Dissertations / Theses: 'Zooplancton marin Zooplancton marin'

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Riandey, Virginie. "Etude de la structure de taille des populations zooplanctoniques dans différents écosystèmes marins : Apports des nouveaux appareils automatisés d'observation." Aix-Marseille 2, 2005. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/2005AIX22038.pdf.

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Abstract:

The goal of my PhD work (supported by the French Ministry of Education and Research) was to compare the information given by new and automatic systems for mesozooplankton observation (OPC, ZOOSCAN and Underwater Video Profiler-UVP) to those given by an approach more classical (dissecting microscope). The new systems provided fast size spectra from which both zooplankton abundance and biomass can be estimated. The dissecting microscope completed the previous observations by providing taxonomic data. This study was based on three sampling locations (Gulf of Guinea, Algerian Basin and Gulf of Lions). First, the whole dataset was used to perform calibration studies between automatic (OPC and ZOOSCAN) and traditional methods (counts, dry weights and C and N contents). Those calibrations permitted to specify the respective advantage of each method and also to define their optimal use and their complementarities in function of the established research objectives. Secondly, OPC and UVP data were used to study the variations of zooplankton size structure at different spatial (i. E. Gyres, intern waves) and temporal (i. E. Seasonal, diel) scales. I showed that, in the Gulf of Guinea (PICOLO campaign), oceanic long waves creating large anticyclonic eddies had a strong impact on zooplankton descriptors (size structure, biomass and composition), favoring secondary production. I also demonstrated that, in the Algerian basin (ELISA campaign), mesoscale hydrodynamic features such as cyclonic and anticyclonic eddies had different impacts on zooplankton descriptors depending mainly on the structure and on the localization in such structure (Riandey, 2005b). In the Gulf of Lions (Mediterranean Sea), I studied also the spatial (DICAMUF campaign) and temporal (temporal coastal survey) variability of zooplankton descriptors. My results showed that the zooplankton community was organized following a gradient from the coast to the open-ocean and that it followed also seasonal cycles with high variations between 2002 and 2003. This work showed that, in the whole, zooplankton size structure allowed detecting changes in the structure of the zooplankton community at different temporal and spatial scales. Moreover, it also pointed out that a link between diversity and size structure of mesozooplankton existed. Size structure appeared therefore a good indicator of changes in an ecosystem.

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Kouassi, Ernest. "Rythmes journaliers d'activité et sélectivité alimentaire au sein des communautés pélagiques : (Zooplancton et Mysidaces) dans une lagune tropicale (Lagune Ebrie, Côte d'Ivoire)." Aix-Marseille 2, 2001. http://www.theses.fr/2001AIX22021.

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Vincent, Dorothée. "Dynamique et nutrition du zooplancton en milieu lagunaire macrotidal (Bassin d'Arcachon) : Flux de carbone et d'azote associés, conséquences sur le pool nutritif et sur les organismes." Aix-Marseille 2, 2001. http://www.theses.fr/2002AIX22017.

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Conchon, Anna. "Modélisation du zooplancton et du micronecton marins." Thesis, La Rochelle, 2016. http://www.theses.fr/2016LAROS011/document.

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Abstract:

Le zooplancton et le micronecton sont les deux premiers échelons animaux de la chaine trophique marine. Bien que de tailles très différentes (200μm à 2mm pour le zooplancton, 2 à 20cm pour le micronecton), ces deux groupes d'espèces variées partagent un comportement singulier : les migrations nycthémérales. Ces migrations journalières entre la profondeur de jour et la surface de nuit induisent des flux de matière organique très importants entre les différentes profondeurs de l'océan. L'étude des cycles biogéochimiques océaniques a une grande importance pour l'étude du changement climatique. Cette étude est notamment conduite à travers le développement de modèles globaux de circulation océanique et de biogéochimie. La suite logique de ces développements est donc la modélisation du zooplancton et du micronecton. La gamme de modèles SEAPODYM modélise avec parcimonie la chaine trophique depuis le zooplancton jusqu'aux prédateurs supérieurs à l'aide de trois modèles. Cette thèse présente le modèle de biomasse de zooplancton SEAPODYM-LTL (pour lower trophic level, niveau trophique bas), ainsi qu'une analyse de sa sensibilité aux forçages. En effet, la particularité de ces modèles est leur forçage offline par des champs de courants, température et production primaire produits par d'autres modèles. Le modèle SEAPODYM-LTL est également comparé au modèle PISCES (NPZD), et présente des performances similaires à ce dernier dans le cas testé. Afin d'améliorer les prédictions du modèle SEAPODYM-MTL (mid-trophic level, i.e. le modèle de biomasse de micronecton), une méthodologie d'assimilation de données a été mise en place pour affiner la paramétrisation utilisée. Des données d'acoustique active (38kHz) sont donc utilisées pour enrichir le modèle. Cette méthodologie a été conçue autour d'un cas test présenté dans cette thèse. L'extension du jeu de données acoustiques assimilées au modèle a permis de mettre en évidence le besoin de mieux modéliser les profondeurs des couches verticales de SEAPODYM. Cela a été réalisé à l'aide du jeu de données acoustiques évoqué précédemment. Cette étude est également présentée dans cette thèse
Zooplankton and micronecton are the first marine trophic levels. Different by their size (200μm to 2mm for zooplankton, 2 to 20cm for micronekton), this two groups undergo diel vertical migration from depth by day to the surface during the night. These migrations create major organic matter fluxes between the deep ocean and the surface. Biogeochemical cycles are of great importance for climate change studies. These studies are conducted with ocean global circulation model and biogeochemical model. The way to go is develop low and mid-trophic level modelling approaches. SEAPODYM ensemble of models are three parsimonious model of biomass at diverse level of the trophic chain, from zooplankton to top predators. This thesis introduce the zooplankton biomass model SEAPODYM-LTL (lower trophic level) and a forcing fields sensitivity analysis. Indeed, these model are forced off line by currents, temperature and primary production fields produced by other models. SEAPODYM-LTL has also been compared to PISCES (NPZD) and both have similar performance score in this study. In order to improve SEAPODYM-MTL (mid trophic level) predictions, a data assimilation framework has been developed to find a better parameterisation. 38kHz active acoustic data have been used to improve the model. This methodology has been develop thanks to a test case that we present in this thesis. The gathered acoustic dataset permitted to show the need of a better definition of vertical layer depths. It has been developed using the acoustic dataset. The related study is presented in this thesis

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Darnis, Gérald. "Structure de la communauté de zooplancton du plateau du MacKenzie (mer de Beaufort)." Thesis, Université Laval, 2007. http://www.theses.ulaval.ca/2007/24258/24258.pdf.

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Abstract:

L’objectif de mon étude était de décrire à l’aide d’analyses multivariables et d’espèces indicatrices la biogéographie automnale du zooplancton du sud-est de la Mer de Beaufort en 2002. Une communauté néritique, caractérisée par un régime herbivore et le taxon dominant Pseudocalanus spp., occupait le plateau du Mackenzie et la baie de Franklin. Deux communautés océaniques, représentées principalement par des omnivores et des carnivores, étaient localisées dans la polynie du Golfe d’Amundsen et sur le talus continental, respectivement. L’assemblage de la polynie présentait la biomasse la plus élevée et Calanus hyperboreus, Metridia longa, Oithona similis et Oncaea borealis en constituaient les espèces dominantes et indicatrices. Cette répartition des assemblages était influencée essentiellement par la topographie et la dynamique du couvert de glace au cours de la saison de production biologique. Ainsi, il est prédit qu’une réduction de la banquise, telle qu’anticipée dans le présent contexte de réchauffement climatique, affectera les patrons de distribution du zooplancton, un élément clé de l’écosystème marin de cette région arctique.
The objective of my study was to describe the biogeography of the zooplankton in the southeastern Beaufort Sea in the fall 2002 by means of multivariate and indicator species analysis. A neritic community characterized by herbivory and the dominant taxon Pseudocalanus spp., occurred on the Mackenzie shelf and in Franklin Bay. Two oceanic communities, in which omnivore and carnivore feeding modes dominated, were located in the Amundsen Gulf Polynya and over the continental slope respectively. The polynya assemblage displayed the highest biomass with the dominant species Calanus hyperboreus, Metridia longa, Oithona similis, and Oncaea borealis as indicator species. This repartition of zooplankton assemblages was influenced mostly by the topography and the ice cover dynamic during the season of high biological production. Hence, it is predicted that a reduction in ice cover, as anticipated in the present context of global warming, will alter the distribution patterns of zooplankton, a key element of the marine ecosystem in the Arctic.

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Errhif, Ahmed. "Composition et structure du zooplancton du secteur indien de l'océan austral : rôle du métabolisme respiratoire." Aix-Marseille 3, 1998. http://www.theses.fr/1998AIX30052.

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Abstract:

La composition, l'abondance, la distribution et la structure des communautes de zooplancton ont ete etudiees dans le secteur indien de l'ocean austral en relation avec les facteurs du milieu. La richesse specifique est faible dans la partie sud et centrale de l'antarctique. Au nord du front subantarctique, le nombre d'espece augmente considerablement. La dominance numerique des petites especes est observee dans l'ensemble des eaux antarctiques et subantarctiques. La biomasse est composee principalement par les grands copepodes. La position geographique des communautes identifiees coincide en grande partie avec les sous-systemes definis dans l'ocean austral. L'importance de la convergence subtropicale et du front subantarctique, en tant que frontieres biogeographiques majeures, a ete mise en evidence. Le front polaire n'a, par contre qu'une influence mineure. L'importance ecologique de la limite nord de l'extension de la glace en hiver a ete confirmee dans cette etude. La variabilite interannuelle des communautes de zooplancton est importante et resulte essentiellement de la chute de l'abondance de la plus part des copepodes entre 1977/1980 et 1994/1995. En se basant sur la composition en stade de croissance des principaux grands copepodes, cette etude a revele des differences considerables dans les cycles de vie de ces especes. La quantite d'oxygene respiree par les copepodes est convertie en carbone assimile. Ces donnees associees aux depenses lies a la ponte et au grazing montrent que les besoins en carbone des copepodes depassent la production primaire.

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Dezutter, Thibaud. "Réchauffement et «match-mismatch» entre le phytoplancton et le zooplancton dans la mer de Beaufort." Master's thesis, Université Laval, 2017. http://hdl.handle.net/20.500.11794/27589.

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Abstract:

Le réchauffement que subit présentement l’Arctique va affecter un vaste éventail de processus pélagiques, allant de la production phytoplanctonique au recrutement des poissons. Des pièges à particules déployés sur des mouillages océanographiques au-dessus du talus continental de la mer de Beaufort ont été utilisés pour évaluer les impacts des changements dans l’étendue du couvert de glace et dans la température de l’eau sur la phénologie des algues de glace, du phytoplancton et des copépodes herbivores du genre Calanus. L’abondance et la composition des algues et du zooplancton dans les pièges ont été analysées pour 5 des 6 cycles annuels entre 2009 et 2015 (excluant 2014). La température de l’eau, la concentration de glace et l’épaisseur de neige ont aussi été obtenues pour cette période. Pour 4 des 5 années étudiées, la migration verticale ascendante de Calanus glacialis précédait l’export de l’algue de glace Nitzschia frigida de 6 à 8 semaines, alors que la migration de Calanus hyperboreus et des nauplii de C. glacialis correspondait à l’export de l’ensemble des diatomées. Une situation de « mismatch » entre les producteurs primaires et secondaires fut observée en 2013 alors que l’export des algues de glace fut retardé par une fonte tardive de la neige et de la glace provoquant une diminution de l’abondance de nauplii cet été tandis qu’une température plus chaude combinée à une production algale automnale ont perturbés la migration de C. hyperboreus, entraînant une émergence des nauplii en hiver en surface. Comme les algues de glace et le phytoplancton sont des sources de nourriture essentielles pour les copépodes du genre Calanus, une situation de « mismatch » aura des conséquences négatives sur le recrutement de ces espèces, mais aussi sur le transfert d’énergie vers les échelons trophiques supérieurs. Des évènements semblables pourraient potentiellement devenir plus courant dû au réchauffement important que subit l’Arctique.
The unprecedented pace of warming of the Arctic Ocean affect a wide range of pelagic processes, from microalgal production to fish recruitment. Sediment traps deployed on oceanographic moorings at the Beaufort Sea shelf break were used to investigate the impact of changes in ice cover and water temperature on the phenology of ice algae, phytoplankton and herbivorous copepods from the Calanus genus. Water temperature, salinity, microalgal fluxes and composition, and zooplankton abundance and composition in the traps were monitored over 5 of the 6 annual cycles from September 2009 to September 2015 (no data in 2014). Satellite-derived sea ice concentration and modeled snow depth were also retrieved for the same period. For 4 of the 5 years monitored, the upward migration of Calanus hyperboreus along with nauplii abundance were synchronized with peaks in diatoms export while the migration of Calanus glacialis preceded the peak in export of the ice algae Nitzschia frigida by 6 to 8 weeks. A disruption of these patterns was observed in 2013 as a mismatch between primary and secondary producers was observed. First, unusual warm water temperatures and significant diatom flux from October to December 2012 led to a shoaling of C. hyperboreus females winter vertical distribution and, thus, important egg spawning above 100 m with numerous nauplii swimming into the trap in March-April. Second, the late snow and ice melt in summer 2013 delayed the ice algae export, resulting in a mismatch with C. glacialis and N. frigida. As ice algae and phytoplankton are essential food source for the reproduction and development of Calanus copepods, a mismatch likely had negative impact on their recruitment and on the subsequent transfer of energy to carnivorous copepods, fish, and seabirds. Such mismatch events between phytoplankton and zooplankton will potentially occur more often owing to the rapidly changing environmental conditions in the Arctic Ocean.

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Seuront, Laurent Dauvin Jean-Claude. "Approche systémique des processus à micro-échelle en écologie marine." Villeneuve d'Ascq : Université des sciences et technologies de Lille, 2007. https://iris.univ-lille1.fr/dspace/handle/1908/616.

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Abstract:

Reproduction de : Habilitation à diriger des recherches : Sciences naturelles : Lille 1 : 2005.
Synthèse des travaux en français. Recueil de publications en anglais non reproduit dans la version électronique. N° d'ordre (Lille 1) : 460. Curriculum vitae. Titre provenant de la page de titre du document numérisé. Bibliogr. p. 92-95. Liste des publications et des communications.

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Pourchez, Arnaud. "Impact de la diapause sur la dynamique de communautés planctoniques dans un écosystème Arctique numérique." Master's thesis, Université Laval, 2018. http://hdl.handle.net/20.500.11794/29871.

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Abstract:

L’Océan Arctique est l’un des environnements où l’on retrouve les plus fortes variations saisonnières au monde. L’un des outils utilisés pour représenter et comprendre de tels environnements variables sont les modèles biogéochimiques. Néanmoins, ces modèles n’ont qu’une représentation sommaire des espèces métazoaires, telles que les copépodes, qui représentent pourtant jusqu’à 80% de la biomasse totale du zooplancton arctique. De plus, les espèces de copépodes composant la majorité de cette biomasse ont développé un mécanisme leur permettant de bénéficier au maximum de la production primaire concentrée l’été en Arctique, la diapause. Ce mécanisme a été documenté comme ayant un impact direct sur la phénologie des autres espèces de la communauté planctonique, ainsi que sur la biogéochimie de leur environnement. Ce projet de recherche vise à combler le manque de représentation de ce trait en l’incluant au sein d’un modèle biogéochimique dans le contexte particulier de l’Arctique représenté par des données environnementales prélevées dans le Gulf d’Amundsen. Nos résultats démontrent que sans le trait de la diapause, le modèle ne permettait pas la survie d’espèces de métazoaires. Grâce à l’utilisation de relations allométriques ainsi qu’au mécanisme de sélection naturel présent dans le modèle utilisé, nous observons qu’une seule espèce de métazoaire peut présenter une dynamique de diapause comparable à celles retrouvées dans la zone d’étude. Nous discutons ensuite de l’importance que ce trait peut avoir sur la phénologie des espèces planctoniques en raison de cascades impliquant des chaines trophiques courtes. Finalement, l’ajout d’une migration saisonnière dans le modèle actuel permettra à de futurs projets de recherches d’étudier les deux mécanismes biogoéchimiques liés à la diapause que sont la pompe à lipide ainsi que le « court-circuit lipidique » (lipid shunt).

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Ruiz, gonzalez Vania. "Influence de la variabilité climatique sur les communautés zooplanctoniques des zones côtières : importance des suivis à long terme." Thesis, Bordeaux, 2019. http://www.theses.fr/2019BORD0375.

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Abstract:

Les systèmes côtiers, parmi les plus importants écologiquement et économiquement, sont fortement menacés par l’influence combinée du réchauffement climatique et des forçages anthropiques directs. Pendant les deux dernières décennies, des changements concomitants dans l’environnement, le climat régional et les conditions hydro-climatiques à grande échelle ont été détectés. Ces changements affectent les compartiments biologiques, du phytoplancton aux consommateurs supérieurs, altérant la structure et le fonctionnement des écosystèmes. Les modifications de biodiversité peuvent s'opérer sur de longues périodes, ou résulter de l’accumulation des changements subtils pouvant entraîner des perturbations à l’échelle de l’écosystème. Un des défis actuels est l'identification d'une part d'outils numériques permettant de mesurer les changements de biodiversité et d'autre part les facteurs et mécanismes à l’origine de ces modifications. Dans ce contexte, l’objectif général de cette thèse est la caractérisation de l’influence de la variabilité climatique sur les communautés zooplanctoniques des zones côtières en liaison avec les facteurs environnementaux. L’application d'analyses multivariés sur des données issues de suivis environnementaux récurrents pour la période 2001-2014, a permis de caractériser les liens entre le forçage climatique à différentes échelles spatiales, la variabilité environnementale et une modification abrupte dans la communauté zooplanctonique du Bassin d’Arcachon au milieu des années 2000. Une approche comparative à l’échelle régionale à cette même échelle temporelle, associant variabilité des indices de biodiversité et analyses multivariées, a permis d’identifier des changements simultanés mais non convergents de la diversité zooplanctonique du Bassin d’Arcachon et de l’Estuaire de la Gironde au milieu des années 2000. L'approche prospective réalisée sur le littoral mexicain (Sud du Golfe de Californie) a amené à caractériser le contexte climatique, l’environnement pélagique et la communauté zooplanctonique pendant une période marquée par un événement ENSO intense. Les éléments de connaissance qui en sont issus permettront d'établir les bases du développement d’un suivi environnemental récurent en milieu littoral, dans cette zone prioritaire en termes de biodiversité
Coastal ecosystems, among the most ecologically and economically important ecosystems are highly threatened by the combined influence of global warming and direct anthropogenic forcing. Over the last two decades, concomitant changes in local environment, regional climate, and large-scale hydro-climatic conditions have been observed worldwide. Such changes strongly affect biological compartments, from phytoplankton to top predators, altering the structure and functioning of ecosystems. Changes in biodiversity may occur over long periods resulting from abrupt changes or accumulation of subtle modifications altering in both cases the functioning of ecosystems. One of the current challenge is to find robust diversity metrics in order to characterise changes in biodiversity in relation with local and global drivers. In this context, the general objective of the thesis was the characterisation of the influence of climatic variability on zooplankton communities in coastal zones at a decadal temporal scale. At the local scale, multivariate analyses performed on data from an environmental monitoring (2001-2014) allowed us to characterise de relationships between climatic drivers, environmental variability et an abrupt modification in zooplankton diversity in Arcachon Bay in the mid-2000’s. A comparative approach at the regional scale at the same temporal scale, associating the variability of biodiversity index and multivariate analysis, allowed to identify synchronous changes in zooplankton communities of Arcachon Bay and the Gironde Estuary in the mid-2000’s. The approach concerning the mexican littoral areas (in the south of the Gulf of California) allowed us to characterise climate, pelagic environment and zooplankton diversity variabilities during an extreme ENSO event. The results allowed us to define the basis of a future long term survey in this area of interest in terms of biodiversity

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Tiano, Marion. "Contamination en PCB des premiers niveaux trophiques planctoniques. Mise en place d'une observation en baie de Marseille (Septembre 2010 - Octobre 2011) dans le cadre du programme COSTAS." Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM4079.

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Abstract:

La compréhension des mécanismes de bioaccumulation des contaminants organiques persistants (POP) dans les réseaux trophiques marins est un enjeu majeur pour l'évaluation des risques environnementaux liés aux pressions anthropiques, notamment en zone côtière. Le plancton joue un rôle pivot dans le devenir des PCB dans l'environnement marin, notamment sur la base des observations de fortes concentrations de ces contaminants chez les zooplanctonophages. Les processus d'accumulation de ces contaminants au sein du plancton restent mal connus. Dans le cadre du projet COSTAS, les teneurs en PCB dans trois classes de tailles de plancton ont été étudiées en baie de Marseille entre sept. 2010 et oct. 2011. Les concentrations étaient fortes en comparaison à d'autres mesures réalisées dans le golfe du Lion. Du fait des apports variables en PCB, aucun «effet de dilution par la biomasse» n'a pu être détecté. Le niveau de contamination est fortement corrélé aux conditions météorologiques qui augmentent les concentrations en PCB dans l'eau. Le passé récent des organismes planctoniques, caractérisable par leur taille ou leur teneur en lipides, ne montre pas d'influence sur les teneurs observées. Le rapport C/N met en évidence l'importance de la contribution des détritus dans les niveaux de contaminations des différentes classes de taille. Une bioamplification modérée mais significative avec la position trophique est mise en évidence par les signatures de δ15N. La relation linéaire entre les BAF et log Kow indiquerait que le partage à l'équilibre avec la phase aqueuse suffit à contrôler les niveaux de PCB dans le plancton
The understanding of bioaccumulation mechanisms of persistent organic pollutants (POP) in marine trophic networks is a major issue for scaling environmental risks linked to anthropogenic pressure, particularly in coastal areas. The plankton is assumed to play a pivotal role in the fate of PCBs in marine environment, as highlighted by the high concentrations found in planktivorous predators. However the accumulation processes of these contaminants in plankton are still poorly documented. The COSTAS project aimed at improving our knowledge on this issue. PCB levels in three plankton size-classes were studied in the bay of Marseilles (N-W Mediterranean Sea), between September 2010 and Octobre 2011. Measured PCB concentrations in Marseille bay plankton were high in comparison to those measured in other areas of the Gulf of Lion. No "dilution effect" was detected, due to the high variability in PCB inputs in the bay.receive, . The level of contamination in plankton appeared directly linked to weather conditions which increase the PCB concentration either through continental inputs or by sediment re-suspension events and hydrodynamic transport. The recent history of plankton organisms, derived from their size or their lipid content, had no influence on their PCB concentrations. The C/N ratio highlights the contribution of detritus in driving the contamination levels measured in the various size-classes. A moderate but significant bioamplification through planktonic trophic levels was highlighted using δ 15N signatures. The linear relationship between BAF and log Kow would indicate that the equilibrium with water phase is sufficient to control the PCB levels in the plankton

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Biard, Tristan. "Diversité, biogéographie et écologie des Collodaires (Radiolaires) dans l'océan mondial." Thesis, Paris 6, 2015. http://www.theses.fr/2015PA066490/document.

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Abstract:

Les Collodaires (Radiolaires) sont des eucaryotes unicellulaires (protistes) marins appartenant au super-groupe des Rhizaria. Tandis que certains sont caractérisés par un mode de vie colonial, d’autres sont observés sous la forme de larges organismes solitaires. Les Collodaires sont des protistes hétérotrophes, prédateurs de plancton, mais également hôtes systématiques de micro-algues photosynthétiques intracellulaires. Les récentes analyses de leur diversité moléculaire dans l’environnement ont démontré leur importante contribution aux communautés planctoniques ainsi que leur distribution globale dans l’océan mondial. Cependant, nos connaissances sur leur diversité, biogéographie et écologie restent paradoxalement parcellaires. La première partie de cette thèse a été dédiée à des études morphologiques détaillées (en microscopie électronique et optique) et combinées à une phylogénie moléculaire élaborée en séquençant les sous-unités 18S et 28S de l’ADN ribosomal pour 75 spécimens, coloniaux ou solitaires. Ce travail a abouti à la réévaluation de la classification des Collodaires et à l’élaboration d’une base de référence morpho-moléculaire robuste. Par la suite, ce cadre de référence morpho-moléculaire a permis d’explorer la biodiversité des Collodaires grâce à une approche de metabarcoding appliquée à une série d’échantillons collectés dans l’océan mondial pendant l’Expédition Tara Océans. La distribution cosmopolite à la surface des océans des différents taxons qui composent les Collodaires, a révélé une diversité plus importante dans les vastes régions océaniques intertropicales et oligotrophiques. Les Collosphaeridae ont été principalement observés en pleine mer alors que les Sphaerozoidae formaient la famille dominante dans les régions côtières, où la biodiversité des Collodaires était plus faible. Les Collophidiidae, formellement décrits au cours de thèse, ont rarement été rencontrés dans les zones photiques, quelque que soit la latitude, suggérant ainsi qu’ils occupent une niche écologique particulière. Enfin, j’ai également employé la technologie d’imagerie in situ Underwater Vision Profiler (UVP5) afin d’explorer de façon quantitative les abondances et biomasses des Collodaires et des Rhizaria, à travers l’océan mondial. Cette approche a révélé que les Rhizaria forment un composant majeur du méso- et macro-plancton, et représentent jusqu’à 4,5% de la biomasse globale des 200 premiers mètres de l’océan mondial. Plus particulièrement dans les 100 premiers mètres, les Collodaires constituent le groupe le plus important des Rhizaria et leur distribution suggère que la photosymbiose pourrait influencer leur succès dans les régions oligotrophiques où ils sont particulièrement abondants. Au-delà d’améliorer notre compréhension de la diversité, la biogéographie et l’écologie des Collodaires dans l’océan mondial, ce travail de thèse souligne la pertinence de combiner et d’utiliser des approches alternatives d’échantillonnage et d’analyses tel que le séquençage haut-débit et l’imagerie in situ dans l’étude des protistes marins dans leur environnement
Collodaria (Radiolaria) are unicellular marine eukaryotes (protists) belonging to the super-group Rhizaria. Collodarian species contribute to planktonic communities as large solitary cells or can form large gelatinous colonies. They are heterotrophic organisms feeding on other plankton, which also systematically harbour intracellular symbiotic microalgae. Recent environmental molecular diversity surveys demonstrated their important contribution to planktonic communities and their worldwide occurrence in the global ocean. However, knowledge on their diversity, biogeography and ecology is paradoxically very poor. In the first part of this thesis I performed detailed morphological analyses (electron and optical microscopy) combined with a molecular phylogeny based on the 18S and 28S rRNA genes, sequencing for a total of 75 distinct colonial and solitary specimens. Ultimately, this work led to the revision of the Collodaria classification and to the construction of a robust morpho-molecular reference database. Then, this morpho-molecular framework allowed the exploration of Collodaria biodiversity through a metabarcoding approach across samples collected in the global ocean during the Tara Ocean expedition. The cosmopolitan distribution of the different collodarian taxa in the surface oceans revealed a higher biodiversity in the vast oligotrophic inter-tropical open oceans. Collosphaeridae were predominantly found in the open oceans while the Sphaerozoidae were the dominant family in the less diverse coastal regions. The newly defined Collophidiidae were rarely encountered in the photic zones at all latitudes, suggesting that they inhabit a different ecological niche. Finally, I also used the in situ imaging system Underwater Vision Profiler (UVP5) to quantitatively explore the abundances and biomasses of collodarian and rhizarian in the global ocean. This approach revealed that the Rhizaria were a major component of the meso- and macro-plankton, constituting up to 4.5% of the global carbon standing stock in the upper 200 m of the world oceans. More specifically, Collodaria were the most important rhizarian groups in the first 100 m of the oceans, and their distribution suggested that photosymbiosis might be an important factor explaining their success in oligotrophic regions where they are particularly abundant. Besides the improvement of our knowledge on the diversity, biogeography and ecology of Collodaria in the global ocean, this thesis highlights the relevance to combine and/or use alternative sampling and analytical procedures such as high-throughput sequencing and in situ imaging technologies to study marine protists in their environment

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Benedetti, Fabio. "Impacts du changement climatique sur la diversité fonctionnelle du zooplancton, le cas des copépodes planctoniques de mer Méditerranée." Thesis, Paris 6, 2016. http://www.theses.fr/2016PA066742/document.

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Abstract:

Un enjeu scientifique majeur du XXIème siècle est de prédire l'impact du changement climatique sur le fonctionnement des écosystèmes. Dans les Océans, le plancton joue un rôle crucial dans la régulation du climat, les cycles biogéochimiques et la dynamique des réseaux trophiques marins. Le zooplancton transfert l'énergie depuis les producteurs primaires vers les niveaux trophiques supérieurs, tout en participant à la pompe à carbone biologique. Pourtant, les liens entre sa diversité et le fonctionnement des écosystèmes marins demeurent méconnus. Au cours de cette thèse, nous avons étudié la diversité taxinomique et fonctionnelle du groupe majeur du zooplancton, les copépodes, dans un point chaud de biodiversité : la Mer Méditerranée. Le travail effectué vise à: (i) définir de nouveaux groupes fonctionnels du zooplancton à partir de traits fonctionnels; (ii) tester si ces groupes possèdent des niches environnementales distinctes; et (iii) analyser comment le changement climatique pourra modifier la diversité des assemblages en Mer Méditerranée, et la diversité fonctionnelle associée. Un nouveau jeu de données de traits fonctionnels a été implémenté depuis la littérature afin de définir des groupes fonctionnels. Les occurrences des espèces ont été utilisées pour modéliser leurs niches environnementales. Puis, plusieurs modèles de niche ont été développés pour prédire l'évolution de la diversité α et β des assemblages de copépodes de la Mer Méditerranée sous divers scénarii de changement climatique. Finalement, les résultats sont discutés pour fournir une vision synoptique de l'impact du changement climatique sur la diversité fonctionnelle des copépodes en Mer Méditerranée
One of the 21st century’s greatest scientific issues is to predict the impact of climate change on the functioning of ecosystems. In the Ocean, the plankton plays a pivotal role in climate regulation, biogeochemical cycles, and marine food webs dynamics. The zooplankton transfer energy from primary producers to higher trophic levels, while actively exporting organic matter from the surface to the deep ocean. However, the links between zooplanktonic diversity and marine ecosystem functioning are still poorly understood. During this PhD project, we have studied the taxonomic and functional diversity of the major marine zooplanktonic groups, the copepods, in biodiversity hotspot: the Mediterranean Sea. This work aims to: (i) define new zooplankton functional groups based on functional traits of many copepod species; (ii) test whether said groups present distinct environmental niches; and (iii) explore how climate change may modify the diversity of Mediterranean assemblages, and the associated functional diversity. A new dataset of species functional traits was gathered from the literature and was used to identify functional groups. The species’ occurrences were used to model their environmental niches, thus highlighting the control of abiotic conditions on the distribution of species. Multiple niche models were implemented to predict the evolution of the α and β diversity of Mediterranean copepod species assemblages under different climate change scenarios. Finally, the results from this PhD are discussed to provide a synoptic vision of the impact of climate change on copepod functional diversity in the Mediterranean Sea

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Pouille, Lauren. "Paléobiodiversité des Radiolaires du Paléozoique inférieur (Cambrien-Ordovicien) : Aperçu à travers une étude des assemblages à radiolaires provenant des montagnes de l’Altai (Russie), d’Aksuran (Kazakstan), du bassin de Georgina (Australie) et de la Terre Neuve occidentale (Canada)." Thesis, Lille 1, 2012. http://www.theses.fr/2012LIL10152/document.

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Abstract:

Notre compréhension de la structuration des chaînes trophiques pélagiques du Paléozoïque inférieur, mise en place lors des évènements d’« explosion Cambrienne » et de « Grande Biodiversification Ordovicienne » et qui a abouti à la mise en place des écosystèmes marins à « caractère moderne », reste encore très fragmentaire. Nous nous intéressons ici à comprendre les origines et la dynamique de paléobiodiversité des Radiolaires polycystines, composantes biotiques clefs du plancton hétérotrophe, dans le but de mieux comprendre le calendrier et la dynamique de diversification du plancton au cours du Paléozoïque inférieur. La découverte de nouveau matériel provenant des montagnes de l’Altaï (Sibérie) apporte de nouvelles données sur l’enregistrement fossilifère des premiers radiolaires biominéralisés avec l’identification des plus anciens représentant de la famille des Archéoentactinidae d’âge Botomien. Des études menées sur du matériel de Terre-Neuve et d’Australie ont permis de caractériser l’ensemble des changements biotiques intervenus au sein des assemblages à radiolaires à l’aube de la révolution planctonique mais également de préciser la répartition paléogéographique des radiolaires au Cambrien supérieur. Une étude taxonomique menée sur un échantillon provenant du Kazakhstan a également permis la découverte d’un nouvel assemblage à radiolaire enrichissant considérablement notre connaissance de la diversité des radiolaires à l’Ordovicien moyen
Our understanding of the structuration of Lower Paleozoic pelagic trophic chains during the ‘Cambrian Explosion’ and the ‘Great Ordovician Biodiversification Event’, which has lead to the establishment of modern marine ecosystems, is still very fragmentary. We are here interested in understanding the paleodiversity dynamics of polycystines Radiolaria planctonic group, a key biotic component of the heterotrophic plankton, in order get a better idea of the timing and dynamics of plankton diversification at the Lower Paleozoic. The discovery of new material from the Altai Mountains (Siberia) brings new data on the fossil record of the first biomineralized radiolarians with the identification of the oldest representatives of the Archeoentactinidae family dated of a Botomian age. Study conducted on Newfoundland and Australian material allowed us to characterize precisely the various biotic changes undergone by radiolarians during the Cambrian-Ordovician transition, at the dawn of the planktonic revolution but also to precise their paleogeographic distribution at the Late Cambrian. A detailed taxonomic study conducted on a Kazakhstanian sample has allowed us to describe a new radiolarian assemblage enriching considerably our knowledge on the radiolarian diversity at the middle Ordovician

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Donoso, Ferez Katty. "Zooplankton community structure and functioning in the North Western Mediterranean sea." Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0154.

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Abstract:

La Méditerranée Nord-Occidentale (MNO) est marquée par un processus de formation d’eau profonde en hiver qui induit une forte floraison phytoplanctonique au printemps. L'objectif de cette thèse a été de caractériser la dynamique de la communauté mesozooplanctonique à l'échelle régionale de la MNO, y compris dans la zone de convection profonde (ZCP), en évaluant ses stocks, sa composition taxonomique, sa structure en taille et ses liens trophiques avec le phytoplancton, en relation avec l'environnement hydro-biogéochimique. Trois campagnes océanographiques ont été menées en saisons contrastées: hiver, printemps et été, fournissant un jeu de données unique à cette échelle régionale. Le zooplancton est caractérisé par de faibles abondances et biomasses en hiver, surtout dans la ZCP, puis par une augmentation générale printanière, en abondance et en biomasse. Des différences spatiales s’observent, la ZCP présentant les plus forts changements de biomasse de l’hiver au printemps. Les valeurs d'été sont similaires aux valeurs hivernales et sont assez homogènes dans la zone d'étude. L'impact du broutage estimé n'est pas suffisant pour contrôler globalement la floraison printanière. Cependant, au printemps, toute la MNO, à l'exception de la ZCP, subit un contrôle top-down du zooplancton sur le phytoplancton, tandis que dans la ZCP, les valeurs de chlorophylle-a restent élevées malgré la forte demande en carbone du zooplancton, ce qui indique un contrôle bottom-up. Cette étude montre que la ZCP est probablement une zone d'intense transfert d'énergie vers les niveaux trophiques supérieurs ainsi que d'export de matière organique en MNO
The North-Western Mediterranean Sea (NWMS) is characterized by a deep water convection process in winter, which induces a large phytoplankton bloom. The main objective of this thesis was to characterize the dynamics of the mesozooplankton community at the regional scale of NWMS including the deep convection zone (DCZ), by assessing its stocks, taxonomy and size structure, and by evaluating its phytoplankton-zooplankton trophic links in connection to the hydrological and biogeochemical environment. Three oceanographic cruises were conducted to map the NWMS in contrasting seasons: winter, spring, and summer. This represents a unique data set of zooplankton at this regional scale. The NWMS was characterized in winter by low zooplankton abundance and biomass. In spring, a general increase was found. Spatially DCZ was characterized by lowest stocks in winter and the highest in spring. In summer, biomass and abundance were similar to winter values and were quite homogenous over the study area. The estimated zooplankton grazing impact was not sufficient to globally control the spring phytoplankton bloom. However, in spring, all areas except the DCZ incurred top-down control by zooplankton on the phytoplankton stock. In the DCZ, the chlorophyll-a values remained high despite the high zooplankton biomass and carbon demand, indicating a sustained bottom-up control. This study indicates that the deep convection zone is likely an area of both enhanced energy transfer to higher trophic levels and organic matter export in NWMS

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Ouba, Anthony. "Variabilité saisonnière et interannuelle (2000-2013) de l'abondance, de la biomasse et du spectre de taille du zooplancton dans le bassin Levantin." Thesis, Paris 6, 2015. http://www.theses.fr/2015PA066545/document.

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Abstract:

La répétitivité de l’Eastern Mediterranean Transient et le changement climatique affecte les écosystèmes marins du Levantin. La compréhension des réponses du zooplancton à ces variations est donc d’une importance majeure pour les services écosystèmiques. Ce travail est le premier à étudier la variabilité saisonnière et interannuelle et les spectres de taille du zooplancton en relation avec l’environnement au point B2 (N34º14.856 ; E35º36.067, Liban Nord). Dans ce contexte, une série temporelle unique de 14 ans a été effectuée avec un filet de 52 µm et analysée à l’aide d’un système d’imagerie semi-automatique, le Zooscan, pour détecter un changement dans le système pélagique. Les résultats ont montré que la biomasse maximale du zooplancton a été couplée au bloom phytoplanctonique printanier. Alors qu’une abondance maximale de petits organismes a été observée en été suggérant une période de recrutement des organismes. Suite à l’EMT-like en 2005, la salinité a augmenté dans la zone d’étude et tout le bassin. L’abondance et la biomasse du zooplancton ont augmenté subitement, lié à une augmentation probable de la production du phytoplancton cependant masquée par un possible contrôle de type "top down". L’enrichissement de la couche de surface en nutriments anthropiques a mené à des périodes ponctuels plus ou moins productives. La structure en taille du zooplancton a varié en fonction des facteurs hydrologiques. L’analyse des pentes a présenté une variabilité interannuelle liée aux abondances du zooplancton. Tandis que les formes ont montré une domination des individus de grandes tailles en hiver et au printemps. Cette mesure automatique peut être utilisée comme proxy de changement dans l’écosystème pélagique
The occurring of the cyclic Eastern Mediterranean Transient and the climatic change have effects on the Levantine marine ecosystem. Understanding the response of zooplankton to such variations is of importance for ecosystem services. This thesis represents a pioneer study in enlightening the seasonality and the interannuality, as well as the spectra size of the zooplankton at a fix point B2 (N34º14.856; E35º36.067, North Lebanon). In this context, a 14 years unique time-series was conducted by a 52 µm mesh size net and analyzed with a powerful synthetic index, the Zooscan to monitor changes in the pelagic system. The results found that the maximum zooplankton biomass was coupled to the phytoplankton spring bloom, whereas abundances increased in the summer possibly due to the recruitment. Following the EMT-like in 2005, the salinity increased in the study area and the whole basin. Zooplankton abundance and biomass increased abruptly possibly related to the enhanced primary production which is hidden by the "top down" control by zooplankton. Moreover, the nutrients enrichment of anthropogenic origin at the sea surface characterized the site by more or less productive occasional periods. The zooplankton size structure has also changed along the period depending on the hydrological factors. The spectral slope analysis showed an interannual variability according to the abundances. While the spectra shape analysis displayed a domination of big size individuals during winter and spring seasons. This automatic measurement highlighted the efficiency of detecting changes in zooplankton that can be related to broader ecosystem perturbation

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Eloire, Damien. "Spatial and temporal patterns of plankton in European coastal waters : analysis and comparison of zooplankton time series." Thesis, Montpellier 2, 2010. http://www.theses.fr/2010MON20059.

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Abstract:

Le changement climatique est incontestable et affecte les océans. L'observation à long terme d'indicateurs comme le plancton peut permettre l'étude de ces changements. Le suivi du plancton dans les eaux côtières d'Europe représente une source de données importante actuellement sous-exploitée et sur laquelle cette étude est basée. Des outils analytiques ont d'abord été conçus pour résoudre des divergences taxonomiques entre les données et pour réaliser l'analyse temporelle. L'étude du plancton à L4 de 1998 à 2007 révèle de profonds changements dans la composition phytoplanctonique des blooms de printemps et d'automne, et des variations à long terme dans l'abondance des taxa dominants du zooplancton. Le phytoplancton gouverne la succession saisonnière des larves méroplanctoniques. Les changements de température de surface et de vent contrôlent les variations temporelles des communautés planctoniques. Les variations spatio-temporelles du zooplancton ont été comparées à 4 sites de 1998 à 2007 : Ston (Mer du Nord), L4 (Manche), MC (Mer Tyrrhénienne ), et C1 (Mer Adriatique). La structure des communautés est globalement stable, la saisonnalité étant la principale source de variabilité à long terme. La chlorophylle a et le vent expliquent les variations de la communauté zooplanctonique à Ston et L4 alors que c'est la température à MC et C1. Cette étude confirme l'extrême adaptabilité des communautés zooplanctoniques à un environnement variable. Elle souligne l'importance de facteurs tels que taxonomie et échelle temporelle pour l'analyse de séries, et la nécessité de maintenir les séries à long terme pour le suivi de futurs changements dans le contexte du changement climatique
Climate change is unequivocal and dramatic changes are under way in the world's oceans. Long-term observations of indicators such as plankton can provide a better understanding of these changes. Considerable efforts have been made to monitor plankton in European coastal waters and have produced a large amount of datasets yet to be fully exploited. Analytic tools were first developed to solve taxonomic discrepancies in datasets and for temporal analyses. Time series analysis of plankton at L4 from 1988 to 2007 reveals profound changes in the composition of the spring and autumn phytoplankton blooms, and long-term variations in abundance of the dominant zooplankton taxa. Phytoplankton is driving the seasonal succession of meroplanktonic larvae. Changes in sea surface temperature and wind conditions control temporal patterns of plankton communities. Spatio-temporal patterns of zooplankton are compared at 4 sites: Ston (northern North Sea), L4 (wes tern English Channel), MC (Tyrrhenian Sea), and C1 (Adriatic Sea) from 1998 to 2007. The communities structure is on average stable and seasonal variations are the main source of long-term variability. Chlorophyll a and wind are responsible for the community patterns observed at Ston and L4 whereas temperature is the main driver at MC and C1. This study supports evidences of the extreme flexibility of zooplankton communities in adjusting to a variable environment. We highlighted the importance of factors such as taxonomy and temporal scale on time series analysis, and the necessity of maintaining long-term series to monitor future changes in the context of climate change

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Bandeira, Benjamim. "Ecologie des communautés zooplanctoniques au sein de deux écosystèmes littoraux méditerranéens : traitement des séries temporelles." Phd thesis, Toulon, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00920257.

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Abstract:

Ce travail a porté sur l'étude de l'évolution des communautés zooplanctoniques à partir de séries temporelles de relevés effectués de 1995 à 2010 dans deux écosystèmes côtiers couplés, la Petite Rade de Toulon (PR) et Grande Rade de Toulon (GR) (Méditerranée Nord Occidentale, France) en relation avec les facteurs climatiques, les paramètres physiques et chimiques de l'eau et avec le phytoplancton. Le pas d'échantillonnage des relevés de zooplancton et du phytoplancton était d'un mois en moyenne. La maille du filet utilisé était de 90 µm, afin de cibler le mésozooplancton. La PR a différé de la GR dans son fonctionnement écologique, car elle est semi-fermée, mais aussi parce que l'activité anthropique y était beaucoup plus importante. Nos résultats ont montré que, de 1995 à 2010 dans les deux baies, l'abondance du zooplancton a sensiblement augmenté, surtout dans la PR. Il a été également établi, en utilisant différents outils statistiques, que la plus grande partie des espèces de zooplancton évolue de manière coordonnée chaque année, mais d'une manière différente d'une année à l'autre. C'est ce que nous avons appelé la signature annuelle, qui était très marquée dans la PR. Plusieurs paramètres environnementaux comme la température, l'oxygène, la salinité et l'ensoleillement, qui ont été simultanément enregistrés, expliquent cette signature annuelle. Il a été montré en effet qu'ils influencent très sensiblement la population de zooplancton, de manière instantanée ou avec un effet retardé. Les interactions responsables de cette évolution sont fort complexes, mais il a été aussi établi que ces facteurs sont plus forts lorsqu'ils agissaient de manière coordonnée. La répartition du zooplancton en groupes taxonomiques a montré que la diversité a augmenté jusqu'en 2005, puis a diminué légèrement, tout en restant à des niveaux plus élevés qu'en 1995. L'étude détaillée de la diversité, avec une classification des indices eux-mêmes, a fait l'objet du dernier chapitre. Enfin, nous émettons l'hypothèse que la diminution des stocks de poissons au cours des dernières décennies dans toute la région a entraîné une diminution des taux de prédation sur les communautés zooplanctoniques, ce qui peut expliquer l'augmentation de peuplements zooplanctoniques au cours de ces dernières années. Cet accroissement de l'abondance du zooplancton a pu entraîner à son tour une diminution de la biomasse du phytoplancton. Cette diminution a été parallèlement observée par notre équipe. Ceci suggère un système de contrôle top-down du réseau trophique.

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Marquis, Élise. "Le microzooplancton dans le réseau trophique planctonique : importance et rôle fonctionnel : étude sur le plateau continental du Golfe de Gascogne." La Rochelle, 2007. http://www.theses.fr/2007LAROS194.

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Abstract:

Sur le plateau continental du Golfe de Gascogne, une forte halostratification de la colonne d’eau due à l’influence des panaches de la Loire et la Gironde entraîne l’occurrence de blooms microphytoplanctoniques hivernaux. Ces blooms précoces accentuent la limitation du phosphore dans la couche euphotique au printemps ce qui favorise le développement des petites cellules autotrophes au détriment des diatomées tôt dans la saison printanière. À partir de cette dynamique planctonique particulière, l’hypothèse posée est que le microzooplancton (zooplancton de 20-200 m : dinoflagellés hétérotrophes, ciliés et larves de métazoaires) est un acteur fondamental de la communauté planctonique pour le transfert de la matière des bas niveaux trophiques vers les niveaux supérieurs, et ce dès la fin de l’hiver sur le plateau continental du Golfe de Gascogne. L’objet de ce travail de thèse est de tester cette hypothèse. L’étude de la composition printanière du plancton a montré que les zones côtières concentrent la majorité des abondances planctoniques et que, comme suggéré dans l’hypothèse de départ, les principaux hétérotrophes font partie du microzooplancton dès le printemps : en général il représente plus de 60% de la biomasse des hétérotrophes, avec jusqu’à 70% de ciliés. Ensuite, l’étude de la dynamique spatio-temporelle des ciliés a mis en évidence que le développement des ciliés au début du printemps est contrôlé par la croissance et la diversification des proies. Au contraire, à la fin du printemps, la dynamique des ciliés est contrôlée par l’augmentation de la pression de prédation du mésozooplancton. L’estimation de l’impact du broutage du microzooplancton sur les productions primaire et hétérotrophe montre des valeurs très élevées au cours des trois saisons et sur les trois stations (de la côte vers le large) étudiées (parfois > 100 % productions journalières). Par contre, le bloom hivernal de diatomées n’est pas bien consommé par le microzooplancton. La forte contribution du microzooplancton au régime alimentaire du mésozooplancton a été mise en évidence au printemps sur tout le plateau continental et en particulier dans le régime alimentaire des petits copépodes < 750 m qui dominent le consortium naturel à cette période. Enfin, les très jeunes larves de petits poissons pélagiques (anchois et sardines) consomment préférentiellement les protozoaires du microzooplancton qui est probablement une proie indispensable à leur survie. La dernière partie du travail de thèse a consisté en la synthèse des données récoltées pour la construction par analyse inverse des réseaux trophiques planctoniques complets. Les résultats indiquent que le fonctionnement du réseau trophique planctonique près des côtes est basé sur des flux complexes au printemps mélangeant à la fois des flux herbivores directs et des flux microbiens où le microzooplancton représente le vecteur essentiel de la matière des bas niveaux trophiques vers le mésozooplancton. En fin d’été, les flux microbiens sont dominants dans le système planctonique, principalement basés sur de la production nouvelle près des côtes et plutôt basés sur la production bactérienne au large. L’étude précise du rôle du microzooplancton dans le réseau a confirmé la place primordiale du microzooplancton dans le transfert de la matière. Mais ce maillon supplémentaire dans le système entraîne une diminution de sa capacité à exporter de la matière carbonique microbienne vers les prédateurs du plancton. Pour finir, le couplage des petits poissons pélagiques au réseau planctonique a permis de révéler que le développement précoce des flux microbiens signifie que la capacité de charge du système planctonique est rapidement atteinte au cours du printemps
On the Bay of Biscay continental shelf, the large plumes of the Loire and Gironde rivers induce a strong halostrification of the water column at the end of winter. This stratification contributes to the development of winter microphytoplankton blooms that enhance phosphorus limitation in the photic zone in spring. As a consequence, small autotrophic cells are a primary component of the spring primary production. Based on this observation, it was hypothesized that, early in the season (early spring) the microzooplankton (20-200 m heterotrophic dinoflagellates, ciliates and metazoan larvae) would play an essential role in carbon flow towards higher trophic levels of the plankton community on the Bay of Biscay continental shelf. The goal of this study was to test this hypothesis. A survey of the spring plankton composition on the shelf showed that plankton was most abundant close to the coast and that, in agreement with the above hypothesis, the spring heterotrophic community was dominated by microzooplankton: Biomasses of the latter represented on average more than 60% of the total biomass, with up to 70% made up of ciliates. A subsequent investigation of the temporal dynamics of the ciliate community across the shelf revealed that the early-spring ciliate development was controlled by the increase and diversification of prey. Conversely, at the end of spring, the ciliate dynamics was mainly controlled by the increase of grazing pressure by mesozooplankton. The estimation of the microzooplankton grazing activity on primary and secondary productions showed a very high impact during the three studied seasons across the shelf (grazing rates of up to and exceeding 100% of the daily production). Nevertheless, the winter diatom bloom was not efficiently consumed by microzooplankton. On the other hand, a high contribution of microzooplankton to the mesozooplankton diet was demonstrated in spring over the continental shelf and especially to the diet of the dominant small copepods (< 750 m). Moreover, the first-feeding larvae of small pelagic fish (Anchovy and Sardines) appeared to preferentially consume microzooplankton (mainly protozoa), making it an essential diet item for their survival. The last part of the study was to synthesize the collected data in order to model the planktonic food web dynamics using inverse analysis. The results showed that in spring, the food web functioned through complex carbon pathways, both herbivorous and microbial. At the end of the summer, microbial pathways dominated. Close to the coast, they were mainly based on new production, while offshore, they were mainly based on bacterial production. The study confirmed the essential role of microzooplankton as a vector of carbon flows from small cells to mesozooplankton. However, the importance of microzooplankton in the carbon pathways leads to a decrease of the systems capacity to export primary and microbial biogenic carbon towards the plankton predators. Finally, the inclusion of pelagic fish to the study of the planktonic food web permitted to show that the early-season dominance of microbial pathways tends to saturate the carrying capacity of this system early in spring

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Annasawmy, Pavanee. "Patterns among micronekton communities in relation to the environmental conditions at two shalow seamounts in the south-western Indian Ocean." Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTG087.

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Abstract:

Les monts sous-marins sont des relevés topographiques omniprésents au sein de tous les bassins océaniques. Ils s’élèvent dans la colonne d’eau à partir des profondeurs abyssales. Selon leur taille, leur forme et la profondeur de leur sommet, les monts sous-marins auraient un impact sur les processus physiques susceptibles de favoriser l'agrégation du zooplancton, du micronecton et des prédateurs supérieurs au-dessus ou à proximité immédiate de leur sommet. Le micronecton forme un lien trophique clé entre le zooplancton et les prédateurs marins supérieurs et se compose de quatre grands groupes: plancton gélatineux, crustacés, céphalopodes et poissons mésopélagiques. La distribution verticale et horizontale, les assemblages et les relations trophiques du micronecton ont été étudiés sur deux monts sous-marins peu profonds du sud-ouest de l'océan Indien. Le mont sous-marin La Pérouse est un relevé topographique abrupt qui s'élève à partir d'un fond marin profond situé à 5000 m et dont la profondeur du sommet est d'environ 60 m sous la surface de la mer. Ce mont est situé au nord-ouest de la province oligotrophe "ISSG". Le mont sous-marin MAD-Ridge ("ainsi appelé dans cette étude"), est situé dans un "corridor de tourbillons" au sud de Madagascar dans la province "EAFR". Le Chapitre 4 examine l'influence des tourbillons méso-échelle, du plateau continental de Madagascar et des monts sous-marins peu profonds sur la distribution du micronecton en utilisant une approche acoustique. Il est démontré que les tourbillons méso-échelle et le plateau continental Malgache peuvent présenter des densités acoustiques de micronecton supérieures à celles du mont sous-marin MAD-Ridge. Les densités acoustiques du micronecton sont également plus élevées à MAD-Ridge qu’à La Pérouse, conformément aux différences de productivité existant entre les deux sites. Le Chapitre 5 est consacré aux assemblages de micronecton et aux schémas de migrations nycthémérales des communautés de micronecton. Il est démontré que la couche de diffusion peu profonde (0-200 m) est constituée d'espèces micronectoniques océaniques alors que les sommets et les flancs de La Pérouse et de MAD-Ridge présentent des espèces résidentes ou associées à ces monts sous-marins de jour comme de nuit. Les différentes stratégies de migration du micronecton sont également discutées. Le Chapitre 6 porte sur les interactions trophiques des communautés mésopélagiques de La Pérouse et de MAD-Ridge. Malgré les différences de productivité entre La Pérouse et MAD-Ridge, les organismes gélatineux, les crustacés, les céphalopodes de petite taille et les poissons mésopélagiques montrent des niveaux trophiques allant 2 à 4 aux deux monts sous-marins. Cette thèse met l’accent sur les importantes lacunes dans les connaissances et elle souligne également l'importance des études sur les écosystèmes des monts sous-marins du sud-ouest de l'océan Indien afin de promouvoir des mesures de gestion et de conservation pour une utilisation durable de ces environnements si particuliers
Seamounts are ubiquitous topographic features across all ocean basins. They rise steeply through the water column from abyssal depths. Depending on their size, shape and summit depths, seamounts reportedly have an impact on the physical flow regimes which may promote the aggregation of zooplankton, micronekton, and top predators above or in the immediate vicinity of their summits. Micronekton form a key trophic link between zooplankton and top marine predators and are divided into four broad categories: gelatinous plankton, crustaceans, cephalopods and mesopelagic fishes. The vertical and horizontal distributions, assemblages and trophic relationships of micronekton were investigated at two shallow seamounts of the south-western Indian Ocean. La Pérouse seamount is a steep bathymetric feature rising from a deep seabed located at 5000 m and with a summit depth at ~ 60 m below the sea surface. The seamount is located at the north-western periphery of the oligotrophic Indian South Subtropical Gyre province. MAD-Ridge seamount (“thus called in this study”), is ~ 240 m below the sea surface rising from a base located at ~2400 m. The seamount is located within an “eddy corridor” to the south of Madagascar within the productive East African Coastal Province. Chapter 4 investigates the influence of mesoscale eddies, Madagascar shelf and shallow seamounts on the distribution of micronekton using an acoustic approach. It is demonstrated that mesoscale eddies and the continental shelf may show enhanced acoustic densities of micronekton compared to MAD-Ridge seamount. The micronekton acoustic densities were also greater at MAD-Ridge compared to La Pérouse, in accordance with the difference in productivity between the two sites. Chapter 5 is dedicated to the micronekton assemblages and diel migration patterns of micronekton communities. It is shown that, while the shallow scattering layer (0-200 m) consisted of oceanic micronekton species; the summits and flanks of La Pérouse and MAD-Ridge showed presence of resident or seamount-associated species both during the day and night. I also discussed the different migration strategies of micronekton. Chapter 6 investigates the stable isotope patterns of mesopelagic communities at La Pérouse and MAD-Ridge. Despite the differing productivity at La Pérouse and MAD-Ridge, gelatinous organisms, crustaceans, smaller-sized squids and mesopelagic fishes exhibited trophic levels ranging from 2 to 4 at both seamounts. This thesis highlights important knowledge gaps on seamount ecosystems and ecological patterns associated to shallow seamounts. It also underlines the importance of studying seamount ecosystems of the south-western Indian Ocean in order to promote management and conservation measures for a sustainable use of such specific environments

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Valdés, Valentina. "The biogeochemical role of zooplankton for nitrogen and phosphorus recycling in the ocean." Thesis, Paris 6, 2017. http://www.theses.fr/2017PA066608/document.

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Abstract:

Le zooplancton est un important fournisseur de composés bioréactifs pour les bactéries par l’excrétion. Cependant, l'interaction entre le zooplancton et la boucle microbienne est mal comprise. Sur la base d'une approche expérimentale, nous déterminons le rôle du zooplancton dans le recyclage de N et du P dans la région d'upwelling du chili et dans le pacifique sud tropical occidental (WTSP). Le DON est le principal produit d’excrétion dans des conditions automne/hiver, et l'ammonium et la DOP au printemps/été dans le centre-sud du chili. En automne/hiver, l'ammonium a été rapidement consomme par la communauté microbienne coïncida avec une augmentation des copies de transcription d'archaeal et bactéries ammonium oxydatrices, alors qu'une communauté microbienne différente, probablement hétérotrophique, a réagi a l’entrée d'azote par excrétion par des copépodes nourris avec une fraction de taille réduite. Au cours du printemps/ete, un changement dans la composition de la communaute bacterienne active a été associe a la réponse du phylum bactérien opportuniste Proteobacteria et Bacteroidetes. Dans le WTSP, les copépodes contribués d'ammonium, de DON et de DOP. L'excrétion de copépodes peut améliorer le processus de reminéralisation et moduler la composition de la communauté bactérienne active, caractérisée par des changements dans Alteromonadales et SAR11. Nous concluons que l'azote et le phosphore excrétés par copépodes peuvent être utilises directement par des communautés microbiennes, y compris des nitrifiants, fournissant de N reminéralisé pour soutenir la production nouvelle et régénérée dans l'océan supérieur des différents écosystèmes marins
Zooplankton are important suppliers of bioreactive compounds for marine bacteria through fecal pellet production, sloppy feeding and excretion of dissolved compounds. However, the interaction between zooplankton metabolism and microbial loop is poorly understand. Based on experimental approach we determine the role of zooplankton in the recycling of N and P in the central/southern Chile and in western tropical south pacific (WTSP). DON was the main excretion product under autumn/winter conditions, and ammonium and DOP in spring/summer in central/southern Chile. in the autumn/winter ammonium was rapidly consumed by microbial community and this consumption coincided with increased archaea and bacteria ammonia-oxidizing amoA transcript copies in copepods fed with the larger-sized fraction, whereas a different microbial community, probably heterotrophic, reacted to the input by copepods fed with the smaller-sized fraction. During spring/summer a shift in the composition of active bacterial community was associated with the response of common-opportunistic seawater surface phyla, Proteobacteria and Bacteroidetes. In the WTSP, copepods contributed elevated levels of ammonium, DON and DOP. Copepod excretion can enhance the remineralization process and reshape the composition of the active bacterial community, characterized by shifts in Alteromonadales and SAR11. We concluded that N and P excreted by copepods can be used directly by microbial community, including nitrifying ones, providing significant remineralized N for sustaining new and regenerated production in the upper ocean of different marine ecosystems

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Espinasse, Boris. "Distribution et structure des communautés zooplanctoniques dans deux écosystèmes côtiers. : Analyse de l'impact des facteurs physiques et trophiques sur les distributions spatiales et les spectres de taille du zooplancton." Thesis, Aix-Marseille, 2012. http://www.theses.fr/2012AIXM4029/document.

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Abstract:

La structure de taille et la distribution spatiale du zooplancton ont été étudiées dans deux écosystèmes : une baie de la côte Ouest de la péninsule antarctique et le golfe du Lion en mer méditerranée occidentale. L'acquisition des spectres a été permise par l'utilisation de deux capteurs optiques : le ZooScan / ZooProcess et le Laser Optical Plankton Counter (LOPC). L'impact de différents types de forçages sur les spectres de taille des communautés zooplanctoniques a été mis en évidence dans les deux écosystèmes côtiers, notamment grâce aux caractéristiques des spectres de biomasse normalisée. Le long de la péninsule Antarctique, la fin de l'automne est une période charnière à tous les niveaux trophiques avec la baisse de la production primaire et l'agrégation du krill (Euphausia superba) dans les baies continentales. Les données ADCP ont permis de localiser dans une des baies le plus grand banc de krill échantillonné depuis 20 ans. L'étude du comportement alimentaire du krill en réponse à la baisse de la production primaire a montré l'impact du krill sur les spectres de taille des communautés mésozooplanctoniques, et en particulier sur les espèces de petites tailles. Un autre type de forçage a été mis en avant dans le golfe du Lion, où les structures physiques très variables induites par les apports du Rhône, le courant Liguro-Provençal et les vents influent directement sur la distribution spatiale du zooplancton. Des sous-régions ont été identifiées à partir de corrélations entre des paramètres physiques tels que la stratification de la colonne d'eau et des paramètres biologiques tels que la concentration en chl-a ou la pente des spectres de biomasse normalisée
Zooplankton size structure and spatial distribution were investigated in a bay along the West Antarctic Peninsula (WAP) and in the Gulf of Lion in Western Mediterranean Sea. Zooplankton size spectra were determined with the use of two optical sensors, the Laser Optical Plankton Counter (LOPC) and the ZooScan / ZooProcess system. Using features of the biomass size spectrum is was possible to identify different forcing processes that affected zooplankton size spectrum and spatial distribution in the two ecosystems. In WAP, late fall is a transition time at all the trophic levels, with the decrease of primary production and the aggregation of Antarctic krill (Euphausia Superba) in continental bays. ADCP data permitted to find in a bay the largest Antarctic krill swarm reported in the last twenty years. Study of krill feeding behavior in response to the decrease of primary production showed impact of krill on mesozooplankton size spectrum and especially a decrease of the small size species abundance. A different type of forcing was found in the Gulf of Lion, where zooplankton spatial distribution was affected by physical structures such as the inputs by the Rhône river, the Liguro-Provençal current and winds. The correlation between physical and biological parameters e.g. water masses stratification, chl-a concentration, slope of the normalized biomass size spectrum (NBSS), allowed the identification of three different regions in the Gulf of Lion. These potential habitats show different zooplankton size structure, with strong NBSS slopes close to the coast and weaker NBSS slopes in the zone of the Rhône plume influence

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Bouvier, Thierry. "Structure et dynamique du réseau trophique microbien dans le bassin nord occidental de la Mer noire sous influence du Danube." Montpellier 2, 1998. http://www.theses.fr/1998MON20196.

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Abstract:

Lors du melange des eaux du danube avec celles de la mer noire, la succession des changements des conditions physicochimiques genere une succession d'ecosystemes differents repartis en trois zones : eaux saumatres (0. 3-12), eaux intermediares (12-17) et eaux marine (> 17). Au cours de ce continuum, l'effet de l'enrichissement en nutriments inorganiques et organiques sur les biomasses carbonees des bacteries, phytoplanctons et protozaires est le plus visible dans la zone intermediare, c'est a dire entre 12 et 17 de salinite en fin d'hiver, debut de printemps et en ete. Dans les eaux saumatres et intermediares, quelle que soit la saison, le reseau trophique microbien n'est pas couple c'est-a-dire qu'une grande partie de la production de chaque groupe d'organisme n'est pas consommee par leurs consommateurs respectifs. Le systeme genere donc un exces de matiere organique non utilise par le reseau trophique pelagique. En zone marine, les interactions entre les differentes niveaux trophiques sont complexes et la majorite de la production des differentes communautes planctoniques est transferee aux niveaux trophiques superieurs. La particularite de ce reseau tient en ce que le mesozooplancton ingere et controle a la fois la production du microplancton et de ses proies (nanoplancton). Au printemps, le role des organismes gelatineux (meduses et ctenophores) dans l'ingestion du nanoplancton et microplancton produit par la chaine trophique microbienne serait important.

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Mahjoub, Mohamed-Sofiane. "Interactions prédateur-proie en milieu calme et milieu turbulent : études expérimentales sur des poissons planctonophages." Thesis, Lille 1, 2010. http://www.theses.fr/2010LIL10122/document.

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Abstract:

Les relations prédateur-proie entre larves et juvéniles de poissons d'une part et proies planctoniques d'autre part ont été étudiées expérimentalement. Dans un premier temps, nous avons réalisé des expériences de prédation à petite échelle pour étudier la flexibilité du comportement natatoire des larves de poissons ainsi que l'effet du comportement des zooplanctonctes sur l'interaction prédateur-proie. Des techniques vidéo standard en 2D et 3D ont été utilisées pour déterminer les taux d'ingestion ainsi que les taux de capture à l'échelle de l'individu. Les nages des prédateurs et des proies ont été caractérisées par des descripteurs échelle-dépendants (vitesse, accélération, distance d'attaque, NGDR) et échelle-indépendants(dimension fractale et analyse multifractale). Les résultats ont montré que les larves de mérou passaient d'une nage anisotropique multifractale en absence de proies, à une nage isotropique orientée vers de petits volumes en présence de proies. Ce comportement servirait à optimiser les taux de rencontre dans le milieu naturel où les proies sont distribuées de manière multifractale. Nos résultats ont montré que le comportement de nage des larves de Corégone affectait non seulement le taux de rencontre mais aussi le succès de capture. En effet, les trajectoires les plus complexes avec des attaques lointaines étaient les moins fructueuses. Enfin, l'étude de l'effet du comportement de nage du copépode Eurytemora affinis sur sa vulnérabilité à la prédation a confirmé les résultats théoriques selon lesquels les proies les plus rapides seraient les plus susceptibles à être détectées par les prédateurs. La deuxième partie de ce travail a été dédiée à l'étude expérimentale en grand volume de l'effet de la turbulence sur les performances de prédation des larves de poissons. L'étude des contenus stomacaux de poissons exposés à des niveaux de turbulence croissants ont révélé que la turbulence était préjudiciable aux taux d'ingestion quand les proies proposées étaient non-évasives (Artemia sp.). De plus, il a été démontré que la turbulence réduisait les maxima des taux d'ingestion par les larves de poissons. Enfin, quand les prédateurs sont présentés à des proies évasives (copépodes vivants), les niveaux intermédiaires de turbulence ont été bénéfiques. En effet, à des niveaux turbulents intermédiaires, les avantages dus à la diminution de la capacité de perception chez les proies semblent dépasser les inconvénients de la diminution du succès de poursuite
We experimentally investigated the predator-prey interactions between larval and juvenile fish and their zooplanktonic prey. At first, we conducted small-scale predation experiments to investigate the flexibility of fish larvae search behavior as well as the effect of plankters'swimming behavior on the predator-prey interaction. 2D and 3D video techniques were used to investigate the ingestion rate and the capture success at the individual level. Swimming patterns of both predators and prey were quantified using both scale-dependent (speed, acceleration, fixation distance, net to gross displacement ratio) and scale-independent (fractal dimension, multifractal analysis) metrics. Results revealed that fish larvae switched from an anistropic multifractal search pattern in absence of prey to an isotropic spatially-restricted search behavior when prey were present. We also demonstrated that swimming behavior not only governed the encounter rate but also the capture success. In fact, less complex pursuits associated to attacks triggered from short distances yielded the highest capture successes. The investigation of theeffect of Eurytemora affinis swimming behavior on the vulnerability to Dicentrarchus labrax larvae predation corroborated previous theoretical studies that faster prey are more conspicuous to predation than slower ones. In a second part of this work, we conducted larger scale experiments aiming at the elucidation of the effects of turbulence on the feeding success of fish larvae offered realistic prey densities. The results of gut contents analysis of larval sea bass feeding under increasing turbulence levels revealed that turbulence had negative effects on the feeding rates and maximum food intake of planktonic predators when preying on a non-evasive prey (Artemia sp.). Conversely, when feeding on an evasive prey (live copepod), moderate turbulence was beneficial to fish

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Ballón, Soto Roberto Michael. "Étude acoustique du macrozooplancton au Pérou : estimation de biomasse, distribution spatiale, impact du forçage physique, et conséquences sur la distribution des poissons fourrage." Thesis, Montpellier 2, 2010. http://www.theses.fr/2010MON20052/document.

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Abstract:

La partie nord du Système du courant de Humboldt (NSCH) couvre moins de 0.1% de la surface océanique mondiale mais produit plus de poisons, en particulier d'anchois du Pérou (Engraulis ringens), par unité de surface que n'importe quelle autre région du monde. Bien que ce système produise suffisamment de macrozooplancton pour alimenter les populations de poisson fourrage, le manque d'informations sur ce compartiment limite nos capacités d'étude. L'objectif de cette thèse est d'étudier la dynamique de la distribution spatiotemporelle de la biomasse en macrozooplancton du NSCH en relation avec l'environnement physique et les poissons fourrage, à différentes échelles. Pour ce faire une méthode acoustique bi-fréquences a été développée et appliqué à des séries de données acoustiques historiques. Des informations à haute résolution ont ainsi pu être extraite sur la biomasse et les patrons de distribution du macrozooplancton, de la galathée pélagique 'munida', des poissons et des autres compartiments. Cette méthode nous a également permis d'estimer l'extension verticale de la communauté épipélagique (ZVEEC). Nous avons démontré que ZVEEC coïncide avec la limite supérieure de la zone de minimum d'oxygène (ZMO), ce qui permet de produire des donnés spatialisées à haute résolution de la limite supérieure de la ZMO et d'estimer le volume d'habitat de l'anchois. Notre estimation de biomasse en macrozooplancton, environ quatre fois supérieures aux estimations antérieures, est en accord avec les découvertes récentes sur l'écologie trophique des poissons fourrage du NSCH et fournit des éléments étayant les théories actuelles sur l'origine de la haute productivité en poissons du NSCH. L'étude des impacts des structures physiques de submeso- et mesoéchelle sur la distribution du macrozooplancton supporte l'hypothèse d'une structuration de type 'bottom-up'. Nous avons également mis en évidence l'impact de la structuration spatiale du macrozooplancton sur la distribution des poissons fourrage. Les données physiques et biologiques à haute résolution obtenues grâce à cette étude ouvrent de nouvelles perspectives pour réaliser des études écologiques intégrées à échelles multiples et pour calibrer les modèles biogéochimiques, trophiques ou End-to-End
The Northern Humboldt Current system (NHCS) represents less than 0.1% of the world ocean surface but produces more fish, mainly Peruvian anchovy (Engraulis ringens), per unit area than any other region in the world. Although this system produces enough macrozooplankton to feed its high production of forage fish, the paucity of information on zooplankton hampers research in the system. The objective of this study was to investigate the multiscale dynamics of the spatiotemporal distribution of the macrozooplankton biomass off Peru in relation to the physical environment and their fish predators. For that a bi-frequency acoustic method was developed and applied to extract, from historical acoustic data, high-resolution information on the biomass and the patterns of distribution of macrozooplankton, the pelagic red squad 'munida', fish and other marine compartments. This method also allows estimating the vertical extension of this epipelagic community (ZVEEC). We demonstrated that ZVEEC coincide with the upper limit of the oxygen minimum zone (OMZ), which allowed both producing high-resolution spatial data of the upper limit of the OMZ and estimating the volume habitat of anchovy. The estimated macrozooplankton biomass was about four times higher than previously reported. This estimate is in agreement with the recent findings on forage fish trophic ecology and supports the current hypotheses explaining the NHCS high fish production. The study of the impacts of the submeso- and mesoscale physical structures on macrozooplankton provided evidence of the bottom-up physical effect on the distribution of macrozooplankton biomass. We also found further evidence of the structuring bottom-up effect that macrozooplankton exert on forage fish. The high-resolution biological and physical data obtained in this study opens new perspective to perform integrated multiscale ecological studies and to calibrate biogeochemical, trophic and End-to-End models

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Moison, Maud. "Approche expérimentale et numérique du comportement individuel de Temora longicornis (Müller, 1792), copépode calanoïde typique de la Manche orientale : réponses aux forçages biotiques et abiotiques." Thesis, Lille 1, 2009. http://www.theses.fr/2009LIL10163/document.

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Abstract:

Dans un milieu marin hétérogène, la capacité des copépodes à minimiser les dépenses d'énergie dues à la nage et à maximiser la probabilité de rencontre avec un partenaire ou une proie est cruciale. En outre, pourvus de chemio et mécanorecepteurs, ces animaux sont de bon «nano-biodétecteurs», sensibles aux stress environnementaux et aux variations saisonnières. L’objectif de cette étude est de caractériser les réponses comportementales de l’espèce Temora longicornis (Müller, 1792), copépode typique de la Manche orientale, en relation avec les différents forçages biotiques et abiotiques de ce milieu. L’effet des variations de température et de salinité ainsi que la présence de proies ont été testés isolément et en milieu contrôlé. Parallèlement, un suivi régulier du comportement a été réalisé pendant 2 ans. Pour cela, des trajectoires de copépodes males et femelles ont été étudiées en utilisant des méthodes provenant des domaines de la théorie de l'information et de la physique statistique, et par le biais d’analyses symboliques de différents états de nages. Chez cette espèce la nage consiste en des successions de périodes de repos et d’exploration interrompues par des sauts. La vitesse de nage et particulièrement la fréquence des sauts augmentent en présence de températures plus extrêmes. La présence d’algue modifie aussi nettement son activité, notamment le temps alloué à l’exploration et la nage rapide croissent avec la disponibilité de proies. Ainsi, l’influence de ces facteurs et la grande variabilité du milieu côtier en Manche Orientale tant du point de vue physique que biologique peuvent expliquer la variation du comportement observée lors du suivi saisonnier
In a very heterogeneous marine environment, the copepods ability to minimize energy costs due to swimming and to maximize the probability of meeting partner or prey is crucial. In addition, these animals have chemio and mechanoreceptors, which make very good "nano-biosensor". They will be very sensitive to stress physico-chemical, biological, including seasonal variations. The objective of this study is to characterize the behavioral responses of the species Temora longicornis (Müller, 1792), typical copepod of the Eastern Channel, in conjunction with various biotic and abiotic forcings of this environment. Initially, the effect of temperature and salinity variations and the presence of prey were tested separately and in a controlled environment. Meanwhile, regular monitoring of behavior was conducted for two years. For this, trajectories of copepods males and females are explored through new approaches using statistical methods from the fields of information theory and statistical physics, and through analysis of different symbolic states medley. For this species, swimming activity consists of a succession of periods of break and “cruise” interrupted by quick jumps. Swimming speed, especially the frequency of jumps, increases under extreme temperatures. The presence of algae in the environment also changes markedly its activity; including the time allocated for exploration and fast swimming increase with the availability of prey. Consequently, the influence of these factors and the large variability in coastal eastern handle both physically and biologically may explain the behavior variability observed during the seasonal monitoring

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Serranito, Bruno. "Forçages anthropiques et environnementaux sur la dynamique interannuelle des communautés phyto- et zooplanctoniques côtières en Méditerranée Nord-Occidentale (Toulon, France)." Thesis, Toulon, 2016. http://www.theses.fr/2016TOUL0017/document.

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Abstract:

Le développement croissant de l’urbanisme et des activités anthropiques fait peser une pression de plus en plus importante sur les zones côtières, touchant particulièrement les régions méditerranéennes. Les processus liés au changement climatique et aux activités humaines impactent en profondeur les écosystèmes marins et tout particulièrement les systèmes planctoniques qui présentent une sensibilité accrue aux perturbations du milieu. Toutefois, les effets de ces processus agissant de concert à long terme sur la structure et le fonctionnement des écosystèmes côtiers sont encore mal compris. Ainsi, les séries temporelles planctoniques représentent des outils précieux pour la compréhension des processus impactant le milieu marin. Les séries temporelles du laboratoire EBMA-PROTEE de Toulon font partie des séries les plus anciennes de Méditerranée et présentent l’intérêt de combiner l’impact des processus naturels et anthropiques sur les communautés phyto- et zooplanctoniques. C’est dans ce contexte que ce travail a pour objectif de préciser le rôle de ces facteurs sur la dynamique et la composition phyto- et zooplanctonique en Méditerranée nord-occidentale (Toulon, France). Une première partie a ainsi consisté à évaluer le rôle des mélanges verticaux se produisant au sein du bassin Ligure, comme moteur de la dynamique printanière du plancton au sein de la Rade de Toulon. Cette étude a permis d’identifier des variations significatives du régime des précipitations associées à des modifications de la salinité au sein du site de la Grande Rade de Toulon (« LaB ») sur la période 2005-2013. Variations retrouvées également sur 2 autres sites côtiers du bassin Ligure (« SOFCOM » and « Point B »). Conformément à l’hypothèse énoncée, les années conditionnées par un automne et un hiver secs ont présenté en moyenne une production phytoplanctonique printanière supérieure au sein des 3 sites, comparées aux années les plus humides. Toutefois, la présence de différences entre les sites a souligné l’impact important de mécanismes locaux sur le conditionnement de la dynamique phytoplanctonique. L’impact des changements de régime des précipitations sur la composition micro-phytoplanctonique et méso-zooplanctonique a été étudié au cours d’une seconde partie. Les résultats ont suggéré un changement profond des communautés phytoplanctoniques lié à l’augmentation des précipitations, impactant également la structure des communautés zooplanctoniques. Ainsi, ces résultats semblent indiquer que les précipitations interviennent au sein de deux processus, impactant différemment les communautés planctoniques : d’une part, une absence de précipitations participerait à la mise en place de mélanges hivernaux et à la fertilisation des eaux de surfaces au sein de bassin Ligure profitant à la rade de Toulon; d’autre part, les changements dans la composition phytoplanctonique ont évoqué la mise en place d’un processus d’eutrophisation durant les périodes pluvieuses, alimenté par les apports des rivières locales. En parallèle de cet aspect temporel, le suivi de la Petite et Grande Rade de Toulon caractérisés par un degré différent de la pression anthropique a permis, au cours d’une troisième partie, de tester le potentiel des compartiments phyto- et zooplanctoniques en tant qu’indicateur de l’augmentation de la pression anthropique. Cette étude a identifié une sensibilité accrue de la composition du zooplancton par rapport au phytoplancton. Enfin, des indicateurs de pression anthropique des zones côtières, basés sur les familles de copépodes, ont été proposés
The growing development of urbanism and anthropogenic activities is source of increasing environmental pressure on marine coastal area and especially the Mediterranean Sea. Both human activities and climate change deeply impact marine ecosystems and particularly planktonic systems, which were sensitive to environmental change. However, the combined effect of these two processes on coastal systems functioning and structure over time remains poorly understood. Therefore, planktonic time series provide powerful tools for investigating the impacts of these perturbations. The PROTEE-EBMA laboratory planktonic time series from Toulon (France) are among the oldest from the Mediterranean Sea and provide records of effects for both natural and anthropogenic pressures on planktonic communities. In the context of global change, the present work aim to determine the role of these factors on dynamic and composition of phyto- and zooplankton in NW Mediterranean (Toulon, France). The first part focused on the role of vertical mixing in the Ligurian Sea as inter annual variation driver of the spring plankton bloom in Toulon Bay. The results revealed significant shifts in precipitation regime associated with salinity change into the Large Bay (Toulon) over the period 2005-2013. Same changes were observed into 2 Ligurian basin sites (”SOFCOM” and “Point B”). According to previous hypothesis, spring blooms of phytoplankton conditioned by dry autumns and winters were on average more intense than those from wet conditions. However, differences among sites highlighted importance of local drivers affecting phytoplanktonic dynamics. The second part aimed to investigate impact of precipitation and salinity changes on plankton composition. Results showed a dramatic change in phytoplankton community composition triggering by increasing precipitations and consequently lower salinity and subsequently leading to zooplankton community shifts. In addition, these results suggested that precipitation involved in two specific processes, affecting in a different manner the plankton communities: firstly, low precipitation could contribute on the triggering of winter mixing and thus in surface water fertilization of the Ligurian Basin impacting the Toulon Bays. On the other hand, phytoplankton community shifts also suggested a developing eutrophication processes in Toulon Bay during important precipitation periods driven by increasing local river inputs. In the third part, impact of anthropogenic pressure on both phyto- and zooplankton communities was investigated based on monitoring of two neighboring coastal systems characterized by distinct levels of human activities. Zooplankton communities showed higher sensibility to anthropogenic activities than phytoplankton communities. Finally, indicators of anthropogenic pressure based on copepod families were proposed

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Ziadi, Boutheina. "Contribution à l’étude de l’impact des microalgues nuisibles sur le copépode Acartia clausi (Giesbrecht, 1889) dans la lagune de Ghar El Melh." Thesis, Bourgogne Franche-Comté, 2017. http://www.theses.fr/2017UBFCD036.

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Abstract:

Ce travail a pour objectif d’étudier la biodiversité et la dynamique du zooplancton en relation avec les paramètres environnementaux dans la lagune Ghar El Melh au niveau de 5 stations à travers un suivi bimensuel allant de février 2011 à janvier 2012. Cette étude vise également à déterminer l’impact des régimes alimentaires à base de microalgues nuisibles, en conditions expérimentales, sur la survie, le comportement et la reproduction du copépode Calanoïde Acartia clausi collecté dans la lagune Ghar El Melh pendant la saison printanière.L’analyse hydrologique du milieu a mis en évidence une variation saisonnière de la totalité des paramètres avec des valeurs importantes de la température, de la salinité, du pH et de la Chl a en été et des teneurs élevées en nutriments en automne/hiver. L’étude spatio-temporelle du zooplancton a révélé la présence de 23 groupes zooplanctoniques dominés par les copépodes (37,25%) et les ciliés (21,09%). La lagune représente également un lieu de reproduction pour plusieurs espèces compte tenu de l’abondance du méroplancton tels que les larves de lamellibranches (14,9%) et les véligères de gastéropodes (12,5%). La température, la salinité, les caractéristiques hydrodynamiques, la teneur en ammonium et la richesse trophique ont été les facteurs déterminants pour le développement du zooplancton. Les relations d’ordre trophique semblent avoir un effet important sur la distribution des copépodes, ciliés et rotifères. La communauté des copépodes a été composée par 13 espèces dominées par les espèces opportunistes Oithona nana (59,5%), Acartia clausi (21%) et Euterpina acutifrons (8,87%) dont les abondances et la saisonnalité semblent être tributaires, en plus de l’abondance des proies, des caractéristiques hydrologiques de l’eau notamment de la température et la salinité.Les essais portant sur l’impact des microalgues nuisibles sur Acartia clausi ont mis en évidence i) une réduction du taux de survie (55%) et du nombre d’œufs produits (3,9 ± 3,2 œufs femelle-1 j-1) due à Prorocntrum micans malgré l’importance de l’activité alimentaire et du taux d’éclosion des œufs ii) Une altération importante de l’activité alimentaire, de la reproduction et de la survie due à Prorocentrum lima dès le premier jour iii) une létalitè importante de la souche Ostreopsis ovata se caractérisant par la mortalité de tous les individus après 24 heures iv) une altération importante du mouvement (33,6%) observée dès le 8ième jour, accompagnée d’une production réduite d’œufs (2,8 ± 3,9 œufs femelle-1 j-1), un faible taux d’éclosion (27,9 ± 30,6%) et d’une réduction importante de la survie due à Alexandrium catenella
The aim of this work is to study the biodiversity and seasonal distribution of zooplankton community along with environmental factors in Ghar El Melh lagoon at 5 stations by twice monthly sampling from February 2011 to January 2012. This study also focused on the impact of several diets based on harmful microalgae on the survival, behavior and reproduction of the Calanoïd copepod Acartia clausi collected from Ghar El Melh lagoon during spring under laboratory control.The hydrological caracteristics revealed a seasonal variation of all parameters with high water temperature, salinity, pH and Chlorophyll a in summer and high nutrient concentrations in autumn/winter. The study of spatial and temporal variation of zooplankton revealed the presence of 23 groups mainly dominated by copepods (37.25%) and ciliates (21.09%). High abundance of meroplankton such as bivalve larvae (14.9%) and gastropod veligers (12.5%) showed that the lagoon can be considered as a breeding place for several marines species. Temperature, salinity, hydrodynamic characteristics, ammonium concentration and abundance of prey were the determining factors for the development of zooplankton. Trophic relationships seem to have an important effect on the distribution of copepods, ciliates and rotifers. The copepod community was composed of 13 species chiefly represented by opportunistic species Oithona nana (59.5%), Acartia clausi (21%) and Euterpina acutifrons (8.87%). Abundance and seasonality of this opportunistic community seem to be related to the abundance of prey and hydrological characteristics of water such as temperature and salinity.Bioassay on Acartia clausi using several harmful microalgae species showed (i) reduction of survival rate (55%) and egg production (3.9 ± 3.2 eggs female-1 day-1) due to Prorocntrum micans despite the high feeding rate and egg hatching success (80%) ii) a high decrease of feeding, reproduction and survival rates observed after 1 day of exposure to the toxic Prorocentrum lima iii) a very high lethality of used Ostreopsis ovata strain causing the mortality of all copepods after only 24 hours iv) high movement alteration rate (33.6%) observed after 8 days of exposure to Alexandrium catenella, associated to a reduced egg production rate (2.8 ± 3.9 eggs female-1 day-1), a low hatching success (27.9 ± 30.6%) and a reduced survival rate

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Pinedo, Arteaga Elda Luz. "Estructura comunitaria del zooplancton de la costa peruana asociado a las masas de agua durante los veranos del 2000 y 2003." Bachelor's thesis, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2014. https://hdl.handle.net/20.500.12672/3866.

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Abstract:

El presente estudio tiene como objetivo evaluar la estructura de la comunidad del zooplancton en el verano 2000 y 2003 asociado a las masas de agua presentes en ambos períodos. Las muestras de zooplancton fueron obtenidas del crucero de evaluación hidroacústica de recursos pelágicos realizados por el Instituto del Mar del Perú (IMARPE) durante los meses de febrero y marzo del 2000 y 2003, desde los 3° hasta los 18° S. Para la colecta de muestras se empleó una red Hensen de 300µ lanzada hasta 50 metros de profundidad. Se analizaron 100 muestras colectadas durante las horas de la noche. Cada muestra fue procesada en el laboratorio, para la determinación taxonómica, abundancia, biovolúmenes por muestra, y de estructura de tallas. En el verano 2003, altos biovolúmenes, un mayor número de especies y organismos de mayor tamaño fueron registrados asociados con una mayor distribución y cercanía hacía la costa de las Aguas Subtropicales Superficiales (ASS). En el verano 2000 fueron observados dos escenarios: al sur de los 6°S fue reportado una mayor abundancia, pero un menor número de especies y bajos biovolúmenes, mientras que al norte fueron registrados altos biovolúmenes y una mayor riqueza de especies asociados con las Aguas Ecuatoriales Superficiales (AES) y Aguas Tropicales Superficiales (ATS). El análisis multivariado diferenció dos grupos asociadas con aguas cálidas y aguas frías. Los análisis de correlación muestran una fuerte relación de la mayoría de los grupos zooplanctónicos, así como de los bivolúmenes y el número de especies con la temperatura superficial del mar, pero no así con la salinidad. Esto mostraría el efecto positivo de las masas de agua de mayor temperatura, en términos de biomasa, mayor diversidad de especies y la presencia de organismos de mayor tamaño. Estos efectos de las masas de agua estarían dados por las condiciones climáticas de cada verano. El verano 2000 estuvo influenciado por El evento La Niña de 1999, que por tener características frías contribuyó con una mayor proporción de organismos pequeños, mientras que el verano 2003 estuvo bajo las condiciones de El Niño débil 2002/2003, que a pesar de tener un efecto sobre la comunidad del zooplancton, no fue tan drástico como el EN 1998.
--- The study aims to assess the zooplankton community structure in summer 2000 and 2003 off the coast of Peru associated with water masses present in both periods. Zooplankton samples were obteined from hydroacoustic evaluation of pelagic resources cruise provided by “Instituto del Mar del Perú” (IMARPE) during February-March 2000 and 2003, from 3 ° to 18 ° S. Zooplankton was collected at 50 m depth by vertical hauls with Hensen (300μ mesh). 100 night samples were analyzed for taxonomic determination, abundance, biovolúmenes per sample, and size structure. In summer 2003, higher biovolumens, largest number of species and a greater number of large zooplankton were recorded, associated to the ocurrence near the coast of Subtropical Surface Water (SSW). In summer 2000, highest abundance, but fewer species and lower biovolúmenes was recorded southward from 6°S associated with Cold Coastal Waters (CCW), while higher biovolúmenes and greater richness of species was found northward associated to Equatorial Surface Water (ESW) and Tropical Surface Water (TSW). Multivariate analysis base on zooplankton abundance showed a división of zooplankton community into two groups related to warm and cold waters. Correlation analyzes showed a strong relationship with the most zooplankton groups, the bivolúmenes, and the number of species with sea surface temperature, but not with salinity. This would show the positive effect of warm water masses on zooplankton community in terms of biomass, species richness and the presence of large zooplankton. These effects of water mass would be given by the climatic conditions of each period. Summer 2000 was influenced by La Niña 1999 event, with the predominance of CCW that contributed a greater proportion of small organisms, while summer 2003 was under conditions weak El Niño 2002/2003, that in despite of having an effect on zooplankton community, it was not as drastic as El Niño 1998.
Tesis

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Neffati, Nada. "Contribution à l'étude de la dynamique du zooplancton de la baie de Marseille (France) et du canal de Bizerte (Tunisie). Etude de la reproduction et du développement de copépodes planctoniques cibles." Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM4080.

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Abstract:

Cette thèse porte sur l’étude de la dynamique du zooplancton de deux écosystèmes Méditerranéens, la Baie de Marseille (France) et le Canal de Bizerte (Tunisie). Le mésozooplancton de la Baie de Marseille a été prélevé à la station SOMLIT de mars 2009 à juillet 2011 et étudié à l’aide de deux méthodes d’analyse (la loupe binoculaire et le ZooScan). Les résultats obtenus nous ont permis de caractériser à la fois le stock (abondance et biomasse) et la structure (composition taxonomique et spectre de taille) de la communauté zooplanctonique. Une succession saisonnière de la structure de la communauté zooplanctonique a été observée, et qui est principalement commandée par la température et les blooms phytoplanctoniques. Les organismes de petites tailles ont dominé en abondance et en biomasse la communauté zooplanctonique. Une étude in situ de la dynamique de population et de la reproduction des copépodes Centropages typicus et Temora stylifera a été réalisée à cette même station SOMLIT. Une saisonnalité des taux de ponte des deux copépodes a été enregistrée, avec des minima au printemps et des maxima de la fin d’automne au début d’hiver.L’activité de reproduction des copépodes Centropages ponticus et Temora stylifera prélevés in situ à la station Canal de Bizerte, a été étudiée en automne, en 2006 et en 2010. Les taux de ponte et de viabilité des œufs ont été assez stables pour C. ponticus, alors qu'ils variaient fortement pour T. stylifera. Les variations des paramètres de reproduction des deux copépodes ont été associées à des variations de paramètres environnementaux, en particulier la turbidité et la composition phytoplanctonique
This thesis focuses on the study of zooplankton dynamics in two Mediterranean ecosystems, the Bay of Marseille (France) and the Channel of Bizerte (Tunisia). The mesozooplankton of Marseille’s Bay was collected from SOMLIT station, from March 2009 to July 2011, and studied using two analytical methods (microscope and ZooScan). The results led us to a precise characterization of both stock (abundance and biomass) and structure (taxonomic composition and size spectrum) of the zooplankton community. A seasonal succession of the zooplankton community structure was observed, mainly controlled by the temperature and phytoplankton blooms. Planktons of small sizes have dominated in abundance and biomass the zooplankton community. An in situ study of population dynamics and reproduction of copepods Centropages typicus and Temora stylifera was made at the same station SOMLIT. A seasonal egg production of both copepods was recorded, with minima in spring and maxima from the late autumn to early winter.An in situ reproduction activity of the copepods Centropages ponticus and Temora stylifera was investigated in autumn 2006 and 2010 in the Bizerte Channel. Egg production and hatching success remained fairly stable for C. ponticus throughout the study period compared with T. stylifera in which reproductive traits fluctuated considerably. Changes in reproductive traits for both species resulted from environmental parameter variations, in particular the turbidity and the phytoplankton composition

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Smati, Hossem Edine. "Physical forcing of zooplankton in the upper oligotrophic ocean off Bermuda (northwestern Atlantic) and New Caledonia (southwestern Pacific) from acoustics and net measurements." Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM4073.

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Abstract:

Les forçages physiques conditionnent la discontinuité dans l'espace et le temps (patchiness) du plancton dans l'océan. La thèse s'est basée sur deux exemples. Le premier concerne le nord-ouest des Sargasses où une série temporelle à du macrozooplankton a été analysée à partir du rétro signal acoustique (Sv) mesuré avec un ADCP 153-KHz. Trois types de tourbillons ont été identifiés: un tourbillon cyclonique productif, la périphérie d'un tourbillon "mode-water", et la périphérie d'un tourbillon anticyclonique. Les valeurs de Sv ont augmenté au cours du passage des tourbillons, avec une hausse plus marquée associée au bord des tourbillons cyclonique et anticyclonique, ce qui suggère une réponse biologique significative aux upwelling localisées dans la zone frontale de ces tourbillons. Dans le deuxième exemple, la distribution spatiale et temporelle du zooplancton a été étudiée au large de la Nouvelle-Calédonie au cours de deux campagnes multidisciplinaires en 2011. La variabilité du zooplancton a été évaluée à l'aide d'échantillonnage au filet ainsi qu'à partir de mesures acoustiques (ADCP embarqué, échosondeur scientifique et TAPS). Des amplitudes plus élevées de la migration verticale nycthémérale (DVM) du zooplancton étaient associées à une plus grande abondance de petit zooplancton et aux eaux froides du sud de la zone d'étude, tandis que des amplitudes de DVM plus faibles dans le nord étaient associés à des eaux plus chaudes et à de plus grande abondance des grands organismes. Ces mesures acoustique ont clairement mis en évidence le rôle des forçage physique, notamment des structures à méso-échelle, sur la répartition spatiale et temporelle du zooplancton
Physical forcing drives the space and time discontinuity (patchiness) of plankton in the ocean. The thesis was focused on the role of these forcing on the zooplankton, studied using both acoustic and traditional methods with net sampling. The study was based on two examples. The first one concerns the northwestern Sargasso Sea where high resolution time-series data on 0-200m macrozooplankton abundance and distribution off Bermuda was estimated from volume backscattering strength (Sv) measured with a 153-Khz ADCP. Three types of eddies were identified: a productive cyclonic eddy, the periphery of a mode water eddy, and the periphery of an anticyclonic eddy. Sv values increased during passage of theses eddies, with a more pronounced increase associated with the edge of the cyclonic and the anticyclonic eddies, suggesting a significant biological response to localized upwelling in the high velocity boundary of these eddies. In the second example, spatial and temporal distribution of zooplankton off New Caledonia was studied during two multidisciplinary cruises in 2011. Zooplankton variability was assessed using net sampling together with acoustic measurements (shipborne ADCP, scientific echosounder and TAPS). Higher amplitudes of diel vertical migration (DVM) of zooplankton were associated with higher abundance of large zooplankton and cold waters to the south of the study area, while lower DVM amplitudes in the north were associated with warmer waters and higher abundance of small organisms. These acoustic measurements clearly evidenced the role of physical forcing, particularly mesoscale features, in shaping zooplankton space and time distribution

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Boyer, Séverine. "Ecologie du copépode calanoïde Paracartia grani : implication dans le cycle de vie du parasite Marteilia refringens dans la lagune de Thau." Thesis, Montpellier 2, 2012. http://www.theses.fr/2012MON20147/document.

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Abstract:

Au cours de cette étude, le cycle de vie de Paracartia grani, un copépode calanoïde appartenant à la famille des Acartiidae, a été déterminé dans la lagune de Thau. En effet, ce copépode aurait une implication dans le cycle de vie du parasite Marteilia refringens, affectant les productions de bivalves. Un suivi bimensuel de la communauté mésozooplanctonique effectué sur deux ans à une station fixe dans la lagune a permis de déterminer que P. grani est l'espèce d'Acartiidae dominante en été. Son cycle de vie se compose de deux phases : une phase pélagique d'avril à janvier, et une phase benthique de février à début avril durant laquelle l'espèce subsiste dans le sédiment sous la forme d'œufs de diapause. L'analyse de la structure de la population (spectre de taille, contribution des stades de développement et sexe ratio) a permis de déterminer que 9 générations se succédaient pendant l'année. L'étude de l'influence de 3 paramètres environnementaux (température, salinité et concentration en chlorophylle a) sur la dynamique de ponte de l'espèce a révélé que la production d'œufs de P. grani était principalement régie par la température et que l'augmentation rapide de celle-ci au printemps permettait de déclencher l'éclosion des œufs de diapause. Le second objectif de cette étude s'est attaché à décrire la dynamique du parasite M. refringens chez P. grani et les bivalves Mytilus galloprovincialis et Ruditapes decussatus dans la lagune de Thau. Des analyses en histologie et hybridation in situ ont permis de décrire les différentes formes du parasite chez ces 3 espèces. La recherche de M. refringens par PCR chez les copépodites de P. grani a révélé la présence d'ADN de parasite de juin à novembre, période à laquelle de nouvelles moules apparaissent infectées. Les expériences de mesure de l'efficacité de rétention des différents stades de développement de P. grani par la moule ont permis de montrer que tous les stades de développement peuvent être impliqués dans le cycle de vie de M. refringens, en particulier les œufs du copépode qui ont par ailleurs présentés des résultats positifs en PCR. Notre étude a ainsi permis de préciser les interactions entre copépode, parasite et moules mais n'a pas permis d'élucider complètement le cycle de Marteilia refringens. Des questions restent posées concernant notamment les voies de transmission du parasite du copépode vers les moules et concernant l'impact potentiel du parasite sur le copépode lui-même
In this study, the life cycle of Paracartia grani, a calanoid copepod belonging to the Acartiidae family was determined in Thau lagoon. Indeed, the copepod involvement in the life cycle of the parasite Marteilia refringens affecting the bivalves production is suspected. Mesozooplanktonic community was monitored twice a month over two years at a fixed station in the lagoon. Sampling has identified P. grani as the acartiid dominant species in summer. From April to January, the copepod is found in the water column while from February to early April it remains in the sediment as diapausing eggs. The analysis of the population structure (size spectrum, contribution of developmental stages and sex ratio) has revealed that there are 9 generations per year. The study of the influence of three environmental parameters (temperature, salinity and chlorophyll a concentration) on the dynamic nesting species indicated that P. grani egg production was mainly governed by temperature and its rapid increase in spring could trigger the hatching of diapause eggs.The second objective of this study aimed to describe the dynamics of the parasite M. refringens in P. grani, and in the bivalves Mytilus galloprovincialis and Ruditapes decussatus in the Thau lagoon. Histological and in situ hybridization analysis allowed describing the different forms of the parasite in these three species. Research of M. refringens by PCR in P. grani copepodites revealed that the parasite DNA presence in the copepod from June to November, when new mussels appeared infected. Experiments to measure the retention efficiency of the different stages of development of P. grani by mussels have shown that all developmental stages could be involved in M. refringens life cycle, especially copepod eggs that have also shown positive results by PCR. Our study has allowed clarifying interaction between copepods, parasites and mussels but not elucidate completely M. refringens life cycle. Questions remain especially regarding way of transmission of parasite from copepods to mussels and the potential impact of the parasite on the copepod itself

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Olivares, Johnston Gonzalo. "Mecanismos de interacción físico-biológica en una zona de surgencia costera." Tesis, Universidad de Chile, 2000. http://www.repositorio.uchile.cl/handle/2250/106668.

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Guerbej, Hamadi. "Recherches technologiques et experimentales sur le sevrage d'alevins de loup (dicentrarchus labrax l. )." Caen, 1987. http://www.theses.fr/1987CAEN2009.

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Abstract:

Les experimentations realisees en grand volume (7m**(2), 10m**(3)) visent a mieux cerner les conditions de sevrage progressif de l'alevin de loup, dicentrarchus labrax, en elevage intensif. Dans le cadre de ce travail, la sequence alimentaire varie progressivement du zooplancton vivant au granule en passant par des aliments naturels inertes varies

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Dur, Gaël. "Study of two brackish copepod species from contrasted environments through multi-scale approach : from ethology to population dynamic." Thesis, Lille 1, 2009. http://www.theses.fr/2009LIL10081.

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Abstract:

Les copépodes calanoides Eurytemora affinis et Pseudodiaptomnus annandalei sont des espèces dominant respectivement les communautés zooplanctoniques des estuaires tempérés et tropicaux. Ces deux espèces, bien qu’issues de milieux contrastés, présentent de nombreuses similitudes. Cependant leur comportement n’a été que peu étudié. L’approche multi-échelle utilisée au cours de cette thèse pour étudier ces deux espèces combine des analyses empiriques du comportement des copépodes à l’échelle de l’individu avec la modélisation individu-centré. La partie consacrée à la petite échelle nous a permis d’explorer comment les stades adultes des deux espèces nagent et s’accouplent. Ces différents processus ont été appréhendés en laboratoire via des techniques d’enregistrement vidéo en deux et trois dimensions. Avec l’approche de modélisation individu-centré, nous avons dans un premier temps développé un modèle constituant une représentation réaliste du processus de reproduction chez les espèces de copépode portant leurs œufs. Ce modèle a ensuite été intégré dans un modèle reproduisant le cycle de vie complet permettant de simuler le développement sur plusieurs générations à température constantes. A l’aide du modèle consacré à la reproduction, nous avons montré comment un processus observé à l’échelle de l’individu, i.e. la sélection des mâles par les femelles, peut affecter la production moyenne de la population. Enfin, l’intégration dans le modèle cycle de vie de l’effet de la variation de température et d’une variation saisonnière de la survie des stades adultes et larvaires nous a permis de simuler la dynamique de population d’E.affinis sur plusieurs années
The calanoid copepods Eurytemora affinis and Pseudodiaptomus annandalei are among the most dominant zooplankton species in respectively temperate and sub-tropical/tropical estuaries. Both species, while from contrasted environment, exhibit lots of similarity However their behaviour is scarcely studied. The multi-scale approach applied along this thesis for the study of these two species combined empirical analysis of copepod behavior with individual based modeling. The part of the thesis dedicated to small scales studies lead to the description of how the reproductive stages of these two species swim, mate and reproduce. These different processes were grasped throughout two or three dimensional filming experiments conducted in laboratory. Through the individual-based modeling approach, we first developed an individual-based model which constitutes a realistic representation of the reproduction process in egg-carrying copepods. This model was subsequently integrated into a model that represent the entire life cycle of such copepods allowing the simulation of the development of several generations for constant temperature conditions. With the model dedicated to reproduction, we showed how a process observed at the individual scale, i.e., the female mate selection, may affect the mean production of the population. Finally, the integration of the effect of temperature variation on development and reproduction as well as a seasonal variation of adults and nauplii survival in the model representing the life cycle lead to the simulation of the population dynamic of E. affinis over several years

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Arias, Bulbena Anna. "Diel feeding rhythms in marine protistan grazers." Doctoral thesis, Universitat de Barcelona, 2020. http://hdl.handle.net/10803/672410.

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Abstract:

Protistan grazers are a key component of marine planktonic food webs. These marine protists are the major grazers of pelagic primary production in the oceans and, therefore, they display a crucial role in marine biogeochemical cycles as pivotal intermediaries of the energy and mass flux from primary producers to higher trophic levels. Notwithstanding their relevant role in the global pelagic system, some key aspects related to their trophic behaviour remain still poorly understood. Among these features, diel feeding rhythms are of relevant importance as they represent the coupling between the cycles of primary production and the feeding cycles of their predators and, consequently, they strongly condition the carbon flux mediated by marine protistan grazers and the dynamics of planktonic food webs. This Ph.D. Thesis aims to deepen our knowledge of the diel feeding rhythms in marine protistan grazers, exploring their occurrence and the mechanisms that generate and modulate this rhythmic behaviour. Accordingly, we first investigated the existence of diel feeding rhythms in diverse species of heterotrophic and mixotrophic protistan grazers (the dinoflagellates Gyrodinium dominans, Oxyrrhis marina and Karlodinium armiger, and the ciliates Strombidium arenicola and Mesodinium rubrum). Then, we evaluated how intrinsic characteristics of the prey (Rhodomonas salina), including the growth phase and the diel variations on its stoichiometric composition, as well as own characteristics of the grazers, such as their previous feeding history and the timing for cell division, may be causal factors or perhaps regulate the diel feeding activity of marine protists. We also assessed the effect of extrinsic factors, such as the prey concentration, the light and the risk of predation, on the feeding rhythm of marine protists. Finally, we conducted field experimentation to study the diel feeding rhythms of protistan grazers in a natural ecosystem, the Gullmar Fjord (Sweden). As major conclusions of the present Ph.D. Thesis, we found that there might not exist a unique underlying mechanism causing the different patterns of diel feeding rhythms we observed in marine protistan grazers. Instead, it appears that marine protists species might have developed feeding rhythms largely conditioned by their physiological and behavioural characteristics, as well as by the ecological conditions from their original habitat, which might determine the factors by which it is modulated.
Los ramoneadores protistas son un componente clave de las redes tróficas planctónicas marinas. Estos protistas marinos son los principales consumidores de producción primaria pelágica en los océanos y presentan, por lo tanto, un papel crucial en los ciclos biogeoquímicos marinos como intermediarios fundamentales de los flujos de energía y masa desde los productores primarios hacia niveles tróficos superiores. A pesar de su relevante papel en el sistema pelágico global, algunos aspectos clave relacionados con su comportamiento trófico son todavía poco conocidos. Entre estas características, los ritmos diarios de alimentación son de gran importancia, ya que representan el acoplamiento entre los ciclos de producción primaria y los ciclos de alimentación de sus depredadores y, en consecuencia, condicionan en gran medida el flujo de carbono mediado por los ramoneadores protistas marinos y la dinámica de las redes alimentarias planctónicas. Esta Tesis Doctoral tiene como objetivo profundizar en nuestro conocimiento de los ritmos de alimentación en los ramoneadores protistas marinos, estudiando su ocurrencia y los mecanismos que generan y modulan este comportamiento rítmico. Por ello, primeramente investigamos la presencia de ritmos diarios de alimentación en diversas especies de ramoneadores protistas heterotróficos y mixótrofos (los dinoflagelados Gyrodinium dominans, Oxyrrhis marina y Karlodinium armiger, y los ciliados Strombidium arenicola y Mesodinium rubrum). Luego, evaluamos como características intrínsecas de la presa (Rhodomonas salina), como son su fase de crecimiento y las variaciones diarias en su composición estequiométrica, así como también características propias de los ramoneadores, tales como su historia de alimentación previa y el momento de división celular, pueden ser factores causantes o bien reguladores de los ritmos diarios de alimentación en los protistas marinos. También investigamos el efecto de factores extrínsecos, como son la concentración de presas, la luz y el riesgo de depredación, sobre la actividad de alimentación rítmica de los protistas marinos. Finalmente, realizamos un estudio de campo sobre los ritmos de alimentación diarios de los ramoneadores protistas en un ecosistema natural, el Fiordo de Gullmar (Suecia). Como conclusiones principales de la presente Tesis Doctoral, encontramos que quizás no exista un mecanismo causal único que explique los diferentes patrones de ritmos diarios de alimentación en los ramoneadores protistas marinos. Nuestro estudio parece indicar que las especies de protistas marinos desarrollan ritmos diarios de alimentación condicionados, en gran medida, por sus características fisiológicas y de comportamiento, además de por las particularidades ecológicas de su hábitat de origen, las cuales determinarían los factores por los que este patrón de actividad puede ser modulado.
Els pastors protistes són un component clau de les xarxes alimentàries planctòniques marines. Aquests protistes marins constitueix el principal consumidor de la producció primària pelàgica en els oceans i presenta, per tant, un paper crucial en els cicles biogeoquímics marins com intermediaris fonamentals en els fluxos d’energia i de massa des dels productors primaris cap a nivells tròfics superiors. Tot i el seu rol rellevant en el sistema pelàgic global, alguns aspectes clau relacionats amb el seu comportament tròfic són encara poc coneguts. Entre aquestes característiques, els ritmes diaris d’alimentació són de gran importància, ja que representen l’acoblament entre els cicles de producció primària i els cicles d’alimentació dels seus depredadors i, en conseqüència, condicionen en gran manera el flux de carboni mediat pels pastors protistes marins i la dinàmica de la xarxa alimentaria planctònica. Aquesta Tesi Doctoral té com a objectiu aprofundir en el nostre coneixement sobre els ritmes d’alimentació diaris en els pastors protistes marins, estudiant la seva presencia i els mecanismes que generen i modulen aquest comportament rítmic. Així doncs, primerament vam investigar l’existència de ritmes diaris d’alimentació en diverses espècies de pastors protistes heterotròfics i mixòtrofs (els dinoflagel·lats Gyrodinium dominans, Oxyrrhis marina, i Karlodinium armiger, i els ciliats Strombidium arenicola i Mesodinium rubrum). Llavors, vam avaluar com característiques intrínseques de la presa (Rhodomonas salina), com són la fase de creixement i les variacions diàries en la seva composició estequiomètrica, així com també característiques pròpies dels pastors, com la seva història d’alimentació prèvia i el moment de divisió cel·lular, poden ser factors causants o bé reguladors dels ritmes diaris d’alimentació dels protistes marins. També vam avaluar l’efecte de factors extrínsecs, com són la concentració de presa, la llum i el risc de depredació, en l’activitat d’alimentació rítmica dels protistes marins. Finalment, vam portar a terme un estudi de camp per explorar els ritmes d’alimentació dels pastors protistes en un ecosistema natural (el Fiord de Gullmar, Suècia). Com a conclusions principals de la present Tesi Doctoral, vam trobar que potser no existeix un mecanisme causant únic dels ritmes diaris d’alimentació en pastors protistes marins. El nostre estudi sembla indicar que les espècies de protistes marins desenvolupen ritmes d’alimentació condicionats, en gran manera, per les seves característiques fisiològiques i de comportament, així com també de les particularitats ecològiques del seu hàbitat d’origen, les quals determinarien els factors pels quals el ritme és modulat.

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LEFEVRE, MIREILLE. "Variations spatio-temporelles du peuplement zooplanctonique du lagon de l'ile de moorea (archipel de la societe, polynesie francaise)." Paris 6, 1986. http://www.theses.fr/1986PA066327.

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Abstract:

Apres une 1ere partie decrivant le milieu etudie, l'auteur definit les principales especes holoplanctoniques rencontrees puis met en evidence les variations dans la repartition spatiale des especes, notamment les copepodes qui constituent le taxon la plus abondant, et les variations d'abondance de la biomasse planctonique au cours de cycles mensuels et nycthemeraux

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Bonnet, Delphine. "Effet de la diversité nutritionnelle du microplancton sur le zooplancton : étude de processus démographiques et trophiques de copépodes marins dans des conditions de laboratoire et in situ." Paris 6, 2001. http://www.theses.fr/2001PA066499.

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Dessier, Aurélie. "Analyse du compartiment mésozooplanctonique et écologie alimentaire printanière de la sardine, Sardina pilchardus (Walbaum, 1782), et de l’anchois, Engraulis encrasicolus (Linné, 1758) adultes dans le Golfe de Gascogne." Thesis, La Rochelle, 2015. http://www.theses.fr/2015LAROS036/document.

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Abstract:

L’étude de l’écologie alimentaire d’une espèce est une clé de la compréhension de sa biologie et de son fonctionnement dans l’écosystème. Ainsi, les interactions proies-prédateurs sont une des voies qui structurent et déterminent les dynamiques des populations et le réseau trophique à l’échelle d’un écosystème. Parmi les sites d’étude d’intérêt majeur, le milieu marin est un espace soumis à des forçages naturels et anthropiques. A l’échelle de l’Océan Atlantique Nord-Est, le Golfe de Gascogne est une vaste baie bordée par l’Espagne au sud et la France à l’est. Ce Golfe est le siège historique d’une intense activité de pêches commerciales pour lesquelles les principales espèces de petits poissons pélagiques ciblés sont la sardine, Sardina pilchardus, et l’anchois, Engraulis encrasicolus. L’objectif de ces travaux est d’analyser l’écologie alimentaire printanière, de ces deux petits poissons pélagiques dans le Golfe de Gascogne. Pour ce faire, le premier volet s’est focalisé sur le compartiment des proies mésozooplanctoniques via deux approches : la caractérisation de leurs dynamiques spatio-temporelles sur la décennie 2003-2013 et la mesure de leur contenu énergétique au printemps. Il apparaît, à cette saison, que tous les types de proies ne se valent pas énergétiquement et que notre site d’étude représente une mosaïque d’habitats alimentaires. De plus, la communauté mésozooplanctonique printanière présente une forte structuration spatiale, une évolution temporelle marquée par un changement majeur d’abondance et un contrôle par la biomasse de microphytoplancton. Le second volet de ces travaux est relatif à une approche méthodologique de l’analyse de l’écologie alimentaire de S. pilchardus et E. encrasicolus. Trois traceurs trophiques distincts ont été utilisés : les ratios isotopiques du carbone et de l’azote, la faune parasitaire et les niveaux de contamination en mercure. Pour perfectionner l’utilisation du premier de ces traceurs, une approche expérimentale a été menée sur S. pilchardus pour déterminer un facteur de discrimination trophique. Finalement, il apparaît que l’utilisation de ces trois traceurs a toujours permis de mettre en évidence une variabilité temporelle relative de l’écologie alimentaire des poissons étudiés. En revanche, aucune dynamique spatiale n’a pu être détectée via ces traceurs
Dietary studies of marine species constitute an important key to improve the understanding of its biology and of its role in the ecosystem. Thus, prey-predator relationships structure and determine population dynamics and the trophic network at the ecosystem scale. Among the major study sites, the marine ecosystem is submitted to natural and anthropogenic constraints. In the North-Eastern part of the Atlantic Ocean, the Bay of Biscay is a large open area surrounded South by Spain and East by France. This bay is an historic place of intense fishery activities for which the main small pelagic species targeted are the pilchard, Sardina pilchardus and the anchovy, Engraulis encrasicolus. The aim of this work is to analyze the trophic ecology of these two small pelagic fish in spring in the Bay of Biscay. To do this, a first section is devoted to their prey composed by the mesozooplanktonic compartment, through a two-fold approach: the characterization of their spatio-temporal dynamics during the decade 2003-2013 and the measurement of their energetic content in spring. For this season, it appears that all prey types are not worth energetically and that the Bay of Biscay represents a mosaic of dietary habitat. Moreover, the spring mesozooplankton community presents a strong spatial structuration, a temporal evolution marked by a major change in abundance and a control by the microphytoplankton biomass. The second section of this work is relative to a methodological approach of the trophic ecology of S. pilchardus and E. encrasicolus. Three different trophic tracers have been used: isotopic ratios of carbon and nitrogen, parasitological fauna and mercury contamination levels. To improve the use of the first of these trophic tracers, an experimental approach has been conducted with S. pilchardus to determine a trophic discrimination factor. Finally, it appears that the use of these three trophic tracers has always been permitted to highlight a temporal variability of the relative trophic ecology of these fish. However, no spatial dynamics could be identified through these three trophic tracers

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Amberg, Chloé. "Tester le potentiel d’un puissant outil stratigraphique, les chitinozoaires, pour détecter le début de l’âge glaciaire du Paléozoïque Inférieur durant l’Ordovicien Inférieur à Moyen." Thesis, Lille 1, 2016. http://www.theses.fr/2016LIL10173.

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Abstract:

L’Ordovicien (485-443 Ma) a été témoin de changement majeurs au niveau de la biodiversité marine, tel que la « Grande Biodiversification Ordovicienne » (GOBE), mais aussi la première des cinq grande extinctions de masse lié à la glaciation de l’Hirnantien (env. 444 Ma), mais de nouvelles évidence tel que des isotopes stables, la stratigraphie séquentielle, les provinces planctoniques et les modélisations climatiques suggèrent que ce refroidissement global aurait commencé bien plus tôt que ce que l’on pensait, pendant l’Ordovicien Inférieur-Moyen. Mais ces études ne sont pas concluantes par elles-mêmes.Le but de cette étude est donc (1) de trouver des preuves supplémentaires d’une période glaciaire pré-Hirnantienne, en se concentrant sur la période la plus ancienne suggérée c.à.d. le Floien (Arénig inférieur-moyen), supposé coïncider avec le début de la GOBE, et (2) tester si les chitinozoaires peuvent être utilisé comme outil pour détecter les variations climatique de l’Ordovicien.Nous avons d’abord utilisé les chitinozoaires pour déterminer la nature d’alternances marno-calcaires de l’Ordovicien dans la région d’Oslo Asker, la plus vieille formation étudiée étant d’âge Arénig tardif, mais nous n’avons pas pu exclure une origine potentiellement diagénétique de ces dépôts. Deuxièmement, une biostratigraphie des chitinozoaires a été établie pour l’Arénig type au Pays de Galles pour observer la répartition spatiale des espèces-clés. En comparant le Trémadoc à l’Arénig, une augmentation du provincialisme est observée
The Ordovician (485-443 Ma) witnessed major changes in biodiversity including ‘the Great Ordovician Biodiversification Event’ (GOBE), but also the first of the “Big Five” mass extinction events, related to the End Ordovician glaciation. It was long thought to be a greenhouse period, with a short glaciation during the Hirnantian (c. 444 Ma) but recent evidence based on stable isotopes, sequence stratigraphy, plankton provinces and climate models, suggests that this global cooling and the onset of the “Early Palaeozoic Icehouse” may have started much earlier than previously assumed, during the Early-Middle Ordovician. However, each of these methods is inconclusive on its own. The aim of this study is (1) to find additional evidence for pre-Hirnantian glaciations, focusing on the earliest of the suggested phases of cooling, i.e., in the Floian (early-middle Arenig), assumed to coincide with the onset of the GOBE, and (2) to test if we can apply chitinozoan micropaleontology as a proxy to detect climate variations during the Ordovician.We first used palynology to test for the primary nature of Ordovician limestone-mudstone alternations in the Oslo-Asker area, the oldest one of these of Arenig age, but could not exclude a potential diagenetic origin for these deposits. Secondly, we built a chitinozoan-biostratigraphic framework for the type Arenig in Wales to get a better understanding about the spatial distribution of key taxa through the interval; comparing the Tremadoc to the Arenig, an increased provincialism was observed across the globe. Thirdly, new chitinozoan data from the near field in Morocco serve to constrain an erosional event potentially related to glacioeustasy

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Dissertations / Theses on the topic 'Zooplancton marin Zooplancton marin'

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