester. Cette approche a permis démontrer que le domaine cytoplasmique de la protéine d’enveloppe est un des déterminants qui dictent l’acquisition du phénotype Nef. Mon travail s’est aussi axé sur le mécanisme de co-infection cellulaire par le VIH-1.Après co-incubation des cellules avec des virus VIH rapporteur GFP et DsRed, nos résultats ont montré que les événements de co-infection sont plus fréquents qu’attendus dans le cas d’une infection stochastique. Nous montrons que ce biais qui semble favoriser la co-infection et qui suggère l’hétérogénéité de la population cible en terme de susceptibilité à l’infection par le VIH-1 provient en fait d’une sous-estimation des fréquences de cellules infectées en raison d’un phénomène de latence post-intégrative. Ainsi, mes études ont permis de mieux comprendre les mécanismes permettant à Nef d’augmenter l’infectivité des particules virales ouvrant de nouvelles perspectives à ce sujet, de même qu’elles ont permis de mettre en évidence que la co-infection était bien un processus aléatoire mais qui permettait de révéler des cellules arborant un provirus silencieux
Pas de résumé en anglais

Les lesions hepato-biliaires associees a l'infection par le virus de l'immunodeficience humaine de type 1 (vih-1) sont tres frequentes et de mecanismes multiples. Les virus des hepatites b, c et d sont une cause frequente de lesions hepatiques chez les sujets infectes par le vih-1. Dans une etude de 260 cas consecutifs d'infection chronique par le virus de l'hepatite b, nous avons montre que dans certains sous-groupes de patients ayant une infection associee par le virus de l'hepatite d et/ou le virus de l'hepatite c, la severite des hepatites virales chroniques pouvait etre majoree par le vih-1. Une autre complication du sida est la cholangite qui survient a un stade tardif de l'infection par le vih. Les lesions de chrolangite sont le plus souvent etendues a l'ensemble des voies biliaires incluant la vesicule biliaire et parfois meme aux canaux pancreatiques. Leur etiologie semble etre infectieuse, liee a des infections par cryptosporidies, cytomegalovirus ou microsporidies, parfois associees entre elles. Dans la derniere partie du travail, nous avons etudie le tropisme cellulaire hepatique du vih-1. Nous avons localise la molecule cd4, principal recepteur du vih-1 sur les cellules sinusoidales hepatiques. Nous avons de plus identifie, in vivo, les arnm et antigenes viraux du vih-1 dans les cellules sinusoidales, et en particulier les cellules de kupffer. Nous avons detecte egalement les arnm viraux dans de rares hepatocytes qui constituent ainsi une des tres rares cellules epitheliales cd4-negatives dont l'infection par le vih-1 ait ete documentee in vivo. Le foie constitue donc non seulement un organe-cible de multiples infections opportunistes, mais egalement un reservoir possible du vih-1 lui-meme