Дисертації з теми "Choix de destin cellulaire"

Générer de la diversité cellulaire est essentiel en biologie du développement et pour préserver l'homéostasie des tissus chez l'adulte. Cela résulte du choix des cellules souches et progéniteurs à s'engager dans un destin particulier en réponse à des signaux extrinsèques et à des propriétés intrinsèques. L'objectif de ma thèse était d'élucider le rôle du cycle cellulaire dans le processus de neurogenèse (production de neurones) en utilisant comme paradigme le tube neural d'embryon de poulet. D'une part, j'ai développé une nouvelle stratégie d'imagerie permettant de mesurer la longueur des quatre phases du cycle cellulaire en temps réel dans les progéniteurs neuraux. D'autre part, j'ai réalisé des expériences de gain et perte de fonction d'un régulateur de l'entrée en mitose, la phosphatase CDC25B, dans les progéniteurs neuraux et montré que ce régulateur du cycle favorise les divisions neurogéniques au dépend des divisions prolifératives contrôlant ainsi la production neuronale
Generating cell diversity is essential in developmental biology and to preserve tissue homeostasis in adulthood. This results from the choice of stem cells and progenitor cells to commit into a particular fate in response to extrinsic cues and to intrinsic properties. The aim of my PhD was to elucidate the role of the cell cycle in the neurogenesis process (i.e. in neuron generation) using the embryonic chick neural tube as a paradigm. On the one hand, I have developed a new real time imaging strategy to measure the length of the four cell cycle phases in neural progenitors. On the other hand, I performed gain and loss of function experiments of a regulator that control mitosis input, the CDC25B phosphatase, in neural progenitors and showed that this cell cycle regulator promotes neurogenic divisions at the expense of proliferative divisions, thus controlling neuronal production

La partie dorsale du somite, le dermomyotome contient des progéniteurs multipotents Pax3+ donnant naissance à de nombreux types cellulaires : musculaires, dermiques, endothéliales, murales et adipocytes bruns. Le but de ma thèse été de comprendre les mécanismes associés aux choix de destins cellulaires chez l’embryon de souris. Nous avons dans un premier temps montré que la voie de signalisation Notch favorise l’entrée des progéniteurs multipotents vers un destin vasculaire plutôt que myogénique, en agissant sur l’équilibre génétique Pax3 :Foxc2. Afin de déterminer si Foxc1, l’homologue de Foxc2, est aussi impliqué dans ce mécanisme, nous avons spécifiquement délété ces deux gènes dans les progéniteurs Pax3+. Ceci engendre de nouveaux phénotypes que nous documentons dans cette étude. Le nombre de cellules vasculaires est réduit, tout comme l’est le nombre de cellules myogéniques du membre. Différentes hypothèses sont proposées pour expliquer ce défaut. Foxc2 est un facteur également impliqué dans la différenciation du tissu adipeux brun. Nous avons étudié le développement de ce tissue au cours du développement et proposons un modèle selon lequel il se développe en deux étapes, la première étant le développement d’une « masse adipogénique indifférenciée » et la seconde correspondant à la différenciation des adipocytes bruns. Des approches de perte et gain de fonction nous ont permis de montrer que Foxc1 et Foxc2 semblent jouer un rôle dans le contrôle de la fonction mitochondriale au cours de la différenciation des adipocytes bruns, et ce même rôle pourrait être joué par Foxc1 dans les fibres musculaires oxydatives chez l’adulte où Foxc1 est spécifiquement exprimé
The dorsal part of the somite, the dermomyotome contains multipotent Pax3+ progenitors, which give rise to different cell types such as skeletal muscle, dermal, endothelial, mural and brown adipose cells. The aim of this thesis was to understand mechanisms underlying cell fate decisions in this context in the mouse embryo. We have first shown that the Notch signaling pathway directs multipotent progenitors towards a vascular instead of a myogenic fate, by acting on the Pax3 :Foxc2 genetic equilibrium. To determine if Foxc1, the homologue of Foxc2, is also implicated in this mecanism, we have conditionally deleted both genes in Pax3+ progenitors. We document new phenotypes, including a reduction in vascular, cells, notably endothelial cells in the forelimb, where, surprisingly myogenic cells are also absent, leading to a number of possible hypotheses. Foxc2 is also implicated in the differentiation of brown adipose tissue, which we show is a derivative of Pax3+ cells in the dermomyotome. We have studied the development of this tissue in the embryo and propose a model in two steps, with initial formation of an “undifferentiated adipogenic mass” which subsequently differentiates into brown adipocytes. Gain and loss of function approaches suggest that Foxc1/2 play a role in the control of mitochodrial function during the differentiation of brown adipocytes in the embryo. This role may also be played by Foxc1 in the slow fibers of skeletal muscle where it is specifically expressed in the adult

Le cerveau adulte des mammifères conserve sa capacité à générer de nouvelles cellules cérébrales à partir de cellules souches neurales (CSNs), principalement localisées dans deux régions cérébrales spécifiques, l'hippocampe et la zone sous-ventriculaire (SVZ). Ce processus, appelé neurogenèse, permet la formation de nouveaux neurones et de nouvelles cellules gliales (astrocytes et oligodendrocytes). Différents signaux contrôlent la prolifération et la différenciation des CSNs. Parmi ces signaux, les hormones thyroïdiennes (HTs) sont impliquées dans la prolifération des CSNs de la SVZ et dans la différenciation neuronale. À l’inverse des cellules différenciées, telles que les neurones ou les glies, les CSNs ont un fonctionnement – ou métabolisme – principalement basé sur la glycolyse et sur une faible respiration mitochondriale. Or l'évolution du métabolisme des CSNs peut influencer leur choix de destin cellulaire. Les HTs jouant un rôle important dans l'activation du métabolisme mitochondrial, j'ai testé l'hypothèse selon laquelle le choix du destin des CSNs de la SVZ adulte se ferait grâce à l'influence de la signalisation thyroïdienne sur l'activité mitochondriale. J'ai tout d'abord montré in vivo et in vitro que les HTs permettent la détermination des CSNs en précurseurs neuronaux dans la SVZ, tandis qu'une période d'hypothyroïdisme favorise la détermination gliale. La transthyrétine, protéine de liaison des HTs, est spécifiquement présente dans les cellules de la SVZ ayant un destin neuronal, alors que la désiodase de type 3, inactivatrice des HTs, est exprimée par les précurseurs oligodendrocytaires (OPCs), indiquant une activationdifférentielle de la signalisation thyroïdienne dans les deux lignages cellulaires. Par ailleurs j'ai pu observer que les cellules s'engageant vers un destin neuronal possèdent une plus grande activité mitochondriale que les OPCs. La présence d'HTs favorise de plus la respiration mitochondriale, ainsi que la production de dérivés réactifs de l'oxygène (ROS) issus de l'activité des mitochondries, dans les cellules de la SVZ. Un blocage des protéines de la chaîne respiratoire empêche les HTs de promouvoir la détermination neuronale, montrant la nécessité de l'activation mitochondriale pour l'engagement des CSNs en précurseurs neuronaux. On sait d'autre part que les modifications morphologiques (ou dynamiques) mitochondriales sont nécessaires à l'augmentation de la respiration. La division (ou fission) des mitochondries est en particulier essentielle à une bonne répartition intracellulaire de la production de l'énergie issue de la respiration, ainsi qu'à la migration cellulaire. Dans les cellules de la SVZ, j'ai montré que l'action des HTs permet l'activation de la protéine DRP1, médiatrice de la fission mitochondriale, et ce principalement dans les cellules du lignage neuronal. Les HTs favorisent donc la détermination des CSNs de la SVZ vers un destin neuronal grâce à l'activation de la respiration et de la fission mitochondriales
The adult mammalian brain maintains its capacity to generate new cells from neural stem cells (NSCs), mainly localized in two specific brain regions, the hippocampus and the sub-ventricular zone (SVZ). This process, named neurogenesis, results in the production of new neurons and new glial cells (astrocytes and oligodendrocytes). Several signals control NSCs proliferation and differentiation. Among those, thyroid hormones (THs) are involved in NSCs proliferation in the SVZ and in neuronal differentiation. NSC metabolism relies mainly on glycolysis associated with a low mitochondrial activity, whereas mature cells, like neurons and glia, preferentially use oxidative phosphorylation. Changes in NSC metabolism can impact cell fate. As THs play an important part in activating mitochondrial metabolism, I hypothesized that the influence of TH signaling on mitochondrial activity triggers NSC fate choice in the adult SVZ. First, I showed in vivo and in vitro that THs allow NSC determination in neuronal precursors, whereas a short hypothyroidism favors glial determination. Transthyretine, a TH binding protein, is specifically present in the SVZ cells having a neuronal fate, while type 3 deiodinase, a TH inhibitor, is expressed by oligodendrocyte precursor cells (OPCs). These results indicate that THs signaling isdifferentially activated in neuronal and glial cell lineages. I observed that cells adopting a neuronal fate display a greater mitochondrial activity when compared to OPCs, and that TH signaling favors mitochondrial respiration and ROS production in the SVZ cells. Inhibiting the mitochondrial respiratory chain prevents TH-mediated promotion of neuronal determination, proving the need of mitochondrial activation for NSC commitment toward a neuronal phenotype. Besides, it is also known that modifications of mitochondrial morphology (or mitochondrial dynamics) are required for the respiration to increase. Among mitochondrial dynamics, fission is crucial for a good intracellular repartition of energy production, and for cell migration. In the SVZ cells, I showed that, DRP1, the main inducer of mitochondrial fission, is activated by THs mainly in cells adopting a neuronal fate. Thus, THs favor NSC fate choice toward a neuronal phenotype through the activation of mitochondrial metabolism and mitochondrial fission in the adult mouse SVZ

L'étude de la plasticité cellulaire est un puissant outil pour comprendre le choix du destin cellulaire pendant la différenciation et dans les processus cancéreux lors de la transformation d'une cellule normale en une cellule maligne. Chez la drosophile, le facteur de transcription Gcm contrôle la détermination du destin glial. Dans des mutants gcm, les cellules qui se développent normalement en glie entrent dans la voie de différenciation neuronale alors que l'expression ectopique de gcm dans des progéniteurs neuronaux induit de la glie. Ces données font de Gcm un outil important pour comprendre les bases de la plasticité cellulaire. Mon projet de thèse vise à comprendre les mécanismes contrôlant la plasticité des cellules souches neurales. Nous avons ainsi montré que la capacité des CSNs à se convertir en glie après expression forcée de Glide/Gcm décline avec l'âge et que lors de l'entrée en phase quiescente ou apoptotique, ils ne peuvent plus être convertis. Nous avons aussi découvert que le processus de conversion du destin ne se manifeste pas uniquement par l'expression de marqueurs gliaux mais aussi par des changements spécifiques au niveau de la chromatine. D'une manière intéressante, nous avons aussi montré que la stabilité de la protéine Glide/Gcm est contrôlée par deux voies opposées, où Repo et l'histone acetyltransférase CBP jouent un rôle majeur.

Dans certaines régions du cerveau adulte des vertébrés, les cellules souches neurales (NSC) génèrent des neurones fonctionnels. Les NSC sont principalement en quiescence, mais peuvent passer de l’état quiescent à l’état activé (division). A l’échelle de la population, la proportion des NSCs activées reste constante pendant plusieurs années. Les changements du taux d'activation corrèlent avec le développement de pathologies. Aussi, la distribution spatio-temporelle des événements d'activation peut impacter le maintien homogène des NSCs ainsi que le positionnement des nouveaux neurones. Les mécanismes contrôlant le taux et la distribution spatio-temporelle des événements d'activation ne sont pas bien connus. Nous utilisons le télencéphale du poisson zèbre adulte pour répondre à ces questions. Le télencéphale héberge une grande quantité de NSCs et permet l'enregistrement de leurs comportements, sur plusieurs semaines, grâce à une procédure d'imagerie intra-vitale. Dans cette thèse, nous avons évalué l'existence de mécanismes non-cellulaires autonomes contrôlant l'équilibre activation/quiescence dans l'espace et au cours du temps. Nous avons aussi étudié la pertinence des hétérogénéités moléculaires et géométriques sur le comportement des NSCs. Ces travaux ont mis en évidence l'importance de la géométrie des NSCs lors de l'activation et le rôle des cellules progénitrices, produites par les NSCs, pour exercer une inhibition, via la signalisation Notch, empêchant l'activation des NSCs voisines. Grâce à un modèle analytique, nous montrons que cette inhibition maintient la distribution spatio-temporelle des NSCs et homogénéise spatialement la distribution des nouveaux neurones
In some regions of the adult vertebrate brain, Neural Stem Cells (NSCs) generate fully functional neurons. NSCs are found mostly in quiescence, but can shuttle from quiescence to activation (division). At the population level, the proportion of NSCs dividing at a given time remains constant throughout adulthood and perturbations of NSC activation rate correlate with pathological situations. Also, the spatiotemporal distribution of NSC activation events is expected to impact the homogeneous maintenance of the NSC pools and the locations of neuronal production. What controls the rate and spatiotemporal distribution of NSC activation events remain poorly understood. The adult zebrafish telencephalon is a good model to address these questions. The telencephalon hosts many NSCs and it allow the recording of their behaviors over weeks thanks to an intravital imaging procedure. In this thesis, we have used this model to study the regulation of adult NSCs behaviors from two perspectives. First, we assessed the existence of non-cell-autonomous mechanisms controlling the quiescence-activation balance of the NSC population in space and time. Second, we investigated the relevance of intrinsic heterogeneities on individual NSC behaviors. This work highlighted (i) the importance of NSC geometry for their fate decisions during activation and (ii) the role of their differentiated progeny to locally exert a delayed inhibition, via Notch signaling, to prevent neighboring NSC activation. Using modeling we also show how the lineage-related inhibition maintains NSCs with specific spatiotemporal correlations and can spatially homogenize the distribution of adult-born neurons

Au cours de ma thèse, mes projets de recherche ont visé à mieux comprendre les mécanismes moléculaires contrôlant la prolifération et la spécification des cellules progénitrices dans la rétine du xénope à travers trois projets principaux. Le réseau de régulation qui contrôle la spécification des cellules progénitrices vers les sous-types neuronaux est à ce jour très peu connu. C'est dans ce contexte que j'ai étudié le rôle du facteur de transcription à domaine bHLH, Ascl1, dans la détermination des sous-types rétiniens au cours du développement. Par des approches in vivo de gain et perte de fonction d'Ascl1, des expériences d'épistasie et la recherche de ses cibles transcriptionnelles, j'ai pu mettre en évidence qu'Ascl1 (i) est impliqué dans la genèse des neurones GABAergiques rétiniens, (ii) qu'il est épistatique sur des facteurs glutamatergiques tels que Neurog2, NeuroD1 ou Atoh7, (iii) que son activité GABAergique est conférée par son domaine basique de liaison à l'ADN et (iv) que cette activité implique la régulation directe du facteur de transcription Ptf1a. Ces données ajoutent donc une nouvelle pièce au réseau transcriptionnel gouvernant la spécification des sous-types GABAergiques au cours du développement de la rétine. La mise en place correcte des types et sous-types cellulaires de la rétine nécessite une coordination avec le moment de sortie du cycle cellulaire des progéniteurs rétiniens. Dans ce contexte, j'ai contribué à l'avancée d'un projet visant à étudier le réseau de signalisation contrôlant la prolifération des précurseurs de la rétine. Par des approches in vivo, génétiques et pharmacologiques, cette étude a montré que les voies Wnt et Hedgehog s'antagonisent pour réguler l'activité proliférative des cellules souches et progénitrices rétiniennes. Nos données préliminaires suggèrent que ces voies agissent de façon opposée à la fois sur la sortie et sur la cinétique du cycle cellulaire. Ce travail nous a conduit à proposer un modèle selon lequel ces voies Wnt et Hedgehog réguleraient la balance entre prolifération et différenciation dans la rétine post-embryonnaire. Enfin, dans le but d'élargir nos connaissances sur les réseaux de signalisation et les réseaux transcriptionnels impliqués dans le contrôle de la prolifération et de la détermination cellulaire dans la rétine, j'ai également contribué à la recherche de nouveaux marqueurs spécifiques des différentes populations cellulaires rétiniennes au travers d'un crible à grande échelle par hybridation in situ. De nombreux gènes spécifiquement exprimés dans les cellules souches ou les cellules progénitrices constituent des gènes candidats pour de futures approches fonctionnelles.

Le vieillissement est un processus complexe souvent ponctué par l’apparition de maladies liées à l’âge telles que l’arthrose, la fibrose pulmonaire ou l’ostéoporose et associé à une diminution des capacités de régénération et des stocks de cellules souches adultes. En 2007, le Dr Yamanaka et ses collaborateurs montraient pour la première fois que des fibroblastes humains pouvaient être convertis en cellules souches pluripotentes en induisant l’expression de 4 facteurs de transcription : OCT4, SOX2, KLF4 et c-MYC. Au laboratoire, il a été montré en 2011 qu’il est possible de reprogrammer les cellules sénescentes s’accumulant au cours du vieillissement et de les redifférencier en cellules somatiques rajeunies.In vivo, une reprogrammation totale conduirait à la formation de tératomes, mais en induisant le processus de reprogrammation et en le stoppant avant d’obtenir des cellules souches pluripotentes nous pensons qu’il est possible de restaurer la physiologie cellulaire altérée et ainsi de retarder le vieillissement tissulaire et ses effets néfastes. Le Dr Izpisua Belmonte a validé cette hypothèse en décembre 2016 en montrant, dans un modèle murin transgénique récapitulant le phénotype de vieillissement accéléré du syndrôme d’Hutchinson Gilford et permettant dans le même temps l’induction contrôlée de l’expression de facteurs (OCT4, SOX2, KLF4, c-MYC), qu’il était possible d’allonger l’espérance de vie des animaux et de retarder l’apparition du phénotype pathologique lié à l’âge. Nous avons mis en place un modèle murin similaire et avons montré qu’une reprogrammation transitoire peut non seulement allonger l’espérance de vie des animaux mais également retarder la perte de poids qui advient au cours du vieillissement et l’apparition du phénotype pathologique lié à l’âge. De plus, nous avons réussi à maintenir une capacité de régénération accrue jusqu’à la fin de la vie des souris. D’autre part, en modélisant des pathologies liées à l’âge telles que l’arthrose ou la fibrose pulmonaire chez des animaux inductibles pour les facteurs de transcription de Yamanaka, nous avons montré qu’une reprogrammation transitoire pouvait prévenir les dommages provoqués. Cette étude aura donc permis de confirmer l’importance que la reprogrammation cellulaire peut avoir dans les stratégies de lutte contre le vieillissement
Aging is a complex process which is often punctuated by the appearing of age-related diseases such as arthritis, idiopathic pulmonary fibrosis or osteoporosis, and which is associated with a decrease of regeneration abilities and of adult stem cells number. In 2007, Dr. Yamanaka and his collaborators showed for the first time that human fibroblasts could be converted into pluripotent stem cells by inducing the expression of 4 transcription factors: OCT4, SOX2, KLF4 and c-MYC. In the laboratory, it was showed in 2011 that it is possible to reprogram senescent cells which are accumulating in aging organisms and to differentiate them into rejuvenated somatic cells.In vivo, a total reprogramming would lead to teratomas formation but if the reprogramming process is induced and stopped before getting pluripotent stem cells, we think that it is possible to restore altered cell physiology and to delay tissues aging and its deleterious consequences. Dr. Izpisua Belmonte validated this hypothesis in December 2016. He designed a murine transgenic model which recapitulates the premature aging phenotype of Hutchinson Gilford syndrome and which can be induced to express OCT4, SOX2, KLF4 and c-MYC, and he proved that it is possible to increase mice lifespan and to delay the appearing of pathological aging phenotype. We built a similar murine model and showed that a transient reprogramming can not only increase lifespan, but also delay age-related weight loss and pathological aging phenotype. Moreover, we were able to maintain a higher regenerative capacity until mice death. We also modeled age-related pathologies such as arthritis or idiopathic pulmonary fibrosis in mice which were inducible for the Yamanaka’s transcription factors and we showed that transient reprogramming could prevent damages. This study will have allowed to confirm the importance that cellular reprogramming can have in the fight against aging

Le cerveau des mammifères abrite deux régions spécifiques où la neurogenèse adulte ne cesse pas après l'embryogenèse, mais persiste dans le cerveau postnatal et adulte. Ces deux régions sont la zone sous-granulaire du gyrus denté de l’hippocampe et la zone sous-ventriculaire (SVZ) des ventricules latéraux.Dans la SVZ, des cellules souches neurales génèrent des neuroblastes qui migrent jusqu’au bulbe olfactif (OB) pour coloniser les couches granulaires et glomérulaires et se différencier en différent types d’interneurones dont une petite fraction sont des interneurones dopaminergiques. La découverte de la neurogenèse postnatale et adultes a changé le point de vue de la plasticité du cerveau remarquable et ouvre de nouvelles perspectives pour la thérapie des maladies neurodégénératives. Etant donné que dans la maladie de Parkinson les symptômes moteurs principaux sont causés par la dénervation dopaminergique du striatum, la compréhension de la génération et de la différenciation des neurones dopaminergiques bulbaires a reçu une attention particulière au vu de leur intérêt potentiel pour la thérapie cellulaire. Dans ce contexte, le neuromédiateur dopamine lui-même a été suggéré d'influencer la neurogenèse olfactive et la spécification des interneurones dopaminergique.Dans ma thèse, j'ai analysé l’influence de l’innervation dopaminergique issue du mésencéphale sur la neurogenèse et le destin cellulaire des précurseurs de la SVZ. J'ai combiné un modèle 6-OHDA de dénervation dopaminergique chez la souris postnatale avec l’électroporation in vivo du ventricule latéral pour marquer spécifiquement les progéniteurs latéraux et dorsaux et suivre leur destin dans le OB
In the postnatal and adult mammalian brain neurogenesis persists in the subgranular zone of the hippocampal dentate gyrus and the subventricular zone (SVZ). In the SVZ slowly dividing stem cells give rise to neuroblasts that migrate to the olfactory bulb (OB) where they reach the granule and glomerular cell layer of the OB and differentiate into different interneuron subtypes including a small fraction of dopaminergic interneurons. The discovery of postnatal and adult neurogenesis has changed the view of the plasticity of the brain remarkably and raised the hope for new therapeutical approaches in the field of neurodegenerative diseases. Since in Parkinson’s disease the main motor symptoms are caused by the dopaminergic denervation of the striatum adjacent to SVZ, the understanding of the generation and differentiation of OB dopaminergic neurons has received special attention. Interestingly, the neurotransmitter dopamine itself has been suggested to influence olfactory bulb neurogenesis via direct innervation of SVZ by midbrain dopaminergic neurons. However, data on this topic have been contradictory. In this study, I investigated how dopaminergic innervation influences SVZ neurogenesis and the fate of SVZ progenitors. I combined a 6-OHDA model of dopaminergic denervation in postnatal mice with in vivo forebrain electroporation to specifically label lateral and dorsal SVZ progenitors and to follow their fate in the olfactory bulb

A l'impossibilité de choisir son métier propre aux sociétés traditionnelles, se substituera peu à peu, pour devenir effective dans la deuxième moitié du 20ème siècle, l'obligation de choisir. La question du choix professionnel allait redoubler celle du choix propre à tout adolescent. Faute d'avoir une vocation, nombre d'entre eux veulent savoir " pour quoi ils sont faits ", quel est leur destin. Poser cette question en termes de destin, c'est se dégager de la part qu'on prend dans la détermination de ses choix. Ce n'est qu'après coup qu'on en mesure les raisons si on se prête à une enquête comme celle que mène Œdipe dans la tragédie de Sophocle, et celle à laquelle nous avons procédée en lisant Freud et Schnitzler, relatant leur parcours professionnel. Tous les deux sont devenus médecins, malgré eux ; ils ont choisi un métier pour lequel ils n'avaient pas d'inclination. On retrouve souvent ce trait chez les consultants que nous rencontrons. Au-delà des déterminants sociaux qui peuvent conduire à ces choix, quels déterminants psychiques y participent? On est choisi plus qu'on ne choisit mais on l'ignore: force de l'oubli, force de l'inconscient. Cependant, on ne renonce pas aux objets des premières satisfactions. Le nostalgique s'épuisera à rechercher l'objet perdu, retrouvant toujours un autre que celui qu'il cherchait. L'empêchement à suivre la voie de ses premières inclinations, oblige à emprunter des détours qui vont tendre au retour, sur le modèle du principe de réalité. Freud, à la fin de sa vie dit avoir retrouvé, après un chemin détourné, la direction initiale de ses intérêts. Faire des détours ne serait pas s'égarer, mais ne pas céder sur son désir, tendre malgré soi à retrouver la satisfaction liée aux premiers investissements. Mais le psychisme, travaillant à rebours, opère cependant un progrès à l'image du développement du moi qui s'éloignant du narcissisme primaire aspire à le recouvrer. Si les détours commandés par l'aspiration au retour contribue à dessiner un parcours professionnel, il peut paraître paradoxal de travailler à une anticipation de l'avenir comme il est attendu dans le champ de l'orientation. Mais anticiper l'à-venir d'un retour ne met pas en échec l'idée que l'homme fait son chemin à en imaginer la trace future. Au psychologue d'accompagner les détours pour qu'ils prennent, aux yeux du sujet qui les fait, une place et un sens dans son histoire
The vocational choice is nowadays added to the youth personal choices. It is often posed in terms of destiny specific of every one. Only afterwards can the motives be assessed such as it appears in the Oedipus's myth and the Sophocle's tragedy. In the same way, we can understand afterward Freud's and Schnitzler's choices who became doctors in spite of themselves. We are chosen more often than we choose, but without being aware of it : the stenght of unconscious. However we do not drop our first desires. Nostalgic, we are compelled to follow roundabout ways that lead us back, according to the pattern of the principe of reality. The stake would be : not dropping one's desire. But though working backwards, the psychism makes progresses like the developing ego. It's up to the psychologist to follow the roundabout ways with the subject, so that they take on a signifiance for him and become part of his personal history

Les cellules souches adultes sont des cellules non différenciées, essentielles au le renouvellement constant de nos tissus. Elles produisent des cellules différenciées nécessaires au fonctionnement de nos organes, tout en maintenant un réservoir de cellules souches dans le tissu. Cet équilibre entre prolifération et différentiation cellulaire est crucial pour le maintien d’un état constant du tissu appelé homéostasie tissulaire. Entre identité « souche » et différenciation : Quels programmes génétiques contrôlent ces états ? Cette question suscite un intérêt majeur tant pour la recherche dans le domaine des cellules souches que pour les perspectives thérapeutiques qui en découlent. Dans cette optique, ce travail de thèse a permis de mettre en évidence un nouveau rôle du gène spen dans le contrôle des cellules souches intestinales chez Drosophila melanogaster. Une inactivation du gène spen est à l’origine d’une accumulation aberrante des cellules souches au sein de l’intestin de drosophile. La mise en place d’un protocole de purification par FACS des cellules souches, associé à un séquençage à grande échelle des ARN, a permis de mettre à jour les réseaux de gènes régulés par Spen dans les cellules souches. Ainsi, en combinant des techniques de génétique et d’analyses in vivo, ce travail montre que Spen est un facteur clé du processus de spécification des cellules souches intestinales et de la régulation de leur prolifération. Cette étude participe ainsi à la compréhension de la fonction moléculaire des protéines de la famille SPEN dans les cellules souches et les dérégulations à l’origine des pathologies auxquelles elles sont associées
Adult stem cells are non-differentiated cells that maintain tissue homeostasis by supplying differentiated cells while at the same time self-renewing. How is this balance between stem cell state and differentiated state controlled? This question became one of the major interests of the Stem cell research and Translation, mostly due to the potential therapeutic perspectives that it gives. Regarding this effort, this thesis work describes a new function of a gene call split-ends/spen in adult stem cell regulation in Drosophila intestine. SPEN familly is composed by essential genes, which codes conserved proteins from Plants to Metazoa. They are involved in key cellular processes such as cell death, differentiation or proliferation, and are associated with various molecular functions controlling transcriptional and post-transcriptional gene expression. We found that a spen inactivation in Drosophila intestine leads to an abnormal increase in adult stem cells. In this work, by combining genetics tools and in vivo stem cell analysis methods, we could show that Spen works as a key factor of intestinal stem cell commitment and plays a role in their proliferation control. How does genetics programs control cellular identity? In order to investigate the molecular signature of intestinal stem cells and progenitor cells knockdowned for spen, we combined genetics, cell sorting and mRNA sequencing analysis to uncovered Spen target genes regulated in intestinal stem cells. Here, we provide a new function of spen in adult stem cell regulation, which may also shed light on its mode of action in other developmental and pathological contexts

Le programme d'expression du génome est régulé par la composition des séquences d'ADN ainsi que les facteurs pouvant s'y associer. Ces facteurs peuvent soit être des facteurs de transcription soit des cofacteurs. Les cofacteurs, même s'ils ne reconnaissent pas des séquences d'ADN spécifiques, peuvent fortement réguler l'expression du génome. Chez les eucaryotes, certains de ces cofacteurs peuvent modifier de manière post-traductionnelle les protéines structurelles de l'ADN (histones). Ces enzymes et les modifications qu'elles catalysent peuvent recruter d'autres cofacteurs et/ou réguler directement la structure chromatinienne permettant ainsi la modulation fine de l'expression du génome. Cela permet par exemple de contrôler le programme de transcription au cours du développement embryonnaire ou de la différenciation musculaire terminale. Ainsi, la méthylation des lysines 9 et 27 de l'histone H3 (H3K9, H3K27) au niveau des promoteurs des gènes est essentiellement associée à la répression de la transcription. Ces lysines sont méthylées par différentes enzymes spécifiques appelées lysines méthyltransférases (KMT). Le laboratoire a précédemment démontré l'existence d'un complexe contenant 4 méthyltransférases de H3K9 (G9A, GLP, SUV39H1 et SETDB1). Au cours de ces expériences, l'équipe a pu identifier l'interaction entre les méthyltransférases de H3K9 et de H3K27 (PRC2). L'objectif principal de mon projet de thèse a été d'identifier les différentes cibles génomiques des KMT de H3K9, que sont G9A, GLP, SUV39H1 et SETDB1. Au cours de ces expériences nous avons principalement pu mettre en évidence une coopération entre G9A et le complexe PRC2
The genome expression program is regulated by the composition of DNA sequences and the factors that may be associated. These factors may either be transcription factors or cofactors. Cofactors, even if they do not recognize specific DNA sequences, can strongly regulate the expression of the genome. In eukaryotes, some of these cofactors can post-translationally modify structural DNA proteins (histones). These enzymes and their catalized modifications can recruit other cofactors and/or directly regulate chromatin structure allowing fine modulation of the expression of the genome. For example, this allows to control the transcription program during embryonic development or terminal muscle differentiation. Thus, methylation of lysines 9 and 27 of histone H3 (H3K9, H3K27) at gene promoters is essentially associated with transcriptional répression. These lysines are methylated by different specific enzymes called lysine methyltransferases (KMT). The laboratory has previously demonstrated the existence of a complex containing 4 H3K9 methyltransferases (G9A, GLP, and SETDB1 and SUV39H1). During these experiments, the team was able to identify the interaction between H3K9 methyltransferases and H3K27 (PRC2). The main aim of my thesis project was to identify the different genomic targets of KMTs. In these experiments we mainly were able to demonstrate a cooperation between G9A and PRC2 complex

À partir du phénomène de la demande de garçon en Chine (laquelle existe aussi dans les autres cultures), j'ai posé la question du désir d'enfant et, en même temps, j'ai cherché dans la pensée chinoise des références culturelles et philosophiques, à la fois pour donner une interprétation psychanalytique de l'idée de la transmission de la structure en Chine, et pour faire un rapprochement entre la pensée chinoise et la psychanalyse, afin de comprendre la structure de l' inconscient. J'ai entrepris cette thèse avec l'espoir de comprendre les problèmes que peuvent générer des différents courants de pensée en Chine, et d'en donner une explication, non historique ou sociologique, mais psychanalytique. Ma problématique a d'abord consisté à interroger la préférence chinoise pour l'enfant mâle en la sortant de son cadre culturel restreint, et à l'éclairer par les recherches cliniques menées en Occident. Plus largement, la pensée chinoise a été soumise à un examen psychanalytique pour que les Occidentaux en comprennent mieux certains aspects et que les Chinois en aient une perception moins normative, surtout en ce qui concerne la catégorie de « piété filiale ». D'un point de vue méthodologique, je dois aussi préciser que, faute d'exemples cliniques chinois, j'ai dû recourir aux cas cliniques auxquels j'ai été personnellement confrontée en France et à d'autres, que j'ai empruntés à Hélène Deutsch. J'ai aussi tiré parti d'un roman érotique ancien, le Jin Ping Mei, ainsi que de textes philosophiques chinois, pour lesquels on ne disposait pas toujours d'une traduction française
From the phenomenon of boy demand in China ( which also exists in other cultures ) , I asked the question of the desire for children, meanwhile, I searched in Chinese thought cultural and philosophical references, both to give a psychoanalytic interpretation of the idea of the transmission of structure in China , and to reconcile Chinese thought and psychoanalysis, for understand the structure of the unconscious. I have undertaken this thesis with the hope of understanding the problems that can generate different currents of thought in China, and hope to give an explanation, neither historical nor sociological, but psychoanalytic. My problematic was first consisted of questioning the Chinese preference for the male child leaving the restricted its cultural framework and enlightened by clinical research conducted in the West. More broadly, Chinese thought has been subjected to a psychoanalytic examination to Westerners better understand certain aspects and that the Chinese have a less normative perception, especially regarding the category of "filial piety ". From a methodological point of view, I also must say that without Chinese clinical examples, I had to resort to clinical cases I have personally faced in France and others, I have borrowed Helene Deutsch. I also took advantage of an old erotic novel, Jin Ping Mei and Chinese philosophical texts, for which you do not always had a French translation

Aussitôt après que les œuvres de Gustave Flaubert ont été traduites en chinois, elles ont tout de suite suscité une grande attention de la part des lecteurs chinois. Ses pensées philosophiques, son objectivité et son exactitude dans l'écriture ont provoqué une résonance dans les milieux lettrés chinois d'alors et ont influencé profondément leurs écrits. Le traducteur-romancier chinois, Li Jieren, qui fut le premier traducteur du roman Madame Bovary, avoue qu'il s'est beaucoup inspiré du style de Flaubert présent dans ce roman. En 1935, dix ans après sa première traduction de Madame Bovary, il a commencé la rédaction de son chef-d'œuvre Rides sur les eaux dormantes, qui est depuis considéré par les milieux critiques chinois comme Madame Bovary en Chine. Nous pouvons constater une similarité surprenante entre les deux héroïnes selon différents aspects. Mais on ne peut tout de même pas apparenter le roman de Li Jieren à une réécriture du roman français, car hormis certains points communs, on observe aussi de nombreuses divergences sur la conception des deux femmes, et en particulier dans leurs destinées. La présente thèse est consacrée à l'étude des raisons expliquant les dissemblances de dénouement, dans l'histoire de chacune des héroïnes. Premièrement au niveau du contenu du roman, les raisons se basant sur les éléments de différenciation des deux femmes et sur leur condition sociale ; puis, sur le plan de l'auteur, les raisons sont abordées sous l'angle interculturel, telles que les objectifs d'écriture, les choix littéraires ainsi que la conception de vie de Gustave Flaubert et de Li Jieren.

L’objectif de cette thèse est d'étudier l'influence d'hydrogels de faibles rigidité sur l’organisation de la chromatine de cellules épithéliales PtK2 et cancéreuses SW480. Sur des hydrogels mous, la chromatine de PtK2 se structure en hétérochromatine. Les hydrogels très mous conduisent à la nécrose. Sur ces substrats, l'euchromatine, maintenue par inhibition de HDAC, guide la cellule en quiescence. Ces cellules se divisent après transfert sur surfaces rigides. Un processus de dissémination métastatique est développé en cultivant des cellules cancéreuses sur des hydrogels très mous (E20) et des surfaces rigides (verre). Les cellules meurent lors du 1er passage sur E20. Au 2ème passage sur E20, leur survie, motilité et pourcentage en hétérochromatine augmentent. Au 3ème passage, la survie et la motilité progressent cependant le pourcentage en hétérochromatine diminue. Du 1er-2ème passage, les cellules répondent à un processus de dissémination « hétérochromatine­ dépendant » , du 3ème-4ème passage à un processus « euchromatine-dépendant »
The aim of this thesis is to investigate the influence of soft hydrogels on the chromatin plasticity of epithelial PtK2 and cancer cells SW480. On soft hydrogels, the chromatin of PtK2 cells is organized in heterochromatin. The very soft hydrogels direct the cell death by necrosis. On these substrates, the euchromatin maintained by inhibition of HDAC guides the cells into quiescence. These cells transferred on stiff substrate enter in mitosis. A process of metastatic dissemination is developed from cancer cells grown on very soft hydrogels (E20) and stiff surfaces (glass). On the 1st seeding on E20, cells die. The 2nd seeding on E20 shows that cell viability, motility and heterochromatin percentage increase. On the 3rd seeding on E20, survival and motility continue to increase while the heterochromatin percentage decrease. From the 1st- 2nd E20 seeding, cells respond to a heterochromatin-dependent process of metastatic dissemination and from the 3rd-4th E20 seeding to an euchromatin-dependent process

Bien que largement étudiés, les mécanismes fondamentaux de prise de décision dans les processus de différenciation cellulaire restent mal compris. Les théories déterministes, souvent basées sur des études populationnelles, atteignent rapidement leur limite lorsqu’il s’agit d’expliquer les différences de choix individuels de cellules, pourtant exposées au même environnement. L’objectif de ma thèse est donc d’étudier les premières étapes de la différenciation des cellules hématopoïétiques à l’échelle de la cellule unique, par des analyses transcriptomiques, protéomiques et morphologiques. Ce travail a été effectué sur deux modèles de différenciation : les lymphocytes T régulateurs et les cellules CD34+ humaines issues de sang de cordon. Nous avons observé le comportement de ces cellules uniques après stimulation. Grâce à la combinaison de la microscopie en time lapse et des analyses moléculaires réalisées à l’échelle de la cellule individuelle, nous avons pu démontrer que le choix du devenir cellulaire n’était pas unique, programmé. La cellule passe d’abord par un état dit « multi-primed », métastable où elle exprime des gènes de plusieurs lignées différentes, puis elle passe par une phase dite « incertaine », instable où elle hésite entre deux phénotypes avant de se stabiliser dans un état fixe. Nos observations sont cohérentes avec une explication stochastique de la prise de décision. La différenciation serait donc un processus spontané, dynamique, fluctuant et non un processus prédéterminé. Les décisions du destin cellulaire sont prises séparément par les cellules individuelles
Despite intensively studies, the fundamental mechanisms of cell fate decision during cellular differentiation still remain unclear. The deterministic mechanisms, often based on studies of large cell populations, cannot explain the difference between individual cell fates choices placed in the same environment. The aim of my thesis work is to study the first steps of hematopoietic cell differentiation at the single cell level thanks to transcriptomic, proteomic and morphological analyses. Two differentiation models have been used: T regulatory lymphocytes and human cord blood-derived CD34+ cells. The behavior of individual cells following stimulation has been analyzed. Using time-lapse microscopy coupled to single cell molecular analyses, we could demonstrate that the cell fate choice is not a unique, programmed event. First, the cell reaches a metastable “multi-primed” state, which is characterized by a mixed lineage gene expression pattern. After transition through an “uncertain”, unstable state, characterized by fluctuations between two phenotypes, the cell reaches a stable state. Our observations are coherent with a stochastic model of cell fate decision. The differentiation is likely to be a spontaneous, dynamic, fluctuating and not a deterministic process. The cell fate decisions are taken by individual cells

Le Liban est fondé sur une société patriarcale dont l’une des multiples exigences est la naissance d’un garçon au sein des familles. Nous avons pu constater que cette exigence est relayée par les femmes elles-mêmes qui disent souhaiter plus que tout la maternité d’un fils, si possible le premier né. Ce désir si souvent exprimé semble donner raison à la théorie phallo-centrée de Freud qui pose pour la femme une envie primaire du pénis et de sa résolution par la naissance d’un enfant mâle. Pourtant, d’autres théories sur le développement psychosexuel de la femme ont vu le jour déjà chez les disciples directs de Freud puis dans les théorisations psychanalytiques contemporaines. Nous avons voulu explorer cette question en étudiant, grâce à des entretiens cliniques de recherche et la passation de projectifs, le développement psychosexuel de jeunes femmes libanaises à qui depuis leur plus jeune âge, leur entourage et particulièrement leur mère, leur avait explicitement évoquer le fait qu’elles avaient désiré durant leur grossesse un garçon.Si cela nous ne nous a pas permis de trancher le débat entre théorie phallo-centrée et les autres théories, notre travail a mis en évidence que quand le désir inconscient, certes mu par ses conflits inconscients reliés à son propre développement psychosexuel, rencontre le désir de répondre aux mieux à la contrainte sociale de la société patriarcale, la femme bénéficie d’un certain épanouissement. En revanche, force est de constater que dans le cas contraire, les femmes paient une lourde tribu sous formes d’accidents ou d’événements périnataux volontaires et d’une grande souffrance psychique. On a pu aussi mettre en évidence, l’induction de troubles dans les relations précoces avec leur nouveau-né fille qui font le lit à une répétition trans-générationnelle mortifère. Ainsi, à leur tour et en dépit du fait qu’elles déplorent avoir souffert de leur statut de filles-nées, elles désirent donner naissance à un garçon
Lebanon is based on a patriarchal society whose multiple demands include the birth of a boy within families. We have seen that this requirement is supported by the women themselves, who say they want more than anything the motherhood of a son, if possible the first born. This desire so often expressed seems to support Freud's phallocentric theory, which poses for women a primary desire for the penis and its resolution through the birth of a male child. However, other theories on the psychosexual development of women have already emerged among Freud's direct disciples and then in contemporary psychoanalytical theorizations.We wanted to explore this question by studying, through clinical research interviews and the passing of projective tests, the psychosexual development of young women to whom from an early age, their environment and especially their mother, had explicitly told them that they had wanted a boy during their pregnancy.If this did not allow us to settle the debate between phallocentric theory and other theories, our work has shown that when the unconscious desire, certainly driven by its unconscious conflicts related to its own psychosexual development, meets the desire to respond as well as possible to the social constraint of patriarchal society, women enjoy a certain fulfillment. On the other hand, it must be noted that, otherwise, women pay a heavy price in the form of accidents or voluntary perinatal events and great psychological suffering. We have also been able to highlight the induction of disorders in early relationships with their newborn daughter who make the bed at a deadly transgenerational repetition. Thus, in turn, and despite the fact that they regret having suffered from their status as born girls, they wish to give birth to a boy

Dans la foulée des avancées en médecine nucléaire, l’imagerie moléculaire par résonance magnétique a pris son essor ces dernières années car elle constitue un enjeu contemporain en vue d’améliorer le diagnostic et le suivi thérapeutique de pathologies comme le cancer ou la maladie d’Alzheimer. Cependant, cette technique d’imagerie médicale souffre à la fois de la petite quantité de récepteurs disponibles in vivo et de la faible sensibilité de l’IRM pour la détection d’agents de contraste exogènes. De ce fait, la littérature montre un intérêt croissant pour le développement de nouveaux agents de contraste pouvant porter plusieurs milliers de contrastophores et de nouvelles techniques sont nécessaires pour évaluer l’efficacité de ces derniers. Ainsi, lorsqu’un agent de contraste fonctionnalisé est injecté in vivo, ce dernier va subir de nombreux processus biochimiques (extravasation, fixation spécifique sur les récepteurs, internalisation dans les cellules…) qui peuvent rendre les mécanismes de prise de contraste difficile à appréhender. De ce fait, nous avons développé une nouvelle méthode in vitro d’observation cellulaire permettant de caractériser les agents de contraste par IRM en modélisant expérimentalement certains des mécanismes ayant lieu in vivo, tout en s’affranchissant des problèmes liées à l’expérimentation sur petit animal (résolution, Rapport signal sur bruit, reproductibilité inter-animale,…). Notre approche a reposé sur la conception d’un dispositif de microhistologie par IRM qui permet de détecter une monocouche de cellules d’une dizaine de microns d’épaisseur dans un environnement microfluidique. Après avoir totalement caractérisé notre méthode avec des cellules ayant internalisé un agent de contraste commercial (Dotarem), nous l’avons utilisé pour évaluer la capture dynamique d’un nouvel agent de contraste développé à Guerbet : une émulsion paramagnétique fonctionnalisée avec des peptides RGD destinée à l’imagerie de l’angiogénèse tumorale. Dans un canal microfluidique, nous avons préparé une monocouche confluente de cellules endothéliales et appliqué un flux d’agent de contraste au-dessus de ces dernières. Par IRM, nous avons pu réaliser un suivi dynamique de la capture de l’agent de contraste par les récepteurs membranaires des cellules. En plus de démontrer la spécificité de l’agent de contraste comme le font les méthodes traditionnelles, notre technique nous a permis d’évaluer les constante cinétiques d’association et de dissociation et la constante d’affinité de l’agent de contraste pour les récepteurs dans des conditions physiologiques proches de celles existant in vivo, notamment en termes de disposition des cellules et de la vitesse et de la concentration de l’agent de contraste
Following the recent advances in nuclear medicine, magnetic resonance imaging has rapidly become an emerging technique for molecular imaging since it constitutes a contemporary issue for the improvement of the diagnosis and the post-treatment follow-up of pathologies such as cancer and Alzheimer’s disease. However, this technique suffers from both the weak amount of in vivo receptors and the low sensitivity of MRI for the detection of exogenous contrast agents. Thus, the literature shows an increasing interest for the development of novel contrast agents which can carry several thousands of contrastophores and new techniques are needed to evaluate the efficiency of these contrast agents. Indeed, when a targeted contrast agent is injected intraveneously, many biochemical process can occur simultaneously (extravasation, specific binding on receptors, internalization inside cells, …), which can make the contrast uptake mechanisms difficult to investigate. Hence, we developed a new method of cellular observation allowing to characterize the contrast agent by MRI, by imitating some of the in vitro mechanisms that occur in vivo. Using this technique, we also avoided problems that are linked to the experimentation on small animal in terms of resolution, signal to noise ratio and inter-animal reproducibility.Our approach was based on the design and fabrication of a microhistological device that allows to detect a living cells’ monolayer - whose thickness is above 10 microns - in a microfluidic environment. After having fully characterized our method with cells that had internalized a commercial contrast agent (Dotarem), we used it to evaluate the dynamic uptake of a new contrast agent developed and synthetized in Guerbet : a paramagnetic nanoemulsion functionalized with RGD peptides to target the avb3 integrins that play a capital role in the tumor angiogenesis process. In a microfluidic channel, we prepared an endothelial cell monolayer and applied a flow of contrast agent over the cell layer. We were able to follow-up by MRI the uptake of the contrast agent by the cell surface receptors. Besides demonstrating the specificity of the contrast agent as well as traditional in vitro techniques, our technique provides an additional information level since it is able to evaluate the kinetic constants and the affinity of the contrast agents toward the receptors. These experiments were done under physiological conditions close to the ones existing in vivo in terms of cell arrangement, concentration and flow velocity of the contrast agent

L'embryogenèse somatique (ES) est l'un des processus de propagation les plus prometteurs pour la diffusion à grande échelle de variétés élites. Cependant, quelle que soit l'espèce considérée, les recherches sur l’ES restent essentiellement empiriques et à bas débit, entraînant une difficulté à répondre à la demande croissante en matériel végétal, notamment en raison des faibles progrès techniques au cours des dernières décennies. Cette thèse présente un travail pionnier où deux groupes leader - Nestlé et le Cirad - ont décidé d'unir leurs forces pour démêler les mécanismes moléculaires impliqués dans les étapes clés de l’ES du caféier Arabica, l’un des procédés les plus avancés, en y appliquant les dernières technologies de métabolomique et de transcriptomique. En parallèle, la mise au point d’un système de criblage à haut débit de composés actifs sur l’ES, qui permettrait d'accélérer l'optimisation des protocoles, n'a toujours pas été proposée pour la micropropagation végétale.RésultatsSoixante-dix échantillons (14 stades de développement x 5 répétitions biologiques) couvrant l'ensemble du processus d’ES ont été étudiés. Une approche statistique robuste appliquée aux données RNA-seq a permis d'identifier 6 transitions (‘switches’) de développement clés pour le succès biologique de l’ES c.à.d. la production en masse d’embryons somatiques, et a révélé l’influence directe des facteurs (‘drivers’) environnementaux. La métabolomique a mis en évidence d'énormes reconfigurations des contenus hormonaux, des voies métaboliques primaires et des composés phénoliques lors des évènements précoces de la dédifférenciation et de la redifférenciation. La totipotence atteint son expression la plus visible au stade embryogène lorsque sont totalement inhibées les voies biochimiques liées au métabolisme du sucre et, au contraire, lorsque est activée l’expression des gènes codant pour des facteurs de transcription. L'étude a également montré que les profils de transcrits et de métabolites représentent des signatures discriminantes du destin cellulaire. Une liste de 23 gènes et 17 métabolites marqueurs du succès des différentes phases de développement a été identifiée, y compris le stade cals embryogènes si stratégique car à l’interface Dédifférenciation-Redifferentiation. En parallèle, nous avons réussi à reproduire à l'échelle pilote la différenciation d’embryons somatiques à partir de suspensions dans un système miniaturisé compatible avec une plateforme automatisée et ainsi permis le criblage de 4 régulateurs épigénétiques (HDACi) à différentes concentrations, apportant ainsi une preuve de concept de la faisabilité d’une optimisation haut-débit des milieux nutritifs. Pour toutes les étapes de développement clés de l’ES, le décryptage des principaux mécanismes moléculaires ainsi que l’identification de marqueurs moléculaires spécifiques offre de nouvelles perspectives pour la compréhension fine de ce phénomène de régénération et son optimisation raisonnée. Des stratégies sont proposées pour la validation des marqueurs candidats et l’industrialisation du système de criblage haut-débit. Il est proposé une combinaison des deux approches –omiques et automatisation pour une optimisation des protocoles rationnelle et plus efficace, permettant aux procédés d’ES de soutenir la diffusion à très grande échelle du progrès génétique chez le caféier
Somatic embryogenesis (SE) is one of the most promising propagation processes for the large-scale dissemination of elite varieties. However, whatever the species considered, research on SE remains essentially empirical and low-throughput, making it difficult to meet the growing demand for plant material, in particular due to the slow technical progress in recent decades. This thesis presents a pioneering work in which two leading groups - Nestlé and CIRAD - have decided to join forces to unravel the molecular mechanisms involved in the key stages of SE in Arabica coffee, one of the most advanced processes, by applying the latest metabolomics and transcriptomics technologies. In parallel, the implementation of a high-throughput screening system for active compounds on SE, that would speed up the optimization of protocols, has not yet been proposed for plant micropropagation.ResultsSeventy samples (14 developmental stages x 5 biological replicates) covering the whole SE process were studied. A robust statistical approach applied to RNA-seq data led to the identification of 6 key developmental switches for the biological success of SE i.e. the mass production of somatic embryos, and revealed the direct influence of environmental drivers. Metabolomics highlighted huge reconfigurations of hormonal contents, primary metabolic pathways and phenolic compounds during the early events of dedifferentiation and redifferentiation. Totipotency reaches its most visible expression at the embryogenic stage when the biochemical pathways related to sugar metabolism are inhibited and, on the contrary, when the expression of genes coding for transcription factors is activated. The study also showed that transcript and metabolite profiles represent discriminant signatures of cell fate. A list of 23 genes and 17 metabolites that mark the success of the different developmental phases has been identified, including the embryogenic callus stage, so strategic due to its position at the Dedifferentiation-Redifferentiation interface. In parallel, we succeeded in reproducing on a pilot scale the differentiation of somatic embryos from liquid cell suspensions in a miniaturized system compatible with an automated platform and thus allowed the screening of 4 epigenetic regulators (HDACi) at different concentrations, bringing a proof of concept of the feasibility of nutrient media high-throughput optimization. For all SE key developmental stages, deciphering the main molecular mechanisms as well as the identification of specific molecular markers offers new perspectives for a detailed understanding of this regeneration phenomenon and its rational optimization. Strategies are proposed for the validation of candidate markers and the industrialization of the high-throughput screening system. A combination of both -omics and automation approaches is proposed for rational and more efficient protocol optimization, allowing the SE processes to support the very large-scale dissemination of genetic progress in coffee

Aussitôt après que les œuvres de Gustave Flaubert ont été traduites en chinois, elles ont tout de suite suscité une grande attention de la part des lecteurs chinois. Ses pensées philosophiques, son objectivité et son exactitude dans l’écriture ont provoqué une résonance dans les milieux lettrés chinois d’alors et ont influencé profondément leurs écrits. Le traducteur-romancier chinois, Li Jieren, qui fut le premier traducteur du roman Madame Bovary, avoue qu’il s’est beaucoup inspiré du style de Flaubert présent dans ce roman. En 1935, dix ans après sa première traduction de Madame Bovary, il a commencé la rédaction de son chef-d’œuvre Rides sur les eaux dormantes, qui est depuis considéré par les milieux critiques chinois comme Madame Bovary en Chine. Nous pouvons constater une similarité surprenante entre les deux héroïnes selon différents aspects. Mais on ne peut tout de même pas apparenter le roman de Li Jieren à une réécriture du roman français, car hormis certains points communs, on observe aussi de nombreuses divergences sur la conception des deux femmes, et en particulier dans leurs destinées. La présente thèse est consacrée à l’étude des raisons expliquant les dissemblances de dénouement, dans l’histoire de chacune des héroïnes. Premièrement au niveau du contenu du roman, les raisons se basant sur les éléments de différenciation des deux femmes et sur leur condition sociale ; puis, sur le plan de l’auteur, les raisons sont abordées sous l’angle interculturel, telles que les objectifs d’écriture, les choix littéraires ainsi que la conception de vie de Gustave Flaubert et de Li Jieren
As soon as the works of Gustave Flaubert were translated into Chinese, Chinese readers immediately paid great attention to them. His philosophical thoughts, objectivity and accuracy in writing caused a resonance in Chinese literary circles of the time and profoundly influenced their writings. Chinese translator and novelist, Li Jieren, who was the first translator of Madame Bovary, admitted he was much inspired by the style of Flaubert in this novel. In 1935, ten years after the first translation of Madame Bovary, he began writing his masterpiece Ripples across stagnant water which has been considered by Chinese critics as the Chinese Madame Bovary. Astonishing similarities can be noticed between the two main characters from various aspects. Despite these similarities, Li Jieren’s novel is not just a simple rewriting of the French novel, for there are also many differences in the perspectives of the two women and especially in their fate. This thesis is focusing on the reasons that can explain the major differences in the outcome of each heroine’s story. First within the content of both novels, reasons based on elements differentiating the two women and on their social class. Then, studying at the author’s level, we will look at reasons from a cross-cultural perspective, such as the writing objectives, literary choices and living concepts of Gustave Flaubert and Li Jieren